lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111 1111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 5555555555555555555 11111 00000000000000000000000000000000000000 1 1 0000000000000000 11 1 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555555555555555555555555555555555 1 111111 1111111 111 111111111111 1111111 333 11111 11111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 1 4444444444 11111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 11 1
lowQualScore : 3 2 3 3 6 3 3333333333333333333 555 333 8888 99999 4 55555555555555555555555555555555555555 0 5 2 3 4 4 7 4 3333333333333333 55 55 9 1 66 4 99 3 1 8 4 777 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9999 77 66 9999 6 9 55 55 55 99 8 4 777777777777777777777777777777777777 77 4 5 000000 0 9999999 222 888888888888 555 0000000 000 1 77777 0 44 77777777 5 555 888 8888888888888888888888888888888888888888888888 9999 0 1 0 2 2 0 8 9 8888888888 1 55555 55555 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 99 6 7 6
lowQualScore : . . . . . . ................... ... ... .... ..... . ...................................... . . . . . . . . ................ .. .. . . .. . .. . . . . ... ............................................................. .... .. .. .... . . .. .. .. .. . . .................................... .. . . ...... . ....... ... ............ ... ....... ... . ..... . .. ........ . ... ... .............................................. .... . . . . . . . . .......... . ..... ..... . ........................................................................................... .... .. . . .
lowQualScore : 1 8 1 1 2 1 0000000000000000000 000 777 9999 33333 1 55555555555555555555555555555555555555 9 3 5 7 4 0 8 1 0000000000000000 00 00 6 6 55 3 88 6 7 0 0 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444 33 11 4444 4 0 55 55 55 55 0 0 222222222222222222222222222222222222 00 6 6 555555 5 4444444 888 666666666666 888 8888888 555 2 66666 5 66 99999999 5 888 333 2222222222222222222222222222222222222222222222 2222 1 6 9 3 7 7 8 8 9999999999 7 99999 55555 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 00 0 0 0
consensus : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATT-TC-TT-G-AAA----N-TC--AAN----CAA---TATAT-A-AAT----GAAACAACTT---CGTATCGCTAGAGTGATCA-CTGGTG-------C----------G---------TAAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGA-CCTTGGTG----TGTACATGT--ATGTACATTGCTT--TATAGCG--TATTCAN-TACACTGTATGCAA-AATGACTGG-CAAACGA---GCTGA--------AAAT--------G------------------------TGCT---------TT----GAAGTCGA--AAGAC----ATTTACCGAGAGG--T--GT--G--AC-AT-T-----NAC--TGG--G-------------GG-----GTC-AGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAATTT-T--AATCCGGGCAACAG------------CAGTTG---A-------AAGATGCTGCTCGNC---CTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACAT--CGAAA--------A--------AAAT-CA----------TGAA---C---AAC---NGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCTAATT-T-----AN-AAAAGCGTCTA----AAAGTTA--ATAAA---CGTGT-C-GTTGATACTGCATTTGTTTGCAGANGACCANAATAAGTTGAACAGTGCTTTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATACCGGAATNCAGCAAAACCTCTTTTGAGA
Reference ( gi|3 ) : CCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATT-TC-TT-G-ATA----T-TC--AAT----CAA---TATAT-A-AAT----GAAACAACTT---CCTATCACTAGAGTGAGCC-CTGAT--------C----------G---------TAAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGA-CATGGGTG-AATTGTACATGTACATGTACATTGCTT--TATAGCG--TCTTTAA-TACACTGTTTGCGA-AATGAATTG-CAAACGA---GCACA--------AAAT--------A------------------------TGCT---------TT----GAAGTCGA--AAGAC----ATTTACCGAGAAG--T--GT--G--AC-AT-T-----AAC--TGA--G-------------GG-----GTT-AAATGTCGTATTGTATTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAACAT-T--AATTTTGGCAACAG------------CAGTTG---A-------AAGACTTTGCTCGAA---CTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACAT--AAAAA--------A--------AAAT-CA----------TGAA--CC---AAC---AGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATGACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATCTAATT-T-----AT-AAAAGTATCTA----GAAGGCA--ACAAA-----------ATTGA---------------CAAAAGACCAAAA-AAG-TAA--AGTG-------GA-----A-A--------A---TTA-GAAAATGTAT-CC-AAATAGAACAAATCTTCTTTTGAGA
gi|6 : CCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATT-TC-TT-G-ATA----T-TC--AAT----CAA---TATAT-A-AAT----GAAACAACTT---CCTATCACTAGAGTGAGCC-CTGAT--------T----------G---------TAAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGA-CATGGGTG-AATTGTACATGTACATGTACATTGCTT--TATAGCG--TCTTTAA-TACACTGTTTGCGA-AATGAATTG-CAAACGA---GCACA--------AAAT--------A------------------------TGCT---------TT----GAAGTCGA--AAGAC----ATTTACCGAGAAG--T--GT--G--AC-AT-T-----AAC--TGA--G-------------AG-----GTT-AAATGTCGTATTGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAACAT-T--CATTTTGGCAACAG------------CAGTTG---A-------AAGAATTTGCTCGAA---CTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACAT--AAAAA--------A--------AAAT-CA----------TGAA--CC---AAC---AGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATTACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATGTAATT-T-----AT-AAAAGTATCTA----GAAG
gi|4 : CTGTA-AATAATGCGATCGCCATATTATT-TC-GT-G-GTAACCGT-GC--AACA---TAA---TAT-T-ATAAT----GATACAACTT---GGTACCGCTAGAGTGACTA-TTGGTACGTGTCACAG--------G---------TAAAAATCTGCCTCAAACATTCACTGA-CCTTGGTG--------CA-----AAGTTCATTGCTT--GATAGCG--TATTCCT-TACAATGTATG--ATAATGACTTG-CAATCGAGCTGCAAATGTGTTTGAAATTAGGGCCTA------------------------TATTCGAGGTAGGTT----GATGTCGA--AAGCC----ATTTACCAAGATG--T--GA--G--AC-AT-T-----TAC--GGG--GA------------GG-----GTC-AGATGTCATATATTACTA------TTTGTAGGCGGGCGGCCAAATTG-T--AATCCGAGCAACAG------------CAGTTG---A-------AAGATGCTGCTCGGC---CTGGTCGTCTTGTAACATCACTACCAA-----AGCCAA---AGAAAACGT--AGAAA--------A--------AAATCCA----------TGA----C---AACCTGAAA-ACT-GAAGCAAAACAAGAGATTTAGCTCGGATAACAAACTTATCGTTAACGCGAATTCATC
gi|8 : tCCGTA-AATAATGCGACTGCTCTGTTATTATA-TG-G-A-A----A-TC--ATG----CAA---TACAT-A-AAT----GAAAATACTT---GGTATTCCAAGAGTGATCA-CTGATA-------C----------GTGTCACATATAAAATTCAGCATCAAACATACACAGA-CCTTGGTG--------CA-----ATGTGCATTGCTT--GATAGCG--TATATAT-TACACTGTATTAAA-AATGACTGA-CAAACGA---AATTA--------AAAT--------G------------------------TGC----------TT----GAAAT--A--AGGAA----CTTTATCCA-ATG--T--AG--G--TC-AT-TGCTTGAGT--TGA--GATAGAACATTTACGGGTAGTGTC-AGATGTCATATAGTACTA------TTATTATGTAGGTGGCAGAATTT-C--AATCCGGGGAACAG------------CAATTG---A-------AAGATGTTGCTCGCC---CTGGTTGTCCTGTTACGGCA--GC--------AACC-------------C--AAAA------------------------------------------C---AAC---TGATGCTCGAGACACAGTAA-AAAGTTAGCTCGGATGACAAACTTATTGTTAGCATG
gi|1 : tCCGTA-AATAATGCGACTGCTGTACTATT-TC-TT-GCAAA----T-----GATG---CAG---CACAA-A-AGT------AATAACTTGGGCGTATCAC-AGA-T------------------------------------------ACAATCGGAGTCAAACATTCACTAA-CCTTGG------TGTA-------ATGTGCATTGCGT--TATAGTG--TATTCAG-TATAGTGTATGCAA-AACTGCTAG-CAAACCA---GCA-G--------AAAT--------G------------------------CGCA---------TG----GAAtatttt
gi|7 : CCATA-GATAATGTGACTGCTGTATTACT-TC-TT-G-G-A----------AAC----CAT---GATAT-A-GATTTATGGAACAACTT---CGTCTCTCTAGAATGATCA-TTGATG-------T----------G---------T--------------GTCATTAAATGA-CCTTAGAG-AA------ATGTACATA------GCTT--TATGGCGCATCCCTA---ACACTGTGTGCAA-AATGtaagggccagtattcgagtaggttattactagggtcaaaatcgaaagacattaccgagatgtgtgtaccatttaatgtagggtcaaatgtcgtatagaaaaatttgctggtgagctgcttaattttaatccgggcaacagttgtccgggcaacagttgttgaaagatgctactcgacatagtcgttcggtaacgtcaaaaaccaaagaaaatatcgaaaaaaaaaacacgcgacatactgaaaacagatgctcgatagacaataagagacttagcttgtcgttagcacaagttcatcttattgtgaaaaataaatatttttaaaataaatgcacgatggataccgtatttgttgacaaatgaccaaaataagtgaagggatgcttaagagcaaatatcatgaaaatatatattgaattcagcaaaacctcttttgagaatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|20 : tCCGTA-AATAGT-----TGCA---TTATT-TC-GT-G-GTA----A-TC--GTG----CAA---CATAT-A-A-T----GATACAACTT---GGTACCGCTAGAGGGATCA-CTGGTA-------C----------G---------Ttgcttgtcgttagagctaaactcgaggtaggtcattacttgggttgatgttaaaacgtttgtgaaatttacagggaaattcaaatgtcgtataatattattcgaaggtgggtggccaattttcaatccaggcacggcatctgaaatgtgtaagatactgtttgccctgatcttcctgtaacgtcaacaaccaaataaccaaagaaaacaccgaaaacttccattaaaactgatgctcgatgtccagcaagtaatgacaaaccttttagctcaggtttatctaaataagaaaaagcgtccaaaagttaa
gi|22 : gttCCGTA-AACAATGCGAATGCTGTATTACT-TC-GT-A-A-A----------AAT----TAA---GACAT-A-AGT----gtcacaggtaaaaa
gi|19 : CGTATAAAAATTTGACTGCTTTATTATT-TA-TT-G-AAA----A-TCAAAATATTGCAA---TATAT-C-AAT----AAAACACCAT---TGTATTGCT-GAGTGAat
gi|15 : TA-AATAATGCGACTGCTGTGTTATT-TC-GT-G-GAA----A-TC--ATG----CAA---TATATAA-AAT----GAAACAACTC---GGTATCGCCAGAGTAATCG-CTGGTG-------CGTGTCACAG-G---------TAAACATTTGCCCCAAACATTCACTGA-CATTGGTGCAAGCGCACATtgactggtgcgtgtcac
gi|16 : ataTA-AATAATGCCACTGGTGTATTATT-TC-TTTG-AAA----TCTC--A------TAACTTTGTAT-C-GCTA---GAAAGA-----------TCACTGGTGCAAGTCGCTG---------------------G---------TTAAAATCTG--TTAAATATTCACTGA-CCTTGGTG--------CA-----ATGTACATAGCTT--TGTAGTT--TATTCAT-TACACTGTATG-GT-AATTACTGG-CAAACAA---GCTGA--------AAAT--------G------------------------TGCtgcttgatgactggcaaacgagacgaatatgtgcgtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|18 : ttaA-AATGAT---ACTGCTGTATTATT-GC-TT-G-GAA----A-TC--ATG----TAA---TCTAC-T-AAT----GAATCAACTT---CATATCGCTAGAGT
gi|12 : gtaaaac-AATAATGCAAATGCTGTATTATT-TC-TTTG-AAA----T--C--ATG----CAA---GA-AT-A-AAT----GAAACAATTT---CCTATTGCTAGAGTGGTCA-CAGATGTGTGTCACAG--------G---------TAAAGATCAGCCTCAGACATTCACTGA-CCTTGGTG--------CATGT--ATATATATTGCTT--TATAGC-------TAATTACACTGTACGCAA-AATGACTGG-CAAGCTG---GCTGA--------ACAT--------G------------------------TGC----------TT----GAAATT-----AGACCTAAATT---CGAG--G--T--AG--G--GC-AT-T-----Atgacaatggtccgagttccatgtaaaaa
gi|5 : -AATAATGCGTCTGCTGTATTATT-TCGTT-G-A------------AAT----C-A---TAT------AT----GAAACAACTT---GGTTTTGCTAGCGTGATCA-CTGGTG-------CGTGTCACAG-G---------TAAGGATCTCCCTCAAACATTTACTTATCAT--GT-------TACA-----ATGTACACTACTT--GGTAGCT--TATTCAC-TGCACTGTATGCAA-AATG-GTTGTCAAACAA---GCTGA--------ACAT--------G------------------------TGAT---------Tcttgcgttgaagacatctacctagatgtgtgtcatttacgg
gi|13 : ----CAA---TAAAT-A-AAT----GAAAGAACTT---CGTATCGCTAGAGGAAGCA-CTGGT--------TTGTGTCACGGG---------TAAAAATTAGCGTCAGGCATTCACTGA-CCTAGGT----TTA---------ATGTACGTTGCTTAATATAATG--TTCATA---ACACGGTATGCAA-AATTACTGG-CAAACGA---GCaaaattagagtctatattcgaggtaggtcattacttgggttgaagttgaaatacattcaaagagaggtttgtgacattgacgggtagagtcagatgtcgtatagtacaatttgtaggtgagtggccaaatttctatccgggcagtaaattgttgaaagttctgtaatgtaaacaaccaagctataaaatatcgaacatatctccaaaaactataaatagtaaacaaatcagctccgttgacaaacttgtcgttagcacggatttgtctatttaaaaaaagcatttaaa
gi|6 : TGTACATGTACATGTACAtgacgtgtcgcatagtactacatgtatttgtagcttggtggtcaaagttaaattttggaaacatcagttaaaaggtgctactcgtcgtcctgttacgtcaaaaacgaaagataaca
gi|2 : ccgtaaataatgcgactgcagtattatttcttgatattcaatcaatatataaatgaaacaacttcctatcactagagtgagccctgattgtaaaaatcagcctcaggcattctctgacatgggtgaatATGTATATTGCTT--GATAGAG--TATATAA-TACAATGTGTTC-A-AATGACTGG-CAAATGA---GCTGA--------AATT--------AGGGTCTTTGTTCTAGTTAAGCCATTACT---------TTGGTTGAAGTAAAATAATAC----ATTTCCCGAGAGGTAT--GT--G--CC-AT-T-----TACGATGA----------------AG-----GTC-AGATGTCGTACAGTGCTA------TTTGCATGTGGGTGGCCAAATTT-C--TACCCGGGCATTAG------------CAGTTG---A-------AAGATACTGCTTATC---CTGGTCGTCCTGTAATGTAA--AC--------AAACAA---AGAAAACAT--CGAAA--------ATATTCGCGAAAT-AA----------TGA--------AAC---TGATGCTCGATAGACGGAAAATGATTAAGCTCGGATGACAAA---ATCGTTAACACGAGTACATCTAATT-T-----GA-AAAAGCATTTA----AATGTTA--AAAAAATATATGTACGATTGATACTGCATTTGTTTGCAGAGGACCACAA-AAGTTAAACAATGCTTTTTCGA-----ACA--------AACTTTT-GAAAATGTAT-CCGAAATACAGTAAAACCTCTTTTGAGAttgctttatagcgtctttaatacactgtttgcgaaatgaattgcaaacgagcacaaaatatgctttgaagtcgaaagacatttaccgagaagtgtgacattaactgagaggttaaatgtcgtattgtactatttgtaggtgggtggtcaaacattcattttggcaacagcagttgaaagaatttgctcgaactggtcgttctgtaacgtcaacaactaaagaaaacataaaaaaaaatcatgaaccaacagatgctcgatacacagtaagagacttatctcggattacaaatttgttgttagcacgagttcatgtaatttataaaagtatctagaag
