lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 888888888888888888888888888888888888888888888 1 222222 1 1111111111111111111111 111 333 33333333 11 1111 33333333333333333333 11111 1 111111111 444444444444444 22222222222222 111111111 11 22 1 1111 444444444 11111 1111 111 22 11 111 1 111111111 222222222222222 1111 111111 1 3333 22222
lowQualScore : 5 3 7 2 888888888888888888888888888888888888888888888 6 0 6 0 2 888888 5 5 8 8 1 9 3333333333333333333333 000 3 111 2 1 3 00000000 66 66 5 5 88 2222 5 1 33333333333333333333 22222 5 2 888888888 777 111111111111111 4 66666666666666 999999999 2 777 4 55 5 66 88 55 5 6 7 9 0 0 7 0000 666666666 99999 22 2 3333 2 666 333 11 6666 555 11 44 111 2 66 111111111 222222222222222 6666 8888 2 33 5 55 777777 2 1 33 88 6666 0 888888 0 33 1 1 55555 6
lowQualScore : . . . . ............................................. . . . . . ...... . . . . . . ...................... ... . ... . . . ........ .. .. . . .. .... . . .................... ..... . . ......... ... ............... . .............. ......... . ... . .. . .. .. .. . . . . . . . .... ......... ..... .. . .... . ... ... .. .... ... .. .. ... . .. ......... ............... .... .... . .. . .. ...... . . .. .. .... . ...... . .. . . ..... .
lowQualScore : 0 0 0 5 777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 7 7 7 111111 7 6 8 1 4 0 1111111111111111111111 000 5 888 5 8 1 33333333 11 11 7 7 99 6666 7 4 00000000000000000000 55555 0 1 000000000 888 222222222222222 0 99999999999999 444444444 1 888 0 55 4 22 77 77 7 6 9 5 8 8 5 6666 555555555 44444 77 9 9999 9 444 888 44 1111 000 00 22 555 3 11 444444444 999999999999999 1111 0000 9 99 7 99 111111 9 9 99 00 8888 1 222222 3 99 5 7 33333 0
consensus : TTCATCAACCAGCACCCTTNGATTTNACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCA--CTATTTTAAGTATCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNATTTT---CGCAATTTTGGTAGAGG------TTTACAT--ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCG-CTT-TTAAAGGNGGA-AAATATN----ATG---TT-------TTT-----C-TTTACGTTGCCAT--------G---AGTTCGA-------------TATGGATCGAGTTC-GTTTTAG----TT-----C--TTTTGG-------TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAAT-TGAATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTG----AA----GCAATTGTTTACTT----ACGGACGCACGGACGGACGNACG----ACGNACGAAGA---GTA--CACAATGGCAC----A---TG-NAAG--CT---AAAA-AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT----AAAA-CA-AA--AA-GAGAAGAATTAACCC------CA-CAATGG--CATTTTGTACAGAAACGGTATT--GAGGT------GTTAA--TGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
Reference ( gi|3 ) : TTCATCAACCAGCACCATTTGATATGACTAGCT------------------------CA------AACAA--------ACGTCCTAATTGTGTTTCACAACGATGTCTCA--ACGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTAATTTT--TCGCAATTTTGGTAGAAG------TATACAT--ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCA-CTT-T-AAAGGTAGA-AAATATC----ATA---TT-------TTT-----C-TTTTCGTTGCCAT--------G---AGTTCGT-------------TATGGATCGAGTTC-GTTTTAG----TT-----C--TTTTGA-------CAGAAAACT---ATCCAA-G--GATTATTCCTGTAATG-GTTGCTAAAAAT-TGCATGAGCGGATTTAGAGGAGATGTATTTTG----AA----G----TGTTTACTA----ACGGACATACGGACGGACGGACG----ACGCACGAAGA---ATA--CACAATGAATC----A---TG-AAAG--CT---AAAA-AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT----ATAA-CA-AA--AA-GAGAAGGATTAACCC------CA-CACTGA--CATTTTGTACAGAAACAGTA-A--GAGGT------GTTGA--TGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAAC
gi|1 : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTTACTAGCTAATTACCTGGCTCCGGTTATTAACCA------AACAATTGAATTCATATCATAATTGTGTTTCACAATGATGTCTCA--CTATTCTAAGTTTCAAACAAGAAGGCCACAATGGTTCTTATATCGTTCACCTGTTGCTATGTTATCTGGTGGCCAT-----ATGTTGTTTTTTTTTTAAAAA---AAGGTAATTTT---CTCAATTTTGGTAGAGG------TTTACAT--ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCATCT-CTT-TTAAAGGAAAA-AAA-ATC----AAA---TT-------TTA-----C------GTTGCCAT--------G---AGTTCGA-------------TATGGATCGAGTTC-GTTTTAGTTCTTN-----N--NNNNNN-------NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN----N----NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----ACACACGAAGA---GT---CACAATGACAC----A---TA-AAGG--CT---AAAA-AAAGT---------AAAACAAA-----------ATGCATT----AAAA-CA-AA--AAAGAGAGGGATTAACCC------CA-CAATGA--AATTTTGTACAGAAATGGTA-T--GAGGT------GTTGA--TGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAACCGTCGGCTCATGTGA
gi|2 : ctcTTCATCAACCAGCACCCTTGGATTTGACTAGCT------------------------CATTGACAAACAATTGAATTTACATCCTAATTGTGTTTCGTAACGATGCCTCG--CCGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTTCCC------A---------------AAAAA---A-GTTAATTTT---CGCAATTTTGGTAGAAG------TTTACAT--ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCA-CTTCT-AAAGA-GGATAAATATA----ATG----T-------TTT-----C-TTAACGTTGCCAT--------G---AGTTCGA-------------TAGGGATCGAGTTC-GTTTTAG----TT-----C--TTg
gi|23 : ctcT------------------------CA------AACAACTGAATTCACATCACAATTTTGTTTCATAACGATGCACCA--CTATTTTAAGTAGCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTTTATCGCTCACCTGGTACTATGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacgcacgaagaatacacaatgatacatgaaagctaaaaaggtaaaacacaatgcattatcacaaaacgagaaggattaaccccacaatgacattttgtacagaaacagtaagaggtgttgatgtttttagccctgcaatcaccttaagccgttagctcaggtgag
gi|15 : --------ACATCATATTTTTGTTTCACAATGATGCCTCA--CTATTTTAAGCATCAAACAAGAGGGCCACATTGGTTCTTTTATCGTTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGCGGTCAGTTTTTA---------------AACGAGTCAAGTTTA-TTT--TCGTAGTTTGGGTAAGGG------ATTAGAT--ATTGATAATTTGTACTAAATTATTCTAAAATC-TAACTA
gi|22 : ttc--------ACATCATGATTTTGTTTCACAATGATGTCTCA--CTATTTTAAATATCAACCAAGAGGGCCACAATTGGTCTTTTATCGCTCACCTGGTGCTATATTCTCTGGTGGCCA------tgtgaaaaggaaatgaaaaaaaa
gi|26 : tcTAAGTTTGTTTCACAACAATGCCTCC--CTACTTTAAGTATCAAACAATAGTGCCACAATGGTTCTTTAATCGCTCACCTGGTGCTATGTtgtt
gi|29 : ataaTTTCACAATGATGCATCACTAAG--TTAAGTCTTAAACAAGAGGGCCACGATGGTCCTTGTATCGCT
gi|30 : aTCAAAATGATGCATCA--CTAAATTAAGTCTTGAACAAGAGGGCCACGGTGCACCTTGTATCGCT
gi|27 : ACAATGATACCTCC--CTCTTTAAAGTATCAAACAAGAGGGTCGCTATGGTTCTTTTATCGCTCACTTAGTGCTATGTT
gi|5 : taA---AAGTTAATTTT---CGCAATTTTGGTAGAAG------TTTACAT--ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCA-CTT-TTAAAGAGGAA-AAATATA----ATG---TT-------TTT-----C-TTTACGTTGCCAT--------G---AGTTCGA-------------TATGGATCGAGTTC-GTTTTAG----TT-----C--TTTTGG-------TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAAT-TGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAA----G----TGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ACGCACGGTGA---ATA--CACAATGATAC----A---TG-AAAG--CT---AAAA-AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT----ATAA-CA-AA--AA-GAGAAGGATTAACCC------CA-CAATGA--CATTTTGTACAGAAACAGTA-T--AAGGT------GTTGA--TGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAG
gi|6 : tttA---AAGTTAATTTT---CGCAATTTTGGTAGAAG------TTTACAT--ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCA-CTT-TTAAAGAGGAA-AAATATA----ATG---TT-------TTT-----C-TTTACGTTGCCAT--------G---AGTTCGA-------------TATGGATCGAGTTC-GTTTTAG----TT-----C--TTTTGG-------TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAAT-TGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTG----AAACAAG----TGTTTACTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGA---ATA--CACAATGATAC----A---TG-AAAG--CT---AAAA-AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT----ATAA-CA-AA--AA-GAGAAGGATTAACCC------CA-CAATGA--CATTTTGTACAGAAACAGTA-T--AAGGT------GTTGA--TGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGA
gi|8 : ttt---AAGTTCATTTT--ACCTAATTT-GGTAGA-G------T-TATAT--ACTGATAATTTGTACCAAATTACTTTAAAATC-TGATCACCAGTTT-T-AAAGGTA-A-AGATTTT----TTAAAGTT-------TTTCCTTCC-TTTTTGTTGC--T--------G---A--------------------ATGGATCAAGTTTGGTTTTA-----TTAATAGCAATTTTGG-------TAGAAGATTCAAATCTAA-A--GAg
gi|14 : gctgtcgtataaaggaattttttccctctattaaacaagtcatatggatcatat---AAGTTTATATTAGTC---ATTTGGGTAGAGG------GTTTTGT--ACTGCTTGTTTCTACAAAATTGTTTTG-AATACTGATCACTG-GTC-T------CAGA-GAAGATG----GTT---TTTAAAGAATTT-----CATTTCCATTACCAT--------GACAAGTTCACAACCAAAATCCTGCATTTATC-AATTT-GGTTTAGGAC-TT-----T--TTTTTATATTTAGTAGAAGAAT---ATTCAA-G--AATCATTCTTATCATgcagattaagacgagatgtaaattgaaacaagtattt
gi|11 : ttcAGTTCATTTA---AGCTATTTTGGTAGAAGGTCACATGTATATTGAATGATCCTTTGTACCAAATTATTTTGAAAAC-TGACCattattttgaa
gi|12 : tttctactagtacaatacaatctaataaaatctgaatattatgtattttatcatatcaatttcgtctcagccagtttggttgttcctacaaaattcagagatgttgtctgaagcaatttcttccctctataaaaaagttatatagatataagacatgtttttaaacaggcccTTTTGGCAGAGG------GTCATAT--ACTGATAATTTATACCAAATTGTTTTGAAATC-TGACCACCG-GTT-T-TAAAGTAGA-ATATTTTAAAAATA----T-------TTC-----C-TTTACGTTGCCATGGCAACAAG---AGTTCCG-------------CATGTACGAAGTTT-GTTTTAG----CA-----A--TTTTGG-------TAGAGGACT---ATCCAC-G--GGCCCTTCTTGTGGTGTTTTGATTAAAAT-AGAATGAGCGGATTAAGA--AGGTGTCGTTTG----AA----GCAATTATTTAC
gi|4 : ---TT-------TTC-----C-TTTACGTTGCCA---------G---AGTTCCC-------------TATGGATCGAGTTC---TTTGC----TTA----T--TTTTGG-------TAGAGGACC---ATCCAATGATGATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAAT-TGGATGAATTCATTCAGAGGAGGTGTCTTTTG----AA----GCAATTGTTTACTT----ACAAACACACGGACGAACAAACG----AAGGAAGAAGA---GTGGTCGCAATAGCTC----A---TGTAAAA--CTA--AAAA-AA-GTGCCAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACATGCATT----AAAA-CA-AAATAA-GAGAA--ATGACCCC------CA-AAATGG--CATTTTGTTCAGAAAT-GTT-ATTGTCGT------GTTAA--TGTTTATAACCCCGCAAT--
gi|24 : CCA---------G---AGTTCCG-------------TATGGGTCGAGTTC-GTTTTAA----CT-----A--TTTGGA-------actgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacacgtatggacggacgtacgacgtacgaagagtggtcacaatagggcaccttaagcgttcggc
gi|28 : ccaccgttttttagggaaatatttttagattgttttccttgaggctatcatggcaaACGGATCGAGTCC-ATTTGAG----CT-----G--TTTTGG-------TAGAAAGTC---GCACAC-T--GATCATTTGTGTAA
gi|7 : atgtttttaaTTGGA-------TAGAGACCT---AACTAA-G--GATCATTCCTGTGATG-TTTGCTTTAAAT-TGGATGAGCAAATTAAGAGGA-ATGTCATTTG----AA----ACAATTGTTTATGT----ACGGACGCACAGACGGACGAACG----AATGACGAAGA---GTA--CACAATGGCAC----A---TG-TAAG--CT---AAAACAA-GT---------AAA--ATA-----------AGACATTAAAAACAA-CA-AA--AA-GA-----ATTAACCC------CA-CATTGG--CATTTCGTAAAGAAATGGTATC--GAGGT------GTAAA--TGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACCaatt
gi|25 : AA-G--GATCATTCTTGCCGTG-TTTGATTTTAATCTG-ATGAGCTTATTCAGAG---ATGTTTTTTA----AA----G----CAATTATTT----ATGGACgtccttatccctacaatgacatcccttcaagtagtgc
gi|31 : atATGAGTGGATTAACAGGCGGTGTCTTTTG----AA----GCAATTGTTTATTT----ACGGATGCATGGggtcaaacaaatgg
gi|9 : ttagTACGGACGGACGGACGT---ACGAACGAAGATTGAT---CACAATATCTC----ACTTTG----GTCCTTTAAAAG-AA-AT---------AGAA---A-----------ATGCATT----A-----A-AA--TG-GAGAAA-ATTAAC------------AATGG--CATTTTGTACAGAAATGGTATT--GTGGC------GTTAA--TG-TTCTAGCCCCACAAT-----ACC
gi|10 : aaacaattgttGGACGGACGTACG----ACTTACGAAGA---GTGGTCACAATAACTC----A---gtcctatccccacaatggtagtatgtcatcacttaaagtaatgtggacggacaacggacgaatagtgatcccaatagctcaccttgagctttcgatgcaga
gi|2 : gatcacaatagttcacgtaagctaaaactgaaagaaaccgaattaaaaacaagaataagaggaattaaccccacaaagacattatgtaaagaaatggtattgtggtgttaaagttattaacctcgcaataccgaccttaccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaG----ACGCACGAAGA---ATA--CACAATGATAC----A---TG-AAAG--CT---AAAA-AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT----ATCA-CA-AA--AC-GAGAAGGATTAACCC------CA-CAATGA--CATTTTGTACAGAAACAGTA-A--GAGGT------GTTGA--TGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTTAGCTCAGGTGAcattaagcctttgactcagg
gi|13 : ctcttcatcaaccagcacccttggatttgactagctcattgacaaacaattgaatttacatcctaattgtgtttcgtaacgatgcctcgccgttttaagtctcaaacaaaagggccacaatggttcttatatcgctcacctgttggtatgttctctggtttcccaaaaaaagttaattttcgcaattttggtagaagtttacatactgatagtttgtaccaaattgttttgaaatatgaccaccacttctaaagaggataaatataatgttttcttaacgttgccatgagttcgatagggatcgagttcgttttagttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----ACGAACGAAGA---ATGATCACAGT--ATCTCACA---TT-GATC--CT---TTAA-AA-GT---------GATAGAAA-----------ATGCATT----A-------AA--AA-TGGAA---TTAACCC------AA-CAATGG--CATTTTGTGCATAAATGGTATT--GTGGC------ATTAA--TG-CTCTAGACACAC-AT--T--ACCTTg
gi|20 : A---ATA--CGCAATGACAC----A---TG-TAAG--CT---AAAAGAA-GT---------AAAACA-A-----------ATGCATT----GAAATCA-TA--AA-AAGAAGAATTAACCCGG----CC-CGCAGAAGCATTTTGTACAAAAAT----------GGC------ATTGAATTGTTATTAGCCCCGCAAT-----ACCccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatgtgcgcatgtacagacggacgtacaacggacgaatagtgataccaagagctcac
gi|16 : aagagtacacaA---GTA--CACAATGGCAC----T---TG-TAAG--CTT--AAAC-AA-GT---------AAACCA-A-----------ATGCATA----AAAA-CATAA--AA-GAG--GAATTTACCCGGC---CAACAAAGA--CATTTTGTACAGAAATGGCATT--TAGGT------AATAG--TGTTT----CCCCACAATGAC--ACCgtc
gi|17 : aatgatgaacagtacaccTA--GACAATGGCGC----A---TG-TAAA--CT---AAAACAA-GT---------AAAA---A-----------ATGCAGT----AAAAACA-AA--AA-AAGGGGAATAAACTC------CA-TATTGG--CATTTTGTACAGAAATGGTATT--GAGAT------GTTAA--TGTTTTTAGTCCCGTAAT-----ACCccttcaaatagtgtgggca
gi|21 : TA--TGCAATGACAC----A---TG-TAAG--CT---AAAACAA-GT---------CAAACA-A-----------ATGCATT----AAAATCA-TA--AA-AAGAGGAATTAACCCAGCCCGCA-AAATGG--CACATGG--------CATT-----GAGGT------GTTAG--TGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgtccccacaatggaaccccttaaagtagtgtcggca
gi|10 : g--CACAATAGTTC----A---CG-TAAG--CT---AAAA-CT-GA---------AAGAAAC-------------CGAATT----AAAAACA-AG--AATAAGAGGAATTAACCC------CA-CAAAGA--CATTATGTAAAGAAATGGTATT--GTGGT------GTTAA--AGTTATTAACCTCGCAATA-CCGACCTTAg
gi|19 : gatT---------AAAA---A-----------ATACATT----ACAAACT-AA--AA-AAGAGGAATTAACCC------CA-CAATGG--CATTTTGTGCAGAAATGGTATT--GAGGTGTAACAGTTAA--TG-TTTTAGCCCCGCAAT-----ACCccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaggacggacgtacgacttacgaagagtggtcacaataactcacattaagcctttgactcagg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CGACGAACAAAGAGTGATCACAATAGCTCATTCAAGCTAAAACAGTAAAAGAAATTGATGGTATGGTGGTGTTAGAGTTTTTAAGCCCTGTAATTCCGTCCTCATTCCATACTGGCAGTATGCCGAAATAAATAATCCCTTAAAGTAATGTGG
Unaligned ( gi|32 ): TGGCAACCAGAGTTCTGCATGGATCAAGCTTGTTTAATAACTTTTGTAGGGA
Unaligned ( gi|33 ): ATACAGGGTGATCAAAATAGCTCACATTTAGTCTTCGGCACAGCTGAGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000 8888888888888888888888 11111111 1111 222222222222 1111111 11111 22222222222222222 2222222222222222 2222222222222222 1111 11 111 1111 111111111 111111111111111 1 111111 22222
lowQualScore : 1 1 66666666666666666666666666666666 7 1 3 1 4444444444444444444444 888 1 4 4 0 3 44444444 44 11 9999 777 444444444444 4 3333333 5 4 00000 66666666666666666 9999999999999999 55 7777 44 666 2222222222222222 3 666 3 44 44 1 5 1 3 1 5555 0 1 1 2 99 33 33 333 444 33 000 6666 2 000000000 888888888888888 2 2 0 2 55 0 5555 222222 2 1 7 777777 2 22222
lowQualScore : . . ................................ . . . . ...................... ... . . . . . ........ .. .. .... ... ............ . ....... . . ..... ................. ................ .. .... .. ... ................ . ... . .. .. . . . . . .... . . . . .. .. .. ... ... .. ... .... . ......... ............... . . . . .. . .... ...... . . . ...... . .....
