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lowQualScore : .. ... ...... ... .. .. . .. . . . . .. . . . ... . . . .. . ..... . . . . . . . .. . . . . ... . . . .. . . . . . ..... ... .................. . .. .
lowQualScore : 55 777 666666 333 66 99 3 22 5 0 0 4 22 6 0 7 111 1 1 3 88 5 33333 7 8 0 3 3 3 2 66 8 3 7 2 444 1 4 1 22 8 1 5 9 7 11111 000 999999999999999999 9 88 0
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Reference ( gi|2 ) : TCAAATTAATTC-GGAGAAACCAAGGTTTATTGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT---TTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATACAGTGTTGACTTCTAGTACTGATATAT--TAAAAAGAATAATTTACT-GAGTGTACC--AGGTAATTAGAATAATATCTCATTTTGGAAGTTTTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTACACATTAAAA--GTATGTTGAGTAATACTGTTCGATTGGACGGCCTTTTTATTATAAAAA-AAAATGCAAACC-AAACAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTAAACAAAATATCAACA-----AATGGCTCTTTTATAGCACAATAAAT-TAT-T-AATCATCGACATCATTGTCACTAATGTCCAAAT-C-A-TAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGAC-T-AAA-TT--ACTTTATTAT-CAAATTAAAATGTTTTC-AAAGA-TT-----AGT---AAAAAA------A--AA-AAAT--AAAAAAAAAAGTCTCTATACCTG-TATTTCTTCAAAATCTTGCTAGATTTTTCT
gi|5 : TCAAATTAATTC-TGAGAAACCAAGGTTTATTGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT---TTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATACAGTGTTGACTTCTAGTACTGATATAT--TAAAAAGAATAAT--ACT-GAGTGTACC--AGGTAATTAGAATAATATCTCATTTTGGAAGTTTTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATACATTAAAA--GTATGTTGAGTAATATTGTTCGATTGGACGGCCTTTTTATTAT-AAAA-AAAATGCAAACC-AAACAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTT----------------------ATGGCTCTTTTATAGCACAATTAAT-TAT-T-AATCATCGATTTCATTGTCACTAATGTCCAAAT-CAA-TAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGAC-T-AAA-TT--ACTTTATTAT-CAAATTAAAATGTTTTC-AAAGA-TG-----AGTAAAAAAAAA------A--AA-AAAA--AAAAAAAAAAGTCTCTATACCTG-TATTTCTTCAAAATCTTCCTAGATTTTTCT
gi|6 : TCAAATTAATTC-TGAGAAACCAAGGTTTATTGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT---TTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATACAGTGTTGACTTCTAGTACTGATATAT--TAAAAAGAATAAT--ACT-GAGTGTACC--AGGTAATTAGAATAATATCTCATTTTGGAAGTTTTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATACATTAAAA--GTATGTTGAGTAATATTGTTCGATTGGACGGCCTTTTTATTATAAAAA-AAAA--AAAACC-AAACAATTCACTGCAAATTTTATTAATCAGATTTTT----------------------ATGGCTCTTTTATAGCACAATTAAT-TAT-T-AATCATCGATTTCATTGTCACTAATGTCCAAAT-CAA-TAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGAC-T-AAA-TT--ACTTTATTAT-CAAATTAAAATGTTTTC-AAAGA-TG-----AGT---AAAAAA------AATAA-AAATAAAAAAAAAAAAGTCTATATACCTG-TATTTCTTCAAAATCTTGCTAGATTTTTCT
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gi|3 : AAGTCAACTC-TGTGAAACCAAGGTTTATCGAAATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT---TTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATA--ATGTTGACCTCTAGTACTGATATAT--TAAAAAGAATAAT--ACT-GAGTGTACC--AGGTAATTAGAATAATATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGTACATATTGGTTAAGTAAAGTTATATTTGGTATAAATTAAAA--GTGTGTTGAGTGTTATTGTTAAATTGGAAGGCATTTTTATT---AAAA-AAAATGCAAACA-AAAAAATTCACTGTAAATTTTGATAATCATATTTTTTAACAAAATATCAACAAAATTAATGGTTCTTTTATAGCACAATAACTATAT-T-AATCATCCATTTCATTGTCACTTATGTCCAAAT-CAA-TAAAAC---ATTTAACATATTCATCTGAC-TAAAA-TT--ACTTTTTTAT-CAAAGTAAAATGTTTTC-AAAGA-TTA----AGT---AAAAAA------A--AA-AA----AAAAAAAAAAGTCTCTATACCTG-TATTTCTTCCGAATCTTGAAAGATTTTCCT
