lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 333333333333333 11111 22222 1 11 777777777777777777 11111 111111 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 22222222
lowQualScore : 55 8888 55 4 777 3 4 6666666 1 4 111111111111111 55555 4 77 0 22222 5 7 1 5 22 77 6 222222222222222222 55555 6 1 999999 1 1 5 88 6 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 0 77777777 4 6
lowQualScore : .. .... .. . ... . . ....... . . ............... ..... . .. . ..... . . . . .. .. . .................. ..... . . ...... . . . .. . . ..................................................................................... . . ........ . .
lowQualScore : 55 5555 55 0 000 2 4 9999999 1 4 666666666666666 44444 0 00 4 99999 7 3 4 7 33 99 7 222222222222222222 55555 7 0 222222 4 4 0 22 4 8 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 33333333 0 0
consensus : TTATGT--TTAAATGCGTAA----AGAGAG-GC-TG---AAAGCCGA-AT-ATGAATAGGAATTGAATTCCA--CGT-C-----TGCATGCCAG-GTA-GCT-GAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGAT-GG---A-T-ACCTN--T---TCTGTTT--TC-AGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTGTTAGAAAGAATA-------TCNAA-TA-TTATA--TATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTNT-T-A-CTGCCTT--GTA-----------TACAAGTA-TTCCTNGGTNGAATATGCATCTNTCTT
Reference ( gi|6 ) : TTATGT--TTAAATGCATAA----AGAGAG-AC-TG---AAATCCGA-AT-ATAAACAGGAATTGAATTCCA--CAT-C-----TGAATGCTAGTGTA-GCT-AAATGACTGTTTAAC----ATA-CTCCGT-TT-T-GGT--TTAAGAT-GG---A-C-ACTTG--T---TTTGTAT--TT-AGATGGTCTTTAATTATACCTTTGGTCATTAGAAAGAATA--T----TCCAA-TA-TTATA--TATA--------TAGGT-AGGCGTTGAATCAT-T-A-CTGCCTT--GTT-----------TATAAGTA-TTCCAAGATGGAATATGCATCTTTTTTTCAAAATCGCATAT
gi|5 : TTATGT--TGAAATGCATAA----AATGGGTGC-TG---AAAACCAA-AT-ATGAATAGGAATTGAATTCCA--TGT-C-----TGCGTGTCAGAGTA-GCT-GATTGGCTGTTTAACCACGGTG-CTTTGTATC-T-GGT--TTAAGAT-GG---A-TAACATC--T---CTGGT-T--TC-AGATGATCTTAAA
gi|4 : cttctttaattaatatatgcataacatattaaacacatttaacaccagcaacaagatcatagttcatatatataaatatacatataaaacaacgtaaaaacatttcccaataatgatattttgaaaTTATGC--TTTAATGCATA--------GAG-GC-TT---AAATCCGA-AT-AAAAAGGTGAATTAAAGTCAA--TGT-C-----GTCGTACCAGCATA-ACTTAAGTT-CTTTTTAAT----ATA-TTCTGT-TT-T---T--TTAAGAT-AG---A-----TTA--TATCTCTGGTT--TT-AGATAACATTAAAATAAACCTATTGTTGTCAAAACGAATAAATAAAATCAAC-TT-TTTCA--TATG--------TA--T-AGGCGTCGAATTAT-TTA-CTGCTTT--GTA-----------TACAAGTA-TTCCTGGGTTAAATATGTATCTATCTTg
gi|1 : gctttatagTTACGT--TTAAATGCCTAA----AGAGAT-GC-TG---ACAGCCGA-TT-ATGTATAAGAATTGAAGTCTG--CAT-T-----T-CATAC-----TA-GCT-GAATGGCTACCTAATG---ATA-CTCTGT-TT-T-TTTCATTAAGAT-GG---GTC-A--TA--TC--TCTGTTT--TC-ACATGCTCTTAAACAATTCCTTTTGTTGTTA-AGATAA----------CTAA-T--TTATT--TATAAGAACAGTTATGTAAGGTTTTAAATGATGT-A-CTGTATC--GTA-----------TACAAGTA-TTCCTAGATgaaagataaccacacatg
gi|12 : ttcaaatatacaaacacactcgtacatatagaaaaaaaacagttgttaaacttcccaatacatgtgtcttataaTTATGT--T-GAATACATGA----GTACAT-AT-AG---AAAGCCGATATTATAAGTAG-AACTAAATTCCA--CGTACATGTGTGCATGTCAGTGTA-ACC-AAAATATAGTTTAAT----GAA-CTCTGT-CT-T-GGT--TT
gi|10 : catTCATGT--TTAAGTGCATAA----AGAGAT-AC-TG---AA----------------AG----TGAA--------AT---------AA-GCCGGAGCA-GCT-GCATCACTGTTAAAA----ATAACTATGT-TT-TTGGT--TCAAGATTGGTA-A-T-ATCAG--T---TTTATATGATC-ACACG--------TTATATCATTTGTTATTAGAAAGAATA--C----TTGAATTACTCATA--TA
gi|2 : TTACAT--TTAAATGTATGT----GAAGAG-ACATGTCAAAAGCCAA-AC-ATGAAAAGGATTCCAGTTCCA--TGT-C-----TGAATG---G---A-GCT-GGATGACTG
gi|11 : gtctttattttgagaaggtatctcattaagattaaatatatatatatacacaatattaatctaccacaaggtcttcattaaaatatttgttgtactattaaacatatttaaaatcagcaacaacaacataattaaaatatacaaacatagatatagaaaaaaacccagaggtaaagcagttacctaacaattttccaataaatatttcttacaaTTATGTCCTTA--TGTGTAA----AGAGAG-GC-CG---AAAGTGGA-AT-------AGGAACTGAAGGACG--TCT-C-----TGCATGCCAG-ACAGGTT-GAATGAC
gi|3 : ttctaatatcctaacaaacataattatagaaatgtcagataccttaatcttttccaatataaatgtccttacaaTTATAT--TTAAATGCAAAA----AGAAAC-GC-TG---AAAACC
