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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTCAACTGGTGCATCACTAGTTGTCGC------AATAGTCTGATACTTTGTTGCAAACCAATGTATAACTAGCT-GTC------GC------A--ATAGTCT-----TA--T-CACTATGTTGTCAACCGGTGCA----TCACTAGCT-GTC------G--C------A--A---TA----G--T----A----A--CT--A-TG-----T-TGTCAATCAGTG---CGTCA--------C------------T--------------A----------T----------T--------C--------TGT-C-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCGGTGCATCACTTA-------------CTA--G-CT-GT--A---ACA---ATAGTTTG-----ATACTAT-----ATTGTCAACTGGTGCATCACT-A---GCT-GTCT--------CAATA-----------------------GTCTGC-CACTATGTTGTTGACCGATGCA----TCACTAGCTGTTGCAA-TAGTATGTCACCAT-GTGAGAAACAGTTGTAAAAAA--AAGGAAAAATTGAATTAA--GGAAATTCTACCTGACATGATAAGCATGCAGGTCCCAAACGTCTGCACA-GTCAGTTCAGAGTCCAACCCTCCAAGACTCGGTGGCAGACTGGGGAATAGTGGGCATTCTACCG-GCAGCA----CGG----CCAAAAAGTAGATCTATGC-----CTTGGGTA-ATATT--------GGGTGTTTATGAGGGATTTATG-----------GGGAGAAATCATAGGAATTGAAACACCAACACCATATGTTTCAACACCCTAACTGACATTTCAATTATTACATTTGCAGG-AAAGACCAGGACTCGAATCAGGATCATCCTCGTTCCAGGCAGATGCTCTTAACCACTAGGTTAATATACCTGCAGACTGGTGTATTTACACACAAAACCATTATTTCCTGTGTAAATTTGCAACAAAGAAAAC---ACTCTACTTTTAGTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGAAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCTGGGAATTCCCGAGTCCACTTGCCCAAACATTACTCACCTTCGATACCTGTTACAGCAGTGACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGCGCCAAATAATGGACTGTATCGTGTAATACCTTCAAGCTTCAGGAACTCATGACCTATGATCCGGATGTATACAGATAAGTTCGCACATGCACACATGCGCACTTCGGAACTACGAACTCGCATATTAGTCAGTCTGAG-ATACCCTGCTGTTTT
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atactatgttGTCAACTGGTGCATCGCTAATTGTCGC------AATGATCT-AT-CGCTATTCCACACCCATGT----CT--------------GC------A-------CT-------------CTACGTTGTCATCTGGTGCA----TTACTTATT-GTC------T--C------A--A---TG----A--T------------CT--A-TC-----TCTATT--TCA---------CAC-------C------------C--------------A----------TG---------T--------C--------TGCGC-----------T---C-------------T-ATGT---T-GTTAACTGGTGTATCA-TTA-------------AT------T-GT--C---GCA---ATttg
gi|14                         :                                                                                                                                                                tagtcatgttaatatcactatttaatacaactaaggtaatgatacaaaaataggacgtttgcaaattaatcagcacgtcaatatatatatatatatatatattgtattcagaagcatcacttattgtcatggcaatgatctatcgctagtccgcaccaatgtcaacgctcatgcacctGTCGACTTGTGCATCACGAATTGTCGC------AATGCTTTGTCGCTATATTGTCGACTAGTGCATCATTAATT-GTC------GC------A--ATGATCT-----g
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggtctgtcgctatagtGTCAACCGTTGCATCACTAGgttcctaacttgtgcgcc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatcactaactgatacaatagtctgacactatgttGTCAACAGGTGCATCGCTAGTTATTGC------AATc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taactgtctgtaagtctgtcactatgttGCCATCTAATGCATCACTAATTGTCGT------TATTGTCTG-----TTGTTGTAtaataaatcaatgatgtaa
gi|6                          :                                                                                                         aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaacgtcatattctgtcacaatgacctatcactatgttCAACAAGTGCATCACTAGCTGTCGC------AATAGTCTGTCACTCTGTTTTGAACCTGTGCATCACCAGCT-GTC------GC------A--ATAGTC------TG--T-CACTATGTTGTCAACCAATGCA----CCATTACAT-GTA------GTAT------A--A---T-----G--T----G----A--TT--A-TGTAACAT-TGTCAATttgtcaact
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               gtatcactaatagtctctaataaaatagtctgtcactatgttgtcaactggtgcatgacctgccattatgttgaGGAGTATAACTAATTGTTGC------AATGATCTATTGCT--GTTCCGCACCCATGT----CTA------C------GC---------------T-----CA--TGCACTATGTTGTCATCGGGAGTA----TCACTAATT-GTN------N--N------N--N---NN----NNNT----A----A--TT-----G-----T-CG-CAATGA-TC---TATCG--------C------------T--------------G----------T----------T--------CCGCACCCATGT-CTACGCTCTTGCA---C-------------T-ATGT---TTGTCAAATAGTGCATCTGTTA-------------TT--------GT--A---ACA---GTAGTGTG-----TCACTAT-----ACTGTCAACTGGTACATCATT-A---AAT-GTCG--------CAATG-----------------------GTCTGT-CAGTTTGTTGTCAACCG
gi|6                          : aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtcgcaatgatctattgctgttccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgacatcaGTATCACTAATAGTCTCTAATAAAATAGTCTGTCACTATGTTGTCAACTGGTGCATGAC---CT-GCC------------------------------------ATTATGTTGACAACAAGTGCA----TCACTAGCT-GTC------G--C------A--A---TAGTCTG--T----C----A--CT--C-TG-----T-TTTGAACCTGTG---CATCA--------CCAGCTGTCGCAAT--------------A----------G----------T--------C--------TGT-C-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCAATGCACCA-TTA-------------C-A-----T-GT--A---GT----ATAATGTG-----AT--TATGTAACATTGTCAAgc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GCATCACTAACTGGCAC------AATAGTCTGATACTATGTTGTTAACCGATGCATCACTA-CTAGTCTAGGAGGC------ATAATAGTCC-----GA--T-T-CTATATTGTCAACCGGTGCA----TCACTAGCT-GGC------A--C------A--A---TA----G--T----t
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATCACTAACTGATAC------AATAGTCTGACACTATGTTGTCAACCGTTGCATCACTAGCctg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aACTAGCTGTCAC------AATAGTGTGATATTACATTGTCAACCGAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGTCAC------AATGACCTATCACTATGTTGCCATCTAATGCATCACTAATT-GTC------GT------T--ATTGTCT------G--T-TGTTGTATTGTCAAC
gi|11                         :                                                                                                                                                           aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaacgtcatattc------AATAGTCTGATACTATGTTGTCAACCGGTGCATCACTAACT-GGC------AC------A----AGTTT-----GA--T--ACTATGTTGTCAACTGGTAAA----TCACTAACT-GGC------A--C------A--A---TA----G--TCTG-AT---A--CT--A-TG-----T-TGTCAACCGGTA---CATCA--------C------------T--------------A----------t
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcatGTCTGTTACTATGTTGTCAACTGATGCATCACTAGCT-GTC------AC------A--ATAGTC------TG--T-CACTATGTTGTCAACCAGTGCA----CCACTAGCT-GTT------G--C------A--A---TA----GGCT----GCT--A--CC--A-CG-----T-TGTCAACCGGTG---CACCA--------C------------T--------------gctggcccaatagtc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCTGTCACTATGTTGTCAACCAATGTATCACTAGCT-GTC------GC------A--ATAGTCTGTCACTAACT-CACTATGTTGTCAACCGGTGCA----TCACTAGCT-GTC------G--C------A--A---TAGTCTG--T----C----A--CT--A-TG-----T-TGTCAACTGGTG---CATCA--------C------------TCACTTGCTGTCACAA----------TAG--------T--------C--------TGT-C-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCAGTGCATCACTCA-------------CTA--G-CT-GT--C---ACA---ATAGTCTG-----ATACTAT-----ATTGTCAACTGGcactagcaaaagtct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCTGTTACTATGTTGTCAACTGGTGCATCACTAGCT-GCC------AC------------GT------------------TGTTGTCAACCAGTGCA----TCACTAGCT-GTT------G--C------A--A---TA----GGCT----GCT--A--CC--A-TG-----T-TGTCAACAGGTG---CACCATTCGCTAGC------------T--------------G----------TCACAAAAG--T--------C--------TGA-T-----------A---C-------------T-ATAT---T-GTCAACCAATGCATCACTAA-------------CTG--G-C----------ACA---TCAGTCTA-----AAACTAT-----GTTGTCAACCGATGCATaaattctacctgaaatggtcagcatgctgggcccaaatgtctgcacctatcagttctcccagacacagtgtgggtggtgttgggcatttttttgtgtagattttctgttatctaaaaaatagccctgagcacagacctagatatagatctgtgcctggggtgatattgggtgtttatgagggatttattgggagcaaccacaggaattgaaacaccaacaccctgtgttttaacaccctaactgacatttcaattgtaacagtggcaggaaaagaccaggactcgaataagtaacttcctggtttctggcagatgctctaaccactaggttaatataccagcagacaggtggatttacatacagaaccattattttctctgtaaatttgcaacagagaaaactttactctccttttattgaagtcaacactctagatataaactgcaaataaagttaattgatgattcaatgttatcgccaggaatacctgagtccacttgcccaaagattactcaccttcaataatcgttacagctgtcacagtggcgacttctttgtcgacagtgcctaataatggaatctttagtataataccttcatgattcaggcactcatgacttatgacctggatgtatacaaaggagttcgcacatacgcactctggaactataaacccgcttataagtcagtctgagaataccctgcagttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTGTTACTACGTTGTCAACTGGTGCATCACTAGCT-GTC------GC------A--ATAGTC------TG--C-CACTATATTGTGAACCAGTGCA----TCACTAGCT-GTT------G--C------A--A---TA----GGTT----GCT--A--CC--A-TG-----T-TGTCAACCGGTG---CACCA--------C------------TC-------------A----------C----------TAG------C--------TGT-C-----------A---C-------------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATACTATGTTGTCAACCGGTGCATCACTAGCT-GTC------AC------A--ATAGTCT-----GA--T--ACTATGTTGTTAACCGGTGCA----TCACTAGCT-GTC------A--C------A--A---TA----G--TCCG-AT---A--CT--A-TG-----T-TGTCAAaaaagtctgtgaatgtactat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGCATCACGAATT-GTC------GC------A--AT-GCTT-----TG--T-CGCTATATTGTCGACTAGTGCA----TCATTAATT-GTC------G--C------A--A---Tcttg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ggtctgtcgctatagtgtcgacttgGTATCACTAATA-GTC------TCTAATAAA--ATAGTCT------G--T-CACTATGTTGTCAACTGGTGCA----TGAC---CT-GCC------------------------------------------A--TT--A-TG-----T-TGACAACAAGTG---CATCA--------C------------T--------------AGC--------TGTCGCAATAGT--------C--------TGT-C-----------A---C-------------T-CTGT---T-TTGAACCTGTGCATC----A-------------CCA--G-CT-GT--C---GCA---ATAGTCTG-----TCACTAT-----GTTGTCAACCAATGCACCATT-A---gatctgttcctaacttgtgcgcc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCATCACTAACT-GGC------AC------A--ATAGTCT-----GA--T--ACTATGTTGTTAACCGATGCA----TCACTA-CTAGTCTAGGAGG--C------ATAA---TA----G--TCC--G----ATTCT--A-TA-----T-TGTCAACCGGTG---CATCA--------C------------T--------------A---------------------G--------C--------TGG-C-----------A---C-------------A-ATcatgtagtataatgtgattatgtaacattgtcaat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCACTAACT-GAT------AC------A--ATAGTCT-----GA----CACTATGTTGTCAACCGTTGCA----TCACTAGCagtctg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aACTAGCT-GTC------AC------A--ATAGTGT-----GA--T--ATTACATTGTCAACCGAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAACT-GTCT-----GT------A--A--GTCT------G--T-CACTATGTTGTCAACAGGTGCA----TCGCTAGTT-ATT------G--C------A--AT--TA----A--T----A----A--ATCAA-TG-----A-TGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CT-GTC------AC------A--AT-GACC-----TA--T-CACTATGTTGCCATCTAATGCA----TCACTAATT-GTC------G--T------T--A---TT----G--T------------CT--GTTG-----T-TGTaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                       aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaacgtcatatt------A--ATAGTCT-----GA--T--ACTATGTTGTCAACCGGTGCA----TCACTAACT-GGC------A--C------A--AGTTTG----A--T----A-------CT--A-TG-----T-TGTCAACTGGTA---AATCA--------C------------T--------------AACTGGCACAATAG--------T--------C--------TGA-T-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCGGTACATCACTAG-------------CTG--G-CC----------CA---ATAGTattgtcaact
