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lowQualScore                  :                                  7     7     0 9   5   88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   999999 333 333 77777   66   88  3   88 3   3  4 5555555 333333333333333    4444   22222222222222 0   888888888 2 66666   5555555         
consensus                     :                             ATCCAGGATTT-TTGGTCAGGTG-GGG-T---C----A-----A---A---TT--TCAG-G--GGT--G-GG-GTCCA-AGAT-AGT-AAA----------------A--T---AAA---A----N---TA---------AC----C----GAA--A----------AANT--CTGT-----C---A---T-----TTAG-CAA--TA-TTT--T-GGG-AA-T-------C----CTAGGA-G---GGGTC---CGG----A-CCN-----C-CTG-------T-C-C-----CCT-----C-CTCTGGATC
Reference ( gi|16 )           :                             ATCCAAGATTT-TTGGTTAAGTG-GGG-T---C----A-----A---A---TT--TCAG-G--GGT--G-GG-GTCCA-A-AT-AGC-AAA----------------A--T---AAA---A----A---TA---------AC----C----AAA--A----------AAAT--CTGC-----C---A---T-----TTAA-CAA--TA-TTT--T-GGG-AA-T-------C----CTTGGA-G---GGGTT---CAG----A-CTG-----C-CTG-------T-C-C-----CCT-----T-CTCTGGATC
gi|12                         :                             ATCCAAGAGTT-TTGTTCAGGTG-GGGAT---C----ACC---A---A---TT--TCA--G--GAT----GG-GTCCA-AGAT-AGT-AAACTGAATTTTTTTTTCTG--T---AAA---C----G---TA---------ATA---T----AAAACA----------AAAT---------------A---C-----TTAA-CAA--TA-TTT--T-AGG-AG-T-------C----CTAGTA-G---GGGGT---TGG----A-CCC-----C-CTG-------T-C-T-----TGT-----A-CTCT
gi|6                          :                            gATCCAGGATTT-CTGGTTATGTG-TGG-T---C----C-----ACC-A---TT--TTCA-T--GTT--G-AGTGTA-A-A-AT-AGA-AAA----------------ACTT---CAA---A----A---T-----------C----CTTTCAGA--A----------AACA--CTGT-----T---A---TATGTATTAAGCAA--TA-TTT--T-GGG-AA-T-------C----TCAGGA-----TGGTC---CAT----A-CCC-----C-TTG-------T-C-TCACCACCT-----C-CTCTAGGTCtg
gi|18                         :                            gATTCAAGAATT-TTGGTCAGGTG-AG--T---C----C-----A---C---TT----AA-G--GGT--G-AG--TACACA-AT-AGT-TAA----------------T--T---GAC---T----T---TTTT-------CC----C----TTA--A----------ACA---CTGT-----C---A---T-----TTAG-CAA--TA-TTT--T-GGG-AA-C-------C----CTAAGA-----GGGTTGAAAAG----A-CCC-----C-CTG-------T-C-C-----Cagcca
gi|11                         :                            gATCAATGATCT-TTGGTC--GCA-GGT-C---T----ACCTGTA---A---TA--TCAG-G--GGC--T-GG--TCTG-AGAT-AGT-AAA----------------AC-T---AAA---A----A---AA---------AT----C----TGA--A----------AATG--ATGT-----A---A---T-----TTCG-CAA--TT-TTT--C-GGG-AA-T-------C----CCACAATG---GGGTC---CAG----C-CCA-------CTG-------T-C-T-----CCC-----C-ATTTGGATCatg
gi|26                         :                        ggcggATTTAGGATTT-TTGGTTGGGTG-GAGTT---C----G-----A------------CAG-GCAGGG--A-AG-GTTTA-ATATGAAT-AAC----------------A--T---AAA---A----ATCTTG---------AC----T----GGA--A----------AATC--CTGT-----C---A---T-----TTAG-TAA--TG-TTT--T-GGA-AA-T-------caccag
gi|21                         :                             ATCCAGAACT----GATCAGGTG-GGGGT---T----A-----ATCAG---TT--TCAG-G-------G-GG-GTCCA-AGAT-AGT-AAA----------------C--TTC-AAC---A----T---CT---------GT----C----TAA--A----------AATG--CTGT-----A---A---T-----TTAG-AAA--TGTTTT--T-GGG-AG-G-------C----C----A-G---GGGTC---CAG-------TG-----C-Ct
gi|5                          :                     gggggcagATCCAAGATTG-TTGGTCAGGTG-GGA-T---CT---ACT---A---A---TT--T-AT-G--GGT----GG-ACCCA-AGAT-AGT-AAA----------------A--T---c
gi|8                          :                   gcatacgcggATCCAGGATTT-TTGATTGGGTG-GGG-T---C----C-----T---CCTTTC--TCAGTG--GGA--T-GG-ATCTA-AGAT-AAT-GAGC---------------A--T---CAA---ATCT-T---TT---------GC----T----GAA--A----------ATA---CTG--------------------TTAA-TAAGTTA-TTT--T-GAG-AA-T-------G----ACAGTA-G---GGG-T---CGG-------TG-----T-CAG-------T-C-C-----gctgtttatctgtagttttcaataccaatatgggtccgaacctgtctgtccccactctgtatccgcaagggcaccattgactctatgacgatatttaaa
gi|9                          :                        ggcagATCTAGGATTT-CGGGTCACATGTGGG-C---C----A-----C---C---CTCTTCAG-G--AAC--A-G---TCCA-ACAT-AGA-AAA----------------C--TTCCAAA---T----T---TA---------GA----T----GAA--A----------ATAT--ATGTACTTTC---A---A-----TCAA-CAA--TA-TTT--T-GGC-AA-C-------C----CCAAGT-A---GGATC---CAG----A--TG-----C-agaacccctttttctcccacctgat
gi|24                         :                              TCCAGGATTTATTAATCAGATG-GGG-T---CTACCA-----A---A---AT--AAAG-G--GGT--A-GA-GTC-A-A-AT-CG----A----------------A--T---AGA---A----A--------------AC----T----AAA--ATGTTTATCTGAAATG-CTGT-----T---A---T-----TTGC-CAA--TA-TTT--T-GTG-AA-T-------C----tcttggggcatcactctgaatctgcc
gi|3                          :                             gggCAAGATAT-TTGGTTTGGTG-GGA-TTCTC----A-----A-------TT--TGAG-G--A-T--G-GA--CCCA-G-AT-AGT-AAA----------------A--T------------------TATTTTTTT--AC----T----AAA--A----------ACG---CTGA-----A---A---T-----TTAA-CAC--TA-CTC--T-GGA-AA-T-------C----TTAGGA-G---GGTTC---CAA----A-CAC-----T-CTG-------TGT-C-----CCT-----G-CTCt
gi|15                         :                                CAAAAATT-TTGGTCAGGTG-GGGGT---C----CGCC--A---A---TC--TC---G--GAT--G-GA--TCCA-AGAT-AGT-GAA----------------A--T---TGA---A----T---TA---------ATTTTTC----TGA--A----------AATG--CTGT-----C---AGTATGCA--TTAATCAA--TA-TTT--T-TGG-AA-T-------C----CTAAAA-G---AGGTC---AAG----A-Caacctctgtatccatcagtgccatgtatggcacatgaatattataagat
gi|1                          :                                   GGTTT-CTG-TCAAGAG-GGA-CA--C----C-----A---T---TT--TCAG-A--GGT--ATGG-GTCCA-AGAT-AGT-AAA----------------A--TTC-AAA---GTT--A---TG---------AC----T----GAA--A----------------CTGC-----TGTTA---T-----TTAG-TAA--TA-TGT--T-GGG-AA-T-------C----CC-----G---GGGTT---actctacaccctgtc
gi|29                         : ggaaagaggataggaattcataggtggatcatgggATTT-TAAGTCAGGTG-GGA-TT--C----AGC---A---A---TT--TCAG-A--GTT-----G-GTTCA-A-G------AAA----------------G--T---AAATTTG----A---TGTTTT-----AC----T------G--A----------AGGC--CTGT-----C---A---T-----TCAG-CAA--TA-TCT--C-GGG-gcggtgttcgggaccataatcgccccgacccatctggttcaatttgacttgatatattatttg
gi|23                         :                             ggattagacTT-CTGGTCAGGTA-GGG-T---CC---ACC---A---A---TT--TCAG-G----T--T-GG-GCC--------------A----------------G--T---GAA---A----G---TA---------AG----T----TGA--A----------AGAT----GT-----C---A---T-----TTAG-CAA--TA-TTT--T-GAG-AA-T-------C----AAAAGA-G---GAGCC---CAA----A-CTC-----C-ATG-------TAA-C-----CCT-----T-
gi|22                         :                                                ataG-GGG-T---C----A-----CTC-A---TT--ATAGAG--GGT--A-CG-GTTTA-AGAC-AGTTAAC----------------C--C---CAA---A----A---CA---------AT----G----AAT--A----------GAATTGCTGT-----C---A---T-----TTAG-CAA--CA-CTT--T-GGG-AA-T-------A----CCTGAA------GTTC---CCG----A-CCT-----C-CTG-------T-CGC-----CCC-----T-CTcat
gi|7                          :                                                        -T---C----A-----A---A---ATGCTCAG-A--G-T--G-G----CCA-A-ATTAGT-AAA----------------A--T---TAT---T----T---TATTTCTTTTTAC----T----GAA--A----------AGGT---TGT-----C---A---T-----TCAG-CAT--TA-TTTAGTAGGG-AA-T-------C----TTGGGA-G---GAGTC---TGG----A--TGC----C-CTGATCATCAC-C-A-----CCC-----C-CTCCGGATCg
gi|34                         :                                                               tgggtccttcaatt---TT--TCAG-A--GGGAAG-GG-GTCCA-AGAT-AGT-AAA----------------A--T---caccattgtcaagct
gi|25                         :                                                                                     tAA-G--GGT--G-GG-TTACA----T-G---AAA----------------G--T---AAA---A----T---TATTTTTTTTGGC----C----ATA--A----------AAG---CTGT-----C---A---T-----TTAG-CAA--TA-TTT--T-TGG-AA-T-------tgcaatattttctgcttataatgctgtatgtttgcagtatataggaaatccag
gi|19                         :                                                                              gtcggttcactgatata--G-GG-GTCAA-A-AT-AGT-AAA----------------T--T---GAA---CTTTTG---TT---------GT----T----AAA--A----------TA----CTGT-----C---T---T-----ATAG-CAA--TA-TTT--T-AAC-AA-TATATAATC----CTGAGG-GTGGGGGTT---CAG----A-CAC-----C-CTG-------T-C-C-----CTC-----C-TTATGGATCaacatgagggagggtatggccccct
gi|32                         :                                                                                                                                                                   gatgcaaaagttttagtcaA--A----------AACG--CTGT-----C---A---T-----TAAG-TTA--TA-TTT--T-GGG-AA-T-------A----TTACGA-G---GGATG---TAG----G-ATA-----CACTG-------T-C-T-----CCA-----T-CTCTGGGTC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                   gctg--A----------AAATG-CTGT-----C---A---A-----TTGG-CAA--TA-TTT--T-AGA-AA-T-------C----C-CAGA-G---GAGTA---AAG----ATCCGTTACCT-CTG-------T-C-C-----CAA-----A-CTCTGGATCccttagtgtaaagcttgtta
gi|39                         :                                                                                                                                            atcttgaacggggtccaagaaagtactttttcaagtgtttttattt----------AAATA-CTGT-----C---A---T-----TTAG-CAT--TA-TTT--T-GGG-AA-T-------C----cgctggcacatacattatgactgtcgat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                          ----------AAATG-CTGT-----T---A---T-----TTGC-CAA--TA-TTT--T-GTG-AA-T-------C----acaaatgggtcatgatccccactcacc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                           aaatgtttatctg--CTGT-----A---A---T-----TTAG-CAA--TA-CTT--T-GAA-AA-T-------C----CTTGG--C---GGGTT---Ctcagtgagaaggtatagtgggaggagattatcacccctccaccctgcacccatctggatccgccacagcacgatagatgtattatattatacttcgat
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                       aacgTGC-----C---A---T-----TTAG-CAA--TA-TTT--T-GGG-AA-T-------C----CCATGA-G---GA--T---CAACCATA-CCT-----C-CTA-------T-C-C-----Ctggggcttttaccc
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                           TGC-----C---A---T-----TTAG-CAA--TA-TTT--C--GG-AA-T-------C----CAAGAA-C---TGGAT---CTG----A-CTG-----T-TTG-------C-C-C-----CGC-----C-GTCTTGATC
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                           TGT-----T---A---T-----TTAG--AA--TA-TTT--T-GGA-AA-T-------G----CTAGG--G---TGGTT---CAGGAGCA-CTT-----C-C---------T-C-C-----CCT-----cg
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                         ctTGT-----C---A---T-----TTAG-CAA--TA-TTT--C-TAG-AA-T-------C----T---AA-GT--GGGTT---GGA----A-CT------C-C---------T-C-C-----CCT-----ct
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                            GC-----C-------T-----TTAT-CAA--TA-GTT--C-GGG-AA-T-------CA---CT--GA-G---GGTTC---CGG----A-CC------C-CTG-------A-C-A-----TCT-----CACTCTAGATCgt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                              -----C---A---T-----CTAG-CAA--TA-TTT--T-GGGAAA-T-------C----CAT-GA-G---Gt
gi|4                          :                                                                                                                                    gcggatctagaagtttttggcaggtcgggtccaatatgattgaattgttttgtttttttgctaaacagcgtttt-----C---G---T-----TTTG-CAA--TA-TTT--T-TGA-AAGT-------TACAACTAGAA-G---GGGTC---CAGA---A-CCT-----C-CTG-------CAC-C-----CCTACCCCT-GTTTGGATCa

Unaligned ( gi|2 ): TTTTAGACGGATCAAGGATTTTTTGTCTCATGGGGTCTACCCATTGTAATGGAATTGAAAAGGTCTAAGATAGTAAAATGGAAACTGTTGTTATTGAAAACTCGATCATTTACCAATATTCCGGGATAGCCAGGTTGTGTCCAGAACCCAACGTCTCCCATGTGAATCCATCCGTGTTATGTATTGTATGCT
Unaligned ( gi|10 ): GTCAAGTGTTGACCGACCAATTGCATGCGAGCCCAAGACAATAGTAAACTTTAAACTTCAGACTGAAAATGCTGTCATGTAGCTATATTTTGGATATTCCAGTAGGGTGGGGCCCCCACCCCCGTCCCGATATTTGATATCTAAGTGATATATAGTATT
