lowQualScore : 1 111 333333333333333 11111 222 111 111111 1 11 111111 111 2222222222222222222222222222 11111 33333333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 111111 2222222 333333333333333333333 1 11 1 1 11 33333333333333 11 1 1111 33333 1 1 1 1 22222 111 11 33
lowQualScore : 5 111 222222222222222 5 44444 666 222 4 111111 0 0 4 00 555555 6 4 4 333 4 6666666666666666666666666666 777 00000 8 55555555555555 7777 3 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 999999999999999 000000 7777777 888888888888888888888 8 0 5 2 0 5 11 22 4 8 3 4 1 9 6 0 22 11 77777777777777 0 11 99 6 7777 2 4 0 11111 4 0 0 0 1 0 1 1 00000 777 33 00 2 0 9 33
lowQualScore : . ... ............... . ..... ... ... . ...... . . . .. ...... . . . ... . ............................ ... ..... . .............. .... . .. ................................................................................. . ............... ...... ....... ..................... . . . . . . .. .. . . . . . . . . .. .. .............. . .. .. . .... . . . ..... . . . . . . . . ..... ... .. .. . . . ..
lowQualScore : 0 777 666666666666666 4 33333 777 666 0 555555 3 8 0 88 555555 6 0 0 222 0 5555555555555555555555555555 000 00000 0 66666666666666 7777 6 00 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 222222222222222 888888 4444444 444444444444444444444 5 4 2 5 2 0 22 11 3 2 4 1 8 2 7 8 44 00 00000000000000 8 00 66 4 5555 0 0 7 22222 0 2 0 0 4 6 4 8 00000 666 88 88 5 8 2 22
consensus : TTCTTTATAATT---TATTTT------T--TT---TATTTCATA-----AATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATAAC-ACG-ATA------ATATAAT-A-AGTTN--ATG-CAC-A------------TATAG--------ACAA---TT-----CATAATGCTCGAC-TTTTT--T-C---------ATA----A-AAT--T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AAC----T-----ANG------T---TGCA--A---A-CA----TT--CAA----AATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAANAGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAA---N---TATTGAAGGAAGACAAGGGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAAGAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTGT--TGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTT-ATCGTATTTCANTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAC----GTAAGNACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGACATTTT-----GACATT--TATTGATGAAAATA--TAATAT-TTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
Reference ( gi|1 ) : TTGTTTATAATT---TATTTT------T--TT---TATTTTATA-----AATCAGCATATTTTAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATGTAAC-ACA-ATA------ATATCAT-A-AGTTT--ATG-CAC-A------------TATAG--------ACAA---TT-----CATAATGCTCGAC-TTTTT--T-C---------ATA----A-AAT--T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AAC----T-----AAG------T---TGC-------A-CA----TT--CAC----AATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAAAGTTTTTATTTTATAAGAGGG-----G--AAAA---T---TATTGAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGATTCATGGAGAA-AAG-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAGAGGACAAGAAGTGGAAAAATAATAGTATGTCGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTAT--TGGAGAAAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGATT-ATGGTATTCCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAA----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATATT-----GACATT--AATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|13 : TTCTTTCTAATTCAATATTTT------T--TC---CATAACTTG-----AATCAGCATAGTATAGCAAAACAAA-CATGGCCACACTACA------ATATAAC-ACACATA------CTATAAT-A-AG-TA--ACGACAT-C------------TATAA--------ACAA---TT-----CAAAATGCGCGAT-CTTTTCAT-T---------ATA----A-AAT--T----T-------------GT-----TCTG----C---TA-T----AAT----T-----
gi|3 : atTTTATACTT---TATTTT------T--TT----ATTTCATA-----AATCAGCATAGAATAGCAA--TAAAACATGGTCACAAAACA------ATATCAC-ATG-ATA------CTATAAT-A-AGTAA--CTG-CAT-A------------TATAGTAA-----ACAA---TT-----CCTAATGCTTGAC-TTTTTCAT-C---------ATA----A-AAT--T----T-------------GT-----T-------CCGATA-T----AAT----TGTAT-AAGCATATAT---TGC-------ATCAACT-CT--CAA----AATATTAAGAC-----CATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAAAGTTTATATTTTGTAAGAGGG-----A--AAAA---CAAGTCTTGAAGGAAGACAAAGGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAATAATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAGGAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATAAGTAGATGGCATTTTATTATGGGG---AAAAATCTCCATTTATTATTATGTTCCTGAAAAG-TT-Agtataaacatat
gi|5 : ttttatTTTATAATT---TATTTC------T--T-----ATTTCATA-----AATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATTAC-ACA-ATA------ATATCAC-A-AGTTT--ATT-CAT-AATGACAATTCATTATATTCAATATCACAA---TT-----CATAATGCTCGAC-TTTTT--TTC---------ATA----A-AAT--T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AAC----T-----ATG------T---TGC-------A-CAAACATT--TAA----AATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAATAATTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAAAAT---T-TTGAAGGAAGACAAGGGGTGAGTTTTGAGAACAGAA-ACAATTTTCATGGAGAA-AAG-ACTAAACACACAAGCTTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAAGAATAATATGTAGCCTTCCTA-TAATAAGTAGATGGCActtcttgcattgat
gi|7 : TTTATAATT---TATTTT------T--C-----ATTTCATA-----AATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCTAAATACA------ATATAAC-ACA-ATA------ATATAAT-A-AGTTT--ATG-CAC-A------------TACAG--------ACAA---TT-----CATAATGCTCGACTTTTTT--T-C---------AGG----A-AGT--T----T--------------T-----T-------T--------------------------G------T---TGCACAA---A-CA----CT--CAA----AATATTAAGAC-----AATATTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAACAGTTTATATTTTGTAAGAGGGA----A--AAAA---G---TCTTGAAGGAAGACAAAGGAGGTATTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTTATTGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAACAGATAA
gi|12 : taattTTATTATC---T-TTTTCAAGCAT--TT---TATTTAATA-----AATAAGCATAGTATAGCAA--AAAA----AGTCACCATACA------AT----------ATG------ATATTAC-ACAGT---------AG-A------------TATAG--------TTAT---TT-----CATGGTGGTCGGCATTTTTA-T-C---------ATATTCTT-AAT--T----T-------------TT-----T-------T---TA-
gi|8 : TAATT----ATTTT------TAATTAAATATTTTATACCATAAATCAGCATAGTATAGCAA---AAT-TATAG----AACACATAGTTGATTTAGTTGCG-ATAT-----ATATAAT-T-AGGTC--ATG-TGC----------------T-----------CAA---TTTTTTTCAAAATAT---AC-TTTTTA-T-CTTTGTTTAGATT----A-AAT--TGTTCT-------------GTGATTAT-------TA--TA-C----AAT----T-----ATG------T---GAA-------A-CA----TCGACACTTAAAACACCAAGAC-----TATGTTCGCTGTAAAATAATGTTTAATGCAA-------TGGTCTATAGAAGGGTAAAAA--AAAA---G---TATTTGAGGAAGATAA-AAGGAAGTTTG-------------AAGATTTATGAAGAAGAAA-AATAacataaaattgtattgtttttttttgttatagttatactgatatgtaatatcgacacttttaacgacaaaa
gi|6 : tt------T--TT---TATTTCATA-----AATCAACACAGTATTGCAA---AAA-CATATTCATAATATA------ACAGAAC-ACACATA------GTA-CATTG-AGTTGCAATA-CAT-A------------TAT-----------CAG---TT-----CATG-TGCTCGAC-TTTTT--TTC---------ATA----ATAAT--T----TTGATAAATAAAAAGT-----TAACTGTGT---TAAT----AAC----TTTATGAAA------TA--TCG-------A-CA----TT--AAA----AATACCAAGAC-----CTTGTTCGCTATAAAATAATGTTTAATGAAA-------TAGTTTATAAGAGGT-----ATTAAAA---G---TATGAAATGAACATAAAAGGAG-GTTT-GA----AGAAGACTAGATACATGAAG---AAG-AACAT---------TTTAC--AGAGGTAAAAGAAAGGAAGTGGAAAAAGAATaa
gi|17 : tttttttatttattattacttaaattaagtaTAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATCAC-ACG-ATA------ATATAAT-A-AGTTA--ATG-CAT-A------------TATAG--------ACAA---TT-----TATAATGCTGGAC-TTTTT--T-A---------AAA----A-AAA--TAAAAT-------------GT-----T-------T---AA-TTTTCA------T-----ATG------T---TGCACAA---A-CA----TT--CAA----AATATTAAGAC-----ACTGTTCGC
gi|9 : CAA--TAAA-CATGGTCACAATATA------ATATAAC-ACA-ATA------ATATAAT-A-AATTA--ATG-CAC-A------------TATAG--------ACAA---TT-----CATAATGCTCG------------------------A----A-AAT--T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AAC----T-----ATG------T---TGCACAA---A-CA----TT--CAA----AATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAAGGTTTGATGAAATAGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAAG-T---T-TTGAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATG
gi|14 : AAA-AATAATCATAATACA------ATATAAC-AC--ATATTTTTTATAGCCT-A---TTT--AGT-TACGA------------TATAT--------ATAATTCTT-----CATGGTGCTCGAC-TTTTTAAA-C---------ATA----A-AATCCT----T-------------TT-----G-------T---TA-C----AACTGTAT-----AAA------TATATGTAACACCGA-CA----GT--TAA----AAGACAAAGAC-----CATGTTCGCGATAAAATAA
gi|2 : TTTT--T-C---------ATA----A-AAT--T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AAC----T-----AAG------T---TGC-------A-CA----TT--CAC----AATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAAAGTTTTTATTTTATAAGAGGG-----G--AAAA---T---AATTGAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAGAGGACAAGAAGTGGAAAAATAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTAT--TGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTT-ATGGTATTCCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAA----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATATT-----GACATT--AATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTTc
gi|4 : cagtttgtgagtttgagtctgAAGACGGATAAATGTTCGCTAGAAAATAATATTTAATGAAAATG--------------GAGGT---------------T---TATTGGAGG--TACAA------ATTGTCGTGAA--GGAGTCAA-----ATAAAGAA-AAA-CAAATACAC----GTGACTTAATAGTTA-AGGAAATAAAGTGGGAAAACAATAACGTGTGGTTTTCCTGGAAATTAATTGATTACATTTTGT--TGGAGAAAAAA----------TATTGTTATGTT--TGAC-AGATTGGTCGTATTTTAATGCAATATGTTCCTTGATTGCTATTTGTTTTT----GCAAGAAATGTTAA-AAAAAAGAAAAGCAT-GGTGTAATATTTTGCACAGACAATGCAATTGACGA
gi|18 : tataataaatgtaacaccggctcttaaCAAGGAGAA-AA------CACACAAAAGTGTATTAAGAGGTAAAGG--------T---AAAA-------ATGT-GCC-------AAATTAGAATATGACATTTGGT--TTGAG--AAAATTTCTCCATTCAGTGTTAC-TT--T----AGTTT-ATCGTATTTTAATGCTATTTGtttcctttgaaatgtatttatcgaaccgaaagtattagattctaaacagaaaattacgtttatatgtcttgaatatgttgtttaatagtttatt
gi|10 : gtaaGGTAACGGATAAGAAGTGGAAAACAAATAGAATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGAAGACGACAT--------------------------TTTATTG----GAG--CGATAAGTTT----GTATTTCATTGCTTTTTGTTCCTTGATTGCTATTTGTTTAT----GTAAGAACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CTTAGGTGTGGCATTTT-----GACATT--TTTTTATGAAAATA--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTAGTTTTGTCAAGTTT
gi|15 : TTGTTTACTTTTGTAAATATTGTTTATAAAGCGAAAAA-TTT-GGTGTAAGATTTT-----GACATC--TATTGGTGAAAGTG--TAATAT--TTTGCACAGAAAATGATGTAATAGACTGCTTCTGCCGAGTTTt
gi|11 : ACAGATATGATGTTTT-----GACATT--TATTTATAAAAAAACGTAATA--TTTTGCAAAGGAAAT-------TT------TTCCGTTGAATTTattgaactgaaagtaatagtctctaaacataaatttatgtt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATATAACAGACAGTCAATTTGGTTACAAAATATAGTTGATTCACTGTGCTCGATTTTGTTTTCATAATTGTGTGTTTTTCTCCATAGAATCGCTCTGTTCTGTTATAATTACAAAAGTATAAGTAACTTTTACACTTAAACTACCAAGACCATAATCAC
Alignments
lowQualScore : 222 2222222222 111 111111 11 111111 2222222222222222222222222222222 3333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 1 22222 11 33
lowQualScore : 6 000 3333333333 000 3 000000 99999 3 22 777777 666 999 6666666666666666666666666666666 7777 99999 666 3 3333333333333333 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999 8888 4 7 00000000 8888 0 66 55 7 1 33 4 4 1 1 7 0 3 5 2 1 6 1 99 1 3 5 1 33333 1 8 8 7 6 1 11 66 5
lowQualScore : . ... .......... ... . ...... ..... . .. ...... ... ... ............................... .... ..... ... . ................ . ......................................................................................... ..... .... . . ........ .... . .. .. . . .. . . . . . . . . . . . . .. . . . . ..... . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 5 000 5555555555 444 6 555555 11111 6 00 777777 444 555 3333333333333333333333333333333 7777 11111 444 6 6666666666666666 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 8888 6 6 44444444 8888 9 11 33 4 1 22 4 4 8 9 6 3 6 7 2 0 7 3 22 8 8 0 0 44444 0 0 0 3 7 4 00 44 6
