lowQualScore : 666666666666666 1111111 1111111111111 444444444444 11 1 111 1111111 11111 1111 1111 777777777777777777 11 22
lowQualScore : 66 3 1 0 9 666 55 2 5 222222222222222 3 8 44 9999999 7 555 2 8888888888888 3 6 9999999 2 000000000000 7 88 11 4 55 0 33 4 555 000 6666 3 0000000 1 88888 3 77777 555 9999 666666 33 5555 444 9999 99 444444444444444444 22 1 3 11
lowQualScore : .. . . . . ... .. . . ............... . . .. ....... . ... . ............. . . ....... . ............ . .. .. . .. . .. . ... ... .... . ....... . ..... . ..... ... .... ...... .. .... ... .... .. .................. .. . . ..
lowQualScore : 99 6 1 8 8 222 88 3 4 777777777777777 1 5 22 7777777 2 444 7 7777777777777 2 0 3333333 3 333333333333 3 11 00 0 55 8 44 5 444 888 5555 8 9999999 9 99999 1 99999 000 8888 666666 77 7777 444 7777 00 111111111111111111 66 1 7 00
consensus : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACGATATGCGCTTGTTCAGGTGATGGTG-ATG-A---T--ATAGCAA-GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACT--GT---A---GGAG---TTGAGGCCACAA-GGTA-------CA----TNTGTATAT-------GAAATAT----NTT-T---A-GTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGNCGGAAAATCC---TG---ACGATAT----GCGCTTGTTCAG---ATGATGGTGATGATGT---ATAGCAA-GTTTGATTAGAATC-GGATGAAAACTGT---A---GGAG--T---TGAGGCCA--CAAG----GTAC---AT-T-ATGTATGTTCGGACGGAC----AG---------ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTNGGGGCA
Reference ( gi|3 ) : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCAACTGACAATATGCGTTTGTTCAGATGATGGTG-ATG-A---TTAATAGCAA-GTTTAATTAGAATCAGATGAAAACT--GT---A---GAAG---TTGAGGCCACAA-GGTA-------TA----TATGCATAT-------GAAATAT---AGTT-T---A-GTCAGGAAAAGGGGGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGTGAAAAATCC---TG---ACGATAT----GCGCTTGTTCAG---ATGGTGGTGATGATAT---ATAGCAA-GTTTGATTAGAAGC-ATATGAAAACTGT---A---AGAG--T---TGAGGCCA--CAAG----GTAC---AT-T-ATGTATGTTCGGACGAACGGGTAG---------ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTTGACCCGTGGATGCA
gi|6 : ATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATATGTGCTGGTT----TGAT-------------------------------TAGAATCAGATGAAAACT--GTATAA---GGAG---TTGAAGCCACAA-GGTA-------CA----TCTGTATAT-------GAAATAT---TTTT-A---A-GTCATAAGAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGTG-AAAGTCC---TG---ACGATAT----ACGTTTGTTCTG---AAAATGGTGATGATAT---GTAGCAA-GTTTGATTAGAATC-AGAAAAAAACTGTTGAA---GGAG--T---TGAGGTCA--CAAG----GTAC---A--T-ATGTTTGTTTGGACG--------G---------ACAGTTCAAACAC--TATGTTCTCTGGATCTTCAACCTGT
gi|4 : gaaATGTGTCCAGTT--AGTACATAAATGACCCAACTGAAAATATGAGTTTATTCTGGTGATGGTG-ATG-A---T--GTAGCAA-GTTTGTTCAGAATCAGATGAAAGCT--GT---A---GGAGGAATTGAGACCACAA-GGTA-------CA----AATGTATAT-------GAATTA-------------A-GTCAGAAAAAAGGAGCATTAC-TC--AATCAATAATAATCTTGTCAGAAAATCC---TG---ACGATAT----GCGCTTGTTCAG---ATGATGATGATGATGTATAATAGCAA-GTTGGA---------AT---AAAACTGT---AGGTGGAG--T---TGAGGCGAATGAAG----G-AC---A----A---ACAAACTGACAGACAGACAG---------ATAGTTCAAACACTATATGCTCTCCTGGTCTTTGACCCATGGtggggc
gi|7 : aataaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATATGTGCTGGTT----TGAT-------------------------------TAGAATCAGATGAAAACT--GTATAA---GGAG---TTGAAGCCACAA-GGTA-------CA----TCTGTATAT-------GAA--AT---AGTT-TTA-A-GTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGTG-AAAATCC---TGNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN---N---NNNN--N---NNAGGACA--CAAG----GTAC---A--T-ATGTTTGTTTGGACG--------G---------ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTggggc
gi|5 : aaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATATGTGCTGGTT----TGAT-------------------------------TAGAATCAGATGAAAACT--GTATAA---GGAG---TTGAAGCCACAA-GGTA-------CA----TCTGTATAT-------GAA--AT---AGTT-TTA-A-GTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGTG-AAAATCC---TGNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN---N---NNNN--N---NNAGGACA--CAAG----GTAC---A--T-ATGTTTGTTTGGACG--------G---------ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTtagggc
gi|2 : gaaATGTGTCCTATT--AGAACATGGGTACCCCCACTGACAATACGCCCTTGGTCAGGAGATGGTG--T---------ATAGCAA-GTTCGATTAGAATCAGATGAAACCT--GT---AGGTGGAG---TTGAGGTCACAA-GGTA-------TG----TCTGTATAT-------GAAATAT-----TT-TATAA-GTCAGAAAtagggc
gi|14 : tggccagtaagacatatgccagacaaacggatggagggtaaaccatccagtgaaaccagtaagggactgaaaagatattacaattgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatatgagtgttcattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatatcaagtacaaacaggatgtttttatgcatatgttgttcaaagcacctatcaccttaccccatacccttccaaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaggaaaaagaagaacaaacaaaaaaggtgaaaaaaaaaacaaATGTGTCCAATT--AGTACATGGATAACCCCATTGACATTATGT-CTTGTTGAGATGATGATG----------TAAT-GCAA-GTTTGATTAGAATCAGATGAAAAC----T---A---GGAG---TTGAGGCCACAG-GGTA-------AA----TCTGTATAT-------
gi|1 : aaagatTGTGTCCACTTTTAGAACATTGGTACCCCCACCAACAATACGCCCTTG----GA-GATGGTGTATACA---T--GTAGCAA-GTTTGATTAGAATCAGATGAAAAAT--GT---A---G--------GCGG--AAAACGGTA--------A----TCAGTATAT-------GAAATAT---TTTT-T---A-AGTAAGAAAAGGG--CGTAAC-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATAAAACCC---TG---ATGATATATATGCCCTTGTTCAA---GTTATGG------------ATAGCAA-ATTTGATTAGAAAT-GGATGAAAACTGT---A---GGAG--C---TGAGGCAA--CAAGATACATAC---AT-T-ATGTATGT----ATGAACGGATAacatctagatatatcaag
gi|8 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacatGTGCCCAATA--AG-ACATGGATGCCCCA-CTGACAATATGGGTTTGTTCAGGTAATTGTG-ATA-ANNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN---N---NNNN---NNNAAGTCACAA-GTTA-------CATAATTATGTATAT-------GAAATAT----TTT-T---ATGTCAttctaaatacccatttttgtgtagacggacagatggacagttcaaacactttgacccacgggggcat
