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lowQualScore : 1111111111111 1 5 7 222 3333 888 2222222222222222222222 4444 22222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 4444 1 1 4 8888 22222222222222222222 1 22222 44444444 22 1 555 3333 222222 7777777777777777777777777777 1 6 77 5 33333333 2 1 33 2
lowQualScore : ............. . . . ... .... ... ...................... .... ..... .............................................................. .. .... . . . .... .................... . ..... ........ .. . ... .... ...... ............................ . . .. . ........ . . .. .
lowQualScore : 0000000000000 6 9 1 999 5555 888 4444444444444444444444 7777 88888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 6666 1 1 4 8888 11111111111111111111 0 33333 33333333 88 0 444 6666 999999 8888888888888888888888888888 5 4 33 5 55555555 3 9 44 8
consensus : CACGCGTTCAAAATGGCCGCCGCGCATACCA--ACGCACATCC-AAAATGGC---CGC----C---GCGCAT-----TATAACACGCGT---CCAAA----A-----TGGCCGCC-----G-C--GCAT-NC-C-G-----------AC-A-CAC-----AT-------C-----C--AAA----ATG-G-CCGCC---GCGC---A--C-GC------TAT-AATA---G-A--------AA--CAAGA-TGGCCGCCG--CGCAT----G------CGCA-------TATAATA--G--A-AA-----C-AAGATGGCCGCCGCGCATGCGCA-GTCCGTGACGCTAAAGNGGC--CCGTATACTACTT
Reference ( gi|2 ) : CACGCGTTCAAAATGGCCGCGGCGCATACAA--ACACACATCC-ATAACGGC---CGT----C---GCGCAT-----TATGACACACAT---CCAAA----A-----TGGCCGTC-----T-T--ACAT-TC-C-G-----------AC-A-TGT-----AT-------C-----C--AAA----ATG-G-CTGCC---ACGC---A-AT-ACT--T-CTATGAATA---G-A--------AA--CAAGA-TGGCCGCCG--TGCAT----G------CGCA-------TAT--TA--A--A-AT-----C-AAGATGGCCGCCACATATGCGCA-GTAAGTGAAGCTAAAGAGAC--CCGTATACTACTT
gi|15 : CACGCATTCAAAATGGCCGCCGTGCATACCA--ACACACATCC-AATATGGC---CGC----C---TCGCATGCGCATATAATAAAAA-----CAAG----A-----TGGCCGCC-----G-C--ACAG-GCGC-A-----------AC-A-CGT-----GA-------C-----CATAAA----ATG-G-C
gi|5 : CACGCGTTCCAAATGGCCGC--CGCGAACAATGACAAACATCC-AAAATGGC---CGC----C---ACGCAT-----GA--ACATATAA---ACAAA----ACAAGGTGGCCGCC-----G-T--GCAccctatact
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gi|9 : aACGCGTTCAAAATGGCCACCGCGCATACCA--ACTCACATCC-AAAATAGC---CGC----C---ACGCAT---------GCGCATATAAACGAAACATGA-----TGGCCGCCGT---T-T--A----TG-C-G------------C-A-TATA----AT-------A-----G--AAATAAGATG-G-CCGCC---TCGC---A-aacaagatggtcgccgcgcatgcacagtccgtgaccgttaaccggcgcttatacta
gi|7 : ACGCGTTCAGAATGGCTGTCGCGC--ACAATGACGAACATTC-AAAATGGC---CGCAACGC---GTGCATA----TATAAAAGAAA-----CAAG----A-----TGGCCACC-----G-C--GCAT-AC---------------GC-A-TAT-----AA-------TAGAAAC--AAG----ATG-C-CCGCC---GCGC---A-tgcgcagtccttgcccctaaaaagacgcatatactac
