lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 7777 1 111111 222 1111111 111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 111 1111 11 1 33333
lowQualScore : 6 6 6 2222 3 555555 5 888 3 66 3 555 6666666 3 7777 3 66 222222222 88888 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 3 8888 777777 0 8888 4 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8888888 333 6666 0 66 0 7 4 99999 4
lowQualScore : . . . .... . ...... . ... . .. . ... ....... . .... . .. ......... ..... . .................................................................. . . .... ...... . .... . . .............................................................................................................................................................................................. ....... ... .... . .. . . . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 5555 3 000000 0 111 3 77 3 888 9999999 3 1111 3 44 777777777 33333 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6 2222 888888 7 5555 0 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 444 6666 8 66 2 0 0 55555 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---CCCTTTTT--ANC-TT-A---CAATATTA-CAA-CAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACT-T-CG---TGATT-----TC-AAC-T-----C-TTCT---A------CA------GTTTA---C---ACGCT--A--TTN--A-----ANTG-AAACTTGGT--ATACAT---CATCAACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------TGG---G--TGTT----T-CTGTC-GGATT-T--T---TTT-T-C--A-TTG-GAGTTAT--T-NC----T-A-T--TT----TT----T---------ACAATATTACAAAAAAA---A-AC----ACTNCATTTAATATA--A--TA-AAACATAATATTT-TACCATA---GC--ATTTTC-CGGGNG--CATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTNCTTGTTGTCAATNTATTT
Reference ( gi|2 ) : TGATGTTCACTTATCAAATTAATATTTAAATCCCATTTT--AAC-TT-AT--CAATATTA-CAG-CAT-AGTA---GTAT-----TGC-TAC----A-T-CTGTACC-T-TG---TGATT-----TC-A---T-----C-TTCA---A------AA------GTGTA---C---ATGCT--A--TTG--A-----AATG-AAACTTGGT--ACACAT---CCTCAACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------TGG---G--TGTT----T-CTGTC-GGATT-TGGT---TTT-T-C--A-TTG-GAGTTAT--T-CC----T-A-T--CT----TT----T---------ACAATATTGCAAAAAAA---A-AC----ACTGTATTTAATAGG--A--TA-AAGGATAATATTTCTATAACA---GC--ATTTTC-TGGGAG--CATGTGTCAAACAATGTTGTTGTCATTCTTGTTATC--TTTATTT
gi|8 : AGTTAATACTCA----CTTTTTT--ACT-TT-ATTACATTACTA-CAG-AAT-AGTA---GTAT-----TAC-TACATGTA-T-GTGTGTT-T-CA---TGATT-----TC-A---C-----C-T
gi|1 : ttcatactaaagtgacttggtatacttcaacggcatcaagtgtacatacacatatgattctttttcatgCCCTTTTTCGAA--TT-AA--CATTATTAACAA-CAT-AGTA---GTAA-----TAG-TAC----A-TGTTGTACC-T-TG---TGATT-----TC-AACTC-----C-TCCT---A------CA------GTTTA---C---ACATT--A--TTT--T-----ATTG-AAACTTGGT--ATACAT---CATC-ACATAGA----GT-GGA------AA--TGCGAGGAATCCTCG---GAATGTTCAAGT-CTGCT-G--TT-TTTT---TTC-T-C--A-T---GAATTAT--G-AC----A-A-A--TT----T----------------CAATATTACGAAAAActacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|18 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaacagtttacatcagattctattgaaacttcaagtggacatattgttaggatgttctggtcattttgtttttcttgagttgtgcCCGTTTT--ACT-TT-A---CAATATTA-CAA-CAT-AGTA---GAAA-----GAT-CAC----A-T-CTGTACA-A-CG---TGATT-----Tctcacttgaattttgt
gi|6 : ttttttcatgacttacgcctTTTT--AAC-TT-AA--CAATAAAA-CAA-CAT-AGTA---GTAT-----AAC-TAC----A-T-CTGTATC-T-TG---TGATT-----TC-A---A-----C-ACCT---A------CA------GTTTA---C---ATGGT--A--TTC--A-----AGTG-AAACTTGGT--ATACA------TCAGTATTAA----GT-AGA------AA--TG----------TGC---A--TATTG---T-CTGaaac
gi|12 : ttttttttattaagtgacttagtcacgttttcTTTT--ACC-TT-A---CAATAATA-CAA-CAT-ACTA---ATAT-----TAC-TAC----A-G-CTGTACT-T-C------ATT-----TC-A---T-------TTCA---ACACATTAATACACCATGTAATTCGTGATGCC--AACTCGTCATC---AATC-AAACTTGGC--TTGTAT---CATCAGCATCAA----GT-gacttttaaatatttgttgaatccctaaatttaatttacttgtataatagtgttttttttctatactttttcag
gi|4 : cTTTT--ACT-TT-A---CAGTATTA-CAA-TATTAGTA---GTATAAGTATACATGT----A-T-CTGTACT-T-CA---TGATTCAATATC-AATTT-----T-TCCT---A------CA------GTTAA---C---ATTGA--A--TTC--A-----ATTG-AAGTTTATT--ATACAT---CATCCTCATCAA----TC-GTA------CA--T-----------
gi|16 : ttcataatttaaactgtcatacagattcagcgtcatgtggtccacatgcacatattgtgcaaacatactgagtcataatttataacggcctttttTTTTGCAACATT-A---CAATATTA-CAA-CAT-AGAA---GCGT-----TGC-AAC----A-G-CTGTGTT-T-CG---TTATT-----gcacataattttggggacattctagttg
gi|10 : tatgattctctttcgtgagttaatgtctg--AAC-TTTAT---AATATTA-AAGATAT-ATTACATGTACATC--TAT-TAC----T-T-CTGCACT-T-CA---TGATT-----TC-AGT-T-----T-CTCAT--A------CA------ATTCA---C---ATACT-----TTT--C-----AATGTAAACGT-GT--ATACAT---TAACAATATAAA----GT-GAG------CA--T-----------
gi|3 : --CAATATTA-CAA-CAA-AGTA---ATAT-----TTT-TAC----ATT-TTGTACC-T-TG---TAAAT-----TA-AAC-T-----CTTTCT---A------CA------GTTTG---T---GTGCT--A--TTC--ATTT--AATA-TTCCTTGGT--ATACA------TCAACATCAGTATTGTCGGA------AAGGC-----------TGGATTG--TATT----T-TTGT--GAGTTATGCCTCATTT-T-CAAA-TTG-T-TTTTT--T-TT----T-A-TGACT----TT----TTAAGACTTCACAATATCAC-----AA---A-ACTTCAATTG-ATTT-ATAGA--AAGTATGAACATAGTATTTCTATCATATTTTC--ATTTTCAAGGGTG--CATGTGTCCTACAATgcgcatattgttgaggcgttc
gi|7 : AATATTA-CAA-TAT-ATTG---GTAT-----TAC-TAC----A-T-----AC----------GATT-----TTTA---T-----C-TACT---A------AA------GTGTA--------------A--TAG--AGGTTCAATT-CAACTTATT-----CAC---CATAAACATCAA----GT-GCG------CA--T---------------------GCT----CACTCTC-GGATC-T-------TT-C-C--GGTCC-GA-TTAT--T-TT----TCA-T--GT----GT----G---------AC----TT--------------AC----ACT-CATATAATAC-------------ATAATATTTATACCATA---GC--ATTTTC-CGAGTG--CATGTGTCATACAATGTTtt
gi|13 : tAATATTA-CAA-CAT-AGTA---GTAT-----TAC-TGT----A-T--TGTATTATATGAACTGATT-----TT-AAC-T-----C-CTCATTCA----------------GTT---C---ACGTTGGA--TTC--A-----TTTG-AAACTTAAT--ATACAT---
gi|5 : cgtaagttaatcacttttttcgtctttgaTTT-CAA-CAC-ATTT---GTAT-----AAC-AAC----A-T-CTGTTCC-T-TG---TGAC-------C-A---TAACTCC-TTTT---A------CA------GTTTA---C---AGATT--A--TTG--A-----ATCA-GAACTCGGTGAACGCA-----ATCAACGTCAA----AT-AGAAATGCACA--TATCG-------TGG---G--GGAA------CTACC-AG-TT-TGAT---CTT-TAT--A-TTATGGGATAT--T-CCCTCGT-G-T--TTAC--TT----T---------AAAATATT--AAAAAAA---A-AC----GTTTAATTTAATGTT--A--TA-CGTGA---------CACAATA---GT--ATTTTT-CGGGGA--C---TGTTATACAATATTGtat
gi|14 : A------GTTTA---C---ATGCA--A--TTT--G-----ATTG-AAAGTTGGT--ATA-ATAGAATTCATCATCAA----GT-GGA------CA--------------AGG---G--CATA----T--TGTCTGGAT----GT---TCTAT------TTG-GAG-TAT--T-GT----T-G-T--TT----TT----C---------ACAAT
gi|8 : gatctctgccatT--A--CTA--A-----AGTG-A--CTTGGT--ATACTT---CAACGGCATCAA----GT-GTA------CA--TA----------CAC---A--TAT--------------GATT-C--T---TTT-T-C--A-T---GAGTTAA--T-AC----TCACT--TT----TT----T---------ACTTTATTACAtt
gi|9 : ttcaC-AGATT-T------TTT-T-C--A-T---GAATTATGCT-CC----T-T-T--TT----TTATTTT---------ACAATATCACAGAAATA---C-AT----A-TG-ATTTAATATACCG--TG-ATGCATAATATTTTTAGCACA---GC--ACTATC-TGGGGT--CATGTGCCGTGCAATCTTGATGTCATATTTGTTGTT--TTttactacagaatagtagtattactacatgtatgtgtgtttcatgatttcacctctacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|11 : -TTG-GAGTTAT--AACC----T-C-T--TTGGTCTT----T---------ACAATATTACAAAAACACACACAC----ACTTCTTTTAATA-------TA-AAACGTAATAT-------ACA---CCTCATTTT--TCGGAGTACATGTATCGGGCAATGTTGACATCGTTCTTGTT-TCAATATATTTgaatatctt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCTTCCAACTTTACAATTCAACTACATGGTAGTGGTACTATATATGTACTTCGTAAAATCAACTCATCCTACAGTTTACATTGGATGCTGTTCAAACTCGGCAAGCATTATTA
Unaligned ( gi|17 ): TAAATCAATTCGACTGACACTTATCAACATCAAAGGGACGGTCCGGTTGTTTTTCTTGAGTTATGCCACTTTTTCGACTTTACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 11111 2222222 1111111111 111111111111 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 22 333333333333333333333333333333333 22222222222222222 444444444444 222 111 1 11
lowQualScore : 2222222222222222 4 55 1 3 55 222 2 2 2 555 22222 2 6666 2 55 44 2 888 77777 0000000 6666 44 3333333333 000000000000 3 2 0 555 1 6666 3 7777 3 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 3333333 777 4 3 22 5 4 444444444444444444444444444444444 44444444444444444 99 111111111111 888 111 6 6 1 2 0 0 1 2 88 1
lowQualScore : ................ . .. . . .. ... . . . ... ..... . .... . .. .. . ... ..... ....... .... .. .......... ............ . . . ... . .... . .... . ...... ..................................................... .. ....... ... . . .. . . ................................. ................. .. ............ ... ... . . . . . . . . .. .
