lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 222222 111 1111111 22222222222222222222222 333333333333333333333333333 22222222222222222222 777777777 111111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 2222 1 222 1 1 333333333333333333333333333 1 222222 666666666666666666 22 1 22222 3333333 222 33
lowQualScore : 33 555555555555555555 55555 8888888888 7777777777777777777777777777777777777777777777 777777777 222 11111111 11 1 000000 1 1 555 3 1 2 333 1 6 1 5 1111111 99999999999999999999999 11 1 1 1 2 22 222 1 1 888888888888888888888888888 1 1 4444 2 66666666666666666666 000000000 222 222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333 3333 1 2 333 1 999999 22 2 22 2 4 5 0000 8 888888 99 0 6 2 555 3 3 5 555 1 3 5 1 888 888 5 000000000000000000000000000 0 3 6 222222 333333333333333333 8 33 8 1 66 1 55555 33 1 1 6 9999999 6 333 66
lowQualScore : .. .................. ..... .......... .............................................. ......... ... ........ .. . ...... . . ... . . . ... . . . . ....... ....................... .. . . . . .. ... . . ........................... . . .... . .................... ......... ... .................. ................................................................................ .... .... . . ... . ...... .. . .. . . . .... . ...... .. . . . ... . . . ... . . . . ... ... . ........................... . . . ...... .................. . .. . . .. . ..... .. . . . ....... . ... ..
lowQualScore : 22 555555555555555555 33333 8888888888 5555555555555555555555555555555555555555555555 444444444 666 11111111 99 4 444444 3 3 444 8 2 5 444 2 2 2 5 4444444 00000000000000000000000 44 0 0 0 1 44 888 0 0 444444444444444444444444444 0 6 1111 8 88888888888888888888 555555555 999 888888888888888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 7777 9 0 222 8 111111 66 8 88 0 5 0 9999 5 666666 99 5 2 7 000 1 5 0 333 6 9 9 7 888 888 0 333333333333333333333333333 1 2 0 888888 888888888888888888 0 44 0 8 88 4 22222 88 4 4 0 3333333 0 333 77
consensus : AGCAA--ATTGATTGT------------------AC-----A----------TGAA---------------A--T---------A----T---------A---------T---A--------T--ATA-TC-A-TTT-TTTT-AG-G-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A---T--T-----T--ATAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-A-T---A-A--AT------TTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAGTGAT--------ATATCACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-A-------------------CA-----A--A----------C----AA----GTATAA-T-TATGTACA---GTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGGCTT--ATT-TGTAGCACTTGCGATAATAATTGTTTAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATG---AAG-TAGTTCATTCTGTTTGTAACCATTTAACACAA-TTTGTTGTAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAA-----T-AA-T-----C-CTGTTG-GNTTTT-GGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATTAAA---CATATCTGTTATA
Reference ( gi|4 ) : AGCAA--ATTGATTGT------------------AC-----A----------T------------------A--T---------A----T---------A---------T---A--------T--ATA-TC-A-TCT-TTTT-AG-G-T-T-TT-T---A-A-GC-AGTCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A---T--T-----T--ATAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-A-T---A-A--AT------TTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAATGATA-TA-T--ATATCACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-A-------------------CA-----A--A----------C----AA----ATATAA-T-TATGTACA---GTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGTTGGCTT--ATT-TGTAGGACTTGCAATAAAAAATGTTTGATT------ATTACTAAATATTACCTTCGGAACA-TATG---AAG-TAATTCATTCTGTTTTTAACCATTTAACAC-A-TTTTTTATAAATCTTTTGACT---G---T-A---TA--G---TTCCTGATATTAAGCAGTATACTATTCCAGATTAAAGTTCCAGAGTAAGACAAACT-----GCCTTTGAA-----T-CA-TA----C-CTGTTG-GA-TTT-GGTGTGATAAAGTTCAATTCA---TGTGTTGAACGTAGATTTCTACGGACGTTATCATA------GGTATTAGA---CATA--TGTTATA
gi|13 : AACAA--AATGGTTGT------------------AC-----A----------TGATAAATG----------A--T---------AAC--T---------A---------C---A--------TTAATA-TC-A-TTT-TTTT-AG-C-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTCGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A---------------------A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-A-T---A-A-----------TT------AA-TCAA------GA--------------------AATTGA---------ATATCACTGCATCTATT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-AAATAAACAAAAATAA----CA-----A--AAATACAA---C----AA----GTATAA-T-TATATACA---GTTAATAAT-ATA------TGTAT--GTACATTGGAGGTGGTGGCTT--ATT-TGTAGCAATTGCGATACTAATTGTTTAATT------ATTACTAAATATTGTATACTGGACA-TATG---AAG-TAGTTCATTCTGTTAGTAACCATTT
gi|5 : taagcattgcaAGCGA--ATTGATTGT------------------AC-----A----------TGCA---------------A--T---------A----T---------AA--------T---AACTGCATTT--ATA-TA-A-TTTATTTT-AG-G-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA--------------------T--AAAA--A-T-A-T-AT--A---T-ATAC-A-----A-A--AT------T--------AA-TCAAGAAAGTGAATATCGCTACATCTGT--TNNNNNNNNN-NN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN---N------------------NNNNNN----------------N--------------------N-N-------------------NN-----N--N----------N----NN----GTATAA-T-TATTTACA---GTTAATAAT-ATA------TGTGT--CTACATTGGAGGTTGTGACAT--ATT-TGTAGCACTTGCGATAATAATTGTTTAATG------ATTACCAAATATTATCTTCAGGACA-TATG---AAG-TAGCTCATTCTGTT
gi|7 : tgattttataagttggaatggaatcttcgttggggccctctaatgatatttttacatgttgtttacaaaatacaatagcaaaacaaataaaaaacatgttaagcattgcaAGCAA--AATGATTGT------------------AC-----A----------TGAAAAA------------A--C---------A----CC--------A---------T---A--------T--ATA-TT-A-ATT-TTT---G-T-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A---AAAC-----G--ATAT--A-T-A-T-AT--A---T-GTAC-A-----A-A--AT------T--------AA-TCAA------GA--------------------AAGT-----TA----ATATCACTACATTTGTCTAAA------------------CAACAAAATAAGTAA-------C--------------------A-A-------------------CA-----A--AAAAACAAAAAC----AA----GTATAA-T-TATATGCA---GTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGATTT--ATT-TGTAGCACTGGTGATAATAATTGTTAAATT------ATTGCCAAATATTATCTTCGGGATA-GATG---
gi|6 : tttttatctaaagagggtagtccaaatagtttgaaactaatctgccatggagcagatatatatacataatatttagaaaataaaataatataaaaaataaaaacaatctaagcattgcaAGCAA--ATTGATTGT------------------ATGTGAAA----------T------------------A--TGATAACTACA----T---------A---------T---A--------T--ATA-TC-A-TTT-TTTT-AG-ATT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTTTTTGATT-------AAAAC----A---A--T-----T--ATAT--A-TAA-TAAT--A---T-ATAT-A-C---A-A--A-------ATA------AA-TC-A---AGA----------------------AAGTGA---------ATATCACTTCATCTGTA---A------------------CAACAAAATAAG----------C--------------------A-A-------------------CAACAGCA--A----------CAACAAA----ATATAA-T-TATTTACA---GTTAATAAT-ATA------TGTAT--GTACATTGGAGGTG
gi|12 : caagttgtcagccaataacaagatcatgatttaatgaatttgtggaatggactgaatggaatggaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcattgcaAGCAA--ATTGATCGT------------------AC-----A----------TGAA---------------A--A---------A----TGAACCTTC-A---------T---A--------T--ATA-TC-A-TAT-TTT--AG-A-T-T-TT-T--------CTAATTCTTTGAAAGTCTCTT--ATT-------AA-------A-----------------------------------------AA-A-A---A-A--A---------T------GA-TC-A---AGA----------------------AAGTGA---------ATATCACTACATCTGTT---gt
gi|22 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaAGCGA--ATTGATTGT------------------AC-----A----------TGAAATATGAAAA------A--T---------A----C---------A---------T---A--------T--ATA-TC-A-T-T-TTTT-AG-GTT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A---A--A-----A--ATAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAC-A-G---A-A-----------TT------AA-TC-A---AGA----------------------AAGTGA---------ATATCACTACTTCTGTT---A------------------CAACAA----------------CAA------------------A-A-------------------TA-----A--G----------C----AA----AAATAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtataataatgtacagttaataatacatgtgtgtacattggaggtggtggcttatttgtagcacgtgcgataaatattgtttaattattactaaatattttattcaggacata
gi|14 : ttacaaatacaataacaaaacaaataaaaacattttaagcattgcaAGCAA--ATTGATTGTCCCTGAAATATGATAACTAC-----A----------T------------------A--T---------A----C---------A---------T---A--------T--ATA-T------T-TTTT-AG-G-TCT-TT-T---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCATTGATT-------AA-------A---caaaaaaac
gi|29 : accattgcaAGCAA--ATTGATTGT------------------AT-----A----------TGAA---------------A--T---------A----T---------AATAACTACAT---A--------T--ACA-TA-A-TTT-TTTT-AG-G-T-T-TT-TC--A-A-GC-AATTCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A---A--T-----A--ATAT--A-C-A-T-A---A---T-ATAT-A-C---A-A--A-------ATT------AA-TC-A---AGA----------------------AAGTGA---------ATATCACTTCATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------aaaacaacaacaaaacaatatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagttgatatttatatgtgtgtacattggaggtggtgacttatttgtagcattttcgataataattgtttttttattaacaaatattatcttgggacatgtgaagtagctcattctgtttgaaaccattt
gi|25 : catggcaAGCAA--ATTGATTGT------------------AC-----A----------TTACAGGTGATAACTACATG--T---------A----C---------A---------T---G--------T--ATA-TA-C-TTT-TTTT-AG-A-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA--------------------T--AAAA--A-T-A-T-AT--A-----------------------------TTT------AA-TC-A---AGA----------------------AAGTGA---------ATATCAATGCATCTTTT---A------------------CAACAA----------------CAA------------------A-A-------------------TA-----A--A----------C----AA----
gi|34 : ttaagcattgcaAGTAA--ATTGATTGT------------------AC-----A----------TGGAATATG----------A--T---------AAC--T---------A---------C---A--------T--ATA-T--A-T-T-TTTT-AG-T-TGT-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AACAAAAAAA---------------AAAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-A-T---cagaaacaaca
gi|43 : aataaaaacattttaagcattgcaAGCAA--TTTGATTGT------------------AC-----AGGAAATATGAT------------------AATT---------A----C---------A---------T---A--------A--ATA-TC----CT-TTTT-AG-G-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTC
gi|20 : gcaAGAAA--AATGATAGT------------------AC-----A----------T------------------G------------A----T---------A---------A---A--------T--TTA-TC-A-TTG-TTTT-AG-A-T-T-TT-TT--A-A-GC-AAGCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A---T--A-----T--AATT--G-T-G-TGNN--N---N-NNNN-N-N---N-N--NN------NNN------NN-NNNN---NNNGA------------AT-TAGTCAA--GAAAGTG-A--ATATCACCACATCTGTN---N------------------NNNNNN----------------N--------------------NGA-------------------CA-----G--G----------C----AG----ACACTG-T-TTTATATA---G---ATTAT-ATA-------GTG
gi|27 : taagcattgcaAGCAA--ATGGATTTT------------------AC-----A----------TGA----------------A--A---------A----TTG-------A---------T---AAC------T--ATA-TT-A--AT-TTTG-AG-A-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGAaaacaagcagaaactgttatatatagatgtatagtggaatctg
gi|26 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATGGATTTT------------------AC-----A----------TGA----------------A--A---------A----TTG-------A---------T---AAC------T--ATA-TT-A--AT-TTTG-AG-A-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGAaaacaaaagtttaaatagtgaatgttactacatctgttacaacaaataacaaaacaacaatacaa
gi|24 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATTGATTGT------------------AC-----A----------TGAAAAATGGTAACT----A--C---------A----T---------A---------C---A--------T--ATA-TTTA-T-T-TTTT-AG-A-T-T-TT-C---A-AAGC-AATCCTTACAAAGCTTCTGTGATT-------AA-------A---------------AAAT--G-T-A-T-GT--A---T-ACAC-A-----A-A--AA------AAT------AA-TCAA---aaacaaaagtttaaatagtgaatgttactacatctgttacaacaaataacaaaacaacaatacaa
gi|18 : gatacatttccaatttatttacaaaatacaaaagctaaacaaaatataaagattttaagcatggcaGCAAGCATTTATTGT------------------AC-----A----------TGAA---------------A--T---------A----TGATAACTACA---------T---A--------T--ATA-TC-A-TTT-TTTA-GG-G-T-T-TT-T---A-AAGC-AAGTATTTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A---A--AAAAAAT--ATAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-A-C---A-A--AA------TT-------AA-TCAA------GA--------------------AAGTGA----A-T--ATAACA--ACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-AAATAAA-------------CA-----ACAA----------C----AA----AAACAA-G-CAAACA-A---GT--ATAAT-ATA------TGTGT--GTACACTGGAGGTGATGGCTT--ATT-TGTAGCACTTGCGATAAgaaagtgaata
gi|9 : acattttaagcattGCAA--ATTTGCTGT------------------AC-----A----------TGAAAAATG----------A--T---------AACTTC---------A---------T---G--------T--ATATTC-A---T-TTTG-AG-A-T-T-TT-TA--A-A-GC-AATCCTTTGACAGTCTCTTTGATA-------AA-------A---------------ACATCAA-T-A-T-A---A---T-GAAT-A-T---ta
gi|16 : atataaaatatttttagcattgcagTGAT-AT------------------AT-----A----------T------------------A--T---------A----TAG-------A---------TATGA--------T--ATA-TA-A-TTT-TTTTAAG-G-T-T-TTAT---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTTTTTGATcactgcatctgttacaacaaaaataaaaaacaataataacaatacaagtttaattatgtacagttaataatatatggatgtacattggaaccggtggcttatttgtagtacttgcgataataattgttgaattattactaaatattatgtttggggcatttggaaaagttaacacattttgttgtcatacagtagtacagtttctgatatctaccggtatacttttccaaata
gi|36 : tttaTGT------------------AC-----A----------TGA----------------A--T---------G----TG--------A---------T---AAC------T--ATA-TT-A--AT-TTTG-AGAG-T-T-TT-T---A-A-CC-AAATCTTTGAAAGTCTCaaaaaaattattcaagaaagtgaatatcactacatatgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacaagtataattgtatacggttaataatatatgtgttaaattagaggtggtggcttatttgtatcacttgcaataataattgttttattattaccaaacattatcttcgggacatatgaagta
gi|17 : ----------T------------------A--C---------A----T---------A---------T---A--------T--ATA-T--A-TTT-TTTT-AG-A-T-TGTT-T---A-A-GC-AATCCATTGAAAGTCTCTTTGATT-------AA-------A-----------------AT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-A-T---A-A-----------TT------AA-TC-A---AGA----------------------AAATGA---------ATATCACTACATATGTT---A------------------CAACAA----------------CAAAATAACCAACAACAAACAA-A-------------------CA-----A--A----------C----AA----GTATAA-T-TATGTACA---GTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATC---AGTGGTGGCTT--ATT-TGTAGCACTTGTGATAATAATTGTATAATT------ATTACTAAACATTAacaaaacaaacatgtaaaacagtgaccctatatctgttacaacaaataacaagtaaacatcaatacaa
gi|10 : ac---------A---------T---A--------T--ATA-TA-G-TTT-TTTT-TA-G-T-T-TT-------A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATTTAAAA--AA-------A---------------ACA---A-C-A-T-AT--A---T-ATAT-A-C---A-A--AA------TT-------AA-TCAA------GA--------------------AAGTGA---------ATATTACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-AAAAAAAGCAACAAAAACAACAAAAC-A--A----------C----AA----GTATAA-T-TATGTACT---GTTAATGAT-ATA------TGTGTGAGTACATTGGAGGTGATGGTTT--ATT-TGTAGCACTTGCGATAATAATTGTTTAATT------ATTACCAAATATTATCTTCTGGACA-TATG---AAG-TAGTTCATTCTATTTGTAACCATATAtgatttacatttatacattatcagtgcattaatt
gi|15 : cccactaatggtacatttacatattatttacaaaatacaatagcaaaacaaaataaa---------A---------T---A--------T--AAA-TC-A-ATG-TTTT-AG-G-T-T-TT-TT--A-A-GC-GATCATTTGAAAGTCACTTTTATT-------AA-------AAAAT--G-----G--ATAT--AAT-T-T-AT--A---T-ATAT-A-C---A-A--AA------TT-------AA-TCAA------GA--------------------AAGTGA---------ATATCACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAACAAAAA-CA-----A--A----------C----AA----A-ACAAGTATATGTAAA---GTTAATAAC-ATA------TGTGT--GTACATTGGATGTGGTGGCTT--ATT-TGTAGCACTTGCGAT---TATTGTTTAATTAAATAAATTGCTAAATATTATCTTC-AAATATTATG---AAA-CAA
gi|35 : c---------A---------T---A--------T--ATA-TC-A-TTT-TTTT-AG-G-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATTTAAAAAAAA-------A---T--A-----T--ATAT--A-T-A-C-AA--A---T-ATAT-G-T---ACA--AA------ATT------AA-CC-A---AGA----------------------AAGTGA---------ATATCACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------aacatgtttaaactaa
gi|44 : c---------A---------T---G--------T--ATA-TT-A--AT-TTTG-AG-A-T-T-TT-T---AGA-GC-AATCCACTGAAAGTCTCTTTAA
gi|40 : atgatagcttc---------A---------T---A--------T--ATA-TC-A-TTT-TTTT-CA-T-T-T-TT-TTTAA-A-GC-AATCCTTTGAAAGTGTACATGACC-------AT-------A---T--T-----G--ATAC--A-T-A-gca
gi|41 : tgataattgc---------A---------T---G--------T--ATA-TCTA-T-T-TTTT-AG-A-TAT-TT-C---A-A-GC-CATCTTTTAAAA--------------------A-------A---T--G-----T--ATAT--A-A-A-T-AT--A---T-ATA--A-------------------TT------AA-TC------GAGA--------------------AAGTGA---------GTATTACTGTATCTTTT---A------------------TAACAA----------------CAG------------------A-A-------------------TA-----A--A----------C----AA----ctagtgtacactcgacaataatgagatgaataaatat
gi|3 : ---------T---A--------T--ATA-TC-AATTT-TTCT-AT-T-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATTAAAAA--AA-------A---T--A-----T--ATAT--A-C-A-C-AT--G---T-ATAT-A-TACAA-A--AT------T---------A-TTCA---AGA----------------------AAGTGA---------ATATCACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-AAATAAG-------------CAAC---A--A----------C----AAAAACATACAA-A-CAAGCATAATTGTTGATAAT-ATATATG--TGTGT--GTACATTGGAAGCGGTGGCTT--ATT-TGCAGCACTTCCAATAATAA----TTGATTG-----ATTACTAAATATTATCTTTGGGACA-TATG---AAG-TAGTTCATTCTGTTTGTAACCATTTAACACAA-TTTGTTGAAAAACTTTTAA-----G---T-A------------------------------TACTATTCCAGCTTAAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAA-----T-AATTC----C-CTGTTGAGT-TTT-GGAGTGATAAAGTTT-ATTTA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTATGAACATTATCATG------GGTATTAAA---CATATCTGTTATA
