lowQualScore : 4444444444444444444
lowQualScore : 4 9999 8888888888888888888 444 5 5
lowQualScore : . .... ................... ... . .
lowQualScore : 0 4444 0000000000000000000 111 8 7
consensus : NNNTCNGATGACGTCA----CTAGCTCC-GNT---TG-T-CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
Reference ( gi|5 ) : TCTTCTGATGACGTCA----CTGATTCC-ATT---TG-T-CAGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCGGTAACACAATG
gi|6 : TCAGATGGCGTCATTCTCTGAT----AAC---TG-TATAGTATCTA---AGCGCCACCTAGTGGCAACACAATG
gi|11 : CTGATGACATCA----CTAGCTCC-AAT---T------------A---AGCGCCACCTAGATGTAACATAAc
gi|8 : gtgtttccGATGGCGTCA----CTAGCTCC-GAC---TG----AGTGCGTG---AGTGCCACCTAGCAGTAATACAATGca
gi|12 : ccaGATGACGTCA----CTAGTCCC-ACT------------GCGCA---AGCGCCACCTAGTGATAACACAATGtatt
gi|4 : cccaaGATAACGTCA----TTAGTTCC-GTT---T--T---GTGCGTT---AGCGCCAACCAGGGGTAACACAATG
gi|10 : tgtttccccaGATGACGCCA----C------C-A------G-T-CAATGCGTA---ATCGCCACCTAGTGGTAACCCATTGc
gi|9 : tgtttatccaGATGGCGTTA----CTAG------------G-T-CAGTGCGTA---AGAGACACGTGAGGGTAACACAACG
gi|7 : gtgttccacaaATGACGTCA----CTGGATCC--------G-T-CAGTGTGTA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAATG
gi|3 : tttccctcaaATAACTTCA----CTAGCTCCGACTGAGTG-T-CAGTACATA---AGCGCCATATAGTAGTTACACAc
gi|1 : ccatACTCA-GTT---TGCT-CAGTGTGTA---AGTGCCACCTAGTGGTAACACAATGttatatt
gi|16 : tgtgtttccccaaatgatgtcggattgtccccca-T-CCGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCAGTAACACAATG
gi|17 : -T-CAGTGCGCA---AGCGCCACCTTGTGGTAACACAA
gi|13 : -T-CAGTGCGTA---AGTGCCACCTAGTGGT
gi|18 : ctga-CAGTGTGTATTAAGTACCACCTAGTGGTAACACtatatacacactggc
gi|15 : AATGCGTA---AGCTCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|2 : TGCGTT---AGCGCCACCTAGTGGTAACAtga
gi|19 : cccccagttgtcgccaatagctccgatTGCGCA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAGTGatgtttcctgtttaattcaaataggg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCAATGTGTTTCCCCAGATGACGTCATTATCTCTGT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333
lowQualScore : 1 7 11111111111111 333
lowQualScore : . . .............. ...
lowQualScore : 0 2 22222222222222 999
consensus : NNNTCAGATGACGTCACTAGCTCCGAT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
Reference ( family-2627 ) : NNNTCNGATGACGTCACTAGCTCCGNT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|1 : CCAACTCAGTT---TGC---T-CAGTGTGTA---AGTGCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|10 : tgtgtttccccaaatgatgtcggattgtcccCAGATGACGCCACCAG----------------T-CAATGCGTA---ATCGCCACCTAGTGGTAACCCATTG
gi|11 : tgtttatcCTGATGACATCACTAGCTCCAAT---T---------------A---AGCGCCACCTAGATGTAACATAA
gi|12 : gtgtttccGATGACGTCACTAG-TCC--------------CACTGCGCA---AGCGCCACCTAGTGATAACACAATGca
gi|13 : cccaa----T-CAGTGCGTA---AGTGCCACCTAGTGGT
gi|15 : ctgaAATGCGTA---AGCTCCACCTAGTGGTAACACAATGtatatacacactggc
gi|16 : ----T-CCGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCAGTAACACAATGtga
gi|17 : ----T-CAGTGCGCA---AGCGCCACCTTGTGGTAACACAA
gi|18 : -CAGTGTGTATTAAGTACCACCTAGTGGTAACAC
gi|19 : TGCGCA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAGTG
gi|2 : CAGTTGTCGCCAATAGCTCCGAT---TG-----------CGTT---AGCGCCACCTAGTGGTAACA
gi|3 : ccccATAACTTCACTAGCTCCGAC---TGAGTGT-CAGTACATA---AGCGCCATATAGTAGTTACACAatgtttcctgtttaattcaaataggg
gi|4 : ccatCAGATAACGTCATTAGTTCCGTT---T-----T---GTGCGTT---AGCGCCAACCAGGGGTAACACAATGttatatt
gi|5 : tgtttcccTCTGATGACGTCACTGATTCCATT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCGGTAACACAATGc
gi|6 : tctTCAGATGGCGTCATT--CTCTGATAACTG----TATAGTATCTA---AGCGCCACCTAGTGGCAACACAATG
gi|7 : TCAAATGACGTCACTGGATCCG-----------T-CAGTGTGTA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAATGc
gi|8 : tttcccCAGATGGCGTCACTAGCTCCGAC---TG-------AGTGCGTG---AGTGCCACCTAGCAGTAATACAATGc
gi|9 : cGATGGCGTTACTAG-----------G----T-CAGTGCGTA---AGAGACACGTGAGGGTAACACAACGtatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCAATGTGTTTCCCCAGATGACGTCATTATCTCTGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 33333333333333
lowQualScore : 333333333 7 22222222222222 333
lowQualScore : ......... . .............. ...
