lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333333333 1111111 11111 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222 11 1111111 1111111 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1
lowQualScore : 6 444444444 3333333 55555 9 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444 22 1 22 666 0 11111111111111111 22 22 22 3333 3333333 1 66 1 3 4444444 22 2 6 2222 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 7 5
lowQualScore : . ......... ....... ..... . ............................................................................. .... .. . .. ... . ................. .. .. .. .... ....... . .. . . ....... .. . . .... .. ................................................................................................................................................................................................................ . . .
lowQualScore : 0 333333333 6666666 99999 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 55 8 55 444 1 55555555555555555 55 55 55 9999 6666666 8 11 8 8 0000000 55 0 5 8888 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 7 0
consensus : NTGTATATGCGTATATNCAGGGC---GGCGAACCA----ACGT-GACTTTTTGG-TATC--GT--ACA-ACACGGCTGA----T-TTT-C--N--AAAAATAGGT---C-TAGG-T---AC---TTC--AGG----TAAGA--T-T--T---TGCTTN--ATA------A----CT--TT--CT-TA----ATACCC---AA-CGGATTTTGACAAAA----CAAAGTG--CAGATACTCCTA---GA--AAATTAGT---------AGTATT-ANCCACG------GCAT----TTANAATCG--TCCAGA-ACA--------TG------GG-T---ACT--TTTC-CC-AAACACTTCGATC--T-ATC---ANCT---ATG--TGCGA----TTG-T---ATATNA-----------------A---C---ACGTATTTCATAT--GTT----CG-TTGATCGAAGCGTTTNGGAAAAGT
Reference ( gi|7 ) : ATATATAT-TATGTACTCAGGGT---GACCAACCA----ATGTTGACTTTTTT--TATT--AT--ATA-ACACAGCTGA----T-GTT-C--A--AAAAATAAGT---T-TAGG-T---AC---TTT--AGG----TAAGA--T-T--T---TGCTTG--ACA------A----CT--TT--CT-AA----ATGCCC---AA-CAGATTTTGACAAGA----GAAAGTG--CAGACACTCCTA---CA--AAACTAGT---------AGTATT-AGCCACA------GCAT----TTATAATTG--TCTAGAAACA--------TG------AG-T---ATT--TTTC-CT-GAACTTTTTGATC--TCATT---ACTC---AT---TGCAA----TTG-----AGATGA-----------------A---C---ATGTATTCCAGAT--GTT----TTGCTGATCGAAGTGTTTTGGACAAGT
gi|13 : TGTATATGTGTATATGCAGGGC---AATGAACCA----ACGT-GACTTTTTGG-TATC--AT--ACA---------------T-TTT-C--T--AAAAATATCT---C-T----C---AC---TTT--AGG----TAAGA--T-T--TACATGTTT-----A------A----CT--TT--CT-TA----CTATTC---AA-CATAATT---------------AATG--CGCACATCCTTA---GA--AAA-TAATGAATATTGAAGTATTGAACAACA------GCAT----TGATA
gi|14 : TATATGTGTATATGCAGGGC---AATGAACCA----ACGT-GACTTTTTGG-TATC--AT--ACA---------------T-TTT-C--T--AAAAATATCT---C-T----C---AC---TTT--AGG----TAAGA--T-T--TACATGTTT-----A------A----CT--TT--CT-TA----CTATTC---AA-CATAATT---------------AATG--CGCACATCCTTA---GA--AAA-TAATGAATATTGAAGTATTGAACAACA------GCAT----TGATA
gi|3 : gTAT-CAT-TA-TCAGGGTAGAGACT--CCATGTGATGTTAAGTT-------ATCGAAT--ATACACACAGCTAG----T-TTTACTAA--AAAAACAGGT---C--AGG-A---A-----TC--AG-----TAAGA--G-T--T---TACTTA--ATA-----------CT--TC--CT-TA----ATACC----AG-CGTATTATAACCAAA----TAAAGTG--CAGGTA-TCCAT---CG--GAGCAAAT---------A------AGCCATATCCGTGGCAT----TTA
gi|6 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacatTCTGGGT---GATCAAACAC---ATGT-GTCTTTTTGG-TATT--G-----A-ACACATCTTAATTTT-GT-----------AATAGGT---C----G-C---AC---TTC--AGG----TAGGA--T-T--T---TG---A--ACA------A-------------T-AA----ATTTC-----------TTTTATTTATA----CAAAGAG--CAGATA-TCCTA---GC--AAATGAGT---------GCTGTT----CATG------GTAT----T--TAATGGCATCCATA---T--------TG------GG-T---AGT--TTTC-CC-AAACACTCCAAGC----------AACC---AT---TGCAA----TTG-----AGATGAAATGCTGGGTATTGCTCA---C---ATGTACTTCATAA--GTT----CACTTGATCTAAGCATTTAGGAAAAGc
gi|1 : ttCAGGCT---GGCAAACCT----ATGT-GACCTTTTGG-TATC--AT--A----CCTGGCTGAA---T-AAC-T--A--AAATATA------T-TATA-T---TG---TTT--CAGCCATTAAGA--T-T--T----GCCTATTATA------A----AT--TT------G----ATATTC---AA-CAAATTTTGACAAAAACAGGAAGATC--TATATGTT--TA---GA--AAA-TA-----------AGTGCT-GGCCAC----------T----GTAAAATT--------AAACAGATCTATTTG------AA-T---ATT--TTTC-CC-AAACACTTTGATC--TAATC---ATTTAAAATGCATGCGA----TTAAT---ATATAA-----------------A---CAAAACATAT--CATATAGGTTGAAATGGTTGATCGAAGTGTTTTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|2 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttactttttttCAGGAT---GGTGAACCC----ACAT-GATTTGTTTGGTATT--G-----A-ACACGTCTCA----T-TTT-T--T--AAAAAGAA-------TGGGAT---CCG--TTC--AGG----TTAGA--T-T--T---TGCTTC--ATACATGTAA----CTCTTT--TT-AA----ATACTC---AA-CTGGTTTTGACAAAT----GAAAGt
gi|27 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaGGGT---GGTGAAACA----ACAT-GACCTTTGG--TATC--GT--ACA-AGAC---CAA----T-TTT-C--T--AAAAATAGGT---C-T----T---GC---TCA--GGG----TAAGA--T-T--T-----CTT-----------------------------A----ATATTC---AA-CAGATTTCTACAAAA----CAAAGTG--CAGAaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatcattgacatacattccatatgtttagtttagatcaaggtgtttgggaaaataagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|22 : AACCC----ATGT-GACCTTTCGG-TATC--ATGAATG-GCATA---------T-TTT-C--T--AAAAATA-GT---TGCGAG-T----C---T-----GG----CAAAAAATGT--T---CAATT---ACA------A----CT--TT--TT-TA----ATATCC---AA-AATATTTTGACAAAA----CAGGGTA--CA
gi|5 : TGACATTTGA--TATC--GT--ATT----CGGCAGA----T-TTT-CT-A--AGAAACAGAC---C-TCTG-T---GC--------ATG----TACAA--T-A--T---TCCTTT--ATA------A----CT--TT--CT-TG----ACAGTC---AA-CCAATTTAGATAAAA----CGAAGTG--CAGACAC-CCTA---AA--Atacccaccc
gi|1 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagctttctccaaacacgaccaaacgtttcagccgagacgaaatgtcacggtatcgtttacatacattcaatctgttcagttcgtcgaattgtttagaaaggttactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttataTTT--TGGT--AT--CGA-ACACAGCTAT----T-CTT-T--TGTAAAAGTGGGC---C-T----T---GC---TTC--ATG----TAAGG--A-T--T---TGCTTA--ATA------G----TT--TT--TT-AA----ATACCCCAAAA-AAAATTTC--CAA-A----CAAAGTG--C--ATAATCATATTTCAAGAAACTG-----------AGTGCT-ATCCATG------GCAT----TT-CAATTG--TCCAGATACA--------TGCATTTTGGTT---ACT--TTTT-TTAAAACACTTCGATCAACCATTTCAACCT---ATA--TGATATGTTTTGTTTATATATTA-----------------ATCGC---ATGCATTTTAAAT--GAT----T---AGATCAAAGTGTTTGGGAAAAAT
gi|4 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcacc--AT--ACACACACATCTAG----T-TTTAC--T--AAAAACAGGT---C--AGG-A---A-----TC--AG-----TAAGA--G-T--T---TAATTA--ATA-----------CT--TC--CT-TA----ACACC----AG-TGTATTATAACCAAA----CAAAGTG--CAGATA-TCCattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|20 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcattatcagggtagagacttcatgtgatgtaagttatcga-ATACTGCTAA----T-TAT-C--A--CAAAACTGAT---A-TAGC-TC--AC---TTC--AGG----TAATA--T-G--T---TCCTTT--ATA------A----CG--TT--T---A----ATAGCC---AA-CGGATCTTAACAAGA----CAAAATG----GATACCCCCA---AA--AGA-TA-----------AGTCTT-ATCCACA------GCAT----atcggagcaaataagccatatccgtgg
gi|8 : tagtACATCTGA----TTGT-----AT-AAAAATACAT---C-T----C---TC---CTC--AGA----TTAGA--C-A--T---TCCTTT--ATA------A----CT--TT--CT-CA----ATG-------------TTCTG-C-AGA----GAA------CAGATACTCCCA---GA--AAA-TAAT-----------TACT-ATATACG------GCAT----cc
gi|16 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccttcccaaacaattttcaattaagacagaatgcagtggtatcgttcacgttcagttgatcgaagtggttgaaaaagtaaatataacgaaagaaatcgAGCTGA----T---T-C--A--AAT--TAAGG---T-TAAA-T---CCCTCTTC--AGG----TAAGA--C-T--T---AGCTTT--TCG------G----CT--TA--CG-TA----ATAATC---AA-TGGAAC---ATAAAA----CAAAGTG--CAGTTATTCCTA---GA--AAAC-A-----------AATATT-ATCTA----------------TTAAAGTCG--TTCAGATCCAT-------TA------AG-T---ACT--TTTC-CG-AAACAATTCGATaaacgattacaaaag
gi|9 : A----T-TTT-T--A--AAAAA-AA-------TAGG-TCACAC---TTC--AG---------A--T-T--T---AGGTTA--ATA------A----CT--TTATTT-AA----A-ACTC---AA-CGAATTTTGACAAAA----TAAAGTG--CAGATACCCCTA---GA--AAATGCGTCC-------AGT------CCGCA------GCATCTCATTAAAATT---TATAGA-------------G------GG-T---ATT--
gi|11 : aTT-C--T--AAAAAT---TCTAT-TAGG-TC--AT---GTTCCAGG----TAAGA--T-T--T---TGTTTA--ATA------A----C---TT--CT-TA----ATA-CC---AT-CTGATTTTGACTAAA----CTAAGTT--TAAATACCCGTG---GA--AAAT--G----------AGTGTT-ATGCATC------GCAT----TTACAATTG--CCCAGAatgatagctttaaattcacgggggttacaattgcccttgaaaaacagttacaagtaacactctgtcatttgtcaattgaggtgattttgaaggaacggattttaatgcacactc
gi|30 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagacacatgacgttaggtatcaaatacatgtt---AC---TTT--TAG----CAATA--T-TGTT---TTCTTT--ACA------A----CG--TT--CT-CA----ATTTTA---AAACAGATTTTAACCAAA----CAAAGTG--CAGATACCCCAA---GA--AAATAAAT---------GGTAt
gi|17 : C---TTC--ATA----TAAGA--C-T--T---CTCTTA--AAG------G----TT--TT--CT-TA----TTTCGA---AA-CTAAATTTGACAAAA----GAAAGTG--CAG-CAATCTT----TA--GA--TGATG--------AGTACT-ACCCGCG------GCAT----TTATAATCG--TCCAG----A--------TG------AG-TTGGGTTCGTTTA-CC-AAACACTTCGAT
gi|15 : aggtcaccC---TTC--AGG----TTAGA--T-G--T---TGCTAC--ATA------A----CT--TT--CT-TA----ATGTTC---GT-CGGATTTTTATCGAA----CTATGTA--CAGATACTCCAA---GA--AAATTAG
gi|24 : actgaagtgtttgagtgaaatactgaatatatcagggtgcctatcaacaccgttgtccgtataattatt----TAAG---T-T--T---TGCTGA--ATA------AGGTTCT--TT--TTCAATATTATACCC---AA-TGGATTATGACCAAA----TAAAGTG--CTGATACcgagatgcacgtttatgcattc
gi|12 : caggtaatacAGA--T-C--T---CGCTTT--ATA------T----AT--TT--CT-TA----ATGCTC---AA-CAAATTTTAACTAAA----CAAAGTGCCCATACA-TC--A---CA--AAATGTGT---------AATATT----CATG------GCAT----TTACAGTGT--TCTAGATATAT-------TG------GG-T---ACT--TTTCACT--AACACTTTGATT--Tacgcattctcaatgggatgaggctatccatgccatttacagt
gi|28 : AAA--T-T--T---TTCTTG--AGG------G----TT--TT--CT-TA----CTACCA---AA-CGTACATTGACAAGA----TAAAGTG--CAGATATAATTA---GA--AAATGAGT---------CATATT-TACGACA-------CAT----TTAgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|21 : cgcttcacaatGAATCTGATAAAA----GGAAGTC--CAGATACTCCTA---CA--AAA-TA-----------AGTGCT-ATCCGTA------GCAT----TTGAAGTCA--CCTAG--ATC--------TGTTC---AG-T---ACT--TTTT-CC-AAACACTTTAATC--
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GAACGCTTCAAACAACGGTTTTCAGTTGAAACGAAATGCCTTGGTACCGTTCATGTTCAGTCGATCGACATATTTGGAACAATAACTAAATAGACAATACTAACTACCAATGTCATTGACTGTACGTATCTGCACTTATTTGTCAAACTCCAATGAATAAAACGAAACTCTTATTTGACGCGAAATCTGTTATTAGAAAATCAGCAGTACGCGATATCAAAACGTTAAGTAGGTTCGTCAA
Unaligned ( gi|18 ): TTACGAGTGCCATTTACGATATTTATAGTCGTTTGATTGTATTGAGAACTTTATTCTAAAATATTTTTGATTGTTTCAATTGAGACGAAATACTCTGGTATCGGTCACGTATATTCCAGAGGTTCAATTAATCAAGATGTTCGGGAA
Unaligned ( gi|19 ): TAAAGTTCATATATCCCTAGAAAAGTAATGGTATCCTTTACATTTTTGGTAGTCCGGACATATTGGGTAGGTTTCTCAAACAATTTAACCAAATGTGTCAATTGAGAAAAAACATGGCATGGTTTACATACGTTACAGAAGATC
Unaligned ( gi|23 ): ACATTTCTTAACATTAAACGGATTTTAAAAAAGAAGTACATGCATGTAAACCCTTAGGAAACCTGTGCTATACATGTCATTCATAGGCGTTCTGATATACCGGGTACGCTTTTTGCCATAAACTTCG
Unaligned ( gi|25 ): TATGAGTGTTACCCATAGCATCTATAGTCGACACGATTTATAGGGAGTTTTACCACAAACACTTCGAACAACTGTTTCAATTGAGATGAAATGTCATAGTATAAACCACATACATTCCAAAG
Unaligned ( gi|26 ): GTTTCTGCACGTTGTTTCGTCAAGAATTATTAAAGAAAATCTTACTAAAGCGATATATATTTTAGAAAATTAGAAAACCAGCCGTGAGCGATATCAAAAAGTCTTGTGAGTTCGCAA
Unaligned ( gi|29 ): AATACAGGGTGGTGAACCCACGTGTCTTTTTGCTATCGACCACAGCTATTTTTTTTCTAAAGTTGGTCACGTTTCAGGAAGCCTTTTTAATATCAAACGAATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 444444444444444444444444 44444444 1111111111111111 44444444444444444444444444444 5555555555555555555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 22 6 2 33 7 2 0 2 0 888888888888888888888888 4 1 8888888 2 888888888888888888 33333333 1 1 5555 55555 22 55555 333 77777777777 1 11 8888888888888888 55 0 33 11 1 888888888888888 3333 222 222 55555555555555555555555555555 44 3333 222 2 2 4444444444444444444 6666 33 2 2 33 0 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 2 5
lowQualScore : .. . . .. . . . . . ........................ . . ....... . .................. ........ . . .... ..... .. ..... ... ........... . .. ................ .. . .. .. . ............... .... ... ... ............................. .. .... ... . . ................... .... .. . . .. . . .................................................................................................................... .. . .
