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gi|18 : ataatagcatgatgtatgatgatccataaatcaaatccaacaggaatctcgctcacgagccatacctttttttccaatgcggagcattgtattgtgagcggaggaatttttcacaaagattttattttgtgaaatgtacaaattatatttttatgttatagttattatttcaacaattattatggcagtattaaataacatgttagccatacttattgaaatgttaatattaatctttaatttttataccatatgttacagggaagcacatgaaatgtttattacttaatttatgccttaaggacaatcaaatcaaaatcaaacaattgcaatgacaaactaacaaacagttt--A-G-AGGT-----GTATATA--TATA--G--A-C------TGA--T-CT-----CG----CAG-TT----CA---------GAAATACACACTCA-TTGGGGTATATAT--TATTGCA-GTTATC-A-cagatattctgtttaaattaaatgactataactcaaacttctggttaaaatattgagttaaaactgtctcgatttaattaagaaattcagaataacatttaataacaagactataattaacttaagtcgctatacctcatacctttcacaatctctcacataagcgaataattccccagctataaaagtcatgtagtaatgtttattgataaatgattctgttttacaacatatgttaatatgtatttgaattctgtttaacaacatctatttgttataacatatatgtataaaatattgatatttcattttatatgtatttgatttctgtatgttgatgtacatattttataaagttcaaatatacacactcttcgggatatatattattgcagttattacttcttgctccccgacaacaactctacaacaacaaaaacaacatcaacaacaaatccagatcataacaacacaagttcagaatatggaaaaacggacccgtctga
gi|14 : -AGGT-----ATATATA--TA-A--G--A-C------TGG--G-TT-----CG----CAG-TT----CA---------GATATACACTCTTT-TCGGGACATATAtttgctccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccccgatcaaatccaataaaacataagtccagaaagggaaacgaccata
gi|11 : gaagtAG-TT----CA---------GAAATACACACTCT-TCGGGATATATAT--TATTGCA-GTTATC-A-agattttataatttgttccccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaccagcataacaacaaaagttcagaacgaggttaagaaaaccgacccgtctgaaaagtggtggagaatccgggtaacgactagagaatacgccaaatcaaccctatcaacgacgaaacaaccaaaacaaccaacaaaaatcttgcgacatgaaccaaggtaatgtgaaaattgatataaatatgtgtgaacggtttgatccgtcttacaaagaccaaaatacatggctaaa
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gi|11 : gtactttcaaaaagatcttattttttgaaattgtaaataatatattttcacgaagacttaatttttgaaactgtaaataatatattttcacaaaaaatttttattttgtgaaattgtagatattatatttttatgtttgaaggtattatttcaataaattattattgaaatattgtacgatatatcattcatattcatggagttgttaatatatatttttttatttttaaatataatataaaatataatataaaataattataagatggtagcattacataagatcattttattacacggaagtacatgcaatgtttaattagtttatgtgtgccttaagaaataacaagacgaaggtaaaattgaaataccagctaagatggacaatttcctggtttatatccttgatctgaatacacaatcgtttcaggtacacgacatgtTTATTTC-AAA-TATTCTGTTTAAAT-T-AAATAACTA--TAGCTCA-----AAC-TTCTGGTT--AAA-TAT-----TGAATTAAAAC-T-GTCTCGATTCAATGATTTTAACTTAAGAAATTATGTTTAAGAATA----TATTGTTCACCGA-ACAATTA-TGATCTTT---ATGTTATTAAGA--AATTAAGAATTACATTTA--GTAACTAG--ACTATAATTAATTTAAGTCACTATACCATATACCTTTCACAATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCCCCAT---C-TATTA-AA-ATC--ATGTTG----T-AATGTTTATTGATAA--TTGA-TT-CTG-TTTTGTAACATATGTTAATATGTATTTGAATTATATT---TAAC-------AACATCTATTTGATTTCTGTCAAA---CAACA---TATA---------TG--TATAA-AATAT-TGACATTT-CATTT------------TATATATAT------TTGAT------TTCTG-T-TT-----------------GTTGATGTACTTAATA--TATAA------------AGTTCAGA--A--AT-ACACACTCTT--C-------GGG--ATATATATTATTGCAGTTATCA---TTTGCTCC---CTAATAACAACGA---------------CAACAACAACAA---------CAAAAACAAAT---------C------CAGATC--ATAATAACATAAATT-CAGAA-CGAGA----TAAAAAGGACCCGTCTGAatactttatacctttcaccatctctcacataa