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gcatGTCT------G--T-TACTATGTTGTCAACTGATGCA----TCACTAGCT-GTC------A--C------A--A---TA----G--T----CTGTCA--CT--A-TG-----T-TGTCAACCAGTG---CACCA--------C------------T--------------AGCTG------T----------TGCAATAGGC--------TGC-T-----------A---C-------------C-ACGT---T-GTCAACCGGTGCACCACTCA-------------CTA--G-Cc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCT------G--T-CGCTATAGTGTCGACTTGTGCA----TCACGAATT-GTC------G--C------A--A---TGCTTTG--T----C----G--CT--A-TA-----T-TGTCGACTAGTG---CATCA--------T------------T--------------A----------A----------T-----------------TGT-C-----------G---C-------------A-ATGaaaagtct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       g-----TG--T-CACTATGTTGTCAACCAATGTA----T---------------------C------A--C---TA----G--C------------------TG-----T-CG-CAAT-AGTC---TGTCA--------C------------T--------------A----------A----------C-------------------T-C-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCGGTGCATCACT-----------------A--G-CT-GT--C---GCA---ATAGTCTG-----TCACTAT-----GTTGTCAACTGGTGCATCACTCACTTGCT-GTCA--------CAATA-----------------------GTCTGT-CACTATGTTGTCAACCAGTGCA----TCACT--------CAC-TAGC-TGTCACAATAGTCTGATAC---TATA----------------TTG--TCAACTGGAAATTCTACCTGAAATGGTCAGCATGCTGGGCCCAAATGTCTGCACCTATCAGTT------------CTCCCAGACACAGTG------TGGGTGGTGTTGGGCATTTTTTTGTGTAG-ATTTTCTGTTATCTAAAAAATAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTGGGGTG-ATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGCAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCCTGTGTTTTAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTAACAGTGGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATAAGTAACTTCCTGGTTTCTGGCAGATGCTC-TAACCACTAGGTTAATATACCAGCAGACAGGTGGATTTACATACAGAACCATTATTTTCTCTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTCCTTTTATTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGCAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCAGGAATACCTGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCAATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGTGCCTAATAATGGAATCTTTAGTATAATACCTTCATGATTCAGGCACTCATGACTTATGACCTGGATGTATACAAAGGAGTTCG--------CACATACGCACTCTGGAACTATAAACCCGCTTATAAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCAGTTTTatctgttcctaacttgtgcgcc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tc-----TG--T-TACTATGTTGTCAACTGGTGCA----TCACTAGCT-GCC------A--C-------------------G--T------------------TG-----T-TGTCAACCAGTG---CATCA--------C------------T--------------AGCTG------T----------TGCAATAGGC--------TGC-T-----------A---C-------------C-ATGT---T-GTCAACAGGTGCACCATTCG-------------CTA--G-CT-GT--C---ACA---AAAGTCTG-----ATACTAT-----ATTGTCAACCAATGCATCACT-A---ACT-GGCA--------CATCA-----------------------GTCTAA-AACTATGTTGTCAACCGATGCA----Tt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tc-----TG--T-TACTACGTTGTCAACTGGTGCA----TCACTAGCT-GTC------G--C------A--A---TA----G--TCTGCC----A--CT--A-TA-----T-TGTGAACCAGTG---CATCA--------C------------T--------------AGCTG------T----------TGCAATAGGT--------TGC-T-----------A---C-------------C-ATGT---T-GTCAACCGGTGCACCACTCA-------------CTA--G-CT-GT--C---ACA---AAAGTCTGTGAATGTACTAT-----
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cACTATGTTGTCAACCGGTGCA----TCACTAGCT-GTC------A--C------A--A---TA----G--TCTG-AT---A--CT--A-TG-----T-TGTTAACCGGTG---CATCA--------C------------T--------------A----------G-------------------C--------TGT-C-----------A---CAATAGTCCGATACT-ATGT---T-GTCAAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atGTA----TCACTAATA-GTC------T--CTAATAAA--A---TA----G--T----CTGTCA--CT--A-TG-----T-TGTCAACTGGTG---CATGA--------C----------------------------------------------------------C--------TGC-C-----------A---T-------------T-ATGT---T-GACAACAAGTGCATCACT-----------------A--G-CT-GT--C---GCA---ATAGTCTG-----TCACTCT-----GTTTTGAACCTGTGCATCACC-A---GCT-GTCG--------CAATA-----------------------GTCTGT-CACTATGTTGTCAACCAATGCA----CCATTACATGTAGT-A-TA--ATGTGATTAT-GT----AACA-TTGTCAAttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCA----TCACTTATT-GTC-------------------A---TG----G--C----A----A--TG--A-T------C-TATCGCT-AGTC---CG-CA--------C------------C--------------A------------------------------A--------TGT-C-----------AACGC-------------TCATGCACCT-GTCAACTGGTGCATCGCTAATTGTCGCAATGATCTATCG-CT-ATTCC---ACACCCAT-GTCTGC----ACTCTAC-----GTTGTCATCTGGTGCATTACT-T---ATT-GTCT--------CAATGATCTATCTCTATTTCACACCCATGTCTGCGCTCTATGTTGTTAACTGGTGTA----TCATTAATTGTCGCAA-Tt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tagtcatgttaatatcactatttaatacaactaaggtaatgatacaaaaataggacgtttgcaaattaatcagcacgtcaatatatatatatatatatatattgtattcagaaA----TCACTAACT-GAT------A--C------A--A---TA----G--TCTG-AC---A--CT--A-TG-----T-TGTCAACCGTTG---CATCA--------C------------T--------------A----------g
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aACTAGCT-GTC------A--C------A--A---TA----G--T----GTGATA--TT--A-CA-----T-TGTCAACCgc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAACT-GTCT-----G--T------A--AGTCT-----G--T----C----A--CT--A-TG-----T-TGTCAACAGGTG---CATCG--------C------------T--------------A----------gat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGCT-GTC------A--C------T--G---TG----G--C----A----A--CT--T-CT-----T-TGTCAA-CAGTG---Cgttattgcaattaataaatcaatgatgtaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgattcaatgttatcgcagggaatacccgagcccaattgcccaaagataactcaccttcgataattgttacCT-GTC------G--C------T--A---TA----G--T----G----T--CG--A-C------T-TGTGCATCA-CGAATTGTCG--------C------------A--------------A----------TGC--------T--------T--------TGT-C-----------G---C-------------T-ATAT---T-GTCGACTAGTGCATCA-TTA-------------AT------T-GT--C---GCA---ATGATCTG-----TTCCTAA-----CTTGTctaataatggactctgtagtgtaataccctcacacttcaggcactcatgacctatgacacagaagtat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggtCT-GTC------A--C------A--A---TG----ACCT----ATC--A--CT--A-TG-----T-TGCCATCTAATG---CATCA--------C------------T--------------A----------A----------T-----------------TGT-C-----------G---T-------------T-A--T---T-GTCgcgcc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaacgtcatatt------A--A---TA----G--TCTG-AT---A--CT--A-TG-----T-TGTCAACCGGTG---CATCA--------C------------T--------------AAC--------TGGCACAAG--T--------T--------TGA-T-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACTGGTAAATCACTAA-------------CTG--G-C----------ACA---ATAGTCTG-----ATACTAT-----GTTGTCAACCGGTACATCACT-A---GCT-GGCC--------CAATA-----------------------GTCtgttgttgtattgtcaact
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gcat----G--T----T----A--CT--A-TG-----T-TGTCAACTGATG---CATCA--------C------------T--------------AGCTGTCACAATAG--------T--------C--------TGT-C-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCAGTGCACC----A-------------CTA--G-CT-GT--T---GCA---ATAGGCTG-----CTACCAC-----GTTGTCAACCGGTGCACCACT-C---ACTAG-----------CAAAA-----------------------GTCT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtct----A--CT--A-TG-----T-TGTCAACCGGTG---CATCA--------C------------T--------------AGCTGTCACAATAG--------T--------C--------TGA-T-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTTAACCGGTGCATCACT-----------------A--G-CT-GT--C---ACA---ATAGTCCG-----ATACTAT-----GTTGTCAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atGTCA--------C------------A--------------A----------TGA--------C--------C--------TAT-C-----------A---C-------------T-ATGT---T-GCCATCTAATGCATC----A-------------CTA--A-TT-GT--C---GTT---ATTGTCTG-----TTGTTGT-----ATTGTCAACTtg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaacgtcatattctCA--------A------------T--------------A----------G----------T--------C--------TGA-T-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTTAACCGATGCATCACT-A-------------CTA--GTCTAGG--AGGCATA---ATAGTCCG-----ATTCTAT-----ATTGTCAACCGGTGCATCACT-A---GCT-GGCA--------CAATA-----------------------GTCTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcatcactaactggcaCA--------A------------T--------------A----------G----------T--------C--------TGA-C-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCGTTGCATCACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatcactaactgata------------T--------------A----------G----------T--------C--------TGA-T-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCGGTGCATCACTAA-------------CTG--G-C----------ACA---A--GTTTG-----ATACTAT-----GTTGTCAACTGGTAAATCACT-A---ACT-GGCA--------CAATA-----------------------GTCTGA-TACTATGTTGTCAACCGGTACA----TCACTAGCTGGCCCAA-TAGTagc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gcataa----------T--------C--------TGT-T-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACTGATGCATCACT-----------------A--G-CT-GT--C---ACA---ATAGTCTG-----TCACTAT-----GTTGTCAACCAGTGCACCACT-A---GCT-GTTG--------CAATA-----------------------GGCTGC-TACCACGTTGTCAACCGGTGCA----CCACTCACTA--GCAA-AAGTc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         