lowQualScore : 111 88888888888888 2222222 11 11111111 111 1111 111111111 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111 222222222222222222 22222222222 33333333333333333 1111111111111 222222222 222222 1 11111 222222222222
lowQualScore : 2 3 4 000 11111111111111 3 1111111 999999 11 44 3 3 55555555 3 44 1 8888888 3 888 0000 555555555 2 11 0 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 0 3 3 6666666666666666 3 000000000000000000 3 33333333333 88 3 11111111111111111 888888 7777777777777 555555555 111111 44 8888888 6 8 55555 66 555555555555 2
lowQualScore : . . . ... .............. . ....... ...... .. .. . . ........ . .. . ....... . ... .... ......... . .. . . ................................................... . . . . ................ . .................. . ........... .. . ................. ...... ............. ......... ...... .. ....... . . ..... .. ............ .
lowQualScore : 0 4 4 111 22222222222222 3 3333333 666666 22 22 3 1 88888888 1 22 9 8888888 1 222 6666 666666666 3 55 2 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 5 3 3 3333333333333333 3 999999999999999999 3 77777777777 66 1 11111111111111111 333333 0000000000000 444444444 444444 66 9999999 1 9 33333 11 333333333333 0
consensus : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGNATATCTTGTCACAAACGTT---A-TTCCC-AGAAAAG---T---AGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGAAGT-AC---AN--TA-TAT--AACCAATGACTT-TTCAAACA-GCC--GTAA---NTAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCT-TG--TA-----TAT-TTGA----T-TTA--TT-----TT---T---------TG-ATGATG-TT-TAATTA-C-------A-----AG-CAT-----A----AT------TT-CATGTA---A------AATA-ATA-T---A----------NC-TAT-T---TATN--------T---GTAT-------A-GGTGACTTATA----GGTCCATTGGGCCGG--GTGTGT--TG-TTTAAAAT-T--A--T--ATN------T--GTATATTATGTTA
Reference ( gi|7 ) : TTTAATGGTATGGATGGTATTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACACACGTTAAAACTTCCC-AGAAAAG---A---AGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGCGAAGAAGAAGT-AT---AT--TA-TAT--AATCAATGACTT-TTCAAACA-GCG--GTAA---TTAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCT-TA--GA-----AAT-TTGA----T-TTA--TT-----TT---T---------TG-ATGATG-TT-TAATTG-C-------A-----AG-CAT-----A----AT------TT-CATGTG---A------AATA-ATA-T---A----------AT-TAT-T---TATA--------T---GTAT-------T-GGTGACTTAAA----GGTCCATTGGGCCGG--GTGTAT--TG-TTAAAAAT-T--A--T--ATA------T--ACATATCATGTTA
gi|6 : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATGTGAAT-----GTCACAAACGTT-------CCC-AGAAAAA---A---AAATGAATA------TATTATTAAGGCTTATGTTAGAAGAAGCAGT-AC---AA--TA-TAT--AATCAATGACAT-TCCAAACA-GCT--GTAA---ATAATAT--------GTTGTTA--TGTAACTAC---------------AT-TGTA----T-CTA--TT-----ATAAAT---------TGTTTGATG-TT-TAATTT-C-------A-----AG-CAT-----A----AT------TT-CATGTA---A------AAC--ATA-T---A----------TC-TAT-T---TATT--------T---GTAT-------A-TGTGACTTATA----AGTCCATTAGGCCGT--GTGTGT--GT-TTTAAAAT-TCAA--T--ATC------T--GTATATCATGTTA
gi|12 : ccaattttctaatattcagTTTAATGGTATAAATGGTATTGA-TAAATT-GTATATCTTGTCGCACACGTT-------TCC-GGAAAAG---T---AGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGAAGT-AC---AT--TA-TAT--AACCAATGATTT-TTCAAACA-GCC--GTAA---TTAATAT--------GTTGCTT--TGTAATTACCT-TG--TA-----TAT-TTAA----T-TTA--TT-----TTA--T---------TA-ATATTG-TT-TAATAA-C-------A-----AG-
gi|11 : tacatttatatacattgaacaattttcaaatatgcagTTTAATGGTATGGATAATCTTGA-TGAATGTTTACACCTTGTTACA-------AAAGTTCCC-AGATTAG---T---TGGTAAATA------AATTGTTAAGGCTAATATGAGAAGAAGAAAT-GC---TT--TA-TAT--TACCAATGACTT-TTCAAATA-GCC--GTAA---ATAATAT---------TTGTTA--TTTAATTACCT-TG--TA-----CAT-ATTA----T-TTA--TT-----TT---
gi|17 : gcatattttacactcatggtaggagagcacacattttcaatgagcaatttcaaaatataaagTTGAATAGTATGAATGATGTTGA-TAAATTTATATAAACTGTCACAAATGTTCAAAT--------AAAAG---T---AGCTAAATAGACATGTATTGTAAAGGCTTA------AAGTAGAAGT-AT---GA--TA-TAT--AACCGATGATTT-----AACA-GCC--GTAA---ATAATAT--------ACTGTTAT-TGTAATTATCT-T
gi|4 : aattttctaatatacaaTTTAATGATATGAACGATGATGT-TAAATTAAAATATCTTATTAC--------AAACTTTTCAAGAAAAC---G---AACTAAGTG------TCTT-TCAAAGCTTACTTCAGATGAAGAACT-AC---AA--TA-CAT--AATCA----------------------GCAA---TTA-----------------TG--TGTAAAAATCT-TA--G----------TTG--------TA--TT-----------------------AT-ACGTTT-TAATTC-C-------A-----TG---T-----G----ATGTTGTATT-AATGT----A------AAT--GTA-T---A----------CG-TA------TATT--------T---GTAT-------A-GGTGACTTACA----GGTTCATTGAATTGG--GTGTGT--Tttga
gi|19 : agcttctggagcaaagactattgttttgtaataaccttcagattgaaaatgaaatacagtctttttttaaattcagtgttcactgcataatgctattagagaagatatctttcaagaacaactggtgaatttagaaTAACGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAGCGTT-------CCC-AGAAAAG---T---AGCTCAATA------TATTGTTAAGGCTAATATAAGAAGAAGAATT-AC---AA--TA-TAT--AACCAATGACTT-CTCAAACA-GCC--GTAA---ATAATGT--------c
gi|3 : tattttcaatgagcaatttttaaatatgcaggTGTGGATGATGTTGA-AACATATAAATATCTTGTCACAAACGTT-------CCC-AGAAAAG---T---AGCTAAACA------TATTGTTAAGATGTATATGAGAAGAAGAAGTAATATAAT--TA-TGT--AATCAATGCCTT-CT-AAACA-GCC--GTAA----TAATATTTATTTGGGTTATTGGCTGTAATAACTT-------------AT-TTGG----G-TTA--TT-----T
gi|2 : aatgatctaaaaatgtatggcaagtaaattacacactaactgttttcttactgtgaaattagtgttcagtttttcattttaaataaaatgtttatatactgtgaaaaagtcatattttcaaaaatgaatactatactgtatatatacatatatgtaTGGATGGTATTGAACAAATT-GTATATCTTGTCACACACGT----AT---CC-AGAAAAGTACATGTAGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAATAATT-AC---AT--TA-TAT--AACCAATGAAGT-TCCAAACA-GCC--GTAA---TTAATAT--------ATTGTTA--TGTAATTACCC-TG--TA-----TAT-ATTA----T-TTA--TT-----TTG--T---------TG-ATGATG--T-TAATTA-C-------A-----AG-CAT-----A----AC------TT-CATATG---A------AATA-Agcacgtaattgtataacgcaatgtttaataacaaaaa
gi|9 : aaattgtttaaatatgcgtttatggttaagataatgcaaacataaatgtttttttgactgtcatataaaaatagataatattttaccaatttttaaatgtgaccgatttgtaccactaaaatatgttacattagttttaatactgaattcatgcatgtatttcgttagatttgttcactaaagcagaatGA-TAAATTAAAACATCTTGTTACA-ATTTT-----TTTCA-AGAAAAC---T---AGCAAACTA------TCTCGCCACAGTTTACCCAAGAAGAAAAAAA-AC---ACCATG-TAC--AAACAGTGAC-A-TTCAAAAATTTT--GTAA---TCAATAT--------TCTATTA--GGTAATAACGT-TA--TA-----TAT-ATGA-------TA--------------T---------TG-ATGGTG-TT-TACTTA-T-------ATATAGGG-TAT-----ACTTTAT------TTCCATGT-----------AATA-TTA-C--------------AT-TA
gi|1 : gtatatatcagagcagacatctttcaataacaactgttgaatatagaaattataaatatgatagaggcaCTTTCA-AGAAAAC---A---AGCTAAATA------TCGGGTCAAAGCTTACCT-CAAA--AGAAGT-TT---AG--CAATGTCAAATCAGTAA-------AAAGA-GTA---TAAAAATTGATAT--------CCTTTTACATATAAATGTGT-TGACGA-----TGT-TTAC----T-TCA--TT-----AT---T---------AG-AT-ATG-CT-TTACTGTC-------A-----TGTCAT-----ATGATAT------TG-CAT-T-----------AATGTATA-T---T----------TT-TAT-C---TATA--------TTTTGTAT-------A-GGTGACTTATA----TGTACATTTAGCCCGCAATGTTC--TG-TC--AAAT-TGCA--T--ATG------T--ACATATTATGTTAaggtatatttg
gi|15 : taattcagggttcacttcataatactatcaaggcagacctttttcaagaatatgttgcatatatgttataatttgataatatgaacgatggttctagctattagcCC-AGAAAAG---T---AGCTGAATA------TAGTGTTAAGTTTTATATGATAAGTAGAA------------TA-TAT--AAACAATGACTG-TCCGAACA-GCC--GTCC---ATAATAT--------GT--TCA---GTAATTACTTGTA--TA-----TTT-TTTACCTGT-TTA--TT-----TT---CTGTATTGGATG-ACGATG-TT-CAATTG-C-------A-----AG-CTT-----A----CT------TT--ATGCA---A------AATA-ATG-T---A----------AC-TAT-C---TGTA--------tacatttacacgtgtcacattataaaaacatgctttcttgcttatatataatttacactg
gi|29 : -AAAAAAG---T---AGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGAAGT-AC---GT--TA-TAT--AACTAATGACTT-TCCAAACA-GCC--ATAA---TAAATAT--------Ggagatggcttctatctatca
gi|13 : cttaaaCGAAGAAGAAAT-AC---AA--TG-AAT--AATCAGTG--TTATTTAAACT-GTTTTGTAA---TGAATAT--------CATATTA--TGTAACAATCT-TA--GATTTATGATATTGA----TATTA--TT-----Tc
gi|23 : gactatatttattttgtaacgcgctttaaattgaaaatgcaattcagcatttactttatagtgttcatattaaagttgacatctatcaataactaatagactatacttgtatggtatgaa--GTAA---ATACCAT--------ATTTTTA--TATAATTATCT-TG--------------T-A----T-CTA--TT-----AT---T---------TG-ATGATG-TT-TAATTA-C-------G-----AG-CAT-----A----CT------TC-TATGTA---A------AATA-CTA-T---T----------AC-TAT-T---TAGT--------T---GTAT-------A-AGTGAC-TAA-------TCCCTTGGACCGG--GTGTGT--TGATTAAAATTCT--G--T--ATT------T--GTATATTACGTTAactctatattaaatatgct
gi|24 : --TGTATTTATCT-TG--TA-----TAT-ATTA----T-TTA--TT-----GT---T---------TA-ATGATG-TT-TAATTA-C-------A-----AG-CAT-----A----AT------TT-CATGTC---A------AATA-ATA-T---A----------GC-TGC-T---TATT--------T---GTA--------T-GGTGACCTACT----GGTCTATTGGGTCGG--ATGTGT--TG-TTTAAGAT-T--A--T--ATAATCATGT--GTATATTATGTTAta