gi|38 : cat--------T--ATA-TT-A--AT-TTTG-AG-A-T-T-TT-T---A-AAGC-AGTCCTTTGAAAATCTTGTTAATtatcaagggatattagtttttgaaaccccgtaaataaatttttggt
gi|42 : gtatataaaaaatcataac--ATA-TC-A-ATT-TTTT-AA-A-T-T-TTCT---A-A-GC-AATTCTTTGAAAATCACTTTGATT-------AA-------A---------------ATAT--C-T-A-T-GT--A---T-Aagcaaaaaataagatagtgaatatcacttcatctgttgcaacaacaacaaataaa
gi|45 : gaaatacatttatgaatgaatgaatga-TTTT------T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTT------------A-------A---T--T-----T--AAAT--A-T-T-T-AT--A---T-ATAat
gi|2 : ca-AG-G-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCTTTGAATAAAAAA-AA-------A---T--A-----T--ATAT--A-T-A-T-AC--AT--T-GTAT-ATT---A-A--AA------ATT------AA-T-AA---AGA----------------------AAGTGA---------ATATCACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-A-------------------
gi|11 : aG-A-T-T-TT-TG--A-A-GC-AATTCGTTGAATGTATTTTTGATT-------AA-------A-----------------------------AT--A---T-ATAT-A-A---A-A--AT---------------AA-TCAA------GA--------------------AATTGA---------ATATCACTGCATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-AAAAAACAACAA--------CA-----AT-A----------C----AA----GTATAA-T-TATGTACC---GTTAATGAT-ATACATGTATGTAT--GTACATTGGAGGTGTTG-CTT--TTA-TGTAACATTTGCGATAATACTTACTTAATT------AGAGCTTAATATTATATTCGGGACA-TATG---AAG-TAGTTCATTCTGTTTGTAGCCATTTAACACAA-TTTGTTATTAAAGTTTTGACT---GTAAT-A---CA--GTTTTTTTTTATATTAACCGGTATATTATT-CA----AAGGTTCCAGAGTAGGAaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaacaagtataattatttacagttaataatatatgtgtgtacattggaggtggttacttatttgtagaacttgcaataataattgtttaattattgccaaatattatgaagtagttcattccgtttgtaacctattaacacaatttgttgtaaagtttttgactgtagtacagattctgatattaaccagtatactattccatattaaagttccagagtaggacaaactttgtaacctttgaatatataattccctgttgggttttggtgtgataaagtttaattcatttgttgacttctatgaatgttatgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|2 : TTTCTTT-ATT-------AA-------T---T--T-----TTAATAT--A-C-AAT-GT--A---T-ATAT-A-T---A-T--AT------TTTTTTTT-AT-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAATGAT
gi|3 : aaggttttttaagcaTTGAAT-------AA-------T---T--T-----T--GTAT--A-T-A-T-AC--A---T-GTGT-A-T---A-T--ATATTTTTTTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGATA-gtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaacaagtataattatttacagttaataatatatgtgtgtacattggaggtggttacttatttgtagaacttgcaataataattgtttaattattgccaaatattatgaagtagttcattccgtttgtaacctattaacacaatttgttgtaaagtttttgactgtagtacagattctgatattaaccagtatactattccatattaaagttccagagtaggacaaactttgtaacctttgaatatataattccctgttgggttttggtgtgataaagtttaattcatttgttgacttctatgaatgttatgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|13 : cattatatatcaatttttctatttttttaagcTTGATT-------AA--------------T-----T--ATAT--A-T-A-T-AT--A---T-AT----------------------TTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCGAAGGATgaaagtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaataagcaacaacaaaaacatacaaacaagcataattgttgataatatatatgtgtgtgtacattggaagcggtggcttatttgcagcacttccaataataattgattgattactaaatattatctttgggacatatgaagtagttcattctgtttgtaaccatttaacacaatttgttgaaaaacttttaagtatactattccagcttaaagttccagagaaggacaaactacctttgaataattccctgttgagttttggagtgataaagtttatttatttgttgaacgtagatttctatgaacattatcatgggtattaaacatatctgttatatatcaagggatattagtttttgaaaccccgtaaataaatttttggt
gi|10 : taagcattgcaaacaaaatggttgtacatgataaatgataactacattaatatcatttttttagcttttttaagcaTTGATT-------AA-------T---T--T-----T--GTAT--A-T-A-T-AT--A---T-GT-T-G-T---------T------TTTTTTA--AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGATgaaattgaatatcactgcatctattacaacaacaaaataaacaaaaataacaaaaatacaacaagtataattatatacagttaataatatatgtatgtacattggaggtggtggcttatttgtagcaattgcgatactaattgtttaattattactaaatattgtatactggacatatgaagtagttcattctgttagtaaccattt
gi|17 : cccactaatggtacatttacatattatttacaaaatacaatagcaaaacaaaataaaatatatatagttttttttagttttagcaTTGATT-------AA--------------T-----T--ATAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT--------------------TTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAgaaagtgaatattactacatctgttacaacaacaaaaaaaagcaacaaaaacaacaaaacaacaagtataattatgtactgttaatgatatatgtgtgagtacattggaggtgatggtttatttgtagcacttgcgataataattgtttaattattaccaaatattatcttctggacatatgaagtagttcattctatttgtaaccatata
gi|5 : actacatatatatatatttttttagattgtttaagcaatccaTTGATT-------AA-------T---T--T-----T--GTAT--A-T-A-T-AT--A---T-TTTT-A-T------------------T------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGATA-gaaaatgaatatcactacatatgttacaacaacaaaataaccaacaacaaacaaacaaacaagtataattatgtacagttaataatatatgtgtgtacatcagtggtggcttatttgtagcacttgtgataataattgtataattattactaaacattatgatttacatttatacattatcagtgcattaatt
gi|7 : tgattttataagttggaatggaatcttcgttggggccctctaatgatatttttacatgttgtttacaaaatacaatagcaaaacaaataaaaaacatgttaagcattgcaagcgaattgattgtacatgcaatataataactgcatttatataatttattttaggtttttaagcTTGATT-------AA-------T---T--T-----T--GTAC--A-T-A-T-AT--A---T-ATATCG-T---T-----T------TTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGATgaaagtgaatatcgctacatctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtataattatttacagttaataatatatgtgtctacattggaggttgtgacatatttgtagcacttgcgataataattgtttaatgattaccaaatattatcttcaggacatatgaagtagctcattctgtt
gi|15 : tttttatctaaagagggtagtccaaatagtttgaaactaatctgccatggagcagatatatatacataatatttagaaaataaaataatataaaaaataaaaacaatctaagcattgcaagcaaaatgattgtacatgaaaaaacaccatatatattaatttttgttttttaagcaTTGATT-------AA-------T---T--T-----T--GTAT--A-T-A-T-AT--AAATT-ATAT-C-C---A-T--TT------TTT------AA-TAAA---AGTGA------------CT-T--TCAAATGATgaaagttaatatcactacatttgtctaaacaacaaaataagtaacaacaaaaaaacaaaaacaagtataattatatgcagttaataatatatgtgtgtacattggaggtggtgatttatttgtagcactggtgataataattgttaaattattgccaaatattatcttcgggatagatg
gi|6 : catataaatcaatgttttaggttttttaagcgTTGATT-------TA-------T---T--T-----T--GTAT--A-T-A-T-ATT-A---TTATAT-A-T---A-ATTGT------TTT------AA-TCAA---AAAGA------------CT-T--TCAAAGGATgaaagtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaataagcaacaacaaaaacaaacaaaacaagtatatgtaaagttaataacatatgtgtgtacattggatgtggtggcttatttgtagcacttgcgattattgtttaattaaataaattgctaaatattatcttcaaatattatgaaacaaaacatgtttaaactaa
gi|18 : caagttgtcagccaataacaagatcatgatttaatgaatttgtggaatggactgaatggaatggaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcattgcaagcaaattgattgtatgtgaaatatgataactacatatatatatcatttttttagattttttaagcaTTGATT-------AA-------T---T--T-----T--GTAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-A-T---A-T--TT------TTTTTTT--AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAATgaaagtgaatatcacttcatctgtaacaacaaaataagcaacaacagcaacaacaaaatataattatttacagttaataatatatgtatgtacattggaggtggt
gi|22 : acattttaagcattgcaagcatttattgtacatgaaatatgataactacatatatatcattttttagggtttttaaagcaagtTTGATT-------AA-------T---T--C-----T--GTAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-T-T---------T------TTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGATgaaagtgaatataacaacatctgttacaacaacaaaataaacaacaacaaaaacaagcaaacaagtataatatatgtgtgtacactggaggtgatggcttatttgtagcacttgcgataata
gi|29 : ttacaaatacaataacaaaacaaataaaaacattttaagcattgcaagcgaattgattgtacatgaaatatgaaaaatacatatatatcattttttaggttttttaagcaTTGATT-------AA-------T---T--T-----T--GTAT--A-T-A-T--T--A---T-GTAT-A-T---T-A---T------TTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAgaaagtgaatatcactacttctgttacaacaacaaaataagcaaaaataacaaaaaaac
gi|35 : catggcaagcaaattgattgtatatgaaatataataactacatatacataatttttttaggtttttcaagcaattcTTGGTT-------AA-------T---T--T-----T--GTAC--A-T-A-T-ATTTG---T-ATAT-A-T---A-T--AT------TTTTTTTTAAA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGATgaaagtgaatatcacttcatctgttacaacaac
gi|25 : catatatatcatttttttaggttttttaagcaTTGATT-------AA-------A---T-------------------------AT--A---T-ATTT-T-T---A-------------TT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGATgaaagtgaatatcactacatctgttacaacaa
gi|1 : ttaagcattgcaagcaaattgattgtacattacaggtgataactacatgtacatgtatatactttttttagattttttaagca---T--T-----T--ACAC--A---A-T-AT--A---T-GAA--A-T---A-G--AT------TAT------AA-TCAA---GGA-----------------------AGTGA---------A-ATCACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-AAATAAAA------------CA-----A--AAAAATACAA-C----AA----GTATAA-C-TATGTACA---GTTAATAAT-TTA------TATGT--GTTCA-----------AGCTT--ATT-TGTAGCACTTGATATATTAATTGTTTAATT------ATTACTAAATATCATATTCGGGACA-TATG---AAG-TAGTTCATTCTGTTTGTAACAATACAACA--A-TTTGTCGTAAAACTTTTTATT---G---TAA---TATTG---TTTCTGATATTAACCGGTATATTATTCCAGATTTAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAA-----T-AA-TT----CTCTGTTG-GGTTTT-AGAGTGATAAAGTTTAATTAAAATTTTGTTGAATGTAGATTTCTACGAACGTTTTCATACCATTTGGTATTAAA---CATATCTGTTATAgaaagtgaatatcaatgcatcttttacaacaacaaaataaacaacagaaacaaca
gi|34 : caaaataacagcattttaagtattgcaagcaaattgcttgtacatgaaaaatgaaaatacacgtaagtttgttttttttagcat--ATAT--A-T-A-T-AT--A---T-ATAT-T-T---------T------TTTTTTGTTAA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGAT---------------TGC-----TT---A------------------AAACAA----------------C------------------------------------------TA-----A--A---------------AA----ATATA----TATGT--A---GTT-ATCAT-AT-------TCCAT--GTACA--------ATCAATTT--ACT-TGCAATGCTT-------AAAATGTTT--TT------ATTtacgaaggtgcattgttttttaaacatgaattttgcttttgggagaaatattctttgataaatggaaagtgcacttattaacttcttagcgtctgcaaatgttgaatatggatcacataagata
gi|45 : ---T-ATAT-A-T---A-A--ATA-----TTT------AAATTAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAGGAT
gi|21 : catttttttttaagca-ATAT-A-T---A--------------T------AA-TCAA------GA--------------------AAGTGA---------ATATCACTACATCTGTT---A------------------CAACAA----------------C--------------------A-G----------------------------------------------------TATAA-T-AATGTACA---GTTAATGAT-A-A------TGTAT--GTGCGTTGGAGGTGGTGGTTT--ATT-TGTATTACTTGTAATAATAATTATTTAATT------ATAACTAAATATTATATTCG---------------G-TAGTTCATTCTGTTTGTAACCATTTAACAC-ACTTTTTTGTGAAGCTTTTGACT---G---T-A---
gi|20 : tttaattaaaaaaT-A-T---A------------TTT------AA-TCAA---AGAGA------------CT-T--TCAAAgta
gi|16 : taagcattgcaagaaaaatgatagtacatgataaatttatcattgttttagattttttaagcaagccT------TTT------TA-TCAA---AAAGA------------CT-T--TCAAATGATattgtgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattagtcaagaaagtgaatatcaccacatctgtnnnnnnnnnngacaggcagacactgttttatatagattatatagtgaaacaagcagaaactgttatatatagatgtatagtggaatctg
gi|8 : tttatgatatatatatatagatatgatatataatttttttaaggttttataagcaTT------AA-TCAA------GA--------------------AAGTGATT-T--------TCATTACATCTGTT---AAAACAACAAAATAAGCAACAACAA----------------C--------------------A-A-------------------CATCA--A--A----------C----AA----GTATAA-T-TATTTACA---GTTATTAAA-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTCGTGGCTT--ATT-TGTAGCACTTGCGATAATAATTGTTTAAAT------ATTACCAAATATTGTCTTCGGGACA-TATG---AAG-TAGTTAATTCAGTTTGTAACCATTTAACACAA-TTTGTTGTAAAGTTTTTGACTGTGG---T-A---CA--G---TTTCTGA----------TATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAATAGGACAAACT-----ACCTTGGAA-----T-AA-T-----T-CTGTaattattcaagaaagtgaatatcactacatatgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacaagtataattgtatacggttaataatatatgtgttaaattagaggtggtggcttatttgtatcacttgcaataataattgttttattattaccaaacattatcttcgggacatatgaagta
gi|38 : taatttaaatatttatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAATAAGA-TAGTGAATATCACTTCATCTGTT---G------------------CAACAA----------------C--------------------A-A-------------------CA-----A--A----------T----AA----A
gi|9 : gtatataaaaaatcataactatattaattttgagatttttaaagcagtcctttgaaaatcttgttaatagcaaaAATGA---------ATATCACTGCATCTGTT---A------------------CAACAAAAATAAAAAACAATAAT--------------------A-A-------------------CA-----AT-A----------C----AA----GTTTAA-T-TATGTACA---GTTAATAAT-ATA------TGGAT--GTACATTGGAACCGGTGGCTT--ATT-TGTAGTACTTGCGATAATAATTGTTGAATT------ATTACTAAATATTATGTTTGGGGCA-TTTGGAAAAGTTAACACATTTTGTT
gi|39 : atataaaatatttttagcattgcaggcaaatttgctgtacatgaaaaatgataacttcatgtatattcattttgagatttttaaagcaatcctttgacagtctctttgataaaaacatcaatat-A-------------------CA-----A--G----------C----AC----ATATAC-T-TATGTACA---GTTAATAAT-A-A------TGGGT--GTTCATTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGT-----TTGTAATgtcatacagtagtacagtttctgatatctaccggtatacttttccaaata
gi|16 : A-----A--A----------C----AA----GTATAA-T-TGTATACG---GTTAATAAT-ATA------TGTGT---TAAATTAGAGGTGGTGGCTT--ATT-TGTATCACTTGCAATAATAATTGTTTTATT------ATTACCAAACATTATCTTCGGGACA-TATG---AAG-TAcatttaacacaatttgttgtaaagcttttgattgtgttaatac
gi|2 : tttatgatatatatatatagatatgatatataatttttttaaggttttataagcaatcatttgaaagtctttttgataaaaaaattattcaagaaagtgaatatcactacatatgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-----A--A----------C----AA----GTATAA-T-TATTTACA---GTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTTACTT--ATT-TGTAGAACTTGCAATAATAATTGTTTAATT------ATTGCCAAATATTA--------------TG---AAG-TAGTTCATTCCGTTTGTAACCTATTAACAC-AATTTGTTGTAAAGTTTTTGACT---G---T-AGTACA--G---ATTCTGATATTAACCAGTATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACTTTGTAACCTTTGAA-----TATA-TAATTCC-CTGTTG-GGTTTT-GGTGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTT-------GACTTCTATGAATGTTAT
gi|12 : aaggttttttaagcaatcatttgaaagtctctttgaataaaaaaaaatatatatatatacattgtatattaaaaattaataaagaaagtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagTATAA-T-AATGTACA---GTTAATAAT-ACA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGGCTT--ATT-TGTAGCACGTGCGATAAATATTGTTTAATT------ATTACTAAATATTTTATTCAGGACA-TAgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|19 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaagcaaattgatcgtacatgaaaaatgaaccttcatatatatcatattttagatttttctaattctttgaaagtctcttattaaaaaaaaaatgatcaagaaagtgaatatcactacatctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATGTACA---GTTGATA-T--TA------TGTAC--GTACATTGGAGGCGGTGGCTT--ATT-TGTAACGCTTGT--TAA----------ATC------ATTATTAAATAGTA
gi|14 : CA---GTTGATATTTATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGACTT--ATT-TGTAGCATTTTCGATAATAATTGTTTTTTT------ATTAACAAATATTATCTT-GGGACA-TGTG---AAG-TAGCTCATTCTGTTTGAAACCATTTatcgacttttactgtttcagtagtatattaactcacatagtattcaagagtaggacaaacagccgttgaaaaaaatcgccttttggttttggagcaattctgtttaatttatttgttacacgtagatttctacttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|39 : accattgcaagcaaattgattgtccctgaaatatgataactacatatacatatatattttttaggtcttttaagcaatcatttgaaagtctcattgattaaaaaaacaacaacaaaacaatatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAACACAA-TTTGTTGTAAAGCTTTTGATT---G---T-G---T
gi|9 : acaagcacatatacttatgtacagttaataataatgggtgttcatttgaggtggtgact---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATCTACCGGTATACTTTTCCAAATtaatac
gi|19 : atataaaatatttttagcattgcaggcaaatttgctgtacatgaaaaatgataacttcatgtatattcattttgagatttttaaagcaatcctttgacagtctctttgataaaaacatcaatataatgaatatcactgcatctgttacaacaaaaataaaaaacaataataacaatacaagtttaattatgtacagttaataatatatggatgtacattggaaccggtggcttatttgtagtacttgcgataataattgttgaattattactaaatattatgtttggggcatttggaaaagttaacacattttgttgtcatacagtaTTCAGTAGTATATTAACTCACAT-AGTATTCAAGAGTAGGACAAACA-----GCCGTTGAAAAAAAT-CG-------C-CTTTTG-GT-TTT-GGAGCAATTCTGTTTAATTTA---TTTGTTACACGTAGATTTCTACa
gi|33 : atgtacagttgatattatgtacgtacattggaggcggtggcttatttgtaacgcttgttaaatcattattaaatagtaatcgacttttactgtG-GA-TTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---ATTGTTGAATGTAGATTTCTAAGACCGTTATAATG------GGTATTAAAATGTATC--TGTTATAttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATGGAATGGATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTT
Unaligned ( gi|28 ): TGATTGAATGAAAGTCTTTATTTGAGAGAGTAGCCTAATTCGACTAGTTTGAAACTAATCTTCATTCGAGCCCTCTAAGATACATTTATATATTATTTACAAAATACAATAGCAATACAAAATTAAAGCATTGTAATCAAATTGATTGTGCATGAAAAATGAGAACTACACGTAT
Unaligned ( gi|30 ): TTTCGGCCTAACAAAACCAAAATGCAAATAGGAAATAGAATGGAATGGAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CATGAGTTCATTAAGTATTGAATGGAATGGAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|32 ): TGAAATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT
Unaligned ( gi|37 ): AAGGTGCAGTGCTTTTTGAAACTCTATACCTAAATTTTGCTTTTTTGAGAAATATTCTTTGATCAATGGAAAGTACATTTATTAACTTCATATCGTCTGCAAATGTTGAATATTTATCACATAAGATAAT
Unaligned ( gi|46 ): CAGTAGGTAATCGCCCAATAAATAGTAGCATTTAATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444 11111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111111111 11111 44444444444 111 222222 1
lowQualScore : 22 1 5555555 1 55555 8888888888888888888888888888888888888 11111111 11 44 8888888 444 1 0 1 55 3 1 7 666 1 5 1 222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333 3 222 444444 444444 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333 1 2 1 999999 22 6666666 2 2 888888 2 2 77777 4 4 1 777777777777777777777 1 1 0 1 5 1 66666 6 66666666666 7 111 1 888888 0 3
lowQualScore : .. . ....... . ..... ..................................... ........ .. .. ....... ... . . . .. . . . ... . . . ... .................................................................................................................. .... . ... ...... ...... . ........................................................................................................ .... . . . ...... .. ....... . . ...... . . ..... . . . ..................... . . . . . . ..... . ........... . ... . ...... . .