consensus : TTNTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATA-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTN--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAN---AGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAN---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAANAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATNGTATTTCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAN----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATTTTG-ACATTTATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
Reference ( family-6194 ) : TTCTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATA-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTN--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ANGT-------TG--CA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAN---AGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAN---TATT--GAAGGAAGACAAGGGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAAGAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTGTTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATCGTATTTCANTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAC----GTAAGNACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGACATTTTG-ACATTTATTGATGAAAATA--TAATA-TTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|1 : TTGTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTTATAAATCAGCATATTTTAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATGTA-----AC-ACA-ATA------ATA---TCATAAGTTT--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------AAGT-------TG--CA---------CATTCACAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTTTATTTTATAAGAGGG-----G--AAAAT---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGATTCATGGAGAA-AAG-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAGAGGACAAGAAGTGGAAAAATAATAGTATGTCGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAGAAAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGATTATGGTATTCCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAA----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATATTG-ACATTAATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|10 : GGTAACGGATAAGAAGTGGAAAACAAATAGAATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGAAGACGACATT------------------------TTATTG----GAG--CGATAAGTTT---GTATTTCATTGCTTTTTGTTCCTTGATTGCTATTTGTTTAT----GTAAGAACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CTTAGGTGTGGCATTTTG-ACATTTTTTTATGAAAATA--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTAGTTTTGTCAAGTTT
gi|11 : ACAGATATGATGTTTTG-ACATTTATTTATAAAAAAACGTAATA--TTTTGCAAAGGAAAT-------TT------TTCCGTTGAATTTt
gi|12 : aaaaaataatgttttgtttttatttttaaaaaatttgttagaatttatagaaaatattattacatttatgtttacatgtcaTTATTATC---T-TTTTCAAGCATTTTATTTAATAAATAAGCATAGTATAGCAA--AAAA----AGTCACCATACA------ATATGATATTAC-ACA-GTAG-----ATA---TAGTTATTTC--ATG----G------------TGGTCG--------GCATTTTTAT-----C---AT-ATTCTTAAT-TTTTT--TTAAC---------ATAA-AATTGTAT----T-------------GT-----T-------T---Tatcgaaccgaaaataacaaacactaaacagaaatttattttcatatttctgaagtatgttgttagtttatt
gi|13 : TTCTTTCTAATTCAATATTTT------TTCCATAACTTGAATCAGCATAGTATAGCAAAACAAA-CATGGCCACACTACA------ATATA-----AC-ACACATA------CTA---TAATAAG-TA--ACGACATC------------T-ATAA--------ACAAT----T-----C---AAAATGCGCGAT-CTTTTCAT---T---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----TCTG----C---TA-T----AATT----------GTAT------------A--A-----ACATtttttgttatagttatactgatatgtaatatcgacacttttaacgacaaaa
gi|14 : atAAA-AATAATCATAATACA------ATATA-----AC-AC--ATATTTTTTATAGCCTATTTAGTT---ACG----A------------T-ATAT--------ATAAT----T-----CTTCATGGTGCTCGAC-TTTTT--AAA-C---------ATAA-AATCC--T----T-------------TT-----G-------T---TA-C----AACT----------GTATAAATATATG--TA--ACACCGACAGTTAAAAGACAAAGAC-----CATGTTCGCGATAAAATAAat
gi|15 : TTGTTTACTTTTGTAAATATTGTTTATAAAGCGAAAAA-TTT-GGTGTAAGATTTTG-ACATCTATTGGTGAAAGTG--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATGTAATAGACTGCTTCTGCCGAGTTTc
gi|17 : TAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATC-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTA--ATG-CATA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----T---ATAATGCTGGAC-TTTTT--T---A---------AAAA-AAA----TAAAAT-------------GT-----T-------T---AA-TTTTCA--T----------ATGT-------TGCACA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----ACTGTTCGCattgaactgaaagtaatagtctctaaacataaatttatgtt
gi|18 : CAAGGAGAA-AA------CACACAAAAGTGTATTAAGAGGTAAAGG--------T---AAAA-------ATGT-GCC-------AAATTAGAATATGACATTTGGTTTGAG-AAAATT-TCTCCATTCAGTGTTAC-TT--T----AGTTTATCGTATTTTAATGCTATTTG
gi|2 : gtaaTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------AAGT-------TG--CA---------CATTCACAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTTTATTTTATAAGAGGG-----G--AAAAT---AATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAGAGGACAAGAAGTGGAAAAATAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATGGTATTCCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAA----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATATTG-ACATTAATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|3 : cagtttgtgagtttgagtctgTTTATACTT---TATTTT------TTT-ATTTCATAAATCAGCATAGAATAGCAA--TAAAACATGGTCACAAAACA------ATATC-----AC-ATG-ATA------CTA---TAATAAGTAA--CTG-CATA------------T-ATAGTAA-----ACAAT----T-----C---CTAATGCTTGAC-TTTTTCAT---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------CCGATA-T----AATTGTATAAGCATATAT-------TG--CATCA-----ACTCTCAAAATATTAAGAC-----CATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTATATTTTGTAAGAGGG-----A--AAAACAAGTCTT--GAAGGAAGACAAAGGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAATAATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAGGAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATAAGTAGATGGCATTTTATTATGG-GGAAAAATCTCCATTTATTATTATGTTCCTGAAAAGTT
