lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 555555 11 222222 111111 11 11 3333333333333333333333333333333 1 1111 111111 22222222222222 2222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11 11 4444444444444444 222222 333333333333333 222222222222 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 111 333
lowQualScore : 1 6 111111 8 3 11 6 111111 777 0 111111 22 3 0 3 55 2 44 33 777 777 3333333333333333333333333333333 2 66666 999 5555 33 0 2222 1 22 222222 66 2 444 2 88888 00000000000000 9999 9999 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 00 88 22 44 33 66 0000000000000000 77 666666 0 1 0 88888 000000000000000 444444444444 666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666 3 999 111 7 444 6
lowQualScore : . . ...... . . .. . ...... ... . ...... .. . . . .. . .. .. ... ... ............................... . ..... ... .... .. . .... . .. ...... .. . ... . ..... .............. .... .... . .................................................................... . .. .. .. .. .. .. ................ .. ...... . . . ..... ............... ............ ... .............................................................................................................................. ... . ... ... . ... .
lowQualScore : 0 0 777777 0 2 00 7 777777 000 7 555555 33 6 6 0 66 9 00 33 000 888 1111111111111111111111111111111 5 22222 666 3333 22 0 8888 1 77 333333 99 5 111 4 33333 99999999999999 2222 9999 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 88 00 66 00 22 99 7777777777777777 99 666666 9 1 1 33333 999999999999999 777777777777 222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 3 000 777 3 000 0
consensus : CACCC-TCTT-T-GGCCCAAA-GTGCA--GAATGACATTCAGTGTGACCTTG---ACCTTGA------AAATGAGGA-CACAAATGTANG-GTTC-TGCA-CGTCG--CCTCGATGT--TAT----G-A-----GTAAACGTG-C-A-AA-T-----TA--T----TTT--G-AA-TC-CATCCATGCGTG------CCA--G-A---AT-GACATTC-----AGTGTGACCTT----GACCT-TGAAG---ACGGG-G-ACACAAATGTTGAG-T-CT----GCN-TG---TC--A--CGA---GATGTGATGAGTNA-ATGT----ACANGTTATTTTGAAACCCATCCATGCAT-ACCAGAGTTA-TGGAGCGGA--CA-CGNTTTTTA-TAT--AAT--CATA-----ACATAATGACATTC-----A--GT------T----TGACCTTGA------------AGAT-GNGGACACGCAT-----A-ATGTT-G---GGTT-----C--TGC---AC---------GT-----TG------A-------A-------N------AAAT----GTG-----NTAA---A---TTA--T------T---GAAATCCATCCATGCATACCAG--AGTTATGG---AGACAGATTACATTC
Reference ( gi|2 ) : CACTCTTCTT-T-AACCCAAA-GTGCA--GAATGACCTTCAGTGTTACCTAG---ACCTTGA------AAATTAGGA-CACAAATATACG-GTTT-TGCA-TATCA--CCTTGATGT--TAC----G-A-----ATAAACATG-C-A-AA-T-----TG--T----TTT--G-AA-TC-CATCCATGTGTA------CCA--G-A---AT-GACATTC-----AGTGTGATCTT----AACAT-TGAAG---ATGGGAA-ACACAAATGTT-AG---CT----ACT-TA---TC--A--TGAA--GATGCGATGAGTCA-ATAT---AACATTTTATTATGAAATCCATTTATGCAA-ACCAGAGTTT-TGGAGTAGA--CA-TGCTTTCTT-TAC--AAT--CATA-----ACATAATGACATTC-----A--AT------T----TGACCTTGA------------AGAT-ATGGACACACAC-----A-ATGCT-G---GGCT-----C--TGC---AC---------AT-----TG------A-------A-------A------AAAT----GTG-----GCAA---A---CTA---------T---GAAATCCATCCATGTATACCAG--TGTTATGG---AGACATATTATATTCAGTTTGAC
gi|12 : CACTC--CTTGT-GTCCCTAT-GTGCA--AAAAAAAGTTCAATATGACCTTGCTGAACTTGA------ACATGAGGA-CACAAACGTAAAAGTTC-TGAAATATTC--CC--GGTGT--TAT----ATA-----ATAAATATG-CCA-AA-G-----TC--T----TTT--G-AAATA-CATCCATACATG------CCA--G-A---AT-GTCATGC-----A
gi|7 : atACCCATCTT-TCGGCCCAAATGTACA--GAATGACCTTCAATGTGAGCGTG---ATCGTGACTTATAAAATAAGGA-CACACGTGTATG-GTAA-GGCA-CATCG--CATTGATTT--TAT----G-A-----ATAGACGTGTC-T-AA-T-----CA--A----TTT--GAAA-TC-AGTCAATGCGTG------CCA--G-A---AT-GTTGTTA-----AGTGTGACATT----GACCT-TGAGA---ACGGG-G-ACACAAtta
gi|10 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttCCCTTCT-----GCCAAAA-TTGTA--GAATGACCTTCAGTGT------G---ACCTTGA------AGTTTATGA-CACAAATGCAAG-GTTT-TGCA-CATTG--CCTAAATGT--TGT----A-A-----ATACACGTG-A-A-AA-T-----TA--C----TTT--GAAA-TC-TATCCATGTTTG------CCA--G-A---AT-GACgcattgcgttctgcacgccaagcagatataatgataggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|11 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgAAA-GTGCG--GAATGGGATTAGGTGTGACATTG---ACCTTGA------AAATGGGGA-CAGATATGTTGG-GTTC-TACA-TGTCG--CCGCCATGT---------G-ATT---GTAAACGTA-C-CTAG-T-----TA--T----TTT--
gi|8 : gaaagccatcaacgcattccagagttatgaacccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagAA-GT-CACTGAATGACATTCAGTGTCACCTTG---A---TGA------AGA--AGG--CACAG-----TG-GCTTCTGCA-TGTCA--CCTTGATTT--TAT----C-G-----GTAA--------A-AG-T-----TA--T----TTT--GAAA-TA-CATCCA
gi|6 : aatgtgtgaatcttgatcttgaagataaggactcaactgtaggtctgcacatcgccttaatgtggtaccggtaagtaaatgtgtaaatgtaaatgtaaaagttgaggagcgtttactgtaaatATGACATTTTGTGTAACCCTG---ACCTTGA------AAATGGGAA-GACGCATGTTGG-GT--------TGTCA--CCTGGAAGT--GAT----G-A-----ATAAATGTG-CTA-AG-T-----TA--T----TCT--GAAA-AC-CATCCGTGCATA------CCA--G-AGTTAT-GAAAT
gi|9 : TTCAGTGTGACCTTC---ACCTTGA------AAA-TGGGATCACATATGTTTG-GTTC-TGC---ACCA--C---AATGT--GAT----A-A-----GTAAA---G-CTA-CA-T-----TT--T----TTTTAA-AA-CC-CATTCATGTATA------CCA--G-A---GTGGACAggatccattttttttatataatcatacattatgaattttagtttgacgttgaccttaaaactgaggatgtatgtggggtgggggagttctgcacaaagtctatgtgtactgactacatacatatgcaaagttacatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|8 : aATCTTG---ATCTTGA------AGATAAGGA-CTCAACTGTA-G-GTCT--GCA-CATCG--CCTTAATGTGGTACCGGTA-A-----GTAAATGTG-T-A-AA-TGTAAATG--TAAAAGTT--G-AG-GAGCGTTTAC-TGTAAATAAGTCACTG-A---AT-GACATTC-----AGTGTCACCTT----GA----TGAAG---AAGGcaatttctgacaggcagaaagacagatggatagatggatggacagacatccgaggcaaaatagaagtctcc
gi|15 : aatgtgtgaG---ACCTTGA------AAATGAGGA-CAGAAATATTGA-GTTC-TGCA-CTTTG--TTTCAATGT--GAT----G-A-----GTGAATGTT-C-C-AA-G-----TGATT----TTC--A-AA-TC-TATCCACGCATA------CCA--G-A---GT-cacagtggcttctgcatgtcaccttgattttatcggtaaaagttattttgaaatacatcca
gi|16 : tG---ACTTTGA------AAACGGGGA-CGCAAATGTTGG-GTTC-TACA-CGTCAAGCC--GATGT---------G-------------ATG-C---CA-T-----TT--T----TTT--A-AA-TC-CACCAATtatggagtgaatagaacttttgatggatgtatatcttagacaaaatagaag
gi|1 : ccATGAAGA-CACAAACATATG-ACTT-TGCC-TATCG--CCTCGATGT--TAA----G-A-----ATAAATGGG-CTA-AA-T-----TG--T----TTT--G-AA-CT-CAT--------A------C-----------T-GACATTC-----AGAGTGACATT----GACACATAAAC---ACGGG-G-ACATAAATGTTGAGTT-CT----GCA-TG---TTAAA--CCAA--TATGAGAT--GTGA-ATGTGTAAACG--CTATTTTTACACCCACCCATGCAC-ACCAGAGTAT-T--AGCGGA--CA-CGATTTTCA-TGCCTAAT--TAT------ATATAATGATATTC-----AGTAT------TAAACTGACCTTGA------------AGAT-acatgcgatagcttatggagcggacacaattttcatat
gi|5 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttgAAGTATATG-GTTT-TGCA-CGTTG--CCTCTATGT--TTT----A-T-----ATTAATGTG-CAA-AA-T-----TA--T----TTT--G-AACTT-CATGCATACATG------CCA--G-A---AC-AACATTT-----AGCTTGA--------AA-AT-T-------AT-AGAG-ATAC-AATATT-AG----------GT-TG---TC--A----AACTGATGTGATGAAT-----------ACATT------TGAAATCCATTAATGCAT-GCC--AGTCA-TGGATCAGA--CA-ggtgacttgcatttggattctgctagacactttcgtgtgattcctacatgtactaagttattttgaaatatttcgttgcataccagagtttttaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacagatggaag
gi|3 : accaatgataatgtgattttcctaccataactgtacaagcccaggtgtagcacacatcattttgttgtagatcatttgtacaaagtgcaccaaactgacccactggattcagcaattgtaggcacttatttaatctgaccttgtcctttTATG-GTTT-TGTA-CATGG--CCTTCATGT--TTT----G-A-----A----CATG-CCA-AA-T-----TA--T----TTT--G-AAATT-CATTCATGTGTG------CCA--G-A---TT-TACATTCAGTGAAGTGTGACCTT----GACCC-TGAAG---ATGGG-G-ACATATATGTT--G---CT----GC--------C--A--TG------TAC--TGAGTAA-ATGT---ACCAAGATATTTTGAAACCAATATCTATAT-ACCAGAGTTA-TGGAATGGA--CA-----TTTTA-TAT--AAT--AA-A-----ACATTATGACATTC-----A--GTGTGTTAT----TGACCTTTA------------AG---ATGGGTCTGCAT-----G-TTAC--------CT-----CAATGT---A----------AT-----TA------G-------A-------A------A---------------GTAA---A---TT----------T---GAAATCCATTCATGCATATCAG--TGTTGTGA---AGg
gi|14 : gG-GTTC-TACA-TGTTT--TCCCCATGT--CAT----G-AGAGTAATGAGC----C-A-AT-T-----TA--T----TCT--G-AAATC-CATCCATGCATA------CCA--G-A---GT-ttgactcactttttgagacaagataagacaagacaatatatgtctccgagagatataaataca
gi|18 : caacattttgTTC-TGCA-CATTG--TCTCGATGT--CAT----G-G-----GTAAATGTG-T-A-AAGT-----TGCTT----TTT--T-AA-----ATCCATGTGTG------CTA--GTA---AT-Gtatggagcagatacattctaatcatataattatatataattttcagtgtgaccttggagatggggacgtatt
