lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 1111 1 1 11 111 33333 55555555555555 777777777777777777777777 1 11 1111 4444444444 22222 66666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 11111111 2222222222222222 111111111111111 11111111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222 222222222222222222 1111 2222222 11111111 11111111111111 333333333 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 222 4444444444 1111111 222 55555555555555555555555555555 222222222222222 1111111 11111 1 222 3333333333333333333333333333 11111 1111 1111 1111 22 111 11 333333333333 111 22222222 1111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 888888888888888888888888888888888888 11 333 1111
lowQualScore : 6 2 2 3 88 4 5 2 1 5555 3 6 6 6 7 44 999 33333 0 3 2 11111111111111 1 6 5 666666666666666666666666 6 3 22 1 4444 77 3333333333 44444 1 2 666 66 4 0 22222222222222222222222222222222222222222 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 888 66 4444444 66666666 0 5555555555555555 3 3 666 666666666666666 33333333 55 999 00000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 6666666666666666666 4 77777 9999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666 55 55 000000000 0 4 3 4 4 888888888888888888 66 44 0000 5 4 77 7 1 2 3333333 1 88888 6 0 4 33333333 4 88888888888888 99 55 222222222 2 22222 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666 222 8 4 4 555 88 2 8888 4 0000000000 4 2 99999 0000000 111 44 1 4 777 4 777 11111111111111111111111111111 66 2 999 0 777777777777777 5 5555555 66 11111 1 33 1 111 77 0000000000000000000000000000 22222 2 4444 88 8888 0000 1 22 5 000 55 55 111111111111 111 2 00000000 5 0000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 000000000000000000000000000000000000 0 2 22 2 33 333 3333 4
lowQualScore : . . . . .. . . . . .... . . . . . .. ... ..... . . . .............. . . . ........................ . . .. . .... .. .......... ..... . . ... .. . . ......................................... . ............................................................... . ... .. ....... ........ . ................ . . ... ............... ........ .. ... ..... .......................................................... .. ................... . ..... .... ..................................................................................................................................................... ... .. .. ......... . . . . . .................. .. .. .... . . .. . . . ....... . ..... . . . ........ . .............. .. .. ......... . ..... .. ................................................................................................... .... ... . . . ... .. . .... . .......... . . ..... ....... ... .. . . ... . ... ............................. .. . ... . ............... . ....... .. ..... . .. . ... .. ............................ ..... . .... .. .... .... . .. . ... .. .. ............ ... . ........ . .... ........................................................................ ... . ...................................................................................................................... .. .................................... . . .. . .. ... .... .
lowQualScore : 0 5 5 0 00 0 5 0 0 3333 7 7 0 0 3 77 333 77777 7 2 5 55555555555555 8 8 0 555555555555555555555555 7 3 33 0 8888 55 0000000000 88888 7 3 777 11 9 6 33333333333333333333333333333333333333333 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 888 99 2222222 99999999 9 3333333333333333 6 5 444 888888888888888 22222222 55 444 00000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 8888888888888888888 8 22222 4444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 00 00 555555555 5 3 6 0 0 222222222222222222 11 66 6666 0 0 99 9 3 3 7777777 9 66666 4 7 0 22222222 5 55555555555555 44 00 222222222 0 44444 55 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444 999 0 0 0 555 99 4 5555 0 4444444444 0 2 22222 0000000 777 22 6 0 000 0 000 88888888888888888888888888888 11 0 222 9 000000000000000 4 6666666 11 11111 2 77 4 444 88 8888888888888888888888888888 55555 9 2222 99 5555 6666 4 55 7 777 99 33 444444444444 444 3 77777777 0 6666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 000000000000000000000000000000000000 2 0 88 0 88 000 0000 0
consensus : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTANCACANTNTGCNNGNTTATAACAATGCTACACGGTGCGCGACATCTAGT-ATGTA-CACAAGTATAGCTAC--CATA-CG--GTAACACAGTCTGCTAGA---AT---TA----ACAGTGTGCCAGATATAG----------T-C---------A-TGT-A-CAA-AGTGTGTTANATATAGCAA-GTT----ACAGCGTGGTAAATATAGCAACGTAACACAGTATG-CTAGATATATG---AAC---GTTCA----TGTA------ATACAGTG-TAC-TAGATATA---GCCG---TGTAACAA---AGCGT----GC--T----AG----ATAT-----AACA-A---TG--T--A----ACAG-------TGTAC--C---------A--GA-TGCGATACAGT---GTGC-----TA-AATA---TAGC--------AATG--TA--NCA-----CAG---ATTGC--TA-CAA-N----AGCAA-A-G-----T-AAC------------A----C--AGTGTGCA---A-------------GATATA--GCNATGTAACACAG---TGTGC--T--A-G-A--------TA----AA------------AC--------A--G--TGA---AAC-ATACCGTA-CCATA--------T---GTAAC--A-----CA-----GTGTG--C-----TAG--AT-----A---AA-AC---T-ATGTAACACAG---TGTGC--T--ACAA---C-TAGCAAT-GT-AAC-ACAGTAC-----GCTANA-------A--TA-GCA----AT-GTNACACGGTGTGACAGATATA-CCGT-GTAACACGG---TGTGCCAGA-TA--------TAGCNACG------T-A----ACACNG--TGTNC--TA-G-ATACAAN----AATGT--AACACAGT-TACCG-----CAT-T-AA-----C---G-A-----TATAAC-----GCN-ACGTA----------C--TAGAT-------A-----------TATC-CGTGTAANACGGTGTCG-CA-GAT-ATA-GCAA-TGTAACACA----G-TGTGC-------T--AC-AAATAG----CAAC--G-T--AACACNGTATGCTA-CAATA---GC-AATG---TAACA-----------NTGT-----C--------TG--CTAGATATA--TCCGCG-----------T---AACACGGTG-TGC--CA--G-----ATATAGCNATGTAACACAGTGT----TCTNGATANAAC--AACGTNAC-ACAG-----TGTGCT---ACAT-TAT--CAATAT----AACGCGGT-GTAC-TAGATA-TATC-CGTGTAACACGG---TGT---CGC-AGATATA--------GC-AATGTA----ACA--TAGTG-GC--TAGATATAGC-NA-TATAATACAGT------NTGC--TAGT-TGTA----AC-------AATGTA---ACACAGTGT-A--TCA------G-TG-AATACAA---TGTACTAGC-ATAGC--------AATGTAA-ANCA--GTAA-ACAANA-TATATAA-ACGTAATAC----C-----A---TATA------GCAATGT-CAACACTGT---G-------TGCNACAC-G-A----GCA--GTGACACAATATGNAACA--ATA-CAAT-AT-AACANGGTGTGCT
Reference ( gi|1 ) : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTATAGGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCACAAGTATAGCTAT--CATA-CG--GTAACACAGCCTGCTAGA---AT---TA----ACAATGTACCAGATATAG----------T-C---------A-TGT-A-CAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTG--ACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATG-CTAGATATATG---AAC---GTTCA----TGTA------ATACAGTG-TAC-TTGATATA---GCCA---TGTAACAA---AGTAT----GC--T----AG----ATAT-----AACA-A---TG--T--A----ACAG-------TGTAC--C---------A--GA-TGTAATACAGT---GTGC-----TA-AATA---TAGC--------AATG--TA--GCA-----CAG---ATTGC--TA-CAA-A----AGCAA-A-G-----T-AAC------------A----C--AATGTACA---A-------------GATATA--ACCATGTAACACAA---TGTGC--T--A-G-A--------TA----AA------------AC--------A--G--TGA---AAC-ATACTGTA-TCATA--------T---GTAAT--A-----CA-----ATATG--C-----TGG--AT-----A---AA-AC---T-ATGTAACACAG---TGTGC--T--ACAA---C-TAGCAAT-GT-AAC-ACAGTAT-----TCTACA-------A--TA-GCA----AT-GTTACATGGTCTGATAGATATATCCGC-GTAACACGG---TGTGCCAGA-TA--------TAGCTATG------T-A----ACACCG--TGTTT--TA-G-ATATAAC----AATGT--AACACAGTCTCCCG-----CAT-T-AA-----T---G-A-----TATAAC-----GCT-ATGTA----------C--TAGAT-------T-----------TATC-CGTGTAAAAGGGTGTCG-CA-GAT-ATA-GCAA-TGTACCATA----G-TGTGC-------T--AC-AAATAG----CAAT--A-T--AACGGCGTATGCTA-CAATA---GC-AATG---TAACA-----------ATGT-----C--------TG--CTAGATATA--TCCGCA-----------T---AACACGGTG-TGC--CA--G-----ATAGAGCTATGTTACACAGTGT----TCTTGATATCAC--AATGTTAC-CCAG-----TATGCT---ACAT-TAT--CAATAT----AACGCAAT-TTAC-TAGATA-TATC-CGTGTAACACGT---TGT---CGC-AGATATA--------GC-AATGTA----ACA--TAGTGAGC--TAGATATAGC-CT-TAAAATACAGT------TTGC--TAGT-TGTA----AC-------GATGTA---ACACAGTGT-A--TCA------GATG-AATCCAA---TGTGCTAGTTATGGC--------AATGTAA-ATCA--GTGA-ACAAGA-TATATAA-ATGGAATAT----------A---TATA------GCAATG--CAACACTGT---A-------TGCTACAC-A-A----GTA--GTAACACAGTATGCAGCA--ATAGCAAT-GT-AACAAGGTGTGCTG
gi|3 : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTATACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCACAAGTATAGCTAT--CATA-CG--GTAACACAGCCTGCTAGA---AT---TA----GCAATGTACCAGATATAG----------T-C---------A-TGT-A-CAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTG--ACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATG-CTAGATATATG---AAC---GTTCA----TGTA------ATACAGTG-TAC-TTGATATA---GCCA---TGTAACAA---AGTAT----GC--T----AG----ATAT-----AACA-A---TG--T--A----ACAG-------TGTAC--C---------A--GA-TGTAATACAGT---GTGC-----TA-AATA---TAGC--------AATG--TA--GCA-----CAG---ATTGC--TA-CAA-A----AGCAA-A-G-----T-AAC------------A----C--AATGTACA---A-------------GATATA--ACCATGTAACACAA---TGTGC--T--A-G-A--------TA----AA------------AC--------A--G--TGA---AAC-ATACTGTA-TCATA--------T---GTAAT--A-----CA-----ATGTG--C-----CAG--AT-----A---AA-AC---T-ATGTAACACAG---TGTGC--T--ACAA---C-TAGCAAT-GT-AAC-ACAGTAT-----GCTACA-------A--TA-GCA----AT-GTTACATGGTCTGATAGATATATTCGC-GTAACACGG---TGTGCCAGA-TA--------TAGCTATG------T-A----ACACCG--TGTTT--TA-G-ATATAAT----AATGT--AACACAGTCTCCCG-----CAT-T-AA-----T---G-A-----TATAAC-----GCA-ATGTA----------C--TAGAT-------A-----------TATC-CGTGTAAAACGGTGTCG-CA-GAT-ATA-GCAA-TGTACCACA----G-TGTGC-------T--AC-AAATAG----CAAT--A-T--GACACCGTATGCTA-CAATA---GC-AATG---TAACA-----------ATGT-----C--------TG--CTAGATATA--T
gi|2 : GATGTAATACAATGTGCAAGAT-ATAGCAATGTAACACAGTGCGATACAACTAGCAATGTAACACA-GTTT-GCTAC--AATAGCAATGTAACACAATGTGCTAGATATATCCGTATGAGACGGTGTGCCAGATATAGCTGTGTGTTCT-CGATAAAACAA-TGT-AACAG-AGTATACTATAC-TATCAATATTAC--ACGGTGTGCTGGATATATCCGTGTAACACGGTATGACT-GATATA-G---CA--------A----TTTA------ACATAGTG-TGC-TAGAAATA---GCCA---CATAACAC---AGTTT----GC--A----AG----TTAT-----AAAA-A---TG--T--AAC--ACAG-------AATAC--C---------A--GA-TGTTATTAAAT---GTAC-----TA-GCTA---TAGCAAAAAGCTAATG--TA--AAA-----CAG---TAAGC--TA-GAT-A----TGGAA-ATG-----T-AAT------------A----C--AATGTTCT---A-------------GATATA--GCAATGTAACACAG---TGTGC--T--T-C-A--------TG----TA------------GC--------AATG--TGACACAAT-ATACTACA---ATA------------GCAAC--A-----TATCATGGTGTG--C-----TAG--AT-----A---TA-TT---C-ATGTAACAC-----T-TGC--C--AGAT---G-TAGCAAT-
gi|5 : caAACAGTG-TACAAAA-GTGTGACAT--AGT---GTA-CAGCAGTA-AACAACAACATA-C-------CATAGTCTGC-------------A----ACAGTGT-CCA---ACAG----------T--------------GT-A-CAATAGTGTG----ATATAGT---GT-----ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT------AT-TCTGC--AACAGTGTTCA----------------ACAGTG-TAC----ACA-A---G------TGTGACAT---AGTGT----GC-------AGCGGCGTAC-----AATA-G---TGAAC--A----ACAG-------TGAACGAC---------A---A-TGTGCAACAG-------C-----TA-ACGAAC-TAAC--------AGTG--TACTGCAGTAAACAGC--ATTGCACCA-CAGTA----AGCAACA-G-----T-ACCCATGAGTATTCAA----C--AGTGTGCACTCG-------------TGTACA--AAAATGTACGACAG---TGTGT--T--A-A-AACAGTATATA----AA------------ACTGTACCAAA--G--TGT---AAA-ATAGCGTA-TGATAG-------T---GTACA--G-----CA-----GTGTG--CACTCGTGT--AC-----A---AA-A------ATGCACAACAG---TGTGT--T--AAAA---C--AGT-AT-AT-AAA-ACTGTAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : TGCTATA---TT---TAGC--ACACTGTATTACATCTGG----------TAC---------ACTGTTA-CA----T-TGTTATATCTAGCATACTTTGTTACA---TGGC---TATATCAA-GTA-CACTGTAT-------TACATG---AAC---GTTCA----TATATCTAGCATACTGTGTTACATTGCTATATTTATCATCCTGT--CAA---ACCTT----GC--T----AT----ATCT-----AACACACTTTG--T-------ACA--------TG-AC--T---------A--TA-TCTGGTACA-T----TGC-----TA-ATTC---TAGC--------A
gi|2 : caatatggcagctaatactatatgctagatatagcaatgcaatataatattctagttatatcctggcagtacagtaagttaacgagaaataacgatgtaccacactttgcttgtttataaaaatgctatacggtgtgcgacatctagttatgtatcacaagtatagctatcatacggtaacacagcc----ACAATGTGCAAGATATAG----------C-A---------A-TGT-AACAC-AGTGCGATACAACTAGCAATGTAAC--ACAGTTTGCTACA-ATAGCAATGTAACACAATGTG-CTAGATATAT------------CCG----TATG------AGACGGTG-TGC-CAGATATA---GC-----TGT---------GTGT----TC--T----CG----ATAA-----AACA-A---TG--T--A----ACAGAGTATACTATAC--T---------ATCAA-TATTACACGGT---GTGC-----TG-GATA---TATC--------CGTG--TA--ACA-----CGGT--ATGAC--TG-ATA-T----AGCAA-T-T-----T-AAC------------A----T--AGTGTGCT---A-------------GAAATA--GCCACATAACACAG---TTTGC--A--A-G-T--------TA----TA------------AA--------A--A--TGT---AAC-ACAGAATA-CCAGA--------T---GTTAT--T-----AA-----ATGTA--C-----TAGCTATAGCAAA---AA-GC---TAATGTAAAACAG---TAAGC--T--AGAT---A-TGGAAAT-GT-AAT-ACAATGT-----TCTAGAT------A--TA-GCA----AT-GTAACACAGTGTGCTTCATGTAGCAAT-GTGACACAA---TATACTACA--A--------TAGCAACA------T-A----TCATGG--TGTGC--TA-G-ATATATT----CATGT--AACACatgtagcacagattgctacaaaagcaaagtaacacaatgtacaagatataaccatgtaacacaatgtgctagataaaacagtgaaacatactgtatcatatgtaatacaatgtgccagataaaactatgtaacacagtgtgctacaactagcaatgtaacacagtatgctacaatagcaatgttacatggtctgatagatatattcgcgtaacacggtgtgccagatatagctatgtaacaccgtgttttagatataataatgtaacacagtctcccgcattaatgatataacgcaatgtactagatatatccgtgtaaaacggtgtcgcagatatagcaatgtaccacagtgtgctacaaatagcaatatgacaccgtatgctacaatagcaatgtaacaatgtctgctagatatat
gi|5 : cagatgtaat-TGT-A-CAA-AA-GTGT--GACATAGT---GT-----ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCATAGTCTG-CAACA---GTGTCCAACAGTGTACAATAGTGTG------ATATAGTG-TAC--------A---GCAG---TA-AACAAC--AACAT----ACCGT----AGT---ATATTCTGCAACA-G---TG--TTCA----ACAG-------TGTACA-C---------A--AG-TGTGACATAGT---GTGC----------------AGC--------GGCG--TA--CAA-----TAG-----TG---------------AACAACA-G-----TGAACG-----------A----C--AATGTGCA---A-------------CAGCTA--ACGAACTA--ACAG---TGTAC--TGCA-G----------TA----AACAGCATTGCACCAC--------A--G--T-A---AGC-A-ACAGTACCCATG--------A---GTATTCAA-----CA-----GTGTG--CACTCGTGT--AC-----A---AA-A------ATGTACGACAG---TGTGT--T--AAAA---C--AGT-AT-AT-AAA-ACTGTACCAAAGTGTAAA-------A--TA-GCttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : aacagAATATGGCAGC-TAATACTATATG-CTAGATATA-G---CA--------A----TGCA------ATATAATA-TTC-TAGTTATA---TCCT---GGCAGTAC---AGTAA----GT--TAACGAG----AAAT-----AACG-A---TG--T--ACC--ACAC-------TTTGC--TTGTTTATAAA--AA-TGCTATACGGT---GTGC-----GA-CATC---TAGT--------TATG--TA--TCA-----CAAGT-ATAGC--TATCAT-ACGGTAACAC-A-GCCTGCT-AGA------------ATTAGC--AATGTACC---A-------------GATATA--GTCATGT-ACAAAG---TGTGT--T--A-G-A--------TATAGCAAGGTTTG------AC--------A--GGATGA---TAA-ATA---TA-GCA-A--------T---GTAAC--A-----CA-----GTATG--C-----TAG--AT-----ATATGA-ACGTTC-ATGTAATACAG---TGTAC--TTGATA------TAGCCAT-GT-AAC-AAAGTAT-----GCTAGAT------A--TA-ACA----AT-GTAACA--GTGTACCAGAT---------GTAATACAG---TGTGCTAAA-TA--------TAGCAATG------T-A----GCACAGATTGCTA--CA-A-A---AGC----AAAGT--AACACAATGTACAA-----GATAT-AA-----C---C-A-----TGTAAC-----ACA-ATGTG----------C--TAGATAAAACAGTGAAACATACTGTATCATATGTAATACAATGTGC-CA-GAT-AAA-ACTA-TGTAACACA----G-TGTGC-------T--AC-AACTAG----CAAT--G-T--AACACAGTATGCTA-CAATA---GC-AATG---TTACA-----------TGGT-----C--------TG--ATAGATATA--TTCGCG-----------T---AACACGGTG-TGC--CA--G-----ATATAGCTATGTAACACCGTGT----TTTAGATATAAT--AATGTAAC-ACAG-----TCTCCC---GCAT-TAA--TGATAT----AACGCAAT-GTAC-TAGATA-TATC-CGTGTAAAACGG---TGT---CGC-AGATATA--------GC-AATGTA----CCA--CAGTGTGC--TACAAATAGC-AA-TATGACACCGT------ATGC--TA-C-AATA----GC-------AATGTA---ACAgtatgatagtgtacagcagtgtgcactcgtgtacaaaaatgcacaacagtgtgttaaaacagtatataaaactgta
