lowQualScore : 11 222 111 2222222 777777777777777777777777777 111 333333333333333 33333333333333333333333 22222 1 1
lowQualScore : 22 6 000 888 777 3 3 2 55555 666 0 0000000 0 2 3 777 222222222222222222222222222 111 111111111111111 66666666666666666666666 55555 5 5 5
lowQualScore : .. . ... ... ... . . . ..... ... . ....... . . . ... ........................... ... ............... ....................... ..... . . .
lowQualScore : 00 0 000 888 000 9 1 7 99999 666 1 4444444 2 2 9 888 777777777777777777777777777 777 222222222222222 66666666666666666666666 00000 0 0 0
consensus : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTTCATTCGTCAAC-TACAACAAT-AACAA--A--CAACAGCAACAGCA-------GCGGTAACAGCTACAACAACGTC---AGCAGTTACAA----CAA----AANAACAGC------AACAACAACA---ACAACA---------------CCATCAACATAGAAAATAGC---------AG------------CAGCAGCAACAGCTACAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
Reference ( gi|8 ) : GTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATGTATGTACATTTATTGTGAATATAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTTCACTCGTCAAC-TACAACAAT-AACAA--A--CAACAGTAACAGCA-------GCAGTAACAGCTACAACAACGTC---AGCAGTTACAA----CAA----AAAAACAAT------AACAACAACA---ACAACA---------------CCATCAACATAGAAAATAGC---------AG------------CAGCAGCAACAGCTACAAAAC-----GGCCACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCACGCTACT-GGGGTCACTCACCCTG
gi|4 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGTCAAATTGGTAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAAC---GACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTTGTGCCAACGTAAAGTAAAATTTA---TATTTTATTTCATTT-----GTCAAC-TACAACAAT-AACAA--A--CAACA---ACAACA-------GCGGTAACATCTACAACAACATC---AGTAGTTAC----------------------------AACAACAGCA---ACAACA------------------------------GTAAC---------AG------------CAGCAGTAACGGCTACAA
gi|2 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTGCATTTATTATGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATGTGTCGTGTCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTTCATTCGTCAAC-TACAACAAT-AACAA--A--CAAC---AACAACA-------GCGGTAACAcatcagcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagcagcagcagcaacagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagcccagctattggggtcactcaccctgc
gi|3 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGACAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTTCATTCGTCATC-TACAACAAT-AACAA--A--CAAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagccgcagcagcaaaagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcaccctgc
gi|6 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAACACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---TAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTCACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTTCATTCGTCAAC-TACAACAAT-AACAA--A--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatcaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcacccctg
gi|1 : TAACAAAATAGAACATAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACTTGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATTGAACAACAACGACAGC---AAAAGCGTGTTTACATTTTATATGTCATGCACACGTAAAGAAAAAAATA---TTTTTTATTTAATTTCATTCGTCAAC-TACAACAAT-AACAA--A--CAACA-T--CAACA-------GCGGTAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccggtcactcaccctgc
gi|15 : TAATAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatcaacatagaaaatagcagcagtagcagcagcagcaacagccacaaaacggcaacagttaaatacccaaaagaacactgttgaagctaagctatttagagccccgctactggggtcactcgccctg
gi|7 : AACAGAATAGAACAGAATCAAATATCCAA--------TACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCTCATGTGACAATAACACATCCATTTAAACAACAACGACAAC---AAAAGCTTGTTTATTCTTTATATATCATGCAAACGTAAAGTAAAA---AAATTTTTTTATTGAACTTCATTCGTCAAC-TACAACAAC-AACAA--A--CAACAATAGCAGTAAAATTA-GCTTTAACAGCTACAACAACATC---AGCAGTTACAA----CAA------------C------AACAACAACA---ACATCA---------------CCATCAACATAGAAAATAGC---------AGAAGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCTACAAAACAAAACGGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTACGATATTTAGAGCCCCGTTACTGGGGGTCACTCGTCCCG
gi|5 : AATAGTACACAATGAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTTCATTCGTCAAC-TACAACAAT-AACA
gi|14 : GACAACTTAAAAAGCTT-TTTGATGTTTGTATATCATGCCGACACTAAATAAAATTTA-----ATTGATTTGATTTTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctgctggggtcactcaccctg
gi|9 : GTCATGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTGTTTAATTTCATTCATCAAC-TACAACAAT-AATAA--A--CAAC---AACAACA-------GCGGTAACAGCTACAACAACATC---AGCAGTTACAA----CAACAGCAACAACAGTATGAGCAGCAGTAACAGCTACAACA---------------ACATCAGCAattt
gi|11 : CGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTAATTAATTTCATTCGTCAAC-TACAACAAT-AATAA--A--CAAC---AACAACA-------GCGGTAATAGCattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaacagcagcagcagcaacagctacaaaacataacggcaacagttaaatatccgaaaggacactgttgaagctaaggtatttagagccccgctactggggtcactcgccccg
gi|10 : ACTCGTCAA-----AAGAATCAGTTA--ATTCAACAGCAGCAGCA-------GCAGCAGCAGCAACAACAGATTC---AACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacaacaacaacaccatcaacatagaaaatagcagctgcagcaa
gi|1 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagcagcaacaacaaaaacaattacaacaacaacagttgttgcagctgctgctacaacaacagcaacagcagcaacaacagcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaCATCAACATAGAA-AAT-AGCAG--------CAGTAGCAGCA-------GCAGCAACAGCCACAA-AACGGC---AACAGTTA-AATACCCAA----AAGAACAaagtacacagaataatgctg
gi|12 : taacaaaatagaacataatcaaatagccaaattggcaatacttgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattgaacaacaacgacagcaaaagcgtgtttacattttatatgtcatgcacacgtaaagaaaaaaatattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacatcaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacCAAT-TACAACAAT-AAC-A--A--CAGTAGCTACGACT-------ACAGGAACAGCAACAACAAAGAT---AGTAGTAGCAG----CActgttgaagctaagctatttagagccccgctactggggtcactcgccctg
gi|4 : aacaacaacaacaagacagcagtagcaaaaa-TACAACAAC-AGCAA-----CAACAGTAACAGCA-------GCAGTAACGGCTACAACA---TC---AGCAGTTNNNN----NNN----NNNNNNNNN------NNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATCAACATAGAAAATAGC---------AG------------CAGCAGCAACAGCTACAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCAGCTATT-GGGGTCACTCACCCTGccagcggcagcaaaa
gi|9 : taacaaaatagaacacaatcaaatagtcaaattggtaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgttgtgccaacgtaaagtaaaatttatattttatttcatttgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatctacaacaacatcagtagtCAGCAGT-AACAGCTA--CAACAACATCAGCAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNN----NNN----NNNNNNNNN------NNNNNNNNNN---NNNNNN---------------CCATCAACATAGAAAACAGC---------AG------------CAGCAGCAACAGCTACAAAACATAACGGCAACAGTTAAATATCCGAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGGTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCGc
gi|13 : gtcatgccgacgtaaagtaaaatttattttttgtttaatttcattcatcaactacaacaataataaacaacaacaacagcggtaacagctacaacaacatcagcagttacaacaacagcaacaacagtatgagCAACAAC-AAAAA--A--CAGCATCAACATCA-------GCAGCAACA---ACAACAACATCAATAACAGCAACAG----CAA----
gi|11 : ACCACAACA---ACAACA---------------CCATCAACATAGAAAATAGC---------AG------------CTGCAGCAAttgctgctgctactgc
gi|1 : cgacgtaaagtaaaatttattttttaattaatttcattcgtcaactacaacaataataaacaacaacaacagcggtaatagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---------------CCATCAACATAGAAAATAGCAGCAGTAGCAG------------CAGCAGCAACAGCCACAAAAC-----GGCAACAGTTAAATACCCAAAAGAACACTGTTGAAGCTAAGCTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCTG
gi|2 : taacaaaatagaacataatcaaatagccaaattggcaatacttgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattgaacaacaacgacagcaaaagcgtgtttacattttatatgtcatgcacacgtaaagaaaaaaatattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacatcaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt---------------CCATCAACATAGAAAATAGC---------CG------------CAGCAGCAAAAGCTACAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCTG
gi|3 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaatacatgtgcatttattatgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatgtgtcgtgtcgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATC-AAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCc
gi|6 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattgacaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggtttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcatctacaacaataacaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCC---------GGTCACTCACCCTGctg
gi|5 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaacacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaatttaacaacgacaacaaaggtttgttcactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTGCT-GGGGTCACTCACCCTGc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCAGCAGCAGCAACAACAACAACTTCTACAGCAACTACTACTACTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111 111111 1111111 2222222222222 2222222222222222 222222222 111111111 11111
lowQualScore : 777 777 666 55 888888 2 33 11111 2 3 444444 0000000 0 99 66 8888888888888 777 777 0 1111111111111111 1 55 000000000 666666666 88888 3 00000 4 0 0
lowQualScore : ... ... ... .. ...... . .. ..... . . ...... ....... . .. .. ............. ... ... . ................ . .. ......... ......... ..... . ..... . . .
lowQualScore : 555 888 444 00 222222 9 99 11111 5 7 222222 8888888 2 00 11 7777777777777 888 000 5 2222222222222222 5 00 999999999 000000000 33333 6 00000 4 7 7
consensus : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA-------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGC--AGTTACAAC-------AA-AA-AACAG---CA---ACAACAGCAACAACA---------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
Reference ( family-5579 ) : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA-------GCGGTAACAGCTACAACAACGTCAGC--AGTTACAAC-------AA-AANAACAG---CA---ACAACAACAACAACA---------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
gi|1 : TAACAAAATAGAACATAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACTTGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATTGAACAACAACGACAGC---AAAAGCGTGTTTACATTTTATATGTCATGCACACGTAAAGAAAAAAATA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACATCAA---------CA-------GCGGTAACA
gi|1 : A---------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGCAGTAGCAGCAGC---------AGCAACAGCCA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATACCCAAAAGAACACTGTTGAAGCTAAGCTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatcaacatagaaaatagcagcagtagcagcagcagcaacagccacaaaacggcaacagttaaatacccaaaagaacactgttgaagctaagctatttagagccccgctactggggtcactcgccctg
gi|10 : taacaaaatagaacataatcaaatagccaaattggcaatacttgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattgaacaacaacgacagcaaaagcgtgtttacattttatatgtcatgcacacgtaaagaaaaaaatattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacatcaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTACAGGAAGCACAAC-GACAA--AGTCAACAACAGCAGCAA------CA-------ACAAAAACAATTACAACAACAACAGT--TGTTGCAGCTGCTGCTAC-AACAACAG---CA---ACAGCAGCAACAACA---------------GCAACAA
gi|10 : ACTCGTCAA----A------AGAATCAGTTA--ATT---CAACAGCAGCAG------CA-------GCAGCAGCAGCAACAACAGATTCAACAAAG-TAC-AC-------AG-AATAAaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|11 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagcagcaacaacaaaaacaattacaacaacaacagttgttgcagctgctgctacaacaacagcaacagcagcaacaacagcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTAATTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAA---CAACAA------CA-------GCGGTAATAGCtgctg
gi|11 : ---ACCACAACAACAACA---------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCTGC---------AGCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacaacaacaacaccatcaacatagaaaatagcagctgcagcaa
gi|12 : cgacgtaaagtaaaatttattttttaattaatttcattcgtcaactacaacaataataaacaacaacaacagcggtaatagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--A-----CAACAACAACAAGA----CA-------GCAGTAGCA---AAAACAA-----------TTACAAC-------AATAACAACAG---TAGCTACGACTACAGGAACA---------------GCAACAACA--AAGATAGTAGT---------AGCAGC---------ACCAGCGGCAG-----CAA-AA
gi|13 : ACAAC-------AA-AA-AACAGCATCA---ACATCAGCAGCAACA---------------ACAACAACA--T---CAATAAC---------AGCAAC---------AGCAATTGCTG-----C
gi|14 : caGACAACTTAAAAAGCTT-TTTGATGTTTGTATATCATGCCGACACTAAATAAAATTTA-----ATTGATTTGATTTTACATTtgctactgc
gi|15 : TAATAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAt
gi|2 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTGCATTTATTATGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATGTGTCGTGTCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA-------GCGGTAACA
gi|2 : ---------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------CGCAGC---------AGCAAAAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagccgcagcagcaaaagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcaccctgc
gi|3 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaatacatgtgcatttattatgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatgtgtcgtgtcgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGACAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCATCTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAAc
gi|3 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATC-AAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatcaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcacccctg
gi|4 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattgacaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggtttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcatctacaacaataacaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGTCAAATTGGTAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT------CAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTTGTGCCAACGTAAAGTAAAATTTA--------TATTTTATTT--CATTTGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA-------GCGGTAACATCTACAACAACATCAGT--AGTTACAAC-------------AACAG---CA---ACAACAGTAACAGCA---------------GCAGTAACGGCTACAACAT--C---------AGCAGtg
gi|4 : TACA------ACAAC-AGCAA--------CAACAGTAACAG------CA-------GCAGTAACGGCTACAACA---TCAGC--AGTTNNNNN-------NN-NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCAGCTATT-GGGGTCACTCACCCTGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagcagcagcagcaacagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagcccagctattggggtcactcaccctgc
gi|5 : taacaaaatagaacacaatcaaatagtcaaattggtaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgttgtgccaacgtaaagtaaaatttatattttatttcatttgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatctacaacaacatcagtagtAATAGTACACAATGAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAc
gi|5 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTGCT-GGGGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctgctggggtcactcaccctg
gi|6 : aatagtacacaatgaaatagccaaattggcaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAACACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---TAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTCACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----
gi|6 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCC---------GGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccggtcactcaccctgc
gi|7 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaacacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaatttaacaacgacaacaaaggtttgttcactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGAATAGAACAGAATCAAATATCCAA--------TACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCTCATGTGACAATAACACATCCATTTAAACAACAACGACAAC---AAAAGCTTGTTTATTCTTTATATATCATGCAAACGTAAAGTAAAA---AAATTTTTTTATTGAACTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAC-AACAA--A-----CAACAATAGCAGTAAAATTA-------GCTTTAACAGCTACAACAACATCAGC--AGTTACAAC-------AA------------CA---ACAACAACAACATCA---------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGA------AGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCTACAAAACAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTACGATATTTAGAGCCCCGTTACTGGGGGTCACTCGTCCCGc
gi|8 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATGTATGTACATTTATTGTGAATATAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CACTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGTAACAG------CA-------GCAGTAACAGCTACAACAACGTCAGC--AGTTACAAC-------AA-AAAAACAA---TA---ACAACAACAACAACA---------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCCACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCACGCTACT-GGGGTCACTCACCCTG
gi|9 : gGTCATGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTGTTTAATTT--CATTCATCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAACAACAACAG------C----------GGTAACAGCTACAACAACATCAGC--AGTTACAAC-------AA------CAG---CA---ACAAC-----------------------------------------AGTATG---------AGCAGC---------AGTAACAGCTA-----CAACAAC-----ATCAGCAATT
gi|9 : CA------GCAGT-AACAGCTA-----CAACAACATCAG------CAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN-------NN-NNNNNNNN---NN---NNNNNNNNNNNNNNN---------------CCATCAACA--TAGAAAACAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AACATAACGGCAACAGTTAAATATCCGAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGGTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaacagcagcagcagcaacagctacaaaacataacggcaacagttaaatatccgaaaggacactgttgaagctaaggtatttagagccccgctactggggtcactcgccccg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCAGCAGCAGCAACAACAACAACTTCTACAGCAACTACTACTACTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 11111111 55555555555555555555 22222222222222222 222222222 111111111 11111
lowQualScore : 777 777 666 55 777777 2 44444444 1 1 888888 11111111 0 55555555555555555555 44444444444444444 55 000000000 666666666 88888 3 00000 4 0 0
lowQualScore : ... ... ... .. ...... . ........ . . ...... ........ . .................... ................. .. ......... ......... ..... . ..... . . .
lowQualScore : 555 888 444 00 222222 5 66666666 5 4 888888 22222222 8 00000000000000000000 66666666666666666 00 999999999 000000000 33333 6 00000 4 7 7
consensus : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAGCAG------CA--------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC-------A-AA-AACAG---CAACAACAGCAACAACA----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
Reference ( family-5579 ) : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA--------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC-------A-AAAAACAG---CAACAACAGCAACAACA----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
gi|1 : TAACAAAATAGAACATAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACTTGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATTGAACAACAACGACAGC---AAAAGCGTGTTTACATTTTATATGTCATGCACACGTAAAGAAAAAAATA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACATCAA---------CA--------GCGGTAACA
gi|1 : A----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGCAGTAGCAGCAGC---------AGCAACAGCCA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATACCCAAAAGAACACTGTTGAAGCTAAGCTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatcaacatagaaaatagcagcagtagcagcagcagcaacagccacaaaacggcaacagttaaatacccaaaagaacactgttgaagctaagctatttagagccccgctactggggtcactcgccctg
gi|10 : taacaaaatagaacataatcaaatagccaaattggcaatacttgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattgaacaacaacgacagcaaaagcgtgtttacattttatatgtcatgcacacgtaaagaaaaaaatattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacatcaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTACAGGAAGCACAAC-GACAA--AGTCAACAACAGCAGCAA------CA--------ACAAAAACAATTACAACAACAACAGTTGTTGCAGCTGCTGCTACAACAACAG---CAACAGCAGCAACAACA----------------GCAACAA
gi|10 : CAACAAAA------ACAAT-TACAACAA-----CAACAGTTGTTG------CA--------GCTG---CTGCTACAACAACAGCAACAG---------------------CAG---CAACAACAGCAACAAaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|10 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagcagcaaACTCGTCAA----A------AGAATCAGTTA--ATT---CAACAGCAGCAG------CA--------GCAGCAGCAGCAACAACAGATTCAACAaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|11 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagcagcaacaacaaaaacaattacaacaacaacagttgttgcagctgctgctacaacaacagcaacagcagcaacaacagcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTAATTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAA---CAACAA------CA--------GCGGTAATAGCaagtacacagaataatgctg
gi|11 : ACCACAACAACAACA----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCTGC---------AGCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacaacaacaacaccatcaacatagaaaatagcagctgcagcaa
gi|12 : cgacgtaaagtaaaatttattttttaattaatttcattcgtcaactacaacaataataaacaacaacaacagcggtaatagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA------ACAAC-AACAAG-A-----CAGCAGTAGCAA------AA--------ACAATTACA---ACAATAACAACAGTAGCTACGAC-------T-A----------CAGGAACAGCAACAACA---------------------AAGA--TAG----TAGT---------AGCAGC---------ACCAGCGGCAG-----CAA-AA
gi|13 : aACAAC-------A-AAAAACAGCATCAACATCAGCAGCAACA----------------ACAACAACA--T---CAATAAC---------AGCAAC---------AGCAATTGCTG-----C
gi|14 : caGACAACTTAAAAAGCTT-TTTGATGTTTGTATATCATGCCGACACTAAATAAAATTTA-----ATTGATTTGATTTTACATTtgctactgc
gi|15 : TAATAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAt
gi|2 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTGCATTTATTATGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATGTGTCGTGTCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA--------GCGGTAACA
gi|2 : ----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------CGCAGC---------AGCAAAAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagccgcagcagcaaaagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcaccctgc
gi|3 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaatacatgtgcatttattatgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatgtgtcgtgtcgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGACAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCATCTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAAc
gi|3 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATC-AAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatcaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcacccctg
gi|4 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattgacaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggtttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcatctacaacaataacaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGTCAAATTGGTAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT------CAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTTGTGCCAACGTAAAGTAAAATTTA--------TATTTTATTT--CATTTGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA--------GCGGTAACATCTACAACAACATCAGTAGTTACAAC------------AACAG---CAACAACAGTAACAGCA----------------GCAGTAACGGCTACAACAT--C---------AGCAGtg
