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Alignments
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Alignments
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Reference ( family-5454 )     :    TATAGTAGGTT-TCTCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGTCAGTCATTTCACTATT-G-TATAT
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gi|8                          :    TATAGTTAGTT-GCTCAGTCCATCTGCA----------G----TA----G----CGTCAGTCAGTCATTTCACTATT-G-TATtttgttgatacatgcatattctataaa
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blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
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blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
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blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
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blockSeqs                     :               .                .          .     .    .                          . .
blockSeqs                     :                                .          .     .    .                          . .
blockSeqs                     :                                .          .     .    .                          .  
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blockSeqCons                  :                                **********
originalCons                  :    TATAGTAGGTT-TCTCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGTCAGTCATTTCACTATT-G-TATAT
finalCons                     :    TATAGTAGGTT-TCTCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGTCAGTCATTTCACTATT-G-TATAT





Alignments
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lowQualScore                  :               .                .......... ....  .... ....                       . .     
lowQualScore                  :               9                4444444444 3333  3333 5555                       6 3     
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Reference ( family-5454 )     :    TATAGTAGGTT-TCTCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGTCAGTCATTTCACTATT-G-TATAT
gi|1                          :             TT-TCTTAGTCTGTCTGCAACATAATTATA----TA----T----CGCCAGTTAGTAATTCTGTTATT-GATACAT
gi|10                         :   aTATAATAGGTA-TCTCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGTCAGTCATTTCACTATT-G-TATATcatgttgatacatgcactttatatagatag
gi|11                         :        GCAGGTT-TCTCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGCCCGTCAGTCTTTTCATTGTT-G-TATA
gi|12                         :      TAGTAGGTT-TATCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CACCAGGAAGTCATTTCACTATT-G-TATAgaca
gi|13                         :   gTATAGTAAGTT-TCTCATACTGTCTGCA----------C----TA----T----CGTCAGTCAGCCATTTCACTATT-G-g
gi|14                         :       AGTAGGTT-TATCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGACATTCATTTCACTATT-A-TATAct
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gi|16                         :            GTTATCCTAATCTCTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGTCAGTCTTTTCACTATT-G-TATATga
gi|17                         :    TACAGTAGGTT-TCTTAGTCTAACTGCA----------A----TA----T----CGTCAGTCAGTCA-TTCACTATT-aca
gi|18                         : tatTATAGTGGGTG-TTTTAGTCTGACTGCA----------G----TA----T----CATCAGTCAGTCATTTCACTTTT-G-
gi|19                         :           GGTT-TCTCAGTCTGTCTGAA----------G----TA----T----CGTCAGTCAATCATTTCACTTTT-G-TATAT
gi|2                          :             TT-TCTTAGTCTGTCTGCAACATAT----A----TA----T----CACCAGTTAGTAATTCTATTATT-GATACATa
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gi|21                         :         TAGGTT-TCTCAGTCTGTCTACA----------G----TA----T-----GCAAGTCAGTCATTTCACTATT-ata
gi|22                         :              attaTCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGTCAGTCATTTCACTATT-G-CATA
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gi|25                         :        GTATGTT-TCTCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGTCAGTCAGTCATttcgata
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gi|6                          :                  TCA-TCTGTCTGCA----------A----TA----TATTTCGTCAGTCAGTGATTTCATTCTTGG-TACATtttgttgatatatgcatttcatatagata
gi|7                          :                 actAGTCTGTCTGCAATAT------G----TA----T----TCTCAGTCAGTCATTTCATTATA-GATATATtttgttggtatatccgtcttatacacat
gi|8                          :    TATAGTTAGTT-GCTCAGTCCATCTGCA----------G----TA----G----CGTCAGTCAGTCATTTCACTATT-G-TATtttgttgatacatgcatattctataaa
gi|9                          :   agATAGTAGGTT-TCCCAGTCTGTCTGCA----------G----TA----T----CGCCAGTCAATCATTTCAATATT-G-TATATtgat