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gi|4 : ACGCGTTCAAAATGGCCACCGCTTACACCA--ACACATATCC-AAAATGGC---CGC----C---GCACA------TATAATAGAAA-----CAAA----A-----TCGCCGCC-----G-C--ACAT-GC-T-GTTTCTTGTCGCAC-A-TGCGCTAGAT-------A-----C---AA----ATC-G-CTTAT---ATGCA--A-ATGAGT--TACTATAAATA---GTAACTAGGTCAA--CAAGA-TGGgcgcaaataatagaaacatgatggccgccgcgcatgcgcagtaagtgacgttatagagacgcatgtactact
gi|6 : ACGCGTTCAAAATGGCCGC----CGTAC----ACACACATCC-AAAATGGC---CGT----CTATGCGCA------TATAATAGAGA-----CAAG----A-----TGGCCtgctcgtttgtttagacgtaaagggccccgtataatactt
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gi|22 : ACGTATCCAAAATGGCTGCCGCGCATgcgcatataaacgaaacaaggtgg
gi|29 : ATGCGTTCAAAATAGCCGC--CGC-CACAATGACGAACATCC-AAAATGGgggtatatgcaaatgagctactatttataaaaaacaaaagtggtcacagtgcatgcgcagtccgtacgttaaagga
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gi|17 : CGCGTTC-AAAATGGC---CGC----C---GTACA-----------CACTCAT---CCAAA----A-----TGGCCGTC-----T------AT-GC---------------GC-A-TAT-----AA-------TAGAGAC--AAG----ATG-G-CCTCC---GCGT-----AT-G-T--G-CAGTCAATA---T-A--------CA--CAAGA-Tgctcatgcgcatataaacgaaacaaggtgg
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gi|5 : CACGCGT---TCCAA----A-----TGGCCGCC-----G-CGAACAA-T----G-----------AC-A-AAC-----AT-------C-----C--AAA----ATG-G-CCGCC---ACGCATGA-AC-A-------TATAAACA-----A--------AA--CAAGG-TGGCCGCCG--TGCAacacgtgaccataaaatggcccctatact
gi|9 : ACGCGT---TCAAA----A-----TGGCCACC-----G-C--GCAT-AC-C-A-----------AC-T-CAC-----AT-------C-----C--AAA----ATA-G-CCGCC---ACGC---A--T-GCG--C-ATATAAAC----G-A--------AA--CATGA-TGGCCGCCG--TTTAT----G------CGCA-------TATAATA--G--A-AA-----T-AAGATGGCCGCCTCGCATGCGCA-GTCCTTGCCCCTAAAAAGAC--GCATATACTACcccagttagaaactgcaaccatttttcgtatcaaactatttcagaactatcgcgtattgtgcaatgacaatgtcatccaaaatagccgccgc
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gi|16 : ACGCGT---TCAAA----A-----TGGCCACC-----T-C--GCAT-AC-C-A-----------AC-A-C-------AT-------C-----C--AAT----A-G-G-TCGCC---ACGC---A--T-GCG--C-AAAT-AATA---G-A--------AA--CATGA-TGGCCGCCG--CGCAT----G------CGCA-------
gi|4 : ACGCGT---TCAAA----A-----TGGCCACCGC---T-T--ACA---C-C-A-----------AC-A-CAT-----AT-------C-----C--AAA----ATG-G-CCGCC---GCAC---A------------TAT-AATA---G-A--------AA--CAAAA-TCGCCGCCG--CACAT----G------Cgtaagtgacgttatagagacgcatgtactact
gi|6 : ACGCGT---TCAAA----A-----TGGCCGCC-----G-T--ACA--------------------C-A-CAC-----AT-------C-----C--AAA----ATG-G-CCGTCTATGCGC---A------------TAT-AATA---G-A--------GA--CAAGA-TGGCCTCCG--CGTAT----G------CGCA-------tgtttcttgtcgcacatgcgctagatacaaatcgcttatatgcaaatgagttactataaatagtaactaggtcaacaagatggtgctcgtttgtttagacgtaaagggccccgtataatactt
gi|22 : ACGTAT---CCAAA----A-----TGGCTGCC-----G-C--GCAT------G-----------G--G-TAT-----AT-------G-----C---AA----ATGAG-CTACT---A----------------T-TTATAAA-------A--------AA--CAAAAGTGGTCACAG--TGCAT----G------CGCA-------gtcaatagacaaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcggtgacattaaagtgtcccctctactactatc
gi|8 : CGCGT---TCAAA----A-----TGGCCACC-----G-C--GCAT-AC-C-A-----------AC-T-CAC-----AT-------C-----C--AAA----ATA-G-CCGCC---ACGC---A--T-GCG--C-ATATAAAC----G-A--------AA--CATGA-TGGCCGCCG--TTTAT----G------CGCA-------TATAATA--G--A-AA-----T-AAGATGGCCGCCTCGCATGCGCA-GTCCTTGCCCCTAAAAAGAC--GCATATACTACTgtccgtacgttaaagga
gi|13 : CGCGT---TCAAA----A-----TGGCCGTC-----G-C--ACAT-AC-C-A-----------AC-A-CAC-----AT-------C-----C--AAA----ATG-G-CCACC---ACGC---A-TC-AC-----ATAT-AATA---G-A--------AA--CAAGA-TGGCCACCG--CGCAT----G------TACAGT-----CAA--TA--T--A-AG-----C-AAGATTGCTGCCGCGCATGCGCA-GT
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gi|17 : CGCGT---TCAAA----A-----TGGCCGCC-----G-T--ACA--------------------C-A-CTC-----AT-------C-----C--AAA----ATG-G-CCGTCTATGCGC---A------------TAT-AATA---G-A--------GA--CAAGA-TGGCCTCCG--CGTAT----G------TGCA--------GT--CA--A--T-ATACA--C-AAGATACCCTCTAC
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gi|14 : tgttcaaaatggcatccgcacatgcacatataaacaaaacaagatggctgccgctcacctgtttgaaactgctgccttttgtcgtatcgaactatttcacaactatcgcgtattgcgcaat-----------AC-A-CGC-----GT-------T-----C--AAA----ATG-G-TCGCC---GCAC---A--T-AC-----CAACACACATCTG-A--------AA----AGG-CCTCCCCCG--T--AT----G------CGCA-------TA-------A--A-ATAGAA-C-AAGATGGTCGCCGCGCATGCACA-GTCCGTGAgtccttgcccctaaataggaccgtatactactt
gi|15 : C-A-CGC-----AT-------T-----C--AAA----ATG-G-CCGCC---GTGC---A--T-ACC---------AACA---C-A--------CATCCAATA-TGGCCGCCT--CGCAT----G------CGCA-------TATAATA--A--A-AA-----C-AAGATGGCCGCCGCACAGGCGCA-ACACGTGACCATAAAATGGC--CCCTATACTccgttaaccggcgcttatacta
gi|5 : C-A-CGC-----GT-------T-----C--CAA----ATG-G-CCGCC---GCG----A-AC-A--------ATGA-CA---A-A--------CATCCAAAA-TGGCCGCCA--CGCAT----G------AACA-------TAT--AAACA--A-AA-----C-AAGGTGGCCGCC
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gi|6 : -A-CGC-----GT-------T-----C--AAA----ATG-G-CCGCC---GTAC---ACAC-ACA--T-C--------------------------CAAAA-TGGCCGTC-----TAT----G------CGCA-------TATAATA--G--A-GA-----C-AAGATGGCCTCCGCGTATGCGCA-GT
gi|25 : -A-CGC-----GT-------T-----C--AAA----ATG-G-CCGTC---GCGC---G--C-ACA--T-C--------------------------CAAAA-TGGCCGCCG--CTCAT----G------CGCA-------TAT--AA--ACGA-AA-----C-AAGGTGGcaatagacaaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcggtgacattaaagtgtcccctctactactatc
gi|17 : T-------T-----C--AAA----ATG-G-CCGCC---GTAC---A--C-ACTCAT-C--------------------------CAAAA-TGGCCGTC-----TAT----G------CGCA-------TATAATA--G--A-GA-----C-AAGATGGCCTCCGCGTATGTGCA-GTCAAT-ATACACAAGATAC--CC-TCTACTAC
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gi|27 : gaaaTAT-AATA---G-A--------AA--CAAGA-TGGCCGCCG--CGCAT----G------CGTA-------gtccgtggcgttaaaggggcccgtatactac
gi|26 : cgcaTAT-AATA---G-A--------AA--TAAGA-AGGCCGCCG--CATAA----G------CGCA-------gtcgttggcgttaaagggtcccgtctactact
