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lowQualScore : . . . ... . . . .. ........... . ..... . . . . . . . .. . . . . . . . . . ......... . .. . .. .. . . . . . . .. . .. . . . . . . . . . . .. ... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 000 0 0 0 00 55555555555 3 00000 2 5 5 2 0 2 0 88 2 7 0 5 5 7 7 7 5 777777777 3 99 9 99 99 0 1 7 4 4 4 11 4 99 1 0 0 3 9 1 1 1 6 6 88 888 8 0 5 8 9 1 0 5 99
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Reference ( gi|1 ) : TACGTCATCGCATCCTAAGTCATGGATAGACGCATTATATCTAATGATAGCAACTTTGAAGATAGTTTGCCTGTTTTATGCCAGTATTTTATTGACTGTAATTTCCCACCTTCTGTTGTTGACTCGGCATTAAATAAAGTGAAACTACTTTCGCAAACCGACGCTCTTAAGCATAGTGTAAAACAAAACAGTGATGTTGTACCTTTCACTGTATGTTATAACACTTCATTACCTAATATAGGCAGTTTTCTTAATAAATACTGGGACTTGT---TAAAATTGTCTAACAATGAGAGTGTTAAACAGTTACATGCATACAAACCTATTGTAGCGTACAGACGTCCAAAA-AATATAAAA-----GACATTTTGATACAATCTAAATTTACAAGCCATAACGCACGTACATTTAGTTCTGTTAAATGTAATAGGCGTAGATGCTCTCATTGTTGCAATATTGTACAA-GATTCAAGTATCCC--TAGTTACGTTACTGGTGATAAGT-TTGGTATACGTTGTAATACCGATTGCACATCTAAAAATGTTATATATCTTATTACAT-GTAA-AA-AATGTCAAGTAC---------AGTATGTTGGAC--AAACGAATCAAAATGTATCAAAATGTATGAATAGTCACCGTTTTGATAT--AAGAAGTTTCTCAGATCCAACGTTTTCATCTAATGTCGCAACGCATTTTAACACCGATGCTCATTCAATAGAAGA--TTTTTCATTTATGC-CATTCGACATTGTTAGTAATAACTTTGATCG-TTTGTG-TAAGGAAACTTATTGGATTCACAAATTACAA-ACATTGTATCCATTTG--GA-CTAAATGCAAAACAGC--TATATGATATGTAGAGATGTTTTCATTGAACAGTTATATGTACTATCGTTTGTTCCTATTTATCTTTTTT-ACTACTATTTATAGGAATTTAAGTATTGTTTCGATCCGATATTTCATGTACTTGTGTTTGCGACAATATTCTATATGAGCCCCATTTTGTCGCGTGTTTGGCTCCTGGATGAATAATTCTTTGAGTCGAAT-TTCG-CGCGACGCGGCTCATTTGTTTTTCCCGCTATTTTAACGTCATGTTATGTGACGTTACTTCCTG-TGTTTATATATTTATTATACCATGATTAAGGTGATATGCCGAAACATTGGTATTAAATTTTAACAAACG-TTTT-TTACGTGTTGGTG--TTTTTTTAA
gi|2 : TACGTCATCGCATCCTAAGTCATG
gi|2 : ATAGACGCATTATATCTAATGATAGCAACTTTGAAGATAGTTTGCCTGTTTAACGCCAGTATTTTATTGACCGTAATTTCCCACCT---GTTGTTGACTCGGCATTAAATAAAGTGACATTACTTTCACAAACCGACGCTTTTAAGCATAGTGAAAAACAAAACAGTGATGTGGTACCTTTCACTGTGTGTTATAACACTTCATTACCTAATATAGATGGTTTTCTTAATAAAAACTGGGACTTTTTGATAAAA---TCTAAtaaaatggtataccttttagcaaggccaaacgctatagacgcattatatctaatgatagcaactttgaagatagtttgcctgtttaacgccagtattttattgaccgtaatttcccacctgttgttgactcggcattaaataaagtgacattactttcacaaaccgacgcttttaagcatagtgaaaaacaaaacagtgatgtggtacctttcactgtgtgttataacacttcattacctaatatagatggttttcttaataaaaactgggactttttgataaaatctaaatttacaagccataacgcacatacatttagttctgttaaatgtaaaaggcgtaatgctctcattgttttaatattgtacaagattcaagtatctctaggtacattactggtgataagtttggtatacgttgtaataccgattgcacatctaaaaatgttatatatcttattacatgtaaaaatgtcaagtacagtgtgttggacaaacgaatcaaaatgtatcaaaacgtatgaatagtcaccgttttgatataagaagtttctcagatccaacgttttcatttaatgtcgaaacgcattttaacgccgatgctcattcaataaaagattttcatttatgccaatcgacaccgttagtaataactttgatcgtttgtgtaaggaaacttattggattcacaaattacaaacattgtatccattttgactaaatgcaaaacagctatatgatatgtagagatgctttcattgaatagttatgtgtacttttgtttgttcctatttctcttttttactactatttataggaatttaagtatcgtttcgatccgatatttcatgtacttgtgtttgcgacaatattctttatgagccgcgtcttgtcgcgtgtttgtctcctggatgaataattctttgagtcgaaattcgcgcgacgcggctcatttgtttttcccgctattttaacgtaacattatgtgacattacttccggtgtttatatatttattattccatgattaaggcgataagccgaaacgtcggtattaaattttaacttacgtttttttacgtgttggtggtttttttta
gi|4 : tacgtcatcgcatcctaagtcatgtaaaatggtataccttttagcaaggccaaacgctCTCGGCATTAAATAAAGTGAAACTACTTTCGCAAACCGACGCTCTTAAGCATAGCGTAAAACAAAACAGTGATGTTGTACCTTTCACTGTATGTTATAACACTTCATTACCTAATATAGGTGGTTTTCTTAATAAATACTGGGACTTGT---TAAAATTGTCTAACAATGAGAGTGTTAAACAGTTACATGCATACAAACCTATTGTAGCGCACAGACGTCCAAAA-AATATAAAA-----GACATTTTGATACAATCTAAATTTACAAGCCATAACGCACGTACATTTAGTTCTGTTAAATGTAATAGGTGTAGATGCTCTCATTGTTGCAATATTGTACAA-GATTCAAGTATCTC--TAGTTACGTTACTGGTGATAAGT-TTGGTAAACGTTGTAATACTGATTGCACATCTAAAAATGTTATATATATTATTACAT-GTAA-AA-AATGCCAAGTAC---------AGTATGTTGGAC--AAACGAATCAAAATGTATCAAAACGTATGGATAGTCACCGTTTTTATAT--TAGAAGTTTCTCAGATCCAACGTTTTCATTTAATGTCGCAACGCATTTTAACACCGAT-------------AAGA--TTTTTCATTTATGC-CATTCGAGACTGTTAGTAATAACTTTGATCG-TTTGTG-TAAGGAAACTTATTGGATTCACAAATTACAA-ACATTGTATCCATTTG--GA-CTAAATTCAAAACAGC--TATATGATATGTAGAGATGTTTTCATTGAACAGTTATATGTACTATCGTTTGTTCCTATTTCTCTTTTTT-ACTACTATTAATAGGAATTTAAGTATCGTTTCGATCCGATATTTCATGTACTTGTGTTTGCGACAATATTCTATATGAGCCCCGTCTTGTCGCGTGTTTGGCTCCTGGATGAATAATTCTTTGAGTCGAAT-TTCG-CGCGACGCGGCTCATTTGTTTTTCCCGCTTTTTTAACGTCACGTTATGTGACGTTACTTCCTG-TGTTTATATATTTATTAatttacaagccataacgcacatacatttagttctgttaaatgtaaaaggcgtaatgctctcattgttttaatattgtacaagattcaagtatctctaggtacattactggtgataagtttggtatacgttgtaataccgattgcacatctaaaaatgttatatatcttattacatgtaaaaatgtcaagtacagtgtgttggacaaacgaatcaaaatgtatcaaaacgtatgaatagtcaccgttttgatataagaagtttctcagatccaacgttttcatttaatgtcgaaacgcattttaacgccgatgctcattcaataaaagattttcatttatgccaatcgacaccgttagtaataactttgatcgtttgtgtaaggaaacttattggattcacaaattacaaacattgtatccattttgactaaatgcaaaacagctatatgatatgtagagatgctttcattgaatagttatgtgtacttttgtttgttcctatttctcttttttactactatttataggaatttaagtatcgtttcgatccgatatttcatgtacttgtgtttgcgacaatattctttatgagccgcgtcttgtcgcgtgtttgtctcctggatgaataattctttgagtcgaaattcgcgcgacgcggctcatttgtttttcccgctattttaacgtaacattatgtgacattacttccggtgtttatatatttattattccatgattaaggcgataagccgaaacgtcggtattaaattttaacttacgtttttttacgtgttggtggtttttttta