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Unaligned ( gi|20 ): CAAGAAAATAAAATTGATGTTTTACTGAAAACGCTGTCAGTTGTATTTTGGGAATTTTTGACAGCTTGGAGTCAACATCCATACATCCCTCTGAATCCGCTGGTAAATAACATGAATAACATGAATTTGTAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTTATCAAGTATGGATCTACCAATTTCAGCGGTGGGGGGGGGGGGGGGGGATGTGTCCGAGATATCAAATTTCAAACGTGTGAATGAAAATGCTGTTATTTAGCAAT
Unaligned ( gi|30 ): GATTAAATCAGTTTTAAGGTGGTGGTGAGCAAATTTCAGAAGTTGGTGACCAAGAAAGTAGAAGCTTTTTTTGCGGAAAAAAGGTGTCATTCAATAATAT
Unaligned ( gi|31 ): TCATAAGCGGATTTATGGTCAGTTGGAGGGTCCATCAATTTCAGGGTGGGTTCATATTAGTAAATTAGTCTTTACTAAACTCTGTCAGGAATACTGGGAG
Unaligned ( gi|33 ): TCCAAGGGGATTCCAAGATAGTAAACTTCAAATATGAACATGAAAATGCTGTAATTTAGTTATATTTCAGGAGTTTAAGGTGGTGGTTGTT
Unaligned ( gi|35 ): CTGAAAATGTTGTCATTTAGTAATATTCCAGGAATCTCGTAGGATTCATGACCCTTTTCCACCTATTTGGGTCTTCCAGT
Unaligned ( gi|36 ): CTGAAAATGATGCAGCTCAGCGATGTTTCCGGAGTCCCAAATGGAGTGTGGGTCCCTCTGGATCCGCCAGT
Unaligned ( gi|44 ): GATTTATGGTCAGGTTGGGTCCACCAATTTCTAGGTTGG

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Reference ( family-252 )      :                                                                   ATCCAGGATTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G-G--TCCAA---GA---T-AGT-AAA----------------A-----T---A-AA--A---N---T------A---------A-----CC----G----A--A---AA---ANT-CTG-------T-----CA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-G-------GGA-A-T--C----C---T--AG-G--A----G---G-GGT---CC-G----GA--C-C-NC--C-TG-------T--CC-----C--CT---C-----CTCTGGATC
gi|1                          :                                                                        GGGTTT-CTG-TC--AAGAG--G-G---A-CA--C----C---A---T---TT--T-CAG-A--GG---T--ATG---G-G--TCCAA---GA---T-AGT-AAA----------------A-----TTC-A-AA--G---T---T------ATG-------A-----CT----G----A--A---A-----CTGCTG-------T-----TA-------T-----TTA-GTAATA-T------GT--T-G-------GGA-A-T--C----C---C--GG-G--GTTGCG---G-TGT---TCGG----GA--C-C-ATAAT-CG-------C--CC-----CGACC---C-----ATCTGGTTC
gi|10                         :                                                                                                               ggaaagaggataggaattcataggtggatcatgg-G---A-G--CCCAA---GACAAT-AGT-AAA----------------C-----TTT-A-AA--C---T---TCA----G---------A-----CT----G----A--A---AA----TG-CTG-------T-----CA-------T-----GTA-GCTATA-T------TT--T-G-------GAT-A-T--T----CCAGT--AG-G--GT---G---G-GGC---CC-C----CA--C-C-CC--C--G-------T--CC-----C--aatttgacttgatatattatttg
gi|11                         :                                       gtcaagtgttgaccgaccaattgcatgcATCAATGATCT-TTGGTCGCAGGTC--T-ACCTG-T------------A---A---TA--T-CAG-G--GG---C--T-G---G----TCTGA---GA---T-AGT-AAA----------------AC----T---A-AA--A---A---A------A---------A-----TC----T----G--A---AA---ATG-ATG-------T-----AA-------T-----TTC-GCAATT-T------TT--C-G-------GGA-A-T--C----C---C--AC-A--AT---G---G-GGT---CC-A----G---C-C-CA--C-TG-------T--CT-----C--CC---C-----ATTTGGATCgatatttgatatctaagtgatatatagtatt
gi|12                         :                                                              ggcggATCCAAGAGTT-TTGTTC--AGGTG--G-G---GAT---C----ACC-A---A---TT--T-CA--G--GA---T----G---G-G--TCCAA---GA---T-AGT-AAACTGAATTTTTTTTTCTG-----T---A-AA--C---G---T------A---------A-----TA----T----A--AAACAA---AAT------------------A-------C-----TTA-ACAATA-T------TT--T-A-------GGA-G-T--C----C---T--AG-T--A----G---G-GGG---TT-G----GA--C-C-CC--C-TG-------T--CT-----T--GT---A-----CTCTcaccag
gi|13                         :                                                                                                                                                              gA---GA---T-AAT-AAA----------------A-----C---A-GA--A---C---T------TTTTT-----G-----CT----G----A--T---AA---CG--CTG-------C-----CA-------T-----TTA-GGAATA-CAGTGTATT--T-T-------GAA-A-T--C----T---C--AT-A--A----G---G-G--------G----AA--T-C-AC--A-TG-------T--CC-----C--CC---CCAACTCTCTGGtg
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gi|15                         :                              atcttgaacggggtccaagaaagtactttttcaagtgtttttatttTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---GGT---C----CGCCA---A---TC--T-C---G--GA---T--G-G---A----TCCAA---GA---T-AGT-GAA----------------A-----T---T-GA--A---T---T------A---------ATTTTTCT----G----A--A---AA----TG-CTG-------T-----CAGTATGCAT-----TAA-TCAATA-T------TT--T-T-------GGA-A-T--C----C---T--AA-A--A----G---A-GGT---CA-A----GA--C-A-CT--C-TA-------C--AC-----C--CT---cgctggcacatacattatgactgtcgat
gi|16                         :                                                             caaaaaATCCAAGATTT-TTGGTT--AAGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G-G--TCCAA----A---T-AGC-AAA----------------A-----T---A-AA--A---A---T------A---------A-----CC----A----A--A---AA---AAT-CTG-------C-----CA-------T-----TTA-ACAATA-T------TT--T-G-------GGA-A-T--C----C---T--TG-G--A----G---G-GGT---TC-A----GA--C-T-GC--C-TG-------T--CC-----C--CT---T-----CTCTGGATCgtc
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gi|18                         :                                                      aaatgtttatctgATTCAAGAATT-TTGGTC--AGGTG--A-G-----T---C----C---A---C---TT-----AA-G--GG---T--G-A---G----TACAC---AA---T-AGT-TAA----------------T-----T---G-AC--T---T---T------T---------TT----CC----C----T--T---AA---ACA-CTG-------T-----CA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-G-------GGA-A-C--C----C---T--AA-G--A----G---G-GTT------GAAAAGA--C-C-CC--C-TG-------T--CC-----C--aaggtatagtgggaggagattatcacccctccaccctgcacccatctggatccgccacagcacgatagatgtattatattatacttcgat
gi|19                         :                                                                                                                            g--T-CAG-G--GG---T---------------CAA---AA---T-AGT-AAA----------------T-----T---G-AA--C---T---T----------------------TT----GTTGTT--A---AA---ATA-CTG-------T-----CT-------T-----ATA-GCAATA-T------TT--T-AACAATATATA-A-T--C----C---TG-AG-GGTG----G---G-GGT---TC-A----GA--C-A-CC--C-TG-------T--CC-----C--TC---C-----TTATGGATCatg
gi|2                          :                                                   gatgcaaaagttttagATCAAGGATTT-TTTGTC--TCATG--G-G---G-T---C----T---ACCCA---TT--G-TAA-T--GGAATT--G-AAAAG-G--TCTAA---GA---T-AGT-AAA----------------A-----T---GGAA--A---C---T------GTTGTT----A-----TT----G----A--A---AA----CT-CGA-------T-----CA-------T-----TTA-CCAATA-T------TC--C-G-------GGATA-G--C----C------AG-G--T----T---G-TGT---CC-A----GAACC-C-AA--C--G-------T--CT-----C--C----C-----ATGTGAATC
gi|21                         :                                                         ttttagacggATCCAGAACT----GATC--AGGTG--G-G---GGT---T----A---ATCAG---TT--T-CAG-G--GG------------G-G--TCCAA---GA---T-AGT-AAA----------------C-----TTC-A-AC--A---T---C------T---------G-----TC----T----A--A---AA---ATG-CTG-------T-----AA-------T-----TTA-GAAATGTT------TT--T-G-------GGA-G-G--C----C------------A----G---G-GGT---CC-A----Gcatccgtgttatgtattgtatgct
gi|22                         :                                                                                   gggggcagG--G-G---G-T---C----A---CTC-A---TT--A-TAGAG--GG---T--A-C---G-G--TTTAA---GA---C-AGTTAAC----------------C-----C---C-AA--A---A---C------A---------A-----T-----G----A--ATA-GA---ATTGCTG-------T-----CA-------T-----TTA-GCAACA-C------TT--T-G-------GGA-A-TA-C----C---T-----G--A--------A-GTT---CC-C----GA--C-C-TC--C-TG-------T--CG-----C--C----C-----CTCTGtgccc
gi|23                         :                                                                            TT-CTGGTC--AGGTA--G-G---G-T---CC---ACC-A---A---TT--T-CAG-G-------T--T-G---G-G--CC-------------------A----------------G-----T---G-AA--A---G---T------A---------AG----TT----G----A--A---AG---A----TG-------T-----CA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-G-------AGA-A-T--C----A---A--AA-G--A----G---G-AGC---CC-A----AA--C-T-CC--A-TG-------TAACC-----C--TT---C-----
gi|24                         :                                                                 ataTCCAGGATTTATTAATC--AGATG--G-G---G-T---CTACCA---A---A---AT--A-AAG-G--GG---T--A-G---A-G--TCAAATCGAA---T-AGA-AAA----------------C-----T---A-AA--A---TGTTT------A---------T-----CT----G----A--A---A-----TG-CTG-------T-----TA-------T-----TTG-CCAATA-T------TT--T-G-------TGA-A-T--C----at
gi|25                         :                                                                                                                               gggAA-G--GG---T--G-G---G-T--TACAT---GA---A-AGT-AAA----------------A-----T---T-AT--T---T---TTTTT--G---------G-----CC----A----T--A---AA---AG--CTG-------T-----CA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-T-------GGA-A-TAAC----A---TG-AG-G--G----A---G-GGT---AT-G----G---C-C-CC--C-Tt
gi|26                         :                                                  gtcggttcactgatataATTTAGGATTT-TTGGTT--GGGTG--G-A---G-TT--C----G---A-------------CAG-GCAGG---G--A-A---G-G--TTTAA---TA---TGAAT-AAC----------------A-----T---A-AA--A---A---TCTT---G---------A-----CT----G----G--A---AA---ATC-CTG-------T-----CA-------T-----TTA-GTAATG-T------TT--T-G-------GAA-A-T--
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              -------T-----CA-------T-----CTA-GCAATA-T------TT--T-G-------GGA-A-A--T----C---C--AT-G--A----G---G-t
gi|29                         : gcggatctagaagtttttggcaggtcgggtccaatatgattgaattgttttgtttttttgctaaacagcgtttATTT-TAAGTC--AGGTG--G-G---A-TT--C----AGC-A---A---TT--T-CAG-A--GT---T--G-G--------TTCAA---GA---A-AGT-AAA----------------T-----T---T-GA--T---G---T------TTT-------A-----CT----G----A--A---G-----GC-CTG-------T-----CA-------T-----TCA-GCAATA-T------CT--C-G-------GGa
gi|3                          :                                                             ggattagacCAAGATAT-TTGGTT--TGGTG--G-G---A-TTCTC----A---A-------TT--T-GAG-G--A----T--G-G---A-----CCCA---GA---T-AGT-AAA----------------A-----T---T-AT--T---T---T------TTT-------A-----CT---------A--A---AA---ACG-CTG-------A-----AA-------T-----TTA-ACACTA-C------TC--T-G-------GAA-A-T--C----T---T--AG-G--A----G---G-GTT---CC-A----AA--CAC-TC--TGTG-------T--CC-----CTGCTCAAC-----CTCTGTATC
gi|30                         :                                                                                     --AGGTG--GTG---G-TGAGC----A---A---A---TT--T-CAG-A--AG---T--T-G---GTG--ACCAA---GA---A-AGT-AGA----------------AGCTTTT-------------T---T------T---------G-----CG----G----A--A---AA---AAG-GTG-------T-----CA-------T-----TCA-ATAATA-T------catcagtgccatgtatggcacatgaatattataagat
gi|31                         :                                                        gattaaatcagttttaGGATTT-ATGGTC--AGTTGGAG-G---G-TC--C----ATC-A---A---TT--T-CA--G--GG---T----G---G-G--TTCAT---AT---T-AGT-AAA----------------T-----T---A-GT--C---T---T------T---------A-----CT----------------AA---ACT-CTG-------T-----C----------------A-GGAATA---------C--T-G-------GGA-
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                    tcataagc--A---AA---ACG-CTG-------T-----CA-------T-----TAA-GTTATA-T------TT--T-G-------GGA-A-T--A----T---T--AC-G--A----G---G-GATG--TA-G----GA--T-A-CA--C-TG-------T--CT-----C--CA---T-----CTCTGGGTCg
gi|33                         :                                                                                                                                          gctg--G-G---G-GATTCCAA---GA---T-AGT-AAA----------------C-----TTC-A-AAT-A---T---G------A---------A-----CA----T----G--A---AA---ATG-CTG-------T-----AA-------T-----TTA-GTTATA-T------TT--C-A-------GGA-G-T--T----T---A--AG-G--T----G---GTGGT---ccttagtgtaaagcttgtta