g----------T--------C--------TGT-C-----------G---C-------------T-ATAG---T-GTCGACTTGTGCATCACG-----------------A--A-TT-GT--C---GCA---ATGCTTTG-----TCGCTAT-----ATTGTCGACTAGTGCATCATT-A---ATT-GTCG--------CAATG-----------------------ATCTGT-TCCTAACTTGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gg----------T--------C--------TGT-C-----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACAGGTGCATCGCTgcgcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taactgtctgtaag--------C--------TGT-T-----------A---C-------------T-ACGT---T-GTCAACTGGTGCATCACT-----------------A--G-CT-GT--C---GCA---ATAGTCTG-----CCACTAT-----ATTGTGAACCAGTGCATCACT-A---GCT-GTTG--------CAATA-----------------------GGTTGC-TACCATGTTGTCAACCGGTGCACCACTCACTAGCTGTCACAA-AAGTCTGTGA--AT-GTagttattgcaattaataaatcaatgatgtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -----------A---C-------------T-ATGT---T-GTCAACCGGTGCATCACT-----------------A--G-CT-GT--C---ACA---ATAGTCTG-----ATACTAT-----GTTGTTAACCGGTGCATCACT-A---GCT-GTCA--------CAATA-----------------------GTCCGA-TACTATGTTGTCAACactat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atGCATCACTAA-------------CTG--G-C----------ACA---ATAGTCTG-----ATACTAT-----GTTGTTAACCGATGCATCACT-A----CTAGTCTAGGAGGCATAATA-----------------------GTCCGA-TTCTATATTGTCAACCGGTGCA----TCACTAGCTGGCACAA-TAGTCTGttg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCA-------------CTA--A-CT-GA--T---ACA---ATAGTCTG-----ACACTAT-----GTTGTCAACCGTTGCATCACT-A---GC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaA-------------CTG--T-CT-GT--A---A--------GTCTG-----TCACTAT-----GTTGTCAACAGGTGCATCGCT-A---GTT-ATTG--------CAAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taA-------------CTA--G-CT-GT--C---ACA---ATAGTGTG-----ATATTAC-----ATTGTCAACCGATtaataaatcaatgatgtaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -CT-GT--C---ACA---ATGACCTA-----TCACTAT-----GTTGCCATCTAATGCATCACT-A---ATT-GTCG--------TTATT-----------------------GTCTGT-TGTTGTATTGTCAAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaacgtcatattGTCTG-----TCGCTAT-----AGTGTCGACTTGTGCATCACG-A---ATT-GTCG--------CAATG-----------------------CTTTGT-CGCTATATTGTCGACTAGTGCA----TCATTAATTGTCGCAA-TGATCTGTt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   g-----ATACTAT-----GTTGTCAACCGGTGCATCACT-A---GCT-GTCA--------CAATA-----------------------GTCTGA-TACTATGTTGTTAACCGGTGCA----TCACTAGCTGTCACAA-TAGTCCGATACTAT-GTtcctaacttgtgcgcc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATCACT-A---ACT-GATA--------CAATA-----------------------GTCTGA-CACTATGTTGTCAACCGTTGCA----TCACTAGCtgtcaacttg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aACT-A---GCT-GTCA--------CAATA-----------------------GTGTGA-TATTACATTGTCAACCGAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-A---ACT-GTCT--------GTA-A-----------------------GTCTGT-CACTATGTTGTCAACAGGTGCA----TCGCTAGTTATTGCAATTAATAAATCA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CT-GTCA--------CAATG-----------------------ACCTAT-CACTATGTTGCCATCTAATGCA----TCACTAATTGTCGTTA-TTGTCTGTatgatgtaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaacgtcatattGCA----TCACTAACTGGCACAA-TAGTCTGATACTAT-GTtgttgtattgtcaact
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A----TCACTAACTGATACAA-TAGTCTGACACTAT-GTTGTCAACCGTTGCAtgttaaccgatgcatcactactagtctaggaggcataatagtccgattctatattgtcaaccggtgcatcactagctggcacaatagtctg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aTGTCACTAT-GTGTGA--CAGTTGTAAAAAAGTATGGAAAGACTGAATTAA--AGAAATTCTACCTGGCATGGTCAGCATGCAGGtcactagc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGATTCAATGTTATCGCAGGGAATACCCGAGCCCAATTGCCCAAAGATAACTCACCTTCGATAATTGTTACAGCTGTCACTGTGGCAACTTCTTTGTCAACAGTGCCTAATAATGGACTCTGTAGTGTAATACCCTCACACTTCAGGCACTCATGACCTATGACACAGAAGTATgc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTCTG-------T-------CGCTATA-GTGTCG-ACTTGTGCATC-ACG-A---ATT-GTC------GCA--ATGCTT-TGT-CGCTATATTGTCGACTAGTGCA----TCATTAATTGTCGCAATGATC----TGTTCCTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              g-----------ACT--ATGTT-GTCAACCGGTGC-ATCA-C-T-A---GCTGT--CACA---ATAGTCTG-------A-------TACTATG-TTGTTA-ACCGGTGCATC-ACT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTC-CGA-TACTATGTTGTCAACacttgtgcgcc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 at----TGTCACTAT-GTGTGA--CAGTTGTAAAAAAGTATGGAAAGACTGAATTAA--AGAAATTCTACCTGGCATGGTCAGCATGCAGGGCttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAACTGTCT--GTAA--GT------CTGT----CAC-TATG-T-------------------TGTCAACAGGTGCATCGCTAGTTATTGCAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATCACTAACTGAT---ACAATAGT------CTGA----CAC-TATG-T-------------------TGTCAACCGTTGCATCACTAGCtaataaatcaatgatgtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aTGTCACTATGTTGTCAACCAATGTATCACTA-GCTGTCGC------AATA-GTC----------------------------TG--T---CACTA----AC-------------------TC-----------ACT--ATGTT-GTCAACCGGTGC-ATCA-C-T-A---GCTGT--CGCA---ATAGTCTG-------T-------CACTATG-TTGTCA-ACTGGTGCATC-ACTCACTTGCT-GTC------ACA--ATAGTC-TGT-CACTATGTTGTCAACCAGTGCA----TCACT--------CACTAG-C----TGTCACAATAGTCTGATAC-------------TAT------ATTG--TCAACTGGAAATTCTACCTGAAATGGTCAGCATGCTGGGCCCAAATGTCTGCACCTATCAGTT------------CTCCCAGACACAGTG------TGGGTGGTGTTGGGCATTTTTTTGTGTAG-ATTTTCTGTTATCTAAAAAATAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTGGGGTG-ATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGCAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCCTGTGTTTTAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTAACAGTGGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATAAGTAACTTCCTGGTTTCTGGCAGATGCTC-TAACCACTAGGTTAATATACCAGCAGACAGGTGGATTTACATACAGAACCATTATTTTCTCTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTCCTTTTATTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGCAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCAGGAATACCTGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCAATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGTGCCTAATAATGGAATCTTTAGTATAATACCTTCATGATTCAGGCACTCATGACTTATGACCTGGATGTATACAAAGGAGTTCG--------CACATACGCACTCTGGAACTATAAACCCGCTTATAAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tcACTAGCTGTC---ACAATAGT------GTGA----TAT-TACA-T-------------------TGTCAACCGATt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTCAA------AATATATT----CCTA--T-ATTGT--TA-TCAG-AAGCAT---CACT---------------------------------------------TATT-GTCG--CGATG--AT-A---T-A-TGGCTGTTCCGCACCCAT-GTCTA-------CGCTCATGCACTATG-TTGTCA-TCGGGAGTATC-ACT-A---ATT-GTC------GCA--ATGATC-TAT-TGCTGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                     aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacGCATCACTTATTGTC---GCGAT-----------GA----TA--TATGGC-------------------TGTT--CCG---CACCCATGTCTA-CGC-----TCATG-CACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTA-ATTGTCGC------AATG-AT------CTAT-T-GCTGT--T---CCGCACACATGTCCACGC----TC--------A--------TG-C-----------GTT--ATAAT-GACATCAGGAGT-ATAA-C-T-AAT---TGT--TGCA---ATGATCTA-------T-------TGCTGTT-CCGC---ACC----CATG-TCT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATGTTGTCATCGGGAGTA----TCACTAATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGCAAT-Gtccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgacatcaggagtataactaattgttgcaatgatctattgctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                                                                                            aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaaGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCTGTTCCGCACACATG-TCCACGCTCATGCGTTATAATGACATCAGGAGTATAACTAATTGTTGCAATGATCT-ATTGCTGTTCCGC--ACC----CATGTCTACGCTCATGC------A------------CTA--T-GTTGT--CA-TCGG-GAGTAT---CACTA----AT-----------------TGTN-----------NNN--NNNNN-NT-AATTGTCGCAATGATC-T-A-TCGCTGTTCCGCACCCAT-GTCTACGCTCTTG-------CACTATGTTTGTCA-AATAGTGCATCTGTT-A----TT-GTA------ACA--GTAGTG-TGT-CACTATACTGTCAACTGGTACA----TCATTAAATGTCGCAATGGTC----TGTCAGTTT-GTatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                                 aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttGGAGTATAACTAATTGTT---GCAATGAT------CTAT----TGC-TGTT-C-------------------CGC--ACC----CATGTCTA-----CGC-----TCATG-CACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTA-ATTGTNNN------NNNN-NNN------TAATT-GTCG---CA-AT-G-ATCTAT---CGCTG----TT--------CCGCACCCATGTCTACGCTCTTGCACT--ATGTTTGTCAAATAGTGC-ATC----T-GTTA-TTGT--AACA---GTAGTGTG-------T-------CACTATA-CTGTCA-ACTGGTACATC-ATT-A---AAT-GTC------GCA--ATGGTC-TGT-CAGTTTGTTGTCAACCGGtgtcaaccggc
gi|4                          : aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtcgcaatgatctattgctgttccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgacatcaGCATCACTTATTGTCATGGCAATGAT------CTAT----CGC-TA------------------------GTC---CG------CACCAA-TGTC--AACGCTCATG-CACC----TGTCAACTGGTGCATCGCTA-ATTGTCGC------AATG-AT------CTA--TCGCTATTCCACACCC-ATG----------------T--------C--------TG-C-----------ACTCTACGTT-GTCATCTGGTGC-ATTA-C-T---TA-TTGT--CTCA---ATGATCTA-------T-------CTCTAT---T-TCACACC----CAT-------------------------------GTC-TGCGCTCTATGTTGTTAACTGGTGTA----TCATTAATTGTCGCAATc
