lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111
lowQualScore : 22 1 11 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 55555555 2222 111111 22222222222222 2222222222 11 88888888888888888888888 444444444444444444444444444444444444444 111111 444444 333 1 1111111111111111111 1 1 333 2222222 11 1 77777777777
lowQualScore : 88 4 4 11 55 11 5 44 2 888888 999 44 555 3 555 44 3 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555555 99 2 33333333 3 55 4444 0 111111 1 3 99999999999999 4 4 99 3 5555555555 77 66666666666666666666666 8 4 1 9 444444444444444444444444444444444444444 555555 9 999999 3 666 6 7 2222222222222222222 0 3 7 222 5555555 3 0 88 0 5 0 88888888888 6
lowQualScore : .. . . .. .. .. . .. . ...... ... .. ... . ... .. . . .................................................................. ...... .. . ........ . .. .... . ...... . . .............. . . .. . .......... .. ....................... . . . . ....................................... ...... . ...... . ... . . ................... . . . ... ....... . . .. . . . ........... .
lowQualScore : 33 0 0 00 55 00 7 22 9 222222 888 22 444 1 444 22 1 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555555 55 8 66666666 2 55 1111 7 555555 3 7 11111111111111 0 0 66 3 0000000000 66 44444444444444444444444 2 4 0 0 999999999999999999999999999999999999999 555555 3 000000 2 888 4 8 4444444444444444444 2 2 8 444 2222222 5 8 55 2 0 7 00000000000 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATG-ATNTTCTTTTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGA--A-TAT------GT-GTA--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATGA-------N-----A---CA-----N-------A-------AT---------ACA------------CATA------TGCAAT-GTTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTG--T-TCGAAATAT------TATAAATGGT--------N-A-CT-A-TA-GTTTTACTTT-AA-AC--AATAGC-ATATTTAAGTTG-TATGT-T-T-TAAAGTCTCACTGT-GGGAGAGATCCATTCTT---TAT-TAAA-AAAA--CA--CANAATAAAAAC---ACGCATAA-NA---GAAANCAAAAA-TACCAACGAAAA--ATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA-A--TTTGTTGCTATTAATGTAGATTG-ATATATG-TTAA-CAANATATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAA
Reference ( gi|1 ) : TATATATAACGTCAGGCATATATACACGTACGAAAGCACGTACTCAGACTCGCTCTCTGGTATTTGCTGATATATAAATATATGACAAGTGTTTTCAGACACCATTCATG-ATTTTCTTTGATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGACCCATGA--A-TAT------GT-TTA--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGAGATGGTATGA-------C-----A---CA-----C-------A-------AT---------ACA------------CATA------TGCAAT-ATTCAGTTTGATACATGTATGCAAGTG--T-ACGAAATAT------TATAAGTGAT--------T-A-CT-A-TA-TTTTTACTT--AA-AC--TATAGA-ATATTTAAGTTATTATGTTTCT-TAAAGACCCACTAT-GAGAGATATCCATTCTT---TATTTAAATAAAA--TA--TAAAATGAAAAT---ATGCATAA-TA---GAAACCAAAAT-TAGCAACGAAAAA-ATCGAGTGAAAATAACCAGATAATACAATTGCATTTATAATTTTGTTTCTATTCATGTGGATTGCTTATAT--TTGA-CAAAATATTTAAATGGAATTATTATTTATTCAAAACCTTCCGAAGTTCGAAAGACATTATAATATTAAATGA
gi|3 : TCAT--ATTTTATT--ATT---AT--T--TTAAGTCAAATATGGCCATTGA--A-TGT------GT-TAA--CATAA---TGCAAAT-ATTAT---AA--CATA-ATTATCAATATTGAGATGGTATAA-------A-----G---AA-----A-------A-------AT---------ACAGTTAGTAAGTAACATA------TGCAAT-GTTCAGTTTGAT----GTA-GCAAATG--TTAC-AAATAT------TATAAATGGT--------A-G-CT-A-TA-ATTTAACTT--AA-A----AAAAACATATTTAAGTTGTTAT-------TAA-GTCTCAGTGTCGAAAGAT--TCATTCTT---TATTTAAA--ACA--CA--CACAAT-AAAAC---ACGCATAA-TA---GAAAACAAAA---AA-AACAAATAGTATCGAGTGGAAATCTGCAAAAAATAAACTTGCATTT--------GTTGCTGTTAATGTAAATTA--TATATGATTAC-CAATATAATTACATGGAATACGTATTTATTTAAAGCCTTTCG
gi|15 : taATGTATATCTTTTAATC--TAT--T--TTAAGTCAAATATGGCCCATGACCG-TAT------GT-T----CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGTGATAGTACGA-------G-----G---CA-----A-------A-------A
gi|18 : a-ATATTCT---ATT--TAT--T--ATAAACCAAATATGGTCCATGA--A-TAT------GT-GTA--CATAA---TACAAAT-ATCTT---AA--CATA-
gi|9 : TTATTTTTTACT--TAT--T--TTAAGCTAAATATGGCCCGCGA--AATAT------GT-TTA--CATAA---TACAAAT-ATGAT---AA--CATA-GTTAACAATAATGAGATTGCATGA-------A-----G---AA-----T-------A-------AT---------ACA------------GTTG-------GTAAT-G---AATT--ATAAACATATGCAA-TG--T-TCAG----T------T-----TGAT--------A-G-CT-A-TA-GTTTTACTT--TA-AC--TGTTGC-ATATTTAAGT-----GGTGTGT-TAAAGTTTCACTGT-GGGAGA
gi|12 : CTTTTATTATTATCAT--TTAAGCCATATATAGCCCATGA--A-TAT------GT-GAA--CATAA---TACAGGT-TTCAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATGA-------TGTAAAA---CA-----C-------AGTTGATTAT---------ATA------------TATA------TGCAATGATTCA-TTTGAaag
gi|19 : taCTTTTATTATTAT--TGTTTAAGCCATATATGGCCAATGA--A-TAT------
gi|10 : aTTTTATT--TAT--T--TTAAGCCTAATATGGCCCATGG--A-TATAATTATGT-GTA--CATGA---TACAAAT-ATCAT---AA--CACA-ATTATCGATAGTGGGATGGTATGA-------C-----A---CA-----A-------A-------AT---------ACACTTGGT------CATAAACATTTGCAAT-GTTCAGTTT--TACATG---GCACGTG--A-TTGACTCAG------TATAAATGG---------T-A-CC-ATTG-TCTTTAtagaaaacaa
gi|11 : gttatatatgTTTTATT--TAC--T--TAAAGCCAAAAATTTCACATGA--A-TAT------GC-GTA--TATAAATATACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAATGAGATGGTATGAAGAAAGAT-----A---CAGTTGGT-------A-------AT---------AAA------------CATA------TACAAT-GTTCCGTTTGATATA
gi|14 : ttatatataTTTCATT--T-T--T--GTAAGTCAATTACGACCCTTGA--A-TAT------AT-ATATTCATAA---TACAAAT-ATCGT---AA--CGTA-ATTATCAATAGTGTGA-GATACGA-------gc
gi|4 : tatttgtttatataT--TAT--TATTTAAGCCATATAAGGCCCATGA--A-TAT------GT-GAA--CATTA---TACATGT-TTGAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATGA-------TGTAAAA---CA-----C-------A-------GTTGATTATAAACAGTGTTA------CATA------TGCAATGATTCAATT-GAT-----TAAGCAAGCA--T-TTGAAATAT------AATAGATG-T--------T-AGCT-A-TAGTTTTTACTT--AGGAC--AATAGG-GTATTT----TAGTAT-----T-TAAAGTCTCACTTT-GGGAGAGATCTATTCGT---TTTTT----------TT--TAAAA--AAAAC---CCGCATAA-GAAAAGAAAGTAAAA---A--AACGAAAA---TC-ATAGAAAATAACCAAATAATA-AA---CAT--ATA--TTTGTTTGTATTAATACTGACT--TTACATG-TTAAATAAAATATTTAAATGAAACTAATATTTGTTCAAAACggggtgttcaaaaacttttgca
gi|2 : atatattaAATCCAAATATGGCCAATGA--A-TGT------GT-GTA--CTTAA---TACAAAT-ATACT---AA--CATA-TTTACCTATAGTGAGATAATATAA-------A-----AAAACAGTCGGT-------A-------AT---------AAA------------CATA------TGCAAT-GTTCAGTTTAATATA-----GCAAGTG--T--C-AACTGT----------AGT--T--------TGA-CT-A-TT-TTGTT--TT--AG-A----GTAGC-ATATTTAAGTTGTTTTGT-------AAGTTTTACTCT-GGGAGAGATCAATCCTT---TATGCAAA--AAG--CA--AATAATAGAAGC---ACACAAAAATA---AAAATAAAACA-TACCAACGAGAA---TCGAG---ACATAACCAAATAATAAACTTGC-TTTA-------GCTGCTATTAATGTAGATTGCACATGT--TAAA-CAACATATTTGGATGGAGTTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAaa
gi|16 : ctcacgttctcaatttaaatataAAATCAATTATGGTCCAAGA--A-AAT------GTGTTA--CATAA---TACAAAC-A--AT---AATGCATA-ATAATCAATGGAGAAATGGTATGA-------------A---CA-----G-------A-------A----------ATG------------CATT------TG-AAT-Atg
gi|6 : tgCATGA--A-TAT------GT-GTA--CATAA---TACAAAT-AGCTT---AA--TATA-ATTATCAATAGTGAGTTGGTATGA-------AGAAA-A---TG-----CGGTTGGTA-------AT---------AAA------------CATAA-----GGCAAT-GTTCAGTTTGATATA-----GCAAGTG--T-TTGAAATAT------TATAAATGGT--------A-A-CT-A-TA-GTTTGACTTTAAA-AC--AATAGC-AT-TTTAAGCTGTTGT-TTTCT-----G----ACTGT-GAGAGAGATCCATTATT---TAT---AATGAAA--CA--CGCAATAAAAA
gi|7 : a-TAT------GA-TTA----TAA---TATAGATTACCATTTTAT--TATAGATTATCATCAGT----TG------------------------A-----T-------A-------AT---------ACG------------CATA------TGATAT-GTTCAGTTTGGTA-------GCAAGTGTTT-GGGAAATATTACATGTATAAGTGGTAGCGTTCAT-A-GTAA-TA-GTTTGGCTTTAAA-AT--AATAAC-ATATTTAAG-----ATGGTTTTATAAAGTCTAACTGT-AAAAGAGATCCATTCTT---TA--TAAAAAAAACTCC--TAAAA-GAA---------CATAA-CA---AAAGCaacaataccaacgagattcgatagaattctgagtaaacacatctttaattcgtt
gi|13 : actatacagtgtattgtgcttatcagtagttcAGTTT----CATATA-ACAAATG--T-TTGACATAT------TGTAAATGAC--------A-G-TT-A-CA-GTTT-A-----AA-ACAATATATATATATTTAAGTTGCTA---------AAAATCTGACTGT-GGGAGAGATCC-TTCTTCTATATATAAA-AAAA--CA--TAAacgagaaggacgacaaa