gi|4 : ttgat-A-AA-T-----TG--T----TTT--G-AA-CT-CAT--------A------C-----------T-GACATTC-----AGAGTGACATT----GACACATAAAC---ACGGG-G-ACATAAATGTTGAGTT-CT----GCA-TG---TTAAA--CCAA--TATGAGAT--GTGA-ATGTGTAAACG--TTATTTTTACACCCACCCATGCAC-ACCAGAGTAT-T--AGCGGA--CA-CGATTTTTA-TGCCTAAT--TAT------ATATAATGATATTC-----A--ATATTAAAC----TGACCTTGA------------AGAT-GGTGACTTGCAT----------TT-G---GATT-----C--TGCTAGAC---------ACTTTCGTG------T-------G-------ATTCCT-ACAT----GTA-----CTAA---G---TTATTT------T---GAAATATTTCGTTGCATACCAG--AGTTATgagtggacaaga
gi|12 : gggctTT--G-TG-TC-C--CTATGTG---------CA--A-A---AA-AAAGTTC-----AATATGACCTTGCTGAAC-T-TGAAC---ATGAGGA--CACAAACGTtaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacag
gi|13 : atcactccTTCATATATAATG---CCATAA-A---AT-GACATTC-----ACTCTGACCTT----GACTT-TGAAG---ATGaaaagttctgaaatattcccggtgttatataataaatatgccaaagtcttttgaaatacatccatacatgccagaatgtcatgcatta
gi|10 : atgtgatgatacatgtctcacatgattatgagtttcatccatcaatacaataattgtgagcggatactagtA--G-A---AT-GACCTTC-----AGTGTGACC----------T-TGAAGTTTATG-----ACACAAATGcgtacacgcatagtgatggtaggtggtgcacatc
gi|6 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgcccttctgccaaaattgt---AT-GACATTT-----TGTGTAACCCT----GACCT-TGAAA---ATGGGAAGACGCA--TGTT-GG---GT--------TG---TC--ACCTG----GAAGTGATGAATAA-ATGT---GCTAAGTTATTCTGAAAACCATCCGTGCAT-ACCAGAGTTA-TGAAATGGATCCA-TTTTTTTTA-TAT--AAT--CAT------ACATTATGAATTTT-----A--GT------T----TGACGTTGA------------caaggttttgcacattgcctaaatgttgtaaatacacgtgaaaattactttgaaatctatccatgtttgccagaatgac
gi|9 : ATTC-----AGTGTGACCTT----CACCT-TGAAA---ATGGG-A-TCACATATGTT-TG---GT----TCTGCA---CC--A--C-----AATGTGATAAGTAA-AGCT----ACATTTT-TTTTAAAACCCATTCATGTAT-ACCAGAGTccttaaaactgaggatgtatgtggggtgggggagttctgcacaaagtctatgtgtactgactacatacatatgcaaagttacatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|15 : T----GACCT-TGAAA---ATGAGGA--CAGAAATATTGAG---TTCTGCACT-TTGTTTC--A---------ATGTGATGAGTGA-ATGT---TCCAAGTGATTTTCAAATCTATCCACGCAT-ACCAGAGTTA-TGGAGTggacacaatttctgacaggcagaaagacagatggatagatggatggacagacatccgaggcaaaatagaagtctcc
gi|16 : ACTT-TGAAA---ACGGGGA--CGCAAATGTT-GGGTTCT----ACA-CG---TC--A--AGCC--GATGTGATG---C-----------CATTTTTTT---AAATCCACCAATACAT-GCGATAGCTTATGGAGCGGA--CA-gaatagaacttttgatggatgtatatcttagacaaaatagaag
gi|14 : ccg-TG---TC--A--TGA---GA-GTAATGAGCCA-AT-----------TTATTCTGAAATCCATCCATGCAT-ACCAGAGTTA-TGGAGCAG----A-TACATTCT-------AAT--CATATAATTATAT-ATAATTTTC-----A--GT------G----TGACCTTGG------------AGAT-GGGGACcaattttcatat
gi|13 : caacattttgggttctacatgttttccccaATGTGATGATACATGTCT---CACATG--ATTATGAGTTTCATCCAT-CAATACAATAATTG-TG-AGCGGA--TACTAGTTTCATATAT--AATGCCATA-----A---AATGACATTC-----A--CT------C----TGACCTTGACTTTGA------AGAT-GCGTACACGCAT-----A-GTGAT-GGTAGGTG-----G--TGC---AC---------AT-----gtatt
gi|5 : --CATG-----CCAGAACAACATTT-----A--G----------------CTTGA------------AAATTATAGAGATACA--------ATATT-A---GGTT-----G--T-C---AA---------AC-----TG------A-------------------------T----GTG-----ATGA---A----TACATT-----T---GAAATCCATTAATGCATGCCA----GTCATGGATCAGACAc
gi|7 : accaatgataatgtgattttcctaccataactgtacaagcccaggtgtagcacacatcattttgttgtagatcatttgtacaaagtgcaccaaactgacccactggattcagcaattgtaggcacttatttaatctgaccttgtcctttaagtatatggttttgcacgttgcctctatgttttatattaatgtgcaaaattattttgaacttcatgcata-----ACAGAATGACCTTC-----A--AT------G----TGAGCGTGATCGTGACTTATAAAAT-AAGGACACACGT-----GTATGGTAA---GGCA-----C--ATC---GC---------AT-----TG------ATTTTATGA-------AT-----AGAC----GTG-----TCTA---A---TCAATT------T---GAAATCAGTCAATGCGTGCCAGAATGTTGTg
gi|1 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttacccatctttcggcccaaatgtCATACTGACATTC-----A--GA------G----TGACATTGACACAT-------AAAC-ACGGGGACATA------A-ATGTT-G---AGTT-----C--TGC---AT---------GT-----TA------A-------ACCAATATG------AGAT----GTGAATGTGTAA---ACG-CTATTT------T---TACACCCACCCATGCACACCAG--AGTtaagtgtgacattgaccttgagaacggggacacaagcattgcgttctgcacgccaagcagatataatgataggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|10 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttgatgaagacacaaacatatgactttgcctatcgcctcgatgttaagaataaatgggctaaattgttttgaactAATGACCTTC-----A--GT------G----TGACCTTGA------------AGTTTATG---ACACA------A-ATGCA-A---GGTT-----T--TGC---AC---------AT-----TGCCT---A-------A-------ATGTTGTAAATACACGTG-----AAAATT-A---CTT---------T---GAAATCTATCCATGTTTGCCAG--attagcggacacgattttcatgcctaattatatataatgatattcagtattaaactgaccttgaagatggtgacttgcatttggattctgctagacactttcgtgtgattcctacatgtactaagttattttgaaatatttcgttgcataccagagtttttaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacagatggaag
gi|6 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgcccttctgccaaaattgtagATGACATTTTGTGTA--AC------CC---TGACCTTGA------------AAAT-GGGAAGACGCA---------TGTT-G---GGTTGTCACC--TGG---AA---------GTGA---TG------A-------A-------T------AAAT----GTG-----CTAA---G---TTA---------TTCTGAAAACCATCCGTGCATACCAG--AGTTATGA---Aaatgac
gi|8 : -----A--ATC-----T----TGATCTTGA------------AGAT-AAGGACTCA-AC--------TG-T-A---GG-T-----C--TGC---AC---------AT-----CG------C-------C-------T------TAAT----GTG-----GTAatggatccattttttttatataatcatacattatgaattttagtttgacgttgaccttaaaactgaggatgtatgtggggtgggggagttctgcacaaagtctatgtgtactgactacatacatatgcaaagttacatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|7 : aatgtgtg------T----TGACCTTGA------------GAAC-GGGGACACAAGC-----A-TTGC-------GTT-----C--TGC---AC---------ccggtaagtaaatgtgtaaatgtaaatgtaaaagttgaggagcgtttactgtaaataagtcactgaatgacattcagtgtcaccttgatgaagaaggcacagtggcttctgcatgtcaccttgattttatcggtaaaagttattttgaaatacatcca
gi|9 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttacccatctttcggcccaaatgtacagaatgaccttcaatgtgagcgtgatcgtgacttataaaataaggacacacgtgtatggtaaggcacatcgcattgattttatgaatagacgtgtctaatcaatttgaaatcagtcaatgcgtgccagaatgttgttaagtgtgaca------T----TCACCTTGA------------AAAT-G-GGAT-CACAT-----A--TGTT-T---GGTT-----C--TGC---AC---------C------------------------------A------CAAT----GTGATAA-GTAA---AG--CTACATTTTTTTT---AAAACCCATTCATGTATACCAG--AG---TGG---ACACA-ATTgccaagcagatataatgataggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|11 : attcagtgtgacc------T----TGACCTTGA------------AAAT-GGGGACAGAT---------ATGTT-G---GGTT-----C--TAC---AT---------GT-----CG------tctgacaggcagaaagacagatggatagatggatggacagacatccgaggcaaaatagaagtctcc
gi|12 : gaaagccatcaacgcattccagagttatgaacccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagaaagtgcggaatgggattaggtgtgaca----TGAACTTGA------------ACAT-GAGGACACAAACGTAAAA-GTTCT-G---AAAT-----A--TTC---CC---------GG-----TGTTATATA-------A-------T------AAAT----ATG-----CCAA---AGTCTTT---------T---GAAATACATCCATACATGCCAGAATGTCATGccgccatgtgattgtaaacgtacctagttatttt
gi|15 : atcactccttgtgtccctatgtgcaaaaaaaagttcaatatgaccttgc----TGACCTTGA------------AAAT-GAGGACAGA--------A-ATATT-G---AGTT-----C--TGC---ACTTTGTTTCAATGTGA-TG------A-------G-------T------GAAT----GTT-----CCAAGTGA---TTT---------T---CAAATCTATCCACGCATACCAG--AGTTATGG---AGcatta
gi|14 : AAT----GAG-----CCAATTTA---TTC---------T---GAAATCCATCCATGCATACCAG--AGTTATGG---AG-CAGA-TACATTCtgaatagaacttttgatggatgtatatcttagacaaaatagaag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GTGTAGCCTGGATGTGACGAGTAAATGTTACTTTGAAATATATCATTCAATGCATGCCATAGATATGGAAACGGATAAGACTTCTGACGGACGGACGGACGGACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111 11111111 111111111 111 1 222222 11111111111 444444444444444444444444444444 333333333333333 1111 11111111 11111 11 22222222222222222 6666666 111111 333333333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 1
lowQualScore : 0 888 000 6 1 99 1 4 99999 33333333 0 0 3 666 0 11 44 222222222 0 222 3 6 44 0 000000 2 2 33 4 33333333333 4 1 6 0 2 555 44 3 44 3 888888888888888888888888888888 888888 4 5 777777777777777 0000 33 2 2 44 00000000 33 22222 44 9999999 00 4 00000000000000000 1 5555555 0 222222 1 888888888888888 777 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 0 6 777 0 7 3 7
lowQualScore : . ... ... . . .. . . ..... ........ . . . ... . .. .. ......... . ... . . .. . ...... . . .. . ........... . . . . . ... .. . .. . .............................. ...... . . ............... .... .. . . .. ........ .. ..... .. ....... .. . ................. . ....... . ...... . ............... ... . ................................................................. .. . . ... . . . .
