lowQualScore : 3333333333 11111 11111111 44444444444444444 1111 1 11 11 3333333333333333 9999999999999999999999 1 22222 2 2222 222222222222222 2222222 1111111 5555555555555555555555555 11111 9999999999999999999999 11 1 1
lowQualScore : 6 8 4 3 5555555555 11111 777 77777777 1 0 8 11111111111111111 44 3 9999 2 00 3 1 00 5555555555555555 0 7777777777777777777777 1 6 33333 2 1 3 1111 888888888888888 0 6666666 7 6666666 44 5 4444444444444444444444444 66666 6 5555555555555555555555 2 88 5 6 1 7
lowQualScore : . . . . .......... ..... ... ........ . . . ................. .. . .... . .. . . .. ................ . ...................... . . ..... . . . .... ............... . ....... . ....... .. . ......................... ..... . ...................... . .. . . . .
lowQualScore : 0 0 8 7 7777777777 11111 111 22222222 8 4 6 77777777777777777 00 0 2222 3 00 0 0 22 3333333333333333 7 0000000000000000000000 3 0 77777 1 7 6 2222 444444444444444 2 0000000 3 0000000 88 0 7777777777777777777777777 77777 0 0000000000000000000000 5 33 6 0 4 0
consensus : GCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATTCAT---------TTT-----GTTC--ATT-T------TACAGTAACATAG---------TAA-A-G-TNTTANTCTCTG--CTATGTCT-CNAAGCGCTC-CGNCTNNCTAT----CTTCCAAACT-CG-CTCCCACACA----CAGATGCAGCGCCCCCT----GTACTGGTCAATGGGG-TGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-C--A--AGATGGATATTAATTAACTGATTA----NTATCATCTT------TACNGTAT-GTGCTGTT--A--C-TG------TA------T-CTTAT-----AAATAGAATGAAGGTAGGA-CG-----GCTTG---ATNTATTAATA--GTGTGGGGAAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( gi|2 ) : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAGTCCAT---------TTT-----GTTC--ATT-T------TATAGTGACATAG---------TGA-A-G-TACTAATCTCTG--CTAAGTCC-CAAAGCGTTC-CGACTACCTCT----CTCCCAAACTGCAACTCCCCCATA---GCAAATGCAGCGCCACTT----TTACTGGTCAGTGTGG-TGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-C--A--AGAT-AATATTAATTAACTGATTA----CTTTCATCTT------TACAGCAT-GTGCTGTT--A--C-TG------TA------T-CTTAT-----AAACAGAATGAAGGCAGGACCGTGGGAACTTG---ATCTATTAATA--ATGTGGGGAAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACA
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATTCATGAAACTGAATTT-----ATTTGTATT-TAACAACTAAAACAACCCAGGTTTGTTTTTAC-A-G-TAACAA-CTCTGGTCTATGCCT-CCAAGCTCTCTCGCTTACTT-T----CTTTCAAACT-C--CTCCTTC-------CA----CAGCGCCCCCT----GTACCGGTCAATGGGG-TGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-C--A--GGAT-GATACTAA----CTGATTA----GTGTCAT-TT------TACTGTAT-GCGCTGTTTTA--T-TG------TA------CACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTAG-AC-------ACATG---ATCTATTAATA--GTATGGAAGAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|11 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAACTCAATTCAT---------TTTACTAAATTT--ATT-C------TATAGT-ACA
gi|3 : gtgGCAAAGTGTGGGTTTTATTTAAAGCAAATCAATTAAT---------GTT-----ACTA--AAT-T------TAT--TGACATactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|9 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTTAGTTAATTCATA--------TTT-----ATTG--AAT-T------TATttaaaaaaacaacccatgttcattgatacaacagcatagtacattttctcttgtactggtgactctctcccgaaaccttcttccttgtctgcattctatttagcgccatctagtatcaactgcactagtcagtgcgtgtctaccatatatggtaatgcaccttaagaatattaatcagtttattaataacatcttactgtttgcgctatcgtgctgtacaaatattttataaatagaatggaggtgtaaacgtaatcacttgataatctattaatagta
gi|10 : gtgGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATAAGTAAGTCATTTCATG--------TTT-----GTtcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
gi|10 : tgAAGACAGTCCAA-----------------GTTC--ATTAT------TACAATAAAATAG---------T---A-C-TTCTCATCTT----CTATGTCTTCAAATC-CTC-TGACTTTCTATATGATTCTCGAGCT----TTTCCACATT---CTA--TACAGCGCCCCCTAGTGCTGCTGGTTAATG--G-TGTCTACCCTATAattaaaacacctcaagacagtccaagttcattattacaataaaatagtacttctcatcttctatgtcttcaaatcctctgactttctatatgattctcgagcttttccacattctatacagcgccccctagtgctgctggttaatggtgtctaccctata
gi|11 : tggcaaagtgtggtttcagtataagtaagtcatttcatgtttgtattaaaacacctcTTCAG---------TTT-----GTTC--ATT-T------TACAGTAACATAG---------TAA-AAG-TATTACTCTCTG--CCATGTTT-CAAAGCGTTT-TGGCTCTCTTT----CTTCCAAATTGCGTCTCCCCCACA-----AGATACA
gi|9 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaaaacaatccaat-----GTAC--ATT-T------AACAGTAACATAG---------TAA-AAG-TCTTACTCTCGT--CTATGTCT-CAAATCGCTCTC--CTAACTAA----CTTCCAAACT----------CATT---G--GATGCAGCATCCCCT----TAACTGGTCAATGGGG-TGTCTACCagct
gi|8 : gtggcaaagtgtggttttattataagttagttaattcatatttattgaatttattcgtattcaacaactcacactaacccaa-----GTTC--ATTAT------GACAATAACAATG---------TCATA-G-TGTTAATCACAT--CTACGTTC-CCAAGCTCTT-TGGCTTACAAT----CTTCCAAACTCCACCTTCAATACACTCGC---TGCAGCGCCTCCT----GTACTGGTCAATGGGT-TGTCTAt
gi|6 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacagTGG---------TAA-A-GGTACTGCTCTCTG--CTAAGTCT-CCAAATGCTC-TGTCTAACTAA----CTCCCAAACTGCAACTCATACACA---TTGGATGCAGCGCTCCCT----GTACTGGTCAGTGGGG-AGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-C--A--TGAT-GATATTAATAATCTGATTA----CTATCATC-T------TACTGCAT-GTGCTGTT--A--C-TGTCT---TG------T-ATTAT-----AAATATAATGATGGTAGGAACG--------TG---ATATATTAATACCATG-GGGAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGa
gi|7 : TGTAGCGCCACCT----GTACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-C--A--AGAT-GATATCAATTAACTGTTTA----CTATCATCTT------TACATCTT-GTGCTGTT--A--C-TGTACACTTA------T-CTTAT-----AAATAGAATGAAGCTAGGCCCGTACGAGCTTG---ATATATTAATA--ATGTGGGGAAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|5 : TACAGGTCAATG--G-TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATAC--ATTATATGAATAGTAATTAAATGATTA----ATATCATC-T------TACAATAT-ATGCTAT
gi|4 : caaagtgtgggtttcattaaaaacaatttatgtttactaagtttactggtattaaaatcaaacccggttcattgttccaaccttgcacttttctgtcctactttctaaatttaactgcctctgtctgccagaaacttcctcccattcccgtcctagagcgccttctagtatcaaatgTACAGGTCAATG--G-TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATAC--ATTATATGAATAGTAATTAAATGATTA----ATATCATC-T------TACAATAT-ATGCTATacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|15 : caaagtgtgggtttcattaaaaacaatttatgtttactaagtttactggtattaaaatcaaacccggttcattgttccaaccttgcacttttctgtcctactttctaaatttaactgcctctgtctgccagaaacttcctcccattcccgtcctagagcgccttctagtatcaaatgTACTGGTCAGTG-AG-TATCCACACTATAacaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|3 : tctccaaaacctttctcactgtctacatcctatccaacgccctctatgtgtcaactgACTAGTCAGTGCG--TGTCTACCATATAT----GGTAATGCA--C-CTTA--AGA---ATATTAATCAGTTTATTA----ATAACATCTTACTGTTTGCGCTATCGTGCTG-T--A--CAAA------TA------T-TTTAT-----AAATAGAATGGAGGTGTAAACGTAATCACTTGATAATCTATTAATA--GT
gi|16 : tggcaaagtgtgggttttatttaaagcaaatcaattaatgttactaaatttattgacatttaaaaaaacaacccatgttcattgatacaacagcatagtacattttctcttgtactggtgactctctcccgaaaccttcttccttgtctgcattctatttagcgccatctagtatcaactgcGG-TGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-C--A--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTA----ATATCATCTT------a
gi|13 : gCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-A--A--AGAT-GATATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-------ACTGTAT-GCGCTATT--ATAC-TG------TACACTTAT-CTTAT-----ACATAGAATGAAGGTAGGA--------GCTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAGAAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACa
gi|14 : TTATCTT-------ACGGCAT-GTTCTGTT--A--A-TG------TACACTTAT-CTTAG-----AAATAGAATGAAG----------------------ATATATTAATA--GTTTGGGGAAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTGGCAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAATGATATTTACTAAATGTATTGGTATAAACAACAATCTAGGTTCAATATTACAATACCATGGTACTTCTCTCTCCTATGATCTCGATCTTTATGCCCCTCTTTCCTCAATATTCATTCCCTTCCACATTATATCCAGCTCCCTCTA
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1 111111111 1 111111111111111 111 111 333333333333333333333 1111 11 11 77777777777777777777777777777777 333333333333333 1111 11 22 55555555555555 11111 66666666666666666666666 111 1
lowQualScore : 0 5 55555 777 1 777777777 4 3 666666666666666 4 7777 555 000 111111111111111111111 5 5 5 5 33 1 2222 888 0 1 0 4 1 33 2 777 4 22 00000000000000000000000000000000 0 555555555555555 33 0 8888 8 22 00 1 8888 5 7 1 66 66 77 99999999999999 5 44444 0 99999999999999999999999 1 000 1 2 99 6 3
lowQualScore : . . ..... ... . ......... . . ............... . .... ... ... ..................... . . . . .. . .... ... . . . . . .. . ... . .. ................................ . ............... .. . .... . .. .. . .... . . . .. .. .. .............. . ..... . ....................... . ... . . .. . .
