lowQualScore : 11 11 55555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 77 3 333333 2222 33333 00 11 4 88888888888888888888888888888888888 333333 4 6 7
lowQualScore : .. . ...... .... ..... .. .. . ................................... ...... . . .
lowQualScore : 00 3 444444 7777 22222 66 99 3 00000000000000000000000000000000000 555555 0 0 1
consensus : AGTCTGGTACCCT-GCCCAACTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TC--C--AT-T----A------------------CGTAA--N--G-GAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
Reference ( gi|7 ) : AGTCTGGTACCCA-GCCCAATTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TC--C--AT-T----A------------------CGTAA--A--G-GAGAGTAACGGAA------TAAAGTCGGGCAGGGTATCAGACT
gi|9 : AGTTTGGTACCCT-GTCCAACTCCA------TTTCGTTA----CTC-----TC--C--AT-C----T------------------CGTAA--T--G-GAGAGCAACAGAA------TAAAATTGGGCAGGGTACCAGA
gi|10 : AGTTTGGTATCCT-GCCCAACTTCA------TTCCGTTA----C-C-----TC--T--AT-T----A------------------CG--A--A--G-GAGGGTAACGGAA------TGATATTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|10 : AGTCTGGTACCCT-GCCCAATATCA------TTCCGTTA----CCC-----TC--C---T-T-----------------------CGTAA--T--A-GAG-GTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGATACCAAACT
gi|8 : AGTCTGGTACCCT-GCCCAACTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TC--C--AT-T----C------------------C---A--A--A-CAGTGTAACAGAA------TGAAGTTGGGCAAGATACCAGACT
gi|8 : AGTCTGGTATCTT-GCCCAACTTCA------TTCTGTTA----CAC-----T------GT-T-----------------------TGGAA--T--G-GAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACTa
gi|11 : AGTCTGGTACCCT-GCCCAACTTCA------TTTCGTTA----CCC-----TC--C--AT-T----A------------------C---------------GTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGAa
gi|6 : aatAGTGTGGTACCCT-GTCCAACTCTA------TTCCATTC----CCC-----TC--C--AT-T----A------------------CGAAA--T--G-GAGAGAAACGGAA------TAAAGTTGGGCAGAGTACCACACT
gi|6 : tAGTGTGGTACTCT-GCCCAACTTTA------TTCCGTTT----CTC-----TC--C--AT-T----T------------------CGTAA--T--G-GAGGGGAATGGAA------TAGAGTTGGACAGGGTACCACACTa
gi|2 : tAGTCTGGTACCCT-GCCCAACTTCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--AT-T----ACGAAGGTCATTGGTCCTTCGTAA--T--G-GAGAGTAACGGAA------TGAAGCTGTGCAGGGTACCAGAa
gi|5 : AGTCTGGTTCCCT-GCCCAATGTCA------TTCAGTTA----CTC-----TCTCC--ATATGA--A------------------GGTAATGA--A-GAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGAACCAGA
gi|3 : AGTCTGGTTCCCT-GCCCAATGTCA------TTCAGTTA----CTC-----TCTCC--ATATGA--A------------------GGTAATGA--A-GAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCATGGAACCAGACT
gi|3 : AGTCTGGT-TCCATGCCCAACTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TCTTC--AT-T----ACCTT--------------CATAT--G--GAGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|4 : AGTCTGGT-TCCATGCCCAACTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TCTTC--AT-T----ACCTT--------------CATAT--G--GAGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGAC
gi|12 : AGTCTGGTACCAT-GCCCAATTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TC--C--AC-T----A--------------------TAA--A--G-G------AC----------TGAAGTTTGACAGGGTACCAGACT
gi|12 : AGTCTGGTACCCT-GTCAAACTTCA------GTCCTTTA----------------------T----A-------------------GT-------G-GAGAGTAACGGAA------TGAAATTGGGCATGGTACCAGACTa