gi|34                         :                                                                                                                   tccaa---TT--T-CAG-A--GG---GAAG-G---G-G--TCCAA---GA---T-AGT-AAA----------------A-----TTGCA-AT--A---T---T------T---------T-----CT----G----CTTA---TA---ATG-CTG-------T------A-------TG----TTT-GCAGTA-T------AT--A-G-------GAA-A-T--C----C---tgtt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                          t-----CT----G----A--A---AA---TGT--TG-------T-----CA-------T-----TTA-GTAATA-T------TC--C-A-------GGA-A-T-------C---T--CG-T--A----G---G-ATT---CA-T----GA--C-C--C--T-TT-------T--CC-----A--CC---T-----ATTTGGGTCag
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            TG-------C-----CA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--C---------GGA-A-T--C----C---A--AG-A--A----C---T-GGA---TC-T----GA--C-T-GT--T-TG-------C--CC-----C--GC---C-----GTCTTGATCttccagt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             -------T-----TTA-TCAATA-G------TT--C-G-------GGA-A-T--CA---C---T-----G--A----G---G-GTT---CC-G----GA--C-C--C--C-TG-------A--CA-----T--CT---CA----CTCTAGATCcg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                            gcc---AA---ATA-CTG-------T-----CA-------T-----TTA-GCATTA-T------TT--T-G-------GGA-A-T--C----A---C--A--A--A----T---G-GGT---CA-T----GA--T-C-CC--C-t
gi|4                          :                                                                                               -G---G-T---C----ACCTA---A---TT--C-TAA-G-------T--G-G---G----TCCAG---GA---T-AGT-AAA----------------A-----T---T-GATTA---T---TTTGTTGA---------A-----TGTTTAG----A--A---AATACAAT-ATGGCGAAGCT-----CG-------T-----TTT-GCAATA-T------TT--T-T-------GAA-AGT--TACAAC---T--AG-A--A----G---G-GGT---CCAG----AA--C-C-TC--C-TG-------CA-CC-----C--CTA--C-----CCCTGactcacc
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                            gtatttgatttggattTG-------T-----TA-------T-----TTA-G-AATA-T------TT--T-G-------GAA-A-T--G----C---T--AG-G--G----T---G-GTT---CA-G----GA--G-C-AC--T----------T--CC-----T--CC---C-----CTCTtttggatctgcc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 ctA---ACG-CTG-------T-----AA-------T-----TTA-GCAATA-C------TT--T-G-------AAA-A-T--C----C---T--TG-G--C----G---G-GTT---CT-G----G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            TG-------C-----CA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-G-------GGA-A-T--C----C---C--AT-G--A--------G-GATCAACC-A----TA--C-C-TC--C-TA-------T--CC-----C--ggcttttaccc
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            TG-------T-----CA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--C-T-------AGA-A-T-------C---T--AA-G--T----G---G-GTT------G----GA--A-C-TC--C----------T--CC-----C--CT---
gi|5                          :                                                                   ATCCAAGATTG-TTGGTC--AGGTG--G-G---A-T---CT---ACT-A---A---TT--T--AT-G--GG---T----G---G-A--CCCAA---GA---T-AGT-AAA----------------A-----T---G---------------------------------------------------------------CTG----------------------T-----TTA-TCTGTAGT------TT--T----------CA-A-T--A----C---C--AA-T--A----T---G-GGT---CC-G----AA--C-CTGT--C-TG-------T--CC-----C--C----A-----CTCTGTATCgt
gi|6                          :                                                         gcatacgcggATCCAGGATTT-CTGGTT--ATGTG--T-G---G-T---C----C---ACC-A---TT--TTCAT-G-------T--T-G---A-G--TGTAA---AA---T-AGA-AAA----------------ACT---T---C-AA--A---A---T----------------------CCTTTCA----G--A---AA---ACA-CTG-------T-----TA-------TATGTATTAAGCAATA-T------TT--T-G-------GGA-A-T--C----T---C--AG-G--A--------T-GGT---CC-A----TA--C-C-CC--T-TG-------T--CTCACCAC--CT---C-----CTCTAGGTCcgcaagggcaccattgactctatgacgatatttaaa
gi|7                          :                                                                                                    g-T---C----A---A---A---ATGCT-CAG-A--G----T--G-G---------CCAA---AT---T-AGT-AAA----------------A-----T---T-AT--T---T---T------ATTTCTTTTTA-----CT----G----A--A---AA---GGT--TG-------T-----CA-------T-----TCA-GCATTA-T------TTAGTAG-------GGA-A-T--C----T---T--GG-G--A----G---G-AGT---CT-G----GA--T-G-CC--C-TGATCATCAC--CA-----C--CC---C-----CTCCGGATCagcca
gi|8                          :                                                     tgggtccttcaattATCCAGGATTT-TTGATT--GGGTG--G-G---G-T---C----C---T---CCTTTC--T-CAGTG--GG---A--T-G---G-A--TCTAA---GA---T-AAT-GAGC---------------A-----T---C-AA--ATCTT---T------T---------G-----CT----G-------A---AA---ATA-CTG-------T-----TA-------A-----TAA-GT--TA-T------TT--T-G-------AGA-A-T--G----A---C--AG-T--A----G---G-GGT---Ccaccattgtcaagct
gi|9                          :                                                              ggcagATCTAGGATTT-CGGGTC--ACATGT-G-G---G-C---C----A---C---C---CTCTT-CAG-G--AA---C--A-G--------TCCAA---CA---T-AGA-AAA----------------C-----TTCCA-AA--T---T---T------A---------G-----AT----G----A--A---AA---TAT-ATG-------TACTTTCA-------A-----TCA-ACAATA-T------TT--T-G-------GCA-A-C--C----C---C--AA-G--T----A---G-GAT---CC-A----GA--TGC-TC--T-TG-------G--GG-----C--AT---CA----CTCTGAATCggtgtcagtccagaacccctttttctcccacctgat

Unaligned ( gi|20 ): CAAGAAAATAAAATTGATGTTTTACTGAAAACGCTGTCAGTTGTATTTTGGGAATTTTTGACAGCTTGGAGTCAACATCCATACATCCCTCTGAATCCGCTGGTAAATAACATGAATAACATGAATTTGTAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTTATCAAGTATGGATCTACCAATTTCAGCGGTGGGGGGGGGGGGGGGGGATGTGTCCGAGATATCAAATTTCAAACGTGTGAATGAAAATGCTGTTATTTAGCAAT
Unaligned ( gi|36 ): CTGAAAATGATGCAGCTCAGCGATGTTTCCGGAGTCCCAAATGGAGTGTGGGTCCCTCTGGATCCGCCAGT
Unaligned ( gi|44 ): GATTTATGGTCAGGTTGGGTCCACCAATTTCTAGGTTGG

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Reference ( family-252 )      :                             ATCCAGGATTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--N--A----A-----A----T----------TN-------A-----C-C-G-A----A--------AA---AC-G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AG-G--A----G---G-G----------GT---CC-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--C-------C-----C---TCTGGATC
gi|1                          :                                  GGGTTT-CTG-TC--AAGAG--G-G---A-CA--C----C---A---T---TT--T-CAG-A--GG---T--ATG---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--TCAA----A-----G----T----------TATG-----A-----C-T-G-A----A--------A-----CTG--C----TG-------TTA-------T-----TTA-GTAATA-T------GT--T-GGGAA-T------C----CC--GG-G--GTTGCG---G-T----------GT---TCGG----GACCA-TAATC--G-------C--C-C-----CGAC--C-------C-----A---TCTGGTTC
gi|10                         :                                                                         ggaaagaggataggaattcataggtggatcatgg-G---A----G--CCCAA---GACAAT-AGT-------A-------AA-C----T--TT-A----A-----A----C----------TTCAG----A-----C-T-G-A----A--------AA----T-G--C----TG-------TCA-------T-----GTA-GCTATA-T------TT--T-GGATA-T------T----CC--AG-T--AGGGTG---G-G----------GC---CC-C----CACCC-C--C---G-------T--C-C-----C--aatttgacttgatatattatttg
gi|11                         : gtcaagtgttgaccgaccaattgcatgcATCAATGATCT-TTGGTCGCAGGTC--T-ACCTG-T------------A---A---TA--T-CAG-G--GG---C--T-G---G-------TCTGA---GA---T-AGT-------A-------AA-AC---T--A--A----A-----A----A----------AA-------A-----T-C-T-G----A--------AA---AT-G--A----TG-------TAA-------T-----TTC-GCAATT-T------TT--C-GGGAA-T------C----CC--AC-A--AT---G---G-G----------GT---CC-A----G-CCC-A--CT--G-------T--C-T-----C--C--C-------C-----A---TTTGGATCgatatttgatatctaagtgatatatagtatt
gi|12                         :                        ggcggATCCAAGAGTT-TTGTTC--AGGTG--G-G---GAT---C----ACC-A---A---TT--T-CA--G--GA---T----G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-C----T--G--A----A-----T----TTTTTTTTCTGTA-------A-----A-C-GTAATATA--------AA---AC-A--A----AA-------T-A-------C-----TTA-ACAATA-T------TT--T-AGGAG-T------C----CT--AG-T--A----G---G-G----------GG---TT-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-caccag
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gi|19                         :                                                                                      g--T-CAG-G--GG---T------------------CAA---AA---T-AGT-------A-------AA-T----T--G--A----A-----C----T----------TTT------G-----T-T-G-TT---A--------AA---AT-A--C----TG-------TCT-------T-----ATA-GCAATA-T------TT--T-AACAA-TATATAAT----CCTGAG-GGTG----G---G-G----------GT---TC-A----GACAC-C--CT--G-------T--C-C-----C--T--C-------C-----T---TATGGATCatg
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gi|26                         :            gtcggttcactgatataATTTAGGATTT-TTGGTT--GGGTG--G-A---G-TT--C----G---A-------------CAG-GCAGG---G--A-A---G----G--TTTAA---TA---TGAAT-------A-------AC-A----T--A--A----A-----AATC-T----------TG-------A-----C-T-G-G----A--------AA---AT-C--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GTAATG-T------TT--T-GGAAA-T------
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gi|29                         :                          gcggatctagATTT-TAAGTC--AGGTG--G-G---A-TT--C----AGC-A---A---TT--T-CAG-A--GT---T--G-G-----------TTCAA---GA---A-AGT-------A-------AA-T----T--T--G----A-----TGT--T----------TT-------A-----C-T-G-A----A--------GG----C----C----TG-------TCA-------T-----TCA-GCAATA-T------CT--C-GGGa
gi|3                          :                       ggattagacCAAGATAT-TTGGTT--TGGTG--G-G---A-TTCTC----A---A-------TT--T-GAG-G--A----T--G-G---A--------CCCA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--A----T-----T----T----------TTTT-----A-----C-T---A----A--------AA---AC-G--C----TG-------AAA-------T-----TTA-ACACTA-C------TC--T-GGAAA-T------C----TT--AG-G--A----G---G-G----------TT---CC-A----AACAC-T--CT--G-------T--G-T-----C--C--CTGCTCAAC-----C---TCTGTATC
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gi|31                         :                  gattaaatcagttttaGGATTT-ATGGTC--AGTTGGAG-G---G-TC--C----ATC-A---A---TT--T-CA--G--GG---T----G---G----G--TTCAT---AT---T-AGT-------A-------AA-T----T--A--G----T-----C----T----------TT-------A-----C-T-----------------AA---AC-T--C----TG-------TC----------------A-GGAATA---------C--T-GGGA
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gi|33                         :                                                                                                    gctg--G-G---G----GATTCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-CT---T--C--A----A-----A----TA---------TG-------A-----A-C-ATG----A--------AA---AT-G--C----TG-------TAA-------T-----TTA-GTTATA-T------TT--C-AGGAG-T------T----TA--AG-G--T----G---GTG----------GT---ccttagtgtaaagcttgtta
gi|34                         :                                                                             tccaa---TT--T-CAG-A--GG---GAAG-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----TTGC--A----AT----A----T----------TT-------T-----C-T-G-CTT--A--------TA---AT-G--C----TG-------T-A-------TG----TTT-GCAGTA-T------AT--A-GGAAA-T------C----Ctgtt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                       t----A--------AA---AT-G--T----TG-------TCA-------T-----TTA-GTAATA-T------TC--C-AGGAA-T------C----TC---G-T--A----G---G-A----------TT---CA-T----GACCC-T--TT----------T--C-C-----A--C--C-------T-----A---TTTGGGTCag