gi|4 : cATACA---ACTT---TG-AACAATATAGCATTGTCAC--T----AG----ACA-------ACA-A---TA--T--ATGATACA-----------AC--C---------A--CA-TACAATACAAT---GTCA-----TACAATA---TAAT--------AATA--CA--ATA-----CAGTTAATTTCAATG-CAA-C-----GCCA-C-G-----C-AAC------------A----CTTAATGTACA---AAACAACATTGTACAATATAACACTGTATAATACAATGCTGTGCAAT--ACA-A--------TACC--AA------------AC--------A--A--TAA---TATAACACTGTA-TAATATAATTTG-T---GCAAT--A-----CA-----ACA----C-----TG----T-----A---AACAC---T-GTGCAATACAAAACTGTACAAT--ACAATACC-AAACAA---T-AAT-ATAACAC-----TGCATA-------A--TA--CA----GT-GTT-----GTGCAATACA-ACA-CTGT--CAACAC-----TGTGC--AA-TA--------CAACACTG------TCA----ACACTG--TGC-------A-ATACAAA----ACTGTACAAAACAA--TACCA-----AA--C-AA-----T---A-A-----TATAAC-----ACT-GCATA----------A--TA-------------------------C-AGTGT-------TGT-G-CA--AT-ACA-ACAC-TGT-CAACA----C-TGTTC--------------AATA-----CAAC--A-CTGAACAG-------TA-CAATA----C-GA------AACA-----------AT-----------------------AATATAACACTGCA-----------T---AATACAGTGTTGTG-CA--G------TACAACACTGTCA-ACACTGT----TCAGTACAACACTGAACAGTA---CAA-----TATGAA---ACA---AT---AATAT----AACACatgtctgctagatatat
gi|5 : cgtaga--A----ACAG-------TGTAC--A---------A--AAGTGTGACATAGT---GTACAGCAGTA-AACA-----AC--------AACA--TA--CCA-----TAG---TCTGC--AA-CA---------------G-----T-GTCCA----------A----C--AGTGTACA---A-----------------TA--G---TGTGATATAG---TGTAC-----A-GCA--------GT----AA------------AC--------A--A--C-----AAC-ATACCGTA-GTATA--------TTCTGCAAC--AGTGTTCA-----ACA-G--------TGT--AC-----A---CA-A------GTGTGACATAG---TGTGC--A--GCGG---CGTA-CAATAGTGAACAACAGTGA-----ACGACA-------A--TGTGCA----ACAGCTA-ACGAACTAACAG-TGTA-CTGCAGTAA-ACAGCATTGCACCACAGTAAGCAACAGTACCCATGAGTATTC-A----ACAGTG--TGCAC--TC-GTGTACAAA----AATGT--ACGACAGT-----G-----TGT-T-AAAACAGT-----A-----TATAAA-----AC---TGTA----------C--CAAA--------------------------GTGTAAAATAGCGT-------ATGATA-G----TGTACAGCA----G-TGTGCACTCGTGT--AC-AAA--------AATGCA-C--AACAGTG--TGTTA-AAACA---GT--ATA---TAAAA-----------CTGT-----tgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|8 : -------TGTGC--C---------A-----TGCAGTACAGTACAGTGC-----AA-CATAGCGCAGC--------ACTGCATA--GCA-----CAG---AACGG--TA-CAA-C----AGTAC-A-G-----T-ACT------------G----T--ACTGTACA---A-------------GACAa
gi|2 : aactgagatacattcaatatttatagttatgtgattttac--C---------A--GA-TGTAATACAAT---GTGC-----AA-GATA---TAGC--------AATG--TA--ACA-----CAG-----TGCGATA-CAA-CT---AGCAA-T-G-----T-AAC------------A----C--AGTTTGCT---A-------------CA-ATA--GCAATGTAACACAA---TGTGC--T--A-G-A--------TA----TA------------TC--------C--GTATGA---GAC---GGTGTG-CCAGA--------T---ATA----G-----CT-----GTGTGTTC-----TCG--AT-----A---AA-AC---A-ATGTAACAGAG---TATAC--T--AT-A---C-TATCAAT-AT-TAC-ACGGTGT-----GCTGGAT------A--TA-TCC----GT-GTAACACGGTATGACTGATATAGCAAT-TTAACATAG---TGTGCTAGA-AA--------TAGCCACA------T-A----ACACAG--TTTGC--AA-G-TTATAAA----AATGT--AACACAGAATACCAGATGTTAT-TAAA-----T---GTACTAGCTATAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAAGC--TAGAT-------A-----------TGGA-AATGTAATACAATGTTC-TA-GAT-ATA-GCAA-TGTAACACA----G-TGTGC-------T--TC-ATGTAG----CAAT--G-T--GACACAATATACTA-CAATA---GC-AACA---TATCA-----------TGGT-----G--------TG--CTAGATATA--TTCATG-----------T---AACAC--T--TGC--CA--G-----ATGTAGCAATgttcagcatggtatgtacagcacagtacagtacagtacagcacagcaaagtaagtacaagacagttca
gi|3 : --ACCATGTAACAT-------TGC--T--A------------T-----------------------------------TGT---AGC-ATACTGTG-TTACATTGCTAGTT---GTAGC--A-----CA-----CTGTG--T-----TAC--AT-----A---GT-TT---T-ATCTGGCACAT---TGTAT--T--AC------------AT-AT-GAT-ACAGTAT-----GTTTCACTGTTTTATCTA-GCACATTGT-GTTACATGGTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : caatatggcagctaatactatatgctagatatagcaatgcaatataatattctagttatatcctggcagtacagtaagttaacgagaaataacgatgtaccacactttgcttgtttataaaaatgctatacggtgtgcgacatctagttatgtatcacaagtatagctatcatacggtaacacagcctgctagaattagcaatgtaccagatatagtcatgtacaaagtgtgttagatatagcaaggtttgacaggatgataaatatagcaatgtaacacagtatgctagatatatgaacgttcatgtaatacagtgtacttgatatagccatgtaacaaagtatgctagatataacaatgtaacagtgtaccagatgtaatacagtgtgctaaatatagcaatgtagcacagattgctacaaaagcaaagtaacacaatgtacaagatataCAGA--------T---GTAAT--A-----CA-----ATGTG--C-----AAG--AT-----A---TA-GC---A-ATGTAACACAG---TGCGA--T--ACAA---C-TAGCAAT-GT-AAC-ACAGTTT-----GCTACA-------A--TA-GCA----AT-GTAACACAATGTGCTAGATATATCCGT-ATGAGACGG---TGTGCCAGA-TA--------TAGCTGT-------------------G--TGTTC--TC-G-ATAAAAC----AATGT--AACAGAGTATACTA-----TAC-T-AT-----C---A-A-----TATTAC-----ACG-GTGTG----------C--TGGAT-------A-----------TATC-CGTGTAACACGGTATGA-CT-GAT-ATA-GCAA-TTTAACATA----G-TGTGC-------T--AG-AAATAG----CCAC--A-T--AACACAGTTTGCAAGTTATA---AA-AATG---TAACACAGAATACCAGATGT-----TATTAAATGTA--CTAGCTATA-----GCAAAAAGCTAATGT---AAAACAGTA-AGC--TA--G-----ATATGGAAATGTAATACAATGT----TCTAGATATAGC--AATGTAAC-ACAG-----TGTGCT---TCATGTAG--CAATGT----GACACAAT-ATAC-TACA-A-TAGC-AACATATCATGG---TGT----GCTAGATATA--------TT-CATGTA----ACACTT-----GC--CAGATGTAGC-ctgatagatatattcgcgtaacacggtgtgccagatatagctatgtaacaccgtgttttagatataataatgtaacacagtctcccgcattaatgatataacgcaatgtactagatatatccgtgtaaaacggtgtcgcagatatagcaatgtaccacagtgtgctacaaatagcaatatgacaccgtatgctacaatagcaatgtaacaatgtctgctagatatat
gi|2 : -GTAATACAA---TGTGCAAGA-TA--------TAGCAATG------T-A----ACACAG--TGC-------G-ATACAACTAGCAATGT--AACACAGTTTGCTA-----CAA-T-AG-----C---A-A-----TGTAAC-----ACA-ATGTG----------C--TAGAT-------A-----------TATC-CGTATGAGACGGTGTGC-CA-GAT-ATA-GC---TGT----------G-TGTTC-------TCGAT-AA--AA----CAAT--G-T--AACAGAGTATACTA-TACTA---TC-AATA---TTACA-----------CGGT-----G--------TG--CTGGATATA--TCCGTG-----------T---AACACGGTA-TGA--CT--G-----ATATAGCAATTTAACATAGTGT----GCTAGAAATAGC--CACATAAC-ACAG-----TTTGC----AAGT-TATAAAAATGT----AACACAGA-ATAC-CAGATGTTATTAAATGTACTA-GC---TAT---AGC-AAA-A-A--------GCTAATGTA----AAA--CAGTAAGC--TAGATATGGA-AA-TGTAATACAAT------GTTC--TAGA-TATA----GC-------AATGTA---ACACAGTGT-GCTTCATGTAGCAATGTGACACAA---TATACTA-CAATAGC--------AACAT---ATCATGGTGT-GCTAGA-TATATTC-ATGTAACACTTGCCAG---A---TGTA------GCAATaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatAACACGG---TGTT----A-CA--------TAGCTATA------T-CTGGCACACCG--TGTTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : caatatggcagctaatactatatgctagatatagcaatgcaatataatattctagttatatcctggcagtacagtaagttaacgagaaataacgatgtaccacactttgcttgtttataaaaatgctatacggtgtgcgacatctagttatgtatcacaagtatagctatcatacggtaacacagcctgctagaattagcaatgtaccagatatagtcatgtacaaagtgtgttagatatagcaaggtttgacaggatgataaatatagcaatgtaacacagtatgctagatatatgaacgttcatgtaatacagtgtacttgatatagccatgtaacaaagtatgctagatataacaatgtaacagtgtaccagatgtaatacagtgtgctaaatatagcaatgtagcacagattgctacaaaagcaaagtaacacaatgtacaagatataaccatgtaacacaatgtgctagataaaacagtgaaacatactgtatcatatgtaatacaatgtgccagataaaactatgtaacacagtgtgctacaactagcaatgtaacacagtatgctacaatagcaatgttacatggtctgatagatatattcgcgtGA-TA--------CAACCACA------T-ACA--ATACAA--TGTCA--TACA-ATATAAT----AATAC--AATACAGT---------------T-AA-----TTTCA-A-----TGCAAC-----GCC-ACGCA--------------ACAC-------T-----------TA-A-TGTACAAAACAACATTG-TACAAT-ATA-ACAC-TGTATAATACAATGCTGTGCAATACAAT--ACCAAACAA----TAAT--A-T--AACACTGTATAATA-TAATTTGTGC-AATA---CAACA-----------CTGTAAACAC--------TGTGCAATACAAA--ACTGTA-----------C---AATACAATA---C--CA--A-----ACAATAATATA--ACAC--TGC---------ATAATAC--AGTGTTGT-GCAA-----TA--CA---ACAC-TGT--CAACAC----TGTGCAAT---AC-AACA------C-TGT-CAACAC-----TGT----GC-A-ATACA--------AA-ACTGTACAAAACAA-TACCAAACAATA-ATATAACACTGCATAATACAGT--------------GT-TGTG-----C-------AATACA---ACAC--TGTCA--ACACT----GTTC-AATACAACACTGAAC-AGT----AC--------AATACGA-AACA--ATAATATAACACTGCATAA--TACAGTGTTGTGCA----G---TACA------ACACTGT-CAACACTGTTCAG-------TACAACACTG-A----ACA--GT---ACAATATGAAACA--AT---AAT-AT-AACAttagatataataatgtaacacagtctcccgcattaatgatataacgcaatgtactagatatatccgtgtaaaacggtgtcgcagatatagcaatgtaccacagtgtgctacaaatagcaatatgacaccgtatgctacaatagcaatgtaacaatgtctgctagatatat
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatA--------TAG-TCTG------C-A----ACA--G--TGTCCAACA-GTGTACAAT----AGTGT--GATATAGTGTACAG-----CAG-T-AA------------------ACAAC-----A---ACATA----------CCGTAG-T-------A-----------TATT-C-TGCAACAGTGT-TCAACA-G-T-GTACACAAGTGTGACATA----G-TGTGCAGCGGCGT--AC--AATAGTGAACAAC--AGTG-AACGACA-ATG-TG-CAACA---GCTAACGAACTAACA-----------GTGTA----C--------TG--C-AG-TA-A--ACAGCA-----------TTGCACCACAGTA-AGCAACA--GTACCCAT-GAG-TAT-TCA-ACAGTGTGCACTCGTG-TACAAA--AATG-TACGACAG-----TGTGTTAAAACAG-TAT----ATAA----AACctgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|2 : aacagtgtacaaaagtgtgacatagtgtacagcagtaaacaacaacataccTGTAATACAATGT-G-CAAGAT-ATA-GCAA-TGTAACACA----G-TGCGA-------T--AC-AACTAG----CAAT--G-T--AACACAGTTTGCTA-CAATA---GC-AATG---TAACACA---------ATGT---------------G--CTAGATATA--TCCGTA-----------T---GAGACGGTG-TGC--CA--G-----ATATAGCTGTGT--------GT----TCTCGATAAAAC--AATGTAAC-AGAG-----TATACT---ATAC-TAT--CAATAT----TACACGGT-GTGC-TGGATA-TATC-CGTGTAACACGG---TAT---GAC-TGATATA--------GC-AATTTA----ACA--TAGTGTGC--TAGAAATAGC-CA-CATAACACAGT------TTGC--AAGT-TATA----AA-------AATGTA---ACACAGAAT-A--CCA------GATGTTATTAAA---TGTACTAGCTATAGCAAAAAGCTAATGTAA-AACA--GTAA-GCTAGA-TATGGAA-ATGTAATACAATGTTCTAGA---TATA------GCAATG--TAACACAGT---G-------TGCTTCAT-GTA----GCAATGTGACACAATATACTACA--ATAGCAAC-AT-ATCATGGTGTGCTtgtaccaaagtgtaaaatagcgtatgatagtgtacagcagtgtgcactcgtgtacaaaaatgcacaacagtgtgttaaaacagtatataaaactgta
gi|3 : cagaTATA--TCTGCG----------------ACACCGTT-TTA--CACGG-----ATATATCTA-GT-ACATTGCGT----T----ATATCATT-AATG------CGGGAGACTGTGTT---ACAT-TAT--T-ATATCTAAAACACGGTGTTACATAGCTA-TATC---TGGCACACCG---TGTTA-CGC-GAATATATCTATCAGAC-CATGTA----ACA--T--T--GC--TAT-TGTAGC--------ATACTGTGTTACATTGC--TAGT-TGTAGCACAC-------TGTGTT---ACATAGTagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|6 : caatatggcagctaatactatatgctagatatagcaatgcaatataatattctagttatatcctggcagtacagtaagttaacgagaaataacgatgtaccacactttgcttgtttataaaaatgctatacggtgtgcgacatctagttatgtatcacaagtatagctatcatacggtaacacagcctgctagaattagcaatgtaccagatatagtcatgtacaaagtgtgttagatatagcaaggtttgacaggatgataaatatagcaatgtaacacagtatgctagatatatgaacgttcatgtaatacagtgtacttgatatagccatgtaacaaagtatgctagatataacaatgtaacagtgtaccagatgtaatacagtgtgctaaatatagcaatgtagcacagattgctacaaaagcaaagtaacacaatgtacaagatataaccatgtaacacaatgtgctagataaaacagtgaaacatactgtatcatatgtaatacaatgtgccagataaa-TAGATC-TGTC-AGTA-AACACATAAATATAAACAC-A-ATACT--------GC-AATACA----ACA--CA--------TAGATATA---C-----AATACAATA-----CTGC----AT-TACA----ACACTACACGATGTATGGACATAGTTT-G--T-----------A-AATC------TGTCATAGATATGTC--------A--GTAA-AC------GC-ATAA----ATATAA-ATACAATAC----------------T-------GCAATA--CAACACTgcaatgtaccacagtgtgctacaaatagcaatatgacaccgtatgctacaatagcaatgtaacaatgtctgctagatatat
gi|5 : taatgcaacacaataatgcaacacaacattaaacaatgtgtgtatggacattctttgtaaaactgtca-AGTGTG----ACA--TAGTG---------TACAGC-AG-TAAACAACAAC------ATACCATAGTCTGCA----AC-------AGTGTC---CAACAGTGT-A--C-------------AAT--AG---TGTGATA-------T--------AGTGTAC-AGCA--GTAA-ACAACA--ACAT-A-CCGTAGTAT----------ATTCTGCA------ACAGTGTTCAACAGTG---------------TACAC-A-A----GT---GTGACATAGTGTGCAGCGGCGTA-CAATAGTGAACAAtcacaatgtgtgtatgtacatactttgtaaatctgtcatagatttgtcagtaaacgcataaatatacaatacaatactgcaatannnnnnnnnncaatacaacact
gi|4 : aacagtgtacaaaT-TGTA-----C-------AATATA---ACAC--TGT-A--T-------------AATACAA---TG--CT-GT----GC--------AATACAATACCA-----A-ACAATA--ATATAACACTGTATA-----------A---TATAATTTGTGCAATA--CAACACTGT---AAACACTGTGCAATAC-A-AAACTGTA---CAATACAATACCAAACA--AT---AAT-AT-AACAcagtgaacgacaatgtgcaacagctaacgaactaacagtgtactgcagtaaacagcattgcaccacagtaagcaacagtacccatgagtattcaacagtgtgcactcgtgtacaaaaatgtacgacagtgtgttaaaacagtatataaaactgtaccaaagtgtaaaatagcgtatgatagtgtacagcagtgtgcactcgtgtacaaaaatgcacaacagtgtgttaaaacagtatataaaactgta
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATTGCAATGCAGTGCAATGCAGTACAGCTAATGTGTAGTCATTTACAGTACAGAACAGTGCAGTAAAGCGGAAAAACAGTATAGCTTGCAGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTACAGTACATATTGTAGTACAGGACATTACAGTTTGCAGTCCAGTACAATACATCTTAAAGTACAACAGTACTGATAGCTGTGTTGTTATTTACAGTACAGTAAGTGCAGTAAAGTGAAGATACAGTACAGTACAGTTTAGAACAGAGCAGTACAGCTTGCAGTATAGTCAAATTT
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|10 ): ATAATAATGCAGTGCAATACACAGCACAATATAGTACTGTACAGCACAGCACAGTATGTCAAAGGGAAACACAATGTAAATGCAATGCAATGCAATGCAATACAACACAATGAA
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|12 ): CAAAACAGTATGCTGTGCAGTGCAGTGAAGTGCAGTACAATACAGCGTAATGCAGCACAATATATTACACTACAATAAAATAATATAGTGTTAAGCAATCTAATACAGTACCA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA
Alignments
lowQualScore : 333 222 11 11 2222222 1 1 5555555 222 1 222 55555555 11 11 11 11 1 1111 111 1 222222 11 11 222222 22222 111 222222222222 11 11 11111 11 111 1 1 3333333 11 1 4 11 1 3333333 1 111 2222222222 6666666666666666666666666666666666666666 1111111 222222 11111 111111 1111 3333333 444444444444 11 2222 2222222 1111111111 111 222222 1 1 222222222222222 6666666666666 1111 111 33333333333 1111 111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11 22222 5555555555 1111 111 222 11 1 33
lowQualScore : 7 1 1 1 22 1 7 6 2 3 6 8 333 111 2 3 6 33 11 0 2 3 6666666 0 2 2 2 0 2 9999 4444444 000 0 7 0 6 7 3 333 7 11111111 6 0 7 11 88 7 88 88 33 55 0 2 4444 777 0 222222 3 33 1 777 2 33 1 555555 11111 4 2 777 777777777777 11 7777 2 33 88888 8 33 111 4 2 77 0 9 33 3 0 2 2222222 2 11 2 0 2 1 7 1 0 5 6 0 6 0 1 2 33 1 55 0 6 1 3 0000000 3 77 555 77 0 1 1 1 3 111 2222222222 0000000000000000000000000000000000000000 6 1 6 4444444 6 888888 66666 1 777777 2222 8 6 2222222 33 444444444444 11 0000 8888888 1 8888888888 8 1 444 777777 3 0 99 9 44 0 1 1 3 999999999999999 2 99 66 4 1111111111111 6 1 2222 2 111 55555555555 4444 1 666 88888 6 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 8 77 1 8 8 00000 7777777777 0 1111 777 1 222 88 2 1 44 1
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . . ... ... . . . .. .. . . . ....... . . . . . . .... ....... ... . . . . . . ... . ........ . . . .. .. . .. .. .. .. . . .... ... . ...... . .. . ... . .. . ...... ..... . . ... ............ .. .... . .. ..... . .. ... . . .. . . .. . . . ....... . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . .. . . . . ....... . .. ... .. . . . . . ... .......... ........................................ . . . ....... . ...... ..... . ...... .... . . ....... .. ............ .. .... ....... . .......... . . ... ...... . . .. . .. . . . . ............... . .. .. . ............. . . .... . ... ........... .... . ... ..... . ................................................. .... . .. . . . ..... .......... . .... ... . ... .. . . .. .