lowQualScore : 0 0 99999 000 2 888888888 4 3 000000000000000 0 1111 666 000 222222222222222222222 7 7 7 7 44 0 1111 666 6 0 7 2 0 88 8 888 4 22 33333333333333333333333333333333 9 555555555555555 99 4 9999 9 22 44 0 5555 7 3 0 11 11 99 99999999999999 7 33333 7 33333333333333333333333 6 000 0 2 22 7 3
consensus : GCAAAGTGT-GG-TTTTATTAT----AAGT-AANTCA---------ATT-CAT-TTT-----GT-T-----CATT-TT---ACAGT---AA---CA---T------AG---------T-AA-A-G-TANTACTC----TCTG--CTATGTCTCCAAGCGCTCTGNCTNACTNT---CTTC-CA--AACT-C-G--CT-CCCACACA-C-----A---GATGCAGCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTG------TACA--TAT-CTTAT-----AAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGT-GG-TTTTATTAT----AAGT-AAGTCA---------ATT-CAT-TTT-----GT-T-----CATT-TT---ACAGT---AA---CA---T------AG---------T-AA-A-G-TNTTANTC----TCTG--CTATGTCTCNAAGCGCTCCGNCTNNCTAT---CTTC-CA--AACT-C-G--CT-CCCACACA-C-----A---GATGCAGCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGGATATTAATTAACTGATTANTA----TCATCTTTACNGTATGTGCTG--T--TA--CTG------TA------T-CTTAT-----AAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATNTATTAATAGTGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTAT-GG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATTCATGAAACTGAATT-TAT-TT------GT--------ATT-TA---ACAACTAAAA---CAACCC------AGGTTTGTTTTT-AC-A-G-TAACAA-C----TCTGGTCTATGCCTCCAAGCTCTCTCGCTTACTTT---CTTT-CA--AACT-C----CT-CCTTC----C-----A-------CAGCGCCCCCT----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGAT-GAT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTG------TA------CACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGT-GG-TTTCAGTAT----AAGT-AAGTCA---------TTT-CATGTTT-----GTATTAAAACACC-TCAAGACAGTCC-AAGTTCA---TTATTACAA---------T-AA-A-A-TAGTACTTCTCATCTT--CTATGTCTTCAAATCCTCTGACTTTCTATATGATTCTCG--AGCT------TT-TCCACATT-C---------TATACAGCGCCCCCT----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGT-GG-TTTTATTAT----AAGT-AACTCA---------ATT-CAT-TTTACTAAAT-T-----TATT-CT---ATAGT---A
gi|11 : gtg----AAAC-AATCCA---------ATTTCAG-TTT-----GT-T-----CATT-TT---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAAA-A-G-TATTACTC----TCTG--CCATGTTTCAAAGCGTTTTGGCTCTCTTT---CTTC-CA--AATTGC-GT-CT-CCCCCACA-------A---GATACAcaactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|13 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATG-ATATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTG------TACACTTAT-CTTAT-----ACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACagct
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATG------TACACTTAT-CTTAG-----AAATAGAATGAAG---------------------------------ATATATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|15 : CT----------G----TACTGGTCAGT--GAGTATCCACACTATA
gi|16 : tctccaaaacctttctcactgtctacatcctatccaacgccctctatgtgtcaa-GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGT-GG-TTTTATTAT----AAGT-AAGTCA---------GTC-CAT-TTT-----GT-T-----CATT-TT---ATAGT---GA---CA---T------AG---------T-GA-A-G-TACTAATC----TCTG--CTAAGTCCCAAAGCGTTCCGACTACCTCT---CTCC-CA--AACTGCAA--CT-CCCCCATAGC-----A---AATGCAGCGCCACTT----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TA------T-CTTAT-----AAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGT-GGGTTTTATTTA----AAGC-AAATCA---------ATT-AAT-GTT-----AC-T-----AAAT-TT---AT--T---GA---CA---T------a
gi|3 : tgCT----------G----CACTAGTCAGTG-CG-TGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--AGA---ATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATCTT-ACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTG------TACAAATAT-TTTAT-----AAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGTttaaaaaaacaacccatgttcattgatacaacagcatagtacattttctcttgtactggtgactctctcccgaaaccttcttccttgtctgcattctatttagcgccatctagtatcaactgcactagtcagtgcgtgtctaccatatatggtaatgcaccttaagaatattaatcagtttattaataacatcttactgtttgcgctatcgtgctgtacaaatattttataaatagaatggaggtgtaaacgtaatcacttgataatctattaatagta
gi|4 : tggcaaagtgtgggttttatttaaagcaaatcaattaatgttactaaatttattgacatttaaaaaaacaacccatgttcattgatacaacagcatagtacattttctcttgtactggtgactctctcccgaaaccttcttccttgtctgcattctatttagcgccatctagtatcaaCAAAGTGTGGG-TTTCATTA-----AA---AA--CA---------ATT-TATGTTT-----AC-T-----AAGT-TT---ACa
gi|4 : CTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAAACT-T-C--CT-CCCATTCC-CGTCCTA---GA----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--tggtattaaaatcaaacccggttcattgttccaaccttgcacttttctgtcctactttctaaatttaactgcctctgtctgccagaaacttcctcccattcccgtcctagagcgccttctagtatcaaatgtacaggtcaatggtgtttacctcatattataggtaagacagatacattatatgaatagtaattaaatgattaatatcatcttacaatatatgctatacaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|5 : caaagtgtgggtttcattaaaaacaatttatgtttactaagtttactggtattaaaatcaaacccggttcattgttccaaccttgcacttttctgtcctactttctaaatttaaCAAAGTGTGGG-TTTCATTA-----AA---AA--CA---------ATT-TATGTTT-----AC-T-----AAGT-TT---ACacaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|5 : CTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAAACT-T-C--CT-CCCATTCC-CGTCCTA---GA----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--tggtattaaaatcaaacccggttcattgttccaaccttgcacttttctgtcctactttctaaatttaactgcctctgtctgccagaaacttcctcccattcccgtcctagagcgccttctagtatcaaatgtacaggtcaatggtgtttacctcatattataggtaagacagatacattatatgaatagtaattaaatgattaatatcatcttacaatatatgctatacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|6 : caaagtgtgggtttcattaaaaacaatttatgtttactaagtttactggtattaaaatcaaacccggttcattgttccaaccttgcacttttctgtcctactttctaaatttaa---T------GG---------T-AA-A-GGTACTGCTC----TCTG--CTAAGTCTCCAAATGCTCTGTCTAACTAA---CTCC-CA--AACT---G--CAACTCATACA-C-----ATTGGATGCAGCGCTCCCT----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGAT-GATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGTCT---TG------T-ATTAT-----AAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTAGCGCCACCT----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATG-ATATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTA------T-CTTAT-----AAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : -----GT-T-----CATTATG---ACAAT---AA---CA---A------TG---------T-CATA-G-TGTTAATC----ACAT--CTACGTTCCCAAGCTCTTTGGCTTACAAT---CTTC-CA--AACT-C-CACCT-TCAATACA-CT----C---GCTGCAGCGCCTCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacagGCAAAGTGT-GG-TTTTATTAT----AAGT-TAGTTA---------ATT-CAT-a
gi|9 : gtg-----GT-A-----CATT-TA---ACAGT---AA---CA---T------AG---------T-AA-AAG-TCTTACTC----TCGT--CTATGTCTCAAATCGCTCT-CCTAACTAA---CTTC-CA--AACT-C-A--TT----------------G---GATGCAGCATCCCCT----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCatttattgaatttattcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTGGCAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAATGATATTTACTAAATGTATTGGTATAAACAACAATCTAGGTTCAATATTACAATACCATGGTACTTCTCTCTCCTATGATCTCGATCTTTATGCCCCTCTTTCCTCAATATTCATTCCCTTCCACATTATATCCAGCTCCCTCTA
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 1 11111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 33333333333333333333333333333333 111 22222222222 11 77777777777777777777777777777777777 111111111 333333333333333 1111 11 33 77777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 0 5 6 11111 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 11111 00000000000000000000000000000000 4 999 1 8888 333 0 8 66666666666 1 88 1 555 0 4 4 11 88888888888888888888888888888888888 44 555555555 55 555555555555555 33 0 8888 8 22 66 0 8888 5 7 1 0 66 66 77 1 99 22222222222222222222222 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . . . ..... . .................................................................... . ..... ................................ . ... . .... ... . . ........... . .. . ... . . . .. ................................... .. ......... .. ............... .. . .... . .. .. . .... . . . . .. .. .. . .. ....................... . ... . .. .. . .