gi|7 : tgataataatgatggtaatgatgtcctttttttgagtgagtaactctgttatattatatagacaatatacaattcttatctaccacaaggtcttctttaaaacacatagtacatactacacaaatctaacattaatcagcaacaacaataaacatgatgtacttcaaatatacttacatcagtacatacagaaaaacaacaaacataatgtaaagaaattacctaaacattttcacaaaaaaaaatatgtctttacATGT--TTGAATGTGTAAGAGGAGAAAG-GT-TG---AAAACTAA-AT-ATATATAAGAATTAAATTCCATGCAT-T-----C--ATGCCAGGGTA-ACT-GAATGGCTGTTACAT----ATA-TTCAGT-TTGT-TGT--TCCATGC-GG---A-CGACTAT--C---TCTG-AT--TTAAGATGATATTGAATAAAACATTGTGTTTTTAGAAAG-----------TGCAG-T--T--TA--TACA--------TAAGT-AAGT----AACTTT-T-ATCTGTCTT--GTA-----------TACAAGTA-TACC
gi|16 : caacaaataagttttatagcaATGT--TTTAATGTTTAA----GGAGAG-GC-TG---AAAGTCGA-AT-ATGAAATGGAATTGAATTCCA--TGT-T-----TGCATGTTAGTGGA-GCT-GAAAGAttaatggg
gi|8 : TA-ACT-GAATGACTGTTTAAT----ACA-CTCTGTGCT-T-AAT--TTTAGGT-GGGTTA-T-ATCTGAAT---CTTGTTT--TT-GAATGATCTTGAATTATACATTCTGTTACTAAAAAAAATA----------AA-TA-AAAAACTTAAA--------TAAGT-AAGCGTCAAATTCT-TAA-CATCCTTCAATTCCTAATACATGTACAAGTAGTTCTGTG-TGG-ATATACATCTTTC
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATACCTATCGATCACAAGGCCTTCTTTAAACTATGTCTATATTACAAATCAAACATATTTAATGTTGATCAACAACAACAATATACTTCAGATATACTTATATAATTTATCGTGCATATAAAAAAACAGATATACCTAATCATTTTCCAGTAAATATACCTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATCATAACAAAAATAATAATGGTTTTATTTTGAGCGGTTACTTATTAATTTCATAAATTCAATATACACTTTTTTATCTACCACAAGGTCTTCTATTACTAAAAACATGT
Unaligned ( gi|14 ): TATGTAAAAGCAATACTTATCTACCACAAGGCCTCTTTTAAAATATACATAGAACATTCAGCATACTGAACAACACCAACAACTAAAAAATGTACATACATAGATAT
Unaligned ( gi|15 ): ATACCTATCTACCACAAGACATTCTTTAAACTATAAACTACATATCAAACATATTTATCATCAGCAACTACAATAAGTTCCAAATATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 2 1111 1 4444444444444444 4444444444444444444444 22222222 1 4444444444444
lowQualScore : 55 666 666 7777 88 0 4 4 5 55 8 3 1111111111 1 4 4 44 3 5555 5 0 5 99 66 8888888888888888 1 7 2 3 3 2222222222222222222222 44444444 9 8 5 22 1 8 6 8 4444444444444 1 1 7 1
lowQualScore : .. ... ... .... .. . . . . .. . . .......... . . . .. . .... . . . .. .. ................ . . . . . ...................... ........ . . . .. . . . . ............. . . . .
lowQualScore : 00 444 888 7777 66 5 0 0 2 55 1 0 0000000000 4 0 0 00 6 6666 0 0 0 55 99 1111111111111111 6 6 2 7 2 3333333333333333333333 22222222 0 0 0 88 0 0 0 0 0000000000000 0 0 3 0
consensus : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-G-TA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCTA--T---TCTGTTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGTA-GGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
Reference ( family-371 ) : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-G-TA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATACCTN--T---TCTGTTTTCAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTGTTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGTA-GGCGTCGAATTNT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTNGGTNGAATATGCATCTNTCTT
gi|1 : TTACGT--TTAA---ATGC--CTAA----AGAGAT--GCTGACAGCCGA-TT-ATGTATAAG--AATTGAA------G--T-C-----TGCATTTCA-T-ACTA-GCTGAATGGCTACCTAATG---ATA-CTCTGT-TT-T-TTTCATTAAGATGG---GT-CATA--TC--TCTGTTTTCACATGCTCTTAAACAATTCCTTTTGTTGTTA---AGA-T--A-------ACTAAT-TTATTTATAAGAACAGTTATGTAAGGTTTTAAATGATGT-A-CTGTATC-------------GTATACAAGTATTCCTAGAT
gi|10 : ttcaaatatacaaacacactcgtacatatagaaaaaaaacagttgttaaacttcccaatacatgtgtcttataaTCATGT--TTAA---GTGC--ATAA----AGAGAT--ACTGAAAG---------TGAA-------AT--AA----------------------GCCG-GAG-CA-GCTGCATCACTGTTAAAA----ATAACTATGT-TT-TTGGT--TCAAGATTG---GTA---A--TA--TCAGTTTT-ATATGATCACACGTTATATCATTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------CTTGA-ATTACTCATA--------TA
gi|11 : TTATGTCCTTA-----TGT--GTAA----AGAGAG--GCCGAAAG-TG-------GAATAGG--AACTGAA--GGACGTCT-C-----TGCATGCCA-G-A-CAGGTTGAATGAC