lowQualScore : 7 555 555 7 0 22 9 4 00000 22222222 7 7 3 999 7 11 66 444444444 1 777 1 2 66 9 999999 8 1 77 0 77777777777 0 6 7 7 2 888 66 3 66 3 222222222222222222222222222222 222222 0 1 777777777777777 1111 99 9 9 11 44444444 99 11111 22 1111111 00 0 99999999999999999 9 2222222 1 888888 0 555555555555555 888 9 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 7 7 555 2 3 3 3
consensus : CACTC-C-CTTT-GGCCCAAA-GTGCA--GAATGACNTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANGGTTCTGCACGTCGCCTCGATGT--TA----TG-AATAAACGTG-C-A-AA-TTA--TTTTG-AA----TTCATCCATGCGTGCCAG-AATGACATTCAGT----G-----TGA-CCTTGAC-CTTGAAAAC---GG--G-GAC--ACAAATG-TTGGG-T-CTGCA---CGTCA---C--G-A--GATGT------GATGAGTAAATGT---A-C-ANGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGC--------GGA--CAC--GNTTT--TT-----A-TG--TA-AT--CATA-A----CAT--AATGACATTCAGT-T-A-ACTGACCTTGA------AGATGGGGACACGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-A--------CG-----T-T-------------GA---NTAN---ATGTGNT---AAA--TTATT-TT--GAAATCCATCCATGCATAC-CAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
Reference ( family-4230 ) : CACCC-T-CTTT-GGCCCAAA-GTGCA--GAATGACATTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AAATGAGGACACAAATGT-ANGGTTCTGCACGTCGCCTCGATGT--TA----TG-AGTAAACGTG-C-A-AA-TTA--TTTTG-AA----TCCATCCATGCGTGCCAG-AATGACATTCAGT----G-----TGA-CCTTGAC-CTTGAAGAC---GG--G-GAC--ACAAATG-TTGAG-T-CTGCN---TGTCA---C--G-A--GATGT------GATGAGTNAATGT---A-C-ANGTTATTTTGAAAC---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGC--------GGA--CAC--GNTTT--TT-----A-TA--TA-AT--CATA-A----CAT--AATGACATTCAGT------TTGACCTTGA------AGATGNGGACACGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-A--------CG-----T-T-------------GA---ANAA---ATGTGNT---AAA--TTA---TT--GAAATCCATCCATGCATAC-CAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
gi|1 : ATGAAGACACAAACAT-ATGACTTTGCCTATCGCCTCGATGT--TA----AG-AATAAATGGG-CTA-AA-TTG--TTTTG-AA----CTCATAC--------------TGACATTCAGA----G-----TGA-CATTGACACATAAACAC---GG--G-GAC--ATAAATG-TTGAG-TTCTGCA---TGTTAAACC--A-A--TATGA------GATG--TGAATGTGT-A-A-ACGCTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG--TAT-T-AGC--------GGA--CAC--GATTT--TC-----A-TGCCTA-AT--TAT--A----TAT--AATGATATTCAGTATTAAACTGACCTTGA------AGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCG-----TGT-------------GATTCCTAC---ATGTACT---AAG--TTATT-TT--GAAATATTTCGTTGCATAC-CAGAGTT
gi|1 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttgAATGATATTCAGTATTA-AACTG---ACCTTGA------AGATGGTGACTTGCATTT--GGATTCTGCTAGACACTTTCGTGT--GA----TT-CCTACATGTA-CTA-AG-TTA--TTTTG-AAATATTTCGT---TGCATACCAG-AGT--TTTTAAGTAAACA-----CGA-TTTTGAC-C-----GAC---GGACA-GACAGACAGATG-tttaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacagatggaag
gi|10 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttgatgaagacacaaacatatgactttgcctatcgcctcgatgttaagaataaatgggctaaattgttttgaactcatactgacattcagagtgacattgacacataaacacggggacataaatgttgagttctgcatgttaaaccaatatgagatgtgaatgtgtaaacgctatttttacacccacccatgcacaccagagtattagcggacacgattttcatgcctaattatatatC-C-CTTC-TGCCAAAA-TTGTA--GAATGACCTTCAGTGTGA-CCT---------TGA------AGTTTATGACACAAATGC-AAGGTTTTGCACATTGCCTAAATGT--TG----TA-AATACACGTG-A-A-AA-TTA--CTTTGAAA----TCTATCCATGTTTGCCAG-AATGACgaag
gi|11 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgGAAAG---C--CATCA-ACGCATTCCAGAG-TTATGA-ACCCAACTGGGGGG--CAA--GTTTT--TT-------TG--TA-AGG-CAGA-AAGTGCGG--AATGGGATTAGGTGTGACATTGACCTTGA------AAATGGGGACA-G-ATA----TGTTGG---GTTCTAC-A--------TG-----T-C-------------G
gi|11 : AAA-GTGCG--GAATGGGATTAGGTGTGA-CATTG---ACCTTGA------AAATGGGGACAGATATGT-TGGGTTCTACATGTCGCCGCCATGT--GA----TT--GTAAACGTA-C-CTAG-TTA--TTTTccgccatgtgattgtaaacgtacctagttatttt
gi|12 : gaaagccatcaacgcattccagagttatgaacccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagCACTC-C-TTGT-GTCCCTAT-GTGCA--AAAAAAAGTTCAATATGA-CCTTGCTGAACTTGA------ACATGAGGACACAAACGTAAAAGTTCTG-AAATATTCCCGGTGT--TA----TATAATAAATATGCC-A-AA-GTC--TTTTGAAA----TACATCCATACATGCCAG-AATGTCATGCA
gi|13 : atATGT------GATGA-TACATGTCTCA-C-ATG--ATTATGAGTT---T--CATCC-ATCAATACAATAA-TTGTG--AGC--------GGA--TACTAGTTTC--AT-----A-TA--TA-ATGCCATA-A---------AATGACATTCACT------CTGACCTTGACTTTGAAGATGCGTACACGCATAGTGATGGTAG---GTGGTGC-A--------CA-----T-tta
gi|14 : ---ATTTTGG---GTTCTAC-A--------TG-----T-TTTCCCCATGTCATGAG--AGTA---ATGAGCC---AAT--TTA---TTCTGAAATCCATCCATGCATAC-CAGAGTTAT---GGAG-CA-GA-TACATTCc
gi|14 : caacCA---TGTCA---T--G-A--GA-GT------AATGAGCCAAT------------TTATTCTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGC--------AGA--TAC--ATTCTAATC-----A-TA--TA-AT--TAT--A----TAT--AATT---TTCAGT------GTGACCTTGG------AGATGGGGACtaatcatataattatatataattttcagtgtgaccttggagatggggacgtatt
gi|15 : caacattttgggttctacatgttttcccTGAC-CTTGAAAAT---GA--G-GAC--AGAAATA-TTGAG-TTCTGCACTTTGTTT---C--A-A----TGT------GATGAGTGAATGTT--C-C-AAGTGATTTTCAAAT---C--TATCC-ACGCATACCAGAG-TTATGG-AGT--------GAA--TAG--AACTT--TTGATGGA-TG--TATAT--CTTAGA----CAA--AATgtatt
gi|16 : GAC-TTTGAAAAC---GG--G-GAC--GCAAATG-TTGGG-TTCTACA---CGTCA---A--G-CC-GATGT------GATGC-------------C-A--TT-TTTTTAAAT---C--CACCA-ATACATGCGATAGCTTATGG-AGC--------GGA--CAC--AATTT--TC-----A-TA--Tagaag
gi|17 : cc--GATGT------GACGAGTAAAT-----------GTTACTTTGAAATATAT--CATTCAATGCATGCCATAG-ATATGGAAAC--------GGA--TAA--GACTT--CT-----
gi|18 : gtgtagcctgTTCTGCACATTGTCTCGATGT--CA----TG-GGTAAATGTG-T-A-AAGTTGCTTTTTT-AA-------ATCCATGTGTGCTAGTAATGgacggacggacggacggaca
gi|2 : ttgatCACTC-TTCTTT-AACCCAAA-GTGCA--GAATGACCTTCAGTGTTA-CCTAG---ACCTTGA------AAATTAGGACACAAATAT-ACGGTTTTGCATATCACCTTGATGT--TA----CG-AATAAACATG-C-A-AA-TTG--TTTTG-AA----TCCATCCATGTGTACCAG-AATGACATTCAGT----G-----TGA-TCTTAAC-ATTGAAGAT---GG--GAAAC--ACAAATG-TT-AG---CTACT---TATCA---T--GAA--GATGC------GATGAGTCAATATA--A-C-ATTTTATTATGAAAT---C--CATTT-ATGCAAACCAGAG-TTTTGG-AGT--------AGA--CAT--GCTTT--CT-----T-TA--CA-AT--CATA-A----CAT--AATGACATTCAAT------TTGACCTTGA------AGATATGGACACACACA---ATGCTGG---GCTCTGC-A--------CA-----T-T-------------GA---AAAA---ATGTGGC---AAA--CTA----T--GAAATCCATCCATGTATAC-CAGTGTTAT---GGAGACA-TATTATATTCgagtggacaaga
gi|3 : GT-ATGGTTTTGTACATGGCCTTCATGT--TT----TG-A----ACATG-CCA-AA-TTA--TTTTG-AAA---TTCATTCATGTGTGCCAG-ATTTACATTCAGT----GAAGTGTGA-CCTTGAC-CCTGAAGAT---GG--G-GAC--ATATATG-TTG-----CTGCC--------------------ATGT------ACTGAGTAAATGT---ACC-AAGATATTTTGAAAC---CAATATCT-AT--ATACCAGAG-TTATGG-AAT--------GGA--CA------TT--TT-----A-TA--TA-AT--AA-A-A----CAT--TATGACATTCAGTGTGTTATTGACCTTTA------AGATGGG-------------------------TCTGC-A--------TG-----T-T-------------AC---CTCA---ATGTAATTAGAAA--GTAAATTT--GAAATCCATTCATGCATAT-CAGTGTTGT---GAAGagtttgac
gi|4 : -A-AA-TTG--TTTTG-AA----CTCATAC--------------TGACATTCAGA----G-----TGA-CATTGACACATAAACAC---GG--G-GAC--ATAAATG-TTGAG-TTCTGCA---TGTTAAACC--A-A--TATGA------GATG--TGAATGTGT-A-A-ACGTTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG--TAT-T-AGC--------GGA--CAC--GATTT--TT-----A-TGCCTA-AT--TAT--A----TAT--AATGATATTCAATATTAAACTGACCTTGA------AGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCG-----TGT-------------GATTCCTAC---ATGTACT---AAG--TTATT-TT--GAAATATTTCGTTGCATAC-CAGAGTTATTAAGTAAACACGATttgactcactttttgagacaagataagacaagacaatatatgtctccgagagatataaataca
gi|5 : gggctATTTAATCTGA-CCTTG---TCCTT-------------------TAAGTAT-ATGGTTTTGCACGTTGCCTCTATGT--TT----TA-TATTAATGTG-C-A-AAATTA--TTTTG-AAC---TTCATGCATACATGCCAG-AACAACATTTAG-----------------------CTTGAAAATTATAG--A-GAT--ACAA-TA-TTAGG-T---------TGTCA------A-ACTGATGT------GATGAAT---------A-C-A------TTTGAAAT---C--CATTA-ATGCATGCC--AG-TCATGG-ATC--------AGA--CAttgaccgacggacagacagacag
gi|6 : accaatgataatgtgattttcctaccataactgtacaagcccaggtgtagcacacatcattttgttgtagatcatttgtacaaagtgcaccaaactgacccactggattcagcaattgtaggcacttATGACATTTTGT----G-----TAA-CCCTGAC-CTTGAAAAT---GG--G-AAG--ACGCATG-TTGGG-T---------TGTCA---CCTG----GAAGT------GATGAATAAATGT---G-CTAAGTTATTCTGAAAA---C--CATCC-GTGCATACCAGAG-TTATGA-AAT--------GGATCCAT--TTTTT--TT-----A-TA--TA-AT--CAT--A----CAT--TATGAATTTTAGTTTGACGTTGACCTTAA------AACTGAGGATGTATGTG---GGGTGGGGGAGTTCTGC-A--------C---------------------------AAAGTCTATGTG-----------TA---CT--GA---CTA--CATACATATGCAAAGTTAg
gi|7 : ACCCAT-CTTTCGGCCCAAATGTACA--GAATGACCTTCAATGTGA-GCGTG---ATCGTGACTTATAAAATAAGGACACACGTGT-ATGGTAAGGCACATCGCATTGATTT--TA----TG-AATAGACGTGTC-T-AA-TCA--ATTTG-AAA---TCAGTCAATGCGTGCCAG-AATGTTGTTAAGT----G-----TGA-CATTGAC-CTTGAGAAC---GG--G-GAC--ACAAGCA-TTGCGTT-CTGCA---CGCCA---A--GCA--GATAT------AATGAcatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|8 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttGTGTGAATCTTG---ATCTTGA------AGATAAGGACTCAACTGT-AGG--TCTGCACATCGCCTTAATGTGGTACCGGTA-AGTAAATGTG-T-A-AA-Ttaggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|8 : aatGT----G-----TGAATCTTGAT-CTTGAAGAT---AA--G-GAC--TCAACTG-TAG-G-T-CTGCA---CATCG---CCTT-A---ATGTGGTACCGGTAAGTAAATGT---G-T-AAA------TGTAA-------------ATGTA----AAAG-TTGAGG-AGC--------G-------------T--TT-----ACTG--TA-A----ATA-AGT--CACTGAATGACATTCAGT------GTCACCTT---------GATGAAGA-AGGCACA---G---TGG---CTTCTGC-A--------TGTCACCT-T-------------GA---TTTT---AT-CGGT---AAAAGTTATT-TT--GAAATACATCCAgtaaatgtaaaagttgaggagcgtttactgtaaataagtcactgaatgacattcagtgtcaccttgatgaagaaggcacagtggcttctgcatgtcaccttgattttatcggtaaaagttattttgaaatacatcca
gi|8 : aatAA-GT-CACTGAATGACATTCAGTGTCA-CCTTG---A---TGA------A---GAAGGCACA---GT--GGCTTCTGCATGTCACCTTGATTT--TA----TC-GGTAA--------A-AG-TTA--TTTTGAAA----TACATCCA
gi|9 : aatgtgtgaatcttgatcttgaagataaggactcaactgtaggtctgcacatcgccttaatgtggtaccggtaagtaaatgtgtaaatgtaaatgtaaaagttgaggagcgtttactgtaaatATTCAGT----G-----TGA-CCTTCAC-CTTGAAAAT---GG--G-ATC--ACATATGTTTGGT-T-CTGCA-----CCA---C-------AATGT------GATAAGTAAAGCT---A-C-ATTTT-TTTTAAAAC---C--CATTC-ATGTATACCAGAG-T-----------------GGA--CAC--AATTT--CT-----
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111111 1111 1111111111 222222 11111 111111 444444444444 222222222222 111 1111 6666666666 3333333 111 999999999999999999999999999999999999999 1111 111 1
lowQualScore : 0 00 8 33 5 2 888 0 444444 2 1 1 4 1 44444444 3 1 44 77 3333 888888 3 7777 1111111111 3 6 3 55555 7 111111 3 3 0 88888888 0 55 3 1 00000 2 6 555 1 3 3 3 777777 66666 555555555555 22 0 666666666666 555 44 3 3 4 99 44 99999 55 99999 222 5 66 3333 1 5 3333333333 0 88 6666666 000 777777777777777777777777777777777777777 1 7777 5 6 2 444 1 7 3 7
lowQualScore : . .. . .. . . ... . ...... . . . . . ........ . . .. .. .... ...... . .... .......... . . . ..... . ...... . . . ........ . .. . . ..... . . ... . . . . ...... ..... ............ .. . ............ ... .. . . . .. .. ..... .. ..... ... . .. .... . . .......... . .. ....... ... ....................................... . .... . . . ... . . . .
