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gi|10 : acatttttatgtatactgggtttataAAAGCTCTGCAATAAATTGATAT---AT---ATA--TATATATATATAGATAGATAGTTGCTATACAATGCAATGTCTACTGAGT-ATATGACACTGTGTGACATTTTT--GGGT----TA---AAAAAAGGA-------A---------AATTCGAAAAAAAATCGCCATTTTCA---GGAATAATTAAAAT--T-TAGATATGTTTAT----GTATG----CTGG----GTTCATTGA--AGTTC--T--GCA----ATAC-A-----TTGA-TG--T-A-AATA-CA----------------------T--ATAT-------G---CTTGAC---------A---------A---GT-----C-------------------A----AT---TTC------A-ACCG--AGT-T-----AT-TGT--CACT--GT-G-----TG--ACACA-TTT-GGGTTA---A-AA-aatgtgatagatcttgaagagcatgctaaagaaaccacactgtttgtcgattaaatcacccgttaaatccagtttcgacagataaagctaagatcctaagaaaagtgttagaatcattggactaaccaaacgatcaggagcttaagaaagatggtttctgaccagccataaaagagcatctaaatctttagccacaaaatgttggaaagtgacacgttaagtcacaaaaataatatggaaaaatgatgaagaatatattcgaaagttattatcaggactgatgacaaacccatttcttctctgacggcaaaacagacggagcaaatacatatacgtcaataaagcaactggagtcgttgtgccgtcagatatatttaaacatctagtgatcagtgatacaattggaagatacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacataaatacaaatgtttttaggagccactgccacgtgtgaaattgaaaacagttttcattctatgagaacagtaaggagtctgtcaaatctaaagaagaacagattacaaccataagtgtcgatagataaaccggttggtagattgataattatatccactttcagagaagcatttcttaagacgttctgacctatgaactatcaactgtaccattctctcttgcacacacagatggaattttgagaaagcaagttttaagtttatt
gi|6 : attttggggaaaaaatatgaaaaaatcgaaaaaatctccattttctggagtaattaaaaataatacatttgtatgtttataAAAGCTTTGCAATACATTGAAAT---AT---ATA--CATATAT----------------GCTATACAAGTCAATATATACTGAGTCAC-TTACACTGTGTGGGATATTT--TGGT----TA---AAAATATGA-------A----------------------------AT----T---A-------CGAAAA--C-AA----------T----GGCCA----TTT------TCT-NNNN--NN--N--N--NNG----G--T-A-----TA---TA--T---A-CG-TA----------------------A--ATTC-------A---T---CT-------------------A---GT-----A-------------------A----AT---TTC------T-ACCG--AGT-C-----AT-TGT--CACT--GT-A-----TT--ACACT-TTT-AAG-TAT--A-GATGTATA
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gi|7 : TATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTG----C----AAT---------------AG----AT-T--GAT--AT--AAAT--AC--A--TA------TAT------------------GCTTGACAAGTC-AAAT---T-TACCGAGTTAT-TGTCACTGTGT--G--ACA-CA-TTT------GGGTT--------CA-------A-A-----A---------------T--AG-AAA--TAAA--TTGC-----CATTT-TCTAGAATAAA----TG---A-----A-AA---TAATATATT--T----GTA------TG---------TTGAAGCTCTGGTATACGT---------------TG----AT--AT--TATATACGTATTT--------------GCTTTACAATTC-AATTTCTACCGAGTCAT-TGTCACCGTGT--A--ACA-CT-T------TAGGT--Tgaatgagatagatcttgaagagtatgcaaaagaaattacactgtcgattaaatcacccgttaaatccagttttgacagatattgctcttaaacagtcagtgaatccagatcctaagaaaagtgtaagaatcattggactaaccaaacgaccaggagcttaagaaagatggtgtctaaccagccaccaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaagtgacacgttaagtcacaaaaataatctggaaaaatgaagaagaatgtattcgaaagtaagtatcaggactgatgacaaatccatttcttttcagtcggcaaaacagacggagatgatacatttaagtcaataaagcagatggagtcgttgtgctgtcagatatgtttaaacatcttgtgaccagtgctacaattggaagatacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacacaaaaacaaatgctttttaggagccactgccacatgtgaaattgaaaacagttttcattctatcagaacagtctgtggtctgtcaaatctaaagatgaacagaatacaaccataagtgtcgatagagaaccggttggtagattgataattgcatcaactttcagagaagtatttcttaagacgttctgacctataaactatcaactgttccattctctcttgcacacacagatggaactttgagaaatccaattttaagtttatta
