lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 4444444444444 222 1 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 111 22 1 2 11 555555555555555555555555555555555555555555 3333333 1111 2222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333 3333333 1 11 22222222 11 222222222 77777777777777777777 11 22 111 1 55
lowQualScore : 5 2 8 2 444 4 8 3 0000000000000 000 0 8 2 66 0 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 0 777 6 6 6 66 0 2 0 88 6 777777777777777777777777777777777777777777 6 3333333 1111 8 88 7 2222 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 7 444444444444 77 0 3 3333333 1 0 11 88888888 22 0 444444444 33333333333333333333 33 11 3 777 0 3 7 55
lowQualScore : . . . . ... . . . ............. ... . . . .. . . ..................................................................................................................................... .. . ... . . . .. . . . .. . .......................................... . ....... .... . .. . .... . .................................................................................................................................................. . . ............ .. . . ....... . . .. ........ .. . ......... .................... .. .. . ... . . . ..
lowQualScore : 5 5 8 2 222 0 3 7 3333333333333 888 8 8 5 00 0 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 2 555 0 0 0 22 0 5 0 00 0 000000000000000000000000000000000000000000 7 7777777 0000 3 33 3 7777 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 4 222222222222 99 1 7 3333333 4 0 00 88888888 88 8 000000000 77777777777777777777 88 77 2 555 2 7 0 00
consensus : AAACAAGAGGCCNAAGAGGACCTGAAC-ACTCTACTGGCAACAGATGCTNCATGTAAAATATCTAANGTCTGGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTT--AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGNGGGGGCATTTG--------------TGG-------------TCGA-ATCA----------------CGC-----------TGGTT-A----------TATAAN------TGC-----TG-----------------CG--CAAGTT--TGGT---TAAGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGT-CTACAANATTTCCACTATATNACTCTATGCAAAACGGTGACCC--GTGGCTGCCCCAGATTTGGCCNCCNGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTTTNA----GGGGACCCCC-TGCAATGCTTCATGTAAAATATCTAAGGTC-TAGACCTTCAGAGAA----------TTT--NAGA----G---AA--------AATGTTTA-TTNAAAGTNTCGCTTAAAG----TGTG---------N--TTG--TGGT-GAATGACGC----TGG--------TTCG-----AAANC----TCGTCCGAGATNTT------------ATGGTTATA--TAACTGCTGTGCAAGTTTGGTNAAGATTCAAT--AAAAAATGAAGGTG--CT-G-AT---CGCGTCTACAAGATAA------AGGTTAA-CGA--GACAGACG------GACA--ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTNGCCAGTAGAGC--TAAA
Reference ( gi|2 ) : AAACAAGAGTCCCAACAGGATCTGAAT-GCTCTACTGGCAACAGATGCTACATGTAAAATATCTTAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTT--AAAATTTTGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGGGCATTTG--------------TGG-------------CCGA-ATCA----------------TGC-----------TGGTT-A----------TA-AAA------TGT-----TG-----------------TG--CACATT--TGGT---TAAGACTCAATGAAAAATGAAAGTACTATAACGT-CTACAACATTTCC-CTATAGAACTCTATATAAAACAGTGATCCCTGTGGCGGCCCCAAATTTGACCCCCAGGGACCACAACTTCAACAAATCTTTTA----AGGGACCCCCATGCAATGCTACATATAAAATATCTAAGGTC-TAGGCCTT--GATA-----------TTT--AAGA----G---AA--------AATGTTT--TTAAAAGTTTCACTTAAAA----TGTG---------C--TTA--T-----AA----GC----TGG--------TTCA-----AAATC----TCGTCCGAGATTTT------------ATGGTTATA--TAACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATGAAAT-AAAAAAATGAAGCTG--CT---AT---CGCATCTACAAGATAA------AGGTTAA-TG---G--AG--G------GACA--ATTATCCATGAC---ATAAGCCTTGCTGACCTTTGGCCAGAAGAGCAATAAA
gi|1 : AAACAAGAGGCCCAAGAGGGCCTGAATCACTCTACTGGCAACAAATG
gi|17 : tgtatttcctttatttacattAAACATGAGACCCAAGATGACCTGAAC-GCTCTTCTGGCAACAGAgacagatgaatatgtcagcagaaatgtttattgtaagttccttttcaaccaatcttttaggagaccatcatgcaatgctacacctaaaatatctaaagtttcacttaaaattataaagccctgtggtaggggcatttgtttttgaatcacctggttcaaaaacttgtctgtaatcttgtggttatattactgctgcgcaagattcaatgaaaaatgaaggtgctatcgcgtttacaacattttcactatatcactctatgcaaaacagtgaccccagtggccgcccgaaattttaccccagggaccagacttcaacaaaactttaagtggacctttagagaacttttagagaaaatgtttattcaaatttcgcttaaaatgtggatataagccctgtggagggagcttttgtggtcaaatcacagtggttcaagaacttgctcaaaatcgtatggttatataactgctgcataagtttgattaaggttcaatgaaaaatgaaggtgctattgcttctacaagatgaatggacagacaaatgagcggaaaacagacaatttaacatgacataagccctgttgacctttggccagtagagctaaaaaaaagacaataaa
gi|12 : aAACAAGAGGCCATAGAGGATCTGAAC-ACTTTACTTGCAACA
gi|16 : atatttactttatatctaaatatagACAAGACGCCAAACAGAACCTAAAC-ACTCTACTGGCAACAGCTGCT
gi|3 : ATGCTACATGTAAAATATCTAACATCTAGGTCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTAGCTGAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGAGCATTTG--------------TGG-------------TCAA-ATGA----------------CAC-----------TAGTTCAACAACGTGTCCA-AGA------TAT-----TGTGGTTATATAACCGCTGTG--CAAGTC--TGGT---TACGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCACGT-CTACAA
gi|4 : atggtccctatataactctatgtaaaacggtgacccgtggctgcccaaatttgaccccaggttcccgacttcaacaaatctttcaggggacccccatgcaATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCT------T----AAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTTAAAACTTCGCTTAAAATGTGCTTATAG-GCCTTGTGAAGGGGGCATTTGTGGTGGAATGATGCTGGTTCAAGAACTCATCCGAGATCT----------------TAC------------GGTT-A----------TATAAC------TGC-----TG-----------------TG--CAAGTT--TGGT---TAAGATTCAATAAAAAATGAAGGTGCTAT--CGTGCTACAAgaaaaaggttaacagacagacggacaatttatta
gi|1 : tcaacaaatctttatggggacacccttgcaTTAAGT--GGACCTTTAGAGAACTTTTAGAGAAAATGTTTATTC--AAA-TTTCGCTTAAAATGTGGATATAA-GCCCTGTGGAGGGAGCTTTTG--------------TGG-------------TCAA-ATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTT-A----------TATAAC------TGC-----TG-----------------CA--TAAGTT--TGAT---TAAGGTTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATTGCTT-CTACAAGATgaaaaaggttaacagacagacggacaatttaccatgacataagccttgctggccttttgccaatatagctaaa
gi|1 : tgtatttcctttatttacattaaacaagaggcccaagagggcctgaatcactctactggcaacaaatggacagatgaatatgtcagcagaaatgtttattgtaagttccttttcaaccaatcttttaggagaccatcatgcaatgctacacctaaaatatctaaagtttcacttaaaattataaagccctgtggtaggggcatttgtttttgaatcacctggttcaaaaacttgtctgtaatcttgtggttatattactgctgcgcaagattcaatgaaaaatgaaggtgctatcgcgtttacaacattttcactatatcactctatgcaaaacagtgaccccagtggccgcccgaaattttaccccagggaccagacttcaacaaaactTCT--AAAGTTTCACTTAAAAT-----TATAAAGCCCTGTGGTAGGGGCATTTG--------------TTT-------------TTGA-ATCA----------------C-C-----------TGGTT-C----------AA-AAACTTGTCTGTAATCTTG-----------------TGGTTATATTACTGCTGCGCAAGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGT-TTACAACATTTTCACTATATCACTCTATGCAAAACAGTGA------------CCCCAG---TGGCCGCCCG----------------AAAT--TTTACCCCAGGGACC--------AGACTTCA-ACAAAAC-TTTAAG----TGGACCTTTAGAGAAC---------TTT--TAGA----G---AA--------AATGTTTA-TTCAAA-TTTCGCTTAAAA----TGTG---------G--ATA--T-----AA----GCCCTGTGGAGGGAGCTTTTGTGGTCAAATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTTATA--TAACTGCTGCATAAGTTTGATTAAGGTTCAAT--GAAAAATGAAGGTG--CT---AT---TGCTTCTACAAGATGAATGGACAGACAAA-TGA--G--CG--GAAAACAGACA--ATTTAACATGAC---ATAAGCCCTGTTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAAgaatggacagacaaatgagcggaaaacagacaatttaacatgacataagccctgttgacctttggccagtagagctaaaaaaaagacaataaa
gi|3 : tgtatttcctttatttacattaaacaagaggcccaagagggcctgaatcactctactggcaacaaatggacagatgaatatgtcagcagaaatgtttattgtaagttccttttcaaccaatcttttaggagaccatcatgcaatgctacacctaaaataTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC--GTGGCTGCCC-AAATTTGACCCC-AGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTTTCA----GGGGACCCCCATGCAATGCTACATGTAAAATATCTAACATC-TAGGTCTT--GAAC-----------TTTCAGAGA----A---AATGTTTTTTAAAGTTTAGCTGAAAATGT-GCTTATAAGCCCTGTGGCGGGAGCAT--TTG--TGGTCAAATGACAC----TAG--------TTCA-----ACAAC----GTGTCCAAGATATT------------GTGGTTATA--TAACCGCTGTGCAAGTCTGGTTACGATTCAAT--GAAAAATGAAGGTG--CT---AT---CACGTCTACAAGAAAA------AGGTTAA-CA---GACAGACG------GACA--ATTaaaaagacaataaa