lowQualScore : 77 6 8 66 9 9 4 5 8 888888888888888888888888 0 0 5555555 0 777777777777777777 44444444 6 5 7777 22222 00 77777 555 33333333333 4 99 6666666666666666 22 2 55 88 3 777777777777777 0000 777 999 11111111111111111111111111111 33 4444 111 1 1 3333333333333333333 3333 22 2 2 11 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 0 9
consensus : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-CTAA-------AA-A--T------AG------GTCTAGG-C-GC-TTCA-G---GTAAGA-----TT--T---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGAC-AAAACA--AAG-TGCA----G----------AT----AC-CCCT---AGAAAAT------TAGT--A-GT-ATT-A-----TCCACGGCAT----TTATAGTCGTCCAG-AT--ACA-T-G------GG-TAC---TTTT-CC-C-A--AACACTT-CGAT---CN-A-C------A--ACT----ATG------TG--------CGAT-------T-GTAT-A---TNA---A---C-------ACGTA--TT-TCATAT--G-T-----TCAG--TT--GATCGAAGTGTTTGGGAAAAGT
Reference ( family-524 ) : NTGTATATGCGTATATNCAGGGCGG-CGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-CNAA-------AA-A--T------AG------GTCTAGG-T-AC-TTCA-G---GTAAGA-----TT--T---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGAC-AAAACA--AAG-TGCA----G----------AT----AC-TCCT---AGAAAAT------TAGT--A-GT-ATT-A-----NCCACGGCAT----TTANAATCGTCCAG-A---ACA-T-G------GG-TAC---TTTT-CC-C-A--AACACTT-CGAT---CT-ATC------A--NCT----ATG------TG--------CGAT-------T-GTAT-A---TNA---A---C-------ACGTA--TT-TCATAT--G-T-----TC-G--TT--GATCGAAGCGTTTNGGAAAAGT
gi|1 : ATATA-AGGGTTG-TGAGCCCAAGT-CACCT-TTTGGTATCG-----A-ACACAGCT-ATTC----TTTT-GTAA-------AA-G--T------GG------GCCT----T-GC-TTCA-T---GTAAGG-----AT--T---TGCT-TAATA------G----TTTT-TTA--AAT----A-----CCCCAAAAAAAATTT---C-CAAACA--AAG-TGCATAATC----------AT----AT-TTCA---AGAAACT--------G---A-GT-GCT-A-----TCCATGGCAT----TT-CAATTGTCCAG-AT--ACA-T-GCATTTTGGTTAC---TTTT-TT-TAA--AACACTT-CGAT---CA-ACCATTTCAA--CCT----ATA------TGATATGTTTTGTT-------T-ATAT-A---TTA---ATCGC-------ATGCA--TT-TTAAAT--G-A-----T-----TA--GATCAAAGTGTTTGGGAAAAAT
gi|1 : aaataatcCAGGCTGG-CAAACCTATGT-GACCT-TTTGGTATCA--TAC---C-TGGCT-G--A----ATAA-CTAA-------AATA--T------A-------TTATA-T-T-GT-TTCA-GCCATTAAGA-----TT--T---GCCTATTATA------A----AT----TT--GAT----A-----TTC---AACAAATTTTGACAAAAACAGGAAGATCTA----T----------AT----GT-T--T---AGAAAA-------TA----A-GT-GCT-G-----GCCACTG--------TAAAATTAAACAG-ATCTATT-T-G------AA-TAT---TTTT-CC-C-A--AACACTT-TGAT---CTAATC------A--TTTAAA-ATGCA----TG--------CGAT-------TAATAT-A---TAA---A---CAAA----ACATA-----TCATATAGG-TTGAAATG-G--TT--GATCGAAGTGTTTTAAAAAAattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|10 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttactGA-CGAACCTACTT-AACGT-TTTGATATCG--CGTA----CTGCT-G--A----TTTT-CTAA-------TA-A--C------AG------ATTTCG-----C-GTCA-A---ATAAGAG----TT--T---CGTT-TTA---------------TT-C-----AT------------------TGGAGTTTGAC-AAA--T--AAG-TGCA----G----------AT----AC-t
gi|11 : gaacgcttcaaacaacggttttcagttgaaacgaaatgccttggtaccgttcatgttcagtcgatcgacatatttggaacaataactaaatagacaatactaactaccaatgtcattgactgtacACAT-GACGT-TA-GGTATCA-----A-ATACA--T-G-------TTTT-CTAA-------AA-A--TTCTATTAG------GTC-ATG-T----TCCA-G---GTAAGA-----TT--T---TGTT-TAATA------A----C-TT-CTT--AAT----A------CC---ATCTGATTTTGAC-TAAACT--AAG-TTTA----A----------AT----AC-CCGT---GGAAAAT--------G---A-GT-GTT-A-----TGCATCGCAT----TTACAATTGCCCAG-A---aa
gi|12 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagacAGA-----TC--T---CGCT-TTATA------T----ATTT-CTT--AAT----G-----CTC---AACAAATTTTAAC-TAAACA--AAG-TGCC----C----------AT----ACATC-----ACAAAAT------GTGT--A-AT-ATT---------CATGGCAT----TTACAGTGTTCTAG-AT--ATATT-G------GG-TAC---TTTT-CA-C-T--AACACTT-TGAT---TT-t
gi|13 : TGTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-CTAA-------AA-A--T------AT------CTCT----C-AC-TTTA-G---GTAAGA-----TT--TACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT--------AATTA--ATG-CGCA----C----------AT----CC-T--T---AGAAAATAATGAATATTGAA-GT-ATTGA-----ACAACAGCAT----TGATAgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|14 : GTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-CTAA-------AA-A--T------AT------CTCT----C-AC-TTTA-G---GTAAGA-----TT--TACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT--------AATTA--ATG-CGCA----C----------AT----CC-T--T---AGAAAATAATGAATATTGAA-GT-ATTGA-----ACAACAGCAT----TGATA
gi|15 : C-TTCA-G---GTTAGA-----TG--T---TGCT-ACATA------A----CTTT-CTT--AAT----G-----TTC---GTCGGATTTTTAT-CGAACT--ATG-TACA----G----------AT----AC-TCCA---AGAAAAT------TAG---A-ATAATT-ATACGGACAACGGTGT----TGATAGGCACCCTG-AT--ATATT-C------AG-TAT---TTCA-CT-C-A--AACACTT-C
gi|16 : actC-TTCA-G---GTAAGA-----CT--T---AGCT-TTTCG------G----CTTA-CGT--AAT----A-----ATC---AATGGAAC---AT-AAAACA--AAG-TGCA----G----------TT----AT-TCCT---AGAAAA-------CA----A-AT-ATT-A-----TCTA----------TTAAAGTCGTTCAG-AT--CCATT-A------AG-TAC---TTTT-CC-G-A--AACAATT-CGAT---cgagatgcacgtttatgcattc
gi|17 : agctgattcaaattaaggttaaatccctC-TTCA-T---ATAAGA-----CT--T---CTCT-TAAAG------G----TTTT-CTT--ATT----T-----CGA---AACTAAATTTGAC-AAAAGA--AAG-TGCA----G----------CA----AT-CTTT---AGATGAT--------G---A-GT-ACT-A-----CCCGCGGCAT----TTATAATCGTCCAG-ATG-AGT-T-G------GG-TTC---GTTT-AC-C-A--AACACTT-CGAT---
gi|19 : aggtcaccA--AAG-TTCA----T----------AT----AT-CCCT---AGAAAAG------TAAT--G-GT-AT---------CCTTTACAT----TTTTGGTAGTCCGG-AC--ATATT-G------GG-TAG---GTTT-CT-C-A--AACAATT-TAAC---CA-A------------------ATG------TGT-------CAAT-------T-G
gi|2 : tCAGGATGG-TGAACCCACAT-GATTTGTTTGGTATTG-----A-ACACGTCT-C--A----TTTT-TTAA-------AA-A--G------AA---------TGGGAT-CCGTTCA-G---GTTAGA-----TT--T---TGCT-TCATACATGTAA----CTCT-TTTTAAAT----A-----CTC---AACTGGTTTTGAC-AAATGA--AAG-AACA----AAAAAATTAATAT----AC-CCCT---AGAATAT--------GT----GT-GCC-G-----TCTGCAGCAT----TTAAGA---TCCAA-A-------------------TAC---TTT-----G-AAGAACAATTGCAAT---GG-A--------G--ATG----AAG------TG--------ACAT-------T-ATAT-ATACTAA---G---CATCATTGACATACATT-CCATAT--G-T-----TTAG--TTTAGATCAAGGTGTTTGGGAAAAagaaaaaacatggcatggtttacatacgttacagaagatc
gi|2 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaTTT-CTAA-------AA-A--T------AT------ACCT----T-GC-ATCA-T---GTAAGG-----TT--T---T-CT-CAATA------A----CTTC-ATT--AATT---A-----TTC---AACAGTTTTTTAC-AAAATG--GAG-AGCA----G----------AT----AC-CACT---AGAAAA-------TATT--ATGT-ACT-A-----TACAATGCA-----TTATGGCCACTCAG-A---TC--T-----------TA----TTTT-CC-C-A--AACACCT-TGAT---CT-A--------A--ACTAAACATA------TG---------GAA-------T-GTAT-G---TCA---A---taagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|20 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaacaggatggtgaacccacatgatttgtttggtattgaacacgtctcattttttaaaaagaatgggatccgttcaggttagattttgcttcatacatgtaactctttttaaatactcaactggttttgacaaatgaaagaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatca-ATACTGCT-A--A----TTAT-CACA-------AA-A--C------TG------ATATAGC-TCAC-TTCA-G---GTAATA-----TG--T---TCCT-TTATA------A----CGTT---T--AAT----A-----GCC---AACGGATCTTAAC-AAGACA--AAA-TG------G----------AT----AC-CCCC---AAAAGA-------TA----A-GT-CTT-A-----TCCACAGCAT----
gi|21 : tagt--T---TTCT-TTATA------A-----TTC-CTC--GCT----A-----ATT---TATGAATCT-GAT-AAAAGG--AAG-TCCA----G----------AT----AC-TCCT---ACAAAA-------TA----A-GT-GCT-A-----TCCGTAGCAT----TTGAAGTCACCTAG-A---TC--T-GTTC---AG-TAC---TTTT-TC-C-A--AACACTT-TAAT---Ccc
gi|22 : ttGG-TAAACCCATGT-GACCT-TTCGGTATCA--TG---A-ATGGCA-T--A----TTTT-CTAA-------AA-A--T------AGTTGCGAGTCTGG---------CA-A-----AAAA-----TG--T---TCAA-TTACA------A----CTTT-TTT--AAT----A-----TCC---AAAATATTTTGAC-AAAACA--GGG-TACA----c
gi|23 : TTT-CTT--AAC----A-----TTA---AACGGATTTTAA--AAAA-G--AAG-TACAT---GC---------ATGTAAAC-CCTT---AGGAAAC------C--T----GT-GCT-A-----TACATGTCAT----TCATAGGCGTTCTG-AT--ATACC-G------GG-TACGCTTTTT-GC-C-A--TAAACTT-CGcaccc
gi|24 : acaCA-G---GTAATACTAAGTT--T---TGCT-GAATA------AGGTTCTTT-TTC--AAT----ATTATACCC---AATGGATTATGAC-CAAATA--AAG-TGCT----G----------AT----AC-
gi|25 : --A-GT-GTT-A-----CCCATAGCAT----CTATAGTCGACACG-AT--TTA-T-A------GG-GAG---TTTTACCAC-A--AACACTT-CGA-------A-C------A--ACT----GT-------TT--------CAAT-------T-G-AG-A---TGA---A---------------A--TG-TCATAacgcattctcaatgggatgaggctatccatgccatttacagt
gi|26 : tatgG-CGAACTCACAA-GACTT-TTTGATATCGC-T-----CACGGCT-G--G----TTTT-CTAATTTTCTAAA-A--T------AT------ATATCG-----C-TTTA-G----TAAGA-----TT--T---TCTT-TAATA------A------TT-C-------------------------------TTGAC-GAAACA--ACG-TGCA----G----------AA----AC-gtataaaccacatacattccaaag
gi|27 : GGGTGG-TGAAACAACAT-GACCT-TT-GGTATCG--TACA-A---GACC-A--A----TTTT-CTAA-------AA-A--T------AG------GTCT----T-GC-TCAG-G---GTAAGA-----------------------------------TTT-CTT--AAT----A-----TTC---AACAGATTTCTAC-AAAACA--AAG-TGCA----G----------Aaa
gi|28 : C-TTCACA---ATAA-A-----TT--T---TTCT-TGAGG------G----TTTT-CTT--ACT----A-----CCA---AACGTACATTGAC-AAGATA--AAG-TGCA----G----------AT----AT-AATT---AGAAAAT------GAGT--C-AT-ATT-T-----ACGAC-ACAT----TTA
gi|29 : cgATACAGGGTGG-TGAACCCACGT-GTCTT-TTTGCTATCG---AC---CACAGCT----ATTTTTTTT-CT-A-------AA-G--T------TG------GTC-ACG-T----TTCA-G---G-AAG-----------------------------------CCTT-TTT--AAT----A-----TCA---AACGAATT
gi|3 : aTAT-CAGGGTAG-AGACTCCATGT-GATGT-TAAGTTATCGAATATACACACAGCT-A--G----TTTTACTAA-------AA-AAAC------AG------GTC-AGG-A-A---TCA-G----TAAGA-----GT--T---TACT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAT----A-----CC----AGCGTATTATAAC-CAAATA--AAG-TGCA----G----------GT----AT-CCATCGGAGCAAAT------AAGC--C-AT-AT---------CCGTGGCAT----TTA
gi|30 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacattatcat-AC-TTTT-A---GCAATA-----TTGTT---TTCT-TTACA------A----CGTT-CTC--AATTTTAA-----------AACAGATTTTAAC-CAAACA--AAG-TGCA----G----------AT----AC-CCCA---AGAAAAT------AAAT--G-GT-Ac
gi|4 : TATCGAATACACACACATCT-A--G----TTTTACTAA-------AA-A--C------AG------GTC-AGG-A-A---TCA-G----TAAGA-----GT--T---TAAT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAC----A-----CC----AGTGTATTATAAC-CAAACA--AAG-TGCA----G----------AT----A--TCC
gi|5 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcattatcagggtagagacttcatgtgatgtaagtACGGATTTTGAC-GAAACA--TAG-TATG----C----------AT----AC-AACT---TGAAAAT------GAGT--G-CT------------CCA--GC-T----T-----TC-TCCA--A---ACA-C-G------A--------------C-C-A--AACGTTT-CAGC---CG-A--------G--ACG----AAA------TG--------TCAC-------G-GTATCG---TTT---A---C-------ATACA--TT-CAATCT--G-T-----TCAG--TT--CGTCGAATTGTTTA-GAAAGGTatcggagcaaataagccatatccgtgg
gi|5 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtc-TTTGATATCG--TATT----CGGCA-G--A----TTTT-CTAAG------AA-A--C------AG------ACCTCTG-T-GC----A-T---GTACAA-----TA--T---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTT--GAC----A-----GTC---AACCAATTTAGAT-AAAACG--AAG-TGCA----G----------AC----AC--CCT-----AAAATA-----TA----A-GT-GCT-C-----TGCACGGAA-----GTATAGTTCTACAG-AT--GTATT-C------AG-TAA---CCTT-TC-T-A--AACAATT-CGACGAACTGAAC------A--G------AT-----------------TGAA-------T-GTAT-G---TAA---A---C-------G-ATA--CCGTGACAT----T-----TC-GTCTC--GGCTGAAACGTTTGtactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttatattttagggtgtctgcacttcgttttatctaaattggttgactgtcaagaaagttataaaggaatattgtacatgcacagaggtctgtttcttagaaaatctgccgaatacgatatcaaatgtca
gi|6 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagctttctccaaacacgaTTCTGGGTGATCAAACACATGT-GTCTT-TTTGGTATTG-----A-ACACATCTTA--A----TTTT-GTAA-------------T------AG------GTC---G-C-AC-TTCA-G---GTAGGA-----TT--T---TGAA-CAATA------A----ATTT-CTT----T--------------------TATTT------ATACA--AAG-AGCA----G----------AT----A--TCCT---AGCAAAT------GAGT--G-CT-GTT---------CATGGTAT----TTAATGGCATCCAT-A---T---T-G------GG-TAG---TTTT-CC-C-A--AACACTC-CAAG---CA-ACC------ATTGCA----AT-------TG--------AGATGAAATGCT-GGGT-A---TTGCTCA---C-------ATGTA--CT-TCATAA--G-T-----TC-AC-TT--GATCTAAGCATTTAGGAAAAGtgtca
gi|7 : tTATATAT-TATGTACTCAGGGTGA-CCAACCAATGTTGACTT-TTTT-TATTA--TATA-ACACAGCT-G--A----TGTT-CAAA-------AA-A--T------AA------GTTTAGG-T-AC-TTTA-G---GTAAGA-----TT--T---TGCT-TGACA------A----CTTT-CTA--AAT----G-----CCC---AACAGATTTTGAC-AAGAGA--AAG-TGCA----G----------AC----AC-TCCT---ACAAAAC------TAGT--A-GT-ATT-A-----GCCACAGCAT----TTATAATTGTCTAGAA---ACA-T-G------AG-TAT---TTTT-CC-T-G--AACTTTT-TGAT---CTCATT------A--CTC----AT-------TG--------CAAT-------T-G-AG-A---TGA---A---C-------ATGTA--TT-CCAGAT--GTT-----TT-G--CT--GATCGAAGTGTTTTGGACAAGTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|8 : aGGTAT----ATACTGTAGTCCAT-A----CA-TTG------GG-AAC---CTT--CC-C-A--AACA------AT---TT--TC------A--ATT----AAGACAGAATG--------CAGT-------G-GTAT------------------------CGT------TCAC----G-T-----TCAG--TT--GATCGAAGTGGTT-GAAAAAGT
gi|8 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttT-TTTGTAATCG--TTTA--CAT--CT-G--A----TTGT-ATAA-------AA-A--T------AC------ATCT----C-TC-CTCA-G---ATTAGA-----CA--T---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTC--AAT----G-----------------TTCTG-------CA--GAG-AACA----G----------AT----AC-TCCC---AGAAAA-------TAAT-----T-ACT-A-----TATACGGCAT----CGAT-TTCTTTCGT-T---ATA-T---------T-TAC---TTTT--T-C-A--ACCACTT-CGAT---Caaatataacgaaagaaatcgatgccgtatatagtaattattttctgggagtatctgttctctgcagaacattgagaaagttataaaggaatgtctaatctgaggagagatgtatttttatacaatcagatgtaaacgattacaaaag
gi|9 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccttcccaaacaattttcaattaagacagaatgcagtggtatcgttcacgttcagtt--A----TTTT-TAAA-------AA-AAAT------AG------GTC---A-C-AC-TTCA-G--------A-----TT--T---AGGT-TAATA------A----CTTTATTT--AAA----A-----CTC---AACGAATTTTGAC-AAAATA--AAG-TGCA----G----------AT----AC-CCCT---AGAAAAT------GCGTCCA-GT------------CCGCAGCATCTCATTAAAATg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTACGAGTGCCATTTACGATATTTATAGTCGTTTGATTGTATTGAGAACTTTATTCTAAAATATTTTTGATTGTTTCAATTGAGACGAAATACTCTGGTATCGGTCACGTATATTCCAGAGGTTCAATTAATCAAGATGTTCGGGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 44444 1111111111111111 1111111111 555555555555555555555 3333333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111111111
lowQualScore : 6 0 77 2 2 0 1 999999999999999999999999 4 8888888 2 6666666666 1 88888 1 4444 77777 55555 333 444444 33333 1 11 8888888888888888 55 0 2 2 1 0000000000 2222 3333 1 6666 000000000000000000000 55555555 44444444 6666 22 33 3333333333333333 2 6666 33 2 2 33 2 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 55 1 00 3 22222222222 55 2 4 5
lowQualScore : . . .. . . . . ........................ . ....... . .......... . ..... . .... ..... ..... ... ...... ..... . .. ................ .. . . . . .......... .... .... . .... ..................... ........ ........ .... .. .. ................ . .... .. . . .. . . .................................................................................................. .. .. . .. . ........... .. . . .
lowQualScore : 7 8 33 7 4 7 6 555555555555555555555555 2 5555555 0 5555555555 9 99999 6 4444 55555 77777 555 111111 22222 4 99 6666666666666666 22 2 1 5 3 3333333333 9999 0000 4 2222 888888888888888888888 77777777 11111111 7777 00 44 2222222222222222 1 7777 44 1 1 11 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 00 1 00 6 55555555555 00 3 0 7
consensus : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-CTAA-------AA-A---T------AGG-TCT--G-CGCTTCA-G---GTAAGA-----TTT---TGCT-TNA------TAA----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----AC-CCCT---AGAAAAT--------T---AG-T--A-GT-AT-----T-AT-----CCACG--GCATTTA-TAGTCGTCCAGAT-ATAT-T-G------GG-TAC---TTTT-CC-C-AAACA--CTT-CGATCAA------C--A--A-CT----ATG--TG--------CGATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C---A----C-GC---AT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
Reference ( family-524 ) : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-CTAA-------AA-A---T------AGG-TCTAGG-CGCTTCA-G---GTAAGA-----TTT---TGCT-TNA------TAA----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----AC-CCCT---AGAAAAT--------T---AG-T--A-GT-AT-----T-AT-----CCACG--GCATTTA-TAGTCGTCCAGAT-ACA--T-G------GG-TAC---TTTT-CC-C-AAACA--CTT-CGATCNA------C--A--A-CT----ATG--TG--------CGATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C---A----C-GT---AT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
gi|1 : ATATA-AGGGTTG-TGAGCCCAAGT-CACCT-TTTGGTATCG-----A-ACACAGCT-ATTC----TTTT-GTAA-------AA-G---T------GGG-CCT----TGCTTCA-T---GTAAGG-----ATT---TGCT-TAA------TAG----TTTT-TTA--AAT----A-----CCCCAAAAAAAATTT---CCAAACAAAGTGCA-T----------AATCAT----AT-TTCA---AGAAACT-------------G----A-GT-GC-----T-AT-----CCATG--GCATTT--CAATTGTCCAGAT-ACA--T-GCATTTTGGTTAC---TTTT-TT-TAAAACA--CTT-CGATCAACCATTTC--A--ACCT----ATA--TGATATGTTTTGTTT-ATAT------------ATTA-----------------ATCGC---A----T-GC---AT--TT--TAAAT--GA-T----TA---------GATCAAAGTG-TTTGGGAAAAAT
gi|1 : aaataatcCAGGCTGG-CAAACCTATGT-GACCT-TTTGGTATCA--TAC---C-TGGCT-G--A----ATAA-CTAA-------AATA---T------A-T-TATA-T-TGTTTCA-GCCATTAAGA-----TTT---GCCTATTA------TAA----AT----TT--GAT----A-----TTC---AACAAATTTTGACAAAA-ACAG-GAA-GATCT------A----T----AT-GTTT---AGAAAA---------T---A-----A-GT-GC-----T-GG-----CCACT--G----TA-AAATTAAACAGAT-CTATTT-G------AA-TAT---TTTT-CC-C-AAACA--CTT-TGATCTAAT----C--A--T-TTAAA-ATGCATG--------CGATTAATAT------------ATAA-----------------A---CAAAA----C-AT---A----T--CATATAGGT-T----GAAATGGTT--GATCGAAGTGTTTTAAAAAAAGTattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|10 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttAT--GT-T----CA----GTC--GATCGACATA-TTTGGAACAAt
gi|10 : gaacgcttcaaacaacggttttcagttgaaacgaaatgccttggtaccgttcTGA-CGAACCTACTT-AACGT-TTTGATATCG--CGTA----CTGCT-G--A----TTTT-CTAA-------TA-A---C------AGA-TTT----CGCGTCA-A---ATAAGAG----TTT---CGTT-TTA------T---------T-C-----AT------------------TGGAGTTTGACAAAT--AAGTGCA-G----------A----T----AC-GTAC---AGTCAATGACATTGGT---AGTT--A-GT-AT-----T-GT-----CTAT---TTAGTTA-TTGT--TCCAAAT-Ataactaaatagacaatactaactaccaatgtcattgactgtacgtatctgcacttatttgtcaaactccaatgaataaaacgaaactcttatttgacgcgaaatctgttattagaaaatcagcagtacgcgatatcaaaacgttaagtaggttcgtcaa
gi|11 : gaacgcttcaaacaacggttttcagttgaaacgaaatgccttggtaccgttcatgttcagtcgatcgacaCACAT-GACGT-TA-GGTATCA-----A-ATACA--T-G-------TTTT-CTAA-------AA-A---TTCTATTAGG-TC---A-TGTTCCA-G---GTAAGA-----TTT---TGTT-TAA------TAA----CTT--CTT--AAT----A-----CC----ATCTGATTTTGACTAAACTAAGTTTA-A----------A----T----AC-CCGT---GGAAAAT-------------G----A-GT-GT-----T-AT-----GCATC--GCATTTA-CAATTGCCCAGAT-a
gi|12 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagaAGA-----TCT---CGCT-TTA------TAT----ATTT-CTT--AAT----G-----CTC---AACAAATTTTAACTAAACAAAGTGCC-C----------A----T----AC-ATC----ACAAAAT-------------G-T----GT-AA-----T-AT-----TCATG--GCATTTA-CAGTGTTCTAGAT-ATAT-T-G------GG-TAC---TTTT-CA-C-TAACA--CTT-TGAT