gi|12 : CTGACAATATGCACGTGTTCAGATGATGGTG-AAG-A---TGTATAGCAATTTTTTATCATAATCAGATGAAAACT--GT---AGGCGGAG---TTAAGGCCACAA-GGTA-------CA----TATcaacaacatatatgtccaaatagtacacggatgcctccactgacaatatgagaatcagatgaaaactataagaggaaatgaggccacaaggaacatatgtatgtatatgaaatattttaa
gi|11 : caaaactcctttaatgacaatgtgggagaaaatcCTGATGATATGTCCTTGTTCAAGTGATGATG----------TA-CAGCAA-ATTTGATTACAATCAGATGAAAACT--GT---A---GGAG---TTGAGGCCACAA-GGTG-------CA----TGTGTATGT-------atgtttattcagacagatggatggacgaacagaacagttcaaacactatatgccttctgggtctttgacccatagt
gi|13 : ggtcacaaggtatgtctgtatatgaaatattttataagtcagaaaagggggcgttattccttcaataataatgtggacataaaaccCTGAAGATATGCGTTTGTTCAGATGTTTGTG-ATG-A---TATATAGCAA-GTTTGATTAGAATGGGATTAAAATT--GT---atggacggacattctaacaaatgtatattttagtctttttcaactgtcca
gi|15 : attagaattggatgaaaacttaggagaagtcaagccacagggtacatatttaaatgaaatatttttaagacagaataagggaacataactccttaaattataatcttatcggaaaatcTGATGATATACACTTGTTCAGATGATGGTG-ATG-A---TGTATAGCAA-GTTTGATCAGAATCGATTGAAA
gi|9 : taaatgaccttaacatcaacttaaataaatcttgtcagaaaatcgTGCTCAGGTGAAGGTG-ATG-A---T-AGTGGCAA-GTTTGACTAGAATCAGATAAAAACT--GT---A---GGAG---TTGACGCCACAA-GGTAGACAATTTAAAT-TATGTATAT-------GTAATATTTCAGATAT---AAGTCAGATAAAGGGG-CATAAC-TC--CTTAAATAATATTTTTGTTGAAAAATGC---TG---ACAATAT----GGGCTTGTTCAG---A------TGATGATGT---ATAGCAA-GTTTTATTAGAATC-GGAAAGAAACTGT---A---GAAG--T---TGAGGCCA--CAAG----GTTC---ATAT-AT
gi|13 : ATTAGAATTGGATGAAAACTTAGG---A---GAAG---TCAAG-CCACAG-GGTA-------CA----TATTTAAAT-------GAAATAT---TTTT-A---A-GACAGAATAAGGGAACATAAC-TC--CTTAAATTATAATCTTATCGGAAAATCC---TG---AAGATAT----GCGTTTGTTCAG---ATGTTTGTGATGATAT---ATAGCAA-GTTTGATTAGAATG-GGATTAAAATTGT---
gi|16 : AG---TTGAGGCCACAA-GGTG-------CA----TATATATATTTGGATGGACAGAT---AGTT-C---A-
gi|11 : GGTCACAA-GGTA-------TG----TCTGTATAT-------GAAATAT-----TT-TATAA-GTCA-GAAAAGGGGGCGTTAT-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATAAAACCC---TG---ATGATAT----GTCCTTGTTCA---------AGTGATGATGT---ACAGCAA-ATTTGATTACAATC-AGATGAAAACTGT---A---GGAG--T---TGAGGCCA--CAAG----GTGC---A--T-GTGTATGTATGGACGGACaatactatatgccttcttggtttttgacccattggggcat
gi|17 : GGTCACAA-GGTA-------AA----TATGTATAT-------attctaacaaatgtatattttagtctttttcaactgtcca
gi|12 : CAAAAC-TC--CTTTAATGACAATGTGGGAGAAAA-TCC---TG---ACAATAT----GCACGTGTTCAG---ATGATGGTGAAGATGT---ATAGCAATTTTTTATCATAATC-AGATGAAAACTGT---AGGCGGAG--T---TAAGGCCA--CAAG----GTAC---ATAT-ATGTTTATTCAGACAGATGGATGGACGAACAGAACAGTTCAAACACTATATGCCTTCTGGGTCTTTGACCCATAGtcggacaggcggttcaaacactttaggccctccgggtattcaacttgtcg
gi|15 : TAACATCAACTTAAATAA--ATCTTGTCAGAAAATCG---TG---ATGATAT----ACACTTGTTCAG---ATGATGGTGATGATGT---ATAGCAA-GTTTGATCAGAATCGAT-TGAAAt
gi|14 : taaatgacctTGGATAACCCCATTG---ACATTAT----GT-CTTGTTGAG---ATGATGATG-TAAT--------GCAA-GTTTGATTAGAATC-AGATGAAAAC--T---A---GGAG--T---TGAGGCCA--CAGG----GTAA---AT-C--TGTATAT
gi|2 : aaagatatgtgtccaattagtacaC---TG---ACAATAC----GCCCTTGGTCAG---GAGATGGTG------T---ATAGCAA-GTTCGATTAGAATC-AGATGAAACCTGT---AGGTGGAG--T---TGAGGTCA--CAAG----GTAT---GTCT-GTATATGacatctagatatatcaag
gi|8 : tggccagtaagacatatgccagacaaacggatggagggtaaaccatccagtgaaaccagtaagggactgaaaagatattacaattgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatatgagtgttcattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatatcaagtacaaacaggatgtttttatgcatatgttgttcaaagcacctatcaccttaccccatacccttccaaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaggaaaaagaagaacaaacaaaaaaggtgaaaaaaaaaacaaatgtgtcctattagaacatgggtacccccaC---TG---ACAATAT----GGGTTTGTTCAGGTAATTGTGATAANNNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN---N---NNNN--N---NNAAGTCA--CAAG----TTACATAAT-T-ATGTATATaaatattttataagtcagaaa
gi|13 : gtgcccaataagacatggatgccccaATTAGAATT-GGATGAAAACT-T---A---GGAGAAG---TCAAGCCA--CAGG----GTAC---AT-gaaatatttttatgtcacaacaacatatatgtccaaatagtacacggatgcctccactgacaatatgagaatcagatgaaaactataagaggaaatgaggccacaaggaacatatgtatgtatatgaaatattttaa
gi|8 : ATGAGAATC-AGATGAAAACTAT---A---AGAG--GAAATGAGGCCA--CAAG----GAAC---A--T-ATGTATGTatttaaatgaaatatttttaagacagaataagggaacataactccttaaattataatcttatcggaaaatcctgaagatatgcgtttgttcagatgtttgtgatgatatatagcaagtttgattagaatgggattaaaattgt
gi|16 : gtgcccaataagacatggatgccccactgacaatatgggtttgttcaggtaattgtgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcacaagttacataattatgtatatgaaatatttttatgtcacaacaacatatatgtccaaatagtacacggatgcctccactgacaatAG--T---TGAGGCCA--CAAG----GTGC---AT---ATATATATTTGGATGGAC----AG---------ATAGTTCAAATACTATATGCCTTCTTGGTTTTTGACCCATTGGGGCAatatgaaatattttaa
gi|17 : GGTCA--CAAG----GTAA---AT---ATGTATATTCGGAC--------AG---------GCGGTTCAAACACTTTAGGCCCTCCGGGTATTCAACTTGTt
gi|18 : C---AT-TCGTGTATGT--GGACGAAC-----------------AGTTCAAACACTATATGCACCCCTGGTCTTTGACCCGTcg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGCAAGAAGGACATATACAGACAAACAGACGGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACCAGTAGGATAAGGAAAATATATTACAACTGCTGATGTATGATGTGGATTGAACCTACTGTGAAAATAATACTTAAATATGAGTGGTATTTGTTTGCATTTAATTTGCAATAGAAGCTTTGTATAAATATATATATCAAGTACAAACAGGATATTTTAAGCAATGTTGTTCAAAGCACCTTAACCCACACCCTTCCACACTCTCC
Unaligned ( gi|19 ): TGTAATAGAAGCTCATACATGGATTTGGTGACTATATCTATGAATTTAA
Unaligned ( gi|20 ): AAGGCAAATCGAGAGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACTGGTAGGGG
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555 222 1111111 22222222 2222222222222 111 2222 2222222222222222 1111111 11
lowQualScore : 66 2 6 6 555555555555555555555555555555555555555 333 6666666 1 44 44444444 1 55 6666666666666 0 4 3 44 0 7777 3 44 111 7777 1 666 3 00 8888888 777 55 7777 2222 0 1111111111111111 4444444 3 11 1
lowQualScore : .. . . . ....................................... ... ....... . .. ........ . .. ............. . . . .. . .... . .. ... .... . ... . .. ....... ... .. .... .... . ................ ....... . .. .
