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Reference ( gi|1 )            :  ATTATTTGTTGAAGTTAAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTAATTCTTGTTGTCTA-TAATTGATG-TCG-TTGGTTC-TTGAAA--GCTTA---TGGTTA-ATGGTTCCCCGTCGGT--AGAAATCCCGTCGCTGA----------------A-------GGTG-----TGTTA----AC----TGCCG-C------TTA--GTACACCGCT-G-T-TACC--TTGTGC----T-CTGGTGGTT----AA--ATCTAAACA-ATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAAT-CATGTC--ATGCAG-TA-T-TAAAAAGT--CCATTTA--TGCAAAGT-----TGATG-GA--TTAAGAT-GAC---GAT-ATGA-CGATCCGGTTAAAAAGATTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAACC
gi|2                          :  ATTATTTGTTGAAATTGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTATTCCTTGTAGTCTA-TAATTGATG-TCG-TTGGTTA-TTGAAA--GCTGG---TGGTTA-ATGGTTCCCCGTCGGT--AGAAATCCCGTAGCTGA----------------A-------GGTG-----TGTTA----AC----TGCCG-C------TTA--GTGCACCGCT-G-T-TACC--TTGTGC----T-CTGTTGGTT----AA--ATCTAAACA-ATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAAT-CATGTC--ATGCAG-TA-T-TAAAAAGT--CCATTTA--TGTAAAGT-----TGAAG-GA--TTAAGAT-GAC---GGT-CTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCA
gi|4                          : gATTGTTT--TAAAGTCGATGATTCTTGAAG---TTAATTGGTCATTGATGATTA-TAGTTGAAG-TCA-TTGGTTC-TTGAAC--GCTGG---TGATTA-ATAGTTCCCCGTCGGT--AGATATCTCGTCGCTGA----------------A-------AGTG-----TGTTA----AC----TGCCA-C------TTA--GTACAACATT-G-T-TGCT--TTGTGC----T-CTGTTTGTT----AC--ATTTAAACA-TTCCTTTCTAGGAACACATT-AAAAA-CATGAC--ATACAG-TA-G-GAAAAAGT--CCTTACA--TGTAAAAT-----GGATGTGA--CTTGGAT-GA
gi|3                          :  ttgATTCGTTG---TCGAAAATTCTTGAAGAAGGTTATTAATCCTTGTAGATTA-TAGATGACG-TCG-TTGGTTC-TTGAAA--G--TAAGGTGGTTT-ATGGTTCCCCGTCGGT--AGAAATCCCGTCGCCGA----------------A-------GGTG-----TGTCA----AA----TGCCG-C------TTA--GTACACCGCT-G-T-TGCA--TTATTC----T-CTGTTAGTT----AC--ATATAAACA-ATCCTGTTTAGGCTCGTGTA-AAAAT-CATGTC--ATGCAG-TA-T-TAAAAAGT--CCATAGA--TGTCAAGA-----GAATG-GA--TTAAGAT-GAC---GAT-CTGA-CGATCTTGTTAAAAA-----------------------CATGAGACAATTGAATCATCACATCAAt
gi|24                         :                                 gGTTGAT-GATTCTTGAAGT-----AGTTGAAG-TCG-TTGGTTC-TTGAAA--GCTGG---TGAT
gi|5                          :                                       ggtcgctTTGATGCGTC-TAGTAGATG-GCGATTAGT-C-TTGAAG--GCTTG---TGGCAA-A--GTTCCCTGTCGTT--TGAATTCACGTTGTTGA----------------AATCCC--AATG-----TGATT----GT----TGCCA-TCATACATTATTATACACCGCT-G-GATA------GTGTAATAT-TTGCTG-------AC--ATCAAAACG-ATCTTTTCCAGGGCCACGTT-AAAAA-AATATCGAATACAA-T
gi|9                          :                                                   GTCTAGTA---GATGGTCA-TCAGT-C-ATGAAG--GCT------GGTGA-A-GGT-CCCCGTCGGT--TAAATTTCCGTTGCTGAGCTGAAGTCCTAAGATG-------GGTGT----TGCTATCATAC----TG-TA-T------TT----TGCAGCGTTGG-T-TACT--TT-T-C----T-CTTGTTGAC----AT--A---AAACG-ATCCTGTATTGGGCCCCGTT-AAAAG-CATATCGAATACAATTC-T-TAAAACATCGCCA--CA--TGTAAGGT-----ccaggtgcaaggtgtatgtgacctgaattaccagctgcacttcacgatttcaccgctatctcgtgtagtggag
gi|18                         :                                                   gttgaatattaGATG---A-TTGGTTC-TTGG------------TGGTTAGATG-TTCCCCGTCGTT--TAGATTCCTTTCGCTgtgggcgacctggtaaaattac
gi|8                          :                                                    tagttatgttgattcttgagTGATTCATTGAAGATGCT-------GTTT-AT--TTCCTAGTCGATTCAGGTA-CCCGTCGCTTA----------------ACTCCCAAGGTGGA---TATCA----CCATGATGCCGTC------TTG--G-ATATTGCC-GAT-TGATGGTTCTGC----T-TCGATGGTT---------TGCAAGCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNN--NNNNNT-TA-TGCAAAAAGT--CCATCCA--TGTTTAGT-----AGATGAGACGTT--GGT-GAT---GAT-CTTA-CGATCTGGTTAAAAtagttcccaaggtgagtgtcgccatcttgttgtagtaccgttcgctggatgtgcttcgttgatt
gi|10                         :                                                                    gtagatgaTC-TTGAAG--GCTGG---TGGTTA-A--GATCCCTGTCGCT---GAACTCC-------AA----------------A-------GGGGAGTCTTGCCA----TCA---TGCTG-CG-----TTA---TACGTGGCTGG-T-TA------GTGC----T-TCGTTGGTT----GAC-ATCNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNTCGAATACAA-AA-C-TAAAAAtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                              cgtaaag----TGCTG-T------TTT--CTGTACCGCT-G-T----C--TGTTGA----G-CTGTTGGTTCTTTGC--ATCAAAACG-ATCCTTTCTAGGGCCACATT-TAAAAACATGTT--TTGCAG-CA-T-TAAAAAGT--CCACCCA--TGTAAAGT-----GGATGTGA--CTTGGAT-GAaatcgccacatgtaaggtgtaggcgacctgctaaaattacccctctgcactacacgatttcactgcaacattgtgtag
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gi|14                         :                                                                                                                                                    caattagttccaccgccgtttagttttcgatgaaataaGCCG-T------TCG--CTGTACCGCT-G-T---CCG-TTGAGC----TGTTGGTTGTTT---GC--ACCAAAACA-ATACTTTCTAGGGCCACATT-AAAAA-CATGGC--ATGCAA-TA-T-TAAAAAGT--CAACCCA--TGTAAAAT-----GGGTGTGA--CCTAGAT-GAT----AT-A-GA-TGATtcgcatgataatacaac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                            tcagatggttccaccgccgtttagtcttcgataa--TTTTGC----T-TCGATGGTTTGC-AAGCATANNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNTT--ATGCAG-AA-T-TAAAAATT--CCATCCA--TGTATAGT-----AGATGAGACGTT--GGT-GAT---GAT-CTTA-CGATCTGGTTAAAAtaaaatccacattatgaaaata
