lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :           2222             11111             1   22             4444444444444   1111      11     222222         111111                   1          1111        1            11111111   7777777777777777777777777                111         44444444444444444444444          333333333                     3333333333                             777777777777777777777777                22                                           444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444           1111                   222      33333     111       555555           33333               2222    222        2222    222    1       2      888888888     2  111    
lowQualScore                  :           5555   2     8   66666 1           5   11             9999999999999   5555      22 6   666666 4       999999     6   0   6  3  5    6     3333        3     99  1  00000000   2222222222222222222222222  3   8     6   000  5      66666666666666666666666   3      111111111    5   3   555    1 6666666666    5555       6          55 333333333333333333333333       33       77  2   3  6      3 666    5           9     333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333     4 0   0000         5         666      00000 5   555  1    000000    3      88888               0000    222        4444    333    5  3  2 3      999999999  3  0  000    
lowQualScore                  :           ....   .     .   ..... .           .   ..             .............   ....      .. .   ...... .       ......     .   .   .  .  .    .     ....        .     ..  .  ........   .........................  .   .     .   ...  .      .......................   .      .........    .   .   ...    . ..........    ....       .          .. ........................       ..       ..  .   .  .      . ...    .           .     .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................     . .   ....         .         ...      ..... .   ...  .    ......    .      .....               ....    ...        ....    ...    .  .  . .      .........  .  .  ...    
lowQualScore                  :           0000   5     0   66666 7           0   00             2222222222222   8888      77 4   222222 8       222222     7   1   2  2  5    7     1111        3     22  0  66666666   0000000000000000000000000  3   8     2   888  8      11111111111111111111111   3      777777777    9   3   888    6 9999999999    5555       4          44 111111111111111111111111       33       22  5   6  8      6 444    1           6     111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111     5 8   6666         0         333      00000 7   000  7    222222    5      88888               0000    333        3333    333    5  0  5 0      555555555  0  0  555    
consensus                     :       AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAA---A--AT----AGTA---TATTATA-ATNTTTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTAATCATTTTGTATCTCATG----TACACCAT-ATCTC--TTGTA------TACATGT--CACACG-TGTGTACTGTATC-GT-CTTGTGTAA-TAA---TTGTGTGTA--TTATT-AA--CN-C-------GTG-CATTTA-TAGC-C--CGGGNACA-TCA---TGCATTCA-AACTT-GTGAATAT-TGACCTACTTCACGGTCA-AG--TGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTAAGATAAACT-T---CATAGATAGGAAAGGGAACCAT-A----AAATGT-AATA-GTGTATTAAANGTGTTCAC------------CTGTA-----A-TT-----GC-------CA-TGTGC-T-T---------N---TA------G--T--------CCAGGTGNAGA--ATT--CACAAAG---GAAGCTCACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT--AT-----GTNT------T--GTACA------T---TT--TT-TTG-----A-CNTTTT-AGAT---AT-AAAAA-CAGAA--A------------AT-------A-TA-TT-------TCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTA-TAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGAAAC--TT--TATTCTCCTTGGC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-AACATTTTAG---CTCTT---TTTTAATNAANTGAAGAGCTTAGTGTTGTTNTGTACCCCGGCA
Reference ( gi|2 )            :       AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTGCATCCACCATTTATTCAA---AC-AT----AGTA---TATTATA-ATGTTTAT-GTCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTAATCATTTTGTATCTCATG----TACACCAT-ATCTC--TTGTA------TACATGT--CACATGATGTGTATTGTAT--AT-CTTCTGTAA-TAA---TTTTGTGTA--TTATTTAA--CT-T-------GTG-CATTTA-TAGC-C--TGGGCACA-TCA---TGCATTCA-AACTTTGTGAATAT-TGACCTATTTCATGGTCA-AG--TGGTTTT--AGTC----T----TGGTTCCTTGCTTGTGTGTTGGCTCAGGTAAACT-T---CATAAATAGGAAAGGGTACCAT-ATGACAAATGC-AATAGGTGTATTAAAAGTGGTCAC------------CTGTA-----A-TT-----GC-------CA-TGTGT-T-T---------G---TG------G--A--------CCAGGTGTAAA--ATT--GACAAAG---AGAACTCACAGTTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT--AT-----GTCT------T--ATACA------T---TT--TT-TTA-----A-CATTTT-AGAT---AT-AGAAA-CAGAA--A------------AT-------A-TA-TT-------TCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTA-TAATTTTGTGAACTGAGC-----A-AAAACAAAGAAAC--TTTATATTTTCCTTGGCAG-GGGTATTTCTCAGAAACCAATGT-TGCATTTTAG---TTCTT---TTTTAATAAAGTAAAGAGC--A--ATTGTTTTG-ACTTTGGCA
gi|8                          :       AACTCTATATT--ACTG-GTT--A--GATGAATACATTTTCATTAACCATTTATTCAA---ATTAC----AATA---TAATATA-TTTTTTGC-AT---TCTGAAA------GACAA-GAATTAAGCATTG-GTAACTCGTG----TACACCTC-ATCTC--TTATG------TACATG----ACA-----------GTAA--AC-CA-CTGTGT-TGA---TCTTGTGTA----AT--AA-------------GTG-TGTCTA-TTGT-T--T----ACAGTCA---T---TTGA-CACCT-----------GGCC-A----ATGGTCACAGCATGCTTTTTCAGTCAGTAC----TGGTTCCTTGTTTGAGACTAAGCTAAGATATACCATAGATATAGATAGGACAGGATACC-----------------T--GTATATT-----TGA----------------CTGCA-----AACT-----GG-------CA-TGTGC-T-T---------T---TA------G--G--------C-AGGTGTGGA--ATT--CACAAAG----GA----------------TA--AATTCAA------T-----GAGGT------ATTA--AT-----GTGT------T--GTACA------T---TT--T-------------------AAGT---AT-A---A-CGGAAGTA------------AT-------G-TA-TTCATTACTTAA--T----------G-------------ACATTAAGGGT----AATAATTTATTAATTTATT--ATTGAGG-----A-GAA--GAAGACAC--T
gi|17                         : tgtttaAACT-T----CCAGCTA-ATT--A--G----CTATATTTTCATTGACCATTTATTCA-------AT-----GTA---CACTATA-
gi|1                          :       ttta-TA-ATTCAACTA-ATT--G--GATGACTATGTTTTCATTGACCATTCATTCAA---AA-TT----AGTACAATATTATATATATTTTT-GCATTACTGAAACAGAGAGGTGA-TGATTAATCATTTTGTATCTCATG----TACATCAT-ATCAC--TTGTA------T-------------GGTGTGTATTGTATTTAT-CTTATGTAA-TAA---TTGTGTGTA--TTATTTAA--CT---------GTA-CAT-------------GGACA-----A---TGCATTCA-AATTTTGTGAATTT-TGACCTACTTCATGGTCA-AG--CGGTTTC--AGTC----AGAAATGGTTCCAAGCTTGTGATTTAGCTCAGATAAACT-T---CATAAATAGTACAGGGAACCAT-ATAATAAATTT-AATATGTGTATTGAAAGTGGTCAC------------TTGTACTTATG-TT-----GG-------CA-TGTGC-T-T---------T---TA------G--T--------CCAGGTGTAAA--ATC---ACAAAG---GAAGCACATGGCTGA----AA--TATATAA------T-----GAGGT------ATTT--ATCA---GTTTATGTGGT--GTACA------T---TT--GT-TTATTTGTA-CTTTTTTAGAT---AT-AAAAT-CAGAA--A------------AT-------AATA-TT-------TCA--T----------ATTATTTTTTAATAACATTCAAGGC----AATTATTTT-TAATTTTGTGTACTGAGCCAAAAA-AAAACAACACAAC--TT--TATTCTCCTT-------TGTATTTCTTGGAATCCAATGT-AGCATTGCAG---CTCTTCTATTTTAATCAATT-AAGAGCTTAGTGTTGTTGTG-ACCTCGGCA
gi|3                          :      gttaacaatgTTCAACTGTGTTCAGCTGATGAATATATTTTCATTAACCATTTATTCCATATAC-ATCACCAGTA---TATTAT--ATTTTT-T-GCATTTCTGAAC------GATGAGCGA--AAT-A---TGGAT-TTGTG----TGCACCTC-ATCTC--TTGTG------TACATG---CACA
gi|4                          :                   ttgtG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTACTCAA---A-----------A----ATT-TA-ATGTTTTTTGCCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTAATCATTTTGTATCTCATG----TACACCAT-ATCTT--TTGTA------TACATGT--------------ATT------AT-CTTCTGTTA-TAA---TTGTGTGGA--TTATTTTA--CT-T-------GTA-CATTTA-TAAC-A--TGGGGAAA-TCA---TGCATTCA-CACTTTGTGAATAT-TGACCAACTTCATG---------------------------------GTTCCTTGCTTGGGATTTGGCTCAGATAAACT-T---TATACATAGGAAAGGGTACCAT-ATGATAAATG-------------TAAAATTGGTCAC------------CTGTG-----A-CT-----AG-------CA-TGTGC-T-T---------C---TA------G--T--------CCAGGTGCA-----------CAAAG---GAAGCTCACGGCT-----------ATTCAT------T-----GAAGT------ATGT--AA-----GTGA------T--GTACA------T---TTG-TTATTGT----A-CTTTTT-ACAT----T-AAAAATCAGAA--A------------AT-------A-TA-TT-------TCA--TAATATTTTATG-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTA-TAATTTTGTGTACTGAGCA----A-AAAACAACAACACAATTT-TATGCTCCTTGGCAC-AAGTATTTCTCAGAATCAGATGTAAACATTTTAG---CTCTT---gtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatgtgtaataggtgtatctattgttaaccttctaacacctggccagtgggcacatcatacaagtacatgtatgcattttgtgtcactactggttctgtgtttgtgtcttagctaagctaaactttatataagggaaagggtaccataaaggtaatgtgtggtaaagtgtttactggttactgtaattttactgctttcactgcacattggcatgggatttaaatccaggtgtgaaattcacaaaggaaactcttagctgttaaatttaatgaggtatttatgaggtacattttagatgaaattgaacagcaagtaatggttcagttgttttagtacaaatagggcaatagtttattattttattatgtggaaaagaagaaactttactctccttgtccaggatatttctcagaataggataaaccca
gi|13                         :                               --GGTGACTATATTTTCATTGACCATTT
gi|15                         :                                                        TTTGTTCAA---AG-A-----AGTA---CATCATA--TATTTTT-GCGTTTATGAAA------GTTGA-TGATTAATTA-TTTGTATCTCATG----ttgcctttttgaaaagtgatgagtaatcatttgtgtctcatgtacaccagagctcttatagacatgtactacatgttgtatttatcttgtgtaataattgtgtgtataaaggtgtcacctggggacatcattgtgcattcaaagtttgtga
gi|13                         :                                                                                               TTTTT-GCCTTTTTGAAA------AGTGA-TGAGTAATCATTT-GTGTCTCATG----TACACCAG-AGCTC--TTATA------GACATGTACTACATG-T-TGTATT---T--AT-CTTGTGTAA-TAA---TTGTGTGTA---TA---AA--GG-T-------GT--CA--------C-C--TGGGGACA-TCATTGTGCATTCA-AAGTTTGTGA
gi|7                          :                                                                                                        ggtgactatattttcattgaccaATTAA-CATTT-GCAT-TGATAAAACTACACAATTATCTC--CTCTA------TGCAT-----ACA--AT-TGTACTGCATCTGT-CGTGTGTAACTAAAGCTTTTGTGTAAATTATC-AATCCA-C-------GTG-CATTTAATA-C-C--CGGGAACA-TCA---TGCACT----------TGAAAAT-TAACCTACTTCACGGTCA-GG--TAGTC----AATA----C----TGGTTCCAAGACTGTGAATTATCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCAT------AAAGGA-AA-AGGTGTATCAAACGTGTTCAA------------CTGT------A-TT-----GCCATGTGGCA-TGTGC-T-T---------T---TA------G--T--------CCAGTTGGAGA--AAT--CACAAAGGATATAATATACA---------TG--TA-TCAAACATGGC-----GAGGT------ATTT--A---------T------TGAATTCA------T---TT--AT-TTG-----GTCATTTT-
gi|11                         :                                     ttgacacagtcgtcaaaatacaaatcatgtaatatactattgcatttcagaaagttgagcattaagcattttaacatatgacaacattttATTAA-CATTT-GCAT-TGATAAAACTACATCATTATCTC--CTCTA------ATCATA---CACAT---------TGTA---------CTGCAC-CAG---TCGTGTGTA----ACTTAAA-CT-TAATCCACGTG-CATTTA-ACAC-C--CAGGAACA-CCA---TGCACT----------TGAAGAT-TAACCTACTTCACGGTCA-GG--TAGTC----AATA----C----TGGTACCCAGCTTGTGAATTTTCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCGTAAAGGTAAGTGCTCGCCGGTA-ATTTAA---------------------CTGCAT----A-TT-----GCCATGAGGCA-TGTGT-T-T---------T---TA------G--T--------CCAGTTGGAGA--AAT--CACAAAG----GATAT-ACA--TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT--A---------T------TGAATTCA------T---TA--TT-TTG-----G-CATTTT-gttttctttttgtgcc
gi|14                         :                                                                                                     aagttgagatttaagcattttaacttacgacaacattttTATCTCATG----TACACCAT-ATATC--TTGTATACATGTACATGT--CACATGTTGTGTACTGTATTAGT-CTTGTGTAA-TAA---TTGTGTGTA--TTAgttttctttttgtgccccctctt
gi|9                          :                                                                                                                                                 CATG----TACACCAT-ATCT----TGTA------TACATGTA-CACATG-----TATTGTATTTAT-CTTGTGTAA-TAA---TTGTGTGTA--TTATT----------------GTG----TCA----C-C--TTGGTACA-T-G---TGCATCCA-AACTTAGTGAATAC-TGATCTATTTCATGGTCA-AG--TGATTTC--AGTCAGTAT----TGGTTCCTGGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACT-T---CATAGATAGAAAAGGGTACCAT------AATTGT-AGCATGAGTATAACATGTGTTCAC------------CTGTA-----A-TT-----GC-------CA-TGTG--C-T---------A---TA------G--T--------CCAGGTGTAAA--ATTCAGGTGTAG---GAATCTCACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GTGGT------ATTT--AT-----ATAT------T--GTATG------TTTGTT--TT-TTA-----A-T-TTTT-AGAT---AT-AAAAA-CAGAG--AATACTATTTTTCAT-------A-TA-TT-------TTA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AGTAATT------TTTTGT--ACTGAAC-----ACAAGAAAAAGAAAC--------TTTTTGTTGG--GTGGCTATTTCTCAGAA
gi|5                          :                                                                                                                                                  ATG----TACACTAT-ATCTAAATTGTA--------CATGT--CACACGATGTTTACTGTATTTAT-CTTGTGTAA-TAC---TTGGGTGTA--TTGTTAAA--CT-T-------GTA-CATTTA-TAAT-C--TGGGCACA-TCA---TGCATTCA-CACTTAGTGAATAC-TGATCTACTTCATGGTCA-AG--TGG--TT--AA------C----TGGTTCCTTGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACT-T---CATAGATAGGAATGAG--CCATAATGGTA---GC--ATGG--GTATTACATGTGTTCAC------------CTGTA-----A-TT-----GC-------CA-TGTGC-T-T---------T---TA------G--T--------C-------------------CAAAG---GAAGCACACAGCTGT----TA--TGTTCAA------T-----AAGGT------ATTT--AT-----TTGA------T--GTATATTTTGTT---TT--TT-TTT-----A-CTTTTT-AGAT---AA-AAAAT-CAGAA--A------------ATATTTCAAA-TA-TT-------TTA--T----------G-------------ACTTTCAAGGC----AATAATTTA-TAATTTTGTGTTTTGAGCCAT--A-AAAACCAA-CAAC--TT--TATTCTCCTTGG-AGTGAGTATTTCTCAGAATTGGATGC-TACATTTTAGCTCTTCTT---TTTT-ATAAAGTGAAGAGC---------TTTTGTACCCCGGCAttggat
gi|12                         :                                                                                                                                               tattca----TACATCATTATCTC--T---A------TGCAT-----ACACGATGT--ACTGCATCAGT-CTTGTGTAACTAAAACTTTTGTGTAAATTATT-AATGCA-T-------GTG-CATTTAATA-C-A--CGAGAACA-TCA---TGCATTTATAA----ATGAAT-------CTACTTCGCGGTCA-GG--TAGTC----AATA----C----TGGTTCCCAGCTTGTGAATTAGCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCGT------AAAGGT-AA-ATGTGTATCAAAAGTGCTCAC------------CTGT------A-TT-----GC-------CA-TGTGG-CAT---------G---TGCTTCCAG--T--------CCAGTTCGAGA--AAT--CACAAAG----GATAT-ACA--TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT--AT-----
