lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1     11              3                                       111                 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444      1     11111   11  2222               22222        1           11        77777777777777777777             333333333333333         11   22   111                                                                                        2222222222         1                                   1     1            22222              33333333333333                         11111111          1111               1111        1                                      1   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                5     22   6       3  0     8          7     77        3    0 000    66       99  4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444   7  3  77 55555   00  2222  8 2   3      55555     55 4  1        88     1  88888888888888888888  7    6     000000000000000   4     66   22   000   77  77 66  3  5 2             1               1    2    0    1                66 44  1111111111      4  0  0      55 4                      2     7   4  55    22222   4  4   5   00000000000000 0          4 4          55555555 3   666  2222 3 999999   3  4444 11     3    5                           4 4   3   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .     ..   .       .  .     .          .     ..        .    . ...    ..       ..  ....................................................................................................................................................................................................   .  .  .. .....   ..  ....  . .   .      .....     .. .  .        ..     .  ....................  .    .     ...............   .     ..   ..   ...   ..  .. ..  .  . .             .               .    .    .    .                .. ..  ..........      .  .  .      .. .                      .     .   .  ..    .....   .  .   .   .............. .          . .          ........ .   ...  .... . ......   .  .... ..     .    .                           . .   .   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                0     00   0       2  0     2          8     00        2    8 666    66       22  6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   3  4  99 66666   11  5555  8 1   6      22222     00 6  1        11     9  88888888888888888888  5    7     000000000000000   0     00   66   000   99  99 99  8  0 5             1               1    0    8    1                11 22  4444444444      0  3  8      55 0                      5     5   4  55    66666   0  0   6   55555555555555 3          0 0          77777777 3   000  0000 3 666666   6  8888 99     0    7                           4 4   7   
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTA------------------AT--------------------AA-TTA------AAA------CATTCTTGA-GAA---NCCCA----G-TATA-----A--CAA---G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTA-----A------A-C-TGGAA----T-CTTNTTNGA--ANGATNCAGT-GTTAT-TTACGAAT-CTGAGA--CGGGCGTT--GTTTATCTATATTTCAAGGTAAATAAA--T--AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTNA------CTATCGTAAATGTTAAATAT---AGT--AA--A--GTNAA-AGATTTACATATTTTGTAGCAATGTGCAATTGTTAAATAATAAGCAGACATTACTTTTGATAT--AATTAC--------TACATTA-TTTATAAGTTGA--A-TGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTAT-CTAATAA-TT-TATGATGTATGTT-TATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-C-T------GAG-ACGA--GTGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-C-AGAAACA
Reference ( gi|4 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAGTAGTCAATTGTATATATTCATAATATATT-ACATATTGCCCGGAGATCAAATAGTTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATAGCTA------------------AT--------------------AA-TTA------AAA------CATTCTCGA-GAA---TCCCA----G-TATA-----A--CAA---G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTA-----A------A-C-TGAAA----T-CTTATTAGA--AGGATTCAGC-GTTATATTACGAAT-CTGAGA--CAAGCGTT--GCTTATCTATATTACAAGGTAAAAAAA--A--AATCATT----TTGATTTGAAATT-CTTGTTA------TTATCGTAAACATTATGTAT---AGT--AA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGCAATGTGCAATTGTTAAATAATAAGCAGACATTACTTTTGATAT--AATTAT--------TACATTA-TTCATAAGTTGA--A-TGTGCTTAAATTAAATATCACTGGCTTACTTACGT--TTAT-TTACTAA-TT-TATTATGTTTGTT-TATTGTTATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--C-C-T------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-C-AGACACA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTCAAGTGTATGCATTTACAATATATTCACATACTGCCCGAAGACAAAATAATTGTGTGAGATATTTCCCCTACTACAGAGAATGCTATTGATTAAAACAAATGTGATGAAA----------------AA-TTACAAGTGGAA------CATTCTTGA-GAA---ACCCA----G-TA-------A--CAA---G-GTA-------AAAAA---------ACGCGC--TC------A------G-------ATTAA-----ATATTTTA-C-TGGAACACTT-CTT--TGGA--AAGGT--ATG-GTTAT--TACAAAT-CTGACA--CGAGTTTT--GTTTATCTTTATTTCAAGGTAA------------------------ATGT---ATT------TA------CTATCGTAAATGTTAAATAT---AGT--TT--A--GTTAA-ATATTAACAAATTCAGTAG-----TGCAATTGTTAAATAATCAGCATACATTACTTTTGATAT--ACTCAC--------TACATTA-T----------------GTGCTTAAATAAAATATAACTTGCTTAATTACGTAATTAT-CTAATAA-TTATATGATGAAAGCT-TATTATGAAAGTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T----TAT-TAC--AAG--T-C-T------TAG-ACGA--G
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                         actgttacaagaagtattgaatctaatggcgattattagaaatatatattttggaaataagttaataacgcggatgacaaattgataaagatataaaAGCCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATAGTGCCCGGAGAGCAAATCATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATTGTT------------------------------------------A-TTA------AAA------CATTTGTGATGAAAATTTACAAATGG-TATATTCTTA--TAATTTA-GTAACCTAGTAACAAAGTAAGCAGACGTGC--TCCGAATAA------G------TATATA-----A------A-TGTAACA----C-CTCTTTGGATGAGG---CAGT-GATAT-TTGCAAATACCGAGA--C--GTTTT--G-TTATCTCTATTTCAAGt
gi|3                          : atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTTCCCAGAGACCAAACAATTTTGTGAAATATTTCACCTACTTCAAAGACA-TTA------------------ATTAAAACATTTGTGATGGAAAAA-TTA------CAAGTAGATCGTTCTTGA-GAA---ACCCA----G---TA-----A--CAA---G-G-A-------A---------------------TC------A------G------TTTGTA-----A------A---TGTAA----CACTTCTTTGA--AAAAGGCAGT-GT--TATTGCAAAT----ACA--TAGACGTTTCGTTTATCTttcaagacctactgttatcagaaataccatattaagatttacgt
gi|18                         :                                           ttatatgttacaagaagtattacatctattggcgataattagaaatacatattttgaaaataaggcattgtgtcaaatgtataatttaatttgtaaaatcatgcgtattagcatacagaaatttatcactagtatttatataaatatatgtatagcacaagaatgtagaaacatgattatcgatattattttattgggttgacagggagattgtattgttcacttaaacttaaatgcgatgtcaaagtcacggattattagactagtttatgtgacacaggcgttaagttaataacgcggatgaaaaattgataaacgatataaaTAT-TT-AAATACCGCCCAGAGACCAAATTATTTT-TAA---ATTT--------TCAGATATAGCTG------------------CT--------------------AA-TTA------AAA------TATGTTTGATGAA---
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttgGCCCAGATACCAAATAATTTTGTGAGATAT---A--TAT----GAAATAAATG------------------AT--------------------AAATTA------CAA------CATTCTTAA-TAA---TCCTA----GATACA-----GATCAA---GCATA-------TACAA---------ACACACGTTC------A------G-------ATTTGTATATA------A-T-TTAA-------CTGATGAAA--ATAAATCATT-GGTAT-TTACAGAT-CTAAGA--ACCGTGTT--GTTT--TTATATT-TAAGGTTAATAAA-----------T----TTAATTT-------CTT-TAA------CTAATGTAAATGTTAAATAT---GGTGTAA--A--GCTAA-AGATCTACATATTTT-TATTACT------TT------TGAT--GTA---ATTAC------TAT--AG-TAT------------TTA-TT----AGTTGA--A-TGTGCTTAAATTAAATATCACTTTCTTAATTATGT--TTATCTTA-TAA-TT-TATGATGACTGTT-TATTGTAACATTTATTGAA-TGAATAAA--TGAT--TAT-T-TA----AA--T-T-TTTTTTAGA--ACTACTGTATTGTT--TTTATATTTAAAGTTTAGGACGTACTGTTAT-C-AGAAACAaaattacaagaggaacatttttgaaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aCAAAGATTTCTA------------------TT--------------------AA-TTA------AAA------CATTTTccatctaacagtattgtc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AA------AATTCTTAA-GAA----CCCA-------ATA-----A--CAA---G-GTA-------AACAC---------AAGCTT--TC------AAATTTCG------AATATA-----A------A-C-TGGAA----T-CTGATTTGA--AAAATTCAGT-GTT-TTTTTCGAAA-TTGAGA--AGTGCGTT--taatgaaaagtttcaagtggaaaattcttaagaacccaataacaaggtaaacacaagctttcaaatttcgaatataaactggaatctgatttgaaaaattcagtgtttttttcgaaattgagaagtgcgtttgtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 caaagatttctattaattaaaacatttttaatgaaaagtttcaagtggCCCA----G-T-TA--------CAA---G-GTA-------AACAA---------ACTTGC--TC------A------GGTTTCGTATTTA-----A------ATC-TGGGA----T-CTTGCTTGA--AGGATCCAGT-GT---------------GACA--CGGGCCTT--GAT-ATCTATATTTCAAAATAAAGTAA--TTTAATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAA------CTATCGTAAATGTTAAACAT---AGT--AA--A--GTAAACAGATTTACATATTTTGTAGTAATGTACAATTGTTAAATAATAAGCAGACATTACTTTTGATAT--AACTAC--------CACATTA-TTTATTAGTTGAATA-TGTGCTTAAATTAAGTATCACTTGCTTAAATATGT--TTAT-CTAATTA-TT-TATAGTGTATGTT-TAATATAATATTTATTAAC-T-AATAAAAGTG-----A-AT-TAC--GAA--C-C-T------AAC-ACGG--GCGTTG-TTATCTATAATTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-T-AGAAACAtgtt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ------A------G------TATTTG--------------T-TGTAA----TATTTATT-GA--ATAATAAAACTGTTATTTT-CGAAT-CTGAGA--AAAGTGTT--GTCTATCTATATTTCAAGccatctaaaagttgtgtcac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctaagaagagcgttgttatctatattccgaggtaaattaattgaactattttaatttgaaattacttgttactattgtaaatgataaacagtaaaattaaagatttacatattttgtagcaatgtgcaattgttaaataataagcagacattacttttgatatacttactacattatttataagttgaatgtgcttaaattaaatatcacttgcttaattatgtttctctaatagtttatgacgAGT-GTTATTTT-CGAAT-CTGAGA--AGGGCGTT--GTTTTTATA-ATTG-AAGTTCAAAActcatggcatactgttatacaaaacaccatctaacatta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aattacttgtaactattggaaatgttgaacatagtaaaaatttacacattttgtagcaatgcgcagttgttgaataataagcagccgttactgttgatataattacaacattatttataatttgaatgtgctggaatgaaatatcactcgcttaattatgtttatctcataatttattataatatttagtgaattaataaTACAAAT-CTGAGA--C--GTATT--GTTTATCTCTATTTCAAGGTAAATAAA--TTTAATTATT----