lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111 111111111111111111 555555555555555555555 1 11111111 1 33333333333333333333 1111111111111 999999999999999999999999999999999999999 33333333333333333 1111 222222 111111111 1 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 11 33333
lowQualScore : 5 9 999999 3 1 6 111111 6666 2 888888 33 666666666666666666 777777 666666666666666666666 5 11 4444 6666 8 7 44444444 2 1 2 77777 3 2 66 00000000000000000000 4 4444444444444 33 0 2 111111111111111111111111111111111111111 7777 1 9999 3 77 99999999999999999 66 1111 7777 999999 88888 333333333 2 3 55555555 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 6 0 3 77777 888888 555 44 55 3 55 3 6 11111
lowQualScore : . . ...... . . . ...... .... . ...... .. .................. ...... ..................... . .. .... .... . . ........ . . . ..... . . .. .................... . ............. .. . . ....................................... .... . .... . .. ................. .. .... .... ...... ..... ......... . . ........ . .................................................................................................................................. .. . . . ..... ...... ... .. .. . .. . . .....
lowQualScore : 7 2 666666 6 6 3 888888 4444 9 222222 77 111111111111111111 777777 888888888888888888888 9 99 5555 5555 5 3 33333333 0 1 3 11111 9 9 44 88888888888888888888 8 4444444444444 99 1 9 999999999999999999999999999999999999999 7777 5 8888 6 44 11111111111111111 33 1111 6666 999999 33333 333333333 1 6 55555555 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 2 8 3 55555 888888 444 22 55 5 00 6 9 22222
consensus : TTTA-AATGCTAGT------CCGACAGGGCGAGTA--CG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-A-A--A-AAA------AT------A---TTGT---AAAATCAAAGTTTCTTGATCGCGAA-A--TCA----CAAAACAATAGCTGAATC--------ACTAGACGCTTTATA-----AATCA-TGACCAACA-GGTGCGCGTT---GCT--C-----TGGGAAAC------G-----AATA--AGACT-GTGCTCT---AC-GAAC-A-TAA-----AC--T--G-----GTTC---GACAATGACAAAT-AATCGTAAACCAGTCCAC------CAA-C--TNGA-ATGT--TTTTT--C-AGAT--G--TAATGT-----TTT---------TACAGA-C------ACCACTTTTTT--------------TC-NC--A--CA-----G------CA----------AACA-------ATG-T---ANT-----A--CAA----TG-AAAACG-------------GT----C-NAA--N-----TTA--TCATATTTTTATAA----GGGCGAGTGACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAG--TATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
Reference ( gi|4 ) : TTTA-AATGATAGT------CCGACATGGTGAATA--TA--TTTTC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-A-A--G-AAA------ATC--TA-A---TTGT---AATATCAAAGTTTCTTGATCATGAA-A--TCA----CATAACAACAGCTGAATC--------ATTAGATACTTTATA-----AAACA-TGATCAACA-GGTGGACACT---GCT--C-----TGAGAAAT------G-----AATA--AGACT-GTGCCCT---ACTTAAC-A-TAA-----AC--T--G---A-GTTC---AACAATAATAAAT-AATTTTAAACCAGTCCGC------CAA-C--TTGA-ATAT--TTTTT--C-AGAT--T--AAATGT-----TTT---------TACTGA-C------AGCACTTTTTT--------------TC-AC--A--CA-----A------CA----------AACA-------ATG-T---AGT-----A--CAA----TA-AAAACA-------------GT----C-TAT--T-----TCA--TCGTATTTTCATAA----AGGTGAGTGACA------ATTC---ACTA--ACAGCGAG--TATG-TTTTATTGGCCACTATGTAGTCCTGCAAT
gi|14 : TTTATAACGCTACT------CCGATATGGTGAGTA--AAATTTTTC--CTTCATAATC-A------TTC--AAAAA---T---G-C-A-T--A-AAA------AT------A---TTGT---AAAATCAATGTTCCTTGATTATGAA-A--TCA----CA-A--AATATTTAAATC--------ACTAGTTGCT
gi|1 : aaaacttatttaacaccaaaggtgtgttctgcttaccctctcgcattggcaagtttaagctgcagtcagacaagtaagtacTG-AATGCTAAT------CTGACAAGGAGAGTA--TA--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---TTTAA-A-A-A--A-AAA------AT------A---TTGT---GCGATTTAAATTGCTTGATCATGGA-A--TCAAAATCAAAACAATAGCAGAATT--------GCGAGAGGGTTTATA-----AATCA-CGATCAGTA-AGTGTGCATT---G----C-----TAGGAAAT------G-----TATG--TGAAT-GTGCGCT---GTGGAAT-G-TAA-----ACA-TTGG---G-GTTC---CACAATGATCAATGAATGT--GACTAGTCCAC--------------TGT-ACAC--TCAT-----ACAT--T--GTATGT-----TTT---------TACACATC------ATCACTCCTCC--------------CA-AC--A--CATGCGCA------CAAAGTTTTATTAACAG------ATG-T---TTT-----A--AAA----TATAAAACA-------------ATGAACC-TGG--T-----TAA--T-GTGT------------AAGTGGGAGACA------ATT-----------CAACGAG--CATG-TTTTACTGGTTAC----TAGTTCTACA
gi|8 : cactttatacaagggtttaaaattccagttgcctgctcacattggcaaacgagcgagtaagaatgtaTA-AATGCTAAT------CCAACAGGGCAAGTA--AG--TTTCC-TCGGCAAAATG-T------TGC--CAAAA---T---G-CTA-A--A-AAA------AT------A---TTGC---AAAATCAAAGTGTCTTGATTGCAGA-A--TCA----CAAAACAATAGTTGAATC--------ACTAGATGCTTTATA-----AACCA-TAACCAACA-GGTG----CT---GGTTAC-----TAGGAAAT------G-----AATA--GG--------------------C-A-CAA-----GC------------CTT---GCCAATTGTAAAC---TTT---GCTGGTC----------AA-T--TGGA-ATGT--TTTAT--C-AGAT--G--TGATGT-----TTA---------AACAGA-C------ACCTCTTTATT--------------TC--------CA-----G------CA----------A--A-------ATG-T---gggtgagttgtcttgtaaaaaatataacacctgctttatatagt
gi|11 : gtaaaaatccatttgacagaagaatttgTA-AATAATAATTTAACTCCGACAAGATGAGAA--TG--TTTCC-ACTGCATAAAT-A------TTC--CAC-----T---G-----A--A-AAA------ATT--TA-A------------------A--TTCTTTATCGCAAATG--TC-----TAAAACATTAGCAGAATC--------ACTCTATGCTTTGTA-----AATCA-TGGTCAAAAAGGT------T---GCT--C-----TGGGAAACTAATTAG-----AGTATTAGACT-GTGCCCT---ACTcataaacac
gi|24 : agcaggggtgtaaaattccactcttctttggcaagttgaaatgacagtcaggcgagtaagaatttgTA-AATGCTAGC------CCAACAGGGCAAGTA--CG--TTTTT-ACTGCACAATT-A------TTT--TGAAA---A---G-G-T-G--G-AAG------AT------A---TTGT---AA
gi|28 : caagggtgtaaaatatcacttgctcactcgactcatatcagtggccattgtgcgagaatttgTA-AATGCTAGT------CTGACATGGCCAGTA--CA--TTTCC-GCT
gi|7 : ttcagggatgtaaaatttcactcaattgcttgcattattggcagtcaggagtttgA-AATTA-AGT------CCAATAGGGTGAATA--TT--TTTCT-GCTGCATGATT-ACCGGTATAC--CAAAA---T---G-TGA-A--A-AAA------AT------A---TTGT---AAAATCAAAGTTTTTTAATTGCAAA-T--TCT----CAAAGCAATAGCTGCATT--------ACTTGATATTTTATA-----AATCA-TGACAAACA---TGTACATT---GCT--CAGTCATGAGAAA-------G-----AGGA--A-ACT-TTGCT------------------------------------GTTC---AACTATGCTGCAT-AATCATAAACCAGTCCAC------CAA----TCAA-GTTT--TTTTTTCC-AGAG--G--TAATGT-----TTT---------TATTAA-C------ACCATTT
gi|25 : aatactgttaatcgaggtggaaaatttcacttgccctcttgcattggcaaattgaagttgcatttgggcgagtgagattatataATGTTGAT------CTGACA-GGAAAATG--CA--TTTCC-GGTGCATGATT-A------TTC--CAAAA---T---A-C-T-A--A-AGA------A------------TGT-------------TTTCTTGATCGCAAA-G--TCA----TAAAACAGTAACTGAATA--------ACTCGACA----ATA-----ATAGA-TGcc
gi|2 : ttaaacatttgAGT------CCTGCAGGGTGA-TA--TT--TTTTCTATTGCATAAAT-A------TTC--CAAA----------C-AGA--G-AAA------A-----ATA---TTGT---AAAATTAAAGTTTGCTGATCATAAA-A--TCA----ATTCACAATATCGTAATC--------AT--GACATTTTATA-----AATGA-TGACCAACA-TGTGTGGATT---G----C-----TGGGAAAC------A-----AATT--ACACT-G-------------------TAA-----AC--T--G---CTGTTT---GACGATGTTTAGT-AAGCATAAACATGTCCAC------TAA-----TCA-AGATTCTTTTT--C-ATAT--G--TTATGT-----TTG---------CACAGA-C------CTCACTTTTTCCCCTCGGCAAAGTGTC-ATTAA--CA-----GATACTTCA----------AACA-------ATT-T---TTA-----A--CAA----TG-GAAATG-------------GT----T-AAA--A-----TTA--TCATATTTTTGTAA----GGGCAAATGACA------ATTT---ACTATTAGAGAGAG--TATG-TTGTAATGGTCA----ATAGTCGTACAAcc
gi|3 : caGT------CTGACAGCGTAAGTT--GG--TTTCT-GCTGCATGATT-A------TTT---AAAACATT---GAT-A-A--A-ATA------ATTATTA-AAAATTGTGAAAAT-TCAAAGCTTTTTAATCA-GAA-AAATCA----CAAAACAATTGGCGAATC--------ACTGGACACTTTATA-----AACCA-TAACCAATA-TGTGCACGTT---GCT--C-----TGGGGAAT------G-----AAAA--AGACT-GCGCTA----ACTGAAC-ATTAA-----AC--T--GTGCT-GTTA---AATTGCGATATAT-AATTGTAAACAAGGCCAA------CAA-C---AGA-ATGT--TTTTT--C-AGAT--G--TAATGT-----TTT---------TACAGT-T------AACA-TTGTTT--------------TC-GA--AATCA-----G------GA----------GACATTTTAATATA-T---AAA-----A--CAA----T--AAAATG-------------AT----CATAA--T-----T-A--TCATATATTTATAA----AGGTGAGTGACA------CTTC---ACTA--AGGATGAG--TATG-TTTTTTTGATCACTCTG--GCCCTGCAcacaagttgcacttcacaaaaatttacatcatttttaacaagccag
gi|5 : T------CCGATAGGGCGAGTA--TG--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTT--CCATA---G---G-C-A-A--ATAAA------AT------A---TTGT---AACATCAAATTTTTTTGATAGTGAA-A--TTA----CAAAACAATGGTTGAATC--------GCTAGATGCTTTAGA-----AATCC-AGATCAACA-TGCGCAAGTT---GCT--C-----TCGGAAAT------G-----AACA-------------CC---A---AAC-G-TAATTTTTGC--T--------ATTC---AACAATGAAAAAT-AATCATAAggac
gi|13 : ttcatgaagaaattcgtcctggaataaaagtgtacaaaaatgttacaaaaacgcaaagaagaaactccctgaagaataacacaaaatctgtccaaccatggatgcaaaattccactcattcgctcacactggcgagttgaagtcacagtttggcaaataagaatttgaaattgcttt------CTGACAAGGCGAGTAAGTA--CCT---GCTGCATAATT-A------TAA--CAAAA---T---G-C-G-A--T-AAA------AT
gi|17 : ttcattaaaagaatcattataaaataatgaaaccttaaaaatcaaagaaaactattacataaaacttaacagactttccatactagaggtgaaaatgacaatcacagtgtaacactgatgagttgaagttacacagtcaggcaaggaagaatttgtaactgTTCC-GCAGCATATTTTA------TTTTACAAAA---T---G-C-A-A--A-AAA------AAA--TATA---TTGT---AGAATCAAAATTTCTTGATCGCAAA-A--TCT----CAAAACAATAGATGAACCTCT-----ATTCG---CTCTATC-----AGGCA-TGATAAACA-AGTGCACGTT---GCC--G-----TGGGAAAC------T-----AGTC--AGACG-GTGATCT---ATCAGAC-A-TAA-----AC--T--aaagtttttt
gi|10 : -ATTGCATAATT-A------TTC--TAAAA---T---C-C-A-A--A-AAA------AT-------------------------AGTTTCTTGATCATAA------CA----TA-AACAATAGCTGAATC--------ACTAGATGCTATATA-----AT-CA-TGTTCAACA-GGTG----CTTGGGTT--C-----TGGGACAG------G-----AATA--ACACT-GTTCTCT---ACTGAAC-A-CAA-----AC--TTTA---ATGTTT---GACAATGACTAAC-AATTGTAAACCAGTCCAC------CAA-T--CAGG-ATG---TTTTT--C-ATAT--G--TAATG------TTT---------TA--GA-C------ACCA---TTTT--------------TC-CC--C--TA-------------A----------AACAG------ATG-T---ATT-----ATTTGA----CA-CAAACA-------------GT----
gi|29 : ctTAATT-A------TTC--CAAAA---C---G-C-G-A----AAA------AT------A---TGGT---AAAATCAAATTTTCTTAATTGCGAA-A--TCA----CAAAATAAAAGTTGAATG--------ACTGGATACTTTAaaaaatggtaaaaatgatcgtatgttc
gi|6 : --CAAAA---T---G-T-A-ATTG-AAATACACAATC--AA-A---TCAT---AAC--CAAA---TCTTGATTGTGAA-A--TTA----CAAAACATTATCTGAATC--------ACAAGTCGTTTTATA-----AATCA-TTACCAACA-GTTGTCTATT---TGT--A-----TGGGAAAC------GAAACAAATA--AAAAT-GTCAAAT---ACCGAACTG-TAA-----ACGTT--G---CTGTTC---AAC-ATTACAAAT-CGTCATAAACCAGTCCTT------AAATC--ATG--ATGT--TTTTT--T----T--TTCAAGTGTTATAATTT---------TAGACA-C------AGTA-TTTTTT--------------TC-TC--A--AA-----A------AA----------AAC----------G-T---GCT-----A--AAA----TA-AAAACACAAAAAAAAAATTGT----C-CAA--A-----TTA--TTTTTTTTTTATAA----AAGTGAATGACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAG--TATA-CTTT
gi|16 : AACAAAAGCTAAATCCCTATAATATTA--TGCTCTGTACCGGTAAATAATTATTGATA-AGTGAACATT---GCT--T-----AGGGAAAC------A-----AATA--AGACT-GTGTCCTTGAAC-CAAC-A-TAA-----AC--A--T---T-GCTCTATGACAATGAAAAAT-AATCTTAAACCAGTCCAC------CAC-CAATTGAGATGT--GTTTT--C-AAAT--G--TAATGT-----TTT---------gaggatcattagttg
gi|26 : GCCGAATC--------ATTAGACTTTTTATA-----AATCA-TGACCAACT-GGTGCACGTT---ATA--C-----TGGGGAAT------G-----TATA--AGAT---TGCTCT---TCCGAGC-A-TAA-----AC--T--
gi|15 : TTATA-----AATCA-TGATCAACA-GGTGTGCGTT---ACT---------AGGAAAC------A-----AAAA--TGACTTGTGTCCT---AATGAA--A-TTT-----GC--T--G------TTT---GCCAATGACAAAT-AAATGTAAACCAGTCCAC------TAA-T--CAGA-ATAC--TTTTT--C-AGAT--G--TAATGT-----TGT---------TACAGA-C------ttgctgtttgacagttcactgttcatgactaac
gi|9 : AAAT------A-----AATA--AGACT-GT----------------A-TAA-----AC--TTTG---CTGTTT---GACAATGAC---T-A-TCTTAGACCAGTCTTCATGTAGCAA----TGGC-ATTT--TTTTT--CTAGAT--G--TAATAT-----TTTCAGACAAGATACTGC-CCCCCCCACCCCTCCCTC--------------CC--------CA-----T------CA------------CAT------ATG-T---TTT-----A--AAA----TGTAAAACA-------------GCGGAAC-TGTGGTCAGAATTA--TCATATTCT-ATAA----CTAAGAGTGACA------ATTC---TCTA--AGGGTGAG--TGTG-TATTATTG-----TAAGTAGTCttcgattttccatcccgcaaagtgtcataaacagacattttaaaatataaaacaa
gi|12 : aatgtgcatgcatgttgcaaggatatggtaATCTTAAACTAGTCCAT------CAA----TTGG-AT-----TTTT-----GAT--G--TAATGT-----TTT---------TACAGA-C------ATTCCATTTTT--------------T--AC--A---A-----A------TGTTTT------AA-A-------ATA-T---AAA-----A--CAA----TG-AAAATT-------------GT----C-AAA--A-----AGA--TCATAATTTGAAAA----GGGCGAGTGACA------AATTAGAAAAA--AAAACAAG--TATG-TTTTATTGATCACaaagacttagtttaaaacaatttacaccc
gi|18 : GG-ATGT--TCATT--G-AGATGTT--AAGT--------TT---------TACAGA-C------ATTACTTTTTG--------------CCTAC--A--TT-----T------TA----------AA---------AT--------T-----A--CAA---------AATA-------------GT----C-AAA--A-----TTA--TCATATATTTATAT----GGGCAAGTCCCG------ATTC---ACTT--AGGGGAAG--CAGG-TTTTATTGGTTGC----TAATCCTGTAAaagttctggacgagaagtctttaaaatatttacactgctttctacaatgcatatttcaacaaa
gi|21 : aCTTTTTT--------------CT-CC--A--CA-----A------CA----------GATAT------ATT-TTGAAATATTAAA--CAA----TG-GAAATT-------------GT----C-AAG--A-----TTA--TCATATTTTTATAA----GGGCGAGTGGCACTTATTATTC---ACTA--gacaagaagtctttaatactttttac
gi|31 : gttttacaaaataattgtatatcagcccacaattgtaatgttgcagacatA----------AACA-------ATGAT---AAT-----G----A----TC-AAAATT-------------GT----CATAT--T-----TGA------ATTTT-ACAA----AAGTGAGTTTCA------ATTC---ACTA--cgggcaaataattatt
gi|23 : aacaaacattttaaaatata---AGT-----G--CAAATAGTG-AAAA-----------------------TAT--T-----TTAAATCATATTTTTATAA----GGGCATATGACA------ATTC---ATTA--AGGGCATA--AATGATTTTTTTTGTCACTA
gi|22 : agaagacattttgaaaaatgaaa-AAAATA-------------GT----C-AAA--A-----TTG--TCATATTTTTATAA----GGGTGAGTGACA------GTTC---ACTG--AAGACAGG--TATA--TTTATTGGTCAATA-ATAGTgcccttcaggacttgtagcctttaaaattattttacatccc
gi|32 : tattcccacaacataattacattttaaaatataaaacacagaaagA--TCATATATTATTAA----GGGTGAATATTT------ATTC---ATTA--AGGGTGAA--TACA-TTTTATTGGTCAacagtataagtaactttttatcaattttacaac
gi|20 : tTTTTTACAAGAACAGGTGACAGACA------ATCC---ACTA--A-AG-GAGGTCGTG-TTTTA-TGATCACTaacgccctacagga
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAATTCCTCGCTCACAAAACAGTAGCTAAATCAATAGACACAAAATTAATCATGTTCAACCATTGCGCATTCTTAAGAATCAAATACATGTAATACTGTGTTCTGCCAAATTTGATCTTATTAATAAATAATCATAAACCATTCTATCTTAGTATCAGGATAATTTTT
Unaligned ( gi|27 ): GCAAAATGTCATTAATAGATGTTTTAAAAATTTAAATATAAAACAATGAAAATGGTAAAAATTAAAAATTATCATATTTTCGGAAGGGAGAATG
Unaligned ( gi|30 ): TGTACAATTCCTCTAGCCCGCTCTCATATTGGCGAGTTGAAGTAACAGTTTGGCAAGCATAAAATTATAAAGATTTTAATGTTTTT
Unaligned ( gi|33 ): TAGCCAGTTAAAGTCACATTCGGGCAAGTAAGAATTTGTAAATGCTAGCCTGGCAGGGCAA
Unaligned ( gi|34 ): TCTCTCAGATGTAATGTTATTTCAGACGCTGATTTCCCCCGCACGCAAACTGTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111 111111111111111 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222 222222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222222222222 111111
lowQualScore : 4 55 2 9999 55 2 777777 33 5555555 999 444 2 5555 33333333 0 0 33 2 555 2 0 2 0000 2 666666 777777 5 6666 888888888888888 2 1111111111111 777777 33 0 2 00000000000000000000000000000000000000000000000 555 3 33 2 33 111111111111 2 77777 3333 444 1 5 2 111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 5 88888888888888888888888888 1 3 8888888 66666 1 444444 555 33 3 0 0 4
lowQualScore : . .. . .... .. . ...... .. ....... ... ... . .... ........ . . .. . ... . . . .... . ...... ...... . .... ............... . ............. ...... .. . . ............................................... ... . .. . .. ............ . ..... .... ... . . . .................. ......................................................................................................... .. . .......................... . . ....... ..... . ...... ... .. . . . .