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gi|28 : AAAA---G-A--------AA--CAAGA-TGGCCACCG--CGCAT----G------CGCA-------cttggc
gi|24 : ---G-A--------AA--CAAGA-TGGCTGCCG--CGCAT----G------CGCAGT-----CAA--TA--G--A-AA-----C-AAGATGGCCGCCGCGCAGGCGCA-GTCCGTGGCGTTAAAGGGGC--CCGTATACTACgtaagtgacgtaaaactgacccatatactact
gi|13 : --CAAAA-TGGCCGTCG--CACATACCAA------CACA-------CAT------------C-----C-AAAATGGCCACCACGCAT-CACATATAATAGAAAC--AAGA
gi|4 : cgcgtt--CAAAA-TGGCCACCGCTTACACCA--A------CACA-------TAT--C---------------C-AAAATGGCCGCCGCACATtggccaccgcgcatgtacagtcaatataagcaagattgctgccgcgcatgcgcagtccttgccccaaa
gi|21 : acgcgtt--CAAAA-TGGCCGTC-----TAT----G------CGCA-------------G--A--A-A------C-AAGATTGCCGCCGCGCATGCGCA-GTCCGTGGCGTTAAAGGGGC--CCGTATACTACataatagaaacaaaatcgccgccgcacatgctgtttcttgtcgcacatgcgctagatacaaatcgcttatatgcaaatgagttactataaatagtaactaggtcaacaagatggtgctcgtttgtttagacgtaaagggccccgtataatactt
gi|3 : gcgttcaaaatggccacctcgcgcgcatc--CAAAA-TGGTTGCCG--CACA--------------CA-------TAA--TA--G--A-AA-----C-AAGATGCCCGCCGCGCATGCGCA-GTCCTTGCCCCTAAATAGGA--CCGTATACTACTT
gi|25 : tgttcaaaatggcatccgcacatgcacatataaacaaaacaagatggctgccgctcacctgtttgaaactgctgccttttgtcgtatcgaactatttcacaactatcgcgtattgcgcaatgacaatgtcacc--CAAAA-TGGCCGTCG--CGC------G------CACA-------T--------------C-----C-AAAATGGCCGCCGCTCATGCGCATATAAACGAAAC
gi|30 : acgcgtt--CAAAA-TGGCCGTCG--CGC------G------CACA-------T--------------C-----C-AAAATGGCCGCCGCaaggtgg
gi|5 : cgcgttAAA-TGGCCGCCG--CGAAC----A---------A-------TGA--CA--A--ACAT-----CCAAAATGGCCGCCACGCATGAACATATAAACAAAAC-AAGGTGGCCGCCGTGCAC
gi|26 : cacgcgttccT----G------CACA-------TATAATA--G--A-AA-----T-AAGAAGGCCGCCGCATAAGCGCA-GTCCGTGACCCTAAAATGGT--CACTATACTACccagttagaaactgcaaccatttttcgtatcaaactatttcagaactatcgcgtattgtgcaatgacaatgtcatccaaaatagccgccgc
gi|27 : ------CGCA-------TATAATA--G--A-AA-----C-AAGATGGCCGCCGCGCATGCGTA-GTCGTTGGCGTTAAAGGGTC--CCGTCTACTACT
gi|28 : A--G--A-AA-----C-AAGATGGCCACCGCGCATGCGCA-GTAAGTGACGTAAAACTGAC--CCATATACTACT
gi|20 : aaaAGAGCC--CCGTATACTACTT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAAATAGCCGCCGCGAACTTGCTGTCAATCTCGCGCATGCGTTATGATCCAAATCGCTTATATGCAAATTAGTAACTATAAATAGAAACTAGGTTAACAAGATGGCGCCTATTTTGTTTACAACCAAACCGACCCACATATTAC
Unaligned ( gi|18 ): AAATGACCACCACGCACCTGCTAGAAACTGCCACCATTTGTCGTATCAAACTATTTCATAACTATCGCGTATTGCATAATGTCATCCAAAAATGGCCACCGCGCAGAAGAAACA
Unaligned ( gi|19 ): AAAATGGCCACCGCGCACCTGCTAGAAACTGCCACCGTTTGTCATATCAAACTATTTCACAACTATCGTATATTGCACAATGTCATCCAAATTGGCCACCACGCAGAAGAAAC
Alignments
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lowQualScore : . . . ...................... . . ............. . . . . .... . . ....... . ... ... ........................... . . ..... .. . . . ..... .. ... . .
