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lowQualScore                  :                   ..  .  .        ...  ....     ..  ...          ..      .      ......    ....     .... .   ... ................. .    .   .     ...  .  .  ........    .......  . .   . .   ............ ..  ..     .........  ..  .  ..   ........ .....   ......      .. ..........     ...........                  .. ..... . .   ...             .   ..                   ...    . ..  .     ..     .. . ...  .      .             . ...     ..   .   ..........................  .....   .  .        . . .  .    
lowQualScore                  :                   88  0  8        222  9999     44  999          11      4      888888    2222     0000 9   333 88888888888888888 8    1   6     888  7  1  77777777    8888888  3 4   4 4   222222222222 88  44     222222222  66  4  33   00000000 33333   888888      99 0000000000     66666666666                  66 00000 7 9   333             9   33                   222    8 00  7     22     00 5 666  5      7             5 222     88   4   00000000000000000000000000  33333   7  8        1 4 7  4    
consensus                     :       TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AA----CAATT--TT---TCAGTCATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T-------------TC--TAAGCG-CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-ACA----T--GG---T--AT--GATAC---------CCC-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTAGAA--C---TNTCC-TCT-N-AATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AAA-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGCCGGGGATCGAACCCACG---ACCTT--CCG-CAT----G---C-AA-G--CNGG-CG---CT-----CTA-CC-ACTAGACC-A-C-GCTGCGG
Reference ( gi|6 )            :       TTGTATGGTGTT--TA-GCATCGCTTTC---AA----CAATT--TT---TCAGTCATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T-------------TT--TAAGCG-CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-ACA----T--GG---T--AT--GATAC---------CCC-AC-CC-TGTC--------A-----CAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTAGAA--C---TCTTC-TCT-A-AATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AAA-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGCCAGGGATTGAACCCACG---ACCTT--CCG-CAT----G---C-AA-G--CTGG-CG---CT-----CTA-CC-ACTAGACC-A-C-GCCGCGG
gi|4                          :       TTGTATGGTGTT--AA-GCCTCGCTTTC---AA----CAATT--TT---TCAGTCATAT--CGCGACAGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T-------------TC--TAAGCG-CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-ACA----T--GG---T--AT--GATAC---------CCA-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCTGACCAGACCTAGAA--C---TCTCC-TCT-A-AATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AAA-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-TCGGCCGGGGATTTAACCCACG---ACCTT--CCG-CAT----G---CGAG-G--CGGA-CGAT-CT-----CTA-CC-ACCAGACC-A-C-GCCGC
gi|7                          :      gTTGTATGGTGTT--AA-GCATCGCTTTC---AA----CAATT--TT---TCAGTCATAT--CATGAC---------------TT----GTGAC----A-GTA---T-------------TC--TAAGCG-CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CTGC-AGG-C-TCA----T--GG---T--AT--GATAC---------CCC-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TATA----G----------ACACCG----------GGCCGACCAGAACTAGAA--C---CCTCC-TCT-T-AATGCTGAGCATC-AAGT-GAGGAAGCTTTTAGTACCA---TTTT-T-AAA-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGCCGGGGATTGAACCCACA---ACCTT--CCG-CAT----G---CGAG-G--CGGA-CG---CT-----CTA-CC-ACTAGACC-A-C-GCTGTGGc
gi|5                          :     tgTTGTATTGTGCT--TA-GCGTCGCTTTC---AA----AAAAA--TT---TCAGTCATAT--CATGACGATGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T-------------TC--TGAAAA-CTGTCCCAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-ACA----C--GG---T--AT--GATAC---------CCC-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCCGACCAGACCAAGAA--C---TTTCC-TCT-A-AATGCTTAGTGTC-AAGC-AAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AAA-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGCCAGGGATCGAACCCACA---ACCTT--CAG-CAT----G---C-GA-G--GTGGATG---CT-----CTA-CA-ACTAGACC-A-T-GCTGCGGt
gi|3                          :       TTGTATGGTGTT--TA-GCGTTGCTTTC---AA----CAACT--TT----CAGTTATAT--CGCAATGGTGTCT------TCTT----GATAC----A-GTA---C-------------TT--TGAGAG-CTGCCACACCACTG-AAATA-------T---G-------CTGC-AGA-C-ACA----T--GG---T--AT--GATAC---------CCC-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCAGACCAGACCTTGAA--C---TATTC-GCT-T-TATGCTGAGCACC-AAGC-GAGGAAACTTCTACTACCA---TTAT-T-CAA-GTCTT--TGTTA--T-A---AC-CTGACCGAGGATCAAACCAACA---ACTTT--CTGACAT--------C-AA-G--GTGGACT---TT-----CTA-CC-ACTAGACC-A-
gi|9                          :    ttgTTGTATGGTGTT--TA-ACGTCGTTTCC---GG----CAATT--TT---TCAGTCATAT--CGAGATGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T-------------TG--TAAGCG-CTTCCACAC---CG-AA-TA------------------------------------------------AT--CATAC---------CCC-AC-CA-AGTC--------A-----CAT------TATACT--C----------ACACCG----------AGCCGACCAGACCTAGAA--C---TATCC-CCCAA-AATACTGAGCACC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-TAAAA-ATATT--TGGTA--T-A---TC-CTGGTAGGGGATCGTACCTTTG---ACCTT--CCG-CAT----G---C-AAGG--CAAA-CA---CT-----CTA-CA-CCTAGACC-A-CAGCTGCGGttgctgtg
gi|11                         :       TTTTATGTTTTT--TA-GCGTTTCTTTC---AA----CAATT--TT---TCAGTCATAT--CACAGC----------------------AGAC----A-GTA---T-------------TC--TTAGCA-CCAACATGC---TG-GGGTA-------TCATG-------TTGC-AGA-C-ACA----T--GG---T--AT--AATAC---------CCC-AC-AC-ATTC--------A-----TTT------TATACT--G----------ATACCG----------GGCCGATCAGACCTGGAA--C---TATAC-TGT-A-ATTGCTGAGCGTC-AAGC-AAGGAAGCTTTAAGTACAA---TTTT-T-CAA-GTCTT--TGGTA--T-A---AC-CCAATCGGGGATCCAGCTCATG---ACCTT--Ct
gi|19                         :      gTTGTATGGAGTT--AA-GCTTCATTTTA---AA----ACATT--TT---T---------------------TTT------ACTT----GA-AC------GTA---T-------------TC--AAAGGG-CTGCCACAC---TT-GAGTA-------ACATA-------CTGC-AGA-C-ACA----T--GT---T--AT--GATGC---------CCC-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TATACG--G----------ACACCT----------GGTCGATAAGAACTA
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gi|44                         :      gTTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AA----CAATT--TT---TCAATCATAT--CGCAACAGTGTCTACCAGCACTT----GAGAC----A-GTA---T-------------catctaaaatattttgtatgacccggccagggatcaaacccatgacctcacatccaagacagatgctctacctctacaccactgctg
gi|26                         :       TTGTATGGTGTT--TA-GCTTTGCTTTC---AA----TAATT--TT-------TCATGT--TGCAATGGTGTCC------ACTT----CAGAG----A-GTA---T-------------TC--TGAGTG-CAGCCACAC---Tcctgtg
gi|22                         :    ttgTCGTAAGGTCTT--TA-GCATCGATTTC---AAACTGCAA-----T---CCAGTT---T--CATGAC---------------------GAAAC----A-GTA---G-------------TA--TTAGCG-CT-CC-----------AATA-------CC-TG-------T------A-T-ATA----T--GG---C--AC--GA-AC---------CCCAAC-TC-CATC--------A-----CAC------TATACC--G----------ACACCaaaccacctctgcagttttggtatatatc
gi|61                         : attataTTGTGTTGTGTT--TA-ACATTGTTTCC---GA----TAATT--TT---TCAGTCATGT--C
gi|76                         :     taTTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AA----CAATT--TT---aagagaggctattt
gi|77                         :    ttgTTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AA----CAATT--T
gi|68                         :    ttgTTGTATGGTGTTAGTAAGCCTCGCTTTC---AA----AACAT--TT---TCTGTTATAT--C
gi|2                          :    gttgTGTAAGATGTT--TG-GCGTCGCTTTC---AA----CAATT--GT---TCAGTTATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTA----GAGAC----A-GTA---T-------------TC--TGAGCG-CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-ACA----T--GA---C--AA--GATA----------CCG-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TACACA--G----------ACACCG----------GATCGACCAGACCTAGAA--C---TATTT-TCT-A-AATGCTGAGCGAC-ATGA-GAGAAAGCTTGTAGTACCATTTTTTT-T-CAA-ATATT--TGGTA--T-G---AC-CCGTTCGGGGATCGAACCAACG---ACCTT--CCA-TAT----G---C-GA-G--AAGGTCG---CT-----ATA-TC-TCTAACCC-ACC-GCTGCGG
gi|51                         :        TGTATGGTGTT--TA-GCGCCGTTTTC---AA----CAATA--TTCTGTCA-CCATAT--t
gi|1                          :         GCATGTTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AA----CATTTGTTT---TCAGTTATAT--CGTGTCGGTATCT------ACTT----GAGAT----A-GTAGCCT-------------TCGCTAAGCG-CTAGCATAT---TG-AAGTA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-ACA----T--GG---T--AT--GATAC---------CCC-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TACACT--G----------ACACCA----------AGCCAACCAAACCTAGAA--C---TAGAC-TCT-A-AATGCT--GCGAC-AAGT-GATTACGCTTATAGTACCG---TGTT-T-TAA-GTCTA--TGACA--T-G---TT-CCGACCGTGGATCGAACCCACG---TCCTT--CTG-CTT----G---CGAG-G--CGGA-CG---CT-----GTACCC-AATA-ACC-ACC-GCTGCGGgtgttttctagataccaaataagtacatt
gi|8                          :                GTT--TA-GCGTCGCTTTC---AA----CAATT--TT---TCAGTCATAA--TGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T-------------TC--TAAGTG-TTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------TCGC-AGA-C-ACA----T--GG---T--AT--GATAC---------CCA-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTAGAA--C---TCTCC-TCC-A-AATACTGAGCGTC-AATC-GAGGAAGCTTTTAGTAACA---TTTT-T-AAA-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CTGGCCGGGGATTGAACCTA-G---ACCTT--CTG-CAT----G---CGAG-G--CGGA-CG---CT-----CTA-CC-ACTGGACC-A-C-ACTGCGG
gi|57                         :                   --TA-ACTTTGTTTTC---AA----CGATC--TA---TCAGTCATAT--CGCGCCGGTA--T------ACTT----TA-------A-GTA---T-------------
gi|17                         :              taatgttagacgagCGCTTTTGCAAA----AAATT--TA---AAAGTCAAATGACGCGACTTTATCT------GCTT----GAGATAACAA-ATA---A-------------GC--TAAGCA-CTGCCATAC---TGTTAAAA-------ACATG-------ACAC--GG-C-ATA----T--AG---T--AT--GAAACCCAGCACCACCC-AC-CC-CGCCAGCCAGTTA-----CAT------TTTACT--G----------ATACCG----------GG
gi|31                         :                       gttgagagaTTC---AA----CAATT--TT---TCAATCATAA--CAAGACAGTGCAT------GCCTTCAGGAGAC----A-GTA---T-------------TC--TAAGCA-------------TG-GACTA--------------------------------A----T--GG---T--AT--GATAT---------CCT-AC-CG-AGTC--------G-----CA
gi|13                         :                                            tgtca--TT---TTAGCAATAT--GGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGGC----A-GTA---T-------------TC--TTAGCG-CTGCCTCAT---TG-GAACATTGGCCTTTATG-------CTGC-GGAGG-ATA----C--GGAAAT--ATCCGATGT---------TTC-ACGAT-TGAC--------ACGCGGCAT------GATACT--GCGTCCAAGTCACATCGTAGTGACGTCGGCCAACCAGACATAGAG--C---TATCC-TCT-T-AA
gi|41                         :                                               ccacgT---TCAGTCATAT--CACGATCATGTCT------GCTT----CAGAC----A-TTA---TGTGATGTTAGCGGTT--T-AGCC-CTACCACTC---TG-CAGCA-------TCACA-------ACGC-AAA-
gi|10                         :                                                     ---TCAGTT-TATT-CGTGACGTTGTCC------ATTC----AATAC----A-TTA---T-------------AC--TAAATGGCCACCACAC---AG-GAATA-------TCATG-------CCAC-AAA-C-A-----------------------TAC---------CTT-AA----------------A-----TAT------TATACT--A----------ACACCG----------GTCCGAATAGATTTCTAA--C---TATCC-TCT-T-AATGTTGTG-ATCAAAGT-GAAGAAGCATCTAGTACTA---TTTT-C--AA-GTCTT--T-------------C-AC-GCTGGTGATCGAACTAACG---ATCTT--GCG-CAT----A---CGAG-G--TTGA-CG---CT-----CTA-CC-ACTGGACA-ACC-GCTGCG
gi|23                         :                                                                                        acaatatgtgAC----ATGTA---T-------------TTA-TAAGCA-ATGTTACATA--TA-GATTAA------TCACA-------TTGT-AGA-T-GCT----T--AA---T--AT--GATAT---------ACA-AG-CA-AGTC--------A-----CAT------TAAACT--G----------GTAC
gi|37                         :                                                                                                                 actcttcaggcacggtgatacaatatttCACAC---TG-AAATA-------GCATA-------CCTT-AAG-C-ACG----T--AA---T--GA--GATAC---------CAA-AC-CCATTT----------------AT------TATATT--G----------ACATCG----------aatgacaacc
gi|75                         :                                                                                                                            acatatccttgaatacttgCGC---TG-GAATA-------TCATG-------TCAC-AGA-C-TCA----C--GG---T--AT--GATAT---------Ctcctagactag
gi|34                         :                                                                                                                                               CAC---TG-AGGT--------TCATGTAAATTTCTAC-AGA-TTACA----T----------AT--GATAG---------CTG-AT-CC-AGTA--------A-----CAT------TATAGT--G----------GC-------------------ACTAGTCCCAGAA--C---ATTCC-TCT-T-AATGCT
gi|5                          :                                                                                                                                                  ---TG-GGGTA-------TCATA-------CCGT-GTG-T-CTG----T--GG---C--AT--GATAC---------TCC-Aca
gi|54                         :                                                               ttgtattgtgcttagcgtcgctttcaaaaaaatttcagtcatatcatgacgatgtctacttgagacagtattctgaaaactgtcccac-GAATA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-A---------AG---TTCAT--GTTAC---------CCC-GT-CC-AGTC--------A-----TATAACATGTATAAT--A----------ATACTA----------GGCcccagtcacattatactgacaccaggccgaccagaccaagaactttcctctaaatgcttagtgtcaagcaaggaagcttctagtaccatttttaaagtctttggtatgacccggccagggatcgaacccacaaccttcagcatgcgaggtggatgctctacaactagaccatgctgcgg
gi|21                         :                                                                                                                                                      tgaAGTA-------TTGCG-------CTGCCAGA-C----------------T--GTC-GATAC---------CCC-AC-CC-ACTC--------A-----CGT------TAT
gi|65                         :                                                                  gttgtgctgtgttgtgcttatatcatttaagttaatacaacgatgattgcatgttttgtgacattattatgtcagtcataaggaatacGTA-------ACATA-------CACC-AAA-C-ACA----G--AC---T--GT--GATAC---------CCT-AC-CC-AGTC--------A-----CA
gi|67                         :                                                                                                                                                        tgacA-------TTATG-------TCCC-AGA-C-ACC----A--GC---T--AC--GATAC---------CAA-GC-TC-AATC--------A-----CGT------TATCCT--G----------ACACgcatccgaac
gi|58                         :                                                                                                                                                                     CATA-------CTGC-AGA-C-ACAATAAT--GA---C--AC--GATAC---------CCA-AC-CC-CGCC--------------CAT------TA-GCT--A----------ACACCA----------AGCCGACTA
