lowQualScore : 111111111111111 11 333333333333 1111 2222 111111 11 6666666666 33333333333333333333333 111 11 555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11111111111 111 555555555555555555555555555555555555555555555 11
lowQualScore : 22 8 888888888888888 1 22 3 22 22 1 1 22 55555 777777777777 6 4 888888888888 1 1 1 8 0000 333 1 777 777 88888 5555 2222 999999 999999 1 1 1 11 6 11 1 1111111111 77777777777 1 00000000000000000000000 333 2 99 11 222 2 333333333333333333333333333333333333333333333333 0 555555555 555555555 8888888 1 1 33333 1 44444444444 1 8 777 1 1 22 555555555555555555555555555555555555555555555 5 55 66 3 1
lowQualScore : .. . ............... . .. . .. .. . . .. ..... ............ . . ............ . . . . .... ... . ... ... ..... .... .... ...... ...... . . . .. . .. . .......... ........... . ....................... ... . .. .. ... . ................................................ . ......... ......... ....... . . ..... . ........... . . ... . . .. ............................................. . .. .. . .
lowQualScore : 99 6 555555555555555 6 11 1 88 22 6 7 33 88888 999999999999 3 1 333333333333 4 4 5 0 2222 555 3 000 333 11111 0000 1111 888888 888888 3 2 2 77 1 66 2 0000000000 00000000000 3 55555555555555555555555 555 3 33 66 222 5 555555555555555555555555555555555555555555555555 1 000000000 777777777 1111111 5 5 77777 5 00000000000 5 3 555 5 7 55 222222222222222222222222222222222222222222222 7 44 44 3 0
consensus : ATATCAAACCAGTTATCTCAGA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTT-----------GT-AGTAA-TAGCTGATG--AT-AAAA-AACT--G-GC-CT--GG-----CAA------------ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--TGTG---GT-G-G-ATA-TGGTGG---TTGT---AGTAA-TAGC---T---G-----A----T----AA----AAAACTGGC--C--T-GGC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGT-GG-TGGATA--TAT-GGTGGTTGT-----------AGTAA-TAGCTGATGAT--AA-AAAA-ACT-GG-C---CTGGCA-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGTTTG---T-G---------N--------T---------G---------GT--------TGTA---------GTA---------ATAGCTGAT--GA-T-A-----A-AA------A---AC-TGGCCTGGN-AA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--T-GTGGTGGNTG---TGGTGGTTN-TAGTAA-TAGTTG-A-TTG--T-AAN-A-ACTGGCCTGG
Reference ( gi|2 ) : ATATCAAACCAGTTATCTCAGA--AATGTTTGTGATGGATATGGTGGTT-----------CT-GGTAA-TAGCTGATG--AT-AAAA-CACT--G-GC-CT--GG-----CAA------------ACTAGTTATCTCAGAAATG-TT--T-TG---G--G-G-ATA-TGTTGA---TTGT---AGTAA-TAGC---T---G-----A----T----AA----AGAACTGGA--A--T-GGC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAGTGTTTGT-TG-TGGATAATTAT-GATGGTTGT-----------AGTAA-TAGCTGATGAG--AA-AAAAGACT-GT-C---ATGGGG-AACCAGTTATCTTAATA--ATGTTTG---T-G---------T--------T---------G---------GC--------TGTA---------GTA---------ATAGCAGAT--TA-T-A-----A-AA------A---GC-TGGCATGGG-CA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--T-TAGGTGTCTG---TGAAAGTTT-TAGTAACCAGTTACA-TTG--T-AAT-A-GCCGACCTGGTTTGAT
gi|3 : ATAT---ACCAGTTTTCTCAGA--AATGATGGTAGTGGATATGGTGGTT-----------GT-AGTAA-TAGCTGATG--AT-AAAA-AACT--T-GC-TT--GAT----CAATCAGTTTGATACACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--TGTG---GT-G-G-ATT-TGGTGA---TTGT---AGTAA-TAGC---TTATG-----A----T----AA----AAAACTATC--A--A-GAC-AAACCA-GTTATCT--CGGAAATATTGGT-GG-TG--T-ATT-T-GGTAGTTGT-----------AGTAT-AAGCTGAGGAT--AC-AAA--ATTAGT-C----TGATA-ATCCAGTTATCTCAGAA--ATATTGG---T-G---------G--------T---------GTATAAGGTAGT--------TGTA---------GTA---------ATAGTTGAG--GA-T-A-----A-AA------A---AC-TAGCCTGAT-AA-ACCAGTCAGCT
gi|8 : tgtagtaatagctgatgataaaaaactggcctgCAAACCAGTTGTCTCAGA--AATGT--GTGGTGGACATAGTAGTT-----------CT-CATAA-TAGCTGATG--AT-AACA-GGCT--G-GC-CT--GG-----GAA------------ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--TGTG---GT-G-G-ATA-TGTTGG---TTCA---CGTAA-TAGCTGAT---G-----A----T----AA----AAGGCTGGC--C--T-GGC-AAACCA-GTTACCG--C--AAATGTTTGT-GG-TGGAT--T--T-GGTTGTTGT-----------TGT
gi|9 : gctggcctggCAAATCAGTTTTCTCAGA--AATATTTGTGATGGATAT-GTAGTT-----------GT-AGTAA-TAGCTGATA--AT-ACAA-TACT--G-GC--------------A------------ACCAGTTATCNNNNNNNNN-NT------------G-G-ATT-TG-TGG---TTGT---AGTAA-TAGC---T---G-----A----T----AAT---ACAAT---A--C--T-GGC--AACCA-ATTATCT--TAGAAATGTTTGT-GT-TGGAT--TTGT---TAATTGT-----------A
gi|14 : agttctagaaatagctgatgaaaaCAGACCAGTTATCTTAGA--AATGTTTGTG---------GTGGTT-----------AA-AGTAT-TAGCTGATG--AT-AAAA-AACT--G-GC-AT--GG-----CAG------------ACCAGTTATCTTAGAAATG-TT--TGTG---GT-G-G-ATa
gi|16 : ggtggatgtagtattagctgatgataaaaaacaggaatggCGAATCAGTTATCTCAGA--AATGATTGTGGTTGATAGTGTGTTT-----------GT-AGTAA-TAGCTGATT--AT-AAAT-AACT--G-
gi|18 : aaaatgattgtggttgatatggtggtttttagtgataactgatgataaacaactggcctgaCAAACCAGTTATCTCAGA--AATGaac
gi|19 : tgtttgtggtggatatggtggttgtagtaatacctggataaaactgacctgaCAAACCAGTTATCTCAGA--AATGTTTATAGTGGATTTGGTGGTT-----------ataataaggatta
gi|11 : aatggtggtaccagtaagtgatgacaataaaaaactggcctggAAAACAGTTATCACAGT--TATGTTTGTGTTTGGTATATAGGTT-----------GT-AGTAA-GAGCTGATG--AT-TAAA-TAAC--GTAC-CT--GG-----CAA------------ACCAGTTTTCTCAGAAATG-TT--TGTG---G--
gi|20 : tgtggttaatatggtggttgttgtaatagattagtaatagctgatgataaaaaactggcctggaAAACCATTTATCTCAGA--AATGATTGTGGTGGATATGGTGGTT-----------GT-TGTAA-CAGCTGATG--AT-AAAA-
gi|15 : AAACAAGTTATCTCAGA--AATGTTCGT-----------TGGTT-----------GT-AGTAA-TACCTGGTG--ATAAAAA-AACT--G-GC-AT--GG-----AGA------------ACCAa
gi|13 : taaaagaaatggcttgaatgtatgaaatggttatgtgctttttgcataaaatcagtatggcatgggAACCATTTATCTCAGA--AATGTTTTAGGTGGCTGTGGAAGGT-----------TT-AGTAACTAGTT-ACG--TT-AAAA-C
gi|17 : ttgtagtaatagcagattataaaaagctggcattggcAACCAGTTATCTCAGA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTT-----------CT-AGTAA-AAGCTGTTGATAT-AAAA-AACT--G-GC-CT--GG-----AAA------------ACCAGTTAtgtaatgatggttgttttaaattgttgtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|6 : ACCAGTTATCTCAGA--AATGTTTGTAGTAGATATGTTGGTT-----------GT-AATAA--AACTGATG--AC-AAAA--ACT--G-GC-CT--GA-----CAA------------ACCAGTTATCTCAGAAATG-TTGGT-AG---T--A-G-ATA-TGTTGG---TTGT---AGTAA-TAGC---T---G-----A----TGAT-AA----AAATCTGGC--C--T-GGC-AAACCATGTTATTT--CAGAAATGTTTGT-AG-TAGATG----C-GTTGGTTGT-----------AGTAA-TAGCTGATGAT--AA-AAAA--CT-GG-C---CTGACA-AACCAGTTATCTCAGTA--ATGTTTG---T-A---------G--------T---------A---------GA--------TGTG---------TTG---------GTTGTAG-------T-C-----A-AA------A----C-TGACCTGGT-AA-ACCAGTTATCTCAGA
gi|5 : CCAGTTATCTCAGA--AATGGTTGTGGTGGATATGGTGGTT-----------GT-AGTAA-TACCTG--G--AT-AAA---ACC--G-GC-CT--GA-----CGA------------ACAAGTTATCTCAGAAAAG-TT--TGTG---GT-G-G-ATA-TGGTGG---TTGT---AGTAC-TACC---TG--G-----A----T----AA------AACCCGC--C--T-GAC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAAAGTTTGT-GG-TGGA----TAT-GGTGGTTGC-----------AGTTA-TACCTG--GAT--AA-A----ACC-GG-C---CT-GCG-AACCAGTTATCTCAGAA--ATG
gi|23 : gatcaaagataaaccagtctcctgtaaatcaaagttatttatctattttacagataatttaatataatgaactaaactatgtGTTATCTCAGA--AATGTTTGTGGTTGGTATGTTAGTT-----------ataataaggatt
gi|10 : TTATCTCAGA--AATGTTTGTGGTGAATATGTTGGTT-----------GT-AGAAA-TAGCTGATA--A--AAGA--ACT--A-GC-CT--GG-----CAA------------ACC-GTCATCTCAGAAATG-TT--TGTG---GT-G-G-ATA-TGTTGG---TTGT---AGTAA-TAGT---T---G-----A----TGAT-AA----CAAACTGGC--C--T-GGC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGT-GG-TGGA----TAT-GGTGGTgta
gi|1 : atATATCAGACCAATGCTT-TGGTGGATATGGTGGTT-----------CT-AGTTA-TAGCTAATG--ATAAAAA-AACT--G-GG-TT--GG-----CAG------------ACCAGTAATCTTAGAAATA-TT-----------------TG-TGTTGG---TTGT---ATTAA-TAGC---T---G-----ATGC-T----GA----AAAAGTGAC--A----GGG-GAACCA-GTTATCTTATAGAAATGTTTG--TG-T-------------TGGTTGT-----------AGTTA-TAGCTGGTGAGAAAA-AAAAAACA-GG-C---ATGTGC-AACTAGTTATCTTAGAA--GTGTTGA---T-G---------G--------T---------G---------GCTCCATACATGTA---------GCT---------ATAGCTGAT--GA-T-A-----A-AA------A----C-TGGTATAGG-CA-ACTAGTTATCTCAAAAATG-----T-TGGATGGCTT---TG------T-TAGTAA--AGTTG-A-TGG--T-AAC-A-