lowQualScore : 99 9 4444444 7 88888 9999999999999999999999999999999999999 88888888 88 44 5555555 777 2 8 2 88 5 2 1 888 2 9 2 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 5 666 444444 444444 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 9 0 8 111111 66 5555555 0 1 666666 5 4 77777 4 4 9 666666666666666666666 4 6 7 7 9 4 77777 7 33333333333 5 777 0 888888 0 2
consensus : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---T-TTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A---T--------TAT---A----TA---T-A-T-ATA-TAT-A-TA-T---A-AA--TTAATC---AAAGAGA------------------------AAGTG----A-ATATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C-A-----A--A----------C----AAGTATAA-T-TATGTACAGTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
Reference ( family-421 ) : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---T-TTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A---T--T-----TAT---A----TA---T-A-T-ATA-TAT-A-TA-T---A-AATTTTAATC---AAAGAGACTT--TC-----------------AAGTG----ATATATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C-A-----A--A----------C----AAGTATAA-T-TATGTACAGTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGNTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|1 : AGCAA--ATTGCT-TGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGAAA-------A---------TA--------C--ACGT-AA-G-----TT---T-GTT-----T-T-TT-T---T-A-GC-------------------------ATT-----------------------T-----TAC---A----CA-----A-T-ATA-TGA-A--A-T---A-GATTATAATC---AAGGA---------------------------AGTG----A-A-ATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAAA---------------C-A-----A--AAAAATACAA-C----AAGTATAA-C-TATGTACAGTTAATAAT-TTA------TATGT--GTTCA-----------AGCT-------TATTTGTAG-CACTTGATATATTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATCATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACAAT---ACAACAATTTGTCG-TAAAACTTTTTATT---G---TAA---TATTG---TTTCTGATATTAACCGGTATATTATTCCAGATTTAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---T--CTGTTGGGTTTTAGAGTGATAAAGTTTAATTAAAATTTTGTTGAATGTAGATTTCTACGAACGTTTTCATACCATTTGGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|10 : caaaataacagcattttaagtattgcaA-------TA-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--A-GT----T-----TT---T-TTTA-G----T-TT-T---A---GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATTTAAAA--AA-------A-------------AC---A-----A---C-A-T-ATA-TAT-A-TA-C---A-AAATT-AATC---AA---GA------------------------AAGTG----A-ATATTACTACATCTGTT---A------CAA------C-AACAAAAAAAAGCAACAAAAA----------------C--------------------A-A----------------------C-AAAAC-A--A----------C----AAGTATAA-T-TATGTACTGTTAATGAT-ATA------TGTGTGAGTACATTGGAGGTGATGGTT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACCAAATATTATCTTCTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTATTTGTAACCATATAtacgaaggtgcattgttttttaaacatgaattttgcttttgggagaaatattctttgataaatggaaagtgcacttattaacttcttagcgtctgcaaatgttgaatatggatcacataagata
gi|11 : cccactaatggtacatttacatattatttacaaaatacaatagcaaaacaaa-GA-T-T-TT-TG--A-A-GC-AATTCGTTGAATG---TATTTTTGATT-------AA-------A----------------------------------ATA-TAT-A-TA-A---A-AAT---AATC---AA---GA------------------------AATTG----A-ATATCACTGCATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAAAAACAACAA-----------C-A-----AT-A----------C----AAGTATAA-T-TATGTACCGTTAATGAT-ATACATGTATGTAT--GTACATTGGAGGTGTTG-CT-------TTTATGTAA-CATTTGCGATAATACTTACT-TAATT------AGAGCTTAATATTATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAGCCATTTAAC-ACAATTTGTTATTAAAG-TTTTGACT---GTAAT-A---CA--GTTTTTTTTTATATTAACCGGTATATTATT-CA----AAGGTTCCAGAGTAGGA
gi|12 : AGCAA--ATTGAT-CGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGAACCTTC---A---------TA--------T--ATAT-CA-------TA---T-TTTA-GA-T-T-TT-T--------CTAATTCTTTGAAAG---TCTCTT--ATT-------AA-------A------------------------------------------A-AA-A---A-AA---TGATC----AAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCACTACATCTGTT---
gi|12 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaGTATAA-T-AATGTACAGTTAATAAT-ACA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACGTGCGATAAATATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTTTATTCAGGACA-TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtataataatgtacagttaataatacatgtgtgtacattggaggtggtggcttatttgtagcacgtgcgataaatattgtttaattattactaaatattttattcaggacata
gi|13 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaagcaaattgatcgtacatgaaaaatgaaccttcatatatatcatattttagatttttctaattctttgaaagtctcttattaaaaaaaaaatgatcaagaaagtgaatatcactacatctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAA--AATGGT-TGTACA-------TG-ATAAATGA---------TAAC--T-----------A---------CA--------TTAATAT-CA-T-----TT---T-TTTA-GC-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTCGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A------------------------A---T-A-T-ATA-TAT-A-TA-T---A-A---TTAATC---AA---GA------------------------AATTG----A-ATATCACTGCATCTATT---A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAAACAAAAAT-----A-A----------------------C-A-----A--AAATACAA---C----AAGTATAA-T-TATATACAGTTAATAAT-ATA------TGTAT--GTACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CAATTGCGATACTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTGTATACTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTAGTAACCATTT
gi|14 : taagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTCCC-------TG-A-----AA---------TA----T-----------GATAAC----TA--------C--ATATACA-TATATATT---T-TTTA-GG-TCT-TT-T---A-A-GC-AATCATTTGAAAG---TCTCATTGATT-------AA-------A---
gi|14 : accattgcaCAGTTGATATTTATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGACT-------TATTTGTAG-CATTTTCGATAATAATTGTT-TTTTT------ATTAACAAATATTATCTT-GGGACA-TGTGAAGTAGC-----TCATTCTGTTTGAAACCATTTaaaacaacaacaaaacaatatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagttgatatttatatgtgtgtacattggaggtggtgacttatttgtagcattttcgataataattgtttttttattaacaaatattatcttgggacatgtgaagtagctcattctgtttgaaaccattt
gi|15 : accattgcaagcaaattgattgtccctgaaatatgataactacatatacatatatattttttaggtcttttaagcaatcatttgaaagtctcattgattaaaaaaacaacaacaaaacaatatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----------A---------TA--------T--AAAT-CA-A-----TG---T-TTTA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-GATCATTTGAAAG---TCACTTTTATT-------AA-------AAAAT--G-----GAT---A----TAATTT-A-T-ATA-TAT-A-CA-----A-AA--TTAATC----AAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAAGCAACAACAAA--A-A----------------------C-A-----A--A----------C----AAA-ACAAGTATATGTAAAGTTAATAAC-ATA------TGTGT--GTACATTGGATGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGAT--T-ATTGTT-TAATTAAATAAATTGCTAAATATTATCTTC-AAATATTATGAA
gi|16 : cTGATATATATA-------TATA-----GA---------TA----T-----------G----------A--------T--ATAT-AA-T-----TT---T-TTTAAGG-T-T-TTAT---A-A-GC-AATCATTTGAAAG---TCTTTTTGATA-------AA-------A---AAAT-----TATTCAA----GA---A-AGT-GAA-TATCACTA-C---A-TATGTTNNNN---NNNNNNNNNN--NN-----------------NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N------NNN------N-N-------------------A----------------------------------------------------------------A-----A--A----------C----AAGTATAA-T-TGTATACGGTTAATAAT-ATA------TGTGT---TAAATTAGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAT-CACTTGCAATAATAATTGTT-TTATT------ATTACCAAACATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAacaaaacatgtttaaactaa
gi|17 : tttaA---------CA----T-----------A---------TA--------T--ATAT--A-T-----TT---T-TTTA-GA-T-TGTT-T---A-A-GC-AATCCATTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A------------------A----TA---T-A-T-ATA-TAT-A-TA-T---A-A---TTAATC----AAGA--------------------------AAATG----A-ATATCACTACATATGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAACCAACAACAAACAA-A----------------------C-A-----A--A----------C----AAGTATAA-T-TATGTACAGTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATC---AGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGTGATAATAATTGTA-TAATT------ATTACTAAACATTAT
gi|18 : actGCAAGCATTTAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----TGATAACTAC--A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---T-TTAG-GG-T-T-TT-T---A-AAGC-AAGTATTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A---A--AAAAAATAT---A----TA---T-A-T-ATA-TAT-A-TA-C---A-AAATT-AATC---AA---GA------------------------AAGTG----A-ATATAACAACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAA----------------C-A-----ACAA----------C----AAAAACAA-G-CAAACA-AGT--ATAAT-ATA------TGTGT--GTACACTGGAGGTGATGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAgatttacatttatacattatcagtgcattaatt
gi|19 : acattttaagcattATGTACAGTTGATA-T--TA------TGTAC--GTACATTGGAGGCGGTGGCT-------TATTTGTAA-CGC------------TTGTT-AAATC------ATTATTAAATAGTA
gi|19 : GTATATTAACTCACAT-AGTATTCAAGAGTAGGACAAACA-----GCCGTTGAAAA-AAAT-----CGCCTTTTGG-TTTTGGAGCAATTCTGTTTAATTTA---TTTGTTACACGTAGATTTCTACatcgacttttactgtttcagtagtatattaactcacatagtattcaagagtaggacaaacagccgttgaaaaaaatcgccttttggttttggagcaattctgtttaatttatttgttacacgtagatttctacttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : atgtacagttgatattatgtacgtacattggaggcggtggcttatttgtaacgcttgttaaatcattattaaatagtaatcgacttttactgtttcagtaA-GG-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCATTTGAAAG---TCTCTTTGAATAAAAAA-AA-------A---T--A-----TAT---A----TA---T-A-T-ACATTGT-A-TATT---A-AAAATTAAT----AAAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------ttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : a-----A--A----------C----AAGTATAA-T-TATTTACAGTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTTACT-------TATTTGTAG-AACTTGCAATAATAATTGTT-TAATT------ATTGCCAAATATTAT--------------GAAGTAGT-----TCATTCCGTTTGTAACCTATTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACT---G---T-AGTACA--G---ATTCTGATATTAACCAGTATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACTTTGTAACCTTTGAATATA--TAATTCC--CTGTTGGGTTTTGGTGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTT-------GACTTCTATGAATGTTATaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaacaagtataattatttacagttaataatatatgtgtgtacattggaggtggttacttatttgtagaacttgcaataataattgtttaattattgccaaatattatgaagtagttcattccgtttgtaacctattaacacaatttgttgtaaagtttttgactgtagtacagattctgatattaaccagtatactattccatattaaagttccagagtaggacaaactttgtaacctttgaatatataattccctgttgggttttggtgtgataaagtttaattcatttgttgacttctatgaatgttatgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|20 : aaggttttttaagcaatcatttgaaagtctctttgaataaaaaaaaatatatatatatacattgtatattaaaaattaataaagaaagtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagAGAAA--AATGAT-AGTACA-------TG-A----------------------T-----------A---------AA--------T--TTAT-CA-T-----TG---T-TTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AAGCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A---T--A-----TAA---T----TG---T-G-TGNNN-NNN-N-NN-N---N-NNNNNNNNNN---NNNNNGAATTAGTCAAGA-------------AAGTG----A-ATATCACCACATCTGTN---N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------NGA----------------------C-A-----G--G----------C----AGACACTG-T-TTTATATAG---ATTAT-ATA-------GTGgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|21 : taagcattgcaAT-A-TA-T---A------TAATC---AA---GA------------------------AAGTG----A-ATATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-----------------------------------------------------GTATAA-T-AATGTACAGTTAATGAT-A-A------TGTAT--GTGCGTTGGAGGTGGTGGTT-------TATTTGTAT-TACTTGTAATAATAATTATT-TAATT------ATAACTAAATATTATATTCG------------GTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACACTTTTTTG-TGAAGCTTTTGACT---G---T-A---aaacaagcagaaactgttatatatagatgtatagtggaatctg
gi|22 : tttaattaaaaaaAGCGA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----TGAAAAATAC--A---------TA--------T--ATAT-CA-------TT---T-TTTA-GGTT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A---A--A-----AAT---A----TA---T-A-T-ATA-TAT-A-CA-G---A-A---TTAATC----AAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCACTACTTCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T-A-----A--G----------C----AAAAATAA-gta
gi|24 : ttacaaatacaataacaaaacaaataaaaacattttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AAAATGGTAACTA----C-----------A---------TA--------C--ATAT--A-T-----TTATTT-TTTA-GA-T-T-TT-C---A-AAGC-AATCCTTACAAAG---CTTCTGTGATT-------AA-------A-------------AA---A----TG---T-A-T-GTA-TAC-A-CA-----A-AAAAATAATC---AAcaaaaaaac
gi|25 : gatacatttccaatttatttacaaaatacaaaagctaaacaaaatataaagattttaagcatggcaAGCAA--ATTGAT-TGTACATTACAGGTG-AT----AACTACATG--TA----C-----------A---------TG--------T--ATAT-AC-T-----TT---T-TTTA-GATT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA--------------------TAA---A----AA---T-A-T-ATA-------------------TTTAATC----AAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCAATGCATCTTTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T-A-----A--A----------C----AAgaaagtgaata
gi|26 : ttaagcattgcaAGCAA--ATGGAT-TTTACA-------TG-A-----AA----------A----TTG---------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---T-TG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAG---TCTCATTGAcagaaacaaca
gi|26 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGTG----A-ATGTTACTACATCTGTT---A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CAA-----A--A----------C----AAaaacaaaagtttaaatagtgaatgttactacatctgttacaacaaataacaaaacaacaatacaa
gi|27 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaagcaaatggattttacatgaaaattgataactatattaattttgagatttttaaaggaattctttgaaagtctcattgaaaacaaaagtttaaatAGCAA--ATGGAT-TTTACA-------TG-A-----AA----------A----TTG---------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---T-TG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAG---TCTCATTGAcaatacaa
gi|27 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGTG----A-ATGTTACTACATCTGTT---A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CAA-----A--A----------C----AAaaacaaaagtttaaatagtgaatgttactacatctgttacaacaaataacaaaacaacaatacaa
gi|29 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaagcaaatggattttacatgaaaattgataactatattaattttgagatttttaaaggaattctttgaaagtctcattgaaaacaaaagtttaaatAGCAA--ATTGAT-TGTATA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------AATAACTACATA--------T--ACAT-AA-T-----TT---T-TTTA-GG-T-T-TT-TC--A-A-GC-AATTCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A---A--T-----AAT---A----TA---C-A-T-A-A-TAT-A-TA-C---A-AA-ATTAATC----AAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCACTTCATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------caatacaa
gi|3 : catggca---------TA--------T--ATAT-CAAT-----TT---T-TCTA-TT-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATTAAAAA--AA-------A---T--A-----TAT---A----TA---C-A-C-ATG-TAT-A-TA-TACAA-AATT---ATT---CAAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAACAAAAACATAC-A-----A--A----------C----AAGCATAA-T-T-------GTTGATAAT-ATATATG--TGTGT--GTACATTGGAAGCGGTGGCT-------TATTTGCAG-CACTTCCAATAATAATTG-----ATTG-----ATTACTAAATATTATCTTTGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-AAAAACTTTTAA---------------------------------------GTATACTATTCCAGCTTAAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---C--CTGTTGAGTTTTGGAGTGATAAAGTTT-ATTTA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTATGAACATTATCATG------GGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|33 : catGGATTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---ATTGTTGAATGTAGATTTCTAAGACCGTTATAATG------GGTATTAAAATGTATCTGTTATAtatcaagggatattagtttttgaaaccccgtaaataaatttttggt
gi|34 : AGTAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-G-----AA---------TA----T-----------GATAAC----TA--------C--ATAT--A-TA----TT---T-TTTA-GT-TGT-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AACAAAAAAA-------------AA---A----TA---T-A-T-ATA-TAT-A-TA-T---tacgaaggtgcattgtcttttgaaagtttttaaagactatctttcgggacac
gi|35 : aataaaaacattttaagcattgca-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---T-TTTA-GG-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATTTAAAAAAAA-------A---T--A-----TAT---A----TA---T-A-C-AAA-TAT-A-TG-T---ACAAAATTAACC----AAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------
gi|36 : c-TGTACA-------TG-A-----A----------TG----TG----------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---T-TGAG-AG-T-T-TT-T---A-A-CC-AAATCTTTGAAAG---TCTC
gi|38 : GTATA-------TA-A-----AA---------AA----TC----------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---T-TG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AGTC---------------CTTTGA---------AA-------A---T--C-----T----------TG---T---T-A-A-TA--G-CA-----A-AA----AAT-----AAGA-------T-------------------AGTG----A-ATATCACTTCATCTGTT---G------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C-A-----A--A----------T----AAacaaaacaaacatgtaaaacagtgaccctatatctgttacaacaaataacaagtaaacatcaatacaa
gi|39 : -A----------------------C-A-----A--G----------C----ACATATAC-T-TATGTACAGTTAATAAT-A-A------TGGGT--GTTCATTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAACACAAT--TTGTTGTAAa
gi|39 : CA-TTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGATT---G---T-agcttttgattgtgttaatac
gi|4 : acaagcacatatacttatgtacagttaataataatgggtgttAGCAA--ATTGAT-TGTACA-------T---------A---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----CT---T-TTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AGTCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A---T--T-----TAT---ATATA---------T-ATA-TAT-A-TA-T---A-AATTTTAATC---AAAGAGACTT--TC-----------------AAATGATATATATATCACTACATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C-A-----A--A----------C----AAATATAA-T-TATGTACAGTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGTTGGCT-------TATTTGTAG-GACTTGCAATAAAAAATGTT-TGATT------ATTACTAAATATTACCTTCGGAACA-TATGAAGTAAT-----TCATTCTGTTTTTAACCATTTAAC-AC-ATTTTTTA-TAAATCTTTTGACT---G---T-A---TA--G---TTCCTGATATTAAGCAGTATACTATTCCAGATTAAAGTTCCAGAGTAAGACAAACT-----GCCTTTGAATC-A--TA----C--CTGTTGGA-TTTGGTGTGATAAAGTTCAATTCA---TGTGTTGAACGTAGATTTCTACGGACGTTATCATA------GGTATT-AGACATA--TGTTATAgttaatac
gi|40 : -----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---T-TTTC-AT-T-T-TT-TTTAA-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TGTACATGACC-------AT-------A---T--T-----GAT---A----CA---T-A-
gi|41 : tgataattgc-----------A---------TG--------T--ATAT-CT-A-----TT---T-TTTA-GA-TAT-TT-C---A-A-GC-CATCTTTTAAAA-----------------------A-------A---T--G-----TAT---A----TA---A-A-T-ATA-TAT-A--A-----------TTAATC------GAGA------------------------AAGTG----A-GTATTACTGTATCTTTT---A------TAA------C-A-------------------A----------------CAG------------------A-A----------------------T-A-----A--A----------C----AActagtgtacactcgacaataatgagatgaataaatat
gi|42 : A-------TG-A-----A----------TG----A-----------A---------TG--------A--ATAT-CA-A-----TT---T-TTTA-AA-T-T-TTCT---A-A-GC-AATTCTTTGAAAA---TCACTTTGATT-------AA-------A-------------AT---A----TC---T-A-T-GTA-TA
gi|43 : gaaatacatttatgaAGCAA--TTTGAT-TGTACA-------GG-A-----AA---------TA----TGATAATTAC--A---------TA--------A--ATAT-C--------CT---T-TTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCat
gi|44 : gca-----------A---------TG--------T--ATAT-TA-A-----TT---T-TG-A-GA-T-T-TT-T---AGA-GC-AATCCACTGAAAG---TCTCTTTAA
gi|45 : atgatagcttc-CA-T-----TT---T-TTT----------T-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTT------------A-------A---T--T-----TAA---A----TA---T-T-T-ATA-TAT-A-gca
gi|5 : AGCGA--ATTGAT-TGTACA-------TG-C-----AA---------TA----T-----------AA--------TAACTGCATTT--ATAT-AA-T-----TTA--T-TTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA--------------------TAA---A----AA---T-A-T-ATA-TAT-A-CA-----A-AATT--AATCAAGAAAGTGAATA--TCGCTACATCTGTTNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------N-N-----N--N----------N----NNGTATAA-T-TATTTACAGTTAATAAT-ATA------TGTGT--CTACATTGGAGGTTGTGACA-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATG------ATTACCAAATATTATCTTCAGGACA-TATGAAGTAGC-----TCATTCTGTT
gi|6 : tgattttataagttggaatggaatcttcgttggggccctctaatgatatttttacatgttgtttacaaaatacaatagcaaaacaaataaaaaacatgttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTATG-------TG-A-----AA---------TA----TGATAACTACATA---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---T-TTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTTTTTGATT-------AAAAC----A---A--T-----TAT---A----TA---TAA-TAATA-TAT-A-TA-C---A-AA-ATAAATC----AAGA--------------------------AAGTG----A-ATATCACTTCATCTGTA---A------CAA------C-A-------------------AAATAAG----------C--------------------A-A----------------------C-AACAGCA--A----------CAACAAAATATAA-T-TATTTACAGTTAATAAT-ATA------TGTAT--GTACATTGGAGGTGGT
gi|7 : caagttgtcagccaataacaagatcatgatttaatgaatttgtggaatggactgaatggaatggaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcattgcaAGCAA--AATGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------AAACACC-----------A---------TA--------T--ATAT-TA-A-----TT---T-TT---GT-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAG---TCTCTTTGATT-------AA-------A---AAAC-----GAT---A----TA---T-A-T-ATA-TGT-A-CA-----A-AATT--AATC---AA---GA------------------------AAGTT----A-ATATCACTACATTTGTCTAAA------CAA------C-A-------------------AAATAAGTAA-------C--------------------A-A----------------------C-A-----A--AAAAACAAAAAC----AAGTATAA-T-TATATGCAGTTAATAAT-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTGGTGATT-------TATTTGTAG-CACTGGTGATAATAATTGTT-AAATT------ATTGCCAAATATTATCTTCGGGATA-GATG
gi|8 : tttttatctaaagagggtagtccaaatagtttgaaactaatctgccatggagcagatatatatacataatatttagaaaataaaataatataaaaaataaaaacaatctaagcattgcaTTAATC---AA---GA------------------------AAGTG----ATTT-TCATTACATCTGTT---AAAACAACAAAATAAGC-A-------------------A----------------C--------------------A-ACAACAACAT-------------C-A-----A--A----------C----AAGTATAA-T-TATTTACAGTTATTAAA-ATA------TGTGT--GTACATTGGAGGTCGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAAAT------ATTACCAAATATTGTCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TAATTCAGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACTGTGG---T-A---CA--G---TTTCTGA----------TATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAATAGGACAAACT-----ACCTTGGAATA-A--T-----T--CTGT
gi|9 : taatttaaatatttatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGCAA--ATTTGC-TGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TG----------A---------TA-----------ACTT-CA-T-----GTA--TATTCA------T-TT-T---G-A-G---AT--TTTTAAAGCAATC-CTTTGAC---------A-------G---T--C-----TCT---T----TG-----------------A-TA-A---A-AAC----ATC---AA-------T--AT-----------------AA-TG----A-ATATCACTGCATCTGTT---A------CAA------C-A-------------------AAAATAAAAAACAATAAT--------------------A-A----------------------C-A-----AT-A----------C----AAGTTTAA-T-TATGTACAGTTAATAAT-ATA------TGGAT--GTACATTGGAACCGGTGGCT-------TATTTGTAG-TACTTGCGATAATAATTGTT-GAATT------ATTACTAAATATTATGTTTGGGGCA-TTTGGAAAAG-------------------------TTAAC-ACATTTTGTTG-TCATAC-----AGTA--G---T-A---CA--G---TTTCTGATATCTACCGGTATACTTTTCCAAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATGGAATGGATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTT
Unaligned ( gi|28 ): TGATTGAATGAAAGTCTTTATTTGAGAGAGTAGCCTAATTCGACTAGTTTGAAACTAATCTTCATTCGAGCCCTCTAAGATACATTTATATATTATTTACAAAATACAATAGCAATACAAAATTAAAGCATTGTAATCAAATTGATTGTGCATGAAAAATGAGAACTACACGTAT
Unaligned ( gi|30 ): TTTCGGCCTAACAAAACCAAAATGCAAATAGGAAATAGAATGGAATGGAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CATGAGTTCATTAAGTATTGAATGGAATGGAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|32 ): TGAAATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT
Unaligned ( gi|37 ): AAGGTGCAGTGCTTTTTGAAACTCTATACCTAAATTTTGCTTTTTTGAGAAATATTCTTTGATCAATGGAAAGTACATTTATTAACTTCATATCGTCTGCAAATGTTGAATATTTATCACATAAGATAAT
Unaligned ( gi|46 ): CAGTAGGTAATCGCCCAATAAATAGTAGCATTTAATG
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555 11111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111111111111111111 11111 44444444444 111 222222 1
lowQualScore : 22 1 5555555 1 55555 2222222222222222222222222222222222222 11111111 11 9999999999 333 1 1 55 3 1 5 777 1 7 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33333 33333 3333333333333333333 444444 444444 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 1 44444 333 44 222222 22 22 6666666 2 2 888888 2 2 77777 4 4 1 777777777777777777777 1 1 0 1 5 1 66666 6 66666666666 3 111 1 888888 0 2 3
lowQualScore : .. . ....... . ..... ..................................... ........ .. .......... ... . . .. . . . ... . . . ................................................................................................................. ..... ..... ................... ...... ...... . ......................................................................................................... .... . ..... ... .. ...... .. .. ....... . . ...... . . ..... . . . ..................... . . . . . . ..... . ........... . ... . ...... . . .