gi|9 : tcactaatcttgATGTGCGTTGCTT--TATATCG--TATTCAT-TAGACTGTATGTAA-AATACCTGG-CAAACGA---GCTGA--------AAAT--------G------------------------Ttgtttagttatgggtaaccgaaacgtgactatgagcacggaaaatgcaggacgcgcatgagctg
gi|9 : gatactatacgaaaggtgttcctactatagtattaacttatgacaatcacacacgatataaattcaagtaagtaaagattgagtgatcaatagtttgtgtcacaggtatgctttgcctggctcgctgcaAAC--------G------------------------TGTG---------TT----GACGTTGA--AAGAC----ATAAGCCAAGAGA--T--TTTGG--ACTAT-T-----A----TGGCGA-------------GG-----ATC-AAATGTCGTATAGTACTA------TTCGT----GAACGGCCAAATTT-T--AATCCAGACAACAG------------CAGATG---A-------AAGA---TGAGTGTAGCCCTGGTCGTCCTGCAATGCCA--AT--------AACCAA---TAAAAACAT--CGAAATATTCCTTG--------AAAT-CC----------TTAA-------AAC---AGATGTTCatctgtaattagagcttatattcgaggtgacctaacgtgtgttgacgttgaaagacataagccaagagattttggactattatggcgaggatcaaatgtcgtatagtactattcgtgaacggccaaattttaatccagacaacagcagatgaaagatgagtgtagccctggtcgtcctgcaatgccaataaccaataaaaacatcgaaatattccttgaaatccttaaaacagatgttc
gi|10 : gatactatacgaaaggtgttcctactatagtattaacttatgacaatcacacacgatataaattcaagtaagtaaagattgagtgatcaatagtttgtgtcacaggtatgctttgcctggctcgctgcaatgtgcgttgctttatatcgtattcattagactgtatgtaaaatacctggcaaacgagctgaaaatgtatctgtaattagagcttatattcgaggtgacct---------TT----GAAGTTAA--AAGAC----GTTTGCCGAGAGG--T--GT--GTGAC-ATGT-----GAC--TT------------------G-----GTC-TAATGTCGTATAATACTT------TTTGTAGGTGGGTCTTAAAATTT-C--AATTTGGGCAACAG------------CATTTG---A-------AAGATGCTACTCTAG---CTGGTCGTTCTCAAACGTCA--AC--------AAGCAA---AGAAGGCTC--AGAAA--------A--------AAAT-CA----------TAA----C---AAT---AAATGCTCGATACATAGTAAGAGATTTCTCTCAGATGACAAACTTGTCGTTAGCACAACTTCATGTAATT-TTG---A--AAAAGCGTTTA----AAAATTA--ACA
gi|5 : cctatattcgaggtaagtcattacttggg---------TT----GAAGTTGA--AATAC----ATTCAAAGAGAGG--TTTGT--G--AC-AT-T-----GAC---GG--GTA-----------GA-----GTC-AGATGTCGTATAGTACAA------TTTGTAGGTGAGTGGCCAAATTTCT--A--TCCGG-----G------------CAGT-----A-------AA----TTGTTGAAA---------GTTCTGTAATGTAA--AC--------AACCAAGCTATAAAATAT--CGAA-----------------------CA----------T--A--TC---TCC---AAAAACT--ATAAATAGTAAACAAATCAGCTCCGTTGACAAACTTGTCGTTAGCACGGATTTGTCTATTT-A-----AA-AAAAGCATTTA----AAtgatgaatgcacaatggatgccgcatttgttgacaaaggaccgaaagaagccaagggctgttata
gi|1 : aataatgcgtctgctgtattatttcgttgaaatcatatatgaaacaacttggttttgctagcgtgatcactggtgcgtgtcacaggtaaggatctccctcaaacatttacttatcatgttacaatgtacactacttggtagcttattcactgcactgtatgcaaaatggttgtcaaacaagctgaacatgtgattaaaattagagtctatattcgaggtaggtcattacttgggAAATCGA--AAGAC----ATT-ACCGAGATG--T--GT--GT-ACCAT-T-----TAA--TGT--A-------------GG-----GTC-AAATGTCGTATAGAAAAA------TTTGCTGGTGAGCTGCTTAATTT-T--AATCCGGGCAACAGTTGTCCGGGCAACAGTTGTTGA-------AAGATGCTACTCGAC---ATAGTCGTTCGGTAACGTCA--AA--------AACCAA---AGAAAATATCGAAAAA--------A--------AAAA-CACGCGACATACTGAA-------AAC---AGATGCTCGATAGACAATAAGAGACTTAGC-------------TTGTCGTTAGCACAAGTTCATCTTATTGTGAAAAAT-AAATATTTTTAAAATAAATGCACGATGGATACCGTATTT-GTTGA---------------CAAATGACCAAAATAAG-TGA--AG-G-------GATGCTTA-AGAGCAAATA---TCATGAAAATATATATT-GAATTCAGCAAAACCTCTTTTGAGA
gi|7 : ccgtaaataatgcgactgctgtactatttcttgcaaatgatgcagcacaaaagtaataacttgggcgtatcacagatacaatcggagtcaaacattcactaaccttggtgtaatgtgcattgcgttatagtgtattcagtatagtgtatgcaaaactgctagcaaaccagcagaaatgcgcatggaataagggccagtattcgagtaggttattactagggtca--T--GT--G--AA-AT-T-----TAC--AGG--G-------------AA-----ATTCAAATGTCGTATAATATTA------TTCGAAGGTGGGTGGCCAATTTT-C--AATCCAGGC-ACGG------------CATCTG---AAATGTGTAAGATACTGTTTGCC---CTGATCTTCCTGTAACGTCA--ACAACCAAATAACCAA---AGAAAACAC--CGAAA--------A--------CTTC-CA----------TTAA-------AAC---TGATGCTCGATGTCCAGCAAG-----TA------ATGACAAACCT-T--TTAGCTCAGGTTTATCTAAAT-A-----AGAAAAAGCGTCCA----AAAGatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|21 : tccatagataatgtgactgctgtattacttcttggaaaccatgatatagatttatggaacaacttcgtctctctagaatgatcattgatgtgtgtcattaaatgaccttagagaaatgtacatagctttatggcgcatccctaacactgtgtgcaaaatgtgcttgtcgttagagctaaactcgaggtaggtcattacttgggttgatgttaaaacgttGA--GA------------GG-----GTC-AGATGTCGTGTAGTACTA------TTTGTAGGCGGGTGGTC--ACAT-TTCAATCCAGGCAACAG------------CGATTG---A-------AAttaa
gi|13 : cgTGTCGCATAGTACTACATGTATTTGTAGCTTGGTGGTCAAA-GT-TA-AATTTTGGAAACAT------------CAGTTA---A-------AAGG---TGCT---A---CTCGTCGTCCTGTTACGTCA--AA--------AACGAA---AGATAACA
gi|17 : caataaataaatgaaagaacttcgtatcgctagaggaagcactggtttgtgtcacgggtaaaaattagcgtcaggcattcactgacctaggtttaatgtacgttgcttaatataatgttcataacacggtatgcaaaattactggcaaacgagctgacgG---A-------ATGATGCTACTCGCC---CTGATCGTCCTGCGTCGTCA--TC--------AACCTA---AGAAAACAT--CAAAA--------A--------AATC-CG----------CGAAATCCTGAAGC---TGATGCTCTTCACACACT--GAGACTTAGCTCAGTTTACAAACTTGTCGTTAGCACAAGTTCATC
gi|11 : ttagcAACGCCA--AC--------AACCAA---AAAAAGCAC--GAAAT--------ATTTATG--AAAT-TC----------TGA----T---AAC---TGGTGTTCGAAAAACAGTAAGATACTAAGCTTGGATGACAAACTAGT--------CGAGTAAATATAACG-TGG---A--AAAAGCATCTT----AAAGTTA--ATAAA-----------AT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATACTCGTCCAGAAATGTTGAAAGCCCTGAAATATTTAAAAGAAACACAAGATAAGCGCGGGTGACAAACTCGACAGCATGAGTTCTTTGAATTTTAGGTCAAAACACTCAAAGTTAGGAAGACAAATACAAGATTGTTGCTCCGTTTGTTGACTGAAGACCAGAATAAAGTCCGAGTAACATTGACTGCTTGAAATGTATAATTCGTACAAAAAAATGGCTTTTGGTAATGTTGTTACTGG
Unaligned ( gi|23 ): TTATGTCGTTCTGTTGTATTGCGCACCTGTTGTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 55555555555555555555555555555555555555555 9999999999999999 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 2222222222222222222222 11111 1111111111 2222222222222222 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555 6666666666666666666666666666666 11 2222 9999999999999999999999999999999999999 33333
lowQualScore : 2 33 0 3 33333333 1 5555 2 2 33 2 3 2 0 444 2 88888888888888888888888888888888888888888 2 0 5555555555555555 2 1 1 44 11111111 3 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 2222222 555 7777 1111111111111111111111 44 44 666666 66666 6 3 7 3333333333 3 999999 0 1111111111111111 44 0000000 3 33 44 66666666 555 3 44 4444444444444444444444444444444444444444 3 1 0 4 0 0 8 4 55 66 4 3 7777777777777777777777777777777 0 8 2 33 1 1 5 1111 5555555555555555555555555555555555555 88888 1
lowQualScore : . .. . . ........ . .... . . .. . . . . ... . ......................................... . . ................ . . . .. ........ . .. ................................................................. .... ....... ... .... ...................... .. .. ...... ..... . . . .......... . ...... . ................ .. ....... . .. .. ........ ... . .. ........................................ . . . . . . . . .. .. . . ............................... . . . .. . . . .... ..................................... ..... .
lowQualScore : 9 55 6 6 44444444 3 3333 5 5 44 7 8 7 1 777 7 99999999999999999999999999999999999999999 2 4 9999999999999999 2 0 8 22 22222222 1 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 8888888 888 1111 4444444444444444444444 66 66 111111 22222 7 3 5 7777777777 6 666666 7 1111111111111111 66 0000000 3 88 22 55555555 444 3 66 9999999999999999999999999999999999999999 3 0 8 4 4 2 9 4 44 11 4 4 2222222222222222222222222222222 6 0 2 00 0 0 6 7777 7777777777777777777777777777777777777 33333 0
consensus : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTC-TTGGAAATCAT------GCAATATA----T-A-A--ATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------G---------T---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGACCTTGGTG---T----CA---A--TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAATTTCAATCCG---------------GGCAACAGCA--GTTGA-------AAGATG-CTGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-G--AAA--------A--------AAAT-CA----------TGAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCTAA-TT-TG-AA--AAA-GCATCTAAAAGTT-----A-----ATAA---AT---ACGCACG-TTGA-TACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAATAAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTAT-CCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
Reference ( family-5043 ) : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTC-TTGAAANTCAA------NCAATATA----T-A-A--ATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------G---------T---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGACCTTGGTG---TG-TACATGTA--TGTACATTGCTTTATAGCGTATTCANTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAATTTTAATCCG---------------GGCAACAGCA--GTTGA-------AAGATG-CTGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-G--AAA--------A--------AAAT-CA----------TGAA-CAA-CNGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCTAA-TT-TA-NA--AAA-GCGTCTAAAAGTT-----A-----ATAA---AC---GTGT-CG-TTGA-TACTGCATTTGTTTGCAGANGACCANAATAAGTT--GAACAGTGCTTTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATACCGGAATNCAGCAAAACCTCTTTTGAGA
gi|1 : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTACTATTTC-TTGCAAATGAT------GCAGCACA----A-A-A--GT---AATAACTTGG----GC----G-T-ATCAC---AG-AT---------AC--------------------------------AATCGGAGTCAAACATTCACTAACCTTGGTG---TA--------A--TGTGCATTGCGTTATAGTGTATTCAGTATAGTGTATGCAAAA--CTGCTA--------GC-AAAC--CAGC------------A-G-A--A---------A-------TGC---------------GC----A---TGG----AA
gi|1 : ----AAATCGA----AAG---AC----ATT-A-CCGA---------------G--ATG--T--GT--GT----ACCAT-TTAATG--T--A--GGGT-CAAATGTCGTATAGAAAAA------TTTGCTGGTGAGCTGCTTAATTTTAATCCGGGCAACAGTTGTCCGGGCAACAGTT--GTTGA-------AAGATG-CTACTCGACATAGTCGTTCGGTAACGTCA--AA--------AACCAA---AGAAAATATC-GAAAAA--------A--------AAAA-CACGCGACATACTGAA--AA-CAGATGCTCGATAGACAATAAGAGACTTAG-------------CTTGTCGTTAGCACAAGTTCATCTTA-TTGTG-AA--AAA------TAAATATTTTTAAA-----ATAA---AT---GCAC-GA-TGGA-TACCGTATTTGTTGACAAATGACCAAAATAAG-T--GAA-GG---------GATGCTTA-AGAGCAAATA---TCATGAAAATATATATT-GAATTCAGCAAAACCTCTTTTGAGAtaagggccagtattcgagtaggttattactagggtcaaaatcgaaagacattaccgagatgtgtgtaccatttaatgtagggtcaaatgtcgtatagaaaaatttgctggtgagctgcttaattttaatccgggcaacagttgtccgggcaacagttgttgaaagatgctactcgacatagtcgttcggtaacgtcaaaaaccaaagaaaatatcgaaaaaaaaaacacgcgacatactgaaaacagatgctcgatagacaataagagacttagcttgtcgttagcacaagttcatcttattgtgaaaaataaatatttttaaaataaatgcacgatggataccgtatttgttgacaaatgaccaaaataagtgaagggatgcttaagagcaaatatcatgaaaatatatattgaattcagcaaaacctcttttgagaatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|10 : ccgtaaataatgcgactgctgtactatttcttgcaaatgatgcagcacaaaagtaataacttgggcgtatcacagatacaatcggagtcaaacattcactaaccttggtgtaatgtgcattgcgttatagtgtattcagtatagtgtatgcaaaactgctagcaaaccagcagaaatgcgcatggaataagggccagtattcgagtaggttattactagggtca---TTG----AAGTTAA----AAG---AC----GTTTG-CCGA---------------G--AGG--T--GT--GTG---AC-ATGTGACTT--G--G-----T-CTAATGTCGTATAATACTT------TTTGTAGGTGGGTCTTAAAATTTCAATTTG---------------GGCAACAGCA--TTTGA-------AAGATG-CTACTCTAGCTGGTCGTTCTCAAACGTCA--AC--------AAGCAA---AGAAGGC-TCAG--AAA--------A--------AAAT-CA----------T-AA-CAA-TAAATGCTCGATACATAGTAAGAGATTTCTCTCAGATGACAAACTTGTCGTTAGCACAACTTCATGTAATTT-TG-AA--AAA-GCGTTTAAAAATT-----AACATGATGA---AT---GCAC-AA-TGGA-TGCCGCATTTGTTGACAAAGGACCGAAAGAAGatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|11 : cctatattcgaggtaagtcattacttgggAACGCCA--AC--------AACCAA---AAAAAGCA-C-G--AAATATTTAT-G--------AAAT-TC----------TGA--TAA-CTGGTGTTCGAAAAACAGTAAGATACTAAGCTTGGATGACAAACTAGTCG--------AGTAAATATAA-CG-TG-GA--AAAAGCATCTTAAAGTT-----A-----ATAA---AATAAATGCACG-ATGAATAAAGCATTTGTTGACAGAGAACCAAAATAAGTCAAGAAC--TGCTCTccaagggctgttata
gi|12 : -AATAATGCAAATGCTGTATTATTTC-TTTGAAATCAT------GCAAGA-A----T-A-A--ATG-AAACAATTTCCTATTGCTAGAG-TGGTCACAGATGTGT---------GTCACAG----G---------T---------AAAGATCAGCCTCAGACATTCACTGACCTTGGTG--------CATGTA--TATATATTGCTTTATAGC-TA---ATTACACTGTACGCAAAA--TGACTG--------GC-AAGC--TGGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAATT-------AG---ACCTAAATTC---------------------G--AGG--T--AG--G-----GC-AT-T-ACTagcgaaattacttttgagaagttagttacggtgacgaaacgggtgtccattattgttagccaaaatgataatccgggcgacggaaaatacaagacgcccatttt
