lowQualScore : 1111111111111111111111
lowQualScore : 5555 44444444444444 1 22 1111111111111111111111 1111 5555555555555555555555 1111 333333333333333 11111111111111 11 11 22222222222 11111111111111 22222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111
lowQualScore : 6 5555 6 88888888888888 5 00 5555555555555555555555 4444 4 3 3333333333333333333333 3 6666 33 333 22 1 1 000000000000000 1 22 5 5 0 1 666 33 1 555555 44 22 0 44444444444444 5555 1 4 2 2 88 22 22 222 2 55 44444 333 44444 888 1 1 22 11111111111 44 22 4444444444 22 88888888888888 1 33 1 1 55555555 2 1 2 6 222 222 66 0 11 1 1 33333 1 888 4 22 11 1 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 8 1 22 99999 1 1 1
lowQualScore : . .... . .............. . .. ...................... .... . . ...................... . .... .. ... .. . . ............... . .. . . . . ... .. . ...... .. .. . .............. .... . . . . .. .. .. ... . .. ..... ... ..... ... . . .. ........... .. .. .......... .. .............. . .. . . ........ . . . . ... ... .. . .. . . ..... . ... . .. .. . . ............................................................. . . . . .. ..... . . .
lowQualScore : 0 0000 0 00000000000000 0 77 3333333333333333333333 2222 5 3 6666666666666666666666 8 2222 44 555 66 0 9 333333333333333 9 33 5 5 2 9 333 44 9 555555 99 66 1 11111111111111 3333 2 0 0 0 55 66 77 888 4 00 55555 222 33333 666 7 6 33 22222222222 66 33 9999999999 00 99999999999999 9 88 4 3 22222222 2 3 9 5 222 444 44 2 66 2 2 11111 2 777 6 77 77 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 8 5 00 22222 7 7 3
consensus : NNNNNNTTATAAAAACAATCTAAAGCAATCAATGCTATTTATGCTAT-ATTATT-AA----CGC-TATA------TTAT----CCAGTTTATCCAAGAATGG-AG-------TA-T-----N-AGANTACATAANT----CGCC--TAAACT---TGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-TATGAAGATTATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-A------TTCTCTACGAAAGCA-----A--T----NT---ACGTG-C-TTA-A-GATTAAGT--TCG-CAT--TCTCTNGA--AAT-----TGA---GACCG-----GGC-G-ATAT--AATGGTA---------T--TGA--TCGT----G---CTAA--TA--GA-----T---TATGTAAACT-TTGTA-A-C-AN--GAATGTNATT-GAGTCNGAATATCATT---T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-A-----AC-GAT-ATTCGTACTA--A-A-TACTTAGG-C--T-T-AGGC-CGCATGTC-TTG-GC--C-----TACA-T-C--A-A--T--TAAATT-T-ACANATA-T--CATGTCGTCT-A-AAAATGAAAAAAA
Reference ( gi|6 ) : AATTCATTATAAGATGGTTTTAAAG-AGTCCATG-TGTGTATTCTAT-ATTATCCAATATATATATATA------TTAT----CCAGTTTATCTAAGAATGG-AA-------TA-T-----T-AGATTACATAACT----CGCC--TAAACT---TGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-TATGAAAACTATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-A------TTCTCTGCGAAAGCA-----A--T----AT---ACGTG-C-TTA-A-TATTAAGT--TCA-AAC--TCTCTTGA--AAT-----TGA---GACCG-----GAC-G-ATAT--AATGGTC---------T--TGA--TCGT----G---CTAA--TG--GG-----T---TATGTAAACT-TTGCA-A-C-AT--GAATGTTATT-GAGTCAGAATATCACT---T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-A-----AC-GAC-GTTCGTACTA--A-A-TACTTAGGACG-T-T-AGGC-CATATGTT-TTG-GC--C-----TACA---C--A-AT-T--TAAATT-T-ACAGATA-T--CATACCAGCT-A-AGAATGAAAAAAAG
gi|7 : TTATAAAAACAATCTAAAGCAATCAATGCTATTTATGCTAT--TTATC--------------A------TTAT----CCA-----TCCAAGAATGG-AA-------TG-CCTGTAT-ACATGATATA-------TATC--TAAACT---TGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-TACGAAAATTATATTGATA-AAATAGAT-AATG-A------TGCATTGAGAAAACA-----G--T----TT---TCGT
gi|2 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgttTATCATTATTTAA-AGACGCATATG------TGGT----T-AATTCATCCAAGAATGGTAA-------TAGT-----T-AAA--AAATAATG----CGTC--GAAACT---TGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-TTTGAAAATTGTCTTAATA-AATTGAAT-AATT-A------TTCACTACGAAAACA--------T----GTT--ACATG-C-CTA-A-GATTAAGC--TCG-CAT--TCCCTGGA--AAT-----TGA---GACCA-----GGT-A-ATAA--AAAGGTG---------T--TGA--CCGT----G---CTAG--TA--GA-----G---TATGTAAACT-TTGTA-A-C-AA--GAATGTCATT-GAGTCGGAATACCATT---T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-GAAC-A-----AC-GAT-ATTCGAACTA--A-A-TA--TA--------T-AGCC-TGCATATC-TTG-AC--C-----AAAACT-C--A-A-----TAAATT-T-ACGCATA-T--CATttggtagatttaattgggtcattagagaaatccgtctatgtatattgtgtaatcaaaacgtaattgaatctgagtatcattttatcttatgttgtacaaggtaaacttatattaggaaaacatatttagggcatatttcatggccttcagtacacacattcaatacttttatgtcaacaaaaaataaaaagatgtt
gi|5 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttggttaatactT-ATTATT-AATCTTTATTTATAAGGTGATTACGAGACCAGTTTATACAGGAATGG-AG-------AA-C-----GGACATTACGTAAATA---CGTAAATAAACT---TGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-TATGAAGATTATTCTGATA-TA-TTAAA-AATG-A------TTGTCTACGAAACCA-----T--T----TT---ACATG-C-TTA-A-GATTAGGT--T---AACCATCTCTTGA--AAT-----TAA---AACCG-----AGCTG-AC-T--AA-----------------------CAT--------CTAA--CA--A----------CATCTAAACT-TTTTA-ACC-AT--AAA-GTTATT-GAGTCAGAATACCA-T---T-T-TTG-TGTGTTTTATTG--T-ATAC-A-----AG-GAT-AATTGTATTA--A-A-TACTTAGGCCG-CAT-AGAC-----------TG-GA--A-----TACACT-C--A-ATAT--T---CT-T-TCATATG-T--CATGTCGTCA-A-AAAGTAGAAAAAg
gi|4 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggaccaatact----CCAGGTTGTCCAAGAATAG-AG-------TA-T-----G-AGCATACACCACT----CACC--TAAACT---TGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-TAAGAAGATTTCTTTGACA-TATTTAAG-TCTG-A------TTCTCTACGAAAGCACGAAAA--C----AT---ACGTG-TATTAGA-TA--AGGT--TCA-TAT--TATATTGA--AAT-----TGA---GACCG-----GAC-G-AGTT--GTTTGTA---------T--TCA--TCGT----G---CTAA--TA--GA-----T---TATGTAAACT-TTGTA-A-C-TA--GAATGTTATT-GAGTCAGAATACCATT---T-C-TTGTCGTGTTGTACTA--A-ATAC-A-----GC-GAC-ATTCGTATCA--A-A-TAC-------------------------C-TTG-GC--C-----TACATT-C--A-A-----TAAATT-T-ACATATA-T--CATGTCGTCT-A-AGAATGAAAAtgt
gi|3 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatttaataaacgactgtggggccaaaaccaattatttaccttcacgtaacaggcgattacgaga----CCAGTTTATCCAAGCATGA-AG-------TA-T-----G-AGAATACATAATT----GGCC--TAAACT---TGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-TATGAAGATTATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-A------TTTTATAAGAAAGAA-----A--T----TT---CTGTG-C-TTA-A-GATTAGGT--TAT-CAT--TCTCTTGA--CAT-----TGT---GACCT-----GGC-A-ATAT--AATGGTA---------T--TCG--TCGT----G---GTAA--TA--CA-----C---TATATAATCT-TTGTA-ACC-AT---AATGTAACT-GAGCCAGAATACCATT---T-T-TTTAT-TGTTTTACTA--A-ATAC-A-----AC-GAT-ATTCGTACTA--A-A-TAC-----ACG-T-A-GGGTGCA-ACG-C-TTA-GC--T-----TACACT-C--A-A-----TAATTT-T-TCACATA-T--CATGCTGTTT-ATAAAAAGAAAAAtataat
gi|11 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcaaacgatttcgggaccaatgctaattagtgaccttaacttaaaaggtgattcgaga----CCAGCTTATCCCAGAATGG-AG-------TA-G-----G-AGATAACATAATT----CTCC--TAAACT---CGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-----------------------T-AAGATTATTT-AACA-AATTTAAA-AATG-A------TTCTCTACGTAAGCA-----T--T----TC---ACGTG-A-TTA-A-AATAAGGT--TTA-CAT--TCTCTTGA--ATT-----TGA---GACCG-----GGC-A-ATAT--AATGGTA---------T--TGA--CCGT----G---CTGT--TA--GA-----C---TTTGTAAACT-TTGCA-ACC-AT--G-ATGCTGTT-AAGT----------TT---T-G-TTTATGTGTTGTTCTA--A-ATAC-G-----AT-GAT-ATTTGTATGA--A-A-TACTAAGG-CG----------CATA--TC-TTG-AT--C-----CATA---CTAA-A------AAAAA-T-ACATATA-T--TACGTCGTCT-A-AAAATGAAAAAAtat
gi|1 : tacaagaCAATTTATTCAAGAATAC-AA-------C-----------GAATCCATAAATAATACGTC--GAAACT---TGACTATTATGTT--AAATT-TAAA--------CGTCAA-TTTG-GT-TATGAAGAGTACCTTAACA-AAATGAAT-AATG-A------TTCACCACGAAAGCA-----T--T----TT---ACATG-C-CT-------TA-GT--TCG-CAT--ACCCTAGA--AAT-----TGA---GACCG-----GGC-G-ATAC--AGTGGTG---------T--TGA--TCGT----G---CTAA--TA--G-----------ATGTAA-------C----C-A---GAATGTCAGT-GAGTAAGAATACCATT---T-C-TCGCTGTATTGTACTA--A-ACAC-A-----AC-GAT-ATCCGAACCA--A-A-TGTTTAGGCCG----------CATA--TC-TTG-GCCAC-----CACT---C--A-A-----TAAATT-T-ACACATA-T--CATGTCGTGT-G-AAAATGGAAAGAtgtt
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgttgattaacactaacgatatgtctctatttaaaagacgtttacgaaatCAGTTTATACACGAATGG-AAGGAACACTG-T-----T-G---TAAATAATT----GTCC--AAAACT---TGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-TATGAGCATTATTAAGATA-AATTGAAC-AATG-A------TAGTTTAAGAAAGTT-----A--TTTT-AT---A---G-T-TTA-A-GATTAAGT--TCA-CAC--ACTCTTGACGAA-------GA---AACGG-----GTT-G-ATAT--ACTGGAA---------T--TGA--CCAT----T---CAAA--CA--GA-----A---TTTATAAATT-ATGTA-CTC-A---AAATGTAGTT-GAAACGGAATTTCACT---T-T-TTATTATGCTGTACCT--A-GTAT-A-----TT-GAT-ATTCG----A--A-A-TAATTtgtt
gi|38 : tcaaatgtgttaaacgattttaacagtaatactaattatttacctttatttaaaaggcgtttacgggatAGCTTATCCGAGAATG--------------------------TACCTAACC----CACA--TAAACT---TGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-T
gi|25 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaaataccaattattccatttacctaacggcaattaagagacaTTTTTCTAAGAA-GG-AG-------TA-T-----A-AGTACACATAATT----CGCC--TCAAAT---TGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-TATGTAAATTgaaga
gi|22 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaatGAATGG-AAC------TG-T-----T-A--CTTC-TAGCT----CGT-----AACTCAGTACTTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCATATGAAAAGTATCTCGATG-TA-CTAAA-AATA-AGAAAATTTC---GTCATATC---------T----AT---GCAAG-C-TTC-A-GATCGAGTTATCATGAC-----CTGGA--AAT-----TGAAAGGGTCGTTACAGA--A-ATATAGAAAGA---------------GA--TCG-----------AA------GG-----T---TATGTACATT-GTGTG-A-T-GT--AAATGTTGTA-GAAGATGAGTTTCACT---T-T-TGACTGTGTTGTATTA--T-ATAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|15 : atcaatatctacaagacgactgAAAGG-AA-------TA-----------ATTTCATAAATAGATCGTC--GAAACT---TGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-TATGACGATTATCT------AATC-AAT-AATA-A------TTCATTACGAAA--------A--T----ATTTAACATG-C-CTG-A-TATCAAGC--TCG-AAT--TCCCAGGA--AGT-----TGA---GACCG-----GGC-G-ATTA--AATGGTG---------T--TGA--TCGT----G---CTAA--TA--GA-----A---TTTGTAAACT-TTGTA-A-C-t
gi|12 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtattcattaaacgaagttaacgtgatcaaattactccccaCT----CACC--TAAACG---TGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-TATGAACACTACTTTGACA-AATTTAAA-AATG-A------TTCTCTAGGAAAGCA-----A--T----AT---ACGTA-C-TTA-A-GATTAAGT--TCA-CAC--TCTCTTGA--AGA-----CGA---GACCT-----GAC-G-ATAA--AATGGTA---------T--TGA--TCGT----G---CTAA--TA--GA-----TTAATATGTTAACT-TTACA-A-C-CA--AAATGTTATT-GAGTCAGAATATCATT---T-C-TTGCTGTGATGAACTA--T-ATACAA-----AC-GAT-GTTCGTACTA--A-A-TAC---------T-T-AGAC-CGCATGGT-TTG-CC--C-----TACA---CTTA-A-----TAAATT-T-ACAGTTA-T--CATGTTGTCT-A-AGAATAGAAAAAcaga
gi|56 : CC--TAAACT---AGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-TATGAGTAATATT
gi|18 : gttgtaagtaattgtC--TAAACT---TGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-TATGAAGACTATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-A------TTCTCTACGAAAGCA-----A--T----AT---ACATA-T-TTA-A-GATTAAGT--CCA-CAT--TCTCTTGA--AAT-----TAA---GACCG-----GAA-T-ATAT--AATGGCA---------T--TGA--TCGT----G---CTAA--TA--GA-----T---TATATAAACT-TTGCA-A-C-GA--GAATGTTATT-GAGTCAGAATATCATT---T-C-TTGCTGTGTTGT--------------------------------ACTA--A-A-TATTTAAG-----------C-CGCATGGC-TTG-GC--C-----TTCA---CTCA-AT-----AAATT-T-ATAAATA-T--CATGTCGTCT-A-AGAATGA
gi|13 : C--TAAACT---TGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-TACGAAGATTATGTTGATA-AAATAGAT-AATG-A------TGAATTGCTAAAACA-----G--TTTTCAT---AC----C-TTA-GGTAA-AAGC--CCA-CAC--TCATTAAA--AAT-----CGA---ATTTG-----GTA-G-ATTT--TATTGAC---------T--AGA--TAGA----G---AAAA--TC--GT-----T---TATGTCAATT-GTGTA-ATC-A---AAACGCAATT-GAATTTGAATAGCATT---T-C-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTAT-A-----TT-GAT-ATTAGGAAAA--C-A-TATTTAAGACA-T---------ATA-----TCA-GC--A-----TTCAGTGC--A-------TAAATTCT-ATA-ATT-T--TATGTCAACA-A-AAGATAAAAAAA
gi|17 : atAACT---CGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-TATGAATATCGTATTGATA-AA---ACA-GATA-A------CACT--------GTA-----A--T----TT---TCATGTC-TTA-G--GTTAAGT--TCA-GAG--TCCCTGGA--AGT-------A---GA--------------AT-T----TGGTT---------TATTGAAATCG------------A--TA--GA-----G---AATATAA-------TA-A-------AAATGTTATT-GAATCTTAATATCATT---T-TATCG-TATGTTGCACAA--G-GTAT-A-----CT-GAT-ATTAGGA--A--A-A-CACAT-------T-T-AGGT-CATATATC-TTG-GC--C-----T--T---C--A-GT-TCACAAATT-CAACACGT--T--TATGTCAACT-A-AAAATAAAAAAAAgatgttttaact
gi|14 : atACT---TGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-TACAAAGATTATATTGATA-AAATAGAT-AATG-A------TGCATTGAGAAAACA-----ATTT----TT---ATGTG---TTA-G--GTTAAGT--TCA-CAT--TCATTAGA--AAT-----TGA---ATTTG-----GTA-G-ATTT--AATGG---------------AA--TCGTTAGAG---AAAA--CC--GT-----T---TATGTTAA---TTGTA-T-C-ATCAAAATATAATT-GAATCTGGGTATCATT---T-C-ATCTTCTGTTG-ATCA--AGGTAT-A-----CT-GAT-ATTAGGAAAA--T-A-TATTTAGGGCA---T-A----CATGCATC-ATG-GT--CTTCAGTACA---C--A-AA-T--TCAAT--------ATATT--CATGTCAATT-A-TAAATAAAAAGAaaggtttaaaactt
gi|16 : c---TGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-TATAAAGAATATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-A------TTCTCTACGAAAGCA-----A--T----TT----TGTG-C-TTA-A-GATTAAGT--CCA-CAT--TCTCTTGA--AAT-----TGA---AACCG-----GAC-T-ATAA--AAAATTA---------TAATGA--TTTT----G---CTAA--TA--TA-----T---TATGTAAACT-TTGCA-ACC-AT---AATGTTATT-GAGTCAGAATATCAAT---T-C-TAACTGTGTTGTACTA--A-ATAC-G-----GT-GAT-ATTCCTTCTA--A-A-TAT---------T-T-AGGC-CGCATGTC-TTG-GC--C-----TACACT-C--A-A-----TAAATT-T-ACAGAT--T--CATGTCGTCT-A-AGAATGAAAAAAAtgttg
gi|8 : ---TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-T-T----ACTGTTAT------ATT--GA-AATGCA------TT----GAGAAAATA-----A--T----TT---CCATG-C-CTT-A-GGTTGAGT--TCA-CAC--TCATTAGA--AAT-----CGA---ATTTG-----GTA-T-ATTT--ATTGGAA---------T--CGA--TTGC----G---AAAA--CC--GT-----T---TATGTAA-------------------AATGTAATT-GAATCTGAATATAGTT---T-C-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTAT-A-----CT-GAT-AGTAGAAAAA--A-A-AAC-----ACATT-T-AGGT-CATATAGC-ATG-GC--CTTCAGTACA---CA-A-AT-T--CAAaat
gi|19 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttttatcagagacgtataagtcacGTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-TATGAAGATTTCCTCAACA-AATTGAAT-AATG-A------TTCACTACGAAAGTA-----T--T----TT---ACATG-T-CTG-A-GATTAAGC--TTG-CAT--TCCCTGGA--AAT-----TGA---GACCG-----GGT-G-ATAT--TATGGCG---------T--TGA--TCGT----G---ATTA--TGTAGA-----T---TATGTCAACT-GTGTA-A-C-CA--GAGCACCATT-GAGGCAGAATACCATT---T-C-TTGCTGTGTTGTTCTA--A-ATAC-A-----AC-GAT-AT--------------------------T-T-AGGC-CACATA---TTG-GC--C-----AACA---C-----T-TCATAAATT-C-GCATATA-T--CATGTCGTCT-G-AAAATGGA
gi|20 : TTT-GC-TATGAAGATTATTTTGGCA-AATTTAAA-AATG-A------TTCTCTACGAAAGCA-----A--T----AT---ACGTG-C-TTA-G-------GT--TCA-CAT--TCTCTTGA--AAT-----TGA---GACTG-----GAC-G-ACAT--AATGGTA---------G--TGA--TCTT----G---CTAA--TA--GA-----T---TATGTAAACT-TTGCA-A-C-CA--GAATGTTATT-GAGTCAGAATATCATT---T-A-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATGC-A-----AC-GAA-GTTCGAACTA--A-A-TAC-TA----------AGGC-TGCATGGC-TTG-GC--A-----TACATT-C--A-A-----TAAATT-A-ACAGATA-T--CGTGCTGTCT-A-AAAATAAAAGAAA
gi|9 : TGAAGATTATTTAGATGTAAT--AGA-AATA-A------TGATATTAGAAAACG-----G--T----TA---ACGTG-T-CTC-A-GATTAAGC--TCT-CAC--GATTCAGA--AAT-----TGA---ATTTG-----GAA-G-ATTT--AATGATA---------T--AGA--TAG-----A---AAAA--T----------------TGTAAATTGTTGC----C-AC--GAATATCGTT-GAATCTGAATAT-AAT---T-T-TAAATATGTTGCCCAA--G-ATAC-C-----AT-AGC-ATTAG-ATTA--GTA-TACTT---ACA-T-T--GTT-CA----TC-TTG-GC--C-----CACATTCC--A-G------AAATG-T-TCAAATA-T--TATGTCAAAT-A-AAAGTAAGAAAAtgt
gi|21 : ttttTATATTGATA-A-TATAGATAATG-A------TGCTTTGCGAAAACA-----A--C----AT---TCATGTC-TTA-G--GTTAAGT--TCA-CAC--TCTTTTGA--AAT-----CGA---ATTTG-----GTA-G-ATAT--AAT--TCGTACTTGAAT--TGA--TAGA----GAAACCCA--TG-------------TATGTAAATT-GTGAATA-C-A---AAATGTAACT-GAATCTGAGTATCATTTTAT-C-TTGtcatgtagaaaaaaaagtgaatctgacgcttttaagataagaatactagcaccagaacaaatcagtactaccagtatctaataataaaactgtt
gi|27 : tATTAAGT--TCG-AAT--ACTCTTGA--AATATAAATGA---GCATA-----TAC-G--TAT--AATGAAT---------T--TGA--CCGT----T---CAAA--CA--AA-----T---TTTGTAAAGT-ATGTA-A-C-CA--AAATG------GAAACGGAATATCACT---T-C-T-----TATTGCACCA--A-GTAT-A-----CT-GAT-ATTAGAAAAA--A-A-TAATTAaaggtattcttattttaggaaaacacattgaggtaatatatcatgtccttcagtatacaaattcaaaactttcatgtcaactcaaaatataaagattttgtataa
gi|26 : tgagaattgtttagatgaattgaccaattgtagtataagaaatttggtagtttgca--TCTCATGGTGAAT-----TGA---GACAG-----G-C-GTATAT--AATTATA---------T--TGA--T--T----A---CAAAACTA--GA-----T---TGTGTAAATT-ATGCA-AGC-A---AAACAGTGTT-AACTCTGAATATAATT---T-G-TT-TTGTGTTGTTCGA--A-ATAC-------AT-GTCAGTTCG-AGCA--A-A-TATT--------T-T-AGGC-CAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|30 : atacttctgttggataaacaccgtCCG-----GGC-T-ATAT--AATGGCA---------T--TGA--TCGT----G---CTAA--TG--GA-----G---CATGTAAACT-TTGCA-A-C-CA--GAATGTTATT-GAGTCAGAATACCACT---T-T-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-A-----AC-GAT-GTTTGTACTA--A-A-TAT----GAC--T-A-AGGC-CACACAGT-TTG-GC--C-----TACACT-C--A-A-----TAAATT-C-ACATGCA-T--CATGTCG--T-A-AAAAaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|32 : -G-AAAT--AATGGAC---------T--TGT--TCGT----T---CAAA--CA--GG-----T---TTTGTAAATT-TTGTA-CTC-A---AAATGTAGTC-GAAACGAAATGTCACT---T-T-TTATTATGTTGTATCA--A-GTA--A-----ACTGAT-ATTCGAAATA--A-A-TACTTATGCCT-T-C-AAAC----ATGTTATT---CA-T-----TAAA---TA-A-AT-T--TAATTC-T-ACAaatggacga
gi|37 : T----G---CAAA--TA--GA-----T---TAGGTAAACT-TTGTA-A-C-AT--GAATGCCGTT-G----AGAATACCA-T---A-C-TTGCTTTGCTGGACTA--A-ATAC-AGATATAC-ATC-GATCTT-CCA--A-T-TAATTA------T-TAAGGC-CGCTTATC-TTG-AT--C-----AACA---CTTA-A-----TAAATT-T-ATACATA-T--CATGTCTG---A-AAAAGGAAAAatggcttccaaaacataagc
gi|34 : aTAA--TG--GAAACGTT---TATGTAAATT-GTGTT-A-T-AA--AAATGTAATT-GAATATGAATATCATT---T-C-ATCTTATGTTATGCGAGGA-TTAC-A--------GAT-AT---TAAGA--A-A--ACATA----T-T-T-AGGT-CATATATC-ATG-GC--CTTCAGTACA---C--A-AA-T--GCAA---T-AC--AT--T--TATGTGAACT-A-AAAATAAAAAtgttg
gi|23 : ttagattAA--TA--GG-----C---TATGTAAAGT-TTGTG-C-C-AT--GAATGCCATT-GAACCTGAGTATCATC---T-T-TTACTATATTG--CCA--A-Atattg
gi|29 : gatttgataatacaaatagagaa-----T---TATGTCAACT-GTGTA-A-C-CG--GCATGTTATC-TAATCAGAGTACAAGT---TAC---GTTTTGTTATACTC--A-GTAT-A-----AT-GGT-ATTTGTTCTC--G-G-TATTCAGaatagcatagcattagggaattatacttcaatagtttatcatgggacacaaagccagaaacttgcaaagattatttcaaataagaaaatgatttaaaaattgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|7 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatgtaaaata---TATGTATATT-GTGTA-ATC-A---AAACGTAATT-GAATCTGAGTATCATT---T-T-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTA--A-----AC-------TTATATTAGGA-A-AACATA----T-T-T-AGGG-CATATTTC-ATG-GC--CTTCAGTACA---C--ACAT-T--CAA----T-AC---TT-T--TATGTCAACA-A-AAAATAAAAAGAttcgaacagtctaatttcaataaaatacatctattgtgtcatttaaaaaaatgaagaaaatatat
gi|28 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgttttataaaaacaatctaaagcaatcaatgctatttatgctatttatcattatccatccaagaatggaatgcctgtatacatgatatatatctaaacttgatttttatacaaactttaatacctcttttagttacgaaaattatattgataaaatagataatgatgcattgagaaaacagttttcgtttggtagatttaattgggtcattagagaaatccgtcATATAAA----TACA-A-TGAT---AGTTTTATTTAAGCCAGAATACCATT---T-T-CTGATGTCTTGTACTA--A-ATAC-A-----AT-GAT-ACTCATATTA--A-A-TAATAAGG------C-AG---CAT-TG-C-TTG-GC--A-----TAGACT-C--A-AT-GA-AAAAAT-T-GCATATA-T--CATGTCGTCT-A-AAAAtgtt
gi|39 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacTGTTAACT-CTTTA-A-CCAT--ATAGTTTATT--AGTCAGAATACCATT---T---------------------A-ATAC-A-----AC-GAC-ATTCGTGTTA--A-A-TACTTAGGTCG-aatggatacatgttgt
gi|47 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctc--GAATGTTATT-GAGTCAGAATATCATA---T-T-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAA-A-----AC-GAA-GTTCGTACTA--A-A-TAT---------T-T-AGGC-CGTATGGT-TTGTGT--C-----TACACT-C--G-A-----TAAATT-T-ATAGATA-T--CATcataacttaatacgtttgcatttattatgtcgtctataaatgtacaaatgttgt
gi|50 : cca---T-C-TT-CTATATT-TACTT--A-AT-C-A-----AT-TAT-GTTCGTACTA--A-A-TATTTAGG-----------C-CGCATGGC-TTG-GC--C-----TACAG--T--A-AA-T---AAATT-T-ATAGATA-T--CATGTCGTCT-A-AGAATGAAAAAAAgaaaa
gi|46 : tatgTGTGTTGTACTA--A-ATAC-G-----AC-GAA-GTTCGTACTA--A-AATATTTAGACCG----------CATA-GCT-T-G-GC--C-----TACACT-C--A-A-----TAAATT-T-ATAGATA-T--CATGTCGTCT-A-AGAATGAAAAAAtgttgt
gi|36 : atatatatatatgtgGTGTTTTATTA--A-ATAC-A-----AC-GAT-A-TCGTATCA--A-T-TACTTCGGCCG----------CATA-GCT-TT--GC--C-----TATA---T--T-TA-T--TAAGTT-T-TCATAAA-G--CATGCTGTCT-A-AAAATGGAAAAAtgttgt
gi|57 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTGTTGTTCTA--G-ATAC-A-----AC-GAT-ATTCGAACCA--A-A-TATTTAGGCCG-tgtt
gi|54 : tgtcattaatgtttgtgtcatTTGTTCTA--A-A-TACTTAG-ATA-T-T-ATAC-AAAATAGC-TTG-GC--C-----TTCA---C-----T-CAGTAAATT-T-ACATATA-T--Cca
gi|48 : ttgcattg-T-T-CGGT-CGCATGTT-TAG-GC--CGC---CACT---C--A-AT-T----AAGT-T-ACAGATA-T--CATGTCGTCT-A-AGAATGAAAAAA
gi|55 : aatggtatgtgatctgaacaacataacttacatgtattttaaatcaaaacagtttac-AGGT-CGCATATC-TTG-GC--C-----AACA---CTCA-AT-----AAAGT-T-ACACATA-TATCATGTCGTCTGA-AAAGTGGAAAAtg
22 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAAAGGACGACTACATGTTCTATTTGTGATAGGATGGAATGCTTGTATATATAAACTTGTTTCTTATACATAATTTAAGACCTTGTTTTATATGAAGATTGTATTGATAAAATGGACGACGATGCATTGAAGAAATAATTTCAACGACTTCGGTAAGCTTCTTAGAATTTTAACTCAGTAGATTTCATGAAATCGATAGAGAAAACCGTTTATATGAATTATGCAATCAAAATGAAATTCAAATAAACTCTG
Unaligned ( gi|31 ): AGATTTTGTAGATTTTATATTATCGATAGAGAAAACTGTTTATCTAAATTATGTAACCAAAATTTAATTGGATAAGAATATCATTGTATCGTATTTTGCCCTAGGGTATACTTACATTTGGCAAACGTACTAAGGTCATAAATCATGGCCTACAGTATATACTATTTGATATGTAATGTCAACTTAAA
Unaligned ( gi|33 ): ATAGGGAAACCCGATTGTGTAAATTTTGTAATCAAAATACATGTATAACTGAATCTGAATAGCAATTCGTCTTATGTCTCATGATATCAGGAAAACATATTTAGGTCATATATCATGACCTCCAGTTCACAAATTCAATACTTTTTGTCTACTAAAGATAAAAAATGTTGTTTAAACTTTCAAA
Unaligned ( gi|35 ): CATTAAATATCATTTTTAAATAGTTCATCTTGGCCCACAGTCCAGAAATTCTCAAATATCATGTCAAATGAAAATAAGAAAAGTATTTCAAAAATTTGAAAAATATGTATCTGAATCTTTAAAGATATTAAGAAAACTAGCACTAGAACAAGTAAGCAATATTTAATAACGAAACTA
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|41 ): AAATTTCAACAGAGTTGAGAATCTTATGTTGCGCGAGGTAACTGATATTAGATAAACAATATTTAGATCTTATACCATGGCCTTCAGTATACAAATTCAATAATTATATGTCAACTAAAGATAAAACTATGTTGTTTAAATTTTTAAAA
Unaligned ( gi|42 ): TTGACCAATGTAATAACATAAATGGGAGTTGCTAGGCAAATCAGATTATGACAATTATAAACAATCATTGTTAAATCAATTTAACTAACGACTTTCGAACCAATGCCAATTACTTCCCTTTACTTAAAAGGCGGTTTCGAGACCA
Unaligned ( gi|43 ): GCTTCAGAATAAATTACAACGATTCACACAATTCAATTAAGAAGATTTAATAATATGGACGAAGAAAAATAGATTATGCAAACTGTTGTTCATGCATGTCATTTCCTATAAATATCATGTTGTTACTCTGCTGCCAATAATACCA
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|45 ): TTTCAAATGTGTTAAACGATTTTAACAGTAATACTAATTATTTACCTTTATTTAAAAGGCGTTTACGAGATCAGTTTATACACGAATAGAAGGAACACTGTTGTAAATAATTGTCCAAAACTTGATTACT
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|60 ): ATAGCTTTGACTTCACTGAATAAATTTAAAGCTTTTATATCGTCTGAAAATGGGAAGAAATATTGT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|62 ): AAAAGGCGTGTAAAGGATCAGTTTATACAAGAATGGAACGCTACTGTAAACATTTTTCCTAAAC
Unaligned ( gi|63 ): ATTTACACATATCATGTCGTCTGAAAATGGAAAAATGTTG
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 11 2 222 7777777777777777777777 1111111 2222222222222222222222 1111 222222222222222 1111111111111 1111111111111 55555555555555 333333333333333333333