lowQualScore : 7 7 7 5555555555555555555555 7 0 7777777777777 2 2 4 1 2222 1 4 5555555 0 999 888 999999999999999999999999999 5 5 55555 55 4 7 9 33333 44 333 0 0
consensus : CACGCGTTCAAAATGGCC-GC-CGCGCATAC-AACGCACGT-----C----CAAAATGGC-CGC-CGCGCATT-----ATGACA-CG-CGTTCAAAA-TGGCCGCC----G-CGCA--TACCGACAC-ACATCCAAAATGGCCGC---C---GCGCA----C--G--C---TAT-AATAG----AAACAAGATGGCCGC-----CGCGCATGCGC--ATAT-AATAGAAACAAGA-TGGCCGCCGCGCATGCGCAGTCCG-----TGA-C-GTTAAAGNGGCCCGTATACTACTT
Reference ( family-5019 ) : CACGCGTTCAAAATGGCC-GC-CGCGCATACCAACGCACAT-----C----CAAAATGGC-CGC-CGCGCATT-----ATAACA-CG-CGTCCAAAA-TGGCCGCC----G-CGCA--TNCCGACAC-ACATCCAAAATGGCCGC---C---GCGCA----C--G--C---TAT-AATAG----AAACAAGATGGCCGC-----CGCGCATGCGC--ATAT-AATAGAAACAAGA-TGGCCGCCGCGCATGCGCAGTCCG-----TGA-C-GCTAAAGNGGCCCGTATACTACTT
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gi|1 : CACACGTACAAAATGGCAAGCATGCGCATAT-AATAGAAA-----------CAAGATGGC-CGC-CGC-------------ACA-CA-CATCCAAAA-TGGCCGCC----A-CGCACCTGTTGTCA----ATC-----------T---C---GTGCATG--C--G--C---TAC-GAT---------CCAAAT---CGCTTATATGCAAATGAGTTAATATAAATAGAAACAA----GGTCAACAAG-ATG-GC-GCCCGTTTATTTA-CAACCAAAGAGGCCCACATACTATTctgttgtcaatctcgtgcatgcgctacgatccaaatcgcttatatgcaaatgagttaatataaatagaaacaaggtcaacaagatggcgcccgtttatttacaaccaaagaggcccacatactattca
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Reference ( family-5019 ) : CACGCGTTCAAAATGGCN-GC-CGCGCAT---ACAA-CGCACAT---C----CAAAA-TGGCCGCCGCGCATT-----ATGACA-CG-CGTTCAAAATGGCCGCC----GCGCA--TACCGACAC-ACATCCAAAATGGC-CGC---C---GCGCA----C--G--C---TAT-AATAG----AAACAAGATGGCCGC-----CGCGCATGCGC--ATAT-AATAGA---------AACAAGA-TGGCCGCCGCGCATGCGCAGTCCGT---GA-CGTTAAAGNGGCCCGTATACTACTT
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Reference ( family-5019 ) : CACGCGTTCAAAATGGCC-GC-CGC--GCATC-G--------CA--ATAT-CATC----CAAAA-TGGCCGCCGC--G-CAT----A-CACGCG--T----TCAAAATGGCCGCC----GCGCA--TACCGACAC-A----CATCCAAAATGGCC-GCCGCGC-AT-GC--GCATAT--AATAG----AAA--CAAGATGGCCGC-----CGC-GCATGCGC--A----------TAT-AA--------TAGA---------AACAAGA-TGGCCGCCGCGCATGCGCAGTCCGT---GA-CGTTAAAGNGGCCCGTATACTACTT