TTAATTTGAAATTATTTGTAA------CTATCGTAAATGTTAAATAT---ATT--AA--A--ATTAA-ATATTCACATATTTTGTAGCAATGTACAATTGTTAAATGATAAGCAGACATTACTTTTTGTAT--AATTAC--------TACATTA-TGTTTAAGTTGA--A-TGTGCTTTAATTAAATACCACTTGCTTAATTATGT--TTAT-CTAATAA-TT-TAATATGTATGTT-TATTATAATATTAATTAAA-T-AATAAAAATT-T--TATAT-TAC--GAA--T-C-T------GAG-ACGA--GCGTTGCTTGTCCTTATTTCAAGTTCAGGACCTACTGTTAT-C-AGAAACAcctactgttatcagaacaaaacatctaacagtagtgtcac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACAGAT-CTAAGAACCA--TGTT--GATTTTTTAT-TTA-AAGGTTAATAAA--T----TGATTAAAATTAATTTGAGTTT-CCTATTGAGTATTTTAT--TAGATATTCC-TATTTGAGT--AACTATTGTAAA-AGATTTACGT-TTAT-TAGCAATGTGCAATT--TAA-TAATA------CTTTACTTTTGATAT--A----C--------TATATAA-TTTATAAGTTAA--A-TTAGCTAAACTTGAATATCTCTTGCTTAATAATAT--TTAT-CTAATTA-TT-AATGGTGTTTGTTATA-----ATATTTATTAAA-T-AATCAAAGTA-T--TAT-T-TAT--AAA--C-C-T------AAGAAC----GTGTTGTT--TTTATATGTAAAG-----GACGTACCATTAC-C-AGAAACAccatcaatcaacagttgtgtcac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -CTAAGA--AGAGCGTT--G-TTATCTATATTCCGAGGTAAATTAATTG--AACTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTTA------CTATTGTAAA--TGATAAAC---AGT--AA--A--ATTAA-AGATTTACATATTTTGTAGCAATGTGCAATTGTTAAATAATAAGCAGACATTACTTTTGATAT--ACTTAC--------TACATTA-TTTATAAGTTGA--A-TGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTCT-CTAATAG-TT-TATGACGAGTATT-TGTTGTAATATTTATTGAA-T-AATAAAACTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-C-T------GAG-AAAA--GTGTTGTCTATCTATATTTCAAGCTCATGGCATACTGTTATACAAAACACccatctaacagtatagtca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AATTACTTGTAA------CTATTGGAAATGTTGAACAT---AGT--AA--A--A-------ATTTACACATTTTGTAGCAATGCGCAGTTGTTGAATAATAAGCAGCCGTTACTGTTGATAT--AATTAC--------AACATTA-TTTATAATTTGA--A-TGTGCTGGAATGAAATATCACTCGCTTAATTATGT--TTAT-CTCATAA-TT-TATTATA--------------ATATTTAGTGAATT-AAT-AAAGTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-C-T------GAG-AAGG--GCGTTGTT--TTTATAATTGAAGTTCAAAACCTACTGTTAT-C-AGA-ACAcatctaacatta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --GTAAA-ATATACACATATTTTGTAGCAATGTACAATTGTTAATTGACAAGCAGACATTATTTTTAATAT--AATTAC--------TAAATCA-TTTATCAGTTGA--A-TGTGCTTAAATTAAATATTATTTGCTTTATTATGT--TTTTCTTATCAT-CT-TATGATGTATGTT-TTTTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAGAAGTG-T----TAT-TGC--AAAATT-C-T------GAG-AC----GTTTCGTTGATGTCTATTACAAGTTCAATAACTAATGTTAT-C-AGAaaacatctaacagtagtgtcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gTTTTGTAGCAATGTGCAATTGTTAAAACATGAGCAGATGTGAATATTGGTATTGGATTACTGTACATGTATATTATTTTATAAGTTGA--AGTTTGCTTAAATC--ATCTCA-TGATTTA-TTATG----CAT-------A-TT-TAGTATG--------------ATCTTTGTTGAG-T-AATAAAAGTG-TGATACATATACAAAAA--T-C-T------GAaataccatataacagtcgtg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TA-TTTATAAGTTGA--A-T-----TAAATTAAATATTATTTGCTTAATTATGT--TTAT-CTCATAATTT-TATTATGTATGTT-TATTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAAGAa
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGTG-A--TAT-T-TGC--AAA--TAC-C------GAG-ACG----TTTTGTT-ATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-C-AGA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaagccaagtgtatgcatttataatatatttacatagtgcccggagagcaaatcattttgtgagatatttcacctacttcagagattgttattaaaacatttgtgatgaaaatttacaaatggtatattcttataatttagtaacctagtaacaaagtaagcagacgtgctccgaataagtatataaatgtaacacctctttggatgaggcAGTG-T--TAT---TGC--AAA--A-TAT------GAG-ACG----TATGGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAATAGCTACTGTTAT-C-AGATATAaataccatattaagatttacgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taaccggaacacttctttggaaaaggtTAT-TAC--AAA--T-C-T------GAC-ACGA--GTTTTGTTTATCTTTATTTCAAGccata
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTTTTAAGAAATATTGCATCTCAATGCGATTGTATGAAATACATATTCTGAAAATAATGCATTTTGTTAAAAGTGTAGTTATAAAAATTTAGTTTGTATTAGCATACATGCATATTTTTATCAAATAGTATTTAATATCGTAAGAATGTAGAGAAATGCCTATCGATATTATTGTATTGTGATAACATGGAAATTGTGAGGTTTACTTAATAAAATGAAAGTAAACATTGCAATGTAAAAGTCACGGACTATTAAATGAGTATATGTAACACAGGCGTTAAGTTAAAAATAACGCACAACAAAAACGGATACGGGTATAAAAG
Unaligned ( gi|13 ): CATATGTTATAAGAGGTATTGCATCTAGTGACGATTATAAGGAATGCATATTTTGTAATAAGGCATTGTGTTAAACGTATAGTTATGAAAGTTGATTTTGTAAAAATATGTGTATTAGCATACATATATTTATTACGTAATATTTAGTAGCGTAAAAATGTAGATACGTGATTATTGATATTATCGTATTGGGTTGACATGGAGATCGCAATGTATACTTCATTTTAGTTTAAGTAAACATTACAA
Unaligned ( gi|16 ): ATAGGAAATATAACTGGTGGGACATTATTGACAGTTCCAGTTATACTATAAGCAAATACAAACACACGTGTACAGATTTGTATATAAACTACAGAGCAGATTAAAATCAATGTTATTTAC
Unaligned ( gi|17 ): TCACGGACTATTATTGTACTATATGTGGCATCGACGTAAAGAAGTTGAACACAGAACAAACATTGACACAGGGGTATACAATTCTCATGTATGGTACATGTATATTTACATACTGCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              5555555555555555555555555      111111            22   6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666       11      3333                                         111                                    2222222     1111                                         222222222                                                                          222222222222                       11111111                                                                                                                               1                            1111        1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3                                1     3  2            44   6666666666666666666666666  5   666666            11   7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  1    33  1   0000   1  1 5  1  44     0  55 33 3   44     555   3  55 1 11   7           0  5    9999999     2222       0  0  6   2 2                     000000000     66 66  2  8 2        1         4                   8888    4  777    000000000000              55 0     44444444         3  0      55                                    55      2    3 3 3   2   44                       3 3          66666  5 3   444  77 3  999999   3  4444        3    1                           4        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .                                .     .  .            ..   .........................  .   ......            ..   ....................................................................................................  .    ..  .   ....   .  . .  .  ..     .  .. .. .   ..     ...   .  .. . ..   .           .  .    .......     ....       .  .  .   . .                     .........     .. ..  .  . .        .         .                   ....    .  ...    ............              .. .     ........         .  .      ..                                    ..      .    . . .   .   ..                       . .          .....  . .   ...  .. .  ......   .  ....        .    .                           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  8                                0     2  5            77   3333333333333333333333333  7   444444            99   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  9    88  4   6666   0  0 0  0  22     2  11 22 7   22     111   6  00 5 66   3           5  0    3333333     1111       7  2  1   5 8                     000000000     99 11  6  9 9        9         0                   5555    0  000    555555555555              55 7     55555555         6  1      00                                    00      3    6 6 6   8   33                       6 6          33333  5 3   777  99 3  666666   6  8888        0    0                           0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTA------------------NT----AA-TTA------AAACATTCTTGAT-GAA----TCCCA----G-TA---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAACA---CTTNTTTG-AAAGANNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TT--GTTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAA--T--AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
Reference ( family-451 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTA------------------AT----AA-TTA------AAACATTCTTGA--GAA----NCCCA----G-TA---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAAT----CTTNTTNG-AANGATNCAGTGTTAT-TTACGAAT-CTGAGACGGGCG-TT--GTTTATCTATATTTCAAGGTAAA-TAAA--T--AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTNACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTNAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTAATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GTGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGCCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATAGTGCCCGGAGAGCAAATCATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATTGTT--------------------------A-TTA------AAACATTTGTGAT-GAAAAT-TTACAAATGG-TA---------TATTCTTA--TAATTT-A-GTAACCTAGTAACAAAGTAAGCAGACGTGC--TCCGAATAA------G------TATATAAA--TGTAACA---CCTCTTTG-GATGAGGCAGTGATAT-TTGCAAATACCGAGAC--GTT-TT--G-TTATCTCTATTTCAAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaAGTG-A--TAT-T-TGC--AAA--TACC------GAG-ACG----TTTTGTT-ATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAATAttcaagacctactgttatcagaaataccatattaagatttacgt
gi|11                         :                                                                                                                                          atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaagccaagtgtatgcatttataatatatttacatagtgcccggagagcaaatcattttgtgagatatttcacctacttcagagattgttattaaaacatttgtgatgaaaatttacaaatggtatattcttataatttagtaacctagtaacaaagtaagcagacgtgctccgaataagtatataaatgtaacacctctttggatgaggcAATTACTTGTAACTATTGGAAATGTTGAACAT---------AGTAA--A--A-------ATTTACACATTTTGTAGC-AATGCGCAGTTGTTGAATA----ATAA-GC---AGCC------------GTTACTGTTGATAT--AATTACA--------ACATTATTT-ATAATTTGA--ATGTGCTGGAATGAAATATCACTCGCTTAATTATGT--TTATCTCATAA----------------TTTATTATAATATTTAGTGAATT-AAT-AAAGTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-CT------GAG-AAGG--GCGTTGTT--TTTATAATTGAAGTTCAAAACCTACTGTTAT-CAGAAccatattaagatttacgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --GTAAA-ATATACACATATTTTGTAGC-AATGTACAATTGTTAATTG----ACAA-GC---AGAC------------ATTATTTTTAATAT--AATTACT--------AAATCATTT-ATCAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATTATTTGCTTTATTATGT--TTTTCTTATCA-TCT-TATGATGTATGTTTTTTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAGAAGTG-T----TAT-TGC--AAAATT-CT------GAG-AC----GTTTCGTTGATGTCTATTACAAGTTCAATAACTAATGTTAT-CAGAAATAcaaaacatctaacagtagtgtcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gTTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAAAC----ATGA-GC---AGAT------------GTGAATATTGGTATTGGATTACTGTACATGTATATTATTTTATAAGTTGA--A-GT------------------TTGCTTAA--AT-----CATCTCATGA-T-T-TATTATGCATATTTAGTATGATCTTTGTTGAG-T-AATAAAAGTG-TGATACATATACAAAAA--T-CT------GAccatataacagtcgtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAAAGATTTCTA------------------TT----AA-TTA------AAACATTTTTAAT-GAA----a