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                              ctg----TG-------CCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--C--GGAA-T------C----CA--AG-A--A----C---T-G----------GA---TC-T----GACTG-T--TT--G-------C--C-C-----C--G--C-------C-----G---TCTTGATCttccagt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 -------T-----TTA-TCAATA-G------TT--C-GGGAA-T------C----AC---T-G--A----G---G-G----------TT---CC-G----GA-CC-C--CT--G-------A--CAT-----C--T--C-------A-----C---TCTAGATCcg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                          gcc--------AA---AT-A--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCATTA-T------TT--T-GGGAA-T------C----AC--A--A--A----T---G-G----------GT---CA-T----GATCC-C--Ct
gi|4                          :                                                         -G---G-T---C----ACCTA---A---TT--C-TAA-G-------T--G-G---G-------TCCAG---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--G----ATT---A----T----------TTT------G-----T-T-G-A----ATGTTTAGAAA---AT-A--CAATATGGCGAAGCTCG-------T-----TTT-GCAATA-T------TT--T-TGAAAGT------TACAACT--AG-A--A----G---G-G----------GT---CCAG----AACCT-C--CT--G-------CA-C-C-----C--CTAC-------C-----CCTGTTTGGATCactcacc
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                 gtatttgatttggatt----TG-------TTA-------T-----TTA-G-AATA-T------TT--T-GGAAA-T------G----CT--AG-G--G----T---G-G----------TT---CA-G----GAGCA-C--T-----------T--C-C-----T--C--C-------C-----C---TCTtgcc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                    ctA---AC-G--C----TG-------TAA-------T-----TTA-GCAATA-C------TT--T-GAAAA-T------C----CT--TG-G--C----G---G-G----------TT---CT-G----G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                 ----TG-------CCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AT-G--A--------G-G----------ATCAACC-A----TACCT-C--CT--A-------T--C-C-----C--ggcttttaccc
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                 ----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--C-TAGAA-T------C----TA--AG---------T---G-G----------GT---TG-G----AACTC-C--------------T--C-C-----C--C--
gi|5                          :                             ATCCAAGATTG-TTGGTC--AGGTG--G-G---A-T---CT---ACT-A---A---TT--T--AT-G--GG---T----G---G----A--CCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T---------------------------------------------------------------------------G--C----TG-----------------T-----TTA-TCTGTAGT------TT--T---CAA-T------A----CC--AA-T--A----T---G-G----------GT---CC-G----AACCTGT--CT--G-------T----C-----C--C--C-------A-----C---TCTGTATCtgt
gi|6                          :                   gcatacgcggATCCAGGATTT-CTGGTT--ATGTG--T-G---G-T---C----C---ACC-A---TT--TTCAT-G-------T--T-G---A----G--TGTAA---AA---T-AGA-------A-------AA-ACT--T--C--A----A-----AATCCT----------TT---------------C-A-G----A--------AA---AC-A--C----TG-------TTA-------TATGTATTAAGCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----TC--AG-G--A--------T-G----------GT---CC-A----TACCC-C--TT--G-------T--C-TCACCAC--C--T-------C-----C---TCTAGGTCcgcaagggcaccattgactctatgacgatatttaaa
gi|7                          :                                                              g-T---C----A---A---A---ATGCT-CAG-A--G----T--G-G------------CCAA---AT---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--ATTTTATTTCTT----T----------TT-------A-----C-T-G-A----A--------AA---G--G--T----TG-------TCA-------T-----TCA-GCATTA-T------TTAGTAGGGAA-T------C----TT--GG-G--A----G---G-A----------GT---CT-G----GATGC-C--CT--GATCATCAC--C-A-----C--C--C-------C-----C---TCCGGATCagcca
gi|8                          :               tgggtccttcaattATCCAGGATTT-TTGATT--GGGTG--G-G---G-T---C----C---T---CCTTTC--T-CAGTG--GG---A--T-G---G----A--TCTAA---GA---T-AAT-------G-------AGCA----T--C--A----A-----ATCT-T----------TT-------G-----C-T-G------A--------AA---AT-A--C----TG-------TTA-------A-----TAA-GT--TA-T------TT--T-GAGAA-T------G----AC--AG-T--A----G---G-GGTCGGTGTCAGT---CC-A----GAACC-C--CT--T-------T--T-T-----C--T--C-------C-----C---caccattgtcaagct
gi|9                          :                        ggcagATCTAGGATTT-CGGGTC--ACATGT-G-G---G-C---C----A---C---C---CTCTT-CAG-G--AA---C--A-G-----------TCCAA---CA---T-AGA-------A-------AA-C----T--TCCA----A-----A----T----------TT-------A-----GAT-G-A----A--------AATATAT-GTAC----TT-------TCA-------A-----TCA-ACAATA-T------TT--T-GGCAA-C------C----CC--AA-G--T----A---G-G----------AT---CC-A----GATGC-T--CTTGG-------G--G-C-----A--T--C-------A-----C---TCTGAATCacctgat

Unaligned ( gi|36 ): CTGAAAATGATGCAGCTCAGCGATGTTTCCGGAGTCCCAAATGGAGTGTGGGTCCCTCTGGATCCGCCAGT
Unaligned ( gi|44 ): GATTTATGGTCAGGTTGGGTCCACCAATTTCTAGGTTGG

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lowQualScore                  :                                        2      99     88 9 333 5 77777777777777777777  44 6   0 222222222222222222222222     222  222 2   1111111 1111111  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  999999 55 1111  2222222   1111111 33333   0      0 888888  44 0     1 000000 4444  22  0000 66666666 2 5555555555  444  555555     4 88  00 8888888 55 5 88888 11 44 6666666666666 555        
consensus                     :                             ATCCAGGATTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--N--A----A-----A-----T--T-------T----------A-----C---C-G-A----A--------AA---AC-G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AG-G--A----G---G-G----------GT---CC-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--C-------C-----C---TCTGGATC
Reference ( family-252 )      :                             ATCCAGGATTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--N--A----A-----A-----T--T-------T----------A-----C---C-G-A----A--------AA---AC-G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AG-G--A----G---G-G----------GT---CC-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--C-------C-----C---TCTGGATC
gi|1                          :                                  GGGTTT-CTG-TC--AAGAG--G-G---A-CA--C----C---A---T---TT--T-CAG-A--GG---T--ATG---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--TC-A----A-----A-----G--T-------T----------A-----T-----G-ACT--G--------AA---ACTG--C----TG-------TTA-------T-----TTA-GTAATA-T------GT--T-GGGAA-T------C----CC--GG-G--GTTGCG---G-T----------GT---TCGG----GACCA-TAATC--G-------C--C-C-----CGAC--C-------C-----A---TCTGGTTC
gi|10                         :                                                                         ggaaagaggataggaattcataggtggatcatgg-G---A----G--CCCAA---GACAAT-AGT-------A-------AA-C----T--TT-A----A-----A-----C--T-------TCAG-------A-----C---T-G-A----A--------AA----T-G--C----TG-------TCA-------T-----GTA-GCTATA-T------TT--T-GGATA-T------T----CC--AG-T--AGGGTG---G-G----------GC---CC-C----CACCC-C--C---G-------T--C-C-----C--aatttgacttgatatattatttg
gi|11                         : gtcaagtgttgaccgaccaattgcatgcATCAATGATCT-TTGGTCGCAGGTC--T-ACCTG-T------------A---A---TA--T-CAG-G--GG---C--T-G---G-------TCTGA---GA---T-AGT-------A-------AA-AC---T--A--A----A-----A-----A--A-------A----------A-----T---C-T-G----A--------AA---AT-G--A----TG-------TAA-------T-----TTC-GCAATT-T------TT--C-GGGAA-T------C----CC--AC-A--AT---G---G-G----------GT---CC-A----G-CCC-A--CT--G-------T--C-T-----C--C--C-------C-----A---TTTGGATCgatatttgatatctaagtgatatatagtatt
gi|12                         :                        ggcggATCCAAGAGTT-TTGTTC--AGGTG--G-G---GAT---C----ACC-A---A---TT--T-CA--G--GA---T----G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-C----T--G--A----A-----T-----T--T-------TTTTTTCTGTAA-----A---C-GTAATATA--------AA---AC-A--A----AA-------T-A-------C-----TTA-ACAATA-T------TT--T-AGGAG-T------C----CT--AG-T--A----G---G-G----------GG---TT-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-caccag
gi|13                         :                                                                                                                           gA---GA---T-AAT-------A-------AA-A----C--A--G----A-----ACTTT-T--T-------T----------G-----C---T-G-A----T--------AA----C-G--C----TG-------CCA-------T-----TTA-GGAATA-CAGTGTATT--T-TGAAA-T------C----TC--AT-A--A----G---G-G------------------G----AATCA-C--AT--G-------T--C-C-----C--C--C-------CCAACTC---TCTGGttgtactcttg
gi|14                         :                                                                                             aggattggttt--G-G---G----G--TCCAA---GA---A-AGT-------ACTTTTTCAA-G----T--G--T----T-----------T--T-------T----------A-----T---T-T-A----A--------AA----T-G--C----TG-------TCA-------A-----TTG-GCAATA-T------TT--T-AGAAA-T------C----CCAGAG-G--A----GTAAA-G----------AT---CC-G----TTACC-T--CT--G-------T--C-C-----C--A--A-------A-----C---TCTGGATCcactaacagtgtcattaataaatatgtgaatatttggaaacta
gi|15                         :                             atcttgaacTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---GGT---C----CGCCA---A---TC--T-C---G--GA---T--G-G---A-------TCCAA---GA---T-AGT-------G-------AA-A----T--T--G----A-----A-----T--T-------A----------ATTTTTC---T-G-A----A--------AA----T-G--C----TG-------TCAGTATGCAT-----TAA-TCAATA-T------TT--T-TGGAA-T------C----CT--AA-A--A----G---A-G----------GT---CA-A----GACAC-T--CT--A-------C--A-C-----C--C--cgctggcacatacattatgactgtcgat
gi|16                         :                       caaaaaATCCAAGATTT-TTGGTT--AAGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G----G--TCCAA----A---T-AGC-------A-------AA-A----T--A--A----A-----A-----A--T-------A----------A-----C---C-A-A----A--------AA---AA-T--C----TG-------CCA-------T-----TTA-ACAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CT--TG-G--A----G---G-G----------GT---TC-A----GACTG-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--T-------T-----C---TCTGGATCtgtc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                  --------AA---AT-G--C----TG-------TTA-------T-----TTG-CCAATA-T------TT--T-GTGAA-T------C----TC--AGTG--A----G---
gi|18                         :                aaatgtttatctgATTCAAGAATT-TTGGTC--AGGTG--A-G-----T---C----C---A---C---TT-----AA-G--GG---T--G-A---G-------TACAC---AA---T-AGT-------T-------AA-T----T--G--A----C-----T-----T--T-------T----------TT----C---C-C-T----T--------AA---AC-A--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-C------C----CT--AA-G--A----G---G-G----------TT------GAAAAGACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--aaggtatagtgggaggagattatcacccctccaccctgcacccatctggatccgccacagcacgatagatgtattatattatacttcgat
gi|19                         :                                                                                      g--T-CAG-G--GG---T------------------CAA---AA---T-AGT-------A-------AA-T----T--G--A----A-----C-----T--T-------TT---------G-----T---T-G-TT---A--------AA---AT-A--C----TG-------TCT-------T-----ATA-GCAATA-T------TT--T-AACAA-TATATAAT----CCTGAG-GGTG----G---G-G----------GT---TC-A----GACAC-C--CT--G-------T--C-C-----C--T--C-------C-----T---TATGGATCatg
gi|2                          :             gatgcaaaagttttagATCAAGGATTT-TTTGTC--TCATG--G-G---G-T---C----T---ACCCA---TT--G-TAA-T--GGAATT--G-AAAAG----G--TCTAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--G--G----A-----AACTGTTG-T-------T----------A-----T---T-G-A----A--------AA----C-T--C----GA-------TCA-------T-----TTA-CCAATA-T------TC--C-GGGAT-A------G----CC--AG-G--T----T---G-T----------GT---CC-A----GAACC-CAAC---G-------T--C-T-----C--C--C-------
gi|20                         :                                                                                                                ttttagacggCAA---GA---A-AAT-------A-------AA-A----T--T--G----A-----TGT---T--T-------T----------A-----C---T-G-A----A--------AA----C-G--C----TG-------TCA-------G-----TT-----GTA-T------TT--T-GGGAA-T------atgtgaatccatccgtgttatgtattgtatgct
