lowQualScore : 1
lowQualScore : 7777 0 55 0 1 4 5 5 7 2
lowQualScore : .... . .. . . . . . . .
lowQualScore : 6666 4 66 2 7 9 0 5 6 9
consensus : TTATAAT--TNTGCAGTAGAAGATTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTC-ACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
Reference ( gi|3 ) : TTATAAT--TATGCAGTAAAAGAGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTC-ACATTCGTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
gi|2 : TTATATT--TATGCAGTAAAAGTGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAAGAATTAAAGAC-ACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|1 : tTTATATT--TATGCAGTAAAAGTGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAAGAATTAAAGAC-ACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAt
gi|11 : tTTATAAT--TATGCAGTAAAAGAGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTG--------ACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTC-ACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATt
gi|5 : tTTATAAT--TATGCAGTAAAAGCGTTCGCACATCTTG-ATAAATGTGGTGTTATAAAAACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTC-ACATTTTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|14 : tTTATAAT--TATGCAGTAAAAGAGTACGCACATATTGGATAAA----------------CTTCTTATTGACACGGAATTAAAGTC-CCATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|4 : TTATAAT--GTTGTCATAGAAGATTACGCACATCTTGGGTAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATAGACAAAGAATT-AAGTCAACCTTT-TTATCGATTACTATAA-ATATAGA
gi|7 : cTTATAAT--GTTGAAATAGAAGATAACATACATCTTTGGTAAATGTGGTGTTATAAAAACTTCTTA-AAAAAAGGAATTAAAGTC-GCGTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|9 : TTATAATGTTAT--AATAGTAGATGACGCATAT-------AAATGTGGCGTTATGTAAACTTTGTATAGACAAGGCATTAATGTC-ACCTTT-TTATC-ATTTTTTTAA-ATATAGA
gi|17 : cTTACAAT--GTTGTAGTAAAATAAAACGCATATCTTGGATAAATGTGATtt
gi|13 : gttTATAAT--GTTGTATTAGAAGATAACGCACATCTTAGGTAAATGTGGCGTTATGAAAACTTCTTATAGACAAGGAATTAAAGTC-ACCTTCATTATCAA
gi|6 : cTATAGT--TTTGCAGTAAAGTATTACGTACATCTTCGATACTTGTGGTGTTATGAACGTTTCTTAATAACAAGGAATTAAAGTC-ACATTATTTATT-TTTTCTTT-A-ATACAG
gi|12 : ATAAT--TTTGTAGTACAAGATTACGTACATCTTGGTTAAA-G---------GAAAACTCCTCATAGGCAAGGAATTAAAGTC-TCCTTTTTTACCAGTTATTTTAA-g
gi|10 : cATAAT--TTTGTAGTACAAGATTACGTACATCTTGGTTAAA-G---------GAAAACTCCTCATAGGCAAGGAATTAAAGTC-TCCTTTTTTACCAGTTATTTTAACATCTAAAAcatct
gi|8 : cTGTATTAGAAGATAATGCACATCTGGGATAAATGTGGTGTTATGACAACTTCTTATAGACGAGGAATACAAGTCGAC-TCCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAtt
gi|15 : gtGATAAATGTCGTGTTATGAAAGCTTCTTACTGCCAGAGAATCAAAGTC-ACATTCTTTCTCTGTTTCATTAtt
gi|16 : TAAATA-GGTGTTATGAAAACTAATTACAGACAATGAATTAAAGTC-ACCATCTTTATCAATTTATTTAA-ATATAGcagatcgtt
gi|18 : TAAAGTC-ACCTTCTTTGTCAATTTCTTTAA-ATATAGA
Alignments
lowQualScore : 1 1 2 1 1 1 2
lowQualScore : . . . . . . .