gi|12 : taCTCAGA--AATGTTAGTGGTGGATATGTTGGTT-----------GT-AGTAA-TAGCTGATG--AT-AAAG-AACT--G-GC-CT--GG-----CAA------------ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--TGTG---GT-T-G-ATA-TGGTGG---TTCT---TGTAA-AAGCTGAT---G-----A----T----AA----AAGGCTGGC--C--T-GGC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGT-atgtggcagtggcatgttaaaaatgtcatgctgtttttttttagttgtaatgatagctgacatgaccaggtaaaa
gi|16 : A--AATGATTGTGGTTGATATGGTGGTT-----------TTTAGTGA-TAACTGATG--AT-AAAC-AACT--G-GC-CT--GA-----CGA------------ATCAGTTATCTCAGAAATGATT--G-TG---GT-T-G-ATAGTG-TGT---TTGT---AGTAA-TAGC---T---GATT--A----T----AA----ATAACTGAA--g
gi|18 : aTGTTTGTGGTGGATATGGTGGTT-----------GT-AGTAA-TACCTG--G--AT-AAA---ACT--G-AC-CT--GA-----CAA------------ACCAGTTATCTCAGAAATG-c
gi|4 : TGTTTGTG-----TAGGTTGAT----------------GTAA-TAGCTTATG--AA-AACA-CACA--A-AC-CT--GGGACAGCAA------------ATT-GTGAT---AGATATG-TT--TGTG---A--T-G-GT--TGTTT----TTGTTTAAGAAA-TATA---T---T-----A----T----AA----CACACTGGT--A--T-GGGGAAACCA-GAT-TGG--TAGAAATGTTTAT------GATGTTTGT-GTTGGTTGA-----------AGTAA-TAGATTATGA----A-AACACACT-GT-CCAGATGGGATGACCAGATGTGATAGTG--ATGGTCG---T-C---------C--------T---------G---------GT--------CAAA---------GTT---------ATAG----T--TAGT-G-----A-AA------ACACAT-TGACCTGGGGCA-ACCAGTTGTGGTAGAAATG-TT--TGTA-ATG---G---TTGAAGTTG-TAGataataaggatta
gi|11 : ctgTGTGGTTAATATGGTGGTTGTTGTAATAGATT-AGTAA-TAGCTGATG--AT-AAAA-AACT--G-GC-CT--GG-----AAA------------AACAGTTATCACAGTTATG-TT--TGTGTTTG--G-T-ATA-TA--GG---TTGT---AGTAA-GAGC---T---G-----ATGATT----AA----ATAAC--GT--ACCT-GGC-AAACCA-GTTTTCT--CAGAAATGTTTGT-atcataacactgacat
gi|7 : TGATGGATATGGTGGTT-----------GT-AGTAA-TAGCT-ATG--AT-AAAG-AA-T--G-AC-CT--GG-----CAA------------ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--TGTG---G--G-GGAGA-TGGTGG---TTAT---AGTTA-CATC---T---G-----A----TGAT-AA----AAAACTGGC--A--T-GGC-AAACCA-CTTATCT--CAGAAATGATTGT-GG-TGGA----TAT-GGTGGTTGT-----------AGTAA-TAGCT-ATGAT--AA-AA---ACT-GG-C---CTGGGA-AACCAGTTATCTCAGAA--CTGTTTG---T-G---------G--------T---------C---------GA--------TATG---------GTG---------GTAgg
gi|19 : tATGGTGGTA-----------CC-AGTAA-GTGATGACA--AT-AAAA-AACT--G-GC-CT--GG-----CAA------------ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--TATA---GT-G-G-ATT-TGGTGG---TTtaata
gi|14 : aGGTGGAT-----------GT-AGTAT-TAGCTGATG--AT-AAAA-AACA--G-GA-AT--GG-----CAG------------ACCAGTTATCTTAGAAATG-TT--TGTG---G-------------TGG---TTAA---AGTAT-TAGC---T---G-----A----TGAT-AA----AAAACTGGC--A--T-GGC-AGACCA-GTTATCT--TAGAAATGTTTGT-GG-TGGAT
gi|9 : GTT-----------CT-AGAAA-TAGCTGATG--A---AAA-CA----------------------A------------ATCAGTTTTCTCAGAAATA-TT--TGTG---AT-G-G-ATA-TGTAG----TTGT---AGTAA-TAGC---T---G-----A----T----AAT---ACAAT---A--C--T-GGC--AACCA-GTTATC--------NNNNNNNN-NN-TGGAT--TT----GTGGTTGT-----------AGTAA-TAGCTGATAAT-----ACAATACT-----------GGC-AACCAATTATCTTAGAA--ATGTTTG---T-G---------T--------T---------G---------GA--------TTTG---------TTA---------AT
gi|13 : aTT-----------GT-AGTAA-TAGCAGATT--AT-AAAA-AGCT--G-GCATT--GG-----CAA-------------CCATTTATCTCAGAAATG-TT--T-TA---G--G-T-GGC-TGTGGAAGGTT-T---AGTAACTAGT---TAC-G-----T----T----AA------AACTGTA--A--T-GA------TG-GTTGTTT--TAAA-----TTGT-TG-TAGtgtaa
gi|22 : -TAGGTGATG--AA-AACA-CACT--G-GC-TTGGGG-----C-A------------ACCAGTTGTctgacctgacttaaggtaaaat
gi|15 : taagctgtgtttgtg--AT-AAAATCAGTATG-GC-AT--GG-----GAA------------ACAAGTTATCTCAGAAATG-TT--C------------------GTTGG---TTGT---AGTAA-TACC---T---G-----G----TGATAAA----AAAACTGGC--A--T-GGA-GAACCA-g
gi|8 : taaaagaaatggcttgaatgtatgaaatggttatgtgctttttgcCT--G-GC-CT--GG-----CAA------------ACCAGTTGTCTCAGAAATG-TG--T-GG---T--G-G-ACA-TAGTAG---TTCT---CATAA-TAGC---T---G-----A----T----GATAACAG-GCTGGC--C--T-GGG-AAACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGT-GG-TGGA----TAT-GTTGGTTCA-----------CGTAA-TAGCTGATGAT-----AAAAGGCT-GG-C---CTGGCA-AACCAGTTACCGCA--A--ATGTTTG---T-G---------G--------T---------G---------GA--------TTTG---------GT
gi|20 : gAA------------ACCATTTATCTCAGAAATGATT--G-TG---GT-G-G-ATA-TGGTGG---TTGT---TGTAA-CAGC---T---G-----A----T----GA----tgttgttgt
gi|17 : A------------ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--TGTG---GT-G-G-ATA-TGGTGG---TTCT---AGTAA-AAGC---T---GTTGATA----T----AA----AAAACTGGC--C--T-GGA-AAACCA-GTTAtaaaaa
gi|5 : CCAGTTATCTCAGAAATG-GT--TGTG---GT-G-G-ATA-TGGTGG---TTGT---AGTAA-TACC---T---GG----A----T----AA----A--ACCGGC--C--T-GAC-GAACAA-GTTATCT--CAGAAAAGTTTGT-GG-TGGA----TAT-GGTGGTTGT-----------AGTAC-TACCTG--GAT--AA-AA---CCC-GC-C----TGACA-AACCAGTTATCTCAGAA--AAGTTTG---T-G---------G--------T---------G---------GA--------TATG---------GTG---------GTTGCAG-T--TA-T-ACCTGGATAA------A---AC-CGGCCTGCG--A-ACCAGTTATCTCAGAAATG-
gi|23 : gatcaaagataaaccagtctcctgtaaatcaaagttatttatctattttacagataatttaatataatgaactaaactatgtGTTATCTCAGAAATG-TT--TGTG---GTTG-G--TA-TGTTAG---TTGT---Aataataaggatt
gi|10 : TTATCTCAGAAATG-TT--TGTG---GT-G-A-ATA-TGTTGG---TTGT---AGAAA-TAGC---T---G-----A----TA---AA----AGAACTAGC--C--T-GGC-AAACC--GTCATCT--CAGAAATGTTTGT-GG-TGGA----TAT-GTTGGTTGT-----------AGTAA-TAGTTGATGAT--AA-CAA--ACT-GG-C---CTGGCA-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGTTTG---T-G---------G--------T---------G---------GA--------TATG---------GT
gi|12 : atCTCAGAAATG-TTA-G-TG---GT-G-G-ATA-TGTTGG---TTGT---AGTAA-TAGC---T---G-----A----TGAT-AA----AGAACTGGC--C--T-GGC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGT-GG-TTGA----TAT-GGTGGTTCT-----------TGTAA-AAGCTGATGAT-----AAAAGGCT-GG-C---CTGGCA-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGTTTG---T-G---------ggt
gi|16 : AAATGATT--G-TG---G--TTG-ATA-TGGTGG---TTTTT--AGTGA-TAAC---T---G-----A----TGAT-AA----ACAACTGGC--C--T-GAC-GAATCA-GTTATCT--CAGAAATGATTGT-GG-TTGATAGT-----GTGTTTGT-----------AGTAA-TAGCTGATTAT--AA-ATAA
gi|18 : aTG-TT--TGTG---GT-G-G-ATA-TGGTGG---TTGT---AGTAA-TACC---T---GG----A----T----AA----A--ACTGAC--C--T-GAC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAATGctgaac
gi|7 : --G-G-ATA-TGGTGG---TTGT---AGTAA-TAGC---TAT-G-----A----T----AA----AGAA-TGAC--C--T-GGC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGT-GG-GGGAGA----T-GGTGGTTAT-----------AGTTA-CATCTGATGAT--AA-AAAA--CT-GG-C---ATGGCA-AACCACTTATCTCAGAA--ATGATTG---T-GGTGGATA--TGG------T---------G---------GT--------TGTA---------GTA---------ATAGC-TAT--GA-T-A-----A-AA------A----C-TGGCCTGGG-AA-ACCAGTTATCTCAGAACTG-TT--T-ataataaggatta
gi|9 : ttgat---TTCT---AGAAA-TAGC---T---G-----A----T----GA----AAA---------------C-AAATCA-GTTTTCT--CAGAAATATTTGT-GA-TGGA----TAT-G-TAGTTGT-----------AGTAA-TAGCTGATAAT-----ACAATACT-----------GGC-AACCAGTTATCNNNNNN--NNNNTGGATTT-G------------------T---------G---------GT--------TGTA---------GTA---------ATAGCTGAT--AA-T-A-----C-AA------T---AC-T------GG-CA-ACCAATTATCTTAGAAATG-TT--T----GTGTgtggtcgatatggtggtataata
gi|13 : ag---TTGT---AGTAA-TAGCAGAT---T-----A----T----AA----AAAGCTGGC--A--TTGGC-AA-CCA-TTTATCT--CAGAAATGTTT------TAGGTGGCTGTGGAAGGTT-T-----------AGTAACTAGTT-ACGTT--AA-A----ACT-GT-A---ATGATG------GTTGTTTTAA-A--TTGTTtggatttgttaattgtaa
gi|14 : TGT---AGTAT-TAGC---T---G-----A----TGAT-AA----AAAACAGGA--A--T-GGC-AGACCA-GTTATCT--TAGAAATGTTTGT-GG-TGGTTAA-------------------------AGTAT-TAGCTGATGAT--AA-AAAA--CT-GG-C---ATGGCA-GACCAGTTATCTTAGAA--ATGTTTG---T-G---------G--------T---------G---------Ggtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|11 : ggtggaT---AGTAA-TAGC---T---G-----A----TGAT-AA----AAAACTGGC--C--T-GGA-AAAACA-GTTATCA--CAGTTATGTTTGTGTT-TGG-TA--TAT-A--GGTTGT-----------AGTAA-GAGCTGATGAT--TA-AATA-AC--GTAC---CTGGCA-AACCAGTTTTCTCAGAA--ATGTTTG---T-G---------at
gi|19 : tgtggttaatatggtggttgttgtaatagat---AGTGA-TGAC-------A-----A----T----AA----AAAACTGGC--C--T-GGC-AAACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTAT-AG-TGGAT--T--T-GGTGGTTg
