lowQualScore : 1111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 7777777777777 11 22 111 44444444 5555555555555555555555 1111111111111111111111 4444 11 2222 1111 1 444444444444444444 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1 11111111 22 333333333333 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111 1 11111 6666666666666666666666666666666666666 1111 11 22 11111111 22 1 33333333333333333333 22222222222 11 1111 33333333333 11111 444444444444444
lowQualScore : 6 33 2222222222222 22 33 6 888 99999999 6 1111111111111111111111 3 2 3 6666666666666666666666 9999 11 3 5555 0000 0 3 2 888888888888888888 55 3 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 000000 666 0 6 33333333 1 3 7 22 77777 555555555555 3 1 00000 77 55 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888888 44 22 55555555555 3 44 0 44 5 3 44 4 3 33333 5555555555555555555555555555555555555 6666 5555 2 22 2 33 444 88 22 66 44444444 22 0 00000000000000000000 55 33333333333 66 22 5555 66 22222222222 11111 4 111111111111111
lowQualScore : . .. ............. .. .. . ... ........ . ...................... . . . ...................... .... .. . .... .... . . . .................. .. . . . ..................................................................... . ...... ... . . ........ . . . .. ..... ............ . . ..... .. .. ..................................................................... ........ .. .. ........... . .. . .. . . .. . . ..... ..................................... .... .... . .. . .. ... .. .. .. ........ .. . .................... .. ........... .. .. .... .. ........... ..... . ...............
lowQualScore : 0 00 0000000000000 00 00 0 000 00000000 0 0000000000000000000000 0 5 0 0000000000000000000000 3333 33 7 7777 6666 4 3 5 888888888888888888 99 0 9 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 111111 444 5 6 22222222 5 6 3 00 99999 555555555555 6 0 11111 88 55 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 66 66 88888888888 3 66 6 22 7 5 66 7 2 11111 3333333333333333333333333333333333333 5555 3333 5 66 5 11 444 22 99 88 88888888 11 9 33333333333333333333 55 88888888888 11 66 6666 11 00000000000 11111 7 999999999999999
consensus : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTANTGGCNAANTATATCGGCCTCGGGCNCNAGTAGTGACTCAACAAACATGTACGTGGCAGGTC-TCGGTANTTNTTGTTCGCTAAAAAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAGCANAGCT-NGAGG-CAC-AACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGACAT-TC-GCC---AT---GAAT-C-----A--NCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----T--ATTT-AT-TCG---GAATTCT---CGGCATTGCAATTGTT--------GAGAAAA-TC-AANNAA---A-ATCTGAAATT-TTAAACTG--NT-TCCTTCGCA--TTGACACGAAAGA--CTGT-AA-A-TANG-ATAAAA-----AC---T-TCGGT----A--AAA--------------A--------AGN--A----CA--TGGATT-----------TACCTG-GCCCA--TGCGTG--CACGTCCAA--ATCGGGATTCA-----CACTGCACC--TATT---GTT---C-G-CTAC-AT-ACCTGGCGG-TTTA----AA-TCA-TTG-ATTTCGGACAC---C-TTGGGTCAA-GGCTGAT-----TN-TATGTAGTNCATTATA---NA---TGTTCACCGA--CATTAGA--TA----C-G----AAA--AAAT-AT----GT--AT--GG-------AAA-----TCGGACGTT---T--C---TN---TTGTTCAGTGT
Reference ( gi|2 ) : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACTCTGGTTCTTAATTAATTTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-----ATGT--GTGGCAGGTCTGAAGTATGTCTTGTTCACCAAAAAACATGTCCTCAAACTTCTGACAGGAAAGCT-TAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGACATTTCAGCC---AT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----T--AGTT-AT-TTG---GAATTCT---CAGCTTTGTAATTGTT--------GAAAAAA-TC-AACCAA---A-ATCTGAAATT-TTAAACTG--AT-TCTTTTGTA--TTGACATGAAAGA--CTAT-AA-A-TATG-ATAAAA-----AC---T-TTAGC----A--AAA--------------A--------AGA--A----CA--TGGATT-----------TACCTG-GCTCA--TGTGTG--CAAGTCTAA--ACCAGGATTCA-----CACAGAACC--TAAT---GTT---C-A-C-AA-ATCACCTGGCAA-TTTA----AA-TCA-TTG-ATTTCATACAC---C-CTGGAACAA-GGCTGAT-----TT-TATAGAGTACATTATA---GT---TGTTTGCCGT--TATTAGA--TA----CAG----AAA--AAAA-AT----GT--AT--CA-------AAA-----TTGGATGTT---T--C---TG---TTGTTCAGTGTTT
gi|1 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTG
gi|3 : tTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTATT-ATAAATTATATCGGCTTTTGGCTCCAGT--T---TCAACAAACATGTACGTCGCAGGTC----GTCAGTTTTGCTGA-AAGGAAACCTGTCCTCATACATTCAACAACCACACT-AGAGA-TCCCAGC-AGCTCACGCAACATCGTCTGTG------TTACTC---AT---AA---C-----A--ATTACTCGTTC------GTTC-CCT--------------T-TTG---GAATTTT---CGATATTGCAAATATT--------GAGAAGT-TC-AATAAC---ATGTTTATAATT-ACAAATTA-----------------TGACACGGA--A--TTCT-AA-A-GATG-ATAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|13 : TAGTGGCTAAGT-----GGTCTCGGACGCAAGTAGTGACTCAA-----A-------GACTGGTCTTCAGTACTTGCTATTCGCTGAAAA-TGTATCGTCTTACTTTTAACAGCACAGTTAGAAGT-CAC-AACA-GTGTTTGCAACATATTCTGTGGACACGCCTGCC---TT---GGA--C-----ATTCCAAATGATAA------TTT---TA-----T--ATTT--T-TCG---GAATACT---CGGTAGTGTAATTGCT--------TAGAAGG-TC-AAATAA---A-tgatacatatattgcactgaccacgatgatatggattcatgcttcacagattgttcaacatattccggaaggcttaaatcactgatctcggacacctggtgcaaagatcattataataattatgacattcgttctaaatttataggaaaataaaacaatatggatgttaccttatgatcagttta
gi|24 : TGGCAGGTCGTCGGTATTTCTAGTTTGTTAAAA--TGTGTCCTCAGACGTCTAACGGCATAGCT-TAATG--ATAAACAGAAT-TTGCAACGTCTTCTGTTGACATt
gi|4 : aaAAAGCATGTCCTTAGACTTTTAACAGCAGAGCT-AGAAG-CCCCAACA-GCTCTC---ACGTCTTCTGTGTACAT----GCCTATATTGGGAAT-------A--GCTGTTGGT-T------GCTC-CCT-----T--ATTTTAT-T-----GAATTCT---CGGCATTGCAGTTGTT--------GAGAAAA-TCAAATGGA---A-ATCTGAAATT-TCAAGC----GT-TTTTCTTCACTTTGACAT-CAAGA--TTGT-AA-GTTAGG-ATAAAA-----AA---TCTTGGT----A--AGA--------------A--------AGT--A----CA--TAGATT-----------AACCTT-GCCCA--TGGCTG--CACATCCAA--ATCAGGATGCA-----AACTGCACC--TATT---GTT---T-G-CTGC-AT-ACCTGGTAG-TTTA----AA-GCG-CTGAATTTTATATG-------TAGTGCAA----T-AT-----AT-TATAAA-------ATA---GG---TGTTCACCTA--CATCAAA--TA----CAAAAACAAA--AAAA-AT----GT--ATGGAA-------AAA-----GT-GATTTTTTGT--T---TG---TTGTTCAGTGT
gi|12 : AAAACGTGTCTTCAGATTTCTGA--------------GT-CAC-AACAA-CACTTGCAACGTCTTCTGTGGACGAGTCTGCA---TT---AAGT-------A--TAGAATA-TATAATTCGTTCC-CTTCTTTCT--TTTT-AT-TCA----AATTCT----AG----GCAAT-GTTACAAAGAAGAAAAAA-TC-AAATAA---A-ATCTGAAATT-TT-AACTA--TT-TCCTTCACA--TTGACATGAAAGA--CTGT-GGTA-TAGG-ATAAGA-----GT---T-Tata
gi|6 : TTCTAAAAGCACCGCT-CGAGGTCAT-AACA-GCTCTTACAA-GTC--CTGTTGACAT----GCC---AC---GA-TTCGGCATA--CCGAGT-GCCT------TTTC-CCG-----TACAGTT--T-TCG---TAATGAT---CGCCATTGTAGTTATT--------GAGTACA-CG-TAACAA---A-GTTGGAAGTT-------GG--TT-TCATTTCCA--TTGACA-AAAAGG--CT----------TG-ATA------------------------A--GAA--------------A--------AAC--A----CA--TGGATT-----------TAACTG-ACTTA--TAAGTG--CATGTCCCA--ATCTGAATTCA-----TACTGCATG--CATT---GTA---C-G-C-TA-TACAATTGGCAA-TACA----AATTTATTTG-ATTT-GTACGC---T-TTGGGTCAA-AATTGAT-----Tcctcaaga
gi|11 : AAACTCTCTCAATATCGTCTGTATACAT----GCC---A------ATT------------AATCGT---------TTC-CTT---------ACC-CT-TTCCCCGAACTCTTGGCAGTGTTGTA--T-TT--------GATAAAT-TC-ATGTAA---A-ATTTGAAATTCTTAAA-TG---T-TCCTTCGTA--TTGACGCAACAGC--CTGC-AAGA-TAGG-GTAAAGTTC--ACGAAT-GTA-C----ATGAAAATAACCGGATGTACA--------AGA--AAATGCA--CGGATG-----------TACCTG-ATCCG--TGTGTG--C
gi|17 : TGTTGT------TTCC-CTT-----A--ATTT-ATGTTA---GAATAAT---CGGCAGTGTGATTGTT---------AAAAAA-TT-AT---------ATCTGAAATT-GTAAA-TGGTGT-TCTTCTACA--ATAACAgc
gi|5 : TTCGCTT-----A--AATT-AT-TCG---GAATTCT---CGGCATTGCAATTGTT--------TAAAATA-AC-AACAAATAGA-ATCTTAAATG-TTAAAC-G--GT-T-TTTAGCA--TTGACACGAAACA--CTGT-AAGA-TAGA-ATAAAA-----ACA--T-CTCGG----A--AAAC-------------ATATATTTTATA--A----TA--T--ATT-----------TATCAA-GCCCA--TGCATG--CGCATCCAA--ATTGGGATTCG-----CGCTGCAGC--TATT---GCT---C-GTT-AC-ATAACC-GGCGG-TTAA----AA-TC----C-ATTTCGGAGAC---C-TTG--------------------------AAGTATATTATA---CA---TATTCACCAG--TATAAGA--CA----CCG----GGA--AAAT-AT----GT--AT--GG-------ACA-----TT-TACGTT---T--CTTTTC---TTGTTCGGctctcagttataatcacatgagtttaactggctcatgcgtgcacgcctaaatatcggcatttaca
gi|8 : gC-CTTA----T--ATTT--T-TTG---AAATTCT---CAGCATTGTTATTGTT--------GAATAAG-TTTAAT--A---T-ATCTAA---C-TCAGCCAG--GCATCCTTTGTA--TTGGCATGAGCGA--CTGTGGG-A-CAGA-ATAAAA-----A----T-CTGGT----A--AAA--------------A--------ACAACA----CA--TGAATTAGCCCGGCCTATACCTC-ACTCA--TGCA-G--CATGTTCAG--ATCAAGATT-------------ATT--T-TT---GCT-----A-T-AT-AT------GCAA-TTTA----AA-TCA-TTG-ATTTCGGACAT---C-TTGTGTCAT-AGCTGAC-----AA-CATGAAGTGAATTATA---CA---TGTT--CCCTCACATTAGA--T
gi|9 : taTTCT---CGACATTGTTATTGTT--------GAGAAAAGTA-AACGAA---A-ATTTAGAATT-T-AAGCAG--TT-TCTTTC-CG--CTGGCAAAAAAAATACTGA-AA-A-AATGGATGAGA-----CT---C-TCTGT----A--AGA--------------A--------AGC--A----CACGTGAGTT-----------TACGCG-GCCCA--TGTGTG--CACGCCTAC--TTTGGGATTCA-----CACAGCACCATTTGT---TTT---CTA-C-A----TACATGGTGA-TTTA----AA-TAT-TTG-ATTTCGGACGCCGTC-TTGGGTCAA-GGCTGAT-----TTATAT
gi|7 : gttcccttcaactttT---CAGCATTGCAATGTTT--------GAGAAAA-TC-AAATAA---T-ATCTGAAATT-TT-AACTG--TT-TCCTTTGCC--TTTACAT-AAAGA--CT------G-CATG-A------------------CAGG----A--AAA--------------A--------AGC--A----CA--TGGATT-----------TACCCG-GCCCA--TGTGCA--TATGTCCAA--ATTGGGGGTCA-----CACAG---C--TGATATCGTT---C-C-CTAC-AT-ATCTGGTGG-ATCA----AC-TCA-TTG-ATTTCGGACAC---CTTTGGTA-AA-TGCTGAT-----TA-TATGTAGTTCATTGTA---CA---TGTCTACTGA--CATTAGA--TA----CTG----AAA--CAAT-ATCA--GT--AT--GG-------AAA-----TCGGGAGTT---TCAC---TT---TTGTTCA
gi|21 : -TTTTTTGTG--TTGACATGAAAGA--CTTA-AA-A-TAAA-ATTAAA-----AC---T-TT-GCTTTGG--TAA--------------G--------AGA--A----CA--C--ACT-----------TATTTT-ACTGAACTGTATGTTTATGCCCAA--ATCAAGATTTG-----CACTGCACC--TAAT---CTT---C-tt
gi|18 : TG-ATAAAATAACGAC---C-ACAAT----A--AGA--------------A--------AGC--C----TG--TGGATT-----------TACCAG-GCCCT--TGCTCG--CACGTGCAA--ATCGGAATTCACTT--CAC---ATC--TATT---GTT---T-T-CTAC-AT-ACCTGG--------------------TA-GTTTCGGACAT---C-TTTGGCCAA-GGCTGAT-----TC-CATATAGTTCATTA
gi|19 : --------------A--------AGC--A----CA--TCAGTT-----------TTCTTGCGCT-A--TGCTTT--CACGTCCAA--ACCGGGATTCA-----TACAACACA--TGGT---GTTTGCT-A-C-AATACCCACTGG----TTTA----AA-TAA-TTG-TTTTCACACAC---
gi|10 : --------AAA--A----TA--TGAAAG-----------TACATG--CCAA--AGTGTG--AACATCCAA--ATTGGGATTTG-----CACTGGCCC--TACT---GTT---T-G-CTAC-ATAAC-TGGCCT-TTTA----AA-GCA-TTG-ATTTCAGATAC---C-TTGGGTCAA-AACT-AT-----TT-TATGTAGTTCATTATACATGTACATGTTCACTGA--CATTAGA--TA----C-C----AAATTAAGT-AT----GT--AT--GG-------AAA-----TTACATGTT---T--C---TATTTTTGTTCAGTGaaaaatatgttaaggaaataaggtgattc
gi|17 : gagaaaatcagt--A----CA--TGAGTT-----------TAACTG-GCTCA--TGCGTG--CACGCCTAAATATCGGCATTTA-----CAc