gi|5 : tGTTTGATATA-----ACAAGTG--T-TTGAAATAT------TATAAATGGT--------A-G-CT-A-AA-GTTTTACTTTAAA-AC--CATAGC-ATAGCTAAGTT---------TT-TAAAGTCTCACCGT-GGGAGCGATCCATTCTT---G--TTAAA--AAA--CA--TATACTAAAAGTGACACGCATGA-AA---GAAAACAAAAA-TACCAAC--AAGA-ATCGAGAAATAATAACCAAATAATA--A----ACTTACAGTT--GTCGCTATTTATGTACATTGTATATGT--TTAA-CAAAGTATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTACGACGTTTAACAG
gi|8 : gATGTATGAAA-----T-AC-AAGTAG------TGTAAAT-AG--------T-A--T-A-CA-TGGTTGCTTT-AA-AC--AATAGC-ACATTAAAG-----ATGTTTTT-TAA-TCCTCACTGA-GGGAGATATCCATTCTT---TGT---AATAAAA--AAGTCATACTAAAAAC---ACGCATAA-AA---GAAAACAAAAAATACCAACGAGAA---TCGAGAGAAACTAACCACATAATTAACTTGCA--------TTTGTTGCCGTTAATGCAGATTG--TATAttttgtatatggacattg
gi|20 : tatgtatgtttcaaatcaatgaaaagTATTCCAAACCTTCCGGCGTTCAGAAG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATGACTCGTGCCTATATTCCCAATAGGGAGATGTCTCTGATCTCTATATGGTGTTTAACTTCCATACATGGATATTTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 33333 111111 11111111 55555555555555 11111 1111111111 111 11 55555555 3333 2 1 1 1
lowQualScore : 2 1 3 55 55 55 2 888888 3 44 555 2 555 33 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444 8 22 33333 2 55 4 000000 88 33333333 3 88 44 888 777 22222222222222 9999 4 44444 4 2 9999999999 0 2 9999 000 3 666 5 5 4 77 1 999 1 7 44444444 1 1 7777 8 4 1 5 3 0 0 0
lowQualScore : . . . .. .. .. . ...... . .. ... . ... .. . ..................................................................... ...... . .. ..... . .. . ...... .. ........ . .. .. ... ... .............. .... . ..... . . .......... . . .... ... . ... . . . .. . ... . . ........ . . .... . . . . . . . .
lowQualScore : 5 0 6 00 00 00 9 222222 1 22 000 9 000 99 9 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 0 55 88888 1 00 3 555555 22 22222222 6 00 99 111 000 44444444444444 4444 4 88888 4 4 4444444444 9 8 6666 000 0 999 7 0 3 77 1 666 7 3 00000000 7 0 8888 0 0 0 0 5 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATNATNTTCTTTTA-TT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTAT-------G-----ANA---CA-----N-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTA-GC--------TA-TAGTTTT-ACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGTTG-T-TGTT--TTA--AAGTCTCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T---TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAAAAC-AAAA-ATACCAACG-AAGA--ATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTT--A--TTTGTTGCTATTAATGTAGATTG----TATATG-TTAAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
Reference ( family-2754 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATGATNTTCTTTTA-TT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTAT-------G-----ANA---CA-----N-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTN-AC--------TA-TAGTTTT-ACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGTTG-TATGTT--TTA--AAGTCTCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T---TAAA-AAAAC----------ACANAATAAAA---ACACGCAT---AANAGAAANC-AAAA-ATACCAACG-AAAA--ATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA-A--TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGA---TATATG-TT-AACAANATATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAA
gi|1 : TCATGATTTTCTTTGA-TT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGACCCATGAA-TAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGAGATGGTAT-------G-----ACA---CA-----C-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATA-TTCAGTTTGATACATGTATGCAAGTGTACG--AAATATTA------TAAGTGATT-AC--------TA-TATTTTT-AC-TT-AAA-CTATA---GAATATTTAAGTTATTATGTTTCTTA--AAGACCCACTATGAGAGATATCCATTC----TT-TATT---TAAATAAAAT----------ATAAAATGAAA---ATATGCAT---AATAGAAACC-AAAA-TTAGCAACGAAAAA--ATCGAGTGAAAATAACCAGATAATACAATTGCATTTATAATTTTGTTTCTATTCATGTGGATTGCT--TATAT--TT-GACAAAATATTTAAATGGAATTATTATTTATTCAAAACCTTCCGAAGTTCGAAAGACATTATAATATTAAATGA
gi|10 : tatatataacgtcaggcatatatacacgtacgaaagcacgtactcagactcgctctctggtatttgctgatatataaatatatgacaagtgttttcagacaccatTTTTA-TT--TAT--T--TTAAGCCTAATATGGCCCATGGA-TATAATTATGTGT-A--CATGA---TACAAAT-ATCAT---AA--CACA-ATTATCGATAGTGGGATGGTAT-------G-----ACA---CA-----A-----A-----------ATACACTTGGT--------------CATAAACATTTGCAATG-TTCAGTTT--TACA--TG-GCACGTGATTG--ACTCAGTA------TAAATGGT--AC--------CA-TTGTCTT-
gi|11 : gttatatatgTTTTA-TT--TAC--T--TAAAGCCAAAAATTTCACATGAA-TAT------GCGT-A--TATAAATATACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAATGAGATGGTATGAAGAAAG-----ATA---CAGTTGGT-----A-----------ATAAA--------------------CATA------TACAATG-TTCCGTTTGATATA-Gta
gi|12 : ttatatataCTTTTA-TTATTATCAT--TTAAGCCATATATAGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATAA---TACAGGT-TTCAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTAT-------GATGTAAAA---CA-----C-----AGTTGATT----ATATA--------------------TATA------TGCAATGATTCA-TTTGAc
gi|13 : taAGTTTCATATA-A----CAAATGTTTG--ACATATTG------TAAATGACA-GT--------TA-CAGTTT--A-----AAA-CAATATATATATATTTAAGTTGCTA--------A--AAATCTGACTGTGGGAGAGATCC-TTC----TTCTA-TATATAAA-AAAAC----------ATA
gi|14 : tTTTCA-TT--T-T--T--GTAAGTCAATTACGACCCTTGAA-TAT------ATAT-ATTCATAA---TACAAAT-ATCGT---AA--CGTA-ATTATCAATAGTGTGA-GATAC-------G-----Aa
gi|15 : tatttgtttatataTCTTTTAATC--TAT--T--TTAAGTCAAATATGGCCCATGAC-CGT------ATGT-T--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGTGATAGTAC-------G-----AGG---CA-----A-----A-----------Aggggtgttcaaaaacttttgca
gi|16 : aatgtataAAATCAATTATGGTCCAAGAA-AAT------GTGTTA--CATAA---TACAAAC-A--AT---AATGCATA-ATAATCAATGGAGAAATGGTAT-------G-----A-A---CA-----G-----A-----------A-ATG--------------------CATT------TG-AAT
gi|18 : tgTTCTA-TT--TAT--T--ATAAACCAAATATGGTCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCTT---AA--CATA-a
gi|19 : ataCTTTTA-TTATTAT--TGTTTAAGCCATATATGGCCAATGAA-TAT------
gi|2 : aAATCCAAATATGGCCAATGAA-TGT------GTGT-A--CTTAA---TACAAAT-ATACT---AA--CATA-TTTACCTATAGTGAGATAATAT-------A-----AAAAAACA-----GTCGGTA-----------ATAAA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTAATATA-G----CAAGTGT-CA--A----CTG------TAGTT--TG-AC--------TA-T---TTT-GTTTT-AGA---GTA---GCATATTTAAGTTG-T---TT--TGT--AAGTTTTACTCTGGGAGAGATCAATCC----TT-TA-T---GCAA-AAAGC----------AAATAATAGAA---GCACACAA---AAATAAAAAT-AAAACATACCAACG-AGAA---TCGAGACA---TAACCAAATAATAAACTTGC-TTTA-------GCTGCTATTAATGTAGATTG----CACATG-TTAAACAACATATTTGGATGGAGTTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAAtagaaaacaa
gi|20 : ctcacgttctcaatttaaatataTATTCCAAACCTTCCGGCGTTCAGAAGCT-TTGT-ACA-TGAACAtg
gi|3 : ATCATATTTTATTA-TT---AT--T--TTAAGTCAAATATGGCCATTGAA-TGT------GTTA-A--CATAA---TGCAAAT-ATTAT---AA--CATA-ATTATCAATATTGAGATGGTAT-------A-----AAG---AA-----A-----A-----------ATACAGTTAGTAAGTAA--------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGAT----GTA-GCAAATGTTAC--AAATATTA------TAAATGGTA-GC--------TA-TAATTTA-ACTT--AAA-AAA-A---ACATATTTAAGTTG-T-TATT-------AAGTCTCAGTGTCGAA-AGATTCATTC----TT-TA-T---TTAA-AACAC----------ACACAATAAAA----CACGCAT---AATAGAAAAC-AAAA-A-A--AACA-AATAGTATCGAGTGGAAATCTGCAAAAAATAAACTTGCATTT--------GTTGCTGTTAATGTAAATT-A---TATATGATT-ACCAATATAATTACATGGAATACGTATTTATTTAAAGCCTTTCGc
gi|4 : tTTA-TTATTAT--T--T-AAGCCATATAAGGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATTA---TACATGT-TTGAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTAT-------G-----ATG---TA-----A-----A-----------ACACAGTTGATTATAAACAGTGTTACATA------TGCAATGATTCAATT-GAT-TA---A-GCAAGCATTTG--AAATATAA------TAGATGTTA-GC--------TA-TAGTTTTTACTTA-GGA-CAATA---GGGTATTTTAGT----AT-----TTA--AAGTCTCACTTTGGGAGAGATCTATTCGTTTTT-TT-T---TAAA-----------------------AAAA---ACCCGCATAAGAAAAGAAAGT-AAAA-A----AACG--AAA--ATC-ATAGAAAATAACCAAATAATAAACATATATTT--G--TTTG----TATTAAT----ACTGACTTTACATG-TTAAATAAAATATTTAAATGAAACTAATATTTGTTCAAAAC