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTACTATGTTGTCAACTGGTGCATCACTA-GCTGCCAC-----------GT-----------T-GTTGT--CA-ACCA-GTGCAT---CACTAGCTGTTGCAATAGGC--------TGCT-----------ACC--ATGTT-GTCAACAGGTGC-ACCA-T-TCGCTAGCTGT--CACA---AAAGTCTG-------A-------TACTATA-TTGTCA-ACCAATGCATC-ACT-A---ACT-GGC------ACA--TCAGTC-TAA-AACTATGTTGTCAACCGATGCA----Tt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3132 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTCANCNGGAGCATCACTAATTGTC---GCAATGGTCTGNCACTATGTTGTCAACCGGTGCATCACTAGCTGTCGCAAT-G-TCATGTCACTATGTTGTCAACCGGTGCATCACTAGCTGTCGC------AATAGT--CT------A--T-GTTGT--CA-ACCG-GTGCAT---CACTA--TTC--------TGTC-----------A--CTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-ACT-A--T--G--------------CTGTCGCAATAGTCTGNCACTATGTTGTCA-ACCGGTGCATCA----CT-A---GCT-GTC------GCA--ATAGTC-TG-NCACTATG-TTGTCAACCGGTGCA----TC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTCTGTCACTATGTGTGAAACAGTTGTAAAAAA-TATGGAAAGATTG--AATTAAGGAAATTCTACCTGACATGGTCAGCATGCAGGGCCCAAACGTCTGCACNTGTCAGTTCAGAGTCCAACCCTCCNAGACNCGGTGGCAGACTGGGNGGTGNTGGGCATTCTNCCGTGCAGCATTTTCNGTTATCCAAAAAGTAGNCCTGNGCACAGACCTGGGTATANATCTGTGCCTGGGGTGTNTATNGGGNGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGNAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCNTGTGTTTCAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTNACANTNGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATNAGNANCNTCCTNGTTCCNGGCAGATGCTCTTAACCACTAGGTTAATATACCNGCAGACNGGTGNATTTACACACAGAACCATTATTTCCTNTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTNCTTTTANTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGNAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCGGGAATACCCGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCGATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGCGCCTAATAATGGACTCTNTAGTGTAATACCTTCACGCTTCAGGCACTCATGACCTATGACCCGGATGTATACAGANGAGTTCGCACATGCACACATGCGCACTCCGGAACTACGAACCCGCNTATNAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCNGTTTT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -----------A--CTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-ACT-A-----G--------------CTGTCACAATAGTCTGATACTATGTTGTTA-ACCGGTGCATCA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTC-CG-ATACTATG-TTGTCAACgcc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atTGTCACTATGTGTGA--CAGTTGTAAAAAAGTATGGAAAGACTG--AATTAAAGAAATTCTACCTGGCATGGTCAGCATGCAGGGCttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T-A---ACT-GTCT-----GTA--A--GTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACAGGTGCA----TC-GCT----AGTTATTGCAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATCA----CT-A---ACT-GAT------ACA--ATAGTC-TG-ACACTATG-TTGTCAACCGTTGCA----TC-ACT----AGCtaataaatcaatgatgtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTGTCACTATGTTGTCAACCAATGTATCACTAGCTGTCGC------AATAGT--CT------G--T-------------------------CACTA--AC-----------TC-----------A--CTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-ACT-A-----G--------------CTGTCGCAATAGTCTGTCACTATGTTGTCA-ACTGGTGCATCA----CTCACTTGCT-GTC------ACA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAGTGCA----TC-ACTCACTAGCTGTCACAATA----GTC--------TGATAC-------------TAT------ATTGTCAACT--GGAAATTCTACCTGAAATGGTCAGCATGCTGGGCCCAAATGTCTGCACCTATCAGTT------------CTCCCAGACACAGTG------TGGGTGGTGTTGGGCATTTTTTTGTGTAG-ATTTTCTGTTATCTAAAAAATAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTGGGGTG-ATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGCAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCCTGTGTTTTAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTAACAGTGGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATAAGTAACTTCCTGGTTTCTGGCAGATGCTC-TAACCACTAGGTTAATATACCAGCAGACAGGTGGATTTACATACAGAACCATTATTTTCTCTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTCCTTTTATTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGCAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCAGGAATACCTGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCAATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGTGCCTAATAATGGAATCTTTAGTATAATACCTTCATGATTCAGGCACTCATGACTTATGACCTGGATGTATACAAAGGAGTTCG--------CACATACGCACTCTGGAACTATAAACCCGCTTATAAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTG-TG-ATATTACA-TTGTCAACCGATt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTTATCAGAAGCATCACTTATTGTC---GCGATGATATATGGCTGTTCCGC--ACC----CATGTCTA-----CGC------TCATG-CACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTCGC------AATGAT--CT------A--TTGCTGT--T---CCGCACACATGTCCACGC--TCA--------TG-C-----------G--TTATAAT-GACATCAGGAGTATA-ACT-A-----A--------------TTGTTGCAATGATCTATTGCTGTTCCGC---ACC----CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACT----AATTGT
gi|3                          :                                                                                                                                                      aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGC--TGTT-----CC---GCA-CAC-A--TGTC-CACG-C-TCATG-CGTTATAATGACATCAGGAGTATAACTAATTGTTGC------AATGAT--CT------AT-T-GCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTACGCTCA-------TG-C-----------A--CTATGTT-GTCATCGGGAGTATC-ACT-AATT--GTNNNNNNNNNNTAATTGTCGCAATGATCTATCGCTGTTCCGC---ACC----CATGT----CT-A---------C------GC-------TC-TT-GCACTATGTTTGTCAAATAGTGCA----TCTGTT----A-TTGTAACAGTAGTGTGTCACTATnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                            aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttCATCAGGAGTATAACTAATTGTT---GCAATGATCTATTGCTGTTCCGC--ACC----CATGTCTA-----CGC------TCATG-CACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTNNN------NNNNNN--NT------AATT-GTCG---CA-AT-G-ATCTAT---CGCTG--TTCCGCACCCATGTCTACGCTCTTGCA--CTATGTTTGTCAAATAGTGCATCTGTT-A--T------------------TGTAACAGTAGTGTGTCACTATACTGTCA-ACTGGTACATCA----TT-A---AAT-GTC------GCA--ATGGTC-TG-TCAGTTTG-TTGTCAACCGGactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tagtcatgttaatatcactatttaatacaactaaggtaatgatacaaaaataggacgtttgcaaattaatcagcacgtcaatatatatatatatatatatattgtattCGTC-A-T-A--T--T--------------CTGTCACAATGACCTATCACTATGTTGCCA-TCTAATGCATCA----CT-A---ATT-GTC------GTT--ATTGTC-TG-TTGTTGTA-TTGTCAACg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                     aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaaGTATCACTAATAGTCTCTAATAAAATAGT--CTGTCACTA--T-GTTGT--CA-ACTG-GTGCAT---GAC------C--------TGCC-----------A--TTATGTT-GACAACAAGTGCATC-ACT-A-----G--------------CTGTCGCAATAGTCTGTCACTCTGTTTTGA-ACCTGTGCATCA----CC-A---GCT-GTC------GCA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAATGCA----CC-ATT----ACATGTAGT-ATAA--TGTGATTATGT----AACA-TTGTCAAt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3132 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTCATCAGGAGCATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATCGCTGTGTCGCA--CC---GCATNACTAA-TGTCGCAAC-G-TCATGTCGCTATGTTGTCANCNGGNGTATCACTAATT-----------------GTCGC------AATGGT--C-T------A-T-GTTGT--CA-ACCG-GTGCAT---CACTA--NTC-TGT--CA--CTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTC-GCAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACCG--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTC------GCA--ATAGTC-TG-NCACTATG-TTGTCAACCGGTGCA----TC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTCTGTCACTA---TGTGTGAAACAGTTGTAAAAAA-TATGGAAAGATTG--AATTAAGGAAATTCTACCTGACATGGTCAGCATGCAGGGCCCAAACGTCTGCACNTGTCAGTTCAGAGTCCAACCCTCCNAGACNCGGTGGCAGACTGGGNGGTGNTGGGCATTCTNCCGTGCAGCATTTTCNGTTATCCAAAAAGTAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTNGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATNGGGAGNAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCNTGTGTTTCAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTNACANTNGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATNAGNANCNTCCTNGTTCCNGGCAGATGCTCTTAACCACTAGGTTAATATACCNGCAGACNGGTGNATTTACACACAGAACCATTATTTCCTNTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTNCTTTTANTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGNAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCGGGAATACCCGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCGATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGCGCCTAATAATGGACTCTNTAGTGTAATACCTTCACGCTTCAGGCACTCATGACCTATGACCCGGATGTATACAGANGAGTTCGCACATGCACACATGCGCACTCCGGAACTACGAACCCGCNTATNAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCNGTTTT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gA--CTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTC-ACAATAGTC----TGATACTATGTTGTTA-ACCG--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTC-CG-ATACTATG-TTGTCAACcc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atTGTCACTA---TGTGTGA--CAGTTGTAAAAAAGTATGGAAAGACTG--AATTAAAGAAATTCTACCTGGCATGGTCAGCATGCAGGGCttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T----AACTGTCTGTAA--GTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACAG--GT---GCATCG----CT-A---GTT-ATT------GCA--AT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATCA----CT-A---ACT-GAT------ACA--ATAGTC-TG-ACACTATG-TTGTCAACCGTTGCA----TC-ACT----AGCtaataaatcaatgatgtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aTGTCACTATGTTGTCAACCAATGTATCACTAGCT-----------------GTCGC------AATAGT--C-T------G-T-------------------------CACTA--AC----T--CA--CTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTC-GCAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACTG--GT---GCATCA----CTCACTTGCT-GTC------ACA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAGTGCA----TC-ACTCACTAGCTGTCACAATA----GTC-----------TGATAC-------------TAT------ATTGTCAACT--GGAAATTCTACCTGAAATGGTCAGCATGCTGGGCCCAAATGTCTGCACCTATCAGTT------------CTCCCAGACACAGTG------TGGGTGGTGTTGGGCATTTTTTTGTGTAG-ATTTTCTGTTATCTAAAAAATAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTGGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGCAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCCTGTGTTTTAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTAACAGTGGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATAAGTAACTTCCTGGTTTCTGGCAGATGCTC-TAACCACTAGGTTAATATACCAGCAGACAGGTGGATTTACATACAGAACCATTATTTTCTCTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTCCTTTTATTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGCAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCAGGAATACCTGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCAATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGTGCCTAATAATGGAATCTTTAGTATAATACCTTCATGATTCAGGCACTCATGACTTATGACCTGGATGTATACAAAGGAGTTCG--------CACATACGCACTCTGGAACTATAAACCCGCTTATAAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tcA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTG-TG-ATATTACA-TTGTCAACCGATt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAT--TA-ATCA-GCACGT---CAA-A--ATA-TAT--TC--CTATATT-GTTATCAGAAGCATC-ACT----TATTGTC-GCGATGATA----TATGGCTGTTCCGC---ACC---------CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACT----AATTGTCGCAATGATCTATTGCTG---T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                         aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcaGTTATCAGAAGCATCACTTATTGTC---GCGATGATATATGGCTGTTCCGCA--CC----CATGTCTA-----CGC------TCATG-CACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATT-----------------GTCGC------AATGAT--C-T------A-TTGCTGT--T---CCGCACACATGTCCAC-G--CTCATG---CG--TTATAAT-GACATCAGGAGTATA-ACT----AATTGTT-GCAATGATC----TATTGCTGTTCCGC---ACC---------CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACT----AATTGTtccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgacatcaggagtataactaattgttgcaatgatctattgctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                                                                                                       aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCTGTTCCGCA--C---------AC--A-TGTC-C-AC-GCTCATG-CGTTATAATGACATCAGGAGTATAACTAATT-----------------GTTGC------AATGAT--C-T------ATT-GCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTACGCTCATG---CA--CTATGTT-GTCATCGGGAGTATC-ACT----AATTGTN-NNNNNNNNNTAATTGTCGCAATG--ATCT-ATCGCTGTTCCGCACCC----AT-G---TCT-A-C------GC-------TC-TT-GCACTATGTTTGTCAAATAGTGCA----TCTGTT----A-TTGTAACAGTAGTGTGTCACTA---Tnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                             aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttCATCAGGAGTATAACTAATTGTT---GCAATGATCTATTGCTGTTCCGCA--CC----CATGTCTA-----CGC------TCATG-CACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TCGCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTA--CGC-TCTTGCA--CTATGTTTGTCAAATAGTGCATCTGTT----A-TTGTA-ACAGTAGTG----TGTCACTATACTGTCA-ACTG--GT---ACATCA----TT-A---AAT-GTC------GCA--ATGGTC-TG-TCAGTTTG-TTGTCAACCGGactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|4                          : aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtcgcaatgatctattgctgttccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgaTCAGAAGCATCACTTATTGTCATGGCAATGATCTATCGCTA-GTC------C---GCA---CCAA-TGTC--AAC-GCTCATG-CACC----TGTCAACTGGTGCATCGCTAATT-----------------GTCGC------AATGAT--C-T------A-TCGCTATTCCACACC-----CAT----------GTC-TG---CACTCTACGTT-GTCATCTGGTGCATT-ACT----TATTGTC-TCAATGATC----TATCTCTAT-T--TCACACC---------CAT----------------------------------GTC-TGCGCTCTATG-TTGTTAACTGGTGTA----TC-ATT----AATTGTCGCAATc
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3132 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTCATCAGGAGCATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACC---GCATGNCTAA-TGTCGCAACG--CTCATGCACTATGTTGTCANCNGGNGTATCACTAA-----------------TTGTCGC------AATGGT--C-T------A-T-GCTGT--CA-ACCG-GCGCAT---CACTA--NTC-TGTCA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCGCTATGTTGTCA-ACCG--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTC------GCA--ATAGTC-TG-NCACTATG-TTGTCAACCGGTGCA----TC-ACTAGCTGTCGCAATAGTCTGTCACTA---TGTGCGAAACAGT-TGTAAAAAA-TATGGAAAGATTG--AATTAAGGAAATTCTACCTGACATGGTCAGCATGCAGGGCCCAAACGTCTGCACNTGTCAGTTCAGAGTCCAACCCTCCNAGACNCGGTGGCAGACTGGGNGGTGNTGGGCATTCTNCCGTGCAGCATTTTCNGTTATCCAAAAAGTAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTNGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATNGGGAGNAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCNTGTGTTTCAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTNACANTNGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATNAGNANCNTCCTNGTTCCNGGCAGATGCTCTTAACCACTAGGTTAATATACCNGCAGACNGGTGNATTTACACACAGAACCATTATTTCCTNTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTNCTTTTANTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGNAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCGGGAATACCCGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCGATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGCGCCTAATAATGGACTCTNTAGTGTAATACCTTCACGCTTCAGGCACTCATGACCTATGACCCGGATGTATACAGANGAGTTCGCACATGCACACATGCGCACTCCGGAACTACGAACCCGCNTATNAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCNGTTTT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTCACAATAGTC----TGATACTATGTTGTTA-ACCG--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTC-CG-ATACTATG-TTGTCAACcc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atTGTCACTA---TGTGTGA--CAGT-TGTAAAAAAGTATGGAAAGACTG--AATTAAAGAAATTCTACCTGGCATGGTCAGCATGCAGGGCttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T-A---ACT-GTCT-----GTA--A--GTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACAGGTGCA----TC-GCTAGTTATTGCAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATCA----CT-A---ACT-GAT------ACA--ATAGTC-TG-ACACTATG-TTGTCAACCGTTGCA----TC-ACTAGCtaataaatcaatgatgtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aCACTATGTTGTCAACCAATGTATCACTAG-----------------CTGTCGC------AATAGT--C-T------G-T-------------------------CACTA--AC----TCA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACTG--GT---GCATCA----CTCACTTGCT-GTC------ACA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAGTGCA----TC-ACT--------CACTAG-CTGTCAC------------AATAGTCTG---ATAC-TAT------ATTGTCAACT--GGAAATTCTACCTGAAATGGTCAGCATGCTGGGCCCAAATGTCTGCACCTATCAGTT------------CTCCCAGACACAGTG------TGGGTGGTGTTGGGCATTTTTTTGTGTAG-ATTTTCTGTTATCTAAAAAATAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTGGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGCAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCCTGTGTTTTAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTAACAGTGGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATAAGTAACTTCCTGGTTTCTGGCAGATGCTC-TAACCACTAGGTTAATATACCAGCAGACAGGTGGATTTACATACAGAACCATTATTTTCTCTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTCCTTTTATTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGCAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCAGGAATACCTGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCAATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGTGCCTAATAATGGAATCTTTAGTATAATACCTTCATGATTCAGGCACTCATGACTTATGACCTGGATGTATACAAAGGAGTTCG--------CACATACGCACTCTGGAACTATAAACCCGCTTATAAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tctgtA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTG-TG-ATATTACA-TTGTCAACCGATt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAT--TA-ATCA-GCACGT---CAA-A--ATA-TATTC--CTATA-TTGTTATCAGAAGCATC-ACT----TATTGTCGCGATGATA----TATGGCTGTTCCGC---ACC---------CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACTAATTGTCGCAATGATCTATTGCTG---T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                         aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcaGTTATCAGAAGCATCACTTATTGTC---GCGATGATATATGGCT--GTTCCGCACC----CATGTCTA----------CG--CTCATGCACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAA-----------------TTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TTGCTGT--T---CCGCACACATGTCCAC-G--CTCATG-CG--TTATA-ATGACATCAGGAGTATA-ACT----AATTGTTGCAATGATC----TATTGCTGTTCCGC---ACC---------CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACTAATTGTtccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgacatcaggagtataactaattgttgcaatgatctattgctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                                                                                                       aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCA-C---ACATGTCC----------ACG--CTCATGCGTTATAATGACATCAGGAGTATAACTAA-----------------TTGTTGC------AATGAT--C-T------ATT-GCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTACGCTCATG-CA--CTATG-TTGTCATCGGGAGTATC-ACT----AATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGCAATG--ATCT-ATCGCTGTTCCGCACCC----AT-G---TCT-A-C------GC-------TC-TT-GCACTATGTTTGTCAAATAGTGCA----TCTGTTA-TTGTAACAGTAGTGTGTCACTA---Tnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                             aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttCATCAGGAGTATAACTAATTGTT---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACC----CATGTCT----------ACG--CTCATGCACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TCGCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTACGCTC-TTGCA--CTATGTTTGTCAAATAGTGCATCTGTT----A-TTGTAACAGTAGTG----TGTCACTATACTGTCA-ACTG--GT---ACATCA----TT-A---AAT-GTC------GCA--ATGGTC-TG-TCAGTTTG-TTGTCAACCGGactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|4                          : aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtcgcaatgatctattgctgttccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgaTCAGAAGCATCACTTATTGTCATGGCAATGATCTATCGCT--AGTCCGCACC-----------AA-TGTC--AACG--CTCATGCACC----TGTCAACTGGTGCATCGCTAA-----------------TTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TCGCTATTCCACACC-----CAT----------GTC-TG-CACTCTACG-TTGTCATCTGGTGCATT-ACT----TATTGTCTCAATGATC----TATCTCTAT-T--TCACACC---------CAT----------------------------------GTC-TGCGCTCTATG-TTGTTAACTGGTGTA----TC-ATTAATTGTCGCAATc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tagtcatgttaatatcactatttaatacaactaaggtaatgatacaaaaataggacgtttgcaaattaatcagcacgtcaatatatatatatatatatatattgtatAA-----------------TTATCAC------AACG-T--CAT------A-T-TCTGT--CA---------------CAATG--ACC-TATCA--CTATG-TTGCCATCTAATGCATC-ACT----AATTGTCGTTATTGTC----TGTTGTTGTATTGTCA-ACg