gi|15 : tgttgtttcccttaatttatgttagaataatcggcagtgtgattgttaaaaaattatatctgaaattgtaaatggtgttcttctacaataacactctcagttataatcGTGTG--CACGTTCAA--ATCGGGGTTCA-----CACTGCACA--TATT---G-T---C-A-CTAT-AT-ACGAAGTGG-TTTA----AA-TAT-TTA-ATTTCGGACAC---C-TTGG-ACAATACCTGAT-----TA-TGT-GGGT-CATTATT---GA---TGTTCACCGA--TATTAGA--TAGTTTC------AAC--AAAT-ATGACGGT--AT--GC-------AAA-----TCGGATGTT---TTAT---TGC--TTGTTCAGTG
gi|3 : GGATTCATGCTTCACAGA-----T--T---GTT---C-AAC-AT-ATT--CCGGAAGGCTTA----AA-TCA-CTG-ATCTCGGACA----C-CTGGTGCAA-AGATCA-------T-TAT--AATA-ATTAT----GA---CATT---CGT--T-CTAAATTTA----TAG----GAA--AATA-A---------AA--CA-------ATA------TGGATGTTA--C--C---TT---ATGATCAGTaatta
gi|22 : tcgttttgaatatcaaatgtgttctatgtggtagcagtcatcgtcagaaaccagtcccgcaggtgtactcttattataaattatatcggcttttggctccagtttcaacaaacatgtacgtcgcaggtcgtcagttttgctgaaaggaaacctgtcctcatacattcaacaaccacactagagatcccagcagctcacgcaacatcgtctgtgttactcataacaattactcgttcgttcccttttggaattttcgatattgcaaatattgagaagttcaataacatgtttataattacaaattatgacacggaattctaaagatgataaatgatacatatattgcactgaccacgatgatatACCTGGCGG-CTTACTTTAA-TCA-TCG-ATTTCGGACAC---C-TTCGGTCAA-GGCTGATGATAATT-CATACAGCTCATTGCA---CA---TATTCGCCGtta
gi|25 : aaattggctgttacagcactaggggtcgctgtat-TTTA----AA-TCA-ATG-ATTTCGGACAC---C-TTGGGTCAA-AACTGAT-----TC-TAT---GTACATTGTA---GT---Ta
gi|16 : -TTTA----AA-TTA-ATG-GTTGCGGACAC---C-TTGGGTCAA-GGCTGAT-----GA-TATGTATTGCAATATA---CA---TATTTGCTGA--CATTAAA--CA----CTG----GAA--AATA-AT----ATGGAT--GG-------AAA-----TCAGACACT---T--CTTTTT---TTGTTCAGcattatacatgtt
gi|23 : catcctaattgggcttcgcattgtaataagtatccactgcaatgtattagctacatacatgattgTA----AA-TTA-TTG-ATTCTGGACAC---T-TTGTGTCAG-AGCTGGT-----TA-TATGTAGTTCATTA-----------------CGAA-TATTAGA--TA----CAG----AAA--AAACTAT----GT--AT--CG-------AGA-----TTGGATGTT---T--
gi|20 : a----AA-TCA-CTG-ATGTCACAC-T---T-TTGGGTCAA-GGTTGAT-----TA-TATGTAGTTCATTGTA---TA---TGTTCACCGG--TATAGGA--TA----C-G----AAA--ATAT-AT----GT--AT--GATTATCGGAAAGTTTTTTGTATGTT---T--C---tat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTACCATACCAATTGCTCGTTTCCTTGTTTTCTTTTGATATGCTCGGTATTGCAATCGTGAAGAAAATTAAAATATAGTTTGAAATCTCAAAATATTTCCTCAACGTCGATTCAACTGTAAAAAAATACTTGTAACCTGTTAGTTGTAAAACACAATAATTTACCATACTCGTGCAGGCGTGTTCAAATTGGGAT
Unaligned ( gi|26 ): AGACATTGATTTCGGACACCTTTCGCCAATGCTGCTGTAATTTATACAATGTATTTACCGACATTA
Alignments
lowQualScore : 333 333 2 2 2 66666 11 888888888888888888888 4444444 111 111 11111 66666666666666666666666666666666 11111111 2222222222 11 111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111 1111111 11111 3333333333 111111 1111 3333333333
lowQualScore : 0 99 111 0 777 11 99 0 222 8 3 6 0 11 3 1 2 33 1 33333 2 00 1 1 777777777777777777777 3333333 000 3 1 000 3 0 1 0 5 2 2 5 77777 9 00 1 1 4 66666666666666666666666666666666 1 4 66666666 3 3333333333 22 3 2 3 555 1 555 1 2 2 33 2 55 2 2 3 3 444 777 6666 222 33 11 22222 1 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 5555 777777 33 0 11111111111 1 33 3 4 2 2 5 33 4444 2 2 333 2 33 44 0000000 7777777 4 66666 777777 2 1 11111 33 11 0000000000 55 444444 3 2222 0 4 4 4 2222222222 777
lowQualScore : . .. ... . ... .. .. . ... . . . . .. . . . .. . ..... . .. . . ..................... ....... ... . . ... . . . . . . . . ..... . .. . . . ................................ . . ........ . .......... .. . . . ... . ... . . . .. . .. . . . . ... ... .... ... .. .. ..... . . .................................................... .... ...... .. . ........... . .. . . . . . .. .... . . ... . .. .. ....... ....... . ..... ...... . . ..... .. .. .......... .. ...... . .... . . . . .......... ...
lowQualScore : 7 33 777 7 777 77 00 7 333 3 7 7 7 77 3 0 5 00 0 55555 0 88 0 0 222222222222222222222 4444444 000 8 0 000 6 4 7 9 0 8 8 0 22222 0 88 8 1 4 66666666666666666666666666666666 0 8 33333333 3 2222222222 66 3 2 3 000 6 000 1 9 9 99 9 88 9 9 1 2 111 222 9999 888 99 55 00000 0 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 222222 44 7 99999999999 9 22 1 1 5 7 3 77 7777 2 1 777 2 22 00 5555555 6666666 3 22222 222222 7 0 33333 77 55 5555555555 00 111111 6 7777 5 0 0 6 5555555555 111
consensus : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTGTT-TTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG-CTCAA-AGACATGT--GTGGCAGGTCGT-CGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGA-GGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCC---AT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AA-T--C-AAATA-AA-ATCTGAAATT-TTAAACTGTT-TCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATAA----AAA--C--T-TCG-----GTA----AAA--------------AA--GCA----C------A--TGGATTTACCTGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----T--GTTCGCCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
Reference ( family-5592 ) : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTANTGGCNAANTATATCGGCCTCGGGCNCNAGTAGTGACTCAACAAACATGTACGTGGCAGGTC-T-CG--GTANTTNTTGTTCGCTAAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGA-GG-CAC-AACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTC--GCC---AT---GAAT-C-----A--NCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AA-T--C-AANNA-AA-ATCTGAAATT-TTAAACTGNT-TCCTTCGCATTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATAA----AAA--C--T-TCG-----GTA----AAA--------------AA--GNA----C------A--TGGATTTACCTGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTNC-----ATTA------T-ANA-----T--GTTCACCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
gi|1 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTG
gi|1 : tTTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTGTT-TTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-----ATGT--GTGGCAGGTC-T--GAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAA-GG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCC---AT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AA-T--C-AACCA-AA-ATCTGAAATT-TTAAACTGAT-TCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATAA----AAA--C--T-TTA-----GCA----AAA--------------AA--GAA----C------A--TGGATTTACCTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----T--GTTTGCCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|10 : tttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatA----AAA-------TCA-----GTA----AAA-------------------------T------A--TGAAAGTACATG-CC-----------AAAGTGTGAACATCCAA--ATTGGGATTTGCACTGGCCCTAC-TGTTTGCTAC-AT-A--ACTGGCCTTTTA----AA-GCA-TTGATTTCAGATAC---CTT-GGGT-CAA-AACT-AT-----TTTA-------TGTAGTTC-----ATTATACATGT-ACA-----T--GTTCACTGACATTAGATA-C--C-----AAATTA------AG-TAT----GTATGGAAATTA-C-ATGTT---T--CTATT--TTTGTTCAGTGtt
gi|11 : gagAAACTCTCTCAATATCGTCTGTATAC-AT----GCC---A---------------------ATTAATCG------TTTC-CTTAC---CCT--TT-CC-CCG-A-ACTCTTGGCA---GTG---TTGTATTTGATAA-AT-T--C-ATGTA-AA-ATTTGAAATTCTTAAA-TG-T-TCCTTCGTATTGACG-CAACAGC--CTGCAAGAT-AGG-GTAA----AG------T-TCACGAATGTACATGAAAATAACCGGATGTACAA--GAAAATGC------A--CGGATGTACCTGATC-----------CGTGTGTGCGCc
gi|12 : A---AAACGTGTCTTCAGATTTCT--------------GA-GT-CAC-AACAA-CACTTGCAACGTCTTCTGTGGACGAGTC--TGC---AT---TAAG-T-----A--TAGAAT-ATATAATTCGTTCC-CTTCTTTCTTT--TT-AT-TC-AA-ATTCTAGGCAATGTTACAA-AGA---AGAAAA-AA-T--C-AAATA-AA-ATCTGAAATT-TT-AACTATT-TCCTTCACATTGACA-TGAAAGA--CTGTGGTAT-AGG-ATAA----GAG--T--T-TC
gi|13 : TAGTGGCTAAGT-----GGTCTCGGACGCAAGTAGTGACTCAA-AGAC-------TGG----TC-TTCA--GTACTTGCTATTCGCTGAA---AA-TGTATCGTCTTACTTTTAACAG-CACAGTTAGA-AGTCAC-AACA-GTGTTTGCAACATATTCTGTGGAC-ACGCCTGCC---TT---GGA--C-----ATTCCAAATGATAA------TTT---TA-----TAT--TT--T-TCGGA-ATACTCGGTA---GTGTAATTGC---TTAGAA-GG-T--C-AAATA-AA-ctcaaga
gi|14 : -----A--CCAATTGCTCG------TTTC-CTT-----GTT--TT-CT-TTTGATATGCTCGGTA---TTGCAATCGT---GAAGAA-AA-T--TAAAATA-TA-GTTTGAAATC-TCAAAATATT-TCCTCAACGTCGATT-C----AA--CTGTAA-A--AAA-ATACTTGTAAC--C--TGTTA-----GTT----GTA--------------AA--ACA----C------A--ATAATTTACCATACT-----------CGTGCAGGCGTGTTCAA--ATTGGGATt
gi|15 : tttaccatGTGTGCACGTTCAA--ATCGGGGTTCACACTGCACATAT-TG-TCACTAT-AT-A--CGAAGTGGTTTA----AA-TAT-TTAATTTCGGACAC---CTT-GGA--CAATACCTGAT-------TA-------TGTGGGTC-----ATTA------T-TGA-----T--GTTCACCGATATTAGATA----GTTTC-AAC--A------AA-TATGACGGTATGCAAATCG-G-ATGTT---T--TA--TTGCTTGTTCAGTG
gi|16 : CACTGCA---ATGTATTAGCTAC-AT-A--CATGATTGTTTA----AA-TTA-ATGGTTGCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----GATA-------TGTATTGC-----AATA------T-ACA-----T--ATTTGCTGACATTAAACA-CTGG-----AAA--AT-----AA-TAT----GGATGGAAATCA-G-ACACT---T--CTTTT--TTTGTTCAGaatta
gi|17 : catcctaattgggcttcgcattgtaataagtatcTGTTGT------TTCC-CTT-----AAT--TT-ATGTTAGA-ATAATCGGCA---GTGTGATTGT---TAA-AA-AA-T--T-AT-------ATCTGAAATT-GTAAA-TGGTGTTCTTC---------------------------T-ACA-ATAA----CAC--T--C-TCA-----GTT----ATA---------------A--TCA----C------A--TGAGTTTAACTGGCT-----------CATGCGTGCACGCCTAAATATCGGCATTTACA
gi|18 : -AT-AAA-ATAA----CGA--C--C-ACA-----ATA----AGA--------------AA--GCC----T------G--TGGATTTACCAGGCC-----------CTTGCTCGCACGTGCAA--ATCGGAATTCACTTCACATCTAT-TGTTTTCTAC-AT-A--CCTGGTAG-------------------TTTCGGACAT---CTT-TGGC-CAA-GGCTGAT-----TCCA-------TATAGTTC-----ATTA------
gi|19 : tg--------------AA--GCA----C------A--TCAGTTTTCTTGCGC-----------TATGCTTTCACGTCCAA--ACCGGGATTCATACAACACATGG-TGTTTGCTACAAT-A--CCCACTGGTTTA----AA-TAA-TTGTTTTCACACAC---
gi|2 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGaaaaatatgttaaggaaataaggtgattc
gi|2 : TTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTGTT-TTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-----ATGT--GTGGCAGGTC-T--GAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAA-GG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCC---AT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AA-T--C-AACCA-AA-ATCTGAAATT-TTAAACTGAT-TCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATAA----AAA--C--T-TTA-----GCA----AAA--------------AA--GAA----C------A--TGGATTTACCTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----T--GTTTGCCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|20 : ttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat----AA-TCA-CTGATGTC--ACAC---TTTTGGGT-CAA-GGTTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ATA-----T--GTTCACCGGTATAGGATA-C--G-----AAA--A------TA-TAT----GTATGATTATCG-GAAAGTT----------T--TTTGTtt
gi|21 : TTTGTGTTGACA-TGAAAGA--CTTAAA-AT-AAA-ATTA----AAA--C--T-TTGCTTTGGTA----AGA--------------GA--ACA----C------A--CTTATTTTACTGAAC-----------TGTATGTTTATGCCCAA--ATCAAGATTTGCACTGCACCTAA-TCTTCatgtttcattttcaa
gi|22 : tttAA--ATTGGCTGTTACA--GCAC-TAG-GGGTCGCTGT-AT-A--CCTGGCGGCTTACTTTAA-TCA-TCGATTTCGGACAC---CTT-CGGT-CAA-GGCTGATGATAATTCA-------TACAGCTC-----ATTG------C-ACA-----T--ATTCGCCGA
gi|23 : TA----AA-TTA-TTGATTCTGGACAC---TTT-GTGT-CAG-AGCTGGT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTA------C-GAA-----T------------ATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AACTAT----GTATCGAGATTG-G-ATGTT---T--