gi|7 : AAGTTAACTC-TGAGAAACCAAGGTTTATCAATATCTAAAATATATTGCTTTGGTTCT---TTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATA--ATGTTGATTTCTAGTACTGATATAT--TAAAAAGAATAAT--ACTTGAGTGTACC--AGGTAATTAGAATAATATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATAAACTAAAA--GTGTGTTGAGTGTTATTAATAGATTAGACGGCCTTTCTTTT---AAAA-AAAATGCCAACC-AAAAAATTCACTGTAAATTTTGATAATCAGAATTTTTAACAAAATATCAACA-----AATGGTTCTTTTAAAGCAAAA-AAAC-TATATAAAGCATCAATTTAATTGTCACTTATGTCCAAAT-CAA-TAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGAC-TAAAA-TT--ACTTTTTTAT-TGAAGTAAAATGTTTTC-AAAGA-TTA----AGT---AAA-------------------------AAAAAAGTCTCTATACCTG-TATTTCTTCAGAATCTTGAAAGATTTTCCT
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gi|4 : AAGTTAACTC-TGATAAACCAAAGTTTATCGAAATCTAAAAT----TGTTTTGGCTCT---T-AAAAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATA--ATGTTGACTTCTAGTACTGATATAT--TGAAAAAAATAAT--ACT-GAGTGTACC--AGGTAATAAGAATTATATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGAGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATAAATTATAA--ATGTGTTGAGTGTTATTG-----TTGGACGGCCTTTTTATT---AAGA-AAAATGCAAACC-AAAAAATTCACTGTAAAGTTTGATAATCAGAATTTTTTACAAAATGTCAACA-----AATGGTTCTTTTATAGCACAATAACTATAT-C-AATCGTCGATTTCATTGTCACTAATGTCCATAT-CAA-TAAAAC---ATTTAACATACTCATCAGAC-TAAAA-TT--ACATTTTTATGCAAA-TAAAATGTTTTC-AAAGA-TTAAGTAAGT---AAAAAA------A--AACAAAA--ACAAAAAAAAGTCTCTTTACCTG-TATTTCTTCAGAATTTTGAAAGATTTTCCTgaactttcatttgaaacttgttttgcaatatttttggactaaataaaaaagtgtggttgtacatgataactgggtttaataaaatttatatatatatttaatatatatatatttaatataaataaaggtatctaagatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : AGTTAACTC-TGAGAAACCAAGGTTTATCAATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCTAAGTTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATAC--TGTAGACTTCTAGTACTGA---GT----AAAAGAATAAT--ACT-GAGTGTAGCTGAGGTCAT---------ATCTCATTCTGGAAGTATTCAAATAGGATATATTGGTTTAGTAAAGTTATAATTGGTAAAAATTAAAA--GTGTGTTGAGTAATATTGTGAGATTGGACGGCCTTTTTATTA---AAA-AAAATGCAAACC-AAAAAATTCACTGCAAATTTTAATTATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACA-----AATGGTTCTTTTATAGCACAATAACTATAT-T-AATCATT----------------ATGTCCAAAT-C-AATAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGAC-T-AAA-TTTGATTTT-TTAT-CAAATTAAAATGTTTTT-AAAAA-TTT----AGT---AAAAAA------A--AA-A---------AAAAAAGTCTTTATACCTG-TATTTCTTCAAAATCTTGAAAGATTTTCCTg
gi|16 : AGAGACCTATGTTTATCGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT---TTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATAC--TGTTGACTTCTAGTACTGATTAAT--TAAAAAGAATAA--TACT-GAGTGTAT----GGTAATAAGACTAATATCTCATTTTGCAAGTATTCAAAAAGGATATATTGGTTTAGTTAAGTTATAATTGGTA-AAATTAACAGTGTATATATAGTAATATTGCTATATTGAACAGCCTTTTTATT---AAAA-AAAATGCAAACCAAAAGAA--CACTGCAAATTTT
gi|8 : aagctaactataAACCAAGGTTTATCAATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCTAAGTTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATAC--TGTTGACTTCTAATACTCATATAT--TAAAAAGAATAAT--ACT-GAGTGAACCTGAGGTCAT---------ATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTTGGTTAAGTTATAATTGGTAAAAATTAAAA--GTGTGTTGAGTAATATTGTGAGATTGGATGGCCTTTTTAT--TAAAAA-AAACTGCAAACC-AAAAAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACA-----AATGGTTCTTTTATAGCACAATAACTATAT-T-AATCATCCATTTTATTGTCACTTATGTCCAAAT-C-ATTAAAAC---ATTTACCATTCTCATCTGACTT-AAT-TT--ACTTTTTTAT-TAAATTAAAATGTTTTT-AAAAATTT-----AGT---AAAAAAAAAAATA--AA-AAAT--AAAAAAATAAGTCTCTATACCTG-TATTTCTTCAAAATCTTGA-AAATTTTCCTtcca
gi|14 : TGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTTAGTAAAGTTATAATTGGTATAAATTAAAA--
