lowQualScore                  :                                                                                                                                          1                              1111               1                             1111111          
lowQualScore                  :                        2       6   22    666666      55555                      8            22     3 1    3 1        99      1     2    3    1                      2  4444               1    4      333               2222222          
lowQualScore                  :                        .       .   ..    ......      .....                      .            ..     . .    . .        ..      .     .    .    .                      .  ....               .    .      ...               .......          
lowQualScore                  :                        1       1   88    999999      00000                      0            44     2 7    2 2        22      0     1    4    9                      5  2222               0    4      333               1111111          
consensus                     :    AAATTCACACTCAACTTCAG-TGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------NATGACTGGTA
Reference ( gi|2 )            :    AAATTCACACTCAACTTCAA-TGATGAATACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTATGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAATGCTAACGCGCACGCGCGCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTTTTTCATGGGCTTAATTATATAGATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------GATGACTGGTA
gi|1                          :    AAATTCATACTCAACTTCAA-TGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACAAGGAGCGCGCG--AAATATT-CATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCCCACGCGCTCGTGTTTTGTGTCTGCCAATCAATGTGGGTGTGTTTCATGGGCTAAATTGTATAGATAAAA---AATATGCAACAAAAC------GATGACTGGTA
gi|3                          :  ttAAATTCACACTCACCTTCAG-TGATGAACACG--CCCA-----TTAATTC-----CAGTTAATCTAACGAAAACTTACGAGGAGTACACG--AAATATT-TAATTTGAT-CAGACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGGATCTGTCAATCAATGTTAGTGTCTTCCATGGGCTTAATTCTATAAATGAAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTA
gi|4                          :   cAAATTCACACTCAACTTAAG-TGATGAACATG--CCCC-----CTTAATC-----CATTTTATCCAATGAAA-CTTATGAGGAGCACGCG--AAATATT-TATTTTAAATCAAAGAGTGCTAATGTGCATGCGCTCATG-TTTGTATCTGTTAATCATTGTTTATGTCTTTCATGGGCTTAATACTATAAAT-AAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTG
gi|10                         :   cAAATTCACACTCATCTTCAA-TGATAAACACG--CCCC-----CTAAATT-----CATTTAATCCAATGAAAACCCACGAGGAGCACGCG--AAGTATT-TATTGTGAAACAAAC--TGTCAAT---CA-------ATG-TTTGTGTCTATCAA--------------------GGGCTTAATTCTATAAATACAA---ATTATGCAATAAGAC------GATGACTGGta
gi|9                          :   cAAATTCACATTCATCTTCAA-TGATAAACACG--CCCC-----CTTAATT-----CATTTAATCCAATGAAAACTCACGAGGAGCACGCG--AAGTATT-TATTTTGAAATAAAC--TGTCAAT---CA-------ATG-TTTGTGTCTATCAA--------------------GGGCTTAATTCTATCAATACAA---ATTATGCAATAAGAC------GATGACTGGT
gi|16                         :    AAATTCACACTCAACTTCAA-TGATGACAACG--CCCC-------AAATC-----CATTTAATCCAATGACAACTTACGAGGGGCGCGCA--AAATATT-CATTTTGAAACAAA-AGTGCTCACGCGCACGCGCTCGTG-AATATGTCAGTCAGTCAATG
gi|15                         :   cAAATTCACACTCAACTTCAA-TGATGACAACG--CCCC-------AAATC-----CATTTAATCCAATGACAACTTACGAGGGGCGCGCA--AAATATT-CATTTTGAAACAAA-AGTGCTCACGCGCACGCGCTCGTG-AATATGTCAGTCAGTCAATG
gi|7                          :   cAAATTCAAACTCAACTTCAG-CGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATAGTATATTTTAATACAAAC--TGCTAACGCACAAGCGCTCATG-TT--------TCA---------TGTGCT------------AATTCTATAATTAAGA---ATTTTGCAACGAGAC------ACTGACTGGTA
gi|18                         :   cAAATCCACGCTCAACTTAAG-TGACGAACACG--CCCC-----TAAAATC-----CATTTAACCCAATGAAAACTTATGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTTATACAACCAGTGCTCA-GTGTATGCGCTCATG-TTTAT
gi|14                         :   cAAATTCACACTCCACTTCAA-TGATTATCATG--TCCC-----CTAAATC-----CATATAACCCAATAAAAAATTACAAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAAca
gi|11                         :    AAATTAACATTCGATTTAAG-TGAT--------------------AAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGAACCGTG-----ACTAGT--ATC---AAACAAACAGTGGTTACGCGCATGCA-------TTTGTGTCTGTCAATAAATGTCAGTA--------GGG-TTAATTCTATCAATAAAT---ATTGTGCAATAAAAC------AATGACTGGTAttctataaataaatattatgcaaccataccatgactggta
gi|22                         :    AAATTCACATTAATTTTCAG-TGATGAACACA--CACC-----CTAAATC-----CATATAATCCAATGAAAACTTACAAGCAGCACTTG--AAATG----ATTTTTA------------TAATGTGCACGCACTCATG-TTTGTGTC
gi|24                         :  ttAAATTCACATTCAATTTCAG-TGACGAATACG--CCCCCGCCACTAAATC-----TATTTAATTCAATGAAAACTT---------GCGCA--AAA-AAA-TATTATCGAACAAACAGTGCT
gi|29                         :    AAATTCACACTCAATTCCAA-TGATGAACACG--CCCC-----TTAAATC-----TATTTAA
gi|25                         : ctcAAATTCAC-CTTTGTTTTAAGTGATGAACACA--CTCT------TAAAGCTATTGCATTTGATA-AATGAAAACTTAGGAGGAGTGCATG--AGAgtcatta
gi|8                          :    cAATTCACACTAAATTTCAA-TGATGAACACG--CCCC-----CTAAATA-----TATTTTATCCAAAAAAAA-------------------AAAT----TATTTGGAAACAAACAGTGCTA-------CGCGATCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTG-TCTTCATGGGCTTAA-TATATAAATAAAC---AGTATGCAGTAAGAC------CATGACTGGTg
gi|5                          :      ATTCACATTCAATTTAAG-TAATAAACACA--CCCC-----CAAAATC-----AGTTTAATCCAATGAAAACTTA-GAGTAGCGCGAG--AAATAAT-TATTATGAAATAAACAGTGCAAA--------CGCTTGTG-TTTGTGTCTGTTAATCCATGTTTGT-TTCCTTATGGGCTTAATTCTATGAATAAAA---ATTATGAAATAAGAC------AATGACTGGTA
gi|6                          :              TCAACTTAAG-TGATGAATACGACCCCC-----CAAAATC-----CATTTAAT-------------ATGAGGAACGCGCA--AAACATT-TATTTGGAAACGAACAGTGCTAACGCACACGTGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTCGTGTCTTTCACGGGCTTAATTCTATAAATAAAAATTATTATGCAACTAGAC------CATGACTGGTA
gi|23                         :                      AG-TGATGAACACG--TCCT-----TTAAA-C-----CATTTAAATTAATGAAAACTTACAAGGGGCACGAGCTAAATACT-TATTATCAAACAAACAGAGCTAAGGCGCATGTGCAAGGG-TTTTTGT
gi|20                         :                               ACACG--CCCA-----CTAAATC-----CGTTTAATCCAATAAAAA-------------TGCG--AAATGAT-AATTATGAAACAAACAGTGCTTACGCGCACGCACGCATG-TTAATGTCTATCAATCAATGTTAGTTTCTTTCGTGGG
gi|13                         :                                                             TTTAATCCAATGAAAACTTATGAAGAGACCGCG--AAATATT-TATTTTGAAATAAACGGTGCTAATGTGCTAGTGCTCATA-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGGCTTTCATGGGATAAATTCTATAAATACAA---ATTATGTAACAAGAC------CATGACTGGTA
gi|21                         :                                                                    CAATGAAATCTTA------GCGCATG--AAATACT-TATTACCAAATAAACAGTTCTAACGCGCACGCATTCGTG-TTTGTGTATGTCAATCG-------------CCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---A-TATGCAAC
gi|12                         :                                                                     AATAAAAACCTACGAGGAACGCGCA--AAATAAG-TATTATCAAACGAACAGTGCTAACGTTCACGTGATCGGG-TTTGTTGCTGTCAATCAA---TTATCTCTTTTAT----T---CTATATAGAAAAGG---AT-------CGAGACTAACTAAATGACTGGTA
gi|17                         :                                                                aacatgcgccgttaaataaaataGCGCGCG--AAATATT-TATTATTAAACAAAC--TGCTAACACACATGTACTCGTG-TTTGTGCTCATCAATTAATTTTCGTTTATTTCATGGGCTTAACTATATAAAT-AGA---ATTATTTAATAAGAG------AATGACTGGTA
gi|19                         :                                                                                                  ATAAT-TATTATCAAACAAACAGTATTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATC-ATATTCGTTTCTTTTATGGGCTTAATTCTATGAATAAAA---ACTATGAAACAAGAC------AAAGACTGGTA
gi|26                         :                                                                                                                                                              TCAATGTTTGTGTCTATCAAGGGCTTAATTCTATCAATAAAA---ATTATGCAATAAGAA------GATGACTGGTA
gi|28                         :                                                                                                                                                               CAATGTTTGTGACTTTCATGGACTTAATTCTATGAATACAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTA
gi|27                         :                                                                                                                                                               CAATGTTTGTGACTTTCATGGACTTAATTCTATGAATACAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                       TAATTCTATAAATAAAT---ATTATGCAACCATAC------CATGACTGGTA
gi|30                         :                                                                               aaattcacactccacttcaatgattatcatgtcccctaaatccatataacccaataaaaaattacaaggagcgcgcgaaatatttattttgaaacaaacagtgcTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACTAAAC------AATGACTGGTA
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                  ATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------AATGACTGGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                        22    666666      44444                      2            22     2 1    2 0        0          0  1         1                      2  44                             333               6666666          
lowQualScore                  :                                                                                                                                        ..    ......      .....                      .            ..     . .    . .        .          .  .         .                      .  ..                             ...               .......          
lowQualScore                  :                                                                                                                                        66    111111      88888                      2            33     7 7    7 7        8          1  6         8                      0  11                             222               5555555          
consensus                     :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTCAGTGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------NATGACTGGTA
Reference ( family-396 )      :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTCAGTGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------NATGACTGGTA
gi|1                          :                                                                                                         AAATTCATACTCAACTTCAATGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACAAGGAGCGCGCG--AAATATT-CATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCCCACGCGCTCGTGTTTTGTGTCTGCCAATCAATGTGGGTGTGTTTCATGGGCTAAATTGTATAGATAAAA---AATATGCAACAAAAC------GATGACTGGTA
gi|10                         :                                                                                                       ttAAATTCACACTCATCTTCAATGATAAACACG--CCCC-----CTAAATT-----CATTTAATCCAATGAAAACCCACGAGGAGCACGCG--AAGTATT-TATTGTGAAACAAAC--TGTCAAT---CA-------ATG-TTTGTGTCTATCAA--------------------GGGCTTAATTCTATAAATACAA---ATTATGCAATAAGAC------GATGACTGG
gi|11                         :                                                                                                        cAAATTAACATTCGATTTAAGTGAT--------------------AAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGAACCGTG-----ACTAGT--ATC---AAACAAACAGTGGTTACGCGCATGC------A-TTTGTGTCTGTCAATAAATGTCAGTA--------GGG-TTAATTCTATCAATAAAT---ATTGTGCAATAAAAC------AATGACTGGTA
gi|12                         :                                                                                                                                                                         AATAAAAACCTACGAGGAACGCGCA--AAATAAG-TATTATCAAACGAACAGTGCTAACGTTCACGTGATCGGG-TTTGTTGCTGTCAATCAA---TTATCTCTTTT---------ATTCTATATAGAAAA--------GGATCGAGACTAACTAAATGACTGGTA
gi|13                         :                                                                                                                                          aacatgcgccgttaaataaaataTTTAATCCAATGAAAACTTATGAAGAGACCGCG--AAATATT-TATTTTGAAATAAACGGTGCTAATGTGCTAGTGCTCATA-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGGCTTTCATGGGATAAATTCTATAAATACAA---ATTATGTAACAAGAC------CATGACTGGTA
gi|14                         :                                                                                                         AAATTCACACTCCACTTCAATGATTATCATG--TCCC-----CTAAATC-----CATATAACCCAATAAAAAATTACAAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           TAATTCTATAAATAAAT---ATTATGCAACCATAC------CATGACTGGTAttctataaataaatattatgcaaccataccatgactggta