gi|18 : -TA--GA-----AAT-AAGA----T-TTAAATTCCTACTT---C---------TG-CTGATG-TT-TAA-TG-T-------G-----AG-CAT-----T----AT------TT-CAATTGAAAA------AATA-ATATT---AATAACAAAATAT-TAT-C---TATT--------T---GTA--------T-AGTGCCTTATA----AGTCCATTGAGC------TGTTA--TG-TTTAAAAT-T--A--TAAATT------T--GTATATTATGTTAa
gi|14 : T-TAGA----T-GTA--TG-----CTA--T---------TA-ATGATG-AT-TAATTA-CTTATATTA-----AA-CATGCTTTA----AT------TC-CATGTA---ATGTTAAAGTC-ATG-T---A----------TA-TATGTGCATATA--------T---GTAT-------A-GGTGACTTAATTCTTGGTTCATTTGGCCGG--GTGTAT--TA-TGCATTAT-T--A--T--GT-------T--ACACATcatgtacacatgtcac
gi|30 : aaaattatatacaatcATG-TTATAATT--T-------A-----A---AT-----A-----T------CT-CATGTA---C------AGTT--TA-T---A----------CC-TA-------ATA------------GTTT-------A-GGTGACTTATA----GGTCCAATGGGCCGG--GTGgcacatatgccactaaaatataaaaaaaaattgcttacctataagttcatattgtata
gi|26 : cT------TC-CATGTG---A------TATT-ACA-TTAAA----------GTATAT-T---CGTA--------T---GTATATTTATATAGGTGACTTACA----GGTTCAATGGGCCAG--GTCTCT--TA-TTcttttagta
gi|27 : aaaaaattacatacaataatgttatatcacgaaaattaagcacgtaaaatatgctcgatTA-ATG-T---A-------------TAT-T---TGTAAGTATATTT---GTAT-------A-GGTGACTTATT----GATCCATTGGGCCGA--ACGTATCCTC-TT--TAAT-T--G--C--ATA------CTGACATAGTATGTta
gi|33 : tatagatataacat-T---A----------AC-TAT-T---TATG--------T---GTAT-------A-GGTGACTTATA----GGTCCAT---------------------TTAAAACTCT--A--T--ATT------T--GTATATTATGTTAgatacataca
gi|31 : ----GGTCTATTGGGCCGA--GTGTGT--TG-TTTAAAAT-T--CTTT--ATC------T--GTATATCATGTTA
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ACGATGTTTATTTTGTAATGACCTTCCAATTGAAAATGAAATTCATCTTTAATTCAATATCCCCTTTATTATGATATTAGAGCAGACATCTTTCAAGAACAACTGCTGAATATAGATGTTAACGATATAAACGATGTTAGTCACAAACCTTTCAAGAAATTAGCTAAATATCTTGTCATTTCCTACCCAAAAAGAATAACTGCAATGTGTACTCATTGGCACTTAAAAAGCTTTTTTAATGGATATTCTATTATGCAGTAATCTTAGAATTGTTATAATGATAACGTTTACTTCTATATAAGATTTGCTTCAATTTCATATAATATTATATAAATGT
Unaligned ( gi|8 ): GAAGAGATACATCAATAACACGTATTAAGTTTTGTTATAAATGTCCTGTTATGTGATAATCTAAGATTTATCAAACTGATGATAAACTATTTACTTCTATATAACATATGCTTCAGTTGCATGTGGTATTACATCAATGTATACATCTATGTTTATTTGTGCAAGCTGACTGTTAAGTCCATTAACCTGGACATGTTCTGTTAAATTGTATATTTACAAAAAATATGTTATACATGTAAACGTGTCACTAAAGTAAAAACAAAAATACATTCCTATTATTTCTAGGTTGATGCTA
Unaligned ( gi|10 ): TTATGTAATAACCTTAGATTTATGATATTGGTAAGGAGCTAGAAAATCCTTTGATTATCGTGATGTTTATTTACACATAAGAACTGCTTTATTTATGTGATATTACATTTGATTTAAATAAATGTACATTTGTATATATATTTGCATTGATGACTTATAGGACAATTAGTGTGTTCTGTTAAGTTGCATATTTACGTACATGTATATACATTTACACATGTCACTATACTAGAAACTGTTTACTTACATAT
Unaligned ( gi|16 ): GAATCTCTGGAGCAAAGACTATGTTCATTTTGTAATCACCCTCATTTTGAAAACAAAATACAGTCATTTGTTTAATTCAATGTTCACATGTTGTGTGATATCAGAGAAGACGTCACGTAAGAGCAGCTGAAGTAACATGAACAATGATCCCCAATCAAAATATCGTGTCACAAACATTTTTGAAAATATTTGTCGTC
Unaligned ( gi|20 ): ACAAATTAATAAGTATTACATATTTTCCAAGACAACTAGCGTACTATCTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGAAATACATAATAAAAGTACAGTAACACTCAAAATAATTTTGTTACAAATATCATATTATGTAATAATATTTGATTTATAGTAATGATGATATTTAATTTTA
Unaligned ( gi|21 ): CAAATTAATAAGTATTACATATTTTCCAAGACAACTAGCGTACTATCTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGAAATACATAATAAAAGTACAGTAACACTCAAAATAATTTTGTTACAAATATCATATTATGTAATAATATTTGATTTATAGTAATGATGATATTTAATTTTAT
Unaligned ( gi|22 ): TGCAATCACCATCGAATTGATAATGAAAATACAGCTTAGTTCATTTGTAATGATATTACAGCAGACATCTTTCAAACACAACTATTTAATTATATGAGCGATGCTGATCAATTAAAACATGTTTCAAGACAATTAGCTATTCAATTTCTTGTCAAAGCTTACTTCAGA
Unaligned ( gi|25 ): TTTTGGAATTAATATCCTATTATGTAATAACATTGAAAATATTATATATAAGGGGTTTCCTTACACATTGTAAAATATGCGTTATTTCTTTGTGACATTACATTTAGATCTATATGTATGTAACTATATCAATATAGGTGACTTATTAGTCCATTGG
Unaligned ( gi|28 ): AAATAAATTATCGAATATATTATTTTCTTTATTGTACAGCACGTATGTATTGTTTGTAAACCATTTTAAATACAGTGTACGTTTTTCAATAGTATTTCAA
Unaligned ( gi|32 ): AGTGCACATTTTACAATGATATTAGATCAGACATTTTCAATAAGCAATTTTCAAATACAATGTATGCAGTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TGTATATCATGTTACATGTACACATGTCAC
Alignments
lowQualScore : 33333333 111111 111111111 1111111 333333333333333333333 222222222222 11 2222222 111111111111
lowQualScore : 4 6 1 88888888 0 777777 777777 3 2 2 33 3 66666666 999 77777 2 111111 88888 555555555 0 99 2 0000000 88888888 444 222222222222222222222 33 2 4444 999999999999999 2 222222222222 2 2 33 2 777777 11 5555 999999999 0000000 1 555 2 6666 2 4444 1 55 55 777777777777 44 3 55 7777
lowQualScore : . . . ........ . ...... ...... . . . .. . ........ ... ..... . ...... ..... ......... . .. . ....... ........ ... ..................... .. . .... ............... . ............ . . .. . ...... .. .... ......... ....... . ... . .... . .... . .. .. ............ .. . .. ....
lowQualScore : 0 0 0 77777777 4 222222 222222 1 6 4 44 4 66666666 111 66666 5 555555 22222 777777777 3 44 0 1111111 88888888 111 000000000000000000000 22 4 7777 444444444444444 7 333333333333 7 7 77 7 777777 77 7777 777777777 1111111 0 000 9 1111 1 6666 2 00 00 888888888888 66 6 00 7777
consensus : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATGACTTTCCAAACA-GC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TGATTTATTN--------T-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TG-TAA------AATAAT----ATANC-------TAT--T---TATTT---GTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
Reference ( family-387 ) : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGNATATCTTGTCACAAACGTTA----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATGACTTTTCAAACA-GC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TGATTTATTT--------T-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TG-TAA------AATAAT----ATANC-------TAT--T---TATNT---GTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
gi|1 : ----TTTCAAGAAAACAA------GCTAAATA------TCGGGTCAAAGCTTACCTCAAAAGAAGTTTAG--C----A--ATGTCAAAT--CAGTAA------AAAGA-GT------ATAAAAATTGATAT--------CCTTTTACATATAAATGTGTTGACGATGTT-------TACTTCATTA--------T-T---------AGAT---ATGCT-TTAC----TGTC-------A-----TGTCAT-------ATGATAT-TG-CA--T--TAA------TGTA-T----ATTTT-------TAT--C---TATATTTTGTATAGG-TGACTTA----TATGTACATTTAGCCCGCAATGT--TCTGTCAAA--T--T--G--C------AT-ATG-TACAT----ATTATGTTA
gi|11 : taattcagggttcacttcataatactatcaaggcagacctttttcaagaatatgttgcatatatgttataatttgataatatgaacgatggttctagctattagccTTTAATGGTATGGATAATCTTGA-TGAATGTTTACACCTTGTTACAAAAGTT-------CCCAGATTAGTT------GGTAAATA------AATTGTTAAGGCTAATATGAGAAGAAGA--AATGC----T--TTATATTAC--CAATGACTTTTCAAATA-GC---C--GTAAA---TAATAT---------TTGTTA--TTTAATTACCTTG--TACATA-------TTATTTATTT--------T-tacatttacacgtgtcacattataaaaacatgctttcttgcttatatataatttacactg
gi|12 : gcatattttacactcatggtaggagagcacacattttcaatgagcaatttcaaaatataaagTTTAATGGTATAAATGGTATTGA-TAAATT-GTATATCTTGTCGCACACGTT-------TCCGGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--TTATATAAC--CAATGATTTTTCAAACA-GC---C--GTAAT---TAATAT--------GTTGCTT--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TAATTTATTT--------TAT---------TAATA--TTGTT-TAAT----AA-C-------A-----AG-
gi|14 : tacatttatatacattgaacaattttcaaatatgcagATCTT-------AGATGTATGC--------TAT---------TAATG--ATGAT-TAAT----TA-CTTATATTA-----AA-CATGCTTT--A----AT-TC-CA--TG-TAATGTTAAAGTCAT----GTATA-------TATG-TGCATATAT---GTATAGG-TGACTTAATTCTTGGTTCATTTGGCCGGGTGT------------A--T--T--A--T------GC-AT------T----ATTATGTTA
gi|15 : aaaattatatacaCCAGAAAAGTA------GCTGAATA------TAGTGTTAAGTTTTATATGATAAGTAGA--A------------TATATAAA--CAATGACTGTCCGAACA-GC---C--GTCCA---TAATAT--------GT--TCA---GTAATTA-CTTG--TATATTTTTTACCTG-TTTATTT--------T-CTGTATTGGATGACG--ATGTT-CAAT----TG-C-------A-----AG-CTT-------A----CT-TT--A--TG-CAA------AATAAT----GTAAC----------------TATCT---GTAGAGA-TGGCTTC----TA--TCTATcacatgcacatatgccactaaaatataaaaaaaaattgcttacctataagttcatattgtata
gi|17 : TTGAATAGTATGAATGATGTTGA-TAAATTTATATAAACTGTCACAAATG-------TTCAAATAAAAGTA------GCTAAATAGACATGTATTGTAAAGGCTTA------AAGTAGA--AGTAT----G--ATATATAAC--CGATGATTT----AACA-GC---C--GTAAA---TAATAT--------ACTGTTAT-TGTAATTATCTTca
gi|18 : aattttctaatatacaaT--------T-C---------TGCTG--ATGTT-TAA-----TG-T-------G-----AG-CAT-------T----AT-TT-CAATTGAAAA------AATAATATTAATAACAAAATATTAT--C---TATTT---GTATA-G-TGCCTTA----TAAGTCCATTGAGC----TGTTA--TGTTTAAAA--T--T--A--TAA----AT-TTG-T--AT----ATTATGTTAttga
gi|19 : tagaaataagatttaaattcctacTAACGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAGCGTT-------CCCAGAAAAGTA------GCTCAATA------TATTGTTAAGGCTAATATAAGAAGAAGA--ATTAC----A--ATATATAAC--CAATGACTTCTCAAACA-GC---C--GTAAA---TAATGT--------catgtacacatgtcac