lowQualScore : 0 55 0 55 0 5 888 2 444444 0 9 9 0 0 55555555 1 2 66 99 8888 999999 3 1111 6666666666 1 2 1 44444 3 555555 6 6 5 77777777 5 00 6 1 00000 5 7 888 4 3 6 3 888888 44444 000000000000 11 1 222222222222 444 22 1 3 5 22 66 66666 00 11111 999 0 99 8888 7 7 3333333333 7 33 3333333 000 999999999999999999999999999999999999999 0 0000 2 0 5 000 4 3 3 3
consensus : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA--T--TTTG-AA-----NTC-A-TCCATGCGT--GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAA---ACGGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CAC--GATTT--TT-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAG-T-T-TGA-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-----AC----GT-T---------------GANT---ANATGTGCT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
Reference ( family-4230 ) : CACTCC-CTTTGGCCCAAA-GTGCAGAATGACNTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACGTCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA--T--TTTG-AA-----TTC-A-TCCATGCGT--GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAA---ACGGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CAC--GNTTT--TT-----ATG--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAG-T---TAA-C--TGACCTTGAAGATGGGGACACGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-----AC----GT-T---------------GANT---ANATGTGNT----AAATTATTTTGAAATCCATCCATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
gi|1 : GATGAAGACACAAACAT-ATG--------ACTTTGCCTATCGCCTCGATGT--TA----AG-A----ATA-AAT----GG------G-CTA-AA-T-TG--T--TTTG-AA-----CTC-A-TAC------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAAC---ACGGG-GACATAAATG-TTG-AG-TTCTGCAT---GTTAAACC--A-A--TATGAGATGTGAATGTGT---A-A-A-CGCTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG-T-ATT--AGCGGA--CAC--GATTT--TC-----ATGCCTA-AT--TATA--TATAATGATATTCAG-TAT-TAAAC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCGTGT---------------GATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTT
gi|10 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttCC-CTTCTGCCAAAA-TTGTAGAATGACCTTCAGTGTGA-C---------CTTGA------AGTTTATGACACAAATGC-AAG--------GTTTTGCACATTGCCTAAATGT--TG----TA-A----ATA-CAC----GT------G-A-A-AA-T-TA--C--TTTG-AA-----ATCTA-TCCATGTTT--GCCA--G-AATGACtttaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacagatggaag
gi|11 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgGAAAGCCATCAACGCATTCCAGAGTTAT---GAA
gi|11 : GT--TA----TG-A----ACCCAACTGGGGG------G-C-A-AG-T-TT--T--TTTGTAA-----GGC-A-GAAA---GT--GC-G--G-AATGGGATTAGGTG-----TGACATTGAC-CTTGAAA---ATGGG-GACAGATATG-TTG-GGTT-CTACAT---GTCGC--C--G-C--CATGTGATT-GTAAACGT---A-C-CTAGTTATTTTcccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagaaagtgcggaatgggattaggtgtgacattgaccttgaaaatggggacagatatgttgggttctacatgtcgccgccatgtgattgtaaacgtacctagttatttt
gi|11 : gaaagccatcaacgcattccagaAAA-GTGCGGAATGGGATTAGGTGTGA-CATTG---ACCTTGA------AAATGGGGACAGATATGT-TGG--------GTTCTACATGTCGCCGCCATGT--GAT---TG-------TA-AAC----GT------A-C-CTAG-T-TA--T--TTT
gi|12 : gaaagccatcaacgcattccagagttatgaacccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagCACTCC-TTGTGTCCCTAT-GTGCAAAAAAAAGTTCAATATGA-CCTTGCTGAACTTGA------ACATGAGGACACAAACGTAAAA--------GTTCTG-AAATATTCCCGGTGT--TA----TATA----ATA-AAT----AT------GCC-A-AA-G-TC--T--TTTGAAA-----TAC-A-TCCATACAT--GCCA--G-AATGTCATGCA
gi|13 : atATGTGATGA-TACATGTCTCA-C-A-TG--ATTATGAGTT---T--CATCC-ATCAATACAATAA-TTGTG--AGCGGA--TACTAGTTTC--AT-----ATA--TA-ATGCCATA-A---AATGACATTCAC-TC--TGA-CCTTGACTTTGAAGATGCGTACACGCATAGTGATGGTAG---GTGGTGC-----AC----AT-tta
gi|14 : ---ATTTTGG---GTTCTAC-----AT----GT-TTTCCCCATGTCATGAGAGT---A-ATGAGCC----AATTTATTCTGAAATCCATCCATGCATACCAGAGTTAT---GGAG-CA-GA-TACATTCc
gi|14 : caacCAT---GTCA---T--G-A--GA-GTAATGAGCCAAT-------------TTATTCTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCAGA--TAC--ATTCTAATC-----ATA--TA-AT--TAT--ATATAATT---TTCAG-T-------G--TGACCTTGGAGATGGGGACtaatcatataattatatataattttcagtgtgaccttggagatggggacgtatt
gi|15 : caacattttgggttctacatgttttcccTGAC-CTTGAAA---ATGAG-GACAGAAATA-TTG-AG-TTCTGCACTTTGTTT---C--A-A----TGTGATGAGTGAATGTT--C-C-A-AGTGATTTTCAAAT---C--TATCC-ACGCATACCAGAG-TTATGG-AGTGAA--TAG--AACTT--TTGATGGATG--TATAT--CTTAGACAAAATgtatt
gi|16 : GAC-TTTGAAA---ACGGG-GACGCAAATG-TTG-GGTT-CTACAC---GTCA---A--GCC--GATGTGATG------------C-C-A---TT-TTTTTAAAT---C--CACCA-ATACATGCGATAGCTTATGG-AGCGGA--CAC--AATTT--TC-----ATA--Tagaag
gi|17 : cc--GATGTGACGAGTAAAT------------GTTACTTTGAAATATAT--CATTCAATGCATGCCATAG-ATATGGAAACGGA--TAA--GACTT--CT-----
gi|18 : gtgtagcctgTTCTGCACATTGTCTCGATGT--CA----TG-G----GTA-AAT----GT------G-T-A-AAGT-TGCTT--TTTT-AA---------A-TCCATGTGT--GCTA--GTAATGgacggacggacggacggaca
gi|2 : ttgatCACTCTTCTTTAACCCAAA-GTGCAGAATGACCTTCAGTGTTA-CCTAG---ACCTTGA------AAATTAGGACACAAATAT-ACG--------GTTTTGCATATCACCTTGATGT--TA----CG-A----ATA-AAC----AT------G-C-A-AA-T-TG--T--TTTG-AA-----TCC-A-TCCATGTGT--ACCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGATCTTAAC-ATTGAAG---ATGGGAAACACAAATG-TTA-G----CTACTT---ATCA---T--GAA--GATGCGATGAGTCAATATA--A-C-A-TTTTATTATGAAAT---C--CATTT-ATGCAAACCAGAG-TTTTGG-AGTAGA--CAT--GCTTT--CT-----TTA--CA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAA-T---T------TGACCTTGAAGATATGGACACACACA---ATGCTGG---GCTCTGC-----AC----AT-T---------------GAAA---AAATGTGGC----AAACTA---TGAAATCCATCCATGTATACCAGTGTTAT---GGAGACA-TATTATATTCgagtggacaaga
gi|3 : GT-ATG--------GTTTTGTACATGGCCTTCATGT--TT----TG-A----A-----C----AT------G-CCA-AA-T-TA--T--TTTG-AAA----TTC-A-TTCATGTGT--GCCA--G-ATTTACATTCAGTGAAGTGTGACCTTGAC-CCTGAAG---ATGGG-GACATATATG-TTG------CTGC-C-------------------ATGTACTGAGTAAATGT---ACC-A-AGATATTTTGAAAC---CAATATCT-AT--ATACCAGAG-TTATGG-AATGGA--CA------TT--TT-----ATA--TA-AT--AA-A-ACATTATGACATTCAG-TGTGTTA-T--TGACCTTTAAGATGGG-------------------------TCTGC-----AT----GT-T---------------ACCT---CAATGTAATTAGAAAGTAAATTTGAAATCCATTCATGCATATCAGTGTTGT---GAAGagtttgac
gi|4 : -A-AA-T-TG--T--TTTG-AA-----CTC-A-TAC------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAAC---ACGGG-GACATAAATG-TTG-AG-TTCTGCAT---GTTAAACC--A-A--TATGAGATGTGAATGTGT---A-A-A-CGTTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG-T-ATT--AGCGGA--CAC--GATTT--TT-----ATGCCTA-AT--TATA--TATAATGATATTCAA-TAT-TAAAC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCGTGT---------------GATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTTATTAAGTAAACACGATttgactcactttttgagacaagataagacaagacaatatatgtctccgagagatataaataca
gi|5 : gggctTTTAATCTGA-CCTTG---TCCTTTA------AG-------------TAT-ATG--------GTTTTGCACGTTGCCTCTATGT--TT----TA-T----ATT-AAT----GT------G-CAA-AA-T-TA--T--TTTG-AAC----TTC-A-TGCATACAT--GCCA--G-AACAACATTTAG------------------CTTGAAAATTATAGA-GATAC-AATA-TTA-GG-T------T---GTCA------A-ACTGATGTGATGA------AT---A-C-A-------TTTGAAAT---C--CATTA-ATGCATGCC--AG-TCATGG-ATCAGA--CAttgaccgacggacagacagacag
gi|6 : accaatgataatgtgattttcctaccataactgtacaagcccaggtgtagcacacatcattttgttgtagatcatttgtacaaagtgcaccaaactgacccactggattcagcaattgtaggcacttaATGACATTTTGTG-----TAACCCTGAC-CTTGAAA---ATGGG-AAGACGCATG-TTG-GG-T-T--------GTCA---CCTG----GAAGTGATGAATAAATGT---G-CTA-AGTTATTCTGAAAA---C--CATCC-GTGCATACCAGAG-TTATGA-AATGGATCCAT--TTTTT--TT-----ATA--TA-AT--CAT--ACATTATGAATTTTAGTT---TGA-CGTTGACCTTAAAACTGAGGATGTATGTG---GGGTGGGGGAGTTCTGC-----AC----A------------------AAGT---CTATGTGg
gi|6 : ATGAATTTTAGTTTGA-CGTTG---ACCTTAA------AACTGAGGATGT--ATGT-GGGGTGGGGGAGTTCTGCACAAAGTCT--ATGTG-TAC---TG-ACTACATA-CAT----AT------G-C-A-AAGT-TA--tactgactacatacatatgcaaagttacatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|7 : atgacattttgtgtaaccctgaccttgaaaatgggaagacgcatgttgggttgtcacctggaagtgatgaataaatgtgctaagttattctgaaaaccatccgtgcataccagagttatgaaatggatccattttttttatataatcatacattC-TTTCGGCCCAAATGTACAGAATGACCTTCAATGTGA-GCGTG---ATCGTGACTTATAAAATAAGGACACACGTGT-ATG--------GTAAGGCACATCGCATTGATTT--TA----TG-A----ATA-GAC----GT------GTC-T-AA-T-CA--A--TTTG-AA-----ATC-AGTCAATGCGT--GCCA--G-AATGTTGTTAAGTG-----TGACATTGAC-CTTGAGA---ACGGG-GACACAAGCA-TTGCGT-T-CTGCAC---GCCA---A--GCA--GATATAATGAcatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|8 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttacccatGTGTGAATCTTG---ATCTTGA------AGATAAGGACTCAACTGT-AGG----------TCTGCACATCGCCTTAATGTGGTACCGGTA-A----GTA-AAT----GTGTAAATG-T-A-AA-TGTA--AAAGTTG-AGGAGCGTTT-A--CTGTAAATAAGTCACTG-AATGACATTCAGTG-----TCACCTTGA----TGAAG---AAGG----CACA---G-TGG-CT-T-CTGCAT---GTCAC--C--T-T--GATTTTATCGGTAA-----------A-AGTTATTTTGAAAT---A--CATCC-Ataggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|9 : aatATTCAGTG-----TGACCTTCAC-CTTGAAA---ATGGG-ATCACATATGTTTG-GT-T-CTGCAC-----CA---C-------AATGTGATAAGTAAAGCT---A-C-A-TTTT-TTTTAAAAC---C--CATTC-ATGTATACCAGAG-T---------GGA--CAC--AATTT--CT-----
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111111 1111 1111 111 11111111111 11111 111111 444444444444 333333333333333 111111111111 11 22 44444444444 3333333 111 999999999999999999999999999999999999 1111 111 1
lowQualScore : 0 00 8 22 5 2 888 0 444444 2 1 1 4 1 44444444 1 44 77 3333 888888 3 7777 999999 777 3 9 3 0000 3 666 3 3 2 55555555555 0 55 3 1 00000 2 6 7777 3 3 3 777777 77777 555555555555 2 000000000000000 555 44 3 44 555 44 77 000000000000 22 5 66 00 2 1 33333333333 0 55 6666666 000 444444444444444444444444444444444444 7 0 4444 6 1 444 1 7 3 7
lowQualScore : . .. . .. . . ... . ...... . . . . . ........ . .. .. .... ...... . .... ...... ... . . . .... . ... . . . ........... . .. . . ..... . . .... . . . ...... ..... ............ . ............... ... .. . .. ... .. .. ............ .. . .. .. . . ........... . .. ....... ... .................................... . . .... . . ... . . . .