lowQualScore : 99 9 4444444 7 88888 9999999999999999999999999999999999999 88888888 88 0000000000 444 0 2 66 5 2 9 999 2 1 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44444 44444 6666666666666666666 333333 333333 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333 8 88888 222 33 333333 66 66 5555555 0 1 666666 5 4 77777 4 4 9 666666666666666666666 4 6 7 7 9 4 77777 7 33333333333 7 777 0 888888 0 0 2
consensus : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A----------T-AT--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-A-T---ATAT-----A-AA-TT--A--ATCAA--AGA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
Reference ( family-421 ) : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A---T------T-AT--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-A-T---ATAT-----A-AA-TT--A--ATCAAAGAGA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
gi|1 : AGCAA--ATTGCT-TGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGAAA-------A---------TA--------C--ACGT-AA-G-----TT---TGTT-----T-T-TT-T---T-A-GC-A---------------------TT---------------------T------T-AC--A-------------------CA-----------A---TAT-AT-G-A---A-AT-----A-GA-TT--ATAATCAAGGA--------AGTGA-----A-ATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAAA---------------C--A-----A--AAAAATACAA-C----AAGTAT-AAC-----TATGTACAGTTA---ATAAT--TTA------TATGT--G--TTCA-----------AGCT-------TATTTGTAG-CACTTGATATATTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATCATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACAAT---ACAACAATTTGTCG-TAAAACTTTTTATT---G---TAA---TATTG---TTTCTGATATTAACCGGTATATTATTCCAGATTTAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---T--CTGTTGGGTTTTAGAGTGATAAAGTTTAATTAAAATTTTGTTGAATGTAGATTTCTACGAACGTTTTCATACCATTTGGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|10 : caaaataacagcattttaagtattgcaA-------TA-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--A-GT----T-----TT---TTTTA-G----T-TT-T---A---GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATTTAAAAAA----A-----A---C------A-AC--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-A-C---A--------A-AA-TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-AACAAAAAAAAGCAACAAAAA----------------C--------------------A-A----------------------C--AAAAC-A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACTGTTA---ATGAT--ATA------TGTGTGAG--TACATTGGAGGTGATGGTT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACCAAATATTATCTTCTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTATTTGTAACCATATAtacgaaggtgcattgttttttaaacatgaattttgcttttgggagaaatattctttgataaatggaaagtgcacttattaacttcttagcgtctgcaaatgttgaatatggatcacataagata
gi|11 : cccactaatggtacatttacatattatttacaaaatacaatagcaaaacaaa-GA-T-T-TT-TG--A-A-GC-AATTCGTTGAATGTATTTTTGATT------A----A-----A------------------------------------------------------AT-AT-A-T---ATAA-----A-AA-T---A--ATCAA---GA-----AATTGA-----ATATCACTGCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAAAAACAACAA-----------C--A-----AT-A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACCGTTA---ATGAT--ATACATGTATGTAT--G--TACATTGGAGGTGTTG-CT-------TTTATGTAA-CATTTGCGATAATACTTACT-TAATT------AGAGCTTAATATTATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAGCCATTTAAC-ACAATTTGTTATTAAAG-TTTTGACT---GTAAT-A---CA--GTTTTTTTTTATATTAACCGGTATATTATT-CA----AAGGTTCCAGAGTAGGA
gi|12 : AGCAA--ATTGAT-CGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGAACCTTC---A---------TA--------T--ATAT-CA-------TA---TTTTA-GA-T-T-TT-T--------CTAATTCTTTGAAAGTCTCTT--ATT------A----A-----A------------A-------------------------------------------------------AA-----A-AA-AT--G--ATCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------
gi|12 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaGTAT-AAT-----AATGTACAGTTA---ATAAT--ACA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACGTGCGATAAATATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTTTATTCAGGACA-TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtataataatgtacagttaataatacatgtgtgtacattggaggtggtggcttatttgtagcacgtgcgataaatattgtttaattattactaaatattttattcaggacata
gi|13 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaagcaaattgatcgtacatgaaaaatgaaccttcatatatatcatattttagatttttctaattctttgaaagtctcttattaaaaaaaaaatgatcaagaaagtgaatatcactacatctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAA--AATGGT-TGTACA-------TG-ATAAATGA---------TAAC--T-----------A---------CA--------TTAATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GC-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTCGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A-------------------------------------A------T----A---TAT-AT-A-T---ATAT-----A-A--TT--A--ATCAA---GA-----AATTGA-----ATATCACTGCATCTATT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAAACAAAAAT-----A-A----------------------C--A-----A--AAATACAA---C----AAGTAT-AAT-----TATATACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTAT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CAATTGCGATACTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTGTATACTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTAGTAACCATTT
gi|14 : taagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTCCC-------TG-A-----AA---------TA----T-----------GATAAC----TA--------C--ATATACA-TATATATT---TTTTA-GG-TCT-TT-T---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCATTGATT------A----A-----A---
gi|14 : accattgcaCAGTTG---ATATTT-ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGACT-------TATTTGTAG-CATTTTCGATAATAATTGTT-TTTTT------ATTAACAAATATTATCTT-GGGACA-TGTGAAGTAGC-----TCATTCTGTTTGAAACCATTTaaaacaacaacaaaacaatatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagttgatatttatatgtgtgtacattggaggtggtgacttatttgtagcattttcgataataattgtttttttattaacaaatattatcttgggacatgtgaagtagctcattctgtttgaaaccattt
gi|15 : accattgcaagcaaattgattgtccctgaaatatgataactacatatacatatatattttttaggtcttttaagcaatcatttgaaagtctcattgattaaaaaaacaacaacaaaacaatatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----------A---------TA--------T--AAAT-CA-A-----TG---TTTTA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-GATCATTTGAAAGTCACTTTTATT------A----A-----A---A------A-ATGGA-------------------TA------T----AATTTAT-AT-A-T---ATAC-----A-AAATT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAA----------CAAA-----A--A----------C----AAACAA-AACAAGTATATGTAAAGTTA---ATAAC--ATA------TGTGT--G--TACATTGGATGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGAT--T-ATTGTT-TAATTAAATAAATTGCTAAATATTATCTTC-AAATATTATGAA
gi|16 : cTGATATATATA-------TATA-----GA---------TA----T-----------G----------A--------T--ATAT-AA-T-----TT---TTTTAAGG-T-T-TTAT---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTTTTTGATA------A----A-----AAAAT------T-AT--T-------------------CAAGAAAGT----G---AAT-ATCACT---ACAT-----A-TG-TT--N--NNNNNNNNNN-----NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------NNAA-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TGTATACGGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT-----TAAATTAGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAT-CACTTGCAATAATAATTGTT-TTATT------ATTACCAAACATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAacaaaacatgtttaaactaa
gi|17 : tttaA---------CA----T-----------A---------TA--------T--ATAT--A-T-----TT---TTTTA-GA-T-TGTT-T---A-A-GC-AATCCATTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A------------AT--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-A-T---AT---------AA-TT--A--ATCA---AGA-----AAATGA-----ATATCACTACATATGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAACCAACAACAAACAA-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATC---AGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGTGATAATAATTGTA-TAATT------ATTACTAAACATTAT
gi|18 : actGCAAGCATTTAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----TGATAACTAC--A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTAG-GG-T-T-TT-T---A-AAGC-AAGTATTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A---AAAAAAAT-AT--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-A-T---ATAC-----A-AAATT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATAACAACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAA----------------C--A-----ACAA----------C----AAAAAC-AAG-----CAAACA-AGT-----ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACACTGGAGGTGATGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAgatttacatttatacattatcagtgcattaatt
gi|19 : acattttaagcattATGTACAGTTG---ATA-T---TA------TGTAC--G--TACATTGGAGGCGGTGGCT-------TATTTGTAA-CGC------------TTGTT-AAATC------ATTATTAAATAGTA
gi|19 : GTATATTAACTCACAT-AGTATTCAAGAGTAGGACAAACA-----GCCGTTGAAAA-AAAT-----CGCCTTTTGG-TTTTGGAGCAATTCTGTTTAATTTA---TTTGTTACACGTAGATTTCTACatcgacttttactgtttcagtagtatattaactcacatagtattcaagagtaggacaaacagccgttgaaaaaaatcgccttttggttttggagcaattctgtttaatttatttgttacacgtagatttctacttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : atgtacagttgatattatgtacgtacattggaggcggtggcttatttgtaacgcttgttaaatcattattaaatagtaatcgacttttactgtttcagtaA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCTTTGAAT------A----A-----A---AAAAAA-T-AT--A-------------------TA------T----A---TAT-AC-A-TTGTATATTAA--A-AA-TT--A--AT---AAAGA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------ttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : a-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATTTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTTACT-------TATTTGTAG-AACTTGCAATAATAATTGTT-TAATT------ATTGCCAAATATTAT--------------GAAGTAGT-----TCATTCCGTTTGTAACCTATTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACT---G---T-AGTACA--G---ATTCTGATATTAACCAGTATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACTTTGTAACCTTTGAATATA--TAATTCC--CTGTTGGGTTTTGGTGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTT-------GACTTCTATGAATGTTATaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaacaagtataattatttacagttaataatatatgtgtgtacattggaggtggttacttatttgtagaacttgcaataataattgtttaattattgccaaatattatgaagtagttcattccgtttgtaacctattaacacaatttgttgtaaagtttttgactgtagtacagattctgatattaaccagtatactattccatattaaagttccagagtaggacaaactttgtaacctttgaatatataattccctgttgggttttggtgtgataaagtttaattcatttgttgacttctatgaatgttatgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|20 : aaggttttttaagcaatcatttgaaagtctctttgaataaaaaaaaatatatatatatacattgtatattaaaaattaataaagaaagtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagAGAAA--AATGAT-AGTACA-------TG-A----------------------T-----------A---------AA--------T--TTAT-CA-T-----TG---TTTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AAGCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A----------T-AT--AATTGTGTGNNNNNNNNNNNNN------N----N---NNN-NN-N-N---NNNN-----G-AA-TT--A--GTCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCACCACATCTGTN-------------------N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------NGA----------------------C--A-----G--G----------C----AGACAC-TGT-----TTTATATAG------ATTAT--ATA-------GTGgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|21 : taagcattgca-A-T---ATAT-----A-----T--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A------------------------------------------------------GTAT-AAT-----AATGTACAGTTA---ATGAT--A-A------TGTAT--G--TGCGTTGGAGGTGGTGGTT-------TATTTGTAT-TACTTGTAATAATAATTATT-TAATT------ATAACTAAATATTATATTCG------------GTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACACTTTTTTG-TGAAGCTTTTGACT---G---T-A---aaacaagcagaaactgttatatatagatgtatagtggaatctg
gi|22 : tttaattaaaaaaAGCGA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----TGAAAAATAC--A---------TA--------T--ATAT-CA-------TT---TTTTA-GGTT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A----------A-AA--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-A-T---ATAC-----AGAA-TT--A--ATCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCACTACTTCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T--A-----A--G----------C----AAAAAT-AAgta
gi|24 : ttacaaatacaataacaaaacaaataaaaacattttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AAAATGGTAACTA----C-----------A---------TA--------C--ATAT--A-T-----TTATTTTTTA-GA-T-T-TT-C---A-AAGC-AATCCTTACAAAGCTTCTGTGATT------A----A-----A---A------A-AT--G-------------------TA------T----G---TAT-AC-A-C---A-AA-----A-AA-AT--A--ATCA---AGA-----AAGTGA-----ATAcaaaaaaac
gi|25 : gatacatttccaatttatttacaaaatacaaaagctaaacaaaatataaagattttaagcatggcaAGCAA--ATTGAT-TGTACATTACAGGTG-AT----AACTACATG--TA----C-----------A---------TG--------T--ATAT-AC-T-----TT---TTTTA-GATT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A----------------T-AA--A-------------------AA------T----A---TAT-AT---------------------TT--A--ATCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCAATGCATCTTTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T--A-----A--A----------C----AA
gi|26 : ttaagcattgcaAGCAA--ATGGAT-TTTACA-------TG-A-----AA----------A----TTG---------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGA--------A----A------------------------------------------------------------------------ACAA-----A-AG-T-------TTAAATAG---------TGA-----ATGTTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CA-A-----A--A----------C----AAcagaaacaaca
gi|27 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATGGAT-TTTACA-------TG-A-----AA----------A----TTG---------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGA--------A----A------------------------------------------------------------------------ACAA-----A-AG-T-------TTAAATAG---------TGA-----ATGTTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CA-A-----A--A----------C----AAcaatacaa
gi|29 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATTGAT-TGTATA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------AATAACTACATA--------T--ACAT-AA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-TC--A-A-GC-AATTCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A---A------T-A---A-------------------TA------T----A---CATAAT-A-T---ATACA----A-AA-TT--A--ATCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------caatacaa
gi|3 : catggca---------TA--------T--ATAT-CAAT-----TT---TTCTA-TT-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATTAAAAA-A----A-----A---TA-----T-AT--A-------------------TA------C----A---CAT-GT-A-T---ATATACA--A-AA-TT--A--TTCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAACAAAAACATAC--A-----A--A----------C----AAGCAT-AAT-----T-------GTTG---ATAAT--ATATATG--TGTGT--G--TACATTGGAAGCGGTGGCT-------TATTTGCAG-CACTTCCAATAATAATTG-----ATTG-----ATTACTAAATATTATCTTTGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-AAAAACTTTTAA---------------------------------------GTATACTATTCCAGCTTAAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---C--CTGTTGAGTTTTGGAGTGATAAAGTTT-ATTTA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTATGAACATTATCATG------GGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|33 : catGGATTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---ATTGTTGAATGTAGATTTCTAAGACCGTTATAATG------GGTATTAAAATGTATCTGTTATAtatcaagggatattagtttttgaaaccccgtaaataaatttttggt
gi|34 : AGTAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-G-----AA---------TA----T-----------GATAAC----TA--------C--ATAT--A-TA----TT---TTTTA-GT-TGT-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----ACAAAAA---A------A-AA--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-A-T---ATAT-----tacgaaggtgcattgtcttttgaaagtttttaaagactatctttcgggacac
gi|35 : aataaaaacattttaagcattgca-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATTTAAAAAA----A-----A---A------T-AT--A-------------------TA------T----A---TAC-AA-A-T---ATATGTACAA-AA-TT--A--ACCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------
gi|36 : c-TGTACA-------TG-A-----A----------TG----TG----------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTGAG-AG-T-T-TT-T---A-A-CC-AAATCTTTGAAAGTCTC----A-C------A----A-----A------------------------------------------------------AC-AA-A-C---ATGT-----A-AA-----------------A-----CAGTGA---------CCCTATATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------C--A-----A--G----------T----AAACATCAAT-----
gi|38 : GTATA-------TA-A-----AA---------AA----TC----------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AGTCCTTTGAAAATC---TTG------------------------T------T-A--------------------------------------------AT-A-----GCAA-----A-AA-AT--A--A-------GA-----TAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTT-------------------G------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------T----AAacaa
gi|39 : -A----------------------C--A-----A--G----------C----ACATAT-ACT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--A-A------TGGGT--G--TTCATTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAACACAAT--TTGTTGTAAa
gi|39 : CA-TTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGATT---G---T-agcttttgattgtgttaatac
gi|4 : acaagcacatatacttatgtacagttaataataatgggtgttAGCAA--ATTGAT-TGTACA-------T---------A---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----CT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AGTCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----A---T------TTAT--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-A-T---ATAT-----A-AA-TTTTA--ATCAAAGAGACTTTCAAATGATATATATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAATAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGTTGGCT-------TATTTGTAG-GACTTGCAATAAAAAATGTT-TGATT------ATTACTAAATATTACCTTCGGAACA-TATGAAGTAAT-----TCATTCTGTTTTTAACCATTTAAC-AC-ATTTTTTA-TAAATCTTTTGACT---G---T-A---TA--G---TTCCTGATATTAAGCAGTATACTATTCCAGATTAAAGTTCCAGAGTAAGACAAACT-----GCCTTTGAATC-A--TA----C--CTGTTGGA-TTTGGTGTGATAAAGTTCAATTCA---TGTGTTGAACGTAGATTTCTACGGACGTTATCATA------GGTATT-AGACATA--TGTTATAgttaatac
gi|40 : -----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTC-AT-T-T-TT-TTTAA-A-GC-AATCCTTTGAAAGTGTACATGACC------A----T-----A---T------TGAT--A-------------------CA------T----A---
gi|41 : tgataattgc-----------A---------TG--------T--ATAT-CT-A-----TT---TTTTA-GA-TAT-TT-C---A-A-GC-CATCTTTTAAAAA-----------------------------------------AT--G-------------------TA------T----A---TAA-AT-A-T---ATAT-----A-A--TT--A--ATC---GAGA-----AAGTGA-----GTATTACTGTATCTTTT-------------------A------TAA------C-A-------------------A----------------CAG------------------A-A----------------------T--A-----A--A----------C----AActagtgtacactcgacaataatgagatgaataaatat
gi|42 : A-------TG-A-----A----------TG----A-----------A---------TG--------A--ATAT-CA-A-----TT---TTTTA-AA-T-T-TTCT---A-A-GC-AATTCTTTGAAAATCACTTTGATT------A----A-----A---A------T-AT--C-------------------TA------T----G---TAT-A
gi|43 : gaaatacatttatgaAGCAA--TTTGAT-TGTACA-------GG-A-----AA---------TA----TGATAATTAC--A---------TA--------A--ATAT-C--------CT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCat
gi|44 : gca-----------A---------TG--------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---AGA-GC-AATCCACTGAAAGTCTCTTTAA
gi|45 : atgatagcttc-CA-T-----TT---TTTT----------T-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTAATT------T----A-----A---A------T-AT--T-------------------TA------T----A---TAT-Agca
gi|5 : AGCGA--ATTGAT-TGTACA-------TG-C-----AA---------TA----T-----------AA--------TAACTGCATTT--ATAT-AA-T-----TTA--TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A----------------T-AA--A-------------------AA------T----A---TAT-AT-A-T---ACA------A-AA-TT--A--ATCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCGCTACATCTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------N--N-----N--N----------N----NNNNNN-NNN-----NNNGTATAATTATTTACAGTTAATAATA---TATGT--GTCTACATTGGAGGTTGTGACA-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATG------ATTACCAAATATTATCTTCAGGACA-TATGAAGTAGC-----TCATTCTGTT
