lowQualScore : 1111111111 2222222222222222222 1111 11111 22222222 1 33333333333333333 11 1 2222222 1 88888888888888888888888888 1111 2222222222
lowQualScore : 0000000000 2 7777777777777777777 2 5 7 2 2 5 5 3333 33333 2 1 11111111 4 7 0 4 4 99 99 3 88888888888888888 4 77 0 8 6666666 0 22222222222222222222222222 7777 4444444444
lowQualScore : .......... . ................... . . . . . . . .... ..... . . ........ . . . . . .. .. . ................. . .. . . ....... . .......................... .... ..........
lowQualScore : 9999999999 5 1111111111111111111 5 0 5 5 5 0 0 8888 33333 7 9 22222222 4 3 7 2 0 22 77 7 55555555555555555 7 77 3 0 8888888 0 11111111111111111111111111 0000 2222222222
consensus : CCTGGCTTCTGTTTCACCAAC----------AT-TTT---ACT---TA--------A-A-TAC-T-T-A-AA-A----CTTAA----CT-AAGTTTTGACTGGTTACTTAT------NTAT-TATTTAATCANTGTCAGTG--AAACAANAT---GT-AG-TTNTATTGGANCCAGNCTNAAATCAT-GATCAC-CTGGC-TGCT-TTTC---G---T-AATTT------AAGTT-TTTAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
Reference ( gi|3 ) : CCTGGCTTCTGTTTCACCAAC----------AT-TTT---ACG---TT--------A-A-TAC-T-T-A-AA-A----CTTAA----TT-AAGTTTTGACTGGTTATTTAT------ATAT-TATTCAATCATTATCAATG--AAACAATAT---GT-AG-TTCTACTGGAACCAACCTTAAATCAT-GATCAC-TTGAC-TGCT-TTTC---G---TAAATTT------AAGAT-TTTAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
gi|1 : CCCAGCCTCTGTTTCACAAACTTGTTCTTAAAT-TTT---AAT---TA--------A-A-TAC-TAT-A-AA-AAAAACTT-------T-AA--TTTGACTGGTT--TTGTG-----AGAA-TCTTTAATAAATGTCAGTG--AAACCAACT---GCCAT-TTTTTCTGGATCCAGACT--AATTGTTGATCAC-CTGGA-TACT-TTTC---A---TAGATTT------AAG-----TAAATACT----TAAA----TAA----GTTGGTAA
gi|4 : CCTGGCTTCCACTTTACCG-C----------A--------ACGCCCTT--------A-A-TTT-T-T-A---------CTTAT----TT-AATTTTT-ATCGGTTACGTAA------ACGT-TCTTTAATCACTGTCAGTG--AAACAAAAC---GT-GG-CTTTTCTTGAGCTATTCTTAATTCAT-GGGCACATCGA--TGCT-TTTT-------T--ATTG------AAGTTATTAAAGTATA----TAAgcatgagtctgtaatgtgttcaaaatagtgtgagacatcatcattaaaaacactat
gi|12 : CCTGGCTCCTATTTTACCAAC----------AT-TTT----CT---TG--------A-A-TAC-T-T-A-A-------------------AAATGTTGACTGGTTACTTCA------ATAA-TATTTAATCtgatatattatttaaaat
gi|9 : aacCCTGGCTTCTGTTTCACCAAT-----------T-TTT---CCT---TTATTTCTTAA-A-TAT-T-T-A-GA-A----CTCTA----CT-AATTTTTGA---GTTATTAAT------CTAT-
gi|17 : aacCTAGCTTCTGTTTAACCAAC----------AT-TTA---ATT---TA--------A-A-TACTT-T-A-AA-A----CTTAA----CT-CAGT
gi|13 : aaCTTGTTTCTGTTTCACCAAC----------AT-CTT---ACT---TA--------A-A-TACTT-T-T-AA-A----CTTAAC---TT-AA