gi|12 : ttctaatatcctaacaaacataattatagaaatgtcagataccttaatcttttccaatataaatgtccttacaaTTATGT--TGAATACATGA--GTAC----ATATAG------AAAGCCGATATTATAAGTAG---AACTAAATTCCACG--TACATGTGTGCATGTCA-GTG-TA-ACCAAAATATAGTTTAAT----GAA-CTCTGT-CT-T-GGT--TT
gi|16 : catATGT--TTTA---ATGT--TTAA----GGAGAG--GCTGAAAGTCGA-AT-ATGAAATGG--AATTGAATTCCATG--T-T-----TGCATGTTA-GTG-GA-GCTGAAAGA
gi|2 : TTACAT--TTAA---ATGTATGTGA----AGAGACATGTCAAAAGCCAA-AC-ATGAAAAGG--ATTCCAGTTCCATG--T-C-----TGAATG------G--A-GCTGGATGACTG
gi|3 : gtctttattttgagaaggtatctcattaagattaaatatatatatatacacaatattaatctaccacaaggtcttcattaaaatatttgttgtactattaaacatatttaaaatcagcaacaacaacataattaaaatatacaaacatagatatagaaaaaaacccagaggtaaagcagttacctaacaattttccaataaatatttcttacaaTTATAT--TTAA---ATGC--AAAA----AGAAAC--GCTGAAAACC
gi|4 : tgataataatgatggtaatgatgtcctttttttgagtgagtaactctgttatattatatagacaatatacaattcttatctaccacaaggtcttctttaaaacacatagtacatactacacaaatctaacattaatcagcaacaacaataaacatgatgtacttcaaatatacttacatcagtacatacagaaaaacaacaaacataatgtaaagaaattacctaaacattttcacaaaaaaaaatatgtctttacTTATGC--TTTA---ATGC--ATA--------GAG--GCTTAAATCCGA-AT-A--AAAAGGTGAATTAAAGTCAATG--T-C-----GTCGTACCA-GCA-TA-ACTTAAGTTCTTTTTAAT----ATA-TTCTGT-TT-T---T--TTAAGATAG---AT---TA--TATCTCTGGTTTTAGATAACATTAAAATAAACCTATTGTTGTCAAAACGAAT--AAATAAAATCAACTTTTTCATATG--------TA--TA-GGCGTCGAATTAT-TTA-CTGCTTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGGTTAAATATGTATCTATCTT
gi|5 : gctttatagTTATGT--TGAA---ATGC--ATAA----AATGGGT-GCTGAAAACCAA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCATG--T-C-----TGCGTGTCA-GAG-TA-GCTGATTGGCTGTTTAACCACGGTG-CTTTGTATC-T-GGT--TTAAGATGG---ATAACAT--C---TCTGGTTTCAGATGATCTTAAAgaaagataaccacacatg
gi|6 : cttctttaattaatatatgcataacatattaaacacatttaacaccagcaacaagatcatagttcatatatataaatatacatataaaacaacgtaaaaacatttcccaataatgatattttgaaaTTATGT--TTAA---ATGC--ATAA----AGAGAG--ACTGAAATCCGA-AT-ATAAACAGG--AATTGAATTCCACA--T-C-----TGAATGCTA-GTG-TA-GCTAAATGACTGTTTAAC----ATA-CTCCGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ACACTTG--T---TTTGTATTTAGATGGTCTTTAATTATACCTTTGGTCATTAGAAAGAAT--AT------TCCAATATTATATATA--------TAGGTA-GGCGTTGAATCAT-T-A-CTGCCTT-------------GTTTATAAGTATTCCAAGATGGAATATGCATCTTTTTTg
gi|7 : ATGT--TTGA---ATGT--GTAAGAGGAGAAAG--GTTGAAAACTAA-AT-ATATATAAG--AATTAAATTCCATG--C-A-----TTCATGCCAGG-G-TA-ACTGAATGGCTGTTACAT----ATA-TTCAGT-TTGT-TGT--TCCATGCGG---ACGACTA--TC--TCTGATTTAAGATGATATTGAATAAAACATTGTGTTTTTAGAAAG-------------TGCAGT-T--TATACA--------TAAGTA-AGT----AACTTT-T-ATCTGTCTT-------------GTATACAAGTATACCTTAATGGtcaaaatcgcatat
gi|8 : caacaaataagttttatagca-TA-ACTGAATGACTGTTTAAT----ACA-CTCTGTGCT-T-AAT--TTTAGGTGGGTTATATCTGAAT---CTTGTTTTTGAATGATCTTGAATTATACATTCTGTTACTAAAAAAAATAAA-------TAAAAAACT---TAAA--------TAAGTA-AGCGTCAAATTCT-TAA-CATCCTTCAATTCCTAATACATGTACAAGTAGTTCTGTGTGG-ATATACATCTTTCTg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATACCTATCGATCACAAGGCCTTCTTTAAACTATGTCTATATTACAAATCAAACATATTTAATGTTGATCAACAACAACAATATACTTCAGATATACTTATATAATTTATCGTGCATATAAAAAAACAGATATACCTAATCATTTTCCAGTAAATATACCTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATCATAACAAAAATAATAATGGTTTTATTTTGAGCGGTTACTTATTAATTTCATAAATTCAATATACACTTTTTTATCTACCACAAGGTCTTCTATTACTAAAAACATGT
Unaligned ( gi|14 ): TATGTAAAAGCAATACTTATCTACCACAAGGCCTCTTTTAAAATATACATAGAACATTCAGCATACTGAACAACACCAACAACTAAAAAATGTACATACATAGATAT
Unaligned ( gi|15 ): ATACCTATCTACCACAAGACATTCTTTAAACTATAAACTACATATCAAACATATTTATCATCAGCAACTACAATAAGTTCCAAATATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222 1111 1 333333333333333 4444444444444444444444 22222222 1 4444444444444
lowQualScore : 55 666 666 7777 88 0 4 4 5 55 8 3 1111111111 1 666 0 3 5555 5 0 5 99 66 333333333333333 1 6 0 7 2222222222222222222222 44444444 9 8 5 22 1 8 6 8 4444444444444 1 7
lowQualScore : .. ... ... .... .. . . . . .. . . .......... . ... . . .... . . . .. .. ............... . . . . ...................... ........ . . . .. . . . . ............. . .