gi|5 : aatggtggtaccagta-----A----T----AA----TGAACTAAACTA--T-GTC-----CA-GTTATCT--CAGAAATGGTTGT-GG-TGGA----TAT-GGTGGTTGT-----------AGTAA-TACCTG--GAT--AA-A----ACC-GG-C---CTGACG-AACAAGTTATCTCAGAA--AAGTTTG---TGG---------TGGATATGGT---------G---------GT--------TGTA---------GTA---------CTACCTGG----A-T-A-----A-AA-----------C-CCGCCTGAC-AA-ACCAGTTATCTCAGAAAAG-TT--T-GTGGTGGATA---TGGTGGTT----G----CAGTTATACCTGGAT-AA--A-ACCGGCCTG
gi|8 : gatcaaagataaaccagtctcctgtaaatcaaagttatttatctattttacagataatttaatCTGGC--C--T-GGC-AAACCA-GTTGTCT--CAGAAATGTGTG---G-TGGACA----T-AGTAGTTCT-----------CATAA-TAGCTGATGAT--AA-CA--GGCT-GG-C---CTGGGA-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGTTTG---T-G---------G--------T---------G---------GA--------TATGTTGGTTCACGTA---------ATAGCTGAT--GA-T-A-----A-AA------G---GC-TGGCCTGGC-AA-ACCAGTTACCGC--AAATG-TT--T-GTGGTGcgaaccagttatctcagaaatgataataaggatt
gi|15 : gTGGC--A--T-GGG-AAACAA-GTTATCT--CAGAAATGTTCGT-TG-----------------GTTGT-----------AGTAA-TACCTGGTGAT--AA-AAAA-ACT-GG-C---ATGGAG-AACCAgatttggttgttgttgt
gi|20 : taaaagaaatggcttgaatgtatgaaatggttatgtgctttttgcataaaatcagta-AAACCA-TTTATCT--CAGAAATGATTGT-GG-TGGA----TAT-GGTGGTTGT-----------TGTAA-CAGCTGATGAT--AA-AAA
gi|17 : AACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGT-GG-TGGATA----T-GGTGGTTCT-----------AGTAA-AAGCTGTTGAT--AT-AAAAAACT-GG-C---CTGGAA-AACCAGTTA
gi|10 : TTATCT--CAGAAATGTTTGT-GG-TGAATA----T-GTTGGTTGT-----------AGAAA-TAGCTGAT------A-AAAGAACT-AG-C---CTGGCA-AACC-GTCATCTCAGAA--ATGTTTG---T-GGTGGATATGT--------T---------G---------GT--------TGTA---------GTA---------ATAGTTGAT--GA-T-A-----A-CA------A---AC-TGGCCTGGC-AA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--T-GTGGTG
gi|12 : atCT--CAGAAATGTTAGT-GG-TGGATA----T-GTTGGTTGT-----------AGTAA-TAGCTGATGAT--AA-AGAA--CT-GG-C---CTGGCA-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGTTTG---T-GGTTGATA--TGG------T---------G---------GT--------TCTT---------GTA---------AAAGCTGAT--GA-T-A-----A-AA------G---GC-TGGCCTGGC-AA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--T-gatatggtggt
gi|18 : TGTTTGT-GG-TGGATA----T-GGTGGTTGT-----------AGTAA-TACCTG--GAT--AA-A----ACT-GA-C---CTGACA-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGgtg
gi|7 : T-TGATGGATA----T-GGTGGTTGT-----------AGTAA-TAGCT-ATGAT--AA-AGAA---T-GA-C---CTGGCA-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGTTTG---T-GGGGGAGA--TGG------T---------G---------GT--------TATA---------GTT---------ACATCTGAT--GA-T-A-----A-AA------A---AC-TGGCATGGC-AA-ACCACTTATCTCAGAAATG-AT--T-GTGGTGGATA---TGGTGGTTG-TAGTAA-TAGCTA----TGA-T-AAA-A-ACTGGCCTGGataataaggatta
gi|16 : T-TG-TGGTTGAT-AT-GGTGGTTTTT----------AGTGA-TAACTGATGAT--AA-ACAA--CT-GG-C---CTGACG-AATCAGTTATCTCAGAA--ATGATTG---T-GG--------T--------T---------G---------ATAGTGTGTTTGTA---------GTA---------ATAGCTGAT--TA-T-A-----A-AT------A---AC-TGgaaaccagttatctcagaactgtttgtggtcgatatggtggtataata
gi|11 : aaaatga-TG-TGGTTAAT-AT-GGTGGTTGTTGTAATAGATTAGTAA-TAGCTGATGAT--AA-AAAA--CT-GG-C---CTGGAA-AAACAGTTATCACAGTT--ATGTTTG---T-G---------T--------TTGGTATATAG---------GT--------TGTA---------GTA---------AGAGCTGAT--GA-T-T-----A-AATAACGTA---CC-TGGCA------A-ACCAGTTTTCTCAGAAATG-TT--T-aac
gi|14 : -GGTGGATGT-----------AGTAT-TAGCTGATGAT--AA-AAAACA---GG-A---ATGGCA-GACCAGTTATCTTAGAA--ATGTTTG---T-G---------G--------T---------G---------GT--------TAAA---------GTA---------TTAGCTGAT--GA-T-A-----A-AA------A---AC-TGGCAT-GG-CAGACCAGTTATCTTAGAAATG-TT--T-GTGGTGgtgg
gi|19 : ATGGTGGT-----------ACCAG-TAAGTGATGAC--AATAAAAAACT-GG-C---CTGGCA-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGTTTA---T-A---------G--------T---------G---------GA--------TTTG---------GTgat
gi|13 : aTTGT-----------AGTAA-TAGCAGATTAT--AA-AAAG--CT-GG-C---ATTGGC-AACCATTTATCTCAGAA--ATGTTTT---A-G---------G--------T---------G---------GC--------TGTG---------Gggtt
gi|8 : CT-GG-C---CTGGCA-AACCAGTTGTCTCAGAA--ATGT--G---T-G---------G--------T---------G---------GA--------CATA---------GTAGTTCTCATAATAGCTGAT--GA-T-A-----A-CA------G---GC-TGGCCTGGG-AA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--T----GTG---G---TGGATATGT-TGGT------TCAC----G--T-AAT-A-GCTGAaaggtttagtaactagttacgttaaaactgtaatgatggttgttttaaattgttgtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|15 : gT-GG-C---ATGGGA-AACAAGTTATCTCAGAA--ATGTT-----C-G---------T--------T---------G---------GT--------TGTA---------GTA---------ATACCTGGT--GA-TAA-----A-AA------A---AC-TGGCATGGA-GA-ACCAtgataaaaggctggcctggcaaaccagttaccgcaaatgtttgtggtggatttggttgttgttgt
gi|17 : taaaagaaatggcttgaatgtatgaaatggttatgtgctttttgcataaaatcagta-AACCAGTTATCTCAGAA--ATGTTTG---T-GGTGGATA--TGG------T---------G---------GT--------TCTA---------GTA---------AAAGCTGTTGATA-T-A-----A-AA------A---AC-TGGCCTGGA-AA-ACCAGTTA
gi|20 : -AACCATTTATCTCAGAA--ATGATTG---T-GGTGGATA--TGG------T---------G---------GT--------TGTT---------GTA---------ACAGCTGAT--GA-T-A-----A-AA------A---
gi|10 : aTTATCTCAGAA--ATGTTTG---T-GGTGAATATGT--------T---------G---------GT--------TGTA---------GAA---------ATAGCTGAT---A---A-----A-AG------A---AC-TAGCCTGGC-AA-ACC-GTCATCTCAGAAATG-TT--T-GTGGTGGATA---TGTTGGTTG-TAGTAA-TAGTTG-A-TGA--T-AACAA-ACTGGCCTGG
gi|12 : atATGTTAGTG--GTGGATA---T-G---------T--------T---------G---------GT--------TGTA---------GTA---------ATAGCTGAT--GA-T-A-----A-AG------A---AC-TGGCCTGGC-AA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--T----GTGGTTGATATGGTGGTTC-TTGTAA-AAGCTG-A-TGA--T-AAA-AGGCTGGCCTGGcaaaccagttatctcagaaatgtttgtggtggatatggtggt
gi|11 : ctcagaaTTAATATGGTGGTTG---TTG---------TAA------T---------A---------GA--------T-TA---------GTA---------ATAGCTGAT--GA-T-A-----A-AA------A---AC-TGGCCTGGA-AA-AACAGTTATCACAGTTATG-TT--T----GTGTTTGGTATATAGGTTG-TAGTAAcaaaccagttatctcagaaatgtttgtg
gi|18 : tgtggTA---T-G---------G--------T---------G---------GT--------TGTA---------GTA---------ATACCTGG----A-T-A-----A-AA-----------C-TGACCTGAC-AA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-gagctgatgattaaataacgtacctggcaaaccagttttctcagaaatgtttgtgg
gi|13 : tgtttgtggtgga--------TGTA---------GTA---------ATAGCAGAT--TA-T-A-----A-AA------A---GC-TGGCATTGG-CA-ACCATTTATCTCAGAAATG-TT--T-TAGGTGGCTG---TGGAAGGTT-TAGTAACTAGTTACG-TTataataaggatta
gi|16 : tTA---------GTG---------ATAACTGAT--GA-T-A-----A-AC------A---AC-TGGCCTGAC-GA-ATCAGTTATCTCAGAAATGATT--G-TGGTTGATAG---TG--TGTTTGTAGTAA-TAGCTG-A-TTA--TAAAT-A-ACTGAaaaactgtaatgatggttgttttaaattgttgtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|19 : aaaatgattgtggttgatatggtggttttA---------GTG---------ATGACA------A-T-A-----A-AA------A---AC-TGGCCTGGC-AA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--TATAGac
gi|15 : aatggtggtaccagtaA-T-A-----A-AATC----A---GTATGGCATGGG-AA-ACAAGTTATCTCAGAAATG-TTCGT-TGGTTGTtggatttggtggtt
gi|17 : taaaagaaatggcttgaatgtatgaaatggttatgtgctttttgcA-ACCAGTTATCTCAGAAATG-TT--T-GTGGTGGATA---TGGTGGTTC-TAGTAAagtaatacctggtgataaaaaaactggcatggagaacca
gi|20 : A-ACCATTTATCTCAGAAATG-AT--T-GTGGTGGATA---TGGTGGTTG-TTGTAACaagctgttgatataaaaaactggcctggaaaaccagtta
gi|23 : aGTTATCTCAGAAATG-TT--T-agctgatgataaaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAACAGTGTCTGTTGTTTGTTGGATTTGTTTTGTATGGAAAATAGATAGGACGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 11111111111 111111111111 222222222222 1111 111 11111111111 111111111 1111111111111111111 11111111 111 222 22 2222 1 1
lowQualScore : 44 44 22222222222 4444 33 2 5555 2 2 0 6666 6 555 000 2 555 88888888888 2 3 3 3 555555555555 3 44 0 999999999999 44 3 0 1 3 3 0000 55 333 1 77777777777 55 444444444 1 55 8888888888888888888 33333333 4 55 9 555 5 1 1 222 0 1 77 3333 0 1 0
lowQualScore : .. .. ........... .... .. . .... . . . .... . ... ... . ... ........... . . . . ............ . .. . ............ .. . . . . . .... .. ... . ........... .. ......... . .. ................... ........ . .. . ... . . . ... . . .. .... . . .
