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gi|6 : tactaagataattctcactgttaagttacagttaaaac----AAA--A--CAGC---TTA-GAAA-CATTC--TATTGCA-AT---TCTGTCCGGGTT--G------GCCTAAAATAACCGTA
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gi|7 : aaactagttatatattgacccgttaaaataggtggttagggtaactctacatgcttaaacggcagattgttaA---TACA-----TTGAGG----TTCCAAATA-C-TCTAA----------AATGTATTATT--ATTG-TGATAAGA-AACATATTGTT-------ACAAC------ATATGCATAATAAATTAT-------AACAGTATTAGGGATAAAACAGTGTTCAAT-ATACAAC---TAGTGT-------CATT--GAT-G-AC---------CTTT-------AAA---AAGCTTAA-CATTTATCAGTT-AGGT-GGTAT-GTTTGAACTAA--TAAAAATTAG-CTT-T-CTTAT--TGTTCAATTGCGTTAAACT----------TT-----T-------G--------A-----T-----T-------GATATGTTTTCCTGCAATA--------T------ATG---TA---A--ATA-AA-TG-----G-----AA---AAGTTTAGATTATTA-TGTTCCAATCTTGTCTAATT-AAATC---TAATAT-----A---AT--AATAGTT--TGACTCGTTAAAAT--AGG--------------------TAGGTGGG----GGTAATTTC-ACATACTC-AAAAGACA-CAATT------------TTAAT--------------------AATCTAGAATA-TGTTATTTTT--CTGATAA-AAAA-T--ACC-TTA---CAAT-----------------TGTT---TCACAGGACAT--AACATTATTTGAGGTAAAA-AGT---TTATGCACAACTAGT-TTAGTCG--GACC--TTTTCT---A-A------GC-T-TAAA-CA-T-TTTTCA----GTTAGGTGGTGTGTTTGAACTA----TTAAA-A-AT---A---AGTTTT-CCCATCGTTCGATTGTGGTTAAC----TTTT-G--A--T--A------TGATT-----TG---CA---G-CATTTTATGATAATACA-AA---AA-CA---G--C----------T---AA--G---AGA------CATTCTG-TT-CAA-T-T----------Tctgtccgggttggcctaaaataaccgta
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gi|11 : tgctttttaggcttggtagggtaatcttacatgcccaaattacacaattttagtatataatgacttctaataaccgcaataatttgtttaattggtaaacaaattgatcagcattccagatatcacgaaaaaatgtacaataataaattgttcacttgtgtcagtaatggcctaatcagagaataaacatttttcaaattggcaatgggttggtactaaatcaaagttttctcttcgttttatttctttattgtttatattgtttccaaaaagacttgtgaataagacaaatcaccatactagaatcattattgcaataaagtaggtgggtggagtaatttcacatgttacaacggcatatttgaaatacattaaggactcacataatctaaactgtgtttttttttgataataagaaacacattgttacagcatcgtagaaaatgaaagtctTGAATGATACA-C---TTGTGT-------CAGC--GAT-GGTCTTT-------TCA-------CAG---AA--TAAA-CATTTTTCTAA---GGT-------GTTTGCATTAA--AACA-A--AG-CTT-CTCGT-T---GTTTGATAGCTGTAATCT----------TT-----T-------GATATGTTTT-----T-----C-------AA-C-----------AATACA------T------GTA---AAT--A--A-A-AA-TA-----A-----CAGTTTA---AA-AACATTA-TGTTGCAATTCTATCCTATTT-GAT----TTAAAT-----A---AT--CAT-ATT--T-AGTCGTA-AAAT--atga
