lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 33333333333333333 11 1111 11111111 1111111111 5555555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333 11111 11 11111 3333 1 11 777 77777777777777777777777777777777777777777777 222
lowQualScore : 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 55 5 00000000000000000 6 00 2 7777 22 0 1 333 99999999 2 333 1 0000000000 44 1 1111111111111111111111111111111111111111111 22 333 5 3 8 22 2222222222222222222 444 2 2 555555555555555555555555555555555555555555 00000 1 77 8 88888 6 11 4444 6 6 7 22 000 44444444444444444444444444444444444444444444 6 555
lowQualScore : . ......................................................... ... .. . ................. . .. . .... .. . . ... ........ . ... . .......... .. . ........................................... .. ... . . . .. ................... ... . . .......................................... ..... . .. . ..... . .. .... . . . .. ... ............................................ . ...
lowQualScore : 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 88 7 88888888888888888 1 44 0 0000 55 8 8 222 88888888 2 000 7 0000000000 33 2 1111111111111111111111111111111111111111111 66 333 0 7 7 88 5555555555555555555 777 7 7 111111111111111111111111111111111111111111 00000 4 33 2 00000 0 77 3333 0 0 0 00 000 00000000000000000000000000000000000000000000 0 000
consensus : NAAATATTTANACTTGTATCGAATACAATTCCTTCAATTAACTANTCTGTNNAA-A---------------NTCC---ATGAAC-TTG----ATGT--------TTTTAGCTTCG-GGCA-TA--ATTTTG--GATAAAA-T---CAAC-----CTTGTTCGAGAT---T-TGCGATTG---AT--CG-TAACGTCAAAAA--C--GTC-A-------CAA-TTAT--T--N-----ACAGC--T--T---TTGACGTCATGAAGC--AAC-GN--T---TA--C----GTAA---ACA-AAAG-GC----G--T-A------A------C---TG---TT------N-CGT-----TCATCAA-CTTTAACTTAAGGATGCAACGCATNACTCTATATGTATATTAGTGCT---AGATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAAT
Reference ( gi|1 ) : AAAATATTTATATTTGTG----ATATAACAC---------AC--ATTTATATAA-----------------TTCC---ACAAAC-TTG----ATGT--------TTTTAGCCTCA-GGCA-TA--AATTTG--GATAAAA-T---CACC-----CTTGTTCAAGAT---T-TGCGATTG---AC--TG-TAATATCAAAAA--C--CTT-A-------CAA-TCAT--T--T-----GCAGC--T--T---TTGGCATCACGAAGC--AAT-GC--T---TA--T----GTAA---ACA-AAAG-GT----A--T-A------A------C---TG---TT------A-CAT-----TCATCAA-ATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAATCA
gi|8 : AAATATTTAAACTT-------ATACAA------------AC--TTTTGTCGAACA---------------TTCCCCCATGAAC-TTATCCCATGTACTATTAGTCTTACCTTCA-GGCA-TA--CTTTGG--GATAAAA-T---CAAC-----CTTGTTCGAGAT---T-TGCGATTG---TT--TA-CAACGTCAAATT--CGTCTT-AATTGA--TAAGTAAT--T--A-----ACGGA--T--T---TTCGCGTCACGAAGC--A
gi|7 : cacgatatatttttactataacttgtattatATATTTACATTTGTATCGAATATAATTCCTTCAATTAACTAATCTATATAAAATTTTGATGTTCGTTTTTCC---ATGAACCTTC----ATAT--------AT--AACTTTT-AGCA-TA--ACTTTG--TATAAGA-T---CAAC-----CTTGTTTGAGAT---T-TGTAATTG---AT--TA-TGCTGTTAAATA--T--GTC-G-------CGA-TTAT--T----------AAC--A--C---TTGACGTCATGTAGC--AATGGC--T-------C----GTAA---ACA-ACAG-GT----GCTT-C------A------T---CG---TT------C-CTT-----TAGTCAA-CTTT
gi|9 : tatAA-----------------ATCC---ACAAAC-CTA----AT-T--------TTTAAGCTTCG-GGCA-TA--ATATAG--GATGAAG-T---AAAC-----CTCGTTCGAGAT---T-AGCGATTG---AG--CA-TATCGTCAAAAA--C--GTC-A-------CAA-TTAT--T--A-----ACGG---T--T---CTGACGTCATGAAGC--Aa
gi|2 : acatctaaattcgtgacgtaattcccttaatatacctaaaatattaataaataaattgggcgttcatttttcgataaacgaAA-----------------ATCC---ATGAAC-CTGTTTCATGT--------TT--AGCTGC--GGCAGTA--ACTTTG--GATAGAA-T---AACTGTTATCTCTTTCGATAT---T-TTCTATTG---AT--TG-TAATGCCAAACA--T--GTC-A-------CAA-GTA------------GTAAC--TGTT---TTGCTGTCGTGAAGC--AAC-GG--T---TA--C----TAAA---ACA-AAAC-GC----G--T-A------A------CGTTTGCCTTT------G-TGT-----TGATCAA-CCTTAACCTGATGATGCgcg
gi|3 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctattatatagaattgtgtcgttcattttcagaagaatgaC---ATGAAC-TGT----ATTT--------ATTTAGCTTTT-GACA-TA--ATTTTG--GAATAAA-T---CA--------------GAGAT---T-TGCGATTG---AT--CA-TAGTAT-AAAAA--C--GTC-ATAGTAACCAA-ACGTTCT--T-----GACGT--T--T---TTGACGTCActatattataggcata
gi|24 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttataattttataattttgttgttcatttttcatgaaccaatgtaAAA-TTG----TCAT--------TTTTAGATTCG-AATA-TT--AGTTTG---ATAAAA-T---CAAC-----CTTGTTCAAAAT---T-TGCAATTGCA-AC--TA-Ttttgtgaaaaaggggcattacttttgctgttccgtttaccatcttcaaccttaggcgtaacttacgggtacaca
gi|6 : tcccttC-TTG----AT----------TTTTAGCTT------------AATTTT--GGTTAAA-T---CGAC-----CTTGTTTGAGAT---T-TGAGATTG---AT--AA-TAATGCCAAAAA--C--ATC-A-------CAA-TTAT--T----------AAC--T--TGTTTTGACATCATGAAGC--AAT-GCAGT---TA--T----GCAA---G-A-AAAG-GC----A--TCA------G------T---TG---TG------C-CAT-----Tttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|13 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagtaaacctttatggaattttagcgttcattttacaatgatcgaaaaaacatgatcT--------CTTTATATTCG-GGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAA-T---CAAA-----TTTGTTCGATAT---T-TGCAATTG---AC--CA-TGAAGTCAAAAG--T--ATC-G-------TTA-TCAT--T--A-----GCAG---T--T---TTAACATCAAGAAGC--AAC-GA--G---TAGCT----GTGACGTACA-AGAG-Gactggcattaactg
gi|22 : catggatggtaaT--------TTTTTGCCTC--GGCA-TA--GTTTTC--AAT------------T-----TTTGCTCAAGAT---T-TCTGATTG---AT--TC-TGAAGTCAAAAA--C------A-------TGA-TTAT--T--A-----AC-GC--T--T---TTGATGTCA--AAGC--AAT-Gcgcgatgtttactgttcgagtctttaattt
gi|31 : ataaccaggaatggtcatT--------TTTT-GCCTCG-GGCT-TA--ACTTTG--GATAAAA-C---CAAT-----CTTGCTCGACAT---T-TTCAATggtag
gi|11 : --------TTTAAGCTTTG-AGCA-GT--ATTTTG--GATAAAA-T---CAAC-----CTTTTTTAACAT---T-TGTGATTA---AT--TA-CAACGTAAAAAA--C--ATC-A-------AAA-TTAT------------CAACGAT--T---TTGACAGCATGAAGC--AA
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtattttgtagttcattttctcaagaatgtgaacaaacaaacgccaa--------TTATAGCTTCA-AGCA-TA--ATTTTG--GAT-AAC-T---CAAC-----ATTGCTTGAGAT---T-TGCTATTA---AC--TA-TAATGT-ATAAA--C----------------A-TCAT--T--TTATTAATAGT--T--A---CTGGTGTCATGAAGCTTAA--G-------TA-------GTAA---CCA-AAAA-TC----A--T-AAGTTTTA------C---TG---TT------C-CGT-----TCATca
gi|30 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagcca--------TTTTAGC-TCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAA-T---CAAC-----CTTG-GCAATAA---T-TGCAGTTG---AT--Tttaca
gi|14 : TTTAGATTCG-GGCA-TATTGTTTT----ATAAAA-TATACA--------TTGTACGAGAT---T-TGCGATTG---AT--CA-TAACGCCAAAAT--C--TGC-A-------CAA-TTAT--T--T-----AC
gi|16 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgctcattttccgaagaacacataccaatgaaccttcaacTTAATTTCG-GGCA-TA--TTTTTG--TATCAAG-G-------------TTGTTCAAGAT---T-TGTGATTG---GT--TG-ATATGTAAAAAA--A--GTG-A-------TAT-T--T--T--TA----ACAG---T--C---TTGACGTCACGAACC---------------G--T----GTAA---AAATGAAGCGTGGCAA--T-T------A------C---TC---CT------C-CAA-----TCATCAATATT
gi|10 : tttaagAGCTTTG-GGCA-CA--ATCTTA--AATAAAA-T---GAAC---------TTCAAGAC---T-TGCAATTG---AT--TA-TAGCATACAAAA--C--GTC-A-------CAA-TGTT--T--T-----ACAGT--T--T---TCGACGTCCTGAAGC--AA--AC--T---TT--T----GTAA---ACA-AAAG-Ga
gi|25 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagattttccgattaacgcataatcacgatccttcatttgaA-AGCA-TA--GTTTTA--GATAAAA-T---CAAC-----CTT-------AT---T-GGCAATTT---AT--TG-TAA
gi|19 : tccttaaatcaacgtatatagaaatttggcctccgtgaatcttcatttataccgca-GACA-TT--ATTTTA--TATAAAAAT---AACA-------TATTTGAGATATATATGTGATTG---CT--CA-TAATATCAAAAT--C--ATC-A-------CAA-TTAT--TAAT-----GC--T--T--T---TTGATGCCATGAAGA--AAT-GT--C---TA-------GTAA---ATA-AAAG-GT----G--T-A------
gi|33 : gttttg-GACA-TA--CTTTTG--GAATAAA-T---AAAC-----CTTGTTCGAGAT---T-TGTGAga
gi|21 : tttgGCA-TA--CTTTTG--TATACA--T---CAAC-----CTT--------T---T-T-TGATTG---GT--CG-TAACGTCAAAAA--T--GTT-A-------CAG-TTAT--T--A-----ACGGT--T--T---TTGACGTCATGAAGC--AAC-GG--T---T---C----CCAA---ATA-AATG-GC----G--T-A------A------C---TT---TT------GCCAT-----Tacgtt
gi|32 : TTCG--GATACAA-T---CATC------TTGT-CAAGAT---T-TGCGATTG----T--TGCTAACGTCGAAA
gi|17 : acG--GATAAAA-T---CAAC-----ATTGTTCGAGAT---T-TGCAATTA---AT--CT-CAATGTTAAAAA--CA-TTT-A-------TGT-TTAT--T--A-----ACAA---T--T---TTGACGTCGAGAAAA--AAC-GG--G---CA-------GTGA---ACA-AGGG-GT----G--T-G------G------C---TT---TT------ACCATTCTAATCATCAA-CTTTtc
gi|15 : gC-----CATGTTTGAGAT---T-TGCAATTG---AT--CT-TAACGTCAAAAA--T--GTC-A-------CAA-TTAT------------CAACTTT--T---TTTACATCATGAAGC--AATGGC--TAGCCA--TAAAAGTAA---ATG-AAAG-GT----A--T-A------ACAATTGC---TG---TT------C-TAT-----TAATCTA-CTTTAACTTAAAGATGCAATACCTTa
gi|20 : aaa-TGCGATTGTTCATCATG-TAAAA--AAAAG--T--CTT----------AA-TTAT--T--G-----ACAAT--A--T---TTGGCGTCATTAAGC--AA----------CA--G----GT-----GCA-TAAT-CT----G--T--------G------C---CG---TT------T-CGT-----TTATCAA-CTTTTACTTTAGGATGCAACACATa
gi|27 : CGATTG---AT--TA-TAACA--AAAAA--C--ATG-ACG-----CAA-TAAT--T--A-----ACGGA--G--T---GTGACGTCATGAAGC--AG-------------------GTAA---CCA-AAAT-GT----G--T-A------A------C---CT---TT------A-acac
gi|22 : ATTG----C--TT-TGACATCAAAAG--C--GTTAA-------TAA-TCAT--------------GT--T--T---TTGACTTCA-GAATC--AAT-tcgtt
gi|5 : ataaccaggaatggtcatttttttgcctcggcatagttttcaatttttgctcaagatttctg--TG-TAACGTCAAAAAAAC--GTT-A-------CAA-C--------T-----GC----------------CGTCATAAAGC--AAC-GG--T---T---T----GTAA---ACT-GAAG-GT----A--C-A------T------C---TT---TTGTGGTAA-CGT-----TCATCAA-CTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCT---AGATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATgggtag
gi|4 : tt--TG-TAACGTCAAAAAAAC--GTT-A-------CAA-C--------T-----GC----------------CGTCATAAAGC--AAC-GG--T---T---T----GTAA---ACT-GAAG-GT----A--C-A------gattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTCCCATGGAAGCATACCCTTGTATATTCATTTTTACTTTGGCAATAAATTAAAATCTTTATTGGTGAGAGTTGTGATTGTTTAAGAAGTTAAAAATGTAATTTAACGCTTTTAACGTAAGGAAGCAATTAGTA
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Unaligned ( gi|26 ): ATGATGTCATAGCACGTCACAATTATTAGCTTTTTATTTTTAACTATGAGGCAACAGTTAGTAAACAAAAAGCGTAACCTTTGCTATTTCCGGTCATTAA
Unaligned ( gi|28 ): ATTATTAATGTTTTTTAAAGTCACGAAAGAACAGTTGCTAAACAAATGAGTAACTTTTGACATTC
Unaligned ( gi|29 ): TTGCAACGTCCAAAACGTCACAACTCACGGTTTCAGACGTCATGACGCAACGGCTATTAAACAA
Unaligned ( gi|34 ): AACATCAAAAGTCATATTATTAACGGTTTTGACGTCACGAAGGAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222 111 22222222222222 333333333333333333333333333333333333333333 111111 111 333 222 33333333 22
lowQualScore : 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 8 888888888888888888 0 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 55555555 3 777 33333 22 222 99999999999999 333 0 33 555555555555555555555555555555555555555555 66666 66666 888888 3 111111 1 222 4 555 4 66 000 77 4 2 55555555 77 4 4