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gi|13 : CGCG--T----TCAAAATGGCCGTC----GCACA--TACCAACAC-A----CATCCAAAATGGCC-ACCACGC-AT--C--ACATAT--AATAG----AAA--CAAGATGGCCAC-----CGC-GCATGTAC--A----------GTC-AA--------TATA---------AGCAAGA-TTGCTGCCGCGCATGCGCAGTCCTT---G
gi|14 : ----A-CACGCG--T----TCAAAATGGTCGCC----GCACA--TACCAACAC-A----CATCTGAAAAGGCCTCCCCCGT-AT-GC--GCATAA--AATAG-----AA--CAAGATGGTCGC-----CGC-GCATGCAC--A----------ccccaaa
gi|14 : ACAC-G----CGTTCAAAATGGTC-GCCGCAC-AT-ACCAACACAC--ATCTG----AAA------A-GGCCTC-----CCCCGTATGCGC--A----------TAA-AA--------TAGA---------A-CAAGA-TGGTCGCCGCGCATGCACAGTCCGT---GACCGTT-AACCGGCGCTTATACTAgtccgtgaccgttaaccggcgcttatacta
gi|15 : -CACGCA--T----TCAAAATGGCCGCC----GTGCA--TACCAACAC-A----CATCCAATATGGCC-GCCTCGC-AT-GC--GCATAT--AATAA----AAA--CAAGATGGCCGC-----CGC-ACAGGCGC--A----------
gi|15 : CAC-G----CATTCAAAATGGCC-GCCGTGC-AT-AC-------C--AACAC----ACATCCAATATGGCCGC-----CTC-GCATGCGC--A----------TAT-AA--------TAAA---------AACAAGA-TGGCCGCCGCACAGGCGCAACACGT---GA-CCATAAAATGGCCCCTATACTacacgtgaccataaaatggcccctatact
gi|16 : AC-G----CGTTCAAAATGGCC-ACCTCGC-AT-ACCAACACATCCAATAG----------------GTCGC-----CAC-GCATGCGC--A----------AAT-AA--------TAGA---------AACATGA-TGGCCGCCGCGCATGCGCAGTAAGT---GA-CGTTATAGAGACGCATGTACTACT
gi|17 : CGCG--T----TCAAAATGGCCGCC----G------TAC--ACAC-T----CATCCAAAATGGCC-GTC---T-AT-GC--GCATAT--AATAG----AGA--CAAGATGGCCTC-----CGC-GTATGTGC--A----------GTC-AA--------TATA---------CACAAGA-T
gi|18 : -CGC--GTATT-G--------CATAATGT-CATC----CAAAAATGGCCACCGC--G-CAaccctctactac
gi|19 : aaatgaccaccacgcacctgctagaaactgccaccatttgtcgtatcaaactatttcataactatAAAATGGCC-AC-CGC--GCACCTG--------C----TA-----------GAAA-CTGCCACCGTTTGTCAT----ATCAAACTATT----TCACAA---CTATC----GT--A--TATTG-CAC-AATGTCATCCAAATTGGCC-ACCACGC-Agaagaaaca
gi|19 : C-A--------CA--ATGT-CATC----CAAAT-TGGCCACCAC--G-CAgaagaaac
gi|2 : aaaatggccaccgcgcacctgctagaaactgccaccgtttgtcatatcaaactatttcacaactatcgtatattgCACGCGTTCAAAATGGCC-GC-GGC--GCATA-C--------AA--ACACACATC----CATAA-CGGCCGTCGC--G-CATTATGA-CACACA--T----CCAAAATGGCCGTC----TTACA--TTCCGACAT-G----TATCCAAAATGGCT-GCCACGCAAT-AC--TTCTATG-AATAG----AAA--CAAGATGGCCGC-----CGT-GCATGCGC--A----------TAT-----------TAAA---------ATCAAGA-TGGCCGCCACATATGCGCAGTAAGT---GA-AGCTAAAGAGACCCGTATACTACTTgaagaaac