gi|13 : AGTCTGGTACCCT-ACCCAACTTCT------TTAAGTTA----CTC-----T----------------------------------GTAA--TTTG-GAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAAGGa
gi|17 : AGTCTGGCACCCT-GCCCAACTTCA------TTCCGTTA----TTC-----TC--C--AT-T----A------------------a
gi|14 : AGTCTGGTACACA-GCCCAACTTCA-----------TTA----CTT---------------------------------------CGTAA--T--T-GAGAGTAACGGAA------TGAAGg
gi|18 : tctgcgaacAGTCTGGTACCCT-GCCCAACTTTA------TTCCGTTA----CCC-----TC--a
gi|19 : tAGTCTGGTACCCT-GCCCAACTTCA------TTCa
gi|1 : ctctccattaaaAGTCTGGTACCCT-GCCCAACGTCA------T
gi|16 : gtgtttgtgcttgatttttgtctggtaccctgcccaacttcgtcgggttagatgcgcacgcatcgattcccaactttattacgttAGTCTGGTGCCAT-GCACAACATCA------TCTTGTTA----CTC-----TC--C--a
gi|4 : aagttGTCTGGTTCCCT-GCCCAATGTCA------TTCAGTTA----CTC-----TCTCC--ATATGA--A------------------GGTAATGA--A-GAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCATGGAACCAGACTtt
gi|15 : GTCCTGTACCCT-GCCCAACTTCA------TTCCGTTA----CT
gi|21 : taccctgggacaatGTCTGGTACACT-GCTCAACTTCA------TTATGTTA----CTC-----TC--
gi|1 : GTCTGGTACCCT-GCCCAACTTCG------TCGGGTTAGATGCGCACGCATC--G--AT-TCCCAA------------------CTTTA------------TTACGTTA------TGACGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|9 : gtgtttgtgcttgatttttTCTGGTACCCT-GCCCAATTTTA------TTCTGTTG----CTC-----TC--C--AT-T----A------------------CGAGA--T--G-GAGAGTAACGAAA------TGGAGTTGGACAGGGTACCAAACTa
gi|11 : TCTGGTACCCT-GCCCAACTTCA------TTCCGTTA----C------------------------------------------GTAA--T--G-GAGGGTAACGAAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|2 : aatTCTGGTACCCT-GCACAGCTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TC--C--AT-T----ACGAAGGACCAATGACCTTCGTAA--T--G-GAGAGTAACGGAATGAAGTTGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|5 : TCTGGTTCCCT-GCCCAACTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TCTTC--AT-T----ACCTT--------------CATAT--G--GAGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|20 : TCTGGTACCCT-GCCTAACTCTA------TTCCGTTA----CTC-----TC--T--AT-
gi|22 : GGTACCCT-GCCCAACTTCA------TTCGGTTA----CCC-----TC--C--AT-
gi|13 : -GCCCAACTTCA------TTCCGTTA----CTC-----TC--CAAAT-T----A------------------C------------AGAGTAACTTAA------AGAAGTTGGGTAGGGTACCAGACT
gi|14 : TTCA------TTCCGTTA----CTC-----TC--A--AT-T----A------------------CG------------AAGTAATG-----------AAGTTGGGCTGTGTACCAGACTaagga
gi|17 : tctgcgaaccTAA--T--G-GAGAATAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTGCCAGACTa
gi|16 : A--A--G-GAGAGTAACAAGA------TGATGTTGTGCATGGCACCAGACTg
gi|22 : aagtt--G-GAGGGTAACCGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTAC
gi|18 : -GAGGGTAACGGAA------TAAAGTTGGGCAGGGTACCAGACTat
gi|20 : t-GAGAGTAACGGAA------TAGAGTTAGGCAGGGTACCAGAa
gi|21 : -GAGAGTAACATAA------TGAAGTTGAGCAGTGTACCAGACtat
gi|15 : AGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTA-CAG
gi|19 : taccctgggacaatGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACTgac
gi|1 : ctctccattaaaAAGTTGGGCAGGGTACCAGAC
Alignments
lowQualScore : 66666666666666666666666666
lowQualScore : 555555 4444 55555 88 33 5555 55555555555555555555555555 1 0
lowQualScore : ...... .... ..... .. .. .... .......................... . .