gi|13 : CAATAAA----T-A-A--ATG-AAAGAACTTCGTATCGCTAGAG-GAAGCAC---TG-GTTTGTGTCACGG---------G---------T---------AAAAATTAGCGTCAGGCATTCACTGACCTAGGTT---TA--------A--TGTACGTTGCTTAATATAATGTTCATAACACGGTATGCAAAA--TTACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAtgcgttgaagacatctacctagatgtgtgtcatttacgg
gi|13 : TGTCGCATAGTACTACATGTATTTGTAGCTTGGTGGTCAAAGTTAAATTTT---------------GGAAACATCA--GTTAA-------AAGGTG-CTACTC------GTCGTCCTGTTACGTCA--AA--------AACGAA---AGATAACAcgtgtcgcatagtactacatgtatttgtagcttggtggtcaaagttaaattttggaaacatcagttaaaaggtgctactcgtcgtcctgttacgtcaaaaacgaaagataaca
gi|14 : caataaataaatgaaagaacttcgtatcgctagaggaagcactggtttgtgtcacgggtaaaaattagcgtcaggcattcactgacctaggtttaatgtacgttgcttaatataatgttcataacacggtatgcaaaattactggcaaacgagctgacgGAAACACA---AGATA---AGCGCGGGTGACAAAC---TCGACAGCATGAGTTCTTTGAATTT-TA-GGTCAAA-ACA-CTCAAAGTT-----AGGAAGACAA---AT---ACAA-GA-TTGT-TGCTCCGTTTGTTGACTGAAGACCAGAATAA
gi|15 : gatactcgtccagaaatgttgaaagccctgaaatatttaaaaTA-AATAATGCGACTGCTGTGTTATTTC-GTGGAAATCAT------GCAATATA----TAA-A--ATG-AAACAACTCGGTATCGCCAGAG-TAATCGC---TG-GT---------GCGTGTCACAGG---------T---------AAACATTTGCCCCAAACATTCACTGACATTGGTG--------CAAG----CGCACATTGCTTGATagtccgagtaacattgactgcttgaaatgtataattcgtacaaaaaaatggcttttggtaatgttgttactgg
gi|15 : ataA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGA------------C-GAA--T---------A-------TGT---------------GC----gactggcaaacgagacgaatatgtgcgtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|16 : atataaataatgcgactgctgtgttatttcgtggaaatcatgcaatatataaaatgaaacaactcggtatcgccagagtaatcgctggtgcgtgtcacaggtaaacatttgccccaaacattcactgacattggtgcaagcgcacattgcttgTA-AATAATGCCACTGGTGTATTATTTC-TTTGAAATC--------TCA-----------------------TAACTTTGTATCGCTAGAA-AGATCAC---TG-GT---------GCAAGTCGCTGG---------T---------TAAAATCTG--TTAAATATTCACTGACCTTGGTG--------CA---A--TGTACATAGCTTTGTAGTTTATTCATTACACTGTATG-GTAA--TTACTG--------GC-AAAC--AAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----gtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|17 : ttaGA-------ATGATG-CTACTCGCCCTGATCGTCCTGCGTCGTCA--TC--------AACCTA---AGAAAACATC-A--AAA--------AAATCCGCGAAAT-CC----------TGA---AG-CTGATGCTCTTCACACACT--GAGACTTAGCTCAGTTTACAAACTTGTCGTTAGCACAAGTTCATC
gi|18 : ttagcA-AATGAT---ACTGCTGTATTATTGC-TTGGAAATCAT------GTAATCTA----C-T-A--ATG-AATCAACTTCATATCGCTAGAGTTGA-CAA---TG-GT---------CC---------G---------
gi|19 : gtaaaacCGTATAAAAATTTGACTGCTTTATTATTTA-TTGAAAATCAAAATATTGCAATATA----T-C-A--ATA-AAACACCATTGTATTGCT-GAG-TGATGAC---TG-GT---------GC---------G---------T---------agttccatgtaaaaa
gi|2 : TCACTAATCTTG----------------A--TGTATATTGCTTGATAGAGTATATAATACAATGTGTTCAAA---TGACTG--------GC-AAAT--GAGC------------T-GAA--ATT-------AGGGTCTTTGTTCTAGTTAAGCCATTAC----T---TTGGTTGAAGTAAAAT--AAT---AC----ATTTC-CCGA---------------G--AGGTAT--GT--G-----CC-AT-TTAC-GATG--A--AGGT-CAGATGTCGTACAGTGCTA------TTTGCATGTGGGTGGCCAAATTTCTACCCG---------------GGCATTAGCA--GTTGA-------AAGATA-CTGCTTATCCTGGTCGTCCTGTAATGTAA--AC--------AAACAA---AGAAAACATC-G--AAA--------ATATTCGCGAAAT-AA----------TGA---AA-CTGATGCTCGATAGACGGAAAATGATTAAGCTCGGATGACAAA---ATCGTTAACACGAGTACATCTAA-TT-TG-AA--AAA-GCATTTAAATGTT-----A-----AAAAAATAT---ATGTACGATTGA-TACTGCATTTGTTTGCAGAGGACCACAA-AAGTT--AAACAATGCTTTTTCGA-----ACA--------AACTT-TTGAAAATGTAT-CCGAAATACAGTAAAACCTCTTTTGAGAgtcac
gi|20 : CCGTA-AATA--------GTTGCATTATTTC-GTGGTAATCGT------GCAACATA----T-A-A---TG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-GGATCAC---TG-GT---------AC---------G---------T---------tgtttagttatgggtaaccgaaacgtgactatgagcacggaaaatgcaggacgcgcatgagctg
gi|21 : gtt--G--A--GGGT-CAGATGTCGTGTAGTACTA------TTTGTAGGCGGGTGGTCACATTTCAATCCA---------------GGCAACAGCG--ATTGA-------AAgtcacaggtaaaaa
gi|22 : cggaCCGTA-AACAATGCGAATGCTGTATTACTTC-GTAAAAATTAA------G----ACA----T-A-A--GT
gi|3 : CCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTC-TTGATATTCAA------TCAATATA----T-A-A--ATG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCC---TG-AT----------C---------G---------T---------AAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGACATGGGTGAATTG-TACATGTACATGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--GGGT-TAAATGTCGTATTGTATTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAACATTAATTTT---------------GGCAACAGCA--GTTGA-------AAGACT-TTGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-A--AAA--------A--------AAAT-CA----------TGAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATGACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATCTAA-TT-TA-TA--AAA-GTATCTAGAAGGC-----A-----ACAA---Aat
gi|3 : GAAAATGTAT-CCA-AATAGAACAAATCTTCTTTTGAGAattgacaaaagaccaaaaaagtaaagtggaaaattagaaaatgtatccaaatagaacaaatcttcttttgaga
gi|4 : ccgtaaataatgcgactgcagtattatttcttgatattcaatcaatatataaatgaaacaacttcctatcactagagtgagccctgatcgtaaaaatcagcctcaggcattctctgacatgggtgaattgtacatgtacatgtacattgctttatagcgtctttaatacactgtttgcgaaatgaattgcaaacgagcacaaaatatgctttgaagtcgaaagacatttaccgagaagtgtgacattaactgaggggttaaatgtcgtattgtattatttgtaggtgggtggtcaaacattaattttggcaacagcagttgaaagactttgctcgaactggtcgttctgtaacgtcaacaactaaagaaaacataaaaaaaaatcatgaaccaacagatgctcgatacacagtaagagacttatctcggatgacaaatttgttgttagcacgagttcatctaatttataaaagtatctagaaggcaacaaaattgacaaaagaccaaaaaagtaaagtggaaaattaCTGTA-AATAATGCGATCGCCATATTATTTC-GTGGTAACCGT------GCAACATAATATT-ATA--ATG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-TGACTAT---TG-GT---------AC---------G---------TGTCACAGGTAAAAATCTGCCTCAAACATTCACTGACCTTGGTG--------CA---A--AGTTCATTGCTTGATAGCGTATTCCTTACAATGTATG-ATAA--TGACTT--------GC-AATC--GAGCTGCAAATGTGTTT-GAA--ATTAGGGCCTA-------TAT---------------TCGAGGTAGGTTG----ATGTCGA----AAG---CC----ATTTA-CCAA---------------G--ATG--T--GA--G-----AC-AT-TTACGG--G--GA-GGGT-CAGATGTCATATATTACTA------TTTGTAGGCGGGCGGCCAAATTGTAATCCG---------------AGCAACAGCA--GTTGA-------AAGATG-CTGCTCGGCCTGGTCGTCTTGTAACATCACTACCAA-----AGCCAA---AGAAAACGTA-G--AAA--------A--------AAATCCA----------TG-A-CAACCTGAAAACTGAAGCAAAACAAGAGATTTAGCTCGGATAACAAACTTATCGTTAACGCGAATTCATC
gi|5 : t-AATAATGCGTCTGCTGTATTATTTCGTTGAAA-TCA-------------TA----T-A-----TG-AAACAACTTGGTTTTGCTAGCG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------G---------TGTCACAGGTAAGGATCTCCCTCAAACATTTACTTATC---ATG---T--TACA---A--TGTACACTACTTGGTAGCTTATTCACTGCACTGTATGCAAAA--TGGTTG--------TC-AAAC--AAGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GA----T---TAA----AATT--A----GAGTCTAT----ATT----CGA---------------GGTAGG--T-------------C-AT-T-ACTT--G--G--G
gi|5 : ---TTG----AAGTTGA----AAT---AC----ATTCA-AAGA---------------G--AGG--TTTGT--G-----AC-AT-TGAC-G--G--GTAGAGT-CAGATGTCGTATAGTACAA------TTTGTAGGTGAGTGGCCAAATTTCTATCCG---------------GGCAGTAA-ATTGTTGA-------AA--------------------GTTCTGTAATGTAA--AC--------AACCAAGCTATAAAATATC-G---AA--------C--------ATAT-CT----------CCAA-AAA-CT--------ATAAATAGTAAACAAATCAGCTCCGTTGACAAACTTGTCGTTAGCACGGATTTGTCTAT-TT-AA-AA--AAA-GCATTTAAAttgaagttgaaatacattcaaagagaggtttgtgacattgacgggtagagtcagatgtcgtatagtacaatttgtaggtgagtggccaaatttctatccgggcagtaaattgttgaaagttctgtaatgtaaacaaccaagctataaaatatcgaacatatctccaaaaactataaatagtaaacaaatcagctccgttgacaaacttgtcgttagcacggatttgtctatttaaaaaaagcatttaaa
gi|6 : aataatgcgtctgctgtattatttcgttgaaatcatatatgaaacaacttggttttgctagcgtgatcactggtgcgtgtcacaggtaaggatctccctcaaacatttacttatcatgttacaatgtacactacttggtagcttattcactgcactgtatgcaaaatggttgtcaaacaagctgaacatgtgattaaaattagagtctatattcgaggtaggtcattacttgggCCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTC-TTGATATTCAA------TCAATATA----T-A-A--ATG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCC---TG-AT----------T---------G---------T---------AAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGACATGGGTGAATTG-TACATGTACATGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--AGGT-TAAATGTCGTATTGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAACATTCATTTT---------------GGCAACAGCA--GTTGA-------AAGAAT-TTGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-A--AAA--------A--------AAAT-CA----------TGAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATTACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATGTAA-TT-TA-TA--AAA-GTATCTAGAAG
gi|7 : CCATA-GATAATGTGACTGCTGTATTACTTC-TTGGAAACCA--------TGATATA----G-A-TTTATG-GAACAACTTCGTCTCTCTAGAA-TGATCAT---TG-AT---------GT---------G---------T---------G----TCA---TTAAA-------TGACCTTAGAG-------A-A---A--TGTACATAGCTTTATGGCGCATCCCTAACACTGTGTGCAAAATGTGCTTGTCGTTAGAGCTAAACTCGAGG------------TAGGT--C---------A-------T-T---------------AC----T---TGG------GTTGATGTTAAA---AC----GTTT--------------------------------GT--G-----AA-AT-TTACAG--G--G--AAATTCAAATGTCGTATAATATTA------TTCGAAGGTGGGTGGCCAATTTTCAATCCA---------------GGC-ACGGCA--TCTGAAATGTGTAAGATA-CTGTTTGCCCTGATCTTCCTGTAACGTCA--ACAACCAAATAACCAA---AGAAAACACC-G--AAA--------A--------CTTC-CA----------TTAA--AA-CTGATGCTCGATGTCCAGCAAG-----TA------ATGACAAACCT-T--TTAGCTCAGGTTTATCTAA-AT-AAGAA--AAA-GCGTCCAAAAGTT-----A-----A
gi|8 : tCCGTA-AATAATGCGACTGCTCTGTTATTAT-ATGGAAATCAT------GCAATACA----T-A-A--ATG-AAAATACTTGGTATTCCAAGAG-TGATCAC---TG-AT---------AC---------GTGTCACATAT---------AAAATTCAGCATCAAACATACACAGACCTTGGTG--------CA---A--TGTGCATTGCTTGATAGCGTATATATTACACTGTATTAAAAA--TGACTG--------AC-AAAC--GAAA------------T-TAA--A---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAAT--A----AGG---AA----CTTTATCCAATGTAGGTCATTGCTTG--AGT--T--GA--GATAGAAC-AT-TTAC-G--G--GTAGTGT-CAGATGTCATATAGTACTA------TTATTATGTAGGTGGCAGAATTTCAATCCG---------------GGGAACAGCA--ATTGA-------AAGATG-TTGCTCGCCCTGGTTGTCCTGTTACGGCA--GC--------AACCCA---A----------------------------------------------------AA-CAA-CTGATGCTCGAGACACAGTAA-AAAGTTAGCTCGGATGACAAACTTATTGTTAGCATG
gi|9 : tGTATTAACTT-ATGACAATCAC------ACACGATA----T-A-A--ATTCAAGTAA----GTAAAGATTGAG-TGATCAA---TA-GT---------TT---------G---------T-----------------GTCACAGGTATGCTTTG--CCTGGCT---CGCTGCA---A--TGTGCGTTGCTTTATATCGTATTCATTAGACTGTATGTAAAA--TACCTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------tatttt
gi|9 : gatactatacgaaaggtgttcctactataC--GAGG------------T-GACCTA---------A-------CGT---------------GT----G---TTG----ACGTTGA----AAG---AC----ATAAG-CCAA---------------G--AGA--T--TTTGG-----ACTAT-TA--TG--GCGA--GGAT-CAAATGTCGTATAGTACTA------TTCGT----GAACGGCCAAATTTTAATCCA---------------GACAACAGCA--GATGA-------AAGATGAGTG-TAGCCCTGGTCGTCCTGCAATGCCA--AT--------AACCAA---TAAAAACATC-G--AAATATTCCTTG--------AAAT-CC----------TTAA--AA-CAGATGTTCatctgtaattagagcttatattcgaggtgacctaacgtgtgttgacgttgaaagacataagccaagagattttggactattatggcgaggatcaaatgtcgtatagtactattcgtgaacggccaaattttaatccagacaacagcagatgaaagatgagtgtagccctggtcgtcctgcaatgccaataaccaataaaaacatcgaaatattccttgaaatccttaaaacagatgttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTATGTCGTTCTGTTGTATTGCGCACCTGTTGTTTT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 2222222222222222222222 11111 1111111111 222222222222222 1111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555 11 111 9999999999999999999999999999999999999 11
lowQualScore : 2 2 777777 1 0 2 5555 333 2 3 2 0 444 2 88888888888888888888888888888888888888888 2 0 555 66666666666666 1 0 1 44 11111111 3 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 2222222 555 7777 1111111111111111111111 44 44 666666 66666 6 3 7 3333333333 3 999999 3 0 000000000000000 44 0000000 3 33 44 66666666 555 3 99999999999999999999999999999999999999999 3 1 0 4 0 2 4 4 4 4 777 8888888888888888888888888888888888888 3 88 444 5555555555555555555555555555555555555 55
lowQualScore : . . ...... . . . .... ... . . . . ... . ......................................... . . ... .............. . . . .. ........ . .. ................................................................. .... ....... ... .... ...................... .. .. ...... ..... . . . .......... . ...... . . ............... .. ....... . .. .. ........ ... . ......................................... . . . . . . . . . . ... ..................................... . .. ... ..................................... ..
