lowQualScore : 111 444444 11 1 111111 11 33333 11111 111 1
lowQualScore : 111 111111 9999 00 66 55 1 000000 444 2 33 11 6666 2 6 66666 2 5 77777 222 5 5 2
lowQualScore : ... ...... .... .. .. .. . ...... ... . .. .. .... . . ..... . . ..... ... . . .
lowQualScore : 777 888888 5555 66 11 00 4 666666 555 9 99 66 6666 9 3 00000 7 0 33333 111 0 0 0
consensus : GAAAA---AAAAT-A---AACA---TT--T--TT--AAAAAAAA-----A--GAA-GTG--AAA-AA-T--TATATCT-GAGCTCCA-GG--C-CTTCAACTTTGGTAGAAAANTATTTTTTT-AA-GTTTTC-CCTATATAACACTAT
Reference ( gi|3 ) : GAAAA---AAAAC-G---AACA---TT--T--TT--AAACAAAG-----A--GAA-GTG--AAT-AA-T--TATATCT-GAGCTTCA-A---C-CTTCAACTTTGGCAGAAAAATATTTTTTT-GA-GTTTTC-CATATATAACACTAT
gi|10 : GAAAATGAAAAAT-T---AAAA---TTA-T--TT--AAAAAAAACCCCCA--AAATGTG--AAT-AA-T--TATATCTAGATCT----A---C-CTTCAACTTTGGTAG
gi|1 : tatAAAA---AAAAT-ATTAAACT---TT--T--TTTAAAACAA-------A--GAA-GTGAAAAA-AA-A--AACATCT-GAGCTCCAGA---C-CTTTAACTTTGGAAGAAAATTA-TATTTT-AA-GTTTTC-CCTATATACCACTAT
gi|8 : atAAAA---AAAACTA---AACACTTTT--T--TT--AAATTAAG-----A----A-GTG--AAA-AA-TTATATATCT-GAGCTTCAGG---C-CTTCAACTTTG
gi|2 : aaaaaagcaacaaAAAG---AAATT-C---AAC----TT--T--TT--AAAAAAAA-----AAAGAA-GAA--AAA-AAAT--CATATCT-GAACTCCA-G---G-ATTGAACTTTGGTAG----ACATTTTTTT-AA-GTTTTC-ACTATATTATATTATa
gi|14 : tatAAAA---AAAAC-AC--AACA---CT--TCTTT--AAAAAAAA-----A--GAA-GTG--AAA-AA-----A------GAGCTCGA-AG--C-CTTTAACATTGGCAGAg
gi|6 : ---AAAA------AATA---TA--T--CT--AAAAAAAA-----T--GAA-ATG--AAA-AC-T--TCTATCT-GAACTAGA-GG--C-CTTCAACTTTAGTAAAAAATTATTTTTA--AA-GTTATC-CCTATATAACACTAT
gi|4 : tACA---TTTTT--TT--AAAAAAAG-----G--G---GTG--AAC-AA-T--TATATTT-GAGCTCCA-GT--C-CTTCAATTTTTGTAGA-----ATTTTTTTAAA-GTTATCTCAGA-ATAACTCTAT
gi|7 : taataattgt---TT--T--TT--AAA----------A--GAA--TG--AAT-AA-T--TATAACT-GAGCTTCACG---C-CTTCAACTTTGGAAGAAACATTTTTTTTTTAA-GTTTTC-CCTATATAACACTg
gi|5 : tatttt---TT--T--TT--AAGTGAAA-----A--AA---TA--AATTAA-----ATATCT-GAGCTCCA-G---GACTTCAACTTTGGTAGAAAAGGATTATT
gi|12 : taaaaaaaataaatttgaacaaaaattaaactttttc--AAAAAAAA-----A--GAA-GTG--AAA-AA-T--TAAATCT-GAGC-TCA-AGG-C-CTTCAACATTGATAAAA
gi|15 : ttttttaaaaattaaaaaaa--AAAAAAAA-----A--GAA-ATG--ATA-AA-T--TATATCT-GGGCTCCAGG---G-CTTCACCTTTGTTAAAAAA
gi|9 : aaattaaaaaACAAAG-----A----A-GTG--GAA-AT-T--TATATTT-AA-CTGTA-GG--C-CTTCAACTTTGGTAGAAAACAA--TTTTT-AA-GTTTTC-CCTATATAACACTAT
gi|13 : ttt-----A--GAA-GTG--AAA-AA-T--TATATCT-GAGC-TCA-AGGTC-CTTCAACTATGGTAGAAAAA----------GA--TTTTC-CCTATATAACACTA