lowQualScore : 555555 2222 33333 77 22 7777 11111111111111111111111111 5 9
consensus : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----A------------------CGTAA-G-GAGAGTAACGGAATGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
Reference ( family-4890 ) : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----A------------------CGTAANG-GAGAGTAACGGAATGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|1 : GTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCGTCGGGTTAGATGCGCACGCATC--G--ATTCCCAA------------------CTTTA--------TTACGTTATGACGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|10 : gtgtttgtgcttgatttttAGTTTGGTATCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----C-C-----TC--T--ATT----A------------------CG--AAG-GAGGGTAACGGAATGATATTGGGCAGGGTACCAGACTa
gi|11 : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTTCGTTA----CCC-----TC--C--ATT----A------------------C-----------GTAACGGAATGAAGTTGGGCAGGGTACCAGA
gi|12 : aatAGTCTGGTACCATGCCCAAT------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ACT----A-------------------------------TAAAGGACTGAAGTTTGACAGGGTACCAGACT
gi|13 : CCTTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--CAAATT----A------------------C--------AGAGTAACTTAAAGAAGTTGGGTAGGGTACCAGACTa
gi|14 : CTGCGAACC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--A--ATT----A------------------CG--------AAGT-----AATGAAGTTGGGCTGTGTACCAGACTa
gi|15 : tGTCCTGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTa
gi|16 : taccctgggacaatAAG-GAGAGTAACAAGATGATGTTGTGCATGGCACCAGACT
gi|17 : aagttAGTCTGGCACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----TTC-----TC--C--ATT----A------------------
gi|18 : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTTATTCCGTTA----CCC-----TC--g
gi|19 : tAGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCa
gi|2 : ctctccattaaaAGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----ACGAAGGTCATTGGTCCTTCGTAATG-GAGAGTAACGGAATGAAGCTGTGCAGGGTACCAGA
gi|20 : TCTGGTACCCTGCCTAAC------TCTATTCCGTTA----CTC-----TC--T--AT
gi|21 : GTCTGGTACACTGCTCAAC------TTCATTATGTTA----CTC-----TC--
gi|22 : GGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCGGTTA----CCC-----TC--C--AT
gi|3 : AGTCTGGTTCCATGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTT--------------CATATGGAGAGAGTAACTGAATGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|4 : AGTCTGGTTCCATGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTT--------------CATATGGAGAGAGTAACTGAATGACATTGGGCAGGGAACCAGAC
gi|5 : TCTGGTTCCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTT--------------CATATGGAGAGAGTAACTGAATGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|6 : AGTGTGGTACCCTGTCCAAC------TCTATTCCATTC----CCC-----TC--C--ATT----A------------------CGAAATG-GAGAGAAACGGAATAAAGTTGGGCAGAGTACCACACT
gi|7 : tAGTCTGGTACCCAGCCCAAT------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----A------------------CGTAAAG-GAGAGTAACGGAATAAAGTCGGGCAGGGTATCAGACTa
gi|8 : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----C------------------CA-AAC---AGTGTAACAGAATGAAGTTGGGCAAGATACCAGACT
gi|9 : AGTTTGGTACCCTGTCCAAC------TCCATTTCGTTA----CTC-----TC--C--ATC----T------------------CGTAATG-GAGAGCAACAGAATAAAATTGGGCAGGGTACCAGAa
Alignments
lowQualScore : 77777777777777777777777777
lowQualScore : 4444 55555 88 33 5555 99999999999999999999999999 0 1 777777 0
lowQualScore : .... ..... .. .. .... .......................... . . ...... .
lowQualScore : 0000 00000 22 11 3333 22222222222222222222222222 5 4 222222 2
consensus : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GT-AA-GGAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
Reference ( family-4890 ) : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GT-AA-GGAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|1 : GTCTGGTACCCTGCCCAACTTCGTCGGGTTAGATGCGCACGCATC--G--ATTCCCAAC------------------TT-TA-------TTACGTTA------TGACGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|10 : gtgtttgtgcttgatttttAGTTTGGTATCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----C-C-----TC--T--ATT----AC------------------G--AA-GGAGGGTAACGGAA------TGATATTGGGCAGGGTACCAGACTa
gi|11 : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTTCGTTA----CCC-----TC--C--ATT----AC-----------------------------GTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGA
gi|12 : aatAGTCTGGTACCATGCCCAATTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ACT----A-------------------------------TAAAGGAC------TGAAGTTTGACAGGGTACCAGACT
gi|13 : CCTTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--CAAATT----AC--------------------------AGAGTAACTTAA------AGAAGTTGGGTAGGGTACCAGACTa
gi|14 : CTGCGAACCTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--A--ATT----AC------------------G--------AAGT-----AA------TGAAGTTGGGCTGTGTACCAGACTa
gi|15 : tGTCCTGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTa
gi|16 : taccctgggacaat-AA-GGAGAGTAACAAGA------TGATGTTGTGCATGGCACCAGACT
gi|17 : aagttAGTCTGGCACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----TTC-----TC--C--ATT----A
gi|18 : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTTATTCCGTTA----CCC-----TC--g
gi|19 : t----CTC-----TC--C--ATT----A--------------------------------AA--GAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACTa
gi|2 : TCTGGTACCCTGCACAGCTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----ACGAAGGACCAATGACCTTCGT-AATGGAGAGTAACGGAATGAAGTTGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|20 : TCTGGTACCCTGCCTAACTCTATTCCGTTA----CTC-----TC--T--AT
gi|21 : GTCTGGTACACTGCTCAACTTCATTATGTTA----CTC-----TC--
gi|22 : GGTACCCTGCCCAACTTCATTCGGTTA----CCC-----TC--C--AT
gi|3 : AGTCTGGTTCCATGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTTCAT------------AT-GG-AGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|4 : AGTCTGGTTCCATGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTTCAT------------AT-GG-AGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGAC
gi|5 : TCTGGTTCCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTTCAT------------AT-GG-AGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|6 : AGTGTGGTACTCTGCCCAACTTTATTCCGTTT----CTC-----TC--C--ATT----TC------------------GT-AATGGAGGGGAATGGAA------TAGAGTTGGACAGGGTACCACACT
gi|7 : tAGTCTGGTACCCAGCCCAATTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GTAAA-GGAGAGTAACGGAA------TAAAGTCGGGCAGGGTATCAGACTa
gi|8 : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----CC---------------------AA-ACAGTGTAACAGAA------TGAAGTTGGGCAAGATACCAGACT
gi|9 : TCTGGTACCCTGCCCAATTTTATTCTGTTG----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GA-GATGGAGAGTAACGAAA------TGGAGTTGGACAGGGTACCAAACTa
Alignments
lowQualScore : 77777777777777777777777777
lowQualScore : 4444 55555 88 33 5555 99999999999999999999999999 0 1 777777 0
lowQualScore : .... ..... .. .. .... .......................... . . ...... .