lowQualScore : 0000000000000000 4 00 0 6 00 555 9 9 9 000 11111 9 1111 9 99 66 9 999 11111 5555555 5555 22 5555555555 888888888888 8 0 6 000 9 1111 1 7777 6 555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 0000000 888 4 7 99 7 0 555555555555555555555555555555555 11111111111111111 22 555555555555 333 777 7 7 0 2 7 7 0 0 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTT-T--ACC-TT--A---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TT----------AC-----ACGCT--ATTCAATTGAAA---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------TGG---G--TG---TT----T-CTGTC-GG---------ATTT--T-------TT---T-TCATTGGAGTTA-T--TNC----T-N-TTT-----T------T----TACAATATTACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
Reference ( family-6214 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTT-T--ANC-TT--A---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACT-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TT----------AC-----ACGCT--ATTNAANTGAAA---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------TGG---G--TG---TT----T-CTGTC-GG---------ATTT--T-------TT---T-TCATTGGAGTTA-T--TNC----T-A-TTT-----T------T----TACAATATTACAAAA-AAA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACATAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTNCTTGTTGTCAATNTATTT
gi|1 : ---C-CCT---TTT-TCGAAT-TA--A---CATTATTAACA-ACAT-AGTA---GTAA-----TAG-TAC----A-TGTTGTACC-T-TG---TGATT-----TCAACTC-C-TCC-TACA----GT--TT----------AC-----ACATT--ATTTTATTGAAA---CTTGGTATACATCA----TC--ACATAGA----GT-GGA------AA--TGCGAGGAATCCTCG---GAATG---TTCAAGT-CTGCT-GT---------TTTT--T-------TT---C-TCAT--GAATTA-T--GAC----A-A-ATT-----T-------------CAATATTACGAAA-AA
gi|10 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaacagtttacatcagattctattgaaacttcaagtggacatattgttaggatgttctggtcattttgtttttcttgagttgtgc--ACT-TT--A---TAATATTA-AAGATAT-ATTACATGTACATC--TAT-TAC----T-T-CTGCACT-T-CA---TGATT-----TCAGTTT-C-TCA-TACA----AT--TC----------AC-----ATACT--TTTCAATGTAAA---CGT-GTATACATTA----ACA-ATATAAA----GT-GAG------CA--T-----------ctcacttgaattttgt
gi|11 : aTTGGAGTTA-T--AACC---T-C-TTTGGTC-T------T----TACAATATTACAAAA-ACACACACACACTTCTTTTAA--TATA--A--------AACGTAATATAC---ACC-T-----CATTTTT-CGGAGTACATGTATCGGGCAATGTTGACATCGTTCTTGTT-TCAATATATTTgcgcatattgttgaggcgttc
gi|12 : ---TTT-T--ACC-TT--A---CAATAATA-CA-ACAT-ACTA---ATAT-----TAC-TAC----A-G-CTGTACT-T-CATT-TCATT-----TCAACAC-A-TTAATACACCATGTAATTCGTGATGCCAAC-----TCGTC--ATC--AATCAAA---CTTGGCTTGTATCA----TCA-GCATCAA----GT-
gi|13 : cAGTTAAT---CA---C-TTT---TTT-C--GTC-TTTGA----AATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TGT----A-T--TGTATTATATGAACTGATT-----TTAACTC-C-TCA-TTCA----GT--T------------C-----ACGTTGGATTCATTTGAAA---CTTAATATACATTA----T
gi|14 : cgtaCTC-T-GC--CATA----GT--TT----------AC-----ATGCA--ATTTGATTGAAA---GTTGGTATA-AT-AGAATTCA-TCATCAA----GT-GGA------CA--------------AGG---G--CA---TA----T--TGTCTGG---------ATGT--T-------CT---A-T--TTGGAG-TA-T--TGT----T-G-TTT-----T------T----CACAAT
gi|15 : gat--ACT-TT--A---CAATTCAA-CT-ACAT-GGTA---GTGG-----TAC-TAT----A-T-ATGTACT-T-CG---TAAAA-----TCAACTCAT-CC--TACA----GT--TT----------ACATTGGATGCT--GTTC-----AAA---CTCGGCAAGCATTA----TTA-tt
gi|16 : tcttccaG---------ATTC--T-------CT---T-TCGT--GAGTTAAT--GTC----T-G-TTT-----TGCAACAT----TACAATATTACAACATAGA---A-GCGTTGCA
gi|16 : tatAGTTAATGT------C-TGT---TTTGC--AACATT--A---CAATATTA-CA-ACAT-AGAA---GCGT-----TGC-AAC----A-G-CTGTGTT-T-CG---TTATT-----acagctgtgtttcgttatt
gi|18 : tatgattctctttcgtgACTTA---CGCCTCCGTTT-T--ACT-TT--A---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GAAA-----GAT-CAC----A-T-CTGTACA-A-CG---TGATT-----TAAAC
gi|2 : ttttttcatgAATTAATATTTAAATC-CCA---TTT-T--AAC-TT--AT--CAATATTA-CA-GCAT-AGTA---GTAT-----TGC-TAC----A-T-CTGTACC-T-TG---TGATT-----TCA--TC-T-TC--AAAA----GT--GT----------AC-----ATGCT--ATTGAAATGAAA---CTTGGTACACATCC----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------TGG---G--TG---TT----T-CTGTC-GG---------ATTTGGT-------TT---T-TCATTGGAGTTA-T--TCC----T-A-TCT-----T------T----TACAATATTGCAAAA-AAA---A-ACACTGTATTTAA--TAGG--ATAA-----AGGATAATATTTCT-ATAACA---GCATTTTC-TGG-GAGCATGTGTCAAACAATGTTGTTGTCATTCTTGTTATC--TTTATTT
gi|3 : tgatgttcacttatca---CAATATTA-CA-ACAA-AGTA---ATAT-----TTT-TAC----ATT-TTGTACC-T-TG---TAAAT-----TAAACTCTT-TC--TACA----GT--TT----------GT-----GTGCT--ATTCATTTAATATTCCTTGGTATA---CA----TCA-ACATCAGTATTGTCGGA------AAGGC-----------TGGATTG--TA---TT----T-TTGTG-AGTTATGCCTCATTT--TCAAATTGTT---T-TTTTT----TTA-T--GAC----T-T-TTTAAGACT------T----CACAATATCACAAA------------ACTTCAATTGATTTATA--GAAAGTATGAACATAGTATTTCT-ATCATATTTTCATTTTCAAGG-GTGCATGTGTCCTACAAT
gi|4 : T---TTT-T--ACT-TT--A---CAGTATTA-CA-ATATTAGTA---GTATAAGTATACATGT----A-T-CTGTACT-T-CA---TGATTCAATATCAATTT-T-TCC-TACA----GT--TA----------AC-----ATTGA--ATTCAATTGAAG---TTTATTATACATCA----TCC-TCATCAA----TC-GTA------CA--T-----------tt
gi|5 : ttcataatttaaactgtcatacagattcagcgtcatgtggtccacatgcacatattgtgcaaacatactgagtcataatttataacggccttttTTT-CA-ACAC-ATTT---GTAT-----AAC-AAC----A-T-CTGTTCC-T-TG---TGACC-----ATAACTCCT-TT--TACA----GT--TT----------AC-----AGATT--ATTGAATCAGAA---CTCGGTGAACGCAA----TCA-ACGTCAA----AT-AGAAATGCACA--TATCG-------TGG---G--GGAACTA----C-CAGTT-TG---------ATCT--T-------TA---TATTATGGGA--TA-T--TCCCTCGT-G-TTTAC---T------T----TAAAATATTA--AAA-AAA---A-ACGTTTAATTTAA--TGTT--AT--------ACGTGA------C-ACAATA---GTATTTTT-CGG-GGAC---TGTTATACAATATTGgcacataattttggggacattctagttg
gi|6 : ---TTT-T--AAC-TT--AA--CAATAAAA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----AAC-TAC----A-T-CTGTATC-T-TG---TGATT-----TCAACAC----C--TACA----GT--TT----------AC-----ATGGT--ATTCAAGTGAAA---CTTGGTATA---CA----TCA-GTATTAA----GT-AGA------AA--TG----------TGC---A--TA---T--------TGTCTGG---------ACTT--T-------T
gi|7 : ttttttttattaagtgacttagtcacgttttcAATATTA-CA-ATAT-ATTG---GTAT-----TAC-TAC----A-T-----AC----------GATT-----TTTA-TC-T-AC--TAAA----GT--GT----------AA-----TAGAG--GTTCAATTCAA----CTT---ATTCACCA----TAA-ACATCAA----GT-GCG------CA--T---------------------G---CT----CACTCTC-GG---------ATCT--T-------TCCGGT-CC----GA-TTA-T--TTT----TCA-TGT-----G------T----GAC----TTACA---------------CTC------A--TATA--ATA--------CATAATATTTAT-ACCATA---GCATTTTC-CGA-GTGCATGTGTCATACAATGTTaaatatttgttgaatccctaaatttaatttacttgtataatagtgttttttttctatactttttcag
gi|8 : tT--ACTAAAGTGA-----CTTGGTATACTTCA----ACG-GCATCAA----GT-GTA------CA--TA----------CAC---A--TA---T--------------G---------ATTC--T-------TT---T-TCAT--GAGTTA-A--TAC----TCACTTT-----T------T----TACTTTATTACA
gi|8 : ttcaAGTTAATACTCA---C-T-T---TTT-T--ACT-TT--ATTACATTACTA-CA-GAAT-AGTA---GTAT-----TAC-TACATGTA-T-GTGTGTT-T-CA---TGATT-----TCACCTC-TACC--TACC----AT--TT----------AC-----ATTGG--ATTCAGTTAGTA---TTTGGTAATCATTA----TTATACATttactacagaatagtagtattactacatgtatgtgtgtttcatgatttcacctctacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|9 : ttcatactaaagtgacttggtatacttcaacggcatcaagtgtacatacacatatgattctttttcatgTT--T-------TT---T-TCAT--GAATTA-TGCTCC----T-T-TTT-----T------TATTTTACAATATCACAGAA-ATA---C-ATA-TG-ATTTAA--TATACCGTGA-----TGCATAATATTT-TTAGCACA---GCACTATC-TGG-GGTCATGTGCCGTGCAATCTTGATGTCATATTTGTTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAATCAATTCGACTGACACTTATCAACATCAAAGGGACGGTCCGGTTGTTTTTCTTGAGTTATGCCACTTTTTCGACTTTACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 11111 2222222 1111111111 111111111111 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222 444444444444 222 111 1 11
lowQualScore : 5555555555555555 111 2 55 999 2 2 2 555 22222 2 6666 2 55 66 2 888 77777 0000000 6666 33 2222222222 333333333333 2 2 444 444 2 2 0 5555 33 7777 3 000000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 44444444444444444 99 111111111111 0 888 111 6 6 1 2 0 0 2 88 1
lowQualScore : ................ ... . .. ... . . . ... ..... . .... . .. .. . ... ..... ....... .... .. .......... ............ . . ... ... . . . .... .. .... . ...... ...................................................................................................................................... . ................. .. ............ . ... ... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 9999999999999999 444 5 00 222 9 9 9 000 11111 9 1111 9 99 22 9 999 11111 5555555 1111 99 5555555555 999999999999 7 6 777 777 1 7 9 7777 22 1111 3 555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 00000000000000000 22 555555555555 7 333 777 7 7 0 2 7 7 0 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---ACTTT--A---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TT----------AC-----ACGNT--ATTCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---TT----C-CTGTC-GG---------ATTT--T-------TT---T-TCATTGGAGTTA-T--NNC----T--N-TTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