gi|3 : GTGATGTGGTACCTTTCACTGTATGTTATAACACTTCATTACCTAATATAGGTGGTTTTCTTAATAAATACTGGGACTTGT---TAAAATTGTCTAACAATGAGAGTGTTAAACAGTTACATGCATACAAACTTATTGTAGCGTACAGACGTCCAAAAAAATATAAAA-----GATATTTTGATACAATCTAAATTTACAAGCCATAACGCACGTACATTTAGTTCTGTTAAATGTAATAGGCGTTGATGCTCTCATTGTTGCAATATACTACAA-GATTCAAGTATCTC--TAGTTACGTTACTGGTGATAAGT-TTGGTATACGTTGTAATGCCGATTGTACACTTAAAAATGTTATATATCTTATTACAT-GTAA-AA-AATGTCAAGTAC---------AGTATGTTGGAC--AAACAAATCAAAATGTATCAAAACGTATGAATAGTCACCGTTTTGATAT--AAGAAGTTTCTCAAATCCAACGTTTTCATCTAATGTCGTAACGCATTTCAACGCCGAGGCTCATTCAATAGAAGAGTTTTTTCATTTGTGC-CATTCGACACTGTTAGTAATAACTTTGATCG-TTTGTG-TAAGGGAACTTATTGGATTCACAAATTACAA-CCATTGTATCCATTTT--GA-CTTAATGCAGAACAGC--TATATGATATGTAGAGATGCTTTTACTTAACAGTTATATGTACTTTCGTTTGTTCCTATTTCTCTTTTTT-ACTACTATTTATAGGAATTTAAGCATCGTTTCGATCTGATATTTCATTTACTTGTGATTGCGACAATATTCTACATGAGCCGCGTCTTGTCGCATGTTTGGCTCCTGGATTTATATTTCTTTTAGTCAAAG-TTCG-CACGACGCGGCTCATTTGTTTTTCCCACTATTTTAACGTCACGTTATGTGACGTTACTTCCGT-TGTTTAAATA-TGATT---CCATGATTAACGCGATAAGCCGAAACGTCGGAAATAAACTATAACAAATG-TTTT-T
gi|13 : ACTTCATTACCTGATATAGGTGGTTTTCTTAATAAATACTGGGACTTGT------------CTAACAATAAGAGTTTTAAACAGTTACATGCATACAAACCTATTGTAGCATACAGACATCCAAAA-AATATAAAA-----GAAATTTTGATACAATCTAAATTTACAAGCCATAACGCACGTATATTTAGTTCTGTTAAATGTAATAGGCATAGATGCTCTCATTGTTTCAA
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gi|12 : tacgtcatcgcatcctaagtcatgtaaaatggtataccttttagcaaggccaaacgctatagacgcattatatctaatgatagcaactttgaagatagtttgcctgtttaacgccagtattttattgaccgtaatttcccacctgttgttgactcggcattaaataaagtgacattactttcacaaaccgacgcttttaagcatagtgaaaaacaaaacagtgatgtggtacctttcactgtgtgttataacacttcattacctaatatagatggttttcttaATATCGTAGAAAGA---AACTATTTCAACAGTTCTATTACTGA--ACAAACATTGATATCCGCCTTAATGGAAATTATGCTTCTAAATA-GTCATTTATCTTTTCAAGA-GTAACAA-AATGTAATATTC---------AATATAT-GGCC--AAACAAACCAAAATAACTCGAAACGTATGGATAGTCATAAATTTGACAT--TAGAAATTT
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gi|25 : ttCATGACTAAGGCGACAAGCCGAAACGTTGGTTTTAAATTTTAACTAACG--TTT-TTGCATGTTGATG--
gi|26 : ATGATTAAGGCGATATGCCGAAACATCAGTATTAAATTTTAACTAATGTTTTT-TTACGTGTTGGT
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gi|28 : TAAATTATAACTAACG-TTGT-TTACGTGTTGGTG--TTTTgaaa
Alignments
lowQualScore : 333 1111 1 22222 11 222222222 1
lowQualScore : 1 4 555 1 0 1 2 4444 66 0 00000 1 4 8 0 11 0 5 1 1 1 1 5 5 5 0 222222222 5 66 2 66 66 2 4 66 4 1 3 3 3 2 33
lowQualScore : . . ... . . . . .... .. . ..... . . . . .. . . . . . . . . . . ......... . .. . .. .. . . .. . . . . . . ..
