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gi|14                         :                                                                                                                                          TATCATATTCCTAATCTAATCA--AGAATTTAATGCATAATATAATAATGCATAT--TGCTCTACATTACTACAACATTAAGAT-ATAAT-------TACGAAGATTTAATATGCAACTGCACTGTT-C-----CAAATGTTGATTACGAGTTAAGACTGTTC--------CAAATAA---AAGAAATCAAGATTCAGAATTAA-----TA--A----AC-GAT-AC-TG--------AGGCCAG-TGCACTTAA-AACTCAGCA-TAGCTTTCAGAGCCTGA-----------GAGGA-TTTCAT
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taatgcttttaagatcaagcatagttttctgTTG--ATTGCACAGAT-ACATG------A-AGGCTAAATGCTTTTAA-AATTAAGCA-TAGTTTT------CT-------------GAGGA-TTTTATA-A-ATGAGTTCAGAagaaaataatgaggcatttctggtttttaacattcattaacgaatttcttctattgtcccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttactgaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaagtggtggatttaattatctacatgtcgacaggtattaaattataatatttttaaagatattttgttattgtgatctccatataattctgttgtactgtacagtttaccagaagcaccaacacaaaaaaacactgtacaggtagatgagagaaaatagataatacaattgaattgttcattcaccttttttatatttcaatatatggatgctttaaa
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aagTACACAGGT-ACATG------T-AGGGTAAATGCTTTTAA-AATCCAGCA-TAGTTTT------CT-------------GAGGA-TTTTATA-GCGTGAaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATAATTTTAATAGCCAATCAATA-----------TT-------------AA--A-CTTT-TG-A-TTGCA--CAGATACATGA----A------GGCTAAATGCTTTTAAAATTAAGCATAGTTTTCTGAGGA-TTTTATA-AATGgttcaaaaaaaaataatcagacatttctggtttttaacattcattaaggaatttcttgtatagttcctaactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaaatggtggatttagttatctacgtgtcgacgggtattaacttataatatttttaaagatatttttgttattgtgatctccatataattcttttgtactgtacagctaaacagaagcagataatacaattgatttgttcattcatcttttttatattttaatagatggatgcttttaaataatt
gi|1                          :                                                                                                                      tttggtaacttttggtaactaactgtttatcaatttctcttacaggcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattggtaactacagaattatttggtatcctatccttaataagcacaggaagttattacgtaatcttatgttatgttgactttcattagcacaagagtgtgctatattactctctgcagctgcaccgttctcgtgcaaatgtttgtgattgctgactgtttggatcAATGCTTTTAA-GATCAAGCA-TAGTTTT------CT-------------GAAGA-TTTTATA-A-GTGCA--CAGATACATGT----A------GGCTTAATGCTTTTAAGATCAAGCATAGTTTTCTGAGGA-TTTTATA-AGTGagttcagaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  t-TAGTTTT------CT-------------GAGGATTTTTATA-A-GTGAGTTCAGAagttcagaagaaaataatgaggcatttctggtttttaacattcattaacgaatttcttctattgtcccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttactgaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaagtggtggatttaattatctacatgtcgacaggtattaaattataatatttttaaagatattttgttattgtgatctccatataattctgttgtactgtacagtttaccagaagcaccaacacaaaaaaacactgtacaggtagatgagagaaaatagataatacaattgaattgttcattcaccttttttatatttcaatatatggatgctttaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTATA-A-GTGCA--CAGATACATGT----A------GGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTTCTGAGGA-TTTTATAGAGTGaaaaaaataatcagacatttctggtttttaacatcattaaggaatttcttctattgttccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtataatctgtgttcaaagtgtaggatttagttatctatatgtcgacaggtattaaattataatagtttttaagatttttttgttattgtgatctccatataattctgttgtgctgtacagcttaacagaagcacaacacaaaacactgtacaggtagacgagagaaaatagatagtatataaaatagttgttcattcatcttttttatattttaatagatggatgcttttaaataattgaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A-A-GTGCA--CAGATTCATGT----A------GGCTAAATGCTTTCAAAATCAAGCATAGTTTTCTGAGGA-TTTTTTA-CGTGagttcagaaaaaaataatcagacatttctggtttttaacattcattaaggaatttcttctatagttccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaagtggtggatttagtaatcttcatgtcggcaagtattaaattataatatttttaaagatatttttgttattgtgatctccatataattattttgtgctgtacagctaaacagaagcaccaacacaaaacactgtacaggtagacgagagaaaatagataatacaattgatttgttcattcatcttttttatattctaatagatggatgcttttaaataattgaat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCA--CAGATACATGT----A------GGTTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTTCTGAAGA-agttcagaaaa