lowQualScore : 0 0 5 11111 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 11111 66666666666666666666666666666666 0 333 0 5555 000 1 2 33333333333 0 88 0 888 3 0 0 00 99999999999999999999999999999999999 11 999999999 00 555555555555555 99 4 9999 9 22 44 7 5555 7 3 0 7 11 11 99 4 33 99999999999999999999999 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGT-GG-TTTTATTATAAGT-----AANTC--------------A---------ATT------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAA-A-G-TANTACTC----TCTT--CTATGTCTCCAA----GCGC---TCTGNCTNACTNT---CTTC-C-A--AACT-C-G--CT-CCC------ACACN-C-----A---GATGCAGCGCC--------CC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGT-GG-TTTTATTATAAGT-----AANTC--------------A---------ATT------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAA-A-G-TANTACTC----TCTG--CTATGTCTCCAA----GCGC---TCTGNCTNACTNT---CTTC-C-A--AACT-C-G--CT-CCC------ACACA-C-----A---GATGCAGCGCC--------CC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACA--TATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTAT-GG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATTC--------------ATGAAACTGAATT------TAT-TT--------------------GT--------ATT-T-A---ACAACTAAAA---CAACCC------AGGTTTGTTTTTAC-A-G-TAACAA-C----TCTGGTCTATGCCTCCAA----GCTC---TCTCGCTTACTTT---CTTT-C-A--AACT-C----CT-CCT------TC----C-----A-------CAGCGCC--------CC--CT----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGT-GG-TTTCAGTATAAGT-----AAGTC--------------A---------TTT------CATGTT--------------T-----GTATTAAAACACC-T-CAAGACAGTCC-AAGTTCA---TTATTACAA---------TAA-A-A-TAGTACTTCTCATCTT--CTATGTCTTCAA----ATCC---TCTGACTTTCTATATGATTCTC-G--AGCT------TT-TCC------ACATT-C---------TATACAGCGCC--------CC--CT----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGT-GG-TTTTATTATAAGT-----AACTC--------------A---------ATT------CAT-TT--------------TACTAAAT-T-----TATT-C-T---ATAGT---A
gi|11 : gtgAAAC-----AATCC--------------A---------ATTT-----CAG-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAA-AAG-TATTACTC----TCTG--CCATGTTTCAAA----GCGT---TTTGGCTCTCTTT---CTTC-C-A--AATTGC-GT-CT-CCC------CCACA-------A---GATACAcaactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|13 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACagct
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA---------------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|15 : --CT----------G----TACTGGTCAGT--GAGTATCCACACTATA
gi|16 : tctccaaaacctttctcactgtctacatcctatccaacgccctctatgtgtcaa-GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGT-GG-TTTTATTATAAGT-----AAGTC--------------A---------GTC------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ATAGT---GA---CA---T------AG---------TGA-A-G-TACTAATC----TCTG--CTAAGTCCCAAA----GCGT---TCCGACTACCTCT---CTCC-C-A--AACTGCAA--CT-CCC------CCATAGC-----A---AATGCAGCGCC--------AC--TT----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TATCTTATAAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGT-GGGTTTTATTTAAAGC-----AAATCAATTAATGTTACTAA---------ATTTATTGACAT-TTAAAAAAACAACCCAT-----GT-T-----CATT-GAT---ACAAC---AG---CA---T------AG---------TA------CATT-TTC----TCT------TGT-----A------------CTGG-TGACTCT---CTCC-CGA--AACC-T-T--CT-TCCTTGTCTGCATT-C---------TATTTAGCGCCATCTAGTATCAACT----------G----CACTAGTCAGTG-CG-TGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--AGA---ATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATCTT-ACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGG-TTTCATTA----------AAAAC--------------A---------ATT------TATGTT--------------T-----AC-T-----AAGT-T-T---ACTG----------G---T------AT---------TAA-A-A-TCAAACCC----GGTT--CATTGT-TCCAACCTTGCACTTTTCTGTCCTACTTT---CTta
gi|4 : CTGCCT--CTGT---CTGC-C-AGAAACT-T-C--CT-CCC------ATTCC-CGTCCTA---GA----GCGCC--------TT--CTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--aaatttaactgcctctgtctgccagaaacttcctcccattcccgtcctagagcgccttctagtatcaaatgtacaggtcaatggtgtttacctcatattataggtaagacagatacattatatgaatagtaattaaatgattaatatcatcttacaatatatgctatacaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|5 : caaagtgtgggtttcattaaaaacaatttatgtttactaagtttactggtattaaaatcaaacccggttcattgttccaaccttgcacttttctgtcctactttctaaatttaaCAAAGTGTGGG-TTTCATTA----------AAAAC--------------A---------ATT------TATGTT--------------T-----AC-T-----AAGT-T-T---ACTG----------G---T------AT---------TAA-A-A-TCAAACCC----GGTT--CATTGT-TCCAACCTTGCACTTTTCTGTCCTACTTT---CTacaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|5 : CTGCCT--CTGT---CTGC-C-AGAAACT-T-C--CT-CCC------ATTCC-CGTCCTA---GA----GCGCC--------TT--CTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--aaatttaactgcctctgtctgccagaaacttcctcccattcccgtcctagagcgccttctagtatcaaatgtacaggtcaatggtgtttacctcatattataggtaagacagatacattatatgaatagtaattaaatgattaatatcatcttacaatatatgctatacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|6 : caaagtgtgggtttcattaaaaacaatttatgtttactaagtttactggtattaaaatcaaacccggttcattgttccaaccttgcacttttctgtcctactttctaaatttaa---T------GG---------TAA-A-GGTACTGCTC----TCTG--CTAAGTCTCCAA----ATGC---TCTGTCTAACTAA---CTCC-C-A--AACT---G--CAACTC------ATACA-C-----ATTGGATGCAGCGCT--------CC--CT----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT-CT--TGTATTATAAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTAGCGCC--------AC--CT----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : -----GT-T-----CATTAT-G---ACAAT---AA---CA---A------TG---------TCATA-G-TGTTAATC----ACAT--CTACGTTCCCAA----GCTC---TTTGGCTTACAAT---CTTC-C-A--AACT-C-CACCT-TCA------ATACA-CT----C---GCTGCAGCGCC--------TC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacagGCAAAGTGT-GG-TTTTATTATAAGT-----TAGTT--------------A---------ATT------CAT-a
gi|9 : gtg-----GT-A-----CATT-T-A---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAA-AAG-TCTTACTC----TCGT--CTATGTCTCAAA----TCGC---TCT-CCTAACTAA---CTTC-C-A--AACT-C-A--TT----------------------G---GATGCAGCATC--------CC--CT----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCatttattgaatttattcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTGGCAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAATGATATTTACTAAATGTATTGGTATAAACAACAATCTAGGTTCAATATTACAATACCATGGTACTTCTCTCTCCTATGATCTCGATCTTTATGCCCCTCTTTCCTCAATATTCATTCCCTTCCACATTATATCCAGCTCCCTCTA
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 33333333333333333333333333333333 111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111 444444444444444 1111 11 77777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 5 222222 4 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 11111 00000000000000000000000000000000 4 999 1 4 8888 2 5 777777777777 1 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 555555555 55 000000000000000 3 1 8888 8 22 66 0 8888 5 7 1 0 66 66 77 1 22222222222222222222222 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . ...... . . ........................................................... . ..... ................................ . ... . . .... . . ............ . . ............................................................................. .. ......... .. ............... . . .... . .. .. . .... . . . . .. .. .. . ....................... . ... . .. .. . .
lowQualScore : 0 333333 4 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 11111 66666666666666666666666666666666 0 333 0 0 5555 6 7 222222222222 0 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 999999999 55 111111111111111 6 4 9999 9 22 44 7 5555 7 3 0 7 11 11 99 4 99999999999999999999999 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATA----AGT-AANTC--------------AATT------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAA-A-G-TANTA-CTC----TCTTCTATGTCTCCAA----GCGCT---CTGNCTNAC--------------------TNT---CTTC-C-A--AACT-C-G--CT-CC--C------ACAC-NC-----A---GATGCAGCGCC--------CC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-AANTC--------------AATT------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAA-A-G-TANTA-CTC----TCTTCTATGTCTCCAA----GCGCT---CTGNCTNAC--------------------TNT---CTTC-C-A--AACT-C-G--CT-CC--C------ACAC-NC-----A---GATGCAGCGCC--------CC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATTCATGAAACTG-----AATT------TAT-TT--------------------GT--------ATT-T-A---ACAACTAAAA---CAACCC------AGGTTTGTTTTTAC-A-G-TAACAACTC----TGGTCTATGCCTCCAA----GCTCT---CTCGCTTAC--------------------TTT---CTTT-C-A--AACT-C----CT-CC--T------TC----C-----A-------CAGCGCC--------CC--CT----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATA----AGT-AAGTC--------------ATTT------CATGTT--------------T-----GTATTAAAACACC-T-CAAGACAGTCC-AAGTTCA---TTATTACAA---------TAA-A-A-TAGTA-CTTCTCATCTTCTATGTCTTCAA----ATCCT---CTGACTTTC--------------------TATATGATTCTC-G--AGCT------TT-TC--C------ACAT-TC---------TATACAGCGCC--------CC--CT----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-AACTC--------------AATT------CAT-TT--------------TACTAAAT-T-----TATT-C-T---ATAGT---A
gi|11 : gtgA----AAC-AATCC--------------AATTT-----CAG-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAA-AAG-TATTA-CTC----TCTGCCATGTTTCAAA----GCGTT---TTGGCTCTC--------------------TTT---CTTC-C-A--AATTGC-GT-CT-CC--C------CCAC-A------A---GATACAcaactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|13 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACagct
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA---------------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|16 : -GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-AAGTC--------------AGTC------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ATAGT---GA---CA---T------AG---------TGA-A-G-TACTA-ATC----TCTGCTAAGTCCCAAA----GCGTT---CCGACTACC--------------------TCT---CTCC-C-A--AACTGCAA--CT-CC--C------CCATAGC-----A---AATGCAGCGCC--------AC--TT----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TATCTTATAAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGTGGGTTTTATTTAA----AGC-AAATCAATTAATGTTACTAAATTTATTGACAT-TTAAAAAAACAACCCAT-----GT-T-----CATT-GAT---ACAAC---AG---CA---T------AG---------TA------CATT--TTC----TCTTGTA---------------------CTGG-TGAC--------------------TCT---CTCC-CGA--AACC-T-T--CT-TC--CTTGTCTGCAT-TC---------TATTTAGCGCCATCTAGTATCAACT----------G----CACTAGTCAGTG-CG-TGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--AGA---ATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATCTT-ACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGGTTTCATTA----------AAAAC--------------AATT------TATGTT--------------T-----AC-T-----AAGT-T-T---ACTG----------G---T------AT---------TAA-A-A-TCAAA-CCC----GGTTCATTGT-TCCAACCTTGCACTTTTCTGTCCTACTTTCTAAATTTAACTGCCTCTGT---CTGC-C-AGAAACT-T-C--CT-CC--C------ATTC-CCGTCCTA---GA----GCGCC--------TT--CTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--ta
gi|5 : CAAAGTGTGGGTTTCATTA----------AAAAC--------------AATT------TATGTT--------------T-----AC-T-----AAGT-T-T---ACTG----------G---T------AT---------TAA-A-A-TCAAA-CCC----GGTTCATTGT-TCCAACCTTGCACTTTTCTGTCCTACTTTCTAAATTTAACTGCCTCTGT---CTGC-C-AGAAACT-T-C--CT-CC--C------ATTC-CCGTCCTA---GA----GCGCC--------TT--CTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--acaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|6 : ---T------GG---------TAA-A-GGTACTG-CTC----TCTGCTAAGTCTCCAA----ATGCT---CTGTCTAAC--------------------TAA---CTCC-C-A--AACT---G--CAACT--C------ATAC-AC-----ATTGGATGCAGCGCT--------CC--CT----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT---CTTGTATTATAAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTAGCGCC--------AC--CT----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : -----GT-T-----CATTAT-G---ACAAT---AA---CA---A------TG---------TCATA-G-TGTTA-ATC----ACATCTACGTTCCCAA----GCTCT---TTGGCTTAC--------------------AAT---CTTC-C-A--AACT-C-CACCT-TCAAT------ACAC-TC---------GCTGCAGCGCC--------TC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacagGCAAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-TAGTT--------------AATT------CAT-a
gi|9 : gtg-----GT-A-----CATT-T-A---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAA-AAG-TCTTA-CTC----TCGTCTATGTCTCAAA----TCGCT---CT-CCTAAC--------------------TAA---CTTC-C-A--AACT-C-A--TT------------------------G---GATGCAGCATC--------CC--CT----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCatttattgaatttattcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTGGCAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAATGATATTTACTAAATGTATTGGTATAAACAACAATCTAGGTTCAATATTACAATACCATGGTACTTCTCTCTCCTATGATCTCGATCTTTATGCCCCTCTTTCCTCAATATTCATTCCCTTCCACATTATATCCAGCTCCCTCTA
Unaligned ( gi|15 ): TCTCCAAAACCTTTCTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGTACTGGTCAGTGAGTATCCACACTATA
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 2 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 33333333333333333333333333333333 111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111 444444444444444 1111 11 77777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 1 222222 4 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 11111 00000000000000000000000000000000 4 4 555 1 4 8888 2 5 777777777777 1 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 555555555 55 000000000000000 3 1 8888 8 22 66 0 8888 5 7 1 0 66 66 77 1 22222222222222222222222 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . ...... . . ........................................................... . ..... ................................ . . ... . . .... . . ............ . . .............................................................................. .. ......... .. ............... . . .... . .. .. . .... . . . . .. .. .. . ....................... . ... . .. .. . .