lowQualScore : 00 444 888 7777 66 5 0 0 2 55 1 0 0000000000 4 111 4 6 6666 0 0 0 55 99 777777777777777 6 0 3 3 3333333333333333333333 22222222 0 0 0 88 0 0 0 0 0000000000000 4 3
consensus : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGTTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
Reference ( family-371 ) : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--AT-TCTGTTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
gi|1 : TTACGT--TTAA---ATGC--CTAA----AGAGAT--GCTGACAGCCGA-TT-ATGTATAAG--AATTGAA------G--T-C-----TGCATTTCATA-CTA-GCTGAATGGCTACCTAATG---ATA-CTCTGT-TT-T-TTTCATTAAGATGGGTCATATC------TCTGTTTTCACATGCTCTTAAACAATTCCTTTTGTTGTT---AAG-AT--A-------ACTAAT-TTATTTATAAGAACAGTTATGTAAGGTTTTAAATGATGT-A-CTGTATC-------------GTATACAAGTATTCCTAGAT
gi|10 : ttcaaatatacaaacacactcgtacatatagaaaaaaaacagttgttaaacttcccaatacatgtgtcttataaTCATGT--TTAA---GTGC--ATAA----AGAGAT--ACTGAAAG---------TGAA-------AT--AA----------------------GCCG-GAGCA-GCTGCATCACTGTTAAAA----ATAACTATGT-TT-TTGGT--TCAAGATTG---GTAA-T--AT--CAGTTTT-ATATGATCACACGTTATATCATTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------CTTGA-ATTACTCATA--------TA
gi|11 : TTATGTCCTTA-----TGT--GTAA----AGAGAG--GCCGAAAG-TG-------GAATAGG--AACTGAA--GGACGTCT-C-----TGCATGCCA-G-ACAGGTTGAATGAC
gi|12 : ttctaatatcctaacaaacataattatagaaatgtcagataccttaatcttttccaatataaatgtccttacaaTTATGT--TGAATACATGA--GTAC----ATATAG------AAAGCCGATATTATAAGTAG---AACTAAATTCCACG--TACATGTGTGCATGTCA-GTGTA-ACCAAAATATAGTTTAAT----GAA-CTCTGT-CT-T-GGT--TT
gi|16 : catATGT--TTTA---ATGT--TTAA----GGAGAG--GCTGAAAGTCGA-AT-ATGAAATGG--AATTGAATTCCATG--T-T-----TGCATGTTA-GTGGA-GCTGAAAGA
gi|2 : TTACAT--TTAA---ATGTATGTGA----AGAGACATGTCAAAAGCCAA-AC-ATGAAAAGG--ATTCCAGTTCCATG--T-C-----TGAATG------G-A-GCTGGATGACTG
gi|3 : gtctttattttgagaaggtatctcattaagattaaatatatatatatacacaatattaatctaccacaaggtcttcattaaaatatttgttgtactattaaacatatttaaaatcagcaacaacaacataattaaaatatacaaacatagatatagaaaaaaacccagaggtaaagcagttacctaacaattttccaataaatatttcttacaaTTATAT--TTAA---ATGC--AAAA----AGAAAC--GCTGAAAACC
gi|4 : tgataataatgatggtaatgatgtcctttttttgagtgagtaactctgttatattatatagacaatatacaattcttatctaccacaaggtcttctttaaaacacatagtacatactacacaaatctaacattaatcagcaacaacaataaacatgatgtacttcaaatatacttacatcagtacatacagaaaaacaacaaacataatgtaaagaaattacctaaacattttcacaaaaaaaaatatgtctttacTTATGC--TTTA---ATGC--ATA--------GAG--GCTTAAATCCGA-AT-A--AAAAGGTGAATTAAAGTCAATG--T-C-----GTCGTACCA-GCATA-ACTTAAGTTCTTTTTAAT----ATA-TTCTGT-TT-T---T--TTAAGATAG---AT-TAT--ATCTCTGGTTTTAGATAACATTAAAATAAACCTATTGTTGTCAAAACGAAT--AAATAAAATCAACTTTTTCATATG--------TA--T-AGGCGTCGAATTAT-TTA-CTGCTTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGGTTAAATATGTATCTATCTT
gi|5 : gctttatagTTATGT--TGAA---ATGC--ATAA----AATGGGT-GCTGAAAACCAA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCATG--T-C-----TGCGTGTCA-GAGTA-GCTGATTGGCTGTTTAACCACGGTG-CTTTGTATC-T-GGT--TTAAGATGG---ATAAC---ATCTCTGGTTTCAGATGATCTTAAAgaaagataaccacacatg
gi|6 : cttctttaattaatatatgcataacatattaaacacatttaacaccagcaacaagatcatagttcatatatataaatatacatataaaacaacgtaaaaacatttcccaataatgatattttgaaaTTATGT--TTAA---ATGC--ATAA----AGAGAG--ACTGAAATCCGA-AT-ATAAACAGG--AATTGAATTCCACA--T-C-----TGAATGCTA-GTGTA-GCTAAATGACTGTTTAAC----ATA-CTCCGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ACACTT--GT-TTTGTATTTAGATGGTCTTTAATTATACCTTTGGTCATTAGAAAGAAT--AT------TCCAATATTATATATA--------TAGGT-AGGCGTTGAATCAT-T-A-CTGCCTT-------------GTTTATAAGTATTCCAAGATGGAATATGCATCTTTTTTg
gi|7 : ATGT--TTGA---ATGT--GTAAGAGGAGAAAG--GTTGAAAACTAA-AT-ATATATAAG--AATTAAATTCCATG--C-A-----TTCATGCCAGG-GTA-ACTGAATGGCTGTTACAT----ATA-TTCAGT-TTGT-TGT--TCCATGCGG---ACGACT--ATCTCTGATTTAAGATGATATTGAATAAAACATTGTGTTTTTAGAAAG-------------TGCAGT-T--TATACA--------TAAGT-AAGT----AACTTT-T-ATCTGTCTT-------------GTATACAAGTATACCTTAATGGtcaaaatcgcatat
gi|8 : caacaaataagttttatagcaTA-ACTGAATGACTGTTTAAT----ACA-CTCTGTGCT-T-AAT--TTTAGGTGGGTTATATCTGAAT-CTTGTTTTTGAATGATCTTGAATTATACATTCTGTTACTAAAAAAAATAAA-------TAAAAAACT---TAAA--------TAAGT-AAGCGTCAAATTCT-TAA-CATCCTTCAATTCCTAATACATGTACAAGTAGTTCTGTGTGG-ATATACATCTTTCTg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATACCTATCGATCACAAGGCCTTCTTTAAACTATGTCTATATTACAAATCAAACATATTTAATGTTGATCAACAACAACAATATACTTCAGATATACTTATATAATTTATCGTGCATATAAAAAAACAGATATACCTAATCATTTTCCAGTAAATATACCTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATCATAACAAAAATAATAATGGTTTTATTTTGAGCGGTTACTTATTAATTTCATAAATTCAATATACACTTTTTTATCTACCACAAGGTCTTCTATTACTAAAAACATGT
Unaligned ( gi|14 ): TATGTAAAAGCAATACTTATCTACCACAAGGCCTCTTTTAAAATATACATAGAACATTCAGCATACTGAACAACACCAACAACTAAAAAATGTACATACATAGATAT
Unaligned ( gi|15 ): ATACCTATCTACCACAAGACATTCTTTAAACTATAAACTACATATCAAACATATTTATCATCAGCAACTACAATAAGTTCCAAATATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222 1111 1 22222222222 4444444444444444444444 22222222 1 4444444444444
lowQualScore : 55 666 666 7777 88 0 4 4 5 55 8 3 1111111111 1 666 0 3 5555 5 0 5 99 66 11111111111 3 5 0 7 2222222222222222222222 44444444 9 8 5 22 1 8 6 8 4444444444444 1 7
lowQualScore : .. ... ... .... .. . . . . .. . . .......... . ... . . .... . . . .. .. ........... . . . . ...................... ........ . . . .. . . . . ............. . .