gi|2 : tattttcaatgagcaatttttaaatatgcaggTGGATGGTATTGAACAAATT-GTATATCTTGTCACACACGT-A----T--CCAGAAAAGTACATGTAGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAATA--ATTAC----A--TTATATAAC--CAATGAAGTTCCAAACA-GC---C--GTAAT---TAATAT--------ATTGTTA--TGTAATTACCCTG--TATATA-------TTATTTATTT--------TGT---------TGATG--ATG-T-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AC-TT-CA--TA-TGA------AATAA
gi|20 : aaattgtttaaatatgcgtttatggttaagataatgcaaacataaatgtttttttgactgtcatataaaaatagataatattttaccaatttttaaatgtgaccgatttgtaccactaaaatatgttacattagttttaatactgaattcatgcatgtatttcgttagatttgttcactaaagcagaat----TTCCAAGACAACTA------GCGTACTA------T-CTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGA--AATAC----A--TAATAAAAGTACAGTAACACTCAAAATA-AT---TTTGTTAC---AAATAT--------CATATTA--TGTAAT-A--------ATATT-------TGATTTATAG--------T-AA--------TGATG--ATATT-TAAT----T
gi|21 : acaaattaataagtattacatatt----TTCCAAGACAACTA------GCGTACTA------T-CTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGA--AATAC----A--TAATAAAAGTACAGTAACACTCAAAATA-AT---TTTGTTAC---AAATAT--------CATATTA--TGTAAT-A--------ATATT-------TGATTTATAG--------T-AA--------TGATG--ATATT-TAAT----Ttta
gi|23 : caaattaataagtattacatatt--GTAAA---TACCAT--------ATTTTTA--TATAATTATCTTG--TAT--------------CTATTA--------T-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------G-----AG-CAT-------A----CT-TC-TA--TG-TAA------AATACT----ATTAC-------TAT--T---TAGTT---GTATAAG-TGACTAA--------TCCCTTGGACCGGGTGTGT--TGATTAAAA--TTCT--G--T------AT-TTG-T--AT----ATTACGTTAttat
gi|24 : --TGTATTTATCTTG--TATATA-------TTATTTATTG--------T-T---------TAATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TG-TCA------AATAAT----ATAGC-------TGC--T---TATTT---GTAT-GG-TGACCTA----CTGGTCTATTGGGTCGGATGTGT--TGTTTAAGA--T--T--A--TATAATCAT-GTG-T--AT----ATTATGTTAta
gi|26 : ----AT-TA-CA--T--TAA------AGTA-T----ATTCG-------TATG-TA--TATTT---ATATAGG-TGACTTA----CAGGTTCAATGGGCCAGGTCTCT--TATTTAa
gi|27 : aaaaaattacatacaataatgttatatcacgaaaattaagcacgtaaaatatgctcgatttccatgtgat----TA-T-------A-----GA-TAT-------A----ACATT-AA--TG-TAT------ATT--T----GTAAG-------TAT-------ATTT---GTATAGG-TGACTTA----TTGATCCATTGGGCCGAACGTATCCTCTTT--AA--T--T--G--C------ATACTGAC--AT----AGTATGT
gi|29 : AAAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----G--TTATATAAC--TAATGACTTTCCAAACA-GC---C--ATAAT---AAATAT--------Ggatacataca
gi|3 : cttaaaTGTGGATGATGTTGA-AACATATAAATATCTTGTCACAAACGTT-------CCCAGAAAAGTA------GCTAAACA------TATTGTTAAGATGTATATGAGAAGAAGA--AGTAATATAA--TTATGTAAT--CAATGCCTTCT-AAACA-GC---C--GTAA----TAATATTTATTTGGGTTATTGGCTGTAATAACTT-------ATT-------TGGGTTATTTGCACGTAAT-TGTA------TAACGCAATGTT-TAAT----AA-C-------A-----Ac
gi|30 : aatgatctaaaaatgtatggcaagtaaattacacactaactgttttcttactgtgaaattagtgttcagtttttcattttaaataaaatgtttatatactgtgaaaaagtcatattttcaaaaatgaatactatactgtatatatacatatatgta--ATGTTATAAT----T--T-------A-----A---AT-------A-----T-CT-CA--TG-TAC------AGTT-T----ATACC-------TA--------ATA----GTTTAGG-TGACTTA----TAGGTCCAATGGGCCGGGTGaaa
gi|31 : cGGTCTATTGGGCCGAGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--CTTT------AT-CTG-T--AT----ATCATGTTActtttagta
gi|33 : tgatttgctatgtttatttttTAAC-------TAT--T---TATGT---GTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCA-------------------TTTAAAACTC--T--A--T------AT-TTG-T--AT----ATTATGTTA
gi|4 : TTTAATGATATGAACGATGATGT-TAAATTAAAATATCTTATTACAAAC-T------TTTCAAGAAAACGA------ACTAAGTG------TCTT-TCAAAGCTTACTTCAGATGAAGA--ACTAC----A--ATACATAAT--CAG--------CAATTA-TG---T--GTAAA----AATCTTA------GTTGT--------ATTA-------TACGTT-------TTA---ATTC--------C-A---------TG-TG--ATGTT-GTAT----TA----------------------------------------A--TG-T-A------AAT-GT----ATACG-------TA-------TATTT---GTATAGG-TGACTTA----CAGGTTCATTGAATTGGGTGTGT--T
gi|5 : agcttctggagcaaagactattgttttgtaataaccttcagattgaaaatgaaatacagtctttttttaaattcagtgttcactgcataatgctattagagaagatatctttcaagaacaactggtgaatttagaaGTCACAAACCTT--------TCAAGAAATTA------GCTAAATA------TCTTGTCATTTCCTACCCAAAAAGAATA--ACTGC----A--ATGTGTACT--CATTGGCACTT-AAAAA-GCTTTT--TTAAT---GGATAT--------TCTATTA--TGCAGTAATCT----TAGAAT-------TG--TTA--T--------A-A---------TGATA--ACGTT-TACTTCTATA-T-------A-----AG--ATTTGCTTCA----AT-TT-CA--TA-TAA------TATTAT----ATAc
gi|6 : acgatgtttattttgtaatgaccttccaattgaaaatgaaattcatctttaattcaatatcccctttattatgatattagagcagacatctttcaagaacaactgctgaatatagatgttaacgatataaacgatgttaTTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATGTGAAT-----GTCACAAACGTT-------CCCAGAAAAAAA------AATGAATA------TATTATTAAGGCTTATGTTAGAAGAAGC--AGTAC----A--ATATATAAT--CAATGACATTCCAAACA-GC---T--GTAAA---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAACTACATTG--TATCTA-------TTATAAATTG--------T-T------------TG--ATGTT-TAAT----TT-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TG-TAA------AAC-AT----ATATC-------TAT--T---TATTT---GTATATG-TGACTTA----TAAGTCCATTAGGCCGTGTGTGT--GTTTTAAAA--T--TCAA--T------AT-CTG-T--AT----ATCATGTTAaatgt
gi|7 : ccaattttctaatattcagTTTAATGGTATGGATGGTATTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACACACGTTAAAACTTCCCAGAAAAGAA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGCGAAGAAGA--AGTAT----A--TTATATAAT--CAATGACTTTTCAAACA-GC---G--GTAAT---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTA--GAAATT-------TGATTTATTT--------T-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TG-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TG-TGA------AATAAT----ATAAT-------TAT--T---TATAT---GTATTGG-TGACTTA----AAGGTCCATTGGGCCGGGTGTAT--TGTTAAAAA--T--T--A--T------AT-ATA-C--AT----ATCATGTTA
gi|8 : AT----ACATC-------TATGTT---TATTT---GTGCAAGCTGACTGT----TAAGTCCATTAACCTGGACATGT--TCTGTTAAA--T--T--G--T------AT-ATT-T--ACAAAAAATATGTTA
gi|9 : gaagagatacatcaataacacgtattaagttttgttataaatgtcctgttatgtgataatctaagatttatcaaactgatgataaactatttacttctatataacatatgcttcagttgcatgtggtattacatcaatgtGA-TAAATTAAAACATCTTGTTACAA--TTTT----TTTCAAGAAAACTA------GCAAACTA------TCTCGCCACAGTTTACCCAAGAAGAAAA--AAAAC----ACCATGTACAAA--CAGTGAC-ATTCAAAAATTT---T--GTAAT---CAATAT--------TCTATTA--GGTAATAACGTTA--TATATA-------TGA--TA-------------T---------TGATG--GTGTT-TACT----TA-T-------ATATAGGG-TAT-------ACTTTAT-TTCCA--TG-TAA------TATTAC----ATtacatgtaaacgtgtcactaaagtaaaaacaaaaatacattcctattatttctaggttgatgcta
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTATGTAATAACCTTAGATTTATGATATTGGTAAGGAGCTAGAAAATCCTTTGATTATCGTGATGTTTATTTACACATAAGAACTGCTTTATTTATGTGATATTACATTTGATTTAAATAAATGTACATTTGTATATATATTTGCATTGATGACTTATAGGACAATTAGTGTGTTCTGTTAAGTTGCATATTTACGTACATGTATATACATTTACACATGTCACTATACTAGAAACTGTTTACTTACATAT
Unaligned ( gi|13 ): GACTATATTTATTTTGTAACGCGCTTTAAATTGAAAATGCAATTCAGCATTTACTTTATAGTGTTCATATTAAAGTTGACATCTATCAATAACTAATAGACTATACTTGTATGGTATGAACGAAGAAGAAATACAATGAATAATCAGTGTTATTTAAACTGTTTTGTAATGAATATCATATTATGTAACAATCTTAGATTTATGATATTGATATTATTTACTCTATATTAAATATGCT
Unaligned ( gi|16 ): GAATCTCTGGAGCAAAGACTATGTTCATTTTGTAATCACCCTCATTTTGAAAACAAAATACAGTCATTTGTTTAATTCAATGTTCACATGTTGTGTGATATCAGAGAAGACGTCACGTAAGAGCAGCTGAAGTAACATGAACAATGATCCCCAATCAAAATATCGTGTCACAAACATTTTTGAAAATATTTGTCGTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCAATCACCATCGAATTGATAATGAAAATACAGCTTAGTTCATTTGTAATGATATTACAGCAGACATCTTTCAAACACAACTATTTAATTATATGAGCGATGCTGATCAATTAAAACATGTTTCAAGACAATTAGCTATTCAATTTCTTGTCAAAGCTTACTTCAGA
Unaligned ( gi|25 ): TTTTGGAATTAATATCCTATTATGTAATAACATTGAAAATATTATATATAAGGGGTTTCCTTACACATTGTAAAATATGCGTTATTTCTTTGTGACATTACATTTAGATCTATATGTATGTAACTATATCAATATAGGTGACTTATTAGTCCATTGG
Unaligned ( gi|28 ): AAATAAATTATCGAATATATTATTTTCTTTATTGTACAGCACGTATGTATTGTTTGTAAACCATTTTAAATACAGTGTACGTTTTTCAATAGTATTTCAA
Unaligned ( gi|32 ): AGTGCACATTTTACAATGATATTAGATCAGACATTTTCAATAAGCAATTTTCAAATACAATGTATGCAGTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TGTATATCATGTTACATGTACACATGTCAC
Alignments
lowQualScore : 2222222 111111 111111111 1111111 1111111111111111111111111 22222222222 111111111111111111111 222222222222 11111 22222222222222222222222 111111111111
lowQualScore : 4 666 0000000 0 777777 777777 3 2 2 33 3 66666666 999 33 2 111 111111 88888 555555555 0 99 2 0000000 1111111111111111111111111 1 22222222222 33 2 000000000000000000000 2 111111111111 2 2 33 7777777777 2 44444 00000000000000000000000 444 2 5555 0 2 4444 1 55 55 777777777777 44 3 55 7777
lowQualScore : . ... ....... . ...... ...... . . . .. . ........ ... .. . ... ...... ..... ......... . .. . ....... ......................... . ........... .. . ..................... . ............ . . .. .......... . ..... ....................... ... . .... . . .... . .. .. ............ .. . .. ....