gi|6                          :                                                                                                                                                  aac----TACACCATTATCTCAACTCTA------TACAT-T--TACA----GTGAACTGTACCAGT-CTTGTGTAA-TAC---GTTTGTGTACATTATTGAC--CCAC-------GTG-CATTGA-AAGCTC--GGGGCGCA-TCA---TGC--T----ACTT---GAGAAT-TAACCTACTTCACGGTCA-AG--TAATTTTTAAGTCGATAC----TGGTTCCTTGTTTGTGACATAGCTCAGATACACT-T---CATAGATAGGAACGGGAACAAT------AAAGAT-AAT--GTATATTAAATGTGTTCACCTTGAATTTTAACTGTAC----A-TT-----AG-------CA-TGTGC-T-TTAATTCAAGA---TG------GACA--------CCA--CGCAAAGGATA--AACATAG---CGAGGT-AAATGTGT----TA--T-TTCGT------T---------C------ATTTGGAC-----A-CT------T--GTATA------T---TTTGTT-TTA-----C-TGTTTT-AATT---ATAAAAAA-CAGAA--A------------GTGG-----A--A-TT-------TTA--T----------G-------------ACATT----GCCTGAAATGATTTA-TAACTtgaatccatttatttgggcaatttgttttctttttttgtg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                 acaaaTGTACTGTATC-ATTCTTGTGTAA-TGC---TTTTGTGTAAATTATTAAG--CCAC-------GTG-CATTTA-ACGC-T--TGGGGACA-TCA---TG-------AACTT---GAGAAT-TAACCTACTTCACGGTCA-AG--TAGTTTTT-AGTCAGTAC----TGGTTCCTTGTTTATGACTTATCTAATATAAACT-T---TATAAACAGGAAAGGGAACCAT-A--A-AGGTAC-ACC--GTGTATTAAAGGTGTTCACCTCAGATTTTTACTGTAC----A-TT-----GA-------CA-TGTGT-TCT---------G---TA------G--T--------CCAAGCGGAGA--ATG--CACAAAG---GATATATACA-TTGTGAGGTAATTATT-AA------T-----TAAGTCACTACACTC--ATTTGGAGGCT------T--GTAT-------T---TT--TT-TTA-----A-T-TTCT-AAAT---AT-A-AAA-CAAAC--A------------ACTG-----A-TAGTT-------TTA--T----------G-------------ACATTAACAGC----AGTCATATA-TAACTATGTaactttatattcataaattattgcttcacatatgataacgatgggcgatactgcag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                         TGTAA-TAG---GTGTATCTA--TTGTTAAC--CT-T-------CTAACACCTG---GC-CAGTGGGCACA-TCA---TACA------A----GTACATGTATG---CATTTTGTG-TCA----------CT--A-------C----TGGTTCTGTGTTTGTGTCTTAGCTAAGCTAAACT-T---TATATAAGGGAAAGGGTACCAT-A-----AAGGT-AAT--GTGTGGTAAA-GTGTTTACTGGTTA------CTGTA-----A-TTTTACTGCTTT----CACTGCACAT-T---------GGCATG------G--GATTTAAATCCAGGTGTGAA--ATT--CACAAAG---GAAACTCTTAGCTGT----TA--AATTTAA------T-----GAGGT------ATTT--AT-----G--------------AGG------T------------------A-CATTTT-AGATGAAAT-TG-AA-CAGCA--A------------GTA------A-TG-GT-------TCAGTT----------GTTTTAGT------ACAAATAGGGC----AATAGTTTA-TTATTTTATTA--TGTGG-----A-AAA--GAAGAAAC--TT--TACTCTCCTTGTCCA-GGATATTTCTCAGAAttataaccatcagtttttgttgcatacctaaaaacaaatagggcggtagtgca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttgtttcaactgtgttcagctgatgaatatattttcattaaccatttattccatatacatcaccagtatattatattttttgcatttctgaacgatgagcgaaatatggatttgtgtgcacctcatctcttgtgtacatgcacagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatgCTGAGC-----A-AAGA---AGAAAC--T--GTACTCTCCTTGTCCT-GGGTATTTtaggataaaccca

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             1111             11111                                 44444444444444444444444444444444444                 111111            22222222222222222222                      1111111        1                       333333333333             3333               11111                   33333333333         3333333333333                    3333333333      11                          555555555555555555                                                             44444444444444444444                   66666666666666666666666666666666666666666666666666                                        333333333333333333333           111111111111                     44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                             555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                          22222     111    1111                  333333                       11             222222            1      555555        2         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             4444         6   22222 0                            1  11111111111111111111111111111111111    5  1         444444 0   5      55555555555555555555  7  4  8888  1 3   3 5555555        2     88  0  888888     555555555555 5555        1111 2         5   88888         33   555  11111111111         9999999999999   44       555     3333333333      11            5     555  0  444444444444444444       44        1      3         3 555                1     11111111111111111111         4  3 2    88888888888888888888888888888888888888888888888888        3 1           5 1  66  44       777777777777777777777  44    3  888888888888     999999    88888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    3      66  777  4     66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     2     9999              0   5  0     11111 5   444  1 0000     77           555555                 1     44             222222       1  1 2      555555     1  3   0     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             ....         .   ..... .                            .  ...................................    .  .         ...... .   .      ....................  .  .  ....  . .   . .......        .     ..  .  ......     ............ ....        .... .         .   .....         ..   ...  ...........         .............   ..       ...     ..........      ..            .     ...  .  ..................       ..        .      .         . ...                .     ....................         .  . .    ..................................................        . .           . .  ..  ..       .....................  ..    .  ............     ......    ..... ...........................................................    .      ..  ...  .     .. ..................................................................     .     ....              .   .  .     ..... .   ...  . ....     ..           ......                 .     ..             ......       .  . .      ......     .  .   .     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             2222         7   44444 1                            8  33333333333333333333333333333333333    0  0         444444 2   0      77777777777777777777  3  6  5555  6 6   3 4444444        3     55  2  888888     777777777777 5555        6666 9         7   22222         99   000  88888888888         2222222222222   11       444     9999999999      11            8     444  8  333333333333333333       00        0      0         3 888                8     88888888888888888888         2  3 3    00000000000000000000000000000000000000000000000000        3 0           4 6  00  66       888888888888888888888  66    1  555555555555     666666    33333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    6      33  888  4     11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000     9     4444              4   6  2     22222 0   111  4 6666     99           333333                 0     00             222222       0  0 0      333333     0  7   7     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTA------TACATGT-AC-ACG-TGTG---TACTGTATTNG-T-CTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCAT---GCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACT-T---CATAGATAGGAAAGGGAACCATA----AAGT-GTA-ATA-G-TGTATTAAANGT-GTTCAC------------CTGTA---------------------ATTGN-------CATGTGCT-TTTAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACN-CACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TG--TACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTGAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
Reference ( family-3545 )     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTA------TACATGTCAC-ACG-TGTG---TACTGTATC-G-T-CTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCAT---GCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTAAGATAAACT-T---CATAGATAGGAAAGGGAACCATA----AAAT-GTA-ATA-G-TGTATTAAANGT-GTTCAC------------CTGTA---------------------ATTGC-------CATGTGCT-TNTAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AGCT-CACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TG--TACA------TT--T-T-T-TTG-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-AACATTTTAGCTCT--T---TTTTAATNAANTGAAGAGCTTAGTGTTGTTNTGTACCCCGGCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             -TA-ATTCAACTA-ATT--G--GATGACTATGTTTTCATTGACCATTCATTCAAA--ATT-------AGTACAATATTAT--ATATAT--TTTT-GCATTACTGAAACAGAGAGGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACATCAT-ATCAC--TTGTA------TG-----------G-TGTG---TATTGTATTTA-T-CTTATGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TTTA-A--CT---GTACAT------------------GG-ACA--AT---GCATTCA-AA-TTTTGTGAATTTTGACCTACTTCATGGTCA--AGCGGTTTC--AGTC----AGAAATGGTTCCAAGCTTGTGATTTAGCTCAGATAAACT-T---CATAAATAGTACAGGGAACCATATAATAAAT-TTA-ATATG-TGTATTGAAAGT-GGTCAC------------TTGTACTTAT----------------GTTGG-------CATGTGCT-TTTAGTCCAGGTGTAAAAT-CA--CAAAGGA---AGCA-CATGGCTGA----AA--TATATAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-TCA---GT-----TTATGTGGTG--TACA------TT--T-G-T-TTATTTGTA-C-TTTTTTAGATAT-AAA---AT-CAGAA--A------------AT-------AAT-A-T-------TTCA--T----------ATTATTTTTTAATAACATTCAAGGC----AATTATTTTTAATTTTGTGTACTGAGCCAAAAA-AAAACAACAC----AACTT--TATTCTCCTT--------TGTATTTCTTGGAATCCAATGT-AGCATTGCAGCTCT--TCTATTTTAATCAATT-AAGAGCTTAGTGTTGTTGTG-ACCTCGGCA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gttaacaatgTG---TACTGTATC-A-TTCTTGTGTAA-TGC-----TTTTGTGTAAATTA---TT-A-AGCCAC--GTGCATTTA-----ACGCT--TGGGG-ACATCAT---G-------AA-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAGTTTTT-AGTCAGTAC----TGGTTCCTTGTTTATGACTTATCTAATATAAACT-T---TATAAACAGGAAAGGGAACCATA----AAG--GTACACC-G-TGTATTAAAGGT-GTTCACCTCAGATTTTTACTGTAC--------------------ATTGA-------CATGTGTTCTGTAGTCCAAGCGGAGAATGCA--CAAAGGA---TATA-TACA-TTGTGAGGTAATTATT-AA------T-----TAAGTCACTACACTC-----A-TTTGGAGG-----CT------TG--T--A------TT--T-T-T-TTT-----A-A-TTTCT-AAATAT--AA---AA-CAAAC--A------------ACTG-----A-T-AGT-------TTTA--T----------G-------------ACATTAACAGC----AGTCATATATAACTATGTTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTA-------------A------CATTT-GC----AT-T-GAT-AAAAC---TACATCATTATCTC--CTCTA------ATCAT---AC-ACA-T-TG---TACTGCACCAG-T-CGTGTGTAA-C------------------TTAAACTT-A-ATCCAC--GTGCATTTA-----ACACC--CAGGA-ACACCAT---GCACT-----------TGAAGATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTACCCAGCTTGTGAATTTTCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCGTA----AAG--GTA---A-G-TGC-TCGCCGGTAATTTAA------------CTGCAT--------------------ATTGCCATGAGGCATGTGTT-TTTAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGA------TATACA--TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T-----CA------TT--A-T-T-TTG-----G-C-ATTTT-taaccatcagtttttgttgcatacctaaaaacaaatagggcggtagtgca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aagttgagatttaagcattttaacttacgacaacatttt-------TACATCATTATCTC--T---A------TGCAT---AC-ACG--ATG---TACTGCATCAG-T-CTTGTGTAACTAAAACTTTTGTGTAAA--TTA---TT-A-A--TGCATGTGCATTTAA----TA-CA--CGAGA-ACATCAT---GCATTTATAA-----ATGAAT------CTACTTCGCGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCCAGCTTGTGAATTAGCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCGTA----AAG--GTA-AAT-G-TGTATCAAAAGT-GCTCAC------------CTGT----------------------ATTGCCATGTGGCATGTGCT-TCCAGTCCAGTTCGAGAAATCA--CAAAGGA------TATACA--TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----A---------------T------TGAATCCA------TT--T-A-T-TTG-----gttttctttttgtgccccctctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                              aac--GGTGACTATATTTTCATTGACCATTT--------------------------------------------TT-GCCTTTTTGAAA------AGTGA-TGAGTA-------------AT-----CATTT-GT----GTCT-CAT-G-------TACACCAG-AGCTC--TTATA------GACATGT-ACTACA-TGT-------TGTATTTA-T-CTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--T--------A-A--AG---GTG---TCA--------CC--TGGGG-ACATCATTGTGCATTCA-AAGTTT-GTGAggcaatttgttttctttttttgtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATATC--TTGTATACATGTACATGTCAC-ATGTTGTG---TACTGTATTAG-T-CTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                          TTTGTTCAAA--GA--------AGTA---CATCAT--A--TAT--TTTT-GCGTTTATGAAA------GTTGA-TGATTA-------------AT-----TA-TTTGT----ATCT-CAT-G-------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTGAGC-----A-AA---GAAGA----AACTG--TACTCTCCTTGTCC-T-GGGTATTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                         AACT-T----CCAGCTA-ATT--A--G----CTATATTTTCATTGACCATTTATTC--A--AT---------GTA---CACTAT--A-aaattagatcaactcat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                     tttaAACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTGCATCCACCATTTATTCAAAC-AT--------AGTA---TATTAT--A-ATGT--TTAT-GTCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTA------TACATGTCAC-ATGATGTG---TATTGTAT--A-T-CTTCTGTAA-TAA-----TTTTGTGTA--TTA---TTTA-A--CTT--GTGCATTTA-----TAGCC--TGGGC-ACATCAT---GCATTCA-AA-CTTTGTGAATATTGACCTATTTCATGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----T----TGGTTCCTTGCTTGTGTGTTGGCTCAGGTAAACT-T---CATAAATAGGAAAGGGTACCATATGACAAAT-GCA-ATA-GGTGTATTAAAAGT-GGTCAC------------CTGTA---------------------ATTGC-------CATGTGTT-TGTGGACCAGGTGTAAAATTGA--CAAAGAG---AACT-CACAGTTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----CT------TA--TACA------TT--T-T-T-TTA-----A-C-ATTTT-AGATAT-AGA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGAACTGAGC-----A-AAAACAAAGA----AACTTTATATTTTCCTTG-GCAG-GGGTATTTCTCAGAAACCAATGT-TGCATTTTAGTTCT--T---TTTTAATAAAGTAAAGAGC--A--ATTGTTTTG-ACTTTGGCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  TTCAACTGTGTTCAGCTGATGAATATATTTTCATTAACCATTTATTCCAT--ATACATCACCAGTA---TATTAT--A---TT--TTTT-GCATTTCTGAAC------GATGAGCGA--A-------------AT------A---TGG----AT-T-TGT-G-------TGCACCTC-ATCTC--TTGTG------TACATG-CAC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttgt-T-CATGTGTAA-TAG-----GTGTATCTA--TTG---TT-A-A--CCT-------TCTAACACCTGGCCAGTGGGC-ACATCAT---ACAAGTA-CA-TGT-ATGCATTTTG-------T----GTCA---------CT--A-------C----TGGTTCTGTGTTTGTGTCTTAGCTAAGCTAAACT-T---TATATAAGGGAAAGGGTACCATA----AAG--GTA-AT--G-TGTGGTAAA-GT-GTTTACTGGTTA------CTGTAATTTTACTGCTTTCACTGCACATTGG-------CATGGGAT-TTAAATCCAGGTGTGAAATTCA--CAAAGGA---AACT-CTTAGCTGT----TA--AATTTAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GA-----G--------G--TACA-----------------------------TTTT-AGATG--AAATTGAA-CAGCA--A------------GTA------A-T-G-G-------TTCAGTT----------GTTTTAGT------ACAAATAGGGC----AATAGTTTATTATTTTAT-TA-TGTGG-----A-AAA--GAAGA----AACTT--TACTCTCCTTGTCC-A-GGATATTTCTCAGAATAGGATgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatgtgtaataggtgtatctattgttaaccttctaacacctggccagtgggcacatcatacaagtacatgtatgcattttgtgtcactactggttctgtgtttgtgtcttagctaagctaaactttatataagggaaagggtaccataaaggtaatgtgtggtaaagtgtttactggttactgtaattttactgctttcactgcacattggcatgggatttaaatccaggtgtgaaattcacaaaggaaactcttagctgttaaatttaatgaggtatttatgaggtacattttagatgaaattgaacagcaagtaatggttcagttgttttagtacaaatagggcaatagtttattattttattatgtggaaaagaagaaactttactctccttgtccaggatatttctcagaataggataaaccca