Reference ( family-6214 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---ACCTT--A---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TT----------AC-----ACGCT--ATTCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---TT----T-CTGTC-GG---------ATTT--T-------TT---T-TCATTGGAGTTA-T--TNC----T--N-TTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
gi|1 : ACA----GT--TT----------AC-----ATCAG--ATTCT-ATTGAA---A---CTT-----------------------CAA----GT-GGA------CA--TA----------TTGTTAGG---A--TG---TT----C-TGGTC------------ATTTTGT-------TT---T-TC-TT-GAGTTG-T--GCC----C--C-TTT-----T------T----CGAATTAACATTATTAACAA
gi|1 : caaatcattttgagcaacacttttcattacta---C-CCT---TTTTCG-AATTA--A---CATTATTAACA-ACAT-AGTA---GTAA-----TAG-TAC----A-TGTTGTACC-T-TG---TGATT-----TCAACTC-C-TCC-TACA----GT--TT----------AC-----ACATT--ATTTT-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TC--ACATAGA----GT-GGA------AA--TGCGAGGAATCCT-----CG---GAATG---TTCAAGT-CTGCT-GT---------TTTT--T-------TT---C-TCAT--GAATTA-T--GAC----A--A-ATT-----T-------------------CAATATT-ACGAAA-Acatagtagtaatagtacatgttgtaccttgtgatttcaactcctcctacagtttacacattattttattgaaacttggtatacatcatcacatagagtggaaatgcgaggaatcctcggaatgttcaagtctgctgttttttttctcatgaattatgacaaatttcaatattacgaaaaactcacttgaattttgt
gi|10 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaacagtttacatcagattctattgaaacttcaagtggacatattgttaggatgttctggtcattttgtttttcttgagttgtgc---ACTTT--A---TAATATTA-AAGATAT-ATTACATGTACATC--TAT-TAC----T-T-CTGCACT-T-CA---TGATT-----TCAGTTT-C-TCA-TACA----AT--TC----------AC-----ATACT--TTTCA-ATGTAA---A---CGT-GTATACATTA----ACA-ATATAAA----GT-GAG------CA--T-----------actcacttgaattttgt
gi|11 : aTTGGAGTTA-T--AACC---T--C-TTTGGTC-T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ACACACACACACTTCTTTTAA--TATA--A--------AACGTAATATAC---ACC-T-----CATTTTT-CGGAGTACATGTATCGGGCAATGTTGACATCGTTCTTGTT-TCAATATATTTgcgcatattgttgaggcgttc
gi|12 : ---TTTT---ACCTT--A---CAATAATA-CA-ACAT-ACTA---ATAT-----TAC-TAC----A-G-CTGTACT-T-CATT-TCATT-----TCAACAC-A-TTAATACACCATGTAATTCGTGATGCCAAC-----TCGTC--A-TCA-ATC-AA---A---CTTGGCTTGTATCA----TCA-GCATCAA----GT-
gi|13 : cAGTTAAT---CA---C-TTT---TTTC---GTCTTTGA----AATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TGT----A-T--TGTATTATATGAACTGATT-----TTAACTC-C-TCA-TTCA----GT--T------------C-----ACGTTGGATTCA-TTTGAA---A---CTTAATATACATTA----T
gi|14 : cgtaCTC-T-GC--CATA----GT--TT----------AC-----ATGCA--ATTTG-ATTGAA---A---GTTGGTATA-AT-AGAATTCA-TCATCAA----GT-GGA------CA--------------A-----GG---G--CA---TA----T--TGTCTGG---------ATGT--T-------CT---A-T--TTGGAG-TA-T--TGT----T--G-TTT-----T------T----C------ACAAT
gi|15 : gat---ACTTT--A---CAATTCAA-CT-ACAT-GGTA---GTGG-----TAC-TAT----A-T-ATGTACT-T-CG---TAAAA-----TCAACTCAT-CC--TACA----GT--TT----------ACATTGGATGCT--GTTC------AA---A---CTCGGCAAGCATTA----TTA-tt
gi|16 : tcttccaG---------ATTC--T-------CT---T-TCGT--GAGTTAAT--GTC----T--G-TTT-----TGCAACAT----T------ACAATATT-ACAACATAGA---A-GCGTTGCA
gi|16 : tatAGTTAATGT---------CTG--TTTTGCAACATT--A---CAATATTA-CA-ACAT-AGAA---GCGT-----TGC-AAC----A-G-CTGTGTT-T-CG---TTATT-----acagctgtgtttcgttatt
gi|18 : tatgattctctttcgtgACTTA---CGCCTCCGTTTT---ACTTT--A---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GAAA-----GAT-CAC----A-T-CTGTACA-A-CG---TGATT-----TAAAC
gi|2 : ttttttcatgAATTAATATTTAAATC-CCA---TTTT---AACTT--AT--CAATATTA-CA-GCAT-AGTA---GTAT-----TGC-TAC----A-T-CTGTACC-T-TG---TGATT-----TCA--TC-T-TC--AAAA----GT--GT----------AC-----ATGCT--ATTGA-AATGAA---A---CTTGGTACACATCC----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---TT----T-CTGTC-GG---------ATTTGGT-------TT---T-TCATTGGAGTTA-T--TCC----T--A-TCT-----T------T----T------ACAATATT-GCAAAA-AAA---A-ACACTGTATTTAA--TAGG--ATAA-----AGGATAATATTTCT-ATAACA---GCATTTTC-TGG-GAGCATGTGTCAAACAATGTTGTTGTCATTCTTGTTATC--TTTATTT
gi|3 : tgatgttcacttatca---CAATATTA-CA-ACAA-AGTA---ATAT-----TTT-TAC----ATT-TTGTACC-T-TG---TAAAT-----TAAACTCTT-TC--TACA----GT--TT----------GT-----GTGCT--ATTCA-TTTAAT---ATTCCTTGGTATA---CA----TCA-ACATCAGTATTGTCGGA------AAGGC-----------T-----GGATTG--TA---TT----T-TTGTG-AGTTATGCCTCATTT--TCAAATTGTT---T-TTTTT----TTA-T--GAC----T--T-TTTAAGACT------T----C------ACAATATC-ACAAA------------ACTTCAATTGATTTATA--GAAAGTATGAACATAGTATTTCT-ATCATATTTTCATTTTCAAGG-GTGCATGTGTCCTACAAT
gi|4 : T---TTTT---ACTTT--A---CAGTATTA-CA-ATATTAGTA---GTATAAGTATACATGT----A-T-CTGTACT-T-CA---TGATTCAATATCAATTT-T-TCC-TACA----GT--TA----------AC-----ATTGA--ATTCA-ATTGAA---G---TTTATTATACATCA----TCC-TCATCAA----TC-GTA------CA--T-----------tt
gi|5 : ttcataatttaaactgtcatacagattcagcgtcatgtggtccacatgcacatattgtgcaaacatactgagtcataatttataacggccttttTTT-CA-ACAC-ATTT---GTAT-----AAC-AAC----A-T-CTGTTCC-T-TG---TGACC-----ATAACTCCT-TT--TACA----GT--TT----------AC-----AGATT--ATTGA-ATCAGA---A---CTCGGTGAACGCAA----TCA-ACGTCAA----AT-AGAAATGCACA--TATCG-------T-----GG---G--GGAACTA----C-CAGTT-TG---------ATCT--T-------TA---TATTATGGGA--TA-T--TCCCTCGT--G-TTTAC---T------T----T------AAAATATT---AAAA-AAA---A-ACGTTTAATTTAA--TGTT--AT--------ACGTGA------C-ACAATA---GTATTTTT-CGG-GGAC---TGTTATACAATATTGgcacataattttggggacattctagttg
gi|6 : CT---TTTA---ACTTA--A---CAATAAAA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----AAC-TAC----A-T-CTGTATC-T-TG---TGATT-----TCAACAC----C--TACA----GT--TT----------AC-----ATGGT--ATTCA-AGTGAA---A---CTTGGTATA---CA----TCA-GTATTAA----GT-AGA------AA--TG----------T-----GC---A--TA---T--------TGTCTGG---------ACTT--T-------T
gi|7 : ttttttttattaagtgacttagtcacgttttAATATTA-CA-ATAT-ATTG---GTAT-----TAC-TAC----A-T-----AC----------GATT-----TTTA-TC-T-AC--TAAA----GT--GT----------AA-----TAGAG--GTTCA-ATTCAA-------CTT---ATTCACCA----TAA-ACATCAA----GT-GCG------CA--T--------------------------G---CT----CACTCTC-GG---------ATCT--T-------TCCGGT-CC----GA-TTA-T--TTT----T--CATGT-----G------T----G------AC----TT-ACA---------------CTC------A--TATA--ATA--------CATAATATTTAT-ACCATA---GCATTTTC-CGA-GTGCATGTGTCATACAATGTTaaatatttgttgaatccctaaatttaatttacttgtataatagtgttttttttctatactttttcag
gi|8 : tTTCATACTAAAGTGA---CTTGGTATACTTCA----ACG-GCATCAA----GT-GTA------CA--TA----------C-----AC---A--TA---T--------------G---------ATTC--T-------TT---T-TCAT--GAGTTA-A--TAC----TCAC-TTT-----T------T----T------ACTTTATT-ACA
gi|8 : AGTTAATACTCA---C-T-T---TTTT---ACTTT--ATTACATTACTA-CA-GAAT-AGTA---GTAT-----TAC-TACATGTA-T-GTGTGTT-T-CA---TGATT-----TCACCTC-TACC--TACC----AT--TT----------AC-----ATTGG--ATTCA-GTTAGT---A---TTTGGTAATCATTA----TTATACATttactacagaatagtagtattactacatgtatgtgtgtttcatgatttcacctctacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|9 : ttcatactaaagtgacttggtatacttcaacggcatcaagtgtacatacacatatgattctttttcatgTT--T-------TT---T-TCAT--GAATTA-TGCTCC----T--T-TTT-----T------TATTTT------ACAATATC-ACAGAA-ATA---C-ATA-TG-ATTTAA--TATACCGTGA-----TGCATAATATTT-TTAGCACA---GCACTATC-TGG-GGTCATGTGCCGTGCAATCTTGATGTCATATTTGTTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAATCAATTCGACTGACACTTATCAACATCAAAGGGACGGTCCGGTTGTTTTTCTTGAGTTATGCCACTTTTTCGACTTTACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 11111 2222222 1111111111 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 22222 11111111 333333333333333333333333 22222222222222 444444444444 222 111 1 11
lowQualScore : 5555555555555555 111 3 999 2 2 2 555 22222 2 6666 2 55 66 2 888 77777 0000000 6666 33 2222222222 111111 2 1 444 444 4 3333 5555 2 6666 3 999999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 3 77777 1 3 6666 22222222 444444444444444444444444 3 44444444444444 44 99 111111111111 0 888 111 6 6 1 2 0 0 2 88 1
lowQualScore : ................ ... . ... . . . ... ..... . .... . .. .. . ... ..... ....... .... .. .......... ...... . . ... ... . .... .... . .... . ...... .......................................................... .......... . ..... . . .... ........ ........................ . .............. .. .. ............ . ... ... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 9999999999999999 444 6 222 9 9 9 000 11111 9 1111 9 99 22 9 999 11111 5555555 1111 99 5555555555 777777 5 8 444 444 5 8888 3333 7 5555 1 666666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000000 3 11111 0 3 6666 66666666 444444444444444444444444 6 11111111111111 00 22 555555555555 7 333 777 7 7 0 2 7 7 0 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TT----------ACACGNN--ATTCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GG------ACA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GG---------ATTT--T-------T-TTTCATTGGAGTTA-TGN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