gi|4 : atggTCAACAAATCTTTAT----GGGGACACCCTTGCAATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCTTAAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTT--AAAACTTCGCTTAA--------AATGTGC--TTATAGGCCTTG--TGAAG----GGGG---------CATTTG--TGGTGGAATGATGC----TGG--------TTCA-----AGAAC----TCATCCGAGATCTT------------ACGGTTATA--TAACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATTCAAT--AAAAAATGAAGGTG--CT---AT---CGTG-CTACAAGAAAA------AGGTTAA-CA---GACAGACG------GACA--ATTTACCATGAC---ATAAGCCTTGCTGGCCTTTTGCCAATATAGC--TAAAtatta
gi|10 : CACCAAAAG----TTTG---------A--TCAATT-----AA----GC----TTG--------TTCA-----A---------TGTCCAAAATATT------------ATGGTAATA--TAATTACTGTGTTGGTTTGGAGGGGATTGAAC-AAAAA
gi|13 : G--------TTCC-----AAATA----TGGCCTTAGATTTT------------ATGGTTATATGTGACTAC--TCCAAGTTTGGTAAAGAT
gi|5 : ctT------------ATGGTGGCA--TAATTACTGGGCAAGTTTAGTGAAGATCCAGTGAAAAAAATGTATCTAACCTAG-AG---TGCA--TGCAACATAA------AAGTTAG-TG---G--A
gi|7 : TTACA--TAACTACCATGTAAGTTTGGTCAAAATCTAAT-TAAGAAATATAGATT--CTGGAGTGCACGCATC--CAAAAT----------GTTAACTGACAG--AT--G------AACATGGCTACCC-TGACTCTACAAGCGTTtatagacaaaagccacagagatattggagtagctttctttgagctttccgctcaggtagagcaaattaa
gi|15 : atatcaaaacCATGAC---ATAGACTCTGCTGATATTTAATCAGTAGAGC--TAAA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGCCCAAGTTTGGTCACAATATGATAAAAAAAGAGTAGGTTCTACTTTGCTTATAATATGAGAATAAGGGCCGGGCGACAGAAGGCGGGATGTCGAACAGTTTGCCATGAAAGTAGCCCTTCTGATCTCTTCTGCCAATATAGCTAA
Unaligned ( gi|8 ): TTCAAAAGAACTTATCCAAGACCTTATAGTTATATCATGTAATTTGGGCTACTATTAAAATTTAATGCTATTGCTACTGTCGTGAATACAACAAAAAGTAAACAGTGAAAAATGGACAA
Unaligned ( gi|9 ): CCAAATTTGATTAAAATCCAATAATAATAAAGCTTTTGTTGGATTAAAGAGGTGGAGATGAAAAAGCTAACAGACAGATGCCGAACAAATTACCATCACAAAAGCCT
Unaligned ( gi|11 ): TGTATACACTTCATGAAAGTTTATTTAAAATCCAATCAAAAATAAAATTTCTATTGGATACACAAGTAAAAAGGTCAACAGAGAG
Unaligned ( gi|14 ): GAGGACCGGAATCACTCTACAGGAAACAAACGCTAGAAGAAATATTTTTGGTAAGTTCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 22222222 4444444 6666666 2 1111111111111111111111111 22222 2 888888888888888888888888888888888888 11 1 11 444444444444 2 11 1 33333333 111 1 22 1 777777777 2 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333 1111111 111111 222 222 111 11
lowQualScore : 1 3 44444444 777 4444444 0 999 99999 5555555 4 0 6666666666666666666666666 4 66666 0 1 222222222222222222222222222222222222 00 5 99 1 222222222222 2 1 3 1 0 0 88 77777777777 88 0 4 1 33333333 777 1 2 0 2 00 4 3 3 6 0 2 222222222 1 2 444 6 1 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 3 7 8 3 2 2 1 66 1 5 5 5 8888888888888 111 8888888 888 666666 555 1 000 6 111 1 33
lowQualScore : . . ........ ... ....... . ... ..... ....... . . ......................... . ..... . . .................................... .. . .. . ............ . . . . . . .. ........... .. . . . ........ ... . . . . .. . . . . . . ......... . . ... . . . .......................................................................... .. . . . . . . . .. . . . . ............. ... ....... ... ...... ... . ... . ... . ..
lowQualScore : 0 3 22222222 999 7777777 7 000 55555 0000000 0 0 0000000000000000000000000 0 00000 0 0 000000000000000000000000000000000000 00 0 55 0 000000000000 5 0 7 0 7 7 33 77777777777 00 7 0 0 33333333 555 0 5 0 5 22 0 2 2 5 0 5 222222222 0 0 888 5 0 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 2 5 2 3 2 2 0 99 0 0 0 7 7777777777777 333 6666666 000 444444 777 4 000 7 777 0 88
consensus : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCA--------ACAGATGCTANATGT-----GAAATATTTNNNGTNNGNNCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACGTTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGA--CCCGTGGC-GCCCCAAATTTGACC-CCAGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGAC-CCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCT-AGGCCTT----GA-ACTTTCAGAGAAAATGTTT-TTT--AAAGTTTCGCTTAAAATGTGC------------------------TTATAGGCCC---------------TGTGGT-GG---------------AATNACGCTGGTTCAAGAACTCGTCCGAGATNTTATGGTTATA--TAACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T-AAAAAATGAAGGTG-CT---AT---C----GCGTCTACA-------AGAT--AAA------GGTTAAC-GAGACAGA---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
Reference ( family-2480 ) : AAACAAGAGGCCNAAGAGGACCTGAA-CACTCTACTGGCA--------ACAGATGCTNCATGT-----AAAATATCTAANGTCTGGGCCTT-------GAACTTTCAG-AGA-----A---AATGTT----------TTTTTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGNGGGGGCAT------TTG-------TGGTC-------------G-AATCACGCTGGTTATATAANTGCTGCGCAAGTTTGGTTAAGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAANATTTCCACTATATNACTCTATGCAAAACGGTGA--CCCGTGGCTGCCCCAGATTTGGCCNCCNGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTT---TNAGGGGAC-CCCC-TGCAATGCTTCATGTAAAATATCTAAGGTCT-AGACCTTCAGAGA-A-TTTNAGAGAAAATGTTTATTN--AAAGTNTCGCTTAAAGTGTGN------------------------T------------------------TGTGGT-G----------------AATGACGCTGGTTCGAAANCTCGTCCGAGATNTTATGGTTATA--TAACTGCTGTGCAAGTTTGGTNAAGATTCAA-T-AAAAAATGAAGGTG-CTG--AT---C----GCGTCTACA-------AGAT--AAA------GGTTAAC-GAGACAGA---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTNGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|1 : AAACAAGAGGCCCAAGAGGGCCTGAATCACTCTACTGGCAACAAATGGACAGATGA-ATATGTCAGCAGAAATGTTTATTGTAAGTTCCTTTTCAACCAATCTTTTAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATATCTAAAGTTTCACTTAAAAT-----TATAAAGCCCTGTGGTAGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGTTCAAAAACTTGTCTGTAATCTTG-TGGTTATATTACTGCTGCGCAAG----------ATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTTTACAACATTTTCACTATATCACTCTATGCAAAACAGTGA--CCC----------CAG---TGGCCGCCCG----------------AAATTTTACCCCAGGG-AC-C--------AGACTTCA-ACAAAAC-TTTAAG---T-GGACCTTTAGAGA-ACTTTTAGAGAAAATGTTTATTC--AAA-TTTCGCTTAAAATGTGGATATAAGCCCTGTGGAGGGAGCTTT------------------------TGTGGTCA----------------AATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTTATA--TAACTGCTGCATAAGTTTGATTAAGGTTCAA-T-GAAAAATGAAGGTG-CT---AT---T----GCTTCTACA-------AGAT--GAATGGACAGACAAAT-GAG-CGGAAAACAGACA-ATTTAACATGAC---ATAAGCCCTGTTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|10 : tgtatttcctttatttacattTGAT-C----------------AATTAAGCTTGTTCAA-----TGTCCAAAATATTATGGTAATA--TAATTACTGTGTTGGTTTGGAGGGGATTGAA-C-AAAAAaaaaagacaataaa
gi|12 : caccaaaagttAACAAGAGGCCATAGAGGATCTGAA-CACTTTACTTGCA--------ACA
gi|13 : atatttactttatatctaaatatagGTTCCAAATATGGCCTTAGATTTTATGGTTATATGTGACTAC--TCCAAGTTTGGTAAAGAT
gi|14 : ctGAGGACCGGAATCACTCTACAGGAA--------ACAAACGCTAGAAG-------AAATATTT
gi|15 : CATGAC---ATAGACTCTGCTGATATTTAATCAGTAGAGC--TAAAttggtaagttcc
gi|16 : ACAAGACGCCAAACAGAACCTAAA-CACTCTACTGGCA--------ACAGCTGCTaacaagattttaaa
gi|17 : AAACATGAGACCCAAGATGACCTGAA-CGCTCTTCTGGCA--------ACAGA
gi|2 : aAAACAAGAGTCCCAACAGGATCTGAA-TGCTCTACTGGCA--------ACAGATGCTACATGT-----AAAATATCTTAGGTCTAGGCCTT-------GAACTTTCAG-AGA-----A---AATGTT----------TTTTTAAAATTTTGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGGGCAT------TTG-------TGGCC-------------G-AATCATGCTGGTTATA-AAATGTTGTGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAAGTACTATAACGTCTACAACATTTCC-CTATAGAACTCTATATAAAACAGTGATCCCTGTGGCGGCCCCAAATTTGACCCCCAGGGACCACAACTTCAACAAATCTT---TTAAGGGAC-CCCCATGCAATGCTACATATAAAATATCTAAGGTCT-AGGCCTT----GATA-TTTAAGAGAAAATGTTT-TTA--AAAGTTTCACTTAAAATGTGC------------------------T------------------------TAT---------------------AA----GCTGGTTCAAAATCTCGTCCGAGATTTTATGGTTATA--TAACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATGAAA-TAAAAAAATGAAGCTG-CT---AT---C----GCATCTACA-------AGAT--AAA------GGTTAAT-G-----GA---GGGACA-ATTATCCATGAC---ATAAGCCTTGCTGACCTTTGGCCAGAAGAGCAATAAA