gi|4                          : ttgtttcaactgtgttcagctgatgaatatattttcattaaccatttattccatatacatcaccagtatattatattttttgcatttctgaacgatgagcgaaatatggatttgtgtgcacctcatctcttgtgtacatgcacagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTACTCAAA--A-----------------ATT-T--A-ATGT--TTTTTGCCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTT--TTGTA------TACATGT---------------------ATT-A-T-CTTCTGTTA-TAA-----TTGTGTGGA--TTA---TT-TTA--CTT--GTACATTTA-----TAACA--TGGGG-AAATCAT---GCATTCA-CA-CTTTGTGAATATTGACCAACTTCA--------------------------------TGGTTCCTTGCTTGGGATTTGGCTCAGATAAACT-T---TATACATAGGAAAGGGTACCATA----------TG-ATA-AATGTA--AAAT-T-GGTCAC------------CTGTG---------------------ACTAG-------CATGTGCT-TCTAGTCCAGGTG-------CA--CAAAGGA---AGCT-CACGGCT-----------ATTCAT------T-----GAAGT------ATGT-----A-A-----GT-----GA------TG--TACA------TT--TGT-TATTGT----A-C-TTTTT-ACAT-T-AAA---AATCAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--TAATATTTTATG-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAAACAACAACACAATTT--TATGCTCCTTG-GC-ACAAGTATTTCTCAGAATCAGATGTAAACATTTTAGCTCT--T---aaaccca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AT-G-------TACACTAT-ATCTAAATTGTA--------CATGTCAC-ACGATGTT---TACTGTATTTA-T-CTTGTGTAA-TAC-----TTGGGTGTA--TTG---TT-A-AA-CTT--GTACATTTA-----TAATC--TGGGC-ACATCAT---GCATTCA-CA-CTTAGTGAATACTGATCTACTTCATGGTCA--AGTGGTT----AA------C----TGGTTCCTTGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACT-T---CATAGATAGGAA--TGAGCCAT------AATGGTA-GCATG-GGTATTACATGT-GTTCAC------------CTGTA---------------------ATTGC-------CATGTGCT-TTTAGTC-----------------CAAAGGA---AGCA-CACAGCTGT----TA--TGTTCAA------T-----AAGGT------ATTT-----A-T-----TT-----GA------TG--TATATTTTGTTT--T-T-T-TTT-----A-C-TTTTT-AGATAA-AAA---AT-CAGAA--A------------ATATTTCAAA-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACTTTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTTTTGAGCCAT--A-AAAACCAA-C----AACTT--TATTCTCCTTG-GA-GTGAGTATTTCTCAGAATTGGATGC-TACATTTTAGCTCTTCT---TTTTTATAAAGTGAAGAGC---------TTTTGTACCCCGGCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tattca-------TACACCATTATCTCAACTCTA------TACAT-TTAC-A----GTG---AACTGTACCAG-T-CTTGTGTAA-TACGT---TTGTGTACA--TTA---TT-G-A--CCCACGTGCATTGA-----AAGCT--CGGGGCGCATCAT---GC--T----A-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAATTTTTAAGTCGATAC----TGGTTCCTTGTTTGTGACATAGCTCAGATACACT-T---CATAGATAGGAACGGGAACAATA----AAG--ATA-AT--G-TATATTAAATGT-GTTCACCTTGAATTTTAACTGTAC--------------------ATTAG-------CATGTGCT-TTAATTCAAGATGGACACCACG--CAAAGGA---TAAA-CATAGC-GA----GG--TA---AA------T-----GTGTT------ATTTCGTTCA-T-----TTGGACACT------TG--TATA------TT--T-TGT-TTT-----A-CTGTTTT-AATTATAAAA---AA-CAGAA--A------------GT-------G-GAA-T-------TTTA--T----------G-------------ACATT----GCCTGAAATGATTTATAACT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                          acaaaTCAAA--AT--------A-CA---AATCATGTA-ATATACTATT-GCATTTCAGAAA------GTTGA-GCATTAAGCATTTTAACATATGACAACATTTTATTAACATTTGCATTGATAAAACTACACAATTATCTC--CTCTA------TGCAT---AC-A-A-T-TG---TACTGCATCTG-T-CGTGTGTAACTAAAGCTTTTGTGTAAA--TTA---TC-A-ATCCAC--GTGCATTTAA----TA-CC--CGGGA-ACATCAT---GCACT-----------TGAAAATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCAAGACTGTGAATTATCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCATA----AAG--GAA-AAG-G-TGTATCAAACGT-GTTCAA------------CTGT----------------------ATTGCCATGTGGCATGTGCT-TTTAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGATATAATA-TACA---------TG--TA-TCAAACATGGC-----GAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T-----CA------TT--T-A-T-TTG-----GTC-ATTTT-aactttatattcataaattattgcttcacatatgataacgatgggcgatactgcag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             ttgacacagtcgAACTCTATATT--ACTG-GTT--A--GATGAATACATTTTCATTAACCATTTATTCAAATTAC--------AATA---TAATAT--A---TT--TTTT-GCA-TTCTGAAA------GACAA-GAATTA-------------AG-----CA-TTGGT----AACT-CGT-G-------TACACCTC-ATCTC--TTATG------TACATG--AC-A----GTAAACCACTGTGTT-GAT-CTTGTGTAA-TAA-----GTGTGTCTA--TTG---TT-T-A--CA---GT-CATTTGACACCTGGCCAATGGTC-ACAGCAT---GCTTT--------------------------TTCA--GTCAGTACTGGT-------TC----C----TTGT-------TTGAGACTAAGCTAAGATATACCATAGATATAGATAGGACAGGATACC----------T-GTA---------TATTTGAC-T-G--CA-----------------A---------------------ACTGG-------CATGTGCT-TTTAG-GCAGGTGTGGAATTCA--CAAAGGA---------------------TA--AATTCAA------T-----GAGGT------ATTA-----A-T-----GT-----GT------TG--TACA-----------------------------TTTT-AAGTAT-------AA-CGGAAGTA------------AT-------G-T-A-TTCATTACTTAA--T----------G-------------ACATTAAGGGT----AATAATTTATTAATTTAT-TATTGAGG-----A-GAA--GAAGA----CACTgttttctttttgtgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgttta-CAT-G-------TACACCAT-ATCT----TGTA------TACATGT-AC-ACA-TGTA---T--TGTATTTA-T-CTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-----------GTG---TCA--------CC--TTGGT-ACAT-GT---GCATCCA-AA-CTTAGTGAATACTGATCTATTTCATGGTCA--AGTGATTTC--AGTCAGTAT----TGGTTCCTGGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACT-T---CATAGATAGAAAAGGGTACCAT-----AATT-GTA-GCATG-AGTATAACATGT-GTTCAC------------CTGTA---------------------ATTGC-------CATGTGC--TATAGTCCAGGTGTAAAATTCAGGTGTAGGA---ATCT-CACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GTGGT------ATTT-----A-T-----AT-----AT------TG--TATG------TTTGT-T-T-TTT-----A-A-TTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAG--AATACTATTTTTCAT-------A-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AGTAATTT----TT---TGTACTGAAC-----ACAAGAAAAAGA----AACTT--T----TTGTTG-GG-T-GGCTATTTCTCAGAATTGGAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             1111             11111                                 44444444444444444444444444444444444                 111111            22222222222222222222                      1111111        1                 33333333333333333333                              11111                   22222222222         3333333333333                    3333333333      11                          555555555555555555                                                              333333333333333333                   666666666666666666666666666666666666666666666666666666                                          22222222222222222222           111111111111                       3333333333333333333333333333333333333333333333333333333                             555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                          22222     111    1111                  333333                       11             222222                   444444        1         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             4444         6   22222 0                            1  11111111111111111111111111111111111    5  1         444444 0   5      55555555555555555555  7  4  8888  1 3   3 5555555        2     88  0       33333333333333333333 5555        333          5   88888         33   555  99999999999  3      7777777777777   44      555      3333333333      11            5     555  0  444444444444444444       44        1      1         3 555                1      555555555555555555         4  3 2    666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1          3           5 1  66  44       33333333333333333333  44    3  888888888888     999999    88888 6 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777    3      66  777  4     66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     2     9999              0   5  0     11111 5   444  1 0000     77           555555                 1     11             222222          6 3      777777        3         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             ....         .   ..... .                            .  ...................................    .  .         ...... .   .      ....................  .  .  ....  . .   . .......        .     ..  .       .................... ....        ...          .   .....         ..   ...  ...........  .      .............   ..      ...      ..........      ..            .     ...  .  ..................       ..        .      .         . ...                .      ..................         .  . .    ...................................................... .          .           . .  ..  ..       ....................  ..    .  ............     ......    ..... . .......................................................    .      ..  ...  .     .. ..................................................................     .     ....              .   .  .     ..... .   ...  . ....     ..           ......                 .     ..             ......          . .      ......        .         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             2222         7   44444 1                            8  33333333333333333333333333333333333    0  0         444444 2   0      77777777777777777777  3  6  5555  6 6   3 4444444        3     55  2       77777777777777777777 5555        222          7   22222         99   000  22222222222  3      3333333333333   11      444      9999999999      11            8     444  8  333333333333333333       00        0      0         3 888                8      888888888888888888         2  3 3    333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0          3           4 6  00  66       66666666666666666666  66    1  555555555555     666666    33333 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555    6      33  888  4     11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000     9     4444              4   6  2     22222 0   111  4 6666     99           333333                 0     00             222222          7 7      777777        3         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACT-T---CATAGATAGGAAAGGGAACCATA----AAG-GTA-ATA-G-TGTATTAAANGT-GTTCAC------------CTGTAC----A---------------------T-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
Reference ( family-3545 )     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACT-T---CATAGATAGGAAAGGGAACCATA----AAGTGTA-ATA-G-TGTATTAAANGT-GTTCAC------------CTGTA-----A---------------------T-T-------GNCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACNCACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTGAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             -TA-ATTCAACTA-ATT--G--GATGACTATGTTTTCATTGACCATTCATTCAAA--ATT-------AGTACAATATTAT--ATATAT--TTTT-GCATTACTGAAACAGAGAGGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACATCAT-ATCAC--TTGTATG-----------G-T--------GTG---TATTGTATTTATCTTATGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TTTA-A--CT---GTACAT------------------GG-ACA--A---TGCATTCA-AA-TTTTGTGAATTTTGACCTACTTCATGGTCA--AGCGGTTTC--AGTC----AGAAATGGTTCCAAGCTTGTGATTTAGCTCAGATAAACT-T---CATAAATAGTACAGGGAACCATATAATAAATTTA-ATATG-TGTATTGAAAGT-GGTCAC------------TTGTACTTATG---------------------T-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGTAAAAT-CA--CAAAGGA---AGCACATGGCTGA----AA--TATATAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-TCA---GT-----TTATGTGGTGTACA------TT--T-G-T-TTATTTGTA-C-TTTTTTAGATAT-AAA---AT-CAGAA--A------------AT-------AAT-A-T-------TTCA--T----------ATTATTTTTTAATAACATTCAAGGC----AATTATTTTTAATTTTGTGTACTGAGCCAAAAA-AAAACAACAC----AACTT--TATTCTCCTT--------TGTATTTCTTGGAATCCAATGT-AGCATTGCAGCTCT--TCTATTTTAATCAA-TTAAGAGCTTAGTGTTGTTGTG-ACCTCGGCA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gttaacaatgTG---TACTGTATCATTCTTGTGTAA-TGC-----TTTTGTGTAAATTA---TT-A-AGCCAC--GTGCATTTA-----ACGCT--TGGGG-ACATCA---TG-------AA-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAGTTTTT-AGTCAGTAC----TGGTTCCTTGTTTATGACTTATCTAATATAAACT-T---TATAAACAGGAAAGGGAACCATA----AAG-GTACACC-G-TGTATTAAAGGT-GTTCACCTCAGATTTTTACTGTAC----A---------------------T-T-------GACATGTGTTCTGTAGTCCAAGCGGAGAATGCA--CAAAGGA---TATATACA-TTGTGAGGTAATTATT-AA------T-----TAAGTCACTACACTC-----A-TTTGGAGG-----CT------TGT--A------TT--T-T-T-TTT-----A-A-TTTCT-AAATAT--AA---AA-CAAAC--A------------ACTG-----A-T-AGT-------TTTA--T----------G-------------ACATTAACAGC----AGTCATATATAACTATGTTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTA-------------A------CATTT-GC----AT-T-GAT-AAAAC---TACATCATTATCTC--CTCTAATCAT---AC-ACA-T---------TG---TACTGCACCAGTCGTGTGTAA-C------------------TTAAACTT-A-ATCCAC--GTGCATTTA-----ACACC--CAGGA-ACACCA---TGCACT-----------TGAAGATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTACCCAGCTTGTGAATTTTCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCGTA----AAG-GTA---A-G-TGC-TCGCCGGTAATTTAA------------CTGCAT----A---------------------T-TGCCATGAGGCATGTGTTTT-TAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGA---TATACA----TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T---CA------TT--A-T-T-TTG-----G-C-ATTTT-taaccatcagtttttgttgcatacctaaaaacaaatagggcggtagtgca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aagttgagatttaagcattttaacttacgacaacatttt-------TACATCATTATCTC--T---ATGCAT---AC-ACG----------ATG---TACTGCATCAGTCTTGTGTAACTAAAACTTTTGTGTAAA--TTA---TT-A-A--TGCATGTGCATTTAA----TA-CA--CGAGA-ACATCA---TGCATTTATAA-----ATGAAT------CTACTTCGCGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCCAGCTTGTGAATTAGCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCGTA----AAG-GTA-AAT-G-TGTATCAAAAGT-GCTCAC------------CTGTATTGCCA---------------------TGT-------GGCATGTGCTTC-CAGTCCAGTTCGAGAAATCA--CAAAGGA---TATACA----TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----A-T-----gttttctttttgtgccccctctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                              aac--GGTGACTATATTTTCATTGACCATTT--------------------------------------------TT-GCCTTTTTGAAA------AGTGA-TGAGTA-------------AT-----CATTT-GT----GTCT-CAT-G-------TACACCAG-AGCTC--TTATAGACATGT-ACTACA-T--------GT-------TGTATTTATCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA---TA------A-A--GGT--GT-CA------------CC--TGGGG-ACATCATTGTGCATTCA-AAGTTT-GTGAtgaatccatttatttgggcaatttgttttctttttttgtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATATC--TTGTATACATGT-AC-ATG-TCACATGTTGTG---TACTGTATTAGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                          TTTGTTCAAA--GA--------AGTA---CATCAT--A--TAT--TTTT-GCGTTTATGAAA------GTTGA-TGATTA-------------AT-----TA-TTTGT----ATCT-CAT-G-------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CTGAGC-----A-AA---GAAGA----AACTG--TACTCTCCTTGTCC-T-GGGTATTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                         