lowQualScore : 0 0 00000000000000000000000000000000 0 3 2 0 5555555555555555555555 888 0 4 4 7 2 55555555 66 88 7777 888 999999999999 4 0000000 3 0 00000 00000000000000000 2222222222222222 00 7777 22 444 2222222222222222 6 444 3 66 33 4 4 3 6 3 5555 6 8 0 1 44 22 22 777 666 22 000 3333 7 000000000 111111111111111 7 7 7 7 77 2 7777 333333 7 7 3 777777 4 88888
consensus : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAAAAA---TAT------A-----AT-GTT-------TTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--CT---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CA-AAAA-GAGAGGAATTAAC----CC------CA-CAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
Reference ( family-6197 ) : TTCATCAACCAGCACCCTTNGATTTNACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTATCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGNGGAAAA---TAT------N-----AT-GTT-------TTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--CT---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CA-AAAA-GAGAAGAATTAAC----CC------CA-CAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
gi|1 : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTTACTAGCTAATTACCTGGCTCCGGTTATTAACCA------AACAATTGAATTCATATCATAATTGTGTTTCACAATGATGTCTCACTATTCTAAGTTTCAAACAAGAAGGCCACAATGGTTCTTATATCGTTCACCTGTTGCTATGTTATCTGGTGGCCAT-----ATGTTGTTTTTTTTTTAAAAA---AAGGTAA-TTTT-CTCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCATCTCTTTTAAAGGAAAAAAA----AT------C-----AA-ATT-------TT------AC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACACGAAGAGT---CACA--AT--GA--CACATA-AAGG--CT---AAAA----AAAGT---------AAAACAAA-----------ATGCATT-A-AAA-CA-AAAAAGAGAGGGATTAAC----CC------CA-CAATGAAATTTTGTACAGAAATGGTA-TGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAACCGTCGGCTCATGTGAG
gi|10 : ctc--CACA--AT--AG--TTCACG-TAAG--CT---AAAACTGAAA-G-----------AAAC-CG-----------A---ATT-A-AAAACA-AGAATAAGAGGAATTAAC----CC------CA-CAAAGACATTATGTAAAGAAATGGTATTGTGGT------GTTAAAGTTATTAACCTCGCAATA-CCGACCTTA
gi|10 : gatGGACGGACGTACGACTTACGAAGAGTGGTCACA--AT--AACTCACAT--TAAG--Cccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaggacggacgtacgacttacgaagagtggtcacaataactcacattaagcctttgactcagg
gi|11 : gatcacaatagttcacgtaagctaaaactgaaagaaaccgaattaaaaacaagaataagaggaattaaccccacaaagacattatgtaaagaaatggtattgtggtgttaaagttattaacctcgcaataccgaccttaccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaAGTTCA-TTTA-AGCTATTTTGGTAGAAGGTCACATGTATATTGAATGATCCTTTGTACCAAATTATTTTGAAAAC-TGACCctttgactcagg
gi|12 : tttctactagtacaatacaatctaataaaatctgaatattatgtattttatcatatcaatttcgtctcagccagtttggttgttcctacaaaattcagagatgttgtctgaagcaatttcttccctctataaaaaagttatatagatataagacatgtttttaaacaggcccTTTTGGCAGAGGGTCATAT--------ACTGATAATTTATACCAAATTGTTTTGAAATC-TGACCACCGGTTTTAAAGTAG---AA---TATTTTAAAA-----AT-A-T-------TTCC-TTTAC-----GTTGCCATGGCAACAAG--------AGTTC--------CGC-----ATGTA--CGA----AGTTT-GTTTTAG---CA-----A--T-------TTTGG-TAGAGGACT---ATCCAC-G--GGCCCTTCTTGTGGTGTTTTGATTAAAATAGAATGAGCGGATTAAGA--AGGTGTCGTTTGAAGCAATTATTTAC
gi|13 : ACGAACGAAGAATGATCACAGTAT--CT--CACATT-GATC--CT---TTAA----AA-GT---------GATAGAAA-----------ATGCATT-A-AAA------AT-G----GAATTAAC----CC------AA-CAATGGCATTTTGTGCATAAATGGTATTGTGGC------ATTAATG-CTCTAGACACAC-AT--T--ACCTT
gi|13 : ----TGCGCATGTACAGACGGACGTACAACGGACGAATAGTccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatgtgcgcatgtacagacggacgtacaacggacgaatagtgataccaagagctcac
gi|14 : acgaacgaagaatgatcacagtatctcacattgatcctttaaaagtgatagaaaatgcattaaaaatggaattaacccaacaatggcattttgtgcataaatggtattgtggcattaatgctctagacacacattaccttccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatg---AAGTTTA-TATT-AGTCATTTGGGTAGAGGGTTTTGT--------ACTGCTTGTTTCTACAAAATTGTTTTG-AATACTGATCACTGGTCTCA------GAGAA---GAT------G-----GT-TTTTAAAGAATTTCATTTCC-----ATTACCAT--------GACA-----AGTTCACAACCAAAATCCTGCATTTA--TC-----AATTT-GGTTTAGGACTT-----T--TTTTTATATTTAG-TAGAAGAAT---ATTCAA-G--AATCATTCTTATCATA--TTATTTTGAAgataccaagagctcac
gi|15 : ttcTTCACATCATATTTTTGTTTCACAATGATGCCTCACTATTTTAAGCATCAAACAAGAGGGCCACATTGGTTCTTTTATCGTTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGCGGTCAGTTTTTA---------------AACGAGTCAAGTTTA-TTTT-CGTAGTTTGGGTAAGGGATTAGAT--------ATTGATAATTTGTACTAAATTATTCTAAAATC-TAACTA
gi|16 : AGTA--CACA--AT--GG--CACTTG-TAAG--CTT--AAAC----AA-GT---------AAACCA-A-----------ATGCATA-A-AAA-CATAAAA-GAG--GAATTTAC----CCGGC---CAACAAAGACATTTTGTACAGAAATGGCATTTAGGT------AATAGTGTTT----CCCCACAATGAC--ACCtgtgaaaaggaaatgaaaaaaaa
gi|17 : aatgatgaacagtacaccTA--GACA--AT--GG--CGCATG-TAAA--CT---AAAAC---AA-GT---------AAAA---A-----------ATGCAGT-A-AAAACA-AAAA-AAGGGGAATAAAC----TC------CA-TATTGGCATTTTGTACAGAAATGGTATTGAGAT------GTTAATGTTTTTAGTCCCGTAAT-----ACCccttcaaatagtgtgggca
gi|18 : CGACGAACAAAGAGTGATCACA--AT--AG--CTCATT-CAAG--CT---AAAA----CA-GT---------AAAAgtccccacaatggaaccccttaaagtagtgtcggca
gi|19 : T---------AAAA---A-----------ATACATT-ACAAA-CT-AAAA-AAGAGGAATTAAC----CC------CA-CAATGGCATTTTGTGCAGAAATGGTATTGAGGTGTAACAGTTAATG-TTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgaaattgatggtatggtggtgttagagtttttaagccctgtaattccgtcctcattccatactggcagtatgccgaaataaataatcccttaaagtaatgtgg
gi|2 : tTTCATCAACCAGCACCCTTGGATTTGACTAGCT------------------------CATTGACAAACAATTGAATTTACATCCTAATTGTGTTTCGTAACGATGCCTCGCCGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTTCCC------A---------------AAAAA---A-GTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTCTAAAGAGGATAAA---TAT------A-----AT-GTT-------TT-C-TTAAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GATAGGG-ATCGAGTTCGTTTTAGTTC---TTNNN---NN-----N--N-------NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGCACGAAGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--CT---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TCA-CA-AAAC-GAGAAGGATTAAC----CC------CA-CAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-AGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTTAGCTCAGGTGAGgttcttaccccccactatggcacccctttaagtagtgcgtgca
gi|20 : ctcAATA--CGCA--AT--GA--CACATG-TAAG--CT---AAAAG---AA-GT---------AAAACA-A-----------ATGCATT-G-AAATCA-TAAA-AAGAAGAATTAACCCGGCC------CG-CAGAAGCATTTTGTACAAAAATGGCATTGAATT------GTTA------TTAGCCCCGCAAT-----ACC
gi|21 : aagagtacacaGTA--TGCA--AT--GA--CACATG-TAAG--CT---AAAAC---AA-GT---------CAAACA-A-----------ATGCATT-A-AAATCA-TAAA-AAGAGGAATTAAC----CCAGCCCGCA-AAATGGCAC-----------ATGGCATTGAGGT------GTTAGTGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgtc
gi|22 : TCACATCATGATTTTGTTTCACAATGATGTCTCACTATTTTAAATATCAACCAAGAGGGCCACAATTGGTCTTTTATCGCTCACCTGGTGCTATATTCTCTGGTGGCCA------g
gi|23 : T------------------------CA------AACAACTGAATTCACATCACAATTTTGTTTCATAACGATGCACCACTATTTTAAGTAGCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTTTATCGCTCACCTGGTACTATGTTtgtt
gi|24 : CCACCGTTTTTTAGGG----AAA---TAT------TTTTAGATTGTT-------TTCC-TTGAG-----GCTATCAT--------GGCAACCAGAGTTC--------CGT-----ATGGG--TCG----AGTTC-GTTTTAA---CT-----A--T-------TT
gi|25 : AA-G--GATCATTCTTGCCGTG-TTTGATTTTAATCTGATGAGCTTATTCA---GAGATGTTTTTTAAAGCAATTATTTATG----GACGGTCAAACAAATGGgga
gi|26 : atATAATAAGTTTGTTTCACAACAATGCCTCCCTACTTTAAGTATCAAACAATAGTGCCACAATGGTTCTTTAATCGCTCACCTGGTGCTATGT
gi|27 : ACAATGATACCTCCCTCTTTAAAGTATCAAACAAGAGGGTCGCTATGGTTCTTTTATCGCTCACTTAGTGCTATGTT
gi|28 : ta-----ACGGA--TCG----AGTCC-ATTTGAG---CT-----G--T-------TTTGG-TAGAAAGTC---GCACAC-T--GATCATT--TGTG
gi|29 : atgtttttaaTTTCACAATGATGCATCACTAAGTTAAGTCTTAAACAAGAGGGCCACGATGGTCCTTGTATCGCTtaaaatt
gi|3 : aTTCATCAACCAGCACCATTTGATATGACTAGCT------------------------CA------AACAA--------ACGTCCTAATTGTGTTTCACAACGATGTCTCAACGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTAATTTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTATACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCAC-TTTAAAGGTAGAAAA---TAT------C-----AT-ATT-------TTTC-TTTTC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GTT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGA-CAGAAAACT---ATCCAA-G--GATTATTCCTGTAATG-GTTGCTAAAAATTGCATGAGCGGATTTAGAGGAGATGTATTTTGAAG----TGTTTACT----AACGGACATACGGACGGACGGACGACGCACGAAGAATA--CACA--AT--GA--ATCATG-AAAG--CT---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CA-AAAA-GAGAAGGATTAAC----CC------CA-CACTGACATTTTGTACAGAAACAGTA-AGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAAC
gi|30 : TCAAAATGATGCATCACTAAATTAAGTCTTGAACAAGAGGGCCACGGTGCACCTTGTATCGCT
gi|31 : TTAGATGAGTGGATTAACAGGCGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTATT----TACGGATGCATGG
gi|4 : TT-------TTCC-TTTAC-----GTTGCCA---------G--------AGTTC--------CCT-----ATGGA--TCG----AGTTC---TTTGC---TTA----T--T-------TTTGG-TAGAGGACC---ATCCAATGATGATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAATTCATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACAAACACACGGACGAACAAACGAAGGAAGAAGAGTGGTCGCA--AT--AG--CTCATGTAAAA--CTA--AAAA----AA-GTGCCAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACATGCATT-A-AAA-CA-AAAT-AAGAGAAATGACC----CC------CA-AAATGGCATTTTGTTCAGAAATGTTATTGTCGT------GTTAATGTTTATAACCCCGCAAT--
gi|4 : ACGTATGGACGGACGTACGACGTACGAAGAGTGGTCACA--ATAGGG--CACCT--TAAG--Cactgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacacgtatggacggacgtacgacgtacgaagagtggtcacaatagggcaccttaagcgttcggc
gi|5 : ttttcctttacgttgccagagttccctatggatcgagttctttgcttatttttggtagaggaccatccaatgatgatcattcctgtggtgtttgctttaaattggatgaattcattcagaggaggtgtcttttgaagcaattgtttacttacaaacacacggacgaacaaacgaaggaagaagagtggtcgcaatagctcatgtaaaactaaaaaaagtgccaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaacatgcattaaaacaaaataagagaaatgacccccaaaatggcattttgttcagaaatgttattgtcgtgttaatgtttataaccccgcaatactgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacA---AAGTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTTTAAAGAGGAAAAA---TAT------A-----AT-GTT-------TTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAAGTGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--CT---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CA-AAAA-GAGAAGGATTAAC----CC------CA-CAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-TAAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAGCgttcggc
gi|6 : tttA---AAGTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTTTAAAGAGGAAAAA---TAT------A-----AT-GTT-------TTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAAGTGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--CT---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CA-AAAA-GAGAAGGATTAAC----CC------CA-CAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-TAAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAG
gi|7 : tttTTGGATAGAGACCT---AACTAA-G--GATCATTCCTGTGATG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCAAATTAAGAGGAA-TGTCATTTGAAACAATTGTTTATG----TACGGACGCACAGACGGACGAACGAATGACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-TAAG--CT---AAAAC---AA-GT---------AAA--ATA-----------AGACATTAA-AAA-CA-ACA---AAAAGAATTAAC----CC------CA-CATTGGCATTTCGTAAAGAAATGGTATCGAGGT------GTAAATGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACC
gi|8 : ---AAGTTCA-TTTTACCTAATTT-GGTAGAG--TTATAT--------ACTGATAATTTGTACCAAATTACTTTAAAATC-TGATCACCAGTTTTAAAGGT-AAAGATTTTTT------A-----AA-GTT-------TTTC-CTTCCTTTTTGTTGC--T--------G--------A--------------------ATGGA--TCA----AGTTTGGTTTTA----TTAATAGCAAT-------TTTGG-TAGAAGATTCAAATCTAA-A--GAGCAgtccttatccctacaatgacatcccttcaagtagtgc
gi|9 : gctgtcgtataaaggaattttttccctctattaaacaagtcatatggatcatatAAACAATTGT----T----TACGG----ACGGACGGACGTACGA---ACGAAGATTGATCACA--AT--AT--CTCACT-TTGGTCCTTTAAAAG----AA-AT---------AGAA---A-----------ATGCATT-A-AAA-T-----G-GAGAA-AATTA---------------A-CAATGGCATTTTGTACAGAAATGGTATTGTGGC------GTTAATG-TTCTAGCCCCACAAT-----ACCgattaagacgagatgtaaattgaaacaagtattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TGGCAACCAGAGTTCTGCATGGATCAAGCTTGTTTAATAACTTTTGTAGGGA
Unaligned ( gi|33 ): ATACAGGGTGATCAAAATAGCTCACATTTAGTCTTCGGCACAGCTGAGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000 8888888888888888888888 11111111 111111 22222222222222 11111 22222222222222222 2222222222222222 2222222222222222 111111 11 1111 111111111 111111111111111 1 111111 22222
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666 7 1 1 1 4444444444444444444444 888 1 4 4 0 3 44444444 44 44 3 111111 33333333333333 66 0 2 4 00000 66666666666666666 9999999999999999 55 7777 44 666 2222222222222222 3 666 3 44 44 5 1 3 1 999999 3 1 2 99 33 33 333 444 33 2 777 6666 2 000000000 888888888888888 2 2 0 1 9999 2 5555 111111 33 1 7 777777 2 22222
lowQualScore : ................................ . . . . ...................... ... . . . . . ........ .. .. . ...... .............. .. . . . ..... ................. ................ .. .... .. ... ................ . ... . .. .. . . . . ...... . . . .. .. .. ... ... .. . ... .... . ......... ............... . . . . .... . .... ...... .. . . ...... . .....
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000 0 3 0 0 5555555555555555555555 888 0 4 4 7 2 55555555 66 66 9 555555 22222222222222 11 1 8 0 00000 00000000000000000 2222222222222222 00 7777 22 444 2222222222222222 6 444 3 66 33 4 3 6 3 555555 9 0 1 44 22 22 777 666 22 4 333 3333 7 000000000 111111111111111 7 7 7 1 2222 7 7777 333333 77 7 3 777777 4 88888
consensus : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--C-T---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAA-A-GAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
Reference ( family-6197 ) : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--C-T---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAA-A-GAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
gi|1 : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTTACTAGCTAATTACCTGGCTCCGGTTATTAACCA------AACAATTGAATTCATATCATAATTGTGTTTCACAATGATGTCTCACTATTCTAAGTTTCAAACAAGAAGGCCACAATGGTTCTTATATCGTTCACCTGTTGCTATGTTATCTGGTGGCCAT-----ATGTTGTTTTTTTTTTAAAAA---AAGGTAA-TTTT-CTCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCATCTCTTTTAAAGGAAAA------AAA--------A-----TCAAAT--------TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACACGAAGAGT---CACA--AT--GA--CACATA-AAGG--C-T---AAAA----AAAGT---------AAAACAAA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAAAA-GAGA-GGGATTAAC----CC------C--ACAATGAAATTTTGTACAGAAATGGTA-TGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAACCGTCGGCTCATGTGAG
gi|10 : ctc--CACA--AT--AG--TTCACG-TAAG--C-T---AAAACTGAAA-G-----------AAAC-CG-----------A---ATT-A-AAAACAAGA-ATAAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAAAGACATTATGTAAAGAAATGGTATTGTGGT------GTTAAAGTTATTAACCTCGCAATA-CCGACCTTA
gi|10 : gatGGACGGACGTACGACTTACGAAGAGTGGTCACA--AT--AACTCACAT--TAAG--C-ccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaggacggacgtacgacttacgaagagtggtcacaataactcacattaagcctttgactcagg
gi|11 : gatcacaatagttcacgtaagctaaaactgaaagaaaccgaattaaaaacaagaataagaggaattaaccccacaaagacattatgtaaagaaatggtattgtggtgttaaagttattaacctcgcaataccgaccttaccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaAGTTCA-TTTA-AGCTATTTTGGTAGAAGGTCACATGTATATTGAATGATCCTTTGTACCAAATTATTTTGAAAAC-TGACCctttgactcagg
gi|12 : tttctactagtacaatacaatctaataaaatctgaatattatgtattttatcatatcaatttcgtctcagccagtttggttgttcctacaaaattcagagatgttgtctgaagcaatttcttccctctataaaaaagttatatagatataagacatgtttttaaacaggcccTTTTGGCAGAGGGTCATAT--------ACTGATAATTTATACCAAATTGTTTTGAAATC-TGACCACCGGTTTTAAAGTAGAATATTTTAAA---A----A-----T--A----TTTCC-TTTAC-----GTTGCCATGGCAACAAG--------AGTTC--------CGC-----ATGTA--CGA----AGTTT-GTTTTAG---CA-----A--T-------TTTGG-TAGAGGACT---ATCCAC-G--GGCCCTTCTTGTGGTGTTTTGATTAAAATAGAATGAGCGGATTAAGA--AGGTGTCGTTTGAAGCAATTATTTAC
gi|13 : ACGAACGAAGAATGATCACAGTAT--CT--CACATT-GATC--C-T---TTAA----AA-GT---------GATAGAAA-----------ATGCATT-A-AAA------------ATGGAATTAAC----CC------A--ACAATGGCATTTTGTGCATAAATGGTATTGTGGC------ATTAATG-CTCTAGACACAC-AT--T--ACCTT
gi|13 : ----TGCGCATGTACAGACGGACGTACAACGGACGAATAGTccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatgtgcgcatgtacagacggacgtacaacggacgaatagtgataccaagagctcac
gi|14 : acgaacgaagaatgatcacagtatctcacattgatcctttaaaagtgatagaaaatgcattaaaaatggaattaacccaacaatggcattttgtgcataaatggtattgtggcattaatgctctagacacacattaccttccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatg---AAGTTTA-TATT-AGTCATTTGGGTAGAGGGTTTTGT--------ACTGCTTGTTTCTACAAAATTGTTTTG-AATACTGATCACTGGTCTCAGAG----A------AGA---T----GGTTTTT--AAAGAATTTCATTTCC-----ATTACCAT--------GACA-----AGTTCACAACCAAAATCCTGCATTTA--TC-----AATTT-GGTTTAGGACTT-----T--TTTTTATATTTAG-TAGAAGAAT---ATTCAA-G--AATCATTCTTATCATA--TTATTTTGAAgataccaagagctcac