gi|12 : -----T-AT-----CTGTG--ATATTGA-TAGTTGTCCAGAT-CTAT-T-C------AG-TAC---CTTT-TC-C-AAACttgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|13 : agatctcgctttatatatttcttaatgctcaacaaattttaactaaacaaagtgcccatacatcacaaaatgtgtaatattcatggcatttacagtgttctagatatattgggtacttttcactaacactttgatttgctaTGTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-CTAA-------AA-A---T------ATC-TCT----CACTTTA-G---GTAAGA-----TTTACATGTT----------TAA----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T-------CCTT---AGAAAATAATGAA--T---AT-TGAA-GT-AT-----TGAA-----CAACA--GCATTGA-TAtggt
gi|14 : GTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-CTAA-------AA-A---T------ATC-TCT----CACTTTA-G---GTAAGA-----TTTACATGTT----------TAA----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T-------CCTT---AGAAAATAATGAA--T---AT-TGAA-GT-AT-----TGAA-----CAACA--GCATTGA-TA
gi|15 : -CGCTTCA-G---GTTAGA-----TGT---TGCT-ACA------TAA----CTTT-CTT--AAT----G-----TTC---GTCGGATTTTTATCGAACTATGTACA-G----------A----T----AC-TCCA---AGAAAAT--------T---AG----A-ATAAT-----T-ATACGGACAACG--GTGTTGA-TAGGCACCCTGAT-ATAT-T-C------AG-TAT---TTCA-CT-C-AAACA--CTT-C
gi|16 : actCTTCA-G---GTAAGA-----CTT---AGCT-TTT------CGG----CTTA-CGT--AAT----A-----ATC---AATGGAAC---ATAAAACAAAGTGCA-G----------T----T----AT-TCCT---AGAAAA---------C---A-----A-AT-AT-----T-AT-----CTA--------TTA-AAGTCGTTCAGAT-CCAT-T-A------AG-TAC---TTTT-CC-G-AAACA--ATT-CGATagatgcacgtttatgcattc
gi|17 : agctgattcaaattaaggttaaatccct------AGG-TC---A-CCCTTCA-T---ATAAGA-----CTT---CTCT-TAA------AGG----TTTT-CTT--ATT----T-----CGA---AACTAAATTTGACAAAAGAAAGTGCA-G----------C----A----AT-CTTT---AGATGAT-------------G----A-GT-AC-----T-AC-----CCGCG--GCATTTA-TAATCGTCCAGATGAGT--T-G------GG-TTC---GTTT-AC-C-AAACA--CTT-CGAT
gi|19 : AAAGTTCA-T----------A----T----AT-CCCT---AGAAAAG--------T---AA-T--G-GT-AT-----C-CT-----TTA-----CATTTT-TGGTAGTCCGGAC-ATAT-T-G------GG-TAG---GTTT-CT-C-AAACA--ATT-TAACCAA--------------------ATG--TGT-------CAATT-GAGA------------AAAA-----------------A---C---A----TGGC---ATGGTTTACATAC--GT-TA---CA----GAA--GATC
gi|2 : tCAGGATGG-TGAACCCACAT-GATTTGTTTGGTATTG-----A-ACACGTCT-C--A----TTTT-TTAA-------AA-AGAAT------GGGATC-----CG-TTCA-G---GTTAGA-----TTT---TGCT-TCATACATGTAA----CTCT-TTTTAAAT----A-----CTC---AACTGGTTTTGACAAATGAAAGAACA-AAAAAATTAATA----T----AC-CCCT---AGAATAT-------------G-T----GT-GC-----C-GT-----CTGCA--GCATTTA--AG--ATCCAAAT-AC----------------------TTT-GA-A-GAACA--ATTGCAATGGA---------G--A-TG----AAG--TG--------ACATT-ATATATACTAAGCATCATTG-----------------A---C---A----T-AC---AT--TC--CATAT--GT-T----TA----GTTTAGATCAAGGTG-TTTGGGAAAA
gi|2 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaTTT-CTAA-------AA-A---T------ATA-CCT----TGCATCA-T---GTAAGG-----TTT---T-CT-CAA------TAA----CTTC-ATT--AATT---A-----TTC---AACAGTTTTTTACAAAATGGAGAGCA-G----------A----T----AC-CACT---AGAAAA---------T---AT-T--ATGT-AC-----T-AT-----ACAAT--GCA-TTA-TGGCCACTCAGAT-CT---------------TA----TTTT-CC-C-AAACA--CCT-TGATCTA---------A--A-CTAAACATA--TG---------GAAT-GTAT------------GTCA-----------------A---taagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|20 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaacaggatggtgaacccacatgatttgtttggtattgaacacgtctcattttttaaaaagaatgggatccgttcaggttagattttgcttcatacatgtaactctttttaaatactcaactggttttgacaaatgaaagaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatca-ATACTGCT-A--A----TTAT-CACA-------AA-A---C------TGA-TATAGCTCACTTCA-G---GTAATA-----TGT---TCCT-TTA------TAA----CGTT---T--AAT----A-----GCC---AACGGATCTTAACAAGACAAAATG---G----------A----T----AC-CCCC---AAAAGA---------T---A-----A-GT-CT-----T-AT-----CCACA--GCAT
gi|21 : tagtT---TTCT-TTA------TAA-----TTC-CTC--GCT----A-----ATT---TATGAATCT-GATAAAAGGAAGTCCA-G----------A----T----AC-TCCT---ACAAAA---------T---A-----A-GT-GC-----T-AT-----CCGTA--GCATTTG-AAGTCACCTAGAT--C---T-GTTC---AG-TAC---TTTT-TC-C-AAACA--CTT-TAATCAA------cc
gi|22 : GGGTGGGTAAACCCATGT-GACCT-TTCGGTATCA--TG---A-ATGGCA-T--A----TTTT-CTAA-------AA-A---T------AGT-T----G-CGAGTCT-G---GCAAAAAA---TGT---TCAA-TTA------CAA----CTTT-TTT--AAT----A-----TCC---AAAATATTTTGACAAAACAGGGTACA-c
gi|23 : TTT-CTT--AAC----A-----TTA---AACGGATTTTAA-AAAA-GAAGTACATGC---------A----TGTAAAC-CCTT---AGGAAAC--------C------T----GT-GC-----T-AT-----ACATG--TCATTCA-TAGGCGTTCTGAT-ATAC-C-G------GG-TACGCTTTTT-GC-C-ATAAA--CTT-CG
gi|24 : acaCA-G---GTAATACTAAGTTT---TGCT-GAA------TAAGGTTCTTT-TTC--AAT----ATTATACCC---AATGGATTATGACCAAATAAAGTGCT-G----------A----T----ACACGC---------AT--------TCTCAA-T--G-GG-ATGAGGCT-AT-----CCATG--CCATTTA-CAGT
gi|25 : --A-GT-GT-----T-AC-----CCATA--GCATCTA-TAGTCGACACGAT-TTA--T-A------GG-GAG---TTTTACCAC-AAACA--CTT-CGA---A------C--A--A-CT----GT---TT--------CAATT-G-AG------------ATGA-----------------A-------------------AT--GT--CATA
gi|26 : tatgG-CGAACTCACAA-GACTT-TTTGATATCGC-T-----CACGGCT-G--G----TTTT-CTAATTTTCTAAA-A---T------ATA-TAT----CGCTTTA-G----TAAGA-----TTT---TCTT-TAA------TAA------TT-C-------------------------------TTGACGAAACAACGTGCA-G----------A----A----AC-gtataaaccacatacattccaaag
gi|27 : GGGTGG-TGAAACAACAT-GACCT-TT-GGTATCG--TACA-A---GACC-A--A----TTTT-CTAA-------AA-A---T------AGG-TCT----TGCTCAG-G---GTAAGA---------------------------------TTT-CTT--AAT----A-----TTC---AACAGATTTCTACAAAACAAAGTGCA-G----------A----aa
gi|28 : -CGCTTCACA---ATAA-A-----TTT---TTCT-TGA------GGG----TTTT-CTT--ACT----A-----CCA---AACGTACATTGACAAGATAAAGTGCA-G----------A----T----AT-AATT---AGAAAAT--------G---AG-T--C-AT-AT-----T---------TACGACACATTTA-
gi|29 : ATACAGGGTGG-TGAACCCACGT-GTCTT-TTTGCTATCG---AC---CACAGCT----ATTTTTTTT-CT-A-------AA-G---T------TGG-TC---A-CGTTTCA-G---G-AAG---------------------------------CCTT-TTT--AAT----A-----TCA---AACGAATT
gi|3 : aTAT-CAGGGTAG-AGACTCCATGT-GATGT-TAAGTTATCGAATATACACACAGCT-A--G----TTTTACTAA-------AA-AAA-C------AGG-TC-AGG-AA--TCA-G----TAAGA-----GTT---TACT-TAA------TA-----CTTC-CTT--AAT----A-----CC----AGCGTATTATAACCAAATAAAGTGCA-G----------G----T----AT-CCATCGGAGCAAAT--------A---AG-C-----C-A------T-AT-----CCGTG--GCATTTA-
gi|30 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacattatcatTT---TTCT-TTA------CAA----CGTT-CTC--AATTTTAA-----------AACAGATTTTAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----AC-CCCA---AGAAAAT--------A---AA-T--G-GT-Ac
gi|4 : acttttagcaatattgTAT-CAGGGTAG-AGACTTCATGT-GA-TG-TAAGTTATCGAATACACACACATCT-A--G----TTTTACTAA-------AA-A---C------AGG-TC-AGG-AA--TCA-G----TAAGA-----GTT---TAAT-TAA------TA-----CTTC-CTT--AAC----A-----CC----AGTGTATTATAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----AT-CCATCGGAGCAAAT--------A---AG-
gi|5 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcatACGGATTTTGACGAAACATAGTATG-C----------A----T----AC-AACT---TGAAAAT--------G---AG-T----GC-----------T-----CCA----GC-TT------TC-TCCAA---ACA--C-G------A--------------C-C-AAACG--TTT-CAGCCGA---------G--A-CG----AAA--TG--------TCACG-GTATC-----------GTTT-----------------A---C---A----T-AC---AT--TC--AATCT--GT-T----CA----GTT--CGTCGAATTG-TTT-AGAAAGGTccatatccgtgg
gi|5 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtc-TTTGATATCG--TATT----CGGCA-G--A----TTTT-CTAAG------AA-A---C------AGA-CCTCTG-TGC---A-T---GTACAA-----TAT---TCCT-TTA------TAA----CTTT-CTT--GAC----A-----GTC---AACCAATTTAGATAAAACGAAGTGCA-G----------A----C----AC-CCT------AAAATA-------T---A-----A-GT-GC-----T-CT-----GCACG--GAA-GTA-TAGTTCTACAGAT-GTAT-T-C------AG-TAA---CCTT-TC-T-AAACA--ATT-CGACGAA------CTGA--A-C-----AGA--T---------TGAAT-GTAT------------GTAA-----------------A---C---GATACC-GTGACAT--TT--CGTCTCGGC-TGAAACG----TTT--GGTC---GTG-TTTGGAGAAAGtactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttatattttagggtgtctgcacttcgttttatctaaattggttgactgtcaagaaagttataaaggaatattgtacatgcacagaggtctgtttcttagaaaatctgccgaatacgatatcaaatgtca
gi|6 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagTTCTGGGTGATCAAACACATGT-GTCTT-TTTGGTATTG-----A-ACACATCTTA--A----TTTT-GTAA--------------T------AGG-TC---G-CACTTCA-G---GTAGGA-----TTT---TGAA-CAA------TAA----ATTT-CTT----T--------------------TATTT-----ATACAAAGAGCA-G----------A----T----AT-CC-T---AGCAAAT--------G---AG-T--G-CT-GT-----T---------CATG--GTATTTAATGG-CATCCATAT------T-G------GG-TAG---TTTT-CC-C-AAACA--CTC-CAA---G------C--A--A-CC----AT---TG--------CAATT-G-AG------------ATGAAATGCTGGGTATTGCTCA---C---A----T-GT---AC--TT--CATAA--GT-T----CA----CTT--GATCTAAGCA-TTTAGGAAAAGtgtca
gi|7 : tTATATAT-TATGTACTCAGGGTGA-CCAACCAATGTTGACTT-TTTT-TATTA--TATA-ACACAGCT-G--A----TGTT-CAAA-------AA-A---T------AAG-TTTAGG-TACTTTA-G---GTAAGA-----TTT---TGCT-TGA------CAA----CTTT-CTA--AAT----G-----CCC---AACAGATTTTGACAAGAGAAAGTGCA-G----------A----C----AC-TCCT---ACAAAAC--------T---AG-T--A-GT-AT-----T-AG-----CCACA--GCATTTA-TAATTGTCTAGAA-ACA--T-G------AG-TAT---TTTT-CC-T-GAACT--TTT-TGATCT-------C--ATTA-CTC---AT---TG--------CAATT-G-AG------------ATGA-----------------A---C---A----T-GT---AT--TC--CAGAT--GT-T----TT----GCT--GATCGAAGTG-TTTTGGACAAGTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|8 : aG--GTATATA-CTGTAGTCCA--T-ACA--TTG------GG-AAC---CTT--CC-C-AAACAATTTT-CAATTAA---------G--A-CA----GAA--TG--------CAGTG-GTAT----------------------------------------------C-GT--------T--CAC----GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-GTT-GAAAAAGT
gi|8 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttT-TTTGTAATCG--TTTA--CAT--CT-G--A----TTGT-ATAA-------AA-A---T------ACA-TCT----CTCCTCA-G---ATTAGA-----CAT---TCCT-TTA------TAA----CTTT-CTC--AAT----G-----------------TTCTG------CAGAGAACA-G----------A----T----AC-TCCC---AGAAAA---------T---AA-T-----T-AC-----T-AT-----ATACG--GCATCGA-T-TTCTTTC-GTT-ATA--T---------T-TAC---TTTT--T-C-AACCA--CTT-CGATCAA------CTGA--A-C-----GTG--AA--------CGAT---------------------A-----------------C---C---A----CTGC---AT--TC------T--GTCT----TA----ATT--GA--AAATTG-TTTGGGAAaaatataacgaaagaaatcgatgccgtatatagtaattattttctgggagtatctgttctctgcagaacattgagaaagttataaaggaatgtctaatctgaggagagatgtatttttatacaatcagatgtaaacgattacaaaag
gi|9 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccAA-------AA-A---T------AGG-TC---A-CACTTCA-G--------A-----TTT---AGGT-TAA------TAA----CTTTATTT--AAA----A-----CTC---AACGAATTTTGACAAAATAAAGTGCA-G----------A----T----AC-CCCT---AGAAAAT--------G---CG-TCCA-G------------T-----CCGCA--GCATCTg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTACGAGTGCCATTTACGATATTTATAGTCGTTTGATTGTATTGAGAACTTTATTCTAAAATATTTTTGATTGTTTCAATTGAGACGAAATACTCTGGTATCGGTCACGTATATTCCAGAGGTTCAATTAATCAAGATGTTCGGGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 22222 1111111111111111 44444444444444444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 11111111111
lowQualScore : 6 0 77 2 2 0 1 999999999999999999999999 4 2 6666666 2 77777 666 555555 7777 77777 1 222 22 55555 55555 333 444444 33333 1 11 8888888888888888 55 0 2 2 777777777777777 6666 1 6666 1 55555555555555555 55555555 55555555 3333 33 1 555555 1 7777 22 1 1 1 44 2 55555 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 44 3333 3 11111111111 44 3 4 5
lowQualScore : . . .. . . . . ........................ . . ....... . ..... ... ...... .... ..... . ... .. ..... ..... ... ...... ..... . .. ................ .. . . . ............... .... . .... . ................. ........ ........ .... .. . ...... . .... .. . . . .. . ..... .. ......................................................................................... .. .. .... . ........... .. . . .
lowQualScore : 7 8 33 7 4 7 6 555555555555555555555555 2 1 5555555 0 00000 222 555555 9999 00000 6 888 22 44444 77777 555 111111 22222 4 99 6666666666666666 22 2 1 5 999999999999999 1111 4 5555 5 88888888888888888 99999999 44444444 4444 00 2 555555 9 1111 66 0 9 9 88 0 66666 33 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 22 7777 3 77777777777 66 9 0 7
consensus : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG-G--TCT--GCGCTTCA-GG---T--AAGA-----TTT---TGCT-TNA------TAA----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA----G----------AT----AC-CCCT---AG-AAAAT------T---AGT--A-GT-AC-----T-AT-----CCACG--GCATTTA-TAGTCGTCCAGATATA------TT-GGGTAC---TT--TTCC-C-AAACA--CTT-CGA-----TC--AA------C---G--A-C-----ATG--TG--------CGAT-------T-GTAT------------ATNA---A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
Reference ( family-524 ) : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG-G--TCT--GCGCTTCA-GG---T--AAGA-----TTT---TGCT-TNA------TAA----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA----G----------AT----AC-CCCT---AG-AAAAT------T---AGT--A-GT-AT-----T-AT-----CCACG--GCATTTA-TAGTCGTCCAGATATA------TT-GGGTAC---TT--TTCC-C-AAACA--CTT-CGA-----TC--AA------C---A--A-CT----ATG--TG--------CGAT-------T-GTAT------------ATNA---A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
gi|1 : ATATA-AGGGTTG-TGAGCCCAAGT-CACCT-TTTGGTATCG-----A-ACACAGCT-ATTC----TTTT-G-TA-------A-AA-----G---T------GG-G--CCT---TGCTTCA-TG---T--AAGG-----ATT---TGCT-TAA------TAG----TTTT-TTA--AAT----A-----CCCCAAAAAAAATTT---CCAAACAAAGTGCATAATC----------AT----AT-TTCA---AG-AAACT-----------G---A-GT-GC-----T-AT-----CCATG--GCATTT--CAATTGTCCAGATACATGCATTTT-GGTTAC---TT--TTTT-TAAAACA--CTT-CGA-----TC--AACCATTTC---A--ACCT----ATA--TGATATGTTTTGTT-------T-ATAT------------ATTA---ATCGC-A----T-G---CAT--TT--TAAAT--GA-T----TA---------GATCAAAGTG-TTTGGGAAAAAT
gi|1 : aaataatcCAGGCTGG-CAAACCTATGT-GACCT-TTTGGTATCA--TAC---C-TGGCT-G--A----ATAA-C-TA-------A-AAT----A---T------ATTA--TAT---TGTTTCA-GCCATT--AAGA-----TTT---GCCTATTA------TAA----ATTT------GAT----A-----TTC---AACAAATTTTGACAAAA-ACAG-GAA----G----------ATCTATAT-GTTT---AG-AAAAT----------A----A-GT-GC-----T-GG-----CCACT--G----TA-AAATTAAACAGATCTA------TTTGAATAT---TT--TTCC-C-AAACA--CTT-TGA-----TCT-AA------T---C--A-TTTAAAATGCATG--------CGAT-------TAATAT------------ATAA---A---CAA----A-A---CAT--AT--CATATAGGT-T----GAAATGGTT--GATCGAAGTGTTTTAAAAAAAGTattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|10 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttTGA-CGAACCTACTT-AACGT-TTTGATATCG--CGTA----CTGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-TA-----A---C------AG-A--TTT---CGCGTCA-AA---T--AAGAG----TTT---CGTT-TTA------T---------T-C-----AT------------------TGGAGTTTGACAAAT--AAGTGCA----G----------AT----AC---------GTACAGT------C---AAT--G-AC-AT-----T------------G--GTAGTTAGTA-TTGTC----TAT-------TT-AGTTA----TT--GTTC-C-AAATA--TGT-CGA-----TC--GA------CTG-A--A-C-----ATG--AA--------CG-------------GT------------ACCA---------A----G-G---CAT--TT--CGT-----T-T----CA----ACT--GAt
gi|11 : gaacgcttcaaacaacggtttCACAT-GACGT-TA-GGTATCA-----A-ATACA--T-G-------TTTT-C-TA-------A-AA-----A---TTCTATTAG-G--TC---ATGTTCCA-GG---T--AAGA-----TTT---TGTT-TAA------TAA----CTT--CTT--AAT----A-----CC----ATCTGATTTTGACTAAACTAAGTTTA----A----------AT----AC-CCGT---GG-AAAAT-----------G---A-GT-GT-----T-AT-----GCATC--GCATTTA-CAATTGCCCAGATa
gi|12 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagaAGA-----TCT---CGCT-TTA------TAT----ATTT-CTT--AAT----G-----CTC---AACAAATTTTAACTAAACAAAGTGCC----C----------AT----AC-ATC----AC-AAAAT-----------GT----GT-AA-----T-AT-----TCATG--GCATTTA-CAGTGTTCTAGATATA------TT-GGGTAC---TT--TTCA-C-TAACA--CTT-TGA-----T
gi|12 : -----T-AT-----CTGTG--ATATTGA-TAGTTGTCCAGATCTA------TT-CAGTAC---CT--TTTC-C-AAACttgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|13 : agatctcgctttatatatttcttaatgctcaacaaattttaactaaacaaagtgcccatacatcacaaaatgtgtaatattcatggcatttacagtgttctagatatattgggtacttttcactaacactttgatttgctaTGTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AT-C--TCT---CACTTTA-GG---T--AAGA-----TTTACATGTT----------TAA----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA----C----------AT-------CCTT---AG-AAAATAATGAAT---ATTGAA-GT-AT-----TGAA-----CAACA--GCATTGA-TAtggt
gi|14 : GTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AT-C--TCT---CACTTTA-GG---T--AAGA-----TTTACATGTT----------TAA----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA----C----------AT-------CCTT---AG-AAAATAATGAAT---ATTGAA-GT-AT-----TGAA-----CAACA--GCATTGA-TA
gi|15 : --TCT---CGCTTCA-GG---T--TAGA-----TGT---TGCT-ACA------TAA----CTTT-CTT--AAT----G-----TTC---GTCGGATTTTTATCGAACTATGTACA----G----------AT----AC-TCCA---AG-AAAAT------T---AG---A-ATAAT-----T-ATACGGACAACG--GTGTTGA-TAGGCACCCTGATATA------TT-CAGTAT---TT--CACT-C-AAACA--CTT-C
gi|16 : actCTTCA-GG---T--AAGA-----CTT---AGCT-TTT------CGG----CTTA-CGT--AAT----A-----ATC---AATGGAAC---ATAAAACAAAGTGCA----G----------TT----AT-TCCT---AG-AAAAC----------A----A-AT-AT-----T-AT-----CTA--------TTA-AAGTCGTTCAGATCCA------TT-AAGTAC---TT--TTCC-G-AAACA--ATT-CGA-----Ttgcacgtttatgcattc
gi|17 : agctgattcaaattaaggttaaatccct------AG-G--TC---ACCCTTCA-TA---T--AAGA-----CTT---CTCT-TAA------AGG----TTTT-CTT--ATT----T-----CGA---AACTAAATTTGACAAAAGAAAGTGCA----G----------CA----AT-CTTT---AG-ATGAT-----------G---A-GT-AC-----T-AC-----CCGCG--GCATTTA-TAATCGTCCAGATGAG------TT-GGGTTC---GT--TTAC-C-AAACA--CTT-CGA-----T
gi|18 : --A-GT-GC-----C-AT-----TTACG--ATATTTA-TAGTCGTTTGATTGTA------TT-GAGAAC---TTTATTCT-A-AAATAT-TTT-TGATTGTTTC--AA------TTGAG--A-CG----AAA--TA--------CTCT-------G-GTAT-------------CGG---T---C-A----C-GTA-TAT--TC--CAGAG--GT-T----CA----ATT--AATCAAGATG-TTCGGGAA
gi|19 : ttacgAAAGTTCA----T----------AT----AT-CCCT---AG-AAAAG------T---AAT--G-GT-AT-----C-CT-----TTAC-----ATTTT-TGGTAGTCCGGACATA------TT-GGGTAG---GT--TTCT-C-AAACA--ATT-TAA-----CC--AA---------------------ATG--TGT-------CAAT-------T-GAGA------------AAAA---A---C-A----TGG---CATGGTTTACATAC--GT-TA---CA----GAA--GATC
gi|2 : tCAGGATGG-TGAACCCACAT-GATTTGTTTGGTATTG-----A-ACACGTCT-C--A----TTTT-T-TA-------A-AA-----AGAAT------GG-GA-TCC--G---TTCA-GG---T--TAGA-----TTT---TGCT-TCATACATGTAA----CTCT-TTTTAAAT----A-----CTC---AACTGGTTTTGACAAATGAAAGAACA----AAAAAATTAATAT----AC-CCCT---AG-AATAT-----------GT----GT-GC-----C-GT-----CTGCA--GCATTTA--AG--ATCCAAATACT------TT-GAA-----------------GAACA--ATTGCAA-----TG--GA----------G--A-TG----AAG--TG--------ACAT-------T-ATATATACTAAGCATCATTG---A---C-A----T-A---CAT--TC--CATAT--GT-T----TA----GTTTAGATCAAGGTG-TTTGGGAAAA
gi|2 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AT-A--CCT---TGCATCA-TG---T--AAGG-----TTT---T-CT-CAA------TAA----CTTC-ATT--AATT---A-----TTC---AACAGTTTTTTACAAAATGGAGAGCA----G----------AT----AC-CACT---AG-AAAA-------T---ATT--ATGT-AC-----T-AT-----ACAAT--GCA-TTA-TGGCCACTCAGATCT-------------TA----TT--TTCC-C-AAACA--CCT-TGA-----TCTAAA------CTA-A--A-C-----ATA--TG---------GAA-------T-GTAT------------GTCA---A---taagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|20 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaacaggatggtgaacccacatgatttgtttggtattgaacacgtctcattttttaaaaagaatgggatccgttcaggttagattttgcttcatacatgtaactctttttaaatactcaactggttttgacaaatgaaagaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatca-ATACTGCT-A--A----TTAT-CACA-------A-AACTGATA---T------AG-----CT---CACTTCA-GG---T--AATA-----TGT---TCCT-TTA------TAA----CGTT---T--AAT----A-----GCC---AACGGATCTTAACAAGACAAAATG------G----------AT----AC-CCCC---AA-AAGA-------T---A----A-GT-CT-----T-AT-----CCACA--GCAT