lowQualScore : . ...................................................................... . . .................. . . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ........ . ... ..... .. ... .............. ... . .. .......................................... ..... ..... ...... . ...... . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 222222222222222222 1 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 44444444 5 888 88888 11 888 22222222222222 555 5 22 555555555555555555555555555555555555555555 77777 77777 888888 3 555555 0 333 0 000 0 55 555 00 0 5 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTANACTTGT-ATNGAATACA-TT---CCTTCANTTAACTA-T-TG-TNGAA-A----------------NT------CCATGA-A-CTTG----ATG-T--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACGGTTTTTGACGTC-----ATGAAGC--AA--CGGTTA--C-------GTAA---ACAAAAGGCG--T-A------A------C---T------G----TT--C------CGT-----T-----CA------TCAA-CTTTA------ACTTAAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTANACTTGT-ATCGAATACAATT---CCTTCAATTAACTANTCTG-TNNAA-A----------------NT------CCATGA-A-CTTG----ATG-T--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTNACAGCTTTTGACGTC-----ATGAAGC--AA--CGNTTA--C-------GTAA---ACAAAAGGCG--T-A------A------C---T------G----TT--N------CGT-----T-----CA------TCAA-CTTTA------ACTTAAGGATGCAACGCATNACTCTATATGTATATTAGTGCT---AGATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAAT
gi|1 : AAATATTTATATTTGTGATATAACACA----------CATTTA--TAT---------A-A----------------TT------CCACAA-A-CTTG----ATG-T--------TTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCAGCTTTTGGCATC-----ACGAAGC--AA--TGCTTA--T-------GTAA---ACAAAAGGTA--T-A------A------C---T------G----TT--A------CAT-----T-----CA------TCAA-ATTTG------ACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACAGTTTTCGACGTC-----CTGAAGC--AA---ACTTT--T-------GTAA---ACAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagattttccgattaacgcataatcacgatccttcatttga--------TTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAAC-GATTTTGACAGC-----ATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtattttgtagttcattttctcaagaatgtgaacaaacaaacgccaa--------TTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GAT-AACTCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------T-T---TT--------ATTAATAGTTACTGGTGTC-----ATGAAGCTTAA---G--TA----------GTAA---CCAAAAATCA--T-AAGTTTTA------C---T------G----TT--C------CGT-----T-----CA------Ta
gi|13 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagccaCATGG-A---TG----GTAAT--------CTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCAG-TTTTAACATC-----AAGAAGC--AA--CGAGTAGCT-------GTGACGTACAAGAGGCG--C-G------A----------T------G----TTTAC------TGT-----T-----CG--------AGTCTTTA------ATTTttaca
gi|14 : TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTAC
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgctcattttccgaagaacacataccaatgaaccttcaacAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-TTTTTTTACATC-----ATGAAGC--AA--TGGCTAG-CCATAAAAGTAA---ATGAAAGGTA--T-A------ACAATTGC---T------G----TT--C------TAT-----T-----AA------TCTA-CTTTA------ACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACAG-TCTTGACGTC-----ACGAA-C------CGT-------------GTAA---AAATGAAGCG--T-GGCAATTA------C---T------C----CT--C------CAA-----T-----CA------TCAA-TATTA------tacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACAA-TTTTGACGTC-----GAGAAAA--AA--CGGGCA----------GTGA---ACAAGGGGTG--T-G------G------C---T------T----TTA-C------CATTCTAAT-----CA------TCAA-CTTTA------
gi|18 : g-T--------TTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAAC-GCTTTTAACGTA-----AGGAAGC--AA--
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATGCTTTTTGATGCC-----ATGAAGA--AA--TGTCTA----------GTAA---ATAAAAGGTG--T-A------ttagta
gi|2 : AA-A----------------AT------CCATGA-A-CCTGTTTCATG-T--------TT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACTG-TTTTGCTGTC-----GTGAAGC--AA--CGGTTA--C-------TAAA---ACAAAACGCG--T-A------A------CGTTT------GCCT-TT--G------TGT-----T-----GA------TCAA-CCTTA------ACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctattatatagaattgtgtcgttcattttcagaagaatg-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACAATATTTGGCGTC-----ATTAAGC--AA--CAGGTG--C-------ATAA---TC------TG--T--------G------C---C------G----TT--T------CGT-----T-----TA------TCAA-CTTTT------ACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACGGTTTTTGACGTC-----ATGAAGC--AA--CGGTT---C-------CCAA---ATAAATGGCG--T-A------A------C---T------T----TT--G------Cacac
gi|22 : -T--------TTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-GCTTTTGATGTC-----A--AAGC--AA--TGGGTA--catt
gi|24 : ataaccaggaatggtcatT------CCCTTA-A-ATTG----TCA-T--------TTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTGg
gi|25 : T---CCTTAAATCAAC--GTATA-TAGAA-A----------------TTTGGCCTCCGTGA-ATCTTC----AT-----------TTATACCGCAAAGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : -TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATT---AGCTTTTTATTTTTAACTATGAGGC--AA--CAGTTA----------GTAA---ACAAAAAGCG--T-A------A------CCTTT------GCTATTT--C------CGG-----T-----CA------TTAA-
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACGGAGTGTGACGTC-----ATGAAGC--AG------------------GTAA---CCAAAATGTG--T-A------A------C---C------T----TTA-T------CGT-----T-----
gi|28 : A---TT--------ATTAATGTTTTTTAAAGTC-----ACGAAAG--AA--CAGTTG--C--------TAA---ACAAATGA-G--T-A------A------C---T------T----TTG-A------CAT-----T-----C
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CA--------------ACTCACGGTTTCAGACGTC-----ATGACGC--AA--CGGCTA--T--------TAA---ACAA
gi|3 : CATGA-A-CTGT----ATT-T--------ATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGAC-GTTTTTGACGTC-----AT--------------TT-----------GTGA---AAAAGGGGCA--T-T------A------C---TTTTGCTG----TT--C------CGT-----T-----TACCATCTTCAA-CCTTAGGCGTAACTTACGGGTACA
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttataattttataattttgttgttcatttttcatgaaccaatgta--------TTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATca
gi|31 : -T--------TTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACGG-TTTTGACGTC-----ACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT---------------GC------CGTC-----ATAAAGC--AA--CGGTT---T-------GTAA---ACTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT---------------GC------CGTC-----ATAAAGC--AA--CGGTT---T-------GTAA---ACTGAAGGTA--C-A------T------C---T------T----TT--GTGGTAACGT-----T-----CA------TCAA-CTTTA------ATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCT---AGATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tTAAACCTTT-ATGGAAT----TTTAGCGTTCATTTTACAA---TGATCGAA-A----------------AA------ACATGATC-CTTG----AT-----------TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACTTGTTTTGACATC-----ATGAAGC--AATGCAGTTA--T-------GCAA---G-AAAAGGCA--TCA------G------T---T------G----TG--C------CAT-----TACTGGCA------TTAA-CTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagATATTTACATTTGT-ATCGAATATAATT---CCTTCAATTAACTAATCTA-TATAA-AATTTTGATGTTCGTTTTT------CCATGA-ACCTTC----ATA-----------TATAACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA---CTTGACGTC-----ATGTAGC--AA--TGGCT---C-------GTAA---ACAACAGGTGCTT-C------A------T---C------G----TT--C------CTT-----T-----AG------TCAA-CTTTA------g
gi|8 : tatAAATATTTAAACTT--------ATACA---------------AACT--TTTG-TCGAACA----------------TTCCC---CCATGA-A-CTTATCCCATG-TACTATTAGTCTTACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACGGATTTTCGCGTC-----ACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatAA-A----------------AT------CCACAA-A-CCTA----AT--T--------TTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACGG-TTCTGACGTC-----ATGAAGC--AG--CG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222 1111111 22222222222222222222 2222222222222222222222222222222222 222 222 33333333 11
lowQualScore : 0 1 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 4 8 888888888888888888 0 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 555555555 8888888 33 22 44444444444444444444 0 33 2 8888888888888888888888888888888888 66666 66666 66666 3 2 1 999 1 111 1 22 000 22 1 1 55555555 88 1 1
lowQualScore : . . . ...................................................................... ... . . .................. . . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ......... ....... .. .. .................... . .. . .................................. ..... ..... ..... . . . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 8 0 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 0 0 222222222222222222 1 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 555555555 7777777 77 22 77777777777777777777 5 22 4 5555555555555555555555555555555555 77777 77777 77777 3 2 0 333 0 000 0 00 555 00 0 0 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTANANTTGT-ATCGAATACA-TT---C-TTCANTTAAC-TA--TTATAGAA-A----------------NT------CC---ATGA-A-CTTG----ATG-T--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTANACTTGT-ATNGAATACA-TT---CCTTCANTTAAC-TA--TTGTNGAA-A----------------NT------CC---ATGA-A-CTTG----ATG-T--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTAAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
gi|1 : AAATATTTATATTTGTGATATAACACA----------CATTTA---TA--T------A-A----------------TT------CC---ACAA-A-CTTG----ATG-T--------TTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCA----GCTTTTGGCATCACGAAGC--AA--TG-------CTTA-T-------GTAAACAAAAGGTA--T-A------A------C---TG----TT--A------C-----AT-----T-----CATCAA-ATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACA----GTTTTCGACGTCCTGAAGCA-AA--C---------TTT-T-------GTAAACAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagattttccgattaacgcataatcacgatccttcatttga--------TTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAACG----A-TTTTGACAGCATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtattttgtagttcattttctcaagaatgtgaacaaacaaacgccaa--------TTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GAT-AACTCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------T-T---TT--------ATTAATA----GTTACTGGTGTCATGAAGCTTAA---G---------TA---------GTAACCAAAAATCA--T-AAGTTTTA------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATa
gi|13 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagccaC---ATGG-A---TG----GTAAT--------CTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCA----G-TTTTAACATCAAGAAGC--AA--CGAGTAGCTGTGA-C-------GT--ACAAGAGGCG--C-G------A----------TG----TTTAC------T-----GT-----T-----CG--AGTCTTTAATTTttaca
gi|14 : TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTAC
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgctcattttccgaagaacacataccaatgaaccttcaacAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-----TTTTTTTACATCATGAAGC--AA--TG-------GCTAGCCATAAAAGTAAATGAAAGGTA--T-A------ACAATTGC---TG----TT--C------T-----AT-----T-----AATCTA-CTTTAACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACA----G-TCTTGACGTCACG------AA--CC-------GT-----------GTAAAAATGAAGCG--T-GGCAATTA------C---TC----CT--C------C-----AA-----T-----CATCAA-TATTAtacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACA----A-TTTTGACGTCGAGAAAA--AA--CG-------GGCA---------GTGAACAAGGGGTG--T-G------G------C---TT----TTA-C------C-----ATTCTAAT-----CATCAA-CTTTA
gi|18 : g-T--------TTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAACG-----CTTTTAACGTAAGGAAGC--AA--
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATG----CTTTTTGATGCCATGAAGA--AA--TG-------TCTA---------GTAAATAAAAGGTG--T-A------ttagta
gi|2 : TATATAGAATTGT-GTCG--TTCA-TT-----TTCAG--AAG-AA--T----GAA-A----------------AT------CC---ATGA-A-CCTGTTTCATG-T--------TT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACT----GTTTT-GCTGTCGTGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------TAAAACAAAACGCG--T-A------A------C----G----TTTGC------CTTTGTGT-----T-----GATCAA-CCTTAACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctat-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACA----ATATTTGGCGTCATTAAGC--AA--CA-------GGTG-C-------ATAATC------TG--T-G-------------C---CG----TT--T------C-----GT-----T-----TATCAA-CTTTTACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTT--C-------CCAAATAAATGGCG--T-A------A------C---TT----TTG-C------C-----AT-----T-----acac
gi|22 : -T--------TTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-----GCTTTTGATGTCA--AAGC--AA--TG-------GGTA-
gi|24 : ataaccaggaatggtcatT------CC---CTTA-A-ATTG----TCA-T--------TTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTGg
gi|25 : T---CCTTAAATCAACGTA--T-ATAGAA-A----------------TTTGGCCTCC---GTGA-ATCTTC----AT-----------TTATACCGCAAAGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : -TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAGCTTTTTATTTTTAAC--TATGAGGC--AA--CA-------GTTA---------GTAAACAAAAAGCG--T-A------A------CCTTTGCTATTT--C------C-----GG-----T-----CATTAA-
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACG----GAGTGTGACGTCATGAAGC--AG------------------------GTAACCAAAATGTG--T-A------A------C---CT----TTA-T------C-----GT-----T-----
gi|28 : A---TT--------ATTAATG----TTTTTTAAAGTCACGAAAG--AA--CA-------GTTG-C--------TAAACAAATGA-G--T-A------A------C---TT----TT--
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---CT--------C---ACG----GTTTCAGACGTCATGACGC--AA--CG-------GCTA-T--------TAAACAAgacattc
gi|3 : AAT-TTTATAATTTT-GTTG--TTCA-TT---T-TTCA-TGAAC-CA--ATGTA------------------------------C---ATGA-A-CTGT----ATT-T--------ATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGAC-----GTTTTTGACGTCAT---------------------TT----------GTGAAAAAGGGGCA--T-T------ACTTTTGC---TG----TT--C------C-----GT-----T-----TACCAT-CTTCAACCTTAGG-CGTAAC
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttat--------TTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATttacgggtacaca
gi|31 : -T--------TTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACG----GTTTT-GACGTCACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGGTA--C-A------T------C---TT----TT--GTGGTAAC-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCTA---GATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tTAAACCTTT-ATGGAAT----TTTAGCGTTCATTTTAC-AA--TGATCGAA-A----------------AA------AC---ATGATC-CTTG----AT-----------TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACT----TGTTTTGACATCATGAAGC--AATGCA-------GTTA-T-------GCAAG-AAAAGGCA--TCA------G------T---TG----TG--C------C-----AT-----TACTGGCATTAA-CTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagATATTTACATTTGT-ATCGAATATAATT---CCTTCAATTAAC-TAATCTATATAA-AATTTTGATGTTCGTTTTT------CC---ATGA-ACCTTC----ATA-----------TATAACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA-------CTTGACGTCATGTAGC--AA--TG-------GCT--C-------GTAAACAACAGGTGCTT-C------A------T---CG----TT--C------C-----TT-----T-----AGTCAA-CTTTAg
gi|8 : tatAAATATTTAAACTT--------ATACA---------------AAC-TT--TTGTCGAACA----------------TT------CCCCCATGA-A-CTTATCCCATG-TACTATTAGTCTTACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACG----GATTTTCGCGTCACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatGAA-A----------------AT------CC---ACAA-A-CCTA----AT--T--------TTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----G-TTCTGACGTCATGAAGC--AG--CG-------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 2222 1111111 22222222222222222222 2222222222222222222222222222222222 222 222 33333333 11
lowQualScore : 1 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 000000000 0000 0 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 555555555 8888888 33 22 44444444444444444444 0 33 2 8888888888888888888888888888888888 66666 66666 66666 3 1 1 999 1 111 1 22 000 22 1 1 55555555 88 1 1
lowQualScore : . . ............................................................................ . ......... .... . . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ......... ....... .. .. .................... . .. . .................................. ..... ..... ..... . . . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 0 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 333333333 9999 1 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 555555555 7777777 77 22 77777777777777777777 5 22 4 5555555555555555555555555555555555 77777 77777 77777 3 0 0 333 0 000 0 00 555 00 0 0 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTANANTTGT-A----------TCGAA--TTCA--TTCTTCAATNAAC-NA--TTATAGAAA----------------NT------CCATGA-A-CTTG----AT--G-TTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTANANTTGT-A----------TCGAA--TACA--TTCTTCANTTAAC-TA--TTATAGAAA----------------NT------CCATGA-A-CTTG----AT--G-TTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
gi|1 : AAATATTTATATTTGTGA----------TATAA--CACA-------CATTTA--------TATA---A----------------TT------CCACAA-A-CTTG----AT--G-TTTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCA----GCTTTTGGCATCACGAAGC--AA--TG-------CTTA-T-------GTAAACAAAAGGTA--T-A------A------C---TG----TT--A------C-----AT-----T-----CATCAA-ATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACA----GTTTTCGACGTCCTGAAGCA-AA--C---------TTT-T-------GTAAACAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagattttccgattaacgcataatcacgatccttcatttgaTTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAACG----A-TTTTGACAGCATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtattttgtagttcattttctcaagaatgtgaacaaacaaacgccaaTTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GAT-AACTCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------T-T---TT--------ATTAATA----GTTACTGGTGTCATGAAGCTTAA---G---------TA---------GTAACCAAAAATCA--T-AAGTTTTA------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATa
gi|13 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagccaCATGG-A---TG----GT--AATCTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCA----G-TTTTAACATCAAGAAGC--AA--CGAGTAGCTGTGA-C-------GT--ACAAGAGGCG--C-G------A----------TG----TTTAC------T-----GT-----T-----CG--AGTCTTTAATTTttaca
gi|14 : TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTAC
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgctcattttccgaagaacacataccaatgaaccttcaacAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-----TTTTTTTACATCATGAAGC--AA--TG-------GCTAGCCATAAAAGTAAATGAAAGGTA--T-A------ACAATTGC---TG----TT--C------T-----AT-----T-----AATCTA-CTTTAACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACA----G-TCTTGACGTCACG------AA--CC-------GT-----------GTAAAAATGAAGCG--T-GGCAATTA------C---TC----CT--C------C-----AA-----T-----CATCAA-TATTAtacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACA----A-TTTTGACGTCGAGAAAA--AA--CG-------GGCA---------GTGAACAAGGGGTG--T-G------G------C---TT----TTA-C------C-----ATTCTAAT-----CATCAA-CTTTA
gi|18 : g-TTTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAACG-----CTTTTAACGTAAGGAAGC--AA--
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATG----CTTTTTGATGCCATGAAGA--AA--TG-------TCTA---------GTAAATAAAAGGTG--T-A------ttagta
gi|2 : TATATAGAATTGT-G----------TCG----TTCA--TT-TTCAG--AAG-AA--T----GAAA----------------AT------CCATGA-A-CCTGTTTCAT--G-TTT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACT----GTTTT-GCTGTCGTGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------TAAAACAAAACGCG--T-A------A------C----G----TTTGC------CTTTGTGT-----T-----GATCAA-CCTTAACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctat-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACA----ATATTTGGCGTCATTAAGC--AA--CA-------GGTG-C-------ATAATC------TG--T-G-------------C---CG----TT--T------C-----GT-----T-----TATCAA-CTTTTACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTT--C-------CCAAATAAATGGCG--T-A------A------C---TT----TTG-C------C-----AT-----T-----acac
gi|22 : -TTTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-----GCTTTTGATGTCA--AAGC--AA--TG-------GGTA-
gi|24 : ataaccaggaatggtcatT------CCCTTA-A-ATTG----TC--A-TTTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTGg
gi|25 : --TCCTTAAATCAACGTA--T-ATAGAAA----------------TTTGGCCTCCGTGA-ATCTTC----AT-----TTATACCGCAAAGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : -TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAGCTTTTTATTTTTAAC--TATGAGGC--AA--CA-------GTTA---------GTAAACAAAAAGCG--T-A------A------CCTTTGCTATTT--C------C-----GG-----T-----CATTAA-
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACG----GAGTGTGACGTCATGAAGC--AG------------------------GTAACCAAAATGTG--T-A------A------C---CT----TTA-T------C-----GT-----T-----
gi|28 : A---TT--------ATTAATG----TTTTTTAAAGTCACGAAAG--AA--CA-------GTTG-C--------TAAACAAATGA-G--T-A------A------C---TT----TT--
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---CT--------C---ACG----GTTTCAGACGTCATGACGC--AA--CG-------GCTA-T--------TAAACAAgacattc
gi|3 : AAT-TTTATAATTTT-G----------TTG----TTCA--TTTTTCA-TGAAC-CA--ATGTA-----------------------------CATGA-A-CTGT----AT--T-TATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGAC-----GTTTTTGACGTCAT---------------------TT----------GTGAAAAAGGGGCA--T-T------ACTTTTGC---TG----TT--C------C-----GT-----T-----TACCAT-CTTCAACCTTAGG-CGTAAC
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttatTTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATttacgggtacaca
gi|31 : -TTTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACG----GTTTT-GACGTCACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGGTA--C-A------T------C---TT----TT--GTGGTAAC-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCTA---GATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tTTCATTTTAC-AA--TGATCGAAA----------------AA------ACATGATC-CTTG----AT-----TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACT----TGTTTTGACATCATGAAGC--AATGCA-------GTTA-T-------GCAAG-AAAAGGCA--TCA------G------T---TG----TG--C------C-----AT-----TACTGGCATTAA-CTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagtaaacctttatggaattttagcgATATTTACATTTGT-A----------TCGAA--TATAATTCCTTCAATTAAC-TAATCTATATAAAATTTTGATGTTCGTTTTT------CCATGA-ACCTTC----AT--A---TATAACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA-------CTTGACGTCATGTAGC--AA--TG-------GCT--C-------GTAAACAACAGGTGCTT-C------A------T---CG----TT--C------C-----TT-----T-----AGTCAA-CTTTAg
gi|8 : tatAAATATTTAAACTTAT-ACAAACTTTTGTCGAA----CA--TTCCCCCATGAAC-T----TAT----------------------C------CCATGT-A-CT------ATTAG-TCTT-ACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACG----GATTTTCGCGTCACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatAAATATTAATAAATAA-A----------TTGGGCGTTCA--TTTTTCGATAAAC----------GAAA----------------AT------CCACAA-A-CCTA----AT----TTTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----G-TTCTGACGTCATGAAGC--AG--CG-------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111 22222 1111111 22222222222222222222 2222222222222222222222222222222222 222 222 33333333 11
lowQualScore : 1 888 1 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 000000000 33333 0 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 555555555 8888888 33 22 44444444444444444444 0 33 2 8888888888888888888888888888888888 66666 66666 66666 3 1 1 999 1 111 1 22 000 22 1 1 55555555 88 1 1
lowQualScore : . ... . . .......................................................................... . ......... ..... . . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ......... ....... .. .. .................... . .. . .................................. ..... ..... ..... . . . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 4 999 0 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 333333333 11111 1 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 555555555 7777777 77 22 77777777777777777777 5 22 4 5555555555555555555555555555555555 77777 77777 77777 3 0 0 333 0 000 0 00 555 00 0 0 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTAT--AATTGTA----------TCGA---T-TCATT-CTTCAATGAACGA--NTATAGAAA-----------------T------CCATGA-A-CTTG----AT--G-TTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTAN--ANTTGTA----------TCGAA--T-TCATT-CTTCAATNAACNA--TTATAGAAA----------------NT------CCATGA-A-CTTG----AT--G-TTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
gi|1 : AAATATTTAT--ATTTGT-------------GA------TAT------AACACACAT--TTATATAA-----------------TT------CCACAA-A-CTTG----AT--G-TTTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCA----GCTTTTGGCATCACGAAGC--AA--TG-------CTTA-T-------GTAAACAAAAGGTA--T-A------A------C---TG----TT--A------C-----AT-----T-----CATCAA-ATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACA----GTTTTCGACGTCCTGAAGCA-AA--C---------TTT-T-------GTAAACAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagattttccgattaacgcataatcacgatccttcatttgaTTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAACG----A-TTTTGACAGCATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtattttgtagttcattttctcaagaatgtgaacaaacaaacgccaaTTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GAT-AACTCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------T-T---TT--------ATTAATA----GTTACTGGTGTCATGAAGCTTAA---G---------TA---------GTAACCAAAAATCA--T-AAGTTTTA------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATa
gi|13 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagccaCATGG-A---TG----GT--AATCTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCA----G-TTTTAACATCAAGAAGC--AA--CGAGTAGCTGTGA-C-------GT--ACAAGAGGCG--C-G------A----------TG----TTTAC------T-----GT-----T-----CG--AGTCTTTAATTTttaca
gi|14 : TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTAC
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgctcattttccgaagaacacataccaatgaaccttcaacAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-----TTTTTTTACATCATGAAGC--AA--TG-------GCTAGCCATAAAAGTAAATGAAAGGTA--T-A------ACAATTGC---TG----TT--C------T-----AT-----T-----AATCTA-CTTTAACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACA----G-TCTTGACGTCACG------AA--CC-------GT-----------GTAAAAATGAAGCG--T-GGCAATTA------C---TC----CT--C------C-----AA-----T-----CATCAA-TATTAtacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACA----A-TTTTGACGTCGAGAAAA--AA--CG-------GGCA---------GTGAACAAGGGGTG--T-G------G------C---TT----TTA-C------C-----ATTCTAAT-----CATCAA-CTTTA
gi|18 : g-TTTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAACG-----CTTTTAACGTAAGGAAGC--AA--
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATG----CTTTTTGATGCCATGAAGA--AA--TG-------TCTA---------GTAAATAAAAGGTG--T-A------ttagta
gi|2 : TATATAG--AATTGTG----------TCG----T-TCATT--TTCA--GAAGAA--T----GAAA----------------AT------CCATGA-A-CCTGTTTCAT--G-TTT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACT----GTTTT-GCTGTCGTGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------TAAAACAAAACGCG--T-A------A------C----G----TTTGC------CTTTGTGT-----T-----GATCAA-CCTTAACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctat-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACA----ATATTTGGCGTCATTAAGC--AA--CA-------GGTG-C-------ATAATC------TG--T-G-------------C---CG----TT--T------C-----GT-----T-----TATCAA-CTTTTACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTT--C-------CCAAATAAATGGCG--T-A------A------C---TT----TTG-C------C-----AT-----T-----acac
gi|22 : -TTTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-----GCTTTTGATGTCA--AAGC--AA--TG-------GGTA-
gi|24 : ataaccaggaatggtcatT------CCCTTA-A-ATTG----TC--A-TTTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTGg
gi|25 : TC-CTTAAATCAACGT--ATATAGAAA----------------TTTGGCCTCCGTGA-ATCTTC----AT-----TTATACCGCAAAGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : -TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAGCTTTTTATTTTTAAC--TATGAGGC--AA--CA-------GTTA---------GTAAACAAAAAGCG--T-A------A------CCTTTGCTATTT--C------C-----GG-----T-----CATTAA-
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACG----GAGTGTGACGTCATGAAGC--AG------------------------GTAACCAAAATGTG--T-A------A------C---CT----TTA-T------C-----GT-----T-----
gi|28 : A---TT--------ATTAATG----TTTTTTAAAGTCACGAAAG--AA--CA-------GTTG-C--------TAAACAAATGA-G--T-A------A------C---TT----TT--
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---CT--------C---ACG----GTTTCAGACGTCATGACGC--AA--CG-------GCTA-T--------TAAACAAgacattc
gi|3 : AAT-TTTAT--AATTTTG----------TTG----T-TCATT-TTTCA-TGAACCA--ATGTA-----------------------------CATGA-A-CTGT----AT--T-TATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGAC-----GTTTTTGACGTCAT---------------------TT----------GTGAAAAAGGGGCA--T-T------ACTTTTGC---TG----TT--C------C-----GT-----T-----TACCAT-CTTCAACCTTAGG-CGTAAC
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttatTTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATttacgggtacaca
gi|31 : -TTTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACG----GTTTT-GACGTCACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGGTA--C-A------T------C---TT----TT--GTGGTAAC-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCTA---GATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tAAACCTTTATGGAATTTTA----------GCG----T-TCATT-TTACAATGATCGA------AAAAA-------------------------CATGATC-CTTG----AT-----TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACT----TGTTTTGACATCATGAAGC--AATGCA-------GTTA-T-------GCAAG-AAAAGGCA--TCA------G------T---TG----TG--C------C-----AT-----TACTGGCATTAA-CTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagtATATTTAC--ATTTGTA----------TCGAA--TATAATTCCTTCAATTAACTAATCTATATAAAATTTTGATGTTCGTTTTT------CCATGA-ACCTTC----AT--A---TATAACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA-------CTTGACGTCATGTAGC--AA--TG-------GCT--C-------GTAAACAACAGGTGCTT-C------A------T---CG----TT--C------C-----TT-----T-----AGTCAA-CTTTAg
gi|8 : tatAAATATTTAA--ACTTATACAAACTTTTGTCGAA-----CATT-CCCCCATGAAC----TTAT----------------------C------CCATGT-A-CT------ATTAG--TCTTACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACG----GATTTTCGCGTCACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatAAATATTAAT--AAATAAA----------TTGGGCGT-TCATT-TTTCGATAAAC---------GAAA----------------AT------CCACAA-A-CCTA----AT----TTTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----G-TTCTGACGTCATGAAGC--AG--CG-------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222 1111111 22222222222222222222 2222222222222222222222222222222222 222 222 33333333 11
lowQualScore : 1 888 1 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 444 5555555555555 0 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 555555555 8888888 33 22 44444444444444444444 0 33 2 8888888888888888888888888888888888 66666 66666 66666 3 1 1 999 1 111 1 22 000 22 1 1 55555555 88 1 1
lowQualScore : . ... . . ........................................................................... . . ... ............. . . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ......... ....... .. .. .................... . .. . .................................. ..... ..... ..... . . . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 4 111 9 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 6 111 9999999999999 1 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 555555555 7777777 77 22 77777777777777777777 5 22 4 5555555555555555555555555555555555 77777 77777 77777 3 0 0 333 0 000 0 00 555 00 0 0 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTAT--AATTGTA----------TCGA---T-TCATTC-TTCAATGAACGAAT--ATA-AAA-----------------T-------CCA-TGA-A-C-TT--G----AT--G-TTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTAT--AATTGTA----------TCGA---T-TCATTC-TTCAATGAACGANT--ATAGAAA-----------------T-------CCA-TGA-A-C-TT--G----AT--G-TTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
gi|1 : AAATATTTAT--ATTTGT-------------GA---T---AT------AACACACATTT--ATATAAT-----------------T-------CCA-CAA-A-C-TT--G----AT--G-TTTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCA----GCTTTTGGCATCACGAAGC--AA--TG-------CTTA-T-------GTAAACAAAAGGTA--T-A------A------C---TG----TT--A------C-----AT-----T-----CATCAA-ATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACA----GTTTTCGACGTCCTGAAGCA-AA--C---------TTT-T-------GTAAACAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagattttccgattaacgcataatcacgatccttcatttgaTTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAACG----A-TTTTGACAGCATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtattttgtagttcattttctcaagaatgtgaacaaacaaacgccaaTTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GAT-AACTCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------T-T---TT--------ATTAATA----GTTACTGGTGTCATGAAGCTTAA---G---------TA---------GTAACCAAAAATCA--T-AAGTTTTA------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATa
gi|13 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagccaCA-TGG-A----T--G----GT--AATCTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCA----G-TTTTAACATCAAGAAGC--AA--CGAGTAGCTGTGA-C-------GT--ACAAGAGGCG--C-G------A----------TG----TTTAC------T-----GT-----T-----CG--AGTCTTTAATTTttaca
gi|14 : -TCATTT-TCCGAAGAAC--AC--ATA-----------------------------CCAATGA-A-C-CTTCA----AC------TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTAC
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgcAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-----TTTTTTTACATCATGAAGC--AA--TG-------GCTAGCCATAAAAGTAAATGAAAGGTA--T-A------ACAATTGC---TG----TT--C------T-----AT-----T-----AATCTA-CTTTAACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACA----G-TCTTGACGTCACG------AA--CC-------GT-----------GTAAAAATGAAGCG--T-GGCAATTA------C---TC----CT--C------C-----AA-----T-----CATCAA-TATTAtacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACA----A-TTTTGACGTCGAGAAAA--AA--CG-------GGCA---------GTGAACAAGGGGTG--T-G------G------C---TT----TTA-C------C-----ATTCTAAT-----CATCAA-CTTTA
gi|18 : g-TTTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAACG-----CTTTTAACGTAAGGAAGC--AA--
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATG----CTTTTTGATGCCATGAAGA--AA--TG-------TCTA---------GTAAATAAAAGGTG--T-A------ttagta
gi|2 : TATATAG--AATTGTG----------TCG----T-TCATT--TTCA--GAA-GA----ATGAAAA-----------------T-------CCA-TGA-A-C-CT--GTTTCAT--G-TTT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACT----GTTTT-GCTGTCGTGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------TAAAACAAAACGCG--T-A------A------C----G----TTTGC------CTTTGTGT-----T-----GATCAA-CCTTAACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctat-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACA----ATATTTGGCGTCATTAAGC--AA--CA-------GGTG-C-------ATAATC------TG--T-G-------------C---CG----TT--T------C-----GT-----T-----TATCAA-CTTTTACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTT--C-------CCAAATAAATGGCG--T-A------A------C---TT----TTG-C------C-----AT-----T-----acac
gi|22 : -TTTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-----GCTTTTGATGTCA--AAGC--AA--TG-------GGTA-
gi|24 : ataaccaggaatggtcat-----------------T-------CCC-TTA-A-A-TT--G----TC--A-TTTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTGg
gi|25 : TCC-TTAAATCAACGTAT--ATAGAAA-----------------TTTGGCCTCCG-TGA-ATC-TT--C----AT-----TTATACCGCAAAGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : -TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAGCTTTTTATTTTTAAC--TATGAGGC--AA--CA-------GTTA---------GTAAACAAAAAGCG--T-A------A------CCTTTGCTATTT--C------C-----GG-----T-----CATTAA-
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACG----GAGTGTGACGTCATGAAGC--AG------------------------GTAACCAAAATGTG--T-A------A------C---CT----TTA-T------C-----GT-----T-----
gi|28 : A---TT--------ATTAATG----TTTTTTAAAGTCACGAAAG--AA--CA-------GTTG-C--------TAAACAAATGA-G--T-A------A------C---TT----TT--
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---CT--------C---ACG----GTTTCAGACGTCATGACGC--AA--CG-------GCTA-T--------TAAACAAgacattc
gi|3 : AAT-TTTAT--AATTTTG----------TTG----T-TCATTT-TTCA-TGAACCAAT--GTA------------------------------CA-TGA-A-C-TG--T----AT--T-TATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGAC-----GTTTTTGACGTCAT---------------------TT----------GTGAAAAAGGGGCA--T-T------ACTTTTGC---TG----TT--C------C-----GT-----T-----TACCAT-CTTCAACCTTAGG-CGTAAC
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttatTTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATttacgggtacaca
gi|31 : -TTTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACG----GTTTT-GACGTCACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGGTA--C-A------T------C---TT----TT--GTGGTAAC-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCTA---GATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tAAACCTTTATGGAATTTTA----------GCG----T-TCATTT-TACAATGATCGA------AAAAA--------------------------CA-TGATC-C-TT--G----AT-----TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACT----TGTTTTGACATCATGAAGC--AATGCA-------GTTA-T-------GCAAG-AAAAGGCA--TCA------G------T---TG----TG--C------C-----AT-----TACTGGCATTAA-CTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagtATATTTAC--ATTTGTA----------TCGAA--TATAATTCCTTCAATTAACTAATCTATATAAAATTTTGATGTTCGTTTTT-------CCA-TGA-A-CCTT--C----AT--A-TAT--AACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA-------CTTGACGTCATGTAGC--AA--TG-------GCT--C-------GTAAACAACAGGTGCTT-C------A------T---CG----TT--C------C-----TT-----T-----AGTCAA-CTTTAg
gi|8 : tatAAATATTTAA--ACTTATACAAACTTTTGTCGA-----ACATTC-CCCCATGAAC--TT--AT----------------------C-------CCA-TGT-A-C-T--------ATTAG--TCTTACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACG----GATTTTCGCGTCACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatAAATATTAAT--AAATAAA----------TTGGGCGT-TCATTT-TTCGATAAACGA--------AAA-----------------T-------CCA-CAA-A-C-CT--A----AT----TTTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----G-TTCTGACGTCATGAAGC--AG--CG-------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222 1111111 22222222222222222222 2222222222222222222222222222222222 222 222 33333333 11
lowQualScore : 1 888 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 6 3 3 77777777777777 0 0 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 555555555 8888888 33 22 44444444444444444444 0 33 2 8888888888888888888888888888888888 66666 66666 66666 3 1 1 999 1 111 1 22 000 22 1 1 55555555 88 1 1
lowQualScore : . ... . . ............................................................................ . . . . .............. . . . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ......... ....... .. .. .................... . .. . .................................. ..... ..... ..... . . . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 4 111 9 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 7 3 3 55555555555555 2 1 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 555555555 7777777 77 22 77777777777777777777 5 22 4 5555555555555555555555555555555555 77777 77777 77777 3 0 0 333 0 000 0 00 555 00 0 0 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTAT--AATTGTA----------TCGA---T-TCATTT-TTCGATGAACGAAT----ATA-AA--------T----------------CCA-CGA-A-C-TT--G----AT--G-TTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTAT--AATTGTA----------TCGA---T-TCATTC-TTCAATGAACGAAT----ATAAAA--------T----------------CCA-TGA-A-C-TT--G----AT--G-TTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
gi|1 : AAATATTTAT--ATTTGT-------------GA---T---AT------AACACACATTT----ATATAA--------TT---------------CCA-CAA-A-C-TT--G----AT--G-TTTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCA----GCTTTTGGCATCACGAAGC--AA--TG-------CTTA-T-------GTAAACAAAAGGTA--T-A------A------C---TG----TT--A------C-----AT-----T-----CATCAA-ATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aATTT-TCCGATTAACGCAT----A----A--------T----------------C-A-CGATC-C-TT--C----AT-----TTGAAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACA----GTTTTCGACGTCCTGAAGCA-AA--C---------TTT-T-------GTAAACAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagTTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAACG----A-TTTTGACAGCATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtattttgtagttcattttctcaagaatgtgaacaaacaaacgccaaTTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GAT-AACTCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------T-T---TT--------ATTAATA----GTTACTGGTGTCATGAAGCTTAA---G---------TA---------GTAACCAAAAATCA--T-AAGTTTTA------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATa
gi|13 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagccaCA-TGG-A----T--G----GT--AATCTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCA----G-TTTTAACATCAAGAAGC--AA--CGAGTAGCTGTGA-C-------GT--ACAAGAGGCG--C-G------A----------TG----TTTAC------T-----GT-----T-----CG--AGTCTTTAATTTttaca
gi|14 : -TCATTT-TCCGAAGAAC--AC----ATA----------------------------CCAATGA-A-C-CTTCA----AC------TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTAC
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgcAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-----TTTTTTTACATCATGAAGC--AA--TG-------GCTAGCCATAAAAGTAAATGAAAGGTA--T-A------ACAATTGC---TG----TT--C------T-----AT-----T-----AATCTA-CTTTAACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACA----G-TCTTGACGTCACG------AA--CC-------GT-----------GTAAAAATGAAGCG--T-GGCAATTA------C---TC----CT--C------C-----AA-----T-----CATCAA-TATTAtacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACA----A-TTTTGACGTCGAGAAAA--AA--CG-------GGCA---------GTGAACAAGGGGTG--T-G------G------C---TT----TTA-C------C-----ATTCTAAT-----CATCAA-CTTTA
gi|18 : g-TTTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAACG-----CTTTTAACGTAAGGAAGC--AA--
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATG----CTTTTTGATGCCATGAAGA--AA--TG-------TCTA---------GTAAATAAAAGGTG--T-A------ttagta
gi|2 : TATATAG--AATTGTG----------TCG----T-TCATT--TTCA--GAA-GAAT----G-AAAA--------T----------------CCA-TGA-A-C-CT--GTTTCAT--G-TTT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACT----GTTTT-GCTGTCGTGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------TAAAACAAAACGCG--T-A------A------C----G----TTTGC------CTTTGTGT-----T-----GATCAA-CCTTAACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctat-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACA----ATATTTGGCGTCATTAAGC--AA--CA-------GGTG-C-------ATAATC------TG--T-G-------------C---CG----TT--T------C-----GT-----T-----TATCAA-CTTTTACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTT--C-------CCAAATAAATGGCG--T-A------A------C---TT----TTG-C------C-----AT-----T-----acac
gi|22 : -TTTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-----GCTTTTGATGTCA--AAGC--AA--TG-------GGTA-
gi|24 : ataaccaggaatggtcat--------T----------------CCC-TTA-A-A-TT--G----TC--A-TTTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTGg
gi|25 : TCC-TTAAATCAACGTAT----ATAGAAATTTGGCCT----------------CCG-TGA-ATC-TT--C----AT-----TTATACCGCAAAGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : -TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAGCTTTTTATTTTTAAC--TATGAGGC--AA--CA-------GTTA---------GTAAACAAAAAGCG--T-A------A------CCTTTGCTATTT--C------C-----GG-----T-----CATTAA-