gi|5 : atataGTTTGATATA-A----CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTA-GC--------TA-AAGTTTT-ACTTT-AAAACCATA---GCATAGCTAAGTT-------T--TTA--AAGTCTCACCGTGGGAGCGATCCATTC----TT--G-T---TAAA-AAA-C----------ATATACTAAAAGTGACACGCAT---GAAAGAAAAC-AAAA-ATACCAAC--AAGA--ATCGAGAAATAATAACCAAATAATAAACTTACAGTT--------GTCGCTATTTATGTACATTG----TATATG-TTTAACAAAGTATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTACGACGTTTAACAGTT-TTGT-ATA-aa
gi|6 : gCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-AGCTT---AA--TATA-ATTATCAATAGTGAGTTGGTAT-------G-----AAG---AA-----A-----ATGCGGTTGGTAATAAA--------------------CATAA-----GGCAATG-TTCAGTTTGATATA-G----CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTA-AC--------TA-TAGTTTG-ACTTTAAAA-CAATA---GCAT-TTTAAGCTG-T-TGTT--T-------TCTGACTGTGAGAGAGATCCATTA----TT-TA-----TAAT-GAAAC----------ACGCAATAAAA---AAAC---------------------A-ATACCAACG--AGA--TTCGATAGAAggacattg
gi|7 : aATAA---TATAGATTACCATTTTAT--TATAGATTATCATCAGT---------T-------G-----ATA----------------------------ATACG--------------------CATA------TGATATG-TTCAGTTTG------GTA-GCAAGTGTTTGGGAAATATTACATGTATAAGTGGTA-GCGTTCATAGTAATAGTTTG-GCTTT-AAAATAATA---ACATATTTAAGATG----GTT--TTATAAAGTCTAACTGTAAAAGAGATCCATTC----TT-TA-T---AAAA-AAAACTCCTAAAAGAACATAACAAAA---GCACGttctgagtaaacacatctttaattcgtt
gi|8 : actatacagtgtattgtgcttatcagtagttctatgatt--AAGTAGTG------TAAATAGTATAC---------A-TGGTT---GCTTT-AAA-CAATA---GCACATTAAAGATG-T---TT--TTT--AATCCTCACTGAGGGAGATATCCATTC----TT-TG-TAA-TAAA-AAAGT-----------CATACTAAAA---ACACGCAT---AAAAGAAAACAAAAA-ATACCAACG--AGA--ATCGAGAGAAACTAACCACATAATTAACTTGC------A--TTTGTTGCCGTTAATGCAGATTG----TATAagaaggacgacaaa
gi|9 : tatgtatgtttcaaatcaatgaaaagatgtatgaaatacTTTTTTA-CT--TAT--T--TTAAGCTAAATATGGCCCGCGAAATAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATGAT---AA--CATA-GTTAACAATAATGAGATTGCAT-------G-----AAG---AA-----T-----A-----------ATACA--------------------GTTG-------GTAATG----AATT--ATAAACATATGCAA-TGTTCA--G----TT-----------TGATA-GC--------TA-TAGTTTT-ACTTT-AA--CTGTT---GCATATTTAAGTGG-TGTGTT----A--AAGTTTCACTGTGGGAGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATGACTCGTGCCTATATTCCCAATAGGGAGATGTCTCTGATCTCTATATGGTGTTTAACTTCCATACATGGATATTTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 33333 111111 11111111 111 222222222 111 222222222222 1111 33333333 1 1 1
lowQualScore : 1 1 3 0 3 55 55 55 2 888888 3 44 555 2 555 33 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444 8 22 33333 2 55 4 000000 1 33333333 3 3 4 0 222 777 222222222 3 4 9999 4 4 222 4 111111111111 9999 9999 0 5 5 5 1 0 7777 1 7 77777777 1 6 1 0 1 0 0 0
lowQualScore : . . . . . .. .. .. . ...... . .. ... . ... .. . ..................................................................... ...... . .. ..... . .. . ...... . ........ . . . . ... ... ......... . . .... . . ... . ............ .... .... . . . . . . .... . . ........ . . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 3 2 6 00 00 00 9 222222 1 22 000 9 000 99 9 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 0 55 88888 1 00 3 555555 2 22222222 6 6 4 9 111 000 444444444 2 0 4444 4 4 666 4 000000000000 6666 0000 5 0 0 7 7 7 1111 7 3 22222222 7 6 0 6 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TCTTTTA-TT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTAT-------G-----ANA---CA-----N-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTTAAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
Reference ( family-2754 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATNATNT-TCTTTTA-TT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTAT-------G-----ANA---CA-----N-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTTAAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTAAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
gi|1 : TCATGATTT-TCTTTGA-TT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGACCCATGAA-TAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGAGATGGTAT-------G-----ACA---CA-----C-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATA-TTCAGTTTGATACATGTATGCAAGTGTACG--AAATATTA------TAAGTGATTAC--------TA-TAT-TTTTAC-TTAAA-CTATA---GAATATTTAAGTTATTATGTTTCTTAAAGAC-CCACTATGAGAGATATCCATTC----TT-TATT--TAAATAAAAT----------ATAAAATGAAA---ATATGCAT---AATAGAA-ACC-AAAA-TTAGCAACGAA-AAAATCGAGTGAAAATAACCAGATAATACAATTGCATTTATAATTTTGTTTCTATTCATGTGGATTGCTTATATTTGACAAAATATTTAAATGGAATTATTATTTATTCAAAACCTTCCGAAGTTCGAAAGACATTATAATATTAAATGA
gi|10 : tatatataacgtcaggcatatatacacgtacgaaagcacgtactcagactcgctctctggtatttgctgatatataaatatatgacaagtgttttcagacaccatTTATATATGTTTTA-TT--TAT--T--TTAAGCCTAATATGGCCCATGGA-TATAATTATGTGT-A--CATGA---TACAAAT-ATCAT---AA--CACA-ATTATCGATAGTGGGATGGTAT-------G-----ACA---CA-----A-----A-----------ATACACTTGGT--------------CATAAACATTTGCAATG-TTCAGTTT--TACA--TG-GCACGTGATTG--ACTCAGTA------TAAATGGTA-C--------CA-TTG-TCTT
gi|11 : gTTATATATATTTTA-TT--TAC--T--TAAAGCCAAAAATTTCACATGAA-TAT------GCGT-A--TATAAATATACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAATGAGATGGTATGAAGAAAG-----ATA---CAGTTGGT-----A-----------ATAAA--------------------CATA------TACAATG-TTCCGTTTGATATA-Gta
gi|12 : CTTTTA-TTATTATCAT--TTAAGCCATATATAGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATAA---TACAGGT-TTCAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTAT-------GATGTAAAA---CA-----C-----AGTTGATT----ATATA--------------------TATA------TGCAATGATTCA-TTTGAc
gi|13 : taAGTTTCATATA-A----CAAATGTTTG--ACATATTG------TAAATGACAGT--------TA-CAG-TTT-A----AAA-CAATATATATATATTTAAGTTGC--TA------AAAATC-TGACTGTGGGAGAGATCC-TTC----TTCTA-TA-TATA-AAAAA----------ACATAA
gi|14 : tTTTCA-TT--T-T--T--GTAAGTCAATTACGACCCTTGAA-TAT------ATAT-ATTCATAA---TACAAAT-ATCGT---AA--CGTA-ATTATCAATAGTGTGA-GATAC-------G-----A
gi|15 : tatttgtttatata-TCTTTTAATC--TAT--T--TTAAGTCAAATATGGCCCATGAC-CGT------ATGT-T--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGTGATAGTAC-------G-----AGG---CA-----A-----A-----------Aggggtgttcaaaaacttttgca
gi|16 : aatgtataAAATCAATTATGGTCCAAGAA-AAT------GTGTTA--CATAA---TACAAAC-A--AT---AATGCATA-ATAATCAATGGAGAAATGGTAT-------G-----A-A---CA-----G-----A-----------A-ATG--------------------CATT------TG-AAT
gi|18 : tgTTCTA-TT--TAT--T--ATAAACCAAATATGGTCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCTT---AA--CATA-a
gi|19 : ataCTTTTA-TTATTAT--TGTTTAAGCCATATATGGCCAATGAA-TAT------
gi|2 : aAATCCAAATATGGCCAATGAA-TGT------GTGT-A--CTTAA---TACAAAT-ATACT---AA--CATA-TTTACCTATAGTGAGATAATAT-------A-----AAAAAACA-----GTCGGTA-----------ATAAA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTAATATA-G----CAAGTGT-CA--A----CTG------TAGTT--TGAC--------TA-T----TTTGTTTTAGA---GTA---GCATATTTAAGTTGT--T-TT--GTAA-GTT-TTACTCTGGGAGAGATCAATCC----TT-TA-T--GCAA-AAAGC----------AAATAATAGAA---GCACACAA---AAATAAA-AAT-AAAACATACCAACG-A--GAATCGAGACA---TAACCAAATAATAAACTTGC-TTTA-------GCTGCTATTAATGTAGATTGCACATGTTAAACAACATATTTGGATGGAGTTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAAtagaaaacaa
gi|20 : ctcacgttctcaatttaaatataTATTCCAAACCTTCCGGCGTTCAGAAGCT-TTGT-ACA-TGAACAtg
gi|3 : ATCATAT-TTTATTA-TT---AT--T--TTAAGTCAAATATGGCCATTGAA-TGT------GTTA-A--CATAA---TGCAAAT-ATTAT---AA--CATA-ATTATCAATATTGAGATGGTAT-------A-----AAG---AA-----A-----A-----------ATACAGTTAGTAAGTAA--------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGAT----GTA-GCAAATGTTAC--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAA-TTTAACTT-AAA-AAA-A---ACATATTTAAGTTGT--TATT-----AAGTC-TCAGTGTCGAA-AGATTCATTC----TT-TA-T--TTAA-AACAC----------ACACAATAAAA----CACGCAT---AATAGAA-AAC-AAAA-AAAACAA---ATAGTATCGAGTGGAAATCTGCAAAAAATAAACTTGCATTT--------GTTGCTGTTAATGTAAATTATATATGATTACCAATATAATTACATGGAATACGTATTTATTTAAAGCCTTTCGc