gi|21                         :                             ATCCAGAACT----GATC--AGGTG--G-G---GGT---T----A---ATCAG---TT--T-CAG-G--GG------------G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-CT---T--C--A----AC----A-----T--C-------T----------G-----T---C-T-A----A--------AA---AT-G--C----TG-------TAA-------T-----TTA-GAAATGTT------TT--T-GGGAG-G------C----C---------A----G---G-G----------GT---CC-A----Gttttgacagcttggagtcaacatccatacatccctctgaatccgctggtaaataacatgaataacatgaatttgtat
gi|22                         :                                             gggggcagG--G-G---G-T---C----A---CTC-A---TT--A-TAGAG--GG---T--A-C---G----G--TTTAA---GA---C-AGTTAACCCCA-------AA-A----C--A--ATG--A-----A-----T-----------------------------------A----G--------AA---TT-G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAACA-C------TT--T-GGGAA-T------A----CC--TG-A--A----------G----------TT---CC-C----GACCT-C--CT--G-------T----C-----G--C--C-------C-----C---TCTGtgccc
gi|23                         :                                      TT-CTGGTC--AGGTA--G-G---G-T---CC---ACC-A---A---TT--T-CAG-G-------T--T-G---G----G--CC-------------AGT-------G-------AA-A----G--T--A----A-----G-----T--T------------------------------G-A----A--------AG---A----------TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GAGAA-T------C----AA--AA-G--A----G---G-A----------GC---CC-A----AACTC-C--AT--G-------TAAC-C-----C--T--T-------C-----C---
gi|24                         :                           ataTCCAGGATTTATTAATC--AGATG--G-G---G-T---CTACCA---A---A---AT--A-AAG-G--GG---T--A-G---A----G--TCAAATCGAA---T-AGA-------A-------AA-C----T--A--A----A-----A-----TGTT-------T----------A-----T---CTG-A----A--------A-----T-G--C----TG-------TTA-------T-----TTG-CCAATA-T------TT--T-GTGAA-T------C----at
gi|25                         :                                                                                         gggAA-G--GG---T--G-G---G----T--TACAT---GA---A-AGT-------A-------AA-A----T--T--A----T-----T-----T--T-------TTTTG------G-----C---C-A-T----A--------AA---A--G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-TGGAA-T------A----AC--AT-G--A----GGGAG-G----------GT---AT-G----G-CCC-C--CT--t
gi|26                         :            gtcggttcactgatataATTTAGGATTT-TTGGTT--GGGTG--G-A---G-TT--C----G---A-------------CAG-GCAGG---G--A-A---G----G--TTTAA---TA---TGAAT-------A-------AC-A----T--A--A----A-----AATC--T--T-------G----------A-----C---T-G-G----A--------AA---AT-C--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GTAATG-T------TT--T-GGAAA-T------
gi|27                         :                                                                                             G-G--GG---G--G-G---GATGTG--TCCGA---GA---T-A-------------------------T--C--A----A-----A-----T--T-------TCAA-------A-----CGTGT-G-A----ATGA-----AA---AT-G--C----TG-------TTA-------T-----TTA-GCAATt
gi|28                         :                          ttttatcaagtatggatctaccaatttcagcggtggggggggg----A---A---G---TT--T-TTG-GCAGG---T--C-G---G----G--TCCAA---TA---T-GAT-------T-------GA-A----T--T--G----T-----T-----T--TGTTTTTTT----------G-----C---T-A-A----A--------CA---GC-G--T----TT-------TCA-------T-----CTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-A------T----CC--AT-G--A----G---G-
gi|29                         :                          gcggatctagATTT-TAAGTC--AGGTG--G-G---A-TT--C----AGC-A---A---TT--T-CAG-A--GT---T--G-G-----------TTCAA---GA---A-AGT-------A-------AA-T----T--T--G----A-----TGT---T--T-------T----------A-----C---T-G-A----A--------GG----C----C----TG-------TCA-------T-----TCA-GCAATA-T------CT--C-GGGa
gi|3                          :                       ggattagacCAAGATAT-TTGGTT--TGGTG--G-G---A-TTCTC----A---A-------TT--T-GAG-G--A----T--G-G---A--------CCCA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--A----T-----T-----T--T-------TTT--------A-----C---T---A----A--------AA---AC-G--C----TG-------AAA-------T-----TTA-ACACTA-C------TC--T-GGAAA-T------C----TT--AG-G--A----G---G-G----------TT---CC-A----AACAC-T--CT--G-------T--G-T-----C--C--CTGCTCAAC-----C---TCTGTATC
gi|30                         :                                               --AGGTG--GTG---G-TGAGC----A---A---A---TT--T-CAG-A--AG---T--T-G---GT---G--ACCAA---GA---A-AGT-------A-------GA-AGCTTT--T-------------------T--T-------T----------G-----C---G-G-A----A--------AA---AA-G--G----TG-------TCA-------T-----TCA-ATAATA-T------catcagtgccatgtatggcacatgaatattataagat
gi|31                         :                  gattaaatcagttttaGGATTT-ATGGTC--AGTTGGAG-G---G-TC--C----ATC-A---A---TT--T-CA--G--GG---T----G---G----G--TTCAT---AT---T-AGT-------A-------AA-T----T--A--G----T-----C-----T--T-------T----------A-----C---T-----------------AA---AC-T--C----TG-------TC----------------A-GGAATA---------C--T-GGGA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                     tcataagc----A--------AA---AC-G--C----TG-------TCA-------T-----TAA-GTTATA-T------TT--T-GGGAA-T------A----TT--AC-G--A----G---G-G----------ATG--TA-G----GATAC-A--CT--G-------T--C-T-----C--C--A-------T-----C---TCTGGGTCg
gi|33                         :                                                                                                    gctg--G-G---G----GATTCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-CT---T--C--A----A-----A-----T--A-------TGA--------A-----C---A-T-G----A--------AA---AT-G--C----TG-------TAA-------T-----TTA-GTTATA-T------TT--C-AGGAG-T------T----TA--AG-G--T----G---GTG----------GT---ccttagtgtaaagcttgtta
gi|34                         :                                                                             tccaa---TT--T-CAG-A--GG---GAAG-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----TTGC--A----AT----A-----T--T-------T----------T-----C---T-G-CTT--A--------TA---AT-G--C----TG-------T-A-------TG----TTT-GCAGTA-T------AT--A-GGAAA-T------C----Ctgtt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                            t----A--------AA---AT-G--T----TG-------TCA-------T-----TTA-GTAATA-T------TC--C-AGGAA-T------C----TC---G-T--A----G---G-A----------TT---CA-T----GACCC-T--TT----------T--C-C-----A--C--C-------T-----A---TTTGGGTCag
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                   ctg----TG-------CCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--C--GGAA-T------C----CA--AG-A--A----C---T-G----------GA---TC-T----GACTG-T--TT--G-------C--C-C-----C--G--C-------C-----G---TCTTGATCttccagt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      -------T-----TTA-TCAATA-G------TT--C-GGGAA-T------C----AC---T-G--A----G---G-G----------TT---CC-G----GA-CC-C--CT--G-------A--CAT-----C--T--C-------A-----C---TCTAGATCcg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                               gcc--------AA---AT-A--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCATTA-T------TT--T-GGGAA-T------C----AC--A--A--A----T---G-G----------GT---CA-T----GATCC-C--Ct
gi|4                          :                                                         -G---G-T---C----ACCTA---A---TT--C-TAA-G-------T--G-G---G-------TCCAG---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--G----ATT---A-----T--T-------TT---------G-----T---T-G-A----ATGTTTAGAAA---AT-A--CAATATGGCGAAGCTCG-------T-----TTT-GCAATA-T------TT--T-TGAAAGT------TACAACT--AG-A--A----G---G-G----------GT---CCAG----AACCT-C--CT--G-------CA-C-C-----C--CTAC-------C-----CCTGTTTGGATCactcacc
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                      gtatttgatttggatt----TG-------TTA-------T-----TTA-G-AATA-T------TT--T-GGAAA-T------G----CT--AG-G--G----T---G-G----------TT---CA-G----GAGCA-C--T-----------T--C-C-----T--C--C-------C-----C---TCTtgcc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                         ctA---AC-G--C----TG-------TAA-------T-----TTA-GCAATA-C------TT--T-GAAAA-T------C----CT--TG-G--C----G---G-G----------TT---CT-G----G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                      ----TG-------CCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AT-G--A--------G-G----------ATCAACC-A----TACCT-C--CT--A-------T--C-C-----C--ggcttttaccc
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                      ----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--C-TAGAA-T------C----TA--AG---------T---G-G----------GT---TG-G----AACTC-C--------------T--C-C-----C--C--
gi|5                          :                             ATCCAAGATTG-TTGGTC--AGGTG--G-G---A-T---CT---ACT-A---A---TT--T--AT-G--GG---T----G---G----A--CCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--------------------------------------------------------------------------------G--C----TG-----------------T-----TTA-TCTGTAGT------TT--T---CAA-T------A----CC--AA-T--A----T---G-G----------GT---CC-G----AACCTGT--CT--G-------T----C-----C--C--C-------A-----C---TCTGTATCtgt
gi|6                          :                   gcatacgcggATCCAGGATTT-CTGGTT--ATGTG--T-G---G-T---C----C---ACC-A---TT--TTCAT-G-------T--T-G---A----G--TGTAA---AA---T-AGA-------A-------AA-ACT--T--C--A----A-----AATCC-T--T-------T--------------------C-A-G----A--------AA---AC-A--C----TG-------TTA-------TATGTATTAAGCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----TC--AG-G--A--------T-G----------GT---CC-A----TACCC-C--TT--G-------T--C-TCACCAC--C--T-------C-----C---TCTAGGTCcgcaagggcaccattgactctatgacgatatttaaa
gi|7                          :                                                              g-T---C----A---A---A---ATGCT-CAG-A--G----T--G-G------------CCAA---AT---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--ATTTTATTTCTT-----T--T-------T----------A-----C---T-G-A----A--------AA---G--G--T----TG-------TCA-------T-----TCA-GCATTA-T------TTAGTAGGGAA-T------C----TT--GG-G--A----G---G-A----------GT---CT-G----GATGC-C--CT--GATCATCAC--C-A-----C--C--C-------C-----C---TCCGGATCagcca
gi|8                          :               tgggtccttcaattATCCAGGATTT-TTGATT--GGGTG--G-G---G-T---C----C---T---CCTTTC--T-CAGTG--GG---A--T-G---G----A--TCTAA---GA---T-AAT-------G-------AGCA----T--C--A----A-----ATCT--T--T-------T----------G-----C---T-G------A--------AA---AT-A--C----TG-------TTA-------A-----TAA-GT--TA-T------TT--T-GAGAA-T------G----AC--AG-T--A----G---G-GGTCGGTGTCAGT---CC-A----GAACC-C--CT--T-------T--T-T-----C--T--C-------C-----C---caccattgtcaagct
gi|9                          :                        ggcagATCTAGGATTT-CGGGTC--ACATGT-G-G---G-C---C----A---C---C---CTCTT-CAG-G--AA---C--A-G-----------TCCAA---CA---T-AGA-------A-------AA-C----T--TCCA----A-----A-----T--T-------T----------A-----GA--T-G-A----A--------AATATAT-GTAC----TT-------TCA-------A-----TCA-ACAATA-T------TT--T-GGCAA-C------C----CC--AA-G--T----A---G-G----------AT---CC-A----GATGC-T--CTTGG-------G--G-C-----A--T--C-------A-----C---TCTGAATCacctgat

Unaligned ( gi|36 ): CTGAAAATGATGCAGCTCAGCGATGTTTCCGGAGTCCCAAATGGAGTGTGGGTCCCTCTGGATCCGCCAGT
Unaligned ( gi|44 ): GATTTATGGTCAGGTTGGGTCCACCAATTTCTAGGTTGG

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lowQualScore                  :                                        .      ..     .. . ... . ....................  .. .   . ........................     ...  ... .   ....... .......  ...............................................................................  ...... .. ....  .......   ....... .....   .      . ......  .. .     . ...... ....  ..  .... ........ . ..........  ...  ......     . ..  .. ....... .. . ..... .. .. ............. ...        