lowQualScore : 2 3 1 555 666 11 1 0 444 6 6666666666666666666666 1111111 33 3 3 1111111111111111111111 33 1111 0 33 22 0 1 333333333333333 1 1 1 1 0 0 1 3 4 66 1 55555 2 1 555555 88888888 1 22 44 666 1 555 1 1 1 22 44444 0 55555 1 22 1 22 444 1 2 11 44444444 0000000000000 222 444 1 3 999999 222 11 1 1 1 8888888 0 11 1 1 222 1 111 0 2222222222222 1 1 11111111111111 2 33 1 6666 1 1 999999999999999999999 11 2 1 2 1 555555 22 22 222
lowQualScore : . . . ... ... .. . . ... . ...................... ....... .. . . ...................... .. .... . .. .. . . ............... . . . . . . . . . .. . ..... . . ...... ........ . .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... . .. . .. ... . . .. ........ ............. ... ... . . ...... ... .. . . . ....... . .. . . ... . ... . ............. . . .............. . .. . .... . . ..................... .. . . . . ...... .. .. ...
lowQualScore : 2 2 2 000 222 44 4 0 777 7 9999999999999999999999 7777777 77 3 7 3333333333333333333333 99 0000 3 22 55 6 8 111111111111111 8 8 8 7 5 9 7 0 9 22 7 66666 0 7 000000 22222222 0 11 11 999 7 333 7 0 7 33 22222 8 77777 5 11 5 11 000 5 6 88 55555555 9999999999999 111 000 2 6 999999 111 77 8 8 1 3333333 6 55 1 1 333 1 999 9 1111111111111 1 1 99999999999999 2 11 1 2222 1 1 333333333333333333333 44 1 0 0 1 111111 77 77 111
consensus : NNNNNNTTATAAAAACGATCTAAAG-CAGT--CAATGCTATTTATTCTAT-A-TT-AT-T----AACGC-----TAT---ATTA-T----CCAGTTTATCCAAGAATGG-AGTA---TN-A-GAATAC--------ATAA-NT----CGCC--TAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AATTNAAN-AATG-AT-TCTCTACGA-AAG------CA-----A--TTT-ACGT--GCTTN--AGAT-TAAGTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGTA-A-C-N--AGA---ATG--TNATTGAGTCNGAATATCAT-TT-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------AA-A-TA-CTTA---C-TT-AGGCC--GC-ATA--TC-TTG-GCCTACAC--T--CAA-T---T---AAAT--T-T-ACANA-TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAAAAACAATCTAAAG-CAAT--CAATGCTATTTATGCTAT-A-TT-AT-T----AACGC-----TAT---ATTA-T----CCAGTTTATCCAAGAATGG-AGTA---TN-A-GANTAC--------ATAA-NT----CGCC--TAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-AT-TCTCTACGA-AAG------CA-----A--TNT-ACGT--GCTTA--AGAT-TAAGTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGTA-A-C-A--NGA---ATG--TNATTGAGTCNGAATATCAT-TT-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------AA-A-TA-CTTAGG-C-TT-AGGCC--GC-ATG--TC-TTG-GCCTACA---T--CAA-T---T---AAAT--T-T-ACANA-TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : CAATTTATTCAAGAAT------A---CA-ACGAATCC--------ATAA-ATAATACGTC--GAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAATGAAT-AATG-AT-TCACCACGA-AAG------CA-----T--TTT-ACAT--GCCT------T---AGTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATACAG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-----------------------------TGTA-A-C-C--AGA---ATG--TCAGTGAGTAAGAATACCAT-TT-C-TCGCTGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------AA-A-T-------G-T-TT-AGGCC--GC-ATA--TC-TTG-GCCACCAC--T--CAA-----T---AAAT--T-T-ACACA-TA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgttgattaacactaacgatatgtctctatttaaaagacgtttacgaaatAAACGATTTTAA--CAGT---AATACTAATTAT-TTAC-C-TTTAT-TTAA-AAGGCGTT--TAC---GGGA-T----C-AGTTTATACACGAATGG-A-------A-G-GAACACTGTTGTAAATAA-TT----GTCC--AAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AATTGAAC-AATG-AT-AGTTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTTATA---GTTTA--AGAT-TAAGTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATATAC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAAT---T-A-TGTA-C-T-C--AAA---ATG--TAGTTGAAACGGAATTTCAC-TT-T-TTATTATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------AA-A-TA-ATTtgtt
gi|11 : tcaaatgtgtt----CCAGCTTATCCCAGAATGG-AGTA---GG-A-GATAAC--------ATAA-TT----CTCC--TAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AATTTAAA-AATG-AT-TCTCTACGT-AAG------CA-----T--TTC-ACGT--GATTA--AAAT-AAGGTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAAC---T-T-TGCA-ACC-A--TG----ATG--CTGTTAAGT----------T-TT-G-TTTATGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------AA-A-TA-CTAAGG----------C--GC-ATA--TC-TTG-ATCCATA---C--TAA-----A---AAAA--A-T-ACATA-TA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : tacaagaT----CACC--TAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AATTTAAA-AATG-AT-TCTCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT-ACGT--ACTTA--AGAT-TAAGTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAAAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAAC---T-T-TACA-A-C-C--AAA---ATG--TTATTGAGTCAGAATATCAT-TT-C-TTGCTGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------AA-A-TA--------C-TT-AGACC--GC-ATG--GT-TTG-CCCTACAC--T--TAA-----T---AAAT--T-T-ACAGT-TA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cC--TAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAATAGAT-AATG-AT-GAATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT-TCAT--ACCTT--AGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAAT---T-G-TGTA-A-T-C--AAA---ACG--CAATTGAATTTGAATAGCAT-TT-C-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GAAA------AC-A-TA-TTTAAG-------------AC-ATA--TA-TCA-GCAT------T--CAG-TGCAT---AAAT--TCT-ATA-A-TT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAATAGAT-AATG-AT-GCATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT-ATGT--GTT----AGGT-TAAGTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTTAA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA------T-TGTA-T-C-ATCAAA---ATA--TAATTGAATCTGGGTATCAT-TT-C-ATCTTCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------AA-A-TA---TA---T-TT-AGGGCATAC-ATGCATC-ATG-GTCT------T--CAG-TACAC---AAAT--T-C-A-ATA-TAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : cT-T----AACGT-----GATCAAATTACT----CC-------CCAAAA--GG-AATAATTTC-A----TAA--------ATAG-AT----CGTC--GAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AATC-AAT-AATA-AT-TCATTACGA-AAA------TA-----T--TTA-ACAT--GCCTG--ATAT-CAAGCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTAAA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAAC---T-T-TGTA-A-C-C--AGA---tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtattcattaaacgaagTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-AT-TCTCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--TGT--GCTTA--AGAT-TAAGTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAAAA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGCA-A-C-C--ATA---ATG--TTATTGAGTCAGAATATCAA-TT-C-TAACTGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------AA-A-TA--------T-TT-AGGCC--GC-ATG--TC-TTG-GCCTACAC--T--CAA-----T---AAAT--T-T-ACAGA-T-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AA---ACA-GATA-AC-ACT---------G------TA-----A--TTT-TCAT--GTCTT--AGGT-TAAGTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T---TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A------------------GAA--------TATA-A-T-A--AAA---ATG--TTATTGAATCTTAATATCAT-TT-TATCG-TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------AA-A-CA-CAT------TT-AGGTC--AT-ATA--TC-TTG-GCCT------T--CAG-T---TCACAAAT--T-CAACACG-T-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atC--TAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-AT-TCTCTACGA-AAG------CA-----A--TAT-ACAT--ATTTA--AGAT-TAAGTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATATAA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAAC---T-T-TGCA-A-C-G--AGA---ATG--TTATTGAGTCAGAATATCAT-TT-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-----------ATA-T---T--------T------AA--------------------GCC--GC-ATG--GC-TTG-GCCTTCAC--T--CAA-----T---AAAT--T-T-ATAAA-TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AATTGAAT-AATG-AT-TCACTACGA-AAG------TA-----T--TTT-ACAT--GTCTG--AGAT-TAAGCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATATTA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAAC---T-G-TGTA-A-C-C--AGA---GCA--CCATTGAGGCAGAATACCAT-TT-C-TTGCTGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-GATA-T------------------------------------TT-AGGCC--AC-ATA-----TTG-GCCAACACT-T--CA------T---AAAT--T-C-GCATA-TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : TATCA-TT-AT-TTAAAGACGCA----TAT---GTGG-T----T-AATTCATCCAAGAATGGTAATAG--TT-A-AA--AA--------ATAA-TG----CGTC--GAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AATTGAAT-AATT-AT-TCACTACGA-AAA------CA-----T--GTT-ACAT--GCCTA--AGAT-TAAGCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAAAA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAAC---T-T-TGTA-A-C-A--AGA---ATG--TCATTGAGTCGGAATACCAT-TT-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------AA-A-TA---TA------T-AGCCT--GC-ATA--TC-TTG-ACCAAAAC--T--CAA-----T---AAAT--T-T-ACGCA-TA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttggttaatactTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AATTTAAA-AATG-AT-TCTCTACGA-AAG------CA-----A--TAT-ACGT--GCTTA--GG-------TTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACATAA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGCA-A-C-C--AGA---ATG--TTATTGAGTCAGAATATCAT-TT-A-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------AA-A-TA-CTAAGG-C-T---------GC-ATG--GC-TTG-GCATACAT--T--CAA-----T---AAAT--T-A-ACAGA-TA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-A-TATAGATAATG-AT-GCTTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT-TCAT--GTCTT--AGGT-TAAGTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATATAATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAAT---T-G-TGAATA-C-A--A-A---ATG--TAACTGAATCTGAGTATCAT-TT-------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAAA-A-CA-CAT------TG-AGGTA--AT-ATA--TC-ATG-TCCT------T--CAG-TATAC---AAAT--T-C-AAAAC-TT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TA-CTAAA-AATA-A---------GA-AAATTTCGTCAT----A--TCT-ATGCAAGCTTC--AGAT-CGAGTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTACAG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACAT---T-G-TGTG-A-T-G--TAA---ATG--TTGTAGAAGATGAGTTTCAC-TT-T-TGACTGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAG---T-T-TGTG-C-C-A--TGA---ATG--CCATTGAACCTGAGTATCAT-CT-T-TTACTATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AG-G-GA-ATTATA-C-TT-CAATA--GT-TTA--TC-ATG-GGACACAAAGC--CAG---------AAAC--T-T-GCAAA-GA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|25 : gatttgataatacaaatagagaaAAACGA-CTGGGGTCAATACCAAT--TATTTAC-CTTT-ACTT-AC------AACAC-----CA----ATT-----------TTT-TCTAAGAA-GG-AGTA---TA-A-GTACAC--------ATAA-TT----CGCC--TCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AAAT--T-T-ACATA-TACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATATAA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAAT---T-A-TGCA-AGC-A--AAA---CAG--TG-TTAACTCTGAATATAAT-TT-G-TT-TTGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------AA-A-TATTTTAGG-C-
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AATTGACC-AAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT-G-GTA-GTTTG--CAAT-TAAGTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TATAA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAG---T-A-TGTA-A-C-C--AAA---ATG-------GAAACGGAATATCAC-TT-C-T-----TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AAAA------AA-A-TA-ATTAcaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : TTAAGCCAGAATACCAT-TT-T-CTGATGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------AA-A-TA-A-TA--------AGGCA--GC-ATT--GC-TTG-GCATAGAC--T--CAA-T---GAA-AAAA--T-T-GCATA-TA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAAC---T-G-TGTA-A-C-C--GGC---ATG--TTATCTAATCAGAGTACAAG-TTAC---GTTTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------CG-G-TA-TTCAG----TT-CGA----AC-A-G--TC-T------AATT---T--CAA-T---A---AAA-----T-ACATC-TA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg----CCAGTTTATCCAAGCATGA-AGTA---TG-A-GAATAC--------ATAA-TT----GGCC--TAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-AT-TTTATAAGA-AAG------AA-----A--TTT-CTGT--GCTTA--AGAT-TAGGTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATATAA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATC---T-T-TGTA-A-C-C--ATA---ATG--TAACTGAGCCAGAATACCAT-TT-T-TTTAT-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------AA-A-TA-C----A-C-GT-AGGGT--GCAACG---C-TTA-GCTTACAC--T--CAA-----T---AATT--T-T-TCACA-TA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcaaacgatttcgggaccaatgctaattagtgaccttaacttaaaaggtgattcgagaCCGGG-CT-ATATAA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAAC---T-T-TGCA-A-C-C--AGA---ATG--TTATTGAGTCAGAATACCAC-TT-T-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------AA-A-TA-T---GA-C-TA-AGGCC--AC-ACA--GT-TTG-GCCTACAC--T--CAA-----T---AAAT--T-C-ACATG-CA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|32 : G-AAATAA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAAT---T-T-TGTA-C-T-C--AAA---ATG--TAGTCGAAACGAAATGTCAC-TT-T-TTATTATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------AA-A-TA-CTTATG-C-CT----TCAAAC-ATG--TTATT-------CA---T--TAA-A---T---AAAT--T-T-AATTC-TA------CAATGGCTTCC--A--AAAcga
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAAT---T-T-TGTA-ATC-A--AAATACATGTATAACTGAATCTGAATAGCAA-TT-C-GTCTTATGT----CT--------C--AT-GATA-T---CAG---GA--------AA-A-CA---TA---T-TT-AGGTC--AT-ATA--TC-ATG-ACCTCCAGT-T--CA------C---AAAT--T-C-A-ATA-CT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAcataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAAT---T-G-TGTT-A-T-A--AAA---ATG--TAATTGAATATGAATATCAT-TT-C-ATCTTATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---------TAAG------AA-A--A-CATA---T-TT-AGGTC--AT-ATA--TC-ATG-GCCT------T--CAG-TACAC---AAAT--G-C-A-ATA-CAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagatt--TC-TTG-GCCCACAG--T--CCA-G-------AAAT--T-C-TCAAA-TA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cattaaatatcatttttaaatagttcaGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TATC------AA-------TTA---C-TT-CGGCC--GC-ATA--GC-TTT-GCCTATA---T--TTA-T---T---AAGT--T-T-TCATA-AA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAAC---T-T-TGTA-A-C-A--TGA---ATG--CCGTTGA----GAATACCA--TA-C-TTGCTTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------AA-T-TA-ATTA-----TTAAGGCC--GC-TTA--TC-TTG-ATCAACAC--T--TAA-----T---AAAT--T-T-ATACA-TA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACCAATTATTCCAT---TT-ACCT----AACGG-----CA----ATTA-AGAGACAAGCTTATCCGAGAATG-----------------TAC--------CTAA-CC----CACA--TAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAAC---T-C-TTTA-A-CCA--TAT---AGT--TTATT-AGTCAGAATACCAT-TT---------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------AA-A-TA-C--------TT-AGGTC--GC-ATA--AC-TT----------------AA-----T---ACGT--T-T-GCATT-TA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctc----CCAGGTTGTCCAAGAATAG-AGTA---TG-A-GCATAC--------ACCA-CT----CACC--TAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TATTTAAG-TCTG-AT-TCTCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT-ACGT--GTATT--AGAT-AAGGTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTTGT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGTA-A-C-T--AGA---ATG--TTATTGAGTCAGAATACCAT-TT-C-TTGTCGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------AA-A-TA-C---------------------------C-TTG-GCCTACAT--T--CAA-----T---AAAT--T-T-ACATA-TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|43 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatttaataaacgactgtggggccaaaaccaattatttaccttcacgtaacaggcgattacgagaA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAAC---TGT-TGT--T-C-A--TGC---ATG--TCATTTCCTATAAATATCATGTT-G-TTACTCTGCTGtataat
gi|46 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaaTGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------AA-AATA-TTTAGA-C--------C--GC-ATA--GC-TTG-GCCTACAC--T--CAA-----T---AAAT--T-T-ATAGA-TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAccaataatacca
gi|47 : atatatatatatgtgGA---ATG--TTATTGAGTCAGAATATCAT-AT-T-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------AA-A-TA--------T-TT-AGGCC--GT-ATG--GT-TTGTGTCTACAC--T--CGA-----T---AAAT--T-T-ATAGA-TA------TCATGtgttgt
gi|48 : cca-C-TT-CGGTC--GC-ATG--TT-TAG-GCCGCCAC--T--CAA-T---T---AAGT--T---ACAGA-TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : aatggtatgtgatctgaacaacataacttacatgtattttaaatcaaaacagttta----CCAGTTTATACAGGAATGG-AGAA---CGGA-CATTAC--------GTAA-ATA---CGTAAATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TA-TTAAA-AATG-AT-TGTCTACGA-AAC------CA-----T--TTT-ACAT--GCTTA--AGAT-TAGGTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C---------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAAC---T-T-TTTA-A-C-C--ATA---AAG--TTATTGAGTCAGAATACCAT-TT---TTG-TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------AA-A-TA--------C-TT-AGGCC--GC-ATA--GA-CTG-GAATACAC--T--CAA-T---------ATTCT-T-TCATA-TG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggaccaatacttattattaatctttatttataaggtgattacgagaAT-GT-C-TT-CTATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------AA-A-TA-TTTAG---------GCC--GC-ATG--GC-TTG-GCCTACA---G--TAA-A---T---AAAT--T-T-ATAGA-TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t---TTG---TTCT------AA-A-TA-CTTAGA-TATT-ATACA--AA-ATA--GC-TTG-GCCTTCAC--T--CAG-T-------AAAT--T-T-ACATA-TA------TCtgttgt
gi|55 : ttgcattg-AGGTC--GC-ATA--TC-TTG-GCCAACAC--T--CAA-T---A---AAGT--TAC-ACATA-TA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAA-TT----GTCC--TAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------AA-A-TA-TTTAGG-C-
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcatTTATAAGATGGTTTTAAAG--AGT--CCATG-TGTGTATTCTAT-A-TT-AT-CC---AATATATATATAT---ATTA-T----CCAGTTTATCTAAGAATGG-AATA---TT-A-GATTAC--------ATAA-CT----CGCC--TAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AATTTAAA-AATG-AT-TCTCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT-ACGT--GCTTA--ATAT-TAAGTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATATAA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAAC---T-T-TGCA-A-C-A--TGA---ATG--TTATTGAGTCAGAATATCAC-TT-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------AA-A-TA-CTTAGGACGTT-AGGCC--AT-ATG--TT-TTG-GCCTACA------CAATT---T---AAAT--T-T-ACAGA-TA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAAcgca
gi|60 : aattca-TTG-ACTT-CA---C--TGA-A---T---AAAT--T-T-AAAGC-TT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|63 : atagctAT--T-T-ACACA-TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAAatattgt
gi|7 : TTATAAAAACAATCTAAAG-CAAT--CAATGCTATTTATGCTAT---TT-AT------------------C---ATTA-T----CC-----ATCCAAGAATGG-AATG---CC-T-GTATAC--------ATGATATA---TATC--TAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAATAGAT-AATG-AT-GCATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT-TCGT----TTGGTAGAT-TTAATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-----GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC--------GTA---------------------ATTGAATCTGAGTATCAT-TT-T-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------AA-A-CA---TA---T-TT-AGGGC--AT-ATT--TC-ATG-GCCT------T--CAG-TACAC---ACAT--T-C-A-ATACTT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgttTA---TC-A-GAG-ACGT------ATAA-GT----CAC---------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA------------AATGCAT-T----GAGA-AAA------TA-----A--TTT-CCAT--GCCTT--AGGT-TGAGTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGAATTTGG------TATAT-T--T--A-T--TGG----------A-A--TCG--------A---------T---TGCGAAAACCGTT-TATGTA-A--------A---ATG--TAATTGAATCTGAATATAGT-TT-C-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAG---AAAA------AA-A-AA-C--ACA-T-TT-AGGTC--AT-ATA--GC-ATG-GCCT------T--CAG-TACAC---AAAT--T-C-Atgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATG-ATAT---TA-GA-AAA------CG-----G--TTA-ACGT--GTCTC--AGAT-TAAGCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTTAA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAAT---TGT-TGC----C-A--CGA---ATA--TCGTTGAATCTGAATATAAT-TT---TAAATATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT------AGTA-TA-CTTACA-T-T----GTT---C-A----TC-TTG-GCCCACA---TTCCAG---------AAAT--G-T-TCAAA-TA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAa
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAAAGGACGACTACATGTTCTATTTGTGATAGGATGGAATGCTTGTATATATAAACTTGTTTCTTATACATAATTTAAGACCTTGTTTTATATGAAGATTGTATTGATAAAATGGACGACGATGCATTGAAGAAATAATTTCAACGACTTCGGTAAGCTTCTTAGAATTTTAACTCAGTAGATTTCATGAAATCGATAGAGAAAACCGTTTATATGAATTATGCAATCAAAATGAAATTCAAATAAACTCTG
Unaligned ( gi|31 ): AGATTTTGTAGATTTTATATTATCGATAGAGAAAACTGTTTATCTAAATTATGTAACCAAAATTTAATTGGATAAGAATATCATTGTATCGTATTTTGCCCTAGGGTATACTTACATTTGGCAAACGTACTAAGGTCATAAATCATGGCCTACAGTATATACTATTTGATATGTAATGTCAACTTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|41 ): AAATTTCAACAGAGTTGAGAATCTTATGTTGCGCGAGGTAACTGATATTAGATAAACAATATTTAGATCTTATACCATGGCCTTCAGTATACAAATTCAATAATTATATGTCAACTAAAGATAAAACTATGTTGTTTAAATTTTTAAAA
Unaligned ( gi|42 ): TTGACCAATGTAATAACATAAATGGGAGTTGCTAGGCAAATCAGATTATGACAATTATAAACAATCATTGTTAAATCAATTTAACTAACGACTTTCGAACCAATGCCAATTACTTCCCTTTACTTAAAAGGCGGTTTCGAGACCA
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|45 ): TTTCAAATGTGTTAAACGATTTTAACAGTAATACTAATTATTTACCTTTATTTAAAAGGCGTTTACGAGATCAGTTTATACACGAATAGAAGGAACACTGTTGTAAATAATTGTCCAAAACTTGATTACT
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|62 ): AAAAGGCGTGTAAAGGATCAGTTTATACAAGAATGGAACGCTACTGTAAACATTTTTCCTAAAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111 222 111 88888888888888888888888888888888888 11111111111111111 11111111 222222222222222 1111111111111111111111 1111111111111 333333333333333 2222222222
lowQualScore : 3 55555 0 6 4 99 333 2 666 66666666666666666666666666666666666 3 3 99999999999999999 3 0 11111111 33 999999 22 0 1 222222222222222 1 33 1 1 1 1 1 1 3 1 66666 2 1 444444 77777777 44 44 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 66666 1 22 1 22 333 1 2 11 0000000000000000000000 333 22 22 1 33 1 333333 1 1 0 1 1 1 9999999 0 22 1 1 222 1 111 1 5555555555555 1 222222222222222 0 333333 4 11 1 22222 0 333333 2 8888888888 1 11 2 1 2 555555 22 22 222
lowQualScore : . ..... . . . .. ... . ... ................................... . . ................. . . ........ .. ...... .. . . ............... . .. . . . . . . . . ..... . . ...... ........ .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... . .. . .. ... . . .. ...................... ... .. .. . .. . ...... . . . . . . ....... . .. . . ... . ... . ............. . ............... . ...... . .. . ..... . ...... . .......... . .. . . . ...... .. .. ...