lowQualScore : 2 333333 4 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 11111 66666666666666666666666666666666 0 0 333 0 0 5555 6 7 222222222222 0 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 999999999 55 111111111111111 6 4 9999 9 22 44 7 5555 7 3 0 7 11 11 99 4 99999999999999999999999 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATA----AGT-AANTC--------------AATT------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------T-AA-A-G-TANTA-CTC----TCTTCTATGTCTCCAA----GCGCT---CTGNCTNAC--------------------TNT---CTTC-C-A--AACT----CN--CT-CC--C------ACACNC-----A---GATGCAGCGCC--------CC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATA----AGT-AANTC--------------AATT------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------T-AA-A-G-TANTA-CTC----TCTTCTATGTCTCCAA----GCGCT---CTGNCTNAC--------------------TNT---CTTC-C-A--AACT----CG--CT-CC--C------ACACNC-----A---GATGCAGCGCC--------CC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATTCATGAAACTG-----AATT------TAT-TT--------------------GT--------ATT-T-A---ACAACTAAAA---CAACCC------AGGTTTGTTTTT-AC-A-G-TAACAACTC----TGGTCTATGCCTCCAA----GCTCT---CTCGCTTAC--------------------TTT---CTTT-C-A--AACT----C---CT-CC--T------TC---C-----A-------CAGCGCC--------CC--CT----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATA----AGT-AAGTC--------------ATTT------CATGTT--------------T-----GTATTAAAACACC-T-CAAGACAGTCC-AAGTTCA---TTATTACAA---------T-AA-A-A-TAGTA-CTTCTCATCTTCTATGTCTTCAA----ATCCT---CTGACTTTC--------------------TATATGATTCTC-G--AGCT--------TT-TC--C------ACATTC---------TATACAGCGCC--------CC--CT----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-AACTC--------------AATT------CAT-TT--------------TACTAAAT-T-----TATT-C-T---ATAGT---A
gi|11 : gtgA----AAC-AATCC--------------AATTT-----CAG-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ACAGT---AA---CA---T------AG---------TAAA-A-G-TATTA-CTC----TCTGCCATGTTTCAAA----GCGTT---TTGGCTCTC--------------------TTT---CTTC-C-A--AATTG---CGT-CT-CC--C------CCACA------A---GATACAcaactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|13 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACagct
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA---------------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|16 : -GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-AAGTC--------------AGTC------CAT-TT--------------T-----GT-T-----CATT-T-T---ATAGT---GA---CA---T------AG---------T-GA-A-G-TACTA-ATC----TCTGCTAAGTCCCAAA----GCGTT---CCGACTACC--------------------TCT---CTCC-C-A--AACTGCAACT--CC-CC--C------ATA-GC-----A---AATGCAGCGCC--------AC--TT----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TATCTTATAAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGTGGGTTTTATTTAA----AGC-AAATCAATTAATGTTACTAAATTTATTGACAT-TTAAAAAAACAACCCAT-----GT-T-----CATT-GAT---ACAAC---AG---CA---T------AG---------T-A------CATT--TTC----TCTTGTA---------------------CTGG-TGAC--------------------TCT---CTCC-CGA--AACC----TT--CT-TC--CTTGTCTGCATTC---------TATTTAGCGCCATCTAGTATCAACT----------G----CACTAGTCAGTG-CG-TGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--AGA---ATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATCTT-ACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGGTTTCATTA----------AAAAC--------------AATT------TATGTT--------------T-----AC-T-----AAGT-T-T---ACTG----------G---T------AT---------T-AA-A-A-TCAAA-CCC----GGTTCATTGT-TCCAACCTTGCACTTTTCTGTCCTACTTTCTAAATTTAACTGCCTCTGT---CTGC-C-AGAAACT----TC--CT-CC--C------ATTCCCGTCCTA---GA----GCGCC--------TT--CTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--ta
gi|5 : CAAAGTGTGGGTTTCATTA----------AAAAC--------------AATT------TATGTT--------------T-----AC-T-----AAGT-T-T---ACTG----------G---T------AT---------T-AA-A-A-TCAAA-CCC----GGTTCATTGT-TCCAACCTTGCACTTTTCTGTCCTACTTTCTAAATTTAACTGCCTCTGT---CTGC-C-AGAAACT----TC--CT-CC--C------ATTCCCGTCCTA---GA----GCGCC--------TT--CTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--acaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|6 : ---T------GG---------T-AA-A-GGTACTG-CTC----TCTGCTAAGTCTCCAA----ATGCT---CTGTCTAAC--------------------TAA---CTCC-C-A--AACT-----G--CAACT--C------ATACAC-----ATTGGATGCAGCGCT--------CC--CT----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT---CTTGTATTATAAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTAGCGCC--------AC--CT----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : -----GT-T-----CATTAT-G---ACAAT---AA---CA---A------TG---------T-CATA-G-TGTTA-ATC----ACATCTACGTTCCCAA----GCTCT---TTGGCTTAC--------------------AAT---CTTC-C-A--AACT----CCACCT-TCAAT------ACACTC---------GCTGCAGCGCC--------TC--CT----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacagGCAAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-TAGTT--------------AATT------CAT-a
gi|9 : gtg-----GT-A-----CATT-T-A---ACAGT---AA---CA---T------AG---------T-AA-AAG-TCTTA-CTC----TCGTCTATGTCTCAAA----TCGCT---CT-CCTAAC--------------------TAA---CTTC-C-A--AACT----CA--TT-----------------------G---GATGCAGCATC--------CC--CT----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCatttattgaatttattcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTGGCAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAATGATATTTACTAAATGTATTGGTATAAACAACAATCTAGGTTCAATATTACAATACCATGGTACTTCTCTCTCCTATGATCTCGATCTTTATGCCCCTCTTTCCTCAATATTCATTCCCTTCCACATTATATCCAGCTCCCTCTA
Unaligned ( gi|15 ): TCTCCAAAACCTTTCTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGTACTGGTCAGTGAGTATCCACACTATA
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33333333333333333333333 111 1111 11 77777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 7 999999 4 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 44444444444444444444444 7777 333 8888 8 22 66 0 8888 5 7 1 0 66 66 77 1 22222222222222222222222 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . ...... . . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ....................... .... ... .... . .. .. . .... . . . . .. .. .. . ....................... . ... . .. .. . .
lowQualScore : 8 111111 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 88888888888888888888888 7777 444 9999 9 22 44 7 5555 7 3 0 7 11 11 99 4 99999999999999999999999 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATA----AGT-AAGTC--------------A------ATT------CAT-T-------T--------------T-----GT-T--------CATT-T-T---A----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-A----G-T--ATTA-CTC----T---------CTTCTATG-TC------TCCAA--------GCNCTCTGNCTNACTNT---CTTC-C--AA-----AC----T----CC--CTCC--C------ACACCC-----A---GATGCA-GCGCC--------CC--C----------TG----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATA----AGT-AANTC--------------A------ATT------CAT-T-------T--------------T-----GT-T--------CATT-T-T---A----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-A----G-T--ANTA-CTC----T---------CTTCTATG-TC------TCCAA--------GCGCTCTGNCTNACTNT---CTTC-C--AA-----AC----T----CN--CTCC--C------ACACNC-----A---GATGCA-GCGCC--------CC--C----------TG----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATTCATGAAACTG-----A------ATT------TAT-T-------T--------------------GT-----------ATT-T-A---A----C-AACTAAA--A---C-AACCC------AGGTTTGTTTTT-AC-A----G-T--AACAACTC----T---------GGTCTATG-CC------TCCAA--------GCTCTCTCGCTTACTTT---CTTT-C--AA-----AC----T----C---CTCC--T------TC---C-----A-------CA-GCGCC--------CC--C----------TG----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATA----AGT-AAGTC--------------A------TTT------CATGT-------T--------------T-----GTATTAAAA---CACC-T-CAAGA----C-AGTCC-A--AGTTC-A---TTATTACAA---------T-AA-A----A-T--AGTA-CTTCTCAT---------CTTCTATG-TC------TTCAA--------ATCCTCTGACTTTCTATATGATTCTC--GA-----GC----T--------TTTC--C------ACATTC---------TATACA-GCGCC--------CC--C----------TAGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-AACTC--------------A------ATT------CAT-T-------T--------------TACTAAAT-T--------TATT-C-T---A----T-AGT---A--
gi|11 : gtgA----AAC-AATCC--------------A------ATTT-----CAG-T-------T--------------T-----GT-T--------CATT-T-T---A----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------TAAA-A----G-T--ATTA-CTC----T---------CTGCCATG-TT------TCAAA--------GCGTTTTGGCTCTCTTT---CTTC-C--AA-----ATTGCGT----CT--CCCC--C------ACA--------A---GATACA-caactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|12 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaAAGTGTAGGTTTTATCATA----AGT-GAGTA--------------AAATGATATT------TAC-TAAATGTAT--------------T-----GG-TATAAACAACAAT-C-T---AGGTTC-AAT---ATTA---CAA---T------AC---------C-AT-G----G-T--ACTT-CTC----T---------CTCCTATGATC------T-CGA--------TCTTTATGCCCCTCTTT---CCT--C--AATATTCAT----T----CC--CTTC--C------ACA-TT-----A---TATCCA-GCTCC--------CT--C----------Tagct
gi|13 : gtggcCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACa
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA---------------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|15 : -TC------TCCAA--------AACCTTT--CTCACTGT---CT------AC-----AT----C----CT--ATCC--A------ACGCCC-----------TCTATGTGTC--------AA--C----------TG----TACTGGTCAGT--GAGTATCCACACTATA
gi|16 : -GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-AAGTC--------------A------GTC------CAT-T-------T--------------T-----GT-T--------CATT-T-T---A----T-AGT---G--A---C-A---T------AG---------T-GA-A----G-T--ACTA-ATC----T---------CTGCTAAG-TC------CCAAA--------GCGTTCCGACTACCTCT---CTCC-C--AA-----AC----TGCAACT--CCCC--C------ATA-GC-----A---AATGCA-GCGCC--------AC--T----------TT----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TATCTTATAAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGTGGGTTTTATTTAA----AGC-AAATCAATTAATGTTACTAA------ATTTATTGACAT-T-------TAAAAAAACAACCCAT-----GT-T--------CATT-GAT---A----C-AAC---A--G---C-A---T------AG---------T-A---------C--ATT--TTC----T---------CTTGTA-----------------------------CTGG-TGACTCT---CTCC-CG-AA-----AC----C----TT--CTTC--CTTGTCTGCATTC---------TATTTA-GCGCCATCTAGTATCAAC----------TG----CACTAGTCAGTG-CG-TGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--AGA---ATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATCTT-ACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGGTTTCATTA----------AAAAC--------------A------ATT------TATGT-------T--------------T-----AC-T--------AAGT-T-T---A----CTGGT---A--T---T-A---A------AA---------TCAA-ACCCGG-TTCATTG-TTC----CAACCTTGCACTTTTCTG-TCCTACTTTCTAAATTTAACTGC-CTCTGTCTG-----------C-CAGAA-----AC----T----TC--CTCC--C------ATTCCCGTCCTA---G----A-GCGCC--------TT--CTAGTATCAAATG----TACAGGTCAAT---GGTGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--ta
gi|5 : CAAAGTGTGGGTTTCATTA----------AAAAC--------------A------ATT------TATGT-------T--------------T-----AC-T--------AAGT-T-T---A----CTGGT---A--T---T-A---A------AA---------TCAA-ACCCGG-TTCATTG-TTC----CAACCTTGCACTTTTCTG-TCCTACTTTCTAAATTTAACTGC-CTCTGTCTG-----------C-CAGAA-----AC----T----TC--CTCC--C------ATTCCCGTCCTA---G----A-GCGCC--------TT--CTAGTATCAAATG----TACAGGTCAAT---GGTGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--acaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|6 : ---T------GG---------T-AA-A----GGT--ACTG-CTC----T---------CTGCTAAG-TC------TCCAA--------ATGCTCTGTCTAACTAA---CTCC-C--AA-----AC----T----GC--AACT--C------ATACAC-----ATTGGATGCA-GCGCT--------CC--C----------TG----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT---CTTGTATTATAAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTA-GCGCC--------AC--C----------TG----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : -----GT-T--------CATTAT-G---A----C-AAT---A--A---C-A---A------TG---------T-CATA----G-T--GTTA-ATC----A---------CATCTACG-TT------CCCAA--------GCTCTTTGGCTTACAAT---CTTC-C--AA-----AC----T----CCACCTTCAAT------ACACTC---------GCTGCA-GCGCC--------TC--C----------TG----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacagGCAAAGTGTGG-TTTTATTATA----AGT-TAGTT--------------A------ATT------CAT-a
gi|9 : gtg-----GT-A--------CATT-T-A---A----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-AA---G-T--CTTA-CTC----T---------CGTCTATG-TC------TCAAA--------TCGCTCT-CCTAACTAA---CTTC-C--AA-----AC----T----CA--TT----------------------G---GATGCA-GCATC--------CC--C----------TT----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCatttattgaatttattcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111 11 11111111 555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 1111 11 77777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 7 4 1 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 0000 999999 44 2 44 99 44 66 1 555 444 22222222 000000000000000000000000000000000000000 3 2 222222222222222 33 0 8888 8 22 66 0 8888 5 7 1 0 66 66 77 1 22222222222222222222222 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . . . . .............................................................................................................................................................................. .... .... ...... .. . .. .. .. .. . ... ... ........ ....................................... . . ............... .. . .... . .. .. . .... . . . . .. .. .. . ....................... . ... . .. .. . .