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAAATTCTTAA--GAA-----CCCA-------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAC---------AAGCTT--TC------AAATTTCG------AATATAAA-CTGGAAT----CTGATTTG-AAAAATTCAGTGTTTT-TTTCGAAA-TTGAGAAGTGCGTTT--GTTaagtttcaagtggaaaattcttaagaacccaataacaaggtaaacacaagctttcaaatttcgaatataaactggaatctgatttgaaaaattcagtgtttttttcgaaattgagaagtgcgtttgtt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            caaagatttctattaattaaaacatttttaatgaaaagtttcaagtggTGTATTTAAATACCGCCCAGAGACCAAATTATTTT-TAA---ATT--------TTCAGATATAGCTG------------------CT----AA-TTA------AAATATGTTTGAT-GAA----A---A-------A---------TT-----A--CAA----G-AGG-------AACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tAA-CCGGAACA---CTTCTTTG-GAAAAGGTAGTGTTAT-TGCAAAAT-ATGAGACGTATG-----GTTTATCTCTATTTCAAGTTCAA-TAtttttgaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tAGTG-T--TAT---TGC--AAAA-T-AT------GAG-ACG----TATGGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAATAGCTACTGTTAT-CAGAgctactgttatcagatataccata
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taaccggaacacttctttggaaaaggtAGTCAAGTGTATGCATTTACAATATATTCACATACTGCCCGAAGACAAAATAATTGTGTGAGATATTTCCCCTACTACAGAGAATGCTATTGATTAAAACAAATGTGATGAAAAA-TTACAAGTGGAACATTCTTGA--GAA----ACCCA----G-TA----------------A--CAA----G-GTA-------AAAAA---------ACGCGC--TC------A------GATTAAATATTTTA--CTGGAACA---CTTCTTTGGAAAGGTATGGT--TAT-T-ACAAAT-CTGACACGAGTT-TT--GTTTATCTTTATTTCAAGGTAAA-TG----------TATT----T-------------------ACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTTT--A--GTTAA-ATATTAACAAATTCAGTAG------TGCAATTGTTAAATA----ATCA-GC---ATAC------------ATTACTTTTGATAT--ACTCACT--------ACATT----------------ATGTGCTTAAATAAAATATAACTTGCTTAATTACGTAATTATCTAATAA-T-TATATGATGAAAGCTTATTATGAAAGTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T----TAT-TAC--AAG--T-CT------TAG-ACGA--GTtataccata
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actgttacaagaagtattgaatctaatggcgattattagaaatatatattttggaaataagttaataacgcggatgacaaattgataaagatataaaTATTT-ATAAGTTGA--AT-----TAAATTAAATATTATTTGCTTAATTATGT--TTATCTCATAATT-T-TATTATGTATGTTTATTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAAGA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTTCCCAGAGACCAAACAATTTTGTGAAATATTTCACCTACTTCAAAGA----CA------------------TT----AA-TTA------AAACATTTGTGATGGAAAAATTACAA----G-TAGATCGTTCTTG-----A--GAAACCCA-GT--------AACAA-----------GGAA--TC------A------G------TTTGTAAA--TGTAACA---CTTCTTTG-AAAAAGGCAGTGTTA--TTGCAAAT----ACATAGACG-TTTCGTTTATCT
gi|4                          : ttatatgttacaagaagtattacatctattggcgataattagaaatacatattttgaaaataaggcattgtgtcaaatgtataatttaatttgtaaaatcatgcgtattagcatacagaaatttatcactagtatttatataaatatatgtatagcacaagaatgtagaaacatgattatcgatattattttattgggttgacagggagattgtattgttcacttaaacttaaatgcgatgtcaaagtcacggattattagactagtttatgtgacacaggcgttaagttaataacgcggatgaaaaattgataaacgatataaaAGTCAATTGTATATATTCATAATATATT-ACATATTGCCCGGAGATCAAATAGTTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATAGCTA------------------AT----AA-TTA------AAACATTCTCGA--GAA----TCCCA----G-TA---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGAAAT----CTTATTAG-AAGGATTCAGCGTTATATTACGAAT-CTGAGACAAGCG-TT--GCTTATCTATATTACAAGGTAAA-AAAA--A--AATCATT----TTGATTTGAAATT-CTTGTTATTATCGTAAACATTATGTAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTATT--------ACATTATTC-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTGGCTTACTTACGT--TTATTTACTAA-T-T-TATTATGTTTGTTTATTGTTATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--C-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGACACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tagtGCCCAGATACCAAATAATTTTGTGAGATAT---A--TAT----GAAATAAATG------------------AT----AAATTA------CAACATTCTTAA--TAA----TCCTA----GATA---------CA-----GATCAA----GCATA-------TACAA---------ACACACGTTC------A------G-------ATTTGTA--TATAATTTAACTGATGAA-AATAAATCATTGGTAT-TTACAGAT-CTAAGAACCGTG-TT--GTTT--TTATATTT-AAGGTTAA-TAAA--T-------------TTAATTT-------CTT-TAACTAATGTAAATGTTAAATAT---------GGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aTAA--G--GTTAATAAATTTA-AT-TTCTTTAACTAATGT--AAATGTTAAATATGGTGTAAAGCTAAAGATCTACATATTTTTATTACTTTTGATGT--AATTACT--------ATAGTATTT-ATTAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTTCTTAATTATGT--TTATCTTATAA-T-T-TATGATGACTGTTTATTGTAACATTTATTGAA-TGAATAAA--TGAT--TAT-T-TA----AA--T-TTTTTTTAGA--ACTACTGTATTGTT--TTTATATTTAAAGTTTAGGACGTACTGTTAT-CAGAAACAgtaaagctaaagatctacatatttttattacttttgatgtaattactatagtatttattagttgaatgtgcttaaattaaatatcactttcttaattatgtttatcttataatttatgatgactgtttattgtaacatttattgaatgaataaatgattatttaaattttttttagaactactgtattgtttttatatttaaagtttaggacgtactgttatcagaaacaccatctaacagtattgtc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agcccagataccaaataattttgtgagatatatatgaaataaatgataaattacaacattcttaataatcctagatacagatcaagcatatacaaacacacgttcagatttgtatataatttaactgatgaaaataaatcattggtatttacagatctaagaaccgtgttgtttttatattCCCA----G-T----------TA--------CAA----G-GTA-------AACAA---------ACTTGC--TC------A------GGTTTCGTATTTAAATCTGGGAT----CTTGCTTG-AAGGATCCAGTGT---------------GACACGGGCC-TT--GAT-ATCTATATTTCAAAATAAAGTAAT--TT-AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAACAT---------AGTAA--A--GTAAACAGATTTACATATTTTGTAGT-AATGTACAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AACTACC--------ACATTATTT-ATTAGTTGAATATGTGCTTAAATTAAGTATCACTTGCTTAAATATGT--TTATCTAATTA-T-T-TATAGTGTATGTTTAATATAATATTTATTAAC-T-AATAAAAGTG-----A-AT-TAC--GAA--C-CT------AAC-ACGG--GCGTTG-TTATCTATAATTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-TAGAAACAccatctaacagtattgtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TACAAAT-CTGAGAC--GTA-TT--GTTTATCTCTATTTCAAGGTAAA-TAAATTT--AATTATT----TTAATTTGAAATTATTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------ATTAA--A--ATTAA-ATATTCACATATTTTGTAGC-AATGTACAATTGTTAAATG----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTTGTAT--AATTACT--------ACATTATGT-TTAAGTTGA--ATGTGCTTTAATTAAATACCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTAATAA-T-T-TAATATGTATGTTTATTATAATATTAATTAAA-T-AATAAAAATT-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGCTTGTCCTTATTTCAAGTTCAGGACCTACTGTTAT-CAGAAACAccatctaaaagttgtgtcac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -CTAAGAAGAGCG-TT--GTT-ATCTATATTCCGAGGTAAA-TTAA--TTGAACTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTTACTATTGTAAATGATAAACA-----------GTAA--A--ATTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--ACTTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTCTCTAATAG-T-T-TATGACGAGTATTTGTTGTAATATTTATTGAA-T-AATAAAACTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-CT------GAG-AAAA--GTGTTGTCTATCTATATTTCAAGCTCATGGCATACTGTTATACA-AAACAccatcaatcaacagttgtgtcac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACAGAT-CTAAGAACCATG-TT--GATT-TTT-TATTTAAAGGTTAA-TAAA--T----TGATTAAAATTAATTTGAGTTTCCTATTGAGTATTTTA----TTAGATATTCCTATTTGAGTAACTATTGTAAA-AGATTTACGT-TTAT-TAGC-AATGTGCAATT--TAA-TA----ATA----------C------------TTTACTTTTGATAT--A----CT--------ATATAATTT-ATAAGTTAA--ATTAGCTAAACTTGAATATCTCTTGCTTAATAATAT--TTATCTAATTA-T-T-AATG----GTGTTTGTTATAATATTTATTAAA-T-AATCAAAGTA-T--TAT-T-TAT--AAA--C-CT------AAGAAC----GTGTTGTT--TTTATATGTAAAG-----GACGTACCATTAC-CAGAAACAccatctaacatta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTTTTAAGAAATATTGCATCTCAATGCGATTGTATGAAATACATATTCTGAAAATAATGCATTTTGTTAAAAGTGTAGTTATAAAAATTTAGTTTGTATTAGCATACATGCATATTTTTATCAAATAGTATTTAATATCGTAAGAATGTAGAGAAATGCCTATCGATATTATTGTATTGTGATAACATGGAAATTGTGAGGTTTACTTAATAAAATGAAAGTAAACATTGCAATGTAAAAGTCACGGACTATTAAATGAGTATATGTAACACAGGCGTTAAGTTAAAAATAACGCACAACAAAAACGGATACGGGTATAAAAG
Unaligned ( gi|13 ): CATATGTTATAAGAGGTATTGCATCTAGTGACGATTATAAGGAATGCATATTTTGTAATAAGGCATTGTGTTAAACGTATAGTTATGAAAGTTGATTTTGTAAAAATATGTGTATTAGCATACATATATTTATTACGTAATATTTAGTAGCGTAAAAATGTAGATACGTGATTATTGATATTATCGTATTGGGTTGACATGGAGATCGCAATGTATACTTCATTTTAGTTTAAGTAAACATTACAA
Unaligned ( gi|16 ): ATAGGAAATATAACTGGTGGGACATTATTGACAGTTCCAGTTATACTATAAGCAAATACAAACACACGTGTACAGATTTGTATATAAACTACAGAGCAGATTAAAATCAATGTTATTTAC