lowQualScore : 66 22 11111111111 7777 22 4 3333 5 5 1 1111 1 000 000 9 000 77777777777 8 1 1 1 888888888888 1 22 1 888888888888 22 3 2 4 6 6 7777 00 999 4 88888888888 00 555555555 2 55 2222222222222222222 22222222 0 55 1 555 4 0 0 222 6 0 00 0000 0 0 0
consensus : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGNTGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGCA---TG-GCA-AACCAGT--TATCTCAGAAATG---------TTCG--TG------GTG---------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTGTGGNAGTTTTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
Reference ( family-3304 ) : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGGTGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGCC---TG-GCA-AACCAGT--TATCTCAGAAATG---------TTTG--TG------NTG---------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCCTGGNA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTGTGGTGGTTNTAGTAA-TAGTTG-ATTGT-AANAAC-TGGCCTGG
gi|1 : ATATCA--GACCAATGCTT-TGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TTATAGCTAATG--ATAAAAAAA----CTGGGTTG-GCA-GACCAGTAATCTTAGAAATATTTGT-GT------------TGGTTGTATTAATA---GC---T-G---ATGC-T---G--AAAAAGTGACA--GG-G-GA------------ACCA-GTTATCTTATAGAAATGTTTGT-GT--------------TGG--TTG-TAGTTATAGCTGGT-G-AGAAAAAAA--AA-ACAGGCA---TGTGC--AACTAGT--TATCTTAGAAGTG---------TTGA--TG------GTG---------GCTCCATACATGTAGCTATAGCTGATGAT--A--AAAACTGGTATAGGC-AACTAGTTATCTCAAAAATG-TTG-GATGGCTTTG------TTAGTAA--AGTTG-ATGGT-AACAATGTGGC
gi|1 : taAACCAGTTATCTTATAGA--AATGTTTGTG-------T--TGGTTGT-----------AG----TTATAGCTGGTG--AG-AAAAAAAAAACAGGCATGTGCA-A-CTAGTTATCTTAGAAGTGTTGATGGTGGCTCCATACA-----TGTAGCTATA---GC---T-G---A----T---GATAAAAACTGGTATAGG-C--A------------ACTA-GTTATCT--CAAAAATGT------TGGA-----------TGGCTTTGTTAGTAA-AGTTGAT-G-GT---AACA--A----TG------TG-G------CAGTGGCATGTTAAAAATGTCATGCTGTTTTT--TT------TTA---------GT--------TGTAATGATAGCTGAagtggcatgttaaaaatgtcatgctgtttttttttagttgtaatgatagctgacatgaccaggtaaaa
gi|10 : taatatcagaccaatgctttggtggatatggtggttctagttatagctaatgataaaaaaactgggttggcagaccagtaatcttagaaatatttgtgttggttgtattaatagctgatgctgaaaaagtgacaggggTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGAATATGTTGGTTGT-----------AG----AAATAGCTGATA--A---AAGAA----CTAGCCTG-GCA-AACC-GTCATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGTTGGTTGTAGTAATA---GT---T-G---A----TGATA--ACAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--Tcatgaccaggtaaaa
gi|11 : atTGTGGTTAATATGGTGGTTGTTGTAATAGATTAG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AAACAGTTATCACAGTTATGTTTGTGTTTG----GTATATAGGTTGTAGTAAGA---GC---T-G---ATGATT---A--AATAACGTACCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTTTCT--CAGAAATGTTTGTGG
gi|12 : CTCA--GA--AATGTTAGTGGTGGATATGTTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAGAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----ATATGGTGGTTCTTGTAAAA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTG
gi|13 : T--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCATTGGC-AACCATTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGGCTGTGGAAGGTTTAGTAACTAGTTA---CGT-TAAAAC-TG
gi|14 : GG--TGG--ATG-TAGTATTAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA--CAGGAA---TG-GCA-GACCAGT--TATCTTAGAAATG---------TTTG--TG------GTG---------GT--------TAAAGTATTAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTGTGGTGGATtaatgatggttgttttaaattgttgtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|15 : AGAAATGGCT----TGAATG--TATGAAATGG--TTA-T-GT----GCTTTTTGCAT---AAAATCAG-TATGGCA---TG-GGA-AACAAGT--TATCTCAGAAATG---------TTCG--T--------TG---------GT--------TGTAGTAATACCTGGTGATAAA--AAAACTGGCATGGAG-AACCA
gi|16 : taaaA--AATGATTGTGGTTGATATGGTGGTTTTT----------AG----TGATAACTGATG--AT-AAACAA----CTGGCCTG-ACG-AATCAGTTATCTCAGAAATGATTGTGGTTG----ATAGTGTGTTTGTAGTAATA---GC---T-GATTA----T---A--AATAACTG
gi|17 : aAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TAAAAGCTGTTGATAT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AACCAGTTAaac
gi|18 : TGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT---AAAA----CTGACCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATG
gi|19 : ATGGTGGTACC-----------AG----TAAGTGATGACA--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTATAGTGG----ATTTGGTGGTTataataaggatta
gi|2 : aATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGATGGATATGGTGGTTCT-----------GG----TAATAGCTGATG--AT-AAAACA----CTGGCCTG-GCA-AACTAGTTATCTCAGAAATGTTT-TGG-GG----ATATGTTGATTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAGAACTGGAAT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAGTGTTTGTTGTGGATAATTATGA--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AG---AAAA--AAGACTGTCA---TG-GGG-AACCAGT--TATCTTAATAATG---------TTTG--TG------TTG---------GC--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCATGGGC-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGTCTGTGAAAGTTTTAGTAACCAGTTACATTGT-AATAGC-CGACCTGG
gi|20 : AAACCATTTATCTCA--GA--AATGATTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------TG----TAACAGCTGATG--AT-AAAAAtttgat
gi|22 : TAGGTGATGAA-AA--CACACTGGCTTGGGGCAACCAGTTGT
gi|23 : taagctgtgtttgtgGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTTGGTATGTTAGTTGT-----------Ag
gi|3 : TGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-ATA-TACCAGTTTTCTCAGAAATGATGGTAGTGG----ATATGGTGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----TGATA--AAAAACTTGCTT-GATC-AATCAGTTTGATACACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGAT---T-TGG--TGA--TTG-TAGTAATAGCTTAT-G-AT---AAAA--AA--CTATCA---AG-ACA-AACCAGT--TATCTCGGAAATA---------TTGG--TG------GTGTATTTGGTAGT--------TGTAGTATAAGCTGAGGAT-AC--AAAATTAGTCTGATA-ATCCAGTTATCTCAGAAATATTGGTGGTGTATAAGGTAGTTGTAGTAA-TAGTTG-AGGATAAAAAAC-TAGCCTG
gi|4 : TGTTTGTG-----TA----GGTTGA-----------TG----TAATAGCTTATG--AA-AACACA----CAAACCTG-GGACAGCAAATTGTGATAGATATGTTTGTGATGG----TTGTTTTTGTTTAAGAAATA---TA---T-T---A----T---A--ACACACTGGTAT-GG-GGAA------------ACCA-GAT-TGG--TAGAAATGTTTATGATG--TT--TGTGT--TGG--TTG-AAGTAATAGATTAT-G-A----AAAC--AC-ACTGTCCAGATG-GGATGACCAGA--TGTGATAGTGATG---------GTCG--TC------CTG---------GT--------CAAAGTTATAGTTAGTGAA-AA--CACATTGACCTGGGGCAACCAGTTGTGGTAGAAATGTTTGTAATGGTTGataaaccagtcagct
gi|4 : ctgAACCAGTTGTGGTA--GA--AATGTTTGTAATGG---TTGAAGTTGT-----------AGATCATAACA-CTGAaagttgtagatcataacactgacat
gi|5 : ctgtgtttgtgtaggttgatgtaatagcttatgaaaacacacaaacctgggacagcaaattgtgatagatatgtttgtgatggttgtttttgtttaagaaatatattataacacactggtatggggaaaccagattggtagaaatgtttatgatgtttgtgttggttgaagtaatagattatgaaaacacactgtccagatgggatgaccagatgtgatagtgatggtcgtcctggtcaaagttatagttagtgaaaacacattgacctggggcCCAGTTATCTCA--GA--AATGGTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT-AAAA------CCGGCCTG-ACG-AACAAGTTATCTCAGAAAAGTTTGTGGTGG----ATATGGTGGTTGTAGTACTA---CC---TGG---A----T-------AAAACCCGCCT-GA-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAAAGTTTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--TTG-CAGTTATACCTG---G-AT------A--AA-ACCGGCC---T--GCG-AACCAGT--TATCTCAGAAATG---------cat
gi|6 : gatcaaagataaaccagtctcctgtaaatcaaagttatttatctattttacagataatttaatataatgaactaaactatgtACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTAGTAGATATGTTGGTTGT-----------AA----TAA-AACTGATG--AC-AAAAA-----CTGGCCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTGGTAGTAG----ATATGTTGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----TGATA--AAAATCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCATGTTATTT--CAGAAATGTTTGTAGTAGATG--CGT----TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA--CTGGCC---TG-ACA-AACCAGT--TATCTCAGTAATG---------TTTG--TA------GTA---------GA--------TGT-------GTTGGTTGT-AGTCAAAACTGACCTGGTA-AACCAGTTATCTCAGAataataaggatt
gi|7 : TGATGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCT-ATG--AT-AAAGAA-----TGACCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGGGG----AGATGGTGGTTATAGTTACATCTGA---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCAT-GG-C-AA------------ACCA-CTTATCT--CAGAAATGATTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCT-AT-G-AT-----AA--AA-ACTGGCC---TG-GGA-AACCAGT--TATCTCAGAACTG---------TTTG--TGGTCGATATG---------GT--------GGTA-TAATA
gi|8 : tCAAACCAGTTGTCTCA--GA--AATGT--GTGGTGGACATAGTAGTTCT-----------CA----TAATAGCTGATG--AT-AACAGG----CTGGCCTG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGTTGGTTCACGTAATA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTACCG--C--AAATGTTTGTGGTGGAT---T-TGG--TTG--TTG-TTGT
gi|9 : gctggcctggGTTCTAGAAATA---GC---T-G---A----T---G--AAAA------------C-AA------------ATCA-GTTTTCT--CAGAAATATTTGTGATGGATA--T---G--TAG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-A-AT----ACA--AT-ACTGGC-----------AACCAGT--TATCNNNNNNNNN---------NTGGATTT------GTG---------GT--------TGTAGTAATAGCTGATAAT-AC--AATACTGGC-------AACCAATTATCTTAGAAATGTTTGTGTTGGATTTGTTAATTGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAACAGTGTCTGTTGTTTGTTGGATTTGTTTTGTATGGAAAATAGATAGGACGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 11111111111 111111111111 222222222222 1111 111111111111 11111111 33333333333333333333 111 11111 11 1111 1 1
lowQualScore : 55 44 22222222222 4444 33 2 0 5555 2 2 5555 3 555 555 2 555 33333333333 2 3 3 3 555555555555 3 44 0 999999999999 44 3 0 1 3 3 5555 55 77 333333333333 3 55 11111111 00000000000000000000 1 0 4 55 5 222 5 1 11111 3 55 7777 0 1 0
lowQualScore : .. .. ........... .... .. . . .... . . .... . ... ... . ... ........... . . . . ............ . .. . ............ .. . . . . . .... .. .. ............ . .. ........ .................... . . . .. . ... . . ..... . .. .... . . .
