lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 11 55555 2 4444 11 1 1 222 2222 1 22 222222222 1 1 1 1 1 1 11 11 11 1 1 1 1 1 22222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333 8888 99999999999999999999999999999999999999999999 1 33 1 2 1 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1 1 33333 4 333333 2 666666666666666 111 1 1 444444444444444444 111 1
lowQualScore : 0 6 8 0 5 3 33 00000 4 0 2222 6 0 88 0 777 0 333 8888 0 3 0 33 777777777 5 2 6 5 6 6 2 5 5 6 6 6 4 6 6 0 88 6 6 33 6 6 88 4 0 2 5 5 7 7 4 5 77777 6 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000000 5555 55555555555555555555555555555555555555555555 6 7 11 6 7 4 0 5 6 7 7 7 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 33 7 2 5 99999 6 0 2 7 444444 6 888888888888888 444 3 2 3 222222222222222222 6 1 6 888 3 33 666 6 0 2 2 3 5
lowQualScore : . . . . . . .. ..... . . .... . . .. . ... . ... .... . . . .. ......... . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . .. . . .. . . . . . . . . . ..... . ....................................................................... ....... .... ............................................ . . .. . . . . . . . . . . ............................................................. . .. . . . ..... . . . . ...... . ............... ... . . . .................. . . . ... . .. ... . . . . . .
lowQualScore : 7 0 3 7 0 2 88 00000 0 0 5555 0 7 33 0 888 0 333 0000 7 0 0 88 000000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 33 7 0 88 0 0 00 0 2 5 0 5 0 0 0 0 00000 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000000 0000 00000000000000000000000000000000000000000000 0 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 0 5 0 00000 0 0 5 7 333333 7 000000000000000 333 3 0 2 777777777777777777 7 0 7 999 2 55 000 5 2 2 5 2 0
consensus : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACGAACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC--ATTGATCATACCTTGTAGNAAACTTATTGTGATTTTGGAAGTT--CTCTTACCAATAT-TCTAT-TTTCTCTTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCGGCTA---GGTATGGTGC---GCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTNCGGTACT-CCCT-GACC--CNTGTCGTGCCCCCGCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCCGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCCTACTAGNTTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAG--GCTTGTNTGTGCGATA--CTCCCTGACCTAGGTCAGGGAGACCATCGCNCAGANAGGCCGTCTATACAAAGTACTTTCAACAGTACTTGTAGGNTTTATTGTGATATTGTTATACTATATTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAACCAAAAAAAAGAAAATTA-GTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGG-------TAGTAGTAGT----AGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATATTGGATGTATATTAAAGAAGAATGATACGATACTACACTTTGCTTATTAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTTAATGAAAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTNTGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTANATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGNTAATTGCATAAAATNGAGTTGTGTATTTACAAAGAAAGGCTTAAGCATAAAGAAAGNTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTT----CAAATG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTCGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCGTCTTTTCTTATAACACGACATGAGTG-AC----CCC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCAAAAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
Reference ( gi|1 ) : AACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTACCAGCCAGGAAACAGACCATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC--ATTGATCATAC-----AGTAAACTT-TTGTA----TAGAAGCT--CTCTTACCAATAT-TCTGT-TTTCTCTTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGT---ACCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACT-CCC--GACC--CCTGTCGTGCCCCCGACCCTGTCTGTGAGACGCTCTGGCACAGTGCCTAAACTACCTGTCCGGTACACTGATGTCCCTTTTAGGAGAGTTGAGTAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGATGTTTGCACCAGATCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCTTGTATATGAGGCCTGATCTTGTATGGG--GCTTGTGTGTGTGATA--CTCCCTAATTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACATTCAATTGTACTTGTAGGTTTTATTTTGATATTGTTATATTATGTTACTAACCAA----------------AACAAAAACAAAAAAA-------TATGTT----TTA-TA----ATTATA------TTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTATTGGATGTATATTAATGAAGAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTAAATGATACGATACTACACTTTGCTTGTTAA-GATAAGATACTACATTTTGCTAGTTAATGATAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAAAATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGTTTAATGAAAAGTAATTGCATCAAATGGAGATATATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAA-AAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAGCTGA-----GAAAAA-GCATATTTT----CGACTGTTTTGGTCATTATTAATAGCGACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATAACATGAGTGTGT----CCC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTGCCACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGAAAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGTACAGCGCAAAAGAAAGAGCAGAATGAGAACGGTTG
gi|7 : ACTGGTTTAATGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGTCAGGAAACGGACAATACAACTAAAACTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC--ATTGATCATAC-----AGTAAACTT-TTGTA----TGGAAGCT--CTCTTACCAATAT-TCTGT-TTTCTCTTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGC
gi|11 : tagCTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC--ATTGATCA
gi|10 : TGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAACACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC--ATTGATCAT
gi|5 : CACT-GACAACACATTTACTATGTATTGACTAAACCTTGTAGAAAACTTATTGTGATTTTGAAAGTTTTCTCTTACCAATATAT---T-TTTTTATTTTCAGTTTACCAGTGATACCCTTTCAGCGGCTA---GGTATGGTGT---TCTGTGTACGGCGCTTGTTTGTTTGGTACT-CTCTCGACC--CATGT---GCCCCCTCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTCTTATGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAATGCTCCTCCGAA
gi|8 : catgcattttcttcaaatctaatttctagttattGTT--CTGTTGCCAATGT-TCTATATTTTTCTTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGgcttt
gi|4 : atgcattttcttcaaaacaaatttcaagttacacactgacaatgttattactgtgtattgactaacttttgtatggaaattaattgtgattttgaaagtTCTTACCAATAT-TTTAT-TTTCTCTTTTCAGTTTGCCGGTGATGCCCTTCCAGCAGCTAAGAGGTACGTTGT---GCCTTGTATGGCGCCTGTTTGTGCGGTACTACCT--GACCAACC---CATGTCCCAGCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCAGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTAAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTTGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCCTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAG--GCTTGTGTGTGCGATA--CTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGTGGCTGTCTGTATAAAGTACTTTCAACAGTACTTGTAGGATTTATTGTGATATTGTTATACTAT
gi|2 : taagctttcttatggaaattaatcgtgatttagaaagttttatTATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTTTGTGCGATACT-CCCT-GACt
gi|2 : ctgtttgtttggtactcctgacccttgtcgtgcccccgcccttgcctgtgagacgctctggcagagtgcctagactacctgtccggtacaccgatgtccctgttaggagagttgaggaacctgtactgaacgctcctctggtggttcgtaccaggtcgggtcgggtagtccgccgtccagacaggctgtcttactagtttggataggtaaggtctaccctgtaCTGTTTGTTTGGTACT-CCT--GACC--CTTGTCGTGCCCCCGCCCTTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGTGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCTTACTAGTTTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAG--GCTTGTTTGTGCGATA--CTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATAT-----TATTATATTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAACCAAAAAAAAGAAAATTA-GTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGG-------TAGTAGTAGT----AGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATATTGGATGTATATTAAAGAAGAATGATATGATACTACACTTTGTTTATTAATGAAACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTTAATGAAAAGATACAAGAAAAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGTAATTGCATAAAATGGAGTTGTGTATTTACAAAGAAAGGCTTAAGCATAAAGAAAGGTAATttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtactttcaatagtacttgtaggttttattgtgatattattatattactaaccaaaaaaaaaaaaaaatctaacaaaaccaaaaaaaagaaaattagttagtattattagtgtattataagtatgttgtagaagtagatgtaggtagtagtagtagtagtagtaagtagtatgatgaagaagaagatgaagaaaaaagaagaagaagaaggatattggatgtatattaaagaagaatgatatgatactacactttgtttattaatgaaacgatactacactttgcttgttaatgatcagatactacactttgcttgttaatgaaaagatacaagaaaaacccgaaagataatatttatgatacgatactacactttgcttattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaaagtaattgcataaaatggagttgtgtatttacaaagaaaggcttaagcataaagaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgggaaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgaccccactgccaaagtcggatgtgctgaacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgatagtacaggtagtggccaacagcagcacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaaaggttg
gi|2 : TTATATAGACAGCCTCTCTGAGCGATGGTCTCCCTGACCTAAGTCAGGGAG--TATCGCACAAACAAGCC-TC-ATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgggaaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgaccccactgccaaagtcggatgtgctgaacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgatagtacaggtagtggccaacagcagcacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaaaggttg
gi|4 : ctgtttgtttggtactcctgacccttgtcgtgcccccgcccttgcctgtgagacgctctggcagagtgcctagactacctgtccggtacaccgatgtccctgttaggagagttgaggaacctgtactgaacgctcctctggtggttcgtaccaggtcgggtcgggtagtccgccgtccagacaggctgtcttactagtttggataggtaaggtctaccctgtatatggggcctgatc--CTCCCTGACCTAAGTCAGGGAG--TATCGCACACACAAGCC-TC-ATACAAagtactttcaatagtacttgtaggttttattgtgatattattatattactaaccaaaaaaaaaaaaaaatctaacaaaaccaaaaaaaagaaaattagttagtattattagtgtattataagtatgttgtagaagtagatgtaggtagtagtagtagtagtagtaagtagtatgatgaagaagaagatgaagaaaaaagaagaagaagaaggatattggatgtatattaaagaagaatgatatgatactacactttgtttattaatgaaacgatactacactttgcttgttaatgatcagatactacactttgcttgttaatgaaaagatacaagaaaaacccgaaagataatatttatgatacgatactacactttgcttattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaaagtaattgcataaaatggagttgtgtatttacaaagaaaggcttaagcataaagaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgggaaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgaccccactgccaaagtcggatgtgctgaacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgatagtacaggtagtggccaacagcagcacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaaaggttg
gi|9 : taagctttcttatggaaattaatcgtgatttagaaagttttattcttaccaatattttattttctcttttcagtttgccggtgatgcccttccagcagctaagaggtacgttgtgccttgtatggcgcctgtttgtgcggtactacctgaccaacccatgtcccagcccgtgcctgtgagacgctctggcagagtgcctagactacctgtccagtacaccgatgtccctgttaggagagttaaggaacctgtactgaacgctcctctggaggtttgtaccaggtcgggtcgggtagtccgccgtccagacaggctgtcctactagattggataggtaaggtctaccctgtatatggggcctgatcTGATACGATACTACACTTTGCTTATTAAaccatcgctcagagtggctgtctgtataaagtactttcaacagtacttgtaggatttattgtgatattgttatactatt
gi|9 : agaagaacccgaaagataatattttTGATACGATACTACACTTTGCTTATTAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaattttacaaagagaggttgatgcaaaaa
gi|9 : agaagaacccgaaagataatattttAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTTTGATACGATACTACACTTTGCTTATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaattttacaaagagaggttgatgcaaaaa
gi|3 : TAAAATTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGCTAATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaattttacaaagagaggttgatgcaaaaa
gi|3 : aaggtacataaaaagatatctaaatgatgcaTGCATAAAATT----TGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGCTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatagctgggaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatttcttatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgacccccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgtaagtacatgtagtggcgaacggcagcacagcgcaaatgatag
gi|2 : aaggtacataaaaagatatctaaatgaAAAAAGCTGG-----GAAAAAAGCATATTTT----CAAATG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGACATGAGTG-AC----CCCACTGCCAAAGTCGGATGTGCTGAACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGATAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCAAAAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatagctgggaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatttcttatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgacccccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgtaagtacatgtagtggcgaacggcagcacagcgcaaatgatag
gi|3 : ctgtttgtttggtactcctgacccttgtcgtgcccccgcccttgcctgtgagacgctctggcagagtgcctagactacctgtccggtacaccgatgtccctgttaggagagttgaggaacctgtactgaacgctcctctggtggttcgtaccaggtcgggtcgggtagtccgccgtccagacaggctgtcttactagtttggataggtaaggtctaccctgtatatggggcctgatcttgtatgaggcttgtttgtgcgatactccctgacttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtactttcaatagtacttgtaggttttattgtgatattattatattactaaccaaaaaaaaaaaaaaatctaacaaaaccaaaaaaaagaaaattagttagtattattagtgtattataagtatgttgtagaagtagatgtaggtagtagtagtagtagtagtaagtagtatgatgaagaagaagatgaagaaaaaagaagaagaagaaggatattggatgtatattaaagaagaatgatatgatactacactttgtttattaatgaaacgatactacactttgcttgttaatgatcagatactacactttgcttgttaatgaaaagatacaagaaaaacccgaaagataatatttatgatacgatactacactttgcttattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaaagtaattgcataaaatggagttgtgtatttacaaagaaaggcttaagcataaagaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTT----CAAATG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATTTCTTATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGACATGAGTGACC----CCC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACATGTAGTGGCGAACGGCAGCACAGCGCAAATGATAG
gi|6 : aaggtacataaaaagatatctaaatgatgcataaaatttgtatatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaagctaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAGCTGATGATAAAAAAATGCATATTTTTATACAACTTTTTTATCCAT-GTTGTTAACAACATGTCGTGTAACTATATATTCTTTTTCCATTAACATGACTGACTCTCATGTTCATATAACTATAGCGTCATATCTCATTACAC--C---------T----TCC-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGACCTCATCATGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTT---------TTATTATTGTT---AGTACAAGAAGTGGCCAACAACAGCACAGTGCAAAAGAACGAGCAGAATGAGAAAGGTT
gi|12 : TTTCCTTATA------CATGACTATATTTTCCCT-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGGCCTTGTCATGGCGCAGGGGCG-AACACTAC
gi|13 : catgtatgtctg----CCC-CTGCTGAAGTCGGATGTGCTGGGCCTCAACGTGGCGCAGGGGCGAAACACTACaa
gi|14 : ----CCC-TTGCCAA-GTC-----TACCG-ACCTCAACGTGGTGCAAGGGTG-AACATCTTCATAA---TAAGATGgctatat
gi|15 : cCATTAATGTAAGTACGTCTAGTGGCTTACAGTAGTA-AGCAC-AAAGAAAAAGCAGAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCTGGTTTTGGTAATTTTACGTAGTGGCTAGCTACAGCACAACGCATATAAGAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 33333333 11 1111 11111 111 111 111 11111 6666666666666666 3333333333 2222 1 2222 222222 6666666 4444 888888888 11 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 1 22222 2 44444444444444444 1111111 1
lowQualScore : 4 2 7 55555 6 55555555 1 22 2222 33333 444 0 8 8 2 777 99 1 555 1 2 22 2 2 2 0 0 1 1 6 1 1 6 6 0 1 99999 0000000000000000 2 5555555555 4444 5 3333 999999 5555555 2222 000000000 4 33 4 1 5 2 4 4 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 4 11 1 55 777 33 4 0 0 6 1 1 55555 0 22222222222222222 0 3 3 2 2 0 66 8 3333333 1 1 1 5 3 1 6 6
lowQualScore : . . . ..... . ........ . .. .... ..... ... . . . . ... .. . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..... ................ . .......... .... . .... ...... ....... .... ......... . .. . . . . . . . ............................................................ . . .. . .. ... .. . . . . . . ..... . ................. . . . . . . .. . ....... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 3 88888 0 00000000 0 00 4444 00000 000 8 0 0 0 555 77 0 888 0 5 88 5 5 0 7 7 0 0 0 0 0 0 0 7 0 55555 0000000000000000 5 0000000000 0000 5 5555 555555 0000000 5555 000000000 0 55 0 0 5 5 0 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 5 44 0 22 555 88 0 7 7 7 0 0 00000 0 88888888888888888 2 5 5 0 0 8 00 0 6666666 4 4 4 7 2 0 7 7