gi|3 : TCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGA--CCCGTGGCTGCCC-AAATTTGACC-CCAGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGAC-CCCCATGCAATGCTACATGTAAAATATCTAACATCT-AGGTCTT----GA-ACTTTCAGAGAAAATGTTT-TTT--AAAGTTTAGCTGAAAATGTGC------------------------TTATAAGCCC---------------TGTGGC-GGGAGCATTTGTGGTCAAATGACACTAGTTCAACAACGTGTCCAAGATATTGTGGTTATA--TAACCGCTGTGCAAGTCTGGTTACGATTCAA-T-GAAAAATGAAGGTG-CT---AT---C----ACGTCTACA-------AGAA--AAA------GGTTAAC--AGACAGA---CGGACA-ATTTA
gi|4 : atggTCAACAAATCTT---TATGGGGACACCCT-TGCAATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCTTAAAC------------TTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTTAAAACTTCGCTTAAAATGTGC------------------------TTATAGGCCTTGTGAAGGGGGCATTTGTGGT-GG---------------AATGATGCTGGTTCAAGAACTCATCCGAGATCTTACGGTTATA--TAACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATTCAA-T-AAAAAATGAAGGTG-CT---AT---C----GTG-CTACA-------AGAA--AAA------GGTTAAC--AGACAGA---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCTTGCTGGCCTTTTGCCAATATAGC--TAAAtta
gi|5 : TATGGTGGCA--TAATTACTGGGCAAGTTTAGTGAAGATCCAG-T-GAAAAA--AATGTATCTA--AC---CTAGAGTGCATGCA-------ACAT--AAA------AGTTAGTGGATATAGA---C
gi|7 : TTACA--TAACTACCATGTAAGTTTGGTCAAAATCTAATT-AAGAAATATAGATT-CTGGAGTGCAC----GCATC--CA-------AAAT------------GTTAAC-T-GACAGA---TGAACATGGCTACCCTGACTCTACAAGCaaaagccacagagatattggagtagctttctttgagctttccgctcaggtagagcaaattaa
gi|9 : atatcaaaacCAAATTTGATTAAAATCCAA-T-AATAA-TAAAGCTT-TTG---T---T----GGAT-TAAAGAGGTGGAGATGAAAA------AGCTAAC--AGACAGATGCCGAACA-AATTACCATCAC---AAAAGCCgtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGCCCAAGTTTGGTCACAATATGATAAAAAAAGAGTAGGTTCTACTTTGCTTATAATATGAGAATAAGGGCCGGGCGACAGAAGGCGGGATGTCGAACAGTTTGCCATGAAAGTAGCCCTTCTGATCTCTTCTGCCAATATAGCTAA
Unaligned ( gi|8 ): TTCAAAAGAACTTATCCAAGACCTTATAGTTATATCATGTAATTTGGGCTACTATTAAAATTTAATGCTATTGCTACTGTCGTGAATACAACAAAAAGTAAACAGTGAAAAATGGACAA
Unaligned ( gi|11 ): TGTATACACTTCATGAAAGTTTATTTAAAATCCAATCAAAAATAAAATTTCTATTGGATACACAAGTAAAAAGGTCAACAGAGAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222222 4444444 3333333 1 333333333 4444444444 22222 1 88888888888888888888888888888888 1 11 4444444444 1 4444444444 44444444 1 111 2222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666 111 111111111111111111 2222222222222222222222222222 33333333333333333333333 111 11 11
lowQualScore : 3 0 666666666 1 4444444 333 22 22 2222222 1 5 777777777 1111111111 1 66666 5 00000000000000000000000000000000 1 5 66 1 8888888888 2 3 0 5555555555 7 22222222 3 6 777 0 2 2 3 1 3 3 6 7 00 1111 0 777 44 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 5 0 0 1 55 4 1 4 0 2 3 111 55 4 777 777 999999999999999999 0000000000000000000000000000 00000000000000000000000 5 000 0 11 3 11
lowQualScore : . . ......... . ....... ... .. .. ....... . . ......... .......... . ..... . ................................ . . .. . .......... . . . .......... . ........ . . ... . . . . . . . . . .. .... . ... .. . .............................................. . . . . . . .. . . . . . . ... .. . ... ... .................. ............................ ....................... . ... . .. . ..
lowQualScore : 3 7 000000000 0 3333333 000 00 00 0000000 0 0 555555555 0000000000 0 00000 5 55555555555555555555555555555555 0 0 55 0 5555555555 5 3 7 7777777777 3 33333333 3 7 555 2 5 5 5 0 2 2 5 0 55 2222 2 555 55 2 2222222222222222222222222222222222222222222222 8 2 2 7 7 0 55 0 4 7 3 6 6 444 55 1 111 000 333333333333333333 2222222222222222222222222222 77777777777777777777777 0 000 3 00 2 00
consensus : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGTAAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC--GTGGC---CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTG---------------G------------CGG---------------AATNACGCTGGTTCAAGAACTCGTCCGAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAAAATGA--AGNTG--CT---AT---CGC----GTC-----TACA-------A------G-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A-----------CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGA--CCTTTNGCCAGTAGAGC--TAAA
Reference ( family-2480 ) : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTNNNGTNNGNNCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACGTTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC--GTGGCG-CCCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAGGCCCTGTG---------------G------------TGG---------------AATNACGCTGGTTCAAGAACTCGTCCGAGATNTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAAAATGA--AGGTG--CT---AT---CGC----GTC-----TACA-------A------G-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A-----------CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGA--CCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|1 : AAACAAGAGGCCCAAGAGGGCCTGAATCACTCTACTGGCAACAAATGGACAGATGAATATGTCAGCAGAAATGTTTATTGTAAGTTCCTTTTCAACCAATCTTTTAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATATCTAAAGTTTCACTTAAAAT-----TATAAAGCCCTGTGGTAGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGTTCAAAAACTTGTCTGTAATCTTG-TGGTTATATTACTGCTGCGCA----------AGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTTTACAACATTTTCACTATATCACTCTATGCAAAACAGTGACCC------------CAG---TGGCC-----G--CC-CGA--------AATTTTACCCCAGGG-ACC--------AGACTTCA-ACAAAAC-TTTAAG---TGGACCTTTAGAGAACTTTTAGAGAAAATGTTTATT---CAAATTTCGCTTAAAATGTGGATATAAGCCCTGTG---------------GAGGGAGCTTTTGTGGTCA------------AATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTTATA--TA-ACTGCTGCATAAGTTTGATTAAGGTTCAA-T--GAAAAATGA--AGGTG--CT---AT---TGC----TTC-----TACA-------A------G-AT--GAATGGACAGACAAAT-GAG-CGGAAAA-----------CAGACA-ATTTAACATGAC---ATAAGCCCTGTTGA--CCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|10 : tgtatttcctttatttacatt---------------AATTAAGCTTGTTCAA-----TGTCCAAAATATTATGGTAATA--TA-ATTACTGTGTTGGTTTGGAGGGGATTGAA-C--AAAAAaaaaagacaataaa
gi|11 : caccaaaagtttgatcTGTA--TACACTTC-ATGAAAGTTTATTTAAAATCCAA-T--CAAAAATAA--AATTT--CT---AT---TGG----ATA-----CACA-------A------GTAA--AA------AGGTCAACAGAGA
gi|12 : AACAAGAGGCCATAGAGGATCTGAA-CACTTTACTTGCAACAg
gi|13 : atatttactttatatctaaatatagAGATTTTATGGTTATATGTG-ACTAC--TCCAAGTTTGGTAAAGAT
gi|14 : ctgttccaaatatggccttGAGGACCGGAATCACTCTACAGGAAACAAACG--C---T--AGAAG-------AAATATTTTTGGTAAGTTCC
gi|15 : CATGAC---ATAGACTCTGCTGA--TATTTAATCAGTAGAGC--TAAA
gi|16 : ACAAGACGCCAAACAGAACCTAAA-CACTCTACTGGCAACAGCTG--C---T--aacaagattttaaa
gi|17 : AAACATGAGACCCAAGATGACCTGAA-CGCTCTTCTGGCAACAGA
gi|2 : aAAACAAGAGTCCCAACAGGATCTGAA-TGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ACATGT-----AAAATATCTTAGGTCTAGGCCTT-------GAACTTTCAG-AGA-----A---AATGTT----------TTTTTAAAATTTTGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGGGCATTTGT-------------GGCC-------------G-AATCATGCTGGTTATA-AAATGTTGTGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAAGTACTATAACGTCTACAACATTTCC-CTATAGAACTCTATATAAAACAGTGATCCCTGTGGCGGCCCCAAATTTGACCCCCAGGGACCACAACTTCAACAAATCTT---TTAAGGGACCCCCATGCAATGCTACATATAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GATATTTAAGAGAAAATGTTTTTA---AAAGTTTCACTTAAAATGTGCTTATAA------------------------------------------------------------GCTGGTTCAAAATCTCGTCCGAGATTTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATGAAA-TA-AAAAAATGA--AGCTG--CT---AT---CGC----ATC-----TACA-------A------G-AT--AA------AGGTTAAT-G-----G---A-----------GGGACA-ATTATCCATGAC---ATAAGCCTTGCTGA--CCTTTGGCCAGAAGAGCAATAAA