lowQualScore : 4 55 2 3333 11 7 777777 44 4444444 999 444 5 3333 44444444 8 8 99 4 000 9 4 9 3333 7 888888 777777 3 5555 999999999999999 5 7777777777777 222222 44 4 7 88888888888888888888888888888888888888888888888 444 7 99 0 77 333333333333 7 88888 8888 444 4 1 7 777777777777777777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 3 88888888888888888888888888 0 6 1111111 22222 4 333333 000 99 3 7 5 0
consensus : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-G-AAC-A-TAA-----AC--T---GC---GTTC---GACAATGATAAATAATCGTAAACCAGTC--CAC----CAAT--CGGA-ATG----TTTTTT--C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTTTTC-CCCC----------------A----CA---G------CA------------A------AC-----------A-------AT------GTANN-----------A--CAATG-AAAAC-----------G-------------GTCAAAATTA-------TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGTGACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
Reference ( family-2708 ) : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGACCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-G-AAC-A-TAA-----AC--T---G----GTTC---GACAATGACAAATAATCGTAAACCAGTC--CAC----CAAC--TNGA-ATG----TTTTTT--C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTTTTT-TCNC----------------A----CA---G------CA------------A------AC-----------A-------AT------GTANT-----------A--CAATG-AAAAC-----------G-------------GTCNAANTTA-------TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGTGACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
gi|1 : TG-AA--TGCTAATCTGACAAGGAGAGTATA--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---TTTAA-A-AA---A-AAAA----T--------ATTGTGCGA--TTTAAATT---GCTTGATC-ATGGA-ATCAAAATCA-AAACAATAGCAGAATTGCGAGA------GGGTTTATA------AATCACGATCAGTAAGTGTGC--ATTG---------C-----TAG-GAAAT------G-----TA------TG--TGAAT-GTGCG--C---T---G-TGG-AAT-G-TAA-----ACA-TTGGG----GTTC---CACAATGATCAATGAATGT-GACTAGTC--CAC----------------TG----TACACT--C-ATACATTGT-ATGTTTTTACACATCA--------------TCACTCCTCC-CAAC----------------A----CATGCG------CACAAAGTTTTATTA------AC-----------AG------AT------GTTTT-----------A--AAATATAAAAC-----------A-------------ATGAACCTGG-------TTA-A-------TGTGTAAGTGGGA--GACA------ATTC---A--------ACGAGCATG-TTTTACTGGTTACTA-GT
gi|10 : cactttatacaagggtttaaaattccagttgcctgctcacattggcaaacgagcgagtaagaatgtaTGCATAATT-A------TTC--TAAAA---T---C-C-AA---A-AAAA----T--------A---------------GTT---TCTTGATC-------ATAA----CATAAACAATAGCTGAATCACTAGA------TGCTATATA------A-TCATGTTCAACAGGTGC-----TTGGGT-----TC-----TGG-GACAG------G-----AA------TA--ACACT-GTTCT--C---T---A-CTG-AAC-A-CAA-----AC--T---TTAATGTTT---GACAATGACTAACAATTGTAAACCAGTC--CAC----CAAT--CAGG-ATG-----TTTTT--C-ATA---TGTAATGTTTT---AGA-CA--------------CCA---TTTT-TCCC----------------C----TA-----------A------------A------AC-----------AG------AT------GTATTATTTGACACAAA--CAGTA-AAAAT-----------G-------------GTAAAAATGA-------TCGTAT-----GTTtctacagggtgagttgtcttgtaaaaaatataacacctgctttatatagt
gi|11 : ctatTCCGACAAGATGAGAATG--TTTCC-ACTGCATAAAT-A------TTC--C--AC---T---G----A---A-AAAA----T-------------------TTAAA--T---TCTTTATC-GCAAATGTC-----TA-AAACATTAGCAGAATCACTCTA------TGCTTTGTA------AATCATGGTCAAAAAG-------GTTG--C-----TC-----TGG-GAAACTAATTAG-----AG------TATTAGACT-GTGCC--C---T---A-C-c
gi|12 : agcaggggtgtaaaattccactcttctttggcaagttgaaatgacagtcaggcgagtaagaatttgtaaataataatttaacATCTTAAACTAGTC--CAT----CAAT--TGGA---------TTTTT-----GA---TGTAATGTTTTTACAGA-CATT------------CCATTTTTT----------------------A----CA-----------A------------ATGTTTTAA-----------A-------AT------ATAAA-----------A--CAATG-AAAAT-----------T-------------GTCAAAAAGA-------TCATAA-----TTTGAAAAGGGCGAGTGACA------AATTAGAAAAA--AAAACAAGTATG-TTTTATTGATCACAA-GTt
gi|13 : TA-AC--TGCT-----GACAAGGCGAGTAAG--TACCT-GCTGCATAATT-A------TAA--CAAAA---T---G-C-GA---T-AAAA----T--------Atctggacgagaagtctttaaaatatttacactgctttctacaatgcatatttcaacaaa
gi|14 : ttcattaaaagaatcattataaaataatgaaaccttaaaaatcaaagaaaactattacataaaacttaacagactttccatactagaggtgaaaatgacaatcacagtgtaacactgatgagttgaagttacacagtcaggcaaggaagaatttgTTTATAA--CGCTACTCCGATATGGTGAGTAAAATTTTTC--CTTCATAATC-A------TTC--AAAAA---T---G-C-AT---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAATGTT---CCTTGATT-ATGAA-ATCA----CA-A---AATATTTAAATCACTAGT------TGCTaagtttttt
gi|15 : aaaacttatttaacaccaaaggtgtgttctgcttaccctctcgcattggcaagtttaagctgcagtcagacaagtaagtacTTATA------AATCATGATCAACAGGTGTGC--GTTA--C-----T-------AG-GAAAC------A-----AA------AA--TGACTTGTGTC--C---T---AAT-G-AA--A-TTT-----GC--T---G-----TTT---GCCAATGACAAATAAATGTAAACCAGTC--CAC----TAAT--CAGA-ATA----CTTTTT--C-AGA---TGTAATGTTGTTACAGA-CT--------------TCGATTTTCCATCCC----------------G----CA---
gi|16 : AACAAAAGCTAAATCCCTATAATATTATGCTCTGTACCGGTAAATAATTATTGATAAGTGAAC--ATTG--C-----TT-----AGG-GAAAC------A-----AA------TA--AGACT-GTGTC--C---TTGAA-C-C-AAC-A-TAA-----ACA-T---T----GCTCTATGACAATGAAAAATAATCTTAAACCAGTC--CAC----CACCAATTGAGATG----TGTTTT--C-AAA---TGTAATGTTTTaagtgtcataaacagacattttaaaatataaaacaa
gi|17 : TTCC-GCAGCATATTTTA------TTTTACAAAA---T---G-C-AA---A-AAAAAATAT--------ATTGTAGAA--TCAAAATT---TCTTGATC-GCAAA-ATCT----CA-AAACAATAGATGAACCTCTATT------CGCTCTATC------AGGCATGATAAACAAGTGCAC--GTTG--C-----CG-----TGG-GAAAC------T-----AG------TC--AGACG-GTGAT--C---T---ATC-A-GAC-A-TAA-----AC--T---
gi|18 : GG-ATG----TTCATT--G-AGA---TGTTAAGTTTT-ACAGA-CA--------------TTAC-TTTTT-GCCT----------------A----CATT-T------TA------------A------A------------------------------ATT-----------A--C-----AAAAT-----------A-------------GTCAAAATTA-------TCATAT-----ATTTATATGGGCAAGTCCCG------ATTC---ACTT--AGGGGAAGCAGG-TTTTATTGGTTGC----TAATCCTGTAA
gi|19 : aTCA----CA-AAACAGTAGCTAAATCAATAGA------CACAAAATT------AATCATGTTCAACCATTGCGC--ATT---C-----T------TAA-GAATC------A-----AATACATGTA--ATACT-GTGTT--C---T---G-C-C-AA--A-T--------T--T---G----ATCT---TAT--TAATAAATAATCATAAACCATTC--TAT----Cgacaagaagtctttaatactttttac
gi|2 : taattcctcgcAGTCCTGCAGGGTGA-TATT--TTTTCTATTGCATAAAT-A------TTC--CAAAC---A---G---AG---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TTAAAGTT---TGCTGATC-ATAAA-ATCAATT-C----ACAATATCGTAATCAT--GA------CATTTTATA------AATGATGACCAACATGTGTGG--ATTG---------C-----TGG-GAAAC------A-----AA------TT--ACACT-G--------------------------TAA-----AC--T---GCT--GTTT---GACGATGTTTAGTAAGCATAAACATGTC--CAC----TAAT--CAAG-ATT----CTTTTT--C-ATA---TGTTATGTTTGCACAGA-CC--------------TCACTTTTTC-CCCTCGGCAAAGTGTCATTAA----CA---GATACTTCA------------A------AC-----------A-------AT------TTTTA-----------A--CAATG-GAAAT-----------G-------------GTTAAAATTA-------TCATAT-----TTTTGTAAGGGCAAATGACA------ATTT---ACTATTAGAGAGAGTATG-TTGTAATGGTCAATA-GTCGTttagtatcaggataattttt
gi|20 : caTC--AAC----CAAT--CAGA-ATG----TTTT-------GA---T--------TTTACAGA-CA--------------ATGCTTATTC-CTGC----------------AGAAACA---GTGA---CATT----------A------ACGTAAGTTTTGAA-------AT------ATAAA-----------A--CAAGG-AAAAT-----------G-------------AATAAAATTA-------TTAT-T-----TTTTACAAGAACAGGTGACAGACA--ATCC---ACTA--AAGGAGGTCGTG-TTTTA-TGATCACTacaacacaagttgcacttcacaaaaatttacatcatttttaacaagccag
gi|21 : AAATAATTGTATATCAGCC--CAC-------------A-AT---------------------TGTAATGTT---GCAGA-CA--------------TC--TTTTTT-CTCC----------------A----CA---A------CA------------G------AT-----------AT------ATTTTGAAATATT-----------AAACAATG-GAAAT-----------T-------------GTCAAGATTA-------TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGTGGCACTTATTATTC---ACTA--CGGGCAAATA
gi|22 : gttttacaAAAG-AAAAT-----------A-------------GTCAAAATTG-------TCATAT-----TTTTATAAGGGTGAGTGACA------GTTC---ACTG--AAGACAGGTATA--TTTATTGGTCAATA-ATAGTattatt
gi|23 : tattcccacaacataattacattttaaaatataaaacacag------------A------AA-----------A-------GT------GCAA------------A--TAGTG-AAAAT-----------A-------------TTTTAA---A-------TCATAT-----TTTTATAAGGGCATATGACA------ATTC---ATTA--AGGGCATAAATGATTTTTTTTGTCACTA-acagtataagtaactttttatcaattttacaac
gi|24 : agaagacattttgaaaaatgTA-AA--TGCTAGCCCAACAGGGCAAGTACG--TTTTT-ACTGCACAATT-A------TTT--TGAAA---A---G-G-TG---G-AAGA----T--------ATTGTAAcccttcaggacttgtagcctttaaaattattttacatccc
gi|25 : caagggtgtaaaatatcacttgctcactcgactcatatcagtggccattgtgcgagaatttgA--TGTTGATCTGACAGGA-AAATGCA--TTTCC-GGTGCATGATT-A------TTC--CAAAA---T---A-C-TA---A-AGAA----T--------GT---------------TT---TCTTGATC-GCAAA-GTCA----TA-AAACAGTAACTGAATAACTCGA------C
gi|26 : ttaaacatttgGCCGAATCATTAGA------CTTTTTATA------AATCATGACCAACTGGTGCAC--GTTA--T-----AC-----TGG-GGAAT------G-----TA------TA--AGAT---TGCT--CT--T---C-C-G-AGC-A-TAA-----ACTTT---GCT--GTTT---GACAGTaataatagatgcc
gi|27 : -----------A-------AT------ATAAA-----------A--CAATG-AAAAT-----------G-------------GTAAAAATTAAAAATTATCATAT-----TTTCGGAAGGGAGAATGtcactgttcatgactaac
gi|28 : gcaaaatgtcattaatagatgttttaaaaatttaTA-AA--TGCTAGTCTGACATGGCCAGTACA--TTTCC-GCT
gi|29 : ttcagggatgtaaaatttcactcaattgcttgcattattggcagtcaggagtttgTAATT-A------TTC--CAAAA---C---G-C-GA---A-AAA-----T--------ATGGTAAAA--TCAAATTT---TCTTAATT-GCGAA-ATCA----CA-AAATAAAAGTTGAATGACTGGA------TACTTTA
gi|3 : GTCTGACAGCGTAAGTTGG--TTTCT-GCTGCATGATT-A------TTT---AAAACATT---GAT-AA---A-ATAA----TTATTAAAAATTGTGAAAATTCAAAGCT---TTTTAATCAGAAAA-ATCA----CA-AAACAATTGGCGAATCACTGGA------CACTTTATA------AACCATAACCAATATGTGCAC--GTTG--C-----TC-----TGG-GGAAT------G-----AA------AA--AGACT-GCGCTAAC---T-------G-AAC-ATTAA-----AC--T---GTGCTGTTA---AATTGCGATATATAATTGTAAACAAGGC--CAA----CAAC---AGA-ATG----TTTTTT--C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGT-TA--------------ACA-TTGTTT-TCGA----------------AAT--CA---G------GA------------G------AC-----------ATTTTAATAT------ATAAA-----------A--CAAT--AAAAT-----------G-------------ATCATAATTA-------TCATAT-----ATTTATAAAGGTGAGTGACA------CTTC---ACTA--AGGATGAGTATG-TTTTTTTGATCACT--CTGGCCCTGCA
gi|31 : -----------A-------AT------ATAAA-----------A--CAATG-ATAAT-----------G-------------ATCAAAATTG-------TCATATTTGAATTTTACAAAAGTGAGTTTCA------ATTC---ACTA--ggac
gi|32 : aacaaacattttaaTA-------TCATAT-----ATTATTAAGGGTGAATATTT------ATTC---ATTA--AGGGTGAATACA-TTTTATTGGTCA
gi|33 : TA-AA--TGCTAGCCTGGCAGGGCAAaacgccctacagga
gi|34 : tagccagttaaagtcacattcgggcaagtaagaatttgTCTCT--C-AGA---TGTAATGTTATTTCAGA-CG--------------CTGATTTCCC-CCGC----------------A----C----G------CA------------A------AC-----------
gi|4 : TTTA-AA--TGATAGTCCGACATGGTGAATATA--TTTTC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---G-AAAA----TCTA-----ATTGTAATA--TCAAAGTT---TCTTGATC-ATGAA-ATCA----CA-TAACAACAGCTGAATCATTAGA------TACTTTATA------AAACATGATCAACAGGTGGAC--ACTG--C-----TC-----TGA-GAAAT------G-----AA------TA--AGACT-GTGCC--C---T---A-C-TTAAC-A-TAA-----AC--T---GA---GTTC---AACAATAATAAATAATTTTAAACCAGTC--CGC----CAAC--TTGA-ATA----TTTTTT--C-AGA---TTAAATGTTTTTACTGA-CA--------------GCACTTTTTT-TCAC----------------A----CA---A------CA------------A------AC-----------A-------AT------GTAGT-----------A--CAATA-AAAAC-----------A-------------GTCTATTTCA-------TCGTAT-----TTTCATAAAGGTGAGTGACA------ATTC---ACTA--ACAGCGAGTATG-TTTTATTGGCCACTATGTAGTCCTGCAAtgtca
gi|5 : TTTG-AAATTGCTTTTCCGATAGGGCGAGTATG--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTT--CCATA---G---G-C-AA---ATAAAA----T--------ATTGTAACA--TCAAATTT---TTTTGATA-GTGAA-ATTA----CA-AAACAATGGTTGAATCGCTAGA------TGCTTTAGA------AATCCAGATCAACA--TGCGCAAGTTG--C-----TC-----TCG-GAAAT------G-----AA------C-----AC-------------------C-A-AAC-G-TAATTTTTGC--T--------ATTC---AACAATGAAAAATAATCATAAt
gi|6 : ttcatgaagaaattcgtcctggaataaaagtgtacaaaaatgttacaaaaacgcaaagaagaaactccctgaagaataacacaaaatctgtccaaccatggatgcaaaattccactcattcgctcacactggcgagttgaagtcacagtttggcaaataagaa--CAAAA---T---G-T-AATTGA-AATA----C--------ACAATCAAA--TCATAACCAAATCTTGATT-GTGAA-ATTA----CA-AAACATTATCTGAATCACAAGT------CGTTTTATA------AATCATTACCAACAGTTGTCT--ATTT--G-----TA-----TGG-GAAAC------GAAACAAA------TA--AAAAT-G---T--CAAAT---ACC-G-AACTG-TAA-----ACGTT---GCT--GTTC---AAC-ATTACAAATCGTCATAAACCAGTC--CTT----AAAT--CATG-ATGTTTTTTTTTT--C-AAG---TGTTATAATTTTAGACA-CA--------------GTA-TTTTTT-TCTC----------------A-----A-----------A------------A------AA-----------A-------AC------GTGCT-----------A--AAATA-AAAAC-----------ACAAAAAAAAAATTGTCCAAATTA-------TTTTTT-----TTTTATAAAAGTGAATGACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATA-CTTTGAGGATCATTA-GT
gi|7 : AGTCCAATAGGGTGAATATT--TTTCT-GCTGCATGATT-ACCGGTATAC--CAAAA---T---G-TGAA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TTTTAATT-GCAAA-TTCT----CA-AAGCAATAGCTGCATTACTTGA------TATTTTATA------AATCATGACAAACA--TGTAC--ATTG--C-----TCAGTCATGA-GAAA-------G-----AG------GA--A-ACT-TTGCT-------------------------------------------GTTC---AACTATGCTGCATAATCATAAACCAGTC--CAC----CAA---TCAA-GTT----TTTTTTTCC-AGA---GGTAATGTTTTTATTAA-CA--------------CCATTTtg
