lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 1 1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333333 111 222222 44444444444444 88888888888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 4444444 11111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 111111111 111111111111 33333333333333333333333333333 2222222 1111111 1
lowQualScore : 000 2 33 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 666 55 666 2 444 7 8888888 3 888888 0 77 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 8888888 33 2222 33 666 22 666 0 1111111 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 1 1111111111111 1 11 111 3 888888 0 66666666666666 66 77777777777777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666 1111111 5 777 66 55 44444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 3 33 7 2 8 5 33 0 22222222222222222222222222 33 77 5555 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 444 66666 1 9999 2 9999 111111111 33 5 0 666666666666 66666 55555555555555555555555555555 22 2222222 2 0000000 2 1
lowQualScore : ... . .. .......................................................................................................................................................... . ... .. ... . ... . ....... . ...... . .. . . ................................................................................................. . . ....... .. .... .. ... .. ... . ....... . ..................................................................... . . . ............. . .. ... . ...... . .............. .. .............. ........................................................................ ... ....... . ... .. .. ..... ................................................................................................................................................... .... . .. . . . . .. . .......................... .. .. .... . ...................................................................................................................................................... ... ... ..... . .... . .... ......... .. . . ............ ..... ............................. .. ....... . ....... . .
lowQualScore : 000 9 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 111 11 333 7 777 8 4444444 1 888888 7 44 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 2 7777777 77 5555 11 999 99 888 6 8888888 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 7 5 8888888888888 3 55 111 3 333333 9 99999999999999 11 66666666666666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333 8888888 7 888 11 55 00000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 0 22 4 4 5 1 44 2 77777777777777777777777777 44 88 3333 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 777 77777 0 1111 5 9999 444444444 44 2 2 666666666666 77777 99999999999999999999999999999 88 5555555 0 0000000 0 6
consensus : ACGGTCAATGAAA---ACGCAC-C--AT-----------G------------------T--T-------G-A--TAC---T----TNTA------------T--AC--CTA-T------T-------T-T--GTCAAAA--TT--GAA--CATA--AA--AT-AA-AG-TTTA--------AA-GAGC-TTTTT-AAC-GA-ATG---GCCAATAGAAG--A-AA-CA-A------TGAAATGTGAG-ATTTTTG-T-GGAA----------TT--------------------------A----C-T--T--------TG-----T--T-----GA--A-------GGGC---GAAAATC-AAAG-------TTCACAAA--TCAGTACCGTGT--GTG--ACCAC-CG--TTTGCGTTCA-------CTAC-------C----------G------T-------------C-----------T-C--------AT--A--CTGCGAATAAGACG-TTGTATTCGGTAT--T--G-G-GG-ATGGCATTCCA-CTCTT-CAAT---AAGTCCAG--ACAA--TAACATCTGA--GTTTCTGAGACAGAACAACTTTCA---A-----GTTCTGCCCTG----GCCAGCGTTTTC-C-AGAT-T-GAGCCCTNTCGAGCNTCTA----ACNGGATC--A-------NGC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGA-TNAAC--AGCAAGGNACAG---CT--TG--CGCA-----AG-----------NA-------G---AATGC--CATC--C--C--A-TT------A-TACCG-------AATACGA---CT----------TNT--T------CG------------GTA-----------------------GT---GA----ACGC--AAACGGTG-GTCACACACGGTACTGA--TTTGTGAACTTTGATTTT--------CAC---------CCT--TC-A----A-CATTTAG---G-GC-AA--TG---AA-A-TT---C--N----ACA------A----A-----------A--------------GTCT----NA------C-----NT------G--------T--------------------A------------TT---GG---CCATTC-----GTTAAAAA-A--GC-TC-TN-AAACT-T---TA-TT--TTATGT---T-C-AN---TTT----TGACA-----AA-A----TAG--GTAN-------A--GCAGTATCA--AAATATAATGAGTATATT-----TCA-TGGTGCGTTTTCATTGACCGT
Reference ( gi|1 ) : ACGGTCAATGAAA---ACGCAC-C--AT-----------G------------------T--T-------G-A--TAC---T----TGTA------------T--AC--CTA-T------T-------T-T--GTCCAAA--TT--ATG--CATA--AA--AT-AA-AG-TTTATCTAGTCTAA-GAGC-TTTTT-AAT-AA-ATG---GCCAACAGAAG--A-A--CA-A------TGAAATGTGAG-CTTTTTG-T-GGAA----------TT--------------------------A----C-T--T--------TG-----T--T-----AA--A-------GGGC---AAATATC-AAAG-------TTCACAAA--TCAGTTCCCTGT--GTG--GCCAT-CA--TTTGCGGTCA-------CTGC-------T----------A------T-------------C-----------T-C--------AC--A--CTGCGAATAAGACG-TTGTATTCAGTAC--T--G-G-GA-ATGACATTCTC-CTCTT-CTGT---AAATCCAG--ACAG--CAGCAGCTGA--GTTTCTGAGACAGAATAAC--------G-----GTTCTGCCCTG----ACTATCGTT-------GAT-T-AAACCCTATCGAGCATCTGT---ATTGGATC--A-------CGC--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGA-CCAAC--CGTACGGCACAG---CT--TG--TGCA-----AG-----------GA-------G---AATGC--CGTC--C--C--AGTT------A-CACCG-------AATACAA---CT----------TTT--T------CG------------GTA-----------------------AT---TA----ATGC--AAATGGTG-GTCACGCACGGTACTAA--TTTGTGAACTTTAAATTT--------AAC---------CCT--TT-A----A-CATTTAG---A-AC-AA--TG---AC-A-TT---C--A----AGA------A----A-----------A--------------GTTT----AA------C-----AT------G--------T--------------------A------------TT---GG---CCATTC-----GTTAAAAA-A--GT-TC-AA-AAACT-T---TG-TT--TTGTGT---T-C-AT---TTT----TGACA-----AG-AT---TAG--GTAT-------A--GCAGTACCG--AGATATAATGAATATACT-----TCA-TGTTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|2 : ACAGTCAATGTAA---ACGCAC-C--AT-----------GAAATATATTTATTAAATTT--T-------G-A--TAC---T----GCTA------------T--AC--ATACT------T-------T-T--GTCAAGA--TT--AAA--CATA--AA--A---G-CG-TTTTT--------A-GAGCGTTTTT-TAT-GA-CTG---GCCAATAGAA
gi|22 : tgtgtgaccaccgtttgcattcactgctgtttgacatttgtgtctcatactactaacacgacgctgtatagtgtattggaggatggcaattcattgttcaataaatccagaatgacatctgagtttctgagacagaataacgttcaagttctgccctggtcgacattttttggcagatttcaatcctttcgagcatccattggaccggaagttagattacaacgggcgtcacgtgagaagcggcttgtgcaagtacaaatgccatcctccaatattaaattcaacgtcttattcacagtacgagacgcacgtgccaagcggtaatgaacgtaaacggtagtcacttacagttttaatttgagatgtACGGTCAATGATA---ACGCAC-C--AT-----------G------------------A----------A-A--TA----T----TG-A------------T--GC--TGC-T------C-------T-T--GTCAAAA--TA--TTGAACATA--AA--AT-AA-AG-TTT-------C--A-GAGT-TTTTT-AGC-AT-ATG---GCCAATAGAAG--A-AATTA-A------TGAAATGTGGG---TTTTG-T-GGAA----------TC--------------------------A----CAT--TGCCTTCACTG-----T--T-----GA--A-------GGGta
gi|17 : ggACGGTCACTGAAA---AAGCAC-T--AT-----------GAGATATACCCGTTATATTT--C-------A-A--TAC---T----GCTT------------T--AC--CTA-T------TA------T-T--GTCAAAA--TTTAACAA-CATA--AA--AT-AA-AG----A---AGTTTTT-GAAC-TTTT---GC-GA-AAG---GCCAAAAGAAG--A-A--
gi|30 : ccaagctaatgtatggtgtgcattggcaattttacttgttttcaaatgtACAGTTCACAAAA---ACGCAC-C--AT-----------G------------------G--C-------ATA--TACACAT----TGTAGTTAGATTCTGATGAAC--CTA-T------TGT-----T-T--GTCTTAA--TT--GAA--CATT--AA--AT-AA-AGATTTAcagtatttgcctaatatcattatatatcatttattgagtaatatcaatttcttcttcaatggtatttg
gi|3 : aagttcCGGTCAATAAAA---ACACATTC--AT---------------------------------T---------A--TAT---T----TTTA------------T--ACTGCTA-T------TCATAGTTT-T--GTCAAAAATTT--A-A--AATA--AA--AT-AA-AG-TTT---TAG----A-TATT-TTTTT-TGT-GA-ATT---GCCAATAGAAA--A-AA-CA-T------TGAAACGTGAT-ATTTTTG-T-AGAA----------TTTCAA----------------------AGC--C-T--TAAA-----TA-----T--T-----GA--A-------TGGC---GAAAATC-AGTG-------TTCACAAA--TCAGGAACGTGT--GTG--ACCAC-CA--ATTGCATTCA-------CTAC-------TGCTTGAC---A------T-------------CTGCGTCTCAG-T-C--------AT--A--CTGC---TATGACG-TTGTATTCA-TAA--TTGG-G-GG-ATGGCATTACA-CTCTT-CATT---AAGTGCTT--AT-G--CA--AGCTGA----TTCTcagtg
gi|13 : gtcgaggatacctagattaaccacgtccttgctctgtcctggtcagtgttttcctaagatttaagttctatcaatcaacttggacgccgggtgtacaatgggcgtcacgagagcaacagcaCGGTCGATGAAA---ACGCAC-C--AT-----------G-------------------------------A--AA-----------TA------------T--AT--TCA-T------TAAAGT--T-T--G---ATA--TT--GT---CATACAAA--ATTAACAG-TTTA--------AA-GAGC-TTTT---ATCGA-ATG---TCCAATAGAAG--A-AA-CA-T------TGAAAT-----------TG-T-GGAA----------TT--------------------------C----C-A--T--------TG-----TCTT-----AA--A-------TGTT---GAAT-------G-------GTGA-AAA--TCAGTACCGTGT--GTG--AACAC-CG--TTTACGTTCA-------CTAC-------C----------G------T-------------T-----------T---------------------------GGC--TTGTATTCGGTAT--TA-A-G-GA-ATGGCATTCCA-TTCTT-cca
gi|15 : tacaacaggcgtcacgtgatcaaaagcaggtacaaacacttatttCAGTCAATGAAA---ATACAC-C--ATAAGATATTATCG------------------T--TATATTATG-A--TAC---CGC--TATA------------T--AC--CTG-C------T-------T-T--GTCAAAA--TT--GAA--CTTG--AA--AT-CA-AG-TTTA--------AACGA---TTTTT-AAC-GA-ATA---GCCAATAGAAGAAA-A--TA-ATGAAATTGAAATGTTAG-GTTTTTG-T-GGAA----------TTCC------------------------ATCGCC-T--TAAA-----TG-----T--TTAGTGAA--G-------GGGG---AAA-ACC-AAAG-------GTAACAAA--TCAGTACATTGT--GTG--ACCAC-CG--TTTGCGTTCA-------CTAC-------T----------gc
gi|24 : gCGGTCAATGAAA---ACGCAT-C--AT-----------GAAA---------------T--T-------T-ATTTA----T----TATA------------T--AT--CTA-gcttggcaactg
gi|31 : tgtaagaccctgaacattaaattatttcagttttgacatccaaaaagtaaagcagtcGGTCAATGAAA---ACGCAC-T--AT-----------G------------------ccagtatatattaacaacatatgttatttaaaaa
gi|18 : acatgggttcagcaatatcacaatatataatgattatatgtGTCAATATAA---ACGCAC-C--ATTAAT-------A------------------TG-T-------G-A--TAC---TGG--TGTAGGGGA-------T--AC--GT--T------T-------T-T--GT-------------------A--GA--AA-AA-A----TAT------TAA-AAGC-TTTTTTAAT-GA-ATG---GCCAATAGAAG--A-A--AACA------TAAAATGTGAG-ATTTTTA-T-GGAA----------T----------------------------------T--T--------TA-----T--T-------------------GCCCTAAATGTTGAAAGGGGGAAATTCCCAAA--TCA-----------GTG--ACCAT-CG--TTTGCGTCCA-------CTAC-------C----------A------ttcagtatatttctgtaatacctaaacattataaaatgaata
gi|4 : TCAGTAAAA---ACACAC-C--AT-----------GAAATATATTCATTACATTT--T-------G-A--TAC---TGT--TTTA------------T--A----TA-T------T-------T-T--GTCAACA--TT--GAA--TATA--AA--AC-AA-AG-TT-----A----AA-AAGG-TTTTT-AAT-GA-CTG---GCCAAAAGAAG--A-AA-CA-A------TGAAATGTGAG-ACTCTTG-C-GGAA----------TTTCATTGTCTTAAATGTTGAAGGATGAA----T-T--C--------TG-----T--T-----GA--A-------GGAT---AAAAGTC-AAGG-------GTCACAAA--TCAGTACCGTGT--GTG--ACCAC-CG--TTTGCGTTCA-------CTGC-------T----------G------C-------------T-----------T-C--------AT--A--CTGCGAATAAGACA-GTGTATTCAGTAT--T--G-G-TATATGGCATTTCT-ATCTT-Ccttg
gi|14 : aggtgttcaatgcgcgcaacgcgaatcaacaacaatgaacaacttgtgcgagcactaattAATGAAA---ACGTAC-C--ATCA---------G------------------A--T---------A--TAC---TCATATGTAA-----------T--ACTGCTA-TCCCAAAT-------TGT--GTCCAAA--TG--AAA--CATA--CA--AT-TA-A-------------TAA-GAGA-TTTTA-AAC-AATGTGTTAGCCAATAGAAGG-A-A--CA-A------TGAAATATTAG-CAGTGTG-T-TAAA----------TT--------------------------G----T-C--TGCCATTAATG-----T--T-----GA--A-------AGGT---GAAAATC-AA-G-------TTCACAAT--TCAGTAAAGTGT--TTG--ACGAT-CG--TTTACGTTCA-------CTACCGTTTGGT----------A------T-------------TTCCG-------T-C--------GCTTA--CTGCCAATACAACT-TTGTATTCGGTtggtcaatgtatacaaacattaacaaaaattgttttatcttttgttatattcaaataaaccc
gi|16 : tgATGAAATACACTCAT-TTTAT-----------T------------------T--T-------G-A--TAC---T----GCTG------------T--AC--CTA-T------T-------T-TTTGTCAAAA--TT----G--AACA--AACCAT-AA-AG-T-------GT--AA-GAGC-TATTG-AAC-AA-ATA---GACAAAAGAAGA-A-A--CA-A------TGGAATCTGAG-GTTTGTG-T-GATG----------TC--------------------------AG---C-T--TAAA-----TGA----T--T-----AA--A-------GGCT---A---ACC----G-------TTCAGAAA--TCAG--GACTGT--GTGCCGTCAT-C---TTTGCGTTCA-------CTAC-------C----------G------C-------------T-----------T-G--------AC--AT-CTGCG
gi|37 : aagtcaatgttaacaaaccATGAAATGTACACAT-T--AT-----------A------------------TCAT-------A-A--TAC---T----GCTA------------T--AC--CTAGT------T-------T-T--GTCAAAtctcatactgc
gi|7 : caatgaaaacacccc-A--TAC---A----TCTA------------T--ACATTTT-T------T-------T-T--TTTTAAA--TT--GAA--CATA--AA--AT-AC-AG-TTT--------TAA--AGC-TATTT-TAC-GA-ATG---ACCAATAGAAGA-A-A--CA-A------CGAAATGTCAG-GTTTTTGTT-TCCA----------TT--------------------------G----C-C--T--------TAAATGTT--T-----AAGGA-------GGAC---A---ATC-AAAG-------TTCACAAA--TC-GTTACC-GC--ATG--TACAC-CA--TTTACGTTCA-------C-GC-------T----------ATCTACCT-------------C-----------T-C--------AT--G--CTGCGAATAAGATGATTGTTTTCGGTA--------------------TTTA-CTCTT-CAAT---AAGTCCAG----AA--TAACATTTGA--GTTTATATGACAG--TCAA--------A-----GTTCTGTTCCG----GCCCGCGTT-------T-T-T-CGGCTCTATCGCGCACCc
gi|8 : atggtcaacgtaaacttatcatgaaatgtactcgtttaattttggtacaactG--CATA--AA---T-AA-GG-CTT---TAG----A-GG----TTTT-AAC-GA-AGG---ATTAATAGAAG--A-AA-CA-A------AGAAATGTAAG-ACTTTTG-T-GGAGTGTTATAATCTT--------------------------A----CAT--T--------TG-----C------------A-------GTTG---AAA-ATC-AAAT-------TTCATAAA--TCAGTATCGTGT--GTA--GCCAC-CG--TTTGCATTCA-------TTACCACTTGGT----------A------T-------------C-----------T-CTGCGTCTGGT--A--CTTCGAATGAGACA-TTGTATCCGGTGCAAT--G-G-G--GTGTTATCCCC-CGCTT-CAAT---AAGTag
gi|25 : TT-AAG-GA-ATG---ATTAATAGAAG--A-AA-TA-A------TGAAATACGAG-ATTTT-G-T-GGAC----------TTTTCTTGC-------------------A----T-TAAT--------TG-----C--T-----GA--A-------GGCT---GAACATC-AAAG-------TTCACAAA--TCAGTACCGTGT--GTG--A-----CA--TTTGCtcgccgtgacgaggttaggttaagtactatcaaaatataatgactatatctcatattgtgtttgcattggccgtaaataaatgaagcagtagtagtagttttacgtgttataaacaaaacc
gi|10 : tgataaaacagat-AAC-AA-ATG---GCAAATACAAG--ACA--AA-A------TAAAATATGAGATTTTTTG-G-GGAA----------TTGTATTCA-------------------A----T-T--TGCCTAAG-TG-----T--T-----TA--C-------GGGT---GAAAATC-AAAG-------TTCACGAA--TCAGTACCGTGT--GAG--ACCAT-CG--TTTACGTTCA-------CTAC-------C----------G------T-------------TTTTCACCAAAGT-C--------GC--ATTCTGTGAATAAGACG-TTGCATTCGGTAT--T--GCG-GG-ATGACATTCCA-CCCTT-
gi|9 : caacaactgc-AAC-GA-ATG---GCAAATACAAG--ACA--AA-A------TAAAATATGAG-ATTTTTT-TAGGAA----------TTGTAATC--------------------A----G-T--T--------TG-----CC-T-----AA--GTGTTTACGGAT---GAAAATC-AAAG-------TTCACGAA--TCAGTACCGTGT--GAG--ATCAT-CG--TTTGTGTTCA-------CTACCGTTTTTT----------ACCAAAGT-------------C-----------G-C--------AT--A--CTGTTAATAAGACG-TTGCATTTGTTAT--TA-A-G-GG-ATGACATTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|33 : acaacaactgcaatggtg--T-----GA--A-------GGGT---GAAAATC-AAAG-------TTCACAAA--TCAGTACCATGT--GCG--AC--T-CACTTTTGCGTTCAGTACCGCTTGC-------C----------A------T-------------C-----------TGCGTCCA---AA--A--CTGCAAATAAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|6 : --A-------GGGTG--AAAT-TG-AAAG-------TTCACAAAACTCAGTAACGAGT--GTG--ACCGC-CG--TTTGC-GT---------CTGC-------T----------A----------------------------------G--------AG--A--CTGCCGACGAGACG-TTGAATCCTATAT--T--GTG-GG-ATTACA-TCTCACTCGT-CTAT---AAGTGCA
gi|5 : tcgccagacctgagctctaatgagcattgatgagaccagctcgggcggcgaatgtacaacggacgtcacgtcataaacaaaaaggcacagttaatgca-AAAG-------TTCACAGA--TCAGTACCGTTT--TTG--ACCAC-TG--CTT-TGGCC-------------------------------------T-------------C-----------T-C--------AT--G--CTGCGAATAAGACA-TTATATTCAGTAT--TG-G-G-GG-ATGGCATTCCA-CTCTcctttatttaggcattaaaattcagctcagatgcgataaaatccacttgctctttcaggaaacctttggtaagtccctgaacattattttatttcaattttgacatccaaaaagtagagcagtatatataataagtatatttcattgttggtttccattga
gi|2 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcCTGTAAGTG--ACTAC-CG--TTTACGTTCATTA----CCGC-------TTGGCACGTGCG------T-------------C-----------T-C--------GT--A--CTGTGAATAAGACG-TTGAATTTAATAT--T--G-GAGG-ATGGCATTcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|2 : tgtgtgaccaccgtttgcattcactgctgtttgacatttgtgtctcatactactaacacgacgctgtatagtgtattggaggatggcaattcattgttcaataaatccagaatgacatctgagtttctgagacagaataacgttcaagttctgccctggtcgacattttttggcagatttcaatcctttcgagcatccattggaccggaagttagattacaacgggcgtcacgtgagaagcggcttgtgcaagtacaTGT--GTG--ACCAC-CG--TTTGCATTCA-------CTGC-------T----------G------TTTGACATTTGTGTC-----------T-C--------AT--A--CTACTAACACGACG-CTGTATAGTGTAT--T--G-GAGG-ATGGCAATTCA-TTGTT-CAAT---AAATCCAG--A--A--TGACATCTGA--GTTTCTGAGACAGAATAAC--------GTTCAAGTTCTGCCCTGGTCGAC-ATTTTTTGGCA--GAT-TTCAATCCTTTCGAGCATCC-----ATTGGACCGGA-------AGT--TAGAT-TACAACGGGCGTCACGTGA--GAAG--CG---------G---CT--TG--TGCA-----AG-----------TAC------A---AATGC--CATCCTC--C--A---------A-TATTA-------AATTCAA---CG----------TCT--TATTCA-CA------------GTACGAGACGCACGTGCCAAGCGGTAAT---GA----ACGT--AAACGGTA-GTCACTTACAGTTTTAA--TTTGAGAttttaatttgagatgtttctattggccagtcataaaaaacgctctaaaaacgcttttatgtttaatcttgacaaaagtatgtatagcagtatcaaaatttaataaatatatttcatggtgcgtttacattgactgtta