gi|3 : TCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC--GTGGCT-GCCCAAATTTGACCCC-AGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTACATGTAAAATATCTAACATCTAGGTCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTAGCTGAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTG---------------G------------CGGGAGCATTTGTGGTCAAATGACACTAGTTCAACAACGTGTCCAAGATATTGTGGTTATA--TA-ACCGCTGTGCAAGTCTGGTTACGATTCAA-T--GAAAAATGA--AGGTG--CT---AT---CAC----GTC-----TACA-------A------G-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A-----------CGGACA-ATTTA
gi|4 : atggTCAACAAATCTT---TATGGGGACACCCTTGCAATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCT------T----AAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTTAAAACTTCGCTTAAAATGTGCTTATAGGCCTTGTGAAGGGGGCATTTGTGG------------TGG---------------AATGATGCTGGTTCAAGAACTCATCCGAGATCTTACGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATTCAA-T--AAAAAATGA--AGGTG--CT---AT---CGT----G-C-----TACA-------A------G-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A-----------CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCTTGCTGG--CCTTTTGCCAATATAGC--TAAAtta
gi|5 : TATGGTGGCA--TA-ATTACTGGGCAAGTTTAGTGAAGATCCAG-TGAAAAAAATGT--ATCTAACCT---AG---AGT----GCA-----TGCA-------A------C-AT--AA------AAGTTAGTGGATATAG---A-----------C
gi|6 : CAAGTTTGGTCACAATATGA-T--AAAAAAAGAGTAGGTT--CT---AC---TTT----GCT-----TATA-------ATATGAGA-AT--AA------GGGCCGG--GCGACAG---AAGGCGGGATGTCGAACA-GTTTGCCATGAA---AGTAGCCCTTCTGATCTCTTCTGCCAATATAGC--TAAaaaagccacagagatattggagtagctttctttgagctttccgctcaggtagagcaaattaa
gi|7 : gtgccTTACA--TA-ACTACCATGTAAGTTTGGTCAAAATCTAATT--AAGAAATAT--AGATT--CTGGAGTGCACGC----ATC-------CA-------A------A-AT------------GTTAAC-T-GACAG---A-----------TGAACATGGCTACCCTGACTCTACAAGC
gi|8 : atatcaaaacAAGAACTTATCCAAGACCTTATAGTTATA--TC-A------TGTAATTTGGGCTA-----CTA-T--TAAAATTTA--A--TG--CT---AT---TGCTACTGTCGTGAATACA-------A------C-A---AA------AAGTAAACAGTGAAAA---A-----------TGGACA-Agtt
gi|9 : ttcaaCAAATTTGATTAAAATCCAA-T---AATAATAA--AGCTT--TT---GT---TGG----AT------TAAAGAGGTGGA------G-ATGAAA------AAGCTAAC--AGACAG---ATGC--------CGAACA-AATTACCATCAC---AAAAGCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222222 4444444 11 3333333 1 333333333 4444444444 22222 1 88888888888888888888888888888888 1 11 4444444444 1 55555 11 333333 1 111 2222 111 5555555555555555555555555555555555 111 11111111111 1111111 11111111111 222 111 11
lowQualScore : 3 0 666666666 1 4444444 88 7 2222222 1 5 777777777 1111111111 1 66666 5 00000000000000000000000000000000 1 5 66 1 1111111111 2 3 0 11111 88 6 777777 3 6 777 0 2 2 3 1 3 3 6 7 00 1111 0 777 2 0 7777777777777777777777777777777777 3 3 5 0 0 1 55 4 1 4 4 000 777 1 666 11111111111 5555 4444444 4 55555555555 777 888 888 5 111 1 33
lowQualScore : . . ......... . ....... .. . ....... . . ......... .......... . ..... . ................................ . . .. . .......... . . . ..... .. . ...... . . ... . . . . . . . . . .. .... . ... . . .................................. . . . . . . .. . . . . ... ... . ... ........... .... ....... . ........... ... ... ... . ... . ..
lowQualScore : 3 7 000000000 0 3333333 33 3 0000000 0 0 555555555 0000000000 0 00000 5 55555555555555555555555555555555 0 0 55 0 0000000000 5 3 7 77777 33 7 333333 3 7 555 2 5 5 5 0 2 2 5 0 55 2222 2 555 5 2 8888888888888888888888888888888888 8 2 2 7 7 7 55 0 4 7 0 888 000 0 222 33333333333 7777 4444444 4 88888888888 666 888 888 7 777 0 88
consensus : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTG---------------GCGGGAGC-TTTGTGGTCAAATNACGCTGGTTCAAGAACTCGTCCGAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
Reference ( family-2480 ) : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC-----GTGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTG---------------GCGG---------------AATNACGCTGGTTCAAGAACTCGTCCGAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTNGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|1 : AAACAAGAGGCCCAAGAGGGCCTGAATCACTCTACTGGCAACAAATGGACAGATGAATATGTCAGCAGAAATGTTTATTGT--AAGTTCCTTTTCAACCAATCTTTTAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATATCTAAAGTTTCACTTAAAAT-----TATAAAGCCCTGTGGTAGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGTTCAAAAACTTGTCTGTAATCTTG-TGGTTATATTACTGCTGCGCA----------AGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTTTACAACATTTTCACTATATCACTCTATGCAAAACAGTGACCCCA---GTGGC--C-----------------G--CC-CGA--------AATTTTACCCCAGGG-ACC--------AGACTTCA-ACAAAAC-TTTAAG---TGGACCTTTAGAGAACTTTTAGAGAAAATGTTTATT---CAAATTTCGCTTAAAATGTGGATATAAGCCCTGTG---------------GAGGGAGCTTTTGTGGTCAAATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTTATA--TA-ACTGCTGCATAAGTTTGATTAAGGTTCAA-T--GAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---TGCTTCTACA-------AG-AT--GAATGGACAGACAAAT-GAG-CGGAAAA---CAGACA-ATTTAACATGAC---ATAAGCCCTGTTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|10 : tgtatttcctttatttacatt---------------AATTAAGCTTGTTCAA-----TGTCCAAAATATTATGGTAATA--TA-ATTACTGTGTTGGTTTGGAGGGGATTGAA-C--AAAA---Aaaaaagacaataaa
gi|11 : caccaaaagtttgatcTGTA--TACACTTC-ATGAAAGTTTATTTAAAATCCAA-T--CAAA---AATAAAATTT--CT---A---T---TGGATACACA-------AGTAA--AA------AGGTCAACAGAGA
gi|12 : AACAAGAGGCCATAGAGGATCTGAA-CACTTTACTTGCAACAg
gi|13 : atatttactttatatctaaatatagAGATTTTATGGTTATATGTG-ACTAC--TCCAAGTTTGGTAAAGAT
gi|14 : ctgttccaaatatggccttGAGGACCGGAATCACTCTACAGGAAACAAACG--C---T--AGAAG-------AAATATTTTTGGT--AAGTTCC
gi|15 : CATGAC---ATAGACTCTGCTGATATTTAATCAGTAGAGC--TAAA
gi|16 : ACAAGACGCCAAACAGAACCTAAA-CACTCTACTGGCAACAGCTG--C---T--aacaagattttaaa
gi|17 : AAACATGAGACCCAAGATGACCTGAA-CGCTCTTCTGGCAACAGA
gi|2 : aAAACAAGAGTCCCAACAGGATCTGAA-TGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ACATGT-----AAAATATCTTAGGTCTAGG--CCTT-------GAACTTTCAG-AGA-----A---AATGTT----------TTTTTAAAATTTTGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGGGCATTTGT-------------GGCC-------------G-AATCATGCTGGTTATA-AAATGTTGTGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAAGTACTATAACGTCTACAACATTTCC-CTATAGAACTCTATATAAAACAGTGATCCCTGTGGCGGC--CCCAAATTTGACCCCCAGGGACCACAACTTCAACAAATCTT---TTAAGGGACCCCCATGCAATGCTACATATAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GATATTTAAGAGAAAATGTTTTTA---AAAGTTTCACTTAAAATGTGCTTATAA------------------------------------------------GCTGGTTCAAAATCTCGTCCGAGATTTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATGAAA-TA-AAAA---AATGAAGCTG--CT---A---T---CGCATCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAT-G-----G---A---GGGACA-ATTATCCATGAC---ATAAGCCTTGCTGACCTTTGGCCAGAAGAGCAATAAA
gi|3 : TCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC-----GTGGCTGCCCAAATTTGACCCC-AGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTACATGTAAAATATCTAACATCTAGGTCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTAGCTGAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTG---------------GCGGGAGCATTTGTGGTCAAATGACACTAGTTCAACAACGTGTCCAAGATATTGTGGTTATA--TA-ACCGCTGTGCAAGTCTGGTTACGATTCAA-T--GAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---CACGTCTACA-------AG-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A---CGGACA-ATTTA
gi|4 : atggTCAACAAATCTT---TATGGGGACACCCTTGCAATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCT------T----AAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTTAAAACTTCGCTTAAAATGTGCTTATAGGCCTTGTGAAGGGGGCATTTGTGGTGG---------------AATGATGCTGGTTCAAGAACTCATCCGAGATCTTACGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATTCAA-T--AAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---CGTG-CTACA-------AG-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCTTGCTGGCCTTTTGCCAATATAGC--TAAAtta
gi|5 : TATGGTGGCA--TA-ATTACTGGGCAAGTTTAGTGAAGATCCAG-TGAAAAA---AATGTATCTAACCT---A---G---AGTGCATGCA-------AC-AT--AA------AAGTTAGTGGATATAG---A---C
