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lowQualScore                  :               2               33 444 33                     333    1         333 2             2 2    22                                 55  6666   4  2  77777777 333                 0000   2 333333333333   555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777777        2     33        444  2                33    4   6  1 8888  999             2                                           2                        4444444444444        33  2   2    0  2        555  44 33 3 7777    333          
lowQualScore                  :               .               .. ... ..                     ...    .         ... .             . .    ..                                 ..  ....   .  .  ........ ...                 ....   . ............   ...... ........................................................ ......        .     ..        ...  .                ..    .   .  . ....  ...             .                                           .                        .............        ..  .   .    .  .        ...  .. .. . ....    ...          
lowQualScore                  :               9               22 111 22                     555    2         555 0             0 0    88                                 00  2222   0  0  22222222 555                 4444   4 222222222222   888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222        3     22        111  4                99    9   1  5 9999  444             9                                           7                        7777777777777        33  7   7    5  7        000  22 99 6 7777    666          
consensus                     :   ATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---NACA-A-C----------ATA----TAT--AT---------A------------------N----A------------------A---A--TAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGNAGAA----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAACGGT
Reference ( gi|12 )           :   ATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---CACA-A-C----------ATA----TAT--AT---------A------------------T----A------------------A---A--TAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAGGAGCAGAA----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGT
gi|13                         :   ATTTTATTATAG-TCTCACCTATATCAC--A---T--TACAATCATAAATGCATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---CACA-A-C----------ATA----TAT--AT---------A------------------T----A------------------A---A--TAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAGGAGCAG-A----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATATTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGG
gi|11                         :   ATTTTATTATAG-TCTCACTTTTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAGTTGTTA--TT----TTT-CT-AC------------AGTATACATTTAAAATC---CACA-A-CATATTTATATATA----TAT--AT---------A------------------T----A------------------A---A--TAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGCAG-A----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT---A-AAA-AGTAGGT-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGT
gi|9                          :   ATTTTATCATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---CACA-A-C----------NNN----NNN--NN---------N------------------N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---A--TAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATCAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAATAAAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGT
gi|15                         :   ATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAGA---CAT---CAAATACA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGGGCTATGAGAGACTAATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---CACA-AAT----------ATA----TAT--AT---------A------------------T----A------------------A---AAATAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGGCAAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--t
gi|8                          :   ATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCA-------------AATCATAAATGTATAAAA---CATTGATAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTTATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---CACA-AAT----------ATA----TAT--AT---------A------------------T----A------------------A---AAATAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAG----TAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGGTTTTTTTTC---TA--A-AA-T----ATAT---GAATAATTGT
gi|5                          :   ATTTTATTATAG--CTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGATAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---AACtaaaaaatcaattattatgaat
gi|7                          :   ATTTTATTATAG-TCGCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ACAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTTTGAGAGTCTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---AACA-A-C----------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaataaacagaaccattttctatattcatttaggctaaaaaagaaaagagcagaaaaaacaaaaacataataaaacatcatttagattgactattaaaattatatacagtttaagtatatctttacactttatcagatttacaaataaaaaaagtatgattttattctaaaatatataaataatgg
gi|24                         :   ATTTTATTATAA-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagcaacattttctacattcatttagattaaaaaaaagaaaagagaagaaaaaacaaaaacataataaaacatcaataagatagactattaaaattatatacaatttaagtatatctttacacttgatcagatttacaaataaaaaagcaagatttta
gi|2                          :   ATTTTATTTAAG-TCTCACCTCTTTCAC--A---T--TACAATTATAAATATATAAAA---CATTTACAAATATA---A-ATAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTACGAGAGACTGATTGTTAT-TT----TTT-TT-AC--------A---AGTTTGCATTTA----C---TA-A-A------------ATG----AAA--AG---------A------------------G----A------------------A---G--AAAAACAACAACATAATTAAAAC----TT-CATCTAGATTGAagcaacattcaataaaaaaacacaactaatct
gi|22                         : atATTTTGTT-TAGGTCTCATCTCTATCAC--A---T--TACAATTATAGAAATATAAAA---CATTTACAAGTATA---A-ATAGTGAAGCTAT-G-AAAG--GCTCTTTATAGGGCTTTGAGAGACTGATTGCTG--TT----TTG-CT-GT--------ATTTACTAT---TTTGAAATttattaaaattatatgcaaattaagtatgtcctaatactttataagatttacagataaaaaatgtaagatttcattcaaatataatatataaaataacagttaacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|10                         :   tTTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ACAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGGTTGTTA--TT----TTTTCT-AT--------A---AGTATACATTTAAAATC---AACA-C-C----------ATA----T-T--ATTCTCTTTTTA------------------TTTTAA------------------A---A--TAAAACAGCAACAT--TTTCTATA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAGCATCATCTAGATTGACTATTAAAATTATATACAATTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AAATAATGGTgaaaaa
gi|21                         :    TTTTATTATAG-TCTCACCTCAATCAC--A---A--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--ACTCTTTACATAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATATATTTAAAATC---AACA-A-T----------ATA----TAT--AT---------A------------------T----A------------------a
gi|1                          :    tTTTATTTTAG-TCTCACCTTTATCAC--A---T--TACAATTATAAATCTATAAAA---CATTTACAAATAGA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGA----CA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTAACATTC---TACA-A-C----------ATA----T-T--GTTTCA-----A------------------A----A------------------A---A--TAAAACAGCAGGAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTTAATAA--GAACAGAGAAGAAAAACAAA-AACAAAAACAAAAT-AAAAtga
gi|18                         :  taaTTCATCAGTG-TCTCCCCTGAGTCAC--AAAAT--TACAGTTTTAAAT--ATAAAA---TATATACAAACATATTCATGTAGCGAAAT-AA-GTAAAA----TGTTTGCAGAGCTATGAGAGACTATTTGTTAACTTGCTATTT-TT-AC--------C---A-TAAATATTTACAATC---GAGC-T-C----------AGA----TTTTAAC---------A------------------A----A------------------AATCA--TAAAACACAA------CTTCAGCA---TT-CAATTAGGCaaagaaagagaagaaaaacaacaaatattaaagcatcagctagattgactatcaaaattatatacaatttaagtatgcccttacattttatcagatttacaaataaaaaagtaggatttcattctattacatgtacatatgaaataacggtaaaaaaaatatttttttataaatctaaatcatttatataaaatagtttttctacgttttaaaacgtcaaaagaaattttggcagataatcttaatactttttcaactttacagcttaacatataatgtaattgttcttgaatctaaaattattattcttcatgcttattttatctaaataactatttctaatatcatcatatattggacaggatagtaatacatgttcttc
gi|27                         :                 tatgCCTCTATCAC--A---TATTACAGATGTAAATATATAAAAAGATATTTAAAAAT-TA---G-ATAGTGAA-TTAA---AGAATTACTCTTTGCAGAGC
