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lowQualScore                  :       ..           ....   .   .     .            . .     .   .       .. .   .  .         .   ..    ....  .    .  ......                    .            .                    
lowQualScore                  :       00           0000   0   0     0            5 5     0   7       00 0   3  0         8   00    5555  5    0  888888                    9            7                    
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Reference ( gi|2 )            : CAAATTATACATACTAACTCTTGTGAATGATTTACTTATAGCTGGAACTTTGTATGTATCTTAAAAGTTT-GAGAATTTCTAACGCGACATCAACTGACAT--TGCTAGCATC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACATCATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|1                          : CAAATTTCACATACTAACT-TCATGAGTGACTTACTGATAGCTGGAATTCTTTATGTGTCTAAAAAGTTCAGAAAATTT-TAAAGCGACTTCATTTGACGT--TGTTAACATT------ACATCATTTCCTTTTTATTGTTTTTTATGATACATCATTTCCTGTTAGTTATTT
gi|5                          :                                TTACTTATAACTGGAACTATGTATATATCTTAAAAGTTC-GGGAAATTCTAACGCAACGTCAATTGACGT--TGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTa
gi|8                          :                                                     TATGTGTCTGAAAGGTTA-GGGAAATTGTAACGCGACGTCATTTGGTGT--TGGTAATGTT------ACATCATTTCCTCTTAAATG-TTTTGACGTTGTGTCATTTCATGTCAATTATTTac
gi|12                         :                                                                                 tcgtGCAACGTCAACTAAC-------TAGCCTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATT
gi|14                         :                                                                                             AAATGACGTGACGCTAGCACCTAACTAACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTG
gi|10                         :                                                                                                   CAT--TG--AG-GTT------ACGTCAGTTCCTTTTTATTG-TT--GACGTTATGTCATTTCCTGTTA
gi|6                          :                                                                                                     T--CGTTGACGTT------ACATCATTTCCCCTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTTccggtagttatgttacagactgatgct
gi|14                         :                                                                ctatgtactttatttaaaaaaaaatctatctgtaaatg--TGCTAGCGTC------ACGTCATTTtacagatggatgatt
gi|3                          :                                                                                                               ATT------ACATCATTTTCTTTTTAAAG-TTT-GACAACACGTCATTTCCTGTCAGTTATTTcctaactaacgtcatttcctttttaatgttttg
gi|13                         :                                                                                                               atgtcacaaatgaCATTTCTATTTTAAAG-TTTTGACGTTAAGTAATTTTCTGTCAGCTGTTTtaagatggatgtttaaaagatggatgcgacatagtgtatattaatgtaagcttatttcctgatgaaggcttatccgaaagtttgaaaaag
gi|15                         :                                                                                                                              cTTCCTTTTTAAAG-TTTTGACGTTACGTCATTTTCTGTCAGTTATTTatt
gi|16                         :                                                                                                                               TTCCTTTTTAGTG-TTTTGACGATACGTTATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|17                         :                                                                                                                                  CTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGT
gi|11                         :                                                                                                                                      aTAATG-TTTTTACGTTACGTCATTTCCTGTCAGCTATTT
gi|7                          :                                                                                                                                       aAATA-TTTT----TTACATCATTTCCTGTCGGCTATTTtacaaactggtgttttttttttaaacaagacggatgtga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CTTTACACACTGGATGGACGCTACAAAAAGATTGTGACTTAGTGTGAATACTTGTTGCTATTTTCCTGATGAAGGCGTAAGCTGAAAATTTACAAAAGAAATATTTAAATAAACACATTATTATCTATATGTTCTTTTTTACGG
Unaligned ( gi|9 ): ACAAGTTATGTCATTTCCTGTCAAAAATTTTTTTTACAAAATAGATAGACTTGGTGTATATGTTTATTTTCCTGATAAAAACATCAGCCGCAAATCTTGAAAAA