gi|4 : TACA------ACAAC-AGCAA--------CAACAGTAACAG------CA--------GCAGTAACGGCTACAACA---TCAGCAGTTNNNNN-------N-NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCAGCTATT-GGGGTCACTCACCCTGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagcagcagcagcaacagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagcccagctattggggtcactcaccctgc
gi|5 : taacaaaatagaacacaatcaaatagtcaaattggtaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgttgtgccaacgtaaagtaaaatttatattttatttcatttgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatctacaacaacatcagtagtAATAGTACACAATGAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAc
gi|5 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTGCT-GGGGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctgctggggtcactcaccctg
gi|6 : aatagtacacaatgaaatagccaaattggcaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAACACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---TAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTCACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----
gi|6 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCC---------GGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccggtcactcaccctgc
gi|7 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaacacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaatttaacaacgacaacaaaggtttgttcactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGAATAGAACAGAATCAAATATCCAA--------TACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCTCATGTGACAATAACACATCCATTTAAACAACAACGACAAC---AAAAGCTTGTTTATTCTTTATATATCATGCAAACGTAAAGTAAAA---AAATTTTTTTATTGAACTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAC-AACAA--A-----CAACAATAGCAGTAAAATTA--------GCTTTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC-------A-A----------CAACAACAACAACATCA----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGA------AGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCTACAAAACAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTACGATATTTAGAGCCCCGTTACTGGGGGTCACTCGTCCCGc
gi|8 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATGTATGTACATTTATTGTGAATATAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CACTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGTAACAG------CA--------GCAGTAACAGCTACAACAACGTCAGCAGTTACAACA------A-AAAAACAA---TAACAACAACAACAACA----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCCACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCACGCTACT-GGGGTCACTCACCCTG
gi|9 : gGTCATGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTGTTTAATTT--CATTCATCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAACAACAACAG------C-----------GGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC-------A-A----------------CAGCAACAACA----------------GTAT----------------G----------AGCAGC---------AGTAACAGCTA-----CAACAAC-----ATCAGCAATT
gi|9 : CA------GCAGT-AACAGCTA-----CAACAACATCAG------CAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------N-NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNN----------------CCATCAACA--TAGAAAACAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AACATAACGGCAACAGTTAAATATCCGAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGGTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaacagcagcagcagcaacagctacaaaacataacggcaacagttaaatatccgaaaggacactgttgaagctaaggtatttagagccccgctactggggtcactcgccccg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCAGCAGCAGCAACAACAACAACTTCTACAGCAACTACTACTACTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111 111 111111111 1111111111111111 222222222222222222 11 222222222 111111111 11111
lowQualScore : 777 777 666 55 777777 2 33 11111 444 2 999999 333333333 2 8888888888888888 4 777 444444444444444444 1 00 3 000000000 777777777 99999 11111 4 0 0
lowQualScore : ... ... ... .. ...... . .. ..... ... . ...... ......... . ................ . ... .................. . .. . ......... ......... ..... ..... . . .
lowQualScore : 555 888 444 00 777777 7 99 11111 999 2 666666 333333333 5 7777777777777777 0 000 000000000000000000 3 00 6 999999999 888888888 11111 11111 4 7 7
consensus : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACA---------AC--AACAA-CAG---CAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAA-AATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
Reference ( family-5579 ) : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAGCAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACA---------AC--AAAAA-CAG---CAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAA-AATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
gi|1 : TAACAAAATAGAACATAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACTTGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATTGAACAACAACGACAGC---AAAAGCGTGTTTACATTTTATATGTCATGCACACGTAAAGAAAAAAATA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CATCAA------CA---------GCGGTAACA
gi|1 : A-----------------CCATCAACA--TAGAA-AATAGCAGCAGTAGCAGCAGC---------AGCAACAGCCA-----CAAAAC-----GGCAACAGTTAAATACCCAAAAGAACACTGTTGAAGCTAAGCTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatcaacatagaaaatagcagcagtagcagcagcagcaacagccacaaaacggcaacagttaaatacccaaaagaacactgttgaagctaagctatttagagccccgctactggggtcactcgccctg
gi|10 : taacaaaatagaacataatcaaatagccaaattggcaatacttgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattgaacaacaacgacagcaaaagcgtgtttacattttatatgtcatgcacacgtaaagaaaaaaatattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacatcaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTACAGGAAGCACAAC-GACAA--AGTCAACAACAGCAGCAA------CA---------ACAAAAACAATTACAACAACAACAGTTGTTGCAGCTGCTGCTAC--AACAA-CAG---CAACAGCAGCAACAACA-----------------GCAACAA
gi|10 : ACTCGTCAA----A------AGAATCAGTTA--ATT---CAACAGCAGCAG------CA---------GCAGCAGCAGCAACAACAGATTCAACAaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|11 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagcagcaacaacaaaaacaattacaacaacaacagttgttgcagctgctgctacaacaacagcaacagcagcaacaacagcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTAATTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAATAGCaagtacacagaataatgctg
gi|11 : ACCACAACAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAA-AATAGC---------AGCTGC---------AGCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacaacaacaacaccatcaacatagaaaatagcagctgcagcaa
gi|12 : cgacgtaaagtaaaatttattttttaattaatttcattcgtcaactacaacaataataaacaacaacaacagcggtaatagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA------ACAAC-AACAA--G-------ACAGCAGTAG------CA---------AA---AACAATTACAACAATAACAACAGTAGCT---------AC--GACTA-CAG------GAACAGCAACAACA----------------------AAGA--TAG-----TAGT---------AGCAGC---------ACCAGCGGCAG-----CAAAA
gi|13 : aACA---------AC--AAAAAACAGCATCAACATCAGCAGCAACA-----------------ACAACAACA--T---C-AATAAC---------AGCAAC---------AGCAATTGCTG-----C
gi|13 : caAACAGC---ATCAACATCAGCAGCAACA---------AC--AACAA-CAT---CAATAACAGCAACAGCA-----------------tgctactgc
gi|14 : caacaacaaaaGACAACTTAAAAAGCTT-TTTGATGTTTGTATATCATGCCGACACTAAATAAAATTTA-----ATTGATTTGATTTTACATTattgctgctgctactgc
gi|15 : TAATAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAt
gi|2 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTGCATTTATTATGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATGTGTCGTGTCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACA
gi|2 : -----------------CCATCAACA--TAGAA-AATAGC---------CGCAGC---------AGCAAAAGCTA-----CAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagccgcagcagcaaaagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcaccctgc
gi|3 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaatacatgtgcatttattatgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatgtgtcgtgtcgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGACAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCATCTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAAc
gi|3 : TA-----CAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATC-AAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatcaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcacccctg
gi|4 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattgacaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggtttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcatctacaacaataacaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGTCAAATTGGTAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT------CAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTTGTGCCAACGTAAAGTAAAATTTA--------TATTTTATTT--CATTTGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACATCTACAACAACATCAGTAGTTACA---------AC-----AA-CAG---CAACAACAGTAACAGCA-----------------GCAGTAACGGCTACAA-CAT--C---------AGCAGtg
gi|4 : TACA------ACAAC-AGCAA--------CAACAGTAACAG------CA---------GCAGTAACGGCTACAACA---TCAGCAGTTNNN---------NN--NNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATCAACA--TAGAA-AATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCAGCTATT-GGGGTCACTCACCCTGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagcagcagcagcaacagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagcccagctattggggtcactcaccctgc
gi|5 : taacaaaatagaacacaatcaaatagtcaaattggtaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgttgtgccaacgtaaagtaaaatttatattttatttcatttgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatctacaacaacatcagtagtAATAGTACACAATGAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAc
gi|5 : TA-----CAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTGCT-GGGGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctgctggggtcactcaccctg
gi|6 : aatagtacacaatgaaatagccaaattggcaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAACACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---TAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTCACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----
gi|6 : TA-----CAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCC---------GGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccggtcactcaccctgc
gi|7 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaacacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaatttaacaacgacaacaaaggtttgttcactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGAATAGAACAGAATCAAATATCCAA--------TACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCTCATGTGACAATAACACATCCATTTAAACAACAACGACAAC---AAAAGCTTGTTTATTCTTTATATATCATGCAAACGTAAAGTAAAA---AAATTTTTTTATTGAACTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAC-AACAA--A-----CAACAATAGCAGTAAAATTA---------GCTTTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACA---------AC--AA----------CAACAACAACAACATCA-----------------CCATCAACA--TAGAA-AATAGCAGA------AGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCTACAAAACAAAAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTACGATATTTAGAGCCCCGTTACTGGGGGTCACTCGTCCCGc
gi|8 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATGTATGTACATTTATTGTGAATATAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CACTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGTAACAG------CA---------GCAGTAACAGCTACAACAACGTCAGCAGTTACA---------ACAAAAAAA-CAA---TAACAACAACAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAA-AATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAAAAC-----GGCCACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCACGCTACT-GGGGTCACTCACCCTG
gi|9 : gGTCATGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTGTTTAATTT--CATTCATCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACA---------AC-----AA-CAG---CAACAACAGTATGAGCA-----------------GCAGTAACAGCTACAACAACATC---------AGCA
gi|9 : CA------GCAGT-AACAGCTA-----CAACAACATCAG------CAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NN--NNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------CCATCAACA--TAGAA-AACAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAAAACATAACGGCAACAGTTAAATATCCGAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGGTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCGattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaacagcagcagcagcaacagctacaaaacataacggcaacagttaaatatccgaaaggacactgttgaagctaaggtatttagagccccgctactggggtcactcgccccg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCAGCAGCAGCAACAACAACAACTTCTACAGCAACTACTACTACTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 111111111 222222222222222222 222222222 111111111 11111
lowQualScore : 777 777 666 55 666666 2 11111111 0 3 888888 111111111 3 1 0 0 55 0 1 666666666666666666 55 333333333 777777777 99999 3 00000 4 0 0
lowQualScore : ... ... ... .. ...... . ........ . . ...... ......... . . . . .. . . .................. .. ......... ......... ..... . ..... . . .
lowQualScore : 555 888 444 00 888888 4 66666666 7 5 222222 444444444 6 1 7 9 55 9 3 888888888888888888 00 000000000 888888888 11111 6 00000 4 7 7
consensus : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAGCAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
Reference ( family-5579 ) : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAGCAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
gi|1 : TAACAAAATAGAACATAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACTTGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATTGAACAACAACGACAGC---AAAAGCGTGTTTACATTTTATATGTCATGCACACGTAAAGAAAAAAATA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACATCAA---------CA---------GCGGTAACA
gi|1 : A-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGCAGTAGCAGCAGC---------AGCAACAGCCA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATACCCAAAAGAACACTGTTGAAGCTAAGCTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatcaacatagaaaatagcagcagtagcagcagcagcaacagccacaaaacggcaacagttaaatacccaaaagaacactgttgaagctaagctatttagagccccgctactggggtcactcgccctg
gi|10 : taacaaaatagaacataatcaaatagccaaattggcaatacttgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattgaacaacaacgacagcaaaagcgtgtttacattttatatgtcatgcacacgtaaagaaaaaaatattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacatcaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTACAGGAAGCACAAC-GACAA--AGTCAACAACAGCAGCAA------CA---------ACAAAAACAATTACAACAACAACAGTTGTTGCAGC--TGCTGCTACAACAACAGCAACAGCA-----------------GCAACAACA--
gi|10 : CAGCAACA------ACAAA-AACAATTA-----CAACAACAACAG------TT---------GTTGCAGCTGCTGCTACAACA---------ACAGC--AACAGCAGCAACAACAGCAACAAgcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|10 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagACTCGTCAA----A------AGAATCAGTTA--ATT---CAACAGCAGCAG------CA---------GCAGCAGCAGCAACAACAGATTCAACAaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|11 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagcagcaacaacaaaaacaattacaacaacaacagttgttgcagctgctgctacaacaacagcaacagcagcaacaacagcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTAATTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAATAGCaagtacacagaataatgctg
gi|11 : ACCACAACAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCTGC---------AGCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacaacaacaacaccatcaacatagaaaatagcagctgcagcaa