gi|4 : ttttatAAGACGGATAAATGTTCGCTAGAAAATAATATTTAATGAAAATGGAGGTT-TATT-----GGAGGT-----A--CAAAT---TGTC--G--TGAAG---------GAGT---------------CAA-----ATAAAGAA-AAA-CAAATACAC----GTGACTTAATAGTTAA-GGAAATAAAGTGGGAAAACAATAACGTGTGGTTTTCCTGGAAATTAATTGATTACATTTTGTTGGAG-AAAAAA---------TATTGTTATGTT--TGACAGATTGGTCGTATTTTAATGCAATATGTTCCTTGATTGCTATTTGTTTTT----GCAAGAAATGTTAA-AAAAAAGAAAAGCAT-GGTGTAATATTTTGCACAacttcttgcattgat
gi|5 : tataataaatgtaacaccggctcttaaTTTATAATT---TATTTC------TT--ATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATT-----AC-ACA-ATA------ATA---TCACAAGTTT--ATT-CATAATGACAATTCATT-ATATTCAATATCACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--TT--C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CACAA-----ACATTTAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAT---AATTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAA---AATTTTGAAGGAAGACAAGGGGTGAGTTTTGAGAACAGAA-ACAATTTTCATGGAGAA-AAG-ACTAAACACACAAGCTTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAAGAATAATATGTAGCCTTCCTA-TAATAAGTAGATGGCAgacaatgcaattgacgatttcctttgaaatgtatttatcgaaccgaaagtattagattctaaacagaaaattacgtttatatgtcttgaatatgttgtttaatagtttatt
gi|6 : ------TTTTATTTCATAAATCAACACAGTATTGCAA---AAA-CATATTCATAATATA------ACAGA-----AC-ACACATA------GTA---CATTGAGTTGCAATA-CATA------------T-AT-----------CAGT----T-----C---ATG-TGCTCGAC-TTTTT--TT--C---------ATAATAAT----T----TTGATAAATAAAAAGT-----TAACTGTGT---TAAT----AACT----------TTAT--------G--AA--ATATCGACATTAAAAATACCAAGAC-----CTTGTTCGCTATAAAATAATGTTTAATGAAAT---AG-------TTTATAAGAGGT-----ATTAAAAG---TATG--AAATGAACATAAAAGGAG-GTTT-GA----AGAAGACTAGATACATGAAGAA-GAA-CATTT---TACAG----------AGGTAAAAGAAAGGAAGTGGAAAAAGAAT
gi|7 : tttttttatttattattacttaaattaagtaTTTTTATAATT---TATTTT------TC--ATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCTAAATACA------ATATA-----AC-ACA-ATA------ATA---TAATAAGTTT--ATG-CACA------------T-ACAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGACTTTTTT--T---C---------AGGA-AGT----T----T--------------T-----T-------T---------------------------GT-------TGCACA--A-----ACACTCAAAATATTAAGAC-----AATATTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAC---AGTTTATATTTTGTAAGAGGGA----A--AAAAG---TCTT--GAAGGAAGACAAAGGAGGTATTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTTATTGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAACAGATAA
gi|8 : taaTTATTTTTAATTAAATATTTT----------ATACCATAAATCAGCATAGTATAGCAA---AAT-TATAG----AACACATAGTTGATTTA-----GTTGCG-ATAT-----ATA---TAATTAGGTC--ATG-TGC----------------T-----------CAAT----TTTTTTC---AAAATAT---AC-TTTTTA-T---CTTTGTTTAGATTA-AAT----TGTTCT-------------GTGATTAT-------TA--TA-C----AATT----------ATGT--------G--AA--ACATCGACACTTAAAACACCAAGAC-----TATGTTCGCTGTAAAATAATGTTTAATGCAAT---GG-------TCTATAGAAGGGTAAAAA--AAAAG---TATT--TGAGGAAGATAA-AAGGAAGTTT--------GAAGA-----TTTATGAAGAAGAAA-AATA
gi|9 : tttaaCAA--TAAA-CATGGTCACAATATA------ATATA-----AC-ACA-ATA------ATA---TAATAAATTA--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGA--------------------------A-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CACAA-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAAGGTTTGATGAAAT---AGTTTATATTTTATAAGAGGGA----A--AAAAG---TTTT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATATAACAGACAGTCAATTTGGTTACAAAATATAGTTGATTCACTGTGCTCGATTTTGTTTTCATAATTGTGTGTTTTTCTCCATAGAATCGCTCTGTTCTGTTATAATTACAAAAGTATAAGTAACTTTTACACTTAAACTACCAAGACCATAATCAC
Alignments
lowQualScore : 222 2222222222 111 111111 11 111111 2222222222222222222222222222222 3333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 1 11111 11 22
lowQualScore : 1 000 3333333333 000 3 000000 99999 3 22 777777 666 999 6666666666666666666666666666666 7777 99999 666 3 3333333333333333 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999 8888 4 7 00000000 8888 0 66 3 7 1 33 4 4 1 1 5 0 3 5 1 6 1 99 1 3 3 1 88888 1 8 8 7 6 1 11 55 5
lowQualScore : . ... .......... ... . ...... ..... . .. ...... ... ... ............................... .... ..... ... . ................ . ......................................................................................... ..... .... . . ........ .... . .. . . . .. . . . . . . . . . . . .. . . . . ..... . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 0 000 5555555555 444 6 555555 11111 6 00 777777 444 555 3333333333333333333333333333333 7777 11111 444 6 6666666666666666 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 8888 6 6 44444444 8888 9 11 7 4 1 22 4 4 8 9 9 3 6 7 0 7 3 22 8 8 8 4 00000 4 0 0 3 7 4 00 88 6
consensus : TTNTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATA-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTN--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAN---AGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAN---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAANAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATNGTATTTCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAN----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATTTTG-ACATTTATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
