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Reference ( gi|1 ) : CAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTATTAGCTTGACTTTTCACCCGTGAAATAA-GCTAAT-CACATGCC-AA-TTAG-ATATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTTGACAGATGTGAACAGTCG----TTGAT--ATG--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAG-ATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTAAGTA--------GTTTATTTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATTTTGAAAGTGTGTACCTAATGTCCATTCTAGTAAGAGTGTGTTTGTATACGTGTAGGTGGTTTATGGGTGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGGGTGATTGAAGTTTTGTCGGTATAGGTGGTTCAAC-T-TATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACACCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGTAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTAAATTTAAT-----------ATTAT--------ACATCCTATGTGG---------TATA-ATTATAATAAC------------TT--GTCGTCATGATG-GAGATAC--ACCTGTGTGGTAAC-AATATGAGATGT----CTA-----------CCTATGTG-TAAA-------ATATAAT---ACGTCCTA---------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTCAATATTATACATCATATGTGGTATATGTATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTG----------------T--------------GTGG--------------------------T--------------------------T------------G-------------AGCAGCATCCCTCGCGGAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGAGCAAAGGGCTATATTTGGATGAACGTAATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAACATTTTGAGTGAATTTTTAAACATTAGAGAACATATTGAGAATGTTTACGTTATGACCATTTGGATACAAGTGTGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGTGTGGA-TACGTTGAACAATACATTATT-ATA-TTATATGCAATAAAAAAAATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCATACAAAGGTCGATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGACAC
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Reference ( family-3560 ) : CAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTCGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTGTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCNAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGTCAGGTGCGAACAGTCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGGGTGATTGAAGTTTCGTCGGTATGGGCGATTCAACAATATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACCCCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGAAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAATATTATACATCGTATGTGGTATATGCATAATAANTTGTCGTCATGACGGAGATACACCTGTGTGGTAAC-AATATGAGATGT----CTA-----------CCTATGTGNAAAATATAATACGTCCTA-------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTAT--------ACATCGTA---------------------GTGGT---ATATGCATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTGTGTGGTAAT--AA----AGATGTGA-TT--A--A--AAAATATTGAGTAGCATCTCTCGCCGAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGGGCAAAGAGCTATATCTGGAAGAACATGATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAAAACGTTGAGTGAATTTTTAAACATTACGGAACATATTGAGAATGTCTACATTATAACTATTTGGATACAAATATGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGNGTGTATTACCTTGAACAATATATTATT-ATA-TTACATGCAAT-AAAAACATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCNTACAAAGGTCAATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGACA
gi|1 : CAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTATTAGCTTGACTTTTCACCCGTGAAATAAGCTAATCACATG---CC-AATTAG-ATATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTTGACAGATGTGAACAGTCGTTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTAAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATTTTGAAAGTGTGTACCTAATGTCCATTCTAGTAAGAGTGTGTTTGTATACGTGTAGGTGGTTTATGGGTGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGGGTGATTGAAGTTTTGTCGGTATAGGTGGTTCAAC-TTATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACACCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGTAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTAAATTTAATATTATACATCCTATGTGGTATAATTATAATAACTTGTCGTCATGATGGAGATACACCTGTGTGGTAAC-AATATGAGATGT----CTA-----------CCTATGTGTAAAATATAATACGTCCTA-------