gi|24 : aTGGCAGGTCGT-CG--GTATTTCTAGTTTGTTAAA---A--TGTGTCCTCAGACGTCTAACGG-CATAGCTTAATGA-TA--AACAGAAT-TTGCAACGTCTTCTGTTGAC-ATtat
gi|25 : aaTTTA----AA-TCA-ATGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-AACTGAT-----TCTATGTACATTGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----T--GTT
gi|26 : CA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TCGC-CAA-TGCTG----------C-------TGTAAT--------TTA------T-ACAATG--T--ATTTACCGACATTA
gi|3 : agaTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTATT-ATAAATTATATCGGCTTTTGGCTCCAGT-----TTCAACAAACATGTACGTCGCAGGTCGT-CA--GT--------TTTGCTGAAAGGAAACCTGTCCTCATACATTCAACAACCACA-CTAGA-GATCCC-AGC-AGCTCACGCAACATCGTCTGTG-----TTA--CTC---AT---AA---C-----A--ATTACTCGTTC------GTTC-CCT--------------T-TTGGA-ATTTTCGATA---TTGCAAATAT---TGAGAA-GT-T--C-AATAA-CATGTTTATAATT-ACAAATTA-------------TGACA-CGGA--A--TTCTAA-AG-ATG-ATAA----A------------------TG----A---------------------TA----C------A--TATATTGCACTGAC--------------------CACGATGAT--AT--GGATTCATGCTTCACAGAT-TGTTCA--AC-AT-ATTCCGGAAGGCTTA----AA-TCA-CTGATCTCGGACAC---CT---GGTGCAA-AGATCAT-----TATA--------ATA---------ATTA------TGACA-----TTCGTT---CTAAATT-TATA-G--G-----AAA--ATAAAACAA-TAT----GGATG
gi|4 : A---AAGCATGTCCTTAGACTTTTAACAG-CAGAGCTAGA-AG-CCCCAACA-GCTCTC---ACGTCTTCTGTGTAC-AT----GCCTATATTGGGAAT-------A--GCTGTTGGT-T------GCTC-CCT-----TAT--TTTAT-T--GA-ATTCTCGGCA---TTGCAGTTGT---TGAGAA-AA-T--C-AAATGGAA-ATCTGAAATT-TCAAGCGTTT-TTCTTCACTTTGACATC--AAGA--TTGTAA-GTTAGG-ATAA----AAAATC--T-T-G-----GTA----AGA--------------AA--GTA----C------A--TAGATTAACCTTGCC-----------CATGGCTGCACATCCAA--ATCAGGATGCAAACTGCACCTAT-TGTTTGCTGC-AT-A--CCTGGTAGTTTA----AA-GCG-CTGAATT-----------------------------T-----TATA-------TGTAGTGCAATATATTA------T-AAAATAGGT--GTTCACCTACATCAAATA-C--AAAAACAAA--A------AA-AAT----GTATGGAAAAAGTG-ATTTTTTGT--T---T--GTTGTTCAGTGTttaccttatgatcagttta
gi|5 : TTCGCTT-----AAA--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TTAAAATAA-CAAC-AAATA-GA-ATCTTAAATG-TTAAACGGTT-T--TTAGCATTGACA-CGAAACA--CTGTAAGAT-AGA-ATAA----AAA--CATC-TCG-----GAA----AAC--------------AT--ATA----TTTTATAA--TATATTTATCAAGCC-----------CATGCATGCGCATCCAA--ATTGGGATTCGCGCTGCAGCTAT-TGCTCGTTAC-AT-A--ACCGGCGGTTAA----AA-TC----CATTTCGGAGAC---CTT-GA---------------------------------AGTAT-----ATTA------T-ACA-----T--ATTCACCAGTATAAGACACC--G-----GGA--A------AA-TAT----GTATGGACATT--T-ACGTT---T--CTTTT--CTTGTTCGGata
gi|6 : gTTCTAAAAG-CACCGCTCGA-GGTCAT-AACA-GCTCTTACAA-GTC--CTGTTGAC-AT----GCC---AC---GATT-CGGCATA--CCGAGTG-CCT------TTTC-CCG-----TACAGTT--T-TCGTA-ATGATCGCCA---TTGTAGTTAT---TGAGTA-CA-C--G-TAACA-AA-GTTGGAAGTT-G------GTT-TCATTTCCATTGACA--AAAAGG--CT---------TG-ATAA----GAA---------------------------------------AA--ACA----C------A--TGGATTTAACTGACT-----------TATAAGTGCATGTCCCA--ATCTGAATTCATACTGCATGCAT-TGTACGCTAT-AC-A--ATTGGCAATACA----AATTTATTTGATTT-GTACGC---TTT-GGGT-CAA-AATTGAT-----T
gi|7 : TCAGCA---TTGCAATGTT---TGAGAA-AA-T--C-AAATA-AT-ATCTGAAATT-TTAA-CTGTT-TCCTTTGCCTTTACA-T-AAAGA--CTGCA------TG-ACA-----------------G-----G-A----AAA--------------AA--GCA----C------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGTGCATATGTCCAA--ATTGGGGGTCACACAGCTGATAT-CGTTCCCTAC-AT-A--TCTGGTGGATCA----AC-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TGGT-AAA-TGCTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ACA-----T--GTCTACTGACATTAGATA-CT-G-----AAA--C------AA-TATCA--GTATGGAAATCG-G-GAGTT---TCAC---T--TTTGTTCA
gi|8 : C-CTTA----TAT--TT--T-TTGAA-ATTCTCAGCA---TTGTTATTGT---TGAATA-AG-T--T-TAATA-TA--TCTAA---C-TCAGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCA-TGAGCGA--CTGTGGGAC-AGA-ATAA----AAA--T--C-T-G-----GTA----AAA--------------AACAACA----C------A--TGAATTAGCCCGGCCTATACCTCACTCATGCA-GCATGTTCAG--ATCAAGATT------------AT-T-TTTGCTAT-AT-A--T---GCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAT---CTT-GTGT-CAT-AGCTGAC-----AACA-------TGAAGTGA-----ATTA------T-ACA-----T--GTTCCCTCACATTAGATtt
gi|9 : taTTCTCGACA---TTGTTATTGT---TGAGAA-AAGT--A-AACGA-AA-ATTTAGAATT-T-AAGCAGTT-TCTTTC-CGCTGGCA-AAAAAAATACTGAAA-AA-ATGGATGA----GAC--T--C-TCT-----GTA----AGA--------------AA--GCA----C------ACGTGAGTTTACGCGGCC-----------CATGTGTGCACGCCTAC--TTTGGGATTCACACAGCACCATT-TGTTTTCTAC-AT-A--CATGGTGATTTA----AA-TAT-TTGATTTCGGACGCCGTCTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----T-TA-------TAT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 22222 444444444444444444444 33333 111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 11 1111 111 11111 55555555555555555555555555555555555555555555 11111111111 1111111 11111 3333333333 111111 1111 3333333333
lowQualScore : 0 88 6 0 3 6 0 3 2 55555 666666666666666666666 22222 0 3 1 6 000 0 0 1 5 2 2 0 33333 55 00 1 1 4 9999999999999999999999999999999999999999999 3 3333333333 22 3 2 3 555 1 555 1 2 33 2 2 2 44 666 66666 3 0000 222 33 11 22222 1 2 55555555555555555555555555555555555555555555 33 1 444 777777 33 2 2 11111111111 1 33 3 4 2 2 5 33 4444 2 2 333 2 33 22 0000000 7777777 7777777 777777 2 11111 2 0000000000 55 444444 3 2222 0 4 4 4 2222222222 777
lowQualScore : . .. . . . . . . . ..... ..................... ..... . . . . ... . . . . . . . ..... .. .. . . . ........................................... . .......... .. . . . ... . ... . . .. . . . .. ... ..... . .... ... .. .. ..... . . ............................................ .. . ... ...... .. . . ........... . .. . . . . . .. .... . . ... . .. .. ....... ....... ....... ...... . ..... . .......... .. ...... . .... . . . . .......... ...
lowQualScore : 7 33 7 7 3 7 7 3 5 00000 222222222222222222222 44444 8 8 0 4 000 1 4 7 0 8 8 2 55555 44 88 8 1 4 1111111111111111111111111111111111111111111 3 2222222222 66 3 2 3 000 6 000 1 9 99 9 9 9 22 777 00000 7 8888 888 99 55 00000 0 7 33333333333333333333333333333333333333333333 77 1 111 222222 44 2 5 99999999999 9 22 1 1 5 7 3 77 7777 2 1 777 2 22 66 5555555 6666666 3333333 222222 7 33333 9 5555555555 00 111111 6 7777 5 0 0 6 5555555555 111
consensus : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATAA----A----------------------AA--C--C-TCG-----GTA--AGAAA--GCAC------A--TGGATTTAC-CTGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
Reference ( family-5592 ) : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG-CTCAA-AGACATGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATAA----A----------------------AA--C--T-TCG-----GTA--AAAAA--GCAC------A--TGGATTTAC-CTGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
gi|1 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTG
gi|1 : tTTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATAA----A----------------------AA--C--T-TTA-----GCA--AAAAA--GAAC------A--TGGATTTAC-CTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|10 : tttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatA----A----------------------AA-------TCA-----GTA--AAA-------T------A--TGAAAGTAC-ATG-CC-----------AAAGTGTGAACATCCAA--ATTGGGATTTGCACTGGCCCTAC-TGTTTGCTAC-AT-A--ACTGGCCTTTTA----AA-GCA-TTGATTTCAGATAC---CTT-GGGT-CAA-AACT-AT-----TTTA-------TGTAGTTC-----ATTATACATGT-ACA-----TGTTCA-CTGACATTAGATA-C--C-----AAATTA------AG-TAT----GTATGGAAATTA-C-ATGTT---T--CTATT--TTTGTTCAGTGtt
gi|11 : gagAAACTCTCTCAATATCGTCTGTATAC-AT----GCCA---------------------ATTAATCG------TTTC-CTTAC---CCT--TT-CC-CCG-A-ACTCTTGGCA---GTG---TTGTATTTGATAA-ATT--C-ATGT-A-AAA--TTTGAAATTCTTAAA-T--G-TTCCTTCGTATTGACG-CAACAGC--CTGCAAGAT-AGG-GTAA----AGTTCACGAATGTACATGAAAATAA--C-----CGGAT--GTACAAGAAA--ATGC------A--CGGATGTAC-CTGATC-----------CGTGTGTGCGCc
gi|12 : A---AAACGTGTCTTCAGATTTCTGA---------------GTCAC-AACAA-CACTTGCAACGTCTTCTGTGGACGAGTCT-G-CAT---TAAG-T-----A--TAGAAT-ATATAATTCGTTCC-CTTCTTTCTTT--TT-AT-TC-AA-ATTCTAGGCAATGTTACAA-AGA---AGAAAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TT-AACT--ATTTCCTTCACATTGACA-TGAAAGA--CTGTGGTAT-AGG-ATAA----G----------------------AG--T--T-TC
gi|13 : TAGTGGCTAAGT-----GGTCTCGGACGCAAGTAGTGACTCAA-AGAC-------TGG----TCTTC--AGTACTTGCTATTCGCTGAA---AA-TGTATCGTCTTACTTTTAACAG-CACAGTTAGAAGTCAC-AACA-GTGTTTGCAACATATTCTGTGGAC-ACGCCTGCCTT---GGA--C-----ATTCCAAATGATAA------TTT---TA-----TAT--TT--T-TCGGA-ATACTCGGTA---GTGTAATTGC---TTAGAA-GGT--C-AAAT-A-AActcaaga
gi|14 : -----A--CCAATTGCTCG------TTTC-CTT-----GTT--TT-CT-TTTGATATGCTCGGTA---TTGCAATCGT---GAAGAA-AAT--TAAAAT-A-TAG--TTTGAAATC-TCAAAAT--ATTTCCTCAACGTCGATT-C----AA--CTGTAA-A--AAA-ATACTTGTA----------------------AC--C--TGTTA-----GTT--GTAAA--ACAC------A--ATAATTTAC-CATACT-----------CGTGCAGGCGTGTTCAA--ATTGGGATt
gi|15 : tttaccatGTGTGCACGTTCAA--ATCGGGGTTCACACTGCACATAT-TG-TCACTAT-AT-A--CGAAGTGGTTTA----AA-TAT-TTAATTTCGGACAC---CTT-GGA--CAATACCTGAT-------TA-------TGTGGGTC-----ATTA------T-TGA-----TGTTCA-CCGATATTAGATA----GTTTC-AAC--A------AA-TATGACGGTATGCAAATCG-G-ATGTT---T--TA--TTGCTTGTTCAGTG
gi|16 : CACTGCA---ATGTATTAGCTAC-AT-A--CATGATTGTTTA----AA-TTA-ATGGTTGCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----GATA-------TGTATTGC-----AATA------T-ACA-----TATTTG-CTGACATTAAACA-CTGG-----AAA--AT-----AA-TAT----GGATGGAAATCA-G-ACACT---T--CTTTT--TTTGTTCAGaatta
gi|17 : catcctaattgggcttcgcattgtaataagtatcTGTTGT------TTCC-CTT-----AAT--TT-ATGTTAGA-ATAATCGGCA---GTGTGATTGT---TAA-AA-AAT--T-A--T-A------TCTGAAATT-GTAAATG--GTGTTCTTC---------------------------T-ACA-ATAA----C----------------------AC--T--C-TCA-----GTT--ATAA---TCAC------A--TGAGTTTAA-CTGGCT-----------CATGCGTGCACGCCTAAATATCGGCATTTACA
gi|18 : -AT-AAA-ATAA----C----------------------GA--C--C-ACA-----ATA--AGAAA--GCCT------G--TGGATTTAC-CAGGCC-----------CTTGCTCGCACGTGCAA--ATCGGAATTCACTTCACATCTAT-TGTTTTCTAC-AT-A--CCTGGTAG-------------------TTTCGGACAT---CTT-TGGC-CAA-GGCTGAT-----TCCA-------TATAGTTC-----ATTA------
gi|19 : tgAA--GCAC------A--TCAGTTTTC-TTGCGC-----------TATGCTTTCACGTCCAA--ACCGGGATTCATACAACACATGG-TGTTTGCTACAAT-A--CCCACTGGTTTA----AA-TAA-TTGTTTTCACACAC---
gi|2 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGaaaaatatgttaaggaaataaggtgattc
gi|2 : TTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATAA----A----------------------AA--C--T-TTA-----GCA--AAAAA--GAAC------A--TGGATTTAC-CTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|20 : ttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat----AA-TCA-CTGATGTC--ACAC---TTTTGGGT-CAA-GGTTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ATA-----TGTTCA-CCGGTATAGGATA-C--G-----AAA--A------TA-TAT----GTATGATTATCG-GAAAGTT----------T--TTTGTtt