gi|21 : tagtT---TTCT-TTA------TAA-----TTC-CTC--GCT----A-----ATT---TATGAATCT-GATAAAAGGAAGTCCA----G----------AT----AC-TCCT---AC-AAAAT----------A----A-GT-GC-----T-AT-----CCGTA--GCATTTG-AAGTCACCTAGATCTG------TT-CAGTAC---TT--TTTC-C-AAACA--CTT-TAA-----TC--AA------cc
gi|22 : GGGTGGGTAAACCCATGT-GACCT-TTCGGTATCA--TG---A-ATGGCA-T--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG-----TT--GCGAGTCT-GG---CAAAAAA-----TGT---TCAA-TTA------CAA----CTTT-TTT--AAT----A-----TCC---AAAATATTTTGACAAAACAGGGTACA----c
gi|23 : TTT-CTT--AAC----A-----TTA---AACGGATTTTAA-AAAA-GAAGTACAT---GC---------ATGTAAAC-CCTT---AG-GAAAC------C-----T----GT-GC-----T-AT-----ACATG--TCATTCA-TAGGCGTTCTGATATA------CC-GGGTACGCTTT--TTGC-C-ATAAA--CTT-CG
gi|24 : acaCA-GG---T--AATACTAAGTTT---TGCT-GAA------TAAGGTTCTTT-TTC--AAT----ATTATACCC---AATGGATTATGACCAAATAAAGTGCT----G----------AT----ACACGC----------AT------TCTCAAT--G-GG-ATGAGGCT-AT-----CCATG--CCATTTA-CAGT
gi|25 : --A-GT-GT-----T-AC-----CCATA--GCATCTA-TAGTCGACACGATTTA------TA-GGGAGT---TT--TACCAC-AAACA--CTT-CG----------AA------C---A--A-CT----GT---TT--------CAAT-------T-G-AG------------ATGA---A-----------------AT--GT--CATA
gi|26 : tatgG-CGAACTCACAA-GACTT-TTTGATATCGC-T-----CACGGCT-G--G----TTTT-C-TAATTTTCTA-AA-----A---T------AT-A--TAT---CGCTTTA--G---T--AAGA-----TTT---TCTT-TAA------TAA------TT-C-------------------------------TTGACGAAACAACGTGCA----G----------AA----AC-gtataaaccacatacattccaaag
gi|27 : GGGTGG-TGAAACAACAT-GACCT-TT-GGTATCG--TACA-A---GACC-A--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG-G--TCT---TGCTCAG-GG---T--AAGA---------------------------------TTT-CTT--AAT----A-----TTC---AACAGATTTCTACAAAACAAAGTGCA----G----------Aaa
gi|28 : CGCTTCACAA---T--AA-A-----TTT---TTCT-TGA------GGG----TTTT-CTT--ACT----A-----CCA---AACGTACATTGACAAGATAAAGTGCA----G----------AT----AT-AATT---AG-AAAAT------G---AGT--C-AT-AT-----T---------TACGACACATTTA-
gi|29 : ATACAGGGTGG-TGAACCCACGT-GTCTT-TTTGCTATCG---AC---CACAGCT----ATTTTTTTT-C-T--------A-AA-----G---T------TG-G--TC---ACGTTTCA-GG------AAG---------------------------------CCTT-TTT--AAT----A-----TCA---AACGAATT
gi|3 : aTAT-CAGGGTAG-AGACTCCATGT-GATGT-TAAGTTATCGAATATACACACAGCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----AAA-C------AG-G--TCA--G-GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TACT-TAA------TA-----CTTC-CTT--AAT----A-----CC----AGCGTATTATAACCAAATAAAGTGCA----G----------GT----AT-CCATCGGAG-CAAAT------A---AGC-----C-A------T-AT-----CCGTG--GCATTTA-
gi|30 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacattatcatTT---TTCT-TTA------CAA----CGTT-CTC--AATTTTAA-----------AACAGATTTTAACCAAACAAAGTGCA----G----------AT----AC-CCCA---AG-AAAAT------A---AAT--G-GT-Ac
gi|4 : acttttagcaatattgTAT-CAGGGTAG-AGACTTCATGT-GA-TG-TAAGTTATCGAATACACACACATCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----A---C------AG-G--TCA--G-GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TAAT-TAA------TA-----CTTC-CTT--AAC----A-----CC----AGTGTATTATAACCAAACAAAGTGCA----G----------AT----AT-CCATCGGAG-CAAAT------A---AG
gi|5 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcatACGGATTTTGACGAAACATAGTATG----C----------AT----AC-AACT---TG-AAAAT------G---AGT----GC-----------T-----CCA----GC-TT------TC-TCCAAACA---------C-GA--------------C-C-AAACG--TTT-CAG-----CC--GA----------G--A-CG----AAA--TG--------TCAC-------G-GTATC-----------GTTT---A---C-A----T-A---CAT--TC--AATCT--GT-T----CA----GTT--CGTCGAATTG-TTT-AGAAAGGTccatatccgtgg
gi|5 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtc-TTTGATATCG--TATT----CGGCA-G--A----TTTT-C-TA-------AGAA-----A---C------AG-ACCTCT--GTGC---A-TG---T--ACAA-----TAT---TCCT-TTA------TAA----CTTT-CTT--GAC----A-----GTC---AACCAATTTAGATAAAACGAAGTGCA----G----------AC----AC-CCT-------AAAATA-----T---A----A-GT-GC-----T-CT-----GCACG--GAA-GTA-TAGTTCTACAGATGTA------TT-CAGTAA---CC--TTTC-T-AAACA--ATT-CGA-----CG--AA------CTG-A--A-C-----AGA--T---------TGAA-------T-GTAT------------GTAA---A---C-GATACC-GTGACAT--TT--CGTCTCGGC-TGAAACG----TTT--GGTC---GTG-TTTGGAGAAAGtactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttatattttagggtgtctgcacttcgttttatctaaattggttgactgtcaagaaagttataaaggaatattgtacatgcacagaggtctgtttcttagaaaatctgccgaatacgatatcaaatgtca
gi|6 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagTTCTGGGTGATCAAACACATGT-GTCTT-TTTGGTATTG-----A-ACACATCTTA--A----TTTT-G-TA-------A------------T------AG-G--TC---GCACTTCA-GG---T--AGGA-----TTT---TGAA-CAA------TAA----ATTT-CTT----T--------------------TATTT-----ATACAAAGAGCA----G----------AT----AT-CC-T---AG-CAAAT------G---AGT--G-CT-GT-----T---------CATG--GTATTTAATGG-CATCCA----TA------TT-GGGTAG---TT--TTCC-C-AAACA--CTC-CAA-----GC--AA------C---C--A-TTGCA-AT---TG--------AGATGAAATGCT-GGGT------------ATTGCTCA---C-A----T-G---TAC--TT--CATAA--GT-T----CA----CTT--GATCTAAGCA-TTTAGGAAAAGtgtca
gi|7 : tTATATAT-TATGTACTCAGGGTGA-CCAACCAATGTTGACTT-TTTT-TATTA--TATA-ACACAGCT-G--A----TGTT-C-AA-------A-AA-----A---T------AA-G--TTTAGGTACTTTA-GG---T--AAGA-----TTT---TGCT-TGA------CAA----CTTT-CTA--AAT----G-----CCC---AACAGATTTTGACAAGAGAAAGTGCA----G----------AC----AC-TCCT---AC-AAAAC------T---AGT--A-GT-AT-----T-AG-----CCACA--GCATTTA-TAATTGTCTAGAAACA-------T-GAGTAT---TT--TTCC-T-GAACT--TTT-TGA-----TC---T------C---ATTA-CTC---AT---TG--------CAAT-------T-G-AG------------ATGA---A---C-A----T-G---TAT--TC--CAGAT--GT-T----TT----GCT--GATCGAAGTG-TTTTGGACAAGTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|8 : aG--GTATATA-CTGTAGTCCA--TACA------TT-GGGAAC---CT--T-CC-C-AAACAATTTT-CAA-----TT--AA----------G--A-CA----GAA--TG--------CAGT-------G-GTAT------------------------------C-G--------TT--CAC----GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-GTT-GAAAAAGT
gi|8 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttT-TTTGTAATCG--TTTA--CAT--CT-G--A----TTGT-A-TA-------A-AA-----A---T------AC-A--TCT---CTCCTCA-GA---T--TAGA-----CAT---TCCT-TTA------TAA----CTTT-CTC--AAT----G-----------------TTCTG------CAGAGAACA----G----------AT----AC-TCCC---AG-AAAA-------T---AAT-----T-AC-----T-AT-----ATACG--GCATCGA-T-TTCTTTC-GTTATA------TT----TAC---TT--TT-T-C-AACCA--CTT-CGA-----TC--AA------CTG-A--A-C-----GTG--AA--------CGAT----------------------------A---C---C-A----CTG---CAT--TC------T--GTCT----TA----ATT--GA--AAATTG-TTTGGGAAaaatataacgaaagaaatcgatgccgtatatagtaattattttctgggagtatctgttctctgcagaacattgagaaagttataaaggaatgtctaatctgaggagagatgtatttttatacaatcagatgtaaacgattacaaaag
gi|9 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccA-------A-AA-----A---T------AG-G--TC---ACACTTCA-G----------A-----TTT---AGGT-TAA------TAA----CTTTATTT--AAA----A-----CTC---AACGAATTTTGACAAAATAAAGTGCA----G----------AT----AC-CCCT---AG-AAAAT------G---CGTCCA-G------------T-----CCGCA--GCATCTg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 222222 1111111111111111 1111111111 55555555555555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111
lowQualScore : 6 0 77 2 2 0 1 999999999999999999999999 4 2 6666666 2 77777 666 555555 666 777777 1 222 22 55555 55555 333 77777777777 1 11 8888888888888888 55 0 2 1 1 0000000000 2222 3333 55555555555555 33333333333333 333 2 33333 2222 11 555555 1 22 555555 1 7777 22 1 1 44 2 88888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 44 55555 3 0000 7777 44 3 4 5
lowQualScore : . . .. . . . . ........................ . . ....... . ..... ... ...... ... ...... . ... .. ..... ..... ... ........... . .. ................ .. . . . . .......... .... .... .............. .............. ... . ..... .... .. ...... . .. ...... . .... .. . . .. . ..... ......................................................................................................... .. .. ..... . .... .... .. . . .
lowQualScore : 7 8 33 7 4 7 6 555555555555555555555555 2 1 5555555 0 00000 222 555555 555 222222 6 888 22 44444 77777 555 33333333333 4 99 6666666666666666 22 2 1 6 3 3333333333 9999 0000 88888888888888 99999999999999 333 9 66666 8888 55 000000 2 66 555555 0 1111 66 9 9 88 0 66666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 66 22222 3 4444 1111 66 9 0 7
consensus : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----AC-------CCCT---AGAAAAT-------AGT--A-GT-GCT-AT-----CCACG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
Reference ( family-524 ) : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----AC-------CCCT---AGAAAAT------TAGT--A-GT-ACT-AT-----CCACG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
gi|1 : ATATA-AGGGTTG-TGAGCCCAAGT-CACCT-TTTGGTATCG-----A-ACACAGCT-ATTC----TTTT-G-TA-------A-AA-----G---T------GGG--CCT----TGCTTCA-T---GT--AAGG-----ATT---TGCT-TAATA------G----TTTT-TTA--AAT----A-----CCCCAAAAAAAATTT---CCAAACAAAGTGCA-T----------AATCAT----AT-------TTCA---AGAAACT--------G---A-GT-GCT-AT-----CCATG--GCATTT--CAA------TTGTCCAGATACA-TGCATTTTGGTTAC---TT--TTTT-TAAAACA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CCATTTCAACCTATATGAT-ATG--T-T-TTGTTT-ATAT------------ATTA-----------------ATCGC-A----T-G---CAT--TT--TAAAT--GA-T----TA----G-----ATCAAAGTG-TTTGGGAAAAAT
gi|1 : aaataatcCAGGCTGG-CAAACCTATGT-GACCT-TTTGGTATCA--TAC---C-TGGCT-G--A----ATAA-C-TA-------A-AAT----A---T------A-T--TAT--ATTGTTTCA-GCCATT--AAGA-----TTT---GCCTATTATA------A----AT----TT--GAT----A-----TTC---AACAAATTTTGACAAAA-ACAG-GAA-GATCT------A----T----AT-------GTTT---AGAAAA-------TA----A-GT-GCT-GG-----CCACT--G----TA-AAA------TTAAACAGATCTATT------TGAATAT---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-TGA-----TCT-A------ATCATTT---------------AAA-ATGCAT-G-C-GATTAATAT------------ATAA-----------------A---CAA----A-A---CAT--AT--CATATAGGT-T----GAAATGGTT--GATCGAAGTGTTTTAAAAAAAGTattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|10 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttTGA-CGAACCTACTT-AACGT-TTTGATATCG--CGTA----CTGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-TA-----A---C------AGA--TTT----CGCGTCA-A---AT--AAGAG----TTT---CGTT-TTA---------------TT-C-----AT------------------TGGAGTTTGACAAA--TAAGTGCA-G----------A----T----AC-----------------------------------GT-ACA-GT-----CAATG--ACATTGG-TAGTTAGTATTGTC----TAT--T------TAGTTA----TT--GTTC-CAAA-TA--TGT-CGA-----TC--G------A-----CTG-------------AAC-ATG--A-A-C-G------GT------------ACCA-----------------------A----G-G---CAT--TT--CGT-----T-T----CA----ACT--GAt
gi|11 : gaacgcttcaaacaacggtttCACAT-GACGT-TA-GGTATCA-----A-ATACA--T-G-------TTTT-C-TA-------A-AA-----A---TTCTATTAGG--TC---A-TGTTCCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGTT-TAATA------A----CTT--CTT--AAT----A-----CC----ATCTGATTTTGACTAAACTAAGTTTA-A----------A----T----AC-------CCGT---GGAAAAT------GAGT----GT---T-AT-----GCATC--GCATTTA-CAA------TTGCCCAGATa
gi|12 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagaAGA-----TCT---CGCT-TTATA------T----ATTT-CTT--AAT----G-----CTC---AACAAATTTTAACTAAACAAAGTGCC-C----------A----T----AC-------ATC----ACAAAAT--------GT----GT-AAT-AT-----TCATG--GCATTTA-CAG------TGTTCTAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCA-CTAA-CA--CTT-TGA-----T
gi|12 : T-AT-----CTGTG--ATATTGA-TAG------TTGTCCAGATCTA-T------TCAGTAC---CT--TTTC-CAAA-Cttgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|13 : agatctcgctttatatatttcttaatgctcaacaaattttaactaaacaaagtgcccatacatcacaaaatgtgtaatattcatggcatttacagtgttctagatatattgggtacttttcactaacactttgatttgctaTGTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T-------------CCTT---AGAAAATAATGAATATTGAA-GT-ATTGAA-----CAACA--GCATTGA-TAtggt
gi|14 : GTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T-------------CCTT---AGAAAATAATGAATATTGAA-GT-ATTGAA-----CAACA--GCATTGA-TA
gi|15 : --TCT----CGCTTCA-G---GT--TAGA-----TGT---TGCT-ACATA------A----CTTT-CTT--AAT----G-----TTC---GTCGGATTTTTATCGAACTATGTACA-G----------A----T----AC-------TCCA---AGAAAAT------TAG---A-ATAATT-ATACGGACAACG--GTGTTGA-TAG------GCACCCTGATATA-T------TCAGTAT---TT--CACT-CAAA-CA--CTT-C
gi|16 : actCTTCA-G---GT--AAGA-----CTT---AGCT-TTTCG------G----CTTA-CGT--AAT----A-----ATC---AATGGAAC---ATAAAACAAAGTGCA-G----------T----T----AT-------TCCT---AGAAAAC-------A----A-AT-ATT-AT-----CTA--------TTA-AAG------TCGTTCAGATCCA-T------TAAGTAC---TT--TTCC-GAAA-CA--ATT-CGA-----Ttgcacgtttatgcattc
gi|17 : agctgattcaaattaaggttaaatccct------AGG--TC---A-CCCTTCA-T---AT--AAGA-----CTT---CTCT-TAAAG------G----TTTT-CTT--ATT----T-----CGA---AACTAAATTTGACAAAAGAAAGTGCA-G----------C----A----AT-------CTTT---AGATGAT--------G---A-GT-ACT-AC-----CCGCG--GCATTTA-TAA------TCGTCCAGATGAG-T------TGGGTTC---GT--TTAC-CAAA-CA--CTT-CGA-----T
gi|18 : --A-GT-GCC-AT-----TTACG--ATATTTA-TAG------TCGTTTGATTGTA-T------TGAGAAC---TTTATTCT-AAAA-TAT-TTT-TGATTGTTTC--AATTGAGA-----C---------------GAA-ATA--C-T-C---TG-GTAT-------------CGG-----------------T---C-A----C-GTA-TAT--TC--CAGAG--GT-T----CA----ATT--AATCAAGATG-TTCGGGAA
gi|19 : ttacgAAAGTTCA-T----------A----T----AT-------CCCT---AGAAAAG------TAAT--G-GT-A----T-----CCTTT--ACATTTT-TGG------TAGTCCGGACATA-T------TGGGTAG---GT--TTCT-CAAA-CA--ATT-TAA-----CC--A------A-------------------------ATG--T-GTC-AATT-GAGA------------AAAA-----------------A---C-A----TGG---CATGGTTTACATAC--GT-TA---CA----GAA--GATC
gi|2 : tCAGGATGG-TGAACCCACAT-GATTTGTTTGGTATTG-----A-ACACGTCT-C--A----TTTT-T-TA-------A-AA-----AGAAT------GGGA-TCC--G----TTCA-G---GT--TAGA-----TTT---TGCT-TCATACATGTAA----CTCT-TTTTAAAT----A-----CTC---AACTGGTTTTGACAAATGAAAGAACA-AAAAAATTAATA----T----AC-------CCCT---AGAATAT--------GT----GT-GCC-GT-----CTGCA--GCATTTA--AG--------ATCCAAATACT-T------TGAA----------------GAA-CA--ATTGCAA-----TG--G------A---------------------GATGAAG--T-G-A-CATT-ATATATACTAAGCATCATTG-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--CATAT--GT-T----TA----GTTTAGATCAAGGTG-TTTGGGAAAA
gi|2 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATA--CCT----TGCATCA-T---GT--AAGG-----TTT---T-CT-CAATA------A----CTTC-ATT--AATT---A-----TTC---AACAGTTTTTTACAAAATGGAGAGCA-G----------A----T----AC-------CACT---AGAAAA-------TATT--ATGT-ACT-AT-----ACAAT--GCA-TTA-TGG------CCACTCAGATCT-------------TA----TT--TTCC-CAAA-CA--CCT-TGA-----TCTAA------A-----CTA-------------AAC-ATA--T-G---GAAT-GTAT------------GTCA-----------------A---taagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|20 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaacaggatggtgaacccacatgatttgtttggtattgaacacgtctcattttttaaaaagaatgggatccgttcaggttagattttgcttcatacatgtaactctttttaaatactcaactggttttgacaaatgaaagaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatca-ATACTGCT-A--A----TTAT-CACA-------A-AACTGATA---T------AG----CT----CACTTCA-G---GT--AATA-----TGT---TCCT-TTATA------A----CGTT---T--AAT----A-----GCC---AACGGATCTTAACAAGACAAAATG---G----------A----T----AC-------CCCC---AAAAGA-------TA----A-GT-CTT-AT-----CCACA--GCAT
gi|21 : tagtT---TTCT-TTATA------A-----TTC-CTC--GCT----A-----ATT---TATGAATCT-GATAAAAGGAAGTCCA-G----------A----T----AC-------TCCT---ACAAAAT-------A----A-GT-GCT-AT-----CCGTA--GCATTTG-AAG------TCACCTAGATCTG-T------TCAGTAC---TT--TTTC-CAAA-CA--CTT-TAA-----TC--A------A-----cc
gi|22 : GGGTGGGTAAACCCATGT-GACCT-TTCGGTATCA--TG---A-ATGGCA-T--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG----TT--G-CGAGTCT-G---GCAAAAAA-----TGT---TCAA-TTACA------A----CTTT-TTT--AAT----A-----TCC---AAAATATTTTGACAAAACAGGGTACA-c
gi|23 : TTT-CTT--AAC----A-----TTA---AACGGATTTTAA-AAAA-GAAGTACATGC---------A----TGTAAAC-------CCTT---AGGAAAC------C--T----GT-GCT-AT-----ACATG--TCATTCA-TAG------GCGTTCTGATATA-C------CGGGTACGCTTT--TTGC-CATA-AA--CTT-CG
gi|24 : acaCA-G---GT--AATACTAAGTTT---TGCT-GAATA------AGGTTCTTT-TTC--AAT----ATTATACCC---AATGGATTATGACCAAATAAAGTGCT-G----------A----T----ACACGCATTCTCA---ATGGGAT------GAG--------GCT-AT-----CCATG--CCATTTA-CAG------T
gi|25 : --A-GT-GTT-AC-----CCATA--GCATCTA-TAG------TCGACACGATTTA-T------AGGGAGT---TT--TACCACAAA-CA--CTT-CGA-----AC--A------A-----C---------------
gi|26 : tatgG-CGAACTCACAA-GACTT-TTTGATATCGC-T-----CACGGCT-G--G----TTTT-C-TAATTTTCTA-AA-----A---T------ATA--TAT----CGCTTTA-----GT--AAGA-----TTT---TCTT-TAATA------A------TT-C-------------------------------TTGACGAAACAACGTGCA-G----------A----A----AC-------tgtttcaattgagatgaaatgtcatagtataaaccacatacattccaaag
gi|27 : GGGTGG-TGAAACAACAT-GACCT-TT-GGTATCG--TACA-A---GACC-A--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT----TGCTCAG-G---GT--AAGA---------------------------------TTT-CTT--AAT----A-----TTC---AACAGATTTCTACAAAACAAAGTGCA-G----------A----aa
gi|28 : -CGCTTCACA---AT--AA-A-----TTT---TTCT-TGAGG------G----TTTT-CTT--ACT----A-----CCA---AACGTACATTGACAAGATAAAGTGCA-G----------A----T----AT-------AATT---AGAAAAT------GAGT-----C-A-T-AT-----TTACGACACATTTA-
gi|29 : ATACAGGGTGG-TGAACCCACGT-GTCTT-TTTGCTATCG---AC---CACAGCT----ATTTTTTTT-C-T--------A-AA-----G---T------TGG--TC---A-CGTTTCA-G---G---AAG---------------------------------CCTT-TTT--AAT----A-----TCA---AACGAATT
gi|3 : aTAT-CAGGGTAG-AGACTCCATGT-GATGT-TAAGTTATCGAATATACACACAGCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----AAA-C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TACT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAT----A-----CC----AGCGTATTATAACCAAATAAAGTGCA-G----------G----T----AT-------CCATCGGAGCAAAT------AAGC-----C-A-T-AT-----CCGTG--GCATTTA-
gi|30 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacattatcatTT---TTCT-TTACA------A----CGTT-CTC--AATTTTAA-----------AACAGATTTTAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----AC-------CCCA---AGAAAAT------AAAT--G-GT-Ac
gi|4 : acttttagcaatattgTAT-CAGGGTAG-AGACTTCATGT-GA-TG-TAAGTTATCGAATACACACACATCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----A---C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TAAT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAC----A-----CC----AGTGTATTATAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----AT-------CCATCGGAGCAAAT------AAG
gi|5 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcatACGGATTTTGACGAAACATAGTATG-C----------A----T----AC-------AACT---TGAAAAT--------G---A-GT-GCT--------CCA----GC--TT-----------TC-TCCAAACAC-----------GA-------------C-CAAA-CG--TTT-CAG-----CC--G------AGA---C---------------GAA-ATG--TCA-C-G----GTATC-----------GTTT-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--AATCT--GT-T----CA----GTT--CGTCGAATTG-TTT-AGAAAGGTccatatccgtgg