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACG----GAGTGTGACGTCATGAAGC--AG------------------------GTAACCAAAATGTG--T-A------A------C---CT----TTA-T------C-----GT-----T-----
gi|28 : A---TT--------ATTAATG----TTTTTTAAAGTCACGAAAG--AA--CA-------GTTG-C--------TAAACAAATGA-G--T-A------A------C---TT----TT--
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---CT--------C---ACG----GTTTCAGACGTCATGACGC--AA--CG-------GCTA-T--------TAAACAAgacattc
gi|3 : AAT-TTTAT--AATTTTG----------TTG----T-TCATTT-TTCA-TGAACCAAT----GTA-----------------------------CA-TGA-A-C-TG--T----AT--T-TATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGAC-----GTTTTTGACGTCAT---------------------TT----------GTGAAAAAGGGGCA--T-T------ACTTTTGC---TG----TT--C------C-----GT-----T-----TACCAT-CTTCAACCTTAGG-CGTAAC
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttatTTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATttacgggtacaca
gi|31 : -TTTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACG----GTTTT-GACGTCACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGGTA--C-A------T------C---TT----TT--GTGGTAAC-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCTA---GATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tAAACCTTTATGGAATTTTA----------GCG----T-TCATTT-TACAATGATCGAA-------AAAA--------------------------CA-TGATC-C-TT--G----AT-----TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACT----TGTTTTGACATCATGAAGC--AATGCA-------GTTA-T-------GCAAG-AAAAGGCA--TCA------G------T---TG----TG--C------C-----AT-----TACTGGCATTAA-CTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagtATATTTAC--ATTTGTA----------TCGAA--TATAATTCCTTCAATTAACTAATCTATATAAAA--------TTTTGATGTTCGTTTTTCCA-TGA-A-CCTT--C----AT--A-TAT--AACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA-------CTTGACGTCATGTAGC--AA--TG-------GCT--C-------GTAAACAACAGGTGCTT-C------A------T---CG----TT--C------C-----TT-----T-----AGTCAA-CTTTAg
gi|8 : tatAAATATTTAA--ACTTATACAAACTTTTGTCGA-----ACATTC-CCCCATGAACT--T----AT------------C----------------CCA-TGT-A-C-T--------ATTAG--TCTTACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACG----GATTTTCGCGTCACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatAAATATTAAT--AAATAAA----------TTGGGCGT-TCATTT-TTCGATAAACGAA---------AA--------T----------------CCA-CAA-A-C-CT--A----AT----TTTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----G-TTCTGACGTCATGAAGC--AG--CG-------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 22222222222222222222 2222222222222222222222222222222222 222 222 33333333 11
lowQualScore : 1 888 1 0 5 7777777777 4 4444444 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 555555555 8888888 33 22 44444444444444444444 0 33 2 8888888888888888888888888888888888 66666 66666 66666 3 1 1 999 1 111 1 22 000 22 1 1 55555555 88 1 1
lowQualScore : . ... . . . .......... . ....... . ........................................................... . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ......... ....... .. .. .................... . .. . .................................. ..... ..... ..... . . . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 4 111 9 2 0 8888888888 0 4444444 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 555555555 7777777 77 22 77777777777777777777 5 22 4 5555555555555555555555555555555555 77777 77777 77777 3 0 0 333 0 000 0 00 555 00 0 0 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTAT--AATTGT-AT-CGA---T-TCATTT-T-TCGATGAACGAAT----ATAAA-----------------TCCACGA-AC-TT--G----ATGT--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTAT--AATTGT-AT-CGA---T-TCATTT-T-TCGATGAACGAAT----ATAAA-----------------TCCACGA-AC-TT--G----ATGT--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
gi|1 : AAATATTTAT--ATTTGTGATATAA---C-ACACAT-T-T----------AT----ATAAT-----------------TCCACAA-AC-TT--G----ATGT--------TTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCA----GCTTTTGGCATCACGAAGC--AA--TG-------CTTA-T-------GTAAACAAAAGGTA--T-A------A------C---TG----TT--A------C-----AT-----T-----CATCAA-ATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aATTT-T-CCGATTAACGCAT----A---A-----------------TC-ACGATCC-TT--C----AT----------TTGAAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACA----GTTTTCGACGTCCTGAAGCA-AA--C---------TTT-T-------GTAAACAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagTTGT-A----G---T-TCATTT-TCTCAA-----GAAT----GTGAA-----------------CAAACAA-AC-----G----CCAA--------TTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAACG----A-TTTTGACAGCATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtatt--------TTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GAT-AACTCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------T-T---TT--------ATTAATA----GTTACTGGTGTCATGAAGCTTAA---G---------TA---------GTAACCAAAAATCA--T-AAGTTTTA------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATa
gi|13 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagccaT--------CTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCA----G-TTTTAACATCAAGAAGC--AA--CGAGTAGCTGTGA-C-------GT--ACAAGAGGCG--C-G------A----------TG----TTTAC------T-----GT-----T-----CG--AGTCTTTAATTTttaca
gi|14 : catggatggtaa-TCATTT-T-CCGAAGAACACAT----ACCAA-----------------T----GA-AC-CTTCA----AC-----------TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTAC
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgcAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-----TTTTTTTACATCATGAAGC--AA--TG-------GCTAGCCATAAAAGTAAATGAAAGGTA--T-A------ACAATTGC---TG----TT--C------T-----AT-----T-----AATCTA-CTTTAACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACA----G-TCTTGACGTCACG------AA--CC-------GT-----------GTAAAAATGAAGCG--T-GGCAATTA------C---TC----CT--C------C-----AA-----T-----CATCAA-TATTAtacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACA----A-TTTTGACGTCGAGAAAA--AA--CG-------GGCA---------GTGAACAAGGGGTG--T-G------G------C---TT----TTA-C------C-----ATTCTAAT-----CATCAA-CTTTA
gi|18 : gT--------TTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAACG-----CTTTTAACGTAAGGAAGC--AA--
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATG----CTTTTTGATGCCATGAAGA--AA--TG-------TCTA---------GTAAATAAAAGGTG--T-A------ttagta
gi|2 : TATATAG--AATTGT-GT-CG----T-TCATTT-T-CAGAAGAATGAA--------AA-----------------TCCATGA-AC-CT--GTTTCATGT--------TT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACT----GTTTT-GCTGTCGTGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------TAAAACAAAACGCG--T-A------A------C----G----TTTGC------CTTTGTGT-----T-----GATCAA-CCTTAACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctat-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACA----ATATTTGGCGTCATTAAGC--AA--CA-------GGTG-C-------ATAATC------TG--T-G-------------C---CG----TT--T------C-----GT-----T-----TATCAA-CTTTTACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTT--C-------CCAAATAAATGGCG--T-A------A------C---TT----TTG-C------C-----AT-----T-----acac
gi|22 : T--------TTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-----GCTTTTGATGTCA--AAGC--AA--TG-------GGTA-
gi|24 : ataaccaggaatggtcatA-AA-TT--G----TCAT--------TTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTGg
gi|25 : tcccttGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : tccttaaatcaacgtatatagaaatttggcctccgtgaatcttcatttataccgcaaa-TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAGCTTTTTATTTTTAAC--TATGAGGC--AA--CA-------GTTA---------GTAAACAAAAAGCG--T-A------A------CCTTTGCTATTT--C------C-----GG-----T-----CATTAA-
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACG----GAGTGTGACGTCATGAAGC--AG------------------------GTAACCAAAATGTG--T-A------A------C---CT----TTA-T------C-----GT-----T-----
gi|28 : A---TT--------ATTAATG----TTTTTTAAAGTCACGAAAG--AA--CA-------GTTG-C--------TAAACAAATGA-G--T-A------A------C---TT----TT--
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---CT--------C---ACG----GTTTCAGACGTCATGACGC--AA--CG-------GCTA-T--------TAAACAAgacattc
gi|3 : AAT-TTTAT--AATTTT-GT-TG----T-TCATTT-T-TC-ATGAACCAAT----GTA---------------------CATGA-AC-TG--T----ATTT--------ATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGAC-----GTTTTTGACGTCAT---------------------TT----------GTGAAAAAGGGGCA--T-T------ACTTTTGC---TG----TT--C------C-----GT-----T-----TACCAT-CTTCAACCTTAGG-CGTAAC
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttat--------TTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATttacgggtacaca
gi|31 : T--------TTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACG----GTTTT-GACGTCACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGGTA--C-A------T------C---TT----TT--GTGGTAAC-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCTA---GATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tAAACCTTTATGGAATTTT-AG-CG----T-TCATTT-T-ACAATGATCGAA-----A-AAA-------------------CATGATCC-TT--G----AT----------TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACT----TGTTTTGACATCATGAAGC--AATGCA-------GTTA-T-------GCAAG-AAAAGGCA--TCA------G------T---TG----TG--C------C-----AT-----TACTGGCATTAA-CTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagtATATTTAC--ATTTGT-AT-CGAA--TATAATTCCT-TCAATTAACTAATCTATATAAAATTTTGATGTTCGTTTTTCCATGA-ACCTT--C----ATAT--------AT--AACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA-------CTTGACGTCATGTAGC--AA--TG-------GCT--C-------GTAAACAACAGGTGCTT-C------A------T---CG----TT--C------C-----TT-----T-----AGTCAA-CTTTAg
gi|8 : tatAAATATTTAA--ACTTAT-A--CAA-------ACTT-T-T--GT---CGAAC----ATTCC-----------------CCCATGA-AC-TT--ATCCCATGTACTATTAGTCTTACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACG----GATTTTCGCGTCACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatAAATATTAAT--AAATAA-AT-TGGGCGT-TCATTT-T-TCGATAAACGAA--------AA-----------------TCCACAA-AC-CT--A----AT-T--------TTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----G-TTCTGACGTCATGAAGC--AG--CG-------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 22222222222222222222 2222222222222222222222222222222222 222 222 33333333 11
lowQualScore : 1 888 1 0 5 7777777777 4 4444444 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 555555555 8888888 33 22 44444444444444444444 0 33 2 8888888888888888888888888888888888 66666 66666 66666 3 1 1 999 1 111 1 22 000 22 1 1 55555555 88 1 1