Alignments
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lowQualScore                  :        .            .                .            . .         .       .      .  .              .      ... .       ......                    .                                 
lowQualScore                  :        0            0                0            0 0         0       2      0  0              3      666 7       888888                    7                                 
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Reference ( family-3351 )     :  CAAATTTCACATACTAACT-TCATGAGTGACTTACTNATAGCTGGAACTNTNTATGTGTCTNAAAAGTTCGGGAAA-TT-TAACGCGACGTCAATTGACGT--CGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|1                          :  CAAATTTCACATACTAACT-TCATGAGTGACTTACTGATAGCTGGAATTCTTTATGTGTCTAAAAAGTTCAGAAAATTT-TAAAGCGACTTCATTTGACGT--TGTTAACATT------ACATCATTTCCTTTTTATTGTTTTTTATGATACATCATTTCCTGTTAGTTATTT
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gi|11                         :                                                                                                                                 cattgagTAATG-TTTTTACGTTACGTCATTTCCTGTCAGCTATTTccggtagttatgttacagactgatgct
gi|12                         :                                                                                     aGCAACGTCAACTAAC-------TAGCCTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTtacaaactggtgttttttttttaaacaagacggatgtga
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gi|14                         :                                                                                             cAAATGACGTGACGCTAGCACCTAACTAACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGatt
gi|15                         :                                                                                                                                TTCCTTTTTAAAG-TTTTGACGTTACGTCATTTTCTGTCAGTTATTT
gi|16                         :                                                                                                                                TTCCTTTTTAGTG-TTTTGACGATACGTTATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|17                         :                                                                                                                                   CTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGT
gi|2                          : aCAAATTATACATACTAACTCTTGTGAATGATTTACTTATAGCTGGAACTTTGTATGTATCTTAAAAGTTTGAGAAT-TTCTAACGCGACATCAACTGACAT--TGCTAGCATC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACATCATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|3                          :                                                                                                                 TT------ACATCATTTTCTTTTTAAAG-TTT-GACAACACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|5                          :                   atgtcacaaatgaaTTACTTATAACTGGAACTATGTATATATCTTAAAAGTTCGGGAAA-TTCTAACGCAACGTCAATTGACGT--TGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTtaagatggatgtttaaaagatggatgcgacatagtgtatattaatgtaagcttatttcctgatgaaggcttatccgaaagtttgaaaaag
gi|6                          :                                                                                                   ATGT--CGTTGACGTT------ACATCATTTCCCCTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTTac
gi|7                          :                                                                                                      ctatgtactttatttaaaaaaaaatctatctgtaaAATA-TTTT----TTACATCATTTCCTGTCGGCTATTTtacagatggatgatt
gi|8                          :                                                   tggTATGTGTCTGAAAGGTTAGGGAAA-TTGTAACGCGACGTCATTTGGTGT--TGGTAATGTT------ACATCATTTCCTCTTAAATG-TTTTGACGTTGTGTCATTTCATGTCAATTATTTtacaaatggatggactttacaaaattgatgtaactaagtgtaaatataacttattgttgctattttcctgaaaaaagag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CTTTACACACTGGATGGACGCTACAAAAAGATTGTGACTTAGTGTGAATACTTGTTGCTATTTTCCTGATGAAGGCGTAAGCTGAAAATTTACAAAAGAAATATTTAAATAAACACATTATTATCTATATGTTCTTTTTTACGG
Unaligned ( gi|9 ): ACAAGTTATGTCATTTCCTGTCAAAAATTTTTTTTACAAAATAGATAGACTTGGTGTATATGTTTATTTTCCTGATAAAAACATCAGCCGCAAATCTTGAAAAA






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consensus                     :  CAAATTNCACATACTAACTCTCGTGAGTGACTTACTTATAGCTGGAACTNTGTA-TGTATCTNAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCGACGTCAATTGACGT--CGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
Reference ( family-3351 )     :  CAAATTNCACATACTAACTCTCGTGAGTGACTTACTTATAGCTGGAACTNTGTA-TGTGTCTNAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCGACGTCAATTGACGT--CGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|1                          :  CAAATTTCACATACTAACT-TCATGAGTGACTTACTGATAGCTGGAATTCTTTA-TGTGTCTAAAAAGTTCAGAAAATTTTAAAGCGACTTCATTTGACGT--TGTTAACATT------ACATCATTTCCTTTTTATTGTTTTTTATGATACATCATTTCCTGTTAGTTATTT
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gi|12                         :                                                                                     aGCAACGTCAACTAAC-------TAGCCTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTtacaaactggtgttttttttttaaacaagacggatgtga
gi|13                         :                                                                                                                             CATTTCTATTTTAAAG-TTTTGACGTTAAGTAATTTTCTGTCAGCTGTTT
gi|14                         :                                                                                             cAAATGACGTGACGCTAGCACCTAACTAACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGatt
gi|15                         :                                                                                                                                TTCCTTTTTAAAG-TTTTGACGTTACGTCATTTTCTGTCAGTTATTT
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gi|17                         :                                                                                                                                   CTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGT
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gi|5                          :                   atgtcacaaatgaaTTACTTATAACTGGAACTATGTA-TATATCTTAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCAACGTCAATTGACGT--TGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTtaagatggatgtttaaaagatggatgcgacatagtgtatattaatgtaagcttatttcctgatgaaggcttatccgaaagtttgaaaaag
gi|6                          :                                                 CTATGTACTTTATTTAAAAA-------AAAATCTATC----TGTAAAT----GT--CGTTGACGTT------ACATCATTTCCCCTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTTac
gi|7                          :                                                                                                                                         AATA-TTTT----TTACATCATTTCCTGTCGGCTATTTtacagatggatgatt
gi|8                          :                                                   tggTA-TGTGTCTGAAAGGTTAGGGAAATTGTAACGCGACGTCATTTGGTGT--TGGTAATGTT------ACATCATTTCCTCTTAAATG-TTTTGACGTTGTGTCATTTCATGTCAATTATTTtacaaatggatggactttacaaaattgatgtaactaagtgtaaatataacttattgttgctattttcctgaaaaaagag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CTTTACACACTGGATGGACGCTACAAAAAGATTGTGACTTAGTGTGAATACTTGTTGCTATTTTCCTGATGAAGGCGTAAGCTGAAAATTTACAAAAGAAATATTTAAATAAACACATTATTATCTATATGTTCTTTTTTACGG
Unaligned ( gi|9 ): ACAAGTTATGTCATTTCCTGTCAAAAATTTTTTTTACAAAATAGATAGACTTGGTGTATATGTTTATTTTCCTGATAAAAACATCAGCCGCAAATCTTGAAAAA