lowQualScore : 00 444 888 7777 66 5 0 0 2 55 1 0 0000000000 4 111 4 6 6666 0 0 0 55 99 11111111111 0 0 3 3 3333333333333333333333 22222222 0 0 0 88 0 0 0 0 0000000000000 4 3
consensus : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGNTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
Reference ( family-371 ) : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGTTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
gi|1 : TTACGT--TTAA---ATGC--CTAA----AGAGAT--GCTGACAGCCGA-TT-ATGTATAAG--AATTGAA------G--T-C-----TGCATTTCATA-CTA-GCTGAATGGCTACCTAATG---ATA-CTCTGT-TT-T-TTTCATTAAGATGG---GT-CAT--ATCTCTGTTTTCACATGCTCTTAAACAATTCCTTTTGTTGTT---AAG-AT--A-------ACTAAT-TTATTTATAAGAACAGTTATGTAAGGTTTTAAATGATGT-A-CTGTATC-------------GTATACAAGTATTCCTAGAT
gi|10 : ttcaaatatacaaacacactcgtacatatagaaaaaaaacagttgttaaacttcccaatacatgtgtcttataaTCATGT--TTAA---GTGC--ATAA----AGAGAT--ACTGAAAG---------TGAA-------AT--AA----------------------GCCG-GAGCA-GCTGCATCACTGTTAAAA----ATAACTATGT-TT-TTGGT--TCAAGATTG---GTAA-T--ATC---AGTTTTATATGATCACACGTTATATCATTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------CTTGA-ATTACTCATA--------TA
gi|11 : TTATGTCCTTA-----TGT--GTAA----AGAGAG--GCCGAAAG-TG-------GAATAGG--AACTGAA--GGACGTCT-C-----TGCATGCCA-G-ACAGGTTGAATGAC
gi|12 : ttctaatatcctaacaaacataattatagaaatgtcagataccttaatcttttccaatataaatgtccttacaaTTATGT--TGAATACATGA--GTAC----ATATAG------AAAGCCGATATTATAAGTAG---AACTAAATTCCACG--TACATGTGTGCATGTCA-GTGTA-ACCAAAATATAGTTTAAT----GAA-CTCTGT-CT-T-GGT--TT
gi|16 : catATGT--TTTA---ATGT--TTAA----GGAGAG--GCTGAAAGTCGA-AT-ATGAAATGG--AATTGAATTCCATG--T-T-----TGCATGTTA-GTGGA-GCTGAAAGA
gi|2 : TTACAT--TTAA---ATGTATGTGA----AGAGACATGTCAAAAGCCAA-AC-ATGAAAAGG--ATTCCAGTTCCATG--T-C-----TGAATG------G-A-GCTGGATGACTG
gi|3 : gtctttattttgagaaggtatctcattaagattaaatatatatatatacacaatattaatctaccacaaggtcttcattaaaatatttgttgtactattaaacatatttaaaatcagcaacaacaacataattaaaatatacaaacatagatatagaaaaaaacccagaggtaaagcagttacctaacaattttccaataaatatttcttacaaTTATAT--TTAA---ATGC--AAAA----AGAAAC--GCTGAAAACC
gi|4 : tgataataatgatggtaatgatgtcctttttttgagtgagtaactctgttatattatatagacaatatacaattcttatctaccacaaggtcttctttaaaacacatagtacatactacacaaatctaacattaatcagcaacaacaataaacatgatgtacttcaaatatacttacatcagtacatacagaaaaacaacaaacataatgtaaagaaattacctaaacattttcacaaaaaaaaatatgtctttacTTATGC--TTTA---ATGC--ATA--------GAG--GCTTAAATCCGA-AT-A--AAAAGGTGAATTAAAGTCAATG--T-C-----GTCGTACCA-GCATA-ACTTAAGTTCTTTTTAAT----ATA-TTCTGT-TT-T---T--TTAAGATAG---AT-TAT--ATCTCTGGTTTTAGATAACATTAAAATAAACCTATTGTTGTCAAAACGAAT--AAATAAAATCAACTTTTTCATATG--------TA--T-AGGCGTCGAATTAT-TTA-CTGCTTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGGTTAAATATGTATCTATCTT
gi|5 : gctttatagTTATGT--TGAA---ATGC--ATAA----AATGGGT-GCTGAAAACCAA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCATG--T-C-----TGCGTGTCA-GAGTA-GCTGATTGGCTGTTTAACCACGGTG-CTTTGTATC-T-GGT--TTAAGATGG---ATAAC---ATCTCTGGTTTCAGATGATCTTAAAgaaagataaccacacatg
gi|6 : cttctttaattaatatatgcataacatattaaacacatttaacaccagcaacaagatcatagttcatatatataaatatacatataaaacaacgtaaaaacatttcccaataatgatattttgaaaTTATGT--TTAA---ATGC--ATAA----AGAGAG--ACTGAAATCCGA-AT-ATAAACAGG--AATTGAATTCCACA--T-C-----TGAATGCTA-GTGTA-GCTAAATGACTGTTTAAC----ATA-CTCCGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ACACTT--GT-TTTGTATTTAGATGGTCTTTAATTATACCTTTGGTCATTAGAAAGAAT--AT------TCCAATATTATATATA--------TAGGT-AGGCGTTGAATCAT-T-A-CTGCCTT-------------GTTTATAAGTATTCCAAGATGGAATATGCATCTTTTTTg
gi|7 : ATGT--TTGA---ATGT--GTAAGAGGAGAAAG--GTTGAAAACTAA-AT-ATATATAAG--AATTAAATTCCATG--C-A-----TTCATGCCAGG-GTA-ACTGAATGGCTGTTACAT----ATA-TTCAGT-TTGT-TGT--TCCATGCGG---ACGACT--ATCTCTGATTTAAGATGATATTGAATAAAACATTGTGTTTTTAGAAAG-------------TGCAGT-T--TATACA--------TAAGT-AAGT----AACTTT-T-ATCTGTCTT-------------GTATACAAGTATACCTTAATGGtcaaaatcgcatat
gi|8 : caacaaataagttttatagcaTA-ACTGAATGACTGTTTAAT----ACA-CTCTGTGCT-T-AAT--TTTAGGTGGGTTATATCTGAATCT-TGTTTTTGAATGATCTTGAATTATACATTCTGTTACTAAAAAAAATAAA-------TAAAAAACT---TAAA--------TAAGT-AAGCGTCAAATTCT-TAA-CATCCTTCAATTCCTAATACATGTACAAGTAGTTCTGTGTGG-ATATACATCTTTCTg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATACCTATCGATCACAAGGCCTTCTTTAAACTATGTCTATATTACAAATCAAACATATTTAATGTTGATCAACAACAACAATATACTTCAGATATACTTATATAATTTATCGTGCATATAAAAAAACAGATATACCTAATCATTTTCCAGTAAATATACCTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATCATAACAAAAATAATAATGGTTTTATTTTGAGCGGTTACTTATTAATTTCATAAATTCAATATACACTTTTTTATCTACCACAAGGTCTTCTATTACTAAAAACATGT
Unaligned ( gi|14 ): TATGTAAAAGCAATACTTATCTACCACAAGGCCTCTTTTAAAATATACATAGAACATTCAGCATACTGAACAACACCAACAACTAAAAAATGTACATACATAGATAT
Unaligned ( gi|15 ): ATACCTATCTACCACAAGACATTCTTTAAACTATAAACTACATATCAAACATATTTATCATCAGCAACTACAATAAGTTCCAAATATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222 1111 1 22222222222 4444444444444444444444 22222222 1 4444444444444
lowQualScore : 55 666 666 7777 88 0 4 4 5 55 8 3 1111111111 1 666 0 3 5555 5 0 5 99 66 11111111111 3 1 0 7 2222222222222222222222 44444444 9 8 5 22 1 8 6 8 4444444444444 1 7
lowQualScore : .. ... ... .... .. . . . . .. . . .......... . ... . . .... . . . .. .. ........... . . . . ...................... ........ . . . .. . . . . ............. . .