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gi|11 : ---------------AC----AT-TTGAATGAAT--A--T--AC--A--TA------TAT------------------ACTATACAAGTC-AATG---TCTACTGAGTCGT-TGACACTGTGT--G--ACA-TT-T-----------TT--------GT-------A-A-----A------TT-------T--CG-AAC--AAAA--TCGT-----CTTTT-TCTGGAATAAT----TA---C-----A-AT---TGAGATATT--TTTATGTT------TGTTGAGTTTATTGAAGCTCTGTTATACAT---------------CA----ATTAATA-TATACACATATAT--------------GCTATACAAGTC-ATTTTCTACTGAGACAT-TGTCACTGTGT--G--ACA-TT-TT-----TGGAT--TA-AAAA-TGG--GAAAA-A-T-C--GAAAAAAA--AT--CGGCA--TTTTCTGAAATAAT----A---AAAATTGAGATATGTTTATGTATGCTGGGTTTGTTGAAGCTCTG----CATTACAT-T--GATATAttcttatatatatatatatatatatgcgtatatgctttacaagtaaatgtttagtcattgtcactttatgacactttaaggtatagatgtagatgtagaaagagataattttgaagagtatgtcaacgaaaccacacggtttgccgattaatcacccgttaaatccagtttcgacggttattgttcttgaacagtcagtgaatccggatcctaagaaaaatgtcagaatcactggactagccaaacgatctgaagcttaagaaagatggtttcttaccagcaacgaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaaatgacacgttgagtcacaaaaataatctggaaagagatgacagaaaaacgatgaagaatatattcgaaagttaatatcaggactgatgacaaacttatttcttcacagacggccaaacagacggatatgatacatataagtcaataaagcaataggagtgattgtgccgtcagatatatttaaatatattgtgaccagtgatacaattggaagacacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacacaaacacaaaggttttttaggagtcactgccactcgtgaaactgaaaacagttttcattctatcagaacattaagaaatatgtcaaatctaaagatgaacatattacaaccatgagtgaagatagagaaccggttcgtatgttgataagtgcattcacgtccagagaagtatttcttaagacgttttgacttatagactattaactgttccattctctcttgcacacacagatggaactttcagaaagccggttttcagtatattaattattgacagaagcagttgtgtatgtaagatttccaacatctgatgtaaagcaaagtaatacattatagatggaatggcaacttcaaatagttaaggtggaggtgcagtcacatttggagactttgaattctcagcgacaggtggtgtaaa
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gi|12 : TGTGT--G--GCA-CT-T-T------GAGTTTAAAATATAA-------A-A-----A------AG-------T--CG-AGA--AAAAACTCACACACGCTATTATTTTGAATTAT----TA---AAAAAGT-AT------GACACT--TGTATGTA------TGCTTGGTTTATTGAAGCTCAACACTACAT---------------TG----GT--ATG-TA-AAAT---TAT-----------------ATACAAGTC-------TACCGAGTCAT-TGTCACCGTGT--G--ACA-CC-TT-----TGGGT--TT-AAAA-C-A--TGAC--------------AAA--AT--C--ATCATTTTCTGGAAGAATAAAAA---AATA---AAATATT----TGTATG-----------AAAGCTCTG----CAATACAT-T--AATATAagctgcggcatatgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatatgctttacaagtaaatttctaccgagtcattgtcactgtatgtcactgtatgacactttaaggtatagatgtagatgtagaatgagatagatcttgaagagtatgttaaagaaaccaaactgccatccgttaaatccagtttcgacagacattgctcttgaacagtcagtgaattcggatcctaagaaaagtgttagaatcattggactaaccaaacaaccaggagcttaagaaagatggtttctgaccagccgcgaaacagcatctaaatattcagccacaaaatgttggaaagtgacacgttaagtgacaaaaataatctggagagaaatgacagaaaatgatgaagaa
gi|10 : T--------GA-------A-A-----A------AA-------T--CG-AAA--AAAT--CT-C-----CATTT-TCTGGAGTAAT----TA---A-----A-AA---TAATACATT--T----GTA------TG-----TTTATAAAAGCTCTGCAATAAAT---------------TG----AT--ATA-TATATATATATATATAGATAGATAGTTGCTATACAATGC-AATGTCTACTGAGT-ATATGACACTGTGT--G--ACA-TT-TT-----TGGGT--TA-AAAA-A-A--GGAAA-A-TTC--GAAAAAAA--AT--CGCCA--TTTTCAGGAATAAT----T---AAAATTTAGATATGTTTATGTATGCTGGGTTCATTGAAGTTCTG----CAATACAT-T--GATGTAtacacacatgctgtacaagtcaatttctaccgagtcattataactgttagtggagtcatt
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gi|7 : TATGTA------TGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATAGAT---------------TG----AT--ATA-AAT--ACATATAT--------------GCTTGACAAGTC-AAATT-TACCGAGTTAT-TGTCACTGTGT--G--ACA-CA-TT-----TGGGT--TC-AAAA-T-A---------------GAAATAAA--TTG-C--CA--TTTTCTAGAATAAA----TGAAAATA-----ATATATT--TGTATG---------TTGAAGCTCTG----GTATACGT-T--GATATnnnnnnnnnnggtatatatacgtaaattcatctagtaaatttctaccgagtcattgtcactgtattacacttttaagtatagatgtatatgttgaatgagatagatcttgaagagtatgcaaaagaaattacactgtcgattaaatcacccgttaaatccagttttgacagatattgctcttaaacagtcagtgaatccagatcctaagaaaagtgtaagaatcattggactaaccaaacgaccaggagcttaagaaagatggtgtctaaccagccaccaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaagtgacacgttaagtcacaaaaataatctggaaaaatgaagaagaatgtattcgaaagtaagtatcaggactgatgacaaatccatttcttttcagtcggcaaaacagacggagatgatacatttaagtcaataaagcagatggagtcgttgtgctgtcagatatgtttaaacatcttgtgaccagtgctacaattggaagatacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacacaaaaacaaatgctttttaggagccactgccacatgtgaaattgaaaacagttttcattctatcagaacagtctgtggtctgtcaaatctaaagatgaacagaatacaaccataagtgtcgatagagaaccggttggtagattgataattgcatcaactttcagagaagtatttcttaagacgttctgacctataaactatcaactgttccattctctcttgcacacacagatggaactttgagaaatccaattttaagtttatta
gi|4 : CTGCAATACAT---------------TA----AT--ATC-AATAAA----TAT--------------GCTATACAAGAT-AGTTAATACTGAGTCAT-TGGCACTGTGT--G--ACA-GT-TT-----TAGGT--TA-AAAA-T-A--GGAAA-A-T-C--GAAAATAATCA---C--CA--TTTTCTAGCATAAT----T---AAAATTGAGATATGTTTATGCATGCTGGGTTT-TTTAAGCTCTG----TAATACAT-T--AATATAtatatacgtatttgctttacaattcaatttctaccgagtcattgtcaccgtgtaacactttaggttatatatatatagaaagatatagatcttgatgagtatgttaaagaaaccacactgtttgccgattaaatcacctgtttaatccagtttcgacggacattgctcttgaagtcagtgaatccggttcctaagaaaagtgtaagaatcaatggaataaccaaacgaatgggagcttaagaaagatggtttctgaccagccacaaaagagcatctaaatcttcaggcaccaaaggttgaaagtgacacgttgagtcacaaaaataatctggaatgagatgacagaaaaatgatgaagaaaatgtttgaaagttaatatcaggactgatgacaaatctatttcttttcagacggccaaacagacggagatgatacatatgagtaaataaagcaacatgattcgttgtgccgttagatatgtttaaaacatcttgtgaccagtaacacgattggaagatacaacatggaaaggtgtattaatgaaagactgaacacaaatacaaagtttttttaggagtcactaccacgtgtgaaattgaaaacagttttcat
gi|15 : AAAAA--AG--C--CA--TTTTCTAGAATAAT----T---AAAAATAAAACA-CTT-----GTGCTTAGTTTACTGAAGCTCTGCAATTCATAGATAT--AATATAtatacacatatgctatacatgtcagtttctactgagtcattgacactgtgtgacatttttcttatatatatatatatatatatgcgtatatgctttacaagtaaatgtttagtcattgtcactttatgacactttaaggtatagatgtagatgtagaaagagataattttgaagagtatgtcaacgaaaccacacggtttgccgattaatcacccgttaaatccagtttcgacggttattgttcttgaacagtcagtgaatccggatcctaagaaaaatgtcagaatcactggactagccaaacgatctgaagcttaagaaagatggtttcttaccagcaacgaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaaatgacacgttgagtcacaaaaataatctggaaagagatgacagaaaaacgatgaagaatatattcgaaagttaatatcaggactgatgacaaacttatttcttcacagacggccaaacagacggatatgatacatataagtcaataaagcaataggagtgattgtgccgtcagatatatttaaatatattgtgaccagtgatacaattggaagacacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacacaaacacaaaggttttttaggagtcactgccactcgtgaaactgaaaacagttttcattctatcagaacattaagaaatatgtcaaatctaaagatgaacatattacaaccatgagtgaagatagagaaccggttcgtatgttgataagtgcattcacgtccagagaagtatttcttaagacgttttgacttatagactattaactgttccattctctcttgcacacacagatggaactttcagaaagccggttttcagtatattaattattgacagaagcagttgtgtatgtaagatttccaacatctgatgtaaagcaaagtaatacattatagatggaatggcaacttcaaatagttaaggtggaggtgcagtcacatttggagactttgaattctcagcgacaggtggtgtaaa
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Reference ( family-3145 ) : AAAGCTCTGCAATACATTGATATAAATACATATATGCTATACAAGTCAATTTCTACCGAGTCATTGNCACTGTGTGACACNTTTGGGTTAAAAATAGGAATATCCATTTTCTAGAATAATTAAAAATAAGATATTTGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTGCGACATNTGTGATATATATACGTATA-------AGTAAATGTCTACCGAGTCATTGTCACTGTGTGACACTTTTGGGTTATAAA---ATATGGAAAAATCGAAAAAAATCGCCATTTTCTGGAATAATTAAAATTGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATT-GAT----ATA-TATATACATATATGCTATACAAGTCANTTTCTACCGAGTCATTGTCACTGTGTGACA-TTTTTGG-TT-AAAAAT-T-GAAAAAAATCGAGAAAAAAATC------GCCATTTTCTGGAATAATTAAAA--TTGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATTGATAT--ATA-A-------ATATACATATAT------------GCTATACAAGTCAATT----