AACT-T----CCAGCTA-ATT--A--G----CTATATTTTCATTGACCATTTATTC--A--AT---------GTA---CACTAT--A-aaattagatcaactcat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                     tttaAACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTGCATCCACCATTTATTCAAAC-AT--------AGTA---TATTAT--A-ATGT--TTAT-GTCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGTCAC-ATGAT--------GTG---TATTGTAT--ATCTTCTGTAA-TAA-----TTTTGTGTA--TTA---TTTA-A--CTT--GTGCATTTA-----TAGCC--TGGGC-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTTTGTGAATATTGACCTATTTCATGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----T----TGGTTCCTTGCTTGTGTGTTGGCTCAGGTAAACT-T---CATAAATAGGAAAGGGTACCATATGACAAATGCA-ATA-GGTGTATTAAAAGT-GGTCAC------------CTGTA-----A---------------------T-T-------GCCATGTGTTTG-TGGACCAGGTGTAAAATTGA--CAAAGAG---AACTCACAGTTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----CT------TATACA------TT--T-T-T-TTA-----A-C-ATTTT-AGATAT-AGA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGAACTGAGC-----A-AAAACAAAGA----AACTTTATATTTTCCTTG-GCAG-GGGTATTTCTCAGAAACCAATGT-TGCATTTTAGTTCT--T---TTTTAATAAAGTAAAGAGC--A--ATTGTTTTG-ACTTTGGCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  TTCAACTGTGTTCAGCTGATGAATATATTTTCATTAACCATTTATTCCAT--ATACATCACCAGTA---TATTAT--A---TT--TTTT-GCATTTCTGAAC------GATGAGCGA--A-------------AT------A---TGG----AT-T-TGT-G-------TGCACCTC-ATCTC--TTGTGTACATGC-AC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgtTCATGTGTAA-TAG-----GTGTATCTA--TTG---TT-A-A--CCT-------TCTAACACCTGGCCAGTGGGC-ACATCA---TACAAGTA-CA-TGT-ATGCATTTTG-------T----GTCA---------CT--A-------C----TGGTTCTGTGTTTGTGTCTTAGCTAAGCTAAACT-T---TATATAAGGGAAAGGGTACCATA----AAG-GTA-AT--G-TGTGGTAAA-GT-GTTTACTGGTTA------CTGTA-----ATTTTACTGCTTTCACTGCACAT-T-------GGCATGGGATTT-AAATCCAGGTGTGAAATTCA--CAAAGGA---AACTCTTAGCTGT----TA--AATTTAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GA-----G--------GTACA-----------------------------TTTT-AGATG--AAATTGAA-CAGCA--A------------GTA------A-T-G-G-------TTCAGTT----------GTTTTAGT------ACAAATAGGGC----AATAGTTTATTATTTTAT-TA-TGTGG-----A-AAA--GAAGA----AACTT--TACTCTCCTTGTCC-A-GGATATTTCTCAGAATAGGATgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatgtgtaataggtgtatctattgttaaccttctaacacctggccagtgggcacatcatacaagtacatgtatgcattttgtgtcactactggttctgtgtttgtgtcttagctaagctaaactttatataagggaaagggtaccataaaggtaatgtgtggtaaagtgtttactggttactgtaattttactgctttcactgcacattggcatgggatttaaatccaggtgtgaaattcacaaaggaaactcttagctgttaaatttaatgaggtatttatgaggtacattttagatgaaattgaacagcaagtaatggttcagttgttttagtacaaatagggcaatagtttattattttattatgtggaaaagaagaaactttactctccttgtccaggatatttctcagaataggataaaccca
gi|4                          : ttgtttcaactgtgttcagctgatgaatatattttcattaaccatttattccatatacatcaccagtatattatattttttgcatttctgaacgatgagcgaaatatggatttgtgtgcacctcatctcttgtgtacatgcacagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTACTCAAA--A-----------------ATT-T--A-ATGT--TTTTTGCCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTT--TTGTATACATGT-A-----------------------------TTATCTTCTGTTA-TAA-----TTGTGTGGA--TTA---TT-TTA--CTT--GTACATTTA-----TAACA--TGGGG-AAATCA---TGCATTCA-CA-CTTTGTGAATATTGACCAACTTCA--------------------------------TGGTTCCTTGCTTGGGATTTGGCTCAGATAAACT-T---TATACATAGGAAAGGGTACCATA---------TG-ATA-AATGTA--AAAT-T-GGTCAC------------CTGTG-----A---------------------C-T-------AGCATGTGCTTC-TAGTCCAGGTG-------CA--CAAAGGA---AGCTCACGGCT-----------ATTCAT------T-----GAAGT------ATGT-----A-A-----GT-----GA------TGTACA------TT--TGT-TATTGT----A-C-TTTTT-ACAT-T-AAA---AATCAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--TAATATTTTATG-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAAACAACAACACAATTT--TATGCTCCTTG-GC-ACAAGTATTTCTCAGAATCAGATGTAAACATTTTAGCTCT--T---aaaccca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AT-G-------TACACTAT-ATCTAAATTGTA--CATGTCAC-ACGAT--------GTT---TACTGTATTTATCTTGTGTAA-TAC-----TTGGGTGTA--TTG---TT-A-AA-CTT--GTACATTTA-----TAATC--TGGGC-ACATCA---TGCATTCA-CA-CTTAGTGAATACTGATCTACTTCATGGTCA--AGTGGTT----AA------C----TGGTTCCTTGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACT-T---CATAGATAGGAA--TGAGCCATA----ATG-GTA-GCATG-GGTATTACATGT-GTTCAC------------CTGTA-----A---------------------T-T-------GCCATGTGCTTT-TAGTC-----------------CAAAGGA---AGCACACAGCTGT----TA--TGTTCAA------T-----AAGGT------ATTT-----A-T-----TT-----GA------TGTATATTTTGTTT--T-T-T-TTT-----A-C-TTTTT-AGATAA-AAA---AT-CAGAA--A------------ATATTTCAAA-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACTTTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTTTTGAGCCAT--A-AAAACCAA-C----AACTT--TATTCTCCTTG-GA-GTGAGTATTTCTCAGAATTGGATGC-TACATTTTAGCTCTTCT---TTTTTATAAAGTGAAGAGC---------TTTTGTACCCCGGCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tattca-------TACACCATTATCTCAACTCTATACATTT-AC-A------------GTG---AACTGTACCAGTCTTGTGTAA-TACGT---TTGTGTACA--TTA---TT-G-A--CCCACGTGCATTGA-----AAGCT--CGGGGCGCATCA---TGC--T----A-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAATTTTTAAGTCGATAC----TGGTTCCTTGTTTGTGACATAGCTCAGATACACT-T---CATAGATAGGAACGGGAACAATA----AAG-ATA-AT--G-TATATTAAATGT-GTTCACCTTGAATTTTAACTGTAC----A---------------------T-T-------AGCATGTGCTTT-AATTCAAGATGGACACCACG--CAAAGGA---TAAACATAGC-GA----GG--TA---AA------T-----GTGTT------ATTTCGTTCA-T-----TTGGACACT------TGTATA------TT--T-TGT-TTT-----A-CTGTTTT-AATTATAAAA---AA-CAGAA--A------------GT-------G-GAA-T-------TTTA--T----------G-------------ACATT----GCCTGAAATGATTTATAACT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                          acaaaTCAAA--AT--------A-CA---AATCATGTA-ATATACTATT-GCATTTCAGAAA------GTTGA-GCATTAAGCATTTTAACATATGACAACATTTTATTAACATTTGCATTGATAAAACTACACAATTATCTC--CTCTATGCAT---AC-A-A-T---------TG---TACTGCATCTGTCGTGTGTAACTAAAGCTTTTGTGTAAA--TTA---TC-A-ATCCAC--GTGCATTTAA----TA-CC--CGGGA-ACATCA---TGCACT-----------TGAAAATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCAAGACTGTGAATTATCTAAGATAAACT-T---CATAGACAGGAAAGAGAACCATA----AAG-GAA-AAG-G-TGTATCAAACGT-GTTCAA------------CTGTATTGCCA---------------------TGT-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGATATAATATACA---------TG--TA-TCAAACATGGC-----GAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T---CA------TT--T-A-T-TTG-----GTC-ATTTT-aactttatattcataaattattgcttcacatatgataacgatgggcgatactgcag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             ttgacacagtcgAACTCTATATT--ACTG-GTT--A--GATGAATACATTTTCATTAACCATTTATTCAAATTAC--------AATA---TAATAT--A---TT--TTTT-GCA-TTCTGAAA------GACAA-GAATTA-------------AG-----CA-TTGGT----AACT-CGT-G-------TACACCTC-ATCTC--TTATGTACATG--AC-A------------GTAAACCACTGTGTTGATCTTGTGTAA-TAA-----GTGTGTCTA--TTG---TT-T-A--CA---GT-CATTTGACACCTGGCCAATGGTC-ACAGCA---TGCTTT--------------------------TTCA--GTCAGTACTGGT-------TC----C----TTGT-------TTGAGACTAAGCTAAGATATACCATAGATATAGATAGGACAGGATACC----------TGTA---------TATTTGAC-T-G--CA-----------------A-----A---------------------C-T-------GGCATGTGCTTT-TAG-GCAGGTGTGGAATTCA--CAAAGGA--------------------TA--AATTCAA------T-----GAGGT------ATTA-----A-T-----GT-----GT------TGTACA-----------------------------TTTT-AAGTAT-------AA-CGGAAGTA------------AT-------G-T-A-TTCATTACTTAA--T----------G-------------ACATTAAGGGT----AATAATTTATTAATTTAT-TATTGAGG-----A-GAA--GAAGA----CACTgttttctttttgtgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgttta-CAT-G-------TACACCAT-ATCT----TGTATACATGT-AC-ACA-T--------GTA---T--TGTATTTATCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-----------GTG---TCA--------CC--TTGGT-ACAT-G---TGCATCCA-AA-CTTAGTGAATACTGATCTATTTCATGGTCA--AGTGATTTC--AGTCAGTAT----TGGTTCCTGGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACT-T---CATAGATAGAAAAGGGTACCAT-----AATTGTA-GCATG-AGTATAACATGT-GTTCAC------------CTGTA-----A---------------------T-T-------GCCATGTGC-TA-TAGTCCAGGTGTAAAATTCAGGTGTAGGA---ATCTCACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GTGGT------ATTT-----A-T-----AT-----AT------TGTATG------TTTGT-T-T-TTT-----A-A-TTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAG--AATACTATTTTTCAT-------A-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AGTAATTT----TT---TGTACTGAAC-----ACAAGAAAAAGA----AACTT--T----TTGTTG-GG-T-GGCTATTTCTCAGAATTGGAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             1111             11111                                 44444444444444444444444444444444444                 111111            22222222222222222222                      1111111        1                 33333333333333333333                              11111                   22222222222         3333333333333                    3333333333      11                          555555555555555555                                                           11111      33333333333333               1111111111111         22222222222222222222222222   333333333    1111111                                                   22222222222           111111111111                       3333333333333333333333333333333333333333333333333333333                             555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                          22222     111    1111                  333333                       11             222222                   444444        1         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             4444         6   22222 0                            1  11111111111111111111111111111111111    5  1         444444 0   5      55555555555555555555  7  4  8888  1 3   3 5555555        2     88  0       33333333333333333333 5555        333          5   88888         33   555  99999999999  3      7777777777777   44      555      3333333333      11            5     555  0  444444444444444444       44        1      1                  3        1      66666      11111111111111 6   999999    2222222222222  3 2    00000000000000000000000000   111111111  6 0000000            3           5 1  66  44       9999999  33333333333  44    3  888888888888     999999    88888 6 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777    3      66  777  4     66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     2     9999              0   5  0     11111 5   444  1 0000     77           555555                 1     11             222222          6 1      777777        3         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             ....         .   ..... .                            .  ...................................    .  .         ...... .   .      ....................  .  .  ....  . .   . .......        .     ..  .       .................... ....        ...          .   .....         ..   ...  ...........  .      .............   ..      ...      ..........      ..            .     ...  .  ..................       ..        .      .                  .        .      .....      .............. .   ......    .............  . .    ..........................   .........  . .......            .           . .  ..  ..       .......  ...........  ..    .  ............     ......    ..... . .......................................................    .      ..  ...  .     .. ..................................................................     .     ....              .   .  .     ..... .   ...  . ....     ..           ......                 .     ..             ......          . .      ......        .         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             2222         7   44444 1                            8  33333333333333333333333333333333333    0  0         444444 2   0      77777777777777777777  3  6  5555  6 6   3 4444444        3     55  2       77777777777777777777 5555        222          7   22222         99   000  22222222222  3      3333333333333   11      444      9999999999      11            8     444  8  333333333333333333       00        0      0                  3        7      77777      22222222222222 7   666666    8888888888888  3 3    77777777777777777777777777   333333333  7 8888888            3           4 6  00  66       7777777  55555555555  66    1  555555555555     666666    33333 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555    6      33  888  4     11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000     9     4444              4   6  2     22222 0   111  4 6666     99           333333                 0     00             222222          7 0      777777        3         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACTTCATAGATA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTA-AC---------A-G-TGT------ATTA----AAN------GT-GTTCAC------------CT------------GTA----C----AT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