gi|15                         : aaattcacactccacttcaatgattatcatgtcccctaaatccatataacccaataaaaaattacaaggagcgcgcgaaatatttattttgaaacaaacagtgcAAATTCACACTCAACTTCAATGATGACAACG--CCCC-------AAATC-----CATTTAATCCAATGACAACTTACGAGGGGCGCGCA--AAATATT-CATTTTGAAACAAA-AGTGCTCACGCGCACGCGCTCGTG-AATATGTCAGTCAGTCAATG
gi|16                         :                                                                                                        cAAATTCACACTCAACTTCAATGATGACAACG--CCCC-------AAATC-----CATTTAATCCAATGACAACTTACGAGGGGCGCGCA--AAATATT-CATTTTGAAACAAA-AGTGCTCACGCGCACGCGCTCGTG-AATATGTCAGTCAGTCAATG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                          cGCGCGCG--AAATATT-TATTATTAAACAAAC--TGCTAACACACATGTACTCGTG-TTTGTGCTCATCAATTAATTTTCGTTTATTTCATGGGCTTAACTATATAAAT-AGA---ATTATTTAATAAGAG------AATGACTGGTA
gi|18                         :                                                                                                         AAATCCACGCTCAACTTAAGTGACGAACACG--CCCC-----TAAAATC-----CATTTAACCCAATGAAAACTTATGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTTATACAACCAGTGCTCA-GTGTATGCGCTCATG-TTTAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                     cATAAT-TATTATCAAACAAACAGTATTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATC-ATATTCGTTTCTTTTATGGGCTTAATTCTATGAATAAAA---ACTATGAAACAAGAC------AAAGACTGGTAca
gi|2                          :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTCAATGATGAATACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTATGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAATGCTAACGCGCACGCGCGCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTTTTTCATGGGCTTAATTATATAGATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------GATGACTGGTA
gi|20                         :                                                                                                                                   ACACG--CCCA-----CTAAATC-----CGTTTAATCCAATAAAAA-------------TGCG--AAATGAT-AATTATGAAACAAACAGTGCTTACGCGCACGCACGCATG-TTAATGTCTATCAATCAATGTTAGTTTCTTTCGTGGG
gi|21                         :                                                                                                                                                                        CAATGAAATCTTA------GCGCATG--AAATACT-TATTACCAAATAAACAGTTCTAACGCGCACGCATTCGTG-TTTGTGTATGTCAATCG-------------CCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---A-TATGCAAC
gi|22                         :                                                                                                         AAATTCACATTAATTTTCAGTGATGAACACA--CACC-----CTAAATC-----CATATAATCCAATGAAAACTTACAAGCAGCACTTG--AAATG----ATTTTTA------------TAATGTGCACGCACTCATG-TTTGTGTC
gi|23                         :                                                                                                                         ttAGTGATGAACACG--TCCT-----TTAAA-C-----CATTTAAATTAATGAAAACTTACAAGGGGCACGAGCTAAATACT-TATTATCAAACAAACAGAGCTAAGGCGCATGTGCAAGGG-TTTTTGT
gi|24                         :                                                                                                         AAATTCACATTCAATTTCAGTGACGAATACG--CCCCCGCCACTAAATC-----TATTTAATTCAATGAAAACTT---------GCGCA--AAA-AAA-TATTATCGAACAAACAGTGCT
gi|25                         :                                                                                                         AAATTCACCTTTGTTTTAAGTGATGAACACA--CTCT------TAAAGCTATTGCATTTGATA-AATGAAAACTTAGGAGGAGTGCATG--AGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 cTCAATGTTTGTGTCTATCAAGGGCTTAATTCTATCAATAAAA---ATTATGCAATAAGAA------GATGACTGGTAg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   CAATGTTTGTGACTTTCATGGACTTAATTCTATGAATACAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   CAATGTTTGTGACTTTCATGGACTTAATTCTATGAATACAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTA
gi|29                         :                                                                                                         AAATTCACACTCAATTCCAATGATGAACACG--CCCC-----TTAAATC-----TATTTAA