gi|21 : TTTGTGTTGACA-TGAAAGA--CTTAAA-AT-AAA-ATTA----A----------------------AA--C--T-TTGCTTTGGTA--AGAGA--ACAC------A--CTTATTTTA-CTGAAC-----------TGTATGTTTATGCCCAA--ATCAAGATTTGCACTGCACCTAA-TCTTCatgtttcattttcaa
gi|22 : tttAA--ATTGGCTGTTACA--GCAC-TAG-GGGTCGCTGT-AT-A--CCTGGCGGCTTACTTTAA-TCA-TCGATTTCGGACAC---CTT-CGGT-CAA-GGCTGATGATAATTCA-------TACAGCTC-----ATTG------C-ACA-----TATTCG-CCGA
gi|23 : TA----AA-TTA-TTGATTCTGGACAC---TTT-GTGT-CAG-AGCTGGT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTA--------------------CG---AATATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AACTAT----GTATCGAGATTG-G-ATGTT---T--
gi|24 : aTGGCAGGTCGTCG--GTATTTCTAGTTTGTT--A---AAATGTGTCCTCAGACGTCTAACGG-CATAGCTTAATG--ATAAACAGAAT-TTGCAACGTCTTCTGTTGAC-ATtat
gi|25 : aaTTTA----AA-TCA-ATGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-AACTGAT-----TCTATGTACATTGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTT
gi|26 : CA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TCGC-CAA-TGCTG----------C-------TGTAAT--------TTA------T-ACAATG--TATTTA-CCGACATTA
gi|3 : agaTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTATT-ATAAATTATATCGGCTTTTGGCTCCAGT--T---TCAACAAACATGTACGTCGCAGGTCGTC--AGT--------TTTGCTGAAAGGAAACCTGTCCTCATACATTCAACAACCACA-CTAGAGATC-CCAGC-AGCTCACGCAACATCGTCTGTG-----TTAC--TCAT---AA---C-----A--ATTACTCGTTC------GTTC-CCT--------------T-TTGGA-ATTTTCGATA---TTGCAAATAT---TGAGAA-GTT--C--AAT-A-ACATGTTTATAATT-ACAAATT--A------------TGACA-CGGA--A--TTCTAA-AG-ATG-ATAA----A--------------------------------TG-----ATA----------CAT------A--TA---TTGCACTGAC--------------------CACGATGAT--AT--GGATTCATGCTTCACAGAT-TGTTCA--AC-AT-ATTCCGGAAGGCTTA----AA-TCA-CTGATCTCGGACAC---CT---GGTGCAA-AGATCAT-----TATA--------ATA---------ATTA------TGACA-------TTCGTTCTAAATT-TATA-G--G-----AAA--ATAAAACAA-TAT----GGATG
gi|4 : A---AAGCATGTCCTTAGACTTTTAACAG-CAGAGCTAGAAGCC-CCAACA-GCTCTC---ACGTCTTCTGTGTAC-ATGCC-TATATTGGGAAT-A-----G--CTG-TTGGT-T------GCTC-CCT-----TAT--TTTAT-T--GA-ATTCTCGGCA---TTGCAGTTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-GGAAA--TCTGAAATT-TCAAGCG--TTTTTCTTCACTTTGACATC--AAGA--TTGTAA-GTTAGG-ATAA----A----------------------AAATC--T-T-G-----GTA--AGAAA--GTAC------A--TAGATTAAC-CTTGCC-----------CATGGCTGCACATCCAA--ATCAGGATGCAAACTGCACCTAT-TGTTTGCTGC-AT-A--CCTGGTAGTTTA----AA-GCG-CTGAATT-----------------------------T-----TATA-------TGTAGTGCAATATATTA------T-AAAATAGGTGTTCA-CCTACATCAAATA-C--AAAAACAAA--A------AA-AAT----GTATGGAAAAAGTG-ATTTTTTGT--T---T--GTTGTTCAGTGTttaccttatgatcagttta
gi|5 : TTCGCTT-----AAA--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TTAAAATAACAAC-AAAT-A-GAA--TCTTAAATG-TTAAACG--GTTT--TTAGCATTGACA-CGAAACA--CTGTAAGAT-AGA-ATAA----A----------------------AA--CATC-TCG-----GAA--AACAT--ATATTTTATAA--TATATTTAT-CAAGCC-----------CATGCATGCGCATCCAA--ATTGGGATTCGCGCTGCAGCTAT-TGCTCGTTAC-AT-A--ACCGGCGGTTAA----AA-TC----CATTTCGGAGAC---CTT-G-----AA-G-------------TA-------T------------ATTA------T-ACA-----TATTCA-CCAGTATAAGACACC--G-----GGA--A------AA-TAT----GTATGGACATT--T-ACGTT---T--CTTTT--CTTGTTCGGata
gi|6 : gTTCTAAAAG-CACCGCTCGAGGTCA-TAAC-AGCTCTTACAA-GTC--CTGTTGAC-AT----GCCAC---GATT-CGGCATA--CCGAGT-GCCT------TTTC-CCG-----TACAGTT--T-TCGTA-ATGATCGCCA---TTGTAGTTAT---TGAGTA-CAC--G-TAAC-A-AAG--TTGGAAGTT-------G--GTTTCATTTCCATTGACA--AAAAGG--CT---------TG-ATA-----------------------------------------------A--GAAAA--ACAC------A--TGGATTTAA-CTGACT-----------TATAAGTGCATGTCCCA--ATCTGAATTCATACTGCATGCAT-TGTACGCTAT-AC-A--ATTGGCAATACA----AATTTATTTGATTT-GTACGC---TTT-GGGT-CAA-AATTGAT-----T
gi|7 : TCAGCA---TTGCAATGTT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-ATA--TCTGAAATT-TTAA-CT--GTTTCCTTTGCCTTTACA-T-AAAGA--CTGCA------TG-ACA---------------------------------------G-----G-A--AAAAA--GCAC------A--TGGATTTAC-CCGGCC-----------CATGTGCATATGTCCAA--ATTGGGGGTCACACAGCTGATAT-CGTTCCCTAC-AT-A--TCTGGTGGATCA----AC-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TGGT-AAA-TGCTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ACA-----TGTCTA-CTGACATTAGATA-CT-G-----AAA--C------AA-TATCA--GTATGGAAATCG-G-GAGTT---TCAC---T--TTTGTTCA
gi|8 : C-CTTA----TAT--TT--T-TTGAA-ATTCTCAGCA---TTGTTATTGT---TGAATA-AGT--T-TAAT-A-TA---TCT--AACT-C--AGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCA-TGAGCGA--CTGTGGGAC-AGA-ATAA----A----------------------AA--T--C-T-G-----GTA--AAAAACAACAC------A--TGAATTAGC-CCGGCCTATACCTCACTCATGCA-GCATGTTCAG--ATCAAGATT------------AT-T-TTTGCTAT-AT-A--T---GCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAT---CTT-GTGT-CAT-AGCTGAC-----AACA-------TGAAGTGA-----ATTA------T-ACA-----TGTTCC-CTCACATTAGATtt
gi|9 : taTTCTCGACA---TTGTTATTGT---TGAGAA-AAG--T-AAACGA-AAA--TTTAGAATT-T-AAGCA--GTTTCTTTC-CGCTGGCA-AAAAAAATACTGAAA-AA-ATGGATGA----G----------------------AC--T--C-TCT-----GTA--AGAAA--GCAC------ACGTGAGTTTAC-GCGGCC-----------CATGTGTGCACGCCTAC--TTTGGGATTCACACAGCACCATT-TGTTTTCTAC-AT-A--CATGGTGATTTA----AA-TAT-TTGATTTCGGACGCCGTCTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----T-TA-------TAT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 22222 222222 333333 111 33333 111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 11 1111 111 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 11111111111 1111111 11111 3333333333 111111 1111 3333333333
lowQualScore : 0 88 6 0 3 6 0 3 2 55555 111111 555555 777 22222 0 3 1 6 000 0 0 1 5 2 2 0 33333 55 00 1 1 4 9999999999999999999999999999999999999999999 3 3333333333 22 3 2 1 3 555 1 555 1 2 33 2 2 2 44 666 66666 3 0000 222 33 11 22222 1 2 444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 0000000000 33 4 2 0 11111111111 1 33 3 4 2 2 5 33 4444 2 2 333 2 33 22 0000000 7777777 7777777 777777 2 11111 2 0000000000 55 444444 3 2222 0 4 4 4 2222222222 777
lowQualScore : . .. . . . . . . . ..... ...... ...... ... ..... . . . . ... . . . . . . . ..... .. .. . . . ........................................... . .......... .. . . . . ... . ... . . .. . . . .. ... ..... . .... ... .. .. ..... . . ... ..................................................... .. .......... .. . . . ........... . .. . . . . . .. .... . . ... . .. .. ....... ....... ....... ...... . ..... . .......... .. ...... . .... . . . . .......... ...
lowQualScore : 7 33 7 7 3 7 7 3 5 00000 000000 555555 000 44444 8 8 0 4 000 1 4 7 0 8 8 2 55555 44 88 8 1 4 1111111111111111111111111111111111111111111 3 2222222222 66 3 2 8 3 000 6 000 1 9 99 9 9 9 22 777 00000 7 8888 888 99 55 00000 0 7 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 9999999999 44 4 5 2 99999999999 9 22 1 1 5 7 3 77 7777 2 1 777 2 22 66 5555555 6666666 3333333 222222 7 33333 9 5555555555 00 111111 6 7777 5 0 0 6 5555555555 111
consensus : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AA----------------------AA-C--CTCG-----GTA--A-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTAC-CCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
Reference ( family-5592 ) : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AA----------------------AA-C--CTCG-----GTA--A-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTAC-CTGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
gi|1 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTG
gi|1 : tTTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATA---AA----------------------AA-C--TTTA-----GCA--A-----A----AAA--GAAC----------A--TGGATTTAC-CTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|10 : tttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat---AA----------------------AA-----TCA-----GTA--AAATATG----AAA--GTAC----------A--TG------------CC-----------AAAGTGTGAACATCCAA--ATTGGGATTTGCACTGGCCCTAC-TGTTTGCTAC-AT-A--ACTGGCCTTTTA----AA-GCA-TTGATTTCAGATAC---CTT-GGGT-CAA-AACT-AT-----TTTA-------TGTAGTTC-----ATTATACATGT-ACA-----TGTTCA-CTGACATTAGATA-C--C-----AAATTA------AG-TAT----GTATGGAAATTA-C-ATGTT---T--CTATT--TTTGTTCAGTGtt
gi|11 : gagAAACTCTCTCAATATCGTCTGTATAC-AT----GCCA---------------------ATTAATCG------TTTC-CTTAC---CCT--TT-CC-CCG-A-ACTCTTGGCA---GTG---TTGTATTTGATAA-ATT--C-ATGT-A-AAA--TTTGAAATTCTTAAA-T--G-TTCCTTCGTATTGACG-CAACAGC--CTGCAAGAT-AGG-GTA---AAGTTCACGAATGTACATGAAAATAA-C----CGGAT--GTACAA-----G----AAA--ATGC----------A--CGGATGTAC-CTGATC-----------CGTGTGTGCGCc
gi|12 : A---AAACGTGTCTTCAGATTTCTGA---------------GTCAC-AACAA-CACTTGCAACGTCTTCTGTGGACGAGTCT-GC-AT---TAAG-T-----A--TAGAATA-TATAATTCGTTCC-CTTCTTTCTTT--TT-AT-TCA-A-ATTCTAGGCAATGTTACAAA-GA---AGAAAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TT-AACT--ATTTCCTTCACATTGACA-TGAAAGA--CTGTGGTAT-AGG-ATA---AG----------------------AG-T--TTCC-----TCA--A-----G----A
gi|13 : TAGTGGCTAAGT-----GGTCTCGGACGCAAGTAGTGACTCAA-AGAC-TG----------GTCTTC--AGTACTTGCTATTCGCTGAA---AA-TGTATCGTCTTACTTTTAACAG-CACAGTTAGAAGTCAC-AACA-GTGTTTGCAACATATTCTGTGGAC-ACGCCTGCCTT---GGA--C-----ATTCCAAATGATAA------TTT---TA-----TAT--TT--T-TCGGA-ATACTCGGTA---GTGTAATTGC---TTAGAA-GGT--C-AAAT-A-AA
gi|14 : -----A--CCAATTGCTCG------TTTC-CTT-----GTT--TT-CT-TTTGATATGCTCGGTA---TTGCAATCGT---GAAGAA-AAT--TAAAAT-A-TAG--TTTGAAATC-TCAAAAT--ATTTCCTCAACGTCGATT-C----AA--CTGTAA-A--AAA-ATACTTGT----------------------AA-C--CT-------GTT--A-----GTTGTAAA--ACAC----------A--ATAATTTAC-CATACT-----------CGTGCAGGCGTGTTCAA--ATTGGGATt
gi|15 : tttaccatGTGTGCACGTTCAA--ATCGGGGTTCACACTGCACATAT-TG-TCACTAT-AT-A--CGAAGTGGTTTA----AA-TAT-TTAATTTCGGACAC---CTT-GGA--CAATACCTGAT-------TA-------TGTGGGTC-----ATTA------T-TGA-----TGTTCA-CCGATATTAGATA----GTTTC-AAC--A------AA-TATGACGGTATGCAAATCG-G-ATGTT---T--TA--TTGCTTGTTCAGTG
gi|16 : CACTGCA---ATGTATTAGCTAC-AT-A--CATGATTGTTTA----AA-TTA-ATGGTTGCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----GATA-------TGTATTGC-----AATA------T-ACA-----TATTTG-CTGACATTAAACA-CTGG-----AAA--AT-----AA-TAT----GGATGGAAATCA-G-ACACT---T--CTTTT--TTTGTTCAGaatta
gi|17 : catcctaattgggcttcgcattgtaataagtatcTGTTGT------TTCC-CTT-----AAT--TT-ATGTTAGA-ATAATCGGCA---GTGTGATTGT---TAA-AA-AAT--T-A--T-A------TCTGAAATT-GTAAATG--GTGTTCTTC---------------------------T-ACA-ATA---AC----------------------AC-T--CTCA-----GTT--A-----T-----AA--TCAC----------A--TGAGTTTAA-CTGGCT-----------CATGCGTGCACGCCTAAATATCGGCATTTACA
gi|18 : -AT-AAA-ATA---AC----------------------GA-C--CACA-----ATA--A-----G----AAA--GCCT----------G--TGGATTTAC-CAGGCC-----------CTTGCTCGCACGTGCAA--ATCGGAATTCACTTCACATCTAT-TGTTTTCTAC-AT-A--CCTGGTAG-------------------TTTCGGACAT---CTT-TGGC-CAA-GGCTGAT-----TCCA-------TATAGTTC-----ATTA------