Reference ( family-6194 ) : TTNTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATA-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTN--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAN---AGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAN---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAANAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATNGTATTTCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAN----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATTTTG-ACATTTATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|1 : TTGTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTTATAAATCAGCATATTTTAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATGTA-----AC-ACA-ATA------ATA---TCATAAGTTT--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------AAGT-------TG--CA---------CATTCACAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTTTATTTTATAAGAGGG-----G--AAAAT---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGATTCATGGAGAA-AAG-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAGAGGACAAGAAGTGGAAAAATAATAGTATGTCGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAGAAAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGATTATGGTATTCCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAA----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATATTG-ACATTAATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|10 : GGTAACGGATAAGAAGTGGAAAACAAATAGAATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGAAGACGACATT------------------------TTATTG----GAG--CGATAAGTTT---GTATTTCATTGCTTTTTGTTCCTTGATTGCTATTTGTTTAT----GTAAGAACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CTTAGGTGTGGCATTTTG-ACATTTTTTTATGAAAATA--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTAGTTTTGTCAAGTTT
gi|11 : ACAGATATGATGTTTTG-ACATTTATTTATAAAAAAACGTAATA--TTTTGCAAAGGAAAT-------TT------TTCCGTTGAATTTt
gi|12 : aaaaaataatgttttgtttttatttttaaaaaatttgttagaatttatagaaaatattattacatttatgtttacatgtcaTTATTATC---T-TTTTCAAGCATTTTATTTAATAAATAAGCATAGTATAGCAA--AAAA----AGTCACCATACA------ATATGATATTAC-ACA-GTAG-----ATA---TAGTTATTTC--ATG----G------------TGGTCG--------GCATTTTTAT-----C---AT-ATTCTTAAT-TTTTT--TTAAC---------ATAA-AATTGTAT----T-------------GT-----T-------T---Tatcgaaccgaaaataacaaacactaaacagaaatttattttcatatttctgaagtatgttgttagtttatt
gi|13 : TTCTTTCTAATTCAATATTTT------TTCCATAACTTGAATCAGCATAGTATAGCAAAACAAA-CATGGCCACACTACA------ATATA-----AC-ACACATA------CTA---TAATAAG-TA--ACGACATC------------T-ATAA--------ACAAT----T-----C---AAAATGCGCGAT-CTTTTCAT---T---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----TCTG----C---TA-T----AATT----------GTAT------------A--A-----ACATtttttgttatagttatactgatatgtaatatcgacacttttaacgacaaaa
gi|14 : atAAA-AATAATCATAATACA------ATATA-----AC-AC--ATATTTTTTATAGCCTATTTAGTT---ACG----A------------T-ATAT--------ATAAT----T-----CTTCATGGTGCTCGAC-TTTTT--AAA-C---------ATAA-AATCC--T----T-------------TT-----G-------T---TA-C----AACT----------GTATAAATATATG--TA--ACACCGACAGTTAAAAGACAAAGAC-----CATGTTCGCGATAAAATAAat
gi|15 : TTGTTTACTTTTGTAAATATTGTTTATAAAGCGAAAAA-TTT-GGTGTAAGATTTTG-ACATCTATTGGTGAAAGTG--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATGTAATAGACTGCTTCTGCCGAGTTTc
gi|17 : TAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATC-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTA--ATG-CATA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----T---ATAATGCTGGAC-TTTTT--T---A---------AAAA-AAA----TAAAAT-------------GT-----T-------T---AA-TTTTCA--T----------ATGT-------TGCACA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----ACTGTTCGCattgaactgaaagtaatagtctctaaacataaatttatgtt
gi|18 : CAAGGAGAA-AA------CACACAAAAGTGTATTAAGAGGTAAAGG--------T---AAAA-------ATGT-GCC-------AAATTAGAATATGACATTTGGTTTGAG-AAAATT-TCTCCATTCAGTGTTAC-TT--T----AGTTTATCGTATTTTAATGCTATTTG
gi|2 : gtaaTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------AAGT-------TG--CA---------CATTCACAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTTTATTTTATAAGAGGG-----G--AAAAT---AATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAGAGGACAAGAAGTGGAAAAATAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATGGTATTCCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAA----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATATTG-ACATTAATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|3 : cagtttgtgagtttgagtctgTTTATACTT---TATTTT------TTT-ATTTCATAAATCAGCATAGAATAGCAA--TAAAACATGGTCACAAAACA------ATATC-----AC-ATG-ATA------CTA---TAATAAGTAA--CTG-CATA------------T-ATAGTAA-----ACAAT----T-----C---CTAATGCTTGAC-TTTTTCAT---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------CCGATA-T----AATTGTATAAGCATATAT-------TG--CATCA-----ACTCTCAAAATATTAAGAC-----CATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTATATTTTGTAAGAGGG-----A--AAAACAAGTCTT--GAAGGAAGACAAAGGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAATAATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAGGAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATAAGTAGATGGCATTTTATTATGG-GGAAAAATCTCCATTTATTATTATGTTCCTGAAAAGTT
gi|4 : ttttatAAGACGGATAAATGTTCGCTAGAAAATAATATTTAATGAAAATGGAGGTT-TATT-----GGAGGT-----A--CAAAT---TGTC--G--TGAAG---------GAGT---------------CAA-----ATAAAGAA-AAA-CAAATACAC----GTGACTTAATAGTTAA-GGAAATAAAGTGGGAAAACAATAACGTGTGGTTTTCCTGGAAATTAATTGATTACATTTTGTTGGAG-AAAAAA---------TATTGTTATGTT--TGACAGATTGGTCGTATTTTAATGCAATATGTTCCTTGATTGCTATTTGTTTTT----GCAAGAAATGTTAA-AAAAAAGAAAAGCAT-GGTGTAATATTTTGCACAacttcttgcattgat
gi|5 : tataataaatgtaacaccggctcttaaTTTATAATT---TATTTC------TT--ATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATT-----AC-ACA-ATA------ATA---TCACAAGTTT--ATT-CATAATGACAATTCATT-ATATTCAATATCACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--TT--C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CACAA-----ACATTTAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAT---AATTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAA---AATTTTGAAGGAAGACAAGGGGTGAGTTTTGAGAACAGAA-ACAATTTTCATGGAGAA-AAG-ACTAAACACACAAGCTTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAAGAATAATATGTAGCCTTCCTA-TAATAAGTAGATGGCAgacaatgcaattgacgatttcctttgaaatgtatttatcgaaccgaaagtattagattctaaacagaaaattacgtttatatgtcttgaatatgttgtttaatagtttatt