Reference ( family-3545 )     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACTTCATAGATA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTA-AT---------A-G-TGT------ATTA----AAN------GT-GTTCAC------------CT------------GTA----C----AT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             -TA-ATTCAACTA-ATT--G--GATGACTATGTTTTCATTGACCATTCATTCAAA--ATT-------AGTACAATATTAT--ATATAT--TTTT-GCATTACTGAAACAGAGAGGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACATCAT-ATCAC--TTGTATG-----------G-T--------GTG---TATTGTATTTATCTTATGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TTTA-A--CT---GTACAT------------------GG-ACA--A---TGCATTCA-AA-TTTTGTGAATTTTGACCTACTTCATGGTCA--AGCGGTTTC--AGTC----AGAAATGGTTCCAAGCTTGTGATTTAGCTCAGATAAACTTCATAAATA-GTACAGGGAACCATATAATAAATTTA-AT---------ATG-TGT------ATTG----AAA------GT-GGTCAC------------TT------------GTA----CTTATGT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGTAAAAT-CA--CAAAGGA---AGCACATGGCTGA----AA--TATATAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-TCA---GT-----TTATGTGGTGTACA------TT--T-G-T-TTATTTGTA-C-TTTTTTAGATAT-AAA---AT-CAGAA--A------------AT-------AAT-A-T-------TTCA--T----------ATTATTTTTTAATAACATTCAAGGC----AATTATTTTTAATTTTGTGTACTGAGCCAAAAA-AAAACAACAC----AACTT--TATTCTCCTT--------TGTATTTCTTGGAATCCAATGT-AGCATTGCAGCTCT--TCTATTTTAATCAA-TTAAGAGCTTAGTGTTGTTGTG-ACCTCGGCA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gttaacaatgTG---TACTGTATCATTCTTGTGTAA-TGC-----TTTTGTGTAAATTA---TT-A-AGCCAC--GTGCATTTA-----ACGCT--TGGGG-ACATCA---TG-------AA-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAGTTTTT-AGTCAGTAC----TGGTTCCTTGTTTATGACTTATCTAATATAAACTTTATAAACA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTACAC---------C-G-TGT------ATTA----AAG------GT-GTTCACCTCAGATTTTTACT------------GTA----C----AT-T-------GACATGTGTTCTGTAGTCCAAGCGGAGAATGCA--CAAAGGA---TATATACA-TTGTGAGGTAATTATT-AA------T-----TAAGTCACTACACTC-----A-TTTGGAGG-----CT------TGT--A------TT--T-T-T-TTT-----A-A-TTTCT-AAATAT--AA---AA-CAAAC--A------------ACTG-----A-T-AGT-------TTTA--T----------G-------------ACATTAACAGC----AGTCATATATAACTATGTTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTA-------------A------CATTT-GC----AT-T-GAT-AAAAC---TACATCATTATCTC--CTCTAATCAT---AC-ACA-T---------TG---TACTGCACCAGTCGTGTGTAA-C------------------TTAAACTT-A-ATCCAC--GTGCATTTA-----ACACC--CAGGA-ACACCA---TGCACT-----------TGAAGATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTACCCAGCTTGTGAATTTTCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCGTA-----AAGGTA------------A-G-TGC-------TCG----CCG------GTAATTTAA------------CT------------GCA----T----AT-TGCCATGAGGCATGTGTTTT-TAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGA---TATACA----TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T---CA------TT--A-T-T-TTG-----G-C-ATTTT-taaccatcagtttttgttgcatacctaaaaacaaatagggcggtagtgca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aagttgagatttaagcattttaacttacgacaacatttt-------TACATCATTATCTC--T---ATGCAT---AC-ACG----------ATG---TACTGCATCAGTCTTGTGTAACTAAAACTTTTGTGTAAA--TTA---TT-A-A--TGCATGTGCATTTAA----TA-CA--CGAGA-ACATCA---TGCATTTATAA-----ATGAAT------CTACTTCGCGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCCAGCTTGTGAATTAGCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCGTA-----AAGGTA-AA---------T-G-TGT------ATCA----AAA------GT-GCTCAC------------CT------------GTATTGCC----ATGT-------GGCATGTGCTTC-CAGTCCAGTTCGAGAAATCA--CAAAGGA---TATACA----TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----A-T-----gttttctttttgtgccccctctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                              aac--GGTGACTATATTTTCATTGACCATTT--------------------------------------------TT-GCCTTTTTGAAA------AGTGA-TGAGTA-------------AT-----CATTT-GT----GTCT-CAT-G-------TACACCAG-AGCTC--TTATAGACATGT-ACTACA-T--------GT-------TGTATTTATCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA---TA------A-A--GGT--GT-CA------------CC--TGGGG-ACATCATTGTGCATTCA-AAGTTT-GTGAtgaatccatttatttgggcaatttgttttctttttttgtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATATC--TTGTATACATGT-AC-ATG-TCACATGTTGTG---TACTGTATTAGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                          TTTGTTCAAA--GA--------AGTA---CATCAT--A--TAT--TTTT-GCGTTTATGAAA------GTTGA-TGATTA-------------AT-----TA-TTTGT----ATCT-CAT-G-------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CTGAGC-----A-AA---GAAGA----AACTG--TACTCTCCTTGTCC-T-GGGTATTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                         AACT-T----CCAGCTA-ATT--A--G----CTATATTTTCATTGACCATTTATTC--A--AT---------GTA---CACTAT--A-aaattagatcaactcat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                     tttaAACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTGCATCCACCATTTATTCAAAC-AT--------AGTA---TATTAT--A-ATGT--TTAT-GTCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGTCAC-ATGAT--------GTG---TATTGTAT--ATCTTCTGTAA-TAA-----TTTTGTGTA--TTA---TTTA-A--CTT--GTGCATTTA-----TAGCC--TGGGC-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTTTGTGAATATTGACCTATTTCATGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----T----TGGTTCCTTGCTTGTGTGTTGGCTCAGGTAAACTTCATAAATA-GGAAAGGGTACCATATGACAAATGCA-AT---------A-GGTGT------ATTA----AAA------GT-GGTCAC------------CT------------GTA---------AT-T-------GCCATGTGTTTG-TGGACCAGGTGTAAAATTGA--CAAAGAG---AACTCACAGTTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----CT------TATACA------TT--T-T-T-TTA-----A-C-ATTTT-AGATAT-AGA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGAACTGAGC-----A-AAAACAAAGA----AACTTTATATTTTCCTTG-GCAG-GGGTATTTCTCAGAAACCAATGT-TGCATTTTAGTTCT--T---TTTTAATAAAGTAAAGAGC--A--ATTGTTTTG-ACTTTGGCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  TTCAACTGTGTTCAGCTGATGAATATATTTTCATTAACCATTTATTCCAT--ATACATCACCAGTA---TATTAT--A---TT--TTTT-GCATTTCTGAAC------GATGAGCGA--A-------------AT------A---TGG----AT-T-TGT-G-------TGCACCTC-ATCTC--TTGTGTACATGC-AC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgtTCATGTGTAA-TAG-----GTGTATCTA--TTG---TT-A-A--CCT-------TCTAACACCTGGCCAGTGGGC-ACATCA---TACAAGTA-CA-TGT-ATGCATTTTG-------T----GTCA---------CT--A-------C----TGGTTCTGTGTTTGTGTCTTAGCTAAGCTAAACTTTATATAAG-GGAAAGGGTACCATA-----AAGGTA-ATGTGTGGTAAA-G-TGTTTACTGGTTACTGTAATTTTACTGC-TTTCAC-------------T------------GCA----C----AT-T-------GGCATGGGATTT-AAATCCAGGTGTGAAATTCA--CAAAGGA---AACTCTTAGCTGT----TA--AATTTAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GA-----G--------GTACA-----------------------------TTTT-AGATG--AAATTGAA-CAGCA--A------------GTA------A-T-G-G-------TTCAGTT----------GTTTTAGT------ACAAATAGGGC----AATAGTTTATTATTTTAT-TA-TGTGG-----A-AAA--GAAGA----AACTT--TACTCTCCTTGTCC-A-GGATATTTCTCAGAATAGGATgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatgtgtaataggtgtatctattgttaaccttctaacacctggccagtgggcacatcatacaagtacatgtatgcattttgtgtcactactggttctgtgtttgtgtcttagctaagctaaactttatataagggaaagggtaccataaaggtaatgtgtggtaaagtgtttactggttactgtaattttactgctttcactgcacattggcatgggatttaaatccaggtgtgaaattcacaaaggaaactcttagctgttaaatttaatgaggtatttatgaggtacattttagatgaaattgaacagcaagtaatggttcagttgttttagtacaaatagggcaatagtttattattttattatgtggaaaagaagaaactttactctccttgtccaggatatttctcagaataggataaaccca
gi|4                          : ttgtttcaactgtgttcagctgatgaatatattttcattaaccatttattccatatacatcaccagtatattatattttttgcatttctgaacgatgagcgaaatatggatttgtgtgcacctcatctcttgtgtacatgcacagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTACTCAAA--A-----------------ATT-T--A-ATGT--TTTTTGCCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTT--TTGTATACATGT-A-----------------------------TTATCTTCTGTTA-TAA-----TTGTGTGGA--TTA---TT-TTA--CTT--GTACATTTA-----TAACA--TGGGG-AAATCA---TGCATTCA-CA-CTTTGTGAATATTGACCAACTTCA--------------------------------TGGTTCCTTGCTTGGGATTTGGCTCAGATAAACTTTATACATA-GGAAAGGGTACCATA---------TG-AT---------A-AATGT------A--A----AAT-------T-GGTCAC------------CT------------GTG---------AC-T-------AGCATGTGCTTC-TAGTCCAGGTG-------CA--CAAAGGA---AGCTCACGGCT-----------ATTCAT------T-----GAAGT------ATGT-----A-A-----GT-----GA------TGTACA------TT--TGT-TATTGT----A-C-TTTTT-ACAT-T-AAA---AATCAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--TAATATTTTATG-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAAACAACAACACAATTT--TATGCTCCTTG-GC-ACAAGTATTTCTCAGAATCAGATGTAAACATTTTAGCTCT--T---aaaccca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AT-G-------TACACTAT-ATCTAAATTGTA--CATGTCAC-ACGAT--------GTT---TACTGTATTTATCTTGTGTAA-TAC-----TTGGGTGTA--TTG---TT-A-AA-CTT--GTACATTTA-----TAATC--TGGGC-ACATCA---TGCATTCA-CA-CTTAGTGAATACTGATCTACTTCATGGTCA--AGTGGTT----AA------C----TGGTTCCTTGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACTTCATAGATA-GGAA--TGAGCCATA-----ATGGTA-GC---------ATG-GGT------ATTA----CAT------GT-GTTCAC------------CT------------GTA---------AT-T-------GCCATGTGCTTT-TAGTC-----------------CAAAGGA---AGCACACAGCTGT----TA--TGTTCAA------T-----AAGGT------ATTT-----A-T-----TT-----GA------TGTATATTTTGTTT--T-T-T-TTT-----A-C-TTTTT-AGATAA-AAA---AT-CAGAA--A------------ATATTTCAAA-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACTTTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTTTTGAGCCAT--A-AAAACCAA-C----AACTT--TATTCTCCTTG-GA-GTGAGTATTTCTCAGAATTGGATGC-TACATTTTAGCTCTTCT---TTTTTATAAAGTGAAGAGC---------TTTTGTACCCCGGCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tattca-------TACACCATTATCTCAACTCTATACATTT-AC-A------------GTG---AACTGTACCAGTCTTGTGTAA-TACGT---TTGTGTACA--TTA---TT-G-A--CCCACGTGCATTGA-----AAGCT--CGGGGCGCATCA---TGC--T----A-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAATTTTTAAGTCGATAC----TGGTTCCTTGTTTGTGACATAGCTCAGATACACTTCATAGATA-GGAACGGGAACAATA-----AAGATA-AT-----------G-TAT------ATTA----AAT------GT-GTTCAC------------CTTGAATTTTAACTGTA----C----AT-T-------AGCATGTGCTTT-AATTCAAGATGGACACCACG--CAAAGGA---TAAACATAGC-GA----GG--TA---AA------T-----GTGTT------ATTTCGTTCA-T-----TTGGACACT------TGTATA------TT--T-TGT-TTT-----A-CTGTTTT-AATTATAAAA---AA-CAGAA--A------------GT-------G-GAA-T-------TTTA--T----------G-------------ACATT----GCCTGAAATGATTTATAACT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                          acaaaTCAAA--AT--------A-CA---AATCATGTA-ATATACTATT-GCATTTCAGAAA------GTTGA-GCATTAAGCATTTTAACATATGACAACATTTTATTAACATTTGCATTGATAAAACTACACAATTATCTC--CTCTATGCAT---AC-A-A-T---------TG---TACTGCATCTGTCGTGTGTAACTAAAGCTTTTGTGTAAA--TTA---TC-A-ATCCAC--GTGCATTTAA----TA-CC--CGGGA-ACATCA---TGCACT-----------TGAAAATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCAAGACTGTGAATTATCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCATA-----AAGGAA-AA---------G-G-TGT------ATCA----AAC------GT-GTTCAA------------CT------------GTATTGCC----ATGT-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGATATAATATACA---------TG--TA-TCAAACATGGC-----GAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T---CA------TT--T-A-T-TTG-----GTC-ATTTT-aactttatattcataaattattgcttcacatatgataacgatgggcgatactgcag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             ttgacacagtcgAACTCTATATT--ACTG-GTT--A--GATGAATACATTTTCATTAACCATTTATTCAAATTAC--------AATA---TAATAT--A---TT--TTTT-GCA-TTCTGAAA------GACAA-GAATTA-------------AG-----CA-TTGGT----AACT-CGT-G-------TACACCTC-ATCTC--TTATGTACATG--AC-A------------GTAAACCACTGTGTTGATCTTGTGTAA-TAA-----GTGTGTCTA--TTG---TT-T-A--CA---GT-CATTTGACACCTGGCCAATGGTC-ACAGCA---TGCTTT--------------------------TTCA--GTCAGTACTGGT-------TC----C----TTGT-------TTGAGACTAAGCTAAGATATAC--CATAGATATAGATAGG--AC---------AGGATA-CC---------T-G-TAT------ATT---------------T-G---A-------------CT------------GCA----A----AC-T-------GGCATGTGCTTT-TAG-GCAGGTGTGGAATTCA--CAAAGGA--------------------TA--AATTCAA------T-----GAGGT------ATTA-----A-T-----GT-----GT------TGTACA-----------------------------TTTT-AAGTAT-------AA-CGGAAGTA------------AT-------G-T-A-TTCATTACTTAA--T----------G-------------ACATTAAGGGT----AATAATTTATTAATTTAT-TATTGAGG-----A-GAA--GAAGA----CACTgttttctttttgtgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgttta-CAT-G-------TACACCAT-ATCT----TGTATACATGT-AC-ACA-T--------GTA---T--TGTATTTATCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-----------GTG---TCA--------CC--TTGGT-ACAT-G---TGCATCCA-AA-CTTAGTGAATACTGATCTATTTCATGGTCA--AGTGATTTC--AGTCAGTAT----TGGTTCCTGGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACTTCATAGATA-GAAAAGGGTACCATA-----ATTGTA-GC---------ATG-AGT------ATAA----CAT------GT-GTTCAC------------CT------------GTA---------AT-T-------GCCATGTGC-TA-TAGTCCAGGTGTAAAATTCAGGTGTAGGA---ATCTCACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GTGGT------ATTT-----A-T-----AT-----AT------TGTATG------TTTGT-T-T-TTT-----A-A-TTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAG--AATACTATTTTTCAT-------A-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AGTAATTT----TT---TGTACTGAAC-----ACAAGAAAAAGA----AACTT--T----TTGTTG-GG-T-GGCTATTTCTCAGAATTGGAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             1111             11111                                 44444444444444444444444444444444444                 111111            22222222222222222222                      1111111        1                 33333333333333333333                              11111                   22222222222         3333333333333                    3333333333      11                          555555555555555555                                                           11111      33333333333333               1111111111111         333333333333     333333333    1111111                                                   22222222222           111111111111                       3333333333333333333333333333333333333333333333333333333                             555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                          22222     111    1111                  333333                       11             222222                   444444        1         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             4444         6   22222 0                            1  11111111111111111111111111111111111    5  1         444444 0   5      55555555555555555555  7  4  8888  1 3   3 5555555        2     88  0       33333333333333333333 5555        333          5   88888         33   555  99999999999  3      7777777777777   44      555      3333333333      11            5     555  0  444444444444444444       44        1      1                  3        1      66666 0    66666666666666 3   999999    2222222222222  3 2    444444444444     111111111  6 0000000            3           5 1  66  44       9999999  33333333333  44    3  888888888888     999999    88888 6 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777    3      66  777  4     66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     2     9999              0   5  0     11111 5   444  1 0000     77           555555                 1     11             222222          6 1      777777        3         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             ....         .   ..... .                            .  ...................................    .  .         ...... .   .      ....................  .  .  ....  . .   . .......        .     ..  .       .................... ....        ...          .   .....         ..   ...  ...........  .      .............   ..      ...      ..........      ..            .     ...  .  ..................       ..        .      .                  .        .      ..... .    .............. .   ......    .............  . .    ............     .........  . .......            .           . .  ..  ..       .......  ...........  ..    .  ............     ......    ..... . .......................................................    .      ..  ...  .     .. ..................................................................     .     ....              .   .  .     ..... .   ...  . ....     ..           ......                 .     ..             ......          . .      ......        .         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             2222         7   44444 1                            8  33333333333333333333333333333333333    0  0         444444 2   0      77777777777777777777  3  6  5555  6 6   3 4444444        3     55  2       77777777777777777777 5555        222          7   22222         99   000  22222222222  3      3333333333333   11      444      9999999999      11            8     444  8  333333333333333333       00        0      0                  3        7      77777 7    77777777777777 3   666666    8888888888888  3 3    222222222222     333333333  7 8888888            3           4 6  00  66       7777777  55555555555  66    1  555555555555     666666    33333 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555    6      33  888  4     11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000     9     4444              4   6  2     22222 0   111  4 6666     99           333333                 0     00             222222          7 0      777777        3         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACTTCATAGATA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTA-AC---------A-G-TGT------ATTA----AAN------GT-GTTCAC------------CTGTA----C----AT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