lowQualScore : 0 55 0 00 0 5 888 2 444444 0 9 9 0 0 55555555 2 66 99 8888 999999 3 1111 666666 666 1 2 1 8888 6 666 6 6 0 11111111111 5 00 6 1 00000 5 7 2222 3 6 3 888888 11111 000000000000 0 999999999999999 444 22 1 77 555 66 77 666666666666 22 0 99 55 2 7 44444444444 7 55 3333333 000 888888888888888888888888888888888888 5 7 2222 0 0 000 4 3 3 3
consensus : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TT-G--AC--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-A--------CGT-T---------------GA---CTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
Reference ( family-4230 ) : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TT-G--AC--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-A--------CGT-T---------------GA---NTANATGTGCT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
gi|1 : GATGAAGACACAAACAT-ATG--------ACTTTGCCTATCGCCTCGATGT--TA----AG-A----ATA-AAT----GG------G-CTA-AA-T-TG----TTTTG-AACT-C-A-TAC----------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAACAC---GGG-GACATAAATG-TTG-AG-TTCTGCAT---GTTAAACC--A-A--TATGAGATGTGAATGTGT---A-A-A-CGCTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG--TAT-T-AGCGGA--CACGATTT---T--C-----ATGCCTA-AT--TAT--ATATAATGATATTCAGTATTAA--AC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCGTGT---------------GATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTT
gi|10 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttCC-CTTCTGCCAAAA-TTGTAGAATGACCTTCAGTGTGA-C---------CTTGA------AGTTTATGACACAAATGC-AAG--------GTTTTGCACATTGCCTAAATGT--TG----TA-A----ATA-CAC----GT------G-A-A-AA-T-TA----CTTTG-AAAT-CTA-TCCATGTTT------GCCA--G-AATGACtttaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacagatggaag
gi|11 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgGAAAGCCATCAACGCATTCCAGAGTTAT---GAA
gi|11 : GT--TA----TG-A----ACCCAACTGGGGG------G-C-A-AG-T-TT----TTTTGTAAGG-C-A-GAAA---GT------GC-G--G-AATGGGATTAGGTG-----TGACATTGAC-CTTGAAAAT---GGG-GACAGATATG-TTG-GGTT-CTACAT---GTCGC--C--G-C--CATGTGATT-GTAAACGT---A-C-CTAGTTATTTTcccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagaaagtgcggaatgggattaggtgtgacattgaccttgaaaatggggacagatatgttgggttctacatgtcgccgccatgtgattgtaaacgtacctagttatttt
gi|11 : gaaagccatcaacgcattccagaAAA-GTGCGGAATGGGATTAGGTGTGA-CATTG---ACCTTGA------AAATGGGGACAGATATGT-TGG--------GTTCTACATGTCGCCGCCATGT--GAT---TG-------TA-AAC----GT------A-C-CTAG-T-TA----TTTT
gi|12 : gaaagccatcaacgcattccagagttatgaacccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagCACTCC-TTGTGTCCCTAT-GTGCAAAAAAAAGTTCAATATGA-CCTTGCTGAACTTGA------ACATGAGGACACAAACGTAAAA--------GTTCTG-AAATATTCCCGGTGT--TA----TATA----ATA-AAT----AT------GCC-A-AA-G-TC----TTTTG-AAATAC-A-TCCATACAT------GCCA--G-AATGTCATGCA
gi|13 : atATGTGATGA-TACATGTCTCA-C-A-TG--ATTATGAGTT---T--CATCC-ATCAATACAATAA-TTGTG--AGCGGA--TACTAGTT---TCAT-----ATA--TA-ATGCCATA-A---AATGACATTCACT-CT-G--ACCTTGACTTTGAAGATGCGTACACGCATAGTGATGGTAG---GTGGTGC-A--------CAT-tta
gi|14 : ---ATTTTGG---GTTCTAC-A--------TGT-TTTCCCCATGTCATGAGA---GTA-ATGAGCC----AATTTATTCTGAAATCCATCCATGCATACCAGAGTTAT---GGAG-CA-GA-TACATTCc
gi|14 : caacCAT---GTCA---T--G-A--GA-GTAATGAGCCAAT-------------TTATTCTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCAGA--TAC-ATTCTAAT--C-----ATA--TA-AT--TAT--ATATAATT---TTCAG---T-G------TGACCTTGGAGATGGGGACtaatcatataattatatataattttcagtgtgaccttggagatggggacgtatt
gi|15 : caacattttgggttctacatgttttcccTGAC-CTTGAAAAT---GAG-GACAGAAATA-TTG-AG-TTCTGCACTTTGTTT---C--A-A----TGTGATGAGTGAATGTT--C-C-A-AGTGATTTTCAAAT---C--TATCC-ACGCATACCAGAG-TTATGG-AGTGAA--TAGAACTT---T--TGATGGATG--TATAT--CTTAGACAAAATgtatt
gi|16 : GAC-TTTGAAAAC---GGG-GACGCAAATG-TTG-GGTT-CTACAC---GTCA---A--GCC--GATGTGATG------------C-C-A---TT-TTTTTAAAT---C--CACCA-ATACATGCGATAGCTTATGG-AGCGGA--CACAATTT---T--C-----ATA--Tagaag
gi|17 : cc--GATGTGACGAGTAAAT------------GTTACTTTGAAATATAT--CATTCAATGCATGCCATAG-ATATGGAAACGGA--TAAGACTT---C--T-----
gi|18 : gtgtagcctgTTCTGCACATTGTCTCGATGT--CA----TG-G----GTA-AAT----GT------G-T-A-AAGT-TGCT--TTTTT-AA-----A-TCCATGTGT------GCTA--GTAATGgacggacggacggacggaca
gi|2 : ttgatCACTCTTCTTTAACCCAAA-GTGCAGAATGACCTTCAGTGTTA-CCTAG---ACCTTGA------AAATTAGGACACAAATAT-ACG--------GTTTTGCATATCACCTTGATGT--TA----CG-A----ATA-AAC----AT------G-C-A-AA-T-TG----TTTTG-AATC-C-A-TCCATGTGT------ACCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGATCTTAAC-ATTGAAGAT---GGGAAACACAAATG-TTA-G----CTACTT---ATCA---T--GAA--GATGCGATGAGTCAATATA--A-C-A-TTTTATTATGAAAT---C--CATTT-ATGCAAACCAGAG-TTTTGG-AGTAGA--CATGCTTT---C--T-----TTA--CA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAAT-T---------TGACCTTGAAGATATGGACACACACA---ATGCTGG---GCTCTGC-A--------CAT-T---------------GA---AAAAATGTGGC----AAACTA---TGAAATCCATCCATGTATACCAGTGTTAT---GGAGACA-TATTATATTCgagtggacaaga
gi|3 : GT-ATG--------GTTTTGTACATGGCCTTCATGT--TT----TG-A----A-----C----AT------G-CCA-AA-T-TA----TTTTG-AAATTC-A-TTCATGTGT------GCCA--G-ATTTACATTCAGTGAAGTGTGACCTTGAC-CCTGAAGAT---GGG-GACATATATG-TTG------CTGC-C-------------------ATGTACTGAGTAAATGT---ACC-A-AGATATTTTGAAAC---CAATATCT-AT--ATACCAGAG-TTATGG-AATGGA--CA----TT---T--T-----ATA--TA-AT--AA-A-ACATTATGACATTCAGT-GT-GTTAT--TGACCTTTAAGATGGG-------------------------TCTGC-A--------TGT-T---------------AC---CTCAATGTAATTAGAAAGTAAATTTGAAATCCATTCATGCATATCAGTGTTGT---GAAGagtttgac
gi|4 : -A-AA-T-TG----TTTTG-AACT-C-A-TAC----------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAACAC---GGG-GACATAAATG-TTG-AG-TTCTGCAT---GTTAAACC--A-A--TATGAGATGTGAATGTGT---A-A-A-CGTTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG--TAT-T-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATGCCTA-AT--TAT--ATATAATGATATTCAATATTAA--AC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCGTGT---------------GATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTTATTAAGTAAACACGATttgactcactttttgagacaagataagacaagacaatatatgtctccgagagatataaataca
gi|5 : gggctTTTAATCTGA-CCTTG---TCCTTTA------AG-------------TAT-ATG--------GTTTTGCACGTTGCCTCTATGT--TT----TA-T----ATT-AAT----GT------G-C-A-AAAT-TA----TTTTG-AACTTC-A-TGCATACAT------GCCA--G-AACAACATTTAG------------------CTTGAAAATTATAGA-GATACAA-TA-TTA-GG-T-T--------GTCA------A-ACTGATGTGATGAATA----------C-A-------TTTGAAAT---C--CATTA-ATGCATGCC--AG-TCATGG-ATCAGA--CAttgaccgacggacagacagacag
gi|6 : accaatgataatgtgattttcctaccataactgtacaagcccaggtgtagcacacatcattttgttgtagatcatttgtacaaagtgcaccaaactgacccactggattcagcaattgtaggcacttaATGACATTTTGTG-----TAACCCTGAC-CTTGAAAAT---GGG-AAGACGCATG-TTG-GG-T-T--------GTCA---CCTG----GAAGTGATGAATAAATGT---G-CTA-AGTTATTCTGAAAA---C--CATCC-GTGCATACCAGAG-TTATGA-AATGGATCCATTTTTT---T--T-----ATA--TA-AT--CAT--ACATTATGAATTTTAGT-TT-G--ACGTTGACCTTAAAACTGAGGATGTATGTG---GGGTGGGGGAGTTCTGC-A--------CAA-A---------------GT---CTATGTGTACT----GAg
gi|6 : ATGAATTTTAGTTTGA-CGTTG---ACCTTAA------AACTGAGGATGT--ATGT-GGGGTGGGGGAGTTCTGCACAAAGTCT--ATGTG-TAC---TG-ACTACATA-CAT----AT------G-C-A-AAGT-TA----ctacatacatatgcaaagttacatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|7 : atgacattttgtgtaaccctgaccttgaaaatgggaagacgcatgttgggttgtcacctggaagtgatgaataaatgtgctaagttattctgaaaaccatccgtgcataccagagttatgaaatggatccattttttttatataatcatacattC-TTTCGGCCCAAATGTACAGAATGACCTTCAATGTGA-GCGTG---ATCGTGACTTATAAAATAAGGACACACGTGT-ATG--------GTAAGGCACATCGCATTGATTT--TA----TG-A----ATA-GAC----GT------GTC-T-AA-T-CA----ATTTG-AAAT-C-AGTCAATGCGT------GCCA--G-AATGTTGTTAAGTG-----TGACATTGAC-CTTGAGAAC---GGG-GACACAAGCA-TTGCGT-T-CTGCAC---GCCA---A--GCA--GATATAATGAcatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|8 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttacccatGTGTGAATCTTG---ATCTTGA------AGATAAGGACTCAACTGT-AGG----------TCTGCACATCGCCTTAATGTGGTACCGGTA-A----GTA-AAT----GTGTAAATG-T-A-AA-TGTAAAAGTTGAG-GAG--C-G-TTTAC-TGTAAATAAGTCACTG-AATGACATTCAGTG-----TCACCTTGA----TGAAGAA---GG----CACA---G-TGG-CT-T-CTGCAT---GTCAC--C--T-T--GATTTTATCGGTAA-----------A-AGTTATTTTGAAAT---A--CATCC-Ataggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|9 : aatATTCAGTG-----TGACCTTCAC-CTTGAAAAT---GGG-ATCACATATGTTTG-GT-T-CTGCAC-----CA---C-------AATGTGATAAGTAAAGCT---A-C-A-TTTT-TTTTAAAAC---C--CATTC-ATGTATACCAGAG-T---------GGA--CACAATTT---C--T-----
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111111 1111 1111 111 11111111111 11111 111111 444444444444 333333333333333 111111111111 11 1111 44444444444 3333333 111 99999999999999999999999999999999999 1111 111 1
lowQualScore : 0 00 8 22 5 2 888 0 444444 2 1 1 4 1 44444444 1 44 77 3333 888888 3 7777 999999 777 3 9 3 0000 3 666 3 3 2 55555555555 0 55 3 1 00000 2 6 7777 3 3 3 777777 77777 555555555555 2 000000000000000 555 44 3 3 4 99 44 77 000000000000 22 5 66 3333 1 33333333333 0 55 6666666 000 33333333333333333333333333333333333 7 4444 6 1 444 1 7 3 7
lowQualScore : . .. . .. . . ... . ...... . . . . . ........ . .. .. .... ...... . .... ...... ... . . . .... . ... . . . ........... . .. . . ..... . . .... . . . ...... ..... ............ . ............... ... .. . . . .. .. .. ............ .. . .. .... . ........... . .. ....... ... ................................... . .... . . ... . . . .