Reference ( family-6214 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TT----------ACACGNT--ATTCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GG------ACA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GG---------ATTT--T-------T-TTTCATTGGAGTTA-TNN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
gi|1 : ACA----GT--TT----------ACATCAG--ATTCT-ATTGAA---A---CTT-----------------------CAA----GT-GG------ACA--TA----------TTGTTAGG---A--TG---T-TC----TGGTC------------ATTTTGT-------T-TTTC-TT-GAGTTG-TGC--C----C--CTTT-----T------T----CGAATTAACATTATTAACAA
gi|1 : caaatcattttgagcaacacttttcattacta---C-CCT---TTTTCG-A-ATTAA---CATTATTAACA-ACAT-AGTA---GTAA-----TAG-TAC----A-TGTTGTACC-T-TG---TGATT-----TCAACTC-C-TCC-TACA----GT--TT----------ACACATT--ATTTT-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TC--ACATAGA----GT-GG------AAA--TGCGAGGAATCCT-----CG---GAATG---T-TCAAGTCTGCT-GT---------TTTT--T-------T-TCTCAT--GAATTA-TGA--C----A--AATT-----T-------------------CAATATT-ACGAAA-Acatagtagtaatagtacatgttgtaccttgtgatttcaactcctcctacagtttacacattattttattgaaacttggtatacatcatcacatagagtggaaatgcgaggaatcctcggaatgttcaagtctgctgttttttttctcatgaattatgacaaatttcaatattacgaaaaactcacttgaattttgt
gi|10 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaacagtttacatcagattctattgaaacttcaagtggacatattgttaggatgttctggtcattttgtttttcttgagttgtgc---A-CTTTA---TAATATTA-AAGATAT-ATTACATGTACATC--TAT-TAC----T-T-CTGCACT-T-CA---TGATT-----TCAGTTT-C-TCA-TACA----AT--TC----------ACATACT--TTTCA-ATGTAA---A---CGT-GTATACATTA----ACA-ATATAAA----GT-GA------GCA--T-----------actcacttgaattttgt
gi|11 : aTTGGAGTTA-TAA--CC---T--CTTTGGTC-T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ACACACACACACTTCTTTTAA--TATA--A--------AACGTAATATAC---ACC-T-----CATTTTT-CGGAGTACATGTATCGGGCAATGTTGACATCGTTCTTGTT-TCAATATATTTgcgcatattgttgaggcgttc
gi|12 : ---TTTT---A-CCTTA---CAATAATA-CA-ACAT-ACTA---ATAT-----TAC-TAC----A-G-CTGTACT-T-CATT-TCATT-----TCAACAC-A-TTAATACACCATGTAATTCGTGATGCCAACTCGTC--A-TCA-ATC-AA---A---CTTGGCTTGTATCA----TCA-GCATCAA----GT-
gi|13 : cAGTTAAT---CA---C-TTT---TTTC---GTCTTTG---AAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TGT----A-T--TGTATTATATGAACTGATT-----TTAACTC-C-TCA-TTCA----GT--T------------CACGTTGGATTCA-TTTGAA---A---CTTAATATACATTA----T
gi|14 : cgtaCTC-T-GC--CATA----GT--TT----------ACATGCA--ATTTG-ATTGAA---A---GTTGGTATA-AT-AGAATTCA-TCATCAA----GT-GG------ACA--------------A-----GG---G--CA-----TA----TTGTCTGG---------ATGT--T-------C-TAT--TTGGAG-TA-TTG--T----T--GTTT-----T------T----C------ACAAT
gi|15 : gat---A-CTTTA---CAATTCAA-CT-ACAT-GGTA---GTGG-----TAC-TAT----A-T-ATGTACT-T-CG---TAAAA-----TCAACTCAT-CC--TACA----GT--TT----------ACATTGG--ATGCT-GTTCAA---A---CTCGGCAAGCATTA----TTA-tt
gi|16 : tcttccaG---------ATTC--T-------C-TTTCGT--GAGTTAATGT--C----T--GTTT-----TGCAACAT----T------ACAATATT-ACAACATAGA---A-GCGTTGCA
gi|16 : tatAGTTAATGT---------CTG--TTTTGCAA-CATTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGAA---GCGT-----TGC-AAC----A-G-CTGTGTT-T-CG---TTATT-----acagctgtgtttcgttatt
gi|17 : tatgattctctttcgtg--ATTCG-ACTGAC---A---CTT----------A----TCA-ACATCAA----AG-GG------AC---------------------GG-------------TC----CGGTT-G-----------TTT--T-------T-CTT-----GAGTTA-TGC--C----A--CTTT-----T------T------------CGACTTT-ACA
gi|18 : taaatcaACTTA---CGCCTCCGTTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GAAA-----GAT-CAC----A-T-CTGTACA-A-CG---TGATT-----TAAAC
gi|2 : ttttttcatgAATTAATATTTAAATC-CCA---TTTT---A-ACTTAT--CAATATTA-CA-GCAT-AGTA---GTAT-----TGC-TAC----A-T-CTGTACC-T-TG---TGATT-----TCA--TC-T-TC--AAAA----GT--GT----------ACATGCT--ATTGA-AATGAA---A---CTTGGTACACATCC----TCA-ACATCAA----GT-GG------ACA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TT----CTGTC-GG---------ATTTGGT-------T-TTTCATTGGAGTTA-TTC--C----T--ATCT-----T------T----T------ACAATATT-GCAAAA-AAA---A-ACACTGTATTTAA--TAGG--ATAA-----AGGATAATATTTCT-ATAACA---GCATTTTC-TGG-GAGCATGTGTCAAACAATGTTGTTGTCATTCTTGTTATC--TTTATTT
gi|3 : tgatgttcacttatca---CAATATTA-CA-ACAA-AGTA---ATAT-----TTT-TAC----ATT-TTGTACC-T-TG---TAAAT-----TAAACTCTT-TC--TACA----GT--TT----------GTGTGCT--ATTCA-TTTAAT---ATTCCTTGGTATA---CA----TCA-ACATCAGTATTGTCGG------AAAGGC-----------T-----GGATTG--TA---T-TT----TTGTG-AGTTATGCCTCATTT--TCAAATTGT-TTTTTTT----TTA-TGA--C----T--TTTTAAGACT------T----C------ACAATATC-ACAAA------------ACTTCAATTGATTTATA--GAAAGTATGAACATAGTATTTCT-ATCATATTTTCATTTTCAAGG-GTGCATGTGTCCTACAAT
gi|4 : T---TTTT---A-CTTTA---CAGTATTA-CA-ATATTAGTA---GTATAAGTATACATGT----A-T-CTGTACT-T-CA---TGATTCAATATCAATTT-T-TCC-TACA----GT--TA----------ACATTGA--ATTCA-ATTGAA---G---TTTATTATACATCA----TCC-TCATCAA----TC-GT------ACA--T-----------tt
gi|5 : ttcataatttaaactgtcatacagattcagcgtcatgtggtccacatgcacatattgtgcaaacatactgagtcataatttataacggccttttTTT-CA-ACAC-ATTT---GTAT-----AAC-AAC----A-T-CTGTTCC-T-TG---TGACC-----ATAACTCCT-TT--TACA----GT--TT----------ACAGATT--ATTGA-ATCAGA---A---CTCGGTGAACGCAA----TCA-ACGTCAA----AT-AGAAATGCACA--TATCG-------T-----GG---G--GGAACT-AC----CAGTT-TG---------ATCT--T-------TATATTATGGGA--TA-TTC--CCTCGT--GTTTAC---T------T----T------AAAATATT---AAAA-AAA---A-ACGTTTAATTTAA--TGTT--AT--------ACGTGA------C-ACAATA---GTATTTTT-CGG-GGAC---TGTTATACAATATTGgcacataattttggggacattctagttg
gi|6 : CT---TTTA---A-CTTAA---CAATAAAA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----AAC-TAC----A-T-CTGTATC-T-TG---TGATT-----TCAACAC----C--TACA----GT--TT----------ACATGGT--ATTCA-AGTGAA---A---CTTGGTATA---CA----TCA-GTATTAA----GT-AG------AAA--T----------------------G--TG---CATA----TTGTCTGG---------ACTT--T-------T-
gi|7 : ttttttttattaagtgacttagtcacgttttAATATTA-CA-ATAT-ATTG---GTAT-----TAC-TAC----A-T-----AC----------GATT-----TTTA-TC-T-AC--TAAA----GT--GT----------AATAGAG--GTTCA-ATTCAA-------CTT---ATTCACCA----TAA-ACATCAA----GT-GC------GCA--T--------------------------G---C-TCA---CTCTC-GG---------ATCT--T-------T-CC-----GG---TC-CGA--T----T--ATTT-----T------T----C------ATG-TGTG-AC----------------TTACACTCA---TATA--ATA--------CATAATATTTAT-ACCATA---GCATTTTC-CGA-GTGCATGTGTCATACAATGTTaaatatttgttgaatccctaaatttaatttacttgtataatagtgttttttttctatactttttcag
gi|8 : tTTCATACTAAAGTGA---CTTGGTATACTTCA----ACG-GCATCAA----GT-GT------ACA----------------------------TA---C-AC----ATAT---G---------ATTC--T-------T-TTTCAT--GAGTTA-ATA--C----TCACTTT-----T------T----T------ACTTTATT-ACA
gi|8 : AGTTAATACTCA---C-T-T---TTTT---A-CTTTATTACATTACTA-CA-GAAT-AGTA---GTAT-----TAC-TACATGTA-T-GTGTGTT-T-CA---TGATT-----TCACCTC-TACC--TACC----AT--TT----------ACATTGG--ATTCA-GTTAGT---A---TTTGGTAATCATTA----TTATACATttactacagaatagtagtattactacatgtatgtgtgtttcatgatttcacctctacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|9 : ttcatactaaagtgacttggtatacttcaacggcatcaagtgtacatacacatatgattctttttcatgTT--T-------T-TTTCAT--GAATTA-TGCTCC----T--TTTT-----T------TATTTT------ACAATATC-ACAGAA-ATA---C-ATA-TG-ATTTAA--TATACCGTGA-----TGCATAATATTT-TTAGCACA---GCACTATC-TGG-GGTCATGTGCCGTGCAATCTTGATGTCATATTTGTTGTa
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 11111 2222222 1111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 2222222 11111111 333333333333333333333333 22222222222222 444444444444 222 111 1 11
lowQualScore : 5555555555555555 111 3 999 2 2 2 555 22222 2 6666 2 55 66 2 888 77777 0000000 6666 33 2222222222 9999 2 1 444 444 4 3333 5555 2 6666 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3333 999999999 3 4444444 1 88888 3 555 22222222 444444444444444444444444 3 44444444444444 44 99 111111111111 0 888 111 6 6 1 2 0 0 2 88 1
lowQualScore : ................ ... . ... . . . ... ..... . .... . .. .. . ... ..... ....... .... .. .......... .... . . ... ... . .... .... . .... . ................................................. .... ......... . ....... . ..... . ... ........ ........................ . .............. .. .. ............ . ... ... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 9999999999999999 444 6 222 9 9 9 000 11111 9 1111 9 99 22 9 999 11111 5555555 1111 99 5555555555 4444 5 8 444 444 5 8888 3333 7 5555 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 888888888 6 1111111 0 33333 3 666 66666666 444444444444444444444444 6 11111111111111 00 22 555555555555 7 333 777 7 7 0 2 7 7 0 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TT----------ACATGNNATTCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GGATTT--T------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TGN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