gi|71                         :                                                                                                                                                                                    -AGA-C-ACA----TCAGG---T--AG--GATAT---------CCA-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TTAACT--G----------GCATC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                      GA-C-ACA----T--GA---T--TT--GATAC---------CCA-AA----------------A-----CAT------TATACT--G----------ACACTG----------CACCAACAAGTTCAACAA--CATGTCTTT-TCA-ATAATGa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                           cCA----T--GG---C--ACA-GATAC---------CAT-AT-C--TGTC--------A-----TAT------TATACT--G----------ACACCT----------TGCTGGCCAATCCCAGAT--C----CTTC-acagttcatctttttaaactcttcaatacaatttgaccgg
gi|46                         :                                                                                                                                                aatatttcagtgtcatcaatatagtgtcttttattgtcttgtcgcatttagttat---T--AT--GATAC---------ACC-AC-CC-AGTC--------A-----CAT------TA---T--G----------ACA
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                           taaT--GATAC---------CCC-AC-TC-AGTC--------A-----C---------ACACT--G----------ACACT-----------GGCC-ACCA-ACCCATGA--C----CTTC-CCT-acagtcaattcggtgctagaatagttcactttcctgtgagcattaa
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                      -----CAT------AATACT--G----------ACATCA----------GGCCGACCAGTCC-GGAA--C---TTTCC-ct
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                             T------TATATTTAA----------ACAAGG----------GGTCAACCAGACCTAGAA--C---TCT----CT-T-AATGCTGAGCAGC-AAGC-AAAGAAGCCTCTAGTTCCA---TTTT-T-CAA-GTCTC--TGGTA--T-G---AC-CCTCTCGGGGATCAAACCCATG---ACCAT--CCT-CAT----A---TGAG-G--CGGG-CA---CT-----CTG-CC-ACTAGACT-A-C-
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                             T------TGTA-T--G----------ATACC-------------CCACCCA---CTTGAA--C---TATCC-TTC-A-AATGCTGAACATC-AATA-AAGGAAGTTTTTAGTACCA---TTcgctgta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACCT-GAG--T---TATTCCTCT-G-AATGCTAACCGTC-AAAA-GAA-AAGATTTAAGTACCA---TTTT-T-CAA-ATCTT--TATTT--A-A---AA-CTGTTCAAGAATTGAACCCATG---ACATT--CTG-CAa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtcacatgatatggatCTAAAAGCT---TCCTC-ACT-T-GATGCTCAGCATT-AAG---AGGAGGGTTCTAGT
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                  tgttgtatggtgttaagcatcgctttcaacaatttttcagtcatatcatgacttgtgacagtattctaagcgctgtcacactggagtatcatgctgcaggctcatggtatgataccccacccagtcacattatagacaccgggccgaccagaAGCAGAGATAGGTTTTAGTACCA---TTTT-C-AAA-GTCTT--TGATA--T-taccatttttaaagtctttggtatgacccggccggggattgaacccacaaccttccgcatgcgaggcggacgctctaccactagaccacgctgtggt
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctgC-GAGGAGGTTTCTAGTACTA---GTTT-T-AAA-GT-------------------------------ATTGAACCTATG---A---T--TTG-CAT----G---CGAG-G--CTGA-TG---CT-----CTA-CT-GCTa
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAG-TTATAGTACCA---TTTT----AA-GTCTT--CAATA--A-G---AT-TCAGCTGGAGATTAAATTGGCA---ACCTC--CAG-C
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aactggggattAGTTTCTAGTACCA---ATT-----AA-GTCTTTCTAATAACT-G---AT-CTGACT--GGAACGAATCTAAA---ACCTC--CAA-CAT----T---C-AA-G--
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCTCTAA-ATCA---TCT----AAA-ATATT--TTGTA--T-G---AC-CCGGCCAGGGATCAAACCCATG---ACCT----CA-CAT----C---C-AA-GA-CAGA-TG---CT-----CTA-CC-TCTACACC-A-C-gagaatacccaatcactgtgcca
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                 gttgtatggtgtttagtgtcgcttttaactatttttcagttatattgacacagtgtctacttgagacagtattccaagctctgccctcctgaatgccactgatatattgacacatttaacagacaatggtgggtctagacctaaagttctTTTAGTACAG---TTTT-T-AAATGACTT--TGA-A--T-G---AC-CTGGTCAGTAATTGAACCCACA---Atgctg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACCA---TCTTCT-GAT-GTCAT----G-A--T-A---AC-CTAGCCATG--CCAAACCCACA---GCCTT--CCA-TAT----G---G-AA-AA-C--A-TG---CT-----CTA-CC-ACTAGAggccccttaaacatggtggtcatcatgctgttagagcactgctggggta
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctttcaCCA---TGTT-T-AAA-GCCTG--TGGTA--T-A---AC-CCAGTAAGATATTGACCCTGTA---ACCTT--Cgttgtgcc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ---TTTT-T-ATT-GTTGT--AGGTT--T-G---AC-CCGGGCAGGGATCGAACCCATA---A-CTT--CC--CAT----A---C-AA-aagcgttttaggtagtcattctatcacagtgccatggctgc
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatattgtgacacatttaacaatatttattattttatcattaacaaacctaaaactatcatctggatcttttatctgttTT-T-AAA-ATGTT--TGATA--T-G---AC-CCTGCCAGAGATCGAATGCATGATTATTTT--CGG-AAT----G---C-AA-----TGG-TG---
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tta-AAA-ACCTT--CGGTA--A-G---AC-CTGGCCAGGAATCAAACCTGGA---ACCTCTATCA-CAT----G------A-GT-CAGA-TG---TT-----TTA-CC-GCTGAGCC-A-atactgtac
gi|73                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgA-GTCTT--TGGTA--T-GACCAC-CCGTCCGGGGGTTGAATCAACA---A
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --TGGCA----G---ACTCCTGTCTGGAATTGAACTCAAA---ACTTC--CTG-CAT----G---A-AG-GACCCCA-TG---CT-----CTA-CC-ACTAGACC-A-
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttaatactatggctgtagtttcagaGTA--TTG---AG-CCGGTC---GATCGAACCCACA---ACCTT--CCG-CAT----G---C-GA-GT-CAGG-CA---CCCAAGACCA-CC-ACTAGACaggcagta
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TG--T-A---AC-TAGGCCAGGGATCAA----------ACCTT--CTG-CAT----T---C-GA-T--GTGG--A---AT-----CTA-CA-ACCAGACC-A-t
gi|64                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               a---AC-CCAGCCGAGGATTGAGCCCACA---GTCTT--CCT-CATTCTAC---C-AG-A--CTAA-CG---CT-----GTA-
gi|60                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GACTAAACCCACA---ATCTG--CCG-CAT----GTGCC-AT-G---TGG--A---CA-----CTA-CC-ACTAGACCAA-T-GCTGCAGgtt
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATCAAACCCATG---ACCAT--TCA-CAT----A---C-AA-G----AA-CATAACT-----GTA-CC-ACCAGACC-A-C-ta
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTGAACCTTTG---ACCTC--TCG-CTT----C---C-GA-G--GTGGATG---CT-----TTA-CCAATTAGACC-A-C-Gcactgtg
gi|69                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gatCCACA---ACCAT--CCG-CAT----G---A-TA-G--GTGGACA---CT-----CTA-CA-TCTAGACC-A-T-GCgaagacggattata
gi|70                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           G---ACCTT--TCG-TAT----G---C-GG-G--GCGGACG---CT-----CTA-CC-GCTAGACA-ACC-GCTGTGGtttg
18 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TAGTAACAGTATGACCGCGTCCGCTTAAACTATGAAGAATAACGCTATAGACGCCTTACAGGATATCTTTGTAAATCACTGGCACTTGTCCAACCAATCTTATAACTAACCTTCAAAATAGTAAGCCTTTATTGAGAAAGCTTATAGTTCCATGTTTCATGTATCTGAAACGACCTGCCCTGATATCACAC
Unaligned ( gi|15 ): CATACTGAAATTTCATGCTACAGATTGCAGACATATACCCTGTCCAGTCACACCAAATCAACTAGCCTCTTGATACTGACAACCACAGAAGCCCTTGGCTTAATTGATTCTACTGATGATCAAACCAACAACCAACCTCCCACATGTAAGGCAGACCATCTATCAGGCCATCATGTGACAGTT
Unaligned ( gi|16 ): CTGTCATACTTGAGGGTCATGTCCCTGACACGAGACGATGCCCTACACAGTCTCATTACATGTATATAGTTTCACTGGTTTGACCAGTCTTTTAAACATCAAGGGTTGAAGCTACCAGTGCCATTTATAGCAAGTTTATGCCATGTTTGACCTGATTTAGGGCCGAGCCCAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGAAAGCTACAAGTACCTACATGGTAGATATCCTAGCCTGGGTTTGATCAAACCAACAACCTCCAACATGCAGAATGCACAAACTTCCCACTGGACTACTGCTG
Unaligned ( gi|32 ): CATTATGTACCTTTACACTAGGCAGACTTGTTCTTGAACTACCTTTTGAATACTGGTCGCCAAAGGAGGTAGCTACCAGTATTATTTTTTTAATCT
Unaligned ( gi|33 ): TTGGTTAAATTGCTACAACCTTTGGTGTGACTTGACAGTGAACAAAAACCATCCACTACTGCATGTGAGACAGACACTGCCACAACTCACTGGACC
Unaligned ( gi|36 ): TCAAGTGAGAAAGTTTTGTATATATAAGCTTTTGATGTGACCAGGATGTGGATCAGATTCATAACCATGAGCATACAAAGTTGATGTTCTATCAC
Unaligned ( gi|38 ): ATGTTTTAAGTTTATGATGTGACCCAGTGCAGGAAACAAACTCAGAGACTCTCAGCATGCGATGTGGATACCTTGCCTCTAAAGCGCTACTGCTG
Unaligned ( gi|42 ): AGGGAGCATATTACCAACTTTAACATCCTGATATGACACAGTAGGGATCAAACACGAAACGTCCAGCAAGCAAGGAGGATATTTT
Unaligned ( gi|43 ): TAAATCACCAGCAATACTTTGCAAGTATAATCTGGCCAGGGCTCAAGTCAGTGACTTTACACTTAAAGGTAGATGTTCCATCC
Unaligned ( gi|47 ): TATTGCGAATATCAAGTTACGGGGATATAAGTACTTTTAAGAGTATTTTGTAAGAACTGACCGGGGATCGAACCCGC
Unaligned ( gi|48 ): TTATTTGACCAGTTAAGATAGTTATAACTTATAGCTTATATAACTTAATGTAAGTTTGGTAAACATAAAATGAAGAT
Unaligned ( gi|59 ): AGTCATTGGTAAGACCAGGCTAGGGATAAAACCCAAAACCTTCAGCGTGCTAAGTGAGATTCTAC
Unaligned ( gi|78 ): CTACGTATTCGTACAAAATCATGCCGATCCTTATGA
Unaligned ( gi|79 ): CCAGATGAATGCTCTACCACTAGAACACCACTGCGG
Unaligned ( gi|80 ): ACGGAGGATACGAAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|81 ): CGAAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|82 ): CCAGAAATACCCGATGTTTCACGATTGACAC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                                             66  9           222       44  999      7    44      9      888888    2222     0000 9   333 0000  88      77777777         888  7  1  5555555     8888888    4   4 9  9999  2222222 88  44       777  777777777777777   3       777777      88 8888888888     11111111111               7    8 8 8     00             7    4                   888    6 99 5 5     00     00 4 666  5                  88  88  333 7777     333  4   5 55555  0 7777777  22  00000   6   6    7   9 222       
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Reference ( family-505 )      :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TNT-CCTCT-NAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGCCGGGGATCGAACC--CA--CG---A----CCTTC---CG-CAT-G---C-AA-G--CNGG-CG--CT-----CTA-CCA-CTAG-ACC-A-C-GCTGCGG
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gi|21                         :                                                                                                                                                                               tatattgtgacacatttaacaatatttattattttatcattaacaaacctaaaactatcatctggatcttttatctgttAGTA-------TTGCG-------CTGCCAGA-C----------------T--GTC-GATACCC--CAC---------------CCA-CTCACGT------TAT
gi|23                         :                                                                                                                 gttgtgctgtgttgtgcttatatcatttaagttaatacaacgatgattgcatgttttgtgacattattatgtcagtcataaggaatacAC----ATGTA---T----TTA-TAAGCA--------ATGTTACATA--TA-GATTAA------TCACA-------TTGT-AGA-T-GC----TT--AA---T--AT--GATATAC--AAG---------------CAA-GTCACAT------TAAACT--G----------GTAC
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   actcttcaggcacggtgatacaatatttACCT--GAGT-TATTCCTCT-GAATGCTAACCGTC-AAAA-GAA-AAGATTTAAGTACCA---TTTT-T-CA-A-ATCTT--TATTT--A-A---AA-CTGTTCAAGAATTGAACC--CA--TG---A----CATTC---TG-CAaatgacaacc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtcacatgatatggatC----AT--GG---C--ACA-GATACCA--TAT---------------CT--GTCATAT------TATACT--G----------ACACCT----------TGCTGGCCAATCCCA-GATC-CTT-C
gi|26                         :                                                          aatatttcagtgtcatcaatatagtgtcttttattgtcttgtcgcatttagttatTTGTATGGTGTT--TA-GCTTTGCTTTC---AATAATT--TT---TCA-----TGT--TGCAATGGTGTCC------ACTT----CAGAG----A-GTA---T----TC--TGAGTG--------CAGCCACAC---T
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgGA-C-AC----AT--GA---T--TT--GATACCC--AA------------------A----ACAT------TATACT--G----------ACACTG----------CACCAACAAGTTCAA-CAACATGT-CTTTT-CAATAATGAaaaccacctctgcagttttggtatatatc
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c--TGGCA----G---ACTCCTGTCTGGAATTGAACT--CA--AA---A----CTTCC---TG-CAT-G---A-AG-GACCCCA-TG--CT-----CTA-CCA-CTAG-ACC-A-cagttcatctttttaaactcttcaatacaatttgaccgg
gi|3                          :                                                                                        ttaatactatggctgtagtttcagaTTGTATGGTGTT--TA-GCGTTGCTTTC---AACAACT--TT----CAGTT-ATAT--CGCAATGGTGTCT------TCTT----GATAC----A-GTA---C----TT--TGAGAG--------CTGCCACACCACTG-AAATA-------T---G-------CTGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCAGACCAGACCTT-GAAC-TAT-TCGCT-TTATGCTGAGCACC-AAGC-GAGGAAACTTCTACTACCA---TTAT-T-CA-A-GTCTT--TGTTA--T-A---AC-CTGACCGAGGATCAAACC--AA--CA---A----CTTTC---TGACAT-----C-AA-G--GTGGACT--TT-----CTA-CCA-CTAG-ACC-ATT-GCTGTGaggcagta
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgTTTAGTACAG---TTTT-T-AA-ATGACTT--TGA-A--T-G---AC-CTGGTCAGTAATTGAACC--CA--CA---AGGCCCCTTA---AA-CAT-G--------G--TGGT-CA--TC-----ATG-CTG-TTAG-AGC-A-CTGCTGGGG
gi|31                         :                                                                                                                                          TTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAA--CAAGACAGTGCAT------GCCTTCAGGAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCA--------------------TG-GACTA------------------------------------AT--GG---T--AT--GATATCC--TAC---------------CGA-GTCGCAta
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                               tgtcaCAC---TG-AGGT--------TCATGTAAATTTCTAC-AGA-TTAC----AT----------AT--GATAGCT--GAT---------------CCA-GTAACAT------TATAGT--G----------GC-------------------ACTAGTCCCA-GAAC-ATT-CCTCT-TAATGCT
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTTTCTAGTACCA---ATT-----A-A-GTCTTTCTAATAACT-G---AT-CTGACT--GGAACGAATC--TA--AA---A----CCTCC---AA-CAT-T---C-AA-G--ca
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                  CACAC---TG-AAATA-------GCATA-------CCTT-AAG-C-AC----GT--AA---T--GA--GATACCA--AAC---------------CCA-TT--TAT------TATATT--G----------ACATCG----------gagaatacccaatcactgtgcca
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acatatccttgaatacttgCCA---TGTT-T-AA-A-GCCTG--TGGTA--T-A---AC-CCAGTAAGATATTGACCC--TG--TA---A----CCTTCAAGCG-T-T-T---T-AG-G--TAGT-CA--TT-----CTA-TCA-C-AGTGCC-A-TGGCTGCtcctagactag
gi|4                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCCTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACAGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCTGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-TCGGCCGGGGATTTAACC--CA--CG---A----CCTTC---CG-CAT-G---CGAG-G--CGGA-CGATCT-----CTA-CCA-CCAG-ACC-A-C-GCCGC
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gACCA---TCTTCT-GA-T-GTCAT----G-A--T-A---AC-CTAGCCATG--CCAAACC--CA--CA---G----CCTTC---CA-TATGG---A-AA-A--CA---TG--CT-----CTA-CCA-CTAG-Ac
gi|41                         :                                                                                                                                                    ctttcaT---TCAGTC-ATAT--CACGATCATGTCT------GCTT----CAGAC----A-TTA---TGTGATG--TTAGCGGTTTAGCCCTACCACTC---TG-CAGCA-------TCACA-------ACGC-AAA-gttgtgcc
gi|44                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAT--CGCAACAGTGTCTACCAGCACTT----GAGAC----A-GTA---T----CC--T
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---T--AT--GATACAC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TA---T--G----------ACAgtg
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taaAGTAC------TTT-T-AAGA-GTATT--TTGTA--A-G---AA-CTGACCGGGGATCGAACC--CG--Cacagtcaattcggtgctagaatagttcactttcctgtgagcattaa
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattgcgaatatcaagttacggggatataTT-T-AA-A-ATGTT--TGATA--T-G---AC-CCTGCCAGAGATCGAATG--CA--TGATTA----TTTTC---GG-AAT-G---C-AA-