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lowQualScore : 5 0 0 5 000 55 555 5 5 0 55 5 555 0 5555555555 00 0 5 0 0 0 0 0 0 00 0 5 0 5 5 55 5 5 0 0 5 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 00000 0 0 7 0 0 3 0 000 0 55 00000000000000000000 00000000000000000000000000000000000 0 0 77777777777777777777777777777 33333333 7 777 3 0 7 0 3333333333 3 0 7 7 22222 0 0 5 0 0 5555 00 5 000 0 0 55555555 0 00 0 0 0 5 0 8888888888 7777777 0 0 0000 8888 00 0 0 0000 444444444444444444444 0 0 0 0 0 00000000 6 0 0 0 222 88 22222222222222222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888 777 7 77777 2 22 22 8888888888888 555 7 888888 3 7 8 4444444 2222 5555555555555555555555 0 22 44 8 7 5555 7 0 0 666666666666666666666666666666 99 444444 9 000 7777777 0000 7 0 0 33 4 7 000 3333333 00 8888888888888888888888888888888888888888888888 7 4 4 6 0 2 99 7 0 444444 4 9 0 66 99 1 4 0 7 4 99 99 1 7 7 4 33 9 999 3 7 0 666666666 4 6666 66666666666666666666666666666666 1 9 666 888 8888 66 666 7 777777 666666666666666666666666 99 000 0 7 7 33 1 7 7 0 00 0 7 7 2222222222222 1111 0 888 0 666 1 444444444444 777 1 4 1 0 44 3 9 66 00 9 4 1 9 4 8 11 222 0 9 3 66 4 2 0 0 6666 0 0 0 2222 0 4444444 9999999 4 5 0 0 4 0 99 6
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Reference ( family-4776 ) : ATGCAGCGTTT-TTTAATATACTCTCTAAACATTTAGGAACATTTAATAAAGAAGACGACAATCGACA--GGGGATACAGCTATTTTCATATAATTGACAGCTG--TTGAGCCGTCTTTGAT-TGTAGG----------TGAAAACACAAACTTGCTGGTGTTAGTGTGCTTAGTACTACGCTTACAAAGCTGCAGTTATTGCTTGAAGTCAGAGTCGACACATACCATGAATAAAAAAAATAAAATCGGACCTTATTTTCACCAGAAAACACACTTTGACATGATATATGCCAGACTTTATGTTAAGCTGAAGTTGTATTAAATCAATGAATCTTTGGAATAAATGGTTGCTTGTCGGGCTGGAAATATGATTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAGTGTAAAGTATGTCGGCCCAGAAACAATNNNANCAATTNCANCAGAATCAGTTGCAGCNAAGCGNCAACGCCAGAGAGTGTACTT-GAGGTTCAGAATTAAA---AAAAAT--ATATCAAACT----------AGAGGAA---TAGGATTAGCTGGGAAGCCTAGAATGAAAAGTTATTGTGTAGTTCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTCTAATAGAATATATTGCTATATAAGGACACGGTGTACATGTGTGT--------------------AATTTC-ACGTGCT-C-AAA-TGCANATTTTTAATACATTAA---------NGTTCGAAATANTCTAAACGTGTTATTTTANTGATAAGA-AACGTNTTGCTACGANATACGTATNTTGAAAAATAACGTTGTATGGCGTAAAAC--ACGTGAATTTATACACAACTAGTGTCAGTGATGACCTTTTCAAAGAA----CAC---TTAACAGTTANG-GG-TAATTAAGTCCGAACTAAAACTTANA---GTAACNTTCGATATNTTTTGA----AGCAA---TACGNTATAAAA--ACAGCTTA-GAAAC-ACGTGTTGCANTTTTGTCCNGGTTNAC--------CTAAAATAACCGTAGATCTGCTTGTTAGNATTGGGCGG----G-----AT--------------AATTTCACA----