gi|25                         :      agagtagtaacattcctTCTATCACTCA---T--TGCAGTGATAACTGCATAAAA---CATTTACA------------TAGTGAAATAAATG-AGA------CTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATAGATA--TT----TTT-ATCACACGCAATTA---AGAATACAGTTAAA
gi|3                          :                            CAC--A---G--CACA-TCA--AACGT-TAAA----TATTTACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAG-G-AGAG--GCTCTTTATAGAGCTATAAGAGACTAGTTGCTA--GT----TTT-CC-A-----------------TACTTTTAAAAAC---ATCA-A-C----------ATA----TCT---------------------------------------------------------------CAAAATA--AACTT--CATCT------TT-TATTTAGACTAAAAtattaaa
gi|17                         :                                        gACAATCATAAATGTATAAAG---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGAGTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATC---AACA-A-C----------ATATTTTTTT--TT---------A------------------A----A------------------A---A--TAAAACAGCAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAG------AAA-AACAACAACATAAT-GAAACATCATTTAGATTGGCTATTAAAATTATATACATTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---Tcatgacagtattattgattaggtttatatttcagatatatttgaatatatagagtataaaattcaagcactgtgtaagaaaacataataagttttttgagtatatacacctttaagatttccttacacaaggcacaaaaattaaaaaaatgaataaactaaaagaccattcaagatatataaactagattaaatgttaaccattatacattaaaatcaattatataatacatgcggtctacgttttcaattattgacgtagttttggcaggtaatcgtattacttcatttttgtaactaaacatatagggtacttgtccttgaatcgtttgcatctctaataatcagcgttctcaatgctcattctattaaaatagttctttc
gi|4                          :                                              CATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-ACAG--GCCTTTTACAGAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTTTCT-AC--------A---AGTATACATTTACAATTATATATATA-T----------ATA----TAT--AT---------ACATATATATTTATTTTTTT----A------------------A---A--TAATGCAGCAACAT--TTTCTACA---TT-CATTAATGTTAAAAAA--AATAAAAG-AGAAT---AAA-AACAACAACATAAT-AAAACGACATTTAGATTGACTATTATAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCATGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AGATAATGGT
gi|14                         :                                                 AAATATGTAAAA---CATATACACATATA---A-AACGTGAAGTAAA-G-AGAT--GCTCTTTACAGAGTTATGAGAGACTGTTTGCCA--TTC---TTT-CT--C--------A---ATTTTACATTTAAAATC---AATA-G-C----------ATA----TTT--AC---------A-----------------------A------------------A---T--TAAAACATAAttaaaaattaattattataaatttaaatcaattatataaaatagtttttctatgttttaaaacgccgaagcagattttggcagataattttatttctttttcatctttacagcttagcatatgttctagaactgttaaatttctaaactca
gi|23                         :                                                                                         atattttatttaaatttcagcTTACAGAACTATGAGAGACTAGTCGCTA--TT----TTT-CC-AT--------A---ATTGTACATT--AATTC---AACA-A-C----------CTA----TTT--AA---------A------------------A----A------------------A---A--TCAAtgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttaacataatacaacctaaccattatatacaacttaaaggatttctttacacaatatcagactattttaatgaagttaaaaataaataaacagtaagatactattcta
gi|1                          :                                                                                                                                             T----TTT-CT-AC--------A-------TTCATTTAGACTT---AATA-A-G----------A-------AC--AG---------A------------------G----A------------------A---G--AAAAACAAAAACA--------AAA-------AC--AAAATAAAAAA--AGAAAGAGAAGAA----AAACAACAAA----TATT-AAAGCATCAGCTAGATTGACTATCAAAATTATATACAATTTAA-GTATGCCCTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAGGA-TTTCATTC---TATTA-CA-TGTACATATG--AAATAACGGTtttgcctaaacggaagttgttttattgattatatttctgtttaagatatatttgaaaatattaaaataaaaag
gi|5                          :                                                                         taatttattttagtctcacctttatcacattacaattataaatctataaaacatttacaaatagaaatagtgaagttaagagaggctctttacagagctatgagagactgacatttttctacaagtatacattaacattctacaacatattgtttcaaaaaataaaacagcagga----A------------------A---A--TAAA-CAGAACCAT--TTTCTATA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTATGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGaaaaaaaatatttttttataaatctaaatcatttatataaaatagtttttctacgttttaaaacgtcaaaagaaattttggcagataatcttaatactttttcaactttacagcttaacatataatgtaattgttcttgaatctaaaattattattcttcatgcttattttatctaaataactatttctaatatcatcatatattggacaggatagtaatacatgttcttc
gi|7                          :                                                                                        attttattatagctcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaatataaatagtgaagataagagtggctctttacagagctatgagagactaattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaAACAGCAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGATTAAAAAAAAGAAAAGAGAAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCAATAAGATAGACTATTAAAATTATATACAATTTAA-GTATATCTTTACACTTGATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCAAGA-TTTTA
gi|19                         :                                                                      attttattatagtcgcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaataaaaacagtgaagttaagagaggctctttacagagctttgagagtctgattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGCAACAT--TTTCTTCA---TT-CATTTAGATTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAACATCATTTAGTTTGACTATTAAAATTGTATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA--------AAGA-TTTTATTC---TA--A-TA-G----ATAT---AAATAATGGT
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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|10                         :                                                          taatttattttagtctcacctttatcacattacaattataaatctataaaacatttacaaatagaaatagtgaagttaagagaggctctttacagagctatgagagactgacatttttctacaagtatacattaacattctacaacatattgtttcaaaaaataaaacagcaggaTTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ACAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGGTTGTTA--TT----TTTTCT-AT--------A---AGTATACATTTAAAATCA---ACA-C---C----------ATA----TTATTCTCTTTTTAT--TT----TAA------------------A---ATAAAACAGCAACAT--TTTCTATA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAGCATCATCTAGATTGACTATTAAAATTATATACAATTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AAATAATGGTaaaaaaaatatttttttataaatctaaatcatttatataaaatagtttttctacgttttaaaacgtcaaaagaaattttggcagataatcttaatactttttcaactttacagcttaacatataatgtaattgttcttgaatctaaaattattattcttcatgcttattttatctaaataactatttctaatatcatcatatattggacaggatagtaatacatgttcttc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG-TCTCACTTTTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAGTTGTTA--TT----TTT-CT-AC------------AGTATACATTTAAAATCC---ACA-A---CATATTTATATATA----T------------AT--AT----ATA------------------A---ATAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGCAG-A----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT---A-AAA-AGTAGGT-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGTa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATCC---ACA-A---C----------ATA----T------------AT--AT----ATA------------------A---ATAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAGGAGCAGAA----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG-TCTCACCTATATCAC--A---T--TACAATCATAAATGCATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATCC---ACA-A---C----------ATA----T------------AT--AT----ATA------------------A---ATAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAGGAGCAG-A----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATATTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAATATGTAAAA---CATATACACATATA---A-AACGTGAAGTAAA-G-AGAT--GCTCTTTACAGAGTTATGAGAGACTGTTTGCCA--TTC---TTT-CT--C--------A---ATTTTACATTTAAAATCA---ATA-G---C----------ATA----T------------TT--AC----A-A------------------A---TTAAAACATAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atattttatttaaatttcagcAACATAAT-ACAAC----------CTAACCATTA------TATACAACTTAAAGGATTTCTTTACACAATATCAGACTATTTTAATGAAGTTAAAAAT-AAATAAACAGTAAGA-TACTATTC---TA--tgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttaacataatacaacctaaccattatatacaacttaaaggatttctttacacaatatcagactattttaatgaagttaaaaataaataaacagtaagatactattcta