TCTACCGAGTCAT-TGTCACTGTGTGACATNTTTGGGTTAAAAATG-GAAANAATCG-AAAA-AAATCGCCATTTTCTG--GAATAAT-NAAAATTGAGATATNTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATTGATATANATACATATATGCTNTACAAGTCAA-TTTCTACCGAGTCATTGTCACTGTGTGACATNTTTGGGTTA---AAAATAGGAAT-A-A--------T--CCATTTTCTGGAATAATTAAAAATAAGATATT----TGTATGCTGGGTTTATTGA--AGCTGCGGCATTTA-TGATATA----------------------TATACGCTT---A-------AGTCAATTTCTACCGAGTCATTGTCACTGTGTGACATTTTTGGGTTNAAAATTGGAAAA-ATCGAAAAAAAATCGCCATTTTCTGGAATAATTAAAATTGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATTGATATA--TACATATATGCTNTACAAGTCAATTTCTACCGAGTCATTGTCACTGTGTGACATTTTTGGGTTAAAAAAATCGAAAAAAATCGCCATTTTCTGGAATAATTAAAATTGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATTGATATATAT-A-ACGTATATGCTNTACAAGTCAATTTCTACCGAGTCATTGTCACTGTGTGACATTTTTGGGTT-TA-AAATA-AGAAAATCGAAAAAAAATCCATTTTCTAGAATAATTAAAANTGAGATATNTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCNATACGTTGATATA
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gi|10 : ttagtccaagagcaaactaatataaaaaaatctctcgtagcacccttggaaaaagtctgtcacttggaaacgtttggtagatacatatagatcattatctgacattcagtactaagaattgtatcactttcaagataA-TTTTGGG-GA-AAAAATAT-GAAAAAA-TCGA---AAAAATC------TCCATTTTCTGGAGTAATTAAAA--ATAATACATTT----GTATG-----TTTATAAAAGCTCTGCAATAAATTGATAT--ATA-T-------ATATATATATATAGATAGATAGTTGCTATACAATGCAATG----TCTACTGAGT-ATATGACACTGTGTGACATTTTTGGGTTAAAAAAA-GGAAAATTCG-AAAAAAAATCGCCATTTTCAG--GAATAAT-TAAAATTTAGATATGTTTATGTATGCTGGGTTCATTGAAGTTCTGCAATACATTGATGTAAATACATATATGCTTGACAAGTCAA-TTTCAACCGAGTTATTGTCACTGTGTGACACATTTGGGTTA---AAAgtagatgtagaatgagatagatcttgaagagtatgctaaagaaaccactctgtttgccgattaaatcacccgttaaatccagtttcgacagacattgctcttgaacagtcagtgaatccatatcctaagaaaagtgttggaatcattggactaaccaaacgaccaggagcttaagaaagatggtttctgaccagccatgaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaagtgaaacgtgaagtcacaaaaataaactggaaaaatgatgaagaatatattccaaagttaatatcaggactgatgacaaacccatttcttctcagacggcaaaacagacggagatgataaatataagtcaataaagcaactggagtcattgtgctgtcagatgtgtttaaacatcttgtgaccagtgatacaattggaagatacaacatggaaatgtttattgatgaaagactgaacacaaatacaaatgttttttaggagccactgccacgtgtgaaattgaaaacagttttcattctatcagaacagtaagtagtctgtcaaatattaagatgaacagattacaaccataagtgtcgatagagaacgggttggtagattgataattgcatccacgttcagagaagtatttctaagacgttctgacctatgaactatcaactgttccattctctcttgcacacacatggaacttttgagaaagccagttttaagttaattacttacagagctatggagagaagcaattgtgtatgtaagattttcaacatctgatgtacagctaagtaaaacatacattaaagatgaaatggcaaccattcaagtagtttaagccggaggtgcagtcacatttggagacttcggattctcagcgacaggtggtgtaaag
gi|11 : ACATTTGA-----ATG-AATATACATATATACTATACAAGTCAATGTCTACTGAGTCGTTGACACTGTGTGACA-TTTTTG---T-AAA--T-T---------TCGA--ACAAAATC------GTCTTTTTCTGGAATAATTACAA--TTGAGATATTTTTATGTTTGTTGAGTTTATTGAAGCTCTGTTATACATCAATTA--ATA-T-------ATACACATATAT------------GCTATACAAGTCATTT----TCTACTGAGACAT-TGTCACTGTGTGACATTTTTGGATTAAAAATG-GGAAAAATCGAAAAA-AAATCGGCATTTTCTG--AAATAAT-AAAAATTGAGATATGTTTATGTATGCTGGGTTTGTTGAAGCTCTGCATTACATTGATATAAATA
gi|12 : TGTGTGGCA-CTTTGAG-TT-TAAAAT-A-TAAAAAAGTCGAGAAAAAACTCACACACGCTATTATTTTGAATTATTAAAAAAGTATGACACTTGTATGTATGCTTGGTTTATTGAAGCTCAACACTACATTGGTAT--GTA-A-------A-AT---TA-----------------TATACAAG----------TCTACCGAGTCAT-TGTCACCGTGTGACACCTTTGGGTTTAAAAC--------AT---GACA-AAATCATCATTTTCTG--GAAGAATAAAAAAATAAAATATT----TGTATG-----------AAAGCTCTGCAATACATTAATAT--ATACACACATGCTGTACAAGTCAA-TTTCTACCGAGTCATTATAACTGT