lowQualScore                  :                                        2      99     88 9 333 5 77777777777777777777  44 6   0 222222222222222222222222     222  222 2   1111111 1111111  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  999999 55 1111  2222222   1111111 33333   0      0 888888  44 0     1 000000 4444  22  0000 66666666 2 5555555555  444  555555     4 88  00 8888888 55 5 88888 11 44 6666666666666 555        
consensus                     :                             ATCCAGGATTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--N--A----A-----A-----T--T-------T----------A-----C---C-G-A----A--------AA---AC-G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AG-G--A----G---G-G----------GT---CC-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--C-------C-----C---TCTGGATC
Reference ( family-252 )      :                             ATCCAGGATTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--N--A----A-----A-----T--T-------T----------A-----C---C-G-A----A--------AA---AC-G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AG-G--A----G---G-G----------GT---CC-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--C-------C-----C---TCTGGATC
gi|1                          :                                  GGGTTT-CTG-TC--AAGAG--G-G---A-CA--C----C---A---T---TT--T-CAG-A--GG---T--ATG---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--TC-A----A-----A-----G--T-------T----------A-----T-----G-ACT--G--------AA---ACTG--C----TG-------TTA-------T-----TTA-GTAATA-T------GT--T-GGGAA-T------C----CC--GG-G--GTTGCG---G-T----------GT---TCGG----GACCA-TAATC--G-------C--C-C-----CGAC--C-------C-----A---TCTGGTTC
gi|10                         :                                                                         ggaaagaggataggaattcataggtggatcatgg-G---A----G--CCCAA---GACAAT-AGT-------A-------AA-C----T--TT-A----A-----A-----C--T-------TCAG-------A-----C---T-G-A----A--------AA----T-G--C----TG-------TCA-------T-----GTA-GCTATA-T------TT--T-GGATA-T------T----CC--AG-T--AGGGTG---G-G----------GC---CC-C----CACCC-C--C---G-------T--C-C-----C--aatttgacttgatatattatttg
gi|11                         : gtcaagtgttgaccgaccaattgcatgcATCAATGATCT-TTGGTCGCAGGTC--T-ACCTG-T------------A---A---TA--T-CAG-G--GG---C--T-G---G-------TCTGA---GA---T-AGT-------A-------AA-AC---T--A--A----A-----A-----A--A-------A----------A-----T---C-T-G----A--------AA---AT-G--A----TG-------TAA-------T-----TTC-GCAATT-T------TT--C-GGGAA-T------C----CC--AC-A--AT---G---G-G----------GT---CC-A----G-CCC-A--CT--G-------T--C-T-----C--C--C-------C-----A---TTTGGATCgatatttgatatctaagtgatatatagtatt
gi|12                         :                        ggcggATCCAAGAGTT-TTGTTC--AGGTG--G-G---GAT---C----ACC-A---A---TT--T-CA--G--GA---T----G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-C----T--G--A----A-----T-----T--T-------TTTTTTCTGTAA-----A---C-GTAATATA--------AA---AC-A--A----AA-------T-A-------C-----TTA-ACAATA-T------TT--T-AGGAG-T------C----CT--AG-T--A----G---G-G----------GG---TT-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-caccag
gi|13                         :                                                                                                                           gA---GA---T-AAT-------A-------AA-A----C--A--G----A-----ACTTT-T--T-------T----------G-----C---T-G-A----T--------AA----C-G--C----TG-------CCA-------T-----TTA-GGAATA-CAGTGTATT--T-TGAAA-T------C----TC--AT-A--A----G---G-G------------------G----AATCA-C--AT--G-------T--C-C-----C--C--C-------CCAACTC---TCTGGttgtactcttg
gi|14                         :                                                                                             aggattggttt--G-G---G----G--TCCAA---GA---A-AGT-------ACTTTTTCAA-G----T--G--T----T-----------T--T-------T----------A-----T---T-T-A----A--------AA----T-G--C----TG-------TCA-------A-----TTG-GCAATA-T------TT--T-AGAAA-T------C----CCAGAG-G--A----GTAAA-G----------AT---CC-G----TTACC-T--CT--G-------T--C-C-----C--A--A-------A-----C---TCTGGATCcactaacagtgtcattaataaatatgtgaatatttggaaacta
gi|15                         :                             atcttgaacTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---GGT---C----CGCCA---A---TC--T-C---G--GA---T--G-G---A-------TCCAA---GA---T-AGT-------G-------AA-A----T--T--G----A-----A-----T--T-------A----------ATTTTTC---T-G-A----A--------AA----T-G--C----TG-------TCAGTATGCAT-----TAA-TCAATA-T------TT--T-TGGAA-T------C----CT--AA-A--A----G---A-G----------GT---CA-A----GACAC-T--CT--A-------C--A-C-----C--C--cgctggcacatacattatgactgtcgat
gi|16                         :                       caaaaaATCCAAGATTT-TTGGTT--AAGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G----G--TCCAA----A---T-AGC-------A-------AA-A----T--A--A----A-----A-----A--T-------A----------A-----C---C-A-A----A--------AA---AA-T--C----TG-------CCA-------T-----TTA-ACAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CT--TG-G--A----G---G-G----------GT---TC-A----GACTG-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--T-------T-----C---TCTGGATCtgtc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                  --------AA---AT-G--C----TG-------TTA-------T-----TTG-CCAATA-T------TT--T-GTGAA-T------C----TC--AGTG--A----G---
gi|18                         :                aaatgtttatctgATTCAAGAATT-TTGGTC--AGGTG--A-G-----T---C----C---A---C---TT-----AA-G--GG---T--G-A---G-------TACAC---AA---T-AGT-------T-------AA-T----T--G--A----C-----T-----T--T-------T----------TT----C---C-C-T----T--------AA---AC-A--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-C------C----CT--AA-G--A----G---G-G----------TT------GAAAAGACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--aaggtatagtgggaggagattatcacccctccaccctgcacccatctggatccgccacagcacgatagatgtattatattatacttcgat
gi|19                         :                                                                                      g--T-CAG-G--GG---T------------------CAA---AA---T-AGT-------A-------AA-T----T--G--A----A-----C-----T--T-------TT---------G-----T---T-G-TT---A--------AA---AT-A--C----TG-------TCT-------T-----ATA-GCAATA-T------TT--T-AACAA-TATATAAT----CCTGAG-GGTG----G---G-G----------GT---TC-A----GACAC-C--CT--G-------T--C-C-----C--T--C-------C-----T---TATGGATCatg
gi|2                          :             gatgcaaaagttttagATCAAGGATTT-TTTGTC--TCATG--G-G---G-T---C----T---ACCCA---TT--G-TAA-T--GGAATT--G-AAAAG----G--TCTAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--G--G----A-----AACTGTTG-T-------T----------A-----T---T-G-A----A--------AA----C-T--C----GA-------TCA-------T-----TTA-CCAATA-T------TC--C-GGGAT-A------G----CC--AG-G--T----T---G-T----------GT---CC-A----GAACC-CAAC---G-------T--C-T-----C--C--C-------
gi|20                         :                                                                                                                ttttagacggCAA---GA---A-AAT-------A-------AA-A----T--T--G----A-----TGT---T--T-------T----------A-----C---T-G-A----A--------AA----C-G--C----TG-------TCA-------G-----TT-----GTA-T------TT--T-GGGAA-T------atgtgaatccatccgtgttatgtattgtatgct
gi|21                         :                             ATCCAGAACT----GATC--AGGTG--G-G---GGT---T----A---ATCAG---TT--T-CAG-G--GG------------G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-CT---T--C--A----AC----A-----T--C-------T----------G-----T---C-T-A----A--------AA---AT-G--C----TG-------TAA-------T-----TTA-GAAATGTT------TT--T-GGGAG-G------C----C---------A----G---G-G----------GT---CC-A----Gttttgacagcttggagtcaacatccatacatccctctgaatccgctggtaaataacatgaataacatgaatttgtat
gi|22                         :                                             gggggcagG--G-G---G-T---C----A---CTC-A---TT--A-TAGAG--GG---T--A-C---G----G--TTTAA---GA---C-AGTTAACCCCA-------AA-A----C--A--ATG--A-----A-----T-----------------------------------A----G--------AA---TT-G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAACA-C------TT--T-GGGAA-T------A----CC--TG-A--A----------G----------TT---CC-C----GACCT-C--CT--G-------T----C-----G--C--C-------C-----C---TCTGtgccc
gi|23                         :                                      TT-CTGGTC--AGGTA--G-G---G-T---CC---ACC-A---A---TT--T-CAG-G-------T--T-G---G----G--CC-------------AGT-------G-------AA-A----G--T--A----A-----G-----T--T------------------------------G-A----A--------AG---A----------TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GAGAA-T------C----AA--AA-G--A----G---G-A----------GC---CC-A----AACTC-C--AT--G-------TAAC-C-----C--T--T-------C-----C---
gi|24                         :                           ataTCCAGGATTTATTAATC--AGATG--G-G---G-T---CTACCA---A---A---AT--A-AAG-G--GG---T--A-G---A----G--TCAAATCGAA---T-AGA-------A-------AA-C----T--A--A----A-----A-----TGTT-------T----------A-----T---CTG-A----A--------A-----T-G--C----TG-------TTA-------T-----TTG-CCAATA-T------TT--T-GTGAA-T------C----at
gi|25                         :                                                                                         gggAA-G--GG---T--G-G---G----T--TACAT---GA---A-AGT-------A-------AA-A----T--T--A----T-----T-----T--T-------TTTTG------G-----C---C-A-T----A--------AA---A--G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-TGGAA-T------A----AC--AT-G--A----GGGAG-G----------GT---AT-G----G-CCC-C--CT--t
gi|26                         :            gtcggttcactgatataATTTAGGATTT-TTGGTT--GGGTG--G-A---G-TT--C----G---A-------------CAG-GCAGG---G--A-A---G----G--TTTAA---TA---TGAAT-------A-------AC-A----T--A--A----A-----AATC--T--T-------G----------A-----C---T-G-G----A--------AA---AT-C--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GTAATG-T------TT--T-GGAAA-T------
gi|27                         :                                                                                             G-G--GG---G--G-G---GATGTG--TCCGA---GA---T-A-------------------------T--C--A----A-----A-----T--T-------TCAA-------A-----CGTGT-G-A----ATGA-----AA---AT-G--C----TG-------TTA-------T-----TTA-GCAATt
gi|28                         :                          ttttatcaagtatggatctaccaatttcagcggtggggggggg----A---A---G---TT--T-TTG-GCAGG---T--C-G---G----G--TCCAA---TA---T-GAT-------T-------GA-A----T--T--G----T-----T-----T--TGTTTTTTT----------G-----C---T-A-A----A--------CA---GC-G--T----TT-------TCA-------T-----CTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-A------T----CC--AT-G--A----G---G-
gi|29                         :                          gcggatctagATTT-TAAGTC--AGGTG--G-G---A-TT--C----AGC-A---A---TT--T-CAG-A--GT---T--G-G-----------TTCAA---GA---A-AGT-------A-------AA-T----T--T--G----A-----TGT---T--T-------T----------A-----C---T-G-A----A--------GG----C----C----TG-------TCA-------T-----TCA-GCAATA-T------CT--C-GGGa
gi|3                          :                       ggattagacCAAGATAT-TTGGTT--TGGTG--G-G---A-TTCTC----A---A-------TT--T-GAG-G--A----T--G-G---A--------CCCA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--A----T-----T-----T--T-------TTT--------A-----C---T---A----A--------AA---AC-G--C----TG-------AAA-------T-----TTA-ACACTA-C------TC--T-GGAAA-T------C----TT--AG-G--A----G---G-G----------TT---CC-A----AACAC-T--CT--G-------T--G-T-----C--C--CTGCTCAAC-----C---TCTGTATC
gi|30                         :                                               --AGGTG--GTG---G-TGAGC----A---A---A---TT--T-CAG-A--AG---T--T-G---GT---G--ACCAA---GA---A-AGT-------A-------GA-AGCTTT--T-------------------T--T-------T----------G-----C---G-G-A----A--------AA---AA-G--G----TG-------TCA-------T-----TCA-ATAATA-T------catcagtgccatgtatggcacatgaatattataagat
gi|31                         :                  gattaaatcagttttaGGATTT-ATGGTC--AGTTGGAG-G---G-TC--C----ATC-A---A---TT--T-CA--G--GG---T----G---G----G--TTCAT---AT---T-AGT-------A-------AA-T----T--A--G----T-----C-----T--T-------T----------A-----C---T-----------------AA---AC-T--C----TG-------TC----------------A-GGAATA---------C--T-GGGA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                     tcataagc----A--------AA---AC-G--C----TG-------TCA-------T-----TAA-GTTATA-T------TT--T-GGGAA-T------A----TT--AC-G--A----G---G-G----------ATG--TA-G----GATAC-A--CT--G-------T--C-T-----C--C--A-------T-----C---TCTGGGTCg
gi|33                         :                                                                                                    gctg--G-G---G----GATTCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-CT---T--C--A----A-----A-----T--A-------TGA--------A-----C---A-T-G----A--------AA---AT-G--C----TG-------TAA-------T-----TTA-GTTATA-T------TT--C-AGGAG-T------T----TA--AG-G--T----G---GTG----------GT---ccttagtgtaaagcttgtta
gi|34                         :                                                                             tccaa---TT--T-CAG-A--GG---GAAG-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----TTGC--A----AT----A-----T--T-------T----------T-----C---T-G-CTT--A--------TA---AT-G--C----TG-------T-A-------TG----TTT-GCAGTA-T------AT--A-GGAAA-T------C----Ctgtt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                            t----A--------AA---AT-G--T----TG-------TCA-------T-----TTA-GTAATA-T------TC--C-AGGAA-T------C----TC---G-T--A----G---G-A----------TT---CA-T----GACCC-T--TT----------T--C-C-----A--C--C-------T-----A---TTTGGGTCag
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                   ctg----TG-------CCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--C--GGAA-T------C----CA--AG-A--A----C---T-G----------GA---TC-T----GACTG-T--TT--G-------C--C-C-----C--G--C-------C-----G---TCTTGATCttccagt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      -------T-----TTA-TCAATA-G------TT--C-GGGAA-T------C----AC---T-G--A----G---G-G----------TT---CC-G----GA-CC-C--CT--G-------A--CAT-----C--T--C-------A-----C---TCTAGATCcg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                               gcc--------AA---AT-A--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCATTA-T------TT--T-GGGAA-T------C----AC--A--A--A----T---G-G----------GT---CA-T----GATCC-C--Ct
gi|4                          :                                                         -G---G-T---C----ACCTA---A---TT--C-TAA-G-------T--G-G---G-------TCCAG---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--G----ATT---A-----T--T-------TT---------G-----T---T-G-A----ATGTTTAGAAA---AT-A--CAATATGGCGAAGCTCG-------T-----TTT-GCAATA-T------TT--T-TGAAAGT------TACAACT--AG-A--A----G---G-G----------GT---CCAG----AACCT-C--CT--G-------CA-C-C-----C--CTAC-------C-----CCTGTTTGGATCactcacc
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                      gtatttgatttggatt----TG-------TTA-------T-----TTA-G-AATA-T------TT--T-GGAAA-T------G----CT--AG-G--G----T---G-G----------TT---CA-G----GAGCA-C--T-----------T--C-C-----T--C--C-------C-----C---TCTtgcc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                         ctA---AC-G--C----TG-------TAA-------T-----TTA-GCAATA-C------TT--T-GAAAA-T------C----CT--TG-G--C----G---G-G----------TT---CT-G----G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                      ----TG-------CCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AT-G--A--------G-G----------ATCAACC-A----TACCT-C--CT--A-------T--C-C-----C--ggcttttaccc
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                      ----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--C-TAGAA-T------C----TA--AG---------T---G-G----------GT---TG-G----AACTC-C--------------T--C-C-----C--C--
gi|5                          :                             ATCCAAGATTG-TTGGTC--AGGTG--G-G---A-T---CT---ACT-A---A---TT--T--AT-G--GG---T----G---G----A--CCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--------------------------------------------------------------------------------G--C----TG-----------------T-----TTA-TCTGTAGT------TT--T---CAA-T------A----CC--AA-T--A----T---G-G----------GT---CC-G----AACCTGT--CT--G-------T----C-----C--C--C-------A-----C---TCTGTATCtgt