lowQualScore : 0000 00000 22 11 3333 22222222222222222222222222 5 4 222222 2
consensus : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GT-AA-GGAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
Reference ( family-4890 ) : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GT-AA-GGAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|1 : GTCTGGTACCCTGCCCAACTTCGTCGGGTTAGATGCGCACGCATC--G--ATTCCCAAC------------------TT-TA-------TTACGTTA------TGACGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|10 : gtgtttgtgcttgatttttAGTTTGGTATCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----C-C-----TC--T--ATT----AC------------------G--AA-GGAGGGTAACGGAA------TGATATTGGGCAGGGTACCAGACTa
gi|11 : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTTCGTTA----CCC-----TC--C--ATT----AC-----------------------------GTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGA
gi|12 : aatAGTCTGGTACCATGCCCAATTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ACT----A-------------------------------TAAAGGAC------TGAAGTTTGACAGGGTACCAGACT
gi|13 : CCTTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--CAAATT----AC--------------------------AGAGTAACTTAA------AGAAGTTGGGTAGGGTACCAGACTa
gi|14 : CTGCGAACCTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--A--ATT----AC------------------G--------AAGT-----AA------TGAAGTTGGGCTGTGTACCAGACTa
gi|15 : tGTCCTGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTa
gi|16 : taccctgggacaat-AA-GGAGAGTAACAAGA------TGATGTTGTGCATGGCACCAGACT
gi|17 : aagttAGTCTGGCACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----TTC-----TC--C--ATT----A
gi|18 : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTTATTCCGTTA----CCC-----TC--g
gi|19 : t----CTC-----TC--C--ATT----A--------------------------------AA--GAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACTa
gi|2 : TCTGGTACCCTGCACAGCTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----ACGAAGGACCAATGACCTTCGT-AATGGAGAGTAACGGAATGAAGTTGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|20 : TCTGGTACCCTGCCTAACTCTATTCCGTTA----CTC-----TC--T--AT
gi|21 : GTCTGGTACACTGCTCAACTTCATTATGTTA----CTC-----TC--
gi|22 : GGTACCCTGCCCAACTTCATTCGGTTA----CCC-----TC--C--AT
gi|3 : AGTCTGGTTCCATGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTTCAT------------AT-GG-AGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|4 : AGTCTGGTTCCATGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTTCAT------------AT-GG-AGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGAC
gi|5 : TCTGGTTCCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATT----ACCTTCAT------------AT-GG-AGAGAGTAACTGAA------TGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|6 : AGTGTGGTACTCTGCCCAACTTTATTCCGTTT----CTC-----TC--C--ATT----TC------------------GT-AATGGAGGGGAATGGAA------TAGAGTTGGACAGGGTACCACACT
gi|7 : tAGTCTGGTACCCAGCCCAATTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GTAAA-GGAGAGTAACGGAA------TAAAGTCGGGCAGGGTATCAGACTa
gi|8 : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----CC---------------------AA-ACAGTGTAACAGAA------TGAAGTTGGGCAAGATACCAGACT
gi|9 : TCTGGTACCCTGCCCAATTTTATTCTGTTG----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GA-GATGGAGAGTAACGAAA------TGGAGTTGGACAGGGTACCAAACTa
blockSeqs : . . TT AA . GAAGGACCAATGACCTTCGTAATGG G TGAAGT
blockSeqs : . . TT . . CTTCATATGGAG G .