lowQualScore : 2 00000 7 7 0 22 333 1 444 77777777777777777777777777777777777 6 6 44444444444444444 1 2 22222222 77 777777 44 2 7 666666666666666 7 44 7 6 2 1 7 7 2 0 11111 5 7 888888 55555555 00 00 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 22222 5 00 5 00 555 4 5 77 0000000000000000000000 666 88 66 4 22 1 222222 8 1 2 8 1 1 2222222 7 55 1 1 888 1 888 1 0000000000000 1 555555555555555 8 111111 7 55 1 77777 5 999999 2 5555555555 1 44 1 1 4 111111 77 77 111
consensus : NNNNNNTTATAAAAACGATCTAAAGCAGTCAATACT-ANT--TATT---CTNT-A-TTAT-T----AA----CGC-----T-A-ATTAT----CCAGTTTATCCAAGAATGG-AG------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T----CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC--T-TTGTA--ACCA-GA-A------TGTNATT-GAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------AA-ATAC---T---AC---TTAGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANATA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAAAAACGATCTAAAGCAGTCAATGCT-ATT--TATT---CTAT-A-TTAT-T----AA----CGC-----T-ATATTAT----CCAGTTTATCCAAGAATGG-AG------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAN-T----CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC--T-TTGTA--ACNA-GA-A------TGTNATT-GAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------AA-ATACT--T---AC---TTAGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANATA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : CAATTTATTCAAGAAT------------A--CAAC--GA-ATCC--------ATAAA-TAATACGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATACAG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------------------------TGTA--ACCA-GA-A------TGTCAGT-GAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGCTGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------AA-A------T---GT---TTAGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACATA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgttgattaacactaacgatatgtctctatttaaaagacgtttacgaaatAAACGATTTTAA-CAGT-AATACT-AAT--TATTTACCTTT-A-TT---T----AAAAGGCGT-----TTACGGGAT----C-AGTTTATACACGAATGG-A------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T----GTCCAAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTT-ATA---GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATATAC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAAT--T-ATGTA--CTCA-AA-A------TGTAGTT-GAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTATTATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------AA-ATAAT--T---tgtt
gi|11 : tcaaatgtgtt----CCAGCTTATCCCAGAATGG-AG------TA--GGA---GA-TAAC--------ATAAT-T----CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAAC--T-TTGCA--ACCA-TG-A------TGCTGTT-AAGT----------T-T-T-G-TTTATGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------AA-ATAC-------------TAAGGCGCAT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATATA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : tacaaga-T----CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAAAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAAC--T-TTACA--ACCA-AA-A------TGTTATT-GAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGCTGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------AA-A------T---AC---TTAGACCGCAT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGTTA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAAT--T-GTGTA--ATCA-AA-A------CGCAATT-GAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------AA-ACA----T---AT---TTAAGACATAT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-ATT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTTAA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA-----TTGTATCATCA-AA-A------TATAATT-GAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCTTCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------AA-ATA----T---AT---TTAGG--GCATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATATAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : c-ATAA--------ATAGA-T----CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTAAA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAAC--T-TTGTA--ACCA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtattcattaaacgaagttaacgtgatcaaattactccccaaaaggaataatttcTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAAAA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAAC--T-TTGCA--ACCA-TA-A------TGTTATT-GAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAACTGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------AA-A------T---AT---TTAGGCCGCAT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGAT-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T---TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A------------------GAA------TATA--ATAA-AA-A------TGTTATT-GAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG-TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------AA-ACAC-------AT---TTAGGTCATAT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACGT-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATATAA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAAC--T-TTGCA--ACGA-GA-A------TGTTATT-GAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-----------ATA-T---T-----------------------------------TAAGCCGCAT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATATTA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAAC--T-GTGTA--ACCA-GA-G------CACCATT-GAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-GATA-T--------------------------------------TTAGGCCACAT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATATA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : TATCA-TTAT-TTAAAGA----CGCA----T-ATGTGGT----T-AATTCATCCAAGAATGGTAA------TAGTTAA---AA-A-----------ATAAT-G----CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAAAA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAAC--T-TTGTA--ACAA-GA-A------TGTCATT-GAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------AA-ATA----T---A-----TAGCCTGCAT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCATA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttggttaatactTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACATAA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC--T-TTGCA--ACCA-GA-A------TGTTATT-GAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------AA-ATAC---T---A------AGGCTGCAT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGATA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATATAATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAAT--T-GTGAAT-ACAA--A-A------TGTAACT-GAATCTGAGTATCAT-T-T-------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAAA-ACAC-------AT---TGAGGTAATAT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAACTT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTACAG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACAT--T-GTGTG--ATGT-AA-A------TGTTGTA-GAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGACTGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAG--T-TTGTG--CCAT-GA-A------TGCCATT-GAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTACTATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AG-GGAATTAT---AC---TTCAATAGTTT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAAGA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaTAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAG-AC-----CTT--G-TTTT-A--T-A-TGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTTCA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAAT--T-ATGCA--ATCA-AA-A------TGAAATT-ttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : attaaaaggacgactacatgttctatttgtgataggatggaatgcttgtatataAAACGA-CT---GGGGTCAATACC-AAT--TATTTACCTTT-ACTTAC------AA----CAC-----C-A-ATT----------TTT-TCTAAGAA-GG-AG------TA--TAA---GT-ACAC--------ATAAT-T----CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATATACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATATAA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAAT--T-ATGCA--AGCA-AA-A------CAGTGTT-AACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-TTGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------AA-ATATT-----------TTAGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TATAA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAG--T-ATGTA--ACCA-AA-A------TG------GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T-----TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AAAA------AA-ATAAT--T---Aaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : ATATAAA------TACA--ATGA-TA-G------TTTTATTTAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGATGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------AA-ATAA---T---A------AGGCAGCAT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---GAA-AA-AA--T-T-GCATATA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAAC--T-GTGTA--ACCG-GC-A------TGTTATC-TAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GTTTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------CG-GTATT--C---AG---TT----CGAAC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATCTA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg----CCAGTTTATCCAAGCATGA-AG------TA--TGA---GA-ATAC--------ATAAT-T----GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATATAA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATC--T-TTGTA--ACCA-TA-A------TGTAACT-GAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTAT-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------AA-ATAC-------AC---GTAGGGTGCAA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACATA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcaaacgatttcgggaccaatgctaattagtgaccttaacttaaaaggtgattcgagaCCGGG-CT-ATATAA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAAC--T-TTGCA--ACCA-GA-A------TGTTATT-GAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------AA-ATA-T--G---AC---TAAGGCCACAC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATGCA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAAT--T-ATGTA--ACCA-AA-A------TTTAATT-GGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG-TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------AA---ACG--T---AC---TAAGGTCATAA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATATG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAATAA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAAT--T-TTGTA--CTCA-AA-A------TGTAGTC-GAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTATTATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------AA-ATACT--T---A
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAAT--T-TTGTA--ATCA-AA-ATACATGTATAACT-GAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCTTATGT----CT--------C--AT-GATA-T---CAG---GA--------AA-ACA----T---AT---TTAGGTCATAT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATACT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAtgccttcaaacatgttattcattaaataaatttaattctacaatggcttccaaaacataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAAT--T-GTGTT--ATAA-AA-A------TGTAATT-GAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCTTATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---------TAAG------AA-A-ACA--T---AT---TTAGGTCATAT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATACAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagatt------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAATA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cattaaatatcatttttaaatagttcGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TATC------AA-----T--T---AC---TTCGGCCGCAT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATAAA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAAC--T-TTGTA--ACAT-GA-A------TGCCGTT-GA----GAATACCA--T-A-C-TTGCTTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------AA-TTAAT--T---AT---TAAGGCCGCTT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACATA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACC-AAT--TATT---CCAT---TTACCT----AA----CGG-----C-A-ATTAAGAGACAAGCTTATCCGAGAATG------------------------TAC--------CTAAC-C----CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAAC--T-CTTTA--ACCA-TATA------GTTTATT--AGTCAGAATACCAT-T-T---------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------AA-A------T---AC---TTAGGTCGCAT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATTTA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctc----CCAGGTTGTCCAAGAATAG-AG------TA--TGA---GC-ATAC--------ACCAC-T----CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTTGT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC--T-TTGTA--ACTA-GA-A------TGTTATT-GAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGTCGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------AA-ATAC-------------------------------CT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|43 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatttaataaacgactgtggggccaaaaccaattatttaccttcacgtaacaggcgattacgagaA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAAC--TGTTGT---TCAT-GC-A------TGTCATT-TCCTATAAATATCATGT-T-G-TTACTCTGCTGtataat
gi|46 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaaTGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------AA-A-A----T---AT---TTAGACCGCAT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAccaataatacca
gi|47 : atatatatatatgtgCCA-GA-A------TGTTATT-GAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------AA-A------T---AT---TTAGGCCGTAT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGATA------TCATGtgttgt
gi|48 : T--T---AC---TTCGGTCGCAT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : aatggtatgtgatctgaacaacataacttacatgtattttaaatcaaaacagtCAATACTTATTATTAAT---CTTT-A-TTTA-T----AA----GG------T-G-ATTACGAGACCAGTTTATACAGGAATGG-AGAACGGACA--TTACGTAA-ATAC--------GTAAA-T---------AAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TAT-T-AAAAATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C---------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAAC--T-TTTTA--ACCA-TA-A------AGTTATT-GAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG-TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------AA-A------T---AC---TTAGGCCGCAT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATATG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggacAT-G-T-C-TT-CTATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------AA-ATATT--T---A-------GGCCGCAT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t---TTG---TTCT------AA-ATACT--T---AGATATTATACAAAAT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-----T---AA-AT--T-T-ACATATA------TCtgttgt
gi|55 : ttgcattgAGGTCGCAT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATATA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T----GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------AA-A------T---AT---TTAGGCCGCA
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcatTTATAAGATGGTTTTAAAG-AGTCCATG-T-GTG--TATT---CTAT-A-TTAT-CC---AA----TATATATAT-ATATTAT----CCAGTTTATCTAAGAATGG-AA------TA--TTA---GA-TTAC--------ATAAC-T----CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATATAA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAAC--T-TTGCA--ACAT-GA-A------TGTTATT-GAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------AA-ATACT--TAGGACG--TTAGGCCATAT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGATA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattcaAT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGCTT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|63 : -AT--T-T-ACACATA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAAatattgt
gi|7 : TTATAAAAACAATCTAAAGCAATCAATGCT-ATT--TATG---CTAT---TTAT-C----A------------------TTAT----CCA-----TCCAAGAATGG-AA------TG--CCT---GT-ATAC--------ATGATATA---TATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-----GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC------GTA---------------------ATT-GAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------AA-ACA----T---AT---TTAGG--GCAT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC---TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgtt------TA--TCA---GAGACGT--------ATAAG-T----CAC-------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA---AAT----GCATTGA----------GA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGAATTTGG------TATAT-T--T--A-T--TGG----------A-A--TCG--------A---------T---TGCGAAAACCGT-TTATG----TA-AA-A------TGTAATT-GAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAG---AAAA------AA-AAACA--C---AT---TTAGGTCATAT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTTAA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA-----TTGTT--GCCACGA-A------TATCGTT-GAATCTGAATATAAT-T-T---TAAATATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT------AGTATACT--T---AC---ATTGTTC----------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAATA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
15 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|41 ): AAATTTCAACAGAGTTGAGAATCTTATGTTGCGCGAGGTAACTGATATTAGATAAACAATATTTAGATCTTATACCATGGCCTTCAGTATACAAATTCAATAATTATATGTCAACTAAAGATAAAACTATGTTGTTTAAATTTTTAAAA
Unaligned ( gi|42 ): TTGACCAATGTAATAACATAAATGGGAGTTGCTAGGCAAATCAGATTATGACAATTATAAACAATCATTGTTAAATCAATTTAACTAACGACTTTCGAACCAATGCCAATTACTTCCCTTTACTTAAAAGGCGGTTTCGAGACCA
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|45 ): TTTCAAATGTGTTAAACGATTTTAACAGTAATACTAATTATTTACCTTTATTTAAAAGGCGTTTACGAGATCAGTTTATACACGAATAGAAGGAACACTGTTGTAAATAATTGTCCAAAACTTGATTACT
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|62 ): AAAAGGCGTGTAAAGGATCAGTTTATACAAGAATGGAACGCTACTGTAAACATTTTTCCTAAAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333 222222222222222 1111111111111111111111 33333333333333333333333333333333 222222222
lowQualScore : 5 5 99999 3 1 55 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 5555555555555555555555555555555555 33 444 22 0 1 222222222222222 1 33 1 1 1 1 1 1 3 1 66666 2 1 444444 77777777 44 44 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 44444 22 1 22 1 22 22 1 2 11 0000000000000000000000 2 22 1 11 1 44 1 333333 1 0 1 1 1 8888888 1 22 1 1 333 1 111 0 11111111111111111111111111111111 1 111 333333 4 11 1 22222 0 444444 2 888888888 1 11 2 1 2 555555 22 22 222
lowQualScore : . . ..... . . .. . .......................................................... . .................................. .. ... .. . . ............... . .. . . . . . . . . ..... . . ...... ........ .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... .. . .. . .. .. . . .. ...................... . .. . .. . .. . ...... . . . . . ....... . .. . . ... . ... . ................................ . ... ...... . .. . ..... . ...... . ......... . .. . . . ...... .. .. ...
