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Reference ( gi|3 )            :                                                                       CATAATACACCACTGTGAGCACAT--ATTTGTTTGATCTTATTAT-GGGATAGATTTTGTTACAACATCGTTGATTG-GTTA-AGCTC-A-G--ACTAGGTCAGAAAACAAAATGGAAGCATGCATCCCTGATGT-TA-----TCA---AATGACATCACTTTTCCCAC---AATGCTAATTGCA-GAAACA--A--ATATAAAATT--TAC---CAGTGTGGGTGTT--T-T---T-T-TGTT-C-TTCATTTTCTATTT----GTGTTGTTCATTCTTCTATTGTGTTTGATGTT
gi|5                          :                                                                       CATAAAACACCAACGTGAGCAAAT--ATTTGTTTGTTCTTATTAT-GGTATATATTTTGTTACGACGTCATTGATTA-ATTA-AGCCC-T-A--GCTAGGTCAGAAAACAAACTGAAAGCGTGCATCTCTACCAT-TA-----TCA---AGTGACGTCACTTTCCCCTC---AATGCTAATTG-A-AAAAC
gi|1                          :     agaacataaatataaaaacatcaaacacaatagatagttgaacaatacgaatagaaaacgaagagcaATAAAACACCACTGTGAGCAAAT--ATTTGTTCGATCTTATTGT-GGGATAGATTTTGTTACGACGTCGTTAATTG-GTTT-AG-TC-ATG--GCT------GA----AAAATTAAAGCGCGCATCCTTGACGT-TA-----TCA---CGTGACGTCACTTTACCCGT---AACGTTTATT---------------AT-TAAAA-C--TAC---CAGTG
gi|2                          : gttttaaagaagaggtattgatataaacactagacagttgaaaaacacgaatagaaaacgaagaacacaaaATGAAACACCACTGTGAGTA-ATTGATTTTTCGGATATAATTTTTGGGATATAATTTGTCACTACGTCGGTGATTG-ATTA-AGACC-A-T--GCCAGTTCGAATGTCAAAATGAAAGCGCACACCCCTGACGT-TG-----TCA---AATAACGTCACTTTACCC-CTGGAATGCAAAATG-A-ATAACAAGA--ATATAGCAAT--GAC---CAGTGT--TTGTT--T-T---TGT-TGTT-C-TTCGTTTTCAATTatttgttttacgatcacgcaagtgctgtgttatgcataattaaatatgtgtttgtttgttgtttgtttgtttgttgttg
gi|11                         :                                      ttgaacactacgataagaaaacaaagaacacaaaATAAAACACCACTGTGAGCAAAT--ATTTGTTTGACCTTATCAT-GGGATATATTTTGTTACGACCACATTGATTG-GTTC-AG
gi|17                         : gaatgtataaaacaaccccatcaaacatgatagaaagttgaacaatatgaatagaaaacagagaacacaaaATAAAACACTTCTGTGAGCAAAT--ATTTGTTCGATCTTAATAT-CTGATAAATTCTGTTACGACGTTGTTGATTG-g
gi|15                         :                                                                        ACAAAACATCACTGTGACCAAAT--ATTTGTTGAATA-TATTAT-G
gi|19                         :                                     gttgaacaatatgaatagaaaacgaagaacacaaaATAAAACACCACTGTGAGCAAAT--AATTttata
gi|9                          :                                            ttaacaatacgaatagaaaacagaaaacacaaaACACCATTGTGGGCAAAT--ATTTGTTCTATCTTATTAA-GGGATATATTTTGTTACGACACCGTTGATTG-G----------------CTAGGTCAGATAACAAAACGGAAGCGCGCATCACTGACGT-TA-----TCA---AGCGACGTCACTTTACCAAC---AATGCTTATTGAA-GAAATA--A--GTA
gi|6                          :                                                                              CACCACTGTGTGAAAAT--ATTTG----ATCTTTTTAT-GGGATATAATTTGTAACGACGTCGTTGATTGAGTTT--GTAC-A-G--GCTAGGTCAGAAAACAAAATGAAAGCGCGCA------A-GT-T-------------ACGGC------TTTCTCAC---AATGCTAAC--------ACG--G--TTAT----------------------GTATT----T---T-T-TGTT-C-TTCGTTTCATATTC----GTGTGGTTCAACTTTCTATTGTGGTTGATCTT
gi|10                         :                                               gaatatggcaggccaaaaaaaaaaaaaaccagACAACTGTGAGCAATT--ATTTGTTTATTTTTATTAT-GGGATAGATTTTGTTACGACGTCGTT-----------AG------G--GCCAAGTTTGAAAA-AAAATGGAAGCtcata
gi|4                          :                    tataaacatatgaaaataacaaacgcaatagaaaattggttaatacgaatagtaagcaaagaACTGTCTGTATAT--ATTCTTTCGTTCTTATCAT-TGGATAG-TTTTGTTGTGACATTATTGATTG-GTTA-AGTCC-G-G--ACTATGTCGGAACACAAAATGGAAGTGCCCATCACTGACGT-TACAAGTTTATTTAGTGACGTCACTTTACCCTC---AACGCTTATTGAT-GAA--A--A--ATAgc