gi|19 : --GTT--GCCTTGCA--TCTGCGG-CA-------C-----------------------------------------------------------------AT--A--CTGCATATTTTGCG-TTGTATATGGTAC--T--GTG-GG-ATGGCATCCCA-TTCGT-CGGTGAGAAA-CTGG--AC----CAGCTGCTGACTGTTTtgtttctattggccagtcataaaaaacgctctaaaaacgcttttatgtttaatcttgacaaaagtatgtatagcagtatcaaaatttaataaatatatttcatggtgcgtttacattgactgtta
gi|12 : tctgtgggtcaagctctgacgcagggtctacaatagtggtcatcagatccaACG-TTGT-TTCAGCAC--------------GAC--TTTC-CTAGG-CC-----ACATTCAGCAACAA--TAACGTCTGA--GTACCTGGGTCAAAACAACTTTCA---A-----GTTCTGCCCTG----GCCAGCGTTTTCGCCAGACCT-GAACCCTTTGAAGCTTTTATGCAACAAGCTC--A-------GGCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCA-TAAAC--AACAAGGCACAG---GT--AG--CGCA-----tcttgatgccaggggtggacacacatggtattgcgtctgt
gi|11 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcACG-TTGT-TTCAGCAC--------------GAC--TTTC-CTAGG-CC-----ACATTCAGCAACAA--TAACGTCTGA--GTACCTGGGTCAAAACAACTTTCA---A-----GTTCTGCCCTG----GCCAGCGTTTTCGCCAGACCT-GAACCCTTTGAAGCTTTTATGCAACAAGCTC--A-------GGCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCA-TAAAC--AACAAGGCACAG---GT--AG--CGCA-----tgctctgatagacgagtgggacgccatcccataatacagg
gi|32 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtc--T--G-G-GG-ATAACCTTCCA-CTTTCACAAT---AAGTCCAGT-ACAA--TA-CA--TGA--GTTTCTGAGATAGAACAACAACGATCAA-----GTTCTGCtgctctgatagacgagtgggacgccatcccataatacagg
gi|23 : gatactagtatatatataATTCAG--CCAGAATAACATCTGA--GTTTCTGAGACAGAATAACTTTCA---A-----GTTCTG
gi|5 : ttgcagcttagcgatacactgatgaaaacttggaaccgaacattgcctcttagaacaaagtgacgactgttttaacaaaaaaacactaacctgcGA--GTTTCTGAGACAGAATAACTT------A-----GTTCTGCCCTG----GCCAGC-TT---------T-T-AAGCCCTATCAAGCTTCT-------TGGAT------------GG--CAGGTGTACAGTGGCTGTCATGTGA-CCAACATC-TA-GGAACAG---CT--AA--TGCA-----AG-----------ac
gi|3 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctga-----GCTCTGTCCTG----GTCAGTGTTTTCCTAAGAT-TTAAGTTCTATCAATCAACT-------TGGA------------CGC--CGGGTGTACAATGGGCGTCACGAGA-GCAAC--AGCAAGAATCAG---CT--TG--CATA-----AGCACTTAATGAAGA-------GTGTAATGC--CATC--CCCC--AATTATGAATA-CAACGTCATAGCAGTATGA---CTGAGACGCAGATGT--CAAG---CA------------GTA-----------------------GT---GA----ATGC--AATTGGTG-GTCACACACGTTCCTGA--TTTGTGAACACTGATTTT--------CGC---------CAT--TC-A----A-TATTTAA---G-GC-TT--TG---AA-A-TT---C--T----ACA------A----A-----------AATATCAC-------GTTT----CA------------AT------GTTTTTTC-T--------------------A------------TT---GG---CAATTC-----ACAAAAAA-A--ATATC-TA-AAACT-T---TA-TT--TTATTT---TAA-AT---TTT----TGACA-----AA-AC---TAT--GAAT-------A--GCAGTATAA--AAATATAATGAA------------------TGTGTTTTTATTGACCGcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgccatcccccaatactgaatataatgtcttattcgcagcatgagaggccaaagcagtggtcaaaaacggtactgatctgtgaactttcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|6 : gtcgaggatacctagattaaccacgtcctt-T-GAGCTCTAATGAGCAT-TG----ATGAGACC--AGCTCGGGCGG--CGAATGTACAACGGACGTCACGTCA-TAAAC--AAAAAGGCACAG---TTAATGCATGCACTTATAGAC---------GA-------GTGAGATGT--AATC--C--C--A-CA------A-TATAG-------GATTCAA---CG----------TCTCGT------CG------------GCA-----------------------GTCTCTAGCAGACGC--AAACGGCG-GTCACACTCGTTACTGAGTTTTGTGAACTTTCAATTT--------CAC---------CCTCCTT--------TATTTAG---G--C-AT--TA---AA-A-TT---C--AGCTCAGATGCGATA----A-----------A--------------ATCC----A-------C-----TT------GC-------T--------------------C------------TTTCAGGAAACCTTTG-----GT-----A-A--GT-CC-CT-GAACA-T---TA-TT--TTAT-T---T-C-AA---TTT----TGACATCC--AA-A-----AA--GTAG-------A--GCAGTAT------ATATAATAAGTATATT-----TCATTGTTG-GTTTCCATTGAcca
gi|29 : tcgccagacc-------CGT--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGA-TTAAC--AGCAATGAACAG---CG--TG--TGTA-----AG-----------CAATTAGTGG---AATGC--CATC--C--C--
gi|4 : tctatgaaaccagcagAGGTGTTCAATGCGCGCAACGCGAATCAAC--AACAATGAACAA---CT--TG--TGCG-----AGCACTAATTGAAGATAG----A---AATGC--CATATAC--C--AAT----------ACTG-------AATACACTGTCT----------TAT--T------CGCAGTATGAAGCAGCA-----------------------GT---GA----ACGC--AAACGGTG-GTCACACACGGTACTGA--TTTGTGACCCTTGACTTTTATCCTTCAACAGAATTCATCCT--TC-A----A-CATTTAA---G-AC-AA--TG---AA-A-TT---C--C----GCA------A----G-----------A--------------GTCT----CA------C-----AT------T--------TC-------------------ATTGTTTCTTCTTTT---GG---CCAGTC-----ATTAAAAA-C--CT-TT--T-TAACT-T---TG-TT--TTATAT---T-C-AA---TGT----TGACA-----AA-A----TAT--ATAA-------A--ACAGTATCA--AAATGTAATGAATATATT-----TCA-TGGTGTGTTTTTACTGAccaatatcaaatac
gi|13 : TACAACAGGCGTCACGTGA-TCAAA--AGCA-GGTACAAACACT--TA--TTTA-----AG-----------AATG-----G---AATGC--CATT--C--C----TT------AATACCG-------AATACAA---GC----------CAA--A------CG------------GTA-----------------------GT---GA----ACGT--AAACGGTG-TTCACACACGGTACTGA--TTT--------------T--------CAC---------CAT--TC-A----A-CATTTAA---G-AC-AA--TG---GA-A-TT---C--C----ACA------ATTTCA-----------AT-------------GTTT------------C-----TT------C--------T--------------------A------------TT---GG---ACATTC-----GATAAAA-----GC-TC-TTTAAACT----------------GT---T-A-AT---TTT---------------------------GTAT-------G--ACAATATCA--AACTTTAATGAATATATT-----TCA-TGGTGCGTTTTCATCGACCGtggtcaatgtatacaaacattaacaaaaattgttttatcttttgttatattcaaataaaccc
gi|5 : --TGCAG----AG-----------TG-------G---AATGC--CATC--C--CCCAAT----------ACTG-------AATATAATGTCT----------TAT--T------CGCA----------GCA------------------------T---GAG---AGGCCAAAGCAGTG-GTCAAAAACGGTACTGA--TCTGTGAACTTTCAA-----------------------CCA--TC-A----A-CA-TCAG---AGAC-AA--TT---AA-A-TT---C--gc
gi|10 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatat-------G---AATGCAACGTC--T--T--ATTC------A-CA--G-------AATGCGA---CT----------TTGG-TGAAAAACG------------GTA-----------------------GT---GA----ACGT--AAACGATG-GTCTCACACGGTACTGA--TTCGTGAACTTTGATTTT--------CAC---------CCG--TA-A----A-CACTTAG-----GC-AAATTGAATACAA-TTCCCC--A----AAA------A----ATCTCATATTTTA--------------TTTT----GT------C-----TT------G--------T--------------------A------------TT---TG---CCATTT-----GTT
gi|9 : caacaactgcaagggtggaatgtcatcccgcaatacc---AATGCAACGTC--T--T--A-TT------A--ACAG-------TATGCGA---CT----------TTGG-TAAAAAACG------------GTA-----------------------GT---GA----ACAC--AAACGATG-ATCTCACACGGTACTGA--TTCGTGAACTTTGATTTT--------CAT---------CCG--TA-A----A-CACTTAGGCAA-ACTGA--TT---ACAA-TT---CCTA----AAA------A----A-----------ATCTCAT--------ATTT----TATTTTGTC-----TT------G--------T--------------------A------------TT---TG---CCATTC-----GTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|2 : acaacaactgcaatggtggaatgtcatcccttaataaca------CA------------GCA-----------------------GT---GA----ATGC--AAACGGTG-GTCACACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|15 : ------CA------------GTA-----------------------GT---GA----ACGC--AAACGGTG-GTCACACAATGTACTGA--TTTGTTACCTTTGGTTTT--------CCC---------CCT--TC-ACTAAA-CATTTAA---G-GC-GA--TG---GA-A-TT---C--C----ACA------A----A-----------A--------------ACCT----AA------C-----AT------T--------TCAATTTCATTATTTTCTTCTA------------TT---GG---CTATTC-----GTTAAAAATC--GT-TT-AA-A--CT-T---GA-TT--TCAAGT---T-C-AA---TTT----TGACA-----A--AG---CAG--GTAT-------ATAGCGGTATCA--TAATATAACGATAATATC-----TTA-TGGTGTATTTTCATTGACTGtttgacatttgtgtctcatactactaacacgacgctgtatagtgtattggaggatggcaattcattgttcaataaatccagaatgacatctgagtttctgagacagaataacgttcaagttctgccctggtcgacattttttggcagatttcaatcctttcgagcatccattggaccggaagttagattacaacgggcgtcacgtgagaagcggcttgtgcaagtacaaatgccatcctccaatattaaattcaacgtcttattcacagtacgagacgcacgtgccaagcggtaatgaacgtaaacggtagtcacttacagttttaatttgagatgtttctattggccagtcataaaaaacgctctaaaaacgcttttatgtttaatcttgacaaaagtatgtatagcagtatcaaaatttaataaatatatttcatggtgcgtttacattgactgtta
gi|16 : g------CG------------GTA-----------------------GT---GA----ACGC--AAA-GATG-ACGGCACACAGTCCTGA--TTTCTGAAC-----GGTT--------AGC---------C-T--TT-A----ATCATTTA----A-GC-----TG---AC-A-T----C--A----CAC------A----A-----------ACCTCAGATTCCATTGTTT------------C-----TT------C--------T--------------------T------------TT---GT---CTATTT-----GTTCAATA----GC-TC-TT-ACACT-T---TA-TG--GTTTGT---T-C-AA---TTT----TGACA-----AA-AAA--TAG--GTAC-------A--GCAGTATCA--AAATAAAATGAGTGTATT-----TCA-TGGTTTGTTAACATTGACcttggcaactg
gi|14 : aa------CG------------GTA-----------------------GT---GA----ACGT--AAACGATC-GTCAAACACTTTACTGA--ATTGTGAACTT-GATTTT--------CAC---------CTT--TC-A----A-CATTAAT---G-GC-A----G---AC-AATT---T--A----ACA------C----A-----------C--------------TGCT----AA------T-----AT------T--------TC-------------------A------------TT---GT---TCCTTCTATTGGCTAACAC-ATTGT-TT-AA-AATCTCT---TA-TTAATTGTATGTTT-C-AT---TTG-----GACA-----CA-AT---TTG--GGAT-------A--GCAGTATT-----ACATA-TGAGTATATC-----TGA-TGGTACGTTTTCATTcttgacatctgcgtctcatactgc
gi|33 : tg------CG------------GTA-----------------------CT---GA----ACGC--AAA-AGTGAGTCGCACATGGTACTGA--TTTGTGAACTTTGATTTT--------CAC---------CCT--TC-A----tttggtatttccgtcgcttactgccaatacaactttgtattcggt
gi|8 : cttatttgcagttttggacgcagatggcaagG------------GTA-----------------------AT---GA----ATGC--AAACGGTG-GCTACACACGATACTGA--TTTATGAAATTTGATTTTC-------AAC-----------T--GC-A----A--ATGTAA---G-AT-TA--TA---AC-A-CT---C--C----ACA------A----A-----------A--------------GTCT----TA------C-----ATTTCTTTG--------TTTCTTCT-------------A------------TT---AA---TCCTTC-----GTTAAAAC-----C-TC-TA-AAGCC-T---TA-TT--T-ATGC---T-C-GC---CGT-----GACG-----AG-GT---TAG--GTTA-------A--GTACTATCA--AAATATAATGACTATATC-----TCA-TATTGTGTTTGCATTGGCCGT
gi|18 : acttattgaagcgggggataacaccccattgcaccggatacaatgtctcattcgaagtaccagacgcagagataccaagtG------------GTA-----------------------GT---GG----ACGC--AAACGATG-GTCAC---------TGA--TTTGGGAA-------TTT--------CCC---------CCT--TTCA----A-CATTTAG---G-GC-AA--TA---AA-A-TT---C--C----ATA------A----A-----------A--------------ATCT----CA------CATTTTAT------GTTTTCTTCT--------------------A------------TT---GG---CCATTC-----ATTAAAAA-A--GC-T------------------TT--TAATAT---T----T---TTT----CTACA-----AA-A-----AC--GTATCCCCTACA--CCAGTATC-----ACATA----------T-----TAA-TGGTGCGTTTATATTGACaaataaatgaagcagtagtagtagttttacgtgttataaacaaaacc
gi|7 : A----ACGT--AAATGGTG---TACATGCGGTAACGA--TTTGTGAACTTTGATTGT--------CCT---------CCT--TA-A----A-CATTTAA---G-GC-AA--TG---G--A---------A----ACA------A----A-----------A--------------ACCT----GA------C-----ATTTCGTTG--------TTTCTTCT-------------A------------TT---GG---TCATTC-----G-TAAAAT-A--GC-TT-TA-AAACT-G---TA-TT--TTATGT---T-C-AA---TTTAAAAAAAAA-----AA-ATGTATAGATGTAT-------A--GTTGTACCA--AAATTAAACGAGTACATT-----TCA-TGATAAGTTTACGTTGACCATacttg
gi|25 : ----ATGC--AAATG-----TCACACACGGTACTGA--TTTGTGAACTTTGATGTT--------CAG---------CCT--TC-A----G-CAATT----------AA--TG-------------C--A----AGA------A----A-----------A--------------GTcacgctatctacctctcatgctgcgaataagatgattgttttcggtatttactcttcaataagtccagaataacatttgagtttatatgacagtcaaagttctgttccggcccgcgtttttcggctctatcgcgcaccag
gi|22 : tgataaaacagC---------CCT--TC-A----A-CAGTGAA---G-GC-AA--TG---TG-A-TT---C--C----ACA------A----A-----------ACCCAC---------ATTTCATTAATTT---C-----TT------C--------T--------------------A------------TT---GG---CCATAT-----GCTAAAAA-A---C-TC-TG-AAACT-T---TA-TT--TTATGT---T-CAATA--TTT----TGACA-----AG----------------------A--GCAGCATC-------------AATAT--T-----TCA-TGGTGCGTTATCATTGACCGTccacaaaatctcgtatttcattatttcttctattaatcattccttaa
gi|2 : gg-----------A--------------ATTT----GA------G-----AT------G--------TTTCT----------------A------------TT---GG---CCAGTC-----ATAAAAAA-C--GC-TCTAA-AAAC-------GCTT--TTATGT---T-T-AA---TCT----TGACA-----AA-AG---TAT--GTAT-------A--GCAGTATCA--AAATTTAATAAATATATT-----TCA-TGGTGCGTTTACATTGACTGT
gi|17 : tgtgtgaccaccgtttgcattcactgctgtttgacatttgtgtctcatactactaacacgacgctgtatagtgtattggaggatggcaattcattgttcaataaatccagaatgacatctgagtttctgagacagaataacgttcaagttctgccctggtcgacattttttggcagatttcaatcctttcgagcatccattggaccggaagttagattacaacgggcgtcacgtgagaagcggcttgtgcaagtacaaatgccatcctccaatattaaattcaacgtcttattcacagtacgagacgcacgtgccaagcggtaatgaacgtaaacggtagtcacttacagtttt------------TT---GG---CCTTTC-----GC---AAA-A--GT-TC-AA-AAACT-TCTTTA-TT--TTATGT---T-G-TTAAATTT----TGACA-----AT-AA---TAG--GTAA-------A--GCAGTATTG--AAATATAACGGGTATATC-----TCA-TAGTGCTTTTTCAGTGACCGTta
gi|35 : ccaagctaatgtatggtgtgcattggcaattttacttgttttcaaatgtttcttcttA-A--GT-CC-TT-GAACA-T---TA-TT--TTATCT-------AG---TTT----TGACATCCAAAA-AT---TTG-------------A--GCAGTGTCA--AAATATAATGAATATATT-----TTA-TGGTGCG--TTCAATGACCcagtatttgcctaatatcattatatatcatttattgagtaatatcaatttcttcttcaatggtatttg
gi|34 : tA-A--GT-CC-TT-GAACA-T---TA-TT--TTATCT-------AG---TTT----TGACATCCAAAA-AT---TTG-------------A--GCAGTGTCA--AAATATAATGAATATATT-----TTA-TGGTGCG--TTCAATGACC
gi|30 : tA-A--GT-TC-TA-AATCT-T---TA-TT--TAATGT---T-C-AA---TTA----AGACA-----AACAA---TAG--GTTC-------A--TCAGAATCT--AACTACAATGTGTATATG-----CCA-TGGTGCGTTTTTGTGAACTGT
gi|21 : TGTGTCG-T-C-AA---TTT----TGTCA-----AA-AA---TAG--GTAC-------G--GCATTATCT--AAATATATCAAGTATATTAATTTTCA-TGT-GCGTTTTCAATGGCcagtg
gi|24 : ctacttgtattataT---T-C-AG---TTT----TGACATCC--AA-A-----AA--GTAA-------A--GCAGTCTAG--ATATATAATAAATAAATT-----TCA-TGATGCGTTTTCATTGACCGttcgtcagtataattatatttctttatttcgtatattgcactttgttgtgcatagcgtttg
gi|37 : tgtaagaccctgaacattaaattatTT----TGACA-----AA-AC---TAG--GTAT-------A--GCAGTATTA--TGATATAATGTGTACATT-----TCA-TGGGGTGTTTTCATTGccagtatatattaacaacatatgttatttaaaaa
gi|31 : ---TGG--GTTC-------A--GCAATATCACAATATATAATGATTATATG-----TCA-TAGTGCGTTTTCATTGACCc
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACATCACGAACGATGCGGGGGGGGGGGGGGGAGTTTAATGAGACAGGGTGCCACCACAATACAACAACCCTCACAGTGGTTTAAGGAAACCTGACACCTAGGCGATACATTGATGAAATCTTGGAACCATGCGTGAGGCCCTTTCTTA
Unaligned ( gi|26 ): ACAGTTAGTGCAGGTACTGATAGACGAGCGGGATGCCATCCCACAATACAGGAATCAGTGTCACATCCGCAGTATGAGGCGTAGACGCCAGTCTGTAGTAGATGTAAACAGTTAGTG
Unaligned ( gi|27 ): CAGTTAGATCAGGTACTGATAGACGAATGGGATGCCATCCCACAATACAGGATTAATTGTCTCATCCATAGTATGAAGCGTAGATGCCAATCTGTAGTAGATGTAAACAGTTAGT
Unaligned ( gi|28 ): CAGTTAGTGCAGGTACTGATAGACGAGCGGGATGCCATCTCAAAATACAGGATTCAGCGTCTCATCCGCAGTATGAGGCGTAGATGCCAGTCTGTAGTAGATGTAAACAGT
Unaligned ( gi|36 ): AACATCACAAGATCAACAGTGCAAGCACTTATTGTAAAATGGAATGTTACCCTGAATACCGAATTCTACGTCTTA
Unaligned ( gi|38 ): TTTAGGCATTGAAATTCAGTTCAAATGCAATAAAATCCATTTGCTCTTTCATGAAACATTTGT
Unaligned ( gi|39 ): CAAACAGCTTGAACGTCAGGTGTACAAAGGATGTCAACAGCAAGAAACAGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 22222222222 11111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 2222 4444444444444444444 444444444444 1111111111 1111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222 1111111 111 333333333333333333333333333333333333 22222 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1111111111 333333333333333333333333
lowQualScore : 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 3 222 6 66666666666 5 0 11111 4 3 4 4 55555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 3 2 8888888 888888 4444444444444444444444444444444444444444444444 5 3 2 0 33 2 2 555 5 3 0 0 5 7777 888 1 77777 6666666666666666666 1 2 111111111111 4444444444 4444444 77 2 666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 3333333 9999 66 8888888 000 0 999999999999999999999999999999999999 0 66 4 777 0 66 44444 0 9999 4 66 0 3 55 1 666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 777 0 0 55 77 1 555 3 777 4 7777777777 2 222222222222222222222222 1 44 2 3 66666
lowQualScore : ........................................................... . . ... . ........... . . ..... . . . . ..... ....................................................... .. . . ....... ...... .............................................. . . . . .. . . ... . . . . . .... ... . ..... ................... . . ............ .......... ....... .. . ... .......................................................... .. ....... .... .. ....... ... . .................................... . .. . ... . .. ..... . .... . .. . . .. . ... ....................................................................... ... ... . . .. .. . ... . ... . .......... . ........................ . .. . . .....