gi|5                          :                                                                                                              ttaTTGTATTGTGCT--TA-GCGTCGCTTTC---AAAAAAA--TT---TCAGTC-ATAT--CATGACGATGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TGAAAA--------CTGTCCCAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-AC----AC--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCCGACCAGACCAA-GAAC-TTT-CCTCT-AAATGCTTAGTGTC-AAGC-AAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGCCAGGGATCGAACC--CA--CA---A----CCTTC---AG-CAT-G---C-GA-G--GTGGATG--CT-----CTA-CAA-CTAG-ACC-A-T-GCTGCGGtggtgatactgtac
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAG-TTATAGTACCA---TTTT----A-A-GTCTT--CAATA--A-G---AT-TCAGCTGGAGATTAAATT--GG--CA---A----CCTCC---AG-C
gi|51                         :                                                                                                       aactggggattTGTATGGTGTT--TA-GCGCCGTTTTC---AACAATA--TTCTGTCA-CC-ATAT--
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T------TGTA-T--G----------ATACC-------------CCACCCA---CTT-GAAC-TAT-CCTTC-AAATGCTGAACATC-AATA-AAGGAAGTTTTTAGTACCA---TTgtgttttctagataccaaataagtacatt
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      C-GAGGAGGTTTCTAGTACTA---GTTT-T-AA-A-GT-------------------------------ATTGAACC--TA--TG---A-------TT---TG-CAT-G---CGAG-G--CTGA-TG--CT-----CTA-CTG-CTa
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                            -GAATA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-A---------AG---TTCAT--GTTACCC--CGT---------------CCA-GTCATATAACATGTATAAT--A----------ATACTA----------GGC
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tgaTTGAACC--TT--TG---A----CCTCT---CG-CTT-C---C-GA-G--GTGGATG--CT-----TTA-CCAATTAG-ACC-A-C-
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gatGTA--TTG---AG-CCGGTCG---ATCGAACC--CA--CA---A----CCTTC---CG-CAT-G---C-GA-GT-CAGG-CA--CCCAAGACCA-CCA-CTAG-ACgaagacggattata
gi|57                         :                                                                                                                             --TA-ACTTTGTTTTC---AACGATC--TA---TCAGTC-ATAT--CGCGCCGGTA--T------ACTT----TA-------A-GTA---T----t
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                            taatgttagacgagCATA-------CTGC-AGA-C-ACAATAAT--GA---C--AC--GATACCC--AAC---------------CCC-GCC-CAT------TA-GCT--A----------ACACCA----------AGCCGACTA
gi|6                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TT--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCT-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-TCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGCCAGGGATTGAACC--CA--CG---A----CCTTC---CG-CAT-G---C-AA-G--CTGG-CG--CT-----CTA-CCA-CTAG-ACC-A-C-GCCGCGG
gi|60                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GACTAAACC--CA--CA---A----TCTGC---CG-CAT-GTGCC-AT-G--TGGA-CA---------CTA-CCA-CTAG-ACCAA-T-GCTGCAG
gi|61                         :                                                                                                                 TTGTGTTGTGTT--TA-ACATTGTTTCC---GATAATT--TT---TCAGTC-ATGT--Cta
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taATCAAACC--CA--TG---A----CCATT---CA-CAT-A---C-AA-GAACATA--A--CT-----GTA-CCA-CCAG-ACC-ACC-ACTGTGaagagaggctattt
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GTA-------ACATA-------CACC-AAA-C-AC----AG--AC---T--GT--GATACCC--TAC---------------CCA-GTCACA
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgacT--GATACCC--CAC---------------TCA-GTCAC---------ACACT--G----------ACACT-----------GGCC-ACCA-ACCCATGACC-TTC-CCTCT-gcatccgaac
gi|67                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 A-------TTATG-------TCCC-AGA-C-AC----CA--GC---T--AC--GATACCA--AGC---------------TCA-ATCACGT------TATCCT--G----------ACAC
gi|68                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTTAGTAAGCCTCGCTTTC---AAAACAT--TT---TCTGTT-ATAT--C
gi|69                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gttgC--CA--CA---A----CCATC---CG-CAT-GA--T-AG-G--TGGA-CA--CT-----CTA-CAT-CTAG-ACC-A-T-GCT
gi|7                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CATGAC---------------TT----GTGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CTGC-AGG-C-TC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATA----G----------ACACCG----------GGCCGACCAGAACTA-GAAC-CCT-CCTCT-TAATGCTGAGCATC-AAGT-GAGGAAGCTTTTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGCCGGGGATTGAACC--CA--CA---A----CCTTC---CG-CAT-G---CGAG-G--CGGA-CG--CT-----CTA-CCA-CTAG-ACC-A-C-GCTGTGGttg
gi|70                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgG---A----CCTTT---CG-TAT-G---C-GG-GG-CGGA-CG--CT-----CTA-CCG-CTAG-ACA-ACC-GCTGTGGt
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AGA-C-AC----ATCAGG---T--AG--GATATCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TTAACT--G----------GCATCt
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGCAGAGATAGGTTTTAGTACCA---TTTT-C-AA-A-GTCTT--TGATA--T-a
gi|73                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctg-A-GTCTT--TGGTA--T-GACCAC-CCGTCCGGGGGTTGAATC--AA--CA---A----a
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAT------AATACT--G----------ACATCA----------GGCCGACCAGTCC-G-GAAC-TTT-CC
gi|75                         :                                                                                                                                                                                                                                                    CGC---TG-GAATA-------TCATG-------TCAC-AGA-C-TC----AC--GG---T--AT--GATATC
gi|76                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--TT---
gi|77                         :                                                                                                              ttgTTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--T
gi|79                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgG--CT-----CTA-CCA-CTAG-AAC-ACC-ACTGCGG
gi|8                          :                                                                                                                ccagatgaatGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAA--TGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGTG--------TTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------TCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCC-AAATACTGAGCGTC-AATC-GAGGAAGCTTTTAGTAACA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CTGGCCGGGGATTGAACC--TA---G---A----CCTTC---TG-CAT-G---CGAG-G--CGGA-CG--CT-----CTA-CCA-CTGG-ACC-A-C-ACTGCGG
gi|9                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-ACGTCGTTTCC---GGCAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGAGATGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TG--TAAGCG--------CTTCCACAC---CG-AA-TA------------------------------------------------AT--CATACCC--CAC---------------CAA-GTCACAT------TATACT--C----------ACACCG----------AGCCGACCAGACCTA-GAAC-TAT-CCCCCAAAATACTGAGCACC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-TAAA-A-ATATT--TGGTA--T-A---TC-CTGGTAGGGGATCGTACC--TT--TG---A----CCTTC---CG-CAT-G---C-AAGG--CAAA-CA--CT-----CTA-CAC-CTAG-ACC-A-CAGCTGCGG
19 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TAGTAACAGTATGACCGCGTCCGCTTAAACTATGAAGAATAACGCTATAGACGCCTTACAGGATATCTTTGTAAATCACTGGCACTTGTCCAACCAATCTTATAACTAACCTTCAAAATAGTAAGCCTTTATTGAGAAAGCTTATAGTTCCATGTTTCATGTATCTGAAACGACCTGCCCTGATATCACAC
Unaligned ( gi|16 ): CTGTCATACTTGAGGGTCATGTCCCTGACACGAGACGATGCCCTACACAGTCTCATTACATGTATATAGTTTCACTGGTTTGACCAGTCTTTTAAACATCAAGGGTTGAAGCTACCAGTGCCATTTATAGCAAGTTTATGCCATGTTTGACCTGATTTAGGGCCGAGCCCAC
Unaligned ( gi|22 ): ATTATATCGTAAGGTCTTTAGCATCGATTTCAAACTGCAATCCAGTTTCATGACGAAACAGTAGTATTAGCGCTCCAATACCTGTATATATGGCACGAACCCCAACTCCATCACACTATACCGACACC
Unaligned ( gi|28 ): AAGAAAGCTACAAGTACCTACATGGTAGATATCCTAGCCTGGGTTTGATCAAACCAACAACCTCCAACATGCAGAATGCACAAACTTCCCACTGGACTACTGCTG
Unaligned ( gi|32 ): CATTATGTACCTTTACACTAGGCAGACTTGTTCTTGAACTACCTTTTGAATACTGGTCGCCAAAGGAGGTAGCTACCAGTATTATTTTTTTAATCT
Unaligned ( gi|33 ): TTGGTTAAATTGCTACAACCTTTGGTGTGACTTGACAGTGAACAAAAACCATCCACTACTGCATGTGAGACAGACACTGCCACAACTCACTGGACC
Unaligned ( gi|36 ): TCAAGTGAGAAAGTTTTGTATATATAAGCTTTTGATGTGACCAGGATGTGGATCAGATTCATAACCATGAGCATACAAAGTTGATGTTCTATCAC
Unaligned ( gi|38 ): ATGTTTTAAGTTTATGATGTGACCCAGTGCAGGAAACAAACTCAGAGACTCTCAGCATGCGATGTGGATACCTTGCCTCTAAAGCGCTACTGCTG
Unaligned ( gi|42 ): AGGGAGCATATTACCAACTTTAACATCCTGATATGACACAGTAGGGATCAAACACGAAACGTCCAGCAAGCAAGGAGGATATTTT
Unaligned ( gi|43 ): TAAATCACCAGCAATACTTTGCAAGTATAATCTGGCCAGGGCTCAAGTCAGTGACTTTACACTTAAAGGTAGATGTTCCATCC
Unaligned ( gi|45 ): TGAAAACCTTCGGTAAGACCTGGCCAGGAATCAAACCTGGAACCTCTATCACATGAGTCAGATGTTTTACCGCTGAGCCA
Unaligned ( gi|48 ): TTATTTGACCAGTTAAGATAGTTATAACTTATAGCTTATATAACTTAATGTAAGTTTGGTAAACATAAAATGAAGAT
Unaligned ( gi|59 ): AGTCATTGGTAAGACCAGGCTAGGGATAAAACCCAAAACCTTCAGCGTGCTAAGTGAGATTCTAC
Unaligned ( gi|63 ): ATGTAACTAGGCCAGGGATCAAACCTTCTGCATTCGATGTGGAATCTACAACCAGACCA
Unaligned ( gi|64 ): ACCCAGCCGAGGATTGAGCCCACAGTCTTCCTCATTCTACCAGACTAACGCTGTAGTT
Unaligned ( gi|78 ): CTACGTATTCGTACAAAATCATGCCGATCCTTATGA
Unaligned ( gi|80 ): ACGGAGGATACGAAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|81 ): CGAAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|82 ): CCAGAAATACCCGATGTTTCACGATTGACAC






Alignments
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Reference ( family-505 )      :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TNT-CCTCT-NAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---A---C-CCGGCC-GGG---GATCGAACC--CA--CG---A----CCTTC---CG-CATG---C-AG---G--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCTGCGG
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gi|2                          :                                                                                                              gttgTGTAAGATGTT--TG-GCGTCGCTTTC---AACAATT--GT---TCAGTT-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTA----GAGAC----A-GTA---T----TC--TGAGCG--------CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GA---C--AA--GATA-CC--GAC---------------CCA-GTCACAT------TACACA--G----------ACACCG----------GATCGACCAGACCTA-GAAC-TAT-TTTCT-AAATGCTGAGCGAC-ATGA-GAGAAAGCTTGTAGTACCATTTTTTT-T-CA-A-ATATT--TGGTA--T-G---A---C-CCGTTC-GGG---GATCGAACC--AA--CG---A----CCTTC---CA-TATG---CGAG---A--AGGTCG---CT-----ATA-T----CT-CTAA-CCC-ACC-GCTGCGG
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gi|21                         :                                                                                                                                                                               tatattgtgacacatttaacaatatttattattttatcattaacaaacctaaaactatcatctggatcttttatctgttAGTA-------TTGCG-------CTGCCAGA-C----------------T--GTC-GATACCC--CAC---------------CCA-CTCACGT------TATa
gi|23                         :                                                                                                                 gttgtgctgtgttgtgcttatatcatttaagttaatacaacgatgattgcatgttttgtgacattattatgtcagtcataaggaatacAC----ATGTA---T----TTA-TAAGCA--------ATGTTACATA--TA-GATTAA------TCACA-------TTGT-AGA-T-GC----TT--AA---T--AT--GATATAC--AAG---------------CAA-GTCACAT------TAAACT--G----------GTAC
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   actcttcaggcacggtgatacaatatttACCT--GAGT-TATTCCTCT-GAATGCTAACCGTC-AAAA-GAA-AAGATTTAAGTACCA---TTTT-T-CA-A-ATCTT--TATTT--A-A---A---A-CTGTTC-AAG---AATTGAACC--CA--TG---A----CATTC---TG-CAaatgacaacc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtcacatgatatggatC----AT--GG---C--ACA-GATACCA--TAT---------------CT--GTCATAT------TATACT--G----------ACACCT----------TGCTGGCCAATCCCA-GATC-CTT-C
gi|26                         :                                                          aatatttcagtgtcatcaatatagtgtcttttattgtcttgtcgcatttagttatTTGTATGGTGTT--TA-GCTTTGCTTTC---AATAATT--TT---TCA-----TGT--TGCAATGGTGTCC------ACTT----CAGAG----A-GTA---T----TC--TGAGTG--------CAGCCACAC---T
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgGA-C-AC----AT--GA---T--TT--GATACCC--AA------------------A----ACAT------TATACT--G----------ACACTG----------CACCAACAAGTTCAA-CAACATGT-CTTTT-CAATAATGAaaaccacctctgcagttttggtatatatc
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cAGAAAGCTACAAGTACC---------T-AC-A--------TGGTA----G---ATATC-CTAGCCTGGGTTTGATCAAACC--AA--CA---A----CCTCC---AA-CATG---C-AGAATG--CACAAA---CT------TC-C----CA-CTGG-ACT-A-CTGCTGcagttcatctttttaaactcttcaatacaatttgaccgg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              a--TGGCA----G---A---CTCCTGTC-TGG---AATTGAACT--CA--AA---A----CTTCC---TG-CATG---A-AG---GACCCCATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-
gi|3                          :                                                                                        ttaatactatggctgtagtttcagaTTGTATGGTGTT--TA-GCGTTGCTTTC---AACAACT--TT----CAGTT-ATAT--CGCAATGGTGTCT------TCTT----GATAC----A-GTA---C----TT--TGAGAG--------CTGCCACACCACTG-AAATA-------T---G-------CTGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCAGACCAGACCTT-GAAC-TAT-TCGCT-TTATGCTGAGCACC-AAGC-GAGGAAACTTCTACTACCA---TTAT-T-CA-A-GTCTT--TGTTA--T-A---A---C-CTGACC-GAG---GATCAAACC--AA--CA---A----CTTTC---TGACATC---A-AG---G--TGGACT---TT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-ATT-GCTGTGaggcagta
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgTTTAGTACAG---TTTT-T-AA-ATGACTT--TGA-A--T-G---A---C-CTGGTC-AGT---AATTGAACC--CA--CA---AGGCCCCTTA---AA-CAT-------G---G--TGGTCA---TC-----ATG-C----TG-TTAG-AGC-A-CTGCTGGGG
gi|31                         :                                                                                                                                          TTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAA--CAAGACAGTGCAT------GCCTTCAGGAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCA--------------------TG-GACTA------------------------------------AT--GG---T--AT--GATATCC--TAC---------------CGA-GTCGCAta
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtcaA---TTGC-T-AC-A-ACCTT--TGGTG--T-G---A---C-TTGACA-GTG---AACAAAAAC--CAT-CC---A-----CTAC---TG-CATG---TGAG---A--CAGACA---CTG----CCA-CAACTCA-CTGG-ACC-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                            ttggttaaCAC---TG-AGGT--------TCATGTAAATTTCTAC-AGA-TTAC----AT----------AT--GATAGCT--GAT---------------CCA-GTAACAT------TATAGT--G----------GC-------------------ACTAGTCCCA-GAAC-ATT-CCTCT-TAATGCT
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTTTCTAGTACCA---ATT-----A-A-GTCTTTCTAATAACT-G---A---T-CTGACT---G---GAACGAATC--TA--AA---A----CCTCC---AA-CATT---CAAG---G--AGAATA---CC-----CAA-T----CA-CTGT-GCC-A-ca
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                  CACAC---TG-AAATA-------GCATA-------CCTT-AAG-C-AC----GT--AA---T--GA--GATACCA--AAC---------------CCA-TT--TAT------TATATT--G----------ACATCG----------