lowQualScore : 11 2 4 0 111111111111111111111111111111111111111 333 2222222 9 22 22222222 0 55 2222222222222 8 9 3 66 4 8888 3 66 777 1111 1 444 6 44 0000000 000 00 7777 6666 5 9999999999999999 3333333 6 44 0
consensus : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATATGC-CTTGTTCAGGTGATGGTG-ATG-A-----T--A-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GGAG---T---TGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATT-T------T-T--AAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
Reference ( family-3947 ) : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACGATATGCGCTTGTTCAGGTGATGGTG-ATG-A-----T--A-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GGAG---T---TGAGGCCACAAGGTA--CA--------TNTGTATATGAAATATN-T------T-T--A-GTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGNCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTNGGGGCA
gi|1 : TGTGTCCACTTTTAGAACATTGGTACCCCCACCAACAATACGCCCTTG-----GAGATGGTGTATACA-----T--G-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAAATGTA---GGCG--------GA----AAACGGTA---A--------TCAGTATATGAAATATT-T------T-TTAA-GTAAGAAAA---GGGCGTAAC-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATA-AAACC--CTG---ATGATATATATGCCCTTGTTCAAGTTATGG---------ATA---GCAA-ATTTGATTAGAAATGGATGAAAACTGT---A---GG---AGCTGAGGCAA--CAAGATACATACAT-T-ATGTATGTA--T------------GAACGGAT----A
gi|1 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacat--C------------GGACAGAT----GG-ACAGTTCAAACACT-T-TGACCCACGGGttctaaatacccatttttgtgtagacggacagatggacagttcaaacactttgacccacgggggcat
gi|11 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacattgtgtccacttttagaacattggtacccccaccaacaatacgcccttggagatggtgtatacatgtagcaagtttgattagaatcagatgaaaaatgtaggcggaaaacggtaatcagtatatgaaatattttttaagtaagaaaagggcgtaactccttcaataataatgtggacataaaaccctgatgatatatatgcccttgttcaagttatggatagcaaatttgattagaaatggatgaaaactgtaggagctgaggcaacaagatacatacattatgtatgtatgaacggatattctaaatacccatttttgtgtagaGGTCACAAGGTA--TG--------TCTGTATATGAAATATT-T------TAT--AAGTCAGAAAA-GGGGGCGTTAT-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATA-AAACC--CTG---ATG----ATATGTCCTTGTTCAA------GTGATGATGTACA---GCAA-ATTTGATTACAATCAGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTGCA--T-GTGTATGTA--T------------GGACGGAC----A------TTCTAACAggcat
gi|12 : CAAAAC-TC--CTTTAATGACAATGTGGG-AGA-AAATC--CTG---ACA----ATATGCACGTGTTCAGATGATGGTGAAGATGTATA---GCAATTTTTTATCATAATCAGATGAAAACTGT---AGGCGG---AGTTAAGGCCA--CAAG----GTACATAT-ATGTTTATT--CAGACAGATGGATGGACGAAC----AGAACAGTTCAAACACTATATGCCTTCTGGGTCTTTGACCCATAaatgtatattttagtctttttcaactgtcca
gi|13 : ATTAGAATTGGATGAAAACT-TA---GGAGAA-G---TCAAGCCACAGGGTA--CA--------TATTTAAATGAAATATT-T------T-T--AAGACAGAATAAGGGAACATAAC-TC--CTTAAATTATAATCTTATCGGA-AAATC--CTG---AAG----ATATGCGTTTGTTCAGATGTTTGTGATGATATATA---GCAA-GTTTGATTAGAATGGGATTAAAATTGT---t
gi|14 : ATGTGTCCAATT--AGTACATGGATAACCCCATTGACATTATGT-CTTGTTGAGATGATGATG--TA-A-----T------GCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAAC--TA---GGAG---T---TGAGGCCACAGGGTA--AA--------TCTGTATAT
gi|15 : aaagatTAACATCAACTTAAATAA--ATCTTGTCAGA-AAATC--GTG---ATG----ATATACACTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATCAGAATCGATTGAAAacatctagatatatcaag
gi|16 : taaatgacct---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTGCAT---ATATATATT--T------------GGATGGAC----AG-ATAGTTCAAATACTATATGCCTTCTTGGTTTTTGACCCATTGGGGCA
gi|17 : GGTCA--CAAG----GTAAAT---ATGTATATT--C------------GGAC--------AG-GCGGTTCAAACACTTTAGGCCCTCCGGGTATTCAACTTGTCt
gi|18 : CAT-TCGTGTATGT--------------------GGAC----GA-ACAGTTCAAACACTATATGCACCCCTGGTCTTTGACCCGTTGGGACA
gi|2 : ATGTGTCCTATT--AGAACATGGGTACCCCCACTGACAATACGCCCTTGGTCAGGAGATGGTG-----------T--A-TAGCAAGTTCGATTAGAATCAGATGAAACCTGTAGGTGGAG---T---TGAGGTCACAAGGTA--TG--------TCTGTATATGAAATATT-T------TATA-A-GTCAGAAAta
gi|3 : tggccagtaagacatatgccagacaaacggatggagggtaaaccatccagtgaaaccagtaagggactgaaaagatattacaattgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatatgagtgttcattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatatcaagtacaaacaggatgtttttatgcatatgttgttcaaagcacctatcaccttaccccatacccttccaaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaggaaaaagaagaacaaacaaaaaaggtgaaaaaaaaaacaaATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCAACTGACAATATGCGTTTGTTCAGATGATGGTG-ATG-A-----TTAA-TAGCAAGTTTAATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GAAG---T---TGAGGCCACAAGGTA--TA--------TATGCATATGAAATATAGT------T-T--A-GTCAGGAAAAGGGGGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGTGAA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGGTGGTGATGATATATA---GCAA-GTTTGATTAGAAGCATATGAAAACTGT---A---AG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGAACGGGTAG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTTGACCCGTGGATGCA
gi|4 : ATGTGTCCAGTT--AGTACATAAATGACCCAACTGAAAATATGAGTTTATTCTGGTGATGGTG-ATG-A-----T--G-TAGCAAGTTTGTTCAGAATCAGATGAAAGCTGTA---GGAGGAAT---TGAGACCACAAGGTA--CA--------AATGTATATGAATTA---------------A-GTCAGAAAAAAGGAGCATTAC-TC--AATCAATAATAATCTTGTCAGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGATGATGATGTATAATAGCAA-GTT-----GGAAT------AAAACTGT---A---GGTGGAGTTGAGGCGAATGAAG----G-ACA----A-ACAAACTGAC------------AGACAGAC----AG-ATAGTTCAAACACTATATGCTCTCCTGGTCTTTGACCCATGGGGG
gi|5 : aataaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT------------------GTG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGGAG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATAGT-T------T-T--AAGTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGT-GA-AAATC--CTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NN---NNNNNAGGACA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTTAGGGCgc
gi|6 : gaaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT------------------GTG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGGAG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATT-T------T-T--AAGTCATAAGAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGTG-A-AAGTC--CTG---ACG----ATATACGTTTGTTCTGAAAATGGTGATGATATGTA---GCAA-GTTTGATTAGAATCAGAAAAAAACTGTTGAA---GG---AGTTGAGGTCA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGTTCTCTGGATCTTCAACCTGTTGGGGC
gi|7 : gaaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT------------------GTG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGGAG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATAGT-T------T-T--AAGTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGT-GA-AAATC--CTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NN---NNNNNAGGACA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTTAGGGC
gi|8 : aaGTGCCCAATA--AG-ACATGGATGCCCC-ACTGACAATATGGGTTTGTTCAGGTAATTGTG-ATA-ANNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN---N---NNAAGTCACAAGTTA--CATAAT----TATGTATATGAAATATT-T------T-T--ATGTCACAACAA---CATATATG-TC--C--AAATAGTA--C---ACGGATGCCTCCACTG---ACA----ATATGAG---AATCAGATGA
gi|8 : ATGAGAATCAGATGAAAACTATA---AGAG---GAAATGAGGCCACAAGGAA--CATATG----TATGTATATGAAATATT-T------T-aaactataagaggaaatgaggccacaaggaacatatgtatgtatatgaaatattttaa
gi|9 : gtgcccaataagacatggatgccccactgacaatatgggtttgttcaggtaattgtgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcacaagttacataattatgtatatgaaatatttttatgtcacaacaacatatatgtccaaatagtacacggatgcctccactgacaatTGCTCAGGTGAAGGTG-ATG-A-----T--AGTGGCAAGTTTGACTAGAATCAGATAAAAACTGTA---GGAG---T---TGACGCCACAAGGTAGACAATTTAAATTATGTATATGTAATATT-TCAGATAT-A--A-GTCAGATAAAGGG-GCATAAC-TC--CTTAAATAATATTTTTGTTGAA-AAATG--CTG---ACA----ATATGGGCTTGTTCAGATGAT------GATGTATA---GCAA-GTTTTATTAGAATCGGAAAGAAACTGT---A---GA---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTTCATAT-ATaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGCAAGAAGGACATATACAGACAAACAGACGGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACCAGTAGGATAAGGAAAATATATTACAACTGCTGATGTATGATGTGGATTGAACCTACTGTGAAAATAATACTTAAATATGAGTGGTATTTGTTTGCATTTAATTTGCAATAGAAGCTTTGTATAAATATATATATCAAGTACAAACAGGATATTTTAAGCAATGTTGTTCAAAGCACCTTAACCCACACCCTTCCACACTCTCC
Unaligned ( gi|19 ): TGTAATAGAAGCTCATACATGGATTTGGTGACTATATCTATGAATTTAA
Unaligned ( gi|20 ): AAGGCAAATCGAGAGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACTGGTAGGGG
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777 111 1111111 22222222 11111 111 111 2222 2222222222222222 1111111 11
lowQualScore : 66 2 6 4 000000000000000000000000000000000000000 777 555 6666666 1 44 44444444 1 55555 3 4 3 44 0 222 3 44 111 7777 0 666 3 00 8888888 777 55 7777 2222 0 1111111111111111 4444444 3 11
lowQualScore : .. . . . ....................................... ... ... ....... . .. ........ . ..... . . . .. . ... . .. ... .... . ... . .. ....... ... .. .... .... . ................ ....... . ..
lowQualScore : 11 2 4 4 000000000000000000000000000000000000000 555 888 2222222 9 22 22222222 5 00000 6 9 3 66 4 333 3 66 777 1111 3 444 6 44 0000000 000 00 7777 6666 5 9999999999999999 3333333 6 44
consensus : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATAT-GC-C-TTGTTCAGGTGATGGTG-ATG-A-----T--A-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GG---AG---T---TGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATTTT-----T-AAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
Reference ( family-3947 ) : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATAT-GC-C-TTGTTCAGGTGATGGTG-ATG-A-----T--A-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GG---AG---T---TGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATTTT-----T-AAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
gi|1 : TGTGTCCACTTTTAGAACATTGGTACCCCCACCAACAATAC-GC-C-CT--T--GGAGATGGTGTATACA-----T--G-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAAATGTA---GG---CG--------GA----AAACGGTA---A--------TCAGTATATGAAATATTTT-----TTAAGTAAGAAAA---GGGCGTAAC-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATA-AAACC--CTG---ATGATATATATGCCCTTGTTCAAGTTATGG---------ATA---GCAA-ATTTGATTAGAAATGGATGAAAACTGT---A---GG---AGCTGAGGCAA--CAAGATACATACAT-T-ATGTATGTA--T------------GAACGGAT----A
gi|1 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacat--C------------GGACAGAT----GG-ACAGTTCAAACACT-T-TGACCCACGGGttctaaatacccatttttgtgtagacggacagatggacagttcaaacactttgacccacgggggcat
gi|11 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacattgtgtccacttttagaacattggtacccccaccaacaatacgcccttggagatggtgtatacatgtagcaagtttgattagaatcagatgaaaaatgtaggcggaaaacggtaatcagtatatgaaatattttttaagtaagaaaagggcgtaactccttcaataataatgtggacataaaaccctgatgatatatatgcccttgttcaagttatggatagcaaatttgattagaaatggatgaaaactgtaggagctgaggcaacaagatacatacattatgtatgtatgaacggatattctaaatacccatttttgtgtagaGGTCACAAGGTA--TG--------TCTGTATATGAAATATTTTA----T-AAGTCAG-AAAAGGGGGCGTTAT-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATA-AAACC--CTG---ATG----ATATGTCCTTGTTCA------AGTGATGATGTACA---GCAA-ATTTGATTACAATCAGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTGCA--T-GTGTATGTA--T------------GGACGGAC----A------TTCTAACAggcat
gi|12 : CAAAAC-TC--CTTTAATGACAATGTGGG-AGA-AAATC--CTG---ACA----ATATGCACGTGTTCAGATGATGGTGAAGATGTATA---GCAATTTTTTATCATAATCAGATGAAAACTGT---AGGCGG---AGTTAAGGCCA--CAAG----GTACATAT-ATGTTTATT--CAGACAGATGGATGGACGAAC----AGAACAGTTCAAACACTATATGCCTTCTGGGTCTTTGACCCATaatgtatattttagtctttttcaactgtcca
gi|13 : ATTAGAATTGGATGAAAACT-TA---GG---AGAA-G---TCAAGCCACAGGGTA--CA--------TATTTAAATGAAATATTTT-----T-AAGACAGAATAAGGGAACATAAC-TC--CTTAAATTATAATCTTATCGGA-AAATC--CTG---AAG----ATATGCGTTTGTTCAGATGTTTGTGATGATATATA---GCAA-GTTTGATTAGAATGGGATTAAAATTGT---agt