lowQualScore : 3 0 0 0 00 0 3 5 5 2 0 8 222 000 5 2 5 88 22 8 5 2 8888888 5 5 5 5 0 5 2222 9999999 000 7 3 7 7 3 3 333 3 00000000 7 7 3 33 33 3 33 33 88 55 0 0 8888 555 0 222222 5 88 0 555 5 88 0 888888 00000 2 0 555 555555555555 00 2222 5 88 55555 2 88 000 2 0 88 0 2 88 2 0 5 5555555 5 88 5 2 0 0 3 0 7 0 0 0 0 2 0 0 88 0 22 0 0 0 2 2222222 2 88 888 22 8 4 0 0 3 777 7777777777 7777777777777777777777777777777777777777 0 0 7 3333333 7 333333 77777 0 777777 7777 0 5 5555555 55 888888888888 33 8888 2222222 0 6666666666 2 4 000 000000 8 6 44 6 66 0 0 4 8 555555555555555 5 22 33 2 3333333333333 7 8 8888 8 777 33333333333 2222 5 777 33333 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 0 00 0 0 0 88888 4444444444 6 5555 555 0 000 33 0 0 00 0
consensus : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTACACGGTGTGCGACATCTAGTTA-TGT-ATCACAAGTATAGCTAC--CATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACGGTGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-TT-----GATATAGCCGTGTAACAAAGTATGC--TAGAT--ATAACAATGTA--ACAGTGTGC--CAGAT-GCAA--T-ACAGT---GTGCTA-AAT--A---CAGCANTG--TAGCACAGATCGCTA--CAANAGCA-----AAGTA---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAA--ACA-T---ACTGTAC--CAT-A-TGTAATACAATGTGCTAGA-TAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACACGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTCTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTNCCGCATTAACGATATAACGCNACGTACTAGATATATCCGTGTAANACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG---TA--AC------ACAGT-------------G---TGC-------TAC----------AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AAC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGCTATG--TAACACAGTGTTCTNCGATACAACA--ACGTN---ACACAGTA---TGC---T--ACATTATCAATAT-AACACGGTGTANTAGATATATCCGTGTAACACG---GTGT---C--GCAGATACAG--CAATATAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCNATACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACG----GTGT-AT-CAG-TGT--AATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACG-ANA-TATATAA-AC---GTAATAC------N---ATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
Reference ( family-4497 ) : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTANCACANTNTGCNNGNTTATAACAATGCTACACGGTGCGCGACATCTAGT-A-TGT-A-CACAAGTATAGCTAC--CATACGGTAACACAGTCTGCTAGAATTAACAGTGTGCCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTANATATAGCAAG--TT-ACAGCGTGGTAAATATAGCAACGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-TA-----GATATAGCCGTGTAACAAAGCGTGC--TAGAT--ATAACAATGTA--ACAGTGTAC--CAGAT-GCGA--T-ACAGT---GTGCTA-AAT--A---TAGCAATG--TANCACAGATTGCTA--CAANAGCA-----AAGTA---ACACAGTGTGCA---AGATA---TAGC----NATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAA--ACA-T---ACCGTAC--CAT-A-TGTAACACAGTGTGCTAGA-TAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTACGCTANAATAGCAATGTNACACGGTGTGACAGATATA-CCGTGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCNACGTA--ACACNGTGTNCTA-GATACAANAATGTAACACAGT-TACCGCATTAACGATATAACGCNACGTACTAGATATATCCGTGTAANACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG---TA--AC------ACAGT-------------G---TGC-------TAC----------AAATAGCAACGTAACACNGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AAC-----ANTGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAACAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGCNATG--TAACACAGTGTTCTN-GATANAACA--ACGTN---ACACAGTG---TGC---T--ACATTATCAATAT-AACGCGGTGTACTAGATATATCCGTGTAACACG---GTGT---C--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGTG--GC------TAG-ATATAGCNATATAA---TACAGT-NTGCTAGTTGTA----ACAATGTAACACA----GTGT-AT-CAG-TG---AATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACA-ANA-TATATAA-AC---GTAATAC------C---ATATAGCAATGTCAACACTGT---GTGCNACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGNAACAATA-CAATATAACANGGTGTGCT
gi|1 : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTATAGGGTGTGCGACATCTAGTTA-TGT-ATCACAAGTATAGCTAT--CATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-TT-----GATATAGCCATGTAACAAAGTATGC--TAGAT--ATAACAATGTA--ACAGTGTAC--CAGAT-GTAA--T-ACAGT---GTGCTA-AAT--A---TAGCAATG--TAGCACAGATTGCTA--CAAAAGCA-----AAGTA---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAA--ACA-T---ACTGTAT--CAT-A-TGTAATACAATATGCTGGA-TAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATTCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAATGATATAACGCTATGTACTAGATTTATCCGTGTAAAAGGGTGTCGCA-GATATAGCAATG---TA--CC------ATAGT-------------G---TGC-------TAC----------AAATAGCAATATAACGGCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AAC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCATAACAC-------GGTGTGCCAG-----A------TAGAGCTATG--TTACACAGTGTTCTT-GATATCACA--ATGTT---ACCCAGTA---TGC---T--ACATTATCAATAT-AACGCAATTTACTAGATATATCCGTGTAACACG---TTGT---C--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGTGA-GC------TAG-ATATAGCCTTAAAA---TACAGT-TTGCTAGTTGTA----ACGATGTAACACA----GTGT-AT-CAGATG---AATCCAAT---GTG---CT-AGTT-A-TGGC--------AATGTAAATCAGTGA-ACA-AGA-TATATAA-AT---GGAATA-------T---ATATAGCAATG-CAACACTGT---ATGCTACAC-A-AGTA--GTAACACAGTATGCAGCAATAGCAATGTAACAAGGTGTGCT
gi|12 : --AAAACAGTATGCTGTGCAGTGCAGTGAAGTGCAGT---ACAATACAGCGTAA-TGCAGCACAATATATTACACTACAATAAAATAATA-TAGTGT---------TA-----AGCAATCTAATACAGTACg
gi|2 : cTGTAATACAATGT-GCAAGATATAGCAATG---TA--AC------ACAGT-------------G---CGA-------TAC----------AACTAGCAATGTAACACAGTT-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AAC-----ACAAT-----GTG--C-TAGATATATC-CGTATGAGAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TG--T------GTGTTCTC-GATAAAACA--ATGTA---ACAGAGTA---TAC---T--ATACTATCAATAT-TACACGGTGTGCTGGATATATCCGTGTAACACG---GTAT---G--ACTGATATAG--CAATTTAACATAGTGT-GC------TAG-AAATAGCCACATAA---CACAGT-TTGCAAGTTATA----AAAATGTAACACA----GAAT-AC-CAGATGTT-ATTA-AAT---GTA---CT-AG-CTA-TAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAA-GCT-AGA-TATGGAA-AT---GTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGT-AACACAGT---GTGCTTCAT-GTAGCAATGTGACACAATATACTACAATAGCAACATATCATGGTGTGCTca
gi|2 : cagaACAGTAAGCTA----GATATGGAAATGTAATACAATGTTCTAGAT-ATAGCAATGTAACACAGTGTGCTTCATGTAGC-AATGTGA-CACAA-TATA-CTAC--AATA--GCAACATA-TC-----------ATGGTGTGCTAGATATATTCATGTA-AC-ACT-TGCCAGATGTAGCAAagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaGATATATCTATGTA--ACACGGTGTCCCA-GATATATCA--GTGACTTAAT-TAC----TTAACAGT----------GTAT---ATGTCTCTG-GTATTACAGTGTCTTA-GAAATAGCAATG---AA--AC------ACAAT-------------G---TGT-------Ttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGATATATCTATGTAACACGGTGTCCCA-GATATATCAGTGACTTA--ATTACTTAACAGTGTATATGTCTCTGG---TAT-------TACAGTGTCTTAGAAATAGCAATGAAACACAATG-TGTTTTGTACA---GCATATGTTTTGTCAACTGTTTAATGT-----TTG--G-TAAATACATCACTCGTAAttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTATACGGTGTGCGACATCTAGTTA-TGT-ATCACAAGTATAGCTAT--CATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAGCAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-TT-----GATATAGCCATGTAACAAAGTATGC--TAGAT--ATAACAATGTA--ACAGTGTAC--CAGAT-GTAA--T-ACAGT---GTGCTA-AAT--A---TAGCAATG--TAGCACAGATTGCTA--CAAAAGCA-----AAGTA---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAA--ACA-T---ACTGTAT--CAT-A-TGTAATACAATGTGCCAGA-TAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATTCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAATGATATAACGCAATGTACTAGATATATCCGTGTAAAACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG---TA--CC------ACAGT-------------G---TGC-------TAC----------AAATAGCAATATGACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AAC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : GATACAACCACATACAATACAATGTCATACAATATAATAATACAATACAGT-TA----ATTT-CAATGCAACGCCACGCAACACTTA-AT--GTACAAAACAACATTGTACAATATAACACTG---TATAAT------ACAAT-------------GCTGTGCAATACAATACC---------AAACAATAATATAACACTGTA-TAATATA-ATTTGTGCA-ATAC------AAC-----ACTGTAAACACTGTGC-AATACAAAAC-TGTACAATAC-------AATA--CCAA-----ACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAACA--CTGTC---A-ACACTG---TGCAA-T--ACA--A-CACTGTCAACACTGTGCAATA--CAAAACTGTACAAAACA---ATAC---C------AAACAA--TAATATAACA--------C------T--------GC---ATAA---TACAGT-------GTTGTG-----CAATACAACAC------TGTCAA-CAC-TGTTCAATACAAC-----A---CTGAA-C-AGTA-C--------AATACGAAACAATAATATA-ACACTGCATAATACAGTGTTGTGC------A---GTACAACACTGTCAACACTGTTCAGTACAACACTG-AACA--GT---ACAATATGAAACAAT---AATATAACA
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatAACAGTG-TACAAAA-GTGTGACAT--AGT----GT-A-CAGCAGTA-AACAACAACATAC-----CATAGTCTGC-------AACAGTGT-CCA---ACAGT---GTACAATAGTGTG----ATATAGTG-----T-ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT-----AT-TCTGCAACAGTGTTCA------ACAGTGTACACAAGTGTGACATAG-TGTGCAGC--GGCGTACAATAG-TGAACAACAGTGAACGACAATGTGCAACAGCTAACGAACTAACAGT---GTACTGCAGTAAA---CAGCATTG--CACCACAG-----TAAGCAACAGTACCCATGAGTATTCA-ACAGTGTGCACTCGTGTA---CAAA----AATGT--ACGACAGTGTGT----TAAAACAGT-----ATA-TAAAACTGTAC--CAA-AGTGTAAAATAGCGTAT--GA-TA-----GTGT-ACAGCAGTGTGCACTCGTGTACAA--A--AATGCACAACAGTGTGTTAAAACAGT-ATATAAAACTGTctgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|6 : AATGCAACACAATAATGCAACA--------CA-ACATTA----AAC-----AATGT-----GTG--TATGGACAT-TC-TTTGTAAAACTGTCATAGATCTGTCAGTAAACA------CATAAATATA---AACACAATA--CTGCAATACAACA---CATAGATATACAATACAATAC---T--GCATTA-CAACAC-TACACGATGTA-TGGACATAGTT-TGTAAATC-----TGT---C--ATAGATATGT--CAGTA-AACGCA-------------TAA-ATATA--AATACAA---TAC-----TGCAA--TACA----ACACT-T--CACAATGTGTGT-AT---G-TA---CATACTTT---GTAAATCT-GT-C-A-TAG----------ATTTG--TCAGTAA-AC--GCA-TAAATAT-AC-----AATAC------A---ATACTGCAATa
gi|6 : tATG--CAACACAATA-------ATGCAACACAACATT---AAACAATG---TGTGTATGGACATTCTTTGTAA-AAC----TGTCATAGATCTGTCAGTA-AACACATAAATATAAAC--ACA-ATACTG--CAATACAACACA-------------TAG-ATATA-CAATACAA---TAC-----TGC--ATTACA----ACACT---ACACG----ATGT-AT------G---GACATAGTTT-GTAAATCT-GT-C-A-TAGA--------TATGT----CAGTAA-ACGCATA-AATATAA-AT---ACAATAC------TGCAATACAACACT-TC-ACAATGT---GTGannnnnnnnnncaatacaacact
gi|8 : taACT---GTGC---CATGCAG-TACAGTACAGTGCAACATAGCGCAGCACTGCATAGCACAGAACGGTACAACAGTACAGTACTG-TA-CTGTACAAGACAGTTCAGCATG----GTAT-GTACAG-CAC--AGTACAGTACAGTA---C--AG-C-A-CAGC--------AAAGTAAtatgtacatactttgtaaatctgtcatagatttgtcagtaaacgcataaatatacaatacaatactgcaatannnnnnnnnncaatacaacact
gi|8 : aactgagatacattcaatatttatagttatgtgattttTGTGC--CA--T-GCAG--T-ACAGTACAGTGCAA-CAT--AGCGCAGCACTGCATAGCACAGAACGGTA--CAACAGTA-----CAGTA---CTGTACTGTACA---AGACAGTTCAGCATGGTATGTACAGCACAGTgtacaagacagttca
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATTGCAATGCAGTGCAATGCAGTACAGCTAATGTGTAGTCATTTACAGTACAGAACAGTGCAGTAAAGCGGAAAAACAGTATAGCTTGCAGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTACAGTACATATTGTAGTACAGGACATTACAGTTTGCAGTCCAGTACAATACATCTTAAAGTACAACAGTACTGATAGCTGTGTTGTTATTTACAGTACAGTAAGTGCAGTAAAGTGAAGATACAGTACAGTACAGTTTAGAACAGAGCAGTACAGCTTGCAGTATAGTCAAATTT
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|10 ): ATAATAATGCAGTGCAATACACAGCACAATATAGTACTGTACAGCACAGCACAGTATGTCAAAGGGAAACACAATGTAAATGCAATGCAATGCAATGCAATACAACACAATGAA
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 222 3333333 22222 1111 222222222222222 111 111 222 222 11111 111111 111111 111 1111111 111 1 11 1 4444444 11 1 111 2222222 11111 111 2222222222222 11 1111111 2222222222222222 11111 11111 2222222 333333333333 11 111 11 44444444444444444444444 2222222 111 2222222222222222 111 111 666666666666666666666666666 11 111 444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 1 44444444444444444444 11 222 222 11 1
lowQualScore : 6 0 6 7 6 7 7 7 999 6 7 66 7 6 6 3 7 88 6 7 7 0 0 6 7 3 333 7 7777777 77 22222 3 2222 444444444444444 6 111 3 555 000 99 1 99 99 333 11111 99 111111 3 333333 1 111 7777777 99 3 8 0 777 6 0 3 66 7 7 3 3333333 6 6 6 0 88 0 3 0 6 77 88 1 2 3 55 444 4444444 55555 1 6 222 2222222222222 6 3 77 33 1 1111111 5 9999999999999999 44444 9999 0 5 33333 1 6666666 0 444444444444 11 888 11 22 0 33333333333333333333333 3 0 3333333 3 3 8 3 1 444 3 6 6666666666666666 3 111 99 111 0 0 999999999999999999999999999 22 1 444 0 555555555555555555 0 6 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 1 0 888 0 1 0 44444444444444444444 44 333 222 88 2 7 1
lowQualScore : . . . . . . . . ... . . .. . . . . . .. . . . . . . . . ... . ....... .. ..... . .... ............... . ... . ... ... .. . .. .. ... ..... .. ...... . ...... . ... ....... .. . . . ... . . . .. . . . ....... . . . . .. . . . . .. .. . . . .. ... ....... ..... . . ... ............. . . .. .. . ....... . ................ ..... .... . . ..... . ....... . ............ .. ... .. .. . ....................... . . ....... . . . . . ... . . ................ . ... .. ... . . ........................... .. . ... . .................. . . . ................................................... . . . ... . . . .................... .. ... ... .. . . .