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acatatccttgaatacttgCCA---TGTT-T-AA-A-GCCTG--TGGTA--T-A---A---C-CCAGTA-AGA---TATTGACCC--TG--TA---A----CCTTCAAGCG-T-TT---T-AG---G--TAGTCA---TT-----CTA-T----CA-C-AGTGCC-A-TGGCTGCtcctagactag
gi|4                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCCTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACAGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCTGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---A---C-TCGGCC-GGG---GATTTAACC--CA--CG---A----CCTTC---CG-CATG---CGAG---G--CGGACGAT-CT-----CTA-C----CA-CCAG-ACC-A-C-GCCGC
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gACCA---TCTTCT-GA-T-GTCAT----G-A--T-A---A---C-CTAGCC-ATG-----CCAAACC--CA--CA---G----CCTTC---CA-TATG---G-AA---AA-C--ATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-Ac
gi|41                         :                                                                                                                                                    ctttcaT---TCAGTC-ATAT--CACGATCATGTCT------GCTT----CAGAC----A-TTA---TGTGATG--TTAGCGGTTTAGCCCTACCACTC---TG-CAGCA-------TCACA-------ACGC-AAA-gttgtgcc
gi|44                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAT--CGCAACAGTGTCTACCAGCACTT----GAGAC----A-GTA---T----CC--T
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---T--AT--GATACAC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TA---T--G----------ACAgtg
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taaAGTAC------TTT-T-AAGA-GTATT--TTGTA--A-G---A---A-CTGACC-GGG---GATCGAACC--CG--Cacagtcaattcggtgctagaatagttcactttcctgtgagcattaa
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattgcgaatatcaagttacggggatataTT-T-AA-A-ATGTT--TGATA--T-G---A---C-CCTGCC-AGA---GATCGAATG--CA--TGATTA----TTTTC---GG-AATG---C-A
gi|5                          :                                                                                                              ttaTTGTATTGTGCT--TA-GCGTCGCTTTC---AAAAAAA--TT---TCAGTC-ATAT--CATGACGATGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TGAAAA--------CTGTCCCAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-AC----AC--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCCGACCAGACCAA-GAAC-TTT-CCTCT-AAATGCTTAGTGTC-AAGC-AAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---A---C-CCGGCC-AGG---GATCGAACC--CA--CA---A----CCTTC---AG-CATG---CGAG---G--TGGATG---CT-----CTA-C----AA-CTAG-ACC-A-T-GCTGCGGatggtgatactgtac
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAG-TTATAGTACCA---TTTT----A-A-GTCTT--CAATA--A-G---A---T-TCAGCT-GGA---GATTAAATT--GG--CA---A----CCTCC---AG-C
gi|51                         :                                                                                                       aactggggattTGTATGGTGTT--TA-GCGCCGTTTTC---AACAATA--TTCTGTCA-CC-ATAT--
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T------TGTA-T--G----------ATACC-------------CCACCCA---CTT-GAAC-TAT-CCTTC-AAATGCTGAACATC-AATA-AAGGAAGTTTTTAGTACCA---TTgtgttttctagataccaaataagtacatt
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      C-GAGGAGGTTTCTAGTACTA---GTTT-T-AA-A-GT--------------------------------------ATTGAACC--TA--TG---A-------TT---TG-CATG---CGAG---G--CTGATG---CT-----CTA-C----TG-CTa
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                            -GAATA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-A---------AG---TTCAT--GTTACCC--CGT---------------CCA-GTCATATAACATGTATAAT--A----------ATACTA----------GGC
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgaTTGAACC--TT--TG---A----CCTCT---CG-CTTC---CGAG---G--TGGATG---CT-----TTA-C----CAATTAG-ACC-A-C-
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gatGTA--TTG---A---G-CCGGTC-G------ATCGAACC--CA--CA---A----CCTTC---CG-CATG---CGAG---T--CAGGCA---CCCAAGACCA-C----CA-CTAG-ACgaagacggattata
gi|57                         :                                                                                                                             --TA-ACTTTGTTTTC---AACGATC--TA---TCAGTC-ATAT--CGCGCCGGTA--T------ACTT----TA-------A-GTA---T----t
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                            taatgttagacgagCATA-------CTGC-AGA-C-ACAATAAT--GA---C--AC--GATACCC--AAC---------------CCC-GCC-CAT------TA-GCT--A----------ACACCA----------AGCCGACTA
gi|6                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TT--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCT-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-TCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---A---C-CCGGCC-AGG---GATTGAACC--CA--CG---A----CCTTC---CG-CATG---C-AA---G--CTGGCG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCCGCGG
gi|60                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---GACTAAACC--CA--CA---A----TCTGC---CG-CATGTGCC-AT---G--TGGACA----------CTA-C----CA-CTAG-ACCAA-T-GCTGCAG
gi|61                         :                                                                                                                 TTGTGTTGTGTT--TA-ACATTGTTTCC---GATAATT--TT---TCAGTC-ATGT--Cta
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taATCAAACC--CA--TG---A----CCATT---CA-CATA---C-AA---G----AACATAACT-----GTA-C----CA-CCAG-ACC-ACC-ACTGTGaagagaggctattt
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GTA-------ACATA-------CACC-AAA-C-AC----AG--AC---T--GT--GATACCC--TAC---------------CCA-GTCACA
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgacT--GATACCC--CAC---------------TCA-GTCAC---------ACACT--G----------ACACT-----------GGCC-ACCA-ACCCATGACC-TTC-CCTCT-gcatccgaac
gi|67                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 A-------TTATG-------TCCC-AGA-C-AC----CA--GC---T--AC--GATACCA--AGC---------------TCA-ATCACGT------TATCCT--G----------ACAC
gi|68                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTTAGTAAGCCTCGCTTTC---AAAACAT--TT---TCTGTT-ATAT--C
gi|69                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gttgC--CA--CA---A----CCATC---CG-CATGA--T-AG---G--TGGACA---CT-----CTA-C----AT-CTAG-ACC-A-T-GCT
gi|7                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CATGAC---------------TT----GTGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CTGC-AGG-C-TC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATA----G----------ACACCG----------GGCCGACCAGAACTA-GAAC-CCT-CCTCT-TAATGCTGAGCATC-AAGT-GAGGAAGCTTTTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---A---C-CCGGCC-GGG---GATTGAACC--CA--CA---A----CCTTC---CG-CATG---CGAG---G--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCTGTGGttg
gi|70                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgG---A----CCTTT---CG-TATG---C-GG---GG-CGGACG---CT-----CTA-C----CG-CTAG-ACA-ACC-GCTGTGGt
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AGA-C-AC----ATCAGG---T--AG--GATATCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TTAACT--G----------GCATCt
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGCAGAGATAGGTTTTAGTACCA---TTTT-C-AA-A-GTCTT--TGATA--T-a
gi|73                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctg-A-GTCTT--TGGTA--T-GACCA---C-CCGTCC-GGG---GGTTGAATC--AA--CA---A----a
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAT------AATACT--G----------ACATCA----------GGCCGACCAGTCC-G-GAAC-TTT-CC
gi|75                         :                                                                                                                                                                                                                                                    CGC---TG-GAATA-------TCATG-------TCAC-AGA-C-TC----AC--GG---T--AT--GATATC
gi|76                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--TT---
gi|77                         :                                                                                                              ttgTTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--T
gi|79                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttg---C-AG---A--TGAATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-AAC-ACC-ACTGCGG
gi|8                          :                                                                                                                         cGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAA--TGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGTG--------TTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------TCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCC-AAATACTGAGCGTC-AATC-GAGGAAGCTTTTAGTAACA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---A---C-CTGGCC-GGG---GATTGAACC--TA---G---A----CCTTC---TG-CATG---CGAG---G--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTGG-ACC-A-C-ACTGCGG
gi|9                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-ACGTCGTTTCC---GGCAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGAGATGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TG--TAAGCG--------CTTCCACAC---CG-AA-TA------------------------------------------------AT--CATACCC--CAC---------------CAA-GTCACAT------TATACT--C----------ACACCG----------AGCCGACCAGACCTA-GAAC-TAT-CCCCCAAAATACTGAGCACC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-TAAA-A-ATATT--TGGTA--T-A---T---C-CTGGTA-GGG---GATCGTACC--TT--TG---A----CCTTC---CG-CATG---CAAG---G--CAAACA---CT-----CTA-C----AC-CTAG-ACC-A-CAGCTGCGG
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TAGTAACAGTATGACCGCGTCCGCTTAAACTATGAAGAATAACGCTATAGACGCCTTACAGGATATCTTTGTAAATCACTGGCACTTGTCCAACCAATCTTATAACTAACCTTCAAAATAGTAAGCCTTTATTGAGAAAGCTTATAGTTCCATGTTTCATGTATCTGAAACGACCTGCCCTGATATCACAC
Unaligned ( gi|16 ): CTGTCATACTTGAGGGTCATGTCCCTGACACGAGACGATGCCCTACACAGTCTCATTACATGTATATAGTTTCACTGGTTTGACCAGTCTTTTAAACATCAAGGGTTGAAGCTACCAGTGCCATTTATAGCAAGTTTATGCCATGTTTGACCTGATTTAGGGCCGAGCCCAC
Unaligned ( gi|22 ): ATTATATCGTAAGGTCTTTAGCATCGATTTCAAACTGCAATCCAGTTTCATGACGAAACAGTAGTATTAGCGCTCCAATACCTGTATATATGGCACGAACCCCAACTCCATCACACTATACCGACACC
Unaligned ( gi|32 ): CATTATGTACCTTTACACTAGGCAGACTTGTTCTTGAACTACCTTTTGAATACTGGTCGCCAAAGGAGGTAGCTACCAGTATTATTTTTTTAATCT
Unaligned ( gi|36 ): TCAAGTGAGAAAGTTTTGTATATATAAGCTTTTGATGTGACCAGGATGTGGATCAGATTCATAACCATGAGCATACAAAGTTGATGTTCTATCAC
Unaligned ( gi|38 ): ATGTTTTAAGTTTATGATGTGACCCAGTGCAGGAAACAAACTCAGAGACTCTCAGCATGCGATGTGGATACCTTGCCTCTAAAGCGCTACTGCTG
Unaligned ( gi|42 ): AGGGAGCATATTACCAACTTTAACATCCTGATATGACACAGTAGGGATCAAACACGAAACGTCCAGCAAGCAAGGAGGATATTTT
Unaligned ( gi|43 ): TAAATCACCAGCAATACTTTGCAAGTATAATCTGGCCAGGGCTCAAGTCAGTGACTTTACACTTAAAGGTAGATGTTCCATCC
Unaligned ( gi|45 ): TGAAAACCTTCGGTAAGACCTGGCCAGGAATCAAACCTGGAACCTCTATCACATGAGTCAGATGTTTTACCGCTGAGCCA
Unaligned ( gi|48 ): TTATTTGACCAGTTAAGATAGTTATAACTTATAGCTTATATAACTTAATGTAAGTTTGGTAAACATAAAATGAAGAT
Unaligned ( gi|59 ): AGTCATTGGTAAGACCAGGCTAGGGATAAAACCCAAAACCTTCAGCGTGCTAAGTGAGATTCTAC
Unaligned ( gi|63 ): ATGTAACTAGGCCAGGGATCAAACCTTCTGCATTCGATGTGGAATCTACAACCAGACCA
Unaligned ( gi|64 ): ACCCAGCCGAGGATTGAGCCCACAGTCTTCCTCATTCTACCAGACTAACGCTGTAGTT
Unaligned ( gi|78 ): CTACGTATTCGTACAAAATCATGCCGATCCTTATGA
Unaligned ( gi|80 ): ACGGAGGATACGAAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|81 ): CGAAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|82 ): CCAGAAATACCCGATGTTTCACGATTGACAC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                                             66  9           222       44  999      7    44      9      888888    2222     0000 9   333 0000  88      77777777         888  7  1  5555555     8888888    4   4 9  9999  2222222 88  44       777  777777777777777   3       777777      88 8888888888     11111111111               7    8 8 8     00             7    4                   666    5 00 4 4     99     88 3 444  4     4             77  33333333 6666     2  3      88   9999    333  88888   4 9999  4    5   7 333       
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Reference ( family-505 )      :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TNT-CCTCT-NAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CGGGGATCGAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCTGCGG
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gi|21                         :                                                                                                                                                                               tatattgtgacacatttaacaatatttattattttatcattaacaaacctaaaactatcatctggatcttttatctgttAGTA-------TTGCG-------CTGCCAGA-C----------------T--GTC-GATACCC--CAC---------------CCA-CTCACGT------TAT
gi|23                         :                                                                                                                 gttgtgctgtgttgtgcttatatcatttaagttaatacaacgatgattgcatgttttgtgacattattatgtcagtcataaggaatacAC----ATGTA---T----TTA-TAAGCA--------ATGTTACATA--TA-GATTAA------TCACA-------TTGT-AGA-T-GC----TT--AA---T--AT--GATATAC--AAG---------------CAA-GTCACAT------TAAACT--G----------GTAC
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   actcttcaggcacggtgatacaatatttACCT--GAGT-TATTCCTCT-GAATGCTAACCGTC-AAAA-GAA-AAGATTTAAGTACCA---TTTT-T-CA-A-ATCTT--TATTT--A-A---AA-CTGTT-CAAGAATTGAACC--CA--T-G---A----CATTC-TG-CAaatgacaacc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtcacatgatatggatC----AT--GG---C--ACA-GATACCA--TAT---------------CT--GTCATAT------TATACT--G----------ACACCT----------TGCTGGCCAATCCCA-GATC-CTT-C
gi|26                         :                                                          aatatttcagtgtcatcaatatagtgtcttttattgtcttgtcgcatttagttatTTGTATGGTGTT--TA-GCTTTGCTTTC---AATAATT--TT---TCA-----TGT--TGCAATGGTGTCC------ACTT----CAGAG----A-GTA---T----TC--TGAGTG--------CAGCCACAC---T
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgGA-C-AC----AT--GA---T--TT--GATACCC--AA------------------A----ACAT------TATACT--G----------ACACTG----------CACCAACAAGTTCAA-CAACATGT-CTTTT-CAATAATGAaaaccacctctgcagttttggtatatatc
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c--TGGCA----G---ACTCCTGT-CTGGAATTGAACT--CA--A-A---A----CTTCC-TG-CATG-A--AGGACCCCATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-cagttcatctttttaaactcttcaatacaatttgaccgg
gi|3                          :                                                                                        ttaatactatggctgtagtttcagaTTGTATGGTGTT--TA-GCGTTGCTTTC---AACAACT--TT----CAGTT-ATAT--CGCAATGGTGTCT------TCTT----GATAC----A-GTA---C----TT--TGAGAG--------CTGCCACACCACTG-AAATA-------T---G-------CTGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCAGACCAGACCTT-GAAC-TAT-TCGCT-TTATGCTGAGCACC-AAGC-GAGGAAACTTCTACTACCA---TTAT-T-CA-A-GTCTT--TGTTA--T-A---AC-CTGAC-CGAGGATCAAACC--AA--C-A---A----CTTTC-TGACAT-CA--AGG--TGGACT---TT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-ATT-GCTGTGaggcagta
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgTTTAGTACAG---TTTT-T-AA-ATGACTT--TGA-A--T-G---AC-CTGGT-CAGTAATTGAACC--CA--C-A---AGGCCCCTTA-AA-CAT------GG--TGGTCA---TC-----ATG-C----TG-TTAG-AGC-A-CTGCTGGGG
