lowQualScore                  :                                                                                                                                                11       11                                  1                                                                1                     1                                                                1       11               11          22            11       1      11111                111111                                           1                                11                               11     11                             11             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                88   44  88            6   6           2     0          0                                 66                6 7           3         5            4     3  0  2                                       0       33  1    3       33       4  11  2      44 22       2      00000             1  000000       0                          1        5                 8              11        8             66       11     22                             77             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                ..   ..  ..            .   .           .     .          .                                 ..                . .           .         .            .     .  .  .                                       .       ..  .    .       ..       .  ..  .      .. ..       .      .....             .  ......       .                          .        .                 .              ..        .             ..       ..     ..                             ..             
lowQualScore                  :                                                                                                                                                33   77  33            0   0           0     0          7                                 99                0 0           2         0            0     4  4  2                                       2       11  9    8       22       2  88  8      66 77       3      77777             9  222222       1                          0        0                 0              00        2             66       55     00                             22             
consensus                     :                                                                                                                                      GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTTGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATATCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCTG-GCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGACCCGGGTCTTGAA--G--ACCCAGC-ACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
Reference ( gi|2 )            :                                                                                                                                      GAGCAAAGAC--GAGTGGA--CTCCAGATTGTGCATGTTTTACAAAATTCGGAACCATCTGGTAGCCATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCGAAACCATCAGCTAAGGGCGGACACGGATTACACACGGTTTTCTTTTTTTCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACGCCTGTCTT-GCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCAAGGTCTTGAA--G--ACCCAGC-ACTCGCGGTTTATTTAATTCTTAAACTATT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTATACTAATTCTCCTGCTC-TTACTCATCTTTTT--CATTTTCCGCTAAATTTTCTTCTAGCACTCCATTGGTGGCAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACGGGCAAAAGCAAAAAG
gi|1                          :                                                                                                                                      GAGCGAAGAA--GAGCCGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTGGCAAAATTTGGAACAACCTGCTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAATCACA--GGTAGATGCCAACATCAATATCATCAGCTAAGTGTGGACAGGGATTACACACGATTTTCATTCTTCTCAAGAACTGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCACTCACACCTGTCTT-GTAGAGTCGCTGGATTCCTTC---------------AA--G--ACCCAGC-ACTTGCGCCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTTTTTTATTCTTTTCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAGCCCTCCTGCTT-TAACTAATCTTTTT--CATT
gi|3                          :  tttaattatatcagactgataattaccatctaaaatcgtctacatgtaaactaaggcttataactgtttaacaggtatcaaaacaaatcaagtgttaccgacatgctgcatagtctggagtggagaattctcGAGCAAAGAC--AAGCAGA--TTCCAGATTGTGTTTGCTTTACAAAATTTGTAACAGTCTCGTAGCTATGAATGAGGATGATTACCTCACCAAATGCAAA--GGTAGACGCCAACATCAGTATCATCAGCTATGGGCAGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCACCAGAACTGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCTGCTCACACCTGCCTG-ACAGAGTCACTTGAT-------------------------G--ACCCAGC-ACTCACGCCTCATTCAATTCTTAAACTATT---CTGTCCTGTTTTATTCTTTCCCTCTCTT
gi|10                         : caccaccaagaacaaggaaggtgacccatctaatcatggattagtctgccagctagaaatggtccataggaggactgcaagatgggttatgaacaggtatcatatcacattgaatgctaccgacatgctgcatagtcttAGACTGGAGTGGAGACTCCAGATTGTGTATTCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGACGAT
gi|4                          :                           aagctcaccgctaaggacaatgaaggtgacccatctaatcacagacaagtctgccaactcgaaatggtccagaggagagctgaaagatgggttattaacaggtagcgtaacacatcgagtgttaccgacatgctgtatTGTATGCTTTACAAAATCTGGAACCGTCTGATAGCCATAAATGAGGATGATTACTTCACCAGAGGCACA--GGTAGATGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGATAGGGATTACACACAATTTTCTTTTTATCCAATAACCATTGTGCAATGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCTG-GCAGAGTCACTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAA--G--ACCCAGC-ACTAGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCACTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATTCTCCTGCTC-TTATTCGTCTTTTT--CATTTTCCTCTAAATTTTCGTCTAGCACTCCACTGGTGATAAAACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAAtc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                          AACAATCTGGTAGTTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCGTGTGGGTAGACACAAATATCAATATCATGAGCTACGGGCAGACAGGGATTACACGCGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCATTGTGCGGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTGTG-GCAGAGTCGCTTGATTCTTTCAAGACCCAGGTCTTGAA--G--ACCCAGC-ACTCGCCCCTCATTT-ATTCTTAA---ATT---CTGTCATCTTTTGTTCTTTTCCTTTCTTTACTTCCTTCTAg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                        CATTAATGAGAATAATTACCTCACCGGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATTAATACCATCAGCTAAGGGCGAAAAGGGATTACACACGATTTTATTTTTTCCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACAACTGTCTG-GCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAA--G--ACCCAGC-ACTCGCAGCTCATTTAATTCTTAAACTA--------------TTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCTTTCTATCTCTATTAACTCTCCTGCTC-TTACTCATCTTTTT--CATTTTCCACTGAATTTTCTTCTTACACTCCACTCAAGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGnnnnnnnnnntaaagtattctattgaccattctatatatttgtgtcatttattattttcc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                            AATGATGATGATTACCTCACCAGAGGCTCA--GGTAGACGCCAACATCAATATTGTCAGCTACAAGCGGACAGGGATTGCACATGATTTT---TCCCCCCAAGAACCA----------------GCTGCCCACTCAC--CTGTCTG-ACAGAGTTGCTGGATTTCTTCAAGACC------TTCAA--A--ACCCAGC-ACTCGCTGCTCATTTATTTCTTAAACTCTTAGACTGTCCTCTTTTATTCGTTACCTCTCTTTACTTC----TATCTCTACTAATCCTCCCGCTC-TTACTAGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTGTAACAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                            AATGAGGATGATTACCTCACTAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGTGGACAGGGATTACACACGGTTTTC-TTTTTTCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCACTCACACTTGTCTG-GC--AGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAA--G--ACCCAG--ACTCGCGGCTCATTTAATTATCAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                            AATGAGGATGATTACATCACCAGAGGCACA--GGTAGATGCCAACATCAATATCATCAG--------------GGATTATACACGATTTTCTTTCTTCCAAAGACCCATTGTGCAGCGGAATCAGCTACCCACTAACACCTGCCCCGGCAGAGTCCCTGGATTC---------------CTTGAA--G--ACCCCGC-ACTC-------ATTTAATTCTTAA--------------------------TTCCCTCACTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAGTCCTCCTACTCTTTACTCATCTTTTTTCCATTTTTCACTAAATATTCTTCTAGCACTCCACTGGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T-GC-GAGT-GCTGGGT--CTTCAAGACCTGGGCCTTGAA--GGAATCCAGCGACTC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                           cattaatgagaataattacctcaccggaggcacgggtagacgccaacattaataccatcagctaagggcgaaaagggattacacacgattttattttttcccaagaaccattgtgcagtggaatcagctccccgctcacaactgtctggcaGAGTC--TGGGT--CTTCAAGACCTGGGCCTTGAA--GGAATCCAGCGACTgctcatttaattcttaaactatttattctttccctctctttacttctttctatctctattaactctcctgctcttactcatctttttcattttccactgaattttcttcttacactccactcaagataatactcaagttgagggtataccag
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                 aatgaggatgattacctcactagaggcacgggtagacgccaacatcaataccatcagctaagggtggacagggattacacacggttttcttttttccaagaaccattgtgcagtggaatcagctccccactcacacttgtctggcGAGT-GCTGGGT--CTTCAAGACCTGGGTCTTGAAAGA--ATCAAGCGACTCgcggctcatttaattatcaaactcttctgtcctcttttattcttt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                            aacaatctggtagttataaatgaggatgattacctcaccagaggcgtgtgggtagacacaaatatcaatatcatgagctacgggcagacagggattacacgcgattttctttcttcccaagaaccattgtgcggtggaatcagctccccgctcacacctgtgtggcaAGT-GCTGGGT--CTTCAAGACCTGGGCCTTGAA--GGAATCCAGTGACTCgcccctcatttattcttaaattctgtcatcttttgttcttttcctttctttacttccttctannnnnnnnnntaaagtattctattgaccattctatatatttgtgtcatttattattttcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                              tgtatgctttacaaaatctggaaccgtctgatagccataaatgaggatgattacttcaccagaggcacaggtagatgccaacatcaataccatcagctaagggcggatagggattacacacaattttctttttatccaataaccattgtgcaatggaatcagctccccgctcacacctgtctggca--ACCCACC-ACTCGCGACTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTTCCTCagcggctcatttaattcttaaactcttctgtcctcttttattctttcactctctttacttccttctatctctactaattctcctgctcttattcgtctttttcattttcctctaaattttcgtctagcactccactggtgataaaactcaagttgagggtataccagtatatcggcaaaagcaaaag