gi|8 : aatactgttaatcgaggtggaaaatttcacttgccctcttgcattggcaaattgaagttgcatttgggcgagtgagattatataaaattaTA-AA--TGCTAATCCAACAGGGCAAGTAAG--TTTCC-TCGGCAAAATG-T------TGC--CAAAA---T---G-CTAA---A-AAAA----T--------ATTGCAAAA--TCAAAGTG---TCTTGATT-GCAGA-ATCA----CA-AAACAATAGTTGAATCACTAGA------TGCTTTATA------AACCATAACCAACAGGTGCTG--GTTA---------C-----TAG-GAAAT------G-----AA------TA--GGcc
gi|8 : gtaaaaatccatttgacagaagaatttgAATTGTAAAC---TT--TGCTGGTCAAT--TGGA-ATG----TTTTAT--C-AGA---TGTGATGTTTAAACAGA-CA--------------CCTCTTTATT-TC-----------------------CA---G------CA------------A-------------------A-------AT------GTCAT-----------A--cacaagccttgccaattgtaaactttgctggtcaattggaatgttttatcagatgtgatgtttaaacagacacctctttatttccagcaaaatgtcataaacac
gi|9 : gtaaaaatccatttgacagaagaatttgtaaatgctaatccaacagggcaagtaagtttcctcggcaaaatgttgccaaaatgctaaaaaaatattgcaaaatcaaagtgtcttgattgcagaatcacaaaacaatagttgaatcactagatgctttataaaccataaccaacaggtgctggttactaggaaatgaataggcacaagccttgccTGCAT--GTTG--CAAGGATA-----TGGTAAAAT------A-----AA------TA--AGACT-GT-----------------------A-TAA-----AC--TTT-GCT--GTTT---GACAATGAC---TA-TCTTAGACCAGTCTTCATGTAGCAA---TGGC-ATT----TTTTTT--CTAGA---TGTAATATTTT--CAGA-CAAGATACTGCCCCCCCCACCCCTCC-CTCC----------------C----CA---T------CA--------------------C-----------AT------AT------GTTTT-----------A--AAATGTAAAACAGCGGAACTGTG-------------GTCAGAATTA-------TCATAT-----TCT-ATAACTAAGAGTGACA------ATTC---TCTA--AGGGTGAGTGTG-TATTATTG--TA--A-GTAGTCaacac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGTACAATTCCTCTAGCCCGCTCTCATATTGGCGAGTTGAAGTAACAGTTTGGCAAGCATAAAATTATAAAGATTTTAATGTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 1111 111111111111111 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666 222222222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111111 22222222222222222222222
lowQualScore : 4 55 2 9999 55 2 777777 33 5555555 999 444 2 5555 33333333 0 0 33 2 555 2 0 2 0000 2 666666 777777 5 6666 888888888888888 2 1111111111111 777777 33 0 22 999999999999999999999999999999999999999999 88 555 6666 1 2 2 444 33 9999999 33 66 888888 3333 444 1 5 2 111111111111111 444 2 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 5555555555555 5555 33 33 00000000000000000000000 444 5555 33 66666 1 5555 888888 555 33 3 0 0 4
lowQualScore : . .. . .... .. . ...... .. ....... ... ... . .... ........ . . .. . ... . . . .... . ...... ...... . .... ............... . ............. ...... .. . .. .......................................... .. ... .... . . . ... .. ....... .. .. ...... .... ... . . . ............... ... . .. ................................................................................ . ............. .... .. .. ....................... ... .... .. ..... . .... ...... ... .. . . . .
lowQualScore : 4 55 2 3333 11 7 777777 44 4444444 999 444 5 3333 44444444 8 8 99 4 000 9 4 9 3333 7 888888 777777 3 5555 999999999999999 5 7777777777777 222222 44 4 66 999999999999999999999999999999999999999999 00 000 1111 0 9 0 777 77 8888888 77 77 222222 5555 444 4 1 7 333333333333333 999 9 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 6666666666666 7777 66 77 11111111111111111111111 777 3333 44 22222 4 7777 222222 000 99 3 7 5 0
consensus : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-G-AAC-A-TAA--AC--T---GCTGTT-CGA---CAA----TGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT--C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CC-ACTTT-TTC-CCCC----------------A----CA---G------CA------------A------AC-----------A---------ATGTA-----------AAACA----ATG-AAA--ATG-------------G-------TCAA---AAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
Reference ( family-2708 ) : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-G-AAC-A-TAA--AC--T---GC-GTT-CGA---CAA----TGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGAATG----TTTTTT--C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CC-ACTTT-TTC-CCCC----------------A----CA---G------CA------------A------AC-----------A---------ATGTA-----------NNACA----ATG-AAA--ACG-------------G-------TCAA---AAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
gi|1 : TG-AA--TGCTAATCTGACAAGGAGAGTATA--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---TTTAA-A-AA---A-AAAA----T--------ATTGTGCGA--TTTAAATT---GCTTGATC-ATGGA-ATCAAAATCA-AAACAATAGCAGAATTGCGAGA------GGGTTTATA------AATCACGATCAGTAAGTGTGC--ATTG---------C-----TAG-GAAAT------G-----TA------TG--TGAAT-GTGCG--C---T---G-TGG-AAT-G-TAA--ACA-TTG-GG-GTT-CCA---CAA----TGATCAA-TGAATGT-GACTAGT---C--CAC-----------------TG----TACACT--C-ATACATTGT-ATGTTTTTACACATCA--------------TC-ACTCC-TCC-CAAC----------------A----CATGCG------CACAAAGTTTTATTA------AC-----------AG--------ATGTT-----------TTAAA----ATATAAA--ACA-------------A-------TGAACCTGGT----TA----ATG---------TGTAAGTGGGA------GACA------ATTC---A--------ACGAGCATG-TTTTACTGGTTACTA-GT
gi|10 : cactttatacaagggtttaaaattccagttgcctgctcacattggcaaacgagcgagtaagaatgtaTGCATAATT-A------TTC--TAAAA---T---C-C-AA---A-AAAA----T--------A---------------GTT---TCTTGATC-------ATAA----CATAAACAATAGCTGAATCACTAGA------TGCTATATA------A-TCATGTTCAACAGGTGC-----TTGGGT-----TC-----TGG-GACAG------G-----AA------TA--ACACT-GTTCT--C---T---A-CTG-AAC-A-CAA--AC--TTTAAT-GTT-TGA---CAA----TGACTAA-CAATTGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAGGATG-----TTTTT--C-ATA---TGTAATGTTTT---AGA-CA--------------CC-A-TTT-TTC-CCCT----------------A-----------------A------------A------AC-----------AG--------ATGTATTATTTGACACAAACA----GTA-AAA--ATG-------------G-------TAAA---AAT----GA--TCGTAT-----GTTtctacagggtgagttgtcttgtaaaaaatataacacctgctttatatagt
gi|11 : ctatTCCGACAAGATGAGAATG--TTTCC-ACTGCATAAAT-A------TTC--C--AC---T---G----A---A-AAAA----T-------------------TTAAA--T---TCTTTATC-GCAAATGTC-----TA-AAACATTAGCAGAATCACTCTA------TGCTTTGTA------AATCATGGTCAAAAAG-------GTTG--C-----TC-----TGG-GAAACTAATTAG-----AG------TATTAGACT-GTGCC--C---T---A-C-c
gi|12 : agcaggggtgtaaaattccactcttctttggcaagttgaaatgacagtcaggcgagtaagaatttgtaaataataatttaacATCTTAAACTAGT---C--CAT----C--A--ATTGGA--------TTTTT-----GA---TGTAATGTTTTTACAGA-CATT------------CC-ATTTT-TT----------------------A----CA-----------A------------ATGTTTTAA-----------A---------ATATA-----------AAACA----ATG-AAA--ATT-------------G-------TCAA---AAA----GA--TCATAA-----TTTGAAAAGGGCGAGT----GACA------AATTAGAAAAA--AAAACAAGTATG-TTTTATTGATCACAA-GTt
gi|13 : TA-AC--TGCT-----GACAAGGCGAGTAAG--TACCT-GCTGCATAATT-A------TAA--CAAAA---T---G-C-GA---T-AAAA----T--------Atctggacgagaagtctttaaaatatttacactgctttctacaatgcatatttcaacaaa
gi|14 : ttcattaaaagaatcattataaaataatgaaaccttaaaaatcaaagaaaactattacataaaacttaacagactttccatactagaggtgaaaatgacaatcacagtgtaacactgatgagttgaagttacacagtcaggcaaggaagaatttgTTTATAA--CGCTACTCCGATATGGTGAGTAAAATTTTTC--CTTCATAATC-A------TTC--AAAAA---T---G-C-AT---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAATGTT---CCTTGATT-ATGAA-ATCA----CA-A---AATATTTAAATCACTAGT------TGCTaagtttttt
gi|15 : aaaacttatttaacaccaaaggtgtgttctgcttaccctctcgcattggcaagtttaagctgcagtcagacaagtaagtacTTATA------AATCATGATCAACAGGTGTGC--GTTA--C-----T-------AG-GAAAC------A-----AA------AA--TGACTTGTGTC--C---T---AAT-G-AA--A-T-----T--T---GCTGTT-TGC---CAA----TGACAAA-TAAATGTAAACCAGT---C--CAC----T--A--ATCAGAATA----CTTTTT--C-AGA---TGTAATGTTGTTACAGA-CT--------------TC-GATTT-TCCATCCC----------------G----CA---
gi|16 : AACAAAAGCTAAATCCCTATAATATTATGCTCTGTACCGGTAAATAATTATTGATAAGTGAAC--ATTG--C-----TT-----AGG-GAAAC------A-----AA------TA--AGACT-GTGTC--C---TTGAA-C-C-AAC-A-TAA--ACATT---GC-TCTATGA---CAA----TGAAAAA-TAATCTTAAACCAGTCCAC--CAC----C--A--ATTGAGATG----TGTTTT--C-AAA---TGTAATGTTTTaagtgtcataaacagacattttaaaatataaaacaa
gi|17 : TTCC-GCAGCATATTTTA------TTTTACAAAA---T---G-C-AA---A-AAAAAATAT--------ATTGTAGAA--TCAAAATT---TCTTGATC-GCAAA-ATCT----CA-AAACAATAGATGAACCTCTATT------CGCTCTATC------AGGCATGATAAACAAGTGCAC--GTTG--C-----CG-----TGG-GAAAC------T-----AG------TC--AGACG-GTGAT--C---T---ATC-A-GAC-A-TAA--AC--T---
gi|18 : GGATG----TTCATT--G-AGA---TGTTAAGTTTT-ACAGA-CA--------------TT-ACTTT-TTG-CCT-------------------------------------------------------AC-----------A---------TTTTA-----------AAATT----AC--AAA--ATA-------------G-------TCAA---AAT----TA--TCATAT-----ATTTATATGGGCAAGT----CCCG------ATTC---ACTT--AGGGGAAGCAGG-TTTTATTGGTTGC----TAATCCTGTAA
gi|19 : aTCA----CA-AAACAGTAGCTAAATCAATAGA------CACAAAATT------AATCATGTTCAACCATTGCGC--ATT---C-----T------TAA-GAATC------A-----AATACATGTA--ATACT-GTGTT--C---T---G-C---------CAA--A-----------TT-TGATCTTAT----TAATAAA-TAATCATAAACCATT---C--TAT----CTTAGTATCAGGATA----ATTTTT--gacaagaagtctttaatactttttac
gi|2 : taattcctcgcAGTCCTGCAGGGTGA-TATT--TTTTCTATTGCATAAAT-A------TTC--CAAAC---A---G---AG---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TTAAAGTT---TGCTGATC-ATAAA-ATCAATT-C----ACAATATCGTAATCAT--GA------CATTTTATA------AATGATGACCAACATGTGTGG--ATTG---------C-----TGG-GAAAC------A-----AA------TT--ACACT-G--------------------------TAA--AC--T---GCTGTT-TGA---CGA----TGTTTAG-TAAGCATAAACATGT---C--CAC----T--A--ATCAAGATT----CTTTTT--C-ATA---TGTTATGTTTGCACAGA-CC--------------TC-ACTTT-TTC-CCCTCGGCAAAGTGTCATTAA----CA---GATACTTCA------------A------AC-----------A---------ATTTT-----------TAACA----ATG-GAA--ATG-------------G-------TTAA---AAT----TA--TCATAT-----TTTTGTAAGGGCAAAT----GACA------ATTT---ACTATTAGAGAGAGTATG-TTGTAATGGTCAATA-GTCGT
gi|20 : caT---C--AAC----C--A--ATCAGAATG----TTTT-------GA---T--------TTTACAGA-CA--------------AT-GCTTA-TTC-CTGC----------------AGAAACA---GTGA---CATT----------A------ACGTAAGTTTTGAA---------ATATA-----------AAACA----AGG-AAA--ATG-------------A-------ATAA---AAT----TA--TTAT-T-----TTTTACAAGAACAGGTGACAGACA------ATCC---ACTA--AAGGAGGTCGTG-TTTTA-TGATCACTacaacacaagttgcacttcacaaaaatttacatcatttttaacaagccag
gi|21 : AAA-TAATTGTATATCAGC---C--CAC---------------AAT---------------------TGTAATGTT---GCAGA-CA--------------TC---TTT-TTT-CTCC----------------A----CA---A------CA------------G------AT-----------ATATTTTGAAATATT-----------AAACA----ATG-GAA--ATT-------------G-------TCAA---GAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GGCACTTATTATTC---ACTA--CGGGCAAATA
gi|22 : gttttaca-----------A---------ATATA-----------AAACACAGAAAG-AAA--ATA-------------G-------TCAA---AAT----TG--TCATAT-----TTTTATAAGGGTGAGT----GACA------GTTC---ACTG--AAGACAGGTATA--TTTATTGGTCAATA-ATAGTattatt
gi|23 : tattcccacaacataattacattttaaA----GTG-CAA--ATA-------------G-------TGAA---AATATTTTAAATCATAT-----TTTTATAAGGGCATAT----GACA------ATTC---ATTA--AGGGCATAAATGATTTTTTTTGTCACTA-acagtataagtaactttttatcaattttacaac
gi|24 : agaagacattttgaaaaatgaaaTA-AA--TGCTAGCCCAACAGGGCAAGTACG--TTTTT-ACTGCACAATT-A------TTT--TGAAA---A---G-G-TG---G-AAGA----T--------ATTGTAAcccttcaggacttgtagcctttaaaattattttacatccc
gi|25 : caagggtgtaaaatatcacttgctcactcgactcatatcagtggccattgtgcgagaatttgA--TGTTGATCTGACAGGA-AAATGCA--TTTCC-GGTGCATGATT-A------TTC--CAAAA---T---A-C-TA---A-AGAA----T--------GT---------------TT---TCTTGATC-GCAAA-GTCA----TA-AAACAGTAACTGAATAACTCGA------C
gi|26 : ttaaacatttgGCCGAATCATTAGA------CTTTTTATA------AATCATGACCAACTGGTGCAC--GTTA--T-----AC-----TGG-GGAAT------G-----TA------TA--AGAT---TGCT--CT--T---C-C-G-AGC-A-TAA--ACTTT---GCTGTT-TGA---CAG----Taataatagatgcc
gi|27 : -----------A---------ATATA-----------AAACA----ATG-AAA--ATG-------------GTAAAAATTAAA---AAT----TA--TCATAT-----TTTCGGAAGGGAGAAT----Gtcactgttcatgactaac
gi|28 : gcaaaatgtcattaatagatgttttaaaaatttaTA-AA--TGCTAGTCTGACATGGCCAGTACA--TTTCC-GCT
gi|29 : ttcagggatgtaaaatttcactcaattgcttgcattattggcagtcaggagtttgTAATT-A------TTC--CAAAA---C---G-C-GA---A-AAA-----T--------ATGGTAAAA--TCAAATTT---TCTTAATT-GCGAA-ATCA----CA-AAATAAAAGTTGAATGACTGGA------TACTTTA
gi|3 : GTCTGACAGCGTAAGTTGG--TTTCT-GCTGCATGATT-A------TTT---AAAACATT---GAT-AA---A-ATAA----TTATTAAAAATTGTGAAAATTCAAAGCT---TTTTAATCAGAAAA-ATCA----CA-AAACAATTGGCGAATCACTGGA------CACTTTATA------AACCATAACCAATATGTGCAC--GTTG--C-----TC-----TGG-GGAAT------G-----AA------AA--AGACT-GCGCTAAC---T-------G-AAC-ATTAA--AC--T---GT-GCT--GT---TAAATTGCGATATA-TAATTGTAAACAAGG---C--CAA----C--A--A-CAGAATG----TTTTTT--C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGT-TA--------------AC-ATTGT-TTT-CGAA----------------AT---CA---G------GA------------G------AC-----------ATTTTAAT--ATATA-----------AAACA----AT--AAA--ATG-------------A-------TCAT---AAT----TA--TCATAT-----ATTTATAAAGGTGAGT----GACA------CTTC---ACTA--AGGATGAGTATG-TTTTTTTGATCACT--CTGGCCCTGCA
gi|31 : -----------A---------ATATA-----------AAACA----ATG-ATA--ATG-------------A-------TCAA---AAT----TG--TCATATTTGAATTTTACAAAAGTGAGT----TTCA------ATTC---ACTA--ggac
gi|32 : aacaaacattttaa----TA--TCATAT-----ATTATTAAGGGTGAAT----ATTT------ATTC---ATTA--AGGGTGAATACA-TTTTATTGGTCA
gi|33 : TA-AA--TGCTAGCCTGGCAGGGCAAaacgccctacagga
gi|34 : tagccagttaaagtcacattcgggcaagtaagaatttgTCTCT--C-AGA---TGTAATGTTATTTCAGA-CG--------------CTGA---T-TTC-CCCC----------------G----CAC--G------CA------------A------AC-----------