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-574 ) : AAAAGTATTTCGAAAACTCATATTT-TCA-AATACA--T--TGTTATCC---GAAACTGTA-ATATAAAACTGTTTTCTT-----C----TCCAATTTTTATAAACC-TCAGGAGNNG--TTTCA-CAAAGA--TTTTATTTTGTGAAA-T---GTAC---ANA--TTAT--ATTTTTATG---TT-TTA--GT---TATTATT--TCAACAA-TTATTAT-TGCAATA-TTAAATAACATGTTAGCCATACTCGTTGAAATGTTAATAT-TA-ATCTTTAATTT-TT--ATATCATA---T-G------TTACACGGAA-----GCACATGA-AATGTTT-ATTA--------------------------GTT-AATTT-GTGCCTTAAG-GA-CAATCAAACCGAAATCAAATAATTGCAATGACAA---AT-A-A-NTAAACAGTTTCCT-GTAATTATATCCTG-A-A-GA-GGT-----G--TATATA--TATA------G--ACTGGTCT------------CG----CAG--TTCA---------GAT-ATACACACTC-TTCGGGATATATA-T--TATTGCAGGTAAGCAAAAGGTT-TT-ATTTC-AAA-TATTCTGTTTAAATT-AAATTATTATAACTCA-----AACTTCTGGTTAAAATATTGAGTTAAAAC-T-GTCTCGATTTAATGATTTTAACTTAAGAAATTATGTTTAAAAAT-ATATTG--TTCNTCGAACAATTATGANNATTATGTTANT--------AAGAA--ATT---AAG-------------AATTACATTTAAGTAACTAGACT--ATA---------AT---TAATTTAAGTCACTATACCTTATACCTTTCACNATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCCCCATC-T-ATTAAA-ATCATGTA-G----NAATGTTTATTGATANTTGA-TT-CTG-TTTTGTAACATATGTTAATAT-GTATTTGANT-TCTGTTTAACAACATNTATTTGATTTCTGTT--ATAACATATA---------TG--T---ATAAAATA---T-TGATATTTCATT-------TTATATGTAT------TTGAT------TTCTG-T-ATG-----------------TTGATGTACATTATA--TATAA------------AGTTC--A--A--AT-ANACAC-----TC---GT---GGGATATATATTATTGCAGTTATCA---TTTGCTCC------CCGACAACAACAACNACA------------ACAAC-AA----AACAA-----A-CAACAACAAAT------------C------CAGATC--ATAATAAC---AT-AAGTTCAGAA-CGAGG----GAAAACGGACCCGTCTGA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-574 ) : AAGGGCATTTCGANANCNCATATTT-TCA-AAN--ANAT--TGTTATCC---GAAACTGTA-ATATAAAACTGTTTTCTT-----C----TCCAATTTTTGTAAACC-TCAGGAAT-TNTTT-CA-CAAAGA--TTTTATTTTGTGAAA-T---GTAC---ANA--TTAT--ATTTTTATG---TT-TTA--GT---TATTATT--TCAACAA-TTATTAT-TGCAATA-TTAAATAACATGTTAGCCATACTCGTTGAGATGTTAATAT-TA-AT----CTTTAATTT-TT--ATATCATA---T-G------TTACACGGAA-----GCACATGA-AATGTTT-A-TTA--------------------------G-TT-AATTT-GTGCCTTAAG-GA-CAATCAAACCGAAATCAAATAATTGCAATGACAA---AT-A-A-NTAAACAGTTTCCT-GTAATTATATCCTG-A-A-GA-GGT-----G--TATATA--TATA------G--ACTGGTCT------------CG----CAG-T--TCA---------GATATACACAC-TCTTCGGGATATATA-T--TATTGCAGGTAAGCGAAATGTT-TT-ATTTC-AAA-TATTCTGTTTAAAT-T-AAATTACTA--TAACTCA-----AAC-TTCTGGTT--AAAATAT-----TGAGTTAAAAC-T-GTCTCGATTTAATGATTTTAACTTAAGAAATTATGTTTAAAAATATA-TTG--TTCNTCGAACAATTATGANNATTATGTTANT--------AAGAA--ATT---AAG-------------AATTACATTTAAGTAACTAGACT--ATA---------AT---TAATTTAAGTCGCTATACCTTATACCTTTCACNATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCCCCATC-T-ATTAAA-ATCATGTA-G----NAATGTTTATTGATANTTGA-TT-CTG-TTTTGTAACATATGTTAATAT-GTATTTGANT-TCTGTTTAACAACATCTAT-TTGATTTCTGTT--ACAACATATA---------TG--T---ATAAAATA---T-TGATATTTCATT-------TTATATGTAT------TTGAT------TTCTG-T-AT-----------------GTTGATGTACATTATA--TATAA------------AGTTC--A--A--AT-ANACAC-A----TCGT---GGGATATATATTATTGCAGTTATCA---TTTGCTCC------CCGACAACAA--CAACAACA------------ACAAC-AA----AACA--A-----A-CAACAACAAAT------------C------CAGATC--ATAATAAC---AT-AAGTTCAGAA-CGAGG----GAAAACGGACCCGTCTGA