lowQualScore : 9 5 777777 9 4 8 7777 000 7 8 7 1 777 7 99999999999999999999999999999999999999999 2 4 444 44444444444444 0 8 8 22 22222222 1 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 8888888 888 1111 4444444444444444444444 66 66 111111 22222 7 3 5 7777777777 6 666666 3 2 888888888888888 66 0000000 3 88 22 55555555 444 3 55555555555555555555555555555555555555555 3 8 8 4 4 3 4 4 4 4 888 9999999999999999999999999999999999999 7 00 222 0000000000000000000000000000000000000 77
consensus : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------G---------T---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----ATGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
Reference ( family-5043 ) : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCTTGGAAATCA------TGCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------G---------T---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-----T-CA-----ATGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AT-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
gi|1 : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTACTATTTCTTGCAAATGA------TGCAGCACA----A-A-AGT---AATAACTTGG----GC----G-T-ATCAC---AG-AT---------AC--------------------------------AATCGGAGTCAAACATTCACTAAC---CTTGGTG-----T--A-----ATGTGCATTGCGTTATAGTGTATTCAGTATAGTGTATGCAAAA--CTGCTA--------GC-AAAC--CAGC------------A-G-A--A---------A-------TGC---------------GC----A---TGG----AA
gi|1 : ----AAATCGA----AAG---AC----ATT-A-CCGA---------------G--ATG--T--GT--GT----ACCAT-TTAATG--T--A--GGGT-CAAATGTCGTATAGAAAAA------TTTGCTGGTGAGCTGCTTAAT-TTTAATCCGGGCAACAGTTGTCCGGGCAACAGTT--GTTGA-------AAGATGC-TACTCGACATAGTCGTTCGGTAACGTCA--AA--------AACCAA---AGAAAATATC-GAAA--------A--------AAAAAACACGCGACATACTGAA--AA-CAGATGCTCGATAGACAATAAGAGACTTAGCT-------------TGTCGTTAGCACAAGTTCATCT-TA-T-TGTGAA---AAA-----TAAATATTTTTAAA-----AT-A-A---AT----GCAC-GATGG-ATACCGTATTTGTTGACAAATGACCAAAAT-AAGT---GAA-GG---------GATGCTTA-AGAGCAAATA---TCATGAAAATATATATTGAATTCAGCAAAACCTCTTTTGAGAtaagggccagtattcgagtaggttattactagggtcaaaatcgaaagacattaccgagatgtgtgtaccatttaatgtagggtcaaatgtcgtatagaaaaatttgctggtgagctgcttaattttaatccgggcaacagttgtccgggcaacagttgttgaaagatgctactcgacatagtcgttcggtaacgtcaaaaaccaaagaaaatatcgaaaaaaaaaacacgcgacatactgaaaacagatgctcgatagacaataagagacttagcttgtcgttagcacaagttcatcttattgtgaaaaataaatatttttaaaataaatgcacgatggataccgtatttgttgacaaatgaccaaaataagtgaagggatgcttaagagcaaatatcatgaaaatatatattgaattcagcaaaacctcttttgagaatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|10 : ccgtaaataatgcgactgctgtactatttcttgcaaatgatgcagcacaaaagtaataacttgggcgtatcacagatacaatcggagtcaaacattcactaaccttggtgtaatgtgcattgcgttatagtgtattcagtatagtgtatgcaaaactgctagcaaaccagcagaaatgcgcatggaataagggccagtattcgagtaggttattactagggtca---TTG----AAGTTAA----AAG---AC----GTTTG-CCGA---------------G--AGG--T--GT--GTG---AC-ATGTGACTT--G--G-----T-CTAATGTCGTATAATACTT------TTTGTAGGTGGGTCTTAAAAT-TTCAATTTGG---------------GCAACAGCA--TTTGA-------AAGATGC-TACTCTAGCTGGTCGTTCTCAAACGTCA--AC--------AAGCAA---AGAAGGC-TCAGAAA--------A--------AAAT---------CAT----AA-CAA-TAAATGCTCGATACATAGTAAGAGATTTCTCTCAGATGACAAACTTGTCGTTAGCACAACTTCATGT-AATT-T-TGAA---AAAGCGTTTAAAAATT-----A-----AC-ATG---ATGAATGCACAA-TGG-ATGCCGCATTTGTTGACAAAGGACCGAAAG-AAGCC--AAatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|11 : cctatattcgaggtaagtcattacttgggAACGCCA--AC--------AACCAA---AAAAAGCA-C-GAAATATTTAT-G--------AAAT---------TCT---GA--TAA-CTGGTGTTCGAAAAACAGTAAGATACTAAGCTTGGATGACAAACTAGT--------CGAGTAAATAT-AA-CGT-GGAA---AAAGCATCTTAAAGTT-----A-----ATAA-A---ATAAATGCAC-G-ATGAATAAAGCATTTGTTGACAGAGAACCAAAAT-AAGTCAAGAAC--TGCTCTgggctgttata
gi|12 : -AATAATGCAAATGCTGTATTATTTCTTTGAAATCA------TGCAAGA-A----T-A-AATG-AAACAATTTCCTATTGCTAGAG-TGGTCACAGATGTGT---------GTCACAG----G---------T---------AAAGATCAGCCTCAGACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CATGT--ATATATATTGCTTTATAGC-TA---ATTACACTGTACGCAAAA--TGACTG--------GC-AAGC--TGGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAATT-------AG---ACCTAAATTC---------------------G--AGG--T--AG--G-----GC-AT-T-ACTagcgaaattacttttgagaagttagttacggtgacgaaacgggtgtccattattgttagccaaaatgataatccgggcgacggaaaatacaagacgcccatttt
gi|13 : CAATAAA----T-A-AATG-AAAGAACTTCGTATCGCTAGAG-GAAGCAC---TG-GTTTGTGTCACGG---------G---------T---------AAAAATTAGCGTCAGGCATTCACTGAC---CTAGGT------T-TA-----ATGTACGTTGCTTAATATAATGTTCATAACACGGTATGCAAAA--TTACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAtgcgttgaagacatctacctagatgtgtgtcatttacgg
gi|13 : TGTCGCATAGTACTACATGTATTTGTAGCTTGGTGGTCAAAG-TTAAATTTTG---------------GAAACATCA--GTTAA-------AAGGTGC-TACTC------GTCGTCCTGTTACGTCA--AA--------AACGAA---AGATAACAcgtgtcgcatagtactacatgtatttgtagcttggtggtcaaagttaaattttggaaacatcagttaaaaggtgctactcgtcgtcctgttacgtcaaaaacgaaagataaca
gi|14 : caataaataaatgaaagaacttcgtatcgctagaggaagcactggtttgtgtcacgggtaaaaattagcgtcaggcattcactgacctaggtttaatgtacgttgcttaatataatgttcataacacggtatgcaaaattactggcaaacgagctgacgGAAACACA---AGATA---AGCGCGGGTGACAAACTCGAC---AGCATGAGTTCTTTG-AA-T-T-TTAGGTCAAAACA-CTCAAAGTT-----AGGAAGAC-A-A---AT--ACA-AG-A-TTG-TTGCTCCGTTTGTTGACTGAAGACCAGAATAAAGTC--
gi|15 : gatactcgtccagaaatgttgaaagccctgaaatatttaaaaTA-AATAATGCGACTGCTGTGTTATTTCGTGGAAATCA------TGCAATATA----TAA-AATG-AAACAACTCGGTATCGCCAGAG-TAATCGC---TG-GT---------GCGTGTCACAGG---------T---------AAACATTTGCCCCAAACATTCACTGAC---ATTGGTG-----C-AA-----GCGCACATTGCTTGATcgagtaacattgactgcttgaaatgtataattcgtacaaaaaaatggcttttggtaatgttgttactgg
gi|15 : ataA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGA------------C-GAA--T---------A-------TGT---------------GC----gactggcaaacgagacgaatatgtgcgtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|16 : atataaataatgcgactgctgtgttatttcgtggaaatcatgcaatatataaaatgaaacaactcggtatcgccagagtaatcgctggtgcgtgtcacaggtaaacatttgccccaaacattcactgacattggtgcaagcgcacattgcttgTA-AATAATGCCACTGGTGTATTATTTCTTTGAAATC-------T-CA---------------------TAACTTTGTATCGCTAGAA-AGATCAC---TG-GT---------GCAAGTCGCTGG---------T---------TAAAATCTG--TTAAATATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----ATGTACATAGCTTTGTAGTTTATTCATTACACTGTATG-GTAA--TTACTG--------GC-AAAC--AAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----gtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|17 : ttaGA-------ATGATGC-TACTCGCCCTGATCGTCCTGCGTCGTCA--TC--------AACCTA---AGAAAACATC-AAAA--------AAATCCGCGAAAT---------CCT---GA---AG-CTGATGCTCTTCACACACT--GAGACTTAGCTCAGTTTACAAACTTGTCGTTAGCACAAGTTCATC
gi|18 : ttagcA-AATGAT---ACTGCTGTATTATTGCTTGGAAATCA------TGTAATCTA----C-T-AATG-AATCAACTTCATATCGCTAGAGTTGA-CAA---TG-GT---------CC---------G---------
gi|19 : gtaaaacCGTATAAAAATTTGACTGCTTTATTATTTATTGAAAATCAAAATATTGCAATATA----T-C-AATA-AAACACCATTGTATTGCT-GAG-TGATGAC---TG-GT---------GC---------G---------T---------agttccatgtaaaaa
gi|2 : TCACTAAT---CTTG-----------------ATGTATATTGCTTGATAGAGTATATAATACAATGTGTTCAAA---TGACTG--------GC-AAAT--GAGC------------T-GAA--ATT-------AGGGTCTTTGTTCTAGTTAAGCCATTAC----T---TTGGTTGAAGTAAAAT--AAT---AC----ATTTC-CCGA---------------G--AGGTAT--GT--G-----CC-AT-TTAC-GATG--A--AGGT-CAGATGTCGTACAGTGCTA------TTTGCATGTGGGTGGCCAAAT-TTCTACCCGG---------------GCATTAGCA--GTTGA-------AAGATAC-TGCTTATCCTGGTCGTCCTGTAATGTAA--AC--------AAACAA---AGAAAACATC-GAAA--------ATATTCGCGAAAT---------AAT---GA---AA-CTGATGCTCGATAGACGGAAAATGATTAAGCTCGGATGACAAA---ATCGTTAACACGAGTACATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATTTAAATGTT-----A-----AA-A-AAATAT--ATGTAC-GATTG-ATACTGCATTTGTTTGCAGAGGACCACAA--AAGTT--AAACAATGCTTTTTCGA-----ACA--------AACTT-TTGAAAATGTATCCGAAATACAGTAAAACCTCTTTTGAGAgtcac
gi|20 : CCGTA-AATA--------GTTGCATTATTTCGTGGTAATCG------TGCAACATA----T-A-A-TG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-GGATCAC---TG-GT---------AC---------G---------T---------tgtttagttatgggtaaccgaaacgtgactatgagcacggaaaatgcaggacgcgcatgagctg
gi|21 : gtt--G--A--GGGT-CAGATGTCGTGTAGTACTA------TTTGTAGGCGGGTGGTCACAT-TTCAATCCAG---------------GCAACAGCG--ATTGA-------AAgtcacaggtaaaaa
gi|22 : cggaCCGTA-AACAATGCGAATGCTGTATTACTTCGTAAAAATTA------
gi|3 : CCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTCTTGATATTCA------ATCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCC---TG-AT----------C---------G---------T---------AAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGAC---ATGGGTGAATTGTACATGTACATGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--GGGT-TAAATGTCGTATTGTATTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAAC-ATTAATTTTG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGACTT-TGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-AAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATGACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TATA---AAAGTATCTAGAAGGC-----A-----AC-A-A---A---------------------------ATTGACAAAAGACCAAAA--AAGTagacataagtat
gi|3 : GAAAATGTATCCA-AATAGAACAAATCTTCTTTTGAGAaaagtggaaaattagaaaatgtatccaaatagaacaaatcttcttttgaga
gi|4 : ccgtaaataatgcgactgcagtattatttcttgatattcaatcaatatataaatgaaacaacttcctatcactagagtgagccctgatcgtaaaaatcagcctcaggcattctctgacatgggtgaattgtacatgtacatgtacattgctttatagcgtctttaatacactgtttgcgaaatgaattgcaaacgagcacaaaatatgctttgaagtcgaaagacatttaccgagaagtgtgacattaactgaggggttaaatgtcgtattgtattatttgtaggtgggtggtcaaacattaattttggcaacagcagttgaaagactttgctcgaactggtcgttctgtaacgtcaacaactaaagaaaacataaaaaaaaatcatgaaccaacagatgctcgatacacagtaagagacttatctcggatgacaaatttgttgttagcacgagttcatctaatttataaaagtatctagaaggcaacaaaattgacaaaagaccaaaaaagtaaagtggaaaattaCTGTA-AATAATGCGATCGCCATATTATTTCGTGGTAACCG------TGCAACATAATATT-ATAATG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-TGACTAT---TG-GT---------AC---------G---------TGTCACAGGTAAAAATCTGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----AAGTTCATTGCTTGATAGCGTATTCCTTACAATGTATG-ATAA--TGACTT--------GC-AATC--GAGCTGCAAATGTGTTT-GAA--ATTAGGGCCTA-------TAT---------------TCGAGGTAGGTTG----ATGTCGA----AAG---CC----ATTTA-CCAA---------------G--ATG--T--GA--G-----AC-AT-TTACGG--G--GA-GGGT-CAGATGTCATATATTACTA------TTTGTAGGCGGGCGGCCAAAT-TGTAATCCGA---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGGCCTGGTCGTCTTGTAACATCACTACCAA-----AGCCAA---AGAAAACGTA-GAAA--------A--------AAATC--------CAT---G-A-CAACCTGAAAACTGAAGCAAAACAAGAGATTTAGCTCGGATAACAAACTTATCGTTAACGCGAATTCATC
gi|5 : t-AATAATGCGTCTGCTGTATTATTTCGTTGAAATCA------T-------A----T-A---TG-AAACAACTTGGTTTTGCTAGCG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------G---------TGTCACAGGTAAGGATCTCCCTCAAACATTTACTTAT---CATGTTA-------CA-----ATGTACACTACTTGGTAGCTTATTCACTGCACTGTATGCAAAA--TGGTTG--------TC-AAAC--AAGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GA----T---TAA----AATT--A----GAGTCTAT----ATT----CGA---------------GGTAGG--T-------------C-AT-T-ACTT--G--G--G
gi|5 : ---TTG----AAGTTGA----AAT---AC----ATTCA-AAGA---------------G--AGG--TTTGT--G-----AC-AT-TGAC-G--G--GTAGAGT-CAGATGTCGTATAGTACAA------TTTGTAGGTGAGTGGCCAAAT-TTCTATCCGG---------------GCAGTAA-ATTGTTGA-------AA--------------------GTTCTGTAATGTAA--AC--------AACCAAGCTATAAAATATC-G-AA--------C--------ATAT---------CTC---CAA-AAA-CT--------ATAAATAGTAAACAAATCAGCTCCGTTGACAAACTTGTCGTTAGCACGGATTTGTCT-AT-T-T-AAAA---AAAGCATTTAAAttgaagttgaaatacattcaaagagaggtttgtgacattgacgggtagagtcagatgtcgtatagtacaatttgtaggtgagtggccaaatttctatccgggcagtaaattgttgaaagttctgtaatgtaaacaaccaagctataaaatatcgaacatatctccaaaaactataaatagtaaacaaatcagctccgttgacaaacttgtcgttagcacggatttgtctatttaaaaaaagcatttaaa
gi|6 : aataatgcgtctgctgtattatttcgttgaaatcatatatgaaacaacttggttttgctagcgtgatcactggtgcgtgtcacaggtaaggatctccctcaaacatttacttatcatgttacaatgtacactacttggtagcttattcactgcactgtatgcaaaatggttgtcaaacaagctgaacatgtgattaaaattagagtctatattcgaggtaggtcattacttgggCCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTCTTGATATTCA------ATCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCC---TG-AT----------T---------G---------T---------AAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGAC---ATGGGTGAATTGTACATGTACATGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--AGGT-TAAATGTCGTATTGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAACATTC-ATTTTG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGAATT-TGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-AAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATTACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATGT-AA-T-T-TATA---AAAGTATCTAGAAG
gi|7 : CCATA-GATAATGTGACTGCTGTATTACTTCTTGGAAACCA------TGATATAGA----T-T-TATG-GAACAACTTCGTCTCTCTAGAA-TGATCAT---TG-AT---------GT---------G---------T---------G----TCA---TTAAA-------TGAC---CTTAGAG-------AA-----ATGTACATAGCTTTATGGCGCATCCCTAACACTGTGTGCAAAATGTGCTTGTCGTTAGAGCTAAACTCGAGG------------TAGGT--C---------A-------T-T---------------AC----T---TGG------GTTGATGTTAAA---AC----GTTT--------------------------------GT--G-----AA-AT-TTACAG--G--G--AAATTCAAATGTCGTATAATATTA------TTCGAAGGTGGGTGGCCAATT-TTCAATCCAG---------------GC-ACGGCA--TCTGAAATGTGTAAGATAC-TGTTTGCCCTGATCTTCCTGTAACGTCA--ACAACCAAATAACCAA---AGAAAACACC-GAAA--------A--------CTTC---------CAT---TAA--AA-CTGATGCTCGATGTCCAGCAAG-----TA------ATGACAAACCT-T--TTAGCTCAGGTTTATCTAAA-T-A-AGAA---AAAGCGTCCAAAAGTT-----A-----A
gi|8 : tCCGTA-AATAATGCGACTGCTCTGTTATTATATGGAAATCA------TGCAATACA----T-A-AATG-AAAATACTTGGTATTCCAAGAG-TGATCAC---TG-AT---------AC---------GTGTCACATAT---------AAAATTCAGCATCAAACATACACAGAC---CTTGGTG-------CA-----ATGTGCATTGCTTGATAGCGTATATATTACACTGTATTAAAAA--TGACTG--------AC-AAAC--GAAA------------T-TAA--A---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAAT--A----AGG---AA----CTTTATCCAATGTAGGTCATTGCTTG--AGT--T--GA--GATAGAAC-AT-TTAC-G--G--GTAGTGT-CAGATGTCATATAGTACTA------TTATTATGTAGGTGGCAGAAT-TTCAATCCGG---------------GGAACAGCA--ATTGA-------AAGATGT-TGCTCGCCCTGGTTGTCCTGTTACGGCA--GC--------AACCCA---A---------------------------------------------------AA-CAA-CTGATGCTCGAGACACAGTAA-AAAGTTAGCTCGGATGACAAACTTATTGTTAGCATG
gi|9 : tGTATTAACTTATGACAATCA------CACACGATA----T-A-AATTCAAGTAA----GTAAAGATTGAG-TGATCAA---TA-GT---------TT---------G---------T-----------------GTCACAGGTATGCTTTGCCTGGCTCGCTG-------CA-----ATGTGCGTTGCTTTATATCGTATTCATTAGACTGTATGTAAAA--TACCTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------tatttt
gi|9 : gatactatacgaaaggtgttcctactataC--GAGG------------T-GACCTA---------A-------CGT---------------GT----G---TTG----ACGTTGA----AAG---AC----ATAAG-CCAA---------------G--AGA--T--TTTGG-----ACTAT-TA--TG--GCGA--GGAT-CAAATGTCGTATAGTACTA------TTCGT----GAACGGCCAAAT-TTTAATCCAG---------------ACAACAGCA--GATGA-------AAGATGAGTG-TAGCCCTGGTCGTCCTGCAATGCCA--AT--------AACCAA---TAAAAACATC-GAAATATTCCTTG--------AAAT---------CCT---TAA--AA-CAGATGTTCatctgtaattagagcttatattcgaggtgacctaacgtgtgttgacgttgaaagacataagccaagagattttggactattatggcgaggatcaaatgtcgtatagtactattcgtgaacggccaaattttaatccagacaacagcagatgaaagatgagtgtagccctggtcgtcctgcaatgccaataaccaataaaaacatcgaaatattccttgaaatccttaaaacagatgttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTATGTCGTTCTGTTGTATTGCGCACCTGTTGTTTT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555 22222222222222 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 2222222222222222222222 11111 1111111111 222222222222222 1111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555 11 111 9999999999999999999999999999999999999 11
lowQualScore : 2 1 777777 1 0 2 5555 333 2 3 2 0 444 2 99999999999999999999999999999999 2 0 555 99999999999999 3 1 0 1 44 11111111 3 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 2222222 555 7777 1111111111111111111111 44 44 666666 66666 6 3 7 3333333333 3 999999 3 0 000000000000000 44 0000000 3 33 44 66666666 555 3 99999999999999999999999999999999999999999 3 1 0 4 0 2 4 4 4 4 777 5555555555555555555555555555555555555 3 88 444 5555555555555555555555555555555555555 55
lowQualScore : . . ...... . . . .... ... . . . . ... . ................................ . . ... .............. . . . . .. ........ . .. ................................................................. .... ....... ... .... ...................... .. .. ...... ..... . . . .......... . ...... . . ............... .. ....... . .. .. ........ ... . ......................................... . . . . . . . . . . ... ..................................... . .. ... ..................................... ..