gi|3                          :                                                                                                      ctcAAATTCACACTCACCTTCAGTGATGAACACG--CCCA-----TTAATTC-----CAGTTAATCTAACGAAAACTTACGAGGAGTACACG--AAATATT-TAATTTGAT-CAGACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGGATCTGTCAATCAATGTTAGTGTCTTCCATGGGCTTAATTCTATAAATGAAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTAgtcatta
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACTAAAC------AATGACTGGTA
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------AATGACTGGTA
gi|4                          :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTAAGTGATGAACATG--CCCC-----CTTAATC-----CATTTTATCCAATGAAA-CTTATGAGGAGCACGCG--AAATATT-TATTTTAAATCAAAGAGTGCTAATGTGCATGCGCTCATG-TTTGTATCTGTTAATCATTGTTTATGTCTTTCATGGGCTTAATACTATAAAT-AAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTG
gi|5                          :                                                                                                          cATTCACATTCAATTTAAGTAATAAACACA--CCCC-----CAAAATC-----AGTTTAATCCAATGAAAACTTA-GAGTAGCGCGAG--AAATAAT-TATTATGAAATAAACAGTGCAAACGC--------TTGTG-TTTGTGTCTGTTAATCCATGTTTGTTTCCTT-ATGGGCTTAATTCTATGAATAAAA---ATTATGAAATAAGAC------AATGACTGGTAta
gi|6                          :                                                                                                                   TCAACTTAAGTGATGAATACGACCCCC-----CAAAATC-----CATTTAAT-------------ATGAGGAACGCGCA--AAACATT-TATTTGGAAACGAACAGTGCTAACGCACACGTGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTCGTGTCTTTCACGGGCTTAATTCTATAAATAAAAATTATTATGCAACTAGAC------CATGACTGGTA
gi|7                          :                                                                                                         AAATTCAAACTCAACTTCAGCGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATAGTATATTTTAATACAAAC--TGCTAACGCACAAGCGCTCATG-TT--------TCA---------TGTG-CT-----------AATTCTATAATTAAGA---ATTTTGCAACGAGAC------ACTGACTGGTA
gi|8                          :                                                                                                         cAATTCACACTAAATTTCAATGATGAACACG--CCCC-----CTAAATA-----TATTTTATCCAAAAAAAA-------------------AAAT----TATTTGGAAACAAACAGTGCTA-------CGCGATCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTC-TTCATGGGCTTAA-TATATAAATAAAC---AGTATGCAGTAAGAC------CATGACTGGT
gi|9                          :                                                                                                         AAATTCACATTCATCTTCAATGATAAACACG--CCCC-----CTTAATT-----CATTTAATCCAATGAAAACTCACGAGGAGCACGCG--AAGTATT-TATTTTGAAATAAAC--TGTCAAT---CA-------ATG-TTTGTGTCTATCAA--------------------GGGCTTAATTCTATCAATACAA---ATTATGCAATAAGAC------GATGACTGGT





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Reference ( family-396 )      :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTCAGTGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------NATGACTGGTA
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gi|23                         :                                                                                                                         ttAGTGATGAACACG--TCCT-----TTAAA-C-----CATTTAAATTAATGAAAACTTACAAGGGGCACGAGCTAAATACT-TATTATCAAACAAACAGAGCTAAGGCGCATGTGCAAGGG-TTTTTGT
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   CAATGTTTGTGACTTTCATGGACTTAATTCTATGAATACAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTA
gi|29                         :                                                                                                         AAATTCACACTCAATTCCAATGATGAACACG--CCCC-----TTAAATC-----TATTTAA
gi|3                          :                                                                                                      ctcAAATTCACACTCACCTTCAGTGATGAACACG--CCCA-----TTAATTC-----CAGTTAATCTAACGAAAACTTACGAGGAGTACACG--AAATATT-TAATTTGAT-CAGACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGGATCTGTCAATCAATGTTAGTGTCTTCCATGGGCTTAATTCTATAAATGAAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTAgtcatta
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACTAAAC------AATGACTGGTA
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------AATGACTGGTA
gi|4                          :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTAAGTGATGAACATG--CCCC-----CTTAATC-----CATTTTATCCAATGAAA-CTTATGAGGAGCACGCG--AAATATT-TATTTTAAATCAAAGAGTGCTAATGTGCATGCGCTCATG-TTTGTATCTGTTAATCATTGTTTATGTCTTTCATGGGCTTAATACTATAAAT-AAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTG
gi|5                          :                                                                                                          cATTCACATTCAATTTAAGTAATAAACACA--CCCC-----CAAAATC-----AGTTTAATCCAATGAAAACTTA-GAGTAGCGCGAG--AAATAAT-TATTATGAAATAAACAGTGCAAACGC--------TTGTG-TTTGTGTCTGTTAATCCATGTTTGTTTCCTT-ATGGGCTTAATTCTATGAATAAAA---ATTATGAAATAAGAC------AATGACTGGTAta
gi|6                          :                                                                                                                   TCAACTTAAGTGATGAATACGACCCCC-----CAAAATC-----CATTTAAT-------------ATGAGGAACGCGCA--AAACATT-TATTTGGAAACGAACAGTGCTAACGCACACGTGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTCGTGTCTTTCACGGGCTTAATTCTATAAATAAAAATTATTATGCAACTAGAC------CATGACTGGTA
gi|7                          :                                                                                                         AAATTCAAACTCAACTTCAGCGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATAGTATATTTTAATACAAAC--TGCTAACGCACAAGCGCTCATG-TT--------TCA---------TGTG-CT-----------AATTCTATAATTAAGA---ATTTTGCAACGAGAC------ACTGACTGGTA
gi|8                          :                                                                                                         cAATTCACACTAAATTTCAATGATGAACACG--CCCC-----CTAAATA-----TATTTTATCCAAAAAAAA-------------------AAAT----TATTTGGAAACAAACAGTGCTA-------CGCGATCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTC-TTCATGGGCTTAA-TATATAAATAAAC---AGTATGCAGTAAGAC------CATGACTGGT
gi|9                          :                                                                                                         AAATTCACATTCATCTTCAATGATAAACACG--CCCC-----CTTAATT-----CATTTAATCCAATGAAAACTCACGAGGAGCACGCG--AAGTATT-TATTTTGAAATAAAC--TGTCAAT---CA-------ATG-TTTGTGTCTATCAA--------------------GGGCTTAATTCTATCAATACAA---ATTATGCAATAAGAC------GATGACTGGT


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blockSeqs                     :                                                                                                                                        .     T           .                          C            .      A .    T                        C         .                      T  GT                             .                 C      
blockSeqs                     :                                                                                                                                        .     C           .                          C            .      T .    A                        C         .                      A  GT                             .                 C      
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blockSeqs                     :                                                                                                                                        .     C           .                          C            .      C .    T                        T         .                      T  GT                             .                 A      
blockSeqs                     :                                                                                                                                        .     C           .                          T            .      C .    A                        C         .                      C  GT                             .                 A      
blockSeqs                     :                                                                                                                                        .     C           .                          T            .      A .    A                        T         .                      T  A                              .                 C      