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTCAAT-----------ATTAT--------ACATCATAT--------------------GTGGT---ATATGTATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTGTGTGG-------------------------------------TTGAGCAGCATCCCTCGCGGAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGAGCAAAGGGCTATATTTGGATGAACGTAATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAACATTTTGAGTGAATTTTTAAACATTAGAGAACATATTGAGAATGTTTACGTTATGACCATTTGGATACAAGTGTGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGTGTGGA-TACGTTGAACAATACATTATT-ATA-TTATATGCAATAAAAAAAATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCATACAAAGGTCGATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGACA
gi|10 : CAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTGTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAACAAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGT----------CAGTCGGTGATAT--G--ATCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAA-GAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAATGTTGCTATCTTGAAAGTTTGTACCAAATATTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATTc
gi|10 : caataTATGGGCGATTCAACAATATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACCCCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGAAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAAcaacaatatagataaatatatatgtagagaagaagtcatggcatacccctgtgtggtaacaatatgagatgtctacctatgtgaaaaatataatacgtcctaagtggtacacgtgattatataatgtgacatcgtattgaa
gi|11 : caatacagatttttattgttttaacccctttattttaccctttgcttcatacgcacctgtattattggtttttatattcctttgttagcttgtctattcacccgtgaaataaacaaagcacatgccaattagacatgtacagtgagagtgtgtaagtggtcagtcggtgatatgatcagatagagagaaattggcagataaatagtattcaaagaatcaaaaaggagagatactgtgagtagtttatttgtttaagttatattctctgaaatgctgaaatgttgctatcttgaaagtttgtaccaaatattcatttttgtaagagtgtgtttgtatacttgtaggtggttAAATATAATGCGTCCTA-------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTAT--------ACATCGTA---------------------GTAAT---GTATGCATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTGTGTGGTAAT--AA----AGATGTGA-TT--A--ATAAAAATATTGAGTAGCATCTCTCGCCAAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGGGCAAAGAGCTATATCTGGAAGAATATGATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAAAACGTTGAGTGAAATTTTAAACATTACGGAACATATTGAGTATGTCTACATTATAACTATTTGGATACAAATATGTTTA-GAATTAGTGTGGTAAAGTGTATTACCTTGAACAATATATTATT-ATA-TTACATGCAAT--AAAACATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCTTACAAAGGTCAATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGAC
gi|12 : CTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTGTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCAAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATATACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGTCAG----------TCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGAATTCAAA-GAATCAAAAAGGAGAAATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACATGTAGGTGGTTTATGGGCGATT
gi|12 : TATGGGCGATTCAACAATATAGATAAATA------TATATGT--CGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACCCCTGTGTGGTAACAATAAG---------------AGATGTCTACCTATGTGAAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATcaacaatatagataaatatatatgtcgagaagaagtcatggcatacccctgtgtggtaacaataagagatgtctacctatgtgaaaaatataatacgtcctaagtggtacacgtgattatataatgtgacatcgtattgaat
gi|13 : ctttattttaccctttgcttcatacgcacctgtattattggtttttatattcctttgttagcttgtctattcacccgtgaaataagcaaagcacatgccaattagacatatacagtgagagtgtgtaagtggtcagtcggtgatatggtcagatagagagaaattggcagataaatagaattcaaagaatcaaaaaggagaaatactgtgagtagtttatttgtttaagttatattctctgaaatgctgaagtgttgctatcttgaaagtgtgtaccaaatgttcatttttgtaagagtgtgtttgtatacatgtaggtggttCAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTAGTATTGGTTTTTATATTCCTTTGTTAGCCTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCTAAGCACATG---CC-AATAAG-ACATGTACAGTGTGAGTGTGTTAGTGGTCAGATGTGAACAGTCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTGT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGCTTAAGGGTGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGG
gi|14 : ataGATCTT----GTTT-GTTTTGA------ACCTTTTCATTTAA--CCCTTCACTTCATAC--GCAGCTGTAT------------TATTCTTTTGTTAACACGACAATTCACCCGTGAAATAAT----GCACAGT---CCAAATTTG-GCATGATCAGT----GTGTGTGAGTGGTCAGATGCTAGCAGT-GGTCATTT--GAAGTTAGACAG---ATTAAA---GGTAGACA-TATGCCAATATTCAAGAGAATCAAAGAG------TAATGTGAGTACGTCGTGTGTTTGT---TTGT-TTGAGT-TAAATTGTCTGAAATGCTGAAGTGTT
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gi|6 : ATTCACCTGTGAGGTAAC-AATATGAGATGT----CTA-----------CCTACATGTTATATATAAAACGTCCTA-------AGGAGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTAT--------ACATTATAT--------------------GTGGT---ATATGTATAATAATAAGTCGTCATGATGGCG----ACCTGTATGGTAAC--AA----AAATGTGA-TTTTAC-A--AAAATATCCAGCAGCATCCCTCGCGGA---TA--TTAACAACGAATCATAGTGAGCAAAGGGCTATATTTGGAAGAACGTAATTACAGTGTTTTATCTTTGTACATTTTTAAAACGTTGAGTAATCTTTTAAACATTAGAGATCATATTAAGAATGTCTACATTAGAACCATTTGAACCCAAGTGTGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGTGTGTA-TACTTTGAACAATACGTTAGTAATATTTATATGCAAT--TAAATATCATTGATTGTAGCCATTTGGTTGAAGCTCTATTTCTTCATAGAAAGGTCAATAACAAATAG-AAAGAATATGACTCACCCC--TGTGTGACccagcagcatccctcgcggatattaacaacgaatcatagtgagcaaagggctatatttggaagaacgtaattacagtgttttatctttgtacatttttaaaacgttgagtaatcttttaaacattagagatcatattaagaatgtctacattagaaccatttgaacccaagtgtgtttagaattagtgtggtagtgtgtatactttgaacaatacgttagtaatatttatatgcaattaaatatcattgattgtagccatttggttgaagctctatttcttcatagaaaggtcaataacaaatagaaagaatatgactcacccctgtgtgac
gi|7 : gtatagtgagtgtgtgtaagtggtcagatgcgaacaatcgttgctatcgtcagatagagagatttgcagataaatattattcaagtgaatcaaaaagagagatactgtgagtagtttatttgttattctctgaaatgctgaaatgttatatcttaaaagtgtgtaccaaatgttcattctagtaagagtgtgtttgtataactgtaggtggtaaatggataattggagtatcgtcagtatatgtggtttaacaacccttagatgatatagataatatatagagagagaaaaagtctttgtTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATT
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gi|8 : tttgtatacttgtaggtggttCAGATTTT----TATG-ATTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGGTTTTATATTCCTT-GTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCAAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGTCAG----------TCGGTGAGAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-TAT---AGTATTCAAA-GAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TAAAGT-TATATT-TCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAAAATTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATTatgatgtattgagt
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gi|9 : caatacagatttttatgattttaacccctttattttaccctttgcttcatacgcacctgtattattgggttttatattccttgttagcttgtctattcacccgtgaaataagcaaagcacatgccaattagacatgtacagtgagagtgtgtaagtggtcagtcggtgagatggtcagatagagagaaattggcagatatatagtattcaaagaatcaaaaaggagagatactgtgagtagtttatttgttaaagttatatttctgaaatgctgaagtgttgctatcttgaaagtgtgtaccaaaaattcatttttgtaagagtgtgtttgtatacttgtaggtggttCAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATACTCCTTTGTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCAAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGT----------CAGTCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAG---AGTATTCAAA-GAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTTAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATT
gi|9 : caataTATGGGCGATTCAACAATATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACCCCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGAAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATcaacaatatagataaatatatatgtagagaagaagtcatggcatacccctgtgtggtaacaatatgagatgtctacctatgtgaaaaatataatacgtcctaagtggtacacgtgattatataatgtgacatcgtattgaat
Alignments
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lowQualScore : .... . . ...... .. . .. ... . ... . . . . ....... .. .. ... . ... . . ........ ... . . . . . . . . . . . ...... .. . ...... . . ............... . ....... ........... .. . . . . . . . .................. . ....... ........... ........ ..................... ... .... .. .... .. . . . . . . . . .. . .