lowQualScore : 0 333 5555555 4 222222 222222 1 6 4 44 4 66666666 111 44 9 777 555555 22222 777777777 3 44 0 1111111 1111111111111111111111111 9 99999999999 22 4 111111111111111111111 7 666666666666 5 5 44 4444444444 5 00000 33333333333333333333333 444 7 7777 2 1 6666 2 00 00 888888888888 66 6 00 7777
consensus : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TG----ATTT-------ATTNT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-TA---ATAT----ANC-------TAT--T---TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
Reference ( family-387 ) : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TG----ATTT-------ATTNT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-TA---ATAT----ANC-------TAT--T---TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
gi|1 : -----TTTCAAGAAAACAA------GCTAAATA------TCGGGTCAAAGCTTACCTCAAAAGAAGTTTAG--C----A--ATGTCAAAT--CAGTA--A------AAAGAGT------ATAAAAATTGATAT--------CCTTTTACATATAAATGTGTTGACGATGTT-------TA----CTTC-------ATTAT-T---------AGAT---ATGCT-TTAC----TGTC-------A-----TGTCAT-------ATGATAT-TG-CA--T-TAA------T---G-TA----TAT----TTT-------TAT--C---TATATTTTGTATAGG-TGACTTA----TATGTACATTTAGCCCGCAATGT--TCTGTCAAA--T--T--G--C------AT-ATG-TACAT----ATTATGTTA
gi|11 : taattcagggttcacttcataatactatcaaggcagacctttttcaagaatatgttgcatatatgttataatttgataatatgaacgatggttctagctattagccTTTAATGGTATGGATAATCTTGA-TGAATGTTTACACCTTGTTACAAAAGTT-------CCCAGATTAGTT------GGTAAATA------AATTGTTAAGGCTAATATGAGAAGAAGA--AATGC----T--TTATATTAC--CAATG--ACTTTTCAAATAGC---C--GTAAA---TAATAT---------TTGTTA--TTTAATTACCTTG--TACATA-------TT----ATTT-------ATTTT-tacatttacacgtgtcacattataaaaacatgctttcttgcttatatataatttacactg
gi|12 : gcatattttacactcatggtaggagagcacacattttcaatgagcaatttcaaaatataaagTTTAATGGTATAAATGGTATTGA-TAAATT-GTATATCTTGTCGCACACGTT-----T--CCGGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--TTATATAAC--CAATG--ATTTTTCAAACAGC---C--GTAAT---TAATAT--------GTTGCTT--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TA----ATTT-------ATTTTAT---------TAATA--TTGTT-TAAT----AA-C-------A-----AG-
gi|14 : tacatttatatacattgaacaattttcaaatatgcagATCTT-------AG----ATGT-------ATGCTAT---------TAATG--ATGAT-TAAT----TA-CTTATATTA-----AA-CATGCTTT--A----AT-TC-CA--TGTAATGTTAAA---G-TC---ATGT----ATA-------TATG-TGCATAT---ATGTATAGG-TGACTTAATTCTTGGTTCATTTGGCCGGGTGT------------A--T--T--A--T------GC-AT------T----ATTATGTTA
gi|15 : aaaattatatacaCCAGAAAAGTA------GCTGAATA------TAGTGTTAAGTTTTATATGATAAGTAGA--A------------TATATAAA--CAATG--ACTGTCCGAACAGC---C--GTCCA---TAATAT--------GT--TCA---GTAATTA-CTTG--TATATTTTTTACCTG-----TTT-------ATTTT-CTGTATTGGATGACG--ATGTT-CAAT----TG-C-------A-----AG-CTT-------A----CT-TT--A--TGCAA------A---A-TA---ATGT----AAC----------------TAT---CTGTAGAGA-TGGCTTC----TA--TCTATcacatgcacatatgccactaaaatataaaaaaaaattgcttacctataagttcatattgtata
gi|17 : TTGAATAGTATGAATGATGTTGA-TAAATTTATATAAACTGTCACAAATG-------TTCAAATAAAAGTA------GCTAAATAGACATGTATTGTAAAGGCTTA------AAGTAGA--AGTAT----G--ATATATAAC--CGATG--ATTT----AACAGC---C--GTAAA---TAATAT--------ACTGTTAT-TGTAATTATCTTca
gi|18 : aattttctaatatacaaT-C---------TGCTG--ATGTT-TAAT-----G-T-------G-----AG-CAT-------T----AT-TT-CAATTGAAA------A---AATA---ATATTAATAACAAAATATTAT--C---TAT---TTGTATAG--TGCCTTA----TAAGTCCATTGAGC----TGTTA--TGTTTAAAA--T--T--A--TAA----AT-TTG-T--AT----ATTATGTTAttga
gi|19 : tagaaataagatttaaattcctactTAACGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAGCGTT-------CCCAGAAAAGTA------GCTCAATA------TATTGTTAAGGCTAATATAAGAAGAAGA--ATTAC----A--ATATATAAC--CAATG--ACTTCTCAAACAGC---C--GTAAA---TAATGT--------catgtacacatgtcac
gi|2 : tattttcaatgagcaatttttaaatatgcaggTGGATGGTATTGAACAAATT-GTATATCTTGTCACACACGTA-----T--CCAGAAAAGTACATGTAGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAATA--ATTAC----A--TTATATAAC--CAATG--AAGTTCCAAACAGC---C--GTAAT---TAATAT--------ATTGTTA--TGTAATTACCCTG--TATATA-------TT----ATTT-------ATTTTGT---------TGATG--ATG-T-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AC-TT-CA--TATGA------A---A-TA---A
gi|20 : aaattgtttaaatatgcgtttatggttaagataatgcaaacataaatgtttttttgactgtcatataaaaatagataatattttaccaatttttaaatgtgaccgatttgtaccactaaaatatgttacattagttttaatactgaattcatgcatgtatttcgttagatttgttcactaaagcagaatTT-----TTCCAAGACAACTA------GCGTACTA------T-CTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGA--AATAC----A--TAATAAAAGTACAGTA--ACACTCAAAATAAT---TTTGTTAC---AAATAT--------CATATTA--TGTAAT-A--------ATATT-------TG----ATTT-------ATAGT-AA--------TGATG--ATATT-TAAT----T
gi|21 : acaaattaataagtattacataTT-----TTCCAAGACAACTA------GCGTACTA------T-CTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGA--AATAC----A--TAATAAAAGTACAGTA--ACACTCAAAATAAT---TTTGTTAC---AAATAT--------CATATTA--TGTAAT-A--------ATATT-------TG----ATTT-------ATAGT-AA--------TGATG--ATATT-TAAT----Ttta
gi|23 : caaattaataagtattacata--GTAAA---TACCAT--------ATTTTTA--TATAATTATCTTG--TAT------------------CT-------ATTAT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------G-----AG-CAT-------A----CT-TC-TA--TGTAA------A---A-TA---CTAT----TAC-------TAT--T---TAG---TTGTATAAG-TGACTAA--------TCCCTTGGACCGGGTGTGT--TGATTAAAA--TTCT--G--T------AT-TTG-T--AT----ATTACGTTAttat
gi|24 : --TGTATTTATCTTG--TATATA-------TT----ATTT-------ATTGT-T---------TAATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTCA------A---A-TA---ATAT----AGC-------TGC--T---TAT---TTGTAT-GG-TGACCTA----CTGGTCTATTGGGTCGGATGTGT--TGTTTAAGA--T--T--A--TATAATCAT-GTG-T--AT----ATTATGTTAta
gi|25 : ----AT-TA-CA--TTTAG------ATCTA-TATGTATGT----AAC-------TAT-------AT---CAATATAGG-TGACTTA----TTAGTCCATTGGa
gi|26 : ttttggaattaatatcctattatgtaataacattgaaaatattatatataaggggtttccttacacattgtaaaatatgcgttatttctttgtgac----AT-TA-CA--T-TAA------A---G-TA----TAT----TCG-------TATG-TA--TAT---TTATATAGG-TGACTTA----CAGGTTCAATGGGCCAGGTCTCT--TATTTA
gi|27 : aaaaaattacatacaataatgttatatcacgaaaattaagcacgtaaaatatgctcgatttccatgtgat----TA-T-------A-----GA-TAT-------A----ACATT-AA--TGTAT------A---T-T-----TGT----AAG-------TAT-------AT---TTGTATAGG-TGACTTA----TTGATCCATTGGGCCGAACGTATCCTCTTT--AA--T--T--G--C------ATACTGAC--AT----AGTATGT
gi|29 : AAAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----G--TTATATAAC--TAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--ATAAT---AAATAT--------Ggatacataca
gi|3 : cttaaaTGTGGATGATGTTGA-AACATATAAATATCTTGTCACAAACGTT-------CCCAGAAAAGTA------GCTAAACA------TATTGTTAAGATGTATATGAGAAGAAGA--AGTAATATAA--TTATGTAAT--CAATG---CCTTCTAAACAGC---C--GTAA----TAATATTTATTTGGGTTATTGGCTGTAATAACTT-------ATT-------TGGGTTATTTGCACGTAATTGT-A---------TAACGCAATGTT-TAAT----AA-C-------A-----Ac
gi|30 : aatgatctaaaaatgtatggcaagtaaattacacactaactgttttcttactgtgaaattagtgttcagtttttcattttaaataaaatgtttatatactgtgaaaaagtcatattttcaaaaatgaatactatactgtatatatacatatatgta--ATGTTATAAT----T--T-------A-----A---AT-------A-----T-CT-CA--TGTAC------A---G-TT----TAT----ACC-------TAA--T---AGT---TT----AGG-TGACTTA----TAGGTCCAATGGGCCGGGTGaaa
gi|31 : cGGTCTATTGGGCCGAGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--CTTT------AT-CTG-T--AT----ATCATGTTActtttagta
gi|33 : tgatttgctatgtttatttttT----AAC-------TAT--T---TAT---GTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCA-------------------TTTAAAACTC--T--A--T------AT-TTG-T--AT----ATTATGTTA
gi|4 : TTTAATGATATGAACGATGATGT-TAAATTAAAATATCTTATTACAAAC--T-----TTTCAAGAAAACGA------ACTAAGTG------TCTT-TCAAAGCTTACTTCAGATGAAGA--ACTAC----A--ATACATAAT--CAG----------CAATTATG---T--GTAAA----AATCTTA------GTTGT--------ATTA-------TACGTT-------TT----A----------ATTCC-A---------TG-TG--ATGTT-GTAT----TA----------------------------------------A--TGT-A------A---A-T----GTAT----ACG-------TA-------TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----CAGGTTCATTGAATTGGGTGTGT--T