gi|31                         :                                                                                                                                          TTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAA--CAAGACAGTGCAT------GCCTTCAGGAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCA--------------------TG-GACTA------------------------------------AT--GG---T--AT--GATATCC--TAC---------------CGA-GTCGCAta
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtcaA---TTGC-T-AC-A-ACCTT--TGGTG--T-G---AC-TTGAC-AGTGAACAAAAAC--CAT-C-C---A-----CTAC-TG-CATGTG--AGA--CAGACA---CTG----CCA-CAACTCA-CTGG-ACC-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                            ttggttaaCAC---TG-AGGT--------TCATGTAAATTTCTAC-AGA-TTAC----AT----------AT--GATAGCT--GAT---------------CCA-GTAACAT------TATAGT--G----------GC-------------------ACTAGTCCCA-GAAC-ATT-CCTCT-TAATGCT
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTTTCTAGTACCA---ATT-----A-A-GTCTTTCTAATAACT-G---AT-CTGAC-T--GGAACGAATC--TA--A-A---A----CCTCC-AA-CATTCA--AGG--AGAATA---CC-----CAA-T----CA-CTGT-GCC-A-ca
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                  CACAC---TG-AAATA-------GCATA-------CCTT-AAG-C-AC----GT--AA---T--GA--GATACCA--AAC---------------CCA-TT--TAT------TATATT--G----------ACATCG----------
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acatatccttgaatacttgA---TGTT-T-TA-A-GTTTA--TGATG--T-G---AC-CCAGTGCAGGAAACAAACT--CA--GAG---A----CTCTC-AG-CATGCG--ATG--TGGATA---CC-----TTG-C----CT-CTAA-A---G-C-GCTACtcctagactag
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CCA---TGTT-T-AA-A-GCCTG--TGGTA--T-A---AC-CCAGT-AAGATATTGACCC--TG--T-A---A----CCTTCAAG-CGTTTT--AGG--TAGTCA---TT-----CTA-T----CA-C-AGTGCC-A-TGGCTGCtgctg
gi|4                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCCTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACAGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCTGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-TCGGC-CGGGGATTTAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACGAT-CT-----CTA-C----CA-CCAG-ACC-A-C-GCCGC
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gACCA---TCTTCT-GA-T-GTCAT----G-A--T-A---AC-CTAGC-CATG--CCAAACC--CA--C-A---G----CCTTC-CA-TATGGA--AAA--C--ATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-Ac
gi|41                         :                                                                                                                                                    ctttcaT---TCAGTC-ATAT--CACGATCATGTCT------GCTT----CAGAC----A-TTA---TGTGATG--TTAGCGGTTTAGCCCTACCACTC---TG-CAGCA-------TCACA-------ACGC-AAA-gttgtgcc
gi|44                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAT--CGCAACAGTGTCTACCAGCACTT----GAGAC----A-GTA---T----CC--T
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---T--AT--GATACAC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TA---T--G----------ACAgtg
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taaAGTAC------TTT-T-AAGA-GTATT--TTGTA--A-G---AA-CTGAC-CGGGGATCGAACC--CG--C-acagtcaattcggtgctagaatagttcactttcctgtgagcattaa
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattgcgaatatcaagttacggggatataTT-T-AA-A-ATGTT--TGATA--T-G---AC-CCTGC-CAGAGATCGAATG--CA--T-GATTA----TTTTC-GG-AATGCA--ATG--GTGATA---CT-----GTA-C----
gi|5                          :                                                                                                              ttaTTGTATTGTGCT--TA-GCGTCGCTTTC---AAAAAAA--TT---TCAGTC-ATAT--CATGACGATGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TGAAAA--------CTGTCCCAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-AC----AC--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCCGACCAGACCAA-GAAC-TTT-CCTCT-AAATGCTTAGTGTC-AAGC-AAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CAGGGATCGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-AG-CATGCG--AGG--TGGATG---CT-----CTA-C----AA-CTAG-ACC-A-T-GCTGCGG
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAG-TTATAGTACCA---TTTT----A-A-GTCTT--CAATA--A-G---AT-TCAGC-TGGAGATTAAATT--GG--C-A---A----CCTCC-AG-C
gi|51                         :                                                                                                       aactggggattTGTATGGTGTT--TA-GCGCCGTTTTC---AACAATA--TTCTGTCA-CC-ATAT--
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T------TGTA-T--G----------ATACC-------------CCACCCA---CTT-GAAC-TAT-CCTTC-AAATGCTGAACATC-AATA-AAGGAAGTTTTTAGTACCA---TTgtgttttctagataccaaataagtacatt
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      C-GAGGAGGTTTCTAGTACTA---GTTT-T-AA-A-GT--------------------------------ATTGAACC--TA--T-G---A----TTT----G-CATGCG--AGG--CTGATG---CT-----CTA-C----TG-CTa
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                            -GAATA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-A---------AG---TTCAT--GTTACCC--CGT---------------CCA-GTCATATAACATGTATAAT--A----------ATACTA----------GGC
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgaTTGAACC--TT--T-G---A----CCTCT-CG-CTTCCG--AGG--TGGATG---CT-----TTA-C----CAATTAG-ACC-A-C-
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gatGTA--TTG---AG-CCGGT-CG---ATCGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGT--CAGGCA---CCCAAGACCA-C----CA-CTAG-ACgaagacggattata
gi|57                         :                                                                                                                             --TA-ACTTTGTTTTC---AACGATC--TA---TCAGTC-ATAT--CGCGCCGGTA--T------ACTT----TA-------A-GTA---T----t
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                            taatgttagacgagCATA-------CTGC-AGA-C-ACAATAAT--GA---C--AC--GATACCC--AAC---------------CCC-GCC-CAT------TA-GCT--A----------ACACCA----------AGCCGACTA
gi|6                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TT--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCT-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-TCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CAGGGATTGAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGC---AAG--CTGGCG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCCGCGG
gi|60                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GACTAAACC--CA--C-A---A----TCTGC-CG-CATGTGCCATG--TGGACA---CT-------A-C----CA-CTAG-ACCAA-T-GCTGCAG
gi|61                         :                                                                                                                 TTGTGTTGTGTT--TA-ACATTGTTTCC---GATAATT--TT---TCAGTC-ATGT--Cta
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taATCAAACC--CA--T-G---A----CCATT-CA-CATACA--AGA-----ACATAACT-----GTA-C----CA-CCAG-ACC-ACC-ACTGTGaagagaggctattt
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GTA-------ACATA-------CACC-AAA-C-AC----AG--AC---T--GT--GATACCC--TAC---------------CCA-GTCACA
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgacT--GATACCC--CAC---------------TCA-GTCAC---------ACACT--G----------ACACT-----------GGCC-ACCA-ACCCATGACC-TTC-CCTCT-gcatccgaac
gi|67                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 A-------TTATG-------TCCC-AGA-C-AC----CA--GC---T--AC--GATACCA--AGC---------------TCA-ATCACGT------TATCCT--G----------ACAC
gi|68                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTTAGTAAGCCTCGCTTTC---AAAACAT--TT---TCTGTT-ATAT--C
gi|69                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gttgC--CA--C-A---A----CCATC-CG-CATGAT--AGG--TGGACA---CT-----CTA-C----AT-CTAG-ACC-A-T-GCT
gi|7                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CATGAC---------------TT----GTGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CTGC-AGG-C-TC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATA----G----------ACACCG----------GGCCGACCAGAACTA-GAAC-CCT-CCTCT-TAATGCTGAGCATC-AAGT-GAGGAAGCTTTTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CGGGGATTGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCTGTGGttg
gi|70                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tg-G---A----CCTTT-CG-TATGCG--GGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CG-CTAG-ACA-ACC-GCTGTGGt
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AGA-C-AC----ATCAGG---T--AG--GATATCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TTAACT--G----------GCATCt
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGCAGAGATAGGTTTTAGTACCA---TTTT-C-AA-A-GTCTT--TGATA--T-a
gi|73                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctg-A-GTCTT--TGGTA--T-GACCAC-CCGTC-CGGGGGTTGAATC--AA--C-A---A----a
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAT------AATACT--G----------ACATCA----------GGCCGACCAGTCC-G-GAAC-TTT-CC
gi|75                         :                                                                                                                                                                                                                                                    CGC---TG-GAATA-------TCATG-------TCAC-AGA-C-TC----AC--GG---T--AT--GATATC
gi|76                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--TT---
gi|77                         :                                                                                                              ttgTTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--T
gi|79                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttg--AGA--TGAATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-AAC-ACC-ACTGCGG
gi|8                          :                                                                                                                        ccGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAA--TGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGTG--------TTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------TCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCC-AAATACTGAGCGTC-AATC-GAGGAAGCTTTTAGTAACA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CTGGC-CGGGGATTGAACC--TA----G---A----CCTTC-TG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTGG-ACC-A-C-ACTGCGG
gi|9                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-ACGTCGTTTCC---GGCAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGAGATGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TG--TAAGCG--------CTTCCACAC---CG-AA-TA------------------------------------------------AT--CATACCC--CAC---------------CAA-GTCACAT------TATACT--C----------ACACCG----------AGCCGACCAGACCTA-GAAC-TAT-CCCCCAAAATACTGAGCACC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-TAAA-A-ATATT--TGGTA--T-A---TC-CTGGT-AGGGGATCGTACC--TT--T-G---A----CCTTC-CG-CATGCA--AGG--CAAACA---CT-----CTA-C----AC-CTAG-ACC-A-CAGCTGCGG
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TAGTAACAGTATGACCGCGTCCGCTTAAACTATGAAGAATAACGCTATAGACGCCTTACAGGATATCTTTGTAAATCACTGGCACTTGTCCAACCAATCTTATAACTAACCTTCAAAATAGTAAGCCTTTATTGAGAAAGCTTATAGTTCCATGTTTCATGTATCTGAAACGACCTGCCCTGATATCACAC
Unaligned ( gi|16 ): CTGTCATACTTGAGGGTCATGTCCCTGACACGAGACGATGCCCTACACAGTCTCATTACATGTATATAGTTTCACTGGTTTGACCAGTCTTTTAAACATCAAGGGTTGAAGCTACCAGTGCCATTTATAGCAAGTTTATGCCATGTTTGACCTGATTTAGGGCCGAGCCCAC
Unaligned ( gi|22 ): ATTATATCGTAAGGTCTTTAGCATCGATTTCAAACTGCAATCCAGTTTCATGACGAAACAGTAGTATTAGCGCTCCAATACCTGTATATATGGCACGAACCCCAACTCCATCACACTATACCGACACC
Unaligned ( gi|28 ): AAGAAAGCTACAAGTACCTACATGGTAGATATCCTAGCCTGGGTTTGATCAAACCAACAACCTCCAACATGCAGAATGCACAAACTTCCCACTGGACTACTGCTG
Unaligned ( gi|32 ): CATTATGTACCTTTACACTAGGCAGACTTGTTCTTGAACTACCTTTTGAATACTGGTCGCCAAAGGAGGTAGCTACCAGTATTATTTTTTTAATCT
Unaligned ( gi|36 ): TCAAGTGAGAAAGTTTTGTATATATAAGCTTTTGATGTGACCAGGATGTGGATCAGATTCATAACCATGAGCATACAAAGTTGATGTTCTATCAC
Unaligned ( gi|42 ): AGGGAGCATATTACCAACTTTAACATCCTGATATGACACAGTAGGGATCAAACACGAAACGTCCAGCAAGCAAGGAGGATATTTT
Unaligned ( gi|43 ): TAAATCACCAGCAATACTTTGCAAGTATAATCTGGCCAGGGCTCAAGTCAGTGACTTTACACTTAAAGGTAGATGTTCCATCC
Unaligned ( gi|45 ): TGAAAACCTTCGGTAAGACCTGGCCAGGAATCAAACCTGGAACCTCTATCACATGAGTCAGATGTTTTACCGCTGAGCCA
Unaligned ( gi|48 ): TTATTTGACCAGTTAAGATAGTTATAACTTATAGCTTATATAACTTAATGTAAGTTTGGTAAACATAAAATGAAGAT
Unaligned ( gi|59 ): AGTCATTGGTAAGACCAGGCTAGGGATAAAACCCAAAACCTTCAGCGTGCTAAGTGAGATTCTAC
Unaligned ( gi|63 ): ATGTAACTAGGCCAGGGATCAAACCTTCTGCATTCGATGTGGAATCTACAACCAGACCA
Unaligned ( gi|64 ): ACCCAGCCGAGGATTGAGCCCACAGTCTTCCTCATTCTACCAGACTAACGCTGTAGTT
Unaligned ( gi|78 ): CTACGTATTCGTACAAAATCATGCCGATCCTTATGA
Unaligned ( gi|80 ): ACGGAGGATACGAAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|81 ): CGAAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|82 ): CCAGAAATACCCGATGTTTCACGATTGACAC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                                             66  9           222       44  999      7    44      9      888888    2222     0000 9   333 0000  88      77777777         888  7  1  5555555     8888888    4   4 9  9999  2222222 88  44       777  777777777777777   3       777777      88 8888888888     11111111111               7    8 8 8     00             7    4                   666    5 00 4 4     99     88 3 444  4     4             77  33333333 6666     2  3      88   9999    333  88888   4 9999  4    5   7 333       
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Reference ( family-505 )      :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TNT-CCTCT-NAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CGGGGATCGAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCTGCGG
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gi|21                         :                                                                                                                                                                               tatattgtgacacatttaacaatatttattattttatcattaacaaacctaaaactatcatctggatcttttatctgttAGTA-------TTGCG-------CTGCCAGA-C----------------T--GTC-GATACCC--CAC---------------CCA-CTCACGT------TAT
gi|23                         :                                                                                                                 gttgtgctgtgttgtgcttatatcatttaagttaatacaacgatgattgcatgttttgtgacattattatgtcagtcataaggaatacAC----ATGTA---T----TTA-TAAGCA--------ATGTTACATA--TA-GATTAA------TCACA-------TTGT-AGA-T-GC----TT--AA---T--AT--GATATAC--AAG---------------CAA-GTCACAT------TAAACT--G----------GTAC
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   actcttcaggcacggtgatacaatatttACCT--GAGT-TATTCCTCT-GAATGCTAACCGTC-AAAA-GAA-AAGATTTAAGTACCA---TTTT-T-CA-A-ATCTT--TATTT--A-A---AA-CTGTT-CAAGAATTGAACC--CA--T-G---A----CATTC-TG-CAaatgacaacc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtcacatgatatggatC----AT--GG---C--ACA-GATACCA--TAT---------------CT--GTCATAT------TATACT--G----------ACACCT----------TGCTGGCCAATCCCA-GATC-CTT-C