gi|4 : tTTA-TTATTAT--T--T-AAGCCATATAAGGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATTA---TACATGT-TTGAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTAT-------G-----ATG---TA-----A-----A-----------ACACAGTTGATTATAAACAGTGTTACATA------TGCAATGATTCAATT-GAT-TA---A-GCAAGCATTTG--AAATATAA------TAGATGTTAGC--------TA-TAGTTTTTACTTAGGA-CAATA---GGGTATTTTAGT-------AT--TTAAAGTC-TCACTTTGGGAGAGATCTATTCGTTTTT-TT-T--TAAA-----------------------AAAA---ACCCGCATAAGAAAAGAA-AGT-AAAA-A----AACG-A-A-AATC-ATAGAAAATAACCAAATAATAAACATATATTTG----TTTG----TATTAATACTGACTTTACATGTTAAATAAAATATTTAAATGAAACTAATATTTGTTCAAAAC
gi|5 : atataGTTTGATATA-A----CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-AAG-TTTTACTTTAAAACCATA---GCATAGCTAAGTT-------T--TTAAAGTC-TCACCGTGGGAGCGATCCATTC----TT--G-T--TAAA-AAA-C----------ATATACTAAAAGTGACACGCAT---GAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAAC--A-AGAATCGAGAAATAATAACCAAATAATAAACTTACAGTT--------GTCGCTATTTATGTACATTGTATATGTTTAACAAAGTATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTACGACGTTTAACAGTT-TTGT-ATA-aa
gi|6 : gCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-AGCTT---AA--TATA-ATTATCAATAGTGAGTTGGTAT-------G-----AAG---AA-----A-----ATGCGGTTGGTAATAAA--------------------CATAA-----GGCAATG-TTCAGTTTGATATA-G----CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAAC--------TA-TAG-TTTGACTTTAAAACAATA---GCAT-TTTAAGCTGT--TGTT--TT-----C-TGACTGTGAGAGAGATCCATTA----TT-TA-T---AAT-GAAAC----------ACGCAATAAAA---A------------------AAC-AA----TACCAACG---AGATTCGATAGAAggacattg
gi|7 : aATAA---TATAGATTACCATTTTAT--TATAGATTATCATCAGT---------T-------G-----ATA----------------------------ATACG--------------------CATA------TGATATG-TTCAGTTTG------GTA-GCAAGTGTTTGGGAAATATTACATGTATAAGTGGTAGCGTTCATAGTAATAG-TTTGGCTTTAAAATAATA---ACATATTTAAGATGG--TTTT--ATAAAGTC-TAACTGTAAAAGAGATCCATTC----TT-TA-T--AAAA-AAAACTCCTAAAAGAACATAACAAAA---GCACG------AGAAGGACGAC-AAAttctgagtaaacacatctttaattcgtt
gi|8 : actatacagtgtattgtgcttatcagtagttctatgatt--AAGTAGTG------TAAATAGTATA--------CA-TGG-TT--GCTTTAAA-CAATA---GCACATTAAAGATGT--T-TT--TTAA--TCCTCACTGAGGGAGATATCCATTC----TT-TG-TAATAAA-AAAGT-----------CATACTAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AACAAAAA-ATACCAACG---AGAATCGAGAGAAACTAACCACATAATTAACTTGC----A----TTTGTTGCCGTTAATGCAGATTGTATA
gi|9 : tatgtatgtttcaaatcaatgaaaagatgtatgaaatac-TTTTTTA-CT--TAT--T--TTAAGCTAAATATGGCCCGCGAAATAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATGAT---AA--CATA-GTTAACAATAATGAGATTGCAT-------G-----AAG---AA-----T-----A-----------ATACA--------------------GTTG-------GTAATG----AATT--ATAAACATATGCAA-TGTTCA--G----TT-----------TGATAGC--------TA-TAG-TTTTACTTTAA--CTGTT---GCATATTTAAGTGGT---GTG--TTAAAGTT-TCACTGTGGGAGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATGACTCGTGCCTATATTCCCAATAGGGAGATGTCTCTGATCTCTATATGGTGTTTAACTTCCATACATGGATATTTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 111 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 33333 111111 11111111 111 222222222 111 222222222222 1111 33333333 1 1 1
lowQualScore : 333 3 00 55 55 2 888888 3 44 555 2 555 33 2 77777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444 8 22 33333 2 55 4 000000 1 33333333 3 3 4 0 222 777 222222222 3 4 9999 4 4 222 4 111111111111 9999 9999 0 5 5 5 1 0 7777 1 7 77777777 1 1 1 0 1 0 0 0
lowQualScore : ... . .. .. .. . ...... . .. ... . ... .. . ..... ......................................................... ...... . .. ..... . .. . ...... . ........ . . . . ... ... ......... . . .... . . ... . ............ .... .... . . . . . . .... . . ........ . . . . . . . .
lowQualScore : 555 6 00 00 00 9 222222 1 22 000 9 000 99 9 77777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 0 55 88888 1 00 3 555555 2 22222222 6 6 4 9 111 000 444444444 2 0 4444 4 4 666 4 000000000000 6666 0000 5 0 0 7 7 7 1111 7 3 22222222 7 4 0 6 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----AA-------A---CAN-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTTAAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
Reference ( family-2754 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TCTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----AN-------A---CAN-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTTAAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
gi|1 : TCATGATTT-TCTT-TGATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGACCCATGAA-TAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGAGATGGTATG-----AC-------A---CAC-----A-----------ATACA--------------------CATA------TGCAATA-TTCAGTTTGATACATGTATGCAAGTGTACG--AAATATTA------TAAGTGATTAC--------TA-TAT-TTTTAC-TTAAA-CTATA---GAATATTTAAGTTATTATGTTTCTTAAAGAC-CCACTATGAGAGATATCCATTC----TT-TATT--TAAATAAAAT----------ATAAAATGAAA---ATATGCAT---AATAGAA-ACC-AAAA-TTAGCAACGAA-AAAATCGAGTGAAAATAACCAGATAATACAATTGCATTTATAATTTTGTTTCTATTCATGTGGATTGCTTATATTTGACAAAATATTTAAATGGAATTATTATTTATTCAAAACCTTCCGAAGTTCGAAAGACATTATAATATTAAATGA
gi|10 : tatatataacgtcaggcatatatacacgtacgaaagcacgtactcagactcgctctctggtatttgctgatatataaatatatgacaagtgttttcagacaccatTTATATATGTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCTAATATGGCCCATGGA-TATAATTATGTGT-A--CATGA---TACAAAT-ATCAT---AA--CACA-ATTATCGATAGTGGGATGGTATG-----AC-------A---CAA-----A-----------ATACACTTGGT--------------CATAAACATTTGCAATG-TTCAGTTT--TACA--TG-GCACGTGATTG--ACTCAGTA------TAAATGGTA-C--------CA-TTG-TCTT
gi|11 : gTTATATATATT-TTATT--TAC--T--TAAAGCCAAAAATTTCACATGAA-TAT------GCGT-A--TATAAATATACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAATGAGATGGTATG-----AAGAAAGATA---CAGTTGGTA-----------ATAAA--------------------CATA------TACAATG-TTCCGTTTGATATA-Gta
gi|12 : CTT-TTATTATTATCAT--TTAAGCCATATATAGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATAA---TACAGGT-TTCAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATGATGTAAA-------A---CAC-----AGTTGATT----ATATA--------------------TATA------TGCAATGATTCA-TTTGAc
gi|13 : taAGTTTCATATA-A----CAAATGTTTG--ACATATTG------TAAATGACAGT--------TA-CAG-TTT-A----AAA-CAATATATATATATTTAAGTTGC--TA------AAAATC-TGACTGTGGGAGAGATCC-TTC----TTCTA-TA-TATA-AAAAA----------ACATAA
gi|14 : tTTATAT--ATT-TCATT--T-T--T--GTAAGTCAATTACGACCCTTGAA-TAT------ATAT-ATTCATAA---TACAAAT-ATCGT---AA--CGTA-ATTATCAATAGTGTGA-GATACG-----A
gi|15 : tatttgtTATAT-CTTT-TAATC--TAT--T--TTAAGTCAAATATGGCCCATGAC-CGT------ATGT-T--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGTGATAGTACG-----AG-------G---CAA-----A-----------Aggggtgttcaaaaacttttgca
gi|16 : aatgAAATCAATTATGGTCCAAGAA-AAT------GTGTTA--CATAA---TACAAAC-A--AT---AATGCATA-ATAATCAATGGAGAAATGGTATG-----A--------A---CAG-----A-----------A-ATG--------------------CATT------TG-AAT
gi|18 : tgATAT-TCT----ATT--TAT--T--ATAAACCAAATATGGTCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCTT---AA--CATA-a
gi|19 : CTT-TTATTATTAT--TGTTTAAGCCATATATGGCCAATGAA-TAT------
gi|2 : aAATCCAAATATGGCCAATGAA-TGT------GTGT-A--CTTAA---TACAAAT-ATACT---AA--CATA-TTTACCTATAGTGAGATAATATA-----AA-------AAAACAGTCGGTA-----------ATAAA--------------------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTAATATA-G----CAAGTGT-CA--A----CTG------TAGTT--TGAC--------TA-T----TTTGTTTTAGA---GTA---GCATATTTAAGTTGT--T-TT--GTAA-GTT-TTACTCTGGGAGAGATCAATCC----TT-TA-T--GCAA-AAAGC----------AAATAATAGAA---GCACACAA---AAATAAA-AAT-AAAACATACCAACG-A--GAATCGAGACA---TAACCAAATAATAAACTTGC-TTTA-------GCTGCTATTAATGTAGATTGCACATGTTAAACAACATATTTGGATGGAGTTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAAtagaaaacaa
gi|20 : ctcacgttctcaatttaaatataTATTCCAAACCTTCCGGCGTTCAGAAGCT-TTGT-ACA-TGAACAtg