gi|17 : -----A--AAA-GTG--AAT-AT-T--TATAACT-GAGCTACACG---C-CTTTAAGTTTGGTAGAAA
gi|11 : tttttAGCTCCA-GG--C-CTTCAACTTTGGCAGGAACATA--TTTTT-GATGTATTC-CCTTTATAACACT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTAAAAAAACACTAAAAAAAGAAGAAAAGAAATGAAAAATTAAATCTGAGCT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111111111 111111
lowQualScore : 000 8888888888888888888 4 55 44 555 33 66666 2 0 33 33 0 2 555555 4
lowQualScore : ... ................... . .. .. ... .. ..... . . .. .. . . ...... .
lowQualScore : 000 0000000000000000000 0 55 66 444 99 22222 5 2 44 44 4 5 000000 4
consensus : GAAAA---AAAAT-A---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGTAGAAA-ANTATTTTTTT-AAGTTTTCCCTATATAACACTAT
Reference ( family-3524 ) : GAAAA---AAAAT-A---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGTAGAAA-ANTATTTTTTT-AAGTTTTCCCTATATAACACTAT
gi|1 : AAAA---AAAAT-ATTAA----AC-----T-TT-T--TTTAA--AA---CA--A-----AGAA-GTGAAAAAAAAAACAT--CTGAGCTCCAGA-CCTTTAACTTTGGAAGAAA-ATTA-TATTTT-AAGTTTTCCCTATATACCACTAT
gi|10 : atGAAAATGAAAAAT-T---A----AA-----A-TTAT--TTAAA--AA---AA--ACCCCCAAAATGTGAATAATTA--TAT--CT-AGATCTA---CCTTCAACTTTGGTAG
gi|11 : tatA---AA--A-----AAAA-ATGGAAAA--A--GA------AGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGCAGGAA-CATA-TTTTTG-ATGTATTCCCTTTATAACACT
gi|12 : AAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--AAT--CTGAGCTCAAGG-CCTTCAACATTGATAAAA
gi|13 : ttttttaaaaattaaaaaaa-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCAAGGTCCTTCAACTATGGTAGAAA-A-----------AGATTTTCCCTATATAACACTA
gi|14 : AAAA---AAAAC-AC--A----AC-----A-CT-TCTTTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAA--A---------GAGCTCGAAG-CCTTTAACATTGGCAGA
gi|15 : AAA--AA---AA--A-----AGAA-ATGATAAATTA--TAT--CTGGGCTCCAGG-GCTTCACCTTTGTTAAAAA-A
gi|17 : aaattaaaaa-----AAAA-GTGAATATTTA--TAA--CTGAGCTACACG-CCTTTAAGTTTGGTAGAAA-
gi|2 : tttttAAAG---AAATT-C---A----AC-------TT-T--TTAAA--AAAAAAAAGA-----AGAA---AAAAAATCA--TAT--CTGAACTCCAGG--ATTGAACTTTGGTAGA-----CATTTTTTT-AAGTTTTCACTATATTATATTAT
gi|3 : tatGAAAA---AAAAC-G---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--CA---AA--G-----AGAA-GTGAATAATTA--TAT--CTGAGCTTCA-A-CCTTCAACTTTGGCAGAAA-AATATTTTTTT-GAGTTTTCCATATATAACACTATg
gi|4 : AAT-A---ATTGTAC-----A-TT-T--TTTTA--AA---AA--A-----AGGG-GTGAACAATTA--TAT--TTGAGCTCCAGT-CCTTCAATTTTTGTAGA------ATTTTTTTAAAGTTATCTCAGAATAACTCTAT