gi|4 : TTTA-AA--TGATAGTCCGACATGGTGAATATA--TTTTC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---G-AAAA----TCTA-----ATTGTAATA--TCAAAGTT---TCTTGATC-ATGAA-ATCA----CA-TAACAACAGCTGAATCATTAGA------TACTTTATA------AAACATGATCAACAGGTGGAC--ACTG--C-----TC-----TGA-GAAAT------G-----AA------TA--AGACT-GTGCC--C---T---A-C-TTAAC-A-TAA--AC--T---GA-GTT-CAA---CAA----TAATAAA-TAATTTTAAACCAGT---C--CGC----C--A--ACTTGAATA----TTTTTT--C-AGA---TTAAATGTTTTTACTGA-CA--------------GC-ACTTT-TTT-TCAC----------------A----CA---A------CA------------A------AC-----------A---------ATGTA-----------GTACA----ATA-AAA--ACA-------------G-------TCTA---TTT----CA--TCGTAT-----TTTCATAAAGGTGAGT----GACA------ATTC---ACTA--ACAGCGAGTATG-TTTTATTGGCCACTATGTAGTCCTGCAAtgtca
gi|5 : TTTG-AAATTGCTTTTCCGATAGGGCGAGTATG--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTT--CCATA---G---G-C-AA---ATAAAA----T--------ATTGTAACA--TCAAATTT---TTTTGATA-GTGAA-ATTA----CA-AAACAATGGTTGAATCGCTAGA------TGCTTTAGA------AATCCAGATCAACA--TGCGCAAGTTG--C-----TC-----TCG-GAAAT------G-----AA------C-----AC-------------------C-A-AAC-G-TAATTTT--T---GCTATT-CAA---CAA----TGAAAAA-TAATCATAAt
gi|6 : ttcatgaagaaattcgtcctggaataaaagtgtacaaaaatgttacaaaaacgcaaagaagaaactccctgaagaataacacaaaatctgtccaaccatggatgcaaaattccactcattcgctcacactggcgagttgaagtcacagtttggcaaataagaa--CAAAA---T---G-T-AATTGA-AATA----C--------ACAATCAAA--TCATAACCAAATCTTGATT-GTGAA-ATTA----CA-AAACATTATCTGAATCACAAGT------CGTTTTATA------AATCATTACCAACAGTTGTCT--ATTT--G-----TA-----TGG-GAAAC------GAAACAAA------TA--AAAAT-G---T--CAAAT---ACC-G-AACTG-TAA--ACGTT---GCTGTT-CAA---C-A----TTACAAA-TCGTCATAAACCAGT---C--CTT----A--A--ATCATGATGTTTTTTTTTT--C-AAG---TGTTATAATTTTAGACA-CA--------------GT-ATTTT-TTT-CTCA----------------A-----------------A------------A------AA-----------A---------ACGTG-----------CTAAA----ATA-AAA--ACACAAAAAAAAAATTG-------TCCA---AAT----TA--TTTTTT-----TTTTATAAAAGTGAAT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATA-CTTTGAGGATCATTA-GT
gi|7 : AGTCCAATAGGGTGAATATT--TTTCT-GCTGCATGATT-ACCGGTATAC--CAAAA---T---G-TGAA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TTTTAATT-GCAAA-TTCT----CA-AAGCAATAGCTGCATTACTTGA------TATTTTATA------AATCATGACAAACA--TGTAC--ATTG--C-----TCAGTCATGA-GAAA-------G-----AG------GA--A-ACT-TTGCT--------------------------------------GTT-CAA---CTA----TGCTGCA-TAATCATAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATC-AAGTT----TTTTTTTCC-AGA---GGTAATGTTTTTATTAA-CA--------------CC-ATTTtg
gi|8 : aatactgttaatcgaggtggaaaatttcacttgccctcttgcattggcaaattgaagttgcatttgggcgagtgagattatataaaattaTA-AA--TGCTAATCCAACAGGGCAAGTAAG--TTTCC-TCGGCAAAATG-T------TGC--CAAAA---T---G-CTAA---A-AAAA----T--------ATTGCAAAA--TCAAAGTG---TCTTGATT-GCAGA-ATCA----CA-AAACAATAGTTGAATCACTAGA------TGCTTTATA------AACCATAACCAACAGGTGCTG--GTTA---------C-----TAG-GAAAT------G-----AA------TA--GG---------------------------C-A-CAA----------GC-CTT--GC---CAA----TTGTAAACT--TTG----CTGGT-------------C--A--ATTGGAATG----TTTTAT--C-AGA---TGTGATGTTTAAACAGA-CA--------------CC-TCTTTATTT-C------------------------CA---G------CA------------A-------------------A---------ATGTcc
gi|9 : gtaaaaatccatttgacagaagaatttgTGCAT--GTTG--CAAGGATA-----TGGTAAAAT------A-----AA------TA--AGACT-GT-----------------------A-TAA--AC--TTT-GCTGTT-TGA---CAA----TGAC----TA-TCTTAGACCAGT---CTTCATGTAGC--A--AT-GGCATT----TTTTTT--CTAGA---TGTAATATTTT--CAGA-CAAGATACTGCCCCCCCC-ACCCC-TCC-CTCC----------------C----CA---T------CA------------C------AT-----------ATGTTTTAAAATGTA-----------AAACA----GCG-GAACTGTG-------------G-------TCAG---AAT----TA--TCATAT-----TCT-ATAACTAAGAGT----GACA------ATTC---TCTA--AGGGTGAGTGTG-TATTATTG--TA--A-GTAGTCcataaacac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGTACAATTCCTCTAGCCCGCTCTCATATTGGCGAGTTGAAGTAACAGTTTGGCAAGCATAAAATTATAAAGATTTTAATGTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 1111 111111111111111 1111111111111 5555555555555555555555555555555555555 1111111 2222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 4 55 2 9999 55 2 777777 33 5555555 999 444 2 5555 33333333 0 0 33 2 555 2 0 2 0000 2 666666 777777 5 6666 888888888888888 2 1111111111111 777777 33 0 4444444444444444444444444444444444444 33 33 3 1 2 2 444 33 1111111 33 66 0 666666 222 444 1 5 2 2222222222222222222 2 555 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 33333333333 555555555 0 33 8888888 5555 33 66666 1 5555 888888 555 33 3 0 0 4
lowQualScore : . .. . .... .. . ...... .. ....... ... ... . .... ........ . . .. . ... . . . .... . ...... ...... . .... ............... . ............. ...... .. . ..................................... .. .. . . . . ... .. ....... .. .. . ...... ... ... . . . ................... . ... . ................................................................................... . . ........... ......... . .. ....... .... .. ..... . .... ...... ... .. . . . .
lowQualScore : 4 55 2 3333 11 7 777777 44 4444444 999 444 5 3333 44444444 8 8 99 4 000 9 4 9 3333 7 888888 777777 3 5555 999999999999999 5 7777777777777 222222 44 4 1111111111111111111111111111111111111 77 99 4 0 9 0 777 77 5555555 77 11 7 777777 777 444 4 1 7 8888888888888888888 9 000 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 4 55555555555 444444444 2 44 7777777 3333 44 22222 4 7777 222222 000 99 3 7 5 0
consensus : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-GAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CC-ACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATAT-A-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
Reference ( family-2708 ) : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-GAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CC-ACTTT-T---TCCCCC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATGT-A-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
gi|1 : TG-AA--TGCTAATCTGACAAGGAGAGTATA--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---TTTAA-A-AA---A-AAAA----T--------ATTGTGCGA--TTTAAATT---GCTTGATC-ATGGA-ATCAAAATCA-AAACAATAGCAGAATTGCGAGA------GGGTTTATA------AATCACGATCAGTAAGTGTGC--ATTG---------C-----TAG-GAAAT------G-----TA------TG--TGAAT-GTGCG--C---T---G-TGGAAT-G-TAA--ACATT--GG--GGTTCCACAATGATCAA-TGAATGT-GACTAGT---C--CAC-----------------TG----TACACT-C-ATACATTGT-ATGTTTTTACACATCA--------------TC-ACTCC-T---CCCAAC----------------A----CATGCG---------CACAAAGTTTTATTA------ACAGATGTTTTAAA---------ATAT-A-----------AAAC----A----ATGAAC--CTGG-------TTAA-----------------------TGTGTAAGTGGGA------GACA------ATTC---A--------ACGAGCATG-TTTTACTGGTTACTA-GT
gi|10 : cactttatacaagggtttaaaattccagttgcctgctcacattggcaaacgagcgagtaagaatgtaTGCATAATT-A------TTC--TAAAA---T---C-C-AA---A-AAAA----T--------A---------------GTT---TCTTGATC-------ATAA----CATAAACAATAGCTGAATCACTAGA------TGCTATATA------A-TCATGTTCAACAGGTGC-----TTGGGT-----TC-----TGG-GACAG------G-----AA------TA--ACACT-GTTCT--C---T---A-CTGAAC-A-CAA--AC--T--TTAATGTTTGACAATGACTAA-CAATTGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAGGATG-----TTTTT-C-ATA---TGTAATGTTTT---AGA-CA--------------CC-A-TTT-T---TCCCCT----------------A--------------------A------------A------AC-----------AG--------ATGT-ATTATTTGACACAAAC----A----GTAAAA--ATGG-------TAAAAAT----GA--TCGTAT-----GTTtctacagggtgagttgtcttgtaaaaaatataacacctgctttatatagt
gi|11 : ctatTCCGACAAGATGAGAATG--TTTCC-ACTGCATAAAT-A------TTC--C--AC---T---G----A---A-AAAA----T-------------------TTAAA--T---TCTTTATC-GCAAATGTC-----TA-AAACATTAGCAGAATCACTCTA------TGCTTTGTA------AATCATGGTCAAAAAG-------GTTG--C-----TC-----TGG-GAAACTAATTAG-----AG------TATTAGACT-GTGCC--C---T---A-C-c
gi|12 : agcaggggtgtaaaattccactcttctttggcaagttgaaatgacagtcaggcgagtaagaatttgtaaataataatttaacATCTTAAACTAGT---C--CAT----C--A--ATTGGA--------TTTTT----GA---TGTAATGTTTTTACAGA-CATT------------CC-ATTTT-T---T---------------------A----CA--------------A------------ATGTTTTAA-----------A---------ATAT-A-----------AAAC----A----ATGAAA--ATTG-------TCAAAAA----GA--TCATAA-----TTTGAAAAGGGCGAGT----GACA------AATTAGAAAAA--AAAACAAGTATG-TTTTATTGATCACAA-GTt
gi|13 : TA-AC--TGCT-----GACAAGGCGAGTAAG--TACCT-GCTGCATAATT-A------TAA--CAAAA---T---G-C-GA---T-AAAA----T--------Atctggacgagaagtctttaaaatatttacactgctttctacaatgcatatttcaacaaa
gi|14 : ttcattaaaagaatcattataaaataatgaaaccttaaaaatcaaagaaaactattacataaaacttaacagactttccatactagaggtgaaaatgacaatcacagtgtaacactgatgagttgaagttacacagtcaggcaaggaagaatttgTTTATAA--CGCTACTCCGATATGGTGAGTAAAATTTTTC--CTTCATAATC-A------TTC--AAAAA---T---G-C-AT---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAATGTT---CCTTGATT-ATGAA-ATCA----CA-A---AATATTTAAATCACTAGT------TGCTaagtttttt
gi|15 : aaaacttatttaacaccaaaggtgtgttctgcttaccctctcgcattggcaagtttaagctgcagtcagacaagtaagtacTTATA------AATCATGATCAACAGGTGTGC--GTTA--C-----T-------AG-GAAAC------A-----AA------AA--TGACTTGTGTC--C---T---AAT-GAA--A-T-----T--T--GC--TGTTTGCCAATGACAAA-TAAATGTAAACCAGT---C--CAC----T--A--ATCAGAATA----CTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTGTTACAGA-CT--------------TC-GATTT-TCCATCCCGC----------------A----AA---GTGTCATAAACA------------G------AC-----------A---------TTTT-A-----------AAAT---------ATAAAA--
gi|16 : AACAAAAGCTAAATCCCTATAATATTATGCTCTGTACCGGTAAATAATTATTGATAAGTGAAC--ATTG--C-----TT-----AGG-GAAAC------A-----AA------TA--AGACT-GTGTC--C---TTGAA-C-CAAC-A-TAA--ACATT--GC--TCTATGACAATGAAAAA-TAATCTTAAACCAGTCCAC--CAC----C--A--ATTGAGATG----TGTTTT-C-AAA---TGTAATGTTTTcaa
gi|17 : TTCC-GCAGCATATTTTA------TTTTACAAAA---T---G-C-AA---A-AAAAAATAT--------ATTGTAGAA--TCAAAATT---TCTTGATC-GCAAA-ATCT----CA-AAACAATAGATGAACCTCTATT------CGCTCTATC------AGGCATGATAAACAAGTGCAC--GTTG--C-----CG-----TGG-GAAAC------T-----AG------TC--AGACG-GTGAT--C---T---ATC-AGAC-A-TAA--AC--T--
gi|18 : GGATG----TTCATT-G-AGA---TGTTAAGTTTT-ACAGA-CA--------------TT-ACTTT-T---TGCCT----------------------------------------------------------AC-----------A---------TTTT-A-----------AAAT----T----AC-AAA--ATAG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----ATTTATATGGGCAAGT----CCCG------ATTC---ACTT--AGGGGAAGCAGG-TTTTATTGGTTGC----TAATCCTGTAA
gi|19 : aTCA----CA-AAACAGTAGCTAAATCAATAGA------CACAAAATT------AATCATGTTCAACCATTGCGC--ATT---C-----T------TAA-GAATC------A-----AATACATGTA--ATACT-GTGTT--C---T---G-C-CAA--A-T-----T--T--GA--TCTT----ATTAATAAA-TAATCATAAACCATT---C--TAT----CTTAGTATCAGGATA----ATTTTT-gacaagaagtctttaatactttttac
gi|2 : taattcctcgcAGTCCTGCAGGGTGA-TATT--TTTTCTATTGCATAAAT-A------TTC--CAAAC---A---G---AG---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TTAAAGTT---TGCTGATC-ATAAA-ATCAATT-C----ACAATATCGTAATCAT--GA------CATTTTATA------AATGATGACCAACATGTGTGG--ATTG---------C-----TGG-GAAAC------A-----AA------TT--ACACT-G-------------------------TAA--AC--T--GC--TGTTTGACGATGTTTAG-TAAGCATAAACATGT---C--CAC----T--A--ATCAAGATT----CTTTTT-C-ATA---TGTTATGTTTGCACAGA-CC--------------TC-ACTTT-T---TCCCCTCGGCAAAGTGTCATTAA----CA---GATACTT---CA------------A------AC-----------A---------ATTT-T-----------TAAC----A----ATGGAA--ATGG-------TTAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTGTAAGGGCAAAT----GACA------ATTT---ACTATTAGAGAGAGTATG-TTGTAATGGTCAATA-GTCGT
gi|20 : caT---C--AAC----C--A--ATCAGAATG----TTTT------GA---T--------TTTACAGA-CA--------------AT-GCTTA-T---TCCTGC----------------AGAAACA---GTGA------CATT----------A------ACGTAAGTTTTGAA---------ATAT-A-----------AAAC----A----AGGAAA--ATGA-------ATAAAAT----TA--TTAT-T-----TTTTACAAGAACAGGTGACAGACA------ATCC---ACTA--AAGGAGGTCGTG-TTTTA-TGATCACTacaacacaagttgcacttcacaaaaatttacatcatttttaacaagccag
gi|21 : AAA-TAATTGTATATCAGC---C--CAC-------A--AT--------------------------TGTAATGTT---GCAGA-CA--------------TC---TTT-T---TTCTCC----------------A----CA---A---------CA------------G------AT-----------ATATTTTGAAATAT-T-----------AAAC----A----ATGGAA--ATTG-------TCAAGAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GGCACTTATTATTC---ACTA--CGGGCAAATA
gi|22 : gttttaca-----------A---------ATAT-A-----------AAAC----ACAGAAAGAAA--ATAG-------TCAAAAT----TG--TCATAT-----TTTTATAAGGGTGAGT----GACA------GTTC---ACTG--AAGACAGGTATA--TTTATTGGTCAATA-ATAGTattatt
gi|23 : tattcccacaacataattacattttaa------------A------AA-----------A---------ATG--------------AAA-----A----GTGCAA--ATAG-------TGAAAATATTTTAAATCATAT-----TTTTATAAGGGCATAT----GACA------ATTC---ATTA--AGGGCATAAATGATTTTTTTTGTCACTA-acagtataagtaactttttatcaattttacaac
gi|24 : agaagacattttgTA-AA--TGCTAGCCCAACAGGGCAAGTACG--TTTTT-ACTGCACAATT-A------TTT--TGAAA---A---G-G-TG---G-AAGA----T--------ATTGTAAcccttcaggacttgtagcctttaaaattattttacatccc
gi|25 : caagggtgtaaaatatcacttgctcactcgactcatatcagtggccattgtgcgagaatttgA--TGTTGATCTGACAGGA-AAATGCA--TTTCC-GGTGCATGATT-A------TTC--CAAAA---T---A-C-TA---A-AGAA----T--------GT---------------TT---TCTTGATC-GCAAA-GTCA----TA-AAACAGTAACTGAATAACTCGA------C
gi|26 : ttaaacatttgGCCGAATCATTAGA------CTTTTTATA------AATCATGACCAACTGGTGCAC--GTTA--T-----AC-----TGG-GGAAT------G-----TA------TA--AGAT---TGCT--CT--T---C-C-GAGC-A-TAA--ACTTT--GC--TGTTTGACAGTaataatagatgcc