gi|21 : ----CGTTCAAAATGGCC-ACCTCGC----GC--GCATC-----------------CAAAATGGCCGT-----C----TATGCGC--A--------------------------GA---------AACAAGA-TTGCCGCCGCGCATGCGCAGTCCGT---GG-CGTTAAAGGGGCCCGTATACTAC
gi|22 : gAC-G----TATCCAAAATGGCT-GCCGCGC-AT-GG--GTATAT--G-------------CAA-ATGA--GC-----TAC--TATT----------------TAT-AA----------AA---------AACAAAAGTGGTCACAGTGCATGCGCAGTCCGT----A-CGTTAAAG
gi|23 : A--ATAT-TA-A----CAAAA-TGGGCGCCGC--A-CAT----ga
gi|23 : ataCAAAATGGGC-GCCGCAC-AT-G-------AT--AATAT----A----CAA-ATGA---------------ATTATT--A----------TA--AA--------TAAC---------AACAAAA-TGGCTGCCGCGCGTGCGCAGTCgataatatacaaatgaattattataaataacaacaaaatggctgccgcgcgtgcgcagtcttggc
gi|24 : ataaatattaaG----AAA--CAAGATGGCTGC-----CGC-GCATGCGC--A----------GTC-AA--------TAGA---------AACAAGA-TGGCCGCCGCGCAGGCGCAGTCCGT---GG-CGTTAAAGGGGCCCGTATACTACttggc
gi|25 : ACGCG--T----TCAAAATGGCCGTC----GCGCG----------C-A----CATCCAAAATGGCC-GCCGCTC-AT-GC--GCATAT--AAACG----AAA--CAAGGTGG
gi|26 : TGCAC--A----------TAT-AA--------TAGA---------AATAAGA-AGGCCGCCGCATAAGCGCAGTCCGT---GA-CCCTAAAATGGTCACTATACTAC
gi|27 : CGC--A----------TAT-AA--------TAGA---------AACAAGA-TGGCCGCCGCGCATGCGTAGTCGTT---GG-CGTTAAAGGGTCCCGTCTACTACT
gi|28 : -AA--------AAGA---------AACAAGA-TGGCCACCGCGCATGCGCAGTAAGT---GA-CGTAAAACTGACCCATATACTACT
gi|29 : ATGCG--T----TCAAAATAGCCGCC----GC-CA--CAATGACGA-A----CATCCAAAATGG
gi|3 : GTTCAAAATGGCA-TC-CGC--ACAT--G--------CAC-ATAT-AAACAAAACAAGA-TGGCTGCCGC------T------CACCTG--T----TTGAAACTGCTGCCTTTTGT-CG--TATCGA-ACTA----T-TTCACAA---CT-ATCGCGT-ATTGC--GCA-AT--GACAATGTCACC--CAAAATGGTTGC-----CGC-ACAC------------------AT-AA--------TAGA---------AACAAGA-TGCCCGCCGCGCATGCGCAGTCCTT---GC-CCCTAAATAGGACCGTATACTACTT
gi|30 : tCGCGTTCAAAATGGCC-GT-CGC--G---C-G--------CA-------CATC----CAAAA-TGGCCGCCGC--
gi|4 : ACGCG--T----TCAAAATGGCCACC----GCTTA--CACCAACAC-A----TATCCAAAATGGCC-GCC--------GC--ACATAT--AATAG----AAA--CAAAATCGCCGC-----CGC-ACATGC
gi|4 : ACGCGTTCAAAATGGCC-AC-CGCTTACACC-A--------AC--ACAT--ATC----CAAAA-TGGCCGCCGC--A-CAT----A-TA---A--TAGAAACAAAATCGCCGCC----GCACA--TGCTG----------TTTC--------TT-GTCGCAC-AT-GC--GC--------TAG----ATA--CAA-AT-----------CGC-TTATATGC--AAATGAGTTACTAT-AAATAGTAACTAGGTC-------AACAAGA-TGG----------TGCTC-GTTTGTTTAGA-CG-TAAAGGGCCCCGTATAATACTTtgtttcttgtcgcacatgcgctagatacaaatcgcttatatgcaaatgagttactataaatagtaactaggtcaacaagatggtgctcgtttgtttagacgtaaagggccccgtataatactt