Reference ( family-6214 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TT----------ACACGNNATTCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GGATTT--T------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TGN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
gi|1 : ACA----GT--TT----------ACATCAGATTCT-ATTGAA---A---CTT-----------------------CAA----GT-GGA------CA--TA----------TTGTTAGG---A--TG---T-TC----TGGTC---ATTTTGT------TTT-TC---TT-GAGTT-----G-TGC--C----C--CTTT-----T------T----CGAATTAACATTATTAACAA
gi|1 : caaatcattttgagcaacacttttcattacta---C-CCT---TTTTCG-A-ATTAA---CATTATTAACA-ACAT-AGTA---GTAA-----TAG-TAC----A-TGTTGTACC-T-TG---TGATT-----TCAACTC-C-TCC-TACA----GT--TT----------ACACATTATTTT-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TC--ACATAGA----GT-GGA------AA--TGCGAGGAATCCT-----CG---GAATG---T-TCAAGTCTGCT-GTTTTT--T------TTC-TC--AT--GAATT-----A-TGA--C----A--AATT-----T-------------------CAATATT-ACGAAA-Acatagtagtaatagtacatgttgtaccttgtgatttcaactcctcctacagtttacacattattttattgaaacttggtatacatcatcacatagagtggaaatgcgaggaatcctcggaatgttcaagtctgctgttttttttctcatgaattatgacaaatttcaatattacgaaaaactcacttgaattttgt
gi|10 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaacagtttacatcagattctattgaaacttcaagtggacatattgttaggatgttctggtcattttgtttttcttgagttgtgc---A-CTTTA---TAATATTA-AAGATAT-ATTACATGTACATC--TAT-TAC----T-T-CTGCACT-T-CA---TGATT-----TCAGTTT-C-TCA-TACA----AT--TC----------ACATACTTTTCA-ATGTAA---A---CGT-GTATACATTA----ACA-ATATAAA----GT-GAG------CA--T-----------actcacttgaattttgt
gi|11 : aTTGGAGTT-----A-TAA--CC---T--CTTTGGTC-T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ACACACACACACTTCTTTTAA--TATA--A--------AACGTAATATAC---ACC-T-----CATTTTT-CGGAGTACATGTATCGGGCAATGTTGACATCGTTCTTGTT-TCAATATATTTgcgcatattgttgaggcgttc
gi|12 : ---TTTT---A-CCTTA---CAATAATA-CA-ACAT-ACTA---ATAT-----TAC-TAC----A-G-CTGTACT-T-CATT-TCATT-----TCAACAC-A-TTAATACACCATGTAATTCGTGATGCCAACTCGTCA-TCA-ATC-AA---A---CTTGGCTTGTATCA----TCA-GCATCAA----GT-
gi|13 : cAGTTAAT---CA---C-TTT---TTTC---GTCTTTG---AAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TGT----A-T--TGTATTATATGAACTGATT-----TTAACTC-C-TCA-TTCA----GT--TC----------ACGTTGGATTCA-TTTGAA---A---CTTAATATACATTA----T
gi|14 : cgtaCTC-T-GC--CATA----GT--TT----------ACATGCAATTTG-ATTGAA---A---GTTGGTATA-AT-AGAATTCA-TCATCAA----GT-GGA------CA--------------A-----GG---G--CA-----TA----TTGTCTGGATGT--T------CTA-T----TTGGAG-T-----A-TTG--T----T--GTTT-----T------T----C------ACAAT
gi|15 : gat---A-CTTTA---CAATTCAA-CT-ACAT-GGTA---GTGG-----TAC-TAT----A-T-ATGTACT-T-CG---TAAAA-----TCAACTCAT-CC--TACA----GT--TT----------ACATTGGATGCT-GTTCAA---A---CTCGGCAAGCATTA----TTA-tt
gi|16 : tcttccaGATTC--T------CTT-TC--GT--GAGTT-----AATGT--C----T--GTTT-----TGCAACAT----T------ACAATATT-ACAACATAGA---A-GCGTTGCA
gi|16 : tatAGTTAATGT---------CTG--TTTTGCAA-CATTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGAA---GCGT-----TGC-AAC----A-G-CTGTGTT-T-CG---TTATT-----acagctgtgtttcgttatt
gi|17 : tatgattctctttcgtgATTCG-ACTGAC---A---CTT----------A----TCA-ACATCAA----AG-GGA------C---------------------GG-------------TC----CGGTT-G--TTT--T------TCT-T-------GAGTT-----A-TGC--C----A--CTTT-----T------T------------CGACTTT-ACA
gi|18 : taaatcaACTTA---CGCCTCCGTTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GAAA-----GAT-CAC----A-T-CTGTACA-A-CG---TGATT-----TAAAC
gi|2 : ttttttcatgAATTAATATTTAAATC-CCA---TTTT---A-ACTTAT--CAATATTA-CA-GCAT-AGTA---GTAT-----TGC-TAC----A-T-CTGTACC-T-TG---TGATT-----TCA--TC-T-TC--AAAA----GT--GT----------ACATGCTATTGA-AATGAA---A---CTTGGTACACATCC----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TT----CTGTC-GGATTTGGT------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TTC--C----T--ATCT-----T------T----T------ACAATATT-GCAAAA-AAA---A-ACACTGTATTTAA--TAGG--ATAA-----AGGATAATATTTCT-ATAACA---GCATTTTC-TGG-GAGCATGTGTCAAACAATGTTGTTGTCATTCTTGTTATC--TTTATTT
gi|3 : tgatgttcacttatca---CAATATTA-CA-ACAA-AGTA---ATAT-----TTT-TAC----ATT-TTGTACC-T-TG---TAAAT-----TAAACTCTT-TC--TACA----GT--TT----------GTGTGCTATTCA-TTTAAT---ATTCCTTGGTATA---CA----TCA-ACATCAGTATTGTCGGA------AAGGC-----------T-----GGATTG--TA---T-TT----TTGT--GAGTTA--TGCCTCATTT-TCAAATTGTTTTTTTTTTA-TGA--C----T--TTTTAAGACT------T----C------ACAATATC-ACAAA------------ACTTCAATTGATTTATA--GAAAGTATGAACATAGTATTTCT-ATCATATTTTCATTTTCAAGG-GTGCATGTGTCCTACAAT
gi|4 : T---TTTT---A-CTTTA---CAGTATTA-CA-ATATTAGTA---GTATAAGTATACATGT----A-T-CTGTACT-T-CA---TGATTCAATATCAATTT-T-TCC-TACA----GT--TA----------ACATTGAATTCA-ATTGAA---G---TTTATTATACATCA----TCC-TCATCAA----TC-GTA------CA--T-----------tt
gi|5 : ttcataatttaaactgtcatacagattcagcgtcatgtggtccacatgcacatattgtgcaaacatactgagtcataatttataacggccttttTTT-CA-ACAC-ATTT---GTAT-----AAC-AAC----A-T-CTGTTCC-T-TG---TGACC-----ATAACTCCT-TT--TACA----GT--TT----------ACAGATTATTGA-ATCAGA---A---CTCGGTGAACGCAA----TCA-ACGTCAA----AT-AGAAATGCACA--TATCG-------T-----GG---G--GGAACT-AC----CAGTT-TGATCT--T------TATATT--ATGGGA--T-----A-TTC--CCTCGT--GTTTAC---T------T----T------AAAATATT---AAAA-AAA---A-ACGTTTAATTTAA--TGTT--AT--------ACGTGA------C-ACAATA---GTATTTTT-CGG-GGAC---TGTTATACAATATTGgcacataattttggggacattctagttg
gi|6 : CT---TTTA---A-CTTAA---CAATAAAA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----AAC-TAC----A-T-CTGTATC-T-TG---TGATT-----TCAACAC----C--TACA----GT--TT----------ACATGGTATTCA-AGTGAA---A---CTTGGTATA---CA----TCA-GTATTAA----GT-AGA------AA--T----------------------G--TG---CATA----TTGTCTGGACTT--T------T
gi|7 : ttttttttattaagtgacttagtcacgttttAATATTA-CA-ATAT-ATTG---GTAT-----TAC-TAC----A-T-----AC----------GATT-----TTTA-TC-T-AC--TAAA----GT--GT----------AATAGAGGTTCA-ATTCAA-------CTT---ATTCACCA----TAA-ACATCAA----GT-GCG------CA--T--------------------------G---C-TCA---CTCTC-GGATCT--T------TCC--------GG---T-----C-CGA--T----T--ATTT-----T------T----C------ATG-TGTG-AC----------------TTACACTCA---TATA--ATA--------CATAATATTTAT-ACCATA---GCATTTTC-CGA-GTGCATGTGTCATACAATGTTaaatatttgttgaatccctaaatttaatttacttgtataatagtgttttttttctatactttttcag
gi|8 : tTTCATACTAAAGTGA---CTTGGTATACTTCA----ACG-GCATCAA----GT-GTA------CA----------------------------TA---C-AC----ATAT---GATTC--T------TTT-TC--AT--GAGTT-----A-ATA--C----TCACTTT-----T------T----T------ACTTTATT-ACA
gi|8 : AGTTAATACTCA---C-T-T---TTTT---A-CTTTATTACATTACTA-CA-GAAT-AGTA---GTAT-----TAC-TACATGTA-T-GTGTGTT-T-CA---TGATT-----TCACCTC-TACC--TACC----AT--TT----------ACATTGGATTCA-GTTAGT---A---TTTGGTAATCATTA----TTATACATttactacagaatagtagtattactacatgtatgtgtgtttcatgatttcacctctacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|9 : ttcatactaaagtgacttggtatacttcaacggcatcaagtgtacatacacatatgattctttttcatgTT--T------TTT-TC--AT--GAATT-----A-TGCTCC----T--TTTT-----T------TATTTT------ACAATATC-ACAGAA-ATA---C-ATA-TG-ATTTAA--TATACCGTGA-----TGCATAATATTT-TTAGCACA---GCACTATC-TGG-GGTCATGTGCCGTGCAATCTTGATGTCATATTTGTTGTa
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 11111 2222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 2222222 11111111 333333333333333333333333 22222222222222 444444444444 222 111 1 11
lowQualScore : 5555555555555555 111 3 999 2 2 2 555 22222 2 6666 2 55 66 2 888 77777 0000000 6666 33 555 7777 33 66666 2 1 444 444 4 3333 5555 2 6666 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3333 999999999 3 4444444 1 88888 3 555 22222222 444444444444444444444444 3 44444444444444 44 99 111111111111 0 888 111 6 6 1 2 0 0 2 88 1
lowQualScore : ................ ... . ... . . . ... ..... . .... . .. .. . ... ..... ....... .... .. ... .... .. ..... . . ... ... . .... .... . .... . ................................................. .... ......... . ....... . ..... . ... ........ ........................ . .............. .. .. ............ . ... ... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 9999999999999999 444 6 222 9 9 9 000 11111 9 1111 9 99 22 9 999 11111 5555555 1111 99 000 2222 44 22222 5 8 444 444 5 8888 3333 7 5555 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 888888888 6 1111111 0 33333 3 666 66666666 444444444444444444444444 6 11111111111111 00 22 555555555555 7 333 777 7 7 0 2 7 7 0 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TTAC---AT-GNNA--T-----TCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GGATTT--T------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TGN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