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 333 7 00000000000 2 9 11111 4 4 4 4 66666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 3 9 7777777 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999 7 9 9 6 77 9 9 444 7 1 9 4 7 9999 888 1 88888 2222222222222222222 0 8 222222222222 5555555555 4444444 55 3 444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 9999999 4444 11 6666666 000 7 555555555555555555555555555555555555 1 11 4 888 1 11 77777 1 4444 4 11 0 7 88 0 222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 888 3 4 55 33 0 000 6 999 3 3333333333 0 666666666666666666666666 0 11 5 8 22222
consensus : ACGGTCAATGAAAACGCACCAT--GAAATATA-TCATTA-ATTTTGATA---CT--TNTAT-----AC--CTA-T------TT-TGTCNAAAT--TGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAA-CAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGA-----ATT----T---------------------AT-T--T--------T----G--------TTGAAGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGA-C-T-G-AGCCCTATCGAGCNTCT----A-ACT-GGATC--ANGC--CGGG-------TGTACAACGGGCGTCACGTGATCAACAGCAAGGNACAG---CT--TGC-----------GCA--------------AGCG-------------G-A-----ATGCCATCC--C---A-TAAT----AC--CG-------AAT---ACGA---CT----------TNT--T---CG--G-------TAGTGAACG--CAAA-CG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGAAC--TGGTTTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTCCA--CA--------A----A----A-G--TC-----TCA--------------------C------TTN--------TATT---GG---CCATTCGTTAAAAAAGT-TC--TTAAA---CTT---TATTTTATGT----T-C---AATTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
Reference ( family-3004 ) : ACGGTCAATGAAAACGCACCAT--G------------------TTGATA---CT--TNTAT-----AC--CTA-T------TT-TGTCAAAAT--TGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGCTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAA-CAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGA-----ATT--------------------------AC-T--T--------T----G--------TTGAAGGGCGAAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGA-T-T-G-AGCCCTNTCGAGCNTCT----A-ACN-GGATC--ANGC--CGGG-------TGTACAACGGGCGTCACGTGATNAACAGCAAGGNACAG---CT--TGC-----------GCA--------------AGNA-------------G-A-----ATGCCATCC--C---A-TTAT----AC--CG-------AAT---ACGA---CT----------TNT--T---CG--G-------TAGTGAACG--CAAA-CG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGAACTTTGATTTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAGGGCAATGAAATTCNA--CA--------A----A----A-G--TC-----TNA--------------------C------NTG--------TATT---GG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TNAAA---CTT---TATTTTATGT----T-C---ANTTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|1 : ACGGTCAATGAAAACGCACCAT--G------------------TTGATA---CT--TGTAT-----AC--CTA-T------TT-TGTCCAAAT--TATGCATAAAATAAAG-TTTATCTAGTCTAAGAGCTTTTTAATAAATG-----GCCAACAGAAGAA--CAATGAAATGTGAGCTTTTT-GT-GGA-----ATT--------------------------AC-T--T--------T----G--------TTAAAGGGCAAATATCAAAGTTCACAAATCAGTTCCCTGTGTGGC-CATCA-TTTGC-------GGTCAC------TGC---------------TAT-------------CT-------------CACACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CAGT--A-C-T-G-G-GAATGACATTCTCCTCTT-CTGTAAAT-CCAG--ACAGCAGCAGCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAAC------GGTTCTGCCCTGACTATCGTT------------GA-T-T-A-AACCCTATCGAGCATCT----GTATT-GGATC--ACGC--CAGG-------TGTACAACGGGCGTCACGTGACCAACCGTACGGCACAG---CT--TGT-----------GCA--------------AGGA-------------G-A-----ATGCCGTCC--C---AGTTAC----AC--CG-------AAT---ACAA---CT----------TTT--T---CG--G-------TAATTAATG--CAAA-TG---GTGGTCACGCACGGTACTAA--TTTGTGAACTTTAAATTTAACCCTTT----AA-CA--TTTAGAACAATGACATTCAA--GA--------A----A----A-G--TT-----TAA--------------------C------ATG--------TATT---GG---CCATTCGTTAAAAAAGT-TC--AAAAA---CTT---TGTTTTGTGT----T-C---ATTTTTGACA-----A-G--AT-TAGG-------TATAGCAGTACCG-AG-ATATAATGAATATA-----CTTCATGTTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|10 : AACAAATG-----GCAAATACAAGACA-AAATAAAATATGAGATTTTTTGG-GGA-----ATTGTATTCA-------------------AT-T--TGCCTAAG-T----G--------TTTACGGGTGAAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAC-CATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTCACCAAAGTCGCATTCTGTGAATAAGACG-TTGCATT-CGGT--A-T-T-GCG-GGATGACATTCCACCCTT-
gi|11 : caacaactgcT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACC-T-G-AACCCTTTGAAGCTTTTATGCA-ACA-AGCTC--AGGCAGCGAG-------TGCACAACGGATGTTACGTCATAAACAACAAGGCACAG---GT--AGC-----------GCATGCTCTGATAGACGAGTG-------------G-G-----ACGCCATCC--C---A-TAAT----AC--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACC-T-G-AACCCTTTGAAGCTTTTATGCA-ACA-AGCTC--AGGCAGCGAG-------TGCACAACGGATGTTACGTCATAAACAACAAGGCACAG---GT--AGC-----------GCATGCTCTGATAGACGAGTG-------------G-G-----ACGCCATCC--C---A-TAAT----AC--agg
gi|13 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaTACAACAGGCGTCACGTGATCAAAAGCA-GGTACAAACACT--TAT-----------TTA--------------AGAATG-----------G-A-----ATGCCATTC--C---T-TAAT----AC--CG-------AAT---ACAA---GC----------CAA--A---CG--G-------TAGTGAACG--TAAA-CG---GTGTTCACACACGGTAC----------------TGATTTTCACCATTC----AA-CA--TTTAAGACAATGGAATTCCA--CA--------ATTTCA----ATG--TT-----T----------------------C------TTC--------TATT---GG---ACATTCG--ATAAAAGC-TCT-TTAAA---C------------TGT----T-----AATTTT--------------------G-------TATGACAATATCA-AA-CTTTAATGAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATCGACCGagg
gi|14 : AATGAAAACGTACCATCAG------------------AT-ATA---CT--CATATGTAATACTGCTA-TCCCAAATTGTGTCCAAAT--GAAACATACAATTAA----TA--------A-GAGATTTTAAAC-AATGTGTTAGCCAATAGAAGGAA-CAATGAAATATTAGCAGTGT-GT-TAA-----ATT--------------------------GT-C--TGCCATTAAT----G--------TTGAAAGGTGAAAATCAA-GTTCACAATTCAGTAAAGTGTTTGAC-GATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTGGTATTTCCGTCGCTTACTGCCAATACAACT-TTGTATT-CGGT--gc
gi|15 : tg---CA--G-------TAGTGAACG--CAAA-CG---GTGGTCACACAATGTACTGA--TTTGTTACCTTTGGTTTTCCCCCTTCACTAAA-CA--TTTAAGGCGATGGAATTCCA--CA--------A----A----A-A--CC-----TAACATTTCAATTTCATTATTTTC------TTC--------TATT---GG---CTATTCGTTAAAAA----TCGTTTAAA---CTT---GATTTCAAGT----T-C---AATTTTGACA-----A-A--G--CAGGTA-----TATAGCGGTATCA-TA-ATATAACGATAATA-----TCTTATGGTGTATTTTCATTGACTG
gi|16 : g---CG--G-------TAGTGAACG--CAAA--G---ATGACGGCACACAGTCCTGA--TTTCTGAAC---GGTT---AGCCTTT----AATCA--TTTAAG-C--TGACATCACA--CA--------A----ACCTCA-GATTCCATTGTTT--------------------C------TTC--------TTTT---GT---CTATTTGTTCAATA-GC-TC--TTACA---CTT---TATGGTTTGT----T-C---AATTTTGACA-----A-A--AAATAGG-------TACAGCAGTATCA-AA-ATAAAATGAGTGTA-----TTTCATGGTTTGTTAACATTGACcttggcaactg
gi|17 : aa--CA--------A----A----T-G--TT-----T----------------------C------TTC--------TTTT---GG---CCTTTCGC---AAAAGT-TC--AAAAA---CTTCTTTATTTTATGT----T-GTTAAATTTTGACA-----ATA--A--TAGG-------TAAAGCAGTATTG-AA-ATATAACGGGTATA-----TCTCATAGTGCTTTTTCAGTGACCGTcttgacatctgcgtctcatactgc
gi|18 : ccaagctaatgtatggtgtgcattggcaattttacttgttttG--G-------TAGTGGACG--CAAA-CG---ATGGTCAC---------TGA--TTTGGGAA------TTTCCCCCTTTC----AA-CA--TTTAGGGCAATAAAATTCCA--TA--------A----A----A-A--TC-----TCA--------------------CATTTT-ATGTTTTCTTCTATT---GG---CCATTCATTAAAAAAGC-TT--TTAA----------TATTTT----------------TTCT-ACA-----A-A--A---ACGTATCCCCTACACCAGTATC-----ACATA---------------TTAATGGTGCGTTTATATTGACcagtatttgcctaatatcattatatatcatttattgagtaatatcaatttcttcttcaatggtatttg
gi|19 : CAATACCATGTGTGTC-CACCC-CTGGCATCAAGAGTTGCC------TTG---------------CAT-------------CTGCGGCA-------CATACTGCATATTTTGCG-TTGTATA-TGGT--A-C-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CGGTGAGacttg
gi|2 : tctgtgggtcaagctctgacgcagggtctacaatagtggtcatcagatccaaaacagtcagcagctggtccagtttTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------ATTCAC------TGC---------------TGTTTGACATTTGTGTCT-------------CATACTACTAACACGACG-CTGTATA-GTGT--A-T-T-G-GAGGATGGCAATTCATTGTT-CAATAAAT-CCAG--A--ATGACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACGTTC-AAGTTCTGCCCTGGTCGACATTTT--TTGGC--AGA-T-T-TCAATCCTTTCGAGCATCC----A--TT-GGACCGGAAGT--TAGA-------T-TACAACGGGCGTCACGTGA------G-AAG---CGG---CT--TGT-----------GCA--------------AGTAC------------A-A-----ATGCCATCCTCC---A---AT----AT--TA-------AATTCAACGT---CT----------TAT--T---CA----------CAGT--ACG---AGA-CGCACGTG--C-CAAGCGGTAATGA--AC-GTAAAC---GGTAGTCAC--TT------A-CAGTTTTA----------ATTTGA------------G----A----T-G--TT-----TC---------------------------------------TATT---GG---CCAGTCATAAAAAACGC-TC--TAAAAACGCTT---T----TATGT----T-T---AATCTTGACA-----A-A--AG-TATG-------TATAGCAGTATCA-AA-ATTTAATAAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTACATTGACTGTcgtctgt
gi|21 : A---CTTG--TATTATATGTGTCGT-C---AATTTTGTCA-----A-A--AA-TAGG-------TACGGCATTATCT-AA-ATATATCAAGTATATTAATTTTCAT-GTGCGTTTTCAATGGCta
gi|22 : ctACGGTCAATGATAACGCACCAT--GAAATA-------------TTGATG---CT--GCT----------------------CT-TGTCAAAATATTGAACATAAAATAAAG-TTTC--------A-GAGTTTTTTAGCATATG-----GCCAATAGAAGAAATTAATGAAATGTGGG--TTTT-GT-GGA-----ATC--------------------------ACAT--TGCCTTCACT----G--------TTGAAGGGttcgtcagtataattatatttctttatttcgtatattgcactttgttgtgcatagcgtttg
gi|23 : gg-CCAG--A--ATAACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTTTC-AAGTTCTG
gi|24 : ttgcagcttagcgatacactgatgaaaacttggaaccgaacattgcctcttagaacaaagtgacgactgttttaacaaaaaaacactaacctgcattcagAAGA-CC--CTGAA---CAT---TAAATTAT-T----T-C---AGTTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAAAGCAGTCTAG-AT-ATATAATAAATAAA-----TTTCATGATGCGTTTTCATTGACCGac
gi|25 : tgtTTAAGGAATG-----ATTAATAGAAGAAA-TAATGAAATACGAGATTTT--GT-GGA-----CTTTTCTTGC-------------------AT-TAAT--------T----G--------CTGAAGGCTGAACATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGA-----CA-TTTGC-------ATccagtatatattaacaacatatgttatttaaaaa
gi|26 : tgataaaacagGC-------GT---C------TAC----------------GC-------------CT-------------CATACTGCGGATGTGACA-CTG-ATTCCTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAAC
gi|27 : acaACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGATTGGCATCTA--CGC-------------TT-------------CATACTATGGATGAGACAATTA-ATC-CTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CTATCAGT-cagtctgtagtagatgtaaacagttagtg
gi|28 : cagttagatcaggtACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGACTGGCATCTA--CGC-------------CT-------------CATACTGCGGATGAGACG-CTGAATC-CTGT--ATT-T-T-G-AGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAACtagt
gi|29 : caGT--CAGG-------TGTACAACGGGCGTCACGTGATTAACAGCAATGAACAG---CG--TGT-----------GTA--------------AGCAATTAGTG------G-A-----ATGCCATCC--C---C-CAAT----AT--CA-------AAT---AC
gi|3 : tctatgaaaccagcagcGCTCTGTCCTGGTCAGTGTTTT--C---CTAAGA-T-TTA-AGTTCTATCAA---TC-----A-ACTTGGA-----CGC--CGGG-------TGTACAATGGGCGTCACGAGAGCAACAGCAAGAATCAG---CT--TGC-----------ATA--------------AGCACTTAATGAAGAGTGTA-----ATGCCATCC--CCCAA-TTATGAATACAACGTCATAGCAGT---ATGA---CTGAGACGCAGATGT--CAAGCA--G-------TAGTGAATG--CAAT-TG---GTGGTCACACACGTTCCTGA--TTTGTGAACACTGATTTTCGCCATTC----AA-TA--TTTAAGGCTTTGAAATTCTA--CA--------A----A----A-A--TA-----TCA--------------------CGTTTCAATGTTTTTTC-TATT---GG---CAATTCACAAAAAAAATATC--TAAAA---CTT---TATTTTATTT----TAA---ATTTTTGACA-----A-A--AC-TATG-------AATAGCAGTATAA-AA-ATATAATGA-----------------ATGTGTTTTTATTGACCG
gi|30 : gtcgaggatacctagattaaccacgtccttAAGT-TC--TAAAT---CTT---TATTTAATGT----T-C---AATTAAGACA-----A-ACAA--TAGG-------TTCATCAGAATCT-AA-CTACAATGTGTATA-----TGCCATGGTGCGTTTTTGTGAACTGTcca
gi|31 : --A--TGGG-------TTCAGCAATATCACAATATATAATGATTATA-----TGTCATAGTGCGTTTTCATTGACCcagtg
gi|32 : acT--A-TAT-G-G-GGATAACCTTCCACTTTCACAATAAGT-CCAGT-ACAATA-CAT--GAGTTTCTGAGATAGAACAACAACGATC-AAGTTCTGCttcagtatatttctgtaatacctaaacattataaaatgaata
gi|33 : gatactagtatataTGAAGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCATGTGCGACTCACT--TTTGC-------GTTCAG------TAC---------------CGC-------------TTGC-----------CAT-CTGCG
gi|34 : cttatttgcagttttggaAAGT-CC--TTGAA---CAT---TATTTTATCT----------AGTTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|35 : tAAGT-CC--TTGAA---CAT---TATTTTATCT----------AGTTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|36 : tTAAGACG-TAGAATT-CGGT--A-T-T-C-A-GGGTAACATTCCATTTTA-CAATAAGT-
gi|37 : aacatcacaagatcaacagtgcaagcTTTGACA-----A-A--AC-TAGG-------TATAGCAGTATTA-TG-ATATAATGTGTACA-----TTTCATGGGGTGTTTTCATTG
gi|39 : --ACGT--CAGG-------TGTACAAAGGATGTC--------AACAGCAAGAAACAG---Cc
gi|4 : caaacagcttgaTCAGTAAAAACACACCAT--GAAATATATTCATTACATTTTGATA---CTGTTTTAT-----A----TA-T------TT-TGTCAACAT--TGAATATAAAACAAAG-TT-A--------AAAAGGTTTTTAATGACTG-----GCCAAAAGAAGAAA-CAATGAAATGTGAGACTCTT-GC-GGA-----ATTTCATTGTCTTAAATGTTGAAGGATGAAT-T--C--------T----G--------TTGAAGGATAAAAGTCAAGGGTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TGC---------------TGC-------------TT-------------CATACTGCGAATAAGACA-GTGTATT-CAGT--A-T-T-G-GTATATGGCATTTCTATCTT-CAATTAGT-
gi|5 : aggtgttcaatgcgcgcaacgcgaatcaacaacaatgaacaacttgtgcgagcGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTT----AGTTCTGCCCTGGCCAGC---TT-------------T-T-A-AGCCCTATCAAGCTTCT--------T-GGAT-----GG--CAGG-------TGTACAGTGGCTGTCATGTGACCAACATCTAGGAACAG---CT--AAT-----------GCA--------------AGCA-------------tggtcaatgtatacaaacattaacaaaaattgttttatcttttgttatattcaaataaaccc
gi|5 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgaAACATCTAGGAACAG---CTAATGCAAGCACATATTGCAG-------------AGTG-------------G-A-----ATGCCATCC--C---C-CAAT----AC--TG-------AAT---ATAATGTCT----------TAT--T---CGCAG-------CA-TGAGAGGCCAAAGCA---GTGGTCAAAAACGGTACTGA--TCTGTGAAC------TTTCAACCATC----AA-CA--TCAGAGACAATTAAATTCcatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgccatcccccaatactgaatataatgtcttattcgcagcatgagaggccaaagcagtggtcaaaaacggtactgatctgtgaactttcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|5 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncAAAGTTCACAGATCAGTACCGTTTTTGAC-CACTGCTTTG---------------------GC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGACA-TTATATT-CAGT--A-T-TGG-G-GGATGGCATTCCACTCTG-CAATATGT-
gi|6 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagc--C---C--AGA-CCT-G-AGCTCTAATGAGCAT-T----G-ATG-AGACC--AGCT--CGGGCGGCGAATGTACAACGGACGTCACGTCATAAACAAAAAGGCACAG---TTAATGCAT---------GCACTTAT---------AGAC-------------G-AGTGAGATGTAATCC--C---A-CAAT----AT--AG-------GAT---TCAA---CG----------TCTCGT---CG--GCAGTCTCTAGCAGACG--CAAA-CG---GCGGTCACACTCGTTACTGAGTTTTGTGAACTTTCAATTTCACCCTCC----TT-TA--TTTA-GGCATTAAAATTCAGCTCAGATGCGATA----A----A-A--TC------CA--------------------C------TTGC-------TCTTTCAGGAAACCTTTGGT-----AAGT-CC--CTGAA---CAT---TATTTTAT-T----T-C---AATTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAGAGCAGTAT------ATATAATAAGTATA-----TTTCATTGTTGGTTTCCATTGAcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|7 : tcgATA---CA--TCTAT-----ACATTTT-T------TT-TTTTTAAAT--TGAACATAAAATACAG-TTTT--------AA-AGCTATTTTACGAATG-----ACCAATAGAAGAAA-CAACGAAATGTCAGGTTTTT-GT-TTCC----ATT--------------------------GC-C--T--------TAAATG--------TTTAAGGAGGACAATCAAAGTTCACAAATCGTTACCGCATGTA---CACCA-TTTAC-------GTTCACGCTATCTAC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGATGATTGTTTT-CGGT--A-T-T----------------TACTCTT-CAATAAGT-CCAG----AATAACATTTGAGTTTATATGACAG-----------TCAAAGTTCTGTTCCGGCCCGCGTTTT--T---C------------GGCTCTATCGCGCACC
gi|8 : atggtcaacgtaaacttatcatgaaatgtactcgtttaattttggtacaactACGGCCAATGCAAACACAATAT--GAGATATAGTCATTATATTTTGATAGTACT--TA--------AC--CTAAC------CT-CGTCACGGC---GAGCATAAA-TAAGGCTTTA--------GAGG---TTTTAACGAAGG-----ATTAATAGAAGAAA-CAAAGAAATGTAAGACTTTT-GT-GGAGTGTTATA--------------------------AT-C--T--------T----ACAT-----TTGCAGT-TGAAAATCAAATTTCATAAATCAGTATCGTGTGTAGC-CACCG-TTTGC-------ATTCAT------TACCACTTGGTATCTCTGCGT-------------CT-------------GGTACTTCGAATGAGACA-TTGTATC-CGGTGCA-A-T-G-G-GG-TGTTATCCCCCGCTT-CAATAAGT-ag
gi|9 : AACGAATG-----GCAAATACAAGACA-AAATAAAATATGAGATTTTT-TTAGGA-----ATTGTAATC--------------------AG-T--T--------T----GCCTAAGTGTTTACGGATGAAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAT-CATCG-TTTGT-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTTACCAAAGTCGCATACTGTTAATAAGACG-TTGCATT-TGTT--A-T-TAA-G-GGATGACATTCCACaaataaatgaagcagtagtagtagttttacgtgttataaacaaaacc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACATCACGAACGATGCGGGGGGGGGGGGGGGAGTTTAATGAGACAGGGTGCCACCACAATACAACAACCCTCACAGTGGTTTAAGGAAACCTGACACCTAGGCGATACATTGATGAAATCTTGGAACCATGCGTGAGGCCCTTTCTTA
Unaligned ( gi|38 ): TTTAGGCATTGAAATTCAGTTCAAATGCAATAAAATCCATTTGCTCTTTCATGAAACATTTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 222222222 3333333333 33333333333 11111 33333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 2222 4444444444444444 5555555555 11 88888888888888888888888888888888888888888888 2222222222 1111111 33333333333333333333 1111111 44444444444444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 333333333333333333333333
lowQualScore : 1 1 22 7777777777 0 0 000000000 11 3 9999999999 8 0 0 8 0 88888888888 1 3 0 22222 0 5 5 4 00000000000000000000000000000000000000000 777 4 88888888888888888 3 2 8888888 888888 4444444444444444444444444444444444444444444444 5 3 2 0 33 2 2 555 5 3 0 0 5 7777 1 888 1 77777 8888888888888888 0 2 1111111111 8888888 66 0 99999 7777777 44 2 555 55 44444444444444444444444444444444444444444444 4 1111111111 55 6666666 888 2 66666666666666666666 6666666 1 0 888 1 66 66666666666666 0 9999 4 66 1 55 9999 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 777 777 6 1 2 55555 444 777 3 222222222 33 2 666666666666666666666666 1 33 44444 4 55555
lowQualScore : . . .. .......... . . ......... .. . .......... . . . . . ........... . . . ..... . . . . ......................................... ... . ................. . . ....... ...... .............................................. . . . . .. . . ... . . . . . .... . ... . ..... ................ . . .......... ....... .. . ..... ....... .. . ... .. ............................................ . .......... .. ....... ... . .................... ....... . . ... . .. .............. . .... . .. . .. .... ................................................................. .. ... ... . . . ..... ... ... . ......... .. . ........................ . .. ..... . .....