blockSeqs                     :                                                                                                                                        .     C           .                          C            .      T .    T                        C         .                      T  G                              .                 A      
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consensus                     :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTCAGTGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------NATGACTGGTA
Reference ( family-396 )      :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTCAGTGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------NATGACTGGTA
gi|1                          :                                                                                                         AAATTCATACTCAACTTCAATGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACAAGGAGCGCGCG--AAATATT-CATTTTGAAACAAACAGTGCTAACGCCCACGCGCTCGTGTTTTGTGTCTGCCAATCAATGTGGGTGTGTTTCATGGGCTAAATTGTATAGATAAAA---AATATGCAACAAAAC------GATGACTGGTA
gi|10                         :                                                                                                       ttAAATTCACACTCATCTTCAATGATAAACACG--CCCC-----CTAAATT-----CATTTAATCCAATGAAAACCCACGAGGAGCACGCG--AAGTATT-TATTGTGAAACAAAC--TGTCAAT---CA-------ATG-TTTGTGTCTATCAA--------------------GGGCTTAATTCTATAAATACAA---ATTATGCAATAAGAC------GATGACTGG
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gi|14                         :                                                                                                         AAATTCACACTCCACTTCAATGATTATCATG--TCCC-----CTAAATC-----CATATAACCCAATAAAAAATTACAAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAGTGCTAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           TAATTCTATAAATAAAT---ATTATGCAACCATAC------CATGACTGGTAttctataaataaatattatgcaaccataccatgactggta
gi|15                         : aaattcacactccacttcaatgattatcatgtcccctaaatccatataacccaataaaaaattacaaggagcgcgcgaaatatttattttgaaacaaacagtgcAAATTCACACTCAACTTCAATGATGACAACG--CCCC-------AAATC-----CATTTAATCCAATGACAACTTACGAGGGGCGCGCA--AAATATT-CATTTTGAAACAAA-AGTGCTCACGCGCACGCGCTCGTG-AATATGTCAGTCAGTCAATG
gi|16                         :                                                                                                        cAAATTCACACTCAACTTCAATGATGACAACG--CCCC-------AAATC-----CATTTAATCCAATGACAACTTACGAGGGGCGCGCA--AAATATT-CATTTTGAAACAAA-AGTGCTCACGCGCACGCGCTCGTG-AATATGTCAGTCAGTCAATG
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gi|2                          :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTCAATGATGAATACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTATGAGGAGCGCGCG--AAATATT-TATTTTGAAACAAACAATGCTAACGCGCACGCGCGCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTTTTTCATGGGCTTAATTATATAGATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------GATGACTGGTA
gi|20                         :                                                                                                                                   ACACG--CCCA-----CTAAATC-----CGTTTAATCCAATAAAAA-------------TGCG--AAATGAT-AATTATGAAACAAACAGTGCTTACGCGCACGCACGCATG-TTAATGTCTATCAATCAATGTTAGTTTCTTTCGTGGG
gi|21                         :                                                                                                                                                                        CAATGAAATCTTA------GCGCATG--AAATACT-TATTACCAAATAAACAGTTCTAACGCGCACGCATTCGTG-TTTGTGTATGTCAATCG-------------CCATGGGCTTAATTCTATAAATAAAA---A-TATGCAAC
gi|22                         :                                                                                                         AAATTCACATTAATTTTCAGTGATGAACACA--CACC-----CTAAATC-----CATATAATCCAATGAAAACTTACAAGCAGCACTTG--AAATG----ATTTTTA------------TAATGTGCACGCACTCATG-TTTGTGTC