gi|27 : -----------A---------ATAT-A-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGGTAAAAATTAAAAAT----TA--TCATAT-----TTTCGGAAGGGAGAAT----Gtcactgttcatgactaac
gi|28 : gcaaaatgtcattaatagatgttttaaaaatttaTA-AA--TGCTAGTCTGACATGGCCAGTACA--TTTCC-GCT
gi|29 : ttcagggatgtaaaatttcactcaattgcttgcattattggcagtcaggagtttgTAATT-A------TTC--CAAAA---C---G-C-GA---A-AAA-----T--------ATGGTAAAA--TCAAATTT---TCTTAATT-GCGAA-ATCA----CA-AAATAAAAGTTGAATGACTGGA------TACTTTA
gi|3 : GTCTGACAGCGTAAGTTGG--TTTCT-GCTGCATGATT-A------TTT---AAAACATT---GAT-AA---A-ATAA----TTATTAAAAATTGTGAAAATTCAAAGCT---TTTTAATCAGAAAA-ATCA----CA-AAACAATTGGCGAATCACTGGA------CACTTTATA------AACCATAACCAATATGTGCAC--GTTG--C-----TC-----TGG-GGAAT------G-----AA------AA--AGACT-GCGCTAAC---T-------GAAC-ATTAA--ACTGT--GC--TGTTAAATTGCGATATA-TAATTGTAAACAAGG---C--CAA----C--A--A-CAGAATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGT-TA--------------AC-ATTGT-T---TTCGAA----------------AT---CA---G---------GA------------G------AC-----------ATTTTAAT--ATAT-A-----------AAAC----A----AT-AAA--ATGA-------TCATAAT----TA--TCATAT-----ATTTATAAAGGTGAGT----GACA------CTTC---ACTA--AGGATGAGTATG-TTTTTTTGATCACT--CTGGCCCTGCA
gi|31 : -----------A---------ATAT-A-----------AAAC----A----ATGATA--ATGA-------TCAAAAT----TG--TCATATTTGAATTTTACAAAAGTGAGT----TTCA------ATTC---ACTA--ggac
gi|32 : aacaaacattttaa----TA--TCATAT-----ATTATTAAGGGTGAAT----ATTT------ATTC---ATTA--AGGGTGAATACA-TTTTATTGGTCA
gi|33 : TA-AA--TGCTAGCCTGGCAGGGCAAaacgccctacagga
gi|34 : tagccagttaaagtcacattcgggcaagtaagaatttgTCTCT-C-AGA---TGTAATGTTATTTCAGA-CG--------------CTGA---T-T---TCCCCC----------------G----CAC--G---------CA------------A------AC-----------
gi|4 : TTTA-AA--TGATAGTCCGACATGGTGAATATA--TTTTC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---G-AAAA----TCTA-----ATTGTAATA--TCAAAGTT---TCTTGATC-ATGAA-ATCA----CA-TAACAACAGCTGAATCATTAGA------TACTTTATA------AAACATGATCAACAGGTGGAC--ACTG--C-----TC-----TGA-GAAAT------G-----AA------TA--AGACT-GTGCC--C---T---A-CTTAAC-A-TAA--AC--T--GA---GTTCAACAATAATAAA-TAATTTTAAACCAGT---C--CGC----C--A--ACTTGAATA----TTTTTT-C-AGA---TTAAATGTTTTTACTGA-CA--------------GC-ACTTT-T---TTTCAC----------------A----CA---A---------CA------------A------AC-----------A---------ATGT-A-----------GTAC----A----ATAAAA--ACAG-------TCTATTT----CA--TCGTAT-----TTTCATAAAGGTGAGT----GACA------ATTC---ACTA--ACAGCGAGTATG-TTTTATTGGCCACTATGTAGTCCTGCAAtgtca
gi|5 : TTTG-AAATTGCTTTTCCGATAGGGCGAGTATG--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTT--CCATA---G---G-C-AA---ATAAAA----T--------ATTGTAACA--TCAAATTT---TTTTGATA-GTGAA-ATTA----CA-AAACAATGGTTGAATCGCTAGA------TGCTTTAGA------AATCCAGATCAACA--TGCGCAAGTTG--C-----TC-----TCG-GAAAT------G-----AA------C-----AC-------------------C-AAAC-G-TAATTTT--T--GC--TATTCAACAATGAAAAA-TAATCATAAt
gi|6 : ttcatgaagaaattcgtcctggaataaaagtgtacaaaaatgttacaaaaacgcaaagaagaaactccctgaagaataacacaaaatctgtccaaccatggatgcaaaattccactcattcgctcacactggcgagttgaagtcacagtttggcaaataagaa--CAAAA---T---G-T-AATTGA-AATA----C--------ACAATCAAA--TCATAACCAAATCTTGATT-GTGAA-ATTA----CA-AAACATTATCTGAATCACAAGT------CGTTTTATA------AATCATTACCAACAGTTGTCT--ATTT--G-----TA-----TGG-GAAAC------GAAACAAA------TA--AAAAT-G---T--CAAAT---ACC-GAACTG-TAA--ACGTT--GC--TGTTCAAC-ATTACAAA-TCGTCATAAACCAGT---C--CTT----A--A--ATCATGATGTTTTTTTTTT-C-AAG---TGTTATAATTTTAGACA-CA--------------GT-A-TTT-T---TTTCTC----------------A----AA---A---------AA------------A------ACGTGCTAA----A---------ATA--A-----------AAACACAAA----AAAAAA--ATTG-------TCCAAAT----TA--TTTTTT-----TTTTATAAAAGTGAAT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATA-CTTTGAGGATCATTA-GT
gi|7 : AGTCCAATAGGGTGAATATT--TTTCT-GCTGCATGATT-ACCGGTATAC--CAAAA---T---G-TGAA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TTTTAATT-GCAAA-TTCT----CA-AAGCAATAGCTGCATTACTTGA------TATTTTATA------AATCATGACAAACA--TGTAC--ATTG--C-----TCAGTCATGA-GAAA-------G-----AG------GA--A-ACT---------------------------------T--T--GC--TGTTCAACTATGCTGCA-TAATCATAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAAGTTT----TTTTTTCC-AGA---GGTAATGTTTTTATTAA-CA--------------CC-ATTTtg
gi|8 : aatactgttaatcgaggtggaaaatttcacttgccctcttgcattggcaaattgaagttgcatttgggcgagtgagattatataaaattaTA-AA--TGCTAATCCAACAGGGCAAGTAAG--TTTCC-TCGGCAAAATG-T------TGC--CAAAA---T---G-CTAA---A-AAAA----T--------ATTGCAAAA--TCAAAGTG---TCTTGATT-GCAGA-ATCA----CA-AAACAATAGTTGAATCACTAGA------TGCTTTATA------AACCATAACCAACAGGTGCTG--GTTA---------C-----TAG-GAAAT------G-----AA------TA--GG--------------------------C-A-CAA--GC-----------CTTGCCAATTGTAAACT--TTG----CTGGT---C------------A--ATTGGAATG----TTTTAT-C-AGA---TGTGATGTTTAAACAGA-CA--------------CC-TCTTTAT---TTC------------------------CA---G---------CA------------A-------------------A---------ATGTCAT----------AAAC----A----cc
gi|9 : gtaaaaatccatttgacagaagaatttgTGCAT--GTTG--CAAGGATA-----TGGTAAAAT------A-----AA------TA--AGACT-GT----------------------A-TAA--AC--TTTGC--TGTTTGACAATGAC----TA-TCTTAGACCAGT---CTTCATGTAGC--A--AT-GGCATT----TTTTTT-CTAGA---TGTAATATTTT--CAGA-CAAGATACTGCCCCCCCC-ACCCC-T---CCCTCC----------------C----CA---T---------CA------------C------AT-----------ATGTTTTAAAATGT-A-----------AAAC----A----GCGGAACTGTGG-------TCAGAAT----TA--TCATAT-----TCT-ATAACTAAGAGT----GACA------ATTC---TCTA--AGGGTGAGTGTG-TATTATTG--TA--A-GTAGTCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGTACAATTCCTCTAGCCCGCTCTCATATTGGCGAGTTGAAGTAACAGTTTGGCAAGCATAAAATTATAAAGATTTTAATGTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 1111 111111111111111 1111111111111 5555555555555555555555555555555555555 1111111 222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 4 55 2 9999 55 2 777777 33 5555555 999 444 2 5555 33333333 0 0 33 2 555 2 0 2 0000 2 666666 777777 5 6666 888888888888888 2 1111111111111 777777 33 0 4444444444444444444444444444444444444 33 33 3 1 2 2 444 33 1111111 33 66 0 666666 222 444 1 5 2 111111111111111 4 2 555 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111 5555 5555 33 8888888 5555 33 66666 1 5555 888888 555 33 3 0 0 4
lowQualScore : . .. . .... .. . ...... .. ....... ... ... . .... ........ . . .. . ... . . . .... . ...... ...... . .... ............... . ............. ...... .. . ..................................... .. .. . . . . ... .. ....... .. .. . ...... ... ... . . . ............... . . ... . ................................................................................... ........... .... .... .. ....... .... .. ..... . .... ...... ... .. . . . .
lowQualScore : 4 55 2 3333 11 7 777777 44 4444444 999 444 5 3333 44444444 8 8 99 4 000 9 4 9 3333 7 888888 777777 3 5555 999999999999999 5 7777777777777 222222 44 4 1111111111111111111111111111111111111 77 99 4 0 9 0 777 77 5555555 77 11 7 777777 777 444 4 1 7 333333333333333 9 9 000 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999999999 3333 3333 77 7777777 3333 44 22222 4 7777 222222 000 99 3 7 5 0
consensus : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-GAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
Reference ( family-2708 ) : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-GAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
gi|1 : TG-AA--TGCTAATCTGACAAGGAGAGTATA--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---TTTAA-A-AA---A-AAAA----T--------ATTGTGCGA--TTTAAATT---GCTTGATC-ATGGA-ATCAAAATCA-AAACAATAGCAGAATTGCGAGA------GGGTTTATA------AATCACGATCAGTAAGTGTGC--ATTG---------C-----TAG-GAAAT------G-----TA------TG--TGAAT-GTGCG--C---T---G-TGGAAT-G-TAA--ACATT--GG--GGTTCCACAATGATCAA-TGAATGT-GACTAGT---C--CAC-----------------TG----TACACT-C-ATACATTGT-ATGTTTTTACACATCA--------------TCACTCC-T---CCCAAC----------------A----CATGCG---------CACAAAGTTTTATTA------ACAGATGTTTTAAA---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAC--CTGG-------TTAA-----------------------TGTGTAAGTGGGA------GACA------ATTC---A--------ACGAGCATG-TTTTACTGGTTACTA-GT
gi|10 : cactttatacaagggtttaaaattccagttgcctgctcacattggcaaacgagcgagtaagaatgtaTGCATAATT-A------TTC--TAAAA---T---C-C-AA---A-AAAA----T--------A---------------GTT---TCTTGATC-------ATAA----CATAAACAATAGCTGAATCACTAGA------TGCTATATA------A-TCATGTTCAACAGGTGC-----TTGGGT-----TC-----TGG-GACAG------G-----AA------TA--ACACT-GTTCT--C---T---A-CTGAAC-A-CAA--AC--T--TTAATGTTTGACAATGACTAA-CAATTGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAGGATG-----TTTTT-C-ATA---TGTAATGTTTT---AGA-CA--------------CCA-TTT-T---TCCCCT----------------A--------------------A------------A------AC-----------AG--------ATGTATTATTTGACACAAAC----A----GTAAAA--ATGG-------TAAAAAT----GA--TCGTAT-----GTTtctacagggtgagttgtcttgtaaaaaatataacacctgctttatatagt
gi|11 : ctatTCCGACAAGATGAGAATG--TTTCC-ACTGCATAAAT-A------TTC--C--AC---T---G----A---A-AAAA----T-------------------TTAAA--T---TCTTTATC-GCAAATGTC-----TA-AAACATTAGCAGAATCACTCTA------TGCTTTGTA------AATCATGGTCAAAAAG-------GTTG--C-----TC-----TGG-GAAACTAATTAG-----AG------TATTAGACT-GTGCC--C---T---A-C-c
gi|12 : agcaggggtgtaaaattccactcttctttggcaagttgaaatgacagtcaggcgagtaagaatttgtaaataataatttaacATCTTAAACTAGT---C--CAT----C--A--ATTGGA--------TTTTT----GA---TGTAATGTTTTTACAGA-CATT------------CCATTTT-T---T---------------------A----CA--------------A------------ATGTTTTAA-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATTG-------TCAAAAA----GA--TCATAA-----TTTGAAAAGGGCGAGT----GACA------AATTAGAAAAA--AAAACAAGTATG-TTTTATTGATCACAA-GTt
gi|13 : TA-AC--TGCT-----GACAAGGCGAGTAAG--TACCT-GCTGCATAATT-A------TAA--CAAAA---T---G-C-GA---T-AAAA----T--------Atctggacgagaagtctttaaaatatttacactgctttctacaatgcatatttcaacaaa
gi|14 : ttcattaaaagaatcattataaaataatgaaaccttaaaaatcaaagaaaactattacataaaacttaacagactttccatactagaggtgaaaatgacaatcacagtgtaacactgatgagttgaagttacacagtcaggcaaggaagaatttgTTTATAA--CGCTACTCCGATATGGTGAGTAAAATTTTTC--CTTCATAATC-A------TTC--AAAAA---T---G-C-AT---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAATGTT---CCTTGATT-ATGAA-ATCA----CA-A---AATATTTAAATCACTAGT------TGCTaagtttttt
gi|15 : aaaacttatttaacaccaaaggtgtgttctgcttaccctctcgcattggcaagtttaagctgcagtcagacaagtaagtacTTATA------AATCATGATCAACAGGTGTGC--GTTA--C-----T-------AG-GAAAC------A-----AA------AA--TGACTTGTGTC--C---T---AAT-GAA--A-T-----T--T--GC--TGTTTGCCAATGACAAA-TAAATGTAAACCAGT---C--CAC----T--A--ATCAGAATA----CTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTGTTACAGA-CT--------------TCGATTT-TCCATCCCGC----------------A----AA---GTGTCATAAACA------------G------ACATTTTAA----A---------ATATA-----------AAAC----A----A
gi|16 : AACAAAAGCTAAATCCCTATAATATTATGCTCTGTACCGGTAAATAATTATTGATAAGTGAAC--ATTG--C-----TT-----AGG-GAAAC------A-----AA------TA--AGACT-GTGTC--C---TTGAA-C-CAAC-A-TAA--ACATT--GC--TCTATGACAATGAAAAA-TAATCTTAAACCAGTCCAC--CAC----C--A--ATTGAGATG----TGTTTT-C-AAA---TGTAATGTTTT
gi|17 : TTCC-GCAGCATATTTTA------TTTTACAAAA---T---G-C-AA---A-AAAAAATAT--------ATTGTAGAA--TCAAAATT---TCTTGATC-GCAAA-ATCT----CA-AAACAATAGATGAACCTCTATT------CGCTCTATC------AGGCATGATAAACAAGTGCAC--GTTG--C-----CG-----TGG-GAAAC------T-----AG------TC--AGACG-GTGAT--C---T---ATC-AGAC-A-TAA--AC--T--
gi|18 : GGATG----TTCATT-G-AGA---TGTTAAGTTTT-ACAGA-CA--------------TTACTTT-T---TGCCT----------------------------------------------------------AC-----------A---------TTTTA-----------AAAT----T----AC-AAA--ATAG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----ATTTATATGGGCAAGT----CCCG------ATTC---ACTT--AGGGGAAGCAGG-TTTTATTGGTTGC----TAATCCTGTAA
gi|19 : aTCA----CA-AAACAGTAGCTAAATCAATAGA------CACAAAATT------AATCATGTTCAACCATTGCGC--ATT---C-----T------TAA-GAATC------A-----AATACATGTA--ATACT-GTGTT--C---T---G-C-CAA--A-T-----T--T--GA--TCTT----ATTAATAAA-TAATCATAAACCATT---C--TAT----CTTAGTATCAGGATA----ATTTTT-gacaagaagtctttaatactttttac
gi|2 : taattcctcgcAGTCCTGCAGGGTGA-TATT--TTTTCTATTGCATAAAT-A------TTC--CAAAC---A---G---AG---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TTAAAGTT---TGCTGATC-ATAAA-ATCAATT-C----ACAATATCGTAATCAT--GA------CATTTTATA------AATGATGACCAACATGTGTGG--ATTG---------C-----TGG-GAAAC------A-----AA------TT--ACACT-G-------------------------TAA--AC--T--GC--TGTTTGACGATGTTTAG-TAAGCATAAACATGT---C--CAC----T--A--ATCAAGATT----CTTTTT-C-ATA---TGTTATGTTTGCACAGA-CC--------------TCACTTT-T---TCCCCTCGGCAAAGTGTCATTAA----CA---GATACTT---CA------------A------AC-----------A---------ATTTT-----------TAAC----A----ATGGAA--ATGG-------TTAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTGTAAGGGCAAAT----GACA------ATTT---ACTATTAGAGAGAGTATG-TTGTAATGGTCAATA-GTCGT
gi|20 : caT---C--AAC----C--A--ATCAGAATG----TTTT------GA---T--------TTTACAGA-CA--------------ATGCTTA-T---TCCTGC----------------AGAAACA---GTGA------CATT----------A------ACGTAAGTTTTGAA---------ATATA-----------AAAC----A----AGGAAA--ATGA-------ATAAAAT----TA--TTAT-T-----TTTTACAAGAACAGGTGACAGACA------ATCC---ACTA--AAGGAGGTCGTG-TTTTA-TGATCACTacaacacaagttgcacttcacaaaaatttacatcatttttaacaagccag