gi|6 : ------TTTTATTTCATAAATCAACACAGTATTGCAA---AAA-CATATTCATAATATA------ACAGA-----AC-ACACATA------GTA---CATTGAGTTGCAATA-CATA------------T-AT-----------CAGT----T-----C---ATG-TGCTCGAC-TTTTT--TT--C---------ATAATAAT----T----TTGATAAATAAAAAGT-----TAACTGTGT---TAAT----AACT----------TTAT--------G--AA--ATATCGACATTAAAAATACCAAGAC-----CTTGTTCGCTATAAAATAATGTTTAATGAAAT---AG-------TTTATAAGAGGT-----ATTAAAAG---TATG--AAATGAACATAAAAGGAG-GTTT-GA----AGAAGACTAGATACATGAAGAA-GAA-CATTT---TACAG----------AGGTAAAAGAAAGGAAGTGGAAAAAGAAT
gi|7 : tttttttatttattattacttaaattaagtaTTTTTATAATT---TATTTT------TC--ATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCTAAATACA------ATATA-----AC-ACA-ATA------ATA---TAATAAGTTT--ATG-CACA------------T-ACAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGACTTTTTT--T---C---------AGGA-AGT----T----T--------------T-----T----------------------------------TGT-------TGCACA--A-----ACACTCAAAATATTAAGAC-----AATATTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAC---AGTTTATATTTTGTAAGAGGGA----A--AAAAG---TCTT--GAAGGAAGACAAAGGAGGTATTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTTATTGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAACAGATAA
gi|8 : taaTTATTTTTAATTAAATATTTT----------ATACCATAAATCAGCATAGTATAGCAA---AAT-TATAG----AACACATAGTTGATTTA-----GTTGCG-ATAT-----ATA---TAATTAGGTC--ATG-TGC----------------T-----------CAAT----TTTTTTC---AAAATAT---AC-TTTTTA-T---CTTTGTTTAGATTA-AAT----TGTTCT-------------GTGATTAT-------TA--TA-C----AATT----------ATGT--------G--AA--ACATCGACACTTAAAACACCAAGAC-----TATGTTCGCTGTAAAATAATGTTTAATGCAAT---GG-------TCTATAGAAGGGTAAAAA--AAAAG---TATT--TGAGGAAGATAA-AAGGAAGTTT--------GAAGA-----TTTATGAAGAAGAAA-AATA
gi|9 : tttaaCAA--TAAA-CATGGTCACAATATA------ATATA-----AC-ACA-ATA------ATA---TAATAAATTA--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGA--------------------------A-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CACAA-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAAGGTTTGATGAAAT---AGTTTATATTTTATAAGAGGGA----A--AAAAG---TTTT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGaa
blockSeqs : C CAA CAAGCATTTT AAC A TAGTTG ATATT T AC TTTTTT GCC GCA CATAATGACAATTCATTATATTCAATATC TTTA TTTTT TTC T ATCTTTGTTTAG T TTTGATAAATAAAAAGTTAACTGTGTTAATAACTTTATGAAATATCG GGATA ATGG T T TAAAAA CAAG TT G A G GT G T C T A A G T . A CC T A C T CTTTT A T G A C T CG TT T
blockSeqs : T AAA TTCC A . . . . AC G . C CATATATAGTAA . . . . TTAAC . TTGTTCCGATATAATTGTATAAGCATATATTGCATCA . A T A ATT T . A A G GT . . A C T A . G . A . T A G A T T . . A . T . . G
blockSeqs : A . TTTT T . . . . A T . A ACATCTATAA . . . . CATT . CCTTTTGTTACAACTGTATAAATATATGTAACACCG . A G A AA T . G T G TT . . A C G A . A . . . A G C T A T . . A . T . . T
blockSeqs : . TTT T . . . . G . . A CATATATAG . . . . AAAC . TGTTCTGTGATTATTATACAATTATGTGAAACATCG . T T A AA A . A A G GA . . A A C G . G . . . C . . A T A . . . . A . . .
blockSeqs : . TT T . . . . G . . A CACATACAG . . . . CATC . TAAAATGTTTAATTTTCATATGTTGCACAA . T T A G G . A A G GT . . A C G A . . . . . . . .
blockSeqs : . TC T . . . . A . . T CACATATAG . . . . TTC . TTGTTTTATAACTATGTTGCACAA . C T . A G . G . . GT . . A A G . .
blockSeqs : . T . . . . A . . T GTGGTCG . . . . TTC . TTGTTTTATAACTATGTTGCACAA . T . . A G . . . . . . . C T .
blockSeqs : . . . . . G . . C CATATAT . . . . TA . TTGTTCTGCTATAATTGTATAA . T . . A G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . A ATATAT . . . . TC . TTGTTTTATAACTAAGTTGCA .
blockSeqs : . . . . . . . . TGCT . . . . TC . TTTTTGTTGCACAA .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : **
originalCons : TTNTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATA-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTN--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAN---AGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAN---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAANAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATNGTATTTCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAN----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATTTTG-ACATTTATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
finalCons : TTNTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATA-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTN--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAN---AGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAN---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAANAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATNGTATTTCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAN----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAA-CATAGGTGTGGCATTTTG-ACATTTATTGATGAAAATA--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATATAACAGACAGTCAATTTGGTTACAAAATATAGTTGATTCACTGTGCTCGATTTTGTTTTCATAATTGTGTGTTTTTCTCCATAGAATCGCTCTGTTCTGTTATAATTACAAAAGTATAAGTAACTTTTACACTTAAACTACCAAGACCATAATCAC
Alignments
lowQualScore : 222 2222222222 111 111111 11 111111 2222222222222222222222222222222 3333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 1 11111 11
lowQualScore : 1 000 3333333333 000 3 000000 99999 3 22 777777 666 999 6666666666666666666666666666666 7777 99999 666 3 3333333333333333 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999 8888 4 7 00000000 8888 0 66 3 7 1 33 4 4 1 1 5 0 3 5 1 6 1 99 1 3 3 1 88888 1 8 7777 7 3 99 88 333 7 1
lowQualScore : . ... .......... ... . ...... ..... . .. ...... ... ... ............................... .... ..... ... . ................ . ......................................................................................... ..... .... . . ........ .... . .. . . . .. . . . . . . . . . . . .. . . . . ..... . . .... . . .. .. ... . .