lowQualScore : 8 8 6 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 4444 222222 66 2 77 22 77 22 0 888 555 55555555 666666666666666666666666666666666666666 1 3 999999999999999 99 4 9999 9 22 44 7 5555 7 3 0 7 11 11 99 4 99999999999999999999999 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTC--------------A------ATT------CATG--------T-------T--------------T-----GT-T--------CATT-T-T---A----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-A----G-T--ATTACTC----T---------CTTCTA----TG----TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----AC----TC--C--C-TCC--CACGCC-C-----A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTC--------------A------ATT------CAT---------T-------T--------------T-----GT-T--------CATT-T-T---A----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-A----G-T--ATTACTC----T---------CTTCTA----TG----TC------TCC--AAGCNCT--CTGNCTNACTNT---CTTC-CA--A-----AC----TC--C--C-TCC--CACACC-C-----A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTC--------------A------ATT------CATGAAACTGAAT-------T--------------T-----AT-TTG------TATT-T-A---A----C-AACTAAA--A---C-AACCC------AGGTTTGTTTTT-AC-A----G-TA-ACAACTC----T---------GGTCTA----TG----CC------TCC--AAGCTCT--CTCGCTTACTTT---CTTT-CA--A-----AC----T---C--C-TCC--T---TC-C-----A-------CA-GCGCCCCCT----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATAAGTAAGTC--------------A------TTT------CATG--------T-------T--------------T-----GTATTAAAA---CACC-T-CAAGA----C-AGTCC-A--AGTTC-A---TTATTACAA---------T-AA-A----A-T--AGTACTTCTCAT---------CTTCTA----TG----TC------TTC--AAATCCT--CTGACTTTCTATATGATTCTCG--A-----GC----T------T-TTC--CACATT-C---------TATACA-GCGCCCCCT----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAACTC--------------A------ATT------CAT---------T-------T--------------TACTAAAT-T--------TATT-C-T---A----T-AGT---A--
gi|11 : gtgAAACAATCC--------------A------ATTT-----CAG---------T-------T--------------T-----GT-T--------CATT-T-T---A----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-AA---G-T--ATTACTC----T---------CTGCCA----TG----TT------TCA--AAGCGTT--TTGGCTCTCTTT---CTTC-CA--A-----ATTGCGTC--T--C-CCC--CACA---------A---GATACA-caactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|12 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTA--------------AAATGATATT------TAC---------TAAATGTAT--------------T-----GG-TATAAACAACAAT-C-T---AGGTTC-AAT---ATTA---CAA---T------AC---------C-AT-G----G-T--ACTTCTC----T---------CTCCTA----TGA---TC------T-C--GATCTTT--ATGCCCCTCTTT---CCT--CA--ATATTCAT----TC--C--C-TTC--CACA-T-T-----A---TATCCA-GCTCCCTCT----------agct
gi|13 : gtggcCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACa
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA---------------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|15 : ----TC------TCC--AAAACCT--TT--CTCACTGT---CT-------------ACA---TC--C--TATCC--AACGCC-C-----------TCTATGTGTCAACT----------G----TACTGGTCAGT--GAGTATCCACACTATA
gi|16 : -GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAAGTC--------------A------GTC------CAT---------T-------T--------------T-----GT-T--------CATT-T-T---A----T-AGT---G--A---C-A---T------AG---------T-GA-A----G-T--ACTAATC----T---------CTGCTA----AG----TC------CCA--AAGCGTT--CCGACTACCTCT---CTCC-CA--A-----AC----TG--CAAC-TCC--CCCATAGC-----A---AATGCA-GCGCCACTT----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TATCTTATAAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGTGGGTTTTATTTAAAGCAAATCAATTAATGTTACTAA------ATTTATTGACAT---------T-------TAAAAAAACAACCCAT-----GT-T--------CATT-GAT---A----C-AAC---A--G---C-A---T------AG---------T-A---------C--ATT-TTC----T---------CTTGTACTGGTGACTCTC------TCCCGAAACCTT--CTTCCT---TGT---CTGC-----------AT----TC--T--A-TTT--AGCGCC------------ATCTA-GTATCAACT----------G----CACTAGTCAGTG-CG-TGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--AGA---ATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATCTT-ACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--C--------------A------ATT------TATG--------T-------T--------------T-----AC-T--------AAGT-T-T---A----CTGGT---A--T---T-A---A------AA---------TCAA-ACCCGG-TTCATTGTTC----CAACCTTGCACTTTTC----TG----TCCTACTTTCT--AAATT-TAACTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAA-----AC----TT--C--C-TCC--CATTCC-CGTCCTA---GA-----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--ta
gi|5 : CAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--C--------------A------ATT------TATG--------T-------T--------------T-----AC-T--------AAGT-T-T---A----CTGGT---A--T---T-A---A------AA---------TCAA-ACCCGG-TTCATTGTTC----CAACCTTGCACTTTTC----TG----TCCTACTTTCT--AAATT-TAACTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAA-----AC----TT--C--C-TCC--CATTCC-CGTCCTA---GA-----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--acaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|6 : ---T------GG---------T-AA-A----GGT--ACTGCTC----T---------CTGCTA----AG----TC------TCC--AAATGCT--CTGTCTAACTAA---CTCC-CA--A-----AC----TG--C--A-ACT--CATACA-C-----ATTGGATGCA-GCGCTCCCT----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT---CTTGTATTATAAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTA-GCGCCACCT----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : -----GT-T--------CATTAT-G---A----C-AAT---A--A---C-A---A------TG---------T-CATA----G-T--GTTAATC----A---------CATCTA----CG----TT------CCC--AAGCTCT--TTGGCTTACAAT---CTTC-CA--A-----AC----TCCAC--C-TTCAATACACT-C---------GCTGCA-GCGCCTCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacagGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTTAGTT--------------A------ATT------CAT---------a
gi|9 : gtg-----GT-A--------CATT-T-A---A----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-AA---G-T--CTTACTC----T---------CGTCTA----TG----TC------TCA--AATCGCT--CT-CCTAACTAA---CTTC-CA--A-----AC----TC--A--T-T-----------------G---GATGCA-GCATCCCCT----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCatttattgaatttattcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 111111 11 11111111 6666666666666666666666666666666666666666 333333333333333 1111 1111 1 77777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 7 4 1 6 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 4444444 999999 44 0 44 99 44 55 1 555 444 22222222 0000000000000000000000000000000000000000 3 2 222222222222222 88 1 8888 8 4444 33 0 8888 0 1 1 0 66 66 77 1 22222222222222222222222 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . . . . . ............................................................................................................................................................... . ....... ...... .. . .. .. .. .. . ... ... ........ ........................................ . . ............... .. . .... . .... .. . .... . . . . .. .. .. . ....................... . ... . .. .. . .