gi|3 : ATCATAT-TTTA-TTATT---AT--T--TTAAGTCAAATATGGCCATTGAA-TGT------GTTA-A--CATAA---TGCAAAT-ATTAT---AA--CATA-ATTATCAATATTGAGATGGTATA-----AA-------G---AAA-----A-----------ATACAGTTAGTAAGTAA--------CATA------TGCAATG-TTCAGTTTGAT----GTA-GCAAATGTTAC--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAA-TTTAACTT-AAA-AAA-A---ACATATTTAAGTTGT--TATT-----AAGTC-TCAGTGTCGAA-AGATTCATTC----TT-TA-T--TTAA-AACAC----------ACACAATAAAA----CACGCAT---AATAGAA-AAC-AAAA-AAAACAA---ATAGTATCGAGTGGAAATCTGCAAAAAATAAACTTGCATTT--------GTTGCTGTTAATGTAAATTATATATGATTACCAATATAATTACATGGAATACGTATTTATTTAAAGCCTTTCGc
gi|4 : tTATAT-TATTATTATT--TA---------AGCCATATAAGGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATTA---TACATGT-TTGAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATG-----AT-------G---TAA-----A-----------ACACAGTTGATTATAAACAGTGTTACATA------TGCAATGATTCAATT-GAT-TA---A-GCAAGCATTTG--AAATATAA------TAGATGTTAGC--------TA-TAGTTTTTACTTAGGA-CAATA---GGGTATTTTAGT-------AT--TTAAAGTC-TCACTTTGGGAGAGATCTATTCGTTTTT-TT-T--TAAA-----------------------AAAA---ACCCGCATAAGAAAAGAA-AGT-AAAA-A----AACG-A-A-AATC-ATAGAAAATAACCAAATAATAAACATATATTTG----TTTG----TATTAATACTGACTTTACATGTTAAATAAAATATTTAAATGAAACTAATATTTGTTCAAAAC
gi|5 : aGTTTGATATA-A----CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-AAG-TTTTACTTTAAAACCATA---GCATAGCTAAGTT-------T--TTAAAGTC-TCACCGTGGGAGCGATCCATTC----TT--G-T--TAAA-AAA-C----------ATATACTAAAAGTGACACGCAT---GAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAAC--A-AGAATCGAGAAATAATAACCAAATAATAAACTTACAGTT--------GTCGCTATTTATGTACATTGTATATGTTTAACAAAGTATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTACGACGTTTAACAGTT-TTGT-ATA-aa
gi|6 : gCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-AGCTT---AA--TATA-ATTATCAATAGTGAGTTGGTATG-----AA-------G---AAA-----ATGCGGTTGGTAATAAA--------------------CATAA-----GGCAATG-TTCAGTTTGATATA-G----CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAAC--------TA-TAG-TTTGACTTTAAAACAATA---GCAT-TTTAAGCTGT--TGTT--TT-----C-TGACTGTGAGAGAGATCCATTA----TT-TA-T---AAT-GAAAC----------ACGCAATAAAA---A------------------AAC-AA----TACCAACG---AGATTCGATAGAAggacattg
gi|7 : aATAA---TATAGATTACCATTTTAT--TATAGATTATCATCAGT---------TG-----AT-------A-----------------------ATACG--------------------CATA------TGATATG-TTCAGTTTG------GTA-GCAAGTGTTTGGGAAATATTACATGTATAAGTGGTAGCGTTCATAGTAATAG-TTTGGCTTTAAAATAATA---ACATATTTAAGATGG--TTTT--ATAAAGTC-TAACTGTAAAAGAGATCCATTC----TT-TA-T--AAAA-AAAACTCCTAAAAGAACATAACAAAA---GCACG------AGAAGGACGAC-AAAttctgagtaaacacatctttaattcgtt
gi|8 : actatacagtgtattgtgcttatcagtagttctatgatt--AAGTAGTG------TAAATAGTATA--------CA-TGG-TT--GCTTTAAA-CAATA---GCACATTAAAGATGT--T-TT--TTAA--TCCTCACTGAGGGAGATATCCATTC----TT-TG-TAATAAA-AAAGT-----------CATACTAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AACAAAAA-ATACCAACG---AGAATCGAGAGAAACTAACCACATAATTAACTTGC----A----TTTGTTGCCGTTAATGCAGATTGTATA
gi|9 : tatgtatgtttcaaatcaatgaaaagatgtatgaaatacTAT-T-TT-TTACT--TAT--T--TTAAGCTAAATATGGCCCGCGAAATAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATGAT---AA--CATA-GTTAACAATAATGAGATTGCATG-----AA-------G---AAT-----A-----------ATACA--------------------GTTG-------GTAATG----AATT--ATAAACATATGCAA-TGTTCA--G----TT-----------TGATAGC--------TA-TAG-TTTTACTTTAA--CTGTT---GCATATTTAAGTGGT---GTG--TTAAAGTT-TCACTGTGGGAGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATGACTCGTGCCTATATTCCCAATAGGGAGATGTCTCTGATCTCTATATGGTGTTTAACTTCCATACATGGATATTTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 111 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 33333333 111111 11111111 2222222222 1111 222222222222 1111 1111 33333333 1 1 1
lowQualScore : 222 3 00 55 55 2 888888 3 44 555 2 555 33 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 000000 8 33333333 2 55 4 000000 1 33333333 3 3 4 44 888 777 3333333333 3 4 9999 4 1111 4 111111111111 2222 9999 0 5 5 5 1 0 7777 1 7 77777777 1 1 1 0 1 0 0 0
lowQualScore : ... . .. .. .. . ...... . .. ... . ... .. . ............................................................................ . ...... . ........ . .. . ...... . ........ . . . .. ... ... .......... . . .... . .... . ............ .... .... . . . . . . .... . . ........ . . . . . . . .
lowQualScore : 333 6 00 00 00 9 222222 1 22 000 9 000 99 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 555555 0 33333333 1 00 3 555555 2 22222222 6 6 4 99 111 000 1111111111 2 0 4444 4 4444 4 000000000000 6666 0000 5 0 0 7 7 7 1111 7 3 22222222 7 4 0 6 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----A-----A-------A---CA-----------N-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
Reference ( family-2754 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----A-----A-------A---CA-----------N-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
gi|1 : TCATGATTT-TCTT-TGATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGACCCATGAA-TAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGAGATGGTATG-----A-----C-------A---CA-----------C-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATA-TTCAGTTTGATACATGTATGCAAGTGTACG--AAATATTA------TAAGTGATTAC--------TA-TAT-TTTTAC-TT-AAA-CTATA---GAATATTTAAGTTATTATGTTTCTTAAAGAC-CCACTATGAGAGATATCCATTC----TT-TATT--TAAATAAAAT----------ATAAAATGAAA---ATATGCAT---AATAGAA-ACC-AAAA-TTAGCAACGAA-AAAATCGAGTGAAAATAACCAGATAATACAATTGCATTTATAATTTTGTTTCTATTCATGTGGATTGCTTATATTTGACAAAATATTTAAATGGAATTATTATTTATTCAAAACCTTCCGAAGTTCGAAAGACATTATAATATTAAATGA
gi|10 : tatatataacgtcaggcatatatacacgtacgaaagcacgtactcagactcgctctctggtatttgctgatatataaatatatgacaagtgttttcagacaccatTTATATATGTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCTAATATGGCCCATGGA-TATAATTATGTGT-A--CATGA---TACAAAT-ATCAT---AA--CACA-ATTATCGATAGTGGGATGGTATG-----A-----C-------A---CA-----------A-----A-------AT---------ACACTTGGT------CAT-AAACATTTGCAATG-TTCAGTTT--TACA--TG-GCACGTGATTG--ACTCAGTA------TAAATGGTA-C--------CA-TTG-TCTT
gi|11 : gTTATATATATT-TTATT--TAC--T--TAAAGCCAAAAATTTCACATGAA-TAT------GCGT-A--TATAAATATACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAATGAGATGGTATG-----A-----AGAAAGATA---CA-----------GTTGGTA-------AT---------AAA------------CAT-A------TACAATG-TTCCGTTTGATATA-Gta
gi|12 : TT-TTATTATTATCAT--TTAAGCCATATATAGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATAA---TACAGGT-TTCAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATGATGTAA-----A-------A---CA-----------C-----AGTTGATTAT---------ATA------------TAT-A------TGCAATGATTCA-TTTGAc
gi|13 : tacAGTTTCATATA-A----CAAATGTTTG--ACATATTG------TAAATGACAGT--------TA-CAG-TTT-A-----AAA-CAATATATATATATTTAAGTTGC--TA------AAAATC-TGACTGTGGGAGAGATCC-TTC----TTCTA-TA-TATA-AAAAA----------ACATAA
gi|14 : tTTATAT--ATT-TCATT--T-T--T--GTAAGTCAATTACGACCCTTGAA-TAT------ATAT-ATTCATAA---TACAAAT-ATCGT---AA--CGTA-ATTATCAATAGTGTGA-GATACG-----A-----
gi|15 : tatttgtTATAT-CTTT-TAATC--TAT--T--TTAAGTCAAATATGGCCCATGAC-CGT------ATGT-T--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGTGATAGTACG-----A-----G-------G---CA-----------A-----A-------Aggggtgttcaaaaacttttgca
gi|16 : aatgAAATCAATTATGGTCCAAGAA-AAT------GTGTTA--CATAA---TACAAAC-A--AT---AATGCATA-ATAATCAATGGAGAAATGGTATG-----------A-------A---CA-----------G-----A-------A----------ATG------------CAT-T------TG-AAT
gi|18 : tg-TATT-CTATT--TAT--T--ATAAACCAAATATGGTCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCTT---AA--CATA-a
gi|19 : aTT-TTATTATTAT--TGTTTAAGCCATATATGGCCAATGAA-TAT------