lowQualScore : 0 55 0 00 0 5 888 2 444444 0 9 9 0 0 55555555 2 66 99 8888 999999 3 1111 666666 666 1 2 1 8888 6 666 6 6 0 11111111111 5 00 6 1 00000 5 7 2222 3 6 3 888888 11111 000000000000 0 999999999999999 444 22 1 3 5 22 66 77 666666666666 22 0 99 8888 7 44444444444 7 55 3333333 000 88888888888888888888888888888888888 5 2222 0 0 000 4 3 3 3
consensus : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TTG--A-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-----AC----GT-T---------------GA---CTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
Reference ( family-4230 ) : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TTG--A-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-----AC----GT-T---------------GA---CTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
gi|1 : GATGAAGACACAAACAT-ATG--------ACTTTGCCTATCGCCTCGATGT--TA----AG-A----ATA-AAT----GG------G-CTA-AA-T-TG----TTTTG-AACT-C-A-TAC----------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAACAC---GGG-GACATAAATG-TTG-AG-TTCTGCAT---GTTAAACC--A-A--TATGAGATGTGAATGTGT---A-A-A-CGCTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG-T-ATT--AGCGGA--CACGATTT---T--C-----ATGCCTA-AT--TATA--TATAATGATATTCAGTATTA--AAC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCGTGT---------------GATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTT
gi|10 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttCC-CTTCTGCCAAAA-TTGTAGAATGACCTTCAGTGTGA-C---------CTTGA------AGTTTATGACACAAATGC-AAG--------GTTTTGCACATTGCCTAAATGT--TG----TA-A----ATA-CAC----GT------G-A-A-AA-T-TA----CTTTG-AAAT-CTA-TCCATGTTT------GCCA--G-AATGACtttaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacagatggaag
gi|11 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgGAAAGCCATCAACGCATTCCAGAGTTAT---GAA
gi|11 : GT--TA----TG-A----ACCCAACTGGGGG------G-C-A-AG-T-TT----TTTTGTAAGG-C-A-GAAA---GT------GC-G--G-AATGGGATTAGGTG-----TGACATTGAC-CTTGAAAAT---GGG-GACAGATATG-TTG-GGTT-CTACAT---GTCGC--C--G-C--CATGTGATT-GTAAACGT---A-C-CTAGTTATTTTcccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagaaagtgcggaatgggattaggtgtgacattgaccttgaaaatggggacagatatgttgggttctacatgtcgccgccatgtgattgtaaacgtacctagttatttt
gi|11 : gaaagccatcaacgcattccagaAAA-GTGCGGAATGGGATTAGGTGTGA-CATTG---ACCTTGA------AAATGGGGACAGATATGT-TGG--------GTTCTACATGTCGCCGCCATGT--GAT---TG-------TA-AAC----GT------A-C-CTAG-T-TA----TTTT
gi|12 : gaaagccatcaacgcattccagagttatgaacccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagCACTCC-TTGTGTCCCTAT-GTGCAAAAAAAAGTTCAATATGA-CCTTGCTGAACTTGA------ACATGAGGACACAAACGTAAAA--------GTTCTG-AAATATTCCCGGTGT--TA----TATA----ATA-AAT----AT------GCC-A-AA-G-TC----TTTTG-AAATAC-A-TCCATACAT------GCCA--G-AATGTCATGCA
gi|13 : atATGTGATGA-TACATGTCTCA-C-A-TG--ATTATGAGTT---T--CATCC-ATCAATACAATAA-TTGTG--AGCGGA--TACTAGTT---TCAT-----ATA--TA-ATGCCATA-A---AATGACATTCACT-CTG--A-CCTTGACTTTGAAGATGCGTACACGCATAGTGATGGTAG---GTGGTGC-----AC----AT-tta
gi|14 : ---ATTTTGG---GTTCTAC-----AT----GT-TTTCCCCATGTCATGAGA---GTA-ATGAGCC----AATTTATTCTGAAATCCATCCATGCATACCAGAGTTAT---GGAG-CA-GA-TACATTCc
gi|14 : caacCAT---GTCA---T--G-A--GA-GTAATGAGCCAAT-------------TTATTCTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCAGA--TAC-ATTCTAAT--C-----ATA--TA-AT--TAT--ATATAATT---TTCAG---TG-------TGACCTTGGAGATGGGGACtaatcatataattatatataattttcagtgtgaccttggagatggggacgtatt
gi|15 : caacattttgggttctacatgttttcccTGAC-CTTGAAAAT---GAG-GACAGAAATA-TTG-AG-TTCTGCACTTTGTTT---C--A-A----TGTGATGAGTGAATGTT--C-C-A-AGTGATTTTCAAAT---C--TATCC-ACGCATACCAGAG-TTATGG-AGTGAA--TAGAACTT---T--TGATGGATG--TATAT--CTTAGACAAAATgtatt
gi|16 : GAC-TTTGAAAAC---GGG-GACGCAAATG-TTG-GGTT-CTACAC---GTCA---A--GCC--GATGTGATG------------C-C-A---TT-TTTTTAAAT---C--CACCA-ATACATGCGATAGCTTATGG-AGCGGA--CACAATTT---T--C-----ATA--Tagaag
gi|17 : cc--GATGTGACGAGTAAAT------------GTTACTTTGAAATATAT--CATTCAATGCATGCCATAG-ATATGGAAACGGA--TAAGACTT---C--T-----
gi|18 : gtgtagcctgTTCTGCACATTGTCTCGATGT--CA----TG-G----GTA-AAT----GT------G-T-A-AAGT-TGCT--TTTTT-AA-----A-TCCATGTGT------GCTA--GTAATGgacggacggacggacggaca
gi|2 : ttgatCACTCTTCTTTAACCCAAA-GTGCAGAATGACCTTCAGTGTTA-CCTAG---ACCTTGA------AAATTAGGACACAAATAT-ACG--------GTTTTGCATATCACCTTGATGT--TA----CG-A----ATA-AAC----AT------G-C-A-AA-T-TG----TTTTG-AATC-C-A-TCCATGTGT------ACCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGATCTTAAC-ATTGAAGAT---GGGAAACACAAATG-TTA-G----CTACTT---ATCA---T--GAA--GATGCGATGAGTCAATATA--A-C-A-TTTTATTATGAAAT---C--CATTT-ATGCAAACCAGAG-TTTTGG-AGTAGA--CATGCTTT---C--T-----TTA--CA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAAT-T---------TGACCTTGAAGATATGGACACACACA---ATGCTGG---GCTCTGC-----AC----AT-T---------------GA---AAAAATGTGGC----AAACTA---TGAAATCCATCCATGTATACCAGTGTTAT---GGAGACA-TATTATATTCgagtggacaaga
gi|3 : GT-ATG--------GTTTTGTACATGGCCTTCATGT--TT----TG-A----A-----C----AT------G-CCA-AA-T-TA----TTTTG-AAATTC-A-TTCATGTGT------GCCA--G-ATTTACATTCAGTGAAGTGTGACCTTGAC-CCTGAAGAT---GGG-GACATATATG-TTG------CTGC-C-------------------ATGTACTGAGTAAATGT---ACC-A-AGATATTTTGAAAC---CAATATCT-AT--ATACCAGAG-TTATGG-AATGGA--CA----TT---T--T-----ATA--TA-AT--AA-A-ACATTATGACATTCAGT-GTGTTA-T--TGACCTTTAAGATGGG-------------------------TCTGC-----AT----GT-T---------------AC---CTCAATGTAATTAGAAAGTAAATTTGAAATCCATTCATGCATATCAGTGTTGT---GAAGagtttgac
gi|4 : -A-AA-T-TG----TTTTG-AACT-C-A-TAC----------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAACAC---GGG-GACATAAATG-TTG-AG-TTCTGCAT---GTTAAACC--A-A--TATGAGATGTGAATGTGT---A-A-A-CGTTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG-T-ATT--AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATGCCTA-AT--TATA--TATAATGATATTCAATATTA--AAC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCGTGT---------------GATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTTATTAAGTAAACACGATttgactcactttttgagacaagataagacaagacaatatatgtctccgagagatataaataca
gi|5 : gggctTTTAATCTGA-CCTTG---TCCTTTA------AG-------------TAT-ATG--------GTTTTGCACGTTGCCTCTATGT--TT----TA-T----ATT-AAT----GT------G-C-A-AAAT-TA----TTTTG-AACTTC-A-TGCATACAT------GCCA--G-AACAACATTTAG------------------CTTGAAAATTATAGA-GATACAA-TA-TTA-GG-T-T--------GTCA------A-ACTGATGTGATGAATA----------C-A-------TTTGAAAT---C--CATTA-ATGCATGCC--AG-TCATGG-ATCAGA--CAttgaccgacggacagacagacag
gi|6 : accaatgataatgtgattttcctaccataactgtacaagcccaggtgtagcacacatcattttgttgtagatcatttgtacaaagtgcaccaaactgacccactggattcagcaattgtaggcacttaATGACATTTTGTG-----TAACCCTGAC-CTTGAAAAT---GGG-AAGACGCATG-TTG-GG-T-T--------GTCA---CCTG----GAAGTGATGAATAAATGT---G-CTA-AGTTATTCTGAAAA---C--CATCC-GTGCATACCAGAG-TTATGA-AATGGATCCATTTTTT---T--T-----ATA--TA-AT--CAT--ACATTATGAATTTTAGT-TTG--A-CGTTGACCTTAAAACTGAGGATGTATGTG---GGGTGGGGGAGTTCTGC-----AC----AA-A---------------GT---CTATGTGTACT----GAg
gi|6 : ATGAATTTTAGTTTGA-CGTTG---ACCTTAA------AACTGAGGATGT--ATGT-GGGGTGGGGGAGTTCTGCACAAAGTCT--ATGTG-TAC---TG-ACTACATA-CAT----AT------G-C-A-AAGT-TA----ctacatacatatgcaaagttacatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|7 : atgacattttgtgtaaccctgaccttgaaaatgggaagacgcatgttgggttgtcacctggaagtgatgaataaatgtgctaagttattctgaaaaccatccgtgcataccagagttatgaaatggatccattttttttatataatcatacattC-TTTCGGCCCAAATGTACAGAATGACCTTCAATGTGA-GCGTG---ATCGTGACTTATAAAATAAGGACACACGTGT-ATG--------GTAAGGCACATCGCATTGATTT--TA----TG-A----ATA-GAC----GT------GTC-T-AA-T-CA----ATTTG-AAAT-C-AGTCAATGCGT------GCCA--G-AATGTTGTTAAGTG-----TGACATTGAC-CTTGAGAAC---GGG-GACACAAGCA-TTGCGT-T-CTGCAC---GCCA---A--GCA--GATATAATGAcatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|8 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttacccatGTGTGAATCTTG---ATCTTGA------AGATAAGGACTCAACTGT-AGG----------TCTGCACATCGCCTTAATGTGGTACCGGTA-A----GTA-AAT----GTGTAAATG-T-A-AA-TGTAAAAGTTGAG-GAG--C-G-TTTAC-TGTAAATAAGTCACTG-AATGACATTCAGTG-----TCACCTTGA----TGAAGAA---GG----CACA---G-TGG-CT-T-CTGCAT---GTCAC--C--T-T--GATTTTATCGGTAA-----------A-AGTTATTTTGAAAT---A--CATCC-Ataggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|9 : aatATTCAGTG-----TGACCTTCAC-CTTGAAAAT---GGG-ATCACATATGTTTG-GT-T-CTGCAC-----CA---C-------AATGTGATAAGTAAAGCT---A-C-A-TTTT-TTTTAAAAC---C--CATTC-ATGTATACCAGAG-T---------GGA--CACAATTT---C--T-----
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11111111 1111 1111 111 11111111111 11111 111111 444444444444 333333333333333 111111111111 11 1111 44444444444 3333333 111 99999999999999999999999999999999999 1111 111 1
lowQualScore : 0 00 8 22 5 2 888 0 444444 2 1 1 4 1 44444444 1 44 77 3333 888888 3 7777 999999 777 3 9 3 0000 3 666 3 3 2 55555555555 0 55 3 1 00000 2 6 7777 3 3 3 777777 77777 555555555555 2 000000000000000 555 44 3 3 4 99 44 77 000000000000 22 5 66 3333 1 33333333333 0 55 6666666 000 33333333333333333333333333333333333 7 4444 6 1 444 1 7 3 7
lowQualScore : . .. . .. . . ... . ...... . . . . . ........ . .. .. .... ...... . .... ...... ... . . . .... . ... . . . ........... . .. . . ..... . . .... . . . ...... ..... ............ . ............... ... .. . . . .. .. .. ............ .. . .. .... . ........... . .. ....... ... ................................... . .... . . ... . . . .