gi|15                         :                                                                                                                                            ttggtaacttttggtaactaactgttaatcagttattcttacaggcattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttggtaactataggattatttggtatcctgtccttaataagcacaggaagttattacataatcttatgttatattgccattcattagcacaagagtgtgatatatggctctctgcagctgcattgccctgaggcaaatgtttgtgattgatgactgtttaagaccaataatttaaatagccaatcaaaattaagcttttgatTGCA--CATATACATATTGCTA------GGCTGATTTGTTTTAATATCAAACAGAGTTTTCTAAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatcctatccctaataagcacaggaagttattacataatcttctgtaatattgcccttcattagtacaggattgtgatatatggctctctgcagctgcactgcccaggggcaaaagtttgtgatttatgactgggtcaataatttaaacagccaatcaaaactaagcttcagacTGCA--CAGATACATGA----A------GGCTAAATGCTTTTAAAATTAAGCATAGTTTTCTGAGGA-TTTTATA-AATGtgaagtttcagaggattttata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttgatA--CAGGTACATGT----A------GGGTAAATGCTTTTAAAATCCAGCATAGTTTTCTGAGGA-TTTTATA-agttcagaaaataataatcagacatttctggtttttaacattcattaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcatatttaaaggagagtattttctgttttttaaagtggtagatttagtggatttagatctacatgtcgacaggtattaaattataagatttttaaagatatttttgttattgtgatcttcatataaatctgttgtgctgtacaacttaacagaagcaccaatacagaacactgtacaggtaaacgagagaaaacaaatattacaattgatttgttcattgaatttcatctttttatattttaatagatgcatgcttttacattattgaata
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                              tttggtaacttttggtaaccttctctttatcaatttctcttacaggcattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtttggtaactacaggattatttggtatcctgtccttaataagcacaggaagttattacataatattatgttatattgcccttcattagcacaagagtgtgatatatggctcgctgcagctgcactgccctggggcaaatatttgtgatttatgactgtttggatcaataatttaaatagccaatcaaaattaaacttttgattgcTAGTTTTCTGAGGATTTTTATA-AGTG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTCCTTACTTTCATTGTGGACAAAACTTGTTAAGTCAATATCTACTTCTTGTGTTACTTAATTCTTATTTAAAGGAGACCAAGAGTATTATCTGTGTTTAAAGTGGTGGATTTAGTTATCTACATATCGACAGGTATTAAATTATAATATATTTTAAAGATACGTTTGTTATTGTGATCTCCATATAATTCTGTTGTATTGTACAGCTAAACAGAAGCACCAACACAAAACACTGTACAGGTAGACGAGAGAAAATAGATAATACAATTGATTTGTTCATTCATCTTTTTTATATTTCAATAAATGGATGCTTTTATAATTGAA






Alignments
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Reference ( family-4790 )     :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTTATCAATTATTCTTACAGGCATTTTNNNATNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTGGTAACTATAGGATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCACTG-CCCTGGGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTT-GGATCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGA-TTTTATA-A-GTGCGTTCAGATACATGTAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTTCTGAGGATTTTATAAGTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATGCTTTTAAGATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAAGA-TTTTATA-A-GTGCA--CAGATACATGTAGGCTTAATGCTTTTAAGATCAAGCATAGTTTTCTGAGGATTTTATAAGTG
gi|10                         :        tTTTGGTAACTTTTGGTAACCTTCTCTTTATCAATTTCTCTTACAGGCATTTTNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTTGGTAACTACAGGATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATATTATGTT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--GCTGCAGCTGCACTG-CCCTGGGGCAAATATT---TGTGATTTATGACTGTTT-GGATCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAACTTTTGATTGC------ACATG------TAGGCTTAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GGGGA-TTagttcagaagaaaataatgaggcatttctggtttttaacattcattaacgaatttcttctattgtcccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttactgaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaagtggtggatttaattatctacatgtcgacaggtattaaattataatatttttaaagatattttgttattgtgatctccatataattctgttgtactgtacagtttaccagaagcaccaacacaaaaaaacactgtacaggtagatgagagaaaatagataatacaattgaattgttcattcaccttttttatatttcaatatatggatgctttaaa
gi|11                         :         TTTGGTAACTTCTGGTAACTAACTGTTTATCAATTATTCTTACAGGTATGTTNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTAACTATAGGATTATTTAGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------ACTC--TCTGCAGCTGTACTG-CCCTGAGGCAAATGTT---TGTGATAGATGACTGTTTAAGACCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGGTTTTGATTGCACAGATACATG------CAGGCTAAA
gi|12                         :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTTATCAATTATTCTTACAGGCATTTTNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTAACTATAGGATTATTTAGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCGTATGTT--ATATTGATCTTCATCAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCACTG-CTATGAGGCAAATGTT---TGTGATTGATGGCTGTTG-AAGACAA-TTATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCGCAGATACATG------TAGGC