consensus : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACCCC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
Reference ( family-3303 ) : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACGAACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTTATTGTGATTTTGGAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCGGCTA---GGTATGGTGCGCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTNCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCCGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCCTACTAGNTTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTNTGTGCGATACTCCCTGACCTAGGTCAGGGAGACCATCGCNCAGANAGGCCGTCTATACAAAGTACTTTCAACAGTACTTGTAGGNTTTATTGTGATATTGTTATACTATATTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAACCAAAAAAAAGAAAATTA-GTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGG-------TAGTAGTAGT----AGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATATTGGATGTATATTAAAGAAGAATGATACGATACTACACTTTGCTTATTAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTTAATGAAAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTNTGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTANATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGNT---AAT--TGCATAAAATNGAGTTGTGTATTTACAAAGAAAGGCTTAAGCATAAAGAAAGNTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTCGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCGTCTTTTCTTATAACACGAC-ATGAGTG-ACCCC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
gi|1 : ACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTACCAGCCAGGAAACAGACCATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATAC------A-GTAAACTT-TTGTA----TAGAAGC--T--CT---CTTACCAATATTCTGT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTACCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCC--GACCCCTGTCGTGCCCCCGACCCTGTCTGTGAGACGCTCTGGCACAGTGCCTAAACTACCTGTCCGGTACACTGATGTCCCTTTTAGGAGAGTTGAGTAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGATGTTTGCACCAGATCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCTTGTATATGAGGCCTGATCTTGTATGGGGCTTGTGTGTGTGATACTCCCTAATTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACATTCAATTGTACTTGTAGGTTTTATTTTGATATTGTTATATTATGTTACTAACCAA----------------AACAAAAACAAAAAAA-------TATGTT----TTA-TA----ATTATA------TTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTATTGGATGTATATTAATGAAGAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTAAATGATACGATACTACACTTTGCTTGTTAA-GATAAGATACTACATTTTGCTAGTTAATGATAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAAAATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGTTTAATGAAAAGT---AAT--TGCATCAAATGGAGATATATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAA-AAAGGTAAT
gi|1 : aAAAAAGCTGA-----GAAAAA-GCATATTTTCG---AC-----TGTTTTGGTCATTATTAATAGCGACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATAAC-ATGAGTGTGTCCC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTGCCACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGAAAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGTACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAACGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgagaaaaagcatattttcgactgttttggtcattattaatagcgacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacataacatgagtgtgtcccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactgccacaattttgagatggatcatcattattgaaagtacaggtagtggccaacagcagtacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaacggttg
gi|10 : aactggtttaaagcgacaataaaatggaaataattaccagccaggaaacagaccatactactaatatttaaacacttgacagcacagtgactacattgatcatacagtaaacttttgtatagaagctctcttaccaatattctgttttctcttttcagtttgccggtgatacccttccagcagctaggtatggtgtaccttgtacggcgcctgtttgttcggtactcccgacccctgtcgtgcccccgaccctgtctgtgagacgctctggcacagtgcctaaactacctgtccggtacactgatgtcccttttaggagagttgagtaacctgtactgaacgctcctctggatgtttgcaccagatcgggtcgggtagtccgccgtccagacgggctgtcttactagattggataggtaaggtctaccttgtatatgaggcctgatcttgtatggggcttgtgtgtgtgatactccctaatttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtacattcaattgtacttgtaggttttattttgatattgttatattatgttactaaccaaaacaaaaacaaaaaaatatgttttataattatattgtagaagtagatgtaggttgtagttagtagtagtagtaagtagtagtaagtagtatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtattggatgtatattaatgaagaatgatcagatactacactttgcttgtaaatgatacgatactacactttgcttgttaagataagatactacattttgctagttaatgataagatacaagaagaacccgaaagataaaatttatgatacgatactacactttgcttattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagtttaatgaaaagtaattgcatcaaatggagatatatatttacaaagaaaggtttaagcataaaaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAACACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCAT
gi|11 : CTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCA
gi|12 : TTTCCTTATA-CATGACTAT-ATTT-TCCCT-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGGCCTTGTCATGGCGCAGGGGCG-AACACTACAA
gi|13 : catgtatgtctgCCC-CTGCTGAAGTCGGATGTGCTGGGCCTCAACGTGGCGCAGGGGCGAAACACTAC
gi|14 : CCCC-TTGCCAA-GTC-----TACCG-ACCTCAACGTGGTGCAAGGGTG-AACAgctatat
gi|15 : CATTAATGTAAGTACGTCTAGTGGCTTACAGTAGTA-AGCAC--A-AAGAAAAAGCAGAAtcttcataataagatg
gi|16 : GTAATTTTACGTAGTGGCTAGCTACAGCACAACGCATATAAGAAA
gi|2 : gctggttttgCTGTTTGTTTGGTACTCC-T-GACCCTTGTCGTGCCCCCGCCCTTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGTGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCTTACTAGTTTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTTTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTATTATA-----TTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAACCAAAAAAAAGAAAATTA-GTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGG-------TAGTAGTAGT----AGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATATTGGATGTATATTAAAGAAGAATGATATGATACTACACTTTGTTTATTAATGAAACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTTAATGAAAAGATACAAGAAAAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTGTATTTACAAAGAAAGGCTTAAGCATAAAGAAAGGTAAT
gi|2 : AAAAAGCTGG-----GAAAAAAGCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACCCCACTGCCAAAGTCGGATGTGCTGAACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGATAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgggaaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgaccccactgccaaagtcggatgtgctgaacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgatagtacaggtagtggccaacagcagcacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaaaggttg
gi|3 : ctgtttgtttggtactcctgacccttgtcgtgcccccgcccttgcctgtgagacgctctggcagagtgcctagactacctgtccggtacaccgatgtccctgttaggagagttgaggaacctgtactgaacgctcctctggtggttcgtaccaggtcgggtcgggtagtccgccgtccagacaggctgtcttactagtttggataggtaaggtctaccctgtatatggggcctgatcttgtatgaggcttgtttgtgcgatactccctgacttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtactttcaatagtacttgtaggttttattgtgatattattatattactaaccaaaaaaaaaaaaaaatctaacaaaaccaaaaaaaagaaaattagttagtattattagtgtattataagtatgttgtagaagtagatgtaggtagtagtagtagtagtagtaagtagtatgatgaagaagaagatgaagaaaaaagaagaagaagaaggatattggatgtatattaaagaagaatgatatgatactacactttgtttattaatgaaacgatactacactttgcttgttaatgatcagatactacactttgcttgttaatgaaaagatacaagaaaaacccgaaagataatatttatgatacgatactacactttgcttattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaaagtaattgcataaaatggagttgtgtatttacaaagaaaggcttaagcataaagaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGT----ACATAAAAAGATATCTAAATGATGCATAAAAT----TTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGCTAAT
gi|3 : TAAAATTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGCT---AAT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatagctgggaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatttcttatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgacccccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgtaagtacatgtagtggcgaacggcagcacagcgcaaatgatag