gi|6 : tgattttataagttggaatggaatcttcgttggggccctctaatgatatttttacatgttgtttacaaaatacaatagcaaaacaaataaaaaacatgttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTATG-------TG-A-----AA---------TA----TGATAACTACATA---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTTTTTGATT------AAAACA-----A---T------T-AT--A-------------------TA------TAATAA---TAT-AT-A-T---ACA------A-AA-TA--A--ATCA---AGA-----AAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTA-------------------A------CAA------C-A-------------------AAATAAG----------C--------------------A-A----------------------C--AACAGCA--A----------CAACAAAATAT-AAT-----TATTTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTAT--G--TACATTGGAGGTGGT
gi|7 : caagttgtcagccaataacaagatcatgatttaatgaatttgtggaatggactgaatggaatggaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcattgcaAGCAA--AATGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------AAACACC-----------A---------TA--------T--ATAT-TA-A-----TT---TTT---GT-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGATT------A----A-----AAAAC------G-AT--A-------------------TA------T----A---TAT-AT-G-T---ACA------A-AA-TT--A--ATCAA---GA-----AAGTTA-----ATATCACTACATTTGTCTAA----------------A------CAA------C-A-------------------AAATAAGTAA-------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--AAAAACAAAAAC----AAGTAT-AAT-----TATATGCAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGATT-------TATTTGTAG-CACTGGTGATAATAATTGTT-AAATT------ATTGCCAAATATTATCTTCGGGATA-GATG
gi|8 : tttttatctaaagagggtagtccaaatagtttgaaactaatctgccatggagcagatatatatacataatatttagaaaataaaataatataaaaaataaaaacaatctaagcattgcaA-TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----TTTTCATTACATCTGTT-------------------AAAACAACAAAATAAGC-A-------------------A----------------C--------------------A-ACAACAACAT-------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATTTACAGTTA---TTAAA--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTCGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAAAT------ATTACCAAATATTGTCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TAATTCAGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACTGTGG---T-A---CA--G---TTTCTGA----------TATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAATAGGACAAACT-----ACCTTGGAATA-A--T-----T--CTGT
gi|9 : taatttaaatatttatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAA--ATTTGC-TGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGATAACTTC--A---------TG--------T--ATATTCA-T-----TT---TG--A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AATCCTTTGACAGTCTCTTTGATA------A----A-----A------------------------------------------------------AC-AT-C-A---ATAT-----A-A---------------------------TGA-----ATATCACTGCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------AAAATAAAAAACAATAAT--------------------A-A----------------------C--A-----AT-A----------C----AAGTTT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGGAT--G--TACATTGGAACCGGTGGCT-------TATTTGTAG-TACTTGCGATAATAATTGTT-GAATT------ATTACTAAATATTATGTTTGGGGCA-TTTGGAAAAG-------------------------TTAAC-ACATTTTGTTG-TCATAC-----AGTA--G---T-A---CA--G---TTTCTGATATCTACCGGTATACTTTTCCAAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATGGAATGGATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTT
Unaligned ( gi|28 ): TGATTGAATGAAAGTCTTTATTTGAGAGAGTAGCCTAATTCGACTAGTTTGAAACTAATCTTCATTCGAGCCCTCTAAGATACATTTATATATTATTTACAAAATACAATAGCAATACAAAATTAAAGCATTGTAATCAAATTGATTGTGCATGAAAAATGAGAACTACACGTAT
Unaligned ( gi|30 ): TTTCGGCCTAACAAAACCAAAATGCAAATAGGAAATAGAATGGAATGGAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CATGAGTTCATTAAGTATTGAATGGAATGGAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|32 ): TGAAATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT
Unaligned ( gi|37 ): AAGGTGCAGTGCTTTTTGAAACTCTATACCTAAATTTTGCTTTTTTGAGAAATATTCTTTGATCAATGGAAAGTACATTTATTAACTTCATATCGTCTGCAAATGTTGAATATTTATCACATAAGATAAT
Unaligned ( gi|46 ): CAGTAGGTAATCGCCCAATAAATAGTAGCATTTAATG
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555 11111111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 1111111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111111111111111111 11111 44444444444 111 222222 1
lowQualScore : 22 1 5555555 1 55555 2222222222222222222222222222222222222 11111111 11 9999999999 333 1 1 55 3 1 4 999 1 7 1 1 5555555 2222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 2 11 11 444 4444444 33333 3333333333333333333 444444 444444 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 1 44444 333 44 222222 22 22 6666666 2 2 888888 2 2 77777 4 2 4 1 777777777777777777777 1 1 0 1 5 1 66666 6 66666666666 3 111 1 888888 0 2 3
lowQualScore : .. . ....... . ..... ..................................... ........ .. .......... ... . . .. . . . ... . . . . ....... .... ............................................................................ ... . .. .. ... ....... ..... ................... ...... ...... . ......................................................................................................... .... . ..... ... .. ...... .. .. ....... . . ...... . . ..... . . . . ..................... . . . . . . ..... . ........... . ... . ...... . . .
lowQualScore : 99 9 4444444 7 88888 9999999999999999999999999999999999999 88888888 88 2222222222 444 0 2 66 5 2 7 111 2 1 2 2 3333333 7777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 7 88 88 999 3333333 33333 1111111111111111111 111111 111111 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 7 55555 222 33 333333 66 66 5555555 0 1 666666 5 4 77777 4 0 4 9 666666666666666666666 4 6 7 7 9 4 77777 7 33333333333 7 777 0 888888 0 0 2
consensus : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---AA-TT--A--ATCAAAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
Reference ( family-421 ) : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---AA-TT--A--ATCAAAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
gi|1 : AGCAA--ATTGCT-TGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGAAA-------A---------TA--------C--ACGT-AA-G-----TT---TGTT-----T-T-TT-T---T-A-GC-A----------------TTT--------------------------T--A--CA-------------------C------------A-A----T-A-TA---TGAA--AT-----A---GA-TT--ATAATCAAGGA-------A-GTGA-----A-ATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAAA---------------C--A-----A--AAAAATACAA-C----AAGTAT-AAC-----TATGTACAGTTA---ATAAT--TTA------TATGT--G--TTCA-----------AGCT-------TATTTGTAG-CACTTGATATATTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATCATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACAAT---ACAACAATTTGTCG-TAAAACTTTTTATT---G---TAA---TATTG---TTTCTGATATTAACCGGTATATTATTCCAGATTTAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---T--CTGTTGGGTTTTAGAGTGATAAAGTTTAATTAAAATTTTGTTGAATGTAGATTTCTACGAACGTTTTCATACCATTTGGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|10 : caaaataacagcattttaagtattgcaA-------TA-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--A-GT----T-----TT---TTTTA-G----T-TT-T---A---GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TTTAAAAA-A----AA-------C--A---A-------------------C------------ATA----T-A-TA---TATAC-A------A---AA-TT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-AACAAAAAAAAGCAACAAAAA----------------C--------------------A-A----------------------C--AAAAC-A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACTGTTA---ATGAT--ATA------TGTGTGAG--TACATTGGAGGTGATGGTT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACCAAATATTATCTTCTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTATTTGTAACCATATAtacgaaggtgcattgttttttaaacatgaattttgcttttgggagaaatattctttgataaatggaaagtgcacttattaacttcttagcgtctgcaaatgttgaatatggatcacataagata
gi|11 : cccactaatggtacatttacatattatttacaaaatacaatagcaaaacaaa-GA-T-T-TT-TG--A-A-GC-AATTCGTTGAATGTATTTTTGA-TT-------A----AA--------------------------------------------------------A-TA---TATAT-AA-----A---AA-T---A--ATCAA-GA-------AATTGA-----ATATCACTGCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAAAAACAACAA-----------C--A-----AT-A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACCGTTA---ATGAT--ATACATGTATGTAT--G--TACATTGGAGGTGTTG-CT-------TTTATGTAA-CATTTGCGATAATACTTACT-TAATT------AGAGCTTAATATTATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAGCCATTTAAC-ACAATTTGTTATTAAAG-TTTTGACT---GTAAT-A---CA--GTTTTTTTTTATATTAACCGGTATATTATT-CA----AAGGTTCCAGAGTAGGA
gi|12 : AGCAA--ATTGAT-CGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGAACCTTC---A---------TA--------T--ATAT-CA-------TA---TTTTA-GA-T-T-TT-T--------CTAATTCTTTGAAAGTCTCTT--A-TT-------A----AA----------A----------------------------------------------------------AA-----A---AA-AT--G--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------
gi|12 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaGTAT-AAT-----AATGTACAGTTA---ATAAT--ACA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACGTGCGATAAATATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTTTATTCAGGACA-TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtataataatgtacagttaataatacatgtgtgtacattggaggtggtggcttatttgtagcacgtgcgataaatattgtttaattattactaaatattttattcaggacata
gi|13 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaagcaaattgatcgtacatgaaaaatgaaccttcatatatatcatattttagatttttctaattctttgaaagtctcttattaaaaaaaaaatgatcaagaaagtgaatatcactacatctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAA--AATGGT-TGTACA-------TG-ATAAATGA---------TAAC--T-----------A---------CA--------TTAATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GC-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTCGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-----------------------------------------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---A--TT--A--ATCAA-GA-------AATTGA-----ATATCACTGCATCTATT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAAACAAAAAT-----A-A----------------------C--A-----A--AAATACAA---C----AAGTAT-AAT-----TATATACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTAT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CAATTGCGATACTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTGTATACTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTAGTAACCATTT
gi|14 : taagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTCCC-------TG-A-----AA---------TA----T-----------GATAAC----TA--------C--ATATACA-TATATATT---TTTTA-GG-TCT-TT-T---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCATTGA-TT-------A----AA-------A--A--AA-------------------C------------A----------------ACA--AC-----A---AA-AC--A--AT---ATA-------CA-TNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------N--N-----N--N----------N----NNNNNN-NNN-----NNNNNNCAGTTG---ATATTT-ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGACT-------TATTTGTAG-CATTTTCGATAATAATTGTT-TTTTT------ATTAACAAATATTATCTT-GGGACA-TGTGAAGTAGC-----TCATTCTGTTTGAAACCATTT
gi|15 : accattgca-----------A---------TA--------T--AAAT-CA-A-----TG---TTTTA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-GATCATTTGAAAGTCACTTTTA-TT-------A----AAAAA----T--G--GA-------------------T------------ATAATT-T-A-TA---TATAT-AC-----A---AAATT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAA----------CAAA-----A--A----------C----AAACAA-AACAAGTATATGTAAAGTTA---ATAAC--ATA------TGTGT--G--TACATTGGATGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGAT--T-ATTGTT-TAATTAAATAAATTGCTAAATATTATCTTC-AAATATTATGAA
gi|16 : cTGATATATATA-------TATA-----GA---------TA----T-----------G----------A--------T--ATAT-AA-T-----TT---TTTTAAGG-T-T-TTAT---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTTTTTGA-TA-------A----AA-------A--AATTA-------------------TTCAAGAAAGTGAATA----TCACTA---CATAT-GT-----T---NN-NN--N--NNNNNNNN-------NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------A--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TGTATACGGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT-----TAAATTAGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAT-CACTTGCAATAATAATTGTT-TTATT------ATTACCAAACATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAacaaaacatgtttaaactaa
gi|17 : ttta---------TA----C-----------A---------TA--------T--ATATATA-T-----TT---TTTTA-GA-T-TGTT-T---A-A-GC-AATCCATTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA----------A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT------------AA-TT--A--ATC-AAGA-------AAATGA-----ATATCACTACATATGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAACCAACAACAAACAA-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATC---AGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGTGATAATAATTGTA-TAATT------ATTACTAAACATTAT
gi|18 : acGCAAGCATTTAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----TGATAACTAC--A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTAG-GG-T-T-TT-T---A-AAGC-AAGTATTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AAAAAAAAAT--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AC-----A---AAATT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATAACAACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAA----------------C--A-----ACAA----------C----AAAAAC-AAG-----CAAACA-AGT-----ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACACTGGAGGTGATGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAgatttacatttatacattatcagtgcattaatt
gi|19 : acattttaagcattATGTACAGTTG---ATA-T---TA------TGTAC--G--TACATTGGAGGCGGTGGCT-------TATTTGTAA-CGC------------TTGTT-AAATC------ATTATTAAATAGTA
gi|19 : GTATATTAACTCACAT-AGTATTCAAGAGTAGGACAAACA-----GCCGTTGAAAA-AAAT-----CGCCTTTTGG-TTTTGGAGCAATTCTGTTTAATTTA---TTTGTTACACGTAGATTTCTACatcgacttttactgtttcagtagtatattaactcacatagtattcaagagtaggacaaacagccgttgaaaaaaatcgccttttggttttggagcaattctgtttaatttatttgttacacgtagatttctacttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : atgtacagttgatattatgtacgtacattggaggcggtggcttatttgtaacgcttgttaaatcattattaaatagtaatcgacttttactgtttcagtaA-GG-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCTTTGA-ATAAAAAA-A----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TACATTGTAT-ATTAA--A---AA-TT--A--AT-AAAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------ttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : a-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATTTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTTACT-------TATTTGTAG-AACTTGCAATAATAATTGTT-TAATT------ATTGCCAAATATTAT--------------GAAGTAGT-----TCATTCCGTTTGTAACCTATTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACT---G---T-AGTACA--G---ATTCTGATATTAACCAGTATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACTTTGTAACCTTTGAATATA--TAATTCC--CTGTTGGGTTTTGGTGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTT-------GACTTCTATGAATGTTATaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaacaagtataattatttacagttaataatatatgtgtgtacattggaggtggttacttatttgtagaacttgcaataataattgtttaattattgccaaatattatgaagtagttcattccgtttgtaacctattaacacaatttgttgtaaagtttttgactgtagtacagattctgatattaaccagtatactattccatattaaagttccagagtaggacaaactttgtaacctttgaatatataattccctgttgggttttggtgtgataaagtttaattcatttgttgacttctatgaatgttatgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|20 : aaggttttttaagcaatcatttgaaagtctctttgaataaaaaaaaatatatatatatacattgtatattaaaaattaataaagaaagtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagAGAAA--AATGAT-AGTACA-------TG-A----------------------T-----------A---------AA--------T--TTAT-CA-T-----TG---TTTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AAGCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------T--A--TAATTGTGTGNNNNNNNNNNNN------------NNN----N-N-NN---NNNNN-NN-----G---AA-TT--A--GTC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCACCACATCTGTN-------------------N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------NGA----------------------C--A-----G--G----------C----AGACAC-TGT-----TTTATATAG------ATTAT--ATA-------GTGgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|21 : taagcattgcaATAT-AT-----A-------T--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A------------------------------------------------------GTAT-AAT-----AATGTACAGTTA---ATGAT--A-A------TGTAT--G--TGCGTTGGAGGTGGTGGTT-------TATTTGTAT-TACTTGTAATAATAATTATT-TAATT------ATAACTAAATATTATATTCG------------GTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACACTTTTTTG-TGAAGCTTTTGACT---G---T-A---aaacaagcagaaactgttatatatagatgtatagtggaatctg
gi|22 : tttaattaaaaaaAGCGA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----TGAAAAATAC--A---------TA--------T--ATAT-CA-------TT---TTTTA-GGTT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------A--A--AA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AC-----AG--AA-TT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACTTCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T--A-----A--G----------C----AAAAAT-AAgta
gi|24 : ttacaaatacaataacaaaacaaataaaaacattttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AAAATGGTAACTA----C-----------A---------TA--------C--ATAT--A-T-----TTATTTTTTA-GA-T-T-TT-C---A-AAGC-AATCCTTACAAAGCTTCTGTGA-TT-------A----AA----------A--AA-------------------T------------GTA----T-G-TA---TACACAAA-----A---AA-AT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATAcaaaaaaac
gi|25 : gatacatttccaatttatttacaaaatacaaaagctaaacaaaatataaagattttaagcatggcaAGCAA--ATTGAT-TGTACATTACAGGTG-AT----AACTACATG--TA----C-----------A---------TG--------T--ATAT-AC-T-----TT---TTTTA-GATT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT------------AA-------T--A--AA-------------------A------------ATA----T-A-TA---T-------------------TT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCAATGCATCTTTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T--A-----A--A----------C----AA
gi|26 : ttaagcattgcaAGCAA--ATGGAT-TTTACA-------TG-A-----AA----------A----TTG---------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGA----------A----AA-------C--A-----------------------------------------------------------------A---AA-GT------TTAAAT---------AGTGA-----ATGTTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CA-A-----A--A----------C----AAcagaaacaaca
gi|27 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATGGAT-TTTACA-------TG-A-----AA----------A----TTG---------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGA----------A----AA-------C--A-----------------------------------------------------------------A---AA-GT------TTAAAT---------AGTGA-----ATGTTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CA-A-----A--A----------C----AAcaatacaa
gi|29 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATTGAT-TGTATA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------AATAACTACATA--------T--ACAT-AA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-TC--A-A-GC-AATTCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AAAATAA-------T--A--TA-------------------C------------ATA------A-TA---TATAC-A------A---AA-TT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------caatacaa
gi|3 : catggca---------TA--------T--ATAT-CAAT-----TT---TTCTA-TT-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AAAAAAATAT--A--TA-------------------T------------ACA----C-A-TG---TATAT-AT-----ACAAAA-TT--A--TTCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAACAAAAACATAC--A-----A--A----------C----AAGCAT-AAT-----T-------GTTG---ATAAT--ATATATG--TGTGT--G--TACATTGGAAGCGGTGGCT-------TATTTGCAG-CACTTCCAATAATAATTG-----ATTG-----ATTACTAAATATTATCTTTGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-AAAAACTTTTAA---------------------------------------GTATACTATTCCAGCTTAAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---C--CTGTTGAGTTTTGGAGTGATAAAGTTT-ATTTA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTATGAACATTATCATG------GGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|33 : catGGATTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---ATTGTTGAATGTAGATTTCTAAGACCGTTATAATG------GGTATTAAAATGTATCTGTTATAtatcaagggatattagtttttgaaaccccgtaaataaatttttggt