lowQualScore : 00 66 88888888888 7777 22 4 5 3333 5 5 7777 6 000 000 9 000 77777777777 8 1 1 1 888888888888 1 22 1 777777777777 22 3 2 4 6 6 2222 00 33 000000000000 9 55 11111111 55555555555555555555 8 6 0 55 7 000 4 0 33333 0 88 2222 0 0 0
consensus : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGTTGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTNTGGAAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
Reference ( family-3304 ) : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGNTGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTGTGGNAGTTTTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
gi|1 : ATATCA--GACCAATGCTT-TGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TTATAGCTAATG--ATAAAAAAA----CTGGGTTG-GCA-GACCAGTAATCTTAGAAATATTTG-------------TGTTGGTTGTATTAATA---GC---T-G---ATGC-T---G--AAAAAGTGACA--GG-G-GA------------ACCA-GTTATCTTATAGAAATGTTTGT-GT--------------TGG--TTG-TAGTTATAGCTGGT-G-AGAAAAAAA--AA-ACAGGC---A-TGTGC--AACTAGTTATCTTAGAAGTGTTGA--TGG------TG----------GCTCCATACATGTAGCTATAGCTGATGAT--A--AAAACTGGTATAGGC-AACTAGTTATCTCAAAAATG-TTG-GATGGCTTTG------TTAGTAA--AGTTG-ATGGT-AACAATGTGGC
gi|1 : taAACCAGTTATCTTATAGA--AATGTTTGTG-------T--TGGTTGT-----------AG----TTATAGCTGGTG--AG-AAAAAAAAAACAGGCATGTGCA-A-CTAGTTATCTTAGAAGTGTTGATGGTGGCTCCATACA-----TGTAGCTATA---GC---T-G---A----T---GATAAAAACTGGTATAGG-C--A------------ACTA-GTTATCT--CAAAAATGT------TGGA-----------TGGCTTTGTTAGTAA-AGTTGAT-G-GT---AACA--AT-G-TGGC---AGTG-GC----------ATGTTAAAAATG-TCA--TGC------TGTTTTTTTTTAGT--------TGTAATGATAGCTGAagtggcatgttaaaaatgtcatgctgtttttttttagttgtaatgatagctgacatgaccaggtaaaa
gi|10 : taatatcagaccaatgctttggtggatatggtggttctagttatagctaatgataaaaaaactgggttggcagaccagtaatcttagaaatatttgtgttggttgtattaatagctgatgctgaaaaagtgacaggggTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGAATATGTTGGTTGT-----------AG----AAATAGCTGATA--A---AAGAA----CTAGCCTG-GCA-AACC-GTCATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGTTGGTTGTAGTAATA---GT---T-G---A----TGATA--ACAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--Tcatgaccaggtaaaa
gi|11 : atTGTGGTTAATATGGTGGTTGTTGTAATAGATTAG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AAACAGTTATCACAGTTATGTTTGTGTTTG----GTATATAGGTTGTAGTAAGA---GC---T-G---ATGATT---A--AATAACGTACCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTTTCT--CAGAAATGTTTGTGG
gi|12 : CTCA--GA--AATGTTAGTGGTGGATATGTTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAGAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----ATATGGTGGTTCTTGTAAAA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTG
gi|13 : T--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCATTGGC-AACCATTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGGCTGTGGAAGGTTTAGTAACTAGTTA---CGT-TAAAAC-TG
gi|14 : GG--TGG--ATG-TAGTATTAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA--CAGGA---A-TG-GCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTG--TGG------TG----------GT--------TAAAGTATTAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTGTGGTGGATtaatgatggttgttttaaattgttgtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|15 : AGAAATGGCT----TGAATG--TATGAAATGG--TTA-T-GT----GCTTTTTGCAT---AAAATCAG-TATGGC---A-TG-GGA-AACAAGTTATCTCAGAAATGTTCG--T--------TG----------GT--------TGTAGTAATACCTGGTGATAAA--AAAACTGGCATGGAG-AACCA
gi|16 : taaaA--AATGATTGTGGTTGATATGGTGGTTTTT----------AG----TGATAACTGATG--AT-AAACAA----CTGGCCTG-ACG-AATCAGTTATCTCAGAAATGATTGTGGTTG----ATAGTGTGTTTGTAGTAATA---GC---T-GATTA----T---A--AATAACTG
gi|17 : aAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TAAAAGCTGTTGATAT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AACCAGTTAaac
gi|18 : TGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT---AAAA----CTGACCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATG
gi|19 : ATGGTGGTACC-----------AG----TAAGTGATGACA--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTATAGTGG----ATTTGGTGGTTataataaggatta
gi|2 : aATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGATGGATATGGTGGTTCT-----------GG----TAATAGCTGATG--AT-AAAACA----CTGGCCTG-GCA-AACTAGTTATCTCAGAAATGTTT-TGG-GG----ATATGTTGATTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAGAACTGGAAT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAGTGTTTGTTGTGGATAATTATGA--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AG---AAAA--AAGACTGTC---A-TG-GGG-AACCAGTTATCTTAATAATGTTTG--TGT------TG----------GC--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCATGGGC-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGTCTGTGAAAGTTTTAGTAACCAGTTACATTGT-AATAGC-CGACCTGG
gi|20 : AAACCATTTATCTCA--GA--AATGATTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------TG----TAACAGCTGATG--AT-AAAAAtttgat
gi|22 : G------TG----------TT--------TGTG----TAGGTGATGAA-AA--CACACTGGCTTGGGGCAACCAGTTGT
gi|23 : taagctGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----GTATGTTAGTTGTAg
gi|3 : TGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-ATA-TACCAGTTTTCTCAGAAATGATGGTAGTGG----ATATGGTGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----TGATA--AAAAACTTGCTT-GATC-AATCAGTTTGATACACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGAT---T-TGG--TGA--TTG-TAGTAATAGCTTAT-G-AT---AAAA--AA--CTATC---A-AG-ACA-AACCAGTTATCTCGGAAATATTGG--TGG------TGTATTTGGTA-GT--------TGTAGTATAAGCTGAGGAT-AC--AAAATTAGTCTGATA-ATCCAGTTATCTCAGAAATATTGGTGGTGTATAAGGTAGTTGTAGTAA-TAGTTG-AGGATAAAAAAC-TAGCCTG
gi|4 : TGTTTGTG-----TA----GGTTGA-----------TG----TAATAGCTTATG--AA-AACACA----CAAACCTG-GGACAGCAAATTGTGATAGATATGTTTGTGATGG----TTGTTTTTGTTTAAGAAATA---TA---T-T---A----T---A--ACACACTGGTAT-GG-GGAA------------ACCA-GAT-TGG--TAGAAATGTTTATGATG--TT--TGTGT--TGG--TTG-AAGTAATAGATTAT-G-A----AAAC--AC-ACTGTCCAGA-TG-GGATGACCAGATGTGATAGTGATGGTCG--TCC------TG----------GT--------CAAAGTTATAGTTAGTGAA-AA--CACATTGACCTGGGGCAACCAGTTGTGGTAGAAATGTTTGTAATGGTT---GAAGTTGTAGataaaccagtcagct
gi|4 : ctgAACCAGTTGTGGTA--GA--AATGTTTGTAATGG---TTGAAGTTGT-----------AGATCATAACA-CTGAatcataacactgacat
gi|5 : ctgtgtttgtgtaggttgatgtaatagcttatgaaaacacacaaacctgggacagcaaattgtgatagatatgtttgtgatggttgtttttgtttaagaaatatattataacacactggtatggggaaaccagattggtagaaatgtttatgatgtttgtgttggttgaagtaatagattatgaaaacacactgtccagatgggatgaccagatgtgatagtgatggtcgtcctggtcaaagttatagttagtgaaaacacattgacctggggcCCAGTTATCTCA--GA--AATGGTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT-AAAA------CCGGCCTG-ACG-AACAAGTTATCTCAGAAAAGTTTGTGGTGG----ATATGGTGGTTGTAGTACTA---CC---TGG---A----T-------AAAACCCGCCT-GA-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAAAGTTTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--TTG-CAGTTATACCTG---G-AT------A--AA-ACCGGC---C-T--GCG-AACCAGTTATCTCAGAAATGcat
gi|6 : gatcaaagataaaccagtctcctgtaaatcaaagttatttatctattttacagataatttaatataatgaactaaactatgtACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTAGTAGATATGTTGGTTGT-----------AA----TAA-AACTGATG--AC-AAAA-A----CTGGCCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTGGTAGTAG----ATATGTTGGTTGTAGTAATA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAATCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCATGTTATTT--CAGAAATGTTTGTAGTAGATG--CGT----TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT----AAA--AA-ACTGGC---C-TG-ACA-AACCAGTTATCTCAGTAATGTTTG--TAG------TA----------GA--------TGT-------GTTGGTTGT-AGTCAAAACTGACCTGGTA-AACCAGTTATCTCAGAataataaggatt
gi|7 : TGATGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCT-ATG--AT-AAAGAA-----TGACCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGGGG----AGATGGTGGTTATAGTTACATCTGA---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCAT-GG-C-AA------------ACCA-CTTATCT--CAGAAATGATTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCT-AT-G-AT-----AA--AA-ACTGGC---C-TG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAACTGTTTG--TGGTCGATATG----------GT--------GGTA-TAATA
gi|8 : tCAAACCAGTTGTCTCA--GA--AATGT--GTGGTGGACATAGTAGTTCT-----------CA----TAATAGCTGATG--AT-AACAGG----CTGGCCTG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGTTGGTTCACGTAATA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTACCG--C--AAATGTTTGTGGTGGAT---T-TGG--TTG--TTG-TTGT
gi|9 : gctggcctggGTTCTAGAAATA---GC---T-G---A----T---G--AAAA------------C-AA------------ATCA-GTTTTCT--CAGAAATATTTGTGATGGATA--T---G--TAG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-A-AT----ACA--AT-ACTGGC------------AACCAGTTATCNNNNNNNNNNTGGATTTG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATAAT-AC--AATACTGGC-------AACCAATTATCTTAGAAATGTTTGTGTTGGATTTGTTAATTGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAACAGTGTCTGTTGTTTGTTGGATTTGTTTTGTATGGAAAATAGATAGGACGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 11111111111 111111111111 222222222222 1111 111111111111 11111111 33333333333333333333 111 11 1111 1 1
lowQualScore : 55 44 22222222222 4444 33 2 0 5555 2 2 5555 44 555 555 2 555 33333333333 2 3 3 3 555555555555 3 44 0 999999999999 44 3 0 1 3 3 5555 55 77 333333333333 3 55 11111111 00000000000000000000 1 0 4 55 5 222 5 1 99999 1 55 7777 0 1 0
lowQualScore : .. .. ........... .... .. . . .... . . .... .. ... ... . ... ........... . . . . ............ . .. . ............ .. . . . . . .... .. .. ............ . .. ........ .................... . . . .. . ... . . ..... . .. .... . . .