lowQualScore : 7 7 7 3 7 3 3 3 000 7 3 77 3 7 7 3 3 00 7 3 3 7 7 7 3 3 333 3 7777777 33 55555 2 8888 333333333333333 7 777 7 777 888 22 0 22 22 000 88888 22 888888 7 333333 7 777 8888888 22 7 8 8 555 7 7 3 33 3 3 3 3333333 7 7 0 7 33 7 3 7 7 77 00 0 0 2 00 000 0000000 55555 0 7 555 0000000000000 7 9 00 66 7 9999999 7 0000000000000000 33333 4444 1 0 00000 0 0000000 8 000000000000 00 222 44 00 8 66666666666666666666666 8 8 8888888 8 2 8 2 0 000 8 7 7777777777777777 5 777 22 777 3 8 444444444444444444444444444 88 4 000 8 666666666666666666 8 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 0 0 555 0 2 0 55555555555555555555 00 333 000 33 0 3 0
consensus : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTATANGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCACAAGTATAGCTAT--CATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAGA--GCTACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTG---AAACATACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAACGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAAA------ACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TA--NCACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACNGTA--TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TATGTAACACAGTGTTCTNCGATACAACAACGTN---A-CACAGT---A---TACTACATTATCAA---TATNACACGGTGTANTAGATATATC---CGTGTAAC-ACGGT-------GTC--GCAGATA---CAG--CAA---TATAACATAGCG--GC------TAG-ATATA-----GCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACGGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
Reference ( family-4497 ) : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTACACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCACAAGTATAGCTAC--CATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACGGTGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAGATCGCTACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTG---AAACATACTGTACCATA-TGTAATACAATGTGCTAGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACACGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTCTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTNCCGCATTAACGATATAACGCNACGTACTAGATATATCCGTG---TAAN------ACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TA--ACACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA--TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TATGTAACACAGTGTTCTNCGATACAACAACGTN---A-CACAGT---A---TGCTACATTATCAA---TATAACACGGTGTANTAGATATATC---CGTGTAAC-ACGGT-------GTC--GCAGATA---CAG--CAA---TATAACATAGCG--GC------TAG-ATATA-----GCNATACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACGGTGTAT-CAG-TGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------NATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
gi|1 : CAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTATAGGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCACAAGTATAGCTAT--CATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAGATTGCTACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTG---AAACATACTGTATCATA-TGTAATACAATATGCTGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATTCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAATGATATAACGCTATGTACTAGATTTATCCGTG---TAAA------AGGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TA--CCATAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATAACGGCGTA--TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCATAACAC-------GGTGTGCCAG-----A------TAGAGC--TATGTTACACAGTGTTCTT-GATATCACAATGTT---A-CCCAGT---A---TGCTACATTATCAA---TATAACGCAATTTACTAGATATATC---CGTGTAAC-ACGTT-------GTC--GCAGATA---TAG--CAA---TGTAACATAGTGA-GC------TAG-ATATA-----GCCTTAAAA---TACAGT-TTGCTAGTTGTA----ACGATGTAACACAGTGTAT-CAGATG---A-ATCCAAT---GTG---CT-AGTT-A-TGGC--------AATGTAAATCAGTGA-ACAAGA-TATATAA-AT---GGAATA----------TATATAGCAATG-CAACACTGT---ATGCTACAC-A-AGTA--GTAACACAGTATGCAGCAATAGCAATGTAACAAGGTGTGCT
gi|10 : TA--ATAATG--------CAG----TGCAATA-CACA---GCAC---AATA---TAG--TACTG--TACAGCACAG-----CACAGTATGTCAA--AGGGAA---ACACAATGT------AAATG---CA-------ATGC--AATGCA--ATGCAATACAACACAATG---AAg
gi|12 : aAGTATGCTG------TG-CAGTG-----CAGTGAAGTGC---AG----TACAATA-CAGC---GT-----AATG---CAGCACAATA--TA--TTACA-----CTACAAT-----AA--AAT--A---ATATAGTGT-TA---AG------CAAT----C---T--AATACAGT
gi|2 : caaaacTG---TAAT------ACAATGT-GCAAGATATAGCAATG-TA--ACACAGTG---CGA-------TAC-AACTAGCAATGTAACACAGTT--TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AACAC-----AATG-------TG--C-TAGATATATC-CGTATGAGAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGT--------GTGTTCT-CGATAAAACAATGTA---A-CAGAGT---A---TACTATACTATCAA---TATTACACGGTGTGCTGGATATATC---CGTGTAAC-ACGGT-------ATG--ACTGATA---TAG--CAA---TTTAACATAGTGT-GC------TAG-AAATA-----GCCACATAA---CACAGT-TTGCAAGTTATA----AAAATGTAACACAGAATAC-CAGATGT--T-ATTAAAT---GTA---CT-AG-CTA-TAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAA-GCTAGA-TATGGAA-AT---GTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGT-AACACAGT---GTGCTTCAT-GTAGCAATGTGACACAATATACTACAATAGCAACATATCATGGTGTGCTacca
gi|2 : caga-GATATATCTATG-TA--ACACGGTG---TCC-------CAG-ATATATCAGTG----ACT-TAATTACT-----TA---ACA-GTGT------A---------TATGT-----CT---C-T-GGTAT-----------TAC-------AGTGTCTTAG-----A------AATAGC--AATGAAACACAATGTGTTTTG-TACAGCA---------------T---A---TGTT---TTGTCAACTGTTTAAT---GTTTGGTAAATACATCACTCGTA-AACAACCATTAATCCCATC--GCAAA-A---TAG--CAA---TATagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATGTAACACGGTGTCCCAGATATATCAGTGACTTAATTACTTAACAGTGT------ATATGTCTCTGGTA--TTACAGTG---TCT-------TAG-AAATAGCAATGAAACACAATG--TGTTTTGTACA---GCATATGTTTTGTCA--ACTGTTTAATGT-----TTG--G-TAAATACATCACTCGTAAtccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctCAATATGGCAGCTAATACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAGTTAACGAGAAATAACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTATACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCACAAGTATAGCTAT--CATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAGCAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAGATTGCTACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTG---AAACATACTGTATCATA-TGTAATACAATGTGCCAGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATTCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAATGATATAACGCAATGTACTAGATATATCCGTG---TAAA------ACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TA--CCACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATGACACCGTA--TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : GATACAACCACATACAATACAATGTCATACAATATAATAATACAATACAGT-TA----ATTT-CAATGCAACGCCACGCAACACTTA-AT--GTA---CAAA------ACAACATTGTACAATATAACACTG-TATAATACAATGCTGTGCAATACAATACCAAACAATAATATAACACTGTA--TAATATA-ATTTGTGCA-ATAC------A--AC-----ACTGTAAACACTGTGC-AATACAAAAC-TGTACAATAC-------AATA--CCAA-----ACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAACACTGTC---AACACTGTGCAA---TACAACACTGTCAA--------CACTGTGCAATA--CAAAAC---TGTACAAA-ACAAT-------ACC------AAA---CAA--TAA---TATAACA--------C------T-------------GC---ATAA---TACAGT-------GTTGTG-----CAATACAACACTGT-CAA-CAC-TGTTCA-ATACAAC-----A---CTGAA-C-AGTA-C--------AATACGAAACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGC---------AGTACAACACTGTCAACACTGTTCAGTACAACACTG-AACA--GT---ACAATATGAAACAAT---AATATAACA
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatAACAGTG-TACAAAA-GTGTGACAT--AGT---GTA-CAGCAGTA-AACAACAACATAC-----CATAGTCTGC-------AACAGTGT-CCA---ACAGT---GTACAATAGTGTG----ATATAGTG-----T-ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT-----AT-TCTGCAACAGTGTTCA------ACAGTGTACACAAGTGTGACATAGT-GTGCAGCGGCGTACAATAGTGA-ACAACAGTGAACGACAATG---TGCAACAGCTAACGAACTAACAGT---GTACTGCAGTAAA-CAG--CATTG--CA--CCACAGTAAGCAACAGTA-C-CCATGAGT--ATTCA-ACAGTGTGCACTCGTGTA---CAAA----AATGT--ACGACAGTGTGTTA----AAACAGTATATAAA---ACTGTACCAAAGTGTAAAATAGCGTAT--GATAG-----TGTA-CAGCAGTGTGCACTCGTGTACAA--A--AATGCACAACAGTGTGTTAAAACAGTActgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|6 : AATGCAACACAATAA-TGCAACA--------CA-ACATTA----A--AC-----AATGT-----GTG--TATGGACAT-TC-TTTGTAAAACTGTCATAGATCTGTCAGTAAACA------CATAAA--TATA-AACACAATA--CTGCAATACAACA-CATAGATA-TACAAT---ACAATACTGCATTA-CAA---CACTACACGATGTA-TGGACATAGT---T-TGTAAA-TC--T-------GTC--ATAGATATGTCAG--TAAACGCATAA-ATA-------------TAA-ATACAATACTGCAATACAA---CAC--T-TC--------------ACAATGT------GTGTA------TGT--ACATACTTT---GTAAATCT-GT-C-A-TAG----------ATTT--GTCAGTAA-ACG-CA-TAAATAT-AC-----AATAC---------AATACTGCAATtataaaactgta
gi|8 : t-ACTGT-------GCCATGCAG-TA---CAGTACAG---TGCAACATAGCGCAGCACTGCATAGCACAGA-----ACGGTACAACAGTACAGTACTGT-A-CTGTACAAGACAGTTCAGCATGGTATGTACAG-CAC--A-GTACAGTACAGTA---C--AG-C-A-CAGC--------AAAGTAAannnnnnnnnncaatacaacact
gi|8 : aactgagatacattcaatatttatagttatgtgattttTG---TGC--CA-----TGCAGTA-CAGTACAGTGCAA-CATAGCGCAG--CACTGCATA--GCACAGAACGGTACAACA-G-TAC--AGT--A---CTGTACTGTACA---AGACAGTTCAGCATGGTATGTACAGCACAGTgtacaagacagttca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATTGCAATGCAGTGCAATGCAGTACAGCTAATGTGTAGTCATTTACAGTACAGAACAGTGCAGTAAAGCGGAAAAACAGTATAGCTTGCAGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTACAGTACATATTGTAGTACAGGACATTACAGTTTGCAGTCCAGTACAATACATCTTAAAGTACAACAGTACTGATAGCTGTGTTGTTATTTACAGTACAGTAAGTGCAGTAAAGTGAAGATACAGTACAGTACAGTTTAGAACAGAGCAGTACAGCTTGCAGTATAGTCAAATTT
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 1 1 2222 1 1 22222 11 1 1 222 3333333 11 1111 222222222222222 111 111 222 333333333 11111 111111 111111 111 1111111 222 1 11 111 1 4444444 11 1 2222 111 222222 11111 111 2222222222222 1111111 222222222 11111 111111 1111 3333333 444444444444 11 222 11 111111 333 1 1 11 111 11 6666666666666 111 222222222 11111 222222222222 3333333333333333333333333333333 1 1 1 22222 5555555555 11 222 222 11 1
lowQualScore : 8888 33333 3 3 3 8888 6 5 0 1 3 8 7 9 55555 33 4 3 6 7 7 6 6 3 7 88 6 7 7 0 0 6 7 3 333 7 7777777 77 0 0 88 7 2222 444444444444444 6 111 3 555 000 99 1 99 99 555555555 11111 99 111111 3 333333 1 111 7777777 99 3 9 2 2 333 3 0 22 000 3 0 3333333 6 6 0 88 3 6 4444 1 3 55 444 333333 88888 0 8 222 7777777777777 8 1 6 4444444 6 888888888 66666 777777 2222 8 1 2222222 33 444444444444 33 333 0 3 33 0 3 2 999999 555 3 9999 0 0 2 0 6 2 11 777 1 0 11 66 3 1111111111111 8 4 0 6666 1 444 0 444444444 77777 8 6 6 000000000000 1 4444444444444444444444444444444 3 1 0 888 0 1 0 33333 0000000000 44 333 222 88 2 6 1
lowQualScore : .... ..... . . . .... . . . . . . . . ..... .. . . . . . . . . . .. . . . . . . . . ... . ....... .. . . .. . .... ............... . ... . ... ... .. . .. .. ......... ..... .. ...... . ...... . ... ....... .. . . . . ... . . .. ... . . ....... . . . .. . . .... . . .. ... ...... ..... . . ... ............. . . . ....... . ......... ..... ...... .... . . ....... .. ............ .. ... . . .. . . . ...... ... . .... . . . . . . .. ... . . .. .. . ............. . . . .... . ... . ......... ..... . . . ............ . ............................... . . . ... . . . ..... .......... .. ... ... .. . . .