lowQualScore : 0 4 66 6666666666 6 8 000000000 88 2 0000000000 8 6 8 0 8 66666666666 0 5 2 55555 2 0 0 4 77777777777777777777777777777777777777777 888 8 00000000000000000 3 9 7777777 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999 7 9 9 6 77 9 9 444 7 1 9 4 7 9999 4 888 1 88888 9999999999999999 8 8 7777777777 8888888 55 4 22222 7777777 66 2 888 00 77777777777777777777777777777777777777777777 0 3333333333 55 2222222 888 7 22222222222222222222 2222222 4 2 888 4 99 00000000000000 1 4444 4 11 9 88 4444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 000 000 0 4 9 66666 777 333 3 222222222 77 7 777777777777777777777777 0 22 00000 5 99999
consensus : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACT-CATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTAAT--------TTTGTCCAAATCGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T---T----TA-----------TG---TTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTC---C--AGACCT-G-AGCCCTATCGAGCNTCTATG--ACC-GGATC--ANGC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACA--G----CAA--GGCACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCC------A-C-AATAC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGAAC--T--GGT----TTTCACCCTTCA----A-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC----CACA------AA----A-----G-TTT-------------CA-T-TTT-------C-------------TT-CTATT---GG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANA--GCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
Reference ( family-3004 ) : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATA-T-CATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTA-T--------TTTGTCNAAATTGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T---T----T------------TG---TTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTC---C--AGAC-T-G-AGCCCTATCGAGCNTCTA----ACT-GGATC--ANGC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACA--G----CAA--GGNACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCC------A-T-AATAC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGAAC--T--GGT----TTTCACCCTTCA----A-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC----CACA------AA----A-----G-TCT-------------CA-------------C-------------TT-NTATT---GG---CCATTCGTTAAAAAAGT-TC--TT-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANA--GCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|1 : ACGGTCAATGAAAACGCACCATG--------------------TTGATA---C--T--TGTATACCTA-T--------TTTGTCCAAATTATGCATAAAATAAAG-TTTATCTAGTCTAAGAGCTTTTTAATAAATG-----GCCAACAGAAGAA-CAATGAAATGTGAGCTTTTT-GT-GGAAT-T-------------A-----C---T----T------------TG---TTAAAGGGCA-----------------AATATCAAAGTTCACAAATCAGTTCCCTGTGTGGC-CATCA-TTTGC-------GGTCAC------TGC---------------TAT-------------CT-------------CACACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CAGT--A-C-T-G-G-GAATGACATTCTCCTCTT-CTGTAAAT-CCAG--ACAGCAGCAGCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAAC------GGTTCTGCCCTGACTATCGTT----------GAT-T-A-AACCCTATCGAGCATCTGT---ATT-GGATC--ACGC--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGACC---AACC--G----TAC--GGCACAG---CT--TG----T--G-CA--------------AG--G--------------A-GAATGCCGTCCC------AGT-TACAC--CG-------AAT---ACAACT----------TTT--T---CGG-------TAATTAATGCAAATG---GTGGTCACGCACGGTACTAA--TTTGTGAACTTT--AAA----TTTAACCCTTTA----A-CA--TTTAGAACAATGACATTC----AAGA------AA----A-----G-TTT-------------AA-------------C-------------AT-GTATT---GG---CCATTCGTTAAAAAAGT-TC--AA-AAA---CTT---TGTTTTGTGT----TC---A--T-TTTTGACA-----A-G--AT-TAGG-------TATA--GCAGTACCG-AG-ATATAATGAATATA-----CTTCATGTTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|10 : AACAAATG-----GCAAATACAAGACAAAATAAAATATGAGATTTTTTGG-GGAAT-TG-----T------A-----T---T----CAATTTGCCTAAGTG---TTTACGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAC-CATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTCACCAAAGTCGCATTCTGTGAATAAGACG-TTGCATT-CGGT--A-T-T-GCG-GGATGACATTCCACCCTT-
gi|11 : caacaactgcT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC-C--AGACCT-G-AACCCTTTGAAGCTTTTATGCAACA-AGCTC--AGGCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACA--A----CAA--GGCACAG---GT--AG----C--G-CATGCTCTGATAGACGAG--T--------------G-GGACGCCATCCC------A-T-AATAC--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC-C--AGACCT-G-AACCCTTTGAAGCTTTTATGCAACA-AGCTC--AGGCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACA--A----CAA--GGCACAG---GT--AG----C--G-CATGCTCTGATAGACGAG--T--------------G-GGACGCCATCCC------A-T-AATAC--agg
gi|13 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaTACAACAGGCGTCACGTGATC---AAAA--G----CA---GGTACAAACACT--TA----T--T-TA--------------AGAAT--------------G-GAATGCCATTCC------T-T-AATAC--CG-------AAT---ACAAGC----------CAA--A---CGG-------TAGTGAACGTAAACG---GTGTTCACACACGGTACTGA--TTT--------------------TCACCATTCA----A-CA--TTTAAGACAATGGAATTC----CACA------A-------------TTT-------------CAATGTTT-------C-------------TT-CTATT---GG---ACATTCGATAAAA--GC-TC--TTTAAA---CT------------GT----T----A--A-TTTTG---------------------------TATG--ACAATATCA-AA-CTTTAATGAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATCGACCGagg
gi|14 : AATGAAAACGTACCATCAGATATACT-CAT----ATGT-AATA---C--T--GCTATCCCAAAT--------TGTGTCCAAATGAAACATACAATTAA----TA--------A-GAGATTTTAAAC-AATGTGTTAGCCAATAGAAGGAACAATGAAATATTAGCAGTGT-GT-TAAAT-TGTCTGCC------A-----T---T----AA-----------TG---TTGAAAGGTG-----------------AAAATCAA-GTTCACAATTCAGTAAAGTGTTTGAC-GATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTGGTATTTCCGTCGCTTACTGCCAATACAACT-TTGTATT-CGGT--gc
gi|15 : tg---CAG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACAATGTACTGA--TTTGTTACC--TTTGGT----TTTCCCCCTTCACTAAA-CA--TTTAAGGCGATGGAATTC----CACA------AA----A-----A-CCTAACATTTCAATTTCATTATTTT------C-------------TT-CTATT---GG---CTATTCGTTAAAAA----TCGTTT-AAA---CTT---GATTTCAAGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--G--CAGG-------TATATAGCGGTATCA-TA-ATATAACGATAATA-----TCTTATGGTGTATTTTCATTGACTG
gi|16 : g---CGG-------TAGTGAACGCAAA-G---ATGACGGCACACAGTCCTGA--TTTCTGAAC-----GGT----T---AGCCTTTA----ATCA--TTTAAG-C--TGACATCA----CACA------AACCTCA-----GATTC-------------CATTGTTT-------C-------------TT-CTTTT---GT---CTATTTGTTCAATA-GC-TC--TT-ACA---CTT---TATGGTTTGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--AAATAGG-------TACA--GCAGTATCA-AA-ATAAAATGAGTGTA-----TTTCATGGTTTGTTAACATTGACcttggcaactg
gi|17 : aaCA------AA----T-----G-TTT-------------C----------------------------TT-CTTTT---GG---CCTTTCGC---AAAAGT-TC--AA-AAA---CTTCTTTATTTTATGT----TGTTAA--A-TTTTGACA-----ATA--A--TAGG-------TAAA--GCAGTATTG-AA-ATATAACGGGTATA-----TCTCATAGTGCTTTTTCAGTGACCGTcttgacatctgcgtctcatactgc
gi|18 : ccaagctaatgtatggtgtgcattggcaattttacttgttttGG-------TAGTGGACGCAAACG---ATGGTCAC---------TGA--TTTGGGAA--------T----TTCCCCCTTTCA----A-CA--TTTAGGGCAATAAAATTC----CATA------AA----A-----A-TCT-------------CACATTTTATGTTTTC-------------TT-CTATT---GG---CCATTCATTAAAAAAGC-TT--TT-AA----------TATTTT------------------TTCT-ACA-----A-A--A---ACGTATCCCCTACA--CCAGTATC-----ACATA---------------TTAATGGTGCGTTTATATTGACcagtatttgcctaatatcattatatatcatttattgagtaatatcaatttcttcttcaatggtatttg
gi|19 : --ACGC--AGGGTCTACAATAGTGGTCATCAGATCCAAAACA--GTCAGCAGCTGGTCCAG---TT--TCTCACC--GACG--------------AA--T--------------G-GGATGCCATCCC------A-C-AGTAC--CA-------TAT---ACAACacttg
gi|19 : tctgtgggtcaagctctgCAATACCATGTGTGTC-CACCC-CTGGCATCAAGAGTTGCC------TTG---------------CAT-------------CTGCGGCA-------CATACTGCATATTTTGCG-TTGTATA-TGGT--A-C-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CGGTGAGgcaaaatatgcagtatgtgccgcagatgcaaggcaactcttgatgccaggggtggacacacatggtattgcgtctgt
gi|2 : tctgtgggtcaagctctgacgcagggtctacaatagtggtcatcagatccaaaacagtcagcagctggtccagtttTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------ATTCAC------TGC---------------TGTTTGACATTTGTGTCT-------------CATACTACTAACACGACG-CTGTATA-GTGT--A-T-T-G-GAGGATGGCAATTCATTGTT-CAATAAAT-CCAG--A--ATGACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACGTTC-AAGTTCTGCCCTGGTCGACATTTTTTGGC--AGAT-T-TCAATCCTTTCGAGCATCCA-----TT-GGACCGGAAGT--TAGAT-TACAACGGGCGTCACGTGA-----------G-----AA--G---CGG---CT--TG----T--G-CA--------------AG--T--------------ACAAATGCCATCCT------C-C-AATAT--TA-------AATTCAACGTCT----------TAT--T---CA--------CAGT--ACG-AGACGCACGTG--C-CAAGCGGTAATGA--AC-GTAAAC-----GGT----AGTCAC--TT------A-CAGTTTTAATT---TGAGAT----------------------------G-T--------------------------------------------TT-CTATT---GG---CCAGTCATAAAAAACGC-TC--TA-AAAACGCTT---T----TATGT----TT---A--A-TCTTGACA-----A-A--AG-TATG-------TATA--GCAGTATCA-AA-ATTTAATAAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTACATTGACTGTcgtctgt
gi|21 : A---CTTG--TATTATATGTGTCGTC---A--A-TTTTGTCA-----A-A--AA-TAGG-------TACG--GCATTATCT-AA-ATATATCAAGTATATTAATTTTCAT-GTGCGTTTTCAATGGCta
gi|22 : ctCCCTTCA----A-CA--GTGAAGGCAATGTGATTC----CACA------AA----ACCCACA-TTT-------------CATTAATTT------C-------------TT-CTATT---GG---CCATATGCTAAAAAA-C-TC--TG-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---AATA-TTTTGACA-------------------------AGA--GCAGCATCA---------------ATA-----TTTCATGGTGCGTTATCATTGACCGTttcgtcagtataattatatttctttatttcgtatattgcactttgttgtgcatagcgtttg
gi|23 : gg-CCAG--A--ATAACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTTTC-AAGTTCTG
gi|24 : ttgcagcttagcgatacactgatgaaaacttggaaccgaacattgcctcttagaacaaagtgacgactgttttaacaaaaaaacactaacctgcattcagAAGA-CC--CT-GAA---CAT---TAAATTAT-T----TC---A--G-TTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAAA--GCAGTCTAG-AT-ATATAATAAATAAA-----TTTCATGATGCGTTTTCATTGACCGac
gi|25 : tgtTTAAGGAATG-----ATTAATAGAAGAAATAATGAAATACGAGATTTT--GT-GGACT-T------TTCTTGCA-----T---TAA--T------------TG---CTGAAGGCTG-----------------AACATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGA-----CA-TTTGC-------ATccagtatatattaacaacatatgttatttaaaaa
gi|26 : tgataaaacagGC-------GT---C------TAC----------------GC-------------CT-------------CATACTGCGGATGTGACA-CTG-ATTCCTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAAC
gi|27 : acaACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGATTGGCATCTA--CGC-------------TT-------------CATACTATGGATGAGACAATTA-ATC-CTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CTATCAGT-cagtctgtagtagatgtaaacagttagtg
gi|28 : cagttagatcaggtACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGACTGGCATCTA--CGC-------------CT-------------CATACTGCGGATGAGACG-CTGAATC-CTGT--ATT-T-T-G-AGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAACtagt
gi|29 : caGT--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATT---AACA--G----CAA--TGAACAG---CG--TG----T--G-TA--------------AG--CAATTAGT-------G-GAATGCCATCCC------C-C-AATAT--CA-------AAT---AC
gi|3 : tctatgaaaccagcagcGCTCTGTCCTGGTCAGTGTTTTC---CTAAGAT-TTA-AGTTCTATCAA---TC-A----ACTTGGA-----CGC--CGGGTGTACAATGGGCGTCACGAGAGC---AACA--G----CAA--GAATCAG---CT--TG----C--A-TA--------------AG--CACTTAATGAAGAGTG-TAATGCCATCCCCCAATTA-TGAATACAACGTCATAGCAGT---ATGACTGAGACGCAGATGT--CAAGCAG-------TAGTGAATGCAATTG---GTGGTCACACACGTTCCTGA--TTTGTGAACACT--GAT----TTTCGCCATTCA----A-TA--TTTAAGGCTTTGAAATTC----TACA------AA----A-----A-TAT-------------CA-------------CGTTTCAATGTTTTTT-CTATT---GG---CAATTCACAAAAAAAATATC--TA-AAA---CTT---TATTTTATTT----TA---A--ATTTTTGACA-----A-A--AC-TATG-------AATA--GCAGTATAA-AA-ATATAATGA-----------------ATGTGTTTTTATTGACCG
gi|30 : gtcgaggatacctagattaaccacgtccttAAGT-TC--TA-AAT---CTT---TATTTAATGT----TC---A--A-TTAAGACA-----A-ACAA--TAGG-------TTCA--TCAGAATCT-AA-CTACAATGTGTATA-----TGCCATGGTGCGTTTTTGTGAACTGTcca
gi|31 : --A--TGGG-------TTCA--GCAATATCACAATATATAATGATTATA-----TGTCATAGTGCGTTTTCATTGACCcagtg
gi|32 : acT--A-TAT-G-G-GGATAACCTTCCACTTTCACAATAAGT-CCAGT-ACAATA-CAT--GAGTTTCTGAGATAGAACAACAACGATC-AAGTTCTGCttcagtatatttctgtaatacctaaacattataaaatgaata
gi|33 : gatactagtatataTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCATGTGCGACTCACT--TTTGC-------GTTCAG------TAC---------------CGC-------------TTGC-----------CAT-CTGCG
gi|34 : cttatttgcagttttggaAAGT-CC--TT-GAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGA--GCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|35 : tAAGT-CC--TT-GAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGA--GCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|36 : tCATCACAAGATC---AACAGTG----CAA---GCACTT---AT--TG----T--A--A--------------AA--T--------------G-GAATGTTACCCT------G---AATAC--CG-------AAT---TCTACG----------TCT--T---
gi|36 : aaTAAGACG-TAGAATT-CGGT--A-T-T-C-A-GGGTAACATTCCATTTTA-CAATAAGT-a
gi|37 : aacatcacaagatcaacagtgcaagcTTTGACA-----A-A--AC-TAGG-------TATA--GCAGTATTA-TG-ATATAATGTGTACA-----TTTCATGGGGTGTTTTCATTG
gi|39 : --ACGT--CAGGTGTACAAAGGATGTCA-----------ACA--G----CAA--GAAACAG---Cc
gi|4 : caaacagcttgaTCAGTAAAAACACACCATGAAATATA-TTCATT-ACATTTTGATA---C--TGTTTTATA--TA-T--------TTTGTCAACATTGAATATAAAACAAAG-TT-A--------AAAAGGTTTTTAATGACTG-----GCCAAAAGAAGAAACAATGAAATGTGAGACTCTT-GC-GGAAT-T------TC-----A-----T---TG---TCTTAAA------TG---TTGAAGGATGAATTCTGTTGAAGGATAAAAGTCAAGGGTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TGC---------------TGC-------------TT-------------CATACTGCGAATAAGACA-GTGTATT-CAGT--A-T-T-G-GTATATGGCATTTCTATCTT-CAATTAGT-
gi|5 : aggtgttcaatgcgcgcaacgcgaatcaacaacaatgaacaacttgtgcgagcGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTT----AGTTCTGCCCTGGCCAGC--TTT------------T-A-AGCCCTATCAAGCTTCT-------T-GGAT-----GG--CAGGTGTACAGTGGCTGTCATGTGACC---AACA--T----CTA--GGAACAG---CT--AA----T--G-CA--------------AG--C--------------tggtcaatgtatacaaacattaacaaaaattgttttatcttttgttatattcaaataaaccc
gi|5 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgaGAAT-T------T------A-----A---T----TGTCTCTGA----TG---TTGATGGTTG-----------------AAA------GTTCACAGATCAGTACCGTTTTTGAC-CACTGCTTTG---------------------GC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGACA-TTATATT-CAGT--A-T-TGG-G-GGATGGCATTCCACTCTG-CAATATGT-acatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgccatcccccaatactgaatataatgtcttattcgcagcatgagaggccaaagcagtggtcaaaaacggtactgatctgtgaactttcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|6 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcC---C--AGACCT-G-AGCTCTAATGAGCATTGATGAGACC-AGCTC--GGGCGGCGAATGTACAACGGACGTCACGTCATA---AACA--A----AAA--GGCACAG---TTAATG----CATG-CACTTATAGACG----AG--T--------------G-AGATGTAATCCC------A-C-AATAT--AG-------GAT---TCAACG----------TCTCGT---CGGCAGTCTCTAGCAGACGCAAACG---GCGGTCACACTCGTTACTGAGTTTTGTGAAC--T----TTCAATTTCACCCTCCT----T-TA--TTT-AGGCATTAAAATTCAGCTCAGATGCGATAA----A-----A-TC--------------CA-------------C-------------TTGCTCTTTCAGGAAACCTTTGGT-----AAGT-CC--CT-GAA---CAT---TATTTTAT-T----TC---A--A-TTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAGA--GCAGTAT------ATATAATAAGTATA-----TTTCATTGTTGGTTTCCATTGA
gi|7 : tcgATGGTCAACGTAAACTTATCATGAAATGTACT-CGTTTA-ATTTTGGTA---CAAC--TATACATCTA-TACATTTTTTTTTTTTAAATTGAACATAAAATACAG-TTTT--------AA-AGCTATTTTACGAATG-----ACCAATAGAAGAAACAACGAAATGTCAGGTTTTT-GT-T---T-C------C------A-----T---TGCCTTAAA---------TG---TTTAAGGAGG-----------------ACAATCAAAGTTCACAAATCGTTACCGCATGTA---CACCA-TTTAC-------GTTCACGCTATCTAC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGATGATTGTTTT-CGGT--A-T-T----------------TACTCTT-CAATAAGT-CCAG----AATAACATTTGAGTTTATATGACAG-----------TCAAAGTTCTGTTCCGGCCCGCGTTTTT---C-----------GGCTCTATCGCGCACC
gi|8 : ACGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGT-CATT-ATATTTTGATAGTAC--T--TA---ACCTAAC--------CTCGTC-ACGGCGAGCATAAA-TAAGGCTTTA----------GAGGTTTT-AACGAAGG-----ATTAATAGAAGAAACAAAGAAATGTAAGACTTTT-GT-GGAGTGT------T------A-----TAATC----T------------TACATTTGCAGT-TG-----------------AAAATCAAATTTCATAAATCAGTATCGTGTGTAGC-CACCG-TTTGC-------ATTCAT------TACCACTTGGTATCTCTGCGT-------------CT-------------GGTACTTCGAATGAGACA-TTGTATC-CGGTGCA-A-T-G-G-GG-TGTTATCCCCCGCTT-CAATAAGT-ag
gi|9 : AACGAATG-----GCAAATACAAGACAAAATAAAATATGAGATTTTT-TTAGGAAT-TG-----T------AATCAGT---T----TGCCTAAG-----TG---TTTACGGATG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAT-CATCG-TTTGT-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTTACCAAAGTCGCATACTGTTAATAAGACG-TTGCATT-TGTT--A-T-TAA-G-GGATGACATTCCACaaataaatgaagcagtagtagtagttttacgtgttataaacaaaacc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACATCACGAACGATGCGGGGGGGGGGGGGGGAGTTTAATGAGACAGGGTGCCACCACAATACAACAACCCTCACAGTGGTTTAAGGAAACCTGACACCTAGGCGATACATTGATGAAATCTTGGAACCATGCGTGAGGCCCTTTCTTA
Unaligned ( gi|38 ): TTTAGGCATTGAAATTCAGTTCAAATGCAATAAAATCCATTTGCTCTTTCATGAAACATTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333 222222222 1111 22222 33333333333 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 2222 33333333333333 444444444444444444444444 1111 88888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1111111 33333333333333333333 1111111 4444444444444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111 444444444444444444444444
lowQualScore : 1 1 22 3 0000 0 0 000000000 11 1 4444 55555 0 4 0 8 0 88888888888 1 3 0 22222 0 5 5 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222 4 1 0 2 88888888888888888 3 2 8888888 888888 4444444444444444444444444444444444444444444444 5 3 2 0 33 2 2 555 5 3 0 0 5 7777 1 888 1 77777 44444444444444 2 0 1 999999999999999999999999 0 99999 1111 44 44 555 55 44444444444444444444444444444444444444444444 4 777 3333333 55 6666666 888 2 66666666666666666666 6666666 1 0 888 1 66 2222222222222222 0 9999 4 66 1 55 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 6 1 44 44444 444 77777 3 222222222 33 2 000000000000000000000000 1 44444 4 55555
lowQualScore : . . .. . .... . . ......... .. . .... ..... . . . . . ........... . . . ..... . . . . ................................................. . . . . ................. . . ....... ...... .............................................. . . . . .. . . ... . . . . . .... . ... . ..... .............. . . . ........................ . ..... .... .. .. ... .. ............................................ . ... ....... .. ....... ... . .................... ....... . . ... . .. ................ . .... . .. . .. ............................................................... ... . . .. ..... ... ..... . ......... .. . ........................ . ..... . .....