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                               tattcaatttccggtcggttgactttacaaggtggttgtcaccatgattctgttcagtaaactgttggttatgtttagctgtccatacaaTT-TAAAAACATGTT--ATGCAG-CA-T-TAAAAAGT--CAACCCA--TGTAAACT-----GGATG-----TT-ACATGGAT---GAT-A-GA-TGATgtgaccagg
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|19 ): GTAGATGATGATTTATTAAAGATGCTGTCTATTTCCTAGTCGATTTGGGTACCCGTCGTTTAACTCCCAAGGTGGATATCATCATAATATCACAATGATGCCGTTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGACTTGTTAAATCTGGCTAAGACAATAATATAACCTCCTCCGTCACGCATGGTTTCAATATTCGTCGTACACGTATTGATGT
Unaligned ( gi|21 ): TAAAAATCGCTACATGCAAGGTGTAGACGACCAATTGAAATTATCCCCTCCACTACACGGTGTCACCGTAACCTAGTGT
Unaligned ( gi|22 ): TAAAAATCGTCACATGTAGAGTATAGAAGAACAGATAAAATTACACTCTTCACTACACAATTTCACCATAACCTTGTGT
Unaligned ( gi|23 ): TTTCCCAAGGTGTGTGCTGTTGGAGGTTACATGGTAAGTTGTTGTTGGTAGAGGCAATAGATGACCTCTTTTGTTG






Alignments
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consensus                     :         ATTATTTGTTGAAGTCGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTGATCCTTGANGATTA---TAGTTGATG-TCG-TTGGTTC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTTGAANT-CCCGTCGCT--G-----A--A----------------GGT--G-----T----G--TCA-ACA---TG---CC-G-C---------TT-A--GTGC-ACCG-CTG-T-TGCC--T---TGTGC----TCC--GTTGGT----T-----A-CATCAAAACG-ATCCTTTCTAGGGCCACGTT-AAAAACATGTC--ATGCAG-TA-T-TAAAAAGTC--CATC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACNTGGATGAT-GATCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
Reference ( family-28 )       :         ATTATTTGTTGAAGTCGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTGATCCTTGAAGNCTA---TAGTTGATG-TCG-TTGGTTC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTNGAANT-CCCGTCGCT--G-----A--A----------------GGT--G-----T----G--TCA-AC----TG---CC-G-C---------TT-A--GTGC-ACCG-CTG-T-TGCC--T---TGTGC----TCT--GNTGGT----T-----A-CATCNAAACG-ATCCTTTCTAGGGCCACGTT-AAAAACATGTC--ATGCAG-TA-T-TAAAAAGTC--CATC----CA--TGTAAAGTGGATGTGATTTAGATGAT-GATCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|1                          :         ATTATTTGTTGAAGTTAAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTAATTCTTGTTGTCTA---TAATTGATG-TCG-TTGGTTC-TTGAAAGCT--TATGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTCGCT--G-----A--A----------------GGT--G-----T----G--TTA-AC----TG---CC-G-C---------TT-A--GTAC-ACCG-CTG-T-TACC--T---TGTGC----TCT--GGTGGT----T-----A-AATCTAAACA-ATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAATCATGTC--ATGCAG-TA-T-TAAAAAGTC--CATT----TA--TGCAAAGTTGATG-GATTAAGATGAC-GATATGA-CGATCCGGTTAAAAAGATTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|10                         :                                                                                     TC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-A--GATCCCTGTCGCT-GAACT-CC---------A-----A--A----------------GGG--GAGTCTT----G--CCA-TCA---TG---CT-G-CG--------TT-A---TAC-GTGG-CTG-G-T-----T---AGTGC----TTC--GTTGGT----TG----A-CATCNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTCGAATACAA-AA-C-TAAAAAAAT--CGCCA---CA--TGTAAGGTGTAGGCGAcc
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gi|18                         :    cactgtggtccgtcttggatcttgaatcttgccggttgatggTTGATTCTTGAGGA----------TGAT-------TGGTTC-TTG---------GTGGTT----AGATG-TTCCCCGTCGTTTAGATT-CCTTTCGCTTAGTTCCCA--A----------------GGTGAG-----T----G--TC---------G---CC-ATC---------TT-G--TTGT-AGTA-CCG-T-TCGC--TGGATGTGC----TTC--GTTGAT----T-----tct
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gi|3                          :     ggtcgctATTCGTTG---TCGAAAATTCTTGAAGAAGGTTATTAATCCTTGTAGATTA---TAGATGACG-TCG-TTGGTTC-TTGAAAG-TAAGGTGGTT----T-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTCGCC--G-----A--A----------------GGT--G-----T----G--TCA-AA----TG---CC-G-C---------TT-A--GTAC-ACCG-CTG-T-TGCA--T---TATTC----TCT--GTTAGT----T-----A-CATATAAACA-ATCCTGTTTAGGCTCGTGTA-AAAATCATGTC--ATGCAG-TA-T-TAAAAAGTC--CATA----GA--TGTCAAGAGAATG-GATTAAGATGAC-GATCTGA-CGATCTTGTTAAAAA-----------------------CATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|4                          :        gATTGTTT--TAAAGTCGATGATTCTTGAAG---TTAATTGGTCATTGATGATTA---TAGTTGAAG-TCA-TTGGTTC-TTGAACGCT--GGTGATT----A-ATAGTTCCCCGTCGGTAGATAT-CTCGTCGCT--G-----A--A----------------AGT--G-----T----G--TTA-AC----TG---CC-A-C---------TT-A--GTAC-AACA-TTG-T-TGCT--T---TGTGC----TCT--GTTTGT----T-----A-CATTTAAACA-TTCCTTTCTAGGAACACATT-AAAAACATGAC--ATACAG-TA-G-GAAAAAGTC--CTTA----CA--TGTAAAATGGATGTGACTTGGATGAT-
gi|5                          :                                                  ttgTTGATGCGTC---TAGTAGATG-GCGATTAGT-C-TTGAAGGCT--TGTGGCA----A-A--GTTCCCTGTCGTTTGAATT-CACGTTGTT--G-----A--AATCCC-----------AAT--G-----T----G------AT----TG---TT-G-CCATCATACATT-ATTATAC-ACCG-CTG----G-A--T---AGTGTAATATTT--GCTG------------A-CATCAAAACG-ATCTTTTCCAGGGCCACGTT-AAAAAAATATCGAATACA-------------------ATC----CAGGTGCAAGGTGTATGTGACCTGAAT
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gi|7                          :                                                                                                                   caaggcatgtgctgtggtaagtttctgtagttgatgctgttggtagaggctatagatgacctttattgttgtat--TCA-ATA---TG---CT-G-T---------TT-T--CTGT-ACCG-CTG-TCTG----T---TGAGC----T----GTTGGT----TCTTT-G-CATCAAAACG-ATCCTTTCTAGGGCCACATTTAAAAACATGTT--TTGCAG-CA-T-TAAAAAGTC--CACC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACTTGGATGATAGATcgtcactgatggtttccacatttgtcatacacatatttgaatttactttgtcttctgtccatga