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCTTC---CATTCC--TGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCAGCAAAAGCAAAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCTTC---CATTCC--TGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCAGCAAAAGCAAAAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAGTACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGATGGCATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAAg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCTACTGGTGATGATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATAATGGCAAAGGAAAgaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCAAGGACAGGTAAGGTGACCTAACTAATCACTGAATAGTCTGCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                         11       11                                                                                                                                                                                                                            222222222                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                   0     33    0  33                                                                               66                              1                               0            6                                     4                      1  444444444                    1                   2  777                                                             6      0       99                      33       1                                     1              
lowQualScore                  :                                                                                                                                   .     ..    .  ..                                                                               ..                              .                               .            .                                     .                      .  .........                    .                   .  ...                                                             .      .       ..                      ..       .                                     .              
lowQualScore                  :                                                                                                                                   7     88    2  88                                                                               11                              9                               9            2                                     4                      8  000000000                    6                   5  000                                                             7      7       22                      55       9                                     1              
consensus                     :                                                                                                                               GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCGGCAAAAGCAAAA
Reference ( family-2382 )     :                                                                                                                               GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTTGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATATCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGACCCGGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
gi|1                          :                                                                                                                               GAGCGAAGAA--GAGCCGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTGGCAAAATTTGGAACAACCTGCTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAATCACA--GGTAGATGCCAACATCAATATCATCAGCTAAGTGTGGACAGGGATTACACACGATTTTCATTCTTCTCAAGAACTGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCACTCACACCTGTCT-TGTAGAGTCGCTGGATTCCTTC---------------AAGACCCAGCACTTGCGCCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTTTTTTATTCTTTTCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAGCCCTCCTGCTT-TAACTAATCTTTTT--CATT
gi|10                         : tttaattatatcagactgataattaccatctaaaatcgtctacatgtaaactaaggcttataactgtttaacaggtatcaaaacaaatcaagtgttaccgacatgctgcatagtctggagtggagaattctcAGACTGGAGTGGAGACTCCAGATTGTGTATTCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGACGAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aagctcaccgctaaggacaatgaaggtgacccatctaatcacagacaagtctgccaactcgaaatggtccagaggagagctgaaagatgggttattaacaggtagcgtaacacatcgagtgttaccgacatgctgtatTAGTACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGATGGCATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAAtc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTTC---CATTCC--TGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCAGCAAAAGCAAAAgaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTTC---CATTCC--TGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCAGCAAAAGCAAAAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACCCACCACTCGCGACTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTTCCTCg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCTACTGGTGATGATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATAATGGCAAAGGAAA
gi|2                          :                                                                                                                               GAGCAAAGAC--GAGTGGA--CTCCAGATTGTGCATGTTTTACAAAATTCGGAACCATCTGGTAGCCATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCGAAACCATCAGCTAAGGGCGGACACGGATTACACACGGTTTTCTTTTTTTCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACGCCTGTCT-TGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCAAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGTTTATTTAATTCTTAAACTATT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTATACTAATTCTCCTGCTC-TTACTCATCTTTTT--CATTTTCCGCTAAATTTTCTTCTAGCACTCCATTGGTGGCAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACGGGCAAAAGCAAAAca
gi|3                          :                                                                                                                               GAGCAAAGAC--AAGCAGA--TTCCAGATTGTGTTTGCTTTACAAAATTTGTAACAGTCTCGTAGCTATGAATGAGGATGATTACCTCACCAAATGCAAA--GGTAGACGCCAACATCAGTATCATCAGCTATGGGCAGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCACCAGAACTGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCTGCTCACACCTGCCT-GACAGAGTCACTTGAT-----------------------GACCCAGCACTCACGCCTCATTCAATTCTTAAACTATT---CTGTCCTGTTTTATTCTTTCCCTCTCTTag
gi|4                          :                   caccaccaagaacaaggaaggtgacccatctaatcatggattagtctgccagctagaaatggtccataggaggactgcaagatgggttatgaacaggtatcatatcacattgaatgctaccgacatgctgcatagtcttTGTATGCTTTACAAAATCTGGAACCGTCTGATAGCCATAAATGAGGATGATTACTTCACCAGAGGCACA--GGTAGATGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGATAGGGATTACACACAATTTTCTTTTTATCCAATAACCATTGTGCAATGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCACTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTAGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCACTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATTCTCCTGCTC-TTATTCGTCTTTTT--CATTTTCCTCTAAATTTTCGTCTAGCACTCCACTGGTGATAAAACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                  ATTAATGAGAATAATTACCTCACCGGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATTAATACCATCAGCTAAGGGCGAAAAGGGATTACACACGATTTTATTTTTTCCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACAACTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCAGCTCATTTAATTCTTAAACTA--------------TTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCTTTCTATCTCTATTAACTCTCCTGCTC-TTACTCATCTTTTT--CATTTTCCACTGAATTTTCTTCTTACACTCCACTCAAGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                    cAATGATGATGATTACCTCACCAGAGGCTCA--GGTAGACGCCAACATCAATATTGTCAGCTACAAGCGGACAGGGATTGCACATGATTTT---TCCCCCCAAGAACC----------------AGCTGCCCACTCAC--CTGTCT-GACAGAGTTGCTGGATTTCTTCAAGACC------TTCAAAACCCAGCACTCGCTGCTCATTTATTTCTTAAACTCTTAGACTGTCCTCTTTTATTCGTTACCTCTCTTTACTTC----TATCTCTACTAATCCTCCCGCTC-TTACTAGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTGTAACAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                   AACAATCTGGTAGTTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCGTGTGGGTAGACACAAATATCAATATCATGAGCTACGGGCAGACAGGGATTACACGCGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCATTGTGCGGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTGT-GGCAGAGTCGCTTGATTCTTTCAAGACCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCCCCTCATTT-ATTCTTAAA---TT---CTGTCATCTTTTGTTCTTTTCCTTTCTTTACTTCCTTCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                     AATGAGGATGATTACATCACCAGAGGCACA--GGTAGATGCCAACATCAATATCATCAG--------------GGATTATACACGATTTTCTTTCTTCCAAAGACCCATTGTGCAGCGGAATCAGCTACCCACTAACACCTGCCCCGGCAGAGTCCCTGGATTCCTT---------------GAAGACCCCGCACTC-------ATTTAATTCTTAA--------------------------TTCCCTCACTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAGTCCTCCTACTCTTTACTCATCTTTTTTCCATTTTTCACTAAATATTCTTCTAGCACTCCACTGGTnnnnnnnnnntaaagtattctattgaccattctatatatttgtgtcatttattattttcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                     AATGAGGATGATTACCTCACTAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGTGGACAGGGATTACACACGGTTTTCTTT-TTTCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCACTCACACTTGTCT-GGC--AGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAG-ACTCGCGGCTCATTTAATTATCAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCAAGGACAGGTAAGGTGACCTAACTAATCACTGAATAGTCTGCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                         11       11                                                                                                                                                                                                                               111111                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                   0     33    0  33                                                                               66                              1                               0            6                                     4                      1  1  333333                    1                   2  777                                                             6      0       99                      33       1                                     0              
lowQualScore                  :                                                                                                                                   .     ..    .  ..                                                                               ..                              .                               .            .                                     .                      .  .  ......                    .                   .  ...                                                             .      .       ..                      ..       .                                     .              