gi|15                         : atattttatttaaatttcagcaaatatgtaaaacatatacacatataaaacgtgaagtaaagagatgctctttacagagttatgagagactgtttgccattctttctcaattttacatttaaaatcaatagcatatttacaaattaaaacataatgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAGA---CAT---CAAATACA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGGGCTATGAGAGACTAATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----AAA------------------A---ATAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGGCAAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACATCATCTATATTAACTATTAAACTTATATAGAATTCTA-GTATGTCCTTACAGTTTATCAGAA-------------TAACAAAT-A-A-AAA-AGTAAGA-TTTCATTC---TA--ATAATT----ATATAGAAAATAACGGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aacaacatagctttACAATCATAAATGTATAAAG---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGAGTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATCA---ACA-A---C----------ATATTTTT------------TT--TT----AAA------------------A---ATAAAACAGCAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAG------AAA-AACAACAACATAAT-GAAACATCATTTAGATTGGCTATTAAAATTATATACATTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---Taaaaaaaaattatcatacatttaaatccattatataaaatagtttttctacgttttcaatcttcgaagcagattttgacagataatcttagtactgtttcatcattacaccgtaattattcttgaaatgttaaaacttcttaaaatcagtattctcatatattacactaaatgtaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                          TTCATCAGTG-TCTCCCCTGAGTCAC--AAAAT--TACAGTTTTAAAT--ATAAAA---TATATACAAACATATTCATGTAGCGAAAT-AA-GTAAAA----TGTTTGCAGAGCTATGAGAGACTATTTGTTAACTTGCTATTT-TT-AC--------C---A-TAAATATTTACAATCG---AGC-T---C----------AGA----T------------TTTAAC----AAA------------------AATCATAAAACACAA------CTTCAGCA---TT-CAATTAGGC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tatgAACAGCAACAT--TTTCTTCA---TT-CATTTAGATTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAACATCATTTAGTTTGACTATTAAAATTGTATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AA-------GA-TTTTATTC---TA--A-TA-G----ATAT---AAATAATGGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTTAAG-TCTCACCTCTTTCAC--A---T--TACAATTATAAATATATAAAA---CATTTACAAATATA---A-ATAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTACGAGAGACTGATTGTTAT-TT----TTT-TT-AC--------A---AGTTTGCATTTA----CT---A-A-A--------------ATG----A------------AA--AG----AGA------------------A---GAAAAACAACAACATAATTAAAAC----TT-CATCTAGATTGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atT--TTTTTACAAGTTTGCATTTA--CTAAAAT---GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGATTGATTATTAAAATTATATGCAAATTAA-GTATGTCCTAATACTTTATAAGAT-------------TTACAGAT-AAA-AAA-TGTAAGA-TTTCATTCAAATA--T-AA-T----ATATA--AAATAACAGTttattaaaattatatgcaaattaagtatgtcctaatactttataagatttacagataaaaaatgtaagatttcattcaaatataatatataaaataacagttaacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|21                         :                                                                                                                 atattttatttaagtctcacctctttcacattacaattataaatatataaaacatttacaaatataaatagtgaggttaagagaggctctttacagagctacgagagactgattgttattTTTTATTATAG-TCTCACCTCAATCAC--A---A--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--ACTCTTTACATAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATATATTTAAAATCA---ACA-A---T----------ATA----T------------AT--AT----ATA------------------taacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                       tATTTTGTT-TAGGTCTCATCTCTATCAC--A---T--TACAATTATAGAAATATAAAA---CATTTACAAGTATA---A-ATAGTGAAGCTAT-G-AAAG--GCTCTTTATAGGGCTTTGAGAGACTGATTGCTG--TT----TTG-CT-GT--------ATTTACTAT---TTTGAAATtga
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gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAA-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATtttgcctaaacggaagttgttttattgattatatttctgtttaagatatatttgaaaatattaaaataaaaag
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                            TCTATCACTCA---T--TGCAGTGATAACTGCATAAAA---CATTTACA------------TAGTGAAATAAATG-AGA------CTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATAGATA--TT----TTT-ATCACACGCAATTA---AGAATACAGTTAAAagcaacattcaataaaaaaacacaactaatct
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                agagtagtaacattcctCAC--A---G--CACA-TCA--AACGT-TAAA----TATTTACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAG-G-AGAG--GCTCTTTATAGAGCTATAAGAGACTAGTTGCTA--GT----TTT-CC-A-----------------TACTTTTAAAAACA---TCA-A---C----------ATA----T------------CT----------------------------------CAAAATA--AACTT--CATCT------TT-TATTTAGACTAAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  gCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-ACAG--GCCTTTTACAGAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTTTCT-AC--------A---AGTATACATTTACAATTATATATATA---T----------ATA----T------------AT--AT----ACATATATATTTATTTTTTTAA---ATAATGCAGCAACAT--TTTCTACA---TT-CATTAATGTTAAAAAA--AATAAAAG-AGAAT---AAA-AACAACAACATAAT-AAAACGACATTTAGATTGACTATTATAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCATGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AGATAATGGTcatgacagtattattgattaggtttatatttcagatatatttgaatatatagagtataaaattcaagcactgtgtaagaaaacataataagttttttgagtatatacacctttaagatttccttacacaaggcacaaaaattaaaaaaatgaataaactaaaagaccattcaagatatataaactagattaaatgttaaccattatacattaaaatcaattatataatacatgcggtctacgttttcaattattgacgtagttttggcaggtaatcgtattacttcatttttgtaactaaacatatagggtacttgtccttgaatcgtttgcatctctaataatcagcgttctcaatgctcattctattaaaatagttctttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG--CTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGATAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATCA---ACttaaaaattaattattataaatttaaatcaattatataaaatagtttttctatgttttaaaacgccgaagcagattttggcagataattttatttctttttcatctttacagcttagcatatgttctagaactgttaaatttctaaactca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ----AAA------------------A---ATAAA-CAGAACCAT--TTTCTATA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTATGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaataaacagaaccattttctatattcatttaggctaaaaaagaaaagagcagaaaaaacaaaaacataataaaacatcatttagattgactattaaaattatatacagtttaagtatatctttacactttatcagatttacaaataaaaaaagtatgattttattctaaaatatataaataatgg
gi|7                          :                                         attttattatagctcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaatataaatagtgaagataagagtggctctttacagagctatgagagactaattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTTATTATAG-TCGCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ACAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTTTGAGAGTCTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATCA---ACA-A---C----------A
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AACAGCAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGATTAAAAAAAAGAAAAGAGAAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCAATAAGATAGACTATTAAAATTATATACAATTTAA-GTATATCTTTACACTTGATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCAAGA-TTTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagcaacattttctacattcatttagattaaaaaaaagaaaagagaagaaaaaacaaaaacataataaaacatcaataagatagactattaaaattatatacaatttaagtatatctttacacttgatcagatttacaaataaaaaagcaagatttta
gi|8                          :                     attttattatagtcgcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaataaaaacagtgaagttaagagaggctctttacagagctttgagagtctgattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCA-------------AATCATAAATGTATAAAA---CATTGATAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTTATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----AAA------------------A---ATAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAG----TAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGGTTTTTTTTC---TA--A-AA-T----ATAT---GAATAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATCATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATTTAAAATCC---ACA-A---C----------NNN----N------------NN--NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---ATAAAACAGAAACAT--TTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATCAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAATAAAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGTttgttaaaaaatcaattattatgaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|15                         : atattttatttaaatttcagcaaatatgtaaaacatatacacatataaaacgtgaagtaaagagatgctctttacagagttatgagagactgtttgccattctttctcaattttacatttaaaatcaatagcatatttacaaattaaaacataatgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAGA---CAT---CAAATACA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGGGCTATGAGAGACTAATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAAATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGGCAAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACATCATCTATATTAACTATTAAACTTATATAGAATTCTA-GTATGTCCTTACAGTTTATCAGAA-------------TAACAAAT-A-A-AAA-AGTAAGA-TTTCATTC---TA--ATAATT----ATATAGAAAATAACGGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aacaacatagctttACAATCATAAATGTATAAAG---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGAGTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAAATCA---ACA-A---C----------ATATTTTT------------TT--TT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAG------AAA-AACAACAACATAAT-GAAACATCATTTAGATTGGCTATTAAAATTATATACATTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---Taaaaaaaaattatcatacatttaaatccattatataaaatagtttttctacgttttcaatcttcgaagcagattttgacagataatcttagtactgtttcatcattacaccgtaattattcttgaaatgttaaaacttcttaaaatcagtattctcatatattacactaaatgtaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                          TTCATCAGTG-TCTCCCCTGAGTCAC--AAAAT--TACAGTTTTAAAT--ATAAAA---TATATACAAACATATTCATGTAGCGAAAT-AA-GTAAAA----TGTTTGCAGAGCTATGAGAGACTATTTGTTAACTTGCTATTT-TT-AC--------C---A-TAAATATT---TACAATCG---AGC-T---C----------AGA----T------------TTTAAC----A-----------A-------A------------------AATCATAA-AACA-----CAA----CTTCAGCA---TT-CAATTAGGC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatg-AACA-----GCAACATTTTCTTCA---TT-CATTTAGATTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAACATCATTTAGTTTGACTATTAAAATTGTATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AA-------GA-TTTTATTC---TA--A-TA-G----ATAT---AAATAATGGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTTAAG-TCTCACCTCTTTCAC--A---T--TACAATTATAAATATATAAAA---CATTTACAAATATA---A-ATAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTACGAGAGACTGATTGTTAT-TT----TTT-TT-AC--------A---AGTTTGCATTTACTAAAAT-G---AAA-A---G----------AGA---------------------AG----A-----------A-------A------------------A---ACAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGA---TT-GATT---ATTAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atTTTTTTACAAGTTTGCATTTA--CTAAAAT---GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGATTGATTATTAAAATTATATGCAAATTAA-GTATGTCCTAATACTTTATAAGAT-------------TTACAGAT-AAA-AAA-TGTAAGA-TTTCATTCAAATA--T-AA-T----ATATA--AAATAACAGTttatatgcaaattaagtatgtcctaatactttataagatttacagataaaaaatgtaagatttcattcaaatataatatataaaataacagttaacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|21                         :                                                                                                                 atattttatttaagtctcacctctttcacattacaattataaatatataaaacatttacaaatataaatagtgaggttaagagaggctctttacagagctacgagagactgattgttattTTTTATTATAG-TCTCACCTCAATCAC--A---A--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--ACTCTTTACATAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATATATT---TAAAATCA---ACA-A---T----------ATA----T------------AT--AT----A-----------taacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                       tATTTTGTT-TAGGTCTCATCTCTATCAC--A---T--TACAATTATAGAAATATAAAA---CATTTACAAGTATA---A-ATAGTGAAGCTAT-G-AAAG--GCTCTTTATAGGGCTTTGAGAGACTGATTGCTG--TT----TTG-CT-GT--------ATTTACTAT---TT---TGAAATtatga
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tTTACAGAACTATGAGAGACTAGTCGCTA--TT----TTT-CC-AT--------A---ATTGTACATT-----AATTCA---ACA-A---C----------CTA----T------------TT--AA----A-----------A-------A------------------A---ATCA-Agaaaaa
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAA-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATtttgcctaaacggaagttgttttattgattatatttctgtttaagatatatttgaaaatattaaaataaaaag
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                            TCTATCACTCA---T--TGCAGTGATAACTGCATAAAA---CATTTACA------------TAGTGAAATAAATG-AGA------CTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATAGATA--TT----TTT-ATCACACGCAATTA---AGAATACAGT---TAAAagcaacattcaataaaaaaacacaactaatct
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCTATCAC--A---TATTACAGATGTAAATATATAAAAAGATATTTAAAAAT-TA---G-ATAGTGAA-TTAA---AGAATTACTCTTTGCAGAGCtattaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                agagtagtaacattcctCAC--A---G--CACA-TCA--AACGT-TAAA----TATTTACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAG-G-AGAG--GCTCTTTATAGAGCTATAAGAGACTAGTTGCTA--GT----TTT-CC-A-----------------TACTTT---TAAAAACA---TCA-A---C----------ATA----T------------CT--C-----------------A-------A------------------A---ATAA-A------------CTTCATCT------TT-TATTTAGACTAAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  gCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-ACAG--GCCTTTTACAGAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTTTCT-AC--------A---AGTATACATT---TACAATTATATATATA---T----------ATA----T------------AT--AT----ACATATATATTTATTTTTTTA------------------A---ATAA-TGCA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTAATGTTAAAAAA--AATAAAAG-AGAAT---AAA-AACAACAACATAAT-AAAACGACATTTAGATTGACTATTATAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCATGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AGATAATGGTcatgacagtattattgattaggtttatatttcagatatatttgaatatatagagtataaaattcaagcactgtgtaagaaaacataataagttttttgagtatatacacctttaagatttccttacacaaggcacaaaaattaaaaaaatgaataaactaaaagaccattcaagatatataaactagattaaatgttaaccattatacattaaaatcaattatataatacatgcggtctacgttttcaattattgacgtagttttggcaggtaatcgtattacttcatttttgtaactaaacatatagggtacttgtccttgaatcgtttgcatctctaataatcagcgttctcaatgctcattctattaaaatagttctttc
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ----A-----------A-------A------------------A---ATAA-A-CA-----GAACCATTTTCTATA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTATGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaataaacagaaccattttctatattcatttaggctaaaaaagaaaagagcagaaaaaacaaaaacataataaaacatcatttagattgactattaaaattatatacagtttaagtatatctttacactttatcagatttacaaataaaaaaagtatgattttattctaaaatatataaataatgg
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|10                         :                                                          taatttattttagtctcacctttatcacattacaattataaatctataaaacatttacaaatagaaatagtgaagttaagagaggctctttacagagctatgagagactgacatttttctacaagtatacattaacattctacaacatattgtttcaaaaaataaaacagcaggaTTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ACAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGGTTGTTA--TT----TTTTCT-AT--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACA-C---C----------ATA----TTATTCTCTTTTTAT--TT----T-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GCAACATTTTCTATA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAGCATCATCTAGATTGACTATTAAAATTATATACAATTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AAATAATGGTaaaaaaaatatttttttataaatctaaatcatttatataaaatagtttttctacgttttaaaacgtcaaaagaaattttggcagataatcttaatactttttcaactttacagcttaacatataatgtaattgttcttgaatctaaaattattattcttcatgcttattttatctaaataactatttctaatatcatcatatattggacaggatagtaatacatgttcttc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG-TCTCACTTTTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAGTTGTTA--TT----TTT-CT-AC------------AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-A---CATATTTATATATA----T------------AT--AT----A-----------T-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGCAG-A----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT---A-AAA-AGTAGGT-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGTa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-A---C----------ATA----T------------AT--AT----A-----------T-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAGGAGCAGAA----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG-TCTCACCTATATCAC--A---T--TACAATCATAAATGCATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-A---C----------ATA----T------------AT--AT----A-----------T-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAGGAGCAG-A----AAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATATTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAATATGTAAAA---CATATACACATATA---A-AACGTGAAGTAAA-G-AGAT--GCTCTTTACAGAGTTATGAGAGACTGTTTGCCA--TTC---TTT-CT--C--------A---ATTTTACATT---TAAA-ATCA---ATA-G---C----------ATA----T------------TT--AC----------------A-------A------------------A---TTAA-AACA-----TAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atattttatttaaatttcagcAACATAAT-ACAAC----------CTAACCATTA------TATACAACTTAAAGGATTTCTTTACACAATATCAGACTATTTTAATGAAGTTAAAAAT-AAATAAACAGTAAGA-TACTATTC---TA--tgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttaacataatacaacctaaccattatatacaacttaaaggatttctttacacaatatcagactattttaatgaagttaaaaataaataaacagtaagatactattcta