blockSeqs : . . TT . . CTTCATATGGAG G .
blockSeqs : . . . . . CTTCATATGGAG T .
blockSeqs : . . . . . GTAATGG A .
blockSeqs : . . . . . GTAAAGG G .
blockSeqs : . . . . . GAGATGG T .
blockSeqs : . . . . . GAAGG T .
blockSeqs : . . . . . AAAC T .
blockSeqs : . . . . . G G .
blockSeqs : . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **** ***** **** TAATGG********************
originalCons : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----AC------------------GT-AA-GGAGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
finalCons : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATT----ACTAATGG--------------------AGAGTAACGGAA------TGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666
lowQualScore : 555555 4444 55555 88 33 9999999999999999999999999999
lowQualScore : ...... .... ..... .. .. ............................
lowQualScore : 555555 0000 00000 22 11 4444444444444444444444444444
consensus : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATTAC-------------------NA-A-TG--GAGAGTAACGGAATGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
Reference ( family-4890 ) : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATTAC-------------------TA-A-TG--GAGAGTAACGGAATGAAGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|1 : GTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCGTCGGGTTAGATGCGCACGCATC--G--ATTCC-------------------CA-ACTT--TA---TTACGTTATGACGTTGGGCAGGGTACCAGACT
gi|10 : gtgtttgtgcttgatttttAGTTTGGTATCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----C-C-----TC--T--ATTAC-------------------GA-A--G--GAGGGTAACGGAATGATATTGGGCAGGGTACCAGACTa
gi|11 : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTTCGTTA----CCC-----TC--C--ATTAC--------------------------------GTAACGGAATGAAGTTGGGCAGGGTACCAGA
gi|12 : aatAGTCTGGTACCATGCCCAAT------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ACTA----------------------------------TAAAGGACTGAAGTTTGACAGGGTACCAGACT
gi|13 : CCTTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--CAAATTAC-----------------------------AGAGTAACTTAAAGAAGTTGGGTAGGGTACCAGACTa
gi|14 : CTGCGAACC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--A--ATTAC----------------------------GA-AGT-----AATGAAGTTGGGCTGTGTACCAGACTa
gi|15 : tGTCCTGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTa
gi|16 : taccctgggacaatAGTCTGGTGCCATGCACAAC------ATCATCTTGTTA----CTC-----TC--C--
gi|17 : aagttC-------------------TA-A-TG--GAGAATAACGGAATGAAGTTGGGCAGGGTGCCAGACTtt
gi|18 : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTTATTCCGTTA----CCC-----TC--
gi|19 : tAGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTC--TT--------------------------------------------TA-A-TG--GAGAGa
gi|2 : AGTCTGGTACCCTGCCCAACTTCAACTTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATTACGAAGGTCATTGGTCCTTCGTA-A-TG--GAGAGTAACGGAATGAAGCTGTGCAGGGTACCAGA
gi|20 : TCTGGTACCCTGCCTAAC------TCTATTCCGTTA----CTC-----TC--T--AT
gi|21 : GTCTGGTACACTGCTCAAC------TTCATTATGTTA----CTC-----TC--
gi|22 : GGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCGGTTA----CCC-----TC--C--AT
gi|3 : AGTCTGGTTCCATGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATTACCTT----------------CATA-TGGAGAGAGTAACTGAATGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|4 : AGTCTGGTTCCATGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATTACCTT----------------CATA-TGGAGAGAGTAACTGAATGACATTGGGCAGGGAACCAGAC
gi|5 : TCTGGTTCCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TCTTC--ATTACCTT----------------CATA-TGGAGAGAGTAACTGAATGACATTGGGCAGGGAACCAGACT
gi|6 : AGTGTGGTACCCTGTCCAAC------TCTATTCCATTC----CCC-----TC--C--ATTAC-------------------GA-AATG--GAGAGAAACGGAATAAAGTTGGGCAGAGTACCACACT
gi|7 : tAGTCTGGTACCCAGCCCAAT------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATTACG------------------TA-A-AG--GAGAGTAACGGAATAAAGTCGGGCAGGGTATCAGACTa
gi|8 : AGTCTGGTACCCTGCCCAAC------TTCATTCCGTTA----CTC-----TC--C--ATTCC-------------------AA-A-C----AGTGTAACAGAATGAAGTTGGGCAAGATACCAGACT
gi|9 : TCTGGTACCCTGCCCAAT------TTTATTCTGTTG----CTC-----TC--C--ATTAC-------------------GAGA-TG--GAGAGTAACGAAATGGAGTTGGACAGGGTACCAAACTa