lowQualScore : 7 0 33333 2 0 00 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2222222222222222222222222222222222 11 111 44 2 7 666666666666666 7 44 7 6 2 1 7 7 2 0 11111 5 7 888888 55555555 00 00 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 99999 00 5 00 5 00 00 4 5 77 1111111111111111111111 0 55 1 66 1 44 1 333333 8 2 8 1 1 1111111 1 44 0 1 666 1 888 9 77777777777777777777777777777777 6 888 000000 3 44 1 66666 9 000000 2 333333333 0 44 1 0 4 000000 66 66 111
consensus : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAAT--TAT-T-ACCTTTA--TTA--T-AA----C--GC-----T-----A-ATT----A----N----CCAGTTTATCCAAGAATGG-A--G------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-A------TGTNATTGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AAT-A--T----AT-TTAGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANATA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTAAAGCAGTCAATACTANT--TAT-T---CTNTA--TTA-TT-AA----C--GC-----T-----A-ATT----A----T----CCAGTTTATCCAAGAATGG-A--G------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-A------TGTNATTGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AAT-AC-T----AC-TTAGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANATA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : TTAACACTAACGATATGT---CTCTA--TT---T-AAAAGAC--GT-----TTACGAA-AT----------------CAATTTATTCAAGAATAC-AACG------AA--TCC------ATAA--------ATAAT-A-CGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAC--AG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-------------------------TGT-A--AC-CA-GA-A------TGTCAGTGAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGCTGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------A---AA-----T----GT-TTAGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACATA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgttga-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAAT--TAT-TTACCTTTA--TT---T-AAAAGGC--GT-----T-----T-ACGGG--A----T----C-AGTTTATACACGAATGG-A--------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTT-ATA---GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATAT--AC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAATT-ATGT-A--CT-CA-AA-A------TGTAGTTGAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTATTATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------A---AAT-Atgtt
gi|11 : tcaaatgtgtt----CCAGCTTATCCCAGAATGG-A--G------TA--GGA---GA-TAAC--------ATAAT-T-CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TG-A------TGCTGTTAAGT----------T-T-T-G-TTTATGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------A---AAT-AC-T----A----AGG-CGC---AT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATATA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAatt
gi|12 : tacaaga-T-CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAA--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAACT-TTAC-A--AC-CA-AA-A------TGTTATTGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGCTGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------A---AA-----T----AC-TTAGACCGC---AT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGTTA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT--------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAATT-GTGT-A--AT-CA-AA-A------CGCAATTGAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------A---AAC-A--T----AT-TTAAGACAT---AT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-ATT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTT--AA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA---TTGT-ATCAT-CA-AA-A------TATAATTGAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCTTCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AAT-A--T----AT-TTAGG--GC---ATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATATAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : c-ATAA--------ATAGA-T-CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTA--AA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtattcattaaacgaagttaacgtgatcaaattactccccaaaaggaataatttcTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAA--AA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TA-A------TGTTATTGAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAACTGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------A---AA-----T----AT-TTAGGCCGC---AT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGAT-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T-----TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A---------G---AATATAA-------T-A--A-----AA-A------TGTTATTGAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG-TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AAC-AC------AT-TTAGGTCAT---AT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACGT-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAACT-TTGC-A--AC-GA-GA-A------TGTTATTGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-A--------------------------------------------T----AT-TTAAGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATAT--TA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CA-GA-G------CACCATTGAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-GATA-T--------------------------------------TTAGGCCAC---AT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATATA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : GTTAATACTTAT--CAT-T---AT-----TTA-AA-GA----C--GCA----T-----A-TGT----G----G----TTAATTCATCCAAGAATGGTA--A------TAGTTAA---AA-A-----------ATAAT-G-CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAA--AA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-AA-GA-A------TGTCATTGAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------A---AAT-A--T----A---TAGCCTGC---AT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCATA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttgTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACAT--AA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-A------TGTTATTGAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------A---AAT-AC-T----A----AGGCTGC---AT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGATA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATAT--AATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAA---TTGTGA--ATACA-AA-A------TGTAACTGAATCTGAGTATCAT-T-T-------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAA---AAC-AC------AT-TGAGGTAAT---AT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAACTT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTAC--AG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACATT-GTGT-G--AT-GT-AA-A------TGTTGTAGAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGACTGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAGT-TTGT----GC-CATGA-A------TGCCATTGAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTACTATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AGGGAAT-TA-T----AC-TTCAATAGT---TT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAAGA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaTAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAG-AC-----CTT--G-TTTT-A--T-A-TGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTT--CA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAATT-ATGC-A--AT-CA-AA-A------TGAAATTttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : attaaaaggacgactacatgttctatttgtgataggatggaatgcttgtatata-AAACGA-CT---GGGGTCAATACCAAT--TAT-TTACCTTTAC-TTA-C--AA----C--AC-----C-----A-ATT------------------TTT-TCTAAGAA-GG-A--G------TA--TAA---GT-ACAC--------ATAAT-T-CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATATACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATAT--AA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAATT-ATGC-A--AG-CA-AA-A------CAGTGTTAACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-TTGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------A---AAT-AT-T-------TTAGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TAT--AA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAGT-ATGT-A--AC-CA-AA-A------TG-----GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T-----TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---Taaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : TTAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGATGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------A---AAT-AA-T----A----AGGCAGC---AT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---GAA-AA-AA--T-T-GCATATA------TCATGTCGTCT--A--AAAAagaaaaaaataattatacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CG-GC-A------TGTTATCTAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GTTTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------------C-GG-T----AT-TCAGTTCGA---AC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATCTA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg-AAACGATTTCGGG--ACCAATGCTAAT--TAG-TGA-CCTTAACTTA----AA----A--GG-----T-----G-ATTCGAGA---------CCAGTTTATCCAAGCATGA-A--G------TA--TGA---GA-ATAC--------ATAAT-T-GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATCT-TTGT-A--AC-CA-TA-A------TGTAACTGAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTAT-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AAT-AC------AC-GTAGGGTGC---AA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACATA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcCCGGG-CT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-A------TGTTATTGAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------A---AAT-AT-G----AC-TAAGGCCAC---AC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATGCA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAATT-ATGT-A--AC-CA-AA-A------TTTAATTGGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG-TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------A---AAC-G--T----AC-TAAGGTCAT---AA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATATG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAAT--AA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAATT-TTGT-A--CT-CA-AA-A------TGTAGTCGAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTATTATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------A---AAT-AC-T--------TATGCCTTCAAAC------ATGT--TA---------TTCA-T----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-AATTCTA------CAATGGCTTCC--A--AAA
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAATT-TTGT-A--AT-CA-AA-ATACATGTATAACTGAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCTTATGT----CT--------C--AT-GATA-T---CAG---GA--------A---AAC-A--T----AT-TTAGGTCAT---AT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATACT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAcataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAATT-GTGT-T--AT-AA-AA-A------TGTAATTGAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCTTATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---TAA---GA--------A---AAC-A--T----AT-TTAGGTCAT---AT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATACAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagatt------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAATA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cattaaatatcatttttaaatagttcGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TA-T------C---AAT----T----AC-TTCGGCCGC---AT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATAAA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAACT-TTGT-A--AC-AT-GA-A------TGCCGTTGA----GAATACCA--T-A-C-TTGCTTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------A---ATTAAT-T----AT-TAAGGCCGC---TT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACATA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACCAAT--TAT-T---CCAT---TTACCT-AA----C--GG-----C-----A-ATT----AAGAGA----CAAGCTTATCCGAGAATG--------------------------TAC--------CTAAC-C-CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAACT-CTTT-A--AC-CA-TATA------GTTTATT-AGTCAGAATACCAT-T-T---------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------A---AA-----T----AC-TTAGGTCGC---AT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATTTA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctcTAATAAACGA-CTGTGG-GGCCAAAACCAAT--TAT-TTACCTTCA--CG---T-AA----CAGGC-----------G-ATT----A----CGAGACCAGGTTGTCCAAGAATAG-A--G------TA--TGA---GC-ATAC--------ACCAC-T-CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTT--GT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-TA-GA-A------TGTTATTGAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGTCGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------A---AAT-AC-------------------------------CT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|43 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaattA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAACTGTTGT-----T-CATGC-A------TGTCATTTCCTATAAATATCATGT-T-G-TTACTCTGCTGtataat
gi|45 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaa-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAAT--TAT-TTACCTTTA--TT---T-AAAAGGC--GT-----T-----T-ACG----A----GA---TCAGTTTATACACGAATAG-A--------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTccaataatacca
gi|46 : tttcaaatgtgttTGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA--A--T----AT-TTAGACCGC---AT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAA
gi|47 : atatatatatatgtgC-CA-GA-A------TGTTATTGAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA-----T----AT-TTAGGCCGT---AT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGATA------TCATGtgttgt
gi|48 : -T----AC-TTCGGTCGC---AT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : aatggtatgtgatctgaacaacataacttacatgtattttaaatcaaaacagttCAATACTTAT--TAT-TAATCTTTA--TTT-AT-AA----G--G------T-----G-ATT----A----CGAGACCAGTTTATACAGGAATGG-A--GAACGGACA--TTACGTAA-ATAC--------GTAA-------ATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TAT-T-AAAAATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C-----------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAACT-TTTT-A--AC-CA-TA-A------AGTTATTGAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG-TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------A---AA-----T----AC-TTAGGCCGC---AT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATATG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggacAT-G-T-C-TT-CTATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------A---AAT-AT-T--------TAGGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGATA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t-TTGCATTGTTGTTCTA--A-ATAC-TTA-GATA-T---T-A---TAC-------A---AA-------------------------AT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-T-------AA-AT--T-T-ACATATA------TCtgttgt
gi|55 : AGGTCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATATA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T-GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------A---AA-----T----AT-TTAGGCCGC---A
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcatTTATAA-GATGGTTTTAAAG-AGTCCATG-TGTG--TAT-T---CTATA--TTA-TCCAA----T--ATATATAT-----ATATT----A----T----CCAGTTTATCTAAGAATGG-A--A------TA--TTA---GA-TTAC--------ATAAC-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATAT--AA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-AT-GA-A------TGTTATTGAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGCTGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------A---AAT-AC-TTAGGACGTTAGGCCAT---AT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGATA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattca---AT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGCTT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|63 : -AT--T-T-ACACATA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAAatattgt
gi|7 : TTATAA-AAACAATCTAAAGCAATCAATGCTATT--TAT-G---CTAT---TTA-TC-A------------------------TT----A----T----CCA-----TCCAAGAATGG-A--A------TG--CCT---GT-ATAC--------ATGATATATATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-------GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC----GT-A----------------------ATTGAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------A---AAC-A--T----AT-TTAGG--GC---AT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC---TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgtt------TA--TCA---GAGACGT--------ATAAG-T-CAC-------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA---AAT----GCATTGA----------GA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGA-ATTTGG-T--ATATTTAT-TGGA--A-T--CGA--TTGCG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTAA-------------------A-A------TGTAATTGAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCTTATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAG---AAAA------A---AAA-ACAC----AT-TTAGGTCAT---AT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTT--AA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA---TTGT-T--GC-CACGA-A------TATCGTTGAATCTGAATATAAT-T-T---TAAATATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT----------AGT-A--T----AC-TTACATTGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAATA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|41 ): AAATTTCAACAGAGTTGAGAATCTTATGTTGCGCGAGGTAACTGATATTAGATAAACAATATTTAGATCTTATACCATGGCCTTCAGTATACAAATTCAATAATTATATGTCAACTAAAGATAAAACTATGTTGTTTAAATTTTTAAAA
Unaligned ( gi|42 ): TTGACCAATGTAATAACATAAATGGGAGTTGCTAGGCAAATCAGATTATGACAATTATAAACAATCATTGTTAAATCAATTTAACTAACGACTTTCGAACCAATGCCAATTACTTCCCTTTACTTAAAAGGCGGTTTCGAGACCA
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|62 ): AAAAGGCGTGTAAAGGATCAGTTTATACAAGAATGGAACGCTACTGTAAACATTTTTCCTAAAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 22222 2222222 999999999999999999999999999999999999 3333333333333333333333333333333333 222222222222222 1111111111111111111111 2222222222222 1111 222222222
lowQualScore : 6 7 99999 4 2222222 000000000000000000000000000000000000 3 5555555555555555555555555555555555 33 444 22 0 1 222222222222222 1 33 1 1 1 1 1 1 3 1 66666 2 1 444444 77777777 44 44 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 44444 22 1 22 1 22 22 1 2 11 0000000000000000000000 2 22 1 11 1 44 1 333333 1 1 1 1 1 1 88888888 1 22 1 1 666 1 111 2 0000000000000 111 0000 33 2 4444444 11 1 111 222222 4 11 1 22222 1 444444 2 888888888 1 11 2 1 0 2 11 444444 0 22 22 222
lowQualScore : . . ..... . ....... .................................... . .................................. .. ... .. . . ............... . .. . . . . . . . . ..... . . ...... ........ .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... .. . .. . .. .. . . .. ...................... . .. . .. . .. . ...... . . . . . . ........ . .. . . ... . ... . ............. ... .... .. . ....... .. . ... ...... . .. . ..... . ...... . ......... . .. . . . . .. ...... . .. .. ...
lowQualScore : 7 3 88888 7 6666666 000000000000000000000000000000000000 3 2222222222222222222222222222222222 11 111 44 2 7 666666666666666 7 44 7 6 2 1 7 7 2 0 11111 5 7 888888 55555555 00 00 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 99999 00 5 00 5 00 00 4 5 77 1111111111111111111111 0 55 1 66 1 44 1 222222 8 1 3 8 1 1 00000000 0 33 0 0 000 0 888 0 4444444444444 777 0000 33 0 6666666 33 2 888 999999 2 44 0 66666 3 333333 1 555555555 0 44 0 0 5 3 44 999999 1 66 66 111
consensus : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT--TTA-CCTTTA-TT-ATAA----C--GC-TGATT---A----N----CCAGTTTATCCAAGAATGG-A--G------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT--T-A-CCTTTA-TT-ATAA----C--GC-TAATT---A----N----CCAGTTTATCCAAGAATGG-A--G------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : GATTAACACTAACGATA-T-G-TCTCTA-TT--TAAAAGAC--GT-TTACG---A----AA---TCAATTTATTCAAGAATAC-AACG------AA--TCC------ATAA--------ATAAT-A-CGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAC--AG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-------------------------TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TCAG-TGAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGC-TGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------A---A----A--T-GT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgtt-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT--TTA-CCTTTA-TTTAAAA----G--GCGT--TT---A----CGGGATCAGTTTATACACGAATGG-A--------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTT-ATA---GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATAT--AC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAATT-ATGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-TGAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTAT-TATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------A---AA-T-A----AT------Ttgtt
gi|11 : tcaaatgtgtt----CCAGCTTATCCCAGAATGG-A--G------TA--GGA---GA-TAAC--------ATAAT-T-CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TG-ATG------CTGT-TAAGT----------T-T-T-G-TTTA-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------A---AA-T-A------------CT--AAGGCGC---AT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATA--TA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : tacaaga-T-CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAA--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAACT-TTAC-A--AC-CA-AA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------A---A----A--T-AC------TT--AGACCGC---AT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGT--TA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT--------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAATT-GTGT-A--AT-CA-AA-ACG------CAAT-TGAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AAGACAT---AT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-A--TT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTT--AA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA---TTGT-ATCAT-CA-AA-ATA------TAAT-TGAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCT-TCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGG--GC---ATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--TAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : c-ATAA--------ATAGA-T-CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTA--AA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtattcattaaacgaagttaacgtgatcaaattactccccaaaaggaataatttcTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAA--AA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAAC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGA--T-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T-----TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A---------G---AATATAA-------T-A--A-----AA-ATG------TTAT-TGAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG--TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACG--T-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAACT-TTGC-A--AC-GA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A--------------------------------------------A--T-AT------TT--AAGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATAT--TA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CA-GA-GCA------CCAT-TGAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-G---------------------------------A--T-AT------TT--AGGCCAC---AT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : GGTTAATACTTATCAT--T-A---TTTA----AAGA----C--GCATATGT---G----G----TTAATTCATCCAAGAATGGTA--A------TAGTTAA---AA-A-----------ATAAT-G-CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAA--AA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-AA-GA-ATG------TCAT-TGAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------A---AA-T-A--T-A--------T--AGCCTGC---AT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCA--TA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACAT--AA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------A---AA-T-AC-T-A-----------AGGCTGC---AT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGA--TA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATAT--AATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAA---TTGTGA--ATACA-AA-ATG------TAAC-TGAATCTGAGTATCAT-T-T--------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAA---AA-C-A--C-AT------TG--AGGTAAT---AT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAAC--TT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTAC--AG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACATT-GTGT-G--AT-GT-AA-ATG------TTGT-AGAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGAC-TGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAGT-TTGT----GC-CATGA-ATG------CCAT-TGAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTAC-TATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AGGGAATT-A--T-AC------TT--CAATAGT---TT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAA--GA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaTAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAG-AC-----CTT--G-TTTT-A--T-A-TGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTT--CA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAATT-ATGC-A--AT-CA-AA-ATG------AAAT-Tttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : attaaaaggacgactacatgttctatttgtgataggatggaatgcttgtatata-AAACGA-CT---GGGGTCAATACCAATTAT--TTA-CCTTTACTT-ACAA----C--AC-CAATT-----------------TTT-TCTAAGAA-GG-A--G------TA--TAA---GT-ACAC--------ATAAT-T-CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATA--TACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATAT--AA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAATT-ATGC-A--AG-CA-AA-ACA------GTGT-TAACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-T-TGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------A---AA-T-A--T--T------TT--AGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TAT--AA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAGT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATG------------GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T------TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AA--------A---AA-A-A--T-AA------TT--Aaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : T-TAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGA-TGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------A---AA-TAA--T-A-----------AGGCAGC---AT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---GAA-AA-AA--T-T-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CG-GC-ATG------TTAT-CTAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GT-TTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------C---G----G--T-AT------TC--AGTTCGA---AC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATC--TA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg-AAACGATTTC--GGGACCAATGCTAATTAG--TGA-CCTTAACTT-A-AA----A--GG-TGATTCGAG----A----CCAGTTTATCCAAGCATGA-A--G------TA--TGA---GA-ATAC--------ATAAT-T-GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATCT-TTGT-A--AC-CA-TA-ATG------TAAC-TGAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTA-T-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--C-AC------GT--AGGGTGC---AA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACA--TA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcCCGGG-CT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------A---AA-T-A--TGAC------TA--AGGCCAC---AC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATG--CA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAATT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATT------TAAT-TGGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG--TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------A---AA-C-G--T-AC------TA--AGGTCAT---AA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATA--TG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAAT--AA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAATT-TTGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-CGAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTAT-TATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------A---AA-T-A--C---------TT--ATGCCTTCAAAC------ATGT--TA---------TTCA-T----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-AATTC--TA------CAATGGCTTCC--A--AAA
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAATT-TTGT-A--AT-CA-AA-ATACATGTATAAC-TGAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCT-TATGT----CT--------C-A-T-GATA-T---CAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--CT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAcataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAATT-GTGT-T--AT-AA-AA-ATG------TAAT-TGAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---TAA---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATA--CAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagattATT------A---AA-T-A--TCAT------TTTTAAATAGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAA--TA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TA-T------C---AA-T----T-AC------TT--CGGCCGC---AT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATA--AA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAACT-TTGT-A--AC-AT-GA-ATG------CCGT-TGA----GAATACCA--T-A-C-TTGC-TTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------A---AT-T-AATT-AT------TA--AGGCCGC---TT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACA--TA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACCAATTAT--T-C-CATTTA-CC--TAA----C--GG-CAATT---AAGAGA----CAAGCTTATCCGAGAATG--------------------------TAC--------CTAAC-C-CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAACT-CTTT-A--AC-CA-TATAGT------TTAT-T-AGTCAGAATACCAT-T-T----------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------A---A----A--T-AC------TT--AGGTCGC---AT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATT--TA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctcTAATAAACGA-CTGTGG-GGCCAAAACCAATTAT--TTA-CCTTCA-C--GTAA----CAGGC--GATT---A----CGAGACCAGGTTGTCCAAGAATAG-A--G------TA--TGA---GC-ATAC--------ACCAC-T-CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTT--GT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-TA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGT-CGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------A---A-------------------------------AT------ACCT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|41 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatt-TATGTTGCGCGA--G-GTA---ACTGATA-T---TAG----A-T------A---AA-C-AA-T-AT------TT--AGATCTT---AT------ACCA--TG-GCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-A-ATAATTA------T-ATGTCAACT--A--AAGATAA---AAtataat
gi|43 : aaatttcaacagagttgagaatctA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAACTGTTGT-----T-CATGC-ATG------TCAT-TTCCTATAAATATCATGT-T-G-TTAC-TCTGCTGctatgttgtttaaatttttaaaa
gi|45 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaa-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT--TTA-CCTTTA-TT--TAAAAGGC--GT-TTACG---A----GA---TCAGTTTATACACGAATAG-A--------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTccaataatacca
gi|46 : tttcaaatgtgtt-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA---A--T-AT------TT--AGACCGC---AT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAA
gi|47 : atatatatatatgtgC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGT---AT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGtgttgt
gi|48 : A-ATG------GTATGTGA-TCTGAACAACAT-A-A-C-TTACATGTATT---TTA--A-AT-C-AA-----A------------AC-----------AG-T-T--T-AC------TT--CGGTCGC---AT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : CAATACTTATTAT--T-AATCTTTA-TTTATAA----G--G--TGATT---A----CGAGACCAGTTTATACAGGAATGG-A--GAACGGACA--TTACGTAA-ATAC--------GTAA-------ATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TAT-T-AAAAATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C-----------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAACT-TTTT-A--AC-CA-TA-AAG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG--TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------A---A----A--T-AC------TT--AGGCCGC---AT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATA--TG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggacAT-G-T-C-TT-C-TATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T---------TT--AGGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t-TTGC-ATTGTTGTTCTA--A-ATAC-TTA-GATA-T---T-A---TAC-------A---AA------------------------------AT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-T-------AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCtgttgt
gi|55 : --AGGTCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATA--TA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T-GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGC---A
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcatATT---A----T----CCAGTTTATCTAAGAATGG-A--A------TA--TTA---GA-TTAC--------ATAAC-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATAT--AA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-AT-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--C-TTAGGACGTT--AGGCCAT---AT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGA--TA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattcattataagatggttttaaagagtccatgtgtgtattctatattatccaatatatatatat---AT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGC--TT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|63 : -AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAAatattgt
gi|7 : TTATAA-AAACAATCTAAAGCAATCAATGCTATTTATGCT-A---TTTA-TC-AT----------------T---A----T----CCA-----TCCAAGAATGG-A--A------TG--CCT---GT-ATAC--------ATGATATATATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-------GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC----GT-A----------------------AT-TGAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGG--GC---AT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC-----TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgtt------TA--TCA---GAGACGT--------ATAAG-T-CAC-------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA---AAT----GCATTGA----------GA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGA-ATTTGG-T--ATATTTAT-TGGA--A-T--CGA--TTGCG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTAA-------------------A-ATG------TAAT-TGAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAGAA-AAAA------A---AA-C-A--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTT--AA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA---TTGT-T--GC-CACGA-ATA------TCGT-TGAATCTGAATATAAT-T-T---TAAA-TATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT----------AG-T-A--T-AC------TT--ACATTGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAA--TA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|42 ): TTGACCAATGTAATAACATAAATGGGAGTTGCTAGGCAAATCAGATTATGACAATTATAAACAATCATTGTTAAATCAATTTAACTAACGACTTTCGAACCAATGCCAATTACTTCCCTTTACTTAAAAGGCGGTTTCGAGACCA
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|62 ): AAAAGGCGTGTAAAGGATCAGTTTATACAAGAATGGAACGCTACTGTAAACATTTTTCCTAAAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 22222 888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333333333333333333333 222222222222222 1111111111111111111111 222222222222222222222 222222222
lowQualScore : 6 7 99999 4 4 5 3 4 777777777777777777777777777777777777777 3 5555555555555555555555555555555555 33 444 22 0 1 222222222222222 1 33 1 1 1 1 1 1 3 1 66666 2 1 444444 77777777 44 44 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 44444 22 1 22 1 22 22 1 2 11 0000000000000000000000 2 22 1 11 1 44 1 333333 1 1 1 1 1 1 88888888 1 22 1 1 666 1 111 2 000000000000000000000 44 2 4444444 11 1 333333 4 11 1 22222 0 444444 2 777777777 1 22 2 1 0 2 11 555555 0 22 22 222
lowQualScore : . . ..... . . . . . ....................................... . .................................. .. ... .. . . ............... . .. . . . . . . . . ..... . . ...... ........ .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... .. . .. . .. .. . . .. ...................... . .. . .. . .. . ...... . . . . . . ........ . .. . . ... . ... . ..................... .. . ....... .. . ...... . .. . ..... . ...... . ......... . .. . . . . .. ...... . .. .. ...
lowQualScore : 7 3 88888 7 0 8 2 0 333333333333333333333333333333333333333 3 2222222222222222222222222222222222 11 111 44 2 7 666666666666666 7 44 7 6 2 1 7 7 2 0 11111 5 7 888888 55555555 00 00 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 99999 00 5 00 5 00 00 4 5 77 1111111111111111111111 0 55 1 66 1 44 1 222222 8 1 3 8 1 1 00000000 0 33 0 0 000 0 888 0 666666666666666666666 33 0 4444444 33 2 000000 5 44 1 66666 9 222222 2 111111111 0 88 1 0 2 4 44 000000 3 66 66 111
consensus : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-TT-ATAA----C--GC----GAT-T---A----N----CCAGTTTATCCAAGAATGG-A--G------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-TT-ATAA----C--GCT---GAT-T---A----N----CCAGTTTATCCAAGAATGG-A--G------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : GATTAACACTAACGAT-ATGTC-TCTA-TT--TAAAAGAC--GTTTACGA------A----A----TCAATTTATTCAAGAATAC-AACG------AA--TCC------ATAA--------ATAAT-A-CGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAC--AG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-------------------------TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TCAG-TGAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGC-TGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------A---A---A--T-GT------TT--AGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgtt-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTA-TTTAAAA----G--GC----GTT-T---A----CGGGATCAGTTTATACACGAATGG-A--------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTT-ATA---GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATAT--AC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAATT-ATGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-TGAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTAT-TATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------A---AA-TA----AT------Ttgtt
gi|11 : tcaaatgtgtt----CCAGCTTATCCCAGAATGG-A--G------TA--GGA---GA-TAAC--------ATAAT-T-CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TG-ATG------CTGT-TAAGT----------T-T-T-G-TTTA-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------A---AA-TA------------CT--AAGGCGCAT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATA--TA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : tacaaga-T-CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAA--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAACT-TTAC-A--AC-CA-AA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------A---A---A--T-AC------TT--AGACCGCAT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGT--TA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT--------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAATT-GTGT-A--AT-CA-AA-ACG------CAAT-TGAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AAGACATAT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-A--TT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTT--AA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA---TTGT-ATCAT-CA-AA-ATA------TAAT-TGAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCT-TCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-TA--T-AT------TT--AGG--GCATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--TAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : c-ATAA--------ATAGA-T-CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTA--AA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtattcattaaacgaagttaacgtgatcaaattactccccaaaaggaataatttcTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAA--AA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAAC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGCAT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGA--T-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T-----TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A---------G---AATATAA-------T-A--A-----AA-ATG------TTAT-TGAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG--TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--C-AT------TT--AGGTCATAT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACG--T-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAACT-TTGC-A--AC-GA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-------------------------------------------A--T-AT------TT--AAGCCGCAT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATAT--TA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CA-GA-GCA------CCAT-TGAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-G--------------------------------A--T-AT------TT--AGGCCACAT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : GGTTAATACTTATCAT-T-A---TTTA----AAGA----C--GCA---TATGT---G----G----TTAATTCATCCAAGAATGGTA--A------TAGTTAA---AA-A-----------ATAAT-G-CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAA--AA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-AA-GA-ATG------TCAT-TGAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------A---AA-TA--T-A--------T--AGCCTGCAT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCA--TA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACAT--AA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------A---AA-TAC-T-A-----------AGGCTGCAT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGA--TA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATAT--AATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAA---TTGTGA--ATACA-AA-ATG------TAAC-TGAATCTGAGTATCAT-T-T--------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAA---AA-CA--C-AT------TG--AGGTAATAT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAAC--TT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTAC--AG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACATT-GTGT-G--AT-GT-AA-ATG------TTGT-AGAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGAC-TGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAGT-TTGT----GC-CATGA-ATG------CCAT-TGAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTAC-TATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AGGGAATTA--T-AC------TT--CAATAGTTT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAA--GA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaTAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAG-AC-----CTT--G-TTTT-A--T-A-TGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTT--CA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAATT-ATGC-A--AT-CA-AA-ATG------AAAT-Tttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : attaaaaggacgactacatgttctatttgtgataggatggaatgcttgtatata-AAACGA-CT---GGGGTCAATACCAATTAT-TTACC-TTTACTT-ACAA----C--ACC---AAT-T-----------------TTT-TCTAAGAA-GG-A--G------TA--TAA---GT-ACAC--------ATAAT-T-CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATA--TACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATAT--AA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAATT-ATGC-A--AG-CA-AA-ACA------GTGT-TAACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-T-TGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------A---AA-TA--T--T------TT--AGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TAT--AA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAGT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATG------------GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T------TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AA--------A---AA-AA--T-AA------TT--Aaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : T-TAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGA-TGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------A---AA-TAA-T-A-----------AGGCAGCAT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---G---AA-AAAAT-T-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CG-GC-ATG------TTAT-CTAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GT-TTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------C---G---G--T-AT------TC--AGTTCGAAC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATC--TA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg-AAACGATTTC--GGGACCAATGCTAATTAG-TGACC-TTAACTT-A-AA----A--GGT---GAT-TCGAG----A----CCAGTTTATCCAAGCATGA-A--G------TA--TGA---GA-ATAC--------ATAAT-T-GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATCT-TTGT-A--AC-CA-TA-ATG------TAAC-TGAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTA-T-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--C-AC------GT--AGGGTGCAA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACA--TA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcCCGGG-CT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------A---AA-TA--TGAC------TA--AGGCCACAC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATG--CA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAATT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATT------TAAT-TGGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG--TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------A---AA-CG--T-AC------TA--AGGTCATAA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATA--TG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAAT--AA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAATT-TTGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-CGAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTAT-TATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------A---A---A--T-AC------TT--ATGCC
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAATT-TTGT-A--AT-CA-AA-ATACATGTATAAC-TGAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCT-TATGT----CT--------C-A-T-GATA-T---CAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGGTCATAT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--CT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAttcaaacatgttattcattaaataaatttaattctacaatggcttccaaaacataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAATT-GTGT-T--AT-AA-AA-ATG------TAAT-TGAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---TAA---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGGTCATAT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATA--CAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagattATT------A---AA-TA--TCAT------TTTTAAATAGTTC------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAA--TA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TA-T------C---AA-T---T-AC------TT--CGGCCGCAT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATA--AA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAACT-TTGT-A--AC-AT-GA-ATG------CCGT-TGA----GAATACCA--T-A-C-TTGC-TTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------A---AT-TAATT-AT------TA--AGGCCGCTT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACA--TA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACCAATTAT-T--CCATTTA-CC--TAA----C--GGC---AAT-T---A----AGAGACAAGCTTATCCGAGAATG--------------------------TAC--------CTAAC-C-CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAACT-CTTT-A--AC-CA-TATAGT------TTAT-T-AGTCAGAATACCAT-T-T----------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------A---A---A--T-AC------TT--AGGTCGCAT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATT--TA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctcTAATAAACGA-CTGTGG-GGCCAAAACCAATTAT-TTACC-TTCA-C--GTAA----CAGGC----GAT-T---A----CGAGACCAGGTTGTCCAAGAATAG-A--G------TA--TGA---GC-ATAC--------ACCAC-T-CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTT--GT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-TA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGT-CGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------A---A---------------------------AT------ACCT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|41 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatt-TATGTTGCGCGA--G-GTA---ACTGATA-T---TAG----A-T------A---AA-CAA-T-AT------TT--AGATCTTAT------ACCA--TG-GCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-A-ATAATTA------T-ATGTCAACT--A--AAGATAA---AAtataat
gi|43 : aaatttcaacagagttgagaatctA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAACTGTTGT-----T-CATGC-ATG------TCAT-TTCCTATAAATATCATGT-T-G-TTAC-TCTGCTGctatgttgtttaaatttttaaaa
gi|45 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaa-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTATTT-AAAA----G--GC----GTT-T---ACGAGA----TCAGTTTATACACGAATAG-A--------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTccaataatacca
gi|46 : tttcaaatgtgtt-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA--A--T-AT------TT--AGACCGCAT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAA
gi|47 : atatatatatatgtgC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGTAT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGtgttgt
gi|48 : A-ATG------GTATGTGA-TCTGAACAACAT-A-A-C-TTACATGTATT---TTA--A-AT-C-AA-----A------------AC-----------AG-TT--T-AC------TT--CGGTCGCAT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : CAATACTTATTAT-TAATC-TTTA-TTTATAA----G--G-T---GAT-T---A----CGAGACCAGTTTATACAGGAATGG-A--GAACGGACA--TTACGTAA-ATAC--------GTAA-------ATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TAT-T-AAAAATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C-----------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAACT-TTTT-A--AC-CA-TA-AAG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG--TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------A---A---A--T-AC------TT--AGGCCGCAT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATA--TG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggacAT-G-T-C-TT-C-TATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T---------TT--AGGCCGCAT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t-TTGC-ATTGTTGTTCTA--A-ATAC-TTA-GATA-T---T-A---TAC-------A---AA--------------------------AT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCtgttgt
gi|55 : --AGGTCGCAT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATA--TA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T-GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGCA
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcatAT-T---A----T----CCAGTTTATCTAAGAATGG-A--A------TA--TTA---GA-TTAC--------ATAAC-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATAT--AA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-AT-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------A---AA-TA--C-TTAGGACGTT--AGGCCATAT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGA--TA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattcattataagatggttttaaagagtccatgtgtgtattctatattatccaatatatatatatAT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGC--TT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|63 : -AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAAatattgt
gi|7 : TTATAA-AAACAATCTAAAGCAATCAATGCTATTTATGCTA---TTTA-TC-AT-------------------T---A----T----CCA-----TCCAAGAATGG-A--A------TG--CCT---GT-ATAC--------ATGATATATATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-------GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC----GT-A----------------------AT-TGAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGG--GCAT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC-----TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgtt------TA--TCA---GAGACGT--------ATAAG-T-CAC-------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA---AAT----GCATTGA----------GA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGA-ATTTGG-T--ATATTTAT-TGGA--A-T--CGA--TTGCG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTAA-------------------A-ATG------TAAT-TGAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAGAA-AAAA------A---AA-CA--C-AT------TT--AGGTCATAT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTT--AA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA---TTGT-T--GC-CACGA-ATA------TCGT-TGAATCTGAATATAAT-T-T---TAAA-TATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT----------AG-TA--T-AC------TT--ACATTGTTC------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAA--TA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|42 ): TTGACCAATGTAATAACATAAATGGGAGTTGCTAGGCAAATCAGATTATGACAATTATAAACAATCATTGTTAAATCAATTTAACTAACGACTTTCGAACCAATGCCAATTACTTCCCTTTACTTAAAAGGCGGTTTCGAGACCA
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|62 ): AAAAGGCGTGTAAAGGATCAGTTTATACAAGAATGGAACGCTACTGTAAACATTTTTCCTAAAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 22222 66666666666666666666666666666666 44444444444444444444444444444444444 222222222222222 1111111111111111111111 2222222222222 1111 222222222
lowQualScore : 6 7 99999 4 4 5 3 4 44444444444444444444444444444444 44 3 22222222222222222222222222222222222 33 444 22 0 1 222222222222222 1 33 1 1 1 1 1 1 3 1 66666 2 1 444444 77777777 44 44 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 44444 22 1 22 1 22 22 1 2 11 0000000000000000000000 2 22 1 11 1 44 1 333333 1 1 1 1 1 1 88888888 1 22 1 1 666 1 111 2 0000000000000 111 0000 33 2 4444444 11 1 111 222222 4 11 1 22222 1 444444 2 888888888 1 11 2 1 0 2 11 444444 0 22 22 222
lowQualScore : . . ..... . . . . . ................................ .. . ................................... .. ... .. . . ............... . .. . . . . . . . . ..... . . ...... ........ .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... .. . .. . .. .. . . .. ...................... . .. . .. . .. . ...... . . . . . . ........ . .. . . ... . ... . ............. ... .... .. . ....... .. . ... ...... . .. . ..... . ...... . ......... . .. . . . . .. ...... . .. .. ...