Unaligned ( gi|17 ): TCACGGACTATTATTGTACTATATGTGGCATCGACGTAAAGAAGTTGAACACAGAACAAACATTGACACAGGGGTATACAATTCTCATGTATGGTACATGTATATTTACATACTGCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 5555555555555555555555      111111            111111  9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999       11      1111           111                              11111                               2222222     1111                                         222222222                                                                          222222222222                       11111111                                                                                                                               1                            1111        1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3                                1     3  2            44   55 0000000000000000000000  5   666666            444444  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  1    33  1   8888   1       111 22        55 33     7        44444   3  11   1           0  5    9999999     2222       0  0  6   2 2                     000000000     66 66  2  8 2        1         4                   8888    4  777    000000000000              55 0     44444444         3  0      55                                    55      1    3 3 3   2   44                       3 3          66666  5 3   444  77 3  999999   3  4444        3    1                           4        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .                                .     .  .            ..   .. ......................  .   ......            ......  .........................................................................................................................  .    ..  .   ....   .       ... ..        .. ..     .        .....   .  ..   .           .  .    .......     ....       .  .  .   . .                     .........     .. ..  .  . .        .         .                   ....    .  ...    ............              .. .     ........         .  .      ..                                    ..      .    . . .   .   ..                       . .          .....  . .   ...  .. .  ......   .  ....        .    .                           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  8                                0     2  5            77   33 7777777777777777777777  7   444444            333333  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  9    88  4   1111   0       111 00        11 22     3        44444   6  66   0           5  0    3333333     1111       7  2  1   5 4                     000000000     99 11  3  9 9        9         0                   5555    0  000    555555555555              55 7     55555555         6  1      00                                    00      0    6 6 6   8   33                       6 6          33333  5 3   777  99 3  666666   6  8888        0    0                           0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTANT----------------------AA-TTA------AAACATTCTTGATG----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAAC---ACTTNTTTGAAAG--AGNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TTG-TTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAA--T--AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
Reference ( family-451 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTANT----------------------AA-TTA------AAACATTCTTGATG----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAAC---ACTTNTTTGAAAG--ANNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TTG-TTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAA--T--AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGCCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATAGTGCCCGGAGAGCAAATCATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATTGTT--------------------------A-TTA------AAACATTTGTGATG----AAAAT-TT-ACAAATGG-T--------------------A---------TATTCTTA--TAATTT-A-GTAACCTAGTAACAAAGTAAGCAGACGTGC--TCCGAATAA------G------TATATAAA--TGTAAC---ACCTCTTTGGATG--AGGCAGTGATAT-TTGCAAATACCGAGACGT--T-TTG--TTATCTCTATTTCAAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaAGTG-A--TAT-T-TGC--AAA--TACC------GAG-ACG----TTTTGTT-ATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAATAttcaagacctactgttatcagaaataccatattaagatttacgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                  atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaagccaagtgtatgcatttataatatatttacatagtgcccggagagcaaatcattttgtgagatatttcacctacttcagagattgttattaaaacatttgtgatgaaaatttacaaatggtatattcttataatttagtaacctagtaacaaagtaagcagacgtgctccgaataagtatataaatgtaacacctctttggatgaggcAATTACTTGTAACTATTGGAAATGTTGAACAT---------AGTAA--A--A-------ATTTACACATTTTGTAGC-AATGCGCAGTTGTTGAATA----ATAA-GC---AGCC------------GTTACTGTTGATAT--AATTACA--------ACATTATTT-ATAATTTGA--ATGTGCTGGAATGAAATATCACTCGCTTAATTATGT--TTATCTCATAA----------------TTTATTATAATATTTAGTGAATT-AAT-AAAGTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-CT------GAG-AAGG--GCGTTGTT--TTTATAATTGAAGTTCAAAACCTACTGTTAT-CAGAAccatattaagatttacgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --GTAAA-ATATACACATATTTTGTAGC-AATGTACAATTGTTAATTG----ACAA-GC---AGAC------------ATTATTTTTAATAT--AATTACT--------AAATCATTT-ATCAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATTATTTGCTTTATTATGT--TTTTCTTATCA-TCT-TATGATGTATGTTTTTTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAGAAGTG-T----TAT-TGC--AAAATT-CT------GAG-AC----GTTTCGTTGATGTCTATTACAAGTTCAATAACTAATGTTAT-CAGAAATAcaaaacatctaacagtagtgtcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gTTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAAAC----ATGA-GC---AGAT------------GTGAATATTGGTATTGGATTACTGTACATGTATATTATTTTATAAGTTGA--A-GT------------------TTGCTTAA--AT-----CATCTCATGA-T-T-TATTATGCATATTTAGTATGATCTTTGTTGAG-T-AATAAAAGTG-TGATACATATACAAAAA--T-CT------GAccatataacagtcgtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAAAGATTTCTATT----------------------AA-TTA------AAACATTTTTAATG----AAAAGTTT-CAA----G-TGGAAAATTCTTAAGAACCCAA---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAC---------AAGCTT--TC------AAATTTCG------AATATAAA-CTGGAAT----CTGATTTGAAAA--ATTCAGTGTTTT-TTTCGAAA-TTGAGAAGTGCGTTTG-TTa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTATTTAAATACCGCCCAGAGACCAAATTATTTT-TAA---ATT--------TTCAGATATAGCTGCT----------------------AA-TTA------AAATATGTTTGATG----AA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tAA-CCGGAAC---ACTTCTTTGGAAA--AGGTAGTGTTAT-TGCAAAAT-ATGAGACGTATG---G-TTTATCTCTATTTCAAGTTCAA-TAaaattacaagaggaacatttttgaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tAGTG-T--TAT---TGC--AAAA-T-AT------GAG-ACG----TATGGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAATAGCTACTGTTAT-CAGAgctactgttatcagatataccata
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taaccggaacacttctttggaaaaggtAGTCAAGTGTATGCATTTACAATATATTCACATACTGCCCGAAGACAAAATAATTGTGTGAGATATTTCCCCTACTACAGAGAATGCTATTGATTAAAACAAATGTGATGAAAAA-TTACAAGTGGAACATTCTTGA-G----AA----AC-CCA----G-T--------------------A----------------A--CAA----G-GTA-------AAAAA---------ACGCGC--TC------A------GATTAAATATTTTA--CTGGAAC---ACTTCTTTGGAA---AGGTATGGTTAT-T-ACAAAT-CTGACACGAGTT-TTG-TTTATCTTTATTTCAAGGTAAA-TG----------TATT----T-------------------ACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTTT--A--GTTAA-ATATTAACAAATTCAGTAG------TGCAATTGTTAAATA----ATCA-GC---ATAC------------ATTACTTTTGATAT--ACTCACT--------ACATT----------------ATGTGCTTAAATAAAATATAACTTGCTTAATTACGTAATTATCTAATAA-T-TATATGATGAAAGCTTATTATGAAAGTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T----TAT-TAC--AAG--T-CT------TAG-ACGA--Gtataccata
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             actgttacaagaagtattgaatctaatggcgattattagaaatatatattttggaaataagttaataacgcggatgacaaattgataaagatataaaTATTT-ATAAGTTGA--AT-----TAAATTAAATATTATTTGCTTAATTATGT--TTATCTCATAATT-T-TATTATGTATGTTTATTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAAGAt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTTCCCAGAGACCAAACAATTTTGTGAAATATTTCACCTACTTCAAAGA----CATT----------------------AA-TTA------AAACATTTGTGATGGAAAAA----TTACAA----G-T--------------------AGATCGTTCTTG-----A--GAAACCCA-GT--------AACAA-----------GGAA--TC------A------G------TTTGTAAA--TGTAAC---ACTTCTTTGAAAA--AGGCAGTGTTA--TTGCAAATACATAGACGT--T-TCG-TTTATCT
gi|4                          : ttatatgttacaagaagtattacatctattggcgataattagaaatacatattttgaaaataaggcattgtgtcaaatgtataatttaatttgtaaaatcatgcgtattagcatacagaaatttatcactagtatttatataaatatatgtatagcacaagaatgtagaaacatgattatcgatattattttattgggttgacagggagattgtattgttcacttaaacttaaatgcgatgtcaaagtcacggattattagactagtttatgtgacacaggcgttaagttaataacgcggatgaaaaattgataaacgatataaaAGTCAATTGTATATATTCATAATATATT-ACATATTGCCCGGAGATCAAATAGTTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATAGCTAAT----------------------AA-TTA------AAACATTCTCGA-G----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGAAAT----CTTATTAGAAGG--ATTCAGCGTTATATTACGAAT-CTGAGACAAGCG-TTG-CTTATCTATATTACAAGGTAAA-AAAA--A--AATCATT----TTGATTTGAAATT-CTTGTTATTATCGTAAACATTATGTAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTATT--------ACATTATTC-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTGGCTTACTTACGT--TTATTTACTAA-T-T-TATTATGTTTGTTTATTGTTATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--C-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGACACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tagtGCCCAGATACCAAATAATTTTGTGAGATAT---A--TAT----GAAATAAATGAT----------------------AAATTA------CAACATTCTTAAT-----AA----TC-CTA----GAT--------------------A---------CA-----GATCAA----GCATA-------TACAA---------ACACACGTTC------A------G-------ATTTGTA--TATAATTTAACTGAT--GAAAATAAATCATTGGTAT-TTACAGAT-CTAAGAACCGTG-TTG-TTT--TTATATTT-AAGGTTAA-TAAA--T-------------TTAATTT-------CTT-TAACTAATGTAAATGTTAAATAT---------GGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTAA--G--GTTAATAAATTTA-AT-TTCTTTAACTAATGT--AAATGTTAAATATGGTGTAAAGCTAAAGATCTACATATTTTTATTACTTTTGATGT--AATTACT--------ATAGTATTT-ATTAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTTCTTAATTATGT--TTATCTTATAA-T-T-TATGATGACTGTTTATTGTAACATTTATTGAA-TGAATAAA--TGAT--TAT-T-TA----AA--T-TTTTTTTAGA--ACTACTGTATTGTT--TTTATATTTAAAGTTTAGGACGTACTGTTAT-CAGAAACAgtaaagctaaagatctacatatttttattacttttgatgtaattactatagtatttattagttgaatgtgcttaaattaaatatcactttcttaattatgtttatcttataatttatgatgactgtttattgtaacatttattgaatgaataaatgattatttaaattttttttagaactactgtattgtttttatatttaaagtttaggacgtactgttatcagaaacaccatctaacagtattgtc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agcccagataccaaataattttgtgagatatatatgaaataaatgataaattacaacattcttaataatcctagatacagatcaagcatatacaaacacacgttcagatttgtatataatttaactgatgaaaataaatcattggtatttacagatctaagaaccgtgttgtttttatattC-CCA----G-T------------------------------TA--------CAA----G-GTA-------AACAA---------ACTTGC--TC------A------GGTTTCGTATTTAAATCTGGGAT----