gi|34 : AGTAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-G-----AA---------TA----T-----------GATAAC----TA--------C--ATAT--A-TA----TT---TTTTA-GT-TGT-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TTAACAAA-A----AA-------A--A--AA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----tacgaaggtgcattgtcttttgaaagtttttaaagactatctttcgggacac
gi|35 : aataaaaacattttaagcattgca-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TTTAAAAAAA----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-CA---AATAT-ATGTACAA---AA-TT--A--ACCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------
gi|36 : c-TGTACA-------TG-A-----A----------TG----TG----------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTGAG-AG-T-T-TT-T---A-A-CC-AAATCTTTGAAAGTCTC----A-CA-------A----AA-------C--A--AA-------------------C------------ATG----T-A-------------------A---AA-C----------------------AGTGA---------CCCTATATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------C--A-----A--G----------T----AAACATCAAT-----
gi|38 : GTATA-------TA-A-----AA---------AA----TC----------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AGTCCTTTGAAAATCTTGTTAA-T-------------AG-------C--A-----------------------------------------------------------------A---AA-----A--AT--AAGA-------TAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTT-------------------G------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------T----AAacaa
gi|39 : -A----------------------C--A-----A--G----------C----ACATAT-ACT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--A-A------TGGGT--G--TTCATTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAACACAAT--TTGTTGTAAa
gi|39 : CA-TTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGATT---G---T-agcttttgattgtgttaatac
gi|4 : acaagcacatatacttatgtacagttaataataatgggtgttAGCAA--ATTGAT-TGTACA-------T---------A---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----CT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AGTCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------TTTA--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---AA-TTTTA--ATCAAAGAGACTTTCAAATGATATATATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAATAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGTTGGCT-------TATTTGTAG-GACTTGCAATAAAAAATGTT-TGATT------ATTACTAAATATTACCTTCGGAACA-TATGAAGTAAT-----TCATTCTGTTTTTAACCATTTAAC-ACA-TTTTTTA-TAAATCTTTTGACT---G---T-A---TA--G---TTCCTGATATTAAGCAGTATACTATTCCAGATTAAAGTTCCAGAGTAAGACAAACT-----GCCTTTGAATC-A--TA----C--CTGTTGGA-TTTGGTGTGATAAAGTTCAATTCA---TGTGTTGAACGTAGATTTCTACGGACGTTATCATA------GGTATT-AGACATA--TGTTATAgttaatac
gi|40 : -----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTC-AT-T-T-TT-TTTAA-A-GC-AATCCTTTGAAAGT
gi|41 : tgataattgc-----------A---------TG--------T--ATAT-CT-A-----TT---TTTTA-GA-TAT-TT-C---A-A-GC-CATCTTTTAAA---------------------A----AA-------T--G--TA-------------------T------------ATA----A-A-TA---TATAT------------AA-TT--A--ATC-GAGA-------AAGTGA-----GTATTACTGTATCTTTT-------------------A------TAA------C-A-------------------A----------------CAG------------------A-A----------------------T--A-----A--A----------C----AAgtacatgaccatattgatacatactagtgtacactcgacaataatgagatgaataaatat
gi|42 : A-------TG-A-----A----------TG----A-----------A---------TG--------A--ATAT-CA-A-----TT---TTTTA-AA-T-T-TTCT---A-A-GC-AATTCTTTGAAAATCACTTTGA-TT-------A----AA----------A--TA-------------------T------------CTA----T-G-TA---TA
gi|43 : gaaatacatttatgaAGCAA--TTTGAT-TGTACA-------GG-A-----AA---------TA----TGATAATTAC--A---------TA--------A--ATAT-C--------CT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCat
gi|44 : gca-----------A---------TG--------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---AGA-GC-AATCCACTGAAAGTCTCTTTAA-
gi|45 : atgatagcttc-CA-T-----TT---TTTT----------T-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTAATTT-------A----AA-------T--A--TT-------------------T------------ATA----T-A-TA---gca
gi|5 : AGCGA--ATTGAT-TGTACA-------TG-C-----AA---------TA----T-----------AA--------TAACTGCATTT--ATAT-AA-T-----TTA--TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT------------AA-------T--A--AA-------------------A------------ATA----T-A-TA---TATAC-A------A---AA-TT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCGCTACATCTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------N--N-----N--N----------N----NNNNNN-NNN-----NNNGTATAATTATTTACAGTTAATAATA---TATGT--GTCTACATTGGAGGTTGTGACA-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATG------ATTACCAAATATTATCTTCAGGACA-TATGAAGTAGC-----TCATTCTGTT
gi|6 : tgattttataagttggaatggaatcttcgttggggccctctaatgatatttttacatgttgtttacaaaatacaatagcaaaacaaataaaaaacatgttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTATG-------TG-A-----AA---------TA----TGATAACTACATA---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GA-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTTTTTGA-TT-------A----AAACAAT--T--A--TA-------------------T------------ATAATAAT-A-TA---TATAC-A------A---AA-TA--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTA-------------------A------CAA------C-A-------------------AAATAAG----------C--------------------A-A----------------------C--AACAGCA--A----------CAACAAAATAT-AAT-----TATTTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTAT--G--TACATTGGAGGTGGT
gi|7 : caagttgtcagccaataacaagatcatgatttaatgaatttgtggaatggactgaatggaatggaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcattgcaAGCAA--AATGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------AAACACC-----------A---------TA--------T--ATAT-TA-A-----TT---TTT---GT-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AAAAAC---G--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TGTAC-A------A---AA-TT--A--ATCAA-GA-------AAGTTA-----ATATCACTACATTTGTCTAA----------------A------CAA------C-A-------------------AAATAAGTAA-------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--AAAAACAAAAAC----AAGTAT-AAT-----TATATGCAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGATT-------TATTTGTAG-CACTGGTGATAATAATTGTT-AAATT------ATTGCCAAATATTATCTTCGGGATA-GATG
gi|8 : tttttatctaaagagggtagtccaaatagtttgaaactaatctgccatggagcagatatatatacataatatttagaaaataaaataatataaaaaataaaaacaatctaagcattgcaA-TT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----TTTTCATTACATCTGTT-------------------AAAACAACAAAATAAGC-A-------------------A----------------C--------------------A-ACAACAACAT-------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATTTACAGTTA---TTAAA--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTCGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAAAT------ATTACCAAATATTGTCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TAATTCAGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACTGTGG---T-A---CA--G---TTTCTGA----------TATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAATAGGACAAACT-----ACCTTGGAATA-A--T-----T--CTGT
gi|9 : taatttaaatatttatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAA--ATTTGC-TGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGATAACTTC--A---------TG--------T--ATATTCA-T-----TT---TG--A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AATCCTTTGACAGTCTCTTTGA-TA-------A----AA--------------------------------------------------------A-CA---TCAAT-AT-----A---A---------------------------TGA-----ATATCACTGCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------AAAATAAAAAACAATAAT--------------------A-A----------------------C--A-----AT-A----------C----AAGTTT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGGAT--G--TACATTGGAACCGGTGGCT-------TATTTGTAG-TACTTGCGATAATAATTGTT-GAATT------ATTACTAAATATTATGTTTGGGGCA-TTTGGAAAAG-------------------------TTAAC-ACATTTTGTTG-TCATAC-----AGTA--G---T-A---CA--G---TTTCTGATATCTACCGGTATACTTTTCCAAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATGGAATGGATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTT
Unaligned ( gi|28 ): TGATTGAATGAAAGTCTTTATTTGAGAGAGTAGCCTAATTCGACTAGTTTGAAACTAATCTTCATTCGAGCCCTCTAAGATACATTTATATATTATTTACAAAATACAATAGCAATACAAAATTAAAGCATTGTAATCAAATTGATTGTGCATGAAAAATGAGAACTACACGTAT
Unaligned ( gi|30 ): TTTCGGCCTAACAAAACCAAAATGCAAATAGGAAATAGAATGGAATGGAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CATGAGTTCATTAAGTATTGAATGGAATGGAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|32 ): TGAAATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT
Unaligned ( gi|37 ): AAGGTGCAGTGCTTTTTGAAACTCTATACCTAAATTTTGCTTTTTTGAGAAATATTCTTTGATCAATGGAAAGTACATTTATTAACTTCATATCGTCTGCAAATGTTGAATATTTATCACATAAGATAAT
Unaligned ( gi|46 ): CAGTAGGTAATCGCCCAATAAATAGTAGCATTTAATG
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555 11111111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 1111111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111111111111111111 11111 44444444444 111 222222 1
lowQualScore : 22 1 5555555 1 55555 2222222222222222222222222222222222222 11111111 11 9999999999 333 1 1 55 3 1 4 999 1 7 1 1 5555555 2222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 2 11 11 444 4444444 33333 3333333333333333333 444444 444444 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 1 44444 333 44 222222 22 22 6666666 2 2 888888 2 2 77777 4 2 4 1 777777777777777777777 1 1 0 1 5 1 66666 6 66666666666 3 111 1 888888 0 2 3
lowQualScore : .. . ....... . ..... ..................................... ........ .. .......... ... . . .. . . . ... . . . . ....... .... ............................................................................ ... . .. .. ... ....... ..... ................... ...... ...... . ......................................................................................................... .... . ..... ... .. ...... .. .. ....... . . ...... . . ..... . . . . ..................... . . . . . . ..... . ........... . ... . ...... . . .
lowQualScore : 99 9 4444444 7 88888 9999999999999999999999999999999999999 88888888 88 2222222222 444 0 2 66 5 2 7 111 2 1 2 2 3333333 7777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 7 88 88 999 3333333 33333 1111111111111111111 111111 111111 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 7 55555 222 33 333333 66 66 5555555 0 1 666666 5 4 77777 4 0 4 9 666666666666666666666 4 6 7 7 9 4 77777 7 33333333333 7 777 0 888888 0 0 2
consensus : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---AA-TT--A--ATCAAAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
Reference ( family-421 ) : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---AA-TT--A--ATCAAAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
gi|1 : AGCAA--ATTGCT-TGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGAAA-------A---------TA--------C--ACGT-AA-G-----TT---TGTT-----T-T-TT-T---T-A-GC-A----------------TTT--------------------------T--A--CA-------------------C------------A-A----T-A-TA---TGAA--AT-----A---GA-TT--ATAATCAAGGA-------A-GTGA-----A-ATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAAA---------------C--A-----A--AAAAATACAA-C----AAGTAT-AAC-----TATGTACAGTTA---ATAAT--TTA------TATGT--G--TTCA-----------AGCT-------TATTTGTAG-CACTTGATATATTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATCATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACAAT---ACAACAATTTGTCG-TAAAACTTTTTATT---G---TAA---TATTG---TTTCTGATATTAACCGGTATATTATTCCAGATTTAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---T--CTGTTGGGTTTTAGAGTGATAAAGTTTAATTAAAATTTTGTTGAATGTAGATTTCTACGAACGTTTTCATACCATTTGGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|10 : caaaataacagcattttaagtattgcaA-------TA-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--A-GT----T-----TT---TTTTA-G----T-TT-T---A---GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TTTAAAAA-A----AA-------C--A---A-------------------C------------ATA----T-A-TA---TATAC-A------A---AA-TT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-AACAAAAAAAAGCAACAAAAA----------------C--------------------A-A----------------------C--AAAAC-A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACTGTTA---ATGAT--ATA------TGTGTGAG--TACATTGGAGGTGATGGTT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACCAAATATTATCTTCTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTATTTGTAACCATATAtacgaaggtgcattgttttttaaacatgaattttgcttttgggagaaatattctttgataaatggaaagtgcacttattaacttcttagcgtctgcaaatgttgaatatggatcacataagata
gi|11 : cccactaatggtacatttacatattatttacaaaatacaatagcaaaacaaa-GA-T-T-TT-TG--A-A-GC-AATTCGTTGAATGTATTTTTGA-TT-------A----AA--------------------------------------------------------A-TA---TATAT-AA-----A---AA-T---A--ATCAA-GA-------AATTGA-----ATATCACTGCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAAAAACAACAA-----------C--A-----AT-A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACCGTTA---ATGAT--ATACATGTATGTAT--G--TACATTGGAGGTGTTG-CT-------TTTATGTAA-CATTTGCGATAATACTTACT-TAATT------AGAGCTTAATATTATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAGCCATTTAAC-ACAATTTGTTATTAAAG-TTTTGACT---GTAAT-A---CA--GTTTTTTTTTATATTAACCGGTATATTATT-CA----AAGGTTCCAGAGTAGGA
gi|12 : AGCAA--ATTGAT-CGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGAACCTTC---A---------TA--------T--ATAT-CA-------TA---TTTTA-GA-T-T-TT-T--------CTAATTCTTTGAAAGTCTCTT--A-TT-------A----AA----------A----------------------------------------------------------AA-----A---AA-AT--G--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------
gi|12 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaGTAT-AAT-----AATGTACAGTTA---ATAAT--ACA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACGTGCGATAAATATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTTTATTCAGGACA-TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtataataatgtacagttaataatacatgtgtgtacattggaggtggtggcttatttgtagcacgtgcgataaatattgtttaattattactaaatattttattcaggacata
gi|13 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaagcaaattgatcgtacatgaaaaatgaaccttcatatatatcatattttagatttttctaattctttgaaagtctcttattaaaaaaaaaatgatcaagaaagtgaatatcactacatctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAA--AATGGT-TGTACA-------TG-ATAAATGA---------TAAC--T-----------A---------CA--------TTAATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GC-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTCGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-----------------------------------------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---A--TT--A--ATCAA-GA-------AATTGA-----ATATCACTGCATCTATT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAAACAAAAAT-----A-A----------------------C--A-----A--AAATACAA---C----AAGTAT-AAT-----TATATACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTAT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CAATTGCGATACTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTGTATACTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTAGTAACCATTT
gi|14 : taagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTCCC-------TG-A-----AA---------TA----T-----------GATAAC----TA--------C--ATATACA-TATATATT---TTTTA-GG-TCT-TT-T---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCATTGA-TT-------A----AA-------A--A--AA-------------------C------------A----------------ACA--AC-----A---AA-AC--A--AT---ATA-------CA-TNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------N--N-----N--N----------N----NNNNNN-NNN-----NNNNNNCAGTTG---ATATTT-ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGACT-------TATTTGTAG-CATTTTCGATAATAATTGTT-TTTTT------ATTAACAAATATTATCTT-GGGACA-TGTGAAGTAGC-----TCATTCTGTTTGAAACCATTT
gi|15 : accattgca-----------A---------TA--------T--AAAT-CA-A-----TG---TTTTA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-GATCATTTGAAAGTCACTTTTA-TT-------A----AAAAA----T--G--GA-------------------T------------ATAATT-T-A-TA---TATAT-AC-----A---AAATT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAA----------CAAA-----A--A----------C----AAACAA-AACAAGTATATGTAAAGTTA---ATAAC--ATA------TGTGT--G--TACATTGGATGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGAT--T-ATTGTT-TAATTAAATAAATTGCTAAATATTATCTTC-AAATATTATGAA
gi|16 : cTGATATATATA-------TATA-----GA---------TA----T-----------G----------A--------T--ATAT-AA-T-----TT---TTTTAAGG-T-T-TTAT---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTTTTTGA-TA-------A----AA-------A--AATTA-------------------TTCAAGAAAGTGAATA----TCACTA---CATAT-GT-----T---NN-NN--N--NNNNNNNN-------NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------A--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TGTATACGGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT-----TAAATTAGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAT-CACTTGCAATAATAATTGTT-TTATT------ATTACCAAACATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAacaaaacatgtttaaactaa
gi|17 : ttta---------TA----C-----------A---------TA--------T--ATATATA-T-----TT---TTTTA-GA-T-TGTT-T---A-A-GC-AATCCATTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA----------A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT------------AA-TT--A--ATC-AAGA-------AAATGA-----ATATCACTACATATGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAAAATAACCAACAACAAACAA-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATC---AGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGTGATAATAATTGTA-TAATT------ATTACTAAACATTAT
gi|18 : acGCAAGCATTTAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----TGATAACTAC--A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTAG-GG-T-T-TT-T---A-AAGC-AAGTATTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AAAAAAAAAT--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AC-----A---AAATT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATAACAACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAA----------------C--A-----ACAA----------C----AAAAAC-AAG-----CAAACA-AGT-----ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACACTGGAGGTGATGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAgatttacatttatacattatcagtgcattaatt
gi|19 : acattttaagcattATGTACAGTTG---ATA-T---TA------TGTAC--G--TACATTGGAGGCGGTGGCT-------TATTTGTAA-CGC------------TTGTT-AAATC------ATTATTAAATAGTA
gi|19 : GTATATTAACTCACAT-AGTATTCAAGAGTAGGACAAACA-----GCCGTTGAAAA-AAAT-----CGCCTTTTGG-TTTTGGAGCAATTCTGTTTAATTTA---TTTGTTACACGTAGATTTCTACatcgacttttactgtttcagtagtatattaactcacatagtattcaagagtaggacaaacagccgttgaaaaaaatcgccttttggttttggagcaattctgtttaatttatttgttacacgtagatttctacttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : atgtacagttgatattatgtacgtacattggaggcggtggcttatttgtaacgcttgttaaatcattattaaatagtaatcgacttttactgtttcagtaA-GG-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCTTTGA-ATAAAAAA-A----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TACATTGTAT-ATTAA--A---AA-TT--A--AT-AAAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------ttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : a-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATTTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTTACT-------TATTTGTAG-AACTTGCAATAATAATTGTT-TAATT------ATTGCCAAATATTAT--------------GAAGTAGT-----TCATTCCGTTTGTAACCTATTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACT---G---T-AGTACA--G---ATTCTGATATTAACCAGTATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACTTTGTAACCTTTGAATATA--TAATTCC--CTGTTGGGTTTTGGTGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTT-------GACTTCTATGAATGTTATaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaacaagtataattatttacagttaataatatatgtgtgtacattggaggtggttacttatttgtagaacttgcaataataattgtttaattattgccaaatattatgaagtagttcattccgtttgtaacctattaacacaatttgttgtaaagtttttgactgtagtacagattctgatattaaccagtatactattccatattaaagttccagagtaggacaaactttgtaacctttgaatatataattccctgttgggttttggtgtgataaagtttaattcatttgttgacttctatgaatgttatgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|20 : aaggttttttaagcaatcatttgaaagtctctttgaataaaaaaaaatatatatatatacattgtatattaaaaattaataaagaaagtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagAGAAA--AATGAT-AGTACA-------TG-A----------------------T-----------A---------AA--------T--TTAT-CA-T-----TG---TTTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AAGCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------T--A--TAATTGTGTGNNNNNNNNNNNN------------NNN----N-N-NN---NNNNN-NN-----G---AA-TT--A--GTC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCACCACATCTGTN-------------------N------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------NGA----------------------C--A-----G--G----------C----AGACAC-TGT-----TTTATATAG------ATTAT--ATA-------GTGgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|21 : taagcattgcaATAT-AT-----A-------T--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A------------------------------------------------------GTAT-AAT-----AATGTACAGTTA---ATGAT--A-A------TGTAT--G--TGCGTTGGAGGTGGTGGTT-------TATTTGTAT-TACTTGTAATAATAATTATT-TAATT------ATAACTAAATATTATATTCG------------GTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACACTTTTTTG-TGAAGCTTTTGACT---G---T-A---aaacaagcagaaactgttatatatagatgtatagtggaatctg