gi|15                         : atattttatttaaatttcagcaaatatgtaaaacatatacacatataaaacgtgaagtaaagagatgctctttacagagttatgagagactgtttgccattctttctcaattttacatttaaaatcaatagcatatttacaaattaaaacataatgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAGA---CAT---CAAATACA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGGGCTATGAGAGACTAATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGGCAAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACATCATCTATATTAACTATTAAACTTATATAGAATTCTA-GTATGTCCTTACAGTTTATCAGAA-------------TAACAAAT-A-A-AAA-AGTAAGA-TTTCATTC---TA--ATAATT----ATATAGAAAATAACGGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aacaacatagctttACAATCATAAATGTATAAAG---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGAGTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACA-A---C----------ATATTTTT------------TT--TT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAG------AAA-AACAACAACATAAT-GAAACATCATTTAGATTGGCTATTAAAATTATATACATTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---Taaaaaaaaattatcatacatttaaatccattatataaaatagtttttctacgttttcaatcttcgaagcagattttgacagataatcttagtactgtttcatcattacaccgtaattattcttgaaatgttaaaacttcttaaaatcagtattctcatatattacactaaatgtaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                          TTCATCAGTG-TCTCCCCTGAGTCAC--AAAAT--TACAGTTTTAAAT--ATAAAA---TATATACAAACATATTCATGTAGCGAAAT-AA-GTAAAA----TGTTTGCAGAGCTATGAGAGACTATTTGTTAACTTGCTATTT-TT-AC--------C---A-TAAATATT---TACA-ATCG---AGC-T---C----------AGA----T------------TTTAAC----A-----------A-------A------------------AATCATAA-AACA-----CAA----CTTCAGCA---TT-CAATTAGGC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatg-AACA-----GCAACATTTTCTTCA---TT-CATTTAGATTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAACATCATTTAGTTTGACTATTAAAATTGTATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AA-------GA-TTTTATTC---TA--A-TA-G----ATAT---AAATAATGGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTTAAG-TCTCACCTCTTTCAC--A---T--TACAATTATAAATATATAAAA---CATTTACAAATATA---A-ATAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTACGAGAGACTGATTGTTAT-TT----TTT-TT-AC--------A---AGTTTGCATTTACTAAA-ATGA---A-A-A---G----------AGA---------------------AG----A-----------A-------A------------------A---ACAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGA---TT-GATT---ATTAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atTTTTTTACAAGTTTGCATTTA--CTAAAAT---GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGATTGATTATTAAAATTATATGCAAATTAA-GTATGTCCTAATACTTTATAAGAT-------------TTACAGAT-AAA-AAA-TGTAAGA-TTTCATTCAAATA--T-AA-T----ATATA--AAATAACAGTttatatgcaaattaagtatgtcctaatactttataagatttacagataaaaaatgtaagatttcattcaaatataatatataaaataacagttaacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|21                         :                                                                                                                 atattttatttaagtctcacctctttcacattacaattataaatatataaaacatttacaaatataaatagtgaggttaagagaggctctttacagagctacgagagactgattgttattTTTTATTATAG-TCTCACCTCAATCAC--A---A--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--ACTCTTTACATAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATATATT---TAAA-ATCA---ACA-A---T----------ATA----T------------AT--AT----A-----------taacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                       tATTTTGTT-TAGGTCTCATCTCTATCAC--A---T--TACAATTATAGAAATATAAAA---CATTTACAAGTATA---A-ATAGTGAAGCTAT-G-AAAG--GCTCTTTATAGGGCTTTGAGAGACTGATTGCTG--TT----TTG-CT-GT--------ATTTACTAT---TT---TGAA-ATGA---AAA-A---tatga
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tTTACAGAACTATGAGAGACTAGTCGCTA--TT----TTT-CC-AT--------A---ATTGTACATT-----AA-TTCA---ACA-A---C----------CTA----T------------TT--AA----A-----------A-------A------------------A---ATCA-A
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAA-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATtttgcctaaacggaagttgttttattgattatatttctgtttaagatatatttgaaaatattaaaataaaaag
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                            TCTATCACTCA---T--TGCAGTGATAACTGCATAAAA---CATTTACA------------TAGTGAAATAAATG-AGA------CTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATAGATA--TT----TTT-ATCACACGCAATTA---AGAATACAGT---TAAATATTA---Aagcaacattcaataaaaaaacacaactaatct
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCTATCAC--A---TATTACAGATGTAAATATATAAAAAGATATTTAAAAAT-TA---G-ATAGTGAA-TTAA---AGAATTACTCTTTGCAGAGCa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                agagtagtaacattcctCAC--A---G--CACA-TCA--AACGT-TAAA----TATTTACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAG-G-AGAG--GCTCTTTATAGAGCTATAAGAGACTAGTTGCTA--GT----TTT-CC-A-----------------TACTTT---TAAA-AACA---TCA-A---C----------ATA----T------------CT--C-----------------A-------A------------------A---ATAA-A------------CTTCATCT------TT-TATTTAGACTAAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  gCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-ACAG--GCCTTTTACAGAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTTTCT-AC--------A---AGTATACATT---TACA-ATTATATATATA---T----------ATA----T------------AT--AT----ACATATATATTTATTTTTTTA------------------A---ATAA-TGCA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTAATGTTAAAAAA--AATAAAAG-AGAAT---AAA-AACAACAACATAAT-AAAACGACATTTAGATTGACTATTATAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCATGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AGATAATGGTcatgacagtattattgattaggtttatatttcagatatatttgaatatatagagtataaaattcaagcactgtgtaagaaaacataataagttttttgagtatatacacctttaagatttccttacacaaggcacaaaaattaaaaaaatgaataaactaaaagaccattcaagatatataaactagattaaatgttaaccattatacattaaaatcaattatataatacatgcggtctacgttttcaattattgacgtagttttggcaggtaatcgtattacttcatttttgtaactaaacatatagggtacttgtccttgaatcgtttgcatctctaataatcagcgttctcaatgctcattctattaaaatagttctttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG--CTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGATAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACttaaaaattaattattataaatttaaatcaattatataaaatagtttttctatgttttaaaacgccgaagcagattttggcagataattttatttctttttcatctttacagcttagcatatgttctagaactgttaaatttctaaactca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----A-----------A-------A------------------A---ATAA-A-CA-----GAACCATTTTCTATA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTATGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaataaacagaaccattttctatattcatttaggctaaaaaagaaaagagcagaaaaaacaaaaacataataaaacatcatttagattgactattaaaattatatacagtttaagtatatctttacactttatcagatttacaaataaaaaaagtatgattttattctaaaatatataaataatgg
gi|7                          :                                         attttattatagctcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaatataaatagtgaagataagagtggctctttacagagctatgagagactaattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTTATTATAG-TCGCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ACAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTTTGAGAGTCTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACA-A---C----------A
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AACA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGATTAAAAAAAAGAAAAGAGAAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCAATAAGATAGACTATTAAAATTATATACAATTTAA-GTATATCTTTACACTTGATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCAAGA-TTTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagcaacattttctacattcatttagattaaaaaaaagaaaagagaagaaaaaacaaaaacataataaaacatcaataagatagactattaaaattatatacaatttaagtatatctttacacttgatcagatttacaaataaaaaagcaagatttta