gi|5 : agcttctggagcaaagactattgttttgtaataaccttcagattgaaaatgaaatacagtctttttttaaattcagtgttcactgcataatgctattagagaagatatctttcaagaacaactggtgaatttagaaGTCACAAACCTT-----T---CAAGAAATTA------GCTAAATA------TCTTGTCATTTCCTACCCAAAAAGAATA--ACTGC----A--ATGTGTACT--CATTGGCACTT---AAAAAGCTTTT--TTAAT---GGATAT--------TCTATTA--TGCAGTAATCT----TAGAAT-------TG------TT-------ATAA------------TGATA--ACGTT-TACTTCTATA-T-------A-----AG--ATTTGCTTCA----AT-TT-CA--TATAA------T---A-TT---ATAT----Ac
gi|6 : acgatgtttattttgtaatgaccttccaattgaaaatgaaattcatctttaattcaatatcccctttattatgatattagagcagacatctttcaagaacaactgctgaatatagatgttaacgatataaacgatgttaTTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATGTGAAT-----GTCACAAACGTT-------CCCAGAAAAAAA------AATGAATA------TATTATTAAGGCTTATGTTAGAAGAAGC--AGTAC----A--ATATATAAT--CAATG--ACATTCCAAACAGC---T--GTAAA---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAACTACATTG--TATCTA-------TT----ATAA-------ATTGT-T------------TG--ATGTT-TAAT----TT-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-C----ATAT----ATC-------TAT--T---TAT---TTGTATATG-TGACTTA----TAAGTCCATTAGGCCGTGTGTGT--GTTTTAAAA--T--TCAA--T------AT-CTG-T--AT----ATCATGTTAaatgt
gi|7 : ccaattttctaatattcagTTTAATGGTATGGATGGTATTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACACACGTTAAAACTTCCCAGAAAAGAA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGCGAAGAAGA--AGTAT----A--TTATATAAT--CAATG--ACTTTTCAAACAGC---G--GTAAT---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTA--GAAATT-------TG----ATTT-------ATTTT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TG-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTGA------A---A-TA---ATAT----AAT-------TAT--T---TAT---ATGTATTGG-TGACTTA----AAGGTCCATTGGGCCGGGTGTAT--TGTTAAAAA--T--T--A--T------AT-ATA-C--AT----ATCATGTTA
gi|8 : ---ATAC----ATC-------TATGTT---TAT---TTGTGCAAGCTGACTGT----TAAGTCCATTAACCTGGACATGT--TCTGTTAAA--T--T--G--T------AT-ATT-T--ACAAAAAATATGTTA
gi|9 : gaagagatacatcaataacacgtattaagttttgttataaatgtcctgttatgtgataatctaagatttatcaaactgatgataaactatttacttctatataacatatgcttcagttgcatgtggtattacatcaatgtGA-TAAATTAAAACATCTTGTTACAA-TTTT-----TTTCAAGAAAACTA------GCAAACTA------TCTCGCCACAGTTTACCCAAGAAGAAAA--AAAAC----ACCATGTACAAA--CAGTG--ACATTCAAAAATTT---T--GTAAT---CAATAT--------TCTATTA--GGTAATAACGTTA--TATATA-------TG----A--T-------A-----T---------TGATG--GTGTT-TACT----TA-T-------ATATAGGG-TAT-------ACTTTAT-TTCCA--TGTAA------T---A-TT---ACATTA--AGG-------TA-------TAT---TTGtacatgtaaacgtgtcactaaagtaaaaacaaaaatacattcctattatttctaggttgatgcta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTATGTAATAACCTTAGATTTATGATATTGGTAAGGAGCTAGAAAATCCTTTGATTATCGTGATGTTTATTTACACATAAGAACTGCTTTATTTATGTGATATTACATTTGATTTAAATAAATGTACATTTGTATATATATTTGCATTGATGACTTATAGGACAATTAGTGTGTTCTGTTAAGTTGCATATTTACGTACATGTATATACATTTACACATGTCACTATACTAGAAACTGTTTACTTACATAT
Unaligned ( gi|13 ): GACTATATTTATTTTGTAACGCGCTTTAAATTGAAAATGCAATTCAGCATTTACTTTATAGTGTTCATATTAAAGTTGACATCTATCAATAACTAATAGACTATACTTGTATGGTATGAACGAAGAAGAAATACAATGAATAATCAGTGTTATTTAAACTGTTTTGTAATGAATATCATATTATGTAACAATCTTAGATTTATGATATTGATATTATTTACTCTATATTAAATATGCT
Unaligned ( gi|16 ): GAATCTCTGGAGCAAAGACTATGTTCATTTTGTAATCACCCTCATTTTGAAAACAAAATACAGTCATTTGTTTAATTCAATGTTCACATGTTGTGTGATATCAGAGAAGACGTCACGTAAGAGCAGCTGAAGTAACATGAACAATGATCCCCAATCAAAATATCGTGTCACAAACATTTTTGAAAATATTTGTCGTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCAATCACCATCGAATTGATAATGAAAATACAGCTTAGTTCATTTGTAATGATATTACAGCAGACATCTTTCAAACACAACTATTTAATTATATGAGCGATGCTGATCAATTAAAACATGTTTCAAGACAATTAGCTATTCAATTTCTTGTCAAAGCTTACTTCAGA
Unaligned ( gi|28 ): AAATAAATTATCGAATATATTATTTTCTTTATTGTACAGCACGTATGTATTGTTTGTAAACCATTTTAAATACAGTGTACGTTTTTCAATAGTATTTCAA
Unaligned ( gi|32 ): AGTGCACATTTTACAATGATATTAGATCAGACATTTTCAATAAGCAATTTTCAAATACAATGTATGCAGTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TGTATATCATGTTACATGTACACATGTCAC
Alignments
lowQualScore : 2222222 111111 111111111 1111111 1111111111111111111111111 22222222222 111111111111111111111 222222222222 11111 22222222222222222222222 111111111111
lowQualScore : 4 666 0000000 0 777777 777777 3 2 2 33 3 66666666 999 33 2 111 111111 88888 555555555 0 99 2 0000000 1111111111111111111111111 1 22222222222 33 2 000000000000000000000 2 111111111111 2 2 33 7777777777 2 44444 00000000000000000000000 444 2 5555 0 2 4444 1 55 55 777777777777 44 3 55 7777
lowQualScore : . ... ....... . ...... ...... . . . .. . ........ ... .. . ... ...... ..... ......... . .. . ....... ......................... . ........... .. . ..................... . ............ . . .. .......... . ..... ....................... ... . .... . . .... . .. .. ............ .. . .. ....
lowQualScore : 0 333 5555555 4 222222 222222 1 6 4 44 4 66666666 111 44 9 777 555555 22222 777777777 3 44 0 1111111 1111111111111111111111111 9 99999999999 22 4 111111111111111111111 7 666666666666 5 5 44 4444444444 5 00000 33333333333333333333333 444 7 7777 2 1 6666 2 00 00 888888888888 66 6 00 7777
consensus : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TG----ATTT-------ATTNT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-TA---ATAT----ANC-------TAT--T---TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
Reference ( family-387 ) : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TG----ATTT-------ATTNT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-TA---ATAT----ANC-------TAT--T---TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
gi|1 : -----TTTCAAGAAAACAA------GCTAAATA------TCGGGTCAAAGCTTACCTCAAAAGAAGTTTAG--C----A--ATGTCAAAT--CAGTA--A------AAAGAGT------ATAAAAATTGATAT--------CCTTTTACATATAAATGTGTTGACGATGTT-------TA----CTTC-------ATTAT-T---------AGAT---ATGCT-TTAC----TGTC-------A-----TGTCAT-------ATGATAT-TG-CA--T-TAA------T---G-TA----TAT----TTT-------TAT--C---TATATTTTGTATAGG-TGACTTA----TATGTACATTTAGCCCGCAATGT--TCTGTCAAA--T--T--G--C------AT-ATG-TACAT----ATTATGTTA
gi|11 : taattcagggttcacttcataatactatcaaggcagacctttttcaagaatatgttgcatatatgttataatttgataatatgaacgatggttctagctattagccTTTAATGGTATGGATAATCTTGA-TGAATGTTTACACCTTGTTACAAAAGTT-------CCCAGATTAGTT------GGTAAATA------AATTGTTAAGGCTAATATGAGAAGAAGA--AATGC----T--TTATATTAC--CAATG--ACTTTTCAAATAGC---C--GTAAA---TAATAT---------TTGTTA--TTTAATTACCTTG--TACATA-------TT----ATTT-------ATTTT-tacatttacacgtgtcacattataaaaacatgctttcttgcttatatataatttacactg
gi|12 : gcatattttacactcatggtaggagagcacacattttcaatgagcaatttcaaaatataaagTTTAATGGTATAAATGGTATTGA-TAAATT-GTATATCTTGTCGCACACGTT-----T--CCGGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--TTATATAAC--CAATG--ATTTTTCAAACAGC---C--GTAAT---TAATAT--------GTTGCTT--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TA----ATTT-------ATTTTAT---------TAATA--TTGTT-TAAT----AA-C-------A-----AG-
gi|14 : tacatttatatacattgaacaattttcaaatatgcagATCTT-------AG----ATGT-------ATGCTAT---------TAATG--ATGAT-TAAT----TA-CTTATATTA-----AA-CATGCTTT--A----AT-TC-CA--TGTAATGTTAAA---G-TC---ATGT----ATA-------TATG-TGCATAT---ATGTATAGG-TGACTTAATTCTTGGTTCATTTGGCCGGGTGT------------A--T--T--A--T------GC-AT------T----ATTATGTTA
gi|15 : aaaattatatacaCCAGAAAAGTA------GCTGAATA------TAGTGTTAAGTTTTATATGATAAGTAGA--A------------TATATAAA--CAATG--ACTGTCCGAACAGC---C--GTCCA---TAATAT--------GT--TCA---GTAATTA-CTTG--TATATTTTTTACCTG-----TTT-------ATTTT-CTGTATTGGATGACG--ATGTT-CAAT----TG-C-------A-----AG-CTT-------A----CT-TT--A--TGCAA------A---A-TA---ATGT----AAC----------------TAT---CTGTAGAGA-TGGCTTC----TA--TCTATcacatgcacatatgccactaaaatataaaaaaaaattgcttacctataagttcatattgtata
gi|17 : TTGAATAGTATGAATGATGTTGA-TAAATTTATATAAACTGTCACAAATG-------TTCAAATAAAAGTA------GCTAAATAGACATGTATTGTAAAGGCTTA------AAGTAGA--AGTAT----G--ATATATAAC--CGATG--ATTT----AACAGC---C--GTAAA---TAATAT--------ACTGTTAT-TGTAATTATCTTca