lowQualScore                  :                                                                                                                                   7     88    2  88                                                                               11                              9                               9            2                                     4                      8  9  333333                    6                   5  000                                                             7      7       22                      55       9                                     4              
consensus                     :                                                                                                                               GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCGGCAAAAGCAAAA
Reference ( family-2382 )     :                                                                                                                               GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCGGCAAAAGCAAAA
gi|1                          :                                                                                                                               GAGCGAAGAA--GAGCCGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTGGCAAAATTTGGAACAACCTGCTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAATCACA--GGTAGATGCCAACATCAATATCATCAGCTAAGTGTGGACAGGGATTACACACGATTTTCATTCTTCTCAAGAACTGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCACTCACACCTGTCT-TGTAGAGTCGCTGGATTCCTTC---------------AAGACCCAGCACTTGCGCCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTTTTTTATTCTTTTCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAGCCCTCCTGCTT-TAACTAATCTTTTT--CATT
gi|10                         : tttaattatatcagactgataattaccatctaaaatcgtctacatgtaaactaaggcttataactgtttaacaggtatcaaaacaaatcaagtgttaccgacatgctgcatagtctggagtggagaattctcAGACTGGAGTGGAGACTCCAGATTGTGTATTCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGACGAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aagctcaccgctaaggacaatgaaggtgacccatctaatcacagacaagtctgccaactcgaaatggtccagaggagagctgaaagatgggttattaacaggtagcgtaacacatcgagtgttaccgacatgctgtatTAGTACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGATGGCATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAAtc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTTC---CATTCC--TGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCAGCAAAAGCAAAAgaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTTC---CATTCC--TGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCAGCAAAAGCAAAAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACCCACCACTCGCGACTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTTCCTCg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCTACTGGTGATGATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATAATGGCAAAGGAAA
gi|2                          :                                                                                                                               GAGCAAAGAC--GAGTGGA--CTCCAGATTGTGCATGTTTTACAAAATTCGGAACCATCTGGTAGCCATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCGAAACCATCAGCTAAGGGCGGACACGGATTACACACGGTTTTCTTTTTTTCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACGCCTGTCT-TGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCAAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGTTTATTTAATTCTTAAACTATT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTATACTAATTCTCCTGCTC-TTACTCATCTTTTT--CATTTTCCGCTAAATTTTCTTCTAGCACTCCATTGGTGGCAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACGGGCAAAAGCAAAAca
gi|3                          :                                                                                                                               GAGCAAAGAC--AAGCAGA--TTCCAGATTGTGTTTGCTTTACAAAATTTGTAACAGTCTCGTAGCTATGAATGAGGATGATTACCTCACCAAATGCAAA--GGTAGACGCCAACATCAGTATCATCAGCTATGGGCAGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCACCAGAACTGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCTGCTCACACCTGCCT-GACAGAGTCACTTGAT-----------------------GACCCAGCACTCACGCCTCATTCAATTCTTAAACTATT---CTGTCCTGTTTTATTCTTTCCCTCTCTTag
gi|4                          :                   caccaccaagaacaaggaaggtgacccatctaatcatggattagtctgccagctagaaatggtccataggaggactgcaagatgggttatgaacaggtatcatatcacattgaatgctaccgacatgctgcatagtcttTGTATGCTTTACAAAATCTGGAACCGTCTGATAGCCATAAATGAGGATGATTACTTCACCAGAGGCACA--GGTAGATGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGATAGGGATTACACACAATTTTCTTTTTATCCAATAACCATTGTGCAATGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCACTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTAGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCACTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATTCTCCTGCTC-TTATTCGTCTTTTT--CATTTTCCTCTAAATTTTCGTCTAGCACTCCACTGGTGATAAAACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                  ATTAATGAGAATAATTACCTCACCGGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATTAATACCATCAGCTAAGGGCGAAAAGGGATTACACACGATTTTATTTTTTCCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACAACTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCAGCTCATTTAATTCTTAAACTA--------------TTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCTTTCTATCTCTATTAACTCTCCTGCTC-TTACTCATCTTTTT--CATTTTCCACTGAATTTTCTTCTTACACTCCACTCAAGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                    cAATGATGATGATTACCTCACCAGAGGCTCA--GGTAGACGCCAACATCAATATTGTCAGCTACAAGCGGACAGGGATTGCACATGATTTT---TCCCCCCAAGAACC----------------AGCTGCCCACTCAC--CTGTCT-GACAGAGTTGCTGGATTTCTTCAAGACC------TTCAAAACCCAGCACTCGCTGCTCATTTATTTCTTAAACTCTTAGACTGTCCTCTTTTATTCGTTACCTCTCTTTACTTC----TATCTCTACTAATCCTCCCGCTC-TTACTAGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTGTAACAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                   AACAATCTGGTAGTTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCGTGTGGGTAGACACAAATATCAATATCATGAGCTACGGGCAGACAGGGATTACACGCGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCATTGTGCGGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTGT-GGCAGAGTCGCTTGATTCTTTCAAGACCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCCCCTCATTT-ATTCTTAAA---TT---CTGTCATCTTTTGTTCTTTTCCTTTCTTTACTTCCTTCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                     AATGAGGATGATTACATCACCAGAGGCACA--GGTAGATGCCAACATCAATATCATCAG--------------GGATTATACACGATTTTCTTTCTTCCAAAGACCCATTGTGCAGCGGAATCAGCTACCCACTAACACCTGCCCCGGCAGAGTCCCTGGATTCCTT---------------GAAGACCCCGCACTC-------ATTTAATTCTTAA--------------------------TTCCCTCACTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAGTCCTCCTACTCTTTACTCATCTTTTTTCCATTTTTCACTAAATATTCTTCTAGCACTCCACTGGTnnnnnnnnnntaaagtattctattgaccattctatatatttgtgtcatttattattttcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                     AATGAGGATGATTACCTCACTAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGTGGACAGGGATTACACACGGTTTTCTTT-TTTCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCACTCACACTTGTCT-GGC--AGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAG-ACTCGCGGCTCATTTAATTATCAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTT


blockSeqs                     :                                                                                                                                         TG       GA                                                                               TG                              A                                            A                                     C                      A  G  AAGGTC                    A                   C  AGA                                                             T              TC                      TA       A
blockSeqs                     :                                                                                                                                         .        .                                                                                .                               T                                            G                                     .                      A  G  CAGGTC                    G                   A  .                                                               .              .                       TA       A
blockSeqs                     :                                                                                                                                         .        .                                                                                .                               A                                            A                                     .                      A  G  CAGGTC                    C                   A  .                                                               .              .                       TT       A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                   .                               A                                            A                                     .                      A  A  CAGGTC                    G                   C  .                                                               .              .                       TA       A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                   .                               C                                            A                                     .                      A  A  CAGGTC                    G                   A  .                                                               .              .                       TA       A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                   .                               C                                            A                                     .                      A  G  .                         G                   C  .                                                                                                      .        A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                   .                               A                                            A                                     .                      .  .  .                         C                   C  .                                                                                                      .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                   .                               .                                            .                                     .                      .  .  .                         G                   .  .                                                                                                               .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .                   .  .                                                                                                                


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAGGTC
originalCons                  :                                                                                                                               GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCGGCAAAAGCAAAA
finalCons                     :                                                                                                                               GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCGGCAAAAGCAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCAAGGACAGGTAAGGTGACCTAACTAATCACTGAATAGTCTGCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                         11       11                                                                                                                                                                                                                               111111                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                   0     33    0  33                                                                               66                              1                               0            6                                     4                      1  1  333333                    1                   2  777                                                             6      0       99                      33       1                                     0              
lowQualScore                  :                                                                                                                                   .     ..    .  ..                                                                               ..                              .                               .            .                                     .                      .  .  ......                    .                   .  ...                                                             .      .       ..                      ..       .                                     .              