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gi|9 : gtactttcaaaaagatcttattttttgaaattgtaaataatatattttcacgaagacttaatttttgaaactgtaaataatTCTGAATACACAAT--CGTTTCAGGTACACGACATGTT-TTTATTTC-AAAATATTTTGTTTAAGT-TGAAATCATTA---AATTGAGTTTTAAC-TTATG--------ACA--------AGTTAAAAC-T-----CAATTTAATGATTTCAACTGAAGAAAGTATGTTTTAAA-TATA-TTG--TTCTTTGAACAATTATGAGAACCATGTTAATGATAAATGAAGAAGTATTTTAAAGTGACTAGTGACAAAATTAAATT-AAGTAACTAAACTTTATACCTTTCACCATCTCTCACATAAGTAACTATACTTTATACCTTTCACCATCTCTCACATAAtgatctgaatacacaatcgtttcaggtacacgacatgtttttatttcaaaatattttgtttaagttgaaatcattaaattgagttttaacttatgacaagttaaaactcaatttaatgatttcaactgaagaaagtatgttttaaatatattgttctttgaacaattatgagaaccatgttaatgataaatgaagaagtattttaaagtgactagtgacaaaattaaattaagtaactaaactttatacctttcaccatctctcacataagtaactatactttatacctttcaccatctctcacataa
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Reference ( family-574 ) : AAGGGCATTTCGANANCNCATATTT-TCA-AAN--AAAT--TGTTATCC---GAAACTGTA-ATATAAAACTGTTTTCTT-----C----TCCAATTTTTGTAAACC-TCAGGAAT-TATTT-CA-CAAAGA--TTTTATTTTGTGAAA-T---GTAC---ANA--TTAT--ATTTTTATG---TT-TTA--GT---TATTATT--TCAACAA-TTATTAT-TGCAATA-TTAAATAACATGTTAGCCATACTCGTTGAGATGTTAATAT-TA-AT----CTTTAATTT-TT--ATATCATA---T-G------TTACACGGAA-----GCACATGA-AATGTTT-A-TTA--------------------------G-TT-AATTT-GTGCCTTAAG-GA-CAATCAAACCGAAATCAAATAATTGCAATGACAA---AT-A-A-NTAAACAGTTTCCT-GTAATTATATCCTG-A-A-GA-GGT-----G--TATATA--TATA------G--ACTGGTCT------------CG----CAG-T--TCA---------GATATACACAC-TCTTCGGGATATATA-T--TATTGCAGGTAAGCGAAATGTT-TT-ATTTC-AAA-TATTCTGTTTAAAT-T-AAATTACTA--TAACTCA-----AAC-TTCTGGTT--AAAATAT-----TGAGTTAAAAC-T-GTCTCGATTTAATGATTTTAACTTAAGAAATTATGTTTAAAAATATA-TTG--TTCNTCGAACAATTATGANNATTATGTTANT--------AAGAA--ATT---AAG-------------AATTACATTTAAGTAACTAGACT--ATA---------AT---TAATTTAAGTCGCTATACCTTATACCTTTCACNATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCCCCATC-T-ATTAAA-ATCATGTA-G----NAATGTTTATTGATANTTGA-TT-CTG-TTTTGTAACATATGTTAATAT-GTATTTGANT-TCTGTTTAACAACATCTAT-TTGATTTCTGTT--ACAACATATA---------TG--T---ATAAAATA---T-TGATATTTCATT-------TTATATGTAT------TTGAT------TTCTG-T-AT-----------------GTTGATGTACATTATA--TATAA------------AGTTC--A--A--AT-ANACAC-A----TCGT---GGGATATATATTATTGCAGTTATCA---TTTGCTCC------CCGACAACAA--CAACAACA------------ACAAC-AA----AACA--A-----A-CAACAACAAAT------------C------CAGATC--ATAATAAC---AT-AAGTTCAGAA-CGAGG----GAAAACGGACCCGTCTGA