gi|23                         :                                                                                                                         ttAGTGATGAACACG--TCCT-----TTAAA-C-----CATTTAAATTAATGAAAACTTACAAGGGGCACGAGCTAAATACT-TATTATCAAACAAACAGAGCTAAGGCGCATGTGCAAGGG-TTTTTGT
gi|24                         :                                                                                                         AAATTCACATTCAATTTCAGTGACGAATACG--CCCCCGCCACTAAATC-----TATTTAATTCAATGAAAACTT---------GCGCA--AAA-AAA-TATTATCGAACAAACAGTGCT
gi|25                         :                                                                                                         AAATTCACCTTTGTTTTAAGTGATGAACACA--CTCT------TAAAGCTATTGCATTTGATA-AATGAAAACTTAGGAGGAGTGCATG--AGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 cTCAATGTTTGTGTCTATCAAGGGCTTAATTCTATCAATAAAA---ATTATGCAATAAGAA------GATGACTGGTAg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   CAATGTTTGTGACTTTCATGGACTTAATTCTATGAATACAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   CAATGTTTGTGACTTTCATGGACTTAATTCTATGAATACAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTA
gi|29                         :                                                                                                         AAATTCACACTCAATTCCAATGATGAACACG--CCCC-----TTAAATC-----TATTTAA
gi|3                          :                                                                                                      ctcAAATTCACACTCACCTTCAGTGATGAACACG--CCCA-----TTAATTC-----CAGTTAATCTAACGAAAACTTACGAGGAGTACACG--AAATATT-TAATTTGAT-CAGACAGTGCTAACGCGCACGCGCTCGTG-TTTGGATCTGTCAATCAATGTTAGTGTCTTCCATGGGCTTAATTCTATAAATGAAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTGGTAgtcatta
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTAATTCTATAAATAAAA---ATTATGCAACTAAAC------AATGACTGGTA
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATAAAA---ATTATGCAACAAGAC------AATGACTGGTA
gi|4                          :                                                                                                         AAATTCACACTCAACTTAAGTGATGAACATG--CCCC-----CTTAATC-----CATTTTATCCAATGAAA-CTTATGAGGAGCACGCG--AAATATT-TATTTTAAATCAAAGAGTGCTAATGTGCATGCGCTCATG-TTTGTATCTGTTAATCATTGTTTATGTCTTTCATGGGCTTAATACTATAAAT-AAA---ATTATGCAACAATAC------CATGACTG
gi|5                          :                                                                                                          cATTCACATTCAATTTAAGTAATAAACACA--CCCC-----CAAAATC-----AGTTTAATCCAATGAAAACTTA-GAGTAGCGCGAG--AAATAAT-TATTATGAAATAAACAGTGCAAACGC--------TTGTG-TTTGTGTCTGTTAATCCATGTTTGTTTCCTT-ATGGGCTTAATTCTATGAATAAAA---ATTATGAAATAAGAC------AATGACTGGTAta
gi|6                          :                                                                                                                   TCAACTTAAGTGATGAATACGACCCCC-----CAAAATC-----CATTTAAT-------------ATGAGGAACGCGCA--AAACATT-TATTTGGAAACGAACAGTGCTAACGCACACGTGCTCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTCGTGTCTTTCACGGGCTTAATTCTATAAATAAAAATTATTATGCAACTAGAC------CATGACTGGTA
gi|7                          :                                                                                                         AAATTCAAACTCAACTTCAGCGATGAACACG--CCCC-----CTAAATC-----CATTTAATCCAATGAAAACTTACGAGGAGCGCGCG--AAATAGTATATTTTAATACAAAC--TGCTAACGCACAAGCGCTCATG-TT--------TCA---------TGTG-CT-----------AATTCTATAATTAAGA---ATTTTGCAACGAGAC------ACTGACTGGTA
gi|8                          :                                                                                                         cAATTCACACTAAATTTCAATGATGAACACG--CCCC-----CTAAATA-----TATTTTATCCAAAAAAAA-------------------AAAT----TATTTGGAAACAAACAGTGCTA-------CGCGATCGTG-TTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTC-TTCATGGGCTTAA-TATATAAATAAAC---AGTATGCAGTAAGAC------CATGACTGGT
gi|9                          :                                                                                                         AAATTCACATTCATCTTCAATGATAAACACG--CCCC-----CTTAATT-----CATTTAATCCAATGAAAACTCACGAGGAGCACGCG--AAGTATT-TATTTTGAAATAAAC--TGTCAAT---CA-------ATG-TTTGTGTCTATCAA--------------------GGGCTTAATTCTATCAATACAA---ATTATGCAATAAGAC------GATGACTGGT