CTTGCTTGAAGG--ATCCAGTGT---------------GACACGGGCC-TTG-AT-ATCTATATTTCAAAATAAAGTAAT--TT-AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAACAT---------AGTAA--A--GTAAACAGATTTACATATTTTGTAGT-AATGTACAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AACTACC--------ACATTATTT-ATTAGTTGAATATGTGCTTAAATTAAGTATCACTTGCTTAAATATGT--TTATCTAATTA-T-T-TATAGTGTATGTTTAATATAATATTTATTAAC-T-AATAAAAGTG-----A-AT-TAC--GAA--C-CT------AAC-ACGG--GCGTTG-TTATCTATAATTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-TAGAAACAccatctaacagtattgtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACAAAT-CTGAGACGT--A-TTG-TTTATCTCTATTTCAAGGTAAA-TAAATTT--AATTATT----TTAATTTGAAATTATTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------ATTAA--A--ATTAA-ATATTCACATATTTTGTAGC-AATGTACAATTGTTAAATG----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTTGTAT--AATTACT--------ACATTATGT-TTAAGTTGA--ATGTGCTTTAATTAAATACCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTAATAA-T-T-TAATATGTATGTTTATTATAATATTAATTAAA-T-AATAAAAATT-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGCTTGTCCTTATTTCAAGTTCAGGACCTACTGTTAT-CAGAAACAccatctaaaagttgtgtcac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -CTAAGAAGAGCG-TTG-TT-ATCTATATTCCGAGGTAAA-TTAA--TTGAACTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTTACTATTGTAAATGATAAACA-----------GTAA--A--ATTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--ACTTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTCTCTAATAG-T-T-TATGACGAGTATTTGTTGTAATATTTATTGAA-T-AATAAAACTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-CT------GAG-AAAA--GTGTTGTCTATCTATATTTCAAGCTCATGGCATACTGTTATACA-AAACAccatcaatcaacagttgtgtcac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACAGAT-CTAAGAACCATG-TTGATTT---TTTATTTAAAGGTTAA-TAAA--T----TGATTAAAATTAATTTGAGTTTCCTATTGAGTATTTTA----TTAGATATTCCTATTTGAGTAACTATTGTAAA-AGATTTACGT-TTAT-TAGC-AATGTGCAATT--TAA-TA----ATA----------C------------TTTACTTTTGATAT--A----CT--------ATATAATTT-ATAAGTTAA--ATTAGCTAAACTTGAATATCTCTTGCTTAATAATAT--TTATCTAATTA-T-T-AATG----GTGTTTGTTATAATATTTATTAAA-T-AATCAAAGTA-T--TAT-T-TAT--AAA--C-CT------AAGAAC----GTGTTGTT--TTTATATGTAAAG-----GACGTACCATTAC-CAGAAACAccatctaacatta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTTTTAAGAAATATTGCATCTCAATGCGATTGTATGAAATACATATTCTGAAAATAATGCATTTTGTTAAAAGTGTAGTTATAAAAATTTAGTTTGTATTAGCATACATGCATATTTTTATCAAATAGTATTTAATATCGTAAGAATGTAGAGAAATGCCTATCGATATTATTGTATTGTGATAACATGGAAATTGTGAGGTTTACTTAATAAAATGAAAGTAAACATTGCAATGTAAAAGTCACGGACTATTAAATGAGTATATGTAACACAGGCGTTAAGTTAAAAATAACGCACAACAAAAACGGATACGGGTATAAAAG
Unaligned ( gi|13 ): CATATGTTATAAGAGGTATTGCATCTAGTGACGATTATAAGGAATGCATATTTTGTAATAAGGCATTGTGTTAAACGTATAGTTATGAAAGTTGATTTTGTAAAAATATGTGTATTAGCATACATATATTTATTACGTAATATTTAGTAGCGTAAAAATGTAGATACGTGATTATTGATATTATCGTATTGGGTTGACATGGAGATCGCAATGTATACTTCATTTTAGTTTAAGTAAACATTACAA
Unaligned ( gi|16 ): ATAGGAAATATAACTGGTGGGACATTATTGACAGTTCCAGTTATACTATAAGCAAATACAAACACACGTGTACAGATTTGTATATAAACTACAGAGCAGATTAAAATCAATGTTATTTAC
Unaligned ( gi|17 ): TCACGGACTATTATTGTACTATATGTGGCATCGACGTAAAGAAGTTGAACACAGAACAAACATTGACACAGGGGTATACAATTCTCATGTATGGTACATGTATATTTACATACTGCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 5555555555555555555555      111111            111111  9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999       11      1111           111                              11111                               2222222     1111                                         222222222                                                                          222222222222                       11111111                                                                                                                               1                            1111        1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3                                1     3  2            44   55 0000000000000000000000  5   666666            444444  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  1    33  1   8888   1       111 22        55 33     7        44444   3  11   1           0  5    9999999     2222       0  0  6   2 2                     000000000     66 66  2  8 2        1         4                   8888    4  777    000000000000              55 0     44444444         3  0      55                                    55      1    3 3 3   2   44                       3 3          66666  5 3   444  77 3  999999   3  4444        3    1                           4        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .                                .     .  .            ..   .. ......................  .   ......            ......  .........................................................................................................................  .    ..  .   ....   .       ... ..        .. ..     .        .....   .  ..   .           .  .    .......     ....       .  .  .   . .                     .........     .. ..  .  . .        .         .                   ....    .  ...    ............              .. .     ........         .  .      ..                                    ..      .    . . .   .   ..                       . .          .....  . .   ...  .. .  ......   .  ....        .    .                           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  8                                0     2  5            77   33 7777777777777777777777  7   444444            333333  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  9    88  4   1111   0       111 44        11 22     3        44444   6  66   0           5  0    3333333     1111       7  2  1   5 4                     000000000     99 11  3  9 9        9         0                   5555    0  000    555555555555              55 7     55555555         6  1      00                                    00      0    6 6 6   8   33                       6 6          33333  5 3   777  99 3  666666   6  8888        0    0                           0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTANT----------------------AA-TTA------AAACATTCTTGATG----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAAC---ACTTNTTTGAAAG--AGNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TTG-TTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAA--T--AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
Reference ( family-451 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTANT----------------------AA-TTA------AAACATTCTTGATG----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAAC---ACTTNTTTGAAAG--AGNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TTG-TTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAA--T--AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGCCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATAGTGCCCGGAGAGCAAATCATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATTGTT--------------------------A-TTA------AAACATTTGTGATG----AAAAT-TT-ACAAATGG-T--------------------A---------TATTCTTA--TAATTT-A-GTAACCTAGTAACAAAGTAAGCAGACGTGC--TCCGAATAA------G------TATATAAA--TGTAAC---ACCTCTTTGGATG--AGGCAGTGATAT-TTGCAAATACCGAGACGT--T-TTG--TTATCTCTATTTCAAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaAGTG-A--TAT-T-TGC--AAA--TACC------GAG-ACG----TTTTGTT-ATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAATAttcaagacctactgttatcagaaataccatattaagatttacgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                  atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaagccaagtgtatgcatttataatatatttacatagtgcccggagagcaaatcattttgtgagatatttcacctacttcagagattgttattaaaacatttgtgatgaaaatttacaaatggtatattcttataatttagtaacctagtaacaaagtaagcagacgtgctccgaataagtatataaatgtaacacctctttggatgaggcAATTACTTGTAACTATTGGAAATGTTGAACAT---------AGTAA--A--A-------ATTTACACATTTTGTAGC-AATGCGCAGTTGTTGAATA----ATAA-GC---AGCC------------GTTACTGTTGATAT--AATTACA--------ACATTATTT-ATAATTTGA--ATGTGCTGGAATGAAATATCACTCGCTTAATTATGT--TTATCTCATAA----------------TTTATTATAATATTTAGTGAATT-AAT-AAAGTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-CT------GAG-AAGG--GCGTTGTT--TTTATAATTGAAGTTCAAAACCTACTGTTAT-CAGAAccatattaagatttacgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --GTAAA-ATATACACATATTTTGTAGC-AATGTACAATTGTTAATTG----ACAA-GC---AGAC------------ATTATTTTTAATAT--AATTACT--------AAATCATTT-ATCAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATTATTTGCTTTATTATGT--TTTTCTTATCA-TCT-TATGATGTATGTTTTTTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAGAAGTG-T----TAT-TGC--AAAATT-CT------GAG-AC----GTTTCGTTGATGTCTATTACAAGTTCAATAACTAATGTTAT-CAGAAATAcaaaacatctaacagtagtgtcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gTTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAAAC----ATGA-GC---AGAT------------GTGAATATTGGTATTGGATTACTGTACATGTATATTATTTTATAAGTTGA--A-GT------------------TTGCTTAA--AT-----CATCTCATGA-T-T-TATTATGCATATTTAGTATGATCTTTGTTGAG-T-AATAAAAGTG-TGATACATATACAAAAA--T-CT------GAccatataacagtcgtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAAAGATTTCTATT----------------------AA-TTA------AAACATTTTTAATG----AAAAGTTT-CAA----G-TGGAAAATTCTTAAGAACCCAA---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAC---------AAGCTT--TC------AAATTTCG------AATATAAA-CTGGAAT----CTGATTTGAAAA--ATTCAGTGTTTT-TTTCGAAA-TTGAGAAGTGCGTTTG-TTa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTATTTAAATACCGCCCAGAGACCAAATTATTTT-TAA---ATT--------TTCAGATATAGCTGCT----------------------AA-TTA------AAATATGTTTGATG----AA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tAA-CCGGAAC---ACTTCTTTGGAAA--AGGTAGTGTTAT-TGCAAAAT-ATGAGACGTATG---G-TTTATCTCTATTTCAAGTTCAA-TAaaattacaagaggaacatttttgaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tAGTG-T--TAT---TGC--AAAA-T-AT------GAG-ACG----TATGGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAATAGCTACTGTTAT-CAGAgctactgttatcagatataccata
