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Alignments
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Reference ( family-2275 ) : CATAGTGTG--TTATATACAGAGTATGTAGCTTTAA-GTAAAAC-CAGTAGCTTAG----TT-----T----GGTACCTTCATTACTTCCCTTTAGGCCTATGATCTAAANATAACTAACACAGTGCACGG-ATTTCACACTNATTATTGTNA--C------TT-----TTACATTG--------T--TG-----AA-CTACGCCATA-T-----TCA-T-TTTT-GTGCGTTTA----TAACCATAAATGTGGGAAATA-TTGANTATACCTGCAGGT-AATTATAT-T-GTTATATTCTCCAATAAACNNTAACATATTGTTTTGTATAATTGGAATCATTGAAAT--TGTTTA-ATATAGTGAGTN-----AATCAAGATATTTGTAAATGTTATATTGAA------CTGTCATTGTGTAAGCCACCATCACCGAACANGTTNTATATTGACTG--TTTTATTGTATGTAT-CATAGTATTTATTGTTTNTAATGTTT-GTTTCAGAATGCATGATAGATCACTGA----ATATATGGA--------AT---AT------AT----ACGGAATGATTGG--------ANATANATAAAACTATTGAAAACTCTACATGT--TATGTTCAA---TGTATC---------TAAATACC---CTA---------TAAATT--GTTCT-ACCGGATCCAGCCCATCTAGGGCT-TGGGGAGAAGGCGGT
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gi|10 : tGTG--TTATATTTAGAGTATGTAGCTTTAA-GTAAAAC-TAATAGCTTAG----TT-----T----TGTACCTTTATTACTTCCCTTGAGGTATATGTTATTAAAATACCTTACACAGTGCACGG-ACTTCACATTAATTATTGT--CACTTCCTATT-----TTACATTG-C--T--------GAAAACAACTACGCCATA-T-----TTA-T-TTTTGGTGTGTATA----TAACCATTATTGCGGGAAATA-CTGAATACACATGCAGGT-AATTATAT-TGTTTTATTCTTCAATAAACCTTAACGTATTGTTTTATATAATTGG----------AATCATTAAAG---------A--TATTTT-ATAT----AGTa
gi|11 : gATATTTATAAAT-------TGA------ACTGTCACTGC--AAGACACCATCACTGAACAATTTGTATATTGACAG--TTTTGTTGTATGTAT-CGTAATATTTATTGTTTGTAATGTTT-GTTTCAGAATGCATTATAGATTACTGAATATATG-------------GAATGCGGTGATAT------ATACAGAATGATTGG--------ATATACATAAAACTATTTAAAA-TCTAC-------ATGTTTAA---AGTATCAA-------TAAATATC---CCATCCGATTC-TGAACT--GCTCT-ACCGGATTCATCCCCTCTAGGGC--TAGGGAGAAGACGGT
gi|12 : TG--TTTTATTTTATGTAT-CATACTATTTATTGATTTTTATACTT-GTTTCAGAATACATGATAGTTTACTGAATATAGG-------------GAATGAAATGATAA------AAACAGAATGATTGG--------ATATATATAAAACTATTGAAAA-TCTACATG-----TGTAAAAAAGTATATCTA-------TAAATACC---CTAATCTGATTCTAAATT--GCTCT-ACCGGATCCAGCCCATATAGGGCTATGGGGAAA
gi|13 : CATAGTGTG--TTATATACAAAG-----A-----AA-GTAAAAC-CAGAAGCTTAG----TT-----T----GGTACCTT-------------TAGGCCTATGATCTAAAAATAACTAACTCAGTGCACAG-ATTTTACACTCATTATTAT--GAC------TT-----TGACATTG-T--T--------GAAAACAATTATGCCATA-T-----TCATT-TTTT-GTGCGTTTA----TAACCATA
gi|14 : tTAGTGTAATTCAAATATAGAATATGTAGCTTTAA-GTAAAAAACAGAAGTTTAG----TT-------------------ATTACTTCCCTTTAGGCCTATAATCTAAAAACAACCAACACAATGCACGA-ATTT-A-ACTAATTATTGT--CACCA----TT-----TT-TATTG-T--T-----------------TGCG-CGTA-TTGTAATTG-T-TTTT-GTc