lowQualScore : 00 66 88888888888 7777 22 4 5 3333 5 5 7777 99 000 000 9 000 77777777777 8 1 1 1 888888888888 1 22 1 888888888888 22 3 2 4 6 6 2222 00 33 000000000000 9 55 11111111 55555555555555555555 8 6 0 55 7 000 4 0 88888 0 88 2222 0 0 0
consensus : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTNTGGAAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
Reference ( family-3304 ) : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTNTGGAAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
gi|1 : ATATCA--GACCAATGCTT-TGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TTATAGCTAATG--ATAAAAAAA----CTGGGTTG-GCA-GACCAGTAATCTTAGAAATATTTG-------------TGT-TGGTTGTATTAATA---GC---T-G---ATGC-T---G--AAAAAGTGACA--GG-G-GA------------ACCA-GTTATCTTATAGAAATGTTTGT-GT--------------TGG--TTG-TAGTTATAGCTGGT-G-AGAAAAAAA--AA-ACAGGC---A-TGTGC--AACTAGTTATCTTAGAAGTGTTGA--TGG------TG----------GCTCCATACATGTAGCTATAGCTGATGAT--A--AAAACTGGTATAGGC-AACTAGTTATCTCAAAAATG-TTG-GATGGCTTTG------TTAGTAA--AGTTG-ATGGT-AACAATGTGGC
gi|1 : taAACCAGTTATCTTATAGA--AATGTTTGTG-------T--TGGTTGT-----------AG----TTATAGCTGGTG--AG-AAAAAAAAAACAGGCATGTGCA-A-CTAGTTATCTTAGAAGTGTTGATGGTGGCTCCATACA------TGTAGCTATA---GC---T-G---A----T---GATAAAAACTGGTATAGG-C--A------------ACTA-GTTATCT--CAAAAATGT------TGGA-----------TGGCTTTGTTAGTAA-AGTTGAT-G-GT---AACA--AT-G-TGGC---AGTG-GC----------ATGTTAAAAATG-TCA--TGC------TGTTTTTTTTTAGT--------TGTAATGATAGCTGAagtggcatgttaaaaatgtcatgctgtttttttttagttgtaatgatagctgacatgaccaggtaaaa
gi|10 : taatatcagaccaatgctttggtggatatggtggttctagttatagctaatgataaaaaaactgggttggcagaccagtaatcttagaaatatttgtgttggttgtattaatagctgatgctgaaaaagtgacaggggTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGAATATGTTGGTTGT-----------AG----AAATAGCTGATA--A---AAGAA----CTAGCCTG-GCA-AACC-GTCATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GT---T-G---A----TGATA--ACAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--Tcatgaccaggtaaaa
gi|11 : atTGTGGTTAATATGGTGGTTGTTGTAATAGATTAG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AAACAGTTATCACAGTTATGTTTGTGTTTG----GTATAT-AGGTTGTAGTAAGA---GC---T-G---ATGATT---A--AATAACGTACCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTTTCT--CAGAAATGTTTGTGG
gi|12 : CTCA--GA--AATGTTAGTGGTGGATATGTTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAGAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----ATATGG-TGGTTCTTGTAAAA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTG
gi|13 : T--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCATTGGC-AACCATTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGGCTGTGGAAGGTTTAGTAACTAGTTA---CGT-TAAAAC-TG
gi|14 : GG--TGG--ATG-TAGTATTAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA--CAGGA---A-TG-GCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTG--TGG------TG----------GT--------TAAAGTATTAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTGTGGTGGATtaatgatggttgttttaaattgttgtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|15 : AGAAATGGCT----TGAATG--TATGAAATGG--TTA-T-GT----GCTTTTTGCAT---AAAATCAG-TATGGC---A-TG-GGA-AACAAGTTATCTCAGAAATGTTCG--T--------TG----------GT--------TGTAGTAATACCTGGTGATAAA--AAAACTGGCATGGAG-AACCA
gi|16 : taaaA--AATGATTGTGGTTGATATGGTGGTTTTT----------AG----TGATAACTGATG--AT-AAACAA----CTGGCCTG-ACG-AATCAGTTATCTCAGAAATGATTGTGGTTG----ATA-GTGTGTTTGTAGTAATA---GC---T-GATTA----T---A--AATAACTG
gi|17 : aAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TAAAAGCTGTTGATAT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AACCAGTTAaac
gi|18 : TGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT---AAAA----CTGACCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATG
gi|19 : ATGGTGGTACC-----------AG----TAAGTGATGACA--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTATAGTGG----ATTTGG-TGGTTataataaggatta
gi|2 : aATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGATGGATATGGTGGTTCT-----------GG----TAATAGCTGATG--AT-AAAACA----CTGGCCTG-GCA-AACTAGTTATCTCAGAAATGTTT-TGG-GG----ATATGT-TGATTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAGAACTGGAAT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAGTGTTTGTTGTGGATAATTATGA--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AG---AAAA--AAGACTGTC---A-TG-GGG-AACCAGTTATCTTAATAATGTTTG--TGT------TG----------GC--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCATGGGC-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGTCTGTGAAAGTTTTAGTAACCAGTTACATTGT-AATAGC-CGACCTGG
gi|20 : AAACCATTTATCTCA--GA--AATGATTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------TG----TAACAGCTGATG--AT-AAAAAtttgat
gi|22 : G------TG----------TT--------TGTG----TAGGTGATGAA-AA--CACACTGGCTTGGGGCAACCAGTTGT
gi|23 : taagctGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----GTATGT-TAGTTGTAg
gi|3 : TGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-ATA-TACCAGTTTTCTCAGAAATGATGGTAGTGG----ATATGG-TGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----TGATA--AAAAACTTGCTT-GATC-AATCAGTTTGATACACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGAT---T-TGG--TGA--TTG-TAGTAATAGCTTAT-G-AT---AAAA--AA--CTATC---A-AG-ACA-AACCAGTTATCTCGGAAATATTGG--TGG------TGTATTTGGTA-GT--------TGTAGTATAAGCTGAGGAT-AC--AAAATTAGTCTGATA-ATCCAGTTATCTCAGAAATATTGGTGGTGTATAAGGTAGTTGTAGTAA-TAGTTG-AGGATAAAAAAC-TAGCCTG
gi|4 : TGTTTGTG-----TA----GGTTGA-----------TG----TAATAGCTTATG--AA-AACACA----CAAACCTG-GGACAGCAAATTGTGATAGATATGTTTGTGATGG----TTGTTT-TTGTTTAAGAAATA---TA---T-T---A----T---A--ACACACTGGTAT-GG-GGAA------------ACCA-GAT-TGG--TAGAAATGTTTATGATG--TT--TGTGT--TGG--TTG-AAGTAATAGATTAT-G-A----AAAC--AC-ACTGTCCAGA-TG-GGATGACCAGATGTGATAGTGATGGTCG--TCC------TG----------GT--------CAAAGTTATAGTTAGTGAA-AA--CACATTGACCTGGGGCAACCAGTTGTGGTAGAAATGTTTGTAATGGTT---GAAGTTGTAGataaaccagtcagct
gi|4 : ctgAACCAGTTGTGGTA--GA--AATGTTTGTAATGG---TTGAAGTTGT-----------AGATCATAACA-CTGAatcataacactgacat
gi|5 : ctgtgtttgtgtaggttgatgtaatagcttatgaaaacacacaaacctgggacagcaaattgtgatagatatgtttgtgatggttgtttttgtttaagaaatatattataacacactggtatggggaaaccagattggtagaaatgtttatgatgtttgtgttggttgaagtaatagattatgaaaacacactgtccagatgggatgaccagatgtgatagtgatggtcgtcctggtcaaagttatagttagtgaaaacacattgacctggggcCCAGTTATCTCA--GA--AATGGTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT-AAAA------CCGGCCTG-ACG-AACAAGTTATCTCAGAAAAGTTTGTGGTGG----ATATGG-TGGTTGTAGTACTA---CC---TGG---A----T-------AAAACCCGCCT-GA-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAAAGTTTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--TTG-CAGTTATACCTG---G-AT------A--AA-ACCGGC---C-T--GCG-AACCAGTTATCTCAGAAATGcat
gi|6 : gatcaaagataaaccagtctcctgtaaatcaaagttatttatctattttacagataatttaatataatgaactaaactatgtACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTAGTAGATATGTTGGTTGT-----------AA----TAA-AACTGATG--AC-AAAA-A----CTGGCCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTGGTAGTAG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAATCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCATGTTATTT--CAGAAATGTTTGTAGTAGATG--CGT----TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT----AAA--AA-ACTGGC---C-TG-ACA-AACCAGTTATCTCAGTAATGTTTG--TAG------TA----------GA--------TGT-------GTTGGTTGT-AGTCAAAACTGACCTGGTA-AACCAGTTATCTCAGAataataaggatt
gi|7 : TGATGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCT-ATG--AT-AAAGAA-----TGACCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGGGG----AGATGG-TGGTTATAGTTACATCTGA---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCAT-GG-C-AA------------ACCA-CTTATCT--CAGAAATGATTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCT-AT-G-AT-----AA--AA-ACTGGC---C-TG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAACTGTTTG--TGGTCGATATG----------GT--------GGTA-TAATA
gi|8 : tCAAACCAGTTGTCTCA--GA--AATGT--GTGGTGGACATAGTAGTTCT-----------CA----TAATAGCTGATG--AT-AACAGG----CTGGCCTG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTCACGTAATA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTACCG--C--AAATGTTTGTGGTGGAT---T-TGG--TTG--TTG-TTGT
gi|9 : gctggcctggGTTCTAGAAATA---GC---T-G---A----T---G--AAAA------------C-AA------------ATCA-GTTTTCT--CAGAAATATTTGTGATGGATA--T---G--TAG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-A-AT----ACA--AT-ACTGGC------------AACCAGTTATCNNNNNNNNNNTGGATTTG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATAAT-AC--AATACTGGC-------AACCAATTATCTTAGAAATGTTTGTGTTGGATTTGTTAATTGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAACAGTGTCTGTTGTTTGTTGGATTTGTTTTGTATGGAAAATAGATAGGACGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 11111111111 111111111111 222222222222 1111 111111111111 11111111 33333333333333333333 111 11 1111 1 1
lowQualScore : 55 44 22222222222 4444 33 2 0 5555 2 2 5555 44 555 555 2 555 33333333333 2 3 3 3 555555555555 3 44 0 999999999999 44 3 0 1 3 3 5555 55 77 333333333333 3 55 11111111 00000000000000000000 1 0 4 55 5 222 5 1 99999 1 55 7777 0 1 0
lowQualScore : .. .. ........... .... .. . . .... . . .... .. ... ... . ... ........... . . . . ............ . .. . ............ .. . . . . . .... .. .. ............ . .. ........ .................... . . . .. . ... . . ..... . .. .... . . .