gi|7 : TTACA--TA-ACTACCATGTAAGTTTGGTCAAAATCTAATT--AAGA---AATATAGATT--CTGGAG---TGCACGCATC--CA-------AA-AT------------GTTAAC-T-GACAG---A---TGAACATGGCTACCCTGACTCTACAAGCaaaagccacagagatattggagtagctttctttgagctttccgctcaggtagagcaaattaa
gi|8 : atatcaaaacAAGAACTTATCCAAGACCTTATAGTTATA--TC-A------TGTAATTTGGGCTA----CTAT-T--AAAATTTAATGCTATTG--CT---ACTGT---CGTGAATACA-------AC-A---AA------AAGTAAACAGTGAAAA---A---TGGACA-Agtt
gi|9 : ttcaaCAAATTTGATTAAAATCCAA-T---AAT---AATAAAGCTT--TT---G---T---TGGAT-TAAAGAGGTGGAG-ATGAAA------AAGCTAAC--AGACAG---ATGCCGAACA-AATTACCATCAC---AAAAGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGCCCAAGTTTGGTCACAATATGATAAAAAAAGAGTAGGTTCTACTTTGCTTATAATATGAGAATAAGGGCCGGGCGACAGAAGGCGGGATGTCGAACAGTTTGCCATGAAAGTAGCCCTTCTGATCTCTTCTGCCAATATAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 222222222 4444444 11 3333333 1 333333333 4444444444 22222 1 88888888888888888888888888888888 1 11 4444444444 1 44444 11 333333 1 111 2222 111 22222 111111 111 11111111111 1111111 11111111111 222 111 11
lowQualScore : 3 0 666666666 1 4444444 88 7 2222222 1 5 777777777 1111111111 1 66666 5 00000000000000000000000000000000 1 5 66 1 1111111111 2 3 0 88888 0 88 6 777777 3 6 777 0 2 2 3 1 3 3 6 7 00 1111 0 777 22 99 0 11111 555 77 3 000000 4 1 55 4 1 4 4 000 777 1 666 11111111111 5555 4444444 4 55555555555 777 888 888 5 111 0 33
lowQualScore : . . ......... . ....... .. . ....... . . ......... .......... . ..... . ................................ . . .. . .......... . . . ..... . .. . ...... . . ... . . . . . . . . . .. .... . ... .. .. . ..... ... .. . ...... . . .. . . . . ... ... . ... ........... .... ....... . ........... ... ... ... . ... . ..
lowQualScore : 3 7 000000000 0 3333333 33 3 0000000 0 0 555555555 0000000000 0 00000 5 55555555555555555555555555555555 0 0 55 0 0000000000 5 3 7 33333 7 33 7 333333 3 7 555 2 5 5 5 0 2 2 5 0 55 2222 2 555 88 00 8 00000 444 88 2 888888 8 7 55 0 4 7 0 888 000 0 222 33333333333 7777 4444444 4 88888888888 666 888 888 7 777 2 88
consensus : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTT-GTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
Reference ( family-2480 ) : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGCGGGAGC-TTT-GTGGTCAAATNACGCTGGTTCAAGAACTCGTCCGAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|1 : AAACAAGAGGCCCAAGAGGGCCTGAATCACTCTACTGGCAACAAATGGACAGATGAATATGTCAGCAGAAATGTTTATTGT--AAGTTCCTTTTCAACCAATCTTTTAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATATCTAAAGTTTCACTTAAAAT-----TATAAAGCCCTGTGGTAGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGTTCAAAAACTTGTCTGTAATCTTG-TGGTTATATTACTGCTGCGCA----------AGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTTTACAACATTTTCACTATATCACTCTATGCAAAACAGTGACCCCA---GTGGC--C-----------------G--CC-CGA--------AATTTTACCCCAGGG-ACC--------AGACTTCA-ACAAAAC-TTTAAG---TGGACCTTTAGAGAACTTTTAGAGAAAATGTTTATT---CAAATTTCGCTTAAAATGTGGATATAAGCCCTGTGGAGGGAGC-TTTTGTGGTCAAATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTTATA--TA-ACTGCTGCATAAGTTTGATTAAGGTTCAA-T--GAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---TGCTTCTACA-------AG-AT--GAATGGACAGACAAAT-GAG-CGGAAAA---CAGACA-ATTTAACATGAC---ATAAGCCCTGTTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|10 : tgtatttcctttatttacattTGATCAA-TTAAGCTTGTTCAA-----TGTCCAAAATATTATGGTAATA--TA-ATTACTGTGTTGGTTTGGAGGGGATTGAA-C--AAAA---Aaaaaagacaataaa
gi|11 : caccaaaagttTGTA--TACACTTC-ATGAAAGTTTATTTAAAATCCAA-T--CAAA---AATAAAATTT--CT---A---T---TGGATACACA-------AGTAA--AA------AGGTCAACAGAGA
gi|12 : AACAAGAGGCCATAGAGGATCTGAA-CACTTTACTTGCAACAg
gi|13 : atatttactttatatctaaatatagAGATTTTATGGTTATATGTG-ACTAC--TCCAAGTTTGGTAAAGAT
gi|14 : ctgttccaaatatggccttGAGGACCGGAATCACTCTACAGGAAACAAACG--C---T--AGAAG-------AAATATTTTTGGT--AAGTTCC
gi|15 : CATGAC---ATAGACTCTGCTGATATTTAATCAGTAGAGC--TAAA
gi|16 : ACAAGACGCCAAACAGAACCTAAA-CACTCTACTGGCAACAGCTG--C---T--aacaagattttaaa
gi|17 : AAACATGAGACCCAAGATGACCTGAA-CGCTCTTCTGGCAACAGA
gi|2 : aAAACAAGAGTCCCAACAGGATCTGAA-TGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ACATGT-----AAAATATCTTAGGTCTAGG--CCTT-------GAACTTTCAG-AGA-----A---AATGTT----------TTTTTAAAATTTTGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGGGCATTTGT-------------GGCC-------------G-AATCATGCTGGTTATA-AAATGTTGTGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAAGTACTATAACGTCTACAACATTTCC-CTATAGAACTCTATATAAAACAGTGATCCCTGTGGCGGC--CCCAAATTTGACCCCCAGGGACCACAACTTCAACAAATCTT---TTAAGGGACCCCCATGCAATGCTACATATAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GATATTTAAGAGAAAATGTTTTTA---AAAGTTTCACTTAAAATGTGCTTATAAGC----TGGT---------------TCAAA--AT-CTCGTCCGAG------------ATTTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATGAAA-TA-AAAA---AATGAAGCTG--CT---A---T---CGCATCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAT-G-----G---A---GGGACA-ATTATCCATGAC---ATAAGCCTTGCTGACCTTTGGCCAGAAGAGCAATAAA
gi|3 : TCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC-----GTGGCTGCCCAAATTTGACCCC-AGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTACATGTAAAATATCTAACATCTAGGTCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTAGCTGAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGCGGGAGCATTT-GTGGTCAAATGACACTAGTTCAACAACGTGTCCAAGATATTGTGGTTATA--TA-ACCGCTGTGCAAGTCTGGTTACGATTCAA-T--GAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---CACGTCTACA-------AG-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A---CGGACA-ATTTA
gi|4 : atggTCAACAAATCTT---TATGGGGACACCCTTGCAATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCT------T----AAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTTAAAACTTCGCTTAAAATGTGCTTATAGGCCTTGTGAAGGGGGCATTT-GTGGTGGAATGATGCTGGTTCAAGAACTCATCCGAGATCTTACGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATTCAA-T--AAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---CGTG-CTACA-------AG-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCTTGCTGGCCTTTTGCCAATATAGC--TAAAtta
gi|5 : TATGGTGGCA--TA-ATTACTGGGCAAGTTTAGTGAAGATCCAG-TGAAAAA---AATGTATCTAACCT---A---G---AGTGCATGCA-------AC-AT--AA------AAGTTAGTGGATATAG---A---C
gi|7 : TTACA--TA-ACTACCATGTAAGTTTGGTCAAAATCTAATT--AAGA---AATATAGATT--CTGGAG---TGCACGCATC--CA-------AA-AT------------GTTAAC-T-GACAG---A---TGAACATGGCTACCCTGACTCTACAAGCaaaagccacagagatattggagtagctttctttgagctttccgctcaggtagagcaaattaa
gi|8 : atatcaaaacAAGAACTTATCCAAGACCTTATAGTTATA--TC-A------TGTAATTTGGGCTA----CTAT-T--AAAATTTAATGCTATTG--CT---ACTGT---CGTGAATACA-------AC-A---AA------AAGTAAACAGTGAAAA---A---TGGACA-Agtt
gi|9 : ttcaaCAAATTTGATTAAAATCCAA-T---AAT---AATAAAGCTT--TT---G---T---TGGAT-TAAAGAGGTGGAG-ATGAAA------AAGCTAAC--AGACAG---ATGCCGAACA-AATTACCATCAC---AAAAGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGCCCAAGTTTGGTCACAATATGATAAAAAAAGAGTAGGTTCTACTTTGCTTATAATATGAGAATAAGGGCCGGGCGACAGAAGGCGGGATGTCGAACAGTTTGCCATGAAAGTAGCCCTTCTGATCTCTTCTGCCAATATAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 222222222 4444444 11 3333333 1 333333333 4444444444 22222 1 88888888888888888888888888888888 1 11 4444444444 1 44444 11 333333 1 111 2222 111 1 111 11111111111 1111111 11111111111 222 111 11
lowQualScore : 3 0 666666666 1 4444444 88 7 2222222 1 5 777777777 1111111111 1 66666 5 00000000000000000000000000000000 1 5 66 1 1111111111 2 3 0 88888 0 88 6 777777 3 6 777 0 2 2 3 1 3 3 6 7 00 1111 0 777 22 33 0 3 555 77 1 0 3 1 55 4 1 4 4 000 777 1 666 11111111111 5555 4444444 4 55555555555 777 888 888 5 111 0 33
lowQualScore : . . ......... . ....... .. . ....... . . ......... .......... . ..... . ................................ . . .. . .......... . . . ..... . .. . ...... . . ... . . . . . . . . . .. .... . ... .. .. . . ... .. . . . . .. . . . . ... ... . ... ........... .... ....... . ........... ... ... ... . ... . ..