gi|8                          :                     attttattatagtcgcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaataaaaacagtgaagttaagagaggctctttacagagctttgagagtctgattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCA-------------AATCATAAATGTATAAAA---CATTGATAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTTATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAG----TAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGGTTTTTTTTC---TA--A-AA-T----ATAT---GAATAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATCATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-A---C----------NNN----N------------NN--NN----N-----------N-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATCAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAATAAAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGTttgttaaaaaatcaattattatgaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AATCATTATATGATGATATTTTATCCAAAAAACTATTTCTTATATCATCATATATTGGAGAGGACAGTAATATATGTCCTTCCTCTTCGACAGTATTTATACAATGGAAACAATTTTTCTACAGCAGGTAGTCGCTCGTAACGTCCAGTTTTTATACAAATTGGATTAACTCCTCATCGAAGTTTTTAATTAAGCACTGCGATGAGATCGACGCATATAACATTAAATATAGCGTTAAACTTTATATTCAATTTTAAAACATTTATACCGCCATATGTTTTGCCTTGACGTGTATTTGACCTATTAATGTCATTGATCCAATAACTTTGTAATTGTTCTGATTTAAAAACACGCATTACGTCTTTCAAATAAGTTA
Unaligned ( gi|20 ): GTCCTCTCCAATATATGATGATATAAGAAATAGTTTTTTGGATAAAATATCATCATATAATGATTAGTATAGTAATATATGTCGTTCATTCTTTGAAAGTATTTATTTTCGCAGATTTTGGCAAATAATCTTGTTACTTTTTCATCTTTACAGCTTTACATTTAGTGTAAT
Unaligned ( gi|26 ): AGCGAGACATATAGTGCAATTGTCCTTGAGTTGTTAATCATATAATATCAGTAAAATAATGACTTTATCAAAATAGTTCTTTCTAATACCCTTATATATTGGA
Unaligned ( gi|28 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATAAAAAATGATTAGTATACATTCAAATCA






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gi|15                         : atattttatttaaatttcagcaaatatgtaaaacatatacacatataaaacgtgaagtaaagagatgctctttacagagttatgagagactgtttgccattctttctcaattttacatttaaaatcaatagcatatttacaaattaaaacataatgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAGA---CAT---CAAATACA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGGGCTATGAGAGACTAATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGGCAAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACATCATCTATATTAACTATTAAACTTATATAGAATTCTA-GTATGTCCTTACAGTTTATCAGAA-------------TAACAAAT-A-A-AAA-AGTAAGA-TTTCATTC---TA--ATAATT----ATATAGAAAATAACGGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aacaacatagctttACAATCATAAATGTATAAAG---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGAGTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACA-A---C----------ATATTTTT------------TT--TT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAG------AAA-AACAACAACATAAT-GAAACATCATTTAGATTGGCTATTAAAATTATATACATTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---Taaaaaaaaattatcatacatttaaatccattatataaaatagtttttctacgttttcaatcttcgaagcagattttgacagataatcttagtactgtttcatcattacaccgtaattattcttgaaatgttaaaacttcttaaaatcagtattctcatatattacactaaatgtaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                          TTCATCAGTG-TCTCCCCTGAGTCAC--AAAAT--TACAGTTTTAAAT--ATAAAA---TATATACAAACATATTCATGTAGCGAAAT-AA-GTAAAA----TGTTTGCAGAGCTATGAGAGACTATTTGTTAACTTGCTATTT-TT-AC--------C---A-TAAATATT---TACA-ATCG---AGC-T---C----------AGA----T------------TTTAAC----A-----------A-------A------------------AATCATAA-AACA-----CAA----CTTCAGCA---TT-CAATTAGGC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatg-AACA-----GCAACATTTTCTTCA---TT-CATTTAGATTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAACATCATTTAGTTTGACTATTAAAATTGTATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AA-------GA-TTTTATTC---TA--A-TA-G----ATAT---AAATAATGGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTTAAG-TCTCACCTCTTTCAC--A---T--TACAATTATAAATATATAAAA---CATTTACAAATATA---A-ATAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTACGAGAGACTGATTGTTAT-TT----TTT-TT-AC--------A---AGTTTGCATTTACTAAA-ATGA---A-A-A---G----------AGA---------------------AG----A-----------A-------A------------------A---ACAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGA---TT-GATT---ATTAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atTTTTTTACAAGTTTGCATTTA--CTAAAAT---GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGATTGATTATTAAAATTATATGCAAATTAA-GTATGTCCTAATACTTTATAAGAT-------------TTACAGAT-AAA-AAA-TGTAAGA-TTTCATTCAAATA--T-AA-T----ATATA--AAATAACAGTttatatgcaaattaagtatgtcctaatactttataagatttacagataaaaaatgtaagatttcattcaaatataatatataaaataacagttaacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|21                         :                                                                                                                 atattttatttaagtctcacctctttcacattacaattataaatatataaaacatttacaaatataaatagtgaggttaagagaggctctttacagagctacgagagactgattgttattTTTTATTATAG-TCTCACCTCAATCAC--A---A--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--ACTCTTTACATAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATATATT---TAAA-ATCA---ACA-A---T----------ATA----T------------AT--AT----A-----------taacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                       tATTTTGTT-TAGGTCTCATCTCTATCAC--A---T--TACAATTATAGAAATATAAAA---CATTTACAAGTATA---A-ATAGTGAAGCTAT-G-AAAG--GCTCTTTATAGGGCTTTGAGAGACTGATTGCTG--TT----TTG-CT-GT--------ATTTACTAT---TT---TGAA-ATGA---AAA-A---tatga
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tTTACAGAACTATGAGAGACTAGTCGCTA--TT----TTT-CC-AT--------A---ATTGTACATT-----AA-TTCA---ACA-A---C----------CTA----T------------TT--AA----A-----------A-------A------------------A---ATCA-A
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAA-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATtttgcctaaacggaagttgttttattgattatatttctgtttaagatatatttgaaaatattaaaataaaaag
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                            TCTATCACTCA---T--TGCAGTGATAACTGCATAAAA---CATTTACA------------TAGTGAAATAAATG-AGA------CTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATAGATA--TT----TTT-ATCACACGCAATTA---AGAATACAGT---TAAATATTA---Aagcaacattcaataaaaaaacacaactaatct
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCTATCAC--A---TATTACAGATGTAAATATATAAAAAGATATTTAAAAAT-TA---G-ATAGTGAA-TTAA---AGAATTACTCTTTGCAGAGCa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                agagtagtaacattcctCAC--A---G--CACA-TCA--AACGT-TAAA----TATTTACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAG-G-AGAG--GCTCTTTATAGAGCTATAAGAGACTAGTTGCTA--GT----TTT-CC-A-----------------TACTTT---TAAA-AACA---TCA-A---C----------ATA----T------------CT--C-----------------A-------A------------------A---ATAA-A------------CTTCATCT------TT-TATTTAGACTAAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  gCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-ACAG--GCCTTTTACAGAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTTTCT-AC--------A---AGTATACATT---TACA-ATTATATATATA---T----------ATA----T------------AT--AT----ACATATATATTTATTTTTTTA------------------A---ATAA-TGCA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTAATGTTAAAAAA--AATAAAAG-AGAAT---AAA-AACAACAACATAAT-AAAACGACATTTAGATTGACTATTATAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCATGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AGATAATGGTcatgacagtattattgattaggtttatatttcagatatatttgaatatatagagtataaaattcaagcactgtgtaagaaaacataataagttttttgagtatatacacctttaagatttccttacacaaggcacaaaaattaaaaaaatgaataaactaaaagaccattcaagatatataaactagattaaatgttaaccattatacattaaaatcaattatataatacatgcggtctacgttttcaattattgacgtagttttggcaggtaatcgtattacttcatttttgtaactaaacatatagggtacttgtccttgaatcgtttgcatctctaataatcagcgttctcaatgctcattctattaaaatagttctttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG--CTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGATAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACttaaaaattaattattataaatttaaatcaattatataaaatagtttttctatgttttaaaacgccgaagcagattttggcagataattttatttctttttcatctttacagcttagcatatgttctagaactgttaaatttctaaactca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----A-----------A-------A------------------A---ATAA-A-CA-----GAACCATTTTCTATA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTATGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaataaacagaaccattttctatattcatttaggctaaaaaagaaaagagcagaaaaaacaaaaacataataaaacatcatttagattgactattaaaattatatacagtttaagtatatctttacactttatcagatttacaaataaaaaaagtatgattttattctaaaatatataaataatgg
gi|7                          :                                         attttattatagctcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaatataaatagtgaagataagagtggctctttacagagctatgagagactaattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTTATTATAG-TCGCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ACAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTTTGAGAGTCTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACA-A---C----------A