gi|2 : acAATCCAAATATGGCCAATGAA-TGT------GTGT-A--CTTAA---TACAAAT-ATACT---AA--CATA-TTTACCTATAGTGAGATAATATA-----A-----A-------AAAACA-----------GTCGGTA-------AT---------AAA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTAATATA-G----CAAGTGT-CA--A----CTG------TAGTT--TGAC--------TA-T----TTTGTTTT-AGA---GTA---GCATATTTAAGTTGT--T-TT--GTAA-GTT-TTACTCTGGGAGAGATCAATCC----TT-TA-T--GCAA-AAAGC----------AAATAATAGAA---GCACACAA---AAATAAA-AAT-AAAACATACCAACG-A--GAATCGAGACA---TAACCAAATAATAAACTTGC-TTTA-------GCTGCTATTAATGTAGATTGCACATGTTAAACAACATATTTGGATGGAGTTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAAtagaaaacaa
gi|20 : ctcacgttctcaatttaaatataTATTCCAAACCTTCCGGCGTTCAGAAGCT-TTGT-ACA-TGAACAtg
gi|3 : ATCATAT-TTTA-TTATT---AT--T--TTAAGTCAAATATGGCCATTGAA-TGT------GTTA-A--CATAA---TGCAAAT-ATTAT---AA--CATA-ATTATCAATATTGAGATGGTATA-----A-----A-------G---AA-----------A-----A-------AT---------ACAGTTAGTAAGTAACAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTGAT----GTA-GCAAATGTTAC--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAA-TTTAACTT--AAA-AAA-A---ACATATTTAAGTTGT--TATT-----AAGTC-TCAGTGTCGAA-AGATTCATTC----TT-TA-T--TTAA-AACAC----------ACACAATAAAA----CACGCAT---AATAGAA-AAC-AAAA-AAAACAA---ATAGTATCGAGTGGAAATCTGCAAAAAATAAACTTGCATTT--------GTTGCTGTTAATGTAAATTATATATGATTACCAATATAATTACATGGAATACGTATTTATTTAAAGCCTTTCGc
gi|4 : tTATAT-TATTATTATT--TA---------AGCCATATAAGGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATTA---TACATGT-TTGAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATG-----ATGTAAA-------A---CA-----------C-----A-------GTTGATTATAAACAGTGTTA------CAT-A------TGCAATGATTCAATT-GAT-TA---A-GCAAGCATTTG--AAATATAA------TAGATGTTAGC--------TA-TAGTTTTTACTTA-GGA-CAATA---GGGTATTTTAGT-------AT--TTAAAGTC-TCACTTTGGGAGAGATCTATTCGTTTTT-TT-T--TAAA-----------------------AAAA---ACCCGCATAAGAAAAGAA-AGT-AAAA-A----AACG-A-A-AATC-ATAGAAAATAACCAAATAATAAACATATATTTG----TTTG----TATTAATACTGACTTTACATGTTAAATAAAATATTTAAATGAAACTAATATTTGTTCAAAAC
gi|5 : aGTTTGATATA-A----CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-AAG-TTTTACTTT-AAAACCATA---GCATAGCTAAGTT-------T--TTAAAGTC-TCACCGTGGGAGCGATCCATTC----TT--G-T--TAAA-AAA-C----------ATATACTAAAAGTGACACGCAT---GAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAAC--A-AGAATCGAGAAATAATAACCAAATAATAAACTTACAGTT--------GTCGCTATTTATGTACATTGTATATGTTTAACAAAGTATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTACGACGTTTAACAGTT-TTGT-ATA-aa
gi|6 : gCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-AGCTT---AA--TATA-ATTATCAATAGTGAGTTGGTATG-----A-----A-------G---AAAATGCGGTTGGT-----A-------AT---------AAA------------CATAA------GGCAATG-TTCAGTTTGATA----TA-GCAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAAC--------TA-TAG-TTTGACTTTAAAA-CAATA---GCAT-TTTAAGCTGT--TGTT--T-----TC-TGACTGTGAGAGAGATCCATTA----TT-TA----TAAT-GAAAC----------ACGCAATAAA--------------------AA-AAC----A-ATACCAACG---AGATTCGATAGAAggacattg
gi|7 : aATAA---TATAGATTACCATTTTAT--TATAGATTATCATCAGT---------TG-----A------------------------------T-----A-------AT---------ACG------------CAT-A------TGATATG-TTCAGTTTG------GTA-GCAAGTGTTTGGGAAATATTACATGTATAAGTGGTAGCGTTCATAGTAATAG-TTTGGCTTT-AAAATAATA---ACATATTTAAGATGG--TTTT--ATAAAGTC-TAACTGTAAAAGAGATCCATTC----TT-TA-T--AAAA-AAAACTCCTAAAAGAACATAACAAAA---GCACG------AGAAGGACGAC-AAAttctgagtaaacacatctttaattcgtt
gi|8 : actatacagtgtattgtgcttatcagtagttctatgatt--AAGTAGTG------TAAATAGTATA--------CA-TGG-TT--GCTTT-AAA-CAATA---GCACATTAAAGATGT--T-TT--TTAA--TCCTCACTGAGGGAGATATCCATTC----TT-TG-TAATAAA-AAAGT-----------CATACTAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AACAAAAA-ATACCAACG---AGAATCGAGAGAAACTAACCACATAATTAACTTGC----A----TTTGTTGCCGTTAATGCAGATTGTATA
gi|9 : tatgtatgtttcaaatcaatgaaaagatgtatgaaatacTAT-T-TT-TTACT--TAT--T--TTAAGCTAAATATGGCCCGCGAAATAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATGAT---AA--CATA-GTTAACAATAATGAGATTGCATG-----A-----A-------G---AA-----------T-----A-------AT---------ACA------------GTT-G-------GTAATG----AATT--ATAAACATATGCAA-TGTTCA--G----TT-----------TGATAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AA--CTGTT---GCATATTTAAGTGGT---GTG--TTAAAGTT-TCACTGTGGGAGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATGACTCGTGCCTATATTCCCAATAGGGAGATGTCTCTGATCTCTATATGGTGTTTAACTTCCATACATGGATATTTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 111 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 33333333 111111 11111111 2222222222 1111 222222222222 1111 1111 33333333 1 1 1
lowQualScore : 222 3 00 55 55 2 888888 3 44 555 2 555 33 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 000000 8 33333333 2 55 4 000000 1 33333333 3 3 4 44 888 777 3333333333 3 4 9999 4 1111 4 111111111111 2222 9999 0 5 5 5 1 0 7777 1 7 77777777 1 1 1 0 1 0 0 0
lowQualScore : ... . .. .. .. . ...... . .. ... . ... .. . ............................................................................ . ...... . ........ . .. . ...... . ........ . . . .. ... ... .......... . . .... . .... . ............ .... .... . . . . . . .... . . ........ . . . . . . . .
lowQualScore : 333 6 00 00 00 9 222222 1 22 000 9 000 99 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 555555 0 33333333 1 00 3 555555 2 22222222 6 6 4 99 111 000 1111111111 2 0 4444 4 4444 4 000000000000 6666 0000 5 0 0 7 7 7 1111 7 3 22222222 7 4 0 6 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----A-----A-------A---CA-----------N-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
Reference ( family-2754 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----A-----A-------A---CA-----------N-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
gi|1 : TCATGATTT-TCTT-TGATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGACCCATGAA-TAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGAGATGGTATG-----A-----C-------A---CA-----------C-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATA-TTCAGTTTGATACATGTATGCAAGTGTACG--AAATATTA------TAAGTGATTAC--------TA-TAT-TTTTAC-TT-AAA-CTATA---GAATATTTAAGTTATTATGTTTCTTAAAGAC-CCACTATGAGAGATATCCATTC----TT-TATT--TAAATAAAAT----------ATAAAATGAAA---ATATGCAT---AATAGAA-ACC-AAAA-TTAGCAACGAA-AAAATCGAGTGAAAATAACCAGATAATACAATTGCATTTATAATTTTGTTTCTATTCATGTGGATTGCTTATATTTGACAAAATATTTAAATGGAATTATTATTTATTCAAAACCTTCCGAAGTTCGAAAGACATTATAATATTAAATGA
gi|10 : tatatataacgtcaggcatatatacacgtacgaaagcacgtactcagactcgctctctggtatttgctgatatataaatatatgacaagtgttttcagacaccatTTATATATGTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCTAATATGGCCCATGGA-TATAATTATGTGT-A--CATGA---TACAAAT-ATCAT---AA--CACA-ATTATCGATAGTGGGATGGTATG-----A-----C-------A---CA-----------A-----A-------AT---------ACACTTGGT------CAT-AAACATTTGCAATG-TTCAGTTT--TACA--TG-GCACGTGATTG--ACTCAGTA------TAAATGGTA-C--------CA-TTG-TCTT
gi|11 : gTTATATATATT-TTATT--TAC--T--TAAAGCCAAAAATTTCACATGAA-TAT------GCGT-A--TATAAATATACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAATGAGATGGTATG-----A-----AGAAAGATA---CA-----------GTTGGTA-------AT---------AAA------------CAT-A------TACAATG-TTCCGTTTGATATA-Gta
gi|12 : TT-TTATTATTATCAT--TTAAGCCATATATAGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATAA---TACAGGT-TTCAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATGATGTAA-----A-------A---CA-----------C-----AGTTGATTAT---------ATA------------TAT-A------TGCAATGATTCA-TTTGAc
gi|13 : tacAGTTTCATATA-A----CAAATGTTTG--ACATATTG------TAAATGACAGT--------TA-CAG-TTT-A-----AAA-CAATATATATATATTTAAGTTGC--TA------AAAATC-TGACTGTGGGAGAGATCC-TTC----TTCTA-TA-TATA-AAAAA----------ACATAA
gi|14 : tTTATAT--ATT-TCATT--T-T--T--GTAAGTCAATTACGACCCTTGAA-TAT------ATAT-ATTCATAA---TACAAAT-ATCGT---AA--CGTA-ATTATCAATAGTGTGA-GATACG-----A-----
gi|15 : tatttgtTATAT-CTTT-TAATC--TAT--T--TTAAGTCAAATATGGCCCATGAC-CGT------ATGT-T--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGTGATAGTACG-----A-----G-------G---CA-----------A-----A-------Aggggtgttcaaaaacttttgca