T-----------G----------GC------------------TA---TACA-----TTGGCTTCNT--AATAACNTCTAA-------AATTNGTTATTTTATTGATAAACA-AATT------ATAAGTATGGANCATAAACTA-TT-CAGGTAACACGAAAAGGTGTAAAATAATAAATTGTACACTTGTG----TCAGT----GAT-GNC---T-TTCTCGGANAATAAAC--ATTTTTCAAATAGGTGGTNGGTTGGAACTAAAACAAAAGC-TTC-CNTTTGTTTNATTGCTGTATT--------T-------G------T-TT---AGA--AATACT------TATG---AA----A--AA-AA-CA-GCNTAGAANCATTATGTTGCAATTTTGTCCAAT----TTAANCTAAAAT-----AAT-----AA-TT---TANT-A--AAT-ACGC-ACGT----AA-A-TAGGTGGGTGGGGTAATTTCACATGCTCAAACGGCACATTTTCAATACATTAAGGTTCCAAATAATCTAAAATGTGTTATTTTT--GTGATAAGAAA-CNTATTGTTACAACA------TATGTATCANAGGAA--ATAACAGTATTAGGNG-TAAAACAGTGAATT--ATACACAACTAGTGTCAGTGATGACC--TTTTCAAAGCTTAACAT-TTTTCAGTTAGGTGGTGTGTTTGAACTA-TTANAAA-AAGCTTTCCTATTGTTCGATTGCGGTAAAC----TTTT-G------A--T--G-----TTTT--T--N--CAATACATGTNAATAAA---AA---GA---GTTTAGAAACATTCTGTTGCAA-T-TT-ATCTAATNT----AAA-C-----TA-------AT-T----ATAG--ATT---GACNCG-TT-AAA-TAAATGGGT-GG-GGTAATTTCACNTGCTCAAACGGCAC-ATTTTCAATAC-ATTTAAGNT-T-CAAATAATCTAAAATATGTTATTTT-T--TG-AT---AA-AAAT-NCTTATAGTTGT-A-----AATC--TGTATCA-CAGGAAATAACATTNTTAGGTGTAAAAC-GTT-AA-TTATGCACAACTAGTGTCAGT-GATGACC--TTTTCAAAGCTTAAACA-TTTTTCAGTTAGGTGGTGTGTTTGAACTAGT-AAA--A-TAAGCTTTCCCATCGTTCGATTGCGG-T-AA----CTTT-TGATATG-TTTTGCAGCAATACATG--TAAA-TA------NAAA-------AACAGCTTAGAAACAT-TNTGTTGCAATTTTGTCCGGNT--TGACCTAAAATAACCGTAGAT
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gi|11 : gagtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacgctactgcgacacattgatattttatggaaaACTTGTGTCAGC-GATGGTC--TTTTCACAGAATAAACA-TTTTTC---TAAG----GTGTTTGCATTA---AAA--C-AAAGCTT-CTCGTTGTTTGATAGCTG-T-AAT---CTTT-TGATATG-TTTTTCAACAATACATG--TAAA-TA------AAAAT------AACAGTTTAAAAACAT-TATGTTGCAATTCTATCCTATT--TGATTT-AAATAATCATA
gi|11 : tgaatgatacAATGAACAAAAATGTGTTATTTT-T--CG-AT---AA-AACA-GCGTATA------------AAT-----------------ATAACGTTATTAGAACCAAAAG-GTA-AA-TTATACACA----GTG---AT-GCTGGTA--TTT----------AATA-TTTTTAAATTTGGTAATATGTTTGAAATAGT-AAA--AGTAAGCTtttagtcgtaaaatcagatgaggagtgtaatgaacaaaaatgtgttatttttcgataaaacagcgtataaatataacgttattagaaccaaaaggtaaattatacacagtgatgctggtatttaatatttttaaatttggtaatatgtttgaaatagtaaaagtaagct
gi|12 : tgaatgatacacttgtgtcagcgatggtcttttcacagaataaacatttttctaaggtgtttgcattaaaacaaagcttctcgttgtttgatagctgtaatcttttgatatgtttttcaacaatacatgtaaataaaaataacagtttaaaaacattatgttgcaattctatcctatttgatttaaataatcatatttagtcgtaaaatcagatgaggagtgtA-TG-CAGGTAAAATGAACAGGTGTAAAATAATAAAGTGAGCTCTTGTG----TCAGT----TACGGTC---T-TTC-CAAATAATAAACTTTTTTTTCAAATA-------GGTTGGAATTAAAATCAAAAC-TTC-CCCTTGTTTTA-TGTTTTATT--------T-------G------TATTGC-AGA--AATACT------TGAA---AA----ATCAA-AATCA-GCATAGAATCATTATGTTGCAAT