gi|8                          :                                                                ccaccgccatttagtctTGATTCATTGAAGA-T--GCTGTTT----A--T--TTCCTAGTCGATTCAGGTACCCGTCGCT--T-----A--ACTCCCAA---------GGT--GGA---T----A--TCA-CCATGATG---CC-GTC---------TT-G--G-AT-ATTG-CCGAT-TGATGGT---TCTGC----TTC--GATGGT----T---------TGCAAGCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNT-TA-TGCAAAAAGTC--CATC----CA--TGTTTAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTTA-CGATCTGGTTAAAAgattaagacaataaaatgaccacctccgccatgcatggtttaaacattcgtcgttcccgtcttgatgttacattattaaccatg
gi|9                          :                                             gtagatgaTTGAATATTAGTCTAGTAGATGGTCA-TCAGT-C-ATGAAGGCT--GGTG-------A-A-GGT-CCCCGTCGGTTAAATT-TCCGTTGCT--G-----A--GCTGAAGTCCTAAGATGGGT--G-----TTGCTA--TCATAC----TG---T--A-T---------TT-----TGC-AGCG-TTGGT-TACT--T---T--------TCT--CTTGTT----G-----A-CAT-AAAACG-ATCCTGTATTGGGCCCCGTT-AAAAGCATATCGAATACAATTC-T-TAAAA------CATCGCCACA--TGTAAGGTGtc
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consensus                     :         ATTATTTGTTGAAGTCGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTGATCCTTGANGATTA---TAGTTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTTGAANT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---ANCATG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TGCC--TTGTGCTCCGTTGGT----T-----A----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACGTT-AAAAACATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACNTGGATGAT-GATCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
Reference ( family-28 )       :         ATTATTTGTTGAAGTCGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTGATCCTTGANGATTA---TAGTTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTTGAANT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---AACATG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TGCC--TTGTGCTCCGTTGGT----T-----A----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACGTT-AAAAACATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACNTGGATGAT-GATCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|1                          :         ATTATTTGTTGAAGTTAAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTAATTCTTGTTGTCTA---TAATTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAGCT--TATGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCG-C-T-T-A--GTAC-ACCG-CT-G--T-TACC--TTGTGCTCTGGTGGT----T-----A----AATCTAAACAATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATT----TA--TGCAAAGTTGATG-GATTAAGATGAC-GATATGA-CGATCCGGTTAAAAAGATTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|10                         :                                                                                      TC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-A--GATCCCTGTC-GCTGAACT-CC---------A-----AA----------------G-------GG--GAGTCTT-GCC---ATCATG---CTG-CGT-T-A---TAC-GTGG-CT-G--G-T-----TAGTGCTTCGTTGGT----TG----A----CATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTCGAATACAA-AA-CTAAAAAAAT--CGCCA---CA--TGTAAGGTGTAGGCGACCTGcc
gi|11                         :                                cgtaaagAAGTTGGTTGA-----GACGA--------ATTG-TG-TAAG-TCTATTC-TTGTAGATT--GTTGTTTCCAGA-A-GGTTCCCCGTTGGTT-------CCATCGCC--G--------------------------------T--T-----TAGTCTTGGATAAG---CTG-T-C-T-G--CTGT-ACCG-CT-G--TCTG----TTGAGCT--GCTGGT-------------------------------TCT---------TT-AAAAACATGTT--ATGCAG-CA-TTAAAAAGTC--AACC----CA--TGTAAACTGGATGTTACATGGATGATAGATctaaaattacccctctgcactacacgatttcactgcaacattgtgtag
gi|12                         :                                                                                                                  ttgtctCCCGTCGCTT-AACT-CCC--------------AA----------------G-------GT--GGA---T-ACC---ACCATGATGTCGTC-T-TGA--ATATTGCCGATT-G--A-TGGT--TT-TGCTTCGATGGT----TTGCAAG----CATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTT--ATGCAG-AA-TTAAAAATTC--CATC----CA--TGTATAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTTA-CGATCTGGTTAAAAgattaaactcagttgtaaatataaacatc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                  ctagtcgattcaggta---AATAAG---CCG-T-T-C-A--CTGT-ACCG-CT-G--T---CCG-TTGAGCT--GTTGGT----T-----GTTTGCATCAAAACACACCTTTTTAGGGCCACATC-AAAATCATGAC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--AACC----CA--TGTAAAATGGATGTGACATAGATGAT-tctt
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gi|15                         :                                                                                          tcagatggttccaccgccgtttagtctTTTCCGGTCGGTTGACTT-TAC--------------AA----------------G-------GT--GGT---T-GTC---ACCATGATTCTG-T-T-C-A--GTAA-AC----T-G--T-TGG---TTATGTTTAGCTGTC----C-----A----TACAAAAACCATTCCTTTTAGGGCCATGTT-ATAAACATATTGAATACAT-TA-T--AAAAATCTGCTTA----CA--TGTAAAGTGTAAGTGA--TGGATG-T-GACCatagatgattaaaatccacattatgaaaata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                          tattcaa--TTCTGCTTCGATGGTATGCT-----AG---CACAAAAAAGATCCTTTCTAGGTCCACTTT-AAAAACATATT--ATACAA-AA-TTAAAAAATC--CCTC----CA--TGTATAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTAA-CGATCTGATTAAAAagg