gi|7                          :              aatataaggacataacataaaaacaacaaacacaaaagaaaattgaacaatacgaacacaaaacgaagaacaaaaaaaaaT--ATTT-TTCATTCTTATT-T-TGGATAGATTTTGCTACGACGTATTTGATTG-GTTA-AGTCCGA-GCAAGTATGTTGGAATACAAAATGGAAGCGCG---------TGTATA-----TCA---AGTGACGTCATTTTACCCAC---AATACTAATTG-A-TGAACAAGA--ATATAAACTT--TAC---CAGTGT---TATTTCT-T---T-T-TCTT-C-TTCGTTTTATATTC----GTGTTGTT
gi|12                         :                                                                                                                            ATTTTGTTACAATGTATTTGATTG-GTTATAGCTac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                   CAAAATGGAAGTGCGCATCCCTGACGT-TA-----TCA---AGTGACGTTACTTTACCCAT---AATGCTAATTG-A-ATAACAAGA--ATGTAAAAAT--TAC---CAGTGTTTGTTTT--TCT---T-T-TGTT-T-TTCATTTTCTATTCATGAGTATTGTTCAACTTTCTGTTGTGATTAATGTTaatcaagcaaggctacacccagggctgcactgataaactagaacaagaatataaacattaccagttgtttttcttcatttcctatttgtgttgttcaacttctatt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                         GGAAGCAAGCACTCCTGACGT-TG-----TCA---AGTGACGTAACTTTACCTGC---AATGCTAATTGtt
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                          TCCCAC---AATAA-GATCG-----AACA--A--ATAT-----T--TGCTCACAGTG---GTGTT--T-TATTT-TGTGTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTTTTCAACTGTCTA--GTGTTTaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                      gttttaaagaagaggtattgatatAC---AGTACTAATTGAA-GAA-CA--AGAATATAAAAAAAATAC---CAGTTAGTGTGTT--T-T--------ATT-C-GTCGTTTTCTATTC----CTGTTGTtagattttgttacgacgtcgttaattggtttagtcatggctgaaaaattaaagcgcgcatccttgacgttatcacgtgacgtcactttacccgtaacgtttattattaaaactaccagtgatttgttttacgatcacgcaagtgctgtgttatgcataattaaatatgtgtttgtttgttgtttgtttgtttgttgttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                               C---AATGATAA--GAACGAAA-G--A--ATATA-------TACAGACAGTTT-----TT--T-T---T-T-TGTT-C-TTCGTTTTGTGTTC----GTATTGTTCAATTTTCTTTTGTGTTTGTTGTTac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                             aatataaggacataacataaaAAACA--A--ATAT-----T--TGCTCACAGTG---GTGTT--T-TATTT-TGTGTT-C-TCTGTTTTCTATTC----ATATTGTTCAACTTTCTATCATGTTTGATGgatagttttgttgtgacattattgattggttaagtccggactatgtcggaacacaaaatggaagtgcccatcactgacgttacaagtttatttagtgacgtcactttaccctcaacgcttattgatgaaaaata
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gt--T-T---T-T-TATCACATTCGTTTTCTATTC----GTGGTGTTCAACTTTCTATTGTGTTTGATATTgaatatattatgttata
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATTGAAGATAAATTTAAAAACCACTAAACACAATAGAAAGTTGAATAATACGAATACAAAAGGAAGAACTCATAATAAAACAC
Unaligned ( gi|18 ): TTTACATAGGCAAGTGCTATTTTATGCATGATAAAATATGCGTTTGTTTGTTTGTTCGTTTGTTTGTGGCTG
Unaligned ( gi|21 ): GATTTAAATCAAAAGAAATGTGTGATATTCAATTAAAACAAGTCACTAAAGTTGAAAG
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Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                       1    4    3          3      0                        6   7  2222   888  1   7  11                    6         11111   444                  3333333       8 6  000000    22222    444444444444444444  9  99999999   7 5 888 8888888 3333   5 5              7777                                
consensus                     :                                                               CATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-ATTTGTTCG-ATCTTATTAT-GGGATANATTTTGTTACGACGTCGTTGATTG-GTTAAGTCCGGGC---TAGGTCGGAAAACAAAATGGAAGCGCGCATCCCTGACGTTA-----TCA---AGTGACGTCACTTTACCC------GCAATGCTAATTG-A--GAAACA--A--ATAT-AA-A-A-T---TAC---CA-GT--G-T--GTGT-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTGTTCAACTTTCTATTGTGTTTGATGTT
