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gi|15 : ACGGTATTCGATTTTACTTGAAAATG---------GACGG-CAAGGATTTCGTCATCGATTGGTACAGTATTCGATATTCAT
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11 : gataaaagtcacacaataaatcaattaaatttatgtaggtatgaccacatgcacagtggTATGCCGGTGCTGTGTTTATCGTGT----TGTTATTGATACTCGTATTTAACAACGA--ACA----CTAGTGGAATTGCAAAAACT------T------CGTTTTCA------TCAGGAATATGT-GA---TTTATTG------TAAAAAA----T---CAGAAATTAAATGAATAATTCAATGTATTCCAATGTATTTCG-TATA---AAA------------------------------------------TGCAATAGT--TTCAATATAATCGAATGTA-ATTTTCGTGTGATATCGTTTTCGGCGTTATTGGAAaaccatatggagatgtcagtctcaaagtattactttcgaaagattcacagaaattattaaccctttttacaaaacaag
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAAAGATGCAATTATGCAAATTATGTCATTTCGATAGTCTCCTTCTTCATTTTCTTACGCCAATTGTTTAATTATTTTAATTGTATGTAAACGTTACCTTCATAATATTGTACAGTTAACAACTCAAATGATAAAGCACATTGCAGTTGACTGCATGGGTCTCTAATACATGTATCAATTATAATATATATACAATTACATCACAGAAACGTATACATAATAATACGAGCTTGAAAAGCAGATATGGTATTTATTA
Unaligned ( gi|16 ): AAAAGCTTAAATCAACAAATCAGAATTTCAAAACAAGTCTTGGTACGTCAGTACTGGAGAATATACACAG
Unaligned ( gi|18 ): TTCATAAAACATACAATGTATCATAGTGTGTGATAA
Alignments
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lowQualScore : . . .. . . . ............................. .. . . .. . .. .... ... .. . . ............ . . ... ....... . ..... .... . .... .. .... ............................ . . ... . ...... .. . ......... . . . . ... . . ....................... ..... .. . . . . . . . . . . ........... . . ... . . ... . ........... . . . ...... . . . . ........ ............................................. .
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consensus : GTATACCAATAT-TGCGATTTATGTTTT--CGACCGAGA-CGGTACTCGCTCTCA--GGTTC-----------A---------TACGGTN-TTCGACCGAGAGGTACTGTCTTCGACAGACGCA-TTTTATCAGGGTTAN-TGACTTCGAAGGTATTATTTTTCATGAAATAAATACGAATATACACG-ATAT----TAGTCACAAAAGTTTAAANTACATAAATAGAATGTATA-------TG-AATATGTAGGTACTGTTT-T-TTATGNTGGTG-TGTGTCT-----GT----TGTTATTG-TA----TATTTAACGACGA--ACA----CTAGTGGAATTGCAAAAAC------T------TC------A------TCAAGAAAATGT-GA---TTTATTG------T--AAAAAA----TA--CAGAAATTAAATGTTNAATACAATGTNTTTTANTGTATTTCG-CATA---AAAC-ATTTGAAT---------------------A-ACA-----ATGCAATAGT--TTCAATATATTCGAATGTATATTTTC-TGTGATACGGTATTCGACGTTATTNGAAAATG-GNCGGNACG-GTTTTCGTCATTGATTGATACGGTATTCGATACTCGTCCAGGAATTG-TATTTACATTCTGTTGATGAATAAAA---TGTNTTCGCGTAA---TATTTATGAATCTTTAAT-ATCGATT--TAAGAC-GTTTTCACATTA-----TATAA-TACATTTTGTATTACTTAAACTGCCATATC-ACCTACCATGCAGATATATCTTCAAACA-------G-----TG----C--ACT--ATTG---T--GA------CTT-GTATGTTCTTCAAGCACAATCATATAGTA