Reference ( family-3545 )     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACTTCATAGATA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTA-AC---------A-G-TGT------ATTA----AAN------GT-GTTCAC------------CTGTA----C----AT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             -TA-ATTCAACTA-ATT--G--GATGACTATGTTTTCATTGACCATTCATTCAAA--ATT-------AGTACAATATTAT--ATATAT--TTTT-GCATTACTGAAACAGAGAGGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACATCAT-ATCAC--TTGTATG-----------G-T--------GTG---TATTGTATTTATCTTATGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TTTA-A--CT---GTACAT------------------GG-ACA--A---TGCATTCA-AA-TTTTGTGAATTTTGACCTACTTCATGGTCA--AGCGGTTTC--AGTC----AGAAATGGTTCCAAGCTTGTGATTTAGCTCAGATAAACTTCATAAATA-GTACAGGGAACCATATAATAAATTTA-AT---------ATG-TGT------ATTG----AAA------GT-GGTCAC------------TTGTA----CTTATGT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGTAAAAT-CA--CAAAGGA---AGCACATGGCTGA----AA--TATATAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-TCA---GT-----TTATGTGGTGTACA------TT--T-G-T-TTATTTGTA-C-TTTTTTAGATAT-AAA---AT-CAGAA--A------------AT-------AAT-A-T-------TTCA--T----------ATTATTTTTTAATAACATTCAAGGC----AATTATTTTTAATTTTGTGTACTGAGCCAAAAA-AAAACAACAC----AACTT--TATTCTCCTT--------TGTATTTCTTGGAATCCAATGT-AGCATTGCAGCTCT--TCTATTTTAATCAA-TTAAGAGCTTAGTGTTGTTGTG-ACCTCGGCA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gttaacaatgTG---TACTGTATCATTCTTGTGTAA-TGC-----TTTTGTGTAAATTA---TT-A-AGCCAC--GTGCATTTA-----ACGCT--TGGGG-ACATCA---TG-------AA-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAGTTTTT-AGTCAGTAC----TGGTTCCTTGTTTATGACTTATCTAATATAAACTTTATAAACA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTACAC---------C-G-TGT------ATTA----AAG------GT-GTTCACCTCAGATTTTTACTGTA----C----AT-T-------GACATGTGTTCTGTAGTCCAAGCGGAGAATGCA--CAAAGGA---TATATACA-TTGTGAGGTAATTATT-AA------T-----TAAGTCACTACACTC-----A-TTTGGAGG-----CT------TGT--A------TT--T-T-T-TTT-----A-A-TTTCT-AAATAT--AA---AA-CAAAC--A------------ACTG-----A-T-AGT-------TTTA--T----------G-------------ACATTAACAGC----AGTCATATATAACTATGTTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTA-------------A------CATTT-GC----AT-T-GAT-AAAAC---TACATCATTATCTC--CTCTAATCAT---AC-ACA-T---------TG---TACTGCACCAGTCGTGTGTAA-C------------------TTAAACTT-A-ATCCAC--GTGCATTTA-----ACACC--CAGGA-ACACCA---TGCACT-----------TGAAGATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTACCCAGCTTGTGAATTTTCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCGTA-----AAGGTA------------A-G-TGC-------TCG----CCG------GTAATTTAA------------CTGCA----T----AT-TGCCATGAGGCATGTGTTTT-TAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGA---TATACA----TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T---CA------TT--A-T-T-TTG-----G-C-ATTTT-taaccatcagtttttgttgcatacctaaaaacaaatagggcggtagtgca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aagttgagatttaagcattttaacttacgacaacatttt-------TACATCATTATCTC--T---ATGCAT---AC-ACG----------ATG---TACTGCATCAGTCTTGTGTAACTAAAACTTTTGTGTAAA--TTA---TT-A-A--TGCATGTGCATTTAA----TA-CA--CGAGA-ACATCA---TGCATTTATAA-----ATGAAT------CTACTTCGCGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCCAGCTTGTGAATTAGCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCGTA-----AAGGTA-AA---------T-G-TGT------ATCA----AAA------GT-GCTCAC------------CTGTATTGCC----ATGT-------GGCATGTGCTTC-CAGTCCAGTTCGAGAAATCA--CAAAGGA---TATACA----TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----A-T-----gttttctttttgtgccccctctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                              aac--GGTGACTATATTTTCATTGACCATTT--------------------------------------------TT-GCCTTTTTGAAA------AGTGA-TGAGTA-------------AT-----CATTT-GT----GTCT-CAT-G-------TACACCAG-AGCTC--TTATAGACATGT-ACTACA-T--------GT-------TGTATTTATCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA---TA------A-A--GGT--GT-CA------------CC--TGGGG-ACATCATTGTGCATTCA-AAGTTT-GTGAtgaatccatttatttgggcaatttgttttctttttttgtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATATC--TTGTATACATGT-AC-ATG-TCACATGTTGTG---TACTGTATTAGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                          TTTGTTCAAA--GA--------AGTA---CATCAT--A--TAT--TTTT-GCGTTTATGAAA------GTTGA-TGATTA-------------AT-----TA-TTTGT----ATCT-CAT-G-------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CTGAGC-----A-AA---GAAGA----AACTG--TACTCTCCTTGTCC-T-GGGTATTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                         AACT-T----CCAGCTA-ATT--A--G----CTATATTTTCATTGACCATTTATTC--A--AT---------GTA---CACTAT--A-aaattagatcaactcat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                     tttaAACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTGCATCCACCATTTATTCAAAC-AT--------AGTA---TATTAT--A-ATGT--TTAT-GTCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGTCAC-ATGAT--------GTG---TATTGTAT--ATCTTCTGTAA-TAA-----TTTTGTGTA--TTA---TTTA-A--CTT--GTGCATTTA-----TAGCC--TGGGC-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTTTGTGAATATTGACCTATTTCATGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----T----TGGTTCCTTGCTTGTGTGTTGGCTCAGGTAAACTTCATAAATA-GGAAAGGGTACCATATGACAAATGCA-AT---------A-GGTGT------ATTA----AAA------GT-GGTCAC------------CTGTA---------AT-T-------GCCATGTGTTTG-TGGACCAGGTGTAAAATTGA--CAAAGAG---AACTCACAGTTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----CT------TATACA------TT--T-T-T-TTA-----A-C-ATTTT-AGATAT-AGA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGAACTGAGC-----A-AAAACAAAGA----AACTTTATATTTTCCTTG-GCAG-GGGTATTTCTCAGAAACCAATGT-TGCATTTTAGTTCT--T---TTTTAATAAAGTAAAGAGC--A--ATTGTTTTG-ACTTTGGCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  TTCAACTGTGTTCAGCTGATGAATATATTTTCATTAACCATTTATTCCAT--ATACATCACCAGTA---TATTAT--A---TT--TTTT-GCATTTCTGAAC------GATGAGCGA--A-------------AT------A---TGG----AT-T-TGT-G-------TGCACCTC-ATCTC--TTGTGTACATGC-AC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgtTCATGTGTAA-TAG-----GTGTATCTA--TTG---TT-A-A--CCT-------TCTAACACCTGGCCAGTGGGC-ACATCA---TACAAGTA-CA-TGT-ATGCATTTTG-------T----GTCA---------CT--A-------C----TGGTTCTGTGTTTGTGTCTTAGCTAAGCTAAACTTTATATAAG-GGAAAGGGTACCATA-----AAGGTA-ATGTGTGGTAAA-G-TGTTTACTGGTTACTGTAATTTTACTGC-TTTCAC-------------TGCA----C----AT-T-------GGCATGGGATTT-AAATCCAGGTGTGAAATTCA--CAAAGGA---AACTCTTAGCTGT----TA--AATTTAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GA-----G--------GTACA-----------------------------TTTT-AGATG--AAATTGAA-CAGCA--A------------GTA------A-T-G-G-------TTCAGTT----------GTTTTAGT------ACAAATAGGGC----AATAGTTTATTATTTTAT-TA-TGTGG-----A-AAA--GAAGA----AACTT--TACTCTCCTTGTCC-A-GGATATTTCTCAGAATAGGATgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatgtgtaataggtgtatctattgttaaccttctaacacctggccagtgggcacatcatacaagtacatgtatgcattttgtgtcactactggttctgtgtttgtgtcttagctaagctaaactttatataagggaaagggtaccataaaggtaatgtgtggtaaagtgtttactggttactgtaattttactgctttcactgcacattggcatgggatttaaatccaggtgtgaaattcacaaaggaaactcttagctgttaaatttaatgaggtatttatgaggtacattttagatgaaattgaacagcaagtaatggttcagttgttttagtacaaatagggcaatagtttattattttattatgtggaaaagaagaaactttactctccttgtccaggatatttctcagaataggataaaccca
gi|4                          : ttgtttcaactgtgttcagctgatgaatatattttcattaaccatttattccatatacatcaccagtatattatattttttgcatttctgaacgatgagcgaaatatggatttgtgtgcacctcatctcttgtgtacatgcacagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTACTCAAA--A-----------------ATT-T--A-ATGT--TTTTTGCCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTT--TTGTATACATGT-A-----------------------------TTATCTTCTGTTA-TAA-----TTGTGTGGA--TTA---TT-TTA--CTT--GTACATTTA-----TAACA--TGGGG-AAATCA---TGCATTCA-CA-CTTTGTGAATATTGACCAACTTCA--------------------------------TGGTTCCTTGCTTGGGATTTGGCTCAGATAAACTTTATACATA-GGAAAGGGTACCATA-----T-GATA-A------------A-TGT------A--A----AAT-------T-GGTCAC------------CTGTG---------AC-T-------AGCATGTGCTTC-TAGTCCAGGTG-------CA--CAAAGGA---AGCTCACGGCT-----------ATTCAT------T-----GAAGT------ATGT-----A-A-----GT-----GA------TGTACA------TT--TGT-TATTGT----A-C-TTTTT-ACAT-T-AAA---AATCAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--TAATATTTTATG-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAAACAACAACACAATTT--TATGCTCCTTG-GC-ACAAGTATTTCTCAGAATCAGATGTAAACATTTTAGCTCT--T---aaaccca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AT-G-------TACACTAT-ATCTAAATTGTA--CATGTCAC-ACGAT--------GTT---TACTGTATTTATCTTGTGTAA-TAC-----TTGGGTGTA--TTG---TT-A-AA-CTT--GTACATTTA-----TAATC--TGGGC-ACATCA---TGCATTCA-CA-CTTAGTGAATACTGATCTACTTCATGGTCA--AGTGGTT----AA------C----TGGTTCCTTGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACTTCATAGATA-GGAA--TGAGCCATA-----ATGGTA-GC---------ATG-GGT------ATTA----CAT------GT-GTTCAC------------CTGTA---------AT-T-------GCCATGTGCTTT-TAGTC-----------------CAAAGGA---AGCACACAGCTGT----TA--TGTTCAA------T-----AAGGT------ATTT-----A-T-----TT-----GA------TGTATATTTTGTTT--T-T-T-TTT-----A-C-TTTTT-AGATAA-AAA---AT-CAGAA--A------------ATATTTCAAA-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACTTTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTTTTGAGCCAT--A-AAAACCAA-C----AACTT--TATTCTCCTTG-GA-GTGAGTATTTCTCAGAATTGGATGC-TACATTTTAGCTCTTCT---TTTTTATAAAGTGAAGAGC---------TTTTGTACCCCGGCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tattca-------TACACCATTATCTCAACTCTATACATTT-AC-A------------GTG---AACTGTACCAGTCTTGTGTAA-TACGT---TTGTGTACA--TTA---TT-G-A--CCCACGTGCATTGA-----AAGCT--CGGGGCGCATCA---TGC--T----A-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAATTTTTAAGTCGATAC----TGGTTCCTTGTTTGTGACATAGCTCAGATACACTTCATAGATA-GGAACGGGAACAATA-----AAGATA-AT-----------G-TAT------ATTA----AAT------GT-GTTCACCTTGAATTTTAACTGTA----C----AT-T-------AGCATGTGCTTT-AATTCAAGATGGACACCACG--CAAAGGA---TAAACATAGC-GA----GG--TA---AA------T-----GTGTT------ATTTCGTTCA-T-----TTGGACACT------TGTATA------TT--T-TGT-TTT-----A-CTGTTTT-AATTATAAAA---AA-CAGAA--A------------GT-------G-GAA-T-------TTTA--T----------G-------------ACATT----GCCTGAAATGATTTATAACT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                          acaaaTCAAA--AT--------A-CA---AATCATGTA-ATATACTATT-GCATTTCAGAAA------GTTGA-GCATTAAGCATTTTAACATATGACAACATTTTATTAACATTTGCATTGATAAAACTACACAATTATCTC--CTCTATGCAT---AC-A-A-T---------TG---TACTGCATCTGTCGTGTGTAACTAAAGCTTTTGTGTAAA--TTA---TC-A-ATCCAC--GTGCATTTAA----TA-CC--CGGGA-ACATCA---TGCACT-----------TGAAAATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCAAGACTGTGAATTATCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCATA-----AAGGAA-AA---------G-G-TGT------ATCA----AAC------GT-GTTCAA------------CTGTATTGCC----ATGT-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGATATAATATACA---------TG--TA-TCAAACATGGC-----GAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T---CA------TT--T-A-T-TTG-----GTC-ATTTT-aactttatattcataaattattgcttcacatatgataacgatgggcgatactgcag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             ttgacacagtcgAACTCTATATT--ACTG-GTT--A--GATGAATACATTTTCATTAACCATTTATTCAAATTAC--------AATA---TAATAT--A---TT--TTTT-GCA-TTCTGAAA------GACAA-GAATTA-------------AG-----CA-TTGGT----AACT-CGT-G-------TACACCTC-ATCTC--TTATGTACATG--AC-A------------GTAAACCACTGTGTTGATCTTGTGTAA-TAA-----GTGTGTCTA--TTG---TT-T-A--CA---GT-CATTTGACACCTGGCCAATGGTC-ACAGCA---TGCTTT--------------------------TTCA--GTCAGTACTGGT-------TC----C----TTGT-------TTGAGACTAAGCTAAGATATAC--CATAGATATAGATAGG--AC---------AGGATA-CC---------T-G-TAT------ATT---------------T-G---A-------------CTGCA----A----AC-T-------GGCATGTGCTTT-TAG-GCAGGTGTGGAATTCA--CAAAGGA--------------------TA--AATTCAA------T-----GAGGT------ATTA-----A-T-----GT-----GT------TGTACA-----------------------------TTTT-AAGTAT-------AA-CGGAAGTA------------AT-------G-T-A-TTCATTACTTAA--T----------G-------------ACATTAAGGGT----AATAATTTATTAATTTAT-TATTGAGG-----A-GAA--GAAGA----CACTgttttctttttgtgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgttta-CAT-G-------TACACCAT-ATCT----TGTATACATGT-AC-ACA-T--------GTA---T--TGTATTTATCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-----------GTG---TCA--------CC--TTGGT-ACAT-G---TGCATCCA-AA-CTTAGTGAATACTGATCTATTTCATGGTCA--AGTGATTTC--AGTCAGTAT----TGGTTCCTGGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACTTCATAGATA-GAAAAGGGTACCATA-----ATTGTA-GC---------ATG-AGT------ATAA----CAT------GT-GTTCAC------------CTGTA---------AT-T-------GCCATGTGC-TA-TAGTCCAGGTGTAAAATTCAGGTGTAGGA---ATCTCACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GTGGT------ATTT-----A-T-----AT-----AT------TGTATG------TTTGT-T-T-TTT-----A-A-TTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAG--AATACTATTTTTCAT-------A-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AGTAATTT----TT---TGTACTGAAC-----ACAAGAAAAAGA----AACTT--T----TTGTTG-GG-T-GGCTATTTCTCAGAATTGGAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             1111             11111                                 44444444444444444444444444444444444                 111111            22222222222222222222                      1111111        1                 33333333333333333333                              11111                   22222222222         3333333333333                    3333333333      11                          555555555555555555                                                           11111      33333333333333               1111111111111         333333333333     333333333    1111111                                                   22222222222           111111111111                       3333333333333333333333333333333333333333333333333333333                             555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                          22222     111    1111                  333333                       11             222222                   444444        1         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             4444         6   22222 0                            1  11111111111111111111111111111111111    5  1         444444 0   5      55555555555555555555  7  4  8888  1 3   3 5555555        2     88  0       33333333333333333333 5555        333          5   88888         33   555  99999999999  3      7777777777777   44      555      3333333333      11            5     555  0  444444444444444444       44        1      1                  3        1      66666 0    66666666666666 3   999999    2222222222222  3 2    444444444444     111111111  6 0000000            3           5 1  66  44       9999999  33333333333  44    3  888888888888     999999    88888 6 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777    3      66  777  4     66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     2     9999              0   5  0     11111 5   444  1 0000     77           555555                 1     11             222222          6 1      777777        3         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             ....         .   ..... .                            .  ...................................    .  .         ...... .   .      ....................  .  .  ....  . .   . .......        .     ..  .       .................... ....        ...          .   .....         ..   ...  ...........  .      .............   ..      ...      ..........      ..            .     ...  .  ..................       ..        .      .                  .        .      ..... .    .............. .   ......    .............  . .    ............     .........  . .......            .           . .  ..  ..       .......  ...........  ..    .  ............     ......    ..... . .......................................................    .      ..  ...  .     .. ..................................................................     .     ....              .   .  .     ..... .   ...  . ....     ..           ......                 .     ..             ......          . .      ......        .         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                             2222         7   44444 1                            8  33333333333333333333333333333333333    0  0         444444 2   0      77777777777777777777  3  6  5555  6 6   3 4444444        3     55  2       77777777777777777777 5555        222          7   22222         99   000  22222222222  3      3333333333333   11      444      9999999999      11            8     444  8  333333333333333333       00        0      0                  3        7      77777 7    77777777777777 3   666666    8888888888888  3 3    222222222222     333333333  7 8888888            3           4 6  00  66       7777777  55555555555  66    1  555555555555     666666    33333 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555    6      33  888  4     11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000     9     4444              4   6  2     22222 0   111  4 6666     99           333333                 0     00             222222          7 0      777777        3         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACTTCATAGATA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTA-AC---------A-G-TGT------ATTA----AAN------GT-GTTCAC------------CTGTA----C----AT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
Reference ( family-3545 )     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACTTCATAGATA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTA-AC---------A-G-TGT------ATTA----AAN------GT-GTTCAC------------CTGTA----C----AT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             -TA-ATTCAACTA-ATT--G--GATGACTATGTTTTCATTGACCATTCATTCAAA--ATT-------AGTACAATATTAT--ATATAT--TTTT-GCATTACTGAAACAGAGAGGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACATCAT-ATCAC--TTGTATG-----------G-T--------GTG---TATTGTATTTATCTTATGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TTTA-A--CT---GTACAT------------------GG-ACA--A---TGCATTCA-AA-TTTTGTGAATTTTGACCTACTTCATGGTCA--AGCGGTTTC--AGTC----AGAAATGGTTCCAAGCTTGTGATTTAGCTCAGATAAACTTCATAAATA-GTACAGGGAACCATATAATAAATTTA-AT---------ATG-TGT------ATTG----AAA------GT-GGTCAC------------TTGTA----CTTATGT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGTAAAAT-CA--CAAAGGA---AGCACATGGCTGA----AA--TATATAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-TCA---GT-----TTATGTGGTGTACA------TT--T-G-T-TTATTTGTA-C-TTTTTTAGATAT-AAA---AT-CAGAA--A------------AT-------AAT-A-T-------TTCA--T----------ATTATTTTTTAATAACATTCAAGGC----AATTATTTTTAATTTTGTGTACTGAGCCAAAAA-AAAACAACAC----AACTT--TATTCTCCTT--------TGTATTTCTTGGAATCCAATGT-AGCATTGCAGCTCT--TCTATTTTAATCAA-TTAAGAGCTTAGTGTTGTTGTG-ACCTCGGCA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gttaacaatgTG---TACTGTATCATTCTTGTGTAA-TGC-----TTTTGTGTAAATTA---TT-A-AGCCAC--GTGCATTTA-----ACGCT--TGGGG-ACATCA---TG-------AA-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAGTTTTT-AGTCAGTAC----TGGTTCCTTGTTTATGACTTATCTAATATAAACTTTATAAACA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTACAC---------C-G-TGT------ATTA----AAG------GT-GTTCACCTCAGATTTTTACTGTA----C----AT-T-------GACATGTGTTCTGTAGTCCAAGCGGAGAATGCA--CAAAGGA---TATATACA-TTGTGAGGTAATTATT-AA------T-----TAAGTCACTACACTC-----A-TTTGGAGG-----CT------TGT--A------TT--T-T-T-TTT-----A-A-TTTCT-AAATAT--AA---AA-CAAAC--A------------ACTG-----A-T-AGT-------TTTA--T----------G-------------ACATTAACAGC----AGTCATATATAACTATGTTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTA-------------A------CATTT-GC----AT-T-GAT-AAAAC---TACATCATTATCTC--CTCTAATCAT---AC-ACA-T---------TG---TACTGCACCAGTCGTGTGTAA-C------------------TTAAACTT-A-ATCCAC--GTGCATTTA-----ACACC--CAGGA-ACACCA---TGCACT-----------TGAAGATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTACCCAGCTTGTGAATTTTCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCGTA-----AAGGTA------------A-G-TGC-------TCG----CCG------GTAATTTAA------------CTGCA----T----AT-TGCCATGAGGCATGTGTTTT-TAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGA---TATACA----TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T---CA------TT--A-T-T-TTG-----G-C-ATTTT-taaccatcagtttttgttgcatacctaaaaacaaatagggcggtagtgca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aagttgagatttaagcattttaacttacgacaacatttt-------TACATCATTATCTC--T---ATGCAT---AC-ACG----------ATG---TACTGCATCAGTCTTGTGTAACTAAAACTTTTGTGTAAA--TTA---TT-A-A--TGCATGTGCATTTAA----TA-CA--CGAGA-ACATCA---TGCATTTATAA-----ATGAAT------CTACTTCGCGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCCAGCTTGTGAATTAGCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCGTA-----AAGGTA-AA---------T-G-TGT------ATCA----AAA------GT-GCTCAC------------CTGTATTGCC----ATGT-------GGCATGTGCTTC-CAGTCCAGTTCGAGAAATCA--CAAAGGA---TATACA----TG-----TG--TATTAAA------TATGGCGAGGT------ATTT-----A-T-----gttttctttttgtgccccctctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                              aac--GGTGACTATATTTTCATTGACCATTT--------------------------------------------TT-GCCTTTTTGAAA------AGTGA-TGAGTA-------------AT-----CATTT-GT----GTCT-CAT-G-------TACACCAG-AGCTC--TTATAGACATGT-ACTACA-T--------GT-------TGTATTTATCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA---TA------A-A--GGT--GT-CA------------CC--TGGGG-ACATCATTGTGCATTCA-AAGTTT-GTGAtgaatccatttatttgggcaatttgttttctttttttgtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATATC--TTGTATACATGT-AC-ATG-TCACATGTTGTG---TACTGTATTAGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                          TTTGTTCAAA--GA--------AGTA---CATCAT--A--TAT--TTTT-GCGTTTATGAAA------GTTGA-TGATTA-------------AT-----TA-TTTGT----ATCT-CAT-G-------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CTGAGC-----A-AA---GAAGA----AACTG--TACTCTCCTTGTCC-T-GGGTATTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                         AACT-T----CCAGCTA-ATT--A--G----CTATATTTTCATTGACCATTTATTC--A--AT---------GTA---CACTAT--A-aaattagatcaactcat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                     tttaAACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTGCATCCACCATTTATTCAAAC-AT--------AGTA---TATTAT--A-ATGT--TTAT-GTCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGTCAC-ATGAT--------GTG---TATTGTAT--ATCTTCTGTAA-TAA-----TTTTGTGTA--TTA---TTTA-A--CTT--GTGCATTTA-----TAGCC--TGGGC-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTTTGTGAATATTGACCTATTTCATGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----T----TGGTTCCTTGCTTGTGTGTTGGCTCAGGTAAACTTCATAAATA-GGAAAGGGTACCATATGACAAATGCA-AT---------A-GGTGT------ATTA----AAA------GT-GGTCAC------------CTGTA---------AT-T-------GCCATGTGTTTG-TGGACCAGGTGTAAAATTGA--CAAAGAG---AACTCACAGTTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----CT------TATACA------TT--T-T-T-TTA-----A-C-ATTTT-AGATAT-AGA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGAACTGAGC-----A-AAAACAAAGA----AACTTTATATTTTCCTTG-GCAG-GGGTATTTCTCAGAAACCAATGT-TGCATTTTAGTTCT--T---TTTTAATAAAGTAAAGAGC--A--ATTGTTTTG-ACTTTGGCA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                  TTCAACTGTGTTCAGCTGATGAATATATTTTCATTAACCATTTATTCCAT--ATACATCACCAGTA---TATTAT--A---TT--TTTT-GCATTTCTGAAC------GATGAGCGA--A-------------AT------A---TGG----AT-T-TGT-G-------TGCACCTC-ATCTC--TTGTGTACATGC-AC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgtTCATGTGTAA-TAG-----GTGTATCTA--TTG---TT-A-A--CCT-------TCTAACACCTGGCCAGTGGGC-ACATCA---TACAAGTA-CA-TGT-ATGCATTTTG-------T----GTCA---------CT--A-------C----TGGTTCTGTGTTTGTGTCTTAGCTAAGCTAAACTTTATATAAG-GGAAAGGGTACCATA-----AAGGTA-ATGTGTGGTAAA-G-TGTTTACTGGTTACTGTAATTTTACTGC-TTTCAC-------------TGCA----C----AT-T-------GGCATGGGATTT-AAATCCAGGTGTGAAATTCA--CAAAGGA---AACTCTTAGCTGT----TA--AATTTAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GA-----G--------GTACA-----------------------------TTTT-AGATG--AAATTGAA-CAGCA--A------------GTA------A-T-G-G-------TTCAGTT----------GTTTTAGT------ACAAATAGGGC----AATAGTTTATTATTTTAT-TA-TGTGG-----A-AAA--GAAGA----AACTT--TACTCTCCTTGTCC-A-GGATATTTCTCAGAATAGGATgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatgtgtaataggtgtatctattgttaaccttctaacacctggccagtgggcacatcatacaagtacatgtatgcattttgtgtcactactggttctgtgtttgtgtcttagctaagctaaactttatataagggaaagggtaccataaaggtaatgtgtggtaaagtgtttactggttactgtaattttactgctttcactgcacattggcatgggatttaaatccaggtgtgaaattcacaaaggaaactcttagctgttaaatttaatgaggtatttatgaggtacattttagatgaaattgaacagcaagtaatggttcagttgttttagtacaaatagggcaatagtttattattttattatgtggaaaagaagaaactttactctccttgtccaggatatttctcagaataggataaaccca
gi|4                          : ttgtttcaactgtgttcagctgatgaatatattttcattaaccatttattccatatacatcaccagtatattatattttttgcatttctgaacgatgagcgaaatatggatttgtgtgcacctcatctcttgtgtacatgcacagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTACTCAAA--A-----------------ATT-T--A-ATGT--TTTTTGCCTCTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTT--TTGTATACATGT-A-----------------------------TTATCTTCTGTTA-TAA-----TTGTGTGGA--TTA---TT-TTA--CTT--GTACATTTA-----TAACA--TGGGG-AAATCA---TGCATTCA-CA-CTTTGTGAATATTGACCAACTTCA--------------------------------TGGTTCCTTGCTTGGGATTTGGCTCAGATAAACTTTATACATA-GGAAAGGGTACCATA-----T-GATA-A------------A-TGT------A--A----AAT-------T-GGTCAC------------CTGTG---------AC-T-------AGCATGTGCTTC-TAGTCCAGGTG-------CA--CAAAGGA---AGCTCACGGCT-----------ATTCAT------T-----GAAGT------ATGT-----A-A-----GT-----GA------TGTACA------TT--TGT-TATTGT----A-C-TTTTT-ACAT-T-AAA---AATCAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--TAATATTTTATG-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAAACAACAACACAATTT--TATGCTCCTTG-GC-ACAAGTATTTCTCAGAATCAGATGTAAACATTTTAGCTCT--T---aaaccca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AT-G-------TACACTAT-ATCTAAATTGTA--CATGTCAC-ACGAT--------GTT---TACTGTATTTATCTTGTGTAA-TAC-----TTGGGTGTA--TTG---TT-A-AA-CTT--GTACATTTA-----TAATC--TGGGC-ACATCA---TGCATTCA-CA-CTTAGTGAATACTGATCTACTTCATGGTCA--AGTGGTT----AA------C----TGGTTCCTTGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACTTCATAGATA-GGAA--TGAGCCATA-----ATGGTA-GC---------ATG-GGT------ATTA----CAT------GT-GTTCAC------------CTGTA---------AT-T-------GCCATGTGCTTT-TAGTC-----------------CAAAGGA---AGCACACAGCTGT----TA--TGTTCAA------T-----AAGGT------ATTT-----A-T-----TT-----GA------TGTATATTTTGTTT--T-T-T-TTT-----A-C-TTTTT-AGATAA-AAA---AT-CAGAA--A------------ATATTTCAAA-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACTTTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTTTTGAGCCAT--A-AAAACCAA-C----AACTT--TATTCTCCTTG-GA-GTGAGTATTTCTCAGAATTGGATGC-TACATTTTAGCTCTTCT---TTTTTATAAAGTGAAGAGC---------TTTTGTACCCCGGCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tattca-------TACACCATTATCTCAACTCTATACATTT-AC-A------------GTG---AACTGTACCAGTCTTGTGTAA-TACGT---TTGTGTACA--TTA---TT-G-A--CCCACGTGCATTGA-----AAGCT--CGGGGCGCATCA---TGC--T----A-CTT-GAGAAT--TAACCTACTTCACGGTCA--AGTAATTTTTAAGTCGATAC----TGGTTCCTTGTTTGTGACATAGCTCAGATACACTTCATAGATA-GGAACGGGAACAATA-----AAGATA-AT-----------G-TAT------ATTA----AAT------GT-GTTCACCTTGAATTTTAACTGTA----C----AT-T-------AGCATGTGCTTT-AATTCAAGATGGACACCACG--CAAAGGA---TAAACATAGC-GA----GG--TA---AA------T-----GTGTT------ATTTCGTTCA-T-----TTGGACACT------TGTATA------TT--T-TGT-TTT-----A-CTGTTTT-AATTATAAAA---AA-CAGAA--A------------GT-------G-GAA-T-------TTTA--T----------G-------------ACATT----GCCTGAAATGATTTATAACT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                          acaaaTCAAA--AT--------A-CA---AATCATGTA-ATATACTATT-GCATTTCAGAAA------GTTGA-GCATTAAGCATTTTAACATATGACAACATTTTATTAACATTTGCATTGATAAAACTACACAATTATCTC--CTCTATGCAT---AC-A-A-T---------TG---TACTGCATCTGTCGTGTGTAACTAAAGCTTTTGTGTAAA--TTA---TC-A-ATCCAC--GTGCATTTAA----TA-CC--CGGGA-ACATCA---TGCACT-----------TGAAAATTAACCTACTTCACGGTCA--GGTAGTC----AATA----C----TGGTTCCAAGACTGTGAATTATCTAAGATAAACTTCATAGACA-GGAAAGAGAACCATA-----AAGGAA-AA---------G-G-TGT------ATCA----AAC------GT-GTTCAA------------CTGTATTGCC----ATGT-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGTTGGAGAAATCA--CAAAGGATATAATATACA---------TG--TA-TCAAACATGGC-----GAGGT------ATTT-----ATT-----GA-----AT------T---CA------TT--T-A-T-TTG-----GTC-ATTTT-aactttatattcataaattattgcttcacatatgataacgatgggcgatactgcag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             ttgacacagtcgAACTCTATATT--ACTG-GTT--A--GATGAATACATTTTCATTAACCATTTATTCAAATTAC--------AATA---TAATAT--A---TT--TTTT-GCA-TTCTGAAA------GACAA-GAATTA-------------AG-----CA-TTGGT----AACT-CGT-G-------TACACCTC-ATCTC--TTATGTACATG--AC-A------------GTAAACCACTGTGTTGATCTTGTGTAA-TAA-----GTGTGTCTA--TTG---TT-T-A--CA---GT-CATTTGACACCTGGCCAATGGTC-ACAGCA---TGCTTT--------------------------TTCA--GTCAGTACTGGT-------TC----C----TTGT-------TTGAGACTAAGCTAAGATATAC--CATAGATATAGATAGG--AC---------AGGATA-CC---------T-G-TAT------ATT---------------T-G---A-------------CTGCA----A----AC-T-------GGCATGTGCTTT-TAG-GCAGGTGTGGAATTCA--CAAAGGA--------------------TA--AATTCAA------T-----GAGGT------ATTA-----A-T-----GT-----GT------TGTACA-----------------------------TTTT-AAGTAT-------AA-CGGAAGTA------------AT-------G-T-A-TTCATTACTTAA--T----------G-------------ACATTAAGGGT----AATAATTTATTAATTTAT-TATTGAGG-----A-GAA--GAAGA----CACTgttttctttttgtgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgttta-CAT-G-------TACACCAT-ATCT----TGTATACATGT-AC-ACA-T--------GTA---T--TGTATTTATCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-----------GTG---TCA--------CC--TTGGT-ACAT-G---TGCATCCA-AA-CTTAGTGAATACTGATCTATTTCATGGTCA--AGTGATTTC--AGTCAGTAT----TGGTTCCTGGCTTGTGACTTGGCTCAGATAAACTTCATAGATA-GAAAAGGGTACCATA-----ATTGTA-GC---------ATG-AGT------ATAA----CAT------GT-GTTCAC------------CTGTA---------AT-T-------GCCATGTGC-TA-TAGTCCAGGTGTAAAATTCAGGTGTAGGA---ATCTCACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GTGGT------ATTT-----A-T-----AT-----AT------TGTATG------TTTGT-T-T-TTT-----A-A-TTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAG--AATACTATTTTTCAT-------A-T-A-T-------TTTA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AGTAATTT----TT---TGTACTGAAC-----ACAAGAAAAAGA----AACTT--T----TTGTTG-GG-T-GGCTATTTCTCAGAATTGGAT