lowQualScore : 8 8 6 6 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 2222222 222222 66 3 77 22 77 22 0 888 555 55555555 3333333333333333333333333333333333333333 1 3 999999999999999 44 8 9999 9 6666 88 7 5555 6 9 0 7 11 11 99 4 99999999999999999999999 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CA----TG--------T-TT----------------------ATT--CA---TT-T----------------T-------AC-AGT---AACA---TAG---------T-AA-A----G-T--ATTA----------------C----TC-T---------CTTCTA-TG-------TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----AC----TCC--C-TCC--CA----CGCC----C-A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CA----TG--------T-TT----------------------GTT--CA---TT-T----------------T-------AC-AGT---AACA---TAG---------T-AA-A----G-T--ATTA----------------C----TC-T---------CTTCTA-TG-------TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----AC----TCC--C-TCC--CA----CGCC----C-A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CA----TGAAACTGAAT-TT----------------------ATTTGTA---TT-T----------------A-------AC-AACTAAAACAACCCAGGTTTGTTTTT-AC-A----G-TA-ACAA----------------C----TC-T---------GGTCTA-TG-------CC------TCC--AAGCTCT--CTCGCTTACTTT---CTTT-CA--A-----AC----T-C--C-TCC--T-------TC----C-A-------CA-GCGCCCCCT----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATAAGTAAGTCATTT-CATGTTTG--------TATTAAAACACCTCAAGACAGTCCAAGTT--CA---TTAT----------------T-------AC-AAT---AAAA---TAG---------T-A-------------CTT----------------C----TCAT---------CTTCTA-TG-------TC------TTC--AAATCCT--CTGACTTTCTATATGATTCTCG--A-----GC----T----T-TTC--CA----CATT----C-----TATACA-GCGCCCCCT----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAACTCAATT-CA----T---------T-TTACTAA-----------------ATT--TA---TT-C----------------T-------AT-AGT---A
gi|11 : gtgAAACAATCCAATTTCA-----G--------T-TT----------------------GTT--CA---TT-T----------------T-------AC-AGT---AACA---TAG---------T-AA-AA---G-T--ATTA----------------C----TC-T---------CTGCCA-TG-------TT------TCA--AAGCGTT--TTGGCTCTCTTT---CTTC-CA--A-----ATTGCGTCT--C-CCC--CA----CA--------A---GATACA-caactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|12 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAAT-GA----TA--------T-TT----------------------ACT--AAATGTA-T----------------TGGTATAAAC-AAC---AATC---TAGGT-------T-CA-A------T--ATTACAATACCATGGTACTTC----TC-T---------CTCCTA-TGA------TC------T-C--GATCTTT--ATGCCCCTCTTT---CCT--CA--ATATTCAT----TCC--C-TTC--CA----CA-T----T-A---TATCCA-GCTCCCTCT----------agct
gi|13 : gtggcCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACa
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA---------------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|15 : -------TC------TCC--AAAACCT--TT--CTCACTGT---CT-------------ACA---TCC--TATCC--AA----CGCC----C-------TCTATGTGTCAACT----------G----TACTGGTCAGT--GAGTATCCACACTATA
gi|16 : -GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAGTC-CA----T---------T-TT----------------------GTT--CA---TT-T----------------T-------AT-AGT---GACA---TAG---------T-GA-A----G-T--ACTA----------------A----TC-T---------CTGCTA-AG-------TC------CCA--AAGCGTT--CCGACTACCTCT---CTCC-CA--A-----AC----TGCAAC-TCC--C-------CCATAGC-A---AATGCA-GCGCCACTT----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TATCTTATAAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGTGGGTTTTATTTAAAGCAAATCAATT-AA----TGTTACTAAAT-TT----------------------ATTGACA---TT-TAAAAAAACAACCCATGT-------TC-ATT---GATA---CAA---------C-AG-C----A-T--AGTA----------------CATTTTC-T---------CTTGTACTGGTGACTCTC------TCCCGAAACCTT--CTTCCT---TGT---CTGC-----------AT----TCT--A-TTT--AG----CGCC-----------ATCTA-GTATCAACT----------G----CACTAGTCAGT--GCGTGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--A---GAATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATC-TTACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--CAATT-TA----TG--------T-TT----------------------ACT--AA---GT-T----------------T-------ACTGGT---ATTA---AAA---------TCAA-ACCCGG-TTCATTG----------------T----TC-CAACCTTGCACTTTTC-TG-------TCCTACTTTCT--AAATT-TAACTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAA-----AC----TTC--C-TCC--CATTCCCGTC----CTA---GA-----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--ta
gi|5 : CAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--CAATT-TA----TG--------T-TT----------------------ACT--AA---GT-T----------------T-------ACTGGT---ATTA---AAA---------TCAA-ACCCGG-TTCATTG----------------T----TC-CAACCTTGCACTTTTC-TG-------TCCTACTTTCT--AAATT-TAACTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAA-----AC----TTC--C-TCC--CATTCCCGTC----CTA---GA-----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--acaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|6 : ---TGG---------T-AA-A----GGT--ACTG----------------C----TC-T---------CTGCTA-AG-------TC------TCC--AAATGCT--CTGTCTAACTAA---CTCC-CA--A-----AC----TGC--A-ACT--CA----TACA----C-ATTGGATGCA-GCGCTCCCT----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT---CTTGTATTATAAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTA-GCGCCACCT----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : ----------------------GTT--CA---TTAT----------------G-------AC-AAT---AACA---ATG---------T-CATA----G-T--GTTA----------------A----TC-A---------CATCTA-CG-------TT------CCC--AAGCTCT--TTGGCTTACAAT---CTTC-CA--A-----AC----TCCACC-TTCAATA----CACT----C-----GCTGCA-GCGCCTCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacagGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTTAGTTAATT-CA----TA--------T-TT----------------------ATT--GA---AT-T----------------T-------Aa
gi|9 : gtg----------------------GTA--CA---TT-T----------------A-------AC-AGT---AACA---TAG---------T-AA-AA---G-T--CTTA----------------C----TC-T---------CGTCTA-TG-------TC------TCA--AATCGCT--CT-CCTAACTAA---CTTC-CA--A-----AC----TCA--T-T--------------------G---GATGCA-GCATCCCCT----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCttcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 111111 11 11111111 6666666666666666666666666666666666666666 333333333333333 1111 1111 1 77777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 7 4 1 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 4444444 999999 44 0 44 99 44 55 1 555 444 22222222 0000000000000000000000000000000000000000 3 2 222222222222222 88 1 8888 8 4444 33 0 8888 0 1 1 0 66 66 77 1 22222222222222222222222 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . . . . . ................................................................................................................................................... . ....... ...... .. . .. .. .. .. . ... ... ........ ........................................ . . ............... .. . .... . .... .. . .... . . . . .. .. .. . ....................... . ... . .. .. . .
lowQualScore : 8 8 6 6 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 2222222 222222 66 3 77 22 77 22 0 888 555 55555555 3333333333333333333333333333333333333333 1 3 999999999999999 44 8 9999 9 6666 88 7 5555 6 9 0 7 11 11 99 4 99999999999999999999999 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATG--------TTT-----ATT--------------------CATT-T----------------TA----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-A----G-T--ACTAC----TC----T---------CTTCTA-TG-------TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----AC----TCC--C-TCC--CA----CGCC----C-A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATG--------TTT-----ATT--------------------CATT-T----------------TA----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-A----G-T--ATTAC----TC----T---------CTTCTA-TG-------TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----AC----TCC--C-TCC--CA----CGCC----C-A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATGAAACTGAATTT-----ATTTG------------------TATT-T----------------AA----C-AACTAAA--A---C-AACCC------AGGTTTGTTTTT-AC-A----G-TA-ACAAC----TC----T---------GGTCTA-TG-------CC------TCC--AAGCTCT--CTCGCTTACTTT---CTTT-CA--A-----AC----T-C--C-TCC--T-------TC----C-A-------CA-GCGCCCCCT----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATAAGTAAGTCATTT-CATG--------TTTGT---ATTAAAA----------------CACC-T----------------CAAGA-C-AGTCC-A--AGTTC-A---TTATTACAA---------T-AA-A----A-T--AGTAC----TTCTCAT---------CTTCTA-TG-------TC------TTC--AAATCCT--CTGACTTTCTATATGATTCTCG--A-----GC----T----T-TTC--CA----CATT----C-----TATACA-GCGCCCCCT----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAACTCAATT-CAT---------TTTACTAAATT--------------------TATT-C----------------TA----T-AGT---A--
gi|11 : gtgAAACAATCCAATTTCA-G--------TTT-----GTT--------------------CATT-T----------------TA----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-AA---G-T--ATTAC----TC----T---------CTGCCA-TG-------TT------TCA--AAGCGTT--TTGGCTCTCTTT---CTTC-CA--A-----ATTGCGTCT--C-CCC--CA----CA--------A---GATACA-caactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|12 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAAT-GATA--------TTT-----ACTAAATGTATTGGTATAAACAACAAT-C----------------TAGGTTC-AAT---ATTA---CAA---T------AC---------C-AT-G----G-T--ACTTC----TC----T---------CTCCTA-TGA------TC------T-C--GATCTTT--ATGCCCCTCTTT---CCT--CA--ATATTCAT----TCC--C-TTC--CA----CA-T----T-A---TATCCA-GCTCCCTCT----------agct
gi|13 : gtggcCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACa
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA---------------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|15 : -------TC------TCC--AAAACCT--TT--CTCACTGT---CT-------------ACA---TCC--TATCC--AA----CGCC----C-------TCTATGTGTCAACT----------G----TACTGGTCAGT--GAGTATCCACACTATA
gi|16 : -GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAGTC-CAT---------TTT-----GTT--------------------CATT-T----------------TA----T-AGT---G--A---C-A---T------AG---------T-GA-A----G-T--ACTAA----TC----T---------CTGCTA-AG-------TC------CCA--AAGCGTT--CCGACTACCTCT---CTCC-CA--A-----AC----TGCAAC-TCC--C-------CCATAGC-A---AATGCA-GCGCCACTT----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TATCTTATAAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGTGGGTTTTATTTAAAGCAAATCAATT-AATGTTACTAAATTT-----ATTGA------------------CATT-TAAAAAAACAACCCATGTT----C-ATT---G--A---T-A---C------AA---------C-AG-C----A-T--AGTACATTTTC----T---------CTTGTACTGGTGACTCTC------TCCCGAAACCTT--CTTCCT---TGT---CTGC-----------AT----TCT--A-TTT--AG----CGCC-----------ATCTA-GTATCAACT----------G----CACTAGTCAGT--GCGTGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--A---GAATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATC-TTACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--CAATT-TATG--------TTT-----ACT--------------------AAGT-T----------------TA----CTGGT---A--T---T-A---A------AA---------TCAA-ACCCGG-TTCATTGT----TC----CAACCTTGCACTTTTC-TG-------TCCTACTTTCT--AAATT-TAACTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAA-----AC----TTC--C-TCC--CATTCCCGTC----CTA---GA-----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--ta
gi|5 : CAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--CAATT-TATG--------TTT-----ACT--------------------AAGT-T----------------TA----CTGGT---A--T---T-A---A------AA---------TCAA-ACCCGG-TTCATTGT----TC----CAACCTTGCACTTTTC-TG-------TCCTACTTTCT--AAATT-TAACTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAA-----AC----TTC--C-TCC--CATTCCCGTC----CTA---GA-----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--acaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|6 : ---T------GG---------T-AA-A----GGT--ACTGC----TC----T---------CTGCTA-AG-------TC------TCC--AAATGCT--CTGTCTAACTAA---CTCC-CA--A-----AC----TGC--A-ACT--CA----TACA----C-ATTGGATGCA-GCGCTCCCT----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT---CTTGTATTATAAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTA-GCGCCACCT----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : TT--------------------CATTAT----------------GA----C-AAT---A--A---C-A---A------TG---------T-CATA----G-T--GTTAA----TC----A---------CATCTA-CG-------TT------CCC--AAGCTCT--TTGGCTTACAAT---CTTC-CA--A-----AC----TCCACC-TTCAATA----CACT----C-----GCTGCA-GCGCCTCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacaggGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTTAGTTAATT-CATA--------TTT-----ATT--------------------GAAT-T----------------TA----a
gi|9 : gtg--------------------CATT-T----------------AA----C-AGT---A--A---C-A---T------AG---------T-AA-AA---G-T--CTTAC----TC----T---------CGTCTA-TG-------TC------TCA--AATCGCT--CT-CCTAACTAA---CTTC-CA--A-----AC----TCA--T-T--------------------G---GATGCA-GCATCCCCT----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCttcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1111111 111111 11 11111111 6666666666666666666666666666666666666666 333333333333333 1111 1111 1 77777777777777777777777 111 1
lowQualScore : 7 4 1 6 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 3 0 3 5555 3 4444444 999999 44 0 44 99 44 55 1 555 444 22222222 0000000000000000000000000000000000000000 3 2 222222222222222 88 1 8888 8 4444 33 0 8888 0 1 1 0 66 66 77 1 22222222222222222222222 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . . . . . ................................................................................................................................ . . . . . .... . ....... ...... .. . .. .. .. .. . ... ... ........ ........................................ . . ............... .. . .... . .... .. . .... . . . . .. .. .. . ....................... . ... . .. .. . .