lowQualScore                  :                                                                                                                                   7     88    2  88                                                                               11                              9                               9            2                                     4                      8  9  333333                    6                   5  000                                                             7      7       22                      55       9                                     4              
consensus                     :                                                                                                                               GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCGGCAAAAGCAAAA
Reference ( family-2382 )     :                                                                                                                               GAGCGAAGAC--GAGCGGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATCCTCCTGCTC-TTACTCGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCGGCAAAAGCAAAA
gi|1                          :                                                                                                                               GAGCGAAGAA--GAGCCGA--CTCCAGATTGTGTATGCTTGGCAAAATTTGGAACAACCTGCTAGCTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAATCACA--GGTAGATGCCAACATCAATATCATCAGCTAAGTGTGGACAGGGATTACACACGATTTTCATTCTTCTCAAGAACTGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCACTCACACCTGTCT-TGTAGAGTCGCTGGATTCCTTC---------------AAGACCCAGCACTTGCGCCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTTTTTTATTCTTTTCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAGCCCTCCTGCTT-TAACTAATCTTTTT--CATT
gi|10                         : tttaattatatcagactgataattaccatctaaaatcgtctacatgtaaactaaggcttataactgtttaacaggtatcaaaacaaatcaagtgttaccgacatgctgcatagtctggagtggagaattctcAGACTGGAGTGGAGACTCCAGATTGTGTATTCTTTACAAAATTCGGAACAATCTGGTAGCTATAAATGACGAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aagctcaccgctaaggacaatgaaggtgacccatctaatcacagacaagtctgccaactcgaaatggtccagaggagagctgaaagatgggttattaacaggtagcgtaacacatcgagtgttaccgacatgctgtatTAGTACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGATGGCATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAAtc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTTC---CATTCC--TGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCAGCAAAAGCAAAAgaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTTC---CATTCC--TGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACCAGCAAAAGCAAAAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACCCACCACTCGCGACTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTTCCTCg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCTACTGGTGATGATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATAATGGCAAAGGAAA
gi|2                          :                                                                                                                               GAGCAAAGAC--GAGTGGA--CTCCAGATTGTGCATGTTTTACAAAATTCGGAACCATCTGGTAGCCATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCGAAACCATCAGCTAAGGGCGGACACGGATTACACACGGTTTTCTTTTTTTCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACGCCTGTCT-TGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCAAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCGGTTTATTTAATTCTTAAACTATT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCCTTCTATCTATACTAATTCTCCTGCTC-TTACTCATCTTTTT--CATTTTCCGCTAAATTTTCTTCTAGCACTCCATTGGTGGCAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATACGGGCAAAAGCAAAAca
gi|3                          :                                                                                                                               GAGCAAAGAC--AAGCAGA--TTCCAGATTGTGTTTGCTTTACAAAATTTGTAACAGTCTCGTAGCTATGAATGAGGATGATTACCTCACCAAATGCAAA--GGTAGACGCCAACATCAGTATCATCAGCTATGGGCAGACAGGGATTACACACGATTTTCTTTCTTCACCAGAACTGTTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCTGCTCACACCTGCCT-GACAGAGTCACTTGAT-----------------------GACCCAGCACTCACGCCTCATTCAATTCTTAAACTATT---CTGTCCTGTTTTATTCTTTCCCTCTCTTag
gi|4                          :                   caccaccaagaacaaggaaggtgacccatctaatcatggattagtctgccagctagaaatggtccataggaggactgcaagatgggttatgaacaggtatcatatcacattgaatgctaccgacatgctgcatagtcttTGTATGCTTTACAAAATCTGGAACCGTCTGATAGCCATAAATGAGGATGATTACTTCACCAGAGGCACA--GGTAGATGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGCGGATAGGGATTACACACAATTTTCTTTTTATCCAATAACCATTGTGCAATGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTCT-GGCAGAGTCACTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTAGCGGCTCATTTAATTCTTAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTTCACTCTCTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAATTCTCCTGCTC-TTATTCGTCTTTTT--CATTTTCCTCTAAATTTTCGTCTAGCACTCCACTGGTGATAAAACTCAAGTTGAGGGTATACCAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                  ATTAATGAGAATAATTACCTCACCGGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATTAATACCATCAGCTAAGGGCGAAAAGGGATTACACACGATTTTATTTTTTCCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACAACTGTCT-GGCAGAGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCAGCTCATTTAATTCTTAAACTA--------------TTTATTCTTTCCCTCTCTTTACTTCTTTCTATCTCTATTAACTCTCCTGCTC-TTACTCATCTTTTT--CATTTTCCACTGAATTTTCTTCTTACACTCCACTCAAGATAATACTCAAGTTGAGGGTATACCAGg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                    cAATGATGATGATTACCTCACCAGAGGCTCA--GGTAGACGCCAACATCAATATTGTCAGCTACAAGCGGACAGGGATTGCACATGATTTT---TCCCCCCAAGAACC----------------AGCTGCCCACTCAC--CTGTCT-GACAGAGTTGCTGGATTTCTTCAAGACC------TTCAAAACCCAGCACTCGCTGCTCATTTATTTCTTAAACTCTTAGACTGTCCTCTTTTATTCGTTACCTCTCTTTACTTC----TATCTCTACTAATCCTCCCGCTC-TTACTAGTCTTTTT--CATTTTCCACTAAATTTTCTTCTAGCACTCCACTGGTGATAATACTCAAGTTGAGGGTGTAACAGTATATCGGCAAAAGCAAAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                   AACAATCTGGTAGTTATAAATGAGGATGATTACCTCACCAGAGGCGTGTGGGTAGACACAAATATCAATATCATGAGCTACGGGCAGACAGGGATTACACGCGATTTTCTTTCTTCCCAAGAACCATTGTGCGGTGGAATCAGCTCCCCGCTCACACCTGTGT-GGCAGAGTCGCTTGATTCTTTCAAGACCCAGGTCTTGAAGACCCAGCACTCGCCCCTCATTT-ATTCTTAAA---TT---CTGTCATCTTTTGTTCTTTTCCTTTCTTTACTTCCTTCTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                     AATGAGGATGATTACATCACCAGAGGCACA--GGTAGATGCCAACATCAATATCATCAG--------------GGATTATACACGATTTTCTTTCTTCCAAAGACCCATTGTGCAGCGGAATCAGCTACCCACTAACACCTGCCCCGGCAGAGTCCCTGGATTCCTT---------------GAAGACCCCGCACTC-------ATTTAATTCTTAA--------------------------TTCCCTCACTTTACTTCCTTCTATCTCTACTAGTCCTCCTACTCTTTACTCATCTTTTTTCCATTTTTCACTAAATATTCTTCTAGCACTCCACTGGTnnnnnnnnnntaaagtattctattgaccattctatatatttgtgtcatttattattttcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                     AATGAGGATGATTACCTCACTAGAGGCACG--GGTAGACGCCAACATCAATACCATCAGCTAAGGGTGGACAGGGATTACACACGGTTTTCTTT-TTTCCAAGAACCATTGTGCAGTGGAATCAGCTCCCCACTCACACTTGTCT-GGC--AGTCGCTGGATTCCTTCAAGGCCCAGGTCTTGAAGACCCAG-ACTCGCGGCTCATTTAATTATCAAACTCTT---CTGTCCTCTTTTATTCTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCAAGGACAGGTAAGGTGACCTAACTAATCACTGAATAGTCTGCC