gi|18 : aattttctaatatacaaT-C---------TGCTG--ATGTT-TAAT-----G-T-------G-----AG-CAT-------T----AT-TT-CAATTGAAA------A---AATA---ATATTAATAACAAAATATTAT--C---TAT---TTGTATAG--TGCCTTA----TAAGTCCATTGAGC----TGTTA--TGTTTAAAA--T--T--A--TAA----AT-TTG-T--AT----ATTATGTTAttga
gi|19 : tagaaataagatttaaattcctactTAACGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAGCGTT-------CCCAGAAAAGTA------GCTCAATA------TATTGTTAAGGCTAATATAAGAAGAAGA--ATTAC----A--ATATATAAC--CAATG--ACTTCTCAAACAGC---C--GTAAA---TAATGT--------catgtacacatgtcac
gi|2 : tattttcaatgagcaatttttaaatatgcaggTGGATGGTATTGAACAAATT-GTATATCTTGTCACACACGTA-----T--CCAGAAAAGTACATGTAGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAATA--ATTAC----A--TTATATAAC--CAATG--AAGTTCCAAACAGC---C--GTAAT---TAATAT--------ATTGTTA--TGTAATTACCCTG--TATATA-------TT----ATTT-------ATTTTGT---------TGATG--ATG-T-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AC-TT-CA--TATGA------A---A-TA---A
gi|20 : aaattgtttaaatatgcgtttatggttaagataatgcaaacataaatgtttttttgactgtcatataaaaatagataatattttaccaatttttaaatgtgaccgatttgtaccactaaaatatgttacattagttttaatactgaattcatgcatgtatttcgttagatttgttcactaaagcagaatTT-----TTCCAAGACAACTA------GCGTACTA------T-CTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGA--AATAC----A--TAATAAAAGTACAGTA--ACACTCAAAATAAT---TTTGTTAC---AAATAT--------CATATTA--TGTAAT-A--------ATATT-------TG----ATTT-------ATAGT-AA--------TGATG--ATATT-TAAT----T
gi|21 : acaaattaataagtattacataTT-----TTCCAAGACAACTA------GCGTACTA------T-CTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGA--AATAC----A--TAATAAAAGTACAGTA--ACACTCAAAATAAT---TTTGTTAC---AAATAT--------CATATTA--TGTAAT-A--------ATATT-------TG----ATTT-------ATAGT-AA--------TGATG--ATATT-TAAT----Ttta
gi|23 : caaattaataagtattacata--GTAAA---TACCAT--------ATTTTTA--TATAATTATCTTG--TAT------------------CT-------ATTAT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------G-----AG-CAT-------A----CT-TC-TA--TGTAA------A---A-TA---CTAT----TAC-------TAT--T---TAG---TTGTATAAG-TGACTAA--------TCCCTTGGACCGGGTGTGT--TGATTAAAA--TTCT--G--T------AT-TTG-T--AT----ATTACGTTAttat
gi|24 : --TGTATTTATCTTG--TATATA-------TT----ATTT-------ATTGT-T---------TAATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTCA------A---A-TA---ATAT----AGC-------TGC--T---TAT---TTGTAT-GG-TGACCTA----CTGGTCTATTGGGTCGGATGTGT--TGTTTAAGA--T--T--A--TATAATCAT-GTG-T--AT----ATTATGTTAta
gi|25 : ----AT-TA-CA--TTTAG------ATCTA-TATGTATGT----AAC-------TAT-------AT---CAATATAGG-TGACTTA----TTAGTCCATTGGa
gi|26 : ttttggaattaatatcctattatgtaataacattgaaaatattatatataaggggtttccttacacattgtaaaatatgcgttatttctttgtgac----AT-TA-CA--T-TAA------A---G-TA----TAT----TCG-------TATG-TA--TAT---TTATATAGG-TGACTTA----CAGGTTCAATGGGCCAGGTCTCT--TATTTA
gi|27 : aaaaaattacatacaataatgttatatcacgaaaattaagcacgtaaaatatgctcgatttccatgtgat----TA-T-------A-----GA-TAT-------A----ACATT-AA--TGTAT------A---T-T-----TGT----AAG-------TAT-------AT---TTGTATAGG-TGACTTA----TTGATCCATTGGGCCGAACGTATCCTCTTT--AA--T--T--G--C------ATACTGAC--AT----AGTATGT
gi|29 : AAAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----G--TTATATAAC--TAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--ATAAT---AAATAT--------Ggatacataca
gi|3 : cttaaaTGTGGATGATGTTGA-AACATATAAATATCTTGTCACAAACGTT-------CCCAGAAAAGTA------GCTAAACA------TATTGTTAAGATGTATATGAGAAGAAGA--AGTAATATAA--TTATGTAAT--CAATG---CCTTCTAAACAGC---C--GTAA----TAATATTTATTTGGGTTATTGGCTGTAATAACTT-------ATT-------TGGGTTATTTGCACGTAATTGT-A---------TAACGCAATGTT-TAAT----AA-C-------A-----Ac
gi|30 : aatgatctaaaaatgtatggcaagtaaattacacactaactgttttcttactgtgaaattagtgttcagtttttcattttaaataaaatgtttatatactgtgaaaaagtcatattttcaaaaatgaatactatactgtatatatacatatatgta--ATGTTATAAT----T--T-------A-----A---AT-------A-----T-CT-CA--TGTAC------A---G-TT----TAT----ACC-------TAA--T---AGT---TT----AGG-TGACTTA----TAGGTCCAATGGGCCGGGTGaaa
gi|31 : cGGTCTATTGGGCCGAGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--CTTT------AT-CTG-T--AT----ATCATGTTActtttagta
gi|33 : tgatttgctatgtttatttttT----AAC-------TAT--T---TAT---GTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCA-------------------TTTAAAACTC--T--A--T------AT-TTG-T--AT----ATTATGTTA
gi|4 : TTTAATGATATGAACGATGATGT-TAAATTAAAATATCTTATTACAAAC--T-----TTTCAAGAAAACGA------ACTAAGTG------TCTT-TCAAAGCTTACTTCAGATGAAGA--ACTAC----A--ATACATAAT--CAG----------CAATTATG---T--GTAAA----AATCTTA------GTTGT--------ATTA-------TACGTT-------TT----A----------ATTCC-A---------TG-TG--ATGTT-GTAT----TA----------------------------------------A--TGT-A------A---A-T----GTAT----ACG-------TA-------TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----CAGGTTCATTGAATTGGGTGTGT--T
gi|5 : agcttctggagcaaagactattgttttgtaataaccttcagattgaaaatgaaatacagtctttttttaaattcagtgttcactgcataatgctattagagaagatatctttcaagaacaactggtgaatttagaaGTCACAAACCTT-----T---CAAGAAATTA------GCTAAATA------TCTTGTCATTTCCTACCCAAAAAGAATA--ACTGC----A--ATGTGTACT--CATTGGCACTT---AAAAAGCTTTT--TTAAT---GGATAT--------TCTATTA--TGCAGTAATCT----TAGAAT-------TG------TT-------ATAA------------TGATA--ACGTT-TACTTCTATA-T-------A-----AG--ATTTGCTTCA----AT-TT-CA--TATAA------T---A-TT---ATAT----Ac
gi|6 : acgatgtttattttgtaatgaccttccaattgaaaatgaaattcatctttaattcaatatcccctttattatgatattagagcagacatctttcaagaacaactgctgaatatagatgttaacgatataaacgatgttaTTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATGTGAAT-----GTCACAAACGTT-------CCCAGAAAAAAA------AATGAATA------TATTATTAAGGCTTATGTTAGAAGAAGC--AGTAC----A--ATATATAAT--CAATG--ACATTCCAAACAGC---T--GTAAA---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAACTACATTG--TATCTA-------TT----ATAA-------ATTGT-T------------TG--ATGTT-TAAT----TT-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-C----ATAT----ATC-------TAT--T---TAT---TTGTATATG-TGACTTA----TAAGTCCATTAGGCCGTGTGTGT--GTTTTAAAA--T--TCAA--T------AT-CTG-T--AT----ATCATGTTAaatgt
gi|7 : ccaattttctaatattcagTTTAATGGTATGGATGGTATTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACACACGTTAAAACTTCCCAGAAAAGAA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGCGAAGAAGA--AGTAT----A--TTATATAAT--CAATG--ACTTTTCAAACAGC---G--GTAAT---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTA--GAAATT-------TG----ATTT-------ATTTT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TG-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTGA------A---A-TA---ATAT----AAT-------TAT--T---TAT---ATGTATTGG-TGACTTA----AAGGTCCATTGGGCCGGGTGTAT--TGTTAAAAA--T--T--A--T------AT-ATA-C--AT----ATCATGTTA
gi|8 : ---ATAC----ATC-------TATGTT---TAT---TTGTGCAAGCTGACTGT----TAAGTCCATTAACCTGGACATGT--TCTGTTAAA--T--T--G--T------AT-ATT-T--ACAAAAAATATGTTA
gi|9 : gaagagatacatcaataacacgtattaagttttgttataaatgtcctgttatgtgataatctaagatttatcaaactgatgataaactatttacttctatataacatatgcttcagttgcatgtggtattacatcaatgtGA-TAAATTAAAACATCTTGTTACAA-TTTT-----TTTCAAGAAAACTA------GCAAACTA------TCTCGCCACAGTTTACCCAAGAAGAAAA--AAAAC----ACCATGTACAAA--CAGTG--ACATTCAAAAATTT---T--GTAAT---CAATAT--------TCTATTA--GGTAATAACGTTA--TATATA-------TG----A--T-------A-----T---------TGATG--GTGTT-TACT----TA-T-------ATATAGGG-TAT-------ACTTTAT-TTCCA--TGTAA------T---A-TT---ACATTA--AGG-------TA-------TAT---TTGtacatgtaaacgtgtcactaaagtaaaaacaaaaatacattcctattatttctaggttgatgcta
blockSeqs : A TAT AAAACTT CATGTA GACATG A A G . A TATAAT GTA GC T TTC TTTT AT TTATTTGGG GC T CCTTG TTGGGTTATTTGCACGTA T CTGTATTGGA CA A TACTTATATTA . TTGCTTCA A C AT TGTTAAA A ATGTA TAATAACAAAATATTATC . C ATTC T CCTC A CT TC ATATAATC AC A . AAAA
blockSeqs : . TGT TT . . A A G . G ACCA GTA . T TTC TTT TT TAG T T CCTTG TTTTTACCTGTTT T AT . . TATATATAG . GCTTTA . . . ATCT . CA ATATATGTGCA . . . G TG A . . ATAA A . . .
blockSeqs : . TAA TT . . A A G . G TT C . T TCC TTT AT G . T CCCTG ATTATTT C AT . . TCTATATA . ACTTT . . . A . AA TCGTATGTA . . . G TG A . . CTTT T . . .