gi|15 : ttcTTCACATCATATTTTTGTTTCACAATGATGCCTCACTATTTTAAGCATCAAACAAGAGGGCCACATTGGTTCTTTTATCGTTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGCGGTCAGTTTTTA---------------AACGAGTCAAGTTTA-TTTT-CGTAGTTTGGGTAAGGGATTAGAT--------ATTGATAATTTGTACTAAATTATTCTAAAATC-TAACTA-----TGTGAAAAGGAA------A
gi|16 : AGTA--CACA--AT--GG--CACTTG-TAAG--CTT---AAAC----AA-GT---------AAACCA-A-----------ATGCATA-A-AAA-CATAA-A--AGA-GGAATTTAC----CCGG----CCAACAAAGACATTTTGTACAGAAATGGCATTTAGGT------AATAGTGTTT----CCCCACAATGAC--ACCtgaaaaaaaa
gi|17 : aatgatgaacagtacaccTA--GACA--AT--GG--CGCATG-TAAA--C-T---AAAAC---AA-GT---------AAAA---A-----------ATGCAGT-A-AAAACAAAA-A-AAGG-GGAATAAAC----TC------C--ATATTGGCATTTTGTACAGAAATGGTATTGAGAT------GTTAATGTTTTTAGTCCCGTAAT-----ACCccttcaaatagtgtgggca
gi|18 : CGACGAACAAAGAGTGATCACA--AT--AG--CTCATT-CAAG--C-T---AAAA----CA-GT---------AAAAgtccccacaatggaaccccttaaagtagtgtcggca
gi|19 : T---------AAAA---A-----------ATACATT-ACAAA-CTAAA-A-AAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTGCAGAAATGGTATTGAGGTGTAACAGTTAATG-TTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgaaattgatggtatggtggtgttagagtttttaagccctgtaattccgtcctcattccatactggcagtatgccgaaataaataatcccttaaagtaatgtgg
gi|2 : tTTCATCAACCAGCACCCTTGGATTTGACTAGCT------------------------CATTGACAAACAATTGAATTTACATCCTAATTGTGTTTCGTAACGATGCCTCGCCGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTTCCC------A---------------AAAAA---A-GTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTCTAAAGAGGAT------AAA---T----A-----T--AATGTTTT-C-TTAAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GATAGGG-ATCGAGTTCGTTTTAGTTC---TTNNN---NN-----N--N-------NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGCACGAAGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TCA-CAAAA-C-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-AGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTTAGCTCAGGTGAGgttcttaccccccactatggcacccctttaagtagtgcgtgca
gi|20 : ctcAATA--CGCA--AT--GA--CACATG-TAAG--C-T---AAAAG---AA-GT---------AAAACA-A-----------ATGCATT-G-AAATCATAA-A-AAGA-AGAATTAACCCGGCC------C--GCAGAAGCATTTTGTACAAAAATGGCATTGAATT------GTTA------TTAGCCCCGCAAT-----ACC
gi|21 : aagagtacacaGTA--TGCA--AT--GA--CACATG-TAAG--C-T---AAAAC---AA-GT---------CAAACA-A-----------ATGCATT-A-AAATCATAA-A-AAGA-GGAATTAAC----CCAGCCCGC--AAAATGGCAC-----------ATGGCATTGAGGT------GTTAGTGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgtc
gi|22 : TCACATCATGATTTTGTTTCACAATGATGTCTCACTATTTTAAATATCAACCAAGAGGGCCACAATTGGTCTTTTATCGCTCACCTGGTGCTATATTCTCTGGTGGCCA------g
gi|23 : T------------------------CA------AACAACTGAATTCACATCACAATTTTGTTTCATAACGATGCACCACTATTTTAAGTAGCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTTTATCGCTCACCTGGTACTATGTTtgtt
gi|24 : CCACCGTTTTTTA--GGGAA------ATA---TTTTTA-----G--ATTGTTTTCC-TTGAG-----GCTATCAT--------GGCAACCAGAGTTC--------CGT-----ATGGG--TCG----AGTTC-GTTTTAA---CT-----A--T-------TT
gi|25 : AA-G--GATCATTCTTGCCGTG-TTTGATTTTAATCTGATGAGCTTATTCA---GAGATGTTTTTTAAAGCAATTATTTATG----GACGGTCAAACAAATGGgga
gi|26 : atATAATAAGTTTGTTTCACAACAATGCCTCCCTACTTTAAGTATCAAACAATAGTGCCACAATGGTTCTTTAATCGCTCACCTGGTGCTATGT
gi|27 : ACAATGATACCTCCCTCTTTAAAGTATCAAACAAGAGGGTCGCTATGGTTCTTTTATCGCTCACTTAGTGCTATGTT
gi|28 : ta-----ACGGA--TCG----AGTCC-ATTTGAG---CT-----G--T-------TTTGG-TAGAAAGTC---GCACAC-T--GATCATT--TGTG
gi|29 : atgtttttaaTTTCACAATGATGCATCACTAAGTTAAGTCTTAAACAAGAGGGCCACGATGGTCCTTGTATCGCTtaaaatt
gi|3 : aTTCATCAACCAGCACCATTTGATATGACTAGCT------------------------CA------AACAA--------ACGTCCTAATTGTGTTTCACAACGATGTCTCAACGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTAATTTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTATACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCAC-TTTAAAGGTAGA------AAA---T----A-----T--CATATTTTTC-TTTTC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GTT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGA-CAGAAAACT---ATCCAA-G--GATTATTCCTGTAATG-GTTGCTAAAAATTGCATGAGCGGATTTAGAGGAGATGTATTTTGAAG----TGTTTACT----AACGGACATACGGACGGACGGACGACGCACGAAGAATA--CACA--AT--GA--ATCATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACACTGACATTTTGTACAGAAACAGTA-AGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAAC
gi|30 : TCAAAATGATGCATCACTAAATTAAGTCTTGAACAAGAGGGCCACGGTGCACCTTGTATCGCT
gi|31 : TTAGATGAGTGGATTAACAGGCGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTATT----TACGGATGCATGG
gi|4 : TTTTCC-TTTAC-----GTTGCCA---------G--------AGTTC--------CCT-----ATGGA--TCG----AGTTC---TTTGC---TTA----T--T-------TTTGG-TAGAGGACC---ATCCAATGATGATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAATTCATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACAAACACACGGACGAACAAACGAAGGAAGAAGAGTGGTCGCA--AT--AG--CTCATGTAAAA--C-TA--AAAA----AA-GTGCCAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACATGCATT-A-AAA-CAAAA-T-AAGA-GAAATGACC----CC------C--AAAATGGCATTTTGTTCAGAAATGTTATTGTCGT------GTTAATGTTTATAACCCCGCAAT--
gi|4 : ACGTATGGACGGACGTACGACGTACGAAGAGTGGTCACA--ATAGGG--CACCT--TAAG--C-actgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacacgtatggacggacgtacgacgtacgaagagtggtcacaatagggcaccttaagcgttcggc
gi|5 : ttttcctttacgttgccagagttccctatggatcgagttctttgcttatttttggtagaggaccatccaatgatgatcattcctgtggtgtttgctttaaattggatgaattcattcagaggaggtgtcttttgaagcaattgtttacttacaaacacacggacgaacaaacgaaggaagaagagtggtcgcaatagctcatgtaaaactaaaaaaagtgccaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaacatgcattaaaacaaaataagagaaatgacccccaaaatggcattttgttcagaaatgttattgtcgtgttaatgtttataaccccgcaatactgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacA---AAGTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTTTAAAGAGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAAGTGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-TAAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAGCgttcggc
gi|6 : tttA---AAGTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTTTAAAGAGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAAGTGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-TAAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAG
gi|7 : tttTTGGATAGAGACCT---AACTAA-G--GATCATTCCTGTGATG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCAAATTAAGAGGAA-TGTCATTTGAAACAATTGTTTATG----TACGGACGCACAGACGGACGAACGAATGACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-TAAG--C-T---AAAAC---AA-GT---------AAA--ATA-----------AGACATTAA-AAA-CAACA----AAA-AGAATTAAC----CC------C--ACATTGGCATTTCGTAAAGAAATGGTATCGAGGT------GTAAATGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACC
gi|8 : ---AAGTTCA-TTTTACCTAATTT-GGTAGAG--TTATAT--------ACTGATAATTTGTACCAAATTACTTTAAAATC-TGATCACCAGTTTTAAA-GGTAA------AGATTTT----T-----T--AAAGTTTTTC-CTTCCTTTTTGTTGC--T--------G--------A--------------------ATGGA--TCA----AGTTTGGTTTTA----TTAATAGCAAT-------TTTGG-TAGAAGATTCAAATCTAA-A--GAGCAgtccttatccctacaatgacatcccttcaagtagtgc
gi|9 : gctgtcgtataaaggaattttttccctctattaaacaagtcatatggatcatatAAACAATTGTTTAC--------GGACG----GACGGACGTACGA---ACGAAGATTGATCACA--AT--AT--CTCACT-TTGGTCC-TTTAAAAG----AA-AT---------AGAA---A-----------ATGCATT-A-AAA-TG------GAGA-A-AATTAAC-----------------AATGGCATTTTGTACAGAAATGGTATTGTGGC------GTTAATG-TTCTAGCCCCACAAT-----ACCgattaagacgagatgtaaattgaaacaagtattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TGGCAACCAGAGTTCTGCATGGATCAAGCTTGTTTAATAACTTTTGTAGGGA
Unaligned ( gi|33 ): ATACAGGGTGATCAAAATAGCTCACATTTAGTCTTCGGCACAGCTGAGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000 8888888888888888888888 11111111 111111 22222222222222 11111 22222222222222222 2222222222222222 2222222222222222 111111 11 1111 111111111 111111111111111 1 111111 22222
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666 7 1 1 1 4444444444444444444444 888 1 4 4 0 3 44444444 44 44 3 111111 33333333333333 66 0 2 4 00000 66666666666666666 9999999999999999 55 7777 44 666 2222222222222222 3 666 3 44 44 5 1 3 1 999999 3 1 2 99 33 33 333 444 33 2 777 6666 2 000000000 888888888888888 2 2 0 1 9999 2 5555 111111 33 1 7 777777 2 22222
lowQualScore : ................................ . . . . ...................... ... . . . . . ........ .. .. . ...... .............. .. . . . ..... ................. ................ .. .... .. ... ................ . ... . .. .. . . . . ...... . . . .. .. .. ... ... .. . ... .... . ......... ............... . . . . .... . .... ...... .. . . ...... . .....