gi|5 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtc-TTTGATATCG--TATT----CGGCA-G--A----TTTT-C-TA-------AGAA-----A---C------AGACCTCT--G-TGC---A-T---GT--ACAA-----TAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTT--GAC----A-----GTC---AACCAATTTAGATAAAACGAAGTGCA-G----------A----C----AC-------CCT------AAAATA-----TA----A-GT-GCT-CT-----GCACG--GAA-GTA-TAG------TTCTACAGATGTA-T------TCAGTAA---CC--TTTC-TAAA-CA--ATT-CGA-----CG--A------A-----CTG-------------AAC-AGA--T---T-GAAT-GTAT------------GTAA-----------------A---C-GATACC-GTGACAT--TT--CGTCTCGGC-TGAAACG----TTT--GGTC---GTG-TTTGGAGAAAGtactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttatattttagggtgtctgcacttcgttttatctaaattggttgactgtcaagaaagttataaaggaatattgtacatgcacagaggtctgtttcttagaaaatctgccgaatacgatatcaaatgtca
gi|6 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagTTCTGGGTGATCAAACACATGT-GTCTT-TTTGGTATTG-----A-ACACATCTTA--A----TTTT-G-TA-------A------------T------AGG--TC---G-CACTTCA-G---GT--AGGA-----TTT---TGAA-CAATA------A----ATTT-CTT----T--------------------TATTT-----ATACAAAGAGCA-G----------A----T----AT-------CC-T---AGCAAAT--------G---A-GT-GCT-GT-----TCATG--GTATTTAATGG-------CATCCA----TA-T------TGGGTAG---TT--TTCC-CAAA-CA--CTC-CAA-----GC--A------A-----C-----------------C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGAAATGCTGGGTATTGCTCA---C-A----T-G---TAC--TT--CATAA--GT-T----CA----CTT--GATCTAAGCA-TTTAGGAAAAGtgtca
gi|7 : tTATATAT-TATGTACTCAGGGTGA-CCAACCAATGTTGACTT-TTTT-TATTA--TATA-ACACAGCT-G--A----TGTT-C-AA-------A-AA-----A---T------AAG--TTTAGG-TACTTTA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TGACA------A----CTTT-CTA--AAT----G-----CCC---AACAGATTTTGACAAGAGAAAGTGCA-G----------A----C----AC-------TCCT---ACAAAAC------TAGT--A-GT-ATT-AG-----CCACA--GCATTTA-TAA------TTGTCTAGAAACA--------TGAGTAT---TT--TTCC-TGAA-CT--TTT-TGATC---TC--ATT----A-----C---------------T-C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGA-----------------A---C-A----T-G---TAT--TC--CAGAT--GT-T----TT----GCT--GATCGAAGTG-TTTTGGACAAGTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|8 : aG--GTATATA-CTG------TAGTCCA--TACA-T------TGGGAAC---CT--T-CC-CAAA-CAATTTT-CAA-----TT--A------A---------------------GAC-A-GAAT-G-C-AGTG-GTAT--------------------------------------------C-G--------TT--CAC----GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-GTT-GAAAAAGT
gi|8 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttT-TTTGTAATCG--TTTA--CAT--CT-G--A----TTGT-A-TA-------A-AA-----A---T------ACA--TCT----CTCCTCA-G---AT--TAGA-----CAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTC--AAT----G-----------------TTCTG------CAGAGAACA-G----------A----T----AC-------TCCC---AGAAAAT-------AAT-----T-ACT-AT-----ATACG--GCATCGA-T-T------TCTTTC-GTTATA-T------T---TAC---TT--TTTC--AAC-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CTG-------------AAC-GTG--A-A-C-GAT---------------------A-----------------C---C-A----CTG---CAT--TC------T--GTCT----TA----ATT--GA--AAATTG-TTTGGGAAaaatataacgaaagaaatcgatgccgtatatagtaattattttctgggagtatctgttctctgcagaacattgagaaagttataaaggaatgtctaatctgaggagagatgtatttttatacaatcagatgtaaacgattacaaaag
gi|9 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccA-------A-AA-----A---T------AGG--TC---A-CACTTCA-G----------A-----TTT---AGGT-TAATA------A----CTTTATTT--AAA----A-----CTC---AACGAATTTTGACAAAATAAAGTGCA-G----------A----T----AC-------CCCT---AGAAAAT--------GC----GT-CCA-GT-----CCGCA--GCATCTg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 222222 1111111111111111 1111111111 33333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111
lowQualScore : 6 0 77 2 2 0 1 999999999999999999999999 4 2 6666666 2 77777 666 555555 666 777777 1 222 22 55555 55555 333 77777777777 1 11 8888888888888888 55 0 2 1 1 0000000000 2222 3333 6666666666 1 44444444444 0 33333 3333 44 1 22 555555 1 7777 22 1 1 1 44 2 88888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 44 55555 3 0000 7777 44 3 4 5
lowQualScore : . . .. . . . . ........................ . . ....... . ..... ... ...... ... ...... . ... .. ..... ..... ... ........... . .. ................ .. . . . . .......... .... .... .......... . ........... . ..... .... .. . .. ...... . .... .. . . . .. . ..... ......................................................................................................... .. .. ..... . .... .... .. . . .
lowQualScore : 7 8 33 7 4 7 6 555555555555555555555555 2 1 5555555 0 00000 222 555555 555 222222 6 888 22 44444 77777 555 33333333333 4 99 6666666666666666 22 2 1 6 3 3333333333 9999 0000 6666666666 5 44444444444 4 77777 1111 00 2 66 555555 0 1111 66 0 9 9 88 0 66666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 66 22222 3 4444 1111 66 9 0 7
consensus : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T---A---T-A-GTGCTAT-----CCGCG--GCATTTA-TAGTCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
Reference ( family-524 ) : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T---AG--T-A-GTGCTAT-----CCACG--GCATTTA-TAGTCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
gi|1 : ATATA-AGGGTTG-TGAGCCCAAGT-CACCT-TTTGGTATCG-----A-ACACAGCT-ATTC----TTTT-G-TA-------A-AA-----G---T------GGG--CCT----TGCTTCA-T---GT--AAGG-----ATT---TGCT-TAATA------G----TTTT-TTA--AAT----A-----CCCCAAAAAAAATTT---CCAAACAAAGTGCA-T----------AATCAT----ATTT-----CA---AGAAAC-T---G-----A-GTGCTAT-----CCATG--GCATTT--CAATTGTCCAGATACA-TGCATTTTGGTTAC---TT--TTTT-TAAAACA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CCATTTCAACCTATATGAT-ATG--T-T-TTGTTT-ATAT------------ATTA-----------------ATCGC-A----T-G---CAT--TT--TAAAT--GA-T----TA----G-----ATCAAAGTG-TTTGGGAAAAAT
gi|1 : aaataatcCAGGCTGG-CAAACCTATGT-GACCT-TTTGGTATCA--TAC---C-TGGCT-G--A----ATAA-C-TA-------A-AAT----A---T------A-T--TAT--ATTGTTTCA-GCCATT--AAGA-----TTT---GCCTATTATA------A----AT----TT--GAT----A-----TTC---AACAAATTTTGACAAAA-ACAG-GAA-GATCT------A----T----ATGT-----TT---AGAAAA-T---A-----A-GTGCTGG-----CCACT--G----TA-AAATTAAACAGATCTATT------TGAATAT---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-TGA-----TCT-A------ATCATTT---------------AAA-ATGCAT-G-C-GATTAATAT------------ATAA-----------------A---CAA----A-A---CAT--AT--CATATAGGT-T----GAAATGGTT--GATCGAAGTGTTTTAAAAAAAGTattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|10 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttTGA-CGAACCTACTT-AACGT-TTTGATATCG--CGTA----CTGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-TA-----A---C------AGA--TTT----CGCGTCA-A---AT--AAGAG----TTT---CGTT-TTA---------------TT-C-----AT------------------TGGAGTTTGACAAA--TAAGTGCA-G----------A----T----ACGT---------------A-C---AG--TCA-ATGACAT--------TG--GTAGTTAGTA-TTGTC----TAT--T------TAGTTA----TT--GTTC-CAAA-TA--TGT-CGA-----TC--G------A-----CTG-------------AAC-ATG--A-A-C-G------GT------------ACCA-----------------------A----G-G---CAT--TT--CGT-----T-T----CA----ACT--GAt
gi|11 : gaacgcttcaaacaacggtttCACAT-GACGT-TA-GGTATCA-----A-ATACA--T-G-------TTTT-C-TA-------A-AA-----A---TTCTATTAGG--TC---A-TGTTCCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGTT-TAATA------A----CTT--CTT--AAT----A-----CC----ATCTGATTTTGACTAAACTAAGTTTA-A----------A----T----ACCC-----GT---GGAAAA-T---G-----A-GTGTTAT-----GCATC--GCATTTA-CAATTGCCCAGATa
gi|12 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagaAGA-----TCT---CGCT-TTATA------T----ATTT-CTT--AAT----G-----CTC---AACAAATTTTAACTAAACAAAGTGCC-C----------A----T----ACAT-----C----ACAAAA-T----G--T---GTAATAT-----TCATG--GCATTTA-CAGTGTTCTAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCA-CTAA-CA--CTT-TGA-----T
gi|12 : TAT-----CTGTG--ATATTGA-TAGTTGTCCAGATCTA-T------TCAGTAC---CT--TTTC-CAAA-Cttgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|13 : agatctcgctttatatatttcttaatgctcaacaaattttaactaaacaaagtgcccatacatcacaaaatgtgtaatattcatggcatttacagtgttctagatatattgggtacttttcactaacactttgatttgctaTGTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T------CC-----TT---AGAAAA-T---AA--T-tggt
gi|14 : GTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T------CC-----TT---AGAAAA-T---AA--T-gaatattgaagtattgaacaacagcattgata
gi|15 : --TCT----CGCTTCA-G---GT--TAGA-----TGT---TGCT-ACATA------A----CTTT-CTT--AAT----G-----TTC---GTCGGATTTTTATCGAACTATGTACA-G----------A----T----ACTC-----CA---AGAAAA-TTAGAA--T-A-AT--TATACGGACAACG--GTGTTGA-TAGGCACCCTGATATA-T------TCAGTAT---TT--CACT-CAAA-CA--CTT-Cgaatattgaagtattgaacaacagcattgata
gi|16 : actCTTCA-G---GT--AAGA-----CTT---AGCT-TTTCG------G----CTTA-CGT--AAT----A-----ATC---AATGGAAC---ATAAAACAAAGTGCA-G----------T----T----ATTC-----CT---AGAAAA-C---A-----A-ATATTAT-----CTA--------TTA-AAGTCGTTCAGATCCA-T------TAAGTAC---TT--TTCC-GAAA-CA--ATT-CGA-----Ttgcacgtttatgcattc
gi|17 : agctgattcaaattaaggttaaatccct------AGG--TC---A-CCCTTCA-T---AT--AAGA-----CTT---CTCT-TAAAG------G----TTTT-CTT--ATT----T-----CGA---AACTAAATTTGACAAAAGAAAGTGCA-G----------C----A----ATCT-----TT---AGATGA-T---G-----A-GTACTAC-----CCGCG--GCATTTA-TAATCGTCCAGATGAG-T------TGGGTTC---GT--TTAC-CAAA-CA--CTT-CGA-----T
gi|18 : -A-GTGCCAT-----TTACG--ATATTTA-TAGTCGTTTGATTGTA-T------TGAGAAC---TTTATTCT-AAAA-TAT-TTT-TGATTGTTTC--AATTGAGA-----C---------------GAA-ATA--C-T-C---TG-GTAT-------------CGG-----------------T---C-A----C-GTA-TAT--TC--CAGAG--GT-T----CA----ATT--AATCAAGATG-TTCGGGAA
gi|19 : ttacgAAAGTTCA-T----------A----T----ATCC-----CT---AGAAAA------G--T-A-ATGGTAT-----CCTTT--ACATTTT-TGGTAGTCCGGACATA-T------TGGGTAG---GT--TTCT-CAAA-CA--ATT-TAA-----CC--A------A-------------------------ATG--T-GTC-AATT-GAGA------------AAAA-----------------A---C-A----TGG---CATGGTTTACATAC--GT-TA---CA----GAA--GATC
gi|2 : tCAGGATGG-TGAACCCACAT-GATTTGTTTGGTATTG-----A-ACACGTCT-C--A----TTTT-T-TA-------A-AA-----AGAAT------GGGA-TCC--G----TTCA-G---GT--TAGA-----TTT---TGCT-TCATACATGTAA----CTCT-TTTTAAAT----A-----CTC---AACTGGTTTTGACAAATGAAAGAACA-AAAAAATTAATA----T----ACCC-----CT---AGAATA-T----G--T---GTGCCGT-----CTGCA--GCATTTA--AG--ATCCAAATACT-T------TGAA----------------GAA-CA--ATTGCAA-----TG--G------A---------------------GATGAAG--T-G-A-CATT-ATATATACTAAGCATCATTG-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--CATAT--GT-T----TA----GTTTAGATCAAGGTG-TTTGGGAAAA
gi|2 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATA--CCT----TGCATCA-T---GT--AAGG-----TTT---T-CT-CAATA------A----CTTC-ATT--AATT---A-----TTC---AACAGTTTTTTACAAAATGGAGAGCA-G----------A----T----ACCA-----CT---AGAAAA-T---AT--T-ATGTACTAT-----ACAAT--GCA-TTA-TGGCCACTCAGATCT-------------TA----TT--TTCC-CAAA-CA--CCT-TGA-----TCTAA------A-----CTA-------------AAC-ATA--T-G---GAAT-GTAT------------GTCA-----------------A---taagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|20 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaacaggatggtgaacccacatgatttgtttggtattgaacacgtctcattttttaaaaagaatgggatccgttcaggttagattttgcttcatacatgtaactctttttaaatactcaactggttttgacaaatgaaagaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatca-ATACTGCT-A--A----TTAT-CACA-------A-AACTGATA---T------AG----CT----CACTTCA-G---GT--AATA-----TGT---TCCT-TTATA------A----CGTT---T--AAT----A-----GCC---AACGGATCTTAACAAGACAAAATG---G----------A----T----ACCC-----CC---AAAAGA-T---A-----A-GTCTTAT-----CCACA--GCAT
gi|21 : tagtT---TTCT-TTATA------A-----TTC-CTC--GCT----A-----ATT---TATGAATCT-GATAAAAGGAAGTCCA-G----------A----T----ACTC-----CT---ACAAAA-T---A-----A-GTGCTAT-----CCGTA--GCATTTG-AAGTCACCTAGATCTG-T------TCAGTAC---TT--TTTC-CAAA-CA--CTT-TAA-----TC--A------A-----cc
gi|22 : GGGTGGGTAAACCCATGT-GACCT-TTCGGTATCA--TG---A-ATGGCA-T--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG----TT--G-CGAGTCT-G---GCAAAAAA-----TGT---TCAA-TTACA------A----CTTT-TTT--AAT----A-----TCC---AAAATATTTTGACAAAACAGGGTACA-c
gi|23 : TTT-CTT--AAC----A-----TTA---AACGGATTTTAA-AAAA-GAAGTACATGC---------A----TGTAAACCC-----TT---AGGAAA-C-------C-T-GTGCTAT-----ACATG--TCATTCA-TAGGCGTTCTGATATA-C------CGGGTACGCTTT--TTGC-CATA-AA--CTT-CG
gi|24 : acaCA-G---GT--AATACTAAGTTT---TGCT-GAATA------AGGTTCTTT-TTC--AAT----ATTATACCC---AATGGATTATGACCAAATAAAGTGCT-G----------A----T----ACACGCATTCT------CAA-T---GGGAT-G-AGGCTAT-----CCATG--CCATTTA-CAGT
gi|25 : -A-GTGTTAC-----CCATA--GCATCTA-TAGTCGACACGATTTA-T------AGGGAGT---TT--TACCACAAA-CA--CTT-CGA-----AC--A------A-----C---------------
gi|26 : tatgG-CGAACTCACAA-GACTT-TTTGATATCGC-T-----CACGGCT-G--G----TTTT-C-TAATTTTCTA-AA-----A---T------ATA--TAT----CGCTTTA-----GT--AAGA-----TTT---TCTT-TAATA------A------TT-C-------------------------------TTGACGAAACAACGTGCA-G----------A----A----ACtgtttcaattgagatgaaatgtcatagtataaaccacatacattccaaag
gi|27 : GGGTGG-TGAAACAACAT-GACCT-TT-GGTATCG--TACA-A---GACC-A--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT----TGCTCAG-G---GT--AAGA---------------------------------TTT-CTT--AAT----A-----TTC---AACAGATTTCTACAAAACAAAGTGCA-G----------A----aa
gi|28 : -CGCTTCACA---AT--AA-A-----TTT---TTCT-TGAGG------G----TTTT-CTT--ACT----A-----CCA---AACGTACATTGACAAGATAAAGTGCA-G----------A----T----ATAA-----TT---AGAAAA-T---G-----A-GTCATAT-----TTACGACACATTTA-
gi|29 : ATACAGGGTGG-TGAACCCACGT-GTCTT-TTTGCTATCG---AC---CACAGCT----ATTTTTTTT-C-T--------A-AA-----G---T------TGG--TC---A-CGTTTCA-G---G---AAG---------------------------------CCTT-TTT--AAT----A-----TCA---AACGAATT
gi|3 : aTAT-CAGGGTAG-AGACTCCATGT-GATGT-TAAGTTATCGAATATACACACAGCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----AAA-C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TACT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAT----A-----CC----AGCGTATTATAACCAAATAAAGTGCA-G----------G----T----ATCC-----ATCGGAGCAAA-T---A-----A-GCCATAT-----CCGTG--GCATTTA-
gi|30 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacattatcatTT---TTCT-TTACA------A----CGTT-CTC--AATTTTAA-----------AACAGATTTTAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CA---AGAAAA-T---Ac
gi|4 : acttttagcaatattgTAT-CAGGGTAG-AGACTTCATGT-GA-TG-TAAGTTATCGAATACACACACATCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----A---C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TAAT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAC----A-----CC----AGTGTATTATAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ATCC-----ATCGGAGCAAA-T---A-----A-GCCATAT-----CCGTG--Gaatggta
gi|5 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcatACGGATTTTGACGAAACATAGTATG-C----------A----T----ACAA-----CT---TGAAAA-T---G-----A-GTGCT-------CCA----GC--TT-----TC-TCCAAACAC-----------GA-------------C-CAAA-CG--TTT-CAG-----CC--G------AGA---C---------------GAA-ATG--TCA-C-G----GTATC-----------GTTT-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--AATCT--GT-T----CA----GTT--CGTCGAATTG-TTT-AGAAAGGT
gi|5 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtc-TTTGATATCG--TATT----CGGCA-G--A----TTTT-C-TA-------AGAA-----A---C------AGACCTCT--G-TGC---A-T---GT--ACAA-----TAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTT--GAC----A-----GTC---AACCAATTTAGATAAAACGAAGTGCA-G----------A----C----A-CC-----CT---AAAATA-T---A-----A-GTGCTCT-----GCACG--GAA-GTA-TAGTTCTACAGATGTA-T------TCAGTAA---CC--TTTC-TAAA-CA--ATT-CGA-----CG--A------A-----CTG-------------AAC-AGA--T---T-GAAT-GTAT------------GTAA-----------------A---C-GATACC-GTGACAT--TT--CGTCTCGGC-TGAAACG----TTT--GGTC---GTG-TTTGGAGAAAGtactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttatattttagggtgtctgcacttcgttttatctaaattggttgactgtcaagaaagttataaaggaatattgtacatgcacagaggtctgtttcttagaaaatctgccgaatacgatatcaaatgtca
gi|6 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagTTCTGGGTGATCAAACACATGT-GTCTT-TTTGGTATTG-----A-ACACATCTTA--A----TTTT-G-TA-------A------------T------AGG--TC---G-CACTTCA-G---GT--AGGA-----TTT---TGAA-CAATA------A----ATTT-CTT----T--------------------TATTT-----ATACAAAGAGCA-G----------A----T----ATCC------T---AGCAAA-T---G-----A-GTGCTGT-----TCATG--GTATTTAATGG-CATCCA----TA-T------TGGGTAG---TT--TTCC-CAAA-CA--CTC-CAA-----GC--A------A-----C-----------------C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGAAATGCTGGGTATTGCTCA---C-A----T-G---TAC--TT--CATAA--GT-T----CA----CTT--GATCTAAGCA-TTTAGGAAAAGtgtca
gi|7 : tTATATAT-TATGTACTCAGGGTGA-CCAACCAATGTTGACTT-TTTT-TATTA--TATA-ACACAGCT-G--A----TGTT-C-AA-------A-AA-----A---T------AAG--TTTAGG-TACTTTA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TGACA------A----CTTT-CTA--AAT----G-----CCC---AACAGATTTTGACAAGAGAAAGTGCA-G----------A----C----ACTC-----CT---ACAAAACT---AG--T-A-GTATTAG-----CCACA--GCATTTA-TAATTGTCTAGAAACA--------TGAGTAT---TT--TTCC-TGAA-CT--TTT-TGATC---TC--ATT----A-----C---------------T-C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGA-----------------A---C-A----T-G---TAT--TC--CAGAT--GT-T----TT----GCT--GATCGAAGTG-TTTTGGACAAGTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|8 : aG--GTATATA-CTGTAGTCCA--TACA-T------TGGGAAC---CT--T-CC-CAAA-CAATTTT-CAA-----TT--A------A---------------------GAC-A-GAAT-G-C-AGTG-GTAT--------------------------------------------C-G--------TT--CAC----GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-GTT-GAAAAAGT
gi|8 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttT-TTTGTAATCG--TTTA--CAT--CT-G--A----TTGT-A-TA-------A-AA-----A---T------ACA--TCT----CTCCTCA-G---AT--TAGA-----CAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTC--AAT----G-----------------TTCTG------CAGAGAACA-G----------A----T----ACTC-----CC---AGAAAA-T---AA--T----TACTAT-----ATACG--GCATCGA-T-TTCTTTC-GTTATA-T------T---TAC---TT--TT-T-CAAC-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CTG-------------AAC-GTG--A-A-C-GAT---------------------A-----------------C---C-A----CTG---CAT--TC------T--GTCT----TA----ATT--GA--AAATTG-TTTGGGAAaaatataacgaaagaaatcgatgccgtatatagtaattattttctgggagtatctgttctctgcagaacattgagaaagttataaaggaatgtctaatctgaggagagatgtatttttatacaatcagatgtaaacgattacaaaag
gi|9 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccA-------A-AA-----A---T------AGG--TC---A-CACTTCA-G----------A-----TTT---AGGT-TAATA------A----CTTTATTT--AAA----A-----CTC---AACGAATTTTGACAAAATAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----G--C---GTCCAGT-----CCGCA--GCATCTg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 222222 1111111111111111 1111111111 2222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111
lowQualScore : 6 0 77 2 2 0 1 999999999999999999999999 4 2 6666666 2 77777 666 555555 666 777777 1 222 22 55555 55555 333 77777777777 1 11 8888888888888888 55 0 2 1 1 0000000000 2222 3333 8888888888 1 4444444444 2 0 8888888888 22 555555 1 22 555555 1 7777 22 1 1 1 44 2 88888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 44 55555 3 0000 7777 44 3 4 5
lowQualScore : . . .. . . . . ........................ . . ....... . ..... ... ...... ... ...... . ... .. ..... ..... ... ........... . .. ................ .. . . . . .......... .... .... .......... . .......... . . .......... .. ...... . .. ...... . .... .. . . . .. . ..... ......................................................................................................... .. .. ..... . .... .... .. . . .