lowQualScore : 3333 33333 7 3 3 3333 7 0 0 0 2 8 0 8 00000 88 0 2 7 3 3 7 7 3 3 00 7 3 3 7 7 7 3 3 333 3 7777777 33 7 7 33 3 8888 333333333333333 7 777 7 777 888 22 0 22 22 000000000 88888 22 888888 7 333333 7 777 8888888 22 7 8 5 5 333 3 7 22 222 2 0 3333333 7 7 7 33 3 7 0000 0 2 00 000 000000 22222 6 0 000 2222222222222 0 0 7 3333333 7 555555555 77777 777777 7777 0 0 5555555 55 888888888888 88 222 2 2 22 2 2 0 555555 000 2 2222 2 8 5 0 5 5 44 444 0 8 00 00 8 4444444444444 0 0 6 0000 4 000 8 444444444 88888 2 4 4 666666666666 0 0000000000000000000000000000000 8 0 0 555 0 2 0 00000 5555555555 00 333 000 33 0 7 0
consensus : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ANGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTATAACACAGTGTTCTGCGATACAACAACGT---TA-CACAGTGCAATACTACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
Reference ( family-4497 ) : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTAT-ANGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAN--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACNGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TATGTAACACAGTGTTCTNCGATACAACAACGT---NA-CACAGT---ATACTACATTATCAATATNACACGGTGTANTAGATATA-TCCGTGTAACACGGTGTC--GCAGATACAG--CAATATAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACGGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
gi|1 : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTAT-AGGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATATGCTGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATTCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCTATGTACTAGATTTATCCGTG---TAA------AAGGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CATAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATAACGGCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCATAACAC-------GGTGTGCCAG-----A------TAGAGC--TATGTTACACAGTGTTCTT-GATATCACAATGT---TA-CCCAGT---ATGCTACATTATCAATATAACGCAATTTACTAGATATA-TCCGTGTAACACGTTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGTGA-GC------TAG-ATATAGCCTTAAAA---TACAGT-TTGCTAGTTGTA----ACGATGTAACACAGTGTAT-CAGATG---A-ATCCAAT---GTG---CT-AGTT-A-TGGC--------AATGTAAATCAGTGA-ACAAGA-TATATAA-AT---GGAATAT----------ATATAGCAATG-CAACACTGT---ATGCTACAC-A-AGTA--GTAACACAGTATGCAGCAATAGCAATGTAACAAGGTGTGCT
gi|10 : TA--ATAATG--------CAG----TGCAATA-CACA---GCAC---AATA---TAG--TACTG--TACAGCACAG---------CACAGTATGTCAA--AGGGAA---ACACAATGT------AAATG---CA-------ATGC--AATGCA--ATGCAATACAACACAATGAAg
gi|12 : aCAGTG-----CAGTGAAGTGC---AG----TACAATA-CAGC---GT-----AATG---CAGCACAATA--TA--TTACA-------C--TACAAT-----AA--AAT--A---ATATAGTGT-TA---AG------CAAT----C---T--AATACAGT
gi|2 : caaaacagtatgctgtgTG---TAA------TACAATGT-GCAAGATATAGCAATG-TAA--CACAGTG---CGA-------TAC-AACTAGCAATGTAACACAGTT-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AACAC-----AATG-------TG--C-TAGATATATC-CGTATGAGAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGT--------GTGTTCT-CGATAAAACAATGT---AA-CAGAGT---ATACTATACTATCAATATTACACGGTGTGCTGGATATA-TCCGTGTAACACGGTATG--ACTGATATAG--CAATTTAACATAGTGT-GC------TAG-AAATAGCCACATAA---CACAGT-TTGCAAGTTATA----AAAATGTAACACAGAATAC-CAGATGT--T-ATTAAAT---GTA---CT-AG-CTA-TAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAA-GCTAGA-TATGGAA-AT---GTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGT-AACACAGT---GTGCTTCAT-GTAGCAATGTGACACAATATACTACAATAGCAACATATCATGGTGTGCTacca
gi|2 : cagaTATAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAAGCTAGATATGGAAATGTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGTAACACAGTGTGCTTCATGTAGCAATGTGACACAATATACTACA------------ATAGCAACA-TATCATGGTGTGCTAGATATATTCATGTAACACTTGCCAGATG--TAGCAATCagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagcGGATATATCTATGTAACA-CGGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTAACACGGTGTCCCAGATATATCAGTGACTTAATTACTTAACAGTGT------ATATGTCTCTGGTAT--TACAGTG---TCT-------TAG-AAATAGCAATGAAACACAATG-TGTTTTGTACA---GCATATGTTTTGTCA--ACTGTTTAATGT-----TTG--G-TAAATACATCACTCGTAAcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctCAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAGCAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATGTGCCAGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATTCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCAATGTACTAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATGACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : GATACAACCACATACAATACAATGTCATACAATATAATAATACAATACAGT---------TAATTTCAATGCAACGCCACGCAACACTTA-AT--GTA---CAA------AACAACATTGTACAATATAACACTG-TATAATACAATGCTGTGCAATACAATACCAAACAATAATATAACACTGTA-TAATATA-ATTTGTGCA-ATAC------A--AC-----ACTGTAAACACTGTGC-AATACAAAAC-TGTACAATAC-------AATA--CCAA-----ACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAACACTGT---CAACACTGTGCAATACAACACTGTCAA-----CACTGTGCAATA--CAAA-ACTGTACAAAACAATACC------AAACAA--TAATATAACA-------------------------CTGCATAA---TACAGT-------GTTGTG-----CAATACAACACTGT-CAA-CAC-TGTTCA-ATACAAC-----A---CTGAA-C-AGTA-C--------AATACGAAACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGC---------AGTACAACACTGTCAACACTGTTCAGTACAACACTG-AACA--GT---ACAATATGAAACAATA---ATATAACA
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatAACAGTG-TAC-AAAA-GTGTGACAT--AGT---GTA-CA-----GCAGTAAACAACAA-CATAC-----CATAGTCTGC-------AACAGTGT-CCA---ACAGT---GTACAATAGTGTG----ATATAGTG-----T-ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT-----AT-TCTGCAACAGTGTTCA------ACAGTGTACACAAGTGTGACATAGT-GTGCAGCGGCGTACAATAGTGA-ACAACAGTGAACGACAATG---TGCAACAGCTAACGAACTAACAGT---GTACTGCAGTAAA-CAG--CATTG--CA--CCACAGTAA--GC--AACAGTA-C-CCATGAGT--ATTCA-ACAGTGTGCACTCGTGTA---CAAA----AATGT--ACGACAGTGTGT----TAAAACAGT---ATATAAAACTGTACCAAAGTGTAAAATAGCGTAT--GATA-----GTGT-ACAGCAGTGTGCACTCGTGTACAA--A--AATGCACAACAGTGTGTTAAAACAGTActgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|6 : AATGCAACACAATAATGCAACA--------CA-ACATTA----A--AC-----AATGT-----GTG--TATGGACAT-TC-TTTGTAAAACTGTCATAGATCTGTCAGTAAACA------CATAAA--TATA-AACACAATA--CTGCAATACAAC-ACATAGATA-TACAATACAATACTGCATTA-CAACACTACACGATGTA-TGGACATAGTT--TGTAAATC--TGTC--ATAGATATGT--CAGTA-AACGCA-------------TAA-ATATAA--ATACAA---TAC-----TGC-AA-TACA----ACACT-TCACAATGTGTGT----ATGT--ACATACTTT---GTAAATCT-GT-C-A-TAG----------ATTT--GTCAGTAA-ACG-CA-TAAATAT-AC-----AATAC---------AATACTGCAATtataaaactgta
gi|8 : tACTGTGCCATGCAG-TACAGTACAGTGCAACATAGCGCAGCACTGCATAGCACAGAACGGTACAACAGTACAGTACTGT-A-CTGTACAAGACAGTTCAGCATGGTATGTACAG-CAC--A-GTACAGTACAGTA---C--AG-C-A-CAGC--------AAAGTAAannnnnnnnnncaatacaacact
gi|8 : aactgagatacattcaatatttatagttatgtgattttTG---TGC--CA-----TGCAGTA-CAGTACAGTGCAA-CATAGCGCAG--CACTGCATA--GCACAG--A--ACGGTACAACA-G-TAC--AGT--A---CTGTACTGTACA---AGACAGTTCAGCATGGTATGTACAGCACAGTgtacaagacagttca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATTGCAATGCAGTGCAATGCAGTACAGCTAATGTGTAGTCATTTACAGTACAGAACAGTGCAGTAAAGCGGAAAAACAGTATAGCTTGCAGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTACAGTACATATTGTAGTACAGGACATTACAGTTTGCAGTCCAGTACAATACATCTTAAAGTACAACAGTACTGATAGCTGTGTTGTTATTTACAGTACAGTAAGTGCAGTAAAGTGAAGATACAGTACAGTACAGTTTAGAACAGAGCAGTACAGCTTGCAGTATAGTCAAATTT
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 1 1 2222 1 22222 11 1 1 222 3333333 11 1111 222222222222222 111 111 222 333333333 11111 111111 111111 111 1111111 222 1 11 1 4444444 11 1 2222 111 222222 11111 111 2222222222222 1111111 222222222 11111 111111 1111 2222222 333333333333 11 11111 1 11 22222 111 11 1 1 11 111 11 6666666666666 111 222222222 11111 222222222222 1111 3333333333333333333333333 1 1 1 22222 5555555555 11 222 222 11 1
lowQualScore : 8888 33333 1 3 3 8888 6 0 6 3 1 8 7 9 55555 33 1 3 6 7 7 6 6 3 7 88 6 7 7 0 0 6 7 3 333 7 7777777 77 0 0 88 7 2222 444444444444444 6 111 3 555 000 99 1 99 99 555555555 11111 99 111111 3 333333 1 111 7777777 99 3 9 2 2 333 3 0 55 7 7 3 3333333 6 6 0 88 3 6 4444 1 3 55 444 333333 88888 0 8 222 7777777777777 8 5 6 4444444 6 888888888 66666 777777 2222 6 11 1 6666666 0 555555555555 11 66666 77 0 11 8 66666 777 11 0 0 44 0 8 6 0 6 1 11 777 1 0 11 55 3 1111111111111 8 4 0 6666 1 444 0 444444444 77777 8 1 6 000000000000 1 4444 0000000000000000000000000 3 1 0 888 0 1 0 33333 0000000000 44 333 222 88 2 7 1
lowQualScore : .... ..... . . . .... . . . . . . . . ..... .. . . . . . . . . . .. . . . . . . . . ... . ....... .. . . .. . .... ............... . ... . ... ... .. . .. .. ......... ..... .. ...... . ...... . ... ....... .. . . . . ... . . .. . . . ....... . . . .. . . .... . . .. ... ...... ..... . . ... ............. . . . ....... . ......... ..... ...... .... . .. . ....... . ............ .. ..... .. . .. . ..... ... .. . . .. . . . . . . .. ... . . .. .. . ............. . . . .... . ... . ......... ..... . . . ............ . .... ......................... . . . ... . . . ..... .......... .. ... ... .. . . .
lowQualScore : 3333 33333 0 3 3 3333 7 7 7 3 0 8 0 8 00000 88 0 2 7 3 3 7 7 3 3 00 7 3 3 7 7 7 3 3 333 3 7777777 33 7 7 33 3 8888 333333333333333 7 777 7 777 888 22 0 22 22 000000000 88888 22 888888 7 333333 7 777 8888888 22 7 8 5 5 333 3 7 77 3 3 3 3333333 7 7 7 33 3 7 0000 0 2 00 000 000000 22222 6 0 444 2222222222222 0 2 7 3333333 7 555555555 77777 777777 7777 7 77 0 0000000 8 000000000000 00 66666 00 0 00 6 44444 000 00 6 8 22 2 8 5 0 5 0 44 444 0 8 00 22 8 4444444444444 0 0 6 0000 4 000 8 444444444 88888 2 0 4 666666666666 0 8888 2222222222222222222222222 8 0 0 555 0 2 0 00000 5555555555 00 333 000 33 0 3 0
consensus : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT---N-ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
Reference ( family-4497 ) : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ANGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTATAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT---T-ACACAGTGCAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
gi|1 : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTAT-AGGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATATGCTGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATTCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCTATGTACTAGATTTATCCGTG---TAA------AAGGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CATAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATAACGGCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCATAACAC-------GGTGTGCCAG-----A------TAGAGC--TATGTTACACAGTGTTCT-TGATATCA--CAATGT---T-ACCCAGT---ATGC--TACATTATCAATATAACGCAATTTACTAGATATA-TCCGTGTAACACGTTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGTGA-GC------TAG-ATATAGCCTTAAAA---TACAGT-TTGCTAGTTGTA----ACGATGTAACACAGTGTAT-CAGATG---A-ATCCAAT---GTG---CT-AGTT-A-TGGC--------AATGTAAATCAGTGA-ACAAGA-TATATAA-AT---GGAATAT----------ATATAGCAATG-CAACACTGT---ATGCTACAC-A-AGTA--GTAACACAGTATGCAGCAATAGCAATGTAACAAGGTGTGCT
gi|10 : TA--ATAATG--------CAG----TGCAATA-CACA---GCAC---AATA---TAG--TACTG--TACAGCACAG---------CACAGTATGTCAA--AGGGAA---ACACAATGT------AAATG---CA-------ATGC--AATGCA--ATGCAATACAACACAATGAAg
gi|12 : aCAG------------TAT-GC--TGTGCAGTGCAGTGAAGTGCAGTACAATACAGCGT---A-ATGCAGCACAATATATTACACTA-CAATA
gi|12 : caaaaCAGTG-----CAGTGAAGTGC---AG----TACAATA-CAGC---GT-----AATG---CAGCACAATA--TA--TTACA-------C--TACAAT-----AA--AAT--A---ATATAGTGT-TA---AG------CAAT----C---T--AATACAGTaaataatatagtgttaagcaatctaatacagtacca
gi|2 : caaaacagtatgctgtgTG---TAA------TACAATGT-GCAAGATATAGCAATG-TAA--CACAGTG---CGA-------TAC-AACTAGCAATGTAACACAGTT-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AACAC-----AATG-------TG--C-TAGATATATC-CGTATGAGAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGT--------GTGTTCT-CGATAAAA--CAATGT---A-ACAGAGT---ATAC--TATACTATCAATATTACACGGTGTGCTGGATATA-TCCGTGTAACACGGTATG--ACTGATATAG--CAATTTAACATAGTGT-GC------TAG-AAATAGCCACATAA---CACAGT-TTGCAAGTTATA----AAAATGTAACACAGAATAC-CAGATGT--T-ATTAAAT---GTA---CT-AG-CTA-TAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAA-GCTAGA-TATGGAA-AT---GTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGT-AACACAGT---GTGCTTCAT-GTAGCAATGTGACACAATATACTACAATAGCAACATATCATGGTGTGCTacca
gi|2 : cagaTATAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAAGCTAGATATGGAAATGTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGTAACACAGTGTGCTTCATGTAGCAATGTGACACAATATACTACA------------ATAGCAACA-TATCATGGTGTGCTAGATATATTCATGTAACACTTGCCAGATG--TAGCAATCagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagcGATATATC-TATGTAACAC-------GGTGTCCCAG-----A------TATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATGTAACACGGTGTCCCAGATATATCAGTGACTTAATTACTTAACAGTGT------ATATGTCTCTGGTAT--TACAGTG---TCT-------TAG-AAATAGCAATGAAACACAATG-TGTTTTGTACA---GCATATGTTTTGTCA--ACTGTTTAATGT-----TTG--G-TAAATACATCACTCGTAAtcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctCAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAGCAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATGTGCCAGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATTCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCAATGTACTAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATGACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : GATACAACCACATACAATACAATGTCATACAATATAATAATACAATACAGT---------TAATTTCAATGCAACGCCACGCAACACTTA-AT--GTA---CAA------AACAACATTGTACAATATAACACTG-TATAATACAATGCTGTGCAATACAATACCAAACAATAATATAACACTGTA-TAATATA-ATTTGTGCA-ATAC------A--AC-----ACTGTAAACACTGTGC-AATACAAAAC-TGTACAATAC-------AATA--CCAA-----ACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAA--CACTGT---CAACACTGTGCAATAC--AACACTGTCA-----ACACTGTGCAAT--ACAAA-ACTGTACAAAACAATACC------AAACAA--TAATATAACA-------------------------CTGCATAA---TACAGT-------GTTGT-----GCAATACAACACTGT-CAA-CA-CTGTTCA-ATACAA-----CA---CTGAA-C-AGTA-C--------AATACGAAACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGC---------AGTACAACACTGTCAACACTGTTCAGTACAACACTG-AACA--GT---ACAATATGAAACAAT---AATATAACA
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatGTGTGACAT--AGT---GTA-CA-----GCAGTAAACAACAA-CATAC-----CATAGTCTGC-------AACAGTGT-CCA---ACAGT---GTACAATAGTGTG----ATATAGTG-----T-ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT-----AT-TCTGCAACAGTGTTCA------ACAGTGTACACAAGTGTGACATAGT-GTGCAGCGGCGTACAATAGTGA-ACAACAGTGAACGACAATG---TGCAACAGCTAACGAACTAACAGT---GTACTGCAGTAAA-CAG--CATTG--CA--CCACAGTAA--GC--AACAGTA-C-CCATGAGT--ATTCA-ACAGTGTGCACTCGTGTA---CAAA----AATGT--ACGACAGTGTGT----TAAAACAGT---ATATAAAACTGTACCAAAGTGTAAAATAGCGTAT--GATA-----GTGT-ACAGCAGTGTGCACTCGTGTACAA--A--AATGCACAACAGTGTGTTAAAACAGTActgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|6 : aacagtgtacaaaaAATGCAACACAATAATGCAACA--------CA-ACATTA----A--AC-----AATGT-----GTG--TATGGACAT-TC-TTTGTAAAACTGTCATAGATCTGTCAGTAAACA------CATAAA--TATA-AACACAATA--CTGCAATACAA--CA-CATAGAT-ATACAATACAATAC--TGCATTA-CAACACTACACGATGTA-TGGACATAGTT--TGTAAATC--TGTC--ATAGATATGT--CAGTA-AACGCA-------------TAA-ATATAA--ATACAA---TAC-----TGC-AA-TACA----ACACT-TCACAATGTGTGT----ATGT--ACATACTTT---GTAAATCT-GT-C-A-TAG----------ATTT--GTCAGTAA-ACG-CA-TAAATAT-AC-----AATAC---------AATACTGCAATtataaaactgta
gi|8 : tACTGTGCCATGCAG-TACAGTACAGTGCAACATAGCGCAGCACTGCATAGCACAGAACGGTACAACAGTACAGTACTGT-A-CTGTACAAGACAGTTCAGCATGGTATGTACAG-CAC--A-GTACAGTACAGTA---C--AG-C-A-CAGC--------AAAGTAAannnnnnnnnncaatacaacact
gi|8 : aactgagatacattcaatatttatagttatgtgattttTG---TGC--CA-----TGCAGTA-CAGTACAGTGCAA-CATAGCGCAG--CACTGCATA--GCACAG--A--ACGGTACAACA-G-TAC--AGT--A---CTGTACTGTACA---AGACAGTTCAGCATGGTATGTACAGCACAGTgtacaagacagttca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATTGCAATGCAGTGCAATGCAGTACAGCTAATGTGTAGTCATTTACAGTACAGAACAGTGCAGTAAAGCGGAAAAACAGTATAGCTTGCAGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTACAGTACATATTGTAGTACAGGACATTACAGTTTGCAGTCCAGTACAATACATCTTAAAGTACAACAGTACTGATAGCTGTGTTGTTATTTACAGTACAGTAAGTGCAGTAAAGTGAAGATACAGTACAGTACAGTTTAGAACAGAGCAGTACAGCTTGCAGTATAGTCAAATTT
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 1 1 2222 1 22222 11 1 1 222 3333333 11 1111 222222222222222 111 111 222 333333333 11111 111111 111111 111 1111111 222 1 11 111 1 4444444 11 1 2222 111 222222 11111 111 2222222222222 1111111 222222222 11111 111111 1111 3333333 444444444444 11 11111 1 11 2222 111 11 1 1 11 111 11 6666666666666 111 222222222 11111 222222222222 1111 3333333333333333333333333 1 1 1 22222 5555555555 11 222 222 11 1
lowQualScore : 8888 33333 1 3 3 8888 6 0 6 3 3 8 7 9 55555 33 1 3 6 7 7 6 6 3 7 88 6 7 7 0 0 6 7 3 333 7 7777777 77 0 0 88 7 2222 444444444444444 6 111 3 555 000 99 1 99 99 555555555 11111 99 111111 3 333333 1 111 7777777 99 3 9 2 2 333 3 0 22 000 3 0 3333333 6 6 0 88 3 6 4444 1 3 55 444 333333 88888 0 8 222 7777777777777 8 5 6 4444444 6 888888888 66666 777777 2222 8 1 2222222 33 333333333333 0 11 66666 77 0 11 0 3333 4 444 11 0 0 44 0 8 6 0 6 1 11 777 1 0 11 55 3 1111111111111 8 4 0 6666 1 444 0 444444444 77777 8 1 6 000000000000 1 4444 0000000000000000000000000 3 1 0 888 0 1 0 33333 0000000000 44 333 222 88 2 7 1
lowQualScore : .... ..... . . . .... . . . . . . . . ..... .. . . . . . . . . . .. . . . . . . . . ... . ....... .. . . .. . .... ............... . ... . ... ... .. . .. .. ......... ..... .. ...... . ...... . ... ....... .. . . . . ... . . .. ... . . ....... . . . .. . . .... . . .. ... ...... ..... . . ... ............. . . . ....... . ......... ..... ...... .... . . ....... .. ............ . .. ..... .. . .. . .... . ... .. . . .. . . . . . . .. ... . . .. .. . ............. . . . .... . ... . ......... ..... . . . ............ . .... ......................... . . . ... . . . ..... .......... .. ... ... .. . . .