gi|14 : cATTAAAA-AAGATGCAAACC-AAAAAATTCAATGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACA-----AATGGTTCTTTTATAGCACAATAACTATAT-T-AATCATCCATTTTATTGTCACTTATGTCCAAAT-CAA-TAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGAC-TAAAA-TT--ACTTTTTTAT-CAAATTAAAATGTTTTT-AAAAATTT-----AGT---AAAAAA------A--A--------AAAAAAAAAAGTTTCTTTACCCG-TATTTTTTCAAAATCTTGAAAGATTTTaagatgcaaaccaaaaaattcaatgcaaattttaataatcagattttttaacaaaatatcaacaaatggttcttttatagcacaataactatattaatcatccattttattgtcacttatgtccaaatcaataaaacatttaacatactcatctgactaaaattacttttttatcaaattaaaatgtttttaaaaatttagtaaaaaaaaaaaaaaaaaagtttctttacccgtattttttcaaaatcttgaaagattttcat
gi|13 : ctggaagtattcaaaagggatatattggtttagtaaagttataattggtataa-A-TAGAACTGAATTTAACA-----------C-C-AAC-AT--ACTTTTTTAA-TAAAATGAGATGTTTTTTAAAGA-TTT----AGT---AAAAAA--------------AT--CA--------GTCTCCATAC-TGCTATTTCTTCAAAACTTCGCAAGATTTTcat
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gi|17 : TCTCTATACCTG-TATTTCTTCAGAATCTTGAAAGATTTTCCTg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTTTCCAAAGATTTAGTGGGGGGAAAAAATTCAGTCGCTATACCGCTTATTTCTGGAAAATCTTGAAAGATTTTCATGGTCTATCATTTAAAACTTGTATTACAGTATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGGTATAGATGATAATTGGGTACAAAAAAATTAATACATGTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAATAT
Unaligned ( gi|18 ): TCTGTATAACAGGAATTCCTATTTTGATCAAAAGTAATATGAGATCAGAGAAATATAACTGACTTTAACA
Alignments
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lowQualScore : . ... ...... ... .. . .. . .. . . . . . . .... . .. . ..... . . . . ... . . . . . ..... ........ ... .... . . . . ..... ... .. .
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gi|11 : AGTTAACTCTGA-GAAACCAAGGTTTATCAATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCTAAGTTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATAC--TGTAGACTTCTAGTACTGA---GT----AAAAGAATAA-T--ACT-GAGTGTAGCTGAGGTCAT---------ATCTCATTCTGGAAGTATTCAAATAGGATATATTGGTTTAGTAAAGTTATAATTGGTAAAAATTAAAAGTGTGT-TG-AGTAATATTGTGAGATTGGACGGCCTTTTTAT--T-AAAAAAAATGCAAACCAAAA-AATTCACTGCAAATTTTAATTATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACAAA-----TGGTTCTTTTATAGCACAATAACTATATTAATCA----------------TTATGTCCAAATCAATAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGACTAAATTTGATTTTTTAT-CAAATTAAAATGTTTTT-AAAAATTT-----AGT----------AA-A-A----A-A-AA-AAA-AAA-----A---AGTCTTTATACCTG--TATTTCTTCAAAATCTTGAAAGATTTTCCT
gi|12 : AAATTAATTCTGA-GAAACCAAGGTTTATTGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT---TTAACAGCCATTTTAAAATA------ATTAGATACAGTGTTGACTTCTAGTACTGATATAT--TAAAAAGAATAA-T--ACT-GAGTGTACC--AGGTAATTAGAATAATATCTCATTTTGGAAGTTTTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATACATTAAAAGTATGT-TG-AGTAATATTGTTCGATTGGACGGCCTTTTTATTAT-AAAAAAAATGCAAACCAAAC-AATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTT-----------------A-----TGGCTCTTTTATAGCACAATTAAT-TATTAATCATCGATTTCATTGTCACTAATGTCCAAATCAATAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGACT-AAATTACTTTATTAT-CAAATTAAAATGTTTTC-AAAGA-TG-----AGT----AAAAAAAA-A-A----A-A-AA-AAA-AAA-----A---A
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gi|14 : T-AAAAAAGATGCAAACCAAAA-AATTCAATGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACAAA-----TGGTTCTTTTATAGCACAATAACTATATTAATCATCCATTTTATTGTCACTTATGTCCAAATCAATAAAAC---ATTTAACATACTCATCTGACTAAAATTACTTTTTTAT-CAAATTAAAATGTTTTT-AAAAATTT-----AGT--------AAAA-A-A----A-A-AA-AAA-AAA-----A---AGTTTCTTTACCCG--TATTTTTTCAAAATCTTGAAAGATTTTCaagatgcaaaccaaaaaattcaatgcaaattttaataatcagattttttaacaaaatatcaacaaatggttcttttatagcacaataactatattaatcatccattttattgtcacttatgtccaaatcaataaaacatttaacatactcatctgactaaaattacttttttatcaaattaaaatgtttttaaaaatttagtaaaaaaaaaaaaaaaaaagtttctttacccgtattttttcaaaatcttgaaagattttcat
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gi|17 : TCTCTATACCTG--TATTTCTTCAGAATCTTGAAAGATTTTCCTtcca
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