gi|15 : TAGGGTG--TTATATACAGAGTATGTAGCTTTAA-GTAAAAC-CATTAGCTTAG----TT-----T----GGTACCTTTATTACTTACCTTTAGGCCTATGATCTAAAGATAACTAACAC
gi|16 : ACTATTGAAAACTCTACATGT-----GTCCAA---TTTAAA---------TAAATACC---CTA---------TAAATT--GTTCT-ACCGGATCCAGCCCATCCAGGGCT-TGGGGAGAAGGTGGT
gi|17 : CATAGTGTG--TTATATACAGAGTAGGTAGCTTTAA-GTAAAAC-AAGTAGCTTAG----TT-----T----GGTg
gi|2 : tCATAGTGTG--TTATATACAGAGTAGGCAGCTTTAA-GTGAAAC-CAGTAGCTTAG----TTAGTT-T----GGTACCCTCATTACTTCCCTTTAAGCCTATGATCTAAGTTTA-CTAACACAGTGCATAG-ATTTCATACTCATTATTGT--GAC------TT-----TTACATTG-T--T--------T-----GACAACGCCATA-T-----TCA-T-TTTTTGTGCGTTTA----TAACAATAAATGTGGAAAATA-TTGATTATACATGCAGGT-AATTATA--TGTTATATATTCCAATAAACAATAACATATTGTTTTGTATAATTGG----------AACCAGTGAAA---------T--TGTTTA-ATAT----AAGA-A-ATAAATAAGATATTTGTTAATGTTATATTGA------ACTGTCATTGTGTAAGTCACCATCACCAAACACGTTGTATATTAACTGTTTTTTATTGTATGTAT-TATAGTATTTATTGTTTCTAATGTTT-GTCTCAGAATTCATTGTAGATCACTGAATATATATATGGAATAAGATG-AT------ATAT------ATAT--AATAATTGG--------AGATATATAACACTATTGGAAACTCTACATG-----TGTTCAA---AGTATC---------TGAATATC---CCA---------TAAATT--GTTCT-ACCGGATCCAGCCCATCTAGGGCT-AGGGGAGAAGGCGGT
gi|3 : CATATTGTA--TTATGTACAGAGTATGTAGCTTTAA-GTAAAAC-CAGTAACTTAG----TT-----T----GGTACCTTCATTACTTCCCTTTAGGCCAATGATCTAAATATAACTAACACAGTGCACGG-ATTTCACACTCATTATTGT--GAC------TT-----TTACATTG-T--T--------G-----AATTTCGCCATA-T-----TCA-T-TTCT-GTGCGTTTA----TAACCATAAATGTGGAAAATA-TTGATTATACCTGCAGGT-AATTATATATGTTATATTTACCAATAAACAGCAACATATTGTTTTGTATAAGTGG----------AATCATTGAAA---------T--TGTTTA-ATAT----AATA-A-GTTAATAAGATATTTGTAAATGTTATATTGA------ACTGTCATTGTGTAAGCCACCATCACCGAACATGTTGTATATTGACTG--TTTTATTGTATGAAT-CATAGTATTTATTGTTTCTAATGTTT-GTTTCAGAATGCATGATAGATCACTGAATAT------------------AT------ATAT------ATATGGAATGATTGG--------AGATAGATAAAACTATTGAAAACTCTACATAT--TATGTTCAA---TGTATC---------TAAATACC---CTA---------TAAATT--GTTCT-ACCGGATTCAGCCCATCTAGGGCT-TGGGGAGAAGGCGGTg
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gi|6 : A----TAACCATAAATGTGGGAAATA-TTGATTATACCTGCAGGT-AATTATATATGTTATATTTTCCAATAAACAGCAACATATTGTTTTGTATAATTGG----------AATCATTGAAA---------T--TGTTTA-ATAT----AATA-A-GTAAATAAGATATTTGTAAATGTTATATTGA------AATGTCATTGTGTAAGCCACCATCACCGAACATGTTGTATATTGACTG--TTTTATTGTATGTAT-CATAGTATTTATTGTTTCTAATGTTT-GTTTCAGAATGCATGATAGATCACTGAATATA-------------------------------------ACGGAATGATTGG--------AGATAGATAAAAATATTGAAAACTCTACATG-----TGTTCAA---TGTATC---------TAAATACC---CTA---------TAATTT--GTTCT-ACCGGATCCAGCCCATCTAGGGCT-TGGGGAGAAGGCGGTta