lowQualScore : 0 000 5555555555 444 6 555555 11111 6 00 777777 444 555 3333333333333333333333333333333 7777 11111 444 6 6666666666666666 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 8888 6 6 44444444 8888 9 11 7 4 1 22 4 4 8 9 9 3 6 7 0 7 3 22 8 8 8 4 00000 4 0 5555 8 7 22 33 777 2 0
consensus : TTNTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATA-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTN--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAN---AGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAN---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAANAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATNGTATTTCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAN----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAACATAGGTGTGGCATTTTGACATTTATTGATGAAAATA--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
Reference ( family-6194 ) : TTNTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATA-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTN--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAN---AGTTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAN---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAANAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATNGTATTTCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAN----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAACATAGGTGTGGCATTTTGACATTTATTGATGAAAATA--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|1 : TTGTTTATAATT---TATTTT------TTTTATTTTATAAATCAGCATATTTTAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATGTA-----AC-ACA-ATA------ATA---TCATAAGTTT--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------AAGT-------TG--CA---------CATTCACAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTTTATTTTATAAGAGGG-----G--AAAAT---TATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGATTCATGGAGAA-AAG-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAGAGGACAAGAAGTGGAAAAATAATAGTATGTCGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAGAAAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGATTATGGTATTCCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAA----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAACATAGGTGTGGCATATTGACATTAATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|10 : GGTAACGGATAAGAAGTGGAAAACAAATAGAATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGAAGACGACATT------------------------TTATTG----GAG--CGATAAGTTT---GTATTTCATTGCTTTTTGTTCCTTGATTGCTATTTGTTTAT----GTAAGAACTGTTTA-AAAGAGGAAAACTTAGGTGTGGCATTTTGACATTTTTTTATGAAAATA--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTAGTTTTGTCAAGTTT
gi|11 : ACAGATATGATGTTTTGACATTTATTTATAAAAAAACGTAATA--TTTTGCAAAGGAAAT-------TT------TTCCGTTGAATTTt
gi|12 : aaaaaataatgttttgtttttatttttaaaaaatttgttagaatttatagaaaatattattacatttatgtttacatgtcaTTATTATC---T-TTTTCAAGCATTTTATTTAATAAATAAGCATAGTATAGCAA--AAAA----AGTCACCATACA------ATATGATATTAC-ACA-GTAG-----ATA---TAGTTATTTC--ATG----G------------TGGTCG--------GCATTTTTAT-----C---AT-ATTCTTAAT-TTTTT--TTAAC---------ATAA-AATTGTAT----T-------------GT-----T-------T---Tatcgaaccgaaaataacaaacactaaacagaaatttattttcatatttctgaagtatgttgttagtttatt
gi|13 : TTCTTTCTAATTCAATATTTT------TTCCATAACTTGAATCAGCATAGTATAGCAAAACAAA-CATGGCCACACTACA------ATATA-----AC-ACACATA------CTA---TAATAAG-TA--ACGACATC------------T-ATAA--------ACAAT----T-----C---AAAATGCGCGAT-CTTTTCAT---T---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----TCTG----C---TA-T----AATT----------GTAT------------A--A-----ACATtttttgttatagttatactgatatgtaatatcgacacttttaacgacaaaa
gi|14 : atAAA-AATAATCATAATACA------ATATA-----AC-AC--ATATTTTTTATAGCCTATTTAGTT---ACG----A------------T-ATAT--------ATAAT----T-----CTTCATGGTGCTCGAC-TTTTT--AAA-C---------ATAA-AATCC--T----T-------------TT-----G-------T---TA-C----AACT----------GTATAAATATATG--TA--ACACCGACAGTTAAAAGACAAAGAC-----CATGTTCGCGATAAAATAAat
gi|15 : TTGTTTACTTTTGTAAATATTGTTTATAAAGCGAAAAATTT-GGTGTAAGATTTTGACATCTATTGGTGAAAGTG--TAATA--TTTTGCACAGAAAATGATGTAATAGACTGCTTCTGCCGAGTTTc
gi|17 : TAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATC-----AC-ACG-ATA------ATA---TAATAAGTTA--ATG-CATA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----T---ATAATGCTGGAC-TTTTT--T---A---------AAAA-AAA----TAAAAT-------------GT-----T-------T---AA-TTTTCA--T----------ATGT-------TGCACA--A-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----ACTGTTCGCattgaactgaaagtaatagtctctaaacataaatttatgtt
gi|18 : CAAGGAGAA-AA------CACACAAAAGTGTATTAAGAGGTAAAGG--------T---AAAA-------ATGT-GCC-------AAATTAGAATATGACATTTGGTTTGAG-AAAATT-TCTCCATTCAGTGTTAC-TT--T----AGTTTATCGTATTTTAATGCTATTTG