lowQualScore : 00 66 88888888888 7777 22 4 5 3333 5 5 7777 99 000 000 9 000 77777777777 8 1 1 1 888888888888 1 22 1 888888888888 22 3 2 4 6 6 2222 00 33 000000000000 9 55 11111111 55555555555555555555 8 6 0 55 7 000 4 0 88888 0 88 2222 0 0 0
consensus : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTNTGGAAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
Reference ( family-3304 ) : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTNTGGAAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
gi|1 : ATATCA--GACCAATGCTT-TGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TTATAGCTAATG--ATAAAAAAA----CTGGGTTG-GCA-GACCAGTAATCTTAGAAATATTTG-------------TGT-TGGTTGTATTAATA---GC---T-G---ATGC-T---G--AAAAAGTGACA--GG-G-GA------------ACCA-GTTATCTTATAGAAATGTTTGT-GT--------------TGG--TTG-TAGTTATAGCTGGT-G-AGAAAAAAA--AA-ACAGGC---A-TGTGC--AACTAGTTATCTTAGAAGTGTTGA--TGG------TG----------GCTCCATACATGTAGCTATAGCTGATGAT--A--AAAACTGGTATAGGC-AACTAGTTATCTCAAAAATG-TTG-GATGGCTTTG------TTAGTAA--AGTTG-ATGGT-AACAATGTGGC
gi|1 : taAACCAGTTATCTTATAGA--AATGTTTGTG-------T--TGGTTGT-----------AG----TTATAGCTGGTG--AG-AAAAAAAAAACAGGCATGTGCA-A-CTAGTTATCTTAGAAGTGTTGATGGTGGCTCCATACA------TGTAGCTATA---GC---T-G---A----T---GATAAAAACTGGTATAGG-C--A------------ACTA-GTTATCT--CAAAAATGT------TGGA-----------TGGCTTTGTTAGTAA-AGTTGAT-G-GT---AACA--AT-G-TGGC---AGTG-GC----------ATGTTAAAAATG-TCA--TGC------TGTTTTTTTTTAGT--------TGTAATGATAGCTGAagtggcatgttaaaaatgtcatgctgtttttttttagttgtaatgatagctgacatgaccaggtaaaa
gi|10 : taatatcagaccaatgctttggtggatatggtggttctagttatagctaatgataaaaaaactgggttggcagaccagtaatcttagaaatatttgtgttggttgtattaatagctgatgctgaaaaagtgacaggggTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGAATATGTTGGTTGT-----------AG----AAATAGCTGATA--A---AAGAA----CTAGCCTG-GCA-AACC-GTCATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GT---T-G---A----TGATA--ACAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--Tcatgaccaggtaaaa
gi|11 : atTGTGGTTAATATGGTGGTTGTTGTAATAGATTAG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AAACAGTTATCACAGTTATGTTTGTGTTTG----GTATAT-AGGTTGTAGTAAGA---GC---T-G---ATGATT---A--AATAACGTACCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTTTCT--CAGAAATGTTTGTGG
gi|12 : CTCA--GA--AATGTTAGTGGTGGATATGTTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAGAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----ATATGG-TGGTTCTTGTAAAA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTG
gi|13 : T--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCATTGGC-AACCATTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGGCTGTGGAAGGTTTAGTAACTAGTTA---CGT-TAAAAC-TG
gi|14 : GG--TGG--ATG-TAGTATTAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA--CAGGA---A-TG-GCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTG--TGG------TG----------GT--------TAAAGTATTAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTGTGGTGGATtaatgatggttgttttaaattgttgtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|15 : AGAAATGGCT----TGAATG--TATGAAATGG--TTA-T-GT----GCTTTTTGCAT---AAAATCAG-TATGGC---A-TG-GGA-AACAAGTTATCTCAGAAATGTTCG--T--------TG----------GT--------TGTAGTAATACCTGGTGATAAA--AAAACTGGCATGGAG-AACCA
gi|16 : taaaA--AATGATTGTGGTTGATATGGTGGTTTTT----------AG----TGATAACTGATG--AT-AAACAA----CTGGCCTG-ACG-AATCAGTTATCTCAGAAATGATTGTGGTTG----ATA-GTGTGTTTGTAGTAATA---GC---T-GATTA----T---A--AATAACTG
gi|17 : aAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TAAAAGCTGTTGATAT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AACCAGTTAaac
gi|18 : TGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT---AAAA----CTGACCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATG
gi|19 : ATGGTGGTACC-----------AG----TAAGTGATGACA--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTATAGTGG----ATTTGG-TGGTTataataaggatta
gi|2 : aATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGATGGATATGGTGGTTCT-----------GG----TAATAGCTGATG--AT-AAAACA----CTGGCCTG-GCA-AACTAGTTATCTCAGAAATGTTT-TGG-GG----ATATGT-TGATTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAGAACTGGAAT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAGTGTTTGTTGTGGATAATTATGA--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AG---AAAA--AAGACTGTC---A-TG-GGG-AACCAGTTATCTTAATAATGTTTG--TGT------TG----------GC--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCATGGGC-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGTCTGTGAAAGTTTTAGTAACCAGTTACATTGT-AATAGC-CGACCTGG
gi|20 : AAACCATTTATCTCA--GA--AATGATTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------TG----TAACAGCTGATG--AT-AAAAAtttgat
gi|22 : G------TG----------TT--------TGTG----TAGGTGATGAA-AA--CACACTGGCTTGGGGCAACCAGTTGT
gi|23 : taagctGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----GTATGT-TAGTTGTAg
gi|3 : TGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-ATA-TACCAGTTTTCTCAGAAATGATGGTAGTGG----ATATGG-TGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----TGATA--AAAAACTTGCTT-GATC-AATCAGTTTGATACACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGAT---T-TGG--TGA--TTG-TAGTAATAGCTTAT-G-AT---AAAA--AA--CTATC---A-AG-ACA-AACCAGTTATCTCGGAAATATTGG--TGG------TGTATTTGGTA-GT--------TGTAGTATAAGCTGAGGAT-AC--AAAATTAGTCTGATA-ATCCAGTTATCTCAGAAATATTGGTGGTGTATAAGGTAGTTGTAGTAA-TAGTTG-AGGATAAAAAAC-TAGCCTG
gi|4 : TGTTTGTG-----TA----GGTTGA-----------TG----TAATAGCTTATG--AA-AACACA----CAAACCTG-GGACAGCAAATTGTGATAGATATGTTTGTGATGG----TTGTTT-TTGTTTAAGAAATA---TA---T-T---A----T---A--ACACACTGGTAT-GG-GGAA------------ACCA-GAT-TGG--TAGAAATGTTTATGATG--TT--TGTGT--TGG--TTG-AAGTAATAGATTAT-G-A----AAAC--AC-ACTGTCCAGA-TG-GGATGACCAGATGTGATAGTGATGGTCG--TCC------TG----------GT--------CAAAGTTATAGTTAGTGAA-AA--CACATTGACCTGGGGCAACCAGTTGTGGTAGAAATGTTTGTAATGGTT---GAAGTTGTAGataaaccagtcagct
gi|4 : ctgAACCAGTTGTGGTA--GA--AATGTTTGTAATGG---TTGAAGTTGT-----------AGATCATAACA-CTGAatcataacactgacat
gi|5 : ctgtgtttgtgtaggttgatgtaatagcttatgaaaacacacaaacctgggacagcaaattgtgatagatatgtttgtgatggttgtttttgtttaagaaatatattataacacactggtatggggaaaccagattggtagaaatgtttatgatgtttgtgttggttgaagtaatagattatgaaaacacactgtccagatgggatgaccagatgtgatagtgatggtcgtcctggtcaaagttatagttagtgaaaacacattgacctggggcCCAGTTATCTCA--GA--AATGGTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT-AAAA------CCGGCCTG-ACG-AACAAGTTATCTCAGAAAAGTTTGTGGTGG----ATATGG-TGGTTGTAGTACTA---CC---TGG---A----T-------AAAACCCGCCT-GA-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAAAGTTTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--TTG-CAGTTATACCTG---G-AT------A--AA-ACCGGC---C-T--GCG-AACCAGTTATCTCAGAAATGcat
gi|6 : gatcaaagataaaccagtctcctgtaaatcaaagttatttatctattttacagataatttaatataatgaactaaactatgtACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTAGTAGATATGTTGGTTGT-----------AA----TAA-AACTGATG--AC-AAAA-A----CTGGCCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTGGTAGTAG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAATCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCATGTTATTT--CAGAAATGTTTGTAGTAGATG--CGT----TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT----AAA--AA-ACTGGC---C-TG-ACA-AACCAGTTATCTCAGTAATGTTTG--TAG------TA----------GA--------TGT-------GTTGGTTGT-AGTCAAAACTGACCTGGTA-AACCAGTTATCTCAGAataataaggatt
gi|7 : TGATGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCT-ATG--AT-AAAGAA-----TGACCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGGGG----AGATGG-TGGTTATAGTTACATCTGA---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCAT-GG-C-AA------------ACCA-CTTATCT--CAGAAATGATTGTGGTGG--A--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCT-AT-G-AT-----AA--AA-ACTGGC---C-TG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAACTGTTTG--TGGTCGATATG----------GT--------GGTA-TAATA
gi|8 : tCAAACCAGTTGTCTCA--GA--AATGT--GTGGTGGACATAGTAGTTCT-----------CA----TAATAGCTGATG--AT-AACAGG----CTGGCCTG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTCACGTAATA---GCTGAT-G---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTACCG--C--AAATGTTTGTGGTGGAT---T-TGG--TTG--TTG-TTGT
gi|9 : gctggcctggGTTCTAGAAATA---GC---T-G---A----T---G--AAAA------------C-AA------------ATCA-GTTTTCT--CAGAAATATTTGTGATGGATA--T---G--TAG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-A-AT----ACA--AT-ACTGGC------------AACCAGTTATCNNNNNNNNNNTGGATTTG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATAAT-AC--AATACTGGC-------AACCAATTATCTTAGAAATGTTTGTGTTGGATTTGTTAATTGTA
blockSeqs : TA . TGTAATAGATT ATCA AT . AAAA T C CTCC TG TCT TGA G ATT TGATTA A A T G TCAGTTTGATAC T . ATGTATGAAA CT T G T C A TC GA CAGATGGGAT C AT GGTCGATA TTTTTTTTTAGT A A TC A GGC A C GTGGA T CT CATT A A .
blockSeqs : . . T . . . . . . . T . TGA . . TGATA C . . . . . . ATAATTATGA . . G . . A . G AGTGGC T . GC TATTTGGTAGT G . . A GGC T A GTGAA T CC AGG . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . TGA . . TGATA C . . . . . . TTTGTGT . . T . . A . T ATGGCA C . GG GT G . . A GC A C AAGGT G T C . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . TGAT C . . . . . . ATATGG . . G . . A . A ATGGGA T . GT GT G . . A CA T A TTGTT G
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . TA A . . . . . . ATTTGG . . T . . A . A ATGGGG G . GG GC G . . T AG T T GA G
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . TA T . . . . . . ATATGG . . T . . A . A AAGACA C . CC TT G . . C GC T A
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . TA A . . . . . . ATGCGT . . G . . . . A CTGACA T . AG GT G . . C TA
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . TA C . . . . . . ATATGG . . G . . . . A CTGGGA T . TG GA G . . C TA
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . TA C . . . . . . ATTTGG . . G . . . . . CTGCG G . . GT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . TA A . . . . . . ATATG . . . . . . . . . GT .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . TA C . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . TG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** TA********* ** ATNTGG****** A*** GT****************** GTGGN
originalCons : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA--TATGG--TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-AT---AAAA--AA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTNTGGAAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
finalCons : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATA---GC---T-G---ATA---------AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATNTGG------TGG--TTG-TAGTAATAGCTGAT-G-ATA---AAA--AA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TGGT------------------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCATGGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTGTGGNAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAACAGTGTCTGTTGTTTGTTGGATTTGTTTTGTATGGAAAATAGATAGGACGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 11111111 111111111111 11111 22222 111111111111 11111111 33333333333333333333 11111 11 1111 1 1
lowQualScore : 55 44 22222222222 4444 33 2 0 5555 2 2 5555 44 555 777 77777777 33 0 2 3 3 3 555555555555 3 44 00000 0 33333 4 333333333333 3 55 11111111 00000000000000000000 1 0 4 55 5 4 888 5 1 11111 1 55 7777 0 1 0
lowQualScore : .. .. ........... .... .. . . .... . . .... .. ... ... ........ .. . . . . . ............ . .. ..... . ..... . ............ . .. ........ .................... . . . .. . . ... . . ..... . .. .... . . .