gi|2 : caaGGCTCTTGTTTCACCAAC----------A--TAT---ACT---TA--------A-A-TCC-T-T-A-AA-A----A--AA----TTGAAGTtcaggtgtactgagcatt
gi|16 : ctactgtctcaccaacattttacttatatacttaaaaacttaactaagttttgactggttgtctagctattaaataatcaatatcaatgaaaacatatgcagttaaatggaaccagattaaaatcatgatcacctggctgcttttctttgGGCTTATGTTTTATCACC----------AT-TTT---ACT---TA--------A-A-TAC-T-T-ACCA-A----CCTAA----CT-AAGTTTTGACTGGTTt
gi|8 : GACTCCTGTTTCACCATT----------AT-TTC---ACT---TA--------A-A-TACAT-A-A-AA-A----CTTAA----------TTTTAATGGGTTACTTCA------ATAT-CACTAAATAATTGTCACTG--ACACAAGTT---TT-AGTTTTTATTGGATGCAATATTAA
gi|2 : CTACTGTCTCACCAAC----------AT-TTT---AC----TT--------ATA-TAC-T-T-A-AA-AA---CTTAA----CT-AAGTTTTGACTGGTTGTCTAG------CTAT-TAAATAATCAATATCAATG--AAAACATAT---GC-AG-TTA-AATGGAACCAGATTAAAATCAT-GATCAC-CTGGC-TGCT-TTTCTTTGACTTCAATTT----------T-TTTAAGGATT----TAAG----TAT--ATGTTGGTGAAA
gi|6 : CTTCTCTTTCACCAAC----------AA-TTT---A-G---TC--------A-AATAC-T-A-A-AA-AAA--CGTAA----CT-AAGTCTTGACTGATTATTTCTCTGAGAGTGTGTATTTAA--A-TAT-------AAAC-ATAT---------TTATATGAAAACTATACTCAAATCAT-AATCAcaagagcct
gi|10 : cCTGCTGTTTCACTAAC----------ATATTT---AAA---TA--------T-A-TAC-T-T-A-AA-AT---CTTAAAAACTT-ATGTCTTGA
gi|18 : caccatggtgttttTTCTGTTTCACCAAC----------AT-TTT---A-A---TT--------A-ATTAC-T-T-ATAA-A----CTTAA----gctgg
gi|15 : gaTCTGTTTCACCAAC----------GT-TTT---ACA---TA--------G-A-TAC-T-A-A-AATA----CTTAG----CT-AAGTTTTGACTGGTTATTTAT------CTAT-
gi|11 : caTCTGTTTTACTTAC----------AT-TGT---GCT---TA--------A-A-TAT-T-T-A-AATA----ATTAA----CT-CAGCTTGGACTGGTTATTTAT------CTAT-TATATAATC
gi|14 : GTTTCACCAA-----------AT-TTTTTAACT---TA--------A-A-TGC-T-TAA-AA-A----CATAA----CT-GACTTTTAATTGGTTACTTAT------CTA
gi|5 : tacaTCAATGTTAAA-AATATCAAAT-A--TTC-AT--GAGCCAGTCTAAAATCAT-GATCAT-CT-ACATGCTATTTT---G-----AATTTTTATTGAAGTT-TTTAAGTTTTTTAATAAGTCCTTAAATATGTTGGT
gi|12 : T-TTTAAGTATT----CAAG----AAA--ATGTTGGTAAAAgtaacaggaccttggtac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TCACCTGGATGCTTTTCATAGATTTAGTTTCACAAGCATTTAAATATTTACTTAAATATGTTTCTAAAACAGGAGCCTGGTCTTTAAAATGTGAGCAAGTACAAGACTTCCATAAAACTCTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 11111111 2222222 111111 1111 1111 111
lowQualScore : 33 0000000000 7777 4444444 7 2 4 4 5555 5555 1 1 444 00000000 1 3 99999 6 1 2 1 22 6 6 6 6 8888888 999999 6 3 6 6 4444 7777 777
lowQualScore : .. .......... .... ....... . . . . .... .... . . ... ........ . . ..... . . . . .. . . . . ....... ...... . . . . .... .... ...