gi|21 : AAA-TAATTGTATATCAGC---C--CAC-------A--AT--------------------------TGTAATGTT---GCAGA-CA--------------TC--TTT-T---TTCTCC----------------A----CA---A---------CA------------G------AT-----------ATATTTTGAAATATT-----------AAAC----A----ATGGAA--ATTG-------TCAAGAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GGCACTTATTATTC---ACTA--CGGGCAAATA
gi|22 : gttttaca-----------A---------ATATA-----------AAAC----ACAGAAAGAAA--ATAG-------TCAAAAT----TG--TCATAT-----TTTTATAAGGGTGAGT----GACA------GTTC---ACTG--AAGACAGGTATA--TTTATTGGTCAATA-ATAGTattatt
gi|23 : tattcccacaacataattacattttaa-----------A---------AAATG-----------AAA-----A----GTGCAA--ATAG-------TGAAAATATTTTAAATCATAT-----TTTTATAAGGGCATAT----GACA------ATTC---ATTA--AGGGCATAAATGATTTTTTTTGTCACTA-acagtataagtaactttttatcaattttacaac
gi|24 : agaagacattttgaTA-AA--TGCTAGCCCAACAGGGCAAGTACG--TTTTT-ACTGCACAATT-A------TTT--TGAAA---A---G-G-TG---G-AAGA----T--------ATTGTAAcccttcaggacttgtagcctttaaaattattttacatccc
gi|25 : caagggtgtaaaatatcacttgctcactcgactcatatcagtggccattgtgcgagaatttgA--TGTTGATCTGACAGGA-AAATGCA--TTTCC-GGTGCATGATT-A------TTC--CAAAA---T---A-C-TA---A-AGAA----T--------GT---------------TT---TCTTGATC-GCAAA-GTCA----TA-AAACAGTAACTGAATAACTCGA------C
gi|26 : ttaaacatttgGCCGAATCATTAGA------CTTTTTATA------AATCATGACCAACTGGTGCAC--GTTA--T-----AC-----TGG-GGAAT------G-----TA------TA--AGAT---TGCT--CT--T---C-C-GAGC-A-TAA--ACTTT--GC--TGTTTGACAGTaataatagatgcc
gi|27 : -----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGGTAAAAATTAAAAAT----TA--TCATAT-----TTTCGGAAGGGAGAAT----Gtcactgttcatgactaac
gi|28 : gcaaaatgtcattaatagatgttttaaaaatttaTA-AA--TGCTAGTCTGACATGGCCAGTACA--TTTCC-GCT
gi|29 : ttcagggatgtaaaatttcactcaattgcttgcattattggcagtcaggagtttgTAATT-A------TTC--CAAAA---C---G-C-GA---A-AAA-----T--------ATGGTAAAA--TCAAATTT---TCTTAATT-GCGAA-ATCA----CA-AAATAAAAGTTGAATGACTGGA------TACTTTA
gi|3 : GTCTGACAGCGTAAGTTGG--TTTCT-GCTGCATGATT-A------TTT---AAAACATT---GAT-AA---A-ATAA----TTATTAAAAATTGTGAAAATTCAAAGCT---TTTTAATCAGAAAA-ATCA----CA-AAACAATTGGCGAATCACTGGA------CACTTTATA------AACCATAACCAATATGTGCAC--GTTG--C-----TC-----TGG-GGAAT------G-----AA------AA--AGACT-GCGCTAAC---T-------GAAC-ATTAA--ACTGT--GC--TGTTAAATTGCGATATA-TAATTGTAAACAAGG---C--CAA----C--A--A-CAGAATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGT-TA--------------ACATTGT-T---TTCGAA----------------AT---CA---G---------GA------------G------AC-----------ATTTTAAT--ATATA-----------AAAC----A----AT-AAA--ATGA-------TCATAAT----TA--TCATAT-----ATTTATAAAGGTGAGT----GACA------CTTC---ACTA--AGGATGAGTATG-TTTTTTTGATCACT--CTGGCCCTGCA
gi|31 : -----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGATA--ATGA-------TCAAAAT----TG--TCATATTTGAATTTTACAAAAGTGAGT----TTCA------ATTC---ACTA--ggac
gi|32 : aacaaacattttaa----TA--TCATAT-----ATTATTAAGGGTGAAT----ATTT------ATTC---ATTA--AGGGTGAATACA-TTTTATTGGTCA
gi|33 : TA-AA--TGCTAGCCTGGCAGGGCAAaacgccctacagga
gi|34 : tagccagttaaagtcacattcgggcaagtaagaatttgTCTCT-C-AGA---TGTAATGTTATTTCAGA-CG--------------CTGATTT-C---CCCCGC----------------A----C----G---------CA------------A------AC-----------
gi|4 : TTTA-AA--TGATAGTCCGACATGGTGAATATA--TTTTC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---G-AAAA----TCTA-----ATTGTAATA--TCAAAGTT---TCTTGATC-ATGAA-ATCA----CA-TAACAACAGCTGAATCATTAGA------TACTTTATA------AAACATGATCAACAGGTGGAC--ACTG--C-----TC-----TGA-GAAAT------G-----AA------TA--AGACT-GTGCC--C---T---A-CTTAAC-A-TAA--AC--T--GA---GTTCAACAATAATAAA-TAATTTTAAACCAGT---C--CGC----C--A--ACTTGAATA----TTTTTT-C-AGA---TTAAATGTTTTTACTGA-CA--------------GCACTTT-T---TTTCAC----------------A----CA---A---------CA------------A------AC-----------A---------ATGTA-----------GTAC----A----ATAAAA--ACAG-------TCTATTT----CA--TCGTAT-----TTTCATAAAGGTGAGT----GACA------ATTC---ACTA--ACAGCGAGTATG-TTTTATTGGCCACTATGTAGTCCTGCAAtgtca
gi|5 : TTTG-AAATTGCTTTTCCGATAGGGCGAGTATG--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTT--CCATA---G---G-C-AA---ATAAAA----T--------ATTGTAACA--TCAAATTT---TTTTGATA-GTGAA-ATTA----CA-AAACAATGGTTGAATCGCTAGA------TGCTTTAGA------AATCCAGATCAACA--TGCGCAAGTTG--C-----TC-----TCG-GAAAT------G-----AA------C-----AC-------------------C-AAAC-G-TAATTTT--T--GC--TATTCAACAATGAAAAA-TAATCATAAt
gi|6 : ttcatgaagaaattcgtcctggaataaaagtgtacaaaaatgttacaaaaacgcaaagaagaaactccctgaagaataacacaaaatctgtccaaccatggatgcaaaattccactcattcgctcacactggcgagttgaagtcacagtttggcaaataagaa--CAAAA---T---G-T-AATTGA-AATA----C--------ACAATCAAA--TCATAACCAAATCTTGATT-GTGAA-ATTA----CA-AAACATTATCTGAATCACAAGT------CGTTTTATA------AATCATTACCAACAGTTGTCT--ATTT--G-----TA-----TGG-GAAAC------GAAACAAA------TA--AAAAT-G---T--CAAAT---ACC-GAACTG-TAA--ACGTT--GC--TGTTCAAC-ATTACAAA-TCGTCATAAACCAGT---C--CTT----A--A--ATCATGATGTTTTTTTTTT-C-AAG---TGTTATAATTTTAGACA-CA--------------GTA-TTT-T---TTTCTC----------------A----AA---A---------AA------------A------ACGTGCTAA----A---------ATA-A-----------AAACACAAA----AAAAAA--ATTG-------TCCAAAT----TA--TTTTTT-----TTTTATAAAAGTGAAT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATA-CTTTGAGGATCATTA-GT
gi|7 : AGTCCAATAGGGTGAATATT--TTTCT-GCTGCATGATT-ACCGGTATAC--CAAAA---T---G-TGAA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TTTTAATT-GCAAA-TTCT----CA-AAGCAATAGCTGCATTACTTGA------TATTTTATA------AATCATGACAAACA--TGTAC--ATTG--C-----TCAGTCATGA-GAAA-------G-----AG------GA--A-ACT---------------------------------T--T--GC--TGTTCAACTATGCTGCA-TAATCATAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAAGTTT----TTTTTTCC-AGA---GGTAATGTTTTTATTAA-CA--------------CCATTTtg
gi|8 : aatactgttaatcgaggtggaaaatttcacttgccctcttgcattggcaaattgaagttgcatttgggcgagtgagattatataaaattaTA-AA--TGCTAATCCAACAGGGCAAGTAAG--TTTCC-TCGGCAAAATG-T------TGC--CAAAA---T---G-CTAA---A-AAAA----T--------ATTGCAAAA--TCAAAGTG---TCTTGATT-GCAGA-ATCA----CA-AAACAATAGTTGAATCACTAGA------TGCTTTATA------AACCATAACCAACAGGTGCTG--GTTA---------C-----TAG-GAAAT------G-----AA------TA--GG--------------------------C-A-CAA--GC-----------CTTGCCAATTGTAAACT--TTG----CTGGT---C------------A--ATTGGAATG----TTTTAT-C-AGA---TGTGATGTTTAAACAGA-CA--------------CCTCTTTAT---TTC------------------------CA---G---------CA------------A------Acc
gi|9 : gtaaaaatccatttgacagaagaatttgTGCAT--GTTG--CAAGGATA-----TGGTAAAAT------A-----AA------TA--AGACT-GT----------------------A-TAA--AC--TTTGC--TGTTTGACAATGAC----TA-TCTTAGACCAGT---CTTCATGTAGC--A--AT-GGCATT----TTTTTT-CTAGA---TGTAATATTTT--CAGA-CAAGATACTGCCCCCCCCACCCC-T---CCCTCC----------------C----CA---T---------CA------------C------AT-----------ATGTTTTAAAATGTA-----------AAAC----A----GCGGAACTGTGG-------TCAGAAT----TA--TCATAT-----TCT-ATAACTAAGAGT----GACA------ATTC---TCTA--AGGGTGAGTGTG-TATTATTG--TA--A-GTAGTCatgtcataaacac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGTACAATTCCTCTAGCCCGCTCTCATATTGGCGAGTTGAAGTAACAGTTTGGCAAGCATAAAATTATAAAGATTTTAATGTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 1111 111111111111111 1111111111111 5555555555555555555555555555555555555 1111111 222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 4 55 2 9999 55 2 777777 33 5555555 999 444 2 5555 33333333 0 0 33 2 555 2 0 2 0000 2 666666 777777 5 6666 888888888888888 2 1111111111111 777777 33 0 4444444444444444444444444444444444444 33 33 3 1 2 2 444 33 1111111 33 66 0 666666 222 444 1 5 2 111111111111111 4 2 555 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111 5555 5555 33 8888888 5555 33 66666 1 5555 888888 555 33 3 0 0 4
lowQualScore : . .. . .... .. . ...... .. ....... ... ... . .... ........ . . .. . ... . . . .... . ...... ...... . .... ............... . ............. ...... .. . ..................................... .. .. . . . . ... .. ....... .. .. . ...... ... ... . . . ............... . . ... . ................................................................................... ........... .... .... .. ....... .... .. ..... . .... ...... ... .. . . . .
lowQualScore : 4 55 2 3333 11 7 777777 44 4444444 999 444 5 3333 44444444 8 8 99 4 000 9 4 9 3333 7 888888 777777 3 5555 999999999999999 5 7777777777777 222222 44 4 1111111111111111111111111111111111111 77 99 4 0 9 0 777 77 5555555 77 11 7 777777 777 444 4 1 7 333333333333333 9 9 000 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999999999 3333 3333 77 7777777 3333 44 22222 4 7777 222222 000 99 3 7 5 0
consensus : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-GAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
Reference ( family-2708 ) : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-GAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
gi|1 : TG-AA--TGCTAATCTGACAAGGAGAGTATA--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---TTTAA-A-AA---A-AAAA----T--------ATTGTGCGA--TTTAAATT---GCTTGATC-ATGGA-ATCAAAATCA-AAACAATAGCAGAATTGCGAGA------GGGTTTATA------AATCACGATCAGTAAGTGTGC--ATTG---------C-----TAG-GAAAT------G-----TA------TG--TGAAT-GTGCG--C---T---G-TGGAAT-G-TAA--ACATT--GG--GGTTCCACAATGATCAA-TGAATGT-GACTAGT---C--CAC-----------------TG----TACACT-C-ATACATTGT-ATGTTTTTACACATCA--------------TCACTCC-T---CCCAAC----------------A----CATGCG---------CACAAAGTTTTATTA------ACAGATGTTTTAAA---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAC--CTGG-------TTAA-----------------------TGTGTAAGTGGGA------GACA------ATTC---A--------ACGAGCATG-TTTTACTGGTTACTA-GT
gi|10 : cactttatacaagggtttaaaattccagttgcctgctcacattggcaaacgagcgagtaagaatgtaTGCATAATT-A------TTC--TAAAA---T---C-C-AA---A-AAAA----T--------A---------------GTT---TCTTGATC-------ATAA----CATAAACAATAGCTGAATCACTAGA------TGCTATATA------A-TCATGTTCAACAGGTGC-----TTGGGT-----TC-----TGG-GACAG------G-----AA------TA--ACACT-GTTCT--C---T---A-CTGAAC-A-CAA--AC--T--TTAATGTTTGACAATGACTAA-CAATTGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAGGATG-----TTTTT-C-ATA---TGTAATGTTTT---AGA-CA--------------CCA-TTT-T---TCCCCT----------------A--------------------A------------A------AC-----------AG--------ATGTATTATTTGACACAAAC----A----GTAAAA--ATGG-------TAAAAAT----GA--TCGTAT-----GTTtctacagggtgagttgtcttgtaaaaaatataacacctgctttatatagt
gi|11 : ctatTCCGACAAGATGAGAATG--TTTCC-ACTGCATAAAT-A------TTC--C--AC---T---G----A---A-AAAA----T-------------------TTAAA--T---TCTTTATC-GCAAATGTC-----TA-AAACATTAGCAGAATCACTCTA------TGCTTTGTA------AATCATGGTCAAAAAG-------GTTG--C-----TC-----TGG-GAAACTAATTAG-----AG------TATTAGACT-GTGCC--C---T---A-C-c
gi|12 : agcaggggtgtaaaattccactcttctttggcaagttgaaatgacagtcaggcgagtaagaatttgtaaataataatttaacATCTTAAACTAGT---C--CAT----C--A--ATTGGA--------TTTTT----GA---TGTAATGTTTTTACAGA-CATT------------CCATTTT-T---T---------------------A----CA--------------A------------ATGTTTTAA-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATTG-------TCAAAAA----GA--TCATAA-----TTTGAAAAGGGCGAGT----GACA------AATTAGAAAAA--AAAACAAGTATG-TTTTATTGATCACAA-GTt
gi|13 : TA-AC--TGCT-----GACAAGGCGAGTAAG--TACCT-GCTGCATAATT-A------TAA--CAAAA---T---G-C-GA---T-AAAA----T--------Atctggacgagaagtctttaaaatatttacactgctttctacaatgcatatttcaacaaa
gi|14 : ttcattaaaagaatcattataaaataatgaaaccttaaaaatcaaagaaaactattacataaaacttaacagactttccatactagaggtgaaaatgacaatcacagtgtaacactgatgagttgaagttacacagtcaggcaaggaagaatttgTTTATAA--CGCTACTCCGATATGGTGAGTAAAATTTTTC--CTTCATAATC-A------TTC--AAAAA---T---G-C-AT---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAATGTT---CCTTGATT-ATGAA-ATCA----CA-A---AATATTTAAATCACTAGT------TGCTaagtttttt
gi|15 : aaaacttatttaacaccaaaggtgtgttctgcttaccctctcgcattggcaagtttaagctgcagtcagacaagtaagtacTTATA------AATCATGATCAACAGGTGTGC--GTTA--C-----T-------AG-GAAAC------A-----AA------AA--TGACTTGTGTC--C---T---AAT-GAA--A-T-----T--T--GC--TGTTTGCCAATGACAAA-TAAATGTAAACCAGT---C--CAC----T--A--ATCAGAATA----CTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTGTTACAGA-CT--------------TCGATTT-TCCATCCCGC----------------A----AA---GTGTCATAAACA------------G------ACATTTTAA----A---------ATATA-----------AAAC----A----A
gi|16 : AACAAAAGCTAAATCCCTATAATATTATGCTCTGTACCGGTAAATAATTATTGATAAGTGAAC--ATTG--C-----TT-----AGG-GAAAC------A-----AA------TA--AGACT-GTGTC--C---TTGAA-C-CAAC-A-TAA--ACATT--GC--TCTATGACAATGAAAAA-TAATCTTAAACCAGTCCAC--CAC----C--A--ATTGAGATG----TGTTTT-C-AAA---TGTAATGTTTT
gi|17 : TTCC-GCAGCATATTTTA------TTTTACAAAA---T---G-C-AA---A-AAAAAATAT--------ATTGTAGAA--TCAAAATT---TCTTGATC-GCAAA-ATCT----CA-AAACAATAGATGAACCTCTATT------CGCTCTATC------AGGCATGATAAACAAGTGCAC--GTTG--C-----CG-----TGG-GAAAC------T-----AG------TC--AGACG-GTGAT--C---T---ATC-AGAC-A-TAA--AC--T--
gi|18 : GGATG----TTCATT-G-AGA---TGTTAAGTTTT-ACAGA-CA--------------TTACTTT-T---TGCCT----------------------------------------------------------AC-----------A---------TTTTA-----------AAAT----T----AC-AAA--ATAG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----ATTTATATGGGCAAGT----CCCG------ATTC---ACTT--AGGGGAAGCAGG-TTTTATTGGTTGC----TAATCCTGTAA