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Reference ( family-3351 )     :  CAAATTNCACATACTAACTCTCGTGAGTGACTTACTTATAGCTGGAACTNTGTA-TGTATCTNAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCGACGTCAATTGACGT--CGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
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blockSeqs                     :                                                                                                                                             .


blockSeqCons                  :  
originalCons                  :  CAAATTNCACATACTAACTCTCGTGAGTGACTTACTTATAGCTGGAACTNTGTA-TGTATCTNAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCGACGTCAATTGACGT--CGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
finalCons                     :  CAAATTNCACATACTAACTCTCGTGAGTGACTTACTTATAGCTGGAACTNTGTA-TGTATCTNAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCGACGTCAATTGACGT--CGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CTTTACACACTGGATGGACGCTACAAAAAGATTGTGACTTAGTGTGAATACTTGTTGCTATTTTCCTGATGAAGGCGTAAGCTGAAAATTTACAAAAGAAATATTTAAATAAACACATTATTATCTATATGTTCTTTTTTACGG
Unaligned ( gi|9 ): ACAAGTTATGTCATTTCCTGTCAAAAATTTTTTTTACAAAATAGATAGACTTGGTGTATATGTTTATTTTCCTGATAAAAACATCAGCCGCAAATCTTGAAAAA






Alignments
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lowQualScore                  :        0            0                             0    0       0       2                              666 7       888888                    7                                 
consensus                     :  CAAATTNCACATACTAACTCTCGTGAGTGACTTACTTATAGCTGGAACTNTGTA-TGTATCTNAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCGACGTCAATTGACGT--CGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
Reference ( family-3351 )     :  CAAATTNCACATACTAACTCTCGTGAGTGACTTACTTATAGCTGGAACTNTGTA-TGTATCTNAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCGACGTCAATTGACGT--CGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|1                          :  CAAATTTCACATACTAACT-TCATGAGTGACTTACTGATAGCTGGAATTCTTTA-TGTGTCTAAAAAGTTCAGAAAATTTTAAAGCGACTTCATTTGACGT--TGTTAACATT------ACATCATTTCCTTTTTATTGTTTTTTATGATACATCATTTCCTGTTAGTTATTT
gi|10                         :                                                                                                                GTT------ACGTCAGTTCCTTTTTATTG-TT--GACGTTATGTCATTTCCTGTTAa
gi|11                         :                                                                                                                                 cattgagTAATG-TTTTTACGTTACGTCATTTCCTGTCAGCTATTTccggtagttatgttacagactgatgct
gi|12                         :                                                                                     aGCAACGTCAACTAAC-------TAGCCTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTtacaaactggtgttttttttttaaacaagacggatgtga
gi|13                         :                                                                                                                             CATTTCTATTTTAAAG-TTTTGACGTTAAGTAATTTTCTGTCAGCTGTTT
gi|14                         :                                                                                             cAAATGACGTGACGCTAGCACCTAACTAACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGatt
gi|15                         :                                                                                                                                TTCCTTTTTAAAG-TTTTGACGTTACGTCATTTTCTGTCAGTTATTT
gi|16                         :                                                                                                                                TTCCTTTTTAGTG-TTTTGACGATACGTTATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|17                         :                                                                                                                                   CTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGT
gi|2                          : aCAAATTATACATACTAACTCTTGTGAATGATTTACTTATAGCTGGAACTTTGTA-TGTATCTTAAAAGTTTGAGAATTTCTAACGCGACATCAACTGACAT--TGCTAGCATC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACATCATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|3                          :                                                                                                                 TT------ACATCATTTTCTTTTTAAAG-TTT-GACAACACGTCATTTCCTGTCAGTTATTT
gi|5                          :                   atgtcacaaatgaaTTACTTATAACTGGAACTATGTA-TATATCTTAAAAGTTCGGGAAATTCTAACGCAACGTCAATTGACGT--TGCTAGCGTC------ACGTCATTTCCTTTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTtaagatggatgtttaaaagatggatgcgacatagtgtatattaatgtaagcttatttcctgatgaaggcttatccgaaagtttgaaaaag
gi|6                          :                                                 CTATGTACTTTATTTAAAAA-------AAAATCTATC----TGTAAAT----GT--CGTTGACGTT------ACATCATTTCCCCTTTAATG-TTTTGACGTTACGTCATTTCCTGTCAGTTATTTac
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gi|8                          :                                                   tggTA-TGTGTCTGAAAGGTTAGGGAAATTGTAACGCGACGTCATTTGGTGT--TGGTAATGTT------ACATCATTTCCTCTTAAATG-TTTTGACGTTGTGTCATTTCATGTCAATTATTTtacaaatggatggactttacaaaattgatgtaactaagtgtaaatataacttattgttgctattttcctgaaaaaagag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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