lowQualScore : . ... . . . .......... . ....... . ........................................................... . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ......... ....... .. .. .................... . .. . .................................. ..... ..... ..... . . . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 4 111 9 2 0 8888888888 0 4444444 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 555555555 7777777 77 22 77777777777777777777 5 22 4 5555555555555555555555555555555555 77777 77777 77777 3 0 0 333 0 000 0 00 555 00 0 0 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTAT--AATTGT-AT-CGA---T-TCATTT-T-TCGATGAACGAAT----ATAAA-----------------TCCACGA-AC-TT--G----ATGT--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTAT--AATTGT-AT-CGA---T-TCATTT-T-TCGATGAACGAAT----ATAAA-----------------TCCACGA-AC-TT--G----ATGT--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
gi|1 : AAATATTTAT--ATTTGTGATATAA---C-ACACAT-T-T----------AT----ATAAT-----------------TCCACAA-AC-TT--G----ATGT--------TTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCA----GCTTTTGGCATCACGAAGC--AA--TG-------CTTA-T-------GTAAACAAAAGGTA--T-A------A------C---TG----TT--A------C-----AT-----T-----CATCAA-ATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aATTT-T-CCGATTAACGCAT----A---A-----------------TC-ACGATCC-TT--C----AT----------TTGAAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACA----GTTTTCGACGTCCTGAAGCA-AA--C---------TTT-T-------GTAAACAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagTTGT-A----G---T-TCATTT-TCTCAA-----GAAT----GTGAA-----------------CAAACAA-AC-----G----CCAA--------TTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAACG----A-TTTTGACAGCATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtatt--------TTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GAT-AACTCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------T-T---TT--------ATTAATA----GTTACTGGTGTCATGAAGCTTAA---G---------TA---------GTAACCAAAAATCA--T-AAGTTTTA------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATa
gi|13 : ataagtaaaattttgatgttcattttctcatggacacatagccaT--------CTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCA----G-TTTTAACATCAAGAAGC--AA--CGAGTAGCTGTGA-C-------GT--ACAAGAGGCG--C-G------A----------TG----TTTAC------T-----GT-----T-----CG--AGTCTTTAATTTttaca
gi|14 : catggatggtaa-TCATTT-T-CCGAAGAACACAT----ACCAA-----------------T----GA-AC-CTTCA----AC-----------TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTAC
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatataaagatttaatgctggcgcAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-----TTTTTTTACATCATGAAGC--AA--TG-------GCTAGCCATAAAAGTAAATGAAAGGTA--T-A------ACAATTGC---TG----TT--C------T-----AT-----T-----AATCTA-CTTTAACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACA----G-TCTTGACGTCACG------AA--CC-------GT-----------GTAAAAATGAAGCG--T-GGCAATTA------C---TC----CT--C------C-----AA-----T-----CATCAA-TATTAtacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACA----A-TTTTGACGTCGAGAAAA--AA--CG-------GGCA---------GTGAACAAGGGGTG--T-G------G------C---TT----TTA-C------C-----ATTCTAAT-----CATCAA-CTTTA
gi|18 : gT--------TTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAACG-----CTTTTAACGTAAGGAAGC--AA--
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATG----CTTTTTGATGCCATGAAGA--AA--TG-------TCTA---------GTAAATAAAAGGTG--T-A------ttagta
gi|2 : TATATAG--AATTGT-GT-CG----T-TCATTT-T-CAGAAGAATGAA--------AA-----------------TCCATGA-AC-CT--GTTTCATGT--------TT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACT----GTTTT-GCTGTCGTGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------TAAAACAAAACGCG--T-A------A------C----G----TTTGC------CTTTGTGT-----T-----GATCAA-CCTTAACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctat-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACA----ATATTTGGCGTCATTAAGC--AA--CA-------GGTG-C-------ATAATC------TG--T-G-------------C---CG----TT--T------C-----GT-----T-----TATCAA-CTTTTACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTT--C-------CCAAATAAATGGCG--T-A------A------C---TT----TTG-C------C-----AT-----T-----acac
gi|22 : T--------TTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-----GCTTTTGATGTCA--AAGC--AA--TG-------GGTA-
gi|24 : ataaccaggaatggtcatA-AA-TT--G----TCAT--------TTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTGg
gi|25 : tcccttGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : tccttaaatcaacgtatatagaaatttggcctccgtgaatcttcatttataccgcaaa-TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAGCTTTTTATTTTTAAC--TATGAGGC--AA--CA-------GTTA---------GTAAACAAAAAGCG--T-A------A------CCTTTGCTATTT--C------C-----GG-----T-----CATTAA-
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACG----GAGTGTGACGTCATGAAGC--AG------------------------GTAACCAAAATGTG--T-A------A------C---CT----TTA-T------C-----GT-----T-----
gi|28 : A---TT--------ATTAATG----TTTTTTAAAGTCACGAAAG--AA--CA-------GTTG-C--------TAAACAAATGA-G--T-A------A------C---TT----TT--
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---CT--------C---ACG----GTTTCAGACGTCATGACGC--AA--CG-------GCTA-T--------TAAACAAgacattc
gi|3 : AAT-TTTAT--AATTTT-GT-TG----T-TCATTT-T-TC-ATGAACCAAT----GTA---------------------CATGA-AC-TG--T----ATTT--------ATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGAC-----GTTTTTGACGTCAT---------------------TT----------GTGAAAAAGGGGCA--T-T------ACTTTTGC---TG----TT--C------C-----GT-----T-----TACCAT-CTTCAACCTTAGG-CGTAAC
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttat--------TTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATttacgggtacaca
gi|31 : T--------TTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACG----GTTTT-GACGTCACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CG-------GTT--T-------GTAAACTGAAGGTA--C-A------T------C---TT----TT--GTGGTAAC-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCTA---GATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tAAACCTTTATGGAATTTT-AG-CG----T-TCATTT-T-ACAATGATCGAA-----A-AAA-------------------CATGATCC-TT--G----AT----------TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACT----TGTTTTGACATCATGAAGC--AATGCA-------GTTA-T-------GCAAG-AAAAGGCA--TCA------G------T---TG----TG--C------C-----AT-----TACTGGCATTAA-CTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagtATATTTAC--ATTTGT-AT-CGAA--TATAATTCCT-TCAATTAACTAATCTATATAAAATTTTGATGTTCGTTTTTCCATGA-ACCTT--C----ATAT--------AT--AACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA-------CTTGACGTCATGTAGC--AA--TG-------GCT--C-------GTAAACAACAGGTGCTT-C------A------T---CG----TT--C------C-----TT-----T-----AGTCAA-CTTTAg
gi|8 : tatAAATATTTAA--ACTTAT-A--CAA-------ACTT-T-T--GT---CGAAC----ATTCC-----------------CCCATGA-AC-TT--ATCCCATGTACTATTAGTCTTACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACG----GATTTTCGCGTCACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatAAATATTAAT--AAATAA-AT-TGGGCGT-TCATTT-T-TCGATAAACGAA--------AA-----------------TCCACAA-AC-CT--A----AT-T--------TTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----G-TTCTGACGTCATGAAGC--AG--CG-------
blockSeqs : A TGG A . TTGGGCGT C CCGATT TCTATATAAAATTTTGATGTTCGTTTTTCCATGAACCTTCATAT G TT TTG TGTTAT T GG ATA A TGC T AAC T GA TAGTAAC ACG GATAAGTAA TTTTTAT TT TG GCTAGCCATAAAA CT C ACCTTTGCTATTTC TTTGT TCTAA ACTGG T A A AA A . A AG ACG AT T G AACATAAC . A A
blockSeqs : C G A . TCGAATA . CCGAAG CATTCCCCCATGAACTTATCCCATGTACTATTAG . . A . . . . . TA . AAC . . . . T AGT A . AGTAGCTGTGAC . . AGTTTTACTGTTC . . . . G T
blockSeqs : A T A . TCGT . CAGAAG AATCCATGAACCTGTTTCATGT . . G . . . . . TA . AA . . . . A AGT . . GTTAC . . ACAATTGCTGTTC . . . . T G
blockSeqs : A C T . TTGT . ACAATG TGTGAACAAACAAACGCCAA . . G . . . . . TA . C . . . . A GCT . . GGTGC . . GCAATTACTCCTC . . . . T G
blockSeqs : A A C . GCGT . TCAATT TACCAATGAACCTTCAAC . . G . . . . . CA . C . . . . A TGT . . GTTGC . . ACTTTTGCTGTTC . . . . A G
blockSeqs : . T A . CAA . TCGATA TGTACATGAACTGTATTT . . T . . . . . CA . C . . . . A AAT . . GCTAT . . TCTTTTGTGGTAA . . . .
blockSeqs : . GT . CTCAA TAATCACGATCCTTCAT . . G . . . . . CT . T . . . . A GGT . . GTTAT . . ATGTTTAC . . . .
blockSeqs : . TCATG AAAACATGATCCTTGAT . . T . . . . . TG . C . . . . T GGA . . TTTT . . GCTTTTAC . . . .
blockSeqs : . TGT AATCCACAAACCTAATT . . G . . . . . CT . T . . . . A GTT . . GGCA . . ACGTTTGC . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . TA . A . . . . A GGT . . TCTA . . ACTTTTGC . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . CA . C . . . . A GGT . . GTTC . . ACCTTTAT . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . TG . T . . . . A TTG . . GTTA . . GTTGTGC . . .
blockSeqs : . . G . . . . . CA . C . . . . A GGA . . GTTT . . ATCGTTC . . .
blockSeqs : . . G . . . . . CG . T . . . . A GA . . GTTT . . CCGTTT . . .
blockSeqs : . . G . . . . . TC . T . . . . A AG . . GCTC . .
blockSeqs : . . T . . . . . TG . C . . . . A TT . . TA . .
blockSeqs : . . G . . . . . TA . C . . . . A AG . . GT
blockSeqs : . . G . . . . . TG . C . . . . C AA . . TT
blockSeqs : . . . . . . . . CA . C . . . . C GC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TG . C . . . . A GC . .
blockSeqs : . . . . . . . . TG . T . . . . A GT . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . C . . . . A GG . .
blockSeqs : . . . . . . TA . C . . . . A A . .
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TCGT****** CCGATG* GTTA**************** ACNTTTGCTGTTC*********************
originalCons : NAAATATTTAT--AATTGT-AT-CGA---T-TCATTT-T-TCGATGAACGAAT----ATAAA-----------------TCCACGA-AC-TT--G----ATGT--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CG-------GTTA-C-------GTAAACAAAAGGCG--T-A------A------C---TG----TT--C------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
finalCons : NAAATATTTAT--AATTGT-ATCGT------TCATTT-TCCGATG-AACGAAT----ATAAA-----------------TCCACGA-AC-TT--G----ATGT--------TTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CGGTTA----------------GTAAACAAAAGGCG--T-AACNTTTGCTGTTC---------------------C-----GT-----T-----CATCAA-CTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC
Alignments
lowQualScore : 111 3333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1111111111111 222 222 33333333 11
lowQualScore : 0 222 3 4444444444444444 55 4 777 3 77 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 22 333 444444 1 22 222 1 333 0 1 4444 1 22 5555555 222 555555555 8888888 22 222 0 6666666666666 333 2 1 2 0 1 1 999 1 111 1 22 000 22 1 1 55555555 88 1 1
lowQualScore : . ... . ................ .. . ... . .. . ........................................................ . .. ... ...... . .. ... . ... . . .... . .. ....... ... ......... ....... .. ... . ............. ... . . . . . . ... . ... . .. ... .. . . ........ .. . .