gi|14 : ATGTGTCCAATT--AGTACATGGATAACCCCATTGACATTAT-GT-C-TTGTTGAGATGATGATG--TA-A-----T------GCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAAC--TA---GG---AG---T---TGAGGCCACAGGGTA--AA--------TCTGTATAT
gi|15 : aaagatTAACATCAACTTAAATAA--ATCTTGTCAGA-AAATC--GTG---ATG----ATATACACTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATCAGAATCGATTGAAAacatctagatatatcaag
gi|16 : taaatgacct---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTGCAT---ATATATATT--T------------GGATGGAC----AG-ATAGTTCAAATACTATATGCCTTCTTGGTTTTTGACCCATTGGGGCA
gi|17 : GGTCA--CAAG----GTAAAT---ATGTATATT--C------------GGAC--------AG-GCGGTTCAAACACTTTAGGCCCTCCGGGTATTCAACTTGTCGt
gi|18 : CAT-TCGTGTATGT--------------------GGAC----GA-ACAGTTCAAACACTATATGCACCCCTGGTCTTTGACCCGTTGGGACA
gi|2 : ATGTGTCCTATT--AGAACATGGGTACCCCCACTGACAATAC-GC-CCTTGGTCAGGAGATGGTG-----------T--A-TAGCAAGTTCGATTAGAATCAGATGAAACCTGTA---GGTGGAG---T---TGAGGTCACAAGGTA--TG--------TCTGTATATGAAATATTTTA----T-AAGTCAGAAAta
gi|3 : tggccagtaagacatatgccagacaaacggatggagggtaaaccatccagtgaaaccagtaagggactgaaaagatattacaattgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatatgagtgttcattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatatcaagtacaaacaggatgtttttatgcatatgttgttcaaagcacctatcaccttaccccatacccttccaaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaggaaaaagaagaacaaacaaaaaaggtgaaaaaaaaaacaaATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCAACTGACAATAT-GCGT-TTGTTCAGATGATGGTG-ATG-A-----TTAA-TAGCAAGTTTAATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GA---AG---T---TGAGGCCACAAGGTA--TA--------TATGCATATGAAATATAGT-----T-TAGTCAGGAAAAGGGGGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGTGAA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGGTGGTGATGATATATA---GCAA-GTTTGATTAGAAGCATATGAAAACTGT---A---AG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGAACGGGTAG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTTGACCCGTGGATGCA
gi|4 : ATGTGTCCAGTT--AGTACATAAATGACCCAACTGAAAATAT-GAGT-TTATTCTGGTGATGGTG-ATG-A-----T--G-TAGCAAGTTTGTTCAGAATCAGATGAAAGCTGTA---GG---AGGAAT---TGAGACCACAAGGTA--CA--------AATGTATATGAA------T-----T-AAGTCAGAAAAAAGGAGCATTAC-TC--AATCAATAATAATCTTGTCAGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGATGATGATGTATAATAGCAA-GTT-----GGAAT------AAAACTGT---A---GGTGGAGTTGAGGCGAATGAAG----G-ACA----A-ACAAACTGAC------------AGACAGAC----AG-ATAGTTCAAACACTATATGCTCTCCTGGTCTTTGACCCATGGGGG
gi|5 : aataaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT-G-------------------TG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATAGTTT-----T-AAGTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGT-GA-AAATC--CTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NN---NNNNNAGGACA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTTAGGGCgc
gi|6 : gaaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT-G-------------------TG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATTTT-----T-AAGTCATAAGAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGT-GA-AAGTC--CTG---ACG----ATATACGTTTGTTCTGAAAATGGTGATGATATGTA---GCAA-GTTTGATTAGAATCAGAAAAAAACTGTTGAA---GG---AGTTGAGGTCA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGTTCTCTGGATCTTCAACCTGTTGGGGC
gi|7 : gaaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT-G-------------------TG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATAGTTT-----T-AAGTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGT-GA-AAATC--CTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NN---NNNNNAGGACA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTTAGGGC
gi|8 : aaGTGCCCAATA--AG-ACATGGATGCCCC-ACTGACAATATGGG-T-TTGTTCAGGTAATTGTG-ATA-ANNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN---NN---N---NNAAGTCACAAGTTA--CATAAT----TATGTATATGAAATATTTT-----T-ATGTCACAACAA---CATATATG-TC--C--AAATAGTA--C---ACGGATGCCTCCACTG---ACA----ATATGAG---AATCAGATGA
gi|8 : ATGAGAATCAGATGAAAACTATA---AG---AG---GAAATGAGGCCACAAGGAA--CATATG----TATGTATATGAAATATTTT-----aaactataagaggaaatgaggccacaaggaacatatgtatgtatatgaaatattttaa
gi|9 : gtgcccaataagacatggatgccccactgacaatatgggtttgttcaggtaattgtgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcacaagttacataattatgtatatgaaatatttttatgtcacaacaacatatatgtccaaatagtacacggatgcctccactgacaatTGCTCAGGTGAAGGTG-ATG-A-----T--AGTGGCAAGTTTGACTAGAATCAGATAAAAACTGTA---GG---AG---T---TGACGCCACAAGGTAGACAATTTAAATTATGTATATGTAATATTTCAGATAT-AAGTCAGATAAAGGG-GCATAAC-TC--CTTAAATAATATTTTTGTTGAA-AAATG--CTG---ACA----ATATGGGCTTGTTCAGATGAT------GATGTATA---GCAA-GTTTTATTAGAATCGGAAAGAAACTGT---A---GA---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTTCATAT-ATaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGCAAGAAGGACATATACAGACAAACAGACGGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACCAGTAGGATAAGGAAAATATATTACAACTGCTGATGTATGATGTGGATTGAACCTACTGTGAAAATAATACTTAAATATGAGTGGTATTTGTTTGCATTTAATTTGCAATAGAAGCTTTGTATAAATATATATATCAAGTACAAACAGGATATTTTAAGCAATGTTGTTCAAAGCACCTTAACCCACACCCTTCCACACTCTCC
Unaligned ( gi|19 ): TGTAATAGAAGCTCATACATGGATTTGGTGACTATATCTATGAATTTAA
Unaligned ( gi|20 ): AAGGCAAATCGAGAGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACTGGTAGGGG
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777 111 1111111 22222222 11111 111 111 2222 2222222222222222 1111111 11
lowQualScore : 66 2 6 4 000000000000000000000000000000000000000 777 555 6666666 1 44 44444444 1 55555 3 4 3 44 0 222 3 44 111 7777 0 666 3 00 8888888 777 55 7777 2222 0 1111111111111111 4444444 3 11
lowQualScore : .. . . . ....................................... ... ... ....... . .. ........ . ..... . . . .. . ... . .. ... .... . ... . .. ....... ... .. .... .... . ................ ....... . ..
lowQualScore : 11 2 4 4 000000000000000000000000000000000000000 555 888 2222222 9 22 22222222 5 00000 6 9 3 66 4 333 3 66 777 1111 3 444 6 44 0000000 000 00 7777 6666 5 9999999999999999 3333333 6 44
consensus : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATAT-GC-C-TTGTTCAGGTGATGGTG-ATG-A-----T--A-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GG---AG---T---TGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATTTT-----T-AAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
Reference ( family-3947 ) : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATAT-GC-C-TTGTTCAGGTGATGGTG-ATG-A-----T--A-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GG---AG---T---TGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATTTT-----T-AAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
gi|1 : TGTGTCCACTTTTAGAACATTGGTACCCCCACCAACAATAC-GC-C-CT--T--GGAGATGGTGTATACA-----T--G-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAAATGTA---GG---CG--------GA----AAACGGTA---A--------TCAGTATATGAAATATTTT-----TTAAGTAAGAAAA---GGGCGTAAC-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATA-AAACC--CTG---ATGATATATATGCCCTTGTTCAAGTTATGG---------ATA---GCAA-ATTTGATTAGAAATGGATGAAAACTGT---A---GG---AGCTGAGGCAA--CAAGATACATACAT-T-ATGTATGTA--T------------GAACGGAT----A
gi|1 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacat--C------------GGACAGAT----GG-ACAGTTCAAACACT-T-TGACCCACGGGttctaaatacccatttttgtgtagacggacagatggacagttcaaacactttgacccacgggggcat
gi|11 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacattgtgtccacttttagaacattggtacccccaccaacaatacgcccttggagatggtgtatacatgtagcaagtttgattagaatcagatgaaaaatgtaggcggaaaacggtaatcagtatatgaaatattttttaagtaagaaaagggcgtaactccttcaataataatgtggacataaaaccctgatgatatatatgcccttgttcaagttatggatagcaaatttgattagaaatggatgaaaactgtaggagctgaggcaacaagatacatacattatgtatgtatgaacggatattctaaatacccatttttgtgtagaGGTCACAAGGTA--TG--------TCTGTATATGAAATATTTTA----T-AAGTCAG-AAAAGGGGGCGTTAT-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATA-AAACC--CTG---ATG----ATATGTCCTTGTTCA------AGTGATGATGTACA---GCAA-ATTTGATTACAATCAGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTGCA--T-GTGTATGTA--T------------GGACGGAC----A------TTCTAACAggcat
gi|12 : CAAAAC-TC--CTTTAATGACAATGTGGG-AGA-AAATC--CTG---ACA----ATATGCACGTGTTCAGATGATGGTGAAGATGTATA---GCAATTTTTTATCATAATCAGATGAAAACTGT---AGGCGG---AGTTAAGGCCA--CAAG----GTACATAT-ATGTTTATT--CAGACAGATGGATGGACGAAC----AGAACAGTTCAAACACTATATGCCTTCTGGGTCTTTGACCCATaatgtatattttagtctttttcaactgtcca
gi|13 : ATTAGAATTGGATGAAAACT-TA---GG---AGAA-G---TCAAGCCACAGGGTA--CA--------TATTTAAATGAAATATTTT-----T-AAGACAGAATAAGGGAACATAAC-TC--CTTAAATTATAATCTTATCGGA-AAATC--CTG---AAG----ATATGCGTTTGTTCAGATGTTTGTGATGATATATA---GCAA-GTTTGATTAGAATGGGATTAAAATTGT---agt
gi|14 : ATGTGTCCAATT--AGTACATGGATAACCCCATTGACATTAT-GT-C-TTGTTGAGATGATGATG--TA-A-----T------GCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAAC--TA---GG---AG---T---TGAGGCCACAGGGTA--AA--------TCTGTATAT
gi|15 : aaagatTAACATCAACTTAAATAA--ATCTTGTCAGA-AAATC--GTG---ATG----ATATACACTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATCAGAATCGATTGAAAacatctagatatatcaag
gi|16 : taaatgacct---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTGCAT---ATATATATT--T------------GGATGGAC----AG-ATAGTTCAAATACTATATGCCTTCTTGGTTTTTGACCCATTGGGGCA
gi|17 : GGTCA--CAAG----GTAAAT---ATGTATATT--C------------GGAC--------AG-GCGGTTCAAACACTTTAGGCCCTCCGGGTATTCAACTTGTCGt
gi|18 : CAT-TCGTGTATGT--------------------GGAC----GA-ACAGTTCAAACACTATATGCACCCCTGGTCTTTGACCCGTTGGGACA
gi|2 : ATGTGTCCTATT--AGAACATGGGTACCCCCACTGACAATAC-GC-CCTTGGTCAGGAGATGGTG-----------T--A-TAGCAAGTTCGATTAGAATCAGATGAAACCTGTA---GGTGGAG---T---TGAGGTCACAAGGTA--TG--------TCTGTATATGAAATATTTTA----T-AAGTCAGAAAta
gi|3 : tggccagtaagacatatgccagacaaacggatggagggtaaaccatccagtgaaaccagtaagggactgaaaagatattacaattgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatatgagtgttcattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatatcaagtacaaacaggatgtttttatgcatatgttgttcaaagcacctatcaccttaccccatacccttccaaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaggaaaaagaagaacaaacaaaaaaggtgaaaaaaaaaacaaATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCAACTGACAATAT-GCGT-TTGTTCAGATGATGGTG-ATG-A-----TTAA-TAGCAAGTTTAATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GA---AG---T---TGAGGCCACAAGGTA--TA--------TATGCATATGAAATATAGT-----T-TAGTCAGGAAAAGGGGGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGTGAA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGGTGGTGATGATATATA---GCAA-GTTTGATTAGAAGCATATGAAAACTGT---A---AG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGAACGGGTAG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTTGACCCGTGGATGCA
gi|4 : ATGTGTCCAGTT--AGTACATAAATGACCCAACTGAAAATAT-GAGT-TTATTCTGGTGATGGTG-ATG-A-----T--G-TAGCAAGTTTGTTCAGAATCAGATGAAAGCTGTA---GG---AGGAAT---TGAGACCACAAGGTA--CA--------AATGTATATGAA------T-----T-AAGTCAGAAAAAAGGAGCATTAC-TC--AATCAATAATAATCTTGTCAGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGATGATGATGTATAATAGCAA-GTT-----GGAAT------AAAACTGT---A---GGTGGAGTTGAGGCGAATGAAG----G-ACA----A-ACAAACTGAC------------AGACAGAC----AG-ATAGTTCAAACACTATATGCTCTCCTGGTCTTTGACCCATGGGGG
gi|5 : aataaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT-G-------------------TG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATAGTTT-----T-AAGTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGT-GA-AAATC--CTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NN---NNNNNAGGACA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTTAGGGCgc
gi|6 : gaaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT-G-------------------TG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATTTT-----T-AAGTCATAAGAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGT-GA-AAGTC--CTG---ACG----ATATACGTTTGTTCTGAAAATGGTGATGATATGTA---GCAA-GTTTGATTAGAATCAGAAAAAAACTGTTGAA---GG---AGTTGAGGTCA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGTTCTCTGGATCTTCAACCTGTTGGGGC
gi|7 : gaaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT-G-------------------TG-CTG------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---T---TGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATAGTTT-----T-AAGTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGT-GA-AAATC--CTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NN---NNNNNAGGACA--CAAG----GTACA--T-ATGTTTGTT--T------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTTAGGGC
gi|8 : aaGTGCCCAATA--AG-ACATGGATGCCCC-ACTGACAATATGGG-T-TTGTTCAGGTAATTGTG-ATA-ANNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN---NN---N---NNAAGTCACAAGTTA--CATAAT----TATGTATATGAAATATTTT-----T-ATGTCACAACAA---CATATATG-TC--C--AAATAGTA--C---ACGGATGCCTCCACTG---ACA----ATATGAG---AATCAGATGA
gi|8 : ATGAGAATCAGATGAAAACTATA---AG---AG---GAAATGAGGCCACAAGGAA--CATATG----TATGTATATGAAATATTTT-----aaactataagaggaaatgaggccacaaggaacatatgtatgtatatgaaatattttaa
gi|9 : gtgcccaataagacatggatgccccactgacaatatgggtttgttcaggtaattgtgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcacaagttacataattatgtatatgaaatatttttatgtcacaacaacatatatgtccaaatagtacacggatgcctccactgacaatTGCTCAGGTGAAGGTG-ATG-A-----T--AGTGGCAAGTTTGACTAGAATCAGATAAAAACTGTA---GG---AG---T---TGACGCCACAAGGTAGACAATTTAAATTATGTATATGTAATATTTCAGATAT-AAGTCAGATAAAGGG-GCATAAC-TC--CTTAAATAATATTTTTGTTGAA-AAATG--CTG---ACA----ATATGGGCTTGTTCAGATGAT------GATGTATA---GCAA-GTTTTATTAGAATCGGAAAGAAACTGT---A---GA---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTTCATAT-ATaa
blockSeqs : . T C G GTTTGTTCAGGTAATTGTGATAANNNNNNNNN TAA TGG GAAT G GA ATTTAAAT C AGATA . G A AA ACA T CA NNN . ATA T AGGC TGG AT . TAT TCAGACAGATGGAT AACGGGT A TA
blockSeqs : . A C . CGTTTGTTCAGATGATGGTGATGATTAATA TAA . GAAA A . TAAT A A . A . . TCG . . NNN . . . TGAA . . . TTC TGAC GAT . TA
blockSeqs : . T A . AGTTTATTCTGGTGATGGTGATGATGTA TAA . AAG G . TATG C A . G . . TCA . . . . . . A . . . TAT AT GAC . TT
blockSeqs : . T A . CCCTTGGTCAGGAGATGGTGTATA . . T G . . C . . A . . GTG . . . . . . A . . . TT TT AAC . TA
blockSeqs : . T T . TCTTGTTGAGATGATGATGTAAT . . T G . . A . . T . . TCA . . . . . . A . . . T TC GAC . TA
blockSeqs : . T T . TGCTG . . T G . . A . . T . . ACG . . . . . . N . . . T TC GAC . TA
blockSeqs : . T T . TGCTG . . T A . . C . . T . . TTG . . . . . . N . . . T TT GAC . .