lowQualScore : 8 8 6 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 6 6 5 6 5555 6 2222222 222222 66 3 77 22 77 22 0 888 555 55555555 3333333333333333333333333333333333333333 1 3 999999999999999 44 8 9999 9 6666 88 7 5555 6 9 0 7 11 11 99 4 99999999999999999999999 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATG--------TT--T-----ATT--------------------CATT-T--TA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-A-----------G-T-AC-TACTC-T----CTTCTA-TG-------TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----AC----TCC--C-TCC--CA----CGCC----C-A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATG--------TT--T-----ATT--------------------CATT-T--TA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-A-----------G-T-AC-TACTC-T----CTTCTA-TG-------TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----AC----TCC--C-TCC--CA----CGCC----C-A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATGAAACTGAATT--T-----ATTTG------------------TATT-T--AA----C-AACTAAA--A---C-----------------AACCC------AGGTTTGTTTTT-AC-A-----------G-TAAC-AACTC-T----GGTCTA-TG-------CC------TCC--AAGCTCT--CTCGCTTACTTT---CTTT-CA--A-----AC----T-C--C-TCC--T-------TC----C-A-------CA-GCGCCCCCT----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTA--G-----AC---------A---CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATAAGTAAGTCATTT-CATG--------TTTGT-----ATTAAAA----------------CACC-T--CAAGA-C-AGTCC-A--AGTTC-----------------A---TTATTACAA---------T-AA-AATA--------G-T-AC-TTCTCAT----CTTCTA-TG-------TC------TTC--AAATCCT--CTGACTTTCTATATGATTCTCG--A-----GC----T----T-TTC--CA----CATT----C-----TATACA-GCGCCCCCT----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAACTCAATT-CAT---------TT--TACTAAATT--------------------TATT-C--TA----T-AGT---A--
gi|11 : gtgAAACAATCCAATTTCA-G--------TT--T-----GTT--------------------CATT-T--TA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-AA----------G-T-AT-TACTC-T----CTGCCA-TG-------TT------TCA--AAGCGTT--TTGGCTCTCTTT---CTTC-CA--A-----ATTGCGTCT--C-CCC--CA----CA--------A---GATACA-caactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|12 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAAT-GATA--------TT--T-----ACTAAATGTATTGGTATAAACAACAAT-C--TAGGTTC-AAT---ATTA---CA----------------A---T------AC---------C-AT-G-----------G-T-AC-TTCTC-T----CTCCTA-TGA------TC------T-C--GATCTTT--ATGCCCCTCTTT---CCT--CA--ATATTCAT----TCC--C-TTC--CA----CA-T----T-A---TATCCA-GCTCCCTCT----------agct
gi|13 : gtggcCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTA-GG-----A----------G---CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACa
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA---------------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|15 : -------TC------TCC--AAAACCT--TT--CTCACTGT---CT-------------ACA---TCC--TATCC--AA----CGCC----C-------TCTATGTGTCAACT----------G----TACTGGTCAGT--GAGTATCCACACTATA
gi|16 : -GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAGTC-CAT---------TT--T-----GTT--------------------CATT-T--TA----T-AGT---G--A---C-----------------A---T------AG---------T-GA-A-----------G-T-AC-TAATC-T----CTGCTA-AG-------TC------CCA--AAGCGTT--CCGACTACCTCT---CTCC-CA--A-----AC----TGCAAC-TCC--C-------CCATAGC-A---AATGCA-GCGCCACTT----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTG------TATCTTATAAACAGAATGAAGGCA-GG-----ACCGTG-----GGAACTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGTGGGTTTTATTTAAAGCAAATCAATT-AATGTTACTAAATT--T-----ATTGA------------------CATT-TAAAA----A-AAC---A--A---CCCATGTTCATTGATACAA---C------AG---------C-AT-A-----------G-T-ACATTTTC-T----CTTGTACTGGTGACTCTC------TCCCGAAACCTT--CTTCCT---TGT---CTGC-----------AT----TCT--A-TTT--AG----CGCC-----------ATCTA-GTATCAACT----------G----CACTAGTCAGT--GCGTGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--A---GAATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATC-TTACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAA-----AC---GTAATCA---CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--CAATT-TATG--------TT--T-----ACT--------------------AAGT-T--TA----CTGGT---A--T---T-----------------A---A------AA---------TCAA-ACCCGGTTCATTG-T-TC-CAACC-TTGCACTTTTC-TG-------TCCTACTTTCT--AAATT-TAACTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAA-----AC----TTC--C-TCC--CATTCCCGTC----CTA---GA-----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--ta
gi|5 : CAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--CAATT-TATG--------TT--T-----ACT--------------------AAGT-T--TA----CTGGT---A--T---T-----------------A---A------AA---------TCAA-ACCCGGTTCATTG-T-TC-CAACC-TTGCACTTTTC-TG-------TCCTACTTTCT--AAATT-TAACTGCCT--CTGT---CTGC-CAGAA-----AC----TTC--C-TCC--CATTCCCGTC----CTA---GA-----GCGCCTTCTAGTATCAAATG----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--acaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|6 : ---T------GG---------T-AA-A-----------GGT-AC-TGCTC-T----CTGCTA-AG-------TC------TCC--AAATGCT--CTGTCTAACTAA---CTCC-CA--A-----AC----TGC--A-ACT--CA----TACA----C-ATTGGATGCA-GCGCTCCCT----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT---CTTGTATTATAAATATAATGATGGTA-GGA----AC---G-----------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTA-GCGCCACCT----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTA-GGCCCGTAC---GA----G---CTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : TT--------------------CATTAT--GA----C-AAT---A--A---C-----------------A---A------TG---------T-CATA-----------G-T-GT-TAATC-A----CATCTA-CG-------TT------CCC--AAGCTCT--TTGGCTTACAAT---CTTC-CA--A-----AC----TCCACC-TTCAATA----CACT----C-----GCTGCA-GCGCCTCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacaggGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTTAGTTAATT-CATA--------TT--T-----ATT--------------------GAAT-T--TA----a
gi|9 : gtg--------------------CATT-T--AA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-AA----------G-T-CT-TACTC-T----CGTCTA-TG-------TC------TCA--AATCGCT--CT-CCTAACTAA---CTTC-CA--A-----AC----TCA--T-T--------------------G---GATGCA-GCATCCCCT----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCttcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
blockSeqs : G T G G T GTTACTAAATTTATTGACATTTAAAAAAACAACCCATGTTCATTGATACAACAGCATA G . A A TGCA C GTGACTC CTACTT CG CC AA GA TT A ATG TCT ATATTC TGCAACTCCCCCATAGCAAATG T C AGTATCAAATG AT G TATA A TTAT AA ATTA T T T . CG TA A GGACCGTGGGAA T ATA CA GA A A
blockSeqs : G T G C . ATTTACTAAATGTATTGGTATAAACAACAATCTAGGTTCAATATTACAATACCATG . . . . TGCA . A CTACTT . GT AA GG CT T . TC GAA TTCCTCCCATTCCCGTCCTAGA . C AGTATCAAATG G A TATA A TTAT AA . T T G . . . A TAAACGTAATCA T . TT . . G
blockSeqs : G T A T . GTTTGTATTAAAACACCTCAAGACAGTCCAAGTTCATTATTACAATAAAATA . . . . . . . . . TT . GC CT T . CC GAA TTCCTCCCATTCCCGTCCTAGA . A AGTGC G G . . AG AA . T T A . . . A GGCCCGTACGAG T . TG . . .
blockSeqs : G T G G . GTTTACTAAGTTTACTGGTATTAAAATCAAACCCGGTTCATT . . . . . . . . . CC . GA CA G . GC A TGCAACTCATACACATTGGATG . A G G G . . TT AA . T T T . . . A GGAACG T . CA . . .
blockSeqs : . A G G . GTTTACTAAGTTTACTGGTATTAAAATCAAACCCGGTTCATT . . . . . . . . . GT . TC AC C . GC A TCCACCTTCAATACACTCGCTG . A T G C . . AG AA . T T A . . . . GGAG . . TG . . .
blockSeqs : . T G A . GTTTGTTCATTTTACAGTAACATAGTAAAA . . . . . . . . . CT . GC AA G . GC A TGCGTCTCCCCCACAAGATA . T G G G . . TG A . . T A . . . . . . .
blockSeqs : . . G G . TTTGTTCATTTTATAGTGACATAGTGAA . . . . . . . . . GC . GC TA G . CC A TCCCTTCCACATTATATC . T G G G . . AG A . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TC . GT AA G . TC A ATCCTATCCAACGCCCTC . C G . G . . A A . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GC . GG . A . TC A TTTTCCACATTCTATA . A G . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . C . A . T . TCTATTTAGCGCCATC . T T . .
blockSeqs : . . . T . . . A . . . TCATTGGATG . C .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TNCCTCCCACATCNNATG********************** AA ** GGAACGTA***************
originalCons : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATG--------TT--T-----ATT--------------------CATT-T--TA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-A-----------G-T-AC-TACTC-T----CTTCTA-TG-------TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----AC----TCC--C-TCC--CA----CGCC----C-A---GATGCA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTA-GG-----AC---G-----G---CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
finalCons : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATG--------TT--T-----ATT--------------------CATT-T--TA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-A-----------G-T-AC-TACTC-T----CTTCTA-TG-------TC------TCC--AAACNCT--CTGNCTNNCTNT---CTTC-CA--A-----ACTNCCTCCCACATCNNATG----------------------CA-GCGCCCCCT----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTAGGAACGTA---------------CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 222222 11 111 11111111 444444444444444444444 111111111 4444444444444444 1111 1111 1 5555555555555555 111 1
lowQualScore : 7 4 1 6 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 3 0 3 5555 55 3 000000 2 1 44 00 1 555 1 666 3 00000000 44 000000000000000000000 66666 000 3 333333333 8888888888888888 88 1 8888 8 4444 33 0 8888 0 1 1 0 66 66 77 0 9999999999999999 1 000 0 22 99 6 3
lowQualScore : . . . . . ................................................................................................................................ . . . . . .... .. . ...... . . .. .. . ... . ... . ........ .. ..................... ..... ... . ......... ................ .. . .... . .... .. . .... . . . . .. .. .. . ................ . ... . .. .. . .