lowQualScore : 0 4 22 2 2222 6 8 000000000 88 0 8888 22222 6 6 8 0 8 66666666666 0 5 2 55555 2 0 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888 4 6 8 3 00000000000000000 3 9 7777777 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999 7 9 9 6 77 9 9 444 7 1 9 4 7 9999 4 888 1 88888 11111111111111 2 8 0 333333333333333333333333 4 22222 7777 66 11 888 00 77777777777777777777777777777777777777777777 0 777 0000000 55 2222222 888 7 22222222222222222222 2222222 4 2 888 4 99 4444444444444444 1 4444 4 11 9 88 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 0 4 44 66666 777 66666 3 222222222 77 7 000000000000000000000000 0 00000 5 99999
consensus : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTA---ATTTTGTCC----AAATCGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T----T----T-------A-----------T-GTTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCATCTAT--G--A--CCGGATCAN-GC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG----CAA--GGCACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCCN-CAAT-------AC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--AC--TGGT----TTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAA----A-------G-TTTC---------A---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
Reference ( family-3004 ) : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTA---ATTTTGTCC----AAATCGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T----T----T-------A-----------T-GTTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCNTCTAT--G--A--CCGGATCAN-GC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG----CAA--GGCACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCCA-CAAT-------AC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--AC--TGGT----TTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAA----A-------G-TTTC---------A---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|1 : ACGGTCAATGAAAACGCACCATG-------------------TTGATA---C--T--TGTATACCTA----TTTTGTCC----AAATTATGCATAAAATAAAG-TTTATCTAGTCTAAGAGCTTTTTAATAAATG-----GCCAACAGAAGAA-CAATGAAATGTGAGCTTTTT-GT-GGAAT-T-------------A-----C----T----T-------------------T-GTTAAAGGGCA-----------------AATATCAAAGTTCACAAATCAGTTCCCTGTGTGGC-CATCA-TTTGC-------GGTCAC------TGC---------------TAT-------------CT-------------CACACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CAGT--A-C-T-G-G-GAATGACATTCTCCTCTT-CTGTAAAT-CCAG--ACAGCAGCAGCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAAC------GGTTCTGCCCTGACTATCGTT------------GA-TTAAACCCTATCGAGCATCTGT-----A--TTGGATCAC-GC--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGACC---AACCG----TAC--GGCACAG---CT--TG----T--G-CA--------------AG--G--------------A-GAATGCCGTCCCAGTTAC-------AC--CG-------AAT---ACAACT----------TTT--T---CGG-------TAATTAATGCAAATG---GTGGTCACGCACGGTACTAA--TTTGTGA--ACTTTAAA----TTTAACCCTTT----AA-CA--TTTAGAACAATGACATTC--A---------AGAAA----A-------G-TTTA---------A-------------------CATGTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGT-TC--AA-AAA---CTT---TGTTTTGTGT----TC---A--T-TTTTGACA-----A-G--AT-TAGG-------TATAGCAGTACCG-AG-ATATAATGAATATA-----CTTCATGTTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|10 : AACAAATG-----GCAAATACAAGACAAAATAAAATATGAGATTTTTTGG-GGAAT-TG-----T------A-----T----T----C-------AATTTGCCTAAGT-GTTTACGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAC-CATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTCACCAAAGTCGCATTCTGTGAATAAGACG-TTGCATT-CGGT--A-T-T-GCG-GGATGACATTCCACCCTT-
gi|11 : caacaactgcT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACCTGAACCCTTTGAAGCTTTTAT--GCAA--CAAGCTCAG-GCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACAA----CAA--GGCACAG---GT--AG----C--G-CATGCTCTGATAGACGAG--T--------------G-GGACGCCATCCCA-TAAT-------AC--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACCTGAACCCTTTGAAGCTTTTAT--GCAA--CAAGCTCAG-GCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACAA----CAA--GGCACAG---GT--AG----C--G-CATGCTCTGATAGACGAG--T--------------G-GGACGCCATCCCA-TAAT-------AC--agg
gi|13 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaTACAACAGGCGTCACGTGATC---AAAAG----CA---GGTACAAACACT--TA----T--T-TA--------------AGAAT--------------G-GAATGCCATTCCT-TAAT-------AC--CG-------AAT---ACAAGC----------CAA--A---CGG-------TAGTGAACGTAAACG---GTGTTCACACACGGTACTGA--TTT--------------------TCACCATTC----AA-CA--TTTAAGACAATGGAATTC--C---------ACAA---------------TTTC---------AA--------TGT---T--TCTTCTATTGG---ACATTCGATAAAA--GC-TC--TTTAAA---CT------------GT----T----A--A-TTTTG---------------------------TATGACAATATCA-AA-CTTTAATGAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATCGACCGagg
gi|14 : AATGAAAACGTACCATCAGATATACTCAT----ATGT-AATA---C--T--GCTATCCCAA---ATTGTGTCC----AAATGAAACATACAATTAA----TA--------A-GAGATTTTAAAC-AATGTGTTAGCCAATAGAAGGAACAATGAAATATTAGCAGTGT-GT-TAAAT-TGTCTGCC------A-----T----T----A-------A-----------T-GTTGAAAGGTG-----------------AAAATCAA-GTTCACAATTCAGTAAAGTGTTTGAC-GATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTGGTATTTCCGTCGCTTACTGCCAATACAACT-TTGTATT-CGGT--gc
gi|15 : tg---CAG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACAATGTACTGA--TTTGTTA--CCTTTGGT----TTTCCCCCTTCACTAAA-CA--TTTAAGGCGATGGAATTC--C---------ACAAA----AACCTAACA-TTTCAATTTCATTA---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CTATTCGTTAAAAA----TCGTTT-AAA---CTT---GATTTCAAGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--G--CAGGTA-----TATAGCGGTATCA-TA-ATATAACGATAATA-----TCTTATGGTGTATTTTCATTGACTG
gi|16 : g---CGG-------TAGTGAACGCAAA-G---ATGACGGCACACAGTCCTGA--TTTCTGA--AC---GGT----T---AGCCTTT----AATCA--TTTAAG-C--TGACATCA--C---------ACAAACCTCA-------GATTCC---------A---------T-TGT-T--TCTTCTTTTGT---CTATTTGTTCAATA-GC-TC--TT-ACA---CTT---TATGGTTTGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--AAATAGG-------TACAGCAGTATCA-AA-ATAAAATGAGTGTA-----TTTCATGGTTTGTTAACATTGACcttggcaactg
gi|17 : aa-T---T--TCTTCTTTTGG---CCTTTCGC---AAAAGT-TC--AA-AAA---CTTCTTTATTTTATGT----TGTTAA--A-TTTTGACA-----ATA--A--TAGG-------TAAAGCAGTATTG-AA-ATATAACGGGTATA-----TCTCATAGTGCTTTTTCAGTGACCGTcttgacatctgcgtctcatactgc
gi|18 : ccaagctaatgtatggtgtgcattggcaattttacttgttttcaaatgGG-------TAGTGGACGCAAACG---ATGGTCAC---------TGA--TTTGGGA--A------T----TTCCCCCTTTC----AA-CA--TTTAGGGCAATAAAATTC--C---------ATAAA----A-------A-TCTC---------ACATTTTATGT-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCATTAAAAAAGC-TT--TT-AA----------TATTTT------------------TTCT-ACA-----A-A--A---ACGTATCCCCTACACCAGTATC-----ACATA---------------TTAATGGTGCGTTTATATTGACcagtatttgcctaatatcattatatatcatttattgagtaatatcaatttcttcttcaatggtatttg
gi|19 : AC-GC--AGGGTCTACAATAGTGGTCATCAGATCCAAAACAGTCAGCAGCTGGTCCAG---TT--TCTCACC--GACG--------------AA--T--------------G-GGATGCCATCCCA-CAGT-------AC--CA-------TAT---ACAACacttg
gi|19 : tctgtgggtcaagctctgCAATACCATGTGTGTC-CACCC-CTGGCATCAAGAGTTGCC------TTG---------------CAT-------------CTGCGGCA-------CATACTGCATATTTTGCG-TTGTATA-TGGT--A-C-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CGGTGAGgcaaaatatgcagtatgtgccgcagatgcaaggcaactcttgatgccaggggtggacacacatggtattgcgtctgt
gi|2 : tctgtgggtcaagctctgacgcagggtctacaatagtggtcatcagatccaaaacagtcagcagctggtccagtttTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------ATTCAC------TGC---------------TGTTTGACATTTGTGTCT-------------CATACTACTAACACGACG-CTGTATA-GTGT--A-T-T-G-GAGGATGGCAATTCATTGTT-CAATAAAT-CCAG--A--ATGACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACGTTC-AAGTTCTGCCCTGGTCGACATTTT--TTGGC--AGATTTCAATCCTTTCGAGCATCCATTGG--A--CCGGA---A-GT--TAGAT-TACAACGGGCGTCACGTGA---------G-----AA--G---CGG---CT--TG----T--G-CA--------------AG--T--------------ACAAATGCCATCCTC-CAAT-------AT--TA-------AATTCAACGTCT----------TAT--T---CA--------CAGT--ACG-AGACGCACGTG--C-CAAGCGGTAATGA--AC-GTAA--AC---GGT----AGTCAC--TT------A-CAGTTTTAATT---TGAGAT-------------------------------G-TTTC---------------------------------TATTGG---CCAGTCATAAAAAACGC-TC--TA-AAAACGC-------TTTTATGT----TT---A--A-TCTTGACA-----A-A--AG-TATG-------TATAGCAGTATCA-AA-ATTTAATAAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTACATTGACTGTcgtctgt
gi|21 : A---CTTG--TATTATATGTGTCGTC---A--A-TTTTGTCA-----A-A--AA-TAGG-------TACGGCATTATCT-AA-ATATATCAAGTATATTAATTTTCAT-GTGCGTTTTCAATGGCta
gi|22 : ctCCCTTC----AA-CA--GTGAAGGCAATGTGATTC--C---------ACAAA----ACCCAC--A-TTTC---------A---------T-TAATT--TCTTCTATTGG---CCATATGCTAAAAAA-C-TC--TG-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---AATA-TTTTGACA-------------------------AGAGCAGCATCA---------------ATA-----TTTCATGGTGCGTTATCATTGACCGTttcgtcagtataattatatttctttatttcgtatattgcactttgttgtgcatagcgtttg
gi|23 : gg-CCAG--A--ATAACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTTTC-AAGTTCTG
gi|24 : ttgcagcttagcgatacactgatgaaaacttggaaccgaacattgcctcttagaacaaagtgacgactgttttaacaaaaaaacactaacctgcattcagAAGA-CC--CT-GAA---CAT---TAAATTAT-T----TC---A--G-TTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAAAGCAGTCTAG-AT-ATATAATAAATAAA-----TTTCATGATGCGTTTTCATTGACCGac
gi|25 : tgtTTAAGGAATG-----ATTAATAGAAGAAATAATGAAATACGAGATTTT--GT-GGACT-T------TTCTTGCA-----T----T----A-------A-----------TTGCTGAAGGCTG-----------------AACATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGA-----CA-TTTGC-------ATccagtatatattaacaacatatgttatttaaaaa
gi|26 : tgataaaacagGC-------GT---C------TAC----------------GC-------------CT-------------CATACTGCGGATGTGACA-CTG-ATTCCTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAAC
gi|27 : acaACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGATTGGCATCTA--CGC-------------TT-------------CATACTATGGATGAGACAATTA-ATC-CTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CTATCAGT-cagtctgtagtagatgtaaacagttagtg
gi|28 : cagttagatcaggtACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGACTGGCATCTA--CGC-------------CT-------------CATACTGCGGATGAGACG-CTGAATC-CTGT--ATT-T-T-G-AGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAACtagt
gi|29 : caTCTAT--G--AAACCAG--CAGCGT--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATT---AACAG----CAA--TGAACAG---CG--TG----T--G-TA--------------AG--CAATTAGT-------G-GAATGCCATCCCC-CAAT-------AT--CA-------AAT---AC
gi|3 : GCTCTGTCCTGGTCAGTGTTTT--C---CTAAGATTTAAGTTCTATCAATCAACT-----------TGGA---C-GC--CGGGTGTACAATGGGCGTCACGAGAGC---AACAG----CAA--GAATCAG---CT--TG----C--A-TA--------------AG--CACTTAATGAAGAGTG-TAATGCCATCCCC-CAATTATGAATACAACGTCATAGCAGT---ATGACTGAGACGCAGATGT--CAAGCAG-------TAGTGAATGCAATTG---GTGGTCACACACGTTCCTGA--TTTGTGAACAC--TGAT----TTTCGCCATTC----AA-TA--TTTAAGGCTTTGAAATTC--T---------ACAAA----AATATCACG-TTTCA--------A---------TGT---T--TTTTCTATTGG---CAATTCACAAAAAAAATATC--TA-AAA---CTT---TATTTTATTT----TA---A--ATTTTTGACA-----A-A--AC-TATG-------AATAGCAGTATAA-AA-ATATAATGA-----------------ATGTGTTTTTATTGACCG
gi|30 : gtcgaggatacctagattaaccacgtccttAAGT-TC--TA-AAT---CTT---TATTTAATGT----TC---A--A-TTAAGACA-----A-ACAA--TAGG-------TTCATCAGAATCT-AA-CTACAATGTGTATA-----TGCCATGGTGCGTTTTTGTGAACTGTcca
gi|31 : --A--TGGG-------TTCAGCAATATCACAATATATAATGATTATA-----TGTCATAGTGCGTTTTCATTGACCcagtg
gi|32 : acT--A-TAT-G-G-GGATAACCTTCCACTTTCACAATAAGT-CCAGT-ACAATA-CAT--GAGTTTCTGAGATAGAACAACAACGATC-AAGTTCTGCttcagtatatttctgtaatacctaaacattataaaatgaata
gi|33 : gatactagtatataTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCATGTGCGACTCACT--TTTGC-------GTTCAG------TAC---------------CGC-------------TTGC-----------CAT-CTGCG
gi|34 : cttatttgcagttttggaAAGT-CC--TT-GAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|35 : tAAGT-CC--TT-GAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|36 : tCATCACAAGATC---AACAGTG--CAA--G-CACTT---AT--TG----T--A--A--------------AA--T--------------G-GAATGTTACCCTG--AAT-------AC--CG-------AAT---TCTACG----------TCT--T---
gi|36 : aaTAAGACG-TAGAATT-CGGT--A-T-T-C-A-GGGTAACATTCCATTTTA-CAATAAGT-a
gi|37 : aacatcacaagatcaacagtgcaagcTTTGACA-----A-A--AC-TAGG-------TATAGCAGTATTA-TG-ATATAATGTGTACA-----TTTCATGGGGTGTTTTCATTG
gi|39 : AC-GT--CAGGTGTACAAAGGATGTCA-----------ACAG----CAA--GAAACAG---Cc
gi|4 : caaacagcttgaTCAGTAAAAACACACCATGAAATATATTCATT-ACATTTTGATA---C--TGTTTTATAT------ATTTTGTCA----ACATTGAATATAAAACAAAG-TT-A--------AAAAGGTTTTTAATGACTG-----GCCAAAAGAAGAAACAATGAAATGTGAGACTCTT-GC-GGAAT-T------TC-----A-----T----TG---TCTTAA--A-----------T-GTTGAAGGATGAATTCTGTTGAAGGATAAAAGTCAAGGGTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TGC---------------TGC-------------TT-------------CATACTGCGAATAAGACA-GTGTATT-CAGT--A-T-T-G-GTATATGGCATTTCTATCTT-CAATTAGT-
gi|5 : aggtgttcaatgcgcgcaacgcgaatcaacaacaatgaacaacttgtgcgagcGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTT----AGTTCTGCCCTGGCCAGC--TTT--------------TAAGCCCTATCAAGCTTCT-----------TGGAT----GG--CAGGTGTACAGTGGCTGTCATGTGACC---AACAT----CTA--GGAACAG---CT--AA----T--G-CA--------------AG--C--------------tggtcaatgtatacaaacattaacaaaaattgttttatcttttgttatattcaaataaaccc
gi|5 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgaGAAT-T------T------A-----A----T----TGTCTCTGA-----------T-GTTGATGGTTG-----------------AAA------GTTCACAGATCAGTACCGTTTTTGAC-CACTGCTTTG---------------------GC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGACA-TTATATT-CAGT--A-T-TGG-G-GGATGGCATTCCACTCTG-CAATATGT-acatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgccatcccccaatactgaatataatgtcttattcgcagcatgagaggccaaagcagtggtcaaaaacggtactgatctgtgaactttcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|6 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagc--C---C--AGACCTGAGCTCTAATGAGCATTGAT--G--AGACCAGCTCGG-GCGGCGAATGTACAACGGACGTCACGTCATA---AACAA----AAA--GGCACAG---TTAATG----CATG-CACTTATAGACG----AG--T--------------G-AGATGTAATCCCA-CAAT-------AT--AG-------GAT---TCAACG----------TCTCGT---CGGCAGTCTCTAGCAGACGCAAACG---GCGGTCACACTCGTTACTGAGTTTTGTGA--AC--T--TTCAATTTCACCCTCC----TT-TA--TTT-AGGCATTAAAATTCAGCTCAGATGCGATAAA----A----------TCC---------A---------C-T---TGCTCTTTCA--GGAAACCTTTGGT-----AAGT-CC--CT-GAA---CAT---TATTTTAT-T----TC---A--A-TTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAGAGCAGTAT------ATATAATAAGTATA-----TTTCATTGTTGGTTTCCATTGA
gi|7 : tcgATGGTCAACGTAAACTTATCATGAAATGTACTCGTTTA-ATTTTGGTA---CAAC--TATACATCTATACATTTTTTTTTTTTAAATTGAACATAAAATACAG-TTTT--------AA-AGCTATTTTACGAATG-----ACCAATAGAAGAAACAACGAAATGTCAGGTTTTT-GT-T---T-C------C------A-----T----TGCCTT-------AAA---------T-GTTTAAGGAGG-----------------ACAATCAAAGTTCACAAATCGTTACCGCATGTA---CACCA-TTTAC-------GTTCACGCTATCTAC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGATGATTGTTTT-CGGT--A-T-T----------------TACTCTT-CAATAAGT-CCAG----AATAACATTTGAGTTTATATGACAG-----------TCAAAGTTCTGTTCCGGCCCGCGTTTT--T---C---------GGCTCTATCGCGCACC
gi|8 : ACGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGTCATT-ATATTTTGATAGTAC--T--TA---ACCTA---ACCTCGTC-----ACGGCGAGCATAAA-TAAGGCTTTA----------GAGGTTTT-AACGAAGG-----ATTAATAGAAGAAACAAAGAAATGTAAGACTTTT-GT-GGAGTGT------T------A-----TAATCT----T-------A-----------C-ATTTGCAGTTG-----------------AAAATCAAATTTCATAAATCAGTATCGTGTGTAGC-CACCG-TTTGC-------ATTCAT------TACCACTTGGTATCTCTGCGT-------------CT-------------GGTACTTCGAATGAGACA-TTGTATC-CGGTGCA-A-T-G-G-GG-TGTTATCCCCCGCTT-CAATAAGT-ag
gi|9 : AACGAATG-----GCAAATACAAGACAAAATAAAATATGAGATTTTT-TTAGGAAT-TG-----T------AATCAGT----T----T-------GCCTAAG-----T-GTTTACGGATG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAT-CATCG-TTTGT-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTTACCAAAGTCGCATACTGTTAATAAGACG-TTGCATT-TGTT--A-T-TAA-G-GGATGACATTCCACaaataaatgaagcagtagtagtagttttacgtgttataaacaaaacc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACATCACGAACGATGCGGGGGGGGGGGGGGGAGTTTAATGAGACAGGGTGCCACCACAATACAACAACCCTCACAGTGGTTTAAGGAAACCTGACACCTAGGCGATACATTGATGAAATCTTGGAACCATGCGTGAGGCCCTTTCTTA
Unaligned ( gi|38 ): TTTAGGCATTGAAATTCAGTTCAAATGCAATAAAATCCATTTGCTCTTTCATGAAACATTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333 222222222 1111 22222 33333333333 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 2222 33333333333333 444444444444444444444444 1111 88888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1111111 33333333333333333333 1111111 4444444444444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111 444444444444444444444444
lowQualScore : 1 1 22 3 0000 0 0 000000000 11 1 4444 55555 0 4 0 8 0 88888888888 1 3 0 22222 0 5 5 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222 4 1 0 2 88888888888888888 3 2 8888888 888888 4444444444444444444444444444444444444444444444 5 3 2 0 33 2 2 555 5 3 0 0 5 7777 1 888 1 77777 44444444444444 2 0 0 999999999999999999999999 0 555 1111 44 44 555 55 44444444444444444444444444444444444444444444 4 55 3333333 55 6666666 888 2 66666666666666666666 6666666 1 0 888 1 66 2222222222222222 0 9999 4 66 1 55 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 6 1 44 44444 444 77777 3 222222222 33 2 000000000000000000000000 1 44444 4 55555
lowQualScore : . . .. . .... . . ......... .. . .... ..... . . . . . ........... . . . ..... . . . . ................................................. . . . . ................. . . ....... ...... .............................................. . . . . .. . . ... . . . . . .... . ... . ..... .............. . . . ........................ . ... .... .. .. ... .. ............................................ . .. ....... .. ....... ... . .................... ....... . . ... . .. ................ . .... . .. . .. ............................................................... ... . . .. ..... ... ..... . ......... .. . ........................ . ..... . .....