gi|26                         :                                                          aatatttcagtgtcatcaatatagtgtcttttattgtcttgtcgcatttagttatTTGTATGGTGTT--TA-GCTTTGCTTTC---AATAATT--TT---TCA-----TGT--TGCAATGGTGTCC------ACTT----CAGAG----A-GTA---T----TC--TGAGTG--------CAGCCACAC---T
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgGA-C-AC----AT--GA---T--TT--GATACCC--AA------------------A----ACAT------TATACT--G----------ACACTG----------CACCAACAAGTTCAA-CAACATGT-CTTTT-CAATAATGAaaaccacctctgcagttttggtatatatc
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c--TGGCA----G---ACTCCTGT-CTGGAATTGAACT--CA--A-A---A----CTTCC-TG-CATG-A--AGGACCCCATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-cagttcatctttttaaactcttcaatacaatttgaccgg
gi|3                          :                                                                                        ttaatactatggctgtagtttcagaTTGTATGGTGTT--TA-GCGTTGCTTTC---AACAACT--TT----CAGTT-ATAT--CGCAATGGTGTCT------TCTT----GATAC----A-GTA---C----TT--TGAGAG--------CTGCCACACCACTG-AAATA-------T---G-------CTGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCAGACCAGACCTT-GAAC-TAT-TCGCT-TTATGCTGAGCACC-AAGC-GAGGAAACTTCTACTACCA---TTAT-T-CA-A-GTCTT--TGTTA--T-A---AC-CTGAC-CGAGGATCAAACC--AA--C-A---A----CTTTC-TGACAT-CA--AGG--TGGACT---TT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-ATT-GCTGTGaggcagta
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgTTTAGTACAG---TTTT-T-AA-ATGACTT--TGA-A--T-G---AC-CTGGT-CAGTAATTGAACC--CA--C-A---AGGCCCCTTA-AA-CAT------GG--TGGTCA---TC-----ATG-C----TG-TTAG-AGC-A-CTGCTGGGG
gi|31                         :                                                                                                                                          TTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAA--CAAGACAGTGCAT------GCCTTCAGGAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCA--------------------TG-GACTA------------------------------------AT--GG---T--AT--GATATCC--TAC---------------CGA-GTCGCAta
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtcaA---TTGC-T-AC-A-ACCTT--TGGTG--T-G---AC-TTGAC-AGTGAACAAAAAC--CAT-C-C---A-----CTAC-TG-CATGTG--AGA--CAGACA---CTG----CCA-CAACTCA-CTGG-ACC-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                            ttggttaaCAC---TG-AGGT--------TCATGTAAATTTCTAC-AGA-TTAC----AT----------AT--GATAGCT--GAT---------------CCA-GTAACAT------TATAGT--G----------GC-------------------ACTAGTCCCA-GAAC-ATT-CCTCT-TAATGCT
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTTTCTAGTACCA---ATT-----A-A-GTCTTTCTAATAACT-G---AT-CTGAC-T--GGAACGAATC--TA--A-A---A----CCTCC-AA-CATTCA--AGG--AGAATA---CC-----CAA-T----CA-CTGT-GCC-A-ca
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                  CACAC---TG-AAATA-------GCATA-------CCTT-AAG-C-AC----GT--AA---T--GA--GATACCA--AAC---------------CCA-TT--TAT------TATATT--G----------ACATCG----------
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acatatccttgaatacttgA---TGTT-T-TA-A-GTTTA--TGATG--T-G---AC-CCAGTGCAGGAAACAAACT--CA--GAG---A----CTCTC-AG-CATGCG--ATG--TGGATA---CC-----TTG-C----CT-CTAA-A---G-C-GCTACtcctagactag
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CCA---TGTT-T-AA-A-GCCTG--TGGTA--T-A---AC-CCAGT-AAGATATTGACCC--TG--T-A---A----CCTTCAAG-CGTTTT--AGG--TAGTCA---TT-----CTA-T----CA-C-AGTGCC-A-TGGCTGCtgctg
gi|4                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCCTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACAGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCTGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-TCGGC-CGGGGATTTAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACGAT-CT-----CTA-C----CA-CCAG-ACC-A-C-GCCGC
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gACCA---TCTTCT-GA-T-GTCAT----G-A--T-A---AC-CTAGC-CATG--CCAAACC--CA--C-A---G----CCTTC-CA-TATGGA--AAA--C--ATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-Ac
gi|41                         :                                                                                                                                                    ctttcaT---TCAGTC-ATAT--CACGATCATGTCT------GCTT----CAGAC----A-TTA---TGTGATG--TTAGCGGTTTAGCCCTACCACTC---TG-CAGCA-------TCACA-------ACGC-AAA-gttgtgcc
gi|44                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAT--CGCAACAGTGTCTACCAGCACTT----GAGAC----A-GTA---T----CC--T
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---T--AT--GATACAC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TA---T--G----------ACAgtg
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taaAGTAC------TTT-T-AAGA-GTATT--TTGTA--A-G---AA-CTGAC-CGGGGATCGAACC--CG--C-acagtcaattcggtgctagaatagttcactttcctgtgagcattaa
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattgcgaatatcaagttacggggatataTT-T-AA-A-ATGTT--TGATA--T-G---AC-CCTGC-CAGAGATCGAATG--CA--T-GATTA----TTTTC-GG-AATGCA--ATG--GTGATA---CT-----GTA-C----
gi|5                          :                                                                                                              ttaTTGTATTGTGCT--TA-GCGTCGCTTTC---AAAAAAA--TT---TCAGTC-ATAT--CATGACGATGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TGAAAA--------CTGTCCCAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-AC----AC--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCCGACCAGACCAA-GAAC-TTT-CCTCT-AAATGCTTAGTGTC-AAGC-AAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CAGGGATCGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-AG-CATGCG--AGG--TGGATG---CT-----CTA-C----AA-CTAG-ACC-A-T-GCTGCGG
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAG-TTATAGTACCA---TTTT----A-A-GTCTT--CAATA--A-G---AT-TCAGC-TGGAGATTAAATT--GG--C-A---A----CCTCC-AG-C
gi|51                         :                                                                                                       aactggggattTGTATGGTGTT--TA-GCGCCGTTTTC---AACAATA--TTCTGTCA-CC-ATAT--
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T------TGTA-T--G----------ATACC-------------CCACCCA---CTT-GAAC-TAT-CCTTC-AAATGCTGAACATC-AATA-AAGGAAGTTTTTAGTACCA---TTgtgttttctagataccaaataagtacatt
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      C-GAGGAGGTTTCTAGTACTA---GTTT-T-AA-A-GT--------------------------------ATTGAACC--TA--T-G---A----TTT----G-CATGCG--AGG--CTGATG---CT-----CTA-C----TG-CTa
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                            -GAATA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-A---------AG---TTCAT--GTTACCC--CGT---------------CCA-GTCATATAACATGTATAAT--A----------ATACTA----------GGC
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgaTTGAACC--TT--T-G---A----CCTCT-CG-CTTCCG--AGG--TGGATG---CT-----TTA-C----CAATTAG-ACC-A-C-
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gatGTA--TTG---AG-CCGGT-CG---ATCGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGT--CAGGCA---CCCAAGACCA-C----CA-CTAG-ACgaagacggattata
gi|57                         :                                                                                                                             --TA-ACTTTGTTTTC---AACGATC--TA---TCAGTC-ATAT--CGCGCCGGTA--T------ACTT----TA-------A-GTA---T----t
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                            taatgttagacgagCATA-------CTGC-AGA-C-ACAATAAT--GA---C--AC--GATACCC--AAC---------------CCC-GCC-CAT------TA-GCT--A----------ACACCA----------AGCCGACTA
gi|6                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TT--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCT-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-TCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CAGGGATTGAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGC---AAG--CTGGCG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCCGCGG
gi|60                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GACTAAACC--CA--C-A---A----TCTGC-CG-CATGTGCCATG--TGGACA---CT-------A-C----CA-CTAG-ACCAA-T-GCTGCAG
gi|61                         :                                                                                                                 TTGTGTTGTGTT--TA-ACATTGTTTCC---GATAATT--TT---TCAGTC-ATGT--Cta
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taATCAAACC--CA--T-G---A----CCATT-CA-CATACA--AGA-----ACATAACT-----GTA-C----CA-CCAG-ACC-ACC-ACTGTGaagagaggctattt
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GTA-------ACATA-------CACC-AAA-C-AC----AG--AC---T--GT--GATACCC--TAC---------------CCA-GTCACA
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgacT--GATACCC--CAC---------------TCA-GTCAC---------ACACT--G----------ACACT-----------GGCC-ACCA-ACCCATGACC-TTC-CCTCT-gcatccgaac
gi|67                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 A-------TTATG-------TCCC-AGA-C-AC----CA--GC---T--AC--GATACCA--AGC---------------TCA-ATCACGT------TATCCT--G----------ACAC
gi|68                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTTAGTAAGCCTCGCTTTC---AAAACAT--TT---TCTGTT-ATAT--C
gi|69                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gttgC--CA--C-A---A----CCATC-CG-CATGAT--AGG--TGGACA---CT-----CTA-C----AT-CTAG-ACC-A-T-GCT
gi|7                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CATGAC---------------TT----GTGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CTGC-AGG-C-TC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATA----G----------ACACCG----------GGCCGACCAGAACTA-GAAC-CCT-CCTCT-TAATGCTGAGCATC-AAGT-GAGGAAGCTTTTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CGGGGATTGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCTGTGGttg
gi|70                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tg-G---A----CCTTT-CG-TATGCG--GGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CG-CTAG-ACA-ACC-GCTGTGGt
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AGA-C-AC----ATCAGG---T--AG--GATATCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TTAACT--G----------GCATCt
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGCAGAGATAGGTTTTAGTACCA---TTTT-C-AA-A-GTCTT--TGATA--T-a
gi|73                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctg-A-GTCTT--TGGTA--T-GACCAC-CCGTC-CGGGGGTTGAATC--AA--C-A---A----a
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAT------AATACT--G----------ACATCA----------GGCCGACCAGTCC-G-GAAC-TTT-CC
gi|75                         :                                                                                                                                                                                                                                                    CGC---TG-GAATA-------TCATG-------TCAC-AGA-C-TC----AC--GG---T--AT--GATATC
gi|76                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--TT---
gi|77                         :                                                                                                              ttgTTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--T
gi|79                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttg--AGA--TGAATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-AAC-ACC-ACTGCGG
gi|8                          :                                                                                                                        ccGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAA--TGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGTG--------TTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------TCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCC-AAATACTGAGCGTC-AATC-GAGGAAGCTTTTAGTAACA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CTGGC-CGGGGATTGAACC--TA----G---A----CCTTC-TG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTGG-ACC-A-C-ACTGCGG
gi|9                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-ACGTCGTTTCC---GGCAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGAGATGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TG--TAAGCG--------CTTCCACAC---CG-AA-TA------------------------------------------------AT--CATACCC--CAC---------------CAA-GTCACAT------TATACT--C----------ACACCG----------AGCCGACCAGACCTA-GAAC-TAT-CCCCCAAAATACTGAGCACC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-TAAA-A-ATATT--TGGTA--T-A---TC-CTGGT-AGGGGATCGTACC--TT--T-G---A----CCTTC-CG-CATGCA--AGG--CAAACA---CT-----CTA-C----AC-CTAG-ACC-A-CAGCTGCGG


blockSeqs                     :                                                                                                                             AG  A           GCA       .   CTG      T    GA      G      ACCAGC    TCAG     AACA T   .   GTGA  A       GTTTAGCC         CAC  T     TTGGCCT     TAAATTT    C   G T  AATA  GGAAA   TC  CC       AGC  CACCCACCCCGCCAG   C       AACATG      TA CGTCCAAGTC     GTAGTGACGTC               T    A A T     AA             A    A                   TTT    C AA G T     TC     AC T ACC  T     G             AA  TGATT    GGCC     A  A      CC   ACCC    TAA  CAAGA   . AACT  A    T   A CC 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       A      .         .        .    .   .   .     .       G                A    .     A           .          .   . T  .     CAGG    .   C        T    GATTG             .       .           .  .              G                         .    . A .     T              .    .                   .      . C  . .     .      .  . .    .     .             .   ACCA     .        .  .      .    TT      AT   G       . .     .    .   . CT 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   A        C    .                 .       .           .  .              G                         .    . C .     A              .    .                   .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   TCC      .        .  .      .    CA      .    .       . .     .    .   . CC 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       T      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GA      .   .        C    .                 .       .           .  .              G                         .    . A .     A              .    .                   .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   GAG      .        .  .      .    CA      .    .       . .     .    .   . CC 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     AG      .   .        T    .                 .       .           .  .              G                         .    . A .     T              .    .                   .      . C  . .     .      .  . .    .     .             .   CG       .        .  .      .    CG      .    .       . .     .    .   . TT 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GT      .   .        C    .                 .       .           .  .              G                         .    . A .     T              .    .                   .      . C  . .     .      .  . .    .     .             .   TG       .        .  .      .    AG      .    .       . .     .    .   . CT 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GA      .   .        G    .                 .       .           .  .              T                         .    . A .     T              .    .                   .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   TG       .        .  .      .    TG      .    .       . .     .    .   . TG 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       A      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     AA      .   .        C    .                 .       .           .  .              G                         .    . T .     A              .    .                   .      . C  . .     .      .  . .    .     .             .   TG       .        .  .      .    TG      .    .       . .     .    .   . CC 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       A      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   .        A    .                 .       .           .  .              T                         .    . G .     G              .    .                   .      . C  . .     .      .  . .    .     .             .   CG       .        .  .      .    CA      .    .       . .     .    .   . CC 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       C      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GA      .   .        T    .                 .       .           .  .              G                         .    . A .     C              .    .                   .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   TA       .        .  .      .    AG      .    .       . .     .    .   . CC 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       A      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   .        A    .                 .       .           .  .              A                         .    . T .     T              .    .                   .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   TG       .        .  .      .    TG      .    .       . .     .    .   . CA 