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gi|13 : taagatggtagcattacataaaacaatttttattacacgaaagttcatgaaatgtgtaattagttatttatgccctaaggaataaaattgaaatcacagttaaaatatgctatttcctattttatatcctggccgattgtgtataaaaaactgatttaaataccgaaaccggtattcaatgataaaaaaaaatcg-AAA-GATTTTGTTTAAAT-C-AATCTATTA--TAAGTCG-----AAC-TTCT--TT--------T-----TAAGTTAAAAC--------GATTTAATGATTTTGACTTAAGGAATTATGTATAAAAACATA-TTG--CTGTTCGAACAGTTATGAGAACTATGTTAAA--------GATAA--ATT---AAA-------------AATTACTTTTAAGTGACTAGACC--ATA---------AT---TAATTTAAGTCACTAAACTTTATACCTTTCACCATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCTCCATC-T-TGTAAATATCATGTA-T----GCATGTTTATTTATATTTGATTT-CTG-TTTTGTAACATAT------------TTTG-----------AACAACATATAT--------------------ATGTA---------TA--T---ATA----------TGATATTTCACT-------TTATATTTAT------TTGAG------TTCTGTT-TT-----------------GTTGATGTACA-TATACTTATA---------------TTC--A--ATGATAAAACACAA----TCGT---GGGATATA-A--ATTTCAGTTGTCA---TTTGTTCC---------------A--CAACAACA------------ATAAC-AA----A--------------------TAGT------------C------CCAATA--ATAATAAC---CTAAAGTACAGAACCGAGA----AAAAACA---CCGTC
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gi|16 : taagtcattatactataaacctttcaccatctctcacataagcgagtaatcctccatctGAGTAATTTCTAATC-TTATGTAT-ATCATGTA-T----GAATGTTTATTTATATTTGA-TTTCTT-TTTTGTAACATATATAAATAT-GTATTTGATT-TCTGTTTG-TAACATA-AG-TTAA----------ACAACTTAAA---------TG--T---ATAAA-TA---T--GATATTTCACT-------TTACATGTAC------TTGAT------TTCTG-T---------------------TT--TGTA---TATA--TATA---------------TTC--A--ATGATGAAACAC-AA---TCGT---AGAATGTACATT-TT--AGTTATCA---TTTGTTC------------AACAA--CAAC----------------------------------A-----A-CAACTTCTAGT------------C------CCAATA--ATAAGAAC----T-AAATTCAGAA-C-AGC----GAAAAC--ACCGTTCTGAattctgttctga
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gi|3 : ataatagcatgatgtatgatgatccataaatcaaatccaacaggaatctcgctcacgagccatacctttttttccaatgcggagcattgtattgtgagcggC-T-GTTTAAATTAAATGACTATAACTCAA--ACTTCTGGTTAAAA---TA-TTGAGTT-----AA-AACTGTCTCGATT---TAATT--------AAGAA--ATT---CAG-------------AATAACATTTAA-TAACAAGACT--ATA---------AT---TAACTTAAGTCGCTATACCTCATACCTTTCACAATCTCTCACATAAGCGAATAATTCCCCAGC-T-ATAAAA-GTCATGTA-G----TAATGTTTATTGATAAATGA-TT-CTG-TTTTACAACATATGTTAATAT-GTATTTGAAT-TCTGTTTAACAACATCTAT-T-------TGTT--ATAACATATA---------TG--T---ATAAAATA---T-TGATATTTCATT-------TTATATGTAT------TTGAT------TTCTG-T-AT-----------------GTTGATGTACATATTT--TATAA------------AGTTC--A--A--AT-ATACAC-AC---TCTTC--GGGATATATATTATTGCAGTTATTACTTCTTGCTCC------CCGACAACAACTCTACAACA------------ACA---AA----AACA--AC----ATCAACAACAAAT------------C------CAGATC--ATAACAAC---AC-AAGTTCAGAA-TATGG----AAAAACGGACCCGTCTGAcagaataacatttaataacaagactataattaacttaagtcgctatacctcatacctttcacaatctctcacataagcgaataattccccagctataaaagtcatgtagtaatgtttattgataaatgattctgttttacaacatatgttaatatgtatttgaattctgtttaacaacatctatttgttataacatatatgtataaaatattgatatttcattttatatgtatttgatttctgtatgttgatgtacatattttataaagttcaaatatacacactcttcgggatatatattattgcagttattacttcttgctccccgacaacaactctacaacaacaaaaacaacatcaacaacaaatccagatcataacaacacaagttcagaatatggaaaaacggacccgtctga