lowQualScore : 333333333 2 99999999999999 999
consensus : NNNTCAGATGACGTCA---------CTAGCTCCGAT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
Reference ( family-2627 ) : NNNTCAGATGACGTCA---------CTAGCTCCGAT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|1 : CAAATGATGTCGGATTGTCCCCCAACTCAGTT---TGC---T-CAGTGTGTA---AGTGCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|10 : tgtgtttcccCAGATGACGCCA---------CCAG----------------T-CAATGCGTA---ATCGCCACCTAGTGGTAACCCATTG
gi|11 : tgtttatcGATGACATCA---------CTAGCTCCAAT------------------TA---AGCGCCACCTAGATGTAACATAA
gi|12 : gtgtttccctAGATGACGTCA---------CTAG-TCC--------------CACTGCGCA---AGCGCCACCTAGTGATAACACAATGca
gi|13 : ccca----T-CAGTGCGTA---AGTGCCACCTAGTGGT
gi|15 : ctgaAATGCGTA---AGCTCCACCTAGTGGTAACACAATGtatatacacactggc
gi|16 : ----T-CCGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCAGTAACACAATGtga
gi|17 : ----T-CAGTGCGCA---AGCGCCACCTTGTGGTAACACAA
gi|18 : -CAGTGTGTATTAAGTACCACCTAGTGGTAACAC
gi|19 : TGCGCA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAGTG
gi|2 : CAGTTGTCGCCA---------ATAGCTCCGAT---TG-----------CGTT---AGCGCCACCTAGTGGTAACA
gi|3 : ccccCATATAACTTCA---------CTAGCTCCGAC---TGAGTGT-CAGTACATA---AGCGCCATATAGTAGTTACACAatgtttcctgtttaattcaaataggg
gi|4 : cCAGATAACGTCA---------TTAGTTCCG-T---TT----T---GTGCGTT---AGCGCCAACCAGGGGTAACACAATGttatatt
gi|5 : tgtttcccTCTGATGACGTCA---------CTGATTCCATT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCGGTAACACAATGc
gi|6 : tctTCAGATGGCGTCA---------TT--CTCTGATAACTG----TATAGTATCTA---AGCGCCACCTAGTGGCAACACAATG
gi|7 : TCAAATGACGTCA---------CTGGATCCG-----------T-CAGTGTGTA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAATGc
gi|8 : tttcccCAGATGGCGTCA---------CTAGCTCCGAC---TG-------AGTGCGTG---AGTGCCACCTAGCAGTAATACAATGc
gi|9 : cAGATGGCGTTA---------CTAG-----------G----T-CAGTGCGTA---AGAGACACGTGAGGGTAACACAACGtatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCAATGTGTTTCCCCAGATGACGTCATTATCTCTGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 33333333333333
lowQualScore : 333333333 7 22222222222222 333
lowQualScore : ......... . .............. ...