Reference ( family-3483 )     :                                                               CATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-ATTTGTTCG-ATCTTATTAT-GGGATANATTTTGTTACGACGTCGTTGATTG-GTTAAGTCCAGGC---TAGGTCGGAAAACAAAATGGAAGCGCGCATCCCTGACGTTA-----TCA---AGTGACGTCACTTTACCC------GCAATGCTAATTG-A--GAAACA--A--ATAT-AA-A-A-T---TAC---CA-GT--G-T--GTGT-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTGTTCAACTTTCTATTGTGTTTGATGTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                            AACA--A--ATAT--------T---TGCTCACA-GT--G----GTGT-T-T---TATTT-TGT----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTTTTCAACTGTCTA--GTGTTT
gi|1                          :                                        gttttaaagaagaggtattgatatATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-ATTTGTTCG-ATCTTATTGT-GGGATAGATTTTGTTACGACGTCGTTAATTG-GTTTAGTCATGGC---T------GA----AAAATTAAAGCGCGCATCCTTGACGTTA-----TCA---CGTGACGTCACTTTACCC------GTAACGTTTATT----------------AT-T-AA-A-A-C---TAC---CA-GT--GAT--TTGT-T-T---T---cgatcttattgtgggatagattttgttacgacgtcgttaattggtttagtcatggctgaaaaattaaagcgcgcatccttgacgttatcacgtgacgtcactttacccgtaacgtttattattaaaactaccagtgatttgttttacgatcacgcaagtgctgtgttatgcataattaaatatgtgtttgtttgttgtttgtttgtttgttgttg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                gttttaaagaagaggtattgatataaacactagacagttgaaaaacacgaatagaaaacgaagaacacaaa-T-T----GTT-C-TTTGCTTACTATTC----GTATTAACCAATTTTCTATTGCGTTTGTTATTacgatcacgcaagtgctgtgttatgcataattaaatatgtgtttgtttgttgtttgtttgtttgttgttg
gi|10                         :                                                 tataaacatatgaaCAAAGAACA--ACTGTGAGCAATT-ATTTGTTTA-TTTTTATTAT-GGGATAGATTTTGTTACGACGTCGTT----------AG----GGC---CAAGTTTGAAAA-AAAATGGAAGCGCctgtgagcaattatttgtttatttttattatgggatagattttgttacgacgtcgttagggccaagtttgaaaaaaaatggaagcgc
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gi|11                         :                                              gaatgtataaaacaacccATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-ATTTGTTTG-ACCTTATCAT-GGGATATATTTTGTTACGACCACATTGATTG-GTTCAGgaccttatcatgggatatattttgttacgaccacattgattggttcagg
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ac--GTGT-T-T---T---A-T-TATGAGTT-C-TTCCTTTTGTATTC----GTATTATTCAACTTTCTATTGTGTTTAGTGtttatatttatgttcattattatacattctt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       attgaagataaatttaaaaacAACA--A--ATAT-TT-G-G-T---CAC----A-GT--GAT--GTTT-TGT---T---T-TGT----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----ATATTGTTCAAC
gi|15                         :                                                                ACAAAACATCACTGTGACCAAAT-ATTTGTTGA-ATA-TATTAT-Ggaatatattatgttata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                       gttgaacaatatgaatagaaaacgaagaacacaaaCAGTACTAATTG-A--AGAACA--AGAATAT-AA-A-A-AAAATAC---CA-GTTAG-T--GTGT-T-T---T------------ATT-C-GTCGTTTTCTATTC----CTGTTGTttata
gi|17                         :                                                               aATAAAACACTTCTGTGAGCAAAT-ATTTGTTCG-ATCTTAATAT-CTGATAAATTCTGTTACGACGTTGTTGATTG-ac
gi|19                         :                                                                ATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-AATT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                           ttaacaatacgaatagaaaacagaaaacacaaa-A-A-T---TACTCACA-GT--G----GTGT-T-TCATT---T-TGT----GTT-C-TTTGTTTTCTTATC----GTAGTGTTCAA