Reference ( family-6214 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TTAC---AT-GNNA--T-----TCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GGATTT--T------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TGN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
gi|1 : ACA----GT--TTAC---AT-CAGA--T-----TCT-ATTGAA---A---CTT-----------------------CAA----GT-GGA------CA--TA----------TTGTTAGG---A--TG---T-TC----TGGTC---ATTTTGT------TTT-TC---TT-GAGTT-----G-TGC--C----C--CTTT-----T------T----CGAATTAACATTATTAACAA
gi|1 : caaatcattttgagcaacacttttcattacta---C-CCT---TTTTCG-A-ATTAA---CATTATTAACA-ACAT-AGTA---GTAA-----TAG-TAC----A-TGTTGTACC-T-TG---TGATT-----TCAACTC-C-TCC-TACA----GT--TTAC---AC-ATTA--T-----TTT-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TC--ACATAGA----GT-GGA------AA--TGCGAGGAATCCT-----CG---GAATG---T-TCAAGTCTGCT-GTTTTT--T------TTC-TC--AT--GAATT-----A-TGA--C----A--AATT-----T-------------------CAATATT-ACGAAA-Acatagtagtaatagtacatgttgtaccttgtgatttcaactcctcctacagtttacacattattttattgaaacttggtatacatcatcacatagagtggaaatgcgaggaatcctcggaatgttcaagtctgctgttttttttctcatgaattatgacaaatttcaatattacgaaaaactcacttgaattttgt
gi|10 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaacagtttacatcagattctattgaaacttcaagtggacatattgttaggatgttctggtcattttgtttttcttgagttgtgc---A-CTTTA---TAATATTA-AAGATAT-ATTACATGTACATC--TAT-TAC----T-T-CTGCACT-T-CA---TGATT-----TCAGTTT-C-TCA-TACA----AT--TCAC---AT-ACTT--T-----TCA-ATGTAA---A---CGT-GTATACATTA----ACA-ATATAAA----GT-GAG------CA--T-----------actcacttgaattttgt
gi|11 : aTTGGAGTT-----A-TAA--CC---T--CTTTGGTC-T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ACACACACACACTTCTTTTAA--TATA--A--------AACGTAATATAC---ACC-T-----CATTTTT-CGGAGTACATGTATCGGGCAATGTTGACATCGTTCTTGTT-TCAATATATTTgcgcatattgttgaggcgttc
gi|12 : ---TTTT---A-CCTTA---CAATAATA-CA-ACAT-ACTA---ATAT-----TAC-TAC----A-G-CTGTACT-T-CATT-TCATT-----TCAACAC-A-TTAATACACCATGTAATT-CGTGAT-GCCAACTCGTCATCA-ATC-AA---A---CTTGGCTTGTATCA----TCA-GCATCAA----GT-
gi|13 : cAGTTAAT---CA---C-TTT---TTTC---GTCTTTG---AAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TGT----A-T--TGTATTATATGAACTGATT-----TTAACTC-C-TCA-TTCA----GT--TCAC---GT-TGGA--T-----TCA-TTTGAA---A---CTTAATATACATTA----T
gi|14 : cgtaCTC-T-GC--CATA----GT--TTAC---AT-GCAA--T-----TTG-ATTGAA---A---GTTGGTATA-AT-AGAATTCA-TCATCAA----GT-GGA------CA--------------A-----GG---G--CA-----TA----TTGTCTGGATGT--T------CTA-T----TTGGAG-T-----A-TTG--T----T--GTTT-----T------T----C------ACAAT
gi|15 : gat---A-CTTTA---CAATTCAA-CT-ACAT-GGTA---GTGG-----TAC-TAT----A-T-ATGTACT-T-CG---TAAAA-----TCAACTCAT-CC--TACA----GT--TTAC---AT-TGGA--T-----GCT-GTTCAA---A---CTCGGCAAGCATTA----TTA-tt
gi|16 : tcttccaGATTC--T------CTT-TC--GT--GAGTT-----AATGT--C----T--GTTT-----TGCAACAT----T------ACAATATT-ACAACATAGA---A-GCGTTGCA
gi|16 : tatAGTTAATGT---------CTG--TTTTGCAA-CATTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGAA---GCGT-----TGC-AAC----A-G-CTGTGTT-T-CG---TTATT-----acagctgtgtttcgttatt
gi|17 : tatgattctctttcgtgA--T-----TCG-ACTGAC---A---CTT----------A----TCA-ACATCAA----AG-GGA------C---------------------GG-------------TC----CGGTT-G--TTT--T------TCT-T-------GAGTT-----A-TGC--C----A--CTTT-----T------T------------CGACTTT-ACA
gi|18 : taaatcaACTTA---CGCCTCCGTTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GAAA-----GAT-CAC----A-T-CTGTACA-A-CG---TGATT-----TAAAC
gi|2 : ttttttcatgAATTAATATTTAAATC-CCA---TTTT---A-ACTTAT--CAATATTA-CA-GCAT-AGTA---GTAT-----TGC-TAC----A-T-CTGTACC-T-TG---TGATT-----TCA--TC-T-TC--AAAA----GT--GTAC---AT-GCTA--T-----TGA-AATGAA---A---CTTGGTACACATCC----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TT----CTGTC-GGATTTGGT------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TTC--C----T--ATCT-----T------T----T------ACAATATT-GCAAAA-AAA---A-ACACTGTATTTAA--TAGG--ATAA-----AGGATAATATTTCT-ATAACA---GCATTTTC-TGG-GAGCATGTGTCAAACAATGTTGTTGTCATTCTTGTTATC--TTTATTT
gi|3 : tgatgttcacttatca---CAATATTA-CA-ACAA-AGTA---ATAT-----TTT-TAC----ATT-TTGTACC-T-TG---TAAAT-----TAAACTCTT-TC--TACA----GT--TTGT---GT-GCTA--T-----TCA-TTTAAT---ATTCCTTGGTATA---CA----TCA-ACATCAGTATTGTCGGA------AAGGC-----------T-----GGATTG--TA---T-TT----TTGT--GAGTTA--TGCCTCATTT-TCAAATTGTTTTTTTTTTA-TGA--C----T--TTTTAAGACT------T----C------ACAATATC-ACAAA------------ACTTCAATTGATTTATA--GAAAGTATGAACATAGTATTTCT-ATCATATTTTCATTTTCAAGG-GTGCATGTGTCCTACAAT
gi|4 : T---TTTT---A-CTTTA---CAGTATTA-CA-ATATTAGTA---GTATAAGTATACATGT----A-T-CTGTACT-T-CA---TGATTCAATATCAATTT-T-TCC-TACA----GT--TAAC---AT-TGAA--T-----TCA-ATTGAA---G---TTTATTATACATCA----TCC-TCATCAA----TC-GTA------CA--T-----------tt
gi|5 : ttcataatttaaactgtcatacagattcagcgtcatgtggtccacatgcacatattgtgcaaacatactgagtcataatttataacggccttttTTT-CA-ACAC-ATTT---GTAT-----AAC-AAC----A-T-CTGTTCC-T-TG---TGACC-----ATAACTCCT-TT--TACA----GT--TTAC---AG-ATTA--T-----TGA-ATCAGA---A---CTCGGTGAACGCAA----TCA-ACGTCAA----AT-AGAAATGCACA--TATCG-------T-----GG---G--GGAACT-AC----CAGTT-TGATCT--T------TATATT--ATGGGA--T-----A-TTC--CCTCGT--GTTTAC---T------T----T------AAAATATT---AAAA-AAA---A-ACGTTTAATTTAA--TGTT--AT--------ACGTGA------C-ACAATA---GTATTTTT-CGG-GGAC---TGTTATACAATATTGgcacataattttggggacattctagttg
gi|6 : CT---TTTA---A-CTTAA---CAATAAAA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----AAC-TAC----A-T-CTGTATC-T-TG---TGATT-----TCAACAC----C--TACA----GT--TTAC---AT-GGTA--T-----TCA-AGTGAA---A---CTTGGTATA---CA----TCA-GTATTAA----GT-AGA------AA--T----------------------G--TG---CATA----TTGTCTGGACTT--T------T
gi|7 : ttttttttattaagtgacttagtcacgttttAATATTA-CA-ATAT-ATTG---GTAT-----TAC-TAC----A-T-----AC----------GATT-----TTTA-TC-T-AC--TAAA----GT--GTA----ATAGAGG--T-----TCA-ATTCAA-------CTT---ATTCACCA----TAA-ACATCAA----GT-GCG------CA--T--------------------------G---C-TCA---CTCTC-GGATCT--T------TCC--------GG---T-----C-CGA--T----T--ATTT-----T------T----C------ATG-TGTG-AC----------------TTACACTCA---TATA--ATA--------CATAATATTTAT-ACCATA---GCATTTTC-CGA-GTGCATGTGTCATACAATGTTaaatatttgttgaatccctaaatttaatttacttgtataatagtgttttttttctatactttttcag
gi|8 : t--T-----TCATACTAAAGTGA---CTTGGTATACTTCA----ACG-GCATCAA----GT-GTA------CA----------------------------TA---C-AC----ATAT---GATTC--T------TTT-TC--AT--GAGTT-----A-ATA--C----TCACTTT-----T------T----T------ACTTTATT-ACA
gi|8 : AGTTAATACTCA---C-T-T---TTTT---A-CTTTATTACATTACTA-CA-GAAT-AGTA---GTAT-----TAC-TACATGTA-T-GTGTGTT-T-CA---TGATT-----TCACCTC-TACC--TACC----AT--TTAC---AT-TGGA--T-----TCA-GTTAGT---A---TTTGGTAATCATTA----TTATACATttactacagaatagtagtattactacatgtatgtgtgtttcatgatttcacctctacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|9 : ttcatactaaagtgacttggtatacttcaacggcatcaagtgtacatacacatatgattctttttcatgTT--T------TTT-TC--AT--GAATT-----A-TGCTCC----T--TTTT-----T------TATTTT------ACAATATC-ACAGAA-ATA---C-ATA-TG-ATTTAA--TATACCGTGA-----TGCATAATATTT-TTAGCACA---GCACTATC-TGG-GGTCATGTGCCGTGCAATCTTGATGTCATATTTGTTGTa
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 11111 2222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 2222222 11111111 333333333333333333333333 22222222222222 444444444444 222 111 1 11
lowQualScore : 5555555555555555 111 3 999 2 2 2 555 22222 2 6666 2 55 66 2 888 77777 0000000 6666 33 555 7777 33 66666 2 1 444 444 4 3333 5555 2 6666 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3333 999999999 3 4444444 1 88888 3 555 22222222 444444444444444444444444 3 44444444444444 44 99 111111111111 0 888 111 6 6 1 2 0 0 2 88 1
lowQualScore : ................ ... . ... . . . ... ..... . .... . .. .. . ... ..... ....... .... .. ... .... .. ..... . . ... ... . .... .... . .... . ................................................. .... ......... . ....... . ..... . ... ........ ........................ . .............. .. .. ............ . ... ... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 9999999999999999 444 6 222 9 9 9 000 11111 9 1111 9 99 22 9 999 11111 5555555 1111 99 000 2222 44 22222 5 8 444 444 5 8888 3333 7 5555 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 888888888 6 1111111 0 33333 3 666 66666666 444444444444444444444444 6 11111111111111 00 22 555555555555 7 333 777 7 7 0 2 7 7 0 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TTAC---AT-GNNA--T-----TCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GGATTT--T------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TGN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
Reference ( family-6214 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TTAC---AT-GNNA--T-----TCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GGATTT--T------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TGN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