Reference ( family-5117 ) : GTATACCAATAT-TGCGATTTATGTTTT--CGACCGAGA-CGGTACTCGCTCTCA--GGTTC-----------A---------TACGGTT-TTCGACCGAGAGGTACTGTCTTCGACAGACGCA-TTTTATCAGGGTTAC-TGACTTCGAAGGTATTATTTTTCATGAAATAAATACGAATATACACG-ATAT----TAGTCACAAAAGTTTAAATTGCATAAATAGAATGTATA-------TGNAATATGTAGGTACTGTTT-T-TTATGNTGGTG-TGTGTCT-----GT----TGTTATTG-TA----TATTTAACGACGA--ACA----CTAGTGGAATTGCAAAAAC------T------TC------A------TCAAGAAAATGT-GA---TTTATTG------T--AAAAAA----TA--CAGAAATTAAATGTTNAATACAATGTNTTTTANTGTATTTCG-CATA---AAAC-ATTTGAAT---------------------A-ACA-----ATGCAATAGT--TTCAATATATTCGAATGTATATTTTC-TGTGATACGGTATTCGACGTTATTNGAAAATG-GNCGGNACG-GTTTTCGTCATTGATTGATACGGTATTCGATACTCGTCCAGGAATTG-TATTTACATTCTGTTGATGAATAAAA---TGTNTTCGCGTAA---TATTTATGAATCTTTAA--A--------TAAGAC-GTTTTCACATTA-----TATAA-TACATTTTGTATTACTTAAACTGCCATAT---CCTA-CATGCAGATATATCTTCAAACA-------G-----T-----C--ATT--ATTG---T--GA------CTT-GTATGTTCTTCAAGCACAATCATATAGTA
gi|1 : TATACCAA-ATCTGTGACATATGTTTT--TGACCG----CG-TA----------------------------A---------TACGGTA-TTCGTCCGAGAGGTACTGTCTTCGACAGACGGAATTTTA--AAGGTTAAGTGACTTTGAAGGTATTATTTTTCATGAAATAAATGTGAAAATACACG-ATAT----ACGTCGCAAAAATTTGATATACATAAATATAAT----------------------AGGTACTGGTT-T-T-ATGTTG----TCTGTCC-----GT----TGTTATTT-TA----T-TTTAACACCGA--ACA----CTAGTAGAATTGCAAAAAC------TGCGTTTTT------A------TCAAGTAAATGT-AAACAGTTATTGCCTTTCT--ACAAAA----T---TAGAAATTAAATATTTAATAGAATGTTTGTT-TTGTATTTTG-CATA---AAAC-AATTGAAT---------------------A-ACA-----AT-------------AA---ATTCGAAAATACATTTCC-TATGATTCGATGTTTGACGTTGTTTGAAAATG-GCCGGTACG-GTTTTCGTCATTAATTGATACGGTTTTTAATACTCATCCAGGATTTG-TATATACATTCTGTTGATGAATAAAA---TGTATTCGCGTAA---TATTTAAAAATTCTTAATGATCGATT--TAAAACTGTTTCCACA-TA-----TATAA-TACATTTTGAAATACTTATACTGC--TAT---CC
gi|10 : aattgtctccagtcatagttaattattccactccagtcacttccaaacgctgaGTATGCCAATAT-TGCGATTCATTTTTTTCCGATCGAGA-CGGCACTCGCTCTCA--GGTTTTCGGCGGAGTAA---------TACGGTTATTTGACCGAGAGATACTcgctttcttgcatatagcctgcctcagaatgcatacatttataatgatacaaacagtgcgtgaaatgtaatttgcatctcattttcgtagtcagtgttgcattgtctcatatcagtttatttaaatttctattcatttgtaaacatttgtaaaaaataaacatcataatcttatgcagttagtcccgaaatgataaagtgtgttacagtggagtatatcagcctccgatattaataatttaatatcaacacttattcacaaacattcgggctcataaagcagacagggtatttattatcatctaaattattgcagtttatttaatttatataaaatcatgtcgaaaatgcttattactgaaatttagttactcttttggagctatttaatctttgatttgattatgtacttgtatgaatattgttgttttaataggaatagtagatgatttcagtacatatcctgtata