gi|4 : ataatagcatgatgtatgatgatccataaatcaaatccaacaggaatctcgctcacgagccatacctttttttccaatgcggagcattgtattgtgagcggaggaatttttcacaaagattttattttgtgaaatgtacaaattatatttttatgttatagttattatttcaacaattattatggcagtattaaataacatgttagccatacttattgaaatgttaatattaatctttaatttttataccatatgttacagggaagcacatgaaatgtttattacttaatttatgccttaaggacaatcaaatcaaaatcaaacaattgcaatgacaaactaacaaacagtttcctgtaattatatcctgaaaaggtgtatatatgtatagattggtctcgcagttcagatatacacactattcgggatatatattattgcaagtaagcaaaatgttttatttcagatatt-CAAAGA--TATTTTTTTGTGAAA-T---GTAC---AAA--TTAT--ATTTTTATG---TT-TTA--GT---TATTATT--TCAACAA-TTATTAT-TGCAATA-TTAAATAACATGTTAGCCATA---------ATGTAAATAT-TA-AT----CTTTAAATT-TT--ATACCATA---T-G------TTACAGGGAA-----GCACATGA-AATGTTT-A-TTC--------------------------G-TT-AATTT-GTGCCTTAAA-GA-CAATCAAACCAAAATCAAATAATTGCAATGACAA---AT-A-A-TTAAACAGTTTCCT-GTTATTATATCCTG-A-A-GT-GGT-----GTATATATA--TATA------G--ATTGGTTT------------CG----CAG-T--TCA---------GATATACAT-T-TCTTCGGGATATATA-T--TATTGCAGGTAAGCATAA-GGT-TT-ATTTC-AAA-TATCATGTTTAAAT-T-AAATTACTA--TCACTCA-----AAC-TTCTGGTT--AAAATAT-----TGAGTTTAAAC-T-GTCTCGATTTAATGATTTTAACTTAAGAAACTATGTTTAAAAATATA-TTG--TTCACCGAAC----------ATTATGTTACT--------AAGAA--ATT---AAG-------------AATTACAATT-AGTAACTAGACT--ATA---------A----TAATTTAAGTCGCTATACCTCATACCTTTCACAATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCCTCAGC-T-ATTAAA-ATCATGTA-GTACTTAATGTTTATTGATAATTGA-TT-CTG-TTTTACAACATATGTTAATAT-GTATTTGAAT-TCTGTTTAACAACATCT------ATTTCTGTT--ATAACATATA---------TG--T---ATAAAATA---T-TGATATTTCATT-------TTATATGTAT------TTGAT------TTCTG-T-AT-----------------GTTGATGTACATAATA--TATAA------------AGTTC--A--A--AT-ATACACTC----TCTTC--GGGATATATATTATTGCAGTTATCA---TTTGTTCT------CCGACAACAA--CAACTACA------------ATAAC-AA----AAAC--A-----A-CAACAACAAAT------------C------CAGATC--ATAATAAC---AC-AAGTTCAGAA-CGAAGTAA-AAAAACGGACCCGTC
gi|5 : T---TATTATT--TCAACAT-TTATTAT-TGCAATA-CTAAGAAACATGTTAGCCATACTTGTTGAAATGTAAATAT-TA-AT----CTTTACTTA-TT--ATATTATA---A-G------TTATAGAGAA-----GCACATAA-AACGTTT-A-TTA--------------------------G-TTTAATTT-GTGCCTTAAG-GA-CAATCAAACCAAAATCAAATAATTGCAATGACAA---AA-A-A-TTAAACAGTTTCCT-GTAATTATATCCTG-T-A-GA-GGT-----G--TATATA--TATATATATAG--AATGGTCT------------CG----TAG-T--TCA---------GATATATACAC-TTTTCGGGATATATA-TATTATTGCAGGTAAGCAAAAGGTT-TT-ATTTC-AAA-TATTCTGTTTAAAT-T-AAATTACTC--TTTCTCA-----AAC-TTCTGGTT--AAAATAT-----TGAGTTAAAAC-T-GTCCCGATGTAATGATTTTAACTTAAGAAATTATGTTTAAAAATATA-TTG--TTCACCGAACAATTATGATCATTATGTTATT--------AAGAA--ATT---AAG-------------AATTACATTTA-GTAACTAGACT--ATT---------AT---TACTTTAAGTCGCTTTACCTCATACCTTTCACAATTTCTCACATTAGCGAGTAATTCCCCAGC-T-ATTAAA-ATTATGTA-G----TAATGTTTATTGATAAGTGA-TT-CTG-TTTTACAACATATGTTAATAT-GTATTTGAAT-TCTGTTTAACAACATCTAT-TTAATTTCTGTT--ATAACATATA---------TG--T---ATAAAATA---T-TGATATTTCATT-------TTATATGTAA------TTGAT------TTCAG-T-AT-----------------GTTAATGTACATAATA--TATAA------------AGTTC--A--A--AT-ATACAC-ACTCTTCGG---GATATATATATTATTGCAGTAATCG---TTTGCTCC------CTAACAACTA--CAACAACA------------ACAAC-GA----CGAT--A-----A-CAACAACAAAT------------C------CAGTTC--AAAACAAC---AT-AAGTTCAGAA-CGAGGT---AAAAACCGACCTGTCGGA