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   .        C    .                 .       .           .  .              G                         .    . C .     T              .    .                   .      . T  . .     .      .  . .    .     .             .   AA       .        .  .      .    TA      .    .       . .     .    .   . C  
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     AA      .   .        T    .                 .       .           .  .              G                         .    . T .     A              .    .                   .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   CA       .        .  .      .    CG      .    .       . .     .    .   . C  
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   .        G    .                 .       .           .  .              A                         .    . A .     A              .    .                   .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   CA       .        .  .      .    GT      .    .       . .     .    .   . T  
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   .        A    .                 .       .           .  .              A                         .    . C .     A                   .                   .      . G  . .     .      .  . .    .     .             .   AA       .        .  .      .    TG      .    .       . .     .    .   . C  
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       G      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     AG      .   .        A    .                 .       .           .  .              A                         .    . T .     A                   .                   .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   TA       .        .  .      .    CT      .    .       . .     .    .   . C  
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       .      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GA      .   .        C    .                 .       .           .  .              G                         .    . C .     T                                       .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   CG       .        .  .      .    TG      .    .       . .     .    .   . T  
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       .      .         .        .    .   .   .     .       .                .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   .        C    .                 .       .           .  .              G                         .    . T .     A                                       .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   CA       .        .  .      .    CA      .    .       . .     .    .   . T  
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .       .      .         .        .    .   .   .     .                        .    .     .           .          .   . .  .     AC      .   .        C    .                 .       .           .  .              A                         .    . C .                                             .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   CA       .        .  .      .    CT      .    .       . .     .    .   . C  
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .           .         .   .        .    .                                 .    .   .   .                              .    .     .           .          .   . .  .     GC      .   .        A    .                 .       .           .  .              G                         .    . A .                                             .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   CA       .        .  .      .    TG      .    .       . .     .    .   . C  
blockSeqs                     :                                                                                                                                             .         .   .        .    .                                                                             .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   .        C    .                 .       .           .  .              G                         .    . . .                                             .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   TG       .        .  .      .    TG      .    .       . .     .    .   .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                       .   .        .    .                                                                             .    .     .           .          .   . .  .     GG      .   .        T    .                 .       .           .  .              .                         .                                                      .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   TG       .        .  .      .    CG      .    .       . .     .    .   .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                           .                                                                                                      .           .          .   . .  .     GG      .   .        C    .                 .       .           .  .              .                                                                                .      . A  . .     .      .  . .    .     .             .   CA       .        .  .      .    CG      .    .       . .     .    .   .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  .           .          .   . .  .     .       .   .        A    .                 .       .           .  .              .                                                                                .      . .  . .     .      .  . .    .     .             .   CG       .        .  .      .    TG      .    .       . .     .    .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  .           .          .   . .  .     .       .   .        C    .                 .       .           .  .              .                                                                                .      . .  . .     .      .  . .    .     .             .   CA       .        .  .      .    CG      .    .       . .     .    .        
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17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): CTGTCATACTTGAGGGTCATGTCCCTGACACGAGACGATGCCCTACACAGTCTCATTACATGTATATAGTTTCACTGGTTTGACCAGTCTTTTAAACATCAAGGGTTGAAGCTACCAGTGCCATTTATAGCAAGTTTATGCCATGTTTGACCTGATTTAGGGCCGAGCCCAC
Unaligned ( gi|22 ): ATTATATCGTAAGGTCTTTAGCATCGATTTCAAACTGCAATCCAGTTTCATGACGAAACAGTAGTATTAGCGCTCCAATACCTGTATATATGGCACGAACCCCAACTCCATCACACTATACCGACACC
Unaligned ( gi|28 ): AAGAAAGCTACAAGTACCTACATGGTAGATATCCTAGCCTGGGTTTGATCAAACCAACAACCTCCAACATGCAGAATGCACAAACTTCCCACTGGACTACTGCTG
Unaligned ( gi|32 ): CATTATGTACCTTTACACTAGGCAGACTTGTTCTTGAACTACCTTTTGAATACTGGTCGCCAAAGGAGGTAGCTACCAGTATTATTTTTTTAATCT
Unaligned ( gi|36 ): TCAAGTGAGAAAGTTTTGTATATATAAGCTTTTGATGTGACCAGGATGTGGATCAGATTCATAACCATGAGCATACAAAGTTGATGTTCTATCAC
Unaligned ( gi|42 ): AGGGAGCATATTACCAACTTTAACATCCTGATATGACACAGTAGGGATCAAACACGAAACGTCCAGCAAGCAAGGAGGATATTTT
Unaligned ( gi|43 ): TAAATCACCAGCAATACTTTGCAAGTATAATCTGGCCAGGGCTCAAGTCAGTGACTTTACACTTAAAGGTAGATGTTCCATCC
Unaligned ( gi|45 ): TGAAAACCTTCGGTAAGACCTGGCCAGGAATCAAACCTGGAACCTCTATCACATGAGTCAGATGTTTTACCGCTGAGCCA
Unaligned ( gi|48 ): TTATTTGACCAGTTAAGATAGTTATAACTTATAGCTTATATAACTTAATGTAAGTTTGGTAAACATAAAATGAAGAT
Unaligned ( gi|59 ): AGTCATTGGTAAGACCAGGCTAGGGATAAAACCCAAAACCTTCAGCGTGCTAAGTGAGATTCTAC
Unaligned ( gi|63 ): ATGTAACTAGGCCAGGGATCAAACCTTCTGCATTCGATGTGGAATCTACAACCAGACCA
Unaligned ( gi|64 ): ACCCAGCCGAGGATTGAGCCCACAGTCTTCCTCATTCTACCAGACTAACGCTGTAGTT
Unaligned ( gi|78 ): CTACGTATTCGTACAAAATCATGCCGATCCTTATGA
Unaligned ( gi|80 ): ACGGAGGATACGAAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|81 ): CGAAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|82 ): CCAGAAATACCCGATGTTTCACGATTGACAC






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Reference ( family-505 )      :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TNT-CCTCT-NAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CGGGGATCGAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCTGCGG
gi|1                          :                                                                                                                   GCATGTTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACATTTGTTT---TCAGTT-ATAT--CGTGTCGGTATCT------ACTT----GAGAT----A-GTAGCCT----TCGCTAAGCG--------CTAGCATAT---TG-AAGTA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TACACT--G----------ACACCA----------AGCCAACCAAACCTA-GAAC-TAG-ACTCT-AAATGCT--GCGAC-AAGT-GATTACGCTTATAGTACCG---TGTT-T-TA-A-GTCTA--TGACA--T-G---TT-CCGAC-CGTGGATCGAACC--CA--C-G---T----CCTTC-TG-CTTGCG--AGG--CGGACG---CT-----GTACC----CA-ATA--ACC-ACC-GCTGCGG
gi|10                         :                                                                                                                                                           ---TCAGTTTAT-T--CGTGACGTTGTCC------ATTC----AATAC----A-TTA---T----AC--TAAATGG-------CCACCACAC---AG-GAATA-------TCATG-------CCAC-AAA-C-A-----------------------TACCT--TA------------------A-AT---AT------TATACT--A----------ACACCG----------GTCCGAATAGATTTC-TAAC-TAT-CCTCT-TAATGTTGTG-ATCAAAGT-GAAGAAGCATCTAGTACTA---TTTT-C--A-A-GTCTT--T-------------C-AC-GC-TGGTGATCGAACT--AA--C-G---A----TCTTG-CG-CATACG--AGG--TTGACG---CT-----CTA-C----CA-CTGG-ACA-ACC-GCTGCG
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gCCTCTAA-ATCA---TCT----AA-A-ATATT--TTGTA--T-G---AC-CCGGC-CAGGGATCAAACC--CA--T-G---A----CCT---CA-CATCCA--AGA--CAGATG---CT-----CTA-C----CT-CTAC-ACC-A-CTGCTGcatctaaaatattttgtatgacccggccagggatcaaacccatgacctcacatccaagacagatgctctacctctacaccactgctg
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gi|17                         :                                                                                                                          GTT--GA-GAGACGCTTTTGCAAAAAATT--TA---AAAGTC-AAATGACGCGACTTTATCT------GCTT----GAGATAACAA-ATA---A----GC--TAAGCA--------CTGCCATAC---TGTTAAAA-------ACATG-------ACAC--GG-C-AT----AT--AG---T--AT--GAAACCCAGCACCACCCACCCCGCCAGCCA-GTTACAT------TTTACT--G----------ATACCG----------GGggccatcatgtgacagtt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T------TATATTTAA----------ACAAGG----------GGTCAACCAGACCTA-GAAC-T----CTCT-TAATGCTGAGCAGC-AAGC-AAAGAAGCCTCTAGTTCCA---TTTT-T-CA-A-GTCTC--TGGTA--T-G---AC-CCTCT-CGGGGATCAAACC--CA--T-G---A----CCATC-CT-CATATG--AGG--CGGGCA---CT-----CTG-C----CA-CTAG-ACT-ACC-GCTG
gi|19                         :                                                                                                                 TTGTATGGAGTT--AA-GCTTCATTTTA---AAACATT--TT---T----------------------TTT------ACTT----GA-AC------GTA---T----TC--AAAGGG--------CTGCCACAC---TT-GAGTA-------ACATA-------CTGC-AGA-C-AC----AT--GT---T--AT--GATGCCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACG--G----------ACACCT----------GGTCGATAAGAACTA-ta
gi|2                          :                                                                                                              gttgTGTAAGATGTT--TG-GCGTCGCTTTC---AACAATT--GT---TCAGTT-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTA----GAGAC----A-GTA---T----TC--TGAGCG--------CTGCCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GA---C--AA--GATA-CC--GAC---------------CCA-GTCACAT------TACACA--G----------ACACCG----------GATCGACCAGACCTA-GAAC-TAT-TTTCT-AAATGCTGAGCGAC-ATGA-GAGAAAGCTTGTAGTACCATTTTTTT-T-CA-A-ATATT--TGGTA--T-G---AC-CCGTT-CGGGGATCGAACC--AA--C-G---A----CCTTC-CA-TATGCG--AGA--AGGTCG---CT-----ATA-T----CT-CTAA-CCC-ACC-GCTGCGG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---TTTT-T-AT-T-GTTGT--AGGTT--T-G---AC-CCGGG-CAGGGATCGAACC--CA--T-A---A-----CTTC-C--CATACA--At
gi|21                         :                                                                                                                                                                               tatattgtgacacatttaacaatatttattattttatcattaacaaacctaaaactatcatctggatcttttatctgttAGTA-------TTGCG-------CTGCCAGA-C----------------T--GTC-GATACCC--CAC---------------CCA-CTCACGT------TAT
gi|23                         :                                                                                                                 gttgtgctgtgttgtgcttatatcatttaagttaatacaacgatgattgcatgttttgtgacattattatgtcagtcataaggaatacAC----ATGTA---T----TTA-TAAGCA--------ATGTTACATA--TA-GATTAA------TCACA-------TTGT-AGA-T-GC----TT--AA---T--AT--GATATAC--AAG---------------CAA-GTCACAT------TAAACT--G----------GTAC
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   actcttcaggcacggtgatacaatatttACCT--GAGT-TATTCCTCT-GAATGCTAACCGTC-AAAA-GAA-AAGATTTAAGTACCA---TTTT-T-CA-A-ATCTT--TATTT--A-A---AA-CTGTT-CAAGAATTGAACC--CA--T-G---A----CATTC-TG-CAaatgacaacc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtcacatgatatggatC----AT--GG---C--ACA-GATACCA--TAT---------------CT--GTCATAT------TATACT--G----------ACACCT----------TGCTGGCCAATCCCA-GATC-CTT-C