gi|5 : tGAACA---AAAATTA---A----ACTTTTTC-TT-T--TTAAGTGAA---AA--A-----ATAA-ATTAAA-------TAT--CTGAGCTCCAGG-ACTTCAACTTTGGTAGAAA-AGGATTATTg
gi|6 : taaaaaaaataaatttAAA--A---A----AT-----A-TA-T--CTAAA--AA---AA--A-----TGAA-ATGAAAACTTC--TAT--CTGAACTAGAGG-CCTTCAACTTTAGTAAAAA-ATTA-TTTTTA-AAGTTATCCCTATATAACACTAT
gi|7 : t-TT-T--TTAAA--AG---AA--------------TGAATAATTA--TAA--CTGAGCTTCACG-CCTTCAACTTTGGAAGAAACATTTTTTTTTT-AAGTTTTCCCTATATAACACT
gi|8 : tattttAAAA---AAACT-A---A----AC-----ACTT-T--TTTTA--AA---TT--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TATATCTGAGCTTCAGG-CCTTCAACTTTG
gi|9 : aaaaaagcaacaaaA--A-----AGAA-GTGGAAATTTA--TAT--TTAA-CTGTAGG-CCTTCAACTTTGGTAGAAA-ACAATTTT--T-AAGTTTTCCCTATATAACACTATa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTAAAAAAACACTAAAAAAAGAAGAAAAGAAATGAAAAATTAAATCTGAGCT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111111111 111111
lowQualScore : 000 8888888888888888888 4 55 44 555 33 66666 2 0 33 33 0 2 555555 4
lowQualScore : ... ................... . .. .. ... .. ..... . . .. .. . . ...... .
lowQualScore : 000 0000000000000000000 0 55 66 444 99 22222 5 2 44 44 4 5 000000 4
consensus : GAAAA---AAAAT-A---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGTAGAAA-ANTATTTTTTT-AAGTTTTCCCTATATAACACTAT
Reference ( family-3524 ) : GAAAA---AAAAT-A---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGTAGAAA-ANTATTTTTTT-AAGTTTTCCCTATATAACACTAT
gi|1 : AAAA---AAAAT-ATTAA----AC-----T-TT-T--TTTAA--AA---CA--A-----AGAA-GTGAAAAAAAAAACAT--CTGAGCTCCAGA-CCTTTAACTTTGGAAGAAA-ATTA-TATTTT-AAGTTTTCCCTATATACCACTAT
gi|10 : atGAAAATGAAAAAT-T---A----AA-----A-TTAT--TTAAA--AA---AA--ACCCCCAAAATGTGAATAATTA--TAT--CT-AGATCTA---CCTTCAACTTTGGTAG
gi|11 : tatA---AA--A-----AAAA-ATGGAAAA--A--GA------AGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGCAGGAA-CATA-TTTTTG-ATGTATTCCCTTTATAACACT
gi|12 : AAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--AAT--CTGAGCTCAAGG-CCTTCAACATTGATAAAA
gi|13 : ttttttaaaaattaaaaaaa-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCAAGGTCCTTCAACTATGGTAGAAA-A-----------AGATTTTCCCTATATAACACTA
gi|14 : AAAA---AAAAC-AC--A----AC-----A-CT-TCTTTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAA--A---------GAGCTCGAAG-CCTTTAACATTGGCAGA
gi|15 : AAA--AA---AA--A-----AGAA-ATGATAAATTA--TAT--CTGGGCTCCAGG-GCTTCACCTTTGTTAAAAA-A