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gi|15                         :                                                                                                                                                  TATCCTATCCCTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTCTGTA--ATATTGCCCTTCATTAGTACAGGATTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCACTG-CCCAGGGGCAAAAGTT---TGTGATTTATGAC----T-GGGTCAA-TAATTTAAACAGCCAATCAAAACTAAGCTTCAGACTGCACATATACATATTGC--TAGGCTGATTTGTTTTAATATCAAACAGAGTTTT------CTAAATGAAGTTTCAGAGGA-TTTTATA-caattgtaatgagcttagaaatatttaatga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCACAGATTCATG------TAGGCTAAATGCTTTCAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGA-TTTTTTA-C-GTGAGTTCAGA
gi|17                         :                                                                                                                                              aagGTACCCTGTCCTTCAT--GAGCACAGGAAGTTATTACATAATCaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tTGCACAGATACATG------TAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGA-TTTTATAGA-GTGAGTTCAGAat
gi|3                          : tttataagTTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTTATCAATTTCTCTTACAGGC-TTTTTNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTGGTAACAACAACATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----GGCTCTCTATATGGCTC--TCTGCAGTTGCACTG-CCCTGGGGCAAATGTT---TGTGATTTATGACTGTTT-GGATCAA-TAATTTAAACAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------TT-------------GAGGA-TTTTATA-A-GTGAA--CAGATACATGTAGGCTTAATGCTTTTAAGATCAAGCATAGTTTTCTGAAGATTTTATAAGTGaaaaaataatcagacatttctggtttttaacattcattaaggaatttcttctatagttccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaagtggtggatttagtaatcttcatgtcggcaagtattaaattataatatttttaaagatatttttgttattgtgatctccatataattattttgtgctgtacagctaaacagaagcaccaacacaaaacactgtacaggtagacgagagaaaatagataatacaattgatttgttcattcatcttttttatattctaatagatggatgcttttaaataattgaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTGATTGCACAGATACATG------AAGGCTAAATGCTTTTAAAATTAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGA-TTTTATA-A-ATGAGTTCAGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAGTTTT------CT-------------GAGGATTTTTATA-A-GTGAGTTCAGAaaataataatcagacatttctggtttttaacattcattaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcatatttaaaggagagtattttctgttttttaaagtggtagatttagtggatttagatctacatgtcgacaggtattaaattataagatttttaaagatatttttgttattgtgatcttcatataaatctgttgtgctgtacaacttaacagaagcaccaatacagaacactgtacaggtaaacgagagaaaacaaatattacaattgatttgttcattgaatttcatctttttatattttaatagatgcatgcttttacattattgaata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TACACAGGTACATG------TAGGGTAAATGCTTTTAAAATCCAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGA-TTTTATA-GCGTGAGTTCAAAaaaaaaataatcagacatttctggtttttaacatcattaaggaatttcttctattgttccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtataatctgtgttcaaagtgtaggatttagttatctatatgtcgacaggtattaaattataatagtttttaagatttttttgttattgtgatctccatataattctgttgtgctgtacagcttaacagaagcacaacacaaaacactgtacaggtagacgagagaaaatagatagtatataaaatagttgttcattcatcttttttatattttaatagatggatgcttttaaataattgaa
gi|7                          :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTTATCAATTTCTCTTACAGGCATNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--------TTGGTAACTACAGAATTATTTGGTATCCTATCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACGTAATCTTATGTT--ATGTTGACTTTCATTAGCACAAGAGTGTGCTATA--T-----T------------ACTC--TCTGCAGCTGCACCG-TTCTCGTGCAAATGTT---TGTGATTGCTGACTGTTT-GGATCAA-TAATTTTAATAGCCAATCAATATTAAACTTTTGATTGCACAGATACATG------AAGGCTAAATGCTTTTAAAATTAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGA-TTTTATA-A-ATGAGTTCAGAaaaaaataatcagacatttctggtttttaacattcattaaggaatttcttgtatagttcctaactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaaatggtggatttagttatctacgtgtcgacgggtattaacttataatatttttaaagatatttttgttattgtgatctccatataattcttttgtactgtacagctaaacagaagcagataatacaattgatttgttcattcatcttttttatattttaatagatggatgcttttaaataatt
gi|8                          :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTTCTTATCAATTATTCTTACAGGCATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTTTTGGATACTATATGATTATTTGATATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATATT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAATGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGGAGTTGCACTGAAGCTGAGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTA-AGATCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATATACTACTAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTGTT------CT-------------GAGGa