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taaccggaacacttctttggaaaaggtAGTCAAGTGTATGCATTTACAATATATTCACATACTGCCCGAAGACAAAATAATTGTGTGAGATATTTCCCCTACTACAGAGAATGCTATTGATTAAAACAAATGTGATGAAAAA-TTACAAGTGGAACATTCTTGA-G----AA----AC-CCA----G-T--------------------A----------------A--CAA----G-GTA-------AAAAA---------ACGCGC--TC------A------GATTAAATATTTTA--CTGGAAC---ACTTCTTTGGAA---AGGTATGGTTAT-T-ACAAAT-CTGACACGAGTT-TTG-TTTATCTTTATTTCAAGGTAAA-TG----------TATT----T-------------------ACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTTT--A--GTTAA-ATATTAACAAATTCAGTAG------TGCAATTGTTAAATA----ATCA-GC---ATAC------------ATTACTTTTGATAT--ACTCACT--------ACATT----------------ATGTGCTTAAATAAAATATAACTTGCTTAATTACGTAATTATCTAATAA-T-TATATGATGAAAGCTTATTATGAAAGTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T----TAT-TAC--AAG--T-CT------TAG-ACGA--Gtataccata
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             actgttacaagaagtattgaatctaatggcgattattagaaatatatattttggaaataagttaataacgcggatgacaaattgataaagatataaaTATTT-ATAAGTTGA--AT-----TAAATTAAATATTATTTGCTTAATTATGT--TTATCTCATAATT-T-TATTATGTATGTTTATTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAAGAt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTTCCCAGAGACCAAACAATTTTGTGAAATATTTCACCTACTTCAAAGA----CATT----------------------AA-TTA------AAACATTTGTGATGGAAAAA----TTACAA----G-T--------------------AGATCGTTCTTG-----A--GAAACCCA-GT--------AACAA-----------GGAA--TC------A------G------TTTGTAAA--TGTAAC---ACTTCTTTGAAAA--AGGCAGTGTTA--TTGCAAATACATAGACGT--T-TCG-TTTATCT
gi|4                          : ttatatgttacaagaagtattacatctattggcgataattagaaatacatattttgaaaataaggcattgtgtcaaatgtataatttaatttgtaaaatcatgcgtattagcatacagaaatttatcactagtatttatataaatatatgtatagcacaagaatgtagaaacatgattatcgatattattttattgggttgacagggagattgtattgttcacttaaacttaaatgcgatgtcaaagtcacggattattagactagtttatgtgacacaggcgttaagttaataacgcggatgaaaaattgataaacgatataaaAGTCAATTGTATATATTCATAATATATT-ACATATTGCCCGGAGATCAAATAGTTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATAGCTAAT----------------------AA-TTA------AAACATTCTCGA-G----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGAAAT----CTTATTAGAAGG--ATTCAGCGTTATATTACGAAT-CTGAGACAAGCG-TTG-CTTATCTATATTACAAGGTAAA-AAAA--A--AATCATT----TTGATTTGAAATT-CTTGTTATTATCGTAAACATTATGTAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTATT--------ACATTATTC-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTGGCTTACTTACGT--TTATTTACTAA-T-T-TATTATGTTTGTTTATTGTTATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--C-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGACACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tagtGCCCAGATACCAAATAATTTTGTGAGATAT---A--TAT----GAAATAAATGAT----------------------AAATTA------CAACATTCTTAAT-----AA----TC-CTA----GAT--------------------A---------CA-----GATCAA----GCATA-------TACAA---------ACACACGTTC------A------G-------ATTTGTA--TATAATTTAACTGAT--GAAAATAAATCATTGGTAT-TTACAGAT-CTAAGAACCGTG-TTG-TTT--TTATATTT-AAGGTTAA-TAAA--T-------------TTAATTT-------CTT-TAACTAATGTAAATGTTAAATAT---------GGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTAA--G--GTTAATAAATTTA-AT-TTCTTTAACTAATGT--AAATGTTAAATATGGTGTAAAGCTAAAGATCTACATATTTTTATTACTTTTGATGT--AATTACT--------ATAGTATTT-ATTAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTTCTTAATTATGT--TTATCTTATAA-T-T-TATGATGACTGTTTATTGTAACATTTATTGAA-TGAATAAA--TGAT--TAT-T-TA----AA--T-TTTTTTTAGA--ACTACTGTATTGTT--TTTATATTTAAAGTTTAGGACGTACTGTTAT-CAGAAACAgtaaagctaaagatctacatatttttattacttttgatgtaattactatagtatttattagttgaatgtgcttaaattaaatatcactttcttaattatgtttatcttataatttatgatgactgtttattgtaacatttattgaatgaataaatgattatttaaattttttttagaactactgtattgtttttatatttaaagtttaggacgtactgttatcagaaacaccatctaacagtattgtc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agcccagataccaaataattttgtgagatatatatgaaataaatgataaattacaacattcttaataatcctagatacagatcaagcatatacaaacacacgttcagatttgtatataatttaactgatgaaaataaatcattggtatttacagatctaagaaccgtgttgtttttatattC-CCA----G-T------------------------------TA--------CAA----G-GTA-------AACAA---------ACTTGC--TC------A------GGTTTCGTATTTAAATCTGGGAT----CTTGCTTGAAGG--ATCCAGTGT---------------GACACGGGCC-TTG-AT-ATCTATATTTCAAAATAAAGTAAT--TT-AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAACAT---------AGTAA--A--GTAAACAGATTTACATATTTTGTAGT-AATGTACAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AACTACC--------ACATTATTT-ATTAGTTGAATATGTGCTTAAATTAAGTATCACTTGCTTAAATATGT--TTATCTAATTA-T-T-TATAGTGTATGTTTAATATAATATTTATTAAC-T-AATAAAAGTG-----A-AT-TAC--GAA--C-CT------AAC-ACGG--GCGTTG-TTATCTATAATTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-TAGAAACAccatctaacagtattgtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACAAAT-CTGAGACGT--A-TTG-TTTATCTCTATTTCAAGGTAAA-TAAATTT--AATTATT----TTAATTTGAAATTATTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------ATTAA--A--ATTAA-ATATTCACATATTTTGTAGC-AATGTACAATTGTTAAATG----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTTGTAT--AATTACT--------ACATTATGT-TTAAGTTGA--ATGTGCTTTAATTAAATACCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTAATAA-T-T-TAATATGTATGTTTATTATAATATTAATTAAA-T-AATAAAAATT-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGCTTGTCCTTATTTCAAGTTCAGGACCTACTGTTAT-CAGAAACAccatctaaaagttgtgtcac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -CTAAGAAGAGCG-TTG-TT-ATCTATATTCCGAGGTAAA-TTAA--TTGAACTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTTACTATTGTAAATGATAAACA-----------GTAA--A--ATTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--ACTTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTCTCTAATAG-T-T-TATGACGAGTATTTGTTGTAATATTTATTGAA-T-AATAAAACTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-CT------GAG-AAAA--GTGTTGTCTATCTATATTTCAAGCTCATGGCATACTGTTATACA-AAACAccatcaatcaacagttgtgtcac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACAGAT-CTAAGAACCATG-TTGATTT---TTTATTTAAAGGTTAA-TAAA--T----TGATTAAAATTAATTTGAGTTTCCTATTGAGTATTTTA----TTAGATATTCCTATTTGAGTAACTATTGTAAA-AGATTTACGT-TTAT-TAGC-AATGTGCAATT--TAA-TA----ATA----------C------------TTTACTTTTGATAT--A----CT--------ATATAATTT-ATAAGTTAA--ATTAGCTAAACTTGAATATCTCTTGCTTAATAATAT--TTATCTAATTA-T-T-AATG----GTGTTTGTTATAATATTTATTAAA-T-AATCAAAGTA-T--TAT-T-TAT--AAA--C-CT------AAGAAC----GTGTTGTT--TTTATATGTAAAG-----GACGTACCATTAC-CAGAAACAccatctaacatta


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T                                G     T  C            TT   AT GATTAAAACAAATGTGATGAAA  A   CAAGTG            TGGAAA  AAGTTTCAAGTGGAAAATTCTTAAGAACCCAATAACAAGGTAAACACAAGCTTTCAAATTTCGA                                                           A    TC  G   TTAA   A       ATA TT        TA TT     A        TGCGT   A  TA   C              G    TTTAA       AAAA             A   G T                     TCCTATTTG     CT TT  A  T T        A         T                   TGGT    A  TAA    CTACATATTTTT              TG       GTACATGT         T         AT                                    AA      T    T C A   G   TA                       . G          TGAT   A A   AAA  AT .  TTTTTA   A  TACT        G    A                           A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  C                                A     T  C            TA   GC .                       .   .                 TG      TTACAAGTAGATCGTTCTTGAGAAACCCAGTAACAAGGAATCAGT                                                                              T    C   G   A      C       A   GG        T  GC     .        TATG    .  TA   T              .    TTGAA       .                A   G A                     .             .  .   T  C T        A         .                   .       .  .      .                         .        .                .         .                                     .       C    . . .   T   CA                       . .          ATT    A .   G    A  .  .        .  GG          T    C                           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T                                G     T  C            AT   AT .                       .   .                 TG      TCCTAGATACAGATCAAGCATATACAAACACACGTTCAG                                                                                    G    C   G   A      C       A   GG        T  TG     .        AGTT    .  TA   A              .    TTAA        .                A   G A                     .             .  .   T  . G        A         .                   .       .  .      .                         .        .                .         .                                     .       A    . . .   G   AA                       . .          TT     A .   A    .  .  .        .  GA          T    C                           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .                                G     .  .            TA   AT .                       .   .                 G       ACCCAGTAACAAGGTAAAAAAACGCGCTCAGATTAAAT                                                                                     T    C   T   A      C       A   GG        T  TA     .        AGCG    .  TA   A              .    AAA         .                C   G A                     .             .  .   T  . A        A         .                   .       .  .      .                         .        .                .         .                                     .       C    . . .   T   TA                       . .          TT     A .   A    .  .  .        .  GA          T    C                           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .     .  .            TA   AA .                       .   .                 G       TCCCAGTATAACAAGGTAAACAAACGCGCTCAGT                                                                                         T    C   A   .      A       G   TT        T  TA     .        CGTG    .  TA   A              .    T           .                .   T T                     .             .  .   A  . G        A         .                   .       .  .      .                         .        .                .         .                                     .       A    . . .   T   TT                       . .          TT     A .   A    .  .  .        .  GG          T    A                           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .    GA .                       .   .                 T                                                                                                                                  T    .   T   .      A       G   AT        .  TA     .        GGCC    .  T    C              .    T           .                .   . G                     .             .  .   T  . T        A         .                   .       .  .      .                         .        .                .         .                                     .       T    . . .   G   AC                       . .          TT     A .   G    .  .  .        .  GA          T    A                           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .   G   .      G       .   TC        .  A      .        AGCG    .  A    A              .                                 .   . .                     .             .  .   T  . G        .         .                   .       .  .      .                         .        .                .         .                                     .       A    . . .   A   TA                       . .          TT     . .   G    .  .  .        .  AA          .    T                           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               .      .        CATG    .  A    T                                                                                             .   A  . G        .         .                   .       .  .      .                         .        .                .         .                                     .       A    . . .   T   TA                       . .          TT     . .   G    .  .  .        .  G           .    A                           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        TT      .  T                                                                                                                              .                   .       .  .      .                         .        .                .         .                                     .       A    . . .   G   AG                       . .          T      . .   G    .  .  .        .  .           .    A                           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        TA      .                                                                                                                                                                                                                           .         .                                     .       A    . . .   G   G                        . .          T      . .   A    .  .  .        .  .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .      . .   .    .  .  .                                                         


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AN                                               TG****                                                                                                                                  C*                                                      NGCG*                               TTAA***                                                                                                                                                                                                                                                                  TA                                                                        GA**
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTANT----------------------AA-TTA------AAACATTCTTGATG----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAAC---ACTTNTTTGAAAG--AGNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TTG-TTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAA--T--AATTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTANT----------------------AA-TTA------AAACATTCTTGATG----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAAC-TGGAAC---ACTTNTTTGAAAG--AGNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TTG-TTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAATTAA---TTATT----TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTTTTAAGAAATATTGCATCTCAATGCGATTGTATGAAATACATATTCTGAAAATAATGCATTTTGTTAAAAGTGTAGTTATAAAAATTTAGTTTGTATTAGCATACATGCATATTTTTATCAAATAGTATTTAATATCGTAAGAATGTAGAGAAATGCCTATCGATATTATTGTATTGTGATAACATGGAAATTGTGAGGTTTACTTAATAAAATGAAAGTAAACATTGCAATGTAAAAGTCACGGACTATTAAATGAGTATATGTAACACAGGCGTTAAGTTAAAAATAACGCACAACAAAAACGGATACGGGTATAAAAG
Unaligned ( gi|13 ): CATATGTTATAAGAGGTATTGCATCTAGTGACGATTATAAGGAATGCATATTTTGTAATAAGGCATTGTGTTAAACGTATAGTTATGAAAGTTGATTTTGTAAAAATATGTGTATTAGCATACATATATTTATTACGTAATATTTAGTAGCGTAAAAATGTAGATACGTGATTATTGATATTATCGTATTGGGTTGACATGGAGATCGCAATGTATACTTCATTTTAGTTTAAGTAAACATTACAA
Unaligned ( gi|16 ): ATAGGAAATATAACTGGTGGGACATTATTGACAGTTCCAGTTATACTATAAGCAAATACAAACACACGTGTACAGATTTGTATATAAACTACAGAGCAGATTAAAATCAATGTTATTTAC
Unaligned ( gi|17 ): TCACGGACTATTATTGTACTATATGTGGCATCGACGTAAAGAAGTTGAACACAGAACAAACATTGACACAGGGGTATACAATTCTCATGTATGGTACATGTATATTTACATACTGCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 5555555555555555555555      111111            111111  9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999       11      1111           111                              11111                                111                                                222222222                                                                          222222222222                       11111111                                                                                                                               1                            1111        1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3                                1     3  2            44   55 0000000000000000000000  5   666666            444444  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  1    33  1   8888   1       111 22        55 33     7        44444   3  11   1           0  5     666      5       0  0  6   2 2                     000000000     66 66  2  8 2        1         4                   8888    4  777    000000000000              55 0     44444444         3  0      55                                    55      1    3 3 3   2   44                       3 3          66666  5 3   444  77 3  999999   3  4444        3    1                           4        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .                                .     .  .            ..   .. ......................  .   ......            ......  .........................................................................................................................  .    ..  .   ....   .       ... ..        .. ..     .        .....   .  ..   .           .  .     ...      .       .  .  .   . .                     .........     .. ..  .  . .        .         .                   ....    .  ...    ............              .. .     ........         .  .      ..                                    ..      .    . . .   .   ..                       . .          .....  . .   ...  .. .  ......   .  ....        .    .                           .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  8                                0     2  5            77   33 7777777777777777777777  7   444444            333333  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  9    88  4   1111   0       111 44        11 22     3        44444   6  66   0           5  0     444      7       7  2  1   5 4                     000000000     99 11  3  9 9        9         0                   5555    0  000    555555555555              55 7     55555555         6  1      00                                    00      0    6 6 6   8   33                       6 6          33333  5 3   777  99 3  666666   6  8888        0    0                           0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTANT----------------------AA-TTA------AAACATTCTTGATG----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAAC---ACTTNTTTGAAAG--AGNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TTG-TTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAATT-AATTATT-TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
Reference ( family-451 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNAGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTGCCCGGAGACCAAATAATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATNGCTANT----------------------AA-TTA------AAACATTCTTGATG----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGGAAC---ACTTNTTTGAAAG--AGNCAGTGTTAT-TTACAAAT-CTGAGACGNGCG-TTG-TTTATCTNTATTTCAAGGTAAA-TAAATT-AATTATT-TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTNATAA-T-T-TATGATGTATGTTTATTATAATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTNTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGCCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATAGTGCCCGGAGAGCAAATCATTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATTGTT--------------------------A-TTA------AAACATTTGTGATG----AAAAT-TT-ACAAATGG-T--------------------A---------TATTCTTA--TAATTT-A-GTAACCTAGTAACAAAGTAAGCAGACGTGC--TCCGAATAA------G------TATATAAA--TGTAAC---ACCTCTTTGGATG--AGGCAGTGATAT-TTGCAAATACCGAGACGT--T-TTG--TTATCTCTATTTCAAG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaAGTG-A--TAT-T-TGC--AAA--TACC------GAG-ACG----TTTTGTT-ATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGAAATAttcaagacctactgttatcagaaataccatattaagatttacgt