gi|5 : -CACGCG--T----TCCAAATGGCCGCC----GCGAA--CAATGACAA-A----CATCCAAAATGGCC-GCCACGC-AT-GA--ACATAT--AAACA----AAA--CAAGGTGGCCGC-----CGT-GCA
gi|5 : TTCAGAA---CT-AT-CGC--GTATT-GTGCAATGACA--ATGT-CATC----CAAAA-TAGCCGCCGC--cccagttagaaactgcaaccatttttcgtatcaaactatttcagaactatcgcgtattgtgcaatgacaatgtcatccaaaatagccgccgc
gi|6 : cacgcgttccaaatggccgccgcgaacaatgacaaacatccaaaatggccgccacgcatgaacatataaacaaaacaaggtggccgccgtgcacccagttagaaactgcaaccatttttcgtatcaaactatACGCG--T----TCAAAATGGCCGCC----G------TAC--ACAC-A----CATCCAAAATGGCC-GTC---T-AT-GC--GCATAT--AATAG----AGA--CAAGATGGCCTC-----CGC-GTATGCGC--A----------GTC-AA--------TAGA---------CAAAAG
gi|6 : -CGTT----CAAAA-TGGCCGCCGT--A-C------A-CACACA--T----CCAAAATGGCCGTCTAT-GCGCA--TA-TAATAG-A----GA--CAAGATGGCC-TCCGCGT-AT-GC--GCAGTC--AATAG----ACA--AAAG-----------------NNNNNNNN--N----------NNN-NN--------NNNN---------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGGT---GA-CATTAAAGTGTCCCCTCTACTACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcggtgacattaaagtgtcccctctactactatc
gi|7 : acgACGCG--T----TCAGAATGGCTGTC----GCGCA--CAATGACGA-A----CATTCAAAATGGCC-GCAACGC-GT-GC--ATATAT--AAAAG----AAA--CAAGATGGCCAC-----CGC-GCATACGC--A----------TAT-AA--------TAGA---------AACAAGA-TGCCCGCCGCGCATGCGCAGTCCGT---GG-CGTTCAACCGGCCCTTCTACTACTatc
gi|8 : CGCG--T----TCAAAATGGCCACC----GCGCA--TACCAACTC-A----CATCCAAAATAGCC-GCCACGC-AT-GC--GCATAT--AAACG----AAA--CATGATGGCCGC-----CGT-TTATGCGC--A----------TAT-AA--------TAGA---------AATAAGA-TGGCCGCCTCGCATGCGCAGTCCTT---GC-CCCTAAAAAGACGCATATACTACT
gi|9 : ACGCG--T----TCAAAATGGCCACC----GCGCA--TACCAACTC-A----CATCCAAAATAGCC-GCCACGC-AT-GC--GCATAT--AAACG----AAA--CATGATGGCCGC-----CGT-TTATGCGC--A----------TAT-AA--------TAGA---------AATAAGA-TGGCCGCCTCGCATGCGCAGTCCTT---GC-CCCTAAAAAGACGCATATACTAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAAATAGCCGCCGCGAACTTGCTGTCAATCTCGCGCATGCGTTATGATCCAAATCGCTTATATGCAAATTAGTAACTATAAATAGAAACTAGGTTAACAAGATGGCGCCTATTTTGTTTACAACCAAACCGACCCACATATTAC
Unaligned ( gi|20 ): GCGCATGCGCTATGATCCGAATCGCTTTTATGCAAATAAGTTACTATAAATAGTAACTAGGTCAACATGATGGCGCCCGTTTGTTTACACGTAGAGCCCCGTATACTACTTG