lowQualScore : 1 777 2 3333333333333333 55 0 000 6 11 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 44 444 666666 6 22 888 5 888 1 5 3333 5 11 0000000 666 555555555 7777777 11 444 3 6666666666666 555 0 9 5 3 0 0 333 0 000 0 00 555 00 0 0 55555555 55 0 0
consensus : NAAATATTTAN--AATTNT---A-------T----CG--T-T---CATTT-TCCGATGAACGAAT----ATAAA-----------------TCCACGA-AC-TT--G----AT--GTTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CGGTT---------A---GTAA---A-CAAAAGGCGTAACNTTTGCCG-TTCCGTTCATCAACTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
Reference ( family-32 ) : NAAATATTTAT--AATTGT---A-------T----CG--T-T---CATTT-TCCGATGAACGAAT----ATAAA-----------------TCCACGA-AC-TT--G----AT--GTTTTTAGCTTCGGGCA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGATCG-TAACGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CGGTT---------A---GTAA---A-CAAAAGGCGTAACNTTTGCTG-TTCCGTTCATCAACTTTAACTTNAGGATGCAACGCATNNCTCTACATGTNTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGANACNNAACGTGGNNGTGNTNACCAAGTACAAACATAACTTAATTATACAAANANCATAAAT
gi|1 : AAATATTTAT--ATTTGTGATA-------TAA--CA--C-A---CATTT-------------AT----ATAAT-----------------TCCACAA-AC-TT--G----AT--GTTTTTAGCCTCAGGCA-TA--AATTTG--GATAAAATCACC------CTT-GTT--CAAGAT---T-TGCGATTGACTG-TAATATCA-AAAA--C-C-T--TA-------CAA---TC--------ATTTGCA----GCTTTTGGCATCACGAAGC--AA--TGCTT---------AT--GTAA---A-CAAAAGGTATAA------CTG-TTACATTCATCAAATTTGACTGAATGATACAATGCATTTTTTTACATGTTTATCGGTGCTAAGAGATAAATGTGATATTTA---TGGTGGTGATTACCAAGTACA--------TTAATTATATAAATATCATAAAT
gi|10 : aATTT-TCCGATTAACGCAT----A---A-----------------TC-ACGATCC-TT--C----AT----TTGAAGCTTTGGGCA-CA--ATCTTA--AATAAAATGAAC-----------TT--CAAGAC---T-TGCAATTGATTA-TAGCATAC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TG--------TTTTACA----GTTTTCGACGTCCTGAAGC--AA--ACTTT---------T---GTAA---A-CAAAAGGca
gi|11 : gtgacgtaattccatcaatgaattcatataaaaatatgatgagTTGT---A-------------G--T-T---CATTT-TC---TCAA-GAAT----GTGAA-----------------CAAACAA-AC-----G----CC--AATTTAAGCTTTGAGCA-GT--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-TTT--TAACAT---T-TGTGATTAATTA-CAACGTAA-AAAA--C-A-T--CA-------AAA---TT--------ATCAACG----A-TTTTGACAGCATGAAGC--AA--C
gi|12 : atttacatttgtgacataactatttcagtgaaccaatatagtattTAA--AATTTT---G-------A----TG--T-T---CATTT-TCTCATGGAC--AC----ATAG-------------------CCA----------------------TTATAGCTTCAAGCA-TA--ATTTTG--GATAAC-TCAAC------ATT-GCT--TGAGAT---T-TGCTATTAACTA-TAATGT-A-TAAA--C-A-T--CA-------TT----TT--------ATTAATA----GTTACTGGTGTCATGAAGCTTAA----GT----------A---GTAA---C-CAAAAATCATAAGTTTTACTG-TTCCGTTCATa
gi|13 : ataagTCTTTATATTCGGGCA-TA--CTTTTTTTGAAAAAATCAAA------TTT-GTT--CGATAT---T-TGCAATTGACCA-TGAAGTCA-AAAG--T-A-T--CG-------TTA---TC--------ATTAGCA----G-TTTTAACATCAAGAAGC--AA--CGAGT---------AGCTGTGACGTA-CAAGAGGCGCGATGTTTACTG-TTCttaca
gi|14 : catggatggtaaAAAGATTTA----ATGCT---G-------G----CG--C-T---CATTT-TCCGAAGAACACAT----ACCAA-----------------T----GA-AC-CTTCA----AC-----TTTAGATTCGGGCA-TATTGTTTT----ATAAAATATAC------ATT-GTA--CGAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAACGCCA-AAAT--C-T-G--CA-------CAA---TT--------ATTTACgagtctttaattt
gi|15 : acatttgcgacgtcacaaacatatAAC------CAT-GTT--TGAGAT---T-TGCAATTGATCT-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--CA-------CAA---TT--------ATCAAC-----TTTTTTTACATCATGAAGC--AA--TGGCTAGCCATAAAA---GTAA---A-TGAAAGGTATAACAATTGCTG-TTCTATTAATCTACTTTAACTTAAAGATGCAA
gi|16 : aTTAATTTCGGGCA-TA--TTTTTG----TA---TCAAG------GTT-GTT--CAAGAT---T-TGTGATTGGTTG-ATATGTAA-AAAA--A-G-T--GA-------T-A---TT--------TTTAACA----G-TCTTGACGTCACG------AA--CCGT--------------GTAA---A-AATGAAGCGTGGCAATTACTC-CTCCAATCATCAATATTAtacctta
gi|17 : tttaagG--GATAAAATCAAC------ATT-GTT--CGAGAT---T-TGCAATTAATCT-CAATGTTA-AAAA--C-ATT--TA-------TGT---TT--------ATTAACA----A-TTTTGACGTCGAGAAAA--AA--CGGGC---------A---GTGA---A-CAAGGGGTGTGGCTTTTACCA-TTCTAATCATCAACTTTA
gi|18 : gTTTTTA-CTTTGGCAA-TA--AATT-------AAAATC---------TTT-ATTGGTGAGAG---T-TGTGATTGTTTA-AGAAGTTA-AAAA--T-G-T------------AA---TT----------TAACG-----CTTTTAACGTAAGGAAGC--AA-----TT---------A---GTA
gi|19 : ttcccatggaagcatacccttgtatattcaGTTTTGGACA-TT--ATTTTA--TATAAAAATAAC------AT--ATT--TGAGATATATATGTGATTGCTCA-TAATATCA-AAAT--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAATG----CTTTTTGATGCCATGAAGA--AA--TGTCT---------A---GTAA---A-TAAAAGGTGTA
gi|2 : TATATAG--AATTGT---G-------T----CG--T-T---CATTT-TCAGAAGAATGAA--------AA-----------------TCCATGA-AC-CT--GTTTCAT--GTTT--AGCTGCGG-CAGTA--ACTTTG--GATAGAAT-AACTGTTATCTC-TTT--CGATAT---T-TTCTATTGATTG-TAATGCCA-AACA--T-G-T--CA-------CAA---GT--------AGTAACT----GTTTT-GCTGTCGTGAAGC--AA--CGGTT---------A---CTAA---AACAAAACGCGTAACGTTTGCCT-TTGTGTTGATCAACCTTAACCTGATGATGCga
gi|20 : tttattaatatacgtgaattaactctttctaaaaacctat-TGCGATTGTTCA-TCATGTAA-AAAA--AAG-T--CT-------TAA---TT--------ATTGACA----ATATTTGGCGTCATTAAGC--AA--CAG---------------GT-------------GCATAATCTGTGCCG-TTTCGTTTATCAACTTTTACTTTAGGATGCAACACATctatattataggcata
gi|21 : GCA-TA--CTTTTG--TATACA-TCAAC------CTT-----------T---T-T-TGATTGGTCG-TAACGTCA-AAAA--T-G-T--TA-------CAG---TT--------ATTAACG----GTTTTTGACGTCATGAAGC--AA--CGGTT---------C---CCAA---A-TAAATGGCGTAACTTTTGCCA-TTacac
gi|22 : TTTTTTGCCTCGG-CA-TA--GTTTT-----------CAAT------TTTTGCT--CAAGAT---T-TCTGATTGATTC-TGAAGTCA-AAAA---------CA-------TGA---TT--------ATTAAC-----GCTTTTGATGTCA--AAGC--AA--TGGGT---------A---G
gi|24 : ataaccaggaatggtcatA-AA-TT--G----TC--ATTTTTAGATTCGAATA-TT--AGTTTG---ATAAAATCAAC------CTT-GTT--CAAAAT---T-TGCAATTG
gi|25 : tcccttGCA-TA--GTTTTA--GATAAAATCAAC------CTT----------AT---T-GGCAATTTATTG-TAAcaactatttatgattagtcaaattaccgtcat
gi|26 : tccttaaatcaacgtatatagaaatttggcctccgtgaatcttcatttataccgcaaa-TGATGTCATAGCA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAGCTTTTTATTTTTAAC--TATGAGGC--AA--CAGTT---------A---GTAA---A-CAAAAAGCGTAACCTTTGCTATTTCCGGTCATTAA
gi|27 : aCGATTGATTA-TAACA--A-AAAA--C-A-TGACG-------CAA---TA--------ATTAACG----GAGTGTGACGTCATGAAGC--A-----------------G---GTAA---C-CAAAATGTGTAACCTTTATCG-TT
gi|28 : A---TT--------ATTAATG----TTTTTTAAAGTCACGAAAG--AA--CAGTT---------G---CTAA---A-CAAATGA-GTAACTTTTGACA-TTC
gi|29 : TTG-CAACGTCC-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---CT--------C---ACG----GTTTCAGACGTCATGACGC--AA--CGGCT---------A---TTAA---A-CAA
gi|3 : AAT-TTTAT--AATTTT---G-------T----TG--T-T---CATTT-TTC-ATGAACCAAT----GTA---------------------CATGA-AC-TG--T----AT--TTATTTAGCTTTTGACA-TA--ATTTTG--GAATAAATCA------------------GAGAT---T-TGCGATTGATCA-TAGTAT-A-AAAA--C-G-T--CATAGTAACCAAACGTT--------CTTGACG-----TTTTTGACGTCAT--------------TT-------------GTGA---A-AAAGGGGCATTACTTTTGCTG-TTCCGTTTACCATCTTCAACCTTAGG-CGTAAC
gi|30 : caatatttacattcgtcacgttaccccttcattgaatctgtttatTTTTAGCTCATGGAA-TA--ATTTTG--GATAAAATCAAC------CTT-G-G--CAATAA---T-TGCAGTTGATttacgggtacaca
gi|31 : TTTTT-GCCTCGGGCT-TA--ACTTTG--GATAAAACCAAT------CTT-GCT--CGACAT---T-TTCAATt
gi|32 : --ACTTCG--GATACAATCA-T------CTT-GT---CAAGAT---T-TGCGATTG-TTGCTAACGTCG-AAA
gi|33 : TTTGGACA-TA--CTTTTG--GAATAAATAAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGTGAtc
gi|34 : AACATCA-AAA-----G-T--CA-------TA----TT--------ATTAACG----GTTTT-GACGTCACGAAGG--AA--Cacgtt
gi|4 : TTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CGGTT---------T---GTAA---A-CTGAAGG
gi|5 : attTTG-TAACGTCA-AAAAAAC-G-T--TA-------CAA---CT-------------------------GCCGTCATAAAGC--AA--CGGTT---------T---GTAA---A-CTGAAGGTACATCTTTTGTGG-TAACGTTCATCAACTTTAATATAAGGATGCAACGCA-AACTCTATATGTATATTAGTGCT---AGATAAATGTGAAACAGAACGTGGATGTGTTGACCAAGTACAAACATAACTTAA--ATACAAAAAACATAAATtacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattaatgactgaatcatgtctaaaattgatatacatggcggacgtcggc
gi|6 : tAAACCTTTATGGAATTTT---A-------G----CG--T-T---CATTT-TACAATGATCGAA-----A-AAA-------------------CATGATCC-TT--G----AT----TTTTAGCTT--------A--ATTTTG--GTTAAA-TCGAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGAGATTGATAA-TAATGCCA-AAAA--C-A-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACT----TGTTTTGACATCATGAAGC--AATGCAGTT---------AT--GCAA---G--AAAAGGCATCAGTTGTGCCA-TTACTGGCATTAACTgattgaatcatgtctaaaattgatatacatggcagacgtcgg
gi|7 : gtattcacattcaatacatagctccgtcagtATATTTAC--ATTTGT---A-------T----CGAATAT---AATTCCTTCAATTAACTAATCTATATAAAATTTTGATGTTCGTTTTTCCATGA-ACCTT--C----AT--ATAT--AACTTTTAGCA-TA--ACTTTG--TATAAGATCAAC------CTT-GTT--TGAGAT---T-TGTAATTGATTA-TGCTGTTA-AATA--T-G-T--CG-------CGA---TT--------ATTAACA-------CTTGACGTCATGTAGC--AA--TGGCT---------C---GTAA---A-CAACAGGTG----CTTCATCG-TTCCTTTAGTCAACTTTAg
gi|8 : tatAAATATTTAA--ACTTAT---ACAAACTTT----TG--T-CGAACATTC-CCCCATGAACT--T----AT--------------------CCCATGT-AC-T--------ATTAG-TCTTACCTTCAGGCA-TA--CTTTGG--GATAAAATCAAC------CTT-GTT--CGAGAT---T-TGCGATTGTTTA-CAACGTCA-AATT--C-G-T--CT-------TAA---TTGATAAGTAATTAACG----GATTTTCGCGTCACGAAGC--A
gi|9 : cacgatatatttttactataacttgtattatAAATATTAAT--AAATAA---A-------TTGGGCG--T-T---CATTT-TTCGATAAACGAA--------AA-----------------TCCACAA-AC-CT--A----AT---TTTTAAGCTTCGGGCA-TA--ATATAG--GATGAAGTAAAC------CTC-GTT--CGAGAT---T-AGCGATTGAGCA-TATCGTCA-AAAA--C-G-T--CA-------CAA---TT--------ATTAACG----G-TTCTGACGTCATGAAGC--AG--CG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTGATAATTTAAATTCAAAGTTTCAACAATTTATATTTGTGTATTGTTGCAAGATAAATGAAAAAGTTGCCATGGTGTGTCGTGTATGCATTAAAAATATAAACACAAGAAAATGAAC