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gi|4 : ATATAT--ATAT--ATA-T-------ATATGCGTATAT------------GCTTTACAAGTAAATG----TTT----AGTCAT-TGTCACTTTATGACA-CTTTAAGGTATAGATG-TAGAT-GTAG-AAAG-AGATcttatatatatatatatatatatgcgtatatgctttacaagtaaatgtttagtcattgtcactttatgacactttaaggtatagatgtagatgtagaaagagataattttgaagagtatgtcaacgaaaccacacggtttgccgattaatcacccgttaaatccagtttcgacggttattgttcttgaacagtcagtgaatccggatcctaagaaaaatgtcagaatcactggactagccaaacgatctgaagcttaagaaagatggtttcttaccagcaacgaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaaatgacacgttgagtcacaaaaataatctggaaagagatgacagaaaaacgatgaagaatatattcgaaagttaatatcaggactgatgacaaacttatttcttcacagacggccaaacagacggatatgatacatataagtcaataaagcaataggagtgattgtgccgtcagatatatttaaatatattgtgaccagtgatacaattggaagacacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacacaaacacaaaggttttttaggagtcactgccactcgtgaaactgaaaacagttttcattctatcagaacattaagaaatatgtcaaatctaaagatgaacatattacaaccatgagtgaagatagagaaccggttcgtatgttgataagtgcattcacgtccagagaagtatttcttaagacgttttgacttatagactattaactgttccattctctcttgcacacacagatggaactttcagaaagccggttttcagtatattaattattgacagaagcagttgtgtatgtaagatttccaacatctgatgtaaagcaaagtaatacattatagatggaatggcaacttcaaatagttaaggtggaggtgcagtcacatttggagactttgaattctcagcgacaggtggtgtaaa
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Reference ( family-3145 ) : AAAGCTCTGCAATATATTGATATAAATACATATATGCTTAACAACTCAATTTCTACAGAGTTATTGTCACTGTGTTACACATTTAGAT-TAAAAATAGGA----ATACATTTTCTAGAATAATTGAAAATAAGATATTTGCCTGCTTGGTTTATTGAAGCTGCGGCATTTGTGGTATATATACGTANAT--TCATCTAGTAAATNTC--TACNGAGTCATTGT--CACTGT-ATNACACTTTTAGGTTATAAA---ATATGAAAAAANNGAAAAAAATCGCCATTTTCTGGAATAATTAAAANTGANACATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCGATACATT-GAT----AT-ATATATACATATATGCTATACAAGTCAATGTCTACTGAGTCATTGACACTGTGTGACA-T-TT-TTGG-TT-AAAAATN-G--AAAAAA-TCGAGAAAAAAATC------GCCATTTTCTGGAATAATTAAAA--TTGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATTG--------ATAT--ATANATATACATATAT------------GCTATACAAGTCANTT---TCTACTGAGTCAT-TGTCACTGTGTGACATNTTTGGGTTAAAAATGGG-AA-AA-T-CG-AAAA-AAATCGCCATTTTCTGGAATAAT-AAAAATTGAGATATNTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATTGATATAAATACACATATGCTTGACAAGTC-AATTTCTACCGAGTCATTGTCACTGTGTGACACATTTGGGTTA---AAAATAGGAAT-------A-ATCGCCATTTTCTAGAATAATTGAAAATAAGATAT---TG-TGTATGCTNGGTTTATTGA--AGCTNCGGCATACGT---------------TGATATATACATGTATACGC-TTAT-AGTAAATTTCTACNGAGTCATTGTC----------ACTGTATGACACTTTA-AGGTTTAAAATTAAAAAACATCGAAAAAAAATAACCTTTATCTGGAATAATTAATATCGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCNATANATTGATATAAATACATATATGCTNNACAAGTCANNTTCTANCGAGTCATTGTCACTGTGTGACACNTNTGGGTTNAAAAAATNGAAANAAATTGCCNTTTTCTNGAATAANTGANANCGANATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGNNATACGTTGATATATATATACGTATATGCTTTACAAGTCAATTTCTACCGAGTCATTGTCACCGTGTGACACTTTTAGGTT-TA-AAATATAGANAATCGAAAAAAAATCCTTTTTCTGGAATAATTAATATCGAGATATCTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGTTATACATTAATATA
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gi|10 : ttagtccaagagcaaactaatataaaaaaatctctcgtagcacccttggaaaaagtctgtcacttggaaacgtttggtagatacatatagatcattatctgacattcagtactaagaattgtatcactttcaagatattttgggtttaaaatatgaaaaaatagaaaaaatcgccattttctggaataattaaaaataatacatttttatgtgtactgagtttataaaagctctgcaatacattgatatgtatacatatatgctatacaagtcaatgtctactgagtcactgacactgtgtgggatttttgggttaaaaatagggaaattcgaaaaaaatcgccattttctgttgtaattaaattgagatatttttatgtatgctgggtttatttaagctctacagtacatttatataaatacatatatgctatacaagtcattttctactgagtcattgtcactgtgtgacatttttgggttaaaaatggaaaaaatcgccattttctgaaataataaaaattgagatatttttatgtatgctgggtttattaaagctctgcaatacattgatagaaatacatatgtgcttgacaagtcaatttctaccgagtcattgtcactgtgtgacacatttggtttgaaaataggaataaatcgccattttctagaataattgaaaataagatatttgtatgtatgctgggtttattgA-T-TT-TGGG-GA-AAAAATATG--AAAAAA-TCGA---AAAAATC------TCCATTTTCTGGAGTAATTAAAA--ATAATACATTT----GTATG-----TTTATAAAAGCTCTGCAATAAATTG--------ATAT--ATATATATATATATATAGATAGATAGTTGCTATACAATGCAATG---TCTACTGAGT-ATATGACACTGTGTGACATTTTTGGGTTAAAAAAAGG-AA-AA-TTCG-AAAAAAAATCGCCATTTTCAGGAATAAT-TAAAATTTAGATATGTTTATGTATGCTGGGTTCATTGAAGTTCTGCAATACATTGATGTAAATACATATATGCTTGACAAGTC-AATTTCAACCGAGTTATTGTCACTGTGTGACACATTTGGGTTA---AAAtgctaaagaaaccactctgtttgccgattaaatcacccgttaaatccagtttcgacagacattgctcttgaacagtcagtgaatccatatcctaagaaaagtgttggaatcattggactaaccaaacgaccaggagcttaagaaagatggtttctgaccagccatgaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaagtgaaacgtgaagtcacaaaaataaactggaaaaatgatgaagaatatattccaaagttaatatcaggactgatgacaaacccatttcttctcagacggcaaaacagacggagatgataaatataagtcaataaagcaactggagtcattgtgctgtcagatgtgtttaaacatcttgtgaccagtgatacaattggaagatacaacatggaaatgtttattgatgaaagactgaacacaaatacaaatgttttttaggagccactgccacgtgtgaaattgaaaacagttttcattctatcagaacagtaagtagtctgtcaaatattaagatgaacagattacaaccataagtgtcgatagagaacgggttggtagattgataattgcatccacgttcagagaagtatttctaagacgttctgacctatgaactatcaactgttccattctctcttgcacacacatggaacttttgagaaagccagttttaagttaattacttacagagctatggagagaagcaattgtgtatgtaagattttcaacatctgatgtacagctaagtaaaacatacattaaagatgaaatggcaaccattcaagtagtttaagccggaggtgcagtcacatttggagacttcggattctcagcgacaggtggtgtaaag
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gi|7 : tttatatatatactgggtttataTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATAGATTGATATAAATACATATATGCTTGACAAGTCAAATT-TACCGAGTTATTGTCACTGTGTGACACATTTGGGTTCAAAA--TAGAAATAAATTGCCATTTTCTAGAATAAATGAAAATAATATATTT----GTATG---------TTGAAGCTCTGGTATACGTTGATAT-TATATACGTATTTGCTTTACAATTCAATTTCTACCGAGTCATTGTCACCGTGTAACAC-TTTAGGTTATATATATATAGAAAttgaatgagatagatcttgaagagtatgcaaaagaaattacactgtcgattaaatcacccgttaaatccagttttgacagatattgctcttaaacagtcagtgaatccagatcctaagaaaagtgtaagaatcattggactaaccaaacgaccaggagcttaagaaagatggtgtctaaccagccaccaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaagtgacacgttaagtcacaaaaataatctggaaaaatgaagaagaatgtattcgaaagtaagtatcaggactgatgacaaatccatttcttttcagtcggcaaaacagacggagatgatacatttaagtcaataaagcagatggagtcgttgtgctgtcagatatgtttaaacatcttgtgaccagtgctacaattggaagatacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacacaaaaacaaatgctttttaggagccactgccacatgtgaaattgaaaacagttttcattctatcagaacagtctgtggtctgtcaaatctaaagatgaacagaatacaaccataagtgtcgatagagaaccggttggtagattgataattgcatcaactttcagagaagtatttcttaagacgttctgacctataaactatcaactgttccattctctcttgcacacacagatggaactttgagaaatccaattttaagtttatta
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|7 : tttatatatatactgggtttataTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATAGATTGATATAAATACATATATGCTTGACAAGTCAAATT-TACCGAGTTATTGTCACTGTGTGACACATTTGGGTTCAAAA--TAGAAATAAATTGCCATTTTCTAGAATAAATGAAAATAATATATTT----GTATG---------TTGAAGCTCTGGTATACGTTGATAT-TATATACGTATTTGCTTTACAATTCAATTTCTACCGAGTCATTGTCACCGTGTAACAC-TTTAGGTTATATATATATAGAAAGttgaatgagatagatcttgaagagtatgcaaaagaaattacactgtcgattaaatcacccgttaaatccagttttgacagatattgctcttaaacagtcagtgaatccagatcctaagaaaagtgtaagaatcattggactaaccaaacgaccaggagcttaagaaagatggtgtctaaccagccaccaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaagtgacacgttaagtcacaaaaataatctggaaaaatgaagaagaatgtattcgaaagtaagtatcaggactgatgacaaatccatttcttttcagtcggcaaaacagacggagatgatacatttaagtcaataaagcagatggagtcgttgtgctgtcagatatgtttaaacatcttgtgaccagtgctacaattggaagatacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacacaaaaacaaatgctttttaggagccactgccacatgtgaaattgaaaacagttttcattctatcagaacagtctgtggtctgtcaaatctaaagatgaacagaatacaaccataagtgtcgatagagaaccggttggtagattgataattgcatcaactttcagagaagtatttcttaagacgttctgacctataaactatcaactgttccattctctcttgcacacacagatggaactttgagaaatccaattttaagtttatta