lowQualScore : 22 3333333333 4444 4444444 1 4 7 7 3333 3333 9 0 999 77777777 0 7 22222 7 0 8 0 77 6 7 7 7 3333333 222222 7 5 7 7 2222 0000 000
consensus : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTTATC-TA------T-TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
Reference ( family-5839 ) : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTACTTATN-TA------T-TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTATTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGCTGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
gi|1 : CCCAGCCTCTGTTTCACA--AACTTGTTCTTAAAT----TTT---A---ATTAAATAC-TATA-AA-AAAAACTT-------TAA--TTTGACTGGTT--TTGTGAGA------A-TCTTTAATAAATGTCAGTGAAACCAACTGCCAT-TTTTTCTGGATCCAGACT--AATTGTTGATCACCTGGATACT-TTTCAT--AGATTT------AA-G------TAAATACT----TAAA----TAA----GTTGGTAA
gi|10 : CTGCTGTTTCACT--AAC----------ATA---TTT---A---AATATATAC-T-TA-AA-AT---CTTAAAAACTTATGTCTTGAgcatgagtctgtaatgtgttcaaaatagtgtgagacatcatcattaaaaacactat
gi|11 : caccatggtgttttTCTGTTTTACT--TAC----------AT----TGT---G---CTTAAATAT-T-TA-AATA----ATTAA----CTCAGCTTGGACTGGTTATTTATC-TA------T-TATATAATCgctgg
gi|12 : CCTGGCTCCTATTTTACC--AAC----------AT----TTT-------CTTGAATAC-T-TA-A------------------AAATGTTGACTGGTTACTTCAA-TA------A-TATTTAATC
gi|13 : aacCTTGTTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----CTT---A---CTTAAATACTT-TT-AA-A----CTTAA----CT
gi|14 : caaGTTTCACC--AA-----------AT----TTTTTAA---CTTAAATGC-T-TA-AA-AA---CATAA----CTGACTTTTAATTGGTTACTTATC-TA------taatcaggtgtactgagcatt
gi|15 : tacaTCTGTTTCACC--AAC----------GT----TTT---A---CATAGATAC-T-AA-AATA----CTTAG----CTAAGTTTTGACTGGTTATTTATC-TA------T-
gi|16 : caGGCTTATGTTTTATC--ACC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TACCA-A----CCTAA----CTAAGTTTTGACTGGTT
gi|17 : CTAGCTTCTGTTTAACC--AAC----------AT----TTA---A---TTTAAATACTT-TA-AA-A----CTTAA----CTCAGT
gi|18 : aaTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---ATTAATTAC-T-TATAA-A----CTTAA----
gi|2 : gaCTACTGTCTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTATATAC-T-TA-AA-AA---CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTGTCTAGC-TA------T-TAAATAATCAATATCAATGAAAACATATG-CAG-TTA-AATGGAACCAGATTAAAATCA-TGATCACCTGGCTGCT-TTTCTTTGA-CTTC------AATTTT-TT-TAAGGATT----TAAG----TAT--ATGTTGGTGAAA
gi|2 : GGCTCTTGTTTCACC--AAC----------A-----TAT---A---CTTAAATCC-T-TA-AA-A----caagagcct
gi|3 : ctactgtctcaccaacattttacttatatacttaaaaacttaactaagttttgactggttgtctagctattaaataatcaatatcaatgaaaacatatgcagttaaatggaaccagattaaaatcatgatcacctggctgcttttctttgacttcaatttCCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CGTTAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----TTAAGTTTTGACTGGTTATTTATA-TA------T-TATTCAATCATTATCAATGAAACAATATG-TAG-TTCTACTGGAACCAACCTTAAATCA-TGATCACTTGACTGCT-TTTCGTA-A-ATTT------AA-GAT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAAt
gi|4 : CCTGGCTTCCACTTTACCGCAAC----------GC----C---------CTTAATT-T-T-TA---------CTTAT----TTAATTTTT-ATCGGTTACGTAAA-CG------T-TCTTTAATCACTGTCAGTGAAACAAAACG-TGG-CTTTTCTTGAGCTATTCTTAATTCA-TGGGCACATCGATGCT-TTT--T--T-ATTG------AA-GTTATT-AAAGTATA----TAA
gi|5 : GAGCCAGTCTAAAATCA-TGATCATCTACATGCTATTTTG---A-ATTTTTATTGAA-GTT-TT-TAAGTTTTTTAATAAGTCCTTAAATATGTTGGTtgatatattatttaaaat
gi|6 : tcaatgttaaaaatatcaaatattcatCTTCTCTTTCACC--AAC----------AA----TTT---A---GTCAAATAC-T-AA-AA-AAA--CGTAA----CTAAGTCTTGACTGATTATTTCTC-TGAGAGTGTGTATTTAA---ATAT-----AAACA------TAT-TTATATGAAAACTATACTCAAATCA-TAATCAgtaacaggaccttggtac
gi|7 : cTCACCTGGATGCT-TTTCAT--AGATTT-------A-GTT-TCACAAGCATT----TAAA----TA
gi|8 : GACTCCTGTTTCACC--ATT----------AT----TTC---A---CTTAAATACAT-AA-AA-A----CTTAA---------TTTTAATGGGTTACTTCAA-TA------T-CACTAAATAATTGTCACTGACACAAGTTT-TAGTTTTTATTGGATGCAATATTAAtttacttaaatatgtttctaaaacaggagcctggtctttaaaatgtgagcaagtacaagacttccataaaactctat
gi|9 : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAT----------TTTTCCTTT---ATTTCTTAAATAT-T-TA-GA-A----CTCTA----CTAATTTTTGA---GTTATTAATC-TA------T-
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 2222222 111111 1111 1111 111
lowQualScore : 33 0000000000 7777 4444444 7 2 4 4 5555 5555 1 7777 0 888888888 1 3 99999 6 1 1 22 6 6 6 8888888 999999 6 3 6 6 4444 7777 777
lowQualScore : .. .......... .... ....... . . . . .... .... . .... . ......... . . ..... . . . .. . . . ....... ...... . . . . .... .... ...
lowQualScore : 22 3333333333 4444 4444444 1 4 7 7 3333 3333 9 7777 3 999999999 0 7 22222 7 0 0 77 6 7 7 3333333 222222 7 5 7 7 2222 0000 000
consensus : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
Reference ( family-5839 ) : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
gi|1 : CCCAGCCTCTGTTTCACA--AACTTGTTCTTAAAT----TTT---A---ATTAAATAC-TATA-AA-AAAAACTT-------TAA--TTTGACTGGTTTTGTGAGAATCT------------TTAATAAATGTCAGTGAAACCAACTGCCAT-TTTTTCTGGATCCAGACT--AATTGTTGATCACCTGGATACT-TTTCAT--AGATTT------AA-G------TAAATACT----TAAA----TAA----GTTGGTAA
gi|10 : CTGCTGTTTCACT--AAC----------ATA---TTT---A---AATATATAC-T-TA-AA-AT---CTTAAAAACTTATGTCTTGAgcatgagtctgtaatgtgttcaaaatagtgtgagacatcatcattaaaaacactat
gi|11 : caccatggtgttttTCTGTTTTACT--TAC----------AT----TGT---G---CTTAAATAT-T-TA-AATA----ATTAA----CTCAGCTTGGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATATAATCgctgg
gi|12 : CCTGGCTCCTATTTTACC--AAC----------AT----TTT-------CTTGAATAC-T-TA-A------------------AAATGTTGACTGGTTACTT----CAAT----AA---TATTTAATC
gi|13 : aacCTTGTTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----CTT---A---CTTAAATACTT-TT-AA-A----CTTAA----CT
gi|14 : caaGTTTCACC--AA-----------AT----TTTTTAA---CTTAAATGC-T-TA-AA-AA---CATAA----CTGACTTTTAATTGGTTACTT----ATCT----Ataatcaggtgtactgagcatt