gi|19 : tgAA--GCAC----------A--TCAGTTTTC-TTGCGC-----------TATGCTTTCACGTCCAA--ACCGGGATTCATACAACACATGG-TGTTTGCTACAAT-A--CCCACTGGTTTA----AA-TAA-TTGTTTTCACACAC---
gi|2 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGaaaaatatgttaaggaaataaggtgattc
gi|2 : TTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATA---AA----------------------AA-C--TTTA-----GCA--A-----A----AAA--GAAC----------A--TGGATTTAC-CTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|20 : ttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat----AA-TCA-CTGATGTC--ACAC---TTTTGGGT-CAA-GGTTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ATA-----TGTTCA-CCGGTATAGGATA-C--G-----AAA--A------TA-TAT----GTATGATTATCG-GAAAGTT----------T--TTTGTtt
gi|21 : TTTGTGTTGACA-TGAAAGA--CTTAAA-AT-AAA-ATT---AA----------------------AA-C--TTTGCTTTGGTA--A-----G----AGA--ACAC----------A--CTTATTTTA-CTGAAC-----------TGTATGTTTATGCCCAA--ATCAAGATTTGCACTGCACCTAA-TCTTCatgtttcattttcaa
gi|22 : tttAA--ATTGGCTGTTACA--GCAC-TAG-GGGTCGCTGT-AT-A--CCTGGCGGCTTACTTTAA-TCA-TCGATTTCGGACAC---CTT-CGGT-CAA-GGCTGATGATAATTCA-------TACAGCTC-----ATTG------C-ACA-----TATTCG-CCGA
gi|23 : TA----AA-TTA-TTGATTCTGGACAC---TTT-GTGT-CAG-AGCTGGT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTA--------------------CG---AATATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AACTAT----GTATCGAGATTG-G-ATGTT---T--
gi|24 : aTGGCAGGTCGTCG--GTATTTCTAGTTTGTT--A---AAATGTGTCCTCAGACGTCTAACGG-CATAGCTTAATG--ATAAACAGAAT-TTGCAACGTCTTCTGTTGAC-ATtat
gi|25 : aaTTTA----AA-TCA-ATGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-AACTGAT-----TCTATGTACATTGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTT
gi|26 : CA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TCGC-CAA-TGCTG----------C-------TGTAAT--------TTA------T-ACAATG--TATTTA-CCGACATTA
gi|3 : agaTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTATT-ATAAATTATATCGGCTTTTGGCTCCAGT--T---TCAACAAACATGTACGTCGCAGGTCGTC--AGT--------TTTGCTGAAAGGAAACCTGTCCTCATACATTCAACAACCACA-CTAGAGATC-CCAGC-AGCTCACGCAACATCGTCTGTG-----TTAC--TCAT---AA---C-----A--ATTACTCGTTC------GTTC-CCT--------------T-TTGGA-ATTTTCGATA---TTGCAAATAT---TGAGAA-GTT--C--AAT-A-ACATGTTTATAATT-ACAAATT--A------------TGACA-CGGA--A--TTCTAA-AG-ATG-ATA---AA------------------------------TG-----ATA-------------------CAT----------A--TA---TTGCACTGAC--------------------CACGATGAT--AT--GGATTCATGCTTCACAGAT-TGTTCA--AC-AT-ATTCCGGAAGGCTTA----AA-TCA-CTGATCTCGGACAC---CT---GGTGCAA-AGATCAT-----TATA--------ATA---------ATTA------TGACA-------TTCGTTCTAAATT-TATA-G--G-----AAA--ATAAAACAA-TAT----GGATG
gi|4 : A---AAGCATGTCCTTAGACTTTTAACAG-CAGAGCTAGAAGCC-CCAACA-GCTCTC---ACGTCTTCTGTGTAC-ATGCC-TATATTGGGAAT-A-----G--CTG-TTGGT-T------GCTC-CCT-----TAT--TTTAT-T--GA-ATTCTCGGCA---TTGCAGTTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-GGAAA--TCTGAAATT-TCAAGCG--TTTTTCTTCACTTTGACATC--AAGA--TTGTAA-GTTAGG-ATA---AA----------------------AAAT--CTTG-----GTA--A-----G----AAA--GTAC----------A--TAGATTAAC-CTTGCC-----------CATGGCTGCACATCCAA--ATCAGGATGCAAACTGCACCTAT-TGTTTGCTGC-AT-A--CCTGGTAGTTTA----AA-GCG-CTGAATT-----------------------------T-----TATA-------TGTAGTGCAATATATTA------T-AAAATAGGTGTTCA-CCTACATCAAATA-C--AAAAACAAA--A------AA-AAT----GTATGGAAAAAGTG-ATTTTTTGT--T---T--GTTGTTCAGTGTttaccttatgatcagttta
gi|5 : TTCGCTT-----AAA--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TTAAAATAACAAC-AAAT-A-GAA--TCTTAAATG-TTAAACG--GTTT--TTAGCATTGACA-CGAAACA--CTGTAAGAT-AGA-ATA---AA----------------------AA-CATCTCG----------------G----AAA--ACATATATTTTATAA--TATATTTAT-CAAGCC-----------CATGCATGCGCATCCAA--ATTGGGATTCGCGCTGCAGCTAT-TGCTCGTTAC-AT-A--ACCGGCGGTTAA----AA-TC----CATTTCGGAGAC---CTT-G-----AA-G-------------TA-------T------------ATTA------T-ACA-----TATTCA-CCAGTATAAGACACC--G-----GGA--A------AA-TAT----GTATGGACATT--T-ACGTT---T--CTTTT--CTTGTTCGGata
gi|6 : gTTCTAAAAG-CACCGCTCGAGGTCA-TAAC-AGCTCTTACAA-GTC--CTGTTGAC-AT----GCCAC---GATT-CGGCATA--CCGAGT-GCCT------TTTC-CCG-----TACAGTT--T-TCGTA-ATGATCGCCA---TTGTAGTTAT---TGAGTA-CAC--G-TAAC-A-AAG--TTGGAAGTT-------G--GTTTCATTTCCATTGACA--AAAAGG--CT---------TG-ATA---AG----------------------A------------------------------AAA--ACAC----------A--TGGATTTAA-CTGACT-----------TATAAGTGCATGTCCCA--ATCTGAATTCATACTGCATGCAT-TGTACGCTAT-AC-A--ATTGGCAATACA----AATTTATTTGATTT-GTACGC---TTT-GGGT-CAA-AATTGAT-----T
gi|7 : TCAGCA---TTGCAATGTT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-ATA--TCTGAAATT-TTAA-CT--GTTTCCTTTGCCTTTACA-T-AAAGA--CTGCA------TG-ACA------------------------------------G-----G-A--A-----A----AAA--GCAC----------A--TGGATTTAC-CCGGCC-----------CATGTGCATATGTCCAA--ATTGGGGGTCACACAGCTGATAT-CGTTCCCTAC-AT-A--TCTGGTGGATCA----AC-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TGGT-AAA-TGCTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ACA-----TGTCTA-CTGACATTAGATA-CT-G-----AAA--C------AA-TATCA--GTATGGAAATCG-G-GAGTT---TCAC---T--TTTGTTCA
gi|8 : C-CTTA----TAT--TT--T-TTGAA-ATTCTCAGCA---TTGTTATTGT---TGAATA-AGT--T-TAAT-A-TA---TCT--AACT-C--AGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCA-TGAGCGA--CTGTGGGAC-AGA-ATA---AA----------------------AA-T--CT-G-----GTA--A-----A----AAACAACAC----------A--TGAATTAGC-CCGGCCTATACCTCACTCATGCA-GCATGTTCAG--ATCAAGATT------------AT-T-TTTGCTAT-AT-A--T---GCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAT---CTT-GTGT-CAT-AGCTGAC-----AACA-------TGAAGTGA-----ATTA------T-ACA-----TGTTCC-CTCACATTAGATtt
gi|9 : taTTCTCGACA---TTGTTATTGT---TGAGAA-AAG--T-AAACGA-AAA--TTTAGAATT-T-AAGCA--GTTTCTTTC-CGCTGGCA-AAAAAAATACTGAAA-AA-ATGGATG---AG----------------------AC-T--CTCT-----GTA--A-----G----AAA--GCAC----------ACGTGAGTTTAC-GCGGCC-----------CATGTGTGCACGCCTAC--TTTGGGATTCACACAGCACCATT-TGTTTTCTAC-AT-A--CATGGTGATTTA----AA-TAT-TTGATTTCGGACGCCGTCTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----T-TA-------TAT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 22222 222222 333333 111 33333 111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 11 1111 111 11111 3333333333333333333333333333 1111111111 11111111111 1111111 11111 3333333333 111111 1111 3333333333
lowQualScore : 0 88 6 0 3 6 0 3 2 55555 111111 555555 777 22222 0 3 1 6 000 0 0 1 5 2 2 0 33333 55 00 1 1 4 9999999999999999999999999999999999999999999 3 3333333333 22 3 2 1 3 555 1 555 1 2 33 2 2 2 44 666 66666 3 0000 222 33 11 22222 1 2 444 5555555555555555555555555555 33 0000000000 33 5 3 22222222222 3 33 3 4 2 2 5 33 4444 2 2 333 2 33 22 0000000 7777777 7777777 777777 2 11111 2 0000000000 55 444444 3 2222 0 4 4 4 2222222222 777
lowQualScore : . .. . . . . . . . ..... ...... ...... ... ..... . . . . ... . . . . . . . ..... .. .. . . . ........................................... . .......... .. . . . . ... . ... . . .. . . . .. ... ..... . .... ... .. .. ..... . . ... ............................ .. .......... .. . . ........... . .. . . . . . .. .... . . ... . .. .. ....... ....... ....... ...... . ..... . .......... .. ...... . .... . . . . .......... ...
lowQualScore : 7 33 7 7 3 7 7 3 5 00000 000000 555555 000 44444 8 8 0 4 000 1 4 7 0 8 8 2 55555 44 88 8 1 4 1111111111111111111111111111111111111111111 3 2222222222 66 3 2 8 3 000 6 000 1 9 99 9 9 9 22 777 00000 7 8888 888 99 55 00000 0 7 444 0000000000000000000000000000 44 9999999999 44 4 2 77777777777 2 22 1 1 5 7 3 77 7777 2 1 777 2 22 66 5555555 6666666 3333333 222222 7 33333 9 5555555555 00 111111 6 7777 5 0 0 6 5555555555 111
consensus : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AAAA-C--CTCG-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
Reference ( family-5592 ) : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AAAA-C--CTCG-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
gi|1 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTG
gi|1 : tTTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATA---AAAA-C--TTTA-----GCAA-----A----AAA--GAAC----------A--TGGATTTACCTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|10 : tttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat---AAAA-----TCA-----GTAAAATATG----AAA--GTAC----------A--TG-----------CC-----------AAAGTGTGAACATCCAA--ATTGGGATTTGCACTGGCCCTAC-TGTTTGCTAC-AT-A--ACTGGCCTTTTA----AA-GCA-TTGATTTCAGATAC---CTT-GGGT-CAA-AACT-AT-----TTTA-------TGTAGTTC-----ATTATACATGT-ACA-----TGTTCA-CTGACATTAGATA-C--C-----AAATTA------AG-TAT----GTATGGAAATTA-C-ATGTT---T--CTATT--TTTGTTCAGTGtt
gi|11 : gagAAACTCTCTCAATATCGTCTGTATAC-AT----GCCA---------------------ATTAATCG------TTTC-CTTAC---CCT--TT-CC-CCG-A-ACTCTTGGCA---GTG---TTGTATTTGATAA-ATT--C-ATGT-A-AAA--TTTGAAATTCTTAAA-T--G-TTCCTTCGTATTGACG-CAACAGC--CTGCAAGAT-AGG-GTA---AAG-----TTC--------AC-----G----AAT--GTAC----------A--TGAAAATAACCGGc
gi|12 : A---AAACGTGTCTTCAGATTTCTGA---------------GTCAC-AACAA-CACTTGCAACGTCTTCTGTGGACGAGTCT-GC-AT---TAAG-T-----A--TAGAATA-TATAATTCGTTCC-CTTCTTTCTTT--TT-AT-TCA-A-ATTCTAGGCAATGTTACAAA-GA---AGAAAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TT-AACT--ATTTCCTTCACATTGACA-TGAAAGA--CTGTGGTAT-AGG-ATA---AGAG-T--TTCC-----TCAA-----G----Aatgtacaagaaaatgcacggatgtacctgatccgtgtgtgcgc
gi|13 : TAGTGGCTAAGT-----GGTCTCGGACGCAAGTAGTGACTCAA-AGAC-TG----------GTCTTC--AGTACTTGCTATTCGCTGAA---AA-TGTATCGTCTTACTTTTAACAG-CACAGTTAGAAGTCAC-AACA-GTGTTTGCAACATATTCTGTGGAC-ACGCCTGCCTT---GGA--C-----ATTCCAAATGATAA------TTT---TA-----TAT--TT--T-TCGGA-ATACTCGGTA---GTGTAATTGC---TTAGAA-GGT--C-AAAT-A-AA
gi|14 : -----A--CCAATTGCTCG------TTTC-CTT-----GTT--TT-CT-TTTGATATGCTCGGTA---TTGCAATCGT---GAAGAA-AAT--TAAAAT-A-TAG--TTTGAAATC-TCAAAAT--ATTTCCTCAACGTCGATT-C----AA--CTGTAA-A--AAA-ATACTTGTAA-C--CT-------GTTA-----GTTGTAAA--ACAC----------A--ATAATTTACCATACT-----------CGTGCAGGCGTGTTCAA--ATTGGGATt
gi|15 : tttaccatGTGTGCACGTTCAA--ATCGGGGTTCACACTGCACATAT-TG-TCACTAT-AT-A--CGAAGTGGTTTA----AA-TAT-TTAATTTCGGACAC---CTT-GGA--CAATACCTGAT-------TA-------TGTGGGTC-----ATTA------T-TGA-----TGTTCA-CCGATATTAGATA----GTTTC-AAC--A------AA-TATGACGGTATGCAAATCG-G-ATGTT---T--TA--TTGCTTGTTCAGTG
gi|16 : CACTGCA---ATGTATTAGCTAC-AT-A--CATGATTGTTTA----AA-TTA-ATGGTTGCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----GATA-------TGTATTGC-----AATA------T-ACA-----TATTTG-CTGACATTAAACA-CTGG-----AAA--AT-----AA-TAT----GGATGGAAATCA-G-ACACT---T--CTTTT--TTTGTTCAGaatta
gi|17 : catcctaattgggcttcgcattgtaataagtatcTGTTGT------TTCC-CTT-----AAT--TT-ATGTTAGA-ATAATCGGCA---GTGTGATTGT---TAA-AA-AAT--T-A--T-A------TCTGAAATT-GTAAATG--GTGTTCTTC---------------------------T-ACA-ATA---ACAC-T--CTCA-----GTTA-----T-----AA--TCAC----------A--TGAGTTTAACTGGCT-----------CATGCGTGCACGCCTAAATATCGGCATTTACA