gi|3 : aaggtacataaaaagatatctaaatgatgcaAAATAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATTTCTTATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACCCCCCTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACATGTAGTGGCGAACGGCAGCACAGCGCA-A-ATGATAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatagctgggaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatttcttatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgacccccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgtaagtacatgtagtggcgaacggcagcacagcgcaaatgatag
gi|4 : aaggtacataaaaagatatctaaatgatgcataaaatttgtatatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaagctaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTT-AT--GGAAATTAATCGTGATTTAGAAAGT--T--TTATTCTTACCAATATTTTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATGCCCTTCCAGCAGCTAAGAGGTACGTTGTGCCTTGTATGGCGCCTGTTTGTGCGGTACTACCT-GACCAAC-CCATGTCCCAGCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCAGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTAAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTTGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCCTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGTGGCTGTCTGTATAAAGTACTTTCAACAGTACTTGTAGGATTTATTGTGATATTGTTATACTAT
gi|5 : taagctttCACT-GACAACACATTTACTATGT---ATTGACTAAACCTT-GTA-GAAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--TTTCT---CTTACCAATAT---AT-TTTTTTATTTTCAGTTTACCAGTGATACCCTTTCAGCGGCTA---GGTATGGTGTTCTGTGTACGGCGCTTGTTTGTTTGGTACTCTCTCGACCCATGT---GCCCCCTCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTCTTATGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAATGCTCCTCCGAAGCTTt
gi|6 : catgcattttcttcaaatctaatttctagttattAACAGCTGATGATAAAAAAATGCATATTTTTATACAACTTTTTT-----ATCCATGTTGTTAACAACATGTCGTGTAACTATATATTCTTTTTCCATTAACATGACTGACTCTCATGTTCATATAACTATAGCGTCATATCTCATTACAC--C-TT---------CC-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGACCTCATCATGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTT------------TTATTATTGTTAGTACAAGAAGTGGCCAACAACAGCACAGTGCA-A-AAGAACGAGCAGAATGAGAAAGGTTt
gi|7 : ACTGGTTTAATGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGTCAGGAAACGGACAATACAACTAAAACTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATAC------A-GTAAACTT-TTGTA----TGGAAGC--T--CT---CTTACCAATATTCTGT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGC
gi|8 : tagTTACACACT-GACAAT---GTTATTACTGTGTATTGACTA-ACTTTTGTATGGAAATTAATTGTGATTTTGAAAGTGTT--CT---GTTGCCAATGTTCTATATTTTTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATG
gi|9 : atgcattttcttcaaaacaaatttcaagAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTTTGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------A--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGAAT-------TTTACAAAGAGAGGTTGATGCAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 33333333 11 1111 11111 111 111 111 1 6666666666666666 5555555555555555555555555555 3333333 2222 888888888 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 11 22222 2 44444444444444444 11 1
lowQualScore : 1 7 55555 6 55555555 1 22 2222 33333 444 0 8 8 777 1 555 1 2 22 1 1 0 0 2 2 0000000000000000 1 8888888888888888888888888888 2 2222222 4444 000000000 1 22 1 1 5 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 6666 333 88 6 6 1 55555 0 22222222222222222 0 1 1 0 0 8 5 22 77 1 1 1 5 3 1 6 6
lowQualScore : . . ..... . ........ . .. .... ..... ... . . . ... . ... . . .. . . . . . . ................ . ............................ . ....... .... ......... . .. . . . . . . ............................................................ . .... ... .. . . . ..... . ................. . . . . . . . .. .. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 3 88888 0 00000000 0 00 4444 00000 000 8 0 0 555 0 888 0 5 88 0 0 7 7 0 5 0000000000000000 0 5555555555555555555555555555 5 5555555 0000 000000000 0 00 0 0 5 0 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 8888 333 33 7 7 0 00000 0 88888888888888888 2 0 0 8 8 0 0 00 99 4 4 4 7 2 0 7 7
consensus : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAANTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
Reference ( family-3303 ) : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
gi|1 : ACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTACCAGCCAGGAAACAGACCATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATAC------A-GTAAACTT-TTGTA----TAGAAGC--T--CT---CTTACCAATATTCTGT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTACCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCC--GACCCCTGTCGTGCCCCCGACCCTGTCTGTGAGACGCTCTGGCACAGTGCCTAAACTACCTGTCCGGTACACTGATGTCCCTTTTAGGAGAGTTGAGTAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGATGTTTGCACCAGATCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCTTGTATATGAGGCCTGATCTTGTATGGGGCTTGTGTGTGTGATACTCCCTAATTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACATTCAATTGTACTTGTAGGTTTTATTTTGATATTGTTATATTATGTTACTAACCAA----------------AACAAAAACAAAAAAA-------TATGTT---------------TTATAATTATATTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTATTGGATGTATATTAATGAAGAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTAAATGATACGATACTACACTTTGCTTGTTAA-GATAAGATACTACATTTTGCTAGTTAATGATAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAAAATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGTTTAATGAAAAGT---AAT--TGCATCAAATGGAGATATATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAA-AAAGGTAAT
gi|1 : aAAAAAGCTGA-----GAAAAA-GCATATTTTCG---AC-----TGTTTTGGTCATTATTAATAGCGACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATAAC-ATGAGTGTGTC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTGCCACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGAAAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGTACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAACGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgagaaaaagcatattttcgactgttttggtcattattaatagcgacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacataacatgagtgtgtcccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactgccacaattttgagatggatcatcattattgaaagtacaggtagtggccaacagcagtacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaacggttg
gi|10 : aactggtttaaagcgacaataaaatggaaataattaccagccaggaaacagaccatactactaatatttaaacacttgacagcacagtgactacattgatcatacagtaaacttttgtatagaagctctcttaccaatattctgttttctcttttcagtttgccggtgatacccttccagcagctaggtatggtgtaccttgtacggcgcctgtttgttcggtactcccgacccctgtcgtgcccccgaccctgtctgtgagacgctctggcacagtgcctaaactacctgtccggtacactgatgtcccttttaggagagttgagtaacctgtactgaacgctcctctggatgtttgcaccagatcgggtcgggtagtccgccgtccagacgggctgtcttactagattggataggtaaggtctaccttgtatatgaggcctgatcttgtatggggcttgtgtgtgtgatactccctaatttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtacattcaattgtacttgtaggttttattttgatattgttatattatgttactaaccaaaacaaaaacaaaaaaatatgttttataattatattgtagaagtagatgtaggttgtagttagtagtagtagtaagtagtagtaagtagtatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtattggatgtatattaatgaagaatgatcagatactacactttgcttgtaaatgatacgatactacactttgcttgttaagataagatactacattttgctagttaatgataagatacaagaagaacccgaaagataaaatttatgatacgatactacactttgcttattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagtttaatgaaaagtaattgcatcaaatggagatatatatttacaaagaaaggtttaagcataaaaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAACACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCAT
gi|11 : CTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCA
gi|12 : TTTCCTTATA-CATGACTAT-ATTT-TCC--CT-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGGCCTTGTCATGGCGCAGGGGCG-AACACTACAA
gi|13 : catgtatgtctgC--CC-CTGCTGAAGTCGGATGTGCTGGGCCTCAACGTGGCGCAGGGGCGAAACACTAC
gi|14 : CC--CC-TTGCCAA-GTC-----TACCG-ACCTCAACGTGGTGCAAGGGTG-AACAgctatat
gi|15 : CATTAATGTAAGTACGTCTAGTGGCTTACAGTAGTA-AGCAC--A-AAGAAAAAGCAGAAtcttcataataagatg