gi|18                         :    cactgtggtccgtcttggatcttgaatcttgccggttgatggTTGATTCTTGAGGAT----------GAT--------TGGTTC-TTG---------GTGGTT----AGATG-TTCCCCGTCGTTTAGATT-CCTTTCGCTTAGTTCCCAA----------------G-------GTGAG-----T-GTC---GCCATC---TTG-T-TGT-A--GT---ACCG-TTCG--C-TGGA---TGTGCTTCGTTGAT----T-----tct
gi|2                          : tagttatgATTATTTGTTGAAATTGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTATTCCTTGTAGTCTA---TAATTGATG-TC-G-TTGGTTA-TTGAAAGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTAGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TACC--TTGTGCTCTGTTGGT----T-----A----AATCTAAACAATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATT----TA--TGTAAAGTTGAAG-GATTAAGATGAC-GGTCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCA
gi|24                         :                                        gGTTGAT-GATTCTTGAAG-------TAGTTGAAG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAGCT--GGTGAT
gi|3                          :     ggtcgctATTCGTTG---TCGAAAATTCTTGAAGAAGGTTATTAATCCTTGTAGATTA---TAGATGACG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAG-TAAGGTGGTT----T-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTCGCC--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---AA-ATG---CCG-C-T-T-A--GTAC-ACCG-CT-G--T-TGCA--TTATTCTCTGTTAGT----T-----A----CATATAAACAATCCTGTTTAGGCTCGTGTA-AAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATA----GA--TGTCAAGAGAATG-GATTAAGATGAC-GATCTGA-CGATCTTGTTAAAAA-----------------------CATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|4                          :        gATTGTTT--TAAAGTCGATGATTCTTGAAG---TTAATTGGTCATTGATGATTA---TAGTTGAAG-TC-A-TTGGTTC-TTGAACGCT--GGTGATT----A-ATAGTTCCCCGTCGGTAGATAT-CTCGTCGCT--G-----AA----------------A-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCA-C-T-T-A--GTAC-AACA-TT-G--T-TGCT--TTGTGCTCTGTTTGT----T-----A----CATTTAAACATTCCTTTCTAGGAACACATT-AAAAACATGAC--ATACAG-TA-GGAAAAAGTC--CTTA----CA--TGTAAAATGGATGTGACTTGGATGAT-
gi|5                          :                                                  ttgTTGATGCGTC---TAGTAGATG-GC-GATTAGT-C-TTGAAGGCT--TGTGGCA----A-A--GTTCCCTGTCGTTTGAATT-CACGTTGTT--G-----AA----------------ATCCCAATGT--GATTGTT-GCC---ATCATA---CA----T-T-ATTATAC-ACCG-CT-GGAT-AG-----TGTAATAT-TTGCT----G-----A----CATCAAAACGATCTTTTCCAGGGCCACGTT-AAAAAAATATCGAATACA------------------ATC----CAGGTGCAAGGTGTATGTGACCTGAAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                            GTTG------T-----AT---CATCAAAATTATCCTTTA-AGGGTCACGTT-AATAACATGGC--ATACGA-TGGTTAAAAAGTC--TCTC----TG--TGTAAAGTGGATATGACTTAGATGAT-GATCTGGTTAATCTGGTTAAAACAACCCCCTCtaccagctgcacttcacgatttcaccgctatctcgtgtagtggag
gi|7                          :                                                                                                                             caaggcatgtgctgtggtaagtttctgtagttgatgctgttggtagaggctatagatgacctttattTC---AATATG---CTG-T-T-T-T--CTGT-ACCG-CT-G--TCTG----TTGAGCT--GTTGGT----TCTTT-G----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACATTTAAAAACATGTT--TTGCAG-CA-TTAAAAAGTC--CACC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACTTGGATGATAGATcgtcactgatggtttccacatttgtcatacacatatttgaatttactttgtcttctgtccatga
gi|8                          :                                                                 ccaccgccatttagtctTGATTCATTGAAGA-T--GCTGTTT----A--T--TTCCTAGTCGATTCAGGTACCCGTCGCT--T-----AACTCCCAA---------G-------GT--GGA---T-ATC---ACCATGATGCCGTC-T-T-G--G-AT-ATTG-CC-GA-T-TGATGGTTCTGCTTCGATGGT----TTGCAAG----CACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTT--ATGCA--------AAAAGTC--CATC----CA--TGTTTAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTTA-CGATCTGGTTAAAAgattaagacaataaaatgaccacctccgccatgcatggtttaaacattcgtcgttcccgtcttgatgttacattattaaccatg
gi|9                          :                                             gtagatgaTTGAATATTAGTCTAGTAGATGGTC-A-TCAGT-C-ATGAAGGCT--GGTG-------A-A-GGT-CCCCGTCGGTTAAATT-TCCGTTGCT--G-----AGCTGAAGTCCTAAGATGG-------GT--G-----TTGCT---ATCATA---CTG-T-A-T-T--TTGC-AGCG-TT-GG-T-TACT--TT----TCTCTTGTT----G-----A----CAT-AAAACGATCCTGTATTGGGCCCCGTT-AAAAGCATATCGAATACAATTC-TTAAAA------CATCGCCACA--TGTAAGGTGTGGGCGACCTGGtc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CTTCCCAAGATGTGTGCTGTCGGAGGTTGCGTGGTAAGCTGCTGTTGTTGGTAGAGGCAATGCACGGCCACTTTTGTTGTATCATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCTCTTTATGTAAAGTGAAGACGACCTA
Unaligned ( gi|19 ): GTAGATGATGATTTATTAAAGATGCTGTCTATTTCCTAGTCGATTTGGGTACCCGTCGTTTAACTCCCAAGGTGGATATCATCATAATATCACAATGATGCCGTTGA
Unaligned ( gi|20 ): TGACTTGTTAAATCTGGCTAAGACAATAATATAACCTCCTCCGTCACGCATGGTTTCAATATTCGTCGTACACGTATTGATGT
Unaligned ( gi|21 ): TAAAAATCGCTACATGCAAGGTGTAGACGACCAATTGAAATTATCCCCTCCACTACACGGTGTCACCGTAACCTAGTGT
Unaligned ( gi|22 ): TAAAAATCGTCACATGTAGAGTATAGAAGAACAGATAAAATTACACTCTTCACTACACAATTTCACCATAACCTTGTGT