gi|6                          :                   gcatacgcggATCCAGGATTT-CTGGTT--ATGTG--T-G---G-T---C----C---ACC-A---TT--TTCAT-G-------T--T-G---A----G--TGTAA---AA---T-AGA-------A-------AA-ACT--T--C--A----A-----AATCC-T--T-------T--------------------C-A-G----A--------AA---AC-A--C----TG-------TTA-------TATGTATTAAGCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----TC--AG-G--A--------T-G----------GT---CC-A----TACCC-C--TT--G-------T--C-TCACCAC--C--T-------C-----C---TCTAGGTCcgcaagggcaccattgactctatgacgatatttaaa
gi|7                          :                                                              g-T---C----A---A---A---ATGCT-CAG-A--G----T--G-G------------CCAA---AT---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--ATTTTATTTCTT-----T--T-------T----------A-----C---T-G-A----A--------AA---G--G--T----TG-------TCA-------T-----TCA-GCATTA-T------TTAGTAGGGAA-T------C----TT--GG-G--A----G---G-A----------GT---CT-G----GATGC-C--CT--GATCATCAC--C-A-----C--C--C-------C-----C---TCCGGATCagcca
gi|8                          :               tgggtccttcaattATCCAGGATTT-TTGATT--GGGTG--G-G---G-T---C----C---T---CCTTTC--T-CAGTG--GG---A--T-G---G----A--TCTAA---GA---T-AAT-------G-------AGCA----T--C--A----A-----ATCT--T--T-------T----------G-----C---T-G------A--------AA---AT-A--C----TG-------TTA-------A-----TAA-GT--TA-T------TT--T-GAGAA-T------G----AC--AG-T--A----G---G-GGTCGGTGTCAGT---CC-A----GAACC-C--CT--T-------T--T-T-----C--T--C-------C-----C---caccattgtcaagct
gi|9                          :                        ggcagATCTAGGATTT-CGGGTC--ACATGT-G-G---G-C---C----A---C---C---CTCTT-CAG-G--AA---C--A-G-----------TCCAA---CA---T-AGA-------A-------AA-C----T--TCCA----A-----A-----T--T-------T----------A-----GA--T-G-A----A--------AATATAT-GTAC----TT-------TCA-------A-----TCA-ACAATA-T------TT--T-GGCAA-C------C----CC--AA-G--T----A---G-G----------AT---CC-A----GATGC-T--CTTGG-------G--G-C-----A--T--C-------A-----C---TCTGAATCacctgat


blockSeqs                     :                                        A      GC     GA T CCT A CTACCAAA              GC T   A GGAATTGAAAAGG                TCG  CAA G   TAACCCC CTTTTTC  CTGAATTTTTTTTTCTGTAAACGTAATATA                                                   TATAT  TA AATA  GCGAAGC   GTATGCA ATGTA          T AGTGTA  AG A     G ATATAA ACAA  AG  GGT  GGGTG    T GTCGGTGTCA  CAA  GAAAA      G AA  TG ATCATCA AA A CACCA .  TA TGCTCAAC      CTG
blockSeqs                     :                                        .      .      T  . .   G CCGCCAA               CT .   T GGGGGGATGTG                  .    .   .   .       .        ATTGATTATTTTGTTGAATGTTTAGA                                                       AT     .  .     .         .       G              G .       .  .     . .      .     TG  TG   GTAA     . .           G    AG         . .   .  .       A  . .     .  .  CCAACT        .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   G CTACCCA               .  .   . CAGGGAAGG                    .    .   .   .       .        ATTATTTTATTTCTTTTTACTGAA                                                         AC     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   T    GGGA     . .           .    C          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . TAATCAG               .  .   . CAGGTCGGG                    .    .   .   .       .        TCAAATTTCAAACGTGTGAATGA                                                          AA     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   A    TG       . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .  .  A             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CCACCAA               .  .   . GGGAAGGGG                    .    .   .   .       .        ATTGTTTTGTTTTTTTGCTAAA                                                           AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   T    G        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .  .  T             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . TCAGCAA               .  .   . AGTTGGTG                     .    .   .   .       .        ATGGAAACTGTTGTTATTGAA                                                            AC     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   A    G        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . GAGCAAA               .  .   . GGTGGGG                      .    .   .   .       .        ATTGAATTAATTTTTCTGAA                                                             AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CCATCAA               .  .   . GGTACGG                      .    .   .   .       .        ATTGCAATATTTTCTGCTTA                                                             AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   A    G        . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CACCTAA               .  .   . GGTAGAG                      .    .   .   .       .        CTTTAAACTTCAGACTGAA                                                              TT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .  .  T             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CTACTAA               .  .   . GGTGGGT                      .    .   .   .       .        ACAGAACTTTTTTGCTGAT                                                              AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .  .  T             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CCTCCTT               .  .   . GGATGGA                      .    .   .   .       .        ATTATTTTTTTTGGCCATA                                                              AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CACCAA                .  .   . GGCTGG                       .    .   .   .       .        ACTTCAAAATCCTTTCAGA                                                              GC     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   A    T        . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .  .  A             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CACTCA                .  .   . GATGGG                       .    .   .   .       .        CTAAAATGTTTATCTGAA                                                               AC     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    C          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . TCTCAA                .  .   . GATGGA                       .    .   .   .       .        ATAAAAATCTTGACTGGA                                                               AA     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CCACCA                .  .   . GGTGAG                       .    .   .   .       .        CTTCAAATATGAACATGA                                                               AC     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .  .  A             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CAAA                  .  .   . GGTGGG                       .    .   .   .       .        CATCAAATCTTTTGCTGA                                                               AC     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                        .      .      .  . .   . CCAC                  .  .   . GGTGGA                       .    .   .   .       .        CTTCCAAATTTAGATGAA                                                               AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                               .      .  . .   . TCGA                  .  .   . TTGGG                        .    .   .   .       .        TTGAACTTTTGTTGTTA                                                                AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    T          . .   .  .       .  . .     .  .  C             .  
blockSeqs                     :                                                      .  . .   . CAAA                  .  .   . GTTGG                        .    .   .   .       .        ATTGATGTTTTACTGAA                                                                AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   T    G        . .           .    T          . .   .  .       .  . .     .  .  A             .  
blockSeqs                     :                                                         . .   . CACC                  .  .   . ATGGA                        .    .   .   .       .        CTTCAACATCTGTCTAA                                                                AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   A    C        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .  .                   
blockSeqs                     :                                                               . AA                    .  .   . TTGAG                        .    .   .   .       .        TTTGATGTTTTACTGAA                                                                AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    T          . .   .  .       .  . .     .  .                   
blockSeqs                     :                                                                                       .  .   . AACAG                        .    .   .   .       .        ACTAAAAAAAATCTGA                                                                 AC     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   A    T        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .  .                   
blockSeqs                     :                                                                                       .  .   . GGGG                         .    .   .   .       .        TTGACTTTTTTCCCTT                                                                 AC     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   A    G        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .                      
blockSeqs                     :                                                                                       .  .   . TGGG                         .    .   .   .       .        ATTATTTTTTTACTAA                                                                 AT     .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    T        . .           .    A          . .   .  .       .  . .     .                      
blockSeqs                     :                                                                                              . GTGG                         .    .   .   .       .        AGCTTTTTTTGCGGAA                                                                 T      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    G          . .   .  .       .  . .     .                      
blockSeqs                     :                                                                                              . GGT                          .    .   .   .       .        ATAAAAATAACCAAA                                                                  C      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    T        . .           .    G          . .   .  .       .  .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                             .    .   .   .       .        GTGTTTTTATTTAA                                                                   T      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   T    T        . .           .    A          . .   .                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                             .    .   .   .       .        TTAGTCTTTACT                                                                     T      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    G          . .                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                             .    .   .   .       .        ACAATGAATAG                                                                      C      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    G        . .           .    A                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                             .    .   .   .       .        AGTAAGTTGAA                                                                      C      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   T    A        . .           .    A                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                             .    .   .   .       .        AT                                                                               A      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   G    .        . .           .                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                            T      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   .    .        .                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                            A      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .     .   .    .                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                            C      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                            G      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .      .                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                            .      .  .     .         .       .              . .       .  .     . .                                                                                                               
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originalCons                  :                             ATCCAGGATTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---G-T---C----A---A---A---TT--T-CAG-G--GG---T--G-G---G----G--TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--N--A----A-----A-----T--T-------T----------A-----C---C-G-A----A--------AA---AC-G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AG-G--A----G---G-G----------GT---CC-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--C-------C-----C---TCTGGATC
finalCons                     :                             ATCCAGGATTT-TTGGTC--AGGTG--G-G---G-TCCACCAA-------------TT--T-CAG-GGGTGGG------------------TCCAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--N--A----A-----A-----T--T-------T----------A-----C---C-G-A----A--------AAAT----G--C----TG-------TCA-------T-----TTA-GCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AG-G--AG-------G-G----------GT---CCG-----GACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--C-------C-----C---TCTGGATC

Unaligned ( gi|36 ): CTGAAAATGATGCAGCTCAGCGATGTTTCCGGAGTCCCAAATGGAGTGTGGGTCCCTCTGGATCCGCCAGT
Unaligned ( gi|44 ): GATTTATGGTCAGGTTGGGTCCACCAATTTCTAGGTTGG

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Reference ( family-252 )      :                                                  ATCCAGGA-TTT-TTGGTCAGGTG-G--GG-TCC-ACC---AATTTCA--------G-GGG---T---G----G-------------------GT--C-CAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--N--A----A-----A----T-----TT----A-----C---C-G-A--A--------AA---ATG--C----TG-------T---------CA-------T-----TT-AGCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AG-G--A----G---G-G----------GT---CC-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--C-------C-----C---TCTGGATC
gi|1                          :                                                       GGG-TTT-CTG-TCAAGAG-G--GA---C-ACC---ATTTTCA--------G-AGG---TAT-G----G-------------------GT--C-CAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--TC-A----A-----A----G-----TT----ATGA--C---T-G-A--A--------AC----TG--C----TG-------T---------TA-------T-----TT-AGTAATA-T------GT--T-GGGAA-T------C----CC--GG-G--GTTGCG---G-T----------GT---TCGG----GACCA-TAATC--G-------C--C-C-----CGAC--C-------C-----A---TCTGGTTC