gi|18 : -AT-AAA-ATA---ACGA-C--CACA-----ATAA-----G----AAA--GCCT----------G--TGGATTTACCAGGCC-----------CTTGCTCGCACGTGCAA--ATCGGAATTCACTTCACATCTAT-TGTTTTCTAC-AT-A--CCTGGTAG-------------------TTTCGGACAT---CTT-TGGC-CAA-GGCTGAT-----TCCA-------TATAGTTC-----ATTA------
gi|19 : tgAA--GCAC----------A--TCAGTTTTCTTGCGC-----------TATGCTTTCACGTCCAA--ACCGGGATTCATACAACACATGG-TGTTTGCTACAAT-A--CCCACTGGTTTA----AA-TAA-TTGTTTTCACACAC---
gi|2 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGaaaaatatgttaaggaaataaggtgattc
gi|2 : TTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATA---AAAA-C--TTTA-----GCAA-----A----AAA--GAAC----------A--TGGATTTACCTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|20 : ttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat----AA-TCA-CTGATGTC--ACAC---TTTTGGGT-CAA-GGTTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ATA-----TGTTCA-CCGGTATAGGATA-C--G-----AAA--A------TA-TAT----GTATGATTATCG-GAAAGTT----------T--TTTGTtt
gi|21 : TTTGTGTTGACA-TGAAAGA--CTTAAA-AT-AAA-ATT---AAAA-C--TTTGCTTTGGTAA-----G----AGA--ACAC----------A--CTTATTTTACTGAAC-----------TGTATGTTTATGCCCAA--ATCAAGATTTGCACTGCACCTAA-TCTTCatgtttcattttcaa
gi|22 : tttAA--ATTGGCTGTTACA--GCAC-TAG-GGGTCGCTGT-AT-A--CCTGGCGGCTTACTTTAA-TCA-TCGATTTCGGACAC---CTT-CGGT-CAA-GGCTGATGATAATTCA-------TACAGCTC-----ATTG------C-ACA-----TATTCG-CCGA
gi|23 : TA----AA-TTA-TTGATTCTGGACAC---TTT-GTGT-CAG-AGCTGGT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTA--------------------CG---AATATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AACTAT----GTATCGAGATTG-G-ATGTT---T--
gi|24 : aTGGCAGGTCGTCG--GTATTTCTAGTTTGTT--A---AAATGTGTCCTCAGACGTCTAACGG-CATAGCTTAATG--ATAAACAGAAT-TTGCAACGTCTTCTGTTGAC-ATtat
gi|25 : aaTTTA----AA-TCA-ATGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-AACTGAT-----TCTATGTACATTGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTT
gi|26 : CA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TCGC-CAA-TGCTG----------C-------TGTAAT--------TTA------T-ACAATG--TATTTA-CCGACATTA
gi|3 : agaTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTATT-ATAAATTATATCGGCTTTTGGCTCCAGT--T---TCAACAAACATGTACGTCGCAGGTCGTC--AGT--------TTTGCTGAAAGGAAACCTGTCCTCATACATTCAACAACCACA-CTAGAGATC-CCAGC-AGCTCACGCAACATCGTCTGTG-----TTAC--TCAT---AA---C-----A--ATTACTCGTTC------GTTC-CCT--------------T-TTGGA-ATTTTCGATA---TTGCAAATAT---TGAGAA-GTT--C--AAT-A-ACATGTTTATAATT-ACAAATT--A------------TGACA-CGGA--A--TTCTAA-AG-ATG-ATA---AA--------TG-----ATA-----------------CAT----------A--TA---TTGCACTGAC-----------CACG-ATG-------AT--AT--GGATTCATGCTTCACAGAT-TGTTCA--AC-AT-ATTCCGGAAGGCTTA----AA-TCA-CTGATCTCGGACAC---CT---GGTGCAA-AGATCAT-----TATA--------ATA---------ATTA------TGACA-------TTCGTTCTAAATT-TATA-G--G-----AAA--ATAAAACAA-TAT----GGATG
gi|4 : A---AAGCATGTCCTTAGACTTTTAACAG-CAGAGCTAGAAGCC-CCAACA-GCTCTC---ACGTCTTCTGTGTAC-ATGCC-TATATTGGGAAT-A-----G--CTG-TTGGT-T------GCTC-CCT-----TAT--TTTAT-T--GA-ATTCTCGGCA---TTGCAGTTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-GGAAA--TCTGAAATT-TCAAGCG--TTTTTCTTCACTTTGACATC--AAGA--TTGTAA-GTTAGG-ATA---AAAAAT--CTTG-----GTAA-----G----AAA--GTAC----------A--TAGATTAACCTTGCC-----------CATGGCTGCACATCCAA--ATCAGGATGCAAACTGCACCTAT-TGTTTGCTGC-AT-A--CCTGGTAGTTTA----AA-GCG-CTGAATT-----------------------------T-----TATA-------TGTAGTGCAATATATTA------T-AAAATAGGTGTTCA-CCTACATCAAATA-C--AAAAACAAA--A------AA-AAT----GTATGGAAAAAGTG-ATTTTTTGT--T---T--GTTGTTCAGTGTttaccttatgatcagttta
gi|5 : TTCGCTT-----AAA--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TTAAAATAACAAC-AAAT-A-GAA--TCTTAAATG-TTAAACG--GTTT--TTAGCATTGACA-CGAAACA--CTGTAAGAT-AGA-ATA---AAAA-CATCTCG--------------G----AAA--ACATATATTTTATAA--TATATTTATCAAGCC-----------CATGCATGCGCATCCAA--ATTGGGATTCGCGCTGCAGCTAT-TGCTCGTTAC-AT-A--ACCGGCGGTTAA----AA-TC----CATTTCGGAGAC---CTT-G-----AA-G-------------TA-------T------------ATTA------T-ACA-----TATTCA-CCAGTATAAGACACC--G-----GGA--A------AA-TAT----GTATGGACATT--T-ACGTT---T--CTTTT--CTTGTTCGGata
gi|6 : gTTCTAAAAG-CACCGCTCGAGGTCA-TAAC-AGCTCTTACAA-GTC--CTGTTGAC-AT----GCCAC---GATT-CGGCATA--CCGAGT-GCCT------TTTC-CCG-----TACAGTT--T-TCGTA-ATGATCGCCA---TTGTAGTTAT---TGAGTA-CAC--G-TAAC-A-AAG--TTGGAAGTT-------G--GTTTCATTTCCATTGACA--AAAAGG--CT---------TG-ATA---AGA----------------------------AAA--ACAC----------A--TGGATTTAACTGACT-----------TATAAGTGCATGTCCCA--ATCTGAATTCATACTGCATGCAT-TGTACGCTAT-AC-A--ATTGGCAATACA----AATTTATTTGATTT-GTACGC---TTT-GGGT-CAA-AATTGAT-----T
gi|7 : TCAGCA---TTGCAATGTT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-ATA--TCTGAAATT-TTAA-CT--GTTTCCTTTGCCTTTACA-T-AAAGA--CTGCA------TG-ACA--------------G-----G-AA-----A----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGTGCATATGTCCAA--ATTGGGGGTCACACAGCTGATAT-CGTTCCCTAC-AT-A--TCTGGTGGATCA----AC-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TGGT-AAA-TGCTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ACA-----TGTCTA-CTGACATTAGATA-CT-G-----AAA--C------AA-TATCA--GTATGGAAATCG-G-GAGTT---TCAC---T--TTTGTTCA
gi|8 : C-CTTA----TAT--TT--T-TTGAA-ATTCTCAGCA---TTGTTATTGT---TGAATA-AGT--T-TAAT-A-TA---TCT--AACT-C--AGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCA-TGAGCGA--CTGTGGGAC-AGA-ATA---AAAA-T--CT-G-----GTAA-----A----AAACAACAC----------A--TGAATTAGCCCGGCCTATACCTCACTCATGCA-GCATGTTCAG--ATCAAGATT------------AT-T-TTTGCTAT-AT-A--T---GCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAT---CTT-GTGT-CAT-AGCTGAC-----AACA-------TGAAGTGA-----ATTA------T-ACA-----TGTTCC-CTCACATTAGATtt
gi|9 : taTTCTCGACA---TTGTTATTGT---TGAGAA-AAG--T-AAACGA-AAA--TTTAGAATT-T-AAGCA--GTTTCTTTC-CGCTGGCA-AAAAAAATACTGAAA-AA-ATGGATG---AGAC-T--CTCT-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------ACGTGAGTTTACGCGGCC-----------CATGTGTGCACGCCTAC--TTTGGGATTCACACAGCACCATT-TGTTTTCTAC-AT-A--CATGGTGATTTA----AA-TAT-TTGATTTCGGACGCCGTCTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----T-TA-------TAT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 22222 222222 333333 111 33333 111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 11 1111 111 11111 3333333333333333333333333333 1111111111 11111111111 1111111 11111 3333333333 111111 1111 3333333333
lowQualScore : 0 88 6 0 3 6 0 3 2 55555 111111 555555 777 22222 0 3 1 6 000 0 0 1 5 2 2 0 33333 55 00 1 1 4 9999999999999999999999999999999999999999999 3 3333333333 22 3 2 1 3 555 1 555 1 2 33 2 2 2 44 666 66666 3 0000 222 33 11 22222 1 2 444 5555555555555555555555555555 33 0000000000 33 5 3 22222222222 3 33 3 4 2 2 5 33 4444 2 2 333 2 33 22 0000000 7777777 7777777 777777 2 11111 2 0000000000 55 444444 3 2222 0 4 4 4 2222222222 777
lowQualScore : . .. . . . . . . . ..... ...... ...... ... ..... . . . . ... . . . . . . . ..... .. .. . . . ........................................... . .......... .. . . . . ... . ... . . .. . . . .. ... ..... . .... ... .. .. ..... . . ... ............................ .. .......... .. . . ........... . .. . . . . . .. .... . . ... . .. .. ....... ....... ....... ...... . ..... . .......... .. ...... . .... . . . . .......... ...
lowQualScore : 7 33 7 7 3 7 7 3 5 00000 000000 555555 000 44444 8 8 0 4 000 1 4 7 0 8 8 2 55555 44 88 8 1 4 1111111111111111111111111111111111111111111 3 2222222222 66 3 2 8 3 000 6 000 1 9 99 9 9 9 22 777 00000 7 8888 888 99 55 00000 0 7 444 0000000000000000000000000000 44 9999999999 44 4 2 77777777777 2 22 1 1 5 7 3 77 7777 2 1 777 2 22 66 5555555 6666666 3333333 222222 7 33333 9 5555555555 00 111111 6 7777 5 0 0 6 5555555555 111
consensus : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AAAA-C--CTCG-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
Reference ( family-5592 ) : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AAAA-C--CTCG-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
gi|1 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTG
gi|1 : tTTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATA---AAAA-C--TTTA-----GCAA-----A----AAA--GAAC----------A--TGGATTTACCTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|10 : tttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat---AAAA-----TCA-----GTAAAATATG----AAA--GTAC----------A--TG-----------CC-----------AAAGTGTGAACATCCAA--ATTGGGATTTGCACTGGCCCTAC-TGTTTGCTAC-AT-A--ACTGGCCTTTTA----AA-GCA-TTGATTTCAGATAC---CTT-GGGT-CAA-AACT-AT-----TTTA-------TGTAGTTC-----ATTATACATGT-ACA-----TGTTCA-CTGACATTAGATA-C--C-----AAATTA------AG-TAT----GTATGGAAATTA-C-ATGTT---T--CTATT--TTTGTTCAGTGtt
gi|11 : gagAAACTCTCTCAATATCGTCTGTATAC-AT----GCCA---------------------ATTAATCG------TTTC-CTTAC---CCT--TT-CC-CCG-A-ACTCTTGGCA---GTG---TTGTATTTGATAA-ATT--C-ATGT-A-AAA--TTTGAAATTCTTAAA-T--G-TTCCTTCGTATTGACG-CAACAGC--CTGCAAGAT-AGG-GTA---AAG-----TTC--------AC-----G----AAT--GTAC----------A--TGAAAATAACCGGc
gi|12 : A---AAACGTGTCTTCAGATTTCTGA---------------GTCAC-AACAA-CACTTGCAACGTCTTCTGTGGACGAGTCT-GC-AT---TAAG-T-----A--TAGAATA-TATAATTCGTTCC-CTTCTTTCTTT--TT-AT-TCA-A-ATTCTAGGCAATGTTACAAA-GA---AGAAAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TT-AACT--ATTTCCTTCACATTGACA-TGAAAGA--CTGTGGTAT-AGG-ATA---AGAG-T--TTCC-----TCAA-----G----Aatgtacaagaaaatgcacggatgtacctgatccgtgtgtgcgc
gi|13 : TAGTGGCTAAGT-----GGTCTCGGACGCAAGTAGTGACTCAA-AGAC-TG----------GTCTTC--AGTACTTGCTATTCGCTGAA---AA-TGTATCGTCTTACTTTTAACAG-CACAGTTAGAAGTCAC-AACA-GTGTTTGCAACATATTCTGTGGAC-ACGCCTGCCTT---GGA--C-----ATTCCAAATGATAA------TTT---TA-----TAT--TT--T-TCGGA-ATACTCGGTA---GTGTAATTGC---TTAGAA-GGT--C-AAAT-A-AA
gi|14 : -----A--CCAATTGCTCG------TTTC-CTT-----GTT--TT-CT-TTTGATATGCTCGGTA---TTGCAATCGT---GAAGAA-AAT--TAAAAT-A-TAG--TTTGAAATC-TCAAAAT--ATTTCCTCAACGTCGATT-C----AA--CTGTAA-A--AAA-ATACTTGTAA-C--CT-------GTTA-----GTTGTAAA--ACAC----------A--ATAATTTACCATACT-----------CGTGCAGGCGTGTTCAA--ATTGGGATt
gi|15 : tttaccatGTGTGCACGTTCAA--ATCGGGGTTCACACTGCACATAT-TG-TCACTAT-AT-A--CGAAGTGGTTTA----AA-TAT-TTAATTTCGGACAC---CTT-GGA--CAATACCTGAT-------TA-------TGTGGGTC-----ATTA------T-TGA-----TGTTCA-CCGATATTAGATA----GTTTC-AAC--A------AA-TATGACGGTATGCAAATCG-G-ATGTT---T--TA--TTGCTTGTTCAGTG
gi|16 : CACTGCA---ATGTATTAGCTAC-AT-A--CATGATTGTTTA----AA-TTA-ATGGTTGCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----GATA-------TGTATTGC-----AATA------T-ACA-----TATTTG-CTGACATTAAACA-CTGG-----AAA--AT-----AA-TAT----GGATGGAAATCA-G-ACACT---T--CTTTT--TTTGTTCAGaatta