gi|7 : tgCACAGGGTG--TTATGTGCAGAGTATGTATCTTTCA-GTTTAAC-CAGTA-----------------T----AGTACCTTTATTTCTACCCTTTATGCATATGATCTAAAAATAACTAACACTGTGCACGG-ATTTCAAACTAATAAGTAT--CACTTCCTATT-----TTACATTG-T--T--------GAAAACAACTACGCAATA-T-----TTA-TGTTTG-GTGCGTATA----TAA-TAT---TGTGGGAAAAA-CTGAATATACCTGCAG
gi|7 : tCAGAATGCTTGATAGATTACTGAATATATG-------------GAATAAGATGATAT------ATACAGA--GATTGGATATATATATATATATAAAATTATTGAAAAATCTA-------TATGTTCAA----GTATC---------TTATTATC---C-------------AATCCGATTTTGAACGGATTCAGCCCATCCAGGGCT-AGTGGAGAAGGTGaatgcttgatagattactgaatatatggaataagatgatatatacagagattggatatatatatatatataaaattattgaaaaatctatatgttcaagtatcttattatccaatccgattttgaacggattcagcccatccagggctagtggagaaggtgttg
gi|8 : tcacagggtgttatgtgcagagtatgtatctttcagtttaaccagtatagtacctttatttctaccctttatgcatatgatctaaaaataactaacactgtgcacggatttcaaactaataagtatcacttcctattttacattgttgaaaacaactacgcaatatttatgtttggtgcgtatataatattgtgggaaaaactgaatatacctgCATAGTGTA--TTATATACAGAGTAGGTAGCTTTAA-GTAAAAC-CAGTAGCTTAGTTAGTT-----T----GGTACCTTCATTACTTCCCTTTAGGCCTATGATTTAAATATAACTAACACAGTGCACCG-ATTTCACACTCATTATTGT--TAC------TT-----TTACATTG-T--T--------G-----AACTACGCCATA-T-----TCA-T-TTTT-GTGCGTTAA----TAACCATAAATGTGGGAAATATTTTATAATACCTGCAGttg
gi|8 : tTTTATAATACCT-G---CAGAATGCATGATAGATCACTGAATATAT----------------------------------ATATGGAATGATTGG--------AGATAGATAAAACTATTGAAAACTCTACATGT-----GTTCAA---TGTATC---------TAAATACC---CTA---------TAAATT--GTTCT-ACCGGATTCAGCCAATCTAGGGCT-TGGGGAGATGGAGGaatgcatgatagatcactgaatatatatatggaatgattggagatagataaaactattgaaaactctacatgtgttcaatgtatctaaataccctataaattgttctaccggattcagccaatctagggcttggggagatggagg
gi|9 : tcatagtgtattatatacagagtaggtagctttaagtaaaaccagtagcttagttagtttggtaccttcattacttccctttaggcctatgatttaaatataactaacacagtgcaccgatttcacactcattattgttacttttacattgttgaactacgccatattcatttttgtgcgttaataaccataaatgtgggaaatatCATAGTGTA--TTATATACAGAGAAGGTAGCTTTAA-GTAAAAC-CAGTCGTTTAGTTAGTT-----T----GGTACCTTCATTACTTCCCTTTAGGCCTATGATCTAAATATAACTAACACAGTGCACGG-ATTTCACACTCATTATTGT--GAC------TT-----ATACATTG-T--T--------G-----AACTACGCCATATT-----TTT-T-TTTT-GTGCGTTGA----TAACAATAAATGTGGGAAATA-TTGATTATACCTGCAGA------ATGCATGATAGAT----CACTAAATAT--ATATA-TG----GAATGATTGGAGAGAGATAAAACTATTGAAAACTCTACATT--TGTTCA-ATGT----A