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AACA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGATTAAAAAAAAGAAAAGAGAAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCAATAAGATAGACTATTAAAATTATATACAATTTAA-GTATATCTTTACACTTGATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCAAGA-TTTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagcaacattttctacattcatttagattaaaaaaaagaaaagagaagaaaaaacaaaaacataataaaacatcaataagatagactattaaaattatatacaatttaagtatatctttacacttgatcagatttacaaataaaaaagcaagatttta
gi|8                          :                     attttattatagtcgcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaataaaaacagtgaagttaagagaggctctttacagagctttgagagtctgattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCA-------------AATCATAAATGTATAAAA---CATTGATAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTTATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAG----TAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGGTTTTTTTTC---TA--A-AA-T----ATAT---GAATAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATCATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-A---C----------NNN----N------------NN--NN----N-----------N-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATCAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAATAAAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGTttgttaaaaaatcaattattatgaat


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .               .  .   .                      .                .   .             . .    .                                  .   .      .  .  .        .            .      .    .     . C                TATATATA                                                           .      .    .                   .    .                .         C    .     AA              .                                           .                        .                    A   .   .    G  .        .    .  .  . .       .        T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .               .  .   .                      .                .   .             . .    .                                  .   .      .  .  .        .            .      .    .     . C                TATATATA                                                           .      .    .                   .    .                .         A    .     AA              .                                           .                        .                    A   .   .    A  .        .    .  .  . .       .        C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .               .  .   .                      .                .   .             . .    .                                  .   .      .  .  .        .            .      .    .     . C                TATATATA                                                           .      .    .                   .    .                .         A    .     A               .                                           .                        .                    A   .   .    A  .        .    .  .  . .       .        T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .               .  .   .                      .                .   .             . .    .                                  .   .      .  .  .        .            .      .    .     . C                TATATAAA                                                           .      .    .                   .    .                .         A    .     A               .                                           .                        .                    A   .   .    A  .        .    .  .  . .       .        T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .               .  .   .                      .                .   .             . .    .                                  .   .      .  .  .        .            .      .    .     . C                TTTAAAAA                                                           .      .    .                   .    .                .         C    .     A               .                                           .                        .                    A   .   .    T  .        .    .  .  . .       .        T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .               .  .   .                      .                .   .             . .    .                                  .   .      .  .  .        .            .      .    .     . G                TATATAAA                                                           .      .    .                   .    .                .         A    .     A               .                                           .                        .                    .   .   .    T  .        .    .  .  . .       .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .               .  .   .                      .                .   .             . .    .                                  .   .      .  .  .        .            .      .    .     . T                ACAGAGA                                                            .      .    .                   .    .                .         C    .     A               .                                           .                        .                    .   .   .    A  .        .    .                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    .               .  .   .                      .                .   .             . .    .                                  .   .      .  .  .        .            .      .    .     . C                TTTACAA                                                            .      .    .                   .    .                .         C    .     A               .                                           .                        .                    .   .   .    G  .        .    .                         
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atattttatttaaatttcagcAACATAAT-ACAAC----------CTAACCATTA------TATACAACTTAAAGGATTTCTTTACACAATATCAGACTATTTTAATGAAGTTAAAAAT-AAATAAACAGTAAGA-TACTATTC---TA--tgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttaacataatacaacctaaccattatatacaacttaaaggatttctttacacaatatcagactattttaatgaagttaaaaataaataaacagtaagatactattcta
gi|15                         : atattttatttaaatttcagcaaatatgtaaaacatatacacatataaaacgtgaagtaaagagatgctctttacagagttatgagagactgtttgccattctttctcaattttacatttaaaatcaatagcatatttacaaattaaaacataatgtcatgattaagactgaaacatagttgtattgattatacttctatttgagatacatttgaaaagtttgaacagtttATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAGA---CAT---CAAATACA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGGGCTATGAGAGACTAATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGGCAAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACATCATCTATATTAACTATTAAACTTATATAGAATTCTA-GTATGTCCTTACAGTTTATCAGAA-------------TAACAAAT-A-A-AAA-AGTAAGA-TTTCATTC---TA--ATAATT----ATATAGAAAATAACGGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aacaacatagctttACAATCATAAATGTATAAAG---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTGAGTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACA-A---C----------ATATTTTT------------TT--TT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGAAG------AAA-AACAACAACATAAT-GAAACATCATTTAGATTGGCTATTAAAATTATATACATTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGTAAGA-TTTTATTC---Taaaaaaaaattatcatacatttaaatccattatataaaatagtttttctacgttttcaatcttcgaagcagattttgacagataatcttagtactgtttcatcattacaccgtaattattcttgaaatgttaaaacttcttaaaatcagtattctcatatattacactaaatgtaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                          