lowQualScore : 0 0 000 0 7 0 5 8888 22 0 00000 0 6 0 8 00 8 7 4 4 7 7 7 7 7 7 999999999 0 99 0 11 99 4 4 11 4 0 3 3 1 6 77
consensus : TACGTCATCGCATCCTAAGTCATGNATAGACGCATTATATCTAATGATAGCAACTTTGAAGATAGTTTGCCTGTTTNACGCCAGTATTTTATTGACCGTAATTTCCCACCTTCTGTTGTTGACTCGGCATTAAATAAAGTGAAACTACTTTCGCAAACCGACGCTCTTAAGCATAGCGTAAAACAAAACAGTGATGTNGTACCTTTCACTGTATGTTATAACACTTCATTACCTAATATAGGTGGTTTTCTTAATAAATACTGGGACTTGT---TAAAATTGTCTAACAATGAGAGTGTTAAACAGTTACATGCATACAAACCTATTGTAGCGTACAGACGTCCAAAAAA-TATAAAA-----GACATTTTGATACAATCTAAATTTACAAGCCATAACGCACGTACATTTAGTTCTGTTAAATGTAATAGGCGTAGATGCTCTCATTGTTGCAATATTGTACAA-GATTCAAGTATCTC--TAGTTACGTTACTGGTGATAAGT-TTGGTATACGTCGTAATGCCGATTGCGCATCTAAAAATGTTATATATCTTATTACAT-GTAA-AA-AATGTCAAGTAC---------AGTATGTTGGAC--AAACGAATCAAAATGTATCAAAACGTATGAATAGTCACCGTTTTGATAT--AAGAAGTTTCTCAGATCCAACGTTTTCATCTAATGTCGCAACGCATTTTAACGCCGATGCTCATTCAATAGAAGA--TTTTTCATTTATGCCATTCGACACTGTTAGTAATAACTTTGATCG-TTTGTGTAAGGAAACTTATTGGATTCACAAATTACAAACATTGTATCCATTTGGACTAAATGCAAAACAGC--TATATGATATGTAGAGATGCTTTCATTGAACAGTTATATGTACTATCGTTTGTTCCTATTTCTCTTTTTT-ACTACTATTTATAGGAATTTAAGTATCGTTTCGATCCGATATTTCATGTACTTGTGTTTGCGACAATATTCTATATGAGCCGCGTCTTGTCGCGTGTTTGGCTCCTGGATGAATAATTCTTTGAGTCGAAT-TTCG-CGCGACGCGGCTCATTTGTTTTTCCCGCTATTTTAACGTCACGTTATGTGACGTTACTTCC-GGTGTTTATATATTTATTATTCCATGATTAAGGCGATAAGCCGAAACGTCGGTATTAAATTTTAACTAACGTTTTTTTACGTGTTGGTG--TTTTTTTAA
Reference ( family-2263 ) : TACGTCATCGCATCCTAAGTCATGNATAGACGCATTATATCTAATGATAGCAACTTTGAAGATAGTTTGCCTGTTTAACGCCAGTATTTTATTGACCGTAATTTCCCACCT---GTTGTTGACTCGGCATTAAATAAAGTGANACTACTTTCGCAAACCGACGCTCTTAAGCATAGCGNAAAACAAAACAGTGATGTGGTACCTTTCACTGTATGTTATAACACTTCATTACCTAATATAGGTGGTTTTCTTAATAAATACTGGGACTTGT---TAAAATTGTCTAACAATGAGAGTGTTAAACAGTTACATGCATACAAACCTATTGTAGCGTACAGACGTCCAAAAAA-TATAAAA-----GACATTTTGATACAATCTAAATTTACAAGCCATAACGCACGTACATTTAGTTCTGTTAAATGTAATAGGCGTAGATGCTCTCATTGTTNCAATATCGTACAA-GATTCAAGTATCTC--TAGTTACGTTACTGGTGATAAGT-TTGGTATACGTCGTAATGCCGATTGCGCATCTAAAAATGTTATATATCTTATTACAT-GTAA-AA-AATGTCAAGTAC---------AGTATGTTGGAC--AAACGAATCAAAATGTATCGAAACGTATGGATAGTCACCGTTTTGATAT--AAGAAGTTTCTCAGATCCAACGTTTTCATCTAATGTCGCAACGCATTTTAACGCCGATGCTCATTCAATAGAAGA--TTTTTCATTTATGCCATTCGACACTGTTAGTAATAACTTCGATCG-TTTGTGTAAGGAAACTTATTGGATTCACAAATTACAAACATTGTATCCATTTGGACTAAATGCAAAACAGC--TATATGATATGTAGAGATGCTTTCATTGAACAGTTATATGTACTATCGTTTGTTCCTATTTCTCTTTTTT-ACTACTATTTATAGGAATTTAAGTATCGTTTCGATCCGATATTTCATGTACTTGTGTTTGCGACAATATTCTATATGAGCCGCGTCTTGTCGCGTGTTTGGCTCCTGGATGAATAATTCTTTGAGTCGAAT-TTCG-CGCGACGCGGCTCATTTGTTTTTCCCGCTATTTTAACGTCACGTTATGTGACGTTACTTCC-GGTGTTTATATATTTATTATTCCATGATTAAGGCGATAAGCCGAAACGTCGGTATTAAATTTTAACTAACGTTTTTTTACGTGTTGGTG--TTTTTTTAA
gi|1 : TACGTCATCGCATCCTAAGTCATGGATAGACGCATTATATCTAATGATAGCAACTTTGAAGATAGTTTGCCTGTTTTATGCCAGTATTTTATTGACTGTAATTTCCCACCTTCTGTTGTTGACTCGGCATTAAATAAAGTGAAACTACTTTCGCAAACCGACGCTCTTAAGCATAGTGTAAAACAAAACAGTGATGTTGTACCTTTCACTGTATGTTATAACACTTCATTACCTAATATAGGCAGTTTTCTTAATAAATACTGGGACTTGT---TAAAATTGTCTAACAATGAGAGTGTTAAACAGTTACATGCATACAAACCTATTGTAGCGTACAGACGTCCAAAAAA-TATAAAA-----GACATTTTGATACAATCTAAATTTACAAGCCATAACGCACGTACATTTAGTTCTGTTAAATGTAATAGGCGTAGATGCTCTCATTGTTGCAATATTGTACAA-GATTCAAGTATCCC--TAGTTACGTTACTGGTGATAAGT-TTGGTATACGTTGTAATACCGATTGCACATCTAAAAATGTTATATATCTTATTACAT-GTAA-AA-AATGTCAAGTAC---------AGTATGTTGGAC--AAACGAATCAAAATGTATCAAAATGTATGAATAGTCACCGTTTTGATAT--AAGAAGTTTCTCAGATCCAACGTTTTCATCTAATGTCGCAACGCATTTTAACACCGATGCTCATTCAATAGAAGA--TTTTTCATTTATGCCATTCGACATTGTTAGTAATAACTTTGATCG-TTTGTGTAAGGAAACTTATTGGATTCACAAATTACAAACATTGTATCCATTTGGACTAAATGCAAAACAGC--TATATGATATGTAGAGATGTTTTCATTGAACAGTTATATGTACTATCGTTTGTTCCTATTTATCTTTTTT-ACTACTATTTATAGGAATTTAAGTATTGTTTCGATCCGATATTTCATGTACTTGTGTTTGCGACAATATTCTATATGAGCCCCATTTTGTCGCGTGTTTGGCTCCTGGATGAATAATTCTTTGAGTCGAAT-TTCG-CGCGACGCGGCTCATTTGTTTTTCCCGCTATTTTAACGTCATGTTATGTGACGTTACTTCC-TGTGTTTATATATTTATTATACCATGATTAAGGTGATATGCCGAAACATTGGTATTAAATTTTAACAAACG-TTTTTTACGTGTTGGTG--TTTTTTTAA
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