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Reference ( family-3560 ) : CAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTCGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTGTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCNAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGTCAGATGCGAACAGTCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGGGTGATTGAAGTTTCGTCGGTATGGGCGATTCAACAATATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACCCCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGNAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTATACATCCTATGTGGTATATGTATAATAANTTGTCGTCATGATGGAGATACACCTGTGTGGTAAC-AATATGAGATGT----CTA-----------CCTATGTGTAAAATATAATACGTCCTA-------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTAT--------ACATCGTAT--------------------GTGGT---ATATGCATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTGTGTGGTAAT--AA----AGATGTGATTA-ATA-AAAATATTGAGTAGCATCTCTCGCCGAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGGGCAAAGAGCTATATCTGGAAGAACGTGATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAAAACGTTGAGTGAATTTTTAAACATTACGGAACATATTGAGAATGTCTACATTATAACCATTTGGATACAAATATGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGNGTGTATTACCTTGAACAATACATTATT-ATA-TTACATGCAAT-AAAAACATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCNTACAAAGGTCAATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGACA
gi|1 : CAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTATTAGCTTGACTTTTCACCCGTGAAATAAGCTAATCACATG---CC-AATTAG-ATATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTTGACAGATGTGAACAGTCGTTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTAAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATTTTGAAAGTGTGTACCTAATGTCCATTCTAGTAAGAGTGTGTTTGTATACGTGTAGGTGGTTTATGGGTGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGGGTGATTGAAGTTTTGTCGGTATAGGTGGTTCAAC-TTATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACACCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGTAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTAAATTTAAT-----------ATTATACATCCTATGTGGTATAATTATAATAACTTGTCGTCATGATGGAGATACACCTGTGTGGTAAC-AATATGAGATGT----CTA-----------CCTATGTGTAAAATATAATACGTCCTA-------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTCAAT-----------ATTAT--------ACATCATAT--------------------GTGGT---ATATGTATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTGTGTGG----------------------------------TTGAGCAGCATCCCTCGCGGAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGAGCAAAGGGCTATATTTGGATGAACGTAATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAACATTTTGAGTGAATTTTTAAACATTAGAGAACATATTGAGAATGTTTACGTTATGACCATTTGGATACAAGTGTGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGTGTGGA-TACGTTGAACAATACATTATT-ATA-TTATATGCAATAAAAAAAATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCATACAAAGGTCGATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGACA
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gi|11 : caatacagatttttattgttttaacccctttattttaccctttgcttcatacgcacctgtattattggtttttatattcctttgttagcttgtctattcacccgtgaaataaacaaagcacatgccaattagacatgtacagtgagagtgtgtaagtggtcagtcggtgatatgatcagatagagagaaattggcagataaatagtattcaaagaatcaaaaaggagagatactgtgagtagtttatttgtttaagttatattctctgaaatgctgaaatgttgctatcttgaaagtttgtaccaaatattcatttttgtaagagtgtgtttgtatacttgtaggtggttAAATATAATGCGTCCTA-------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTAT--------ACATCGTA---------------------GTAAT---GTATGCATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTGTGTGGTAAT--AA----AGATGTGATTA-ATA-AAAATATTGAGTAGCATCTCTCGCCAAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGGGCAAAGAGCTATATCTGGAAGAATATGATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAAAACGTTGAGTGAAATTTTAAACATTACGGAACATATTGAGTATGTCTACATTATAACTATTTGGATACAAATATGTTTA-GAATTAGTGTGGTAAAGTGTATTACCTTGAACAATATATTATT-ATA-TTACATGCAAT--AAAACATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCTTACAAAGGTCAATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGAC
gi|12 : CTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTGTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCAAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATATACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGTCAG----------TCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGAATTCAAA-GAATCAAAAAGGAGAAATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACATGTAGGTGGTTTATGGGCGATT
gi|12 : TATGGGCGATTCAACAATATAGATAAATA------TATATGT--CGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACCCCTGTGTGGTAACAATAAG---------------AGATGTCTACCTATGTGAAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATcaacaatatagataaatatatatgtcgagaagaagtcatggcatacccctgtgtggtaacaataagagatgtctacctatgtgaaaaatataatacgtcctaagtggtacacgtgattatataatgtgacatcgtattgaat
gi|13 : ctttattttaccctttgcttcatacgcacctgtattattggtttttatattcctttgttagcttgtctattcacccgtgaaataagcaaagcacatgccaattagacatatacagtgagagtgtgtaagtggtcagtcggtgatatggtcagatagagagaaattggcagataaatagaattcaaagaatcaaaaaggagaaatactgtgagtagtttatttgtttaagttatattctctgaaatgctgaagtgttgctatcttgaaagtgtgtaccaaatgttcatttttgtaagagtgtgtttgtatacatgtaggtggttCAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTAGTATTGGTTTTTATATTCCTTTGTTAGCCTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCTAAGCACATG---CC-AATAAG-ACATGTACAGTGTGAGTGTGTTAGTGGTCAGATGTGAACAGTCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTGT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGCTTAAGGGTGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGG
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gi|16 : acaataTT-GTTTT-A------ACCATTTTATTGTA--CCCTTCAATTCATAC--GCATCTGTATAA---------ATAT---TTTATTAACTTGGCTGTTCACACGTGAAATA----GAACACACA---CCAAATAAA-ACATGTACAGT--GAGTGTGT-AGTGGATAGATGCAAGCAGT-GGTCATTTGAG--GTCAAACAACTTAGATAGAT----AGACATAAT---AGTAAT------ATTCAAGAAGGCAAGATA-------TA------------AT---TTGTGCTAA----ACATT-TCTCAAATGCTAAAGTGATATTAT
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gi|18 : aggttttataCAGATTTT----TATG-ATTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTNNNNNNNNNNA--ACA-ATATATTATTaatttatgaatacccgtaaaaaagaaactggaagtatatat
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Alignments
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gi|5 : caatacagatttttattgttttaacccctttattttaccctttgcttcatacgtacctgtattattggtttttatattcctttgtaagcttgtccattcacccgtgaaataagctaagcacatgccaattagacatgtacagtgagagtgtgtaagtggtcagatgtgaacaatcgttgatatggtcagaaagagggaaattagcagataaataaatttcaagtgaatcataaaggagagatactgcggtatatgggtgattggagtttctcagttgttgagatgttaaccttgcaaccttatgggtgattgaagtttcgtcagtataggtggttcaacaatatagataaatatttttttatatatagagagaagaagtcatagcCAGATTTT----TATG-ATTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATATTTGCACCTGTATTATTGGGTTTTATATTCCTTTGCTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCAAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGT----------CAGTCGGTGATAT--G--GCCAGATAG---AGAGAAGTTGGCAGATA-TAT---AGTATTCAAA-GAATCAAAAAGGAGAGATACTGTG------------GTTTAT---