gi|16 : GTAATTTTACGTAGTGGCTAGCTACAGCACAACGCATATAAGAAA
gi|2 : gctggttttgCTGTTTGTTTGGTACTCC-T-GACCCTTGTCGTGCCCCCGCCCTTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGTGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCTTACTAGTTTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTTTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTATTATA-----TTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAACCAAAAAAAAGAAAATTA-GTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGG-------TAGTAGTAGT----AGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATATTGGATGTATATTAAAGAAGAATGATATGATACTACACTTTGTTTATTAATGAAACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTTAATGAAAAGATACAAGAAAAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTGTATTTACAAAGAAAGGCTTAAGCATAAAGAAAGGTAAT
gi|2 : AAAAAGCTGG-----GAAAAAAGCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CCACTGCCAAAGTCGGATGTGCTGAACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGATAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgggaaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgaccccactgccaaagtcggatgtgctgaacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgatagtacaggtagtggccaacagcagcacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaaaggttg
gi|3 : ctgtttgtttggtactcctgacccttgtcgtgcccccgcccttgcctgtgagacgctctggcagagtgcctagactacctgtccggtacaccgatgtccctgttaggagagttgaggaacctgtactgaacgctcctctggtggttcgtaccaggtcgggtcgggtagtccgccgtccagacaggctgtcttactagtttggataggtaaggtctaccctgtatatggggcctgatcttgtatgaggcttgtttgtgcgatactccctgacttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtactttcaatagtacttgtaggttttattgtgatattattatattactaaccaaaaaaaaaaaaaaatctaacaaaaccaaaaaaaagaaaattagttagtattattagtgtattataagtatgttgtagaagtagatgtaggtagtagtagtagtagtagtaagtagtatgatgaagaagaagatgaagaaaaaagaagaagaagaaggatattggatgtatattaaagaagaatgatatgatactacactttgtttattaatgaaacgatactacactttgcttgttaatgatcagatactacactttgcttgttaatgaaaagatacaagaaaaacccgaaagataatatttatgatacgatactacactttgcttattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaaagtaattgcataaaatggagttgtgtatttacaaagaaaggcttaagcataaagaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGT----ACATAAAAAGATATCTAAATGATGCATAAAAT----TTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGCTAAT
gi|3 : AAATAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATTTCTTATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CCCCTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACATGTAGTGGCGAACGGCAGCACAGCGCA-A-ATGATAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatagctgggaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatttcttatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgacccccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgtaagtacatgtagtggcgaacggcagcacagcgcaaatgatag
gi|4 : aaggtacataaaaagatatctaaatgatgcataaaatttgtatatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaagctaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTT-AT--GGAAATTAATCGTGATTTAGAAAGT--T--TTATTCTTACCAATATTTTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATGCCCTTCCAGCAGCTAAGAGGTACGTTGTGCCTTGTATGGCGCCTGTTTGTGCGGTACTACCT-GACCAAC-CCATGTCCCAGCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCAGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTAAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTTGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCCTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGTGGCTGTCTGTATAAAGTACTTTCAACAGTACTTGTAGGATTTATTGTGATATTGTTATACTAT
gi|5 : taagctttCACT-GACAACACATTTACTATGT---ATTGACTAAACCTT-GTA-GAAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--TTTCT---CTTACCAATAT---AT-TTTTTTATTTTCAGTTTACCAGTGATACCCTTTCAGCGGCTA---GGTATGGTGTTCTGTGTACGGCGCTTGTTTGTTTGGTACTCTCTCGACCCATGT---GCCCCCTCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTCTTATGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAATGCTCCTCCGAAGCTTt
gi|6 : catgcattttcttcaaatctaatttctagttattAACAGCTGATGATAAAAAAATGCATATTTTTATACAACTTTTTT-----ATCCATGTTGTTAACAACATGTCGTGTAACTATATATTCTTTTTCCATTAACATGACTGACTCTCATGTTCATATAACTATAGCGTCATATCTCATTACA--------------CCTTCC-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGACCTCATCATGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTT------------TTATTATTGTTAGTACAAGAAGTGGCCAACAACAGCACAGTGCA-A-AAGAACGAGCAGAATGAGAAAGGTTt
gi|7 : ACTGGTTTAATGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGTCAGGAAACGGACAATACAACTAAAACTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATAC------A-GTAAACTT-TTGTA----TGGAAGC--T--CT---CTTACCAATATTCTGT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGC
gi|8 : tagTTACACACT-GACAAT---GTTATTACTGTGTATTGACTA-ACTTTTGTATGGAAATTAATTGTGATTTTGAAAGTGTT--CT---GTTGCCAATGTTCTATATTTTTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATG
gi|9 : atgcattttcttcaaaacaaatttcaagAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTTTGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------A--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGAAT-------TTTACAAAGAGAGGTTGATGCAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 33333333 11 1111 11111 111 111 111 1 6666666666666666 5555555555555555555555555555 3333333 2222 888888888 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 11 22222 2 44444444444444444 11 1
lowQualScore : 1 7 55555 6 55555555 1 22 2222 33333 444 0 8 8 777 1 555 1 2 22 1 1 0 0 2 2 0000000000000000 1 8888888888888888888888888888 1 2222222 4444 000000000 1 22 1 1 5 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 6666 333 88 6 6 1 55555 0 22222222222222222 0 1 1 0 0 8 5 22 77 1 1 1 5 3 1 6 6
lowQualScore : . . ..... . ........ . .. .... ..... ... . . . ... . ... . . .. . . . . . . ................ . ............................ . ....... .... ......... . .. . . . . . . ............................................................ . .... ... .. . . . ..... . ................. . . . . . . . .. .. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 3 88888 0 00000000 0 00 4444 00000 000 8 0 0 555 0 888 0 5 88 0 0 7 7 0 5 0000000000000000 0 5555555555555555555555555555 0 5555555 0000 000000000 0 00 0 0 5 0 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 8888 333 33 7 7 0 00000 0 88888888888888888 2 0 0 8 8 0 0 00 99 4 4 4 7 2 0 7 7
consensus : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAANTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
Reference ( family-3303 ) : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAANTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
gi|1 : ACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTACCAGCCAGGAAACAGACCATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATAC------A-GTAAACTT-TTGTA----TAGAAGC--T--CT---CTTACCAATATTCTGT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTACCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCC--GACCCCTGTCGTGCCCCCGACCCTGTCTGTGAGACGCTCTGGCACAGTGCCTAAACTACCTGTCCGGTACACTGATGTCCCTTTTAGGAGAGTTGAGTAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGATGTTTGCACCAGATCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCTTGTATATGAGGCCTGATCTTGTATGGGGCTTGTGTGTGTGATACTCCCTAATTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACATTCAATTGTACTTGTAGGTTTTATTTTGATATTGTTATATTATGTTACTAACCAA----------------AACAAAAACAAAAAAA-------TATGTT---------------TTATAATTATATTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTATTGGATGTATATTAATGAAGAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTAAATGATACGATACTACACTTTGCTTGTTAA-GATAAGATACTACATTTTGCTAGTTAATGATAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAAAATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGTTTAATGAAAAGT---AAT--TGCATCAAATGGAGATATATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAA-AAAGGTAAT