lowQualScore : 7 8 33 7 4 7 6 555555555555555555555555 2 1 5555555 0 00000 222 555555 555 222222 6 888 22 44444 77777 555 33333333333 4 99 6666666666666666 22 2 1 6 3 3333333333 9999 0000 1111111111 4 5555555555 3 7 1111111111 44 000000 2 66 555555 0 1111 66 0 9 9 88 0 66666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 66 22222 3 4444 1111 66 9 0 7
consensus : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----A-T-A-GTGCTATCCG-----CG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
Reference ( family-524 ) : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----A-T-A-GTGCTATCCG-----CG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
gi|1 : ATATA-AGGGTTG-TGAGCCCAAGT-CACCT-TTTGGTATCG-----A-ACACAGCT-ATTC----TTTT-G-TA-------A-AA-----G---T------GGG--CCT----TGCTTCA-T---GT--AAGG-----ATT---TGCT-TAATA------G----TTTT-TTA--AAT----A-----CCCCAAAAAAAATTT---CCAAACAAAGTGCA-T----------AATCAT----ATTT-----CA---AGAAAC-T----G---A-GTGCTATCCA-----TG--GCATTT--CAA------TTGTCCAGATACA-TGCATTTTGGTTAC---TT--TTTT-TAAAACA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CCATTTCAACCTATATGAT-ATG--T-T-TTGTTT-ATAT------------ATTA-----------------ATCGC-A----T-G---CAT--TT--TAAAT--GA-T----TA----G-----ATCAAAGTG-TTTGGGAAAAAT
gi|1 : aaataatcCAGGCTGG-CAAACCTATGT-GACCT-TTTGGTATCA--TAC---C-TGGCT-G--A----ATAA-C-TA-------A-AAT----A---T------A-T--TAT--ATTGTTTCA-GCCATT--AAGA-----TTT---GCCTATTATA------A----AT----TT--GAT----A-----TTC---AACAAATTTTGACAAAA-ACAG-GAA-GATCT------A----T----ATGT-----TT---AGAAAA-T----A---A-GTGCTGGCCA-----CT--G----TA-AAA------TTAAACAGATCTATT------TGAATAT---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-TGA-----TCT-A------ATCATTT---------------AAA-ATGCAT-G-C-GATTAATAT------------ATAA-----------------A---CAA----A-A---CAT--AT--CATATAGGT-T----GAAATGGTT--GATCGAAGTGTTTTAAAAAAAGTattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|10 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttTGA-CGAACCTACTT-AACGT-TTTGATATCG--CGTA----CTGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-TA-----A---C------AGA--TTT----CGCGTCA-A---AT--AAGAG----TTT---CGTT-TTA---------------TT-C-----AT------------------TGGAGTTTGACAAA--TAAGTGCA-G----------A----T----AC-----------------G-T----A-C-A-GT-CAAT---------G--ACATTGG-TAGTTAGTATTGTC----TAT--T------TAGTTA----TT--GTTC-CAAA-TA--TGT-CGA-----TC--G------A-----CTG-------------AAC-ATG--A-A-C-G------GT------------ACCA-----------------------A----G-G---CAT--TT--CGT-----T-T----CA----ACT--GAt
gi|11 : gaacgcttcaaacaacggtttCACAT-GACGT-TA-GGTATCA-----A-ATACA--T-G-------TTTT-C-TA-------A-AA-----A---TTCTATTAGG--TC---A-TGTTCCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGTT-TAATA------A----CTT--CTT--AAT----A-----CC----ATCTGATTTTGACTAAACTAAGTTTA-A----------A----T----ACCC-----GT---GGAAAA-T----G---A-GTGTTATGCA-----TC--GCATTTA-CAA------TTGCCCAGATa
gi|12 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagaAGA-----TCT---CGCT-TTATA------T----ATTT-CTT--AAT----G-----CTC---AACAAATTTTAACTAAACAAAGTGCC-C----------A----T----ACAT-----C----ACAAAA-T----G-T---GTAATATTCA-----TG--GCATTTA-CAG------TGTTCTAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCA-CTAA-CA--CTT-TGA-----T
gi|12 : TATCTG-----TG--ATATTGA-TAG------TTGTCCAGATCTA-T------TCAGTAC---CT--TTTC-CAAA-Cttgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|13 : agatctcgctttatatatttcttaatgctcaacaaattttaactaaacaaagtgcccatacatcacaaaatgtgtaatattcatggcatttacagtgttctagatatattgggtacttttcactaacactttgatttgctaTGTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T------CC-----TT---AGAAAA-T----A-tggt
gi|14 : GTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T------CC-----TT---AGAAAA-T----A-atgaatattgaagtattgaacaacagcattgata
gi|15 : --TCT----CGCTTCA-G---GT--TAGA-----TGT---TGCT-ACATA------A----CTTT-CTT--AAT----G-----TTC---GTCGGATTTTTATCGAACTATGTACA-G----------A----T----ACTC-----CA---AGAAAA-TTAGAA-T-A-AT--TATACGGACAACG--GTGTTGA-TAG------GCACCCTGATATA-T------TCAGTAT---TT--CACT-CAAA-CA--CTT-Catgaatattgaagtattgaacaacagcattgata
gi|16 : actCTTCA-G---GT--AAGA-----CTT---AGCT-TTTCG------G----CTTA-CGT--AAT----A-----ATC---AATGGAAC---ATAAAACAAAGTGCA-G----------T----T----ATTC-----CT---AGAAAA-C----A---A-ATATTATCTA-------------TTA-AAG------TCGTTCAGATCCA-T------TAAGTAC---TT--TTCC-GAAA-CA--ATT-CGA-----Ttgcacgtttatgcattc
gi|17 : agctgattcaaattaaggttaaatccct------AGG--TC---A-CCCTTCA-T---AT--AAGA-----CTT---CTCT-TAAAG------G----TTTT-CTT--ATT----T-----CGA---AACTAAATTTGACAAAAGAAAGTGCA-G----------C----A----ATCT-----TT---AGATGA-T----G---A-GTACTACCCG-----CG--GCATTTA-TAA------TCGTCCAGATGAG-T------TGGGTTC---GT--TTAC-CAAA-CA--CTT-CGA-----T
gi|18 : -A-GTGCCATTTA-----CG--ATATTTA-TAG------TCGTTTGATTGTA-T------TGAGAAC---TTTATTCT-AAAA-TAT-TTT-TGATTGTTTC--AATTGAGA-----C---------------GAA-ATA--C-T-C---TG-GTAT-------------CGG-----------------T---C-A----C-GTA-TAT--TC--CAGAG--GT-T----CA----ATT--AATCAAGATG-TTCGGGAA
gi|19 : ttacgAAAGTTCA-T----------A----T----ATCC-----CT---AGAAAA------G-T-A-ATGGTATCCT-----TT--ACATTTT-TGG------TAGTCCGGACATA-T------TGGGTAG---GT--TTCT-CAAA-CA--ATT-TAA-----CC--A------A-------------------------ATG--T-GTC-AATT-GAGA------------AAAA-----------------A---C-A----TGG---CATGGTTTACATAC--GT-TA---CA----GAA--GATC
gi|2 : tCAGGATGG-TGAACCCACAT-GATTTGTTTGGTATTG-----A-ACACGTCT-C--A----TTTT-T-TA-------A-AA-----AGAAT------GGGA-TCC--G----TTCA-G---GT--TAGA-----TTT---TGCT-TCATACATGTAA----CTCT-TTTTAAAT----A-----CTC---AACTGGTTTTGACAAATGAAAGAACA-AAAAAATTAATA----T----ACCC-----CT---AGAATA-T----G-T---GTGCCGTCTG-----CA--GCATTTA--AG--------ATCCAAATACT-T------TGAA----------------GAA-CA--ATTGCAA-----TG--G------A---------------------GATGAAG--T-G-A-CATT-ATATATACTAAGCATCATTG-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--CATAT--GT-T----TA----GTTTAGATCAAGGTG-TTTGGGAAAA
gi|2 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATA--CCT----TGCATCA-T---GT--AAGG-----TTT---T-CT-CAATA------A----CTTC-ATT--AATT---A-----TTC---AACAGTTTTTTACAAAATGGAGAGCA-G----------A----T----ACCA-----CT---AGAAAA-T----ATT-ATGTACTATACA-----AT--GCA-TTA-TGG------CCACTCAGATCT-------------TA----TT--TTCC-CAAA-CA--CCT-TGA-----TCTAA------A-----CTA-------------AAC-ATA--T-G---GAAT-GTAT------------GTCA-----------------A---taagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|20 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaacaggatggtgaacccacatgatttgtttggtattgaacacgtctcattttttaaaaagaatgggatccgttcaggttagattttgcttcatacatgtaactctttttaaatactcaactggttttgacaaatgaaagaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatca-ATACTGCT-A--A----TTAT-CACA-------A-AACTGATA---T------AG----CT----CACTTCA-G---GT--AATA-----TGT---TCCT-TTATA------A----CGTT---T--AAT----A-----GCC---AACGGATCTTAACAAGACAAAATG---G----------A----T----ACCC-----CC---AAAAGA-T----A---A-GTCTTATCCA-----CA--GCAT
gi|21 : tagtT---TTCT-TTATA------A-----TTC-CTC--GCT----A-----ATT---TATGAATCT-GATAAAAGGAAGTCCA-G----------A----T----ACTC-----CT---ACAAAA-T----A---A-GTGCTATCCG-----TA--GCATTTG-AAG------TCACCTAGATCTG-T------TCAGTAC---TT--TTTC-CAAA-CA--CTT-TAA-----TC--A------A-----cc
gi|22 : GGGTGGGTAAACCCATGT-GACCT-TTCGGTATCA--TG---A-ATGGCA-T--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG----TT--G-CGAGTCT-G---GCAAAAAA-----TGT---TCAA-TTACA------A----CTTT-TTT--AAT----A-----TCC---AAAATATTTTGACAAAACAGGGTACA-c
gi|23 : TTT-CTT--AAC----A-----TTA---AACGGATTTTAA-AAAA-GAAGTACATGC---------A----TGTAAACCC-----TT---AGGAAA-C----C-T---GTGCTATACA-----TG--TCATTCA-TAG------GCGTTCTGATATA-C------CGGGTACGCTTT--TTGC-CATA-AA--CTT-CG
gi|24 : acaCA-G---GT--AATACTAAGTTT---TGCT-GAATA------AGGTTCTTT-TTC--AAT----ATTATACCC---AATGGATTATGACCAAATAAAGTGCT-G----------A----T----ACACGCATTCT---CAATGG-G----A-T-G-AGGCTATCCA-----TG--CCATTTA-CAG------T
gi|25 : -T----A-TGA-GTGTTACCCA-----TA--GCATCTA-TAG------TCGACACGATTTA-T------AGGGAGT---TT--TACCACAAA-CA--CTT-CGA-----AC--A------A-----C---------------
gi|26 : G-CGAACTCACAA-GACTT-TTTGATATCGC-T-----CACGGCT-G--G----TTTT-C-TAATTTTCTA-AA-----A---T------ATA--TAT----CGCTTTA-----GT--AAGA-----TTT---TCTT-TAATA------A------TT-C-------------------------------TTGACGAAACAACGTGCA-G----------A----A----ACtgtttcaattgagatgaaatgtcatagtataaaccacatacattccaaag
gi|27 : GGGTGG-TGAAACAACAT-GACCT-TT-GGTATCG--TACA-A---GACC-A--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT----TGCTCAG-G---GT--AAGA---------------------------------TTT-CTT--AAT----A-----TTC---AACAGATTTCTACAAAACAAAGTGCA-G----------A----aa
gi|28 : -CGCTTCACA---AT--AA-A-----TTT---TTCT-TGAGG------G----TTTT-CTT--ACT----A-----CCA---AACGTACATTGACAAGATAAAGTGCA-G----------A----T----ATAA-----TT---AGAAAA-T----G---A-GTCATATTTA-----CGACACATTTA-
gi|29 : ATACAGGGTGG-TGAACCCACGT-GTCTT-TTTGCTATCG---AC---CACAGCT----ATTTTTTTT-C-T--------A-AA-----G---T------TGG--TC---A-CGTTTCA-G---G---AAG---------------------------------CCTT-TTT--AAT----A-----TCA---AACGAATT
gi|3 : aTAT-CAGGGTAG-AGACTCCATGT-GATGT-TAAGTTATCGAATATACACACAGCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----AAA-C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TACT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAT----A-----CC----AGCGTATTATAACCAAATAAAGTGCA-G----------G----T----ATCC-----ATCGGAGCAAA-T----A---A-GCCATATCCG-----TG--GCATTTA-
gi|30 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacattatcatTT---TTCT-TTACA------A----CGTT-CTC--AATTTTAA-----------AACAGATTTTAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CA---AGAAAA-T----A-c
gi|4 : acttttagcaatattgTAT-CAGGGTAG-AGACTTCATGT-GA-TG-TAAGTTATCGAATACACACACATCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----A---C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TAAT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAC----A-----CC----AGTGTATTATAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ATCC-----ATCGGAGCAAA-T----A---A-GCCATATCCG-----TG--Gaatggta
gi|5 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcatACGGATTTTGACGAAACATAGTATG-C----------A----T----ACAA-----CT---TGAAAA-T----G---A-GTGCT---C------CA--GC--TT-----------TC-TCCAAACAC-----------GA-------------C-CAAA-CG--TTT-CAG-----CC--G------AGA---C---------------GAA-ATG--TCA-C-G----GTATC-----------GTTT-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--AATCT--GT-T----CA----GTT--CGTCGAATTG-TTT-AGAAAGGT
gi|5 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtc-TTTGATATCG--TATT----CGGCA-G--A----TTTT-C-TA-------AGAA-----A---C------AGACCTCT--G-TGC---A-T---GT--ACAA-----TAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTT--GAC----A-----GTC---AACCAATTTAGATAAAACGAAGTGCA-G----------A----C----ACCC-----T------AAAA-T----A-TAA-GTGCTCTGCA-----CG--GAA-GTA-TAG------TTCTACAGATGTA-T------TCAGTAA---CC--TTTC-TAAA-CA--ATT-CGA-----CG--A------A-----CTG-------------AAC-AGA--T---T-GAAT-GTAT------------GTAA-----------------A---C-GATACC-GTGACAT--TT--CGTCTCGGC-TGAAACG----TTT--GGTC---GTG-TTTGGAGAAAGtactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttatattttagggtgtctgcacttcgttttatctaaattggttgactgtcaagaaagttataaaggaatattgtacatgcacagaggtctgtttcttagaaaatctgccgaatacgatatcaaatgtca
gi|6 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagTTCTGGGTGATCAAACACATGT-GTCTT-TTTGGTATTG-----A-ACACATCTTA--A----TTTT-G-TA-------A------------T------AGG--TC---G-CACTTCA-G---GT--AGGA-----TTT---TGAA-CAATA------A----ATTT-CTT----T--------------------TATTT-----ATACAAAGAGCA-G----------A----T----ATCC------T---AGCAAA-T----G---A-GTGCTGTTCA-----TG--GTATTTAATGG-------CATCCA----TA-T------TGGGTAG---TT--TTCC-CAAA-CA--CTC-CAA-----GC--A------A-----C-----------------C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGAAATGCTGGGTATTGCTCA---C-A----T-G---TAC--TT--CATAA--GT-T----CA----CTT--GATCTAAGCA-TTTAGGAAAAGtgtca
gi|7 : tTATATAT-TATGTACTCAGGGTGA-CCAACCAATGTTGACTT-TTTT-TATTA--TATA-ACACAGCT-G--A----TGTT-C-AA-------A-AA-----A---T------AAG--TTTAGG-TACTTTA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TGACA------A----CTTT-CTA--AAT----G-----CCC---AACAGATTTTGACAAGAGAAAGTGCA-G----------A----C----ACTC-----CT---ACAAAACT----AGT-A-GTATTAGCCA-----CA--GCATTTA-TAA------TTGTCTAGAAACA--------TGAGTAT---TT--TTCC-TGAA-CT--TTT-TGATC---TC--ATT----A-----C---------------T-C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGA-----------------A---C-A----T-G---TAT--TC--CAGAT--GT-T----TT----GCT--GATCGAAGTG-TTTTGGACAAGTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|8 : aG--GTATATA-CTG------TAGTCCA--TACA-T------TGGGAAC---CT--T-CC-CAAA-CAATTTT-CAA-----TT--A------A---------------------GAC-A-GAAT-G-C-AGTG-GTAT--------------------------------------------C-G--------TT--CAC----GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-GTT-GAAAAAGT
gi|8 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttT-TTTGTAATCG--TTTA--CAT--CT-G--A----TTGT-A-TA-------A-AA-----A---T------ACA--TCT----CTCCTCA-G---AT--TAGA-----CAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTC--AAT----G-----------------TTCTG------CAGAGAACA-G----------A----T----ACTC-----CC---AGAAAA-T----A---A-TTACTATATA-----CG--GCATCGA-T-T------TCTTTC-GTTATA-T------T---TAC---TT--TT-T-CAAC-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CTG-------------AAC-GTG--A-A-C-GAT---------------------A-----------------C---C-A----CTG---CAT--TC------T--GTCT----TA----ATT--GA--AAATTG-TTTGGGAAaaatataacgaaagaaatcgatgccgtatatagtaattattttctgggagtatctgttctctgcagaacattgagaaagttataaaggaatgtctaatctgaggagagatgtatttttatacaatcagatgtaaacgattacaaaag
gi|9 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccA-------A-AA-----A---T------AGG--TC---A-CACTTCA-G----------A-----TTT---AGGT-TAATA------A----CTTTATTT--AAA----A-----CTC---AACGAATTTTGACAAAATAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----G-C---GTCCAGTCCG-----CA--GCATCTg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 222222 1111111111111111 1111111111 2222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111
lowQualScore : 6 0 77 2 2 0 1 999999999999999999999999 4 2 6666666 2 77777 666 555555 666 777777 1 222 22 55555 55555 333 77777777777 1 11 8888888888888888 55 0 2 1 1 0000000000 2222 3333 8888888888 1 4444444444 2 0 8888888888 22 555555 1 22 555555 1 7777 22 1 1 1 44 2 88888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 44 55555 3 0000 7777 44 3 4 5
lowQualScore : . . .. . . . . ........................ . . ....... . ..... ... ...... ... ...... . ... .. ..... ..... ... ........... . .. ................ .. . . . . .......... .... .... .......... . .......... . . .......... .. ...... . .. ...... . .... .. . . . .. . ..... ......................................................................................................... .. .. ..... . .... .... .. . . .