lowQualScore : 0 9 3 1 0 0 7
consensus : TTATAATTNTGCAGTAAAAGANTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTCACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
Reference ( family-2494 ) : TTATAATTNTGCAGTAGAAGATTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTCACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
gi|1 : TTATATTTATGCAGTAAAAGTGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAAGAATTAAAGACACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|10 : tATAATTTTGTAGTACAAGATTACGTACATCTTGGTTAAA-G---------GAAAACTCCTCATAGGCAAGGAATTAAAGTCTCCTTTTTTACCAGTTATTTTAACATCTAAAAt
gi|11 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTG--------ACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATtt
gi|12 : tATAATTTTGTAGTACAAGATTACGTACATCTTGGTTAAA-G---------GAAAACTCCTCATAGGCAAGGAATTAAAGTCTCCTTTTTTACCAGTTATTTTAA-
gi|13 : cTATAATGTTGTATTAGAAGATAACGCACATCTTAGGTAAATGTGGCGTTATGAAAACTTCTTATAGACAAGGAATTAAAGTCACCTTCATTATCAAcatct
gi|14 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATATTGGATAAA----------------CTTCTTATTGACACGGAATTAAAGTCCCATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|15 : GATAAATGTCGTGTTATGAAAGCTTCTTACTGCCAGAGAATCAAAGTCACATTCTTTCTCTGTTTCATTA
gi|16 : TAAATA-GGTGTTATGAAAACTAATTACAGACAATGAATTAAAGTCACCATCTTTATCAATTTATTTAA-ATATAGcagatcgtt
gi|17 : TTACAATGTTGTAGTAAAATAAAACGCATATCTTGGATAAATGTGAT
gi|18 : gttTAAAGTCACCTTCTTTGTCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|2 : TTATATTTATGCAGTAAAAGTGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAAGAATTAAAGACACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAtt
gi|3 : tTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTCGTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAAt
gi|4 : TTATAATGTTGTCATAGAAGATTACGCACATCTTGGGTAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATAGACAAAGAATT-AAGTCAACCTTTTTATCGATTACTATAA-ATATAGA
gi|5 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGCGTTCGCACATCTTG-ATAAATGTGGTGTTATAAAAACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTTTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|6 : tTATAGTTTTGCAGTAAAGTATTACGTACATCTTCGATACTTGTGGTGTTATGAACGTTTCTTAATAACAAGGAATTAAAGTCACATTATTTATT-TTTTCTTT-A-ATACAG
gi|7 : TTATAATGTTGAAATAGAAGATAACATACATCTTTGGTAAATGTGGTGTTATAAAAACTTCTTA-AAAAAAGGAATTAAAGTCGCGTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATg
gi|8 : TGTATTAGAAGATAATGCACATCTGGGATAAATGTGGTGTTATGACAACTTCTTATAGACGAGGAATACAAGTCGACTCCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|9 : gtTTATAATGTTATAATAGTAGATGACGCATAT-------AAATGTGGCGTTATGTAAACTTTGTATAGACAAGGCATTAATGTCACCTT-TTTATC-ATTTTTTTAA-ATATAGAtt
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 2
lowQualScore : . . . . . .
lowQualScore : 0 0 1 0 0 7
consensus : TTATAATTNTGCAGTAAAAGANTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTCACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
Reference ( family-2494 ) : TTATAATTNTGCAGTAAAAGANTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTCACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
gi|1 : TTATATTTATGCAGTAAAAGTGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAAGAATTAAAGACACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|10 : tATAATTTTGTAGTACAAGATTACGTACATCTTGGTTAAA-G---------GAAAACTCCTCATAGGCAAGGAATTAAAGTCTCCTTTTTTACCAGTTATTTTAACATCTAAAAt
gi|11 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTG--------ACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATtt
gi|12 : tATAATTTTGTAGTACAAGATTACGTACATCTTGGTTAAA-G---------GAAAACTCCTCATAGGCAAGGAATTAAAGTCTCCTTTTTTACCAGTTATTTTAA-
gi|13 : cTATAATGTTGTATTAGAAGATAACGCACATCTTAGGTAAATGTGGCGTTATGAAAACTTCTTATAGACAAGGAATTAAAGTCACCTTCATTATCAAcatct
gi|14 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATATTGGATAAA----------------CTTCTTATTGACACGGAATTAAAGTCCCATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|15 : GATAAATGTCGTGTTATGAAAGCTTCTTACTGCCAGAGAATCAAAGTCACATTCTTTCTCTGTTTCATTA
gi|16 : TAAATA-GGTGTTATGAAAACTAATTACAGACAATGAATTAAAGTCACCATCTTTATCAATTTATTTAA-ATATAGcagatcgtt
gi|17 : TTACAATGTTGTAGTAAAATAAAACGCATATCTTGGATAAATGTGAT
gi|18 : gttTAAAGTCACCTTCTTTGTCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|2 : TTATATTTATGCAGTAAAAGTGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAAGAATTAAAGACACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAtt
gi|3 : tTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTCGTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAAt
gi|4 : TTATAATGTTGTCATAGAAGATTACGCACATCTTGGGTAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATAGACAAAGAATT-AAGTCAACCTTTTTATCGATTACTATAA-ATATAGA
gi|5 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGCGTTCGCACATCTTG-ATAAATGTGGTGTTATAAAAACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTTTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|6 : tTATAGTTTTGCAGTAAAGTATTACGTACATCTTCGATACTTGTGGTGTTATGAACGTTTCTTAATAACAAGGAATTAAAGTCACATTATTTATT-TTTTCTTT-A-ATACAG
gi|7 : TTATAATGTTGAAATAGAAGATAACATACATCTTTGGTAAATGTGGTGTTATAAAAACTTCTTA-AAAAAAGGAATTAAAGTCGCGTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATg
gi|8 : TGTATTAGAAGATAATGCACATCTGGGATAAATGTGGTGTTATGACAACTTCTTATAGACGAGGAATACAAGTCGACTCCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|9 : gtTTATAATGTTATAATAGTAGATGACGCATAT-------AAATGTGGCGTTATGTAAACTTTGTATAGACAAGGCATTAATGTCACCTT-TTTATC-ATTTTTTTAA-ATATAGAtt
blockSeqs : T T T A C C
blockSeqs : A G T T A .