lowQualScore : 3333 33333 0 3 3 3333 7 7 7 3 7 8 0 8 00000 88 0 2 7 3 3 7 7 3 3 00 7 3 3 7 7 7 3 3 333 3 7777777 33 7 7 33 3 8888 333333333333333 7 777 7 777 888 22 0 22 22 000000000 88888 22 888888 7 333333 7 777 8888888 22 7 8 5 5 333 3 7 22 222 2 0 3333333 7 7 7 33 3 7 0000 0 2 00 000 000000 22222 6 0 444 2222222222222 0 2 7 3333333 7 555555555 77777 777777 7777 0 0 5555555 55 888888888888 8 00 22222 00 0 00 8 0000 6 222 00 6 8 22 2 8 5 0 5 0 44 444 0 8 00 22 8 4444444444444 0 0 6 0000 4 000 8 444444444 88888 2 0 4 666666666666 0 8888 2222222222222222222222222 8 0 0 555 0 2 0 00000 5555555555 00 333 000 33 0 3 0
consensus : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT---AACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
Reference ( family-4497 ) : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT---NACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
gi|1 : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTAT-AGGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATATGCTGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATTCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCTATGTACTAGATTTATCCGTG---TAA------AAGGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CATAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATAACGGCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCATAACAC-------GGTGTGCCAG-----A------TAGAGC--TATGTTACACAGTGTTCT-TGATATCA--CAATGT---TACCCAGT---ATGC--TACATTATCAATATAACGCAATTTACTAGATATA-TCCGTGTAACACGTTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGTGA-GC------TAG-ATATAGCCTTAAAA---TACAGT-TTGCTAGTTGTA----ACGATGTAACACAGTGTAT-CAGATG---A-ATCCAAT---GTG---CT-AGTT-A-TGGC--------AATGTAAATCAGTGA-ACAAGA-TATATAA-AT---GGAATAT----------ATATAGCAATG-CAACACTGT---ATGCTACAC-A-AGTA--GTAACACAGTATGCAGCAATAGCAATGTAACAAGGTGTGCT
gi|10 : TA--ATAATG--------CAG----TGCAATA-CACA---GCAC---AATA---TAG--TACTG--TACAGCACAG---------CACAGTATGTCAA--AGGGAA---ACACAATGT------AAATG---CA-------ATGC--AATGCA--ATGCAATACAACACAATGAAg
gi|12 : aCAG------------TAT-GC--TGTGCAGTGCAGTGAAGTGCAGTACAATACAGCGT---AATGCAGCACAATATATTACACTA-CAATA
gi|12 : caaaaCAGTG-----CAGTGAAGTGC---AG----TACAATA-CAGC---GT-----AATG---CAGCACAATA--TA--TTACA-------C--TACAAT-----AA--AAT--A---ATATAGTGT-TA---AG------CAAT----C---T--AATACAGTaaataatatagtgttaagcaatctaatacagtacca
gi|2 : caaaacagtatgctgtgTG---TAA------TACAATGT-GCAAGATATAGCAATG-TAA--CACAGTG---CGA-------TAC-AACTAGCAATGTAACACAGTT-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AACAC-----AATG-------TG--C-TAGATATATC-CGTATGAGAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGT--------GTGTTCT-CGATAAAA--CAATGT---AACAGAGT---ATAC--TATACTATCAATATTACACGGTGTGCTGGATATA-TCCGTGTAACACGGTATG--ACTGATATAG--CAATTTAACATAGTGT-GC------TAG-AAATAGCCACATAA---CACAGT-TTGCAAGTTATA----AAAATGTAACACAGAATAC-CAGATGT--T-ATTAAAT---GTA---CT-AG-CTA-TAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAA-GCTAGA-TATGGAA-AT---GTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGT-AACACAGT---GTGCTTCAT-GTAGCAATGTGACACAATATACTACAATAGCAACATATCATGGTGTGCTacca
gi|2 : cagaTATAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAAGCTAGATATGGAAATGTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGTAACACAGTGTGCTTCATGTAGCAATGTGACACAATATACTACA------------ATAGCAACA-TATCATGGTGTGCTAGATATATTCATGTAACACTTGCCAGATG--TAGCAATCagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagcGGATATATCTATGTAACA-CGGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTAACACGGTGTCCCAGATATATCAGTGACTTAATTACTTAACAGTGT------ATATGTCTCTGGTAT--TACAGTG---TCT-------TAG-AAATAGCAATGAAACACAATG-TGTTTTGTACA---GCATATGTTTTGTCA--ACTGTTTAATGT-----TTG--G-TAAATACATCACTCGTAAcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctCAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAGCAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATGTGCCAGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATTCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCAATGTACTAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATGACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : GATACAACCACATACAATACAATGTCATACAATATAATAATACAATACAGT---------TAATTTCAATGCAACGCCACGCAACACTTA-AT--GTA---CAA------AACAACATTGTACAATATAACACTG-TATAATACAATGCTGTGCAATACAATACCAAACAATAATATAACACTGTA-TAATATA-ATTTGTGCA-ATAC------A--AC-----ACTGTAAACACTGTGC-AATACAAAAC-TGTACAATAC-------AATA--CCAA-----ACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAA--CACTGTC--AACACTGTGCAATAC--AACACTGTCA-----ACACTGTGCAAT--ACAAA-ACTGTACAAAACAATACC------AAACAA--TAATATAACA-------------------------CTGCATAA---TACAGT-------GTTGT-----GCAATACAACACTGT-CAA-CA-CTGTTCA-ATACAA-----CA---CTGAA-C-AGTA-C--------AATACGAAACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGC---------AGTACAACACTGTCAACACTGTTCAGTACAACACTG-AACA--GT---ACAATATGAAACAAT---AATATAACA
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatGTGTGACAT--AGT---GTA-CA-----GCAGTAAACAACAA-CATAC-----CATAGTCTGC-------AACAGTGT-CCA---ACAGT---GTACAATAGTGTG----ATATAGTG-----T-ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT-----AT-TCTGCAACAGTGTTCA------ACAGTGTACACAAGTGTGACATAGT-GTGCAGCGGCGTACAATAGTGA-ACAACAGTGAACGACAATG---TGCAACAGCTAACGAACTAACAGT---GTACTGCAGTAAA-CAG--CATTG--CA--CCACAGTAA--GC--AACAGTA-C-CCATGAGT--ATTCA-ACAGTGTGCACTCGTGTA---CAAA----AATGT--ACGACAGTGTGT----TAAAACAGT---ATATAAAACTGTACCAAAGTGTAAAATAGCGTAT--GATA-----GTGT-ACAGCAGTGTGCACTCGTGTACAA--A--AATGCACAACAGTGTGTTAAAACAGTActgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|6 : aacagtgtacaaaaAATGCAACACAATAATGCAACA--------CA-ACATTA----A--AC-----AATGT-----GTG--TATGGACAT-TC-TTTGTAAAACTGTCATAGATCTGTCAGTAAACA------CATAAA--TATA-AACACAATA--CTGCAATACAA--C-ACATAGATATACAATACAATAC--TGCATTA-CAACACTACACGATGTA-TGGACATAGTT--TGTAAATC--TGTC--ATAGATATGT--CAGTA-AACGCA-------------TAA-ATATAA--ATACAA---TAC-----TGC-AA-TACA----ACACT-TCACAATGTGTGT----ATGT--ACATACTTT---GTAAATCT-GT-C-A-TAG----------ATTT--GTCAGTAA-ACG-CA-TAAATAT-AC-----AATAC---------AATACTGCAATtataaaactgta
gi|8 : tACTGTGCCATGCAG-TACAGTACAGTGCAACATAGCGCAGCACTGCATAGCACAGAACGGTACAACAGTACAGTACTGT-A-CTGTACAAGACAGTTCAGCATGGTATGTACAG-CAC--A-GTACAGTACAGTA---C--AG-C-A-CAGC--------AAAGTAAannnnnnnnnncaatacaacact
gi|8 : aactgagatacattcaatatttatagttatgtgattttTG---TGC--CA-----TGCAGTA-CAGTACAGTGCAA-CATAGCGCAG--CACTGCATA--GCACAG--A--ACGGTACAACA-G-TAC--AGT--A---CTGTACTGTACA---AGACAGTTCAGCATGGTATGTACAGCACAGTgtacaagacagttca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATTGCAATGCAGTGCAATGCAGTACAGCTAATGTGTAGTCATTTACAGTACAGAACAGTGCAGTAAAGCGGAAAAACAGTATAGCTTGCAGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTACAGTACATATTGTAGTACAGGACATTACAGTTTGCAGTCCAGTACAATACATCTTAAAGTACAACAGTACTGATAGCTGTGTTGTTATTTACAGTACAGTAAGTGCAGTAAAGTGAAGATACAGTACAGTACAGTTTAGAACAGAGCAGTACAGCTTGCAGTATAGTCAAATTT
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 1 1 2222 1 22222 11 1 1 222 3333333 11 1111 222222222222222 111 111 222 333333333 11111 111111 111111 111 1111111 222 1 11 111 1 4444444 11 1 2222 111 222222 11111 111 2222222222222 1111111 222222222 11111 111111 1111 3333333 444444444444 11 11111 1 11 11111 111 11 1 1 11 111 11 6666666666666 111 222222222 11111 222222222222 1111 3333333333333333333333333 1 1 1 22222 5555555555 11 222 222 11 1
lowQualScore : 8888 33333 1 3 3 8888 6 0 6 3 3 8 7 9 55555 33 1 3 6 7 7 6 6 3 7 88 6 7 7 0 0 6 7 3 333 7 7777777 77 0 0 88 7 2222 444444444444444 6 111 3 555 000 99 1 99 99 555555555 11111 99 111111 3 333333 1 111 7777777 99 3 9 2 2 333 3 0 22 000 3 0 3333333 6 6 0 88 3 6 4444 1 3 55 444 333333 88888 0 8 222 7777777777777 8 5 6 4444444 6 888888888 66666 777777 2222 8 1 2222222 33 333333333333 0 11 66666 77 0 11 0 88888 4 444 11 0 0 44 0 8 6 0 6 1 11 777 1 0 11 55 3 1111111111111 8 4 0 6666 1 444 0 444444444 77777 8 1 6 000000000000 1 4444 0000000000000000000000000 3 1 0 888 0 1 0 33333 0000000000 44 333 222 88 2 7 1
lowQualScore : .... ..... . . . .... . . . . . . . . ..... .. . . . . . . . . . .. . . . . . . . . ... . ....... .. . . .. . .... ............... . ... . ... ... .. . .. .. ......... ..... .. ...... . ...... . ... ....... .. . . . . ... . . .. ... . . ....... . . . .. . . .... . . .. ... ...... ..... . . ... ............. . . . ....... . ......... ..... ...... .... . . ....... .. ............ . .. ..... .. . .. . ..... . ... .. . . .. . . . . . . .. ... . . .. .. . ............. . . . .... . ... . ......... ..... . . . ............ . .... ......................... . . . ... . . . ..... .......... .. ... ... .. . . .
lowQualScore : 3333 33333 0 3 3 3333 7 7 7 3 7 8 0 8 00000 88 0 2 7 3 3 7 7 3 3 00 7 3 3 7 7 7 3 3 333 3 7777777 33 7 7 33 3 8888 333333333333333 7 777 7 777 888 22 0 22 22 000000000 88888 22 888888 7 333333 7 777 8888888 22 7 8 5 5 333 3 7 22 222 2 0 3333333 7 7 7 33 3 7 0000 0 2 00 000 000000 22222 6 0 444 2222222222222 0 2 7 3333333 7 555555555 77777 777777 7777 0 0 5555555 55 888888888888 8 00 22222 00 0 00 8 22222 6 222 00 6 8 22 2 8 5 0 5 0 44 444 0 8 00 22 8 4444444444444 0 0 6 0000 4 000 8 444444444 88888 2 0 4 666666666666 0 8888 2222222222222222222222222 8 0 0 555 0 2 0 00000 5555555555 00 333 000 33 0 3 0
consensus : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT-A---ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
Reference ( family-4497 ) : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT-A---ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
gi|1 : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTAT-AGGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATATGCTGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATTCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCTATGTACTAGATTTATCCGTG---TAA------AAGGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CATAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATAACGGCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCATAACAC-------GGTGTGCCAG-----A------TAGAGC--TATGTTACACAGTGTTCT-TGATATCA--CAATGT-T---ACCCAGT---ATGC--TACATTATCAATATAACGCAATTTACTAGATATA-TCCGTGTAACACGTTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGTGA-GC------TAG-ATATAGCCTTAAAA---TACAGT-TTGCTAGTTGTA----ACGATGTAACACAGTGTAT-CAGATG---A-ATCCAAT---GTG---CT-AGTT-A-TGGC--------AATGTAAATCAGTGA-ACAAGA-TATATAA-AT---GGAATAT----------ATATAGCAATG-CAACACTGT---ATGCTACAC-A-AGTA--GTAACACAGTATGCAGCAATAGCAATGTAACAAGGTGTGCT
gi|10 : TA--ATAATG--------CAG----TGCAATA-CACA---GCAC---AATA---TAG--TACTG--TACAGCACAG---------CACAGTATGTCAA--AGGGAA---ACACAATGT------AAATG---CA-------ATGC--AATGCA--ATGCAATACAACACAATGAAg
gi|12 : aCAG------------TAT-GC--TGTGCAGTGCAGTGAAGTGCAGTACAATACAGCGT-A---ATGCAGCACAATATATTACACTA-CAATA
gi|12 : caaaaCAGTG-----CAGTGAAGTGC---AG----TACAATA-CAGC---GT-----AATG---CAGCACAATA--TA--TTACA-------C--TACAAT-----AA--AAT--A---ATATAGTGT-TA---AG------CAAT----C---T--AATACAGTaaataatatagtgttaagcaatctaatacagtacca
gi|2 : caaaacagtatgctgtgTG---TAA------TACAATGT-GCAAGATATAGCAATG-TAA--CACAGTG---CGA-------TAC-AACTAGCAATGTAACACAGTT-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AACAC-----AATG-------TG--C-TAGATATATC-CGTATGAGAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGT--------GTGTTCT-CGATAAAA--CAATGT-A---ACAGAGT---ATAC--TATACTATCAATATTACACGGTGTGCTGGATATA-TCCGTGTAACACGGTATG--ACTGATATAG--CAATTTAACATAGTGT-GC------TAG-AAATAGCCACATAA---CACAGT-TTGCAAGTTATA----AAAATGTAACACAGAATAC-CAGATGT--T-ATTAAAT---GTA---CT-AG-CTA-TAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAA-GCTAGA-TATGGAA-AT---GTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGT-AACACAGT---GTGCTTCAT-GTAGCAATGTGACACAATATACTACAATAGCAACATATCATGGTGTGCTacca
gi|2 : cagaTATAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAAGCTAGATATGGAAATGTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGTAACACAGTGTGCTTCATGTAGCAATGTGACACAATATACTACA------------ATAGCAACA-TATCATGGTGTGCTAGATATATTCATGTAACACTTGCCAGATG--TAGCAATCagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagcGGATATATCTATGTAACA-CGGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTAACACGGTGTCCCAGATATATCAGTGACTTAATTACTTAACAGTGT------ATATGTCTCTGGTAT--TACAGTG---TCT-------TAG-AAATAGCAATGAAACACAATG-TGTTTTGTACA---GCATATGTTTTGTCA--ACTGTTTAATGT-----TTG--G-TAAATACATCACTCGTAAcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctCAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAGCAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATGTGCCAGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATTCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCAATGTACTAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATGACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : GATACAACCACATACAATACAATGTCATACAATATAATAATACAATACAGT---------TAATTTCAATGCAACGCCACGCAACACTTA-AT--GTA---CAA------AACAACATTGTACAATATAACACTG-TATAATACAATGCTGTGCAATACAATACCAAACAATAATATAACACTGTA-TAATATA-ATTTGTGCA-ATAC------A--AC-----ACTGTAAACACTGTGC-AATACAAAAC-TGTACAATAC-------AATA--CCAA-----ACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAA--CACTGTCA---ACACTGTGCAATAC--AACACTGTCA-----ACACTGTGCAAT--ACAAA-ACTGTACAAAACAATACC------AAACAA--TAATATAACA-------------------------CTGCATAA---TACAGT-------GTTGT-----GCAATACAACACTGT-CAA-CA-CTGTTCA-ATACAA-----CA---CTGAA-C-AGTA-C--------AATACGAAACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGC---------AGTACAACACTGTCAACACTGTTCAGTACAACACTG-AACA--GT---ACAATATGAAACAAT---AATATAACA
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatGTGTGACAT--AGT---GTA-CA-----GCAGTAAACAACAA-CATAC-----CATAGTCTGC-------AACAGTGT-CCA---ACAGT---GTACAATAGTGTG----ATATAGTG-----T-ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT-----AT-TCTGCAACAGTGTTCA------ACAGTGTACACAAGTGTGACATAGT-GTGCAGCGGCGTACAATAGTGA-ACAACAGTGAACGACAATG---TGCAACAGCTAACGAACTAACAGT---GTACTGCAGTAAA-CAG--CATTG--CA--CCACAGTAA--GC--AACAGTA-C-CCATGAGT--ATTCA-ACAGTGTGCACTCGTGTA---CAAA----AATGT--ACGACAGTGTGT----TAAAACAGT---ATATAAAACTGTACCAAAGTGTAAAATAGCGTAT--GATA-----GTGT-ACAGCAGTGTGCACTCGTGTACAA--A--AATGCACAACAGTGTGTTAAAACAGTActgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|6 : aacagtgtacaaaaAATGCAACACAATAATGCAACA--------CA-ACATTA----A--AC-----AATGT-----GTG--TATGGACAT-TC-TTTGTAAAACTGTCATAGATCTGTCAGTAAACA------CATAAA--TATA-AACACAATA--CTGCAATACAA--C-ACAT-AGATATACAATACAATAC--TGCATTA-CAACACTACACGATGTA-TGGACATAGTT--TGTAAATC--TGTC--ATAGATATGT--CAGTA-AACGCA-------------TAA-ATATAA--ATACAA---TAC-----TGC-AA-TACA----ACACT-TCACAATGTGTGT----ATGT--ACATACTTT---GTAAATCT-GT-C-A-TAG----------ATTT--GTCAGTAA-ACG-CA-TAAATAT-AC-----AATAC---------AATACTGCAATtataaaactgta
gi|8 : tACTGTGCCATGCAG-TACAGTACAGTGCAACATAGCGCAGCACTGCATAGCACAGAACGGTACAACAGTACAGTACTGT-A-CTGTACAAGACAGTTCAGCATGGTATGTACAG-CAC--A-GTACAGTACAGTA---C--AG-C-A-CAGC--------AAAGTAAannnnnnnnnncaatacaacact
gi|8 : aactgagatacattcaatatttatagttatgtgattttTG---TGC--CA-----TGCAGTA-CAGTACAGTGCAA-CATAGCGCAG--CACTGCATA--GCACAG--A--ACGGTACAACA-G-TAC--AGT--A---CTGTACTGTACA---AGACAGTTCAGCATGGTATGTACAGCACAGTgtacaagacagttca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATTGCAATGCAGTGCAATGCAGTACAGCTAATGTGTAGTCATTTACAGTACAGAACAGTGCAGTAAAGCGGAAAAACAGTATAGCTTGCAGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTACAGTACATATTGTAGTACAGGACATTACAGTTTGCAGTCCAGTACAATACATCTTAAAGTACAACAGTACTGATAGCTGTGTTGTTATTTACAGTACAGTAAGTGCAGTAAAGTGAAGATACAGTACAGTACAGTTTAGAACAGAGCAGTACAGCTTGCAGTATAGTCAAATTT
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 1 1 2222 1 22222 11 1 1 222 3333333 11 1111 222222222222222 111 111 222 333333333 11111 111111 111111 111 1111111 222 1 11 111 1 4444444 11 1 2222 111 222222 11111 111 2222222222222 1111111 222222222 11111 111111 1111 3333333 444444444444 11 11111 1 11 11111 111 11 1 1 11 111 11 6666666666666 111 222222222 11111 222222222222 1111 3333333333333333333333333 1 1 1 22222 5555555555 11 222 222 11 1
lowQualScore : 8888 33333 1 3 3 8888 6 0 6 3 3 8 7 9 55555 33 1 3 6 7 7 6 6 3 7 88 6 7 7 0 0 6 7 3 333 7 7777777 77 0 0 88 7 2222 444444444444444 6 111 3 555 000 99 1 99 99 555555555 11111 99 111111 3 333333 1 111 7777777 99 3 9 2 2 333 3 0 22 000 3 0 3333333 6 6 0 88 3 6 4444 1 3 55 444 333333 88888 0 8 222 7777777777777 8 5 6 4444444 6 888888888 66666 777777 2222 8 1 2222222 33 333333333333 0 11 66666 77 0 11 0 88888 4 444 11 0 0 44 0 8 6 0 6 1 11 777 1 0 11 55 3 1111111111111 8 4 0 6666 1 444 0 444444444 77777 8 1 6 000000000000 1 4444 0000000000000000000000000 3 1 0 888 0 1 0 33333 0000000000 44 333 222 88 2 7 1
lowQualScore : .... ..... . . . .... . . . . . . . . ..... .. . . . . . . . . . .. . . . . . . . . ... . ....... .. . . .. . .... ............... . ... . ... ... .. . .. .. ......... ..... .. ...... . ...... . ... ....... .. . . . . ... . . .. ... . . ....... . . . .. . . .... . . .. ... ...... ..... . . ... ............. . . . ....... . ......... ..... ...... .... . . ....... .. ............ . .. ..... .. . .. . ..... . ... .. . . .. . . . . . . .. ... . . .. .. . ............. . . . .... . ... . ......... ..... . . . ............ . .... ......................... . . . ... . . . ..... .......... .. ... ... .. . . .