lowQualScore : 00 444 888 7777 66 5 0 0 2 55 1 0 0000000000 4 111 4 6 6666 0 0 0 55 99 11111111111 0 0 3 3 3333333333333333333333 22222222 0 0 0 88 0 0 0 0 0000000000000 4 3
consensus : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGNTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
Reference ( family-371 ) : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGNTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
gi|1 : TTACGT--TTAA---ATGC--CTAA----AGAGAT--GCTGACAGCCGA-TT-ATGTATAAG--AATTGAA------G--T-C-----TGCATTTCATA-CTA-GCTGAATGGCTACCTAATG---ATA-CTCTGT-TT-T-TTTCATTAAGATGG---GT-CAT--ATCTCTGTTTTCACATGCTCTTAAACAATTCCTTTTGTTGTT---AAG-AT--A-------ACTAAT-TTATTTATAAGAACAGTTATGTAAGGTTTTAAATGATGT-A-CTGTATC-------------GTATACAAGTATTCCTAGAT
gi|10 : ttcaaatatacaaacacactcgtacatatagaaaaaaaacagttgttaaacttcccaatacatgtgtcttataaTCATGT--TTAA---GTGC--ATAA----AGAGAT--ACTGAAAG---------TGAA-------AT--AA----------------------GCCG-GAGCA-GCTGCATCACTGTTAAAA----ATAACTATGT-TT-TTGGT--TCAAGATTG---GTAA-T--ATC---AGTTTTATATGATCACACGTTATATCATTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------CTTGA-ATTACTCATA--------TA
gi|11 : TTATGTCCTTA-----TGT--GTAA----AGAGAG--GCCGAAAG-TG-------GAATAGG--AACTGAA--GGACGTCT-C-----TGCATGCCA-G-ACAGGTTGAATGAC
gi|12 : ttctaatatcctaacaaacataattatagaaatgtcagataccttaatcttttccaatataaatgtccttacaaTTATGT--TGAATACATGA--GTAC----ATATAG------AAAGCCGATATTATAAGTAG---AACTAAATTCCACG--TACATGTGTGCATGTCA-GTGTA-ACCAAAATATAGTTTAAT----GAA-CTCTGT-CT-T-GGT--TT
gi|16 : catATGT--TTTA---ATGT--TTAA----GGAGAG--GCTGAAAGTCGA-AT-ATGAAATGG--AATTGAATTCCATG--T-T-----TGCATGTTA-GTGGA-GCTGAAAGA
gi|2 : TTACAT--TTAA---ATGTATGTGA----AGAGACATGTCAAAAGCCAA-AC-ATGAAAAGG--ATTCCAGTTCCATG--T-C-----TGAATG------G-A-GCTGGATGACTG
gi|3 : gtctttattttgagaaggtatctcattaagattaaatatatatatatacacaatattaatctaccacaaggtcttcattaaaatatttgttgtactattaaacatatttaaaatcagcaacaacaacataattaaaatatacaaacatagatatagaaaaaaacccagaggtaaagcagttacctaacaattttccaataaatatttcttacaaTTATAT--TTAA---ATGC--AAAA----AGAAAC--GCTGAAAACC
gi|4 : tgataataatgatggtaatgatgtcctttttttgagtgagtaactctgttatattatatagacaatatacaattcttatctaccacaaggtcttctttaaaacacatagtacatactacacaaatctaacattaatcagcaacaacaataaacatgatgtacttcaaatatacttacatcagtacatacagaaaaacaacaaacataatgtaaagaaattacctaaacattttcacaaaaaaaaatatgtctttacTTATGC--TTTA---ATGC--ATA--------GAG--GCTTAAATCCGA-AT-A--AAAAGGTGAATTAAAGTCAATG--T-C-----GTCGTACCA-GCATA-ACTTAAGTTCTTTTTAAT----ATA-TTCTGT-TT-T---T--TTAAGATAG---AT-TAT--ATCTCTGGTTTTAGATAACATTAAAATAAACCTATTGTTGTCAAAACGAAT--AAATAAAATCAACTTTTTCATATG--------TA--T-AGGCGTCGAATTAT-TTA-CTGCTTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGGTTAAATATGTATCTATCTT
gi|5 : gctttatagTTATGT--TGAA---ATGC--ATAA----AATGGGT-GCTGAAAACCAA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCATG--T-C-----TGCGTGTCA-GAGTA-GCTGATTGGCTGTTTAACCACGGTG-CTTTGTATC-T-GGT--TTAAGATGG---ATAAC---ATCTCTGGTTTCAGATGATCTTAAAgaaagataaccacacatg