gi|6 : tCCATACTTGTTGAAATGTTAATAT-TA-AT----CTTTATTTT-TC--ATATCATA---T-G------TTACACGGAA-----GTACATGA-AATGTTT-A-TAA--------------------------G-TT-AATTT-GTGCCTTAAG-GA-CAATCAAACCAAAATCAAACAATTGCAATGACAA---AT-A-A-TTAAACAGTTTCCT-GTAATTATATCCTG-ATA-GA-GAT-----G--TATATA--TA--------G--ATTGGTTT------------CG----CAG-T--TCA---------GATATACACAC-TCTTCGGGATATATA-T--TATTGCAGGTAAGCAAACGGTT-TT-ATTTC-AAA-TATTCTGTTTAAAT-T-AAATAACTA--TAACTCA-----AAC-TTCTGGTT--AAA-TAT-----TGAATTAAGAC-T-ATATTGATTCAATGATTTTAACTTGAGAAATTATGTGTTAAAATATA-TTG--TTCACCGAACAATTATGATCATTATGTTATT--------AAGAA--ATT---AAG-------------AATTACATTTA-GTAACTAGACT--ATA---------AT---TAATCTAAGTCACTATACCTTATACTTTTCACAATCACTCACATTAGCGAGTAATTCCCCATC-T-ATTAAA-AGCATGTA-G----AAATGTTTATTGATAATTGA-TT-CTA-TTTTGTAACATATATAGATAT-GTATTTGAAT-TATATTTAACAACAGCTAT-TTGATTTCTGTTAAACAACATATA---------TG--T---ATAAAATA---T-TGATATTTCATT-------TTATATGTTT------TTGAT------TTCTG-T-AT-----------------GTTGATGTAC-TTA-A--T---------------------------------------------------GGGATATATATTATTGCAGTTATCA---TTTGCTCC------CTAATAACAA--CGACAACA------------ACAAC-------AACA--A-----A-----AACAAAT------------C------CAGATC--ATAATAAC---AT-AAACTCAGAA-CGAGA----TAAAACGGACCCGTCTGAaa
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gi|9 : gATATTT-TCACAAA--AAAT--TTTTATTTTGTGAAATTGTAGATATTA---TATTTTT----------------ATGTTTG---A-----AGGTAT-TATTT-CAATAAA------TTATTAT-TGAAA-TATTGTACGATATA--TCATTCATATTCATGGAGTTGTTA--ATATATATTTTT--TTA-----TTTTTAAATATAATA-TAAAATATAATATAAA--ATAATTAT-AAGATGGTAGCAT-TACAT---------A--------AGATCATT---TTA------TTACACGGAA-----GTACATGC-AATGTTTAA-TTA--------------------------G-TT-TATGT-GTGCCTTAAGAAA-TAA-CAAGACGAAGGTAA--AATTGAAATACCAG---CT-A-AGATGGACAATTTCCTGGT--TTATATCCTaaaatataatataaaataattataagatggtagcattacataagatcattttattacacggaagtacatgcaatgtttaattagtttatgtgtgccttaagaaataacaagacgaaggtaaaattgaaataccagctaagatggacaatttcctggtttatatccttgatctgaatacacaatcgtttcaggtacacgacatgtttttatttcaaaatattttgtttaagttgaaatcattaaattgagttttaacttatgacaagttaaaactcaatttaatgatttcaactgaagaaagtatgttttaaatatattgttctttgaacaattatgagaaccatgttaatgataaatgaagaagtattttaaagtgactagtgacaaaattaaattaagtaactaaactttatacctttcaccatctctcacataagtaactatactttatacctttcaccatctctcacataa
gi|9 : gtactttcaaaaagatcttattttttgaaattgtaaataatatattttcacgaagacttaatttttgaaactgtaaataatTCTGAATACACAAT--CGTTTCAGGTACACGACATGTT-TTTATTTC-AAAATATTTTGTTTAAGT-TGAAATCATTA---AATTGAGTTTTAAC-TTATG--------ACA--------AGTTAAAAC-T-----CAATTTAATGATTTCAACTGAAGAAAGTATGTTTTAAA-TATA-TTG--TTCTTTGAACAATTATGAGAACCATGTTAATGATAAATGAAGAAGTATTTTAAAGTGACTAGTGACAAAATTAAATT-AAGTAACTAAACTTTATACCTTTCACCATCTCTCACATAAGTAACTATACTTTATACCTTTCACCATCTCTCACATAAtgatctgaatacacaatcgtttcaggtacacgacatgtttttatttcaaaatattttgtttaagttgaaatcattaaattgagttttaacttatgacaagttaaaactcaatttaatgatttcaactgaagaaagtatgttttaaatatattgttctttgaacaattatgagaaccatgttaatgataaatgaagaagtattttaaagtgactagtgacaaaattaaattaagtaactaaactttatacctttcaccatctctcacataagtaactatactttatacctttcaccatctctcacataa