lowQualScore : 0 4 22 2 2222 6 8 000000000 88 0 8888 22222 6 6 8 0 8 66666666666 0 5 2 55555 2 0 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888 4 6 8 3 00000000000000000 3 9 7777777 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999 7 9 9 6 77 9 9 444 7 1 9 4 7 9999 4 888 1 88888 11111111111111 2 8 8 333333333333333333333333 4 888 7777 66 11 888 00 77777777777777777777777777777777777777777777 0 00 0000000 55 2222222 888 7 22222222222222222222 2222222 4 2 888 4 99 4444444444444444 1 4444 4 11 9 88 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 0 4 44 66666 777 66666 3 222222222 77 7 000000000000000000000000 0 00000 5 99999
consensus : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTA---ATTTTGTCC----AAATCGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T----T----T-------A-----------T-GTTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCATCTAT--G--A--CCGGATCAN-GC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG----CAA--GGCACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCC-NCAAT-------AC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--AC--TGGT----TTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAA----A-------G-TTTC---------A---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
Reference ( family-3004 ) : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTA---ATTTTGTCC----AAATCGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T----T----T-------A-----------T-GTTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCATCTAT--G--A--CCGGATCAN-GC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG----CAA--GGCACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCC-NCAAT-------AC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--AC--TGGT----TTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAA----A-------G-TTTC---------A---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|1 : ACGGTCAATGAAAACGCACCATG-------------------TTGATA---C--T--TGTATACCTA----TTTTGTCC----AAATTATGCATAAAATAAAG-TTTATCTAGTCTAAGAGCTTTTTAATAAATG-----GCCAACAGAAGAA-CAATGAAATGTGAGCTTTTT-GT-GGAAT-T-------------A-----C----T----T-------------------T-GTTAAAGGGCA-----------------AATATCAAAGTTCACAAATCAGTTCCCTGTGTGGC-CATCA-TTTGC-------GGTCAC------TGC---------------TAT-------------CT-------------CACACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CAGT--A-C-T-G-G-GAATGACATTCTCCTCTT-CTGTAAAT-CCAG--ACAGCAGCAGCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAAC------GGTTCTGCCCTGACTATCGTT------------GA-TTAAACCCTATCGAGCATCTGT-----A--TTGGATCAC-GC--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGACC---AACCG----TAC--GGCACAG---CT--TG----T--G-CA--------------AG--G--------------A-GAATGCCGTCCCAGTTAC-------AC--CG-------AAT---ACAACT----------TTT--T---CGG-------TAATTAATGCAAATG---GTGGTCACGCACGGTACTAA--TTTGTGA--ACTTTAAA----TTTAACCCTTT----AA-CA--TTTAGAACAATGACATTC--A---------AGAAA----A-------G-TTTA---------A-------------------CATGTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGT-TC--AA-AAA---CTT---TGTTTTGTGT----TC---A--T-TTTTGACA-----A-G--AT-TAGG-------TATAGCAGTACCG-AG-ATATAATGAATATA-----CTTCATGTTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|10 : AACAAATG-----GCAAATACAAGACAAAATAAAATATGAGATTTTTTGG-GGAAT-TG-----T------A-----T----T----C-------AATTTGCCTAAGT-GTTTACGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAC-CATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTCACCAAAGTCGCATTCTGTGAATAAGACG-TTGCATT-CGGT--A-T-T-GCG-GGATGACATTCCACCCTT-
gi|11 : caacaactgcT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACCTGAACCCTTTGAAGCTTTTAT--GCAA--CAAGCTCAG-GCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACAA----CAA--GGCACAG---GT--AG----C--G-CATGCTCTGATAGACGAG--T--------------G-GGACGCCATCCC-ATAAT-------AC--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACCTGAACCCTTTGAAGCTTTTAT--GCAA--CAAGCTCAG-GCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACAA----CAA--GGCACAG---GT--AG----C--G-CATGCTCTGATAGACGAG--T--------------G-GGACGCCATCCC-ATAAT-------AC--agg
gi|13 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaTACAACAGGCGTCACGTGATC---AAAAG----CA---GGTACAAACACT--TA----T--T-TA--------------AGAAT--------------G-GAATGCCATTCC-TTAAT-------AC--CG-------AAT---ACAAGC----------CAA--A---CGG-------TAGTGAACGTAAACG---GTGTTCACACACGGTACTGA--TTT--------------------TCACCATTC----AA-CA--TTTAAGACAATGGAATTC--C---------ACAA---------------TTTC---------AA--------TGT---T--TCTTCTATTGG---ACATTCGATAAAA--GC-TC--TTTAAA---CT------------GT----T----A--A-TTTTG---------------------------TATGACAATATCA-AA-CTTTAATGAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATCGACCGagg
gi|14 : AATGAAAACGTACCATCAGATATACTCAT----ATGT-AATA---C--T--GCTATCCCAA---ATTGTGTCC----AAATGAAACATACAATTAA----TA--------A-GAGATTTTAAAC-AATGTGTTAGCCAATAGAAGGAACAATGAAATATTAGCAGTGT-GT-TAAAT-TGTCTGCC------A-----T----T----A-------A-----------T-GTTGAAAGGTG-----------------AAAATCAA-GTTCACAATTCAGTAAAGTGTTTGAC-GATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTGGTATTTCCGTCGCTTACTGCCAATACAACT-TTGTATT-CGGT--gc
gi|15 : tg---CAG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACAATGTACTGA--TTTGTTA--CCTTTGGT----TTTCCCCCTTCACTAAA-CA--TTTAAGGCGATGGAATTC--C---------ACAAA----AACCTAACA-TTTCAATTTCATTA---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CTATTCGTTAAAAA----TCGTTT-AAA---CTT---GATTTCAAGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--G--CAGGTA-----TATAGCGGTATCA-TA-ATATAACGATAATA-----TCTTATGGTGTATTTTCATTGACTG
gi|16 : g---CGG-------TAGTGAACGCAAA-G---ATGACGGCACACAGTCCTGA--TTTCTGA--AC---GGT----T---AGCCTTT----AATCA--TTTAAG-C--TGACATCA--C---------ACAAACCTCA-------GATTCC---------A---------T-TGT-T--TCTTCTTTTGT---CTATTTGTTCAATA-GC-TC--TT-ACA---CTT---TATGGTTTGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--AAATAGG-------TACAGCAGTATCA-AA-ATAAAATGAGTGTA-----TTTCATGGTTTGTTAACATTGACcttggcaactg
gi|17 : aa-T---T--TCTTCTTTTGG---CCTTTCGC---AAAAGT-TC--AA-AAA---CTTCTTTATTTTATGT----TGTTAA--A-TTTTGACA-----ATA--A--TAGG-------TAAAGCAGTATTG-AA-ATATAACGGGTATA-----TCTCATAGTGCTTTTTCAGTGACCGTcttgacatctgcgtctcatactgc
gi|18 : ccaagctaatgtatggtgtgcattggcaattttacttgttttcaaatgGG-------TAGTGGACGCAAACG---ATGGTCAC---------TGA--TTTGGGA--A------T----TTCCCCCTTTC----AA-CA--TTTAGGGCAATAAAATTC--C---------ATAAA----A-------A-TCTC---------ACATTTTATGT-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCATTAAAAAAGC-TT--TT-AA----------TATTTT------------------TTCT-ACA-----A-A--A---ACGTATCCCCTACACCAGTATC-----ACATA---------------TTAATGGTGCGTTTATATTGACcagtatttgcctaatatcattatatatcatttattgagtaatatcaatttcttcttcaatggtatttg
gi|19 : AC-GC--AGGGTCTACAATAGTGGTCATCAGATCCAAAACAGTCAGCAGCTGGTCCAG---TT--TCTCACC--GACG--------------AA--T--------------G-GGATGCCATCCC-ACAGT-------AC--CA-------TAT---ACAACacttg
gi|19 : tctgtgggtcaagctctgCAATACCATGTGTGTC-CACCC-CTGGCATCAAGAGTTGCC------TTG---------------CAT-------------CTGCGGCA-------CATACTGCATATTTTGCG-TTGTATA-TGGT--A-C-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CGGTGAGgcaaaatatgcagtatgtgccgcagatgcaaggcaactcttgatgccaggggtggacacacatggtattgcgtctgt
gi|2 : tctgtgggtcaagctctgacgcagggtctacaatagtggtcatcagatccaaaacagtcagcagctggtccagtttTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------ATTCAC------TGC---------------TGTTTGACATTTGTGTCT-------------CATACTACTAACACGACG-CTGTATA-GTGT--A-T-T-G-GAGGATGGCAATTCATTGTT-CAATAAAT-CCAG--A--ATGACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACGTTC-AAGTTCTGCCCTGGTCGACATTTT--TTGGC--AGATTTCAATCCTTTCGAGCATCCATTGG--A--CCGGA---A-GT--TAGAT-TACAACGGGCGTCACGTGA---------G-----AA--G---CGG---CT--TG----T--G-CA--------------AG--T--------------ACAAATGCCATCCT-CCAAT-------AT--TA-------AATTCAACGTCT----------TAT--T---CA--------CAGT--ACG-AGACGCACGTG--C-CAAGCGGTAATGA--AC-GTAA--AC---GGT----AGTCAC--TT------A-CAGTTTTAATT---TGAGAT-------------------------------G-TTTC---------------------------------TATTGG---CCAGTCATAAAAAACGC-TC--TA-AAAACGC-------TTTTATGT----TT---A--A-TCTTGACA-----A-A--AG-TATG-------TATAGCAGTATCA-AA-ATTTAATAAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTACATTGACTGTcgtctgt
gi|21 : A---CTTG--TATTATATGTGTCGTC---A--A-TTTTGTCA-----A-A--AA-TAGG-------TACGGCATTATCT-AA-ATATATCAAGTATATTAATTTTCAT-GTGCGTTTTCAATGGCta
gi|22 : ctCCCTTC----AA-CA--GTGAAGGCAATGTGATTC--C---------ACAAA----ACCCAC--A-TTTC---------A---------T-TAATT--TCTTCTATTGG---CCATATGCTAAAAAA-C-TC--TG-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---AATA-TTTTGACA-------------------------AGAGCAGCATCA---------------ATA-----TTTCATGGTGCGTTATCATTGACCGTttcgtcagtataattatatttctttatttcgtatattgcactttgttgtgcatagcgtttg
gi|23 : gg-CCAG--A--ATAACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTTTC-AAGTTCTG
gi|24 : ttgcagcttagcgatacactgatgaaaacttggaaccgaacattgcctcttagaacaaagtgacgactgttttaacaaaaaaacactaacctgcattcagAAGA-CC--CT-GAA---CAT---TAAATTAT-T----TC---A--G-TTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAAAGCAGTCTAG-AT-ATATAATAAATAAA-----TTTCATGATGCGTTTTCATTGACCGac
gi|25 : tgtTTAAGGAATG-----ATTAATAGAAGAAATAATGAAATACGAGATTTT--GT-GGACT-T------TTCTTGCA-----T----T----A-------A-----------TTGCTGAAGGCTG-----------------AACATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGA-----CA-TTTGC-------ATccagtatatattaacaacatatgttatttaaaaa
gi|26 : tgataaaacagGC-------GT---C------TAC----------------GC-------------CT-------------CATACTGCGGATGTGACA-CTG-ATTCCTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAAC
gi|27 : acaACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGATTGGCATCTA--CGC-------------TT-------------CATACTATGGATGAGACAATTA-ATC-CTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CTATCAGT-cagtctgtagtagatgtaaacagttagtg
gi|28 : cagttagatcaggtACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGACTGGCATCTA--CGC-------------CT-------------CATACTGCGGATGAGACG-CTGAATC-CTGT--ATT-T-T-G-AGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAACtagt
gi|29 : caTCTAT--G--AAACCAG--CAGCGT--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATT---AACAG----CAA--TGAACAG---CG--TG----T--G-TA--------------AG--CAATTAGT-------G-GAATGCCATCCC-CCAAT-------AT--CA-------AAT---AC
gi|3 : GCTCTGTCCTGGTCAGTGTTTT--C---CTAAGATTTAAGTTCTATCAATCAACT-----------TGGA---C-GC--CGGGTGTACAATGGGCGTCACGAGAGC---AACAG----CAA--GAATCAG---CT--TG----C--A-TA--------------AG--CACTTAATGAAGAGTG-TAATGCCATCCC-CCAATTATGAATACAACGTCATAGCAGT---ATGACTGAGACGCAGATGT--CAAGCAG-------TAGTGAATGCAATTG---GTGGTCACACACGTTCCTGA--TTTGTGAACAC--TGAT----TTTCGCCATTC----AA-TA--TTTAAGGCTTTGAAATTC--T---------ACAAA----AATATCACG-TTTCA--------A---------TGT---T--TTTTCTATTGG---CAATTCACAAAAAAAATATC--TA-AAA---CTT---TATTTTATTT----TA---A--ATTTTTGACA-----A-A--AC-TATG-------AATAGCAGTATAA-AA-ATATAATGA-----------------ATGTGTTTTTATTGACCG
gi|30 : gtcgaggatacctagattaaccacgtccttAAGT-TC--TA-AAT---CTT---TATTTAATGT----TC---A--A-TTAAGACA-----A-ACAA--TAGG-------TTCATCAGAATCT-AA-CTACAATGTGTATA-----TGCCATGGTGCGTTTTTGTGAACTGTcca
gi|31 : --A--TGGG-------TTCAGCAATATCACAATATATAATGATTATA-----TGTCATAGTGCGTTTTCATTGACCcagtg
gi|32 : acT--A-TAT-G-G-GGATAACCTTCCACTTTCACAATAAGT-CCAGT-ACAATA-CAT--GAGTTTCTGAGATAGAACAACAACGATC-AAGTTCTGCttcagtatatttctgtaatacctaaacattataaaatgaata
gi|33 : gatactagtatataTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCATGTGCGACTCACT--TTTGC-------GTTCAG------TAC---------------CGC-------------TTGC-----------CAT-CTGCG
gi|34 : cttatttgcagttttggaAAGT-CC--TT-GAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|35 : tAAGT-CC--TT-GAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|36 : tCATCACAAGATC---AACAGTG--CAA--G-CACTT---AT--TG----T--A--A--------------AA--T--------------G-GAATGTTA-CCC-TGAAT-------AC--CG-------AAT---TCTACG----------TCT--T---
gi|36 : aaTAAGACG-TAGAATT-CGGT--A-T-T-C-A-GGGTAACATTCCATTTTA-CAATAAGT-a
gi|37 : aacatcacaagatcaacagtgcaagcTTTGACA-----A-A--AC-TAGG-------TATAGCAGTATTA-TG-ATATAATGTGTACA-----TTTCATGGGGTGTTTTCATTG
gi|39 : AC-GT--CAGGTGTACAAAGGATG--------TC---AACAG----CAA--GAAACAG---Cc
gi|4 : caaacagcttgaTCAGTAAAAACACACCATGAAATATATTCATT-ACATTTTGATA---C--TGTTTTATAT------ATTTTGTCA----ACATTGAATATAAAACAAAG-TT-A--------AAAAGGTTTTTAATGACTG-----GCCAAAAGAAGAAACAATGAAATGTGAGACTCTT-GC-GGAAT-T------TC-----A-----T----TG---TCTTAA--A-----------T-GTTGAAGGATGAATTCTGTTGAAGGATAAAAGTCAAGGGTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TGC---------------TGC-------------TT-------------CATACTGCGAATAAGACA-GTGTATT-CAGT--A-T-T-G-GTATATGGCATTTCTATCTT-CAATTAGT-
gi|5 : aggtgttcaatgcgcgcaacgcgaatcaacaacaatgaacaacttgtgcgagcGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTT----AGTTCTGCCCTGGCCAGC--TTT--------------TAAGCCCTATCAAGCTTCT-----------TGGAT----GG--CAGGTGTACAGTGGCTGTCATGTGACC---AACAT----CTA--GGAACAG---CT--AA----T--G-CA--------------AG--C--------------tggtcaatgtatacaaacattaacaaaaattgttttatcttttgttatattcaaataaaccc
gi|5 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgaGAAT-T------T------A-----A----T----TGTCTCTGA-----------T-GTTGATGGTTG-----------------AAA------GTTCACAGATCAGTACCGTTTTTGAC-CACTGCTTTG---------------------GC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGACA-TTATATT-CAGT--A-T-TGG-G-GGATGGCATTCCACTCTG-CAATATGT-acatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgccatcccccaatactgaatataatgtcttattcgcagcatgagaggccaaagcagtggtcaaaaacggtactgatctgtgaactttcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|6 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagc--C---C--AGACCTGAGCTCTAATGAGCATTGAT--G--AGACCAGCTCGG-GCGGCGAATGTACAACGGACGTCACGTCATA---AACAA----AAA--GGCACAG---TTAATG----CATG-CACTTATAGACG----AG--T--------------G-AGATGTAATCCC-ACAAT-------AT--AG-------GAT---TCAACG----------TCTCGT---CGGCAGTCTCTAGCAGACGCAAACG---GCGGTCACACTCGTTACTGAGTTTTGTGA--AC--T--TTCAATTTCACCCTCC----TT-TA--TTT-AGGCATTAAAATTCAGCTCAGATGCGATAAA----A----------TCC---------A---------C-T---TGCTCTTTCA--GGAAACCTTTGGT-----AAGT-CC--CT-GAA---CAT---TATTTTAT-T----TC---A--A-TTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAGAGCAGTAT------ATATAATAAGTATA-----TTTCATTGTTGGTTTCCATTGA
gi|7 : tcgATGGTCAACGTAAACTTATCATGAAATGTACTCGTTTA-ATTTTGGTA---CAAC--TATACATCTATACATTTTTTTTTTTTAAATTGAACATAAAATACAG-TTTT--------AA-AGCTATTTTACGAATG-----ACCAATAGAAGAAACAACGAAATGTCAGGTTTTT-GT-T---T-C------C------A-----T----TGCCTT-------AAA---------T-GTTTAAGGAGG-----------------ACAATCAAAGTTCACAAATCGTTACCGCATGTA---CACCA-TTTAC-------GTTCACGCTATCTAC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGATGATTGTTTT-CGGT--A-T-T----------------TACTCTT-CAATAAGT-CCAG----AATAACATTTGAGTTTATATGACAG-----------TCAAAGTTCTGTTCCGGCCCGCGTTTT--T---C---------GGCTCTATCGCGCACC
gi|8 : ACGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGTCATT-ATATTTTGATAGTAC--T--TA---ACCTA---ACCTCGTC-----ACGGCGAGCATAAA-TAAGGCTTTA----------GAGGTTTT-AACGAAGG-----ATTAATAGAAGAAACAAAGAAATGTAAGACTTTT-GT-GGAGTGT------T------A-----TAATCT----T-------A-----------C-ATTTGCAGTTG-----------------AAAATCAAATTTCATAAATCAGTATCGTGTGTAGC-CACCG-TTTGC-------ATTCAT------TACCACTTGGTATCTCTGCGT-------------CT-------------GGTACTTCGAATGAGACA-TTGTATC-CGGTGCA-A-T-G-G-GG-TGTTATCCCCCGCTT-CAATAAGT-ag
gi|9 : AACGAATG-----GCAAATACAAGACAAAATAAAATATGAGATTTTT-TTAGGAAT-TG-----T------AATCAGT----T----T-------GCCTAAG-----T-GTTTACGGATG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAT-CATCG-TTTGT-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTTACCAAAGTCGCATACTGTTAATAAGACG-TTGCATT-TGTT--A-T-TAA-G-GGATGACATTCCACaaataaatgaagcagtagtagtagttttacgtgttataaacaaaacc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACATCACGAACGATGCGGGGGGGGGGGGGGGAGTTTAATGAGACAGGGTGCCACCACAATACAACAACCCTCACAGTGGTTTAAGGAAACCTGACACCTAGGCGATACATTGATGAAATCTTGGAACCATGCGTGAGGCCCTTTCTTA
Unaligned ( gi|38 ): TTTAGGCATTGAAATTCAGTTCAAATGCAATAAAATCCATTTGCTCTTTCATGAAACATTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333 222222222 1111 22222 33333333333 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 2222 33333333333333 444444444444444444444444 1111 88888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1111111 33333333333333333333 1111111 4444444444444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111 444444444444444444444444
lowQualScore : 1 1 22 3 0000 0 0 000000000 11 1 4444 55555 0 4 0 8 0 88888888888 1 3 0 22222 0 5 5 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222 4 1 0 2 88888888888888888 3 2 8888888 888888 4444444444444444444444444444444444444444444444 5 3 2 0 33 2 2 555 5 3 0 0 5 7777 1 888 1 77777 44444444444444 2 0 0 999999999999999999999999 0 555 1111 44 44 555 55 44444444444444444444444444444444444444444444 4 55 3333333 55 6666666 888 2 66666666666666666666 6666666 1 0 888 1 66 2222222222222222 0 9999 4 66 1 55 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 6 1 44 44444 444 77777 3 222222222 33 2 000000000000000000000000 1 44444 4 55555
lowQualScore : . . .. . .... . . ......... .. . .... ..... . . . . . ........... . . . ..... . . . . ................................................. . . . . ................. . . ....... ...... .............................................. . . . . .. . . ... . . . . . .... . ... . ..... .............. . . . ........................ . ... .... .. .. ... .. ............................................ . .. ....... .. ....... ... . .................... ....... . . ... . .. ................ . .... . .. . .. ............................................................... ... . . .. ..... ... ..... . ......... .. . ........................ . ..... . .....