lowQualScore : 7 3 88888 7 0 8 2 0 00000000000000000000000000000000 22 1 00000000000000000000000000000000000 11 111 44 2 7 666666666666666 7 44 7 6 2 1 7 7 2 0 11111 5 7 888888 55555555 00 00 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 99999 00 5 00 5 00 00 4 5 77 1111111111111111111111 0 55 1 66 1 44 1 222222 8 1 3 8 1 1 00000000 0 33 0 0 000 0 888 0 4444444444444 777 0000 33 0 6666666 33 2 888 999999 2 44 0 66666 3 333333 1 555555555 0 44 0 0 5 3 44 999999 1 66 66 111
consensus : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-TT-ANAAC--GCG-AT-T---A----C----CCAGTT--TATCCAAGAATGG-A--G------TA---TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-TT-ATAAC--GCG-AT-T---A----N----CCAGTT--TATCCAAGAATGG-A--G------TA---TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : GATTAACACTAACGAT-ATGTC-TCTA-TTTAAAAG--ACG-TT-T---A----CGAAATCAATT--TATTCAAGAATAC-AACG------AA---TCC------ATAA--------ATAAT-A-CGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAC--AG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-------------------------TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TCAG-TGAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGC-TGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------A---A----A--T-GT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgtt-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTA-TTTAAAAG--GCG-TT-T---A----CGGGATCAGTT--TATACACGAATGG-A---------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTT-ATA---GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATAT--AC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAATT-ATGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-TGAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTAT-TATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------A---AA-T-A----AT------Ttgtt
gi|11 : tcaaatgtgtt----CCAGCT--TATCCCAGAATGG-A--G------TA---GGA---GA-TAAC--------ATAAT-T-CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TG-ATG------CTGT-TAAGT----------T-T-T-G-TTTA-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------A---AA-T-A------------CT--AAGGCGC---AT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATA--TA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : tacaaga-T-CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAA--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAACT-TTAC-A--AC-CA-AA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------A---A----A--T-AC------TT--AGACCGC---AT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGT--TA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT--------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAATT-GTGT-A--AT-CA-AA-ACG------CAAT-TGAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AAGACAT---AT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-A--TT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTT--AA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA---TTGT-ATCAT-CA-AA-ATA------TAAT-TGAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCT-TCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGG--GC---ATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--TAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : cTAAC--GTG-AT-C---A-----------AATTACTCCCCAAAA--GG-A--A------TAATTTCA---TA-A-----------ATAGA-T-CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTA--AA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtattcattaaacgaagtTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAA--AA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAAC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGA--T-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T-----TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A---------G---AATATAA-------T-A--A-----AA-ATG------TTAT-TGAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG--TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACG--T-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAACT-TTGC-A--AC-GA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A--------------------------------------------A--T-AT------TT--AAGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATAT--TA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CA-GA-GCA------CCAT-TGAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-G---------------------------------A--T-AT------TT--AGGCCAC---AT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : GGTTAATACTTATCAT-T-A---TTTA----AAGAC--GCATATGT---G----G----TTAATT--CATCCAAGAATGGTA--A------TAGT-TAA---AA-A-----------ATAAT-G-CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAA--AA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-AA-GA-ATG------TCAT-TGAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------A---AA-T-A--T-A--------T--AGCCTGC---AT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCA--TA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACAT--AA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------A---AA-T-AC-T-A-----------AGGCTGC---AT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGA--TA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATAT--AATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAA---TTGTGA--ATACA-AA-ATG------TAAC-TGAATCTGAGTATCAT-T-T--------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAA---AA-C-A--C-AT------TG--AGGTAAT---AT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAAC--TT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTAC--AG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACATT-GTGT-G--AT-GT-AA-ATG------TTGT-AGAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGAC-TGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAGT-TTGT----GC-CATGA-ATG------CCAT-TGAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTAC-TATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AGGGAATT-A--T-AC------TT--CAATAGT---TT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAA--GA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaTAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAG-AC-----CTT--G-TTTT-A--T-A-TGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTT--CA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAATT-ATGC-A--AT-CA-AA-ATG------AAAT-Tttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : attaaaaggacgactacatgttctatttgtgataggatggaatgcttgtatata-AAACGA-CT---GGGGTCAATACCAATTAT-TTACC-TTTACTT-ACAAC-------------A----C----CAATTT--TTTCTAAGAA-GG-A--G------TA---TAA---GT-ACAC--------ATAAT-T-CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATA--TACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATAT--AA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAATT-ATGC-A--AG-CA-AA-ACA------GTGT-TAACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-T-TGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------A---AA-T-A--T--T------TT--AGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TAT--AA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAGT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATG------------GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T------TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AA--------A---AA-A-A--T-AA------TT--Aaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : T-TAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGA-TGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------A---AA-TAA--T-A-----------AGGCAGC---AT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---GAA-AA-AA--T-T-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CG-GC-ATG------TTAT-CTAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GT-TTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------C---G----G--T-AT------TC--AGTTCGA---AC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATC--TA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg-AAACGATTTC--GGGACCAATGCTAATTAG-TGACC-TTAACTT-AAAAG--GTG-AT-TCGAG----A----CCAGTT--TATCCAAGCATGA-A--G------TA---TGA---GA-ATAC--------ATAAT-T-GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATCT-TTGT-A--AC-CA-TA-ATG------TAAC-TGAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTA-T-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--C-AC------GT--AGGGTGC---AA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACA--TA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcCCGGG-CT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------A---AA-T-A--TGAC------TA--AGGCCAC---AC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATG--CA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAATT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATT------TAAT-TGGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG--TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------A---AA-C-G--T-AC------TA--AGGTCAT---AA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATA--TG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAAT--AA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAATT-TTGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-CGAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTAT-TATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------A---AA-T-A--C---------TT--ATGCCTTCAAAC------ATGT--TA---------TTCA-T----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-AATTC--TA------CAATGGCTTCC--A--AAA
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAATT-TTGT-A--AT-CA-AA-ATACATGTATAAC-TGAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCT-TATGT----CT--------C-A-T-GATA-T---CAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--CT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAcataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAATT-GTGT-T--AT-AA-AA-ATG------TAAT-TGAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---TAA---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATA--CAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagattATT------A---AA-T-A--TCAT------TTTTAAATAGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAA--TA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TA-T------C---AA-T----T-AC------TT--CGGCCGC---AT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATA--AA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAACT-TTGT-A--AC-AT-GA-ATG------CCGT-TGA----GAATACCA--T-A-C-TTGC-TTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------A---AT-T-AATT-AT------TA--AGGCCGC---TT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACA--TA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACCAATTAT-T--CCATTTA-CC--TAACG-GCA-AT-T---AAGAGA----CAAGCT--TATCCGAGAATG---------------------------TAC--------CTAAC-C-CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAACT-CTTT-A--AC-CA-TATAGT------TTAT-T-AGTCAGAATACCAT-T-T----------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------A---A----A--T-AC------TT--AGGTCGC---AT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATT--TA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctcTAATAAACGA-CTGTGG-GGCCAAAACCAATTAT-TTACC-TTCA-C--GTAACAGGCG-AT-T---A----CGAGACCAGGT--TGTCCAAGAATAG-A--G------TA---TGA---GC-ATAC--------ACCAC-T-CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTT--GT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-TA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGT-CGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------A---A-------------------------------AT------ACCT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|41 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatt-TATGTTGCGCGA--G-GTA---ACTGATA-T---TAG----A-T------A---AA-C-AA-T-AT------TT--AGATCTT---AT------ACCA--TG-GCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-A-ATAATTA------T-ATGTCAACT--A--AAGATAA---AAtataat
gi|43 : aaatttcaacagagttgagaatctA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAACTGTTGT-----T-CATGC-ATG------TCAT-TTCCTATAAATATCATGT-T-G-TTAC-TCTGCTGctatgttgtttaaatttttaaaa
gi|45 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaa-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTATTT-AAAAG--GCG-TT-T---ACGAGA----TCAGTT--TATACACGAATAG-A---------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTccaataatacca
gi|46 : tttcaaatgtgtt-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA---A--T-AT------TT--AGACCGC---AT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAA
gi|47 : atatatatatatgtgC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGT---AT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGtgttgt
gi|48 : A-ATG------GTATGTGA-TCTGAACAACAT-A-A-C-TTACATGTATT---TTA--A-AT-C-AA-----A------------AC-----------AG-T-T--T-AC------TT--CGGTCGC---AT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : CAATACTTATTAT-TAATC-TTTA-TTTATAAG--GTG-AT-T---A----CGAGACCAGTT--TATACAGGAATGG-A--GAACGGACA---TTACGTAA-ATAC--------GTAA-------ATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TAT-T-AAAAATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C-----------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAACT-TTTT-A--AC-CA-TA-AAG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG--TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------A---A----A--T-AC------TT--AGGCCGC---AT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATA--TG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggacAT-G-T-C-TT-C-TATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T---------TT--AGGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t-TTGC-ATTGTTGTTCTA--A-ATAC-TTA-GATA-T---T-A---TAC-------A---AA------------------------------AT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-T-------AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCtgttgt
gi|55 : --AGGTCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATA--TA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T-GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGC---A
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcat-AT-T---A----T----CCAGTT--TATCTAAGAATGG-A--A------TA---TTA---GA-TTAC--------ATAAC-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATAT--AA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-AT-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--C-TTAGGACGTT--AGGCCAT---AT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGA--TA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattcattataagatggttttaaagagtccatgtgtgtattctatattatccaatatatatatat---AT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGC--TT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|63 : -AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAAatattgt
gi|7 : TTATAA-AAACAATCTAAAGCAATCAATGCTATTTATGCTA---TTTA-TC-AT------------T---A----T----CCA-------TCCAAGAATGG-A--A------TG---CCT---GT-ATAC--------ATGATATATATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-------GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC----GT-A----------------------AT-TGAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGG--GC---AT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC-----TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgtt------TA---TCA---GAGACGT--------ATAAG-T-CAC-------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA---AAT----GCATTGA----------GA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGA-ATTTGG-T--ATATTTAT-TGGA--A-T--CGA--TTGCG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTAA-------------------A-ATG------TAAT-TGAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAGAA-AAAA------A---AA-C-A--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTT--AA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA---TTGT-T--GC-CACGA-ATA------TCGT-TGAATCTGAATATAAT-T-T---TAAA-TATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT----------AG-T-A--T-AC------TT--ACATTGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAA--TA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|42 ): TTGACCAATGTAATAACATAAATGGGAGTTGCTAGGCAAATCAGATTATGACAATTATAAACAATCATTGTTAAATCAATTTAACTAACGACTTTCGAACCAATGCCAATTACTTCCCTTTACTTAAAAGGCGGTTTCGAGACCA
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|62 ): AAAAGGCGTGTAAAGGATCAGTTTATACAAGAATGGAACGCTACTGTAAACATTTTTCCTAAAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 22222 555555555555555555555555555555 3333333333333333333333333333333333 222222222222222 1111111111111111111111 2222222222222 1111 222222222
lowQualScore : 6 7 99999 4 4 5 3 4 333333333333333333333333333333 0 6666 3 7777777777777777777777777777777777 777777 22 0 1 222222222222222 1 33 1 1 1 1 1 1 3 1 66666 2 1 444444 77777777 44 44 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 44444 22 1 22 1 22 22 1 2 11 0000000000000000000000 2 22 1 11 1 44 1 333333 1 1 1 1 1 1 88888888 1 22 1 1 666 1 111 2 0000000000000 111 0000 33 2 4444444 11 1 111 222222 4 11 1 22222 1 444444 2 888888888 1 11 2 1 0 2 11 444444 0 22 22 222
lowQualScore : . . ..... . . . . . .............................. . .... . .................................. ...... .. . . ............... . .. . . . . . . . . ..... . . ...... ........ .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... .. . .. . .. .. . . .. ...................... . .. . .. . .. . ...... . . . . . . ........ . .. . . ... . ... . ............. ... .... .. . ....... .. . ... ...... . .. . ..... . ...... . ......... . .. . . . . .. ...... . .. .. ...
lowQualScore : 7 3 88888 7 0 8 2 0 000000000000000000000000000000 2 5555 1 0000000000000000000000000000000000 111111 44 2 7 666666666666666 7 44 7 6 2 1 7 7 2 0 11111 5 7 888888 55555555 00 00 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 99999 00 5 00 5 00 00 4 5 77 1111111111111111111111 0 55 1 66 1 44 1 222222 8 1 3 8 1 1 00000000 0 33 0 0 000 0 888 0 4444444444444 777 0000 33 0 6666666 33 2 888 999999 2 44 0 66666 3 333333 1 555555555 0 44 0 0 5 3 44 999999 1 66 66 111
consensus : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-AAAAG-G-CG-AT-TA----CGAGACCAGTTTATCCA----AGAATGG-A--G------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAA-AAACGATCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-ANAAC-G-CG-AT-TA----C----CCAGTTTATCCA----AGAATGG-A--G------TA--TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : GATTAACACTAACGAT-ATGTC-TCTA-T-TTAAAAG-A-CG-TT-TA----CGAAATCAATTTATTCA----AGAATAC-AACG------AA--TCC------ATAA--------ATAAT-A-CGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAC--AG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-------------------------TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TCAG-TGAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGC-TGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------A---A----A--T-GT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgtt-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-TTAAAAG-G-CG-TT-TA----CGGGATCAGTTTATACA----CGAATGG-A--------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTT-ATA---GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATAT--AC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAATT-ATGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-TGAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTAT-TATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------A---AA-T-A----AT------Ttgtt
gi|11 : tcaaatgtgtt----CCAGCTTATCCC----AGAATGG-A--G------TA--GGA---GA-TAAC--------ATAAT-T-CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TG-ATG------CTGT-TAAGT----------T-T-T-G-TTTA-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------A---AA-T-A------------CT--AAGGCGC---AT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATA--TA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : tacaaga-T-CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAA--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAACT-TTAC-A--AC-CA-AA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------A---A----A--T-AC------TT--AGACCGC---AT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGT--TA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT--------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAATT-GTGT-A--AT-CA-AA-ACG------CAAT-TGAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AAGACAT---AT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-A--TT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTT--AA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA---TTGT-ATCAT-CA-AA-ATA------TAAT-TGAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCT-TCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-T-A--T-AT------TT--AGG--GC---ATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--TAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : c-ATAA--------ATAGA-T-CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTA--AA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtattcattaaacgaagttaacgtgatcaaattactccccaaaaggaataatttcTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAA--AA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAAC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGA--T-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T-----TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A---------G---AATATAA-------T-A--A-----AA-ATG------TTAT-TGAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG--TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACG--T-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAACT-TTGC-A--AC-GA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A--------------------------------------------A--T-AT------TT--AAGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATAT--TA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CA-GA-GCA------CCAT-TGAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-G---------------------------------A--T-AT------TT--AGGCCAC---AT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : GGTTAATACTTATCAT-T-A---TTTA-----AAGAC-G-CATATGTG----G----TTAATTCATCCA----AGAATGGTA--A------TAGTTAA---AA-A-----------ATAAT-G-CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAA--AA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-AA-GA-ATG------TCAT-TGAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------A---AA-T-A--T-A--------T--AGCCTGC---AT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCA--TA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACAT--AA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------A---AA-T-AC-T-A-----------AGGCTGC---AT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGA--TA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATAT--AATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAA---TTGTGA--ATACA-AA-ATG------TAAC-TGAATCTGAGTATCAT-T-T--------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAA---AA-C-A--C-AT------TG--AGGTAAT---AT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAAC--TT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTAC--AG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACATT-GTGT-G--AT-GT-AA-ATG------TTGT-AGAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGAC-TGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAGT-TTGT----GC-CATGA-ATG------CCAT-TGAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTAC-TATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AGGGAATT-A--T-AC------TT--CAATAGT---TT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAA--GA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaA-T-T-AAAAG-GACG-AC-TA----C----ATGTTCTATTTGTGATAGGATGG-A--A------TG--CTT---G---TAT--------ATA---------TAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAG-AC-----CTT--G-TTTT-A--T-A-TGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTT--CA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAATT-ATGC-A--AT-CA-AA-ATG------AAAT-Tttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : -AAACGA-CT---GGGGTCAATACCAATTAT-TTACC-TTTACT-T-ACAAC----------A----C----CAATTTTTTCTA----AGAA-GG-A--G------TA--TAA---GT-ACAC--------ATAAT-T-CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATA--TACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATAT--AA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAATT-ATGC-A--AG-CA-AA-ACA------GTGT-TAACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-T-TGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------A---AA-T-A--T--T------TT--AGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TAT--AA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAGT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATG------------GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T------TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AA--------A---AA-A-A--T-AA------TT--Aaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : T-TAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGA-TGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------A---AA-TAA--T-A-----------AGGCAGC---AT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---GAA-AA-AA--T-T-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CG-GC-ATG------TTAT-CTAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GT-TTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------C---G----G--T-AT------TC--AGTTCGA---AC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATC--TA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg-AAACGATTTC--GGGACCAATGCTAATTAG-TGACC-TTAACT-T-AAAAG-G-TG-AT-T-----CGAGACCAGTTTATCCA----AGCATGA-A--G------TA--TGA---GA-ATAC--------ATAAT-T-GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATCT-TTGT-A--AC-CA-TA-ATG------TAAC-TGAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTA-T-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--C-AC------GT--AGGGTGC---AA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACA--TA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcCCGGG-CT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------A---AA-T-A--TGAC------TA--AGGCCAC---AC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATG--CA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAATT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATT------TAAT-TGGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG--TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------A---AA-C-G--T-AC------TA--AGGTCAT---AA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATA--TG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAAT--AA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAATT-TTGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-CGAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTAT-TATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------A---AA-T-A--C---------TT--ATGCCTTCAAAC------ATGT--TA---------TTCA-T----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-AATTC--TA------CAATGGCTTCC--A--AAA
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAATT-TTGT-A--AT-CA-AA-ATACATGTATAAC-TGAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCT-TATGT----CT--------C-A-T-GATA-T---CAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--CT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAcataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAATT-GTGT-T--AT-AA-AA-ATG------TAAT-TGAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---TAA---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATA--CAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagattATT------A---AA-T-A--TCAT------TTTTAAATAGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAA--TA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TA-T------C---AA-T----T-AC------TT--CGGCCGC---AT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATA--AA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAACT-TTGT-A--AC-AT-GA-ATG------CCGT-TGA----GAATACCA--T-A-C-TTGC-TTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------A---AT-T-AATT-AT------TA--AGGCCGC---TT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACA--TA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACCAATTAT-T--CCATTTA-C-C--TAACGG-CA-AT-TAAGAGA----CAAGCTTATCCG----AGAATG--------------------------TAC--------CTAAC-C-CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAACT-CTTT-A--AC-CA-TATAGT------TTAT-T-AGTCAGAATACCAT-T-T----------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------A---A----A--T-AC------TT--AGGTCGC---AT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATT--TA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctcTAATAAACGA-CTGTGG-GGCCAAAACCAATTAT-TTACC-TTCA-CGT-AACAG-G-CG-AT-TA----CGAGACCAGGTTGTCCA----AGAATAG-A--G------TA--TGA---GC-ATAC--------ACCAC-T-CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTT--GT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-TA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGT-CGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------A---A-------------------------------AT------ACCT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|41 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatt-TATGTTGCGCGA--G-GTA---ACTGATA-T---TAG----A-T------A---AA-C-AA-T-AT------TT--AGATCTT---AT------ACCA--TG-GCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-A-ATAATTA------T-ATGTCAACT--A--AAGATAA---AAtataat
gi|43 : aaatttcaacagagttgagaatctA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAACTGTTGT-----T-CATGC-ATG------TCAT-TTCCTATAAATATCATGT-T-G-TTAC-TCTGCTGctatgttgtttaaatttttaaaa
gi|45 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaa-AAACGATTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTATT-T-AAAAG-G-CG-TT-TA----CGAGATCAGTTTATACA----CGAATAG-A--------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTccaataatacca
gi|46 : tttcaaatgtgtt-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA---A--T-AT------TT--AGACCGC---AT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAA
gi|47 : atatatatatatgtgC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGT---AT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGtgttgt
gi|48 : A-ATG------GTATGTGA-TCTGAACAACAT-A-A-C-TTACATGTATT---TTA--A-AT-C-AA-----A------------AC-----------AG-T-T--T-AC------TT--CGGTCGC---AT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : CAATACTTATTAT-TAATC-TTTA-T-TTATAAG-G-TG-AT-TA----CGAGACCAGTTTATACA----GGAATGG-A--GAACGGACA--TTACGTAA-ATAC--------GTAA-------ATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TAT-T-AAAAATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C-----------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAACT-TTTT-A--AC-CA-TA-AAG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG--TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------A---A----A--T-AC------TT--AGGCCGC---AT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATA--TG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggacAT-G-T-C-TT-C-TATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--T---------TT--AGGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t-TTGC-ATTGTTGTTCTA--A-ATAC-TTA-GATA-T---T-A---TAC-------A---AA------------------------------AT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-T-------AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCtgttgt
gi|55 : --AGGTCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATA--TA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T-GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------A---A----A--T-AT------TT--AGGCCGC---A
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcat-AT-TA----T----CCAGTTTATCTA----AGAATGG-A--A------TA--TTA---GA-TTAC--------ATAAC-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATAT--AA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-AT-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------A---AA-T-A--C-TTAGGACGTT--AGGCCAT---AT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGA--TA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattcattataagatggttttaaagagtccatgtgtgtattctatattatccaatatatatatat---AT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGC--TT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|63 : -AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAAatattgt
gi|7 : TTATAA-AAACAATCTAAAGCAATCAATGCTATTTATGCTA---TTTA-T-C-A-----------T-TA----T----CCA-----TCCA----AGAATGG-A--A------TG--CCT---GT-ATAC--------ATGATATATATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-------GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC----GT-A----------------------AT-TGAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------A---AA-C-A--T-AT------TT--AGG--GC---AT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC-----TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgtt------TA--TCA---GAGACGT--------ATAAG-T-CAC-------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA---AAT----GCATTGA----------GA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGA-ATTTGG-T--ATATTTAT-TGGA--A-T--CGA--TTGCG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTAA-------------------A-ATG------TAAT-TGAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAGAA-AAAA------A---AA-C-A--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTT--AA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA---TTGT-T--GC-CACGA-ATA------TCGT-TGAATCTGAATATAAT-T-T---TAAA-TATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT----------AG-T-A--T-AC------TT--ACATTGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAA--TA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|42 ): TTGACCAATGTAATAACATAAATGGGAGTTGCTAGGCAAATCAGATTATGACAATTATAAACAATCATTGTTAAATCAATTTAACTAACGACTTTCGAACCAATGCCAATTACTTCCCTTTACTTAAAAGGCGGTTTCGAGACCA
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|62 ): AAAAGGCGTGTAAAGGATCAGTTTATACAAGAATGGAACGCTACTGTAAACATTTTTCCTAAAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 44444444444444444444444444444444444 222222222222222 1111111111111111111111 222222222222222222222 222222222
lowQualScore : 6 7777777777 2 3 3 6 3 88 2 2 6 5555 2 2 66666666666666666666666666666666666 666666 22 0 1 222222222222222 1 33 1 1 1 1 1 1 3 1 66666 2 1 444444 77777777 44 44 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 44444 22 1 22 1 22 22 1 2 11 0000000000000000000000 2 22 1 11 1 44 1 333333 1 1 1 1 1 1 88888888 1 22 1 1 666 1 111 2 000000000000000000000 44 2 4444444 11 1 333333 4 11 1 22222 0 444444 2 777777777 1 22 2 1 0 2 11 555555 0 22 22 222
lowQualScore : . .......... . . . . . .. . . . .... . . ................................... ...... .. . . ............... . .. . . . . . . . . ..... . . ...... ........ .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... .. . .. . .. .. . . .. ...................... . .. . .. . .. . ...... . . . . . . ........ . .. . . ... . ... . ..................... .. . ....... .. . ...... . .. . ..... . ...... . ......... . .. . . . . .. ...... . .. .. ...