gi|16 : aatgAAATCAATTATGGTCCAAGAA-AAT------GTGTTA--CATAA---TACAAAC-A--AT---AATGCATA-ATAATCAATGGAGAAATGGTATG-----------A-------A---CA-----------G-----A-------A----------ATG------------CAT-T------TG-AAT
gi|18 : tg-TATT-CTATT--TAT--T--ATAAACCAAATATGGTCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCTT---AA--CATA-a
gi|19 : aTT-TTATTATTAT--TGTTTAAGCCATATATGGCCAATGAA-TAT------
gi|2 : acAATCCAAATATGGCCAATGAA-TGT------GTGT-A--CTTAA---TACAAAT-ATACT---AA--CATA-TTTACCTATAGTGAGATAATATA-----A-----A-------AAAACA-----------GTCGGTA-------AT---------AAA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTAATATA-G----CAAGTGT-CA--A----CTG------TAGTT--TGAC--------TA-T----TTTGTTTT-AGA---GTA---GCATATTTAAGTTGT--T-TT--GTAA-GTT-TTACTCTGGGAGAGATCAATCC----TT-TA-T--GCAA-AAAGC----------AAATAATAGAA---GCACACAA---AAATAAA-AAT-AAAACATACCAACG-A--GAATCGAGACA---TAACCAAATAATAAACTTGC-TTTA-------GCTGCTATTAATGTAGATTGCACATGTTAAACAACATATTTGGATGGAGTTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAAtagaaaacaa
gi|20 : ctcacgttctcaatttaaatataTATTCCAAACCTTCCGGCGTTCAGAAGCT-TTGT-ACA-TGAACAtg
gi|3 : ATCATAT-TTTA-TTATT---AT--T--TTAAGTCAAATATGGCCATTGAA-TGT------GTTA-A--CATAA---TGCAAAT-ATTAT---AA--CATA-ATTATCAATATTGAGATGGTATA-----A-----A-------G---AA-----------A-----A-------AT---------ACAGTTAGTAAGTAACAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTGAT----GTA-GCAAATGTTAC--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAA-TTTAACTT--AAA-AAA-A---ACATATTTAAGTTGT--TATT-----AAGTC-TCAGTGTCGAA-AGATTCATTC----TT-TA-T--TTAA-AACAC----------ACACAATAAAA----CACGCAT---AATAGAA-AAC-AAAA-AAAACAA---ATAGTATCGAGTGGAAATCTGCAAAAAATAAACTTGCATTT--------GTTGCTGTTAATGTAAATTATATATGATTACCAATATAATTACATGGAATACGTATTTATTTAAAGCCTTTCGc
gi|4 : tTATAT-TATTATTATT--TA---------AGCCATATAAGGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATTA---TACATGT-TTGAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATG-----ATGTAAA-------A---CA-----------C-----A-------GTTGATTATAAACAGTGTTA------CAT-A------TGCAATGATTCAATT-GAT-TA---A-GCAAGCATTTG--AAATATAA------TAGATGTTAGC--------TA-TAGTTTTTACTTA-GGA-CAATA---GGGTATTTTAGT-------AT--TTAAAGTC-TCACTTTGGGAGAGATCTATTCGTTTTT-TT-T--TAAA-----------------------AAAA---ACCCGCATAAGAAAAGAA-AGT-AAAA-A----AACG-A-A-AATC-ATAGAAAATAACCAAATAATAAACATATATTTG----TTTG----TATTAATACTGACTTTACATGTTAAATAAAATATTTAAATGAAACTAATATTTGTTCAAAAC
gi|5 : aGTTTGATATA-A----CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-AAG-TTTTACTTT-AAAACCATA---GCATAGCTAAGTT-------T--TTAAAGTC-TCACCGTGGGAGCGATCCATTC----TT--G-T--TAAA-AAA-C----------ATATACTAAAAGTGACACGCAT---GAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAAC--A-AGAATCGAGAAATAATAACCAAATAATAAACTTACAGTT--------GTCGCTATTTATGTACATTGTATATGTTTAACAAAGTATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTACGACGTTTAACAGTT-TTGT-ATA-aa
gi|6 : gCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-AGCTT---AA--TATA-ATTATCAATAGTGAGTTGGTATG-----A-----A-------G---AAAATGCGGTTGGT-----A-------AT---------AAA------------CATAA------GGCAATG-TTCAGTTTGATA----TA-GCAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAAC--------TA-TAG-TTTGACTTTAAAA-CAATA---GCAT-TTTAAGCTGT--TGTT--T-----TC-TGACTGTGAGAGAGATCCATTA----TT-TA----TAAT-GAAAC----------ACGCAATAAA--------------------AA-AAC----A-ATACCAACG---AGATTCGATAGAAggacattg
gi|7 : aATAA---TATAGATTACCATTTTAT--TATAGATTATCATCAGT---------TG-----A------------------------------T-----A-------AT---------ACG------------CAT-A------TGATATG-TTCAGTTTG------GTA-GCAAGTGTTTGGGAAATATTACATGTATAAGTGGTAGCGTTCATAGTAATAG-TTTGGCTTT-AAAATAATA---ACATATTTAAGATGG--TTTT--ATAAAGTC-TAACTGTAAAAGAGATCCATTC----TT-TA-T--AAAA-AAAACTCCTAAAAGAACATAACAAAA---GCACG------AGAAGGACGAC-AAAttctgagtaaacacatctttaattcgtt
gi|8 : actatacagtgtattgtgcttatcagtagttctatgatt--AAGTAGTG------TAAATAGTATA--------CA-TGG-TT--GCTTT-AAA-CAATA---GCACATTAAAGATGT--T-TT--TTAA--TCCTCACTGAGGGAGATATCCATTC----TT-TG-TAATAAA-AAAGT-----------CATACTAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AACAAAAA-ATACCAACG---AGAATCGAGAGAAACTAACCACATAATTAACTTGC----A----TTTGTTGCCGTTAATGCAGATTGTATA
gi|9 : tatgtatgtttcaaatcaatgaaaagatgtatgaaatacTAT-T-TT-TTACT--TAT--T--TTAAGCTAAATATGGCCCGCGAAATAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATGAT---AA--CATA-GTTAACAATAATGAGATTGCATG-----A-----A-------G---AA-----------T-----A-------AT---------ACA------------GTT-G-------GTAATG----AATT--ATAAACATATGCAA-TGTTCA--G----TT-----------TGATAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AA--CTGTT---GCATATTTAAGTGGT---GTG--TTAAAGTT-TCACTGTGGGAGAAA
blockSeqs : ATG A AT CA GT A AATTAT T TT ATA T TTT TG G ATGTAAAACACAGTTGATTATAAACAGTGTTA A AACATT A AAACATAT T GG C CATGTA G GTTCATAG A T T TA ACC TAT TTTTAT A C GTTT C TAA . ACTCCTAAAAGA GTGA TAAG C A C T GA A A GTTT C A C A . . .
blockSeqs : ATA . AT . . . . . . . . . . . AAGAAAGATACAGTTGGTAATAAA . . A ACATG T . C . A . . . T T ATA . TTTGT A . . . TA . AA G A . . . A AT A A ATTT T T T C . . .
blockSeqs : CT . . . . . . . . . . . . . ATGTAAAACACAGTTGATTATATA . . . ATAA C . A . G . . . A A CA . TGTTT A . . . T . GC A T . . . T GA T A A T A A T . . .
blockSeqs : TA . . . . . . . . . . . . . AAGAAAAATACAGTTAGTAAGTAA . . . ATAG A . A . G . . . T T AA . TTTTT A . . . T . AC G T . . . T A A . . T T A
blockSeqs : TT . . . . . . . . . . . . . AAGAAAATGCGGTTGGTAATAAA . . . ATAA T . A . G . . . T T CA . GTGTT A . . . T . AC A T . . . T G A . . .
blockSeqs : TA . . . . . . . . . . . . . AAAAAACAGTCGGTAATAAA . . . GTA T . A . A . . . G T CA . TATT A . . . T . GT . . . . . . G .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . ACACAAAATACACTTGGT . . . TAA T . A . G . . . G T CA . ATTT . . . . T . C . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . AAGAATAATACA . . . ATA T . A . T . . . T . CT . TTT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AACAGAAATG . . . GTA C . . . G . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . ATAATACG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ATAA**** TTTTT***** T*** GA** G*******
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----A-----A-------A---CA-----------N-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTGATATA-GTA-GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGT--TGTT--TTAAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTA----TTTGTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----A-----A-------A---CA-----------N-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTTTGATATAA----GCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGTTGTTTTTT-----AAAGTC-TCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TAT---TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACGA--AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTG-------GTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATGACTCGTGCCTATATTCCCAATAGGGAGATGTCTCTGATCTCTATATGGTGTTTAACTTCCATACATGGATATTTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 111 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 1111111 111111 11111111 111111 1111 222222222222 1111 1111 333333333 1 1 1
lowQualScore : 222 3 00 55 55 2 888888 3 44 555 2 555 33 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 000000 8 3 3 2222222 88888 2 000000 1 33333333 3 3 2 44 888 777 222222 444 555 9999 4 1111 4 111111111111 2222 9999 0 5 5 5 1 0 7777 1 666666666 1 1 0 1 0 0 0
lowQualScore : ... . .. .. .. . ...... . .. ... . ... .. . ............................................................................ . ...... . . . ....... ..... . ...... . ........ . . . .. ... ... ...... ... ... .... . .... . ............ .... .... . . . . . . .... . ......... . . . . . . .