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000 0 3 0 0 5555555555555555555555 888 0 4 4 7 2 55555555 66 66 9 555555 22222222222222 11 1 8 0 00000 00000000000000000 2222222222222222 00 7777 22 444 2222222222222222 6 444 3 66 33 4 3 6 3 555555 9 0 1 44 22 22 777 666 22 4 333 3333 7 000000000 111111111111111 7 7 7 1 2222 7 7777 333333 77 7 3 777777 4 88888
consensus : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--C-T---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAA-A-GAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
Reference ( family-6197 ) : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--C-T---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAA-A-GAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
gi|1 : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTTACTAGCTAATTACCTGGCTCCGGTTATTAACCA------AACAATTGAATTCATATCATAATTGTGTTTCACAATGATGTCTCACTATTCTAAGTTTCAAACAAGAAGGCCACAATGGTTCTTATATCGTTCACCTGTTGCTATGTTATCTGGTGGCCAT-----ATGTTGTTTTTTTTTTAAAAA---AAGGTAA-TTTT-CTCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCATCTCTTTTAAAGGAAAA------AAA--------A-----TCAAAT--------TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACACGAAGAGT---CACA--AT--GA--CACATA-AAGG--C-T---AAAA----AAAGT---------AAAACAAA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAAAA-GAGA-GGGATTAAC----CC------C--ACAATGAAATTTTGTACAGAAATGGTA-TGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAACCGTCGGCTCATGTGAG
gi|10 : ctc--CACA--AT--AG--TTCACG-TAAG--C-T---AAAACTGAAA-G-----------AAAC-CG-----------A---ATT-A-AAAACAAGA-ATAAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAAAGACATTATGTAAAGAAATGGTATTGTGGT------GTTAAAGTTATTAACCTCGCAATA-CCGACCTTA
gi|10 : gatGGACGGACGTACGACTTACGAAGAGTGGTCACA--AT--AACTCACAT--TAAG--C-ccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaggacggacgtacgacttacgaagagtggtcacaataactcacattaagcctttgactcagg
gi|11 : gatcacaatagttcacgtaagctaaaactgaaagaaaccgaattaaaaacaagaataagaggaattaaccccacaaagacattatgtaaagaaatggtattgtggtgttaaagttattaacctcgcaataccgaccttaccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaAGTTCA-TTTA-AGCTATTTTGGTAGAAGGTCACATGTATATTGAATGATCCTTTGTACCAAATTATTTTGAAAAC-TGACCctttgactcagg
gi|12 : tttctactagtacaatacaatctaataaaatctgaatattatgtattttatcatatcaatttcgtctcagccagtttggttgttcctacaaaattcagagatgttgtctgaagcaatttcttccctctataaaaaagttatatagatataagacatgtttttaaacaggcccTTTTGGCAGAGGGTCATAT--------ACTGATAATTTATACCAAATTGTTTTGAAATC-TGACCACCGGTTTTAAAGTAGAATATTTTAAA---A----A-----T--A----TTTCC-TTTAC-----GTTGCCATGGCAACAAG--------AGTTC--------CGC-----ATGTA--CGA----AGTTT-GTTTTAG---CA-----A--T-------TTTGG-TAGAGGACT---ATCCAC-G--GGCCCTTCTTGTGGTGTTTTGATTAAAATAGAATGAGCGGATTAAGA--AGGTGTCGTTTGAAGCAATTATTTAC
gi|13 : ACGAACGAAGAATGATCACAGTAT--CT--CACATT-GATC--C-T---TTAA----AA-GT---------GATAGAAA-----------ATGCATT-A-AAA------------ATGGAATTAAC----CC------A--ACAATGGCATTTTGTGCATAAATGGTATTGTGGC------ATTAATG-CTCTAGACACAC-AT--T--ACCTT
gi|13 : ----TGCGCATGTACAGACGGACGTACAACGGACGAATAGTccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatgtgcgcatgtacagacggacgtacaacggacgaatagtgataccaagagctcac
gi|14 : acgaacgaagaatgatcacagtatctcacattgatcctttaaaagtgatagaaaatgcattaaaaatggaattaacccaacaatggcattttgtgcataaatggtattgtggcattaatgctctagacacacattaccttccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatg---AAGTTTA-TATT-AGTCATTTGGGTAGAGGGTTTTGT--------ACTGCTTGTTTCTACAAAATTGTTTTG-AATACTGATCACTGGTCTCAGAG----A------AGA---T----GGTTTTT--AAAGAATTTCATTTCC-----ATTACCAT--------GACA-----AGTTCACAACCAAAATCCTGCATTTA--TC-----AATTT-GGTTTAGGACTT-----T--TTTTTATATTTAG-TAGAAGAAT---ATTCAA-G--AATCATTCTTATCATA--TTATTTTGAAgataccaagagctcac
gi|15 : ttcTTCACATCATATTTTTGTTTCACAATGATGCCTCACTATTTTAAGCATCAAACAAGAGGGCCACATTGGTTCTTTTATCGTTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGCGGTCAGTTTTTA---------------AACGAGTCAAGTTTA-TTTT-CGTAGTTTGGGTAAGGGATTAGAT--------ATTGATAATTTGTACTAAATTATTCTAAAATC-TAACTA-----TGTGAAAAGGAA------A
gi|16 : AGTA--CACA--AT--GG--CACTTG-TAAG--CTT---AAAC----AA-GT---------AAACCA-A-----------ATGCATA-A-AAA-CATAA-A--AGA-GGAATTTAC----CCGG----CCAACAAAGACATTTTGTACAGAAATGGCATTTAGGT------AATAGTGTTT----CCCCACAATGAC--ACCtgaaaaaaaa
gi|17 : aatgatgaacagtacaccTA--GACA--AT--GG--CGCATG-TAAA--C-T---AAAAC---AA-GT---------AAAA---A-----------ATGCAGT-A-AAAACAAAA-A-AAGG-GGAATAAAC----TC------C--ATATTGGCATTTTGTACAGAAATGGTATTGAGAT------GTTAATGTTTTTAGTCCCGTAAT-----ACCccttcaaatagtgtgggca
gi|18 : CGACGAACAAAGAGTGATCACA--AT--AG--CTCATT-CAAG--C-T---AAAA----CA-GT---------AAAAgtccccacaatggaaccccttaaagtagtgtcggca
gi|19 : T---------AAAA---A-----------ATACATT-ACAAA-CTAAA-A-AAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTGCAGAAATGGTATTGAGGTGTAACAGTTAATG-TTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgaaattgatggtatggtggtgttagagtttttaagccctgtaattccgtcctcattccatactggcagtatgccgaaataaataatcccttaaagtaatgtgg
gi|2 : tTTCATCAACCAGCACCCTTGGATTTGACTAGCT------------------------CATTGACAAACAATTGAATTTACATCCTAATTGTGTTTCGTAACGATGCCTCGCCGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTTCCC------A---------------AAAAA---A-GTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTCTAAAGAGGAT------AAA---T----A-----T--AATGTTTT-C-TTAAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GATAGGG-ATCGAGTTCGTTTTAGTTC---TTNNN---NN-----N--N-------NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGCACGAAGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TCA-CAAAA-C-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-AGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTTAGCTCAGGTGAGgttcttaccccccactatggcacccctttaagtagtgcgtgca
gi|20 : ctcAATA--CGCA--AT--GA--CACATG-TAAG--C-T---AAAAG---AA-GT---------AAAACA-A-----------ATGCATT-G-AAATCATAA-A-AAGA-AGAATTAACCCGGCC------C--GCAGAAGCATTTTGTACAAAAATGGCATTGAATT------GTTA------TTAGCCCCGCAAT-----ACC
gi|21 : aagagtacacaGTA--TGCA--AT--GA--CACATG-TAAG--C-T---AAAAC---AA-GT---------CAAACA-A-----------ATGCATT-A-AAATCATAA-A-AAGA-GGAATTAAC----CCAGCCCGC--AAAATGGCAC-----------ATGGCATTGAGGT------GTTAGTGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgtc
gi|22 : TCACATCATGATTTTGTTTCACAATGATGTCTCACTATTTTAAATATCAACCAAGAGGGCCACAATTGGTCTTTTATCGCTCACCTGGTGCTATATTCTCTGGTGGCCA------g
gi|23 : T------------------------CA------AACAACTGAATTCACATCACAATTTTGTTTCATAACGATGCACCACTATTTTAAGTAGCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTTTATCGCTCACCTGGTACTATGTTtgtt
gi|24 : CCACCGTTTTTTA--GGGAA------ATA---TTTTTA-----G--ATTGTTTTCC-TTGAG-----GCTATCAT--------GGCAACCAGAGTTC--------CGT-----ATGGG--TCG----AGTTC-GTTTTAA---CT-----A--T-------TT
gi|25 : AA-G--GATCATTCTTGCCGTG-TTTGATTTTAATCTGATGAGCTTATTCA---GAGATGTTTTTTAAAGCAATTATTTATG----GACGGTCAAACAAATGGgga
gi|26 : atATAATAAGTTTGTTTCACAACAATGCCTCCCTACTTTAAGTATCAAACAATAGTGCCACAATGGTTCTTTAATCGCTCACCTGGTGCTATGT
gi|27 : ACAATGATACCTCCCTCTTTAAAGTATCAAACAAGAGGGTCGCTATGGTTCTTTTATCGCTCACTTAGTGCTATGTT
gi|28 : ta-----ACGGA--TCG----AGTCC-ATTTGAG---CT-----G--T-------TTTGG-TAGAAAGTC---GCACAC-T--GATCATT--TGTG
gi|29 : atgtttttaaTTTCACAATGATGCATCACTAAGTTAAGTCTTAAACAAGAGGGCCACGATGGTCCTTGTATCGCTtaaaatt
gi|3 : aTTCATCAACCAGCACCATTTGATATGACTAGCT------------------------CA------AACAA--------ACGTCCTAATTGTGTTTCACAACGATGTCTCAACGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTAATTTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTATACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCAC-TTTAAAGGTAGA------AAA---T----A-----T--CATATTTTTC-TTTTC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GTT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGA-CAGAAAACT---ATCCAA-G--GATTATTCCTGTAATG-GTTGCTAAAAATTGCATGAGCGGATTTAGAGGAGATGTATTTTGAAG----TGTTTACT----AACGGACATACGGACGGACGGACGACGCACGAAGAATA--CACA--AT--GA--ATCATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACACTGACATTTTGTACAGAAACAGTA-AGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAAC
gi|30 : TCAAAATGATGCATCACTAAATTAAGTCTTGAACAAGAGGGCCACGGTGCACCTTGTATCGCT
gi|31 : TTAGATGAGTGGATTAACAGGCGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTATT----TACGGATGCATGG
gi|4 : TTTTCC-TTTAC-----GTTGCCA---------G--------AGTTC--------CCT-----ATGGA--TCG----AGTTC---TTTGC---TTA----T--T-------TTTGG-TAGAGGACC---ATCCAATGATGATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAATTCATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACAAACACACGGACGAACAAACGAAGGAAGAAGAGTGGTCGCA--AT--AG--CTCATGTAAAA--C-TA--AAAA----AA-GTGCCAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACATGCATT-A-AAA-CAAAA-T-AAGA-GAAATGACC----CC------C--AAAATGGCATTTTGTTCAGAAATGTTATTGTCGT------GTTAATGTTTATAACCCCGCAAT--
gi|4 : ACGTATGGACGGACGTACGACGTACGAAGAGTGGTCACA--ATAGGG--CACCT--TAAG--C-actgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacacgtatggacggacgtacgacgtacgaagagtggtcacaatagggcaccttaagcgttcggc
gi|5 : ttttcctttacgttgccagagttccctatggatcgagttctttgcttatttttggtagaggaccatccaatgatgatcattcctgtggtgtttgctttaaattggatgaattcattcagaggaggtgtcttttgaagcaattgtttacttacaaacacacggacgaacaaacgaaggaagaagagtggtcgcaatagctcatgtaaaactaaaaaaagtgccaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaacatgcattaaaacaaaataagagaaatgacccccaaaatggcattttgttcagaaatgttattgtcgtgttaatgtttataaccccgcaatactgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacA---AAGTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTTTAAAGAGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAAGTGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-TAAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAGCgttcggc
gi|6 : tttA---AAGTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTTTAAAGAGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAAGTGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-TAAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAG
gi|7 : tttTTGGATAGAGACCT---AACTAA-G--GATCATTCCTGTGATG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCAAATTAAGAGGAA-TGTCATTTGAAACAATTGTTTATG----TACGGACGCACAGACGGACGAACGAATGACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-TAAG--C-T---AAAAC---AA-GT---------AAA--ATA-----------AGACATTAA-AAA-CAACA----AAA-AGAATTAAC----CC------C--ACATTGGCATTTCGTAAAGAAATGGTATCGAGGT------GTAAATGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACC
gi|8 : ---AAGTTCA-TTTTACCTAATTT-GGTAGAG--TTATAT--------ACTGATAATTTGTACCAAATTACTTTAAAATC-TGATCACCAGTTTTAAA-GGTAA------AGATTTT----T-----T--AAAGTTTTTC-CTTCCTTTTTGTTGC--T--------G--------A--------------------ATGGA--TCA----AGTTTGGTTTTA----TTAATAGCAAT-------TTTGG-TAGAAGATTCAAATCTAA-A--GAGCAgtccttatccctacaatgacatcccttcaagtagtgc
gi|9 : gctgtcgtataaaggaattttttccctctattaaacaagtcatatggatcatatAAACAATTGTTTAC--------GGACG----GACGGACGTACGA---ACGAAGATTGATCACA--AT--AT--CTCACT-TTGGTCC-TTTAAAAG----AA-AT---------AGAA---A-----------ATGCATT-A-AAA-TG------GAGA-A-AATTAAC-----------------AATGGCATTTTGTACAGAAATGGTATTGTGGC------GTTAATG-TTCTAGCCCCACAAT-----ACCgattaagacgagatgtaaattgaaacaagtattt
blockSeqs : CATTGACA T T A T GTTTTTA GTC C T A G GTATATTG AC GG T TATTTT TGGTTTT . C A TTTTT GGCAACAAG ACAACCAAAATCCTGC GT TTTT GG GAC TTTTTTATA A CAA T AT TT C A G C TANNNN T T T GT GT AG ACT GTA TC T TTA CTGA . GCCAAAAAA AACAAAAAAAAAAAC A C A A ATA T CCGG AGCCCG CA T T GTAACA T ACCG
blockSeqs : CA C G C A A . T . . G . C GG A . TTTTTA . T . . GGCAACCAG GATAGGG . . G . AATAGCAAT . . . . N N N N N TANNNN N T A AT . . G GT . . A C . . GAAA . . A T AA . . GG . T T . T GAC
blockSeqs : CA . T A T A . T . . G . C AC A . TTTTT . C . . GACA CGC . . G . ATT . . . . T C C A T NN A N G AT . . T TG . . . G . . CACA . . T A AA . . . . T T . T T
blockSeqs : T A T . A . . A . C GT G . AA . T . . G CGT . . G . AT . . . . G C T A A GG T G A GT . . G GT . . . C . . CACA . . T A CG . . . . T T . T C
blockSeqs : T A T . A . . T . A AC G . TA . C . . G GTT . . A . NN . . . . T T A G C TA C A C GT . . G GT . . . C . . CACA . . . A AA . . . . T T . T C
blockSeqs : G A T . A . . T . A AC A . TA . T . . G CCT . . G . AT . . . . T T C G C TT C T C AT . . G TC . . . . . . CACA . . . T AA . . . . C T . T C
blockSeqs : C G . A . . T . A AC A . TA . T . . G GAT . . G . GT . . . . T C C A A TT T N G . . . A GA . . . . . . CCG . . . T AG . . . . T T . T C
blockSeqs : C A C . . T . A AG G . TA . T . . G GAT . . G . CT . . . . T . C A A GT N N T . . . A GT . . . . . . CAA . . . A TA . . . . T T . T .