lowQualScore : 7 8888888888 9 6 3 2 1 66 9 9 5 1111 7 7 00000000000000000000000000000000000 999999 44 2 7 666666666666666 7 44 7 6 2 1 7 7 2 0 11111 5 7 888888 55555555 00 00 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 99999 00 5 00 5 00 00 4 5 77 1111111111111111111111 0 55 1 66 1 44 1 222222 8 1 3 8 1 1 00000000 0 33 0 0 000 0 888 0 666666666666666666666 33 0 4444444 33 2 000000 5 44 1 66666 9 222222 2 111111111 0 88 1 0 2 4 44 000000 3 66 66 111
consensus : NNNNNNTTATAA-AAACGA-TCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-AA-AAGG-CGNTTACGAGACCAGTTTAT---CC-AAGAATGG-A--G------TA---TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAA-AAACGA-TCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-AA-AAGG-CGATTACGAGACCAGTTTAT---CC-AAGAATGG-A--G------TA---TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : GATTAACACTAACGAT-ATGTC-TCTA-T-TTAA-AAGA-CGTTTACGAAATCAATTTAT---TC-AAGAATAC-AACG------AA---TCC------ATAA--------ATAAT-A-CGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAC--AG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-------------------------TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TCAG-TGAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGC-TGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------A---A---A--T-GT------TT--AGGCCGCAT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgtt-AAACGA-TTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-TTAA-AAGG-CGTTTACGGGATCAGTTTAT---AC-ACGAATGG-A---------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTT-ATA---GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATAT--AC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAATT-ATGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-TGAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTAT-TATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------A---AA-TA----AT------Ttgtt
gi|11 : tcaaatgtgttTACAAGACCAGCTTAT---CC-CAGAATGG-A--G------TA---GGA---GA-TAAC--------ATAAT-T-CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TG-ATG------CTGT-TAAGT----------T-T-T-G-TTTA-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------A---AA-TA------------CT--AAGGCGCAT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATA--TA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : -T-CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAA--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAACT-TTAC-A--AC-CA-AA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------A---A---A--T-AC------TT--AGACCGCAT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGT--TA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT--------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAATT-GTGT-A--AT-CA-AA-ACG------CAAT-TGAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AAGACATAT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-A--TT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTT--AA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA---TTGT-ATCAT-CA-AA-ATA------TAAT-TGAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCT-TCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-TA--T-AT------TT--AGG--GCATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--TAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : c-TTCA-T-T-AA-ACGA-AGTTAACGTGATCAAATTACTCCCC-AAAA--GG-A--A------TAATTTCA---TA-A-----------ATAGA-T-CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTA--AA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtaTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAA--AA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAAC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGCAT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGA--T-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T-----TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A---------G---AATATAA-------T-A--A-----AA-ATG------TTAT-TGAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG--TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--C-AT------TT--AGGTCATAT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACG--T-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAACT-TTGC-A--AC-GA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-------------------------------------------A--T-AT------TT--AAGCCGCAT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATAT--TA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CA-GA-GCA------CCAT-TGAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-G--------------------------------A--T-AT------TT--AGGCCACAT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : TAAT-AC-TTATC-ATTA-T-T-TA-AAGA-CGCATATGTGGTTAATTCAT---CC-AAGAATGGTA--A------TAGT-TAA---AA-A-----------ATAAT-G-CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAA--AA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-AA-GA-ATG------TCAT-TGAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------A---AA-TA--T-A--------T--AGCCTGCAT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCA--TA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttggtTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACAT--AA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------A---AA-TAC-T-A-----------AGGCTGCAT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGA--TA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATAT--AATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAA---TTGTGA--ATACA-AA-ATG------TAAC-TGAATCTGAGTATCAT-T-T--------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAA---AA-CA--C-AT------TG--AGGTAATAT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAAC--TT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTAC--AG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACATT-GTGT-G--AT-GT-AA-ATG------TTGT-AGAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGAC-TGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAGT-TTGT----GC-CATGA-ATG------CCAT-TGAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTAC-TATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AGGGAATTA--T-AC------TT--CAATAGTTT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAA--GA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaA-T-T-AA-AAGGACGACTACATGTTCTATTTGT---GA-TAGGATGG-A--A------TG---CTT---G---TAT--------ATA---------TAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAG-AC-----CTT--G-TTTT-A--T-A-TGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTT--CA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAATT-ATGC-A--AT-CA-AA-ATG------AAAT-Tttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : -AAACGA--CT---GGGGTCAATACCAATTAT-TTACC-TTTA-C-T-------------TACAACACCAATTTTT---TCTAAGAA-GG-A--G------TA---TAA---GT-ACAC--------ATAAT-T-CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATA--TACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATAT--AA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAATT-ATGC-A--AG-CA-AA-ACA------GTGT-TAACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-T-TGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------A---AA-TA--T--T------TT--AGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TAT--AA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAGT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATG------------GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T------TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AA--------A---AA-AA--T-AA------TT--Aaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : T-TAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGA-TGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------A---AA-TAA-T-A-----------AGGCAGCAT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---G---AA-AAAAT-T-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CG-GC-ATG------TTAT-CTAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GT-TTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------C---G---G--T-AT------TC--AGTTCGAAC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATC--TA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg-AAACGA-TTTC--GGGACCAATGCTAATTAG-TGACC-TTAACT-T-AA-AAGG-TGATT-CGAGACCAGTTTAT---CC-AAGCATGA-A--G------TA---TGA---GA-ATAC--------ATAAT-T-GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATCT-TTGT-A--AC-CA-TA-ATG------TAAC-TGAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTA-T-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--C-AC------GT--AGGGTGCAA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACA--TA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcCCGGG-CT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------A---AA-TA--TGAC------TA--AGGCCACAC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATG--CA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAATT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATT------TAAT-TGGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG--TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------A---AA-CG--T-AC------TA--AGGTCATAA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATA--TG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAAT--AA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAATT-TTGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-CGAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTAT-TATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------A---A---A--T-AC------TT--ATGCC
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAATT-TTGT-A--AT-CA-AA-ATACATGTATAAC-TGAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCT-TATGT----CT--------C-A-T-GATA-T---CAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGGTCATAT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--CT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAttcaaacatgttattcattaaataaatttaattctacaatggcttccaaaacataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAATT-GTGT-T--AT-AA-AA-ATG------TAAT-TGAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---TAA---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGGTCATAT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATA--CAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagattATT------A---AA-TA--TCAT------TTTTAAATAGTTC------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAA--TA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TA-T------C---AA-T---T-AC------TT--CGGCCGCAT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATA--AA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAACT-TTGT-A--AC-AT-GA-ATG------CCGT-TGA----GAATACCA--T-A-C-TTGC-TTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------A---AT-TAATT-AT------TA--AGGCCGCTT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACA--TA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACCAATTAT-T--CCATTTA-C-C-TA-ACGG-CAATTAAGAGACAAGCTTAT---CC-GAGAATG---------------------------TAC--------CTAAC-C-CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAACT-CTTT-A--AC-CA-TATAGT------TTAT-T-AGTCAGAATACCAT-T-T----------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------A---A---A--T-AC------TT--AGGTCGCAT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATT--TA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctcTAATAAACGA--CTGTGG-GGCCAAAACCAATTAT-TTACC-TTCA-CGT-AA-CAGG-CGATTACGAGACCAGGTTGT---CC-AAGAATAG-A--G------TA---TGA---GC-ATAC--------ACCAC-T-CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTT--GT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-TA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGT-CGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------A---A---------------------------AT------ACCT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|41 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatt-TATGTTGCGCGA--G-GTA---ACTGATA-T---TAG----A-T------A---AA-CAA-T-AT------TT--AGATCTTAT------ACCA--TG-GCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-A-ATAATTA------T-ATGTCAACT--A--AAGATAA---AAtataat
gi|42 : aaatttcaacagagttgagaatctAACGACTTTCGAAC---CAATGCCAATTAC-TTCCC-TTTACT-T-AA-AAGG-CGGTTTCGAGACCActatgttgtttaaatttttaaaa
gi|43 : ttgaccaatgtaataacataaatgggagttgctaggcaaatcagattatgacaattataaacaatcattgttaaatcaatttaactA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAACTGTTGT-----T-CATGC-ATG------TCAT-TTCCTATAAATATCATGT-T-G-TTAC-TCTGCTG
gi|45 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaa-AAACGA-TTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-TTAA-AAGG-CGTTTACGAGATCAGTTTAT---AC-ACGAATAG-A---------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTccaataatacca
gi|46 : tttcaaatgtgtt-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA--A--T-AT------TT--AGACCGCAT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAA
gi|47 : atatatatatatgtgC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGTAT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGtgttgt
gi|48 : A-ATG------GTATGTGA-TCTGAACAACAT-A-A-C-TTACATGTATT---TTA--A-AT-C-AA-----A------------AC-----------AG-TT--T-AC------TT--CGGTCGCAT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : CAATACTTATTAT-TAATC-TTTA-T-T-TATAAGG-TGATTACGAGACCAGTTTAT---AC-AGGAATGG-A--GAACGGACA---TTACGTAA-ATAC--------GTAA-------ATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TAT-T-AAAAATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C-----------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAACT-TTTT-A--AC-CA-TA-AAG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG--TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------A---A---A--T-AC------TT--AGGCCGCAT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATA--TG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggacAT-G-T-C-TT-C-TATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T---------TT--AGGCCGCAT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t-TTGC-ATTGTTGTTCTA--A-ATAC-TTA-GATA-T---T-A---TAC-------A---AA--------------------------AT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCtgttgt
gi|55 : --AGGTCGCAT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATA--TA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T-GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGCA
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcatCCAGTTTAT---CT-AAGAATGG-A--A------TA---TTA---GA-TTAC--------ATAAC-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATAT--AA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-AT-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------A---AA-TA--C-TTAGGACGTT--AGGCCATAT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGA--TA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattcattataagatggttttaaagagtccatgtgtgtattctatattatccaatatatatatatattatAT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGC--TT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|62 : -AA-AAGG-CGTGTAAAGGATCAGTTTAT---AC-AAGAATGG-A--ACGC---TA---CTG---TA-A-AC--------AT--T-T-TTCCTAAACatattgt
gi|63 : -AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAA
gi|7 : TTATAA-AAACAA-TCTAAAGCAATCAATGCTATTTATGCTA---TTTA-T-C-A----------TTA---------TCCAT---CC-AAGAATGG-A--A------TG---CCT---GT-ATAC--------ATGATATATATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-------GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC----GT-A----------------------AT-TGAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGG--GCAT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC-----TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgtt------TA---TCA---GAGACGT--------ATAAG-T-CAC-------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA---AAT----GCATTGA----------GA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGA-ATTTGG-T--ATATTTAT-TGGA--A-T--CGA--TTGCG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTAA-------------------A-ATG------TAAT-TGAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAGAA-AAAA------A---AA-CA--C-AT------TT--AGGTCATAT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTT--AA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA---TTGT-T--GC-CACGA-ATA------TCGT-TGAATCTGAATATAAT-T-T---TAAA-TATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT----------AG-TA--T-AC------TT--ACATTGTTC------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAA--TA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 11111 44444444444444444444444444444444444 222222222222222 2222222222222 222222222
lowQualScore : 6 7777777777 2 3 3 00000 2 2 2 5555 2 2 66666666666666666666666666666666666 666666 22 0 1 222222222222222 1 33 1 1 1 1 1 1 3 1 66666 2 1 444444 77777777 44 44 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 66666 1 22 1 22 333 1 2 11 9999999999999999999999 3333 222 1 11 1 44 1 333333 1 1 1 1 1 1 88888888 1 22 1 1 666 1 111 2 0000000000000 111 999 444444444444 11 1 111 222222 4 11 1 22222 1 444444 2 777777777 1 22 2 1 0 2 11 444444 0 22 22 222
lowQualScore : . .......... . . . ..... . . . .... . . ................................... ...... .. . . ............... . .. . . . . . . . . ..... . . ...... ........ .. .. ... . ... . . . .. ..... . ..... . .. . .. ... . . .. ...................... .... ... . .. . .. . ...... . . . . . . ........ . .. . . ... . ... . ............. ... ... ............ .. . ... ...... . .. . ..... . ...... . ......... . .. . . . . .. ...... . .. .. ...
lowQualScore : 7 8888888888 9 6 3 00000 9 9 0 1111 7 7 00000000000000000000000000000000000 999999 44 2 7 666666666666666 7 44 7 6 2 1 7 7 2 0 11111 5 7 888888 55555555 00 00 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 22222 5 00 5 00 555 4 5 77 3333333333333333333333 3333 999 1 66 1 44 1 222222 8 1 3 8 1 1 00000000 0 33 0 0 000 0 888 0 4444444444444 777 000 999999999999 33 2 888 999999 2 44 0 66666 3 333333 1 111111111 0 88 0 0 5 3 44 999999 1 66 66 111
consensus : NNNNNNTTATAA-AAACGA-TCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-AA-AAGG-CGNTTACGAGACCAGTTTAT---CC-AAGAATGG-A--G------TA---TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAA-AAACGA-TCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-AA-AAGG-CGNTTACGAGACCAGTTTAT---CC-AAGAATGG-A--G------TA---TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : GATTAACACTAACGAT-ATGTC-TCTA-T-TTAA-AAGA-CGTTTACGAAATCAATTTAT---TC-AAGAATAC-AACG------AA---TCC------ATAA--------ATAAT-A-CGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-T--A-AA-----CGTCAA-TTTG-GT-T-A-TGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATACAG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-----------------------------TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TCAG-TGAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGC-TGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------A---A---A--T-GT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatattaaatgatttgtt-AAACGA-TTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-TTAA-AAGG-CGTTTACGGGATCAGTTTAT---AC-ACGAATGG-A---------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTAAGTA--A-------------------T----TTCT-GT-T-A-TGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTTT-ATA---GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATATAC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAAT---T-A-TGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-TGAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTAT-TATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------A---AA-TA----AT------Ttgtt
gi|11 : tcaaatgtgttTACAAGACCAGCTTAT---CC-CAGAATGG-A--G------TA---GGA---GA-TAAC--------ATAAT-T-CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAA-A-------------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAAC---T-T-TGC-A--AC-CA-TG-ATG------CTGT-TAAGT----------T-T-T-G-TTTA-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------A---AA-TA------------CT--AAGGCGC---AT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATA--TA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : -T-CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAA-AAAAAAACAT--T-TCTT-AG-T-A-TGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAAAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAAC---T-T-TAC-A--AC-CA-AA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------A---A---A--T-AC------TT--AGACCGC---AT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGT--TA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAA-AA-----T-C--A-TTTT-GT-T-A-CGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAAT---T-G-TGT-A--AT-CA-AA-ACG------CAAT-TGAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AAGACAT---AT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-A--TT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAG-AC-----CTC--T-TTTT-GC-T-A-CAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTTAA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA------T-TGT-ATCAT-CA-AA-ATA------TAAT-TGAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCT-TCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-TA--T-AT------TT--AGG--GC---ATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--TAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : c-TTCA-T-T-AA-ACGA-AGTTAACGTGATCAAATTACTCCCC-AAAA--GG-A--A------TAATTTCA---TA-A-----------ATAGA-T-CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACGG-----CA---G-TTTA-GT-T-A-TGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTAAA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAAC---T-T-TGT-A--AC-CA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgaaatgatttgtttgttggtacgaagtgtatgtaTGATTAATATGTA--AAATT-TAAA-AAA----CAT--A-TTTT-TC-T-A-TAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAAAA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGC-A--AC-CA-TA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAAC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGA--T-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAG-AC-----C-T--AGTTTT-GT-T-A-TGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T---TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A---------G---AATATAA-----------T-A--A-----AA-ATG------TTAT-TGAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG--TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACG--T-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT-----TTT-GA-T-A-TGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATATAA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAAC---T-T-TGC-A--AC-GA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-------------------------------------------A--T-AT------TT--AAGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAA--------CGTCAG-TTTG-GT-T-A-TGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATATTA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAAC---T-G-TGT-A--AC-CA-GA-GCA------CCAT-TGAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-G--------------------------------A--T-AT------TT--AGGCCAC---AT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : TAAT-AC-TTATC-ATTA-T-T-TA-AAGA-CGCATATGTGGTTAATTCAT---CC-AAGAATGGTA--A------TAGT-TAA---AA-A-----------ATAAT-G-CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAA-AG-----TGA--G-CTTG-GT-T-T-TGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAAAA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAAC---T-T-TGT-A--AC-AA-GA-ATG------TCAT-TGAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------A---AA-TA--T-A--------T--AGCCTGC---AT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCA--TA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttggtTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACATAA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------A---AA-TAC-T-A-----------AGGCTGC---AT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGA--TA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATATAATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAA------T-TGTGA--ATACA-AA-ATG------TAAC-TGAATCTGAGTATCAT-T-T--------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAA---AA-CA--C-AT------TG--AGGTAAT---AT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAAC--TT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAA-CA------AT--G-TTTT-GCAT-A-TGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTACAG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACAT---T-G-TGT-G--AT-GT-AA-ATG------TTGT-AGAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGAC-TGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAG---T-T-TGT----GC-CATGA-ATG------CCAT-TGAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTAC-TATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AGGGAATTA--T-AC------TT--CAATAGT---TT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAA--GA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaA-T-T-AA-AAGGACGACTACATGTTCTATTTGT---GA-TAGGATGG-A--A------TG---CTT---G---TAT--------ATA---------TAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAG-AC-----CTT--G-TTTT-A--T-A-TGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTTCA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAAT---T-A-TGC-A--AT-CA-AA-ATG------AAAT-Tttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : -AAACGA--CT---GGGGTCAATACCAATTAT-TTACC-TTTA---------------CTTACAACACCAATTTTT---TCTAAGAA-GG-A--G------TA---TAA---GT-ACAC--------ATAAT-T-CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAA-AA-----TAC--G-CTTT-TC-T-A-TGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATA--TACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATATAA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAAT---T-A-TGC-A--AG-CA-AA-ACA------GTGT-TAACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-T-TGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------A---AA-TA--T--T------TT--AGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacac-TGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TATAA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAG---T-A-TGT-A--AC-CA-AA-ATG------------GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T------TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AA--------A---AA-AA--T-AA------TT--Aaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : T-TAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGA-TGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------A---AA-TAA-T-A-----------AGGCAGC---AT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---G---AA-AAAAT-T-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAAC---T-G-TGT-A--AC-CG-GC-ATG------TTAT-CTAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GT-TTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------C---G---G--T-AT------TC--AGTTCGA---AC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATC--TA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg-AAACGA-TTTC--GGGACCAATGCTAATTAG-TGACC-TTAACT-T-AA-AAGG-TGATT-CGAGACCAGTTTAT---CC-AAGCATGA-A--G------TA---TGA---GA-ATAC--------ATAAT-T-GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAA-AA-----CAC--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATATAA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATC---T-T-TGT-A--AC-CA-TA-ATG------TAAC-TGAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTA-T-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--C-AC------GT--AGGGTGC---AA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACA--TA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcCCGGG-CT-ATATAA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAAC---T-T-TGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------A---AA-TA--TGAC------TA--AGGCCAC---AC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATG--CA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAAT---T-A-TGT-A--AC-CA-AA-ATT------TAAT-TGGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG--TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------A---AA-CG--T-AC------TA--AGGTCAT---AA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATA--TG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAATAA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAAT---T-T-TGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-CGAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTAT-TATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------A---AA-TA--C---------TT--ATGCCTTCAAAC------ATGT--TA---------TTCA-T----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-AATTC--TA------CAATGGCTTCC--A--AAA
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAAT---T-T-TGT-A--AT-CA-AA-ATACATGTATAAC-TGAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCT-TATGT----CT--------C-A-T-GATA-T---CAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--CT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAcataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAAT---T-G-TGT-T--AT-AA-AA-ATG------TAAT-TGAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---TAA---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATA--CAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagattATT------A---AA-TA--TCAT------TTTTAAATAGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAA--TA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TA-T------C---AA-T---T-AC------TT--CGGCCGC---AT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATA--AA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAAC---T-T-TGT-A--AC-AT-GA-ATG------CCGT-TGA----GAATACCA--T-A-C-TTGC-TTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------A---AT-TAATT-AT------TA--AGGCCGC---TT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACA--TA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAATACCAATTAT-T--CCATTTA-C-C-TA-ACGG-CAATTAAGAGACAAGCTTAT---CC-GAGAATG---------------------------TAC--------CTAAC-C-CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAA-AA-----CAT--A-Ttgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactaacgactttgggaccaTGTTAAC---T-C-TTT-A--AC-CA-TATAGT------TTAT-T-AGTCAGAATACCAT-T-T----------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------A---A---A--T-AC------TT--AGGTCGC---AT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATT--TA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAAgaaga
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctcTAATAAACGA--CTGTGG-GGCCAAAACCAATTAT-TTACC-TTCA-CGT-AA-CAGG-CGATTACGAGACCAGGTTGT---CC-AAGAATAG-A--G------TA---TGA---GC-ATAC--------ACCAC-T-CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAA-AA-----AAA--A-T----GC-T-A-AGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTTGT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGT-A--AC-TA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGT-CGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------A---A------------------------------AT------ACCT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|41 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatt-TATGTTGCGCGA--G-GTA---ACTGATA-T---TAG----A-T------A---AA-CAA-T-AT------TT--AGATCTT---AT------ACCA--TG-GCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-A-ATAATTA------T-ATGTCAACT--A--AAGATAA---AAtataat
gi|42 : aaatttcaacagagttgagaatctAACGACTTTCGAAC---CAATGCCAATTAC-TTCCC-TTTACT-T-AA-AAGG-CGGTTTCGAGACCActatgttgtttaaatttttaaaa
gi|43 : ttgaccaatgtaataacataaatgggagttgctaggcaaatcagattatgacaattataaacaatcattgttaaatcaatttaactA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAAC---TGT-TGT-----T-CATGC-ATG------TCAT-TTCCTATAAATATCATGT-T-G-TTAC-TCTGCTG
gi|45 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaa-AAACGA-TTTTAA-CAGT-AATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-TTAA-AAGG-CGTTTACGAGATCAGTTTAT---AC-ACGAATAG-A---------------AG---GA-ACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTccaataatacca
gi|46 : tttcaaatgtgtt-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA--A--T-AT------TT--AGACCGC---AT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAA
gi|47 : atatatatatatgtgC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGT---AT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGtgttgt
gi|48 : A-ATG------GTATGTGA-TCTGAACAACAT-A-A-C-TTACATGTATT---TTA--A-AT-C-AA-----A------------AC-----------AG-TT--T-AC------TT--CGGTCGC---AT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : CAATACTTATTAT-TAATC-TTTA-T-T-TATAAGG-TGATTACGAGACCAGTTTAT---AC-AGGAATGG-A--GAACGGACA---TTACGTAA-ATAC--------GTAA-------ATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAA-CA-----CAT--A-TTGT-GC-T-A-TGAAGATTATTCTGATA-TAT-T-AAAAATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C---------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAAC---T-T-TTT-A--AC-CA-TA-AAG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG--TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------A---A---A--T-AC------TT--AGGCCGC---AT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATA--TG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccaaagacttcttcgggacAT-G-T-C-TT-C-TATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T---------TT--AGGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t-TTGC-ATTGTTGTTCTA--A-ATAC-TTA-GATA-T---T-A---TAC-------A---AA-----------------------------AT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-T-------AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCtgttgt
gi|55 : --AGGTCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATA--TA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T-GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAA-TA-----AAT----TTCT-GT-T-A-TGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGC---A
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcatCCAGTTTAT---CT-AAGAATGG-A--A------TA---TTA---GA-TTAC--------ATAAC-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATATAA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAAC---T-T-TGC-A--AC-AT-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------A---AA-TA--C-TTAGGACGTT--AGGCCAT---AT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGA--TA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattcattataagatggttttaaagagtccatgtgtgtattctatattatccaatatatatatatattat---AT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGC--TT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|62 : -AA-AAGG-CGTGTAAAGGATCAGTTTAT---AC-AAGAATGG-A--ACGC---TA---CTG---TA-A-AC--------AT--T-T-TTCCTAAACatattgt
gi|63 : -AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAA
gi|7 : TTATAA-AAACAA-TCTAAAGCAATCAATGCTATTTATGCTA---TTTA-T-C-A----------TTA---------TCCAT---CC-AAGAATGG-A--A------TG---CCT---GT-ATAC--------ATGATATATATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-T-AA-TA-----CCT--C-TTTTAGT-T-A-CGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-----GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC--------GT-A----------------------AT-TGAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGG--GC---AT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC-----TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgtt------TA---TCA---GAGACGT--------ATAAG-T-CAC-------TGGTT-TTA-GTA--AT-TT-TAAA-AG-----GATT-A-TTTT-CC-TTACTG----TTATATTGA---AAT----GCATTGA----------GA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGAATTTGG------TATAT-T--T--A-T--TGG----------A-A--TCG--------A---------T---TGCGAAAACCGTT-TATGT-A--A------A-ATG------TAAT-TGAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAGAA-AAAA------A---AA-CA--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttt-TGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTTAA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA------T-TGT-T--GC-CACGA-ATA------TCGT-TGAATCTGAATATAAT-T-T---TAAA-TATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT----------AG-TA--T-AC------TT--ACATTGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAA--TA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
blockSeqs : T CTTTCGAAC C G A TTT T A T TCCC T T GAACGGACATTACGTAAATAC TATATA CA A AAAAAAACATT A CA T C T T T A G C GCAT A T TTTCGT CGAAAA CA AA GGT A GGT A T T CG ATAAA C GTCG T TT C AA AAT A G AC AGAAAATCGTT CCGT GT G TC A TG T CATGTA A G A G G G CTTACA GG A ACT G ACA C TATTTTAGGA GGG ATT CTTAGGACG TT G CAA ACATGC T CA T TTCAG A CAAAG A TGCAT T AA C A T AT CATGAG AA AG TTT
blockSeqs : . TCTAAAGCA C . . CTT . . T A . . AGGAACACTGTTGTAA TTGT . . AAACATA . T . . T C . . T A AGT C . . ATT T A A . A . T . . . C GCGT . . . . C . T . AGAAACCCATG T TA . . . TG . . T . G A . . TTTAT G . ACT . . T ATCTTCC . AT ATTAT . C . . G . . . A CT A TTCAC . TC A . G . T G T .