lowQualScore : 3 7 000000000 0 3333333 33 3 0000000 0 0 555555555 0000000000 0 00000 5 55555555555555555555555555555555 0 0 55 0 0000000000 5 3 7 33333 7 33 7 333333 3 7 555 2 5 5 5 0 2 2 5 0 55 2222 2 555 88 55 8 5 444 88 0 8 0 7 55 0 4 7 0 888 000 0 222 33333333333 7777 4444444 4 88888888888 666 888 888 7 777 2 88
consensus : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTTGTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
Reference ( family-2480 ) : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTTGTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|1 : AAACAAGAGGCCCAAGAGGGCCTGAATCACTCTACTGGCAACAAATGGACAGATGAATATGTCAGCAGAAATGTTTATTGT--AAGTTCCTTTTCAACCAATCTTTTAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATATCTAAAGTTTCACTTAAAAT-----TATAAAGCCCTGTGGTAGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGTTCAAAAACTTGTCTGTAATCTTG-TGGTTATATTACTGCTGCGCA----------AGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTTTACAACATTTTCACTATATCACTCTATGCAAAACAGTGACCCCA---GTGGC--C-----------------G--CC-CGA--------AATTTTACCCCAGGG-ACC--------AGACTTCA-ACAAAAC-TTTAAG---TGGACCTTTAGAGAACTTTTAGAGAAAATGTTTATT---CAAATTTCGCTTAAAATGTGGATATAAGCCCTGTGGAGGGAGCTTTTGTGGTCAAATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTTATA--TA-ACTGCTGCATAAGTTTGATTAAGGTTCAA-T--GAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---TGCTTCTACA-------AG-AT--GAATGGACAGACAAAT-GAG-CGGAAAA---CAGACA-ATTTAACATGAC---ATAAGCCCTGTTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|10 : tgtatttcctttatttacattTGATCAA-TTAAGCTTGTTCAA-----TGTCCAAAATATTATGGTAATA--TA-ATTACTGTGTTGGTTTGGAGGGGATTGAA-C--AAAA---Aaaaaagacaataaa
gi|11 : caccaaaagttTGTA--TACACTTC-ATGAAAGTTTATTTAAAATCCAA-T--CAAA---AATAAAATTT--CT---A---T---TGGATACACA-------AGTAA--AA------AGGTCAACAGAGA
gi|12 : AACAAGAGGCCATAGAGGATCTGAA-CACTTTACTTGCAACAg
gi|13 : atatttactttatatctaaatatagAGATTTTATGGTTATATGTG-ACTAC--TCCAAGTTTGGTAAAGAT
gi|14 : ctgttccaaatatggccttGAGGACCGGAATCACTCTACAGGAAACAAACG--C---T--AGAAG-------AAATATTTTTGGT--AAGTTCC
gi|15 : CATGAC---ATAGACTCTGCTGATATTTAATCAGTAGAGC--TAAA
gi|16 : ACAAGACGCCAAACAGAACCTAAA-CACTCTACTGGCAACAGCTG--C---T--aacaagattttaaa
gi|17 : AAACATGAGACCCAAGATGACCTGAA-CGCTCTTCTGGCAACAGA
gi|2 : aAAACAAGAGTCCCAACAGGATCTGAA-TGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ACATGT-----AAAATATCTTAGGTCTAGG--CCTT-------GAACTTTCAG-AGA-----A---AATGTT----------TTTTTAAAATTTTGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGGGCATTTGT-------------GGCC-------------G-AATCATGCTGGTTATA-AAATGTTGTGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAAGTACTATAACGTCTACAACATTTCC-CTATAGAACTCTATATAAAACAGTGATCCCTGTGGCGGC--CCCAAATTTGACCCCCAGGGACCACAACTTCAACAAATCTT---TTAAGGGACCCCCATGCAATGCTACATATAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GATATTTAAGAGAAAATGTTTTTA---AAAGTTTCACTTAAAATGTGCTTATAAGC----TGGT--------------TCAAA--AT-CTCGTCCGA------------GATTTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATGAAA-TA-AAAA---AATGAAGCTG--CT---A---T---CGCATCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAT-G-----G---A---GGGACA-ATTATCCATGAC---ATAAGCCTTGCTGACCTTTGGCCAGAAGAGCAATAAA
gi|3 : TCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC-----GTGGCTGCCCAAATTTGACCCC-AGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTACATGTAAAATATCTAACATCTAGGTCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTAGCTGAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGCGGGAGCATTTGTGGTCAAATGACACTAGTTCAACAACGTGTCCAAGATATTGTGGTTATA--TA-ACCGCTGTGCAAGTCTGGTTACGATTCAA-T--GAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---CACGTCTACA-------AG-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A---CGGACA-ATTTA
gi|4 : atggTCAACAAATCTT---TATGGGGACACCCTTGCAATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCT------T----AAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTTAAAACTTCGCTTAAAATGTGCTTATAGGCCTTGTGAAGGGGGCATTTGTGGTGGAATGATGCTGGTTCAAGAACTCATCCGAGATCTTACGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATTCAA-T--AAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---CGTG-CTACA-------AG-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCTTGCTGGCCTTTTGCCAATATAGC--TAAAtta
gi|5 : TATGGTGGCA--TA-ATTACTGGGCAAGTTTAGTGAAGATCCAG-TGAAAAA---AATGTATCTAACCT---A---G---AGTGCATGCA-------AC-AT--AA------AAGTTAGTGGATATAG---A---C
gi|7 : TTACA--TA-ACTACCATGTAAGTTTGGTCAAAATCTAATT--AAGA---AATATAGATT--CTGGAG---TGCACGCATC--CA-------AA-AT------------GTTAAC-T-GACAG---A---TGAACATGGCTACCCTGACTCTACAAGCaaaagccacagagatattggagtagctttctttgagctttccgctcaggtagagcaaattaa
gi|8 : atatcaaaacAAGAACTTATCCAAGACCTTATAGTTATA--TC-A------TGTAATTTGGGCTA----CTAT-T--AAAATTTAATGCTATTG--CT---ACTGT---CGTGAATACA-------AC-A---AA------AAGTAAACAGTGAAAA---A---TGGACA-Agtt
gi|9 : ttcaaCAAATTTGATTAAAATCCAA-T---AAT---AATAAAGCTT--TT---G---T---TGGAT-TAAAGAGGTGGAG-ATGAAA------AAGCTAAC--AGACAG---ATGCCGAACA-AATTACCATCAC---AAAAGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGCCCAAGTTTGGTCACAATATGATAAAAAAAGAGTAGGTTCTACTTTGCTTATAATATGAGAATAAGGGCCGGGCGACAGAAGGCGGGATGTCGAACAGTTTGCCATGAAAGTAGCCCTTCTGATCTCTTCTGCCAATATAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 222222222 4444444 11 3333333 1 333333333 4444444444 22222 1 88888888888888888888888888888888 1 11 4444444444 1 44444 11 333333 1 111 2222 111 1 111 11111111111 1111111 11111111111 222 111 11
lowQualScore : 3 0 666666666 1 4444444 88 7 2222222 1 5 777777777 1111111111 1 66666 5 00000000000000000000000000000000 1 5 66 1 1111111111 2 3 0 88888 0 88 6 777777 3 6 777 0 2 2 3 1 3 3 6 7 00 1111 0 777 22 33 0 3 555 77 1 0 3 1 55 4 1 4 4 000 777 1 666 11111111111 5555 4444444 4 55555555555 777 888 888 5 111 0 33
lowQualScore : . . ......... . ....... .. . ....... . . ......... .......... . ..... . ................................ . . .. . .......... . . . ..... . .. . ...... . . ... . . . . . . . . . .. .... . ... .. .. . . ... .. . . . . .. . . . . ... ... . ... ........... .... ....... . ........... ... ... ... . ... . ..