lowQualScore : 9 0 777777 9 4 8 7777 000 7 8 7 1 777 7 77777777777777777777777777777777 2 4 444 99999999999999 1 0 8 8 22 22222222 1 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 8888888 888 1111 4444444444444444444444 66 66 111111 22222 7 3 5 7777777777 6 666666 3 2 888888888888888 66 0000000 3 88 22 55555555 444 3 55555555555555555555555555555555555555555 3 8 8 4 4 3 4 4 4 4 888 6666666666666666666666666666666666666 7 00 222 0000000000000000000000000000000000000 77
consensus : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------GT---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
Reference ( family-5043 ) : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------GT---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
gi|1 : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTACTATTTCTTGCAAATGA------TGCAGCACA----A-A-AGT---AATAACTTGG----GC----G-T-ATCAC---AG-AT---------AC-----------------------AATCGGAGTCAAACATTCACTAAC---CTTGGTG-------TA-----A-TGTGCATTGCGTTATAGTGTATTCAGTATAGTGTATGCAAAA--CTGCTA--------GC-AAAC--CAGC------------A-G-A--A---------A-------TGC---------------GC----A---TGG----AA
gi|1 : ----AAATCGA----AAG---AC----ATT-A-CCGA---------------G--ATG--T--GT--GT----ACCAT-TTAATG--T--A--GGGT-CAAATGTCGTATAGAAAAA------TTTGCTGGTGAGCTGCTTAAT-TTTAATCCGGGCAACAGTTGTCCGGGCAACAGTT--GTTGA-------AAGATGC-TACTCGACATAGTCGTTCGGTAACGTCA--AA--------AACCAA---AGAAAATATC-GAAA--------A--------AAAAAACACGCGACATACTGAA--AA-CAGATGCTCGATAGACAATAAGAGACTTAGCT-------------TGTCGTTAGCACAAGTTCATCT-TA-T-TGTGAA---AAA-----TAAATATTTTTAAA-----AT-A-A---AT----GCAC-GATGG-ATACCGTATTTGTTGACAAATGACCAAAAT-AAGT---GAA-GG---------GATGCTTA-AGAGCAAATA---TCATGAAAATATATATTGAATTCAGCAAAACCTCTTTTGAGAtaagggccagtattcgagtaggttattactagggtcaaaatcgaaagacattaccgagatgtgtgtaccatttaatgtagggtcaaatgtcgtatagaaaaatttgctggtgagctgcttaattttaatccgggcaacagttgtccgggcaacagttgttgaaagatgctactcgacatagtcgttcggtaacgtcaaaaaccaaagaaaatatcgaaaaaaaaaacacgcgacatactgaaaacagatgctcgatagacaataagagacttagcttgtcgttagcacaagttcatcttattgtgaaaaataaatatttttaaaataaatgcacgatggataccgtatttgttgacaaatgaccaaaataagtgaagggatgcttaagagcaaatatcatgaaaatatatattgaattcagcaaaacctcttttgagaatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|10 : ccgtaaataatgcgactgctgtactatttcttgcaaatgatgcagcacaaaagtaataacttgggcgtatcacagatacaatcggagtcaaacattcactaaccttggtgtaatgtgcattgcgttatagtgtattcagtatagtgtatgcaaaactgctagcaaaccagcagaaatgcgcatggaataagggccagtattcgagtaggttattactagggtca---TTG----AAGTTAA----AAG---AC----GTTTG-CCGA---------------G--AGG--T--GT--GTG---AC-ATGTGACTT--G--G-----T-CTAATGTCGTATAATACTT------TTTGTAGGTGGGTCTTAAAAT-TTCAATTTGG---------------GCAACAGCA--TTTGA-------AAGATGC-TACTCTAGCTGGTCGTTCTCAAACGTCA--AC--------AAGCAA---AGAAGGC-TCAGAAA--------A--------AAAT---------CAT----AA-CAA-TAAATGCTCGATACATAGTAAGAGATTTCTCTCAGATGACAAACTTGTCGTTAGCACAACTTCATGT-AATT-T-TGAA---AAAGCGTTTAAAAATT-----A-----AC-ATG---ATGAATGCACAA-TGG-ATGCCGCATTTGTTGACAAAGGACCGAAAG-AAGCC--AAatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|11 : cctatattcgaggtaagtcattacttgggAACGCCA--AC--------AACCAA---AAAAAGCA-C-GAAATATTTAT-G--------AAAT---------TCT---GA--TAA-CTGGTGTTCGAAAAACAGTAAGATACTAAGCTTGGATGACAAACTAGT--------CGAGTAAATAT-AA-CGT-GGAA---AAAGCATCTTAAAGTT-----A-----ATAA-A---ATAAATGCAC-G-ATGAATAAAGCATTTGTTGACAGAGAACCAAAAT-AAGTCAAGAAC--TGCTCTgggctgttata
gi|12 : -AATAATGCAAATGCTGTATTATTTCTTTGAAATCA------TGCAAGA-A----T-A-AATG-AAACAATTTCCTATTGCTAGAG-TGGTCACAGATGTGT---------GTCACAG----GT---------AAAGATCAGCCTCAGACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CATGT--A-TATATATTGCTTTATAGC-TA---ATTACACTGTACGCAAAA--TGACTG--------GC-AAGC--TGGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAATT-------AG---ACCTAAATTC---------------------G--AGG--T--AG--G-----GC-AT-T-ACTagcgaaattacttttgagaagttagttacggtgacgaaacgggtgtccattattgttagccaaaatgataatccgggcgacggaaaatacaagacgcccatttt
gi|13 : CAATAAA----T-A-AATG-AAAGAACTTCGTATCGCTAGAG-GAAGCAC---TG-GTTTGTGTCACGG---------GT---------AAAAATTAGCGTCAGGCATTCACTGAC---CTAGGTT-------TA-----A-TGTACGTTGCTTAATATAATGTTCATAACACGGTATGCAAAA--TTACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAtgcgttgaagacatctacctagatgtgtgtcatttacgg
gi|13 : TGTCGCATAGTACTACATGTATTTGTAGCTTGGTGGTCAAAG-TTAAATTTTG---------------GAAACATCA--GTTAA-------AAGGTGC-TACTC------GTCGTCCTGTTACGTCA--AA--------AACGAA---AGATAACAcgtgtcgcatagtactacatgtatttgtagcttggtggtcaaagttaaattttggaaacatcagttaaaaggtgctactcgtcgtcctgttacgtcaaaaacgaaagataaca
gi|14 : caataaataaatgaaagaacttcgtatcgctagaggaagcactggtttgtgtcacgggtaaaaattagcgtcaggcattcactgacctaggtttaatgtacgttgcttaatataatgttcataacacggtatgcaaaattactggcaaacgagctgacgGAAACACA---AGATA---AGCGCGGGTGACAAACTCGAC---AGCATGAGTTCTTTG-AA-T-T-TTAGGTCAAAACA-CTCAAAGTT-----AGGAAGAC-A-A---AT--ACA-AG-A-TTG-TTGCTCCGTTTGTTGACTGAAGACCAGAATAAAGTC--
gi|15 : gatactcgtccagaaatgttgaaagccctgaaatatttaaaaTA-AATAATGCGACTGCTGTGTTATTTCGTGGAAATCA------TGCAATATA----TAA-AATG-AAACAACTCGGTATCGCCAGAG-TAATCGC---TG-GT---------GCGTGTCACAGGT---------AAACATTTGCCCCAAACATTCACTGAC---ATTGGTG-------CA-----AGCGCACATTGCTTGATcgagtaacattgactgcttgaaatgtataattcgtacaaaaaaatggcttttggtaatgttgttactgg
gi|15 : ataA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGA------------C-GAA--T---------A-------TGT---------------GC----gactggcaaacgagacgaatatgtgcgtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|16 : atataaataatgcgactgctgtgttatttcgtggaaatcatgcaatatataaaatgaaacaactcggtatcgccagagtaatcgctggtgcgtgtcacaggtaaacatttgccccaaacattcactgacattggtgcaagcgcacattgcttgTA-AATAATGCCACTGGTGTATTATTTCTTTGAAATC-------T-CA---------------------TAACTTTGTATCGCTAGAA-AGATCAC---TG-GT---------GCAAGTCGCTGGT---------TAAAATCTG--TTAAATATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTACATAGCTTTGTAGTTTATTCATTACACTGTATG-GTAA--TTACTG--------GC-AAAC--AAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----gtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|17 : ttaGA-------ATGATGC-TACTCGCCCTGATCGTCCTGCGTCGTCA--TC--------AACCTA---AGAAAACATC-AAAA--------AAATCCGCGAAAT---------CCT---GA---AG-CTGATGCTCTTCACACACT--GAGACTTAGCTCAGTTTACAAACTTGTCGTTAGCACAAGTTCATC
gi|18 : ttagcA-AATGAT---ACTGCTGTATTATTGCTTGGAAATCA------TGTAATCTA----C-T-AATG-AATCAACTTCATATCGCTAGAGTTGA-CAA---TG-GT---------CC---------G
gi|19 : gtaaaacCGTATAAAAATTTGACTGCTTTATTATTTATTGAAAATCAAAATATTGCAATATA----T-C-AATA-AAACACCATTGTATTGCT-GAG-TGATGAC---TG-GT---------GC---------GT---------agttccatgtaaaaa
gi|2 : TCACTAAT---CTTG-----------------A-TGTATATTGCTTGATAGAGTATATAATACAATGTGTTCAAA---TGACTG--------GC-AAAT--GAGC------------T-GAA--ATT-------AGGGTCTTTGTTCTAGTTAAGCCATTAC----T---TTGGTTGAAGTAAAAT--AAT---AC----ATTTC-CCGA---------------G--AGGTAT--GT--G-----CC-AT-TTAC-GATG--A--AGGT-CAGATGTCGTACAGTGCTA------TTTGCATGTGGGTGGCCAAAT-TTCTACCCGG---------------GCATTAGCA--GTTGA-------AAGATAC-TGCTTATCCTGGTCGTCCTGTAATGTAA--AC--------AAACAA---AGAAAACATC-GAAA--------ATATTCGCGAAAT---------AAT---GA---AA-CTGATGCTCGATAGACGGAAAATGATTAAGCTCGGATGACAAA---ATCGTTAACACGAGTACATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATTTAAATGTT-----A-----AA-A-AAATAT--ATGTAC-GATTG-ATACTGCATTTGTTTGCAGAGGACCACAA--AAGTT--AAACAATGCTTTTTCGA-----ACA--------AACTT-TTGAAAATGTATCCGAAATACAGTAAAACCTCTTTTGAGAgtcac
gi|20 : CCGTA-AATA--------GTTGCATTATTTCGTGGTAATCG------TGCAACATA----T-A-A-TG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-GGATCAC---TG-GT---------AC---------GT---------tgtttagttatgggtaaccgaaacgtgactatgagcacggaaaatgcaggacgcgcatgagctg
gi|21 : gtt--G--A--GGGT-CAGATGTCGTGTAGTACTA------TTTGTAGGCGGGTGGTCACAT-TTCAATCCAG---------------GCAACAGCG--ATTGA-------AAgtcacaggtaaaaa
gi|22 : cggaCCGTA-AACAATGCGAATGCTGTATTACTTCGTAAAAATTA------
gi|3 : CCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTCTTGATATTCA------ATCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCC---TG-AT----------C---------GT---------AAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGAC---ATGGGTGAATTGTACATGTACA-TGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--GGGT-TAAATGTCGTATTGTATTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAAC-ATTAATTTTG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGACTT-TGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-AAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATGACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TATA---AAAGTATCTAGAAGGC-----A-----AC-A-A---A---------------------------ATTGACAAAAGACCAAAA--AAGTagacataagtat
gi|3 : GAAAATGTATCCA-AATAGAACAAATCTTCTTTTGAGAaaagtggaaaattagaaaatgtatccaaatagaacaaatcttcttttgaga
gi|4 : ccgtaaataatgcgactgcagtattatttcttgatattcaatcaatatataaatgaaacaacttcctatcactagagtgagccctgatcgtaaaaatcagcctcaggcattctctgacatgggtgaattgtacatgtacatgtacattgctttatagcgtctttaatacactgtttgcgaaatgaattgcaaacgagcacaaaatatgctttgaagtcgaaagacatttaccgagaagtgtgacattaactgaggggttaaatgtcgtattgtattatttgtaggtgggtggtcaaacattaattttggcaacagcagttgaaagactttgctcgaactggtcgttctgtaacgtcaacaactaaagaaaacataaaaaaaaatcatgaaccaacagatgctcgatacacagtaagagacttatctcggatgacaaatttgttgttagcacgagttcatctaatttataaaagtatctagaaggcaacaaaattgacaaaagaccaaaaaagtaaagtggaaaattaCTGTA-AATAATGCGATCGCCATATTATTTCGTGGTAACCG------TGCAACATAATATT-ATAATG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-TGACTAT---TG-GT---------AC---------GTGTCACAGGTAAAAATCTGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-AGTTCATTGCTTGATAGCGTATTCCTTACAATGTATG-ATAA--TGACTT--------GC-AATC--GAGCTGCAAATGTGTTT-GAA--ATTAGGGCCTA-------TAT---------------TCGAGGTAGGTTG----ATGTCGA----AAG---CC----ATTTA-CCAA---------------G--ATG--T--GA--G-----AC-AT-TTACGG--G--GA-GGGT-CAGATGTCATATATTACTA------TTTGTAGGCGGGCGGCCAAAT-TGTAATCCGA---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGGCCTGGTCGTCTTGTAACATCACTACCAA-----AGCCAA---AGAAAACGTA-GAAA--------A--------AAATC--------CAT---G-A-CAACCTGAAAACTGAAGCAAAACAAGAGATTTAGCTCGGATAACAAACTTATCGTTAACGCGAATTCATC
gi|5 : t-AATAATGCGTCTGCTGTATTATTTCGTTGAAATCA------T-------A----T-A---TG-AAACAACTTGGTTTTGCTAGCG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------GTGTCACAGGTAAGGATCTCCCTCAAACATTTACTTAT---CATGTTA-------CA-----A-TGTACACTACTTGGTAGCTTATTCACTGCACTGTATGCAAAA--TGGTTG--------TC-AAAC--AAGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GA----T---TAA----AATT--A----GAGTCTAT----ATT----CGA---------------GGTAGG--T-------------C-AT-T-ACTT--G--G--G
gi|5 : ---TTG----AAGTTGA----AAT---AC----ATTCA-AAGA---------------G--AGG--TTTGT--G-----AC-AT-TGAC-G--G--GTAGAGT-CAGATGTCGTATAGTACAA------TTTGTAGGTGAGTGGCCAAAT-TTCTATCCGG---------------GCAGTAA-ATTGTTGA-------AA--------------------GTTCTGTAATGTAA--AC--------AACCAAGCTATAAAATATC-G-AA--------C--------ATAT---------CTC---CAA-AAA-CT--------ATAAATAGTAAACAAATCAGCTCCGTTGACAAACTTGTCGTTAGCACGGATTTGTCT-AT-T-T-AAAA---AAAGCATTTAAAttgaagttgaaatacattcaaagagaggtttgtgacattgacgggtagagtcagatgtcgtatagtacaatttgtaggtgagtggccaaatttctatccgggcagtaaattgttgaaagttctgtaatgtaaacaaccaagctataaaatatcgaacatatctccaaaaactataaatagtaaacaaatcagctccgttgacaaacttgtcgttagcacggatttgtctatttaaaaaaagcatttaaa
gi|6 : aataatgcgtctgctgtattatttcgttgaaatcatatatgaaacaacttggttttgctagcgtgatcactggtgcgtgtcacaggtaaggatctccctcaaacatttacttatcatgttacaatgtacactacttggtagcttattcactgcactgtatgcaaaatggttgtcaaacaagctgaacatgtgattaaaattagagtctatattcgaggtaggtcattacttgggCCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTCTTGATATTCA------ATCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCC---TG-AT----------T---------GT---------AAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGAC---ATGGGTGAATTGTACATGTACA-TGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--AGGT-TAAATGTCGTATTGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAACATTC-ATTTTG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGAATT-TGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-AAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATTACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATGT-AA-T-T-TATA---AAAGTATCTAGAAG
gi|7 : CCATA-GATAATGTGACTGCTGTATTACTTCTTGGAAACCA------TGATATAGA----T-T-TATG-GAACAACTTCGTCTCTCTAGAA-TGATCAT---TG-AT---------GT---------GT---------G----TCA---TTAAA-------TGAC---CTTAGAG-------AA-----A-TGTACATAGCTTTATGGCGCATCCCTAACACTGTGTGCAAAATGTGCTTGTCGTTAGAGCTAAACTCGAGG------------TAGGT--C---------A-------T-T---------------AC----T---TGG------GTTGATGTTAAA---AC----GTTT--------------------------------GT--G-----AA-AT-TTACAG--G--G--AAATTCAAATGTCGTATAATATTA------TTCGAAGGTGGGTGGCCAATT-TTCAATCCAG---------------GC-ACGGCA--TCTGAAATGTGTAAGATAC-TGTTTGCCCTGATCTTCCTGTAACGTCA--ACAACCAAATAACCAA---AGAAAACACC-GAAA--------A--------CTTC---------CAT---TAA--AA-CTGATGCTCGATGTCCAGCAAG-----TA------ATGACAAACCT-T--TTAGCTCAGGTTTATCTAAA-T-A-AGAA---AAAGCGTCCAAAAGTT-----A-----A
gi|8 : tCCGTA-AATAATGCGACTGCTCTGTTATTATATGGAAATCA------TGCAATACA----T-A-AATG-AAAATACTTGGTATTCCAAGAG-TGATCAC---TG-AT---------AC---------GTGTCACATATAAAATTCAGCATCAAACATACACAGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTGCATTGCTTGATAGCGTATATATTACACTGTATTAAAAA--TGACTG--------AC-AAAC--GAAA------------T-TAA--A---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAAT--A----AGG---AA----CTTTATCCAATGTAGGTCATTGCTTG--AGT--T--GA--GATAGAAC-AT-TTAC-G--G--GTAGTGT-CAGATGTCATATAGTACTA------TTATTATGTAGGTGGCAGAAT-TTCAATCCGG---------------GGAACAGCA--ATTGA-------AAGATGT-TGCTCGCCCTGGTTGTCCTGTTACGGCA--GC--------AACCCA---A---------------------------------------------------AA-CAA-CTGATGCTCGAGACACAGTAA-AAAGTTAGCTCGGATGACAAACTTATTGTTAGCATG
gi|9 : tGTATTAACTTATGACAATCA------CACACGATA----T-A-AATTCAAGTAA----GTAAAGATTGAG-TGATCAA---TA-GT---------TT---------GT-----------------GTCACAGGTATGCTTTGCCTGGCTCGCTG-------CA-----A-TGTGCGTTGCTTTATATCGTATTCATTAGACTGTATGTAAAA--TACCTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------tatttt
gi|9 : gatactatacgaaaggtgttcctactataC--GAGG------------T-GACCTA---------A-------CGT---------------GT----G---TTG----ACGTTGA----AAG---AC----ATAAG-CCAA---------------G--AGA--T--TTTGG-----ACTAT-TA--TG--GCGA--GGAT-CAAATGTCGTATAGTACTA------TTCGT----GAACGGCCAAAT-TTTAATCCAG---------------ACAACAGCA--GATGA-------AAGATGAGTG-TAGCCCTGGTCGTCCTGCAATGCCA--AT--------AACCAA---TAAAAACATC-GAAATATTCCTTG--------AAAT---------CCT---TAA--AA-CAGATGTTCatctgtaattagagcttatattcgaggtgacctaacgtgtgttgacgttgaaagacataagccaagagattttggactattatggcgaggatcaaatgtcgtatagtactattcgtgaacggccaaattttaatccagacaacagcagatgaaagatgagtgtagccctggtcgtcctgcaatgccaataaccaataaaaacatcgaaatattccttgaaatccttaaaacagatgttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTATGTCGTTCTGTTGTATTGCGCACCTGTTGTTTT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555 22222222222222 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 2222222222222222222222 11111 1111111111 222222222222222 1111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555 11 111 9999999999999999999999999999999999999 11
lowQualScore : 2 1 777777 1 0 2 5555 333 2 3 2 0 444 2 99999999999999999999999999999999 2 0 555 99999999999999 3 1 0 1 44 11111111 3 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 2222222 555 7777 1111111111111111111111 44 44 666666 66666 6 3 7 3333333333 3 999999 3 0 000000000000000 44 0000000 3 33 44 66666666 555 3 99999999999999999999999999999999999999999 3 1 0 4 0 2 4 4 4 4 777 5555555555555555555555555555555555555 3 88 444 5555555555555555555555555555555555555 55
lowQualScore : . . ...... . . . .... ... . . . . ... . ................................ . . ... .............. . . . . .. ........ . .. ................................................................. .... ....... ... .... ...................... .. .. ...... ..... . . . .......... . ...... . . ............... .. ....... . .. .. ........ ... . ......................................... . . . . . . . . . . ... ..................................... . .. ... ..................................... ..