gi|19 : aTCA----CA-AAACAGTAGCTAAATCAATAGA------CACAAAATT------AATCATGTTCAACCATTGCGC--ATT---C-----T------TAA-GAATC------A-----AATACATGTA--ATACT-GTGTT--C---T---G-C-CAA--A-T-----T--T--GA--TCTT----ATTAATAAA-TAATCATAAACCATT---C--TAT----CTTAGTATCAGGATA----ATTTTT-gacaagaagtctttaatactttttac
gi|2 : taattcctcgcAGTCCTGCAGGGTGA-TATT--TTTTCTATTGCATAAAT-A------TTC--CAAAC---A---G---AG---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TTAAAGTT---TGCTGATC-ATAAA-ATCAATT-C----ACAATATCGTAATCAT--GA------CATTTTATA------AATGATGACCAACATGTGTGG--ATTG---------C-----TGG-GAAAC------A-----AA------TT--ACACT-G-------------------------TAA--AC--T--GC--TGTTTGACGATGTTTAG-TAAGCATAAACATGT---C--CAC----T--A--ATCAAGATT----CTTTTT-C-ATA---TGTTATGTTTGCACAGA-CC--------------TCACTTT-T---TCCCCTCGGCAAAGTGTCATTAA----CA---GATACTT---CA------------A------AC-----------A---------ATTTT-----------TAAC----A----ATGGAA--ATGG-------TTAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTGTAAGGGCAAAT----GACA------ATTT---ACTATTAGAGAGAGTATG-TTGTAATGGTCAATA-GTCGT
gi|20 : caT---C--AAC----C--A--ATCAGAATG----TTTT------GA---T--------TTTACAGA-CA--------------ATGCTTA-T---TCCTGC----------------AGAAACA---GTGA------CATT----------A------ACGTAAGTTTTGAA---------ATATA-----------AAAC----A----AGGAAA--ATGA-------ATAAAAT----TA--TTAT-T-----TTTTACAAGAACAGGTGACAGACA------ATCC---ACTA--AAGGAGGTCGTG-TTTTA-TGATCACTacaacacaagttgcacttcacaaaaatttacatcatttttaacaagccag
gi|21 : AAA-TAATTGTATATCAGC---C--CAC-------A--AT--------------------------TGTAATGTT---GCAGA-CA--------------TC--TTT-T---TTCTCC----------------A----CA---A---------CA------------G------AT-----------ATATTTTGAAATATT-----------AAAC----A----ATGGAA--ATTG-------TCAAGAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GGCACTTATTATTC---ACTA--CGGGCAAATA
gi|22 : gttttaca-----------A---------ATATA-----------AAAC----ACAGAAAGAAA--ATAG-------TCAAAAT----TG--TCATAT-----TTTTATAAGGGTGAGT----GACA------GTTC---ACTG--AAGACAGGTATA--TTTATTGGTCAATA-ATAGTattatt
gi|23 : tattcccacaacataattacattttaa-----------A---------AAATG-----------AAA-----A----GTGCAA--ATAG-------TGAAAATATTTTAAATCATAT-----TTTTATAAGGGCATAT----GACA------ATTC---ATTA--AGGGCATAAATGATTTTTTTTGTCACTA-acagtataagtaactttttatcaattttacaac
gi|24 : agaagacattttgaTA-AA--TGCTAGCCCAACAGGGCAAGTACG--TTTTT-ACTGCACAATT-A------TTT--TGAAA---A---G-G-TG---G-AAGA----T--------ATTGTAAcccttcaggacttgtagcctttaaaattattttacatccc
gi|25 : caagggtgtaaaatatcacttgctcactcgactcatatcagtggccattgtgcgagaatttgA--TGTTGATCTGACAGGA-AAATGCA--TTTCC-GGTGCATGATT-A------TTC--CAAAA---T---A-C-TA---A-AGAA----T--------GT---------------TT---TCTTGATC-GCAAA-GTCA----TA-AAACAGTAACTGAATAACTCGA------C
gi|26 : ttaaacatttgGCCGAATCATTAGA------CTTTTTATA------AATCATGACCAACTGGTGCAC--GTTA--T-----AC-----TGG-GGAAT------G-----TA------TA--AGAT---TGCT--CT--T---C-C-GAGC-A-TAA--ACTTT--GC--TGTTTGACAGTaataatagatgcc
gi|27 : -----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGGTAAAAATTAAAAAT----TA--TCATAT-----TTTCGGAAGGGAGAAT----Gtcactgttcatgactaac
gi|28 : gcaaaatgtcattaatagatgttttaaaaatttaTA-AA--TGCTAGTCTGACATGGCCAGTACA--TTTCC-GCT
gi|29 : ttcagggatgtaaaatttcactcaattgcttgcattattggcagtcaggagtttgTAATT-A------TTC--CAAAA---C---G-C-GA---A-AAA-----T--------ATGGTAAAA--TCAAATTT---TCTTAATT-GCGAA-ATCA----CA-AAATAAAAGTTGAATGACTGGA------TACTTTA
gi|3 : GTCTGACAGCGTAAGTTGG--TTTCT-GCTGCATGATT-A------TTT---AAAACATT---GAT-AA---A-ATAA----TTATTAAAAATTGTGAAAATTCAAAGCT---TTTTAATCAGAAAA-ATCA----CA-AAACAATTGGCGAATCACTGGA------CACTTTATA------AACCATAACCAATATGTGCAC--GTTG--C-----TC-----TGG-GGAAT------G-----AA------AA--AGACT-GCGCTAAC---T-------GAAC-ATTAA--ACTGT--GC--TGTTAAATTGCGATATA-TAATTGTAAACAAGG---C--CAA----C--A--A-CAGAATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGT-TA--------------ACATTGT-T---TTCGAA----------------AT---CA---G---------GA------------G------AC-----------ATTTTAAT--ATATA-----------AAAC----A----AT-AAA--ATGA-------TCATAAT----TA--TCATAT-----ATTTATAAAGGTGAGT----GACA------CTTC---ACTA--AGGATGAGTATG-TTTTTTTGATCACT--CTGGCCCTGCA
gi|31 : -----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGATA--ATGA-------TCAAAAT----TG--TCATATTTGAATTTTACAAAAGTGAGT----TTCA------ATTC---ACTA--ggac
gi|32 : aacaaacattttaa----TA--TCATAT-----ATTATTAAGGGTGAAT----ATTT------ATTC---ATTA--AGGGTGAATACA-TTTTATTGGTCA
gi|33 : TA-AA--TGCTAGCCTGGCAGGGCAAaacgccctacagga
gi|34 : tagccagttaaagtcacattcgggcaagtaagaatttgTCTCT-C-AGA---TGTAATGTTATTTCAGA-CG--------------CTGATTT-C---CCCCGC----------------A----C----G---------CA------------A------AC-----------
gi|4 : TTTA-AA--TGATAGTCCGACATGGTGAATATA--TTTTC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---G-AAAA----TCTA-----ATTGTAATA--TCAAAGTT---TCTTGATC-ATGAA-ATCA----CA-TAACAACAGCTGAATCATTAGA------TACTTTATA------AAACATGATCAACAGGTGGAC--ACTG--C-----TC-----TGA-GAAAT------G-----AA------TA--AGACT-GTGCC--C---T---A-CTTAAC-A-TAA--AC--T--GA---GTTCAACAATAATAAA-TAATTTTAAACCAGT---C--CGC----C--A--ACTTGAATA----TTTTTT-C-AGA---TTAAATGTTTTTACTGA-CA--------------GCACTTT-T---TTTCAC----------------A----CA---A---------CA------------A------AC-----------A---------ATGTA-----------GTAC----A----ATAAAA--ACAG-------TCTATTT----CA--TCGTAT-----TTTCATAAAGGTGAGT----GACA------ATTC---ACTA--ACAGCGAGTATG-TTTTATTGGCCACTATGTAGTCCTGCAAtgtca
gi|5 : TTTG-AAATTGCTTTTCCGATAGGGCGAGTATG--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTT--CCATA---G---G-C-AA---ATAAAA----T--------ATTGTAACA--TCAAATTT---TTTTGATA-GTGAA-ATTA----CA-AAACAATGGTTGAATCGCTAGA------TGCTTTAGA------AATCCAGATCAACA--TGCGCAAGTTG--C-----TC-----TCG-GAAAT------G-----AA------C-----AC-------------------C-AAAC-G-TAATTTT--T--GC--TATTCAACAATGAAAAA-TAATCATAAt
gi|6 : ttcatgaagaaattcgtcctggaataaaagtgtacaaaaatgttacaaaaacgcaaagaagaaactccctgaagaataacacaaaatctgtccaaccatggatgcaaaattccactcattcgctcacactggcgagttgaagtcacagtttggcaaataagaa--CAAAA---T---G-T-AATTGA-AATA----C--------ACAATCAAA--TCATAACCAAATCTTGATT-GTGAA-ATTA----CA-AAACATTATCTGAATCACAAGT------CGTTTTATA------AATCATTACCAACAGTTGTCT--ATTT--G-----TA-----TGG-GAAAC------GAAACAAA------TA--AAAAT-G---T--CAAAT---ACC-GAACTG-TAA--ACGTT--GC--TGTTCAAC-ATTACAAA-TCGTCATAAACCAGT---C--CTT----A--A--ATCATGATGTTTTTTTTTT-C-AAG---TGTTATAATTTTAGACA-CA--------------GTA-TTT-T---TTTCTC----------------A----AA---A---------AA------------A------ACGTGCTAA----A---------ATA-A-----------AAACACAAA----AAAAAA--ATTG-------TCCAAAT----TA--TTTTTT-----TTTTATAAAAGTGAAT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATA-CTTTGAGGATCATTA-GT
gi|7 : AGTCCAATAGGGTGAATATT--TTTCT-GCTGCATGATT-ACCGGTATAC--CAAAA---T---G-TGAA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TTTTAATT-GCAAA-TTCT----CA-AAGCAATAGCTGCATTACTTGA------TATTTTATA------AATCATGACAAACA--TGTAC--ATTG--C-----TCAGTCATGA-GAAA-------G-----AG------GA--A-ACT---------------------------------T--T--GC--TGTTCAACTATGCTGCA-TAATCATAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAAGTTT----TTTTTTCC-AGA---GGTAATGTTTTTATTAA-CA--------------CCATTTtg
gi|8 : aatactgttaatcgaggtggaaaatttcacttgccctcttgcattggcaaattgaagttgcatttgggcgagtgagattatataaaattaTA-AA--TGCTAATCCAACAGGGCAAGTAAG--TTTCC-TCGGCAAAATG-T------TGC--CAAAA---T---G-CTAA---A-AAAA----T--------ATTGCAAAA--TCAAAGTG---TCTTGATT-GCAGA-ATCA----CA-AAACAATAGTTGAATCACTAGA------TGCTTTATA------AACCATAACCAACAGGTGCTG--GTTA---------C-----TAG-GAAAT------G-----AA------TA--GG--------------------------C-A-CAA--GC-----------CTTGCCAATTGTAAACT--TTG----CTGGT---C------------A--ATTGGAATG----TTTTAT-C-AGA---TGTGATGTTTAAACAGA-CA--------------CCTCTTTAT---TTC------------------------CA---G---------CA------------A------Acc
gi|9 : gtaaaaatccatttgacagaagaatttgTGCAT--GTTG--CAAGGATA-----TGGTAAAAT------A-----AA------TA--AGACT-GT----------------------A-TAA--AC--TTTGC--TGTTTGACAATGAC----TA-TCTTAGACCAGT---CTTCATGTAGC--A--AT-GGCATT----TTTTTT-CTAGA---TGTAATATTTT--CAGA-CAAGATACTGCCCCCCCCACCCC-T---CCCTCC----------------C----CA---T---------CA------------C------AT-----------ATGTTTTAAAATGTA-----------AAAC----A----GCGGAACTGTGG-------TCAGAAT----TA--TCATAT-----TCT-ATAACTAAGAGT----GACA------ATTC---TCTA--AGGGTGAGTGTG-TATTATTG--TA--A-GTAGTCatgtcataaacac
blockSeqs : T AT T AAAT TA T CCGGTA TA CATT AT TTG T AATA TATTAAAA AT G AAA A T ATT T ATATTA CCGGTA G GCAA CTCAGTCA T CTAATTAG TACATG TT TGTGTCCTTGAACCAACATAAACAT TT AA T T C G CCA TT GTAGC GT CA GTTTTT CC . A T . AGATACTGCCCCCCC T A CCA C CCTCGGCAAAGTGTCATTAACAGATACTTCAAACA TTATTTGACAC ACAA CAGA CT TAAAAAT ATTT AA TTGAA C GACA CTTATT AGA TT A T
blockSeqs : . . C TG A . . . T TG . . . CTA . G . . . . . . . A GC CAAGGATA . CGAAACA . . TGTCAAATACCGAACTGTAAACGT . . T A . T . . CTT . TG AC CT . A T . TTC A . . C TGCAGAAACAGTGACATTAACGTAAGTTTTGAA . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . T AG G . . . T CT . . . . . A . . . . . . . G AC GGTTC . GG . . TGCGCTAACTGAACATTAAACTG . . T A . G . . C . CA GT C . A C . C C . . G CGCAAAGTGTCATAAACAGACATTTTAAA . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . T TT G . . . T C . . . . . G . . . . . . . A AC CTC . CA . . TGTTCTCTACTGAACACAAAC . . T A . T . . C . TG GT C . A T . T C . . C TCCACAACAGATATATTTTGAA . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . C CG A . . . T C . . . . . T . . . . . . . A GC CTT . CA . . GGTGATCTATCAGACATAAAC . . T T . A . . T . CA AA C . T T . T C . . C TCCCCATCACATATGTTTTAAA . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . C CA G . . . T C . . . . . G . . . . . . . A GG CCG . CT . . TGCTCTTCCGAGCATAAACTT . . A A . A . . C . CA TC G . T T . T T . . T GAAATCAGGAGACATTTTAAT . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . T CA G . . . A C . . . . . G . . . . . . . T AC TAC . CA . . TGTGCCCTACTTAACATAAAC . . C A . G . . T . CA GT C . A T . A A . . T CTCAAAAAAAACGTGCTAAA . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . C GG G . . . A G . . . . . T . . . . . . . G AC CTC . CA . . TTGTGTCCTAATGAAATT . . C A . G . . C . CA GT C . A T . T C . . C ACAAATGTTTTAAA . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . T TA A . . . T C . . . . . A . . . . . . . T AC CTC . TG . . TGTGTTCTGCCAAATT . . C A . T . . C . TT AT C . A T . A T . . T CACACAACAAACA . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : C TG A . . . C C . . . . . G . . . . . . . G CT CTC . TG . . CAAACGTAATTTT . . C A . A . . C . CA TT C . A A . C C . . T CCTAAAACAG . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : T TT G . . . T C . . . . . G . . . . . . . G AC GTA . TG . . TGTATAAAC . . T G . A . . A . CA GT C . T . . G C . . T CTACA . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : C AG T . . . G C . . . . . . . . . . . . . G TG CT . TG . . TGTAAAC . . T A . A . . C . TG TT C . A . . G . . . C . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . AT CT . TG . . CACAAGC . . . . . G . . . . G G . . G . . C . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . C . TA . . TT . T . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . T . . . . . . . C . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T****** **** CTC************ TGTGCTACCGAACATAAAC****************** C****** CG ***
originalCons : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GTGCT--C---T---A-C-GAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
finalCons : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAAT------G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTGCTC------------TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACTGTGCTACCGAACATAAAC------------------T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CACC------A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGTACAATTCCTCTAGCCCGCTCTCATATTGGCGAGTTGAAGTAACAGTTTGGCAAGCATAAAATTATAAAGATTTTAATGTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 1111 111111111111111 1111111111111 55555555555555555555555555555555 1111111 222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 4 55 2 9999 55 2 777777 33 5555555 999 444 2 5555 33333333 0 0 33 2 555 2 0 2 0000 2 666666 777777 5 6666 777777777777777 2 1111111111111 777777 33 0 2 11111111111111111111111111111111 33 33 1 1 1 2 2 444 33 1111111 33 66 0 666666 222 444 1 5 2 111111111111111 4 2 555 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111 5555 5555 33 8888888 5555 33 66666 1 5555 888888 555 33 3 0 0 4
lowQualScore : . .. . .... .. . ...... .. ....... ... ... . .... ........ . . .. . ... . . . .... . ...... ...... . .... ............... . ............. ...... .. . . ................................ .. .. . . . . . ... .. ....... .. .. . ...... ... ... . . . ............... . . ... . ................................................................................... ........... .... .... .. ....... .... .. ..... . .... ...... ... .. . . . .