gi|9 : tTATTGATTATA---CCT-G---CAGAATGCATGATAGATCACTAAATATAT----------------------------------ATATGGAATGATTGG--------AGAGAGATAAAACTATTGAAAACTCTACAT----T-TGTTCAA---TGTATC---------TAAATACC---CTA---------TAACTT--GTTCT-ACCGGATCCAGCCCATCTAGGGCT-TGGGGAGAAGGtctaaataccctataacttgttctaccggatccagcccatctagggcttggggagaagg
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originalCons : CATAGTGTG--TTATATACAGAGTATGTAGCTTTAA-GTAAAAC-CAGTAGCTTAG----TT-----T----GGTACCTTCATTACTTCCCTTTAGGCCTATGATCTAAANATAACTAACACAGTGCACGG-ATTTCACACTCATTATTGT--NAC------TT-----TTACATTG-T--T--------G-----AACTACGCCATA-T-----TCA-T-TTTT-GTGCGTTTA----TAACCATAAATGTGGGAAATA-TTGATTATACCTGCAGGT-AATTATATATGTTATATTCTCCAATAAACANCAACATATTGTTTTGTATAATTGG----------AATCATTGAAA---------T--TGTTTA-ATAT----AATA-A-GTAAATAAGATATTTGTAAATGTTATATTGA------ACTGTCATTGTGTAAGCCACCATCACCGAACANGTTGTATATTGACTG--TTTTATTGTATGTAT-CATAGTATTTATTGTTTNTAATGTTT-GTTTCAGAATGCATGATAGATCACTGAATATATG-------------G-AT------ATAT------ATACGGAATGATTGG--------AGATANATAAAACTATTGAAAACTCTACATGT--TATGTTCAA---TGTATC---------TAAATACC---CTA---------TAAATT--GTTCT-ACCGGATCCAGCCCATCTAGGGCT-TGGGGAGAAGGCGGT
finalCons : CATAGTGTG--TTATATACAGAGTATGTAGCTTTAA-GTAAAAC-CAGTAGCTTAG----TTT---------GGTACCTTCATTACTTCCCTTTAGGCCTATGATCTAAANATAACTAACACAGTGCACGG-ATTTCACACTCATTATTGT--NAC------TT-----TTACATTG-T--T--------G-----AACTACGCCATA-T-----TCA-T-TTTT-GTGCGTTTA----TAACCATAAATGTGGGAAATA-TTGATTATACCTGCAGGT-AATTATATATGTTATATTCTCCAATAAACANCAACATATTGTTTTGTATAATTGG----------AATCATTGAAA---------T--TGTTTA-ATAT----AATA-A-GTAAATAAGATATTTGTAAATGTTATATTGA------ACTGTCATTGTGTAAGCCACCATCACCGAACANGTTGTATATTGACTG--TTTTATTGTATGTAT-CATAGTATTTATTGTTTNTAATGTTT-GTTTCAGAATGCATGATAGATCACTGAATATAGGAATGTGATAT-----------------------ATACGGAATGATTGG--------AGATANATAAAACTATTGAAAACTCTACATG-----TGTTCAA---TGTATC---------TAAATACC---CTA---------TAAATT--GTTCT-ACCGGATCCAGCCCATCTAGGGCT-TGGGGAGAAGGCGGT
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gi|4 : CATAGTGTA--TTATGTACAGAGTATGTAGCTTTAA-GTAAAAC-CAGTAACTTAG----TT-----T----GGTACTTTCATTACTTCCCTTTAGGCCAATGATCTAAATATAACTAACACAGTGCACGG-ATTTCACACTCATTATTGT--GAC------TT-----TTACATTG-T--T--------G-----AATTACGCCATA-T-----TCA-T-TTCT-GTGCGTTTA----TAACCATAAATGTGGAAAATA-TTGATTATACCTGCCGGTAAAATATATATGTTATATTTTCCAAAAAACAGCAACATATTGTTTTGTATAAGTGG----------AATCACTGAAA---------T--TGTTTA-ATAT--------------AATAAGATATTTGTAAATGTTATATTGA------ACTGTCATTGTGTAAGCCACCATCACCAAACATGTTTTATATTGTCGG--TTTTATTGTATGAAT-CATAGTATTTATTGTTTCTAATGTTT-G
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