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lowQualScore                  :                5   2 2                8           4     0 2222222         4  222       6     4 8 00    0  222222222              1  2 3   8 0   55555555  7777777777777777777777777777777777 7   444 0 3  000   111 7 66666 333    7  7 2222222222  4    99      555555555555555   44    8     4              5    3      88     111 5          44    8888  44             9   9 7      2       7     4         5 00  0                                           
consensus                     :         ATTATTTGTTGAAGTCGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTGATCCTTGANGATTA---TAGTTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTTGAANT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---ANCATG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TGCC--TTGTGCTCCGTTGGT----T-----A----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACGTT-AAAAACATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACNTGGATGAT-GATCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
Reference ( family-28 )       :         ATTATTTGTTGAAGTCGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTGATCCTTGANGATTA---TAGTTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTTGAANT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---ANCATG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TGCC--TTGTGCTCCGTTGGT----T-----A----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACGTT-AAAAACATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACNTGGATGAT-GATCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|1                          :         ATTATTTGTTGAAGTTAAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTAATTCTTGTTGTCTA---TAATTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAGCT--TATGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCG-C-T-T-A--GTAC-ACCG-CT-G--T-TACC--TTGTGCTCTGGTGGT----T-----A----AATCTAAACAATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATT----TA--TGCAAAGTTGATG-GATTAAGATGAC-GATATGA-CGATCCGGTTAAAAAGATTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|10                         :                                                                                      TC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-A--GATCCCTGTC-GCTGAACT-CC---------A-----AA----------------G-------GG--GAGTCTT-GCC---ATCATG---CTG-CGT-T-A---TAC-GTGG-CT-G--G-T-----TAGTGCTTCGTTGGT----TG----A----CATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTCGAATACAA-AA-CTAAAAAAAT--CGCCA---CA--TGTAAGGTGTAGGCGACCTGcc
gi|11                         :                                cgtaaagAAGTTGGTTGA-----GACGA--------ATTG-TG-TAAG-TCTATTC-TTGTAGATT--GTTGTTTCCAGA-A-GGTTCCCCGTTGGTT-------CCATCGCC--G--------------------------------T--T-----TAGTCTTGGATAAG---CTG-T-C-T-G--CTGT-ACCG-CT-G--TCTG----TTGAGCT--GCTGGT-------------------------------TCT---------TT-AAAAACATGTT--ATGCAG-CA-TTAAAAAGTC--AACC----CA--TGTAAACTGGATGTTACATGGATGATAGATctaaaattacccctctgcactacacgatttcactgcaacattgtgtag
gi|12                         :                                                                                                                  ttgtctCCCGTCGCTT-AACT-CCC--------------AA----------------G-------GT--GGA---T-ACC---ACCATGATGTCGTC-T-TGA--ATATTGCCGATT-G--A-TGGT--TT-TGCTTCGATGGT----TTGCAAG----CATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTT--ATGCAG-AA-TTAAAAATTC--CATC----CA--TGTATAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTTA-CGATCTGGTTAAAAgattaaactcagttgtaaatataaacatc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                          ctagtcgattcaggtaG---CCG-T-T-C-A--CTGT-ACCG-CT-G--T---CCG-TTGAGCT--GTTGGT----T-----GTTTGCATCAAAACACACCTTTTTAGGGCCACATC-AAAATCATGAC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--AACC----CA--TGTAAAATGGATGTGACATAGATGAT-tctt
gi|14                         :                                                                                                                                                                    caattagttccaccgccgtttagttttcgatgaaataaG---CCG-T-T-C-G--CTGT-ACCG-CT-G--T---CCG-TTGAGCT--GTTGGT----T-----GTTTGCACCAAAACAATACTTTCTAGGGCCACATT-AAAAACATGGC--ATGCAA-TA-TTAAAAAGTC--AACC----CA--TGTAAAATGGGTGTGACCTAGATGAT-ttagatgattaaaatccgtcgcatgataatacaac
gi|15                         :                                                                                   tcagatggttccaccgccgtttagtcttcgataaTTTCCGGTCGGTTGACTT-TAC--------------AA----------------G-------GT--GGT---T-GTC---ACCATGATTCTG-T-T-C-A--GTAA-AC----T-G--T-TGG---TTATGTTTAGCTGTC----C-----A----TACAAAAACCATTCCTTTTAGGGCCATGTT-ATAAACATATTGAATACAT-TA-T--AAAAATCTGCTTA----CA--TGTAAAGTGTAAGTGA--TGGATG-T-GACCatagatgattaaaatccacattatgaaaata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                          tattcaa--TTCTGCTTCGATGGTATGCT-----AG---CACAAAAAAGATCCTTTCTAGGTCCACTTT-AAAAACATATT--ATACAA-AA-TTAAAAAATC--CCTC----CA--TGTATAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTAA-CGATCTGATTAAAAagg
gi|18                         :    cactgtggtccgtcttggatcttgaatcttgccggttgatggTTGATTCTTGAGGAT----------GAT--------TGGTTC-TTG---------GTGGTT----AGATG-TTCCCCGTCGTTTAGATT-CCTTTCGCTTAGTTCCCAA----------------G-------GTGAG-----T-GTC---GCCATC---TTG-T-TGT-A--GT---ACCG-TTCG--C-TGGA---TGTGCTTCGTTGAT----T-----tct