gi|9                          :          TTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTAATCAGTTATTCTTACAGGCATTTTNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTAACTATAGGATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCATTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCATTG-CCCTGAGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTTAAGACCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGTTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAAGA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TACACAGGTACATG------TAGGGTAAATGCTTTTAAAATCCAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGATTTT-AT-A-----GCGTGAGTTCAAAaaaaaaataatcagacatttctggtttttaacatcattaaggaatttcttctattgttccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtataatctgtgttcaaagtgtaggatttagttatctatatgtcgacaggtattaaattataatagtttttaagatttttttgttattgtgatctccatataattctgttgtgctgtacagcttaacagaagcacaacacaaaacactgtacaggtagacgagagaaaatagatagtatataaaatagttgttcattcatcttttttatattttaatagatggatgcttttaaataattgaa
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gi|8                          :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTTCTTATCAATTATTCTTACAGGCATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTTTTGGATACTATATGATTATTTGATATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATATT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAATGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGGAGTTGCACTGAAGCTGAGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTA-AGATCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATATACTACTAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTGTT------CT-------------GAGGa
gi|9                          :          TTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTAATCAGTTATTCTTACAGGCATTTT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTAACTATAGGATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCATTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCATTG-CCCTGAGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTTAAGACCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGTTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAAGA
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Unaligned ( gi|13 ): TTCCTTACTTTCATTGTGGACAAAACTTGTTAAGTCAATATCTACTTCTTGTGTTACTTAATTCTTATTTAAAGGAGACCAAGAGTATTATCTGTGTTTAAAGTGGTGGATTTAGTTATCTACATATCGACAGGTATTAAATTATAATATATTTTAAAGATACGTTTGTTATTGTGATCTCCATATAATTCTGTTGTATTGTACAGCTAAACAGAAGCACCAACACAAAACACTGTACAGGTAGACGAGAGAAAATAGATAATACAATTGATTTGTTCATTCATCTTTTTTATATTTCAATAAATGGATGCTTTTATAATTGAA






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Reference ( family-4790 )     :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTTATCAATTNCTCTTACAGGCATTTT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTGNTTTTGGTAACTACAGGATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCACTG-CCCTGGGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTT-GGATCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGATTTT-AT-A-----A-GTGAGTTCAGATACATGTAGGCTTAATGCTTTTAAGATCAAGCATAGTTTTCTGAGGATTTTATAAGTG
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gi|11                         :         TTTGGTAACTTCTGGTAACTAACTGTTTATCAATTATTCTTACAGGTATGTT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTAACTATAGGATTATTTAGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------ACTC--TCTGCAGCTGTACTG-CCCTGAGGCAAATGTT---TGTGATAGATGACTGTTTAAGACCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGGTTTTGATTGCACAGATACATG------CAGGCTAAA
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gi|17                         :                                                                                                                                              aagGTACCCTGTCCTTCAT--GAGCACAGGAAGTTATTACATAATCaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tTGCACAGATACATG------TAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGATTTT-AT-AG----A-GTGAGTTCAGAat