gi|15 : tacaTCTGTTTCACC--AAC----------GT----TTT---A---CATAGATAC-T-AA-AATA----CTTAG----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---
gi|16 : caGGCTTATGTTTTATC--ACC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TACCA-A----CCTAA----CTAAGTTTTGACTGGTT
gi|17 : CTAGCTTCTGTTTAACC--AAC----------AT----TTA---A---TTTAAATACTT-TA-AA-A----CTTAA----CTCAGT
gi|18 : aaTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---ATTAATTAC-T-TATAA-A----CTTAA----
gi|2 : gaCTACTGTCTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTATATAC-T-TA-AA-AA---CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTGTCT----AGCT----AT---TAAATAATCAATATCAATGAAAACATATG-CAG-TTA-AATGGAACCAGATTAAAATCA-TGATCACCTGGCTGCT-TTTCTTTGA-CTTC------AATTTT-TT-TAAGGATT----TAAG----TAT--ATGTTGGTGAAA
gi|2 : GGCTCTTGTTTCACC--AAC----------A-----TAT---A---CTTAAATCC-T-TA-AA-A----caagagcct
gi|3 : ctactgtctcaccaacattttacttatatacttaaaaacttaactaagttttgactggttgtctagctattaaataatcaatatcaatgaaaacatatgcagttaaatggaaccagattaaaatcatgatcacctggctgcttttctttgacttcaatttCCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CGTTAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----TTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATAT----AT---TATTCAATCATTATCAATGAAACAATATG-TAG-TTCTACTGGAACCAACCTTAAATCA-TGATCACTTGACTGCT-TTTCGTA-A-ATTT------AA-GAT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAAt
gi|4 : CCTGGCTTCCACTTTACCGCAAC----------GC----C---------CTTAATT-T-T-TA---------CTTAT----TTAATTTTT-ATCGGTTACGT----AAAC----GT---TCTTTAATCACTGTCAGTGAAACAAAACG-TGG-CTTTTCTTGAGCTATTCTTAATTCA-TGGGCACATCGATGCT-TTT--T--T-ATTG------AA-GTTATT-AAAGTATA----TAA
gi|5 : GAGCCAGTCTAAAATCA-TGATCATCTACATGCTATTTTG---A-ATTTTTATTGAA-GTT-TT-TAAGTTTTTTAATAAGTCCTTAAATATGTTGGTtgatatattatttaaaat
gi|6 : tcaatgttaaaaatatcaaatattcatCTTCTCTTTCACC--AAC----------AA----TTT---A---GTCAAATAC-T-AA-AA-AAA--CGTAA----CTAAGTCTTGACTGATTATTT----CTCTGAGAGTGTGTATTTA---AATAT-----AAACA------TAT-TTATATGAAAACTATACTCAAATCA-TAATCAgtaacaggaccttggtac
gi|7 : cTCACCTGGATGCT-TTTCAT--AGATTT-------A-GTT-TCACAAGCATT----TAAA----TA
gi|8 : GACTCCTGTTTCACC--ATT----------AT----TTC---A---CTTAAATACAT-AA-AA-A----CTTAA---------TTTTAATGGGTTACTT----CAAT----AT---CACTAAATAATTGTCACTGACACAAGTTT-TAGTTTTTATTGGATGCAATATTAAtttacttaaatatgtttctaaaacaggagcctggtctttaaaatgtgagcaagtacaagacttccataaaactctat
gi|9 : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAT----------TTTTCCTTT---ATTTCTTAAATAT-T-TA-GA-A----CTCTA----CTAATTTTTGA---GTTATTA----ATCT----AT---
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 2222222 111111 1111 1111 111
lowQualScore : 33 0000000000 7777 4444444 7 2 4 4 5555 5555 1 7777 0 888888888 1 3 99999 6 1 1 22 6 6 6 8888888 999999 6 3 6 6 4444 7777 777
lowQualScore : .. .......... .... ....... . . . . .... .... . .... . ......... . . ..... . . . .. . . . ....... ...... . . . . .... .... ...