gi|11                         :                                                                                                                                                             atactgttacaggtagtataacatctaatggcgattattagaaatacataatttgagaataaaacattgagttaaatgtatagttataaaagtttaatatgtaaaaacatgtgtattagtatacagaaatatatcacgtagtatttatatatataaagcgcaataatgttgaaacatgattctcgatattattgactgggttgacagggagattgtaatgtttactacaacttaaatgaagtaaatattgcgatgtaaaagtcacggattattagattaggatatgtgactcaagcgttaagttcataacgtggatgaaaattgataacatatataaaacctaaaagccaagtgtatgcatttataatatatttacatagtgcccggagagcaaatcattttgtgagatatttcacctacttcagagattgttattaaaacatttgtgatgaaaatttacaaatggtatattcttataatttagtaacctagtaacaaagtaagcagacgtgctccgaataagtatataaatgtaacacctctttggatgaggcAATTACTTGTAACTATTGGAAATGTTGAACAT---------AGTAA--A--A-------ATTTACACATTTTGTAGC-AATGCGCAGTTGTTGAATA----ATAA-GC---AGCC------------GTTACTGTTGATAT--AATTACA--------ACATTATTT-ATAATTTGA--ATGTGCTGGAATGAAATATCACTCGCTTAATTATGT--TTATCTCATAA----------------TTTATTATAATATTTAGTGAATT-AAT-AAAGTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-CT------GAG-AAGG--GCGTTGTT--TTTATAATTGAAGTTCAAAACCTACTGTTAT-CAGAAccatattaagatttacgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --GTAAA-ATATACACATATTTTGTAGC-AATGTACAATTGTTAATTG----ACAA-GC---AGAC------------ATTATTTTTAATAT--AATTACT--------AAATCATTT-ATCAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATTATTTGCTTTATTATGT--TTTTCTTATCA-TCT-TATGATGTATGTTTTTTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAGAAGTG-T----TAT-TGC--AAAATT-CT------GAG-AC----GTTTCGTTGATGTCTATTACAAGTTCAATAACTAATGTTAT-CAGAAATAcaaaacatctaacagtagtgtcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gTTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAAAC----ATGA-GC---AGAT------------GTGAATATTGGTATTGGATTACTGTACATGTATATTATTTTATAAGTTGA--A-GT------------------TTGCTTAA--AT-----CATCTCATGA-T-T-TATTATGCATATTTAGTATGATCTTTGTTGAG-T-AATAAAAGTG-TGATACATATACAAAAA--T-CT------GAccatataacagtcgtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAAAGATTTCTATT----------------------AA-TTA------AAACATTTTTAATG----AAAAGTTT-CAA----G-TGGAAAATTCTTAAGAACCCAA---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAC---------AAGCTT--TC------AAATTTCG------AATATAAA-CTGGAAT----CTGATTTGAAAA--ATTCAGTGTTTT-TTTCGAAA-TTGAGAAGTGCGTTTG-TTa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTATTTAAATACCGCCCAGAGACCAAATTATTTT-TAA---ATT--------TTCAGATATAGCTGCT----------------------AA-TTA------AAATATGTTTGATG----AA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tAA-CCGGAAC---ACTTCTTTGGAAA--AGGTAGTGTTAT-TGCAAAAT-ATGAGACGTATG---G-TTTATCTCTATTTCAAGTTCAA-TAaaattacaagaggaacatttttgaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tAGTG-T--TAT---TGC--AAAA-T-AT------GAG-ACG----TATGGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAATAGCTACTGTTAT-CAGAgctactgttatcagatataccata
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taaccggaacacttctttggaaaaggtAGTCAAGTGTATGCATTTACAATATATTCACATACTGCCCGAAGACAAAATAATTGTGTGAGATATTTCCCCTACTACAGAGAATGCTATTGATTAAAACAAATGTGATGAAAAA-TTACAAGTGGAACATTCTTGA-G----AA----AC-CCA----G-T--------------------A----------------A--CAA----G-GTA-------AAAAA---------ACGCGC--TC------A------GATTAAATATTTTA--CTGGAAC---ACTTCTTTGGAA---AGGTATGGTTAT-T-ACAAAT-CTGACACGAGTT-TTG-TTTATCTTTATTTCAAGGTAAA-TG--------TATT-T-------------------ACTATCGTAAATGTTAAATAT---------AGTTT--A--GTTAA-ATATTAACAAATTCAGTAG------TGCAATTGTTAAATA----ATCA-GC---ATAC------------ATTACTTTTGATAT--ACTCACT--------ACATT----------------ATGTGCTTAAATAAAATATAACTTGCTTAATTACGTAATTATCTAATAA-T-TATATGATGAAAGCTTATTATGAAAGTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T----TAT-TAC--AAG--T-CT------TAG-ACGA--Gtataccata
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        actgttacaagaagtattgaatctaatggcgattattagaaatatatattttggaaataagttaataacgcggatgacaaattgataaagatataaaTATTT-ATAAGTTGA--AT-----TAAATTAAATATTATTTGCTTAATTATGT--TTATCTCATAATT-T-TATTATGTATGTTTATTATAAAAGTTACTGAA-T-AATAAGAt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGTCAAGTGTATGCATTTATAATATATTTACATACTTCCCAGAGACCAAACAATTTTGTGAAATATTTCACCTACTTCAAAGA----CATT----------------------AA-TTA------AAACATTTGTGATGGAAAAA----TTACAA----G-T--------------------AGATCGTTCTTG-----A--GAAACCCA-GT--------AACAA-----------GGAA--TC------A------G------TTTGTAAA--TGTAAC---ACTTCTTTGAAAA--AGGCAGTGTTA--TTGCAAATACATAGACGT--T-TCG-TTTATCT
gi|4                          : ttatatgttacaagaagtattacatctattggcgataattagaaatacatattttgaaaataaggcattgtgtcaaatgtataatttaatttgtaaaatcatgcgtattagcatacagaaatttatcactagtatttatataaatatatgtatagcacaagaatgtagaaacatgattatcgatattattttattgggttgacagggagattgtattgttcacttaaacttaaatgcgatgtcaaagtcacggattattagactagtttatgtgacacaggcgttaagttaataacgcggatgaaaaattgataaacgatataaaAGTCAATTGTATATATTCATAATATATT-ACATATTGCCCGGAGATCAAATAGTTTTGTGAGATATTTCACCTACTTCAGAGATAGCTAAT----------------------AA-TTA------AAACATTCTCGA-G----AA----TC-CCA----G-T--------------------A---------TA-----A--CAA----G-GTA-------AACAA---------ACGCGC--TC------A------G------TATTTAAA-CTGAAAT----CTTATTAGAAGG--ATTCAGCGTTATATTACGAAT-CTGAGACAAGCG-TTG-CTTATCTATATTACAAGGTAAA-AAAAA--AATCATT-TTGATTTGAAATT-CTTGTTATTATCGTAAACATTATGTAT---------AGTAA--A--GTTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AATTATT--------ACATTATTC-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTGGCTTACTTACGT--TTATTTACTAA-T-T-TATTATGTTTGTTTATTGTTATATTTATTGAA-T-AATAAAAGTG-T--TATAT-TAC--GAA--C-CT------GAG-ACGA--GCGTTGTTTATCTCTATTTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-CAGACACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tagtGCCCAGATACCAAATAATTTTGTGAGATAT---A--TAT----GAAATAAATGAT----------------------AAATTA------CAACATTCTTAAT-----AA----TC-CTA----GAT--------------------A---------CA-----GATCAA----GCATA-------TACAA---------ACACACGTTC------A------G-------ATTTGTA--TATAATTTAACTGAT--GAAAATAAATCATTGGTAT-TTACAGAT-CTAAGAACCGTG-TTG-TTT--TTATATTT-AAGGTTAA-TAAATT----------TAATTT-------CTT-TAACTAATGTAAATGTTAAATAT---------GGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aTAA--G--GTTAATAAATTTA-AT-TTCTTTAACTAATGT--AAATGTTAAATATGGTGTAAAGCTAAAGATCTACATATTTTTATTACTTTTGATGT--AATTACT--------ATAGTATTT-ATTAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTTCTTAATTATGT--TTATCTTATAA-T-T-TATGATGACTGTTTATTGTAACATTTATTGAA-TGAATAAA--TGAT--TAT-T-TA----AA--T-TTTTTTTAGA--ACTACTGTATTGTT--TTTATATTTAAAGTTTAGGACGTACTGTTAT-CAGAAACAgtaaagctaaagatctacatatttttattacttttgatgtaattactatagtatttattagttgaatgtgcttaaattaaatatcactttcttaattatgtttatcttataatttatgatgactgtttattgtaacatttattgaatgaataaatgattatttaaattttttttagaactactgtattgtttttatatttaaagtttaggacgtactgttatcagaaacaccatctaacagtattgtc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agcccagataccaaataattttgtgagatatatatgaaataaatgataaattacaacattcttaataatcctagatacagatcaagcatatacaaacacacgttcagatttgtatataatttaactgatgaaaataaatcattggtatttacagatctaagaaccgtgttgtttttatattC-CCA----G-T------------------------------TA--------CAA----G-GTA-------AACAA---------ACTTGC--TC------A------GGTTTCGTATTTAAATCTGGGAT----CTTGCTTGAAGG--ATCCAGTGT---------------GACACGGGCC-TTG-AT-ATCTATATTTCAAAATAAAGTAATTT-AATTATT-TTAATTTGAAATTACTTGTAACTATCGTAAATGTTAAACAT---------AGTAA--A--GTAAACAGATTTACATATTTTGTAGT-AATGTACAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--AACTACC--------ACATTATTT-ATTAGTTGAATATGTGCTTAAATTAAGTATCACTTGCTTAAATATGT--TTATCTAATTA-T-T-TATAGTGTATGTTTAATATAATATTTATTAAC-T-AATAAAAGTG-----A-AT-TAC--GAA--C-CT------AAC-ACGG--GCGTTG-TTATCTATAATTCAAGTTCAAGACCTACTGTTAT-TAGAAACAccatctaacagtattgtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACAAAT-CTGAGACGTA---TTG-TTTATCTCTATTTCAAGGTAAA-TAAATTTAATTATT-TTAATTTGAAATTATTTGTAACTATCGTAAATGTTAAATAT---------ATTAA--A--ATTAA-ATATTCACATATTTTGTAGC-AATGTACAATTGTTAAATG----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTTGTAT--AATTACT--------ACATTATGT-TTAAGTTGA--ATGTGCTTTAATTAAATACCACTTGCTTAATTATGT--TTATCTAATAA-T-T-TAATATGTATGTTTATTATAATATTAATTAAA-T-AATAAAAATT-T--TATAT-TAC--GAA--T-CT------GAG-ACGA--GCGTTGCTTGTCCTTATTTCAAGTTCAGGACCTACTGTTAT-CAGAAACAccatctaaaagttgtgtcac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -CTAAGAAGAGCG-TTG-TT-ATCTATATTCCGAGGTAAA-TTAATTGAACTATT-TTAATTTGAAATTACTTGTTACTATTGTAAATGATAAACA-----------GTAA--A--ATTAA-AGATTTACATATTTTGTAGC-AATGTGCAATTGTTAAATA----ATAA-GC---AGAC------------ATTACTTTTGATAT--ACTTACT--------ACATTATTT-ATAAGTTGA--ATGTGCTTAAATTAAATATCACTTGCTTAATTATGT--TTCTCTAATAG-T-T-TATGACGAGTATTTGTTGTAATATTTATTGAA-T-AATAAAACTG-T--TAT-T-TTC--GAA--T-CT------GAG-AAAA--GTGTTGTCTATCTATATTTCAAGCTCATGGCATACTGTTATACA-AAACAccatcaatcaacagttgtgtcac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACAGAT-CTAAGAACCATG-TTGATTT---TTTATTTAAAGGTTAA-TAAATT-GATTAAAATTAATTTGAGTTTCCTATTGAGTATTTTA----TTAGATATTCCTATTTGAGTAACTATTGTAAA-AGATTTACGT-TTAT-TAGC-AATGTGCAATT--TAA-TA----ATA----------C------------TTTACTTTTGATAT--A----CT--------ATATAATTT-ATAAGTTAA--ATTAGCTAAACTTGAATATCTCTTGCTTAATAATAT--TTATCTAATTA-T-T-AATG----GTGTTTGTTATAATATTTATTAAA-T-AATCAAAGTA-T--TAT-T-TAT--AAA--C-CT------AAGAAC----GTGTTGTT--TTTATATGTAAAG-----GACGTACCATTAC-CAGAAACAccatctaacatta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTTTTAAGAAATATTGCATCTCAATGCGATTGTATGAAATACATATTCTGAAAATAATGCATTTTGTTAAAAGTGTAGTTATAAAAATTTAGTTTGTATTAGCATACATGCATATTTTTATCAAATAGTATTTAATATCGTAAGAATGTAGAGAAATGCCTATCGATATTATTGTATTGTGATAACATGGAAATTGTGAGGTTTACTTAATAAAATGAAAGTAAACATTGCAATGTAAAAGTCACGGACTATTAAATGAGTATATGTAACACAGGCGTTAAGTTAAAAATAACGCACAACAAAAACGGATACGGGTATAAAAG
Unaligned ( gi|13 ): CATATGTTATAAGAGGTATTGCATCTAGTGACGATTATAAGGAATGCATATTTTGTAATAAGGCATTGTGTTAAACGTATAGTTATGAAAGTTGATTTTGTAAAAATATGTGTATTAGCATACATATATTTATTACGTAATATTTAGTAGCGTAAAAATGTAGATACGTGATTATTGATATTATCGTATTGGGTTGACATGGAGATCGCAATGTATACTTCATTTTAGTTTAAGTAAACATTACAA
Unaligned ( gi|16 ): ATAGGAAATATAACTGGTGGGACATTATTGACAGTTCCAGTTATACTATAAGCAAATACAAACACACGTGTACAGATTTGTATATAAACTACAGAGCAGATTAAAATCAATGTTATTTAC
Unaligned ( gi|17 ): TCACGGACTATTATTGTACTATATGTGGCATCGACGTAAAGAAGTTGAACACAGAACAAACATTGACACAGGGGTATACAATTCTCATGTATGGTACATGTATATTTACATACTGCC