gi|3                          : tttataagTTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTTATCAATTTCTCTTACAGGC-TTTT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTGGTAACAACAACATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----GGCTCTCTATATGGCTC--TCTGCAGTTGCACTG-CCCTGGGGCAAATGTT---TGTGATTTATGACTGTTT-GGATCAA-TAATTTAAACAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------TT-------------GAGGATTTT-AT-A-----A-GTGAA--CAGATACATGTAGGCTTAATGCTTTTAAGATCAAGCATAGTTTTCTGAAGATTTTATAAGTGaaaaaataatcagacatttctggtttttaacattcattaaggaatttcttctatagttccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaagtggtggatttagtaatcttcatgtcggcaagtattaaattataatatttttaaagatatttttgttattgtgatctccatataattattttgtgctgtacagctaaacagaagcaccaacacaaaacactgtacaggtagacgagagaaaatagataatacaattgatttgttcattcatcttttttatattctaatagatggatgcttttaaataattgaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTGATTGCACAGATACATG------AAGGCTAAATGCTTTTAAAATTAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGATTTT-AT-A-----A-ATGAGTTCAGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAGTTTT------CT-------------GAGGATTTTTAT-A-----A-GTGAGTTCAGAaaataataatcagacatttctggtttttaacattcattaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcatatttaaaggagagtattttctgttttttaaagtggtagatttagtggatttagatctacatgtcgacaggtattaaattataagatttttaaagatatttttgttattgtgatcttcatataaatctgttgtgctgtacaacttaacagaagcaccaatacagaacactgtacaggtaaacgagagaaaacaaatattacaattgatttgttcattgaatttcatctttttatattttaatagatgcatgcttttacattattgaata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TACACAGGTACATG------TAGGGTAAATGCTTTTAAAATCCAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGATTTT-AT-A-----GCGTGAGTTCAAAaaaaaaataatcagacatttctggtttttaacatcattaaggaatttcttctattgttccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtataatctgtgttcaaagtgtaggatttagttatctatatgtcgacaggtattaaattataatagtttttaagatttttttgttattgtgatctccatataattctgttgtgctgtacagcttaacagaagcacaacacaaaacactgtacaggtagacgagagaaaatagatagtatataaaatagttgttcattcatcttttttatattttaatagatggatgcttttaaataattgaa
gi|7                          :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTTATCAATTTCTCTTACAGGCATNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--------TTGGTAACTACAGAATTATTTGGTATCCTATCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACGTAATCTTATGTT--ATGTTGACTTTCATTAGCACAAGAGTGTGCTATA--T-----T------------ACTC--TCTGCAGCTGCACCG-TTCTCGTGCAAATGTT---TGTGATTGCTGACTGTTT-GGATCAA-TAATTTTAATAGCCAATCAATATTAAACTTTTGATTGCACAGATACATG------AAGGCTAAATGCTTTTAAAATTAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGATTTT-AT-A-----A-ATGAGTTCAGAaaaaaataatcagacatttctggtttttaacattcattaaggaatttcttgtatagttcctaactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtattatctgtgtttaaaatggtggatttagttatctacgtgtcgacgggtattaacttataatatttttaaagatatttttgttattgtgatctccatataattcttttgtactgtacagctaaacagaagcagataatacaattgatttgttcattcatcttttttatattttaatagatggatgcttttaaataatt
gi|8                          :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTTCTTATCAATTATTCTTACAGGCATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTTTTGGATACTATATGATTATTTGATATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATATT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAATGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGGAGTTGCACTGAAGCTGAGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTA-AGATCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATATACTACTAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTGTT------CT-------------GAGGa
gi|9                          :          TTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTAATCAGTTATTCTTACAGGCATTTT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTAACTATAGGATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCATTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCATTG-CCCTGAGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTTAAGACCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGTTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAAGA


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blockSeqs                     :                                            A                NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                                              .                                 .                                   .  ACGAAG                .                .                .         G          AA      .                                                 TTGC                                    .       GA                    .  . G     .     T          .