blockSeqs : . AAA TT . . A A A . T AT C . T CTC C AT G . T TCTTG TTAATTT T GT . . AACA . A . . . A . AA ATCTATGTT . . . C TG A . . CAAT T . . .
blockSeqs : . TGA TT . . A A G . T GA A . T TCC C AT A . T TCTTG TAGATGT T AA . . TGCA . T . . . A . AA TACTATT . . . A TA A . . AT G . . .
blockSeqs : . TGT TT . . A C C . A AA C . G TCA C TT A . T CATTG ATTATTT G AA . . TACA . A . . . A . AC AGCTGCT . . . G TG A . . GT C . . .
blockSeqs : . AAA T . . A C C . A AT C . A TCA C CA C . T CCTTA TTGATTT G C . . TACG . A . . . A . AA ACCTAAT . . . G GT A . . GC T . . .
blockSeqs : . GT T . . A A G . G AT C . A TCC C CA C . A CGTTA TTGATTT A T . . TACA . A . . . A . TA AACTATT . . . G TG A . . AT C . . .
blockSeqs : . GT T . . C A G . G AT C . T TCT C AT A . T CTTG ATTATTT G T . . TATA . A . . . A . AA ATCTATT . . . A TC T . . AT A . . .
blockSeqs : . . . C T C . C GT T . C TCC C TA G . A CTT ATTATAA G A . . AACA . A . . . A . TA AATTATT . . . G . . . . GT A . . .
blockSeqs : . . . A C A . C AA T . T TTC C TG T . T TCT TTGATTT C A . . TTCA . A . . . A . A TAAGGTA . . . . . .
blockSeqs : . . . A G T . G AA T . A TCA T AT G . T . TTGTT A T . . TGCA . A . . . T . T AACTAT . . . .
blockSeqs : . . . C A G . G AA T . T C T TT G . A . ATGAT G T . . GTG . . . . . A . G AAGTAT . . .
blockSeqs : . . . C A . A AT T . A . G TC T . . . TTTA T T . . TTA . . . . A . A ACGTA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . T T . . . CT . . . . TA . . . T . . AAC .
blockSeqs : A . .
blockSeqCons : ** TCC C***** NT*** ** CCTTG** TACA***************** A*********** AA*** *** **
originalCons : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TG----ATTT-------ATTNT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-TA---ATAT----ANC-------TAT--T---TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
finalCons : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATG--ACTTTCCAAACAGCC-----GTAANT---AATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TG----ATTT-------ATTNT-T---------TGATG--ATGTT-TAATTACA-----------------AG-CATA-----------AT-TT-CA--TGTAA------A---A-TAA---TAT----ANC-------TAT--T---TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTATGTAATAACCTTAGATTTATGATATTGGTAAGGAGCTAGAAAATCCTTTGATTATCGTGATGTTTATTTACACATAAGAACTGCTTTATTTATGTGATATTACATTTGATTTAAATAAATGTACATTTGTATATATATTTGCATTGATGACTTATAGGACAATTAGTGTGTTCTGTTAAGTTGCATATTTACGTACATGTATATACATTTACACATGTCACTATACTAGAAACTGTTTACTTACATAT
Unaligned ( gi|13 ): GACTATATTTATTTTGTAACGCGCTTTAAATTGAAAATGCAATTCAGCATTTACTTTATAGTGTTCATATTAAAGTTGACATCTATCAATAACTAATAGACTATACTTGTATGGTATGAACGAAGAAGAAATACAATGAATAATCAGTGTTATTTAAACTGTTTTGTAATGAATATCATATTATGTAACAATCTTAGATTTATGATATTGATATTATTTACTCTATATTAAATATGCT
Unaligned ( gi|16 ): GAATCTCTGGAGCAAAGACTATGTTCATTTTGTAATCACCCTCATTTTGAAAACAAAATACAGTCATTTGTTTAATTCAATGTTCACATGTTGTGTGATATCAGAGAAGACGTCACGTAAGAGCAGCTGAAGTAACATGAACAATGATCCCCAATCAAAATATCGTGTCACAAACATTTTTGAAAATATTTGTCGTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCAATCACCATCGAATTGATAATGAAAATACAGCTTAGTTCATTTGTAATGATATTACAGCAGACATCTTTCAAACACAACTATTTAATTATATGAGCGATGCTGATCAATTAAAACATGTTTCAAGACAATTAGCTATTCAATTTCTTGTCAAAGCTTACTTCAGA
Unaligned ( gi|28 ): AAATAAATTATCGAATATATTATTTTCTTTATTGTACAGCACGTATGTATTGTTTGTAAACCATTTTAAATACAGTGTACGTTTTTCAATAGTATTTCAA
Unaligned ( gi|32 ): AGTGCACATTTTACAATGATATTAGATCAGACATTTTCAATAAGCAATTTTCAAATACAATGTATGCAGTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TGTATATCATGTTACATGTACACATGTCAC
Alignments
lowQualScore : 2222222 111111 111111111 1111111 1111111111111111111111111 22222222222 111111111111111111111 222222222222 11111 22222222222222222222222 111111111111
lowQualScore : 4 666 0000000 0 777777 777777 3 2 2 33 3 66666666 999 33 2 111 111111 88888 555555555 0 99 2 0000000 1111111111111111111111111 1 22222222222 33 2 000000000000000000000 2 111111111111 2 2 33 7777777777 2 44444 00000000000000000000000 444 2 5555 0 2 4444 1 55 55 777777777777 44 3 55 7777
lowQualScore : . ... ....... . ...... ...... . . . .. . ........ ... .. . ... ...... ..... ......... . .. . ....... ......................... . ........... .. . ..................... . ............ . . .. .......... . ..... ....................... ... . .... . . .... . .. .. ............ .. . .. ....
lowQualScore : 0 333 5555555 4 222222 222222 1 6 4 44 4 66666666 111 44 9 777 555555 22222 777777777 3 44 0 1111111 1111111111111111111111111 9 99999999999 22 4 111111111111111111111 7 666666666666 5 5 44 4444444444 5 00000 33333333333333333333333 444 7 7777 2 1 6666 2 00 00 888888888888 66 6 00 7777
consensus : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TG----ATTT-------ATTNT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-TA---ATAT----ANC-------TAT--T---TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
Reference ( family-387 ) : TTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAACGTT-----TTCCCAGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--NTATATAAC--CAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--GTAAN---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TG----ATTT-------ATTNT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-TA---ATAT----ANC-------TAT--T---TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCATTGGGCCGGGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--A--T------AT-NTG-T--AT----ATTATGTTA
gi|1 : -----TTTCAAGAAAACAA------GCTAAATA------TCGGGTCAAAGCTTACCTCAAAAGAAGTTTAG--C----A--ATGTCAAAT--CAGTA--A------AAAGAGT------ATAAAAATTGATAT--------CCTTTTACATATAAATGTGTTGACGATGTT-------TA----CTTC-------ATTAT-T---------AGAT---ATGCT-TTAC----TGTC-------A-----TGTCAT-------ATGATAT-TG-CA--T-TAA------T---G-TA----TAT----TTT-------TAT--C---TATATTTTGTATAGG-TGACTTA----TATGTACATTTAGCCCGCAATGT--TCTGTCAAA--T--T--G--C------AT-ATG-TACAT----ATTATGTTA
gi|11 : taattcagggttcacttcataatactatcaaggcagacctttttcaagaatatgttgcatatatgttataatttgataatatgaacgatggttctagctattagccTTTAATGGTATGGATAATCTTGA-TGAATGTTTACACCTTGTTACAAAAGTT-------CCCAGATTAGTT------GGTAAATA------AATTGTTAAGGCTAATATGAGAAGAAGA--AATGC----T--TTATATTAC--CAATG--ACTTTTCAAATAGC---C--GTAAA---TAATAT---------TTGTTA--TTTAATTACCTTG--TACATA-------TT----ATTT-------ATTTT-tacatttacacgtgtcacattataaaaacatgctttcttgcttatatataatttacactg
gi|12 : gcatattttacactcatggtaggagagcacacattttcaatgagcaatttcaaaatataaagTTTAATGGTATAAATGGTATTGA-TAAATT-GTATATCTTGTCGCACACGTT-----T--CCGGAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----A--TTATATAAC--CAATG--ATTTTTCAAACAGC---C--GTAAT---TAATAT--------GTTGCTT--TGTAATTACCTTG--TATATT-------TA----ATTT-------ATTTTAT---------TAATA--TTGTT-TAAT----AA-C-------A-----AG-
gi|14 : tacatttatatacattgaacaattttcaaatatgcagATCTT-------AG----ATGT-------ATGCTAT---------TAATG--ATGAT-TAAT----TA-CTTATATTA-----AA-CATGCTTT--A----AT-TC-CA--TGTAATGTTAAA---G-TC---ATGT----ATA-------TATG-TGCATAT---ATGTATAGG-TGACTTAATTCTTGGTTCATTTGGCCGGGTGT------------A--T--T--A--T------GC-AT------T----ATTATGTTA
gi|15 : aaaattatatacaCCAGAAAAGTA------GCTGAATA------TAGTGTTAAGTTTTATATGATAAGTAGA--A------------TATATAAA--CAATG--ACTGTCCGAACAGC---C--GTCCA---TAATAT--------GT--TCA---GTAATTA-CTTG--TATATTTTTTACCTG-----TTT-------ATTTT-CTGTATTGGATGACG--ATGTT-CAAT----TG-C-------A-----AG-CTT-------A----CT-TT--A--TGCAA------A---A-TA---ATGT----AAC----------------TAT---CTGTAGAGA-TGGCTTC----TA--TCTATcacatgcacatatgccactaaaatataaaaaaaaattgcttacctataagttcatattgtata
gi|17 : TTGAATAGTATGAATGATGTTGA-TAAATTTATATAAACTGTCACAAATG-------TTCAAATAAAAGTA------GCTAAATAGACATGTATTGTAAAGGCTTA------AAGTAGA--AGTAT----G--ATATATAAC--CGATG--ATTT----AACAGC---C--GTAAA---TAATAT--------ACTGTTAT-TGTAATTATCTTca
gi|18 : aattttctaatatacaaT-C---------TGCTG--ATGTT-TAAT-----G-T-------G-----AG-CAT-------T----AT-TT-CAATTGAAA------A---AATA---ATATTAATAACAAAATATTAT--C---TAT---TTGTATAG--TGCCTTA----TAAGTCCATTGAGC----TGTTA--TGTTTAAAA--T--T--A--TAA----AT-TTG-T--AT----ATTATGTTAttga