gi|2                          : tagttatgATTATTTGTTGAAATTGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTATTCCTTGTAGTCTA---TAATTGATG-TC-G-TTGGTTA-TTGAAAGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTAGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TACC--TTGTGCTCTGTTGGT----T-----A----AATCTAAACAATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATT----TA--TGTAAAGTTGAAG-GATTAAGATGAC-GGTCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCA
gi|24                         :                                        gGTTGAT-GATTCTTGAAG-------TAGTTGAAG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAGCT--GGTGAT
gi|3                          :     ggtcgctATTCGTTG---TCGAAAATTCTTGAAGAAGGTTATTAATCCTTGTAGATTA---TAGATGACG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAG-TAAGGTGGTT----T-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTCGCC--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---AA-ATG---CCG-C-T-T-A--GTAC-ACCG-CT-G--T-TGCA--TTATTCTCTGTTAGT----T-----A----CATATAAACAATCCTGTTTAGGCTCGTGTA-AAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATA----GA--TGTCAAGAGAATG-GATTAAGATGAC-GATCTGA-CGATCTTGTTAAAAA-----------------------CATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|4                          :        gATTGTTT--TAAAGTCGATGATTCTTGAAG---TTAATTGGTCATTGATGATTA---TAGTTGAAG-TC-A-TTGGTTC-TTGAACGCT--GGTGATT----A-ATAGTTCCCCGTCGGTAGATAT-CTCGTCGCT--G-----AA----------------A-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCA-C-T-T-A--GTAC-AACA-TT-G--T-TGCT--TTGTGCTCTGTTTGT----T-----A----CATTTAAACATTCCTTTCTAGGAACACATT-AAAAACATGAC--ATACAG-TA-GGAAAAAGTC--CTTA----CA--TGTAAAATGGATGTGACTTGGATGAT-
gi|5                          :                                                  ttgTTGATGCGTC---TAGTAGATG-GC-GATTAGT-C-TTGAAGGCT--TGTGGCA----A-A--GTTCCCTGTCGTTTGAATT-CACGTTGTT--G-----AA----------------ATCCCAATGT--GATTGTT-GCC---ATCATA---CA----T-T-ATTATAC-ACCG-CT-GGAT-AG-----TGTAATAT-TTGCT----G-----A----CATCAAAACGATCTTTTCCAGGGCCACGTT-AAAAAAATATCGAATACA------------------ATC----CAGGTGCAAGGTGTATGTGACCTGAAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                            GTTG------T-----AT---CATCAAAATTATCCTTTA-AGGGTCACGTT-AATAACATGGC--ATACGA-TGGTTAAAAAGTC--TCTC----TG--TGTAAAGTGGATATGACTTAGATGAT-GATCTGGTTAATCTGGTTAAAACAACCCCCTCtaccagctgcacttcacgatttcaccgctatctcgtgtagtggag
gi|7                          :                                                                                                                             caaggcatgtgctgtggtaagtttctgtagttgatgctgttggtagaggctatagatgacctttattTC---AATATG---CTG-T-T-T-T--CTGT-ACCG-CT-G--TCTG----TTGAGCT--GTTGGT----TCTTT-G----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACATTTAAAAACATGTT--TTGCAG-CA-TTAAAAAGTC--CACC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACTTGGATGATAGATcgtcactgatggtttccacatttgtcatacacatatttgaatttactttgtcttctgtccatga
gi|8                          :                                                                 ccaccgccatttagtctTGATTCATTGAAGA-T--GCTGTTT----A--T--TTCCTAGTCGATTCAGGTACCCGTCGCT--T-----AACTCCCAA---------G-------GT--GGA---T-ATC---ACCATGATGCCGTC-T-T-G--G-AT-ATTG-CC-GA-T-TGATGGTTCTGCTTCGATGGT----TTGCAAG----CACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTT--ATGCA--------AAAAGTC--CATC----CA--TGTTTAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTTA-CGATCTGGTTAAAAgattaagacaataaaatgaccacctccgccatgcatggtttaaacattcgtcgttcccgtcttgatgttacattattaaccatg
gi|9                          :                                             gtagatgaTTGAATATTAGTCTAGTAGATGGTC-A-TCAGT-C-ATGAAGGCT--GGTG-------A-A-GGT-CCCCGTCGGTTAAATT-TCCGTTGCT--G-----AGCTGAAGTCCTAAGATGG-------GT--G-----TTGCT---ATCATA---CTG-T-A-T-T--TTGC-AGCG-TT-GG-T-TACT--TT----TCTCTTGTT----G-----A----CAT-AAAACGATCCTGTATTGGGCCCCGTT-AAAAGCATATCGAATACAATTC-TTAAAA------CATCGCCACA--TGTAAGGTGTGGGCGACCTGGtc


blockSeqs                     :                G   A                                    C ATTAGTC         G  AG        A       C AA    G  CCAGAAG                G  C A   A C   TAGTTCCC  CTGAAGTCCTAAGATGGGTG               A   TTG T A  ATG   CG  G ATTA  ATT    A  C ATTGATGG    G    TC      TTGCAAG           CN    N                    T           GA     ATT G          TG    GCCA  GG             C   C        A       T     T         G CT  A
blockSeqs                     :                G   A                                    G TCTA            .  GA        .       T .     T  AGATG                  G  C .   T C   A         ATCCCAATGTGATTGT                   T   .   A A  ATT   TC  . GAA   AC     .  . GTTACT      G    TC      ATGCTAG           AN    N                    .           GA     AA  .          .     A     .              T   A        A       .     T         A CC  C
blockSeqs                     :                .   .                                    A ATTA            .  G         .       C .     G  AATG                   A  T .   G A   G         CTCCCAAGGTGGA                      .   .   C A  ATG   TC  . GC    GT     .  . ATGGT       G    TA      TTGCAAG           CA    A                    .           GA     GC  .          .     .     .              A   G        .       .     C         . .   .