lowQualScore : 9 0 777777 9 4 8 7777 000 7 8 7 1 777 7 77777777777777777777777777777777 2 4 444 99999999999999 1 0 8 8 22 22222222 1 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 8888888 888 1111 4444444444444444444444 66 66 111111 22222 7 3 5 7777777777 6 666666 3 2 888888888888888 66 0000000 3 88 22 55555555 444 3 55555555555555555555555555555555555555555 3 8 8 4 4 3 4 4 4 4 888 6666666666666666666666666666666666666 7 00 222 0000000000000000000000000000000000000 77
consensus : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------GT---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
Reference ( family-5043 ) : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------GT---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
gi|1 : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTACTATTTCTTGCAAATGA------TGCAGCACA----A-A-AGT---AATAACTTGG----GC----G-T-ATCAC---AG-AT---------AC-----------------------AATCGGAGTCAAACATTCACTAAC---CTTGGTG-------TA-----A-TGTGCATTGCGTTATAGTGTATTCAGTATAGTGTATGCAAAA--CTGCTA--------GC-AAAC--CAGC------------A-G-A--A---------A-------TGC---------------GC----A---TGG----AA
gi|1 : ----AAATCGA----AAG---AC----ATT-A-CCGA---------------G--ATG--T--GT--GT----ACCAT-TTAATG--T--A--GGGT-CAAATGTCGTATAGAAAAA------TTTGCTGGTGAGCTGCTTAAT-TTTAATCCGGGCAACAGTTGTCCGGGCAACAGTT--GTTGA-------AAGATGC-TACTCGACATAGTCGTTCGGTAACGTCA--AA--------AACCAA---AGAAAATATC-GAAA--------A--------AAAAAACACGCGACATACTGAA--AA-CAGATGCTCGATAGACAATAAGAGACTTAGCT-------------TGTCGTTAGCACAAGTTCATCT-TA-T-TGTGAA---AAA-----TAAATATTTTTAAA-----AT-A-A---AT----GCAC-GATGG-ATACCGTATTTGTTGACAAATGACCAAAAT-AAGT---GAA-GG---------GATGCTTA-AGAGCAAATA---TCATGAAAATATATATTGAATTCAGCAAAACCTCTTTTGAGAtaagggccagtattcgagtaggttattactagggtcaaaatcgaaagacattaccgagatgtgtgtaccatttaatgtagggtcaaatgtcgtatagaaaaatttgctggtgagctgcttaattttaatccgggcaacagttgtccgggcaacagttgttgaaagatgctactcgacatagtcgttcggtaacgtcaaaaaccaaagaaaatatcgaaaaaaaaaacacgcgacatactgaaaacagatgctcgatagacaataagagacttagcttgtcgttagcacaagttcatcttattgtgaaaaataaatatttttaaaataaatgcacgatggataccgtatttgttgacaaatgaccaaaataagtgaagggatgcttaagagcaaatatcatgaaaatatatattgaattcagcaaaacctcttttgagaatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|10 : ccgtaaataatgcgactgctgtactatttcttgcaaatgatgcagcacaaaagtaataacttgggcgtatcacagatacaatcggagtcaaacattcactaaccttggtgtaatgtgcattgcgttatagtgtattcagtatagtgtatgcaaaactgctagcaaaccagcagaaatgcgcatggaataagggccagtattcgagtaggttattactagggtca---TTG----AAGTTAA----AAG---AC----GTTTG-CCGA---------------G--AGG--T--GT--GTG---AC-ATGTGACTT--G--G-----T-CTAATGTCGTATAATACTT------TTTGTAGGTGGGTCTTAAAAT-TTCAATTTGG---------------GCAACAGCA--TTTGA-------AAGATGC-TACTCTAGCTGGTCGTTCTCAAACGTCA--AC--------AAGCAA---AGAAGGC-TCAGAAA--------A--------AAAT---------CAT----AA-CAA-TAAATGCTCGATACATAGTAAGAGATTTCTCTCAGATGACAAACTTGTCGTTAGCACAACTTCATGT-AATT-T-TGAA---AAAGCGTTTAAAAATT-----A-----AC-ATG---ATGAATGCACAA-TGG-ATGCCGCATTTGTTGACAAAGGACCGAAAG-AAGCC--AAatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|11 : cctatattcgaggtaagtcattacttgggAACGCCA--AC--------AACCAA---AAAAAGCA-C-GAAATATTTAT-G--------AAAT---------TCT---GA--TAA-CTGGTGTTCGAAAAACAGTAAGATACTAAGCTTGGATGACAAACTAGT--------CGAGTAAATAT-AA-CGT-GGAA---AAAGCATCTTAAAGTT-----A-----ATAA-A---ATAAATGCAC-G-ATGAATAAAGCATTTGTTGACAGAGAACCAAAAT-AAGTCAAGAAC--TGCTCTgggctgttata
gi|12 : -AATAATGCAAATGCTGTATTATTTCTTTGAAATCA------TGCAAGA-A----T-A-AATG-AAACAATTTCCTATTGCTAGAG-TGGTCACAGATGTGT---------GTCACAG----GT---------AAAGATCAGCCTCAGACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CATGT--A-TATATATTGCTTTATAGC-TA---ATTACACTGTACGCAAAA--TGACTG--------GC-AAGC--TGGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAATT-------AG---ACCTAAATTC---------------------G--AGG--T--AG--G-----GC-AT-T-ACTagcgaaattacttttgagaagttagttacggtgacgaaacgggtgtccattattgttagccaaaatgataatccgggcgacggaaaatacaagacgcccatttt
gi|13 : CAATAAA----T-A-AATG-AAAGAACTTCGTATCGCTAGAG-GAAGCAC---TG-GTTTGTGTCACGG---------GT---------AAAAATTAGCGTCAGGCATTCACTGAC---CTAGGTT-------TA-----A-TGTACGTTGCTTAATATAATGTTCATAACACGGTATGCAAAA--TTACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAtgcgttgaagacatctacctagatgtgtgtcatttacgg
gi|13 : TGTCGCATAGTACTACATGTATTTGTAGCTTGGTGGTCAAAG-TTAAATTTTG---------------GAAACATCA--GTTAA-------AAGGTGC-TACTC------GTCGTCCTGTTACGTCA--AA--------AACGAA---AGATAACAcgtgtcgcatagtactacatgtatttgtagcttggtggtcaaagttaaattttggaaacatcagttaaaaggtgctactcgtcgtcctgttacgtcaaaaacgaaagataaca
gi|14 : caataaataaatgaaagaacttcgtatcgctagaggaagcactggtttgtgtcacgggtaaaaattagcgtcaggcattcactgacctaggtttaatgtacgttgcttaatataatgttcataacacggtatgcaaaattactggcaaacgagctgacgGAAACACA---AGATA---AGCGCGGGTGACAAACTCGAC---AGCATGAGTTCTTTG-AA-T-T-TTAGGTCAAAACA-CTCAAAGTT-----AGGAAGAC-A-A---AT--ACA-AG-A-TTG-TTGCTCCGTTTGTTGACTGAAGACCAGAATAAAGTC--
gi|15 : gatactcgtccagaaatgttgaaagccctgaaatatttaaaaTA-AATAATGCGACTGCTGTGTTATTTCGTGGAAATCA------TGCAATATA----TAA-AATG-AAACAACTCGGTATCGCCAGAG-TAATCGC---TG-GT---------GCGTGTCACAGGT---------AAACATTTGCCCCAAACATTCACTGAC---ATTGGTG-------CA-----AGCGCACATTGCTTGATcgagtaacattgactgcttgaaatgtataattcgtacaaaaaaatggcttttggtaatgttgttactgg
gi|15 : ataA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGA------------C-GAA--T---------A-------TGT---------------GC----gactggcaaacgagacgaatatgtgcgtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|16 : atataaataatgcgactgctgtgttatttcgtggaaatcatgcaatatataaaatgaaacaactcggtatcgccagagtaatcgctggtgcgtgtcacaggtaaacatttgccccaaacattcactgacattggtgcaagcgcacattgcttgTA-AATAATGCCACTGGTGTATTATTTCTTTGAAATC-------T-CA---------------------TAACTTTGTATCGCTAGAA-AGATCAC---TG-GT---------GCAAGTCGCTGGT---------TAAAATCTG--TTAAATATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTACATAGCTTTGTAGTTTATTCATTACACTGTATG-GTAA--TTACTG--------GC-AAAC--AAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----gtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|17 : ttaGA-------ATGATGC-TACTCGCCCTGATCGTCCTGCGTCGTCA--TC--------AACCTA---AGAAAACATC-AAAA--------AAATCCGCGAAAT---------CCT---GA---AG-CTGATGCTCTTCACACACT--GAGACTTAGCTCAGTTTACAAACTTGTCGTTAGCACAAGTTCATC
gi|18 : ttagcA-AATGAT---ACTGCTGTATTATTGCTTGGAAATCA------TGTAATCTA----C-T-AATG-AATCAACTTCATATCGCTAGAGTTGA-CAA---TG-GT---------CC---------G
gi|19 : gtaaaacCGTATAAAAATTTGACTGCTTTATTATTTATTGAAAATCAAAATATTGCAATATA----T-C-AATA-AAACACCATTGTATTGCT-GAG-TGATGAC---TG-GT---------GC---------GT---------agttccatgtaaaaa
gi|2 : TCACTAAT---CTTG-----------------A-TGTATATTGCTTGATAGAGTATATAATACAATGTGTTCAAA---TGACTG--------GC-AAAT--GAGC------------T-GAA--ATT-------AGGGTCTTTGTTCTAGTTAAGCCATTAC----T---TTGGTTGAAGTAAAAT--AAT---AC----ATTTC-CCGA---------------G--AGGTAT--GT--G-----CC-AT-TTAC-GATG--A--AGGT-CAGATGTCGTACAGTGCTA------TTTGCATGTGGGTGGCCAAAT-TTCTACCCGG---------------GCATTAGCA--GTTGA-------AAGATAC-TGCTTATCCTGGTCGTCCTGTAATGTAA--AC--------AAACAA---AGAAAACATC-GAAA--------ATATTCGCGAAAT---------AAT---GA---AA-CTGATGCTCGATAGACGGAAAATGATTAAGCTCGGATGACAAA---ATCGTTAACACGAGTACATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATTTAAATGTT-----A-----AA-A-AAATAT--ATGTAC-GATTG-ATACTGCATTTGTTTGCAGAGGACCACAA--AAGTT--AAACAATGCTTTTTCGA-----ACA--------AACTT-TTGAAAATGTATCCGAAATACAGTAAAACCTCTTTTGAGAgtcac
gi|20 : CCGTA-AATA--------GTTGCATTATTTCGTGGTAATCG------TGCAACATA----T-A-A-TG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-GGATCAC---TG-GT---------AC---------GT---------tgtttagttatgggtaaccgaaacgtgactatgagcacggaaaatgcaggacgcgcatgagctg
gi|21 : gtt--G--A--GGGT-CAGATGTCGTGTAGTACTA------TTTGTAGGCGGGTGGTCACAT-TTCAATCCAG---------------GCAACAGCG--ATTGA-------AAgtcacaggtaaaaa
gi|22 : cggaCCGTA-AACAATGCGAATGCTGTATTACTTCGTAAAAATTA------
gi|3 : CCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTCTTGATATTCA------ATCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCC---TG-AT----------C---------GT---------AAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGAC---ATGGGTGAATTGTACATGTACA-TGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--GGGT-TAAATGTCGTATTGTATTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAAC-ATTAATTTTG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGACTT-TGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-AAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATGACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TATA---AAAGTATCTAGAAGGC-----A-----AC-A-A---A---------------------------ATTGACAAAAGACCAAAA--AAGTagacataagtat
gi|3 : GAAAATGTATCCA-AATAGAACAAATCTTCTTTTGAGAaaagtggaaaattagaaaatgtatccaaatagaacaaatcttcttttgaga
gi|4 : ccgtaaataatgcgactgcagtattatttcttgatattcaatcaatatataaatgaaacaacttcctatcactagagtgagccctgatcgtaaaaatcagcctcaggcattctctgacatgggtgaattgtacatgtacatgtacattgctttatagcgtctttaatacactgtttgcgaaatgaattgcaaacgagcacaaaatatgctttgaagtcgaaagacatttaccgagaagtgtgacattaactgaggggttaaatgtcgtattgtattatttgtaggtgggtggtcaaacattaattttggcaacagcagttgaaagactttgctcgaactggtcgttctgtaacgtcaacaactaaagaaaacataaaaaaaaatcatgaaccaacagatgctcgatacacagtaagagacttatctcggatgacaaatttgttgttagcacgagttcatctaatttataaaagtatctagaaggcaacaaaattgacaaaagaccaaaaaagtaaagtggaaaattaCTGTA-AATAATGCGATCGCCATATTATTTCGTGGTAACCG------TGCAACATAATATT-ATAATG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-TGACTAT---TG-GT---------AC---------GTGTCACAGGTAAAAATCTGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-AGTTCATTGCTTGATAGCGTATTCCTTACAATGTATG-ATAA--TGACTT--------GC-AATC--GAGCTGCAAATGTGTTT-GAA--ATTAGGGCCTA-------TAT---------------TCGAGGTAGGTTG----ATGTCGA----AAG---CC----ATTTA-CCAA---------------G--ATG--T--GA--G-----AC-AT-TTACGG--G--GA-GGGT-CAGATGTCATATATTACTA------TTTGTAGGCGGGCGGCCAAAT-TGTAATCCGA---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGGCCTGGTCGTCTTGTAACATCACTACCAA-----AGCCAA---AGAAAACGTA-GAAA--------A--------AAATC--------CAT---G-A-CAACCTGAAAACTGAAGCAAAACAAGAGATTTAGCTCGGATAACAAACTTATCGTTAACGCGAATTCATC
gi|5 : t-AATAATGCGTCTGCTGTATTATTTCGTTGAAATCA------T-------A----T-A---TG-AAACAACTTGGTTTTGCTAGCG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------GTGTCACAGGTAAGGATCTCCCTCAAACATTTACTTAT---CATGTTA-------CA-----A-TGTACACTACTTGGTAGCTTATTCACTGCACTGTATGCAAAA--TGGTTG--------TC-AAAC--AAGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GA----T---TAA----AATT--A----GAGTCTAT----ATT----CGA---------------GGTAGG--T-------------C-AT-T-ACTT--G--G--G
gi|5 : ---TTG----AAGTTGA----AAT---AC----ATTCA-AAGA---------------G--AGG--TTTGT--G-----AC-AT-TGAC-G--G--GTAGAGT-CAGATGTCGTATAGTACAA------TTTGTAGGTGAGTGGCCAAAT-TTCTATCCGG---------------GCAGTAA-ATTGTTGA-------AA--------------------GTTCTGTAATGTAA--AC--------AACCAAGCTATAAAATATC-G-AA--------C--------ATAT---------CTC---CAA-AAA-CT--------ATAAATAGTAAACAAATCAGCTCCGTTGACAAACTTGTCGTTAGCACGGATTTGTCT-AT-T-T-AAAA---AAAGCATTTAAAttgaagttgaaatacattcaaagagaggtttgtgacattgacgggtagagtcagatgtcgtatagtacaatttgtaggtgagtggccaaatttctatccgggcagtaaattgttgaaagttctgtaatgtaaacaaccaagctataaaatatcgaacatatctccaaaaactataaatagtaaacaaatcagctccgttgacaaacttgtcgttagcacggatttgtctatttaaaaaaagcatttaaa