lowQualScore : 7 8 33 7 4 7 6 555555555555555555555555 2 1 5555555 0 00000 222 555555 555 222222 6 888 22 44444 77777 555 33333333333 4 99 6666666666666666 22 2 1 6 3 3333333333 9999 0000 1111111111 4 5555555555 3 7 1111111111 44 000000 2 66 555555 0 1111 66 0 9 9 88 0 66666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 66 22222 3 4444 1111 66 9 0 7
consensus : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----A-T-A-GTGCTATCCG-----CG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
Reference ( family-524 ) : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----A-T-A-GTGCTATCCG-----CG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
gi|1 : ATATA-AGGGTTG-TGAGCCCAAGT-CACCT-TTTGGTATCG-----A-ACACAGCT-ATTC----TTTT-G-TA-------A-AA-----G---T------GGG--CCT----TGCTTCA-T---GT--AAGG-----ATT---TGCT-TAATA------G----TTTT-TTA--AAT----A-----CCCCAAAAAAAATTT---CCAAACAAAGTGCA-T----------AATCAT----ATTT-----CA---AGAAAC-T----G---A-GTGCTATCCA-----TG--GCATTT--CAA------TTGTCCAGATACA-TGCATTTTGGTTAC---TT--TTTT-TAAAACA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CCATTTCAACCTATATGAT-ATG--T-T-TTGTTT-ATAT------------ATTA-----------------ATCGC-A----T-G---CAT--TT--TAAAT--GA-T----TA----G-----ATCAAAGTG-TTTGGGAAAAAT
gi|1 : aaataatcCAGGCTGG-CAAACCTATGT-GACCT-TTTGGTATCA--TAC---C-TGGCT-G--A----ATAA-C-TA-------A-AAT----A---T------A-T--TAT--ATTGTTTCA-GCCATT--AAGA-----TTT---GCCTATTATA------A----AT----TT--GAT----A-----TTC---AACAAATTTTGACAAAA-ACAG-GAA-GATCT------A----T----ATGT-----TT---AGAAAA-T----A---A-GTGCTGGCCA-----CT--G----TA-AAA------TTAAACAGATCTATT------TGAATAT---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-TGA-----TCT-A------ATCATTT---------------AAA-ATGCAT-G-C-GATTAATAT------------ATAA-----------------A---CAA----A-A---CAT--AT--CATATAGGT-T----GAAATGGTT--GATCGAAGTGTTTTAAAAAAAGTattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|10 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttTGA-CGAACCTACTT-AACGT-TTTGATATCG--CGTA----CTGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-TA-----A---C------AGA--TTT----CGCGTCA-A---AT--AAGAG----TTT---CGTT-TTA---------------TT-C-----AT------------------TGGAGTTTGACAAA--TAAGTGCA-G----------A----T----AC-----------------G-T----A-C-A-GT-CAAT---------G--ACATTGG-TAGTTAGTATTGTC----TAT--T------TAGTTA----TT--GTTC-CAAA-TA--TGT-CGA-----TC--G------A-----CTG-------------AAC-ATG--A-A-C-G------GT------------ACCA-----------------------A----G-G---CAT--TT--CGT-----T-T----CA----ACT--GAt
gi|11 : gaacgcttcaaacaacggtttCACAT-GACGT-TA-GGTATCA-----A-ATACA--T-G-------TTTT-C-TA-------A-AA-----A---TTCTATTAGG--TC---A-TGTTCCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGTT-TAATA------A----CTT--CTT--AAT----A-----CC----ATCTGATTTTGACTAAACTAAGTTTA-A----------A----T----ACCC-----GT---GGAAAA-T----G---A-GTGTTATGCA-----TC--GCATTTA-CAA------TTGCCCAGATa
gi|12 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagaAGA-----TCT---CGCT-TTATA------T----ATTT-CTT--AAT----G-----CTC---AACAAATTTTAACTAAACAAAGTGCC-C----------A----T----ACAT-----C----ACAAAA-T----G-T---GTAATATTCA-----TG--GCATTTA-CAG------TGTTCTAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCA-CTAA-CA--CTT-TGA-----T
gi|12 : TATCTG-----TG--ATATTGA-TAG------TTGTCCAGATCTA-T------TCAGTAC---CT--TTTC-CAAA-Cttgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|13 : agatctcgctttatatatttcttaatgctcaacaaattttaactaaacaaagtgcccatacatcacaaaatgtgtaatattcatggcatttacagtgttctagatatattgggtacttttcactaacactttgatttgctaTGTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T------CC-----TT---AGAAAA-T----A-tggt
gi|14 : GTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC--------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT----A-----TTC---AAC--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T------CC-----TT---AGAAAA-T----A-atgaatattgaagtattgaacaacagcattgata
gi|15 : --TCT----CGCTTCA-G---GT--TAGA-----TGT---TGCT-ACATA------A----CTTT-CTT--AAT----G-----TTC---GTCGGATTTTTATCGAACTATGTACA-G----------A----T----ACTC-----CA---AGAAAA-TTAGAA-T-A-AT--TATACGGACAACG--GTGTTGA-TAG------GCACCCTGATATA-T------TCAGTAT---TT--CACT-CAAA-CA--CTT-Catgaatattgaagtattgaacaacagcattgata
gi|16 : actCTTCA-G---GT--AAGA-----CTT---AGCT-TTTCG------G----CTTA-CGT--AAT----A-----ATC---AATGGAAC---ATAAAACAAAGTGCA-G----------T----T----ATTC-----CT---AGAAAA-C----A---A-ATATTATCTA-------------TTA-AAG------TCGTTCAGATCCA-T------TAAGTAC---TT--TTCC-GAAA-CA--ATT-CGA-----Ttgcacgtttatgcattc
gi|17 : agctgattcaaattaaggttaaatccct------AGG--TC---A-CCCTTCA-T---AT--AAGA-----CTT---CTCT-TAAAG------G----TTTT-CTT--ATT----T-----CGA---AACTAAATTTGACAAAAGAAAGTGCA-G----------C----A----ATCT-----TT---AGATGA-T----G---A-GTACTACCCG-----CG--GCATTTA-TAA------TCGTCCAGATGAG-T------TGGGTTC---GT--TTAC-CAAA-CA--CTT-CGA-----T
gi|18 : -A-GTGCCATTTA-----CG--ATATTTA-TAG------TCGTTTGATTGTA-T------TGAGAAC---TTTATTCT-AAAA-TAT-TTT-TGATTGTTTC--AATTGAGA-----C---------------GAA-ATA--C-T-C---TG-GTAT-------------CGG-----------------T---C-A----C-GTA-TAT--TC--CAGAG--GT-T----CA----ATT--AATCAAGATG-TTCGGGAA
gi|19 : ttacgAAAGTTCA-T----------A----T----ATCC-----CT---AGAAAA------G-T-A-ATGGTATCCT-----TT--ACATTTT-TGG------TAGTCCGGACATA-T------TGGGTAG---GT--TTCT-CAAA-CA--ATT-TAA-----CC--A------A-------------------------ATG--T-GTC-AATT-GAGA------------AAAA-----------------A---C-A----TGG---CATGGTTTACATAC--GT-TA---CA----GAA--GATC
gi|2 : tCAGGATGG-TGAACCCACAT-GATTTGTTTGGTATTG-----A-ACACGTCT-C--A----TTTT-T-TA-------A-AA-----AGAAT------GGGA-TCC--G----TTCA-G---GT--TAGA-----TTT---TGCT-TCATACATGTAA----CTCT-TTTTAAAT----A-----CTC---AACTGGTTTTGACAAATGAAAGAACA-AAAAAATTAATA----T----ACCC-----CT---AGAATA-T----G-T---GTGCCGTCTG-----CA--GCATTTA--AG--------ATCCAAATACT-T------TGAA----------------GAA-CA--ATTGCAA-----TG--G------A---------------------GATGAAG--T-G-A-CATT-ATATATACTAAGCATCATTG-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--CATAT--GT-T----TA----GTTTAGATCAAGGTG-TTTGGGAAAA
gi|2 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATA--CCT----TGCATCA-T---GT--AAGG-----TTT---T-CT-CAATA------A----CTTC-ATT--AATT---A-----TTC---AACAGTTTTTTACAAAATGGAGAGCA-G----------A----T----ACCA-----CT---AGAAAA-T----ATT-ATGTACTATACA-----AT--GCA-TTA-TGG------CCACTCAGATCT-------------TA----TT--TTCC-CAAA-CA--CCT-TGA-----TCTAA------A-----CTA-------------AAC-ATA--T-G---GAAT-GTAT------------GTCA-----------------A---taagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|20 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaacaggatggtgaacccacatgatttgtttggtattgaacacgtctcattttttaaaaagaatgggatccgttcaggttagattttgcttcatacatgtaactctttttaaatactcaactggttttgacaaatgaaagaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatca-ATACTGCT-A--A----TTAT-CACA-------A-AACTGATA---T------AG----CT----CACTTCA-G---GT--AATA-----TGT---TCCT-TTATA------A----CGTT---T--AAT----A-----GCC---AACGGATCTTAACAAGACAAAATG---G----------A----T----ACCC-----CC---AAAAGA-T----A---A-GTCTTATCCA-----CA--GCAT
gi|21 : tagtT---TTCT-TTATA------A-----TTC-CTC--GCT----A-----ATT---TATGAATCT-GATAAAAGGAAGTCCA-G----------A----T----ACTC-----CT---ACAAAA-T----A---A-GTGCTATCCG-----TA--GCATTTG-AAG------TCACCTAGATCTG-T------TCAGTAC---TT--TTTC-CAAA-CA--CTT-TAA-----TC--A------A-----cc
gi|22 : GGGTGGGTAAACCCATGT-GACCT-TTCGGTATCA--TG---A-ATGGCA-T--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG----TT--G-CGAGTCT-G---GCAAAAAA-----TGT---TCAA-TTACA------A----CTTT-TTT--AAT----A-----TCC---AAAATATTTTGACAAAACAGGGTACA-c
gi|23 : TTT-CTT--AAC----A-----TTA---AACGGATTTTAA-AAAA-GAAGTACATGC---------A----TGTAAACCC-----TT---AGGAAA-C----C-T---GTGCTATACA-----TG--TCATTCA-TAG------GCGTTCTGATATA-C------CGGGTACGCTTT--TTGC-CATA-AA--CTT-CG
gi|24 : acaCA-G---GT--AATACTAAGTTT---TGCT-GAATA------AGGTTCTTT-TTC--AAT----ATTATACCC---AATGGATTATGACCAAATAAAGTGCT-G----------A----T----ACACGCATTCT---CAATGG-G----A-T-G-AGGCTATCCA-----TG--CCATTTA-CAG------T
gi|25 : -T----A-TGA-GTGTTACCCA-----TA--GCATCTA-TAG------TCGACACGATTTA-T------AGGGAGT---TT--TACCACAAA-CA--CTT-CGA-----AC--A------A-----C---------------
gi|26 : G-CGAACTCACAA-GACTT-TTTGATATCGC-T-----CACGGCT-G--G----TTTT-C-TAATTTTCTA-AA-----A---T------ATA--TAT----CGCTTTA-----GT--AAGA-----TTT---TCTT-TAATA------A------TT-C-------------------------------TTGACGAAACAACGTGCA-G----------A----A----ACtgtttcaattgagatgaaatgtcatagtataaaccacatacattccaaag
gi|27 : GGGTGG-TGAAACAACAT-GACCT-TT-GGTATCG--TACA-A---GACC-A--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT----TGCTCAG-G---GT--AAGA---------------------------------TTT-CTT--AAT----A-----TTC---AACAGATTTCTACAAAACAAAGTGCA-G----------A----aa
gi|28 : -CGCTTCACA---AT--AA-A-----TTT---TTCT-TGAGG------G----TTTT-CTT--ACT----A-----CCA---AACGTACATTGACAAGATAAAGTGCA-G----------A----T----ATAA-----TT---AGAAAA-T----G---A-GTCATATTTA-----CGACACATTTA-
gi|29 : ATACAGGGTGG-TGAACCCACGT-GTCTT-TTTGCTATCG---AC---CACAGCT----ATTTTTTTT-C-T--------A-AA-----G---T------TGG--TC---A-CGTTTCA-G---G---AAG---------------------------------CCTT-TTT--AAT----A-----TCA---AACGAATT
gi|3 : aTAT-CAGGGTAG-AGACTCCATGT-GATGT-TAAGTTATCGAATATACACACAGCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----AAA-C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TACT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAT----A-----CC----AGCGTATTATAACCAAATAAAGTGCA-G----------G----T----ATCC-----ATCGGAGCAAA-T----A---A-GCCATATCCG-----TG--GCATTTA-
gi|30 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacattatcatTT---TTCT-TTACA------A----CGTT-CTC--AATTTTAA-----------AACAGATTTTAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CA---AGAAAA-T----A-c
gi|4 : acttttagcaatattgTAT-CAGGGTAG-AGACTTCATGT-GA-TG-TAAGTTATCGAATACACACACATCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----A---C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TAAT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAC----A-----CC----AGTGTATTATAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ATCC-----ATCGGAGCAAA-T----A---A-GCCATATCCG-----TG--Gaatggta
gi|5 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcatACGGATTTTGACGAAACATAGTATG-C----------A----T----ACAA-----CT---TGAAAA-T----G---A-GTGCT---C------CA--GC--TT-----------TC-TCCAAACAC-----------GA-------------C-CAAA-CG--TTT-CAG-----CC--G------AGA---C---------------GAA-ATG--TCA-C-G----GTATC-----------GTTT-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--AATCT--GT-T----CA----GTT--CGTCGAATTG-TTT-AGAAAGGT
gi|5 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtc-TTTGATATCG--TATT----CGGCA-G--A----TTTT-C-TA-------AGAA-----A---C------AGACCTCT--G-TGC---A-T---GT--ACAA-----TAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTT--GAC----A-----GTC---AACCAATTTAGATAAAACGAAGTGCA-G----------A----C----ACCC-----T------AAAA-T----A-TAA-GTGCTCTGCA-----CG--GAA-GTA-TAG------TTCTACAGATGTA-T------TCAGTAA---CC--TTTC-TAAA-CA--ATT-CGA-----CG--A------A-----CTG-------------AAC-AGA--T---T-GAAT-GTAT------------GTAA-----------------A---C-GATACC-GTGACAT--TT--CGTCTCGGC-TGAAACG----TTT--GGTC---GTG-TTTGGAGAAAGtactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttatattttagggtgtctgcacttcgttttatctaaattggttgactgtcaagaaagttataaaggaatattgtacatgcacagaggtctgtttcttagaaaatctgccgaatacgatatcaaatgtca
gi|6 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagTTCTGGGTGATCAAACACATGT-GTCTT-TTTGGTATTG-----A-ACACATCTTA--A----TTTT-G-TA-------A------------T------AGG--TC---G-CACTTCA-G---GT--AGGA-----TTT---TGAA-CAATA------A----ATTT-CTT----T--------------------TATTT-----ATACAAAGAGCA-G----------A----T----ATCC------T---AGCAAA-T----G---A-GTGCTGTTCA-----TG--GTATTTAATGG-------CATCCA----TA-T------TGGGTAG---TT--TTCC-CAAA-CA--CTC-CAA-----GC--A------A-----C-----------------C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGAAATGCTGGGTATTGCTCA---C-A----T-G---TAC--TT--CATAA--GT-T----CA----CTT--GATCTAAGCA-TTTAGGAAAAGtgtca
gi|7 : tTATATAT-TATGTACTCAGGGTGA-CCAACCAATGTTGACTT-TTTT-TATTA--TATA-ACACAGCT-G--A----TGTT-C-AA-------A-AA-----A---T------AAG--TTTAGG-TACTTTA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TGACA------A----CTTT-CTA--AAT----G-----CCC---AACAGATTTTGACAAGAGAAAGTGCA-G----------A----C----ACTC-----CT---ACAAAACT----AGT-A-GTATTAGCCA-----CA--GCATTTA-TAA------TTGTCTAGAAACA--------TGAGTAT---TT--TTCC-TGAA-CT--TTT-TGATC---TC--ATT----A-----C---------------T-C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGA-----------------A---C-A----T-G---TAT--TC--CAGAT--GT-T----TT----GCT--GATCGAAGTG-TTTTGGACAAGTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|8 : aG--GTATATA-CTG------TAGTCCA--TACA-T------TGGGAAC---CT--T-CC-CAAA-CAATTTT-CAA-----TT--A------A---------------------GAC-A-GAAT-G-C-AGTG-GTAT--------------------------------------------C-G--------TT--CAC----GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-GTT-GAAAAAGT
gi|8 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttT-TTTGTAATCG--TTTA--CAT--CT-G--A----TTGT-A-TA-------A-AA-----A---T------ACA--TCT----CTCCTCA-G---AT--TAGA-----CAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTC--AAT----G-----------------TTCTG------CAGAGAACA-G----------A----T----ACTC-----CC---AGAAAA-T----A---A-TTACTATATA-----CG--GCATCGA-T-T------TCTTTC-GTTATA-T------T---TAC---TT--TT-T-CAAC-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CTG-------------AAC-GTG--A-A-C-GAT---------------------A-----------------C---C-A----CTG---CAT--TC------T--GTCT----TA----ATT--GA--AAATTG-TTTGGGAAaaatataacgaaagaaatcgatgccgtatatagtaattattttctgggagtatctgttctctgcagaacattgagaaagttataaaggaatgtctaatctgaggagagatgtatttttatacaatcagatgtaaacgattacaaaag
gi|9 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccA-------A-AA-----A---T------AGG--TC---A-CACTTCA-G----------A-----TTT---AGGT-TAATA------A----CTTTATTT--AAA----A-----CTC---AACGAATTTTGACAAAATAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----G-C---GTCCAGTCCG-----CA--GCATCTg
blockSeqs : G G GT T G G AATATACACACAGCTAG A A ATTTTCT G CTGAT GAA TCTATT ACC TAGGT C CCA AA CTAAG ACATG ATT CATGTAA A TA ATTATACCC AA A C T AAAAATTAAT . GTAA GCATTCT C TAGAATA G GGACAACG AT TTAGTA C AT . G CGCT TA A . AT G TTGTT AACCATTGCAATTGAGATGAAATGCTGGGTATTGCTCACATG GG TA TATAG C GAAA AATG TA G T A
blockSeqs : . G TC . . A AATACACACACATCTAG A . . . T AA . GA TATT . . . G ACATG TT AGGTT . . TATTC GG A C . ATCT . . ATCGG . ATTAT G ACGAC A . A A . A T . . . T . TC GAGATGAAGTGACATTATATATACTAAGCATCATTGACATA . . TCTCG . A . . A . G
blockSeqs : A C . . G ACCACAGCTATTTT . . . . . . . T TGC . . . . GC TA A . . TTTAA TG T T . C . . ATCGG . ATGA A ACT T . A A . G C . . . . . . TAATCATTTAAAATGCATGCGATTAATATATAAACAAAA . . GAG . . . . A . G
blockSeqs : T C . . G TATAACACAGCTGA . . . . . . . A TGT . . . . CG TT A . . ATTC AA T T . . . . TT . ATAA A ATC C . C A . C C . . . . . . AACTGAACAGATTGAATGTATGTAAACGATACCGTGA . . TAC . . . . G . G
blockSeqs : T T . . G AACACATCTTAA . . . . . . . G TC . . . . TG AC T . . GCTC GG C C . . . . GT . AGTA A ATG C . A A . C T . . . . . . AATTGAGACGAAATACTCTGGTATCGGTCACGTA . . TAT . . . . T . A
blockSeqs : . T . . G TACCTGGCTGA . . . . . . . C AT . . . . CG TT A . . ATTC GG A C . . . . TT . ACA G GTG T . C G . A C . . . . . . GAGACGAAATGTCACGGTATCGTTTACATA . . TCT . . . . G . T
blockSeqs : . T . . G CGTACTGCTGA . . . . . . . C TC . . . . TG TA A . . ATTC TA A G . . . . TT . GTA G GCG T . G A . G C . . . . . . ATTACTCATTGCAATTGAGATGAACATG . . TAA . . . . G . G
blockSeqs : C . . A AACACGTCTCA . . . . . . . G TC . . . . AG TC A . . GTTC TG A G . . . . CA . ATG G ACG A . G A . G C . . . . . . AAATGTGTCAATTGAGAAAAAACATGG . . GAT . . . . A . .
blockSeqs : T . . G TGAATGGCATA . . . . . . . A TC . . . . CT CA G . . AATC AG A T . . . . CT . AA A TTT T . A T . G G . . . . . . GACTGAACATGAACGGTACCAAGG . . T . . . . . . .
blockSeqs : T . . C CTCACGGCTGG . . . . . . . A AC . . . . TG TT G . . TCGA GG A C . . . . TT . GA C GCA T . A G . G C . . . . . . AACTGAACGTGAACGATACCACTG . . C . . . .
blockSeqs : A . . T TACAAGACCAA . . . . . . . G CG . . . . TC TT A . . ACTC GA A G . . . . CT . GT G AAT T . C A . C T . . . . . . AAGACAGAATGCAGTGGTATCG . . T . . . .
blockSeqs : A . . T TATTCGGCAGA . . . . . . . G TT . . . . TT TT A . . AGCC AT A C . . . . CT . AA G ACA T . C A . G A . . . . . .
blockSeqs : C . . A TTTACATCTGA . . . . . . . G TC . . . . TC GA A . . AATT GG A T . . . . CT . GA G GTA A . A A . G G . . . . . .
blockSeqs : . . G AATACATG . . . . . . . G TC . . . . TG TA A . . ATCC GG C C . . . . CC . GT G ATG T . T A . C T . . . . . .
blockSeqs : . T TACA . . . . . . . G TT . . . . TC TG A . . ATTA AG G C . . . . CT . AA C ATG C . A A . G C . . . . . .
blockSeqs : . . TACA . . . . . . . G AC . . . . TT TA G . . ATTC GT A T . . . . TT . AA C ATA T . G A . G C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A AG . . . . TA TT A . . ACCA GA A T . . . . TT . CT C GTG T . A A . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G AG . . . . TT TA A . . ATCA GT C C . . . . CA . GA G GTG T . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GC . . . . TA TT A . . AGTC AG C C . . . . CT . AA G ACG C . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TC . . . . TC CA A . . GCCC GT C C . . . . CT . AA G ATG T . . . . . . . . .
blockSeqs : AC . . . . TG TG A . . ACTC GG G C . . . . CC . GA A ACA . .
blockSeqs : . . . . TG TT A . . ACC CA A C . . . . CT . GA A ACG . .