gi|12 : TATGTT-TTAT-T--TGTATTGCAG-AAAT-ACTTGAA------A-----AATC--AAAATCAGCATAGAAT--CATTAT--GTTGCAA-----TG-AA-TTATACACAACTAGTATCAGT-GATGACCTTTTTTTAAAGCTT-AACA-T-------TTAGGTAGTATGTTTGATATAATAAAA--A-TAAACCATCCAATTGTTCGATTGTGG-T-AAACCTTTTT-TTATATG-TTTTGCAGCAATACATG--CCAA-TA------AAAA-------GAgaattatacacaactagtatcagtgatgacctttttttaaagcttaacatttaggtagtatgtttgatataataaaaataaaccatccaattgttcgattgtggtaaacctttttttatatgttttgcagcaatacatgccaataaaaaga
gi|12 : atgcaggtaaaatgaacaggtgtaaaataataaagtgagctcttgtgtcagttacggtctttccaaataataaacttttttttcaaataggttggaattaaaatcaaaacttccccttgtttCAATGAATT--ATACACAACTAGTATCAGTGATGACCTTTTTTTAAAGCTTAACAT--------TTAGGTAGTATGTTTGATATA-ATAAAAATAAACCATCCAATTGTTCGATTGTGGTAAACCTTTTTTT-AT-----A--T--G-----TTTT--GCAG--CAATACATGCCAATAAA---AA---GA---
gi|13 : atgcaggtaaaatgaacaggtgtaaaataataaagtgagctcttgtgtcagttacggtctttccaaataataaacttttttttcaaataggttggaattaaaatcaaaacttccccttgttttatgttttatttgtattgcagaaatacttgaaaaatcaaaatcagcatagaatcattatgttgTGA----AGCAA---TACG-----ACA--GCAACTTA-GAAAT-GTGTGTTGCATTTTTGTCCCGGTTTAC--------GAAAAATAATCATTGATCTGCTTGTTAAT-TTGGTCGG----AGGTTTAT--------------TATCTCAAA----TATATTATATTAA----------G-------------------TA---TATA-----TTGG-TTCTTTAAATAATCTC----------AATATGTTATTCTATTGATGAACATGATTCTATTCATAAGTATGGA
gi|14 : tactaagataattctcactgttaagttacagttaaaacGGAACTAAA-CAAA--CATGC-CCTTTGTTTTATTGCTGTATT--------TTTTATATG------T-TTTGAAGA--AATACT------TCTG---AATATGA--AA-AATCA-GCGTAGAAGCATTATATTGCAATTGTGTCCGCTTTAATTAACCTAAAAT-----AA----------T---TGCA-G--AATGACGT-ATACAATAAA-A-TAGGTGGATGGGATTATTTTACATGCTC-AACGGCACCTTTTCAATACATCAAGATTTC
gi|15 : -TTTTTCAGTTAGGTGGTGTGTTTGAACTAGTAAAA--A-TAAGCTTTGAAATCGTCCGATTGTGG-C-AA----ATTTGTGACATG-TTTTGCAGCAATAT-------AA-TA------AAAATTATGTCAATA---CAAAATCAC-TCTGTTGTAA-TTTGACCAGGT--TCACCTAAAATAACGGTAG
gi|16 : --TGTATCA-GTGAAAATAACATAATTAGATTCAA--C-GT--AG-CGA--CACAACTAGTGTCAAA-GATGAAC--TTTTCAAAGCTAAAACA-TTTTTCAGTT