gi|6 : aataatgcgtctgctgtattatttcgttgaaatcatatatgaaacaacttggttttgctagcgtgatcactggtgcgtgtcacaggtaaggatctccctcaaacatttacttatcatgttacaatgtacactacttggtagcttattcactgcactgtatgcaaaatggttgtcaaacaagctgaacatgtgattaaaattagagtctatattcgaggtaggtcattacttgggCCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTCTTGATATTCA------ATCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCC---TG-AT----------T---------GT---------AAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGAC---ATGGGTGAATTGTACATGTACA-TGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--AGGT-TAAATGTCGTATTGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAACATTC-ATTTTG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGAATT-TGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-AAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATTACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATGT-AA-T-T-TATA---AAAGTATCTAGAAG
gi|7 : CCATA-GATAATGTGACTGCTGTATTACTTCTTGGAAACCA------TGATATAGA----T-T-TATG-GAACAACTTCGTCTCTCTAGAA-TGATCAT---TG-AT---------GT---------GT---------G----TCA---TTAAA-------TGAC---CTTAGAG-------AA-----A-TGTACATAGCTTTATGGCGCATCCCTAACACTGTGTGCAAAATGTGCTTGTCGTTAGAGCTAAACTCGAGG------------TAGGT--C---------A-------T-T---------------AC----T---TGG------GTTGATGTTAAA---AC----GTTT--------------------------------GT--G-----AA-AT-TTACAG--G--G--AAATTCAAATGTCGTATAATATTA------TTCGAAGGTGGGTGGCCAATT-TTCAATCCAG---------------GC-ACGGCA--TCTGAAATGTGTAAGATAC-TGTTTGCCCTGATCTTCCTGTAACGTCA--ACAACCAAATAACCAA---AGAAAACACC-GAAA--------A--------CTTC---------CAT---TAA--AA-CTGATGCTCGATGTCCAGCAAG-----TA------ATGACAAACCT-T--TTAGCTCAGGTTTATCTAAA-T-A-AGAA---AAAGCGTCCAAAAGTT-----A-----A
gi|8 : tCCGTA-AATAATGCGACTGCTCTGTTATTATATGGAAATCA------TGCAATACA----T-A-AATG-AAAATACTTGGTATTCCAAGAG-TGATCAC---TG-AT---------AC---------GTGTCACATATAAAATTCAGCATCAAACATACACAGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTGCATTGCTTGATAGCGTATATATTACACTGTATTAAAAA--TGACTG--------AC-AAAC--GAAA------------T-TAA--A---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAAT--A----AGG---AA----CTTTATCCAATGTAGGTCATTGCTTG--AGT--T--GA--GATAGAAC-AT-TTAC-G--G--GTAGTGT-CAGATGTCATATAGTACTA------TTATTATGTAGGTGGCAGAAT-TTCAATCCGG---------------GGAACAGCA--ATTGA-------AAGATGT-TGCTCGCCCTGGTTGTCCTGTTACGGCA--GC--------AACCCA---A---------------------------------------------------AA-CAA-CTGATGCTCGAGACACAGTAA-AAAGTTAGCTCGGATGACAAACTTATTGTTAGCATG
gi|9 : tGTATTAACTTATGACAATCA------CACACGATA----T-A-AATTCAAGTAA----GTAAAGATTGAG-TGATCAA---TA-GT---------TT---------GT-----------------GTCACAGGTATGCTTTGCCTGGCTCGCTG-------CA-----A-TGTGCGTTGCTTTATATCGTATTCATTAGACTGTATGTAAAA--TACCTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------tatttt
gi|9 : gatactatacgaaaggtgttcctactataC--GAGG------------T-GACCTA---------A-------CGT---------------GT----G---TTG----ACGTTGA----AAG---AC----ATAAG-CCAA---------------G--AGA--T--TTTGG-----ACTAT-TA--TG--GCGA--GGAT-CAAATGTCGTATAGTACTA------TTCGT----GAACGGCCAAAT-TTTAATCCAG---------------ACAACAGCA--GATGA-------AAGATGAGTG-TAGCCCTGGTCGTCCTGCAATGCCA--AT--------AACCAA---TAAAAACATC-GAAATATTCCTTG--------AAAT---------CCT---TAA--AA-CAGATGTTCatctgtaattagagcttatattcgaggtgacctaacgtgtgttgacgttgaaagacataagccaagagattttggactattatggcgaggatcaaatgtcgtatagtactattcgtgaacggccaaattttaatccagacaacagcagatgaaagatgagtgtagccctggtcgtcctgcaatgccaataaccaataaaaacatcgaaatattccttgaaatccttaaaacagatgttc
blockSeqs : T T AAATAT G A ATAT AA C C T AGA T TTGTGTCACGGGTA A TGG AATTGTACATGTAC G T C TG TCGTTAGA T TC TGCAAATGTGTTTGAAATTAGGGCCTATATTCGAGGTAGG GTTG TGATGTT TCT CTAA TATCCAATGTAGGTCATTGCTT GT TA TTGT ATAGA T G G TGGCGA T CATGTA A . TT AATGTGT G AG CT AACCAAAT GCT A TATTCCTTGAAATCCTTAA C A T C A T G . GTC AACATGATGAATGCACAATGG C TA CAA CAATGCTTTTTCGAACAAACTTT GA
blockSeqs : . G . G T . AT . C . . . GCGTGTCACAGGTA A . AATTGTACATGTAC . A C . . . . TGAAATTAGGGTCTTTGTTCTAGTTAAGCCATTACT . AAAAT . . TGCCGA . . TTTG TG . . T GATGA . . . . . . . CC . CAA . . TATTTATGAAATTCTGAT . T C C . . . . . AATAAAATAAATGCACGATGA A G C A
blockSeqs : . T . G T . A . G . . . GCAAGTCGCTGGTT T . CATGT . G C . . . . TGACCTAACGTGTG . TAA . . TCCCGA . . GT . . . A GGGGA . . . . . . . TC . . . . AAATCCGCGAAATCCTGA . T C C . . . . . AGGAAGACAAATACAAGATTG T T C
blockSeqs : . T . G T . A . T . . . ACGTGTCACAGGTA T . TA . T C . . . . ACAAAATATGCT . CGA . . TACCGA . . AG . . . T GGGTA . . . . . . . AA . . . . ATATTCGCGAAATAATGA . T T C . . . . . AAAAAAATATATGTACGATTG T . T
blockSeqs : . T . G T . T . C . . . GCGTGTCACAGGTA A . CA . G C . . . . TGAACATGTGAT . CGA . . TACCAA . . GT . . . G GGGTA . . . . . . . GC . . . . AAAATCATGAACC . A C T . . . . . AACAAA . .
blockSeqs : . G . T T . C . T . . . ACGTGTCACATATA T . CA . T C . . . . ACAAAATATGCT . TGA . . CAAAGA . . GT . . . A TTGG . . . . . . . AA . . . . AAAATCATGAACC . T T C . . . . .
blockSeqs : . G . G T . A . G . . . GTCACAGGTA T . CA . G C . . . . TAGGTCATTACT . CGA . . TACCGA . . GA . . . T TGAG . . . . . . . CC . . . . AAAATCCATGAC . T A C . . . . .
blockSeqs : . T . T T . A . C . . . GTGTG A . CA . G A . . . . TGAACATGTGC . TGA . . AGCCAA . . GT . . . T TTGG . . . . . . . CC . . . . CATATCTCCAAA . A C T . . . . .
blockSeqs : . G . G G . A . G . . . CGTA A . AA . T T . . . . TTAAAATGTGC . T . . CGA . . GT . . . A TGAG . . . . . . . CC . . . . AAAATCATAAC . T G T
blockSeqs : . G . G C . A . G . . . TGTA A . CA . T . . . . . . A . . C . . GA . . . . AGGG . . . . . . . . . . . . ACTTCCATTAA . T . .
blockSeqs : . T . A T . T . C . . . TTGT . . CA . G . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAC . A . .
blockSeqs : . T . . . . A . C . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . A . G . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqCons : GCGTGTCACAGGTA****************** TACCGA**************** ***** *************** AAAATCATGAAC***************************** T* C**
originalCons : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GT---------GC---------GT---------AAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
finalCons : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----T-A-AATG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCAC---TG-GTGCGTGTCACAGGTA------------------AAAATCNGCCTCAAACATTCACTGAC---CTTGGTG-------CA-----A-TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTACCGA----------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAAAAAATCATGAAC-----------------------------AA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTATGTCGTTCTGTTGTATTGCGCACCTGTTGTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 2222222222222222222222 11111 1111111111 222222222222222 1111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555 11 111 9999999999999999999999999999999999999 11
lowQualScore : 2 1 777777 1 0 2 5555 2 2 2 5 2 1 4 0 0 2 1 0 99999999999999 3 1 0 1 44 11111111 3 33 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 2222222 555 7777 1111111111111111111111 44 44 666666 66666 6 3 7 3333333333 3 999999 3 0 000000000000000 44 0000000 3 33 44 66666666 555 3 99999999999999999999999999999999999999999 3 1 0 4 0 2 4 4 4 4 777 5555555555555555555555555555555555555 3 88 444 5555555555555555555555555555555555555 55
lowQualScore : . . ...... . . . .... . . . . . . . . . . . . .............. . . . . .. ........ . .. ................................................................. .... ....... ... .... ...................... .. .. ...... ..... . . . .......... . ...... . . ............... .. ....... . .. .. ........ ... . ......................................... . . . . . . . . . . ... ..................................... . .. ... ..................................... ..
lowQualScore : 9 0 777777 9 4 8 7777 7 7 7 5 7 7 9 9 1 2 8 6 99999999999999 1 0 8 8 22 22222222 1 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 8888888 888 1111 4444444444444444444444 66 66 111111 22222 7 3 5 7777777777 6 666666 3 2 888888888888888 66 0000000 3 88 22 55555555 444 3 55555555555555555555555555555555555555555 3 8 8 4 4 3 4 4 4 4 888 6666666666666666666666666666666666666 7 00 222 0000000000000000000000000000000000000 77
consensus : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----TA-AA-TG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCACTGGTGCGTGTCACAGGTAAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGACCTTGGTG-------CA-----A-TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
Reference ( family-5043 ) : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTATTATTTCNTGGAAATCA------TGCAATATA----TA-AA-TG-AAACAACTTCGTATCGCTAGAG-TGATCACTGGTGCGTGTCACAGGTAAAAATCNGCCTCAAACATTCACTGACCTTGGTG-------CA-----A-TGTACATTGCTTNATAGCGTATTCATTACACTGTATGCAAAA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AGG--T--GT--G-----AC-AT-TNACTG--G--G--GGGT-CAGATGTCGTATAGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGCCAAAT-TTCAATCCGG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGNCCTGGTCGTCCTGTAACGTCA--AC--------AACCAA---AGAAAACATC-GAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAA-CAA-CTGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTAGCTCGGATGACAAACTTGTCGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATCTAAAAGTT-----A-----AC-A-A---AT--ACGCAC-G-TTG-ATACCGCATTTGTTGACAGAGGACCAAAAT-AAGTC--GAACGGTGCTCTTTCGATGCTTACAGAGCAAATAACTTCNTGAAAATGTATCCGGAATACAGCAAAACCTCTTTTGAGA
gi|1 : CCGTA-AATAATGCGACTGCTGTACTATTTCTTGCAAATGA------TGCAGCACA----AA-AG-T---AATAACTT----------------------GG-GCGTATCACAGATACAA-TCGGAGTCAAACATTCACTAACCTTGGTG-------TA-----A-TGTGCATTGCGTTATAGTGTATTCAGTATAGTGTATGCAAAA--CTGCTA--------GC-AAAC--CAGC------------A-G-A--A---------A-------TGC---------------GC----A---TGG----AA
gi|1 : ----AAATCGA----AAG---AC----ATT-A-CCGA---------------G--ATG--T--GT--GT----ACCAT-TTAATG--T--A--GGGT-CAAATGTCGTATAGAAAAA------TTTGCTGGTGAGCTGCTTAAT-TTTAATCCGGGCAACAGTTGTCCGGGCAACAGTT--GTTGA-------AAGATGC-TACTCGACATAGTCGTTCGGTAACGTCA--AA--------AACCAA---AGAAAATATC-GAAA--------A--------AAAAAACACGCGACATACTGAA--AA-CAGATGCTCGATAGACAATAAGAGACTTAGCT-------------TGTCGTTAGCACAAGTTCATCT-TA-T-TGTGAA---AAA-----TAAATATTTTTAAA-----AT-A-A---AT----GCAC-GATGG-ATACCGTATTTGTTGACAAATGACCAAAAT-AAGT---GAA-GG---------GATGCTTA-AGAGCAAATA---TCATGAAAATATATATTGAATTCAGCAAAACCTCTTTTGAGAtaagggccagtattcgagtaggttattactagggtcaaaatcgaaagacattaccgagatgtgtgtaccatttaatgtagggtcaaatgtcgtatagaaaaatttgctggtgagctgcttaattttaatccgggcaacagttgtccgggcaacagttgttgaaagatgctactcgacatagtcgttcggtaacgtcaaaaaccaaagaaaatatcgaaaaaaaaaacacgcgacatactgaaaacagatgctcgatagacaataagagacttagcttgtcgttagcacaagttcatcttattgtgaaaaataaatatttttaaaataaatgcacgatggataccgtatttgttgacaaatgaccaaaataagtgaagggatgcttaagagcaaatatcatgaaaatatatattgaattcagcaaaacctcttttgagaatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|10 : ccgtaaataatgcgactgctgtactatttcttgcaaatgatgcagcacaaaagtaataacttgggcgtatcacagatacaatcggagtcaaacattcactaaccttggtgtaatgtgcattgcgttatagtgtattcagtatagtgtatgcaaaactgctagcaaaccagcagaaatgcgcatggaataagggccagtattcgagtaggttattactagggtca---TTG----AAGTTAA----AAG---AC----GTTTG-CCGA---------------G--AGG--T--GT--GTG---AC-ATGTGACTT--G--G-----T-CTAATGTCGTATAATACTT------TTTGTAGGTGGGTCTTAAAAT-TTCAATTTGG---------------GCAACAGCA--TTTGA-------AAGATGC-TACTCTAGCTGGTCGTTCTCAAACGTCA--AC--------AAGCAA---AGAAGGC-TCAGAAA--------A--------AAAT---------CAT----AA-CAA-TAAATGCTCGATACATAGTAAGAGATTTCTCTCAGATGACAAACTTGTCGTTAGCACAACTTCATGT-AATT-T-TGAA---AAAGCGTTTAAAAATT-----A-----AC-ATG---ATGAATGCACAA-TGG-ATGCCGCATTTGTTGACAAAGGACCGAAAG-AAGCC--AAatttagcaacgggtgcagaaatgtgggcccattattttgagccaaacagaaaagcatctaacagaacctggcccaaggaaaatactagacgctgctat