lowQualScore : 0 4 22 2 2222 6 8 000000000 88 0 8888 22222 6 6 8 0 8 66666666666 0 5 2 55555 2 0 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888 4 6 8 3 00000000000000000 3 9 7777777 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999 7 9 9 6 77 9 9 444 7 1 9 4 7 9999 4 888 1 88888 11111111111111 2 8 8 333333333333333333333333 4 888 7777 66 11 888 00 77777777777777777777777777777777777777777777 0 00 0000000 55 2222222 888 7 22222222222222222222 2222222 4 2 888 4 99 4444444444444444 1 4444 4 11 9 88 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 0 4 44 66666 777 66666 3 222222222 77 7 000000000000000000000000 0 00000 5 99999
consensus : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTA---ATTTTGTCC----AAATCGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T----T----T-------A-----------T-GTTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCATCTAT--G--A--CCGGATCAN-GC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG----CAA--GGCACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCC-NCAAT-------AC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--AC--TGGT----TTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAA----A-------G-TTTC---------A---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
Reference ( family-3004 ) : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTA---ATTTTGTCC----AAATCGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T----T----T-------A-----------T-GTTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCATCTAT--G--A--CCGGATCAN-GC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG----CAA--GGCACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCC-NCAAT-------AC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--AC--TGGT----TTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAA----A-------G-TTTC---------A---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|1 : ACGGTCAATGAAAACGCACCATG-------------------TTGATA---C--T--TGTATACCTA----TTTTGTCC----AAATTATGCATAAAATAAAG-TTTATCTAGTCTAAGAGCTTTTTAATAAATG-----GCCAACAGAAGAA-CAATGAAATGTGAGCTTTTT-GT-GGAAT-T-------------A-----C----T----T-------------------T-GTTAAAGGGCA-----------------AATATCAAAGTTCACAAATCAGTTCCCTGTGTGGC-CATCA-TTTGC-------GGTCAC------TGC---------------TAT-------------CT-------------CACACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CAGT--A-C-T-G-G-GAATGACATTCTCCTCTT-CTGTAAAT-CCAG--ACAGCAGCAGCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAAC------GGTTCTGCCCTGACTATCGTT------------GA-TTAAACCCTATCGAGCATCTGT-----A--TTGGATCAC-GC--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGACC---AACCG----TAC--GGCACAG---CT--TG----T--G-CA--------------AG--G--------------A-GAATGCCGTCCCAGTTAC-------AC--CG-------AAT---ACAACT----------TTT--T---CGG-------TAATTAATGCAAATG---GTGGTCACGCACGGTACTAA--TTTGTGA--ACTTTAAA----TTTAACCCTTT----AA-CA--TTTAGAACAATGACATTC--A---------AGAAA----A-------G-TTTA---------A-------------------CATGTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGT-TC--AA-AAA---CTT---TGTTTTGTGT----TC---A--T-TTTTGACA-----A-G--AT-TAGG-------TATAGCAGTACCG-AG-ATATAATGAATATA-----CTTCATGTTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|10 : AACAAATG-----GCAAATACAAGACAAAATAAAATATGAGATTTTTTGG-GGAAT-TG-----T------A-----T----T----C-------AATTTGCCTAAGT-GTTTACGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAC-CATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTCACCAAAGTCGCATTCTGTGAATAAGACG-TTGCATT-CGGT--A-T-T-GCG-GGATGACATTCCACCCTT-
gi|11 : caacaactgcT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACCTGAACCCTTTGAAGCTTTTAT--GCAA--CAAGCTCAG-GCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACAA----CAA--GGCACAG---GT--AG----C--G-CATGCTCTGATAGACGAG--T--------------G-GGACGCCATCCC-ATAAT-------AC--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACCTGAACCCTTTGAAGCTTTTAT--GCAA--CAAGCTCAG-GCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACAA----CAA--GGCACAG---GT--AG----C--G-CATGCTCTGATAGACGAG--T--------------G-GGACGCCATCCC-ATAAT-------AC--agg
gi|13 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaTACAACAGGCGTCACGTGATC---AAAAG----CA---GGTACAAACACT--TA----T--T-TA--------------AGAAT--------------G-GAATGCCATTCC-TTAAT-------AC--CG-------AAT---ACAAGC----------CAA--A---CGG-------TAGTGAACGTAAACG---GTGTTCACACACGGTACTGA--TTT--------------------TCACCATTC----AA-CA--TTTAAGACAATGGAATTC--C---------ACAA---------------TTTC---------AA--------TGT---T--TCTTCTATTGG---ACATTCGATAAAA--GC-TC--TTTAAA---CT------------GT----T----A--A-TTTTG---------------------------TATGACAATATCA-AA-CTTTAATGAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATCGACCGagg
gi|14 : AATGAAAACGTACCATCAGATATACTCAT----ATGT-AATA---C--T--GCTATCCCAA---ATTGTGTCC----AAATGAAACATACAATTAA----TA--------A-GAGATTTTAAAC-AATGTGTTAGCCAATAGAAGGAACAATGAAATATTAGCAGTGT-GT-TAAAT-TGTCTGCC------A-----T----T----A-------A-----------T-GTTGAAAGGTG-----------------AAAATCAA-GTTCACAATTCAGTAAAGTGTTTGAC-GATCG-TTTAC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTGGTATTTCCGTCGCTTACTGCCAATACAACT-TTGTATT-CGGT--gc
gi|15 : tg---CAG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACAATGTACTGA--TTTGTTA--CCTTTGGT----TTTCCCCCTTCACTAAA-CA--TTTAAGGCGATGGAATTC--C---------ACAAA----AACCTAACA-TTTCAATTTCATTA---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CTATTCGTTAAAAA----TCGTTT-AAA---CTT---GATTTCAAGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--G--CAGGTA-----TATAGCGGTATCA-TA-ATATAACGATAATA-----TCTTATGGTGTATTTTCATTGACTG
gi|16 : g---CGG-------TAGTGAACGCAAA-G---ATGACGGCACACAGTCCTGA--TTTCTGA--AC---GGT----T---AGCCTTT----AATCA--TTTAAG-C--TGACATCA--C---------ACAAACCTCA-------GATTCC---------A---------T-TGT-T--TCTTCTTTTGT---CTATTTGTTCAATA-GC-TC--TT-ACA---CTT---TATGGTTTGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--AAATAGG-------TACAGCAGTATCA-AA-ATAAAATGAGTGTA-----TTTCATGGTTTGTTAACATTGACcttggcaactg
gi|17 : aa-T---T--TCTTCTTTTGG---CCTTTCGC---AAAAGT-TC--AA-AAA---CTTCTTTATTTTATGT----TGTTAA--A-TTTTGACA-----ATA--A--TAGG-------TAAAGCAGTATTG-AA-ATATAACGGGTATA-----TCTCATAGTGCTTTTTCAGTGACCGTcttgacatctgcgtctcatactgc
gi|18 : ccaagctaatgtatggtgtgcattggcaattttacttgttttcaaatgGG-------TAGTGGACGCAAACG---ATGGTCAC---------TGA--TTTGGGA--A------T----TTCCCCCTTTC----AA-CA--TTTAGGGCAATAAAATTC--C---------ATAAA----A-------A-TCTC---------ACATTTTATGT-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCATTAAAAAAGC-TT--TT-AA----------TATTTT------------------TTCT-ACA-----A-A--A---ACGTATCCCCTACACCAGTATC-----ACATA---------------TTAATGGTGCGTTTATATTGACcagtatttgcctaatatcattatatatcatttattgagtaatatcaatttcttcttcaatggtatttg
gi|19 : AC-GC--AGGGTCTACAATAGTGGTCATCAGATCCAAAACAGTCAGCAGCTGGTCCAG---TT--TCTCACC--GACG--------------AA--T--------------G-GGATGCCATCCC-ACAGT-------AC--CA-------TAT---ACAACacttg
gi|19 : tctgtgggtcaagctctgCAATACCATGTGTGTC-CACCC-CTGGCATCAAGAGTTGCC------TTG---------------CAT-------------CTGCGGCA-------CATACTGCATATTTTGCG-TTGTATA-TGGT--A-C-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CGGTGAGgcaaaatatgcagtatgtgccgcagatgcaaggcaactcttgatgccaggggtggacacacatggtattgcgtctgt
gi|2 : tctgtgggtcaagctctgacgcagggtctacaatagtggtcatcagatccaaaacagtcagcagctggtccagtttTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------ATTCAC------TGC---------------TGTTTGACATTTGTGTCT-------------CATACTACTAACACGACG-CTGTATA-GTGT--A-T-T-G-GAGGATGGCAATTCATTGTT-CAATAAAT-CCAG--A--ATGACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACGTTC-AAGTTCTGCCCTGGTCGACATTTT--TTGGC--AGATTTCAATCCTTTCGAGCATCCATTGG--A--CCGGA---A-GT--TAGAT-TACAACGGGCGTCACGTGA---------G-----AA--G---CGG---CT--TG----T--G-CA--------------AG--T--------------ACAAATGCCATCCT-CCAAT-------AT--TA-------AATTCAACGTCT----------TAT--T---CA--------CAGT--ACG-AGACGCACGTG--C-CAAGCGGTAATGA--AC-GTAA--AC---GGT----AGTCAC--TT------A-CAGTTTTAATT---TGAGAT-------------------------------G-TTTC---------------------------------TATTGG---CCAGTCATAAAAAACGC-TC--TA-AAAACGC-------TTTTATGT----TT---A--A-TCTTGACA-----A-A--AG-TATG-------TATAGCAGTATCA-AA-ATTTAATAAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTACATTGACTGTcgtctgt
gi|21 : A---CTTG--TATTATATGTGTCGTC---A--A-TTTTGTCA-----A-A--AA-TAGG-------TACGGCATTATCT-AA-ATATATCAAGTATATTAATTTTCAT-GTGCGTTTTCAATGGCta
gi|22 : ctCCCTTC----AA-CA--GTGAAGGCAATGTGATTC--C---------ACAAA----ACCCAC--A-TTTC---------A---------T-TAATT--TCTTCTATTGG---CCATATGCTAAAAAA-C-TC--TG-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---AATA-TTTTGACA-------------------------AGAGCAGCATCA---------------ATA-----TTTCATGGTGCGTTATCATTGACCGTttcgtcagtataattatatttctttatttcgtatattgcactttgttgtgcatagcgtttg
gi|23 : gg-CCAG--A--ATAACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTTTC-AAGTTCTG
gi|24 : ttgcagcttagcgatacactgatgaaaacttggaaccgaacattgcctcttagaacaaagtgacgactgttttaacaaaaaaacactaacctgcattcagAAGA-CC--CT-GAA---CAT---TAAATTAT-T----TC---A--G-TTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAAAGCAGTCTAG-AT-ATATAATAAATAAA-----TTTCATGATGCGTTTTCATTGACCGac
gi|25 : tgtTTAAGGAATG-----ATTAATAGAAGAAATAATGAAATACGAGATTTT--GT-GGACT-T------TTCTTGCA-----T----T----A-------A-----------TTGCTGAAGGCTG-----------------AACATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGA-----CA-TTTGC-------ATccagtatatattaacaacatatgttatttaaaaa
gi|26 : tgataaaacagGC-------GT---C------TAC----------------GC-------------CT-------------CATACTGCGGATGTGACA-CTG-ATTCCTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAAC
gi|27 : acaACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGATTGGCATCTA--CGC-------------TT-------------CATACTATGGATGAGACAATTA-ATC-CTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CTATCAGT-cagtctgtagtagatgtaaacagttagtg
gi|28 : cagttagatcaggtACTG-TTTAC-------ATCTAC------TACAGACTGGCATCTA--CGC-------------CT-------------CATACTGCGGATGAGACG-CTGAATC-CTGT--ATT-T-T-G-AGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAACtagt
gi|29 : caTCTAT--G--AAACCAG--CAGCGT--CAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATT---AACAG----CAA--TGAACAG---CG--TG----T--G-TA--------------AG--CAATTAGT-------G-GAATGCCATCCC-CCAAT-------AT--CA-------AAT---AC
gi|3 : GCTCTGTCCTGGTCAGTGTTTT--C---CTAAGATTTAAGTTCTATCAATCAACT-----------TGGA---C-GC--CGGGTGTACAATGGGCGTCACGAGAGC---AACAG----CAA--GAATCAG---CT--TG----C--A-TA--------------AG--CACTTAATGAAGAGTG-TAATGCCATCCC-CCAATTATGAATACAACGTCATAGCAGT---ATGACTGAGACGCAGATGT--CAAGCAG-------TAGTGAATGCAATTG---GTGGTCACACACGTTCCTGA--TTTGTGAACAC--TGAT----TTTCGCCATTC----AA-TA--TTTAAGGCTTTGAAATTC--T---------ACAAA----AATATCACG-TTTCA--------A---------TGT---T--TTTTCTATTGG---CAATTCACAAAAAAAATATC--TA-AAA---CTT---TATTTTATTT----TA---A--ATTTTTGACA-----A-A--AC-TATG-------AATAGCAGTATAA-AA-ATATAATGA-----------------ATGTGTTTTTATTGACCG
gi|30 : gtcgaggatacctagattaaccacgtccttAAGT-TC--TA-AAT---CTT---TATTTAATGT----TC---A--A-TTAAGACA-----A-ACAA--TAGG-------TTCATCAGAATCT-AA-CTACAATGTGTATA-----TGCCATGGTGCGTTTTTGTGAACTGTcca
gi|31 : --A--TGGG-------TTCAGCAATATCACAATATATAATGATTATA-----TGTCATAGTGCGTTTTCATTGACCcagtg
gi|32 : acT--A-TAT-G-G-GGATAACCTTCCACTTTCACAATAAGT-CCAGT-ACAATA-CAT--GAGTTTCTGAGATAGAACAACAACGATC-AAGTTCTGCttcagtatatttctgtaatacctaaacattataaaatgaata
gi|33 : gatactagtatataTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCATGTGCGACTCACT--TTTGC-------GTTCAG------TAC---------------CGC-------------TTGC-----------CAT-CTGCG
gi|34 : cttatttgcagttttggaAAGT-CC--TT-GAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|35 : tAAGT-CC--TT-GAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-A--A--T----------TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|36 : tCATCACAAGATC---AACAGTG--CAA--G-CACTT---AT--TG----T--A--A--------------AA--T--------------G-GAATGTTA-CCC-TGAAT-------AC--CG-------AAT---TCTACG----------TCT--T---
gi|36 : aaTAAGACG-TAGAATT-CGGT--A-T-T-C-A-GGGTAACATTCCATTTTA-CAATAAGT-a
gi|37 : aacatcacaagatcaacagtgcaagcTTTGACA-----A-A--AC-TAGG-------TATAGCAGTATTA-TG-ATATAATGTGTACA-----TTTCATGGGGTGTTTTCATTG
gi|39 : AC-GT--CAGGTGTACAAAGGATG--------TC---AACAG----CAA--GAAACAG---Cc
gi|4 : caaacagcttgaTCAGTAAAAACACACCATGAAATATATTCATT-ACATTTTGATA---C--TGTTTTATAT------ATTTTGTCA----ACATTGAATATAAAACAAAG-TT-A--------AAAAGGTTTTTAATGACTG-----GCCAAAAGAAGAAACAATGAAATGTGAGACTCTT-GC-GGAAT-T------TC-----A-----T----TG---TCTTAA--A-----------T-GTTGAAGGATGAATTCTGTTGAAGGATAAAAGTCAAGGGTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TGC---------------TGC-------------TT-------------CATACTGCGAATAAGACA-GTGTATT-CAGT--A-T-T-G-GTATATGGCATTTCTATCTT-CAATTAGT-
gi|5 : aggtgttcaatgcgcgcaacgcgaatcaacaacaatgaacaacttgtgcgagcGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTT----AGTTCTGCCCTGGCCAGC--TTT--------------TAAGCCCTATCAAGCTTCT-----------TGGAT----GG--CAGGTGTACAGTGGCTGTCATGTGACC---AACAT----CTA--GGAACAG---CT--AA----T--G-CA--------------AG--C--------------tggtcaatgtatacaaacattaacaaaaattgttttatcttttgttatattcaaataaaccc
gi|5 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgaGAAT-T------T------A-----A----T----TGTCTCTGA-----------T-GTTGATGGTTG-----------------AAA------GTTCACAGATCAGTACCGTTTTTGAC-CACTGCTTTG---------------------GC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGACA-TTATATT-CAGT--A-T-TGG-G-GGATGGCATTCCACTCTG-CAATATGT-acatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgccatcccccaatactgaatataatgtcttattcgcagcatgagaggccaaagcagtggtcaaaaacggtactgatctgtgaactttcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|6 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagc--C---C--AGACCTGAGCTCTAATGAGCATTGAT--G--AGACCAGCTCGG-GCGGCGAATGTACAACGGACGTCACGTCATA---AACAA----AAA--GGCACAG---TTAATG----CATG-CACTTATAGACG----AG--T--------------G-AGATGTAATCCC-ACAAT-------AT--AG-------GAT---TCAACG----------TCTCGT---CGGCAGTCTCTAGCAGACGCAAACG---GCGGTCACACTCGTTACTGAGTTTTGTGA--AC--T--TTCAATTTCACCCTCC----TT-TA--TTT-AGGCATTAAAATTCAGCTCAGATGCGATAAA----A----------TCC---------A---------C-T---TGCTCTTTCA--GGAAACCTTTGGT-----AAGT-CC--CT-GAA---CAT---TATTTTAT-T----TC---A--A-TTTTGACATCC--A-A--A---AAG-------TAGAGCAGTAT------ATATAATAAGTATA-----TTTCATTGTTGGTTTCCATTGA
gi|7 : tcgATGGTCAACGTAAACTTATCATGAAATGTACTCGTTTA-ATTTTGGTA---CAAC--TATACATCTATACATTTTTTTTTTTTAAATTGAACATAAAATACAG-TTTT--------AA-AGCTATTTTACGAATG-----ACCAATAGAAGAAACAACGAAATGTCAGGTTTTT-GT-T---T-C------C------A-----T----TGCCTT-------AAA---------T-GTTTAAGGAGG-----------------ACAATCAAAGTTCACAAATCGTTACCGCATGTA---CACCA-TTTAC-------GTTCACGCTATCTAC---------------C-T-------------CT-------------CATGCTGCGAATAAGATGATTGTTTT-CGGT--A-T-T----------------TACTCTT-CAATAAGT-CCAG----AATAACATTTGAGTTTATATGACAG-----------TCAAAGTTCTGTTCCGGCCCGCGTTTT--T---C---------GGCTCTATCGCGCACC
gi|8 : ACGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGTCATT-ATATTTTGATAGTAC--T--TA---ACCTA---ACCTCGTC-----ACGGCGAGCATAAA-TAAGGCTTTA----------GAGGTTTT-AACGAAGG-----ATTAATAGAAGAAACAAAGAAATGTAAGACTTTT-GT-GGAGTGT------T------A-----TAATCT----T-------A-----------C-ATTTGCAGTTG-----------------AAAATCAAATTTCATAAATCAGTATCGTGTGTAGC-CACCG-TTTGC-------ATTCAT------TACCACTTGGTATCTCTGCGT-------------CT-------------GGTACTTCGAATGAGACA-TTGTATC-CGGTGCA-A-T-G-G-GG-TGTTATCCCCCGCTT-CAATAAGT-ag
gi|9 : AACGAATG-----GCAAATACAAGACAAAATAAAATATGAGATTTTT-TTAGGAAT-TG-----T------AATCAGT----T----T-------GCCTAAG-----T-GTTTACGGATG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAT-CATCG-TTTGT-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------TTTTTACCAAAGTCGCATACTGTTAATAAGACG-TTGCATT-TGTT--A-T-TAA-G-GGATGACATTCCACaaataaatgaagcagtagtagtagttttacgtgttataaacaaaacc
blockSeqs : A G AG C TAC GTACT CT A TACA TTTTT G C AAA A A TGTTA T A G GTATTCAATTTGCCTAAG T T G AATTCTGTTGAAGGATA T C ATCAAGA GCTATC CACTTGGTATCTCTGCGTCT A C C GC T A GC A A A CAAC G AAC C TTTC TTGGCAGATT G ATGCAACAAGCTCAGGCAG CAA TCAG CT GC ACA AA CGCATGCTCTGATAGACGAGT C A TATGAAT AA TCATAGC TCA A TGAGACGCAGATGTCAAG CAGTCTC G CAC T GT CCTTTGGTTT ACTA T GT A AA CACAAAAACCTAACATTTCAATTTCATTATTT AAA T A TA GTTT ACG TTCTT G GTCGTC AT T AAAACGTATCCCC T ACAAT A TTAAT
blockSeqs : A A AA T TTA CTGT TT T A C T . AG G T . . . . GTAATCAGTTTGCCTAAG . G G . . . . . CGTTTTTCACCAAAGTCG A T . . . . GT T . A CAAC G . C TTTC CGCCAGACC G ATGCAACAAGCTCAGGCAG . TG . GC . . CGCATGCTCTGATAGACGAGT . A . . . . A GTCTCGT . G . G . ACACTGATTT . . . G GA AGCTCAGATGCGATAAAATCCACTTGC . T A C TTT . TTG G TGTTA . . AAGCAGGTA T AAA T .
blockSeqs : T T AA C TAT CAAC AT T A A T . AA C T . . . . TCATTGTCTTAAA . G C . . . . . CGTTTGGTATTTCCGTCG . T . . . . GT . . . TAC A . T GTTC CGCCAGACC C ATGAGACCAGCTCGGGCGG . . . GT . . CATAAGCACTTAATGAAGAGT . T . . . . G CCAAA . G . A . ACTTTCAATT . . . G AA CATAAAAATCTCACATTTTATGTTT . T C C TT . TT G TC . . AAAAATAGG C ATA G .
blockSeqs : C A AG G . CT A . A . C . G G T . . . . TAATTGTCTCTGA . G G . . . . . TGTTTGACATTTGTGTCT . T . . . . GT . . . A A . T TTTC CCTAAGATT A ATGAAACCAGCAGCGT . . . GT . . CATGCACTTATAGACGAGT . A . . . . G TTATT . G . G . ACGGTAG . . . T AA TACAAAAATATCACGTTTCAATGTT . T A T AA . TT G TC . . TCCAAAAAG A AAA G .
blockSeqs : . . . . . GTCTGCCATTAA . G A . . . . . AGATTGGCATCTACGCTT . A . . . . GG . . . A A . C GATC CCAGACC A ATTGGACCGGAAGT . . . GA . . TGTAAGCAATTAGT . C . . . . T GTCTT . G . G . ACGGTT . . . G TT CACAAAACCCACATTTCATTAATT . A A C TT . TT G TT . . AACAATAGG C GAA A .
blockSeqs : . . . . TTCTTGCATTAA . G T . . . . . AGACTGGCATCTACGCCT . A . . . . AA . . . C A . T TCA TC G TGGACGC . . . AA . . TCACCGACGAAT . C . . . . A . A . G . ATTT . . . G AT CACAAACCTCAGATTCCATTGTT . T A C TA . AT G TC . . TCCAAAAAT T AAA G .
blockSeqs : . . . . CATTGCCTTAAA . T A . . . . . CGTTTTTTACCAAAGTCG . T . . . . G . . . C . . TT . . TGGATGG . . . AA . . TTTAAGAAT . C . . . . . . . . . . . . . G . CACAATTTCAATGTT . A A C TG . TT G TC . . TCCAAAAAT C TAA A .
blockSeqs : . TATAATCTTA . T T . . . . . CATCTGCGGCA . T . . . . T . . . . . . . GA . . TGCAAGT . T . . . . . . . GTTTC . . A A CT . TT T TA . . TCCAAAAAG G GAT G .
blockSeqs : T A . . . . . CGCTTGC . T . . . . G . . . . . . GC . . TGCAAGC . A . . . . A T TA . AT G TC . . ATAATAGG A AAA T .
blockSeqs : . . . . TGCTT . T . . . . C . . . . . . C . . TAAAAT A T TA . AT C TC . . AAAGTATG T TAA A .
blockSeqs : . . . . GCCT . C . . . . G . . . . . . . . . T TT . AT C T . . AAAATAGG C AAA A .
blockSeqs : . . . CTCT . . . . . . G . . . . T TT . T . . . . AAACTATG C AAA G .
blockSeqs : . . . CTCT . . . . . . . . . . . CT . . . . . . AAACTAGG G ATG G .
blockSeqs : . . . . . . . . . G A . .
blockSeqs : . T . . .
blockSeqs : G . . .
blockSeqCons : AG TAN* CGT****** A*** AG********* GTCATTGCCTTAAA*********************************** CGCTTGTCTCGTCT******************************** G** AC** TTTC* CCAGACC******* ATGAACAGCCGGGCGN******** CATGCACTAGAGAGT***************************** N* AAAATAGG****************
originalCons : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATT-A-ATTTTGATA---C--T--TNTATACCTA---ATTTTGTCC----AAATCGAACATAAAATAAAG-TTTA--------AAGAGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-T------T------A-----T----T----T-------A-----------T-GTTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TAC---------------CGT-------------CT-------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCATCTAT--G--A--CCGGATCAN-GC--CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG----CAA--GGCACAG---CT--TG----C--G-CA--------------AG--C--------------G-GAATGCCATCCC-NCAAT-------AC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--AC--TGGT----TTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAA----A-------G-TTTC---------A---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA-----A-A--A--TAGG-------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
finalCons : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATTAN-ATTTTGATACGT------TNTATACCTAA---TTTTGTCC----AAATCGAACATAAAATAAAG-TTTAAG---------AGNTTTTTAACGAATG-----GCCAATAGAAGAAACAATGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAAT-TGTCATTGCCTTAAA-----------------------------------T-GTTGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCG-TTTGC-------GTTCAC------TACCGCTTGTCTCGTCT--------------------------------CATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-TG--G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAGAC--AATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCCAGACC-------TGAGCCCTATCGAGCATCTATGAACAGCCGGGCGN--------CGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG----CAA--GGCACAG---CT--TGCATGCACTAGAGAGT-----------------------------G-GAATGCCATCCCN-CAAT-------AC--CG-------AAT---ACGACT----------TNT--T---CGG-------TAGTGAACGCAAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--AC--TGGT----TTTCACCCTTC----AA-CA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAA----A-------G-TTTC---------A---------T-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC--TN-AAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACAAAAATAGG----------------TANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACATCACGAACGATGCGGGGGGGGGGGGGGGAGTTTAATGAGACAGGGTGCCACCACAATACAACAACCCTCACAGTGGTTTAAGGAAACCTGACACCTAGGCGATACATTGATGAAATCTTGGAACCATGCGTGAGGCCCTTTCTTA
Unaligned ( gi|38 ): TTTAGGCATTGAAATTCAGTTCAAATGCAATAAAATCCATTTGCTCTTTCATGAAACATTTGT
Alignments
lowQualScore : 111 22222222222222222222222222 22222 222222222 111111 333333333 22222222222222222 6666666666666666666 111 2222 33333333333333 66666666666666666666 11 888888888888888888888888888888888 1111111 1111111 4444444444444444444444444444444444 111111 111 111 11111 5555555555 88888888888888888888888888888888888888888 111 22 111111111 222222222222
lowQualScore : 3 1 5 7 0 555 99999999999999999999999999 5 11111 66 0 000000000 1 55 99999 3 000000 3 3 000000000 3 7777 2 33333333333333333 0 2 0 5555 0 2 2222222222222222222 6 4 3 0 33 3 3 444 6 3 1 1 6 7777 1 888 1 77777 44444444444444 2 0 0 66666666666666666666 0 1 0 77777 44 00 444444444444444444444444444444444 3 44 1111111 55 4444444 777 3 4444444444444444444444444444444444 222222 000 111 2 55555 99 1111111111 0 77 0 0 1 44444444444444444444444444444444444444444 000 00 1 66 3 1 555 3 999 4 555555555 4444 777777777777 1 2 2 4 77777
lowQualScore : . . . . . ... .......................... . ..... .. . ......... . .. ..... . ...... . . ......... . .... . ................. . . . .... . . ................... . . . . .. . . ... . . . . . .... . ... . ..... .............. . . . .................... . . . ..... .. .. ................................. . .. ....... .. ....... ... . .................................. ...... ... ... . ..... .. .......... . .. . . . ......................................... ... .. . .. . . ... . ... . ......... .... ............ . . . . .....