blockSeqs : C G . . C . . . . . . G . . . . . CT . . . . . . A . C . N A C . . . A GT . . . . . . CAA . . . A AG . . . . C T . T .
blockSeqs : . . . . CT . . . . C T C . . . A GA . . . . . . CAA . . . A AG . . . . T T . T .
blockSeqs : . . . G . . . G GA . . . . . . ATA . . . A A . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . G GA . . . . . . A . . . A G . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . A GT . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . A TT . . . . . . A . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . G T . . .
blockSeqs : . . . T T . .
blockSeqCons : TA************ ** AG** C****
originalCons : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--C-T---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAA-A-GAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
finalCons : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAA------AAATA------------T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--C-T---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAAAG--AGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAATC----ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TGGCAACCAGAGTTCTGCATGGATCAAGCTTGTTTAATAACTTTTGTAGGGA
Unaligned ( gi|33 ): ATACAGGGTGATCAAAATAGCTCACATTTAGTCTTCGGCACAGCTGAGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000 8888888888888888888888 11111111 111111 22222222222222 11111 22222222222222222 2222222222222222 2222222222222222 111111 11 1111 111111111 111111111111111 1 111111 22222
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666 7 1 1 1 4444444444444444444444 888 1 4 4 0 3 44444444 44 44 3 111111 33333333333333 66 0 2 4 00000 66666666666666666 9999999999999999 55 7777 44 666 2222222222222222 3 666 3 44 44 5 1 3 1 999999 3 1 2 99 33 33 333 444 33 2 777 6666 2 000000000 888888888888888 2 2 0 1 9999 2 5555 111111 33 1 7 777777 2 22222
lowQualScore : ................................ . . . . ...................... ... . . . . . ........ .. .. . ...... .............. .. . . . ..... ................. ................ .. .... .. ... ................ . ... . .. .. . . . . ...... . . . .. .. .. ... ... .. . ... .... . ......... ............... . . . . .... . .... ...... .. . . ...... . .....
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000 0 3 0 0 5555555555555555555555 888 0 4 4 7 2 55555555 66 66 9 555555 22222222222222 11 1 8 0 00000 00000000000000000 2222222222222222 00 7777 22 444 2222222222222222 6 444 3 66 33 4 3 6 3 555555 9 0 1 44 22 22 777 666 22 4 333 3333 7 000000000 111111111111111 7 7 7 1 2222 7 7777 333333 77 7 3 777777 4 88888
consensus : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--C-T---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAA-A-GAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
Reference ( family-6197 ) : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTGACTAGCT------------------------CA------AACAATTGAATTCACATCATAATTTTGTTTCACAACGATGCCTCACTATTTTAAGTNTCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTNTATCGCTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGTGGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTNA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCGCTTTTAAAGGGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCGGATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACGGACGCACGGACGGACGNACGACGNACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-NAAG--C-T---AAAA----AA-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAA-A-GAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTACAGAAACGGTATTGAGGT------GTTAATGTTTTTAGCCCCGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAGC
gi|1 : TTCATCAACCAGCACCCTTTGATTTTACTAGCTAATTACCTGGCTCCGGTTATTAACCA------AACAATTGAATTCATATCATAATTGTGTTTCACAATGATGTCTCACTATTCTAAGTTTCAAACAAGAAGGCCACAATGGTTCTTATATCGTTCACCTGTTGCTATGTTATCTGGTGGCCAT-----ATGTTGTTTTTTTTTTAAAAA---AAGGTAA-TTTT-CTCAATTTTGGTAGAGGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCATCTCTTTTAAAGGAAAA------AAA--------A-----TCAAAT--------TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACACGAAGAGT---CACA--AT--GA--CACATA-AAGG--C-T---AAAA----AAAGT---------AAAACAAA-----------ATGCATT-A-AAA-CAAAAAA-GAGA-GGGATTAAC----CC------C--ACAATGAAATTTTGTACAGAAATGGTA-TGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAACCGTCGGCTCATGTGAG
gi|10 : ctc--CACA--AT--AG--TTCACG-TAAG--C-T---AAAACTGAAA-G-----------AAAC-CG-----------A---ATT-A-AAAACAAGA-ATAAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAAAGACATTATGTAAAGAAATGGTATTGTGGT------GTTAAAGTTATTAACCTCGCAATA-CCGACCTTA
gi|10 : gatGGACGGACGTACGACTTACGAAGAGTGGTCACA--AT--AACTCACAT--TAAG--C-ccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaggacggacgtacgacttacgaagagtggtcacaataactcacattaagcctttgactcagg
gi|11 : gatcacaatagttcacgtaagctaaaactgaaagaaaccgaattaaaaacaagaataagaggaattaaccccacaaagacattatgtaaagaaatggtattgtggtgttaaagttattaacctcgcaataccgaccttaccccacaatgtacagaaaattaaccccttaaaatattgtgggcatgtaaggaaAGTTCA-TTTA-AGCTATTTTGGTAGAAGGTCACATGTATATTGAATGATCCTTTGTACCAAATTATTTTGAAAAC-TGACCctttgactcagg
gi|12 : tttctactagtacaatacaatctaataaaatctgaatattatgtattttatcatatcaatttcgtctcagccagtttggttgttcctacaaaattcagagatgttgtctgaagcaatttcttccctctataaaaaagttatatagatataagacatgtttttaaacaggcccTTTTGGCAGAGGGTCATAT--------ACTGATAATTTATACCAAATTGTTTTGAAATC-TGACCACCGGTTTTAAAGTAGAATATTTTAAA---A----A-----T--A----TTTCC-TTTAC-----GTTGCCATGGCAACAAG--------AGTTC--------CGC-----ATGTA--CGA----AGTTT-GTTTTAG---CA-----A--T-------TTTGG-TAGAGGACT---ATCCAC-G--GGCCCTTCTTGTGGTGTTTTGATTAAAATAGAATGAGCGGATTAAGA--AGGTGTCGTTTGAAGCAATTATTTAC
gi|13 : ACGAACGAAGAATGATCACAGTAT--CT--CACATT-GATC--C-T---TTAA----AA-GT---------GATAGAAA-----------ATGCATT-A-AAA------------ATGGAATTAAC----CC------A--ACAATGGCATTTTGTGCATAAATGGTATTGTGGC------ATTAATG-CTCTAGACACAC-AT--T--ACCTT
gi|13 : ----TGCGCATGTACAGACGGACGTACAACGGACGAATAGTccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatgtgcgcatgtacagacggacgtacaacggacgaatagtgataccaagagctcac
gi|14 : acgaacgaagaatgatcacagtatctcacattgatcctttaaaagtgatagaaaatgcattaaaaatggaattaacccaacaatggcattttgtgcataaatggtattgtggcattaatgctctagacacacattaccttccttaccccacaatagcagtctgtcatcacttaagtaatg---AAGTTTA-TATT-AGTCATTTGGGTAGAGGGTTTTGT--------ACTGCTTGTTTCTACAAAATTGTTTTG-AATACTGATCACTGGTCTCAGAG----A------AGA---T----GGTTTTT--AAAGAATTTCATTTCC-----ATTACCAT--------GACA-----AGTTCACAACCAAAATCCTGCATTTA--TC-----AATTT-GGTTTAGGACTT-----T--TTTTTATATTTAG-TAGAAGAAT---ATTCAA-G--AATCATTCTTATCATA--TTATTTTGAAgataccaagagctcac
gi|15 : ttcTTCACATCATATTTTTGTTTCACAATGATGCCTCACTATTTTAAGCATCAAACAAGAGGGCCACATTGGTTCTTTTATCGTTCACCTGGTGCTATGTTCTCTGGCGGTCAGTTTTTA---------------AACGAGTCAAGTTTA-TTTT-CGTAGTTTGGGTAAGGGATTAGAT--------ATTGATAATTTGTACTAAATTATTCTAAAATC-TAACTA-----TGTGAAAAGGAA------A
gi|16 : AGTA--CACA--AT--GG--CACTTG-TAAG--CTT---AAAC----AA-GT---------AAACCA-A-----------ATGCATA-A-AAA-CATAA-A--AGA-GGAATTTAC----CCGG----CCAACAAAGACATTTTGTACAGAAATGGCATTTAGGT------AATAGTGTTT----CCCCACAATGAC--ACCtgaaaaaaaa