lowQualScore : 333333333 2 99999999999999 999
consensus : NNNTCAGATGACGTCA---------CTAGCTCCGAT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
Reference ( family-2627 ) : NNNTCAGATGACGTCA---------CTAGCTCCGAT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|1 : CAAATGATGTCGGATTGTCCCCCAACTCAGTT---TGC---T-CAGTGTGTA---AGTGCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|10 : tgtgtttcccCAGATGACGCCA---------CCAG----------------T-CAATGCGTA---ATCGCCACCTAGTGGTAACCCATTG
gi|11 : tgtttatcGATGACATCA---------CTAGCTCCAAT------------------TA---AGCGCCACCTAGATGTAACATAA
gi|12 : gtgtttccctAGATGACGTCA---------CTAG-TCC--------------CACTGCGCA---AGCGCCACCTAGTGATAACACAATGca
gi|13 : ccca----T-CAGTGCGTA---AGTGCCACCTAGTGGT
gi|15 : ctgaAATGCGTA---AGCTCCACCTAGTGGTAACACAATGtatatacacactggc
gi|16 : ----T-CCGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCAGTAACACAATGtga
gi|17 : ----T-CAGTGCGCA---AGCGCCACCTTGTGGTAACACAA
gi|18 : -CAGTGTGTATTAAGTACCACCTAGTGGTAACAC
gi|19 : TGCGCA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAGTG
gi|2 : CAGTTGTCGCCA---------ATAGCTCCGAT---TG-----------CGTT---AGCGCCACCTAGTGGTAACA
gi|3 : ccccCATATAACTTCA---------CTAGCTCCGAC---TGAGTGT-CAGTACATA---AGCGCCATATAGTAGTTACACAatgtttcctgtttaattcaaataggg
gi|4 : cCAGATAACGTCA---------TTAGTTCCG-T---TT----T---GTGCGTT---AGCGCCAACCAGGGGTAACACAATGttatatt
gi|5 : tgtttcccTCTGATGACGTCA---------CTGATTCCATT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCGGTAACACAATGc
gi|6 : tctTCAGATGGCGTCA---------TT--CTCTGATAACTG----TATAGTATCTA---AGCGCCACCTAGTGGCAACACAATG
gi|7 : TCAAATGACGTCA---------CTGGATCCG-----------T-CAGTGTGTA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAATGc
gi|8 : tttcccCAGATGGCGTCA---------CTAGCTCCGAC---TG-------AGTGCGTG---AGTGCCACCTAGCAGTAATACAATGc
gi|9 : cAGATGGCGTTA---------CTAG-----------G----T-CAGTGCGTA---AGAGACACGTGAGGGTAACACAACGtatt
blockSeqs : . C GACTGAGTGT TTA
blockSeqs : . C GATAACTGTA .
blockSeqs : . C ATTTGT .
blockSeqs : . T GATTG .
blockSeqs : . T GTTTT .
blockSeqs : . C GACTG .
blockSeqs : . A AAT .
blockSeqs : . C GT .
blockSeqs : . . GT .
blockSeqs : . . T .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ********* GATT**********
originalCons : NNNTCAGATGACGTCA---------CTAGCTCCGAT---TG----T-CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
finalCons : NNNTCAGATGACGTCA---------CTAGCTCCGATT----------CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCAATGTGTTTCCCCAGATGACGTCATTATCTCTGT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222
lowQualScore : 8 888888888888888 333
lowQualScore : . ............... ...
lowQualScore : 8 555555555555555 999
consensus : NNNTCAGATGACGTCACTAGCTCCGAT-----T------CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
Reference ( family-2627 ) : NNNTCAGATGACGTCACTAGCTCCGAT-----T------CAGTGCGTA---AGCGCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|1 : -----T------CAGTGTGTA---AGTGCCACCTAGTGGTAACACAATG
gi|10 : tgtgtttccccaaatgatgtcggattgtcccccaactcagtttgcCAGATGACGCCACCAG------------T------CAATGCGTA---ATCGCCACCTAGTGGTAACCCATTG
gi|11 : tgtttatcGATGACATCACTAGCTCCAAT-------------------TA---AGCGCCACCTAGATGTAACATAA
gi|12 : gtgtttccctAGATGACGTCACTAG-TCC---------------CACTGCGCA---AGCGCCACCTAGTGATAACACAATGca
gi|13 : ccca-----T------CAGTGCGTA---AGTGCCACCTAGTGGT
gi|15 : ctgaAATGCGTA---AGCTCCACCTAGTGGTAACACAATGtatatacacactggc
gi|16 : -----T------CCGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCAGTAACACAATGtga
gi|17 : -----T------CAGTGCGCA---AGCGCCACCTTGTGGTAACACAA
gi|18 : ------CAGTGTGTATTAAGTACCACCTAGTGGTAACAC
gi|19 : TGCGCA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAGTG
gi|2 : CAGTTGTCGCCAATAGCTCCGAT-----T----------GCGTT---AGCGCCACCTAGTGGTAACA
gi|3 : ccccCATATAACTTCACTAGCTCCGAC-----TGAGTGTCAGTACATA---AGCGCCATATAGTAGTTACACAatgtttcctgtttaattcaaataggg
gi|4 : cCAGATAACGTCATTAGTTCCGTT-----T------T-GTGCGTT---AGCGCCAACCAGGGGTAACACAATGttatatt
gi|5 : tgtttcccTCTGATGACGTCACTGATTCC-AT-----TTGT---CAGTGCGTA---AGCGTCACCTAGCGGTAACACAATGc
gi|6 : tctTCAGATGGCGTCATT--CTCTGATAACTGTA-----TAGTATCTA---AGCGCCACCTAGTGGCAACACAATG
gi|7 : TCAAATGACGTCACTGGATCCG-------T------CAGTGTGTA---AGCGCCATCTGGTGATAACACAATGc
gi|8 : tttcccCAGATGGCGTCACTAGCTCCGAC-----T------GAGTGCGTG---AGTGCCACCTAGCAGTAATACAATGc
gi|9 : cAGATGGCGTTACTAG----G-------T------CAGTGCGTA---AGAGACACGTGAGGGTAACACAACGtatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGCAATGTGTTTCCCCAGATGACGTCATTATCTCTGT