blockSeqs                     :                                                         A ATTA            .  G         .       C .     G  TATG                   G  T .   G C   G         GGGGAGTCT                          .   .   C A  .     T   . AC    GT     .  . CTGGA       G    TC      TGTTTG            CA    A                    .           GA     GA  .          .     .     .              T   A        .       .     T                
blockSeqs                     :                                                         A CGTC            .  G         .       C .     A  AATA                   G  A .   G C   G         GGTGGA                             .   .   C A  .     T   . GC    GT     .  . TTACC       A    TC      TGTTTG            AA    C                    .           .      GT  .          .     .     .              T   C        .       .     T                
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :         ATTATTTGTTGAAGTCGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTGATCCTTGANGATTA---TAGTTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTTGAANT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---ANCATG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TGCC--TTGTGCTCCGTTGGT----T-----A----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACGTT-AAAAACATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACNTGGATGAT-GATCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
Reference ( family-28 )       :         ATTATTTGTTGAAGTCGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTGATCCTTGANGATTA---TAGTTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTTGAANT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---ANCATG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TGCC--TTGTGCTCCGTTGGT----T-----A----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACGTT-AAAAACATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACNTGGATGAT-GATCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|1                          :         ATTATTTGTTGAAGTTAAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTAATTCTTGTTGTCTA---TAATTGATG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAGCT--TATGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTCGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCG-C-T-T-A--GTAC-ACCG-CT-G--T-TACC--TTGTGCTCTGGTGGT----T-----A----AATCTAAACAATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATT----TA--TGCAAAGTTGATG-GATTAAGATGAC-GATATGA-CGATCCGGTTAAAAAGATTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|10                         :                                                                                      TC-TTGAAGGCT--GGTGGTT----A-A--GATCCCTGTC-GCTGAACT-CC---------A-----AA----------------G-------GG--GAGTCTT-GCC---ATCATG---CTG-CGT-T-A---TAC-GTGG-CT-G--G-T-----TAGTGCTTCGTTGGT----TG----A----CATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTCGAATACAA-AA-CTAAAAAAAT--CGCCA---CA--TGTAAGGTGTAGGCGACCTGcc
gi|11                         :                                cgtaaagAAGTTGGTTGA-----GACGA--------ATTG-TG-TAAG-TCTATTC-TTGTAGATT--GTTGTTTCCAGA-A-GGTTCCCCGTTGGTT-------CCATCGCC--G--------------------------------T--T-----TAGTCTTGGATAAG---CTG-T-C-T-G--CTGT-ACCG-CT-G--TCTG----TTGAGCT--GCTGGT-------------------------------TCT---------TT-AAAAACATGTT--ATGCAG-CA-TTAAAAAGTC--AACC----CA--TGTAAACTGGATGTTACATGGATGATAGATctaaaattacccctctgcactacacgatttcactgcaacattgtgtag
gi|12                         :                                                                                                                  ttgtctCCCGTCGCTT-AACT-CCC--------------AA----------------G-------GT--GGA---T-ACC---ACCATGATGTCGTC-T-TGA--ATATTGCCGATT-G--A-TGGT--TT-TGCTTCGATGGT----TTGCAAG----CATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTT--ATGCAG-AA-TTAAAAATTC--CATC----CA--TGTATAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTTA-CGATCTGGTTAAAAgattaaactcagttgtaaatataaacatc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                          ctagtcgattcaggtaG---CCG-T-T-C-A--CTGT-ACCG-CT-G--T---CCG-TTGAGCT--GTTGGT----T-----GTTTGCATCAAAACACACCTTTTTAGGGCCACATC-AAAATCATGAC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--AACC----CA--TGTAAAATGGATGTGACATAGATGAT-tctt
gi|14                         :                                                                                                                                                                    caattagttccaccgccgtttagttttcgatgaaataaG---CCG-T-T-C-G--CTGT-ACCG-CT-G--T---CCG-TTGAGCT--GTTGGT----T-----GTTTGCACCAAAACAATACTTTCTAGGGCCACATT-AAAAACATGGC--ATGCAA-TA-TTAAAAAGTC--AACC----CA--TGTAAAATGGGTGTGACCTAGATGAT-ttagatgattaaaatccgtcgcatgataatacaac