blockSeqs : . TTTTAACA C . . CGT . . C C . . AGGAACACTGTTGTAA TTCT . . AGGATTA . G . . T C . . T A TCT G . . TA . . A . A . T . . . C TTG . . . . C . . . AAACGTT C A . . . CG . . T . G T . . GTTTA . . ACT . . C AAAAAA . AT TGAC . A . . T . . . T GT . TAC . . . . T . T . . .
blockSeqs : . TTTCGGG C . . CTT . . A C . . ACGCTACTGTAAAC ATCG . . ACCTCT . T . . G T . . A T TCT C . . A . . A . A . A . . . T GCA . . . . T . . . ATTAA C T . . . A . . A . A T . . CTTGC . . TT . . A TATG . AC TCAT . C . . T . . . A C . TAT . . . . G . . . . .
blockSeqs : . CTGTGGG C . . TTT . . C G . . GTAGGAGATAAC TGCG . . CGGCAG . C . . A T . . A T GAA A . . T . . T . A . A . . . T ACG . . . . T . . . AA T T . . . T . . A . A A . . CATCT . . AT . . A TACT . AT ATAT . T . . T . . . T C . TAC . . . . C . . . . .
blockSeqs : CTGGG C . . TT . . A T . . ATAATTTCATAA TTCG . . ACCTAG . T . . C C . . C T GCA C . . A . . T . A . G . . . C TAG . . . . T . . . AC C G . . . A . . T . G T . . CATCT . . AC . . C TTCT . AC TAC . C . . T . . . A T . TTT . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . TT . . A C . . GTATAAGTACAC TTGG . . CGTCAG . C . . T T . . T A TCA C . . G . . G . G . T . . . C TAG . . . . T . . . TT C T . . . A . . T . A A . . CTAAC . . TT . . A AACT . AT TAT . C . . G . . . A G . TG . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . TT . . A C . . GTATGAGAATAC CCCA . . AGTGAG . T . . A C . . A T TCT C . . T . . A . A . G . . . C GCG . . . . T . . . AA C T . . . A . . T . G A . . TATCG . . CT . . C AACT . AT TAT . C . . T . . . A C . TA . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . CC . . G C . . GTATGAGCATAC CTCA . . ACCTTG . A . . T C . . T A TCT C . . A . . T . A . T . . . C ACT . . . . T . . . AT C T . . . G . . C . G G . . CTTGC . . GT . . C CATT . AC TAT . C . . G . . . T C . TT . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . TT . . T A . . ATATTAGATTAC TTGT . . AATACG . T . . C T . . G T TCA C . . A . . A . A . G . . . C AAT . . . . C . . . AG C T . . . T . . C . G A . . CTTGC . . CT . . C TATT . AT CAT . T . . T . . . A C . TT . . . . A . . . . .
blockSeqs : . TC . . A A . . ATGCCTGTATAC TTGT . . AACACA . T . . C C . . G T TCA C . . A . . G . G . G . . . C GTG . . . . T . . . AT C G . . . A . . T . G T . . CTTGC . . AC . . C TTCT . AA TAT . T . . T . . . A T . TA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . T C . . ATAGTTAAAAA CTCG . . AACATA . C . . T T . . T A TCT C . . T . . A . G . T . . . T GTA . . . . A . . . AT T T . . . G . . A . A T . . ATTGC . . AC . . A TACT . AT TAT . C . . G . . . A G . TC . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . ATGCTTGTAT TTTT . . AAAAAA . C . . A T . . A T GCT A . . T . . T . A . T . . . T ACG . . . . T . . . AG G T . . . G . . T . A T . . TTGAC . . AC . . C TACT . AT CTA . C . . G . . . A C . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : C . . TAC GTCA . . CACATA . C . . C T . . A A TTT A . . A . . C . A . G . . . A TAG . . . . T . . . AT T T . . . G . . C . A T . . TTTAC . . GC . . T AAAT . AT CAT . T . . G . . . A T . C . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . AACATA . C . . A T . . G C TCT G . . A . . C . T . A . . . C TAG . . . . C . . . GT T G . . . G . . A . C G . . TCTGA . . AT . . C TGTT . AC TAC . G . . T . . . A C . T . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . TACCTC . C . . T C . . G C TGT A . . A . . G . G . G . . . C ACG . . . . T . . . GC G T . . . A . . T . A A . . TTTTA . . CT . . T TATC . AT TAA . C . . T . . . T C . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . AATCA . T . . T C . . T A TCT C . . A . . A . T . T . . . C GCA . . . . T . . . TT C A . . . A . . T . G A . . TTTGC . . AT . . T TACT . AC ATA . T . . T . . . C G . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . AACAT . C . . T T . . T G GCA C . . A . . T . A . T . . . C GCT . . . . T . . . AT C A . . . A . . A . A A . . TTTAT . . AT . . C TACT . AC TAT . C . . T . . . T T . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . CAATG . T . . T C . . T A CA C . . T . . A . A . T . . . C ACG . . . . T . . . AT C A . . . A . . T . G A . . CGTCT . . AC . . A TATT . AT CAC . T . . T . . . A G . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . TAAAT . C . . T T . . A A AT A . . A . . A . A . T . . . T ACG . . . . T . . . AT T G . . . A . . A . G A . . CATCT . . AC . . A TACT . AT TAC . T . . G . . . A G . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . T T . . A T T . . . G . . T . A . T . . . T AAG . . . . T . . . AC T T . . . G . . A . A G . . CTTGC . . CT . . C AACC . TT TAT . T . . T . . . A T . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . A . . . . C . . . . A . . C . T . A . . . T GC . . . . T . . . AG T T . . . T . . A . A T . . CTTGT . . AC . . C TACT . AC TAT . C . . C . . . A C . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . A . . . . T . . . . G . . . . . . A . . . . TC . . . . . . . . GT T A . . . G . . A . A T . . GTTAC . . AC . . C AGC . GT TAC . C . . C . . . T C . C . . . . C . . . . .
blockSeqs : . T . A . . . . . . . . . . . . . AT C T . . . A . . C . A A . . TTTGC . . GC . . C TAT . AT TAC . T . . G . . . A T . C . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AT C T . . . A . . T . G A . . CTTGC . . AC . . A TAC . AT TAT . T . . G . . . A G . G . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AT C G . . . A . . T . G T . . TATCT . . AC . . C ATT . AC TAT . C . . T . . . C C . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . AT C T . . . A . . C . C A . . CATCT . . AG . . C GA . AC TAC . C . . G . . . A C . T . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . GT C C . . . G . . T . G T . . GTTT . . AT . . T GA . GT TAC . T . . G . . . A C . T . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . AT C T . . . T . . T . G A . . ACGT . . TA . . C GA . A TAT . C . . G . . . T C . T . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . AT C T . . . G . . T . G A . . ATCG . . AC . . C AA . A TAT . C . . T . . . A G . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . AT . T . . . G . . T . A T . . CTTC . . AC . . C GC . . CAT . T . . T . . . A C . T . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . T . . . T . . A . A T . . TAAA . . CT . . A GA . . TAC . C . . G . . . T C . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . C . A T . . TTG . . AT . . A GA . . AT . C . . T . . . A C . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CT . . T . . A AT . . TA . T . . G . . . T C . T . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . TT . T . . T . . . A T . G . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TTTCGAGC** TT*** AACNNG********* AT******************** C*** T** AT*
originalCons : NNNNNNTTATAA-AAACGA-TCTNAAGCGGTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-AA-AAGG-CGNTTACGAGACCAGTTTAT---CC-AAGAATGG-A--G------TA---TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAA-AA-----CAT--A-TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAAC---T-T-TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
finalCons : NNNNNNTTATAA-AAACGATTTCGAGC--GTCAATACTAATTAT-TTACC-TTTATT---AA-AAGG-CGNTTACGAGACCAGTTTAT---CC-AAGAATGG-A--G------TA---TNA---GA-ATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAAAACNNG---------TTTT-GC-T-A-TGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATATAA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAGAT--------------------TATGTAAAC---TT--TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AAT-A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 111 4444444444444444444444444444444444 2222222222 1111111111111111111111 2222222222222 222222222
lowQualScore : 4 3 77777777777 3 3 222 2 2 2 2 5555 2 2 8888888888888888888888888888888888 2 777 22 1 4444444444 44 0 1 1 1 2 44444 2 1 444444 77777777 444 55 444 1 555 1 1 1 22 44444 1 44444 22 1 22 1 22 22 1 2 11 0000000000000000000000 2 22 1 11 1 44 1 333333 1 1 1 1 1 1 88888888 1 22 1 1 666 1 111 2 0000000000000 111 999 444444444444 11 1 111 222222 4 11 1 22222 1 444444 2 777777777 1 22 2 1 0 2 11 444444 0 22 22 222
lowQualScore : . . ........... . . ... . . . . .... . . .................................. . ... .. . .......... .. . . . . . ..... . . ...... ........ ... .. ... . ... . . . .. ..... . ..... .. . .. . .. .. . . .. ...................... . .. . .. . .. . ...... . . . . . . ........ . .. . . ... . ... . ............. ... ... ............ .. . ... ...... . .. . ..... . ...... . ......... . .. . . . . .. ...... . .. .. ...
lowQualScore : 4 6 55555555555 3 3 555 9 9 9 0 1111 7 7 9999999999999999999999999999999999 4 111 55 8 3333333333 55 5 7 7 0 7 44444 0 7 888888 55555555 333 66 999 7 777 6 0 6 22 00000 0 99999 00 5 00 5 00 00 4 5 77 1111111111111111111111 0 55 1 66 1 44 1 222222 8 1 3 8 1 1 00000000 0 33 0 0 000 0 888 0 4444444444444 777 000 999999999999 33 2 888 999999 2 44 0 66666 3 333333 1 111111111 0 88 0 0 5 3 44 999999 1 66 66 111
consensus : NNNNNNTTATAA-AAACGA-TTT--CGGG-G-TCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-AA-AAGG-CGNTTACGAGACCAGTTTAT---CC-AAGAATGG-A--G------TA---TNA---GAATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAAAA-----CANGTTTTGC-TATGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
Reference ( family-444 ) : NNNNNNTTATAA-AAACGA-TTT--CGAGCG-TCAATACTAATTAT-TTACC-TTTA-T-T-AA-AAGG-CGNTTACGAGACCAGTTTAT---CC-AAGAATGG-A--G------TA---TNA---GAATAC--------ATAAT-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAAAA-----CNNGTTTTGC-TATGAAGATTATTTTGACA-AAT-TNAANAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT--ACGT--GCTT--NAGATTAA-GTTCG--CATTCTC-TNG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-ATG------TNAT-TGAGTCNGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T---T---AA-AT--T-T-ACANA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAAA
gi|1 : -AAATGA-TTTGTTGA----TTAACACTAACGAT-ATGTC-TCTA-T-TTAA-AAGA-CGTTTACGAAATCAATTTAT---TC-AAGAATAC-AACG------AA---TCC-----ATAA--------ATAAT-A-CGTCGAAACTTGACTATTATGTT--AAATT-TAAACG-----TCAATTTGGT-TATGAAGAGTACCTTAACA-AAA-TGAATAATGAT-TC-ACCACGA-AAG------CA-----T--TTT--ACAT--GCCT--T------A-GTTCG--CATACCC-TAG-A--AAT-----TGAGACCGGG-CG-ATAC--AG-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A-------------------------TGT-A--AC-CA-GA-ATG------TCAG-TGAGTAAGAATACCAT-T-T-C-TCGC-TGTATTGTACTA--A-ACAC-AAC-GATA-T---CCG---AACC------A---A---A--T-GT------TT--AGGCCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----ACCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTGT--G--AAAATGG---AAAGA
gi|10 : gttatgaagtccgttaactcgcctatttgagacatataatatacattggtcaacgtaatactatcaacgctagctgcttggcaaaccgtttaaagcatatcattaaccaccttggatactcaaatatatt-AAACGA-TTT--TAACAG-T-AATACTAATTAT-TTACC-TTTATT-T-AA-AAGG-CGTTTACGGGATCAGTTTAT---AC-ACGAATGG-A---------------AG---GAACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTAAGT----AAT-----------------TTCTGT-TATGAGCATTATTAAGATA-AAT-TGAACAATGAT-AG-TTTAAGA-AAG------TT-----A--TTT---TATA-GTTT--AAGATTAA-GTTCA--CACACTC-TTG-ACGAA-------GAAACGGGT-TG-ATAT--AC-TGGA--A-T--TGA--CCATT-CAA-A--CAG--------A---------A---TTTATAAATT-ATGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-TGAAACGGAATTTCAC-T-T-T-TTAT-TATGCTGTACCT--A-GTAT-ATT-GATA-T---TCG-------------A---AA-TA----AT------Ttgtt
gi|11 : tcaaatgtgttTACAAGACCAGCTTAT---CC-CAGAATGG-A--G------TA---GGA---GATAAC--------ATAAT-T-CTCCTAAACTCGAATATAATGTA--AA-CT-TAAAA-------------------T-AAGATTATTT-AACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGT-AAG------CA-----T--TTC--ACGT--GATT--AAAATAAG-GTTTA--CATTCTC-TTG-A--ATT-----TGAGACCGGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TGA--CCGTG-CTG-T--TAG--------A---------C---TTTGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TG-ATG------CTGT-TAAGT----------T-T-T-G-TTTA-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-GAT-GATA-T---TTG---TATG------A---AA-TA------------CT--AAGGCGC---AT------ATCT--TG-ATC-----CATA-C----T-AAA---------AA-AA--A-T-ACATA--TA------TTACGTCGTCT--A--AAAATGA---AAAAA
gi|12 : -T-CACCTAAACGTGATTATTATGAA--AAAAT-TAAAAAAAAAACATTTCTTAG-TATGAACACTACTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTAGGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--ACTT--AAGATTAA-GTTCA--CACTCTC-TTG-A--AGA-----CGAGACCTGA-CG-ATAA--AA-TGGT--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------TTAATATGTTAACT-TTAC-A--AC-CA-AA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGATGAACTA--T-ATACAAAC-GATG-T---TCG---TACT------A---A---A--T-AC------TT--AGACCGC---AT------GGTT--TG-CCC-----TACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGT--TA------TCATGTTGTCT--A--AGAATAG---AAAAAtgtt
gi|13 : cCTAAACTTGATT-TGATGTACAAAATAATAAAAA-----TCA-TTTTGT-TACGAAGATTATGTTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GA-ATTGCTA-AAA------CA-----G--TTT--TCAT--ACCT--TAGGTAAAAGCCCA--CACTCAT-TAA-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATTT--------T--A-T--TGA--------CTAGA--TAG--------AGAAAATCGTT---TATGTCAATT-GTGT-A--AT-CA-AA-ACG------CAAT-TGAATTTGAATAGCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ATT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AAGACAT---AT------ATC----A-G---------CA-T----T-CAG-TGCAT---AA-AT--TCT-ATA-A--TT------TTATGTCAACA--A--AAGATAA---AAAAA
gi|14 : atACTTGATTATTATTCA--AAATT-CAAGAC-----CTCTTTTTGC-TACAAAGATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----ATTTTT--ATGT--G--T--TAGGTTAA-GTTCA--CATTCAT-TAG-A--AAT-----TGAATTTGGT-AG-ATTT--AA-TGGA--A-T--CGT--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTTAA---TTGT-ATCAT-CA-AA-ATA------TAAT-TGAATCTGGGTATCAT-T-T-C-ATCT-TCTGTTG-ATCA--AGGTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-TA--T-AT------TT--AGG--GC---ATACATGCATCA--TG-GTC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--TAT-----TCATGTCAATT--A--TAAATAA---AAAGAgatgttttaact
gi|15 : c-AAATGA-TTT---GTTTG-TTGGTACGAAGTGT-ATGTA-TTCA-T-T-AA-ACGA-AGTTAACGTGATCAAATTACTCCCC-AAAA--GG-A--A------TAATTTCA---TAA-----------ATAGA-T-CGTCGAAACTTGATTATTATGTT--AAATT-TAAACG-----GCAGTTTAGT-TATGACGATTATCT------AAT--CAATAATAAT-TC-ATTACGA-AAA------TA-----T--TTA--ACAT--GCCT--GATATCAA-GCTCG--AATTCCC-AGG-A--AGT-----TGAGACCGGG-CG-ATTA--AA-TGGT--G-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------A---TTTGTAAACT-TTGT-A--AC-CA-GA-tgttg
gi|16 : caaactatttaaagcatattattaacaatcttggatactcaaacatatgTGATTAATATGTA--AAATT-TAAAAAA----CATATTTTTC-TATAAAGAATATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TTT---TGT--GCTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAAACCGGA-CT-ATAA--AA-AATT--A-TAATGA--TTTTG-CTA-A--TAT--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-TA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAA-T-T-C-TAAC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GGT-GATA-T---TCC---TTCT------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGC---AT------GTCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACAGA--T-------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|17 : AACTCGATTATACTTCA--AAATC-TAAGAC-----CTAGTTTTGT-TATGAATATCGTATTGATA-AAA-CAGATAA------C-ACT-------G------TA-----A--TTT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--GAGTCCC-TGG-A--AGT-------AGA---------AT-T-----TGGTTTA-T--TGAAATCG-------A--TAG--------A---------G---AATATAA-------T-A--A-----AA-ATG------TTAT-TGAATCTTAATATCAT-T-T-TATCG--TATGTTGCACAA--G-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCT--TG-GCC-----T---------T-CAG-T---TCACAA-AT--T-CAACACG--T-------TTATGTCAACT--A--AAAATAA---AAAAAAaat
gi|18 : atCTAAACTTGATTATCAAGTA--AAATT-TAAAAA-----CA--TTTTGA-TATGAAGACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACAT--ATTT--AAGATTAA-GTCCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TAAGACCGGA-AT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATATAAACT-TTGC-A--AC-GA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-------------------------------------------A--T-AT------TT--AAGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ATAAA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---aaggtttaaaactt
gi|19 : GTC--AAATT-TAAACG-----TCAGTTTGGT-TATGAAGATTTCCTCAACA-AAT-TGAATAATGAT-TC-ACTACGA-AAG------TA-----T--TTT--ACAT--GTCT--GAGATTAA-GCTTG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCGGG-TG-ATAT--TA-TGGC--G-T--TGA--TCGTGATTATG--TAG--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CA-GA-GCA------CCAT-TGAGGCAGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTTCTA--A-ATAC-AAC-G--------------------------------A--T-AT------TT--AGGCCAC---AT------A--T--TG-GCC-----AACA-CT---T-CA------T---AA-AT--T-C-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---