gi|5 : aTATGGGCGATTCAACAATATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACCCCTGTGTGGTAACAATATC---------------AGATGTCTACCTATGTGAAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------AT----NNNNNNNNNNGGTA-----ACAAT-----------ATGA--GATGTCTACCTATGT-GTAA--AATATAATGCGT------------------CCTAAGTG------------------------------GTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTAT--------ATATCGTA---------------------GTAAT---ATATGCATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTATGTGGTAAT--AA----AGATGTGATTA-ATA-AAAATATTGAGTAGCATCTCTCGCCAAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGGGCAAAGAGCTATATCTGGAAGAATATGATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAAAACGTTGAGTGAATTTTTAAACATTACGGAACATATTGAGAATGTCTACATTATAACTATTTGGATACAAATATGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGAGTGTATTACCTTGAACAATATATTATT-ATA-TTACATGCAAT--AAAACATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCTTACAAAGGTCAATAACAAATAATAAAGAATCTGACTgggcgattcaacaatatagataaatatatatgtagagaagaagtcatggcatacccctgtgtggtaacaatatcagatgtctacctatgtgaaaaatataatacgtcctaagtggtacacgtgattatataatgtgacatcgtattgaatttaatatnnnnnnnnnnggtaacaatatgagatgtctacctatgtgtaaaatataatgcgtcctaagtggtacacgtgattatataatgtgacatcgtattgaatttaatattatatatcgtagtaatatatgcataatatttagtcgtcatgatggagacctatgtggtaataaagatgtgattaataaaaatattgagtagcatctctcgccaaacctactttaacgacgaatcatagcgggcaaagagctatatctggaagaatatgatagcggtgttttatcgttgtacatttttaaaacgttgagtgaatttttaaacattacggaacatattgagaatgtctacattataactatttggatacaaatatgtttagaattagtgtggtagagtgtattaccttgaacaatatattattatattacatgcaataaaacatcattgattgtagccattttgttgaagcttcatttcttcttacaaaggtcaataacaaataataaagaatctgact
gi|6 : acagatttttatgattttaacccctttattttaccctttgcttcatatttgcacctgtattattgggttttatattcctttgctagcttgtctattcacccgtgaaataagcaaagcacatgccaattagacatgtacagtgagagtgtgtaagtggtcagtcggtgatatggccagatagagagaagttggcagatatatagtattcaaagaatcaaaaaggagagatactgtggttGTATAGTGAGTGTGTGTAAGTGGTCAGATGCGAACAATCGTTGCTAT--C--GTCAGATAG---AGAGA--TTTGCAGATA-AAT---ATTATTCAAGTGAATCAAAAAG-AGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-T---------ATTCTCTGAAATGCTGAAATGTTA-TATCTTAAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTCTAGTAAGAGTGTGTTTGTATAACTGTAGGTGGTAAATGGATAATTGGAGTATCGTCAGT-----ATATG-TGGTTTAACAACCCT-TAGATGA---------------TATAGATAAT------ATATAGA-----------------G---AGAG-AAAAAGTC------TTTGT-ATTCACCTGTGAGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTACATGTTATATATAAAACGTCC-------TAAGGAGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTATACATTATATGTGGTATATGTATAATAATAAGTCGTCATGATGGCG----ACCTGTATGGTAACAAAAATGTGAT-T----TTA-----------C
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gi|7 : gtatagtgagtgtgtgtaagtggtcagatgcgaacaatcgttgctatcgtcagatagagagatttgcagataaatattattcaagtgaatcaaaaagagagatactgtgagtagtttatttgttattctctgaaatgctgaaatgttatatcttaaaagtgtgtaccaaatgttcattctagtaagagtgtgtttgtataactgtaggtggtaaatggataattggagtatcgtcagtatatgtggtttaacaacccttagatgatatagataatatatagagagagaaaaagtctttgtTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATT
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gi|8 : tttgtatacttgtaggtggttCAGATTTT----TATG-ATTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGGTTTTATATTCCTT-GTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCAAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGTCAG----------TCGGTGAGAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-TAT---AGTATTCAAA-GAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TAAAGT-TATATT-TCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAAAATTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATTatgatgtattgagt
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gi|9 : caatacagatttttatgattttaacccctttattttaccctttgcttcatacgcacctgtattattgggttttatattccttgttagcttgtctattcacccgtgaaataagcaaagcacatgccaattagacatgtacagtgagagtgtgtaagtggtcagtcggtgagatggtcagatagagagaaattggcagatatatagtattcaaagaatcaaaaaggagagatactgtgagtagtttatttgttaaagttatatttctgaaatgctgaagtgttgctatcttgaaagtgtgtaccaaaaattcatttttgtaagagtgtgtttgtatacttgtaggtggttCAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATACTCCTTTGTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCAAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGT----------CAGTCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAG---AGTATTCAAA-GAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTTAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATT
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blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
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Reference ( family-3560 ) : CAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTCGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTGTTAGCTTGTCTATTCACCCGTGAAATAAGCNAAGCACATG---CC-AATTAG-ACATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTGGTCAGATGCGAACAGTCGGTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTGAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATCTTGAAAGTGTGTACCAAATGTTCATTTTTGTAAGAGTGTGTTTGTATACTTGTAGGTGGTTTATGGGCGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGGGTGATTGAAGTTTCGTCGGTATGGGCGATTCAACAATATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACCCCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGAAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTATACATCCTATGTGGTATATGTATAATAANTTGTCGTCATGATGGAGATACACCTGTGTGGTAAC-AATATGAGATGT----CTA-----------CCTATGTGTAAAATATAATACGTCCTA-------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTTAAT-----------ATTAT--------ACATCGTA---------------------GTGGT---ATATGCATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTGTGTGGTAAT--AA----AGATGTGATTA-ATA-AAAATATTGAGTAGCATCTCTCGCCGAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGGGCAAAGAGCTATATCTGGAAGAACGTGATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAAAACGTTGAGTGAATTTTTAAACATTACGGAACATATTGAGAATGTCTACATTATAACCATTTGGATACAAATATGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGNGTGTATTACCTTGAACAATACATTATT-ATA-TTACATGCAAT--AAAACATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCNTACAAAGGTCAATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGACA
gi|1 : CAGATTTT----TATT-GTTTT-A------ACCCCTTTATTTTA--CCCTTTGCTTCATAC--GCACCTGTATTATTGGTTTTTATATTCCTTTATTAGCTTGACTTTTCACCCGTGAAATAAGCTAATCACATG---CC-AATTAG-ATATGTACAGTGAGAGTGTGTAAGTTGACAGATGTGAACAGTCGTTGATAT--G--GTCAGATAG---AGAGAAATTGGCAGATA-AAT---AGTATTCAAGTGAATCAAAAAGGAGAGATACTGTAAGTA--------GTTTAT---TTGT-TTAAGT-TATATTCTCTGAAATGCTGAAGTGTTGCTATTTTGAAAGTGTGTACCTAATGTCCATTCTAGTAAGAGTGTGTTTGTATACGTGTAGGTGGTTTATGGGTGATTGGAGTTTC-TCAGTTGTTGAGATGTTAGCCTTGCAACCTTATGGGTGATTGAAGTTTTGTCGGTATAGGTGGTTCAAC-TTATAGATAAATA------TATATGT--AGAG-AAGAAGTC------ATGGC-ATACACCTGTGTGGTAACAATATG---------------AGATGTCTACCTATGTGTAAAATATAATACGTCC-------TAAGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTAAATTTAAT-----------ATTATACATCCTATGTGGTATAATTATAATAACTTGTCGTCATGATGGAGATACACCTGTGTGGTAAC-AATATGAGATGT----CTA-----------CCTATGTGTAAAATATAATACGTCCTA-------AGTGGTACACGTGATTATATAATGTGACATCGTATTGAATTCAAT-----------ATTAT--------ACATCATAT--------------------GTGGT---ATATGTATAATATTTAGTCGTCATGATGGAG----ACCTGTGTGG----------------------------------TTGAGCAGCATCCCTCGCGGAACCTACTTTAACGACGAATCATAGCGAGCAAAGGGCTATATTTGGATGAACGTAATAGCGGTGTTTTATCGTTGTACATTTTTAACATTTTGAGTGAATTTTTAAACATTAGAGAACATATTGAGAATGTTTACGTTATGACCATTTGGATACAAGTGTGTTTA-GAATTAGTGTGGTAGTGTGGA-TACGTTGAACAATACATTATT-ATA-TTATATGCAATAAAAAAAATCATTGATTGTAGCCATTTTGTTGAAGCTTCATTTCTTCATACAAAGGTCGATAACAAATAATAAAGAATCTGACTCACACCTATGTGTGACA
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