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Reference ( family-3145 ) : AAAGCTTTGCAATACGTTGATATATATACGTATATGCT-TA-CAAGTCAATTTCTACAGAGTCATTGTCACTGTGTGACACATTTAGGT-TAAAAATAGGA----ATA-ATCTT--AGAATA-ACTGAAAACAAGATATTNGCCTGCTTGGTTTATTGAAGCTGCGGCATTTGTGGTATATATACGTANAT--TCATCTAATAAATTTC--TACNGAGTCATTGT--CACTGT-ATGACACTTTTAGGTTATAAA---ATATGAAAAAANNGAAAAAAATCGCCATTTTCTGGAATAATTAAAANTGANACATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATT-GAT----AT-ATATATACATATATGCTATACAAGTCAATGTCTACTGAGTCATTGACACTGTGTGACA-TTT-TT-GG-TT-AAAAATA-GGAAAAT--TCGAGAAAAAAATC------GCCATTTTCTGGAATAATTAAAA--TTGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTNAAGCTCTGCAATACATTGATATATATATATA--------CATATAT------------GCTATACAAGTCATTT---TCTACTGAGTCAT-TGTCACTGTGTGACATTTTTGGGTTAAAAACGGG-AA-AA-T-CG-GAAAA-AATCGCCATTTTCTGGAATAAT-AAAAATTGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATTGATATAAATACATATATGCTTGACAAGTC-AATTTCTACCGAGTTATTGTCACTGTGTGACACATTTGGGTTA---AAAATAGGAAT------AAATCGCCATTTTCTAGAATAATTGAAAATAAGATAT---TA-TGTATGCTNGGTTTATTGA--AGCTNCGGCATACGT---------------TGATATATATACGTATATGCTT--CTAGTAAATTTCTACNGAGTCATTGTC----------ACTGTATGACACTTTA-AGGTATAGAATTAAAAAACATCGAAAAAAAATAACCTTTATCTGGAATAATTAATATCGAGATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCNATANATTGATATAAATACATATATGCTNNACAAGTCANNTTCTANCGAGTCATTGTCACTGTGTGACACNTNTGGGTTNAAAAAATNGAAANAAATTGCCNTTTTCTNGAATAANTGANANCGANATATTTTTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGNTATACGTTNATATATATATACGTATATGCTTTACAAGTCAATTTCTACCGAGTCATTGTCACCGTGTGACACTTTTAGGTT-TA-ANATATAGANAGTNGAAAGAGAATCCTTTTTCTGGAATAATTAATATCGAGATATCTTTATGTATGCTGGGTTTATNGAAGCTCTGCNATACATTGAAATATA
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gi|10 : ttagtccaagagcaaactaatataaaaaaatctctcgtagcacccttggaaaaagtctgtcacttggaaacgtttggtagatacatatagatcattatctgacattcagtactaagaattgtatcactttcaagatattttgggtttaaaatatgaaaaaatagaaaaaatcgccattttctggaataattaaaaataatacatttttatgtgtactgagtttataaaagctctgcaatacattgatatgtatacatatatgctatacaagtcaatgtctactgagtcactgacactgtgtgggatttttgggttaaaaatagggaaattcgaaaaaaatcgccattttctgttgtaattaaattgagatatttttatgtatgctgggtttatttaagctctacagtacatttatataaatacatatatgctatacaagtcattttctactgagtcattgtcactgtgtgacatttttgggttaaaaatggaaaaaatcgccattttctgaaataataaaaattgagatatttttatgtatgctgggtttattaaagctctgcaatacattgatagaaatacatatgtgcttgacaagtcaatttctaccgagtcattgtcactgtgtgacacatttggtttgaaaataggaataaatcgccattttctagaataattgaaaataagatatttgtatgtatgctgggtttattgA-TTT-TG-GG-GA-AAAAATATGAAAAAA--TCGA---AAAAATC------TCCATTTTCTGGAGTAATTAAAA--ATAATACATTT----GTATG-----TTTATAAAAGCTCTGCAATAAATTGATATATATATATA--------TATATATAGATAGATAGTTGCTATACAATGCAATG---TCTACTGAGT-ATATGACACTGTGTGACATTTTTGGGTTAAAAAAAGG-AA-AA-TTCG-AAAAAAAATCGCCATTTTCAGGAATAAT-TAAAATTTAGATATGTTTATGTATGCTGGGTTCATTGAAGTTCTGCAATACATTGATGTAAATACATATATGCTTGACAAGTC-AATTTCAACCGAGTTATTGTCACTGTGTGACACATTTGGGTTA---AAAaaccactctgtttgccgattaaatcacccgttaaatccagtttcgacagacattgctcttgaacagtcagtgaatccatatcctaagaaaagtgttggaatcattggactaaccaaacgaccaggagcttaagaaagatggtttctgaccagccatgaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaagtgaaacgtgaagtcacaaaaataaactggaaaaatgatgaagaatatattccaaagttaatatcaggactgatgacaaacccatttcttctcagacggcaaaacagacggagatgataaatataagtcaataaagcaactggagtcattgtgctgtcagatgtgtttaaacatcttgtgaccagtgatacaattggaagatacaacatggaaatgtttattgatgaaagactgaacacaaatacaaatgttttttaggagccactgccacgtgtgaaattgaaaacagttttcattctatcagaacagtaagtagtctgtcaaatattaagatgaacagattacaaccataagtgtcgatagagaacgggttggtagattgataattgcatccacgttcagagaagtatttctaagacgttctgacctatgaactatcaactgttccattctctcttgcacacacatggaacttttgagaaagccagttttaagttaattacttacagagctatggagagaagcaattgtgtatgtaagattttcaacatctgatgtacagctaagtaaaacatacattaaagatgaaatggcaaccattcaagtagtttaagccggaggtgcagtcacatttggagacttcggattctcagcgacaggtggtgtaaag