gi|1 : ACA----GT--TTAC---AT-CAGA--T-----TCT-ATTGAA---A---CTT-----------------------CAA----GT-GGA------CA--TA----------TTGTTAGG---A--TG---T-TC----TGGTC---ATTTTGT------TTT-TC---TT-GAGTT-----G-TGC--C----C--CTTT-----T------T----CGAATTAACATTATTAACAA
gi|1 : caaatcattttgagcaacacttttcattacta---C-CCT---TTTTCG-A-ATTAA---CATTATTAACA-ACAT-AGTA---GTAA-----TAG-TAC----A-TGTTGTACC-T-TG---TGATT-----TCAACTC-C-TCC-TACA----GT--TTAC---AC-ATTA--T-----TTT-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TC--ACATAGA----GT-GGA------AA--TGCGAGGAATCCT-----CG---GAATG---T-TCAAGTCTGCT-GTTTTT--T------TTC-TC--AT--GAATT-----A-TGA--C----A--AATT-----T-------------------CAATATT-ACGAAA-Acatagtagtaatagtacatgttgtaccttgtgatttcaactcctcctacagtttacacattattttattgaaacttggtatacatcatcacatagagtggaaatgcgaggaatcctcggaatgttcaagtctgctgttttttttctcatgaattatgacaaatttcaatattacgaaaaactcacttgaattttgt
gi|10 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaacagtttacatcagattctattgaaacttcaagtggacatattgttaggatgttctggtcattttgtttttcttgagttgtgc---A-CTTTA---TAATATTA-AAGATAT-ATTACATGTACATC--TAT-TAC----T-T-CTGCACT-T-CA---TGATT-----TCAGTTT-C-TCA-TACA----AT--TCAC---AT-ACTT--T-----TCA-ATGTAA---A---CGT-GTATACATTA----ACA-ATATAAA----GT-GAG------CA--T-----------actcacttgaattttgt
gi|11 : aTTGGAGTT-----A-TAA--CC---T--CTTTGGTC-T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ACACACACACACTTCTTTTAA--TATA--A--------AACGTAATATAC---ACC-T-----CATTTTT-CGGAGTACATGTATCGGGCAATGTTGACATCGTTCTTGTT-TCAATATATTTgcgcatattgttgaggcgttc
gi|12 : ---TTTT---A-CCTTA---CAATAATA-CA-ACAT-ACTA---ATAT-----TAC-TAC----A-G-CTGTACT-T-CATT-TCATT-----TCAACAC-A-TTAATACACCATGTAATT-CGTGAT-GCCAACTCGTCATCA-ATC-AA---A---CTTGGCTTGTATCA----TCA-GCATCAA----GT-
gi|13 : cAGTTAAT---CA---C-TTT---TTTC---GTCTTTG---AAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TGT----A-T--TGTATTATATGAACTGATT-----TTAACTC-C-TCA-TTCA----GT--TCAC---GT-TGGA--T-----TCA-TTTGAA---A---CTTAATATACATTA----T
gi|14 : cgtaCTC-T-GC--CATA----GT--TTAC---AT-GCAA--T-----TTG-ATTGAA---A---GTTGGTATA-AT-AGAATTCA-TCATCAA----GT-GGA------CA--------------A-----GG---G--CA-----TA----TTGTCTGGATGT--T------CTA-T----TTGGAG-T-----A-TTG--T----T--GTTT-----T------T----C------ACAAT
gi|15 : gat---A-CTTTA---CAATTCAA-CT-ACAT-GGTA---GTGG-----TAC-TAT----A-T-ATGTACT-T-CG---TAAAA-----TCAACTCAT-CC--TACA----GT--TTAC---AT-TGGA--T-----GCT-GTTCAA---A---CTCGGCAAGCATTA----TTA-tt
gi|16 : tcttccaGATTC--T------CTT-TC--GT--GAGTT-----AATGT--C----T--GTTT-----TGCAACAT----T------ACAATATT-ACAACATAGA---A-GCGTTGCA
gi|16 : tatAGTTAATGT---------CTG--TTTTGCAA-CATTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGAA---GCGT-----TGC-AAC----A-G-CTGTGTT-T-CG---TTATT-----acagctgtgtttcgttatt
gi|17 : tatgattctctttcgtgA--T-----TCG-ACTGAC---A---CTT----------A----TCA-ACATCAA----AG-GGA------C---------------------GG-------------TC----CGGTT-G--TTT--T------TCT-T-------GAGTT-----A-TGC--C----A--CTTT-----T------T------------CGACTTT-ACA
gi|18 : taaatcaACTTA---CGCCTCCGTTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GAAA-----GAT-CAC----A-T-CTGTACA-A-CG---TGATT-----TAAAC
gi|2 : ttttttcatgAATTAATATTTAAATC-CCA---TTTT---A-ACTTAT--CAATATTA-CA-GCAT-AGTA---GTAT-----TGC-TAC----A-T-CTGTACC-T-TG---TGATT-----TCA--TC-T-TC--AAAA----GT--GTAC---AT-GCTA--T-----TGA-AATGAA---A---CTTGGTACACATCC----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TT----CTGTC-GGATTTGGT------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TTC--C----T--ATCT-----T------T----T------ACAATATT-GCAAAA-AAA---A-ACACTGTATTTAA--TAGG--ATAA-----AGGATAATATTTCT-ATAACA---GCATTTTC-TGG-GAGCATGTGTCAAACAATGTTGTTGTCATTCTTGTTATC--TTTATTT
gi|3 : tgatgttcacttatca---CAATATTA-CA-ACAA-AGTA---ATAT-----TTT-TAC----ATT-TTGTACC-T-TG---TAAAT-----TAAACTCTT-TC--TACA----GT--TTGT---GT-GCTA--T-----TCA-TTTAAT---ATTCCTTGGTATA---CA----TCA-ACATCAGTATTGTCGGA------AAGGC-----------T-----GGATTG--TA---T-TT----TTGT--GAGTTA--TGCCTCATTT-TCAAATTGTTTTTTTTTTA-TGA--C----T--TTTTAAGACT------T----C------ACAATATC-ACAAA------------ACTTCAATTGATTTATA--GAAAGTATGAACATAGTATTTCT-ATCATATTTTCATTTTCAAGG-GTGCATGTGTCCTACAAT
gi|4 : T---TTTT---A-CTTTA---CAGTATTA-CA-ATATTAGTA---GTATAAGTATACATGT----A-T-CTGTACT-T-CA---TGATTCAATATCAATTT-T-TCC-TACA----GT--TAAC---AT-TGAA--T-----TCA-ATTGAA---G---TTTATTATACATCA----TCC-TCATCAA----TC-GTA------CA--T-----------tt
gi|5 : ttcataatttaaactgtcatacagattcagcgtcatgtggtccacatgcacatattgtgcaaacatactgagtcataatttataacggccttttTTT-CA-ACAC-ATTT---GTAT-----AAC-AAC----A-T-CTGTTCC-T-TG---TGACC-----ATAACTCCT-TT--TACA----GT--TTAC---AG-ATTA--T-----TGA-ATCAGA---A---CTCGGTGAACGCAA----TCA-ACGTCAA----AT-AGAAATGCACA--TATCG-------T-----GG---G--GGAACT-AC----CAGTT-TGATCT--T------TATATT--ATGGGA--T-----A-TTC--CCTCGT--GTTTAC---T------T----T------AAAATATT---AAAA-AAA---A-ACGTTTAATTTAA--TGTT--AT--------ACGTGA------C-ACAATA---GTATTTTT-CGG-GGAC---TGTTATACAATATTGgcacataattttggggacattctagttg
gi|6 : CT---TTTA---A-CTTAA---CAATAAAA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----AAC-TAC----A-T-CTGTATC-T-TG---TGATT-----TCAACAC----C--TACA----GT--TTAC---AT-GGTA--T-----TCA-AGTGAA---A---CTTGGTATA---CA----TCA-GTATTAA----GT-AGA------AA--T----------------------G--TG---CATA----TTGTCTGGACTT--T------T
gi|7 : ttttttttattaagtgacttagtcacgttttAATATTA-CA-ATAT-ATTG---GTAT-----TAC-TAC----A-T-----AC----------GATT-----TTTA-TC-T-AC--TAAA----GT--GTA----ATAGAGG--T-----TCA-ATTCAA-------CTT---ATTCACCA----TAA-ACATCAA----GT-GCG------CA--T--------------------------G---C-TCA---CTCTC-GGATCT--T------TCC--------GG---T-----C-CGA--T----T--ATTT-----T------T----C------ATG-TGTG-AC----------------TTACACTCA---TATA--ATA--------CATAATATTTAT-ACCATA---GCATTTTC-CGA-GTGCATGTGTCATACAATGTTaaatatttgttgaatccctaaatttaatttacttgtataatagtgttttttttctatactttttcag
gi|8 : t--T-----TCATACTAAAGTGA---CTTGGTATACTTCA----ACG-GCATCAA----GT-GTA------CA----------------------------TA---C-AC----ATAT---GATTC--T------TTT-TC--AT--GAGTT-----A-ATA--C----TCACTTT-----T------T----T------ACTTTATT-ACA
gi|8 : AGTTAATACTCA---C-T-T---TTTT---A-CTTTATTACATTACTA-CA-GAAT-AGTA---GTAT-----TAC-TACATGTA-T-GTGTGTT-T-CA---TGATT-----TCACCTC-TACC--TACC----AT--TTAC---AT-TGGA--T-----TCA-GTTAGT---A---TTTGGTAATCATTA----TTATACATttactacagaatagtagtattactacatgtatgtgtgtttcatgatttcacctctacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|9 : ttcatactaaagtgacttggtatacttcaacggcatcaagtgtacatacacatatgattctttttcatgTT--T------TTT-TC--AT--GAATT-----A-TGCTCC----T--TTTT-----T------TATTTT------ACAATATC-ACAGAA-ATA---C-ATA-TG-ATTTAA--TATACCGTGA-----TGCATAATATTT-TTAGCACA---GCACTATC-TGG-GGTCATGTGCCGTGCAATCTTGATGTCATATTTGTTGTa
blockSeqs : ACTTACGCCTCCG GCA T TTA . G T CAT AAGTA A ATGT T C TA A AAC CAATA ATTAA CCAT AA GTG AGAG AC CGTCA T G GTG TTC G CATC GAAT T TATT C AATGCGAGGAATCCTCGGAATGTTCAAGT CTGG TGCCTCA A CAAATTG A TTTTT A CTC CTCGTG TGCAACATT . ATAGAAGCGT GC TT GAAAGTATGA CT TTT A . A A A . T
blockSeqs : ATTTAAATCCCA . . T . . . . ATC . . . C T . TT . CTCA . . . ATT . . . T . . G CATT . . . . AATGCACATATCGTGGGGGAACTAC CTGG GGT . CATTG G . . A TCAC AAGACTTC . AAAAAACAC GT . CCGTGAT CT . . . T C G
blockSeqs : ACTCACTT . . . . . . . . . . . A T . . . CTCA . . . ACT . . . G . . A TATC . . . . AAGGCTGGATTGTATTT TGT T . TATGG G . . A CTC GGTCTTT . AAAAAACGT TC . ATAAA AT . . . G A
blockSeqs : GTCTG . . . . . . . . . . . C T . . . ATCC . . . GCC . . . G . . G CATT . . . . CATTGGGTGTTT CGG T . CAT G . . G AA TTATTTT . AATACATA TA . ATA TT . . . T A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C T . . . TTTC . . . TGG . . . C . . G CATT . . . . CAAGGGCATA TTG T . TTG G . . T TG ACTTT . AC AC . AT C . . . G G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C A . . . TTCC . . . GCA . . . G . . G CATC . . . . AATGTGCATA CGG T . CGT G . . C TG TTC . T G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T C . . . CTTT . . . TGG . . . G . . G CATC . . . . CATGCTCA TG T . CAT T . . C AC TTT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C C . . . TACC . . . GCT . . . A . . A CGCA . . . . CATACAC GA T . CAT G . . A TA TTC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C T . . . TGC . . . GCT . . . G . . G CACC . . . . CGGTC G T . G A . . C TT TTT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C C . . . TTC . . . TGA . . . A . . G CTTC . . . . T . . . . . A TA TT .
blockSeqs : . . . . . . . . . G C . . . TAC . . . ATT . . . G . . G CATT . . . . T . . . A TT T
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . C . . . GGT . . . C . . G AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TGG . . . A . . . C . .