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                             CTAT         T   CAGCT                              A  ATACATCACCAGTATATTATATT                T  C         .          G      AGCATTTTAACATATGACAA  T  T  TAAC  C G   T ATAAAAC        T     AA          GTACATGTCACATGTTG    AAAC        CAT          C   AACTT         AA   AAC  AAGCCAC      G      ACACCTGGCCAGT   GC      TTG      CAAAGTTT        AT            C     GTA     TTTTAAGTCGATAC           TT        C      A                  T        A      TGACA      ATGTGTGGTAAA   G   TTACTG    CTGTAATTTTACT  A T    CTCAGATTTTTA     TTGCC      G GCCATGA            G           G G  TG  GG       TATAATA  CATTGTGAGG   AT    A  ACATGGC          CACTAC    CGTTC T TTGGACACTTGTATATTTTGTTTTACTG                               .      AA  TTG  T     GT ATACTATTTTTCATATATTTTATG                                               A     CTGA                  T        CAT   C   ACA  G ACAC     TA           TCCT                   C     AA             TCT             G A      AA            T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                             TA           .   A                                  A  ATACAAATCATGTAATATAC                   .  G         .          .      AT                    T  T  .     C .   . AAAC           T     AA          GTCACATGATG          G           CAG          C   AGCTT         .    .    AATCCAC      G      ACACCTGGCCAAT   G       .        CAAACTTT        AT            C     A       TTTTAGTCAGTAC            CA        A      A                  .        A      .          CACC           .   .         AAG            . T    CTTGAATTTTAA     TTGCC      G .                  .           G G  AT  .        TATA     CAGTTGT      .     A  TATGGC           .         .     T TTGATGTATATTTTGTTTTTTTTTACT                                .      A   .    .     .  GTAATGGTTCAGTTGTTTTAGT                                                 C     .                     G        .     .   AAC  G .        .            GCAG                   G     T              T               G G      .             .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                             T            .   G                                  C  CATAGTATATTATAATGT                     .  C         .          .      AT                    T  T  .     C .   . .              T     .           GTCACACGATG          G           CAG          .   GT            .    .    AATGCAT      G      ACGCTT          A       .        CACACTTT        TT            C     G       TTCAGTCAGTAT             CA        A      A                  .        A      .          GCAT           .   .         CCG            . C    .                C          . .                  .           G G  AT  .        TATA     TAGCTGT      .     C  TATGGC           .         .     . TTGGAGGCTTGTATTTTTTTTAAT                                   .      A   .    .     .  ATATATTTCATAATATTTTATG                                                 T     .                     G        .     .   ACC  G .        .            TCCA                   A     T              T                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                          .   G                                  A  TTACAATATAATATATT                      .  A         .          .      AT                    T  T  .     C .   . .              T     .           GTACTACATG           G           TTA          .   .             .    .    GACCCAC      G      ACACCC          A       .        CACACTTA        AT            T     G       TTTAGTCT                 TT        G      C                  .        T      .          GCAT           .   .         AAA            . G    .                T          . .                  .           T A  TT  .        TATA     CAGCTGT      .     T  T                .         .     . GTGATGTACATTTGTTATTGTACT                                   .      A   .    .     .  ATATTTCAAATATTTTATG                                                    C     .                     G        .     .   AAA  C .        .            GCAC                   G                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                          .   A                                  A  GAAGTACATCATATAT                       .  C         .          .      AT                    T  T  .     C .   . .              .     .           GTACACATG            G           TAG          .   .             .    .    AATCCAC      A      ATACAC          G       .        CAAACTTA        AC            T     A       CAATAC                   GT        C      A                  .        T      .          AAT            .   .         AAA            . T    .                C          . .                  .           T A  TT  .        AACT     CAGCTGT      .     C  T                .         .     . ATATTGTATGTTTGTTTTTTAAT                                    .      A   .    .     .  ATGTATTCATTACTTAATG                                                    C     .                     G        .     .   G    G .        .            GAGT                   G                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 A  AATTTAATGT                             .  A         .          .      AT                    .  G  .     T .   . .              .     .           ACACAT               G           TTA          .   .             .    .    TAACTT       A      TAGCCT          C       .        TACATGT         AT            C     A       CAATAC                   TT        T      C                  .        T      .          ATA            .   .         AAT            . G    .                C          . .                  .           G C  CA  .        AACT     TAGCGA       .     C  T                .         .     . GTCTTATACATTTTTTTAACA                                      .      A   .    .     .  ACTGATAGTTTTATG                                                        A     .                     .        .     .   G    G .        .            GGT                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 .  .                                      .  A         .          .      AG                    .  .  .     C .   . .              .     .           ACACGA               T           TTA          .   .             .    .    TTACTT       G      TAACAT          C       .        AACTT           AC            C     A       CAATAC                   TT        C      C                  .        A      .          AAG            .   .         CAT            . T    .                A          . .                  .           G G  AT  .        AGCT     CGGCT        .     C  T                .         .     . GAATTCATTTATTTGGTCA                                        .      .   .    .     .  GTGGAATTTTATG                                                          C     .                     .        .     .   G    . .                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                        A                     .  .  .     . .   . .              .     .           TTACAG               G           CAG          .   .             .    .    AAACTT       G      TAATCT          G       .        TATAA           .             T     G       CTAC                     TT        C      C                  .        A      .          CCT            .   .         AAT            . T    .                .          . .                  .           T G  TT  .        AGCA     TG           .     C  T                .         .     . GAATTCATTATTTTGGCA                                         .      .   .    .     .  ATATATTTCATG                                                           .     .                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .     . .   . .              .     .           ACAAT                G           CTG          .   .             .    .    AAGGT        G      AAGCTC          C       .        ACTT            .             .     A       TAAC                     AA        A      A                  .        A      .          AT             .   .         AAC            . T    .                .          . .                  .           T A  TT  .        TAAA     TG           .     C  T                .         .     . GTGTTGTACA                                                 .                                                                                                                                                                                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .   . .              .     .           GACAG                A           TGA          .   .             .    .    AACCT        .      ATACCC          A       .        .               .             .     .       TCC                      TG        C      A                  .        T      .          A              .   .         CAT            . T    .                .          . .                  .           . .  .   .        ATCT     CA           .     .  T                .         .     . GAGGTACA                                                   .                                                                                                                                                                                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  . .              .     .           GTA                  .           TTA          .   .             .    .    TACA         .      CCT             C       .        .               .             .     .       .                        .         C      C                  .        .      .          A              .   .         .              . .    .                .          . .                  .           . .  .   .        .        .            .     .  T                .         .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .              .     .                                .           A            .   .             .    .    .            .      CCT             T       .        .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .                                                                              .   .             .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                    AACAATATAATATAT********************                 ******                                                                                       GTACACATG***********                                                      AACCAC*****         ANACCC*******                                                                CAGTAC************                                                           *****      AAN***********                                                      C********                                        TT                                                                                                                                                                                                                                                                             *****                                  GCNN**
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAA--AT--------AGTA---TATTAT--A-ATNT--TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGT-AC-ACG-T--------GTG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TT-A-A--CNC--GTGCATTTA-----TAGCC--CGGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTTTT--AGTC----C----TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACTTCATAGATA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTA-AC---------A-G-TGT------ATTA----AAN------GT-GTTCAC------------CTGTA----C----AT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTG-GC-G-GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                         AACT-TA-ATTCAACTG-ATT--G--GATGACTATATTTTCATTGACCATTTATTCAAAAACAATATAATATAT--------------------TTTT-GCNTTTCTGAAA------GGTGA-TGATTA-------------AT-----CATTTTGT----ATCT-CAT-G-------TACACCAT-ATCTC--TTGTATACATGTACACATG-----------TG---TACTGTATTNGTCTTGTGTAA-TAA-----TTGTGTGTA--TTA---TTAACCAC-----GTGCATTTAANACCC-------GGGN-ACATCA---TGCATTCA-AA-CTT-GTGAATATTGACCTACTTCACGGTCA--AGTGGTCAGTAC------------TGGTTCCTNGCTTGTGACTTAGCTNAGATAAACTTCATAGATA-GGAAAGGGAACCATA-----AAGGTAAAN-----------G-TGT------ATTA----AAN------GT-GTTCAC------------CTGTAC--------AT-T-------GGCATGTGCTTT-TAGTCCAGGTGNAGAATTCA--CAAAGGA---AACACACAGCTGT----TA--TATTCAA------T-----GAGGT------ATTT-----A-T-----GT-----NT------TGTACA------TT--T-T-T-TTN-----A-C-NTTTT-AGATAT-AAA---AA-CAGAA--A------------AT-------A-T-A-T-------TTCA--T----------G-------------ACATTCAAGGC----AATAATTTATAATTTTGTGTACTGAGC-----A-AAAACGAAGA----AACTT--TATTCTCCTTGGCNN--GGGTATTTCTCAGAATCGGATGT-NGCATTTTAGCTCT--T---TTTTAATAAAGTNAAGAGC--A--GTTGTTTTG-ACCTCGGCA