gi|10                         :                                ggaaagaggataggaattcataggtggatcatggGTCAAGTG-T--TG-ACCGACC---AATTGCA--------T-G-----C---G----A-------------------GC--C-CAA---GACAAT-AGT-------A-------AA-C----T--TT-A----A-----A----C-----TTCAG-A-----C---T-G-A--A--------AA----TG--C----TG-------T---------CA-------T-----GT-AGCTATA-T------TT--T-GGATA-T------T----CC--AG-T--AGGGTG---G-G----------GC---CC-C----CACCC-C--C---G-------T--C-C-----C--aatttgacttgatatattatttg
gi|11                         :                                                  ATCAATGA-TCT-TTGGTC--GCA-G--G--TCT-ACCTGTAATATCA--------G-GGG---C---T----G-------------------GT--C-TGA---GA---T-AGT-------A-------AA-AC---T--A--A----A-----A----A-----AA----A-----T---C-T-G--A--------AA---ATG--A----TG-------T---------AA-------T-----TT-CGCAATT-T------TT--C-GGGAA-T------C----CC--AC-A--AT---G---G-G----------GT---CC-A----G-CCC-A--CT--G-------T--C-T-----C--C--C-------C-----A---TTTGGATCgatatttgatatctaagtgatatatagtatt
gi|12                         :                                             ggcggATCCAAGA-GTT-TTGTTCAGGTG-G--GG-ATC-ACC---AATTTCA----------GGA---T---G----G-------------------GT--C-CAA---GA---T-AGT-------A-------AA-C----T--G--A----ATTTT-T----T-----TT----T-----C---T-GTA--A--------AC---GTA--A----TA-------TAAAACAAAATA-------C-----TT-AACAATA-T------TT--T-AGGAG-T------C----CT--AG-T--A----G---G-G----------GG---TT-G----GACCC-C--CT--G-------T--C-caccag
gi|13                         :                                                                                                                                                      gA---GA---T-AAT-------A-------AA-A----C--A--G----A-----ACTTTT-----TT----G-----C---T-G-A--T--------AA----CG--C----TG-------C---------CA-------T-----TT-AGGAATA-CAGTGTATT--T-TGAAA-T------C----TC--AT-A--A----G---G-G------------------G----AATCA-C--AT--G-------T--C-C-----C--C--C-------CCAACTC---TCTGGttgtactcttg
gi|14                         :                                                                                                        aggattggttt---G----G-------------------GT--C-CAA---GA---A-AGT-------ACTTTTTCAA-G----T--G--T----T----------T-----TT----A-----T---T-T-A--A--------AA----TG--C----TG-------T---------CA-------A-----TT-GGCAATA-T------TT--T-AGAAA-T------C----CCAGAG-G--A----GTAAA-G----------AT---CC-G----TTACC-T--CT--G-------T--C-C-----C--A--A-------A-----C---TCTGGATCcactaacagtgtcattaataaatatgtgaatatttggaaacta
gi|15                         :                                                  atcttgaacgTT-TTGGTCAGGTG-G--GGGTCC-GCC---AATCTC-----------GGA---T---G----G-------------------AT--C-CAA---GA---T-AGT-------G-------AA-A----T--T--G----A-----A----T-----TA----ATTTTTC---T-G-A--A--------AA----TG--C----TG-------T---------CAGTATGCAT-----TA-ATCAATA-T------TT--T-TGGAA-T------C----CT--AA-A--A----G---A-G----------GT---CA-A----GACAC-T--CT--A-------C--A-C-----C--C--cgctggcacatacattatgactgtcgat
gi|16                         :                                            caaaaaATCCAAGA-TTT-TTGGTTAAGTG-G--GG-TC--A-----AATTTCA--------G-GGG---TG--G----G-------------------GT--C-CAA----A---T-AGC-------A-------AA-A----T--A--A----A-----A----A-----TA----A-----C---C-A-A--A--------AA---AAT--C----TG-------C---------CA-------T-----TT-AACAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CT--TG-G--A----G---G-G----------GT---TC-A----GACTG-C--CT--G-------T--C-C-----C--C--T-------T-----C---TCTGGATCtgtc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                --------AA---ATG--C----TG-------T---------TA-------T-----TT-GCCAATA-T------TT--T-GTGAA-T------C----TC--AGTG--A----G---
gi|18                         :                                     aaatgtttatctgATTCAAGA-ATT-TTGGTCAGGTG-A--G--TCC-AC--------TTA--------A-GGG---T---G----A-------------------GT--A-CAC---AA---T-AGT-------T-------AA-T----T--G--A----C-----T----T-----TT----TT----C---C-C-T--T--------AA---ACA--C----TG-------T---------CA-------T-----TT-AGCAATA-T------TT--T-GGGAA-C------C----CT--AA-G--A----G---G-G----------TT------GAAAAGACCC-C--CT--G-------T--C-C-----C--aaggtatagtgggaggagattatcacccctccaccctgcacccatctggatccgccacagcacgatagatgtattatattatacttcgat
gi|19                         :                                                                                              gTCA--------G-GGG---T----------------------------------CAA---AA---T-AGT-------A-------AA-T----T--G--A----A-----C----T-----TTT---G-----T---T-G-TT-A--------AA---ATA--C----TG-------T---------CT-------T-----AT-AGCAATA-T------TT--T-AACAA-TATATAAT----CCTGAG-GGTG----G---G-G----------GT---TC-A----GACAC-C--CT--G-------T--C-C-----C--T--C-------C-----T---TATGGATCatg
gi|2                          :                                  gatgcaaaagttttagATCAAGGA-TTT-TTTGTCTCATG-G--GG-TCT-ACC---CATTGTA--------A-TGGAATT---GAAAAG-------------------GT--C-TAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----TG-G--A----A-----A----CTGTTGTT----A-----T---T-G-A--A--------AA---CT---C----GA-------T---------CA-------T-----TT-ACCAATA-T------TC--C-GGGAT-A------G----CC--AG-G--T----T---G-T----------GT---CC-A----GAACC-CAAC---G-------T--C-T-----C--C--C-------
gi|20                         :                                                                                                                                          ttttagacgg-CAA---GA---A-AAT-------A-------AA-A----T--T--G----A-----TGT--T-----TT----A-----C---T-G-A--A--------AA----CG--C----TG-------T---------CA-------G-----TT-G----TA-T------TT--T-GGGAA-T------atgtgaatccatccgtgttatgtattgtatgct
gi|21                         :                                                  ATCCAGAA-CT----GATCAGGTG-G--GGGTTA-ATC---AGTTTCA--------G-GGG------------G-------------------GT--C-CAA---GA---T-AGT-------A-------AA-CT---T--C--A----AC----A----T-----CT----G-----T---C-T-A--A--------AA---ATG--C----TG-------T---------AA-------T-----TT-AGAAATGTT------TT--T-GGGAG-G------C----C---------A----G---G-G----------GT---CC-A----Gttttgacagcttggagtcaacatccatacatccctctgaatccgctggtaaataacatgaataacatgaatttgtat
gi|22                         :                                                                 gggggcagG-G--GG-TC--ACT---CATTATA--------GAGGG---T---AC---G-------------------GT--T-TAA---GA---C-AGTTAACCCCA-------AA-A----C--A--ATG--A-----A----T-------------------------A--G--------AA---TTG--C----TG-------T---------CA-------T-----TT-AGCAACA-C------TT--T-GGGAA-T------A----CC--TG-A--A----------G----------TT---CC-C----GACCT-C--CT--G-------T----C-----G--C--C-------C-----C---TCTGtgccc
gi|23                         :                                                            TT-CTGGTCAGGTA-G--GG-TCC-ACC---AATTTCA--------G-GT----T---G----G-------------------GC--C--------------AGT-------G-------AA-A----G--T--A----A-----G----T-----T-----------------G-A--A--------AG---ATG----------------T---------CA-------T-----TT-AGCAATA-T------TT--T-GAGAA-T------C----AA--AA-G--A----G---G-A----------GC---CC-A----AACTC-C--AT--G-------TAAC-C-----C--T--T-------C-----C---
gi|24                         :                                                ataTCCAGGA-TTTATTAATCAGATG-G--GG-TCT-ACC---AAAATAAA-------G-GGG---T---A----GA------------------GT--C-AAATCGAA---T-AGA-------A-------AA-C----T--A--A----A-----A----TGT---TT----A-----T---CTG-A--A--------A-----TG--C----TG-------T---------TA-------T-----TT-GCCAATA-T------TT--T-GTGAA-T------C----at
gi|25                         :                                                                         ggg--GG-TTC-ACT---GATATAA--------A-GGG---T---G----G-------------------GT--TACAT---GA---A-AGT-------A-------AA-A----T--T--A----T-----T----T-----TTTTTGG-----C---C-A-T--A--------AA---A-G--C----TG-------T---------CA-------T-----TT-AGCAATA-T------TT--T-TGGAA-T------A----AC--AT-G--A----GGGAG-G----------GT---AT-G----G-CCC-C--CT--t
gi|26                         :                                               gtcATTTAGGA-TTT-TTGGTTGGGTG-G--AG-TTC-GAC---AGG--CA--------G-GGA-------A----G-------------------GT--T-TAA---TA---TGAAT-------A-------AC-A----T--A--A----A-----AATC-T-----TG----A-----C---T-G-G--A--------AA---ATC--C----TG-------T---------CA-------T-----TT-AGTAATG-T------TT--T-GGAAA-T------
gi|27                         :                                                             T-TTTATCAAGTATG--GA-TCT-ACC---AATTTCA--------G-CGG---T---G----GGGGGGGGGGGGGGGGATGTGT--C-CGA---GA---T-A-------------------------T--C--A----A-----A----T-----TTCAA-A-----CGTGT-G-A--ATGA-----AA---ATG--C----TG-------T---------TA-------T-----TT-AGCAATt
gi|28                         :                                                  ATCTAGAAGTTT-TTGG-CAGGTC-G--GG-TCC-A
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                          gcgg----T-----TT----G-----C---T-A-A--A--------CA---GCG--T----TT-------T---------CA-------T-----CT-AGCAATA-T------TT--T-GGGAA-A------T----CC--AT-G--A----G---G-atatgattgaattgttttgtttttttgctaaacagcgttttcatctagcaatattttgggaaatccatgagga
gi|29                         : gcggatctagaagtttttggcaggtcgggtccaatatgattgaattgttttgttttA-TTT-TAAGTCAGGTG-G--GA-TTC-AGC---AATTTCA----------GAG---T---T----G-------------------GT--T-CAA---GA---A-AGT-------A-------AA-T----T--T--G----ATG---T----T-----TT----A-----C---T-G-A--A--------G------GC-C----TG-------T---------CA-------T-----TC-AGCAATA-T------CT--C-GGGa
gi|3                          :                                            ggattagacCAAGA-TAT-TTGGTTTGGTG-G--GA-TTC--TC---AATTTGA--------G-GA----T---G----G-------------------AC--C-CA----GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--A----T-----T----T-----TTTT--A-----C---T---A--A--------AA---ACG--C----TG-------A---------AA-------T-----TT-AACACTA-C------TC--T-GGAAA-T------C----TT--AG-G--A----G---G-G----------TT---CC-A----AACAC-T--CT--G-------T--G-T-----C--C--CTGCTCAAC-----C---TCTGTATC
gi|30                         :                                                                     AGGTG-GT-GG-TGA-GCA---AATTTCA--------G-AAG---T---T----G-------------------GTGAC-CAA---GA---A-AGT-------A-------GA-AGCTTT--T------------------T-----TT----G-----C---G-G-A--A--------AA---AAG--G----TG-------T---------CA-------T-----TC-AATAATA-T------catcagtgccatgtatggcacatgaatattataagat
gi|31                         :                                       gattaaatcagttttaGGA-TTT-ATGGTCAGTTG-GAGGG-TCC-ATC---AATTTCA----------GGG---T---G----G-------------------GT--T-CAT---AT---T-AGT-------A-------AA-T----T--A--G----T-----C----T-----TT----A-----C---T---------------AA---ACT--C----TG-------T---------C-----------------AGGAATA---------C--T-GGGA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                     tcataagc--A--------AA---ACG--C----TG-------T---------CA-------T-----TA-AGTTATA-T------TT--T-GGGAA-T------A----TT--AC-G--A----G---G-G----------ATG--TA-G----GATAC-A--CT--G-------T--C-T-----C--C--A-------T-----C---TCTGGGTCg
gi|33                         :                                                                                          gctgTCCA--------A-GGG-------G----A-------------------TT--C-CAA---GA---T-AGT-------A-------AA-C----T--TC-A----A-----A----T-----ATGA--A-----C---A-T-G--A--------AA---ATG--C----TG-------T---------AA-------T-----TT-AGTTATA-T------TT--C-AGGAG-T------T----TA--AG-G--T----G---GTG----------GT---ccttagtgtaaagcttgtta
gi|34                         :                                                                                             TTTCA--------G-AGG---GAAGG----G-------------------GT--C-CAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----TTGC--A----AT----A----T-----TT----T-----C---T-G-CTTA--------TA---ATG--C----TG-------T----------A-------TG----TT-TGCAGTA-T------AT--A-GGAAA-T------C----Ctgtt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                            t--A--------AA---ATG--T----TG-------T---------CA-------T-----TT-AGTAATA-T------TC--C-AGGAA-T------C----TC---G-T--A----G---G-A----------TT---CA-T----GACCC-T--TT----------T--C-C-----A--C--C-------T-----A---TTTGGGTCag
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                ctg----TG-------C---------CA-------T-----TT-AGCAATA-T------TT--C--GGAA-T------C----CA--AG-A--A----C---T-G----------GA---TC-T----GACTG-T--TT--G-------C--C-C-----C--G--C-------C-----G---TCTTGATCttccagt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -------T-----TT-ATCAATA-G------TT--C-GGGAA-T------C----AC---T-G--A----G---G-G----------TT---CC-G----GA-CC-C--CT--G-------A--CAT-----C--T--C-------A-----C---TCTAGATCcg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                             gcc--------AA---ATA--C----TG-------T---------CA-------T-----TT-AGCATTA-T------TT--T-GGGAA-T------C----AC--A--A--A----T---G-G----------GT---CA-T----GATCC-C--Ct
gi|4                          :                                                                            --GG-TC--ACCT--AATTCTA--------A-G-----T---G----G-------------------GT--C-CAG---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--T--G----ATT---A----T-----TTT---G-----T---T-G-A--ATGTTTAGAAA---ATA--CAATATGGCGAAGCT---------CG-------T-----TT-TGCAATA-T------TT--T-TGAAAGT------TACAACT--AG-A--A----G---G-G----------GT---CCAG----AACCT-C--CT--G-------CA-C-C-----C--CTAC-------C-----CCTGTTTGGATCactcacc
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                   gtatttgatttggatt----TG-------T---------TA-------T-----TT-AG-AATA-T------TT--T-GGAAA-T------G----CT--AG-G--G----T---G-G----------TT---CA-G----GAGCA-C--T-----------T--C-C-----T--C--C-------C-----C---TCTtgcc
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                       ctA---ACG--C----TG-------T---------AA-------T-----TT-AGCAATA-C------TT--T-GAAAA-T------C----CT--TG-G--C----G---G-G----------TT---CT-G----G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   ----TG-------C---------CA-------T-----TT-AGCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----CC--AT-G--A--------G-G----------ATCAACC-A----TACCT-C--CT--A-------T--C-C-----C--ggcttttaccc
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   ----TG-------T---------CA-------T-----TT-AGCAATA-T------TT--C-TAGAA-T------C----TA--AG---------T---G-G----------GT---TG-G----AACTC-C--------------T--C-C-----C--C--
gi|44                         :                                                        GA-TTT-ATGGTCAGGTT-G--GG-TCC-ACC---AATTTCT--------A-GGT---T---G----G-------------------tgt
gi|5                          :                                                  ATCCAAGA-TTG-TTGGTCAGGTG-G--GA-TCT-ACT---AATTT-A--------T-GGG---T---G----G-------------------AC--C-CAA---GA---T-AGT-------A-------AA-A----T--G--C----T-----G----T-----TT----A-----T---C---------------------TG--T----AG-------T------------------T-----TT---CAATA--------------------------------CC--AA-T--A----T---G-G----------GT---CC-G----AACCTGT--CT--G-------T----C-----C--C--C-------A-----C---TCTGTATC
gi|6                          :                                        gcatacgcggATCCAGGA-TTT-CTGGTTATGTG-T--GG-TCC-ACC---ATTTTCA----------TGT---T---G----A-------------------GT--G-TAA---AA---T-AGA-------A-------AA-ACT--T--C--A----A-----AATCCT-----TT--------------C-A-G--A--------AA---ACA--C----TG-------T---------TA-------TATGTATTAAGCAATA-T------TT--T-GGGAA-T------C----TC--AG-G--A--------T-G----------GT---CC-A----TACCC-C--TT--G-------T--C-TCACCAC--C--T-------C-----C---TCTAGGTCcgcaagggcaccattgactctatgacgatatttaaa
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