lowQualScore : 8 1 4 6 8 999 99999999999999999999999999 0 44444 44 1 000000000 0 66 11111 6 555555 6 6 111111111 6 1111 3 33333333333333333 3 9 2 3333 8 5 2222222222222222222 2 8 1 2 99 1 1 333 2 3 8 3 2 9999 4 888 1 88888 11111111111111 2 8 8 77777777777777777777 5 0 4 88888 22 66 777777777777777777777777777777777 3 66 8888888 00 4444444 888 1 1111111111111111111111111111111111 000000 222 777 5 88888 22 2222222222 7 99 1 4 9 00000000000000000000000000000000000000000 000 33 6 11 6 0 888 8 222 6 999999999 8888 222222222222 0 9 9 0 11111
consensus : ACGGTCAATGNAAACGCACCATGAGATATACTCGTT-TATTTTGATA-C-G-T-TNTA-----TACCTA---ATTTT-GTCN----AAATTGAACATAAAATAAAGTTTA---------AGAGNTTTTT-AACGAATG-----GCCAATAGAAG-AAACAA------TGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAATTGT---CA--TTGCCTTAAATG-T----TGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCGTTTGCGTTCA----CTACCG-CT--TG-CA-TCTG--C----GTCTCATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CNATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCATCTAT----G-AA--C-AGC-C-GGGCGNCGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG--CAAGGNACAGCTA-TG--CAT--G-----CAC--A-T----GNA-GAGTG-GAATGCCATCCCN-CAAT-------AC--CG-------AAT---ACGA---CT----------TNT--T---CGG-------TAG--TGA-ACGC--AAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--ACT--GAT----TTTCACCCTTCAACA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAAA-------GTTTC-AT-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGC-AAAAAAGT-TC-TNAAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA----AA-AATAGGTANAGCAGTATCG-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
Reference ( family-3004 ) : ACGGTCAATGAAAACGCACCATGAGATATACTCATTANATTTTGATA-C-G-T-TNTA-----TACCTA---ATTTT-GTCC----AAATCGAACATAAAATAAAGTTTA---------AGAGNTTTTT-AACGAATG-----GCCAATAGAAG-AAACAA------TGAAATGTGAGATTTTT-GT-GGAATTGT---CA--TTGCCTTAAATG-T----TGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCGTTTGCGTTCA----CTACCG-CT--TG----TCT---C----GTCTCATACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CGGT--A-T-T-G-G-GGATGGCATTCCACTCTT-CAATAAGT-CCAG--ACAATAACGTCTGAGTTTCTGAGACAG---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTT--C---C--AGACCTGAGCCCTATCGAGCATCTAT----G-AA--C-AGC-C-GGGCGNCGGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATC---AACAG--CAAGGCACAGCT--TG--CAT--G-----CAC----T----AGA-GAGTG-GAATGCCATCCCN-CAAT-------AC--CG-------AAT---ACGA---CT----------TNT--T---CGG-------TAG--TGA-ACGC--AAACG---GTGGTCACACACGGTACTGA--TTTGTGA--ACT--GGT----TTTCACCCTTCAACA--TTTAAGGCAATGAAATTC--C---------ACAAAA-------GTTTC-AT-T---T--TCTTCTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGC-TC-TNAAA---CTT---TATTTTATGT----TC---A--A-TTTTGACA----AA-AATAGGTANAGCAGTATCA-AA-ATATAATGAGTATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|1 : ACGGTCAATGAAAACGCACCATG------------------TTGATA-C---T-TGTA-----TACCTA----TTTT-GTCC----AAATTATGCATAAAATAAAGTTTATCTAGTCTAAGAGCTTTTT-AATAAATG-----GCCAACAGAAG-AA-CAA------TGAAATGTGAGCTTTTT-GT-GGAATTA------------CTT---TG-T----TAAAGGGCA-----------------AATATCAAAGTTCACAAATCAGTTCCCTGTGTGGC-CATCATTTGCGGTCA----CT---G-CT-------------------ATCTCACACTGCGAATAAGACG-TTGTATT-CAGT--A-C-T-G-G-GAATGACATTCTCCTCTT-CTGTAAAT-CCAG--ACAGCAGCAGCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAAC------GGTTCTGCCCTGACTATCGTT------------GAT-TAAACCCTATCGAGCATCTGTATTGG-AT--C-A--------CGCCAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGACC---AACCG--TACGGCACAGCT--TG----T--G-----CA---------------AGGA-GAATGCCGTCCCAGTTAC-------AC--CG-------AAT---ACAA---CT----------TTT--T---CGG-------TAA--TTA-ATGC--AAATG---GTGGTCACGCACGGTACTAA--TTTGTGA--ACTTTAAA----TTTAACCCTTTAACA--TTTAGAACAATGACATTC--A---------AGAAAA-------GTTTA-A----------CATGTATTGG---CCATTCGTTAAAAAAGT-TC-AAAAA---CTT---TGTTTTGTGT----TC---A--T-TTTTGACA----AG-ATTAGGTATAGCAGTACCG-AG-ATATAATGAATATA-----CTTCATGTTGCGTTTTCATTGACCGT
gi|10 : -AACAAATG-----GCAAATACAAG-ACAAAA------TAAAATATGAGATTTTTTGG-GGAATTGTATTCAATTTGCCT-AAGTG-T----TTACGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAC-CATCGTTTACGTTCA----CTACCG-TT--TT----TCA---CCAAAGTCGCATTCTGTGAATAAGACG-TTGCATT-CGGT--A-T-T-GCG-GGATGACATTCCACCCTT-
gi|11 : caacaactgcT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACCTGAACCCTTTGAAGCTTTTAT----GCAA--CAAGCTC-AGGCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACAA--CAAGGCACAGGTAGCG--CAT--G-----CTCTGA-T----AGACGAGTG-GGACGCCATCCCA-TAAT-------AC--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|12 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaT-TCAGCAACAATAACGTCTGAGTACCTGGGTCAA---AACAACTTTC-AAGTTCTGCCCTGGCCAGCGTTTTCGC---C--AGACCTGAACCCTTTGAAGCTTTTAT----GCAA--CAAGCTC-AGGCAGCGAGTGCACAACGGATGTTACGTCATA---AACAA--CAAGGCACAGGTAGCG--CAT--G-----CTCTGA-T----AGACGAGTG-GGACGCCATCCCA-TAAT-------AC--agg
gi|13 : acggctcggcgatatgttgacgaaatcttggaaccgtgcgttgtgcactatcttcaagatcatcatgacgtcacgttgtttcagcacgactttcctaggccacaTACAACAGGCGTCACGTGATC---AAAAG--CA-GGTACAA-----A--CAC--T-----TAT----T----TAA-GAATG-GAATGCCATTCCT-TAAT-------AC--CG-------AAT---ACAA---GC----------CAA--A---CGG-------TAG--TGA-ACGT--AAACG---GTGTTCACACACGGTACTGA------------------T----TTTCACCATTCAACA--TTTAAGACAATGGAATTC--C---------ACAA----------TTTCAATGT---T--TCTTCTATTGG---ACATTCG--ATAAAAGC-TCTTTAAA---C------------TGT----T----A--A-TTTT----------------GTATGACAATATCA-AA-CTTTAATGAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTTCATCGACCGagg
gi|14 : AATGAAAACGTACCATCAGATATACTCAT---ATGT-AATA-C---T-GCTA-----TCCCAA---ATTGT-GTCC----AAATGAAACATACAATTAA---TA---------AGAGATTTTA-AAC-AATGTGTTAGCCAATAGAAG-GAACAA------TGAAATATTAGCAGTGT-GT-TAAATTGT---C----TGCCATTAATG-T----TGAAAGGTG-----------------AAAATCAA-GTTCACAATTCAGTAAAGTGTTTGAC-GATCGTTTACGTTCA----CTACCG-TT--TGGTATTTC---C----GTCGCTTACTGCCAATACAACT-TTGTATT-CGGT--gc
gi|15 : tgCAGTCAATGAAAATACACCATAAGATATTATCGTTATATTATGATACC-G-C-TATA-----TACCT----GCTTT-GTCA----AAATTGAACTTGAAATCAAGTTTA---------AACGATTTTT-AACGAATA-----GCCAATAGAAGAAAATAATGAAATTGAAATGTTAGGTTTTT-GT-GGAATT-C---CA--TCGCCTTAAATG-TTTAGTGAAGGGGG-----------------AAAACCAAAGGTAACAAATCAGTACATTGTGTGAC-CACCGTTTGCGTTCA----CTACTG-CT--TG----
gi|16 : gGTCAATGTTAACAAACCATGAAATACACTCATTTTATTTTGATA-C---T-GCTG-----TACCTA---TTTTTTGTCA----AAATTGAACAAACCATAAAGTGTA---------AGAGCTATTG-AACAAATA-----GACAAAAGAAG-AAACAA------TGGAATCTGAGGTTTGT-GT-GA---TGT---CA----G-CTTAAATGAT----TAAAGGCT--------------------AACC---GTTCAGAAATCAGGACTGTGTGCCGT-CATC-TTTGCGTTCA----CTACCG-CT--TGACA-TCTG--C----GTCTCATACTGCgcaactg
gi|17 : aa-T---T--TCTTCTTTTGG---CCTTTCGC---AAAAGT-TC-AAAAA---CTTCTTTATTTTATGT----TGTTAA--A-TTTTGACA----AT-AATAGGTAAAGCAGTATTG-AA-ATATAACGGGTATA-----TCTCATAGTGCTTTTTCAGTGACCGT
gi|18 : ccaagctaatgtatggtgtgcattggcaattttacttgttttcaaatgGTCAATATAAACGCACCATTA-ATATG------------TGATA-CTG-G-TGTAGGGGATACGT-----TTTT-GT--------A--GAA---AAAATA----TTA---------AAAGCTTTTTTAATGAATG-----GCCAATAGAAG-AAAACA------TAAAATGTGAGATTTTT-AT-GGAATT-T---TA--TTGCCCTAAATG-T----TGAAAGGGG-----------------GAAA------TTCCCAAATCA---------GTGAC-CATCGTTTGCGTCCA----CTACCA-CT--TG----cagtatttgcctaatatcattatatatcatttattgagtaatatcaatttcttcttcaatggtatttg
gi|19 : GACGCAGGGTCTACAATAGTGGTCATCAGATCCAAAACAG--TCAG---CAGCT--GGTCCA---GTTTCTCAC----C----GAC-GAATG-GGATGCCATCCCA-CAGT-------AC--CA-------TAT---ACAA---C
gi|19 : tctgtgggtcaagctctCAATACCATGTGTGTC-CACCCCTGGCAT-CAAGAGTTGCC---T--TGCA--TCTG--C----GGCACATACTGCATATTTTGCG-TTGTATA-TGGT--A-C-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CGGTGAGgcaaaatatgcagtatgtgccgcagatgcaaggcaactcttgatgccaggggtggacacacatggtattgcgtctgt
gi|2 : tctgtgggtcaagctctgacgcagggtctacaatagtggtcatcagatccaaaacagtcagcagctggtccagtttTGTGTGAC-CACCGTTTGCATTCA----CTGCTG-TT--TGACA-TTTG--T----GTCTCATACTACTAACACGACG-CTGTATA-GTGT--A-T-T-G-GAGGATGGCAATTCATTGTT-CAATAAAT-CCAG--A--ATGACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACGTTC-AAGTTCTGCCCTGGTCGACATTTT--TTGGC--AGATTTCAATCCTTTCGAGCATCCATT---G-GA--C-----C-GGAAGTTAGAT-TACAACGGGCGTCACGTGA---------G---AAG---CGGCT--TG----T--G-----CA---------------AGTACAAATGCCATCCTC-CAAT-------AT--TA-------AATTCAACGT---CT----------TAT--T---CA--------CAG--T---ACG---AGACGCACGTG--C-CAAGCGGTAATGA--AC-GTAA--AC---GGT----AGTCAC--TT--ACAGTTTTAATT---TGAGAT---------------------------GTTTC----------------TATTGG---CCAGTCATAAAAAACGC-TC-TAAAAACGCTT---T----TATGT----TT---A--A-TCTTGACA----AA-AGTATGTATAGCAGTATCA-AA-ATTTAATAAATATA-----TTTCATGGTGCGTTTACATTGACTGTcgtctgt
gi|21 : A---CTTG--TATTATATGTGTCGTC---A--A-TTTTGTCA----AA-AATAGGTACGGCATTATCT-AA-ATATATCAAGTATATTAATTTTCAT-GTGCGTTTTCAATGGCta
gi|22 : ctCCCTTCAACA--GTGAAGGCAATGTGATTC--C---------ACAAAACCCAC--ATTTC-AT-TAATT--TCTTCTATTGG---CCATATGCTAAAAAA-C-TC-TGAAA---CTT---TATTTTATGT----TC---AATA-TTTTGACA--------------AGAGCAGCATCA---------------ATA-----TTTCATGGTGCGTTATCATTGACCGTttcgtcagtataattatatttctttatttcgtatattgcactttgttgtgcatagcgtttg
gi|23 : gg-CCAG--A--ATAACATCTGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTTTC-AAGTTCTG
gi|24 : ttgcagcttagcgatacactgatgaaaacttggaaccgaacattgcctcttagaacaaagtgacgactgttttaacaaaaaaacactaacctgcattcagAAGA-CC-CTGAA---CAT---TAAATTAT-T----TC---A--G-TTTTGACATCC-AA-AA--AGTAAAGCAGTCTAG-AT-ATATAATAAATAAA-----TTTCATGATGCGTTTTCATTGACCGac
gi|25 : tgtTT-AAGGAATG-----ATTAATAGAAG-AAATAA------TGAAATACGAGATTTT--GT-GGACTTTT---C---TTGCATTAATTG-C----TGAAGGCTG-----------------AACATCAAAGTTCACAAATCAGTACCGTGTGTGA-----CATTTGCATccagtatatattaacaacatatgttatttaaaaa
gi|26 : tgataaaacagACTGTTTACATCTA----CTACAGACTGGCG----TCTA--C----GCCTCATACTGCGGATGTGACA-CTG-ATTCCTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAAC
gi|27 : acaACTGTTTACATCTA----CTACAG-AT--TGGCA-TCTA--C----GCTTCATACTATGGATGAGACAATTA-ATC-CTGT--A-T-T-GTG-GGATGGCATCCCATTCGT-CTATCAGT-tagtg
gi|28 : cagttagatcaggtACTGTTTACATCTA----CTACAG-AC--TGGCA-TCTA--C----GCCTCATACTGCGGATGAGACG-CTGAATC-CTGT--ATT-T-T-G-AGATGGCATCCCGCTCGT-CTATCAGTACCTG---CACTAACtagt
gi|29 : caTCTAT----G-AAACC-AGC----AGCGTCAGGTGTACAACGGGCGTCACGTGATT---AACAG--CAATGAACAGCG--TG--TGTAAG-----CAA----T--------TAGTG-GAATGCCATCCCC-CAAT-------AT--CA-------AAT---AC
gi|3 : GCTCTGTCCTGGTCAGTGTTTT--C---CTAAGATTTAAGTTCTATCAATCAACT------------------T-GGACGCCGGGTGTACAATGGGCGTCACGAGAGC---AACAG--CAAGAATCAGCT--TG--CATAAG-----CAC----TTAATGAA-GAGTG-TAATGCCATCCCC-CAATTATGAATACAACGTCATAGCAGT---ATGA---CTGAGACGCAGATGT--CAAGCAG-------TAG--TGA-ATGC--AATTG---GTGGTCACACACGTTCCTGA--TTTGTGAACACT--GAT----TTTCGCCATTCAATA--TTTAAGGCTTTGAAATTC--T---------ACAAAAATATCACGTTTCAATGT---T--TTTTCTATTGG---CAATTCACAAAAAAAATATC-TAAAA---CTT---TATTTTATTT----TA---A--ATTTTTGACA----AA-ACTATGAATAGCAGTATAA-AA-ATATAATGA-----------------ATGTGTTTTTATTGACCG
gi|30 : gtcgaggatacctagattaaccacgtccttAAGT-TC-TAAAT---CTT---TATTTAATGT----TC---A--A-TTAAGACA----AACAATAGGTTCATCAGAATCT-AA-CTACAATGTGTATA-----TGCCATGGTGCGTTTTTGTGAACTGTcca
gi|31 : ATGGGTTCAGCAATATCACAATATATAATGATTATA-----TGTCATAGTGCGTTTTCATTGACCcagtg
gi|32 : acT--A-TAT-G-G-GGATAACCTTCCACTTTCACAATAAGT-CCAGT-ACAATA-CAT--GAGTTTCTGAGATAGAACAACAACGATC-AAGTTCTGCttcagtatatttctgtaatacctaaacattataaaatgaata
gi|33 : gatactagtatata----TGAAGGGTG-----------------AAAATCAAAGTTCACAAATCAGTACCATGTGCGACTCACT-TTTGCGTTCA----GTACCG-CT--TGCCA-TCTG--C----GTCCAAAACTGCAAATAAG
gi|34 : AAGT-CC-TTGAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-AAT---TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|35 : tAAGT-CC-TTGAA---CAT---TATTTTATCT---------A--G-TTTTGACATCCAAA-AAT---TTGAGCAGTGTCA-AA-ATATAATGAATATA-----TTTTATGGTGCG--TTCAATGACC
gi|36 : tCATCACAAGATC---AACAGTGCAAG---CA-CT--T---------------AT----T----GTA-AAATG-GAATGTTA-CCCT-GAAT-------AC--CG-------AAT---TCTA---CG----------TCT--T---
gi|36 : aaTAAGACG-TAGAATT-CGGT--A-T-T-C-A-GGGTAACATTCCATTTTA-CAATAAGT-a
gi|37 : aacatcacaagatcaacagtgcaagcTTTGACA----AA-ACTAGGTATAGCAGTATTA-TG-ATATAATGTGTACA-----TTTCATGGGGTGTTTTCATTG
gi|39 : -AA--C-AGC-TTGAACGTCAGGTGTACAAAGGATGTCA-----------ACAG--CAAGAAACAGCc
gi|4 : caTCAGTAAAAACACACCATGAAATATATTCATTACATTTTGATA-CTG-T-TTTA-----TAT------ATTTT-GTCA----ACATTGAATATAAAACAAAGTTAA---------AAAGGTTTTT-AATGACTG-----GCCAAAAGAAG-AAACAA------TGAAATGTGAGACTCTT-GC-GGAATT-T---CA--TTGTCTTAAATG-T----TGAAGGATGAATTCTGTTGAAGGATAAAAGTCAAGGGTCACAAATCAGTACCGTGTGTGAC-CACCGTTTGCGTTCA----CTGCTG-CT----------------------TCATACTGCGAATAAGACA-GTGTATT-CAGT--A-T-T-G-GTATATGGCATTTCTATCTT-CAATTAGT-
gi|5 : aggtgttcaatgcgcgcaacgcgaatcaacaacaatgaacaacttgtgcgagcGAGTTTCTGAGACAG---AATAACTT----AGTTCTGCCCTGGCCAGC--TTT--------------TAAGCCCTATCAAGCTTCT------------------T-GGATGGCAGGTGTACAGTGGCTGTCATGTGACC---AACAT--CTAGGAACAGCTAATG--CAA--G-----CACATATT----GCA-GAGTG-GAATGtggtcaatgtatacaaacattaacaaaaattgttttatcttttgttatattcaaataaaccc
gi|5 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgaC---AACAT--CTAGGAACAGCTAATG--CAA--G-----CACATATT----GCA-GAGTG-GAATGCCATCCCC-CAAT-------AC--TG-------AAT---ATAATGTCT----------TAT--T---C-G-------CAGCATGAGAGGCCAAAGCA---GTGGTCAAAAACGGTACTGA--TCTGTGA--AC----------TTTCAACCATCAACA--TCAGAGACAATTAAATTC--nnnnnnnnnncaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgccatcccccaatactgaatataatgtcttattcgcagcatgagaggccaaagcagtggtcaaaaacggtactgatctgtgaactttcaaccatcaacatcagagacaattaaattc
gi|6 : tcagagatacactgatgaaaacttgaaactgtgcgttaagcctttctaagacaccaccatgatgtcatgttgtttctgagagtttctgagacagaataacttagttctgccctggccagcttttaagccctatcaagcttcttggatggcaggtgtacagtggctgtcatgtgaccaacatctaggaacagctaatgcaagcacatattgcagagtggaatgnnnnnnnnnn--C---C--AGACCTGAGCTCTAATGAGCATTGAT----G-AGACC-AGCTC-GGGCGGCGAATGTACAACGGACGTCACGTCATA---AACAA--AAAGGCACAGTTAATG--CAT--G-----CACTTA-T----AGACGAGTG-AGATGTAATCCCA-CAAT-------AT--AG-------GAT---TCAA---CG----------TCTCGT---CGGCAGTCTCTAG--CAG-ACGC--AAACG---GCGGTCACACTCGTTACTGAGTTTTGTGA--ACT----TTCAATTTCACCCTCCTTTA--TTT-AGGCATTAAAATTCAGCTCAGATGCGATAAAA---------TCC-AC-T---TGCTCTTTCA--GGAAACCTTTGGT-----AAGT-CC-CTGAA---CAT---TATTTTAT-T----TC---A--A-TTTTGACATCC-AA-A--AAGTAGAGCAGTAT------ATATAATAAGTATA-----TTTCATTGTTGGTTTCCATTGA
gi|7 : tcgATGGTCAACGTAAACTTATCATGAAATGTACTCGTTTAATTTTGGTA-C-AAC-TATA-----CATCTATACATTTT-TTTTTTTTAAATTGAACATAAAATACAGTTTT---------AAAGCTATTT-TACGAATG-----ACCAATAGAAG-AAACAA------CGAAATGTCAGGTTTTT-GT-----TT-C---CA--TTGCCTTAAATG-T----TTAAGGAGG-----------------ACAATCAAAGTTCACAAATCGTTACCGCATGTA---CACCATTTACGTTCA----C----G-CT---A----TCTA--C----CTCTCATGCTGCGAATAAGATGATTGTTTT-CGGT--A-T-T----------------TACTCTT-CAATAAGT-CCAG----AATAACATTTGAGTTTATATGACAG-----------TCAAAGTTCTGTTCCGGCCCGCGTTTT--T---C---------GGCTCTATCGCGCACC
gi|8 : ACGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGTCATTATATTTTGATA---G-TACTTA------ACCTA---ACCTC-GTC-----ACGGCGAGCATAAA-TAAGGCTTT---------AGAGGTTTT--AACGAAGG-----ATTAATAGAAG-AAACAA------AGAAATGTAAGACTTTT-GT-GGAGT-GT---TA--TAATCTTACAT--T----TGCAGT-TG-----------------AAAATCAAATTTCATAAATCAGTATCGTGTGTAGC-CACCGTTTGCATTCA----TTACCA-CT--TGGTA-TCTCTGC----GTCTGGTACTTCGAATGAGACA-TTGTATC-CGGTGCA-A-T-G-G-GG-TGTTATCCCCCGCTT-CAATAAGT-ag
gi|9 : -AACGAATG-----GCAAATACAAG-ACAAAA------TAAAATATGAGATTTTT-TTAGGAATTGTAATCAGTTTGCCT-AAGTG-T----TTACGGATG-----------------AAAATCAAAGTTCACGAATCAGTACCGTGTGAGAT-CATCGTTTGTGTTCA----CTACCG-TT--TT----TTA---CCAAAGTCGCATACTGTTAATAAGACG-TTGCATT-TGTT--A-T-TAA-G-GGATGACATTCCACaaataaatgaagcagtagtagtagttttacgtgttataaacaaaacc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACATCACGAACGATGCGGGGGGGGGGGGGGGAGTTTAATGAGACAGGGTGCCACCACAATACAACAACCCTCACAGTGGTTTAAGGAAACCTGACACCTAGGCGATACATTGATGAAATCTTGGAACCATGCGTGAGGCCCTTTCTTA
Unaligned ( gi|38 ): TTTAGGCATTGAAATTCAGTTCAAATGCAATAAAATCCATTTGCTCTTTCATGAAACATTTGT