blockSeqs : T T T A C .
blockSeqs : T T T A C .
blockSeqs : A G T T A .
blockSeqs : T A T T A .
blockSeqs : A G T A C .
blockSeqs : A G T T C .
blockSeqs : T T T T A .
blockSeqs : A G T A A .
blockSeqs : T T T T C .
blockSeqs : T T T T A .
blockSeqs : T T . A A .
blockSeqs : T . A G .
blockSeqs : . A C
blockSeqs : . C
blockSeqCons :
originalCons : TTATAATTNTGCAGTAAAAGANTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTCACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
finalCons : TTATAATTNTGCAGTAAAAGANTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTCACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 1 2
lowQualScore : . . . . . .
lowQualScore : 0 0 1 0 0 7
consensus : TTATAATTNTGCAGTAAAAGANTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTCACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
Reference ( family-2494 ) : TTATAATTNTGCAGTAAAAGANTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATNGACAAGGAATTAAAGTCACNTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAA
gi|1 : TTATATTTATGCAGTAAAAGTGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAAGAATTAAAGACACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|10 : tATAATTTTGTAGTACAAGATTACGTACATCTTGGTTAAA-G---------GAAAACTCCTCATAGGCAAGGAATTAAAGTCTCCTTTTTTACCAGTTATTTTAACATCTAAAAt
gi|11 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTG--------ACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATtt
gi|12 : tATAATTTTGTAGTACAAGATTACGTACATCTTGGTTAAA-G---------GAAAACTCCTCATAGGCAAGGAATTAAAGTCTCCTTTTTTACCAGTTATTTTAA-
gi|13 : cTATAATGTTGTATTAGAAGATAACGCACATCTTAGGTAAATGTGGCGTTATGAAAACTTCTTATAGACAAGGAATTAAAGTCACCTTCATTATCAAcatct
gi|14 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATATTGGATAAA----------------CTTCTTATTGACACGGAATTAAAGTCCCATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|15 : GATAAATGTCGTGTTATGAAAGCTTCTTACTGCCAGAGAATCAAAGTCACATTCTTTCTCTGTTTCATTA
gi|16 : TAAATA-GGTGTTATGAAAACTAATTACAGACAATGAATTAAAGTCACCATCTTTATCAATTTATTTAA-ATATAGcagatcgtt
gi|17 : TTACAATGTTGTAGTAAAATAAAACGCATATCTTGGATAAATGTGAT
gi|18 : gttTAAAGTCACCTTCTTTGTCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|2 : TTATATTTATGCAGTAAAAGTGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAAGAATTAAAGACACATTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAtt
gi|3 : tTTATAATTATGCAGTAAAAGAGTACGCACATCTTGGATAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTCGTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGAAt
gi|4 : TTATAATGTTGTCATAGAAGATTACGCACATCTTGGGTAAATGTGGTGTTATGAAAACTTCTTATAGACAAAGAATT-AAGTCAACCTTTTTATCGATTACTATAA-ATATAGA
gi|5 : cTTATAATTATGCAGTAAAAGCGTTCGCACATCTTG-ATAAATGTGGTGTTATAAAAACTTCTTATTGACAAGGAATTAAAGTCACATTTTTTATCAATTTCTTTAA-ATAT
gi|6 : tTATAGTTTTGCAGTAAAGTATTACGTACATCTTCGATACTTGTGGTGTTATGAACGTTTCTTAATAACAAGGAATTAAAGTCACATTATTTATT-TTTTCTTT-A-ATACAG
gi|7 : TTATAATGTTGAAATAGAAGATAACATACATCTTTGGTAAATGTGGTGTTATAAAAACTTCTTA-AAAAAAGGAATTAAAGTCGCGTTCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATg
gi|8 : TGTATTAGAAGATAATGCACATCTGGGATAAATGTGGTGTTATGACAACTTCTTATAGACGAGGAATACAAGTCGACTCCTTTATCAATTTCTTTAA-ATATAGA
gi|9 : gtTTATAATGTTATAATAGTAGATGACGCATAT-------AAATGTGGCGTTATGTAAACTTTGTATAGACAAGGCATTAATGTCACCTT-TTTATC-ATTTTTTTAA-ATATAGAtt