gi|11 : gataaaagtcacacaataaatcaattaaatttatgtaggtatgaccacatgcacagtggTATGCCGGTGCTGTGTTTATCGTGT----TGTTATTGATACTCGTATTTAACAACGA--ACA----CTAGTGGAATTGCAAAAAC------T------TCGTTTTCA------TCAGGAATATGT-GA---TTTATTG------T--AAAAAA----T---CAGAAATTAAATGAATAATTCAATGTATTCCAATGTATTTCG-TATA---AAA------------------------------------------TGCAATAGT--TTCAATATAATCGAATGTA-ATTTTCGTGTGATATCGTTTTCGGCGTTATTGGAAaaccatatggagatgtcagtctcaaagtattactttcgaaagattcacagaaattattaaccctttttacaaaacaag
gi|12 : ATCATCAAACA-------G-----TGTAGACTGACT--GGTGCTAT--AA------CCTAGTATGTTCTTCAAGCACAATCATACTGTA
gi|13 : AATGCATTTAA-CTTA---AAAC--TTTGTAT---------------------TTACA-----ATGCAA-AGTATTTCAATATATTCGAATATGTATCTTC--ATAAAACGGCACATGAAGTGGTAGGAAAATGTGT--AAACGTGTTT-------------ATACGGTATTCtctgttattggcctagtttaacaaattctgcgtcgtatttcatttggctctcccgtcattattgcatg
gi|14 : TATACCAATAT-TGCAATTTATGTTTT--CGGCCAAGA-CGGTACTCGCTCTCA--GTCTC-----------G------------GGTT-TTCGA-CGAG
gi|15 : aACGGTATTCGATTTTACTTGAAAATG-GACGGCAAG-GATTTCGTCATCGATTGGTACAGTATTCGATATTCATCtaatataggcttgcggtatccgaccgagagat
gi|17 : GAAACG-GTTTTTGTCATTAATTGATACGGTATCTGATACTCATC------------TTTACATTCTGTTGATGAA
gi|2 : gaaTACACCAATAT-TGCAAGTTATGTTTT--CGACCGAGA-CGGTACTCACTCTCA--GGT----------------------------TT-TTTGATGGATTTATACGATATTTGACCGACGCA-TATCATCAGGGg
gi|3 : gtaaccgtatgtaaaatgataacatcattttaacatcgtacagttacccacgaagaggtaaaacgtgttacagttaagtgtcagcaactaatatctacatttgcacacatataaatacgagctaaaaatctaaaagggcaattattattatctaatttattatcatttattttatttatatcaaaaaatcgaaaatatcgaaatatcacgaatcaaatgtatatgctcatttgaagctagatattattttagtggaatatatacattgtttgcataaagtcgttttgaatatacaattatagatactttctgtatataccatgtttatttcagagctcaaattaagctttctgttctaaatgctatttgcgagctccaatatctcgttatgtgttttacatttaaaagtatagtacacacacatacaatcgaatggcattggtcactagctgttttcatataaccaagttatttacttgtaatttatctgaaatccattaaatatatatgtaatttcaacatgtataaacaataaccatcggttcgctgatttcctattgttaaataccatgtaaaaacaaaaacaggattgatcgtttccccaccccgaaaaccgtatcaagcatatatgaattagaacgaaaaccgtattagcatgcaaagaaatctctatcactaatgtttaaccatttgttttagtgcatacagtatttttttaaataaataataacacgtgttaccatatacagaaacaatcatagttcatttcttatatatcatatacatcacatacattatatgataatgatatcaacgaaatatgtttaaaagtcgtttcaaggtaaactgaaatattgttattttacctctctgtatgtaattaccattcgtattactttaacaaaatgcttataagactatatactattttgggaatatacatatttgccagaaaagggtatgacaaatcacctatgtgcgtcaaaacaggtgacac----TGTTTA-TAACAA--ACA----CTAGTGGAATTGCAAATAC------T------T-----------------------TGT-GA---TTTCTTG------T--AAAAAT----CA--CAGAAATTGAATGTTATATAAGACG-GTTTTATTTTATTTCG-CATA---AAAC-ATCTGAAT---------------------A-ACA-----ATGCAATTGT--TCCAACATATTGGAATGTATAATTTC-TATGATATGGTACTCGACGTTACTTGAAAATT-GACTGAATG-GTTTTCGTCACTGGTTGGTATGGTATTCAATACTT-TC----AATC----TTTGC------------------A---TGTATTTGCTTTA---TGTTAATGCATCTTCAA--ATGTCGATTTAAGAC-ATTTCCACA--A------ATAATTACA-TTTATAATACTTAAACTGCCATAT---C------------TATATTTTCAAACATTTTACTG-----T---------TT--ATTG---TCGGAAACAGCCTT-TTATGGTTTTCAAGCACAATCATA