gi|22 : tttaattaaaaaaAGCGA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----TGAAAAATAC--A---------TA--------T--ATAT-CA-------TT---TTTTA-GGTT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------A--A--AA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AC-----AG--AA-TT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACTTCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T--A-----A--G----------C----AAAAAT-AAgta
gi|24 : ttacaaatacaataacaaaacaaataaaaacattttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AAAATGGTAACTA----C-----------A---------TA--------C--ATAT--A-T-----TTATTTTTTA-GA-T-T-TT-C---A-AAGC-AATCCTTACAAAGCTTCTGTGA-TT-------A----AA----------A--AA-------------------T------------GTA----T-G-TA---TACACAAA-----A---AA-AT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATAcaaaaaaac
gi|25 : gatacatttccaatttatttacaaaatacaaaagctaaacaaaatataaagattttaagcatggcaAGCAA--ATTGAT-TGTACATTACAGGTG-AT----AACTACATG--TA----C-----------A---------TG--------T--ATAT-AC-T-----TT---TTTTA-GATT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT------------AA-------T--A--AA-------------------A------------ATA----T-A-TA---T-------------------TT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCAATGCATCTTTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T--A-----A--A----------C----AA
gi|26 : ttaagcattgcaAGCAA--ATGGAT-TTTACA-------TG-A-----AA----------A----TTG---------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGA----------A----AA-------C--A-----------------------------------------------------------------A---AA-GT------TTAAAT---------AGTGA-----ATGTTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CA-A-----A--A----------C----AAcagaaacaaca
gi|27 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATGGAT-TTTACA-------TG-A-----AA----------A----TTG---------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGA----------A----AA-------C--A-----------------------------------------------------------------A---AA-GT------TTAAAT---------AGTGA-----ATGTTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CA-A-----A--A----------C----AAcaatacaa
gi|29 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATTGAT-TGTATA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------AATAACTACATA--------T--ACAT-AA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-TC--A-A-GC-AATTCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AAAATAA-------T--A--TA-------------------C------------ATA------A-TA---TATAC-A------A---AA-TT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------caatacaa
gi|3 : catggca---------TA--------T--ATAT-CAAT-----TT---TTCTA-TT-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AAAAAAATAT--A--TA-------------------T------------ACA----C-A-TG---TATAT-AT-----ACAAAA-TT--A--TTCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAACAAAAACATAC--A-----A--A----------C----AAGCAT-AAT-----T-------GTTG---ATAAT--ATATATG--TGTGT--G--TACATTGGAAGCGGTGGCT-------TATTTGCAG-CACTTCCAATAATAATTG-----ATTG-----ATTACTAAATATTATCTTTGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-AAAAACTTTTAA---------------------------------------GTATACTATTCCAGCTTAAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---C--CTGTTGAGTTTTGGAGTGATAAAGTTT-ATTTA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTATGAACATTATCATG------GGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|33 : catGGATTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---ATTGTTGAATGTAGATTTCTAAGACCGTTATAATG------GGTATTAAAATGTATCTGTTATAtatcaagggatattagtttttgaaaccccgtaaataaatttttggt
gi|34 : AGTAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-G-----AA---------TA----T-----------GATAAC----TA--------C--ATAT--A-TA----TT---TTTTA-GT-TGT-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TTAACAAA-A----AA-------A--A--AA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----tacgaaggtgcattgtcttttgaaagtttttaaagactatctttcgggacac
gi|35 : aataaaaacattttaagcattgca-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TTTAAAAAAA----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-CA---AATAT-ATGTACAA---AA-TT--A--ACCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------
gi|36 : c-TGTACA-------TG-A-----A----------TG----TG----------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTGAG-AG-T-T-TT-T---A-A-CC-AAATCTTTGAAAGTCTC----A-CA-------A----AA-------C--A--AA-------------------C------------ATG----T-A-------------------A---AA-C----------------------AGTGA---------CCCTATATCTGTT-------------------A------CAA------CAA-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------C--A-----A--G----------T----AAACATCAAT-----
gi|38 : GTATA-------TA-A-----AA---------AA----TC----------A---------TAAC------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AGTCCTTTGAAAATCTTGTTAA-T-------------AG-------C--A-----------------------------------------------------------------A---AA-----A--AT--AAGA-------TAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTT-------------------G------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------T----AAacaa
gi|39 : -A----------------------C--A-----A--G----------C----ACATAT-ACT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--A-A------TGGGT--G--TTCATTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAACACAAT--TTGTTGTAAa
gi|39 : CA-TTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGATT---G---T-agcttttgattgtgttaatac
gi|4 : acaagcacatatacttatgtacagttaataataatgggtgttAGCAA--ATTGAT-TGTACA-------T---------A---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----CT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AGTCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------TTTA--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---AA-TTTTA--ATCAAAGAGACTTTCAAATGATATATATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAATAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGTTGGCT-------TATTTGTAG-GACTTGCAATAAAAAATGTT-TGATT------ATTACTAAATATTACCTTCGGAACA-TATGAAGTAAT-----TCATTCTGTTTTTAACCATTTAAC-ACA-TTTTTTA-TAAATCTTTTGACT---G---T-A---TA--G---TTCCTGATATTAAGCAGTATACTATTCCAGATTAAAGTTCCAGAGTAAGACAAACT-----GCCTTTGAATC-A--TA----C--CTGTTGGA-TTTGGTGTGATAAAGTTCAATTCA---TGTGTTGAACGTAGATTTCTACGGACGTTATCATA------GGTATT-AGACATA--TGTTATAgttaatac
gi|40 : -----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTC-AT-T-T-TT-TTTAA-A-GC-AATCCTTTGAAAGT
gi|41 : tgataattgc-----------A---------TG--------T--ATAT-CT-A-----TT---TTTTA-GA-TAT-TT-C---A-A-GC-CATCTTTTAAA---------------------A----AA-------T--G--TA-------------------T------------ATA----A-A-TA---TATAT------------AA-TT--A--ATC-GAGA-------AAGTGA-----GTATTACTGTATCTTTT-------------------A------TAA------C-A-------------------A----------------CAG------------------A-A----------------------T--A-----A--A----------C----AAgtacatgaccatattgatacatactagtgtacactcgacaataatgagatgaataaatat
gi|42 : A-------TG-A-----A----------TG----A-----------A---------TG--------A--ATAT-CA-A-----TT---TTTTA-AA-T-T-TTCT---A-A-GC-AATTCTTTGAAAATCACTTTGA-TT-------A----AA----------A--TA-------------------T------------CTA----T-G-TA---TA
gi|43 : gaaatacatttatgaAGCAA--TTTGAT-TGTACA-------GG-A-----AA---------TA----TGATAATTAC--A---------TA--------A--ATAT-C--------CT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCat
gi|44 : gca-----------A---------TG--------T--ATAT-TA-A-----TT---TTG-A-GA-T-T-TT-T---AGA-GC-AATCCACTGAAAGTCTCTTTAA-
gi|45 : atgatagcttc-CA-T-----TT---TTTT----------T-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTAATTT-------A----AA-------T--A--TT-------------------T------------ATA----T-A-TA---gca
gi|5 : AGCGA--ATTGAT-TGTACA-------TG-C-----AA---------TA----T-----------AA--------TAACTGCATTT--ATAT-AA-T-----TTA--TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT------------AA-------T--A--AA-------------------A------------ATA----T-A-TA---TATAC-A------A---AA-TT--A--ATC-AAGA-------AAGTGA-----ATATCGCTACATCTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN------N-N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------N--N-----N--N----------N----NNNNNN-NNN-----NNNGTATAATTATTTACAGTTAATAATA---TATGT--GTCTACATTGGAGGTTGTGACA-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATG------ATTACCAAATATTATCTTCAGGACA-TATGAAGTAGC-----TCATTCTGTT
gi|6 : tgattttataagttggaatggaatcttcgttggggccctctaatgatatttttacatgttgtttacaaaatacaatagcaaaacaaataaaaaacatgttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTATG-------TG-A-----AA---------TA----TGATAACTACATA---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GA-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTTTTTGA-TT-------A----AAACAAT--T--A--TA-------------------T------------ATAATAAT-A-TA---TATAC-A------A---AA-TA--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTA-------------------A------CAA------C-A-------------------AAATAAG----------C--------------------A-A----------------------C--AACAGCA--A----------CAACAAAATAT-AAT-----TATTTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTAT--G--TACATTGGAGGTGGT
gi|7 : caagttgtcagccaataacaagatcatgatttaatgaatttgtggaatggactgaatggaatggaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcattgcaAGCAA--AATGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------AAACACC-----------A---------TA--------T--ATAT-TA-A-----TT---TTT---GT-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AAAAAC---G--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TGTAC-A------A---AA-TT--A--ATCAA-GA-------AAGTTA-----ATATCACTACATTTGTCTAA----------------A------CAA------C-A-------------------AAATAAGTAA-------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--AAAAACAAAAAC----AAGTAT-AAT-----TATATGCAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGATT-------TATTTGTAG-CACTGGTGATAATAATTGTT-AAATT------ATTGCCAAATATTATCTTCGGGATA-GATG
gi|8 : tttttatctaaagagggtagtccaaatagtttgaaactaatctgccatggagcagatatatatacataatatttagaaaataaaataatataaaaaataaaaacaatctaagcattgcaA-TT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----TTTTCATTACATCTGTT-------------------AAAACAACAAAATAAGC-A-------------------A----------------C--------------------A-ACAACAACAT-------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATTTACAGTTA---TTAAA--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTCGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAAAT------ATTACCAAATATTGTCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TAATTCAGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACTGTGG---T-A---CA--G---TTTCTGA----------TATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAATAGGACAAACT-----ACCTTGGAATA-A--T-----T--CTGT
gi|9 : taatttaaatatttatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAA--ATTTGC-TGTACA-------TG-A-----AA---------AA----TGATAACTTC--A---------TG--------T--ATATTCA-T-----TT---TG--A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AATCCTTTGACAGTCTCTTTGA-TA-------A----AA--------------------------------------------------------A-CA---TCAAT-AT-----A---A---------------------------TGA-----ATATCACTGCATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------AAAATAAAAAACAATAAT--------------------A-A----------------------C--A-----AT-A----------C----AAGTTT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGGAT--G--TACATTGGAACCGGTGGCT-------TATTTGTAG-TACTTGCGATAATAATTGTT-GAATT------ATTACTAAATATTATGTTTGGGGCA-TTTGGAAAAG-------------------------TTAAC-ACATTTTGTTG-TCATAC-----AGTA--G---T-A---CA--G---TTTCTGATATCTACCGGTATACTTTTCCAAAT
blockSeqs : GC A TTACAGG T TAAAT TATGATAACTACATA ACTGCATT TA ACATATATA ATT T A GT C G A TTA G A T T TAAAAAA AAAT TATAATTGTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CAA A TT . NNN GACTTTC TATAT NNNNNNNNNNNNNNNNNNN AAACAA AATAAG A ACAAAAAAAAGCAACAAAAACAACAAAACAA AACA C AAGTA TTT TA CATGTA GA TC TTCATTC T G AAATAA C T GACTT . A T C GTAATACAGTTT T A G C T TTGTA T TAATTCC G . A . A A T
blockSeqs : . . . . T TATGATAACTACA AC . ATAT A T . AT G . T G . A . . TAAAAA . AAATTATTCAAGAAAGTGAATATCACTACATATGT G A . . AAA . . TAA . . A ACAAAATAAACAAAAATAACAAAAATACAA . . . . T TATG . . . . . G A . . . A . C GTAGTACAG T A A T T . . AATCGC G . G . . G T
blockSeqs : . . . . . TATGAAAAATACA AC . CAAT . T . A A . T T . A . . AAAAAA . ACAATTATATATAATAATATATATACA . . . . AAA . . . . . A ACAAAATAAGCAACAACAAAAACATACAAA . . . . . ATA . . . . . . A . . . C . C GTGGTACAG T A A G T . . TTCC A . G . . A .
blockSeqs : . . . . . AATGGTAACTACA AC . TCAT . T . A . . C T . A . . AACAAA . AAAAAAATATATATATATATATATAC . . . . AAA . . . . . . ACAAAATAACCAACAACAAACAAACAAA . . . . . . . . . . . . A . . . A . T AGTACAG T T G G T . . TAC A . G
blockSeqs : . . . . . TATAATAACTACA AC . CAT . T . C . . . C . A . . . . AAAAATATATATACACATGTATATAT . . . . AAA . . . . . . AAATAAGTAACAACAAAAAAACAAAAA . . . . . . . . . . . . C . . . A . C GTATAG . . . T . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . TATGATAATTACA . . CAA . T . G . . . T . A . . . . AAATGGATATAATTTATATATATAC . . . . AA . . . . . . AAAATAAAAAACAATAATAACAATA . . . . . . . . . . . . C . . . A . C . . . . A .
blockSeqs : . . . . . AATGATAACTTCA . . AAT . T . G . . . T . . . . . . TATATATATATACATTGTATATTAA . . . . AA . . . . . . ACAAAATAAGCAACAACAAAAA . . . . . . . . . . . . C . . . T . G .
blockSeqs : . . . . . AATGAACCTTCA . . CAT . A . G . . . . . . . . . . TATATATATACAAATATATGTACA . . . . AA . . . . . . ACAAAAAAACAACAACAATA . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CTACATGTACA . . CAT . T . A . . . . . . . . . . AAACGATATATATATATGTACA . . . . AA . . . . . . AAATAAGCAACAACAGCAA . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . TATGATAAC . . ACT . T . G . . . . . . . . . . TTTATATATATATATATATAT . . . . AA . . . . . . ACAACAACAACATCAAA . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . TATGATAAC . . TAA . T . G . . . . . . . . . . AAAATATATATATATATAC . . . . AA . . . . . . ACAAAATAAACAACAA . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . AAACACCA . . TAA . T . A . . . . . . . . . . AAATGTATGTATACACAAA . . . . AA . . . . . . ACAAAATAAG . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . TAACTA . . AAT . T . A . . . . . . . . . . AAAATATATATATATATAT . . . . AA . . . . . . ACAAAATAAA . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . ATTGA . . ATA . T . A . . . . . . . . . . TAAAAATATATATATACA . . . . AA . . . . . . ACAGAATAAA . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . ATTGA . . CAT . T . A . . . . . . . . . . CAACATATATATATACA . . . . AA . . . . . . NNNGACAGG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TGTGA . . TAA . T . G . . . . . . . . . . TATACATAATATATACA . . . . AA . . . . . . ATAACAAAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AATCA . . TAA . A . T . . . . . . . . . . TGTATATAAATATATAT . . . . AA . . . . . . ATAACAAAA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TATAA . . CAT . T . T . . . . . . . . . . ATATATATATATATAT . . . . AA . . . . . . NNNNNNNN . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TATA . . CAT . T . G . . . . . . . . . . ATATATATATATAT . . . . AA . . . . . . NNNNAAAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TATG . . CTA . T . G . . . . . . . . . . TAAAAATATATAT . . . . AA . . . . . . ATAACAAG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TACA . . CAA . T . A . . . . . . . . . . AAAACAACAAC . . . . AA . . . . . . ACAACAAA . . . . . .
blockSeqs : . . . TATA . . TAA . T . G . . . . . . . . . . ATATATATAA . . . . GA . . . . . . ACAACAAA . .
blockSeqs : . . . TGAA . . CAT . T . T . . . . . . . . . . CAAACATGTA . . . . AA . . . . . . NNNNNNNN .
blockSeqs : TA . . AAT . T . A . . . . . . . . . . ACATCAATAT . . . . AA . . . . . . ACA .
blockSeqs : . . CAT . T . A . . . . . . . . . . AAA . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . TAA . . . G . . . . . . . . . . CA . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . CA . . . A . . . . . . . . . . CA . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . CA . . . G . . . . . . . . . . CA . . . . . . . .
blockSeqs : . . AT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : TATGAAACTCA************************** G* ** AA* ***
originalCons : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AA---------TA----T-----------A---------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---AA-TT--A--ATCAAAGA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
finalCons : AGCAA--ATTGAT-TGTACA-------TG-A-----AATATGAAACTCA--------------------------TA--------T--ATAT-CA-T-----TT---TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------A----AA-------T--A--TA-------------------T------------ATA----T-A-TA---TATAT-AT-----A---AA-TT--A--ATCAA-GA-------AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C-A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C--A-----A--A----------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATGGAATGGATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTT
Unaligned ( gi|28 ): TGATTGAATGAAAGTCTTTATTTGAGAGAGTAGCCTAATTCGACTAGTTTGAAACTAATCTTCATTCGAGCCCTCTAAGATACATTTATATATTATTTACAAAATACAATAGCAATACAAAATTAAAGCATTGTAATCAAATTGATTGTGCATGAAAAATGAGAACTACACGTAT
Unaligned ( gi|30 ): TTTCGGCCTAACAAAACCAAAATGCAAATAGGAAATAGAATGGAATGGAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CATGAGTTCATTAAGTATTGAATGGAATGGAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|32 ): TGAAATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT
Unaligned ( gi|37 ): AAGGTGCAGTGCTTTTTGAAACTCTATACCTAAATTTTGCTTTTTTGAGAAATATTCTTTGATCAATGGAAAGTACATTTATTAACTTCATATCGTCTGCAAATGTTGAATATTTATCACATAAGATAAT
Unaligned ( gi|46 ): CAGTAGGTAATCGCCCAATAAATAGTAGCATTTAATG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111111111111111111 11111 44444444444 111 222222 1
lowQualScore : 22 1 1 4 7777777777777777 11 88888888 1 1 22 3 1 99999 1 5 1 1 1111111 2222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 66 11 11 222 33333 33333 3333333333333333333 444444 444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333 1 44444 333 44 222222 22 22 6666666 2 2 888888 2 2 77777 4 4 1 777777777777777777777 1 1 0 1 5 1 66666 6 66666666666 3 111 1 888888 0 2 3
lowQualScore : .. . . . ................ .. ........ . . .. . . ..... . . . . ....... .... ........................................................................... ... .. .. .. ... ..... ..... ................... ...... ...... .......................................................................................................................... .... . ..... ... .. ...... .. .. ....... . . ...... . . ..... . . . ..................... . . . . . . ..... . ........... . ... . ...... . . .