gi|17 : aaattaaaaa-----AAAA-GTGAATATTTA--TAA--CTGAGCTACACG-CCTTTAAGTTTGGTAGAAA-
gi|2 : tttttAAAG---AAATT-C---A----AC-------TT-T--TTAAA--AAAAAAAAGA-----AGAA---AAAAAATCA--TAT--CTGAACTCCAGG--ATTGAACTTTGGTAGA-----CATTTTTTT-AAGTTTTCACTATATTATATTAT
gi|3 : tatGAAAA---AAAAC-G---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--CA---AA--G-----AGAA-GTGAATAATTA--TAT--CTGAGCTTCA-A-CCTTCAACTTTGGCAGAAA-AATATTTTTTT-GAGTTTTCCATATATAACACTATg
gi|4 : AAT-A---ATTGTAC-----A-TT-T--TTTTA--AA---AA--A-----AGGG-GTGAACAATTA--TAT--TTGAGCTCCAGT-CCTTCAATTTTTGTAGA------ATTTTTTTAAAGTTATCTCAGAATAACTCTAT
gi|5 : tGAACA---AAAATTA---A----ACTTTTTC-TT-T--TTAAGTGAA---AA--A-----ATAA-ATTAAA-------TAT--CTGAGCTCCAGG-ACTTCAACTTTGGTAGAAA-AGGATTATTg
gi|6 : taaaaaaaataaatttAAA--A---A----AT-----A-TA-T--CTAAA--AA---AA--A-----TGAA-ATGAAAACTTC--TAT--CTGAACTAGAGG-CCTTCAACTTTAGTAAAAA-ATTA-TTTTTA-AAGTTATCCCTATATAACACTAT
gi|7 : t-TT-T--TTAAA--AG---AA--------------TGAATAATTA--TAA--CTGAGCTTCACG-CCTTCAACTTTGGAAGAAACATTTTTTTTTT-AAGTTTTCCCTATATAACACT
gi|8 : tattttAAAA---AAACT-A---A----AC-----ACTT-T--TTTTA--AA---TT--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TATATCTGAGCTTCAGG-CCTTCAACTTTG
gi|9 : aaaaaagcaacaaaA--A-----AGAA-GTGGAAATTTA--TAT--TTAA-CTGTAGG-CCTTCAACTTTGGTAGAAA-ACAATTTT--T-AAGTTTTCCCTATATAACACTATa
blockSeqs : TGA TAAACTTTTTC A CT TG AAA AG CCCCC T . AT T CATTTT A
blockSeqs : . AATTGTACA . . . . . . . . . . AATAT .
blockSeqs : . ACAACA . . . . . . . . . . AGGAT .
blockSeqs : . AAACAC . . . . . . . . . . ACAAT .
blockSeqs : . TAAAA . . . . . . . . . . CATA .
blockSeqs : . GAACA . . . . . . . . . . ATTA .
blockSeqs : AAATA . . . . . . . . . . CAT .
blockSeqs : CAAC . . . . . . . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : AAACA************** ** ANAT**
originalCons : GAAAA---AAAAT-A---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGTAGAAA-ANTATTTTTTT-AAGTTTTCCCTATATAACACTAT
finalCons : GAAAA---AAAATAAACA--------------TT-T--TTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGTAGAAAANAT--TTTTTT-AAGTTTTCCCTATATAACACTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTAAAAAAACACTAAAAAAAGAAGAAAAGAAATGAAAAATTAAATCTGAGCT
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111111111 1111111
lowQualScore : 000 8888888888888888888 4 55 44 555 33 66666 2 0 33 33 0 2 44 6666666 4 4
lowQualScore : ... ................... . .. .. ... .. ..... . . .. .. . . .. ....... . .