gi|2                          :                                                                ATGAAACACCACTGTGAGTAATTGATTT-TTCGGATATAATTTTTGGGATATAATTTGTCACTACGTCGGTGATTG-ATTAAGACCATGC---CAGTTCGAATGTCAAAATGAAAGCGCACACCCCTGACGTTG-----TCA---AATAACGTCACTTTACCCCT----GGAATGCAAAATG-A--ATAACAAGA--ATAT-AGCA-A-T---GAC---CA-GT--G-T--TTGT-T-T---T---TGT-T----GTT-C-TTCGTTTTCAATTgatttttcggatataatttttgggatataatttgtcactacgtcggtgattgattaagaccatgccagttcgaatgtcaaaatgaaagcgcacacccctgacgttgtcaaataacgtcactttacccctggaatgcaaaatgaataacaagaatatagcaatgaccagtgtttgtttttgttgttcttcgttttcaatt
gi|20                         :                                                                                                                                             ttgaacactacgataagaaaacaaagaacacaaaGGAAGCAAGCACTCCTGACGTTG-----TCA---AGTGACGTAACTTTACCT------GCAATGCTAATTG-A--
gi|3                          :                                                               CATAATACACCACTGTGAGCACAT-ATTTGTTTG-ATCTTATTAT-GGGATAGATTTTGTTACAACATCGTTGATTG-GTTAAGCTCAGAC---TAGGTCAGAAAACAAAATGGAAGCATGCATCCCTGATGTTA-----TCA---AATGACATCACTTTTCCC------ACAATGCTAATTGCA--GAAACA--A--ATAT-AA-A-ATT---TAC---CA-GT--G-TGGGTGT-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCATTTTCTATTT----GTGTTGTTCATTCTTCTATTGTGTTTGATGTTa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                          CAATGATAA--G-AACGAAA-G--A--ATAT-A----------TACAGACA-GT--T-T-----T-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTTGTGTTC----GTATTGTTCAATTTTCTTTTGTGTTTGTTGTT
gi|4                          :                                                     aatataaggacataacataaaACTGTCTGTATAT-ATTCTTTCG-TTCTTATCAT-TGGATAG-TTTTGTTGTGACATTATTGATTG-GTTAAGTCCGGAC---TATGTCGGAACACAAAATGGAAGTGCCCATCACTGACGTTACAAGTTTATTTAGTGACGTCACTTTACCC------TCAACGCTTATTG-AT-GAA--A--A--ATAgatagttttgttgtgacattattgattggttaagtccggactatgtcggaacacaaaatggaagtgcccatcactgacgttacaagtttatttagtgacgtcactttaccctcaacgcttattgatgaaaaata
gi|5                          :                                                                                                                                                                           aatataaggacataacataaaaacaacaaacacaaaagaaaattgaacaatacgaacacaaaacgaagaacaaaaaaaaaAAACA--A--ATAT--------T---TGCT--CACGT--T-G--GTGT-T-T---TA--T-G-T----GCT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTATTGTTCAACTATCTATTGTGTTTGATGTT
gi|5                          :                                               agaacataaatataaaCATAAAACACCAACGTGAGCAAAT-ATTTGTTTG-TTCTTATTAT-GGTATATATTTTGTTACGACGTCATTGATTA-ATTAAGCCCTAGC---TAGGTCAGAAAACAAACTGAAAGCGTGCATCTCTACCATTA-----TCA---AGTGACGTCACTTTCCCC------TCAATGCTAATTG-A--AAAACgttcttattatggtatatattttgttacgacgtcattgattaattaagccctagctaggtcagaaaacaaactgaaagcgtgcatctctaccattatcaagtgacgtcactttcccctcaatgctaattgaaaaac
gi|6                          : agaacataaatataaaaacatcaaacacaatagatagttgaacaatacgaatagaaaacgaagagcaAGCACCACTGTGTGAAAAT-ATTTG-----ATCTTTTTAT-GGGATATAATTTGTAACGACGTCGTTGATTGAGTT-TGTACAGGC---TAGGTCAGAAAACAAAATGAAAGCGCG--------------------CA---AGTTACG--GCTTT-CTC------ACAATGCT-----------AACA---------------------------CG-GT----T--ATGTAT-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTCATATTC----GTGTGGTTCAACTTTCTATTGTGGTTGATCTT
gi|7                          :                                                        gaatatggcaggccaaaaaaaaaaaaaaccT-ATTT-TTCA-TTCTTATT-T-TGGATAGATTTTGCTACGACGTATTTGATTG-GTTAAGTCCGAGCAAGTATGTTGGAATACAAAATGGAAGCGCGTGT-----A---TA-----TCA---AGTGACGTCATTTTACCC------ACAATACTAATTG-A--TGAACAAGA--ATAT-AA-A-CTT---TAC---CA-GT--GTT--ATTT-C-T---T---T-T-T----CTT-C-TTCGTTTTATATTC----GTGTTGTTtcata