lowQualScore : 8 8 6 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 6 6 5 6 5555 00 6 999999 0 2 55 00 0 333 0 444 3 55555555 66 666666666666666666666 77777 777 3 333333333 7777777777777777 44 8 9999 9 6666 88 7 5555 6 9 0 7 11 11 99 7 4444444444444444 6 000 7 88 22 7 3
consensus : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATG--------TT--T-----ATT--------------------CATT-T--TA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-A-----------G-T-AC-TACTC-T----CTTCTAT--G-TC------TCCAAGCTCT--CTGNCT-NNCTNT---CTTC-CA--A-----A--CTNC--CTC-----C--CA----CAT--CCNATGCAGCGCC-CC---------CT-----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTAGGAACGT----A----CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
Reference ( family-5769 ) : GCAAAGTGTGGGTTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATG--------TT--T-----ATT--------------------CATT-T--TA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-A-----------G-T-AC-TACTC-T----CTTCTAT--G-TC------TCCAAACNCT--CTGNCT-NNCTNT---CTTC-CA--A-----A--CTNC--CTC-----C--CA----CAT--CNNATGCAGCGCC-CC---------CT-----------G----TACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGAT-CA--AGATGAATATTAATTAACTGATTAATA----TCATCTTTACNGCATGCGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGGTAGGAACGT----A----CTTG---ATCTATTAATAGCGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAATTTTGTAAC
gi|1 : GCAAAGTATGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAATT-CATGAAACTGAATT--T-----ATTTG------------------TATT-T--AA----C-AACTAAA--A---C-----------------AACCC------AGGTTTGTTTTT-AC-A-----------G-TAAC-AACTC-T----GGTCTAT--G-CC------TCCAAGCTCT--CTCGCT-TACTTT---CTTT-CA--A-----A--CT-C--CTC-----C--T-------T--CCA---CAGCGCC-CC---------CT-----------G----TACCGGTCAATG-GGGTGTCTATCCTATAT----GGTTAGACAGAT-CA--GGATG-AT----ACTAACTGATTAGTG----TCAT-TTTACTGTATGCGCTGTTT--TA--TTGTACACTTATTATACAAATAGAATGAAGGTAG--AC------A----CATG---ATCTATTAATAGTATGGA--A-GAA-ACCATGTAATATAAGAGTAACATGTAGTTTTGTAA
gi|10 : tgtcGCAAAGTGTGG-TTTCAGTATAAGTAAGTCATTT-CATG--------TTTGT-----ATTAAAA----------------CACC-T--CAAGA-C-AGTCC-A--AGTTC-----------------A---TTATTACAA---------T-AA-AATA--------G-T-AC-TTCTCAT----CTTCTAT--G-TC------TTCAAATCCT--CTGACT-TTCTATATGATTCTCG--A-----G--CTT----TT-----C--CA----CAT--TCTATACAGCGCC-CC---------CT-----------AGTGCTGCTGGTTAAT---GGTGTCTACCCTATA
gi|11 : tgGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAACTCAATT-CAT---------TT--TACTAAATT--------------------TATT-C--TA----T-AGT---A--
gi|11 : gtgAAACAATCCAATTTCA-G--------TT--T-----GTT--------------------CATT-T--TA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-AA----------G-T-AT-TACTC-T----CTGCCAT--G-TT------TCAAAGCGTT--TTGGCT-CTCTTT---CTTC-CA--A-----A--TTGCGTCTC-----C--CC----CAC--AAGATACAcaactcaaaacaatccaatttcagtttgttcattttacagtaacatagtaaaagtattactctctgccatgtttcaaagcgttttggctctctttcttccaaattgcgtctcccccacaagatacaagct
gi|12 : gtggcaaagtgtggttttattataagtaactcaattcattttactaaatttattctatagtacaactcaAAGTGTAGGTTTTATCATAAGTGAGTAAAAT-GATA--------TT--T-----ACTAAATGTATTGGTATAAACAACAAT-C--TAGGTTC-AAT---ATTA---CA----------------A---T------AC---------C-AT-G-----------G-T-AC-TTCTC-T----CTCCTAT--GATC------T-CGATCTTT--ATGCCC-CTCTTT---CCT--CA--ATATTCA--TTCC--CTT-----C--CA----CAT--TATATCCAGCTCC-CT---------CT-----------agct
gi|13 : gtggcCTTAAAT----GGTAAGACAGAT-AA--AGATGA-TATCAATTAATTGGTTAATAATTATCATCTT-ACTGTATGCGCTA--T--TATACTGTACACTTATCTTATACATAGAATGAAGGTAGGA--------G----CTTG---ATCTATTAATAGCATGGGGAG-AAA-CCAATGTTATATAAGAATAACATTTAGTTTTGTAACa
gi|14 : TA----TTATCTT-ACGGCATGTTCTG--T--TA--ATGTACACTTATCTTAGAAATAGAATGAAGATA--------------------------TATTAATAGTTTGGG--G-AAAACCCATGTAATATAAGAGTAACATGTTATGTTGCAAC
gi|15 : TC-CA--A-----AACCTTT--CTCACTGTC--TA----CAT--CCTATCCAACGCC-CT---------CTATGTGTCAACTG----TACTGGTCAGT--GAGTATCCACACTATA
gi|16 : tc-GGGTGTCTACCCAGTAT----GGTAAGACATAT-CA--TTATGAATTTTAATTAACTTTTTAATA----TCATCTT
gi|2 : GCGAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTAAGTCAGTC-CAT---------TT--T-----GTT--------------------CATT-T--TA----T-AGT---G--A---C-----------------A---T------AG---------T-GA-A-----------G-T-AC-TAATC-T----CTGCTAA--G-TC------CCAAAGCGTT--CCGACT-ACCTCT---CTCC-CA--A-----A--CTGCAACTC-----C--CC----CATAGCAAATGCAGCGCC-AC---------TT-----------T----TACTGGTCAGTG-TGGTGTCTACCCTATAT----GGTAAGACAGGC-CA--AGAT-AATATTAATTAACTGATTACTT----TCATCTTTACAGCATGTGCTG--T--TA--CTGTA------TCTTATAAACAGAATGAAGGCAGGACCGTGGGAA----CTTG---ATCTATTAATAATGTGGG--G-AAA-CCCATGTAATATAAGAGTAACATGTAAATTTGTAACa
gi|3 : GCAAAGTGTGGGTTTTATTTAAAGCAAATCAATT-AATGTTACTAAATT--T-----ATTGA------------------CATT-TAAAA----A-AAC---A--A---CCCATGTTCATTGATACAA---C------AG---------C-AT-A-----------G-T-ACATTTTC-T----CTTGTACTGG-T-----------GACTCT--CTCCCGAAACCTT---CTTC-C------------TTGT--CT----------G----CAT--TCTATTTAGCGCCATCTAGTATCAACT-----------G----CACTAGTCAGT--GCGTGTCTACCATATAT----GGTAATGCACCT-TA--A---GAATATTAATCAGTTTATTAATA----ACATC-TTACTGTTTGCGCTA--TCGTG--CTGTACAAATATTTTATAAATAGAATGGAGGTGTAAACGTAATCA----CTTGATAATCTATTAATAGa
gi|4 : tgCAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--CAATT-TATG--------TT--T-----ACT--------------------AAGT-T--TA----CTGGT---A--T---T-----------------A---A------AA---------TCAA-ACCCGGTTCATTG-T-TC-CAACC-TTGCACTTTTCT--G-TCCTACTTTCTAAATT-TAACTGCCT---CTGT---CTGC-CAGAA-----A--CTTC--CTC-----C--CATTCCCGT--CCTA-G-AGCGCC-TT---------CTAGTATCAAAT-G----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--ta
gi|5 : CAAAGTGTGGGTTTCATTA-AA--AA--CAATT-TATG--------TT--T-----ACT--------------------AAGT-T--TA----CTGGT---A--T---T-----------------A---A------AA---------TCAA-ACCCGGTTCATTG-T-TC-CAACC-TTGCACTTTTCT--G-TCCTACTTTCTAAATT-TAACTGCCT---CTGT---CTGC-CAGAA-----A--CTTC--CTC-----C--CATTCCCGT--CCTA-G-AGCGCC-TT---------CTAGTATCAAAT-G----TACAGGTCAATG-G--TGTTTACCTCATATTATAGGTAAGACAGATACATTATATGAATAGTAATTAAATGATTAATA----TCATC-TTACAATATATGCTA--T--acaaatatcagtggggcatacatgataatagc
gi|6 : ---T------GG---------T-AA-A-----------GGT-AC-TGCTC-T----CTGCTAA--G-TC------TCCAAATGCT--CTGTCT-AACTAA---CTCC-CA--A-----A--CTGCAACTC-----ATACA----CAT--TGGATGCAGCGCT-CC---------CT-----------G----TACTGGTCAGTG-GGGAGACAACCCTATAT----GGTAAGACAGCT-CA--TGATG-ATATTAATAATCTGATTACTA----TCATC-TTACTGCATGTGCTG--T--TA--CTGT---CTTGTATTATAAATATAATGATGGTAGGAACG------------TG---ATATATTAATACCATGGG--GAAAA-CCCATGTAATTTAAGAGTGACATGTAATTTTGacaaatatcagtggggcatacatgataatag
gi|7 : TGTAGCGCC-AC---------CT-----------G----TACTGGGTACTATGGGTGTATACACTATAT----GGTAAGAAAGGT-CA--AGATGA-TATCAATTAACTGTTTACTA----TCATCTTTACATCTTGTGCTG--T--TA--CTGTACACTTATCTTATAAATAGAATGAAGCTAGGCCCGT----ACGAGCTTG---ATATATTAATAATGTGGG--G-AAAGCCCTTGTAATATAAGAGTAACATGTTATTTTGTAACa
gi|8 : TT--------------------CATTAT--GA----C-AAT---A--A---C-----------------A---A------TG---------T-CATA-----------G-T-GT-TAATC-A----CATCTAC--G-TT------CCCAAGCTCT--TTGGCT-TACAAT---CTTC-CA--A-----A--CTCCACCTT-----CAATA----CAC--TCGCTGCAGCGCC-TC---------CT-----------G----TACTGGTCAATG-GGTTGTCTA
gi|9 : agagtggttttattataaatatttcaattcgtatttactaaatttaattgtattaattaattcaaaacaacacactacaggGCAAAGTGTGG-TTTTATTATAAGTTAGTTAATT-CATA--------TT--T-----ATT--------------------GAAT-T--TA----a
gi|9 : gtg--------------------CATT-T--AA----C-AGT---A--A---C-----------------A---T------AG---------T-AA-AA----------G-T-CT-TACTC-T----CGTCTAT--G-TC------TCAAATCGCT--CT-CCT-AACTAA---CTTC-CA--A-----A--CT---------------------CAT--TGGATGCAGCATC-CC---------CT-----------T----AACTGGTCAATG-GGGTGTCTACCttcgtattcaacaactcacactaacccaagtacatttaacagtaacatagtaaaagtcttactctcgtctatgtctcaaatcgctctcctaactaacttccaaactcattggatgcagcatccccttaactggtcaatggggtgtctacct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTCTCTCCAAAACCTTTTTCACTGTCTACATCCTATCCAACGCCCTCTATGTGTCAACTGT