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3132 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTCATCAGGAGCATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACCCATGT----CTA--TGTC--AACG--CTCATGCACTATGTTGTCANCNGGNGTATCACTAA-----------------TTGTCGC------AATGGT--C-T------A-T-GCTGT--CA-ACCG-GCGCAT---CACTA--NTC-TGTCA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCGCTATGTTGTCA-ACCG--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTC------GCA--ATAGTC-TG-NCACTATG-TTGTCAACCGGTGCA----TC-ACTAGCTGTCGCAATAGTCTGTCACTA---TGTGCGAAACAGT-TGTAAAAAA-TATGGAAAGATTG--AATTAAGGAAATTCTACCTGACATGGTCAGCATGCAGGGCCCAAACGTCTGCACNTGTCAGTTCAGAGTCCAACCCTCCNAGACNCGGTGGCAGACTGGGNGGTGNTGGGCATTCTNCCGTGCAGCATTTTCNGTTATCCAAAAAGTAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTNGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATNGGGAGNAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCNTGTGTTTCAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTNACANTNGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATNAGNANCNTCCTNGTTCCNGGCAGATGCTCTTAACCACTAGGTTAATATACCNGCAGACNGGTGNATTTACACACAGAACCATTATTTCCTNTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTNCTTTTANTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGNAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCGGGAATACCCGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCGATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGCGCCTAATAATGGACTCTNTAGTGTAATACCTTCACGCTTCAGGCACTCATGACCTATGACCCGGATGTATACAGANGAGTTCGCACATGCACACATGCGCACTCCGGAACTACGAACCCGCNTATNAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCNGTTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTCAACTGGTGCATCACTAGTTGTC---GCAATAGTCTGATACTTTGTTGCAAACCAATGTATAACTAGCTGTCGCAATAGTCTTAT-CACTATGTTGTCAACCGGTGCATCACTAG-----------------CTGTCGC------AATAGTAAC-T------A-T-GTTGT--CA-ATCA-GTGCGT---CACTA--TTC-TGTCA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACTTACTAGCTGTAACAATAGTT----TGATACTATATTGTCA-ACTG--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTC------TCA--ATAGTC-TG-CCACTATG-TTGTTGACCGATGCA----TC-ACTAGCTGTTGCAATAGTATGTCACCA---TGTGAGAAACAGT-TGTAAAAAA-AA-GGAAAAATTG--AATTAAGGAAATTCTACCTGACATGATAAGCATGCAGGTCCCAAACGTCTGCACA-GTCAGTTCAGAGTCCAACCCTCCAAGACTCGGTGGCAGACTGGGGAATAGTGGGCATTCTACCG-GCAGCA----CGG----CCAAAAAGTAG------------------------ATCTATGCCTTGGGTAATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATGGGGAGAAATCATAGGAATTGAAACACCAACACCATATGTTTCAACACCCTAACTGACATTTCAATTATTACATTTGCAGGAAA-GACCAGGACTCGAATCAGGATCATCCTCGTTCCAGGCAGATGCTCTTAACCACTAGGTTAATATACCTGCAGACTGGTGTATTTACACACAAAACCATTATTTCCTGTGTAAATTTGCAACAAAGAAAAC---ACTCTACTTTTAGTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGAAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCTGGGAATTCCCGAGTCCACTTGCCCAAACATTACTCACCTTCGATACCTGTTACAGCAGTGACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGCGCCAAATAATGGACTGTATCGTGTAATACCTTCAAGCTTCAGGAACTCATGACCTATGATCCGGATGTATACAGATAAGTTCGCACATGCACACATGCGCACTTCGGAACTACGAACTCGCATATTAGTCAGTCTGAG-ATACCCTGCTGTTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GCAT---AA-TA--GTC-TGATA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AACTGGCACAA--GTT----TGATACTATGTTGTCA-ACTG--GT---AAATCA----CT-A---ACT-GGC------ACA--ATAGTC-TG-ATACTATG-TTGTCAACCGGTACA----TC-ACTAGCTGGCCCAATAGTC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TC-TGTTA--CTATG-TTGTCAACTGATGCATC-ACT----AGCTGTCACAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACCA--GT---GCACCA----CT-A---GCT-GTT------GCA--ATAGGC-TG-CTACCACG-TTGTCAACCGGTGCA----CC-ACTCACTA--GCAAAAGTCT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gGCATC-ACT----AACTGGCACAATAGTC----TGATACTATGTTGTTA-ACCG--AT---GCATCA----CT-A----CTAGTCTAGGAGGCATAATAGTC-CG-ATTCTATA-TTGTCAACCGGTGCA----TC-ACTAGCTGGCACAATAGTCTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTC----TGTCGCTATAGTGTCG-ACTT--GT---GCATCA----CG-A---ATT-GTC------GCA--ATGCTT-TG-TCGCTATA-TTGTCGACTAGTGCA----TC-ATTAATTGTCGCAATGATCTGTTCCTAACTTGTGCG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTCACAATAGTC----TGATACTATGTTGTTA-ACCG--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTC-CG-ATACTATG-TTGTCAACcc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atTGTCACTA---TGTGTGA--CAGT-TGTAAAAAAGTATGGAAAGACTG--AATTAAAGAAATTCTACCTGGCATGGTCAGCATGCAGGGCttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T-A---ACT-GTCT-----GTA--A--GTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACAGGTGCA----TC-GCTAGTTATTGCAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATCA----CT-A---ACT-GAT------ACA--ATAGTC-TG-ACACTATG-TTGTCAACCGTTGCA----TC-ACTAGCtaataaatcaatgatgtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aCACTATGTTGTCAACCAATGTATCACTAG-----------------CTGTCGC------AATAGT--C-T------G-T-------------------------CACTA--AC----TCA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACTG--GT---GCATCA----CTCACTTGCT-GTC------ACA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAGTGCA----TC-ACT--------CACTAG-CTGTCAC------------AATAGTCTG---ATAC-TAT------ATTGTCAACT--GGAAATTCTACCTGAAATGGTCAGCATGCTGGGCCCAAATGTCTGCACCTATCAGTT------------CTCCCAGACACAGTG------TGGGTGGTGTTGGGCATTTTTTTGTGTAG-ATTTTCTGTTATCTAAAAAATAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTGGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGCAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCCTGTGTTTTAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTAACAGTGGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATAAGTAACTTCCTGGTTTCTGGCAGATGCTC-TAACCACTAGGTTAATATACCAGCAGACAGGTGGATTTACATACAGAACCATTATTTTCTCTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTCCTTTTATTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGCAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCAGGAATACCTGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCAATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGTGCCTAATAATGGAATCTTTAGTATAATACCTTCATGATTCAGGCACTCATGACTTATGACCTGGATGTATACAAAGGAGTTCG--------CACATACGCACTCTGGAACTATAAACCCGCTTATAAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tctgtA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTG-TG-ATATTACA-TTGTCAACCGATt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAT--TA-ATCA-GCACGT---CAA-A--ATA-TATTC--CTATA-TTGTTATCAGAAGCATC-ACT----TATTGTCGCGATGATA----TATGGCTGTTCCGC---ACC---------CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACTAATTGTCGCAATGATCTATTGCTG---T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                         aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcaGTTATCAGAAGCATCACTTATTGTC---GCGATGATATATGGCT--GTTCCGCACCCATGT----CTA----------CG--CTCATGCACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAA-----------------TTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TTGCTGT--T---CCGCACACATGTCCAC-G--CTCATG-CG--TTATA-ATGACATCAGGAGTATA-ACT----AATTGTTGCAATGATC----TATTGCTGTTCCGC---ACC---------CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACTAATTGTtccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgacatcaggagtataactaattgttgcaatgatctattgctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                                                                                                       aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACACATGT----CC----------ACG--CTCATGCGTTATAATGACATCAGGAGTATAACTAA-----------------TTGTTGC------AATGAT--C-T------ATT-GCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTACGCTCATG-CA--CTATG-TTGTCATCGGGAGTATC-ACT----AATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGCAATG--ATCT-ATCGCTGTTCCGCACCC----AT-G---TCT-A-C------GC-------TC-TT-GCACTATGTTTGTCAAATAGTGCA----TCTGTTA-TTGTAACAGTAGTGTGTCACTA---Tnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                             aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttCATCAGGAGTATAACTAATTGTT---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACCCATGT----CT----------ACG--CTCATGCACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TCGCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTACGCTC-TTGCA--CTATGTTTGTCAAATAGTGCATCTGTT----A-TTGTAACAGTAGTG----TGTCACTATACTGTCA-ACTG--GT---ACATCA----TT-A---AAT-GTC------GCA--ATGGTC-TG-TCAGTTTG-TTGTCAACCGGactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|4                          : aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtcgcaatgatctattgctgttccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgaTCAGAAGCATCACTTATTGTCATGGCAATGATCTATCGCT--AGTCCGCACC-A---------A--TGTC--AACG--CTCATGCACC----TGTCAACTGGTGCATCGCTAA-----------------TTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TCGCTATTCCACACC-----CAT----------GTC-TG-CACTCTACG-TTGTCATCTGGTGCATT-ACT----TATTGTCTCAATGATC----TATCTCTAT-T--TCACACC---------CAT----------------------------------GTC-TGCGCTCTATG-TTGTTAACTGGTGTA----TC-ATTAATTGTCGCAATc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tagtcatgttaatatcactatttaatacaactaaggtaatgatacaaaaataggacgtttgcaaattaatcagcacgtcaatatatatatatatatatatattgtatAA-----------------TTATCAC------AACG-T--CAT------A-T-TCTGT--CA---------------CAATG--ACC-TATCA--CTATG-TTGCCATCTAATGCATC-ACT----AATTGTCGTTATTGTC----TGTTGTTGTATTGTCA-ACg