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3483 )     :                                                               CATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-ATTTGTTCG-ATCTTATTAT-GGGATANATTTTGTTACGACGTCGTTGATTG-GTTAAGTCCGGGC---TAGGTCGGAAAACAAAATGGAAGCGCGCATCCCTGACGTTA-----TCA---AGTGACGTCACTTTACCC------GCAATGCTAATTG-A--GAAACA--A--ATAT-AA-A-A-T---TAC---CA-GT--G-T--GTGT-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTGTTCAACTTTCTATTGTGTTTGATGTT
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gi|2                          :                                                                ATGAAACACCACTGTGAGTAATTGATTT-TTCGGATATAATTTTTGGGATATAATTTGTCACTACGTCGGTGATTG-ATTAAGACCATGC---CAGTTCGAATGTCAAAATGAAAGCGCACACCCCTGACGTTG-----TCA---AATAACGTCACTTTACCCCT----GGAATGCAAAATG-A--ATAACAAGA--ATAT-AGCA-A-T---GAC---CA-GT--G-T--TTGT-T-T---T---TGT-T----GTT-C-TTCGTTTTCAATTgatttttcggatataatttttgggatataatttgtcactacgtcggtgattgattaagaccatgccagttcgaatgtcaaaatgaaagcgcacacccctgacgttgtcaaataacgtcactttacccctggaatgcaaaatgaataacaagaatatagcaatgaccagtgtttgtttttgttgttcttcgttttcaatt
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gi|3                          :                                                               CATAATACACCACTGTGAGCACAT-ATTTGTTTG-ATCTTATTAT-GGGATAGATTTTGTTACAACATCGTTGATTG-GTTAAGCTCAGAC---TAGGTCAGAAAACAAAATGGAAGCATGCATCCCTGATGTTA-----TCA---AATGACATCACTTTTCCC------ACAATGCTAATTGCA--GAAACA--A--ATAT-AA-A-ATT---TAC---CA-GT--G-TGGGTGT-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCATTTTCTATTT----GTGTTGTTCATTCTTCTATTGTGTTTGATGTTa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                          CAATGATAA--G-AACGAAA-G--A--ATAT-A----------TACAGACA-GT--T-T-----T-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTTGTGTTC----GTATTGTTCAATTTTCTTTTGTGTTTGTTGTT
gi|4                          :                                                     aatataaggacataacataaaACTGTCTGTATAT-ATTCTTTCG-TTCTTATCAT-TGGATAG-TTTTGTTGTGACATTATTGATTG-GTTAAGTCCGGAC---TATGTCGGAACACAAAATGGAAGTGCCCATCACTGACGTTACAAGTTTATTTAGTGACGTCACTTTACCC------TCAACGCTTATTG-AT-GAA--A--A--ATAgatagttttgttgtgacattattgattggttaagtccggactatgtcggaacacaaaatggaagtgcccatcactgacgttacaagtttatttagtgacgtcactttaccctcaacgcttattgatgaaaaata
gi|5                          :                                                                                                                                                                           aatataaggacataacataaaaacaacaaacacaaaagaaaattgaacaatacgaacacaaaacgaagaacaaaaaaaaaAAACA--A--ATAT--------T---TGCT--CACGT--T-G--GTGT-T-T---TA--T-G-T----GCT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTATTGTTCAACTATCTATTGTGTTTGATGTT
gi|5                          :                                               agaacataaatataaaCATAAAACACCAACGTGAGCAAAT-ATTTGTTTG-TTCTTATTAT-GGTATATATTTTGTTACGACGTCATTGATTA-ATTAAGCCCTAGC---TAGGTCAGAAAACAAACTGAAAGCGTGCATCTCTACCATTA-----TCA---AGTGACGTCACTTTCCCC------TCAATGCTAATTG-A--AAAACgttcttattatggtatatattttgttacgacgtcattgattaattaagccctagctaggtcagaaaacaaactgaaagcgtgcatctctaccattatcaagtgacgtcactttcccctcaatgctaattgaaaaac
gi|6                          : agaacataaatataaaaacatcaaacacaatagatagttgaacaatacgaatagaaaacgaagagcaAGCACCACTGTGTGAAAAT-ATTTG-----ATCTTTTTAT-GGGATATAATTTGTAACGACGTCGTTGATTGAGTT-TGTACAGGC---TAGGTCAGAAAACAAAATGAAAGCGCG--------------------CA---AGTTACG--GCTTT-CTC------ACAATGCT-----------AACA---------------------------CG-GT----T--ATGTAT-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTCATATTC----GTGTGGTTCAACTTTCTATTGTGGTTGATCTT