lowQualScore : 000 0000000000000000000 0 55 66 444 99 22222 5 2 44 44 4 5 22 7777777 4 4
consensus : GAAAA---AAAAT-A---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGTAG-AAAA-CA---TTTTTTT-AA-GTTTTCCCTATATAACACTAT
Reference ( family-3524 ) : GAAAA---AAAAT-A---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGTAG-AAAA-NA---TTTTTTT-AA-GTTTTCCCTATATAACACTAT
gi|1 : AAAA---AAAAT-ATTAA----AC-----T-TT-T--TTTAA--AA---CA--A-----AGAA-GTGAAAAAAAAAACAT--CTGAGCTCCAGA-CCTTTAACTTTGGAAG-AAAA-TT---ATATTTT-AA-GTTTTCCCTATATACCACTAT
gi|10 : atGAAAATGAAAAAT-T---A----AA-----A-TTAT--TTAAA--AA---AA--ACCCCCAAAATGTGAATAATTA--TAT--CT-AGATCTA---CCTTCAACTTTGGTAG-
gi|11 : tatA---AA--A-----AAAA-ATGGAAAA--A--GA------AGCTCCAGG-CCTTCAACTTTGGCAG--GAA-CA---TATTTTT-GATGTATTCCCTTTATAACACT
gi|12 : AAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--AAT--CTGAGCTCAAGG-CCTTCAACATTGATAA-AA
gi|13 : ttttttaaaaattaaaaaaa-----AGAA-GTGAAAAATTA--TAT--CTGAGCTCAAGGTCCTTCAACTATGGTAG-AAAA--------------AG-ATTTTCCCTATATAACACTA
gi|14 : AAAA---AAAAC-AC--A----AC-----A-CT-TCTTTAAA--AA---AA--A-----AGAA-GTGAAAAA--A---------GAGCTCGAAG-CCTTTAACATTGGCAG-A
gi|15 : AAA--AA---AA--A-----AGAA-ATGATAAATTA--TAT--CTGGGCTCCAGG-GCTTCACCTTTGTTAA-AAAA-
gi|17 : aaattaaaaa-----AAAA-GTGAATATTTA--TAA--CTGAGCTACACG-CCTTTAAGTTTGGTAG-AAA
gi|2 : tttttAAAG---AAATT-C---A----AC-------TT-T--TTAAA--AAAAAAAAGA-----AGAA---AAAAAATCA--TAT--CTGAACTCCAGG--ATTGAACTTTGGTAG----A-CA---TTTTTTT-AA-GTTTTCACTATATTATATTAT
gi|3 : tatGAAAA---AAAAC-G---A----AC-----A-TT-T--TTAAA--CA---AA--G-----AGAA-GTGAATAATTA--TAT--CTGAGCTTCA-A-CCTTCAACTTTGGCAGAAAAA-TA---TTTTTTT-GA-GTTTTCCATATATAACACTATg
gi|4 : AAT-A---ATTGTAC-----A-TT-T--TTTTA--AA---AA--A-----AGGG-GTGAACAATTA--TAT--TTGAGCTCCAGT-CCTTCAATTTTTGTAG-A-----A---TTTTTTTAAA-GTTATCTCAGAATAACTCTAT
gi|5 : tGAACA---AAAATTA---A----ACTTTTTC-TT-T--TTAAGTGAA---AA--A-----ATAA-ATTAAA-------TAT--CTGAGCTCCAGG-ACTTCAACTTTGGTAG-AAAAGGA---TTATTg
gi|6 : taaaaaaaataaatttAAA--A---A----AT-----A-TA-T--CTAAA--AA---AA--A-----TGAA-ATGAAAACTTC--TAT--CTGAACTAGAGG-CCTTCAACTTTAGTAA-AAAA-TT---ATTTTTA-AA-GTTATCCCTATATAACACTAT
gi|7 : t-TT-T--TTAAA--AG---AA--------------TGAATAATTA--TAA--CTGAGCTTCACG-CCTTCAACTTTGGAAG--AAA-CATTTTTTTTTT-AA-GTTTTCCCTATATAACACT
gi|8 : tattttAAAA---AAACT-A---A----AC-----ACTT-T--TTTTA--AA---TT--A-----AGAA-GTGAAAAATTA--TATATCTGAGCTTCAGG-CCTTCAACTTTG
gi|9 : aaaaaagcaacaaaA--A-----AGAA-GTGGAAATTTA--TAT--TTAA-CTGTAGG-CCTTCAACTTTGGTAG-AAAA-CA---ATTTT-T-AA-GTTTTCCCTATATAACACTATa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTTTTAAAAAAACACTAAAAAAAGAAGAAAAGAAATGAAAAATTAAATCTGAGCT