lowQualScore : 3 7 000000000 0 3333333 33 3 0000000 0 0 555555555 0000000000 0 00000 5 55555555555555555555555555555555 0 0 55 0 0000000000 5 3 7 33333 7 33 7 333333 3 7 555 2 5 5 5 0 2 2 5 0 55 2222 2 555 88 55 8 5 444 88 0 8 0 7 55 0 4 7 0 888 000 0 222 33333333333 7777 4444444 4 88888888888 666 888 888 7 777 2 88
consensus : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTTGTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
Reference ( family-2480 ) : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTTGTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|1 : AAACAAGAGGCCCAAGAGGGCCTGAATCACTCTACTGGCAACAAATGGACAGATGAATATGTCAGCAGAAATGTTTATTGT--AAGTTCCTTTTCAACCAATCTTTTAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATATCTAAAGTTTCACTTAAAAT-----TATAAAGCCCTGTGGTAGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGTTCAAAAACTTGTCTGTAATCTTG-TGGTTATATTACTGCTGCGCA----------AGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTTTACAACATTTTCACTATATCACTCTATGCAAAACAGTGACCCCA---GTGGC--C-----------------G--CC-CGA--------AATTTTACCCCAGGG-ACC--------AGACTTCA-ACAAAAC-TTTAAG---TGGACCTTTAGAGAACTTTTAGAGAAAATGTTTATT---CAAATTTCGCTTAAAATGTGGATATAAGCCCTGTGGAGGGAGCTTTTGTGGTCAAATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTTATA--TA-ACTGCTGCATAAGTTTGATTAAGGTTCAA-T--GAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---TGCTTCTACA-------AG-AT--GAATGGACAGACAAAT-GAG-CGGAAAA---CAGACA-ATTTAACATGAC---ATAAGCCCTGTTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|10 : tgtatttcctttatttacattTGATCAA-TTAAGCTTGTTCAA-----TGTCCAAAATATTATGGTAATA--TA-ATTACTGTGTTGGTTTGGAGGGGATTGAA-C--AAAA---Aaaaaagacaataaa
gi|11 : caccaaaagttTGTA--TACACTTC-ATGAAAGTTTATTTAAAATCCAA-T--CAAA---AATAAAATTT--CT---A---T---TGGATACACA-------AGTAA--AA------AGGTCAACAGAGA
gi|12 : AACAAGAGGCCATAGAGGATCTGAA-CACTTTACTTGCAACAg
gi|13 : atatttactttatatctaaatatagAGATTTTATGGTTATATGTG-ACTAC--TCCAAGTTTGGTAAAGAT
gi|14 : ctgttccaaatatggccttGAGGACCGGAATCACTCTACAGGAAACAAACG--C---T--AGAAG-------AAATATTTTTGGT--AAGTTCC
gi|15 : CATGAC---ATAGACTCTGCTGATATTTAATCAGTAGAGC--TAAA
gi|16 : ACAAGACGCCAAACAGAACCTAAA-CACTCTACTGGCAACAGCTG--C---T--aacaagattttaaa
gi|17 : AAACATGAGACCCAAGATGACCTGAA-CGCTCTTCTGGCAACAGA
gi|2 : aAAACAAGAGTCCCAACAGGATCTGAA-TGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ACATGT-----AAAATATCTTAGGTCTAGG--CCTT-------GAACTTTCAG-AGA-----A---AATGTT----------TTTTTAAAATTTTGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGGGCATTTGT-------------GGCC-------------G-AATCATGCTGGTTATA-AAATGTTGTGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAAGTACTATAACGTCTACAACATTTCC-CTATAGAACTCTATATAAAACAGTGATCCCTGTGGCGGC--CCCAAATTTGACCCCCAGGGACCACAACTTCAACAAATCTT---TTAAGGGACCCCCATGCAATGCTACATATAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GATATTTAAGAGAAAATGTTTTTA---AAAGTTTCACTTAAAATGTGCTTATAAGC----TGGT--------------TCAAA--AT-CTCGTCCGA------------GATTTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATGAAA-TA-AAAA---AATGAAGCTG--CT---A---T---CGCATCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAT-G-----G---A---GGGACA-ATTATCCATGAC---ATAAGCCTTGCTGACCTTTGGCCAGAAGAGCAATAAA
gi|3 : TCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC-----GTGGCTGCCCAAATTTGACCCC-AGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTACATGTAAAATATCTAACATCTAGGTCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTAGCTGAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGCGGGAGCATTTGTGGTCAAATGACACTAGTTCAACAACGTGTCCAAGATATTGTGGTTATA--TA-ACCGCTGTGCAAGTCTGGTTACGATTCAA-T--GAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---CACGTCTACA-------AG-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A---CGGACA-ATTTA
gi|4 : atggTCAACAAATCTT---TATGGGGACACCCTTGCAATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCT------T----AAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTTAAAACTTCGCTTAAAATGTGCTTATAGGCCTTGTGAAGGGGGCATTTGTGGTGGAATGATGCTGGTTCAAGAACTCATCCGAGATCTTACGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATTCAA-T--AAAA---AATGAAGGTG--CT---A---T---CGTG-CTACA-------AG-AA--AA------AGGTTAAC--AGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCTTGCTGGCCTTTTGCCAATATAGC--TAAAtta
gi|5 : TATGGTGGCA--TA-ATTACTGGGCAAGTTTAGTGAAGATCCAG-TGAAAAA---AATGTATCTAACCT---A---G---AGTGCATGCA-------AC-AT--AA------AAGTTAGTGGATATAG---A---C
gi|7 : TTACA--TA-ACTACCATGTAAGTTTGGTCAAAATCTAATT--AAGA---AATATAGATT--CTGGAG---TGCACGCATC--CA-------AA-AT------------GTTAAC-T-GACAG---A---TGAACATGGCTACCCTGACTCTACAAGCaaaagccacagagatattggagtagctttctttgagctttccgctcaggtagagcaaattaa
gi|8 : atatcaaaacAAGAACTTATCCAAGACCTTATAGTTATA--TC-A------TGTAATTTGGGCTA----CTAT-T--AAAATTTAATGCTATTG--CT---ACTGT---CGTGAATACA-------AC-A---AA------AAGTAAACAGTGAAAA---A---TGGACA-Agtt
gi|9 : ttcaaCAAATTTGATTAAAATCCAA-T---AAT---AATAAAGCTT--TT---G---T---TGGAT-TAAAGAGGTGGAG-ATGAAA------AAGCTAAC--AGACAG---ATGCCGAACA-AATTACCATCAC---AAAAGCC
blockSeqs : T CT G TA CT T . A . A . T GTGCT . GGCCG A C A A CATTTGGTTA A . CTGTG TG C CAGGGA A C . G C A A T A G A . TTT CC CG A ATG AG T C G A TG C A T T GAA TTT T AAC GGAGTGCA GATA GAGGTGG T TGAAA AGA . TGC T TCT AA
blockSeqs : . CT C . . . . . . C AGGTT . C . G C A A T A A A . . CT AG A ATG CA C G T T . . T T . AA . C T ACTGT CATC . . AAA GGA . . . . .
blockSeqs : . CT . G C T T T A G . . . . T . TT TG A G T T . . A T . A . G G AT CGTC . . TAA AGT . . . . .
blockSeqs : . A T G . . A . . G T . C . G G AT TGCA . . AAA G . . . .
blockSeqs : . . . C . . G T . G . C G AT CATC . . AAA A . . . .
blockSeqs : C . . G C . A . A T AT TGAA . . TAA A . . .
blockSeqs : . . A . . A . T G AG TGC . . AA T . .
blockSeqs : . . A . . A . C T GT GAT . . T A
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : AAA******** A** ***
originalCons : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTTGTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AT--AA------AGGTTAAC-GAGACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
finalCons : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTTGTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGAAGNTG--CT---A---T---CGCGTCTACA-------AG-AAAA--------AGGTTAACA--GACAG---A---CGGACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGACCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTGCCCAAGTTTGGTCACAATATGATAAAAAAAGAGTAGGTTCTACTTTGCTTATAATATGAGAATAAGGGCCGGGCGACAGAAGGCGGGATGTCGAACAGTTTGCCATGAAAGTAGCCCTTCTGATCTCTTCTGCCAATATAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 1 222222222 4444444 11 3333333 1 333333333 4444444444 22222 1 88888888888888888888888888888888 1 11 4444444444 1 44444 11 333333 1 111 2222 111 1 11111111111111111111 2222222222 111111 222222222222 11111111 111 11 11
lowQualScore : 3 0 666666666 1 4444444 88 7 2222222 1 5 777777777 1111111111 1 66666 5 00000000000000000000000000000000 1 5 66 1 1111111111 2 3 0 88888 0 88 6 777777 3 6 777 0 2 2 3 1 3 3 6 7 00 1111 0 777 22 33 0 3 555 77 1 0 3 1 55 4 1 4 0 0 3 88 666 55 1 777 77777777777777777777 4 1111111111 000000 55 333333333333 9999 66666666 4 000 0 11 3 11
lowQualScore : . . ......... . ....... .. . ....... . . ......... .......... . ..... . ................................ . . .. . .......... . . . ..... . .. . ...... . . ... . . . . . . . . . .. .... . ... .. .. . . ... .. . . . . .. . . . . . . .. ... .. . ... .................... . .......... ...... .. ............ .... ........ . ... . .. . ..