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Reference ( family-4776 ) : ATGCGGCNTTTGTTTAATATACTCTCTAAACNTTTAGGAACATTTAATAAANAAGACGACAATCGACNTTGGNGATACAGNTATTTTCATANAACCGACAGCTGAACTGANCCGTCTTTGATATGTAGGCCTTCAGTGATGAAAACACNNACTTGCTGGTGTTAGTGTGCTNGGTACTACGCTTNCAAAGCTGCAGTTACTGCNTGAAGTCAGNGNCGACACANACCATGAANAANNAAANCAAAATCGGACNTTNTTCCCACCAGAAAACACACTTTGACATGATATATGCNAGANTTTATGTTAAGNTNAAGTTGTACTANATCAACGAACCTTTGGGANAAATGNCTGCCNGTCGGGCTGGNAATATGATNGAATTATATAGCACTATAAAATTACCACATTTTGGTGCCATTTTAAAAATTGTTCCTTCAAGTGTAAAGTATGTCGGCCCAGAAACAATTC-A-CAATTCCACCAAAATCAGTCGCAGCAAAGCGNCAACGCCAGAGAGTGTACTT-GAGGTTCAGAANTGAATGGAAANATTTATATCGAACTTATCACTTTTANANNAACTATGGGATTAGCTGGGAAGCCTAGAATGGAAAGTTATTGTGTAGTTCAGTTTTAATGACAAGATTTCAAGCGATATAGACAAACACNTTCTGATAGAANATATTGCTATATAAGGACACGGTGTACATGTGTGT--------------------AATTCC-ANATGTTCCAAATGCAAATNTTTAGTACATTAA---------GGTTCGAAATATTCTAAACGCGTNAT--TTTATTGA-AGGATAAT-----GTTTTGCTATG----AAANNNATANTTTNGAAAGTNGGGCTGTATGGTGTGAAACAAATGTTNATTNATGTACAACTAATGTCNGTGATGACTTNTTGAAAG---AACGNTCATTTAACAGTTA--A-GATAATTAAGTCCGAACTAAAACTTANA-TAA-CGT-TCGNTGTNT------TATGACAGC--AA-ACTT-----ATGN--T------ACGA-AA-----CAACT------------TA-GAAACA-CGTGTTGCATTTTCGTC--CTGGTT-------T-ACCTAAAATAATCATAGATCTGCTT-GTTAGNAT---TGGGCGG----G-----AT--------------AATTTCACATG----------GC--------------TT--------T--A-TATAT--T--GGTTCCT--AATAACNTC-AAATNAGTTATTTTATTGATAAACA-AATT------ATNAGTATGGAGCATAAACTATT-CAGGTAACACGAAAAGGTGTAAAATAATAAATTGTACACTTGTG----TCAGT----AAT-GTC--T-TACTCGGANAATAAAC--ATTTTTCAAATAGGTAATNGGTTGGAACTAAAACAAAANCTTC-CCTTTGTTTTATTGCTGTATT-TTT-----GT----TTTGCAGAAATACT------TGTGAA----A--AAAA-CA-GCATAGAANCATTATGTTGCAATTATGTCCGCT----TTAANCTAAAAT-----AAT-----AA-TT---TACTC-AAT-ACGC-ATAT----AA-A-TAGGTGGATGGGGTAATTTCACATGCTCAAACGGCACATTTTCAATACATTAAGGTTCCAAATAATCTAAAATGTGTTATTTTT--GTGAT-AAGAAACGTATTGTTACAACATA------TGCATCATAGAAAATAACAGTATTAGGTGTAAAACAGTGAACTATACACAACTAGTGTCAGTGATGACCTTTTC--AAAGCTTAACAT-TTTTCAATTAGGTGGTATGTTTGAACTAATAAAAATAAGCTTTCCTATTGTTCGATTGCGGTAAAC----TTTT-G------A--T---GT---TT--T-C--G--CAATATATG--------TAAATAAA---AA---GA---GTTTAGAAACATTNTGTTGCAA-T-TT-ATCTAATTT----AAA-C-----TA-------GT-T----ATAG--ATT---GACNCGTTAAAATAGGTGGGT-GG-GGTAATTTCACATGCTCAAACGGCAC-ATTTTCAATACA-NTANGA-T-T-CAAATAATCTAAAATGTGTT-ATTT-T-T--TGAT-AA-AAAT-NCTTATAGTTGT-A-----AAT--CTGTATCA-CAGGAAATAACATTATTAGANGCAA---AAC-GTT-AA-TTATACACAACTAGTGTCAGT-GATGACC--TTTTCAAAGCTTAAACA-TTTTTCAGTTAGGTGGTGTGTTTGAACTAGT-AAA--A-TAAGCTTTCCCATCGTCCGATTGCGGTAAAC---TTTTGATATG-TTTTGCAGCAATATATG--TAAA-TAA------AAA-------AACAGCTTAGAAACAT-TCTGTTGCAATTTTGTCCGGGT--TGACCTAAAATAACCGTAGAT
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