gi|2 : gtaaTTTT--T---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------AAGT-------TG--CA---------CATTCACAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTTTATTTTATAAGAGGG-----G--AAAAT---AATT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAGAGGACAAGAAGTGGAAAAATAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATTAGTAGATGGCATTTTATTGGAG-AAAAAAATCTCCATTTATTGTTATGTT--TGATAAGTTTATGGTATTCCATTGCTATTTGTTCCTCGATTGCTATTTGTTTAA----GTAAGTACTGTTTA-AAAGAGGAAAACATAGGTGTGGCATATTGACATTAATTGATGAAAATA--TAATATTTTTTGCACAGAAAATGATATAATTTACTACTTCCGTCGAGTTT
gi|3 : cagtttgtgagtttgagtctgTTTATACTT---TATTTT------TTT-ATTTCATAAATCAGCATAGAATAGCAA--TAAAACATGGTCACAAAACA------ATATC-----AC-ATG-ATA------CTA---TAATAAGTAA--CTG-CATA------------T-ATAGTAA-----ACAAT----T-----C---CTAATGCTTGAC-TTTTTCAT---C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------CCGATA-T----AATTGTATAAGCATATAT-------TG--CATCA-----ACTCTCAAAATATTAAGAC-----CATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAA---AGTTTATATTTTGTAAGAGGG-----A--AAAACAAGTCTT--GAAGGAAGACAAAGGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGGAGAA-AAATAATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAGGAATAGTATGTAGCCTTCCTG-AAATAAGTAGATGGCATTTTATTATGG-GGAAAAATCTCCATTTATTATTATGTTCCTGAAAAGTT
gi|4 : ttttatAAGACGGATAAATGTTCGCTAGAAAATAATATTTAATGAAAATGGAGGTT-TATT-----GGAGGT-----A--CAAAT---TGTC--G--TGAAG---------GAGT---------------CAA-----ATAAAGAA-AAA-CAAATACAC----GTGACTTAATAGTTAA-GGAAATAAAGTGGGAAAACAATAACGTGTGGTTTTCCTGGAAATTAATTGATTACATTTTGTTGGAG-AAAAAA---------TATTGTTATGTT--TGACAGATTGGTCGTATTTTAATGCAATATGTTCCTTGATTGCTATTTGTTTTT----GCAAGAAATGTTAA-AAAAAAGAAAA----------GCAT-------------GGTG--------TAATA--TTTTGCACAGACAATG---CAATTGACGATTTCCTTTGAacttcttgcattgat
gi|5 : tataataaatgtaacaccggctcttaaTTTATAATT---TATTTC------TT--ATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCACAATACA------ATATT-----AC-ACA-ATA------ATA---TCACAAGTTT--ATT-CATAATGACAATTCATT-ATATTCAATATCACAAT----T-----C---ATAATGCTCGAC-TTTTT--TT--C---------ATAA-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CACAA-----ACATTTAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAT---AATTTATATTTTATAAGAGGG-----A--AAAAA---AATTTTGAAGGAAGACAAGGGGTGAGTTTTGAGAACAGAA-ACAATTTTCATGGAGAA-AAG-ACTAAACACACAAGCTTATGAATAGGTAAAGGACAAGAAGTGGAAAAAGAATAATATGTAGCCTTCCTA-TAATAAGTAGATGGCAaatgtatttatcgaaccgaaagtattagattctaaacagaaaattacgtttatatgtcttgaatatgttgtttaatagtttatt
gi|6 : ------TTTTATTTCATAAATCAACACAGTATTGCAA---AAA-CATATTCATAATATA------ACAGA-----AC-ACACATA------GTA---CATTGAGTTGCAATA-CATA------------T-AT-----------CAGT----T-----C---ATG-TGCTCGAC-TTTTT--TT--C---------ATAATAAT----T----TTGATAAATAAAAAGT-----TAACTGTGT---TAAT----AACT----------TTAT--------G--AA--ATATCGACATTAAAAATACCAAGAC-----CTTGTTCGCTATAAAATAATGTTTAATGAAAT---AG-------TTTATAAGAGGT-----ATTAAAAG---TATG--AAATGAACATAAAAGGAG-GTTT-GA----AGAAGACTAGATACATGAAGAA-GAA-CATTT---TACAG----------AGGTAAAAGAAAGGAAGTGGAAAAAGAAT
gi|7 : tttttttatttattattacttaaattaagtaTTTTTATAATT---TATTTT------TC--ATTTCATAAATCAGCATAGTATAGCAA--TAAA-CATGGTCTAAATACA------ATATA-----AC-ACA-ATA------ATA---TAATAAGTTT--ATG-CACA------------T-ACAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGACTTTTTT--T---C---------AGGA-AGT----T----T--------------T-----T----------------------------------TGT-------TGCACA--A-----ACACTCAAAATATTAAGAC-----AATATTCGCTATAAAATAATGTTTGATGAAAC---AGTTTATATTTTGTAAGAGGGA----A--AAAAG---TCTT--GAAGGAAGACAAAGGAGGTATTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTTATTGAGAA-AAA-AATATACACACAAGTGTATGAATAGGTAACAGATAA
gi|8 : taaTTATTTTTAATTAAATATTTT----------ATACCATAAATCAGCATAGTATAGCAA---AAT-TATAG----AACACATAGTTGATTTA-----GTTGCG-ATAT-----ATA---TAATTAGGTC--ATG-TGC----------------T-----------CAAT----TTTTTTC---AAAATAT---AC-TTTTTA-T---CTTTGTTTAGATTA-AAT----TGTTCT-------------GTGATTAT-------TA--TA-C----AATT----------ATGT--------G--AA--ACATCGACACTTAAAACACCAAGAC-----TATGTTCGCTGTAAAATAATGTTTAATGCAAT---GG-------TCTATAGAAGGGTAAAAA--AAAAG---TATT--TGAGGAAGATAA-AAGGAAGTTT--------GAAGA-----TTTATGAAGAAGAAA-AATA
gi|9 : tttaaCAA--TAAA-CATGGTCACAATATA------ATATA-----AC-ACA-ATA------ATA---TAATAAATTA--ATG-CACA------------T-ATAG--------ACAAT----T-----C---ATAATGCTCGA--------------------------A-AAT----T----T-------------GT-----T-------T---TA-T----AACT----------ATGT-------TG--CACAA-----ACATTCAAAATATTAAGAC-----AATGTTCGCTATAAAATAAGGTTTGATGAAAT---AGTTTATATTTTATAAGAGGGA----A--AAAAG---TTTT--GAAGGAAGACAAGAGGGGAGTTTAGAGAACAGAAGACAAGTTTCATGaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATATAACAGACAGTCAATTTGGTTACAAAATATAGTTGATTCACTGTGCTCGATTTTGTTTTCATAATTGTGTGTTTTTCTCCATAGAATCGCTCTGTTCTGTTATAATTACAAAAGTATAAGTAACTTTTACACTTAAACTACCAAGACCATAATCAC