lowQualScore : 3 7 000000000 0 3333333 33 3 0000000 0 0 555555555 0000000000 0 00000 5 55555555555555555555555555555555 0 0 55 0 0000000000 5 3 7 33333 7 33 7 333333 3 7 555 2 5 5 5 0 2 2 5 0 55 2222 2 555 88 55 8 5 444 88 0 8 0 7 55 0 4 7 3 4 6 66 444 55 0 111 66666666666666666666 0 5555555555 777777 55 111111111111 7777 11111111 4 000 3 00 2 00
consensus : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTTGTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGA--AGNTG--CT---A---T---CGCGT---CTACAAG-A----------AAAA-----GGTTAACG--GAC-----------AGA---CGG--------ACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGA--CCTTTNGCCAGTAGAGC--TAAA
Reference ( family-2480 ) : AAACAAGAGGCCCAAGAGGACCTGAA-CGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ANATGT-----GAAATATTTTTGGT--AAGTTCCTTTTCAACCGANCTTTCAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATNTCTAAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAAGCCCTGTGGCGGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGCCCAAAAACTTGTCTGTAATCNTGCTGGTTATATNANTGCTGCGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTCTACAACATTTCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCCC----GCGGC--CCCAAATTTGACCCC-AGG--CC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTNCATGTAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTCGCTTAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGNGGGAGCATTTGTGGTCAAATNACGCTNGTTCAAGAACTTGTCCAAGATCTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATCCAA-T--AAAA---AATGA--AGNTG--CT---A---T---CGCGT---CTACAAG-A----------AAAA-----GGTTAACA--GAC-----------AGA---CGG--------ACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCCTGCTGA--CCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|1 : AAACAAGAGGCCCAAGAGGGCCTGAATCACTCTACTGGCAACAAATGGACAGATGAATATGTCAGCAGAAATGTTTATTGT--AAGTTCCTTTTCAACCAATCTTTTAGGAGACCATCATGCAATGCTACACCTAAAATATCTAAAGTTTCACTTAAAAT-----TATAAAGCCCTGTGGTAGGGGCATTTGTTTTTGAATCACCTGGTTCAAAAACTTGTCTGTAATCTTG-TGGTTATATTACTGCTGCGCA----------AGATTCAATGAAAAATGAAGGTGCTATCGCGTTTACAACATTTTCACTATATCACTCTATGCAAAACAGTGACCCCA---GTGGC--C-----------------G--CC-CGA--------AATTTTACCCCAGGG-ACC--------AGACTTCA-ACAAAAC-TTTAAG---TGGACCTTTAGAGAACTTTTAGAGAAAATGTTTATT---CAAATTTCGCTTAAAATGTGGATATAAGCCCTGTGGAGGGAGCTTTTGTGGTCAAATCACAGTGGTTCAAGAACTTGCTCAAAATCGTATGGTTATA--TA-ACTGCTGCATAAGTTTGATTAAGGTTCAA-T--GAAA---AATGA--AGGTG--CT---A---T---TGCTT---CTACAAG-AT---------GAAT-----GG---ACA--GACAAATGAGCGGAAAA---CAG--------ACA-ATTTAACATGAC---ATAAGCCCTGTTGA--CCTTTGGCCAGTAGAGC--TAAA
gi|10 : tgtatttcctttatttacattTGATCAA-TTAAGCTTGTTCAA-----TGTCCAAAATATTATGGTAATA--TA-ATTACTGTGTTGGTTTGGAGGGGATTGAA-C--AAAA---Aaaaaagacaataaa
gi|11 : caccaaaagttTGTA--TACACTTC-ATGAAAGTTTATTTAAAATCCAA-T--CAAA---AATAA--AATTT--CT---A---T---TGGAT---ACACAAGTA----------AAAA-----GGTCAACA--GAG-----------AG
gi|12 : AACAAGAGGCCATAGAGGATCTGAA-CACTTTACTTGCAACA
gi|13 : atatttactttatatctaaatatagAGATTTTATGGTTATATGTG-ACTAC--TCCAAGTTTGGTAAAGAT
gi|14 : ctgttccaaatatggccttGAGGACCGGAATCACTCTACAGGAAACAAACG--C---T--AGAAG-------AAATATTTTTGGT--AAGTTCC
gi|15 : CATGAC---ATAGACTCTGCTGA--TATTTAATCAGTAGAGC--TAAA
gi|16 : ACAAGACGCCAAACAGAACCTAAA-CACTCTACTGGCAACAGCTG--C---T--aacaagattttaaa
gi|17 : AAACATGAGACCCAAGATGACCTGAA-CGCTCTTCTGGCAACAGA
gi|2 : aAAACAAGAGTCCCAACAGGATCTGAA-TGCTCTACTGGCAACAGATG--C---T--ACATGT-----AAAATATCTTAGGTCTAGG--CCTT-------GAACTTTCAG-AGA-----A---AATGTT----------TTTTTAAAATTTTGCTTAAAATGTGCTTATAA-GCCCTGTGGCGGGGGCATTTGT-------------GGCC-------------G-AATCATGCTGGTTATA-AAATGTTGTGCACATTTGGTTAAGACTCAATGAAAAATGAAAGTACTATAACGTCTACAACATTTCC-CTATAGAACTCTATATAAAACAGTGATCCCTGTGGCGGC--CCCAAATTTGACCCCCAGGGACCACAACTTCAACAAATCTT---TTAAGGGACCCCCATGCAATGCTACATATAAAATATCTAAGGTCTAGGCCTT----GATATTTAAGAGAAAATGTTTTTA---AAAGTTTCACTTAAAATGTGCTTATAAGC----TGGT--------------TCAAA--AT-CTCGTCCGA------------GATTTTATGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATGAAA-TA-AAAA---AATGA--AGCTG--CT---A---T---CGCAT---CTACAAG-A----------TAAA-----GGTTAATG--G-------------AG-----GG--------ACA-ATTATCCATGAC---ATAAGCCTTGCTGA--CCTTTGGCCAGAAGAGCAATAAA
gi|3 : TCC-CTATATAACTCTATGTAAAACGGTGACCC-----GTGGCTGCCCAAATTTGACCCC-AGGTTCC-CGACTTCAACAAATCTT---TCAGGGGACCCCCATGCAATGCTACATGTAAAATATCTAACATCTAGGTCTT----GAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTT---AAAGTTTAGCTGAAAATGTGCTTATAAGCCCTGTGGCGGGAGCATTTGTGGTCAAATGACACTAGTTCAACAACGTGTCCAAGATATTGTGGTTATA--TA-ACCGCTGTGCAAGTCTGGTTACGATTCAA-T--GAAA---AATGA--AGGTG--CT---A---T---CACGT---CTACAAG-A----------AAAA-----GGTTAACA--GAC-----------AGA---CGG--------ACA-ATTTA
gi|4 : atggTCAACAAATCTT---TATGGGGACACCCTTGCAATGCATCATGTAAAATATCTAAGGTCT------T----AAACTTTCAGAGAAAATGTTTTTTTTTAAAACTTCGCTTAAAATGTGCTTATAGGCCTTGTGAAGGGGGCATTTGTGGTGGAATGATGCTGGTTCAAGAACTCATCCGAGATCTTACGGTTATA--TA-ACTGCTGTGCAAGTTTGGTTAAGATTCAA-T--AAAA---AATGA--AGGTG--CT---A---T---CGTG----CTACAAG-A----------AAAA-----GGTTAACA--GAC-----------AGA---CGG--------ACA-ATTTACCATGAC---ATAAGCCTTGCTGG--CCTTTTGCCAATATAGC--TAAAtta
gi|5 : TATGGTGGCA--TA-ATTACTGGGCAAGTTTAGTGAAGATCCAG-TGAAAAA---AATGT--ATCTAACCT---A---G---AGTGC---ATGCAAC-A----------TAAA-----AGTTAGTG--GAT-----------ATA-----G--------ACA-A
gi|6 : CAAGTTTGGTCACAATATGA-T--AAAA---AAAGAGTAGGTT--CT---ACT-T---TGCTTATAATATGAG-A----------ATAAGGGCCGGGCGACA--GA------------AGG---CGGGATGTCGAACA-GTTTGCCATGAA---AGTAGCCCTTCTGATCTCTTCTGCCAATATAGC--TAAaagccacagagatattggagtagctttctttgagctttccgctcaggtagagcaaattaa
gi|7 : gtgccTTACA--TA-ACTACCATGTAAGTTTGGTCAAAATCTAATT--AAGA---AATAT--AGATT--CTGGAG---TGCACGCAT---CC-----------------AAAA-----TGTTAACT--GAC-----------AGA---TGA--------ACATGGCTACCCTGACTCTACAAGC
gi|8 : atatcaaaacAAGAACTTATCCAAGACCTTATAGTTATA--TC-A------TGTAATTTGGGCTA----CTAT-T--AAAATTTAATGC--TATTG--CT---ACTGT---CGTGA---ATACAAC-A----------AAAA------GTAAACAGTGAA-----------AAA---TGG--------ACA-Agtt
gi|9 : ttcaaCAAATTTGATTAAAATCCAA-T--AATA---A-TAA--AGCTT--TT---G---T---TGGAT----TA-AAG-AGGTGGAGATGAAAA-----AGCTAACA--GAC-----------AGATGCCGA--------ACA-AATTACCATCAC---AAAAGCC