lowQualScore : 3333 33333 0 3 3 3333 7 7 7 3 7 8 0 8 00000 88 0 2 7 3 3 7 7 3 3 00 7 3 3 7 7 7 3 3 333 3 7777777 33 7 7 33 3 8888 333333333333333 7 777 7 777 888 22 0 22 22 000000000 88888 22 888888 7 333333 7 777 8888888 22 7 8 5 5 333 3 7 22 222 2 0 3333333 7 7 7 33 3 7 0000 0 2 00 000 000000 22222 6 0 444 2222222222222 0 2 7 3333333 7 555555555 77777 777777 7777 0 0 5555555 55 888888888888 8 00 22222 00 0 00 8 22222 6 222 00 6 8 22 2 8 5 0 5 0 44 444 0 8 00 22 8 4444444444444 0 0 6 0000 4 000 8 444444444 88888 2 0 4 666666666666 0 8888 2222222222222222222222222 8 0 0 555 0 2 0 00000 5555555555 00 333 000 33 0 3 0
consensus : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT-A---ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
Reference ( family-4497 ) : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT-A---ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
gi|1 : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTAT-AGGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATATGCTGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATTCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCTATGTACTAGATTTATCCGTG---TAA------AAGGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CATAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATAACGGCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCATAACAC-------GGTGTGCCAG-----A------TAGAGC--TATGTTACACAGTGTTCT-TGATATCA--CAATGT-T---ACCCAGT---ATGC--TACATTATCAATATAACGCAATTTACTAGATATA-TCCGTGTAACACGTTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGTGA-GC------TAG-ATATAGCCTTAAAA---TACAGT-TTGCTAGTTGTA----ACGATGTAACACAGTGTAT-CAGATG---A-ATCCAAT---GTG---CT-AGTT-A-TGGC--------AATGTAAATCAGTGA-ACAAGA-TATATAA-AT---GGAATAT----------ATATAGCAATG-CAACACTGT---ATGCTACAC-A-AGTA--GTAACACAGTATGCAGCAATAGCAATGTAACAAGGTGTGCT
gi|10 : TA--ATAATG--------CAG----TGCAATA-CACA---GCAC---AATA---TAG--TACTG--TACAGCACAG---------CACAGTATGTCAA--AGGGAA---ACACAATGT------AAATG---CA-------ATGC--AATGCA--ATGCAATACAACACAATGAAg
gi|12 : aCAG------------TAT-GC--TGTGCAGTGCAGTGAAGTGCAGTACAATACAGCGT-A---ATGCAGCACAATATATTACACTA-CAATA
gi|12 : caaaaCAGTG-----CAGTGAAGTGC---AG----TACAATA-CAGC---GT-----AATG---CAGCACAATA--TA--TTACA-------C--TACAAT-----AA--AAT--A---ATATAGTGT-TA---AG------CAAT----C---T--AATACAGTaaataatatagtgttaagcaatctaatacagtacca
gi|2 : caaaacagtatgctgtgTG---TAA------TACAATGT-GCAAGATATAGCAATG-TAA--CACAGTG---CGA-------TAC-AACTAGCAATGTAACACAGTT-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------AACAC-----AATG-------TG--C-TAGATATATC-CGTATGAGAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGT--------GTGTTCT-CGATAAAA--CAATGT-A---ACAGAGT---ATAC--TATACTATCAATATTACACGGTGTGCTGGATATA-TCCGTGTAACACGGTATG--ACTGATATAG--CAATTTAACATAGTGT-GC------TAG-AAATAGCCACATAA---CACAGT-TTGCAAGTTATA----AAAATGTAACACAGAATAC-CAGATGT--T-ATTAAAT---GTA---CT-AG-CTA-TAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAA-GCTAGA-TATGGAA-AT---GTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGT-AACACAGT---GTGCTTCAT-GTAGCAATGTGACACAATATACTACAATAGCAACATATCATGGTGTGCTacca
gi|2 : cagaTATAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAAGCTAGATATGGAAATGTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGTAACACAGTGTGCTTCATGTAGCAATGTGACACAATATACTACA------------ATAGCAACA-TATCATGGTGTGCTAGATATATTCATGTAACACTTGCCAGATG--TAGCAATCagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagcGGATATATCTATGTAACA-CGGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTAACACGGTGTCCCAGATATATCAGTGACTTAATTACTTAACAGTGT------ATATGTCTCTGGTAT--TACAGTG---TCT-------TAG-AAATAGCAATGAAACACAATG-TGTTTTGTACA---GCATATGTTTTGTCA--ACTGTTTAATGT-----TTG--G-TAAATACATCACTCGTAAcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctCAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAGCAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCATGTAACAAAGTATGCTAG--ATATAACAATGTA--ACAGTG---TAC--CAG---ATGTAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACAAAA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATGTGCCAGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATTCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCAATGTACTAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATGACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : GATACAACCACATACAATACAATGTCATACAATATAATAATACAATACAGT---------TAATTTCAATGCAACGCCACGCAACACTTA-AT--GTA---CAA------AACAACATTGTACAATATAACACTG-TATAATACAATGCTGTGCAATACAATACCAAACAATAATATAACACTGTA-TAATATA-ATTTGTGCA-ATAC------A--AC-----ACTGTAAACACTGTGC-AATACAAAAC-TGTACAATAC-------AATA--CCAA-----ACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAA--CACTGTCA---ACACTGTGCAATAC--AACACTGTCA-----ACACTGTGCAAT--ACAAA-ACTGTACAAAACAATACC------AAACAA--TAATATAACA-------------------------CTGCATAA---TACAGT-------GTTGT-----GCAATACAACACTGT-CAA-CA-CTGTTCA-ATACAA-----CA---CTGAA-C-AGTA-C--------AATACGAAACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGC---------AGTACAACACTGTCAACACTGTTCAGTACAACACTG-AACA--GT---ACAATATGAAACAAT---AATATAACA
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatGTGTGACAT--AGT---GTA-CA-----GCAGTAAACAACAA-CATAC-----CATAGTCTGC-------AACAGTGT-CCA---ACAGT---GTACAATAGTGTG----ATATAGTG-----T-ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT-----AT-TCTGCAACAGTGTTCA------ACAGTGTACACAAGTGTGACATAGT-GTGCAGCGGCGTACAATAGTGA-ACAACAGTGAACGACAATG---TGCAACAGCTAACGAACTAACAGT---GTACTGCAGTAAA-CAG--CATTG--CA--CCACAGTAA--GC--AACAGTA-C-CCATGAGT--ATTCA-ACAGTGTGCACTCGTGTA---CAAA----AATGT--ACGACAGTGTGT----TAAAACAGT---ATATAAAACTGTACCAAAGTGTAAAATAGCGTAT--GATA-----GTGT-ACAGCAGTGTGCACTCGTGTACAA--A--AATGCACAACAGTGTGTTAAAACAGTActgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|6 : aacagtgtacaaaaAATGCAACACAATAATGCAACA--------CA-ACATTA----A--AC-----AATGT-----GTG--TATGGACAT-TC-TTTGTAAAACTGTCATAGATCTGTCAGTAAACA------CATAAA--TATA-AACACAATA--CTGCAATACAA--C-ACAT-AGATATACAATACAATAC--TGCATTA-CAACACTACACGATGTA-TGGACATAGTT--TGTAAATC--TGTC--ATAGATATGT--CAGTA-AACGCA-------------TAA-ATATAA--ATACAA---TAC-----TGC-AA-TACA----ACACT-TCACAATGTGTGT----ATGT--ACATACTTT---GTAAATCT-GT-C-A-TAG----------ATTT--GTCAGTAA-ACG-CA-TAAATAT-AC-----AATAC---------AATACTGCAATtataaaactgta
gi|8 : tACTGTGCCATGCAG-TACAGTACAGTGCAACATAGCGCAGCACTGCATAGCACAGAACGGTACAACAGTACAGTACTGT-A-CTGTACAAGACAGTTCAGCATGGTATGTACAG-CAC--A-GTACAGTACAGTA---C--AG-C-A-CAGC--------AAAGTAAannnnnnnnnncaatacaacact
gi|8 : aactgagatacattcaatatttatagttatgtgattttTG---TGC--CA-----TGCAGTA-CAGTACAGTGCAA-CATAGCGCAG--CACTGCATA--GCACAG--A--ACGGTACAACA-G-TAC--AGT--A---CTGTACTGTACA---AGACAGTTCAGCATGGTATGTACAGCACAGTgtacaagacagttca
blockSeqs : AAAA GTAAA A C T TGAC C C C T A C A CTTGC AA A T G T A G C T T AA G T T G A C AGT T ACAAGTG CA TG T AACG TGCAACAGCTAA A ACA A TGC GCG CA C CA CA ATTGC TATGT TG ATTC C GCACTC A GTT GCATGGT AC G A T G AAA G CA TAT A G ACTCGTG C G CA C C TTTC G T CA ACT TTACTT TGTAC G TAA CTGTGCAATACAA C A A ATTTGT T TTTGTCA TGTTT AAACAC TGC A G TGTCATA GT ACAATAA AC GCAGT AA G TA AGAT G ACA AT T TT C G G C C GG ATG T TA TT T GCGCAGCACTGCA C A GCCA T CAG TTGCAAGT ACAAG G A A CACTGTTCA T TACA CTAGCTATAGCAAAAAGCT A A T TAG C T T AGTGT AATGTTCTAG TC TCA GT AT G A T
blockSeqs : . . C . . . . . . C C T T . . T T . . . . . . . G . . . . . . . . T G . . TA AAGTGCAG . . G TA AA . A . . TAAGC AAG . GAA T ACA A . ATC . A T G G . . . AAA A . . . . . . . T A T CC . . GCAA . A CGA . A . TACA . AAC . T TA . T . CT TAAACA . ATAAT TT G . CA A GCA . T CT A G . T A AA A A . AT C GTGTGC . T ACGG T . ACTGTAC A A T G CAGATGTT A T AATCTGTCATAG G A . AAC . C . GT A T . TG . . .
blockSeqs : . . . . . A . TA TACCAGA . . A AA . . A . . AACGG TAC . A C ACA G . ACC . G . . . . . . C . . . . CGCA . T TCT . C . ATA . TAA . C C . A . A A . AAAC TT G . A A ACA . . . . . . . A TG A A . GC T . . C CTG C . TGCAA A T T A ACAGCACA A T CTGAACAGTAC A T . GC . A . . A
blockSeqs : . TGCCA . . G . . . T . . C CAG . A T TA A . AAA . G . . . . C TGC . T . ATA . A . G G . . . . . . . A A . . . . . . . A . . . . AA C . GT . . G . ATGTAC A . CAGCACAGC .
blockSeqs : CAG . . . . . . C . . . T . A . . . . . . . A . . . A . . C
blockSeqCons : TGCGCAGA******* TA******* AACA******** ACA ************* ATGTAC****** CAGCATAGC****************
originalCons : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTG---TGC--CAG---ATGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGT------A--AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG-----A------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT-A---ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATAGCG--GC------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTAT-CAGATGT--A-ATACAAT---GTA---CT-AG-C-A-TAGC--------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
finalCons : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTATGCTAGATATATG-AAC---GTTCATGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGCCGTGTAACGAAGTACGCTAG--ATATAACAGTGTA--ACAGTGTGCGCAGA-------TGCAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACAANA-G-CAA--AGT--A---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-ATA---GCA-ATGTTA-------AC-----AATGT-----CTG--C-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAGAACA--------TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT-A---ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTC--GCAGATATAG--CAATGTAACATA-------------TAG-ATATAGCCGTACAA---TACAGT-TTGC-AGTTGTA----ACAATGTAACACNGTGTATATGTAC------ATACAAT---GTACAGCATAGC----------------AATGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACAGCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATTGCAATGCAGTGCAATGCAGTACAGCTAATGTGTAGTCATTTACAGTACAGAACAGTGCAGTAAAGCGGAAAAACAGTATAGCTTGCAGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTACAGTACATATTGTAGTACAGGACATTACAGTTTGCAGTCCAGTACAATACATCTTAAAGTACAACAGTACTGATAGCTGTGTTGTTATTTACAGTACAGTAAGTGCAGTAAAGTGAAGATACAGTACAGTACAGTTTAGAACAGAGCAGTACAGCTTGCAGTATAGTCAAATTT
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 1 1 2222 1 22222 11 1 11 22222222222 1111 33333333 33333333 11 2222 222222222 3333333333333 222 111 111 333333333 11111 111 111 1111 11 222 1 11 111 1 4444444 11 1 2222 111 222222 11111 111 2222222222222 33333333333333 22222222222222222 1 3333333 44444444444 11 1111 1 11 11111 11 1 1 11 111 66666666 1 33333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 1111 3333333333 11 11 222 222 11 1
lowQualScore : 8888 33333 1 3 3 8888 6 0 6 3 3 8 7 9 55555 33 1 3 6 7 7 6 6 3 7 88 6 7 7 2 22 5 3 1 77777777777 8 4444 1 22 66666666 44444444 33 8 5 1 0000 1 000000000 0000000000000 5 5 000 1 000 777 77 1 77 77 888888888 77 1 99 88888 4 1 111 1 111 7777 0 11 7 6 333 3 0 22 000 3 0 3333333 6 6 0 88 3 6 4444 1 3 55 444 333333 88888 0 8 222 7777777777777 8 5 6 55555555555555 6 55555555555555555 3 6 8 1 2222222 33 11111111111 0 11 0000 77 0 11 0 88888 4 999 11 0 0 44 0 8 6 0 6 1 33 444 0 77 11111111 0 3 7777 1 0 5 3 66666666666666 9 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 1 1 6 000 88 6 3333 1 5555555555 11 88 333 222 88 2 7 1
lowQualScore : .... ..... . . . .... . . . . . . . . ..... .. . . . . . . . . . .. . . . . .. . . . ........... . .... . .. ........ ........ .. . . . .... . ......... ............. . . ... . ... ... .. . .. .. ......... .. . .. ..... . . ... . ... .... . .. . . ... . . .. ... . . ....... . . . .. . . .... . . .. ... ...... ..... . . ... ............. . . . .............. . ................. . . . . ....... .. ........... . .. .... .. . .. . ..... . ... .. . . .. . . . . . . .. ... . .. ........ . . .... . . . . .............. . . ................................................................ . . . . ... .. . .... . .......... .. .. ... ... .. . . .