gi|17 : catcctaattgggcttcgcattgtaataagtatcTGTTGT------TTCC-CTT-----AAT--TT-ATGTTAGA-ATAATCGGCA---GTGTGATTGT---TAA-AA-AAT--T-A--T-A------TCTGAAATT-GTAAATG--GTGTTCTTC---------------------------T-ACA-ATA---ACAC-T--CTCA-----GTTA-----T-----AA--TCAC----------A--TGAGTTTAACTGGCT-----------CATGCGTGCACGCCTAAATATCGGCATTTACA
gi|18 : -AT-AAA-ATA---ACGA-C--CACA-----ATAA-----G----AAA--GCCT----------G--TGGATTTACCAGGCC-----------CTTGCTCGCACGTGCAA--ATCGGAATTCACTTCACATCTAT-TGTTTTCTAC-AT-A--CCTGGTAG-------------------TTTCGGACAT---CTT-TGGC-CAA-GGCTGAT-----TCCA-------TATAGTTC-----ATTA------
gi|19 : tgAA--GCAC----------A--TCAGTTTTCTTGCGC-----------TATGCTTTCACGTCCAA--ACCGGGATTCATACAACACATGG-TGTTTGCTACAAT-A--CCCACTGGTTTA----AA-TAA-TTGTTTTCACACAC---
gi|2 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGaaaaatatgttaaggaaataaggtgattc
gi|2 : TTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATA---AAAA-C--TTTA-----GCAA-----A----AAA--GAAC----------A--TGGATTTACCTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-G-ATGTT---T--C---T--GTTGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|20 : ttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat----AA-TCA-CTGATGTC--ACAC---TTTTGGGT-CAA-GGTTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ATA-----TGTTCA-CCGGTATAGGATA-C--G-----AAA--A------TA-TAT----GTATGATTATCG-GAAAGTT----------T--TTTGTtt
gi|21 : TTTGTGTTGACA-TGAAAGA--CTTAAA-AT-AAA-ATT---AAAA-C--TTTGCTTTGGTAA-----G----AGA--ACAC----------A--CTTATTTTACTGAAC-----------TGTATGTTTATGCCCAA--ATCAAGATTTGCACTGCACCTAA-TCTTCatgtttcattttcaa
gi|22 : tttAA--ATTGGCTGTTACA--GCAC-TAG-GGGTCGCTGT-AT-A--CCTGGCGGCTTACTTTAA-TCA-TCGATTTCGGACAC---CTT-CGGT-CAA-GGCTGATGATAATTCA-------TACAGCTC-----ATTG------C-ACA-----TATTCG-CCGA
gi|23 : TA----AA-TTA-TTGATTCTGGACAC---TTT-GTGT-CAG-AGCTGGT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTA--------------------CG---AATATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AACTAT----GTATCGAGATTG-G-ATGTT---T--
gi|24 : aTGGCAGGTCGTCG--GTATTTCTAGTTTGTT--A---AAATGTGTCCTCAGACGTCTAACGG-CATAGCTTAATG--ATAAACAGAAT-TTGCAACGTCTTCTGTTGAC-ATtat
gi|25 : aaTTTA----AA-TCA-ATGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-AACTGAT-----TCTATGTACATTGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTT
gi|26 : CA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TCGC-CAA-TGCTG----------C-------TGTAAT--------TTA------T-ACAATG--TATTTA-CCGACATTA
gi|3 : agaTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTATT-ATAAATTATATCGGCTTTTGGCTCCAGT--T---TCAACAAACATGTACGTCGCAGGTCGTC--AGT--------TTTGCTGAAAGGAAACCTGTCCTCATACATTCAACAACCACA-CTAGAGATC-CCAGC-AGCTCACGCAACATCGTCTGTG-----TTAC--TCAT---AA---C-----A--ATTACTCGTTC------GTTC-CCT--------------T-TTGGA-ATTTTCGATA---TTGCAAATAT---TGAGAA-GTT--C--AAT-A-ACATGTTTATAATT-ACAAATT--A------------TGACA-CGGA--A--TTCTAA-AG-ATG-ATA---AA--------TG-----ATA-----------------CAT----------A--TA---TTGCACTGAC-----------CACG-ATG-------AT--AT--GGATTCATGCTTCACAGAT-TGTTCA--AC-AT-ATTCCGGAAGGCTTA----AA-TCA-CTGATCTCGGACAC---CT---GGTGCAA-AGATCAT-----TATA--------ATA---------ATTA------TGACA-------TTCGTTCTAAATT-TATA-G--G-----AAA--ATAAAACAA-TAT----GGATG
gi|4 : A---AAGCATGTCCTTAGACTTTTAACAG-CAGAGCTAGAAGCC-CCAACA-GCTCTC---ACGTCTTCTGTGTAC-ATGCC-TATATTGGGAAT-A-----G--CTG-TTGGT-T------GCTC-CCT-----TAT--TTTAT-T--GA-ATTCTCGGCA---TTGCAGTTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-GGAAA--TCTGAAATT-TCAAGCG--TTTTTCTTCACTTTGACATC--AAGA--TTGTAA-GTTAGG-ATA---AAAAAT--CTTG-----GTAA-----G----AAA--GTAC----------A--TAGATTAACCTTGCC-----------CATGGCTGCACATCCAA--ATCAGGATGCAAACTGCACCTAT-TGTTTGCTGC-AT-A--CCTGGTAGTTTA----AA-GCG-CTGAATT-----------------------------T-----TATA-------TGTAGTGCAATATATTA------T-AAAATAGGTGTTCA-CCTACATCAAATA-C--AAAAACAAA--A------AA-AAT----GTATGGAAAAAGTG-ATTTTTTGT--T---T--GTTGTTCAGTGTttaccttatgatcagttta
gi|5 : TTCGCTT-----AAA--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TTAAAATAACAAC-AAAT-A-GAA--TCTTAAATG-TTAAACG--GTTT--TTAGCATTGACA-CGAAACA--CTGTAAGAT-AGA-ATA---AAAA-CATCTCG--------------G----AAA--ACATATATTTTATAA--TATATTTATCAAGCC-----------CATGCATGCGCATCCAA--ATTGGGATTCGCGCTGCAGCTAT-TGCTCGTTAC-AT-A--ACCGGCGGTTAA----AA-TC----CATTTCGGAGAC---CTT-G-----AA-G-------------TA-------T------------ATTA------T-ACA-----TATTCA-CCAGTATAAGACACC--G-----GGA--A------AA-TAT----GTATGGACATT--T-ACGTT---T--CTTTT--CTTGTTCGGata
gi|6 : gTTCTAAAAG-CACCGCTCGAGGTCA-TAAC-AGCTCTTACAA-GTC--CTGTTGAC-AT----GCCAC---GATT-CGGCATA--CCGAGT-GCCT------TTTC-CCG-----TACAGTT--T-TCGTA-ATGATCGCCA---TTGTAGTTAT---TGAGTA-CAC--G-TAAC-A-AAG--TTGGAAGTT-------G--GTTTCATTTCCATTGACA--AAAAGG--CT---------TG-ATA---AGA----------------------------AAA--ACAC----------A--TGGATTTAACTGACT-----------TATAAGTGCATGTCCCA--ATCTGAATTCATACTGCATGCAT-TGTACGCTAT-AC-A--ATTGGCAATACA----AATTTATTTGATTT-GTACGC---TTT-GGGT-CAA-AATTGAT-----T
gi|7 : TCAGCA---TTGCAATGTT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-ATA--TCTGAAATT-TTAA-CT--GTTTCCTTTGCCTTTACA-T-AAAGA--CTGCA------TG-ACA--------------G-----G-AA-----A----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGTGCATATGTCCAA--ATTGGGGGTCACACAGCTGATAT-CGTTCCCTAC-AT-A--TCTGGTGGATCA----AC-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TGGT-AAA-TGCTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ACA-----TGTCTA-CTGACATTAGATA-CT-G-----AAA--C------AA-TATCA--GTATGGAAATCG-G-GAGTT---TCAC---T--TTTGTTCA
gi|8 : C-CTTA----TAT--TT--T-TTGAA-ATTCTCAGCA---TTGTTATTGT---TGAATA-AGT--T-TAAT-A-TA---TCT--AACT-C--AGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCA-TGAGCGA--CTGTGGGAC-AGA-ATA---AAAA-T--CT-G-----GTAA-----A----AAACAACAC----------A--TGAATTAGCCCGGCCTATACCTCACTCATGCA-GCATGTTCAG--ATCAAGATT------------AT-T-TTTGCTAT-AT-A--T---GCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAT---CTT-GTGT-CAT-AGCTGAC-----AACA-------TGAAGTGA-----ATTA------T-ACA-----TGTTCC-CTCACATTAGATtt
gi|9 : taTTCTCGACA---TTGTTATTGT---TGAGAA-AAG--T-AAACGA-AAA--TTTAGAATT-T-AAGCA--GTTTCTTTC-CGCTGGCA-AAAAAAATACTGAAA-AA-ATGGATG---AGAC-T--CTCT-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------ACGTGAGTTTACGCGGCC-----------CATGTGTGCACGCCTAC--TTTGGGATTCACACAGCACCATT-TGTTTTCTAC-AT-A--CATGGTGATTTA----AA-TAT-TTGATTTCGGACGCCGTCTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----T-TA-------TAT
blockSeqs : AT G A G C G ATATC AGTGAC CAAACA TAC GTCG T T G AGG G C C A TCAC AA G T G TCTGCATTAAGTATAGAATATATAATTCG G CTTTCTTT TA G C G T ATG C ATT T T AA A G G TG CTT GCCAG T CGTA CA TA GC AGAT G G CTT ACTTTGCTTTGGTAAG CA ATATTTTATA CG A C TATACCTCACT T AT T C G A C TT CTTT T T CGT T TG TA GATAATT TGTACAT GCAATAT TACATG G ATAGG T CAAAAAC TT TAAAAC C GACG T A T TCTAT TGC
blockSeqs : . . . . . G . TG AGAC T TTC G T A . T . A T TCAC AA T G . GCCTGCCTTGGACATTCCAAATGATAA . ACCCT C . C G . . T . A . . . . . . TT ACT T CACA TG . GT GTAT G . . ATCAGTAAAATATG . . . A A . C . T A . . . . . . . . . T A TT . TC . . ATG . GTTTC . T . CA . . T TCTTT T
blockSeqs : . . T A . TGA T A G . A . T T CACC AA T G . TTCAGCCATGAGTTCACCAAATGGTAT . TACAG A . C G . . C . G . . . . . . TC AAT T AACG TG . GT AGTT A . . ACCTGTTAGTTGT . . . A T . T . T C . . . . . . . . . T G GA . TC . . . . CTGG . . . . . . C TTGTT T
blockSeqs : GTC . . . . G . C A TCCC AG T G . GCCTATATTGGGAATAGCTGTTGGTT . ATAT C . T G . . T . G . . . . . . GT ATG A TGTA TG . AT AGAT C . . AATCTTGGTAAG . . . G A . C . C A . . . . . . . . . C G TC . GC . . . . CAG . . . . . . T TCTTT G
blockSeqs : . T . G A CCCC A T G . GCCACGATTCGGCATACCGAGTGCCT . TAT A . T G . . T . A . . . . . . TT ACT T TGTG CG . TA GGAC A . . GTTTCCTCAAG . . . A T . C . A C . . . . . . . . . A G TT . TC . . . . CAG . . . . . . A TCAC T
blockSeqs : . G . C C TCAT A G T . TACTCATAACAATTACTCGTTC . GTT A . T G . . C . G . . . . . . AC ATT T CACT TC . CT AAT T . . CTCTCAGTTAT . . . G T . C . A C . . . . . . . . . T G TA . AC . . . . CCG . . . . . . T TTA G
blockSeqs : . . . ATA A T G . GCCAATTAATCG . AAT A . T G . . C . G . . . . . . TC GCG T AGCA CG . GT AAT A . . ACCACAATAAG . . . T T . T . T A . . . . . . . . . T G TA . TC . . . . CTG . . . . . . T TC C
blockSeqs : A . . . . TAG . . C T . . C . A . . . . . . TT ACG T TCCA TG . GT AAG T . . ACTTTAGCAAA . . . G C . T . T C . . . . . . . . . T A TC . TC . . . . CC . . . . . . C . T
blockSeqs : . TAT . . C A . . T . G . . . . . . TT GCA C TGCC AA . GC AAA G . . CTCTCTGTAAG . . . T T . G . T C . . . . . . . . . T A TA . TC . . . . CG . . . . . . A
blockSeqs : . AAA . . T . . . C . G . . . . . . C AT T TGTA C . GT AA G . . ATCTGGTAAA . . . G A . C . T G . . . . . . . . . C T TA . TC . . . . GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . A . . . . . . T CT . CCG A . GA T T . . ACATCTCGG . . . G T . A . T A . . . . . . . . . T A TA . TC . . . .
blockSeqs : . T . G . . . . . . . G . C T . . . T . . TTCACG . . . A C . T . A C . . . . . . . . . T G AA . GA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . TGATA . . . A C . C . A . . . . . . . . . . T A T . . . . . .
blockSeqs : T . . GGAAA . . . . C . T . . . . . . . . . . . . T T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AAT** TCTT******
originalCons : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AAAA-C--CTCG-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTT---T--C---T--NTTGTTCAGTGT
finalCons : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAAAT--ANG-ATA---AAAA-C--CTCG-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-G-ACGTTTCTT------T--NTTGTTCAGTGT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 22222 222222 333333 111 33333 111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 11 1111 111 11111 3333333333333333333333333333 1111111111 11111111111 1111111 11111 3333333333 111111 1111 222
lowQualScore : 0 88 6 0 3 6 0 3 2 55555 111111 555555 777 22222 0 3 1 6 000 0 0 1 5 2 2 0 33333 55 00 1 1 4 9999999999999999999999999999999999999999999 3 3333333333 22 3 2 3 555 1 555 1 2 33 2 2 2 44 666 66666 3 0000 222 33 11 22222 1 2 444 5555555555555555555555555555 33 0000000000 33 5 3 22222222222 3 33 3 4 2 2 5 33 4444 2 2 333 2 33 22 0000000 7777777 7777777 777777 2 11111 2 0000000000 55 444444 3 2222 0 4 4 777 1 4
lowQualScore : . .. . . . . . . . ..... ...... ...... ... ..... . . . . ... . . . . . . . ..... .. .. . . . ........................................... . .......... .. . . . ... . ... . . .. . . . .. ... ..... . .... ... .. .. ..... . . ... ............................ .. .......... .. . . ........... . .. . . . . . .. .... . . ... . .. .. ....... ....... ....... ...... . ..... . .......... .. ...... . .... . . . ... . .