gi|4 : tacttgcGTATACCGATAT-TGCGAGTTATGATTT--CGACCGAGA-CGGTAC-CGCTCTTA--AGT-------------A---------TACAGTT-TTCGACTGATAGGTACTGTATACGACAGACGCA-TTTTATCAGGGTTAC-TGAATTTAAAGGTATTATTTTTTATGAAACAAATATGAATATACACA-ATAT----TAGTCACATAAGTTTAAATTACATAAATAGAATGTATACGATTTTTGTA-CATGTAGGTACTGTTT-TATTATGATGGTA-TGTGTCT-----GT----TGTTATTG-TG----TACTTAACAACGA--ACA----CTAGTGAAATTGCAAAAAC------T------TC------A------TCAAGAAAACGT-GA---TTTATTG------T--AAAAAAAAAATAATCAGAAAATAAATGTTTAATACAATGTGTTTTAATGTATTTCG-CATG---AAAC-ATTTGAAT---------------------A-ACA-----ATGCAATAGT--TTCAATATACTAGAATGTATATTTCC-TGTGATACGGTATTCGACGTTATTAGAAAATG-GCTTGTACG-GTTTTCGACATTGATTGATACGGTATCCGATACTCGTTCAGGAATTG-TACTTACATTTTGTT-ATGAATAAAG---TGCTTTTGCGTAA---TATTTATGAATCTTTAATTATCGATT--TAAGAC-GTTTTCACATTA-----TATAC-TACATTGTGTATTACTTAATCTGCCA-AT---TCTA-CATGCAGATATATCTTCAAACA-------GCGCATT-----C--ACT---TTG---T--AA------CTT-GTGTGTTCTTCAAGCACAACCATATAGTAgatactagcagtatctgttactggccttgttttgctactttttcattatttttcatttgctcctactttcttgcatatcagaatgcaagaatattgttcagttatccccgaaaaggtaaagcgtgttacagttgagtattggccacaaatatctacacttacgcacatacatgtaaatatgagctaaaatatcagagggaatttatcactatttaaattattgccatttatttcatttatataaaattatgttgaaagatcatgattcaaatactcattaatttggagttagataatattttattggagtatgtacgtttagaataatagatactgtcagtaaataccatagttatttcagtactcaaattaagctttttatattaaaaggtctgttctgaatgttgttggtatgctacaatatttcataaacc
gi|5 : TGTACCAAAAT-TGTAATGTATGTTTT--CGATCGAGAATGGAACTCGATCTCG--GGTT------------------------------TTCGACCGAGTAACACTGTCTTCGACAGATGCA-TTTTATCAGGGTTAC-TGACTTTAAAGGTATTATTTTTTATGAAATTAATACGAATATACACA-ATAT----AAGTCACAAAAGTTTCAATTACATATATAGAATGTATA-------TGAAATATGTAGGTACTGTTT-T-T----ATAGTG-TATATCT-----GT----TATTATTG-TA----TATTTAACAACGA--ACA----CTAGTGGAATTGCAAAAACTTTGTTT------TC------A------TTAAGAAAATAT-GA---TTTATTG------TAAAAAAAA----AA--TATAAATTAAATGTTAAATACAATGTATTTTAATGTATTTCG-CATA---AAAC-ATTTGCAT---------------------A-ACA-----ATGCAATAGT--TTCAATGTATTCGAATGTCAATTTCA-TGTGATACGGTTTTCGACGTTGTTGGAAAAT--GATGATACA-GTTTTTGTCATTAATTGATACAGTATTCAGTACTCGTTCAGGAATTG-TATATACATTTTGTTACTGAATAAAA---TGTTTTTGCGTTA---TATCTATGAATC-TTAA------------AAGAT-GTTTTCACATTATAAATTATAA-TACATTTTGTTTTACTTAAACTCTCATATCTACTTACCATGCAGATGTATCTTCAAACA-------G-----TG----C--ATTAAATTG---T--GA------TTT-GTGAGTTCTTCAATAACAATCATATAG