gi|26                         :                                                          aatatttcagtgtcatcaatatagtgtcttttattgtcttgtcgcatttagttatTTGTATGGTGTT--TA-GCTTTGCTTTC---AATAATT--TT---TCA-----TGT--TGCAATGGTGTCC------ACTT----CAGAG----A-GTA---T----TC--TGAGTG--------CAGCCACAC---T
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgGA-C-AC----AT--GA---T--TT--GATACCC--AA------------------A----ACAT------TATACT--G----------ACACTG----------CACCAACAAGTTCAA-CAACATGT-CTTTT-CAATAATGAaaaccacctctgcagttttggtatatatc
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c--TGGCA----G---ACTCCTGT-CTGGAATTGAACT--CA--A-A---A----CTTCC-TG-CATG-A--AGGACCCCATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-cagttcatctttttaaactcttcaatacaatttgaccgg
gi|3                          :                                                                                        ttaatactatggctgtagtttcagaTTGTATGGTGTT--TA-GCGTTGCTTTC---AACAACT--TT----CAGTT-ATAT--CGCAATGGTGTCT------TCTT----GATAC----A-GTA---C----TT--TGAGAG--------CTGCCACACCACTG-AAATA-------T---G-------CTGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCAGACCAGACCTT-GAAC-TAT-TCGCT-TTATGCTGAGCACC-AAGC-GAGGAAACTTCTACTACCA---TTAT-T-CA-A-GTCTT--TGTTA--T-A---AC-CTGAC-CGAGGATCAAACC--AA--C-A---A----CTTTC-TGACAT-CA--AGG--TGGACT---TT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-ATT-GCTGTGaggcagta
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgTTTAGTACAG---TTTT-T-AA-ATGACTT--TGA-A--T-G---AC-CTGGT-CAGTAATTGAACC--CA--C-A---AGGCCCCTTA-AA-CAT------GG--TGGTCA---TC-----ATG-C----TG-TTAG-AGC-A-CTGCTGGGG
gi|31                         :                                                                                                                                          TTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAA--CAAGACAGTGCAT------GCCTTCAGGAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCA--------------------TG-GACTA------------------------------------AT--GG---T--AT--GATATCC--TAC---------------CGA-GTCGCAta
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtcaA---TTGC-T-AC-A-ACCTT--TGGTG--T-G---AC-TTGAC-AGTGAACAAAAAC--CAT-C-C---A-----CTAC-TG-CATGTG--AGA--CAGACA---CTG----CCA-CAACTCA-CTGG-ACC-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                            ttggttaaCAC---TG-AGGT--------TCATGTAAATTTCTAC-AGA-TTAC----AT----------AT--GATAGCT--GAT---------------CCA-GTAACAT------TATAGT--G----------GC-------------------ACTAGTCCCA-GAAC-ATT-CCTCT-TAATGCT
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTTTCTAGTACCA---ATT-----A-A-GTCTTTCTAATAACT-G---AT-CTGAC-T--GGAACGAATC--TA--A-A---A----CCTCC-AA-CATTCA--AGG--AGAATA---CC-----CAA-T----CA-CTGT-GCC-A-ca
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                  CACAC---TG-AAATA-------GCATA-------CCTT-AAG-C-AC----GT--AA---T--GA--GATACCA--AAC---------------CCA-TT--TAT------TATATT--G----------ACATCG----------
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acatatccttgaatacttgA---TGTT-T-TA-A-GTTTA--TGATG--T-G---AC-CCAGTGCAGGAAACAAACT--CA--GAG---A----CTCTC-AG-CATGCG--ATG--TGGATA---CC-----TTG-C----CT-CTAA-A---G-C-GCTACtcctagactag
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CCA---TGTT-T-AA-A-GCCTG--TGGTA--T-A---AC-CCAGT-AAGATATTGACCC--TG--T-A---A----CCTTCAAG-CGTTTT--AGG--TAGTCA---TT-----CTA-T----CA-C-AGTGCC-A-TGGCTGCtgctg
gi|4                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCCTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACAGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCTGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-TCGGC-CGGGGATTTAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACGAT-CT-----CTA-C----CA-CCAG-ACC-A-C-GCCGC
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gACCA---TCTTCT-GA-T-GTCAT----G-A--T-A---AC-CTAGC-CATG--CCAAACC--CA--C-A---G----CCTTC-CA-TATGGA--AAA--C--ATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-Ac
gi|41                         :                                                                                                                                                    ctttcaT---TCAGTC-ATAT--CACGATCATGTCT------GCTT----CAGAC----A-TTA---TGTGATG--TTAGCGGTTTAGCCCTACCACTC---TG-CAGCA-------TCACA-------ACGC-AAA-gttgtgcc
gi|44                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAATC-ATAT--CGCAACAGTGTCTACCAGCACTT----GAGAC----A-GTA---T----CC--T
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---T--AT--GATACAC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TA---T--G----------ACAgtg
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taaAGTAC------TTT-T-AAGA-GTATT--TTGTA--A-G---AA-CTGAC-CGGGGATCGAACC--CG--C-acagtcaattcggtgctagaatagttcactttcctgtgagcattaa
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattgcgaatatcaagttacggggatataTT-T-AA-A-ATGTT--TGATA--T-G---AC-CCTGC-CAGAGATCGAATG--CA--T-GATTA----TTTTC-GG-AATGCA--ATG--GTGATA---CT-----GTA-C----
gi|5                          :                                                                                                              ttaTTGTATTGTGCT--TA-GCGTCGCTTTC---AAAAAAA--TT---TCAGTC-ATAT--CATGACGATGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TGAAAA--------CTGTCCCAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-AC----AC--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCA----------GGCCGACCAGACCAA-GAAC-TTT-CCTCT-AAATGCTTAGTGTC-AAGC-AAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CAGGGATCGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-AG-CATGCG--AGG--TGGATG---CT-----CTA-C----AA-CTAG-ACC-A-T-GCTGCGG
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAG-TTATAGTACCA---TTTT----A-A-GTCTT--CAATA--A-G---AT-TCAGC-TGGAGATTAAATT--GG--C-A---A----CCTCC-AG-C
gi|51                         :                                                                                                       aactggggattTGTATGGTGTT--TA-GCGCCGTTTTC---AACAATA--TTCTGTCA-CC-ATAT--
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T------TGTA-T--G----------ATACC-------------CCACCCA---CTT-GAAC-TAT-CCTTC-AAATGCTGAACATC-AATA-AAGGAAGTTTTTAGTACCA---TTgtgttttctagataccaaataagtacatt
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      C-GAGGAGGTTTCTAGTACTA---GTTT-T-AA-A-GT--------------------------------ATTGAACC--TA--T-G---A----TTT----G-CATGCG--AGG--CTGATG---CT-----CTA-C----TG-CTa
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                            -GAATA-------TCATG-------CCAC-AGA-C-A---------AG---TTCAT--GTTACCC--CGT---------------CCA-GTCATATAACATGTATAAT--A----------ATACTA----------GGC
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgaTTGAACC--TT--T-G---A----CCTCT-CG-CTTCCG--AGG--TGGATG---CT-----TTA-C----CAATTAG-ACC-A-C-
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gatGTA--TTG---AG-CCGGT-CG---ATCGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGT--CAGGCA---CCCAAGACCA-C----CA-CTAG-ACgaagacggattata
gi|57                         :                                                                                                                             --TA-ACTTTGTTTTC---AACGATC--TA---TCAGTC-ATAT--CGCGCCGGTA--T------ACTT----TA-------A-GTA---T----t
gi|58                         :                                                                                                                                                                                                                                                            taatgttagacgagCATA-------CTGC-AGA-C-ACAATAAT--GA---C--AC--GATACCC--AAC---------------CCC-GCC-CAT------TA-GCT--A----------ACACCA----------AGCCGACTA
gi|6                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TT--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCT-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-TCTCT-AAATGCTGAGCGTC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CAGGGATTGAACC--CA--C-G---A----CCTTC-CG-CATGC---AAG--CTGGCG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCCGCGG
gi|60                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GACTAAACC--CA--C-A---A----TCTGC-CG-CATGTGCCATG--TGGACA---CT-------A-C----CA-CTAG-ACCAA-T-GCTGCAG
gi|61                         :                                                                                                                 TTGTGTTGTGTT--TA-ACATTGTTTCC---GATAATT--TT---TCAGTC-ATGT--Cta
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taATCAAACC--CA--T-G---A----CCATT-CA-CATACA--AGA-----ACATAACT-----GTA-C----CA-CCAG-ACC-ACC-ACTGTGaagagaggctattt
gi|65                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GTA-------ACATA-------CACC-AAA-C-AC----AG--AC---T--GT--GATACCC--TAC---------------CCA-GTCACA
gi|66                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgacT--GATACCC--CAC---------------TCA-GTCAC---------ACACT--G----------ACACT-----------GGCC-ACCA-ACCCATGACC-TTC-CCTCT-gcatccgaac
gi|67                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 A-------TTATG-------TCCC-AGA-C-AC----CA--GC---T--AC--GATACCA--AGC---------------TCA-ATCACGT------TATCCT--G----------ACAC
gi|68                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTTAGTAAGCCTCGCTTTC---AAAACAT--TT---TCTGTT-ATAT--C
gi|69                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gttgC--CA--C-A---A----CCATC-CG-CATGAT--AGG--TGGACA---CT-----CTA-C----AT-CTAG-ACC-A-T-GCT
gi|7                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CATGAC---------------TT----GTGAC----A-GTA---T----TC--TAAGCG--------CTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------CTGC-AGG-C-TC----AT--GG---T--AT--GATACCC--CAC---------------CCA-GTCACAT------TATA----G----------ACACCG----------GGCCGACCAGAACTA-GAAC-CCT-CCTCT-TAATGCTGAGCATC-AAGT-GAGGAAGCTTTTAGTACCA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CCGGC-CGGGGATTGAACC--CA--C-A---A----CCTTC-CG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-ACC-A-C-GCTGTGGttg
gi|70                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tg-G---A----CCTTT-CG-TATGCG--GGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CG-CTAG-ACA-ACC-GCTGTGGt
gi|71                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AGA-C-AC----ATCAGG---T--AG--GATATCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TTAACT--G----------GCATCt
gi|72                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGCAGAGATAGGTTTTAGTACCA---TTTT-C-AA-A-GTCTT--TGATA--T-a
gi|73                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctg-A-GTCTT--TGGTA--T-GACCAC-CCGTC-CGGGGGTTGAATC--AA--C-A---A----a
gi|74                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAT------AATACT--G----------ACATCA----------GGCCGACCAGTCC-G-GAAC-TTT-CC
gi|75                         :                                                                                                                                                                                                                                                    CGC---TG-GAATA-------TCATG-------TCAC-AGA-C-TC----AC--GG---T--AT--GATATC
gi|76                         :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--TT---
gi|77                         :                                                                                                              ttgTTGTATGGTGTT--AA-GCATTGTTTTC---AACAATT--T
gi|79                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttg--AGA--TGAATG---CT-----CTA-C----CA-CTAG-AAC-ACC-ACTGCGG
gi|8                          :                                                                                                                        ccGTT--TA-GCGTCGCTTTC---AACAATT--TT---TCAGTC-ATAA--TGCGACGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TC--TAAGTG--------TTGTCACAC---TG-GAGTA-------TCATG-------TCGC-AGA-C-AC----AT--GG---T--AT--GATACCC--AAC---------------CCA-GTCACAT------TATACT--G----------ACACCG----------GGCCGACCAGACCTA-GAAC-TCT-CCTCC-AAATACTGAGCGTC-AATC-GAGGAAGCTTTTAGTAACA---TTTT-T-AA-A-GTCTT--TGGTA--T-G---AC-CTGGC-CGGGGATTGAACC--TA----G---A----CCTTC-TG-CATGCG--AGG--CGGACG---CT-----CTA-C----CA-CTGG-ACC-A-C-ACTGCGG
gi|9                          :                                                                                                                 TTGTATGGTGTT--TA-ACGTCGTTTCC---GGCAATT--TT---TCAGTC-ATAT--CGAGATGGTGTCT------ACTT----GAGAC----A-GTA---T----TG--TAAGCG--------CTTCCACAC---CG-AA-TA------------------------------------------------AT--CATACCC--CAC---------------CAA-GTCACAT------TATACT--C----------ACACCG----------AGCCGACCAGACCTA-GAAC-TAT-CCCCCAAAATACTGAGCACC-AAGC-GAGGAAGCTTCTAGTACCA---TTTT-TAAA-A-ATATT--TGGTA--T-A---TC-CTGGT-AGGGGATCGTACC--TT--T-G---A----CCTTC-CG-CATGCA--AGG--CAAACA---CT-----CTA-C----AC-CTAG-ACC-A-CAGCTGCGG
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TAGTAACAGTATGACCGCGTCCGCTTAAACTATGAAGAATAACGCTATAGACGCCTTACAGGATATCTTTGTAAATCACTGGCACTTGTCCAACCAATCTTATAACTAACCTTCAAAATAGTAAGCCTTTATTGAGAAAGCTTATAGTTCCATGTTTCATGTATCTGAAACGACCTGCCCTGATATCACAC
Unaligned ( gi|16 ): CTGTCATACTTGAGGGTCATGTCCCTGACACGAGACGATGCCCTACACAGTCTCATTACATGTATATAGTTTCACTGGTTTGACCAGTCTTTTAAACATCAAGGGTTGAAGCTACCAGTGCCATTTATAGCAAGTTTATGCCATGTTTGACCTGATTTAGGGCCGAGCCCAC
Unaligned ( gi|22 ): ATTATATCGTAAGGTCTTTAGCATCGATTTCAAACTGCAATCCAGTTTCATGACGAAACAGTAGTATTAGCGCTCCAATACCTGTATATATGGCACGAACCCCAACTCCATCACACTATACCGACACC
Unaligned ( gi|28 ): AAGAAAGCTACAAGTACCTACATGGTAGATATCCTAGCCTGGGTTTGATCAAACCAACAACCTCCAACATGCAGAATGCACAAACTTCCCACTGGACTACTGCTG
Unaligned ( gi|32 ): CATTATGTACCTTTACACTAGGCAGACTTGTTCTTGAACTACCTTTTGAATACTGGTCGCCAAAGGAGGTAGCTACCAGTATTATTTTTTTAATCT
Unaligned ( gi|36 ): TCAAGTGAGAAAGTTTTGTATATATAAGCTTTTGATGTGACCAGGATGTGGATCAGATTCATAACCATGAGCATACAAAGTTGATGTTCTATCAC
Unaligned ( gi|42 ): AGGGAGCATATTACCAACTTTAACATCCTGATATGACACAGTAGGGATCAAACACGAAACGTCCAGCAAGCAAGGAGGATATTTT
Unaligned ( gi|43 ): TAAATCACCAGCAATACTTTGCAAGTATAATCTGGCCAGGGCTCAAGTCAGTGACTTTACACTTAAAGGTAGATGTTCCATCC
Unaligned ( gi|45 ): TGAAAACCTTCGGTAAGACCTGGCCAGGAATCAAACCTGGAACCTCTATCACATGAGTCAGATGTTTTACCGCTGAGCCA
Unaligned ( gi|48 ): TTATTTGACCAGTTAAGATAGTTATAACTTATAGCTTATATAACTTAATGTAAGTTTGGTAAACATAAAATGAAGAT
Unaligned ( gi|59 ): AGTCATTGGTAAGACCAGGCTAGGGATAAAACCCAAAACCTTCAGCGTGCTAAGTGAGATTCTAC
Unaligned ( gi|63 ): ATGTAACTAGGCCAGGGATCAAACCTTCTGCATTCGATGTGGAATCTACAACCAGACCA
Unaligned ( gi|64 ): ACCCAGCCGAGGATTGAGCCCACAGTCTTCCTCATTCTACCAGACTAACGCTGTAGTT
Unaligned ( gi|78 ): CTACGTATTCGTACAAAATCATGCCGATCCTTATGA
Unaligned ( gi|80 ): ACGGAGGATACGAAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|81 ): CGAAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Unaligned ( gi|82 ): CCAGAAATACCCGATGTTTCACGATTGACAC