lowQualScore : 22 3333333333 4444 4444444 1 4 7 7 3333 3333 9 7777 3 999999999 0 7 22222 7 0 0 77 6 7 7 3333333 222222 7 5 7 7 2222 0000 000
consensus : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
Reference ( family-5839 ) : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
gi|1 : CCCAGCCTCTGTTTCACA--AACTTGTTCTTAAAT----TTT---A---ATTAAATAC-TATA-AA-AAAAACTT-------TAA--TTTGACTGGTTTTGTGAGAATCT------------TTAATAAATGTCAGTGAAACCAACTGCCAT-TTTTTCTGGATCCAGACT--AATTGTTGATCACCTGGATACT-TTTCAT--AGATTT------AA-G------TAAATACT----TAAA----TAA----GTTGGTAA
gi|10 : CTGCTGTTTCACT--AAC----------ATA---TTT---A---AATATATAC-T-TA-AA-AT---CTTAAAAACTTATGTCTTGAgcatgagtctgtaatgtgttcaaaatagtgtgagacatcatcattaaaaacactat
gi|11 : caccatggtgttttTCTGTTTTACT--TAC----------AT----TGT---G---CTTAAATAT-T-TA-AATA----ATTAA----CTCAGCTTGGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATATAATCgctgg
gi|12 : CCTGGCTCCTATTTTACC--AAC----------AT----TTT-------CTTGAATAC-T-TA-A------------------AAATGTTGACTGGTTACTT----CAAT----AA---TATTTAATC
gi|13 : aacCTTGTTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----CTT---A---CTTAAATACTT-TT-AA-A----CTTAA----CT
gi|14 : caaGTTTCACC--AA-----------AT----TTTTTAA---CTTAAATGC-T-TA-AA-AA---CATAA----CTGACTTTTAATTGGTTACTT----ATCT----Ataatcaggtgtactgagcatt
gi|15 : tacaTCTGTTTCACC--AAC----------GT----TTT---A---CATAGATAC-T-AA-AATA----CTTAG----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---
gi|16 : caGGCTTATGTTTTATC--ACC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TACCA-A----CCTAA----CTAAGTTTTGACTGGTT
gi|17 : CTAGCTTCTGTTTAACC--AAC----------AT----TTA---A---TTTAAATACTT-TA-AA-A----CTTAA----CTCAGT
gi|18 : aaTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---ATTAATTAC-T-TATAA-A----CTTAA----
gi|2 : gaCTACTGTCTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTATATAC-T-TA-AA-AA---CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTGTCT----AGCT----AT---TAAATAATCAATATCAATGAAAACATATG-CAG-TTA-AATGGAACCAGATTAAAATCA-TGATCACCTGGCTGCT-TTTCTTTGA-CTTC------AATTTT-TT-TAAGGATT----TAAG----TAT--ATGTTGGTGAAA
gi|2 : GGCTCTTGTTTCACC--AAC----------A-----TAT---A---CTTAAATCC-T-TA-AA-A----caagagcct
gi|3 : ctactgtctcaccaacattttacttatatacttaaaaacttaactaagttttgactggttgtctagctattaaataatcaatatcaatgaaaacatatgcagttaaatggaaccagattaaaatcatgatcacctggctgcttttctttgacttcaatttCCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CGTTAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----TTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATAT----AT---TATTCAATCATTATCAATGAAACAATATG-TAG-TTCTACTGGAACCAACCTTAAATCA-TGATCACTTGACTGCT-TTTCGTA-A-ATTT------AA-GAT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAAt
gi|4 : CCTGGCTTCCACTTTACCGCAAC----------GC----C---------CTTAATT-T-T-TA---------CTTAT----TTAATTTTT-ATCGGTTACGT----AAAC----GT---TCTTTAATCACTGTCAGTGAAACAAAACG-TGG-CTTTTCTTGAGCTATTCTTAATTCA-TGGGCACATCGATGCT-TTT--T--T-ATTG------AA-GTTATT-AAAGTATA----TAA