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --C-T------A-T-GTTGT--CA-ACTG-GTGCAT---CACTA--G-C-TGCCA--CGTTG-TTGTCAACCAGTGCATC-ACT----AGCTGTTGCAATAGGC----TGCTACCATGTTGTCA-ACAG--GT---GCACCATTCGCT-A---GCT-GTC------ACA--AAAGTC-TG-ATACTATA-TTGTCAACCAATGCA----TC-ACTAACTGGCACATCAGTCTAAAACTA---TGTt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TC-TGTTA--CTATG-TTGTCAACTGATGCATC-ACT----AGCTGTCACAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACCA--GT---GCACCA----CT-A---GCT-GTT------GCA--ATAGGC-TG-CTACCACG-TTGTCAACCGGTGCA----CC-ACTCACTA--GCAAAAGTCT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gGCATC-ACT----AACTGGCACAATAGTC----TGATACTATGTTGTTA-ACCG--AT---GCATCA----CT-A----CTAGTCTAGGAGGCATAATAGTC-CG-ATTCTATA-TTGTCAACCGGTGCA----TC-ACTAGCTGGCACAATAGTCTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTC----TGTCGCTATAGTGTCG-ACTT--GT---GCATCA----CG-A---ATT-GTC------GCA--ATGCTT-TG-TCGCTATA-TTGTCGACTAGTGCA----TC-ATTAATTGTCGCAATGATCTGTTCCTAACTTGTGCG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTCACAATAGTC----TGATACTATGTTGTTA-ACCG--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTC-CG-ATACTATG-TTGTCAACcc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atTGTCACTA---TGTGTGA--CAGT-TGTAAAAAAGTATGGAAAGACTG--AATTAAAGAAATTCTACCTGGCATGGTCAGCATGCAGGGCttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T-A---ACT-GTCT-----GTA--A--GTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACAGGTGCA----TC-GCTAGTTATTGCAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATCA----CT-A---ACT-GAT------ACA--ATAGTC-TG-ACACTATG-TTGTCAACCGTTGCA----TC-ACTAGCtaataaatcaatgatgtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aCACTATGTTGTCAACCAATGTATCACTAG-----------------CTGTCGC------AATAGT--C-T------G-T-------------------------CACTA--AC----TCA--CTATG-TTGTCAACCGGTGCATC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACTG--GT---GCATCA----CTCACTTGCT-GTC------ACA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAGTGCA----TC-ACT--------CACTAG-CTGTCAC------------AATAGTCTG---ATAC-TAT------ATTGTCAACT--GGAAATTCTACCTGAAATGGTCAGCATGCTGGGCCCAAATGTCTGCACCTATCAGTT------------CTCCCAGACACAGTG------TGGGTGGTGTTGGGCATTTTTTTGTGTAG-ATTTTCTGTTATCTAAAAAATAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTGGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGCAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCCTGTGTTTTAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTAACAGTGGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATAAGTAACTTCCTGGTTTCTGGCAGATGCTC-TAACCACTAGGTTAATATACCAGCAGACAGGTGGATTTACATACAGAACCATTATTTTCTCTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTCCTTTTATTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGCAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCAGGAATACCTGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCAATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGTGCCTAATAATGGAATCTTTAGTATAATACCTTCATGATTCAGGCACTCATGACTTATGACCTGGATGTATACAAAGGAGTTCG--------CACATACGCACTCTGGAACTATAAACCCGCTTATAAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tctgtA----CT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTG-TG-ATATTACA-TTGTCAACCGATt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAT--TA-ATCA-GCACGT---CAA-A--ATA-TATTC--CTATA-TTGTTATCAGAAGCATC-ACT----TATTGTCGCGATGATA----TATGGCTGTTCCGC---ACC---------CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACTAATTGTCGCAATGATCTATTGCTG---T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                         aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcaGTTATCAGAAGCATCACTTATTGTC---GCGATGATATATGGCT--GTTCCGCACCCATGT----CTA----------CG--CTCATGCACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAA-----------------TTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TTGCTGT--T---CCGCACACATGTCCAC-G--CTCATG-CG--TTATA-ATGACATCAGGAGTATA-ACT----AATTGTTGCAATGATC----TATTGCTGTTCCGC---ACC---------CATGT----CT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACTAATTGTtccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgacatcaggagtataactaattgttgcaatgatctattgctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                                                                                                       aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACACATGT----CC----------ACG--CTCATGCGTTATAATGACATCAGGAGTATAACTAA-----------------TTGTTGC------AATGAT--C-T------ATT-GCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTACGCTCATG-CA--CTATG-TTGTCATCGGGAGTATC-ACT----AATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGCAATG--ATCT-ATCGCTGTTCCGCACCC----AT-G---TCT-A-C------GC-------TC-TT-GCACTATGTTTGTCAAATAGTGCA----TCTGTTA-TTGTAACAGTAGTGTGTCACTA---Tnnnnnnnnnntaattgtcgcaatgatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                             aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttCATCAGGAGTATAACTAATTGTT---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACCCATGT----CT----------ACG--CTCATGCACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TCGCTGT--T---CCGCACCCAT---GTCTACGCTC-TTGCA--CTATGTTTGTCAAATAGTGCATCTGTT----A-TTGTAACAGTAGTG----TGTCACTATACTGTCA-ACTG--GT---ACATCA----TT-A---AAT-GTC------GCA--ATGGTC-TG-TCAGTTTG-TTGTCAACCGGactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|4                          : aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtcgcaatgatctattgctgttccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgaTCAGAAGCATCACTTATTGTCATGGCAATGATCTATCGCT--AGTCCGCACC-A---------A--TGTC--AACG--CTCATGCACC----TGTCAACTGGTGCATCGCTAA-----------------TTGTCGC------AATGAT--C-T------A-TCGCTATTCCACACC-----CAT----------GTC-TG-CACTCTACG-TTGTCATCTGGTGCATT-ACT----TATTGTCTCAATGATC----TATCTCTAT-T--TCACACC---------CAT----------------------------------GTC-TGCGCTCTATG-TTGTTAACTGGTGTA----TC-ATTAATTGTCGCAATc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tagtcatgttaatatcactatttaatacaactaaggtaatgatacaaaaataggacgtttgcaaattaatcagcacgtcaatatatatatatatatatatattgtatAA-----------------TTATCAC------AACG-T--CAT------A-T-TCTGT--CA---------------CAATG--ACC-TATCA--CTATG-TTGCCATCTAATGCATC-ACT----AATTGTCGTTATTGTC----TGTTGTTGTATTGTCA-ACg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                 aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagGTATCACTAA-----------------TAGTCTCTAATAAAATAGT--C-TGTCACTA-T-GTTGT--CA-ACTG-GTGCAT---GAC------C-TGCCA--TTATG-TTGACAACAAGTGCATC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCACTCTGTTTTGA-ACCT--GT---GCATCA----CC-A---GCT-GTC------GCA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAATGCA----CC-ATTACATGTAGT-ATAA--TGTGATTA---TGT----AACA-T-TGTCAAt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --C-T------A-T-GTTGT--CA-ACTG-GTGCAT---CACTA--G-C-TGCCA--CGTTG-TTGTCAACCAGTGCATC-ACT----AGCTGTTGCAATAGGC----TGCTACCATGTTGTCA-ACAG--GT---GCACCATTCGCT-A---GCT-GTC------ACA--AAAGTC-TG-ATACTATA-TTGTCAACCAATGCA----TC-ACTAACTGGCACATCAGTCTAAAACTA---TGTt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tctgttaTGATTCAATGTTATCGCAGGGAATACCCGAGCCCAATTGCCCAAAGATAACTCACCTTCGATAATTGTTACAGCTGTCACTGTGGCAACTTCTTTGTCAACAGTGCCTAATAATGGACTCTGTAGTGTAATACCCTCACACTTCAGGCACTCATGACCTATGACACAGAAGTATtgtcaaccgatgcat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            C-TGTTA--CTACG-TTGTCAACTGGTGCATC-ACT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGCCACTATATTGTGA-ACCA--GT---GCATCA----CT-A---GCT-GTT------GCA--ATAGGT-TG-CTACCATG-TTGTCAACCGGTGCACCACTC-ACTAGCTGTCACAAAAGTCTGTGA--A---TGTAC


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|18 ): TCTCAGTAATATTATTTTTGTTTTGGTATCAACTAATACTCTGCTGGGATAACATAACTAT






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Reference ( family-3132 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTCATCAGGAGCATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACCCATGT--------CCGACGC-------TCATGCACTATGTTGTCANCNGGNGTATCACTAATT-----------------GTCGC------AATGGT--C-TATTGCTGTTCCG-CACCCGTGT-CCAC--GCT-----------C-TGTCACTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-A----CT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCGCTATGTTGTCA-ACCG--GT---GCA----TCACT-A---GCT-GTC------GCA--ATAGTC-TG-NCACTATG-TTGTCAACCGGTGCA----TC-ACTAGCTGTCGCAATAGTC----TGTCACTA---TGTGCGAAACAGT-TGTAAAAAA-TATGGAAAGATTG--AATTAAGGAAATTCTACCTGACATGGTCAGCATGCAGGGCCCAAACGTCTGCACNTGTCAGTTCAGAGTCCAACCCTCCNAGACNCGGTGGCAGACTGGGNGGTGNTGGGCATTCTNCCGTGCAGCATTTTCNGTTATCCAAAAAGTAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTNGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATNGGGAGNAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCNTGTGTTTCAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTNACANTNGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATNAGNANCNTCCTNGTTCCNGGCAGATGCTCTTAACCACTAGGTTAATATACCNGCAGACNGGTGNATTTACACACAGAACCATTATTTCCTNTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTNCTTTTANTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGNAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCGGGAATACCCGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCGATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGCGCCTAATAATGGACTCTNTAGTGTAATACCTTCACGCTTCAGGCACTCATGACCTATGACCCGGATGTATACAGANGAGTTCGCACATGCACACATGCGCACTCCGGAACTACGAACCCGCNTATNAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCNGTTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTCAACTGGTGCATCACTAGTTGTC---GCAATAGTCTGATACTTTGTTGCAAACCAATGTATAACTAGCTGTCGCAATAGTCTTAT-CACTATGTTGTCAACCGGTGCATCACTAGCT-----------------GTCGC------AATAGTAAC-TAT-GTTGT--CA--ATCAGTGCGTCACT-ATT-----------C-TGTCACTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-A----CTTACTAGCTGTAACAATAGTT----TGATACTATATTGTCA-ACTG--GT---GCA----TCACT-A---GCT-GTC------TCA--ATAGTC-TG-CCACTATG-TTGTTGACCGATGCA----TC-ACTAGCTGTTGCAATAGTA----TGTCACCA---TGTGAGAAACAGT-TGTAAAAAA-AA-GGAAAAATTG--AATTAAGGAAATTCTACCTGACATGATAAGCATGCAGGTCCCAAACGTCTGCACA-GTCAGTTCAGAGTCCAACCCTCCAAGACTCGGTGGCAGACTGGGGAATAGTGGGCATTCTACCG-GCAGCA----CGG----CCAAAAAGTAG------------------------ATCTATGCCTTGGGTAATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATGGGGAGAAATCATAGGAATTGAAACACCAACACCATATGTTTCAACACCCTAACTGACATTTCAATTATTACATTTGCAGGAAA-GACCAGGACTCGAATCAGGATCATCCTCGTTCCAGGCAGATGCTCTTAACCACTAGGTTAATATACCTGCAGACTGGTGTATTTACACACAAAACCATTATTTCCTGTGTAAATTTGCAACAAAGAAAAC---ACTCTACTTTTAGTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGAAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCTGGGAATTCCCGAGTCCACTTGCCCAAACATTACTCACCTTCGATACCTGTTACAGCAGTGACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGCGCCAAATAATGGACTGTATCGTGTAATACCTTCAAGCTTCAGGAACTCATGACCTATGATCCGGATGTATACAGATAAGTTCGCACATGCACACATGCGCACTTCGGAACTACGAACTCGCATATTAGTCAGTCTGAG-ATACCCTGCTGTTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T-----------C-TGATACTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-A----CT----AACTGGCACAA--GTT----TGATACTATGTTGTCA-ACTG--GT---AAA----TCACT-A---ACT-GGC------ACA--ATAGTC-TG-ATACTATG-TTGTCAACCGGTACA----TC-ACTAGCTGGCCCAATAGTC----