lowQualScore : 333 6 00 00 00 9 222222 1 22 000 9 000 99 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 555555 0 3 3 8888888 00000 0 555555 2 22222222 6 6 2 99 111 000 666666 777 777 4444 4 4444 4 000000000000 6666 0000 5 0 0 7 7 7 1111 7 222222222 4 0 6 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----A-----A-------A---CA-----------N-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTT-T-GATA----TAAGCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGT-----TGTTTTT-TAAAGTCTCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTG-------GTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
Reference ( family-2754 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATTATAT-TNTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGGCCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAGTGAGATGGTATG-----A-----A-------A---CA-----------N-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTT-T-GATA----TAAGCAAGTGTTCG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT-AAA-CAATA---GCATATTTAAGT-----TGTTTTT-TAAAGTCTCACTGTGGGAGAGATCCATTC----TT-TA-T--TAAA-AAAAC----------ACATAATAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAACG-A-AGAATCGAGAGAAAATAACCAAATAATAAACTTGCATTTG-------GTTGCTATTAATGTAGATTGTATATGTTTAACAAAATATTTAAATGGAATTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGNT-TTGT-ATA-TAAATAA
gi|1 : TCATGATTT-TCTT-TGATT--TAT--T--TTAAGCCAAATATGACCCATGAA-TAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGAGATGGTATG-----A-----C-------A---CA-----------C-----A-------AT---------ACA------------CAT-A------TGCAATA-TTCAGTT-T-GATACATGTATGCAAGTGTACG--AAATATTA------TAAGTGATTAC--------TA-TAT-TTTTAC-TT-AAA-CTATA---GAATATTTAAGTTATTATGTTTCT-TAAAGACCCACTATGAGAGATATCCATTC----TT-TATT--TAAATAAAAT----------ATAAAATGAAA---ATATGCAT---AATAGAA-ACC-AAAA-TTAGCAACGAA-AAAATCGAGTGAAAATAACCAGATAATACAATTGCATTTATAATTTTGTTTCTATTCATGTGGATTGCTTATATTTGACAAAATATTTAAATGGAATTATTATTTATTCAAAACCTTCCGAAGTTCGAAAGACATTATAATATTAAATGA
gi|10 : tatatataacgtcaggcatatatacacgtacgaaagcacgtactcagactcgctctctggtatttgctgatatataaatatatgacaagtgttttcagacaccatTTATATATGTT-TTATT--TAT--T--TTAAGCCTAATATGGCCCATGGA-TATAATTATGTGT-A--CATGA---TACAAAT-ATCAT---AA--CACA-ATTATCGATAGTGGGATGGTATG-----A-----C-------A---CA-----------A-----A-------AT---------ACACTTGGT------CAT-AAACATTTGCAATG-TTCAGTT-T-TACA----T-GGCACGTGATTG--ACTCAGTA------TAAATGGTA-C--------CA-TTG-TCTT
gi|11 : gTTATATATATT-TTATT--TAC--T--TAAAGCCAAAAATTTCACATGAA-TAT------GCGT-A--TATAAATATACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAATAATGAGATGGTATG-----A-----AGAAAGATA---CA-----------GTTGGTA-------AT---------AAA------------CAT-A------TACAATG-TTCCGTT-T-GATA----TAta
gi|12 : TT-TTATTATTATCAT--TTAAGCCATATATAGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATAA---TACAGGT-TTCAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATGATGTAA-----A-------A---CA-----------C-----AGTTGATTAT---------ATA------------TAT-A------TGCAATGATTCA-TT-T-GAgc
gi|13 : tacAGTT-T-CATA----TAA-CAAATGTTTG--ACATATTG------TAAATGACAGT--------TA-CAG-TTT-A-----AAA-CAATATATATATATTTAAGT-----TG---CT-AAAAATCTGACTGTGGGAGAGATCC-TTC----TTCTA-TA-TATA-AAAAA----------ACATAA
gi|14 : tTTATAT--ATT-TCATT--T-T--T--GTAAGTCAATTACGACCCTTGAA-TAT------ATAT-ATTCATAA---TACAAAT-ATCGT---AA--CGTA-ATTATCAATAGTGTGA-GATACG-----A-----
gi|15 : tatttgtTATAT-CTTT-TAATC--TAT--T--TTAAGTCAAATATGGCCCATGAC-CGT------ATGT-T--CATAA---TACAAAT-ATCAT---AA--CATA-ATTATCAACAGTGTGATAGTACG-----A-----G-------G---CA-----------A-----A-------Aggggtgttcaaaaacttttgca
gi|16 : aatgAAATCAATTATGGTCCAAGAA-AAT------GTGTTA--CATAA---TACAAAC-A--AT---AATGCATA-ATAATCAATGGAGAAATGGTATG-----------A-------A---CA-----------G-----A-------A----------ATG------------CAT-T------TG-AAT
gi|18 : tg-TATT-CTATT--TAT--T--ATAAACCAAATATGGTCCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-ATCTT---AA--CATA-a
gi|19 : aTT-TTATTATTAT--TGTTTAAGCCATATATGGCCAATGAA-TAT------
gi|2 : acAATCCAAATATGGCCAATGAA-TGT------GTGT-A--CTTAA---TACAAAT-ATACT---AA--CATA-TTTACCTATAGTGAGATAATATA-----A-----A-------AAAACA-----------GTCGGTA-------AT---------AAA------------CAT-A------TGCAATG-TTCAGTT-T-AATA----TA-GCAAGTGT-CA--A----CTG------TAGTT--TGAC--------TA-T----TTTGTTTT-AGA---GTA---GCATATTTAAGT-----TGTTTTG-TAA-GTTTTACTCTGGGAGAGATCAATCC----TT-TA-T--GCAA-AAAGC----------AAATAATAGAA---GCACACAA---AAATAAA-AAT-AAAACATACCAACG-A--GAATCGAGACA---TAACCAAATAATAAACTTGC-TTTA-------GCTGCTATTAATGTAGATTGCACATGTTAAACAACATATTTGGATGGAGTTAGTATTTATTCAAAACCTTCCGACGTTCGAAAGAT-TTGT-ATA-TAAATAAtagaaaacaa
gi|20 : ctcacgttctcaatttaaatataTATTCCAAACCTTCCGGCGTTCAGAAGCT-TTGT-ACA-TGAACAtg
gi|3 : ATCATAT-TTTA-TTATT---AT--T--TTAAGTCAAATATGGCCATTGAA-TGT------GTTA-A--CATAA---TGCAAAT-ATTAT---AA--CATA-ATTATCAATATTGAGATGGTATA-----A-----A-------G---AA-----------A-----A-------AT---------ACAGTTAGTAAGTAACAT-A------TGCAATG-TTCAGTT-T-GATG----TA-GCAAATGTTAC--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-TAA-TTTAACTT--AAA-AAA-A---ACATATTTAAGT-----TGTTATT---AAGTCTCAGTGTCGAA-AGATTCATTC----TT-TA-T--TTAA-AACAC----------ACACAATAAAA----CACGCAT---AATAGAA-AAC-AAAA-AAAACAA---ATAGTATCGAGTGGAAATCTGCAAAAAATAAACTTGCATTTG--------TTGCTGTTAATGTAAATTATATATGATTACCAATATAATTACATGGAATACGTATTTATTTAAAGCCTTTCGc
gi|4 : tTATAT-TATTATTATT--TA---------AGCCATATAAGGCCCATGAA-TAT------GTGA-A--CATTA---TACATGT-TTGAA---TA--CATA-ATTGTCAATAGTGAGATGGTATG-----ATGTAAA-------A---CA-----------C-----A-------GTTGATTATAAACAGTGTTA------CAT-A------TGCAATGATTCAATT---GAT-----TAAGCAAGCATTTG--AAATATAA------TAGATGTTAGC--------TA-TAGTTTTTACTTA-GGA-CAATA---GGGTATTTTAG---------TATT-TAAAGTCTCACTTTGGGAGAGATCTATTCGTTTTT-TT-T--TAAA-----------------------AAAA---ACCCGCATAAGAAAAGAA-AGT-AAAA-A----AACG-A-A-AATC-ATAGAAAATAACCAAATAATAAACATATATTTG-------TTTG-TATTAATACTGACTTTACATGTTAAATAAAATATTTAAATGAAACTAATATTTGTTCAAAAC
gi|5 : aGTT-T-GATA----TAA-CAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAGC--------TA-AAG-TTTTACTTT-AAAACCATA---GCATAGCTAAGT-----T----TT-TAAAGTCTCACCGTGGGAGCGATCCATTC----TT--G-T--TAAA-AAA-C----------ATATACTAAAAGTGACACGCAT---GAAAGAA-AAC-AAAA-ATACCAAC--A-AGAATCGAGAAATAATAACCAAATAATAAACTTACAGTTG--------TCGCTATTTATGTACATTGTATATGTTTAACAAAGTATTTAAATGGAATTCGTATTTATTCAAAACCTTACGACGTTTAACAGTT-TTGT-ATA-aa
gi|6 : gCATGAA-TAT------GTGT-A--CATAA---TACAAAT-AGCTT---AA--TATA-ATTATCAATAGTGAGTTGGTATG-----A-----A-------G---AAAATGCGGTTGGT-----A-------AT---------AAA------------CATAA------GGCAATG-TTCAGTT-T-GATA----T-AGCAAGTGTTTG--AAATATTA------TAAATGGTAAC--------TA-TAG-TTTGACTTTAAAA-CAATA---GCAT-TTTAAGC-----TGTTGTT-T----TCTGACTGTGAGAGAGATCCATTA----TT-TA----TAAT-GAAAC----------ACGCAATAAA--------------------AA-AAC----A-ATACCAACG---AGATTCGATAGAAggacattg
gi|7 : aATAA---TATAGATTACCATTTTAT--TATAGATTATCATCAGT---------TG-----A------------------------------T-----A-------AT---------ACG------------CAT-A------TGATATG-TTCAGTT-T-GGTA-------GCAAGTGTTTGGGAAATATTACATGTATAAGTGGTAGCGTTCATAGTAATAG-TTTGGCTTT-AAAATAATA---ACATATTTAAGA-----TGGTTTTATAAAGTCTAACTGTAAAAGAGATCCATTC----TT-TA-T--AAAA-AAAACTCCTAAAAGAACATAACAAAA---GCACG------AGAAGGACGAC-AAAttctgagtaaacacatctttaattcgtt
gi|8 : actatacagtgtattgtgcttatcagtagttctatgattATA----CAAGTA-GTGT-----AAATAGTA------TACATGGT---------------------TGCTTT-AAA-CAATA---GCACATTAAAGA-----TGTTTTT-T-AATCCTCACTGAGGGAGATATCCATTC----TT-TG-TAATAAA-AAAGT-----------CATACTAAAA---ACACGCAT---AAAAGAA-AACAAAAA-ATACCAACG---AGAATCGAGAGAAACTAACCACATAATTAACTTGCATTT--------GTTGCCGTTAATGCAGATTGTATA
gi|9 : tatgtatgtttcaaatcaatgaaaagatgtatgaaTAT-T-TT-TTACT--TAT--T--TTAAGCTAAATATGGCCCGCGAAATAT------GTTT-A--CATAA---TACAAAT-ATGAT---AA--CATA-GTTAACAATAATGAGATTGCATG-----A-----A-------G---AA-----------T-----A-------AT---------ACA-------------GT-T------GGTAATG----AATTATAAACA----TATGCAA-TGTTCA------GTT-----------TGATAGC--------TA-TAG-TTTTACTTT--AA-CTGTT---GCATATTTAAGT-----GGTGTGT-TAAAGTTTCACTGTGGGAGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATGACTCGTGCCTATATTCCCAATAGGGAGATGTCTCTGATCTCTATATGGTGTTTAACTTCCATACATGGATATTTAAACTT