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finalCons : AAGGGCATTTCGANANCNCATATTT-TCA-AAN--AAAT--TGTTATCC---GAAACTGTA-ATATAAAACTGTTTTCTT-----C----TCCAATTTTTGTAAACC-TCAGGAAT-TATTT-CA-CAAAGA--TTTTATTTTGTGAAATT---GTAC---ANA--TTAT--ATTTTTATG---TT-TTA--GT---TATTATT--TCAACAA-TTATTAT-TGCAATA-TTAAATAACATGTTAGCCATACTCGTTGAGATGTTAATAT-TA-AT----CTTTAATTT-TT--ATATCATATG----------TTACACGGAA-----GCACATGA-AATGTTT-A-TTA--------------------------G-TT-AATTT-GTGCCTTAAG-GA-CAATCAAACCGAAATCAAATAATTGCAATGACAAATAAT------TAAACAGTTTCCT-GTAATTATATCCTGAA---GA-GGT-----G--TATATA--TATA------G--ACTGGTCT------------CG----CAG-T--TCA---------GATATACACAC-TCTTCGGGATATATAT---TATTGCAGGTAAGCGAAATGTT-TT-ATTTC-AAA-TATTCTGTTTAAAT-T-AAATTACTA--TAACTCA-----AAC-TTCTGGTT--AAAATAT-----TGAGTTAAAAC-T-GTCTCGATTTAATGATTTTAACTTAAGAAATTATGTTTAAAAATATA-TTG--TTCNTCGAACAATTATGANNATTATGTTANT--------AAGAA--ATT---AAG-------------AATTACATTTAAGTAACTAGACT--ATA---------AT---TAATTTAAGTCGCTATACCTTATACCTTTCACNATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCCCCATC-T-ATTAAA-ATCATGTA-G----NAATGTTTATTGATANTTGA-TT-CTG-TTTTGTAACATATGTTAATAT-GTATTTGANT-TCTGTTTAACAACATCTATTTGATTTCTGTTA--ACAACATATA---------TG--T---ATAAAATAT----TGATATTTCATT-------TTATATGTAT------TTGAT------TTCTG-T-AT-----------------GTTGATGTACAT-ATA--TATAAAG------------TTC--AA----AT-ANACAC-A----TCGT---GGGATATATATTATTGCAGTTATCA---TTTGCTCCCCG------ACAACAA--CAACAACA------------ACAAC-AA----AACA--A-----A-CAACAACAAAT------------C------CAGATC--ATAATAAC---AT-AAGTTCAGAACG-AGG----GAAAACGGACCCGTCTGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTTCATTTTGTGAAATTGTAAATAATATATTTTTTAAGTTTGAATAAATTATTATTAAAATATTGTATGATATATTATTCAAATTCTAGGGTTGTTGATATTTTTTTCCCCTAGATTTTATTTTGCGAAATTGTAAATAGATTCTTATAT
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lowQualScore : . . . . . ... . .. .. .... ... ... ................ ........ .. . . . . .. ... ... . .. .. ... . . .. ... .. ... . . . . . . . . . .... . .. ............ . ..... . . . .......................... . . . . . . . . . ........ . . . .. ..... . ..... .. .. . ...... .. . ............ .... . .. ......... . . . . .... . . . . . . . . . . .. . ..... . . .. . ..... . . . .. . .. . ........ . .. ... ............. . . .. ......... ... . . . . . ....... . . . . . . . . .... .................................... ......... .. ... .. ..... ....... ...... ...... . . ................. . . . .. .................... .. ..... . . ...... . ... . .. . ... ......... .. . . ....................................... ............ ...... . .. . ... . ... .... .