lowQualScore : 3333 33333 0 3 3 3333 7 7 7 3 7 8 0 8 00000 88 0 2 7 3 3 7 7 3 3 00 7 3 3 0 55 0 8 8 22222222222 0 8888 8 88 88888888 22222222 22 0 0 0 4444 8 222222222 4444444444444 7 7 000 7 999 999 99 0 99 99 111111111 99 0 22 77777 0 7 777 7 777 0000 8 00 3 7 333 3 7 22 222 2 0 3333333 7 7 7 33 3 7 0000 0 2 00 000 000000 22222 6 0 444 2222222222222 0 2 7 00000000000000 7 77777777777777777 5 7 0 0 5555555 55 44444444444 8 00 0000 00 0 00 8 22222 6 444 00 6 8 22 2 8 5 0 5 0 00 222 2 55 55555555 2 5 2222 4 8 6 3 00000000000000 3 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 0 7 7 777 33 7 8888 5 7777777777 00 00 333 000 33 0 3 0
consensus : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTAT-GCTAGATATGTG-A----AC---GT-TCA---TGCAGTACAGTGTAC-----TGCGATATAGC-------CGCGTAACAAAGTAC-GCTAG--ATACAACAGT---GTA--ACAGTGT-GC-G-CAG---ATG-CAATA-CAGC---GTGCTA-AGTA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACA--ANAGCAA--AGTA---ACACAGTGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-AT-----------AGCA-ATGTT-----A-A-C-----AATGTCTGC-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG--AACA----TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT-A---ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGNTGTCGCAGATATAGCAATATAACATAGTG-GCTAGATATAGCCGCACAATACAGTTTGC-AGTT--GTA---------GCAATGTAACACAGC---GTAC---A-TGTAC-ATACAA---T-GTAC-A---G--C-ATAGC--------A----A--TGTAAANCAGTAA-ACAACA-TATATAA-AC---GTAATAC---------AATACA--GCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
Reference ( family-4497 ) : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGNAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAACGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCNATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCGAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAACGTAACGCAGTAT-GCTAGATATATG-A----AC---GT-TCA---TGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGC-------CGTGTAACGAAGTAC-GCTAG--ATATAACAGT---GTA--ACAGTGT-GC-G-CAG---ATG-CAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---CAG--CANTG--TA--GCACAG--A--GC--TACA--ANAGCAA--AGTA---ACACAATGTACA---AGATA---CAAC----CATGT--AACACAGTGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAACGTGCCGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTACGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---CGATGTAACGCNATGTACCAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATGTAACACCGTA-TGCTACA-AT-----------AGCA-ATGTT-----A-A-C-----AATGTCTGC-TAGATATATC-CGCGTAANAC-------GGTGTGCCAG--AACA----TATAGC--TGTGTAACACAGTGTTCTGCGATACAA--CAACGT-A---ACGCAGTACAATAC--TACACTATCAATATTACACGGTGTACTGGACATA-TCCGTGTAANACGGTGTCGCAGATATAGCAATGTAACATA------TAGATATAGCCGTACAATACAGTTTGC-AGTT--GTA---------ACAATGTAACACNGT---GTAT---A-TGTAC-ATACAA---T-GTAC-A---G--C-ATAGC--------A----A--TGTAAANCAGTAA-ACGANA-TATATAA-AC---GTAATAC---------GATACA--GCAATGTCAACACTGT---GTGCTACAC-G-AGCA--GTGACACAATATGCAACAATAGCAATATAACANGGTGTGCT
gi|1 : CAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGTAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAACAATGCTAT-AGGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAACAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTAT-GCTAGATATATG-A----AC---GT-TCA---TGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGC-------CATGTAACAAAGTAT-GCTAG--ATATAACAAT---GTA--ACAGTGT-AC---CAG---ATG-TAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACA--AAAGCAA--AGTA---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATATGCTGGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATTCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATCCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAACAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCTATGTACTAGATTTATCCGTG---TAA------AAGGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CATAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATAACGGCGTA-TGCTACA-AT-----------AGCA-ATG-T-----A-A-C-----AATGTCTGC-TAGATATATC-CGCATAACAC-------GGTGTGCCAG-----A----TAGAGC--TATGTTACACAGTGTTCT-TGATATCA--CAATGT-T---ACCCAGT---ATGC--TACATTATCAATATAACGCAATTTACTAGATATA-TCCGTGTAACACGTTGTCGCAGATATAGCAATGTAACATAGTGAGCTAGATATAGCCTTAAAATACAGTTTGCTAGTT--GTA---------ACGATGTAACACAGT---GTATCAGA-TG-A--ATCCAA---T-GTGCTA---GT-T-ATGGC--------A----A--TGTAAATCAGTGA-ACAAGA-TATATAA-AT---GGAATAT----------ATATA--GCAATG-CAACACTGT---ATGCTACAC-A-AGTA--GTAACACAGTATGCAGCAATAGCAATGTAACAAGGTGTGCT
gi|10 : TGC-AGT---------------GCAAT---ACACAGC---ACA----A-TATA--GTAC-----T-GTAC-A---G--C-ACAGC--------ACAGTA--TGTCAAA-GGGAA-AC-ACA--ATGTAA-AT---GCAATGC---------AATGCAATGCAATA-CAACACg
gi|12 : ataataaCAA--AACAG---TAT-GC--TGTGCAGTGCAGTGAAGTGCAGTACAATACAGCGT-A---ATGCAGCACAATATATTACACTA-CAATAaatgaa
gi|12 : CAGT---G-----CAGTGAAGT-G-CAG----TA-CAATA-CAGC---GT-----AATG---CAGCACAATA--TA--TTACA-------C--TACA--AT---AA--AATA---ATATAGTGT-TA---AG------CAAT----C---T--AATACAGTaaataatatagtgttaagcaatctaatacagtacca
gi|2 : caaaacagtatgctgtgTG---TAA------TACAATGT-GCAAGATATAGCAATG-TAA--CACAGTG---CGA-------TAC-AACTAGCAATGTAACACAGTT-TGCTACA-AT-----------AGCA-ATGTA-----ACA-C-----AATGT--GC-TAGATATATC-CGTATGAGAC-------GGTGTGCCAG--A-------TATAGC--TGTGT--------GTTCT-CGATAAAA--CAATGT-A---ACAGAGTA---TAC--TATACTATCAATATTACACGGTGTGCTGGATATA-TCCGTGTAACACGGTATGACTGATATAGCAATTTAACATAGTGTGCTAGAAATAGCCACATAACACAGTTTGCAAGTT--ATA---------AAAATGTAACACAGA---ATACCAGA-TGT-T-ATTAAA---T-GTACTA---G--CTATAGCAAAAAGCTA----A--TGTAAAACAGTAA-GCTAGA-TATGGAA-AT---GTAATACAATGTTCTAGATATA--GCAATGT-AACACAGT---GTGCTTCAT-GTAGCAATGTGACACAATATACTACAATAGCAACATATCATGGTGTGCTacca
gi|2 : cagaTATAGCAAAAAGCTAATGTAAAACAGTAAGCTAGATATGGAAATGTAATACAATGTTCTAGATATAGCAATGTAACACAGTGTGCTTCATGTAGCAATGTGACACAATATACTACA------------ATAGCAACA-TATCATGGTGTGCTAGATATATTCATGTAACACTTGCCAGATG--TAGCAATCagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagcGGATATATCTATGTAACA-CGGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctatgtaacacggtgtcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|2 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTAACACGGTGTCCCAGATATATCAGTGACTTAATTACTTAACAGTGT------ATATGTCTCTGGTAT--TACAGTG---TCT-------TAG-AAATAGCAATGAAACACAATG-TGTTTTGTAC-----------AGCATATGTTTTGTCA-A-CTGTTTAATGTTTGG-TAAATACATCACTCGTAAcccagatatatcagtgacttaattacttaacagtgtatatgtctctggtattacagtgtcttagaaatagcaatgaaacacaatgtgttttgtacagcatatgttttgtcaactgtttaatgtttggtaaatacatcactcgtaaacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|3 : cagatgtaatacaatgtgcaagatatagcaatgtaacacagtgcgatacaactagcaatgtaacacagtttgctacaatagcaatgtaacacaatgtgctagatatatccgtatgagacggtgtgccagatatagctgtgtgttctcgataaaacaatgtaacagagtatactatactatcaatattacacggtgtgctggatatatccgtgtaacacggtatgactgatatagcaatttaacatagtgtgctagaaatagccacataacacagtttgcaagttataaaaatgtaacacagaataccagatgttattaaatgtactagctatagcaaaaagctaatgtaaaacagtaagctagatatggaaatgtaatacaatgttctagatatagcaatgtaacacagtgtgcttcatgtagcaatgtgacacaatatactacaatagcaacatatcatggtgtgctagatatattcatgtaacacttgccagatgtagcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatctCAATATGGCA----GCTAAT-----ACTATATGCTAGATATAGCAATGCAATATAATATTCTAGTTATATCCTGGCAGTACAGTAAG-TTAACG-AGAAATA----ACGATGTACCACACTTTGCTTGTTTATAAAAATGCTAT-ACGGTGTGCGACATCTAGTTATGTATCA-----CAAGTA--TAGCTATCATACGGTAACACAGCCTGCTAGAATTAGCAATGTACCAGATATAGTCATGTACAA-AGTGTGTTAGATATAGCAAGGTTTGACAGGATGATAAATATAGCAATGTAACACAGTAT-GCTAGATATATG-A----AC---GT-TCA---TGTAATACAGTGTAC-----T-TGATATAGC-------CATGTAACAAAGTAT-GCTAG--ATATAACAAT---GTA--ACAGTGT-AC---CAG---ATG-TAATA-CAGT---GTGCTA-AATA---TAG--CAATG--TA--GCACAG--ATTGC--TACA--AAAGCAA--AGTA---ACACAATGTACA---AGATA---TAAC----CATGT--AACACAATGTGCTAGATAAAACAGTGAAACAT---ACTGTATCATA-TGTAATACAATGTGCCAGATAAAACTATGTAACA-CAGTGTGC-------TACAACTAGCAATGTAACACAGTATGCTACAATAGCAATGTTACATGGTCTGATAGATATATTCGCGTAACACGGTGTGCCAGATATAGCTATGTA--ACACCGTGTTTTA-GATATAATAATGTAACACAGTCTCCCGCATTAA---TGATATAACGCAATGTACTAGATATATCCGTG---TAA------AACGGTGTCGCA-GATATAGCAATG-TAC--CACAGTG---TGC-------TAC-AAATAGCAATATGACACCGTA-TGCTACA-AT-----------AGCA-ATG-T-----A-A-C-----AATGTCTGC-TAGATATATacaaccattaatcccatcgcaaaatagcaatattccctatacgagtcgtacactttattagattttacgtcgcgtccttaaagatagaattgttataa
gi|4 : GATACAACCACATACAATACAATGTCATACAATATAATAATACAATACAGT---------TAATTTCAATGCAACGCCACGCAACACTTA-AT--GTA---CAA------AACAACATTGTACAATATAACACTG-TATAATACAATGCTGTGCAATACAATACCAAACAATAATATAACACTGTA-TAATATA-ATTTGTGCAATACAACA-CTGTA-----A-A-C-----ACTGT--GC-AATACAAAAC-TGTACAATAC-------AATA--CCA---AACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAA--CACTGTCA---ACACTGTGCAATAC--AACACTGTCA-----ACACTGTGCAAT--ACAAA-ACTGTACAAAACAATACC----AAACAATAATATAACA-----------------CTGCATAATACAGT------GTT--GT----------GCAATACAACACTGT---CAAC---ACTGTTCAATACAACACT-GAAC-A---G--T-A---C--------A----A--TACGAAACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGC---------AGTACA--ACACTGTCAACACTGTTCAGTACAACACTG-AACA--GT---ACAATATGAAACAAT---AATATAACA
gi|5 : cgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatGTGTGACAT--AGT---GTA-CA-----GCAGTAAACAACAA-CATAC-----CATAGTCTGC-------AACAGTGT-CCA---ACAGT---GTACAATAGTGTG----ATATAGTG-----T-ACAGCA--GTAAACA--ACAACATACCGTAGTAT------AT-TCTGCA----ACAGTGT-TCA---------ACAGTGTACACAAGTGTGACATAGT--------GTGCAGCGGCGTAC-AATAGTGA-ACAACAGT---GAACGACAATGT-GC-AACAGCTAACG-AACTAACAGT---GTACTGCAGTAAA-CAG--CATTG--CA--CCACAGTAA--GC--AACA--GTACCCATGAGTATTCA-ACAGTGTGCACTCGTGTA---CAAA----AATGT--ACGACAGTGTGT----TAAAACAGT---ATATAAAACTGTACCAAAGTGTAAAATAGCGTAT--GATA-----GTGT-ACAGCAGTGTGCACTCGTGTACAA--A--AATGCACAACAGTGTGTTAAAACAGTActgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|6 : aacagtgtacaaaaAATGCAACACAATAATGCAACA----------------CA-ACATT-----A-AAC-----AATGTGTGTATGGACAT-TC-TTTGTAAAACTGTCATAGATCTGTCAGTAAACA----CATAAA--TATA-AACACAATA--CTGCAATACAA--C-ACAT-AGATATACAATACAATAC--TGCATTA-CAACACTACACGATGTA-TGGACATAGTT--TGTAAATC--TGTCATAGATATGTCAGTA-AACGCA------TAAATATAA--ATACAATAC----TGC-AA-T--ACA---------ACACT-TCACAATGT---GTGT---A-TGTAC-ATACTT---T-GTAA-ATCTGT-C-ATAG--------------A--TTT--GTCAGTAA-ACG-CA-TAAATAT-AC-----AATAC---------AATACT--GCAATtataaaactgta
gi|7 : tGCAGTGCAATGCAGTACAGCTA-ATGTGTA-G----TC---AT-TTACAGTACAGAACAGTGCA----------GTAAAGC-------GGAAAAAC--AGTATAGCTTG--------CAGTTGAGTA---CAGTTTAGT-G-CAG----TG-CAATG-CAGTTCAGTAC---AGTA---CA---TATTG--TA--GTACAG--G--ACATTACA--annnnnnnnnncaatacaacact
gi|7 : aacattgcaatACAGTATAGCTTGC-AGTTGAGTACAGTTTAGTGCAGTGCAATGCAGTTCAGTAC---A--GTAC-ATATTG---TAGTAC-A---GGAC-ATTAC--------A----GTTTGCAGTCCAGT---ACAATA-CATCTTA-AA---GTACAAC---------AGTACgtttgcagtccagtacaatacatcttaaagtacaacagtactgatagctgtgttgttatttacagtacagtaagtgcagtaaagtgaagatacagtacagtacagtttagaacagagcagtacagcttgcagtatagtcaaattt
gi|8 : aacattgcaatgcagtgcaatgcagtacagctaatgtgtagtcatttacagtacagaacagtgcagtaaagcggaaaaTAGTTATGTG-ATTTTACT--GTGCCA---TGCAGTACAGTACAG-----TGCAACATAGCGCAGCACTGCATAGCACAGAAC-G------GTACAACAGT---ACA--GTACTGT-ACTG-TAC---AAGACAGTT-CAGC---ATGGTA-TGTA---CAG--CACAG--TACAGTACAG---------TACAGCACAGCAA--AGTA---A------GTACA---AGACA---tgatagctgtgttgttatttacagtacagtaagtgcagtaaagtgaagatacagtacagtacagtttagaacagagcagtacagcttgcagtatagtcaaattt
gi|8 : aactgagatacattcaatatttaTGT-GC---CA-----TG-CAGTA-CAGTACAGTGCAA-CATAGCGCAG--CACTGCATA--GCACAG--A--ACGGTACA--ACAGTAC--AGTA---CTGTACTGTACA---AGACAGTTCAGCATGGTATGTACAGCACAGTgttca
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATACAATGCAATGTAGTACAGTACAGTTATTTACAAGTAATGTAAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCAGTGCAGTGCAGTGCAGTGTAGTACTGTACACAGGGCAT
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTACATTATAGTAACACAGTAACGTAGTAAAAGTATAGACAGTAGAACACAATATAGTACAGTACAATACAGTTATAAAACAGCAGAACAAAGTATATAGAAATACAATA
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGCGGTGCAGTTCAATGCAGTACTGGATGCATAGTACAGGTGCACAGTGCAGAGTTTAGTAGTTTATTTTAGTTCAGCACAATTCAGTAC
Unaligned ( gi|14 ): GATAATACAGTGCAGTACAATACAGTACAGAACAGTAGAGTGCAATACTAGATAATACAATACA
Unaligned ( gi|15 ): GGTATCATCAGTGACTTAATCAAATGTGTATATGTCTCTGGTATCA
Unaligned ( gi|16 ): AATACAGTACAGTGCAATACAGTACAGTACAGTA