lowQualScore : 7 33 7 7 3 7 7 3 5 00000 000000 555555 000 44444 8 8 0 4 000 1 4 7 0 8 8 2 55555 44 88 8 1 4 1111111111111111111111111111111111111111111 3 2222222222 66 3 2 3 000 6 000 1 9 99 9 9 9 22 777 00000 7 8888 888 99 55 00000 0 7 444 0000000000000000000000000000 44 9999999999 44 4 2 77777777777 2 22 1 1 5 7 3 77 7777 2 1 777 2 22 66 5555555 6666666 3333333 222222 7 33333 9 5555555555 00 111111 6 7777 5 0 6 000 0 4
consensus : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AAAA-C--CTCG-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-GACGTTTC-T-TTNT-TGTTCAGTGT
Reference ( family-5592 ) : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCGGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCCGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-AGAC-TGT--GTGGCAGGTCGTCGAAGTATNTCTTGTTCGCCGAA---AAACGTGTCCTCAGACTTCTAACAG-CANAGCTNGAGGTCACCAACAAGCTCTCGCAACGTCTTCTGTGGAC-ATTCC-GCCAT---GAAT-C-----A--CCGANTGGTNT------TTTC-CTT-----TAT--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GTTTCCTTCGCGTTGACA-CGAAAGA--CTGTAA-AT-ANG-ATA---AAAA-C--CTCG-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGCGTGCACGTCCAA--ATCGGGATTCACACTGCACCTAT-TGTTCGCTAC-AT-A--CCTGGCGGTTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----TNTA-------TGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTTCG-CCGACATTAGATA-C--G-----AAA--A------AA-TAT----GTATGGAAATCG-GACGTTTC-T-TTNT-TGTTCAGTGT
gi|1 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTG
gi|1 : tTTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATA---AAAA-C--TTTA-----GCAA-----A----AAA--GAAC----------A--TGGATTTACCTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-GATGTTTC----TGT-TGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|10 : tttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat---AAAA-----TCA-----GTAAAATATG----AAA--GTAC----------A--TG-----------CC-----------AAAGTGTGAACATCCAA--ATTGGGATTTGCACTGGCCCTAC-TGTTTGCTAC-AT-A--ACTGGCCTTTTA----AA-GCA-TTGATTTCAGATAC---CTT-GGGT-CAA-AACT-AT-----TTTA-------TGTAGTTC-----ATTATACATGT-ACA-----TGTTCA-CTGACATTAGATA-C--C-----AAATTA------AG-TAT----GTATGGAAATTA-CATGTTTC-TATTTT-TGTTCAGTGtt
gi|11 : gagAAACTCTCTCAATATCGTCTGTATAC-AT----GCCA---------------------ATTAATCG------TTTC-CTTAC---CCT--TT-CC-CCG-A-ACTCTTGGCA---GTG---TTGTATTTGATAA-ATT--C-ATGT-A-AAA--TTTGAAATTCTTAAA-T--G-TTCCTTCGTATTGACG-CAACAGC--CTGCAAGAT-AGG-GTA---AAG-----TTC--------AC-----G----AAT--GTAC----------A--TGAAAATAACCGGc
gi|12 : A---AAACGTGTCTTCAGATTTCTGA---------------GTCAC-AACAA-CACTTGCAACGTCTTCTGTGGACGAGTCT-G-CAT---TAAG-T-----A--TAGAAT-ATATAATTCGTTCC-CTTCTTTCTTT--TT-AT-TC-AA-ATTCTAGGCAATGTTACAA-AGA---AGAAAA-AAT--C-AAAT-A-AAA--TCTGAAATT-TT-AACT--ATTTCCTTCACATTGACA-TGAAAGA--CTGTGGTAT-AGG-ATA---AGAG-T--TTCC-----TCAA-----G----Aatgtacaagaaaatgcacggatgtacctgatccgtgtgtgcgc
gi|13 : TAGTGGCTAAGT-----GGTCTCGGACGCAAGTAGTGACTCAA-AGAC-TG----------GTCTTC--AGTACTTGCTATTCGCTGAA---AA-TGTATCGTCTTACTTTTAACAG-CACAGTTAGAAGTCAC-AACA-GTGTTTGCAACATATTCTGTGGAC-ACGCCTGCCTT---GGA--C-----ATTCCAAATGATAA------TTT---TA-----TAT--TT--T-TCGGA-ATACTCGGTA---GTGTAATTGC---TTAGAA-GGT--C-AAAT-A-AA
gi|14 : -----A--CCAATTGCTCG------TTTC-CTT-----GTT--TT-CT-TTTGATATGCTCGGTA---TTGCAATCGT---GAAGAA-AAT--TAAAAT-A-TAG--TTTGAAATC-TCAAAAT--ATTTCCTCAACGTCGATT-C----AA--CTGTAA-A--AAA-ATACTTGTAA-C--CT-------GTTA-----GTTGTAAA--ACAC----------A--ATAATTTACCATACT-----------CGTGCAGGCGTGTTCAA--ATTGGGATt
gi|15 : tttaccatGTGTGCACGTTCAA--ATCGGGGTTCACACTGCACATAT-TG-TCACTAT-AT-A--CGAAGTGGTTTA----AA-TAT-TTAATTTCGGACAC---CTT-GGA--CAATACCTGAT-------TA-------TGTGGGTC-----ATTA------T-TGA-----TGTTCA-CCGATATTAGATA----GTTTC-AAC--A------AA-TATGACGGTATGCAAATCG-GATGTTTTAT-TGCT-TGTTCAGTG
gi|16 : CACTGCA---ATGTATTAGCTAC-AT-A--CATGATTGTTTA----AA-TTA-ATGGTTGCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----GATA-------TGTATTGC-----AATA------T-ACA-----TATTTG-CTGACATTAAACA-CTGG-----AAA--AT-----AA-TAT----GGATGGAAATCA-GACACTTCTT-TTTT-TGTTCAGaatta
gi|17 : catcctaattgggcttcgcattgtaataagtatcTGTTGT------TTCC-CTT-----AAT--TT-ATGTTAGA-ATAATCGGCA---GTGTGATTGT---TAA-AA-AAT--T-A--T-A------TCTGAAATT-GTAAATG--GTGTTCTTC---------------------------T-ACA-ATA---ACAC-T--CTCA-----GTTA-----T----AA---TCAC----------A--TGAGTTTAACTGGCT-----------CATGCGTGCACGCCTAAATATCGGCATTTACA
gi|18 : -AT-AAA-ATA---ACGA-C--CACA-----ATAA-----G----AAA--GCCT----------G--TGGATTTACCAGGCC-----------CTTGCTCGCACGTGCAA--ATCGGAATTCACTTCACATCTAT-TGTTTTCTAC-AT-A--CCTGGTAG-------------------TTTCGGACAT---CTT-TGGC-CAA-GGCTGAT-----TCCA-------TATAGTTC-----ATTA------
gi|19 : tgAA--GCAC----------A--TCAGTTTTCTTGCGC-----------TATGCTTTCACGTCCAA--ACCGGGATTCATACAACACATGG-TGTTTGCTACAAT-A--CCCACTGGTTTA----AA-TAA-TTGTTTTCACACAC---
gi|2 : TTATTTAATTTGATAATTTGAGCATATTGACATATACGGTATGAGTTACTTATTGGTGATATATTACACTTGTCATATATATATCAGATACCAGCATTTGTTATTCTATGTAAAAGTTATTAACAAACTTTGATATTTCAAATACAAGTTATTGACTGATTATGTTATTCCAAGTACAAGTTATTGAATCAATTTATTATTTAATATACATGTACAATTAATTGACTGGTTTATTATTAAATATACATGTATAAAAGTTATTGACTGTATCTCTTATTCAAGATACAAATTTTGACAGACTTTGTTATTTAAGATACAAGTTATTGATTGACTTTGTTATTCCAGGCTCGAGGGGTGGACTACCTGGTTCTATGGCTAGATTGTGACAAGGAAGGAGAAAACATCTGTTTTGAAGTCCTTGACTGTGTGCAGGGTGTCATGAACAGGAATGTCAGTGGGCAGGTAAAAGATAAAATGGAATTTTTTATGCTATAAATGATGAAATTTAGCGTACTGATATTTATAGATAGCGACCTGTAAATTTGACTGATGATATTGaaaaatatgttaaggaaataaggtgattc
gi|2 : TTGTTTTGTGTATCAG--GTGTTTTGGTTGCAGTAGTTGTTACTATCAGTA-CCAGGTCCTGCAGGTGTG-TTTTATTGGTAAAGT-----GGTCTTTGGCGCAAGT--TG--TCAA-A----TGT--GTGGCAGGTC--TGAAGTATGTCTTGTTCACCAAA---AAACATGTCCTCAAACTTCTGACAG-GAAAGCTTAAGG-CACCAACAAGCTCTTGCAACATCTTCTGTGGAC-ATTTCAGCCAT---GAGTTC-----A--CCAAATGGTAT------TTTC-CTT-----TAG--TT-AT-TTGGA-ATTCTCAGCT---TTGTAATTGT---TGAAAA-AAT--C-AACC-A-AAA--TCTGAAATT-TTAAACT--GATTCTTTTGTATTGACA-TGAAAGA--CTATAA-AT-ATG-ATA---AAAA-C--TTTA-----GCAA-----A----AAA--GAAC----------A--TGGATTTACCTGGCT-----------CATGTGTGCAAGTCTAA--ACCAGGATTCACACAGAACCTAA-TGTTCAC-AA-ATCA--CCTGGCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCATACAC---CCT-GGAA-CAA-GGCTGAT-----TTTA-------TAGAGTAC-----ATTA------T-AGT-----TGTTTG-CCGTTATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AA-AAT----GTATCAAAATTG-GATGTTTC----TGT-TGTTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaatttgttttgtgtatcaggtgttttggttgcagtagttgttactatcagtaccaggtcctgcaggtgtgttttattggtaaagtggtctttggcgcaagttgtcaaatgtgtggcaggtctgaagtatgtcttgttcaccaaaaaacatgtcctcaaacttctgacaggaaagcttaaggcaccaacaagctcttgcaacatcttctgtggacatttcagccatgagttcaccaaatggtattttcctttagttatttggaattctcagctttgtaattgttgaaaaaatcaaccaaaatctgaaattttaaactgattcttttgtattgacatgaaagactataaatatgataaaaactttagcaaaaaagaacatggatttacctggctcatgtgtgcaagtctaaaccaggattcacacagaacctaatgttcacaaatcacctggcaatttaaatcattgatttcatacaccctggaacaaggctgattttatagagtacattatagttgtttgccgttattagatacagaaaaaaaatgtatcaaaattggatgtttctgttgttcagtgttt
gi|20 : ttatttaatttgataatttgagcatattgacatatacggtatgagttacttattggtgatatattacacttgtcatatatatatcagataccagcatttgttattctatgtaaaagttattaacaaactttgatatttcaaatacaagttattgactgattatgttattccaagtacaagttattgaatcaatttattatttaatatacatgtacaattaattgactggtttattattaaatatacatgtataaaagttattgactgtatctcttattcaagatacaaattttgacagactttgttatttaagatacaagttattgattgactttgttattccaggctcgaggggtggactacctggttctatggctagattgtgacaaggaaggagaaaacatctgttttgaagtccttgactgtgtgcagggtgtcatgaacaggaatgtcagtgggcaggtaaaagataaaatggaattttttatgctataaatgatgaaatttagcgtactgatatttatagatagcgacctgtaaatttgactgatgatattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttactctggttcttaattaat----AA-TCA-CTGATGTC--ACAC---TTTTGGGT-CAA-GGTTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ATA-----TGTTCA-CCGGTATAGGATA-C--G-----AAA--A------TA-TAT----GTATGATTATCG-GAAAGTTT-T-TTGTATGTTtt
gi|21 : TTTGTGTTGACA-TGAAAGA--CTTAAA-AT-AAA-ATT---AAAA-C--TTTGCTTTGGTAA-----G----AGA--ACAC----------A--CTTATTTTACTGAAC-----------TGTATGTTTATGCCCAA--ATCAAGATTTGCACTGCACCTAA-TCTTCtcattttcaa
gi|22 : tttAA--ATTGGCTGTTACA--GCAC-TAG-GGGTCGCTGT-AT-A--CCTGGCGGCTTACTTTAA-TCA-TCGATTTCGGACAC---CTT-CGGT-CAA-GGCTGATGATAATTCA-------TACAGCTC-----ATTG------C-ACA-----TATTCG-CCGA
gi|23 : TA----AA-TTA-TTGATTCTGGACAC---TTT-GTGT-CAG-AGCTGGT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTA--------------------CG---AATATTAGATA-CA-G-----AAA--A------AACTAT----GTATCGAGATTG-GATGTTT
gi|24 : aTGGCAGGTCGTCG--GTATTTCTAGTTTGTT--A---AAATGTGTCCTCAGACGTCTAACGG-CATAGCTTAATG--ATAAACAGAAT-TTGCAACGTCTTCTGTTGAC-ATtat
gi|25 : aaTTTA----AA-TCA-ATGATTTCGGACAC---CTT-GGGT-CAA-AACTGAT-----TCTATGTACATTGTAGTTC-----ATTA------T-ACA-----TGTT
gi|26 : CA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TCGC-CAA-TGCTG----------C-------TGTAAT--------TTA------T-ACAATG--TATTTA-CCGACATTA
gi|3 : agaTCGTTTTGAATATCAAATGTGTTCTA--TGTGGTAGCAGTCATCGTCAGAAACCAG-TCCCGCAGGTGTACTCTTATT-ATAAATTATATCGGCTTTTGGCTCCAGT--T---TCAACAAACATGTACGTCGCAGGTCGTC--AGT--------TTTGCTGAAAGGAAACCTGTCCTCATACATTCAACAACCACA-CTAGAGATC-CCAGC-AGCTCACGCAACATCGTCTGTG-----TTAC--TCAT---AA---C-----A--ATTACTCGTTC------GTTC-CCT--------------T-TTGGA-ATTTTCGATA---TTGCAAATAT---TGAGAA-GTT--C--AAT-A-ACATGTTTATAATT-ACAAATT--A------------TGACA-CGGA--A--TTCTAA-AG-ATG-ATA---AA--------TG-----ATA-----------------CAT----------A--TA---TTGCACTGAC-----------CACG-ATG-------AT--AT--GGATTCATGCTTCACAGAT-TGTTCA--AC-AT-ATTCCGGAAGGCTTA----AA-TCA-CTGATCTCGGACAC---CT---GGTGCAA-AGATCAT-----TATA--------ATA---------ATTA------TGACA-------TTCGTTCTAAATT-TATA-G--G-----AAA--ATAAAACAA-TAT----GGATG
gi|4 : A---AAGCATGTCCTTAGACTTTTAACAG-CAGAGCTAGAAGCC-CCAACA-GCTCTC---ACGTCTTCTGTGTAC-ATGCC-TATATTGGGAAT-A-----G--CTG-TTGGT-T------GCTC-CCT-----TAT--TTTAT-T--GA-ATTCTCGGCA---TTGCAGTTGT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-GGAAA--TCTGAAATT-TCAAGCG--TTTTTCTTCACTTTGACATC--AAGA--TTGTAA-GTTAGG-ATA---AAAAAT--CTTG-----GTAA-----G----AAA--GTAC----------A--TAGATTAACCTTGCC-----------CATGGCTGCACATCCAA--ATCAGGATGCAAACTGCACCTAT-TGTTTGCTGC-AT-A--CCTGGTAGTTTA----AA-GCG-CTGAATT-----------------------------T-----TATA-------TGTAGTGCAATATATTA------T-AAAATAGGTGTTCA-CCTACATCAAATA-C--AAAAACAAA--A------AA-AAT----GTATGGAAAAAGTGATTTTTTGT-TTGT-TGTTCAGTGTttaccttatgatcagttta
gi|5 : TTCGCTT-----AAA--TT-AT-TCGGA-ATTCTCGGCA---TTGCAATTGT---TTAAAATAACAAC-AAAT-A-GAA--TCTTAAATG-TTAAACG--GTTT--TTAGCATTGACA-CGAAACA--CTGTAAGAT-AGA-ATA---AAAA-CATCTCG--------------G----AAA--ACATATATTTTATAA--TATATTTATCAAGCC-----------CATGCATGCGCATCCAA--ATTGGGATTCGCGCTGCAGCTAT-TGCTCGTTAC-AT-A--ACCGGCGGTTAA----AA-TC----CATTTCGGAGAC---CTT-G-----AA-G-------------TA-------T------------ATTA------T-ACA-----TATTCA-CCAGTATAAGACACC--G-----GGA--A------AA-TAT----GTATGGACATT--TACGTTTCTT-TTCT-TGTTCGGata
gi|6 : gTTCTAAAAG-CACCGCTCGAGGTCA-TAAC-AGCTCTTACAA-GTC--CTGTTGAC-AT----GCCAC---GATT-CGGCATA--CCGAGT-GCCT------TTTC-CCG-----TACAGTT--T-TCGTA-ATGATCGCCA---TTGTAGTTAT---TGAGTA-CAC--G-TAAC-A-AAG--TTGGAAGTT-------G--GTTTCATTTCCATTGACA--AAAAGG--CT---------TG-ATA---AGA----------------------------AAA--ACAC----------A--TGGATTTAACTGACT-----------TATAAGTGCATGTCCCA--ATCTGAATTCATACTGCATGCAT-TGTACGCTAT-AC-A--ATTGGCAATACA----AATTTATTTGATTT-GTACGC---TTT-GGGT-CAA-AATTGAT-----T
gi|7 : TCAGCA---TTGCAATGTT---TGAGAA-AAT--C-AAAT-A-ATA--TCTGAAATT-TTAA-CT--GTTTCCTTTGCCTTTACA-T-AAAGA--CTGCA------TG-ACA--------------G-----G-AA-----A----AAA--GCAC----------A--TGGATTTACCCGGCC-----------CATGTGCATATGTCCAA--ATTGGGGGTCACACAGCTGATAT-CGTTCCCTAC-AT-A--TCTGGTGGATCA----AC-TCA-TTGATTTCGGACAC---CTT-TGGT-AAA-TGCTGAT-----TATA-------TGTAGTTC-----ATTG------T-ACA-----TGTCTA-CTGACATTAGATA-CT-G-----AAA--C------AA-TATCA--GTATGGAAATCG-GGAGTTTC-A-CTTT-TGTTCA
gi|8 : C-CTTA----TAT--TT--T-TTGAA-ATTCTCAGCA---TTGTTATTGT---TGAATA-AGT--T-TAAT-A-TA---TCT--AACT-C--AGCCAGGCATCCTTTGTATTGGCA-TGAGCGA--CTGTGGGAC-AGA-ATA---AAAA-T--CT-G-----GTAA-----A----AAACAACAC----------A--TGAATTAGCCCGGCCTATACCTCACTCATGCA-GCATGTTCAG--ATCAAGATT------------AT-T-TTTGCTAT-AT-A--T---GCAATTTA----AA-TCA-TTGATTTCGGACAT---CTT-GTGT-CAT-AGCTGAC-----AACA-------TGAAGTGA-----ATTA------T-ACA-----TGTTCC-CTCACATTAGATtt
gi|9 : taTTCTCGACA---TTGTTATTGT---TGAGAA-AAG--T-AAACGA-AAA--TTTAGAATT-T-AAGCA--GTTTCTTTC-CGCTGGCA-AAAAAAATACTGAAA-AA-ATGGATG---AGAC-T--CTCT-----GTAA-----G----AAA--GCAC----------ACGTGAGTTTACGCGGCC-----------CATGTGTGCACGCCTAC--TTTGGGATTCACACAGCACCATT-TGTTTTCTAC-AT-A--CATGGTGATTTA----AA-TAT-TTGATTTCGGACGCCGTCTT-GGGT-CAA-GGCTGAT-----T-TA-------TAT