TTCATCAGTG-TCTCCCCTGAGTCAC--AAAAT--TACAGTTTTAAAT--ATAAAA---TATATACAAACATATTCATGTAGCGAAAT-AA-GTAAAA----TGTTTGCAGAGCTATGAGAGACTATTTGTTAACTTGCTATTT-TT-AC--------C---A-TAAATATT---TACA-ATCG---AGC-T---C----------AGA----T------------TTTAAC----A-----------A-------A------------------AATCATAA-AACA-----CAA----CTTCAGCA---TT-CAATTAGGC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatg-AACA-----GCAACATTTTCTTCA---TT-CATTTAGATTAAAAAA--GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAAT-AAAACATCATTTAGTTTGACTATTAAAATTGTATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AA-------GA-TTTTATTC---TA--A-TA-G----ATAT---AAATAATGGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTTAAG-TCTCACCTCTTTCAC--A---T--TACAATTATAAATATATAAAA---CATTTACAAATATA---A-ATAGTGAGGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTACGAGAGACTGATTGTTAT-TT----TTT-TT-AC--------A---AGTTTGCATTTACTAAA-ATGA---A-A-A---G----------AGA---------------------AG----A-----------A-------A------------------A---ACAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGA---TT-GATT---ATTAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atTTTTTTACAAGTTTGCATTTA--CTAAAAT---GAAAAGAGAAGAA----AAA---CAACAACATAATTAAAACTTCATCTAGATTGATTATTAAAATTATATGCAAATTAA-GTATGTCCTAATACTTTATAAGAT-------------TTACAGAT-AAA-AAA-TGTAAGA-TTTCATTCAAATA--T-AA-T----ATATA--AAATAACAGTttatatgcaaattaagtatgtcctaatactttataagatttacagataaaaaatgtaagatttcattcaaatataatatataaaataacagttaacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|21                         :                                                                                                                 atattttatttaagtctcacctctttcacattacaattataaatatataaaacatttacaaatataaatagtgaggttaagagaggctctttacagagctacgagagactgattgttattTTTTATTATAG-TCTCACCTCAATCAC--A---A--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--ACTCTTTACATAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATATATT---TAAA-ATCA---ACA-A---T----------ATA----T------------AT--AT----A-----------taacaaattaataattataaatttaaatcatttatttaaaatagtttttctacgttttaaaacgtcgaagcagattttggcagataatcttattactttttcatcttaacagcttaacatataatgtaattgttcttgaattgttaaacttctaaactcagtattctccatgcttattttatctaaatagctatttctaatatcatcatatatttgacaggatagtaatacatgttcttca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                       tATTTTGTT-TAGGTCTCATCTCTATCAC--A---T--TACAATTATAGAAATATAAAA---CATTTACAAGTATA---A-ATAGTGAAGCTAT-G-AAAG--GCTCTTTATAGGGCTTTGAGAGACTGATTGCTG--TT----TTG-CT-GT--------ATTTACTAT---TT---TGAA-ATGA---AAA-A---tatga
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tTTACAGAACTATGAGAGACTAGTCGCTA--TT----TTT-CC-AT--------A---ATTGTACATT-----AA-TTCA---ACA-A---C----------CTA----T------------TT--AA----A-----------A-------A------------------A---ATCA-A
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAA-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATtttgcctaaacggaagttgttttattgattatatttctgtttaagatatatttgaaaatattaaaataaaaag
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                            TCTATCACTCA---T--TGCAGTGATAACTGCATAAAA---CATTTACA------------TAGTGAAATAAATG-AGA------CTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATAGATA--TT----TTT-ATCACACGCAATTA---AGAATACAGT---TAAATATTA---Aagcaacattcaataaaaaaacacaactaatct
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                          CCTCTATCAC--A---TATTACAGATGTAAATATATAAAAAGATATTTAAAAAT-TA---G-ATAGTGAA-TTAA---AGAATTACTCTTTGCAGAGCa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                agagtagtaacattcctCAC--A---G--CACA-TCA--AACGT-TAAA----TATTTACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAG-G-AGAG--GCTCTTTATAGAGCTATAAGAGACTAGTTGCTA--GT----TTT-CC-A-----------------TACTTT---TAAA-AACA---TCA-A---C----------ATA----T------------CT--C-----------------A-------A------------------A---ATAA-A------------CTTCATCT------TT-TATTTAGACTAAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  gCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-ACAG--GCCTTTTACAGAGCTATGAGAGACTGATTGTTA--TT----TTTTCT-AC--------A---AGTATACATT---TACA-ATTATATATATA---T----------ATA----T------------AT--AT----ACATATATATTTATTTTTTTA------------------A---ATAA-TGCA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTAATGTTAAAAAA--AATAAAAG-AGAAT---AAA-AACAACAACATAAT-AAAACGACATTTAGATTGACTATTATAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCATGA-TTTTATTC---TA--A-TA-T----ATAT---AGATAATGGTcatgacagtattattgattaggtttatatttcagatatatttgaatatatagagtataaaattcaagcactgtgtaagaaaacataataagttttttgagtatatacacctttaagatttccttacacaaggcacaaaaattaaaaaaatgaataaactaaaagaccattcaagatatataaactagattaaatgttaaccattatacattaaaatcaattatataatacatgcggtctacgttttcaattattgacgtagttttggcaggtaatcgtattacttcatttttgtaactaaacatatagggtacttgtccttgaatcgtttgcatctctaataatcagcgttctcaatgctcattctattaaaatagttctttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATTATAG--CTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGATAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACttaaaaattaattattataaatttaaatcaattatataaaatagtttttctatgttttaaaacgccgaagcagattttggcagataattttatttctttttcatctttacagcttagcatatgttctagaactgttaaatttctaaactca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----A-----------A-------A------------------A---ATAA-A-CA-----GAACCATTTTCTATA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTATGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaataaacagaaccattttctatattcatttaggctaaaaaagaaaagagcagaaaaaacaaaaacataataaaacatcatttagattgactattaaaattatatacagtttaagtatatctttacactttatcagatttacaaataaaaaaagtatgattttattctaaaatatataaataatgg
gi|7                          :                                         attttattatagctcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaatataaatagtgaagataagagtggctctttacagagctatgagagactaattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTTATTATAG-TCGCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATAAA---A-ACAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTTTGAGAGTCTGATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCA---ACA-A---C----------A
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AACA-----GCAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGATTAAAAAAAAGAAAAGAGAAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCAATAAGATAGACTATTAAAATTATATACAATTTAA-GTATATCTTTACACTTGATCAGAT-------------TTACAAAT--AA-AAA-AGCAAGA-TTTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagcaacattttctacattcatttagattaaaaaaaagaaaagagaagaaaaaacaaaaacataataaaacatcaataagatagactattaaaattatatacaatttaagtatatctttacacttgatcagatttacaaataaaaaagcaagatttta
gi|8                          :                     attttattatagtcgcacctctatcacattacaatcataaatgtataaaacattgacaaataaaaacagtgaagttaagagaggctctttacagagctttgagagtctgattgttatttttctacaagtatacatttaaaatcaacaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTTATTATAG-TCTCACCTCTATCA-------------AATCATAAATGTATAAAA---CATTGATAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGTG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTTATTGTTA--CT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-AATAT----------ATA----T------------AT--AT----A-----------A-------A------------------A---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGGCTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAG----TAA-AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATTAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACATTTTATCAGAT-------------TTACAAAT-AAA-AAA-AGTAGGGTTTTTTTTC---TA--A-AA-T----ATAT---GAATAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                        ATTTTATCATAG-TCTCACCTCTATCAC--A---T--TACAATCATAAATGTATAAAA---CATTGACAAATATA---A-ATAGTGAAGTTAA-G-AGAG--GCTCTTTACAGAGCTATGAGAGACTAATTGTTA--TT----TTT-CT-AC--------A---AGTATACATT---TAAA-ATCC---ACA-A---C----------NNN----N------------NN--NN----N-----------N-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---ATAA-AACA-----GAAACATTTTCTACA---TT-CATTTAGACTAAAAAA--GAAAAGAGCAGAA----AA--AACAAAAACATAAT-AAAACATCATTTAGATTGACTATCAAAATTATATACAGTTTAA-GTATATCTTTACACTTTATCAGAT-------------TTACAAATAAAA-AAA-AGTAGGA-TTTTATTC---TA--A-AA-T----ATAT---AAATAATGGTttgttaaaaaatcaattattatgaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AATCATTATATGATGATATTTTATCCAAAAAACTATTTCTTATATCATCATATATTGGAGAGGACAGTAATATATGTCCTTCCTCTTCGACAGTATTTATACAATGGAAACAATTTTTCTACAGCAGGTAGTCGCTCGTAACGTCCAGTTTTTATACAAATTGGATTAACTCCTCATCGAAGTTTTTAATTAAGCACTGCGATGAGATCGACGCATATAACATTAAATATAGCGTTAAACTTTATATTCAATTTTAAAACATTTATACCGCCATATGTTTTGCCTTGACGTGTATTTGACCTATTAATGTCATTGATCCAATAACTTTGTAATTGTTCTGATTTAAAAACACGCATTACGTCTTTCAAATAAGTTA
Unaligned ( gi|20 ): GTCCTCTCCAATATATGATGATATAAGAAATAGTTTTTTGGATAAAATATCATCATATAATGATTAGTATAGTAATATATGTCGTTCATTCTTTGAAAGTATTTATTTTCGCAGATTTTGGCAAATAATCTTGTTACTTTTTCATCTTTACAGCTTTACATTTAGTGTAAT
Unaligned ( gi|26 ): AGCGAGACATATAGTGCAATTGTCCTTGAGTTGTTAATCATATAATATCAGTAAAATAATGACTTTATCAAAATAGTTCTTTCTAATACCCTTATATATTGGA
Unaligned ( gi|28 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATAAAAAATGATTAGTATACATTCAAATCA