gi|6 : cttctttaattaatatatgcataacatattaaacacatttaacaccagcaacaagatcatagttcatatatataaatatacatataaaacaacgtaaaaacatttcccaataatgatattttgaaaTTATGT--TTAA---ATGC--ATAA----AGAGAG--ACTGAAATCCGA-AT-ATAAACAGG--AATTGAATTCCACA--T-C-----TGAATGCTA-GTGTA-GCTAAATGACTGTTTAAC----ATA-CTCCGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ACACTT--GT-TTTGTATTTAGATGGTCTTTAATTATACCTTTGGTCATTAGAAAGAAT--AT------TCCAATATTATATATA--------TAGGT-AGGCGTTGAATCAT-T-A-CTGCCTT-------------GTTTATAAGTATTCCAAGATGGAATATGCATCTTTTTTg
gi|7 : ATGT--TTGA---ATGT--GTAAGAGGAGAAAG--GTTGAAAACTAA-AT-ATATATAAG--AATTAAATTCCATG--C-A-----TTCATGCCAGG-GTA-ACTGAATGGCTGTTACAT----ATA-TTCAGT-TTGT-TGT--TCCATGCGG---ACGACT--ATCTCTGATTTAAGATGATATTGAATAAAACATTGTGTTTTTAGAAAG-------------TGCAGT-T--TATACA--------TAAGT-AAGT----AACTTT-T-ATCTGTCTT-------------GTATACAAGTATACCTTAATGGtcaaaatcgcatat
gi|8 : caacaaataagttttatagcaTA-ACTGAATGACTGTTTAAT----ACA-CTCTGTGCT-T-AAT--TTTAGGTGGGTTATATCTGAATCT-TGTTTTTGAATGATCTTGAATTATACATTCTGTTACTAAAAAAAATAAA-------TAAAAAACT---TAAA--------TAAGT-AAGCGTCAAATTCT-TAA-CATCCTTCAATTCCTAATACATGTACAAGTAGTTCTGTGTGG-ATATACATCTTTCTg
blockSeqs : CC TAC ATG GAGG AT T T T TG T C TACATGTG C GA G CACG A A G TG . GTTATATCTGA C G A AAATAAAATCAACTTTTTCA . G . G CG A . T T CAATTCCTAATAC G A
blockSeqs : . . A . T . . T . T C TCTC C GT . . . G . G . ACACTT C G A ATTCCAATATTATA . A . G TG A . A . . A .
blockSeqs : . . G . . . . A . T T TT T GT . . . . . G . ACGACT T G A ACTTGAATTACT . A . G CA T . . . . T
blockSeqs : . . G . . . . A . G T TC T GC . . . . . G . GTAAT C T A AAATAAAAAACT . . . . . C . . . . G
blockSeqs : . . T . . . . A . T T TC C GA . . . . . T . ATTAT . A . TGCAGTTTA .
blockSeqs : . . A . . . . T . T T TC T GT . . . . . A . ATAAC . T
blockSeqs : . . A . . . . C . T C TC C GG . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . T . . T CA C G .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . .
blockSeqCons : **** ** ********
originalCons : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGNTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
finalCons : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGNTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATACCTATCGATCACAAGGCCTTCTTTAAACTATGTCTATATTACAAATCAAACATATTTAATGTTGATCAACAACAACAATATACTTCAGATATACTTATATAATTTATCGTGCATATAAAAAAACAGATATACCTAATCATTTTCCAGTAAATATACCTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATCATAACAAAAATAATAATGGTTTTATTTTGAGCGGTTACTTATTAATTTCATAAATTCAATATACACTTTTTTATCTACCACAAGGTCTTCTATTACTAAAAACATGT
Unaligned ( gi|14 ): TATGTAAAAGCAATACTTATCTACCACAAGGCCTCTTTTAAAATATACATAGAACATTCAGCATACTGAACAACACCAACAACTAAAAAATGTACATACATAGATAT
Unaligned ( gi|15 ): ATACCTATCTACCACAAGACATTCTTTAAACTATAAACTACATATCAAACATATTTATCATCAGCAACTACAATAAGTTCCAAATATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 222 1111 1 22222222222 4444444444444444444444 22222222 1 4444444444444
lowQualScore : 55 666 666 7777 88 0 4 4 5 55 8 3 1111111111 1 666 0 3 5555 5 0 5 99 66 11111111111 3 1 0 7 2222222222222222222222 44444444 9 8 5 22 1 8 6 8 4444444444444 1 7
lowQualScore : .. ... ... .... .. . . . . .. . . .......... . ... . . .... . . . .. .. ........... . . . . ...................... ........ . . . .. . . . . ............. . .