gi|2 : TAAT-AC-TTATC-ATTA-T-T-TA-AAGA-CGCATATGTGGTTAATTCAT---CC-AAGAATGGTA--A------TAGT-TAA---AAA-----------ATAAT-G-CGTCGAAACTTGACTATTAAGTT--AAATG-TGAAAG-----TGAGCTTGGT-TTTGAAAATTGTCTTAATA-AAT-TGAATAATTAT-TC-ACTACGA-AAA------CA-----T--GTT--ACAT--GCCT--AAGATTAA-GCTCG--CATTCCC-TGG-A--AAT-----TGAGACCAGG-TA-ATAA--AA-AGGT--G-T--TGA--CCGTG-CTA-G--TAG--------A---------G---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-AA-GA-ATG------TCAT-TGAGTCGGAATACCAT-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-GAAC-AAC-GATA-T---TCG---AACT------A---AA-TA--T-A--------T--AGCCTGC---AT------ATCT--TG-ACC-----AAAA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACGCA--TA------TCATG
gi|20 : atgaagtccgttaatttggctatatataacatatacattgatcaacataatacagtaactatcaacggtacatgtatctgttgggcaaaccgtttacagcatattatcaatcatcttggatactcaaatttattatatgatttgttggtTTTGC-TATGAAGATTATTTTGGCA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTACGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--------AG-GTTCA--CATTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACTGGA-CG-ACAT--AA-TGGT--A-G--TGA--TCTTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-T-T-A-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATGC-AAC-GAAG-T---TCG---AACT------A---AA-TAC-T-A-----------AGGCTGC---AT------GGCT--TG-GCA-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-A-ACAGA--TA------TCGTGCTGTCT--A--AAAATAA---AAGAAA
gi|21 : TTATATTGATA-ATA-TAGATAATGAT-GC-TTTGCGA-AAA------CA-----A--CAT--TCAT--GTCT--TAGGTTAA-GTTCA--CACTCTT-TTG-A--AAT-----CGAATTTGGT-AG-ATAT--AATTCGT--ACT--TGA------A-TTG-A--TAGAGAAACCCA---------TG--TATGTAAA---TTGTGA--ATACA-AA-ATG------TAAC-TGAATCTGAGTATCAT-T-T--------TATCTTG----A--A----------GGTA-T---TCT---TATTTTAGGAA---AA-CA--C-AT------TG--AGGTAAT---AT------ATCA--TG-TCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-AAAAC--TT------TCATGTCAACT--C--AAAATAT---AAAGAtgt
gi|22 : TTACTATGTA--AAGTT-TAAACA------ATGTTTTGCATATGAAAAGTATCTCGATG-TAC-TAAAAA-----------TAAGA-AAATTTCGTCAT----A--TCT--ATGCAAGCTT--CAGATCGA-GTTAT--CATGACC-TGG-A--AAT-----TGAAA--GGGTCG-TTAC--AG-AAAT--A-T--AGA--AAGAG-ATC-G--AAG--------G---------T---TATGTACATT-GTGT-G--AT-GT-AA-ATG------TTGT-AGAAGATGAGTTTCAC-T-T-T-TGAC-TGTGTTGTATTA--T-ATAttttgtataa
gi|23 : atcaatatctacaagacgactggaatggaactgttacttctagctcgtaactcagtacA-A--TAG--------G---------C---TATGTAAAGT-TTGT----GC-CATGA-ATG------CCAT-TGAACCTGAGTATCAT-C-T-T-TTAC-TATATTG--CCA--A-AAAT-AGC--ATA-------G---CATT------AGGGAATTA--T-AC------TT--CAATAGT---TT------ATCA--TG-G-------GACA-CAAAGC-CAG---------AA-AC--T-T-GCAAA--GA------TTATTTCAAAT--AAGAAAATGATTTAAAAAt
gi|24 : gatttgataatacaaatagagaaA-T-T-AA-AAGGACGACTACATGTTCTATTTGT---GA-TAGGATGG-A--A------TG---CTT---G--TAT--------ATA---------TAAACTTGTTTCTTATACA--TAATT-TAAGAC-----CTTGTTTTA--TATGAAGATTGTATTGATA-AAA-TGGACGACGAT-GCATTGAAGA-AA-------TA-----A--TTTCAACG---ACTT--CGG--TAA-GC-------TTCT--TAG-A--ATT-----TTAACTCAGT-AG-ATTT--CA-TGAA--A-T--CGA--TAGAG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATATGAATT-ATGC-A--AT-CA-AA-ATG------AAAT-Tttgtaccttttgtaagcttttgagataagaaaaccagcactagaacgatgttaaataataacattt
gi|25 : -AAACGA-CT----GGG-G-TCAATACCAATTAT-TTACC-TTTA---------------CTTACAACACCAATTTTT---TCTAAGAA-GG-A--G------TA---TAA---GTACAC--------ATAAT-T-CGCCTCAAATTGATTAATGTGTA--AAATT-TAAAAA-----TACGCTTTTC-TATGTAAATTcaaataaactctg
gi|25 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagc---T---AA-AT--T-T-ACATA--TACATGAGTCGTGTTGTCT--A--AAAATGA---AAtacatatacatgagtcgtgttgtctaaaaatgaaa
gi|26 : tatatgcatatacattgaccaatgtaataacataaatggatattgttgtagacaatcttggttactcgaattttaatagcaaacgactggggtcaataccaattatttacctttacttacaacaccaattttttctaagaaggagtataagtacacataattcgcctcaaattgattaatgtgtaaaatttaaaaatacgcttttctatg--CGTTCTCATGGTG--AAT-----TGAGA-CAGG-CGTATAT--AA-TTAT--A-T--TGA--T--TA-CAA-AACTAG--------A---------T---TGTGTAAATT-ATGC-A--AG-CA-AA-ACA------GTGT-TAACTCTGAATATAAT-T-T-G-TT-T-TGTGTTGTTCGA--A-ATAC--AT-GTCAGT---TCG----AGC------A---AA-TA--T--T------TT--AGGCC
gi|27 : atacttctgttggataaacacTGAGAATTGTTTAGATG-AAT-TGACCAAT-------TGTAGTATAAG------AA-----A--TTT--G-GTA-GTTT--GCAATTAA-GTTCG--AATACTC-TTG-A--AATATAAATGAGCATATA-CG--TAT--AA-TGAA--T-T--TGA--CCGTT-CAA-A--CAA--------A---------T---TTTGTAAAGT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATG------------GAAACGGAATATCAC-T-T-C-T------TATTGCACCA--A-GTAT-ACT-GATA-T---TAG---AA--------A---AA-AA--T-AA------TT--Aaaaattaaaaatcttccaatagataaaatacatcattttataaagcaaaacgaaaaataatattgctaa
gi|28 : T-TAAGCCAGAATACCAT-T-T-T-CTGA-TGTCTTGTACTA--A-ATAC-AAT-GATA-C---TCA---TATT------A---AA-TAA-T-A-----------AGGCAGC---AT------TGCT--TG-GCA-----TAGA-C----T-CAA-T---G---AA-AAAAT-T-GCATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AAAAtacataattatataatggattctaagaacaaac
gi|29 : gttaatcctcgtgaggtgacggaggacaacatcataaaacagatctctgaaagagaaacatataaatacaatgatagttttatTA-A--AAT--------A---------T---TATGTCAACT-GTGT-A--AC-CG-GC-ATG------TTAT-CTAATCAGAGTACAAG-T-TAC---GT-TTTGTTATACTC--A-GTAT-AAT-GGTA-T---TTG---TTCT------C---G---G--T-AT------TC--AGTTCGA---AC------A--------GTC-----TAAT-T----T-CAA-T---A---AA-A-----T-ACATC--TA------TTGTGTCATTTAAA--AAAATGA---AGAAAAaatggatacatgttgt
gi|3 : ttgaaactttagtattaaattatacttaaaatgcaatg-AAACGA-TTT--CGGG-A-CCAATGCTAATTAG-TGACC-TTAACT-T-AA-AAGG-TGATT-CGAGACCAGTTTAT---CC-AAGCATGA-A--G------TA---TGA---GAATAC--------ATAAT-T-GGCCTAAACTTGATTATTATATG--CGATA-TAAAAA-----CACATTTTGC-TATGAAGATTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TT-TATAAGA-AAG------AA-----A--TTT--CTGT--GCTT--AAGATTAG-GTTAT--CATTCTC-TTG-A--CAT-----TGTGACCTGG-CA-ATAT--AA-TGGT--A-T--TCG--TCGTG-GTA-A--TAC--------A---------C---TATATAATCT-TTGT-A--AC-CA-TA-ATG------TAAC-TGAGCCAGAATACCAT-T-T-T-TTTA-T-TGTTTTACTA--A-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---TACT------A---AA-TA--C-AC------GT--AGGGTGC---AA------CGCT--TA-GCT-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-TT--T-T-TCACA--TA------TCATGCTGTTT--AT-AAAAAGA---AAAAtatat
gi|30 : attgactaatgtaaaaacattaatagacgttgttgggcgaatcctattacaactaccattgccaatcttggttatttgaatttggcCCGGG-CT-ATAT--AA-TGGC--A-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------A---------G---CATGTAAACT-TTGC-A--AC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAC-T-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GATG-T---TTG---TACT------A---AA-TA--TGAC------TA--AGGCCAC---AC------AGTT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-----T---AA-AT--T-C-ACATG--CA------TCATGTCGTAA--A--AAAATGG---tat
gi|31 : ---------T---TATCTAAATT-ATGT-A--AC-CA-AA-ATT------TAAT-TGGATAAGAATATCAT-TGT-A-TCG--TATTTTGCCCTAG-G-GTAT-ACT-TACA-T---TTG----GC-------A---AA-CG--T-AC------TA--AGGTCAT---AA------ATCA--TG-GCC-----TACA-G----T---A-TA--T---ACTAT--T-T-G-ATA--TG------TAATGTCAACT--T--AAAcga
gi|32 : agattttgtagattttatattatcgatagagaaaactgtG-AAAT--AA-TGGA--C-T--TGT--TCGTT-CAA-A--CAG--------G---------T---TTTGTAAATT-TTGT-A--CT-CA-AA-ATG------TAGT-CGAAACGAAATGTCAC-T-T-T-TTAT-TATGTTGTATCA--A-GTA--AACTGATA-T---TCG---AAAT------A---AA-TA--C---------TT--ATGCCTTCAAAC------ATGT--TA---------TTCA-T----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-AATTC--TA------CAATGGCTTCC--A--AAA
gi|33 : G--------A---------T---TGTGTAAATT-TTGT-A--AT-CA-AA-ATACATGTATAAC-TGAATCTGAATAGCAA-T-T-C-GTCT-TATGT----CT--------C-A-T-GATA-T---CAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-ACC-----TCCAGT----T-CA------C---AA-AT--T-C-A-ATA--CT------TTTTGTCTACT--A--AAGATAA---AAAAcataagc
gi|34 : atagggaaacccTA-A--TGG--------AAACGT----T---TATGTAAATT-GTGT-T--AT-AA-AA-ATG------TAAT-TGAATATGAATATCAT-T-T-C-ATCT-TATGTTATGCGAGGA-TTAC-A---GATA-T---TAA---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGGTCAT---AT------ATCA--TG-GCC-----TTCA-G----TACA------C---AA-AT--G-C-A-ATA--CAT-----TTATGTGAACT--A--AAAATAA---AAAtgttgtttaaactttcaaa
gi|35 : ttagattATT------A---AA-TA--TCAT------TTTTAAATAGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-G----T-CCA-G-------AA-AT--T-C-TCAAA--TA------TCATGTCAAAT--G--AAAATAA---GAAAAtattg
gi|36 : cGTGTTTTATTA--A-ATAC-AAC-GATA-T----CG---TA-T------C---AA-T---T-AC------TT--CGGCCGC---AT------AGCT--TT-GCC-----TATA-T----T-TA--T---T---AA-GT--T-T-TCATA--AA------GCATGCTGTCT--A--AAAATGG---AAAAAgtatttcaaaaatttgaaaaatatgtatctgaatctttaaagatattaagaaaactagcactagaacaagtaagcaatatttaataacgaaacta
gi|37 : gccaatatttgacatggtagaaaactttgacagtaggctttcctaagacagaatgaggtttttaaaTG-CAA-A--TAG--------A---------T---TAGGTAAACT-TTGT-A--AC-AT-GA-ATG------CCGT-TGA----GAATACCA--T-A-C-TTGC-TTTGCTGGACTA--A-ATAC-A---GATA-TACATCGATCTTCC------A---AT-TAATT-AT------TA--AGGCCGC---TT------ATCT--TG-ATC-----AACA-C----T-TAA-----T---AA-AT--T-T-ATACA--TA------TCAT---GTCT--G--AAAAAGG---AAAAtgtt
gi|38 : aAACGA-CTT--TGGGAC-CAAATACCAATTAT-T--CCATTTA-C-C-TA-ACGG-CAATTAAGAGACAAGCTTAT---CC-GAGAATG--------------------------TAC--------CTAAC-C-CACATAAACTTGATTATTTTGTA--AACTT-TAAAAA-----CA---------TATGAAGAtgttg
gi|39 : taagaactattgttgacaatcttggttattcaaatttaactTGTTAACT-CTTT-A--AC-CA-TATAGT------TTAT-T-AGTCAGAATACCAT-T-T----------------------A-ATAC-AAC-GACA-T---TCG---TGTT------A---A---A--T-AC------TT--AGGTCGC---AT------A-------------------A-C----T-TAA-----T---AC-GT--T-T-GCATT--TA------TTATGTCGTCT--A--TAAATGT---ACAAA
gi|4 : aatacaaggtttggcggcgtccttgttatctcTAATAAACGA-CTG--TGGG-G-CCAAAACCAATTAT-TTACC-TTCA-CGT-AA-CAGG-CGATTACGAGACCAGGTTGT---CC-AAGAATAG-A--G------TA---TGA---GCATAC--------ACCAC-T-CACCTAAACTTGAATATTATGTA--AATTT-TAAAAA-----AAAAT---GC-TAAGAAGATTTCTTTGACA-TAT-TTAAGTCTGAT-TC-TCTACGA-AAG------CACGAAAA--CAT--ACGT--GTAT--TAGATAAG-GTTCA--TATTATA-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-AGTT--GT-TTGT--A-T--TCA--TCGTG-CTA-A--TAG--------A---------T---TATGTAAACT-TTGT-A--AC-TA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T-C-TTGT-CGTGTTGTACTA--A-ATAC-AGC-GACA-T---TCG---TATC------A---A------------------------------AT------ACCT--TG-GCC-----TACA-T----T-CAA-----T---AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAtgttgt
gi|41 : attgacaaatgttataccatcaatagttgttgctggacttcatattagagctattattgacaatcacgattatttaaatt-TATGTTGCGCGA--G-GTA---ACTGATA-T---TAG----A-T------A---AA-CAA-T-AT------TT--AGATCTT---AT------ACCA--TG-GCC-----TTCA-G----T---A-TA--C---AA-AT--T-C-A-ATAATTA------T-ATGTCAACT--A--AAGATAA---AAtataat
gi|42 : aaatttcaacagagttgagaatctAACGACTTT--CGAAC---CAATGCCAATTAC-TTCCC-TTTACT-T-AA-AAGG-CGGTTTCGAGACCActatgttgtttaaatttttaaaa
gi|43 : ttgaccaatgtaataacataaatgggagttgctaggcaaatcagattatgacaattataaacaatcattgttaaatcaatttaactA-A--TAG--------A---------T---TATGCAAACTGTTGT-----T-CATGC-ATG------TCAT-TTCCTATAAATATCATGT-T-G-TTAC-TCTGCTG
gi|45 : gcttcagaataaattacaacgattcacacaattcaattaagaagatttaataatatggacgaagaaa-AAACGA-TTT--TAACAG-T-AATACTAATTAT-TTACC-TTTATT-T-AA-AAGG-CGTTTACGAGATCAGTTTAT---AC-ACGAATAG-A---------------AG---GAACACTGTTGTAAATAAT-T-GTCCAAAACTTGATTACTccaataatacca
gi|46 : tttcaaatgtgtt-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-GAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---AA--A--T-AT------TT--AGACCGC---AT------AGCT--TG-GCC-----TACA-C----T-CAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAA
gi|47 : atatatatatatgtgC-CA-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAT-A-T-T-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAA-AAC-GAAG-T---TCG---TACT------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGT---AT------GGTT--TGTGTC-----TACA-C----T-CGA-----T---AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGtgttgt
gi|48 : A-ATG------GTATGTGA-TCTGAACAACAT-A-A-C-TTACATGTATT---TTA--A-AT-C-AA-----A------------AC-----------AG-TT--T-AC------TT--CGGTCGC---AT------GTTT--AG-GCC-----GCCA-C----T-CAA-T---T---AA-GT--T---ACAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAaaaa
gi|5 : AA-AGACTT-CTT--CGGG-A-CCAATACTTATTAT-TAATC-TTTA-T-T-TATAAGG-TGATTACGAGACCAGTTTAT---AC-AGGAATGG-A--GAACGGACA---TTACGTAAATAC--------GTAA-------ATAAACTTGATTATAATCTA--AAATT-TAAACA-----CATATTGTGC-TATGAAGATTATTCTGATA-TAT-TAAA-AATGAT-TG-TCTACGA-AAC------CA-----T--TTT--ACAT--GCTT--AAGATTAG-GTTAA--CCATCTC-TTG-A--AAT-----TAAAACCGAG-C-----------TG----A-C--TAA---CAT--CTA-A--CAA----------------------CATCTAAACT-TTTT-A--AC-CA-TA-AAG------TTAT-TGAGTCAGAATACCAT-T-T---TTG--TGTGTTTTATTG--T-ATAC-AAG-GATA-A---TTG---TATT------A---A---A--T-AC------TT--AGGCCGC---AT------AGAC--TG-GAA-----TACA-C----T-CAA-T----------ATTCT-T-TCATA--TG------TCATGTCGTCA--A--AAAGTAG---AAAAAtg
gi|50 : ctagtgatttaaaatagttattagtagtttctggactgttgtgactagtgttgctattgttcaaatttaaccAT-G-T-C-TT-C-TATATT-TACTT--A-AT-C-AAT-TATG-T---TCG---TACT------A---AA-TA--T---------TT--AGGCCGC---AT------GGCT--TG-GCC-----TACA-G----T-AAA-T-------AA-AT--T-T-ATAGA--TA------TCATGTCGTCT--A--AGAATGA---AAAAAAtgt
gi|54 : t-TTGC-ATTGTTGTTCTA--A-ATAC-TTA-GATA-T---T-A---TAC-------A---AA-----------------------------AT------AGCT--TG-GCC-----TTCA-C----T-CAG-T-------AA-AT--T-T-ACATA--TA------TCtgttgt
gi|55 : --AGGTCGC---AT------ATCT--TG-GCC-----AACA-C----T-CAA-T---A---AA-GT--TAC-ACATA--TA------TCATGTCGTCTG-A--AAAGTGG---AAAA
gi|56 : TAAT-T-GTCCTAAACTAGATTACTACGTA--AAATT-CAAATA------AATTTCTGT-TATGAGTAATATTtgatg
gi|57 : gttgtaagTGTTGTTCTA--G-ATAC-AAC-GATA-T---TCG---AACC------A---A---A--T-AT------TT--AGGCCGC---A
gi|6 : tgtcattaatgtttgtgtcatCCAGTTTAT---CT-AAGAATGG-A--A------TA---TTA---GATTAC--------ATAAC-T-CGCCTAAACTTGATTATTATGTA--AAATT-TAAAAA-----CATATTTTGC-TATGAAAACTATTTTGACA-AAT-TTAAAAATGAT-TC-TCTGCGA-AAG------CA-----A--TAT--ACGT--GCTT--AATATTAA-GTTCA--AACTCTC-TTG-A--AAT-----TGAGACCGGA-CG-ATAT--AA-TGGT--C-T--TGA--TCGTG-CTA-A--TGG--------G---------T---TATGTAAACT-TTGC-A--AC-AT-GA-ATG------TTAT-TGAGTCAGAATATCAC-T-T-C-TTGC-TGTGTTGTACTA--A-ATAC-AAC-GACG-T---TCG---TACT------A---AA-TA--C-TTAGGACGTT--AGGCCAT---AT------GTTT--TG-GCC-----TACA--------CAATT---T---AA-AT--T-T-ACAGA--TA------TCATACCAGCT--A--AGAATGA---AAAAAA
gi|60 : aattcattataagatggttttaaagagtccatgtgtgtattctatattatccaatatatatatatattat---AT------AGCT--TT-GAC-----TTCA-C----T-GAA-T-------AA-AT--T-T-AAAGC--TT------TTATATCGTCT--G--AAAATGG---GAAGAAg
gi|62 : -AA-AAGG-CGTGTAAAGGATCAGTTTAT---AC-AAGAATGG-A--ACGC---TA---CTG---TAA-AC--------AT--T-T-TTCCTAAACatattgt
gi|63 : -AT--T-T-ACACA--TA------TCATGTCGTCT--G--AAAATGG---AAAAA
gi|7 : TTATAA-AAACAA-TCT--AAAGCAATCAATGCTATTTATGCTA---TTTA-T-C-A----------TTA---------TCCAT---CC-AAGAATGG-A--A------TG---CCT---GTATAC--------ATGATATATATCTAAACTTGATTTTTATACA--AACTT-TAATAC-----CTCTTTTAGT-TACGAAAATTATATTGATA-AAA-TAGATAATGAT-GC-ATTGAGA-AAA------CA-----G--TTT--TCGT----TTGGTAGATTTA-ATTGGGTCAT-----TAG-A-----------GAAATCCGT-C---TAT-------GT--A-T----A--TTGTG--TA---------------A---------T---CA---AAAC----GT-A----------------------AT-TGAATCTGAGTATCAT-T-T-T-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTA--AACTTATA-T---TAG---GA--------A---AA-CA--T-AT------TT--AGG--GC---AT------ATTTCATG-GCCTTCAGTACA-C----A-CAT-T---C---AA-------T-AC-----TT------TTATGTCAACA--A--AAAATAA---AAAGAtgttg
gi|8 : catttaatgcaagtattaattttttgaatttttatttatacataaaatgatctttttatgttGA-AAA------TA-----A--TTT--CCAT--GCCT--TAGGTTGA-GTTCA--CACTCAT-TAG-A--AAT-----CGA-ATTTGG-T--ATATTTAT-TGGA--A-T--CGA--TTGCG-AAA-A--CCG--------T---------T---TATGTAA-------------------A-ATG------TAAT-TGAATCTGAATATAGT-T-T-C-ATCT-TATGTTGTACAA--G-GTAT-ACT-GATA-G---TAGAA-AAAA------A---AA-CA--C-AT------TT--AGGTCAT---AT------AGCA--TG-GCC-----TTCA-tgtt
gi|9 : aaataatcttcttatattgaattaagcaacaaatgcaaacaatatttttataacatgtaattaaaaaacgaaacatgtcttatgtatgataaagtatacgtgtgtaatgttttatcagagacgtataagtcactggttttagtaattttaaaaggattattttccttactgttatattgaaatgcattgaTGAAGATTATTTAGATGTAATAGAAATAATGATAT----TA-GA-AAA------CG-----G--TTA--ACGT--GTCT--CAGATTAA-GCTCT--CACGATT-CAG-A--AAT-----TGAATTTGGA-AG-ATTT--AA-TGAT--A-T--AGA--TAG-----A-A---AA--------A---------T-----TGTAAA---TTGT-T--GC-CACGA-ATA------TCGT-TGAATCTGAATATAAT-T-T---TAAA-TATGTTGCCCAA--G-ATAC-CAT-AGCA-T---TAG----ATT----------AG-TA--T-AC------TT--ACATTGT---TC------ATCT--TG-GCC-----CACA-T----T-CCA-----G---AA-AT--G-T-TCAAA--TA------TTATGTCAAAT--A--AAAGTAA---GAAAAgtacacaaattcaa
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): TATTATTGCAGATTATTTAGATGTTATAGAAATATATCAATTAGAAAACAGCTACATGTAAGGTCCGGAAGATTATATGATCGTGACTTCGGAAGAATACTTAACATAAATAAAGGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTGAATGTTATTGAATCTGAGTAT
Unaligned ( gi|44 ): TTATCTTTGCCCAGAGTCCGGAAATTTTCAAATATCATGTCAAATAAAATGCTAAAAATTGGTAAATATGTATTTGGAGCTTTTAAGATAAGAAAACTATCACTAGAACAAGTAAATGATATTTAATAATGACACTATTTTA
Unaligned ( gi|49 ): ATATACATTGATCAATGTAATACTGTCAGCGTTAGCTGCGGGACAAACCGTTTAAAGCATATTATTAACCAAGATACTCAAATATATTAAATGATTTGTTGGTTAGTACTTACTTTATGTCTT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTTATTTATGTATGTATACTCATATTTGGTAACATTTTAAGGTCATTTATCATGACCTTTAGTACACAAATTCAATACTGTGAAGTCTACCCAAAACACAATAATG
Unaligned ( gi|52 ): TAATGAAGTCCGTTAACTCGCTTGTTTATGACATAATCATTTGTCAACGTAATACTATCAACGGTGGTTTCTGGGCAA
Unaligned ( gi|53 ): TAGAAGTACATTTTTAAGGCATATATCATGGCCTTCAGTACATAAATTCAAAACTTTTATGTCAACAAAAAATAAGAT
Unaligned ( gi|58 ): TCGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|59 ): ATGAACGTGTGTGTAAACTGTGTTCGTAGAAATATGTTGAAGCTGAATATCATTTTGTCTTATATT
Unaligned ( gi|61 ): CGGATTAGAACTATTATTGACAATCTTGGTTATTCGAACTTAACTTACAACTTTCGGAACAATAC
Unaligned ( gi|64 ): TTTTCTTATAAAAATTAACTAGATAATTTGTATAA
Unaligned ( gi|65 ): GTTGTACCAAGTAAACTGATATTCGAAATAA