gi|6 : gtggaTATACAAATAT-TACGATTTATGTTT---CGATCGAGA-CGGTACTCGCTCTCA--CGTTTTTGACTGAGTAA---------TACGGTA-TTCGACCAAGAGATACTGTCTTCGACAGACGCA-TTTTATTAGGGTTAC-TGACTTCAAAAGTATTATTTTTCATCAAATAGATATGAATATACAAT-ATAT----TAGTAACAAAATTTTATGGTTTAT-------ATTTATA-------T---ATATTTATATTTTATTT-T-TTATGT---TG-TGTGTCT-----GT----TGTTATTG-TA----TATTTAACGACGATCACATAGTCTAGTTGAATTGTAGAAAC------T------TC-----------------GAAAAC---------------------T--AAA----------------------TGTTATATACAATGTTTTTTAATGAATTTCG-CATA---AAAT-ATTTGAAA---------------------A-ACA-----TTGCAATAGT--TTCATTAAAGTCAAATGTAAGTATTC-TGTGATACGGTTTTCAACATTAGTGGAAAATG-GCCGGTACG-ATTTTCGTCATTGATTGATACGGTTTGCGATACTCATTCAGGAATTG-TATTTATAGTTTGTTAGTGAATAAAA---TGTTTTTGCATAA---TATCAATGAATCTTTAA--A--------T---AC-GTTTTTACATTA-----TATAA-TACATCTTGTATTACTTAAACTACCATACCGACTTACCATGCAGATATGTCTTCAAACA-------A-----T-----C-------ATTG---T--GA------CTT-ATATGTTCTT----CACAATCAT
gi|7 : attattttttcctattccgccatttcacagtggaATACCAATAT-TGCGATTTATGTTTT--CGACCCTAA-CGTTACTCGCTCTCAACGTTTC-----------AACCGAGTTATACGGTA-TTCGACCGAGAGGTATTGTCTTCGATAGACGCA-TTTTATTAGGGTTAG-TTACTTCGCTGGTACTATTTTTCATGGAATAAATACGAATATACATG-ATAT----TAGTCACACACGTTTAAAATGCAAAAATAGAATGTATA-------TGCATTACGTAGGTACTG-TT-T-TTATGT---TG-TTTGTAT-----GT----TGTTGTTA-TA----TATTTAACGACAA--ACG----CGTGTGAATTTTCAAAAAC------T------TC------GTTTTCTTCAAGAAAATGT-GA---TTTGTTG------T--AAAAAA----T---CAGAAATTAAATTTTAAATACAATGTATTTCATTGTATTTCG-CATA---AAAT-ATTTGAAT---------------------A-ACA-----ATACAATAAT--TTCGATATATTGGAATGTATATTTTC-TATAATAC-GTATTCGGTGTTATTTAGAAATG-GACGGACCG-GTTTCCG---TTGATTGATACGGTATTTAATACTCATC------------TTTACATTCTGTTGATGAAGATAC---GGTTTTCG
gi|8 : tggacACAGATGGA-TTTTGACAGAGTAAA-TGAATTTGATGGTAT-GTTTTGTGTGAACTAGATACCAATATGTACATATATGTTTTTGTCACAATAATTTAAA--------A-AGAA-ATATC-------TGGAATTTGCATCCACTATATAT-CCATGATAATAATATGCCT-----GTGTTTTGTTATTG-TA----TAT--AACGCTAG--ATA----TAAATGGTGATATAAAA----------------T------A------TCAATAATATGTTGA---TT-ATCT------T--AACTAT----TC--CAGAAATACAATTTGGAATACACTAT-TTTGATTGCATT--GACATATTGAAACTATTTGCATCTTTTTGTTACGTTTTCACGTA-ACAGAATGATGCAATAGT--TTCAATATATTCGAAGATATGCATT--TATGATGCTATATTCGATGTTATATGAAAATG-TGCAGAACG-GTTTCCTACACAGGTTGATATAGTGCTCGACATGTGT-------TTGTTATT---ATTCTG-TGAT-AGCCAAACGTTGCATTAAAGTAAACGTATTTATGtcattgattgatacggtatttaatactcatctttgccttctgttgatgaagaaacggtttttgtcatta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAAAGATGCAATTATGCAAATTATGTCATTTCGATAGTCTCCTTCTTCATTTTCTTACGCCAATTGTTTAATTATTTTAATTGTATGTAAACGTTACCTTCATAATATTGTACAGTTAACAACTCAAATGATAAAGCACATTGCAGTTGACTGCATGGGTCTCTAATACATGTATCAATTATAATATATATACAATTACATCACAGAAACGTATACATAATAATACGAGCTTGAAAAGCAGATATGGTATTTATTA
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