gi|11 : cctatattcgaggtaagtcattacttgggAACGCCA--AC--------AACCAA---AAAAAGCA-C-GAAATATTTAT-G--------AAAT---------TCT---GA--TAA-CTGGTGTTCGAAAAACAGTAAGATACTAAGCTTGGATGACAAACTAGT--------CGAGTAAATAT-AA-CGT-GGAA---AAAGCATCTTAAAGTT-----A-----ATAA-A---ATAAATGCAC-G-ATGAATAAAGCATTTGTTGACAGAGAACCAAAAT-AAGTCAAGAAC--TGCTCTgggctgttata
gi|12 : -AATAATGCAAATGCTGTATTATTTCTTTGAAATCA------TGCAAGA-A----TA-AA-TG-AAACAATTTCCTATTGCTAGAG-TGGTCACAGATGTGTGTCACAGGTAAAGATCAGCCTCAGACATTCACTGACCTTGGTG-------CATGT--A-TATATATTGCTTTATAGC-TA---ATTACACTGTACGCAAAA--TGACTG--------GC-AAGC--TGGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAATT-------AG---ACCTAAATTC---------------------G--AGG--T--AG--G-----GC-AT-T-ACTagcgaaattacttttgagaagttagttacggtgacgaaacgggtgtccattattgttagccaaaatgataatccgggcgacggaaaatacaagacgcccatttt
gi|13 : CAATAAA----TA-AA-TG-AAAGAACTTCGTATCGCTAGAG-GAAGCACTGGTTTGTGTCACGGGTAAAAATTAGCGTCAGGCATTCACTGACCTAGGTT-------TA-----A-TGTACGTTGCTTAATATAATGTTCATAACACGGTATGCAAAA--TTACTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAtgcgttgaagacatctacctagatgtgtgtcatttacgg
gi|13 : TGTCGCATAGTACTACATGTATTTGTAGCTTGGTGGTCAAAG-TTAAATTTTG---------------GAAACATCA--GTTAA-------AAGGTGC-TACTC------GTCGTCCTGTTACGTCA--AA--------AACGAA---AGATAACAcgtgtcgcatagtactacatgtatttgtagcttggtggtcaaagttaaattttggaaacatcagttaaaaggtgctactcgtcgtcctgttacgtcaaaaacgaaagataaca
gi|14 : caataaataaatgaaagaacttcgtatcgctagaggaagcactggtttgtgtcacgggtaaaaattagcgtcaggcattcactgacctaggtttaatgtacgttgcttaatataatgttcataacacggtatgcaaaattactggcaaacgagctgacgGAAACACA---AGATA---AGCGCGGGTGACAAACTCGAC---AGCATGAGTTCTTTG-AA-T-T-TTAGGTCAAAACA-CTCAAAGTT-----AGGAAGAC-A-A---AT--ACA-AG-A-TTG-TTGCTCCGTTTGTTGACTGAAGACCAGAATAAAGTC--
gi|15 : gatactcgtccagaaatgttgaaagccctgaaatatttaaaaTA-AATAATGCGACTGCTGTGTTATTTCGTGGAAATCA------TGCAATATA----TA-AAATG-AAACAACTCGGTATCGCCAGAG-TAATCGCTGGTGCGTGTCACAGGTAAACATTTGCCCCAAACATTCACTGACATTGGTG-------CA-----AGCGCACATTGCTTGATcgagtaacattgactgcttgaaatgtataattcgtacaaaaaaatggcttttggtaatgttgttactgg
gi|15 : ataA--TGACTG--------GC-AAAC--GAGA------------C-GAA--T---------A-------TGT---------------GC----gactggcaaacgagacgaatatgtgcgtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|16 : atataaataatgcgactgctgtgttatttcgtggaaatcatgcaatatataaaatgaaacaactcggtatcgccagagtaatcgctggtgcgtgtcacaggtaaacatttgccccaaacattcactgacattggtgcaagcgcacattgcttgTA-AATAATGCCACTGGTGTATTATTTCTTTGAAATC-------T-CA---------------------TAACTTTGTATCGCTAGAA-AGATCACTGGTGCAAGTCGCTGGTTAAAATCTG--TTAAATATTCACTGACCTTGGTG-------CA-----A-TGTACATAGCTTTGTAGTTTATTCATTACACTGTATG-GTAA--TTACTG--------GC-AAAC--AAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------GC----gtgatattagggcctatattcgaggtaggtcatcactttagttgaagtcgaa
gi|17 : ttaGA-------ATGATGC-TACTCGCCCTGATCGTCCTGCGTCGTCA--TC--------AACCTA---AGAAAACATC-AAAA--------AAATCCGCGAAAT---------CCT---GA---AG-CTGATGCTCTTCACACACT--GAGACTTAGCTCAGTTTACAAACTTGTCGTTAGCACAAGTTCATC
gi|18 : ttagcA-AATGAT---ACTGCTGTATTATTGCTTGGAAATCA------TGTAATCTA----CT-AA-TG-AATCAACTTCATATCGCTAGAGTTGA-CAATGGTCCGAGTTCCATGTAAAAA
gi|19 : gtaaaacCGTATAAAAATTTGACTGCTTTATTATTTATTGAAAATCAAAATATTGCAATATA----TC-AA-TA-AAACACCATTGTATTGCT-GAG-TGATGACTGGTGCGTGTCAC
gi|2 : TCACTAATCTTG-----------------A-TGTATATTGCTTGATAGAGTATATAATACAATGTGTTCAAA---TGACTG--------GC-AAAT--GAGC------------T-GAA--ATT-------AGGGTCTTTGTTCTAGTTAAGCCATTAC----T---TTGGTTGAAGTAAAAT--AAT---AC----ATTTC-CCGA---------------G--AGGTAT--GT--G-----CC-AT-TTAC-GATG--A--AGGT-CAGATGTCGTACAGTGCTA------TTTGCATGTGGGTGGCCAAAT-TTCTACCCGG---------------GCATTAGCA--GTTGA-------AAGATAC-TGCTTATCCTGGTCGTCCTGTAATGTAA--AC--------AAACAA---AGAAAACATC-GAAA--------ATATTCGCGAAAT---------AAT---GA---AA-CTGATGCTCGATAGACGGAAAATGATTAAGCTCGGATGACAAA---ATCGTTAACACGAGTACATCT-AA-T-T-TGAA---AAAGCATTTAAATGTT-----A-----AA-A-AAATAT--ATGTAC-GATTG-ATACTGCATTTGTTTGCAGAGGACCACAA--AAGTT--AAACAATGCTTTTTCGA-----ACA--------AACTT-TTGAAAATGTATCCGAAATACAGTAAAACCTCTTTTGAGA
gi|20 : CCGTA-AATA--------GTTGCATTATTTCGTGGTAATCG------TGCAACATA----TA-A--TG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-GGATCACTGGTACGTGTCACAGGTAAAAAtgtttagttatgggtaaccgaaacgtgactatgagcacggaaaatgcaggacgcgcatgagctg
gi|21 : gtt--G--A--GGGT-CAGATGTCGTGTAGTACTA------TTTGTAGGCGGGTGGTCACAT-TTCAATCCAG---------------GCAACAGCG--ATTGA-------AA
gi|22 : cggaCCGTA-AACAATGCGAATGCTGTATTACTTCGTAAAAATTA------
gi|3 : CCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTCTTGATATTCA------ATCAATATA----TA-AA-TG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCCTGAT-C---------GTAAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGACATGGGTGAATTGTACATGTACA-TGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--GGGT-TAAATGTCGTATTGTATTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAAC-ATTAATTTTG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGACTT-TGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-AAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATGACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATCT-AA-T-T-TATA---AAAGTATCTAGAAGGC-----A-----AC-A-A---A---------------------------ATTGACAAAAGACCAAAA--AAGTagacataagtat
gi|3 : GAAAATGTATCCA-AATAGAACAAATCTTCTTTTGAGAaaagtggaaaattagaaaatgtatccaaatagaacaaatcttcttttgaga
gi|4 : ccgtaaataatgcgactgcagtattatttcttgatattcaatcaatatataaatgaaacaacttcctatcactagagtgagccctgatcgtaaaaatcagcctcaggcattctctgacatgggtgaattgtacatgtacatgtacattgctttatagcgtctttaatacactgtttgcgaaatgaattgcaaacgagcacaaaatatgctttgaagtcgaaagacatttaccgagaagtgtgacattaactgaggggttaaatgtcgtattgtattatttgtaggtgggtggtcaaacattaattttggcaacagcagttgaaagactttgctcgaactggtcgttctgtaacgtcaacaactaaagaaaacataaaaaaaaatcatgaaccaacagatgctcgatacacagtaagagacttatctcggatgacaaatttgttgttagcacgagttcatctaatttataaaagtatctagaaggcaacaaaattgacaaaagaccaaaaaagtaaagtggaaaattaCTGTA-AATAATGCGATCGCCATATTATTTCGTGGTAACCG------TGCAACATAATATTATAA-TG-ATACAACTTGGTACCGCTAGAG-TGACTATTGGTACGTGTCACAGGTAAAAATCTGCCTCAAACATTCACTGACCTTGGTG-------CA-----A-AGTTCATTGCTTGATAGCGTATTCCTTACAATGTATG-ATAA--TGACTT--------GC-AATC--GAGCTGCAAATGTGTTT-GAA--ATTAGGGCCTA-------TAT---------------TCGAGGTAGGTTG----ATGTCGA----AAG---CC----ATTTA-CCAA---------------G--ATG--T--GA--G-----AC-AT-TTACGG--G--GA-GGGT-CAGATGTCATATATTACTA------TTTGTAGGCGGGCGGCCAAAT-TGTAATCCGA---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGATGC-TGCTCGGCCTGGTCGTCTTGTAACATCACTACCAA-----AGCCAA---AGAAAACGTA-GAAA--------A--------AAATC--------CAT---G-A-CAACCTGAAAACTGAAGCAAAACAAGAGATTTAGCTCGGATAACAAACTTATCGTTAACGCGAATTCATC
gi|5 : t-AATAATGCGTCTGCTGTATTATTTCGTTGAAATCA------T-------A----TA----TG-AAACAACTTGGTTTTGCTAGCG-TGATCACTGGTGCGTGTCACAGGTAAGGATCTCCCTCAAACATTTACTTATCATGTTA-------CA-----A-TGTACACTACTTGGTAGCTTATTCACTGCACTGTATGCAAAA--TGGTTG--------TC-AAAC--AAGC------------T-GAA--C---------A-------TGT---------------GA----T---TAA----AATT--A----GAGTCTAT----ATT----CGA---------------GGTAGG--T-------------C-AT-T-ACTT--G--G--G
gi|5 : ---TTG----AAGTTGA----AAT---AC----ATTCA-AAGA---------------G--AGG--TTTGT--G-----AC-AT-TGAC-G--G--GTAGAGT-CAGATGTCGTATAGTACAA------TTTGTAGGTGAGTGGCCAAAT-TTCTATCCGG---------------GCAGTAA-ATTGTTGA-------AA--------------------GTTCTGTAATGTAA--AC--------AACCAAGCTATAAAATATC-G-AA--------C--------ATAT---------CTC---CAA-AAA-CT--------ATAAATAGTAAACAAATCAGCTCCGTTGACAAACTTGTCGTTAGCACGGATTTGTCT-AT-T-T-AAAA---AAAGCATTTAAAttgaagttgaaatacattcaaagagaggtttgtgacattgacgggtagagtcagatgtcgtatagtacaatttgtaggtgagtggccaaatttctatccgggcagtaaattgttgaaagttctgtaatgtaaacaaccaagctataaaatatcgaacatatctccaaaaactataaatagtaaacaaatcagctccgttgacaaacttgtcgttagcacggatttgtctatttaaaaaaagcatttaaa
gi|6 : aataatgcgtctgctgtattatttcgttgaaatcatatatgaaacaacttggttttgctagcgtgatcactggtgcgtgtcacaggtaaggatctccctcaaacatttacttatcatgttacaatgtacactacttggtagcttattcactgcactgtatgcaaaatggttgtcaaacaagctgaacatgtgattaaaattagagtctatattcgaggtaggtcattacttgggCCGTA-AATAATGCGACTGCAGTATTATTTCTTGATATTCA------ATCAATATA----TA-AA-TG-AAACAACTTCCTATCACTAGAG-TGAGCCCTGAT---T-------GTAAAAATCAGCCTCAGGCATTCTCTGACATGGGTGAATTGTACATGTACA-TGTACATTGCTTTATAGCGTCTTTAATACACTGTTTGCGAAA--TGAATT--------GC-AAAC--GAGC------------A-CAA--A---------A-------TAT---------------GC----T---TTG----AAGTCGA----AAG---AC----ATTTA-CCGA---------------G--AAG--T--GT--G-----AC-AT-TAACTG--A--G--AGGT-TAAATGTCGTATTGTACTA------TTTGTAGGTGGGTGGTCAAACATTC-ATTTTG---------------GCAACAGCA--GTTGA-------AAGAATT-TGCTCGAACTGGTCGTTCTGTAACGTCA--AC--------AACTAA---AGAAAACATA-AAAA--------A--------AAAT---------CAT---GAACCAA-CAGATGCTCGATACACAGTAAGAGACTTATCTCGGATTACAAATTTGTTGTTAGCACGAGTTCATGT-AA-T-T-TATA---AAAGTATCTAGAAG
gi|7 : CCATA-GATAATGTGACTGCTGTATTACTTCTTGGAAACCA------TGATATAGA----TT-TA-TG-GAACAACTTCGTCTCTCTAGAA-TGATCATTGATGTGTGTCAT---TAAA--------------------TGACCTTAGAG-------AA-----A-TGTACATAGCTTTATGGCGCATCCCTAACACTGTGTGCAAAATGTGCTTGTCGTTAGAGCTAAACTCGAGG------------TAGGT--C---------A-------T-T---------------AC----T---TGG------GTTGATGTTAAA---AC----GTTT--------------------------------GT--G-----AA-AT-TTACAG--G--G--AAATTCAAATGTCGTATAATATTA------TTCGAAGGTGGGTGGCCAATT-TTCAATCCAG---------------GC-ACGGCA--TCTGAAATGTGTAAGATAC-TGTTTGCCCTGATCTTCCTGTAACGTCA--ACAACCAAATAACCAA---AGAAAACACC-GAAA--------A--------CTTC---------CAT---TAA--AA-CTGATGCTCGATGTCCAGCAAG-----TA------ATGACAAACCT-T--TTAGCTCAGGTTTATCTAAA-T-A-AGAA---AAAGCGTCCAAAAGTT-----A-----A
gi|8 : tCCGTA-AATAATGCGACTGCTCTGTTATTATATGGAAATCA------TGCAATACA----TA-AA-TG-AAAATACTTGGTATTCCAAGAG-TGATCACTGATACGTGTCACATATAAAATTCAGCATCAAACATACACAGACCTTGGTG-------CA-----A-TGTGCATTGCTTGATAGCGTATATATTACACTGTATTAAAAA--TGACTG--------AC-AAAC--GAAA------------T-TAA--A---------A-------TGT---------------GC--------TTG----AAAT--A----AGG---AA----CTTTATCCAATGTAGGTCATTGCTTG--AGT--T--GA--GATAGAAC-AT-TTAC-G--G--GTAGTGT-CAGATGTCATATAGTACTA------TTATTATGTAGGTGGCAGAAT-TTCAATCCGG---------------GGAACAGCA--ATTGA-------AAGATGT-TGCTCGCCCTGGTTGTCCTGTTACGGCA--GC--------AACCCA---A---------------------------------------------------AA-CAA-CTGATGCTCGAGACACAGTAA-AAAGTTAGCTCGGATGACAAACTTATTGTTAGCATG
gi|9 : tGTATTAACTTATGACAATCA------CACACGATA----TA-AA-TTCAAGTAA----GTAAAGATTGAG-TGATCAATAGTTTGTGTCACAGGTA------TGCTT------TGC-CTGGC-TCGCTG-------CA-----A-TGTGCGTTGCTTTATATCGTATTCATTAGACTGTATGTAAAA--TACCTG--------GC-AAAC--GAGC------------T-GAA--A---------A-------TGT---------------tatttt
gi|9 : gatactatacgaaaggtgttcctactataC--GAGG------------T-GACCTA---------A-------CGT---------------GT----G---TTG----ACGTTGA----AAG---AC----ATAAG-CCAA---------------G--AGA--T--TTTGG-----ACTAT-TA--TG--GCGA--GGAT-CAAATGTCGTATAGTACTA------TTCGT----GAACGGCCAAAT-TTTAATCCAG---------------ACAACAGCA--GATGA-------AAGATGAGTG-TAGCCCTGGTCGTCCTGCAATGCCA--AT--------AACCAA---TAAAAACATC-GAAATATTCCTTG--------AAAT---------CCT---TAA--AA-CAGATGTTCatctgtaattagagcttatattcgaggtgacctaacgtgtgttgacgttgaaagacataagccaagagattttggactattatggcgaggatcaaatgtcgtatagtactattcgtgaacggccaaattttaatccagacaacagcagatgaaagatgagtgtagccctggtcgtcctgcaatgccaataaccaataaaaacatcgaaatattccttgaaatccttaaaacagatgttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTATGTCGTTCTGTTGTATTGCGCACCTGTTGTTTT