lowQualScore : 00 444 888 7777 66 5 0 0 2 55 1 0 0000000000 4 111 4 6 6666 0 0 0 55 99 11111111111 0 0 3 3 3333333333333333333333 22222222 0 0 0 88 0 0 0 0 0000000000000 4 3
consensus : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGNTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
Reference ( family-371 ) : TTATGT--TTAA---ATGC--GTAA----AGAGAG--GCTGAAAGCCGA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCACG--T-C-----TGCATGCCA-G-GTA-GCTGAATGACTGTTTAAT----ATA-CTCTGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ATANCT--ATCTCTGNTTTTAGATGATCTTAAATTATACCTTTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------TCNAATATTATATATA--------TAAGT-AGGCGTCGAATTAT-T-A-CTGCCTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGATGGAATATGCATCTTTCTT
gi|1 : TTACGT--TTAA---ATGC--CTAA----AGAGAT--GCTGACAGCCGA-TT-ATGTATAAG--AATTGAA------G--T-C-----TGCATTTCATA-CTA-GCTGAATGGCTACCTAATG---ATA-CTCTGT-TT-T-TTTCATTAAGATGG---GT-CAT--ATCTCTGTTTTCACATGCTCTTAAACAATTCCTTTTGTTGTT---AAG-AT--A-------ACTAAT-TTATTTATAAGAACAGTTATGTAAGGTTTTAAATGATGT-A-CTGTATC-------------GTATACAAGTATTCCTAGAT
gi|10 : ttcaaatatacaaacacactcgtacatatagaaaaaaaacagttgttaaacttcccaatacatgtgtcttataaTCATGT--TTAA---GTGC--ATAA----AGAGAT--ACTGAAAG---------TGAA-------AT--AA----------------------GCCG-GAGCA-GCTGCATCACTGTTAAAA----ATAACTATGT-TT-TTGGT--TCAAGATTG---GTAA-T--ATC---AGTTTTATATGATCACACGTTATATCATTTGTTATTAGAAAGAAT--A-------CTTGA-ATTACTCATA--------TA
gi|11 : TTATGTCCTTA-----TGT--GTAA----AGAGAG--GCCGAAAG-TG-------GAATAGG--AACTGAA--GGACGTCT-C-----TGCATGCCA-G-ACAGGTTGAATGAC
gi|12 : ttctaatatcctaacaaacataattatagaaatgtcagataccttaatcttttccaatataaatgtccttacaaTTATGT--TGAATACATGA--GTAC----ATATAG------AAAGCCGATATTATAAGTAG---AACTAAATTCCACG--TACATGTGTGCATGTCA-GTGTA-ACCAAAATATAGTTTAAT----GAA-CTCTGT-CT-T-GGT--TT
gi|16 : catATGT--TTTA---ATGT--TTAA----GGAGAG--GCTGAAAGTCGA-AT-ATGAAATGG--AATTGAATTCCATG--T-T-----TGCATGTTA-GTGGA-GCTGAAAGA
gi|2 : TTACAT--TTAA---ATGTATGTGA----AGAGACATGTCAAAAGCCAA-AC-ATGAAAAGG--ATTCCAGTTCCATG--T-C-----TGAATG------G-A-GCTGGATGACTG
gi|3 : gtctttattttgagaaggtatctcattaagattaaatatatatatatacacaatattaatctaccacaaggtcttcattaaaatatttgttgtactattaaacatatttaaaatcagcaacaacaacataattaaaatatacaaacatagatatagaaaaaaacccagaggtaaagcagttacctaacaattttccaataaatatttcttacaaTTATAT--TTAA---ATGC--AAAA----AGAAAC--GCTGAAAACC
gi|4 : tgataataatgatggtaatgatgtcctttttttgagtgagtaactctgttatattatatagacaatatacaattcttatctaccacaaggtcttctttaaaacacatagtacatactacacaaatctaacattaatcagcaacaacaataaacatgatgtacttcaaatatacttacatcagtacatacagaaaaacaacaaacataatgtaaagaaattacctaaacattttcacaaaaaaaaatatgtctttacTTATGC--TTTA---ATGC--ATA--------GAG--GCTTAAATCCGA-AT-A--AAAAGGTGAATTAAAGTCAATG--T-C-----GTCGTACCA-GCATA-ACTTAAGTTCTTTTTAAT----ATA-TTCTGT-TT-T---T--TTAAGATAG---AT-TAT--ATCTCTGGTTTTAGATAACATTAAAATAAACCTATTGTTGTCAAAACGAAT--AAATAAAATCAACTTTTTCATATG--------TA--T-AGGCGTCGAATTAT-TTA-CTGCTTT-------------GTATACAAGTATTCCTGGGTTAAATATGTATCTATCTT
gi|5 : gctttatagTTATGT--TGAA---ATGC--ATAA----AATGGGT-GCTGAAAACCAA-AT-ATGAATAGG--AATTGAATTCCATG--T-C-----TGCGTGTCA-GAGTA-GCTGATTGGCTGTTTAACCACGGTG-CTTTGTATC-T-GGT--TTAAGATGG---ATAAC---ATCTCTGGTTTCAGATGATCTTAAAgaaagataaccacacatg
gi|6 : cttctttaattaatatatgcataacatattaaacacatttaacaccagcaacaagatcatagttcatatatataaatatacatataaaacaacgtaaaaacatttcccaataatgatattttgaaaTTATGT--TTAA---ATGC--ATAA----AGAGAG--ACTGAAATCCGA-AT-ATAAACAGG--AATTGAATTCCACA--T-C-----TGAATGCTA-GTGTA-GCTAAATGACTGTTTAAC----ATA-CTCCGT-TT-T-GGT--TTAAGATGG---ACACTT--GT-TTTGTATTTAGATGGTCTTTAATTATACCTTTGGTCATTAGAAAGAAT--AT------TCCAATATTATATATA--------TAGGT-AGGCGTTGAATCAT-T-A-CTGCCTT-------------GTTTATAAGTATTCCAAGATGGAATATGCATCTTTTTTg
gi|7 : ATGT--TTGA---ATGT--GTAAGAGGAGAAAG--GTTGAAAACTAA-AT-ATATATAAG--AATTAAATTCCATG--C-A-----TTCATGCCAGG-GTA-ACTGAATGGCTGTTACAT----ATA-TTCAGT-TTGT-TGT--TCCATGCGG---ACGACT--ATCTCTGATTTAAGATGATATTGAATAAAACATTGTGTTTTTAGAAAG-------------TGCAGT-T--TATACA--------TAAGT-AAGT----AACTTT-T-ATCTGTCTT-------------GTATACAAGTATACCTTAATGGtcaaaatcgcatat
gi|8 : caacaaataagttttatagcaTA-ACTGAATGACTGTTTAAT----ACA-CTCTGTGCT-T-AAT--TTTAGGTGGGTTATATCTGAATCT-TGTTTTTGAATGATCTTGAATTATACATTCTGTTACTAAAAAAAATAAA-------TAAAAAACT---TAAA--------TAAGT-AAGCGTCAAATTCT-TAA-CATCCTTCAATTCCTAATACATGTACAAGTAGTTCTGTGTGG-ATATACATCTTTCTg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATACCTATCGATCACAAGGCCTTCTTTAAACTATGTCTATATTACAAATCAAACATATTTAATGTTGATCAACAACAACAATATACTTCAGATATACTTATATAATTTATCGTGCATATAAAAAAACAGATATACCTAATCATTTTCCAGTAAATATACCTTA
Unaligned ( gi|13 ): ATCATAACAAAAATAATAATGGTTTTATTTTGAGCGGTTACTTATTAATTTCATAAATTCAATATACACTTTTTTATCTACCACAAGGTCTTCTATTACTAAAAACATGT
Unaligned ( gi|14 ): TATGTAAAAGCAATACTTATCTACCACAAGGCCTCTTTTAAAATATACATAGAACATTCAGCATACTGAACAACACCAACAACTAAAAAATGTACATACATAGATAT
Unaligned ( gi|15 ): ATACCTATCTACCACAAGACATTCTTTAAACTATAAACTACATATCAAACATATTTATCATCAGCAACTACAATAAGTTCCAAATATACTT