blockSeqs : . . . . TGCTG . . T A . . C . . C . . GA . . . . . . A . . . T TT . . .
blockSeqs : . . T A . . C . . . . . GT . . . . . . . . . T TT . . .
blockSeqs : . . N A . . A . . . . GT . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . T G . . A . . . GT . . . . . .
blockSeqs : C . . A
blockSeqCons : ** CTTGTTCAGGTGATGNTGT******************** T****** **** **** T*** TA
originalCons : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATAT-GC-C-TTGTTCAGGTGATGGTG-ATG-A-----T--A-TAGCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GG---AG---T---TGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATTTT-----T-AAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT-T-ATGTATGTT--C------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
finalCons : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATAT-GCTTGTTCAGGTGATGNTGT--------------------GCAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GG---AGT------TGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATATTTT-----T-AAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGTATA---GCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GG---AGTTGAGGCCA--CAAG----GTACAT---ATGTATGTT--C------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGCAAGAAGGACATATACAGACAAACAGACGGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACCAGTAGGATAAGGAAAATATATTACAACTGCTGATGTATGATGTGGATTGAACCTACTGTGAAAATAATACTTAAATATGAGTGGTATTTGTTTGCATTTAATTTGCAATAGAAGCTTTGTATAAATATATATATCAAGTACAAACAGGATATTTTAAGCAATGTTGTTCAAAGCACCTTAACCCACACCCTTCCACACTCTCC
Unaligned ( gi|19 ): TGTAATAGAAGCTCATACATGGATTTGGTGACTATATCTATGAATTTAA
Unaligned ( gi|20 ): AAGGCAAATCGAGAGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACTGGTAGGGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 111 22222222 11111 111 111 1111111 11111 11111111111111 1111111 11
lowQualScore : 55 1 4 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 555 000 1 44 44444444 1 3 55555 0 4 3 44 0 222 3 44 111 7777 1 666 3 00 5555555 55 55 22222 44 99999999999999 4444444 3 11
lowQualScore : .. . . .. ...................................................... ... ... ... . .. ........ . . ..... . . . .. . ... . .. ... .... . ... . .. ....... .. .. ..... .. .............. ....... . ..
lowQualScore : 55 1 8 55 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 888 444 9 22 22222222 5 3 00000 8 9 3 66 4 333 3 66 777 1111 1 444 6 44 8888888 00 00 77777 11 77777777777777 3333333 6 44
consensus : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATAT--G--C--TTG-TTC-----A-GGTGATGN-----T-G------------TA--G-CAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GG---AG---TTGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATA-TTTT-----TAAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGT---ATAGCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GGAGTTGAGGCCA--CAAGGTAC--A-----TATGTA-TGTTC------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
Reference ( family-3947 ) : ATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCCACTGACAATAT--G--C--TTG-TTC-----A-GGTGATGN-----T-G------------T---G-CAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GG---AG---TTGAGGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATA-TTTT-----TAAGTCAGAAAAAGGGNGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGCGGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGGTGATGATGT---ATAGCAA-GTTTGATTAGAATCGGATGAAAACTGT---A---GGAGTTGAGGCCA--CAAGGTAC--A-----TATGTA-TGTTC------------GGACGGAC----AG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTCGACCCGTTGGGGCA
gi|1 : TGTGTCCACTTTTAGAACATTGGTACCCCCACCAACAATAC--G--CCCTTG-G-------A-GATGGTGTATACAT-G------------TA--G-CAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAAATGTA---GG---CG-----GA----AAACGGTA---A--------TCAGTATATGAAATATTTTT-----TAAGTAAGAAAA---GGGCGTAAC-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATA-AAACC--CTG---ATGATATATATGCCCTTGTTCAAGTTATGG------------ATAGCAA-ATTTGATTAGAAATGGATGAAAACTGT---A---GGAGCTGAGGCAA--CAAGATAC--ATACATTATGTA-TGTAT------------GAACGGAT----A
gi|1 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacatC------------GGACAGAT----GG-ACAGTTCAAACACT-T-TGACCCACGGGttctaaatacccatttttgtgtagacggacagatggacagttcaaacactttgacccacgggggcat
gi|11 : tggccagaaggacatatgccagacgaacggacagagggtaaaccctccaggaaaccagtaggggactgaaacgatattacaactgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatctgagtgttaattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatcaagtacaaacaggatgtttttaagcaatgctgttcaaagcgcctatcaccttaccatgcacccttccacactctcccatccccattcaccccatccacccacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaaaagaaaaagaagaacaaacaaaaaagaagaaaaaaaaaaggtgaacaaaaacattgtgtccacttttagaacattggtacccccaccaacaatacgcccttggagatggtgtatacatgtagcaagtttgattagaatcagatgaaaaatgtaggcggaaaacggtaatcagtatatgaaatattttttaagtaagaaaagggcgtaactccttcaataataatgtggacataaaaccctgatgatatatatgcccttgttcaagttatggatagcaaatttgattagaaatggatgaaaactgtaggagctgaggcaacaagatacatacattatgtatgtatgaacggatattctaaatacccatttttgtgtagaGGTCACAAGGTA--TG--------TCTGTATATGAAATA-TTTTA----TAAGTCAGAAAA-GGGGGCGTTAT-TC--CTTCAATAATAATGTGGACATA-AAACC--CTG---ATG----ATATGTCCTTGTTCAA------GTGATGATGT---ACAGCAA-ATTTGATTACAATCAGATGAAAACTGT---A---GGAGTTGAGGCCA--CAAGGTGC--A-----TGTGTA-TGTAT------------GGACGGAC----A------TTCTAACAggcat
gi|12 : CAAAAC-TC--CTTTAATGACAATGTGGG-AGA-AAATC--CTG---ACA----ATATGCACGTGTTCAGATGATGGTGAAGATGT---ATAGCAATTTTTTATCATAATCAGATGAAAACTGT---AGGCGGAGTTAAGGCCA--CAAGGTACATA-----TATGTT-TATTCAGACAGATGGATGGACGAAC----AGAACAGTTCAAACACTATATGCCTTCTGGGTCTTTGACCCATaatgtatattttagtctttttcaactgtcca