lowQualScore : 0 55 0 00 0 5 888 2 444444 0 9 9 0 0 55555555 2 66 99 8888 999999 3 1111 666666 666 1 2 1 8888 6 666 6 6 0 11111111111 5 00 6 1 00000 5 7 2222 3 6 3 888888 11111 000000000000 0 999999999999999 444 22 1 3 5 22 66 77 666666666666 22 0 99 8888 7 44444444444 7 55 3333333 000 88888888888888888888888888888888888 5 2222 0 0 000 4 3 3 3
consensus : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TTG--A-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-----AC----GT-T---------------GA---CTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
Reference ( family-4230 ) : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TTG--A-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-----AC----GT-T---------------GA---CTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
gi|1 : GATGAAGACACAAACAT-ATG--------ACTTTGCCTATCGCCTCGATGT--TA----AG-A----ATA-AAT----GG------G-CTA-AA-T-TG----TTTTG-AACT-C-A-TAC----------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAACAC---GGG-GACATAAATG-TTG-AG-TTCTGCAT---GTTAAACC--A-A--TATGAGATGTGAATGTGT---A-A-A-CGCTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG-T-ATT--AGCGGA--CACGATTT---T--C-----ATGCCTA-AT--TATA--TATAATGATATTCAGTATTA--AAC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCGTGT---------------GATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTT
gi|10 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttCC-CTTCTGCCAAAA-TTGTAGAATGACCTTCAGTGTGA-C---------CTTGA------AGTTTATGACACAAATGC-AAG--------GTTTTGCACATTGCCTAAATGT--TG----TA-A----ATA-CAC----GT------G-A-A-AA-T-TA----CTTTG-AAAT-CTA-TCCATGTTT------GCCA--G-AATGACtttaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacagatggaag
gi|11 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgGAAAGCCATCAACGCATTCCAGAGTTAT---GAA
gi|11 : GT--TA----TG-A----ACCCAACTGGGGG------G-C-A-AG-T-TT----TTTTGTAAGG-C-A-GAAA---GT------GC-G--G-AATGGGATTAGGTG-----TGACATTGAC-CTTGAAAAT---GGG-GACAGATATG-TTG-GGTT-CTACAT---GTCGC--C--G-C--CATGTGATT-GTAAACGT---A-C-CTAGTTATTTTcccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagaaagtgcggaatgggattaggtgtgacattgaccttgaaaatggggacagatatgttgggttctacatgtcgccgccatgtgattgtaaacgtacctagttatttt
gi|11 : gaaagccatcaacgcattccagaAAA-GTGCGGAATGGGATTAGGTGTGA-CATTG---ACCTTGA------AAATGGGGACAGATATGT-TGG--------GTTCTACATGTCGCCGCCATGT--GAT---TG-------TA-AAC----GT------A-C-CTAG-T-TA----TTTT
gi|12 : gaaagccatcaacgcattccagagttatgaacccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagCACTCC-TTGTGTCCCTAT-GTGCAAAAAAAAGTTCAATATGA-CCTTGCTGAACTTGA------ACATGAGGACACAAACGTAAAA--------GTTCTG-AAATATTCCCGGTGT--TA----TATA----ATA-AAT----AT------GCC-A-AA-G-TC----TTTTG-AAATAC-A-TCCATACAT------GCCA--G-AATGTCATGCA
gi|13 : atATGTGATGA-TACATGTCTCA-C-A-TG--ATTATGAGTT---T--CATCC-ATCAATACAATAA-TTGTG--AGCGGA--TACTAGTT---TCAT-----ATA--TA-ATGCCATA-A---AATGACATTCACT-CTG--A-CCTTGACTTTGAAGATGCGTACACGCATAGTGATGGTAG---GTGGTGC-----AC----AT-tta
gi|14 : ---ATTTTGG---GTTCTAC-----AT----GT-TTTCCCCATGTCATGAGA---GTA-ATGAGCC----AATTTATTCTGAAATCCATCCATGCATACCAGAGTTAT---GGAG-CA-GA-TACATTCc
gi|14 : caacCAT---GTCA---T--G-A--GA-GTAATGAGCCAAT-------------TTATTCTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCAGA--TAC-ATTCTAAT--C-----ATA--TA-AT--TAT--ATATAATT---TTCAG---TG-------TGACCTTGGAGATGGGGACtaatcatataattatatataattttcagtgtgaccttggagatggggacgtatt
gi|15 : caacattttgggttctacatgttttcccTGAC-CTTGAAAAT---GAG-GACAGAAATA-TTG-AG-TTCTGCACTTTGTTT---C--A-A----TGTGATGAGTGAATGTT--C-C-A-AGTGATTTTCAAAT---C--TATCC-ACGCATACCAGAG-TTATGG-AGTGAA--TAGAACTT---T--TGATGGATG--TATAT--CTTAGACAAAATgtatt
gi|16 : GAC-TTTGAAAAC---GGG-GACGCAAATG-TTG-GGTT-CTACAC---GTCA---A--GCC--GATGTGATG------------C-C-A---TT-TTTTTAAAT---C--CACCA-ATACATGCGATAGCTTATGG-AGCGGA--CACAATTT---T--C-----ATA--Tagaag
gi|17 : cc--GATGTGACGAGTAAAT------------GTTACTTTGAAATATAT--CATTCAATGCATGCCATAG-ATATGGAAACGGA--TAAGACTT---C--T-----
gi|18 : gtgtagcctgTTCTGCACATTGTCTCGATGT--CA----TG-G----GTA-AAT----GT------G-T-A-AAGT-TGCT--TTTTT-AA-----A-TCCATGTGT------GCTA--GTAATGgacggacggacggacggaca
gi|2 : ttgatCACTCTTCTTTAACCCAAA-GTGCAGAATGACCTTCAGTGTTA-CCTAG---ACCTTGA------AAATTAGGACACAAATAT-ACG--------GTTTTGCATATCACCTTGATGT--TA----CG-A----ATA-AAC----AT------G-C-A-AA-T-TG----TTTTG-AATC-C-A-TCCATGTGT------ACCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGATCTTAAC-ATTGAAGAT---GGGAAACACAAATG-TTA-G----CTACTT---ATCA---T--GAA--GATGCGATGAGTCAATATA--A-C-A-TTTTATTATGAAAT---C--CATTT-ATGCAAACCAGAG-TTTTGG-AGTAGA--CATGCTTT---C--T-----TTA--CA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAAT-T---------TGACCTTGAAGATATGGACACACACA---ATGCTGG---GCTCTGC-----AC----AT-T---------------GA---AAAAATGTGGC----AAACTA---TGAAATCCATCCATGTATACCAGTGTTAT---GGAGACA-TATTATATTCgagtggacaaga
gi|3 : GT-ATG--------GTTTTGTACATGGCCTTCATGT--TT----TG-A----A-----C----AT------G-CCA-AA-T-TA----TTTTG-AAATTC-A-TTCATGTGT------GCCA--G-ATTTACATTCAGTGAAGTGTGACCTTGAC-CCTGAAGAT---GGG-GACATATATG-TTG------CTGC-C-------------------ATGTACTGAGTAAATGT---ACC-A-AGATATTTTGAAAC---CAATATCT-AT--ATACCAGAG-TTATGG-AATGGA--CA----TT---T--T-----ATA--TA-AT--AA-A-ACATTATGACATTCAGT-GTGTTA-T--TGACCTTTAAGATGGG-------------------------TCTGC-----AT----GT-T---------------AC---CTCAATGTAATTAGAAAGTAAATTTGAAATCCATTCATGCATATCAGTGTTGT---GAAGagtttgac
gi|4 : -A-AA-T-TG----TTTTG-AACT-C-A-TAC----------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAACAC---GGG-GACATAAATG-TTG-AG-TTCTGCAT---GTTAAACC--A-A--TATGAGATGTGAATGTGT---A-A-A-CGTTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG-T-ATT--AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATGCCTA-AT--TATA--TATAATGATATTCAATATTA--AAC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG---ATTCTGCTAGACACTTTCGTGT---------------GATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTTATTAAGTAAACACGATttgactcactttttgagacaagataagacaagacaatatatgtctccgagagatataaataca
gi|5 : gggctTTTAATCTGA-CCTTG---TCCTTTA------AG-------------TAT-ATG--------GTTTTGCACGTTGCCTCTATGT--TT----TA-T----ATT-AAT----GT------G-C-A-AAAT-TA----TTTTG-AACTTC-A-TGCATACAT------GCCA--G-AACAACATTTAG------------------CTTGAAAATTATAGA-GATACAA-TA-TTA-GG-T-T--------GTCA------A-ACTGATGTGATGAATA----------C-A-------TTTGAAAT---C--CATTA-ATGCATGCC--AG-TCATGG-ATCAGA--CAttgaccgacggacagacagacag
gi|6 : accaatgataatgtgattttcctaccataactgtacaagcccaggtgtagcacacatcattttgttgtagatcatttgtacaaagtgcaccaaactgacccactggattcagcaattgtaggcacttaATGACATTTTGTG-----TAACCCTGAC-CTTGAAAAT---GGG-AAGACGCATG-TTG-GG-T-T--------GTCA---CCTG----GAAGTGATGAATAAATGT---G-CTA-AGTTATTCTGAAAA---C--CATCC-GTGCATACCAGAG-TTATGA-AATGGATCCATTTTTT---T--T-----ATA--TA-AT--CAT--ACATTATGAATTTTAGT-TTG--A-CGTTGACCTTAAAACTGAGGATGTATGTG---GGGTGGGGGAGTTCTGC-----AC----AA-A---------------GT---CTATGTGTACT----GAg
gi|6 : ATGAATTTTAGTTTGA-CGTTG---ACCTTAA------AACTGAGGATGT--ATGT-GGGGTGGGGGAGTTCTGCACAAAGTCT--ATGTG-TAC---TG-ACTACATA-CAT----AT------G-C-A-AAGT-TA----ctacatacatatgcaaagttacatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|7 : atgacattttgtgtaaccctgaccttgaaaatgggaagacgcatgttgggttgtcacctggaagtgatgaataaatgtgctaagttattctgaaaaccatccgtgcataccagagttatgaaatggatccattttttttatataatcatacattC-TTTCGGCCCAAATGTACAGAATGACCTTCAATGTGA-GCGTG---ATCGTGACTTATAAAATAAGGACACACGTGT-ATG--------GTAAGGCACATCGCATTGATTT--TA----TG-A----ATA-GAC----GT------GTC-T-AA-T-CA----ATTTG-AAAT-C-AGTCAATGCGT------GCCA--G-AATGTTGTTAAGTG-----TGACATTGAC-CTTGAGAAC---GGG-GACACAAGCA-TTGCGT-T-CTGCAC---GCCA---A--GCA--GATATAATGAcatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|8 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttacccatGTGTGAATCTTG---ATCTTGA------AGATAAGGACTCAACTGT-AGG----------TCTGCACATCGCCTTAATGTGGTACCGGTA-A----GTA-AAT----GTGTAAATG-T-A-AA-TGTAAAAGTTGAG-GAG--C-G-TTTAC-TGTAAATAAGTCACTG-AATGACATTCAGTG-----TCACCTTGA----TGAAGAA---GG----CACA---G-TGG-CT-T-CTGCAT---GTCAC--C--T-T--GATTTTATCGGTAA-----------A-AGTTATTTTGAAAT---A--CATCC-Ataggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|9 : aatATTCAGTG-----TGACCTTCAC-CTTGAAAAT---GGG-ATCACATATGTTTG-GT-T-CTGCAC-----CA---C-------AATGTGATAAGTAAAGCT---A-C-A-TTTT-TTTTAAAAC---C--CATTC-ATGTATACCAGAG-T---------GGA--CACAATTT---C--T-----
blockSeqs : T T GA A A CTG CTTATA T T A A A GTGGGGGA T AA GG CCGG ACTAC C TGGG GTAAAT CC T G G AAAG T ATA T G C CTGTAAATAA CT T T AAGTG A A TTAT A T T GGTT ACTTT AACCAAT A CATGTCTCACAT ATA AA A C T GA TC CT TTGATGG CC T GC AGAC C CTGACCT AC AGTGATG GGA ATGTTTTCCCCATGTCATGAGA A TAGA T A TAA G A C T
blockSeqs : . . AG . C . . A G T . G . C CC G T TA . . . CC . A . CT . ATT . . A TGTTT . . T . C . T . A . AGTT AT CCGCC A AACGTACCTA . . . . T G . GA TAATC . . . AAC C GTGTTAT AC AATG . TAGACACTTTCGTGTGATTC A . A C . G A . T
blockSeqs : . . CC . C . . A G A . A . A CG . C A . . . TC . G . . . CTT . . C TACAT . . T . C . T . A . GGTT AT AGCCG A AATGTTCCAA . . . . T G . CA TCAT . . . AAC C ATTAAAC TT GGGG . ACATTGA C . T C . A
blockSeqs : . AT . C . . A T A . C . T CG . . A . . . A . . . . . AT . . C TGTGT . . A . A . C . A . AGTT AC TGAAG A AATATAACAT . . . . T G . AG TC . . . AA T TTGACGT GT . . ATGTTAC T . . C . T
blockSeqs : CC . G . . C G C . T . C TG . . G . . . C . . . . . GG . . C TGTGT . . T . C . T . T . CGTT TT AACTG A AATGTACCAA . . . . T G . TG CT . . . AT A TG . . . ACAAAGT . . G
blockSeqs : . C . . A A A . T . G TC . . A . . . C . . . . . TC . . T TGTGT . . T . A . T . A . GGT AT CCTGG A AATGTGCTAA . . . . T G . CG CT . . . AT . T .
blockSeqs : . C . . A A . . G . T CT . . A . . . T . . . . . CT . . A TACAT . . T . C . C . A . GGT AC AGCAG T TGTGTAAAC . . . . T G . TT TT . . . AC
blockSeqs : . . . . T . A TG . . T . . . C . . . . . AT . . G TGCGT . . T . C . T . C . CTT AT CCTTG A AAGCTACAT . . . . C A . CA TT .
blockSeqs : . G . C TA . . A . . . C . . . . . G . . C GT . . . . . . C . A . GTT AC TGAG A AAT . . . . T . . C TT
blockSeqs : C . . . A . . . C . . . . . . . . T . . . . A . T . G C CAA A CCA . . . . . . . . CT
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . T . . . . . CA G AAT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A AAA . . .
blockSeqs : . CA
blockSeqs : .
blockSeqCons : C** TGCGT****** CGCNG******* AATGTCCAA****** G* ** GGG**** ACGTTGN****************************
originalCons : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-A-AA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCA---C--G-A--GATGTGATGAGTAAATGT---A-C-A-NGTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TTG--A-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATA---ATGTTGG---GTTCTGC-----AC----GT-T---------------GA---CTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
finalCons : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------GC--A-AA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAAATG-TTG-GG-T-CTGCAC---GTCACGCNG-------ATGTGATGAGTAAATGTCCAA------GTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TTG--A-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATGGG----TTGG---GTTCTGCACGTTGN----------------------------CTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
Alignments
lowQualScore : 1 1 111 111111 11111111 1111 111111 1 11111 111 11111111111 11111 111111 111111 33333333333333 111111111111 11 11 444444444444 777777777777777777777777777777777777777777 1111 111 22
lowQualScore : 0 00 0 1 5 0 000 1 666666 3 3 0 4 1 66666666 0 2 44 88 1111 3 7777 3 7777 000000 999 0 3 11111 3 666 3 3 2 55555555555 0 55 3 1 00000 2 6 7777 3 55 3 777777 222 999999 6666 00000000000000 555 44 3 3 0 77 44 77 000000000000 22 5 66 44 2 1 333333333333 0 55 777777777777777777777777777777777777777777 1 7777 9 1 22 1 777 4 22 6
lowQualScore : . .. . . . . ... . ...... . . . . . ........ . . .. .. .... . .... . .... ...... ... . . ..... . ... . . . ........... . .. . . ..... . . .... . .. . ...... ... ...... .... .............. ... .. . . . .. .. .. ............ .. . .. .. . . ............ . .. .......................................... . .... . . .. . ... . .. .