gi|7                          :                                                        gaatatggcaggccaaaaaaaaaaaaaaccT-ATTT-TTCA-TTCTTATT-T-TGGATAGATTTTGCTACGACGTATTTGATTG-GTTAAGTCCGAGCAAGTATGTTGGAATACAAAATGGAAGCGCGTGT-----A---TA-----TCA---AGTGACGTCATTTTACCC------ACAATACTAATTG-A--TGAACAAGA--ATAT-AA-A-CTT---TAC---CA-GT--GTT--ATTT-C-T---T---T-T-T----CTT-C-TTCGTTTTATATTC----GTGTTGTTtcata
gi|8                          :                                                                                                                                                                         CAAAATGGAAGTGCGCATCCCTGACGTTA-----TCA---AGTGACGTTACTTTACCC------ATAATGCTAATTG-A--ATAACAAGA--ATGTAAA-A-A-T---TAC---CA-GT--G-T--TTGT-T-TTTCT---T-T-T----GTT-T-TTCATTTTCTATTCATGAGTATTGTTCAACTTTCTGTTGTGATTAATGTTac
gi|9                          :                                                                     ACACCATTGTGGGCAAAT-ATTTGTTCT-ATCTTATTAA-GGGATATATTTTGTTACGACACCGTTGATTG-G-----------C---TAGGTCAGATAACAAAACGGAAGCGCGCATCACTGACGTTA-----TCA---AGCGACGTCACTTTACCA------ACAATGCTTATTGAA--GAAATA--A--GTAtt


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blockSeqs                     :                                                                                       .         .          .      A                        .   A  TCCG   .        A  AA                    C         .       .                    G                  ATGA      AGA      AGCAATGAC           .  GATT       . . .   TTG     .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                       .         .          .      T                        .   A  CCCT   .        G  AC                    A         .       .                    A                  AAGA      AGA      AAAATTTAC           .  GATG       . . .   TGT     .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                       .         .          .      G                        .   A  TACA   .        A  AA                    T         .       .                    T                  AGA       AGA      AAACTTTAC           .  GTTA       . . .   ATG     .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                       .         .          .      G                        .   A  TCCG   .        A  AA                    C         .       .                    T                  AAG       A        AAAAATTAC           .  GTT        . . .   TT      .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                       .         .          .      T                        .   .  G      .        G  AT                    A         .       .                    A                  AAT       A        AAAACTAC            .  TGG        . . .   AT      .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                       .         .          .      T                        .   .  .      .        A  TA                    .         .       .                    A                  AAA       A        TTGGTCAC            .  GTT        . . .   TT      .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                       .         .          .      G                        .   .                                           .         .       .                    A                  ATG       A        TTGCTCA             .  GG         . . .   TT      .      . .              .   