gi|19 : tagaaataagatttaaattcctactTAACGGTATGGATGATGTTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACAAGCGTT-------CCCAGAAAAGTA------GCTCAATA------TATTGTTAAGGCTAATATAAGAAGAAGA--ATTAC----A--ATATATAAC--CAATG--ACTTCTCAAACAGC---C--GTAAA---TAATGT--------catgtacacatgtcac
gi|2 : tattttcaatgagcaatttttaaatatgcaggTGGATGGTATTGAACAAATT-GTATATCTTGTCACACACGTA-----T--CCAGAAAAGTACATGTAGCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAATA--ATTAC----A--TTATATAAC--CAATG--AAGTTCCAAACAGC---C--GTAAT---TAATAT--------ATTGTTA--TGTAATTACCCTG--TATATA-------TT----ATTT-------ATTTTGT---------TGATG--ATG-T-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AC-TT-CA--TATGA------A---A-TA---A
gi|20 : aaattgtttaaatatgcgtttatggttaagataatgcaaacataaatgtttttttgactgtcatataaaaatagataatattttaccaatttttaaatgtgaccgatttgtaccactaaaatatgttacattagttttaatactgaattcatgcatgtatttcgttagatttgttcactaaagcagaatTT-----TTCCAAGACAACTA------GCGTACTA------T-CTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGA--AATAC----A--TAATAAAAGTACAGTA--ACACTCAAAATAAT---TTTGTTAC---AAATAT--------CATATTA--TGTAAT-A--------ATATT-------TG----ATTT-------ATAGT-AA--------TGATG--ATATT-TAAT----T
gi|21 : acaaattaataagtattacataTT-----TTCCAAGACAACTA------GCGTACTA------T-CTGTCAAAGCTTACCACAGAATAAGA--AATAC----A--TAATAAAAGTACAGTA--ACACTCAAAATAAT---TTTGTTAC---AAATAT--------CATATTA--TGTAAT-A--------ATATT-------TG----ATTT-------ATAGT-AA--------TGATG--ATATT-TAAT----Ttta
gi|23 : caaattaataagtattacata--GTAAA---TACCAT--------ATTTTTA--TATAATTATCTTG--TAT------------------CT-------ATTAT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------G-----AG-CAT-------A----CT-TC-TA--TGTAA------A---A-TA---CTAT----TAC-------TAT--T---TAG---TTGTATAAG-TGACTAA--------TCCCTTGGACCGGGTGTGT--TGATTAAAA--TTCT--G--T------AT-TTG-T--AT----ATTACGTTAttat
gi|24 : --TGTATTTATCTTG--TATATA-------TT----ATTT-------ATTGT-T---------TAATG--ATGTT-TAAT----TA-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTCA------A---A-TA---ATAT----AGC-------TGC--T---TAT---TTGTAT-GG-TGACCTA----CTGGTCTATTGGGTCGGATGTGT--TGTTTAAGA--T--T--A--TATAATCAT-GTG-T--AT----ATTATGTTAta
gi|25 : ----AT-TA-CA--TTTAG------ATCTA-TATGTATGT----AAC-------TAT-------AT---CAATATAGG-TGACTTA----TTAGTCCATTGGa
gi|26 : ttttggaattaatatcctattatgtaataacattgaaaatattatatataaggggtttccttacacattgtaaaatatgcgttatttctttgtgac----AT-TA-CA--T-TAA------A---G-TA----TAT----TCG-------TATG-TA--TAT---TTATATAGG-TGACTTA----CAGGTTCAATGGGCCAGGTCTCT--TATTTA
gi|27 : aaaaaattacatacaataatgttatatcacgaaaattaagcacgtaaaatatgctcgatttccatgtgat----TA-T-------A-----GA-TAT-------A----ACATT-AA--TGTAT------A---T-T-----TGT----AAG-------TAT-------AT---TTGTATAGG-TGACTTA----TTGATCCATTGGGCCGAACGTATCCTCTTT--AA--T--T--G--C------ATACTGAC--AT----AGTATGT
gi|29 : AAAAAAGTA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGAGAAGAAGA--AGTAC----G--TTATATAAC--TAATG--ACTTTCCAAACAGC---C--ATAAT---AAATAT--------Ggatacataca
gi|3 : cttaaaTGTGGATGATGTTGA-AACATATAAATATCTTGTCACAAACGTT-------CCCAGAAAAGTA------GCTAAACA------TATTGTTAAGATGTATATGAGAAGAAGA--AGTAATATAA--TTATGTAAT--CAATG---CCTTCTAAACAGC---C--GTAA----TAATATTTATTTGGGTTATTGGCTGTAATAACTT-------ATT-------TGGGTTATTTGCACGTAATTGT-A---------TAACGCAATGTT-TAAT----AA-C-------A-----Ac
gi|30 : aatgatctaaaaatgtatggcaagtaaattacacactaactgttttcttactgtgaaattagtgttcagtttttcattttaaataaaatgtttatatactgtgaaaaagtcatattttcaaaaatgaatactatactgtatatatacatatatgta--ATGTTATAAT----T--T-------A-----A---AT-------A-----T-CT-CA--TGTAC------A---G-TT----TAT----ACC-------TAA--T---AGT---TT----AGG-TGACTTA----TAGGTCCAATGGGCCGGGTGaaa
gi|31 : cGGTCTATTGGGCCGAGTGTGT--TGTTTAAAA--T--T--CTTT------AT-CTG-T--AT----ATCATGTTActtttagta
gi|33 : tgatttgctatgtttatttttT----AAC-------TAT--T---TAT---GTGTATAGG-TGACTTA----TAGGTCCA-------------------TTTAAAACTC--T--A--T------AT-TTG-T--AT----ATTATGTTA
gi|4 : TTTAATGATATGAACGATGATGT-TAAATTAAAATATCTTATTACAAAC--T-----TTTCAAGAAAACGA------ACTAAGTG------TCTT-TCAAAGCTTACTTCAGATGAAGA--ACTAC----A--ATACATAAT--CAG----------CAATTATG---T--GTAAA----AATCTTA------GTTGT--------ATTA-------TACGTT-------TT----A----------ATTCC-A---------TG-TG--ATGTT-GTAT----TA----------------------------------------A--TGT-A------A---A-T----GTAT----ACG-------TA-------TAT---TTGTATAGG-TGACTTA----CAGGTTCATTGAATTGGGTGTGT--T
gi|5 : agcttctggagcaaagactattgttttgtaataaccttcagattgaaaatgaaatacagtctttttttaaattcagtgttcactgcataatgctattagagaagatatctttcaagaacaactggtgaatttagaaGTCACAAACCTT-----T---CAAGAAATTA------GCTAAATA------TCTTGTCATTTCCTACCCAAAAAGAATA--ACTGC----A--ATGTGTACT--CATTGGCACTT---AAAAAGCTTTT--TTAAT---GGATAT--------TCTATTA--TGCAGTAATCT----TAGAAT-------TG------TT-------ATAA------------TGATA--ACGTT-TACTTCTATA-T-------A-----AG--ATTTGCTTCA----AT-TT-CA--TATAA------T---A-TT---ATAT----Ac
gi|6 : acgatgtttattttgtaatgaccttccaattgaaaatgaaattcatctttaattcaatatcccctttattatgatattagagcagacatctttcaagaacaactgctgaatatagatgttaacgatataaacgatgttaTTTAATGGTATGGATGATGTTGA-TAAATGTGAAT-----GTCACAAACGTT-------CCCAGAAAAAAA------AATGAATA------TATTATTAAGGCTTATGTTAGAAGAAGC--AGTAC----A--ATATATAAT--CAATG--ACATTCCAAACAGC---T--GTAAA---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAACTACATTG--TATCTA-------TT----ATAA-------ATTGT-T------------TG--ATGTT-TAAT----TT-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTAA------A---A-C----ATAT----ATC-------TAT--T---TAT---TTGTATATG-TGACTTA----TAAGTCCATTAGGCCGTGTGTGT--GTTTTAAAA--T--TCAA--T------AT-CTG-T--AT----ATCATGTTAaatgt
gi|7 : ccaattttctaatattcagTTTAATGGTATGGATGGTATTGA-TAAATTTGTATATCTTGTCACACACGTTAAAACTTCCCAGAAAAGAA------GCTAAATA------TATTGTTAAGGCTTACATGCGAAGAAGA--AGTAT----A--TTATATAAT--CAATG--ACTTTTCAAACAGC---G--GTAAT---TAATAT--------GTTGTTA--TGTAATTACCTTA--GAAATT-------TG----ATTT-------ATTTT-T---------TGATG--ATGTT-TAAT----TG-C-------A-----AG-CAT-------A----AT-TT-CA--TGTGA------A---A-TA---ATAT----AAT-------TAT--T---TAT---ATGTATTGG-TGACTTA----AAGGTCCATTGGGCCGGGTGTAT--TGTTAAAAA--T--T--A--T------AT-ATA-C--AT----ATCATGTTA
gi|8 : ---ATAC----ATC-------TATGTT---TAT---TTGTGCAAGCTGACTGT----TAAGTCCATTAACCTGGACATGT--TCTGTTAAA--T--T--G--T------AT-ATT-T--ACAAAAAATATGTTA
gi|9 : gaagagatacatcaataacacgtattaagttttgttataaatgtcctgttatgtgataatctaagatttatcaaactgatgataaactatttacttctatataacatatgcttcagttgcatgtggtattacatcaatgtGA-TAAATTAAAACATCTTGTTACAA-TTTT-----TTTCAAGAAAACTA------GCAAACTA------TCTCGCCACAGTTTACCCAAGAAGAAAA--AAAAC----ACCATGTACAAA--CAGTG--ACATTCAAAAATTT---T--GTAAT---CAATAT--------TCTATTA--GGTAATAACGTTA--TATATA-------TG----A--T-------A-----T---------TGATG--GTGTT-TACT----TA-T-------ATATAGGG-TAT-------ACTTTAT-TTCCA--TGTAA------T---A-TT---ACATTA--AGG-------TA-------TAT---TTGtacatgtaaacgtgtcactaaagtaaaaacaaaaatacattcctattatttctaggttgatgcta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTATGTAATAACCTTAGATTTATGATATTGGTAAGGAGCTAGAAAATCCTTTGATTATCGTGATGTTTATTTACACATAAGAACTGCTTTATTTATGTGATATTACATTTGATTTAAATAAATGTACATTTGTATATATATTTGCATTGATGACTTATAGGACAATTAGTGTGTTCTGTTAAGTTGCATATTTACGTACATGTATATACATTTACACATGTCACTATACTAGAAACTGTTTACTTACATAT
Unaligned ( gi|13 ): GACTATATTTATTTTGTAACGCGCTTTAAATTGAAAATGCAATTCAGCATTTACTTTATAGTGTTCATATTAAAGTTGACATCTATCAATAACTAATAGACTATACTTGTATGGTATGAACGAAGAAGAAATACAATGAATAATCAGTGTTATTTAAACTGTTTTGTAATGAATATCATATTATGTAACAATCTTAGATTTATGATATTGATATTATTTACTCTATATTAAATATGCT
Unaligned ( gi|16 ): GAATCTCTGGAGCAAAGACTATGTTCATTTTGTAATCACCCTCATTTTGAAAACAAAATACAGTCATTTGTTTAATTCAATGTTCACATGTTGTGTGATATCAGAGAAGACGTCACGTAAGAGCAGCTGAAGTAACATGAACAATGATCCCCAATCAAAATATCGTGTCACAAACATTTTTGAAAATATTTGTCGTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCAATCACCATCGAATTGATAATGAAAATACAGCTTAGTTCATTTGTAATGATATTACAGCAGACATCTTTCAAACACAACTATTTAATTATATGAGCGATGCTGATCAATTAAAACATGTTTCAAGACAATTAGCTATTCAATTTCTTGTCAAAGCTTACTTCAGA
Unaligned ( gi|28 ): AAATAAATTATCGAATATATTATTTTCTTTATTGTACAGCACGTATGTATTGTTTGTAAACCATTTTAAATACAGTGTACGTTTTTCAATAGTATTTCAA
Unaligned ( gi|32 ): AGTGCACATTTTACAATGATATTAGATCAGACATTTTCAATAAGCAATTTTCAAATACAATGTATGCAGTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TGTATATCATGTTACATGTACACATGTCAC