blockSeqs : . . . . TC TA . . . ACC AG A G . . . . C . AA C GCA
blockSeqs : . . . . AG . . . . ACC GA A C . . . . T . GC . CA
blockSeqs : . T . . . . G T . T . . . . T . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TATAACACGGCTGA********** ACTC************ **** ******
originalCons : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TACA-ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT----A-----CCC---AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----A-T-A-GTGCTATCCG-----CG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
finalCons : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCGTATAACACGGCTGA----------TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AATACTC------------AACGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----A-T-A-GTGCTATCCG-----CG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 44444444444444444444444444 222222 1111111111 2222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111
lowQualScore : 6 0 77 2 2 0 1 22222222222222222222222222 4 2 6666666 2 77777 666 555555 666 777777 1 222 22 55555 55555 1 2 777777777777 1 22 1 6666666 222 1 55 1 2 1 1 0000000000 2222 3333 8888888888 1 4444444444 2 0 8888888888 22 555555 1 22 555555 1 7777 22 1 1 1 44 2 88888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 44 55555 3 0000 7777 44 3 4 5
lowQualScore : . . .. . . . . .......................... . . ....... . ..... ... ...... ... ...... . ... .. ..... ..... . . ............ . .. . ....... ... . .. . . . . .......... .... .... .......... . .......... . . .......... .. ...... . .. ...... . .... .. . . . .. . ..... ......................................................................................................... .. .. ..... . .... .... .. . . .
lowQualScore : 7 8 33 7 4 7 6 88888888888888888888888888 2 1 5555555 0 00000 222 555555 555 222222 6 888 22 44444 77777 4 5 000000000000 4 00 4 7777777 555 4 55 1 1 6 3 3333333333 9999 0000 1111111111 4 5555555555 3 7 1111111111 44 000000 2 66 555555 0 1111 66 0 9 9 88 0 66666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 66 22222 3 4444 1111 66 9 0 7
consensus : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TATA---ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT-A-----CTC---AA-CGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----A-T-A-GTGCTATCCG-----CG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
Reference ( family-524 ) : NTGTATATGTGTATATNCAGGGTGG-CGAACCCACGT-GACTT-TTTGGTATCG--TATA---ACACGGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT--G-CGCTTCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TNATA------A----CTTT-CTT--AAT-A-----CTC---AA-CGGATTTTGACAAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----A-T-A-GTGCTATCCG-----CG--GCATTTA-TAG------TCGTCCAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----C---------------GAC-ATG--T-G-C-GATT-GTAT------------ATNA-----------------A---C-A----C-G---CAT--TT--CATAT--GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-TTTGGGAAAAGT
gi|1 : ATATA-AGGGTTG-TGAGCCCAAGT-CACCT-TTTGGTATCG-----A---ACACAGCT-ATTC----TTTT-G-TA-------A-AA-----G---T------GGG--CCT----TGCTTCA-T---GT--AAGG-----ATT---TGCT-TAATA------G----TTTT-TTA--AAT-A-----CCCCAAAA-AAAATTT---CCAAACAAAGTGCA-T----------AATCAT----ATTT-----CA---AGAAAC-T----G---A-GTGCTATCCA-----TG--GCATTT--CAA------TTGTCCAGATACA-TGCATTTTGGTTAC---TT--TTTT-TAAAACA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CCATTTCAACCTATATGAT-ATG--T-T-TTGTTT-ATAT------------ATTA-----------------ATCGC-A----T-G---CAT--TT--TAAAT--GA-T----TA----G-----ATCAAAGTG-TTTGGGAAAAAT
gi|1 : aaataatcCAGGCTGG-CAAACCTATGT-GACCT-TTTGGTATCA--T------ACCTGGCT-G--A----ATAA-C-TA-------A-AAT----A---T------A-T--TAT--ATTGTTTCA-GCCATT--AAGA-----TTT---GCCTATTATA------A----AT----TT--GAT-A-----TTC---AA-CAAATTTTGACAAAA-ACAG-GAA-GATCT------A----T----ATGT-----TT---AGAAAA-T----A---A-GTGCTGGCCA-----CT--G----TA-AAA------TTAAACAGATCTATT------TGAATAT---TT--TTCC-CAAA-CA--CTT-TGA-----TCT-A------ATCATTT---------------AAA-ATGCAT-G-C-GATTAATAT------------ATAA-----------------A---CAA----A-A---CAT--AT--CATATAGGT-T----GAAATGGTT--GATCGAAGTGTTTTAAAAAAAGTattcaaatagatctgtttaattttacagtggccagcacttattttctaaacatatagatcttcctgtttttgtcaaaatttgttgaatatcaaatttataataggcaaatcttaatggctgaaacaatataatatattttagttattcagccaggtatgataccaaaaggtcacataggtttgccagcctgt
gi|10 : aaataatcatataagggttgtgagcccaagtcaccttttggtatcgaacacagctattcttttgtaaaagtgggccttgcttcatgtaaggatttgcttaatagttttttaaataccccaaaaaaaatttccaaacaaagtgcataatcatatttcaagaaactgagtgctatccatggcatttcaattgtccagatacatgcattttggttTGA-CGAACCTACTT-AACGT-TTTGATATCG--CGTA------CTGCT-G--A----TTTT-C-TA-------A-TA-----A---C------AGA--TTT----CGCGTCA-A---AT--AAGAG----TTT---CGTT-TTAT---------------------------------TC---AT-TGGAGTTTGACAAA--TAAGTGCA-G----------A----T----AC-----------------G-T----A-C-A-GT-CAAT---------G--ACATTGG-TAGTTAGTATTGTC----TAT--T------TAGTTA----TT--GTTC-CAAA-TA--TGT-CGA-----TC--G------A-----CTG-------------AAC-ATG--A-A-C-G------GT------------ACCA-----------------------A----G-G---CAT--TT--CGT-----T-T----CA----ACT--GAt
gi|11 : gaacgcttcaaacaacggtttCACAT-GACGT-TA-GGTATCA--AATA----CATG------------TTTT-C-TA-------A-AA-----A---TTCTATTAGG--TC---A-TGTTCCA-G---GT--AAGA-----TTT---TGTT-TAATA------A----CTT--CTT--AAT-A-----C-C---AT-CTGATTTTGACTAAACTAAGTTTA-A----------A----T----ACCC-----GT---GGAAAA-T----G---A-GTGTTATGCA-----TC--GCATTTA-CAA------TTGCCCAGATa
gi|12 : agatggcagctcaatgctattcacgaaattcaactggaacatgaacagaAGA-----TCT---CGCT-TTATA------T----ATTT-CTT--AAT-G-----CTC---AA-CAAATTTTAACTAAACAAAGTGCC-C----------A----T----ACAT-----C----ACAAAA-T----G-T---GTAATATTCA-----TG--GCATTTA-CAG------TGTTCTAGATATA-T------TGGGTAC---TT--TTCA-CTAA-CA--CTT-TGA-----T
gi|12 : TATCTG-----TG--ATATTGA-TAG------TTGTCCAGATCTA-T------TCAGTAC---CT--TTTC-CAAA-Cttgctagtttggaaaaggtactgaatagatctggacaactatcaatatcacagatatggt
gi|13 : agatctcgctttatatatttcttaatgctcaacaaattttaactaaacaaagtgcccatacatcacaaaatgtgtaatattcatggcatttacagtgttctagatatattgggtacttttcactaacactttgatttgctaTGTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC----------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT-A-----TTC---AA-C--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T------CC-----TT---AGAAAA-T----A-tggt
gi|14 : GTATATGTGTATATGCAGGGCAA-TGAACCAACGT-GACTT-TTTGGTATCA--TAC----------------A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATC--TCT----CACTTTA-G---GT--AAGA-----TTTACATGTT----TA------A----CTTT-CTT--ACT-A-----TTC---AA-C--AT-------AATTAATGCGCA-C----------A----T------CC-----TT---AGAAAA-T----A-atgaatattgaagtattgaacaacagcattgata
gi|15 : --TCT----CGCTTCA-G---GT--TAGA-----TGT---TGCT-ACATA------A----CTTT-CTT--AAT-G-----TTC---GT-CGGATTTTTATCGAACTATGTACA-G----------A----T----ACTC-----CA---AGAAAA-TTAGAA-T-A-AT--TATACGGACAACG--GTGTTGA-TAG------GCACCCTGATATA-T------TCAGTAT---TT--CACT-CAAA-CA--CTT-Catgaatattgaagtattgaacaacagcattgata
gi|16 : actCTTCA-G---GT--AAGA-----CTT---AGCT-TTTCG------G----CTTA-CGT--AAT-A-----ATC---AA-TGGAAC---ATAAAACAAAGTGCA-G----------T----T----ATTC-----CT---AGAAAA-C----A---A-ATATTATCTA-------------TTA-AAG------TCGTTCAGATCCA-T------TAAGTAC---TT--TTCC-GAAA-CA--ATT-CGA-----Ttgcacgtttatgcattc
gi|17 : agctgattcaaattaaggttaaatccct------AGG--TC---A-CCCTTCA-T---AT--AAGA-----CTT---CTCT-TAAAG------G----TTTT-CTT--ATT-T-----CGA---AA-CTAAATTTGACAAAAGAAAGTGCA-G----------C----A----ATCT-----TT---AGATGA-T----G---A-GTACTACCCG-----CG--GCATTTA-TAA------TCGTCCAGATGAG-T------TGGGTTC---GT--TTAC-CAAA-CA--CTT-CGA-----T
gi|18 : -A-GTGCCATTTA-----CG--ATATTTA-TAG------TCGTTTGATTGTA-T------TGAGAAC---TTTATTCT-AAAA-TAT-TTT-TGATTGTTTC--AATTGAGA-----C---------------GAA-ATA--C-T-C---TG-GTAT-------------CGG-----------------T---C-A----C-GTA-TAT--TC--CAGAG--GT-T----CA----ATT--AATCAAGATG-TTCGGGAA
gi|19 : ttacgAAAGTTCA-T----------A----T----ATCC-----CT---AGAAAA------G-T-A-ATGGTATCCT-----TT--ACATTTT-TGG------TAGTCCGGACATA-T------TGGGTAG---GT--TTCT-CAAA-CA--ATT-TAA-----CC--A------A-------------------------ATG--T-GTC-AATT-GAGA------------AAAA-----------------A---C-A----TGG---CATGGTTTACATAC--GT-TA---CA----GAA--GATC
gi|2 : tCAGGATGG-TGAACCCACAT-GATTTGTTTGGTATTG-----A---ACACGTCT-C--A----TTTT-T-TA-------A-AA-----AGAAT------GGGA-TCC--G----TTCA-G---GT--TAGA-----TTT---TGCT-TCATACATGTAA----CTCT-TTTTAAAT-A-----CTC---AA-CTGGTTTTGACAAATGAAAGAACA-AAAAAATTAATA----T----ACCC-----CT---AGAATA-T----G-T---GTGCCGTCTG-----CA--GCATTTA--AG--------ATCCAAATACT-T------TGAA----------------GAA-CA--ATTGCAA-----TG--G------A---------------------GATGAAG--T-G-A-CATT-ATATATACTAAGCATCATTG-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--CATAT--GT-T----TA----GTTTAGATCAAGGTG-TTTGGGAAAA
gi|2 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaaTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------ATA--CCT----TGCATCA-T---GT--AAGG-----TTT---T-CT-CAATA------A----CTTC-ATT--AATTA-----TTC---AA-CAGTTTTTTACAAAATGGAGAGCA-G----------A----T----ACCA-----CT---AGAAAA-T----ATT-ATGTACTATACA-----AT--GCA-TTA-TGG------CCACTCAGATCT-------------TA----TT--TTCC-CAAA-CA--CCT-TGA-----TCTAA------A-----CTA-------------AAC-ATA--T-G---GAAT-GTAT------------GTCA-----------------A---taagatctgagtggccataatgcattgtatagtacataatattttctagtggtatctgctctccattttgtaaaaaactgttgaataattaatgaagttattgagaaaaccttacatgatgcaaggtatatttttagaaa
gi|20 : aaatggcattaaactccattaaaataaaatatctaaacaggatggtgaacccacatgatttgtttggtattgaacacgtctcattttttaaaaagaatgggatccgttcaggttagattttgcttcatacatgtaactctttttaaatactcaactggttttgacaaatgaaagaacaaaaaaattaatatacccctagaatatgtgtgccgtctgcagcatttaagatccaaatactttgaagaacaattgcaatggagatgaagtgacattatatatactaagcatca---ATACTGCT-A--A----TTAT-CACA-------A-AACTGATA---T------AG----CT----CACTTCA-G---GT--AATA-----TGT---TCCT-TTATA------A----CGTT---T--AAT-A-----GCC---AA-CGGATCTTAACAAGACAAAATG---G----------A----T----ACCC-----CC---AAAAGA-T----A---A-GTCTTATCCA-----CA--GCAT
gi|21 : tagtT---TTCT-TTATA------A-----TTC-CTC--GCT-A-----ATT---TA-TGAATCT-GATAAAAGGAAGTCCA-G----------A----T----ACTC-----CT---ACAAAA-T----A---A-GTGCTATCCG-----TA--GCATTTG-AAG------TCACCTAGATCTG-T------TCAGTAC---TT--TTTC-CAAA-CA--CTT-TAA-----TC--A------A-----cc
gi|22 : GGGTGGGTAAACCCATGT-GACCT-TTCGGTATC----ATG---A-ATGGCA-T--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AG----TT--G-CGAGTCT-G---GCAAAAAA-----TGT---TCAA-TTACA------A----CTTT-TTT--AAT-A-----TCC---AA-AATATTTTGACAAAACAGGGTACA-c
gi|23 : TTT-CTT--AAC-A-----TTA---AA-CGGATTTTAA-AAAA-GAAGTACATGC---------A----TGTAAACCC-----TT---AGGAAA-C----C-T---GTGCTATACA-----TG--TCATTCA-TAG------GCGTTCTGATATA-C------CGGGTACGCTTT--TTGC-CATA-AA--CTT-CG
gi|24 : acaCA-G---GT--AATACTAAGTTT---TGCT-GAATA------AGGTTCTTT-TTC--AAT-ATTATACCC---AA-TGGATTATGACCAAATAAAGTGCT-G----------A----T----ACACGCATTCT---CAATGG-G----A-T-G-AGGCTATCCA-----TG--CCATTTA-CAG------T
gi|25 : -T----A-TGA-GTGTTACCCA-----TA--GCATCTA-TAG------TCGACACGATTTA-T------AGGGAGT---TT--TACCACAAA-CA--CTT-CGA-----AC--A------A-----C---------------
gi|26 : G-CGAACTCACAA-GACTT-TTTGATATCG--C-T-----CACGGCT-G--G----TTTT-C-TAATTTTCTA-AA-----A---T------ATA--TAT----CGCTTTA-----GT--AAGA-----TTT---TCTT-TAATA------A------TT-C-----------------------------TTGACGAAACAACGTGCA-G----------A----A----ACtgtttcaattgagatgaaatgtcatagtataaaccacatacattccaaag
gi|27 : GGGTGG-TGAAACAACAT-GACCT-TT-GGTATCG--TACA---A---GACC-A--A----TTTT-C-TA-------A-AA-----A---T------AGG--TCT----TGCTCAG-G---GT--AAGA---------------------------------TTT-CTT--AAT-A-----TTC---AA-CAGATTTCTACAAAACAAAGTGCA-G----------A----aa
gi|28 : -CGCTTCACA---AT--AA-A-----TTT---TTCT-TGAGG------G----TTTT-CTT--ACT-A-----CCA---AA-CGTACATTGACAAGATAAAGTGCA-G----------A----T----ATAA-----TT---AGAAAA-T----G---A-GTCATATTTA-----CGACACATTTA-
gi|29 : ATACAGGGTGG-TGAACCCACGT-GTCTT-TTTGCTATCG-----A---CCACAGCT----ATTTTTTTT-C-T--------A-AA-----G---T------TGG--TC---A-CGTTTCA-G---G---AAGC-----CTT---T--T-TAATA------
gi|3 : aTAT-CAGGGTAG-AGACTCCATGT-GATGT-TAAGTTATCGAATATAC--ACACAGCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----AAA-C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TACT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAT-A-----C-C---AG-CGTATTATAACCAAATAAAGTGCA-G----------G----T----ATCC-----ATCGGAGCAAA-T----A---A-GCCATATCCG-----TG--GCATTTA-tcaaacgaatt
gi|30 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaacaatacaaatttattgatagttattctttaacgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactggcaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcgatgctgcggtcttatccgtaaaacaattttggcaggaaactgtaacacattatcatTT---TTCT-TTACA------A----CGTT-CTC--AAT-T-----TTA---AAACAGATTTTAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CA---AGAAAA-T----A-c
gi|4 : acttttagcaatattgTAT-CAGGGTAG-AGACTTCATGT-GA-TG-TAAGTTATCG--AATACACACACATCT-A--G----TTTTAC-TA-------A-AA-----A---C------AGG--TCA--G--GAATCA-G----T--AAGA-----GTT---TAAT-TAATA-----------CTTC-CTT--AAC-A-----C-C---AG-TGTATTATAACCAAACAAAGTGCA-G----------A----T----ATCC-----ATCGGAGCAAA-T----A---A-GCCATATCCG-----TG--Gaatggta
gi|5 : taaatatcaacataacagcaattgatggagtaataacagaacataaatctaaattatacaaatttattgatagttattctttagcgacaatctataccaaatgcgatattgccgtaaggcgatttaggtactgccaatgtacgtatatgataggtttatttgccagctcggtgctgcggtcttatccgtaaaacgattttggtaggaaactggaacacagtatcatA-CGGATTTTGACGAAACATAGTATG-C----------A----T----ACAA-----CT---TGAAAA-T----G---A-GTGCT---C------CA--GC--TT-----------TC-TCCAAACAC-----------GA-------------C-CAAA-CG--TTT-CAG-----CC--G------AGA---C---------------GAA-ATG--TCA-C-G----GTATC-----------GTTT-----------------A---C-A----T-A---CAT--TC--AATCT--GT-T----CA----GTT--CGTCGAATTG-TTT-AGAAAGGT
gi|5 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtc-TTTGATATCG--TATT------CGGCA-G--A----TTTT-C-TA-------AGAA-----A---C------AGACCTCT--G-TGC---A-T---GT--ACAA-----TAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTT--GAC-A-----GTC---AA-CCAATTTAGATAAAACGAAGTGCA-G----------A----C----ACCC-----T------AAAA-T----A-TAA-GTGCTCTGCA-----CG--GAA-GTA-TAG------TTCTACAGATGTA-T------TCAGTAA---CC--TTTC-TAAA-CA--ATT-CGA-----CG--A------A-----CTG-------------AAC-AGA--T---T-GAAT-GTAT------------GTAA-----------------A---C-GATACC-GTGACAT--TT--CGTCTCGGC-TGAAACG----TTT--GGTC---GTG-TTTGGAGAAAGtactgaatacatctgtagaactatacttccgtgcagagcacttatattttagggtgtctgcacttcgttttatctaaattggttgactgtcaagaaagttataaaggaatattgtacatgcacagaggtctgtttcttagaaaatctgccgaatacgatatcaaatgtca
gi|6 : caggttttggtatcgaacacaaatatctttttataaataggtcacggattttgacgaaacatagtatgcatacaacttgaaaatgagtgctccagTTCTGGGTGATCAAACACATGT-GTCTT-TTTGGTATTG-----A---ACACATCTTA--A----TTTT-G-TA-------A------------T------AGG--TC---G-CACTTCA-G---GT--AGGA-----TTT---TGAA-CAATA------A----ATTT-CTT-------------TT---A-------TTT----ATACAAAGAGCA-G----------A----T----ATCC------T---AGCAAA-T----G---A-GTGCTGTTCA-----TG--GTATTTAATGG-------CATCCA----TA-T------TGGGTAG---TT--TTCC-CAAA-CA--CTC-CAA-----GC--A------A-----C-----------------C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGAAATGCTGGGTATTGCTCA---C-A----T-G---TAC--TT--CATAA--GT-T----CA----CTT--GATCTAAGCA-TTTAGGAAAAGtgtca
gi|7 : tTATATAT-TATGTACTCAGGGTGA-CCAACCAATGTTGACTT-TTTT-TATTA--TATA---ACACAGCT-G--A----TGTT-C-AA-------A-AA-----A---T------AAG--TTTAGG-TACTTTA-G---GT--AAGA-----TTT---TGCT-TGACA------A----CTTT-CTA--AAT-G-----CCC---AA-CAGATTTTGACAAGAGAAAGTGCA-G----------A----C----ACTC-----CT---ACAAAACT----AGT-A-GTATTAGCCA-----CA--GCATTTA-TAA------TTGTCTAGAAACA--------TGAGTAT---TT--TTCC-TGAA-CT--TTT-TGATC---TC--ATT----A-----C---------------T-C-AT---T-G-C-AATT-G-AG------------ATGA-----------------A---C-A----T-G---TAT--TC--CAGAT--GT-T----TT----GCT--GATCGAAGTG-TTTTGGACAAGTaattgaatatgtatacattgtataatatatattttat
gi|8 : aG--GTATATA-CTG------TAGTCCA--TACA-T------TGGGAAC---CT--T-CC-CAAA-CAATTTT-CAA-----TT--A------A---------------------GAC-A-GAAT-G-C-AGTG-GTAT--------------------------------------------C-G--------TT--CAC----GT-T----CA----GTT--GATCGAAGTG-GTT-GAAAAAGT
gi|8 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttT-TTTGTAATCG--TTTA----CAT--CT-G--A----TTGT-A-TA-------A-AA-----A---T------ACA--TCT----CTCCTCA-G---AT--TAGA-----CAT---TCCT-TTATA------A----CTTT-CTC--AAT-G-----TTC-------------TG------CAGAGAACA-G----------A----T----ACTC-----CC---AGAAAA-T----A---A-TTACTATATA-----CG--GCATCGA-T-T------TCTTTC-GTTATA-T------T---TAC---TT--TT-T-CAAC-CA--CTT-CGA-----TC--A------A-----CTG-------------AAC-GTG--A-A-C-GAT---------------------A-----------------C---C-A----CTG---CAT--TC------T--GTCT----TA----ATT--GA--AAATTG-TTTGGGAAaaatataacgaaagaaatcgatgccgtatatagtaattattttctgggagtatctgttctctgcagaacattgagaaagttataaaggaatgtctaatctgaggagagatgtatttttatacaatcagatgtaaacgattacaaaag
gi|9 : atatctcttcgtgaacacgtgacgttttggtatatactgtagtccatacattgggaaccA-------A-AA-----A---T------AGG--TC---A-CACTTCA-G----------A-----TTT---AGGT-TAATA------A----CTTTATTT--AAA-A-----CTC---AA-CGAATTTTGACAAAATAAAGTGCA-G----------A----T----ACCC-----CT---AGAAAA-T----G-C---GTCCAGTCCG-----CA--GCATCTg