lowQualScore : 4 55 2 3333 11 7 777777 44 4444444 999 444 5 3333 44444444 8 8 99 4 000 9 4 9 3333 7 888888 777777 3 5555 444444444444444 5 7777777777777 222222 44 4 5 11111111111111111111111111111111 77 99 6 0 0 9 0 777 77 5555555 77 11 7 777777 777 444 4 1 7 333333333333333 9 9 000 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999999999 3333 3333 77 7777777 3333 44 22222 4 7777 222222 000 99 3 7 5 0
consensus : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GT--G--C---T---ACCGAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
Reference ( family-2708 ) : TTTA-AA--TGCTAGTCCGACAGGGCGAGTACG--TTTCC-GCTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TCTTGATC-GCGAA-ATCA----CA-AAACAATAGCTGAATCACTAGA------CGCTTTATA------AATCATGATCAACAGGTGCGC--GTTG--C-----TC-----TGG-GAAAC------G-----AA------TA--AGACT-GT--G--C---T---ACCGAAC-A-TAA--AC--T--GC--TGTTCGACAATGATAAA-TAATCGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCGGGATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGA-CA--------------CCACTTT-T---TCCCNC----------------A----CA---G---------CA------------A------AC-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATG-TTTTATTGGTCACTA-GTAGTCCTGCAA
gi|1 : TG-AA--TGCTAATCTGACAAGGAGAGTATA--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---TTTAA-A-AA---A-AAAA----T--------ATTGTGCGA--TTTAAATT---GCTTGATC-ATGGA-ATCAAAATCA-AAACAATAGCAGAATTGCGAGA------GGGTTTATA------AATCACGATCAGTAAGTGTGC--ATTG---------C-----TAG-GAAAT------G-----TA------TG--TGAAT-GTGCG--C---T---GTGGAAT-G-TAA--ACATT--GG--GGTTCCACAATGATCAA-TGAATGT-GACTAGT---C--CAC-----------------TG----TACACT-C-ATACATTGT-ATGTTTTTACACATCA--------------TCACTCC-T---CCCAAC----------------A----CATGCG---------CACAAAGTTTTATTA------ACAGATGTTTTAAA---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAC--CTGG-------TTAA-----------------------TGTGTAAGTGGGA------GACA------ATTC---A--------ACGAGCATG-TTTTACTGGTTACTA-GT
gi|10 : cactttatacaagggtttaaaattccagttgcctgctcacattggcaaacgagcgagtaagaatgtaTGCATAATT-A------TTC--TAAAA---T---C-C-AA---A-AAAA----T--------A---------------GTT---TCTTGATC-------ATAA----CATAAACAATAGCTGAATCACTAGA------TGCTATATA------A-TCATGTTCAACAGGTGC-----TTGGGT-----TC-----TGG-GACAG------G-----AA------TA--ACACT-GT--T--C---TCT-ACTGAAC-A-CAA--AC--T--TTAATGTTTGACAATGACTAA-CAATTGTAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAGGATG-----TTTTT-C-ATA---TGTAATGTTTT---AGA-CA--------------CCA-TTT-T---TCCCCT----------------A--------------------A------------A------AC-----------AG--------ATGTATTATTTGACACAAAC----A----GTAAAA--ATGG-------TAAAAAT----GA--TCGTAT-----GTTtctacagggtgagttgtcttgtaaaaaatataacacctgctttatatagt
gi|11 : ctatTCCGACAAGATGAGAATG--TTTCC-ACTGCATAAAT-A------TTC--C--AC---T---G----A---A-AAAA----T-------------------TTAAA--T---TCTTTATC-GCAAATGTC-----TA-AAACATTAGCAGAATCACTCTA------TGCTTTGTA------AATCATGGTCAAAAAG-------GTTG--C-----TC-----TGG-GAAACTAATTAG-----AG------TATTAGACT-GT--G--C---c
gi|12 : agcaggggtgtaaaattccactcttctttggcaagttgaaatgacagtcaggcgagtaagaatttgtaaataataatttaacATCTTAAACTAGT---C--CAT----C--A--ATTGGA--------TTTTT----GA---TGTAATGTTTTTACAGA-CATT------------CCATTTT-T---T---------------------A----CA--------------A------------ATGTTTTAA-----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATTG-------TCAAAAA----GA--TCATAA-----TTTGAAAAGGGCGAGT----GACA------AATTAGAAAAA--AAAACAAGTATG-TTTTATTGATCACAA-GTcctact
gi|13 : TA-AC--TGCT-----GACAAGGCGAGTAAG--TACCT-GCTGCATAATT-A------TAA--CAAAA---T---G-C-GA---T-AAAA----T--------Atctggacgagaagtctttaaaatatttacactgctttctacaatgcatatttcaacaaa
gi|14 : ttcattaaaagaatcattataaaataatgaaaccttaaaaatcaaagaaaactattacataaaacttaacagactttccatactagaggtgaaaatgacaatcacagtgtaacactgatgagttgaagttacacagtcaggcaaggaagaatttgTTTATAA--CGCTACTCCGATATGGTGAGTAAAATTTTTC--CTTCATAATC-A------TTC--AAAAA---T---G-C-AT---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAATGTT---CCTTGATT-ATGAA-ATCA----CA-A---AATATTTAAATCACTAGT------TGCTaagtttttt
gi|15 : aaaacttatttaacaccaaaggtgtgttctgcttaccctctcgcattggcaagtttaagctgcagtcagacaagtaagtacTTATA------AATCATGATCAACAGGTGTGC--GTTA--C-----T-------AG-GAAAC------A-----AA------AA--TGACTTGT--GTCC---T---AATGAA--A-T-----T--T--GC--TGTTTGCCAATGACAAA-TAAATGTAAACCAGT---C--CAC----T--A--ATCAGAATA----CTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTGTTACAGA-CT--------------TCGATTT-TCCATCCCGC----------------A----AA---GTGTCATAAACA------------G------ACATTTTAA----A---------ATATA-----------AAAC----A----A
gi|16 : AACAAAAGCTAAATCCCTATAATATTATGCTCTGTACCGGTAAATAATTATTGATAAGTGAAC--ATTG--C-----TT-----AGG-GAAAC------A-----AA------TA--AGACT-GT--GTCC---TTGAACC-AAC-A-TAA--ACATT--GC--TCTATGACAATGAAAAA-TAATCTTAAACCAGTCCAC--CAC----C--A--ATTGAGATG----TGTTTT-C-AAA---TGTAATGTTTT
gi|17 : TTCC-GCAGCATATTTTA------TTTTACAAAA---T---G-C-AA---A-AAAAAATAT--------ATTGTAGAA--TCAAAATT---TCTTGATC-GCAAA-ATCT----CA-AAACAATAGATGAACCTCTATT------CGCTCTATC------AGGCATGATAAACAAGTGCAC--GTTG--C-----CG-----TGG-GAAAC------T-----AG------TC--AGACG-GT--GATC---T---ATCAGAC-A-TAA--AC--T--
gi|18 : GGATG----TTCATT-G-AGA---TGTTAAGTTTT-ACAGA-CA--------------TTACTTT-T---TGCCT----------------------------------------------------------AC-----------A---------TTTTA-----------AAAT----T----AC-AAA--ATAG-------TCAAAAT----TA--TCATAT-----ATTTATATGGGCAAGT----CCCG------ATTC---ACTT--AGGGGAAGCAGG-TTTTATTGGTTGC----TAATCCTGTAA
gi|19 : aTCA----CA-AAACAGTAGCTAAATCAATAGA------CACAAAATT------AATCATGTTCAACCATTGCGC--ATT---C-----T------TAA-GAATC------A-----AATACATGTA--ATACT-GT--GTTC---T---GCCAAAT-T-TGA--TC--T------TAT-------TAATAAA-TAATCATAAACCATT---C--TAT----CTTAGTATCAGGATA----ATTTTT-gacaagaagtctttaatactttttac
gi|2 : taattcctcgcAGTCCTGCAGGGTGA-TATT--TTTTCTATTGCATAAAT-A------TTC--CAAAC---A---G---AG---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TTAAAGTT---TGCTGATC-ATAAA-ATCAATT-CA----CAATATCGTAATCAT--GA------CATTTTATA------AATGATGACCAACATGTGTGG--ATTG--C-----T-------GG-GAAAC------A-----AA------TT--ACACT-GT------------------------AA--AC--T--GC--TGTTTGACGATGTTTAG-TAAGCATAAACATGT---C--CAC----T--A--ATCAAGATT----CTTTTT-C-ATA---TGTTATGTTTGCACAGA-CC--------------TCACTTT-T---TCCCCTCGGCAAAGTGTCATTAA----CA---GATACTT---CA------------A------AC-----------A---------ATTTT-----------TAAC----A----ATGGAA--ATGG-------TTAAAAT----TA--TCATAT-----TTTTGTAAGGGCAAAT----GACA------ATTT---ACTATTAGAGAGAGTATG-TTGTAATGGTCAATA-GTCGT
gi|20 : caT---C--AAC----C--A--ATCAGAATG----TTTT------GA---T--------TTTACAGA-CA--------------ATGCTTA-T---TCCTGC----------------AGAAACA---GTGA------CATT----------A------ACGTAAGTTTTGAA---------ATATA-----------AAAC----A----AGGAAA--ATGA-------ATAAAAT----TA--TTAT-T-----TTTTACAAGAACAGGTGACAGACA------ATCC---ACTA--AAGGAGGTCGTG-TTTTA-TGATCACTacaacacaagttgcacttcacaaaaatttacatcatttttaacaagccag
gi|21 : AAA-TAATTGTATATCAGC---C--CAC-------A--AT--------------------------TGTAATGTT---GCAGA-CA--------------TC--TTT-T---TTCTCC----------------A----CA---A---------CA------------G------AT-----------ATATTTTGAAATATT-----------AAAC----A----ATGGAA--ATTG-------TCAAGAT----TA--TCATAT-----TTTTATAAGGGCGAGT----GGCACTTATTATTC---ACTA--CGGGCAAATA
gi|22 : gttttaca-----------A---------ATATA-----------AAAC----ACAGAAAGAAA--ATAG-------TCAAAAT----TG--TCATAT-----TTTTATAAGGGTGAGT----GACA------GTTC---ACTG--AAGACAGGTATA--TTTATTGGTCAATA-ATAGTattatt
gi|23 : tattcccacaacataattacattttaa-----------A---------AAATG-----------AAA-----A----GTGCAA--ATAG-------TGAAAATATTTTAAATCATAT-----TTTTATAAGGGCATAT----GACA------ATTC---ATTA--AGGGCATAAATGATTTTTTTTGTCACTA-acagtataagtaactttttatcaattttacaac
gi|24 : agaagacattttgaTA-AA--TGCTAGCCCAACAGGGCAAGTACG--TTTTT-ACTGCACAATT-A------TTT--TGAAA---A---G-G-TG---G-AAGA----T--------ATTGTAAcccttcaggacttgtagcctttaaaattattttacatccc
gi|25 : caagggtgtaaaatatcacttgctcactcgactcatatcagtggccattgtgcgagaatttgA--TGTTGATCTGACAGGA-AAATGCA--TTTCC-GGTGCATGATT-A------TTC--CAAAA---T---A-C-TA---A-AGAA----T--------GT---------------TT---TCTTGATC-GCAAA-GTCA----TA-AAACAGTAACTGAATAACTCGA------C
gi|26 : ttaaacatttgGCCGAATCATTAGA------CTTTTTATA------AATCATGACCAACTGGTGCAC--GTTA--T-----AC-----TGG-GGAAT------G-----TA------TA--AGATT-GC--T--C---T---TCCGAGC-A-TAA--ACTTT--GC--TGTTTGACAGTaataatagatgcc
gi|27 : -----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGAAA--ATGGTAAAAATTAAAAAT----TA--TCATAT-----TTTCGGAAGGGAGAAT----Gtcactgttcatgactaac
gi|28 : gcaaaatgtcattaatagatgttttaaaaatttaTA-AA--TGCTAGTCTGACATGGCCAGTACA--TTTCC-GCT
gi|29 : ttcagggatgtaaaatttcactcaattgcttgcattattggcagtcaggagtttgTAATT-A------TTC--CAAAA---C---G-C-GA---A-AAA-----T--------ATGGTAAAA--TCAAATTT---TCTTAATT-GCGAA-ATCA----CA-AAATAAAAGTTGAATGACTGGA------TACTTTA
gi|3 : GTCTGACAGCGTAAGTTGG--TTTCT-GCTGCATGATT-A------TTT---AAAACATT---GAT-AA---A-ATAA----TTATTAAAAATTGTGAAAATTCAAAGCT---TTTTAATCAGAAAA-ATCA----CA-AAACAATTGGCGAATCACTGGA------CACTTTATA------AACCATAACCAATATGTGCAC--GTTG--C-----TC-----TGG-GGAAT------G-----AA------AA--AGACT-GC--G--C---TA--ACTGAAC-ATTAA--ACTGT--GC--TGTTAAATTGCGATATA-TAATTGTAAACAAGG---C--CAA----C--A--A-CAGAATG----TTTTTT-C-AGA---TGTAATGTTTTTACAGT-TA--------------ACATTGT-T---TTCGAA----------------AT---CA---G---------GA------------G------AC-----------ATTTTAAT--ATATA-----------AAAC----A----AT-AAA--ATGA-------TCATAAT----TA--TCATAT-----ATTTATAAAGGTGAGT----GACA------CTTC---ACTA--AGGATGAGTATG-TTTTTTTGATCACT--CTGGCCCTGCA
gi|31 : -----------A---------ATATA-----------AAAC----A----ATGATA--ATGA-------TCAAAAT----TG--TCATATTTGAATTTTACAAAAGTGAGT----TTCA------ATTC---ACTA--ggac
gi|32 : aacaaacattttaa----TA--TCATAT-----ATTATTAAGGGTGAAT----ATTT------ATTC---ATTA--AGGGTGAATACA-TTTTATTGGTCA
gi|33 : TA-AA--TGCTAGCCTGGCAGGGCAAaacgccctacagga
gi|34 : tagccagttaaagtcacattcgggcaagtaagaatttgTCTCT-C-AGA---TGTAATGTTATTTCAGA-CG--------------CTGATTT-C---CCCCGC----------------A----C----G---------CA------------A------AC-----------
gi|4 : TTTA-AA--TGATAGTCCGACATGGTGAATATA--TTTTC-ACTGCATAATT-A------TTC--CAAAA---T---G-C-AA---G-AAAA----TCTA-----ATTGTAATA--TCAAAGTT---TCTTGATC-ATGAA-ATCA----CA-TAACAACAGCTGAATCATTAGA------TACTTTATA------AAACATGATCAACAGGTGGAC--ACTG--C-----TC-----TGA-GAAAT------G-----AA------TA--AGACT-GT--G--CCC-T---ACTTAAC-A-TAA--AC--T--GA---GTTCAACAATAATAAA-TAATTTTAAACCAGT---C--CGC----C--A--ACTTGAATA----TTTTTT-C-AGA---TTAAATGTTTTTACTGA-CA--------------GCACTTT-T---TTTCAC----------------A----CA---A---------CA------------A------AC-----------A---------ATGTA-----------GTAC----A----ATAAAA--ACAG-------TCTATTT----CA--TCGTAT-----TTTCATAAAGGTGAGT----GACA------ATTC---ACTA--ACAGCGAGTATG-TTTTATTGGCCACTATGTAGTCCTGCAAtgtca
gi|5 : TTTG-AAATTGCTTTTCCGATAGGGCGAGTATG--TTTCC-ACTGCATAATT-A------TTT--CCATA---G---G-C-AA---ATAAAA----T--------ATTGTAACA--TCAAATTT---TTTTGATA-GTGAA-ATTA----CA-AAACAATGGTTGAATCGCTAGA------TGCTTTAGA------AATCCAGATCAACA--TGCGCAAGTTG--C-----TC-----TCG-GAAAT------G-----AA---------------------------C---ACCAAAC-G-TAATTTT--T--GC--TATTCAACAATGAAAAA-TAATCATAAt
gi|6 : ttcatgaagaaattcgtcctggaataaaagtgtacaaaaatgttacaaaaacgcaaagaagaaactccctgaagaataacacaaaatctgtccaaccatggatgcaaaattccactcattcgctcacactggcgagttgaagtcacagtttggcaaataagaa--CAAAA---T---G-T-AATTGA-AATA----C--------ACAATCAAA--TCATAACCAAATCTTGATT-GTGAA-ATTA----CA-AAACATTATCTGAATCACAAGT------CGTTTTATA------AATCATTACCAACAGTTGTCT--ATTT--G-----TA-----TGG-GAAAC------GAAACAAA------TA--AAAAT-GT-----CAAAT---ACCGAACTG-TAA--ACGTT--GC--TGTTCAAC-ATTACAAA-TCGTCATAAACCAGT---C--CTT----A--A--ATCATGATGTTTTTTTTTT-C-AAG---TGTTATAATTTTAGACA-CA--------------GTA-TTT-T---TTTCTC----------------A----AA---A---------AA------------A------ACGTGCTAA----A---------ATA-A-----------AAACACAAA----AAAAAA--ATTG-------TCCAAAT----TA--TTTTTT-----TTTTATAAAAGTGAAT----GACA------ATTC---ACTA--AGGGCGAGTATA-CTTTGAGGATCATTA-GT
gi|7 : AGTCCAATAGGGTGAATATT--TTTCT-GCTGCATGATT-ACCGGTATAC--CAAAA---T---G-TGAA---A-AAAA----T--------ATTGTAAAA--TCAAAGTT---TTTTAATT-GCAAA-TTCT----CA-AAGCAATAGCTGCATTACTTGA------TATTTTATA------AATCATGACAAACA--TGTAC--ATTG--C-----TCAGTCATGA-GAAA-------G-----AG------GA--A-ACT--------------------------------T--T--GC--TGTTCAACTATGCTGCA-TAATCATAAACCAGT---C--CAC----C--A--ATCAAGTTT----TTTTTTCC-AGA---GGTAATGTTTTTATTAA-CA--------------CCATTTtg
gi|8 : aatactgttaatcgaggtggaaaatttcacttgccctcttgcattggcaaattgaagttgcatttgggcgagtgagattatataaaattaTA-AA--TGCTAATCCAACAGGGCAAGTAAG--TTTCC-TCGGCAAAATG-T------TGC--CAAAA---T---G-CTAA---A-AAAA----T--------ATTGCAAAA--TCAAAGTG---TCTTGATT-GCAGA-ATCA----CA-AAACAATAGTTGAATCACTAGA------TGCTTTATA------AACCATAACCAACAGGTGCTG--GTTA---------C-----TAG-GAAAT------G-----AA------TA--GG-------------------------C-A-CAA--GC-----------CTTGCCAATTGTAAACT--TTG----CTGGT---C------------A--ATTGGAATG----TTTTAT-C-AGA---TGTGATGTTTAAACAGA-CA--------------CCTCTTTAT---TTC------------------------CA---G---------CA------------A------Acc
gi|9 : gtaaaaatccatttgacagaagaatttgTGCAT--GTTG--CAAGGATA-----TGGTAAAAT------A-----AA------TA--AGACT-GT---------------------A-TAA--AC--TTTGC--TGTTTGACAATGAC----TA-TCTTAGACCAGT---CTTCATGTAGC--A--AT-GGCATT----TTTTTT-CTAGA---TGTAATATTTT--CAGA-CAAGATACTGCCCCCCCCACCCC-T---CCCTCC----------------C----CA---T---------CA------------C------AT-----------ATGTTTTAAAATGTA-----------AAAC----A----GCGGAACTGTGG-------TCAGAAT----TA--TCATAT-----TCT-ATAACTAAGAGT----GACA------ATTC---TCTA--AGGGTGAGTGTG-TATTATTG--TA--A-GTAGTCatgtcataaacac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TGTACAATTCCTCTAGCCCGCTCTCATATTGGCGAGTTGAAGTAACAGTTTGGCAAGCATAAAATTATAAAGATTTTAATGTTTTT