gi|12 : cgacgtaaagtaaaatttattttttaattaatttcattcgtcaactacaacaataataaacaacaacaacagcggtaatagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA------ACAAC-AACAA--G-------ACAGCAGTAG------CA---------AA---AACAATTACAACAATAACAACAGTAGCTAC--GACTACAG---GAACAGCAACAACA----------------------AAGA--TAG----TAGT---------AGCAGC---------ACCAGCGGCAG-----CAA-AA
gi|13 : aCA------ACAAC-AAAAA--A-----CAGCATCAACAT------CA---------GCAGCAACA---ACAACAACATCA------ATAAC--AGCAACAGCAA
gi|14 : GACAACTTAAAAAGCTT-TTTGATGTTTGTATATCATGCCGACACTAAATAAAATTTA-----ATTGATTTGATTTTACATTttgctgctgctactgc
gi|15 : TAATAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAt
gi|2 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTGCATTTATTATGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATGTGTCGTGTCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACA
gi|2 : -----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------CGCAGC---------AGCAAAAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagccgcagcagcaaaagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcaccctgc
gi|3 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaatacatgtgcatttattatgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatgtgtcgtgtcgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGACAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCATCTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAAc
gi|3 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATC-AAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatcaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcacccctg
gi|4 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattgacaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggtttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcatctacaacaataacaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGTCAAATTGGTAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT------CAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTTGTGCCAACGTAAAGTAAAATTTA--------TATTTTATTT--CATTTGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACATCTACAACAACATCAGTAGTT---AC--AACAACAGCAACAACAGTAACAGCA-----------------GCAGTAACGGCTACAACAT--C---------AGCAGtg
gi|4 : TACA------ACAAC-AGCAA--------CAACAGTAACAG------CA---------GCAGTAACGGCTACAACA---TCAGCAGTTNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCAGCTATT-GGGGTCACTCACCCTGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagcagcagcagcaacagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagcccagctattggggtcactcaccctgc
gi|5 : taacaaaatagaacacaatcaaatagtcaaattggtaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgttgtgccaacgtaaagtaaaatttatattttatttcatttgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatctacaacaacatcagtagtAATAGTACACAATGAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAc
gi|5 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTGCT-GGGGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctgctggggtcactcaccctg
gi|6 : aatagtacacaatgaaatagccaaattggcaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAACACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---TAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTCACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----
gi|6 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCC---------GGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccggtcactcaccctgc
gi|7 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaacacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaatttaacaacgacaacaaaggtttgttcactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGAATAGAACAGAATCAAATATCCAA--------TACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCTCATGTGACAATAACACATCCATTTAAACAACAACGACAAC---AAAAGCTTGTTTATTCTTTATATATCATGCAAACGTAAAGTAAAA---AAATTTTTTTATTGAACTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAC-AACAA--A-----CAACAATAGCAGTAAAATTA---------GCTTTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAACAACAACAT------CA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGA------AGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCTACAAAACAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTACGATATTTAGAGCCCCGTTACTGGGGGTCACTCGTCCCGc
gi|8 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATGTATGTACATTTATTGTGAATATAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CACTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGTAACAG------CA---------GCAGTAACAGCTACAACAACGTCAGCAGTTACAACAAAAAAACAATAACAACAACAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCCACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCACGCTACT-GGGGTCACTCACCCTG
gi|9 : gGTCATGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTGTTTAATTT--CATTCATCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAACAACAACAG------C------------GGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACA------------GCAACAACA-----------------GTAT----------------G----------AGCAGC---------AGTAACAGCTA-----CAACAAC-----ATCAGCAATT
gi|9 : CA------GCAGT-AACAGCTA-----CAACAACATCAG------CAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------CCATCAACA--TAGAAAACAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AACATAACGGCAACAGTTAAATATCCGAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGGTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaacagcagcagcagcaacagctacaaaacataacggcaacagttaaatatccgaaaggacactgttgaagctaaggtatttagagccccgctactggggtcactcgccccg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCAGCAGCAGCAACAACAACAACTTCTACAGCAACTACTACTACTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 111111111 222222222222222222 222222222 111111111 11111
lowQualScore : 777 777 666 55 666666 2 11111111 0 3 888888 111111111 3 1 0 0 55 0 1 666666666666666666 55 333333333 777777777 99999 3 00000 4 0 0
lowQualScore : ... ... ... .. ...... . ........ . . ...... ......... . . . . .. . . .................. .. ......... ......... ..... . ..... . . .
lowQualScore : 555 888 444 00 888888 4 66666666 7 5 222222 444444444 6 1 7 9 55 9 3 888888888888888888 00 000000000 888888888 11111 6 00000 4 7 7
consensus : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAGCAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
Reference ( family-5579 ) : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAGCAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
gi|1 : TAACAAAATAGAACATAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACTTGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATTGAACAACAACGACAGC---AAAAGCGTGTTTACATTTTATATGTCATGCACACGTAAAGAAAAAAATA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACATCAA---------CA---------GCGGTAACA
gi|1 : A-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGCAGTAGCAGCAGC---------AGCAACAGCCA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATACCCAAAAGAACACTGTTGAAGCTAAGCTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatcaacatagaaaatagcagcagtagcagcagcagcaacagccacaaaacggcaacagttaaatacccaaaagaacactgttgaagctaagctatttagagccccgctactggggtcactcgccctg
gi|10 : taacaaaatagaacataatcaaatagccaaattggcaatacttgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattgaacaacaacgacagcaaaagcgtgtttacattttatatgtcatgcacacgtaaagaaaaaaatattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacatcaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTACAGGAAGCACAAC-GACAA--AGTCAACAACAGCAGCAA------CA---------ACAAAAACAATTACAACAACAACAGTTGTTGCAGC--TGCTGCTACAACAACAGCAACAGCA-----------------GCAACAACA--