lowQualScore : 0 55 0 0 7 7 000 7 444444 4 4 1 4 0 11111111 5 3 66 66 4444 6 7777 6 7777 555555 111 0 3 88888 6 666 6 6 0 11111111111 5 00 6 1 00000 5 7 2222 3 77 1 222222 555 888888 9999 66666666666666 444 22 1 3 4 22 66 77 666666666666 22 0 99 44 2 7 444444444444 7 55 999999999999999999999999999999999999999999 0 0000 8 4 44 4 555 2 55 0
consensus : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGACCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-AAA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAA-ATG-TTG-GG-T-CTGCACGTCA-CGCCGATGTGATGA-G--TAAATG-T-C-CAA--GTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TT-G--A-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATAG----GNTGG----GTTCTGC-A--------CGT-TGATTCCTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCGATGCATACCAGAGTTAT---GAAGACACNATTATATTC
Reference ( family-4230 ) : CACTCC-CTTCGGCCCAAA-GTGCAGAATGANCTTCAGTGTGA-CCTTG---ACCTTGA------AGATGAGGACACAAATGT-ANG--------GTTCTGCACATCGCCTCGATGT--TA----TG-A----ATA-AAC----GT------G-C-AAA-T-TA----TTTTG-AANT-C-A-TCCATGCGT------GCCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGACCTTGAC-CTTGAAAAC---GGG-GACACAA-ATG-TTG-GG-T-CTGCACGTCA-CGCNGATGTGATGA-G--TAAATG-T-C-CAA--GTTATTTTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATA--TA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAGT-TT-G--A-C--TGACCTTGAAGATGGGGACNCGCATGG----GTTGG----GTTCTGC-A--------CGT-TG---NCTANATGTACT----AAGTTATTTTGAAATCCATCNATGCATACCAGAGTTAT---GGAGACA-GATTACATTC
gi|1 : GATGAAGACACAAACAT-ATG--------ACTTTGCCTATCGCCTCGATGT--TA----AG-A----ATA-AAT----GG------G-CTAAA-T-TG----TTTTG-AACT-C-A-TAC----------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAACAC---GGG-GACATAA-ATG-TTG-AG-TTCTGCATGTTA-AACCAATATGA-GATG--TGAATG-T-G-TAAACGCTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG-T-ATT--AGCGGA--CACGATTT---T--C-----ATGCCTA-AT--TATA--TATAATGATATTCAGTATT-A--AAC--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG----ATTCTGCTAGACACTTTCGTGTGATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTT
gi|10 : caaatggcaatgtaaatttccaaccaacattataaatgcctaggtattatccacaatacataattgtgttgtttgatcagttgtgataaaccaatctttcgaagtataacagatttCC-CTTCTGCCAAAA-TTGTAGAATGACCTTCAGTGTGA-C---------CTTGA------AGTTTATGACACAAATGC-AAG--------GTTTTGCACATTGCCTAAATGT--TG----TA-A----ATA-CAC----GT------G-A-AAA-T-TA----CTTTG-AAAT-CTA-TCCATGTTT------GCCA--G-AATGACtttaagtaaacacgattttgaccgacggacagacagacagatggaag
gi|11 : agtatacctaacttactgactggatacagcaaattatatgGAAAGCCATCAACGCATTCCAGAGTTAT---GAA
gi|11 : GT--TA----TG-A----ACCCAACTGGGGG------G-C-AAG-T-TT----TTTTGTAAGG-C-A-GAAA---GT------GC-G--G-AATGGGATTAGGTG-----TGACATTGAC-CTTGAAAAT---GGG-GACAGAT-ATG-TTG-GGTT-CTACATGTCGCCGCC-ATGTGATT--G--TAAACG-TAC-CTA--GTTATTTTcccaactggggggcaagtttttttgtaaggcagaaagtgcggaatgggattaggtgtgacattgaccttgaaaatggggacagatatgttgggttctacatgtcgccgccatgtgattgtaaacgtacctagttatttt
gi|12 : gaaagccatcaacgcattccagaCACTCC-TTGTGTCCCTAT-GTGCAAAAAAAAGTTCAATATGA-CCTTGCTGAACTTGA------ACATGAGGACACAAACGTAAAA--------GTTCTG-AAATATTCCCGGTGT--TA----TATA----ATA-AAT----AT------GCC-AAA-G-TC----TTTTG-AAATAC-A-TCCATACAT------GCCA--G-AATGTCATGCA
gi|13 : atATGTGATGA----TACATG-T-CTCAC--ATGATTATGAGTT---T--CATCC-ATCAATACAATAA-TTGTG--AGCGGA--TACTAGTT---TCAT-----ATA--TA-ATGCCATA-A---AATGACATTCACT-CT-G--A-CCTTGACTTTGAAGATGCGTACACGCATAGTGATGGTAG----GTGGTGC-A--------CAT-tta
gi|14 : CAACATT-TTG-GG-TTCTACATGTTT-TCCCCATGTCATGA-GAGTAA-TGAG-C-CAA--TTTATTCTGAAAT---C--CATCC-ATGCATACCAGAG-TTATGG-AGCAGA--TAC-ATTCTAAT--C-----ATA--TA-AT--TAT--ATATAATT---TTCAG---T-G-------TGACCTTGGAGATGGGGACc
gi|15 : TGAC-CTTGAAAAT---GAG-GACAGAA-ATA-TTG-AG-TTCTGCACTTTG-TTTCAATGTGATGA-G--TGAATG-TTC-CAA--GTGATTTTCAAAT---C--TATCC-ACGCATACCAGAG-TTATGG-AGTGAA--TAGAACTT---T--TGATGGATG--TATAT--CTTAGACAAAATgtatt
gi|16 : GAC-TTTGAAAAC---GGG-GACGCAA-ATG-TTG-GGTT-CTACACGTCA-AGCCGATGTGATG--------------C-CA----TT-TTTTTAAAT---C--CACCA-ATACATGCGATAGCTTATGG-AGCGGA--CACAATTT---T--C-----ATA--Tagaag
gi|17 : ccGATGTGACGA-G--TAAAT-----------GTTACTTTGAAATATAT--CATTCAATGCATGCCATAG-ATATGGAAACGGA--TAAGACTT---C--T-----
gi|18 : gtgtagcctgTTCTGCACATTGTCTCGATGT--CA----TG-G----GTA-AAT----GT------G-T-AAAGT-TGCT--TTTTT-AA-----A-TCCATGTGT------GCTA--GTAATGgacggacggacggacggaca
gi|2 : ttgatCACTCTTCTTTAACCCAAA-GTGCAGAATGACCTTCAGTGTTA-CCTAG---ACCTTGA------AAATTAGGACACAAATAT-ACG--------GTTTTGCATATCACCTTGATGT--TA----CG-A----ATA-AAC----AT------G-C-AAA-T-TG----TTTTG-AATC-C-A-TCCATGTGT------ACCA--G-AATGACATTCAGTG-----TGATCTTAAC-ATTGAAGAT---GGGAAACACAA-ATG-TTA-G----CTACTTATCA-TGAAGATGCGATGA-G--TCAATA-TAA-CAT--TTTATTATGAAAT---C--CATTT-ATGCAAACCAGAG-TTTTGG-AGTAGA--CATGCTTT---C--T-----TTA--CA-AT--CATA-ACATAATGACATTCAAT-T----------TGACCTTGAAGATATGGACACACACAAT---GCTGG----GCTCTGC-A--------CAT-TG---AAAAAATGTGGC----AAACTA---TGAAATCCATCCATGTATACCAGTGTTAT---GGAGACA-TATTATATTCgagtggacaaga
gi|3 : GT-ATG--------GTTTTGTACATGGCCTTCATGT--TT----TG-A----A-----C----AT------G-CCAAA-T-TA----TTTTG-AAATTC-A-TTCATGTGT------GCCA--G-ATTTACATTCAGTGAAGTGTGACCTTGAC-CCTGAAGAT---GGG-GACATAT-ATG-TTG------CTGC-C----------ATGTACTGA-G--TAAATG-TAC-CAA--GATATTTTGAAAC---CAATATCT-AT--ATACCAGAG-TTATGG-AATGGA--CA----TT---T--T-----ATA--TA-AT--AA-A-ACATTATGACATTCAGT-GT-GTTA-T--TGACCTTTAAGATGGG--------------------------TCTGC-A--------TGT-TA---CCTCAATGTAATTAGAAAGTAAATTTGAAATCCATTCATGCATATCAGTGTTGT---GAAGagtttgac
gi|4 : -AAA-T-TG----TTTTG-AACT-C-A-TAC----------------------TGACATTCAGAG-----TGACATTGACACATAAACAC---GGG-GACATAA-ATG-TTG-AG-TTCTGCATGTTA-AACCAATATGA-GATG--TGAATG-T-G-TAAACGTTATTTTTACAC---C--CACCC-ATGCACACCAGAG--TAT-T-AGCGGA--CACGATTT---T--T-----ATGCCTA-AT--TAT--ATATAATGATATTCAATATTAA--A-C--TGACCTTGAAGATGGTGACTTGCAT-------TTGG----ATTCTGCTAGACACTTTCGTGTGATTCCTACATGTACT----AAGTTATTTTGAAATATTTCGTTGCATACCAGAGTTATTAAGTAAACACGATTttgactcactttttgagacaagataagacaagacaatatatgtctccgagagatataaataca
gi|5 : gggctTTTAATCTGA-CCTTG---TCCTTTA------AG-------------TAT-ATG--------GTTTTGCACGTTGCCTCTATGT--TT----TA-T----ATT-AAT----GT------G-C-AAAAT-TA----TTTTG-AACTTC-A-TGCATACAT------GCCA--G-AACAACATTTAG------------------CTTGAAAATTATAGA-GATACAA--TA-TTA-GG-T-T-----GTCA-AACTGATGTGATGA-A--TA---------CA--------TTTGAAAT---C--CATTA-ATGCATGCC--AG-TCATGG-ATCAGA--CAttgaccgacggacagacagacag
gi|6 : accaatgataatgtgattttcctaccataactgtacaagcccaggtgtagcacacatcattttgttgtagatcatttgtacaaagtgcaccaaactgacccactggattcagcaattgtaggcacttaATGACATTTTGTG-----TAACCCTGAC-CTTGAAAAT---GGG-AAGACGC-ATG-TTG-GG-T-T-----GTCA-CCTGGAAGTGATGA-A--TAAATG-TGC-TAA--GTTATTCTGAAAA---C--CATCC-GTGCATACCAGAG-TTATGA-AATGGATCCATTTTTT---T--T-----ATA--TA-AT--CAT--ACATTATGAATTTTAGT-TT-G--A-CGTTGACCTTAAAACTGAGGATGTATGTGG----GGTGGGGGAGTTCTGC-A--------CAA-AG---TCTATGTGTACT----GAg
gi|6 : ATGAATTTTAGTTTGA-CGTTG---ACCTTAA------AACTGAGGATGT--ATGT-GGGGTGGGGGAGTTCTGCACAAAGTCT--ATGTG-TAC---TG-ACTACATA-CAT----AT------G-C-AAAGT-TA----ctacatacatatgcaaagttacatacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|7 : atgacattttgtgtaaccctgaccttgaaaatgggaagacgcatgttgggttgtcacctggaagtgatgaataaatgtgctaagttattctgaaaaccatccgtgcataccagagttatgaaatggatccattttttttatataatcatacattC-TTTCGGCCCAAATGTACAGAATGACCTTCAATGTGA-GCGTG---ATCGTGACTTATAAAATAAGGACACACGTGT-ATG--------GTAAGGCACATCGCATTGATTT--TA----TG-A----ATA-GAC----GT------GTC-TAA-T-CA----ATTTG-AAAT-C-AGTCAATGCGT------GCCA--G-AATGTTGTTAAGTG-----TGACATTGAC-CTTGAGAAC---GGG-GACACAA-GCA-TTGCGT-T-CTGCACGCCA-AGCAGATATAATGA-catacaagaaattagccacatatcaaaattcctgatattaggtatataacac
gi|8 : atactagatttgataactaataacaacaaatatttacccatGTGTGAATCTTG---ATCTTGA------AGATAAGGACTCAACTGT-AGG----------TCTGCACATCGCCTTAATGTGGTACCGGTA-A----GTA-AAT----GTGTAAATG-T-AAA-TGTAAAAGTTGAG-GAG--C-G-TTTAC-TGTAAATAAGTCACTG-AATGACATTCAGTG-----TCACCTTGA----TGAAGAA---GG----CACA----G-TGG-CT-T-CTGCATGTCA-CCTTGATTTTATCG-G--TAA---------AA--GTTATTTTGAAAT---A--CATCC-Ataggaaaggaaatacgtgtaactgtatgccagaataagtggaat
gi|9 : aatATTCAGTG-----TGACCTTCAC-CTTGAAAAT---GGG-ATCACAT-ATGTTTG-GT-T-CTGCAC--CA-C---AATGTGATAA-G--TAAAGC-T-A-C-A--TTTTTTTTAAAAC---C--CATTC-ATGTATACCAGAG-T---------GGA--CACAATTT---C--T-----