gi|13 : ATTAGAATTGGATGAAAACT-TA---GG---AGAA-GTCAAGCCACAGGGTA--CA--------TATTTAAATGAAATA-TTTT-----TAAGACAGAATAAGGGAACATAAC-TC--CTTAAATTATAATCTTATCGGA-AAATC--CTG---AAG----ATATGCGTTTGTTCAGATGTTTGTGATGATAT---ATAGCAA-GTTTGATTAGAATGGGATTAAAATTGT---agt
gi|14 : ATGTGTCCAATT--AGTACATGGATAACCCCATTGACATTAT--GT-C--TTG-TTG-----A-GATGATGA-----T-G------------TAATG-CAAGTTTGATTAGAATCAGATGAAAAC--TA---GG---AG---TTGAGGCCACAGGGTA--AA--------TCTGTATAT
gi|15 : aaagatTAACATCAACTTAAATAA--ATCTTGTCAGA-AAATC--GTG---ATG----ATATACACTTGTTCAGATGATGGTGATGATGT---ATAGCAA-GTTTGATCAGAATCGATTGAAAacatctagatatatcaag
gi|16 : taaatgacctAGTTGAGGCCA--CAAGGTGC--A-----TATATA-TATTT------------GGATGGAC----AG-ATAGTTCAAATACTATATGCCTTCTTGGTTTTTGACCCATTGGGGCA
gi|17 : GGTCA--CAAGGTAA--A-----TATGTA-TATTC------------GGAC--------AG-GCGGTTCAAACACTTTAGGCCCTCCGGGTATTCAACTTGTCGt
gi|18 : TGTA-TGT------------------GGAC----GA-ACAGTTCAAACACTATATGCACCCCTGGTCTTTGACCCGTTGGGACA
gi|2 : cattcgATGTGTCCTATT--AGAACATGGGTACCCCCACTGACAATAC--G--CCCTTG-GTC-----A-GGAGATGG-----T-G------------TATAG-CAAGTTCGATTAGAATCAGATGAAACCTGTA---GGTGGAG---TTGAGGTCACAAGGTA--TG--------TCTGTATATGAAATA-TTTTA----TAAGTCAGAAAta
gi|3 : tggccagtaagacatatgccagacaaacggatggagggtaaaccatccagtgaaaccagtaagggactgaaaagatattacaattgctgatgtatgatgtggattgaagctactgtgaaaataatacttaaatatgagtgttcattgtttgcatttactttgcaatagaagccttgtatatatatcaagtacaaacaggatgtttttatgcatatgttgttcaaagcacctatcaccttaccccatacccttccaaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaggaaaaagaagaacaaacaaaaaaggtgaaaaaaaaaacaaATGTGTCCAATT--AGTACACGGATGCCCCAACTGACAATAT--G--CGTTTG-TTC-----A-GATGATGG-----T-GATGATTAA----TA--G-CAAGTTTAATTAGAATCAGATGAAAACTGTA---GA---AG---TTGAGGCCACAAGGTA--TA--------TATGCATATGAAATA-TAGT-----TTAGTCAGGAAAAGGGGGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGTGAA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGGTGGTGATGATAT---ATAGCAA-GTTTGATTAGAAGCATATGAAAACTGT---A---AGAGTTGAGGCCA--CAAGGTAC--AT----TATGTA-TGTTC------------GGACGAACGGGTAG-ACAGTTCAAACACTATATGCCCTCCGGGTCTTTGACCCGTGGATGCA
gi|4 : ATGTGTCCAGTT--AGTACATAAATGACCCAACTGAAAATAT--GAGT--TTA-TTCTGGTGATGGTGATGA-----T-G------------TA--G-CAAGTTTGTTCAGAATCAGATGAAAGCTGTA---GG---AGGAATTGAGACCACAAGGTA--CA--------AATGTATATGAA-------T-----TAAGTCAGAAAAAAGGAGCATTAC-TC--AATCAATAATAATCTTGTCAGA-AAATC--CTG---ACG----ATATGCGCTTGTTCAGATGATGATGATGATGTATAATAGCAA-G-----TTGGAAT------AAAACTGT---AGGTGGAGTTGAGGCGAATGAAGG-AC--A-----AACAAACTG-AC------------AGACAGAC----AG-ATAGTTCAAACACTATATGCTCTCCTGGTCTTTGACCCATGGGGG
gi|5 : aataaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT--G------------------------TGC-----T-G---------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---TTGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATA-GTTT-----TAAGTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGT-GA-AAATC--CTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NNNNNNNAGGACA--CAAGGTAC--A-----TATGTT-TGTTT------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTTAGGGCgc
gi|6 : gaaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT--G------------------------TGC-----T-G---------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---TTGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATA-TTTT-----TAAGTCATAAGAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGGGT-GA-AAGTC--CTG---ACG----ATATACGTTTGTTCTGAAAATGGTGATGATAT---GTAGCAA-GTTTGATTAGAATCAGAAAAAAACTGTTGAA---GGAGTTGAGGTCA--CAAGGTAC--A-----TATGTT-TGTTT------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGTTCTCTGGATCTTCAACCTGTTGGGGC
gi|7 : gaaATATGTCAAACT--AGTACACAGAAGCCCCTACTGACAATAT--G------------------------TGC-----T-G---------------------GTTTGATTAGAATCAGATGAAAACTGTATAAGG---AG---TTGAAGCCACAAGGTA--CA--------TCTGTATATGAAATA-GTTT-----TAAGTCATAAAAAGGGTGCATAAC-TC--CTTAAATAATAATCTGAGT-GA-AAATC--CTGNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NNNNNNNAGGACA--CAAGGTAC--A-----TATGTT-TGTTT------------GGACG--------G-ACAGTTCAAACAC--TATGCTCTCTGGATCTTCAACCTGTTAGGGC
gi|8 : aaGTGCCCAATA--AG-ACATGGATGCCCC-ACTGACAATATGGG--T--TTG-TTC-----A-GGTAATTG-----T-GATAANNNNNNNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN---NN---NNNAAGTCACAAGTTA--CATAAT----TATGTATATGAAATA-TTTT-----TATGTCACAACAA---CATATATG-TC--C--AAATAGTA--C---ACGGATGCCTCCACTG---ACA----ATATGAG---AATCAGATGA
gi|8 : ATATGTCCAAAT--AGTACACGGATGCCTCCACTGACAATAT--G--A----GAATC-----A-GATGA------------------------------AAACT--------ATAAGAGGAAA--------------------TGAGGCCACAAGGAA--CATATG----TATGTATATGAAATA-TTTT-----aaactataagaggaaatgaggccacaaggaacatatgtatgtatatgaaatattttaa
gi|9 : gtgcccaataagacatggatgccccactgacaatatgggtttgttcaggtaattgtgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcacaagttacataattatgtatatgaaatatttttatgtcacaacaacat-----A-GGTGATGA-----TAG------------T---GGCAAGTTTGACTAGAATCAGATAAAAACTGTA---GG---AG---TTGACGCCACAAGGTAGACAATTTAAATTATGTATATGTAATA-TTTCAGATATAAGTCAGATAAAGGG-GCATAAC-TC--CTTAAATAATATTTTTGTTGAA-AAATG--CTG---ACA----ATATGGGCTTGTTCAGATGAT------GATGT---ATAGCAA-GTTTTATTAGAATCGGAAAGAAACTGT---A---GAAGTTGAGGCCA--CAAGGTTC--A-----TATATaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGCAAGAAGGACATATACAGACAAACAGACGGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACCAGTAGGATAAGGAAAATATATTACAACTGCTGATGTATGATGTGGATTGAACCTACTGTGAAAATAATACTTAAATATGAGTGGTATTTGTTTGCATTTAATTTGCAATAGAAGCTTTGTATAAATATATATATCAAGTACAAACAGGATATTTTAAGCAATGTTGTTCAAAGCACCTTAACCCACACCCTTCCACACTCTCC
Unaligned ( gi|19 ): TGTAATAGAAGCTCATACATGGATTTGGTGACTATATCTATGAATTTAA
Unaligned ( gi|20 ): AAGGCAAATCGAGAGAGGGTAAACCCTCCAGTGAAACTGGTAGGGG