gi|17 : aatgatgaacagtacaccTA--GACA--AT--GG--CGCATG-TAAA--C-T---AAAAC---AA-GT---------AAAA---A-----------ATGCAGT-A-AAAACAAAA-A-AAGG-GGAATAAAC----TC------C--ATATTGGCATTTTGTACAGAAATGGTATTGAGAT------GTTAATGTTTTTAGTCCCGTAAT-----ACCccttcaaatagtgtgggca
gi|18 : CGACGAACAAAGAGTGATCACA--AT--AG--CTCATT-CAAG--C-T---AAAA----CA-GT---------AAAAgtccccacaatggaaccccttaaagtagtgtcggca
gi|19 : T---------AAAA---A-----------ATACATT-ACAAA-CTAAA-A-AAGA-GGAATTAAC----CC------C--ACAATGGCATTTTGTGCAGAAATGGTATTGAGGTGTAACAGTTAATG-TTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgaaattgatggtatggtggtgttagagtttttaagccctgtaattccgtcctcattccatactggcagtatgccgaaataaataatcccttaaagtaatgtgg
gi|2 : tTTCATCAACCAGCACCCTTGGATTTGACTAGCT------------------------CATTGACAAACAATTGAATTTACATCCTAATTGTGTTTCGTAACGATGCCTCGCCGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTTCCC------A---------------AAAAA---A-GTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTCTAAAGAGGAT------AAA---T----A-----T--AATGTTTT-C-TTAAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GATAGGG-ATCGAGTTCGTTTTAGTTC---TTNNN---NN-----N--N-------NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGCACGAAGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TCA-CAAAA-C-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-AGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTTAGCTCAGGTGAGgttcttaccccccactatggcacccctttaagtagtgcgtgca
gi|20 : ctcAATA--CGCA--AT--GA--CACATG-TAAG--C-T---AAAAG---AA-GT---------AAAACA-A-----------ATGCATT-G-AAATCATAA-A-AAGA-AGAATTAACCCGGCC------C--GCAGAAGCATTTTGTACAAAAATGGCATTGAATT------GTTA------TTAGCCCCGCAAT-----ACC
gi|21 : aagagtacacaGTA--TGCA--AT--GA--CACATG-TAAG--C-T---AAAAC---AA-GT---------CAAACA-A-----------ATGCATT-A-AAATCATAA-A-AAGA-GGAATTAAC----CCAGCCCGC--AAAATGGCAC-----------ATGGCATTGAGGT------GTTAGTGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACCgtc
gi|22 : TCACATCATGATTTTGTTTCACAATGATGTCTCACTATTTTAAATATCAACCAAGAGGGCCACAATTGGTCTTTTATCGCTCACCTGGTGCTATATTCTCTGGTGGCCA------g
gi|23 : T------------------------CA------AACAACTGAATTCACATCACAATTTTGTTTCATAACGATGCACCACTATTTTAAGTAGCAAACAAGAGGGCCACAATGGTTCTTTTATCGCTCACCTGGTACTATGTTtgtt
gi|24 : CCACCGTTTTTTA--GGGAA------ATA---TTTTTA-----G--ATTGTTTTCC-TTGAG-----GCTATCAT--------GGCAACCAGAGTTC--------CGT-----ATGGG--TCG----AGTTC-GTTTTAA---CT-----A--T-------TT
gi|25 : AA-G--GATCATTCTTGCCGTG-TTTGATTTTAATCTGATGAGCTTATTCA---GAGATGTTTTTTAAAGCAATTATTTATG----GACGGTCAAACAAATGGgga
gi|26 : atATAATAAGTTTGTTTCACAACAATGCCTCCCTACTTTAAGTATCAAACAATAGTGCCACAATGGTTCTTTAATCGCTCACCTGGTGCTATGT
gi|27 : ACAATGATACCTCCCTCTTTAAAGTATCAAACAAGAGGGTCGCTATGGTTCTTTTATCGCTCACTTAGTGCTATGTT
gi|28 : ta-----ACGGA--TCG----AGTCC-ATTTGAG---CT-----G--T-------TTTGG-TAGAAAGTC---GCACAC-T--GATCATT--TGTG
gi|29 : atgtttttaaTTTCACAATGATGCATCACTAAGTTAAGTCTTAAACAAGAGGGCCACGATGGTCCTTGTATCGCTtaaaatt
gi|3 : aTTCATCAACCAGCACCATTTGATATGACTAGCT------------------------CA------AACAA--------ACGTCCTAATTGTGTTTCACAACGATGTCTCAACGTTTTAAGTCTCAAACAAAAGGGCCACAATGGTTCTTATATCGCTCACCTGTTGGTATGTTCTCTGGTTGCCA------A---------------AAAAA---AAGTTAATTTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTATACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCAC-TTTAAAGGTAGA------AAA---T----A-----T--CATATTTTTC-TTTTC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GTT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGA-CAGAAAACT---ATCCAA-G--GATTATTCCTGTAATG-GTTGCTAAAAATTGCATGAGCGGATTTAGAGGAGATGTATTTTGAAG----TGTTTACT----AACGGACATACGGACGGACGGACGACGCACGAAGAATA--CACA--AT--GA--ATCATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACACTGACATTTTGTACAGAAACAGTA-AGAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTGCAAT--C--ACCTTAAGCCGTCGGCTCAGGTGAAC
gi|30 : TCAAAATGATGCATCACTAAATTAAGTCTTGAACAAGAGGGCCACGGTGCACCTTGTATCGCT
gi|31 : TTAGATGAGTGGATTAACAGGCGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTATT----TACGGATGCATGG
gi|4 : TTTTCC-TTTAC-----GTTGCCA---------G--------AGTTC--------CCT-----ATGGA--TCG----AGTTC---TTTGC---TTA----T--T-------TTTGG-TAGAGGACC---ATCCAATGATGATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGGATGAATTCATTCAGAGGAGGTGTCTTTTGAAGCAATTGTTTACT----TACAAACACACGGACGAACAAACGAAGGAAGAAGAGTGGTCGCA--AT--AG--CTCATGTAAAA--C-TA--AAAA----AA-GTGCCAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACATGCATT-A-AAA-CAAAA-T-AAGA-GAAATGACC----CC------C--AAAATGGCATTTTGTTCAGAAATGTTATTGTCGT------GTTAATGTTTATAACCCCGCAAT--
gi|4 : ACGTATGGACGGACGTACGACGTACGAAGAGTGGTCACA--ATAGGG--CACCT--TAAG--C-actgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacacgtatggacggacgtacgacgtacgaagagtggtcacaatagggcaccttaagcgttcggc
gi|5 : ttttcctttacgttgccagagttccctatggatcgagttctttgcttatttttggtagaggaccatccaatgatgatcattcctgtggtgtttgctttaaattggatgaattcattcagaggaggtgtcttttgaagcaattgtttacttacaaacacacggacgaacaaacgaaggaagaagagtggtcgcaatagctcatgtaaaactaaaaaaagtgccaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaacatgcattaaaacaaaataagagaaatgacccccaaaatggcattttgttcagaaatgttattgtcgtgttaatgtttataaccccgcaatactgtcaatgcccatcaatgacagtatggacagatacataacccattgtggacA---AAGTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTTTAAAGAGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAAGTGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-TAAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAGCgttcggc
gi|6 : tttA---AAGTTAA-TTTT-CGCAATTTTGGTAGAAGTTTACAT--------ACTGATAGTTTGTACCAAATTGTTTTGAAATA-TGACCACCACTTTTAAAGAGGAA------AAA---T----A-----T--AATGTTTTTC-TTTAC-----GTTGCCAT--------G--------AGTTC--------GAT-----ATGGA--TCG----AGTTC-GTTTTAG---TT-----C--T-------TTTGG-TAGAAGACT---ATCCAA-G--GATCATTCCTGTGGTG-TTTGCTTTAAATTGAATGAG-GGATTCAGAGGAGATGTATTTTGAAACAAGTGTTTACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACGGTGAATA--CACA--AT--GA--TACATG-AAAG--C-T---AAAA----AG-GT---------AAAACACA-----------ATGCATT-A-TAA-CAAAA-A-GAGA-AGGATTAAC----CC------C--ACAATGACATTTTGTACAGAAACAGTA-TAAGGT------GTTGATGTTTTTAGCCCTACAAT--C--ACCTTAAGTCGTCGGCTCAGGTGAG
gi|7 : tttTTGGATAGAGACCT---AACTAA-G--GATCATTCCTGTGATG-TTTGCTTTAAATTGGATGAGCAAATTAAGAGGAA-TGTCATTTGAAACAATTGTTTATG----TACGGACGCACAGACGGACGAACGAATGACGAAGAGTA--CACA--AT--GG--CACATG-TAAG--C-T---AAAAC---AA-GT---------AAA--ATA-----------AGACATTAA-AAA-CAACA----AAA-AGAATTAAC----CC------C--ACATTGGCATTTCGTAAAGAAATGGTATCGAGGT------GTAAATGTTTTTAGCCCCGCAAT-----ACC
gi|8 : ---AAGTTCA-TTTTACCTAATTT-GGTAGAG--TTATAT--------ACTGATAATTTGTACCAAATTACTTTAAAATC-TGATCACCAGTTTTAAA-GGTAA------AGATTTT----T-----T--AAAGTTTTTC-CTTCCTTTTTGTTGC--T--------G--------A--------------------ATGGA--TCA----AGTTTGGTTTTA----TTAATAGCAAT-------TTTGG-TAGAAGATTCAAATCTAA-A--GAGCAgtccttatccctacaatgacatcccttcaagtagtgc
gi|9 : gctgtcgtataaaggaattttttccctctattaaacaagtcatatggatcatatAAACAATTGTTTAC--------GGACG----GACGGACGTACGA---ACGAAGATTGATCACA--AT--AT--CTCACT-TTGGTCC-TTTAAAAG----AA-AT---------AGAA---A-----------ATGCATT-A-AAA-TG------GAGA-A-AATTAAC-----------------AATGGCATTTTGTACAGAAATGGTATTGTGGC------GTTAATG-TTCTAGCCCCACAAT-----ACCgattaagacgagatgtaaattgaaacaagtattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TGGCAACCAGAGTTCTGCATGGATCAAGCTTGTTTAATAACTTTTGTAGGGA
Unaligned ( gi|33 ): ATACAGGGTGATCAAAATAGCTCACATTTAGTCTTCGGCACAGCTGAGC