gi|1 : aAAAAAGCTGA-----GAAAAA-GCATATTTTCG---AC-----TGTTTTGGTCATTATTAATAGCGACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATAAC-ATGAGTGTGTC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTGCCACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGAAAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGTACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAACGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgagaaaaagcatattttcgactgttttggtcattattaatagcgacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacataacatgagtgtgtcccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactgccacaattttgagatggatcatcattattgaaagtacaggtagtggccaacagcagtacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaacggttg
gi|10 : aactggtttaaagcgacaataaaatggaaataattaccagccaggaaacagaccatactactaatatttaaacacttgacagcacagtgactacattgatcatacagtaaacttttgtatagaagctctcttaccaatattctgttttctcttttcagtttgccggtgatacccttccagcagctaggtatggtgtaccttgtacggcgcctgtttgttcggtactcccgacccctgtcgtgcccccgaccctgtctgtgagacgctctggcacagtgcctaaactacctgtccggtacactgatgtcccttttaggagagttgagtaacctgtactgaacgctcctctggatgtttgcaccagatcgggtcgggtagtccgccgtccagacgggctgtcttactagattggataggtaaggtctaccttgtatatgaggcctgatcttgtatggggcttgtgtgtgtgatactccctaatttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtacattcaattgtacttgtaggttttattttgatattgttatattatgttactaaccaaaacaaaaacaaaaaaatatgttttataattatattgtagaagtagatgtaggttgtagttagtagtagtagtaagtagtagtaagtagtatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtattggatgtatattaatgaagaatgatcagatactacactttgcttgtaaatgatacgatactacactttgcttgttaagataagatactacattttgctagttaatgataagatacaagaagaacccgaaagataaaatttatgatacgatactacactttgcttattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagtttaatgaaaagtaattgcatcaaatggagatatatatttacaaagaaaggtttaagcataaaaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAACACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCAT
gi|11 : CTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCA
gi|12 : TTTCCTTATA-CATGACTAT-ATTT-TCC--CT-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGGCCTTGTCATGGCGCAGGGGCG-AACACTACAA
gi|13 : catgtatgtctgC--CC-CTGCTGAAGTCGGATGTGCTGGGCCTCAACGTGGCGCAGGGGCGAAACACTAC
gi|14 : CC--CC-TTGCCAA-GTC-----TACCG-ACCTCAACGTGGTGCAAGGGTG-AACAgctatat
gi|15 : CATTAATGTAAGTACGTCTAGTGGCTTACAGTAGTA-AGCAC--A-AAGAAAAAGCAGAAtcttcataataagatg
gi|16 : GTAATTTTACGTAGTGGCTAGCTACAGCACAACGCATATAAGAAA
gi|2 : gctggttttgCTGTTTGTTTGGTACTCC-T-GACCCTTGTCGTGCCCCCGCCCTTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGTGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCTTACTAGTTTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTTTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTATTATA-----TTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAACCAAAAAAAAGAAAATTA-GTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGG-------TAGTAGTAGT----AGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATATTGGATGTATATTAAAGAAGAATGATATGATACTACACTTTGTTTATTAATGAAACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTTAATGAAAAGATACAAGAAAAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTGTATTTACAAAGAAAGGCTTAAGCATAAAGAAAGGTAAT
gi|2 : AAAAAGCTGG-----GAAAAAAGCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CCACTGCCAAAGTCGGATGTGCTGAACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGATAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgggaaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgaccccactgccaaagtcggatgtgctgaacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgatagtacaggtagtggccaacagcagcacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaaaggttg
gi|3 : ctgtttgtttggtactcctgacccttgtcgtgcccccgcccttgcctgtgagacgctctggcagagtgcctagactacctgtccggtacaccgatgtccctgttaggagagttgaggaacctgtactgaacgctcctctggtggttcgtaccaggtcgggtcgggtagtccgccgtccagacaggctgtcttactagtttggataggtaaggtctaccctgtatatggggcctgatcttgtatgaggcttgtttgtgcgatactccctgacttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtactttcaatagtacttgtaggttttattgtgatattattatattactaaccaaaaaaaaaaaaaaatctaacaaaaccaaaaaaaagaaaattagttagtattattagtgtattataagtatgttgtagaagtagatgtaggtagtagtagtagtagtagtaagtagtatgatgaagaagaagatgaagaaaaaagaagaagaagaaggatattggatgtatattaaagaagaatgatatgatactacactttgtttattaatgaaacgatactacactttgcttgttaatgatcagatactacactttgcttgttaatgaaaagatacaagaaaaacccgaaagataatatttatgatacgatactacactttgcttattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaaagtaattgcataaaatggagttgtgtatttacaaagaaaggcttaagcataaagaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGT----ACATAAAAAGATATCTAAATGATGCATAAAAT----TTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGCTAAT
gi|3 : AAATAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATTTCTTATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CCCCTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACATGTAGTGGCGAACGGCAGCACAGCGCA-A-ATGATAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatagctgggaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatttcttatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgacccccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgtaagtacatgtagtggcgaacggcagcacagcgcaaatgatag
gi|4 : aaggtacataaaaagatatctaaatgatgcataaaatttgtatatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaagctaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTT-AT--GGAAATTAATCGTGATTTAGAAAGT--T--TTATTCTTACCAATATTTTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATGCCCTTCCAGCAGCTAAGAGGTACGTTGTGCCTTGTATGGCGCCTGTTTGTGCGGTACTACCT-GACCAAC-CCATGTCCCAGCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCAGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTAAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTTGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCCTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGTGGCTGTCTGTATAAAGTACTTTCAACAGTACTTGTAGGATTTATTGTGATATTGTTATACTAT
gi|5 : taagctttCACT-GACAACACATTTACTATGT---ATTGACTAAACCTT-GTA-GAAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--TTTCT---CTTACCAATAT---AT-TTTTTTATTTTCAGTTTACCAGTGATACCCTTTCAGCGGCTA---GGTATGGTGTTCTGTGTACGGCGCTTGTTTGTTTGGTACTCTCTCGACCCATGT---GCCCCCTCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTCTTATGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAATGCTCCTCCGAAGCTTt
gi|6 : catgcattttcttcaaatctaatttctagttattAACAGCTGATGATAAAAAAATGCATATTTTTATACAACTTTTTT-----ATCCATGTTGTTAACAACATGTCGTGTAACTATATATTCTTTTTCCATTAACATGACTGACTCTCATGTTCATATAACTATAGCGTCATATCTCATTACA--------------CCTTCC-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGACCTCATCATGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTT------------TTATTATTGTTAGTACAAGAAGTGGCCAACAACAGCACAGTGCA-A-AAGAACGAGCAGAATGAGAAAGGTTt
gi|7 : ACTGGTTTAATGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGTCAGGAAACGGACAATACAACTAAAACTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATAC------A-GTAAACTT-TTGTA----TGGAAGC--T--CT---CTTACCAATATTCTGT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGC
gi|8 : tagTTACACACT-GACAAT---GTTATTACTGTGTATTGACTA-ACTTTTGTATGGAAATTAATTGTGATTTTGAAAGTGTT--CT---GTTGCCAATGTTCTATATTTTTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATG
gi|9 : atgcattttcttcaaaacaaatttcaagAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTTTGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------A--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGAAT-------TTTACAAAGAGAGGTTGATGCAAAAA
blockSeqs : T T TGTGT T TTTTGTAT G AA ATTT TTT ATT A A AGA G CTC T G CG T G C . AAAAAAAAAAAAATCT C AGAAAATTAGTTAGTATTATTAGTGTA G . . . A AT T A T C T A ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T TTAA CTA GA G G A TGATA A TACAACTTTTTT T T T G T TT A C C A T T T T
blockSeqs : T T GT A CTTGTA A TA ATTT GTT . . . . T CT A G CA G G . ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TGAT . . . G T . T AATG T T . G A . C C C . T C . .