gi|10 : CAGCAACA------ACAAA-AACAATTA-----CAACAACAACAG------TT---------GTTGCAGCTGCTGCTACAACA---------ACAGC--AACAGCAGCAACAACAGCAACAAgcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|10 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagACTCGTCAA----A------AGAATCAGTTA--ATT---CAACAGCAGCAG------CA---------GCAGCAGCAGCAACAACAGATTCAACAaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|11 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagcagcaacaacaaaaacaattacaacaacaacagttgttgcagctgctgctacaacaacagcaacagcagcaacaacagcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTAATTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAATAGCaagtacacagaataatgctg
gi|11 : ACCACAACAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCTGC---------AGCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacaacaacaacaccatcaacatagaaaatagcagctgcagcaa
gi|12 : cgacgtaaagtaaaatttattttttaattaatttcattcgtcaactacaacaataataaacaacaacaacagcggtaatagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA------ACAAC-AACAA--G-------ACAGCAGTAG------CA---------AA---AACAATTACAACAATAACAACAGTAGCTAC--GACTACAG---GAACAGCAACAACA----------------------AAGA--TAG----TAGT---------AGCAGC---------ACCAGCGGCAG-----CAA-AA
gi|13 : aCA------ACAAC-AAAAA--A-----CAGCATCAACAT------CA---------GCAGCAACA---ACAACAACATCA------ATAAC--AGCAACAGCAA
gi|14 : GACAACTTAAAAAGCTT-TTTGATGTTTGTATATCATGCCGACACTAAATAAAATTTA-----ATTGATTTGATTTTACATTttgctgctgctactgc
gi|15 : TAATAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAt
gi|2 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTGCATTTATTATGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATGTGTCGTGTCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACA
gi|2 : -----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------CGCAGC---------AGCAAAAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagccgcagcagcaaaagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcaccctgc
gi|3 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaatacatgtgcatttattatgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatgtgtcgtgtcgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGACAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCATCTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAAc
gi|3 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATC-AAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatcaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcacccctg
gi|4 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattgacaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggtttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcatctacaacaataacaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGTCAAATTGGTAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT------CAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTTGTGCCAACGTAAAGTAAAATTTA--------TATTTTATTT--CATTTGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACATCTACAACAACATCAGTAGTT---AC--AACAACAGCAACAACAGTAACAGCA-----------------GCAGTAACGGCTACAACAT--C---------AGCAGtg
gi|4 : TACA------ACAAC-AGCAA--------CAACAGTAACAG------CA---------GCAGTAACGGCTACAACA---TCAGCAGTTNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCAGCTATT-GGGGTCACTCACCCTGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagcagcagcagcaacagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagcccagctattggggtcactcaccctgc
gi|5 : taacaaaatagaacacaatcaaatagtcaaattggtaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgttgtgccaacgtaaagtaaaatttatattttatttcatttgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatctacaacaacatcagtagtAATAGTACACAATGAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAc
gi|5 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTGCT-GGGGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctgctggggtcactcaccctg
gi|6 : aatagtacacaatgaaatagccaaattggcaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAACACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---TAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTCACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----
gi|6 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCC---------GGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccggtcactcaccctgc
gi|7 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaacacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaatttaacaacgacaacaaaggtttgttcactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGAATAGAACAGAATCAAATATCCAA--------TACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCTCATGTGACAATAACACATCCATTTAAACAACAACGACAAC---AAAAGCTTGTTTATTCTTTATATATCATGCAAACGTAAAGTAAAA---AAATTTTTTTATTGAACTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAC-AACAA--A-----CAACAATAGCAGTAAAATTA---------GCTTTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAACAACAACAT------CA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGA------AGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCTACAAAACAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTACGATATTTAGAGCCCCGTTACTGGGGGTCACTCGTCCCGc
gi|8 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATGTATGTACATTTATTGTGAATATAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CACTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGTAACAG------CA---------GCAGTAACAGCTACAACAACGTCAGCAGTTACAACAAAAAAACAATAACAACAACAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCCACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCACGCTACT-GGGGTCACTCACCCTG
gi|9 : gGTCATGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTGTTTAATTT--CATTCATCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAACAACAACAG------C------------GGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACA------------GCAACAACA-----------------GTAT----------------G----------AGCAGC---------AGTAACAGCTA-----CAACAAC-----ATCAGCAATT
gi|9 : CA------GCAGT-AACAGCTA-----CAACAACATCAG------CAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------CCATCAACA--TAGAAAACAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AACATAACGGCAACAGTTAAATATCCGAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGGTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaacagcagcagcagcaacagctacaaaacataacggcaacagttaaatatccgaaaggacactgttgaagctaaggtatttagagccccgctactggggtcactcgccccg
blockSeqs : AAA TTA AAT TA GGAAGC C AGTCAA G TAAAAT ATTNNNNNN A T AA C NNNNNNNNNNNNNNNNNC GC AGA AGCAGCAAC CAAAA C ATAAC G
blockSeqs : . . . . . . TTA A . . T A . C G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . ATT G . . A T . C C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CTA G . . G T . N C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A T . . A T . C G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G G . . G T . T C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . . G T . N C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A G . . A T . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . T N . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . A . . . . .
blockSeqs : . . A . . . G
blockSeqs : . . A . . . N
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqs : . . A
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *** *********
originalCons : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAGCAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
finalCons : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAGCAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCAGCAGCAGCAACAACAACAACTTCTACAGCAACTACTACTACTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 111111111 222222222222222222 222222222 111111111 11111
lowQualScore : 777 777 666 55 666666 2 11111111 0 3 888888 111111111 3 1 0 0 55 0 1 666666666666666666 55 333333333 777777777 99999 3 00000 4 0 0
lowQualScore : ... ... ... .. ...... . ........ . . ...... ......... . . . . .. . . .................. .. ......... ......... ..... . ..... . . .