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blockSeqs                     :                                                                                       .         .          .                                                                                                                                         .         A        TTGCT               .  TT         . . .   TT      .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                       .                                                                                                                                                                        A        .                   .  TA         . . .   TT      .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                .                            .  .          . . .   T       .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                .                                          . . .   .       .      . .              .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .           .      . .                  


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                      AA                                                                              AAN***             AAAATTAC**********                        TT*****
originalCons                  :                                                               CATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-ATTTGTTCG-ATCTTATTAT-GGGATANATTTTGTTACGACGTCGTTGATTG-GTTAAGTCCGGGC---TAGGTCGGAAAACAAAATGGAAGCGCGCATCCCTGACGTTA-----TCA---AGTGACGTCACTTTACCC------GCAATGCTAATTG-A--GAAACA--A--ATAT-AA-A-A-T---TAC---CA-GT--G-T--GTGT-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTGTTCAACTTTCTATTGTGTTTGATGTT
finalCons                     :                                                               CATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-ATTTGTTCG-ATCTTATTAT-GGGATANATTTTGTTACGACGTCGTTGATTG-GTTAAGTCCGGGC---TAGGTCGGAAAACAAAATGGAAGCGCGCATCCCTGACGTTA-----TCA---AGTGACGTCACTTTACCC------GCAATGCTAATTGAAN---AACA--A--ATATAAAATTAC----------CA-GT--G-T--GTGT-T-T---TTT-----T----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTGTTCAACTTTCTATTGTGTTTGATGTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTACATAGGCAAGTGCTATTTTATGCATGATAAAATATGCGTTTGTTTGTTTGTTCGTTTGTTTGTGGCTG
Unaligned ( gi|21 ): GATTTAAATCAAAAGAAATGTGTGATATTCAATTAAAACAAGTCACTAAAGTTGAAAG
Unaligned ( gi|22 ): CAAGTGCAGCCTTATGCCTAATAAAATATGTGTTTGCTGTTGTTGTTTATATGT






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Reference ( family-3483 )     :                                                               CATAAAACACCACTGTGAGCAAAT-ATTTGTTCG-ATCTTATTAT-GGGATANATTTTGTTACGACGTCGTTGATTG-GTTAAGTCCGGGC---TAGGTCGGAAAACAAAATGGAAGCGCGCATCCCTGACGTTA-----TCA---AGTGACGTC---AC------TTTACCC------GCAATGCTAA--TTG-AANAA-CA--A--ATAT-AA-A-A-T---TAC---CA-GT--G-T--GTGT-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTGTTCAACTTTCTATTGTGTTTGATGTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     AA-CA--A--ATAT--------T---TGCTCACA-GT--G----GTGT-T-T---TATTT-TGT----GTT-C-TTCGTTTTCTATTC----GTGTTTTTCAACTGTCTA--GTGTTT
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gi|2                          :                                                                ATGAAACACCACTGTGAGTAATTGATTT-TTCGGATATAATTTTTGGGATATAATTTGTCACTACGTCGGTGATTG-ATTAAGACCATGC---CAGTTCGAATGTCAAAATGAAAGCGCACACCCCTGACGTTG-----TCA---AATAACGTC---AC------TTTACCCCT----GGAATGCAAA--ATG-AATAA-CAAGA--ATAT-AGCA-A-T---GAC---CA-GT--G-T--TTGT-T-T---T---TGT-T----GTT-C-TTCGTTTTCAATTgatttttcggatataatttttgggatataatttgtcactacgtcggtgattgattaagaccatgccagttcgaatgtcaaaatgaaagcgcacacccctgacgttgtcaaataacgtcactttacccctggaatgcaaaatgaataacaagaatatagcaatgaccagtgtttgtttttgttgttcttcgttttcaatt