lowQualScore : 88 8 8 3 3333333333333333 88 11111111 2 2 99 5 2 55555 2 9 2 2 6666666 7777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 777 33 88 88 333 33333 33333 1111111111111111111 111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 7 55555 222 33 333333 66 66 5555555 0 1 666666 5 4 77777 4 4 9 666666666666666666666 4 6 7 7 9 4 77777 7 33333333333 7 777 0 888888 0 0 2
consensus : AGCAA--ATTGAT-TGTACATG-AAANATGATAA--C-TA------CATA--TATAT-CA-T---TT-TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----A-------T--AT------------A-------------------TAT----A---TATA---TATAT-AT-----A---AA--TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C----------A-----A--A---------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
Reference ( family-421 ) : AGCAA--ATTGAT-TGTACATG-AAATATGA-AA--C-T-------CATA--TATAT-CA-T---TT-TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----A-------T--AT------------A-------------------TAT----A---TATA---TATAT-AT-----A---AA--TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C----------A-----A--A---------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGACT---G---T-A---CA--G---TTTCTGATATTAACCGGTATACTATTCCANATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--T-----C--CTGTTGGGTTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTACGAACGTTATCATG------GGTATT-AAACGTATCTGTTATA
gi|1 : AGCAA--ATTGCT-TGTACATG-AAAAATGA-AA-------------ATA--CACGT-AA-G---TT-TGTT-----T-T-TT-T---T-A-GC-A----------------TTT--------------------------T--AC------------A-------------------CA-----A---TATA---TGAA--AT-----A---GA--TT--ATAATCAA---GG-----AAGTGA-----A-ATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAAA---------------C----------A-----A--AAAAATACAAC----AAGTAT-AAC-----TATGTACAGTTA---ATAAT--TTA------TATGT--G--TTCA-----------AGCT-------TATTTGTAG-CACTTGATATATTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATCATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACAAT---ACAACAATTTGTCG-TAAAACTTTTTATT---G---TAA---TATTG---TTTCTGATATTAACCGGTATATTATTCCAGATTTAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---T--CTGTTGGGTTTTAGAGTGATAAAGTTTAATTAAAATTTTGTTGAATGTAGATTTCTACGAACGTTTTCATACCATTTGGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|10 : caaaataacagcattttaagtattgcaATA--TATAT-AG-T---TT-TTTTT-AG-T-T-TT-------A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TTTAAAAA-AA----A-------C--A-------------A-------------------CAT----A---TATA---TATAC-A------A---AA--TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------AACAAAAAAAAGCAACAAAAA----------------C--------------------A-A----------------------C----------AAAAC-A--A---------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACTGTTA---ATGAT--ATA------TGTGTGAG--TACATTGGAGGTGATGGTT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATT------ATTACCAAATATTATCTTCTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTATTTGTAACCATATAtacgaaggtgcattgttttttaaacatgaattttgcttttgggagaaatattctttgataaatggaaagtgcacttattaacttcttagcgtctgcaaatgttgaatatggatcacataagata
gi|11 : cccactaatggtacatttacatattatttacaaaatacaatagcaaaacaaaataaa-GA-T-T-TT-TG--A-A-GC-AATTCGTTGAATGTATTTTTGA-TT-------AA----A--------------------------------------------------------ATA---TATAT-AA-----A---AA--T---A--ATCAA---GA-----AATTGA-----ATATCACTGCATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-AAAAAACAACAA-----------C----------A-----AT-A---------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACCGTTA---ATGAT--ATACATGTATGTAT--G--TACATTGGAGGTGTTG-CT-------TTTATGTAA-CATTTGCGATAATACTTACT-TAATT------AGAGCTTAATATTATATTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAGCCATTTAAC-ACAATTTGTTATTAAAG-TTTTGACT---GTAAT-A---CA--GTTTTTTTTTATATTAACCGGTATATTATT-CA----AAGGTTCCAGAGTAGGA
gi|12 : AGCAA--ATTGAT-CGTACATG-AAAAATGA-AC--CTT-------CATA--TATAT-CA-----TA-TTTTA-GA-T-T-TT-T--------CTAATTCTTTGAAAGTCTCTT--A-TT-------AA----A----------A---------------------------------------------------------AA-----A---AA--AT--G--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------
gi|12 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaGTAT-AAT-----AATGTACAGTTA---ATAAT--ACA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACGTGCGATAAATATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTTTATTCAGGACA-TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtataataatgtacagttaataatacatgtgtgtacattggaggtggtggcttatttgtagcacgtgcgataaatattgtttaattattactaaatattttattcaggacata
gi|13 : aatagcaaaacaatatataaaacattgcaagcaaattgatcgtacatgaaaaatgaaccttcatatatatcatattttagatttttctaattctttgaaagtctcttattaaaaaaaaaatgatcaagaaagtgaatatcactacatctgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAA--AATGGT-TGTACATG-ATAAATGATAA--C-TA------CATT--AATAT-CA-T---TT-TTTTA-GC-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTCGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----A---------------------------------------------AT----A---TATA---TATAT-AT-----A---A---TT--A--ATCAA---GA-----AATTGA-----ATATCACTGCATCTATT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------CAAAATAAACAAAAAT-----A-A----------------------C----------A-----A--AAATACAA--C----AAGTAT-AAT-----TATATACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTAT--G--TACATTGGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CAATTGCGATACTAATTGTT-TAATT------ATTACTAAATATTGTATACTGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTAGTAACCATTT
gi|14 : taagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTCCCTG-AAATATGATAA--C-TA------CATA--TACATATA-TA--TT-TTTTA-GG-TCT-TT-T---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCATTGA-TT-------AA----A-------A--AA------------A-------------------CA-----------------ACA--AC-----A---AA--AC--A--AT--A---TA-----CA-TNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------N------NNN------N---------N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------N----------N-----N--N---------N----NNNNNN-NNN-----NNNNNNCAGTTG---ATATTT-ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGACT-------TATTTGTAG-CATTTTCGATAATAATTGTT-TTTTT------ATTAACAAATATTATCTT-GGGACA-TGTGAAGTAGC-----TCATTCTGTTTGAAACCATTT
gi|15 : accattgca-------CATA--TAAAT-CA-A---TG-TTTTA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-GATCATTTGAAAGTCACTTTTA-TT-------AA----AAAA----T--GG------------A-------------------TAT----AATTTATA---TATAT-AC-----A---AAA-TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAA----------CAA--------A-----A--A---------C----AAACAA-AACAAGTATATGTAAAGTTA---ATAAC--ATA------TGTGT--G--TACATTGGATGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGAT--T-ATTGTT-TAATTAAATAAATTGCTAAATATTATCTTC-AAATATTATGAA
gi|16 : TGATATATATATATAGATATGA-----------------TA--TATA---A-T---TT-TTTTAAGG-T-T-TTAT---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTTTTTGA-TA-------AA----AAAAT---T--ATTCAAGAAAGTGAA-------------------TATC---AC--TACA---TATGT--T-----N---NN--NN--N--NNNNN---NN-----NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------N------NNN------N---------N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------A----------A-----A--A---------C----AAGTAT-AAT-----TGTATACGGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT-----TAAATTAGAGGTGGTGGCT-------TATTTGTAT-CACTTGCAATAATAATTGTT-TTATT------ATTACCAAACATTATCTTCGGGACA-TATGAAGTAacaaaacatgtttaaactaa
gi|17 : tttaA--C-TA------CATA--TATATATA-T---TT-TTTTA-GA-T-TGTT-T---A-A-GC-AATCCATTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----A------------------------A-------------------TAT----A---TATA---TATAT-AT-----A---A---TT--A--ATCAA---GA-----AAATGA-----ATATCACTACATATGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------CAAAATAACCAACAACAAACAA-A----------------------C----------A-----A--A---------C----AAGTAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATC---AGTGGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGTGATAATAATTGTA-TAATT------ATTACTAAACATTAT
gi|18 : GCAAGCATTTAT-TGTACATG-AAATATGATAA--C-TA------CATA--TATAT-CA-T---TT-TTTAG-GG-T-T-TT-T---A-AAGC-AAGTATTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----AAAAAAAAT--AT------------A-------------------TAT----A---TATA---TATAT-AC-----A---AAA-TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATAACAACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAA----------------C----------A-----ACAA---------C----AAAAAC-AAG-----CAAACA-AGT-----ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACACTGGAGGTGATGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAgatttacatttatacattatcagtgcattaatt
gi|19 : acattttaagcattATGTACAGTTG---ATA-T---TA------TGTAC--G--TACATTGGAGGCGGTGGCT-------TATTTGTAA-CGC------------TTGTT-AAATC------ATTATTAAATAGTA
gi|19 : GTATATTAACTCACAT-AGTATTCAAGAGTAGGACAAACA-----GCCGTTGAAAA-AAAT-----CGCCTTTTGG-TTTTGGAGCAATTCTGTTTAATTTA---TTTGTTACACGTAGATTTCTACatcgacttttactgtttcagtagtatattaactcacatagtattcaagagtaggacaaacagccgttgaaaaaaatcgccttttggttttggagcaattctgtttaatttatttgttacacgtagatttctacttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : atgtacagttgatattatgtacgtacattggaggcggtggcttatttgtaacgcttgttaaatcattattaaatagtaatcgacttttactgtttcagtaA-GG-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCATTTGAAAGTCTCTTTGA-ATAAAAAA-AA----A-------T--AT------------A-------------------TAT----A---TATACATTGTAT-ATTAA--A---AA--TT--A--ATAAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------ttaagagttttaatatccattcgttataggcagaaatatgttttaaggttttat
gi|2 : a-----A--A---------C----AAGTAT-AAT-----TATTTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTTACT-------TATTTGTAG-AACTTGCAATAATAATTGTT-TAATT------ATTGCCAAATATTAT--------------GAAGTAGT-----TCATTCCGTTTGTAACCTATTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACT---G---T-AGTACA--G---ATTCTGATATTAACCAGTATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAGTAGGACAAACTTTGTAACCTTTGAATATA--TAATTCC--CTGTTGGGTTTTGGTGTGATAAAGTTTAATTCA---TTTGTT-------GACTTCTATGAATGTTATaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaacaagtataattatttacagttaataatatatgtgtgtacattggaggtggttacttatttgtagaacttgcaataataattgtttaattattgccaaatattatgaagtagttcattccgtttgtaacctattaacacaatttgttgtaaagtttttgactgtagtacagattctgatattaaccagtatactattccatattaaagttccagagtaggacaaactttgtaacctttgaatatataattccctgttgggttttggtgtgataaagtttaattcatttgttgacttctatgaatgttatgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|20 : aaggttttttaagcaatcatttgaaagtctctttgaataaaaaaaaatatatatatatacattgtatattaaaaattaataaagaaagtgaatatcactacatctgttacaacaacaaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagAGAAA--AATGAT-AGTACATG-A----T-A-AA--T-T---------------TAT-CA-T---TG-TTTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AAGCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----A-------T--AT------------AATTGTGTGNNNNNNNNNNNNNN----N---NNNN---NNNNN-NN-----G---AA--TT--A--GTCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACCACATCTGTN-------------------N------NNN------N---------N-------------------N----------------N--------------------NGA----------------------C----------A-----G--G---------C----AGACAC-TGT-----TTTATATAG------ATTAT--ATA-------GTGgtgttatatacgaaggtgtatgtttttttatactctgtacataaattttacttttttgataaatattctttgatcaatggaaagtacatttattaacttcatagtgtctgcaaatgttgaatatctaagctacccaagatgata
gi|21 : taagcattgcaATAT-AT-----A--------T--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-------------------------------------------------------------GTAT-AAT-----AATGTACAGTTA---ATGAT--A-A------TGTAT--G--TGCGTTGGAGGTGGTGGTT-------TATTTGTAT-TACTTGTAATAATAATTATT-TAATT------ATAACTAAATATTATATTCG------------GTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACACTTTTTTG-TGAAGCTTTTGACT---G---T-A---aaacaagcagaaactgttatatatagatgtatagtggaatctg
gi|22 : tttaattaaaaaaAGCGA--ATTGAT-TGTACATG-AAATATGA-AAAAT-A-------CATA--TATAT-CA-----TT-TTTTA-GGTT-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----A-------A--AA------------A-------------------TAT----A---TATA---TATAT-AC-----AG--AA--TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACTTCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T----------A-----A--G---------C----AAAAAT-AAgta
gi|24 : ttacaaatacaataacaaaacaaataaaaacattttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTACATG-AAAAATGGTAA--C-TA------CATA--CATAT--A-TTTATT-TTTTA-GA-T-T-TT-CA--A-A-GC-AATCCTTACAAAGCTTCTGTGA-TT-------AA----A----------AA------------A-------------------TGT----A---TGTA---TACACAAA-----A---AA--AT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATAcaaaaaaac
gi|25 : gatacatttccaatttatttacaaaatacaaaagctaaacaaaatataaagattttaagcatggcaAGCAA--ATTGAT-TGTACATT-ACAGGTGATAA--C-TACATGTACATG--TATAT-AC-T---TT-TTTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT--------A----A-------T--AA------------A-------------------AAT----A---TATA---T--------------------TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCAATGCATCTTTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------CAA------------------A-A----------------------T----------A-----A--A---------C----AA
gi|26 : ttaagcattgcaAGCAA--ATGGAT-TTTACATG-AAAATTGATAA--C-T--------ATA--T-TA---A-T---TT-TG--A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGA----------AA----A-------C--A----------------------------------------------------------------A---AAGTTT--A--A--------A-----TAGTGA-----ATGTTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------CA--------A-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CA---------A-----A--A---------C----AAcagaaacaaca
gi|27 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaAGCAA--ATGGAT-TTTACATG-AAAATTGATAA--C-T--------ATA--T-TA---A-T---TT-TG--A-GA-T-T-TT-T---A-AAGG-AATTCTTTGAAAGTCTCATTGA----------AA----A-------C--A----------------------------------------------------------------A---AAGTTT--A--A--------A-----TAGTGA-----ATGTTACTACATCTGTT-------------------A------CAA------CA--------A-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------CA---------A-----A--A---------C----AAcaatacaa
gi|28 : acaataacagaacaaaatgttctaaggattacaCAA--ATTGAT-TGTGCATG-AAAAATGAGAA--C-TA------CACG--TATcaatacaa
gi|29 : tgattgaatgaaagtctttatttgagagagtagcctaattcgactagtttgaaactaatcttcattcgagccctctaagatacatttatatattatttacaaaatacaatagcaatacaaaattaaagcattgtaatAGCAA--ATTGAT-TGTATATG-AAATATAATAA--C-TA------CATA--TACAT-AA-T---TT-TTTTA-GG-T-T-TT-TC--A-A-GC-AATTCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----AATAA---T--AT------------A-------------------CAT----A----ATA---TATAC-A------A---AA--TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------
gi|3 : catggcaTA--TATAT-CAAT---TT-TTCTA-TT-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----AAAAAATAT--AT------------A-------------------TAC----A---CATG---TATAT-AT-----ACAAAA--TT--A--TTCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-AAATAAGCAACAACAAAAACATAC----------A-----A--A---------C----AAGCAT-AAT-----T-------GTTG---ATAAT--ATATATG--TGTGT--G--TACATTGGAAGCGGTGGCT-------TATTTGCAG-CACTTCCAATAATAATTG-----ATTG-----ATTACTAAATATTATCTTTGGGACA-TATGAAGTAGT-----TCATTCTGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-AAAAACTTTTAA---------------------------------------GTATACTATTCCAGCTTAAAGTTCCAGAGAAGGACAAACT-----ACCTTTGAATA-A--TTC---C--CTGTTGAGTTTTGGAGTGATAAAGTTT-ATTTA---TTTGTTGAACGTAGATTTCTATGAACATTATCATG------GGTATT-AAACATATCTGTTATA
gi|33 : catGGATTTTGGAGTGATAAAGTTTAATTCA---ATTGTTGAATGTAGATTTCTAAGACCGTTATAATG------GGTATTAAAATGTATCTGTTATAtatcaagggatattagtttttgaaaccccgtaaataaatttttggt
gi|34 : AGTAA--ATTGAT-TGTACATG-GAATATGATAA--C-TA------CATA--TATAT---------T-TTTTA-GT-TGT-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AACAAAA-------A--AA------------A-------------------AAT----A---TATA---TATAT-AT-----A---tacgaaggtgcattgtcttttgaaagtttttaaagactatctttcgggacac
gi|35 : aataaaaacattttaagcattgca-------CATA--TATAT-CA-T---TT-TTTTA-GG-T-T-TT-TT--A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TTTAAAAAAAA----A-------T--AT------------A-------------------TAT----A---TACA---AATAT-ATGTACAA---AA--TT--A--ACCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------t
gi|36 : -TGTACATG-AA-TGTGATAA--C-T--------------ATAT-TA-A---TT-TTGAG-AG-T-T-TT-T---A-A-CC-AAATCTTTGAAAGTCTC----A-CA-------AA----A-------C--AA------------A-------------------CAT----G---TA------------------A---AA--C----------------------AGTGA---------CCCTATATCTGTT-------------------A------CAA------CA--------A-------------------A----------------T--------------------A-A----------------------C----------A-----A--G---------T----AAACATCAAT-----
gi|38 : ATATAA-AA--AAT-------CATAACTATAT-TA-A---TT-TTG-A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AGTCCTTTGAAAATCTTGTTAA-T---------A----G-------C--A----------------------------------------------------------------A---AA------A--AT-AA---GA-----TAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTT-------------------G------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C----------A-----A--A---------T----AAacaa
gi|39 : gt-A----------------------C----------A-----A--G---------C----ACATAT-ACT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--A-A------TGGGT--G--TTCATTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAACACAAT--TTGTTGTAAa
gi|39 : CA-TTTGAGGTGGTGACTTTCATTCTGTTTGTAATCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGCTTTTGATT---G---T-agcttttgattgtgttaatac
gi|4 : acaagcacatatacttatgtacagttaataataatgggtgttAGCAA--ATTGAT-TGTACAT----ATAT------------------ATA--TATAT-CA-T---CT-TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AGTCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----A-------TTTAT------------A-------------------TAT----A---TATA---TATAT-AT-----A---AA--TTTTA--ATCAAAGAGACTTTCAAATGATATATATATCACTACATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------C----------A-----A--A---------C----AAATAT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGTTGGCT-------TATTTGTAG-GACTTGCAATAAAAAATGTT-TGATT------ATTACTAAATATTACCTTCGGAACA-TATGAAGTAAT-----TCATTCTGTTTTTAACCATTTAAC-AC-ATTTTTTA-TAAATCTTTTGACT---G---T-A---TA--G---TTCCTGATATTAAGCAGTATACTATTCCAGATTAAAGTTCCAGAGTAAGACAAACT-----GCCTTTGAATC-A--TA----C--CTGTTGGA-TTTGGTGTGATAAAGTTCAATTCA---TGTGTTGAACGTAGATTTCTACGGACGTTATCATA------GGTATT-AGACATA--TGTTATAgttaatac
gi|40 : -------CATA--TATAT-CA-T---TT-TTTTC-AT-T-T-TT-TTTAA-A-GC-AATCCTTTGAAAGT
gi|41 : tgataattgATG--TATAT-CT-A---TT-TTTTA-GA-TAT-TT-C---A-A-GC-CATCTTTTAAA---------------------AA----A-------T--GT------------A-------------------TAT----A---AATA---TATAT------------AA--TT--A--ATCGA---GA-----AAGTGA-----GTATTACTGTATCTTTT-------------------A------TAA------C---------A-------------------A----------------CAG------------------A-A----------------------T----------A-----A--A---------C----AAgtacatgaccatattgatacatactagtgtacactcgacaataatgagatgaataaatat
gi|42 : ATAT-CA-A---TT-TTTTA-AA-T-T-TTCT---A-A-GC-AATTCTTTGAAAATCACTTTGA-TT-------AA----A----------AT------------A-------------------TCT----A---TGTA---TA
gi|43 : gaaatacatttatgaatgaatgaatgaAGCAA--TTTGAT-TGTACAGG-AAATATGATAA--T-TA------CATA--AATAT-C------CT-TTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCat
gi|44 : gca-T-------CATG--TATAT-TA-A---TT-TTG-A-GA-T-T-TT-T---AGA-GC-AATCCACTGAAAGTCTCTTTAA-
gi|45 : atgatagct-CA-T---TT-TTTT----------T-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTAATTT-------AA----A-------T--AT------------T-------------------TAT----A---TATA---gca
gi|5 : AGCGA--ATTGAT-TGTACATG-CAATATAATAA--C-TG------CATT--TATAT-AA-T---TTATTTTA-GG-T-T-TT-T---A-A-GC-TATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT--------A----A-------T--AA------------A-------------------AAT----A---TATA---TATAC-A------A---AA--TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCGCTACATCTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNN------N---------N-------------------N----------------N--------------------N-N----------------------N----------N-----N--N---------N----NNNNNN-NNN-----NNNGTATAATTATTTACAGTTAATAATA---TATGT--GTCTACATTGGAGGTTGTGACA-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAATG------ATTACCAAATATTATCTTCAGGACA-TATGAAGTAGC-----TCATTCTGTT
gi|6 : tgattttataagttggaatggaatcttcgttggggccctctaatgatatttttacatgttgtttacaaaatacaatagcaaaacaaataaaaaacatgttaagcattgcaAGCAA--ATTGAT-TGTATGTG-AAATATGATAA--C-TACA----TATA--TATAT-CA-T---TT-TTTTA-GA-T-T-TTTT---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTTTTTGA-TT-------AA----AACAAT--T--AT------------A-------------------TATAATAA---TATA---TATAC-A------A---AA--TA--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----ATATCACTTCATCTGTA-------------------A------CAA------C---------A-------------------AAATAAG----------C--------------------A-A----------------------C----------AACAGCA--A---------CAACAAAATAT-AAT-----TATTTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGTAT--G--TACATTGGAGGTGGT
gi|7 : caagttgtcagccaataacaagatcatgatttaatgaatttgtggaatggactgaatggaatggaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcattgcaAGCAA--AATGAT-TGTACATG-AAA----A-AA--CAC-------CATA--TATAT-TA-A---TT-TTT---GT-T-T-TT-T---A-A-GC-AATCCTTTGAAAGTCTCTTTGA-TT-------AA----AAAAC---G--AT------------A-------------------TAT----A---TATA---TGTAC-A------A---AA--TT--A--ATCAA---GA-----AAGTTA-----ATATCACTACATTTGTCTAA----------------A------CAA------CAAAATAAGTA-------------------A----------------C--------------------A-A----------------------CAAAAAAACAAA-----A--A---------C----AAGTAT-AAT-----TATATGCAGTTA---ATAAT--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTGGTGATT-------TATTTGTAG-CACTGGTGATAATAATTGTT-AAATT------ATTGCCAAATATTATCTTCGGGATA-GATG
gi|8 : tttttatctaaagagggtagtccaaatagtttgaaactaatctgccatggagcagatatatatacataatatttagaaaataaaataatataaaaaataaaaacaatctaagcattgcaA--TT--A--ATCAA---GA-----AAGTGA-----TTTTCATTACATCTGTT-------------------AAAACAACAAAATAAGC---------A-------------------A----------------C--------------------A-ACAACAACAT-------------C----------A-----A--A---------C----AAGTAT-AAT-----TATTTACAGTTA---TTAAA--ATA------TGTGT--G--TACATTGGAGGTCGTGGCT-------TATTTGTAG-CACTTGCGATAATAATTGTT-TAAAT------ATTACCAAATATTGTCTTCGGGACA-TATGAAGTAGT-----TAATTCAGTTTGTAACCATTTAAC-ACAATTTGTTG-TAAAGTTTTTGACTGTGG---T-A---CA--G---TTTCTGA----------TATACTATTCCATATTAAAGTTCCAGAATAGGACAAACT-----ACCTTGGAATA-A--T-----T--CTGT
gi|9 : taatttaaatatttatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAA--ATTTGC-TGTACATG-AAAAATGATAA--C-TT------CATG--TATATTCA-T---TT-TG--A-GA-T-T-TT-T---A-AAGC-AATCCTTTGACAGTCTCTTTGA-TA-------AA----A--------------------------------------------------------ACA---TCAAT-AT-----A---A----------------------------TGA-----ATATCACTGCATCTGTT-------------------A------CAA------C---------A-------------------AAAATAAAAAACAATAAT--------------------A-A----------------------C----------A-----AT-A---------C----AAGTTT-AAT-----TATGTACAGTTA---ATAAT--ATA------TGGAT--G--TACATTGGAACCGGTGGCT-------TATTTGTAG-TACTTGCGATAATAATTGTT-GAATT------ATTACTAAATATTATGTTTGGGGCA-TTTGGAAAAG-------------------------TTAAC-ACATTTTGTTG-TCATAC-----AGTA--G---T-A---CA--G---TTTCTGATATCTACCGGTATACTTTTCCAAAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATGGAATGGATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTTTT
Unaligned ( gi|30 ): TTTCGGCCTAACAAAACCAAAATGCAAATAGGAAATAGAATGGAATGGAAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CATGAGTTCATTAAGTATTGAATGGAATGGAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|32 ): TGAAATGGAATGGAATGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT
Unaligned ( gi|37 ): AAGGTGCAGTGCTTTTTGAAACTCTATACCTAAATTTTGCTTTTTTGAGAAATATTCTTTGATCAATGGAAAGTACATTTATTAACTTCATATCGTCTGCAAATGTTGAATATTTATCACATAAGATAAT
Unaligned ( gi|46 ): CAGTAGGTAATCGCCCAATAAATAGTAGCATTTAATG