lowQualScore : 555 888 444 00 888888 4 66666666 7 5 222222 444444444 6 1 7 9 55 9 3 888888888888888888 00 000000000 888888888 11111 6 00000 4 7 7
consensus : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAGCAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
Reference ( family-5579 ) : NTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGCAACAG------CA---------GCGGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAGCAACAACAGCAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCG
gi|1 : TAACAAAATAGAACATAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACTTGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATTGAACAACAACGACAGC---AAAAGCGTGTTTACATTTTATATGTCATGCACACGTAAAGAAAAAAATA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACATCAA---------CA---------GCGGTAACA
gi|1 : A-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGCAGTAGCAGCAGC---------AGCAACAGCCA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATACCCAAAAGAACACTGTTGAAGCTAAGCTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatcaacatagaaaatagcagcagtagcagcagcagcaacagccacaaaacggcaacagttaaatacccaaaagaacactgttgaagctaagctatttagagccccgctactggggtcactcgccctg
gi|10 : taacaaaatagaacataatcaaatagccaaattggcaatacttgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattgaacaacaacgacagcaaaagcgtgtttacattttatatgtcatgcacacgtaaagaaaaaaatattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacatcaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTACAGGAAGCACAAC-GACAA--AGTCAACAACAGCAGCAA------CA---------ACAAAAACAATTACAACAACAACAGTTGTTGCAGC--TGCTGCTACAACAACAGCAACAGCA-----------------GCAACAACA--
gi|10 : CAGCAACA------ACAAA-AACAATTA-----CAACAACAACAG------TT---------GTTGCAGCTGCTGCTACAACA---------ACAGC--AACAGCAGCAACAACAGCAACAAgcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|10 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagACTCGTCAA----A------AGAATCAGTTA--ATT---CAACAGCAGCAG------CA---------GCAGCAGCAGCAACAACAGATTCAACAaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaactcgtcaaaagaatcagttaattcaacagcagcagcagcagcagcagcaacaacagattcaacaaagtacacagaataatgctg
gi|11 : actacaggaagcacaacgacaaagtcaacaacagcagcaacaacaaaaacaattacaacaacaacagttgttgcagctgctgctacaacaacagcaacagcagcaacaacagcaacaaaaagtgactttaacaacagatcagttgaaattgttactgcttgaacatcaaCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTAATTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAATAGCaagtacacagaataatgctg
gi|11 : ACCACAACAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCTGC---------AGCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccacaacaacaacaccatcaacatagaaaatagcagctgcagcaa
gi|12 : cgacgtaaagtaaaatttattttttaattaatttcattcgtcaactacaacaataataaacaacaacaacagcggtaatagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA------ACAAC-AACAA--G-------ACAGCAGTAG------CA---------AA---AACAATTACAACAATAACAACAGTAGCTAC--GACTACAG---GAACAGCAACAACA----------------------AAGA--TAG----TAGT---------AGCAGC---------ACCAGCGGCAG-----CAA-AA
gi|13 : aCA------ACAAC-AAAAA--A-----CAGCATCAACAT------CA---------GCAGCAACA---ACAACAACATCA------ATAAC--AGCAACAGCAA
gi|14 : GACAACTTAAAAAGCTT-TTTGATGTTTGTATATCATGCCGACACTAAATAAAATTTA-----ATTGATTTGATTTTACATTttgctgctgctactgc
gi|15 : TAATAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAt
gi|2 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTGCATTTATTATGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATGTGTCGTGTCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACA
gi|2 : -----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------CGCAGC---------AGCAAAAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCTGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagccgcagcagcaaaagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcaccctgc
gi|3 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaatacatgtgcatttattatgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatgtgtcgtgtcgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGACAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCATCTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAAc
gi|3 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATC-AAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCACCCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatcaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctactggggtcactcacccctg
gi|4 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattgacaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggtttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcatctacaacaataacaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGTCAAATTGGTAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT------CAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTTGTGCCAACGTAAAGTAAAATTTA--------TATTTTATTT--CATTTGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAA---CAACAA------CA---------GCGGTAACATCTACAACAACATCAGTAGTT---AC--AACAACAGCAACAACAGTAACAGCA-----------------GCAGTAACGGCTACAACAT--C---------AGCAGtg
gi|4 : TACA------ACAAC-AGCAA--------CAACAGTAACAG------CA---------GCAGTAACGGCTACAACA---TCAGCAGTTNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCAGCTATT-GGGGTCACTCACCCTGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaatagcagcagcagcaacagctacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagcccagctattggggtcactcaccctgc
gi|5 : taacaaaatagaacacaatcaaatagtcaaattggtaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgttgtgccaacgtaaagtaaaatttatattttatttcatttgtcaactacaacaataacaaacaacaacaacagcggtaacatctacaacaacatcagtagtAATAGTACACAATGAAATAGCCAAATTGGCAATACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAc
gi|5 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCCGCTGCT-GGGGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccgctgctggggtcactcaccctg
gi|6 : aatagtacacaatgaaatagccaaattggcaatacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaattcaacaacgacaacaaaggcttgtttactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAACACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---TAACAACGACAAC---AAAGGTTTGTTCACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----
gi|6 : TA-----CAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCCC---------GGTCACTCACCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaaaacggcaacagttaaatatccaaaaggacactgttgaagctaagatatttagagccccggtcactcaccctgc
gi|7 : taacaaaatagaacacaatcaaatagccaaattggcaacacatgtacatttattgtgaatacaatataagcgcatcacatgtgacaataaaacatccaatttaacaacgacaacaaaggtttgttcactgtttatatgtcgtgccgacgtaaagtaaaatttattttttatttaatttcattcgtcaactacaacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGAATAGAACAGAATCAAATATCCAA--------TACATGTACATTTATTGTGAATACAATATAAGCGCATCTCATGTGACAATAACACATCCATTTAAACAACAACGACAAC---AAAAGCTTGTTTATTCTTTATATATCATGCAAACGTAAAGTAAAA---AAATTTTTTTATTGAACTT--CATTCGTCAACTACA------ACAAC-AACAA--A-----CAACAATAGCAGTAAAATTA---------GCTTTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACAACAACAACAACAT------CA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGCAGA------AGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCTACAAAACAA-AAC-----GGCAACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTACGATATTTAGAGCCCCGTTACTGGGGGTCACTCGTCCCGc
gi|8 : TAACAAAATAGAACACAATCAAATAGCCAAATTGGCAATGTATGTACATTTATTGTGAATATAATATAAGCGCATCACATGTGACAATAAAACATCCAATT---CAACAACGACAAC---AAAGGCTTGTTTACTGTTTATATGTCGTGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTATTTAATTT--CACTCGTCAACTACA------ACAAT-AACAA--A-----CAACAGTAACAG------CA---------GCAGTAACAGCTACAACAACGTCAGCAGTTACAACAAAAAAACAATAACAACAACAACAACA-----------------CCATCAACA--TAGAAAATAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AAC-----GGCCACAGTTAAATATCCAAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGATATTTAGAGCCACGCTACT-GGGGTCACTCACCCTG
gi|9 : gGTCATGCCGACGTAAAGTAAAATTTA---TTTTTTGTTTAATTT--CATTCATCAACTACA------ACAAT-AATAA--A-----CAACAACAACAG------C------------GGTAACAGCTACAACAACATCAGCAGTTACAAC--AACA------------GCAACAACA-----------------GTAT----------------G----------AGCAGC---------AGTAACAGCTA-----CAACAAC-----ATCAGCAATT
gi|9 : CA------GCAGT-AACAGCTA-----CAACAACATCAG------CAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------CCATCAACA--TAGAAAACAGC---------AGCAGC---------AGCAACAGCTA-----CAA-AACATAACGGCAACAGTTAAATATCCGAAAGGACACTGTTGAAGCTAAGGTATTTAGAGCCCCGCTACT-GGGGTCACTCGCCCCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcaacatagaaaacagcagcagcagcaacagctacaaaacataacggcaacagttaaatatccgaaaggacactgttgaagctaaggtatttagagccccgctactggggtcactcgccccg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCAGCAGCAGCAACAACAACAACTTCTACAGCAACTACTACTACTA