gi|5 : GAGCCAGTCTAAAATCA-TGATCATCTACATGCTATTTTG---A-ATTTTTATTGAA-GTT-TT-TAAGTTTTTTAATAAGTCCTTAAATATGTTGGTtgatatattatttaaaat
gi|6 : tcaatgttaaaaatatcaaatattcatCTTCTCTTTCACC--AAC----------AA----TTT---A---GTCAAATAC-T-AA-AA-AAA--CGTAA----CTAAGTCTTGACTGATTATTT----CTCTGAGAGTGTGTATTTA---AATAT-----AAACA------TAT-TTATATGAAAACTATACTCAAATCA-TAATCAgtaacaggaccttggtac
gi|7 : cTCACCTGGATGCT-TTTCAT--AGATTT-------A-GTT-TCACAAGCATT----TAAA----TA
gi|8 : GACTCCTGTTTCACC--ATT----------AT----TTC---A---CTTAAATACAT-AA-AA-A----CTTAA---------TTTTAATGGGTTACTT----CAAT----AT---CACTAAATAATTGTCACTGACACAAGTTT-TAGTTTTTATTGGATGCAATATTAAtttacttaaatatgtttctaaaacaggagcctggtctttaaaatgtgagcaagtacaagacttccataaaactctat
gi|9 : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAT----------TTTTCCTTT---ATTTCTTAAATAT-T-TA-GA-A----CTCTA----CTAATTTTTGA---GTTATTA----ATCT----AT---
blockSeqs : GC . TTCC TTAA T . C T AA AAAC G . GAGAGTGTG A A TATG T A A GA A . A CTTTGA TTATTG T T A A TTAA TCCT ATA
blockSeqs : . . A ATTT T . T T T . G . AT T A TATG . C A AC T . . CGTAA . . A . . . . A
blockSeqs : . . . A A . . . A . A . AA C G AACG . T G TT T . . CATAG . . T . . . . A
blockSeqs : . . . G . . . . A . C . AT A C GTTT . A G GT A . . TGA . . T . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . G . AT T . . . T A TA C . . TT . . T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . G . AT T AT T
blockSeqs : . . . A . . . . . . G . GT
blockSeqs : . . . A . . . . . . G . AT
blockSeqs : . . . A . . . . . . G . AT
blockSeqs : . . . A . . . . . . T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . G
blockSeqs : . . . A . . . . . . T
blockSeqs : . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ********** **** **** AT******* NATG*
originalCons : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
finalCons : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCTAT-------TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 2222222 111111 1111 1111 111
lowQualScore : 33 0000000000 7777 4444444 7 2 4 4 5555 5555 1 7777 0 888888888 1 3 99999 6 1 1 22 6 6 6 8888888 999999 6 3 6 6 4444 7777 777
lowQualScore : .. .......... .... ....... . . . . .... .... . .... . ......... . . ..... . . . .. . . . ....... ...... . . . . .... .... ...
lowQualScore : 22 3333333333 4444 4444444 1 4 7 7 3333 3333 9 7777 3 999999999 0 7 22222 7 0 0 77 6 7 7 3333333 222222 7 5 7 7 2222 0000 000
consensus : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
Reference ( family-5839 ) : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATTTAATCANTGTCAGTGAAACAANATG-TAG-TTNTACTGGANCCAGNCTNAAATCA-TGATCACCTGGATGCT-TTTCGT--A-ATTT------AA-GTT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAA
gi|1 : CCCAGCCTCTGTTTCACA--AACTTGTTCTTAAAT----TTT---A---ATTAAATAC-TATA-AA-AAAAACTT-------TAA--TTTGACTGGTTTTGTGAGAATCT------------TTAATAAATGTCAGTGAAACCAACTGCCAT-TTTTTCTGGATCCAGACT--AATTGTTGATCACCTGGATACT-TTTCAT--AGATTT------AA-G------TAAATACT----TAAA----TAA----GTTGGTAA