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gi|4 : TCTTATATATATATATATATATATGCGTATATGCTTTACAAGTAAATGTTT----AGTCATTGTCACTTTATGACACTTTAAGGTA-T--AGATGTAGAT-GTAGAAAGAGActtatatatatatatatatatatgcgtatatgctttacaagtaaatgtttagtcattgtcactttatgacactttaaggtatagatgtagatgtagaaagagataattttgaagagtatgtcaacgaaaccacacggtttgccgattaatcacccgttaaatccagtttcgacggttattgttcttgaacagtcagtgaatccggatcctaagaaaaatgtcagaatcactggactagccaaacgatctgaagcttaagaaagatggtttcttaccagcaacgaaagagcatctaaatcttcagccacaaaatgttggaaaatgacacgttgagtcacaaaaataatctggaaagagatgacagaaaaacgatgaagaatatattcgaaagttaatatcaggactgatgacaaacttatttcttcacagacggccaaacagacggatatgatacatataagtcaataaagcaataggagtgattgtgccgtcagatatatttaaatatattgtgaccagtgatacaattggaagacacaacatggaaaagtttattgatgaaagactgaacacaaacacaaaggttttttaggagtcactgccactcgtgaaactgaaaacagttttcattctatcagaacattaagaaatatgtcaaatctaaagatgaacatattacaaccatgagtgaagatagagaaccggttcgtatgttgataagtgcattcacgtccagagaagtatttcttaagacgttttgacttatagactattaactgttccattctctcttgcacacacagatggaactttcagaaagccggttttcagtatattaattattgacagaagcagttgtgtatgtaagatttccaacatctgatgtaaagcaaagtaatacattatagatggaatggcaacttcaaatagttaaggtggaggtgcagtcacatttggagactttgaattctcagcgacaggtggtgtaaa
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gi|8 : TT---TCAACTGAGTCAT-TGTCACTGTGTGACATATTTGGGTT--------------------AAA-AAT-----------GGAATTAT-AAAAATTGAG-CATTTCTATGTATGCTGGGTTTATTGAAGCTCTGCAATACATTGATATAAATACATATATGCTTGACAA--CAAATTTCTACCGAGTTGTTGTCACTGTGTTACACATTTGGGTTATTCAA---AGGAATAAATTGAAATTGCCATTTTCTACAATAATTGAAAATAAGATAT---T--TGTATGCTGGGTTTATTGAAGAGCTGCGGCATATGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTATATGCTTTACAAGTAAATTTCTACCGAGTCATTGTCACTGTATGTCACTGTATGACACTTTA-AGGTATAGAatatagatcttgatgagtatgttaaagaaaccacactgtttgccgattaaatcacctgtttaatccagtttcgacggacattgctcttgaagtcagtgaatccggttcctaagaaaagtgtaagaatcaatggaataaccaaacgaatgggagcttaagaaagatggtttctgaccagccacaaaagagcatctaaatcttcaggcaccaaaggttgaaagtgacacgttgagtcacaaaaataatctggaatgagatgacagaaaaatgatgaagaaaatgtttgaaagttaatatcaggactgatgacaaatctatttcttttcagacggccaaacagacggagatgatacatatgagtaaataaagcaacatgattcgttgtgccgttagatatgtttaaaacatcttgtgaccagtaacacgattggaagatacaacatggaaaggtgtattaatgaaagactgaacacaaatacaaagtttttttaggagtcactaccacgtgtgaaattgaaaacagttttcat
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Unaligned ( gi|13 ): TAGTCGAAGAACAAATAAAATTGTGTAAAAAAATACGTAGATAAAATAGGTTGGTCATTTGGAAACGTTTGGTATATACGTTTATTCCATTTTCTGACCATAAGTTCTAATACATTGTGTTATCACTTTAAAAAATACTTGGTGACATCCCGAAAAAGGCAAACTATGACCAGTTCATGGGCATTTCAAAATAACATA
Unaligned ( gi|14 ): ATTAGTCTAAGAGCGATCCATCTGAAAATCTGTTTGAAAATCTCACGTAGCAGAAAAGGTCTGTCACATGGAAATGTAGGATAAGTATAAAGCACTATCTGAGCTCCAGTACTAAATAATTGTGGTATCACTTCGAAGACATTTTGGTGAAATGTCACAAAACAGCCAAAAAAAATCTCCTATTTATTGG
Unaligned ( gi|16 ): CAATAGTCTAGGAGCAAACAGCCATATAGCGCCCTCTAGACAACACAGGGATGTCACTTGACATTTGGTAGCTACATATAGACCATTATTTGACCTTTATTACTTGTTGTGGTATCACTATCAAAATATTTTGGGAGAATAT
Unaligned ( gi|17 ): TAGTCTAAGAGCAAATATCTGTCAAAAAATCTCATGTGACACCTCTTAGACAGAAAAGGCTGTCAC
Unaligned ( gi|18 ): ATTCCAAGAGCAAACTAATATAAAAAAATCTCTCGTAGCA