blockSeqs : . . . A . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ACTCATCCG******* *** C* CATC CATGCGCATN*************************************** CGG* T******** TTT********************* AAAACGT******* CT*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCA---C-CCT---TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TTAC---AT-GNNA--T-----TCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGA------CA--T-----------T-----GG---G--TG---T-TC----CTGTC-GGATTT--T------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TGN--C----T--NTTT-----T------T----T------ACAATATT-ACAAAA-ANA---A-ACACTNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTT-T-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAATACTCATCCG-------TTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-TC-TGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TTAC---AT-GNNA--T-----TCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGACATGCGCATN---------------------------------------CTGTCGG-ATTTT--------TTT-TC--ATTGGAGTT-----A-TGN--C----T--NTTTTTT---------------------ACAATATT-ACAAAAAAACGT-------TNCATTTAA--TATA--ATAA-----AACGTAATATTTCT-ACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 11111 2222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222 222222222222222222222 111 1 11
lowQualScore : 0000000000 6 1 111 3 999 2 2 2 555 22222 2 6666 2 55 66 2 888 77777 0000000 6666 33 555 7777 33 66666 2 1 444 444 0 3333 5555 2 6666 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 555 5555555555555555555555555555555555555555555555 88888 99999 3 77777777777777777777777 1 1 777777777777777777777 777 111 6 6 1 2 0 0 2 88 1
lowQualScore : .......... . . ... . ... . . . ... ..... . .... . .. .. . ... ..... ....... .... .. ... .... .. ..... . . ... ... . .... .... . .... . ............................................................................ . ... .............................................. ..... ..... . ....................... . . ..................... ... ... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 8888888888 7 0 444 6 222 9 9 9 000 11111 9 1111 9 99 22 9 999 11111 5555555 1111 99 000 2222 44 22222 5 8 444 444 4 8888 3333 7 5555 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 666 9999999999999999999999999999999999999999999999 33333 11111 6 77777777777777777777777 0 7 777777777777777777777 333 777 7 7 0 2 7 7 0 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAAT-ACTCN---TC-CGTTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TTAC---AT-GNNA--T-----TCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGACAT-------GC---GCATACT-GTC-GG---------A------------------TTT--T--TTTTCAT----TG-GAGTTA-TGC--C----------------T--NTTT----T------T----T------ACGA-----TA-----TT-ACAA---AA-----A-----A-A--CGTTTCATTTAATATN--ATAAAACGTA--------ATATTTNTACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
Reference ( family-6214 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAAT-ACTCA---TC-CGTTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TAC----A-T-CTGTACC-T-CG---TGATT-----TCAACTC-T-TC--TACA----GT--TTAC---AT-GNNA--T-----TCA-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TCA-ACATCAA----GT-GGACAT-------GC---GCATNCT-GTC-GG---------A------------------TTT--T--TTTTCAT----TG-GAGTTA-TGN--C----------------T--NTTT----T------T----T------ACAA-----TA-----TT-ACAA---AA-----A-----A-A--CGTTNCATTTAATATA--ATAAAACGTA--------ATATTTCTACCATA---GCATTTTC-CGG-GNGCATGTGTCGTACAATGTTGACGTCGTTCTTGTTGTCAATNTATTT
gi|1 : ACA----GT--TTAC---AT-CAGA--T-----TCT-ATTGAA---A---CT-----------------------TCAA----GT-GGACATATTGTTAGG---ATGTTCTGGTC------------A------------------TTTTGT--TTTTC-T----T--GAGTTG-TGC--C----------------C--CTTT----T------T----CGAATTAACAT-----TA-----TTAACAA---
gi|1 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaC-CTTTTTCG-A-ATTAA---CATTATTAACA-ACAT-AGTA---GTAA-----TAG-TAC----A-TGTTGTACC-T-TG---TGATT-----TCAACTC-C-TCC-TACA----GT--TTAC---AC-ATTA--T-----TTT-ATTGAA---A---CTTGGTATACATCA----TC--ACATAGA----GT-GGAAAT-------GCGAGGAATCC---TC-GG---------AATGTTCAAGTCTGCTGTTTTT--T--TTCTCAT-------GAATTA-TGA--C----------------A--AATT----T-------------------CAA-----TA-----TT-ACGA---AA-----A-----A-catagtagtaatagtacatgttgtaccttgtgatttcaactcctcctacagtttacacattattttattgaaacttggtatacatcatcacatagagtggaaatgcgaggaatcctcggaatgttcaagtctgctgttttttttctcatgaattatgacaaatttcaatattacgaaaaactcacttgaattttgt
gi|10 : caaatcattttgagcaacacttttcattactaacagtttacatcagattctattgaaacttcaagtggacatattgttaggatgttctggtcattttgtttttcttgagttgtgcc---A-CTTTA---TAATATTA-AAGATAT-ATTACATGTACATC--TAT-TAC----T-T-CTGCACT-T-CA---TGATT-----TCAGTTT-C-TCA-TACA----AT--TCAC---AT-ACTT--T-----TCA-ATGTAA---A---CGTG-TATACATTA----ACA-ATATAAA----GT-GAGCAT-------GC---GCATATT-GTT-Gctcacttgaattttgt
gi|11 : aT----TG-GAGTTA-TAA--CC---------------T--CTTTGGTCT------T----T------ACAA-----TA-----TT-ACAA---AA-----ACACACACA--CACTTCTTTTAATATA--A---AACGTA--------ATAT--ACACC-T-----CATTTTT-CGGAGTACATGTATCGGGCAATGTTGACATCGTTCTTGTT-TCAATATATTTaggcgttc
gi|12 : TTTT---A-CCTTA---CAATAATA-CA-ACAT-ACTA---ATAT-----TAC-TAC----A-G-CTGTACT-T-CATT-TCATT-----TCAACAC-A-TTAATACACCATGTAATT-CGTGAT-GCCAACTCGTCATCA-ATC-AA---A---CTTGGCTTGTATCA----TCA-GCATCAA----GT-
gi|13 : cAGTTAATCACTTT---TTTCGT--------CTTTG---AAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----TAC-TGT----A-T--TGTATTATATGAACTGATT-----TTAACTC-C-TCA-TTCA----GT--TCAC---GT-TGGA--T-----TCA-TTTGAA---A---CTTAATATACATTA----T
gi|14 : cgtaCTC-T-GC--CATA----GT--TTAC---AT-GCAA--T-----TTG-ATTGAA---A---GTTGGTATA-AT-AGAATTCA-TCATCAA----GT-GGACAA-------GG---GCATATT-GTCTGG---------A------------------TGT--T--CTAT--T----TG-GAG-TA-TTG--T----------------T--GTTT----T------T----C------ACAA-----T
gi|15 : gat---A-CTTTA---CAATTCAA-CT-ACAT-GGTA---GTGG-----TAC-TAT----A-T-ATGTACT-T-CG---TAAAA-----TCAACTCAT-CC--TACA----GT--TTAC---AT-TGGA--T-----GCT-GTTCAA---A---CTCGGCAAGCATTA----TTA-tt
gi|16 : tcttccaG---------A------------------TTC--T--CTTTCGT-------GAGTTAATGT--C----------------T--GTTT----TGCAACAT----T------ACAA-----TA-----TT-ACAACATAG-----A-----A-G--CGTTGCA
gi|16 : tatAGTTAAT-G-------TC-TGTTTTGCAA-CATTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGAA---GCGT-----TGC-AAC----A-G-CTGTGTT-T-CG---TTATT-----acagctgtgtttcgttatt
gi|17 : tatgattctctttcgtgA--T-----TCG-ACTGAC---A---CTT----------A----TCA-ACATCAA----AG-GGACG---------------------GTC-CG---------G------------------TTG--T--TTTTC-T----T--GAGTTA-TGC--C----------------A--CTTT----T------T------------CGA-----CT-----TT-ACA
gi|18 : taaatcaT-ACGCC---TC-CGTTTT---A-CTTTA---CAATATTA-CA-ACAT-AGTA---GAAA-----GAT-CAC----A-T-CTGTACA-A-CG---TGATT-----TAAAC
gi|2 : ttttttcatgactAATTAAT-ATTTAAATCC-CATTTT---A-ACTTAT--CAATATTA-CA-GCAT-AGTA---GTAT-----TGC-TAC----A-T-CTGTACC-T-TG---TGATT-----TCA--TC-T-TC--AAAA----GT--GTAC---AT-GCTA--T-----TGA-AATGAA---A---CTTGGTACACATCC----TCA-ACATCAA----GT-GGACATTGG----GT---GT-TTCT-GTC-GG---------A------------------TTTGGT--TTTTCAT----TG-GAGTTA-TTC--C----------------T--ATCT----T------T----T------ACAA-----TA-----TT-GCAA---AA-----A-----A-AAACACTGTATTTAATAGG--ATAAAGGATA--------ATATTTCTATAACA---GCATTTTC-TGG-GAGCATGTGTCAAACAATGTTGTTGTCATTCTTGTTATC--TTTATTT
gi|3 : tgatgttcacttatca---CAATATTA-CA-ACAA-AGTA---ATAT-----TTT-TAC----ATT-TTGTACC-T-TG---TAAAT-----TAAACTCTT-TC--TACA----GT--TTGT---GT-GCTA--T-----TCA-TTTAAT---ATTCCTTGGTATA---CA----TCA-ACATCAGTATTGTCGGAAAG-------GC-------------T-GG---------A------------------TTG--T--ATTT--T----TGTGAGTTA-TGC--CTCATTTTCAAATTGTTT--TTTT----T------T----T------ATGACTTTTTAAGACTTC-ACAA---TATCACAA-----A-A--C--TTCAATTGAT-TT--ATAGAAAGTATGAACATAGTATTTCTATCATATTTTCATTTTCAAGG-GTGCATGTGTCCTACAAT
gi|4 : TTTT---A-CTTTA---CAGTATTA-CA-ATATTAGTA---GTATAAGTATACATGT----A-T-CTGTACT-T-CA---TGATTCAATATCAATTT-T-TCC-TACA----GT--TAAC---AT-TGAA--T-----TCA-ATTGAA---G---TTTATTATACATCA----TCC-TCATCAA----TC-GTACAT-------GC---ACATAAT-TTT-GG---------tt
gi|5 : ttcataatttaaactgtcatacagattcagcgtcatgtggtccacatgcacatattgtgcaaacatactgagtcataatttataacggcctttttTTT-CA-ACAC-ATTT---GTAT-----AAC-AAC----A-T-CTGTTCC-T-TG---TGACC-----ATAACTCCT-TT--TACA----GT--TTAC---AG-ATTA--T-----TGA-ATCAGA---A---CTCGGTGAACGCAA----TCA-ACGTCAA----AT-AGAAAT-------GC---ACATATC-GTG-GGGGAACTACCA------------------GTT--TGATCTTTATATTATG-G-GATA-TTC--CCTCG------------T--GTTTAC--T------T----T------AAAA-----TA-----TT-AAAA---AA-----A-----A-A--CGTTTAATTTAATGTT--AT---ACGTG--------A------CACAATA---GTATTTTT-CGG-GGAC---TGTTATACAATATTGggacattctagttg
gi|6 : TTTT---AACTTAA---CAATAAAA-CA-ACAT-AGTA---GTAT-----AAC-TAC----A-T-CTGTATC-T-TG---TGATT-----TCAACAC----C--TACA----GT--TTAC---AT-GGTA--T-----TCA-AGTGAA---A---CTTGGTATA---CA----TCA-GTATTAA----GT-AGAAAT-------GT---GCATATT-GTCTGG---------A------------------CTT--T--T
gi|7 : ttttttttattaagtgacttagtcacgttttcAATATTA-CA-ATAT-ATTG---GTAT-----TAC-TAC----A-T-----AC----------GATT-----TTTA-TC-T-AC--TAAA----GT--GTA----ATAGAGG--T-----TCA-ATTCAA-------CTT---ATTCACCA----TAA-ACATCAA----GT-GCGCAT-------GC---TCA--CT-CTC-GG---------A------------------TCT--T--TCC---------G-G---TC-CGA--T----------------T--ATTT----T------T----C------ATG------TG-----TG-AC-------------------------TTACACTCA-TATA--ATA---CATA--------ATATTTATACCATA---GCATTTTC-CGA-GTGCATGTGTCATACAATGTTaaatatttgttgaatccctaaatttaatttacttgtataatagtgttttttttctatactttttcag
gi|8 : t--T-----TCATACTAAAGTGA---CTTGGTATACTTCA----ACG-GCATCAA----GT-GTACAT-------AC---ACATAT-------G---------A------------------TTC--T--TTTTCAT-------GAGTTA-ATA--C----------------TCACTTT----T------T----T------ACTT-----TA-----TT-ACA
gi|8 : AGTTAAT-ACTCA----C-TTTTTT---A-CTTTATTACATTACTA-CA-GAAT-AGTA---GTAT-----TAC-TACATGTA-T-GTGTGTT-T-CA---TGATT-----TCACCTC-TACC--TACC----AT--TTAC---AT-TGGA--T-----TCA-GTTAGT---A---TTTGGTAATCATTA----TTATACATttactacagaatagtagtattactacatgtatgtgtgtttcatgatttcacctctacctaccatttacattggattcagttagtatttggtaatcattattatacata
gi|9 : ttcatactaaagtgacttggtatacttcaacggcatcaagtgtacatacacatatgattctttttcatgTT--T--TTTTCAT-------GAATTA-TGCTCC----------------T--TTTT----T------TATTTT------ACAA-----TA-----TC-ACAG---AA-----A-----T-A--CATATGATTTAATATACCGTGATGCATA--------ATATTTTTAGCACA---GCACTATC-TGG-GGTCATGTGCCGTGCAATCTTGATGTCATATTTGTTGTa