gi|15                         :                                                                                   tcagatggttccaccgccgtttagtcttcgataaTTTCCGGTCGGTTGACTT-TAC--------------AA----------------G-------GT--GGT---T-GTC---ACCATGATTCTG-T-T-C-A--GTAA-AC----T-G--T-TGG---TTATGTTTAGCTGTC----C-----A----TACAAAAACCATTCCTTTTAGGGCCATGTT-ATAAACATATTGAATACAT-TA-T--AAAAATCTGCTTA----CA--TGTAAAGTGTAAGTGA--TGGATG-T-GACCatagatgattaaaatccacattatgaaaata
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                          tattcaa--TTCTGCTTCGATGGTATGCT-----AG---CACAAAAAAGATCCTTTCTAGGTCCACTTT-AAAAACATATT--ATACAA-AA-TTAAAAAATC--CCTC----CA--TGTATAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTAA-CGATCTGATTAAAAagg
gi|18                         :    cactgtggtccgtcttggatcttgaatcttgccggttgatggTTGATTCTTGAGGAT----------GAT--------TGGTTC-TTG---------GTGGTT----AGATG-TTCCCCGTCGTTTAGATT-CCTTTCGCTTAGTTCCCAA----------------G-------GTGAG-----T-GTC---GCCATC---TTG-T-TGT-A--GT---ACCG-TTCG--C-TGGA---TGTGCTTCGTTGAT----T-----tct
gi|2                          : tagttatgATTATTTGTTGAAATTGAAAATTCTTGAAGAAGTTGATTATTCCTTGTAGTCTA---TAATTGATG-TC-G-TTGGTTA-TTGAAAGCT--GGTGGTT----A-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTAGCT--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCG-C-T-T-A--GTGC-ACCG-CT-G--T-TACC--TTGTGCTCTGTTGGT----T-----A----AATCTAAACAATCCTGTCTAGGGTCACGTT-TAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATT----TA--TGTAAAGTTGAAG-GATTAAGATGAC-GGTCTGA-CGATCCGGTTAAAAAGACTCCATCAACCAGAATGGAGTCATGAGACAATTGAATCATCACATCA
gi|24                         :                                        gGTTGAT-GATTCTTGAAG-------TAGTTGAAG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAGCT--GGTGAT
gi|3                          :     ggtcgctATTCGTTG---TCGAAAATTCTTGAAGAAGGTTATTAATCCTTGTAGATTA---TAGATGACG-TC-G-TTGGTTC-TTGAAAG-TAAGGTGGTT----T-ATGGTTCCCCGTCGGTAGAAAT-CCCGTCGCC--G-----AA----------------G-------GT--G-----T-GTC---AA-ATG---CCG-C-T-T-A--GTAC-ACCG-CT-G--T-TGCA--TTATTCTCTGTTAGT----T-----A----CATATAAACAATCCTGTTTAGGCTCGTGTA-AAAATCATGTC--ATGCAG-TA-TTAAAAAGTC--CATA----GA--TGTCAAGAGAATG-GATTAAGATGAC-GATCTGA-CGATCTTGTTAAAAA-----------------------CATGAGACAATTGAATCATCACATCAA
gi|4                          :        gATTGTTT--TAAAGTCGATGATTCTTGAAG---TTAATTGGTCATTGATGATTA---TAGTTGAAG-TC-A-TTGGTTC-TTGAACGCT--GGTGATT----A-ATAGTTCCCCGTCGGTAGATAT-CTCGTCGCT--G-----AA----------------A-------GT--G-----T-GTT---AAC-TG---CCA-C-T-T-A--GTAC-AACA-TT-G--T-TGCT--TTGTGCTCTGTTTGT----T-----A----CATTTAAACATTCCTTTCTAGGAACACATT-AAAAACATGAC--ATACAG-TA-GGAAAAAGTC--CTTA----CA--TGTAAAATGGATGTGACTTGGATGAT-
gi|5                          :                                                  ttgTTGATGCGTC---TAGTAGATG-GC-GATTAGT-C-TTGAAGGCT--TGTGGCA----A-A--GTTCCCTGTCGTTTGAATT-CACGTTGTT--G-----AA----------------ATCCCAATGT--GATTGTT-GCC---ATCATA---CA----T-T-ATTATAC-ACCG-CT-GGAT-AG-----TGTAATAT-TTGCT----G-----A----CATCAAAACGATCTTTTCCAGGGCCACGTT-AAAAAAATATCGAATACA------------------ATC----CAGGTGCAAGGTGTATGTGACCTGAAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                            GTTG------T-----AT---CATCAAAATTATCCTTTA-AGGGTCACGTT-AATAACATGGC--ATACGA-TGGTTAAAAAGTC--TCTC----TG--TGTAAAGTGGATATGACTTAGATGAT-GATCTGGTTAATCTGGTTAAAACAACCCCCTCtaccagctgcacttcacgatttcaccgctatctcgtgtagtggag
gi|7                          :                                                                                                                             caaggcatgtgctgtggtaagtttctgtagttgatgctgttggtagaggctatagatgacctttattTC---AATATG---CTG-T-T-T-T--CTGT-ACCG-CT-G--TCTG----TTGAGCT--GTTGGT----TCTTT-G----CATCAAAACGATCCTTTCTAGGGCCACATTTAAAAACATGTT--TTGCAG-CA-TTAAAAAGTC--CACC----CA--TGTAAAGTGGATGTGACTTGGATGATAGATcgtcactgatggtttccacatttgtcatacacatatttgaatttactttgtcttctgtccatga
gi|8                          :                                                                 ccaccgccatttagtctTGATTCATTGAAGA-T--GCTGTTT----A--T--TTCCTAGTCGATTCAGGTACCCGTCGCT--T-----AACTCCCAA---------G-------GT--GGA---T-ATC---ACCATGATGCCGTC-T-T-G--G-AT-ATTG-CC-GA-T-TGATGGTTCTGCTTCGATGGT----TTGCAAG----CACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTT--ATGCA--------AAAAGTC--CATC----CA--TGTTTAGTAGATGAGACGTTGGTGAT-GATCTTA-CGATCTGGTTAAAAgattaagacaataaaatgaccacctccgccatgcatggtttaaacattcgtcgttcccgtcttgatgttacattattaaccatg
gi|9                          :                                             gtagatgaTTGAATATTAGTCTAGTAGATGGTC-A-TCAGT-C-ATGAAGGCT--GGTG-------A-A-GGT-CCCCGTCGGTTAAATT-TCCGTTGCT--G-----AGCTGAAGTCCTAAGATGG-------GT--G-----TTGCT---ATCATA---CTG-T-A-T-T--TTGC-AGCG-TT-GG-T-TACT--TT----TCTCTTGTT----G-----A----CAT-AAAACGATCCTGTATTGGGCCCCGTT-AAAAGCATATCGAATACAATTC-TTAAAA------CATCGCCACA--TGTAAGGTGTGGGCGACCTGGtc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CTTCCCAAGATGTGTGCTGTCGGAGGTTGCGTGGTAAGCTGCTGTTGTTGGTAGAGGCAATGCACGGCCACTTTTGTTGTATCATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCTCTTTATGTAAAGTGAAGACGACCTA
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