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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3306 ) : TGNTATAANATATAG-A-T---G-TACAGTCAAACCTGTCTT--AAG-CAGCCAGTCAAGGGAAAGA-GCAAAAGTGGCCTTTTAAGACAGGTTGTTGCTTAATA--CAGGTTAATT----------TGCTCTGAAAGC-A-------TAGAAATGGGAAATAGCAAATGTGGCTGCTTAAGACAAGTGGCTGC---TTAATAGAGGTGACCGCTTACGCAGGTT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACTAAAATTTAGAAAAAAAAGGTAAATAGAAAATATGGCTGTGGTTGCTTGAGATGGCCATTAACACA
Unaligned ( gi|17 ): CGTAAAATAAAATATTGAATATTAAAAACAATGCTAGC
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gi|7 : ttaaatgctatttacccattttaaattttttttttttagatatttatagcatttttttcctgaTGTTATAATA-ATCA-A-C---G-TACAGTCAAACCTGTCTT--AAG-CAGCCAGTCAAGGGAATGA-GCAAAAGTAACCTTTTAAGACAGGTTGTTGCTTAATA--CAAGTTAATT----------GGCTTTAAAAGT-A-------TAAAAATGGG-AATTGCAAATGTGCATGTTAAAGACAAGTGGCTGC---TTAATAGAGGTGGCTGCCTA-GCAGGTT
gi|8 : ---G-TACAGTCAAACCTGTCTT--AAG-AAGCCAGTCATGAGAAAGA-GCAAAGATGGCCTTTTATGACAGCTTGTTGCTTAATA--CAGGTTAATT----------TACTTTGAAAACAA-------TAGAAATGTGAAATAGAAAACATGGTTGCTTAAGACAGGTGGCTGC---TTTATAGAGGTGACCACTTAAACATGTT
gi|9 : CAGTCAAACCTGTCTT--AAA-CAGTCAGTCAAGGGAAAAA-ACTAAAATGACCTTTTAAGACAGGTTGTTGCTTAATATGTAGG-TAATT----------TGCTCTGAAAGC-A-------TAGAAATGAGAAATAGCAAATGTGGCTGCTTAAGACGATCCGCTGCCATTT--TAGAGGTGACCACTTACGCAGCTTttactgt
blockSeqs : A G T CTATTTTG TA G G C TG AAAACTAAAA A ATATTAT CAT CA
blockSeqs : T T T AGATAA . . A . . . . . . CA
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originalCons : TGNTATAANATATAG-A-T---G-TACAGTCAAACCTGTCTT--AAG-CAGCCAGTCAAGGGAAAGA-GCAAAAGTGGCCTTTTAAGACAGGTTGTTGCTTAATA--CAGGTTAATT----------TGCTCTGAAAGC-A-------TAGAAATGGGAAATAGCAAATGTGGCTGCTTAAGACAAGTGGCTGC---TTAATAGAGGTGACCGCTTACGCAGGTT
finalCons : TGNTATAANATATAGATA------TACAGTCAAACCTGTCTT--AAG-CAGCCAGTCAAGGGAAAGA-GCAAAAGTGGCCTTTTAAGACAGGTTGTTGCTTAATA--CAGGTTAATT----------TGCTCTGAAAGC-A-------TAGAAATGGGAAATAGCAAATGTGGCTGCTTAAGACAAGTGGCTGC---TTAATAGAGGTGACCGCTTACGCAGGTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACTAAAATTTAGAAAAAAAAGGTAAATAGAAAATATGGCTGTGGTTGCTTGAGATGGCCATTAACACA
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Alignments
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Reference ( family-3306 ) : TGNTATAANATATAG-A-T---A-TACAGTCAAACCTGTCTT--AAG-CAGCCAGTCAAGGGAAAGA-GCAAAAGTGGCCTTTTAAGACAGGTTGTTGCTTAATA--CAGGTTAATT----------TGCTCTGAAAGC-A-------TAGAAATGGGAAATAGCAAATGTGGCTGCTTAAGACAAGTGGCTGC---TTAATAGAGGTGACCGCTTACGCAGGTT
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gi|16 : ctgatttgaagtagGTCTT--GAGGCAGCTTCTCAAGGGGAAGA-GCAAAGTTGTTCCCTTAAGGAAGGTtgactatt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|17 ): CGTAAAATAAAATATTGAATATTAAAAACAATGCTAGC