blockSeqs                     :                                            T                NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                                              .                                 .                                   .  G                     .                .                .         T          A       .                                                 .                                       .       .                     .  . .     .     T           
blockSeqs                     :                                            T                TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                                              .                                 .                                   .  G                     .                .                .         T          G       .                                                 .                                       .       .                     .  . .     .     T           
blockSeqs                     :                                            A                NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                                              .                                 .                                   .  G                     .                .                .         T          G       .                                                 .                                       .       .                     .  . .     .     T           
blockSeqs                     :                                            A                NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA                                                    .                                 .                                   .  T                     .                .                .         G          G       .                                                 .                                       .       .                     .  . .     .     T           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                 .                                 .                                   .  G                     .                .                .         G          A       .                                                 .                                       .       .                     .  . .     .     T           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                 .                                 .                                   .  G                     .                .                .         G          .       .                                                 .                                       .       .                     .  . .     .     .           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                 .                                                                                                                                                                                                               .                                       .       .                     .  . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                       .       .                                                  
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finalCons                     :         TTTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTTATCAATTNCTCTTACAGGCATTTT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTGNTTTTGGTAACTACAGGATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCCTTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCACTG-CCCTGGGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTT-GGATCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGCTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGATTTT-AT-A-----A-GTGAGTTCAGATACATGTAGGCTTAATGCTTTTAAGATCAAGCATAGTTTTCTGAGGATTTTATAAGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTCCTTACTTTCATTGTGGACAAAACTTGTTAAGTCAATATCTACTTCTTGTGTTACTTAATTCTTATTTAAAGGAGACCAAGAGTATTATCTGTGTTTAAAGTGGTGGATTTAGTTATCTACATATCGACAGGTATTAAATTATAATATATTTTAAAGATACGTTTGTTATTGTGATCTCCATATAATTCTGTTGTATTGTACAGCTAAACAGAAGCACCAACACAAAACACTGTACAGGTAGACGAGAGAAAATAGATAATACAATTGATTTGTTCATTCATCTTTTTTATATTTCAATAAATGGATGCTTTTATAATTGAA






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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TACACAGGTACATG------TAGGGTAAATGCTTTTAAAATCCAGCATAGTTTT------CT-------------GAGGATTTT-AT-A-----GCGTGAGTTCAAAaaaaaaataatcagacatttctggtttttaacatcattaaggaatttcttctattgttccttactttcattgtggacaaaactggttaagtccatatctacttcttgtgttacttaattcttatttaaaggagagtataatctgtgttcaaagtgtaggatttagttatctatatgtcgacaggtattaaattataatagtttttaagatttttttgttattgtgatctccatataattctgttgtgctgtacagcttaacagaagcacaacacaaaacactgtacaggtagacgagagaaaatagatagtatataaaatagttgttcattcatcttttttatattttaatagatggatgcttttaaataattgaa
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gi|9                          :          TTGGTAACTTTTGGTAACTAACTGTTAATCAGTTATTCTTACAGGCATTTT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTAACTATAGGATTATTTGGTATCCTGTCCTTAAT--AAGCACAGGAAGTTATTACATAATCTTATGTT--ATATTGCCATTCATTAGCACAAGAGTGTGATATA--T-----G------------GCTC--TCTGCAGCTGCATTG-CCCTGAGGCAAATGTT---TGTGATTGATGACTGTTTAAGACCAA-TAATTTAAATAGCCAATCAAAATTAAGCTTTTGATTGCACAGATACATG------TAGGTTAAATGCTTTTAAAATCAAGCATAGTTTT------CT-------------GAAGA
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