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Reference ( family-574 ) : AAGGGCATTTCGANANCNCATATTT-TCA-AAN--AAAT--TGTTATCC---GAAACTGTA-ATATAAAACTGTTTTCTT-----C----TCCAATTTTTGTAAACC-TCAGGAAT-TATTT-CA-CAAAGA--TTTTATTTTGTGAAAT--TGTAC---ANA--TTAT--ATTTTTATG---TT-TT-A--GT---TATTATT--TCAAC-AATTATTAT-TGCAATA-TTAAATAACATGTTAGCCATACTCGTTGAGATGTTAATAT-TA-AT----CTTTAATTT-TT--ATATCATA---T-G------TTACACGGAA-----GCACATGA-AATGTTT-A-TTA--------------------------G-TT-AATTT-GTGCCTTAAG-GA-CAATCAAACCGAAATCAAATAATTGCAATGACAAA-TA-AT-TAAACAGTTTCCT-GTAATTATATCCTG-A-A-GA-GGT-----G--TATATA--TATA------G--ACTGGTCT------------CG----CAG-T--TCA---------GATATACACAC-TCTTCGGGATATATA-T--TATTGCAGGTAAGCGAAATGTT-TT-ATTTC-AAA-TATTCTGTTTAAAT-T-AAATTACTA--TAACTCA-----AAC-TTCTGGTT--AAAATAT-----TGAGTTAAAAC-T-GTCTCGATTTAATGATTTTAACTTAAGAAATTATGTTTAAAAATATA-TTG--TTCNTCGAACAATTATGANNATTATGTTANT--------AAGAA--ATT---AAG-------------AATTACATTTAAGTAACTAGACT--ATA---------AT---TAATTTAAGTCGCTATACCTTATACCTTTCACNATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCCCCATC-T-ATTAAA-ATCATGTA-G----NAATGTTTATTGATANTTGA-TT-CTG-TTTTGTAACATATGTTAATAT-GTATTTGANT-TCTGTTTAACAACATCTATTTGATTTCTG-TT--------------AAC-AACATATA---------TG--T---ATAAAATA---T-TGATATTTCATT-------TTATATGTAT------TTGAT------TTCTG-T-AT-----------------GTTGATGTACA-T-A-TA--TA---TAA------------AGTTC--A--A--AT-ANACAC-A----TCGT---GGGATATATATTATTGCAGTTATCA---TTTGCTCC------CCGACAACAA--CAACAACA------------ACAAC-AA----AACA--A-----A-CAACAACAAAT------------C------CAGATC--ATAATAAC---AT-AAGTTCAGAA-CGAGG----GAAAACGGACCCGTCTGA
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gi|13 : taagatggtagcattacataaaacaatttttattacacgaaagttcatgaaatgtgtaattagttatttatgccctaaggaataaaattgaaatcacagttaaaatatgctatttcctattttatatcctggccgattgtgtataaaaaactgatttaaataccgaaaccggtattcaatgataaaaaaaaatcg-AAA-GATTTTGTTTAAAT-C-AATCTATTA--TAAGTCG-----AAC-TTCT--TT--------T-----TAAGTTAAAAC--------GATTTAATGATTTTGACTTAAGGAATTATGTATAAAAACATA-TTG--CTGTTCGAACAGTTATGAGAACTATGTTAAA--------GATAA--ATT---AAA-------------AATTACTTTTAAGTGACTAGACC--ATA---------AT---TAATTTAAGTCACTAAACTTTATACCTTTCACCATCTCTCACATAAGCGAGTAATTCTCCATC-T-TGTAAATATCATGTA-T----GCATGTTTATTTATATTTGATTT-CTG-TTTTGTAACATAT------------TTTG-----------AACAACATATAT----------------------------------ATGTA---------TA--T---ATA----------TGATATTTCACT-------TTATATTTAT------TTGAG------TTCTGTT-TT-----------------GTTGATGTACA-T-A-TACTTA---TA---------------TTC--A--ATGATAAAACACAA----TCGT---GGGATATA-A--ATTTCAGTTGTCA---TTTGTTCC---------------A--CAACAACA------------ATAAC-AA----A--------------------TAGT------------C------CCAATA--ATAATAAC---CTAAAGTACAGAACCGAGA----AAAAACA---CCGTC
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gi|16 : taagtcattatactataaacctttcaccatctctcacataagcgagtaatcctccatctGAGTAATTTCTAATC-TTATGTAT-ATCATGTA-T----GAATGTTTATTTATATTTGA-TTTCTT-TTTTGTAACATATATAAATAT-GTATT--------------------------TGATTTCTG-TTTGTAACATAAGTTAAAC-AACTTAAA---------TG--T---AT-AAATA-----TGATATTTCACT-------TTACATGTAC------TTGAT------TTCTG-T---------------------TT--TGTATA-T-A-TA--TA--------------------TTC--A--ATGATGAAACACAA----TCGT---AGAATGTACATT-TT--AGTTATCA---TTTGTT------------CAACAA--CAAC----------------------------------A-----A-CAACTTCTAGT------------C------CCAATA--ATAAGAAC----T-AAATTCAGAA-C-AGC----GAAAAC--ACCGTTCTGAattctgttctga
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gi|22 : ttttggttgtnnnnnnnnnncttttcT-TTTTT-CC-CCTAGA--TTTTATTTTGCGAAAT--TGTAA---A-----TAG--ATTCTTATA---Ta
gi|23 : tttcattttgtgaaattgtaaataatatattttttaagtttgaataaattattattaaaatattgtatgatatattattcaaattctagggttgttgatat----TCAT---GGAATATTGA--ATTTCAGTTATTA---TTTGA----------AGACATCAT--CAACAACA------------ACAAC-AAT---AATA--ATGATGA-TAATAATAA----------------------GGATG--GAAATAACCAGAC-CAGTTCAGA
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