gi|10 : CTGCTGTTTCACT--AAC----------ATA---TTT---A---AATATATAC-T-TA-AA-AT---CTTAAAAACTTATGTCTTGAgcatgagtctgtaatgtgttcaaaatagtgtgagacatcatcattaaaaacactat
gi|11 : caccatggtgttttTCTGTTTTACT--TAC----------AT----TGT---G---CTTAAATAT-T-TA-AATA----ATTAA----CTCAGCTTGGACTGGTTATTT----ATCT----AT---TATATAATCgctgg
gi|12 : CCTGGCTCCTATTTTACC--AAC----------AT----TTT-------CTTGAATAC-T-TA-A------------------AAATGTTGACTGGTTACTT----CAAT----AA---TATTTAATC
gi|13 : aacCTTGTTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----CTT---A---CTTAAATACTT-TT-AA-A----CTTAA----CT
gi|14 : caaGTTTCACC--AA-----------AT----TTTTTAA---CTTAAATGC-T-TA-AA-AA---CATAA----CTGACTTTTAATTGGTTACTT----ATCT----Ataatcaggtgtactgagcatt
gi|15 : tacaTCTGTTTCACC--AAC----------GT----TTT---A---CATAGATAC-T-AA-AATA----CTTAG----CTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATCT----AT---
gi|16 : caGGCTTATGTTTTATC--ACC----------AT----TTT---A---CTTAAATAC-T-TACCA-A----CCTAA----CTAAGTTTTGACTGGTT
gi|17 : CTAGCTTCTGTTTAACC--AAC----------AT----TTA---A---TTTAAATACTT-TA-AA-A----CTTAA----CTCAGT
gi|18 : aaTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---ATTAATTAC-T-TATAA-A----CTTAA----
gi|2 : gaCTACTGTCTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CTTATATAC-T-TA-AA-AA---CTTAA----CTAAGTTTTGACTGGTTGTCT----AGCT----AT---TAAATAATCAATATCAATGAAAACATATG-CAG-TTA-AATGGAACCAGATTAAAATCA-TGATCACCTGGCTGCT-TTTCTTTGA-CTTC------AATTTT-TT-TAAGGATT----TAAG----TAT--ATGTTGGTGAAA
gi|2 : GGCTCTTGTTTCACC--AAC----------A-----TAT---A---CTTAAATCC-T-TA-AA-A----caagagcct
gi|3 : ctactgtctcaccaacattttacttatatacttaaaaacttaactaagttttgactggttgtctagctattaaataatcaatatcaatgaaaacatatgcagttaaatggaaccagattaaaatcatgatcacctggctgcttttctttgacttcaatttCCTGGCTTCTGTTTCACC--AAC----------AT----TTT---A---CGTTAATAC-T-TA-AA-A----CTTAA----TTAAGTTTTGACTGGTTATTT----ATAT----AT---TATTCAATCATTATCAATGAAACAATATG-TAG-TTCTACTGGAACCAACCTTAAATCA-TGATCACTTGACTGCT-TTTCGTA-A-ATTT------AA-GAT-TT-TAAGTATT----TAAG----TAA--ATGTTGGTAAAAt
gi|4 : CCTGGCTTCCACTTTACCGCAAC----------GC----C---------CTTAATT-T-T-TA---------CTTAT----TTAATTTTT-ATCGGTTACGT----AAAC----GT---TCTTTAATCACTGTCAGTGAAACAAAACG-TGG-CTTTTCTTGAGCTATTCTTAATTCA-TGGGCACATCGATGCT-TTT--T--T-ATTG------AA-GTTATT-AAAGTATA----TAA
gi|5 : GAGCCAGTCTAAAATCA-TGATCATCTACATGCTATTTTG---A-ATTTTTATTGAA-GTT-TT-TAAGTTTTTTAATAAGTCCTTAAATATGTTGGTtgatatattatttaaaat
gi|6 : tcaatgttaaaaatatcaaatattcatCTTCTCTTTCACC--AAC----------AA----TTT---A---GTCAAATAC-T-AA-AA-AAA--CGTAA----CTAAGTCTTGACTGATTATTT----CTCTGAGAGTGTGTATTTA---AATAT-----AAACA------TAT-TTATATGAAAACTATACTCAAATCA-TAATCAgtaacaggaccttggtac
gi|7 : cTCACCTGGATGCT-TTTCAT--AGATTT-------A-GTT-TCACAAGCATT----TAAA----TA
gi|8 : GACTCCTGTTTCACC--ATT----------AT----TTC---A---CTTAAATACAT-AA-AA-A----CTTAA---------TTTTAATGGGTTACTT----CAAT----AT---CACTAAATAATTGTCACTGACACAAGTTT-TAGTTTTTATTGGATGCAATATTAAtttacttaaatatgtttctaaaacaggagcctggtctttaaaatgtgagcaagtacaagacttccataaaactctat
gi|9 : CCTGGCTTCTGTTTCACC--AAT----------TTTTCCTTT---ATTTCTTAAATAT-T-TA-GA-A----CTCTA----CTAATTTTTGA---GTTATTA----ATCT----AT---