lowQualScore : 00 66 88888888888 7777 22 4 5 3333 5 5 7777 99 000 999 11111111 99 2 8 1 1 1 888888888888 1 22 00000 4 22222 0 000000000000 9 55 11111111 55555555555555555555 8 6 0 55 7 0 000 4 0 33333 0 88 2222 0 0 0
consensus : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATAGC---TG---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATN----TGGTGGTTGTAGTAATAGCTGATGAT---AAAAAA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCAT-GGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTNTGGAAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
Reference ( family-3304 ) : ATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATAGC---TG---A----T---A--AAAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATN----TGGTGGTTGTAGTAATAGCTGATGAT---AAAAAA-ACTGGC---A-TG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTCG--TGG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCAT-GGGN-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGGNTGTGGNAGTTNTAGTAACTAGTTG-ATNGT-AANAAC-TGGCCTGG
gi|1 : ATATCA--GACCAATGCTT-TGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TTATAGCTAATG--ATAAAAAAA----CTGGGTTG-GCA-GACCAGTAATCTTAGAAATATTTG-------------TGT-TGGTTGTATTAATAGC---TG---ATGC-T---G--AAAAAGTGACA--GG-G-GA------------ACCA-GTTATCTTATAGAAATGTTTGT-GT------------TGGTTGTAGTTATAGCTGGTGAGAAAAAAAAA-ACAGGC---A-TGTGC--AACTAGTTATCTTAGAAGTGTTGA--TGG------TG----------GCTCCATACATGTAGCTATAGCTGATGAT--A--AAAACTGGTAT-AGGC-AACTAGTTATCTCAAAAATG-TTG-GATGGCTTTG------TTAGTAA--AGTTG-ATGGT-AACAATGTGGC
gi|1 : taAACCAGTTATCTTATAGA--AATGTTTGTG-------T--TGGTTGT-----------AG----TTATAGCTGGTG--AG-AAAAAAAAAACAGGCATGTGCA-A-CTAGTTATCTTAGAAGTGTTGATGGTGGCTCCATACA------TGTAGCTATAGC---TG---A----T---GATAAAAACTGGTATAGG-C--A------------ACTA-GTTATCT--CAAAAATG-TTG-GATGGCTT----T-GT-----TAGTAA-AGTTGATGGT---AACAAT-G-TGGC---AGTG-GC----------ATGTTAAAAATG-TCA--TGC------TGTTTTTTTTTAGT--------TGTAATGATAGCTGAagtggcatgttaaaaatgtcatgctgtttttttttagttgtaatgatagctgacatgaccaggtaaaa
gi|10 : taatatcagaccaatgctttggtggatatggtggttctagttatagctaatgataaaaaaactgggttggcagaccagtaatcttagaaatatttgtgttggttgtattaatagctgatgctgaaaaagtgacaggggTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGAATATGTTGGTTGT-----------AG----AAATAGCTGATA--A---AAGAA----CTAGCCTG-GCA-AACC-GTCATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATAGT---TG---A----TGATA--ACAAACTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATA----TGGTGGTcatgaccaggtaaaa
gi|11 : atTGTGGTTAATATGGTGGTTGTTGTAATAGATTAG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AAACAGTTATCACAGTTATGTTTGTGTTTG----GTATAT-AGGTTGTAGTAAGAGC---TG---ATGATT---A--AATAACGTACCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTTTCT--CAGAAATGTTTGTGG
gi|12 : CTCA--GA--AATGTTAGTGGTGGATATGTTGGTTGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAGAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----ATATGG-TGGTTCTTGTAAAAGCTGATG---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTG
gi|13 : T--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCAT-TGGC-AACCATTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGGCTGTGGAAGGTTTAGTAACTAGTTA---CGT-TAAAAC-TG
gi|14 : GGTGGATGTAGTATTAGCTGATGAT---AAAAAA--CAGGA---A-TG-GCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTG--TGG------TG----------GT--------TAAAGTATTAGCTGATGAT-AA--AAAACTGGCAT-GGCA-GACCAGTTATCTTAGAAATGTTTGTGGTGGATtaatgatggttgttttaaattgttgtagctgacctgacttaaggtaaaat
gi|15 : TGGC---A-TG-GGA-AACAAGTTATCTCAGAAATGTTCG--T--------TG----------GT--------TGTAGTAATACCTGGTGATAAA--AAAACTGGCAT-GGAG-AACCA
gi|16 : taaaagaaatggcttgaatgtatgaaatggttatgtgctttttgcataaaatcagtaA--AATGATTGTGGTTGATATGGTGGTTTTT----------AG----TGATAACTGATG--AT-AAACAA----CTGGCCTG-ACG-AATCAGTTATCTCAGAAATGATTGTGGTTG----ATA-GTGTGTTTGTAGTAATAGC---TGATTA----T---A--AATAACTG
gi|17 : aAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTCT-----------AG----TAAAAGCTGTTGATAT-AAAAAA----CTGGCCTG-GAA-AACCAGTTAaac
gi|18 : TGTTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT---AAAA----CTGACCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATG
gi|19 : ATGGTGGTACC-----------AG----TAAGTGATGACA--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTATAGTGG----ATTTGG-TGGTTataataaggatta
gi|2 : aATATCAAACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTGATGGATATGGTGGTTCT-----------GG----TAATAGCTGATG--AT-AAAACA----CTGGCCTG-GCA-AACTAGTTATCTCAGAAATGTTT-TGG-GG----ATATGT-TGATTGTAGTAATAGC---TG---A----T---A--AAGAACTGGAAT-GG-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAGTGTTTGTTGTGGATAATTATGATGGTTGTAGTAATAGCTGATGAG---AAAAAAGACTGTC---A-TG-GGG-AACCAGTTATCTTAATAATGTTTG--TGT------TG----------GC--------TGTAGTAATAGCAGATTAT-AA--AAAGCTGGCAT-GGGC-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTTAGGTGTCTGTGAAAGTTTTAGTAACCAGTTACATTGT-AATAGC-CGACCTGG
gi|20 : AAACCATTTATCTCA--GA--AATGATTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------TG----TAACAGCTGATG--AT-AAAAAtttgat
gi|22 : G------TG----------TT--------TGTG----TAGGTGATGAA-AA--CACACTGGCTT-GGGGCAACCAGTTGT
gi|23 : taagctGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTTG----GTATGT-TAGTTGTAg
gi|3 : TGT-----------AG----TAATAGCTGATG--AT-AAAAAA----CTGGCCTG-ATA-TACCAGTTTTCTCAGAAATGATGGTAGTGG----ATATGG-TGGTTGTAGTAATAGC---TG---A----TGATA--AAAAACTTGCTT-GATC-AATCAGTTTGATACACCA-GTTATCT--CAGAAATGTTTGTGGTGGATT----TGGTGATTGTAGTAATAGCTTATGAT----AAAAA-ACTATC---A-AG-ACA-AACCAGTTATCTCGGAAATATTGG--TGG------TGTATTTGGTA-GT--------TGTAGTATAAGCTGAGGAT-AC--AAAATTAGTCT-GATA-ATCCAGTTATCTCAGAAATATTGGTGGTGTATAAGGTAGTTGTAGTAA-TAGTTG-AGGATAAAAAAC-TAGCCTG
gi|4 : TGTTTGTG-----TA----GGTTGA-----------TG----TAATAGCTTATG--AA-AACACA----CAAACCTG-GGACAGCAAATTGTGATAGATATGTTTGTGATGG----TTGTTT-TTGTTTAAGAAATATA---TT---A----T---A--ACACACTGGTAT-GG-GGAA------------ACCA-GAT-TGG--TAGAAATGTTTATGATGTTTG----TGTTGGTTGAAGTAATAGATTATGA----AAACAC-ACTGTCCAGA-TG-GGATGACCAGATGTGATAGTGATGGTCG--TCC------TG----------GT--------CAAAGTTATAGTTAGTGAA-AA--CACATTGACCTGGGGC-AACCAGTTGTGGTAGAAATGTTTGTAATGGTT---GAAGTTGTAGataaaccagtcagct
gi|4 : ctgAACCAGTTGTGGTA--GA--AATGTTTGTAATGG---TTGAAGTTGT-----------AGATCATAACA-CTGAatcataacactgacat
gi|5 : ctgtgtttgtgtaggttgatgtaatagcttatgaaaacacacaaacctgggacagcaaattgtgatagatatgtttgtgatggttgtttttgtttaagaaatatattataacacactggtatggggaaaccagattggtagaaatgtttatgatgtttgtgttggttgaagtaatagattatgaaaacacactgtccagatgggatgaccagatgtgatagtgatggtcgtcctggtcaaagttatagttagtgaaaacacattgacctggggcCCAGTTATCTCA--GA--AATGGTTGTGGTGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATACCTG--G--AT-AAAA------CCGGCCTG-ACG-AACAAGTTATCTCAGAAAAGTTTGTGGTGG----ATATGG-TGGTTGTAGTACTACC---TGG--A----T---A--AAA--CCCGCCT-GA-C-AA------------ACCA-GTTATCT--CAGAAAAGTTTGTGGTGGATA----TGGTGGTTGCAGTTATACCTG--GAT------AAA-ACCGGC---C-T--GCG-AACCAGTTATCTCAGAAATGcat
gi|6 : gatcaaagataaaccagtctcctgtaaatcaaagttatttatctattttacagataatttaatataatgaactaaactatgtACCAGTTATCTCA--GA--AATGTTTGTAGTAGATATGTTGGTTGT-----------AA----TAA-AACTGATG--AC-AAAA-A----CTGGCCTG-ACA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTGGTAGTAG----ATATGT-TGGTTGTAGTAATAGCTGATG---A----T---A--AAAATCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCATGTTATTT--CAGAAATGTTTGTAGTAGATG----CGTTGGTTGTAGTAATAGCTGATGAT----AAAAA-ACTGGC---C-TG-ACA-AACCAGTTATCTCAGTAATGTTTG--TAG------TA----------GA--------TGT-------GTTGGTTGT-AGTCAAAACTGACCT-GGTA-AACCAGTTATCTCAGAataataaggatt
gi|7 : TGATGGATATGGTGGTTGT-----------AG----TAATAGCT-ATG--AT-AAAGAA-----TGACCTG-GCA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGGGG----AGATGG-TGGTTATAGTTACATC---TG---A----TGATA--AAAAACTGGCAT-GG-C-AA------------ACCA-CTTATCT--CAGAAATGATTGTGGTGGATA----TGGTGGTTGTAGTAATAGCT-ATGAT-----AAAA-ACTGGC---C-TG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAACTGTTTG--TGGTCGATATG----------GT--------GGTA-TAATA
gi|8 : tCAAACCAGTTGTCTCA--GA--AATGT--GTGGTGGACATAGTAGTTCT-----------CA----TAATAGCTGATG--AT-AACAGG----CTGGCCTG-GGA-AACCAGTTATCTCAGAAATGTTTGTGGTGG----ATATGT-TGGTTCACGTAATAGCTGATG---A----T---A--AAAGGCTGGCCT-GG-C-AA------------ACCA-GTTACCG--C--AAATGTTTGTGGTGGATT----TGGTTGTTGTTGT
gi|9 : gctggcctggGTTCTAGAAATAGC---TG---A----T---G--AAAA------------C-AA------------ATCA-GTTTTCT--CAGAAATATTTGTGATGGATA----T-GTAGTTGTAGTAATAGCTGATAAT----ACAAT-ACTGGC------------AACCAGTTATCNNNNNNNNNNTGGATTTG------TG----------GT--------TGTAGTAATAGCTGATAAT-AC--AATACTGGC--------AACCAATTATCTTAGAAATGTTTGTGTTGGATTTGTTAATTGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAACAGTGTCTGTTGTTTGTTGGATTTGTTTTGTATGGAAAATAGATAGGACGAAA