blockSeqs : A T . T CTTAT T AA ATTT T . . . . T A . . G C . C . . AATG G A . . A . . T T . . G . .
blockSeqs : . . . A G T . T . . . . . . . . T T . T . .
blockSeqs : . . . . T T . A . .
blockSeqs : . . T T .
blockSeqCons : CTTGTA** AA ATTT A*
originalCons : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAANTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
finalCons : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTTGTA--GNAAACTAATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAANTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTGA-CC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 33333333 11 1111 11111 111 111 111 1 6666666666666666 5555555555555555555555555555 3333333 2222 888888888 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 11 22222 2 44444444444444444 11 1
lowQualScore : 1 7 55555 6 55555555 1 77 2222 33333 444 0 8 8 777 1 555 1 2 22 1 1 0 0 2 2 0000000000000000 1 8888888888888888888888888888 1 2222222 4444 000000000 1 22 1 1 5 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 6666 333 88 6 6 1 55555 0 22222222222222222 0 1 1 0 0 8 5 22 77 1 1 1 5 3 1 6 6
lowQualScore : . . ..... . ........ . .. .... ..... ... . . . ... . ... . . .. . . . . . . ................ . ............................ . ....... .... ......... . .. . . . . . . ............................................................ . .... ... .. . . . ..... . ................. . . . . . . . .. .. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 3 88888 0 00000000 0 22 4444 00000 000 8 0 0 555 0 888 0 5 88 0 0 7 7 0 5 0000000000000000 0 5555555555555555555555555555 0 5555555 0000 000000000 0 00 0 0 5 0 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 8888 333 33 7 7 0 00000 0 88888888888888888 2 0 0 8 8 0 0 00 99 4 4 4 7 2 0 7 7
consensus : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTNATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAANTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
Reference ( family-3303 ) : NACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCNGGAAACAGACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATACCTT-GTA-GNAAACTAATTGTGATTTTGAAAGT--T--CT---CTTACCAATATTCTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTNCCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCCT-GACCCNTGTCGTGCCCCCGCCCNTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTNTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTGTTATACTATGTTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAANCAAAAAAAAGAAAATTATGTTAGTATTATTAGTGTATTATAANTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGGTATTGGATGTATATTAANGAAGAATGATNNGATACTACACTTTGCTTGTNAATGANACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATNAGATACTACACTTTGCTNGTTAATGANAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAANAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTNATAGCNACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGCGCAGGGGCG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACANGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTG
gi|1 : ACTGGTTTAAAGCGACAATAAAATGGAAATAATTACCAGCCAGGAAACAGACCATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATAC------A-GTAAACTT-TTGTA----TAGAAGC--T--CT---CTTACCAATATTCTGT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATGGTGTACCTTGTACGGCGCCTGTTTGTTCGGTACTCCC--GACCCCTGTCGTGCCCCCGACCCTGTCTGTGAGACGCTCTGGCACAGTGCCTAAACTACCTGTCCGGTACACTGATGTCCCTTTTAGGAGAGTTGAGTAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGATGTTTGCACCAGATCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACGGGCTGTCTTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCTTGTATATGAGGCCTGATCTTGTATGGGGCTTGTGTGTGTGATACTCCCTAATTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACATTCAATTGTACTTGTAGGTTTTATTTTGATATTGTTATATTATGTTACTAACCAA----------------AACAAAAACAAAAAAA-------TATGTT---------------TTATAATTATATTGTAGAAGTAGATGTAGGTTGTAGTTAGTAGTAGTAGTAAGTAGTAGTAAGTAGTATGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTATTGGATGTATATTAATGAAGAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTAAATGATACGATACTACACTTTGCTTGTTAA-GATAAGATACTACATTTTGCTAGTTAATGATAAGATACAAGAAGAACCCGAAAGATAAAATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGTTTAATGAAAAGT---AAT--TGCATCAAATGGAGATATATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAA-AAAGGTAAT
gi|1 : aAAAAAGCTGA-----GAAAAA-GCATATTTTCG---AC-----TGTTTTGGTCATTATTAATAGCGACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATAAC-ATGAGTGTGTC--CC-CTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTGCCACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGAAAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGTACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAACGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgagaaaaagcatattttcgactgttttggtcattattaatagcgacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacataacatgagtgtgtcccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactgccacaattttgagatggatcatcattattgaaagtacaggtagtggccaacagcagtacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaacggttg
gi|10 : aactggtttaaagcgacaataaaatggaaataattaccagccaggaaacagaccatactactaatatttaaacacttgacagcacagtgactacattgatcatacagtaaacttttgtatagaagctctcttaccaatattctgttttctcttttcagtttgccggtgatacccttccagcagctaggtatggtgtaccttgtacggcgcctgtttgttcggtactcccgacccctgtcgtgcccccgaccctgtctgtgagacgctctggcacagtgcctaaactacctgtccggtacactgatgtcccttttaggagagttgagtaacctgtactgaacgctcctctggatgtttgcaccagatcgggtcgggtagtccgccgtccagacgggctgtcttactagattggataggtaaggtctaccttgtatatgaggcctgatcttgtatggggcttgtgtgtgtgatactccctaatttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtacattcaattgtacttgtaggttttattttgatattgttatattatgttactaaccaaaacaaaaacaaaaaaatatgttttataattatattgtagaagtagatgtaggttgtagttagtagtagtagtaagtagtagtaagtagtatgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtattggatgtatattaatgaagaatgatcagatactacactttgcttgtaaatgatacgatactacactttgcttgttaagataagatactacattttgctagttaatgataagatacaagaagaacccgaaagataaaatttatgatacgatactacactttgcttattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagtttaatgaaaagtaattgcatcaaatggagatatatatttacaaagaaaggtttaagcataaaaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAACACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCAT
gi|11 : CTGGTTTAAAGTGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGCCTGGAAACAAACAATACTACTAATATTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCA
gi|12 : TTTCCTTATA-CATGACTAT-ATTT-TCC--CT-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGGCCTTGTCATGGCGCAGGGGCG-AACACTACAA
gi|13 : catgtatgtctgC--CC-CTGCTGAAGTCGGATGTGCTGGGCCTCAACGTGGCGCAGGGGCGAAACACTAC
gi|14 : CC--CC-TTGCCAA-GTC-----TACCG-ACCTCAACGTGGTGCAAGGGTG-AACAgctatat
gi|15 : CATTAATGTAAGTACGTCTAGTGGCTTACAGTAGTA-AGCAC--A-AAGAAAAAGCAGAAtcttcataataagatg
gi|16 : GTAATTTTACGTAGTGGCTAGCTACAGCACAACGCATATAAGAAA
gi|2 : gctggttttgCTGTTTGTTTGGTACTCC-T-GACCCTTGTCGTGCCCCCGCCCTTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGTGGTTCGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCTTACTAGTTTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTTTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGAGGCTGTCTATATAAAGTACTTTCAATAGTACTTGTAGGTTTTATTGTGATATTATTATA-----TTACTAACCAAAAAAAAAAAAAAATCTAACAAAACCAAAAAAAAGAAAATTA-GTTAGTATTATTAGTGTATTATAAGTATGTTGTAGAAGTAGATGTAGG-------TAGTAGTAGT----AGTAGTAGTAAGTAGTATGAT---------GAAGAAGAAGATGAAGAAAAAAGAAGAAGAAGAAGGATATTGGATGTATATTAAAGAAGAATGATATGATACTACACTTTGTTTATTAATGAAACGATACTACACTTTGCTTGTTAATGATCAGATACTACACTTTGCTTGTTAATGAAAAGATACAAGAAAAACCCGAAAGATAATATTTATGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAATTTGTAAATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAAGT---AAT--TGCATAAAATGGAGTTGTGTATTTACAAAGAAAGGCTTAAGCATAAAGAAAGGTAAT
gi|2 : AAAAAGCTGG-----GAAAAAAGCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATCTCTCATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CCACTGCCAAAGTCGGATGTGCTGAACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGATAGTACAGGTAGTGGCCAACAGCAGCACAGCGCA-A-AAGAAAGAGCAGAATGAGAAAGGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaagctgggaaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatctctcatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgaccccactgccaaagtcggatgtgctgaacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgatagtacaggtagtggccaacagcagcacagcgcaaaagaaagagcagaatgagaaaggttg
gi|3 : ctgtttgtttggtactcctgacccttgtcgtgcccccgcccttgcctgtgagacgctctggcagagtgcctagactacctgtccggtacaccgatgtccctgttaggagagttgaggaacctgtactgaacgctcctctggtggttcgtaccaggtcgggtcgggtagtccgccgtccagacaggctgtcttactagtttggataggtaaggtctaccctgtatatggggcctgatcttgtatgaggcttgtttgtgcgatactccctgacttaggtcagggagaccatcgctcagagaggctgtctatataaagtactttcaatagtacttgtaggttttattgtgatattattatattactaaccaaaaaaaaaaaaaaatctaacaaaaccaaaaaaaagaaaattagttagtattattagtgtattataagtatgttgtagaagtagatgtaggtagtagtagtagtagtagtaagtagtatgatgaagaagaagatgaagaaaaaagaagaagaagaaggatattggatgtatattaaagaagaatgatatgatactacactttgtttattaatgaaacgatactacactttgcttgttaatgatcagatactacactttgcttgttaatgaaaagatacaagaaaaacccgaaagataatatttatgatacgatactacactttgcttattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaaatttgtaaatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaaagtaattgcataaaatggagttgtgtatttacaaagaaaggcttaagcataaagaaaggtaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGT----ACATAAAAAGATATCTAAATGATGCATAAAAT----TTGTATATTTACAAAGAAAGGTTTAAGCATAAAGAAAGCTAAT
gi|3 : AAATAGCTGG-----GAAAAA-GCATATTTTCA---AA-----TG-----GTCACTGTTTATAGCTACATGTTGTGTAACTATAGTTTCTTTTTCTTATAACATGACTATTTCTTATGGTCATATAACTATAGCATCTTTTCTTATAACATGAC-ATGAGTG-ACC--CCCCTGCCAAAGTCGGATGTGCTGGACCTCATCGTGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTTTGAGATGGATCATCATTATTGTAAGTACATGTAGTGGCGAACGGCAGCACAGCGCA-A-ATGATAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatagctgggaaaaagcatattttcaaatggtcactgtttatagctacatgttgtgtaactatagtttctttttcttataacatgactatttcttatggtcatataactatagcatcttttcttataacatgacatgagtgacccccctgccaaagtcggatgtgctggacctcatcgtggtgcaggggtgaacactacaacaattttgagatggatcatcattattgtaagtacatgtagtggcgaacggcagcacagcgcaaatgatag
gi|4 : aaggtacataaaaagatatctaaatgatgcataaaatttgtatatttacaaagaaaggtttaagcataaagaaagctaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTT-AT--GGAAATTAATCGTGATTTAGAAAGT--T--TTATTCTTACCAATATTTTAT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATGCCCTTCCAGCAGCTAAGAGGTACGTTGTGCCTTGTATGGCGCCTGTTTGTGCGGTACTACCT-GACCAAC-CCATGTCCCAGCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCAGTACACCGATGTCCCTGTTAGGAGAGTTAAGGAACCTGTACTGAACGCTCCTCTGGAGGTTTGTACCAGGTCGGGTCGGGTAGTCCGCCGTCCAGACAGGCTGTCCTACTAGATTGGATAGGTAAGGTCTACCCTGTATATGGGGCCTGATCTTGTATGAGGCTTGTGTGTGCGATACTCCCTGACTTAGGTCAGGGAGACCATCGCTCAGAGTGGCTGTCTGTATAAAGTACTTTCAACAGTACTTGTAGGATTTATTGTGATATTGTTATACTAT
gi|5 : taagctttCACT-GACAACACATTTACTATGT---ATTGACTAAACCTT-GTA-GAAAACTTATTGTGATTTTGAAAGT--TTTCT---CTTACCAATAT---AT-TTTTTTATTTTCAGTTTACCAGTGATACCCTTTCAGCGGCTA---GGTATGGTGTTCTGTGTACGGCGCTTGTTTGTTTGGTACTCTCTCGACCCATGT---GCCCCCTCCCGTGCCTGTGAGACGCTCTGGCAGAGTGCCTAGACTACCTGTCCGGTACACCGATGTCCCTCTTATGAGAGTTGAGGAACCTGTACTGAATGCTCCTCCGAAGCTTt
gi|6 : catgcattttcttcaaatctaatttctagttattAACAGCTGATGATAAAAAAATGCATATTTTTATACAACTTTTTT-----ATCCATGTTGTTAACAACATGTCGTGTAACTATATATTCTTTTTCCATTAACATGACTGACTCTCATGTTCATATAACTATAGCGTCATATCTCATTACA--------------CCTTCC-CTGCCAAAGACGGATGTGCTGGACCTCATCATGGTGCAGGGGTG-AACACTACAACAATTT------------TTATTATTGTTAGTACAAGAAGTGGCCAACAACAGCACAGTGCA-A-AAGAACGAGCAGAATGAGAAAGGTTt
gi|7 : ACTGGTTTAATGCGACAATAAAATGGAAATAATTGCCAGTCAGGAAACGGACAATACAACTAAAACTTAAACACTTGACAGCACAGTGACTAC-----ATTGATCATAC------A-GTAAACT-TTTGTA----TGGAAGC--T--CT---CTTACCAATATTCTGT-TTTCTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGC
gi|8 : tagTTACACACT-GACAAT---GTTATTACTGTGTATTGACTA-ACTTTTGTATGGAAATTAATTGTGATTTTGAAAGTGTT--CT---GTTGCCAATGTTCTATATTTTTC-TTTTCAGTTTGCCGGTGATACCCTTCCAGCAGCTA---GGTATG
gi|9 : atgcattttcttcaaaacaaatttcaagAGAAGAACCCGAAAGATAATATTTTTGATACGATACTACACTTTGCTTATTA----------A--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGAAT-------TTTACAAAGAGAGGTTGATGCAAAAA