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gcataatagT-----------C-TGTTACTATGTT-GTCAACTGATGCATC-A----CT----AGCTGTCACAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACCA--GT---GCA----CCACT-A---GCT-GTT------GCA--ATAGGC-TG-CTACCACG-TTGTCAACCGGTGCA----CC-ACTCACTA--GCAAAAGTC----T
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gGCATC-A----CT----AACTGGCACAATAGTC----TGATACTATGTTGTTA-ACCG--AT---GCA----TCACT-A----CTAGTCTAGGAGGCATAATAGTC-CG-ATTCTATA-TTGTCAACCGGTGCA----TC-ACTAGCTGGCACAATAGTC----TG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTC----TGTCGCTATAGTGTCG-ACTT--GT---GCA----TCACG-A---ATT-GTC------GCA--ATGCTT-TG-TCGCTATA-TTGTCGACTAGTGCA----TC-ATTAATTGTCGCAATGATC----TGTTCCTAACTTGTGCG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gACTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-A----CT----AGCTGTCACAATAGTC----TGATACTATGTTGTTA-ACCG--GT---GCA----TCACT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTC-CG-ATACTATG-TTGTCAACcc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   at----TGTCACTA---TGTGTGA--CAGT-TGTAAAAAAGTATGGAAAGACTG--AATTAAAGAAATTCTACCTGGCATGGTCAGCATGCAGGGCttg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T-A---ACT-GTCT-----GTA--A--GTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACAGGTGCA----TC-GCTAGTTATTGCAAT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A----TCACT-A---ACT-GAT------ACA--ATAGTC-TG-ACACTATG-TTGTCAACCGTTGCA----TC-ACTAGCtaataaatcaatgatgtaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aCACTATGTTGTCAACCAATGTATCACTAGCT-----------------GTCGC------AATAGT--C-TGTCACTA------------------AC--------------------TCACTATGTT-GTCAACCGGTGCATC-A----CT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCACTATGTTGTCA-ACTG--GT---GCA----TCACTCACTTGCT-GTC------ACA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAGTGCA----TC-ACT--------CACTAG-C----TGTCAC------------AATAGTCTG---ATAC-TAT------ATTGTCAACT--GGAAATTCTACCTGAAATGGTCAGCATGCTGGGCCCAAATGTCTGCACCTATCAGTT------------CTCCCAGACACAGTG------TGGGTGGTGTTGGGCATTTTTTTGTGTAG-ATTTTCTGTTATCTAAAAAATAGCCCTGAGCACAGACCTAGATATAGATCTGTGCCTGGGGTGATATTGGGTGTTTATGAGGGATTTATTGGGAGCAACCACAGGAATTGAAACACCAACACCCTGTGTTTTAACACCCTAACTGACATTTCAATTGTAACAGTGGCAGGAAAAGACCAGGACTCGAATAAGTAACTTCCTGGTTTCTGGCAGATGCTC-TAACCACTAGGTTAATATACCAGCAGACAGGTGGATTTACATACAGAACCATTATTTTCTCTGTAAATTTGCAACAGAGAAAACTTTACTCTCCTTTTATTGAAGTCAACACTCTAGATATAAACTGCAAATAAAGTTAATTGATGATTCAATGTTATCGCCAGGAATACCTGAGTCCACTTGCCCAAAGATTACTCACCTTCAATAATCGTTACAGCTGTCACAGTGGCGACTTCTTTGTCGACAGTGCCTAATAATGGAATCTTTAGTATAATACCTTCATGATTCAGGCACTCATGACTTATGACCTGGATGTATACAAAGGAGTTCG--------CACATACGCACTCTGGAACTATAAACCCGCTTATAAGTCAGTCTGAGAATACCCTGCAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tctgtACT-A---GCT-GTC------ACA--ATAGTG-TG-ATATTACA-TTGTCAACCGATt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTATCAGAAGCATCACTTATTGTC---GCGATGATATATGGCT--GTTCCGCACCCATGT--------CT-ACGC-------TCATGCACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATT-----------------GTCGC------AATGAT--C-TATTGCTGTTCCG-CACACATGT-CCAC--GCT-----------CATG-CGTTATAAT-GACATCAGGAGTATA-A----CT----AATTGTTGCAATGATC----TATTGCTGTTCCGC---ACC---------CA----TGTCT-A---------C------GC-------TCATG--CACTATG-TTGTCATCGGGAGTA----TC-ACTAATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGCAA---TG
gi|3                          :                                                                                                                                                       aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTC---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACACATGT--------CC-ACGC-------TCATGCGTTATAATGACATCAGGAGTATAACTAATT-----------------GTTGC------AATGAT--C-TATTGCTGTTCCG-CACCCATGT-CTAC--GCT-----------CATG-CACTATGTT-GTCATCGGGAGTATC-A----CT----AATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGCAATG--ATCT-ATCGCTGTTCCGCA----CCCAT-G---TCT-A-C------GC-------TC-TT-GCACTATGTTTGTCAAATAGTGCA----TCTGTTA-TTGTAACAGTAGTG----TGTCACTA---Tatctatcgctgttccgcacccatgtctacgctcttgcactatgtttgtcaaatagtgcatctgttattgtaacagtagtgtgtcactatactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|3                          :                                                                             aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttCATCAGGAGTATAACTAATTGTT---GCAATGATCTATTGCT--GTTCCGCACCCATGT--------CT-ACGC-------TCATGCACTATGTTGTCATCGGGAGTATCACTAATTGTNNNNNNNNNNTAATTGTCGC------AATGAT--C-TATCGCTGTTCCG-CACCCATGT-CTAC--GCT-----------C-TTGCACTATGTTTGTCAAATAGTGCATCTG----TT----A-TTGTAACAGTAGTG----TGTCACTATACTGTCA-ACTG--GT---ACA----TCATT-A---AAT-GTC------GCA--ATGGTC-TG-TCAGTTTG-TTGTCAACCGGactgtcaactggtacatcattaaatgtcgcaatggtctgtcagtttgttgtcaaccggc
gi|4                          : aattatataatatttgactgatgtagctctttgaagtcacatatttgtattcatatcaatatgaattgataattcaccacacctacgttatagtcatgttcacatcaatatttgatacaactaaggtattgatacaaaaaaaggacgattcgcatattaatcagcacgtcaaaatatattcctatattgttatcagaagcatcacttattgtcgcgatgatatatggctgttccgcacccatgtctacgctcatgcactatgttgtcatcgggagtatcactaattgtcgcaatgatctattgctgttccgcacacatgtccacgctcatgcgttataatgaTCAGAAGCATCACTTATTGTCATGGCAATGATCTATCGCT--AGTCCGCACCAATGT--------C-AACGC-------TCATGCACC----TGTCAACTGGTGCATCGCTAATT-----------------GTCGC------AATGAT--C-TATCGCTATTCCA-CACCCATGT-CTGC--ACT------------------CTACGTT-GTCATCTGGTGCATT-A----CT----TATTGTCTCAATGATC----TATCTCTAT-T--TCACACC---------CA----T------------------------------GTC-TGCGCTCTATG-TTGTTAACTGGTGTA----TC-ATTAATTGTCGCAATc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tagtcatgttaatatcactatttaatacaactaaggtaatgatacaaaaataggacgtttgcaaattaatcagcacgtcaatatatatatatatatatatattgtatAATT-----------------ATCAC------AACG-T--CATATT-CTGT--CA-CA----------AT--GAC-----------C-TATCACTATGTT-GCCATCTAATGCATC-A----CT----AATTGTCGTTATTGTC----TGTTGTTGTATTGTCA-ACg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagCTGTCACAATGACC----TATCACTATGTTGCCA-TCTA--AT---GCA----TCACT-A---ATT-GTC------GTT--ATTGTC-TG-TTGTTGTA-TTGTCAACt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                             aaagtgtcaagtacaaagattgtcgaccaacattatagaacatttaatttgtacaacttggtataactcagcacagattggtatataatacggtttgacaacagaccaacctacgtcactgtcatgttcacatcactttttgatacaacagattgcaagacattgatacaaaaataggacgttttgcagaattatcacaacgtcatattGTATCACTAATA-----------------GTCTCTAATAAAATAGT--C-TGTCACTATGTTGTCAACTG-GT-GCAT--GAC-----------C-TGCCATTATGTT-GACAACAAGTGCATC-A----CT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGTCACTCTGTTTTGA-ACCT--GT---GCA----TCACC-A---GCT-GTC------GCA--ATAGTC-TG-TCACTATG-TTGTCAACCAATGCA----CC-ATTACATGTAGT-ATAA------TGTGATTA---TGT----AACA-T-TGTCAAt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T-----------C-TGTTACTATGTT-GTCAACTGGTGCATC-A----CT----AGCTGCCAC----GT-------------TGTTGTCA-ACCA--GT---GCA----TCACT-A---GCT-GTT------GCA--ATAGGC-TG-CTACCATG-TTGTCAACAGGTGCACCATTC-GCTAGCTGTCACAAAAGTC----TGATACTA---TATt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACTATGTTGTCAACTGGTGCATCACTAGCT-----------------GCCAC------G-----------TTGTTGT--CA--ACCAGTGCATCACTAGCTGTTGCAATAGGC-TGCTACCATGTT-GTCAACAGGTGCACC-ATTCGCT----AGCTGTCACAAAAGTC----TGATACTATATTGTCA-ACCA--AT---GCA----TCACT-A---ACT-GGC------ACA--TCAGTC-TA-AAACTATG-TTGTCAACCGATGCA----Ttgtcaaccaatgcatcactaactggcacatcagtctaaaactatgttgtcaaccgatgcat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tctgtt-----------C-TGCCACGTTGTT-GTCAACCAGTGCATC-A----CT----AGCTGTTGCAATAGGC----TGCTACCATGTTGTCA-ACAG--GT---GCACCATTCGCT-A---GCT-GTC------ACA--AAAGTC-TG-ATACTATA-TTGTCAACCAATGCA----TC-ACTAACTGGCACATCAGTC----TAAAACTA---TGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tctgttactatgttgtcaactggtgcatcactagTGATTCAATGTTATCGCAGGGAATACCCGAGCCCAATTGCCCAAAGATAACTCACCTTCGATAATTGTTACAGCTGTCACTGTGGCAACTTCTTTGTCAACAGTGCCTAATAATGGACTCTGTAGTGTAATACCCTCACACTTCAGGCACTCATGACCTATGACACAGAAGTATtgtcaaccgatgcat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -----------C-TGTTACTACGTT-GTCAACTGGTGCATC-A----CT----AGCTGTCGCAATAGTC----TGCCACTATATTGTGA-ACCA--GT---GCA----TCACT-A---GCT-GTT------GCA--ATAGGT-TG-CTACCATG-TTGTCAACCGGTGCACCACTC-ACTAGCTGTCACAAAAGTC----TGTGA--A---TGTAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGAAATGTCATAGTATAAAACCGGAGATAGACAATGGCATATATTTTAAAATATACGACTGATGTAGCTTGTTGAAGTCACAGCTTAGTATATAATATGAATTGACAATTTACCATACCTACCTCAGAGTCATGTTCACATCCCTATTAGATACAAC
Unaligned ( gi|18 ): TCTCAGTAATATTATTTTTGTTTTGGTATCAACTAATACTCTGCTGGGATAACATAACTAT