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gi|3                          :                                                               CATAATACACCACTGTGAGCACAT-ATTTGTTTG-ATCTTATTAT-GGGATAGATTTTGTTACAACATCGTTGATTG-GTTAAGCTCAGAC---TAGGTCAGAAAACAAAATGGAAGCATGCATCCCTGATGTTA-----TCA---AATGACATC---AC------TTTTCCC------ACAATGCTAA--TTGCAGAAA-CA--A--ATAT-AA-A-ATT---TAC---CA-GT--G-TGGGTGT-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCATTTTCTATTT----GTGTTGTTCATTCTTCTATTGTGTTTGATGTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                   CAATGATAA----G-AACGA-AAG-A--ATAT-A----------TACAGACA-GT--T-T-----T-T-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTTGTGTTC----GTATTGTTCAATTTTCTTTTGTGTTTGTTGTT
gi|4                          :                                                     aatataaggacataacataaaACTGTCTGTATAT-ATTCTTTCG-TTCTTATCAT-TGGATAG-TTTTGTTGTGACATTATTGATTG-GTTAAGTCCGGAC---TATGTCGGAACACAAAATGGAAGTGCCCATCACTGACGTTACAAGTTTATTTAGTGACGTC---AC------TTTACCC------TCAACGCTTA--TTG-ATGAA--A--A--ATAgatagttttgttgtgacattattgattggttaagtccggactatgtcggaacacaaaatggaagtgcccatcactgacgttacaagtttatttagtgacgtcactttaccctcaacgcttattgatgaaaaata
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gi|5                          :                                               agaacataaatataaaCATAAAACACCAACGTGAGCAAAT-ATTTGTTTG-TTCTTATTAT-GGTATATATTTTGTTACGACGTCATTGATTA-ATTAAGCCCTAGC---TAGGTCAGAAAACAAACTGAAAGCGTGCATCTCTACCATTA-----TCA---AGTGACGTC---AC------TTTCCCC------TCAATGCTAA--TTG-AAAAA-Ctaattaagccctagctaggtcagaaaacaaactgaaagcgtgcatctctaccattatcaagtgacgtcactttcccctcaatgctaattgaaaaac
gi|6                          : agaacataaatataaaaacatcaaacacaatagatagttgaacaatacgaatagaaaacgaagagcaAGCACCACTGTGTGAAAAT-ATTTG-----ATCTTTTTAT-GGGATATAATTTGTAACGACGTCGTTGATTGAGTT-TGTACAGGC---TAGGTCAGAAAACAAAATGAAAGCGCG--------------------CA---AGTTACG-----GC------TTT-CTC------ACAATGCT-----------AA-CA---------------------------CG-GT----T--ATGTAT-T---T---T-T-T----GTT-C-TTCGTTTCATATTC----GTGTGGTTCAACTTTCTATTGTGGTTGATCTT
gi|7                          :                                                        gaatatggcaggccaaaaaaaaaaaaaaccT-ATTT-TTCA-TTCTTATT-T-TGGATAGATTTTGCTACGACGTATTTGATTG-GTTAAGTCCGAGCAAGTATGTTGGAATACAAAATGGAAGCGCGTGT-----A---TA-----TCA---AGTGACGTC---AT------TTTACCC------ACAATACTAA--TTG-ATGAA-CAAGA--ATAT-AA-A-CTT---TAC---CA-GT--GTT--ATTT-C-T---T---T-T-T----CTT-C-TTCGTTTTATATTC----GTGTTGTTtcata
gi|8                          :                                                                                                                                                                         CAAAATGGAAGTGCGCATCCCTGACGTTA-----TCA---AGTGACGTT---AC------TTTACCC------ATAATGCTAA--TTG-AATAA-CAAGA--ATGTAAA-A-A-T---TAC---CA-GT--G-T--TTGT-T-TTTCT---T-T-T----GTT-T-TTCATTTTCTATTCATGAGTATTGTTCAACTTTCTGTTGTGATTAATGTTac
gi|9                          :                                                                     ACACCATTGTGGGCAAAT-ATTTGTTCT-ATCTTATTAA-GGGATATATTTTGTTACGACACCGTTGATTG-G-----------C---TAGGTCAGATAACAAAACGGAAGCGCGCATCACTGACGTTA-----TCA---AGCGACGTC---AC------TTTACCA------ACAATGCTTA--TTG-AAGAA-tt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTACATAGGCAAGTGCTATTTTATGCATGATAAAATATGCGTTTGTTTGTTTGTTCGTTTGTTTGTGGCTG
Unaligned ( gi|21 ): GATTTAAATCAAAAGAAATGTGTGATATTCAATTAAAACAAGTCACTAAAGTTGAAAG
Unaligned ( gi|22 ): CAAGTGCAGCCTTATGCCTAATAAAATATGTGTTTGCTGTTGTTGTTTATATGT